Activiteitenrapport BCCM

Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

Voorwoord Philippe Courard, Staatssecretaris voor Wetenschapsbeleid

BCCM, het Belgische Biological Resource Centre

In 1983 besliste de Ministerraad om het patrimonium aan microbiële hulpbronnen en de expertise die beschikbaar waren in verschillende Belgische instellingen samen te brengen in een netwerk van cultuurverzamelingen: het consortium van de “Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms“ (BCCM) zag het daglicht. De Ministerraad wenste inderdaad een performante en gespecialiseerde infrastructuur op te richten ter ondersteuning van de talrijke onderzoekers, zowel uit de academische als uit de industriële wereld, in de voor België belangrijke domeinen van de biotechnologie en de levenswetenschappen. Vandaag, 30 jaar later, is het BCCM-consortium uitgegroeid tot één van de belangrijkste cultuurverzamelingen ter wereld, zowel voor wat betreft de omvang en de kwaliteit van zijn verzamelingen (bacteriën, gisten, schimmels, plasmiden, diatomeeën, DNA-banken) als zijn expertise. Het consortium staat niet alleen in voor de bewaring van meer dan 64.000 kwaliteitsgecontroleerde, gekarakteriseerde en gedocumenteerde eenheden van biologisch materiaal, het stelt zijn expertise eveneens ter beschikking onder de vorm van dienstverlening en samenwerkingsprojecten. De Organisatie voor Economische Samenwerking en Ontwikkeling (OESO) erkent eveneens het belang van biologische diversiteit en van microbiële cultuurverzamelingen voor de economie en het onderzoek, onder meer op het domein van de gezondheidszorg, de landbouw, de voeding en het milieu. De belofte die de ontwikkeling van de biotechnologie en de milieutechnologie inhoudt kan immers enkel gerealiseerd worden mits een gepaste ondersteuning van Biological Resource Centres (BRCs). Door middel van de ontplooiing van de activiteiten van het BCCM-consortium komt België tegemoet aan de aanbevelingen die de OESO formuleerde met betrekking tot BRCs. Op initiatief van de Belgische regering heeft de World Intellectual Property Organization (WIPO) het BCCM-consortium erkend als Internationaal Depositaris onder het Verdrag van Boedapest over de internationale erkenning van het

depot van micro-organismen voor octrooidoeleinden. Door het aanvaarden en het bewaren van depots van biologisch materiaal waarnaar verwezen wordt in octrooiaanvragen dragen de BCCM bij tot het innovatieproces. In het kader van de Conventie inzake Biologische Diversiteit, was het BCCMconsortium een pionier in het uitwerken van een gedragscode voor microbiële cultuurverzamelingen die zowel de toegang tot microbiële genetische hulpbronnen als de mogelijkheden voor het delen van de voordelen die voortvloeien uit hun gebruik dekt. Deze MOSAICC1 gedragscode, die tot stand kwam met de ondersteuning van de Europese Commissie, werd zeer gewaardeerd door het Secretariaat van de CBD en wordt algemeen beschouwd als één van de voorlopers van de Bonn guidelines. BCCM zet zijn proactieve aanpak van de “access and benefit sharing“ clausules van het Nagoya protocol verder in het TRUST2 project, waar internationale experten specifieke richtlijnen uitwerken rond deze clausules voor microbiële cultuurverzamelingen. Dit alles maakt van het BCCM-consortium een gegeerde partner in Europese samenwerkingsprojecten. Het spreekt dan ook voor zich dat BCCM deelneemt aan het MIRRI3 project, in het kader van het Europees Strategisch Forum voor Onderzoeksinfrastructuur (ESFRI). Dit project legt de basis van een Europese, gedistribueerde infrastructuur voor microbiële genetische hulpbronnen. Een hechte samenwerking tussen de Europese cultuurverzamelingen zal de vele gebruikers ten goede komen en een stimulans vormen voor de verdere ontwikkeling van de biotechnologie. Ik wens het BCCM-consortium nog vele jaren... Philippe Courard Staatssecretaris voor Wetenschapsbeleid 1 MOSAICC: Micro-Organisms Sustainable use and Access regulation International Code of Conduct 2 TRUST: TRansparant User-friendly System of Transfer 3 MIRRI: MIcrobial Resources Research Infrastructure


3

Voorwoord Philippe Mettens, Voorzitter van het directiecomité

BCCM, een schatkamer aan biologisch materiaal

Het zal niemand ontgaan dat het Federaal Wetenschapsbeleid een expertise bezit inzake het beheer van collecties. Het gaat niet enkel om het beheer van de kunst-, natuurwetenschappelijke en historische collecties door de Federale Wetenschappelijke Instellingen, maar ook om het beheer van de levende verzamelingen van micro-organismen door het BCCM-consortium. Inderdaad, dit consortium van 7 cultuurverzamelingen die gecoördineerd en gefinancierd worden door het Federaal Wetenschapsbeleid beheert meer dan 63.000 specimen aan biologisch materiaal in zijn publieke verzamelingen. Het is een professioneel centrum dat de microbiële diversiteit op een kwaliteitsvolle manier bewaart en beheert en als referentie voor verdere studie en valorisatie ter beschikking stelt. Micro-organismen vormen een belangrijke grondstof voor de biotechnologie. De eigenschappen van bacteriën, schimmels, gisten en diatomeeën worden gebruikt in talrijke industriële toepassingen en processen. Denk maar aan de fermentatieprocessen en het gebruik van de probiotica in de voedingssector, de productie van antibiotica in de medische sector, het inzetten van microorganismen als groeibevorderende elementen in de landbouw en als hulpmiddelen voor de bioremediëring van vervuilde sites, enzovoort. Daarenboven zijn nog niet alle eigenschappen van de microbiële species gekend. De publieke verzamelingen van de BCCM vormen dus inderdaad een schatkamer aan biologisch materiaal, die bijvoorbeeld door screeningsprojecten ontgonnen kan worden. Sinds het begin van de federale financiering in 1983 ontwikkelden de BCCMverzamelingen zich van individuele, onderzoeksgebaseerde collecties tot een consortium van publieke, dienstverlenende BRCs. De wetenschappelijke expertise van de BCCM wordt ter beschikking gesteld onder verschillende vormen gaande van gespecialiseerde dienstverlening tot uitgebreide wetenschappelijke samenwerkingsprojecten. Jaarlijks doen rond de 700 verschillende klanten een beroep op de dienstverlening van BCCM. Het betreft hier diensten zoals het identificeren van stammen, het genotypisch karakteriseren van stammen door middel van moleculaire technieken, microbiële tellingen, screeningsopdrachten, enz.

Daarenboven waren de BCCM-verzamelingen de laatste jaren betrokken in meer dan 40 formele wetenschappelijke samenwerkingsprojecten. Het beleid en de strategie van BCCM worden op consortiumniveau vastgelegd en iedere entiteit draagt bij tot de realisatie ervan. Een speciale rol is weggelegd voor de BCCM-coördinatiecel van het Federaal Wetenschapsbeleid. Deze cel staat in voor de coördinatie van de collecties op het vlak van kwaliteitsbeheer, informatietechnologie, externe en interne communicatie, internationale samenwerking en wettelijke aangelegenheden. Het BCCM-consortium draagt de kwaliteit van zijn dienstverlening hoog in het vaandel. Sinds 2005 is het kwaliteitsmanagementsysteem van het consortium gecertificeerd volgens de ISO 9001 standaard voor wat betreft de acquisitie, controle, bewaring, opslag en verdeling van biologisch materiaal en de bijhorende informatie in het kader van publieke depots, safe depots en patent depots. Daarenboven zijn ook de processen coördinatie, projectbeheer en vertegenwoordiging van de coördinatiecel ISO 9001 gecertificeerd. Deze certificatie vormde de aanzet tot het opstellen van het kwaliteitsmanagementsysteem van het Federaal Wetenschapsbeleid waarin, in een latere fase, ook de Federale Wetenschappelijke Instellingen geïntegreerd zullen worden. Het is onder andere vanuit die optiek dat BCCM blijvend wil beantwoorden aan de behoeften van zijn klanten en partners. Laat dit activiteitenverslag een eerste aanzet zijn tot het opbouwen van een continue dialoog met alle stakeholders.

Philippe Mettens Voorzitter van het directiecomité Federaal Wetenschapsbeleid Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

5


6

Inhoud BCCM missie en visie...........................................................................................8

Antibioticaresistentie (ITM)................................................................................29

BCCM structuur...................................................................................................8

Fusarium-soorten als pathogenen voor de mens............................................30

BCCM services.....................................................................................................9

Pathogene genen...............................................................................................31

Het multi-sitesysteem voor kwaliteitsbeheer van BCCM.................................10

Detectie van Bacillus-besmetting in gelatine...................................................32

Beheer van informatie bij BCCM.......................................................................11

Uitdaging: de conservering van mycorrhiza......................................................33

Internationale samenwerking en juridische kwesties......................................12

Uitdaging: conservering van methaan oxiderende bacteriën...........................34 Recombinante plasmiden als biotechnologische tools....................................35

Biodiversiteit.....................................................................................................14

MALDI-TOF-massaspectrometrie: een degelijk middel voor identificatie-

Bacteriële biodiversiteit koesteren....................................................................16

en kwaliteitscontrole van microben...................................................................36

Dermatofyten......................................................................................................17 Polyporen............................................................................................................18

BCCM feiten en cijfers.......................................................................................38

Fusarium.............................................................................................................19

Het BCCM-patrimonium....................................................................................39

Gistdiversiteit onderzoeken................................................................................20

Verdeling van het materiaal...............................................................................42

Diatomeeën........................................................................................................21

Andere wetenschappelijke diensten..................................................................42

Cyanobacteriën...................................................................................................22

Onderzoeksprojecten.........................................................................................43

Mycobacteriën....................................................................................................23

Het BCCM-budget..............................................................................................43

Cultuurverzamelingen voor wetenschap en industrie..................................24

Nieuwe soorten beschreven binnen BCCM.......................................................44

Microbiële diversiteit bij spontane gisting.........................................................26

Bibliografie.........................................................................................................46

Microbiële karakterisering van probiotica.........................................................27

Contacten............................................................................................................51

Plantgeassocieerde organismen.......................................................................28


7

BCCM missie en visie

BCCM structuur

Onze visie

Het BCCM-consortium bestaat uit 7 gedecentraliseerde cultuurverzamelingen die worden gecoördineerd door een centraal team bij het Federaal Wetenschapsbeleid. Elke verzameling is verbonden aan een gastlaboratorium. De nauwe samenwerking tussen deze twee partners garandeert een perfect evenwicht tussen onderzoeks- en preserveringsactiviteiten.

'BCCM, groots in kleine dingen' Het BCCM-consortium wil een partner zijn die oplossingen aanreikt voor een kwaliteitsvolle dienstverlening op het vlak van microbieel en genetisch materiaal voor de academische en industriële gemeenschap.

Onze missie Het BCCM-consortium heeft als opdracht: • microbieel en genetisch materiaal te verzamelen, te bewaren en te verdelen; • dit biologische materiaal te identificeren en te karakteriseren; • klantgerichte diensten aan te bieden; • de kennis over micro-organismen en over hun functie in ecosystemen te vergroten; • het gebruik van biologisch materiaal aan te moedigen.

Bovendien moet de samenwerking tussen de verzamelingen leiden tot de uitwisseling en de invoering van de beste methodes voor het preserveren van microbieel genetisch materiaal en de algemene toepassing van internationale normen en regels in de microbiologie. Ongeveer zeventig medewerkers onderzoeken en conserveren de biodiversiteit van de BCCM-verzamelingen, ter bevordering van biotechnologie en levenswetenschappen; dit alles dankzij de nauwe samenwerking met de gastinstellingen en het recurrente financieringsprogramma van het Federaal Wetenschapsbeleid.

BCCM/LMG

Bacteria Ghent University

Strategie van BCCM Het BCCM-consortium bestaat uit 7 gedecentraliseerde Biological Resource Centres met complementaire expertise. BCCM: • bouwt zijn dienstenaanbod en wetenschappelijke expertise verder op; • ontwikkelt een krachtig gegevensbeheersysteem; • volgt een ISO 9001 multi-sitesysteem voor kwaliteitsbeheer; • moedigt (inter)nationale samenwerking, integratie en uitwisseling aan; • leeft (inter)nationale regels over het omgaan met microbiologisch en genetisch materiaal strikt na. Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

8

BCCM/IHEM

Biomedical Fungi & Yeasts Scientific Institute of Public Health, Brussels

BCCM/CC

Coordination Cell Belgian Science Policy Office

BCCM/LMBP

Plasmids Ghent University

BCCM/ITM

BCCM/DCG

BCCM/MUCL

BCCM/ULC

Mycobacteria Institute of Tropical Medicine, Antwerp

Environmental and applied Mycology Université Catholique de Louvain

Diatoms Ghent University

Cyanobacteria University of Liège

BCCM services Bent u op zoek naar biologisch materiaal?

Wilt u meer weten over uw culturen?

Ga naar de onlinecatalogus van BCCM: http://bccm.belspo.be

Doe een beroep op de karakteriseringsexpertise van BCCM.

• Beschikbare subsets voor speciale doeleinden: - testen controlestammen, typestammen - klinische isolaten, antimicrobiële resistentie stammen, mycobacteriën, medische schimmels enz. - melkzuurbacteriën, bifidobacteriën, probiotica, brouwgisten enz. - bio-afbrekers - producenten van secundaire metabolieten, additieven, inoculanten voor aquacultuur enz. - volledige genoomstammen • Verdeling van expressievectoren of lege vectoren • Speciaal klonen van expressievectoren • Speciale subsets voor screening tegen speciale voorwaarden • Geselecteerde stammensets voor educatieve doeleinden met korting • Inactief materiaal beschikbaar voor uw eisen inzake bioveiligheid

• Identificatie: moleculaire biologie – fysiologie – morfologie – taxonomie • Onderzoek: biodiversiteit – taxonomie – functionele eigenschappen • Biologische tests: resistentie – inhibitie • Aanpak naar wens • Voedings- en landbouwproducten en -processen: kwaliteit – veiligheid – controle • Analyse plasmideprofiel • Screenings (bv. genoom) op specifieke eigenschappen

Wilt u uw isolaten of plasmiden preserveren? BCCM bewaart biologisch materiaal in kwaliteitsomstandigheden.

Bent u op zoek naar opleidingen? BCCM geeft individuele of groepsopleidingen. • Over isoleer-, kweek- en conserveringstechnieken • Over identificatie, meerfasige taxonomie en classificatie

Wenst u meer specifieke diensten? Vraag BCCM naar advies en onderzoek op contractbasis.

• Vrij toegankelijke publieke depots onder een uniek toegangsnummer in de onlinecatalogi van BCCM • Depots met beperkte toegang: • veiligheidsdepots • octrooidepots • bewaring van materiaal van derden


9

Het multi-sitesysteem voor kwaliteitsbeheer van BCCM Voor het BCCM-consortium is het van het allergrootste belang te beantwoorden aan de verwachtingen van zijn klanten en stakeholders. Daarom wil het de kwaliteit van zijn biologisch materiaal en van de bijbehorende informatie garanderen en heeft het als een van de eerste Europese cultuurverzamelingen een formeel kwaliteitsbeheersysteem ingevoerd. Het kwaliteitsbeheersysteem van het BCCM-consortium werd in juli 2005 gecertificeerd en voldoet aan de vereisten van de internationale norm ISO 9001. Het certificaat geldt voor de volgende kernactiviteiten van zowel de verzamelingen als van de coördinatiecel: • acquisitie, controle, bewaring, opslag en verdeling van biologisch materiaal en bijbehorende informatie omtrent publieke depots, veiligheidsdepots en patentdepots; • coördinatie, projectbeheer en vertegenwoordiging van het BCCM-consortium. Het BCCM-kwaliteitsbeheersysteem wordt centraal beheerd. Het gaat uit van één kwaliteitsbeleid en een strategisch plan met doelstellingen die voor alle BCCMentiteiten gelden. Het systeem wordt zowel door de lokale als de centrale directies beoordeeld en gemonitord op basis van gemeenschappelijke prestatie-indicatoren. Naast de unieke kerndocumenten van het kwaliteitsbeheersysteem gebruikt elke vestiging aanvullende specifieke, maar geharmoniseerde lokale documenten. De planning van de interne audits wordt centraal gevolgd. Alle BCCM-entiteiten pakken klachten, afwijkingen, corrigerende en preventieve acties en verbeteringen eveneens op dezelfde manier aan. Op gezette tijdstippen organiseert het BCCM-consortium tevredenheidsenquêtes bij zijn klanten om feedback te krijgen over de geleverde dienstverlening. Het voert ook een open en constructieve dialoog met zijn gebruikers om op de toekomstige behoeften van zijn klanten te kunnen inspelen.


10

BCCM/IHEM en BCCM/ITM zijn actief in de medische sector en hebben een extra kwaliteitsbeheersysteem ingevoerd. Bij BCCM/IHEM gebeuren de kwaliteitscontroles om de leefbaarheid, de identiteit en de zuiverheid van schimmels en bacteriën te testen, conform de ISO 17025-norm. Bij BCCM/ITM gebeurt de controle van de leefbaarheid, de identiteit en de zuiverheid van de stammen die ter beschikking worden gesteld in overeenstemming met de ISO 15189-norm. Om zichzelf verder te verbeteren, blijven de BCCM-verzamelingen hun kwaliteitsbeheersysteem verder ontwikkelen. Uw input en feedback worden hierbij bijzonder gewaardeerd.

Beheer van informatie bij BCCM Van bij hun oprichting beheren de BCCM-verzamelingen de informatie over het biologische materiaal dat ze bewaren. In de jaren 1980 begonnen ze met de digitalisering van hun cultuurcatalogi in relationele databanken en in 1989 publiceerden ze een eerste gedrukte versie van de BCCM-catalogi. Naast de catalogusgegevens gingen de BCCM-verzamelingen geleidelijk ook andere gegevens digitaliseren voor het dagelijkse beheer van de verzamelingen (voorraadbeheer, klanten/diensten, activiteiten, uitrusting enz.), samen met literatuur en wetenschappelijke gegevens (sequenties, vetzuren enz.). Op dit ogenblik leggen de BCCM de laatste hand aan een centraal Laboratory Information Management System (LIMS) dat alle BCCM-verzamelingen zullen gebruiken om hun digitale informatie te beheren, te bewaren en te bevragen. In 1995 lanceerden de BCCM hun website (bccm.belspo.be) met een onlineversie van alle BCCM-catalogi, algemene informatie, een overzicht van de dienstverlening, de nieuwsbrief, specifieke informatie over het Verdrag van Boedapest en patentdepots en een overzicht van de lopende projecten. De BCCM-website is intussen gemoderniseerd. Ze zal verder worden verbeterd en uitgebreid met de recentste functies voor onlinecommunicatie en een “one-stopshop“ waar klanten zich kunnen registreren en hun bestellingen van biologisch materiaal kunnen volgen. Het BCCM-consortium is actief betrokken bij verschillende initiatieven voor de ontwikkeling van datanormen voor de uitwisseling van microbiologische informatie en bij netwerken zoals het Microbial Information Network Europe (MINE), Common Access to Biological Resources and Information (CABRI, www.cabri.org), European Biological Resources Centres Network (EBRCN, www.ebrcn.net) en de OECD Task Force aangaande Biological Resources Centres. De BCCM-verzamelingen wisselen hun catalogusgegevens ook op een gestandaardiseerde manier uit met andere internationale initiatieven en informatieinfrastructuren in verband met biodiversiteit zoals de Global Biodiversity Information Facility (GBIF, www.gbif.org), de Global Catalogue of Microorganisms (gcm.wfcc.info) en StrainInfo (www.straininfo.net). Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

11

Internationale samenwerking en juridische kwesties Het BCCM-consortium heeft langlopende samenwerkingsbanden met partners wereldwijd. Het gaat hier zowel om banden van het BCCM-consortium als van individuele BCCM-verzamelingen met buitenlandse partnerorganisaties. Het doel is het wederzijds verrijken van de verzamelingen en van de expertise van alle betrokkenen door capaciteitsopbouwende programma's en onderzoeksprojecten en door ex situ microbieel genetisch materiaal te bewaren en te valoriseren. Nieuwe internationale regels hebben een grote impact op de werking van cultuurverzamelingen. Het BCCM-consortium werkt sinds 1983 proactief aan wettelijke en technische oplossingen om te (blijven) voldoen aan het veranderende wettelijke kader, in het bijzonder aan het Verdrag inzake biologische diversiteit1 (CBD) en aan het Protocol van Nagoya2 inzake toegang tot genetische rijkdommen en de eerlijke en billijke verdeling van voordelen voortvloeiende uit hun gebruik. Het BCCM-consortium combineert zijn benadering van deze internationale verdragen met andere relevante regels zoals het TRIP's-verdrag3 en het Verdrag van Boedapest4. Het consortium is in dit verband overigens erkend als Internationaal Depositaris en mag depots van microbieel materiaal met het oog op octrooiverlening aanvaarden. Het BCCM-consortium is betrokken bij en neemt het initiatief voor samenwerkingen om een samenhangend geheel van juridische en administratieve middelen en aanbevelingen uit te werken om de toegang tot microbiële genetische rijkdommen te bevorderen. Veilige toegang tot microbiologisch materiaal en betrouwbare integratie van data zijn daarnaast een absolute voorwaarde voor cumulatief onderzoek ter ondersteuning van de biowetenschap. Daarom is het BCCM-consortium actief op zoek naar een evenwichtige samenwerking met aanbieders en gebruikers van microbiële genetische rijkdommen en de bijbehorende informatie. Het BCCM-consortium lanceerde de gezamenlijke actie “MOSAICC“ (MicroOrganisms Sustainable use and Access regulation International Code of Conduct). Die zet de principes van het CBD-verdrag om in functionele procedures. MOSAICC, dat kon rekenen op financiële steun van het Directoraat-Generaal Onderzoek van


12

de Europese Commissie, is een vrijwillige gedragscode. Het MOSAICC-project wordt regelmatig geactualiseerd en krijgt de input van diverse sociaaleconomische partners. MOSAICC dat dateert van voor de onderhandelingen over het Nagoyaprotocol, wordt nu herzien via het TRUST-project om een “TRransparent User-friendly System of Transfer for Science & Technology“ op te zetten dat strookt met het Nagoya-protocol dat binnenkort van kracht wordt. Gelet op hun taak om wetenschappelijk, technisch en juridisch bruikbaar materiaal en bijbehorende informatie ter beschikking te stellen en om de rechten van hun partners te vrijwaren, waren de BCCM-verzamelingen bij de eerste in Europa om hun juridisch beleid uit te stippelen en “Material Transfer Agreements“ te gebruiken als algemene voorwaarde voor de verdeling van microbieel materiaal aan klanten wereldwijd. Ze legden ook hun beleid vast met betrekking tot het verwerven van microbiële rijkdommen om de rechtmatige verwachtingen van depositarissen wat betreft wetenschappelijk of commercieel rendement voor hun bijdrage te compenseren met maatschappelijke voordelen voor het grote publiek. De BCCM-verzamelingen hebben via bi- en multilaterale projecten contacten over de hele wereld. Er zijn bijvoorbeeld samenwerkingsprojecten met partners in de Chinese Volksrepubliek. Die kaderen in een bilaterale overeenkomst en zijn geheel in overeenstemming met de beginselen van artikel 7 van het CBD ter bevordering van het identificeren en het toezicht houden op de biodiversiteit. In het kader van een andere bilaterale overeenkomst met Marokko was het BCCM-consortium betrokken bij het opzetten van de Marokkaanse gecoördineerde verzamelingen van microorganismen. Dit is een voorbeeld van de omzetting van de richtlijnen van artikel 9 van het CBD-verdrag over ex situ bewaren van biologische rijkdommen. Dit zijn slechts twee van de vele voorbeelden van samenwerkingsverbanden op elk van de zeven continenten. Bij de algemene wereldwijde ontwikkeling van biologische resource centres speelt bio-informatica een cruciale rol. Het BCCM-consortium zet in op de ontwikkeling en het optimale gebruik van IT-middelen om de uitwisseling van microbiële genetische rijkdommen, de bijbehorende data en informatie, technologie en kennis vlotter te laten verlopen en is betrokken bij tal van projecten om het elektronisch beheer

en de studie van microbiologisch materiaal te promoten. Het BCCM-consortium was partner van het CABRI project (Common Access to Biological Resources and Information) om op Europees niveau een eerste gemeenschappelijke webcatalogus uit te brengen en werkt nu mee aan het ambitieuze WFCC-programma voor een “Global Catalogue of Microorganisms“. In de Europese Unie was het BCCM-consortium betrokken bij opeenvolgende structureringsprojecten voor cultuurverzamelingen die leidden tot het recentste programma dat het opzetten beoogt van een permanente Europese onderzoeksinfrastructuur voor microbiële rijkdommen (ook wel MIRRI of Microbial Resources Research Infrastructure genoemd). Daarnaast is BCCM – als consortium of via zijn individuele verzamelingen – betrokken bij verschillende fora en netwerken en is het actief in internationale organisaties zoals de European Culture Collections' Organisation (ECCO). Het BCCM-consortium kan rekenen op de erkenning van collega's, onder meer voor zijn bijzondere ervaring met het beheer van netwerken. Om die reden werden al twee van zijn medewerkers verkozen tot voorzitter van de World Federation for Culture Collections (WFCC) en is het nog steeds actief betrokken bij biowetenschappelijke programma's van de UNESCO zoals het Microbial Resources Centres Network (MIRCEN). Een stevige nationale verankering in onderzoeksinstellingen en een uitgebreid wereldwijd wetenschappelijk netwerk plaatsen het BCCM-consortium in een sterke positie om in te spelen op de toekomstige behoeften van de bio-economie door te fungeren als een betrouwbare link tussen Belgische en buitenlandse wetenschappers in dienst van overheidsinstellingen of privéondernemingen.

