Medische natuurwetenschappen BSc Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen

Medische natuurwetenschappen BSc Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

I

De bacheloropleiding Medische Natuurwetenschappen is een brede opleiding waarin de combinatie van de exacte wetenschappen en de medische wetenschappen centraal staat. Na de opleiding kan je doorstromen naar de doorstroommaster Medical Natural Sciences, of naar een aantal andere gerelateerde masteropleidingen. De eerste twee jaar volgen alle studenten een vast programma. In het derde jaar zijn er verschillende keuzemogelijkheden die je kan gebruiken als oriëntatie op je vervolgopleiding. Zo zijn er trajecten die voorbereiden op een mogelijk toekomstig beroep als klinisch fysicus, leraar natuurkunde of leraar scheikunde. De opleiding begint met een inleidend college over Medische Natuurwetenschappen. Daarnaast en daarna zijn er basisvakken in de natuurkunde, scheikunde, wiskunde en informatica en uiteraard de medische wetenschappen, en practica waarin met name onderzoekvaardigheden in de natuurkunde en de scheikunde centraal staan. De smaakmaker van het eerste jaar is een project (Project Zenuwen) waar je goed beeld verkrijgt van de samenhang van de medische en exacte disciplines en van de maatschappelijke relevantie. Een tweede project (Project Kanker) wordt in het tweede jaar aangeboden. Een aantal van de projecten en oriëntaties worden gedeeltelijk of geheel op het VU medisch centrum uitgevoerd. Meer opleidingsinformatie is te vinden op de de FEW-website. Een complete beschrijving van deze opleiding is te vinden in de Onderwijs- en Examenregeling op de FEW-website. Klik op de onderstaande links om informatie over de vakken te bekijken. Voor meer informatie over de opleiding zelf kun je terecht bij je studieadviseur.


II

Inhoudsopgave

Eerste jaar bachelor Medische natuurwetenschappen

1

MNW vervallen vakken per 1-9-2011

1

Verplichte vakken

1

Verplichte algemene onderdelen

2

Tweede jaar bachelor Medische natuurwetenschappen

2

Verplichte keuze 1 uit 2

2

Verplichte vakken

3

Derde jaar bachelor Medische natuurwetenschappen

3

Educatieve Minor Natuurkunde

4

Educatieve Minor Scheikunde

4

Individuele vakken

4

Bachelorproject

4

Verplichte keuze vakken

5

Vrije keuzevakken

6

Minor Biomedische Beeldvorming

7

Vak: Algemene didactiek en pedagogiek I

8

Vak: Bachelorproject Bioinformatica / Genomics

8

Vak: Bachelorproject Bioinformatics / Genomics

9

Vak: Bachelorproject Biomoleculaire wetenschappen

10

Vak: Bachelorproject Biomoleculaire wetenschappen

10

Vak: Bachelorproject Fysica van leven

11

Vak: Bachelorproject Fysica van leven

12

Vak: Bachelorproject Medische fysica

12

Vak: Bachelorproject Medische fysica

13

Vak: Bachelorproject Medische fysiologie

14

Vak: Bachelorproject Medische fysiologie

15

Vak: Bachelorproject Molecular Clinical Diagnostics

16

Vak: Bachelorproject Molecular Clinical Diagnostics

16

Vak: Basiswiskunde

17

Vak: Basiswiskunde

18

Vak: Bio-analytische chemie

18

Vak: Biochemie

19

Vak: Biomarkers & Diagnostiek

20

Vak: Biostatistiek

21

Vak: Blusinstructie: Praktijk S&F/N&S/SBI incl MNW.

22

Vak: Blusinstructie: Theorie: S&F/N&S/W/I/SBI gelijktijdig in Q1

22

Vak: Calculus 1

22

Vak: Calculus 2

23

Vak: Chemische diagnostiek en imaging

24

Vak: Differentiëren en integreren 3

24

Vak: EM Praktijk I

25

Vak: EM Praktijk II

26

Vak: EM Vakdidactiek Natuurkunde I

26


III

Vak: EM Vakdidactiek Natuurkunde II

27

Vak: EM Vakdidactiek Scheikunde I

28

Vak: EM Vakdidactiek Scheikunde II

28

Vak: Fysica en medische fysica 1

29

Vak: Fysica en medische fysica 2

30

Vak: Geschiedenis van de natuurwetenschappen

30

Vak: Gezondheidszorgsystemen

31

Vak: Image Processing

32

Vak: Inleiding bioinformatica 1

33

Vak: Inleiding bioinformatica 2

34

Vak: Inleiding computergebruik

35

Vak: Inleiding medische natuurwetenschappen

35

Vak: Innovatieproject diagnostiek & gezondheid

36

Vak: Klinische en Analytische Chemie

38

Vak: Levende chemie

39

Vak: Lineaire algebra

39

Vak: Maatschappelijke aspecten van de natuurwetenschappen

40

Vak: Mathematische methoden 1

41

Vak: Medical (Patho)Physiology I

42

Vak: Medische (patho)fysiologie 2

43

Vak: Medische beeldvorming

44

Vak: Medische natuurwetenschappen en samenleving

45

Vak: Mentoraat / Tutoraat

45

Vak: Microscopische beeldvorming

46

Vak: Natuurkunde en gezondheid

47

Vak: Natuurkunde practicum 1

48

Vak: Natuurkunde practicum 2

48

Vak: Optica en optisch waarnemen

49

Vak: Oriëntatie op de M-variant

50

Vak: Oriëntatie science educatie

51

Vak: Practicum biomarkers en biotransformatie

53

Vak: Project biomedische beeldvorming

54

Vak: Project kanker

54

Vak: Project systeemmodelleren

55

Vak: Project zenuw-werk

56

Vak: Radiofarmacochemie

57

Vak: Statistiek en data-analyse

58

Vak: Thermodynamica

59

Vak: Toegepaste informatica

60

Vak: Translationele Biomarkers

61

Vak: Van gen tot geneesmiddel

62

Vak: Van quantum tot molecuul

63

Vak: Veiligheidsinstructie S, F, MNW en SBI 30min

63

Vak: Voorlichting door studentendecanen en CSL

64

Vak: Wetenschapscommunicatie voor Bèta-onderzoekers

64


IV

Vak: Wijsgerige vorming: natuurwetenschappen, filosofie en ethiek


65

V

Eerste jaar bachelor Medische natuurwetenschappen Eerste jaar voor studenten gestart in 2011/2012 In het eerste jaar kun je nagaan of je Medische natuurwetenschappen een leuke studie vindt en kan bekeken worden of je geschikt bent om met een redelijke kans van slagen de studie te vervolgen. Kort gezegd: het eerste jaar heeft een oriënterende, selecterende en verwijzende functie. In het eind van het eerste studiejaar maak je voor het eerst kennis met projectonderwijs ('zenuw-werk'), waarin de integratie van de verschillende disciplines binnen de medische natuurwetenschappen duidelijk wordt. Opleidingsdelen: - MNW vervallen vakken per 1-9-2011 - Verplichte vakken - Verplichte algemene onderdelen

MNW vervallen vakken per 1-9-2011 Vakken:

Naam

Periode

Credits

Code

Basiswiskunde

Periode 1

2.0

X_400288

Naam

Periode

Credits

Code

Basiswiskunde

Periode 1

3.0

X_401069

Bio-analytische chemie

Periode 4

3.0

X_430094

Biochemie

Periode 4, Zomerperiode

3.0

X_430562

Calculus 1

Periode 2

3.0

X_400300

Fysica en medische fysica 1 Periode 4

3.0

X_430060

Fysica en medische fysica 2 Periode 5

3.0

X_430061

Inleiding medische natuurwetenschappen

Periode 1

3.0

X_430089

Klinische en Analytische Chemie

Periode 3

3.0

X_430510

Levende chemie

Periode 2

3.0

X_430569

Lineaire algebra

Periode 4

3.0

X_400302

Medical (Patho)Physiology I Periode 1+2

6.0

X_436501

Medische natuurwetenschappen en samenleving

3.0

X_430013

Verplichte vakken Vakken:

Periode 3


6-3-2013 - Pagina 1 van 66

Natuurkunde en gezondheid Periode 5

3.0

X_420503

Natuurkunde practicum 1

Periode 1

3.0

X_430105

Project zenuw-werk

Periode 6

6.0

X_430067

Toegepaste informatica

Periode 5

3.0

X_420534

Van gen tot geneesmiddel

Periode 2

3.0

X_435107

Verplichte algemene onderdelen Vakken:

Naam

Periode

Credits

Code

Blusinstructie: Praktijk S&F/N&S/SBI incl MNW.

Periode 1

0.0

X_000002

Blusinstructie: Theorie: Periode 1 S&F/N&S/W/I/SBI gelijktijdig in Q1

0.0

X_000003

Inleiding computergebruik

Periode 1

0.0

X_000004

Mentoraat / Tutoraat

Semester 1

0.0

X_000008

Veiligheidsinstructie S, F, MNW en SBI 30min

Periode 1

0.0

X_000019

Voorlichting door studentendecanen en CSL

Periode 1

0.0

X_000007

Tweede jaar bachelor Medische natuurwetenschappen Tweede jaar voor studenten gestart in 2010/2011 Het tweede jaar van de studie dient ter verbreding en verdieping van de leerstof. Ook in dit studiejaar volg je behalve de disciplinaire vakken (in een medische context) ook een integratief project: 'kanker'. Tevens volg je verplicht een van de twee vakken uit Algemene Vorming. Opleidingsdelen: - Verplichte keuze 1 uit 2 - Verplichte vakken

Verplichte keuze 1 uit 2 Verplichte keuze van 1 uit 2 Deze keuze vervalt per 1-9-2012 voor 2S. Vakken:

Naam

Periode

Credits

Code

Geschiedenis van de natuurwetenschappen

Periode 4

3.0

X_420148


6-3-2013 - Pagina 2 van 66

Maatschappelijke aspecten van de natuurwetenschappen

Periode 4

3.0

X_420153

Naam

Periode

Credits

Code

Biomarkers & Diagnostiek

Periode 1

3.0

X_430553

Biostatistiek

Periode 5

3.0

X_401070

Calculus 2

Periode 1+2

6.0

X_435002

Inleiding bioinformatica 1

Periode 3

3.0

X_401036

Mathematische methoden 1 Periode 4

3.0

X_401021

Medische (patho)fysiologie 2

Periode 2

6.0

X_436503

Natuurkunde practicum 2

Periode 5

3.0

X_430076

Optica en optisch waarnemen

Periode 4

6.0

X_420214

Practicum biomarkers en biotransformatie

Periode 2

3.0

X_430512

Project kanker

Periode 6

6.0

X_430021

Statistiek en data-analyse

Periode 3

3.0

X_401072

Thermodynamica

Periode 1

3.0

X_435203

Van quantum tot molecuul

Periode 5

6.0

X_420545

Wijsgerige vorming: natuurwetenschappen, filosofie en ethiek

Periode 1

3.0

X_435340

Verplichte vakken Vakken:

Derde jaar bachelor Medische natuurwetenschappen Derde jaar voor studenten gestart in 2009/2010 Het derde jaar vormt de afronding van de basistraining. De helft (30 studiepunten) is gereserveerd voor een minor of vrije keuze in het najaarssemester. De opleiding biedt de minor Biomedische Beeldvorming aan. Studenten zijn echter vrij om een andere minor te kiezen of deze keuzeruimte op een andere manier in te vullen. Hiervoor is echter wel toestemming van de examencommissie nodig. In het voorjaarssemester moet in periode 4 gekozen worden uit een aantal vakken, die deels als voorbereiding dienen voor specialisaties in de masterfase. De periodes 5 en 6 zijn gereserveerd voor het afsluitend bachelorproject van 12 of 18 studiepunten. Als voor 12 studiepunten wordt gekozen is er ruimte voor een extra vrije keuze van 6 sp. Voor studenten die in aanmerking willen komen voor een certificaat van de Nederlandse Vereniging voor Klinische Fysica (waarin staat dat hun vooropleiding voldoet aan de eisen voor toegang tot de postinitiële opleiding in de Klinische Fysica) gelden aanvullende eisen die te vinden zijn in de OER. Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 3 van 66

Opleidingsdelen: -

Educatieve Minor Natuurkunde Educatieve Minor Scheikunde Individuele vakken Bachelorproject Verplichte keuze vakken Vrije keuzevakken Minor Biomedische Beeldvorming

Educatieve Minor Natuurkunde Vakken:

Naam

Periode

Credits

Code

Algemene didactiek en pedagogiek I

Periode 1

3.0

OM_EMADEPI

EM Praktijk I

Periode 1

6.0

OM_EMPRI

EM Praktijk II

Periode 2+3

9.0

OM_EMPRII

EM Vakdidactiek Natuurkunde I

Periode 1

3.0

OM_EMVDNAI

EM Vakdidactiek Natuurkunde II

Periode 2+3

3.0

OM_EMVDNAII

Educatieve Minor Scheikunde Vakken:

Naam

Periode

Credits

Code

Algemene didactiek en pedagogiek I

Periode 1

3.0

OM_EMADEPI

EM Praktijk I

Periode 1

6.0

OM_EMPRI

EM Praktijk II

Periode 2+3

9.0

OM_EMPRII

EM Vakdidactiek Scheikunde I

Periode 1

3.0

OM_EMVDSKI

EM Vakdidactiek Scheikunde II

Periode 2+3

3.0

OM_EMVDSKII

Individuele vakken

Bachelorproject De bacheloropleiding wordt in periode 4 en 5 van het derde jaar afgesloten met een gespecialiseerd project dat een 'proeve van bekwaamheid' bevat. In het najaar ontvang je meer informatie over de inhoud van de mogelijke specialisaties en de onderwerpen van onderzoek Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 4 van 66

in de masteropleiding. De inhoud van het bachelorproject kan dus variëren, maar het programma bevat zeker theoretische verdieping en kennismaking met onderzoek. We hebben een aparte handleiding voor het bachelorproject samengesteld (zie onder 'Project en stage' in het linker menu), zodat student en begeleider precies weten wat er van hen verwacht wordt. NOTE: Het eindcijfer van het Bachelorproject moet samen worden ingeleverd met het 'Beoordelingsformulier Bachelorproject' te vinden in de Handleiding Bachelorproject. Alle bachelorprojecten van MNW zijn uit te breiden naar projecten van 18 of zelfs 24 sp in overleg met de docent. Wat te doen bij achterstand In principe zijn de bachelprojecten bedoeld om de bacheloropleiding mee af te sluiten. Het is dan ook niet raadzaam om deze al te volgen als je nog een aanzienlijke studieachterstand hebt. Als je bepaalde vereiste voorkennis mist, is deelname al helemaal uitgesloten. Bijvoorbeeld: je moet de vakken Fysica en Medische Fysica I en Natuurkunde en Gezondheid gehaald hebben alvorens je mag deelnemen aan een bachelorproject bij Medische Fysica. Dat ligt natuurlijk ook erg voor de hand. Aan de andere kant mag uitstellen ook niet tot verdere vertraging leiden. Neem daarom in voorkomende gevallen tijdig contact op met de studieadviseur (Wim Sterrenburg) om een studieplanning te maken. Het bachelorproject van 12 sp kan uitgebreid worden met 6 sp tot een bachelorproject van 18 sp. Wanneer je dit wilt, dan moet je kiezen voor een bachelorproject van 18 sp uit de modulegroep XB3_MNW_K1. In de handleiding vind je informatie over de gang van zaken rond het bachelorproject. Hierin staat onder meer dat je schriftelijke toestemming van de studieadviseur nodig hebt om aan het project te kunnen beginnen. Vakken:

Naam

Periode

Credits

Code

Bachelorproject Bioinformatics / Genomics

Ac. Jaar (september)

12.0

X_430041

Bachelorproject Biomoleculaire wetenschappen


12.0

X_430503

Bachelorproject Fysica van leven


12.0

X_430039

Bachelorproject Medische fysica


12.0

X_430085

Bachelorproject Medische fysiologie


12.0

X_430100

Bachelorproject Molecular Clinical Diagnostics


12.0

X_430506

Verplichte keuze vakken * Max 6 ec zullen verplicht worden gesteld voor de verschillende MNS tracks Mastertrack: Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 5 van 66

Fysica van Leven Differentiëren en integreren 3 Medische Fysica Differentiëren en integreren 3 en Voortgezette Biostatistiek Medische Fysiologie Inleiding bioinformatica 2 en Voortgezette Biostatistiek Moleculaire Klinische Diagn. Inleiding bioinformatica 2 en Voortgezette Biostatistiek Vakken:

Naam

Periode

Credits

Code

Differentiëren en integreren Periode 4 3

3.0

X_400577

Gezondheidszorgsystemen Periode 4

3.0

X_420528

Inleiding bioinformatica 2

Periode 4

3.0

X_401042

Oriëntatie op de M-variant

Periode 4

6.0

X_400375

Oriëntatie science educatie

Semester 2

6.0

O_ORIBETA

6.0

AB_470185

Wetenschapscommunicatie Periode 5 voor Bèta-onderzoekers

Vrije keuzevakken Minimaal 6 sp te kiezen in de vrije keuzeruimte. Er kan gekozen worden om het bachelorproject van 12 sp uit te breiden met 6 sp, tot een bachelorproject van 18 sp. Wanneer je dit wilt, moet je niet kiezen voor een bachelorproject van 12 sp uit de modulegroep XB3_MNW_B1. Naast ondergenoemde keuzevakken van 6 sp kan ook worden gekozen uit vakken bij andere opleidingen. Het is wel verstandig om daarvoor eerst toestemming van de examencommissie te vragen. Vakken:

Naam

Periode

Credits

Code

Bachelorproject Bioinformatica / Genomics


18.0

X_430096

Bachelorproject Biomoleculaire wetenschappen


18.0

X_430504

Bachelorproject Fysica van leven


18.0

X_430107

Bachelorproject Medische fysica


18.0

X_430099

Bachelorproject Medische fysiologie


18.0

X_430101

Bachelorproject Molecular Clinical Diagnostics


18.0

X_430507

6.0

X_420225

Innovatieproject diagnostiek Periode 5 & gezondheid


6-3-2013 - Pagina 6 van 66

Project systeemmodelleren

Periode 6

6.0

X_420544

Translationele Biomarkers

Periode 5+6

6.0

X_430559

Minor Biomedische Beeldvorming In de laatste decennia hebben beeldvormende technieken een enorme vlucht genomen, zowel in de gezondheidszorg als in de fundamentele levenswetenschappen. Het is nu mogelijk om bijvoorbeeld denkprocessen in onze hersenen te lokaliseren en visualiseren met functionele MRI (figuur linksboven). Ook kunnen we nu een enkel DNA molecuul vastpakken, zichtbaar maken en uitrekken (figuur onder). Onderzoek naar en met beeldvormende technieken heeft de laatste jaren meerdere malen tot Nobelprijzen geleid. Ook op de VU: in de faculteit exacte wetenschappen, het medische centrum, in het lasercentrum, maar ook bij de faculteiten aard- en levenswetenschappen, bewegingswetenschappen en psychologie worden dit type methoden steeds belangrijker. Kortom, beeldvormende technieken kom je tegenwoordig overal tegen in het onderzoek en in de patiëntenzorg en daarom staan ze centraal in deze minor. In deze minor word je geïntroduceerd in een breed scala aan beeldvormende methoden. Er wordt ingegaan op de fysische en chemische principes van de beeldvorming: het gebruik van licht (microscopie, optical coherence tomography, Raman spectroscopie, optisch pincet), röntgenstraling, geluid, radioactief verval (PET) en magnetische velden (MRI en magnetisch pincet). Ook ga je aan de slag met beeldbewerking en beeldanalyse om de gewenste informatie uit de gemaakte beelden te halen. Toepassingen in de medische praktijk en fundamenteel (levens) wetenschappelijk onderzoek komen uitgebreid aan bod in voordrachten van gastsprekers. Ook excursies en demonstraties, hoorcolleges en practica zitten in het minorprogramma. Deze minor geeft een goede indruk van beeldvormende technieken en de toepassingen daarvan op de VU en het VUmc en biedt het bovendien de mogelijkheid een kijkje te nemen over de grenzen van de eigen faculteit. Daarmee vormt deze minor een prima fundament voor masteropleidingen als medical natural sciences, chemistry en physics. Toelatingseisen De minor biomedische beeldvorming is in het bijzonder toegespitst op derdejaars bachelorstudenten medische natuurwetenschappen en natuurkunde, maar is natuurlijk ook toegankelijk voor studenten uit andere opleidingen met een vergelijkbaar natuurkunde en wiskunde niveau met een grote interesse in de principes van beeldvormende technieken. Te denken valt aan bewegingswetenschappen, scheikunde, farmaceutische wetenschappen, bèta-gamma, science business and innovation en andere. Het is aan te bevelen om, als je tot deze laatste categorie behoort, contact op te nemen met minorcoördinator. Vakken:

Naam

Periode

Credits

Code

Chemische diagnostiek en imaging

Periode 2

3.0

X_430554

Image Processing

Periode 2

6.0

X_432630

Medische beeldvorming

Periode 1

6.0

X_436504

Microscopische beeldvorming

Periode 1

3.0

X_420529


6-3-2013 - Pagina 7 van 66

Project biomedische beeldvorming

Periode 3

6.0

X_420537

Radiofarmacochemie

Periode 1

3.0

X_436502

Algemene didactiek en pedagogiek I Vakcode

OM_EMADEPI ()

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit

Onderwijscentrum VU

Coördinator

drs. D.T.T. Kamsma

Docent(en)

D.T.A. Wols, drs. S. Attema-Noordewier, ir. J.G. Schoonhoven, drs. W.S. Hoekstra

Lesmethode(n)

Werkgroep

Doel vak De student neemt kennis van algemene onderwijskundige inzichten op het terrein van (activerende) didactiek en communicatie in de klas, past dit toe in de eigen lespraktijk en kan reflecteren op de eigen lespraktijk Inhoud vak Gestart wordt met een startcollege en een inleidend college over de docentrollen ontwerper, uitvoerder, teamlid/collega, pedagoog en professional. Verder 4 peergroepsbijeenkomsten van elk anderhalf uur, 5 interactieve colleges over de rol van ontwerper en 5 interactieve colleges over de rol van uitvoerder. In een apart college van anderhalf uur komt microteaching aan bod: reflectie op een video-opnamen van een gesimuleerde les. Ook is er aan het begin van de periode een workshop over het digitaal portfolio, waarin alle uitwerkingen van de opdrachten opgenomen moeten worden. Onderwijsvorm Interactieve hoor- en werkcolleges Toetsvorm Gewogen beoordeling door alle betrokken opleiders op basis van de ingeleverde portfolio-opdrachten Literatuur Een syllabus wordt op het eerste college uitgereikt

Bachelorproject Bioinformatica / Genomics Vakcode

X_430096 (430096)

Periode


Credits

18.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit

Faculteit der Exacte Wetenschappen

Coördinator

prof. dr. J. Heringa


6-3-2013 - Pagina 8 van 66

Doel vak Oriëntatie en voorbereiding op de master Bioinformatics en (specialisatie) Systems Biology. Inhoud vak Nadere kennismaking met en verdieping in het vakgebied bioinformatica of systeem biolgie. In het kader van deze cursus wordt een bacheloropdracht uitgevoerd, waarmee de student laat zien dat hij/zij kennis en vaardigheden op het gebied van theorie, experimenteel werk, data analyse, schriftelijk en mondeling rapporteren, etc. die in de bachelorfase aan de orde zijn geweest, kan toepassen in een project van enige omvang. De bacheloropdracht dient daarmee als 'proeve van bekwaamheid'. Onderwijsvorm Bestudering van leerboek en/of andere relevante vakliteratuur d.m.v. begeleide zelfstudie, uitvoering van praktische oefeningen en een onderzoeksproject onder leiding van een stafmedewerker, schriftelijke en mondelinge verslaggeving. Er is een handleiding bacheloropdracht beschikbaar. Literatuur Nader te bepalen. Aanbevolen voorkennis Basiskennis overeenkomend met de tot dan toe gevolgde bacheloropleiding Medische Natuurwetenschappen, Biologie of Informatica. Het vak Inleiding Bioinformatica wordt aanbevolen als voorkennis, voor een Bachelor Project in Bioinformatica, ook is enige programmeer ervaring en/of affiniteit met biologische problemen handig. Voor een Bachelor project in Systeem Biologie is affiniteit met wiskunde en biologie of enige ervaring met biologisch labwerk gewenst. Doelgroep 3MNW Overige informatie Voor 3 MNW studenten bestaat dit Bachelorproject in twee varianten: de basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430041) kan in overleg met de coördinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (zie vakcode 430096).

Bachelorproject Bioinformatics / Genomics Vakcode

X_430041 (430041)

Periode


Credits

12.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator


Doel vak Oriëntatie en voorbereiding op de master Bioinformatics en (specialisatie) Systems Biology. Inhoud vak


6-3-2013 - Pagina 9 van 66

Nadere kennismaking met en verdieping in het vakgebied bioinformatica of systeem biolgie. In het kader van deze cursus wordt een bacheloropdracht uitgevoerd, waarmee de student laat zien dat hij/zij kennis en vaardigheden op het gebied van theorie, experimenteel werk, data analyse, schriftelijk en mondeling rapporteren, etc. die in de bachelorfase aan de orde zijn geweest, kan toepassen in een project van enige omvang. De bacheloropdracht dient daarmee als 'proeve van bekwaamheid'. Onderwijsvorm Bestudering van leerboek en/of andere relevante vakliteratuur d.m.v. begeleide zelfstudie, uitvoering van praktische oefeningen en een onderzoeksproject onder leiding van een stafmedewerker, schriftelijke en mondelinge verslaggeving. Er is een handleiding bacheloropdracht beschikbaar. Literatuur Nader te bepalen. Aanbevolen voorkennis Basiskennis overeenkomend met de tot dan toe gevolgde bacheloropleiding Medische Natuurwetenschappen, Biologie of Informatica. Het vak Inleiding Bioinformatica wordt aanbevolen als voorkennis, voor een Bachelor Project in Bioinformatica, ook is enige programmeer ervaring en affiniteit met biologische problemen handig. Voor een Bachelor project in Systeem Biologie is affiniteit met wiskunde en biologie of enige ervaring met biologisch labwerk gewenst. Doelgroep 3MNW Overige informatie Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430041) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430096).

Bachelorproject Biomoleculaire wetenschappen Vakcode

X_430503 (430503)

Periode


Credits

12.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. M.H. Siderius

Overige informatie Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430503) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430504).

Bachelorproject Biomoleculaire wetenschappen Vakcode

X_430504 (430504)

Periode


Credits

18.0


6-3-2013 - Pagina 10 van 66

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. M.H. Siderius

Overige informatie Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430503) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430504).

Bachelorproject Fysica van leven Vakcode

X_430039 (430039)

Periode


Credits

12.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. ir. G.J.L. Wuite

Doel vak Oriëntatie en voorbereiding op de afstudeerrichting Fysica van Leven in de MNW-masteropleiding. Inhoud vak Nadere kennismaking met en verdieping in dit vakgebied. In het kader van deze cursus wordt een bacheloropdracht uitgevoerd, waarmee de student laat zien dat hij/zij kennis en vaardigheden op het gebied van theorie, experimenteel werk, data analyse, schriftelijk en mondeling rapporteren, etc. die in de bachelorfase aan de orde zijn geweest, kan toepassen in een project van beperkte omvang. De bacheloropdracht dient daarmee als 'proeve van bekwaamheid'. Onderwijsvorm Bestudering van leerboek en/of andere relevante vakliteratuur d.m.v. begeleide zelfstudie, uitvoering van een opdracht aan de hand van een beperkte probleemstelling onder de leiding van een stafmedewerker, schriftelijke en mondelinge verslaggeving. Er is een handleiding bacheloropdracht beschikbaar. Literatuur Nader te bepalen. Aanbevolen voorkennis Basiskennis overeenkomend met de tot dan toe gevolgde bacheloropleiding Medische Natuurwetenschappen. Doelgroep 3MNW Overige informatie Bovenstaande beschrijving is voorlopig. De integratie van theoretische en praktische elementen staat nog ter discussie. Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430039) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430107). Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 11 van 66

Bachelorproject Fysica van leven Vakcode

X_430107 (430107)

Periode


Credits

18.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. D. Iannuzzi

Doel vak Oriëntatie en voorbereiding op de afstudeerrichting Fysica van Leven in de MNW-masteropleiding. Inhoud vak Nadere kennismaking met en verdieping in dit vakgebied. In het kader van deze cursus wordt een bacheloropdracht uitgevoerd, waarmee de student laat zien dat hij/zij kennis en vaardigheden op het gebied van theorie, experimenteel werk, data analyse, schriftelijk en mondeling rapporteren, etc. die in de bachelorfase aan de orde zijn geweest, kan toepassen in een project van beperkte omvang. De bacheloropdracht dient daarmee als 'proeve van bekwaamheid'. Onderwijsvorm Bestudering van leerboek en/of andere relevante vakliteratuur d.m.v. begeleide zelfstudie, uitvoering van een opdracht aan de hand van een beperkte probleemstelling onder de leiding van een stafmedewerker, schriftelijke en mondelinge verslaggeving. Er is een handleiding bacheloropdracht beschikbaar. Literatuur Nader te bepalen. Aanbevolen voorkennis Basiskennis overeenkomend met de tot dan toe gevolgde bacheloropleiding Medische Natuurwetenschappen. Doelgroep 3MNW Overige informatie Bovenstaande beschrijving is voorlopig. De integratie van theoretische en praktische elementen staat nog ter discussie. Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430039) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430107).

Bachelorproject Medische fysica Vakcode

X_430085 (430085)

Periode


Credits

12.0

Voertaal

Nederlands


6-3-2013 - Pagina 12 van 66

Faculteit


Coördinator

dr. ir. T.J.C. Faes

Doel vak Oriëntatie en voorbereiding op de MNW-masterspecialisatie Medische fysica (Medical Physics) in de MNW-masteropleiding. Inhoud vak Nadere kennismaking met en verdieping in medisch fysica. In dit project voert de student een opdracht uit, waarmee hij/zij laat zien kennis en vaardigheden op het gebied van theorie, experimenteel werk, data analyse, schriftelijk en mondeling rapporteren, etc., kan toepassen in een project van beperkte omvang op het gebied van de medische fysica. De bacheloropdracht is daarmee een 'proeve van bekwaamheid'. Onderwijsvorm Bestudering van leerboek en/of andere relevante vakliteratuur d.m.v. begeleide zelfstudie, uitvoering van een opdracht aan de hand van een beperkte probleemstelling onder leiding van een stafmedewerker, schriftelijke en mondelinge verslaggeving. Er is een handleiding bacheloropdracht beschikbaar. Literatuur Nader te bepalen voor betreffende opdracht. Aanbevolen voorkennis Basiskennis uit de gevolgde MNW-bachelorstudie. Doelgroep 3MNW Overige informatie - Voor meer informatie over beschikbare bachelor- opdrachten: Zie Blackboard onder Bachelorproject Medische Fysica. - Minimaal 6 weken voor aanvang van opdracht contact opnemen met de coordinator Th.J.C. Faes ([email protected]) o.v.v. Aanmelden MNW-Bachelor stage Medische fysica. - Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430085) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430099).

Bachelorproject Medische fysica Vakcode

X_430099 (430099)

Periode


Credits

18.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. ir. T.J.C. Faes

Doel vak Oriëntatie en voorbereiding op de MNW-masterspecialisatie Medische fysica (Medical Physics) in de MNW-masteropleiding.


6-3-2013 - Pagina 13 van 66

Inhoud vak Nadere kennismaking met en verdieping in medisch fysica. In dit project voert de student een opdracht uit, waarmee hij/zij laat zien kennis en vaardigheden op het gebied van theorie, experimenteel werk, data analyse, schriftelijk en mondeling rapporteren, etc., kan toepassen in een project van beperkte omvang op het gebied van de medische fysica. De bacheloropdracht is daarmee een 'proeve van bekwaamheid'. Onderwijsvorm Bestudering van leerboek en/of andere relevante vakliteratuur d.m.v. begeleide zelfstudie, uitvoering van een opdracht aan de hand van een beperkte probleemstelling onder leiding van een stafmedewerker, schriftelijke en mondelinge verslaggeving. Er is een handleiding bacheloropdracht beschikbaar. Literatuur Nader te bepalen voor betreffende opdracht. Aanbevolen voorkennis Basiskennis uit de gevolgde MNW-bachelorstudie. Doelgroep 3MNW Overige informatie - Voor meer informatie over beschikbare bachelor- opdrachten: Zie Blackboard onder Bachelorproject Medische Fysica. - Minimaal 6 weken voor aanvang van opdracht contact opnemen met de coordinator Th.J.C. Faes ([email protected]) o.v.v. Aanmelden MNW-Bachelor stage Medische fysica. - - Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430085) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430099).

Bachelorproject Medische fysiologie Vakcode

X_430100 (430100)

Periode


Credits

12.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. G.J.M. Stienen

Doel vak Oriëntatie en voorbereiding op de MNW-masterspecialisatie Medische Fysiologie (Medical Physiology) in de MNW-masteropleiding. Inhoud vak Nadere kennismaking met en verdieping in de medisch fysiologie. In dit project participeert de student in medisch georiënteerd onderzoek, op cardiovasculair gebied. In dit kader zal met een grote mate van zelfstandigheid een aantal experimenten worden uitgevoerd of een literatuurstudie worden verricht binnen lopend onderzoek naar het vóórkomen, de oorzaken en/of de behandeling van hart- en vaatziekten.


