Pathologie Jaarverslag 2011

Pathologie Jaarverslag 2011

1 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

Redactie: Janneke van Denderen Elly Fieret Corien Schreuder © 2011 Instituut voor Pathologie, VUmc, Amsterdam


Voorwoord Het jaar 2011 was een jaar van vooruitgang voor de afdeling. Veel activiteiten die in 2010 zijn opgezet, zijn in 2011 afgerond of verder doorontwikkeld. In 2011 is veel aandacht uitgegaan naar het uitwerken en implementeren van de planning en controle cyclus waardoor de geplande doelstellingen beter gemonitoord kunnen worden. Het meer jarenbeleidsplan 2011-2015 is gereed gekomen en de management retraite is ingevoerd. Voor het efficiënter inrichten van de diagnostiekprocessen is in 2011 het LEAN project gestart bij het patiënten secretariaat. De resultaten zijn zeer bevredigend en daarom wordt de Leansystematiek in 2012 ook uitgerold op de overige diagnostiek units. In het kader van de sneldiagnostiek zijn goede resultaten geboekt, er is een bijzondere verbetering in de doorlooptijden geconstateerd, binnen 48 uur kan nu de diagnose gesteld worden. De basis voor deze versnelling was de implementatie van de tissue express en belangrijke, logistieke aanpassingen binnen de verschillende diagnostiek processen. Vele medewerkers hebben aan deze verbetering bijgedragen. In 2011 is de digitalisering van het onderwijs verder uitgewerkt en is het gebruik van you-tube en black board gemeengoed geworden. De opleiding tot patholoog assistent, de pathasser, is dit jaar voor het eerst gevolgd door twee histologie analisten. Het mogelijk maken van deze opleiding biedt analisten de kans zich verder te ontwikkelen. De opleiding verloopt voorspoedig, ook alle opleidingsplaatsen zijn in 2011 opgevuld. De onderzoekslijnen van de afdeling zijn beter geconcentreerd op de hoofdlijnen oncologie, neuropathologie, cardiovasculaire pathologie en immunologie. In 2011 zijn ze getoetst aan de missie van de afdeling en gelegd langs de pipeline van translational research. De focus voor 2012 zal gericht zijn op het verbeteren van het vak klinische pathologie en medische immunologie. Aandachtspunt in 2011 voor het succesvol uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek was het ontwikkelen van een goede infrastructuur, onder andere voor de Biobank, data management, next generation sequencing en bioinformatica. In 2012 zullen deze activiteiten worden voortgezet.

Gerrit A. Meijer Hoofd afdeling Pathologie


Inhoudsopgave

Hoofdstuk 1: Organisatie..........................................................................................................5 Hoofdstuk 2: Doelstellingen......................................................................................................7 Hoofdstuk 3: Patiëntenzorg ....................................................................................................10 Hoofdstuk 4: Onderwijs ..........................................................................................................32 Hoofdstuk 5: Personeel ..........................................................................................................37 Hoofdstuk 6: Arbo, Milieu en Veiligheid..................................................................................39 Hoofdstuk 7: Infrastructuur .....................................................................................................40 Chapter 8: Introduction..........................................................................................................43 8.1 Oncology .................................................................................................................................. 44 Cervical cancer............................................................................................................................... 44 Lung cancer.................................................................................................................................... 45 Colorectal and gastric cancer......................................................................................................... 45 Lymphomas.................................................................................................................................... 48 Tumorimmunology.......................................................................................................................... 48 EBV related cancers....................................................................................................................... 49 Head- and neck cancer .................................................................................................................. 50 Melanoma....................................................................................................................................... 51 Brain tumors ................................................................................................................................... 52 8.2 Neuropathology ........................................................................................................................ 52 Neurodegenerative disorders......................................................................................................... 52 White matter disorders ................................................................................................................... 53 8.3 Cardiovascular pathology ......................................................................................................... 55 Cardiovascular inflammation .......................................................................................................... 55 8.4 Immunology .............................................................................................................................. 55 Immunogenetics ............................................................................................................................. 55 Immunoprofiling.............................................................................................................................. 56 Inflammatory disease profiling ....................................................................................................... 57 8.5 Publications .............................................................................................................................. 58 8.6 Theses ...................................................................................................................................... 76 8.7 Researchprojects...................................................................................................................... 78

Bijlage1: HLO/MLO stages, ronleidingen 2011 ................................................................... 86 Bijlage 2: Wetenschappelijke stages 2011 ......................................................................... 90 Bijlage 3: Personeel PA 2011 ............................................................................................ 91


Hoofdstuk 1: Organisatie Als klinisch specialisme in divisie V van VU medisch centrum heeft de afdeling Pathologie drie academische hoofdtaken, te weten: • patiëntenzorg • onderzoek • onderwijs Bij het uitvoeren van deze drie hoofdtaken is een goede organisatie één van de belangrijkste pijlers waarop de afdeling draait. De afdeling beschikt over een organisatiestructuur (zie figuur 1) waarin deze taken tot hun recht komen. Patiëntenzorg De patiëntenzorg bestaat uit 3 sectoren met werkunits Sector 1 • Histodiagnostiek • Cytodiagnostiek • Elektronenmicroscopie • Post mortale diagnostiek • Patiëntensecretariaat • Fotografie Sector 2 • Immunologische diagnostiek • Immunohistochemische diagnostiek • Neuropathologie • Biobank Sector 3 • Moleculaire diagnostiek • Micro array faciliteit • Tumor profilering De operationele en diagnostische verantwoordelijkheid ligt bij de sectorhoofden en aandachtspathologen. Onderzoek Het onderzoek kent vier onderzoekslijnen die binnen de diverse onderzoekinstituten zijn ondergebracht. Een gedetailleerd overzicht van de onderzoekslijnen wordt gegeven in hoofdstuk x Onderwijs Het onderwijs is als volgt georganiseerd: Academisch onderwijs • de opleiding geneeskunde (bachelor en master VUmc-compas) • de opleiding tandheelkunde • bachelor- en masteropleiding biomedische wetenschappen • de masteropleiding Oncology • de masteropleiding Cardiovasculair • de masteropleiding Neurosciences • de opleiding Tandheelkunde (ACTA) Postacademisch onderwijs: • opleiding tot (gerechtelijk) patholoog, medisch immunoloog, bij/nascholing Beroepsonderwijs • HLO/MLO tbv analisten, informatici • nascholing post HLO/post MLO en Overig • verpleegkundigen, politie/recherche


Het onderwijs kent een onderwijscoördinator ten behoeve van het academisch onderwijs en een stagecoördinator voor de HLO/MLO-opleidingen. Een gedetailleerd overzicht van het onderwijs wordt gegeven in hoofdstuk 4

Fig 1: Organogram afdeling Pathologie


Hoofdstuk 2: Doelstellingen Strategie & beleid In oktober 2011 was de aftrap voor een jaarlijks terugkerende management retraite. Doel was het afstemmen van de taken, verantwoordelijkheden en bevoegdheden en het bepalen van strategie en beleid voor de middellange termijn. Ten aanzien van het te voeren beleid op de forensische pathologie is een businessplan geschreven. In 2012 zal dit plan worden vertaald in beleid en op haalbaarheid worden getoetst. Voor het afstemmen van beleid en dienstverlening met medische disciplines zijn in 2010 gesprekken gestart met afdelingshoofden van diverse specialismen, in 2011 zijn deze gesprekken gecontinueerd en ingebed in de werkwijze van de afdeling. Gesproken werd over service verlening, onderwijs, toekomstvisie en uitgaven bij pathologie. Gesprekken met nieuwe, externe klanten zijn gestart. Via het hooglerarenplan 2012 is prof. dr. D. de Jong per 1-4-2011 bij VUmc als hematopatholoog in dienst getreden en is de benoemingsprocedure als hoogleraar hematopathologie in gang gezet. Hiermee kan het niveau van zowel de hematodiagnostiek als de hematoresearch naar een hoger niveau getild worden. Tevens levert deze aanstelling ook samenwerkingsverbanden op mbt AvL (diagnostiek en research) en AMC (research). Voor het optimaliseren van zorglogistiek en afstemmen onderzoekslogistiek is de afdeling betrokken bij diverse werkgroepen van VUmc (bv. Sneldiagnostiek). In 2012 wordt deze deelname voortgezet. Leiderschap De organisatie structuur van de afdeling is in 2011 geoptimaliseerd. Het afdelingsorganogram is opnieuw vormgegeven en geïntroduceerd en toegelicht tijdens meerdere afdelingsbrede bijeenkomsten. Management van processen/onderzoek Het wetenschappelijk onderzoek moet gericht zijn op de zwaartepunten van VUmc. De onderzoekslijnen van de afdeling zijn in 2011 getoetst aan de missie van de afdeling en gelegd langs de pipeline van translational research. Focus in 2012 is gericht op het verbeteren van het vak klinische pathologie en medische immunologie. De infrastructuur die nodig is voor het succesvol uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek is ontwikkeld voor onder andere de Biobank, data management, next generation sequencing en bioinformatica. In 2012 zullen deze activiteiten worden voortgezet. Management van processen/patiëntenzorg Behoud en optimalisering van het kwaliteitssysteem is in 2011 een continu punt van aandacht geweest. Naar aanleiding van de CCKL tussenvisitatie zijn initiatieven genomen op het gebied van beleid en beleidsvorming. Het meerjarenbeleidsplan 2011-2015 is gereedgekomen en direct gerelateerd aan het management contract 2012-2013. De procedure ‘Beleidsvorming en Planning & Controle afdeling Pathologie’ beschrijft de te volgen systematiek. In 2012 zal deze procedure worden geïmplementeerd en geëvalueerd. Tevens is de functionaliteit van het kwaliteitssysteem doorgelicht door adviesbureau Kerteza. In het adviesrapport is geconcludeerd dat het draagvlak voor het huidige kwaliteitssysteem niet meer optimaal is. De aanbevelingen ten aanzien van draagvlak en functionaliteit zijn uitgewerkt in vijf speerpunten en opgenomen in het management contract 2012-2013: - Realtime monitoring van afdelingsacties in brede zin - Document infrastructuur Pathologie - Taken, bevoegdheden en verantwoordelijkheden - Communicatiestructuur met verantwoordelijkheden en beslissingsbevoegdheden - Inrichten van stuurinformatie voor MT Lean management In 2011 is door de Raad van Bestuur VUmc breed het LEAN project gestart. In het kader hiervan is een masterplan gemaakt om, onder leiding van een coach, lean uit te rollen op de afdeling. Gestart is met het in kaart brengen van het primair diagnostische proces op het patiëntensecretariaat. De resultaten zijn zeer positief. Diagnostiek Op maat (DOM)


In het kader van het project DOM is een groot deel van alle diagnostische werkprocessen in flows uitgewerkt en zijn knelpunt analyses gemaakt. Op basis hiervan zijn verbeteracties ingezet en is apparatuur aangeschaft. (Onder andere in het kader van het project sneldiagnostiek en deels met behulp van de technologische vernieuwingen zoals de Sakura Tussue-express) Dit sluit naadloos aan bij de introductie van leanmanagement. Er is een bijzondere verbetering in de doorlooptijden geconstateerd. Na de introductie van de tissue express en de logistieke aanpassingen binnen de verschillende processen is de opdracht voor sneldiagnostiek: 80% van de HE biopten binnen 48 uur, ruimschoots gehaald. Dit resultaat is meegenomen in de VUmc rapportage sneldiagnostiek. Ook aan de aanvullende technieken is logistiek het een en ander veranderd waardoor de doorlooptijden sneller zijn. Er is een inventarisatie gemaakt van verschillende nieuwe immunostainers om in de toekomst ook naar een continue workflow toe te gaan. Er is een plan van aanpak gemaakt hoe en wanneer de nieuwe stainers in te zetten. Management van processen/onderwijs en opleiding De afdeling biedt continue ruimte voor stagiaires en studenten vanuit de analisten opleiding. Twee pathassers zijn in hun tweede opleidingsjaar, de opleiding loopt voorspoedig. Alle beschikbare opleidingsplaatsen zijn ingevuld. In 2011 zijn vier personen met de opleiding tot patholoog gestart. Twee personen zijn gestopt met de opleiding. De inzet en kosten tav onderwijs zijn zichtbaar gemaakt en ook de digitalisering van het onderwijs is gerealiseerd. Het gebruik van you-tube en black board wordt veelvuldig toegepast door de docenten en geraadpleegd door de studenten. De huidige systematiek wordt in 2012 voortgezet. De registratie van stagiaires is gecentraliseerd. Management van medewerkers Het transparant maken van afdelingsinformatie is vormgegeven in een informatief afdelingsbreed overleg dat 2x per jaar plaatsvindt en waarin strategie, plannen en nieuwe ontwikkelingen worden toegelicht. De RI&E is in overeg met de Dienst Arbo en Milieu uitgesteld naar 2012. Jaargesprekken, waarin de ontwikkelperspectieven van de medewerkers worden meegenomen, zijn geregelmatig gevoerd, het goed monitoren daarvan is nog een verbeterpunt. In 2012 zal meer worden gekeken vanuit het competentie management. Hiervoor is in 2011 een traject gestart olv een externe coach om afdelingsbreed competenties in te voeren en te gebruiken voor de ontwikkeling van medewerkers, het voeren van jaargesprekken en werving en selectie. Dit traject wordt in 2012 voortgezet. Een format voor een opleidingsplan is opgesteld en zal in 2012 worden geimplementeerd. Voor een beter overzicht en registratie van het ziekteverzuim is een procedure geschreven. Leidinggevenden zijn in 2011 meer betrokken bij het monitoren van verzuim door het voeren van verzuimgesprekken bij meer dan 2x ziekmelden. Het melden in Peoplesoft en het monitoren in COGNOS is als systematiek ingevoerd. In 2012 wordt deze methodiek gecontinueerd. Door de vacaturebeheersing binnen VUmc is de werkdruk binnen de afdeling Pathologie sterk toegenomen. Hoewel de indruk bestaat dat er op het personeel kan worden bezuinigd, is de workload de laatste jaren alleen maar toegenomen. Dit heeft zijn weerslag op het personeel. In de evaluatie wordt aangetoond dat, hoewel er sprake is van een lichte productiedaling, de personele begroting niet uit de pas loopt. Het betreft het NWP betaald uit de eerste geldstroom. Management van middelen De geplande nieuwbouw is uitgesteld naar 2016. Naar aanleiding hiervan is in samenwerking met AMD en FB (Facilitair Bedrijf) een rapport geschreven waaruit is gebleken dat op korte termijn verbouwingsaanpassingen noodzakelijk waren. Uitgangspunt is het kunnen blijven voldoen aan de wensen en eisen die wettelijk en vanuit de dienstverlening aan de afdeling worden gesteld. Eind 2011 is gestart met de verbouwing in gebouw E, de afronding wordt verwacht in het najaar van 2012. Het optimaliseren van het diagnostisch proces dmv. ICT blijft ook in 2012 een punt van aandacht. Spraakherkenning is ingevoerd, echter voor de macroscopie is de implementatie nog niet afgerond. Na de verbouwing van de uitsnijkamer wordt dit verder opgepakt. In 2012 wordt gewerkt aan de verdere implementatie van Harmony en in het kader van het CTMM TraIT project aan een informatiesysteem voor translationeel onderzoek. De bezuinigingstaakstelling is grotendeels gerealiseerd. De implementatie van een centrale core faciliteit voor de electronen microscopie is voor een groot deel gerealiseerd. In 2012 wordt de discussie hierover voortgezet, met name in het licht van de VUmc/AMC alliantie.


Waardering door klanten en verwijzers In 2010 is een klant_tevredenheids_enquête gehouden. Ondanks de lage respons van 26% is toch gekeken naar de mate van tevredenheid. Het onderdeel communicatie werd als goed beoordeeld. De algemene mortuarium informatievoorziening tav openingstijden en bereikbaarheid van de assistenten is verbeterd, hiervoor is de website van de afdeling aangepast. Het onderdeel diagnostiek scoorde voldoende tot goed ten aanzien van feitelijke verslaglegging en de layout van de verslagen. De terugvindbaar van relevante informatie in de obductieverslagen scoorde minder goed. De doorlooptijd van aanvraag tot diagnose werd als voldoende beoordeeld. Om inzage te krijgen en te houden omtrent de klanttevredenheid is in 2011 gestart met het voeren van gesprekken met de medische specialismen. Waardering door medewerkers In 2011 zijn geen interne cursussen voor de medewerkers georganiseerd. Wel zijn regelmatig 18-kops sessies gehouden met medewerkers van de histologie en cytologie. Tevens is een on the job training voor intern auditoren georganiseerd Een nieuw medewerkerstevredenheidonderzoek staat gepland voor 2014. Waardering door de maatschappij De maatschappelijke relevantie van activiteiten op het gebied van patiëntenzorg, onderzoek en onderwijs heeft het nieuws gehaald door middel van interviews en krantenartikelen. Tevens is in 2011 een start gemaakt met het herzien van de website van de afdeling. De inhoud van de site wordt meer en meer afgestemd op de (al dan niet) professionele lezer en geeft indirect inzage in de werkwijze van diagnostiek, onderwijs en onderzoek. In het verlengde hiervan is in 2012 een werkgroep ‘Communicatie’ gestart. Via het in kaart brengen van de verschillende doelgroepen wordt bekeken of en hoe de benodigde informatie kan worden aangeboden.


Hoofdstuk 3: Patiëntenzorg 3.1 Jaarcijfers 2011 diagnostiek klinische pathologie, medische immunologie en obducties In deze paragraaf wordt een overzicht gegeven van de jaarcijfers diagnostiek klinische pathologie, medische immunologie en het aantal overledenen / obducties. 2011 Afdeling

Gewogen eenheden

Equivalenten

Histo Cyto diagnostiek diagnostiek 2.910 27 0 0 934 235 219 801 1.826 1.799 4.260 91 438 163 206 213 75 75 0 0 1.973 1.206 803 152 1.182 101 187 474 224 5 1.142 8 1 0 0 0 12 0 259 18 954 452 2.538 371 0 0 63 102 16 3 3.973 1.008 12 7 279 26 1.173 804 0 0 6 9 0 68

Medische Immunologie 265 0 174 4004 719 5018 328 119 4942 90 376 0 8 511 220 0 0 0 2 0 4676 608 0 97 4 66 10 6 0 0 0 1

Dermatologie Endocrinologie Hematologie Inwendige geneeskunde Longziekten Maag-, Lever-, Darm-ziekten Nefrologie Oncologie Reumatologie Nucleaire geneeskunde Keel, Neus, Oor specialisme Mondziekten, Kaakchirurgie Neurochirurgie Neurologie Oogheelkunde Plastische chirurgie Revalidatie Psychiatrie Klinische genetica Kinderchirurgie Kindergeneeskunde Verloskunde & Gynaecologie Anesthesiologie Cardiologie Cardiochirurgie Heelkunde Intensive care Orthopedie Urologie Fysiologie Radiologie Radiotherapie Extramuraal, consulten en 4.492 60 0 revisies Overigen 46 17 100 Basisfaciliteiten 4.698 168 0 Totaal aantal eenheden 34.903 8.463 22.344 Histo: Een lichte toename van de hoeveelheid gewogen eenheden t.o.v. 2010. Cyto: Een stijging van de hoeveelheid gewogen eenheden van 1% t.o.v. 2010

Aantallen Obducties

Overledenen

0 0 13 76 56 5 6 37 0 0 9 0 9 68 0 0 0 0 0 0 36 151 0 81 5 130 56 2 0 0 0 0


0 0 2 10 13 2 1 5 0 0 2 0 1 6 0 0 0 0 0 0 10 71 0 21 2 31 8 0 0 0 0 0

2011 Aantal aanvragen cytologisch onderzoek 2010 Totaal 13.222 14.683 waarvan: a) niet gynaecologisch cytologisch onderzoek 4.168 4.268 b) door pathologen verrichte punctie 182 165 door derden ter beoordeling ingezonden uitstrijken 9.054 10.250 (Bevolkingsonderzoek en indicatie) Het aantal aanvragen cytodiagnostiek is in 2011 (zowel de algemene cytologie als BVO en Indicatief) toegenomen Obducties Overledenen Obducties Totaal VUmc 740 185 Verpleeghuizen 124 124 Elders 238 37 Justitie 153 4 Totaal 1255 350 Het obductiepercentage (25%) is ten opzichte van 2010 gelijk gebleven.

2011 22.344 17.474 6.380

Aantal MI-equivalenten Totaal aantal bepalingen Totaal aantal monsters

Het totale aantal ingezonden VUmc monsters is in 2011 met ongeveer 6% afgenomen ten opzichte van 2010 en het aantal bepalingen daalde met bijna 7%. Het aantal MI-equivalenten steeg met 3%. Aantallen MI

2011

Totaal aantal monsters 1.072 Totaal aantal bepalingen 1.425 Totaal aantal MI-equivalenten 4.546 Het aantal monsters en bepalingen is in 2011 ten opzichte van 2010 gedaald met respectievelijk 16% en 19%. Het aantal MI-equivalenten is met 19 % afgenomen. De daling komt vooral doordat laboratoria coeliakieserologie steeds meer zelf uitvoeren. De scherpe daling werd enigszins getemperd door een toename van HLA-DQ typeringen. Speciële technieken: Nog grafiek 2011 invoegen als getallen IMH bekend zijn


Sneldiagnostiek (n=323)

2011

Elektronenmicroscopie (n=206) Neuropathologie (hersenobd) (n=261) Kw antitatieve diagnostiek (n=396) Micro array (n=2030) Moleculaire diagnostiek (n=2930) Immunohistochemie (n=4892) Bepalingen HPV/MSP/mutatieanalysen (n=17.500)

3.2 Speciële technieken Sneldiagnostiek Speciële technieken 2010 Totaal aantal inzendingen Histologisch onderzoek: Waarvan: Sneldiagnostiek Elektronenmicroscopisch onderzoek: - Aangeboden patiëntenmateriaal - Waarvan aangeboden experimenten Totaal afgewerkte verslagen voor diagnostiek

Neuropathologie Totaal aantal inzendingen Neuropathologie, waarvan: Hersenobductie VUmc met microscopie Hersenobductie elders met microscopie Hersenbank obducties Totaal Immunohistochemie Totaal aantal inzendingen waarvan: - Immunohistochemie - Immunocytochemie

2010 23.418

2011 24.551

358

323

344 33 242

300 66 206

2010

2011

166 46 127 339

77 61 123 261

2010 6356 6110 246

2011 4907 4610 297


Kwantitatieve diagn. Totaal aantal inzendingen

2010

2011

475 842 136 30 38

396 502 132 23 66

2010

2011

719 222 422 16 1379

790 168 308 148 1414

Affymetix platform: SNP chips Totaal 2

190 190

30 30

NimbleGen platform: Diagnostische CGH arrays Research CGH arrays andere arrays ( miRNA, CNV) Totaal 3

98 84 18 200

156 351 10 517

1769

1961

Massively Parallel Sequencing (MPS) Amplicon Whole Exome Copy number (shallow seq) Whole genome (copy number + mutatie) microRNA mRNA expressie

3 13 18 0 0 0

0 0 38 0 31 0

Totaal

34

69

Moleculaire diagn. en bepalingen HPV/MSP/mutatieanalysen Totaal aantal inzendingen #

2010

2011

Moleculaire diagnostiek, waarvan: - Diagnostiek VU Medisch Centrum Oncogene virussen (oa. HPV) Complexe moleculaire diagnostiek; bestaande uit -MSI/hMLH1 MSP -mutatie analyse (KRAS/EGFR/BRAF/PIK3CA)

1.317 435 186 225

758 740 420 237

Kwantitatieve technieken en tumor profilerend onderzoek - Aangeboden patiëntenmateriaal - Morfometrie - Flowcytometrie - (Array) CGH - FISH

Micro-Array Totaal aantal inzendingen Micro-array faciliteit Micro array platforms: Agilent platform: Diagnostische CGH arrays Research expressie arrays Research CGH arrays andere arrays ( miRNA, CNV) Totaal 1

Totaal aantal arrays


-

-T-/B-celklonaliteit -weefselverwisselingsanalyse -LOH analyse Extramurale zorg Oncogene virussen (oa. HPV) Complexe moleculaire diagnostiek; bestaande uit -MSI / hMLH1 MSP -mutatie analyse (KRAS/EGFR/BRAF/PIK3CA) -T-/B-celklonaliteit -weefselverwisselingsanalyse -LOH analyse Subtotaal

-

bepalingen HPV/MSP/mutatieanalysen (klinische trials)

-

Totaal #

3.2

35 5 7

62 4 17

2461 330 1 290 30 3 6 4.566 ~12.000 HPV + ~3.000 MSP + ~1.600 mutatie ~21.166

1168 264 6 231 23 0 4 2930 ~12.000 HPV ~4.000 MSP ~1.500 mutatie ~20.430

Vakinhoudelijke ontwikkelingen

3.2.1 Klinische pathologie 2011 In 2011 heeft de afdeling pathologie te maken gekregen met een lichte daling van de productie van ca 4 % tov 2010. In voorgaande jaren was er steeds een productiestijging van ongeveer 10% op jaarbasis. De productiedaling is veroorzaakt door de volgende factoren: aflopen van het contract van Saltro (al ingezet in 2010), het niet op tijd rondkomen van het contract van Allant, het “ad hoc” bezuinigen van verschillende divisies op pathologie aanvragen en wegvallen van een aantal klanten in de periferie die, in de academie ontwikkelde (HPV) testen nu zelf gaan doen (oa Jeroen Bosch Ziekenhuis). Er zijn in 2011 wel andere externe klanten bijgekomen waaronder: de Mohs kliniek, Dermatologisch Centrum Zuid en de Mauritsklinieken. De verminderde productie heeft grote consequenties gehad voor het personeelsbeleid, er mochten verschillende contracten niet verlengd worden ook kregen we te maken met een VUmc brede vacaturestop. Er is in 2011 verder gewerkt aan de diagnostiek op maat (DOM). Een groot deel van de diagnostische processen is in VISIO opgetekend door de hoofdanalisten en er is een knelpuntanalyse gemaakt van alle processen. Dit sloot naadloos aan bij de invoering van LEAN op de afdeling. In 2011 is door de Raad van Bestuur een LEAN coach voor de afdeling beschikbaar gesteld. Er is door de coaches een masterplan opgezet om LEAN uit te rollen. Er is gestart met het primair diagnostische proces. De betrokken leidinggevenden hebben de interne LEAN cursussen gevolgd. Het patiëntensecretariaat is van start gegaan met LEAN; er is een waardestroomanalyse gedaan en er zijn al resultaten behaald. De andere diagnostische units zijn in voorbereiding. Over het algemeen is de eerste introductie van LEAN positief ontvangen door de medewerkers. In 2010 is de Tissue express aangeschaft om sneldiagnostiek mogelijk te maken. Na uitvoerige validatie van het apparaat is het apparaat in 2011 in productie genomen voor verwerking van alle weefsels, daarnaast zijn er ook veel logistieke veranderingen op de werkvloer doorgevoerd. De doorlooptijden zijn aanzienlijk sneller geworden. Doorlooptijden: - HE coupes biopten sneldiagnostiek gem 36 uur (80% in 24-48 uur) - HE coupes biopten geen sneldiagnostiek gem 48 uur (80% in 48-96 uur) Met deze doorlooptijden is de opdracht voor sneldiagnostiek: 80% van de HE biopten binnen 48 uur, ruimschoots gehaald. Dit is meegenomen in de VUmc rapportage sneldiagnostiek waarbinnen de pathologie in de verschillende zorgpaden een centrale rol vervuld. Ook aan de aanvullende technieken is logistiek het een en ander veranderd waardoor de doorlooptijden sneller zijn: - Biopten + immunohistochemie gem 80% in 48-96 uur - Cytologie sneldiagnostiek 80% in 24-48 uur - Moleculaire diagnostiek: 80% binnen 6 werkdagen Er is ook gekeken naar mogelijkheden om de extra technieken te versnellen; zo is er een inventarisatie gemaakt van verschillende nieuwe immunostainers om in de toekomst ook naar een 14 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

continue workflow toe te gaan. Er is een plan van aanpak gemaakt hoe en wanneer de nieuwe stainers in te zetten. In het kader van de sneldiagnostiek en het verder verbeteren van de logistieke stroom hebben zijn er in 2010 2 analisten via de hoge school van Leiden opgeleid om zelfstandig te kunnen uitsnijden. In 2011 zijn beide analisten geslaagd met hoge cijfers. Helaas is het door invoering van de vacaturestop niet mogelijk gebleken om 2 plaatsten voor uitsnijders te creëren. In 2011 is de aanstelling van Dr Daphne de Jong als hematopathologie in VUmc geregeld, zij zal per 1-4-2012 in dienst treden als hematopatholoog en hoogleraar hematopathologie. Hiermee kan de hematopathologie naar een hoger niveau getild worden. Tevens levert deze aanstelling ook samenwerkingsverbanden op met AvL en AMC. Uitstel van nieuwbouw stelt ons voor grote huisvestingsproblemen en belemmert de mogelijkheden om logistieke processen te optimaliseren. Zo is de oa uitsnijdkamer een groot knelpunt gebleken. In 2011 is het plan voor de verbouwing is goedgekeurd er is een bedrag van 1.000000 euro vrijgemaakt voor oa de verbouwing van de uitsnijkamer. De tekeningen zijn beoordeeld op haalbaarheid en kosten. In 2012 zal er worden gestart met de verbouwing van de afdeling pathologie Cytodiagnostiek 2011 Het aandeel van het laboratorium pathologie VUmc in het bevolkingsonderzoek baarmoederhalskanker (cervixcytologie) is iets hersteld sinds de daling die van 2007 inzette. In 2007 ontvingen wij 4470 uitstrijkjes, wat vervolgens daalde naar 4392 via 4175 en 3871 in 2010 en nu, 4046 in 2011. Dit is mogelijk een populatie-effect: in de hele regio MiddenWest steeg het aantal BVO uitstrijkjes. De daling daarbuiten (circa 400 vanaf 2007 of gemiddeld 8 praktijken) is waarschijnlijk het gevolg van huisartsklanten die ons verlaten. Dit wordt (deels) veroorzaakt door achterblijven service in de zin van het niet verschaffen van electronische onderslagen door de pathologie ondanks herhaalde verzoeken daartoe bij de afdeling ICT van het VUmc. Het onderzoek van de HPV-groep zorgt daarentegen voor groei van de indicatieve cytologie op de unit cytologie. Van 3878 in 2007 naar 6254 in 2011. In de niet-gynaecologische cytologie was er de groei van echografische endoscopie preparaten (EUS: endoscopic ultrasound), bronchoscopische echografische preparaten (EBUS: endobronchial ultrasound) en in geringe mate met mammacytologie en lymfklierpuncties. Steeds meer wordt dunnelaagcytologie gebruikt, wat tijdsbesparend werkt voor zowel aanvragers als het laboratorium. De specialiteit van het VUmc is echografische lymfklierpuncties bij surveillance en diagnostiek van KNO tumoren. De immunocytochemie verliep in 2011 ook op ingeblokt materiaal. Er is nog een achterstand voor gevalideerde markers. Ook moleculaire predictieve diagnostiek werd verricht (door de unit moleculaire pathologie) op oa pleuramateriaal of EBUS materiaal met voldoende tumorcellen. De cytologie unit wacht op standaardisatie van de ‘input’ (de ‘preanalytische fase’) van alle klinische cytologie door middel van dunnelaagcytologie. Immunohistochemie De al gesignaleerde trend naar therapy-tailoring, i.e. specifieke bepalingen die de gevoeligheid voor een therapeutische modaliteit voorspellen, zoals van oudsher de oestrogeenreceptor bepaling, maar sinds relatief kort de EGFR-blocking therapie, die afhankelijk is van amplificatie van de EGFR, de KRAS mutaties, de Her2 Neu bepaling, MGMT-analyse, de CD117-bepaling, zet door en nieuwe kleuringen zullen zich aanbieden. Dit zijn, zoals al gezegd, veelal dure bepalingen voor kleine patientengroepen, hetgeen uitdagingen met zich meebrengt. Veel effort is gaan zitten in de vervanging van de immunostainers, de automatische kleurmachines. Daar hiervoor een europese aanbesteding nodig was is er tijd gestoken in de weging van het belang van verschillende eigenschappen van deze apparaten, een inzicht-verhogend, maar arbeidsintensief karwei. Het doel is eigenlijk handkleuringen helemaal overbodig te maken. Verder zijn een aantal in situ hybridisatie bepalingen operationeel gemaakt, de CISH voor de EGFR en de Her2neu zijn hiervan voorbeelden. En natuurlijk zal er als altijd oog zijn voor het introduceren van waardevolle nieuwe diagnostische antilichamen, die de diagnostiek kunnen verbeteren en verfijnen. Verder wordt overwogen een “dependance” te openen op het CCA, mede om de grote belasting op de laboratoria in het gebouw van de afdeling Pathologie terug te brengen tot een aanvaardbare. Neurodiagnostiek