CBD (Rio de Janeiro, 5 juni 1992). Dit verdrag legt nieuwe principes vast voor onder meer het in stand houden, het duurzame gebruik en de toegang tot genetische rijkdommen en de eerlijke verdeling van de voordelen die uit het gebruik van deze rijkdommen voortvloeien.

1

Protocol van Nagoya inzake toegang tot genetische rijkdommen en de eerlijke en billijke verdeling van voordelen voortvloeiende uit hun gebruik bij het Verdrag inzake biologische diversiteit. 2

Overeenkomst inzake de handelsaspecten van de intellectuele eigendom (Marrakesh, 15 april 1994). Ze stippelt normen en principes uit over de beschikbaarheid, de draagwijdte en het gebruik van intellectuele eigendomsrechten voor handelsdoeleinden en legt regels vast voor de gerichte en doelmatige toepassing van deze rechten die ook gelden voor het gebruik van biologische rijkdommen. 3

4 Verdrag van Boedapest inzake de internationale erkenning van het depot van microorganismen ten dienste van de octrooiverlening (Boedapest, 28 april 1977). Het legt praktische regels vast voor octrooiprocedures met micro-organismen.


13

Biodiversiteit


14

Biodiversiteit verwijst naar de uiteenlopende ecosystemen en hun verschillende soorten levende organismen, hun habitats en hun genen. De grootste diversiteit aan leven treffen we aan in de wereld van micro-organismen. Op onze planeet leven naar schatting 1 miljoen soorten bacteriën en 5,1 miljoen soorten schimmels; daarvan zijn er tot nog toe respectievelijk minder dan 1% en 5% beschreven! Micro-organismen komen voor in alle denkbare habitats: van ijskoude omgevingen tot warmwaterbronnen en van de hoogste bergen tot de diepste oceanen. Ze brengen heel wat bioactieve bestanddelen voort, van toxines of antibiotica tot industriële enzymen en kleurstoffen. Ze kunnen schadelijk of nuttig zijn voor mensen, ze kunnen in symbiose met mensen samenleven of er kan helemaal geen wisselwerking zijn. Veel van deze organismen zijn moeilijk te isoleren en te kweken, ondanks het bewijs dat ze bestaan. Zelfs als een stam niet kan worden gekweekt, kan zijn bestaan met PCR-technologie worden bevestigd. Specifieke genen kunnen direct worden gekloond uit bodem- en waterstalen en het hele genoom kan worden gereconstrueerd. Bij gebrek aan levend materiaal, komen we echter weinig te weten over de kenmerken van de stam als organisme. Het onderzoek van microbieel leven is uitermate belangrijk omdat dit een uitgangspunt vormt voor de biotechnologie en de levenswetenschappen. De Belgische Gecoördineerde Verzamelingen van Micro-organismen of BCCM is een kenniscentrum dat gespecialiseerd is in het conserveren en in stand houden van de microbiële diversiteit en het verlenen van wetenschappelijke diensten aan academici en industrie. Het consortium breidt met gericht onderzoek zijn kennis van micro-organismen en van hun functie in ecosystemen voortdurend verder uit. Een enorm patrimonium van 64.000 micro-organismen in de BCCM-verzamelingen staat ter beschikking van de biotechnologie en de levenswetenschappen. Eind 2012 bedroeg het totaal aantal genera circa 2300 en het totaal aantal species circa 9900. Het gaat in totaal om een 4700-tal bacteriële soorten (inclusief Mycobacteriën en Cyanobacteriën), 5000 fungale soorten, een 25-tal species diatomeeën en 2150 plasmiden. Elk jaar beschrijven de BCCM-verzamelingen een groot aantal nieuwe soorten (zie lijst achteraan). In het volgende hoofdstuk worden enkele van de vele belangrijke - in BCCM aanwezige -organismengroepen beschreven. Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

15

Bacteriële biodiversiteit koesteren De BCCM/LMG-bacterieverzameling telt meer dan 25.000 bacteriële stammen. 5000 daarvan zijn typestammen (goed voor ongeveer 5% van alle erkende typestammen). Typestammen zijn referentiestammen voor de bacteriële systematiek en dragen de naam van een soort. Een bacteriële soort bestaat uit stammen (isolaten) die onderling en ten opzichte van de typestam een zekere gelijkenis vertonen. De moleculaire definitie van de bacteriële soort gaat uit van 97-98% sequentiegelijkheid van het 16S rRNA-gen en 70% DNA-overeenkomst gemeten met DNA:DNA-hybridisaties of een ANI-waarde (Average Nucleotide Identity) van 96% op basis van een vergelijkende analyse van volledige genoomsequenties. De 25.000 bacteriële stammen in de BCCM/LMG-bacterieverzameling bestaan uit een aantal verschillende deelverzamelingen die voortkomen uit een samenwerking tussen de BCCM/LMG-bacterieverzameling en de verschillende onderzoeksgroepen van het Laboratorium voor Microbiologie (LM-Ugent; gastlabo voor de BCCM/ LMG-bacterieverzameling) of uit diensten die de BCCM/LMG-bacterieverzameling heeft geleverd. De bacteriële taxa in deze deelverzamelingen zijn: Pseudomonas en aanverwanten, Bacillus en aanverwanten, Burkholderia en aanverwanten, Acetobacteriaceae, melkzuurbacteriën (genera Bifidobacterium, Enterococcus, Lactococcus, Leuconostoc, Lactobacillus enz.), plantengroei bevorderende bacteriën (Rhizobiaceae), klinisch geassocieerde bacteriën (Acinetobacter, Arcobacter, Campylobacter, Helicobacter). Daarnaast is er nog een uitgebreide set stammen van Enterobacteriaceae waarbij de nadruk ligt op de leden die ziekten bij planten veroorzaken zoals de genera Pantoea, Pectobacterium, Erwinia, Dickeya enz. Tot slot ook nog ziekteverwekkers bij planten met een quarantainestatus zoals Clavibacter, Xanthomonas en Ralstonia. Het is van groot belang om onmiddellijke toegang te hebben tot zulke uitgebreide deelverzamelingen om een stevig en betrouwbaar taxonomisch kader te onderbouwen: zo kunnen afwijkingen tussen taxa worden gecontroleerd en kan daar bij het afbakenen van de soorten rekening mee worden gehouden wat uiteindelijk leidt tot een beter identificatieschema. De BCCM/LMG-bacterieverzameling is dus uitstekend geplaatst voor identificatie en typering in de hierbovenvermelde bacteriële taxa. Een voorbeeld waarbij de BCCM/LMG-bacterieverzameling en LM-UGent een belangrijke bijdrage hebben geleverd om de bestaande taxonomie te verbeteren, betreft twee specifieke groepen ziekteverwekkende bacteriën bij planten. De eerste groep omvat de zogenaamde quarantaine bacteriesoorten die behoren tot de genera Clavibacter, Xanthomonas, Ralstonia en Xylella (A2 lijst van EPPO, zie http://www.eppo.int/QUARANTINE/listA2.htm). Dat onderzoek maakte deel uit Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

16

van een EU-project (QBOL) om barcodesequenties voor identificatie te ontwikkelen. Op basis van de data werd een identificatieschema uitgewerkt dat in eerste instantie bedoeld is voor NPPO’s (National Plant Protecting Organisations). Dit zijn de centra die quarantaine-organismen in de EU identificeren. Via het Q-bank bioportaal (http://www.q-bank.eu/) krijgt u toegang tot de identificatieschema's en barcodegegevens. Die verwijzen in het geval van quarantaine bacteriesoorten naar het biologische referentiemateriaal (op kwaliteit gecontroleerde referentiestammen) dat door drie verschillende verzamelingen wordt beheerd (BCCM/LMGbacterieverzameling; CFBP (Collection Française de Bactéries Phyto pathogène); en NCPPB (The National Collection of Plant Pathogenic Bacteria of the UK) die samen het consortium Q-Bacco Net vormen. De tweede groep ziekteverwekkende bacteriën bij planten die uitgebreid werd bestudeerd, zijn de verschillende ziekteverwekkers die tot de Enterobacteriaceae behoren. Dit onderzoek liep over een lange periode (Zaluga et al., 2011 & 2013; Brady et al. 2010a, 2010b & 2012b). Een MLSA-schema op basis van vier verschillende genen (atpD, GyrB, rpoB, infB) laat toe om een onderscheid te maken op genus niveau, waardoor sommige genera zoals Erwinia en Enterobacter (Brady et al; 2008 & 2013) werden gesplitst en nieuwe genera werden gecreëerd. Soorten worden afgebakend met fenotypische en DNA-methodes. Het staat buiten kijf dat deze bijdrage van groot belang is voor een stabielere identificatie die op stamniveau nog verder moet worden uitgewerkt.

Bacteriën die ziekten bij planten veroorzaken: Bacteriën die ziekten bij planten veroorzaken zijn verantwoordelijk voor omvangrijke economische schade bij verschillende landbouwgewassen. EUrichtlijnen over quarantaine-organismen vragen een precieze identificatie van de ziekteverwekkers. De BCCM/LMG-bacterieverzameling heeft een belangrijke bijdrage tot dit identificatieproces geleverd door de ontwikkeling in EU-verband van nieuwe identificatieschema's met barcodes te steunen en duurzame toegang tot authentieke referentieculturen te bieden. De taxonomie van de ziekteverwekkers bij planten die deel uitmaken van de Enterobacteriaceae is ingewikkeld en verwarrend omdat ze uitgaat van onstabiele fenotypische kenmerken. De BCCM/LMG-bacterieverzameling ontwikkelde een taxonomisch identificatieschema op basis van MLSA dat nu een stevigere taxonomische basis vormt voor betrouwbare identificaties.

Dermatofyten Het rijk van schimmels bestaat uit eencellige gisten, draadvormige schimmels en paddenstoelvormende soorten. Momenteel zijn ongeveer 100.000 soorten gekend, maar recente ramingen hebben het over een diversiteit van 5,1 miljoen schimmelsoorten. Wat de diversiteit betreft, zijn schimmels dus nog grotendeels onbekend, hoewel elk jaar honderden nieuwe soorten worden ontdekt. Heel wat soorten spelen een belangrijke ecologische rol als saprofieten die plantenresten of ander organisch materiaal afbreken en zo nutriënten weer in het ecosysteem brengen. Andere soorten zijn essentiële symbionten voor planten of dieren. Een minderheid leeft als parasieten ten koste van andere organismen. Een groep die vanuit medisch oogpunt interessant is, zijn de dermatofyten, die bij mens en dier oppervlakkige mycosen of schimmelinfecties (bv. huidziekten) kunnen veroorzaken. Ze vormen een groep nauw verwante soorten die deel uitmaken van de orde van de Onygenales. Dit soort oppervlakkige schimmelinfecties ontstaat meestal heel plaatselijk, bijvoorbeeld op de hoofdhuid (tinea capitis), op de voeten (tinea pedis) of op nagels (onychomycosis). De specifieke klinische aspecten zijn typisch voor bepaalde soorten dermatofyten. Regionale verschillen in het voorkomen van bepaalde soorten kunnen gelinkt worden aan menselijke migratiestromen.

et al. 2012), maar ook voor niet-dermatofyten zoals de Candida parapsilosis groep (Hendrickx et al 2011b) of de Aspergillus niger groep (Hendrickx et al 2012). Een derde onderzoeksniveau beoogt het ontwikkelen of optimaliseren van nieuwe technieken om schimmelsoorten te identificeren (MALDI-TOF-identificatie van dermatofyten; momenteel worden ook nieuwe technieken onderzocht voor Mucorales en Fusarium).

Het Trichophyton mentagrophytes complex Er werd fylogenetisch en taxonomisch onderzoek naar het T. mentagrophytes complex verricht waarbij verschillende stalen van uiteenlopende herkomst van alle taxonomische groepen van dit complex werden gebruikt. Onze resultaten tonen aan dat het controversiële T. quinckeanum een afzonderlijke soort is, ondanks de morfologische overeenkomsten met T. mentagrophytes. Trichophyton quinckeanum is niet alleen genetisch sterk afwijkend, maar verschilt ook omdat het zeldzaam en zoöfiel is, in plaats van veel voorkomend en antropofiel. De verwarring tussen de beide soorten was ook te wijten aan een slecht gekozen neotype voor T. mentagrophytes, dat nu tot T. quinckeanum blijkt te behoren.

De BCCM/IHEM-verzameling legt zich toe op het bewaren van schimmels van biomedisch belang: pathogenen, allergieverwekkers of soorten die toxines produceren. De verzameling bevat een groot deel van de schimmelbiodiversiteit, onder andere omdat heel wat schimmelinfecties in feite opportunistisch zijn. Dit is niet het geval met dermatofyten die keratine kunnen afbreken. BCCM/IHEM bevat meer dan 2500 dermatofytenstammen, die de meeste van de ongeveer 30 klinisch relevante soorten vertegenwoordigen. De meeste zijn afkomstig uit de tropen. We hebben ze te danken aan de recente opname van de RV-verzameling van Raymond Vanbreuseghem die voordien in het Antwerpse Instituut voor Tropische Geneeskunde werd bewaard. Het algemene beginsel achter het BCCM/IHEM-onderzoek is het identificeren en karakteriseren van schimmelpathogenen. Dit kan in het kader van een klinisch casusonderzoek, vaak in samenwerking met clinici: zo was er bijvoorbeeld een infectie bij honden door Trichophyton rubrum (Van Rooij et al 2012) of van onychomycosis door T. simii (Beguin et al 2013). In tweede instantie vindt onderzoek plaats om soortbepalingen door fylogenetische analyse van genetische markers of door massaspectrometrie van proteïne-extracten opnieuw onder de loep te nemen. Dit is al gebeurd voor het Trichophyton mentagrophytes complex (Beguin Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

17

Polyporen Schimmels zijn een essentieel element van de biologische diversiteit en zijn bij heel wat processen in ecosystemen betrokken. Van de overgrote meerderheid wordt aangenomen dat ze een belangrijke sleutelrol spelen omdat ze betrokken zijn bij het omzetten van alle organische materialen, stikstof en andere nutriënten. Houtverterende schimmels zijn bijzonder belangrijk voor de werking van het bosecosysteem; ze zijn een van de belangrijkste spelers bij het omzetten van houtachtige biomassa. Bovendien zijn ze taxonomisch en fylogenetisch zeer divers en hebben ze tal van fysiologische aanpassingen ontwikkeld om zowat alle houtachtige niches in het bos te koloniseren en te gebruiken: van het ondergrondse wortelstelsel tot de fijnste takjes van de kruin. Ze hebben bepaalde enzymsystemen die overweg kunnen met deze houtachtige biomassa en vooral met de polymeren die moeilijk biologisch afbreekbaar zijn zoals lignine. Dergelijke enzymsystemen bieden ook heel wat mogelijkheden in biotechnologische toepassingen. De belangstelling van de BCCM/MUCL-verzameling, die vooral bekend is om haar historische collectie voedingsschimmels en -gisten, gaat uit naar het bevorderen van de kennis en het gebruik van een ruime schimmeldiversiteit (ook van houtverterende schimmels). Daarom is de focus bij BCCM/MUCL de afgelopen 20 jaar naar houtverterende basidiomyceten verschoven. Met dit onderzoek willen we de ontbrekende kennis over houtverterende basidiomyceten verbeteren en hun taxonomische, fylogenetische en functionele diversiteit beschrijven. Hierbij zijn eventuele banden met toegepaste onderzoeksdomeinen en met de industrie uiterst belangrijk en waardevol. BCCM/MUCL heeft zijn aandacht toegespitst op verschillende representatieve, complementaire functionele groepen houtverterende schimmels met uiteenlopende levens- en voedingsstrategieën binnen de families Polyporaceae en Hymenochaetaceae: saprofytische soorten die groeien op dood hout en parasitaire soorten die op levende bomen groeien en zowel wit- als bruinrot veroorzaken. Tegelijkertijd onderzochten we hun verwantschap met fylogenetisch nauwverwante symbiotische ectomycorrhizale soorten. BCCM/MUCL verkent ook gebieden die bekendstaan als “hotspots“ voor de biodiversiteit, maar die wat schimmels betreft nog onontgonnen gebied zijn, zoals de westelijke rand van het Guinees-Congolese regenwoud en de oostelijke rand van de Amazonegebieden. Soortconcept is een interessante kwestie binnen het domein van de schimmels. Daarom gebruiken we een geïntegreerde benadering die complementaire, fenotypische gegevens combineert – vooral morfologie en autecologie van de soorten, naast fylogenetische soortconcepten (multiple gene genealogy concordance). Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

18

Uitgebreid veldwerk leverde een grote en unieke verzameling houtverterende polyporen op. Het gaat om zowel herbaria als levende culturen. Het onderzoek ervan is nog volop aan de gang, maar leverde toch al tal van publicaties op. Bij heel wat morfologisch gedefinieerde schimmelsoorten – vaak op basis van concepten gebruikt in het gematigde noordelijke halfrond – werden “cryptische“ taxa aangetroffen die onafhankelijke geslachten vormen met een beperkte, discrete verspreiding, die geografische patronen en een diverse, complexe ontwikkelingsgeschiedenis aan het licht brachten. Zo toonden taxonomische studies en fylogenetische reconstructies van rijke geslachten zoals Fomitiporia, Perenniporia of Ganoderma een veel rijkere soortendiversiteit aan dan verwacht, waarbij de Afrikaanse en Zuid-Amerikaanse soorten aparte, endemisch onafhankelijke geslachtclusters vormen als gevolg van een verschillende, lokale ontwikkelingsgeschiedenis(Robledo et al. 2009, Decock et al. 2010, 2011b, 2011c, 2012).

Studie van hotspots van biodiversiteit BCCM/MUCL is betrokken bij verschillende studies over schimmeldiversiteit in Zuid-Amerika, meer bepaald in gebieden in het Amazonewoud die bekendstaan als hotspots voor biodiversiteit. Samen met de Luikse universiteit bestudeert BCCM/MUCL al 4 jaar de diversiteit en de ecologie van houtverterende schimmels in Frans-Guyana. Het combineert hierbij veldonderzoek met geavanceerde moleculaire karakterisering om een integraal soortconcept te bekomen. De soortendiversiteit bleek veel hoger te liggen dan eerder was gemeld: zo ligt het aantal soorten binnen de families Fomitiporia of Phylloporia – het gaat hier meestal om boomparasieten – in deze gebieden zo’n tien keer hoger, met vrij specifieke ecologieën en tal van nooit eerder beschreven taxa. BCCM/MUCL coördineert in Ecuador samen met de Nationale Plantentuin van België, een Belgische partneruniversiteit en twee Ecuadoraanse universiteiten (Pontificia Universidad católica del Ecuador en Universidad Técnica particular de Loja) een nieuw project rond schimmeldiversiteit in het Yasuni Nationaal Park en omliggende gebieden. Dit is een van de grootste hotspots voor biodiversiteit ter wereld, die jammer genoeg bedreigd wordt door olieontginning. Het project dat wordt gefinancierd door de CUD (Commission Universitaire pour le Développement) bestudeert de schimmeldiversiteit in het ongerepte, natuurlijke woudecosysteem. Tegelijk gaat het voor een periode van vijf jaar na welke impact verontreiniging door ruwe olie heeft op de bodemschimmelgemeenschappen.

