Opleidingsstatuut Bacheloropleiding Bio-informatica Studiejaar

Opleidingsstatuut Bacheloropleiding Bio-informatica Studiejaar 2015 – 2016

Deel 3

Beschrijving van het onderwijs De inhoud van dit deel maakt onverkort deel uit van de Onderwijs- en examenregeling (OER) die in deel 2 van dit opleidingsstatuut is opgenomen.

1

Opleidingstatuut Instituut Applied Sciences 2015-2016

Deel 3 Beschrijving van het onderwijs Inhoud

Inhoudsopgave

1.

2.

Curriculumoverzichten (voltijd) .................................................................................................. 5 1.1

Samenstelling propedeutische fase (voltijd) ...................................................................... 5

1.2

Samenstelling postpropedeutische fase (voltijd) ............................................................... 5

1.3

Veiligheid ............................................................................................................................ 6

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase .................................... 7 OWE 1a: Relationele databanken voor het beheer van gegevens uit biologische experimenten . 8 Toetsprogramma OWE 1a: Relationele databanken voor het beheer van gegevens uit biologische experimenten (BI1a) .................................................................................................. 10 OWE 1b: Basiskennis voor Bio-informatici ................................................................................... 17 Toetsprogramma OWE BI1b: Inleiding moleculaire biologie en gisting ....................................... 20 OWE 2a: Programmeren in Python (1) ......................................................................................... 23 Toetsprogramma OWE 2a: Programmeren in Python (1) (BI2a) .................................................. 25 OWE 2b: Opsporen van genetische mutaties bij erfelijke ziektes ................................................ 28 Toetsprogramma OWE 2b: Opsporen van genetische mutaties bij erfelijke ziektes (BI2b) ........ 31 OWE 3a: Programmeren in Python (2) ......................................................................................... 38 Toetsprogramma OWE 3a: Programmeren in Python (2) (BI3a) .................................................. 40 OWE 3b: Vergelijkende genoomanalyse: evolutie van virussen .................................................. 43 Toetsprogramma OWE 3b: Vergelijkende genoomanalyse: evolutie van virussen (BI3b) ........... 46 OWE 4a: Geautomatiseerde identificatie van eiwitten via sequentievergelijking ....................... 51 Toetsprogramma OWE 4a: Geautomatiseerde identificatie van eiwitten via sequentievergelijking (BI4a) ......................................................................................................... 53 OWE 4b: Sequentie alignment (BLAST) en functionele eiwit analyse .......................................... 57 Toetsprogramma OWE 4b: Sequentie alignment (BLAST) en functionele eiwit analyse (BI4b) .. 60 Integrale Toets Propedeutische fase ............................................................................................ 78

3.

Gegevens onderwijseenheden en integrale toetsen post-propedeutische fase ...................... 80 OWE 5a: Programmeren in Java ................................................................................................... 81 Toetsprogramma OWE 5a: Programmeren in Java (BI5a) ............................................................ 83 OWE 5b: Proteomics: eiwitstructuren, eiwitfuncties, scheidingstechnieken en data analyse .... 87 Toetsprogramma OWE 5b: Proteomics: eiwitstructuren, eiwitfuncties, scheidingstechnieken en data analyse (BI5b) ....................................................................................................................... 90 OWE 6a: Datastructuren en algoritmen in Java ......................................................................... 102 Toetsprogramma OWE 6a: Datastructuren en algoritmen in Java (BI6a) .................................. 104 OWE 6b: Transcriptomics: data analyse m.b.t. regulatie van metabole routes ......................... 107

2



Toetsprogramma OWE 6b: Transcriptomics: data analyse m.b.t. regulatie van metabole routes (BI6b) .......................................................................................................................................... 109 OWE7a: Analyse en ontwerptechnieken .................................................................................... 117 Toetsprogramma OWE 7a: Analyse en ontwerptechnieken (BI7a)............................................ 119 OWE7b: Genomics: annoteren van genomisch DNA.................................................................. 124 Toetsprogramma OWE 7b: Genomics: annoteren van genomisch DNA (BI7b) ......................... 127 OWE 8a: Webtechnologie en textmining ................................................................................... 134 Toetsprogramma OWE 8a: Webtechnologie en textmining (BI8a) ............................................ 136 OWE 8b: Moleculaire fylogenie: evolutie, multiple sequence alignment m.b.t. signaaltransductie .................................................................................................................................................... 145 Toetsprogramma OWE 8b: Moleculaire fylogenie: evolutie, multiple sequence alignment m.b.t. signaaltransductie (BI8b) ............................................................................................................ 147 OWE9: Stage Bio-informatica ..................................................................................................... 164 Toetsprogramma OWE 9: stage bio-informatica (BI9) ............................................................... 166 OWE 10a: Data Mining en grid computing ................................................................................. 186 Toetsprogramma OWE 10a: Data Mining en grid computing (BI10a) ........................................ 188 OWE 10b: Eiwitten: carcinogenese en eiwitstructuren.............................................................. 192 Toetsprogramma OWE 10b: Eiwitten: carcinogenese en eiwitstructuren (BI10b) .................... 194 OWE 11: RNA-seq, biostatistiek, webservices en workflows ..................................................... 200 Toetsprogramma OWE 11: RNA-seq, biostatistiek, webservices en workflows (BI11) .............. 203 OWE12: Afstudeeropdracht Bio-informatica ............................................................................. 212 Toetsprogramma OWE 12: Afstudeeropdracht bio-informatica (BI12) ..................................... 214 Integrale Toets hoofdfase Bio-informatica................................................................................. 234 Integrale Toets afstudeerfase Bio-informatica........................................................................... 236 4.

Verkorte programma’s ............................................................................................................ 238

5.

Gegevens HAN-gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden .......... 239 Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules.......................................................... 240 Toetsprogramma ASC-M-PB: Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules .......... 242

Minor Molecular Plant Biology ...................................................................................................... 260 Toetsprogramma Minor Molecular Plant Biology (ASC-M-PL) ................................................... 264 Minor Palet aan natuurwetenschappelijk onderzoek ................................................................ 281 OWE RM15: Mini researchminor................................................................................................ 283 Toetsprogramma OWE RM15: Mini researchminor (BMCBi-RM15) .......................................... 285 OWE RM30: Researchminor ....................................................................................................... 302 Toetsprogramma OWE RM30: Researchminor (BMCBi-RM30) ................................................. 304 Minor Nanotechnologie.............................................................................................................. 325

3



Toetsprogramma Minor Nanotechnologie (ASC-M-NT) ............................................................. 327 6.

Opsomming onderwijseenheden van AD-graad naar Bachelorgraad .................................... 329

7.

Eindkwalificaties HBO-bachelorgraad..................................................................................... 329

4


1. 1.1

Deel 3 Beschrijving van het onderwijs Curriculumoverzichten

Curriculumoverzichten (voltijd) Samenstelling propedeutische fase (voltijd)

Conform artikel 4.1 lid 1 en artikel 6.1 lid 1 van de OER De propedeutische fase omvat de volgende onderwijseenheden met de daarbij vermelde studielast. Niveau 1 a. OWE 1a: BI1a (7,5 studiepunten) b. OWE 1b: BI1b (7,5 studiepunten) c. OWE 2a: BI2a (7,5 studiepunten) d. OWE 2b: BI2b (7,5 studiepunten) e. OWE 3a: BI3a (7,5 studiepunten) f. OWE 3b: BI3b (7,5 studiepunten) g. OWE 4a: BI4a (7,5 studiepunten) h. OWE 4b: BI4b (7,5 studiepunten) Overzicht propedeuse periode 1 periode 2 BI1a BI2a BI1b BI2b (2 x 7,5 stp) (2 x 7,5 stp)

1.2

periode 3 BI3a BI3b (2 x 7,5 stp)

periode 4 BI4a BI4b (2 x 7,5 stp)

Samenstelling postpropedeutische fase (voltijd)

Conform artikel 4.1 lid 1 en artikel 6.1 lid 1 van de OER De postpropedeutische fase omvat per inrichtingsvorm de volgende onderwijseenheden met de daarbij vermelde studielast. Niveau 2 i. j. k. l. m. n. o. p. Niveau 3 q. r. s. t. u.