De Unit Neurodiagnostiek ziet een toename van de werkzaamheden voor interne en externe consulten. Zij zet de trend voort zo veel mogelijk protocollair te werken. De continue uitbreiding van de terminologie en het gebruik van nieuwe antilichamen (herseneiwitten, spiereiwitten) eist voortdurende (kleine) aanpassingen en overleg. De tumordiagnostiek neemt toe wat overigens voor meerdere labs (immunohistochemie, EM, histologie, moleculaire pathologie) een verzwaring betekent. De volwassen diagnostiek van de neuro-oncologie van het AMC is naar het VUMC verplaatst, maar de kindertumoren op dit gebied gaan naar het AMC; dit betekent netto een verzwaring. Hiervoor is prof. Pieter Wesseling 2 dagen per week het team komen versterken; vooral ook voor de research op neuro-oncologie gebied. Ook het aantal consulten voor spieren en zenuwen is toegenomen ten opzichte van enkele jaren geleden. Verder is er voor de neuropathologen een verzwaring door toename van de Hersenbank activiteiten die arbeidsintensieve casus betreffen. Tot slot is er consultief werk in het verrichten van zowel macroscopische als microscopische beoordeling van obductiebreinen uit Nieuwegein en het St. Lucas-Andreas ziekenhuis op reguliere basis Langdurig ziekteverzuim en een administratieve verzwaring van taken zorgen voor een te zware belasting van de enige overgebleven diagnostiek analist. Inspringen door de histologie is essentieel om door te blijven draaien. Derde geldstroom analisten zijn van goede wil maar hebben al vele andere taken. De histokinette is diverse malen defect geweest met tweemaal gevolgen voor de kwaliteit van de diagnostiek en moet op korte termijn worden vervangen. Echter de reeds eerder door immunologie gebruikte VIP geeft geen goede resultaten voor hersenweefsel. Betere machines zijn al uitgetest en overleg is gaande tav financiering. De unit is een facilitair centrum geworden voor de Neuroscience Campus Amsterdam. De research activiteiten op het lab zijn hoog (neurodegeneratieve ziekten, Multiple Sclerose) en er is een fors tekort aan stage plaatsen voor alle MLO/HLO studenten en academische studenten om aan de vraag te voldoen. Veel overleg is belangrijk om efficiënt werken mogelijk te maken. De opslag capaciteit voor vries materiaal is uitgebreid en bij de ondergrondse parkeergarage is een automatisch vulsysteem geïnstalleerd. Inmiddels zijn de stoven vervangen om het kweekdeel van de research werkzaamheden als facilitaire unit weer te kunnen uitvoeren; dit is van belang voor het onderzoek naar neurodegeneratieve ziekten. De verwachting is dat de vraag voor stageplaatsen alleen maar toeneemt door de grote aantallen studenten die er zijn en de samenwerking met het NCA. Het ruimteprobleem zal steeds groter worden. Bij projectaanvragen moet hier dus ook ernstig rekening mee worden gehouden. Door de verbouwing zal het eiwitlab op de 3e etage waar de neuropathologie altijd dankbaar gebruik van maakte, moeten worden opgeheven, Er wordt naar een nieuwe ruimte gezocht; mogelijk door een van de 2 kweek labs anders in te delen en het kweken te centreren. Eiwit onderzoek is een belangrijk speerpunt van de research. Parelsnoer Onder naam ‘Parelsnoer’ gaan acht UMC’s hun kennis en patiëntengegevens, die de afzonderlijke UMC’s hebben op het gebied van bepaalde aandoeningen, bundelen. Het betreft de parels Diabetes, Cerebrovasculair Accident, Neurodegeneratieve ziekten, Erfelijk darmkanker, Reumatoïde artritis/arthrose, Leukemie & Maligne lymfomen, Inflammatoire darmziekten, en Nierfalen. De inname, opslag en uitgifte gaat gebeuren via landelijke biobanken. Materialen die bij patiënten zullen worden afgenomen zijn bloed, liquor, urine, biopten en faeces. Naast landelijke werkgroepen is er binnen het VUmc sinds 2007 ook een werkgroep ‘Parelsnoer’ waarin de afdelingen participeren die of materiaal gaan leveren of materiaal zullen opslaan. De afdelingen Klinische Chemie, Klinische Genetica en Pathologie zijn binnen het VUmc de aangewezen afdelingen die het materiaal zullen bewerken en opslaan (o.a. in stikstofvaten en/of vriezers). Vanuit de werkgroep biobank, waarin analisten, een informaticus, een patholoog en kwaliteitsfunctionarissen participeerden, is de Biobank Unit tot stand gekomen. Sinds 2008 zijn we bezig geweest om het biobank werkproces in beeld te brengen, te documenteren en formaliseren. In samenwerking met de diverse parels binnen het VUmc zijn procesbeschrijvingen gemaakt. De parel BED (erfelijke darmkanker) is in 2009 gestart met het includeren van patiënten, zodat ook de inname en opslag van parelsnoermateriaal op gang gekomen is. De parel IBD (inflammatoire darmziekten) is hiermee eind 2010 gestart. In 2009 heeft de afdeling pathologie geïnvesteerd in nieuwe stikstof (bewaar)vaten, ringleidingen en bewakingsapparatuur die we inzetten voor het bewaren van het materiaal t.b.v. parelsnoer. Voor dit doel hebben we een nieuwe ruimte in gebruik genomen. De gegevens die we moeten opslaan t.b.v. parelsnoer worden opgeslagen in het pathologie lab management systeem, Sympathy. Er wordt hard gewerkt aan het gebruiksklaar maken van specifiek voor biobanking toegesneden database en


archiefsoftware CaTissue, onderdeel van CaBIG, om administratie gegevensbestanden verder te optimaliseren. Informatie over Parelsnoer is te vinden op: www.parelsnoer.org

en

koppeling

van

Moleculaire Pathologie 2011 Binnen de pathologische diagnostiek neemt de moleculaire diagnostiek een steeds grotere plaats in. Onder de moleculaire diagnostiek binnen de pathologie vallen alle diagnostische bepalingen, die worden uitgevoerd op DNA of RNA uit patiëntenmateriaal, histologisch of cytologisch materiaal. De bedoelde bepalingen dragen bij aan de diagnostiek, waardoor de behandeling van patiënten wordt geoptimaliseerd. Binnen de unit Moleculaire Pathologie, onder supervisie van klinisch moleculair bioloog Dr. Daniëlle Heideman, wordt een breed scala aan geavanceerde moleculair biologische technieken ten behoeve van de diagnostiek toegepast binnen een CCKL-geaccrediteerd kwaliteitssysteem. Het aanbod omvat PCR methodieken voor de detectie van oncogene virussen (oa. HPV), (mogelijke) weefselverwisseling, verlies-van-heterozygositeit (LOH), MSI (microsatelliet instabiliteit), B- en T-cel klonaliteit, mutatie(s) in de genen EGFR (exon 18, 19, 20 en 21), KRAS (exon 1 en 2), BRAF (exon 15), en PIK3CA (exon 9 en 20), en promoter (hyper)methylering van hMLH1 (humane mutL homoloog 1) gen. Aan kwaliteit hecht de unit grote waarde. In 2011 is wederom met goed gevolg geparticipeerd in verscheidene externe QA (quality assessment) schema’s, zowel landelijke kwaliteitsrondzendingen, die door de landelijke werkgroep Moleculaire Diagnostiek in de Pathologie (WMDP) in samenwerking met de SKML worden georganiseerd, als internationale schema’s. Het vakgebied is sterk in ontwikkeling. De toegevoegde waarde van moleculaire bepalingen voor pathologische diagnostiek alsmede voor het bepalen van een optimaal behandelplan voor de individuele patiënt, wordt heden ten dage steeds breder erkend. En lopend translationeel onderzoek levert steeds nieuwe kandidaat biomarkers. Het is van belang dat de pathologie adequaat reageert op deze ontwikkelingen, en inspeelt op deze dynamiek met vernieuwende moleculaire pathologie. De verwachting is dat niet alleen het aantal aanvragen maar ook de diversiteit aan speciële moleculaire testen de komende tijd enorm zal toenemen. Om aan deze vraag te kunnen blijven voldoen - met waarborging van de kwaliteit en de doorlooptijd van de bepalingen - is innovatie (technologische ontwikkeling, expertise ontwikkeling, high-throughput, state-of-the-art bepalingen) en optimalisatie van de procesgang moleculaire diagnostiek (oa. proces stroomlijning, robotisering) noodzakelijk. In 2011 is onderzoek geïnitieerd naar multiplex analysen voor mutatiedetectie. De uitdaging van de moleculaire pathologie zit in het kosteneffectief, multi-target analyseren (oa. gecombineerde mutatieanalyse en genamplificatie analyse van alle partners van de Ras-Raf-MEK-ERK en PI3K-Akt pathways ) met een snelle doorlooptijd, gebruik makend van een steeds kleinere hoeveelheid patiëntmateriaal (biopten of cytologie i.p.v. resecties) met veelal een steeds lager aandeel targetcellen. Met de komst van het Masively Parallel Sequencing (MPS) apparaat, de MiSeq (Illumina), bij de afdeling is het werken aan deze uitdaging tot een goede mogelijkheid gaan behoren. De eerste ontwikkelingen zien er veelbelovend uit. Daarnaast is onderwijs en kennisoverdracht t.a.v. moleculaire diagnostiek in de pathologie een belangrijk agendapunt van de unit Moleculaire Pathologie. De behandeling van patiënten kent tegenwoordig een multidisciplinaire benadering, waarin de moleculair bioloog ook een belangrijke bijdrage levert aan de diagnostiek. Het is van belang dat een goede dialoog optreedt tussen patholoog, clinicus en moleculair bioloog, waarin alle partijen goed op de hoogte zijn van de mogelijkheden en beperkingen van de moleculaire diagnostiek, zodat de moleculair diagnostische testuitslag optimaal kan worden ingezet in de gezondheidszorg. Er zijn verschillende activiteiten ontplooid op dit vlak, te weten colleges aan geneeskunde studenten, bijdrage aan de opleiding van pathologen-in-opleiding, bijdrage aan pathologennascholing, alsmede kennisuitwisseling tussen instellingen. 3.2.2 Medische Immunologie 2011 Organisatie en personeel De unit Medische Immunologie is ingebed in de sector Immunologie. Na het formele afscheid in 2010 van prof RJ Scheper als sectorhoofd, is gewerkt aan een werkzame nieuwe sector-structuur waarin onderzoeksresultaten hun toepassing vinden in het diagnostisch proces. De unit Medische Immunologie onderhoudt hiertoe nauwe banden met de onderzoeksgroepen binnen deze sector, zodat researchmatig ontwikkelde technieken en 'know how' snel gevalideerd en geïmplementeerd kunnen worden. M.n. op het gebied van tumor-immunomonitoring wordt nagestreefd, waar zinvol en


logistiek haalbaar, deel van het onderzoek te integreren in het immuundiagnostisch proces op het MIlaboratorium. Anita Stam vervult hierin als senior kernanalist een centrale rol. Dit jaar werd verder vorm gegeven aan de stafopbouw van de unit Medische Immunologie. De twee kandidaten in opleiding tot MI (Kyra Gelderman en Hetty Bontkes) volgden externe stages en cursussen conform het opleidingsplan, en draaiden daarnaast mee in het diagnostisch proces, deels op het MCA deels op het VUmc. De voortgang van de opleiding wordt nu vastgelegd in een landelijke data base (ePASS-Maastricht). Er werd dit jaar nadere invulling gegeven aan hun individuele opleidingsprofiel ('Coeliakie en autoimmuunziekten' en 'Cellulaire bioptanalyses' resp.). De profilering sluit aan bij het coeliakie consortium project (CDC2) waarop dit jaar 3 promovendi aangesteld waren (2 via de MDL en 1 op PA). Daarnaast werkt een Indonesische tandarts aan een promotieonderzoek op het gebied van metaalexpositie in de mondholte in relatie tot autoimmuunziekten en allergie. Op het laboratorium keerde Janna Kruiswijk terug om Jolien Hollander te vervangen tijdens haar zwangerschapsverlof maar moesten we afscheid nemen van Jennifer Scheick in het kader van de bezuinigingen. Stagiairs in 2011 waren Rubi Amirthalingam (HLO: Glutenintolerantie bij het paard), Maren Groven (Biomedisch Ma: In vitro effecten van cladribine), Lizalo Galama (Biomedisch Ma: TLR4 triggering door metaalzouten) en Daniel Drop (HLO: Aviditeit van coeliakie gerelateerde antistoffen). Techniekontwikkelingen en onderzoek De laatste voorbereidingen werden getroffen voor installatie van de Phadia 250, een platform, direct gekoppeld aan Sympathy, waarop een groot aantal diagnostische testen geautomatiseerd uitgevoerd kan worden. Voorjaar 2012 wordt het systeem geïmplementeerd. Ook werden de voorbereidingen voor de aanschaf van een nieuwe 8-kleuren flowcytometer in 2011 afgerond. Deze vernieuwing betekent een belangrijke stap in de intensivering van de samenwerking op het gebied van tumor-immunomonitoring. Qua vernieuwing van diagnostische testen werd dit jaar ingezet op updating van functionele en fenotypische typering van lymfocyten in het kader van verdenking immuundeficiëntie. (o.a. CVID, 22q11 deletie,..). Het fenotyperingspakket is erop gericht maximale informatie te verkrijgen over de T en B cel ontwikkeling van een patiënt. Daartoe dienen ook de proliferatie tests met mitogene stimuli voor zowel T als B cellen en met antigeen, nu gemeten aan de hand van CFSE-labeling en flowcytometrie, in plaats van 3H-thymidine inbouw. Aan de klinische validatie van deze protocollen wordt momenteel gewerkt. In de coeliakie diagnostiek werden dit jaar de antistoffen tegen gedeamideerd gliadine (DGPA-test, gevalideerd op de Phadia 100) opgenomen in het diagnostisch pakket. In het kader van de nieuwe ESPGHAN richtlijn, waarin bij sterk positieve transglutaminase- en endomysium-antistoffen met passend HLA-DQ-type en kliniek de coeliakiediagnose gesteld kan worden zonder biopt, werd een landelijk validatietraject gestart waarin de waarde van de DGPA-test ter vervanging van de EMA wordt verricht bij 100 nieuwe coeliakiediagnoses op kinderleeftijd. Ook werd de HLA-DQ typering bij coeliakiepatiënten retrospectief geëvalueerd en gepubliceerd i.s.m WKZ Utrecht en werd bijgedragen aan de validatie van verschillende DQ-typeringstechnieken elders(van Hoogstraten) Wat betreft research werden binnen het CDC2 project de flowcytometrisch analyses aan dunnedarm biopten verder geoptimaliseerd en gerelateerd aan clonaliteitsanalyses van de IELs (G Tack/RLJ van Wanrooij et al). Nieuwe subsets regulatoire cellen, waaronder myeloïde suppressor cellen werden in kaart gebracht bij normaal en gecompliceerd verlopende coeliakie. Ook werd het cytokineproductie profiel in het darmepitheel en de lamina propria in beeld gebracht m.b.v. ex vivo stimulatie testen en cytokine bead arrays. Serologisch werden naast uitgebreide cytokineanalyses, parameters voor verhoogde darmpermeabilieit (antistoffen tegen voedselbestanddelen en anti-GP2) en voor darmschade (I-FABP) vergeleken bij verschillende coeliakiemanifestaties en tot publicatie verwerkt (GTack et al; S Gross et al i.s.m. dr ACE Vreugdenhil. Maastricht MC). Een interessante off spin van het pakket coeliakie diagnostische testen betrof de toepassing ervan bij renpaarden met inflammatoire dunnedarm aandoeningen i.s.m. dr JH van der Kolk (Veterinaire kliniek, Utrecht). Glutenhoudend voedsel speelt ook hier mogelijk een rol: sommige paarden toonden een duidelijk positieve coeliakie serologie, welke normaliseede bij 1 paard dat op een gluten vrij dieet gesteld was en daar ook klinisch goed op reageerde. Een landelijke groep diabeten met coeliakie, werd systematisch verzameld en klinisch in kaart gebracht (S.F. Bakker et al). Naast genetisch onderzoek (C Wijmenga, Groningen) werd binnen de MI de HLA-DQ allelen geïnventariseerd.


Onderwijs Naast het begeleiden van bovengenoemde stagiaires werden op de unit korte stages Medische Immunologie verzorgd in het kader van de opleiding Klinische chemie, Infectiologie, Medische microbiologie en Pathologie. Door de medisch immunologen werd voorts bijgedragen in de vorm van colleges aan de Ba cursussen ‘Humane pathologie’, ‘Autoimmuunziekten en allergie’ en ‘Toegepaste Immunologie’, de Ma cursussen ‘Immunity and disease’ en ‘Clinical immunology’ en het wetenschappelijk focus onderwijs (WFO) ‘Immunologie en infectie’ aan geneeskundestudenten. De Ma cursus ‘Immunity and disease’ evenals de genoemde WFO cursus werden goeddeels ook georganiseerd en gecoördineerd door MI. Daarnaast werden verschillende praktische workshops (Reumaserologie, coeliakiediagnostiek, flowcytometrie) op het MI laboratorium verzorgd. Op landelijk niveau werd bijgedragen aan de kwaliteit van het postdoctorale immunologieonderwijs en de opleiding MI/transplantatie-immunologie, alsmede aan de integratie van deze opleiding in een breder federatief verband van ziekenhuislaboratoria (BME von Blomberg als lid van de COR, NVvI, van de opleidings cie FMLS en bestuurslid SMBWO) 3.2.3 Micro-array faciliteit en genomics 2011 Een faciliteit voor tumor genoom analyse is sinds 2001 ondergebracht bij de afdeling Pathologie onder leiding van dr. Bauke Ylstra. Analyse van genoom brede gen expressie en chromosomale veranderingen in klinisch materiaal speelt inmiddels een belangrijke rol in de gezondheidszorg. Voorbeelden zijn de diagnostiek in de humane genetica en de classificatie en behandeling van verschillende soorten kanker. Maar ook bij het onderzoek naar immunologische ziektebeelden, zoals reumatoïde artritis, is genoom analyse van groot belang. De micro-array faciliteit is betrokken bij een breed scala aan (inter-)nationaal onderzoek projecten en streeft voordurend naar het up to date brengen van de innovatieve genomics technieken. In de nabije toekomst zal de gepersonaliseerde geneeskunde in hoge mate afhankelijk worden van genetische en genomische tests, zoals massively parallel sequencing (MPS), ookwel next generation sequencing gemoemd. De perspectieven en toepassingen van MPS in (translationeel) kanker onderzoek en diagnostiek zijn grandioos. Wij zijn bezig als faciliteit bezig het volledige spectrum van MPS toepassingen aan te bieden met een focus op de translationele geneeskunde. Daarom zijn in de afgelopen jaren de mogelijkheden geexploreerd voor het gebruik van klinische materiaal en is in 2011een Illumina® MiSeq Personal Sequencer aangeschaft om ook snelle doorlooptijden te kunnen garanderen, hetgeen essentieel is voor implementatie van MPS in de diagnostiek Vervolgens zijn de protocollen van de faciliteit voor het isoleren van DNA en RNA uit klinisch materiaal afgestemd op hun toepasbaarheid voor micro-arrays en MPS. Vooral de isolatie van kwalitatief goed DNA uit archief materiaal (formaline gefixeerd en parrafine ingebed; FFPE) is een belangrijke onderzoeks niche van de faciliteit. De faciliteit ondersteunt het gebruik van “dual color” arrays van de firma’s Nimblegen en Agilent voor het analyseren van DNA veranderingen, gen expressie, methylatie en voor ChIP-on-chip toepassingen. Voor de analyse van Single Nucleotide Polimorfismes (SNPs) is er een Affymetrix platform op de faciliteit. Voor het analyseren van somatische DNA veranderingen en miRNAs wordt nu ook het massively parallel sequencen (MPS) geimplementeerd en aangeboden. Personeel is opgeleid in het gebruik van MPS en protocollen worden geoptimaliseerd voor klinisch materiaal. Tevens is personeel aangetrokken en opgeleid voor het verwerken en stroomlijnen van grote hoeveelheden data die het MPS genereerd.. Data analyse en data opslag Arrays en MPS sequencen produceren grote hoeveelheden data in een korte tijd. Ons data-analyse team, in samenwerking met de Klinische Genetica en Klinische Epidemiologie en Biostatistiek binnen VUMC en de wiskunde afdeling van de VU, heeft zich in eerste lijn gericht op de data-analyse van DNA afwijkingen (array CGH en MPS). Verschillende analyse mogelijkheden zijn inmiddels gepubliceerd in peer-reviewed tijdschriften zoals, “Cancer Informatics”, “Bioinformatics” en ”Biostatistics” etc. Om de data analyse te vereenvoudigen is een gebruikersvriendelijke webapplicatie ontwikkeld; “OnlineR”, waar iedereen binnen het VUmc gebruik van kan maken. Tevens is een commercieel analyse pakket aangeschaft “Nexus”, dat de interpretatie van genomische profielen sterk vereenvoudigd en prachtig visualiseert.


De toename van de resolutie loopt parallel aan de toename van de geproduceerde data. Om data nog goed op te kunnen slaan is in overleg met de ICT afdeling van het VUmc nieuwe servers geplaats welke in 2012 verder uitgebreid zal worden. Ook wordt er gewerkt aan een database waar array en MPS data kan worden opgeslagen. Minimale DNA en RNA input Een steeds terugkomend probleem is dat het hoeveelheid beschikbaar klinisch materiaal niet toereikend is om genoeg DNA of RNA (beide 500 ng) uit te isoleren voor optimaal micro-array resultaat. Er wordt daarom altijd gezocht naar methoden om met minder materiaal te kunnen werken. Er is onderzocht wat de minimale hoeveelheid DNA input is zonder kwaliteit verlies. Momenteel kunnen we werken met een DNA hoeveelheid equivalent aan 1 paraffine coupe voor MPS en array applicaties. Voor RNA expressie kunnen we tegenwoordig met 25 ng RNA werken. Implementatie van de copy number analyse in de diagnostiek 1) Internationale samenwerking door diagnostisch consortium (humane genetica) In 2007 hebben de genetici van 5 verschillende klinische centras in Nederland zich gegroepeerd om copy number diagnostiek uit te voeren op patiënten met vermoedelijke mentale retardatie. Hiervoor is het micro-array platform van de firma Agilent gekozen Inmiddels is het succes doorgedrongen bij genetica afdelingen elders in Europa. Mentale Retardatie patienten uit de Minho regio (Braga, Portugal) worden op het VUMC gescreened op de arrayCGH, datainterpretatie wordt in Portugal uitgevoerd. 2) Metastase of tweede primaire tumor? Vooral bij long is de kans op een dubbel tumor vrij groot (ca. 10%) Micro-array CGH blijkt zeer goed toepasbaar om een tweede primaire tumor te onderscheiden van een metastase welke is ontstaan uit een eerdere tumor. Dit is belangrijke informatie voor de keuze van behandeling. In 2006 is dit met succes opgezet voor long tumoren en in 2007 gepubliceerd (Gallegos Ruiz, 2007). Ook in 2008 en 2009 zijn verschillende monsters met een soortgelijke diagnostische vraagstelling met succes geanalyseerd. De afdeling longziekten stuurt nu gemiddeld 50 cases per jaar voor diagnostiek. Inmiddels ligt er zoveel data dat er ook in de rapportage sterke verbeteringen mogelijk zijn. Hier wordt op dit moment veel aandacht aan gegeven. 3) Neuroblastomen Voor de behandling van pediatrische patienten met een neuroblastoom is het van belang snel en goed te kunnen bepalen of er amplificaties van het n-MYC op chroosoom 2, danwel deleties van (delen van) chromosoom 1. Deze analyses wordt efficeitn en snel bepaald met behulp van array CGH. Deze analyses worden uitgevoerd in opdracht van en samenwerking met het AMC.


In de figuur een representatief voorbeeld van chromosomale copy number afwijkingen op chromosoom 18 van een colorectaal tumor waarbij gebruik gemaakt van DNA geisoleerd uit klinisch (FFPE) materiaal. In het bovenste panel zijn de chromosomale afwijkingen bepaald met behulp van kwantitatieve massively parralel sequencing (MPS). In het onderste panel is dezelfde bepaling gedaan met de nu klassieke arrayCGH methode (Agilent 180K). Op de horizontale as wordt de chromosomale positie weergegeven in baseparen en op de vertikale as de ‘’gains en losses’’ tov de normaal (log2 ratio). Als er een normaal aantal chromosomen is, zien wij meetpunten rond de nul lijn, extra stukken DNA in de tumor geeft meetpunten die duidelijk boven de nul lijn liggen en als er chromosomale deleties zijn worden meetpunten gezien onder de nul lijn. De kosten van het nieuwe MPS tov het array experimenten zijn gelijk gebleven; de MPS methode lijkt echter robuster en kent tot dusver geen uitvallers als gevolg van de DNA FFPE kwaliteit. Meer details kunt u vinden in Smeets et al. Clin Cancer Res. 2011 Aug 1;17(15):4959-64.


3.3

Prestatie indicatoren

3.3.1 Prestatie indicatoren Een belangrijk onderdeel binnen het kwaliteitssysteem van de afdeling is het monitoren van de technische- en diagnostische processen. Hiertoe zijn procesindicatoren benoemd. In dit hoofdstuk worden de indicatoren per onderdeel aangegeven. Doorlooptijden histologie, cytologie, obducties De doorlooptijden van TVU, TAM en BVO liggen ruim boven de norm, de doorlooptijd van CVU is stabiel en is binnen de norm. Bij de SVU-nummers worden de doorlooptijden voor zowel de voorlopige als de definitieve diagnoses niet gehaald.

100

norm 2010%

80

2011%

60 40 20 0 TVU

TAM

CVU

BVO

BVU (6w d)

SVU (VD) SVU (DD) SVU (VD) SVU (DD) kids kids

Rapporten

Normen

TVU (VUmc) TAM (Amstelland) CVU (incl Amstelland) BVO (Bevolkingsonderzoek)

80% in 6 werkdagen 80% in 6 werkdagen 80% in 3 werkdagen 80% in 10 werkdagen 80% in 6 werkdagen / 80% in 10 werkdagen

BVU (Indicatief) Obducties kinderen SVU Voorlopige Diagnose SVU Definitieve Diagnose Obducties volwassenen SVU Voorlopige Diagnose SVU Definitieve Diagnose

100% in 6 werkdagen 80% in 30 werkdagen 90% in 4 werkdagen 80% in 30 werkdagen


Consulten, revisies en vriescoupe onderzoek Paraffinecoupe onderzoek

2010

2011

23.418

24.183

Consulten t.b.v. derden (patholoog van elders stuurt coupes op ter beoordeling subspecialisatie)

1557

1559

Revisies t.b.v. derden (patiënt is hier onder behandeling, eigen kliniek vraagt coupes op)

1451

2038

259

251

302 20 (6%)

320 20 (6%)

Aantal geen diagnose

2010 4.168 182 waarvan 62 (34%)

2011 4268 165 Waarvan 26 (16%)

Revisies t.b.v. derden Concordant Discordant Totaal

230 6 236

277 10 287

2010 3.871 5.183 9.054

2011 4.046 6.204 10.250

2010 82% 94%

2011 81% 95%

99%

98%

86% 97%

81% 96%

Totaal aantal

Revisies intern / eigen revisies (meestal met wijziging conclusie) Vriescoupe onderzoek discrepanties definitieve diagnose (%) Algemene cytologie Inzendingen Aantal niet gynaecologisch onderzoek Aantal door pathologen verrichte punctie

Cervix cytologie Inzendingen Aantal Bevolkingsonderzoek Aantal Indicatie totaal Doorlooptijden gerealiseerd Rapporten CVU-nummers (alg cytologie) BVO-nummers (Bevolkingsonderzoek) BVU-nummers (Indicatief)

Normen 80% in 3 werkdagen 80% na 6 werkdagen 80% in 10 werkdagen 80% in 6 werkdagen 80% na 10 werkdagen

Korte evaluatie: De doorlooptijden zijn op niveau gebleven.


Berekende sensitiviteit en specificiteit 2011 Mammapunctie Mammapuncties zoals ontvangen op de unit cytologie van de afdeling pathologie worden grotendeels uitgevoerd onder echogeleiding. Hiernaast worden nog enkele puncties ontvangen verricht door clinicus of (assistent) patholoog. Deze aantallen zijn te klein voor zinvolle analyse. In 2011 zijn er 318 echografische mammapuncties ontvangen tov 325 in 2010 (en 297 in 2009). In 2011 bleken 50 van de 318 echogeleide puncties onbeoordeelbaar (16%), wat aanzienlijk hoger is dan dit percentage in 2010 (14/325 onbeoordeelbaar: 4,3%). Van de 268 resterende adequate echogeleide puncties, zijn de cytologische punctie resultaten onderverdeeld in benigne en onzeker benigne enerzijds versus atypie-suspect, verdacht maligne en maligne anderzijds (zoals in 2010. In 15 gevallen van ‘atypie’ of ‘suspect’ was er geen histologie beschikbaar, zodat er 268-15=253 puncties overbleven voor de 2x2 diagram. Er waren 150 gevallen van ‘normale uitslag’ of ‘onzeker benigne’ zonder histologische follow-up. Die zijn als ‘klinische followup = negatief’ wel meegenomen inde tabel. Dit leidt tot de onderstaande 2x2 tabel. De sensitiviteit bedroeg 89% (tov 91% in 2010 met hetzelfde afkappunt tussen positief en negatief) en de specificiteit 98%. De voorspellende waardes van 89% (tov 87% in 2010) en 98% (tov 97% in 2010) voor positieve resp. negatieve cytologie uitslagen. Het valt te overwegen de uitslag ‘atypie’ bij benigne te voegen: dit zou leiden tot een positief voorspellende waarde van 100% om dat 5 gevallen met een benigne uitslag allen in de cytologische categorie ‘atypie’ vielen. Berekende sensitiviteit en specificiteit 2011 Echogeleide 2011 mammapuncties Cyto:

Histo:

M

B

Som

Pos

42

5

47

Neg

5

206

211

Som

47

211

253

Lymfklierpuncties In het VUmc worden traditioneel patiënten van de KNO en mondheelkunde afdeling echografisch gecontroleerd op het hebben van lymfkliermetastasen. Dit wordt ook gebruikt ter stagering. Afwezigheid van metastasen, maakt de weg vrij voor een ingreep. Dit is de reden dat er relatief veel histologie beschikbaar is. Met deze techniek is het mogelijk om kleine lymfklieren van circa 3-4 mm al aan te prikken zodat soms bij één patiënt 5 tot 6 lymfklieren getest kunnen worden. In dit overzicht is deze verfijning niet gemaakt en is gekozen, uit praktische overwegingen, voor ‘links echo’ en ‘rechts echo’. In 2011 zijn er 124 echografische puncties van halslymfklieren ontvangen. Slechts 2 waren er onbeoordeelbaar. Van de 122 resterende puncties, waren er n=3 gevallen met onbeoordeelbare histologie. Er zijn 119 puncties gecorreleerd met histologische follow-up. Dit leverde de volgende 2x2 tabel op. Dit leidt tot de onderstaande 2x2 tabel. De sensitiviteit bedroeg 50% en de specificiteit 95%. De positief voorspellende waarde was 83% en de negatief voorspellende waarde was 79%. Van de 20 foutnegatieve uitslagen waren er zeven lymfomen. Voorts viel niet altijd met zekerheid op te maken op de histologisch vastgestelde lymfkliermetastase ook de lymfklier was die was aangeprikt. 2011 Cyto:

histo: Pos Neg som

Echogeleide lymfklierpuncties hals M B som 20 4 24 20 75 95 40 79 119


Moleculaire pathologie 2011 De Moleculaire Pathologie hanteert normdoorlooptijden gerekend vanaf ontvangst van het materiaal op de unit tot uitslag van de moleculaire test. Voor bepalingen die naar elders (o.a. MMI) worden doorgestuurd kan geen normdoorlooptijd worden gehanteerd (d.w.z. niet in eigen beheer). De normdoorlooptijd ten aanzien moleculaire bepalingen is vastgesteld op 10 werkdagen. In 2011 was 99% van alle moleculaire testen, onafhankelijk van de aard van het materiaal, binnen 10 werkdagen afgerond. Voor een specificatie van de doorlooptijd (in werkdagen) wordt verwezen naar Figuur 1A (cytologie) en 1B (histologie). De optimalisatie van de procesgang moleculaire diagnostiek is continu onder de aandacht van de unit Moleculaire Pathologie. In gang gezette activiteiten om de procesgang te optimaliseren omvatten LEAN implementatie, en afstemming van deelprocessen.

Doorlooptijd MPA strijken 2011 18 16

Doorloop (werkdagen)

14

99% in 10 dagen

12 10 8 6 4 2 0

CT-CYT

HPVEXT

HPVGYN

HPVTRIA

Doorlooptijd totaal Doorlooptijd test MPA

Doorlooptijd Biopten MPA 2011 25

Doorloop (werkdagen)

20

15 Totaal Doorloop

84% in 10 dagen

10

Test Doorloop

5

99% in 10 dagen

0 B-Tcel Glio Meta

MSI

BRAF

EGFRKRAS

KRAS

HPV

Figuur 1A en 1B. Doorloop per moleculaire test. A) cytologisch materiaal; B) histologisch materiaal. 3.3.2 Klachtenmanagement In 2011 heeft de afdeling pathologie meerdere klachten, incidenten en (MIP) meldingen op het gebied van patiëntenzorg, arbo, milieu, veiligheid en gezondheid gemeld, ontvangen en behandeld. Het aantal meldingen in 2011 tov 2010: MIP

Patiëntenzorg

Sympathy

Overig

2010

6

6

1351

21

2011

3

7

1829

10

MIP Er zijn 3 MIP meldingen ingediend bij de MIP commissie VUmc. Het betrof een foutieve diagnose op een huidexcisie van de linkerarm, een foutieve diagnose op een punctiepreparaat van de linker 25 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

mamma en een verwisseling van twee mamma biopten bij twee patiënten. De MIP meldingen en de patiëntgerichte meldingen zijn besproken en geanalyseerd door betrokkenen, vervolgens zijn ze besproken in de kwaliteit/onderwijs meeting (SHOCK) ter kennisgeving en lering voor assistenten en stafleden. Incidentmeldingen SymPathy Via SymPathy worden kleine en grote afwijkingen in de procesgang laagdrempelig geregistreerd als incident. Het aantal incidentmeldingen in SymPathy betrof 1829, tegenover 1351 meldingen in 2010. Van deze meldingen is 27% van algemene aard, 32% wordt gemeld door de cytologie, 29% door de histodiagnostiek, 9% door de medische immunologie en 1% door de vakdeskundigen. De obductie unit, moleculaire pathologie, immunohistochemie, neuropathologie en patiëntensecretariaat melden samen 3% van de hoeveelheid incidenten. De algemene meldingen tov 2010 zijn toegenomen, evenals de histologie meldingen. Deze toenames zijn te wijten aan de ingebruikname van nieuwe doorvoer- en inbedapparatuur, de implementatie heeft in de beginfase wat startproblemen gekend tav het niet dun genoeg uitsnijden waardoor weefsel vaker moest worden teruggevoerd. De cytologie meldingen tov 2010 zijn afgenomen. Dit betreft met name de meldingen van de ‘KOPAC herhalingsadviezen’ en ‘correctie PALGA codes’. Deze afname lijkt niet conform de realiteit, maar moet eerder gezocht worden in het structureel minder melden van deze incidenten. De diagnostiek commissie zal dit punt in 2012 nader analyseren. Ook de medische immunologie is vaker gaan melden, dit komt door een toename van onjuist aangeleverde patiëntenmateriaal door zowel de afdeling Klinische Chemie als door derden. De SymPathy incidentcodes zijn in 2011 beoordeelt op de relevantie en op de aantallen meldingen per code. Codes die als niet relevant geacht werden en waarvan het aantal per code zeer laag was (<20) zijn op inactief gezet. De meldingen zijn besproken in de diagnostiek cie. Patiëntgerichte meldingen Er zijn zeven meldingen geregistreerd die direct te maken hebben met de afhandeling van de diagnostiek. Deze incidenten zijn intern ontdekt voordat de diagnose was gesteld. Op al deze incidenten is actie ondernomen door de betrokken pathologen. Overig De overige meldingen (10) waren divers van aard. De afhandeling van deze klachten is in overleg met derden gerealiseerd. Deze meldingen zijn besproken in het Arboteam of de reguliere werkbesprekingen.

3.3.3 Externe kwaliteitscontroles cq.-rondzendingen 2011 In landelijk en Europees verband heeft de afdeling in 2011 deelgenomen aan rondzendingen, verzorgd door de SKML (Stichting Kwaliteitsbewaking Medische Laboratoriumdiagnostiek), WIHC (Werkgroep Immunohisto en cytologie), QCMD (Quality Control for Molecular Diagnostics) en ESP (European Society of Pathologie) met als doel de kwaliteit van de verschillende diagnostische laboratoriumbepalingen te waarborgen en te beoordelen. SKML Algemene histologie 2011 Alcian Blue: 1 t/m 4 conform de meerderheid; 5. VUmc bevindt zich in de minderheid, het leek echter met name een verschil in interpretatie welke geen gevolgen had voor de diagnose PAS: 1 t/m 4 conform de meerderheid; 5. Uitslag laat grote spreiding zien tussen de diverse laboratoria, VUmc valt hierbinnen en bevindt zich met het percentage tumorcellen in de meerderheid. PAS-D: 1. Betreft het verschil in interpretatie tussen collega pathologen welke geen gevolgen heeft voor de diagnose; 2/3/5 Conform de meerderheid; 4. Betreft zeer laag aantal tumorcellen, wordt door velen als negatief beoordeeld (n=18) echter ook door 12 collega’s, in deze groep bevindt zich ook VUmc. Alle kleuringen waren goed te beoordelen en scores zijn conform de meerderheid van de deelnemende laboratoria. Er is geen verdere actie ondernomen ter verbetering. Rondzending 1: PATHO 2011.1 In rondzending 1 werd gekeken naar de markers: Her2Neu/IHC, ER, P63, E-Cadherine, Calponine, CD10.