Fusarium Er zijn meer dan 100 Fusarium-soorten gekend. Sommige kunnen verwoestende ziektes veroorzaken bij tal van wilde en geteelde planten, onder meer bij belangrijke gewassen, met grote economische schade als gevolg. Ze produceren ook een opvallend groot aantal secundaire metabolieten of mycotoxines, die wereldwijd voedsel/veevoer besmetten en kunnen leiden tot een aantal acute of chronische intoxicaties bij mens en dier. De BCCM/MUCL-verzameling omvat 890 Fusarium-isolaten die tot 90 verschillende geïdentificeerde Fusarium-taxa behoren (soorten, variëteiten, subsoorten enz.) en die vanuit een agronomisch, voedingstechnisch en milieutechnisch oogpunt belangrijk zijn. Gedurende een aantal jaren had BCCM/MUCL de leiding over of was het betrokken bij tal van onderzoeksprojecten om de diversiteit van Fusarium-isolaten die belangrijke gewassen zoals mais, tarwe, bananen en paprikas aantasten, te bestuderen en te karakteriseren. Het ging hierbij op een multidisciplinaire manier te werk op basis van morfologische (microscopische waarnemingen), fysiologische (groei-eigenschappen), biologische (reproductietests), fytopathologische (virulentieen agressiviteitstests), epidemiologische, biochemische (metabolietdetectie) en moleculaire (AFLP en multilocus fylogenetische studies) methoden. In dit verband karakteriseerde BCCM/MUCL de populaties isolaten van soorten F. xylarioides en F. verticillioides samen met het F. lactis soortcomplex (Cumagun et al. 2009, Lepoint et al. 2005, Van Poucke et al. 2012) die respectievelijk koffiebomen, mais en paprika's aantasten. BCCM/MUCL coördineerde ook een onderzoek naar Fusarium-isolaten die bananen aantasten, wat leidde tot de beschrijving van een nieuwe Fusarium-soort, F. musae (Van Hove et al., 2011), en tot de genetische verklaring van het onvermogen van F. musae om fumonisine mycotoxinen te produceren (m.a.w. de excisie van het biosynthetische gencluster (Van Hove et al., 2008)). Aansluitend werkte BCCM/MUCL mee aan een onderzoek over de ontwikkeling van het fumonisine biosynthetische gencluster bij het genoom van Fusarium-soorten om de oorsprong van hun fumonisine toxicogeen vermogen te achterhalen (Proctor et al., 2013).

Tussen 2005 en 2013 coördineerde BCCM/MUCL vier door de gewesten en één door de federale overheid gefinancierde onderzoeksprojecten om de biodiversiteit van Fusarium-soorten en de moleculaire relatie met mais te bestuderen. Hierbij werd een nieuwe mycotoxicogene soort – F. temperatum (Scauflaire et al. 2011a, 2011b, Scauflaire 2012a, 2012b) – gevonden en volledig gekarakteriseerd en werd in België voor het eerst een andere soort van agro-industrieel belang aangetroffen: F. miscanthi (Scauflaire et al., 2013). Na de aanpassing van de nomenclatuurcode werd F. temperatum als voorbeeld genomen ter ondersteuning van het voorstel om enkel de naam Fusarium te gebruiken voor alle soorten van het geslacht en de dubbele nomenclatuur op basis van zowel het anamorfe (Fusarium) als het telemorfe (Gibberella) stadium te laten vallen (Geiser et al. 2013).

Mycotoxicogene soorten op mais en bananen Sedert 2008 is BCCM/MUCL als partner betrokken bij twee opeenvolgende onderzoeksprojecten die door Belspo zijn gefinancierd. Het bestudeerde samen met andere Belgische en Chinese laboratoria de diversiteit van mycotoxicogene Fusarium-soorten die geteelde mais en wilde bananen in China aantasten. In totaal werden 340 Fusarium-isolaten verzameld en meer dan 15 soorten geïdentificeerd waaronder minstens drie nieuwe soorten (Munaut et al., 2013; Van Hove et al., 2013).


19

Gistdiversiteit onderzoeken Gisten zijn microscopische, eencellige schimmels die in heel wat natuurlijke en kunstmatige omgevingen voorkomen. De morfologisch eenvoudige gisten hebben zich fysiologisch weten aan te passen om in heel uiteenlopende omgevingen te overleven en te gedijen, gaande van terrestrische, atmosferische tot aquatische en extreme omgevingen met lage temperaturen en weinig zuurstof of water. Hoewel we nog geen volledig beeld hebben van de ecologische functie van de meeste gistsoorten, wordt van de overgrote meerderheid aangenomen dat ze heel wat invloed op hun habitat uitoefenen omdat ze betrokken zijn bij de koolstof-, stikstof- en zwavelkringlopen. Dankzij de inspanningen van wetenschappers over de hele wereld neemt het aantal gekende gistsoorten snel toe. Terwijl in de recentste monografie “The Yeasts: a taxonomic study“ van Kurtzman, Fell & Boekhout 1500 soorten staan vermeld, hebben schattingen op basis van gistisolaten van fluxen in bomen het intussen over 15.000 gistsoorten (Lachance in Biodiversity and ecophysiology of yeasts, 2006, Ed. Rosa & Péter). BCCM/MUCL beschikt over meer dan zevenhonderd gistsoorten in de vorm van meer dan 3000 stammen. De verzameling staat bekend voor zijn historische collectie brouwers- en andere voedingsgisten, maar telt daarnaast nog tal van andere isolaten uit tropische tot gematigde omgevingen en habitats. Onlangs werden excursies georganiseerd naar hotspots voor biodiversiteit in Cuba en Australië om biologisch materiaal te verzamelen en een beeld te krijgen van de gistdiversiteit. Om de ontdekte gistdiversiteit te benoemen en te beschrijven, wordt polyfasisch onderzoek verricht (van genomische karakterisering tot klassieke analyse van fysiologische mogelijkheden, metabolisch vermogen en fysicochemische groeibeperking). De informatie die dit oplevert, is essentieel om te voorspellen waar een gist kan groeien en dit met het oog op zijn ecologie, maar ook op eventuele industriële toepassingen of zijn potentiële negatieve invloeden. Beschrijvingen van gistsoorten door BCCM/MUCL hebben als doel hun biologische betekenis zoveel mogelijk in kaart te brengen door meerdere genetisch verschillende individuen van dezelfde soort te onderzoeken op hun voortplantingsgedrag, hun habitat en hun biogeografie (Rosa et al. 2009, Daniel & Prasard 2010).


20

Gistdiversiteit in nectar van bloemen van een Cubaanse hotspot voor biodiversiteit Gisten werden geïsoleerd uit bloemennectar en insecten die hierdoor werden aangetrokken. Tal van nieuwe gistsoorten werden ontdekt: 168 stalen leverden 195 giststammen van 67 verschillende soorten op, waaronder enkele nieuwe soorten (bv. Metschnikowia cubensis sp. nov.; Starmerella neotropicalis f.a., sp. nov.) en meerdere, nooit eerder beschreven soorten (Fidalgo-Jiménez et al. 2008, Daniel et al. 2013). Om bij te dragen tot de missie van de BCCM/MUCL-verzameling om de kennis en het gebruik van een zo ruim mogelijke diversiteit van schimmels en gisten te bevorderen, moet de informatie over een heel divers aanbod individuele stammen en soorten efficiënt worden beheerd en gecommuniceerd. Dit blijkt uit de bijdrage tot het uitwerken van een stabiele, voorspellende en uitbreidbare nomenclatuur. Een van de aandachtsgebieden van het onderzoek is de herclassificatie van het kunstmatige geslacht Candida. Deze verzameling, die momenteel ongeveer 300 soorten bevat, bestaat uit ascomycetische gistsoorten die niet aan andere geslachten konden worden toegewezen omdat er geen morfologische differentiatie en geslachtelijke voortplanting voorkomt. Dit ene geslacht omvat echter industrieel toegepaste soorten en opportunistische menselijke pathogenen. Dankzij de bepaling van natuurlijke verwantschappen tussen soorten op basis van gensequenties – ook wel moleculaire fylogenie genoemd – en een ingrijpende verandering in de regels om schimmels te benoemen (McNeill et al 2012, International Code of Nomenclature for algae, fungi and plants) kunnen nu almaar meer Candida-soorten worden toegewezen aan de geslachten waarvan ze op basis van hun ontwikkelingsgeschiedenis deel uitmaken. De toekomstige beperking van het Candida-geslacht tot een kern van ongeveer 30 soorten garandeert stabiele benamingen voor de meest voorkomende klinisch relevante gisten.

De toekomst van Candida Het geslacht dat nu meer dan 300 soorten telt, wordt beperkt tot ongeveer 30 Candida-soorten in beperkte zin die het nauwst verwant zijn met Candida albicans, ook wel ‘Lodderomyces clade’ genoemd. Gedurende een overgangsperiode zal het geslacht Candida nog Candida-soorten in de ruime zin blijven omvatten. Die worden geleidelijk geherklasseerd in ongeveer 30 bestaande en meer dan 20 nieuwe geslachten.

Diatomeeën Diatomeeën zijn een groep eencellige algen met een unieke silicacelwand en levenscyclus. Vanuit evolutionair en ecologisch standpunt gaat het om een uiterst succesvolle groep die een groot aantal terrestrische en aquatische habitats heeft kunnen koloniseren. Hoewel er geen exacte cijfers zijn, schat men dat er tussen 200.000 en 2.000.000 verschillende soorten bestaan. Diatomeeën zijn goed voor ongeveer 20% van de globale primaire productie en spelen een hoofdrol in de biogeochemische cycli van koolstof en siliciumdioxide. Genoomsequentie-analyses toonden aan dat diatomeeën een heel chimerisch genoom hebben met moleculaire paden die vergelijkbaar zijn met planten en dieren, en ook heel wat bacteriële paden waarvan de functie tot op vandaag nog niet werd doorgrond.

Een derde onderzoekstraject wil inzicht verwerven in de processen achter de geografische structurering in de samenstelling van diatomeeëngemeenschappen en in de genetische structuur van de populatie. Dit gaat gepaard met gerichte analyses van geselecteerde stammen van onder andere terrestrische en zoeten zoutwatersoorten, waarbij verschillende methodes worden gebruikt zoals fylogeografisch en fylogenetisch onderzoek, populatiegenetica, “common garden“experimenten en kwantitatieve genetica. De resultaten van deze onderzoeken (bv. Casteleyn et al. 2010, Vanormelingen et al. nog niet gepubliceerd) brachten een grote genotypische en fenotypische diversiteit van natuurlijke diatomeeënpopulaties aan het licht, zowel op lokale als regionale schaal.

De BCCM/DCG-verzameling investeert in het bewaren van diverse stammen met verschillende fenotypische eigenschappen waarvan we vermoeden dat die heel bevorderlijk zullen zijn voor commerciële toepassingen met microalgen in de biotechnologie. Hoewel de meeste soorten in de BCCM/DCG-verzameling vooral van belang zijn voor de wetenschappelijke gemeenschap, zijn we onlangs gestart met het opbouwen van gerichte verzamelingen commercieel interessante soorten zoals de groene alg Hematococcus pluvialis die astaxanthine produceert. We verwachten dat een beter inzicht in de genetische basis van interessante fenotypische eigenschappen van de stammen van grote meerwaarde zal zijn bij het optimaliseren van productiestammen.

Deze bevinding is niet alleen van fundamenteel belang voor het inzicht in de verscheidenheid en de biogeografie van diatomeeën, maar is ook relevant in de context van cultuurverzamelingen en de biotechnologische toepassing van diatomeeën.

Onderzoek in samenwerking tussen het Laboratorium voor Protistologie en Aquatische Ecologie (PAE) en BCCM/DCG zal bijdragen tot een beter begrip van de biologie en evolutie van diatomeeën. In nauwe samenwerking met het Plant Systems Department (VIB) en verschillende internationale partners ontwikkelen we Seminavis robusta als een modelorganisme om de levenscyclus van diatomeeën te bestuderen. Een tweede hoofdonderzoekstraject bij PAE is het verwerven van inzicht in de respons van diatomeeën op abiotische en biotische prikkels die in de omgeving worden waargenomen. Zo hebben we onlangs voor het eerst aangetoond dat het verloop van de celcyclus in diatomeeën strikt afhankelijk is van licht. Momenteel gaan we na hoe diatomeeën interageren met bacteriën door het produceren en waarnemen van quorumachtige substanties die bacteriën en/of diatomeeën uitscheiden.

Seminavis robusta als model voor de levenscyclus van diatomeeën Onlangs hebben we heel wat vooruitgang geboekt in het ontrafelen van signalen tijdens de vroege seksualiseringsstadia: identificering van een regulerende factor uitgescheiden door cellen van beide paartypes (PT), die het paargedrag activeert; en het eerste diatomeeënferomoon dat leidt tot de migratie van PT+cellen naar de PT--cellen die feromonen produceren. We ontdekten dat de bepaling van het paartype bij Seminavis robusta te maken heeft met de activiteit van één enkel gen. De volledige genoomsequentie van S. robusta is aan de gang.


21

Cyanobacteriën Cyanobacteriën vormen een goed gedefinieerde groep binnen het domein van de bacteriën. Hun belangrijkste kenmerk is dat ze chlorofyl a bevatten en dus oxygene fotosynthese uitvoeren. Ze waren van groot belang voor de metamorfose van de primitieve aarde, die zuurstof ontbeerde, in de groene planeet die we vandaag kennen. De oudste fossielen van cyanobacteriën werden in sedimentaire gesteenten teruggevonden die 3500 miljoen jaar geleden werden gevormd. Vanaf dan zorgden ze voor de toevoer van zuurstof in de aardatmosfeer waardoor algen, planten, schimmels en dieren (met inbegrip van de mens) zich konden ontwikkelen. Ze zijn bovendien de voorouders van de plastiden, nadat ze door endosymbiose samengingen met een primitieve eukaryoot. Cyanobacteriën hebben een brede ecologische spreiding omdat ze enkel licht, vloeibaar water, CO2 en een paar mineralen nodig hebben om te groeien. Bovendien zijn sommige taxa prima bestand tegen barre omstandigheden zoals hoge of lage temperaturen, droogte, uv-straling enz. Typisch is ook hun vermogen om een symbiose aan te gaan met tal van planten en ongewervelde dieren. Omdat cyanobacteriën microscopisch klein zijn, een heel grote biodiversiteit hebben en geografisch sterk verspreid zijn, moet een groot deel van de cyanobacteriële taxa nog worden ontdekt. Bovendien is hun taxonomisch systeem bijzonder complex door het naast elkaar bestaan van een “botanische“ en “bacteriologische“ classificatie, afhankelijk van de benadering. De BCCM/ULC-verzameling bestaat uit een ruime kern polaire cyanobacteriën stammen die tijdens onderzoeksprojecten op het Antarctische continent en in Arctische meren zijn verzameld. Daarnaast bevat de verzameling enkele subpolaire stammen uit meren in Siberië. Zij zijn afkomstig uit biotopen met uiterst lage temperaturen in de winter en heel hoge in de zomer. In 2012 begon BCCM/ULC met de diversifiëring van de oorsprong van de stammen, waarbij isolaten van Belgische oppervlaktewateren, Duitse meren enz. in de verzameling opgenomen werden.


22

Vanuit een taxonomisch oogpunt zijn de drie belangrijkste orden cyanobacteriën vertegenwoordigd in de collectie: Chroococcales, Oscillatoriales en Nostocales. Onderzoek in het CIP-gastlaboratorium (Centre for Proteïn Engineering) focust op de taxonomie, de biogeografie en de fylogenie van cyanobacteriën uit polaire gebieden. De combinatie van morfologische en moleculaire karakteriseringen is uitermate belangrijk om tot een betere classificatie te komen. In de verzameling werden verschillende nieuwe taxa ontdekt zoals Plectolyngbya hodgsonii en Wilmottia murrayi. Op dit ogenblik bestuderen we de systematiek van dundradige taxa van het geslacht Leptolyngbya. Op die manier levert de verzameling ook een bijdrage aan het in stand houden van een interessante biodiversiteit gezien de biotopen lijden onder de klimaatverandering. Deze verzameling stammen is ook nog van belang omdat ze kunnen dienen als referentie bij de analyse van biologische informatie van Next Generationsequentiegegevens die nu voor milieuonderzoeken en genoomstudies worden gebruikt.

Productie van secundaire metabolieten De rijkdom aan secundaire metabolieten (waarvan sommige farmaceutisch potentieel hebben) bij cyanobacteriën is ook opvallend. Een categorie, de cyanotoxines, staat bekend om hun productie van planktonbloeivormen waarin cyanobacteriën domineren in oppervlaktewateren tijdens de zomer en de herfst.

Mycobacteriën Het geslacht Mycobacterium, dat deel uitmaakt van de Actinobacteria, telt ongeveer 165 soorten en subsoorten. Een deel daarvan komt zowat overal voor, zowel in water (ook in drinkwater en zwembaden) als in de bodem. De meeste soorten zijn onschadelijk en nuttig omdat ze de organische componenten in de bodem afbreken. Een paar worden voor industriële toepassingen gebruikt. Er zijn echter verschillende soorten die ziektes bij dieren en mensen verwekken. De belangrijkste ziekteverwekkende soorten voor de mens zijn Mycobacterium tuberculosis (de belangrijkste verwekker van de ziekte tuberculose), M. leprae (verwekker van lepra) en M. ulcerans (verwekker van Buruli ulcus). Daarnaast zijn er een aantal soorten die voorkomen in water en in de bodem die de niet-tuberculeuze mycobacteriële (NTM) ziekten verwekken. Deze zorgen vooral voor problemen bij personen met een immunodeficiëntie (mensen besmet met hiv bijvoorbeeld). De structuur van pathogene bacteriële populaties ontwarren, is nuttig om inzicht te verwerven in de epidemiologie en het verloop van de ziektes die ze veroorzaken. Tuberculose drukt zwaar op de wereldgezondheid met ongeveer 9 miljoen nieuwe infecties en 1,5 miljoen doden per jaar. De afgelopen jaren hebben we een betere kijk gekregen op de algemene populatiestructuur van het M. tuberculosis-complex. Het blijkt genetisch diverser te zijn dan gedacht, wat zich vertaalt in grote verschillen in immunogeniteit, virulentie en algemene genexpressie tussen klinische isolaten.

We hebben een aangepaste vorm van een bestaande typeringstechniek (ISE-SNP) toegepast op een uitgebreide groep isolaten van de M. ulcerans-ziekte en op klinische stalen van verschillende Afrikaanse ziektehaarden (i) om een fundamenteel beeld te krijgen van de structuur van de populatie en van het ontwikkelingsverloop van het pathogeen en (ii) om de fylogeografische verbanden in het genetisch geconserveerde cluster van Afrikaanse M. ulcerans aan te tonen.

Genetische diversiteit bij hotspot voor Afrikaanse M. ulceransisolaten Tijdens onze onderzoeken hebben we 23 verschillende, nauw verwante Afrikaanse ISE-SNP-types geïdentificeerd die dominant voorkwamen in verschillende endemische zones met Buruli ulcus. Verschillende fylogenetische methodes toonden duidelijk twee takken aan binnen de Afrikaanse ISE-SNP-types.

M. ulcerans blijkt echter een zo uitgesproken klonische populatiestructuur te hebben dat men er met gangbare genetische vingerafdrukken niet in slaagt om ziekte-isolaten genetisch te differentiëren, wat de moleculaire analyse van de ziekte bemoeilijkt. Onderzoek aan de eenheid Mycobacteriologie en in de BCCM/ITM mycobacteriën verzameling is erop gericht om meer inzicht te verwerven in de populatiestructuur van M. africanum, een verzwakt lid van het M. tuberculosis-complex dat geografisch gezien enkel voorkomt in enkele West-Afrikaanse landen, en M. ulcerans, waarbij de nadruk op Afrikaanse isolaten ligt. De BCCM/ITM verzameling omvat momenteel enkele referentiestammen van beide soorten, maar wil de diversiteit uitbreiden door de relevantste stammen uit de hiervoor vermelde onderzoeksactiviteiten in de verzameling op te nemen. Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

23

Cultuurverzamelingen voor wetenschap en industrie


24

Onze Belgische biotechnologiesector is van wereldniveau! We realiseren het ons vaak niet, maar biotechnologie is een belangrijk onderdeel van ons dagelijks leven. Van de kleren die we dragen en hoe we ze wassen, het voedsel dat we eten en waar we het vandaan halen, de medicijnen die we gebruiken en die ons in leven houden tot het gebruik van de brandstoffen voor onze dagelijkse verplaatsingen. De laatste decennia heeft de biotechnologie een opmerkelijke evolutie doorgemaakt. Eerst was er de rode biotechnologie, die gericht is op medische- en farma-toepassingen. Daarna kwam de groene biotechnologie in de belangstelling, die zich vooral focust op de genetische modificatie van planten en het gebruik van micro-organismen in de voedings- en landbouwindustrie. Meer recent hebben we de opgang van de witte biotechnologie, die gebruik maakt van biotechnologische processen om duurzame chemische stoffen, materialen en bio-energie te produceren uit biomassa. Ook de blauwe biotechnologie, het gebruik van mariene, of aquatische “resources“ in het algemeen, wint steeds meer aan belang. De verwachtingen zijn dan ook dat de belangrijke en meest dringende globale uitdagingen - de steeds toenemende bevolking, de vergrijzing, de uitputting van de natuurlijke bronnen zoals water en energie, de klimaatsopwarming - hun oplossing zullen vinden in de biotechnologie, door het faciliteren van de ontwikkeling van een duurzame economie, die steunt op bio-gebaseerde industriële processen. De biotechnologie-sector is een basis voor innovatie. Moderne biotechnologie maakt zo goed als altijd gebruik van micro-organismen of moleculaire onderdelen ervan. Activiteiten starten vanuit het basisonderzoek. De evolutie in deze context voor BCCM is, dat de huidige bio-gebaseerde economie steeds meer zal steunen op biologische hulpbronnen en processen, wat een grote impact heeft op en enorme opportuniteiten levert aan de cultuurverzamelingen of “biological resource centres (BRC’s)“. BCCM stelt als “centre of excellence“ een groot patrimonium aan microbiologische bronnen ter beschikking van het biotechnologisch onderzoek en de industrie, en dit binnen de verschillende sectoren van de biotechnologie. Dat vormt bijgevolg een basis voor veel nieuwe applicaties en producten in een breed toepassingsbebied. De wetenschappelijke expertise van BCCM wordt gevaloriseerd onder verschillende vormen gaande van gespecialiseerde dienstverlening tot uitgebreide wetenschappelijke samenwerkingscontracten. De voorbije jaren deden meer dan 1.500 verschillende wetenschappelijke instellingen en bedrijven een beroep op één van de BCCMverzamelingen. De totale wereldwijde marktwaarde van biotechbedrijven bedraagt 330 miljard euro; de Europese biotechbedrijven zijn goed voor 33 miljard. Hoewel ons land qua populatie slechts 2% vertegenwoordigt van de Europese bevolking, zijn de Belgische biotechbedrijven goed voor 30% van het Europese totaal. Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

25

Microbiële diversiteit bij spontane gisting De stijgende vraag naar hoogwaardige voedingsmiddelen met verfijnde en gevarieerde aroma's maakt het voor de industrie en voor academici interessant om de micro-organismen achter het gistingsproces van traditioneel geproduceerde voedingsmiddelen op te sporen, te identificeren en te bewaren. Zo kunnen in gistende substraten die rijk zijn aan koolhydraten, enorme hoeveelheden micro-organismen worden aangetroffen en zijn geavanceerde onderzoekstechnieken vereist om een onderscheid tussen goede en slechte organismen te kunnen maken. Bij gistingen in zuurdesem, lambiekbier en cacaobonen zijn gisten, melkzuur- en azijnzuurbacteriën aanwezig die opeenvolgend de dominante soorten vormen tijdens het proces. Om microbiële gemeenschappen bruikbaar te maken voor de hedendaagse voedingsproductie, moeten de belangrijkste microbiële spelers om kwaliteitsredenen precies gekend zijn. Het microbiële landschap van zuurdesemgistingen in ambachtelijke bakkerijen vertoont specifieke interne gemeenschappen die door omgevingsfactoren en technologische parameters worden beïnvloed; bij gecontroleerde gistingen in het laboratorium worden dan weer andere gemeenschappen aangetroffen. Lopende onderzoeken over typisch Belgische zure lambiekbieren, die verder worden verwerkt tot geuze, kriek of andere soorten fruitbieren, brengen voor het eerst de soortendiversiteit aan het licht van zowel bacteriën en gisten tijdens het hele productieproces. De resultaten zullen aantonen welke soorten betrokken zijn bij het gisten van het lambiekbier en waar ze precies in het spontane productieproces opduiken (Vrancken et al. 2010, Daniel et al. 2011, Huys et al. 2013a). Microbiële activiteit levert ook een substantiële bijdrage bij de productie van cacao en chocolade. Onderzoek naar gistingen van cacaobonen in Afrika, Azië en Zuid-Amerika toont aan dat, ondanks de waargenomen grote diversiteit aan gisten, melkzuur- en azijnzuurbacteriën, slechts enkele soorten van elke groep van belang zijn voor de productie van hoogwaardige cacaobonen. Hoewel het gebruik van startculturen deze gistingen versnellen en stabiliseren, kunnen niet-geïnoculeerde spontane


26

gistingen uitstekende, maar goedkopere cacaobonen opleveren wanneer tijdens de gistingen goede praktijken worden toegepast. Door microbiële gemeenschappen in voedingsgisten te onderzoeken willen we inzicht krijgen in het ontstaan, de wisselwerking en de rol van de verschillende elementen om zo de productie van voedingsmiddelen beter te kunnen controleren. Met de precieze detectie van de verschillende soorten en stammen in combinatie met de biochemische parameters en het resultaat van het gistingsproces, zetten we een eerste stap in die richting (Daniel et al. 2009, Papalexandratou et al. 2011, 2013).