OWE 5a: BI5a (7,5 studiepunten) OWE 5b: BI5b (7,5 studiepunten) OWE 6a: BI6a (7,5 studiepunten) OWE 6b: BI6b (7,5 studiepunten) OWE 7a: BI7a (7,5 studiepunten) OWE 7b: BI7b (7,5 studiepunten) OWE 8a: BI8a (7,5 studiepunten) OWE 8b: BI8b (7,5 studiepunten) OWE 9: BI9 (30 studiepunten) OWE 10a: BI10a (7,5 studiepunten) OWE 10b: BI10b (7,5 studiepunten) OWE 11: BI11 (15 studiepunten) OWE 12: BI12 (30 studiepunten)

5


Overzicht postpropedeutische fase periode 1 BI5a 2e BI5b jaar (2x7,5 stp)

Deel 3 Beschrijving van het onderwijs Curriculumoverzichten

periode 2 BI6a BI6b (2x7,5 stp)

3e jaar

Minor of Stage (BI9) (30 stp)

4e jaar

Minor, stage (BI9) of afstudeeropdracht (BI12) (30 stp)

1.3

periode 3 periode 4 BI7a BI8a BI7b BI8b (2x7,5 stp) (2x7,5 stp) BI10a BI11 BI10b (15 stp) (2x7,5 stp) Minor of afstudeeropdracht (BI12) (30 stp)

Veiligheid

Indien studenten via vrijstellingen of andere regelingen in de postpropedeutische fase instromen zijn zij verplicht de workshop ‘Veilig werken in het laboratorium’ te volgen en met goed gevolg af te sluiten (zie bijlage 3 van het reglement examencommissie Applied Sciences).

6


2.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase

Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase

Conform artikel 4.1 lid 2 van de OER

7


Titel OWE


OWE 1a: Relationele databanken voor het beheer van gegevens uit biologische experimenten ECU 1a: Maintenance of data from biological experiments using relational

databases Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. 7.

Studiepunten, studielast Samenhang met andere OWE’en

8.

Ingangseisen m.b.t. (deel)tentamens

9.

Algemene omschrijving

10.

Competenties

11.

Beoordelingscriteria Tentaminering

12.

BI1a Bio-informatica Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 BT1: Opzetten en beheren van een Bio-informatica infrastructuur N.v.t. Afvinkopdrachten informatica (Af) Technische documentatie (Td) Onderzoeksverslag (V) 7,5 stp 210 SBU Introductiecursus Bio-informatica. In deze course worden de beginselen geleerd van het maken van databases en web applicaties ter voorbereiding van OWE2a, 4a, 5a, 8a. Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid , Economie en Maatschappij of Cultuur en Maatschappij (met wiskunde A, of wiskunde B, of natuurkunde). Voor deelname aan deeltentamen Thematoets geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen informatica en het met voldaan afronden van de Afvinkopdrachten. De student gebruikt biologische data uit experimenten en slaat deze in een database op. Voor het opslaan van de gegevens ontwerpt en bouwt de student een database. De student zal voor het realiseren van de taak moeten samenwerken met gebruikers. De student moet de technische gebruikers van zijn database zowel schriftelijk, in de vorm van een handleiding, als mondeling kunnen informeren over het gebruik van de database. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau) uit te leggen: - een database te ontwerpen en op te zetten waarin op overzichtelijke wijze relevante experimentele gegevens opgeslagen en beheerd kunnen worden (C3,I en C6,I); - een technische handleiding te schrijven voor het werken met de database (C6,I); - op een constructieve manier met een groep samen te werken (C8,I en C9,I en C10,I en C12,I); - te reflecteren op opgedane ervaringen (C12, I). Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren Deeltentamens BI1a-Af Afvinkopdrachten informatica (Af) BI1a-Td Technische documentatie (Td) BI1a-T Thematoets Project en Informatica (T) BI1a-V Onderzoeksverslag (V) BI1a-IPV IPV Weging Eindcijfer: (Td+2T)/3 Compensatiemogelijkheden

-

8



- Afvinkopdrachten moeten zijn afgevinkt met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de thematoets. - Cijfers toetsen/beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. - Afvinkopdrachten, Onderzoeksverslag, IPV Periode 1, herkansingen periode 2. Voor deelname aan de deeltentamens IPV is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3).

Instapvoorwaarden tentamen

Frequentie (deel)tentamens 13.

Verplichte literatuur

14. 15. 16.

Aanbevolen literatuur Software Overig materiaal

17. 18.

Activiteiten Werkvormen

De laatste druk van:  Bruggen, M. van der, Relationele databanken voor het beheren van experimentele gegevens, HAN  Bordeloi, B., Bock, D., SQL in het Hoger Onderwijs. Amsterdam: Pearson Benelux BV.  Ubuntu Linux (http://www.ubuntu.com/). Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Werken met SQL Informatica Werken met LINUX Toepassen van een databaseontwerpmethode (ERD) Werkvorm: hoorcollege Onderwerpen o.a. Schrijfleerlijn (samenvatting, technische documentatie) Excel Zoektermen Gebruik laptop

Ondersteunend vak Workshops

19.

20. 21.

Les- / Contacturen

Onderwijsperiode Maximum aantal deelnemers

Werkvorm: workshop Tutor: 7 weken 3 uur per week (21 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Informatica theorie(2) en praktijk(4): 7 weken 6 uur per week (42 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (7 weken 4 u per week) (28 u) Workshops (14 u) Toetsing: Thematoets (3u) Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 15 lesuren per week / 102 lesuren per periode = 77 klokuren per periode. Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 134 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 1 n.v.t.

9



Toetsprogramma OWE 1a: Relationele databanken voor het beheer van gegevens uit biologische experimenten (BI1a) Beroepstaak 1: Opzetten en beheren van een bio-informatica infrastructuur. OWE Deeltentamen Code: BI1a-Af Naam: Afvinkopdrachten Vorm: Individueel Praktijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Code: BI1a-Td Naam: Technische documentatie Vorm:

Indicatoren

Beoordelingscriteria

Competentie 6: eigen systeem beheren 6.1.1. Werkt onder LINUX: a. systeemcommando’s; b. filesysteem opbouw; c. toegangsrechten; d. documentatie. 6.1.2. Werkt zich in op nieuwe software of scriptingtaal (mySQL, Emboss). Competentie 3: Databeheren 3.1.1. Verzamelt gegevens uit diverse databronnen (het lab, databases van derden,) of gebruikt gegevens geproduceerd door geautomatiseerde laboratorium apparatuur. 3.1.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. 3.1.3. Implementeert het ontwerp. 3.1.4. Manipuleert middels SQL gegevens in een relationele database. 3.1.6. Schrijft queries die data uit databases met biologische data halen.

De student:  kan op de command line eenvoudige Linux commando´s geven om bestanden te manipuleren;  is in staat de architectuur van een Linux systeem toe te lichten;  is in staat een database ontwerp te maken middels een ERD;  is in staat basaal gegevens te normaliseren;  kan data manipuleren met de statements delete, update en insert;  kan database structuren manipuleren van database met create, alter en drop statements;  kan data in database wijzigen middels update, delete, insert;  kan met de basis principes van transactiemechanismen in de database gevolgen van concurrent transacties voorspellen;  kan begrippen als integriteit, referentiele integriteit, consistentie en redundantie toepassen op data in een database;  kan constraints (PK, FK, UK, Not null, Check) op tabellen maken en op de juiste momenten toepassen;  is in staat om met SQL queries te schrijven met gebruikmaking van:  where en order by clausules;  analytische functies;  groepsfuncties;  joins;  subqueries en gecorreleerde subqueries. Zie onderstaande beoordelingsformulier technische documentatie.

Competentie 1: Verheldering van natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.1.2. Stelt duidelijke en heldere inhoudelijke vragen aan de expert om helderheid over de opdracht te krijgen. 1.1.5. Verzamelt en beoordeelt informatie op relevantie voor de opdracht. De informatie wordt

Waardering / Cesuur

Examinatoren

Alle afvinkopdrachten moeten met goed gevolgd zijn afgerond voor een voldaan beoordeling.

1 examinator voor de beoordeling (Expert).

Het behalen van de afvinkopdrachten en aanwezigheid bij de praktijklessen informatica is een voorwaarde voor deelname aan de thematoets.

Zie beoordelingsformulier technische documentatie. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

10



Schriftelijk Groep Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI1a-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

aangereikt. (er wordt verwezen naar relevante bronnen, er worden suggesties gedaan). 1.1.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht is uitgevoerd. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. Competentie 3: Data beheren 3.1.1. Verzamelt gegevens uit diverse databronnen (het lab, databases van derden,) of gebruikt gegevens geproduceerd door geautomatiseerde laboratorium apparatuur. 3.1.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. 3.1.3. Implementeert het ontwerp. 3.1.4. Manipuleert middels SQL gegevens in een relationele database. 3.1.5. Schrijft technische documentatie. 3.1.6. Schrijft queries die data uit databases met biologische data halen. Competentie 7: Communiceren, rapporteren en presenteren C1-08 Past correcte (werkwoord)spelling en grammatica toe. C1-09 Geeft het doel aan. C1-10 Tekst sluit aan bij doelgroep (lezers). C1-11 Brengt eenvoudige en logische structuur aan. Competentie 1: Verheldering van natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.1.2. Stelt duidelijke en heldere inhoudelijke vragen aan de expert om helderheid over de opdracht te krijgen. 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.5. Verzamelt en beoordeelt informatie op relevantie voor de opdracht. De informatie wordt aangereikt. (er wordt verwezen naar relevante bronnen, er worden suggesties gedaan). 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek. 1.1.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht is uitgevoerd. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek


Zie onderstaand beoordelingsformulier Onderzoeksverslag.