De markers Her2Neu/IHC, ER, P63, E-Cadherine, Calponine en CD10 werden als adequaat bevonden. Rondzending 2: PATHO 2011.2 In rondzending 2 is gekeken naar de markers: S100, HMB45 en Melanine-A. Er is een rapportage met staafhistogrammen ontvangen en het VUmc wijkt niet af van het gemiddelde van alle laboratoria. Dit geldt ook voor de markers HMB45 en Melan-A. Rondzending 3: PATHO 2011.3 In rondzending 3 is gekeken naar de markers: HMW Keratine en LMW Keratine. Het VUmc krijgt zelf de keuze om een marker te kiezen. Voor HMW is gekozen voor Keratine34BE12 en voor LMW keratine is gekozen voor de marker Keratine 7. Er is een rapportage met staafhistogrammen ontvangen en het VUmc wijkt niet af van het gemiddelde van alle laboratoria wat betreft de twee markers. Rondzending 4: PATHO 2011.4 In rondzending 4 is gekeken naar de markers: Factor 8, CD31, CD34 en CD68. Er is een rapportage met staafhistogrammen ontvangen en het VUmc wijkt niet af van het gemiddelde van alle deelnemende laboratoria voor de marker Factor 8. Hetzelfde geldt voor de markers CD31en CD34. Wel vond het VUmc de markers CD31en CD34 iets te sterk aankleuren in 1 pons. Geen verdere aktie ondernomen. Eigen materiaal kleurt adequaat aan. Voor de marker CD68 vond het VUmc de kleuring in 2 ponsen te zwak. Geen verdere aktie ondernomen, eigen materiaal kleurt adequaat aan. Rondzending 5: PATHO 2011.5 In rondzending 5 is gekeken naar de markers: Her2Neu/IHC, Her2Neu/CISH, ER, CD138, Kappa en Lambda. Er is een rapportage met staafhistogrammen ontvangen en het VUmc wijkt niet af van het gemiddelde van alle deelnemende laboratoria voor de marker Her2Neu/IHC. Alleen voor 1 pons is het percentage positieve cellen lager dan het gemiddelde. Er is geen verdere aktie ondernomen. Van de marker Her2Neu/CISH is de uitslag moeilijk te interpreteren wat betreft 1 pons. De kleuring is technisch goed uitgevoerd, maar door het VUmc verkeerd geïnterpreteerd, rest van de ponsen wijkt het VUmc niet af van het gemiddelde van alle deelnemende laboratoria. De marker ER wijkt niet af van het gemiddelde van alle deelnemende laboratoria. Hetzelfde geldt voor de marker CD138 en Kappa. Helaas is de marker Lambda afgekeurd omdat er tijdens het kleurproces een technische fout is geconstateerd (er is per ongeluk in de Lambda container, kappa antilichaam aangemaakt). Daardoor is de uitslag niet betrouwbaar en dit is vermeld op het uitslagformulier. De betreffende container is weggegooid en een nieuwe is aangemaakt. SKML Cytologie algemeen PAP, MGG en Keratine: hiervoor wordt de centrifugeer en uitstrijkmethode toegepast. Kwaliteit en celrijkdom zijn goed; de beoordeling wijkt niet af van het gemiddelde van alle deelnemende laboratoria. SKML Cervix cytologie De rondzending voor de cervix cytologie is door SKML geannuleerd. SKML Moleculaire Pathologie Rondzending MSI MP1 Deze rondzending betrof analyse van microsatelliet instabiliteit (MSI) op 5 formaline-gefixeerd paraffine-ingebedde samples. De resultaten zijn 100% concordant met de uitgangsbevindingen. Acties: geen. QCMD Moleculaire Pathologie QCMD 2011 Human Papillomavirus DNA EQA Programme Kwaliteitsrondzending: De HPV kwaliteitsrondzending is geïnitieerd vanuit de European Society for Clinical Virology en de European Society for Clinical Microbiology & Infectious Diseases. De rondzending betreft HPV detectie en typering op 9 Cytec (Thinprep) cytologische materialen. De resultaten van de rondzending, welke in december 2011 plaatsvond, zijn nog niet bekend.


ESP Moleculaire Pathologie ESP KRAS Regional Quality Assessment scheme Kwaliteitsrondzending: De KRAS kwaliteitsrondzending is geïnitieerd vanuit de European Society of Pathology (ESP) en betreft KRAS mutatieanalyse op 10 formaline-gefixeerde paraffine-ingebedde tumoren. De resultaten van de KRAS mutatieanalyse zijn 100% concordant met de uitgangsbevindingen. Een 100% correcte genotyperingsscore. Acties: geen. Werkgroep Immunohisto- en Cytologie (WIHC) 2011 Tevens is in regionaal verband in 2011 deelgenomen aan vier rondzendingen, verzorgd door de WIHC regio Noord-Holland (onderdeel van de Vereniging Analisten Pathologie), met als doel de kwaliteit van de verschillende kleuringen te waarborgen en te beoordelen. Deze rondzendingen werden respectievelijk verzorgd door het OLVG, Symbiant locatie Zaans Medisch Centrum en Symbiant locatie WF Gasthuis, met als testpakket: OLVG: E-Cadherine Symbiant locatie Zaans Medisch Centrum: Cycline D1 en CD15 Symbiant locatie WF Gasthuis: Calretinine en D2-40 De inzending E-Cadherine is met goed resultaat afgerond. Van de inzending van het WF Gasthuis zijn nog geen resultaten ontvangen. Van de Symbiant locatie Zaans Medisch Centrum zijn nog geen resultaten ontvangen. 3.3.4 Klinisch pathologische samenwerking 2011 In 2011 is voor het eerst gestart met gesprekken met klinische afdelingen binnen VUmc die materiaal insturen voor pathologisch onderzoek. De afdeling Pathologie vindt het belangrijk te anticiperen op de klinische klanten die in feite de richting van de pathologie binnen VUmc bepalen. In deze interactieve gesprekken is gevraagd om feedback over de service die de afdeling pathologie levert, de koers van de klinische afdelingen in de toekomst, samenwerking met het AMC, de toekomst wensen/eisen tav de pathologie en de financiën. Over het algemeen werden de gesprekken positief ervaren en bleek men erg tevreden over de service van de pathologie. Ook met de klanten buiten VUmc zijn deze gesprekken gevoerd. Voor de meeste klanten buiten VUmc werd tevens een kwartaalrapportage verzorgd. De afdeling Pathologie verzorgt een groot aantal klinische besprekingen die een onderwijs of patiënten gerelateerd karakter hebben. De laatste jaren neem het aantal, vaak wekelijkse, multidisciplinaire besprekingen (MDO’s) sterk toe met het definiëren van de verschillende zorgpaden. Naast de MDO’s hebben de meeste afdelingen ook besprekingen met een meer educatieve opzet die belangrijk is voor opleiding van de verschillende specialismen. De sterke toename van het aantal besprekingen is een grote belasting voor de afdeling en levert een hoge werkdruk op voor de pathologen die voor besprekingen verschillende casus opnieuw reviseren. In het volgende jaar zal de werkdruk beter in kaart worden gebracht worden. Naast de diagnostiek is er een grote interactie tussen de kliniek en de researchafdeling van de pathologie. Diagnostische vraagstellingen vanuit de kliniek worden vertaald naar onderzoeksvragen die via projecten worden uitgevoerd binnen de afdeling. Ook biedt de afdeling Pathologie de mogelijkheid voor de kliniek om naast de diagnostische- ook researchgerelateerde pathologiebepalingen te verrichten. Via intranet kunnen daarvoor speciale formulieren worden ingevuld die via de research commissie en de diagnostiekcommissie worden beoordeeld op vraagstelling, haalbaarheid en kosten. Na goedkeuring van de aanvrager wordt de aanvraag in behandeling genomen. Deze procedure moet verder gestroomlijnd worden in het kader van de biobank die in de toekomst met name voor het gebruik van patiëntenmateriaal voor research, een steeds prominentere rol zal gaan spelen.


3.4

Medische Immunologie

3.4.1 Externe kwaliteitsrondzendingen 2011 In 2011 werd geparticipeerd in verschillende landelijke SKML-rondzendingen op het gebied van autoimmuunserologie en lymfocytentypering; de resultaten waren overwegend goed (zie tabel). Rondzending

Testpakket

Datum

Resultaat

Actie

Status

Datum

IA

Collageenziekten

ANA, DNA, ENA, ACA

Mei ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Nov. ‘11

Okt ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Apr. ‘12

IB

Reumafactoren

RF, CCP

Mei ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Apr. ‘12

Okt ‘11

Rapportage nog niet ontvangen

IIA

Orgaan specifieke AIZ

AMA, SMA, IFA, PCA, TA, TBII

Mei ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Nov ‘11

Goed

Geen

In beh.

IIB

Coeliakie

AGA, ARA, EMA, TTG, DSA

Mei ’11

Raportage nog niet ontvangen

Nov ‘11

Raportage nog niet ontvangen

VII

ANCA

ANCA-IFT, PR3, MPO, GBMA

Mei ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Apr. ‘12

Sep ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Apr. ‘12

Apr ‘11

Goed

mail naar expertiselab gestuurd ivm Afgeh. ontbreken med.gegevens in rapportage SKML

Apr ‘12

Okt ‘11

Nog geen rapportage ontvangen

Jan ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Okt ‘11

Mrt ‘11

Geen deelname

nvt

nvt

nvt

Mei ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Okt ‘11

Jul ‘11

Zeer goed

Geen

Afgeh.

Okt ‘11

Sep ‘11

Voldoende Geen

Afgeh.

Okt ‘11

Nov ‘11

Goed

Geen

In beh.

Mrt ‘11

Zeer goed

Geen

Afgeh.

Dec. ‘11

Nov ‘11

Zeer goed

Geen

Afgeh.

Dec. ‘11

Apr ‘11

Goed

Geen

In beh.

Nov ‘11

Goed

Geen

In beh.

Mrt ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Apr.’12

Jun ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Apr.’12

Sept ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Apr.’12

Nov ‘11

Goed

Geen

Afgeh.

Apr.’12

IX

X*

Diabetes

GAD, ICA

Lymfocyten subsets (UK Neqas)

XII

HLA-B27

XIV

BAL

ECAT* APS

ACA, B2GP1

Okt ‘11

Tabel: SKML rondzendingen 29 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

3.4.2

Incidentenmeldingen 2011 Code

Prestatie indicatoren

001 002 003 009 012 015/600 020 601 602 604 605 606

Omschrijving

2011

Aantal rapporten

7480

Klacht van derden (Bijna) MIP-melding Overig Fout bij registratie Geen materiaal ontvangen Materiaal uit kliniek onjuist aangeleverd Fout in (geautoriseerd) verslag Materiaal vanuit KCL onjuist aangeleverd Materiaal vanuit elders onjuist aangeleverd Materiaal vrijdag na 15.00 op het lab Vertraagd ter autorisatie Vertraagd aangeleverd door transportdienst

1 2 18 9 2 33 7 76 24 2 7 2

Hier dient vermeld te worden dat uitsluitend patiëntmonster gerelateerde klachten als incident geïnventariseerd worden in SymPathy. Wat betreft andere klachten vanuit de kliniek (zie o.m. klanttevredenheidsonderzoek 2005) staat voor de MI nog steeds op de voorgrond dat de kliniek niet kan zien of er van een patiënt reeds onderzoek is aangevraagd. De webview- functie in SymPathy zou hier uitkomst moeten bieden, maar is nog steeds niet operationeel. 3.4.3 Doorlooptijden 2011 Elk kwartaal is de doorlooptijd van de medisch immunologische diagnostiek vastgesteld. Gedurende heel 2011 werd voldaan aan de gestelde norm (80% binnen 10 werkdagen). De gemiddelde doorlooptijd over heel 2011 bedroeg 7,06 werkdagen Totaal 2005 Totaal 2006

Doorlooptijden MI 2005 t/m 2011

Totaal 2007 Totaal 2008 Totaal 2009

100 90

Totaal 2010 Totaal 2011

% Aanvragen

80 70 60 50 40 30 20 10 0 0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

Werkdagen tussen binnenkomst en autorisatie


3.4.4

Organisatorische bijdrage aan kwaliteit (buiten VUmc)

Vanaf 2007 functioneert het VUmc MI lab als nationaal verzend- en expert-lab voor coeliakieserologie binnen de SKML. In dit kader worden tweemaal per jaar rondzendingen verzorgd en geëvalueerd. Ook werden er dit jaar diverse presentaties gegeven aan medisch immunologen en klinisch chemici m.b.t. de nieuwe richtlijn voor coeliakie diagnostiek, zowel innationaal verband als binnen het VUmc. In het kader van landelijke kwaliteitsbewaking werd deelgenomen aan externe CCKL audits van ziekenhuislaboratoria (vakdeskundige: IMW.vanHoogstraten als lid van de commissie visitatie en accreditatie van de NVvI).


Hoofdstuk 4: Onderwijs De afdeling Pathologie biedt diverse typen onderwijs aan: academisch onderwijs en onderwijs aan HLO en MLO studenten. Daarnaast verzorgt de afdeling de opleiding tot patholoog en diverse postacademische cursussen. 4.1

Academisch onderwijs

De afdeling pathologie verzorgt academisch onderwijs in • de opleiding geneeskunde (bachelor en master VUmc Compas) • de opleiding tandheelkunde • bachelor- en masteropleiding biomedische wetenschappen • de masteropleiding Oncology • de masteropleiding Neurosciences • de opleiding tot patholoog en medisch immunoloog • postacademisch onderwijs 4.1.1 Onderwijs in de opleiding geneeskunde In 2010 is de herziene versie van de bachelor van het nieuwe curriculum (VUmc Compas B10) van start gegaan. De studiestof is nu beter verdeeld over de opleiding en is er onder andere naar gestreefd om de studiestof zodanig aan te bieden dat hele studieboeken worden gebruikt in de opleiding in plaats van losse hoofdstukken. De afdeling heeft een belangrijke rol gespeeld bij de herverdeling van deze studiestof. Prof. dr. W. Mooi is semestercoördinator van het eerste semester van het tweede bachelor jaar. Voorts is hij cursuscoördinator van de cursus Schade, afweer en herstel (VUmc Compas B10), Capita Selecta (VUmc-compas B05), lid van het bachelorteam en van de facultaire opleidingscommissie. In navolging van de invoering van digitale webpractica in collegejaar 2010-2011, is de toetsing van de pathologie practica van jaar 2 (Stationsexamens, STAT2) ook aangepast. Studenten zien korte filmpjes van coupes en moeten aangeven om welk weefsel en afwijking het gaat. Hierdoor nemen 6 studenten simultaan de STAT2 af onder begeleiding van 1 patholoog en 1 secretaresse in plaats van 1 patholoog op 1 student. Hierdoor is de belasting voor de pathologen sterk verminderd (25 uur ipv 96 uur). Het tweede bachelor jaar is in september 2011 gestart met VUmc Compas B10. Binnen de vernieuwde cursus Schade, afweer en herstel (in B05: Ontwikkeling en Ziekteleer) is GoogleDocs geïntroduceerd bij de studieopdrachten, en wel om intensief online samenwerken tussen studenten mogelijk te maken. Het vergde aanpassing van zowel studenten als tutoren, maar is in hoofdlijnen positief beoordeeld. Met kleine aanpassingen is besloten dat het nu centraler binnen de studieopdrachten in het curriculum wordt ingezet. Online pathologieonderwijs via YouTube, verzorgd door professor Mooi, vindt in toenemende mata aftrek (meer dan 5000 views aan het einde vna 2012). Een eerste aanzet werd gemaakt met de voorbereiding van een volledige online cursus pathologie op geneeskundestudie-niveau. Naar verwachting zal de launch hiervan medio 2012 kunnen plaatsvinden. De inspanningen van Prof. dr. W. Mooi hebben erkenning gevonden door diens verkiezing tot “Docent van het jaar” van de gehele Universiteit. Daarnaast is hij een veel gevraagd spreker over onderwijs en social media. Een overzicht van het pathologie onderwijs in de bachelor (B) en Master (M) opleiding wordt in onderstaande tabel weergegeven.


Jaar B1 B1 B1 B1 B1 B2

Cursus / Stage Huid en Afweer Bouw en Bewegen Homeostase Circulatie en Volumeregeling Leergroepen Schade, afweer en herstel (B10)

B2 B2

Arbeid, leefstijl en gezondheid (B05) Ouder worden (B05)

B2

Capita selecta (B05)

B2

Wetenschappelijk Focusonderwijs Immunologie en Infectie

B2

B3

Wetenschappelijk Focusonderwijs Oncologie Leergroepen Stationsexamen Semester 2.1 Hematologie, oncologie en infectiezieken Vaten en luchtwegen

B3

Spijsvertering en stofwisseling

B3 M1 M1 M1

Stationsexamen Heelkunde Psychiatrie, neurologie Ouderengeneeskunde, pathologie

B3 M1 CU’91

Honourprogram Wetenschappelijke stage Keuzecoschappen

B2 B2 B2 B3

Onderwijsactiviteit college college college College tutorschap college practicum organisatie college

Uren / belasting 1 3 2 2 280 9,5 16 208 5

college practicum colleges practicum organisatie college practicum begeleiding college organisatie tutorschap examineren organisatie practicum practicumleider practicum practicumleider college practicum examineren practicum practicum obductie voor- /nabespreking Stage- en scriptiebegeleiding Stage- en scriptiebegeleiding Begeleiding

3 8 4 4 208 11 18 18 10 24 420 25 832 42 32 34 8 8 16 96 30 30 156 117 132 912 30

4.1.2 Onderwijs in de opleiding Tandheelkunde De afdeling Pathologie verzorgt een aantal colleges en practica voor studenten tandheelkunde en mondhygiëne van het Academisch Centrum Tandheelkunde Amsterdam (ACTA). Prof. dr. Bloemena en Prof. dr. van de Waal geven dit onderwijs vorm. Jaar 1 1

Cursus Introductie Blok infectie en ontsteking

2 4

Mondhygiënisten Mastercursus

Onderwijsactiviteit college college practicum college college

Uren 1 12 12 16 10

4.1.3 Onderwijs in de opleiding Biomedische Wetenschappen (BMW) De afdeling Pathologie verzorgt in verschillende jaren onderwijs voor studenten BMW. Deze opleiding wordt georganiseerd door de Faculteit Aard- en Levenswetenschappen (FALW) van de Vrije Universiteit. Dr. R. Steenbergen coördineert het onderwijs voor de opleiding BMW vanuit de afdeling Pathologie. Zij is coördinator van de cursussen Pathologie (gezamenlijk met dr. F. van Kemenade) en


Oncologie (gezamenlijk met afd. Oncologie en KNO). Daarnaast is zij lid van de opleidingscommisie van de opleiding. De cursus Pathologie is dit jaar voor het laatst in zijn huidige vorm gegeven. De nieuwe 6-weekse cursus ‘Ziekteleer: van ontsteking tot kanker’ bevat meer oncologie. Digitale webpractica vanuit het geneeskundeonderwijs worden hierin ook gebruikt. De keuzecursus Oncologie krijgt steeds meer interesse. Dit jaar hebben 178 studenten de cursus gevolgd (in tegenstelling tot collegejaar 20092010: 85 studenten). Dit heeft niet tot problemen geleid. Jaar B3

Cursus Pathologie

B3

Toegepaste immunologie

B3

Oncologie

M 1-2

Stage- en scriptiebegeleiding

Onderwijsactiviteit college practicum mortuariumbezoek college examineren college studieopdrachten begeleiding

Uren 40 8 3 3 3 11 12 912

4.1.4 Onderwijs in de masteropleiding Oncology De masteropleiding Oncology bestaat uit 2 jaar. In de eerste maanden van het eerste jaar worden 4 verplichte cursussen gevolgd. Daarna hebben de studenten de keus uit een groot aantal keuzecursussen en lopen zij 2 stages. Prof. dr. G.A. Meijer heeft zijn functie als programmaleider van de master Oncology per 1 januari 2011 overgedragen. Prof .dr. P.J.F. Snijders is lid van de opleidingscommissie, coördineert de cursus Oncogenesis en samen met prof. dr. J. Middeldorp de keuzecursus Viral Oncogenesis. Prof. dr. I.M.W. van Hoogstraten is cursuscoördinator van de cursus Immunity and Disease. Dr. R.J.A. Fijneman en prof. dr. P. Wesseling coördineren de cursus Tumor Biology and Clinical Behaviour. Dr. E. Hooijberg is cursuscoördinator van de cursus Innovative tumor therapies. Participatie van de afdeling Pathologie in de master Oncology Jaar M1

Cursus Oncogenesis

M1

Tumor biology and clinical behaviour

M1

Immunity and Disease

M1

Innovative tumor therapies

M2

Keuzecursus Viral Oncogenesis

M1-2

Stages / Scripties

Onderwijsactiviteit college werkgroep organisatie college research proposal journal club organisatie college organisatie college organisatie college organisatie begeleiding

Uren 11,5 11 104 7 28 18 208 14 208 12,5 104 6 104 195

4.1.5 Onderwijs in overige Research Masteropleidingen De afdeling patholgie verzorgt onderwijs in de researchmaster Cardiovascular, de researchmaster Neurosciences en de master Biomedical sciences. Prof.dr. H.W.M. Niessen coördineert de cursus Remodelling of the circulatory system. Jaar M1

Master Cardiovascular

M1

Neuroscience

Cursus Remodelling of the circulatory system Clinical Neuroscience

Vorm college organisatie college

Uren 9 208 11


M1

Biomedical Sciences

practicum college

Clinical Immunology

6,5 4

4.1.6 Opleiding tot patholoog en medisch Immunoloog De afdeling pathologie leidt jaarlijks een groot aantal AIOS pathologie op. Bijlage 3 (Personeel) geeft een overzicht van de AIOS die bij de afdeling in opleiding zijn. Mevrouw dr. J. Muris en dr. C. Meischl rondden in 2011 hun opleiding af. Op landelijk niveau wordt bijgedragen aan de kwaliteit van de medische immunologie/ transplantatie immunologie opleiding en de integratie van de opleiding in een breder federatief verband van ziekenhuislaboratoria. Dr. B.E.M. von Blomberg is lid van de commissie opleiding en registratie (COR) van de Nederlandse Vereniging voor Immunologie en de opleidingscommissie van de Federatie Medisch Laboratorium Specialisten.

4.1.7 Postacademisch onderwijs Dr. J. Beliën organiseerde de cursus In the footsteps of Antoni van Leeuwenhoek (3 - 7 oktober 2011) van de onderzoekschool oncologie Amsterdam (OOA). Deze cursus telde 16 deelnemers. Prof. dr. W. Mooi is gastdocent voor de opleiding tot Oncologieverpleegkundige van de AmstelAcademie. In 2011 heeft hij hiervoor 4 uur college gegeven. 4.2

Hoger- en middelbaar laboratoriumberoepsonderwijs

4.2.1

Middelbaar laboratoriumonderwijs (MLO)

In totaal zijn er 5 MLO 3de/4dejaars leerlingen op de afdeling geweest. Eén 4dejaars leerling niveau 4 en één niveau3 leerling zijn klaar voor de arbeidsmarkt. Verschillende analisten betrokken bij de begeleiding van stagiaires gaan naar werkveldoverleggingen met ROC Amsterdam. 4.2.2

Hoger laboratoriumonderwijs

Het onderwijs aan HLO studenten bestond uit colleges, practica en stagebegeleiding. Opleiding / richting Hogeschool Leiden, CLSM en beeldbewerking

Vorm college practicum stage begeleiding

Diverse hogescholen

Uren 2 8 516

In 2011 heeft de afdeling pathologie 30 stagiaires van de Hogescholen geplaatst. Het betrof hier 25 4de jaar studenten en vijf 3de jaar studenten. Vijftien 4dejaar studenten zijn klaar voor de arbeidsmarkt. Er zijn op verzoek rondleidingen gegeven. Vorig jaar waren wat klachten over de 3e jaar studenten van Hogeschool INHolland. t.a.v. lab ervaring en professioneel gedrag. In 2011 is een verbetering merkbaar. 4.2.3

Website en stageboek

In 2011 is de hele Pathologie website en ook de stage website aangepast. Op de websites van de diverse laboratoriumscholen staat een algemene pagina wat verwijst naar de Pathologie stagewebsite met als doel dit onder de aandacht van de studenten te brengen. De stageopdrachten worden nu ook gebruikt voor de universitaire stages. Uniforme aanmeldformulieren zijn op de website in te vullen en daarna worden deze verstuurd naar één emailadres: [email protected]. De desbetreffende coördinatoren verzorgen de interne logistiek en het bijhouden van een database. Als kosten verlaging is het stageboek niet meer rondgestuurd maar een brief naar de contactpersonen met de link naar de website. 4.2.4

Activiteiten tbv. het voortgezet onderwijs


In 2011 is één rondleiding gegeven aan twee leerlingen van het VWO van twee verschillende scholen 4.2.5

Diverse rondleidingen

T.b.v. de MBO-V opleiding en de analistenopleiding van de Klinische Chemie zijn er rondleidingen en/of een presentatie gegeven over de Pathologiedoor Wim Vos 4.2.6

Promotie activiteiten

In tegenstelling tot 2010 is in 2011 niet deelgenomen aan de labcareer event in de RAI vanwege de kosten. Wel zijn In 2011 twee stagemarkten van Hogescholen bezocht om de Pathologie te promoten als stageplaats.


Hoofdstuk 5: Personeel 5.1 Inleiding In 2011 zijn er veel verbeterprojecten gestart om meer structuur in de afdeling aan te brengen. Het MT is op managementretraite geweest waarin de wenselijke samenstelling van het MT werd besproken en de bijbehorende taken, bevoegdheden en verantwoordelijkheden. Ook is de invoer van competentiegericht management in 2011-2012 besproken, de afdeling heeft hiervoor een externe coach, Menno Pronker, ingehuurd. De pathologen hebben de jaarlijkse pathologenretraite besteed aan competentiegericht opleiden. Hieruit is o.a. een nieuw beoordelingsformulier voor de arts assistenten in opleiding opgesteld. Er is een HRM overleg met de manager patiëntenzorg, de HRM managementassistent, de sectorhoofden, het hoofd van het bedrijfsbureau, en een WP lid vanuit de research gestart, met als doel een uniform HRM beleid op de hele afdeling te voeren. In dit gremium worden afdelingsbrede procedures uitgewerkt en afgestemd. Binnen dit overleg is een strakker verzuimbeleid opgezet, competentiemanagement besproken en een start gemaakt met een competentiegericht opleidingsplan, enkele functiebeschrijvingen en taken, bevoegdheden en verantwoordelijkheden onder de loep genomen, personele bezetting besproken en een aantal bezettingsproblemen is unitoverstijgend opgelost. Aan het eind van 2011 heeft VUmc een vacaturestop ingevoerd. De afdeling Pathologie heeft mede hierdoor 2 arbeidsovereenkomsten van kernanalisten niet verlengd en een detachering met patholoog gestopt. Er is een uitgebreid rapport geschreven waarin de behoefte aan NWP in relatie tot de productie en de toekomstplannen is uitgewerkt. Om flexibiliteit te kunnen behouden in tijden van onzekere productie, zal 30% van de medewerkers binnen de pathologie op contactbasis werkzaam zijn. Er is personeel waar mogelijk binnen de verschillende subunits uitgewisseld. In 2011 zijn 2 analisten (Jeff Smoor en Kirsten van Beelen) met hoge cijfers geslaagd voor een opleiding uitsnijden aan de Hoge School van Leiden. Het was bij aanvang van deze opleiding de bedoeling deze analisten volledig in te zetten als uitsnijder om de workload van de pathologen te verlagen. Dit heeft vanwege de vacaturestop en de onmogelijkheid van uitbreiden van personeel geen doorgang kunnen vinden. De unit mortuarium en obductie is in 2011 verder onder de loep genomen. Het bleek erg complex om de werkprocessen met bijbehorende kosten en baten in kaart te krijgen. De verwachting is dat dit begin 2012 klaar is en besluiten t.a.v. de verschillende werkzaamheden en het in te vullen personeel, te nemen. In 2011 is de afdeling Pathologie aan pilote van LEAN in samenwerking met LEAN coach Ellen Duijnhouwer, later aangevuld met Martin Waagemans. Er werd een masterplan LEAN opgesteld waarbij de diagnostische units als eerste aan de beurt zullen komen. Van de betreffende subunits die met LEAN zijn gestart hebben de leidinggevenden de interne L cursussen gevolgd. In 2011 is begonnen met het patiëntensecretariaat en de unit histologie die een waardestroomanalyse hebben gehouden. In 2012 zal LEAN verder worden uitgerold en zullen de andere subunits van de diagnostiek aan bod komen later gevolgd door de research units. De samenwerking met de personeelsfunctionaris, de bedrijfsarts en maatschappelijk werk was zowel binnen als buiten het SMT bijzonder plezierig verlopen in 2011. 5.2 Verzuim Het ziekteverzuim in 2011 was 3,95%. Dit percentage is opgesplitst in een kort verzuim van 2,57 %, lang verzuim 0,18% en gravida 1,20%. Vergeleken het percentage VUmc breed is dit een mooi resultaat. Door het verhogen van de frequentie van gesprekken met de bedrijfsarts, maatschappelijk werk en P&O is het streven het kort en lang verzuim in de toekomst laag te houden. 5.3 Jaargesprekken In 2011 zijn 80% van de jaargesprekken gehouden. De uikomsten qua opleidingswensen zijn verwerkt in een opleidingsplan, met aan een kant de opleidingsbehoeften van de units en aan de andere kant de wensen van de medewerkers. De nadruk heeft gelegen op management development. Door de groei van aantal medewerkers, de vele ontwikkelingen op afdelingen, zijn daadkrachtige leidinggevenden een vereiste.


5.4 Jubilea 12,5 jaar in dienst Kirsten Comes Carolien Koetsier 25 jaar in dienst Paul Eijk 25 jaar ambtsjubileum Rick van Andel Peter Snijders 40 jaar in dienst Jan Fritz


Hoofdstuk 6: Arbo, Milieu en Veiligheid 6.1 Inleiding Het arboteam is in 2011 viermaal bij elkaar geweest. De arbeidsomstandigheden binnen de afdeling blijven een punt van aandacht; zo ook in 2011. In hoofdstuk 7 (Infrastructuur) wordt verslag gedaan van de (huidige) ontwikkelingen op ruimte gebied. Andere belangrijke gebeurtenissen in 2011 op het gebied van Arbo, Milieu en Veiligheid zijn: 6.2 Bedrijfsveiligheid In 2011 heeft geen ontruimingsoefening plaatsgevonden. In het kader van de herziene bedrijfsnoodorganisatie van VUmc dient de afdeling een eigen ontruimings- / calamiteiten plan te hebben. Hiermee is in 2011 gestart. In 2011 zijn geen medewerkers opgeleid tot BHV-er, xx medewerkers hebben een bluscursus gevolgd. De afdeling heeft 6 BHV-ers, twee zijn oproepbaar voor het CCA en vier BHV-ers zijn oproepbaar voor het ziekenhuis/Gebouw E. Alle BHV-ers zijn getraind voor hulpverlening met adembescherming en allen hebben in 2011 een herhalingscursus gevolgd. 6.3 Arbo en milieu In 2011 is de nieuwe procedure van de RI&E geïmplementeerd: 1x per 2 jaar vindt er een update plaats en 1x per 4 jaar wordt een volledige RI&E uitgevoerd. De update van de RI&E, oorspronkelijk gepland voor november 2011, is uitgesteld naar februari 2012. In 2011 hebben zich enkele uitglijdincidenten voorgedaan. De gladde vloer 1e verdieping op het histologie lab, de aangrenzende gang en uitsnijkamer was hiervan de oorzaak. Deze etage wordt nu preventief regelmatig grof chemisch gereinigd. 6.4 Ergonomie en RSI De afdeling heeft twee ergocoaches, zij zijn in 2011 ook opgeleid als RSI contactpersoon. Op verzoek hebben zij dit jaar meerdere werkplekonderzoeken uitgevoerd op diverse units met als doel het verbeteren van de arbeidsomstandigheden van de individuele werknemer. 6.5 Biologische Veiligheid en toepassing Ioniserende Straling In de jaarrapportage Biologische veiligheid (GGO) 2011 wordt verslag gedaan van alle acties die op de afdeling zijn uitgevoerd op het gebied van inspecties, apparatuur onderhoud en controles, aan- en afmeldingen van werkzaamheden GGO en schoonmaak. Op het gebied van straling heeft een werkplekbezoek stralingshygiëne plaatsgevonden. Het RadioNuclidenLab 3e49 (RNL) is afgekeurd als RNL. Dit laboratorium is uitgebruik genomen als RNL. Eventuele experimenten met isotopen zullen elders conform KEW worden uitgevoerd. Loodschorten na jaarlijkse keuring weer goedgekeurd. Geen bijzonderheden n.a.v. de uitslagen van de ingebruik zijnde persoondosismeters.


Hoofdstuk 7: Infrastructuur 7.1 Huisvesting Het inrichten van een nieuwe labtoren ligt alweer even achter ons. We hebben lang niets meer vernomen maar dit jaar hebben we te horen gekregen dat er toch nieuwbouw gaat komen en dat dit medio 2016 klaar zou moeten zijn. Dit is natuurlijk goed nieuws maar betekend ook dat we nog vele jaren in het huidige gebouw gehuisvest zullen zijn. Een noodkreet middels een gedegen plan dat we samen hebben geschreven met de AMD heeft in 2011 geresulteerd in het feit dat we in het huidige gebouw mogen verbouwen. In de verbouwing neemt de uitsnijkamer (inclusief ontvangstbalie) een belangrijke plek in. In maart 2012 is men begonnen met het verbouwen van onze unit fotografie waar met het verwijderen van diverse binnenmuren een grote ruimte is ontstaan. In deze ruimte zal de nieuwe uitsnijkamer worden gevestigd. Het aankoop traject van het benodigde meubilair is in gang gezet en zal nog enkele maanden duren. In de plannen van de nieuwe uitsnijkamer is zoveel als mogelijk rekening gehouden met LEAN werken. Naast deze grote verbouwing komt er ook heuse diagnostiek kamer waardoor de coupes niet meer zo massaal zullen zwerven in het gebouw. Helaas moeten we voor deze ruimte wachten tot de nieuwe uitsnijkamer gereed is. In 2012 gaan we weer beginnen met de tekeningen van de nieuwe laboratorium toren. In deze toren zullen de afdelingen Medische Microbiologie, Klinische Genetica en de Pathologie worden gehuisvest. Na een teleurstelling enkele jaren geleden lijtk het er nnu toch van te komen. 7.2 Fotografie 2011 Het aantal digitale micro opnamen bij de unit fotografie is zo goed als gelijk gebleven. De scanactiviteiten namen wel wat toe. De macroscopische en microscopische beelden welke worden gemaakt voor de pathologie worden na bewerking door de fotografen in SymPathy geplaatst. De röntgenopnamen worden met ingang van april digitaal opgenomen door de afdeling radiologie in samenwerking met de fotografen. De röntgenbeelden die in het mortuarium worden gemaakt komen direct in het IMS. Alle doka faciliteiten van de unit fotografie behoren hiermee tot het verleden. De fotografen besteedden veel tijd aan beeldbewerking en kwaliteitprints voor publicaties. De afgedrukte prints zijn afgenomen omdat de gemaakte montages voor publicaties meestal digitaal worden verstuurd naar de drukker. In 2011 werd er regelmatig een beroep gedaan op de fotografen voor het maken van hersenopnamen voor de Nederlandse Hersenbank (NHB).

POLIKLINIEK Opdrachten patiëntfotografie Digitale opnamen Scans Digitale prints PATHOLOGIE Digitale micro-opnamen Röntgenopnamen Geleverde files uit archief Scans Digitale prints Cd’s branden Digitale opnamen

2010

2011

tot sept. 2010 827 2986 184 623

-----------

17.727 739 3831 5720 3202 56 8520

17.515 32 1762 5870 2388 41 8499 40 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

7.3 Automatisering 2011 In 2011 is verdere uitvoering gegeven aan het in 2008 opgestelde beleidsplan. Een centrale factor in dit proces is nog steeds het Pathologie Informatie Management Systeem, Sympathy. Dit automatiseringssysteem speelt een centrale rol in de administratieve en medisch inhoudelijke verslaglegging, maar is ook van groot belang geworden bij workflow management in de gehele afdeling Pathologie, het beheer van de weefselbank, digitaal dicteren, digitaal aanvragen van aanvullende bepalingen en digitale archivering van beeldmateriaal. De afdeling pathologie maakt succesvol gebruik van spraakherkenning, maar kent i.v.m. ruimteproblematiek nog problemen bij spraakherkenning in de uitsnijkamer (de eerder geplande interne verbouwing om tot ruimere uitsnijkamers te komen heeft eind 2011 zijn aanvang genomen, en zal in de loop van 2012 worden afgerond). Urgent is verder de ‘privacy interface’ die nodig is voor de naleving van de code goed gebruik. Op de gebruikersbijeenkomst in Stavanger is dit punt op nr één van de clientwishes van Tieto gekomen. Ook is in 2011 binnen de afdeling pathologie caTissue in productie genomen en is begonnen met het overzetten van biobank informatie. De eerste overgezette parel is IBD. Een nieuw CTMM project TraIT: translational research IT infrastructure (Het opzetten van een IT infrastructuur voor translationeel onderzoek) is in 2011 gehonoreerd en per oktober 2011 gestart. In deze publiek private samenwerking zijn KWF en de Hartstichting twee grote private partners. De eerder geschreven Businesscase GPRS is integraal doorgezet in het programma GPS (thans EVA genoemd) onder de themagroep 5 Onderzoek. Ook zijn er in 2011 meerdere bijeenkomsten van pijlers onderzoeksinfrastructuur geweest waar ook TraIT is besproken. In 2011 hebben er bij een aantal UMCs al stakeholderbijeenkomsten plaatsgevonden Tot slot merken we op dat nog steeds een groot aantal urgente verbeterpunten die al geruime tijd geleden bij de ITPB waren ingediend, nog steeds wachten op ICT analyse, goedkeuring dan wel inplanning. Dit stuurt onze planning danig war en frustreert aanvragers van buiten. 7.4 Apparatuur 2011 Zoals in voorgaande jaren al is aangegeven wordt de behoefte aan steeds high tech middelen ieder jaar groter. Extra budgettaire middelen voor ‘high-tech’ apparatuur-investeringen blijven gewenst en zijn noodzakelijk om te kunnen blijven voldoen aan klinische vraagstellingen voor toepassen van (medische)- immunochemische- ,histologische- en moleculair biologische analyses m.b.t. diagnostiek- en (innovatieve) onderzoeksvraagstellingen. Ook in 2011 zijn er wederom diverse apparatuur investeringen gedaan. Opvallend zijn de aanschaf van de miSEQ illumina en vervanging van de flowcytometer GM. Hiermee is een grote stap gezet in de start naar innovatieve onderzoekmethodieken die kunnen leiden tot een bredere, betere maar ook snellere toepassingen m.b.t. (moleculaire biologische) diagnostiek. De ‘high- tech’ i.e. Next Generation Sequencing, high throughput resultaten behoeven ook grote investeringen aan IT (en ondersteuning) om de grote hoeveelheden aan gegenereerde informatie aan bytes (TBs) d.m.v. bioinformatica verder te kunnen analyseren. De financiele bijdragen voor de aanschaf van dergelijke high tech apparatuur uit 1e geldstromen zijn veelal niet toereikend voor aanschaf. Hiervoor is extra (bij) financiering uit ook andere (w.o. ODV, 2e en 3e) geldstromen noodzakelijk. Omdat de resultaten en analyse veelal uitsluitend digitaal worden gepresenteerd en moeten bewerkt i.e. geanalyseerd is op korte termijn (<2 jaar) voor extra investeringen in IT noodzakelijk. Dergelijke investeringen zullen niet uiteindelijk op termijn kosten verlagend werken, maar ook een veel beter inzicht geven in complexe(re) ziekte processen, vroegtijdige opsporing, en betere kansen voor behandeling en genezing


In 2011 is de volgende apparatuur aangeschaft: Apparaat

Bedrag €

Budget

Centrifuge Computing Service Genome Sequenicing Server Cryostaat Cryostaat Microscopen Microscoop Thermocycler miSEQ Illumina Bijdrage ABI3500 Afzuigkast Galios Flowcytometer SD TEC5 Sakura

4.923 71.500 23.000 27.687 29.718 6.374 8.190 110.297 20.000 6.605 131.000 6.374

VUmc VUmc en 3e geldstroom/V-ICI VUmc VUmc/ODV VUmc VUmc/ODV VUmc VUmc VUmc VUmc VUmc VUmc/ODV


Chapter 8: Introduction The research of the Department of Pathology at VU University Medical Center (VUMC) covers major topics in Oncology, Cardiovascular diseases, Neuropathology, and Immunology. Research at the Department of Pathology is focused on translational aspects. Mission: one stop shop for translational research, i.e., from biomarker discovery, via test development and clinical validation to implementation.