Microbiële karakterisering van probiotica Probiotica worden omschreven als levende micro-organismen die wanneer ze in de juiste hoeveelheden worden toegediend, een gezondheidsvoordeel voor de gastheer opleveren. Hun wereldwijde introductie op de markt van functionele voedingsproducten, leidde niet alleen tot de vraag naar betrouwbare tools voor de microbiële karakterisering van probiotica, maar dwong bedrijven ook om wetenschappelijke bewijzen te leveren om hun beweringen te staven over de gezonde werking van hun probiotische producten. Via hun deelname aan de EU-FP6-projecten PROSAFE en ACE-ART hebben de BCCM/ LMG bacterieverzameling en het Laboratorium voor Microbiologie (LM-UGent) van de Universiteit Gent heel wat onderzoekservaring opgebouwd met de microbiële karakterisering van probiotica. Hun expertise geldt voor de drie belangrijke stappen van het microbiële kwaliteitsbeoordelingsproces: (i) correcte identificatie van soorten en stamspecifieke typering van bacteriestammen die in probiotische toepassingen worden gebruikt, (ii) veiligheidsbeoordeling van probiotische stammen gebruikt voor menselijke en dierlijke consumptie en (iii) kwaliteit van het probiotische eindproduct op het vlak van microbiële samenstelling, concentratie, stabiliteit, authenticiteit en etikettering.

Omdat het belangrijk is om de veiligheid voor mens en dier te garanderen, moeten nieuwe en bestaande probiotische stammen wat betreft een aantal veiligheidsaspecten worden gekarakteriseerd. BCCM/LMG en LM-UGent hebben actief deelgenomen aan internationale paneldiscussies over verworven antibioticaresistenties bij probiotische stammen, en hebben een uitgebreide inter- en intralaboratorium prestatiestudie gecoördineerd die geleid heeft tot aanbevelingen voor een reproduceerbare antibioticagevoeligheidstest. Beide onderzoeksteams hebben ook met verschillende internationale onderzoeksgroepen samengewerkt om de fenotypische en/of genotypische basis van verworven antibioticaresistentie in (mogelijk) probiotische stammen aan te tonen. Als een probiotische stam wordt goedgekeurd, moet nog worden nagegaan of de methode die werd gebruikt om de stam te karakteriseren ook kan worden gebruikt om het commerciële product met de probiotische stam te analyseren. BCCM/LMG en LM-UGent hebben verschillende van deze zogenaamde productsurveys uitgevoerd. Dit heeft geleid tot het opstellen van minimumrichtlijnen voor een correcte etikettering van producten die beweren probiotica te bevatten. (Bourdichon et al. 2012, Huys et al. 2012a, 2013b, Wind et al. 2010, Sanders et al. 2010, Zago et al. 2010, Mayrhofer et al. 2010)

Afwijkingen in de microbiële identificatie van commerciële producten die gunstige probiotische effecten claimen, hebben een negatieve invloed op hun eventuele efficiëntie en veiligheid en schaden wellicht ook het consumentenvertrouwen. Onze onderzoeksactiviteiten hebben bijgedragen tot de volledige taxonomische inventarisatie van de microbiële soorten die gewoonlijk als probiotica worden gebruikt. Daarnaast hebben we een evaluatie gemaakt van het gebruik van moleculaire tools op basis van DNA profielen (zoals rep-PCR- en AFLP-analyses) of sequenties (zoals pheS-gensequentie) met het oog op de betrouwbare identificatie van commercieel gebruikte probiotische stammen en van stammen die in aanmerking komen voor probiotische toepassingen. Deze werkzaamheden hebben een aantal interne databanken opgeleverd om soorten en stammen te vergelijken, die van onschatbare waarde zijn als aanvulling op de openbare sequentiedatabanken. Er werd ook een beroep gedaan op onze expertise op het vlak van soortidentificatie en stamtypering bij een onderzoek op menselijke vrijwilligers. Het onderzoek moest de stabiliteit nagaan van een stam die in aanmerking kwam voor probiotische toepassingen. Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

27

Plantgeassocieerde organismen Micro-organismen worden vaak met planten geassocieerd omdat planten een grote diversiteit aan habitats te bieden hebben (fyllosfeer, rhizosfeer en endosfeer). Die wisselwerking kan negatief (bv. parasieten, pathogenen) of positief (bv. symbionten) uitpakken voor de plant. Plantgeassocieerde micro-organismen spelen een sleutelrol in de landbouw: ze dragen bij tot de oogstopbrengst en tot een algemeen ecologisch evenwicht. Per gram grond komen naar schatting meer dan 4000 microbiële soorten voor waarvan de meeste niet kunnen worden gekweekt. Daarom is er nood aan zowel kweekafhankelijke (bv. specifieke groeimedia, groei op afgesneden gewijzigde wortels) als kweekvrije methodes (bv. pyrosequenering). BCCM/MUCL en BCCM/LMG hebben bijzondere aandacht aan de wortelzone besteed, waarin nuttige micro-organismen (bv. arbuscular mycorrhizal fungi of AMF) en vrij levende bacteriën voorkomen die bevorderlijk zijn voor de groei van planten (bv. Pseudomonas, Bacillus). Beide verzamelingen sloegen de handen in elkaar om in het kader van een EUproject (VALORAM) een deel van de microbiële (schimmels en gisten) diversiteit in aardappelvelden in het Andeshooggebergte in kaart te brengen. Het verhaal van de aardappel begint 8000 jaar geleden in de buurt van het Titicacameer. De aardappelplant is ontstaan op de centrale hooglanden van de Andes, waar plaatselijke boeren nu ongeveer 4000 aardappelsoorten telen. Door de lange geschiedenis van de aardappel in deze regio's hebben bacteriën en schimmels (zoals AMF) die met de plant worden geassocieerd, gunstige eigenschappen voor de aardappelplant ontwikkeld. Deze hypothese was de aanleiding voor een microbiële isolatiecampagne om de plantengroeibevorderende mogelijkheden te onderzoeken van bacteriën en AMF die in de aardappelvelden in de Andes waren geïsoleerd. De rhizosfeer van acht verschillende velden in Ecuador, Peru en Bolivië leverde in totaal 585 bacterie-isolaten en 20 AMF op. De bacterie-isolaten werden getest op groeiremming door twee belangrijke pathogene organismen Phytophthora infestans en Rhizoctonia solani in een duo-cultuuronderzoek. Deze eerste pathogeen veroorzaakt de aardappelziekte (bladvlekkenziekte) en de tweede de Rhizoctonia- of lakschurftziekte. 58 isolaten bleken in staat de groei van minstens één van deze


28

ziekteverwekkers te remmen. Aansluitende tests hebben aangetoond dat een aantal isolaten ook substanties produceren die nuttig kunnen zijn bij biofertilisatie, fytostimulatie en stressbeheersing. Alle 58 isolaten werden geïdentificeerd en getest in micro-aardappelplanten om de groei te bevorderen van gezonde planten en van planten met de Rhizoctonia-ziekte. Een aantal isolaten bleek duidelijk beter te presteren dan het commerciële biopesticide Bacillus subtilis FZB24® WG. Een veelbelovend resultaat! Verdere veldtesten en risicoanalyses van deze stammen kunnen hun commercialisering mogelijk maken. Er werden ook verschillende AMF uit de velden geïsoleerd en getest op hun vermogen om de groei van P. infestans te bevorderen of te onderdrukken (Gallou et al. 2011). De schimmel- en bacterie-isolaten worden nu bewaard voor verdere karakterisering en voor publiek depot in de nabije toekomst. Ook organismen uit de fyllosfeer krijgen de nodige aandacht. Het gaat dan vooral om endofyten omdat die heel wat mogelijkheden bieden als bron van nieuwe en nuttige bestanddelen die van belang kunnen zijn voor de landbouw en de farmaceutische nijverheid. Medicinale planten uit Madagascar werden gescreend op schimmelendofyten. Zowel schimmels als bacteriën werden geïsoleerd. Sommige bleken uitermate resistent tegen plantenziekten en dermatofyten. Uit de planten werden bioactieve bestanddelen afgescheiden met sterk remmende eigenschappen op een groot aantal menselijke en plantaardige pathogene schimmels (Rakotoniriana et al. 2013b). Dit onderzoek toont het grote potentieel van endofyten van medicinale planten aan als bron van nieuwe microbiële soorten (Rakotoniriana et al. 2013a) en van nuttige actieve bestanddelen (Rakotoniriana et al. 2012).

Antibioticaresistentie De Eenheid Mycobacteriologie van het Instituut voor Tropische Geneeskunde in Antwerpen focust al heel lang op tuberculose (TB) veroorzaakt door Mycobacterium tuberculosis. Ze beheert de publieke verzameling mycobacteriële stammen (BCCM/ITM) die ook de stammen van de TDR-TB Strain Bank bevat. Deze laatste is toegespitst op M. tuberculosis en bevat verschillende geneesmiddelresistente profielen voor eerste- en tweedelijnsgeneesmiddelen tegen tuberculose. De ontwikkeling van geneesmiddelresistentie in M. tuberculosis is een gevolg van een reeks mutaties in genen betrokken bij de werking of activatie van geneesmiddelen. Stammen uit de TDR-TB Strain Bank werden gekarakteriseerd via een fenotypische geneesmiddelgevoeligheidstest (minimaal inhiberende concentratie, MIC) en een Sangersequentie van de gekende, relevante genen. Op basis van zijn uitgebreide ervaring met geneesmiddelresistente tuberculose heeft het gastlaboratorium onderzoek verricht om een beter inzicht te krijgen in de mechanismen achter geneesmiddelresistentie tegen clofazimine (CFZ) en fluorquinolonen (FQ) en om de detectie van rifampicineresistentie (RMP) te verbeteren. Om een beter beeld te krijgen van de resistentie tegen CFZ, een oud mycobacterieel geneesmiddel waarvoor een van onze leidinggevende wetenschappers onlangs heeft aangetoond dat het doeltreffend is bij de behandeling van multiresistente tuberculose, hebben we isogene mutanten met een hogere MIC voor CFZ geprepareerd. Via volledige genoomsequentie van de moeder- en dochterstammen en gepaarde klinische isolaten van patiënten die resistent werden voor CFZ, willen we genen identificeren die mogelijk betrokken zijn bij CFZ-resistentie. Daarnaast onderzoeken we ook welke rol effluxpompen spelen bij resistentie voor CFZ. Voor FQ gaan we op een vergelijkbare manier te werk om licht te werpen op het resistentiemechanisme in het deel isolaten met fenotypische resistentie zonder mutaties in de gyrA/B-genen.

in het geassocieerde rpoB-gen leiden tot een lage resistentie en/of tot een dusdanige verzwakking dat de stammen niet snel genoeg groeien om als RMP-resistent te worden erkend. Belangrijk is dat deze studies leiden tot een grotere waardering voor de moleculaire diagnostiek die nu de voorkeur wegdraagt, wat een vroege diagnose van MDR-TB eenvoudiger moet maken. Andere studies focussen op de beste aanpak om alle vormen van RMP-resistentie te diagnosticeren. Om deze doelstellingen te realiseren, werkt het gastlaboratorium nauw samen met BCCM/ITM. Lopende volledige genoomsequenties van alle 235 M. tuberculosisstammen uit de TDR TB Strain Bank zijn niet alleen uitermate waardevol voor de verzameling, maar helpen ook om nieuwe geneesmiddelresistentiesystemen te verduidelijken. Op internationaal niveau bleken de stammen van onze publieke verzameling heel waardevol bij het ontwikkelen en evalueren van nieuwe diagnosesystemen om (geneesmiddelresistente) tuberculose snel op te sporen zoals de Xpert MTB/RIF-test (Cepheid, USA) (Helb et al., 2010; Rigouts et al., 2013 & Van Deun et al., 2013).

Fenotypische gevoeligheidstesten worden doorgaans beschouwd als de norm om rifampicineresistentie (RMP) te identificeren. Een leidinggevende wetenschapper in ons team heeft beperkingen aan het licht gebracht van cultuurgebaseerde technieken bij het identificeren van rifampicineresistentie omdat tot 15% van de novo-mutaties


29

Fusarium-soorten als pathogenen voor de mens Fusarium-soorten zijn veel voorkomende schimmels. Ze staan vooral bekend als pathogenen voor planten, maar worden nu ook beschouwd als belangrijke nieuwe pathogenen voor de mens. Klinische manifestaties van Fusarium zijn teennagelinfecties of ooginfecties, maar we zien ook alsmaar meer ernstige en vaak dodelijke systemische infecties bij immunodeficiënte patiënten. Een snelle en betrouwbare diagnose van een infectie met Fusarium is daarom een eerste vereiste om met de behandeling van de patiënt te kunnen starten. Maar niet alleen de diagnose is belangrijk; we hebben ook een identificatie van de Fusarium-soort nodig omdat voor elke soort een andere ideale behandeling bestaat. Momenteel is voor de diagnose van Fusarium een kweek nodig uit bloedstalen van de patiënt, maar de vele vals-negatieve resultaten verhinderen een snelle diagnose. Bovendien vertraagt de kweek de diagnose omdat de schimmel tijd nodig heeft om te groeien; tijd die sommige immunodeficiënte patiënten misschien niet hebben. Wanneer er uiteindelijk toch een diagnose kan gesteld worden, zorgt de identificatie van de Fusarium-soort ook nog voor problemen, of wordt die vaak nagelaten. Gangbare identificatiemethodes zoals morfologische karakterisering vereisen immers een zekere expertise van de analist, sequenering van DNA-merkers is duur en tijdrovend, en voor identificatie door middel van MALDI-TOF-massaspectrometrie is een uitgebreide databank met referentiespectra noodzakelijk. Bij BCCM/IHEM willen we een nieuwe, snelle en betrouwbare identificatiemethode voor Fusarium-soorten ontwikkelen met het oog op het stellen van een diagnose waarbij de kweekstap omzeild kan worden door de bloedstalen van de patiënt onmiddellijk te analyseren. Een referentiedatabank met goed gedocumenteerde en correct geïdentificeerde stammen is noodzakelijk om deze nieuwe methode te ontwikkelen. De BCCM/IHEM-verzameling, waarin de nadruk op klinische isolaten ligt, vormt hierbij een uiterst waardevol hulpmiddel. De afgelopen 30 jaar heeft BCCM/IHEM ongeveer 340 Fusarium-stammen verzameld. Zowat de helft hiervan is van klinische oorsprong. Onlangs werden al deze Fusarium-stammen opnieuw geïdentificeerd op basis van morfologie, sequenering van de ITS-, BT-, EF1α- en LSUgenregio's en MALDI-TOF-massaspectrometrie om zeker te zijn dat ze conform waren met de huidige taxonomie voor dit geslacht. In totaal werden 35 verschillende soorten


30

geïdentificeerd. Deze vertegenwoordigen een groot deel van de Fusarium-diversiteit en omvatten het merendeel van de soorten die met infecties bij de mens worden geassocieerd (Triest et al., 2012). Deze klinisch geïsoleerde Fusarium-stammen in de BCCM/IHEM-verzameling werden tevens onderworpen aan een EUCAST in vitro antifungale gevoeligheidstest. Op basis van de resultaten konden we besluiten dat het huidige geneesmiddel Amphotericin B, dat nu het vaakst wordt voorgeschreven om fusariose te behandelen, niet altijd de beste keuze is voor de behandeling van alle soorten Fusarium-infecties. Andere antifungale middelen die minder toxisch zijn voor mensen, blijken vaak even doeltreffend of zelfs doeltreffender te zijn tegen specifieke Fusarium-soorten (Triest et al., 2013). Die vaststelling toont het nut aan van de nieuw ontwikkelde diagnostische soortidentificatiemethode voor Fusarium.

Pathogene genen Om de biodiversiteit in stand te houden en het wetenschappelijk onderzoek wereldwijd te bevorderen, verzamelt en verspreidt het BCCM-consortium zowel niet-pathogene als pathogene micro-organismen. Het verspreiden van levende stammen van pathogenen zou echter kunnen indruisen tegen de Europese regels over biologische veiligheid en controles. Een aantal van deze micro-organismen worden in de Europese Unie immers beschouwd als quarantaine-organismen of -plagen, zoals vastgelegd in de Europese richtlijnen over biologische veiligheid en in de alarmlijsten van de 'European and Mediterranean Plant Protection Organization'. Beperkingen wat betreft het verspreiden van geïsoleerd genetisch materiaal van deze stammen zijn echter minder streng. De BCCM/LMBP-plasmideverzameling heeft een lijst met genen van bacteriën opgesteld die pathogeen zijn voor de mens, met de bedoeling om hun DNA beschikbaar te stellen van de wetenschappelijke gemeenschap. Deze genen werden geïsoleerd en gekloond in het zoogdierexpressieplasmide pCAGGS. Omdat deze plasmiden ofwel verspreid worden als zuiver DNA of in een bacteriële stam, zijn de genen niet tot expressie gebracht en bestaat er geen gevaar voor infecties. Als ze in de zoogdiercellijnen worden ingebracht, worden deze genen tot expressie gebracht en kunnen de werking en de effecten worden onderzocht van de eiwitten die ze coderen. De beschikbaarheid van pathogeen DNA in de vorm van expressieplasmiden biedt kansen om de wisselwerking tussen de pathogenen en hun gastheren te onderzoeken en om de werking van het niet-specifieke immuunsysteem te doorgronden. Om een beter inzicht te krijgen in de moleculaire systemen achter infectie, ontsteking en immuniteit werden expressieplasmiden geproduceerd met zoogdiergenen (die bv. caspasen, cytokinen en hun receptoren en specifieke signaaleiwitten encoderen) die bij deze processen zijn betrokken, waarna deze via BCCM/LMBP beschikbaar worden gesteld.


31

Detectie van Bacillus-besmetting in gelatine Bacillus-soorten zijn aërobe, sporenvormende bacteriën die alomtegenwoordig zijn. Als sporenvormers zijn ze bestand tegen extreme omstandigheden zoals hoge temperaturen en droogte. Dankzij hun veelzijdige metabolische mogelijkheden zijn ze prima aangepast voor heel uiteenlopende ecologische niches zoals verschillende productieprocessen voor voeding en voedingsmiddelen. Bijgevolg worden deze aërobe sporenvormers beschouwd als contaminanten die een invloed kunnen uitoefenen op de houdbaarheid en de kwaliteitskenmerken van voeding en voedingsmiddelen als eindproducten, maar ook wanneer deze verder worden verwerkt. Bovendien worden Bacillus anthracis en Bacillus cereus beschouwd als belangrijke infectiekiemen van respectievelijk antrax en door voedsel overgedragen infecties, die zowel lichte als heel ernstige vergiftigingen kunnen veroorzaken. Daarom is het in het licht van een kwaliteitszorgsysteem uitermate belangrijk dat deze aërobe sporenvormende contaminanten snel en op een betrouwbare manier worden gedetecteerd. Deze bacteriën staan bekend als contaminanten van het gelatineproductieproces waar ze leiden tot enzymatische afbraak van gelatine met ernstige gevolgen voor de productkwaliteit. In nauwe samenwerking met een gelatineproducent en met financiële steun van het IWT, werkte LM-UGent twee Q-PCR-procedures uit om de aanwezigheid van deze contaminerende bacteriën in afgewerkte en half afgewerkte gelatine vast te stellen. Om de Bacillus cereus-groep te detecteren, werd een TaqMan®-probe ontworpen. BCCM/LMG speelde hierbij een uitermate belangrijke rol omdat tijdens de ontwikkelings- en testfase van de Q-PCR-test een uitgebreide set Bacillus-stammen vereist was om de in- en exclusiecriteria van de test te valideren. Daarvoor werden dertig goed gekarakteriseerde Bacillus-leden van de Bacillus cereus-groep gebruikt, samen met eenzelfde aantal Bacillus-stammen van soorten die niet tot de Bacillus cereus-groep behoren, maar waarvan een voorafgaand onderzoek heeft uitgewezen dat ze regelmatig op verschillende plaatsen in het gelatineproductieproces opduiken.