Zie onderstaand beoordelingsformulier Onderzoeksverslag. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

11



Code: BI1a-IPV Naam: IPV

kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.1.1. Verzamelt data aan de hand van zelf uitgevoerde eenvoudige experimenten a.d.h.v. voorschriften. 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast). 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.7. Legt de analysemethode. de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies. 4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen. Competentie 7: Communiceren, rapporteren en presenteren C1-08 Past correcte (werkwoord)spelling en grammatica toe. C1-09 Geeft het doel aan. C1-10 Tekst sluit aan bij doelgroep. C1-11 Brengt eenvoudige en logische structuur aan. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.1.2. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden en onderbouwt zijn keuze. 11.1.3. Beschrijft zijn keuze in een adviesrapport of licht zijn keuze mondeling toe in een adviesgesprek. Competentie 9: Samenwerken S1-01. Maakt concrete afspraken. S1-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S1-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren.


De student:  heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt;  kan de uitwerking van zijn weekopdrachten

12

Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief en

1 examinator voor de beoordeling (Tutor).


Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Code: BI1a-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Weging:

S1-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S1-05. Geeft feedback. S1-06. Staat open voor feedback. S1-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. S1-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S1-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Competentie 10: Leiding en of begeleiding geven L1-01. Is bereikbaar/ aanspreekbaar als (projectleider)/coach/ voorzitter L1-02. Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L1-03. Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L1-04. Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L1-05. Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L1-06. Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.1.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.1.3. Maakt verantwoord een studie en beroepskeuze. 12.1.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig. Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijk probleem of vraagstelling 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen.


  

 

volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn alle gevraagde aspecten uitgewerkt; voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit; houdt zich aan de afgesproken regels; stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact; laat anderen uitpraten; geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback.

alle beoordelingscriteria moeten voldoende zijn voor een Voldaan.

Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS).

 Een beschreven biologische casus kan geanalyseerd worden en gegevens kunnen afgeleid worden tot een database model (ERD).  Het ERD voldoet aan de regels, is genormaliseerd en kan alle data bevatten waarom is gevraagd.  Op basis het zelf ontworpen database model kunnen queries worden geschreven om de juiste data op te halen.  Een analyse van de meest geschikte database opzet kan worden gemaakt.

13

Toetsmatrijs: 30% ERD 30% SQL queries 20% Analyse database opzet en biologische gegevens 20% Project – biologische casus Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. Vakdocent/ Expert). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent/ Expert).


2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Competentie 3: Data beheren 3.1.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. Competentie 4: Data analyseren 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast). 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies. 4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase  Een biologische analyse kan gemaakt worden op de verstrekte gegevens.  Beschrijving welke metabolische mechanismen een rol spelen.  Herkennen welke macromoleculen betrokken zijn en welke functie zij vervullen.  Op basis van een beschreven casus kunnen de juiste biologische conclusies worden getrokken.  Opbouw biologische cel.  Energie en biologische processen.  Glycolyse.  Ademhaling versus fermentatie.  Bio-organische aspecten van metabole routes.

14

Eind cesuur: score gedeeld door maximale score maal 10. 55% van de punten komt overeen met een 5,5.



Beoordelingsformulier Technische documentatie OWE BI1a Naam: …………………………. Gerelateerd aan competentie/ indicator

3.1.5 C1-09

3.1.2

3.1.1, 3.1.3., 3.1.4, 3.1.6

C1-08

C1-10 C1-11

Klas: …………………………

Datum: ………………….

Beoordelingscriterium

Max aantal punten

Inhoud Schrijft technische documentatie  documentatie bevat een inleiding waarin de context en doel worden toegelicht (5);  documentatie is geschikt voor het beheer van de database (5);  documentatie is geschikt om het bevragen van de database te begrijpen (5);  gebruikte vaktermen zijn duidelijk en goed beschreven (5). Werkt een ontwerp uit in een ERD voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen  het ontwerp is genormaliseerd en leidt niet tot redundantie van data (5);  het ontwerp bevat adequate data typen (5);  het ontwerp is niet onnodig complex (5)  de opzet van het ontwerp is duidelijk beschreven (5) Schrijft queries die data uit databases met biologische data halen  voorbeeld queries starten eenvoudig en nemen geleidelijk toe in complexiteit (5);  de voorbeeld queries zijn gevarieerd in mogelijkheden en bevatten ook complexe constructies (5);  de voorbeeld queries zijn syntactisch juist (5);  de voorbeeld queries zijn semantisch juist (5). Structuur/ Lay-out / Schrijven Het rapport is geschreven volgens spelling- en grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. Het technisch document is geschreven voor de doelgroep.  Het plan is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummering en beschrijving van figuren is aanwezig.  De documentatie bevat verwijzingen naar gebruikte bronnen.

Totaal aantal punten

20

20

20

5

5 5

5 80

Cijfer (totaal aantal punten / 8) Feedback

Naam en paraaf beoordelaar

15

Aantal punten



Beoordelingsformulier onderzoeksverslag: Samenvatting (BI1a-V) Naam: …………………………. Gerelateerd aan competentie/ indicator

1.1.2, 1.1.3, 1.1.5, 1.1.7, 1.1.8, 1.1.9 7:C1-09, 4.1.1., 4.1.3, 4.1.4., 4.1.5, 4.1.6, 4.1.9, 4.1.10 7: C1-08 7: C1-10, 7: C1-11

Klas: …………………………

Datum: ………………….


Max aantal punten

Inhoud Samenvatting:  context/aanleiding + doel  methode  resultaten (observaties)  implicatie en applicatie van de resultaten  beperkingen van het onderzoek, verder onderzoek  lengte (max 400 woorden) Vormgeving / Schrijven  De opbouw is duidelijk en logisch. Het verslag is overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig.  Taalgebruik sluit aan bij de doelgroep.  Het verslag is geschreven volgens spelling- en grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het verslag niet beoordeeld wordt. Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 4)

Feedback


16

5 7 7 4 2 Knock out

5 5 5

40

Bereikt aantal punten


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE’en 8. Ingangseisen m.b.t. (deel)tentamens 9. Algemene omschrijving 10.

Competenties

11.


12.

OWE 1b: Basiskennis voor Bio-informatici ECU 1b: Basic knowledge for Bio-informatics BI1b Bio-informatica Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 BT1: Opzetten en beheren van een Bio-informatica infrastructuur N.v.t. 7,5 stp 210 SBU Introductiecursus Bio-informatica. In deze cursus worden de beginselen geleerd van biologie, chemie en rekenvaardigheden ter voorbereiding van OWE2b, 3b en 4b. Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid , Economie en Maatschappij of Cultuur en Maatschappij (met wiskunde A, of wiskunde B, of natuurkunde). De student leert de basis van de moleculaire biologie met kennis over de bouw van moleculen, cellen en het metabolisme van de cel, waaronder gisting. Ook wordt de basis gelegd voor labrekenen en het samenwerken in projecten. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau) uit te leggen: - Uit te leggen hoe het metabolisme cellen mogelijk maakt om energie uit suikers te maken (C4,I); - op een constructieve manier met een groep samen te werken (C8,I en C9,I en C10,I en C12,I); - te reflecteren op opgedane ervaringen (C12, I). Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren Deeltentamens BI1b-Ve Veiligheid (Ve) BI1b-K Kennistoets Chemie en Life Science (K, Ktt en Ket) BI1b-Krv Toets rekenvaardigheden (Krv) BI1b-Prv Projectvaardigheden (Prv) Weging Eindcijfer: (Krv+2*K)/3 Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden tentamen

Frequentie (deel)tentamens

13.



K=Ket, maar als Ktt ≥ 5,5, dan is K = Ket+1 Cijfer Ktt = 1 jaar geldig. - Cijfers toetsen/beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. - Workshops Veiligheid en Projectvaardigheden moeten afgevinkt zijn met voldaan. - Veiligheid moet voldaan zijn voor aan het practicum van het tweede jaar begonnen kan worden. Periode 1, herkansingen periode 2. Voor deelname aan de workshops SCV en Ktt is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3). Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving.

De laatste druk van:  Reece. J.B., C U. Campbell: Biology Dutch Glossary 2014 pk. Amsterdam: Pearson Benelux.  McMurry, J., Castellian, M.E., Fundamentals of General, Organic and Biological Chemistry, New York NY: Pearson Education Ltd.