6-3-2013 - Pagina 14 van 66

Onderwijsvorm Bestudering van de relevante vakliteratuur. Vervolgens stelt de student, in overleg met de begeleider (promovendus, postdoc of stafmedewerker) een werkplan op voor de uitvoering van het project. Dit wordt afgesloten met een schriftelijke en mondelinge verslaggeving. Literatuur Nader te bepalen, afhankelijk van het onderwerp. Aanbevolen voorkennis Basiskennis overeenkomend met de tot dan toe gevolgde bacheloropleiding Medische Natuurwetenschappen. Doelgroep 3MNW Overige informatie Minimaal 6 weken voor aanvang contact opnemen met de coördinator. - Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430100) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430101).

Bachelorproject Medische fysiologie Vakcode

X_430101 (430101)

Periode


Credits

18.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator


Doel vak Oriëntatie en voorbereiding op de MNW-masterspecialisatie Medische Fysiologie (Medical Physiology) in de MNW-masteropleiding. Inhoud vak Nadere kennismaking met en verdieping in de medisch fysiologie. In dit project participeert de student in medisch georiënteerd onderzoek, op cardiovasculair gebied. In dit kader zal met een grote mate van zelfstandigheid een aantal experimenten worden uitgevoerd of een literatuurstudie worden verricht binnen lopend onderzoek naar het vóórkomen, de oorzaken en/of de behandeling van hart- en vaatziekten. Onderwijsvorm Bestudering van de relevante vakliteratuur. Vervolgens stelt de student, in overleg met de begeleider (promovendus, postdoc of stafmedewerker) een werkplan op voor de uitvoering van het project. Dit wordt afgesloten met een schriftelijke en mondelinge verslaggeving. Literatuur Nader te bepalen, afhankelijk van het onderwerp. Aanbevolen voorkennis Basiskennis overeenkomend met de tot dan toe gevolgde bacheloropleiding Medische Natuurwetenschappen.


6-3-2013 - Pagina 15 van 66

Doelgroep 3MNW Overige informatie Minimaal 6 weken voor aanvang contact opnemen met de coördinator. - Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430100) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430101).

Bachelorproject Molecular Clinical Diagnostics Vakcode

X_430506 (430506)

Periode


Credits

12.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. H. Lingeman

Doel vak Het gebruik van technieken en meetmethoden die gebruikt worden om klinische diagnosis te kunnen stellen. Inhoud vak In een nauwe samenwerking met het VUmc zal aan technieken en meetmethoden worden gewerkt die in de klinische chemie worden gebruikt om ziektebeelden te voorspellen (preventie), om een diagnosis te stellen en om een therapie te bewaken. Dit betekent dat het vinden en bepalen van biomarkers, endogene (bijv. eiwitten, hormonen, lipiden) verbindingen en hiervan afgeleide metabolieten en het bepalen van concentratie-tijd curven in biologische monsters om een optimal therapie te kunnen instellen aan de orde kunnen komen. Onderwijsvorm Zelfstandig opzetten en uitvoeren van een onderzoeksproject. Literatuur Praktische handleidingen en basisliteratuur. Doelgroep 3MNW, 3F Overige informatie Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430506) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430507).

Bachelorproject Molecular Clinical Diagnostics Vakcode

X_430507 (430507)

Periode


Credits

18.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit



6-3-2013 - Pagina 16 van 66

Coördinator

dr. H. Lingeman

Doel vak Het gebruik van technieken en meetmethoden die gebruikt worden om klinische diagnosis te kunnen stellen. Inhoud vak In een nauwe samenwerking met het VUmc zal aan technieken en meetmethoden worden gewerkt die in de klinische chemie worden gebruikt om ziektebeelden te voorspellen (preventie), om een diagnosis te stellen en om een therapie te bewaken. Dit betekent dat het vinden en bepalen van biomarkers, endogene (bijv. eiwitten, hormonen, lipiden) verbindingen en hiervan afgeleide metabolieten en het bepalen van concentratie-tijd curven in biologische monsters om een optimal therapie te kunnen instellen aan de orde kunnen komen. Onderwijsvorm Zelfstandig opzetten en uitvoeren van een onderzoeksproject. Literatuur Praktische handleidingen en basisliteratuur. Doelgroep 3MNW, 3F Overige informatie Dit bachelorproject bestaat in twee varianten. De basisvariant van 12 studiepunten (vakcode 430506) kan in overleg met de coordinator worden uitgebreid naar 18 studiepunten (vakcode 430507).

Basiswiskunde Vakcode

X_400288 ()

Periode

Periode 1

Credits

2.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

drs. J.A. Los

Docent(en)

drs. J.A. Los

Lesmethode(n)

Hoorcollege, Werkcollege

Doel vak Het doel van deze cursus is het ophalen en bijbrengen van wiskundige basisvaardigheden die nodig zijn in de vervolgcolleges Calculus en Statistiek Inhoud vak De cursus begint met een herhaling van vwo stof. Daarna komen een aantal nieuwe onderwerpen aan bod: complexe getallen en volledige inductie. Onderwijsvorm Gemengd hoor- en werkcollege. Met de huiswerkopgaven zal de student ongeveer vier uur per week bezig moeten zijn.


6-3-2013 - Pagina 17 van 66

Toetsvorm Afsluitende toets Literatuur Basisboek wiskunde (tweede editie), Jan van de Craats en Rob Bosch, Pearson, ISBN 978-90-430-1673-5. Aangevuld met een dictaat. Aanbevolen voorkennis vwo- wiskunde b1 Doelgroep 1S, 1MNW, 1SBI

Basiswiskunde Vakcode

X_401069 ()

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Coördinator

drs. J.A. Los

Docent(en)

dr. ir. R.F. Swarttouw, drs. J.A. Los

Lesmethode(n)


Doel vak Het doel van deze cursus is het ophalen en bijbrengen van wiskundige basisvaardigheden die nodig zijn in vervolgcolleges zoals Calculus en Statistiek. Inhoud vak De cursus begint met een herhaling van vwo stof. Sommige onderwerpen zullen op wiskunde b niveau afgesloten worden. Ook komen een aantal nieuwe onderwerpen aan bod (deels afhankelijk van je vwo-voorkennis): integreren, goniometrie, limieten, complexe getallen en bewijzen met volledige inductie. Onderwijsvorm Gemengd hoor- en werkcollege en huiswerkopgaven. Toetsvorm Een afsluitend schriftelijk tentamen en een tussentoets. Literatuur Basisboek wiskunde (tweede editie), Jan van de Craats en Rob Bosch, Pearson, ISBN 978-90-430-1673-5. Aangevuld met een dictaat. Doelgroep 1F, 1MNW, 1S, 1SBI

Bio-analytische chemie Vakcode

X_430094 (430094)

Periode

Periode 4

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands


6-3-2013 - Pagina 18 van 66

Faculteit


Coördinator

dr. H. Lingeman

Docent(en)

dr. H. Lingeman, prof. dr. H. Irth

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Het verwerven van kennis en het aanleren van analytische technieken die gebruikt kunnen worden bij de (kwantitatieve) bepaling van geneesmiddelen en endogene componenten in biologische systemen. Inhoud vak In een geïntegreerd hoor-/werkcollege komen de technieken aan de orde die gebruikt kunnen worden voor zowel de kwalitatieve als kwantitatieve bepaling van geneesmiddelen, met de hierbij horende metabolieten en/of ontledingsproducten in een biologische matrix. Technieken die bestudeerd worden zijn chromatografie, electroforese, massa spectrometrie evenals biologische, enzymatische en immunologische reactie-detectiesystemen. Onderwijsvorm Geïntegreerd hoor- en werkcollege. Toetsvorm Schriftelijk tentamen . Literatuur Materiaal beschikbaar gesteld door de docenten. Uitgebreide informatie over de behandelde stof kan worden gevonden in D.C. Harris, Quantitative Chemical Analysis, Eighth Edition, W.H. Freeman and Company, New York, 2010. Doelgroep 1MNW

Biochemie Vakcode

X_430562 ()

Periode

Periode 4, Zomerperiode

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

J.C. Vos

Docent(en)

dr. M.H. Siderius, J.C. Vos

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Het hoorcollege dient om inzicht te geven in de basisprincipes van de bouw van levende cellen, de chemische structuur van de bestanddelen van deze cellen en de manier waarop cellen energie winnen uit de afbraak van voedingsstoffen en deze energie gebruiken voor groei en deling, als ook basisprincipes van de moleculaire biologie van de levende cel, de manier waarop genetische informatie in cellen wordt opgeslagen en de verwerking van deze informatie tot de eiwitten van de cel. Ook de belangrijkste aspecten van recombinant DNA technologie worden behandeld.


6-3-2013 - Pagina 19 van 66

Inhoud vak Aandacht voor de genetische informatiestroom DNA -> RNA -> eiwit en de manier waarop deze informatiestroom wordt gereguleerd. Tenslotte komen de belangrijkste onderdelen van de recombinant DNA technologie aan de orde (genetische modificatie, DNA volgorde analyse, PCR, etc.). Vervolgens wordt bekeken op welke manier een cel zijn energie verkrijgt uit voedsel. De afbraakroutes van de belangrijkste voedingsstoffen (koolhydraten en vetten) worden besproken, gevolgd door de structuur en functie van biologische membranen die een centrale rol spelen in de omzetting van de zo gewonnen energie in een voor de cel bruikbare vorm (ATP). Ook de fotosynthese komt aan bod. Onderwijsvorm Hoorcollege. Op de de Blackboard site behorend bij dit vak worden vragen aangeboden aan de hand waarvan de studenten zichzelf kunnen toetsen. Toetsvorm Biochemie zal worden getoetst aan de hand van twee deeltentamens, Het eerste deel zal gaan over de hoofdstukken waarin cellen, celbouw, bouwstenen van biochemisch belangrijke macromoleculen, DNA, eiwit alsmede enzymfunctie wordt behandeld. Het tweede deeltentamen zal de hoofdstukken toetsen waarin DNA repair, transcriptie en translatie, genomes, moleculair biologische technieken en cellulair metabolisme en energiehuishouding aan de orde komen. Literatuur Alberts, B. e.a., Essential Cell Biology 3rd ed, 2009. Voornamelijk de hoofdstukken 7-9, 10-14, zoals aangegeven in de studiehandleiding bij dit college. Aanbevolen voorkennis Levende Chemie Doelgroep 1F, 1MNW, mBio

Biomarkers & Diagnostiek Vakcode

X_430553 (430553)

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. N.P.E. Vermeulen

Docent(en)

prof. dr. N.P.E. Vermeulen, dr. H. Lingeman

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Het doel van dit college is om de studenten bekend te maken met de basale achtergrond van biomarkers en diagnostische testen en hun toepassingen in de klinische chemie.


6-3-2013 - Pagina 20 van 66

Inhoud vak Bij dit college wordt gebruik gemaakt van een boek waarin allereerst de basale achtergrond van biomarkers en diagnostische testen wordt behandeld, zoals de principes van de moleculaire biologie, DNA en RNA, het menselijk genoom en verandering daarin als gevolg van ziekten. Vervolgens wordt er aandacht besteed aan de verzameling en de behandeling van monsters uit verschillende lichaamsvloeistoffen, organen en weefsels en de klinisch chemische technieken die gebruikt worden om daarin biomarkers te meten en diagnostische testen uit te voeren. Tot slot worden verschillende toepassingen van deze klinisch chemische technieken behandeld bij het opsporen van aangeboren afwijkingen, verschillen in gevoeligheid voor en behandelbaarheid van kanker en andere ziekten. Onderwijsvorm Hoorcolleges met discussies en enkele demonstraties. Toetsvorm Schriftelijk tentamen Literatuur Materiaal beschikbaar gesteld door de docenten. Aanvullende informatie over de behandelde stof kan worden gevonden in: W.B. Coleman, G.J. Tsongalis, Molecular Diagnostics for the Clinical Laboratorian, Humana Press, New York 2010. Doelgroep 2MNW

Biostatistiek Vakcode

X_401070 ()

Periode

Periode 5

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Coördinator

dr. B.I. Witte

Docent(en)

dr. B.I. Witte

Lesmethode(n)


Doel vak Studenten bekend maken met de basisbegrippen in de statistiek om data te analyseren. Nadruk zal gelegd worden op veel voorkomende methoden in de biostatistiek. De verworven kennis toepassen om praktijkproblemen op te lossen met het statistisch computerpakket R. Inhoud vak Deze cursus is een voortzetting van de cursus “Statistiek en Data Analyse”. Tijdens de cursus zullen veel voorkomende statistische methoden uit de biostatistiek besproken worden. Veel aandacht wordt besteed aan toetsingstheorie. Dit zullen we toepassen bij het fitten van lineaire regressie modellen en variantie analyse modellen. Tevens komen kruistabellen aan de orde. Een bijbehorend werkcollege biedt gelegenheid om beter om te leren gaan met de begrippen. Met behulp van het statistische pakket R zullen datasets worden geanalyseerd.


6-3-2013 - Pagina 21 van 66

Onderwijsvorm Hoorcollege en werkcollege. Toetsvorm Schriftelijk tentamen en computeropdrachten. Zowel het tentamen als alle computeropdrachten moeten voldoende worden gemaakt. De computeropdrachten tellen voor 1/3 mee bij de bepaling van het eindcijfer. Literatuur Boek: Mathematical Statistics with applications, 7th edition Wackerly, Mendenhall, Scheaffer ISBN: 978-0-495-38508-0 R-handleiding Aanbevolen voorkennis Basiswiskunde (400288) en Statistiek en Data analyse Doelgroep 2MNW

Blusinstructie: Praktijk S&F/N&S/SBI incl MNW. Vakcode

X_000002 ()

Periode

Periode 1

Credits

0.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Lesmethode(n)

Practicum

Blusinstructie: Theorie: S&F/N&S/W/I/SBI gelijktijdig in Q1 Vakcode

X_000003 ()

Periode

Periode 1

Credits

0.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Lesmethode(n)

Hoorcollege

Calculus 1 Vakcode

X_400300 ()

Periode

Periode 2

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Coördinator

drs. J.A. Los

Docent(en)

dr. C.M. Quant, drs. J.A. Los

Lesmethode(n)



6-3-2013 - Pagina 22 van 66

Doel vak Kunnen toepassen van basale calculustechnieken in vraagstukken. Vertalen van een eenvoudige praktijkbeschrijving naar een calculusopgave. Zelfstandig bestuderen van wiskundetekst in de Engelse taal. Inhoud vak Functies van één reële veranderlijke: limiet, continuteit, afgeleide met toepassingen, l'Hospital, primitieve, substitutie en partiële integratie, eenvoudige differentiaalvergelijkingen. Onderwijsvorm Hoorcollege met werkcollege en wekelijkse digitale opgaven. Toetsvorm Schriftelijk tentamen en wekelijkse digitale opgaven. De precieze regeling wordt via blackboard bekend gemaakt. Literatuur Adams, Robert A, Calculus: a complete course, 7th Edition, Pearson, 2010. Let er bij de eventuele aanschaf van een tweedehands exemplaar op dat de kaart die toegang geeft tot de MathXL omgeving bij het boek aanwezig is! Aanbevolen voorkennis Basiswiskunde Doelgroep 1F, 1MNW, 1-SBI

Calculus 2 Vakcode

X_435002 (435002)

Periode

Periode 1+2

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Coördinator

dr. W. Kager

Docent(en)

dr. W. Kager

Lesmethode(n)


Doel vak Kunnen berekenen van integralen, afgeleiden en extreme waarden van functies van meerdere variabelen, en de theorie hiervan beheersen. Kennen van de stelling van Taylor en deze kunnen toepassen. Beheersen van reeksen en machtreeksen, en machtreeksen kunnen toepassen om differentiaalvergelijkingen op te lossen. Inhoud vak Differentiaal- en integraalrekening in meerdere variabelen, extreme waarden van functies van meerdere variabelen, reeksen en machtreeksen, stelling van Taylor, oplossen van differentiaalvergelijkingen met behulp van machtreeksen. Onderwijsvorm


6-3-2013 - Pagina 23 van 66

Hoorcollege en werkcollege. Toetsvorm Schriftelijk in twee deeltentamens. Literatuur R. Adams and C. Essex. Calculus: a complete course (7th. ed.) Aanvullende literatuur wordt tijdens het college verstrekt. Doelgroep 2MNW, 2S, 3-SBI, mi-Sc, mi-BI

Chemische diagnostiek en imaging Vakcode

X_430554 (430554)

Periode

Periode 2

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. F. Ariese

Docent(en)

dr. F. Ariese

Lesmethode(n)


Doel vak Het verwerven van begrip van de fysische-chemische achtergronden van moleculaire vibraties en technieken waarmee die kunnen worden bestudeerd. Het verkrijgen van inzicht in moderne toepassingsmogelijkheden van deze technieken in biomedisch onderzoek en klinische diagnose. Het leren lezen en verwerken van (Engelstalige) wetenschappelijke literatuur. Het leren presenteren in de Engelse taal. Inhoud vak Moleculaire vibraties en daarop gebaseerde molecuul-specifieke technieken (infrarood en Raman) die gebruikt kunnen worden voor biomedisch analyse en imaging. Er wordt zowel aandacht besteed aan moderne technische ontwikkelingen als aan de informatie die met deze spectroscopische methodes kan worden verkregen. Zowel bij de hoor/werkcolleges als bij de literatuuropdracht staan (bio)medische toepassingen centraal. Onderwijsvorm Geintegreerde hoor/werkcolleges over de achtergronden én toepassingen van de technieken. Literatuuronderzoek met mondelinge presentatie. Literatuur Handouts