32

In vergelijkbare omstandigheden werd op basis van een TaqMan®-probe een Q-PCR ontworpen, ontwikkeld en gevalideerd om de besmetting van gelatine met Bacillus sensu lato te bevestigen. Met de toepassing van de beide Q-PCRs werd de opslagtijd drastisch verminderd met positieve economische effecten als gevolg (Reekmans et al. 2009a, 2009b).

Uitdaging: de conservering van mycorrhiza De afgelopen decennia hebben de cultuurverzamelingen het vaakst onderzoek verricht naar het bewaren en in stand houden van biologische materialen (zoals schimmels en bacteriën). En met succes: alsmaar meer taxa worden met succes bewaard. Toch zijn er nog heel wat kwetsbare groepen organismen die zich niet laten bewaren met de standaardmethodes die in cultuurverzamelingen worden toegepast, hoewel hun conservering en instandhouding een absolute must is met het oog op O&O in de toekomst. In sommige gevallen leiden de conserveringsmethodes echter tot genomische en fenotypische instabiliteit. Het is dan ook een absolute prioriteit om de microbiële stabiliteit te bepalen na lange bewaring. Ectomycorrhiza-schimmels (ECM) en arbusculaire mycorrhiza-schimmels (AMF) zijn belangrijke wortelsymbionten. Ze worden beschouwd als belangrijke spelers voor plantenvoeding en weerstand/tolerantie tegen abiotische/biotische druk. De huidige manier voor hun conservering/instandhouding is meestal gebaseerd op regelmatige subkweek op een geschikte gastheer (voor ECM-schimmels en AMF) of als vegetatief mycelium (voor ECM-schimmels). Deze methode vergt veel tijd en ruimte en garandeert de levensvatbaarheid van deze biotechnologisch belangrijke organismen alsook hun genetische, fenotypische en fysiologische stabiliteit niet.

Lalaymia et al. (2012) hebben een cryoconserveringsmethode voor AMF ontwikkeld die uitgaat van het inkapselen en drogen van alginaatparels die propagules (sporen en stukken mycorrhizawortel) bevatten. De optimale procedure voor cryoconservering bestaat uit vijf stappen: (1) het inkapselen van propagules geïsoleerd van vijf maanden oude culturen, (2) de incubatie gedurende een nacht in trehalose (0,5M), (3) het drogen gedurende 48 uur bij 27 °C, (4) de cryoconservering in de vriezer bij -130 °C waarbij de temperatuur in twee fases wordt verlaagd: een snelle temperatuurdaling (~12 °Cmin-1) van kamertemperatuur (+20 °C) naar -110 °C, gevolgd door een langzame temperatuurdaling (~1 °Cmin-1) van -110 °C naar -130 °C, en (5) het onmiddellijk ontdooien in een waterbad (+35°C). Lalaymia et al. (2013) hebben ook nog aangetoond dat deze methode geen invloed heeft op de morfologie, de fysiologische activiteit en de genetische stabiliteit van AMF na zes maanden conservering. Beide groepen organismen kunnen nu op een extreem lage temperatuur worden geconserveerd, in theorie voor onbepaalde duur. De volgende parameters zijn cruciaal voor het succes van deze protocols: de fysiologische structuur van de cultuur (late groei of stationaire fase), de voorbereiding van de isolaten (door ze traag te drogen en/ of door het gebruik van cryoprotectants), de drager (groei in cryovial, inkapseling in parels) en het snel ontdooien na cryoconservering.

In het kader van twee Europese projecten (VALORAM en EMBARC) heeft BCCM/MUCL twee cryoconserveringsmethodes voor ECM-schimmels en AMF ontwikkeld. Voor ECM-schimmels hebben Crahay et al. (2013a) een doeltreffend cryoconserveringsprotocol ontwikkeld, dat geschikt is voor bijna honderd isolaten van acht soorten. Het protocol bestaat erin het mycelium van de ECM-isolaten rechtstreeks te kweken in cryovials gevuld met agar en afgetopt met glycerol (10% v:v), die vervolgens bij een temperatuur van -130 °C worden gecryoconserveerd. De preparatie van de cultuur voor het invriezen is van groot belang voor het overleven van de isolaten. Deze auteurs hebben ook nog aangetoond dat de gecryoconserveerde isolaten in staat waren om wortels van Pinus sylvestris te koloniseren en anorganisch fosfaat (Pi) en NH4 + van het substraat naar de plant te transporteren (Crahay et al. 2013b).


33

Uitdaging: conservering van methaan oxiderende bacteriën Het is bekend dat slechts een klein deel van de bacteriën kan worden gekweekt. De afgelopen twee decennia hebben metagenoom studies duidelijk het bestaan aangetoond van een grote bacteriële diversiteit in verschillende niches zoals zout- of zoetwater of in de bodem. Heel wat bacteriën blijken kenmerkende metabolismen te hebben zoals denitrificatie, nitrificatie, stikstof fixatie en anammox reacties, die heel belangrijk zijn voor de stikstofkringloop en voor de methaan oxiderende bacteriën die actief zijn in de koolstofkringloop. Het Laboratorium voor Microbiologie dat gastheer is voor de BCCM/LMG-bacterieverzameling verricht niet alleen onderzoek naar kweek- en functionele aspecten van de hiervoor vermelde groepen bacteriën, maar ook naar het ontwikkelen van duurzame conserveringsprotocols. Het werkt hiervoor nauw samen met de BCCM/LMG-bacterieverzameling. Conservering van aërobe methaan oxiderende bacteriën (MOB) bleek een uitdaging. Vriesdrogen was geen succesvolle methode voor de meeste MOB; slechts enkele soorten kunnen gedurende een korte periode bij -80 °C of in vloeibare stikstof worden gecryoconserveerd. Omdat MOB heel wat mogelijkheden bieden als mogelijk microbieel gerelateerd opvang systeem voor het broeikasgas methaan en voor biotechnologische doeleinden, is het uitermate belangrijk dat nieuwe isolaten duurzaam kunnen worden bewaard voor verder onderzoek. In een grootschalige studie van een uitgebreide verzameling MOB waarbij vijftien verschillende cryoconserverings- of vriesdroogomstandigheden werden onderzocht, werden de conserveringsresultaten – m.a.w. de levensvatbaarheid (leven- en doodstatus via doorstroomcytometrie) en kweekbaarheid (via MPN-wateranalyse en uitplaten) van de cellen – na drie, zes en twaalf maanden geëvalueerd. Succesvolle conservering zonder noemenswaardig verlies in kweekbaarheid werd voor alle stammen bekomen met cryoconservering waarbij 1% trehalose werd gebruikt in combinatie met tienmaal verdund Tryptic-Soy-Broth (TT) als conserveringsmedium en 5% DMSO als cryoprotectant. Bij andere succesvolle cryoconserverings- en vriesdroogomstandigheden werd steeds gebruik gemaakt van het TT-medium, maar


34

dat ging wel gepaard met een beduidend verlies aan kweekbaarheid. We stelden vast dat de meeste van deze zogenaamd niet-kweekbare cellen de conservering overleefden, maar overgingen in een levensvatbaar, maar niet kweekbaar stadium (viable but non-culturable -VBNC- state). Dit levensvatbaar, maar niet kweekbaar stadium is zoals bekend omkeerbaar. Bijgevolg verschoof bij het uitwerken van conserveringsprotocols de klemtoon van overleven naar herkweekbaarheid en konden we aantonen dat MOB-cellen voor een groot deel uit het VBNC-stadium konden worden gehaald met behulp van het TT-conserveringsmedium. (Hoefman et al. 2012, Heylen et al. 2012).

Recombinante plasmiden als biotechnologische tools Als plasmidedepot legt BCCM/LMBP zich vooral toe op het verzamelen van recombinante plasmiden die van wetenschappelijk belang zijn voor fundamenteel en biotechnologisch onderzoek of voor educatieve doeleinden. Gedurende de afgelopen jaren heeft BCCM/LMBP een ruim aanbod DNA-constructen verzameld. Die kunnen in drie hoofdgroepen worden ingedeeld, die elk heel waardevol zijn voor wetenschappers over de hele wereld: 1. lege plasmiden, die nuttig zijn voor de recombinante (over)expressie van belangwekkende eiwitten in bacteriën, gisten, schimmels, cellen van insecten, cellen van planten en dieren zoals (maar niet uitsluitend): plasmiden met brede gastheerspecificiteit die behoren tot verschillende incompatibele groepen, Gateway klonen, dicistrone expressieplasmiden, adenovirale en retrovirale expressieplasmiden, gist-twee-hybride en -drie-hybride expressieplasmiden, reporterplasmiden enz. De aanwezigheid van verschillende fusietags of epitooptags geeft onderzoekers de grootst mogelijke flexibiliteit wat methodes voor eiwitdetectie en zuivering (affiniteitzuivering, immunodetectie, fluorescentie, luminescentie, elektronenmicroscopie enz.) en opsporing van celtypes of organellen betreft.

Plasmiden zijn belangrijk voor zowel basis- als toegepast onderzoek en kunnen worden ingezet voor zowel in vitro onderzoek van een signaalpad als voor de hoogrenderende productie van eiwitgeneesmiddelen zoals insuline. Door toegang te bieden tot plasmideconstructen voor heel uiteenlopende doeleinden, biedt BCCM/ LMBP wetenschappers de mogelijkheid om voort te bouwen op eerder onderzoek van andere wetenschappers. Om de informatie veilig te stellen die met deze publiek beschikbare plasmiden gepaard gaat, beschrijft en visualiseert BCCM/LMBP de DNA-moleculen tot in de kleinste details. Omdat deze informatie online toegankelijk is, zijn deze biotechnologische tools gegarandeerd ruim beschikbaar voor O&O door academici en industriëlen.

2. expressieplasmiden, die drager zijn van belangwekkende genen of sequenties zoals (maar niet uitsluitend): genen voor allerhande cytokinen en groeifactoren, receptoren, intracellulaire signaaleiwitten, enzymen (kinasen, proteasen, genen die verband houden met glycosylatie, ubiquitin ligasen enz.), bacterieel virulente genen, microRNA-sequenties, promotorsequenties enz. 3. plasmiden voor genetische manipulatie van muizen om transgene muizen te genereren.


35

MALDI-TOF-massaspectrometrie: een degelijk middel voor identificatie- en kwaliteitscontrole van microben Schimmels

Bacteriën

Filamenteuze schimmels en gisten kunnen infecties bij mensen en dieren veroorzaken. Sommige van deze infecties zijn oppervlakkig en min of meer onschadelijk; anderen zijn invasief en kunnen dodelijk zijn. Deze systemische infecties komen vooral bij immunodeficiënte patiënten voor. Sommige van deze schimmelziekten ontwikkelen zich heel snel. Om deze schimmelinfecties op de juiste manier en met succes te behandelen, moet de ziekteverwekker snel en op een betrouwbare manier kunnen worden geïdentificeerd.

Ook voor de karakterisering van bacteriën wordt MALDI-TOF MS alsmaar vaker toegepast. Deze tool is aan het uitgroeien tot de uitgelezen methode voor klinische diagnose in heel wat ziekenhuizen, maar ook bij academisch onderzoek wordt MALDITOF MS nu vaak gebruikt voor de identificatie en taxonomische studie van bacteriën (Carbonnelle et al., Sandrin et al.). De beschikbaarheid van goed gedocumenteerde en actuele databanken is hierbij van essentieel belang.

Gangbare microbiologische identificatie van schimmels is gebaseerd op een combinatie van microscopische, macroscopische en fysiologische kenmerken of op de sequentie van verschillende genoomregio's. DNA-sequenering is echter tijdrovend en duur. De BCCM/IHEM-verzameling werkt samen met de Dienst voor Mycologie en Parasitologie van het CHU in Marseille voor het opzetten en optimaliseren van een referentiedatabank op basis van de referentiestammen van de BCCM/IHEMverzameling. Op dit ogenblik bevat de databank spectra van meer dan 500 verschillende schimmelsoorten en is er een evaluatie van deze databank aan de gang. Identificatie van schimmelstammen met deze MALDI-TOF MS-databank wordt gevalideerd met andere stammen uit de BCCM/IHEM-verzameling en met klinische isolaten uit verschillende Brusselse ziekenhuizen en uit het CHU in Marseille. Deze isolaten werden natuurlijk vooraf met moleculaire biologie – de standaardtechniek – geïdentificeerd. De resultaten zijn veelbelovend. Algemeen komen er zeer weinig fouten voor en wat belangrijker is: onze benadering levert precieze identificatie op, wat niet het geval is in een klinische routine waarbij de meeste cryptische soorten niet worden geïdentificeerd of stammen niet tot op soortniveau worden geïdentificeerd. De uiteindelijke bedoeling is om deze techniek te gebruiken als een extra kwaliteitscontrole voor de schimmelstammen van de publieke BCCM/IHEMverzameling. Activiteitenrapport BCCM 2009-2012

36

In samenwerking met haar gastlaboratorium, het Laboratorium voor Microbiologie (Faculteit Wetenschappen, Universiteit Gent), werkt de BCCM/LMGbacterieverzameling nu aan speciale databanken voor specifieke groepen bacteriën met functionele eigenschappen die van belang zijn voor zowel industriëlen als academici. Het gaat onder meer om azijnzuurbacteriën en bifidobacteriën. Na het uitwerken van een taxonomisch kader op basis van MALDI-TOF MS-data uit type- en referentiestammen, zullen de databanken ook nog worden gevalideerd door nieuwe isolaten op te nemen waarvan de soortidentiteit op voorhand via sequentiemethodes werd bepaald. Omdat MALDI-TOF MS goedkoper is en sneller werkt, kan het ook interessant zijn voor de kwaliteitscontrole van bacteriële preserveringsprocedures in cultuurverzamelingen. Voor dit soort toepassingen is het interessant om de reproduceerbaarheid na te gaan van MALDI-TOF MS-profielen van bacterieculturen voor en na conservering. In het kader van haar autonoom onderzoek verrichtte BCCM/LMG een reproduceerbaarheidsonderzoek waarbij de rol van verschillende testvariabelen werd beoordeeld – zoals de persoon die de cellen oogst, het aantal geoogste cellen uit het groeimedium en de bewaartijd van geoogste cellen bij -20 °C voor eiwitextractie. Het onderzoek toont aan dat niet kan worden uitgesloten dat bepaalde handelingen van personen invloed hebben op de reproduceerbaarheid van MALDI-TOF MS-profielen met het oog op kwaliteitscontrole en bewijst het belang van een specifieke opleiding.

Op basis van de resultaten van het reproduceerbaarheidsonderzoek heeft BCCM/LMG intussen een reeks technische richtlijnen opgesteld die nu worden toegepast bij de regelmatige kwaliteitscontroles van nieuwe preserveringsbatchen (vriesdrogen en cryoconservering) van haar bacterieculturen. Zo wil de BCCM/ LMG-bacterieverzameling de periode die verstrijkt tussen de ontvangst van het originele materiaal en de publieke beschikbaarstelling van nieuwe culturen drastisch reduceren.


37

BCCM feiten en cijfers


38

Het BCCM-patrimonium Eind 2012 bestond het volledige patrimonium van het BCCM-consortium uit ongeveer 173.000 verschillende organismen. Naargelang hun status in de verzameling kunnen deze organismen worden ingedeeld in vier soorten depots van biologisch materiaal: • Publieke depots: (micro)biologisch materiaal dat in de verzameling is gedeponeerd en dat gecatalogiseerd en verdeeld mag worden; • Veiligheidsdepots: (micro)biologisch materiaal dat in de verzameling is gedeponeerd als veiligheidsback-up; het blijft exclusief eigendom van de depositor en wordt niet gecatalogiseerd of verdeeld; • Octrooidepots: (micro)biologisch materiaal dat in het kader van de Belgische octrooiwetgeving of van het Boedapest-verdrag is gedeponeerd; • Onderzoeksdepots: (micro)biologisch materiaal dat gebruik wordt of werd in het kader van wetenschappelijke onderzoeksprojecten en dat niet publiek beschikbaar is, en (micro)biologisch materiaal waarvoor een tijdelijke beperking geldt wat betreft de catalogisering en/of de verdeling. Het BCCM-patrimonium bestaat voor ongeveer 37% uit publieke depots en voor 63% uit onderzoeksdepots. De zeer specifieke veiligheids- en octrooidepots maken slechts een klein deel van het bewaarde materiaal uit. Het overwicht van de onderzoeksdepots wijst op het groeipotentieel van de publieke verzamelingen. Het gaat meestal om organismen die als onderzoeksobject worden bewaard. De BCCM-curatoren zullen een deel van deze organismen geleidelijk overhevelen naar de publieke verzameling.

De publieke BCCM-verzamelingen De publieke BCCM-verzamelingen bevatten ongeveer 64.000 verschillende organismen verdeeld over schimmels-, bacteriën-, gisten-, plasmiden- diatomeënen DNA-bibliotheken. Deze organismen zijn volledig gedocumenteerd en onmiddellijk beschikbaar voor verdeling.

Afbeelding 2 : Relatief belang van de verschillende soorten organismen in de publieke BCCM-verzamelingen. De DNA-bibliotheken (0,03%) zijn niet zichtbaar in de grafiek.

Totaal aantal organismen in de publieke BCCM-verzamelingen: 64.000 n Schimmels 45,2 % n Bacteriën, inclusief myco- en cyanobacteriën 39,5 % n Gisten 11,3 %

Afbeelding 1 : Relatief belang van de verschillende soorten depots voor het BCCM-consortium.

n Plasmids 3,4 % n Diatomeeën 0,5 %

Totaal aantal organismen: 173.000 n Publieke depots 36,90 % n Octrooidepots 0,50 % n Onderzoekdepots 62,40 % n Veiligheiddepots 0,20 %


39

In de periode tussen 2009 en 2012 zijn de publieke BCCM-verzamelingen met 6800 organismen uitgebreid. In absolute cijfers zijn de schimmel- en bacteriecollecties het sterkst gegroeid. In relatieve cijfers zijn de relatief kleine verzamelingen plasmiden en diatomeeën echter het sterkst uitgebreid in vergelijking met 2008 (respectievelijk +49% en +16%).

Afbeelding 3 : Ontwikkeling van de publieke BCCM-verzamelingen gedurende de periode 2009 - 2012 70000

60000

50000

Het BCCM-consortium vertegenwoordigt ongeveer 2300 genera en zowat 9900 soorten. In 2006 nam het Federaal Wetenschapsbeleid het initiatief voor de opbouw van drie gespecialiseerde onderzoeksverzamelingen tot publieke verzamelingen met kwaliteitscontrole. Die verzamelingen zouden in het BCCM-consortium worden geïntegreerd. In 2011 werd hun officiële toetreding tot het BCCM-consortium bezegeld met de integratie van het kwaliteitszorgsysteem van deze drie verzamelingen in het ISO 9001 gecertificeerde multi-sitekwaliteitszorgsysteem van BCCM en met de publicatie van hun catalogi op de BCCM-website. Het gaat om de verzameling diatomeeën van de Universiteit Gent (313 stammen), de verzameling cyanobacteriën van de Université de Liège (103 stammen) en de verzameling mycobacteriën van het Institute of Tropical Medicine (258 stammen). Hoewel ze van onmiskenbaar belang zijn voor wetenschappelijke, industriële, milieutechnische en medische O&O-toepassingen, waren deze organismen ondervertegenwoordigd in publieke biological resource centres over de hele wereld. Hoewel ze nog klein zijn, vormen deze verzamelingen een meerwaarde voor het BCCM-consortium en bieden ze groeikansen.

40000

Onze stakeholders

30000

n Diatoms 20000

n DNA libraries n Plasmids

10000

n Yeasts n Bacteria

0


40

n Fungi

Elk jaar deponeren ongeveer 100 tot 200 verschillende organisaties biologisch materiaal in een van de publieke BCCM-verzamelingen. Het gaat meestal om organisaties uit de non-profitsector. Een kwart is afkomstig uit België en de rest is gelijk verdeeld tussen Europa en daarbuiten. Elke organisatie kan meerdere onafhankelijke depositoren vertegenwoordigen.

Veiligheidsdepots

Octrooidepots

Veiligheidsdepots in een externe professionele omgeving blijken een uiterst rendabele manier om uitermate belangrijke, culturen (of plasmiden) te verzekeren. Vooral de industrie wil zich almaar meer en beter indekken tegen het verlies of de onomkeerbare mutatie van productiestammen. Omdat volledige geheimhouding wordt gegarandeerd, worden veiligheidsdepots nooit gecatalogiseerd of verdeeld aan derde partijen zonder de toestemming van de depositor. Met zijn veiligheidsdepots biedt BCCM een flexibele dienstverlening waarbij het materiaal volgens de wensen van de klant gedurende een al dan niet vast omschreven periode veilig wordt bewaard. De levensvatbaarheid van het materiaal wordt met regelmatige tussenpozen gecontroleerd. Eind 2012 had het BCCM-consortium 381 stalen van biologisch materiaal als veiligheidsdepots in bewaring.

Octrooidepots zijn een verplicht onderdeel van het octrooiproces wanneer het gaat om een octrooi waarbij biologisch materiaal wordt gebruikt. In het kader van de actuele internationale wetgeving (het Verdrag van Boedapest en de Europese richtlijnen) is het BCCM-consortium erkend als International Depositary Authority (IDA) en staat het onder de bescherming van de World Intellectual Property Organization.

Afbeelding 4 : Relatief belang van de verschillende soorten organismen in de veiligheidsdepotverzamelingen.

Totaal aantal organismen in de veiligheidsdepotverzamelingen: 381

Het BCCM-consortium aanvaardt depots van: • bacteriën • filamenteuze schimmels, inclusief AMF • gisten • menselijke en dierlijke cellijnen, inclusief hybridomen • ander genetisch materiaal (zoals plasmiden, virussen, fagen enz.). Volledige geheimhouding wordt gegarandeerd en de verdeling van stalen valt onder de octrooiwetgeving. De levensvatbaarheid wordt met regelmatige tussenpozen gecontroleerd. Eind 2013 had het BCCM-consortium 781 stalen van biologisch materiaal als octrooidepots in bewaring.

Afbeelding 5 : Relatief belang van de verschillende soorten organismen in de octrooidepotverzamelingen.