17


14. 15. 16.


17. 18.



 Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Opbouw biologische cel Life Science Energie en biologische processen Glycolyse Ademhaling versus fermentatie Bio-organische aspecten van metabole routes

Ondersteunend vak Rekenvaardigheden Ondersteunend vak Chemie

Workshop Veiligheid

SCV

19.

Les- / Contacturen

Werkvorm: hoorcollege Rekenen Werkvorm: hoorcollege Materie, chemische reacties Elementen en symbolen, atoomtheorie, elektronenconfiguratie, periodiek systeem Ionen en ionbinding, namen en formules van ionen Moleculaire stoffen en de covalente binding, namen en formules van moleculaire stoffen Lewisstructuren, vorm van moleculen Elektronegativiteit en de polair covalente binding Zuur-base reacties Redoxreacties Werkvorm: hoorcollege Gedragsregels Inrichtingsaspecten laboratoria. Hulpmiddelen: labjas, gezichtsbescherming, handschoenen, zuurkast en puntafzuiging. Veiligheidsbegrippen: pictogrammen, R- en S-zinnen, MAC- en LD50-waarde, reukdrempel. Werken met glaswerk, chemicaliën, bepaalde stoffen, brandbare stoffen, mengsels van stoffen, biologische agentia, gascilinders. Werkvorm: workshop Projectvaardigheden In deze workshop wordt aandacht besteed aan de basisvaardigheden voor samenwerking. Deelname is verplicht en de workshop wordt afgetekend op de competentiekaart.

Werkvorm: workshop Life Science: 7 weken 3 uur per week (21 u) Chemie: 7 weken 3 uur per week (21 u) Rekenen: 7 weken 3 uur per week (21 u ) Veiligheid (4 u) SCV: inleiding communicatie (2 u) SCV: Projectvaardigheden (4 u)

18



SLB: 7 weken 2 uur per week + individuele gesprekken (14.5 u) Toetsing: Kennistoets (2u), Tussentijdse Kennistoets (1u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 13 lesuren per week / 90 lesuren per periode = 68 klokuren per periode. Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 142 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 1 n.v.t.

19



Toetsprogramma OWE BI1b: Inleiding moleculaire biologie en gisting Beroepstaak 1: Opzetten en beheren van een bio-informatica infrastructuur OWE Deeltentamen Code: BI1b-Ve Naam: Veiligheid Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Indicatoren


Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijk probleem of vraagstelling 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen.

De student:  kan algemene gedragsregels in en om het gebouw en in de laboratoria hanteren;  weet welke hulpmiddelen er zijn en wanneer deze gebruikt moeten worden;  kan de veiligheidssymbolen herkennen en hier naar handelen;  kent de definities van de veiligheidsbegrippen MAC-waarde, LD50-waarde R- en S-zinnen en kan de verschillen aangeven;  weet welke veiligheidsinformatievoorzieningen er zijn;  kan aangeven welke soorten glaswerk er zijn en bij welke experimenten deze gebruikt worden;  kan aangeven op welke manieren chemicaliën het lichaam binnen kunnen komen, hoe deze zich in het lichaam kunnen verspreiden en welke effecten kunnen optreden;  weet wat de definitie is van giftige, carcinogene, mutagene, teratogene, irriterende en corrosieve stoffen;  (her-)kent de biologische agentia;  weet welke verschillende desinfecteermiddelen er zijn voor biologische agentia;  kent de regels van “veilige microbiologische technieken”;  kent de gevaren bij het werken met gascilinders;  kent de regels hoe er met laboratoriumafval (glas, chemicaliën en biologische agentia) om moet worden gegaan;  weet hoe brand ontstaat en kent de verschillende soorten blusmiddelen;  kan aan de hand van fysische gegevens aangeven welke chemicaliën een verhoogd branden explosierisico hebben;  kan aangeven hoe EHBO toegepast moet

20

Waardering / Cesuur

Examinatoren

Vragen over de verschillende onderwerpen zijn representatief verdeeld over de toets.

1 examinator voor de beoordeling (vakdocent).

Cesuur: 60% juist beantwoord komt overeen met een 5.5.


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase worden in laboratoriumsituaties; kan aangeven wat Arbo betekent in een onderwijsomgeving. De student:  kan de opbouw biologische cel herkennen en onderdelen benoemen;  kan biologische processen en energie productie en gebruik van de cel uitleggen;  kent de basis van glycolyse en kan de verschillende stappen toelichten;  kent de principes van ademhaling versus fermentatie en kan aangeven onder welke omstandigheden deze plaatsvinden;  benoemt de bio-organische aspecten van metabole routes. De student:  benoemt de kenmerken en eigenschappen van materie;  geeft de namen van de elementen bij de symbolen en omgekeerd;  legt uit hoe het periodiek systeem is opgebouwd en past dit toe op (on)bekende elementen;  beschrijft de bouw (incl. elektronenconfiguratie) van een (on)bekend element;  legt uit welk type binding een element bij voorkeur zal vormen en hoe de binding tot stand komt;  legt uit hoe het molecule of ion gevormd wordt en welke eigenschappen dat dan heeft;  geeft de naam van een stof indien een formule gegeven is en omgekeerd;  maakt een gegeven reactie kloppend en identificeert de reactie. 

Code: BI1b-K BI1b-Ktt BI1b-Ket

Kennis van Life Science: basis van metabolisme en cellulaire opbouw en mechanismen.

Naam: BI1b-K: Kennistoets 2 (met bonuspunt) BI1b-Ktt: Kennistoets 1 BI1b-Ket: Kennistoets 2 Vorm: BI1b-K: Administratief BI1b-Ktt: Individueel Schriftelijk BI1b-Ket: Individueel Schriftelijk Weging: BI1b-K: 2 BI1b-Ktt: 0 BI1b-Ket: 0

Kennis van de basisprincipes van de Chemie:  kent de bouw en samenstelling van materie;  kent de meest belangrijke elementen en symbolen;  heeft kennis van en inzicht in de (op)bouw van het periodiek systeem;  kent de basis van de moderne atoomtheorie;  heeft inzicht in de verschillende soorten chemische bindingen en het ontstaan hiervan;  kent de relatie tussen plaats in periodiek systeem en type binding;  kent de naamgevingregels voor de meest gebruikelijke chemische verbindingen;  heeft inzicht in de verschillende typen chemische reacties.

Beoordeling: Cijfer Ondergrens: BI1b-K: 5,5 BI1b-Ktt: 0 BI1b-Ket: 0

Code: BI1b-Krv

Toetsmatrijs Ket

60%

Chemie: 20% Materie 20% Atoombouw en periodiek systeem 20% Ionogene verbindingen 20% Moleculaire verbindingen 20% Reacties (neerslag, zuurbase en redox)

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. Vakdocent). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent). De betrokken vakdocenten beoordelen hun eigen gedeelte.

LS: 10% Leven 30% Metabolisme 30% Bouw van (an)organische moleculen 30% Cellen Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag.

40%

Cesuur: 60% van de punten behaald komt overeen met een 5.5. Hierbij tellen de punten van de Life Science mee voor 60% en de punten van de Chemie voor 40%. K=Ket, maar als Ktt ≥ 5,5, dan is K = Ket+1. Ktt = 1 jaar geldig.

Kennis van:  Breuken

Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving. (Aantal behaalde punten/ totaal te behalen punten) * 10= cijfer.

Leerdoelen De student kan:

21

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a.


Naam: Kennistoets rekenvaardigheden

  

Exponenten Logaritmen Labrekenen

Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI1b-Prv Naam: Projectvaardigheden Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Competentie 9: Samenwerken Maakt concrete afspraken. S1-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S1-03a. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S1-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S1-05. Geeft feedback. S1-06. Staat open voor feedback. S1-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S1-12. Staat open voor aansturing van de voorzitter. S1-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Geeft een ander de ruimte.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase Breuken  rekenen met breuken: kan rekenregels voor optellen, aftrekken, vermenigvuldigen en delen toepassen. Exponenten  rekenen met exponenten: rekenregels voor exponenten toepassen. Logaritmen  rekenen met logaritmen: rekenregels voor logaritmen toepassen. Labrekenen  kan voorvoegsels gebruiken en toepassen zoals kilo-, mili-, micro- etc., en er massa’s, molen, lengte en volumes en ermee omrekenen;  wetenschappelijke notatiewijze toepassen;  aangeven hoeveel significantie cijfers een getal moet hebben;  de verhouding van atomen in een molecuul herkennen en weet wat dat betekent. Hoeft geen verhoudingsformule of structuurformule van een molecuul te kunnen berekenen;  mol omrekenen in massa, massa omrekenen in mol;  massapercentages in een molecuul berekenen;  concentraties in oplossingen berekenen met massa en molen en kan verdunningen hiervan berekenen. Deelname aan workshop Projectvaardigheden is verplicht.