Differentiëren en integreren 3 Vakcode

X_400577 (400577)

Periode

Periode 4


6-3-2013 - Pagina 24 van 66

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Coördinator

dr. F. Pasquotto

Docent(en)

dr. F. Pasquotto

Lesmethode(n)


Doel vak Kunnen toepassen van basale calculus technieken in vraagstukken. Vertalen van een eenvoudige praktijkbeschrijving naar een calculus opgave. Zelfstandig bestuderen van wiskundetekst in de Engelse taal. Inhoud vak Dubbele en herhaalde integralen, vectorvelden, lijn- en oppervlak-integralen van functies en vectorvelden, de stellingen van Green, Gauss en Stokes. Toetsvorm Schriftelijk tentamen en wekelijkse opdrachten. Literatuur Adams, R.A. en Essex, C., Calculus: a Complete Course, Seventh Edition. Pearson 2010. Aanbevolen voorkennis Differentiëren en integreren 1 en 2. Doelgroep 1W, 1N, 1WN

EM Praktijk I Vakcode

OM_EMPRI ()

Periode

Periode 1

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit

Onderwijscentrum VU

Coördinator

drs. D.T.T. Kamsma

Doel vak Grondige kennismaking met het beroep van docent. Inhoud vak De student observeert en verzorgt lessen en is betrokken bij andere leerling-gerichte activiteiten. Gedurende deze periode 28 dagdelen stage op school, in totaal worden minimaal 48 klassecontacturen gemaakt waarvan een aantal lessen zelfstandig wordt gegeven. Onderwijsvorm Stage op een school voor voortgezet onderwijs, met name in onderbouw havo/vwo en vmbo-t Toetsvorm


6-3-2013 - Pagina 25 van 66

Beoordeling door mentor in overleg met de werkplekbegeleider aan de hand van uitgevoerde opdrachten, lesobservaties en een presentatie op de stageschool Overige informatie Dit opleidingsonderdeel loopt parallel aan EM Vakdidactiek I en EM Algemene didactiek en pedagogiek I, waardoor een goede wisselwerking mogelijk is tussen theorie en praktijk

EM Praktijk II Vakcode

OM_EMPRII ()

Periode

Periode 2+3

Credits

9.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit

Onderwijscentrum VU

Coördinator

drs. D.T.T. Kamsma

Doel vak Het kunnen functioneren als zelfstandig docent in de onderbouw havo/vwo en in vmbo-t Inhoud vak Gedurende deze periode 40 dagdelen stage op school, in totaal worden minimaal 72 klassecontacturen gemaakt waarbinnen met name zelfstandig les wordt gegeven. In totaal moeten samen met de zelfgegeven lessen in Praktijk I 60 lessen zelf zijn verzorgd. Onderwijsvorm Stage op een school voor voortgezet onderwijs, met name in onderbouw havo/vwo en vmbo-t Toetsvorm Beoordeling door mentor op basis van oordeel veldassessor, in overleg met de werkplekbegeleider aan de hand van lesobservaties en eindassessment Vereiste voorkennis EM vakdidactiek I, EM Algemene didactiek en pedagogiek I, EM Praktijk I Overige informatie Dit opleidingsonderdeel loopt parallel aan EM Vakdidactiek II en EM Algemene didactiek en pedagogiek II, waardoor een goede wisselwerking mogelijk is tussen theorie en praktijk

EM Vakdidactiek Natuurkunde I Vakcode

OM_EMVDNAI ()

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit

Onderwijscentrum VU

Coördinator

drs. D.T.T. Kamsma

Docent(en)

dr. E. van den Berg


6-3-2013 - Pagina 26 van 66

Lesmethode(n)

Werkcollege

Doel vak De student maakt kennis met de inhoud en didactiek van het schoolvak en leert deze inzichten in de praktijk vorm te geven. Inhoud vak In 7 colleges van elk 2 uur een inleiding in het schoolvak en de lesmethoden, met aandacht voor lesplan en toetsing. Er is ook aandacht voor vakspecifieke kennis en vaardigheden en de voor het schoolvak relevante ICT -toepassingen. In het vakdidactiekprogramma vindt eveneens een vertaling plaats van algemeen didactische thema's naar het vak. De leservaringen op school spelen hierbij een belangrijke rol Onderwijsvorm Interactieve hoor- en werkcolleges Toetsvorm Beoordeling op basis van ingeleverde portfolio-opdrachten Literatuur Een syllabus wordt op het eerste college uitgereikt

EM Vakdidactiek Natuurkunde II Vakcode

OM_EMVDNAII ()

Periode

Periode 2+3

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit

Onderwijscentrum VU

Coördinator

drs. D.T.T. Kamsma

Docent(en)

dr. E. van den Berg

Lesmethode(n)

Werkcollege

Doel vak De student kan vakinhoudelijke en vakdidactische kennis, vaardigheden en inzichten vertalen naar de eigen vaklessen. Inhoud vak In 7 colleges van elk 2 uur een voortzetting van de schoolvakspecifieke vakdidactiek. De belangrijkste opdracht is het ontwerp en de uitvoering van een lessenserie van 3 lessen, die inhoudelijk en vakdidactisch verantwoord moet worden. Aan het eind van het blok deelname aan de onderwijs researchdag. Onderwijsvorm Interactieve hoor- en werkcolleges Toetsvorm Beoordeling op basis van ingeleverde portfolio-opdrachten Literatuur Een syllabus wordt op het eerste college uitgereikt


6-3-2013 - Pagina 27 van 66

Vereiste voorkennis EM vakdidactiek I, EM Algemene didactiek en pedagogiek I, EM Praktijk I

EM Vakdidactiek Scheikunde I Vakcode

OM_EMVDSKI ()

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit

Onderwijscentrum VU

Coördinator

drs. D.T.T. Kamsma

Docent(en)

dr. H.B. Westbroek

Lesmethode(n)

Werkcollege

Doel vak De student maakt kennis met de inhoud en didactiek van het schoolvak en leert deze inzichten in de praktijk vorm te geven. Inhoud vak In 7 colleges van elk 2 uur een inleiding in het schoolvak en de lesmethoden, met aandacht voor lesplan en toetsing. Er is ook aandacht voor vakspecifieke kennis en vaardigheden en de voor het schoolvak relevante ICT -toepassingen. In het vakdidactiekprogramma vindt eveneens een vertaling plaats van algemeen didactische thema's naar het vak. De leservaringen op school spelen hierbij een belangrijke rol. Onderwijsvorm Interactieve hoor- en werkcolleges Toetsvorm Beoordeling op basis van ingeleverde portfolio-opdrachten Literatuur Een syllabus wordt op het eerste college uitgereikt

EM Vakdidactiek Scheikunde II Vakcode

OM_EMVDSKII ()

Periode

Periode 2+3

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit

Onderwijscentrum VU

Coördinator

drs. D.T.T. Kamsma

Docent(en)

dr. H.B. Westbroek

Lesmethode(n)

Werkcollege

Doel vak De student kan vakinhoudelijke en vakdidactische kennis, vaardigheden en inzichten vertalen naar de eigen vaklessen. Inhoud vak


6-3-2013 - Pagina 28 van 66

In 7 colleges van elk 2 uur een voortzetting van de schoolvakspecifieke vakdidactiek. De belangrijkste opdracht is het ontwerp en de uitvoering van een lessenserie van 3 lessen, die inhoudelijk en vakdidactisch verantwoord moet worden. Aan het eind van het blok deelname aan de onderwijs researchdag. Onderwijsvorm Interactieve hoor- en werkcolleges Toetsvorm Beoordeling op basis van ingeleverde portfolio-opdrachten Literatuur Een syllabus wordt op het eerste college uitgereikt Vereiste voorkennis EM vakdidactiek I, EM Algemene didactiek en pedagogiek I, EM Praktijk I

Fysica en medische fysica 1 Vakcode

X_430060 ()

Periode

Periode 4

Credits

3.0

Voertaal

Engels

Faculteit


Coördinator

prof. dr. R. Croce

Docent(en)

dr. R.N. Frese, prof. dr. R. Croce

Lesmethode(n)


Doel vak Doelstelling van het college Fysica en medische fysica I is de basisbegrippen van de natuurkunde te introduceren die ten grondslag liggen aan de mechanische verschijnselen in de levende natuur. Inhoud vak Fysica is de wetenschap die de eigenschappen van de materie beschrijft in termen van natuurwetten. De fysica speelt bij het begrijpen van de eigenschappen van de levende materie en het menselijk lichaam een essentiële rol. In dit college zullen eerst de wetten van Newton behandeld worden waarmee de bewegingen van voorwerpen onder invloed van krachten beschreven kunnen worden. Het gedrag van vloeistoffen en de stabiliteit van vaste structuren en mechanische trillingen komen vervolgens aan de orde. In een aantal voorbeelden worden diverse toepassingen besproken. Onderwijsvorm Voorstudie, hoorcollege met demonstraties en discussie, werkcollege en zelfstudie. Toetsvorm Schriftelijke tentamen. Het resultaat van het werkcollege moet voldoende zijn. Literatuur


6-3-2013 - Pagina 29 van 66

Giancoli, D.C., Physics for Scientists and Engineers with Modern Physics 4th ed. New Jersey: Prentice Hall. Aanbevolen voorkennis Het college sluit aan op Practicum Natuurkunde. Het college bereidt voor op: - Fysica en medische fysica II - Natuurkunde en gezondheid, Structuur van de materie (MNW) - Thermodynamica, Kernenergie en Duurzame energie (SBI) Doelgroep 1MNW, 1SBI, 2F, 1IDS

Fysica en medische fysica 2 Vakcode

X_430061 (430061)

Periode

Periode 5

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. R.N. Frese

Docent(en)

prof. dr. M.L. Groot, dr. R.N. Frese

Lesmethode(n)


Doel vak Doelstelling van het college Fysica en medische fysica II is de discussie van basisbegrippen van de natuurkunde uit te breiden en diegene te introduceren die ten grondslag liggen aan de elektrische en magnetische verschijnselen in de levende natuur. Inhoud vak Fysica is de wetenschap die de eigenschappen van de materie beschrijft in termen van natuurwetten. De fysica speelt bij het begrijpen van de eigenschappen van de levende materie en het menselijk lichaam een essentiële rol. In dit college zullen de verschillende wetten behandeld worden die aan het einde de Maxwell vergelijkingen opleveren, die alle elektromagnetische verschijnsels beschrijven kunnen. In enkele colleges komt de relatie tussen elektromagnetisme en verschillende essentiële levensprocessen aan de orde. Onderwijsvorm Voorstudie, vragencollege, werkcollege en zelfstudie. Literatuur Giancoli, D.C., Physics for Scientists and Engineers with Modern Physics 4th ed. New Jersey: Prentice Hall. Doelgroep 1MNW, 1S, 1SBI

Geschiedenis van de natuurwetenschappen Vakcode

X_420148 (420148)

Periode

Periode 4


6-3-2013 - Pagina 30 van 66

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. F.H. van Lunteren

Docent(en)

prof. dr. F.H. van Lunteren

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Inhoud vak Dit college behandelt aard en achtergronden van een aantal dramatische omslagpunten in het onderzoek van de natuur in een periode lopend van de klassieke Oudheid tot aan de 20ste eeuw. Behandeld worden onder meer de klassieke tradities, de Arabische wetenschap, de copernicaanse revolutie, de mechanisering van het wereldbeeld, de opkomst van het experiment, Newton, Linnaeus, de achttiende-eeuwse chemische revolutie, Darwin, Einstein en de twintigste-eeuwse revoluties in de fysica. Onderwijsvorm Hoorcollege; digitale leeromgeving Toetsvorm Tentamen. Literatuur Syllabus; collegestof op Blackboard Doelgroep 2F, 2MNW, 2N, 2S Overige informatie Alle studenten N, S, F en MNW moeten kiezen tussen Geschiedenis van de natuurwetenschappen of Maatschappelijke aspecten van wetenschap. Inlichtingen bij de docent, afdeling Algemene Vorming, De Boelelaan 1081, kamer T-036b, email: [email protected], tel. (020) 598 7979. Zie ook de website van de afdeling Algemene Vorming http://www.few.vu.nl/nl/onderzoek/algemene-vorming/index.asp

Gezondheidszorgsystemen Vakcode

X_420528 (420528)

Periode

Periode 4

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Docent(en)

dr. ir. T.J.C. Faes

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Het verwerven van kennis en inzicht in de ontwikkeling, keuring en gebruik van medische apparatuur; deze kennis is voorwaarde voor het succesvol toepassen van exacte wetenschappen in de geneeskunde en de gezondheidszorg. Inhoud vak


6-3-2013 - Pagina 31 van 66

1) Kennis van de organisatie en consumptie van de Nederlandse gezondheidszorg; toepassingsvormen van exacte wetenschappen en medische apparatuur in de gezondheidszorg. 2) Gebruikers en producenten van medische apparatuur. 3) Regelgeving en normen inzake gebruik medische apparatuur. 4) Maten en methoden (FMEA) ter bepaling van kwaliteit en veiligheid van medische apparatuur. 5) Case studies. 6) Zelfstandig verwerven en beoordelen van informatie over medische apparatuur. Onderwijsvorm Enkele colleges gevolgd door het uitwerken van een opdracht. Toetsvorm Scriptie en voordracht Literatuur Reader (beschikbaar bij aanvang vak). Doelgroep 2MNW, 3N en 3W

Image Processing Vakcode

X_432630 (432630)

Periode

Periode 2

Credits

6.0

Voertaal

Engels

Faculteit


Coördinator

dr. J.C. de Munck

Docent(en)

dr. ir. H. Vrenken, dr. J.C. de Munck

Lesmethode(n)

Hoorcollege, Practicum

Doel vak The main goal of the course is to teach students how to apply basic image processing tools on medical images using MATLAB®. The student will be able to write efficient MATLAB® applications to addresses and solve a range of clinical research questions. Inhoud vak Image analysis methods play an increasingly important role in medical science and clinical patient care. This course discusses the most important image analysis techniques and explains how they can be applied. These include image histogram analysis, neighbourhood processing, image fusion, and morphological operations. Rationales for using these techniques are illustrated with examples from several imaging modalities and clinical fields. The student then learns how to apply these techniques practically using MATLAB®. The final mark is the average of the mark obtained at the written examination and the mark obtained at the final practical assignment. Onderwijsvorm 10 x 3 hours lectures; 10 x 3 hours practicals; final practical assignment.


6-3-2013 - Pagina 32 van 66

Toetsvorm 50% written examination, 50% assignment practical work. Literatuur McAndrew, A. Introduction to Digital Image Processing with MATLAB®. (ISBN 0-534-40011-6). This book will be made available through the lecturers at a price of around 60 euros. Vereiste voorkennis Two years of studies in Medical Natural Sciences, Physics, Mathematics, or Movement Sciences.

Inleiding bioinformatica 1 Vakcode

X_401036 (401036)

Periode

Periode 3

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator


Docent(en)


Lesmethode(n)


Doel vak We kunnen nu de DNA sequentie van ieder menselijk genoom aflezen, maar begrijpen we eigenlijk wel hoe deze genen werken en samen een levend organisme vormen? Bioinformatica richt zich op de vraag wat de biologisch betekenis en functie van DNA (en eiwit) sequenties is, en lost dit op met behulp van computationele technieken. Het vak Inleiding Bioinformatica (I en II) geeft een overzicht van de bioinformatica en de belangrijkste technieken op dit vakgebied. In Inleiding Bioinformatica I worden de belangrijkste aspecten en methoden op het gebied van genomics en sequentie analyse behandeld. Aan het eind van deze cursus kunnen studenten de biologische en computationele achtergrond van de technieken begrijpen en zelfstandig een genoom- en sequentieanalyse uit te voeren. Inhoud vak De volgende onderwerpen komen aan bod: Theorie: - Genomics en sequentie databases (genoom, sequentie, afgeleide databases, etc.) - Genome sequencing technieken - Gen voorspellingsalgoritmen - Sequentie analyse (pairwise en multiple sequence alignment, dynamic programming, sequence database searching) - Clustering, fylogenie en fylogenetische methoden - Comparative genomics Praktijk opdrachten: - Bioinformatica databases - hoe vind je een eiwit of een gen? - Multiple Sequence Alignment - hoe vergelijk je meerdere eiwit


6-3-2013 - Pagina 33 van 66

sequenties? - BLAST - zoek naar homologe sequenties van eiwitten of DNA. Onderwijsvorm 13 colleges, bestaande uit 10 hoorcolleges en 3 practica. Literatuur Xiong, J., Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006, ISBN-13: 978-0521600828. Vereiste voorkennis Voor tweedejaars studenten van een biologisch of beta discipline is geen extra voorkennis noodzakelijk. Doelgroep 2MNW, 3F, 3S, 3-SBI, mBio, mi-Sc, mi-BI Overige informatie Verplicht voor 2MNW studenten. Derdejaars Bachelor student in elke beta of life science discipline (inclusief Medicijnen) mogen instromen.