The oncological research line has the largest volume and particularly focuses on early diagnosis and tumor profiling. In early disease these research programmes deal with pathogenesis and prevention, and in advanced disease the main issues are biological classification, companion diagnostics and monitoring. Oncology topics cover cervical cancer (HPV), lung cancer, gastrointestinal cancers, lymphomas and brain tumors. Pathology research groups constitute the largest departmental participation in the VUmc Cancer Center Amsterdam, where there is a strong collaboration with researchers from the departments of medical oncology, hematology, neuro-oncology and Head & Neck oncology. The neuropathological research line focuses both on neurodegenerative diseases such as Alzheimer disease and on white matter diseases such as Multiple sclerosis. The main topic of the cardiovascular pathology is cardiovascular inflammation, whereas the immunology is mainly focused on inflammatory disease profiling and immunoprofiling. All research programmes are embedded in the respective VUmc research institutes, i.e. the VUmc Institute for Cancer and Immunology (V-ICI), the Neuroscience Campus Amsterdam (NCA), and the Institute for Cardiovascular Research VU (ICar-VU). 43 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

Furthermore, the research programmes participate in the Graduate School of Oncology Amsterdam (OOA), the Amsterdam Leiden Institute for Immunology (ALIFI) and the Graduate School for Cardiovascular Diseases Maastricht Amsterdam (CARMA). Graduate students of the department receive their training from these graduate schools, and staff members of the department participate in courses of these graduate schools.

8.1

Oncology

Cervical cancer Staff Peter Snijders PhD - program leader Maaike Bleeker MD PhD - academic staff Daniëlle Heideman PhD - academic staff Folkert van Kemenade MD PhD - academic staff Chris Meijer MD PhD - academic staff Renske Steenbergen PhD - academic staff Bart Hesselink PhD - postdoc Saskia Wilting PhD - postdoc Romy van Baars MD – PhD student Mariska Bierkens MSc - PhD student Maaike Dijkstra MD - PhD student Floor Henken MSc - PhD student Jacobien van der Marel MD - PhD student Madelief Mollers MD - PhD student Lise de Strooper - PhD student Dorien Rijkaart MD - PhD student Mirthe Scherpenisse MD - PhD student Denise Schütze MD - PhD student Suzanne Snellenberg MD - PhD student Margot Uijterwaal MD - PhD student Viola Verhoef MD - PhD student Human papillomavirus (HPV) infection and cancer Infection with high-risk HPV (hrHPV) has been recognized as the key causative event for cervical cancer, and has been found associated with some non-cervical anogenital cancers and head-andneck squamous cell carcinoma as well. Our research involves aspects focusing on: (I) Epidemiology, prevention and screening Cervical cancer development is initiated by an hrHPV infection. In the course of various projects the impact of this finding is evaluated at the level of prevention, diagnostics, test of cure, and prophylactic vaccination (see also www.humavac.nl). At the moment, the main focus is on the development of primary screening algorithms using HPV testing followed by triage of HPV-positive women by cytology, viral parameters, and/or molecular disease markers. (II) Cervical carcinogenesis: unravelling of the multistep pathways using well-defined clinical material and in vitro cell culture model systems An hrHPV infection is necessary, but not sufficient for malignant transformation of epithelial cells. In vitro studies have demonstrated that progression of an hrHPV-infected cell to an immortal and subsequent invasive phenotype results from the accumulation of specific (epi)genetic alterations in the host cell genome. This research line aims at identifying the host cell alterations involved in HPVmediated transformation, and evaluating their potential value as biomarker to stratify HPV-positive women for risk of (pre)malignant disease. Towards this aim genome-wide analyses of clinically


annotated specimens of women with and without cervical disease are complemented with functional studies using in vitro model systems of HPV-transformed human keratinocytes. (III) The role of HPV in non-cervical cancer This research line aims to study the role of HPV in non-cervical carcinomas such as those of the penis, vulva, and ororespiratory tract. Publications: 3; 13; 15-17; 30; 31; 35; 38; 52; 58; 64; 69; 70; 72; 74; 95; 96; 106; 109; 110; 114; 133; 166; 186; 197; 211; 229 Theses: 5, 10,11 Projects: 19, 22, 45 – 53, 86 – 92, 107

Lung cancer Staff Peter Snijders PhD - program leader Daniëlle Heideman PhD - program leader Erik Thunnissen MD PhD - program leader Robert van Boerdonk MD - PhD student Jasmijn Hubers MD - PhD Student Lung cancer is the most common cause of cancer-related death in the western world. Research exploring biomarkers and their possible role in early lung cancer detection and prediction of response to novel treatment modalities is important to prevent and fight this cancer. Our research involves aspects focusing on: (I) Early detection of lung cancer Detection of lung cancer at an early, treatable stage, may confer better prognosis and decrease mortality rates. Early detection may possibly be performed by high resolution computer tomography (HRCT), autofluorescent bronchoscopy (AFB) and/or molecular biomarker analysis in sputum and/or blood. In this research line, biomarker discovery is performed along the broad spectrum of histological types of lung cancer, including small cell lung cancer, adenocarcinomas, squamous cell carcinomas and carcinoids. We use several approaches, including genome-wide chromosomal profiling of clinically annotated specimens from lung cancer patients and at risk subjects, to identify biomarkers based on genetic and epigenetic events, for early lung cancer detection. Further verification and validation steps are performed with the aid of large biobanks of tissue and sputum specimens. The ultimate goal of this research line is the development of molecular tests for early detection of lung cancer, applicable to tissue and ideally to less invasive material like sputum or blood. (II) Tumour profiling and guiding treatment with biomarkers By molecular tumor profiling it is likely that novel targets for molecular therapy will emerge that can improve personalized therapeutic modalities and likely the prognosis of patients with lung cancer. In addition, biomarkers may be discovered that allow selecting patients who will benefit from such treatment. The ultimate goal of this research line is to develop companion diagnostics. An important example is EGFR mutation analysis, for which a novel HRM-based technology was developed, to select patients who are likely to benefit from treatment with EGFR tyrosine kinase inhibitors. Publications: 10; 42, 105, 108, 167, 173, 181, 182, 184, 187, 193, 231, 238, 248 Theses: 2 Projects: 17, 18, 93

Colorectal and gastric cancer Staff Gerrit Meijer MD PhD - program leader Jeroen Belien PhD - academic staff Begoña Diosdado Calvo MD PhD – academic staff Remond Fijneman PhD - academic staff 45 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

Nicole van Grieken MD PhD - academic staff Beatriz Pinto Morais de Carvalho PhD - academic staff Bauke Ylstra PhD - academic staff Raquel Díaz-López PhD - postdoc Serge Smeets - postdoc Linda Bosch MSc - PhD student Evert van den Broek MD - PhD student Jeroen Goos MSc - PhD student Florence de Groen MSc - PhD student Josien Haan MSc - PhD student Annemieke Hiemstra - PhD student Oscar Krijgsman MSc - PhD student Daoud Sie - PhD student Lisette Timmer MSc - PhD student Hinke van Thuijl MSc – PhD student Rinus Voorham MSc - PhD student Secondary prevention of gastrointestinal cancer Colorectal cancer (CRC) is the second leading cause of cancer death in the western world with over 4200 deaths per year in the Netherlands. Secondary prevention is the most realistic approach for reducing this high number of colorectal cancer deaths. At present, options for secondary prevention include immunological fecal occult blood testing (FIT) and endoscopic screening. FIT is easy and well tolerated, but has a low sensitivity and specificity. Therefore, a need exists for more sensitive and specific CRC tests, using molecular (DNA, RNA or protein) biomarkers. Understanding the molecular pathology of CRC is crucial to unravel candidate biomarkers. Candidate diagnostic biomarkers have been and are being identified based on two complementary approaches, i.e. tumor profiling studies of large collections of clinically well-characterized tumor samples, and functional analysis of the effects of candidate biomarkers on tumor biology. To this end it is investigated whether promoter methylation, DNA copy number status, miRNA profiling, and protein detection can be used as a molecular test in CRC population screening. Endoscopic screening has a ±90% sensitivity for detecting adenomas (the precursors of colorectal cancer), but since only 5% of all adenomas ever progress to cancer, endoscopy has a low specificity in terms of cancer prevention. Moreover, colonoscopy is a burdensome procedure for screenees. Therefore, a need exists for more specific, non-invasive imaging of CRC. Molecular imaging by MRI is a promising, non-invasive technique to gain molecular information about colon tumors. To this end, we aim to identify imageable biomarkers for progressive adenomas and CRCs. Tumor profiling of gastrointestinal (i.e. gastric & colorectal) cancer Gastrointestinal cancer causes >25% of cancer death in the western world, with death rates of 50% (colorectal cancer) to 80-90% (gastric and esophageal cancer). Once cancer has been diagnosed, standard surgical and medical oncological therapy regimens are followed. For both gastric and colorectal cancer we and others have demonstrated the existence of substantial genomic variation, which correlates to clinical outcome. Yet, the standard therapy regimens mentioned above largely neglect the existence and relevance of this genomic variation. The aim of our program is to improve outcome of gastrointestinal cancer by stratification of GI cancer patients based on tumor profiles for optimized therapy selection (I) Gastric cancer For long, surgery has been the main treatment of gastric cancer, but new systemic therapies are being introduced. Up until now the type of treatment largely depends on the stage of the disease. However, our group has recently shown that gastric carcinomas are heterogeneous in their molecular profiles depending on many patient and tumor characteristics. These differences could explain why only approximately 30% of patients respond to chemotherapy. (II) Colorectal cancer (CRC). CRC biologically is a heterogeneous disease, and therefore prognosis and response to chemotherapy are highly variable. Nevertheless, most patients are treated empirically with regimens containing (oral) 5-fluorouracil (5FU) formulations, usually combined with oxaliplatin or irinotecan, while novel targeted therapies containing e.g. cetuximab or bevacizumab will be implemented shortly. For several biological factors like microsatellite instability (MSI) and a number of chromosomal aberrations, like


loss of 18q and gain of 20q, an association with response to chemotherapy or prognosis has been determined, which includes work of our own group. Genomics from technique to therapy Research within the Micro Array (MA) facility at VUMC focuses on the development of genomic techniques for implementation in research, prognostic and diagnostics of diseases. We aid in the implementation from technique to therapy. Thereby we primarily focus on cancer and but also hereditary, inflammatory and communicable diseases. Chromosomal copy numbers are a hall mark of cancer and bear much specificity. We stratify patients based on these copy numbers, by embryological origin, patient prognosis and therapy. The aim of our research is personalized therapy through genomic stratification. We develop, implement and provide the technologies, equipment and data-analysis infrastructure for personalized therapy through genomics, whilst disseminating our progress through (scientific) publications, conferences and (online) media. More information: http://www.vumc.com/afdelingen/microarrays/ ICT infrastructure for translational research (=bestaande tekst) The Translational Research Working Group of the NIH defines Translational Research in the following way: "Translational research transforms scientific discoveries arising from laboratory, clinical, or population studies into clinical applications to reduce cancer incidence, morbidity, and mortality." Large scale translational research projects like CTMM DeCoDe (http://www.ctmm.nl/pro1/general/start.asp?i=2&j=5&k=0&p=0&itemid=114) require substantial efforts in data and biobanking, starting with standardized collection and storage protocols for biosamples and clinical data down to data handling and analysis. To this end appropriate physical and ICT infrastructure needs to be put into place using proven technology according to best industrial practices. This will facilitate massive cross talk between the different research projects and will lead to comprehensive utilization of findings generated within the research projects. During the alast years we initiated the CTMM TraIT (Translational research IT) project http://www.ctmm.nl/pro1/general/start.asp?i=6&j=1&k=0&p=0&itemid=330 aiming at the development of a long-lasting IT infrastructure for translational medicine that will facilitate the collection, storage, analysis, archiving, sharing and securing of the data generated in the CTMM’s operational translational research projects. The TraIT project will build on existing expertise to create an IT infrastructure that will help to accelerate the translational research in the Dutch Life Sciences and Health sector. A research environment will be created to expedite new discoveries and innovations to improve the medical care for patients. The TraIT project is a joint initiative between CTMM, Dutch Cancer Society, Dutch Heart Foundation, the Netherlands Federation of University Medical Centers (NFU), the Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC), the String of Pearls Initiative (PSI) and the Netherlands eScience Center (NLeSC). Digital microscopy Histology is the backbone of oncology and many other areas of biomedical research. Yet, standard histopathological evaluation still implies subjective and time consuming assessment of microscopic slides. At the same time, biomedical research is witnessing a revolution in high throughput functional assays (e.g. siRNA libraries, rescue screens) and molecular biology (expression microarrays, arrayCGH, proteomics). Before the results of these efforts can be translated into clinical applications, confirmation of these findings in human tumour and other tissues, frequently by immunohistochemistry and in situ hybridization, is mandatory. To facilitate this and to keep in pace with the high throughput methods mentioned above, an up scaling of technology in the pathology research lab is required. The aim of our program is the implementation and/or development of image processing algorithms and applications (with an emphasis on tissue micro array (TMA) image analysis) that will assist pathologists and biologists in obtaining quantitative information from microscopic images for making objective diagnostic, prognostic and therapeutic decisions, and to integrate this with the bioinformatics infrastructure of other (high throughput) research facilities on the campus like the microarray and proteomics core facilities. Publications: 11; 20; 23; 25; 34; 36; 41; 47; 51; 57; 67; 80; 85; 86; 91; 99; 113; 115; 116; 122; 128; 129; 140; 143; 143; 160; 161; 164; 165; 178; 179; 191; 198; 198; 208-210; 219; 247 Theses: 1, 3, 15 Projects: 10, 16, 23 – 44, 108 – 112


Lymphomas Staff Saskia Cillessen PhD – staff member Daphne de Jong MD PhD – staff member Chris Meijer MD PhD - staff member Inhibition of cell death in the pathogenesis of lymphomas Inhibition of cell death including apoptosis is a crucial step early in the pathogenesis of lymphomas because a) dividing non-neoplastic lymphocytes have a limited lifetime and die via apoptosis and b) neoplastic cells accumulate genetic aberrations including oncogene activations that in normal cells result in stress-induced apoptosis. Inhibition of cell death is not only important in the development of lymphomas but is also a major factor causing intrinsic resistance of tumor cells to chemotherapy in chemotherapy-refractory patients. Identifying the cell death inhibiting mechanisms in these lymphomas may allow the development of specific strategies that neutralize these mechanisms and tailoring therapy. Our research is focused on - identification of defects in cell death pathways in Non-Hodgkin lymphomas - understanding of the mechanisms causing resistance to cell death and investigation whether these cell death inhibiting mechanisms are related to a poor clinical response to chemotherapy - determination of optimal strategies to kill lymphoma cells by targeting specific apoptosis inhibiting molecules or by triggering alternative pathways of cell death - predefinition of patients that will benefit of a specific therapy - predefinition of lymphomas or precursor cells which will transform to a (more aggressive) lymphoma Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) DLBCL is the most frequent type of non-Hodgkin Lymphoma in adults. Treatment has been based on R-CHOP for years resulting in a 5-year survival of 30-80% and 50% long-term survival. From a biological point of view, DLBCL is a heterogeneous group of diseases in which several different oncogenetic pathways play a role. Information on genetic and epigenetic alterations may be used for refined classification, but increasingly so as potential tools for treatment stratification. Gene expression profiling (GEP) studies have revealed a major dichotomy in germinal center B-cell like (GCB) and activated B-cell like (ABC). Both classes are characterized by various molecular alterations that are enriched, but not unique to these classes. Moreover, next-generation sequencing results revealed also classes of alterations that are relatively independent on the GCB/ABC dichotomy. The availability of newly developed compounds brings targeted treatment based on the specific driving alterations in DLBCL within reach. It is the aim to launch a clinical trial with a Bayesian randomized design for targeted treatment in DLBCL by HOVON within 3 years. Follicular lymphoma (FL) FL is the prototypical indolent B-cell lymphoma and thereby a model for a larger group of lymphoid diseases. Little is known about the early phases of oncogenesis in FL and early interactions between B-cells and their immune microenvironment We focus our research on - the development of a molecular diagnostic tool for differential diagnosis of DLBCL and BL - the development of tools for targeted treatment in DLBCL - understanding of the oncogenesis of subtypes of DLBCL Projects: 11 – 14, 113

Tumorimmunology Staff Erik Hooijberg PhD - program leader Rik Scheper PhD – academic staff George Scheffer PhD - postdoc 48 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

Annelies Turksma MSc - PhD student Cancer immunomonitoring and therapy In vivo targeting and modulation of dendritic cells (DC) and the use of NKT and γδT cells for tumor immunotherapy. This research line encompasses promising approaches to the induction and monitoring of anti-tumor immune responses. Since cancer cells can obstruct immune reactivity at various levels, identification of ways to circumvent immune tolerance will be critical for successful translation of such approaches into efficacious immunotherapies in clinical cancer. The aims of our research are - Identification of optimal strategies for clinical DC targeting, and unravelling mechanisms maintaining tumor tolerance - Introduction of drugs identified for their possible tolerance reversal potencies into (pre)clinical trials, such as cytokines (e.g. GM-CSF, IL-12), chemokines (e.g. CXCL12), microbial TLR-ligands (e.g. CpG), and mAbs and drugs (e.g. anti-CTLA4, anti-CD40, anti-PD1 (VEGF-R) tyrosine kinase inhibitors, KRN7000). Harnessing the anti-tumor effects of NKT and γδT cells. - Development of phenotypic and functional assays in aid of therapy monitoring. Expression profiling will be set up for tumor infiltrating lymphocytes of tumor draining lymph node derived lymphocytes. Publications: 2; 65; 66; 76; 100; 104; 130; 131; 152-154; 156; 188-190; 212; 213; 239 Theses: 9, 13 Projects: 20, 73 – 76, 83 – 85

EBV related cancers Staff Jaap Middeldorp PhD - program leader Astrid Greijer PhD - postdoc Michiel Pegtel PhD - postdoc Evelien Hoebe MSc - PhD student Frederik Verweij MSc - PhD student Zlata Novalic - PhD student Octavia Ramayanti - PhD student Diagnostic and pathogenic markers Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous human herpesvirus etiologically linked to multiple acute, chronic and malignant disease syndromes. In past years we have identified and validated the use of various (anti-) viral markers in patients with different EBV-linked diseases and developed new methods and guidelines for diagnosis. We have developed a unique series of pathogenic and diagnostic markers. These markers and methods are now being implemented in a worldwide network of collaborations for monitoring transplant recipients, patients with different haematological disease, HIV carriers with lymphadenopathy, patients with chronic fatigue syndrome and autoimmune diseases like SLE and MS and patients with various lymphomas and carcinomas. Oncogenesis and treatment EBV is associated with an increasing number of diseases. EBV is classified as a class-I carcinogen causally implicated in multiple lymphomas and carcinomas. During lifelong persistence EBV hides latently in memory B-cells and preferentially replicates in epithelial cells. EBV-driven malignant disease is closely linked to the viral latent state, although serological evidence suggests a role for virus replication in early stages, which can be exploited for diagnosis. Viral DNA load proved useful in diagnosis and monitoring of both carcinomas and lymphomas. Profiling of EBV latent (LMP-1,-2 and EBNA-1,-2, BARF1) and lytic genes (ZEBRA, TK, VCA p18) reveals viral activity in the different malignancies. Our aims are


-

to further improve the (early) diagnosis by viral load in combination with serology and implementing new methylation markers. The viral load will be used for monitoring therapy in blood and tumour samples to develop diagnostic assays for monitoring the CLVA therapy based upon lytic components (RNA and proteins) and cell free virion quantification characterization of a carcinoma specific oncogene BARF1, function and presences of the secreted protein in body fluids

Exosomes in pathogenesis of cancer and immune disorders Cancer profiling through accessible and reliable prognostic biomarkers is paramount for early detection and effective therapy. The presence of microRNAs (miRNA) containing exosomes in biofluids opens unique possibilities in using circulating tumor-derived RNAs as ‘easily accessible surrogate biomarkers’. However a single RNA biomarker is only in rare cases informative on the disease state and clinically relevant information maybe ‘lost’ in complex clinical specimens. Our Previous studies using a viral (EBV) infection as a model, provided the first proof that miRNAexchange via exosomes is functional and occurs between cells in humans, raising the possibility that this method of cell-cell communication may contribute to and participate in tumorigenesis. To extract clinically relevant information from tumor exosomes we performed deep sequencing analysis and determined which cellular miRNAs are most abundant and which maybe precluded from secretion by cancer cells. The exosomal miRNAome is highly complex and to a large degree similar, but certainly not identical to the smallRNAome from the tumor cells producing them. We also identified several candidate RNA-binding proteins that may drive the incorporation of tumor exosome associated small RNAs “TEASRs” into exosomes that may promote the oncogenic process. Finally using computational analysis it seems possible to construct ‘minimal’ tumor specific miRNA profiles in tumor tissues and tumor cell-lines and we wish to investigate whether these tumor associated profiles are present in tumor exosomes circulating in patient bodily fluids. Since the presence of microRNAs (miRNA) containing exosomes in biofluids opens unique possibilities in using circulating tumor-derived RNAs as ‘minimally invasive surrogate biomarkers’ the aims of our research are - To characterize the exosomal miRNA communication pathway at the molecular level using RNAomic and proteomic driven approaches to identify novel early-stage cancer biomarkers. - to combine experimental and computational analysis in constructing tumor specific miRNAs profiles in tumor cell-lines and exosomes and to validate these minimal profiles in tumor tissues and circulating exosomes isolated from patient sera. - to study the functional significance of exosome-driven secretion of material (i.e. proteins and RNAs) during the various steps of the tumorigenic process and to learn how this process influences post-transcriptional gene expression, oncogenic signalling and immune-escape to support tumor growth. Chronic inflammatory diseases such as systemic lupus erythematosus (SLE), represent a major challenge for both clinical research and patient care, and evidence indicates that these disorders develop as a result of complex gene-environment interactions. Despite the identification of many potential susceptibility genes by genome-wide association studies they seem to explain only a very small proportion of disease heritability. A better understanding of their cause-and-effect relationship may provide a basis for new diagnostic tools, therapy and prevention. We found a molecular link between Epstein Barr virus infection (EBV) and SLE that may explain the chronic activation of type I IFN responses via innate receptors. Systemic lupus erythematosus (SLE), represent a major challenge for both clinical research and patient care, and evidence indicates that these disorders develop as a result of complex gene-environment interactions. Therefore we aim to exploit circulating RNAs of viral origin as clinical SLE biomarkers and to decipher the molecular pathways by which EBV contributes to the pro-inflammatory release of cytokines in SLE patients as a driver of autoimmunity. Publications: 29; 75; 81; 103; 111; 119; 127; 134; 135; 142; 227; 241] Projects: 54 – 63, 67 – 69

Head- and neck cancer Staff Elisabeth Bloemena MD PhD - program leader 50 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

Prof.dr. I. van der Waal - academic staff Heinze Matse - PhD student Characterization of salivary gland tumors Salivary gland tumors are a very heterogeneous group of tumors. The most recent WHO classification recognizes more than 40 different subtypes. These tumors are relatively rare with an incidence of 1-10 cases per 100,000 population. Although most tumors are benign, ca 5% of these tumors recur, posing considerable problems in clinical management. Until now, little is known about the oncogenesis of these tumors, and the characteristics associated with prognosis. The aim of this research line is to improve classification of salivary gland tumors and to develop markers useful for prognostication. Collaboration with the department of otorinolaryngology and head and neck surgery In close collaboration with the department of otorinolaryngology and head and neck surgery we focus on the characterization of (pre)malignant lesions of head and neck tumors. To this aim we develop methods to improve prediction of malignant transformation in (erythro)leukoplakia. In addition we develop molecular markers to predict recurrence in squamous cell carcinoma of head and neck and we develop a genetic profile that predicts the chance of (development of) lymph node metastases in head and neck squamous cell carcinoma. We also study the incidence, epidemiology and genetics of HPV related oropharyngeal carcinomas. With respect to the sentinel node concept in head and neck cancer we work on a proof of concept of this concept in H&N squamous cell carcinomas, also after prior treatment of the neck, compared to the strategy of wait-and-FNAC. Periimplantitis and implant loss after irradiation In HNSCC patients with postoperative irradiation, 50% of patients fail after oral rehabilitation with periimplantitis This project aims to investigate the factors that determine this, both at the level of theinflammatory response in the mucosa and at the level of bone metabolism. Placing dental implants in previously irradiated tissue is a clinical challenge: peri-implantitis and osteoradionecrosis (ORN) are frequently observed, resulting in implant loss in up to 22% of patients. Osteoradionecrosis is a severe complication from radiotherapy resulting in substantial morbidity, in advanced cases, large recontructive surgical procedures are needed to maintain oral function.This study aims to investigate the process of irradiation-induced changes in jaw bone and oral (sub)mucosa on molecular and cellular level. By investigating the pathophysiological processes in the tissues, we hope to discover patterns that can be used to predict future peri-implantitis, implant loss and ORN. Publications: 6; 14; 22; 33; 45; 60; 73; 87; 88; 107; 117; 118; 202-205 Projects: 7

Melanoma Staff Wolter Mooi MD PhD - program leader Daniél Peeper - academic staff Towards improved melanoma treatment: gene identification, in vivo modeling and drug target discovery Melanoma is amongst the most aggressive malignancies occurring in man, posing a substantial threat to the patient even when the primary tumor has reached a thickness of only a few millimeters. The presence of distant metastasis is associated with a grim prognosis, since none of the currently used systemic therapies offers a chance of cure. About half of patients succumb to tumor metastasis when the thickness of the primary is 4 mm. As melanoma shows a disconcertingly rapid increase in incidence too, there is an urgent need to improve treatment. Melanocytic nevus (mole) is a very common, small, benign tumor of cutaneous melanocytes. Most arise in childhood and adolescence. Nevi typically show little proliferative activity and are the benign counterparts of malignant melanoma. Their oncological importance is twofold: melanocytic nevi may give rise to melanoma, and secondly, some nevi are difficult or impossible to distinguish with certainty 51 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

from melanoma and vice versa. At present, key questions are what genetic factors contribute to development and proliferative standstill of nevi, as well as to melanoma development and progression, and which melanoma factors (or pathways) correspond to druggable targets for therapeutic intervention. We have therefore developed three core objectives -

Identification, validation, function and molecular mechanism of (epi-) genetic events causing nevogenesis. Function-based genome-wide identification of melanoma-susceptibility genes. Discovery of specific druggable targets in melanoma.

Publications: 1; 112; 170; 185; 200; 246 Theses: 14, 16 Projects: 64

Brain tumors Staff Pieter Wesseling MD PhD – program leader Hinke van Thuijl MSc – PhD student Primary tumors of the Central Nervous System (CNS) are relatively rare, but many of these tumors (esp. glial neoplasms) are so far incurable and carry a high disease burden (morbidity, mortality). These tumours thus represent a dreadful example of an ‘unmet clinical need’. Recently, CNS tumors were designated as one of the five ‘top-priority cancer types’ in the Oncology Institute of the VUmc. Further elucidation of the molecular background of these neoplasms will contribute to the identification of targets for improving therapeutic efficacy in patients carrying these tumors. To contribute to this goal, the Neuro-oncology Research Group (NRG) was established in the VUmc about a four years ago by the Dept. of Neurosurgery (Prof. dr. W.P. Vandertop; co-directors of the NRG at present Dr. T Würdinger/Dr. D. Noske). Soon after, different other disciplines of the VUmc started to structurally participate in the NRG (esp. Pediatric Oncology, Medical Oncology, Neurology). In Nov. 2010 Prof. dr. P. Wesseling was appointed at the Dept. of Pathology of the VUmc as neuropathologist with special focus on neuro-oncology, also with the purpose to act as a key member of the NRG. The research of NRG has a broad scope, important focus points being the identification of novel molecules that can be used as markers/targets for the development of new therapeutic approaches, the development of relevant preclinical models for different types of (esp. glial and/or pediatric) tumors, the development of innovative (imaging-)approaches for detection and monitoring tumor growth. In recent years, the NRG has been very successful in obtaining funding for performing the research that was envisioned to be necessary to make progress in the area of diagnosis and treatment of tumors of the CNS. The research of the Neuro-oncological Research Group (NRG) has a broad scope. Several important focus points in the research on tumors of the CNS are the identification of novel molecules that can be used as markers/targets for the development of new therapeutic approaches, the development of relevant preclinical models for different types of (esp. glial and/or pediatric) tumors, the development of innovative (imaging) approaches for detection and monitoring tumor growth and, last but not least, the translation of the results obtained in the preclinical phase into the clinic. Publications: 27; 43; 146; 176; 177; 192; 237 Theses: 17 Projects: 104 – 106, 112

8.2

Neuropathology

Neurodegenerative disorders Staff Annemieke Rozemuller MD PhD - program leader Saskia M. van der Vies PhD - program leader


Jeroen Hoozemans PhD - postdoc Anna Carrano MSc - PhD student Ienas Idriss MSc - PhD student Pathology of neurodegenerative diseases Protein misfolding and disturbed proteostasis are key events in many neurodegenerative disorders. In general, protein aggregates and inclusion in Alzheimer’s disease (AD) are composed of either Amyloid-beta or tau, in Parkinson’s disease (PD) and dementia with Lewy bodies (DLB) of alphasynuclein, in Creutzfeldt-Jakob disease (CJD) of prion protein and in frontotemporal lobar degenerations (FTLD) of tau, TDP-43, Fus and/or ubiquitin. Genetic and environmental factors responsible for protein misfolding and formation of these aggregates vary between disorders. Age remains a universal risk factor and age-associated decline in proteostasis, enables disease-linked proteins to adopt aberrant tertiary structures that accumulate as higher-ordered aggregates, and cause a myriad of cellular dysfunctions and neuronal death. In addition, neuroinflammation and vascular factors play an essential central role in the build-up of protein aggregates and neurodegeneration in the brain. The future resolution of molecular pathogenesis and subsequent diagnostics and therapeutics will depend on systematic analysis of human brain tissue. The aims of our research program are - Improve diagnostics and classification of neurodegenerative diseases - Unravel mechanisms of neurodegeneration with emphasis on proteostasis and neuroinflammation - Translate neuropathology: identification of drug targets and biomarkers Publications: 24; 28; 44; 46; 53; 55; 59; 78; 79; 82-84; 90; 124; 125; 151; 157; 180; 222; 242-245 Theses: 6, 8 Projects: 70 – 72, 102, 103

White matter disorders Staff Paul van der Valk MD PhD - program leader Sandra Amor PhD - academic staff Peter van den Elsen PhD - academic staff Evert Jan Kooi - PhD student Maarten Witte - PhD student Chris Verlaan MSc - PhD student Baukje van der Star - PhD student Laura Peferoen - PhD student Philip Nijland - PhD student Multiple Sclerosis MS is a central nervous system disease, characterized by demyelination, neurodegeneration and a varying degree of inflammation that may be primary or occur secondary to myelin damage. The long held belief that MS is an autoimmune disease in which the peripheral immune system attacks CNSantigens is gradually being challenged and the possibility that processes indigenous to the CNS trigger disease is increasingly gaining attention. This research line is directed at elucidating the pathogenetic mechanisms underlying both white and gray matter lesions in MS. Our main topics include - role of inflammation (inside the brain compartment and the meninges) and the potential role of Epstein-Barr virus in induction of the immune response. - differences in the pathology of gray versus white matter lesions including the hypothalamus, hippocampus, spinal cord and the pathological characterization of abnormalities seen on MRI scans. - the role of the mitochondrion as a cause of primary or secondary neurodegeneration. - the characterization of a potentially very early lesion in the disease process, the preactive lesion. - aspects of remyelination in MS and the cuprizone model 53 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

role of autoimmunity to neuronal antigens in MS epigenetic mechanisms in microglial activation and monocyte/macrophage differentiation in MS and EAE - characterization of innate immune responses in MS To examine the mechanisms underlying these aspects of pathology we have implemented animal models of MS and have established in vitro human CNS cultures These models in conjunction with neuropathological studies of MS allow translation to the clinic. -

Congenital White Matter Disease There is a large number of congenital diseases, characterized by abnormal myelination, all rare. Prof. M. van der Knaap (VUmc) has a unique expertise in this field and has characterized at least 2 “new” disease entities. The pathological characterization of these has been the project of P. van der Voorn. The genes for these diseases have been characterized and as a follow-up of an NWO project (conditional) knock-out mice for these genes have been generated. The characterization of the pathology of these mice, spontaneous and after interventions is the subject of a project (M. Bugiani). This project is directed by Prof. van der Knaap, with M. Bugiani as an AGIKO positioned at the department of Pathology. The knock-out mice of the genes of 2 of these diseases took a long time to materialize, but very recently they came into being and M. Bugiani will now start characterizing them. Although the primary cause of multiple sclerosis (MS) is unknown, the widely-accepted view is that aberrant (auto)immune responses possibly arising following infection(s) are responsible for the destructive inflammatory demyelization and neurodegeneration in the central nervous system (CNS). This notion and the limited access to human brain tissue early in the disease has led to the development of different in vitro human culture systems as well as animal models to research the disease. These models are used alongside human pathological studies to uncover novel pathways and molecules that can be exploited for therapeutic strategies and biomarkers for translational studies. In brief the aims of these studies therefore are to: - elucidate the (earliest) steps in lesion formation in MS - validate in vitro models to modulate the disease process - improve MRI diagnostics of MS - understand regional differences within the CNS in MS - clinical translation including identified drug targets and biomarkers Publications: 4; 5; 8; 12; 26; 37; 48; 68; 71; 92-94; 97; 98; 141; 158; 168; 169; 171; 172; 194-196; 199; 207; 214-217; 223 Projects: 1 – 6, 15, 94