Totaal aantal organismen in de octrooidepotverzamelingen: 781

n Bacteriën 54,9 % n Gisten 7,1 % n Plasmiden 17,6 %

n Bacteriën 42,6%

n Cellijnen, nematoden, fagen 0,8 %

n Gisten 6,0 %

n Schimmels 19,7 %

n Plasmiden 25,1 % n Cellijnen, nematoden, fagen 20,4 % n Schimmels 5,9 %

Onze stakeholders Elk jaar deponeren 10 tot 20 verschillende organisaties biologisch materiaal als veiligheidsdepot in een van de BCCM-verzamelingen. Ongeveer 3/4 zijn organisaties uit de profitsector. Het gaat meestal om organisaties uit Europese landen. Elke organisatie kan meerdere onafhankelijke depositoren vertegenwoordigen.

Onze stakeholders Elka jaar deponeren ongeveer 15 verschillende organisaties biologisch materiaal als octrooidepot in een van de BCCM-verzamelingen. Ongeveer 60% zijn organisaties uit de profitsector. De helft ervan is afkomstig uit België en een derde uit andere Europese landen. Elke organisatie kan meerdere onafhankelijke depositoren vertegenwoordigen.

41

Verdeling van het materiaal

Andere wetenschappelijke diensten

Elk jaar verdeelt het BCCM-consortium tussen 5000 en 6000 stalen biologisch materiaal onder Belgische en buitenlandse klanten uit de profit- en de nonprofitsector. In de periode tussen 2009 en 2012 heeft het BCCM-consortium ongeveer 21.700 stalen verdeeld.

Het BCCM-consortium biedt verschillende diensten aan op basis van zijn wetenschappelijke expertise op het vlak van moleculaire en microbiologie. De belangrijkste dienst is het identificeren van micro-organismen, gevolgd door tests en microbiële tellingen.

Afbeelding 6 : Aandeel van de verschillende soorten organismen in het totaal aantal verdeelde stalen

Afbeelding 7 : Relatief belang van de verschillende diensten die het BCCM-consortium aanbiedt. Onder de noemer 'andere diensten' vallen ongeveer vijftien soorten andere dienstverleningen die elk minder dan 2% van de totale inkomsten uit wetenschappelijke dienstverlening vertegenwoordigen.

21.700 verdeelde stalen (2009-2012) n Schimmels en gisten 24 %

n Identificatie 53 %

n Bacteriën, inclusief myco-en

n Microbiële tellingen 11 % n Audits 8 %

cyanobacteriën 65 % n Plasmiden 10 %

n Testen 11 %

n Diatomeeën 1 %

n Isoleren 3 % n Vriesdrogen 3 % n Analyse 3 %

Onze stakeholders Elk jaar vragen ongeveer 600 tot 700 verschillende organisaties stalen van biologisch materiaal uit een van de publieke BCCM-verzamelingen aan. Een op vier van deze organisaties komt uit de profitsector. Ongeveer 27% komt uit België, 45% komt uit andere Europese landen en 28% uit landen buiten Europa. Elke organisatie kan meerdere onafhankelijke gebruikers vertegenwoordigen.


42

n Andere diensten 8 %

Onze stakeholders Elk jaar bestellen meer dan 200 verschillende organisaties wetenschappelijke diensten bij een van de BCCM-verzamelingen. Het aandeel organisaties uit de profit- en de non-profitsector is even groot. Ongeveer 60% is afkomstig uit België, 25% uit andere Europese landen en 15% van buiten Europa. Elke organisatie kan meerdere onafhankelijke gebruikers vertegenwoordigen.

Onderzoeksprojecten

Het BCCM-budget

De afgelopen 4 jaar zijn de BCCM-verzamelingen als partner betrokken geweest bij 26 onderzoeksprojecten met externe financiering. Deze projecten voegen waarde toe aan de verzamelingen door ze uit te breiden met nieuw interessant materiaal, door reeds beschikbaar biologisch materiaal verder te beschrijven en te karakteriseren, door een bijdrage te leveren aan de taxonomische of fylogenetische studies of door nieuwe of geperfectioneerde bewaarmethodes te ontwikkelen.

Het BCCM-consortium wordt gefinancierd door het Federaal Wetenschapsbeleid (Belspo) d.m.v. een jaarlijks financieringssysteem. De inkomsten die de verzamelingen met hun dienstverlening en onderzoeksprojecten genereren, vormen een aanvullende financieringsbron. In de afgelopen vier jaar kwam 78% van het totale BCCM-budget van Belspo; met dienstverlening en onderzoeksprojecten genereerde het consortium respectievelijk 10% en 12% van het totale BCCM-budget.

Omdat het BCCM-consortium nog geen juridisch statuut heeft, worden de contracten voor deze projecten beheerd door de BCCM-gastinstellingen.

Afbeelding 8 : Relatief belang van financieringsbronnen voor het BCCM-consortium

n Budget via Belspo 78 % n Inkomsten uit diensten 10 % n Inkomsten uit onderzoeksprojecten 12 %


43

Nieuwe soorten beschreven binnen BCCM Environmental fungi

Medical fungi

Coltricia oboensis Decock (MUCL 54810)

niewe species

Coltriciella sonorensis R. Valenz. & Decock

Lactarius limbatus Stubbe & Verbeken

Fomitiporia castilloi Decock & Amalfi (MUCL)

Lactarius coniculus Stubbe & Verbeken

Fomitiporia cupressicola Decock (MUCL 52486)

Lactarius leonardii Stubbe & Verbeken

Fomitiporia gabonensis Decock (MUCL 47576)

Lactarius hora Stubbe & Verbeken

Fomitiporia ivindoensis Decock (MUCL 51312)

Lactarius genevievae Stubbe & Verbeken

Fomitiporia neotropica Decock (MUCL )

Lactarius conchatulus Stubbe & H.T. Le

Fomitiporia nobilissima Decock (MUCL 51289)

Lactarius leae Stubbe & Verbeken

Fomitiporia punicata Y.C. Dai, B.K. Cui & Decock

Lactifluus parvigerardii X.H. Wang & Stubbe

Fusarium musae Van Hove, Waalwijk, Munaut, Logrieco & Moretti (MUCL 52574) Fusarium temperatum Scauflaire & Munaut (MUCL 52463)

niewe combinaties

Inonotus cubensis Decock (MUCL 47079)

Lactifluus subg. Gerardii (A.H. Sm. & Hesler) Stubbe

Inonotus rwenzorianus Balezi & Decock (MUCL 51007)

Lactifluus limbatus (Stubbe & Verbeken) Stubbe

Leptographium sinoprocerum Q. Lu, Decock & Maraite (MUCL 46352)

Lactifluus leonardii (Stubbe & Verbeken) Stubbe

Metschnikowia cubensis Fidalgo-Jim., H.M. Daniel, Evrard, Decock & Lachance (MUCL 45753)

Lactifluus hora (Stubbe & Verbeken) Stubbe

Microporellus adextrinoideus Decock (MUCL 49398)

Lactifluus genevievae (Stubbe & Verbeken) Stubbe

Microporellus papuensis Decock (MUCL 49405)

Lactifluus conchatulus Stubbe & H.T. Le

Moniliella fonsecae Rosa, Nakase, Jindamorakot, Limtong, Lachance, Fidalgo-Jiménez, Daniel, Pagnotta, Inacio & Morais

Lactifluus petersenii (Hesler & A.H. Sm.) Stubbe

Perenniporia abyssinica Decock & Bitew (MUCL 44215)

Lactifluus sepiaceus (McNabb) Stubbe

Perenniporia alboferruginea Decock (MUCL 49279)

Lactifluus subgerardii (Hesler & A.H. Sm.) Stubbe

Perenniporia guyanensis Decock & Ryvarden (MUCL 41995)

Lactifluus wirrabara (Grgur.) Stubbe

Perenniporia subovoidea Decock & Ryvarden (MUCL 54487) Perenniporiella chaquenia Robledo & Decock (MUCL 49758) Phellinus castanopsidis B.K. Cui, Y.C. Dai & Decock

Bacteria

Phellinus gabonensis Decock & Yombiyeni (MUCL 52025) Phylloporia nouraguensis Decock (MUCL 53816)

Arcobacter mytili Collado, Cleenwerck, Van Trappen, De Vos and Figueras 2009 VP

Phylloporia rzedowskii R. Valenz. & Decock (MUCL 52868)

Arenicella chitinivorans Nedashkovskaya, Cleenwerck, Zhukova, Kim, De Vos IN

Phylloporia ulloai R. Valenz., T. Raymundo, Cifuentes, & Decock (MUCL 52867)

Bacillus berkeley Nedashkovskaya, Van Trappen, Frolova and De Vos 2012 VL

Ruwenzoria pseudoannulata J. Fourn., M. Stadler, Læssøe & Decock (MUCL 51394)

Bacillus cytotoxicus Guinebretière, Auger, Galleron, Contzen, De Sarrau, De Buyser, Lamberet, Fagerlund, Granum,

Septomyrothecium maraitiense Decock (MUCL 47202)

Lereclus, De Vos, Nguyen-The and Sorokin 2013 VP

Trinosporium guianense Crous & Decock (MUCL 53977)

Bacillus thermolactis Coorevits, Logan, Dinsdale, Halket, Scheldeman, Heyndrickx, Schumann, Van Landschoot and

Truncospora oboensis Decock (MUCL 53565)

De Vos 2011 VP


44

Brenneria goodwinii Denman, Brady, Kirk, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos 2012 VP

Pantoea septica Brady, Cleenwerck, Venter, Engelbeen, De Vos and Coutinho 2010 VP

Cronobacter helveticus Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Pantoea vagans Brady, Venter, Cleenwerck, Engelbeen, Vancanneyt, Swings and Coutinho 2009 VP

Cronobacter pulveris Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Pantoea wallisii Brady, Cleenwerck, van der Westhuizen, Venter, Coutinho and De Vos 2012 VP

Cronobacter zurichensis Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Photobacterium jeanii Chimetto, Cleenwerck, Thompson, Brocchi, Willems, De Vos and Thompson 2010 VP

Dickeya aquatica Parkinson, De Vos, Pirhonen and Elphinstone IN

Photobacterium piscicola Figge, Cleenwerck, De Vos, Huys, van Uijen and Robertson IN

Echinimonas agarilytica Nedashkovskaya, Stenkova, Zhukova, Van Trappen, Lee and Kim 2013 VL

Pluralibacter gergoviae Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Enterococcus quebecensis Sistek, Maheux, Boissinot, Bernard, Cantin, Cleenwerck, De Vos and Bergeron 2012 VP

Pluralibacter pyrinus Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Enterococcus ureasiticus Sistek, Maheux, Boissinot, Bernard, Cantin, Cleenwerck, De Vos and Bergeron 2012 VP

Pseudomonas asturiensis Gonzalez, Cleenwerck, De Vos and Fernandez-Sanz 2013 IN

Erwinia oleae Moretii, Hosni, Vandemeulebroecke, Brady, De Vos, Buonaurio and Cleenwerck 2011 VP

Sporosarcina newyorkensis Wolfgang, Coorevits, Cole, De Vos, Dickinson, Hannett, Jose, Nazarian, Schumann, Van

Hafnia paralvei Huys, Cnockaert, Abbott, Janda and Vandamme 2010 VP

Landschoot, Wirth and Musser 2012 VP

Gluconacetobacter maltaceti Slapsak, Cleenwerck, De Vos and Trcek 2013 VL

Staphylococcus devriesei Supré, De Vliegher, Cleenwerck, Engelbeen, Van Trappen, Piepers, Sampimon, Zadoks, De

Gluconacetobacter medellinensis Castro, Cleenwerck, Trcek, Zuluaga, De Vos, Caro, Aguirre, Putaux and Ganan 2013 VP

Vos and Haesebrouck 2010 VP

Helicobacter heilmannii Smet, Flahou, D'Herde, Vandamme, Cleenwerck, Ducatelle, Pasmans and Haesebrouck 2012 VP

Stenotrophomonas pavanii Ramos, Van Trappen, Thompson, Rocha, Barbosa, De Vos and Moreira-Filho 2011 VP

Kozakonia arachidis Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Streptococcus rubneri Huch, De Bruyne, Cleenwerck, Bub, Cho, Watzl, Snauwaert, Franz and Vandamme 2013 VP

Kozakonia cowanii Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Tatumella citrea (Kageyama, Nakae, Yagi and Sonoyama 1992) Brady, Venter, Cleenwerck, Vandemeulebroecke, De

Kozakonia oryzae Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Vos and Countinho 2010 VP

Kozakonia radicincitans Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Tatumella punctata (Kageyama, Nakae, Yagi and Sonoyama 1992) Brady, Venter, Cleenwerck, Vandemeulebroecke, De

Lelliottia aminigena Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN


Lelliottia nimipressuralis Brady, Cleenwerck, Venter, Coutinho and De Vos IN

Tatumella terrea (Kageyama, Nakae, Yagi and Sonoyama 1992) Brady, Venter, Cleenwerck, Vandemeulebroecke, De

Lonsdalea quercina subsp. britannica Brady, Cleenwerck, Denman, Venter, Rodríguez-Palenzuela, Coutinho and


De Vos 2012 VP

Tetragenococcus halophilus subsp. flandriensis Justé, Van Trappen, Verreth, Cleenwerck, de Vos, Michiels, Lievens

Lonsdalea quercina subsp. iberica Brady, Cleenwerck, Denman, Venter, Rodríguez-Palenzuela, Coutinho and

and Willems 2012 VP

De Vos 2012 VP

Tetragenococcus halophilus subsp. halophilus Justé, Van Trappen, Verreth, Cleenwerck, de Vos, Michiels, Lievens and

Lonsdalea quercina subsp. quercina Brady, Cleenwerck, Denman, Venter, Rodríguez-Palenzuela, Coutinho and De Vos IN

Willems 2012 VP

Marinobacterium coralli Chimetto, Cleenwerck, Brocchi, Willems, De Vos and Thompson 2011 VP

Tetragenococcus osmophilus Justé, Van Trappen, Verreth, Cleenwerck, de Vos, Michiels, Lievens and Willems 2012 VP

Marinomonas brasilensis Chimetto, Cleenwerck, Brocchi, Willems, De Vos and Thompson 2011 VP

Vibrio artabrorum Diéguez, Beaz-Hidalgo, Cleenwerck, Balboa, de Vos and Romalde 2011 VP

Mesorhizobium abyssinicae Degefu, Wolde-meskel, Liu, Cleenwerck, Willems and Frostegård IN

Vibrio atlanticus Diéguez, Beaz-Hidalgo, Cleenwerck, Balboa, de Vos and Romalde 2011 VP

Mesorhizobium hawassense Degefu, Wolde-meskel, Liu, Cleenwerck, Willems and Frostegård IN

Vibrio breoganii Beaz-Hidalgo, Cleenwerck, Balboa, Prado, De Vos and Romalde 2009 VP

Mesorhizobium shonense Degefu, Wolde-meskel, Liu, Cleenwerck, Willems and Frostegård IN

Vibrio celticus Beaz-Hidalgo, Dieguez, Cleenwerck, Balboa, Doce, De Vos and Romalde 2011 VL

Pantoea alllii Brady, Goszczynska, Venter, Cleenwerck, De Vos, Gitaitis and Coutinho 2011 VP

Vibrio communis Chimetto, Cleenwerck, Alves Jr, Silva, Brocchi, Willems, De Vos and Thompson 2011 VP

Pantoea anthophila Brady, Venter, Cleenwerck, Engelbeen, Vancanneyt, Swings and Coutinho 2009 VP

Vibrio maritimus Chimetto, Cleenwerck, Moreira, Brocchi, Willems, De Vos and Thompson 2011 VP

Pantoea brenneri Brady, Cleenwerck, Venter, Engelbeen, De Vos and Coutinho 2010 VP

Vibrio variabilis Chimetto, Cleenwerck, Moreira, Brocchi, Willems, De Vos and Thompson 2011 VP

Pantoea calida Popp, Cleenwerck, Iversen, De Vos and Stephan 2010 VP Pantoea conspicua Brady, Cleenwerck, Venter, Engelbeen, De Vos and Coutinho 2010 VP Pantoea deleyi Brady, Venter, Cleenwerck, Engelbeen, Vancanneyt, Swings and Coutinho 2009 VP Pantoea eucalypti Brady, Venter, Cleenwerck, Engelbeen, Vancanneyt, Swings and Coutinho 2009 VP Pantoea eucrina Brady, Cleenwerck, Venter, Engelbeen, De Vos and Coutinho 2010 VP Pantoea gaviniae Popp, Cleenwerck, Iversen, De Vos and Stephan 2010 VP Pantoea rodasii Brady, Cleenwerck, van der Westhuizen, Venter, Coutinho and De Vos 2012 VP Pantoea rwandensis Brady, Cleenwerck, van der Westhuizen, Venter, Coutinho and De Vos 2012 VP


45

Bibliografie Abraham W.R., Estrela A.B., Nikitin D.I., Smit J. and Vancanneyt M. (2009). Proposal of Brevundimonas halotolerans sp. nov., Brevundimonas poindexterae sp. nov. and Brevundimonas staleyi sp. nov., prosthecate bacteria from aquatic habitats. Int J Syst Evol Microbiol., Sep 18. Aguin O., Pintos C., Scauflaire J., Munaut F., Ferreiroa V., Bande M., Mansilla J.P. and Sainz M.J. 2013. First Report of Fusarium temperatum Causing Seedling Blight and Stalk Rot on Maize in Spain. Plant Disease, DOI 10.1094/PDIS-02-13-0167-PDN. Amalfi M., Yombiyeni P., and Decock C. 2010. Fomitiporia in sub-Saharan Africa: morphology and multigene phylogenetic analysis support three new species from the Guineo-Congolian rainforest. Mycologia 102: 1303-1317. Amalfi M., Raymundo T., Valenzuela R. and Decock C. 2012. Fomitiporia cupressicola sp. nov., parasite on Cupressus arizonica, and additional unnamed clades in the southern USA and northern Mexico, evidenced by multilocus phylogenetic analyses. Mycologia 104: 880-893. Amalfi M. and Decock C. 2013. Fomitiporia castilloi sp. nov. and evidences for multiples clades around F. apiahyna in Meso- and South America, representing potential species. Mycologia 105:873-887. Audenaert K., D’Haene K., Messens K., Ruyssen T., Vandamme P. and Huys G. Diversity of lactic acid bacteria from modified atmosphere packaged sliced cooked meat products at sell-by date assessed by PCR-denaturing gradient gel electrophoresis. Food Microbiol. 2010; 27:12-18. Balezi A. and Decock C. 2009. Inonotus rwenzorianus sp. nov. (Basidiomycetes, Hymenochaetales): an undescribed species from the Rwenzori Mountain range in Congo. Cryptogamie Mycologie 30: 225–232. Beaz Hidalgo R., Cleenwerck I., Balboa S., Prado S., De Vos P. and Romalde J.L. (2009). Vibrio breoganii sp. nov., a non-


46

motile, alginolytic, marine bacterium within the Vibrio halioticoli clade. Int J Syst Evol Microbiol., 59 (Pt 7):1589-94. Beaz-Hidalgo R., Diéguez A.L., Cleenwerck I., Balboa S., Doce A., De Vos P. and Romalde J.L. 2010. Vibrio celticus sp. nov., a new Vibrio species belonging to the Splendidus clade with pathogenic potential for clams. Syst Appl Microbiol. 33(6):311-5. Beguin H., Goens K., Hendrickx M., Planard C., Stubbe D. and Detandt M. (2012). Is Trichophyton simii endemic to the Indian subcontinent? Medical Mycology (early online) Beguin H., Pyck N., Hendrickx M., Planard C., Stubbe D. and Detandt M. (2012). The taxonomic status of Trichophyton quinckeanum and T. interdigitale revisited: a multigene phylogenetic approach. Med Mycol Month 2012, Early Online: 1-12:1-12. Beguin H., Pyck, N. and M. Detandt, Tritirachium, a hyphomycetous genus belonging to the Basidiomycetes Nova Hedwigia (accepted) Bin Kingombe C., D’Aoust J.-Y., Huys G., Hofmann L., Rao M. and Kwan J. 2010. Multiplex PCR method for detection of three Aeromonas enterotoxin genes. Appl. Environ. Microbiol. 76:425-433 Bouizgarne B., Lanoot B., Loqman S., Spröer C., Klenk, H.-P., Swings J. and Ouhdouch Y. (2009). Streptomyces marokkonensis sp. nov., isolated from rhizosphere soil of Argania spinosa L. Int J Syst Evol Microbiol. 59:2857. Bourdichon F., Casaregola S., Farrokh C., Frisvad J.C., Gerds M.L., Hammes W.P., Harnett J., Huys G., Laulund S., Ouwehand A., Powell I.B., Prajapati J.B., Seto Y., TerSchure E., Van Boven A., Vankerckhoven V., Zgoda A., Tuijtelaars S. and Hansen EB. 2012. Food fermentations: Microorganisms with technological beneficial use. IntJ Food Microbiol 154:87-97. Brady C.L., Venter S.N., Cleenwerck I., Engelbeen K., De Vos P., Wingfield M.J., Telechea N. and Coutinho T.A. 2009. Isolation of Enterobacter cowanii from Eucalyptus showing symptoms of bacterial

blight and dieback in Uruguay. Lett Appl Microbiol. 49(4): 461-5. Brady C.L., Venter S.N., Cleenwerck I., Engelbeen K., Vancanneyt M., Swings J. and Coutinho T.A. 2009. Pantoea vagans sp. nov., Pantoea eucalypti sp. nov., Pantoea deleyi sp. nov. and Pantoea anthophila sp. nov. Int J Syst Evol Microbiol. 59(Pt 9): 2339-45. Brady C.L., Cleenwerck I., Venter S.N., Engelbeen K., De Vos P. and Coutinho T.A. 2010. Emended description of the genus Pantoea, description of four species from human clinical samples, Pantoea septica sp. nov., Pantoea eucrina sp. nov., Pantoea brenneri sp. nov. and Pantoea conspicua sp. nov., and transfer of Pectobacterium cypripedii (Hori 1911) Brenner et al. 1973 emend. Hauben et al. 1998 to the genus as Pantoea cypripedii comb. nov. Int J Syst Evol Microbiol. 60(Pt 10):2430-40. Brady C.L., Venter S.N., Cleenwerck I., Vandemeulebroecke K., De Vos P. and Coutinho T.A. 2010. Transfer of Pantoea citrea, Pantoea punctata and Pantoea terrea to the genus Tatumella emend. as Tatumella citrea comb. nov., Tatumella punctata comb. nov. and Tatumella terrea comb. nov. and description of Tatumella morbirosei sp. nov. Int J Syst Evol Microbiol. 60(Pt 3):484-94. Brady C.L., Goszczynska T., Venter S.N., Cleenwerck I, De Vos P., Gitaitis R.D. and Coutinho T.A. 2011. Pantoea allii sp. nov., a novel species isolated from onion and onion seed. Int J Syst Evol Microbiol. 61(Pt 4): 932-7. Brady C., Cleenwerck I., Denman S., Venter S., Rodríguez-Palenzuela P., Coutinho T.A. and De Vos P. 2012. Proposal to reclassify Brenneria quercina (Hildebrand & Schroth 1967) Hauben et al. 1999 into a novel genus, Lonsdalea gen. nov., as Lonsdalea quercina comb. nov., descriptions of Lonsdalea quercina subsp. quercina comb. nov., Lonsdalea quercina subsp. iberica subsp. nov. and Lonsdalea quercina subsp. britannica subsp. nov., emendation of the description of the genus Brenneria, reclassification of Dickeya dieffenbachiae as Dickeya dadantii subsp. dieffenbachiae comb. nov., and emendation of the description of Dickeya dadantii. Int J Syst Evol Microbiol. 62(Pt 7):1592-1602.