Inleiding bioinformatica 2 Vakcode

X_401042 (401042)

Periode

Periode 4

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator


Docent(en)


Lesmethode(n)


Doel vak We kunnen nu de DNA sequentie van ieder menselijk genoom aflezen, maar begrijpen we eigenlijk wel hoe deze genen werken en samen een levend organisme vormen? Bioinformatica richt zich op de vraag wat de biologisch betekenis en functie van DNA sequenties is, en lost dit op met behulp van computationele technieken. Het vak Inleiding Bioinformatica (I en II) geeft een overzicht van de bioinformatica en de belangrijkste technieken op dit vakgebied. In Inleiding Bioinformatica II worden de belangrijkste aspecten en methoden op het gebied van gen expressie, eiwit bioinformatica, en biologische netwerken behandeld. Aan het eind van deze cursus kunnen studenten de biologische en computationele achtergrond van de technieken begrijpen en zelfstandig een genoom- en sequentie analyse uit te voeren. Inhoud vak De volgende onderwerpen komen aan bod: Theorie: - Biomoleculaire en genomics databases (genoom, secundaire en tertiaire structuur, afgeleide databases, etc.) - Algoritmen voor secundaire en tertiaire structuurvoorspelling


6-3-2013 - Pagina 34 van 66

- Genexpressie data analyse - Protein-protein interacties - Genomics data mining (vinden van functionele relaties, comparative genomics) - Intracellulaire netwerken Praktijk opdrachten: - Eiwit structuur visualiseren en analyseren - Biologische netwerken - Genexpressie data analyse Onderwijsvorm Hoorcolleges, werkcolleges, practische opdrachten. Toetsvorm 50 % praktische opdrachten en 50% tentamen. Literatuur Xiong, J., Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006, ISBN-13: 978-0521600828. Vereiste voorkennis Inleiding Bioinformatica 1 is aanbevolen voorkennis. Doelgroep 3MNW, mBio, mMNS-MCD, mMNS-Mpy Overige informatie Derdejaars Bachelor student in elke beta of life science discipline (inclusief Medicijnen) mogen instromen.

Inleiding computergebruik Vakcode

X_000004 ()

Periode

Periode 1

Credits

0.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Inleiding medische natuurwetenschappen Vakcode

X_430089 (430089)

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. R.M. Heethaar

Docent(en)

drs. J.B. Buning

Lesmethode(n)


Doel vak Het doel van dit vak is een oriëntatie te bieden op de medische natuurwetenschappen, het vakgebied dat zich bezig houdt met de studie Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 35 van 66

van het functioneren van de mens in gezondheid en ziekte. MNW is een interdisciplinair wetenschapsgebied waarin de kennisontwikkeling plaatsvindt die de basis vormt voor vooruitgang in de geneeskunde en de gezondheidszorg. Inhoud vak Het ene deel van het vak Inleiding MNW concentreert zich op de medische en klinische fysica. Er wordt een verkenningstocht door het menselijk lichaam gemaakt en de principes van het meten aan biologische systemen worden behandeld. De tocht begint bij de bouwstenen van het menselijk lichaam: de cel met zijn boeiende eigenschappen, waaronder de elektrische processen aan de celmembranen, de geleiding van elektrische impulsen langs zenuwvezels en elektrische volumegeleiding. Er is hierbij een directe afstemming met het vak Natuurkunde Practicum voor MNW dat ook in deze periode plaatsvindt. Het andere deel van het vak gaat over de medische uitdagingen in een aantal specialisatierichtingen van MNW, namelijk - behalve medische fysica - ook fysica van leven, (moleculaire) klinische diagnostiek, medische fysiologie, bioinformatica, biomoleculaire wetenschappen (waaronder systeembiologie), neurowetenschappen en oncologie. Enkele gastsprekers geven een voordracht, er worden interviews met kerndocenten uit deze specialisatierichtingen gehouden en in groepjes wordt een Wiki gemaakt waarin wetenschappelijke hoogtepunten en uitdagingen op de MNW-deelgebieden worden gepresenteerd. Dit gedeelte van het vak wordt afgesloten met een minisymposium. Op het programma staan ook enkele site visits aan de bètafaculteiten en het VUmc. Onderwijsvorm Colleges, practicum en opdrachten (waaronder interviews, het maken van een Wiki, en presentaties) Toetsvorm Opdrachten, schriftelijke eindtoets en practicum Literatuur Studiehandleiding met collegedictaat. Doelgroep 1MNW Overige informatie Communicatie via Blackboard.

Innovatieproject diagnostiek & gezondheid Vakcode

X_420225 (420225)

Periode

Periode 5

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. ir. A.T.M. van Gogh

Docent(en)

dr. E. Ruijter, dr. ir. A.T.M. van Gogh

Lesmethode(n)

Hoorcollege


6-3-2013 - Pagina 36 van 66

Doel vak • Natuurwetenschappelijke, bedrijfsmatige en innovatiewetenschappelijke aspecten van medische technologie begrijpen en actief toepassen, • Leren vinden en integreren van de juiste informatie uit verschillende kennisgebieden, • Inzicht in de rol van de verschillende actoren in het innovatieproces in klinische setting, • Verdieping van de vaardigheden in planmatig, projectmatig en groepsmatig werken, • Vaardigheden en (zelf)bewustzijn opdoen op het gebied van academische oordeelsvorming. Inhoud vak In deze cursus kruip je in de huid van een technology transfer officer en ga je in groepjes aan de slag om de VU en het VUmc te helpen kansen te vinden met betrekking tot implementatie in de kliniek van hun kennis en expertise. In je innovatieplan dienen alle relevante aspecten belicht en afgewogen te worden: natuurwetenschappelijke, technische, financiële, medische, ethische, veiligheids-, sociaal-maatschappelijke aspecten en klinische toepasbaarheid. ‘Science, Business & Innovation’ dus. In het eerste gedeelte van het project ligt de nadruk op kennis opdoen over de diverse aspecten en de rol van (project)management in het innovatieproces. In het tweede gedeelte ligt de nadruk op het uitwerken van de casus, met als belangrijkste eindproduct een (uitgebreid) verslag waarmee je het beste advies probeert te geven. Tussen de bedrijven door krijgen jullie een aantal workshops over academische oordeelsvorming. Onderwijsvorm Hoorcolleges, workshops, uitvoeren van de projectopdracht in teamverband deels onder toezicht van een teambegeleider. Het project valt in periode 5 en vereist derhalve een deeltijds (ca. 50%) studie-inzet. Er geldt een aanwezigheidsplicht voor de collectieve gebeurtenissen (hoorcolleges, workshops, bijeenkomsten met teambegeleider, etc.) Toetsvorm Je eindcijfer wordt bepaald door een gewogen gemiddelde van vijf deeltoetsen. Tussen haakjes staat of het een groeps- of individueel resultaat betreft en de weegfactor: 1. Technische Deeltoets (individueel resultaat; 20%) 2. Academische Oordeelsvorming (individueel resultaat; 20%) 3. Eindverslag (groepsresultaat; 30%) 4. Eindpresentatie (groepsresultaat; 10%) 5. Groepswerk (individueel resultaat; 20%) Literatuur - Grit, R., ‘Projectmanagement’, 6e druk, Noordhoff Uitgevers B.V., Groningen/Houten, 2011 (ISBN 978-90-01-79093-6) - Overige te bestuderen stof en achtergrondinformatie wordt tijdens de cursus via Blackboard ter beschikking gesteld. Vereiste voorkennis 2SBI: Beide eerstejaarsprojecten (vakcodes X_435095 en X_420196) met een


6-3-2013 - Pagina 37 van 66

voldoende afgerond, en 3MNW en overige studies: Toelating in overleg met de vakcoördinatoren van dit vak en toestemming van de examencommissie van je studie. Aanbevolen voorkennis Dit project heeft tot doel kennis en vaardigheden te integreren die zijn opgedaan tijdens het eerste en tweede jaar van SBI. Voorkennis betreft dus de voorgaande vakken van het eerste jaar. Doelgroep 2SBI (verplicht onderdeel van het curriculum), 3MNW (keuzevak), overige studies (keuzevak) Overige informatie Studenten dienen zich uiterlijk donderdag voor aanvang van het vak aan te melden voor dit vak via Blackboard.

Klinische en Analytische Chemie Vakcode

X_430510 (430510)

Periode

Periode 3

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. H. Lingeman

Docent(en)

dr. J. Kool

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Het doel van dit studieonderdeel is aanleren van de principes en het toepassen van de analytische chemie in een klinisch-chemische context. Inhoud vak De instrumentele analyse speelt een belangrijk rol in de klinische chemie. Het gaat dan om de methodieken die gebruikt kunnen worden voor preventie, diagnostiek en therapie in een klinische omgeving. Aan de hand van praktijkvoorbeelden zullen de principes, toepassingsmogelijkheden, betrouwbaarheid, voorspellende waarde enz. de revue passeren. Het uitwerken van de praktijkvoorbeelden zal gebeuren aan de hand van de fysisch-chemische eigenschappen van de te bepalen verbindingen en de biologische matrix waarin deze verbindingen aanwezig zijn. Onderwijsvorm Hoorcollege en werkcollege aangevuld met demonstraties. Toetsvorm Schriftelijk tentamen en een verslag van de uitgevoerde experimenten. Literatuur Materiaal beschikbaar gesteld door de docenten. Achtergrond informatie over de behandelde stof kan worden gevonden in J.P.F.M. van Eerd, Klinische Chemie voor Analisten, deel 1 en Deel 2, Heron Reeks.


6-3-2013 - Pagina 38 van 66

Doelgroep 1MNW, 3-SBI, mi-Sc, mi-BI

Levende chemie Vakcode

X_430569 ()

Periode

Periode 2

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. M.H. Siderius

Docent(en)


Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Het hoorcollege dient om inzicht te geven in de basisprincipes van de bouw van levende cellen, de chemische structuur van de bestanddelen van deze ce gebruiken voor groei en deling, als ook basisprincipes van de moleculaire biologie van de levende cel, de manier waarop genetische informatie belangrijkste aspecten van recombinant DNA technologie worden behandeld. Inhoud vak Er wordt begonnen met het bespreken van de structurele en functionele opbouw van de levende cel, waarna de verschillende soorten (macro)moleculen die in de cel aanwezig zijn worden behandeld. Aandacht voor eiwitstructuur en functie, met name in het metabolisme (Enzym activiteit, Michaelis-Menten kinetiek, Allostere effecten). De afbraakroutes van de belangrijkste voedingsstoffen (koolhydraten en vetten) worden rudimentair besproken. Tevens de behandeling van de structuur en functie van DNA en de manier waarop DNA in de celkern is opgevouwen tot chromosomen en de aspecten van DNA replicatie en herstel. Onderwijsvorm Hoorcollege. Op de de Blackboard site behorend bij dit vak worden vragen aangeboden aan de hand waarvan de studenten zichzelf kunnen Toetsvorm Biochemie zal worden getoetst aan de hand van twee deeltentamens, Het eerste deel zal gaan over de hoofdstukken waarin cellen, celbouw, bouwstenen van biochemisch belangrijke macromoleculen, DNA, eiwit alsmede enzymfunctie wordt behandeld. Het tweede deeltentamen zal de hoofdstukken toetsen waarin DNA repair, transcriptie en translatie, genomes, moleculair biologische technieken en cellulair metabolisme en energiehuishouding aan de orde komen. Literatuur Alberts, B. e.a., Essential Cell Biology 3rd ed, 2009. Hoofdstukken 1 t/m 6, aangevuld met delen zoals aangegeven in de studiehandleiding Doelgroep 1F, 1MNW, 1S, 1-SBI, 1W-B, mBio

Lineaire algebra Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 39 van 66

Vakcode

X_400302 (400302)

Periode

Periode 4

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Coördinator

dr. T. Bauer

Docent(en)

dr. T. Bauer, drs. J.A. Los

Lesmethode(n)


Doel vak Leren omgaan met vectoren en matrices. Inhoud vak Aan de orde komen de volgende onderwerpen: stelsels lineaire vergelijkingen, vectorvoorstellingen van lijn en vlak, inproduct en uitproduct, matrices, determinanten, eigenwaarden en eigenvectoren, stelsels lineaire differentiaalvergelijkingen. Onderwijsvorm Hoorcollege en werkcollege. Er wordt wekelijks ook huiswerk opgegeven. Toetsvorm Schriftelijk tentamen. Literatuur Delen uit het boek: R.A. Adams, Calculus, a complete course, 6th ed of later, en materiaal dat door de docent wordt verstrekt. Doelgroep 2SBI

Maatschappelijke aspecten van de natuurwetenschappen Vakcode

X_420153 (420153)

Periode

Periode 4

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. J.G.F. Bunders-Aelen

Docent(en)

prof. dr. J.G.F. Bunders-Aelen

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak De student beschikt over kennis en inzicht in de interacties tussen wetenschap en maatschappij. De student beschikt over kennis en inzicht in de dynamiek van wetenschap- en technologie ontwikkeling en de rol van sociale processen daarbij. De student beschikt over kennis en inzicht in moderne instrumenten zoals, technology assessment en interactief beleid etc om wetenschap in maatschappelijk gewenste richtingen te sturen. De student is in staat om een gefundeerd oordeel geven over maatschappelijke en ethische aspecten van wetenschap. De student is instaat om kritisch te reflecteren op zijn Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 40 van 66

maatschappelijke verantwoordelijkheid als wetenschapper. Inhoud vak De cursus gaat in op de wisselwerking tussen wetenschap, technologie en samenleving. Aan de hand van concrete, actuele vraagstukken wordt eerst ingegaan op recente knelpunten, dilemma's en controverses in de relatie wetenschap-maatschappij. Daarna gaat de cursus in op diverse inzichten en instrumenten (`Technology Assessment'), ethische aspecten, interactief beleid en maatschappelijk verantwoord ondernemen, die van belang zijn bij het tot stand brengen van een pro-actieve oordeels en besluitvorming over W&S ontwikkelingen. Na het theoretische gedeelte van de cursus, schrijf je samen met een groepje studenten een essay. In dit essay reflecteer je op een actuele natuurwetenschappelijke ontwikkeling die belangrijke maatschappelijke consequenties met zich meebrengt. Onderwijsvorm Hoorcollege Toetsvorm Schrijven van een adviesrapport –groepswerk en individuele beoordeling Literatuur Syllabus. Doelgroep 2F, 2MNW, 2N, 2S Overige informatie Alle studenten N, S, F en MNW moeten kiezen tussen Geschiedenis van de natuurwetenschappen en Maatschappelijke aspecten van de natuurwetenschappen. Inlichtingen bij Joske Bunders kamer U-552 de Boelelaan 1081, tel. (020) 598 7030.