8.3

Cardiovascular pathology

Cardiovascular inflammation Staff Hans Niessen MD PhD - program leader Katrien Grünberg MD PhD - academic staff Paul Krijnen MD PhD – post doc Frank van der Goot - PhD student Nynke Hahn MD - PhD student Inflammation in the cardiovascular system Inflammation of the cardiovascular system is a central denominator in cardiovascular disease. It not only is the cause of cardiovascular disease in general, but at the same time it is propagated by the disease itself and/or therapeutical intervention. As such inflammatory mediators form diagnostic and prognostic biomarkers for the disease process and therapeutical interventions. We are studying this at the level of - bloodvessels (venous bypass graft failure, aortic valve disease, wound healing, diabetes, pulmonary vasculature in PH) - ischemia and/or myocarditis (infectious and non-infectious) Our aims are to get insight in the pathophysiology of (cardiovascular, pulm. vascular) inflammation, to develop diagnostic and prognostic biomarkers (inflammatory mediators) end to develop biomarkers to evaluate new therapies. Therefore we evaluate inflammatory mediators in cardiovascular and pulmonary vascular disease as putative new biomarkers in human and animal tissue banks, we study their mechanisms of binding and activation on/in endothelial cells, smooth muscle cells and cardiomyocytes and we evaluate inhibitors of these mediators as proof-of-principle in animal models. Publications: 7; 19; 39; 49; 50; 56; 62; 63; 89; 101; 102; 120; 132; 155; 162; 163; 206; 230; 234236 Theses: 4 Projects: 65 – 66, 112

8.4

Immunology

Immunogenetics Staff Servaas Morré PhD - program leader Bart Crusius PhD - academic staff Sander Ouburg PhD - postdoc Immunogenetics of chronic inflammatory, auto-immune and infectious diseases The focus of our basal and translational research is on genetic susceptibility, environmental & infectious factors, pre-malignant conditions and gastric cancer risk in the European population Mucosal infection and chronic inflammation contribute to the development of gastric cancer. We are studying genetic susceptibility and environmental factors as an integrated model of gastric carcinogenesis. In addition we study the immunogenetics and environmental factors in infectious diseases. The 55 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

differences in the clinical course of infectious diseases depend on behavioral, environmental, bacterial & viral and host factors. Infections of main interest are Chlamydia, HPV, and bacterial meningitis. We investigate the immunogenetics of chronic inflammatory and autoimmune diseases rheumatoid arthritis, ankylosing spondylitis, multiple sclerosis (MS), inflammatory bowel diseases ulcerative colitis and Crohn's disease (IBD), and coeliac disease to gain insight into the susceptibility to, severity of, and clinical course of these diseases (IBDchip, MSchip) in order to assess prognostic factors. Both genetic epidemiological and functional studies are used in well-defined clinical cohorts as compared to control populations to further unravel the genetic basis of these complex diseases. With respect to diagnostics the main prognostic value is excluding celiac disease in suspected individuals. The value of potential IBD and Rheumatic disease markers are being explored. The IBDchip Project is developing an easy to use DNA array. This non-invasive tool will allow the simultaneous analysis of around 230 relevant polymorphisms to predict the clinical evolution, the risk of developing IBD-related complications, and the likelihood of responding to certain drugs of each IBD patient. In addition, this Chip approach is being used for other research lines in our laboratory. Publications: 9; 18; 32; 40; 126; 136; 137; 144; 145; 147-150; 228 Theses: 7, 12

Immunoprofiling Staff Mary von Blomberg PhD - program leader Ingrid Hoogstraten PhD - academic staff Hetty Bontkes PhD - academic staff Sascha Gross – PhD student Research and development in medical immunology aims at identification, evaluation and optimization of diagnostic and prognostic in vitro parameters for patients with chronic inflammatory disease and malignancy, with focus on T cell mediated pathology, such as coeliac disease and contact allergy. In collaborative studies with various VUmc partners, complementary studies on conditions determining the individual immune responsiveness are explored, such as nutritional status, hormonal status, recent trauma, malignancy or the presence of regulatory cells. Immunoprofiling in chronic inflammatory disease: coeliac disease (CD) Refractory celiac disease (RCD) and enteropathy associated T cell lymphoma (EATL) are life threatening complications of CD and occur preferably in patients diagnosed in adulthood. Early identification of the risk for developing CD, RCD and EATL is therefore essential and requires adequate diagnostic/prognostic tests. The aims of this researchline are: to develop adequate tests for - identification of risk for CD / early diagnosis of CD - identification of risk for RCD (monitoring of CD) - identification of risk for EATL (monitoring of RCD) - to build a (R)CD biobank Immunoprofiling in chronic inflammatory disease: contact allergy Since In vivo skin tests often fail to reflect local and systemic pathology due to oral metal exposure (Ni, Pd, Co, Cr, Hg, Au and Mo), new diagnostic tests are required. Therefore we focus on the development of new diagnostic tests - for metal allergy as well as for other T cell mediated allergies - for immune alarming effects of metals in relation to allergenicity and AID. Immunoprofiling in chronic inflammatory disease: autoimmune disease (AID) In AID new biomarkers for risk detection and therapy responsiveness are being identified by expression arrays (Verweij et al), which then require prospective clinical validation. We aim at the translation of molecular disease profiling into clinically applicable prognostic and diagnostic assays. Immunoprofiling in malignancy 56 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

Extensive tumour-immunological research and monitoring is now being performed at the Cancer Center Amsterdam by de Gruijl, Hooijberg, Pegtel and Cillessen of our department. Validation and implementation of newly developed assays in a diagnostic setting are facilitated by the Medical Immunology unit with the aim to translate tumour-immunological know how into clinically applicable prognostic and diagnostic assays. Immunoprofiling in other diseases The aim of this line is to support and facilitate immunomonitoring studies of VUmc patients, provided that financial support is guaranteed and that it will contribute to new diagnostic tools. Publications: 54; 123; 174; 175; 183; 218; 221 Projects: 8, 9, 77 – 83, 112

Inflammatory disease profiling Staff Cor Verweij PhD - program leader Tamara de Jong - PhD student Joyce Lübbers MSc – PhD student Sander de Ridder MSc - PhD student Saskia Stahlecker-Vosslamber MSc - PhD student Marjolein Blits MSc - PhD student Chronic inflammatory diseases like rheumatoid arthritis (RA) and multiple sclerosis are heterogeneous disorders leading to disability and serious loss of quality of life. Currently, no curative treatment is available, and patients are subjected to a prolonged course of treatment. Because of the high specificity and limited side effects, application of targeted therapies using various biologics is rapidly changing the outcome of RA. Evidence is accumulating that postponing the onset and, in established disease, drug free remission may be achieved if effective treatments are started in a timely manner. Despite the availability of highly effective treatment options, the inter-individual variation in the onset, course of disease progression, and response to therapy, makes treatment of chronic inflammatory diseases difficult. Timing of effective treatment is essential for the final outcome and for prevention and retardation of tissue degeneration. Clinical balancing between applying timely and effective treatment but preventing unnecessary ineffective, costly, and potentially aggressive treatment is at present one of the main challenges in disease management. Hence, the ability to reach a timely outcome in preclinical and early disease, and to predict response are currently unmet needs in effective disease management of RA patients. We hypothesize that insight in molecular and inflammatory pathways driving chronic inflammatory diseases allows biomarker discovery and development, which will enable tailored approaches to treatment. The overall goal of this research program is to generate tools and prediction rules for decision making in clinical practice to start or adapt effective therapy, at the time when possible preventive opportunities exist, at diagnosis and at the moment of treatment. Therefore we will transform knowledge from molecular and immunological research to the benefit of effective treatment and eventually prevent and cure disease. Specific aims are: - To understand the molecular and immunological basis of disease heterogeneity in rheumatic diseases, in particular RA and SLE, and MS - To select biomarkers that have clinical relevance in RA, SLE and MS - To identify and validate biomarkers or a biomarker set at baseline that is predictive for the development of RA - To identify and validate biomarkers or a biomarker set at baseline that is predictive for response to therapy Publications: 61;77;121;138;224-226;232;233 Projects: 95 – 101 Miscellaneous publications: 21;, 139;, 159;, 201;, 220;, 223;, 240 57 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

8.5

Publications References

1. Adank MA, Jonker MA, Kluijt I, van Mil SE, Oldenburg RA, Mooi WJ, Hogervorst FBL, van den Ouweland AMW, Gille JJP, Schmidt MK, van der Vaart AW, Meijers-Heijboer EJ, Waisfisz Q. CHEK2*1100delC homozygosity is associated with a high breast cancer risk in women. J MED GENET 2011;48:860-863. 2. Agarwal S, van de Loosdrecht AA, Alhan C, Ossenkoppele GJ, Westers TM, Bontkes HJ. Role of immune responses in the pathogenesis of low-risk MDS and high-risk MDS: implications for immunotherapy. BRIT J HAEMATOL 2011;153:568-581. 3. Alibegashvili T, Clifford GM, Vaccarella S, Baidoshvili A, Gogiashvili L, Tsagareli Z, Kureli I, Snijders PJF, Heideman DAM, van Kemenade FJ, Meijer CJLM, Kordzaia D, Franceschi S. Human papillomavirus infection in women with and without cervical cancer in Tbilisi, Georgia. Cancer epidemiology 2011;35:465-470. 4. Amor S, Huizinga,R. Autoimmunity to neuronal antigens in neurological disorders. USA: Nova Publishers, 2011. 5. Annenkov A, Rigby A, Amor S, Zhou DM, Yousaf N, Hemmer B, Chernajovsky Y. A chimeric receptor of the insulin-like growth factor receptor type 1 (IGFR1) and a single chain antibody specific to myelin oligodendrocyte glycoprotein activates the IGF1R signalling cascade in CG4 oligodendrocyte progenitors. Biochim Biophys Acta Mol Cell Res 2011;1813:1428-1437. 6. Baart JA, Bretschneider JH, de Visscher JGAM, van der Waal I. Diseases of the maxillary sinus: an overview for the dentists. Minerva stomatologica 2011;60:243-250. 7. Bailey JA, Wang YS, van de Goot FRW, Gerretsen RRR. Statistical analysis of kerf mark measurements in bone. Forensic Science, Medicine, and Pathology 2011;7:53-62. 8. Baker D, Gerritsen WH, Rundle J, Amor S. Critical appraisal of animal models of multiple sclerosis. MULT SCLER 2011;17:647-657. 9. Bax CJ, Quint KD, peters RP, Ouburg S, Oostvogel PM, Mutsaers JA, Dorr PJ, Schmidt S, Jansen C, Leeuwen AP, Quint WG, Trimbos JB, Meijer CJLM, Morre SA. Analyses of multiplesite and concurrent Chlamydia trachomatis serovar infections, and serovar tissue tropism for urogenital versus rectal specimens in male and female patients. SEX TRANSM INFECT 2011;87:503-507. 10. Becker A, Crombag L, Heideman DAM, Thunnissen FBJM, van Wijk AW, Postmus PE, Smit EF. Retreatment with erlotinib: Regain of TKI sensitivity following a drug holiday for patients with NSCLC who initially responded to EGFR-TKI treatment. EUR J CANCER 2011;47:26032606. 11. Belt EJTH, Fijneman RJA, van den Berg EG, Bril H, van Diemen PM, Tijssen M, van Essen HFB, de Klerk ESM, Belien JAM, Stockmann HBAC, Meijer S, Meijer GA. Loss of lamin A/C expression in stage II and III colon cancer is associated with disease recurrence. EUR J CANCER 2011;47:1837-1845. 12. Biancheri R, Zara F, Rossi A, Mathot M, Nassonge MG, Yalcinkaya C, Erturk O, Tuysus B, Di Rocco M, Gazzerro E, Bugiani M, van Spaendonck R, Sistermans EA, Minetti C, van der Knaap MS, Wolf NI. Hypomyelination and congenital cataract: broadening the clinical phenotype. ARCH NEUROL-CHICAGO 2011;68:1191-1194.


13. Bleeker MCG, Heideman,DAM, Snijders,PJF, Horenblas,S, Meijer,CJLM. Epidemiology of penile cancer and its precursor lesions. In: Muneer A, Arya M, Horenblas S, eds. Textbook of penile cancer. Springer, 2011. 14. Bodner L, Manor E, Shear M, van der Waal I. Primary intraosseous squamous cell carcinoma arising in an odontogenic cyst - a clinicopathologic analysis of 116 reported cases. Journal of Oral Pathology and Medicine 2011;40:733-738. 15. Bogaards JA, CoupÃ© VMH, Meijer CJLM, Berkhof J. The clinical benefit and costeffectiveness of human papillomavirus vaccination for adult women in the Netherlands. Vaccine 2011;29:8929-8936. 16. Bogaards JA, CoupÃ© VMH, Xiridou M, Meijer CJLM, Wallinga J, Berkhof J. Long-term Impact of Human Papillomavirus Vaccination on Infection Rates, Cervical Abnormalities, and Cancer Incidence. Epidemiology 2011;22:505-515. 17. Bogaards JA, Krezschmar M, Xiridou M, Meijer CJLM, Berkhof J, Wallinga J. Sex-specific immunization for sexually transmitted infections such as human papillomavirus: insights from mathematical models. PLOS MED 2011;8. 18. Bongaerts M, van de Bovenkamp JH, Morre SA, Manders ME, Heddema ER. Evaluation of the Siemens VERSANTÂ® CT/GC DNA 1.0 Assay (kPCR) for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae. J MICROBIOL METH 2011;87:139-142. 19. Boontje N, Merkus D, Zaremba R, Versteilen AMG, de Waard M, Mearini G, de Beer VJ, Carrier L, Walker LA, Niessen HWM, Dobrev D, Stienen GJM, Duncker DJ, van der Velden J. Enhanced myofilament responsiveness upon Î²-adrenergic stimulation in post-infarct remodeled myocardium. J MOL CELL CARDIOL 2011;50:487-499. 20. Bosch LJW, Carvalho B, Fijneman RJA, Jimenez CR, Pinedo HM, van Engeland M, Meijer GA. Molecular Tests for Colorectal Cancer Screening. Clin Colorectal Cancer 2011;10:8-23. 21. Bots J, Wijnaendts LCD, Delen S, Van Dongen S, Heikinheimo K, Galis F. Analysis of cervical ribs in a series of human fetuses. J ANAT 2011;219:403-409. 22. Bremmer JF, Brakenhoff RH, Broeckaert MAM, Belien JAM, Leemans CR, Bloemena E, van der Waal I, Braakhuis BJM. Prognostic value of DNA ploidy status in patients with oral leukoplakia. ORAL ONCOL 2011;47:956-960. 23. Brosens RPM, Belt EJTH, Haan JC, Buffart TE, Carvalho B, Grabsch H, Quirke P, Cuesta MA, Engel AF, Ylstra B, Meijer GA. Deletion of chromosome 4q predicts outcome in Stage II colon cancer patients. CELL ONCOL 2011;34:215-223. 24. Bruinsma IB, Jager M, Carrano A, Versleijen AA, Veerhuis R, Boelens W, Rozemuller JM, de Waal RM, Verbeek MM. Small heat shock proteins induce a cerebral inflammatory reaction. J NEUROSCI 2011;31:11992-12000. 25. Buffart TE, Louw M, van Grieken NCT, Tijssen M, Carvalho B, Ylstra B, Grabsch H, Mulder CJJ, van de Velde CJH, van der Merwe SW, Meijer GA. Gastric cancers of Western European and African patients show different patterns of genomic instability. BMC Medical Genomics 2011;4. 26. Bugiani M, Boor I, van Kollenburg BCAE, Postma N, Polder E, van Berkel C, van Kesteren RE, Windrem MS, Hol EM, Scheper GC, Goldman SA, van der Knaap MS. Defective Glial Maturation in Vanishing White Matter Disease. J NEUROPATH EXP NEUR 2011;70:69-82. 27. Caretti V, Zondervan I, Meijer DH, Idema S, Vos W, Hamans B, Bugiani M, Hulleman E, Wesseling P, Vandertop WP, Noske DP, Kaspers GJ, Molthoff CFM, WÃ¼rdinger T. Monitoring of tumor growth and post-irradiation recurrence in a diffuse intrinsic pontine glioma mouse model. BRAIN PATHOL 2011;21:441-451. 59 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

28. Carrano A, Hoozemans JJM, van der Vies SM, Rozemuller JM, van Horssen J, de Vries E. Amyloid beta induces oxidative stress mediated blood-brain barrier changes in capillary amyloid angiopathy. ANTIOXID REDOX SIGN 2011;15:1167-1178. 29. Casabonne D, Reina O, Benavente Y, Becker N, MaynadiÃ© M, ForetovÃ¡ L, Cocco P, GonzÃ¡lez-Neira A, Nieters A, Boffetta P, Middeldorp JM, de Sanjose S. Single nucleotide polymorphisms of matrix metalloproteinase 9 (MMP9) and tumor protein 73 (TP73) interact with Epstein-Barr virus in chronic lymphocytic leukemia: results from the European casecontrol study EpiLymph. HAEMATOL-HEMATOL J 2011;96:323-327. 30. Castellsagué X, DÃaz M, Vaccarella S, de SanjosÃ© S, MuÃ±oz N, Herrero R, Franceschi S, Meijer CJLM, Bosch FX. Intrauterine device and cervical cancer: we need more evidence Authors' reply. LANCET ONCOL 2011;12:1186-1187. 31. Castellsagué X, DÃaz M, Vaccarella S, de SanjosÃ© S, MuÃ±oz N, Herrero R, Franceschi S, Meijer CJLM, Bosch FX. Intrauterine device use, cervical infection with human papillomavirus, and risk of cervical cancer: a pooled analysis of 26 epidemiological studies. LANCET ONCOL 2011;12:1023-1031. 32. Christerson L, de Vries HJ, Klint M, Herrmann B, Morre SA. Multilocus Sequence Typing of Urogenital Chlamydia trachomatis From Patients With Different Degrees of Clinical Symptoms. SEX TRANSM DIS 2011;38:490-494. 33. Costa AF, Altemani A, Vekony H, Bloemena E, Fresno F, Suarez C, Llorente JL, Hermsen M. Genetic profile of adenoid cystic carcinomas (ACC) with high-grade transformation versus solid type. CELL ONCOL 2011;34:369-379. 34. Curvers WL, van Vilsteren FG, Baak LC, BÃ¶hmer C, Mallant-Hent RC, Naber AH, van Oijen A, Ponsioen CY, Scholten P, Schenk E, Schoon E, Seldenrijk CA, Meijer GA, ten Kate FJ, Bergman JJ. Endoscopic trimodal imaging versus standard video endoscopy for detection of early Barrett's neoplasia: a multicenter, randomized, crossover study in general practice. GASTROINTEST ENDOSC 2011;73:195-203. 35. de Bie RP, Schmeink CE, Bakkers JMJE, Snijders PJF, Quint WGV, Massuger LFAG, Bekkers R, Melchers WJG. The Indicating FTA Elute Cartridge: A Solid Sample Carrier to Detect High-Risk HPV and High-Grade Cervical Lesions. The Journal of molecular diagnostics 2011;13:371-376. 36. de Boer TE, Birlutiu A, Bochdanovits Z, Timmermans MJTN, Dijkstra TMH, van Straalen NM, Ylstra B, Roelofs D. Transcriptional plasticity of a soil arthropod across different ecological conditions. MOL ECOL 2011;20:1144-1154. 37. de Greef JC, Wang J, Balog J, den Dunnen JT, Frants RR, Straasheijm KR, Aytekin C, van der Burg M, Duprez L, Ferster A, Gennery AR, Gimelli G, Reisli I, Schuetz C, Schulz A, Smeets DF, Sznajer Y, Wijmenga C, van Eggermond MC, Ostaijen-ten Dam MM, Lankester AC, van Tol MJ, van den Elsen PJ, Weemaes CM, van der Maarel SM. Mutations in Z8T824 Are Associated with Immunodeficiency, Centromeric Instability, and Facial Anomalies Syndrome Type 2. AM J HUM GENET 2011;88:796-804. 38. de Kok IMCM, van der Aa MA, van Ballegooijen M, Siesling S, Karim-Kos HE, van Kemenade FJ, Coebergh JWW. Trends in cervical cancer in the Netherlands until 2007: Has the bottom been reached? INT J CANCER 2011;128:2174-2181. 39. de Man FS, van Hees HWH, Handoko ML, Niessen HWM, Schalij I, Humbert M, Dorfmuller P, Mercier O, Bogaard HJ, Postmus PE, Westerhof N, Stienen GJM, van der Laarse WJ, Vonk Noordegraaf A, Ottenheijm CAC. Diaphragm Muscle Fiber Weakness in Pulmonary Hypertension. AM J RESP CRIT CARE 2011;183:1411-1418. 40. Diaz-Gallo LM, Espino-PaisÃ¡n L, Fransen K, GÃ³mez-GarcÃa M, van Sommeren S, Cardena C, Rodrigo L, Mendoza JL, Taxonera C, Nieto A, Alcain G, Cueto I, LÃ³pez-Nevot MA, Bottini 60 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

N, Barclay ML, Crusius JBA, van Bodegraven AA, Wijmenga C, Ponsioen CY, Gearry RB, Roberts RL, Weersma RK, Urcelay E, Merriman TR, Alizadeh BZ, Martin J. Differential association of two PTPN22 coding variants with Crohn's disease and ulcerative colitis. INFLAMM BOWEL DIS 2011;17:2287-2294. 41. Dikken JL, Sandick JW, Swellengrebel HA, Lind PA, Putter H, Jansen EPM, Boot H, van Grieken NCT, van de Velde CJ, Verheij M, Cats A. Neo-adjuvant chemotherapy followed by surgery and chemotherapy or by surgery and chemoradiotherapy for patients with resectable gastric cancer (CRITICS). BMC Cancer 2011;11. 42. Dingemans AMC, de Langen AJ, van den Boogaart V, Marcus JT, Backes WH, Scholtens HTGM, van Tinteren H, Hoekstra OS, Pruim J, Brans B, Thunnissen FB, Smit EF, Groen HJM. First-line erlotinib and bevacizumab in patients with locally advanced and/or metastatic nonsmall-cell lung cancer: a phase II study including molecular imaging. ANN ONCOL 2011;22:559-566. 43. Dirven CM, van den Bent,MJ, Stalpers,LJA, Wesseling,P. Tumoren van het zenuwstelsel. In: van de Velde CJH, van der Graaf WTA, van Krieken JHJM, Marijnen CAM, Vermorken JB, eds. Oncologie. Houten: Bohn Stafleu van Loghum, 2011:28. 44. Dopper EG, Seelaar H, Chiu WZ, de Koning I, van Minkelen R, Baker MC, Rozemuller AJ, Rademakers R, van Swieten JC. Symmetrical Corticobasal Syndrome Caused by a Novel c.314dup Progranulin Mutation. J MOL NEUROSCI 2011;45:354-358. 45. Ebrahimi M, Nylander K, van der Waal I. Oral lichen planus and the p53 family: what do we know? Journal of Oral Pathology and Medicine 2011;40:281-285. 46. Eikelenboom P, Veerhuis R, van Exel E, Hoozemans JJM, Rozemuller JM, van Gool WA. The early involvement of the Innate Immunity in the Pathogenesis of Alzheimer's Disease: Neuropathological, Epidemiological and Genetic Evidence. CURR ALZHEIMER RES 2011;8:142-150. 47. Epping MT, Meijer LAT, Krijgsman O, Bos JL, Pandolfi PP, Bernards R. TSPYL5 suppresses p53 levels and function by physical interaction with USP7. NAT CELL BIOL 2011;13:102-108. 48. Estienne M, Bugiani M, Bizzi A, Granata T. Scurvy hidden behind neuropsychiatric symptoms. NEUROL SCI 2011;32:1091-1093. 49. Falcao-Pires I, Hamdani N, Borbely A, Gavina C, Schalkwijk CG, van der Velden J, van Heerebeek L, Stienen GJM, Niessen HWM, Leite-Moreira AF, Paulus WJ. Diabetes mellitus worsens diastolic left ventricular dysfunction in aortic stenosis through altered myocardial structure and cardiomyocyte stiffness. Circulation 2011;124:1151-1159. 50. Falcao-Pires I, Palladini G, Goncalves N, van der Velden J, Moreira-Goncalves D, MirandaSilva D, Salinaro F, Paulus WJ, Niessen HWM. Distinct mechanisms for diastolic dysfunction in diabetes mellitus and chronic pressure-overload. Basic Research in Cardiology 2011;106:801-814. 51. Farazi TA, Horlings HM, Hoeve JJ, Mihailovic A, Halfwerk H, Morozov P, Brown M, Hafner M, Reyal F, van Kouwenhove M, Kreike B, Sie DLS, Hovestadt V, Wessels LF, van de Vijver MJ, Tuschl T. MicroRNA Sequence and Expression Analysis in Breast Tumors by Deep Sequencing. CANCER RES 2011;71:4443-4453. 52. Ferreccio C, van de Wyngard V, Olcay F, Dominguez MA, Puschel K, Franceschi S, Snijders PJF. High-risk HPV infection after five years in a population-based cohort of Chilean women. Infectious Agents and Cancer 2011;6. 53. Folkersma H, Foster-Dingley JC, van Berckel BNM, Rozemuller JM, Boellaard R, Huisman MC, Lammertsma AA, Vandertop WP, Molthoff CFM. Increased cerebral (R)-[(11)C]PK11195


uptake and glutamate release in a rat model of traumatic brain injury: a longitudinal pilot study. J Neuroinflammation 2011;8. 54. Galvao dos Santos G, Spiekstra SW, Sampat-Sardjoepersad S, Reinders J, Scheper RJ, Gibbs S. A potential in vitro epidermal equivalent assay to determine sensitizer potency. TOXICOL IN VITRO 2011;25:347-357. 55. Giaccone G, Arzberger T, Alafuzoff I, Al-Sarraj S, Budka H, Duyckaerts C, Falkai P, Ferrer I, Ironside JW, Kovacs GG, Meyronet D, Parchi P, Patsouris E, Revesz T, Riederer P, Rozemuller JM, Schmitt A, Winblad B, Kretzschmar H. New lexicon and criteria for the diagnosis of Alzheimer's disease. LANCET NEUROL 2011;10:298-299. 56. Goeijenbier M, Nur E, Goris M, Wagenaar JF, GrÃ¼nberg K, Nurmohamed SA, Martina BE, Osterhaus AD, van Gorp EC. An unusual cause of a usual presentation. NETH J MED 2011;69:285. 57. Goh XY, Rees JR, Paterson AL, Chin SF, Marioni JC, Save V, O'Donovan M, Eijk PP, Alderson D, Ylstra B, Caldas C, Fitzgerald RC. Integrative analysis of array-comparative genomic hybridisation and matched gene expression profiling data reveals novel genes with prognostic significance in oesophageal adenocarcinoma. Gut 2011;60:1317-1326. 58. Gök M, Rozendaal L, Berkhof J, Visser O, Meijer CJLM, van Kemenade FJ. Cytology history preceding cervical cancer diagnosis: a regional analysis of 286 cases. BRIT J CANCER 2011;104:685-692. 59. Gouw AA, Seewann AM, van der Flier WM, Barkhof F, Rozemuller JM, Geurts JJG. Heterogeneity of small vessel disease: a systematic review of MRI and histopathology correlations. J NEUROL NEUROSUR PS 2011;82:126-135. 60. Graveland AP, Golusinski PJ, Buijze M, Douma R, Sons N, Kuik DJ, Bloemena E, Leemans CR, Brakenhoff RH, Braakhuis BJM. Loss of heterozygosity at 9p and p53 immunopositivity in surgical margins predict local relapse in head and neck squamous cell carcinoma. INT J CANCER 2011;128:1852-1859. 61. Haanstra JR, Kerkhoven EJ, van Tuijl JH, Blits M, Wurst M, van Nuland R, Albert MA, Michels PAM, Bouwman J, Clayton C, Westerhoff HV, Bakker BM. A domino effect in drug action: from metabolic assault towards parasite differentiation. MOL MICROBIOL 2011;79:94-108. 62. Hadi AM, Mouchaers KTB, Schalij I, GrÃ¼nberg K, Meijer GA, Vonk Noordegraaf A, van der Laarse WJ, Belien JAM. Rapid quantification of myocardial fibrosis: a new macro-based automated analysis. CELL ONCOL 2011;34:343-354. 63. Hahn NE, Meischl C, Wijnker PJM, Musters RJP, Fornerod M, Janssen HWRM, Paulus WJ, van Rossum AC, Niessen HWM, Krijnen PAJ. NOX2, p22phox and p47phox are targeted to the nuclear pore complex in ischemic cardiomyocytes colocalizing with local reactive oxygen species. CELL PHYSIOL BIOCHEM 2011;27:471-478. 64. Hammouda D, Clifford GM, Pallardy S, Ayyach G, ChÃ©kiri A, Boudrich A, Snijders PJF, van Kemenade FJ, Meijer CJLM, Bouhadef A, Zitouni Z, Habib D, Ikezaren N, Franceschi S. Human papillomavirus infection in a population-based sample of women in Algiers, Algeria. INT J CANCER 2011;128:2224-2229. 65. Hangalapura BN, Oosterhoff D, de Groot J, Boon L, Tuting T, van den Eertwegh AJM, Gerritsen WR, van Beusechem VW, Pereboev A, Curiel DT, Scheper RJ, de Gruijl TD. Potent anti-tumor immunity generated by a CD40-targeted adenoviral vaccine. CANCER RES 2011;71:5827-5837. 66. Hangalapura BN, Oosterhoff D, Gupta T, de Groot J, Wijnands PGJT, van Beusechem VW, de Haan J, Tuting T, van den Eertwegh AJM, Curiel DT, Scheper RJ, de Gruijl TD. Delivery


route, MyD88 signaling and cross-priming events determine the anti-tumor efficacy of an adenovirus based melanoma vaccine. Vaccine 2011;29:2313-2321. 67. Hardwick RN, Fisher CD, Canet MJ, Scheffer GL, Cherrington NJ. Variations in ATP-Binding Cassette Transporter Regulation during the Progression of Human Nonalcoholic Fatty Liver Disease. DRUG METAB DISPOS 2011;39:2395-2402. 68. Harris RA, Amor S. Sweet and sour--oxidative and carbonyl stress in neurological disorders. CNS Neurol Disord Drug Targets 2011;10:82-107. 69. Heideman DAM, Bleeker,MCG, Ahmed,HU, Horenblas,S, Snijders,PJF, Meijer,CJLM. Molecular biology of penile cancer. In: Muneer A, Arya M, Horenblas S, eds. Textbook of penile cancer. Springer, 2011. 70. Heideman DAM, Hesselink AT, Berkhof J, van Kemenade FJ, Melchers WJG, Daalmeijer NF, Verkuijten M, Meijer CJLM, Snijders PJF. Clinical Validation of the cobas 4800 HPV Test for Cervical Screening Purposes. J CLIN MICROBIOL 2011;49:3983-3985. 71. Hellingman AA, Zwaginga JJ, van Beem RT, Hamming JF, Fibbe WE, Quax PHA, Geutskens SB, van den Elsen PJ. T-cell-pre-stimulated monocytes promote neovascularisation in a murine hind limb ischaemia model. Eur J Vasc Endovasc Surg 2011;41:418-428. 72. Henken FE, Banerjee NS, Snijders PJF, Meijer CJLM, De-Castro Arce J, Rosl F, Broker TR, Chow LT, Steenbergen RDM. PIK3CA-mediated PI3-kinase signalling is essential for HPVinduced transformation in vitro. Molecular Cancer 2011;10. 73. Hertog D, Schulten EAJM, Leemans CR, Winters HAH, van der Waal I. Management of recurrent ameloblastoma of the jaws; a 40-year single institution experience. ORAL ONCOL 2011;47:145-146. 74. Hesselink AT, Heideman DAM, Steenbergen RDM, CoupÃ© VMH, Overmeer RM, Rijkaart DC, Berkhof J, Meijer CJLM, Snijders PJF. Combined Promoter Methylation Analysis of CADM1 and MAL: An Objective Triage Tool for High-Risk Human Papillomavirus DNAPositive Women. CLIN CANCER RES 2011;17:2459-2465. 75. Hoebe EK, Hutajulu SH, van Beek J, Stevens SJC, Paramita DK, Greijer AE, Middeldorp JM. Purified hexameric Epstein-Barr virus-encoded BARF1 protein for measuring anti-BARF1 antibody responses in nasopharyngeal carcinoma patients. Clinical and Vaccine Immunology 2011;18:298-304. 76. Hoefnagel MHN, Vermeulen JP, Scheper RJ, Vandebriel RJ. Response of MUTZ-3 dendritic cells to the different components of the Haemophilus influenzae type B conjugate vaccine: Towards an in vitro assay for vaccine immunogenicity. Vaccine 2011;29:5114-5121. 77. Hogen Esch CE, Wolters VM, Gerritsen SA, Putter H, von Blomberg BME, van Hoogstraten IMW, Houwen RHJ, van der Lely N, Mearin ML. Specific Celiac Disease Antibodies in Children on a Gluten-Free Diet. Pediatrics 2011;128:547-552. 78. Hoozemans JJM, Rozemuller JM, van Haastert ES, Eikelenboom P, van Gool WA. Neuroinflammation in Alzheimer's disease wanes with age. J Neuroinflammation 2011;8:171. 79. Hoozemans JJM, Veerhuis R, Rozemuller AJM, Eikelenboom P. Soothing the Inflamed Brain: Effect of Non-Steroidal Anti-Inflammatory Drugs on Alzheimer's Disease Pathology. CNS Neurol Disord Drug Targets 2011;10:57-67. 80. Houweling AC, Gijezen LM, Jonker MA, van Doorn MBA, Oldenburg RA, van SpaendonckZwarts KY, Leter EM, van Os TAM, van Grieken NCT, Jaspars EH, de Jong MM, Bongers EMHF, Johannesma PC, Postmus PE, van Moorselaar RJA, van Waesberghe JHTM, Starink TM, van Steensel MAM, Gille JJP, Menko FH. Renal cancer and pneumothorax risk in Birt-


Hogg-Dubé syndrome; an analysis of 115 FLCN mutation carriers from 35 BHD families. BRIT J CANCER 2011;105:1912-1919. 81. Hutajulu SH, Indrasari SR, Indrawati LPL, Hariadi A, Duin S, Haryana SM, Steenbergen RDM, Greijer AE, Middeldorp JM. Epigenetic markers for early detection of nasopharyngeal carcinoma in a high risk population. Molecular Cancer 2011;10. 82. Jansen C, Parchi P, Capellari S, Stramiello R, Dopper EG, van Swieten JC, Kamphorst W, Rozemuller JM. A Second Case of Gerstmann-StrÃ¤ussler-Scheinker Disease Linked to the G131V Mutation in the Prion Protein Gene in a Dutch Patient. J NEUROPATH EXP NEUR 2011;70:698-702. 83. Jansen C, Parchi P, Jelles B, Gouw AA, Beunders G, van Spaendonk RML, van de Kamp JM, Lemstra AW, Capellari S, Rozemuller JM. The first case of fatal familial insomnia (FFI) in the Netherlands: a patient from Egyptian descent with concurrent four repeat tau deposits. NEUROPATH APPL NEURO 2011;37:549-553. 84. Jansen C, Voet W, Head MW, Parchi P, Yull H, Verrips A, Wesseling P, Meulstee J, Baas F, van Gool WA, Ironside JW, Rozemuller AJ. A novel seven-octapeptide repeat insertion in the prion protein gene (PRNP) in a Dutch pedigree with Gerstmann-StrÃ¤ussler-Scheinker disease phenotype: comparison with similar cases from the literature. ACTA NEUROPATHOL 2011;121:59-68. 85. Johannesma PC, van der Klift HM, van Grieken NCT, Troost D, te Riele H, Jacobs MAJM, Postma TJ, Heideman DAM, Tops CMJ, Wijnen JT, Menko FH. Childhood brain tumours due to germline bi-allelic mismatch repair gene mutations. CLIN GENET 2011;80:243-255. 86. Kallio MA, Tuimala JT, Hupponen T, Klemela P, Gentile M, Scheinin AI, Koski M, Korpelainen EI, KÃ¤ki J. Chipster: user-friendly analysis software for microarray and other high-throughput data. BMC Genomics 2011;12. 87. Karagozoglu KH, Castelijns JA, Bloemena E, de Bree R, van der Waal I. Een vergrote lymfeklier in de hals:wat te doen? Ned Tijdschr Tandheelkd 2011;118:267-271. 88. Karagozoglu KH, van Hagen JM, Baart JA, van der Waal I. Genetic screening for nevoid basal cell carcinoma syndrome in patients with a solitary keratocystic odontogenic tumour is not useful. Minerva stomatologica 2011;60:1-4. 89. Karper JC, de Vries MR, Hoefer IE, Fischer J, Jukema JW, Niessen HWM, Quax PH. Toll-Like Receptor 4 Is Involved in Human and Mouse Vein Graft Remodeling, and Local Gene Silencing Reduces Vein Graft Disease in Hypercholesterolemic APOE*3Leiden Mice. ARTERIOSCL THROM VAS 2011;31:1033-1040. 90. Kerklaan BJ, Scheltens P, Schoonderwoerd GC, Killestein J, Rozemuller JM, van der Knaap MS. Adult polyglucosan body disease: een weinig bekende maar herkenbare wittestofziekte. Tijdschr Neurol Neurochir 2011;112:26-31. 91. Khalid-de Bakker CA, Jonkers DMAE, Sanduleanu S, de BruÃ¯ne AP, Meijer GA, Janssen JBMJ, van Engeland M, Stockbrugger RW, Masclee AAM. Test performance of immunological fecal occult blood testing and sigmoidoscopy compared with primary colonoscopy screening for colorectal advanced adenomas. Cancer Prevention Research 2011;4:1563-1571. 92. Kipp M, Clarner C, Gingele S, Pott JWR, Amor S, van der Valk P, Beyer C. Brain lipid binding protein (FABP7) as modulator of astrocyte function. Physiological Research 2011;60:S49-S60. 93. Kipp M, Gingele S, Clarner T, van der Valk P, Denecke B, Gan L, Siffrin V, Zipp F, Dreher W, Baumgartner W, Pfeifenbring S, Godbout C, Amor S, Beyer C. BLBP-expression in astrocytes during experimental demyelination and in human multiple sclerosis lesions. Brain Behavior and Immunity 2011;25:1554-1568.