Brady C.L., Cleenwerck I., van der Westhuizen L., Venter S.N., Coutinho T.A. and De Vos P. 2012. Pantoea rodasii sp. nov., Pantoea rwandensis sp. nov. and Pantoea wallisii sp. nov., three novel Pantoea species isolated from Eucalyptus. Int J Syst Evol Microbiol. 62(Pt 7):1457-64. Cárdenas-Flores A., Draye X. , Bivort C., Cranenbrouck S. and Declerck S. 2010. Impact of multispores in vitro subcultivation of Glomus sp. MUCL 43194 (DAOM 197198) on vegetative compatibility and genetic diversity detected by AFLP. Mycorrhiza, 20 (6): 415-425. Cardenas-Flores A., Cranenbrouck S., Draye X., Guillet A., Govaerts B. and Declerck S. 2011. The sterol biosynthesis inhibitor molecule fenhexamid impacts the vegetative compatibility of Glomus clarum. Mycorrhiza 21: 443-449. Carlsen T., Bjorvand Engh I., Decock C., Rajchenberg M. and Kauserud H. 2011. Multiple cryptic species with divergent substrate affinities in the Serpula himantioides species complex. Fungal Biology 115: 54-61. Cassagne C., Ranque S., Normand A.C., Fourquet P., Thiebault S., Planard C., Hendrickx M. and Piarroux R. (2011). Mould routine identification in the routine laboratory by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). PlosOne 6 (12) e28425. Castro C., Cleenwerck I., Trcek J., Zuluaga R., De Vos P., Caro G., Aguirre R., Putaux J.L. and Gañán P. 2012. Gluconacetobacter medellinensis sp. nov., cellulose- and noncellulose-producing acetic acid bacteria isolated from vinegar. Int J Syst Evol Microbiol. Chimetto L.A., Cleenwerck I., Thompson C.C., Brocchi M., Willems A., De Vos P. and Thompson F.L. 2010. Photobacterium jeanii sp. nov., isolated from corals and zoanthids. Int J Syst Evol Microbiol. 60(Pt 12):2843-8. Chimetto L.A., Cleenwerck I, Alves N. Jr, Silva B.S., Brocchi M., Willems A., De Vos P. and Thompson F.L. 2011. Vibrio communis sp. nov. isolated from marine animals

(Mussismilia hispida, Phyllogorgia dilatata, Palythoa caribaeorum, Palythoavariabilis and Litopenaeus vannamei). Int J Syst Evol Microbiol. 61(Pt 2):362-368. Chimetto L., Cleenwerck I., Moreira A.P.B., Brocchi M., Willems A., De Vos P. and Thompson F.L. 2011. Vibrio variabilis sp. nov. and Vibrio marinus sp. nov., isolated from Palythoa caribaeorum. Int J Syst Evol Microbiol. 61(Pt 12):3009-15. Chimetto L.A., Cleenwerck I., Brocchi M., Willems A., De Vos P. and Thompson F.L.(2011) . Marinomonas brasiliensis sp. nov. isolated from the coral Mussismilia hispida and reclassification of Marinomonas basaltis as a later synonym of Marinomonas communis. Int J Syst Evol Microbiol. 61(Pt 5):1170-5. Chimetto L.A., Cleenwerck I., Brocchi M., Willems A., De Vos P. and Thompson F.L. 2011. Marinobacterium coralli sp. nov., isolated from coral mucus (Mussismilia hispida). Int J Syst Evol Microbiol. 61(Pt 1):60-64. Cleenwerck I., De Wachter M., González A., De Vuyst L. and De Vos P. 2009. Differentiation of species of the family Acetobacteraceae by AFLP DNA fingerprinting: Gluconacetobacter kombuchae is a later heterotypic synonym of Gluconacetobacter hansenii. Int J Syst Evol Microbiol. 59(Pt 7):1771-86. Cleenwerck I., De Vos P. and De Vuyst L. 2010. Phylogeny and differentiation of species of the genus Gluconacetobacter and related taxa based on multilocus sequence analyses of housekeeping genes and reclassification of Acetobacter xylinus subsp. sucrofermentans as Gluconacetobacter sucrofermentans (Toyosaki et al. 1996) sp. nov., comb. nov. Int J Syst Evol Microbiol. 60(Pt 10):2277-83. Collado L., Cleenwerck I., Van Trappen S., De Vos P. and Figueras M.J. 2009. Arcobacter mytili sp. nov., an indoxyl acetate-hydrolysis-negative bacterium isolated from mussels. Int J Syst Evol Microbiol. 59(Pt 6): 1391-6. Crahay C., Declerck S., Colpaert J.V., Pigeon M. and Munaut F. 2013a. Viability

of ectomycorrhizal fungi following cryopreservation. Fungal Biology 117:103-111.

mini-symposium, Antonie van Leeuvenhoek Journal of Micobiology 99: 1-3.

Crahay C., Wevers J., Munaut F., Colpaert J.V. and Declerck S. 2013b. Cryopreservation of ectomycorrhizal fungi has minor effects on root colonisation of Pinus sylvestris plantlets and their subsequent nutrient uptake capacity. Mycorrhiza (in press).

Daniel H.M., Redhead S.A., Schnürer J., Naumov G.I., Kurtzman C.P. 2012. Proposals to conserve the name Wickerhamomyces against Hansenula and to reject the name Saccharomyces sphaericus (Ascomycota: Saccharomycotina,), Taxon 61(2): 459-461.

Crous P.W., Summerell B.A., Shivas R.G., Burgess T.I., Decock C., Dreyer L.L., Granke L.L., Guest D.I., Hardy G.E.St.J., Hausbeck M.K., Hüberli D., Jung T., Koukol O., Lennox C.L., Liew E.C.Y., Lombard L.,. McTaggart A.R, Pryke J.S., Roets F., Saude C., Shuttleworth L.A., Stukely M.J.C., Vánky K., Webster B.J., Windstam S.T. and Groenewald J.Z. 2012. Fungal Planet description sheets 107-127. Persoonia 28: 138-182.

Daniel H.M., Rosa C.A., São Thiago-Calaça P.S., Antonini Y., Bastos E.M.A.F., Evrard P., Huret S., Fidalgo-Jiménez A., Lachance M.A. 2013. Starmerella neotropicalis f.a., sp. nov., a new yeast species found in bees and pollen from Brazil and Cuba. Int J Syst Evol Microbiol, published online August 19

Cumagun C.J.R., Vallena M.G., Vargas L.D.V., Alviar A.N., Munaut F. and Van Hove F. 2009. Genetic characteristics of Gibberella fujikuroi mating population, A (Fusarium verticillioides) from corn in the Philippines. European Journal of Plant Pathology 75:405–412. Dai Y.C., Zhou L.W., Cui B.-K., Chen Y.-Q., and Decock C. 2010. Current advances in Phellinus sensu lato: medicinal species, functions, metabolites and mechanisms. Appl. Microbiol. Biotechnol. 87: 1587-1593. Daniel H.M., Vrancken G., Takrama J.S., Camu N. and De Vuyst L. 2009. Yeast diversity of Ghanian cocoa bean heap fermentations. FEMS Yeast Research 9: 774-783. Daniel H.M. and Prasad G.S. 2010. The role of culture collections as interface between providers and users: the example of yeasts. Research in Microbiology 161: 488-496. Daniel H.M., Moons M-C., Huret S., Vrancken G. and De Vuyst L. 2011. Wickerhamomyces anomalus in the sourdough microbial ecosystem. Antonie van Leeuvenhoek Journal of Micobiology 99: 63-73. Daniel H.M., Passoth V. and Walker G. 2011. Editorial 1st international Pichia anomala

Declerck D., Decock C. and Munaut F. 2011. 30 000 Champignons. Louvain, 187, 39. Decock C., Valenzuela R. and Castillo G. 2010. Studies in Perenniporia s.l.: Perenniporiella tepeitensis comb. nov., an addition to Perenniporiella. Cryptogamie Mycologie 31 (4): 419-429. Decock C. and Ryvarden L. 2011. Additions to the Neotropical Perenniporia: Perenniporia albo-incarnata comb. nov. and Perenniporia guyanensis sp. nov. Cryptogamie Mycologie 32: 13-23. Decock C., Mossebo D. and Yombiyeni P. 2011. The genus Perenniporia s.l. (Polyporaceae) in Africa V. Perenniporia alboferruginea sp. nov. from Cameroon. Plant Ecology and Evolution 144: 226-232. Decock C. 2011. Studies in Perenniporia s.l. (Polyporaceae): African taxa VII. Truncospora oboensis sp. nov., an undescribed species from cloud forest in São Tome. Cryptogamie Mycologie 32: 383-390. Decock C., Bitew A. 2012. Studies in Perenniporia. African taxa VI. A new species and a new record of Perenniporia from Afromontane forests of Ethiopia. Plant Ecology and Evolution 145 (2): 272–278. Degefu T., Wolde-Meskel E., Liu B., Cleenwerck I., Willems A., Frostegård A. 2012. Mesorhizobium shonense sp. nov., Mesorhizobium hawassense sp. nov. and Mesorhizobium abyssinicae sp. nov.

isolated from root nodules of different agroforestry legume trees growing in southern Ethiopia. Int J Syst Evol Microbiol. Denman S., Brady C., Kirk S., Cleenwerck I., Venter S., Coutinho T. and De Vos P. 2012. Brenneria goodwinii sp. nov., associated with acute oak decline in the UK. Int J Syst Evol Microbiol. 62(Pt 10):2451-6. De Jaeger N., Decock C., Declerck S., and de la Providencia I. 2010: Coupling autotrophic in vitro plant cultivation system to scanning electron microscope to study plant fungal interactions. Spanish Journal of Agricultural Research 8: S69–S78. Diéguez A.L., Beaz-Hidalgo R., Cleenwerck I.M., Balboa S., De Vos P. and Romalde J.L. 2011. Vibrio atlanticus sp. nov. and Vibrio artabrorum sp. nov. isolated from clams Ruditapes philippinarum and R. decussatus. Int J Syst Evol Microbiol. 61(Pt 10):2406-11. Duytschaever, G., Huys G., Bekaert M., Boulanger L., De Boeck K. and Vandamme P. 2011. Cross-sectional and longitudinal comparison of the predominant fecal microbiota compositions of a group of pediatric patients with cystic fibrosis and their healthy siblings. Appl. Environ. Microbiol. 77:8015-8024. Gallou A., Cranenbrouck S. and Declerck S. 2009. Trichoderma harzianum elicits defence response genes in roots of potato plantlets challenged by Rhizoctonia solani. European Journal of Plant Pathology 124, Nr 2. Gallou A., De Jaeger N., Cranenbrouck S. and Declerck S. 2010. Fast track in vitro mycorrhization of potato plantlets allow studies on gene expression dynamics. Mycorrhiza 20 (3), 201-207. Gallou A., Lucero Mosquera H.P., Cranenbrouck S., Suárez J.P., Declerck S. 2011. Mycorrhiza induced resistance in potato plantlets challenged by Phytophthora infestans. Physiological and Molecular Plant Pathology 76: 20-26. Gallou A., Declerck S. and Cranenbrouck S. 2012. Plant gene expression profiling reveal changes in biotic stress response during arbuscular mycorrhizal establishment in potato roots. Functional & Integrative Genomics 12:183-196.

Geiser D., Aoki T., Bacon C.W., Baker S., Bhattacharyya M.K., Brandt M.E., Brown D.W., Burgess L.W., Chulze S., Coleman J.J., Correll J.C., Covert S.F., Crous P.W., Cuomo C.A., De Hoog S., Di Pietro A., Elmer W.H., Epstein L., Frandsen R.J.N., Freeman S., Glenn A.E., Gordon T.R., Hammond-Kosack, Hanson L.E., del Mar Jímenez-Gasco M., Kang S., Kistler H.C., Kuldau G.A., Leslie J.F., Logrieco A., Lu G., Lysøe E., Ma L.J., McCormick S.P., Migheli Q., Moretti A., Munaut F. , O’Donnell K., Pfenning L., Ploetz R.C., Proctor R.H., Rehner S.A., Robert V., Rooney A.P., bin Salleh B., Scandiani M.M., Scauflaire J., Steenkamp E., Suga H., Summerell B.A., Sutton D.A., Ulf Thrane U., Trail F., Van Diepeningen A., VanEtten H.D., Viljoen A., Waalwijk C., Ward T.J., Wingfield M.J., Xu J.R., Yang X.B., Yli-Mattila T. and Zhang N. 2013. One Fungus, One Name: Defining the genus Fusarium in a scientifically robust way that preserves longstanding use. Phytopathology DOI 10.1094/PHYTO-07-120150-LE Giraud F., Pasquali M., Vrancken C., Cocco E., Munaut F., El Jarroudi M., Bohn T., Hoffmann L., and Delfosse P. 2009. Dossier : Fusarioses sur blé d’hiver au Grand-Duché de Luxembourg. Premiers résultats d’une enquête commencée en 2007sur l’identification des agents de la fusariose. Phytoma 622-623, 29-32. Godet M. and Munaut F. 2010. Molecular strategy for identification in Aspergillus section Flavi. FEMS Microbiology Letters 304 (2) : 157-167. Hagen F., Illnait-Zaragozi M.-T., Bartlett K., Swinne D., Geertsen E., Klaassen C.H.W., Boekhout T. and Meis J. F.(2010). In vitro antifungal susceptibilities and amplified fragment length polymorphism genotyping of a worldwide collection of 350 clinical, veterinary and environmental Cryptococcus gattii isolates. Antimicrobial agents and chemotherapy 5139-5145. Hawksworth D.L., Crous P.W., Redhead S.A., …, Daniel H.M., … 88 coauthors. 2011. The Amsterdam Declaration on Fungal Nomenclature. IMA Fungus 2: 105-112. Hendrickx M., Beguin H. and Detandt M. (2011). Genetic re-identification

and antifungal susceptibility testing of Aspergillus section Nigri strains of the BCCM/IHEM collection. Mycoses 55 (2): 148-155. Hendrickx M., Goffinet J.-S., Swinne D. and Detandt M. (2011). Screening of the strains of the Candida parapsilosis group of the BCCM/IHEM collection by Maldi-Tof MS. Diagnostic Microbiology and Infectious disease 70: 544-548. Hendrickx M., Packeu A., Goffinet J.-S. and Detandt M. (2012). MALDI-TOF-MS, a new and valuable alternative for the routine identification of pathogenic yeasts. Scientific Report 2010-2011, WIV-ISP. Hennebert G.L. and Decock C. 2009. Compendium of soil fungi. Mycotaxon. 490-491. Heylen, K., Hoefman, S., Vekeman, B., Peiren, J. and De Vos, P. 2012. Safeguarding bacterial resources promotes biotechnological innovation. Appl Microbiol Biotechnol 94: 565-74. Heylen K., Hoefman S., Vekeman B., Peiren J. and De Vos P. 2012. Safeguarding bacterial resources promotes biotechnological innovation. Appl Microbiol Biotechnol 94(3):565-74. Himmelreich U., Malik R., Kühn T., Daniel H.M., Somorjai R.L., Dolenko B. and Sorrell T.C. 2009. Rapid etiological classification of meningitis by NMR spectroscopy based on metabolite profiles and host response. PLoS One 4 (4): e5328. Hoefman, S., van der Ha, D., De Vos, P., Boon, N. and Heylen, K. 2012. Miniaturized extinction culturing is the preferred strategy for rapid isolation of fast-growing methane-oxidizing bacteria. Microb Biotechnol 5(3):368-78. Holzinger, A., Nagendra-Prasad D. and Huys G. 2011. Ultrastructure and plant protection potential of Bacillus subtilis strain 3A25. Crop Prot. 30:739-744. Huys G., D’Haene K., Cnockaert M., Tosi L., Danielsen M., Flórez A.B., Mättö J., Axelsson L., Korhonen J., Mayrhofer S., Egervärn M., Giacomini M. and Vandamme


47

P. 2010. Intra- and interlaboratory performances of two commercial antimicrobial susceptibility testing methods for bifidobacteria and nonenterococcal lactic acid bacteria. Antimicrob. Agents Chemother. 54:2567-2574. Huys G., Cnockaert M., Abbott S.L., Janda J.M. and Vandamme P. 2010. Hafnia paralvei sp. nov., formerly known as Hafnia alvei hybridization group 2. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 60:1725-1728. Huys G., Coopman V., Van Varenbergh D. and Cordonnier J. 2012. Selective culturing and genus-specific PCR detection for identification of Aeromonas in tissue samples to assist the medico-legal diagnosis of death by drowning. ForenSciInt 221:11-15. Huys G., Daniel H.M. and De Vuyst L., 2013. Taxonomy and biodiversity of sourdough yeasts and lactic acid bacteria. in Handbook on sourdough biotechnology, (Eds) M Gobbetti, M Gänzle, Springer. Huys G., Botteldoorn N., Delvigne F., De Vuyst L., Heyndrickx M., Pot B., Dubois J.-J. and Daube G. 2013. Microbial characterization of probiotics – Advisory report of the Working Group ‘8651 Probiotics’ of the Belgian Superior Health Council (SHC). Molecular Nutrition and Food Research. In press. IJdo M., Schtickzelle N., Cranenbrouck S. and Declerck S. 2010. Do arbuscular mycorrhizal fungi with contrasting life history strategies differ in their responses to repeated defoliation? FEMS Microbiology Ecology 72 (1): 114-122. IJdo M., Cranenbrouck S. and Declerck S. 2011. Methods for large-scale production of AM fungi: Past, present, and future. Mycorrhiza 21: 1-16. Jacobs PP, Geysens S, Vervecken W, Contreras R, Callewaert N. Engineering complex-type N-glycosylation in Pichia pastoris using GlycoSwitch technology. Nat Protoc. 2009;4(1):58-70. Joossens, M., Huys G., Van Steen K., Cnockaert M., Vermeire S., Rutgeerts P., Verbeke K., Vandamme P. and De Preter V.2011. Highthroughput method for comparative analysis


48

of denaturing gradient gel electrophoresis profiles from human fecal samples reveals significant increase in two bifidobacterial species after inulin-type prebiotic intake. FEMS Microbiol. Ecol. 75:343-349. Joossens, M., Huys G., Cnockaert M., De Preter V., Verbeke K., Rutgeerts P., Vandamme P. and S. Vermeire. 2011. Dysbiosis of the fecal microbiota in patients with Crohn’s disease and their unaffected relatives. Gut 60:631-637. Justé A., Van Trappen S., Verreth C., Cleenwerck I., De Vos P., Lievens B. and Willems K.A. 2012. Characterization of Tetragenococcus strains from sugar thick juice reveals a new species, Tetragenococcus osmophilus sp. nov., and divides Tetragenococcus halophilus into two subspecies, T. halophilus subsp. halophilus subsp. nov. and T. halophilus subsp. flandriensis subsp. nov. Int J Syst Evol Microbiol. 62(Pt 1):129-37. Korhonen J., van Hoek A., Saarela M., Huys G., Tosi L., Mayrhofer S. and von Wright A. 2010. Antimicrobial susceptibility of Lactobacillus rhamnosus. Beneficial Microbes 1:75-80. Labriola L., Vandercam B., Swinne D. and Jadoul M. (2009). Successful treatment with voriconazole of prolonged Paeciliomyces lilacinus Fungemia in a chronic hemodialyzed patient. Clinical Nephrology, 71(3):355-358. Lalaymia I., Cranenbrouck S., Draye X., Declerck S. 2012. Preservation at ultralow temperature of in vitro cultured arbuscular mycorrhizal fungi via entrapmentdrying. Fungal Biology 116:1032-1041. Lalaymia I., Declerck S., Cranenbrouck S. 2013. Cryopreservation of in vitro produced arbuscular mycorrhiza fungi has minor effects on their morphology, physiology and genetic stability. Mycorrhiza (in press). L’Ollivier C., Cassagne C., Normand A.-C., Bouchara J.-P., Contet-Audonneau M., Hendrickx M., Fourquet P., Coulibaly O., Piarroux R. and Ranque S. (2012). A MALDITOF MS procedure for clinical dermatophyte species identification in the routine laboratory. Medical Mycology (accepted)

Lu Q., Decock C., Zhang X. Y., and Maraite H. 2009. Ophiostomatoid fungi (Ascomycota) associated with Pinus tabuliformis and Dendroctonus valens (Coleoptera) in northern China and assessment of their pathogenicity on mature trees. Antonie van Leeuwenhoek 96: 275-293. Madoroba, E., Steenkamp E.T., Theron J., Scheirlinck I., Cloete T.E. and Huys G. 2011. Diversity and dynamics of bacterial populations during spontaneous sorghum fermentations used to produce ting, a South African food. Syst. Appl. Microbiol. 34:227-234. Mayrhofer S., van Hoek A., Mair C., Huys G., Aarts H., Kneifel W., Domig K. 2010. Antibiotic susceptibility of members of the Lactobacillus acidophilus group using broth microdilution and molecular identification of their resistance determinants. Int. J. Food Microbiol. 144:81-87. Montoya P., Bandala V.M., Haug I. and Stubbe D. (2012). A new species of Lactarius (subgenus Gerardii) from two relict Fagus grandifolia var. mexicana populations in Mexican montane cloud forests. Mycologia 104(1):175-181. Moretti C., Hosni T., Vandemeulebroecke K., Brady C., De Vos P., Buonaurio R. and Cleenwerck I. Erwinia oleae sp. nov., isolated from olive knots caused by Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi. Int J Syst Evol Microbiol. 61(Pt 11):2745-52. Munaut F., Moretti A. and Van Hove F. 2011. Identification of mycotoxigenic fungi in food and feed. In Determining mycotoxins and mycotoxigenic fungi in food and feed. Edited by De Saeger S., Woodhead Publishing , Cambridge, UK, pp. 427. Munaut F., Van Hove F. and Moretti A. 2011. Molecular identification of mycotoxigenic fungi in food and feedstuffs. In S. De Saeger (ed.), Determining mycotoxins and mycotoxigenic fungi in food and feed. Woodhead Publishing Limited, Cambridge, UK, p. 298-331. Munaut F., Scauflaire J., Gourgue M., Bivort C., Qi Y., Wu A., De Saeger S., Zhang D. and Van Hove F. 2013. Genetic and mycotoxigenic diversity of isolates

belonging to the Fusarium incarnatumequiseti species complex, and recovered from maize and banana in China. "12th European Fusarium Seminar", 12-16/05/2013, Bordeaux, France. Nedashkovskaya O.I., Van Trappen S., Frolova G.M.and De Vos P. 2012. Bacillus berkeleyi sp. nov., isolated from the sea urchin Strongylocentrotus intermedius. Arch Microbiol. 194(3):215-221. Ngamskulrungroj P., Himmelreich U., Breger J.A., Wilson C., Chayakulkeeree M., Krockenberger M.B., Malik R., Daniel H.M., Toffaletti D., Djordjevic J.T., Mylonakis E., Meyer W. and Perfect J.R. 2009. The trehalose synthesis pathway is an integral part of the virulence composite for Cryptococcus gattii. Infection and Immunity 77: 4584-4596. Ouadghiri, M., Vancanneyt, M., Vandamme, P., Naser, S., Gevers, G., Lefebvre, K., Swings, J. and Amar, M. (2009). Identification of lactic acid bacteria in Moroccan raw milk and traditionally fermented skimmed milk ‘lben’. Journal of Applied Microbiology. 106: 486–495 Pablos, M., Huys G., Cnockaert M., Rodríguez-Calleja J.M., Otero A., Santos J.A. and García-López M.L.. 2011. Identification and epidemiological relationships of Aeromonas isolates from patients with diarrhoea. Int. J. Food Microbiol. 147:203-210. Packeu A., Lebecque P., RodriguezVillalobos H., Boeras, A., Hendrickx M., Bouchara, J.P. and Symoens, F. (2012). Molecular typing and antifungal susceptibility of Exophiala species isolates from patients with cystic fibrosis. Journal of Medical Microbiology 61 (9):1226-33. Packeu A., Hendrickx M., Beguin H., Martiny D., Vandenberg O. and Detandt M. (2012). Identification of the Trichophyton mentagrophytes complex species using MALDI-TOF mass spectrometry. Medical Mycology (accepted) Papalexandratou Z., Cleenwerck I., De Vos P. and De Vuyst L. 2009. (GTG)5PCR reference framework for acetic acid bacteria. FEMS Microbiol Lett. 301(1): 44-9.