Mathematische methoden 1 Vakcode

X_401021 (401021)

Periode

Periode 4

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Coördinator

M.M. Zaal MSc

Lesmethode(n)


Doel vak Het opdoen van specifieke wiskundige vaardigheden om succesvol vervolgvakken in de Medische Fysica te kunnen volgen. Deze vaardigheden bestaan uit diverse methodes om tweede orde differentiaalvergelijkingen (homogeen en inhomogeen), stelsels differentiaalvergelijkingen en partiële differentiaalvergelijkingen op te lossen, waaronder met behulp van de Laplacetransformatie en de Fouriertransformatie. Inhoud vak De kennis over gewone en partiële differentiaalvergelijkingen en over Fourierreeksen wordt eerst opgehaald. Daarna wordt de theorie uitgebreid, onder meer met de Laplace- en Fouriertransformatie, en het oplossen van stelsels differentiaalvergelijkingen. Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 41 van 66

Onderwijsvorm Hoorcollege en werkcollege. Toetsvorm Schriftelijk tentamen. Literatuur Dictaat dat tijdens de cursus beschikbaar wordt gesteld. Doelgroep 2MNW

Medical (Patho)Physiology I Vakcode

X_436501 (436501)

Periode

Periode 1+2

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. P. Koolwijk

Docent(en)

dr. P. Koolwijk

Lesmethode(n)

Hoorcollege, Werkcollege, Practicum

Doel vak Het verwerven van kennis van en inzicht in het membraantransport, de bouw en functie van het zenuwstelsel, spierweefsel, ademhaling en het hart en de bloedsomloop onder normale omstandigheden en tijdens ziekte. Inhoud vak De volgende onderwerpen komen aan bod: - Transport van stoffen over het celmembraan - Bouw van zenuwvezels, neuronale schakelingen, meten van de voortplantingsnelheid van de actiepotentiaal - Spierfunctie en beweging: EMG, mechanische eigenschappen - Bouw en functie van het hart, ECG, bloeddrukmeting - Ademhaling - Centrale en perifere zenuwstelsel: neuronale paden en reflexen - Sensorische en motorische functie - Zintuigen: algemene principes, elektrische verwerking, adaptatie - Bewustzijn en gedrag: EEG, evoked potentials. Onderwijsvorm Patiëntdemonstraties, hoorcolleges, werkgroepen met casussen, practica en presentaties. Onderwerpen patiëntdemonstraties: rugklachten, het carpaal tunnel syndroom en dwarslaesie. In de hoorcolleges zullen de klinische problemen in verband gebracht worden met bovengenoemde cursusonderwerpen. Hierbij zal een relatie gelegd worden tussen de ziektebeelden, de bouw, functie en werking van het zenuwstelsel, de zintuigen, de spieren, de ademhaling, het hart en de bloedsomloop. Een belangrijke plaats wordt ingenomen door het elektromyogram (EMG), de mechanische eigenschappen van botten en spieren, het elektrocardiogram (ECG) en het elektro-encefalogram (EEG). De werkgroepen en practica zijn erop gericht de zelfwerkzaamheid van de studenten te stimuleren. In de werkgroepen zullen bovengenoemde onderwerpen uitgediept worden


6-3-2013 - Pagina 42 van 66

aan de hand van concrete klinisch georiënteerde vragen en opdrachten. De practica vormen een illustratie en demonstratie van behandelde principes. Hierbij komen de volgende onderwerpen aan bod: - Zenuwgeleiding en Rugklachten - Spierfunctie - Elektrische activiteit van het hart, Bloeddruk meting - Longmechanica - Bewustzijn en Gedrag. Toetsvorm Inleveren van de antwoorden op de werkgroepvragen en van de practicumverslagen is verplicht. De cijfers hiervan tellen mee in de eindbeoordeling. De cursusonderdelen tijdens periode 1 en 2 worden beide afgesloten met een deeltentamen bestaande uit 30 meerkeuze en 8 open vragen. Literatuur Vander, Sherman and Luciano, Human Physiology 11th ed. MacGrawHill. Daarnaast wordt een syllabus beschikbaar gesteld met daarin opgenomen de werkgroep vragen/opdrachten en de practicumhandleiding. Doelgroep 1MNW, 2W-B

Medische (patho)fysiologie 2 Vakcode

X_436503 (436503)

Periode

Periode 2

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator


Lesmethode(n)


Doel vak Het doel van de cursus is het verwerven van kennis van en inzicht in de endocriene functies in het menselijk lichaam: hormonale controle, de nierfunctie, voeding en spijsvertering, de voortplanting, groei en veroudering, de afweer en het bloed. Inhoud vak De cursus is opgebouwd uit de volgende delen met de bijbehorende onderwerpen: - hormonale controle - de nierfunctie - voeding en spijsvertering - de voortplanting, groei en veroudering - bloed(stelping), afweer. Onderwijsvorm Patiëntdemonstraties, hoorcolleges, werkgroepen met casussen, practica en presentaties. In de hoorcolleges zullen de bovengenoemde cursusonderwerpen in verband gebracht worden met klinische problemen. Hierbij zal een relatie gelegd worden tussen de ziektebeelden en de bouw, functie en werking van de nieren, de spijsverteringsorganen en de geslachtsorganen. Een belangrijke plaats wordt ingenomen door de Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 43 van 66

hormonale controle van de processen die optreden en de effecten van veroudering. Bovendien zal aandacht worden besteed aan bloedstelping en de rol van het bloed binnen het afweersysteem. De werkgroepen en practica zijn erop gericht de zelfwerkzaamheid te bevorderen. In de werkgroepen zullen bovengenoemde onderwerpen uitgediept worden aan de hand van concrete klinisch georiënteerde vragen en opdrachten. De practica vormen een illustratie en demonstratie van behandelde principes. Hierbij komen de volgende onderwerpen aan bod: - nierfunctie - metabolisme en inspanning - veroudering. De cursus wordt afgesloten met presentaties van groepjes van 3 studenten over een zelfgekozen onderwerp met als thema veroudering. Toetsvorm Inleveren van de antwoorden op de werkgroepvragen, van de practicumverslagen en het houden van de presentatie is verplicht. De cijfers hiervan tellen mee in de eindbeoordeling. De cursus wordt afgesloten met een tentamen met 40 meerkeuze en 8 open vragen. Literatuur Human Physiology van Vander, Sherman en Luciano (MacGrawHill, 12e editie). Daarnaast wordt een syllabus beschikbaar gesteld met daarin opgenomen een uitgewerkt rooster, de werkgroep vragen/opdrachten en de practicumhandleiding. Doelgroep 2F, 2LI, 2MNW, 3-SBI, mi-Sc, mi-BI

Medische beeldvorming Vakcode

X_436504 (436504)

Periode

Periode 1

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. ir. T.J.C. Faes

Lesmethode(n)

Hoorcollege, Werkcollege, Practicum

Doel vak Kennis en inzicht van de fysische, technische en signaalanalytische principes van de moderne medische beeldvormende technieken, alsmede het gebruik van deze technieken in de geneeskunde. In het bijzonder kan de student voor ieder van de technieken beschrijven: - De opwekking en detectie van de gebruikte straling, alsmede de interactie van de straling met weefsel; - De principes van de fysische beeldvorming en de daarbij gebruikte signaalanalyse; - De belangrijke fysische factoren voor de beeldkwaliteit. Inhoud vak Beeldvormende technieken gebaseerd op Röntgen-stralen (planigrafie & CT), Nucleaire technieken (gammacamera & PET, Ultrageluid, Magnetische resonantie (MRI).


6-3-2013 - Pagina 44 van 66

Onderwijsvorm (Werk)colleges en practica. Toetsvorm Schriftelijk tentamen. Literatuur Prince, J.L., and Links, J.M., Medical Imaging: Signals and Systems. Upper Saddle River: Pearson Prentice Hall, 2006 (ISBN 0-13-065353-5). Vereiste voorkennis Aanbevolen voorkennis: 1ste en 2de jaar bachelor MNW of vergelijkbaar niveau van wiskunde en natuurkunde. Doelgroep 3MNW, 3N, 3W, 3e jaars bewegingswetenschappen Overige informatie Ook inschrijven op Blackboard 2 weken voorafgaand aan begin van cursus.

Medische natuurwetenschappen en samenleving Vakcode

X_430013 (430013)

Periode

Periode 3

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. J.P. Dekker

Docent(en)

dr. J.P. Dekker

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Inzicht verkrijgen in de maatschappelijke rol van het medisch natuurwetenschappelijk onderzoek. Ontwikkelen van academische vaardigheden zoals discussiëren, spreken en schrijven. Een eerste aanzet voor de oriëntatie op de arbeidsmarkt. Inhoud vak In de collegecyclus met gastsprekers worden actuele thema's rond het vakgebied aan de orde gesteld. In groepjes van drie of vier personen wordt een thema nader bestudeerd. Door middel van literatuur onderzoek wordt het thema uitgewerkt en gepresenteerd in de vorm van een scriptie en een mondelinge presentatie. Onderwijsvorm (Werk-)college cyclus. Literatuur Koster, E., Wat is wetenschap? VU University Press, 2010 (ISBN 978 90 8659 435 1) Doelgroep 1MNW

Mentoraat / Tutoraat Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 45 van 66

Vakcode

X_000008 ()

Periode

Semester 1

Credits

0.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Lesmethode(n)


Overige informatie Iedere eerstejaars student Business Analytics is verplicht deel te nemen aan het Eerstejaars mentoraat in periodes 1 en 2. Het met een voldoende afronden van het vak Wiskunde wereldwijd is alleen mogelijk indien is deelgenomen aan het Eerstejaars mentoraat.

Microscopische beeldvorming Vakcode

X_420529 (420529)

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. ir. E.J.G. Peterman

Docent(en)

prof. dr. ir. E.J.G. Peterman, dr. W.H. Roos

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak - Het verwerven van begrip van de fysische achtergronden van de moderne technieken die als doel hebben om op moleculaire schaal de eigenschappen van levende materie in beeld te brengen. - Het verkrijgen van inzicht in toepassingsmogelijkheden van deze technieken in biologisch, biofysisch en biomedisch onderzoek. - Het leren lezen en verwerken van (Engelstalige) wetenschappelijke literatuur over deze technieken en hun toepassingen. - Het leren presenteren in de Engelse taal. Inhoud vak - Optische microscopie (helder veld, beeldvorming, resolutie, fase contrast) - Fluorescentie microscopie (fluorescentie, fluoroforen, labeling, Förster resonce energy transfer; confocale, breedveld, totale interne reflectie, multifoton en superresolutie fluorescentie microscopie) - Atomaire krachtmicroscopie (AFM) (beeldvorming, moleculaire manipulatie) - Optisch & Magnetisch pinceten (moleculaire manipulatie, moleculaire kracht en plaats bepaling, toepassingen) Onderwijsvorm - Colleges over de achtergronden én toepassingen van de technieken. - Literatuuronderzoek met mondelinge presentatie. - Zelfstudie - Colleges over de achtergronden én toepassingen van de technieken. - Literatuuronderzoek met mondelinge presentatie. - Zelfstudie


6-3-2013 - Pagina 46 van 66

Toetsvorm - Schriftelijk tentamen - mondelinge presentatie literatuuropdracht Literatuur Handouts Doelgroep 3N, 3MNW; en andere geïnteresseerden Deze cursus is onderdeel van de minoren Fysica van Leven en Biomedische Beeldvorming (3N, 3MNW) en staat ook open voor andere geïnteresseerden.

Natuurkunde en gezondheid Vakcode

X_420503 (420503)

Periode

Periode 5

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. J.H. Meijer

Docent(en)

dr. J.H. Meijer

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Doelstelling van de cursus Natuurkunde en Gezondheid is een brede kennismaking met de toepassingen van natuurkunde bij diagnostiek en therapie in de gezondheidszorg en met de natuurkundige basis van levensprocessen. Inhoud vak Kennis van de wetten van de fysica maakt het mogelijk levensprocessen te begrijpen, en afwijkingen ervan op te sporen en te behandelen. Deze wetten worden dan ook zeer veel toegepast in de geneeskunde. Ook veel diagnostiek en therapie maakt gebruik van fysische beginselen. De cursus richt zich vooral op de volgende onderwerpen: radioactiviteit, nucleaire technieken in de geneeskunde, stralingsbescherming en -hygiëne, elektrische geleidbaarheid van biologische weefsels, biomechanica, vloeistofstroming in het algemeen en stroming van bloed in het bijzonder, en op het auditief en visueel systeem. Tevens wordt de bruikbaarheid van fysische meetmethoden ten behoeve van medische diagnostiek kritisch bekeken. Onderwijsvorm Interactieve hoorcolleges, werkcolleges en zelfstudie-uren. Toetsvorm Schriftelijk tentamen. Literatuur Verschillende syllabi en hand-outs. Van Oosterom, A. en Oostendorp, T.F., Medische Fysica. Maarssen: Elsevier (ISBN 978 90 352 2995 2). Giancoli, D.C., Physics for Scientists and Engineers 3rd ed. New Jersey: Prentice Hall.


6-3-2013 - Pagina 47 van 66

Doelgroep 1MNW

Natuurkunde practicum 1 Vakcode

X_430105 (430105)

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

drs. J.B. Buning

Docent(en)

drs. J.B. Buning

Lesmethode(n)

Practicum

Doel vak Kennismaken met, begrijpen én leren gebruiken van de natuurkundige basis principes en technieken die een rol spelen in de (bio)medische technologie; in staat zijn zowel schriftelijk als mondeling te communiceren over een uitgevoerd experiment. Inhoud vak Op het practicum wordt een aantal experimenten uitgevoerd waarin de basisvaardigheden worden geoefend welke nodig zijn om experimenten uit te kunnen uitvoeren en technieken op hun waarde en bruikbaarheid te kunnen schatten. Die vaardigheden betreffen o.a. het bestuderen van de theorie/literatuuronderzoek, ontwerpen van een experiment, uitvoeren van het experiment, bijhouden van een labjournaal, kritische beoordeling van de resultaten en experimentele methoden, alsmede mondelinge en schriftelijke verslaglegging. Onderwijsvorm De studenten werken in groepjes van twee studenten aan een bepaald experiment. Er ligt veel nadruk op het communiceren over bevindingen en verkregen inzichten. Toetsvorm De beoordeling vindt plaats op grond van de geschreven verslagen, de gemaakte opdrachten, de mondelinge presentatie en de getoonde experimentele vaardigheid. Literatuur John, R. Taylor, an introduction to error analysis. Doelgroep 1MNW

Natuurkunde practicum 2 Vakcode

X_430076 (430076)

Periode

Periode 5

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit



6-3-2013 - Pagina 48 van 66

Coördinator

drs. J.B. Buning

Docent(en)

drs. J.B. Buning

Lesmethode(n)

Practicum, Bijeenkomst

Doel vak Het kunnen omgaan met en begrijpen van de natuurkundige basis principes en technieken die een rol spelen in de (bio)medische technologie; kennismaken met de werkmethode van de experimentele natuurwetenschapper en specifiek die van de fysicus; het zowel schriftelijk als mondeling kunnen communiceren over een uitgevoerd experiment. Inhoud vak Experimenten op het gebied van de nucleaire medische fysica, Laser-Doppler snelheidsmeting, biomechanica en fluorescentie. Onderwijsvorm Je voert twee experimenten uit in een tweetal. Daarbij oriënteer je je op achtergrond literatuur en op eerder geschreven verslagen. Je hebt de mogelijkheid om het experiment een eigen richting op te sturen. Er is veel aandacht voor het kunnen communiceren over je bevindingen en de verkregen inzichten. Over elk experiment wordt een verslag geschreven. Het eerste verslag wordt herschreven. Over het tweede experiment houd je een presentatie. Toetsvorm De beoordeling vindt plaats op grond van de geschreven verslagen, de gemaakte opdrachten, de mondelinge presentatie en de getoonde experimentele vaardigheid. Literatuur Practicumhandleiding. Doelgroep 2MNW

Optica en optisch waarnemen Vakcode

X_420214 (420214)

Periode

Periode 4

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. W. Vassen

Docent(en)

dr. W. Vassen

Lesmethode(n)


Doel vak Begrip van optische verschijnselen met het golf- en deeltjeskarakter van licht en toepassingen hiervan in optisch waarnemen: het oog, de camera, de telescoop en de microscoop. Inhoud vak


6-3-2013 - Pagina 49 van 66

Aan de hand van concrete fysische vragen worden elementen uit de klassieke optica behandeld, zoals: - geometrische optica (de lens incl. lensafwijkingen, stelsels van lenzen, de werking van het oog) - golfvoortplanting (electromagnetische golven, lichtverstrooiing) - polarisatie - breking en reflectie (ook polarisatie-afhankelijk) aan oppervlakken - Fourier-analyse - interferentie en buiging Verder wordt de werking van lasers besproken. De klassieke optica wordt uitgelegd in de context van waarnemen met optische instrumenten als het oog, de camera, de microscoop en de telescoop. Tijdens het college worden ook instrumenten als de Fabry-Perot interferometer, de Michelson interferometer en optische technieken als interferometrie en spectroscopie besproken. Onderwijsvorm Vijf uur hoorcollege en drie uur werkcollege per week gedurende zeven weken, inclusief demonstraties. Toetsvorm Schriftelijk tentamen. Het hertentamen is schriftelijk tenzij het aantal deelnemers minder dan vier is; in dat geval is het tentamen mondeling. Literatuur Hecht, E., Optics. Addison-Wesley. Doelgroep 1N, 1-WN, 2MNW

Oriëntatie op de M-variant Vakcode

X_400375 (400375)

Periode

Periode 4

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

A. van Luijn MSc

Docent(en)

A. van Luijn MSc

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak - Het verwerven van kennis en inzicht in de met name in beleidsprocessen, beleidstheorie en beleidsanalyse; - Het verwerven van kennis en inzicht in de structuur en het beleid van de Nederlandse overheid met name op het gebied van wetenschap; - Het verwerven van kennis en inzicht in managementprocessen en -theorieën, met specifieke aandacht voor kennismanagement en projectmanagement; - De student is instaat om beleid te analyseren en beleidsopties te identificeren; - De student is instaat tot projectmatig werken in teamverband; - De student beschikt over vaardigheden, zoals onderzoeksopzet maken, literatuurstudie, kritisch analyseren, argumenteren, en schriftelijk en


6-3-2013 - Pagina 50 van 66

mondeling presenteren; - Oriëntatie op de M-variant, dan wel de masters Management, Policy-Analysis and Entrepreneurship. Inhoud vak Beleid speelt op vele manieren en niveaus een rol in onze samenleving. Ook binnen de wetenschap heb je eigenlijk altijd met beleid te maken. Enerzijds speelt beleid een rol bij het stimuleren en/of reguleren van wetenschappelijk onderzoek. Anderzijds wordt wetenschap ingezet om beleid rondom een maatschappelijk probleem te ondersteunen of te adviseren. Ook management speelt in allerlei situaties en op allerlei niveaus een rol. Zo wordt wetenschappelijk onderzoek altijd intern aangestuurd door het management of direct door het hoofd van de afdeling, maar ook meer indirect door het faculteitsbestuur en College van Bestuur. Ook al lijken beleid en management veelal ad hoc vorm gegeven te worden, toch zijn er structurele processen en ordenende principes aan te wijzen. Inzicht in deze processen en principes maakt dat je begrijpt waarom bepaalde keuzes gemaakt worden en bijvoorbeeld waarom beleid er uitziet zoals het in een beleidsnota geformuleerd wordt. In het eerste deel van deze cursus krijg je colleges over diverse beleids- en managementaspecten geïllustreerd aan de hand van praktische casussen. Dit deel wordt afgesloten met een tentamen. Het tweede deel van de cursus bestaat uit een projectopdracht waarin de analyse van een actueel, maatschappelijk en natuurwetenschappelijk vraagstuk in relatie tot (overheids)beleid centraal staat. Voorbeelden zijn nanotechnologie, Q- koorts, orgaandonatie of biobrandstof. De nadruk ligt hierbij op zelfwerkzaamheid, eigen initiatief en oordeelsvorming en op het werken in teamverband. Wij willen daarmee een leersituatie creëren die nauw aansluit bij de praktijk van beleidsmatig onderzoek en projectmatig werken. De problematiek en de verschillende beleidsopties rond dit vraagstuk worden kritisch geanalyseerd. De resultaten, conclusies en aanbevelingen worden weergegeven in een beleidsadviesrapport dat aan het eind van de cursus mondeling gepresenteerd wordt. Onderwijsvorm De eerste helft van de cursus zal bestaan uit werkcolleges, de tweede helft uit het uitvoeren van een projectopdracht in teamverband. Literatuur Informatie over literatuur wordt via Blackboard verstrekt. Doelgroep Derdejaars FEW-studenten. Overige informatie Onderdeel van de M-oriëntatie.