94. Kipp M, Norkus A, Krauspe B, Clarner T, Berger K, van der Valk P, Amor S, Beyer C. The hippocampal fimbria of cuprizone-treated animals as a structure for studying neuroprotection in multiple sclerosis. INFLAMM RES 2011;60:723-726. 95. Kocken M, Baalbergen A, Snijders PJF, Bulten J, Quint WGV, Smedts W, Meijer CJLM, Helmerhorst TJM. High-risk human papillomavirus seems not involved in DES-related and of limited importance in nonDES related clear-cell carcinoma of the cervix. GYNECOL ONCOL 2011;122:297-302. 96. Kocken M, Helmerhorst TJM, Berkhof J, Louwers JA, Nobbenhuis MAE, Bais AG, Hogewoning CJ, Zaal A, Verheijen RH, Snijders PJF, Meijer CJLM. Risk of recurrent highgrade cervical intraepithelial neoplasia after successful treatment: a long-term multi-cohort study. LANCET ONCOL 2011;12:441-450. 97. Kooi EJ, Prins M, Bajic N, Belien JAM, Gerritsen WH, van Horssen J, Aronica E, van Dam AMW, Hoozemans JJM, Francis PT, van der Valk P, Geurts JJG. Cholinergic imbalance in the multiple sclerosis hippocampus. ACTA NEUROPATHOL 2011;122:313-322. 98. Kooij G, Mizee MR, van Horssen J, Reijerkerk A, Witte ME, Drexhage JAR, van der Pol SM, Van Het Hof B, Scheffer GL, Scheper RJ, Dijkstra CD, van der Valk P, de Vries HE. Adenosine triphosphate-binding cassette transporters mediate chemokine (C-C motif) ligand 2 secretion from reactive astrocytes: relevance to multiple sclerosis pathogenesis. Brain 2011;134:555-570. 99. Koudijs MJ, Klijn C, van der Weyden L, Kool L, Hoeve JJ, Sie DLS, Prasetyanti PR, Schut E, Kas S, Whipp T, Cuppen E, Wessels L, Adams DJ, Jonkers J. High-throughput semiquantitative analysis of insertional mutations in heterogeneous tumors. GENOME RES 2011;21:2181-2189. 100. Kraaij MD, van der Kooij SW, Reinders ME, Koekkoek K, Rabelink JK, Van Kooten C, Gelderman KA. Dexamethasone increases ROS production and T cell suppressive capacity by anti-inflammatory macrophages. MOL IMMUNOL 2011;49:549-557. 101. Krijnen PAJ, Hack CE, Niessen HWM. Letter by Krijnen et al regarding article, "The sPLA2 Inhibition to Decrease Enzyme Release after Percutaneous Coronary Intervention (SPIDERPCI) trial". Circulation 2011;124:e298-e300. 102. Kupreishvili K, Baidoshvili A, ter Weeme M, Huijbregts MAJM, Krijnen PAJ, van Hinsbergh VW, Stooker W, Eijsman L, Niessen HW. Degeneration and atherosclerosis inducing increased deposition of type IIA secretory phospholipase A2, C-reactive protein and complement in aortic valves cause neutrophilic granulocyte influx. J Heart Valve Dis 2011;20:29-36. 103. Lassmann H, Niedobitek G, Aloisi G, Middeldorp JM. Epsteinâ€“Barr virus in the multiple sclerosis brain: a controversial issueâ€”report on a focused workshop held in the Centre for Brain Research of the Medical University of Vienna, Austria. Brain 2011;134:2772-2786. 104. Legrand N, Huntington ND, Nagasawa M, Bakker AQ, Schotte R, Strick-Marchand H, de Geus SJ, Pouw SM, Bohne M, Voordouw A, Weijer K, Di Santo JP, Spits H. Functional CD47/signal regulatory protein alpha (SIRP alpha) interaction is required for optimal human T- and natural killer- (NK) cell homeostasis in vivo. P NATL ACAD SCI USA 2011;108:13224-13229. 105. Lemos C, Giovannetti E, Zucali PA, Assaraf YG, Scheffer GL, van der Straaten T, D'Incecco A, Falcone A, Guchelaar HJ, Danesi R, Santoro A, Giaccone G, Tibaldi C, Peters GJ. Impact of ABCG2 polymorphisms on the clinical outcome and toxicity of gefitinib in non-small-cell lung cancer patients. Pharmacogenomics 2011;12:159-170. 106. Li N, Franceschi S, Howell-Jones R, Snijders PJF, Clifford GM. Human papillomavirus type distribution in 30,848 invasive cervical cancers worldwide: Variation by geographical region, histological type and year of publication. INT J CANCER 2011;128:927-935. 65 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

107. Lindenbergh-van der Plas M, Brakenhoff RH, Kuik DJ, Buijze M, Bloemena E, Snijders P, Leemans CR, Braakhuis BJM. Prognostic significance of truncating TP53 mutations in head and neck squamous cell carcinoma. CLIN CANCER RES 2011;17:3733-3741. 108. Liu Y, Wang T, Yang J, Jiagbogu N, Heideman DAM, Canfield AE, Alexander MY. HGF/c-Met signalling promotes Notch3 activation and human vascular smooth muscle cell osteogenic differentiation in vitro. Atherosclerosis 2011;219:440-447. 109. Louie KS, Castellsague X, de SanjosÃ© S, Herrero R, Meijer CJLM, Shah KV, Munoz N, Bosch FX. Smoking and Passive Smoking in Cervical Cancer Risk: Pooled Analysis of Couples from the IARC Multicentric Caseâ€“Control Studies. CANCER EPIDEM BIOMAR 2011;20:1379-1390. 110. Louwers JA, Zaal A, Kocken M, ter Harmsel WA, Graziosi GC, Spruijt JWM, Berkhof J, Balas C, Papagiannakis E, Snijders PJF, Meijer CJLM, van Kemenade FJ, Verheijen RHM. Dynamic spectral imaging colposcopy: higher sensitivity for detection of premalignant cervical lesions. Br J Obstet Gynaecol 2011;118:309-318. 111. Lu J, Murakami M, Verma SC, Cai Q, Haldar S, Kaul R, Wasik MA, Middeldorp JM, Robertson ES. Epsteinâ€“Barr Virus nuclear antigen 1 (EBNA1) confers resistance to apoptosis in EBVpositive B-lymphoma cells through up-regulation of survivin. Virology 2011;410:64-75. 112. Maas M, Mooi WJ. Modern onderwijs in histopathologie en radiologie. Ned Tijdschr Geneeskd 2011;155. 113. Magnusson K, de Wit M, Brennan DJ, Johnson LB, Mcgee SF, Lundberg E, Naicker K, Klinger R, Kampf C, Asplund A, Wester K, Gry M, Bjartell A, Gallagher WM, Rexhepaj E, Kilpinen S, Kallioniemi OP, Belt E, Goos J, Meijer GA, Birgisson H, Glimelius B, Borrebaeck CAK, Navani S, Uhlen M, O'Connor DP, Jirstrom K, Ponten F. SATB2 in Combination With Cytokeratin 20 Identifies Over 95% of all Colorectal Carcinomas. American Journal of Surgical Pathology 2011;35:937-948. 114. Meijer CJLM, Berkhof J, Snijders PJF. A new approach to cervical screening. LANCET ONCOL 2011;12:612-613. 115. Meijer GA. A protein shot for biomedical research. J INTERN MED 2011;270:450-451. 116. Meijer GA. A new spring for Cellular Oncology. CELL ONCOL 2011;34:1-2. 117. Mendes RA, Carvalho JFC, van der Waal I. A comparative immunohistochemical analysis of COX-2, p53, and Ki-67 expression in keratocystic odontogenic tumors. ORAL SURG ORAL MED O 2011;111:333-339. 118. Mendes RA, Carvalho JFC, van der Waal I. Potential relevance of cyclooxygenase-2 expression in keratocystic odontogenic tumours - an immunohistochemical study. Journal of Oral Pathology and Medicine 2011;40:497-503. 119. Middeldorp JM, Pegtel DM. A human tumor virus extends its reach. Future virology 2011;6:413-415. 120. Mihlan M, Blom AM, Kupreishvili K, Lauer N, Stelzner K, Bergstrom F, Niessen HWM, Zipfel PF. Monomeric C-reactive protein modulates classic complement activation on necrotic cells. FASEB J 2011;25:4198-4210. 121. Miossec P, Verweij CL, Klareskog L, Pitzalis C, Barton A, Lekkerkerker F, Reiter S, Laslop A, Breedveld F, Abadie E, Flamion B, Dere W, Mpofu S, Goel N, Ethgen D, Mitlak B, OrmarsdAttir S, Rao R, Tsouderos Y, Reginster JY. Biomarkers and personalised medicine in rheumatoid arthritis: a proposal for interactions between academia, industry and regulatory bodies. ANN RHEUM DIS 2011;70:1713-1718.


122. Moorhouse MJ, Sharma HS. Recent Advances in i-Gene Tools and Analysis: Microarrays, Next Generation Sequencing and Mass Spectrometry. Indian journal of biochemistry and biophysics 2011;48:215-225. 123. Mubarak A, Oudshoorn JH, Kneepkens CMF, Butler JC, Schreurs MWJ, Mulder CJJ, Houwen RHJ. A Child With Refractory Coeliac Disease. J PEDIATR GASTR NUTR 2011;53:216-218. 124. Nijholt DAT, de Kimpe L, Elfrink HL, Hoozemans JJM, Scheper W. Removing protein aggregates: the role of proteolysis in neurodegeneration. CURR MED CHEM 2011;18:24592476. 125. Nijholt DAT, Graaf TR, van Haastert ES, Oliveira A, Berkers CR, Zwart R, Ovaa H, Baas F, Hoozemans JJM, Scheper RJ. Endoplasmic reticulum stress activates autophagy but not the proteasome in neuronal cells: implications for Alzheimer's disease. Cell Death and Differentiation 2011;18:1071-1081. 126. Nijmeijer RM, Gadaleta RM, van Mil SW, van Bodegraven AA, Crusius JBA, Dijkstra G, Hommes DW, de Jong DJ, Stokkers PC, Verspaget HW, Weersma RK, van der Woude CJ, Stapelbroek JM, Schipper ME, Wijmenga C, Erpecum KJ, Oldenburg B. Farnesoid X receptor (FXR) activation and FXR genetic variation in inflammatory bowel disease. PLoS ONE 2011;6. 127. Nilsson RJA, Balaj L, Hulleman E, van Rijn S, Pegtel DM, Walraven M, Widmark A, Gerritsen WR, Verheul HMW, Vandertop WP, Noske DP, Skog J, WÃ¼rdinger T. Blood platelets contain tumor-derived RNA biomarkers. Blood 2011;118:3680-3683. 128. Obulkasim A, Meijer GA, van de Wiel MA. Stepwise classification of cancer samples using clinical and molecular data. BMC Bioinformatics 2011;12. 129. Oort FA, van Turenhout ST, CoupÃ© VMH, van der Hulst RWM, Wesdorp EIC, Terhaar sive Droste JS, Ben Larbi I, Kanis SL, Van Hengel E, Bouman AA, Meijer GA, Mulder CJJ. Double sampling of a faecal immunochemical test is not superior to single sampling for detection of colorectal neoplasia: a colonoscopy controlled prospective cohort study. BMC Cancer 2011;11. 130. Ouwehand K, Oosterhoff D, Breetveld M, Scheper RJ, de Gruijl TD, Gibbs S. Irritant-induced migration of Langerhans cells coincides with an IL-10-dependent switch to a macrophage-like phenotype. J INVEST DERMATOL 2011;131:418-425. 131. Ouwehand K, Spiekstra SW, Waaijman T, Scheper RJ, de Gruijl TD, Gibbs S. Technical Advance: Langerhans cells derived from a human cell line in a full-thickness skin equivalent undergo allergen-induced maturation and migration. J LEUKOCYTE BIOL 2011;90:10271033. 132. Overbeek MJ, Boonstra A, Voskuyl AE, Vonk MC, Vonk Noordegraaf A, van Berkel MPA, Mooi WJ, Dijkmans BAC, Hondema LS, Smit EF, GrÃ¼nberg K. Platelet- derived growth factor receptor-beta and epidermal growth factor receptor in pulmonary vasculature of systemic sclerosis-associated pulmonary arterial hypertension versus idiopathic pulmonary arterial hypertension and pulmonary veno-occlusive disease: a case-control study. Arthritis Res Ther 2011;13. 133. Overmeer RM, Louwers JA, Meijer CJLM, van Kemenade FJ, Hesselink AT, Daalmeijer NF, Wilting SM, Heideman DAM, Verheijen RH, Zaal A, van Baal WM, Berkhof J, Snijders PJF, Steenbergen RDM. Combined CADM1 and MAL promoter methylation analysis to detect (pre)malignant cervical lesions in high-risk HPV-positive women. INT J CANCER 2011;129:22182225. 134. Paramita DK, Fatmawati C, Juwana H, van Schaijk FG, Fachiroh J, Haryana SM, Middeldorp JM. Humoral immune responses to Epstein-Barr virus encoded tumor associated proteins and their putative extracellular domains in nasopharyngeal carcinoma patients and regional controls. J MED VIROL 2011;83:665-678. 67 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

135. Pegtel DM, Garde MD, Middeldorp JM. Viral miRNAs exploiting the endosomal-exosomal pathway for intercellular cross-talk and immune evasion. Biochimica et biophysica acta-Gene regulatory mechanisms 2011;1809:715-721. 136. Peters RPH, Nijsten N, Mutsaers J, Jansen CL, Morre SA, van Leeuwen AP. Screening of Oropharynx and Anorectum Increases Prevalence of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae Infection in Female STD Clinic Visitors. SEX TRANSM DIS 2011;38:783-787. 137. Peters RPH, Verweij SP, Nijsten N, Ouburg S, Mutsaers JE, Jansen CL, Leeuwen AP, Morre SA. Evaluation of sexual history-based screening of anatomic sites for Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae infection in men having sex with men in routine practice. BMC INFECT DIS 2011;11. 138. Pizolla A, Gelderman KA, Hultqvist M, Vestberg M, Gustafsson K, Mattson R, Holmdahl R. CD68-expressing cells can prime T cells and initiate autoimmune arthritis in the absence of reactive oxygen species. EUR J IMMUNOL 2011;41:403-412. 139. Ploeger A, Galis F. Evo Devo and cognitive science. Wiley Interdiscip Rev Cogn Sci 2011;2:429-444. 140. Poell JB, van Haastert RJ, Cerisoli F, Bolijn AS, Timmer LM, osdado Calvo MB, Meijer GA, van Puijenbroek AA, Berezikov E, Schaapveld RQ, Cuppen E. Functional microRNA screening using a comprehensive lentiviral human microRNA expression library. BMC Genomics 2011;12. 141. Pons D, Trompet S, Craen AJM, Thijssen PE, Quax PHA, de Vries MR, Wierda RJ, van den Elsen PJ, Monraats PS, Ewing MM, Heijmans BT, Slagboom PE, Zwinderman AH, Doevendans PAFM, Tio RA, de Winter RJ, de Maat MPM, Lakoubova OA, Sattar N, Sheperd J, Westendorp RGJ, Jukema JW. Genetic variation in PCAF, a key mediator in epigenetics, is associated with reduced vascular morbidity and mortality: evidence for a new concept from three independent prospective studies. Heart 2011;97:143-150. 142. Qiu J, Cosmopoulos K, Pegtel DM, Hopmans E, Middeldorp JM, Shapiro M, Thorley-Lawson DA. A novel persistence associated EBV miRNA expression profile is disrupted in neoplasia. PLoS Pathog 2011;7. 143. Quan L, Stassen AP, Ruivenkamp CA, van Wezel T, Fijneman RJA, Hutson A, Kakarlapudi N, Hart AA, Demant P. Most lung and colon cancer susceptibility genes are pair-wise linked in mice, humans and rats. PLoS ONE 2011;6. 144. Quint KD, Bom RJM, Quint WGV, Bruisten SM, van der Loeff MF, Morre SA, de Vries HJ. Anal infections with concomitant Chlamydia trachomatis genotypes among men who have sex with men in Amsterdam, the Netherlands. BMC INFECT DIS 2011;11. 145. Quint KD, Geraets DT, van den Munckhof HAM, de Koning MNC, Smelov V, Melchers WJG, de vries HJC, Morre SA, Meijer CJLM, van Alewijk DCJG, van Doorn LJ, Quint WGV. Evaluation of a Novel Chlamydia trachomatis Microsphere Suspension Assay for Detection and Genotyping of the Different Serovars in Clinical Samples. The Journal of molecular diagnostics 2011;13:152-159. 146. Rekers NH, Sminia P, Peters GJ. Towards Tailored Therapy of Glioblastoma Multiforme. J Chemother 2011;23:187-199. 147. Roberts RL, Hollis-Moffatt JE, GÃ³mez-Garcia M, Fransen K, Ponsioen CY, Crusius JBA, Wijmenga C, Martin J, Weersma RK, Merriman TR, Barclay ML, Gearry RB, Alizadeh BZ. Association of the protein-tyrosine phosphatase nonreceptor type substrate 1 (PTPNS1) gene with inflammatory bowel disease. INFLAMM BOWEL DIS 2011;17:E19-E21. 148. Ruettger A, Feige J, Slickers P, Schubert E, Morre SA, Pannekoek Y, Herrmann B, de Vries HJ, Ehricht R, Sachse K. Genotyping of Chlamydia trachomatis strains from culture and 68 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

clinical samples using an ompA-based DNA microarray assay. MOL CELL PROBE 2011;25:19-27. 149. Sanders MS, van Well GT, Ouburg S, Lundberg JG, van Furth AM, Morre SA. Single nucleotide polymorphisms in TLR9 are highly associated with susceptibility to bacterial meningitis in children. CLIN INFECT DIS 2011;52:475-480. 150. Sanders MS, van Well GT, Ouburg S, MorrÃ© SA, van Furth AM. Genetic variation of innate immune response genes in invasive pneumococcal and meningococcal disease applied to the pathogenesis of meningitis. GENES IMMUN 2011;12:321-334. 151. Scheper W, Nijholt DAT, Hoozemans JJM. The unfolded protein response and proteostasis in Alzheimer disease: Preferential activation of autophagy by endoplasmic reticulum stress. Autophagy 2011;7:910-911. 152. Schneiders FL, Scheper,RJ, Bontkes,HJ, von Blomberg,BME, van den Eertwegh,AJM, de Gruijl,TD, van der Vliet,JJ. Clinical trials with a-Galactosylceramide (KRN7000) in advanced cancer. In: Terabe M, Berzofsky JA, eds. Natural killer T cells: Balancing the regulation of tumor immunity, Cancer drug discovery and development. Springer Science + Business Media, 2011:1. 153. Schneiders FL, Scheper RJ, von Blomberg BME, Woltman AM, Janssen HLA, van den Eertwegh AJM, Verheul HMW, de Gruijl TD, van der Vliet JJ. Clinical experience with Î±galactosylceramide (KRN7000) in patients with advanced cancer and chronic hepatitis B/C infection. CLIN IMMUNOL 2011;140:130-141. 154. Schneiders FL, v, den Eertwegh,AJM, B, tkes,HJ, v, Blomberg,BME, S, eper,RJ, v, der Vliet,JJ. KRN7000 clinical trials in cancer patients. Natural killer T cells: Setting the balance in the regulation of tumor immunity. Springer Verlag, 2011. 155. Scholte M, Timmers L, Bernink FJP, Denham RN, Beek AM, Kamp O, Diamant M, Horrevoets AJG, Niessen HWM, Chen WJY, van Rossum AC, van Royen N, Doevendans PA, Appelman YEA. Effect of additional treatment with EXenatide in patients with an acute myocardial infarction (EXAMI): study protocol for a randomized controlled trial. Trials 2011;12. 156. Scholten KBJ, Turksma AW, Ruizendaal JJ, van den Hende M, van der Burg SH, Heemskerk MHM, Meijer CJLM, Hooijberg E. Generating HPV specific T helper cells for the treatment of HPV induced malignancies using TCR gene transfer. Journal of translational medicine 2011;5:147. 157. Seelaar H, Papma JM, Garraux G, de Koning I, Reijs AE, Valkema R, Rozemuller JM, Salmon E, van Swieten JC. Brain perfusion patterns in familial frontotemporal lobar degeneration. Neurology 2011;77:384-392. 158. Seewann AM, Vrenken H, Kooi EJ, van der Valk P, Knol DL, Polman CH, Pouwels PJW, Barkhof F, Geurts JJG. Imaging the tip of the iceberg: visualization of cortical lesions in multiple sclerosis. MULT SCLER 2011;17:1202-1210. 159. Sharma HS, Kutala VK. Special Issue Advances in Biomedical Sciences PREFACE. Indian journal of biochemistry and biophysics 2011;48:211-212. 160. Sikkema M, Looman CW, Steyerberg EW, Kerkhof M, Kastelein F, van Dekken H, van Vuuren AJ, Bode WA, van der Valk H, Ouwendijk RJ, Giard R, Lesterhuis W, Heinhuis R, Knol EC, Meijer GA, Borg FT, Arends JW, Kolkman JJ, Baarlen J, de Vries RA, Mulder AH, van Tilburg AJ, Offerhaus GJ, ten Kate FJ, Kusters JG, Siersema PD. Predictors for Neoplastic Progression in Patients With Barrett's Esophagus: A Prospective Cohort Study. AM J GASTROENTEROL 2011;106:1231-1238. 161. Sillars-Hardebol AH, Carvalho B, van Engeland M, Fijneman RJA, Meijer GA. The adenoma hunt in colorectal cancer screening: defining the target. J PATHOL 2012;226:1-6. 69 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

162. Sipkens JA, Hahn NE, van Nieuw amerongen GP, Stehouwer CDA, Rauwerda JA, van Hinsbergh VWM, Niessen HWM, Krijnen PAJ. Homocysteine Induces Phosphatidylserine Exposure in Cardiomyocytes through Inhibition of Rho Kinase and Flippase Activity. CELL PHYSIOL BIOCHEM 2011;28:53-62. 163. Sipkens JA, Krijnen PAJ, Hahn NE, Wassink M, Meischl C, Smith DEC, Musters RJP, Stehouwer CDA, Rauwerda JA, van Hinsbergh VWM, Niessen HWM. Homocysteine-induced cardiomyocyte apoptosis and plasma membrane flip-flop are independent of Sadenosylhomocysteine: a crucial role for nuclear p47(phox). MOL CELL BIOCHEM 2011;358:229-239. 164. Smeets SJ, Harjes U, van Wieringen WN, Meijer GA, Sie DLS, Ylstra B. To DNA or not to DNA? That Is the Question, When It Comes to Molecular Subtyping for the Clinic! CLIN CANCER RES 2011;17:4959-4964. 165. Smeets SJ, van der Plas M, Visser BM, van Veen EAM, van Meerloo J, Braakhuis BJM, Steenbergen RDM, Brakenhoff RH. Immortalization of oral keratinocytes by functional inactivation of the p53 and pRb pathways. INT J CANCER 2011;128:1596-1605. 166. Smelov V, van Moorselaar RJA, Startsev V, Smelova N, Grigorovich E, Meijer CJLM, Morre SA. No high-risk human papillomavirus infection in prostate cancer tissues. SCAND J INFECT DIS 2011;43:399-400. 167. Snaebjärnsson P, Vos CG, Hartemink KJ, Lely RJ, Samii SM, Grünberg K, Paul MA. Fatal hemothorax caused by pseudomesotheliomatous carcinoma of the lung. Pathology research international 2011;2011. 168. Sombekke MH, van der Voort LF, Kragt JJ, Nielsen JM, Guzel H, Visser A, Oudejans CBM, Crusius JBA, Pena AS, Vrenken H, Polman CH, Killestein J. Relevance of IL7R genotype and mRNA expression in Dutch patients with multiple sclerosis. MULT SCLER 2011;17:922-930. 169. Sombekke MH, Vellinga MM, Uitdehaag BM, Barkhof F, Polman CH, Arteta D, Tejedor D, Martinez A, Crusius JB, Pena AS, Geurts JJ, Vrenken H. Genetic Correlations of Brain Lesion Distribution in Multiple Sclerosis: An Exploratory Study. AM J NEURORADIOL 2011;32:695703. 170. Song J, Mooi WJ, Petronic-Rosic V, Shea CR, Stricker T, Krausz T. Nevus Versus Melanoma: to FISH, or Not to FISH. Adv Anat Pathol 2011;18:229-234. 171. Stansberg C, Ersland KM, van der Valk P, Steen VM. Gene expression in the rat brain: High similarity but unique differences between frontomedial-, temporal- and occipital cortex. BMC NEUROSCI 2011;26. 172. Stantic M, van Horssen J, Thijssen VL, Gabius HJ, van der Valk P, Hoekstra D, Baron W. Increased expression of distinct galectins in multiple sclerosis lesions. NEUROPATH APPL NEURO 2011;37:654-671. 173. Swarts DR, Claessen SM, Jonkers YM, van Suylen RJ, Dingemans AMC, de Herder WW, de Krijger RR, Smit EF, Thunnissen FBJM, Seldenrijk CA, Vink A, Perren A, Ramaekers FCS, Speel EJM. Deletions of 11q22.3-q25 Are Associated with Atypical Lung Carcinoids and Poor Clinical Outcome. AM J PATHOL 2011;179:1129-1137. 174. Tack GJ, Verbeek WHM, Al-toma A, Kuik DJ, Schreurs MWJ, Visser O, Mulder CJJ. Evaluation of Cladribine treatment in refractory celiac disease type 11. World J Gastroenterol 2011;17:506-513. 175. Tack GJ, Wondergem MJ, Al-toma A, Verbeek WHM, Schmittel A, Machado MV, Perri F, Ossenkoppele GJ, Huijgens PC, Schreurs MWJ, Mulder CJJ, Visser O. Auto-SCT in refractory celiac disease type II patients unresponsive to cladribine therapy. BONE MARROW TRANSPL 2011;46:840-846. 70 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

176. ten Donkelaar HJ, van de Warrenburg,BP, Lammens,M, Wesseling,P. The cerebellum. In: ten Donkelaar H, ed. Clinical Neuroanatomy; Brain circuitry and its disorders. Heidelberg: Springer-Verlag, 2011:10. 177. ten Donkelaar HJ, van der Vliet,T, Lohman,AHM, Keyser,A, Wesseling,P. Vascularization of the brain and spinal cord. In: ten Donkelaar H, ed. Clinical Neuroanatomy; Brain circuitry and its disorders. Heidelberg: Springer-Verlag, 2011:2. 178. Terhaar sive Droste JS, Oort FA, van der Hulst RWM, Van Heukelem HA, Loffeld RJ, van Turenhout ST, Ben Larbi I, Kanis SL, Neerincx M, RÃ¤kers M, CoupÃ© VMH, Bouman AA, Meijer GA, Mulder CJJ. Higher Fecal Immunochemical Test Cutoff Levels: Lower Positivity Rates but Still Acceptable Detection Rates for Early-Stage Colorectal Cancers. CANCER EPIDEM BIOMAR 2011;20:272-280. 179. Terhaar sive Droste JS, Oort FA, van Turenhout ST, Meijer GA, Mulder CJJ. FIT Performance in Early-Stage Colorectal Cancer-Response. CANCER EPIDEM BIOMAR 2011;20:1563. 180. Thal DR, Del Tredici K, Ludolph AC, Hoozemans JJM, Rozemuller JM, Braak H, Knippschild U. Stages of granulovacuolar degeneration: their relation to Alzheimer's disease and chronic stress response. ACTA NEUROPATHOL 2011;122:577-589. 181. Thunnissen FB, Smit EF, Nederlof PM, Dingemans AMC. EGFR-mutatie bij niet-kleincellig longcarcinoom. Behandeling met tyrosinekinaseremmers mogelijk. Ned Tijdschr Geneeskd 2011;155:A2554. 182. Thunnissen FBJM, BovÃ©e JVMG, Bruinsma H, van den Brule AJC, Dinjens W, Heideman DAM, Meulemans E, Nederlof PM, van Noesel C, Prinsen CFM, Scheidel-Jacobse K, van de Ven PM, de Weger R, Schuuring E, Ligtenberg MJL. EGFR and KRAS quality assurance schemes in pathology: generating normative data for molecular predictive marker analysis in targeted therapy. J CLIN PATHOL 2011;64:884-892. 183. Tjon JML, Kooy-Winkelaar YMC, Tack GJ, Mommaas AM, Schreurs MWJ, Schilham MW, Mulder CJJ, van Bergen J, Koning F. DNAM-1 Mediates Epithelial Cell-Specific Cytotoxicity of Aberrant Intraepithelial Lymphocyte Lines from Refractory Celiac Disease Type II Patients. J IMMUNOL 2011;186:6304-6312. 184. Travis WD, Brambilla E, Noguchi M, Nicholson AG, Geisinger KR, Yatabe Y, Beer DG, Powell CA, Riely GJ, Van Schil PE, Garg K, Austin JHM, Asamura H, Rusch VW, Hirsch FR, Scagliotti G, Mitsudomi T, Huber RM, Ishikawa Y, Jett J, Sanchez-Cespedes M, Sculier JP, Takahashi T, Tsuboi M, Vansteenkiste J, Wistuba I, Yang PC, Aberle D, Brambilla C, Flieder D, Franklin W, Gazdar A, Gould M, Hasleton P, Henderson D, Johnson B, Johnson D, Kerr K, Kuriyama K, Lee JS, Miller VA, Petersen I, Roggli V, Rosell R, Saijo N, Thunnissen FBJM, Tsao M, Yankelewitz D. International Association for the Study of Lung Cancer/American Thoracic Society/European Respiratory Society International Multidisciplinary Classification of Lung Adenocarcinoma. Journal of Thoracic Oncology 2011;6:244-285. 185. Uiterwaal MT, Mooi WJ, van Weyenberg SJB. Metastatic melanoma of the ampulla of Vater. Dig Liver Dis 2011;43. 186. Vaccarella S, Clifford GM, Howell-Jones R, Snijders PJF, Franceschi S. Author's reply to: Multiple human papillomavirus genotype infections in cervical cancer progression in the study to understand cervical cancer early endpoints and determinants. INT J CANCER 2011;129:1283-1285. 187. van Boerdonk RAA, Sutedja TG, Snijders PJF, Reinen E, Wilting SM, van de Wiel M, Thunnissen FBJM, Duin S, Kooi C, Ylstra B, Meijer CJLM, Meijer GA, GrÃ¼nberg K, Daniels JMA, Postmus PE, Smit EF, Heideman DAM. DNA Copy Number Alterations in Endobronchial Squamous Metaplastic Lesions Predict Lung Cancer. AM J RESP CRIT CARE 2011;184:948956.


188. van Cruijsen H, Oosterhoff D, Lindenberg JJ, Lougheed SM, Fehres CM, Weijers K, van Boerdonk RAA, Giaccone G, Scheper RJ, Hoekman K, de Gruijl TD. Glioblastoma-induced inhibition of Langerhans cell differentiation from CD34(+) precursors is mediated by IL-6 but unaffected by JAK2/STAT3 inhibition. Immunotherapy 2011;3:1051-1061. 189. van de Ven R, van den Hout MFCM, Lindenberg JJ, Sluijter BJR, van Leeuwen PAM, Lougheed SM, Meijer S, van den Tol MP, Scheper RJ, de Gruijl TD. Characterization of four conventional dendritic cell subsets in human skin-draining lymph nodes in relation to T-cell activation. Blood 2011;118:2502-2510. 190. van de Ven R, Verbrugge CSE, Reurs AW, Bontkes HJ, Hooijberg E, Jansen G, Scheper RJ, Scheffer GL, de Gruijl TD. High susceptibility of c-KIT(+)CD34 (+) precursors to prolonged doxorubicin exposure interferes with Langerhans cell differentiation in a human cell line model. CANCER IMMUNOL IMMUN 2011;60:943-951. 191. van de Wiel MA, Picard F, van Wieringen WN, Ylstra B. Preprocessing and downstream analysis of microarray DNA copy number profiles. Briefings in bioinformatics 2011;12:10-21. 192. van den Bent MJ, Gravendeel LA, Gorlia T, Kros JM, Lapre L, Wesseling P, Teepen JL, Idbaih A, Sanson M, Smitt PAES, French PJ. A Hypermethylated Phenotype Is a Better Predictor of Survival than MGMT Methylation in Anaplastic Oligodendroglial Brain Tumors: A Report from EORTC Study 26951. CLIN CANCER RES 2011;17:7148-7155. 193. van den Berg RM, Snijders PJF, GrÃ¼nberg K, Kooi C, Spreeuwenberg MD, Meijer CJLM, Postmus PE, Smit EF, Steenbergen RDM. Comprehensive CADM1 promoter methylation analysis in NSCLC and normal lung specimens. Lung Cancer 2011;72:316-321. 194. van den Elsen PJ. Expression regulation of major histocompatibility complex (MHC) class I and class II encoding genes. Frontiers in Immunology 2011;2. 195. van den Elsen PJ, McCluskey J. Bringing antigens to attention: a conspiracy of genes, proteins and cells. CURR OPIN IMMUNOL 2011;23:78-80. 196. van den Elsen PJ, van Eggermond MC, Wierda RJ. Epigenetic control in immune function. ADV EXP MED BIOL 2011;711:36-49. 197. van der Meide WF, Snellenberg S, Meijer CJLM, Baalbergen A, Helmerhorst TJM, Sluis WB, Snijders PJF, Steenbergen RDM. Promoter methylation analysis of WNT/Î²-catenin signaling pathway regulators to detect adenocarcinoma or its precursor lesion of the cervix. GYNECOL ONCOL 2011;123:116-122. 198. van der Pas MHGM, Meijer S, Hoekstra OS, Riphagen I, de Vet HCW, Knol DL, van Grieken NCT, Meijerink WJHJ. Sentinel-lymph-node procedure in colon and rectal cancer: a systematic review and meta-analysis. LANCET ONCOL 2011;12:540-550. 199. van der Putten C, Kuipers HF, Zuiderwijk-Sick EA, Stralen L, Kondova I, van den Elsen PJ, Bajramovic JJ. Statins amplify TLR-induced responses in microglia via inhibition of cholesterol biosynthesis. Glia 2011;60:43-52. 200. van der Rhee JI, De Snoo FA, Vasen HFA, Mooi WJ, Putter H, Gruis NA, Kukutsch NA, Bergman W. Effectiveness and causes for failure of surveillance of CDKN2A-mutated melanoma families. J AM ACAD DERMATOL 2011;65:289-296. 201. van der Voorn JP, Pouwels PJW, Powers JM, Kamphorst W, Martin JJ, Troost D, Spreeuwenberg MD, Barkhof F, van der Knaap MS. Correlating Quantitative MR Imaging with Histopathology in X-Linked Adrenoleukodystrophy. AM J NEURORADIOL 2011;32:481-489. 202. van der Waal I, de Bree R, Brakenhoff R, Coebegh JW. Early diagnosis in primary oral cancer: is it possible? Medicina Oral Patologia Oral y Cirugia Bucal 2011;16:e300-e305.