22

Vakdocent). 55% van de vragen juist beantwoord komt overeen met een 5.5.

1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent).

20% Breuken 10% Exponenten 20% Logaritmen 50% Labrekenen

Deelname aan de workshop en het uitvoeren van de opdracht zijn benodigd voor een voldoende beoordeling.

1 examinator voor de beoordeling (vakdocent workshop).


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE’en 8. Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens

9


10.

Competenties

11.


12.

OWE 2a: Programmeren in Python (1) ECU 2a: Designing and developing software in Python (1) BI2a Bio-informatica Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software N.v.t. Afvinkopdrachten (Af) 7,5 stp 210 SBU Introductiecursus Bio-informatica. In deze OWE worden de beginselen geleerd van het programmeren in Python. Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid, Economie en Maatschappij of Cultuur en Maatschappij (met wiskunde A, of wiskunde B, of natuurkunde) Voor deelname aan deeltentamen kennistoets informatica geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. De student schrijft in Python eenvoudige programma’s om de analyse van biologische sequenties te automatiseren. Voornamelijk worden programma’s geschreven om in biologische sequenties te zoeken, sequenties te vergelijken en te vertalen. De student pakt dit methodisch aan. Hij documenteert zijn programmacode en test de functionaliteit van zijn scripts Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau):  een eenvoudig Python programma (ca. 100 regels code) te ontwerpen (C2,I en C12,I);  een ontwerp te vertalen naar gedocumenteerde Python-code (C2,I en C12,I). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens BI2a-Af Afvinkopdrachten (Af) BI2a-T Thematoets (T) BI2a-K Kennistoets Informatica en Statistiek (K, Ktt en Ket) Weging Eindcijfer: (T+ K)/ 2 CompensatieK=Ket, maar als Ktt ≥ 5,5, dan is K = Ket+1 mogelijkheden Ktt = 1 jaar geldig. InstapAfvinkopdrachten moeten zijn afgevinkt met voldaan als voorwaarden voorwaarde voor deelname aan de thematoets. tentamen Cijfers toetsen moeten ≥ 5.5 zijn Frequentie (deel)tentamens

13.


14.

Aanbevolen literatuur


Periode 2, herkansing periode 3 Voor het deeltentamen Ktt is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3). Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving.

De Laatste druk van:  Gaddis, T., (3de druk). Starting out with Python, Addison Wesley.  Samuels, M.L., Witmer, J., (2010). Statistics for the Life Sciences, (4th revised edition). New York NY: Pearson Education Ldt.  Kok, E., Programmeren in Python I, HAN -

23


15.

Software

16.

Overig materiaal

17. 18.


Python (http://www.python.org/) Dia (http://projects.gnome.org/dia/) Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Kansverdelingen: Analyse Variabele Verwachtingswaarde, Variatie Kansverdeling Binomiaal verdeling Chi kwadraat toets

Ondersteunend vak Informatica

Ondersteunend vak Workshop 19.

Les-/ contacturen


Werkwijze: werkcollege Flowcharts Programmeren in Python Controlestructuren, conditionele en iteratieve controle Functies Werken met bestanden Afvangen van exceptions Datatypen Werkwijze: werkcollege Labjournaal

Werkwijze: workshop Geprogrammeerde contacttijd: Informatica theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Informatica praktijk: 7 weken 4 uur per week (28 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (28 u) Analyse: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Workshop (2u) Toetsing: Thematoets (5 u), Tussentijdse kennistoets (1 u), Kennistoets (2 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 13 lesuren per week = 91 lesuren per periode = 68 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 142 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 2 n.v.t.

24



Toetsprogramma OWE 2a: Programmeren in Python (1) (BI2a) Beroepstaak 2: Ontwerpen en ontwikkelen van software OWE Deeltentamen Code: BI2a-Af Naam: Afvinkopdrachten Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan

Indicatoren


Competentie 2: Software ontwikkeling 2.1.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.1.2. Ontwerpt een programma (flowchart). 2.1.3. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een flowchart . 2.1.4. Vertaalt eenvoudige algoritmes naar scripts. 2.1.5. Bouwt een prototype op basis van een aangereikt ontwerp. 2.1.6. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten. 2.1.7. Implementeert de software. 2.1.8. Documenteert zorgvuldig de technische resultaten. 2.1.9. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst.

De student:  maakt gebruik van variabelen en gebruikt de juiste datatypes;  kan controlestructuren toepassen:  Conditionele;  Iteratieve.  bouwt programma op volgens standaard met een onderverdeling in functies;  schrijft functies die waardes retourneren;  schrijft functies met parameterisering;  kan tekst bestanden vanuit Python lezen en schrijven;  kan exception handling toepassen;  documenteert code volgens standaard;  is in staat software te modelleren in een flowchart;  kan de standaard symbolen toepassen in een flowchart:  Start/eind symbool;  Decision symbool;  Read/write symbool;  Proces symbool;  Functie symbool.  is in staat code overeen te laten stemmen met de flowchart. Zie beoordelingsformulier thematoets.

Ondergrens: Voldaan

Code: BI2a-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling:

Competentie 2: Software ontwikkeling 2.1.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.1.2. Ontwerpt een programma (flowchart). 2.1.3. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een flowchart. 2.1.4. Vertaalt eenvoudige algoritmes naar scripts. 2.1.5. Bouwt een prototype op basis van een aangereikt ontwerp. 2.1.6. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten. 2.1.7. Implementeert de software. 2.1.8. Documenteert zorgvuldig de technische resultaten. 2.1.9. Test ontwikkelde scripts op verwachte

Waardering / Cesuur Alle afvinkopdrachten moeten met goed gevolgd zijn afgerond voor een voldaan beoordeling.

1 examinator voor de beoordeling (Expert en/of Praktijkdocent).


Zie beoordelingsformulier thematoets. Aantal behaalde punten delen door de maximale score maal 10. 5.5 is voldoende.

25

Examinatoren

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Vakdocenten, Expert). 1 examinator voor de beoordeling.


Cijfer Ondergrens: 5.5 Code: BI2a-K BI2a-Ktt BI2a-Ket

uitkomst.

Kennis van informatica:  basis van Python;  functies;  exceptions;  flowcharts.

Naam: BI2a-K: Kennistoets 2 (met bonuspunt) BI2a-Ktt: Kennistoets 1 BI2a-Ket: Kennistoets 2 Vorm: BI2a-K: Administratief BI2a-Ktt: BI2a-Ket: Individueel Schriftelijk Weging: BI2a-K: 1 BI2a-Ktt: 0 BI2a-Ket: 0 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: BI2a-K: 5,5 BI2a-Ktt: 0 BI2a-Ket: 0


Kennis van statistiek:  maatstaven voor ligging en spreiding;  populatie en steekproef;  het belang van toetsen;  binomiale verdeling en chi-kwadraat verdeling.

De student:  begrijpt het gebruik van variabelen en de juiste datatypes;  herkent controlestructuren en kan deze analyseren:  Conditionele controle;  Iteratieve controle.  begrijpt het gebruik van functies;  kan de uitkomst van functies die waardes retourneren voorspellen;  begrijpt de werking van parameters;  kan het lezen en schrijven van tekst bestanden vanuit Python verklaren;  kan het verloop van een programma met exception handling voorspellen;  is in staat een flowchart te interpreteren;  kan de standaard flowchart symbolen herkennen. De student:  kan werken met maatstaven voor ligging en spreiding;  begrijpt wat een variabele is;  kent de begrippen observational unit observed variable, sensitiviteit en specificiteit, false positive en false negative;  kan nulhypothese en alternatieve hypothesen opstellen;  begrijpt het belang van randomisatie bij toetsen;  begrijpt het verband tussen populatie en steekproef;  kan kansbomen maken;  kan werken met de binomiale verdeling;  kan werken met de chi-kwadraat verdeling en de chi-kwadraat toets.

26

2 examinatoren voor constructie en evaluatie. 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent).

50% Basis Python 50% Functies 25% Exceptions 25%

70% juiste antwoorden is een voldoende (5.5). K=Ket, maar als Ktt ≥ 5,5, dan is K = Ket+1 Ktt = 1 jaar geldig. Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving. 50%



Beoordelingsformulier Thematoets BI2a Naam: ……………………………………

Klas: ………………….

Datum: ………….

Beoordeling

Punten I.

Code (2.1.1, 2.1.4, 2.1.6, 2.1.7, 2.1.8)

a.

Maakt gebruik van variabelen en gebruikt de juiste datatypes Past de juiste controlestructuren toe

10

10

d.