Oriëntatie science educatie Vakcode

O_ORIBETA (991010)

Periode

Semester 2

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Coördinator

ir. J.G. Schoonhoven


6-3-2013 - Pagina 51 van 66

Docent(en)

ir. J.G. Schoonhoven

Lesmethode(n)

Werkcollege

Doel vak Voor een student die deze cursus heeft doorlopen geldt: de student is bereid en in staat te reflecteren op zijn/haar functioneren, de student is in staat om aan te geven wat het betekent om een goede docent in de bovenbouw te zijn, de student is in staat om zijn eigen geschiktheid voor het beroep van docent te beoordelen, de student kan aangeven of het beroep van docent iets voor hem/haar is, de student verwerft een aantal communicatieve en didactische vaardigheden.

Inhoud vak De cursus bestaat de eerste week uit diverse werkcolleges, de volgende drie weken uit een stage op een school voor voortgezet onderwijs. elke week is er een praktijkbespreking en verdieping op de VU. De stage is het belangrijkste onderdeel van de cursus, deze voer je uit samen met een medestudent. In totaal zal de stage ongeveer twaalf dagen in beslag nemen. Tijdens de werkcolleges komen de volgende onderwerpen aan de orde: Hoe bouw je een presentatie op, hoe kom je over. Hoe vertaal je (wetenschappelijke) informatie naar het niveau van je doelgroep. Wat doet een (goede) leraar allemaal. Wat is het verschil tussen presenteren en onderwijzen. Welke kenmerken heeft de doelgroep en hoe kun je daar rekening mee houden. Hoe ontwerp je een (activerende) les. Hoe krijg je je doelgroep actief. Met welke communicatieve aspecten in de klas moet je rekening houden. Tijdens de stage onderneem je de volgende activiteiten: observeren van lessen; zelf minimaal vier lessen geven, in zowel onderbouw als bovenbouw; uitvoeren van een klein onderzoek; zo veel mogelijk deelnemen aan alle activiteiten op school en zo (hernieuwd) kennis maken met het voortgezet onderwijs vanuit het docenten perspectief.

Onderwijsvorm Je levert aan het eind van de cursus een verslag in. Het verslag is een samenhangend verhaal dat een beeld geeft van jouw leerproces tijdens de cursus. Met je verslag laat je zien waar je staat als mogelijk toekomstig docent. Het gaat primair om het zichtbaar maken van je ontwikkeling, niet noodzakelijk om te bewijzen dat je een goede docent bent. Werkcolleges en stage vormen samen een voltijds programma, het is niet mogelijk gelijktijdig andere colleges te volgen. Doelgroep Deelname aan de cursus staat open voor derdejaars bachelorstudenten van de faculteiten Exacte Wetenschappen en Aard- en Levenswetenschappen. De cursus wordt aangeraden voor studenten die overwegen de lerarenopleiding te gaan volgen binnen de masteropleiding (E- variant) of aansluitend op hun masteropleiding. Ook voor studenten die Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 52 van 66

vaardigheden op willen doen in het verzorgen van wetenschappelijke presentaties is de cursus interessant. Overige informatie Meer informatie is te verkrijgbaar bij Arjan Schooonhoven: a.schoonhoven@ond. vu. nl, of te vinden op www.onderwijscentrum.vu.nl

Practicum biomarkers en biotransformatie Vakcode

X_430512 (430512)

Periode

Periode 2

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. J.N.M. Commandeur

Docent(en)

dr. J.N.M. Commandeur

Lesmethode(n)


Doel vak Het leren uitvoeren van verschillende biochemische en moleculair toxicologische methodes die worden toegepast in biomarker-onderzoek en het leren interpreteren van de verkregen resultaten in het kader van risicoschatting van chemicaliën. Inhoud vak Biomarkers zijn in biologische monsters meetbare parameters die waardevolle informatie kunnen verschaffen over de blootstelling aan chemicaliën, het optreden van vroege of late biologische (farmacologische danwel toxicologische) effecten danwel over eventuele erfelijk bepaalde gevoeligheid van individuën voor het krijgen van schadelijke effecten als gevolg van blootstelling aan chemicaliën. In dit practicum zal onderzocht worden of erfelijkheid op het niveau van de biotransformatie-enzymen cytochroom P450 en glutathion transferase een rol kan spelen in de interindividuele verschillen in gevoeligheid voor leverschade door geneesmiddelen. Aspecten die in dit practicum aan bod komen zijn: fenotypering en genotypering van erfelijk bepaalde biotransformatie-enzymen, aantonen van rol van erfelijk bepaalde enzymen in de bioactivering danwel ontgifting van geneesmiddelen, affiniteitszuivering van biotransformatie-enzymen, analyse en identificatie van stabiele en reactieve geneesmiddelmetabolieten. Onderwijsvorm Het practicum begint met een theoretisch gedeelte waarin de basisprincipes van biomarkers en biomonitoringsmethodes zal worden toegelicht. Daarna zullen de studenten in kleine groepjes werken aan een casus van een geneesmiddel waarvan bekend is dat het in een klein deel van de patienten zeer ernstige bijwerkingen veroorzaakt. Na een kort literatuuronderzoek zullen een aantal experimenten worden uitgevoerd om de rol van erfelijk bepaalde enzymen in bioactivatie en ontgifting van het geneesmiddel te onderzoeken, Het practicum wordt afgesloten met een posterpresentatie waarin elk groepje de verkregen resultaten mondeling zal toelichten.


6-3-2013 - Pagina 53 van 66

Literatuur Een practicumhandleiding zal worden uitgereikt bij aanvang het practicum. Doelgroep 2MNW

Project biomedische beeldvorming Vakcode

X_420537 (420537)

Periode

Periode 3

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. M.L. Groot

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Het projekt heeft tot doel je te verdiepen in een van de biomedische beeldvormingstechnieken, inclusief de nieuwste ontwikkelingen op dat gebied, je te oefenen in het samenwerken in een team en het zowel mondeling als schriftelijk rapporteren. Inhoud vak In periode 1 en 2 zijn binnen de minor biomedische beeldvorming zowel fysische/chemische aspecten als toepassingen in de medische wereld aan bod gekomen. Hier ga je je met een klein groepje verdiepen in een van deze onderwerpen, analyseer je problemen en de ‘state-of-the-art’ om uiteindelijk een vernieuwend onderzoeksvoorstel voor NWO (ALW, ZonMW, of STW) te schrijven. Onderwijsvorm Er zal een college verzorgd worden over onderzoeksfinanciering en over onderzoeksvoorstellen schrijven; de groepjes voeren een literatuuronderzoek uit op een onderwerp uit de biomedische beeldvorming; interviewen onderzoekers werkzaam op dit gebied; doen een korte (2-3 dagen) labstage; schrijven het onderzoeksvoorstel en presenteren dit aan commissie en medestudenten. Elk groepje wordt begeleidt door een teambegeleider met inhoudelijke kennis op het gekozen onderwerp. Toetsvorm Beoordeling van onderzoeksvoorstel en presentatie Literatuur Handleiding en literatuur aangereikt door begeleiders Doelgroep 3MNW, miBB, 3-FBW Overige informatie Onderdeel van minor Biomedische Beeldvorming (miBB) en een minor bij de Faculteit Bewegingswetenschappen

Project kanker Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 54 van 66

Vakcode

X_430021 (430021)

Periode

Periode 6

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. M.H. Siderius

Docent(en)


Lesmethode(n)

Werkcollege, Practicum

Doel vak Het project heeft tot doel om inzicht te krijgen in de celbiologische, fysiologische en fysische achtergronden van het ontstaan, de diagnostiek en behandeling van kanker. Inhoud vak - Moleculaire basis van kanker, celcyclus - Therapie: radiotherapie en chemotherapie - Practicum Moleculaire Biologie en farmacologie: gist en humane cellijnen als model voor kanker onderzoek Onderwijsvorm Een combinatie van (werk)colleges, practicum en klinische demonstraties. Toetsvorm De beoordeling vindt plaats op grond van het vertoonde inzicht en de experimentele vaardigheid tijdens de uitvoering van de experimenten, een schriftelijke samenvatting van het practicum en een schriftelijk tentamen. Literatuur Giancoli, D.C., Physics for Scientists and Engineers with Modern Physics 4th ed. New Jersey: Prentice Hall. Practicumhandleiding en studieboeken van de vakken celbiologie en fysica. Reader Stralingsfysica. Doelgroep 2MNW Overige informatie Studenten die het vak als keuze willen volgen dienen zich vier weken voor aanvang aan te melden bij dr. J.C. Vos, [email protected], en krijgen afhankelijk van de capaciteit toestemming.

Project systeemmodelleren Vakcode

X_420544 ()

Periode

Periode 6

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. I.H.M. van Stokkum

Lesmethode(n)



6-3-2013 - Pagina 55 van 66

Doel vak -Kennis verwerven van systeem- en signaaltheorie, en multivariate parameterschatting. Het kunnen toepassen van deze kennis binnen geavanceerde programmeeromgevingen (Matlab, Mathematica, LabVIEW, Multisim en R). - Kennis verwerven van het bouwen van modellen vanuit fysische principes (met name compartimentenmodellen), en van het modelleren van het meetproces. - Zelf meten en filteren van een fysiologisch signaal onder verschillende condities, gevolgd door verwerking en data analyse. Beschrijving van het onderliggende, teruggekoppelde systeem. - Zelf modelleren van complexe (multivariate) fysische data, schatten van de model parameters, interpretatie van de fit resultaten. Inhoud vak Onder andere komen aan de orde: - systeem- en signaaltheorie, met name de Fourier-transformatie van discrete en continue signalen; systeembeschrijvingen: impulsresponsie, convolutie en overdrachtsfunctie; en het bemonsteringstheorema; aliasing, signaalconditionering, filtering, leakage, en windows. - technieken voor het schatten van parameters in multivariate modellen. Multivariate lineaire en niet-lineaire regressie, covariantiematrix. Modelleren van multiway data, SVD, variable projection. - Meting en analyse van ECG reeks - Gebruik van compartimentenmodellen voor beschrijving van tijdsopgeloste spectra. Onderwijsvorm Hoorcolleges, werkcolleges/practicum Literatuur Dictaat is beschikbaar Doelgroep 2N, 2WN, 3MNW

Project zenuw-werk Vakcode

X_430067 (430067)

Periode

Periode 6

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. ir. G.J.L. Wuite

Docent(en)

dr. S.M. Witte, dr. ir. T.J.C. Faes

Lesmethode(n)

Werkcollege, Practicum

Doel vak Het project heeft tot doel om inzicht te verschaffen in: - de chemie en de fysica van neurofysiologische processen in het menselijk lichaam bij ziekte en gezondheid, alsmede in - fysische meettechnieken voor het klinisch onderzoek van neurofysiologische processen.


6-3-2013 - Pagina 56 van 66

Inhoud vak Het project zal worden onderverdeeld in drie deelprojecten. - Neurale netwerken. In dit onderdeel zullen simulaties worden gemaakt van de propagatie van actiepotentialen over axonen en kleine netwerken. - De modelzenuw. Aan de orde komt de fysica van een zenuwimpuls: (rust)membraanpotentialen, actiepotentialen, het Hodgkin-Huxley model, geleiding & weerstand, ionen transport en ion-kanalen. Met een modelleer programma zal een model van de elektrische respons van de zenuw gemaakt worden. - Neuro- fysiologische diagnostiek: een case-study in Meten in de Geneeskunde. De electro-myografie (EMG), de electro-encefalografie (EEG) en de magneto-encefalografie (MEG) worden behandeld. Van het EMG, EEG en MEG worden de fysische principes en de technische uitvoering besproken, alsmede de interpretatie van de gemeten signalen en het klinisch gebruik daarvan. Onderwijsvorm De totale duur van de cursus is 4 weken. Organisatie De eerste week wordt door de afdeling Klinische Fysica verzorgd. Na enkele inleidende hoorcolleges over het zenuwstelsel, de klinische neurofysiologie, en de medische fysica en technologie, worden op achtereenvolgende dagen in de ochtend de fysische principes en technische realisering van het EMG, EEG en MEG besproken, waarna in de middag demonstraties volgen. Het onderwijs wordt verzorgd in de polikliniek van het VU medisch centrum. In de tweede en derde week worden twee projecten bij fysica en neurowetenschappen gedaan. Hiervoor wordt de groep in tweeën gedeeld en elk van de groepen rouleert langs de twee projecten projecten waaraan telkens vijf dagen gespendeerd. Literatuur Dictaat: Diagnostische methoden in de klinische neurofysiologie: Case-studies over meten in de geneeskunde. Hand-outs, practicumhandleiding en de studieboeken die gebruikt worden bij de colleges Medische Fysiologie en Inleiding (Medische) Fysica. Doelgroep 1MNW

Radiofarmacochemie Vakcode

X_436502 (436502)

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. A.D. Windhorst

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Het college heeft tot doel studenten inzicht te geven op welke wijze radiofarmaca gemaakt worden en wat de toepassing is in de nucleaire geneeskunde.