203. van der Waal I, Scully C. Oral cancer: comprehending the condition, causes, controversies, control and consequences. 4. Potentially malignant disorders of the oral and oropharyngeal mucosa. Dental Update 2011;38:138-140. 204. van der Waal I, Scully C. Oral cancer: comprehending the condition, causes, controversies, control and consequences. 6. Co-morbidities. Dental Update 2011;38:283-284. 205. Van Diermen DE, Bruers JJ, Hoogstraten J, Bovenlander M, Van den Bosch A, van der Waal I. Treating dental patients who use oral antithrombotic medication: a survey of dentists in the Netherlands. J Am Dent Assoc 2011;142:1376-1382. 206. van Dijk A, Naaijkens BA, Jurgens WJFM, Nalliah K, Sairras S, van der Pijl RJ, Vo K, Vonk ABA, van Rossum AC, Paulus WJ, van M, Niessen HWM. Reduction of infarct size by intravenous injection of uncultured adipose derived stromal cells in a rat model is dependent on the time point of application. Stem Cell Research 2011;7:219-229. 207. van Eggermond MCJA, Boom DR, van Schooten E, Marquez VE, Wierda RJ, Holling TM, van den Elsen PJ. Epigenetic regulation of CIITA expression in human T-cells. BIOCHEM PHARMACOL 2011;82:1430-1437. 208. van Engeland M, Derks S, Smits KM, Meijer GA, Herman JG. Colorectal Cancer Epigenetics: Complex Simplicity. J CLIN ONCOL 2011;29:1382-1391. 209. van Essen HFB, Ylstra,B. High-Resolution Copy Number Profiling by Array CGH Using DNA Isolated from Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Tissues. Genomic Structural Variants. Springer, 2011:329-341. 210. van Geenen EJM, Smits MM, Schreuder TC, van der Peet DL, Bloemena E, Mulder CJ. Smoking is related to pancreatic fibrosis in humans. AM J GASTROENTEROL 2011;106:1161-1166. 211. van Kemenade FJ, Beerman H. Computerondersteunde cervixscreening. Ned Tijdschr Geneeskd 2011;155. 212. Van Kooten C, Gelderman KA. In Vitro-Generated DC with Tolerogenic Functions: Perspectives for In Vivo Cellular Therapy. Methods Mol Biol 2011;677:149-159. 213. Van Kooten C, Lombardi G, Gelderman KA, Sagoo P, Buckland M, Lechler R, Cuturi MC. Dendritic cells as a tool to induce transplantation tolerance: obstacles and opportunities. Transplantation 2011;91:2-7. 214. van Noort JM, Amor S. Innate immune responses in CNS neurodegenerative diseases. CNS Neurol Disord Drug Targets 2011;10:2-3. 215. van Noort JM, Amor S, Bajramovic JJ. Comment on "Chaperone activity of Î± B-crystallin is responsible for its incorrect assignment as an autoantigen in multiple sclerosis". J IMMUNOL 2011;187:3. 216. van Noort JM, van den Elsen PJ, van Horssen J, Geurts JJG, van der Valk P, Amor S. Preactive multiple sclerosis lesions offer novel clues for neuroprotective therapeutic strategies. CNS Neurol Disord Drug Targets 2011;10:68-81. 217. van Strien M, Drukarch B, Bol JGJM, van der Valk P, van Horssen J, Gerritsen WH, Breve JJP, van Dam AM. Appearance of Tissue Transglutaminase in Astrocytes in Multiple Sclerosis Lesions: A Role in Cell Adhesion and Migration? BRAIN PATHOL 2011;21:44-54. 218. van Strien ME, Breve JJP, Fratantoni S, Schreurs MWJ, Bol JGJM, Jongenelen CAM, Drukarch B, van Dam AMW. Astrocyte-Derived Tissue Transglutaminase Interacts with Fibronectin: A Role in Astrocyte Adhesion and Migration? PLoS ONE 2011;6.


219. van Weyenberg SJB, Hoentjen F, Thunnissen FBJM, Mulder CJJ. Pseudomelanosis Coli and Adenomatous Polyps. Journal of Gastrointestinal and Liver Diseases 2011;20:233. 220. Varela-Lasheras I, Bakker AJ, van der Mije S, Metz JAJ, Alphen J, Galis F. Breaking evolutionary and pleiotropic constraints in mammals: On sloths, manatees and homeotic mutations. EvoDevo 2011;2. 221. Veenhof AAFA, Sietses C, von Blomberg BME, van Hoogstraten IMW, van der Pas MHGM, Meijerink WJHJ, van der Peet DL, van den Tol MP, Bonjer HJ, Cuesta MA. The surgical stress response and postoperative immune function after laparoscopic or conventional total mesorectal excision in rectal cancer: a randomized trial. INT J COLORECTAL DIS 2011;26:53-59. 222. Veerhuis R, Nielsen JM, Tenner AJ. Complement in the brain. MOL IMMUNOL 2011;48:15921603. 223. Vermeulen E, van der Valk P, Koevoets JJM, Cornel MC, Schmidt MK. The BIO-PIN paradigm: 'access to' or 'return of' results? NAT REV CANCER 2011;11:895. 224. Verweij CL. Anti-TNF therapy in RA-towards personalized medicine? Nature Reviews Rheumatology 2011;7:136-138. 225. Verweij CL, Vosslamber S. Combining DNA-microarray data in systemic lupus erythematosus. Genome Medicine 2011;3:30. 226. Verweij CL, Vosslamber S. New insight in the mechanism of action of rituximab: the interferon signature towards personalized medicine. Discov Med 2011;12:229-236. 227. Verweij FJ, van Eijndhoven MA, Hopmans ES, Vendrig T, WÃ¼rdinger T, Cahir-McFarland E, Kieff E, Geerts D, Kant R, Neefjes JJ, Middeldorp JM, Pegtel DM. LMP1 association with CD63 in endosomes and secretion via exosomes limits constitutive NF-ÎºB activation. EMBO J 2011;30:2115-2129. 228. Verweij SPW, Catsburg A, Ouburg S, Lombardi A, Heijmans R, Dutlay F, Frei R, Morre SA. Lymphogranuloma venereum variant L2b-specific polymerase chain reaction: insertion used to close an epidemiological gap. CLIN MICROBIOL INFEC 2011;17:1727-1730. 229. Vink I, van Kemenade FJ, Meijer CJLM, Casparie MK, Meijer GA, Boomsma DI. Cervix smear abnormalities: linking pathology data in female twins, their mothers and sisters. EUR J HUM GENET 2011;19:108-111. 230. Visser M, Davids M, Verberne HJ, Kok WE, Niessen HW, van Venrooij LMW, Cocchieri R, Wisselink W, De Mol BAJM, van Leeuwen PAM. Rationale and design of a proof-of-concept trial investigating the effect of uninterrupted perioperative (par)enteral nutrition on amino acid profile, cardiomyocytes structure, and cardiac perfusion and metabolism of patients undergoing coronary artery bypass grafting. J Cardiothorac Surg 2011;6. 231. von der ThÃ¼sen JH, van de Wetering MD, Westermann AM, Heideman DA, Thunnissen FBJM. Bronchioloalveolar Adenocarcinoma and Pulmonary Langerhans Cell Histiocytosis in a Patient With MUTYH-Associated Polyposis. J CLIN ONCOL 2011;29:e188-e190. 232. Vosslamber S, Raterman HG, van der Pouw Kraan T, Schreurs MWJ, von Blomberg BM, Nurmohamed MT, Lems WF, Dijkmans BA, Voskuyl AE, Verweij CL. Pharmacological induction of interferon type I activity following treatment with rituximab determines clinical response in rheumatoid arthritis. ANN RHEUM DIS 2011;70:1153-1159. 233. Vosslamber S, van der Voort LF, van den Elskamp IJ, Heijmans R, Aubin C, Uitdehaag BMJ, Crusius JBA, Pouwkraan TCTM, Comabella M, Montalban X, Hafler DA, Jager PL, Killestein J, Polman CH, Verweij CL. Interferon regulatory factor 5 gene variants and pharmacological


and clinical outcome of InterferonÎ² therapy in multiple sclerosis. GENES IMMUN 2011;12:466-472. 234. Welvaart WN, Paul MA, Kuster DWD, van Wieringen WN, Rustenburg F, Stienen GJM, Vonk Noordegraaf A, Ottenheijm CAC. Gene expression profile in the diaphragm following contractile inactivity during thoracic surgery. International Journal of Physiology, Pathophysiology and Pharmacology 2011;3:167-175. 235. Welvaart WN, Paul MA, Stienen GJM, van Hees HWH, Loer SA, Bouwman RA, Niessen HWM, de Man FS, Witt CC, Granzier H, Vonk Noordegraaf A, Ottenheijm CAC. Selective diaphragm muscle weakness following contractile inactivity during thoracic surgery. ANN SURG 2011;254:1044-1049. 236. Welvaart WN, Paul MA, van Hees HWH, Stienen GJM, Niessen HWM, de Man FS, Sieck GC, Vonk Noordegraaf A, Ottenheijm CAC. Diaphragm muscle fiber function and structure in humans with hemidiaphragm paralysis. Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol 2011;301:L228L235. 237. Wesseling P, Kros JM, Jeuken JWM. The pathological diagnosis of diffuse gliomas: Towards a smart synthesis of microscopic and molecular information in a multidisciplinary context. Diagnostic Histopathology 2011;17:486-494. 238. Westeinde SC, Koning HJ, Thunnissen FBJM, Oudkerk M, Groen HJ, Lammers JW, Weenink C, Vernhout R, Nackaerts K, Mali W, van Klaveren RJ. The Role of the (18)FFluorodeoxyglucose-Positron Emission Tomography Scan in the Nederlands Leuvens Longkanker Screenings Onderzoek Lung Cancer Screening Trial. Journal of Thoracic Oncology 2011;6:1704-1712. 239. Westers TM, van den Ancker W, Bontkes HJ, Janssen JJ, van de Loosdrecht AA, Ossenkoppele GJ. Chronic myeloid leukemia lysate-loaded dendritic cells induce T-cell responses towards leukemia progenitor cells. Immunotherapy 2011;3:569-576. 240. Wijtmans M, Verzijl D, Bergmans S, Lai M, Bosch L, Smit MJ, de Esch IJP, Leurs R. Quaternary ammonium salts equipped with biphenyl- and polycycloaliphatic-anchors. Bioorg Med Chem 2011;19:3384-3393. 241. Wildeman MA, Zandbergen J, Vincent AD, Herdini C, Middeldorp JM, Fles R, Dalesio O, van der Donk E, Tan IB. Can an online clinical data management service help in improving data collection and data quality in a developing country setting? Trials 2011;12. 242. Wilhelmus MM, Verhaar R, Andringa G, Bol JGJM, Cras P, Shan L, Hoozemans JJ, Drukarch B. Presence of Tissue Transglutaminase in Granular Endoplasmic Reticulum is Characteristic of Melanized Neurons in Parkinson's Disease Brain. BRAIN PATHOL 2011;21:130-139. 243. Wilhelmus MMM, Bol JGJM, van Haastert ES, Rozemuller JM, Bu G, Drukarch B, Hoozemans JJM. Apolipoprotein E and LRP1 Increase Early in Parkinson's Disease Pathogenesis. AM J PATHOL 2011;179:2152-2156. 244. Wilhelmus MMM, van der Pol SMA, Jansen Q, Witte ME, van der Valk P, Rozemuller JM, Drukarch B, de Vries HE, van Horssen J. Association of Parkinson disease-related protein PINK1 with Alzheimer disease and multiple sclerosis brain lesions. FREE RADICAL BIO MED 2011;50:469-476. 245. Wilhelmus MMM, Verhaar R, Bol JGJM, van Dam AMW, Hoozemans JJM, Rozemuller JM, Drukarch B. Novel role of transglutaminase 1 in corpora amylacea formation? NEUROBIOL AGING 2011;32:845-856. 246. Willems-Widyastuti A, Alagappan VK, Arulmani U, Vanaudenaerde BM, de Boer WI, Mooi WJ, Verleden GM, Sharma HS. Transforming growth factor-beta 1 induces angiogenesis in vitro


via VEGF production in human airway smooth muscle cells. Indian journal of biochemistry and biophysics 2011;48:262-269. 247. Young GP, Bosch LJW. Fecal Tests: From Blood to Molecular Markers. Curr Colorectal Cancer Rep 2011;7:62-70. 248. Zucali PA, Giovannetti E, Destro A, Mencoboni M, Ceresoli GL, Gianoncelli L, Lorenzi F, De Vicenzo F, Simonelli M, Perrino M, Bruzzone A, Thunnissen FBJM, Tunesi G, Giordano L, Roncalli M, Peters GJ, Santoro A. Thymidylate Synthase and Excision Repair CrossComplementing Group-1 as Predictors of Responsiveness in Mesothelioma Patients Treated with Pemetrexed/Carboplatin. CLIN CANCER RES 2011;17:2581-2590.

8.6

Theses

1.

E.J.T.H. Belt Prognostic tumor profiling in colorectal cancer VUmc Amsterdam, 09-12- 2011 Promotor: prof. dr. G.A. Meijer, Co-promotores: dr. H.B.A.C. Stockmann, dr. H. Bril, dr. J.A.M. Belien

2.

R.M. van den Berg Studies on chemoprevention, early detection and prognosis of lung cancer VUmc Amsterdam, 27-05-2011 Promotores: prof. dr. E.F. Smit, prof. dr. P.J.F. Snijders Co-promotores: dr. G.T. Sutedja, dr. D.A.M. Heideman

3.

R.P.M. Brosens Tumor and patient profiling to predict clinical outcome in patients with colorectal cancer VUmc Amsterdam, 27-05-2011 Promotores: prof. dr. G.A. Meijer, prof. dr. M.A. Cuesta Co-promotores: dr. A.F. Engel, dr. B. Ylstra

4.

T. Cramer, Inactivation of coagulation factors Va and VIIIa by activated protein C. VUmc Amsterdam, 08-07-2011 Promotor: prof.dr. H.W.M. Niessen Co-promotor: dr. A.J. Gale

5.

F.E. Henken Essential molecular mechanism contributing to HPV-mediated transformation VUmc Amsterdam, 14-09-2011 Promotores: prof. dr. P.J.F. Snijders, prof. dr. C.J.L.M. Meijer Co-promotor: dr. R.D.M. Steenbergen

6.

C. Jansen Human prion diseases in the Netherlands: clinicopathological, genetic and molecular aspects. UMC Utrecht Promotor: prof. dr. J.M. Rozemuller

7.

O. Karimi Immunogenetics of infection and inflammation of the urogenital and gastrointestinal tracts and probiotics VUmc Amsterdam, 21-12-2011 Promotor: prof. dr. A.S. Pena Co-promotores: dr. S.A. Morré, dr. J.B.A. Crusius

8.

S.D. Mulder 76 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

Amyloid associated proteins in Alzheimer's Disease VUmc Amsterdam, 07-10-2011 Promotores: prof. dr. M.A. Blankenstein, prof. dr. P. Scheltens Co-promotor: dr. R. Veerhuis 9.

K. Ouwehand The skin immune system: the resourceful army of Langerhans cells. VUmc Amsterdam, 04-01-2011 Promotor: prof. dr. R.J. Scheper Co-promotores: dr. S. Gibbs, dr. T.D. de Gruijl

10.

R.M. Overmeer Altered DNA methylation during HPV-induced cervical carcinogenesis: basic aspects and diagnostic implications. VUmc Amsterdam, 04-02-2011 Promotores: prof. dr. P.J.F. Snijders, prof. dr. C.J.L.M. Meijer. Co-promotor: dr. R.D.M. Steenbergen

11.

E.C. Pirog Molecular markers and HPV detection in the diagnosis of lower genital tract lesions VUmc Amsterdam, 23-05-2011 Promotor: prof. dr. C.J.L.M. Meijer. Co-promotor: dr. W.G.V. Quint

12.

K.D. Quint Urogenital and anal chlamydia trachomatis infections: a study into diagnostics, genoepidemiology and the association with cervical dysplasia VUmc Amsterdam, 26-04-2011 Promotor: prof. dr. C.J.L.M. Meijer,. Co-promotores: dr. H.J. de Vries, dr. S.A. Morré

13.

B.J.R. Sluijter Cutaneous melanoma: predictors of patient survival and the potential of priming of the sentinel lymph node VUmc Amsterdam, 27-05-2011 Promotores: prof. dr. R.J. Scheper, prof. dr. P.A.M. van Leeuwen Co-promotores: dr. T.D. de Gruijl, dr. M.P. van den Tol.

14.

M.A. Smit Dissecting pathways contributing to oncogenic transformation by the tyrosine kinase receptor TrkB. VUmc Amsterdam, 24-02-2011 Promotor: Prof.dr. D.S. Peeper

15.

J.S. Terhaar sive Droste Opportunities and pitfalls in colorectal cancer screening. VUmc Amsterdam, 06-07-2011 Promotores: prof. dr. C.J.J. Mulder, prof. dr. G.A. Meijer.

16.

L.C.W. Vredeveld Oncogene-induced senescence: from in vitro tool to tumor-suppressive mechanism VUmc Amsterdam, 01-06-2011 Promotor: prof.dr. D.S. Peeper

17.

C. Wauters The contribution of cytological analysis to the management of patients with breast lesions Radboud University Nijmegen Promotor: prof. dr. P. Wesseling Co-promotor: L. Strobbe


8.7

Researchprojects

*Projectleader Pathology 1.

Autoantobodies to neurofilaments in the pathogenesis of axonal damage and grey matter pathology in MS Amor S*, B. van der Star, P. van der Valk, H. Herrman (German Cancer Institute), J.M. van Noort (prot. Chemistry TNO), C.D. Dijkstra (Mol. Cellbiology), L. Boven (Neuroimmunology), C. Linington (Aberdeen University), C. Polman (Neurology, VUmc), MS stichting, 1-7-2008 / 1-7-2014 2. Natural control of inflammation in preactive Multiple Sclerosis lesions Amor S*, Shailender Singh, Prof.dr. P. van der Valk, EU, 1-9-2010 / 1-9-2013 3.

Analysis of human macrophage and microglia responses to either free or microparticleencapsulated alpha B Crystallin Amor S*, M. Bsibsi, Hans van Noort, Delta Crystallon, Leiden, Delta Crystallon, 1-12-2010 / 1-12-2012 4. Pre-active MS lesions hold clues for the reversal of inflammation Amor S*, L. Peferoen. Paul. van der Valk, Markus Kipp. MS stichting. 1-11-2011 / 1-11-2015 5. Charcot Tapestry education grant Amor S*, UK MS society, 1-10-2011 / 1-5-2012 6. Role of FABP7 in remyelination Amor S* and Kipp M, Braun Stichting 7. Clinical significance of HPV infection in oropharyngeal SCC Bloemena E*, R.H.Brakenhoff, P.J.F. Snijders, C.R. Leemans, KWF 8. Prognostic and diagnostic marker analysis in (refractory) celiac disease S. Gross, B.M.E. von Blomberg, H.J. Bontkes, I.M.W. van Hoogstraten, K.A.G. Gelderman, G. Bouma, S. Cillessen, C.J. Mulder, F. Koning Dept. Of Pathology and Gastroenterology, VU University Medical Center Amsterdam, LU University Medical Center Leiden. Celiac Disease Consortium, (CDC/NGI) 2010 / 2013 9. Skin and mucosal allergies to dental metals D Rachmawati, J. Muris1), B.M.E. von Blomberg, R.J. Scheper, I.M.W. van Hoogstraten, Dept. Of Pathology, VU University Medical Center, Amsterdam; 1) Dept dental materials Science, ACTA, Amsterdam Dept. Nat. Educ. Indon., Directorat General of Higher Degree education 2010 / 2013 10.

Identification of novel oncogenes/oncomirs located at 13q involved in the progression of Colorectal adenoma to carcinoma Carvalho B*, Florence de Groen, Meijer, GA, RDM Steenbergen, CCA/V-ICI, 1-10-2010 / 1-10-2014 11.

Predicting T-cell lymphoma development in refractory celiac disease patients by profiling of apoptosis pathways in intestinal T-lymphocytes. Period: 2007-2011. Cillessen S*, C.J.L.M. Meijer, C. Mulder, CCA/V-ICI, 2007 / 2011 12. Exploration of novel therapeutic options for refractory CD (RCD) and EATL Cillessen S*, M. von Blomberg, H.J. Bontkes, G. Bouma, C. Mulder, Celiac Disease Consortium (CDC/NGI), 1-01-2010/ 1-01-2013 13.

Is c-Abl a potential target for therapy in Enteropathy Associated T-cell Lymphomas? MLDS grant WO-09-28 Cillessen S*, C. Mulder, MLDS, 1-09-2010 / 1-09-2012 14. Inhibition of apoptosis in follicular lymphoma. Cillessen S*, Saskia Cillessen, Josée Zijlstra, Sonja Zweegman, Chris Meijer, Peter Huijgens Hematology/Pathology, 2007 / -----78 Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

15. Monocyte disfunction in MS Elsen van der P*, P.v.d.Valk, S.Amor, MS stichting, 16. Structural chromosomal rearrangements in colorectal cancer Fijneman R*, Evert van den Broek, Meijer, GA, V-ICI, 1-6-2011 / 1-6-2015 17. LPT grant Heideman DAM*, GA Meijer, EF Smit, H Verheul, Eerste geldstroom, pending 18. Genomic profiling for risk assessment of preneoplastic endobronchial lesions Heideman DAM*, Robert van Boerdonk, DAM. Heideman, P.J.F. Snijders, E.F. Smit, dept. of Pathology, dept. of Pulmonology, KWF, 1-8-2007 / 1-8-2011 19.

Clinical evaluation of methylation markers for risk assessment of high-risk HPVpositive women for cervical cancer and its high grade precursors Heideman DAM*, Lise de Strooper, DAM. Heideman, P.J.F. Snijders, C.J.L.M. Meijer, dept. of Pathology, KWF, 1-2-2010 / 1-2-2014 20. Towards adjuvant immunotherapy for squamous cell carcinoma Hooijberg E*, C.J.L.M. Meijer, C.R. Leemans, KWF, 1-7-2007 / 1-7-2011 21. Identification of target kinases for drug therapy in AD Hoozemans J*, S vd Vies, R. Veerhuis (dept. of Clin. Chemistry VUmc), A. Rozemuller, P Eikelenboom (dept. of Psychiatry, VUmc), R. Hilhorst (Pamgene), St. Alzheimer Onderzoek 1-11-2008 / 31-10-2011 22.

Self-Screen: biomarker-based companion diagnostic of HPV positive woman to detect cervical cancer' Meijer CJLM*, DAM. Heideman, P.J.F. Snijders, R.D.M. Steenbergen, dept. of Pathology ZonMw, 15-9-2010 / 15-9-2012 23.

Prediction of response to drug therapy in advanced colorectal cancer based on DNA copy number profiles of primary tumors Meijer GA*, Josien Haan, J.H.J.M. van Krieken, C.J.A. Punt, KWF, 1-5-2007 / 1-12-2011 24. DeCoDe algemeen Meijer GA*, M. van Engeland, dept. Of Pathology MUMC, C.J.H. van de Velde, CTMM 1-9-2008 / 1-9-2013 25. Development of screening tests for early detection of CRC Meijer GA*, Linda Bosch, B. Carvalho, M. van der Wiel, V. Coupé, M. van Engeland (MUMC), Y. van der Burgt (LUMC), W. van Criekinge (MdXHEalth, Univ. Gent), CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 26. Development of screening tests for early detection of CRC (A2) Meijer GA*, B. Carvalho, M. van der Wiel, V. Coupé, M. van Engeland (MUMC), Y. van der Burgt (LUMC), W. van Criekinge (MdXHEalth, Univ. Gent), CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 27. Molecular imaging of early stage disease (B1) Meijer GA*, R. Fijneman, R. Lamerichs, C. Jimenez, J. Stoker, CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 28. Molecular imaging of early stage diesease (B2) Meijer GA*, R. Fijneman, R. Lamerichs, C. Jimenez, J. Stoker, CTMM, 1-9-2008 1-9-2013 29. Molecular imaging of early stage diesease (B3) Meijer GA*, Meike de Wit, R. Fijneman, M. van der Wiel, R. Lamerichs, C. Jimenez, J. Stoker CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 30.

Laboratory tests in primary colorectal cancer


Meijer GA*, B. Carvalho, M. van Engeland (MUMC), W. Corver (LUMC), B. Janssen (ServiceXS), W. van Criekinge (MdXHEalth, Univ. Gent), CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 31. Metastatic colorectal molecular laboratory tests (E) Meijer GA*, B. Ylstra, B. Carvalho, M. van Engeland (MUMC), W. Corver (LUMC), B. Janssen (ServiceXS), W. van Criekinge (MdXHEalth, Univ. Gent), CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 32. Personalized therapy in recurrent colorectal cancer (F1) Meijer GA*, R. Fijneman, O.S. Hoekstra, L. Perk (BV Cyclotron), CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 33. Personalized therapy in recurrent colorectal cancer (F2) Meijer GA*, Jeroen Goos, R. Fijneman, O.S. Hoekstra, L. Perk (BV Cyclotron), CTMM, 1-9-2008 / 19-2013 34. ICT and data analysis Meijer GA*, J. Beliën, CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 35. Medical technology assessment Meijer GA*, C. Uyl, V. Coupé, CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 36. Projectmanagement Meijer GA*, J. van Denderen M. van Engeland, dept. Of Pathology MUMC, C.J.H. van de Velde, CTMM, 1-9-2008 / 1-9-2013 37.

Datamanagement voor moleculaire vroegdiagnostiek en therapieselectie bij darmkanker Meijer GA*, J. Beliën, Stichting Avanti STR, 1-4-2009 / 1-4-2013 38. Early detection of colorectal cancer by faeces derived microRNA testing Meijer GA*, Lisette Timmer, B. Diosdado, E. Cuppen (Hubrecht Laboratorium Utrecht), KWF, 1-92009 / 1-9-2013 39. Early detection of colorectal cancer by faeces derived microRNA testing Meijer GA*, B. Diosdado, R.Q.J. Schaapveld, InteRNA Technologies BV, inteRNA, 1-2-2009 / 1-2-2012 40.

Reducing CRC death in stage II carcinomas by identifying high-risk stage II cancer patients who could benefit from adjuvant chemotherapy Meijer GA*, B. Diosdado, R.Q.J. Schaapveld, InteRNA Technologies BV, inteRNA, 1-2-2009 / 1-22012 41. Improving FOBT based colorectal cancer screening by faeces DNA testing Meijer GA*, M. van Engeland, dept. Of Pathology, MUMC, ZonMw, 1-1-2011 / 1-1-2012 42.

Identification of small non-coding RNAs involved in colorectal adenome to carcinoma progression Meijer GA*, B. Diosdado, R.Q.J. Schaapveld, InteRNA Technologies BV, InteRNA, 1-5-2011 / 1-102011 43.

Increasing sensitivity for detection of high risk flat adenomas in population screening for colorectal cancer. Meijer GA*, Rinus Voorham, M. van Engeland, dept. Of Pathology MUMC, C.J.Mulder, dept. Of gastroenterology, Vumc, KWF, 1-1-2007 / 1-1-2011 44.

Development of an improved molecular test for population-wide colorectal cancer screening Meijer GA*, Annemieke Hiemstra, R.Fijneman, B.Carvalho, C.Jimenez, C.Mulder, vrienden van het CCA, 1-10-2011 / 1-10-2015


45.

Tailoring of (immune-)therapy in R-CHOP refractory diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL)patients Meijer CJLM*, Nicolle Rekers, Saskia Cillesen, C.J.L.M. Meijer, G.J. Ossenkoppele, J.C. KluinNelemans, dept. Of Pathology VUmc, dept. Of Hematology, VUmc, dept. Of Hematology, UMCG KWF, 1-1-2008 / 1-1-2012 46. HPV vaccination Meijer CJLM*, Marjolein Mollers, Mirte Scherpenisse, RIVM, 1-11-2009 / 1-11-2013 47.

Health-economic modelling of prevention strategies for HPV related diseases in European Countries Meijer CJLM*, J. Berkhof, ZonMw, 1-5-2010 / 30-4-2013 48.

Health-economic modelling of prevention strategies for HPV related diseases in European Countries Meijer CJLM*, J. Berkhof, EU, 1-5-2010 / 1-5-2013 49.

Schadelastreductie baarmoederhalskanker door vernieuwend beleid ten aanzien van niet-deelneemsters BVO-BMHKBHMK Meijer CJLM*, F. van Kemenade, D.A.M. Heideman, P.J.F. Snijders, M. van Baal (Gynecologie, VUmc), L. Masuger (Gynecologie, UMCN), R. Bekkers (Gynecologie, UMCN), W. Melchers (Mol. Diagnostiek, UMCN), R. Hol, Delphi Biosciences, Achmea Gezondheidszorg, 1-8-2010 / 31-12-2012 50.

Improving detection-efficiency of CIN3+ in non responder-women that test positive for hrHPV in a self-collected sample: design of PROTHECT 3 trial Meijer CJLM*, F. van Kemenade, D.A.M. Heideman, P.J.F. Snijders, M. van Baal (Gynecologie, VUmc), L. Masuger (Gynecologie, UMCN), R. Bekkers (Gynecologie, UMCN), W. Melchers (Mol. Diagnostiek, UMCN), R. Hol, Delphi Biosciences, St. bevolkingsonderzoek midden-west 51. Clinical relevance of methylation markers Meijer CJLM*, Viola Verhoef, SRP 52. HPV genotyping Meijer CJLM*, Maaike Dijkstra, SRP 53.

Humavac: Comprehensive analysis of the long term oncogenic capacity and in vitro transforming property of the 15 high-risk human papillomavirus types Meijer CJLM*, Denise Schütze, Romy van Baars, Jacobien van der Marel, C.J.L.M. Meijer, P.J.F. Snijders, R.D.M. Steenbergen, W. Quint, Humavac, 1-2-2009 / 1-2-2013 54.

Role of the soluble viral BARF1 oncoprotein in Epstein-Barr virus-driven carcinogenesis and its functional inhibition by antibodies Middeldorp JM*, AE Greijer, KWF, 1-7-2007 / 30-4-2011 55.

Physiological role of EBV-LMP1 in MHC-II+exosomes for tumor immune escape across the immunological synaps: Implications for prognosis and immunotherapy Middeldorp JM*, Frederik Verweij, E. Hooijberg, J.J.C. Neefjes, KWF, 1-7-2007 / 1-7-2011 56.

Early detection of primary and recurrent nasopharyngeal carcinoma (NPC) using (anti-) EBV based tumor markers and options for using photodynamic therapy (PDT) in the treatment of local disease Middeldorp JM*, I.B. Tan, S M Haryana NKI-ALV, Amsterdam & UGM,Yogyakarta, Indonesia KWF, 1-9-2008 / 1-9-2010 57. New therapy for Epstein-Barr virus driven tumours by targeting the virus itself Middeldorp JM*, Zlata Novalic, IB Tan, JP de Boer,dept. Head and Neck Surgery & medical Oncology, NKI Amsterdam, ZonMw, 1-12-2010 / 30-11-2012 58.

Epstein Barr Virus Activation and Cytolytic Antiviral Therapy in Nasopharyngeal Carcinoma Patients


Middeldorp JM*, Octavia Ramayanti, I.B. Tan, dept. Head and Neck Surgery NKI, J. Kurnianda, dept. Medicine, Gadjah Mada University Yogyakarta, KWF, 1-5-2011 / 1-5-2016 59. Screening for early stage NPC in high risk regions in Yogyakarta Middeldorp JM*, S.H,Hutajulu; S.M.Haryana, UGM, Yogyakarta, Indonesia, NWO-Nuffic, 1-1-2007 / 31-12-2011 60. Diagnostic monitoring of NPC and building a second center of expertise in Indonesia Middeldorp JM*, S. Gondowiyardjo, L Adham, AN Kurniawan, Univ. Indonesia, Jakarta, KWF, 1-42006 / 1-4-2012 61. Multiplex NPC families in Taiwan Middeldorp JM*, A.Hildesheim, NCI-NIH, USA, RTI, USA, 1-6-2008 / 1-6-2012 62. EBVmarkers in CLL cases from Spain Middeldorp JM*, De Sanjose, Inst. Oncology, Barcelona, Spain, 1-9-2011 / 31-12-2012 63. EBV-based markers in prognosis of Burkitt Lymphoma in Uganda Middeldorp JM*, E.Weiderpass, CJLM Meijer, Karolinska Inst. Stockholm, Sweden, 1-1-2008 / 31-122011 64.

Towards improved melanoma treatment: gene identification, in vivo modeling and drug target discovery Mooi WD*, D. Peeper, KWF, 1-7-2008 / 1-7-2014 65. Wonddatering Niessen JWM*, NFI 66. Activation of NOX proteins in cardiomyocytes Niessen JWM*, Nienke Hahn, ICaRVU, 1-4-2008 / 1-4-2012 67. EBV-MicroRNA containing exosomes: Trojan vesicles carrying hostile message Pegtel M*, J.M. Middeldorp, ZonMw, 1-11-2008 / 1-11-2012 68. Exosome-mediated communication in the pathogenesis of human sarcomas Pegtel M*, S.R. Baglio, AIRC/FIRC, 1-3-2012 / 1-3-2013 69.

EBV non-coding RNAs hijack components of the miRNA machinery promoting vira; oncogenesis Pegtel M*, Danijla Koppers-Lalic, JM Middeldorp, G. Scheffer, R.J. Scheper, AICR, 1-1-2011 / 31-12-2013 70.

Combined genomics and proteomics analysis on brain tissue derived from patients with Alzheimer´s and tangle only dementia Rozemuller JM*, SM vd Vies, JJ Hoozemans, AB Smit (Mol. and Cell. Neurobiology), KW Li (Mol. and Cell. Neurobiology), P. Heutink (Clin. genetics), NCA, 1-3-2010 / 28-2-2012 71. Blood-brain barrier alternations and capillary amyloid angiopathy 2 Rozemuller JM*, Anna Carrano, HE de Vries, JJM Hoozemans, J van Horssen, S vd Vies St. Alzheimer Onderzoek, 1-11-2009 / 1-11-2012 72. Amyloid uptake by astrocytes; an early event in Alzheimer’s disease Rozemuller JM*, H. de Wit, R Veerhuis JJM Hoozemans, NCA 73. Ceramic microneedle arrays for skin vaccination Scheper RJ*, dr TD de Gruijl; dr Regina Luttge, Technical University Twente seeding grant 2011 / 2012 74. Development of monoclonal antibodies to mutidrug transporter proteins Scheper RJ*, G. Scheffer, SRP, 1999 / 2011


75.

Releasing the brakes on CD8+ T cells in the melanoma sentinel lymph node through local administration of low-dose anti-CTLA4 Scheper RJ*, T.D. de Gruijl, S. Meijer, P.A.M. van Leeuwen, M.P. van den Tol, R.J. Scheper, A.J.M. van den Eertwegh, Harry J Lloyd Charitable Trust 76.

Proteasome inhibitors and effects on immune effector cells in autoimmmunity and cancer Scheper RJ*, G. Jansen, T.D. de Gruijl, R.J. Scheper, B. Dijkmans, 77.

SKINCARE: Tissue engineered autologous human skin technologies for advanced wound management. Scheper RJ*, Gibbs S, SenterNovem, 2009 – 2012 78. Development of a novel wound healing formulation for advanced wound management Scheper RJ*, Gibbs S, A-Skin, EuroTransBio Agentschap NL, 2010-2013 79. Novel saliva-derived peptides for state-of-the-art clinical wound-healing applications Scheper RJ*, Gibbs S, and Prof. E Veerman (ACTA), Dermatology, A-Skin, ACTA STW, 2010 / 2014 80. Keloid Scheper RJ*, Gibbs S, Dr. F. Niessen, Agentschap NL, 2011 / 2014 81. Vascular growth in skin equivalents Scheper RJ*, Gibbs S, Prof Dr. V van Hinsbergh, Dermatology / Physiology/ A-Skin, Neth Inst Regenerative Med. Ministerie EL&I – AgentschapNL, 2011 / 2014 82.