Bouwt programma op volgens standaard met een onderverdeling in functies Schrijft functies met parameterisering

e.

Schrijft functies die waardes retourneren

10

f.

Documentatie conform de standaard

10

II.

Juiste werking: (2.1.9)

a.

Bestand lezen

10

b.

Exception Handling

20

c.

Voert de gevraagde bewerking juist uit

30

III.

Flowchart (2.1.2, 2.1.3)

a.

Flowchart is volgens standaard

10

b.

Flowchart stemt overeen met de code

20

b. c.

Student

Docent

10

10

Eindoordeel Het cijfer is het aantal behaalde punten delen door het maximaal aantal te behalen punten maal 10. Afgerond op een decimaal. Feedback

Max 150


Inleveren Geschreven code en een eigen beoordeling van je geschreven code aan de hand van bovenstaande beoordelingscriteria. Vul daartoe de kolom student in. N.B. Het eindoordeel van de docent is hetgeen geadministreerd wordt.

27


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE’en 8.

Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens

9.


10.

Competenties

11.


12.


OWE 2b: Opsporen van genetische mutaties bij erfelijke ziektes ECU 2b: Locating genetic mutations associated with inheritable diseases BI2b Bio-informatica Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Onderzoeksverslag (V) Meetrapport 7,5 stp 210 SBU Introductiecursus moleculaire biologie, genetica en het gebruik van online biologische databases. In deze cursus wordt de basis gelegd van de kennis en (Bio-informatica) toepassing van de moleculaire biologie (DNA  RNA  eiwit). Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid , Economie en Maatschappij, of Cultuur en Maatschappij (met Wiskunde A, of Wiskunde B, of Natuurkunde.) Voor deelname aan het deeltentamen IPV geldt een aanwezigheidsplicht bij de tutoruren. Voor deelname aan het deeltentamen Praktijkbeoordeling geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. Centraal staat het opsporen van genetische mutaties. De student analyseert experimentele gegevens en past Bio-informatica methodes toe om genetische mutaties op te sporen. Ter ondersteuning worden verschillende experimenten (PCR, gel electroforese) in het laboratorium uitgevoerd. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau): - aan de hand van een protocol een laboratorium experiment uit te voeren en uit te leggen wat de relevantie is van de verschillende experimentele stappen (C4,I); - de experimentele resultaten van een genetisch onderzoek te “lezen” (C4,I); - de experimentele resultaten van genetisch onderzoek met behulp van geschikte analyse-software om te zetten in een voorspelling over de plaats van een gen op het humane genoom (C4,I); - de resultaten van de analyse te presenteren volgens de eisen die aan een professionele presentatie gesteld worden (C7,I); - op een constructieve manier met een groep samen te werken aan het groepsproduct, inclusief het vervullen van de voorzittersrol (C8,I en C9,I en C10,I); - te reflecteren op opgedane ervaringen (C12,I). Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, toetsvorm, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren. Deeltentamens BI2b-P Praktijkbeoordeling (P) BI2b-V Onderzoeksverslag (V) BI2b-IPV IPV BI2b-T Thematoets (T) BI2b-K Kennistoets Chemie en Life Science (K, Ktt en Ket) Weging Eindcijfer: (V + 2T + 2K)/5 CompensatieK=Ket, maar als Ktt ≥ 5,5, dan is K = Ket+1 Ktt= 1 jaar geldig. mogelijkheden Instapvoorwaarden Praktijk en IPV moeten afgevinkt zijn met voldaan en cijfers tentamen toetsen/beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn Frequentie (deel)Periode 2, herkansing periode 3

28



tentamens

Voor deelname aan de workshops SCV en de deeltentamens IPV, P en Ktt is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3). Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving.

13.


14.


15. 16.

17. 18.


De laatste druk van:  Reece. J.B., C U. Campbell: Biology, Amsterdam: Pearson Benelux.  McMurry, J., Castellian, M.E., Fundamentals of General, Organic and Biological Chemistry, New York NY: Pearson Education Ltd. Python 3 (http://www.python.org/) Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Mitose, meiose Life Science De wetten van Mendel, genetica Opbouw chromosomen Genotype – fenotype Eigenschappen DNA, centrale dogma, mutaties, replicatie Gel electroforese & PCR

Ondersteunend vak Bio-informatica

Practicum

Ondersteunend vak Chemie

Ondersteunend vak Workshop 19.

Les- / Contacturen

Werkwijze: hoorcollege DNA  RNA  eiwit, annotatie Primer design en tools Biologische databases (genbank, Uniprot) Bio-informatica webportalen (NCBI, EBI) Genetisch onderzoek Werkwijze: hoorcollege Introductie practicum PCR Gel electroforese Werkwijze: practicum Endotherme en exotherme reacties; enthalpie(veranderingen) Entropie, vrije energie Reactiesnelheid en effecten hierop Chemisch evenwicht, evenwichtsconstante, Principe van Le Châtelier Intermoleculaire krachten Homogene en heterogene mengsels, oplossen en oplossingen, elektrolyten Osmose en osmotische druk Werkwijze: hoorcollege Schrijfleerlijn (materiaal en methode)

Werkwijze: workshops Tutor: 7 weken 3 uur per week (21 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Bio-informatica theorie + werkcollege: 7 weken 2 uur per week (14 u)

29



Life Science: 7 weken 3 uur per week (21 u) Chemie theorie + werkcollege: 7 weken 3 uur per week (21 u) Praktijk: (19 u) SLB: 6 weken 2 uur per week + individuele gesprekken (13 u) ICT: DPF (1 u) Workshop (4 u) Toetsing: Bonustoets (1 uur), Kennistoets 2 uur, Thematoets 2 uur (4 uur)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: 17 lesuren per week / 117 lesuren per periode = 88 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 122 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 2 n.v.t.

30



Toetsprogramma OWE 2b: Opsporen van genetische mutaties bij erfelijke ziektes (BI2b) Beroepstaak 4: Het uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE Deeltentamen Code: BI2b-P Naam: Praktijk Vorm: Groep Praktijk Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Code: BI2b-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1

Indicatoren Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijke probleem of vraagstelling 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag met bijbehorende hypothese. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.1.1. Verzamelt data aan de hand van zelf uitgevoerde eenvoudige experimenten a.d.h.v. voorschriften. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.7 Legt de analysemethode. de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een meetrapport. 4.1.8. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. Competentie 8: Planmatig en projectmatig werken (methodisch werken) 8.1.1. Plannen. 8.1.2. Organiseren van de activiteiten. Competentie 1: Verheldering van natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.1.2. Stelt duidelijke en heldere inhoudelijke vragen aan de expert om helderheid over de opdracht te krijgen. 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.5. Verzamelt en beoordeelt informatie op relevantie voor de opdracht. De informatie wordt aangereikt. (Er wordt verwezen naar relevante bronnen, er worden suggesties gedaan). 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren

Beoordelingscriteria Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de voor de beoordelingscriteria van de praktijkbeoordeling.

Waardering / Cesuur Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de praktijkbeoordeling.

Examinatoren 1 examinator voor de beoordeling (Praktijkdocent).

Alle beoordelingscriteria moeten voldoende zijn voor een Voldaan.

Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordelingscriteria van het onderzoeksverslag.

Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordeling van het onderzoeksverslag. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

31



Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI2b-IPV Naam: IPV Vorm: Individueel Mondeling

onderzoek . 1.1.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht is uitgevoerd. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.1.1. Verzamelt data aan de hand van zelf uitgevoerde eenvoudige experimenten a.d.h.v. voorschriften. 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast) . 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.7. Legt de analysemethode. de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies. 4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen. Competentie 7: Communiceren, rapporteren en presenteren C1-08 Past correcte (werkwoord)spelling en grammatica toe. C1-09 Geeft het doel aan. C1-10 Tekst sluit aan bij doelgroep. C1-11 Brengt eenvoudige en logische structuur aan. Competentie 9: Samenwerken S1-01 Maakt concrete afspraken. S1-02 Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S1-03 Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S1-04 Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S1-05 Geeft feedback.


De student:  heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt;  kan de uitwerking van zijn weekopdrachten volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn alle gevraagde aspecten uitgewerkt;

32

Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS) en alle beoordelingscriteria moeten voldoende zijn voor een Voldaan.



Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Code: BI2b-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 2 Beoordeling:

S1-06 Staat open voor feedback S1-07 Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. S1-12 Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S1-13Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Competentie 10: Leiding en of begeleiding geven L1-01 Is bereikbaar/aanspreekbaar als (projectleider)/coach/voorzitter. L1-02 Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L1-03 Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L1-04 Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L1-05 Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L1-06 Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1.1. Geeft beleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.1.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.1.3. Maakt verantwoord een studie en beroepskeuze. 12.1.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig. Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijk probleem of vraagstelling 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen . Competentie 4: Data analyseren 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken Bio-informatica en statistische methoden.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase   

 

voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit; houdt zich aan de afgesproken regels; stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact; laat anderen uitpraten; geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback.

Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS)

In de thematoets worden de volgende onderdelen getoetst. De student:  kent de opbouw van biologische databases en kan annotatie lezen;  kan gebruikmaken van NCBI: Genomebrowser, Entrez, Gene, Genbank; EBI: Uniprot  kan stambomen analyseren op Mendeliaans overervingspatroon;  kent de eigenschappen van genetische markers;  kent het principe van Sanger sequencen;  kent het principe van PCR en de eigenschappen van primers;

33

Toetsmatrijs: Stamboomanalyse ~12.5% Genetisch onderzoek ~50% PCR en primerdesign ~37,5% Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag. Eind cesuur: score gedeeld door maximale score maal 10. 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. Vakdocent/Expert). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent/Expert).


Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI2b-K BI2b-Ktt BI2b-Ket Naam: BI2b-K: Kennistoets 2 (met bonuspunt) BI2b-Ktt: Kennistoets 1 BI2b-Ket: Kennistoets 2 Vorm: BI2b-K: Administratief BI2b-Ktt: Individueel schriftelijk BI2b-Ket: Individueel Schriftelijk Weging: BI2b-K: 2 BI2b-Ktt: 0 BI2b-Ket: 0

4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en Bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast). 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/Bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies. 4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.1.2. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden en onderbouwt zijn keuze. Kennis van Life Science  Mitose, meiose  De wetten van Mendel, genetica  Opbouw chromosomen  Genotype – fenotype  Eigenschappen DNA, centrale dogma, mutaties, replicatie  Gel electroforese & PCR

Kennis van de basisprincipes van de Chemie:  Endotherme en exotherme reacties; enthalpie(veranderingen)  Entropie, vrije energie  Reactiesnelheid en effecten hierop  Chemisch evenwicht, evenwichtsconstante, Principe van Le Châtelier

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase   



kan primers ontwerpen om een fragment te amplificeren. kent de principes van genetisch onderzoek; kan de gegevens van genetisch onderzoek analyseren, uit de resultaten een conclusie trekken en suggesties doen voor verder onderzoek; kent het principe van mutatieanalyse.

In de kennistoets worden de volgende onderdelen getoetst voor Life Science. De student:  begrijpt de opbouw en werking van DNA;  begrijpt het principe van het centraal Dogma: DNARNAEiwit;  kan het principe van DNA replicatie + repair uitleggen;  kan werken met de begrippen heterochromatin / euchromatin;  kn verschillende soorten mutaties benoemen en kan het ontstaan ervan toelichten;  kan het principe van mitose uitleggen;  kan het principe van meiose uitleggen;  kan kruisingschema’s maken voor monohybride, dihybride kruisingen;  kan de principes van intermediair, gekoppelde, polygene overerving toelichten;  kan het begrip epigentica uitleggen. In de kennistoets worden de volgende onderdelen getoetst voor Chemie. De student:  beschrijft de mogelijke energieveranderingen van een chemische reactie;  legt uit welke effecten een verandering in temperatuur, concentratie en katalyse op de

34

Toetsmatrijs Ket Life Science: 20-40% DNA 20-40% Celdeling 20-40% Erfelijkheid

60%

Chemie: ~20% Basis thermodynamica ~30% Reactiekinetiek ~30% Chemisch evenwicht ~20% Intermoleculaire krachten en oplossingen Eind cesuur: 60% van de punten komt overeen met een 5,5. Hierbij tellen de punten van de Life Science mee voor 60% en de punten van de chemie voor 40%. K=Ket, maar als Ktt ≥ 5,5, dan is

40%

K = Ket+1; Ktt = 1 jaar geldig. Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. Vakdocent) 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent). De betrokken vakdocenten beoordelen hun eigen gedeelte.




Beoordeling: Cijfer Ondergrens: BI2b-K: 5,5 BI2b-Ktt: 0 BI2b-Ket: 0





Intermoleculaire krachten Homogene en heterogene mengsels, oplossen en oplossingen, elektrolyte Osmose en osmotische druk


  

reactiesnelheid heeft; geeft de evenwichtsvoorwaarde van een willekeurig evenwicht en legt uit hoe de ligging van een evenwicht te beïnvloeden is; beschrijft verschillen tussen intra- en intermoleculaire krachten; beschrijft de vorming van en eigenschappen van oplossingen.

35



Beoordelingsformulier onderzoeksverslag - Samenvatting + M&M (BI2b-V) Naam: …………………………………..…..…… Gerelateerd aan competentie/ indicator

1.1.2, 1.1.3, 1.1.5, 1.1.7, 1.1.8, 1.1.9 7:C1-09, 4.1.1., 4.1.3, 4.1.4., 4.1.5, 4.1.6, 4.1.9, 4.1.10 1.1.7, 1.1.8, 4.1.7, 4.1.2

7: C1-08 7: C1-10, 7: C1-11

Klas: ………………

Datum: …………………..


Inhoud Samenvatting:  Context/aanleiding + doel.  Methode.  Resultaten en observaties.  Implicatie en applicatie van de resultaten  Beperkingen van het onderzoek, verder onderzoek  Lengte (max 350 woorden) Materiaal en methode:  De context van de gebruikte materialen en methoden is duidelijk.  Specifieke en precieze details over materiaal en methode worden gegeven.  Materiaal en methode is volledig.  Correcte bronvermelding volgens APA normen.  Voltooid verleden tijd (het werk is gedaan). Vormgeving / Schrijven  De opbouw is duidelijk en logisch. Het verslag is overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig.  Taalgebruik sluit aan bij de doelgroep.  Het verslag is geschreven volgens spelling- en grammaticaregels Meer dan 5 fouten per pagina betekenen dat het verslag niet beoordeeld wordt. Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 6)

Feedback


36

Max aantal punten

5 7 7 4 2 Knock out 5 6 5 2 2 5 5 5

60




Beoordelingsformulier Praktijk (BI2b-P) Naam: ……………………………….……

Klas: ………………

Beoordelingscriterium Gerelateerd aan competenties/ indicatoren De student heeft het doel van het experiment genoteerd en kan vragen daarover beantwoorden (1.1.3, 1.1.9). De student voert in een projectgroep het experiment volgens instructies uit (4.1.1). De student werkt volgens de veiligheids- en milieuregels, en laat zijn werkplek opgeruimd en schoon achter (8.1.1). De student codeert monsters op voorgeschreven wijze voor opslag (8.1.2). De student noteert de resultaten in zijn logboek (4.1.8). De student maakt in een tweetal een meetrapport waaruit blijkt dat het doel van experiment en gebruikte methodes begrepen zijn (4.1.6, 4.1.7). Eindbeoordeling

Datum: …………………..

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan Indien één van bovenstaande criteria niet voldaan

Voldaan Indien aan alle bovenstaande criteria voldaan

Feedback


37


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE’en 8. Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens 9. Algemene omschrijving

10.

Competenties

11.


12.

OWE 3a: Programmeren in Python (2) ECU 3a: Designing and developing software in Python (2) BI3a Bio-informatica Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software N.v.t. Afvinkopdrachten (Af) 7,5 stp 210 SBU In deze cursus worden geavanceerde concepten van Python uitgewerkt. Dit bouwt voort op de kennis uit OWE 2a en is een voorbereiding op OWE 4a. Programmeren in Python in OWE 2a is gevolgd. Voor deelname aan deeltentamen kennistoets informatica geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. De student schrijft in Python programma’s om biologische processen met de computer op een eenvoudige manier te simuleren. Naast een opdrachtbeschrijving ontvangt de student een ontwerp op basis waarvan hij werkende applicaties in Python bouwt. Hij documenteert zijn programmacode en test de functionaliteit van zijn scripts. Na afloop van dit thema ben je in staat om in Python te programmeren (comp.nr.,niveau): - Object georiënteerde programma’s (C2,I); - Datatypen (C2,I en C4,I); - Regular expressions (C2,I); - Grafische User Interfaces bouwen (C2,I); - Grafieken tekenen met Python (C2,I). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens BI3a-O Eindopdracht (O) BI3a-Af Afvinkopdrachten (Af) BI3a-K Kennistoets Informatica (K) Weging Eindcijfer: (T + K)/2 Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden tentamen

13.


14.

Aanbevolen literatuur Software

15. 16.