6-3-2013 - Pagina 57 van 66

Inhoud vak Radiofarmaca zijn verbindingen die radioactief gelabeld zijn en gebruikt worden als tracers voor diagnostiek, alsmede radioactieve verbindingen die gebruikt worden voor therapie en spelen een belangrijke rol in het moderne ziekenhuis. Als tracer zijn zij de basis van moderne nucleaire imaging technieken als PET (Positron Emissie Tomografie) en SPECT (Single Photon Emission Computed Tomography). Therapeutische radiofarmaca worden steeds vaker gebruikt als medicijn, bijvoorbeeld bij kanker. De kracht van deze nucleaire imaging technieken is de gevoeligheid en de mogelijkheid om in levende biologische systemen de verdeling van de radioactiviteit accuraat te meten. De uitdaging is de ontwikkeling van de benodigde radiofarmaca. Van kleine moleculen tot proteïnen kunnen radioactief gelabeld worden en kunnen op die manier gebruikt worden voor diagnostiek alsmede voor therapie. Het vak radiofarmacochemie behelst de wetenschap en techniek van het ontwikkelen van deze radiofarmaca. Organische chemie, coördinatiechemie en analytische chemie vormen de basis voor de radiofarmacochemie, naast farmacochemie zelf. Het college zal algemene aspecten van radiofarmacochemie behandelen, een basis geven van nucleaire imaging technieken, inzicht geven in maken van radio-isotopen en de chemische methoden om deze radio-isotopen in te bowuen in molekulen. Daarnaast komen belangrijke aspecten van de ontwikkeling van radiofarmaca onder de aandacht: van target identification tot nieuw radiofarmacon. Tenslotte wordt toegelicht hoe de radiofarmaca gebruikt worden en waar dat gebruik toe leidt in de Nucleaire Geneeskunde. Alle studenten krijgen dezelfde basis, aan het einde van het college zullen de 2 stromen gescheiden worden en krijgen de FAR/S studenten college in ontwikkeling van radiofarmaca adhv enkele cases en krijgen de MNW studenten college in nucleaire imaging technieken en pharmacokinetic modelling van PET data. Het college zal gedeeltelijk in het Engels worden gegeven. Onderwijsvorm 20 uur hoorcolleges, zelfstudie. Gedurende de college periode zullen enkele opdrachten gegeven worden ter voorbereiding op het tentamen. Toetsvorm De beoordeling zal plaatsvinden op basis van een schriftelijke tentamen met open vragen. Literatuur Voor deze cursus is een syllabus beschikbaar. Deze wordt overhandigd op het eerste college. Via Blackboard zal extra cursus materiaal ter beschikking komen. Aanbevolen voorkennis Deelnemers aan dit college dienen bij voorkeur organische chemie te hebben gevolgd. Doelgroep 3F, 3MNW, 3S, 3-SBI, mi-BB, mi-MPS, mi-Sc, mi-BI, mi-AMPS

Statistiek en data-analyse Vakcode

X_401072 ()


6-3-2013 - Pagina 58 van 66

Periode

Periode 3

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Coördinator

dr. M.A. Jonker

Docent(en)

dr. M.A. Jonker

Lesmethode(n)


Doel vak Studenten bekend maken met de basisbegrippen in de kansrekening en statistiek om data te kunnen analyseren en experimenten op te kunnen zetten. De kennis toepassen om praktijkproblemen op te lossen met het statistisch computerpakket R. Inhoud vak Het college start met een introductie van basisbegrippen uit de kansrekening die ten grondslag liggen aan statistische methoden die een rol spelen bij de analyse van data. Aan bod komen onder andere het kansbegrip, stochastische variabelen, belangrijke kansverdelingen, verwachting en variantie, stochastische onafhankelijkheid. Tijdens de cursus zal veel aandacht besteed worden aan statistische methoden om data te analyseren. De onderwerpen die aan bod zullen komen zijn: beschrijvende statistiek, modelleren, schattingstheorie, de constructie van betrouwbaarheidsintervallen, regressie modellen en experimental design. Een bijbehorend werkcollege, gedeeltelijk gericht op toepassingen in de medische natuurwetenschappen (voor de MNW-studenten) en de natuurkunde (voor de natuurkunde-studenten), biedt gelegenheid beter te leren omgaan met de begrippen. We gebruiken het computerprogramma R om data te analyseren. Onderwijsvorm Hoorcollege en werkcollege. Tijdens het werkcollege zal regelmatig gebruik gemaakt worden van het statistische pakket R. Toetsvorm Inleveropdrachten. Alle inleveropdrachten moeten voldoende zijn. Het eindcijfer wordt bepaald door de cijfers van de inleveropdrachten te middelen. Literatuur Boek: Mathematical Statistics with applications, 7th edition Wackerly, Mendenhall, Scheaffer ISBN: 978-0-495-38508-0 R-handleiding Aanbevolen voorkennis Basiswiskunde (400288) voor MNW Differentiëren en integreren 1 voor Natuurkunde (420209) Doelgroep 2MNW, 2N

Thermodynamica Vakcode

X_435203 (435203)

Periode

Periode 1


6-3-2013 - Pagina 59 van 66

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. G. van der Zwan

Docent(en)

dr. G. van der Zwan

Lesmethode(n)


Doel vak Leren toepassen van thermodynamica op chemische processen. Inhoud vak Het eerste deel van het college zal bestaan uit het bestuderen van warmte en arbeid, de afleiding van de grootheid entropie en het bepalen van de richting van spontane processen. Nieuwe grootheden als enthalpie en vrije energie zullen worden ingevoerd, en de toepassing van de twee hoofdwetten van de thermodynamica (je kan geen energie uit niets maken, en warmte stroomt spontaan van warm naar koud) op chemische processen zal vervolgens aan de orde komen. Chemisch evenwicht, en effecten van druk en temperatuur daarop kunnen dan effectief worden bestudeerd. Toepassing van de thermodynamica op redox reacties, de wet van Nernst en de electrochemische cel vormen het laatste onderdeel van dit college. Onderwijsvorm Hoor- en werkcolleges. Toetsvorm Schriftelijk tentamen Literatuur Thomas Engel en Philip Reid: "Thermodynamics, Statistical Thermodynamics, and Kinetics, Pearson, ISBN 978-0-321-64311-7. Aanbevolen voorkennis Basiswiskunde en Calculus 1 Doelgroep 2S, 2MNW

Toegepaste informatica Vakcode

X_420534 (420534)

Periode

Periode 5

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. I.H.M. van Stokkum

Docent(en)

dr. I.H.M. van Stokkum, drs. ing. J.M. Mulder

Lesmethode(n)

Practicum

Doel vak


6-3-2013 - Pagina 60 van 66

Studenten vertrouwd maken met de basisprincipes van dataverwerkende systemen. In het praktische gedeelte worden de omgevingen Mathematica en LabVIEW gebruikt. Inhoud vak Onder andere komen aan de orde: -Structuur van belangrijke omgevingen (Problem Solving Environments) -Informatica basisbegrippen aangaande data en programma's: functie, recursie, nauwkeurigheid en datastructuren -Eenvoudige Algoritmen, met name gebruik van recursie -Oplossen van algebraïsche en differentiaalvergelijkingen afkomstig uit andere MNW vakken (Mathematica, http://www.wolfram.com/products/mathematica ) -Het formuleren van specificaties voor een eenvoudig geautomatiseerd meetsysteem en het ontwikkelen van een programma uitgaande van deze specificaties (LabVIEW, http://www.ni.com/labview/whatis/ ) Onderwijsvorm Hoorcolleges, werkcolleges/practicum. Toetsvorm Praktische eindtoets voor het Mathematica onderdeel. Voor het LabVIEW onderdeel: vorm van aanpak tijdens het practicum en mondelinge en schriftelijke rapportage. Literatuur Dictaat is beschikbaar. Doelgroep 1MNW

Translationele Biomarkers Vakcode

X_430559 (430559)

Periode

Periode 5+6

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. N.P.E. Vermeulen

Docent(en)

prof. dr. N.P.E. Vermeulen, dr. H. Lingeman

Lesmethode(n)


Doel vak Het doel van dit studieonderdeel is om een theoretische studie uit te voeren naar de mogelijkheden om pharmacogenomics, pharmacogenetics en toxicogenomics toe te passen in het translationele biomarker onderzoek. Inhoud vak Er is een sterke behoefte om nieuwe biomarkers te ontdekken waarmee op een snelle manier schadelijke effecten van geneesmiddelen vast te stellen. Verder is er een gebrek aan geschikte indicatoren (biomarkers) waarmee in een vroeg stadium (preventief en diagnostisch) ziektebeelden kunnen worden vastgesteld. To slot vereist de zoektocht naar “personalized medicine” de aanwezigheid van geschikte biomarkers. De voorkeur gaat hierbij uit naar biomarkers die zowel in klinische studies


6-3-2013 - Pagina 61 van 66

als bij patiënten gebruikt kunnen worden, de zogenaamde translationele biomarkers. De doelstelling van dit verdiepende vak is om aan de hand van een concrete opdracht (casus) een theoretisch onderzoek uit te voeren naar de mogelijkheden om een geschikte biomarker te vinden voor een benoemd probleem. Onderwijsvorm De casus zal op individuele basis worden uitgevoerd en worden begeleid door een of meerdere docenten die betrokken zijn bij het translationele biomarker onder zoek aan de VU of het VUmc. Toetsvorm Combinatie van een onderzoeksrapport en een mondelinge rapportage hiervan. Literatuur Materiaal beschikbaar gesteld door de docenten. Doelgroep 3MNW

Van gen tot geneesmiddel Vakcode

X_435107 (435107)

Periode

Periode 2

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

prof. dr. M.J. Smit

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Het college heeft tot doel studenten inzicht te geven op de wijze waarop signalering in en tussen cellen plaatsvindt en hoe chemische signaalstoffen en geneesmiddelen hierop kunnen aangrijpen. Inhoud vak Met het de ontrafeling van het menselijk genoom en de vooruitgang binnen de levenswetenschappen komen we steeds meer te weten over de rol van verschillende biomoleculen in belangrijke cellulaire processen. In dit deel van het vak Van gen tot geneesmiddel wordt aandacht besteed aan de klassen van eiwitmoleculen die betrokken zijn bij belangrijke cellulaire processen zoals bijvoorbeeld cellulaire communicatie, membraantransport, celdeling en apoptosis. Hierbij zal daar waar mogelijk aandacht besteed worden aan de wijze waarop verstoring van deze processen kan leiden tot het ontstaan van belangrijke ziektes (o.a. kanker, asthma/COPD, Parkinson). In het bijzonder worden de klasse van G-eiwit gekoppelde receptoren, ionkanalen en tyrosine kinase receptoren besproken, aangezien deze receptoren belangrijke aangrijpingspunten zijn voor geneesmiddelen. Onderwijsvorm Hoorcolleges, werkcollege (gebruik CD Roms, opdracht) en zelfstudie. Literatuur


6-3-2013 - Pagina 62 van 66

Patrick, G., An Introduction to Medicinal Chemistry 4th ed. Oxford: Oxford University Press, 2009 (ISBN 978-0-19-923447-9). Alberts e.a., Essential Cell Biology 2nd ed, 2004. aangevuld met relevante literatuur. Doelgroep 1F, 1MNW, 1-SBI, 1W-B, 2-SBI

Van quantum tot molecuul Vakcode

X_420545 ()

Periode

Periode 5

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. J.T.M. Kennis

Docent(en)

dr. J.T.M. Kennis

Lesmethode(n)

Hoorcollege

Doel vak Doel van het college is de introductie van de basis-concepten voor het beschrijven van atomen, elektronische orbitals en moleculen m.b.v. quantummechanische principes. Beoogd wordt enerzijds een beter inzicht te verkrijgen in de fysische achtergronden van chemische eigenschappen en anderzijds te zien hoe quantummechanische concepten zich vertalen in meetbare grootheden. Inhoud vak De cursus is opgebouwd uit de volgende onderwerpen • Introductie in de quantum wereld, golf-deeltje dualisme, de Broglie relatie, Heisenberg onzekerheidsprincipe, Schrödinger vergelijking, waterstofatoom, spin, de opbouw van het periodiek systeem • Binding tussen atomen en opbouw van moleculen; valence bond theorie, molecular orbital theorie, hybridisatie, waterstofbruggen, Hückel theorie • Moleculaire spectroscopie Onderwijsvorm Hoorcollege en werkcollege gecombineerd met huiswerkopgaven. Toetsvorm Schriftelijk tentamen Literatuur Physical Chemistry, 9th edition (Oxford University Press), P. Atkins, J. De Paula Doelgroep 2MNW

Veiligheidsinstructie S, F, MNW en SBI 30min Vakcode

X_000019 ()


6-3-2013 - Pagina 63 van 66

Periode

Periode 1

Credits

0.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Voorlichting door studentendecanen en CSL Vakcode

X_000007 ()

Periode

Periode 1

Credits

0.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Wetenschapscommunicatie voor Bèta-onderzoekers Vakcode

AB_470185 ()

Periode

Periode 5

Credits

6.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit

Fac. der Aard- en Levenswetenschappen

Coördinator

dr. J.F.H. Kupper

Docent(en)

prof. dr. J.E.W. Broerse, R.C. van Koten MSc, dr. M.J.W. Bos

Lesmethode(n)

Hoorcollege, Werkgroep

Doel vak - Verwerven van kennis en inzicht in de rol van communicatie rondom nieuwe ontwikkelingen in wetenschap en technologie - Verwerven van kennis en inzicht in de verschillende modellen van wetenschapscommunicatie (deficiet, context, interactie en participatie), haar parameters en gebruikelijke applicatiedomeinen. - Verwerven van kennis en inzicht van de beperkingen en mogelijkheden van de verschillende media waarin de modellen tot uitdrukking kunnen komen (journalistiek, TV en film, het Internet, musea en science centra). - Verkrijgen van vaardigheid in het ontwerpen van een doelgroepgerichte communicatie - Het opdoen van leerervaring met het werken in een multidisciplinaire Inhoud vak Wetenschap heeft verstrekkende gevolgen voor de maatschappij (bv. biotechnologie, neurowetenschappen, farmacie). Maar hoe kijkt de maatschappij eigenlijk naar wetenschappelijke ontwikkelingen? Wat vindt de industrie van wat we uitgevonden hebben en wat denken andere wetenschappers van onze kennis? De visie van deze mensen over ons en ons werk is van groot belang voor de richting die het onderzoek in de nabije toekomst gaat nemen. Daarom is communicatie over wetenschap van cruciaal belang. In deze cursus raak je vertrouwt met een aantal modellen van wetenschapscommunicatie, het herkennen van hun toepassingen in de Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen - 2011-2012

6-3-2013 - Pagina 64 van 66

praktijk en de verschillende soorten publiek die men ermee kan aanspreken (populariseren voor leken, informatieoverdracht voor de industrie, faciliteren van interdisciplinair onderzoek in de wetenschap, participatie van burgers en patiënten in onderzoek). Door middel van opdrachten raak je bekend met de praktische kant van wetenschapscommunicatie, bijvoorbeeld wetenschapsjournalistiek, voorlichting, dialogen en debatten, etc. De opdrachten worden deels individueel uitgevoerd en deels in een groep. Niveau cursus: 2 (verdieping) Onderwijsvorm Colleges, opdracht, zelfstudie Toetsvorm Schriftelijk tentamen (50%), groepsopdr. (25%), individuele opdr. 25%) Literatuur (Online) syllabus Doelgroep Keuzecursus voor tweedejaars BSc Biomedische Wetenschappen en Biologie en BSc. Gezondheid en Leven. Speciaal aanbevolen voor studenten die overwegen de C-variant (wetenschapscommunicatie) of M-variant (beleid en management) in hun masterprogramma op te nemen. Overige informatie Voor meer informatie: [email protected]

Wijsgerige vorming: natuurwetenschappen, filosofie en ethiek Vakcode

X_435340 (435340)

Periode

Periode 1

Credits

3.0

Voertaal

Nederlands

Faculteit


Coördinator

dr. G.C. Eigner

Lesmethode(n)


Doel vak De leerdoelen van de cursus bestaan uit het opdoen van wetenschapsfilosofische kennis, het kunnen toepassen van deze kennis op je eigen vakgebied, en aan de hand hiervan reflecteren op je vak. De kennis die aan bod komt in de cursus bestaat uit verschillende visies op wetenschapsfilosofische onderwerpen, zoals de wetenschappelijke methode, realisme, empirisme, reductionisme, het doel van de wetenschap, wetenschappelijke verklaringen, en de grenzen van wetenschap. Het hoofddoel van de cursus is dat je door toepassing van deze wetenschapsfilosofische kennis op situaties uit de praktijk van je vakgebied een onderbouwde en genuanceerde visie ontwikkelt over de waarde van de kennis die je in je studie aangeboden krijgt, over de status van wetenschap in onze samenleving, en over je toekomstige verantwoordelijkheid in de beroepspraktijk. Een nevendoel van de cursus is dat je vaardigheden ontwikkelt op het gebied van tekstanalyse en kritische discussie.


6-3-2013 - Pagina 65 van 66

Inhoud vak Het college behandelt moderne opvattingen met betrekking tot aard en methode van de natuurwetenschappen; hun ontwikkeling; hun relatie met praktijk; en de normatieve en ethische aspecten van wetenschapsbeoefening. Deze thema’s worden steeds behandeld aan de hand van concrete voorbeelden uit de natuurwetenschappen. Onderwijsvorm De cursus is opgezet rond concrete voorbeelden uit je eigen vakge-bied: dilemma’s waar je in je latere beroepspraktijk mee te maken kunt krijgen. Een professionele benadering hiervan doet een beroep op je vermogen tot academische oordeelsvorming. Meer concreet volg je in deze cursus hoor-, werk-, en responsiecolleges, schrijf je in een groep van drie studenten een verslag over de wetenschappelijke methode, en schrijf je individueel een afsluitend essay over realisme of verklaring. In de hoorcolleges wordt een inleiding gegeven op de te bestuderen literatuur. In de werkcolleges wordt de literatuur bediscussieerd aan de hand van opdrachten, worden vaardigheden getraind en worden tussentijdse toetsen afgenomen die meetellen voor het eindcijfer. In de responsiecolleges wordt er hulp geboden bij het schrijven van het essay. Toetsvorm Het eindcijfer voor de cursus is een gewogen gemiddelde van drie deelcijfers: het cijfer behaald voor tussentijdse toetsen die worden afgenomen tijdens het tweede en derde werkcollege (20%), het cijfer behaald voor een verslag dat wordt geschreven in groepen van drie studenten (30%) en het cijfer behaald voor een individueel geschreven afsluitend essay (50%). Literatuur Peter Godfrey-Smith, Theory and Reality: An Introduction to the Philosophy of Science (Chicago University Press, 2003). Aanvullende literatuur wordt bekendgemaakt in de studiehandleiding en via Blackboard. Doelgroep 2MNW, 2N, 2-WN Overige informatie Inlichtingen bij de docent, dr. K. Eigner, HG-13A30, [email protected]. Inschrijving verplicht via Blackboard.


6-3-2013 - Pagina 66 van 66

Medische natuurwetenschappen BSc Vrije Universiteit Amsterdam - Faculteit der Exacte Wetenschappen - B Medische Natuurwetenschappen

Recommend Documents