Papalexandratou Z., Falony G., Romanens E., Jimenez J.C., Amores F., Daniel H.M., De Vuyst L. 2011. Species diversity, community dynamics, and metabolite kinetics of the microbiota associated with traditional Ecuadorian spontaneous cocoa bean fermentations. Applied and Environmental Microbiology, 77: 7698-7714. Papalexandratou Z., Lefeber T., Bahrim B., Lee O.S., Daniel H.M. and De Vuyst L. 2013. Hanseniaspora opuntiae, Saccharomyces cerevisiae, Lactobacillus fermentum, and Acetobacter pasteurianus predominate during well-performed Malaysian cocoa bean box fermentations, underlining the importance of these microbial species for a successful cocoa bean fermentation process. Food Microbiology 35: 73-85. Pinhassi, J., Nedashkovskaya, O.I., Hagström, A. and Vancanneyt, M. (2009). Winogradskyella rapida, sp. nov., isolated from protein-enriched seawater. Int J Syst Evol Microbiol. 59: 2180-2184. Popp A., Cleenwerck I., Iversen C., De Vos P. and Stephan R. 2010. Pantoea gaviniae sp. nov. and Pantoea calida sp. nov. isolated from infant formula and infant formula production environment. Int J Syst Evol Microbiol. 60(Pt 12):2786-92. Proctor R.H., Van Hove F., Susca A., Stea G., Busman M., van der Lee T., Waalwijk C., Ward T.J., and Moretti A. 2013. Evidence for birth-and-death evolution of a secondary metabolite biosynthetic gene cluster and its relocation within and between genomes of the filamentous fungus Fusarium. Submitted in Molecular Microbiology, vol, blz Rakotoniriana E.F., Chataigné G., Raoelison G., Rabemanantsoa C., Munaut F., El Jaziri M., Urveg- Ratsimamanga S., Marchand-Brynaert J., Corbisier A.M., Declerck S., Quetin-Leclercq J. 2012. Characterization of an endophytic whorlforming Streptomyces from Catharanthus roseus stems producing polyene macrolide antibiotic. Canadian Journal of Microbiology 58: 617-627. Rakotoniriana E.F., Scauflaire J., Rabemanantsoa C., Urveg-Ratsimamanga

S., Corbisier A.M., Quetin-Leclercq J., Declerck S. and Munaut F. 2013a. Colletotrichum gigasporum sp. nov., a new species of Colletotrichum with long straight conidia. Mycological Progress 12: 403-412. Rakotoniriana E.F., Rafamantanana M., Randriamampionona D., Rabemanantsoa C., Urveg-Ratsimamanga S., El Jaziri M., Munaut F., Corbisier A.M., Quetin-Leclercq J. and Declerck S. 2013b. Study in vitro of the impact of endophytic bacteria isolated from Centella asiatica on the disease incidence caused by the hemibiotrophic fungus Colletotrichum higginsianum. Antonie van Leeuwenhoeck 103:121-133. Ramos P.L., Moreira-Filho C.A., Van Trappen S., Swings J., De Vos P., Barbosa H.R. and Thompson C.C., Vasconcelos A.T. and Thompson F.L. 2011. An MLSA-based online scheme for the rapid identification of Stenotrophomonas isolates. Mem Inst Oswaldo Cruz. 106(4):394-399. Ramos P.L., Van Trappen S., Thompson F.L., Rocha R.C., Barbosa H.R., De Vos P. and Moreira-Filho C.A. 2010. Screening for endophytic nitrogen-fixing bacteria in Brazilian sugarcane varieties used in organic farming and description of Stenotrophomonas pavanii sp. nov. Int J Syst Evol Microbiol. Raymundo T, Decock C., Valenzuela R., Amalfi M., Cifuentes J., Pacheco-Mota L. 2012. New records of the genus Fomitiporia (Hymenochaetales, Basidiomycota) in Mexico. Revista Mexicana de Biodiversidad 83: 313–32. Reekmans, R., Van den Plas, C., Stevens, P., Vervust, T. and De Vos, P. 2009. An alternative real-time PCR method for the detection of thermotolerant Bacillus sensu lato contaminants in naturally contaminated gelatine. Letters in Appl. Microbiol. 48. 763-769. Reekmans R., Stevens P., Vervust T. and De Vos P. 2009. An alternative real-time PCR method to detect Bacillus cereus group in naturally contaminated food gelatine: a comparison study. Lett. Appl. Microbiol. 48: 97-104.

Robledo G., Amalfi M., Castillo G., Rajchenberg M., and Decock C. 2009. Perenniporiella chaquenia sp. nov. from Argentina, and further notes on Perenniporiella and its relationships with Perenniporia (Poriales, Basidiomycota). Mycologia 101: 657-673. Rosa C.A., Jindamorakot S., Limtong S., Nakase T., Lachance M.A., Fidalgo-Jiménez A., Daniel H.M., Pagnocca F.C., Inácio J. and Morais P.B. 2009. Synonymy of the yeast genera Moniliella and Trichosporonoides and proposal of Moniliella fonsecae sp. nov. and five new species combinations. Int J Syst Evol Microbiol 59: 425-429. Rouah-Martin E., Mehta J., Van Dorst B., De Saeger S., Dubruel P., Maes B.U.W., Lemiere F., Goormaghtigh E., Daems D., Herrebout W., Van Hove F., Blust R., Robbens J. 2012. Aptamer-based molecular recognition of lysergamine, metergoline and small ergot alkaloids. Int. J. Mol. Sci. 13(12), 17138-17159. Sanders M.E., Akkermans L.M.A., Haller D., Hammerman C., Heimbach J., Hörmannsperger G., Huys G., Levy D.D., Lutgendorff F., Mack D., Phothirath P., Solano-Aguilar G. and Vaughan E. 2010. Safety assessment of probiotics for human use. Gut Microbes 1:1-22. Savini V., Hendrickx M., Sisti M., Masciarelli G., Favaro M., fontana C., Pitzurra L., Arzeni D., Astolfi D., Catavitello C., Polilli E., Farina C., Fazii P., D'antonio D. and Stubbe D. (2012). An atypical, pigment-producing Metschnikowia strain from a leukaemia patient. Medical Mycology (early online) Scauflaire J. and Munaut F. 2009. Etat de la fusariose sur maïs en Wallonie. Les nouvelles de l’été, 3e trimestre 2009, Publication trimestrielle de la direction générale de l’agriculture des ressources naturelles et de l’environnement, Namur, Belgique. pp34-35. Scauflaire J., Mahieu O., Louvieaux J., Foucart G., Renard F. and Munaut F. 2011. Biodiversity of Fusarium species in ears and stalks of maize plants in Belgium. European Journal of Plant Pathology, 131:59–66. Scauflaire J., Gourgue M. and Munaut F.

2011. Fusarium temperatum sp. nov. from maize, an emergent species closely related to Fusarium subglutinans. Mycologia 103 : 586-597. Scauflaire, J., Gourgue, M., Callebaut, A., Pussemier, L, Munaut, F. 2011. Pathogenicity and mycotoxin profile of Fusarium temperatum, an emergent pathogen of maize in Belgium. Journal of Plant Pathology 93 (1, supplement), 25. Scauflaire J., Gourgue M., Callebaut A., Munaut F. 2012. Fusarium temperatum, a mycotoxin-producing pathogen of maize. European Journal of Plant Pathology 133 (4): 911-922. Scauflaire J., Godet M., Gourgue M., Liénard Ch. and Munaut F. 2012b. A multiplex real-time PCR method using hybridization probe for the detection and quantification of Fusarium proliferatum, F. subglutinans, F. temperatum and F. verticillioides. Fungal Biology, 116, 10731080. Selouane A., Bouya D., Lebrihia A., Decock C., and Bouseta A. 2009. Impact of some environmental factors on growth and production of ochratoxin A by Aspergillus tubingensis, A. niger, and A. carbonarius isolated from Moroccan grapes. Journal of Microbiology 47: 411-419. Selouane A., Zouhair S., Bouya D., Lebrihi A., Decock C. & Bouseta A. 2009. Production de l’ochratoxine A par des espèces d’Aspergillus isolées à partir du raisin: identification moléculaire de douze isolats et impact du milieux de culture sur la croissance et la production d’OTA. Proceeding of 3d international congress of Biochemistry, Marrakesh, 20-25 avril 2009. Sistek V., Maheux A.F., Boissinot M., Bernard K.A., Cantin P., Cleenwerck I., De Vos P. and Bergeron M.G. 2012. Enterococcus ureasiticus sp. nov. and Enterococcus quebecensis sp. nov., isolated from water. Int J Syst Evol Microbiol. 62(Pt 6):1314-20. Smet A., Flahou B., D'Herde K., Vandamme P., Cleenwerck I., Ducatelle P., Pasmans F., Haesebrouck F. Helicobacter heilmannii sp. nov., isolated from feline gastric mucosa.

Int J Syst Evol Microbiol. 62(Pt 2):299-306. Erratum in: Int J Syst Evol Microbiol. 2012, 62(Pt 4):1016. Stadler M., Fournier J., Læssøe T., Decock C., Peršoh D., Rambold G. 2010. Ruwenzoria, a new genus of the Xylariaceae from Central Africa. Mycological Progress 9: 169–179. Stubbe D. and Verbeken A. (2012). Lactarius subg. Plinthogalus: The European taxa and American varieties of L. lignyotus re-evaluated. Mycologia 104(6):1490-1501. Stubbe D., Wang X.H. and Verbeken A. (2012). New combinations in Lactifluus. 2. L. subg. Gerardii. Mycotaxon 119:483-485. Stubbe D., Le H., Wang X.H., Nuytinck J., Van de Putte K. and Verbeken A. (2012). The Australasian species of Lactarius subgenus Gerardii (Russulales). Fungal Diversity 52(1):141-167. Supré K., De Vliegher S., Cleenwerck I., Engelbeen K., Van Trappen S., Piepers S., Sampimon O.C., Zadoks R.N., De Vos P. and Haesebrouck F. 2010. Staphylococcus devriesei sp. nov., isolated from teat apices and milk of dairy cows. Int J Syst Evol Microbiol. 60(Pt 12): 2739-44. Swinne D., Nolard N., Van Rooij P. and Detandt M. (2009). Bloodstream yeast infections in Belgium: a 15-months survey (06.2005-09.2006). Epidemiology and Infection, 137(7):1037-40. Symoens F., Jousson O., Planard C., Fratti M., Staib P., Bernard M. and Monod M. (2010). Molecular analysis and mating behaviour of the Trichophyton mentagrophytes species complex. International Journal of Medical Microbiology 301(3): 260-6. Triest D., Hendrickx M., De Cremer K., Piérard D. and Detandt M. 2012. Pathogenic moulds of the BCCM/IHEM collection: screening of Fusarium. Poster at the annual meeting of the Belgian Society of Human and Animal Mycology. Triest D., Hendrickx M., De Cremer K., Stubbe D., Piérard D. and Detandt M. 2013. In vitro antifungal susceptibility testing of the clinical Fusarium strains in the Belgian

fungal BCCM/IHEM-collection suggests alternative treatments for different types of Fusarium infection. Article in preparation. Vanden Bempt I., Van Trappen S., Cleenwerck I., De Vos P., Camps K., Celens A. and Van De Vyvere M.2011. Actinobaculum schaalii causing Fournier's gangrene. J Clin Microbiol. 49(6):2369-71. Vanhee L., Symoens F., Jacobsen M.D., Nelis H.J. and Coenye T. (2009). Comparison of multiple typing methods for Aspergillus fumigatus. Clinical Microbiology and Infection, 15:643-650. Vanhulle S., Trosvalet M., Enaud E., Lucas M., Mertens V., Sonveaux M., Decock C., Schneider J. and Corbisier A.M. 2008. Cytotoxicity and genotoxicity evolution during decolourization of dyes by White Rot Fungi. World Journal of Microbiology and Biotechnology 24: 337–344. Van den Bossche D., De Bel A., Hendrickx M., De Becker A., Jacobs R., Naessens A. and Piérard D. (2012). Galactomannan enzymatic immunoassay cross-reactivity caused by Prototheca species. Journal of clinical microbiology 50 (10): 3371-3373. Van Hoorde K., Heyndrickx M., Vandamme P. and Huys G. 2010. Influence of pasteurization, brining conditions and production environment on the microbiota of artisan Gouda-type cheeses. Food Microbiol. 27:425-433. Van Hoorde K., Van Leuven I., Dirinck P., Heyndrickx M., Coudijzer K., Vandamme P. and Huys G. Selection, application and monitoring of Lactobacillus paracasei strains as adjunct cultures in the production of Gouda-type cheeses. Int. J. Food Microbiol. 144:226-235. Valenzuela R., Raymundo T., Amalfi M., Castillo G. and Decock C. 2010. Two undescribed species of Phylloporia are evidenced in Mexico based on morphological, phylogenetic and ecological data. Mycological Progress 10: 341-349. Valenzuela R., Raymundo T., Amalfi M., Decock C. 2012. Coltriciella sonorensis sp. nov, an undescribed species from


49

Mexico: evidence from morphology and DNA sequence data. Mycological Progress 11:181–189.

arbuscular mycorrhizal fungi allows fast colonization of seedlings under in vitro conditions. Mycorrhiza 19: 347-356.

double-blind placebo-controlled trial in healthy volunteers. British Journal of Nutrition 104:1806-1816.

Valenzuela R., Raymundo T., Decock C., Esqueda M. 2012. Aphyllophoroid fungi from Sonora, México 2. New records from Sierra of Álamos-Río Cuchujaqui Biosphere Reserve. Mycotaxon 122: 51-59.

Voyron S., Roussel S., Munaut F., Varese G.C., Declerck S. and Filipello Marchisio V. 2009. Vitality and genetic fidelity of White Rot Fungi mycelia following different methods of long-term preservation. Mycological research 113, 1027-103.

Winkelhoff A.J., Cleenwerck I., De Vos P. 2010. Phylogenetic variation of Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotype e reveals an aberrant distinct evolutionary stable lineage. Infect Genet Evol. 10(7): 1124-31.

Vrancken G., De Vuyst L., Van der Meulen R., Huys G., Vandamme P. and Daniel H.M. 2010. Yeast species composition differs between artisan bakery and spontaneous laboratory sourdoughs. FEMS Yeast Res. 10:471-481.

Yombiyeni P., Douanla-Meli C., Amalfi M. and Decock C. 2010. Poroid Hymenochaetaceae from Guineo-Congolian rainforest: Phellinus gabonensis sp. nov. from Gabon - taxonomy and phylogenetic relationships. Mycological Progress 10: 351-362.

Van Hove F. 2010. Des mycotoxines dans les parties apparemment non moisies des ensilages. Point Vet. 41(310):66-68. Van Hove F., Waalwijk C., Logrieco A., Munaut F. and Moretti A. 2011. Gibberella musae (Fusarium musae) sp. nov.: a new species from banana closely related to F. verticillioides. Mycologia 103: 570-585. Van Hove F., De Saeger S., Lazzaro I., Qi Y., Zhang D., Wu A., Munaut F. 2013. Phylogenetic diversity of and fumonisin gene cluster distribution within Fusarium isolates from wild banana in China. "12th European Fusarium Seminar", 12-16/05/2013, Bordeaux, France. Van Poucke K., Monbaliu S., Munaut F., Heungens K., De Saeger S., Van Hove F. 2012. Genetic diversity and mycotoxin production of Fusarium lactis species complex isolates from sweet pepper. Int. J. Food Microbiol. 153(1-2):28-37. Van Rooij P., Declercq J. and Beguin H. (2011). Canine dermatophytosis caused by Trichophyton rubrum: an example of manto-dog transmission. Mycoses 55 (2): 15-17. Van Rooij P., Declercq J., Beguin H. 2012. Canine dermatophytosis caused by Trichophyton rubrum: an example of manto-dog transmission. Mycoses 55: e15-e17. Vanheule A., De Boevre M., Audenaert Bekaert, B., K., Eeckhout M., Munaut F., De Saeger S. and Haesaert, G. 2013. Natural occurrence of Fusarium mycotoxins in small unprocessed cereals, food and feed products using a newly developed and validated UPLC-MS/MS. To be submitted in Journal of Agricultural and Food Chemistry. Voets L. , de la Providencia I., Fernandez K., IJdo M, Cranenbrouck S. and Declerck S. 2009. Extraradical mycelium network of


50

Vrancken G., De Vuyst L., Van der Meulen R., Huys G., Vandamme P., Daniel H.M. 2010. Yeast species composition differs between artisan bakery and spontaneous laboratory sourdoughs. FEMS Yeast Research 10: 471-481. Wang X.H., Stubbe D. and Verbeken A. (2012). Lactifluus parvigerardii sp. nov., a new link towards the pleurotoid habit in Lactifluus subgen. Gerardii (Russulaceae, Russulales). Cryptogamie-Mycologie 33. Weckx S., Van der Meulen R., Allemeersch J., Huys G., Vandamme P., Van Hummelen P. and De Vuyst L. 2010. Community dynamics of bacteria in sourdough fermentations as revealed by their metatranscriptome. Appl. Environ. Microbiol. 76:5402-5408. Weckx S., Allemeersch J., Van der Meulen R., Vrancken G., Huys G., Vandamme P., Van Hummelen P. and De Vuyst L. 2011. Metatranscriptome analysis for insight into whole-ecosystem gene expression during spontaneous wheat and spelt sourdough fermentations. Appl. Environ. Microbiol. 77:618-626. Wieme A., Cleenwerck I., Van Landschoot A. and Vandamme P. 2012. Pediococcus lolii DSM 19927T and JCM 15055T are strains of Pediococcus acidilactici. Int J Syst Evol Microbiol. 62(Pt 12):3105-8. Wind, R.D., Tolboom H., Klare I., Huys G. and Knol J. 2010. Tolerance and safety of the potentially probiotic strain Lactobacillus rhamnosus PRSF-L477: a randomized,

Zago, M., Huys G. and Giraffa G. 2010. Molecular basis and transferability of tetracycline resistance in Enterococcus italicus LMG 22195 from fermented milk. International Journal of Food Microbiology 142:234-236. Zhao J.P., Lu Q., Liang J., Decock C. and Zhang X. Y. 2010. Lasiodiplodia pseudotheobromae, a new record of pathogenic fungi from some subtropical and tropical trees in southern China. Cryptogamie Mycologie 31 (4): 431-439.

Contacten

BCCM CC

BCCM CC

BCCM CC die worden gecoördineerd BCCM Het BCCM-consortium bestaat uit 7 gedecentraliseerde cultuurverzamelingen doorCC een centraal team bij het Federaal Wetenschapsbeleid. Elke verzameling is verbondenBCCM aan een gastlaboratorium. BCCM BCCM CC CC BCCM CC CC BCCM CC Coordination Cell Begian Science Policy office Tel.: +32 (0)2 238 34 62 Email: [email protected]

Diatoms BCCM CC Ghent University Tel.: +32 (0)9 264 85 10 Email: [email protected]

BCCM CC

BCCM CC

Plasmids Ghent University Tel.: +32 (0)9 331 38 43 E-mail: [email protected] Bacteria Ghent University Tel.: +32 (0)9 264 51 08 E-mail: [email protected]

Biomedical Fungi & Yeasts Scientific Institute of Public Health, Brussels Tel.: +32 (0)2 642 55 18 E-mail: [email protected]

Environmental and applied Mycology Université Catholique de Louvain Tel.: +32 (10) 47 37 42 E mail: [email protected]

Mycobacteria Institute of Tropical Medicine, Antwerp Tel.: +32 (0)3 247 65 51 E-mail: [email protected]

Cyanobacteria University of Liège Tel.: +32 (0)4 366 33 87 E-mail: [email protected]


51

ISBN D/2013/1191/10

Activiteitenrapport BCCM

Recommend Documents