Development of immunocompetent skin-equivalents for studies on skin inflammatory processes and novel vaccination approaches Scheper RJ*, Gibbs S, Drs Ilona Kosten, T. de Gruijl, V-ICI, 2010 / 2014 83. Resistance to proteasome inhibitors in cancer and reumatoid arthritis Scheper RJ*, G. Jansen, B. Dijkmans, TD de Gruijl, V-ICI 84. Specific tumor-targeting of iNKT cells and VγVδ2 T cells using nanobody technology Scheper RJ*, dr JJ van der Vliet, dr TD de Grujil, prof dr H Verheul, KWF fellowship 2010 / 2013 85. Promoting antitumor immunity by specific tumor-targeting of iNKT cells Scheper RJ*, dr JJ van der Vliet, dr TD de Grujil, prof dr GAMS van Dongen, Dr RC Roovers DDepts of Med Oncology, Pathology, ENT Vumc; Chemistry UU. ZonMW, 2010 / 2014 86.

Stratifying high-risk HPV positive women for risk of CIN 3 and cervical carcinoma by HPV transcript analysis Snijders PJF*, D. Rijkaart, P.J.F. Snijders, R.H.M. Verheijen, C.J.L.M. Meijer, KWF, 87.

Profiling of aberrant microRNA methylation events that are functionally relevant during cervical carcinogenesis Snijders PJF*, Saskia Wilting (postdoc), S.M. Wilting, R.D.M. Steenbergen, P.J.F. Snijders KWF, 1-5-2011 / 1-5-2014 88.

Identification and clinical validation of methylation markers for cervical adenocarcinomas and their precursor lesions Steenbergen RDM*, Susanna Snellenberg, RDM. Steenbergen, P.J.F. Snijders, C.J.L.M. Meijer KWF, 1-12-2007 / 1-12-2012 89.

Identification of miRNAs and other on ncRNAs as biomarkers for cervical cancer and assessment of their potential functional relevance in HPC-mediated transformation Steenbergen RDM*, S. Wilting, PJF Snijders, Stichting Avanti STR, 1-11-2008 / 1-11-2011


90.

Simplified monitoring of post-treatment CIN2/3 woman by molecular testing for hrHPV and methylation markers Steenbergen RDM*, Margot Uijterwaal, TJM. Helmerhorst, C.J.L.M. Meijer, KWF, 1-12-2009 / 1-122012 91. Defining the essential molecular pathways involved in cervical carcinogenesis Steenbergen RDM*, PJF Snijders, CJLM Meijer, VICI, 15-11-2005 / 1-5-2011 92.

Genetic profiling of CIN 3 lesions diagnosed in the subsequent screening round following screening by HPV testing and cytology Steenbergen RDM*, PJF Snijders, CJLM Meijer, VICI, 1-5-2007 / 1-5-2011 93. Evaluation of molecular sputum test diagnostic for lung cancer Thunnissen E*, Jasmijn Hubers, D.A.M. Heideman, E.F. Smit, KWF, 1-12-2008 / 1-3-2013 94.

Understanding neurodegeneration and moving towards neuroprotection: from molecule to mind Valk van der P*, Philip Nijland, H.E. de Vries1, C.D. Dijkstra1, J. van Horssen2, S. Amor3, J.J.G. Geurts4, H. Vrenken5, F. Barkhof5, J. Kilestein6, C.H. Polman6. 1 Dept. Of Mol. Cell Biology VUmc, 2 Dept. Of Neuropathology SMSR, 3 Dept. Of Pathology VUmc, 4 Dept. Of Neuroanatomy and neurosciences, 5 Dept. of Radiology, 6 Dept. of Neurology, MS stichting, 1-10-2010 / 1-10-2014 95.

TRACER Genomic biomarkers to predict development of RA (VERA, ERA), and therapy responsiveness (ESRA) (WP5) Verweij C*, Joyce Lübbers, Marjolein Blits, J. Lübbers, A. Voskuyl, W. Lems, M. Boers, dept. of Rheumatology, D.J. van Schaardenberg, Reade/JBI, M. Nurmohamed, Reade/JBI, M. Hazes, Emc ?? CTMM, 1-1-2010 / 31-12-2014 96.

TRACER Protein arrays and metabolite biomarkers to predict development of RA and response to therapy (WP8)Curing autoimmune disease. A translational study to autoimmune dieseases in the post-genomic era using inflammatory rheumatic arthritis and mysositis as prototypes and learning examples Verweij C*, M. BlitsL. Klareskog, Ingrid Lundberg (Karolinska Instituted), T. Huizinga (LUMC), G. Burmester, A. Voskuyl, W. Lems, M. Boers, dept. of Rheumatology, D.J. van Schaardenberg, Reade/JBI, M. Nurmohamed, Reade/JBI, M. Hazes, Emc, H. Bijlsma, UMCURadbruch (Charité, Berlin), J. SMolen (MUW, Austria), B. Bresnihan (SVUH, Ireland), PP Tak, D. Baeten (AMC), A. Cope (Imperial, UK), W. van den Berg, W. van Vernrooij (UMCN), C. Jorgeson (Inserm, France), T. Saxne, R. Holmdahl (UNILUND, Sweden), S. Rantapää-Dahlqvist (UMU, Sweden) J. Vencovsky (Inst Rheum, Czech Republic), J. Worhtington (Manc, UK), J. van de Winkel (Genmab, Denmark), C. Buckley (UNIBHAM, UK), F. Cornelis (GenHotel, France), D. Boumpas (Rheumacrete, Greece), G. Burmester (EULAR, Belgium), C. Verweij (VUmc), T. Hanke (TeGenero Germany), P. Olofsson (ARX, Sweden), K. Mignon-Godefroy (BMD, France), M. Veroordeldonk (Arthrogen, NL), CTMMEU, 1-1-2010 / 31-122014 97. TRACERCross-talk between TNF and IFN in rheumatic arthritis Verweij C*, Tamara de Jong, Sander de Ridder, S. de Ridder, J. Beliën, P. Welsing, UMCU, J. Luime, Emc, CTMM / Reumafonds, 1-1-2010 / 31-12-2014 98.

AUTOCURE Curing autoimmune disease. A translational study to autoimmune dieseases in the post-genomic era using inflammatory rheumatic arthritis and mysositis as prototypes and learning examplesUnderstanding the molecular basis of the differential INFB response in relapsing remitting MS Verweij C*, MS stichting, 1-4-2010 / 1-4-2013 99. OIO Baarsen Verweij C*, Baarsen, T.D. de Jong, M. Blomberg, K.Gelderman, A.Voskuyl, dept. of rheumatology, G.J. Wolbink, Reade/JBI, V-ICI,


100.

Understanding the molecular basis of the differential INFB response in relapsing remitting MS Verweij C*, Ch. Polman, dept. of Neurology, J. Killestein, dept. of Neurology, MS stichting 1-4-2010 / 1-4-2013 101. CMSB, Preventive medicine in rheumatoid arthritis Verweij C*, J.G. Wesseling, M. Blits, W. Lems, Rheumatology, G.J. Wolbink, Reade/JBI, V-ICI, 1-11-2009 / 1-11-2011 102.

Folding, production and assembly of viral complexes for high resolution structure analysis Vies van der S*, Ienas Idriss, NWO, 1-8-2007 / 1-8-2011 103.

Bayesian statistics and Bioinformatics for Biomarker validation using Biobanks in Alzheimer's Disease Vies van der S*, Agentschap NL, 1-9-2010 / 31-8-2013 104.

Development of pediatric brain tumor / diffuse intrinxic pontine glioma (DIPG) models for imporvement of imaging and therapy Wesseling P*, T. Würdinger, Hulleman, G.J. Kaspers, KIKA, 1-1-2010 / 1-1-2014 105. Overcoming Temozolomide (TMZ) resistance in glioma Wesseling P*, T. Würdinger, St. Stop hersentumoren, 1-1-2011 / 1-11-2014 106. Genotyping and phenotyping of distant breast cancer metastases Wesseling P*, Prof. P. van Diest, dr. J. Wesseling., KWF, ?? 107.

Comprehensive molecular characterisation of a longitudinal in virto model of high-risk HPV-mediated transformation Wilting S*, W. van Wieringen, dept. Of Clin. Epidem. And statistics, R.D.M. Steenbergen, St. Vumc CCA, 1-1-2012 / 1-1-2016 108. Massive parallel sequencin (MPS) using FFPE material Ylstra B*, VICI 109. Clinical and biological relevance of focal deletions in colorectal cancer Ylstra B*, Oscar Krijgsman, R. Steenbergen, B. Carvalho, GA Meijer, Stichting Avanti STR, 1-6-2009 / 1-6-2013 110.

Prediction of progression in low-grade glioma using chromosal copy number aberrations Ylstra B*, Hinke van Thuijl, Dr. J.C. Reijneveld, dept. Of Neurosurgery, P. Wesseling, KWF, 1-2-2010 / 31-1-2013 111.

Identification of Chromosmal Aberrations driving metastatic Colorectal Cancer Development Ylstra B*, St. Sacha Swarttouw, 1-7-2010 112. Identification of clinically relavant genetic aberrations in pediatric glioneuronal tumors Ylstra B*, P. Wesseling, B. Ylstra, E. Aronica (AMC), Schouten (AMC), Edli Foundation, 1-12-2011 / 112-2013 113. Identification of targeted therapies for anaplastic large cell lymphoma based on apoptosis expression profiles. Saskia Cillessen, Gert Ossenkoppele, Chris Meijer, dept. of Pathology, VU University Medical Center, Amsterdam. KWF OZO5PAT390086.


Bijlagen

Bijlage1: HLO/MLO stages, ronleidingen 2011 HLO einddatum Naam student stageperiode 31-01-2011 Nour Alkaduhimi

soort school naam school HLO HvA Forensisch

studierichting studiejaar soort stage

definitieve stageopdracht

Forensisch

3e jaar

3e jaar stage

FOPA Forensische Pathologie TP2 Expressie van celcyclusregulatiegenen in ovariumcarcinomen APO1 Detectie van apoptose gerelateerde eiwitten in lymfomen EBV4 Het ontsnappen van EpsteinBarr virus (EBV) aan het immuunsysteem

31-01-2011

Wendy Kooyman

HLO

HS Leiden

Cyto/Histo

4e jaar

afstudeerstage

31-01-2011

Bart van Wijnen

HLO

HS INHolland

Medisch

3e jaar

3e jaar stage

31-01-2011

Maryam Wahedi

HLO

HS INHolland

Biochemie

4e jaar

afstudeerstage

28-02-2011

Sander Rodenburg

HLO

HS van Arnhem Nijmegen

BioInformatica

4e jaar

afstudeerstage

15-05-2011

Rubi Amirthalingam

HLO

HS INHolland

B&M

4e jaar

afstudeerstage

15-05-2011

Kim Groot

HLO

HS INHolland

B&M

4e jaar

afstudeerstage

15-05-2011

Kisten Jansen

HLO

HS INHolland

B&M

4e jaar

afstudeerstage

15-05-2011

Linda Mol

HLO

HS INHolland

4e jaar

afstudeerstage

31-05-2011

Rianne Wester

HLO

HS Leiden

Moleculair

4e jaar

afstudeerstage

31-05-2011

Karin Hoogendoorn

HLO

HS Leiden

Cyto/Histo

4e jaar

afstudeerstage

31-05-2011

Coen Wassenaar

HLO

HS Leiden

Cyto/Histo

4e jaar

afstudeerstage

31-05-2011

Joen Huussen

HLO

HS Leiden

Moleculair

4e jaar

afstudeerstage

01-06-2011

Aninna van Splunteren HLO

HS INHolland

Medisch

4e jaar

afstudeerstage


MA1 Micro Array MI1 Immuunfuncties bij tumorpatiënten APO1 Detectie van apoptose gerelateerde eiwitten in lymfomen ICAR4 Rol van NAPDH oxidase in hypertrofe hartspiercellen EBV1 Moleculaire analyse van de humorale immuunrespons tegen Epstein Barr virus tumor geassocieerde eiwitten TPE1 Identification of CIN-related genes in colorectal cancer progression MS1 Pathologie van het ruggenmerg in multiple sclerosis en andere neurodegeneratieve aandoeningen Researchlijn Cardiovasculair pulmonaire hypertensie FOPA Forensische Pathologie HPV3 Identificatie en karakterisering van cellulaire genen betrokken bij het

Bijlagen ontstaan van baar-moederhalskanker 30-06-2011

Marleen Schiffler

HLO

HS van Arnhem Nijmegen

01-10-2011

Kim Vo

HLO

HS INHolland

B&M

4e jaar

afstudeerstage

01-12-2011

Rachel Zaal

HLO

HS Leiden

Cyto/Histo

4e jaar

Histologie

01-01-2012

Elisa Meinster

HLO

HS INHolland

Life Sciences

3e jaar

3e jaar stage

Cyto/Histo

4e jaar

Cytologie

einddatum Naam student stageperiode

soort school naam school

studierichting studiejaar soort stage

23-01-2012

Linda Thiel

HLO

HS INHolland

Medisch

3e jaar

3e jaar stage

01-02-2012

Anneloes Bork

HLO

Saxion Hogeschool Enschede

Crime Sciences

3e jaar

3e jaar stage

28-02-2012

Carola Warnders

HLO

Hanze Hogeschool Groningen

B&M

4e jaar

afstudeerstage

14-05-2012

Rowan Bakker

HLO

HS INHolland

B&M

4e jaar

afstudeerstage

14-05-2012

Melle Holwerda

HLO

HS INHolland

B&M

4e jaar

afstudeerstage

15-05-2012

Aafke Duisters

HLO

HS Fontys

Applied Sciences

4e jaar

afstudeerstage

16-05-2012

Mariska van der Wal

HLO

HS INHolland

Medisch

4e jaar

afstudeerstage

31-05-2012

Daniel Drop

HLO

HS INHolland

B&M

4e jaar

afstudeerstage

01-06-2012

Elise Mantel

HLO

HS INHolland

B&M

4e jaar

afstudeerstage

01-06-2012

Bianca Koopmans

HLO

HS INHolland

B&M

4e jaar

afstudeerstage


4e jaar stage ICAR1 Ontstekingsgemedieerde schade in het hart na een hartinfarct Histodiagnostiek NPMS1 Pathologie van het ruggenmerg in multiple sclerosis en andere neurodegeneratieve aandoeningen definitieve stageopdracht Immunohistochemie Diagnostische stage HPV4 Valideren van de methylerings markers CADM1, MAL, en mir124 in HPV positieve vrouwen van verschillende niet-westerse landen TPE1 Identification of CIN-related genes in colorectal cancer progression ONAP1 De rol van p53 en BCL-2 gerelateerde apoptose eiwitten in chemotherapie-resistentie in diffuus grootcellig B-cel lymfomen ONEB4 Het ontsnappen van EpsteinBarr virus (EBV) aan het immuunsysteem APO1 Detectie van apoptose gerelateerde eiwitten in lymfomen NPAL1 Amyloid geassocieerde factoren in Alzheimer hersenweefsel IMMI1 Immuunfuncties bij tumorpatiënten IDPU Inflammatory Disease Profiling Unit ONEB1 Moleculaire analyse van de humorale immuunrespons tegen Epstein Barr virus tumor

Bijlagen

01-06-2012

Rachel Zaal

HLO

HS Leiden

Cyto/Histo

4e jaar

afstudeerstage

01-07-2012

Martin Singer

HLO

HS INHolland

Medisch

4e jaar

afstudeerstage

MLO einddatum Naam student stageperiode 31-01-2011 A. Everaerts 21-04-2011 Winyee Au 30-06-2012 Sharon van Hees 01-07-2011 14-12-2011 14-12-2011 15-12-2011 15-12-2011

Maarten Kunst Asma Akhiwkh Magdi Salama Jitka Prent Natale Sumaya Ranchelien van 15-12-2011 Frederici 29-06-2012 Sadhana Doebar

soort school naam school MLO ROC Amsterdam MLO ROC Amsterdam MBO Radius College MLO Breda MLO ROC Amsterdam MLO ROC Amsterdam MLO ROC Amsterdam MLO ROC Amsterdam MLO ROC Amsterdam MLO

ROC Amsterdam

MLO

ROC Amsterdam

studierichting

studiejaar soort stage

Cyto/Histo Cyto/Histo

4e jaar 3e jaar

Niveau 3 stage 3e jaar stage

Cyto/Histo

4e jaar

afstudeerstage

Cyto/Histo

4e jaar 1e jaar 1e jaar 1e jaar 1e jaar

afstudeerstage Snuffelstage Snuffelstage Snuffelstage Snuffelstage

1e jaar

Snuffelstage

4e jaar

afstudeerstage

Cyto/Histo

Rondleidingen datum 08-04-2011 27-04-2011 27-04-2011 21-09-2011 21-10-2011

soort school naam school Sabine van der Kraats HLO HvA Forensisch Het Amsterdams Miriam Diepenrink VWO Lyceum Spinoza Lyceum Petra Ormel VWO Amsterdam 5 studenten HLO HS INHolland 2 studenten Kl. MLO VUmc Naam student

studierichting studiejaar

soort stage

Forensisch

4e jaar

Rondleiding

5e jaar

Rondleiding

5e jaar

Rondleiding

1e jaar 1e jaar

Rondleiding Rondleiding

Klinische 88

Jaarverslag 2011, afdeling Pathologie VUmc

geassocieerde eiwitten NPMS1 Pathologie van het ruggenmerg in multiple sclerosis en andere neurodegeneratieve aandoeningen IMGE1 Immunogenetica van infectieziekten: de rol van omgevings, bacteriële-virale en gastheer (genetisch) factoren in de gevoeligheid voor en beloop van infecties

Bijlagen Chemie 24-11-2011 10 studenten

MBO

VUmc

Chemie Verpleegkunde 2e jaar


Rondleiding

Bijlagen

Bijlage 2: Wetenschappelijke stages 2011 Stage op researchlijn Cardiovasculair ‐ Cardio‐vasculaire ontsteking Immunologie – immunoprofiling Immunologie ‐ inflammatory disease profiling Neuropathologie ‐ neurodegeneratieve afwijkingen Oncologie ‐ cervix Oncologie ‐ colon Oncologie ‐ EBV Oncologie ‐ long Oncologie ‐ lymfoma's

Begeleider Naaijkens, Benno Bontkes, Hetty Rachmawati, Dessy Wesseling, John Melker de, Hester Rozenmuller, Annemieke Steenbergen, Renske Wilting, Saskia Fijneman, Remond Groen, Florence de Greijer, Astrid Greijer, Astrid Pegtel, Michiel Verweij, Frederik Boerdonk, Robert Cillessen, Saskia Cillessen, Saskia Cillessen, Saskia

Naam Lelie, van der Groven Galama Wagemans Vossen

Voornaam Petra Maren Lizalo Cindy Jeanique

Studie Geneeskunde Master Biomedische Wetenschappen Master Biomedische Wetenschappen Master Biomedische Wetenschappen Master Gezondheid en Leven

Saane, van Bach Makazaji Hulspas Bos, van der Harmans Mol Lin Heus, de Nijen, van Fonfara Marsch Marsch

Wesley Sander Nour Sanne Stephanie LM Lisette Suzie Celia Lisa Aldona Elke Elke

Cillessen, Saskia

Stello

Ellen

Master Life sciences Bachelor Biomedische Wetenschappen Master Oncology Master Oncology Master Biomedische Wetenschappen Master Biomedische Wetenschappen Master Biomedische Wetenschappen Master Biomedische Wetenschappen Molecular and Cellular Life sciences Bachelor Biomedische Wetenschappen Master Oncology Master Molecular life sciences Master Oncology and developmental biology Master Oncology


Bijlagen

Bijlage 3: Personeel PA 2011 Afdelingshoofd Prof. dr. G.A. Meijer, hoogleraar gastroenterologische pathologie Pathologen Mw. dr. E. Barbé, manager patiëntenzorg, MT lid, aandachtsgebieden hematologie en mamma pathologie Mw. dr. M. Bleeker, aandachtsgebieden gynaecologie, dermatologie, huidlymfomen en plastisch chirurgie Mw. prof. dr. E. Bloemena, hoogleraar orale pathologie, aandachtsgebieden KNO, leveren orale pathologie Dr. G. Brutel de la Rivière, klinisch patholoog Mw. dr. C.C. Flohil, klinisch patholoog Dr. F.R.W. van de Goot, forensisch patholoog Mw. dr. N. van Grieken, aandachtsgebieden gastroenterologie en oncogenetica Mw. dr. Grünberg, aandachtsgebieden (vasculaire) longziekten, nefrologie en thymus Dr. A.H. van Hattum, aandachtsgebieden heelkunde, oncologie en weke delen Mw. dr. E.H. Jaspars, consulent dermatopathologie Dr. W. Kamphorst, neuropatholoog Mw. dr. D. de Jong, aandachtsgebied hematologie Dr. F. van Kemenade, regionaal coördinerend patholoog midden-west, aandachtsgebieden endocrinologie, orthopedie en cytologie Prof. dr. C.J.L.M. Meijer, hoogleraar, klinisch patholoog, Prof. dr. W.J. Mooi, hoogleraar pathologisch onderwijs, aandachtsgebied melanomen Mw. drs. E.A. Neefjes-Borst klinisch patholoog Prof. dr. J.W.M. Niessen, hoogleraar, aandachtsgebieden cardiologie, EM Mw. dr. J.M. Rozemuller, hoogleraar neuropathologie, neuropatholoog Dr. L. Rozendaal, aandachtsgebied urologie Dr. F.B.J.M. Thunnissen, aandachtsgebieden longziekten en thymus Prof. dr. P. van der Valk, hoogleraar neuropathologie, opleider, MT lid, aandachtsgebieden interne geneeskunde, obducties en reumatologie Dr. J.P. van der Voorn, aandachtsgebieden kinderpathologie en verloskunde Prof. dr. P. Wesseling, hoogleraar, neuropatholoog Arts-assistenten in opleiding tot patholoog Mw. drs. M. Bugiani Mw. dr. N.W.J. Bulkmans Mw. dr. M. B. Diosdado Calvo Mw. Drs. J. Fronczek Drs. M. Gök Mw. drs. E.G.H. Hui Mw. drs. I.E. Klein (instroom) Mw. dr. M.W. Koudstaal Mw. Drs. M. Kocken (instroom) Mw. drs. I.P.E.D. Kümmerlin Drs. M. Lavaei (instroom) Drs. C. Meischl (einde opleiding 1-12-2011) Mw. dr. J.J.F. Muris (einde opleiding 7-6-2011) Drs. A. Navabifard Jahromi Drs. M.J. Oedayrajsingh Varma Mw. drs. A.A. Out Mw. drs. M.J. de Rooij (instroom) Drs. P. Snaebjörnsson Medisch immunologen Mw. dr. B.M.E. von Blomberg, UD, immunologie/celbiologie Mw. dr. I.W.M. Hoogstraten, medisch immunoloog


Bijlagen

Medisch immunologen in opleiding Mw. Dr. H.J. Bontkes Mw. Dr. K.A. Gelderman Researchline Oncological research Cervical cancer Program leader Prof. dr. P.J.F. Snijders, hoogleraar, moleculair bioloog Academic Staff Mw. dr. M. Bleeker, patholoog Dr. F. van Kemenade, patholoog Prof. dr. C.J.L.M. Meijer, hoogleraar, klinisch patholoog Mw. dr. D.A.M. Heideman, klinisch bio academisch medewerker Mw. dr. R.D.M. Steenbergen, universitair hoofddocent Postdocs Dr. A.T. Hesselink Mw. dr. S.M. Wilting Phd students Mw. drs. R. van Baars, arts onderzoeker Mw. ir. M. Bierkens, onderzoeker in opleiding Mw. M.G. Dijkstra, arts onderzoeker Mw. F.E. Henken, promovendus Mw. J. van der Marel, arts onderzoeker Mw. M. Mollers, onderzoeker in opleiding RIVM Mw. drs. D. Rijkaart, wetenschappelijk onderzoeker Mw. M. Scherpenisse, onderzoeker in opleiding RIVM Mw. D.M. Schütze, onderzoeker in opleiding Mw. S. Snellenberg, onderzoeker in opleiding Mw. L.M.A. de Strooper, onderzoeker in opleiding Mw. drs. M.H. Uijterwaal, arts onderzoeker Mw. drs. V. M.J. Verhoef, arts onderzoeker Lung cancer Program leaders Prof. dr. P.J.F. Snijders, hoogleraar, moleculair bioloog Dr. F.B.J.M. Thunnissen, klinisch patholoog Mw. dr. D.A.M. Heideman, klinisch bio-academisch medewerker Phd students R.A.A. van Boerdonk MSc, wetenschappelijk onderzoeker Mw. drs. A.J. Hubers, wetenschappelijk onderzoeker Colorectal and gastric cancer Program leader Prof. dr. G.A. Meijer, hoogleraar gastroenterologische pathologie, afdelingshoofd Academic Staff Dr. J.A.M. Belien, informaticus Mw. B. Diosdado Calvo R.J.A. Fijneman, universitair docent Mw. dr. N. van Grieken, patholoog Mw. dr. B. Pinto Morais de Carvalho, universitair docent Dr. B. Ylstra, universitair hoofddocent, coördinator micro array


Bijlagen

Postdocs Dr. S.J. Smeets, wetenschappelijk onderzoeker Dr. ir. M.A. van der Wiel, coördinator genomics, data analist Mw. dr. R. Díaz-López, wetenschappelijk onderzoeker Phd students D.L.S. Sie, wetenschappelijk onderzoeker E. van den Broek, onderzoeker in opleiding Mw. drs. L..J.W. Bosch, promovendus J.A.C.M. Goos, onderzoeker in opleiding Mw. drs. J.C. Haan, onderzoeker in opleiding Mw. A. Hiemstra, onderzoeker in opleiding Q.J.M. Voorham MSc, onderzoeker in opleiding O. Krijgsman, onderzoeker in opleiding Mw. L.M. Timmer, onderzoeker in opleiding Mw. drs. H. F. van Thuijl, wetenschappelijk onderzoeker Mw. F.M.L. de Groen, onderzoeker in opleiding Lymphomas Program leaders Prof. dr. C.J.L.M. Meijer, hoogleraar Mw. dr. S.A.G.M. Cillessen, wetenschappelijk onderzoeker Technician Mw. N. Rekers Tumorimmunology Program leaders Prof. dr. R.J. Scheper, hoogleraar experimentele pathologie Dr. E. Hooijberg, universitair hoofddocent Postdoc Dr. G. Scheffer, wetenschappelijk onderzoeker Phd student Mw. A.W. Turksma, onderzoeker in opleiding EBV related cancers Program leader Prof. dr. J.M. Middeldorp, EBV immunologie/pathogenese Postdocs Mw. dr. A.E. Greijer Dr. D.M. Pegtel Phd students Mw. ing. E. Hoebe, onderzoeker in opleiding F.J. Verweij MSc, onderzoeker in opleiding Mw. Z. Novalic, onderzoeker in opleiding Mw. O. Ramayanti, onderzoeker in opleiding Technicians Mw. S.A.W.M. Veldt- Verkuylen, researchanalist Mw. ing. M.A.J. van Eijndhoven, researchanalist Mw. drs. H. Juwana, researchanalist


Bijlagen Head and neck tumors Program leaders Mw. prof. dr. E. Bloemena, hoogleraar orale pathologie Prof. dr. I. van der Waal Phd students Drs. H. Matse, onderzoeker in opleiding Melanoma Program leaders Prof. dr. W.J. Mooi, hoogleraar pathologisch onderwijs Prof. dr. D. Peeper, hoogleraar Functionele Oncogenomica Brain tumors Program leaders Prof. dr. P. van der Valk, hoogleraar neuropathologie Prof. dr. P. Wesseling, neuropatholoog Phd students Mw. drs. H. F. van Thuijl, wetenschappelijk onderzoeker Researchline Neuropathology Neurodegenerative disorders Program leaders Mw. dr. J.M. Rozemuller, hoogleraar neuropathologie Mw. Prof. dr. S.M. van der Vies, hoogleraar neuropathologie Postdocs Dr. J.J.M. Hoozemans, wetenschappelijk onderzoeker Phd students Mw. A. Carrano, onderzoeker in opleiding Mw. I. Idriss MSc onderzoeker in opleiding White matter disorders / MS Program leaders Prof. dr. P. van der Valk, hoogleraar neuropathologie, klinisch patholoog Mw. prof. dr. S. Amor, universitair hoofddocent Prof. dr. P.J. van den Elsen, hoogleraar experimentele pathologie Phd Students E.J. Kooi, onderzoeker in opleiding P.G. Nijland, onderzoeker in opleiding Mw. LA.N. Peferoen MSc, onderzoeker in opleiding S. Singh, onderzoeker in opleiding Mw. drs. B.J. van der Star, onderzoeker in opleiding M.E. Witte, onderzoeker in opleiding Researchline Cardiovascular pathology Cardiovascular inflammation Program leaders Prof. dr. J.W.M. Niessen, hoogleraar cardiovasculaire pathologie, patholoog Mw. K Grünberg, patholoog Postdoc Dr. P.A.J. Krijnen, wetenschappelijk onderzoeker


Bijlagen Phd students Mw. N.E. Hahn, onderzoeker in opleiding Drs. F.R.W. van de Goot, patholoog Technicians U. Baylan H. Korkmaz Researchline Immunopathogenesis Inflammatory disease profiling Program leader Prof. dr. C.L. Verweij, hoogleraar Phd students Mw. drs. Ing. Stahlecker-Vosslamber, wetenschappelijk onderzoeker Mw. M. Blits, onderzoeker in opleiding Mw. T.D. de Jong, onderzoeker in opleiding Mw. J. Lübbers, onderzoeker in opleiding Drs. A. de Ridder, wetenschappelijk onderzoeker Technician Dr. J.G. Wesseling Immunoprofiling Program leader Mw. dr. B.M.E. von Blomberg, UD, immunologie/celbiologie Academic Staff Mw. dr. I.W.M. Hoogstraten, medisch immunoloog Mw. dr. H.J. Bontkes, medisch immunoloog i.o. Phd student drs. S. Gross, onderzoeker in opleiding Immunogenetics Program leaders Dr. S.A. Morré, universitair hoofddocent Postdocs Dr. J.B.A. Crusius, wetenschappelijk onderzoeker Dr. S. Ouburg, wetenschappelijk onderzoeker Technicians R. Heijmans, researchanalist Mw. J. Pleijster, senior researchanalist


Bijlagen Technisch ondersteunend personeel Sector 1 H.W. van Aalst, coördinerend hoofdanalist Cytologie Mw. M. Baloche, hoofdanalist Mw. A. Bieze, medisch administratief medewerkster Mw. K. Comes, kernanalist Mw. S.J.C. de Geus, kernanalist R. Koning, kernanalist Mw. P. Keuken, kernanalist Mw. M.J.W. Ouwerkerk, kernanalist M. Visser, analist Mw. S. Wolters, senior kernanalist Histotechniek Mw. P.E.T. Scholten, senior hoofdanalist Mw. C. Alferink, kernanalist Mw. K. van Beelen, kernanalist E. Coosen, kernanalist W. Dekker, senior kernanalist Mw. A. Everaerts, analist Mw. C.E. van der Feen, kernanalist A. van der Grijn, researchanalist H.M.A.M. Ketelaars, senior kernanalist Mw. W. Kooijman, kernanalist M. Kunst, analist Mw. C.J.L. Meyer, kernanalist Mw. J.E. Pankras, kernanalist Mw. M. van Roijen, kernanalist Mw. M.N. Sahtoe, kernanalist Mw. J.A.M. Scheerman, kernanalist M. Schrander, kernanalist N.P. Smoor, kernanalist N. Snoijs, kernanalist Mw. K. Zouggari-Achkari, senior kernanalist Electronenmicroscopie J.M. Fritz, kernanalist Obductie Mw. A.G. van Berkom-Bakker, obductie-assistent P. Kraaijeveld, obductie-assistent F.A. Oldert , obductie-assistent Mw. A.C.N. Ranzijn, obductie-assistent R.W. Vos, leidinggevend obductie assistent Medische Fotografie R.R. Otsen, medisch fotograaf / beeldbewerker J.T. van Veldhuisen, medisch fotograaf / beeldbewerker/manager Patiëntensecretariaat Mw. S.R. Gopal, med. administratief medewerkster Mw. E. J. den Hollander, med. administratief medewerkster Mw. C.R. Koetsier, med. administratief medewerkster Mw. J.M. Kuhn, med. administratief medewerkster Mw. S. van der Meer, administratief medewerkster MW. N. M. Meijer, med. administratief medewerkster Mw. M.E. van Meurs, med. administratief medewerkster


Bijlagen Mw. M. Ostendorf, hoofd patiëntensecretariaat († overleden op 6 april) Mw. J.M. Vredeman, med. administratief medewerkster Mw. E. Verweij, nieuw hoofd patiëntensecretariaat Sector 2 A. Kromhout, coördinerend hoofdanalist Medische Immunologie Mw. J. Reijm, hoofdanalist Mw. S. Tonouh-Aajoud, kernanalist Mw. P. Bonnet, researchanalist J. de Groot, researchanalist Mw. H. van den Heuvel, researchanalist Mw. J. Hollander, kernanalist Mw. J.G. Kruiswijk, kernanalist Mw. J.R. Scheick, kernanalist Mw. A.G.M. Stam, senior researchanalist Mw. H.C. Windműller-Borgdorff, kernanalist Immunohistochemie Mw. ing. M.D. Ramkema, senior hoofdanalist Mw. D.W. Diermen - van den Berg, reserachanalist Mw. A.E.A. van der Grijn, researchanalist Mw. M.J. Hijmering, researchanalist P.C. Kortman, senior researchanalist Mw. drs. A.M. Leonhart, senior kernanalist Mw. L.M. Moesbergen, researchanalist S. Richardson, kernanalist Mw. A.R. Verlaan, researchanalist W. Vos, onderzoeksmedewerker Mw. M.J. van Zijp, kernanalist Neuropathologie Mw. M. Jacobs, senior kernanalist Mw. I.M. Vent, kernanalist W.H. Gerritsen, researchanalist D.C. Hondius, onderzoeksmedewerker Mw. E.S. van Haastert, senior researchanalist Sector 3 R.E. van Andel, coördinerend hoofdanalist Moleculaire Pathologie Dhr. R. Pol, senior hoofdanalist Mw. D. Agard, rearchanalist Mw. M. Bekker-Lettink, senior researchanalist M. Bogaarts, senior researchanalist Mw. D. Boon, researchanalist Mw. L. Bosch, researchanalist D.S. Buma, researchanalist Mw. H.M. E. de Bruin, researchanalist Mw. M.W. Doeleman, researchanalist Mw. S. Duin, researchanalist Mw. N.C. Fransen Daalmeijer, senior researchanalist Mw. S. Gierveld, researchanalist Mw. M.I.H. van Moorsel, researchanalist Dhr. F. Topal, researchanalist Mw. M.C.G.T. Verkuyten, researchanalist Mw. D.T.M. Pronk, researchanalist


Bijlagen

Tumor Profiling M.A.M. Broeckaert, senior hoofdanalist Mw. M. van Aalst, student assistent Mw. ing. J.S. Bolijn, researchanalist Mw. R. Bouwe, analist Mw. P.M. Delis-van Diemen, researchanalist Mw. S. Mongera, researchanalist C. Parlayan, onderzoeksmedewerker Mw. M. Tijssen, senior researchanalist Dr. J.G. Wesseling, senior researchanalist Mw. M. van Zijp- Vervaart, kernanalist Micro Array P. Eijk, onderzoeksmedewerker H.F.B. van Essen, kernanalist Mw. D. Israeli, researchanalist Mw. J. Reek, onderzoeksmedewerker F. Rustenburg, researchanalist Bedrijfsbureau B. Bakker, stafadviseur Mw. D. Claassen, management assistent onderwijs Mw. J.H. Fieret, kwaliteitscoördinator Mw. E.C.D. Koomen, management assistent HRM M. Meekes, management assistent financiën Mw. dr. A.C. van Denderen, projectmanager DeCoDe Stafsecretariaat Mw. S. Balhari, secretaresse Mw. H. Blok-Melse, senior secretaresse Mw. A.J. Borgmann, hoofd stafsecretariaat Mw. A.C. Hiemstra, student assistent Mw. drs. P. van Mulligen, management assistent afdelingshoofd Mw. C.P. van Rijn, senior secretaresse B.A. Ruige, student assistent Mw. C.J. Schröeder, senior secretaresse Mw. M.M. van der Zee, senior secretaresse


Pathologie Jaarverslag 2011

Recommend Documents