Overig materiaal


Afvinkopdrachten moeten afgevinkt zijn met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de eindopdracht. Cijfers toetsen moeten ≥ 5.5 zijn Periode 3, herkansing periode 4

Frequentie (deel)tentamens De laatste druk van:  Gaddis, T., Starting out with Python, Addison Wesley.  Kok, E., Programmeren in Python I, HAN  http://www.diveintopython.net/ (online boek)

Python (http://www.python.org/) MatPlotLib (http://matplotlib.sourceforge.net/) Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te

38


17. 18.

19.


Les- / Contacturen


ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Programmeren in Python Informatica Pseudocode Aangereikt ontwerp omzetten naar programmatuur Documenteren en testen Datastructuren (Dictionaries en Sets) Tekst analyse, Regular Expressions Introductie Object-Oriëntatie Classes en Inheritance Recursie GUI Programming Werkwijze: werkcollege Ondersteunend vak Reken met een data vector, constructie en berekeningen Statistiek/R aan een data matrix. Gebruik van binomial test and chi-square test. Geprogrammeerde contacttijd: Informatica theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Informatica praktijk: 7 weken 4 uur per week (28 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (28 u) Statistiek/R: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Toetsing: Eindopdracht, Kennistoets (2 u), Tussentijdse kennistoets (1 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 13 lesuren per week = 91 lesuren per periode = 68 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 142 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 3 n.v.t.

39



Toetsprogramma OWE 3a: Programmeren in Python (2) (BI3a) Beroepstaak 2: Ontwerpen en ontwikkelen van software OWE Deeltentamen Code: BI3a-Af Naam: Afvinkopdrachten Vorm: Individueel Praktijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan Code: BI3a-O Naam: Eindopdracht Vorm: Individueel Praktijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer

Indicatoren


Waardering / Cesuur

Competentie 2: Software ontwikkeling 2.1.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.1.2. Ontwerpt een programma (flowchart). 2.1.3. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een flowchart. 2.1.4. Vertaalt eenvoudige algoritmes naar scripts. 2.1.5. Bouwt een prototype op basis van een aangereikt ontwerp. 2.1.6. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten. 2.1.7. Implementeert de software. 2.1.8. Documenteert zorgvuldig de technische resultaten. 2.1.9. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst.

De student:  schrijft pseudocode die voldoet aan de regels;  is in staat scripts te documenteren en testen;  kan met gebruikmaking van software bibliotheken grafieken genereren;  kan de juiste datastructuren toepassen;  is in staat teksten te analyseren met Python scripts en regular expressions;  kan eenvoudige programma’s schrijven met Object-Oriëntatie;  kan eenvoudige programma’s schrijven met Recursion;  kan eenvoudige programma’s schrijven met GUI Programming.



Zie beoordelingsformulieren eindopdracht.

Zie beoordelingsformulier eindopdracht.

5.5 is voldoende.

40

1 examinator voor de beoordeling (Expert, Praktijkdocent).

Het behalen van de afvinkopdrachten en aanwezigheid bij de praktijklessen informatica is een voorwaarde voor deelname aan de eindopdracht.

Aantal behaalde punten delen door de maximale score maal 10.

Ondergrens: 5,5

Examinatoren

2 examinatoren voor constructie en evaluatie. 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocenten / Expert).


Code: BI3a-K Naam: Kennistoets Informatica Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase De student:  schrijft pseudocode die voldoet aan de regels;  is in staat scripts te documenteren en testen;  kan met gebruikmaking van software bibliotheken grafieken genereren;  kan de juiste datastructuren toepassen;  is in staat teksten te analyseren met Python scripts en regular expressions;  kan eenvoudige programma’s schrijven met Object-Oriëntatie;  kan eenvoudige programma’s schrijven met Recursion;  kan eenvoudige programma’s schrijven met GUI Programming.

Ondergrens: 5,5

41

Toetsmatrijs: 10% pseudocode en testing 30% datastructuren 30% regular Expressions 20% Object-orientatie 10% recursusie Cesuur: 70% juiste antwoorden is een 5.5.




Beoordelingsformulier Eindopdracht BI3a Naam: ………………………………………………..

Klas: …………………..

Datum: ……………………………………. Beoordeling Punten

Code (2.1.1, 2.1.2, 2.1.3, 2.1.4, 2.1.5, 2.1.6, 2.1.7., 2.1.8, 2.1.9) a. Commentaar b. Goede opdeling in functies c. Naamgeving variabelen juist II. Juiste werking: (2.1.1, 2.1.2, 2.1.3, 2.1.4, 2.1.5, 2.1.6, 2.1.7., 2.1.8, 2.1.9) a. Bestand lezen b. Exception Handling c. Regular Expressions d. Toepassing Datastructuur III. Juiste werking R script: (2.1.6, 2.1.8, 2.1.9) a. Verwerking data b. Visualisatie van data Maximaal aantal punten Eindoordeel (aantal punten/180)*10 Het cijfer is het aantal behaalde punten delen door het maximaal aantal te behalen punten maal 10. Feedback

Student

Docent

I.

20 10 10

10 10 30 30

30 30 180



42




9.


10.

Competenties

11.


12.


OWE 3b: Vergelijkende genoomanalyse: evolutie van virussen ECU 3b: Comparative genome analysis: virus evolution BI3b Bio-informatica Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Onderzoekverslag (V) 7,5 stp 210 SBU In deze cursus wordt de basis gelegd van de kennis en (bio-informatica) toepassing van de evolutie (genoomanalyse en fylogenie) en sequentie analyse (o.a. alignments). Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid , Economie en Maatschappij of Cultuur en Maatschappij (met Wiskunde A, of Wiskunde B, of Natuurkunde). Voor deelname aan het deeltentamen IPV geldt een aanwezigheidsplicht bij de tutoruren. Voor deelname aan het deeltentamen Praktijkbeoordeling geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. De student onderzoekt hoe virussen veranderen en nieuwe subtypen kunnen vormen. Hiervoor onderzoekt hij kenmerken van biologische sequenties en vergelijkt hij verschillende subtypen op sequentieniveau. Op basis van een gegeven onderzoeksplan werkt de student zich in methoden in en voert hij het onderzoek uit. De student rapporteert over de onderzoeksresultaten. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr., niveau): - op basis van een onderzoeksplan bio-informatica-onderzoek uit te voeren (C4,I): - biologische sequenties met behulp van softwareprogramma’s op verschillende kenmerken te onderzoeken (C4,I); - de biologie van een virus toe te lichten (C4,I); - onderzoeksresultaten op een gestructureerde manier te protocolleren en vervolgens in een onderzoeksverslag te verwerken (C7,I); - methoden uit de beschrijvende en toetsende statistiek op bio-informaticaonderzoek toe te passen (C4,I); - op een constructieve manier met een groep samen te werken aan het groepsproduct, inclusief het vervullen van de voorzittersrol (C8,I en C9,I en C10,I) ; - te reflecteren op opgedane ervaringen (C12,I). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens BI3b-V Onderzoekverslag (V) BI3b-T Thematoets (T) BI3b-K Kennistoets Chemie en Life Science (K) BI3b-IPV IPV Weging Eindcijfer (V + 2T + 2K)/5 Compensatiemogelijkheden Instap-voorwaarden IPV moet afgevinkt zijn met voldaan en cijfers tentamen toetsen/beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. Frequentie (deel)Periode 3, herkansing periode 4 Voor deelname aan de workshops SCV en het tentamens deeltentamen IPV is er maar één kans per studiejaar (OER

43


13.


14. 15.


16.

Overig materiaal

17.

Activiteiten

18.

Werkvormen

art. 7.3). De laatste druk van:  Reece. J.B., C U. Campbell: Biology Dutch Glossary. Amsterdam: Pearson Benelux.  McMurry, J., Castellian, M.E. Fundamentals of General, Organic and Biological Chemistry, New York NY: Pearson Education Ltd.  Pevsner, J. Bioinformatics and Functional Genomics,( 2nd revised ed.). Hoboken (New Jersey): John Wiley and Sons Ltd. I Alignment tools via http://www.ebi.ac.uk/ Tree viewing tools Python Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Life Science



Ondersteunend vak Workshops 19.

Les- / Contacturen


Evolutietheorie van Darwin Fylogenie en systematiek Ontstaan van leven op aarde Prokaryoten en de oorsprong van metabole diversiteit Bio-organische aspecten van mutaties Virussen Transcriptie & translatie Immunologie Werkwijze: hoorcollege ‘Comparative Genomics’ Opbouw en structuur van genomen GC%, Codon bias, opbouw eiwitten Sequenties zoeken via NCBI, EBI Sequentievergelijking Werkwijze: hoorcollege Sterke en zwakke zuren en basen, pH, bufferoplossingen Organische chemie, naamgeving Functionele groepen: alkenen, alkynen, aromatische verbindingen Isomerie Organische reacties: additie, eliminatie, substitutie, omleggingen Werkwijze: hoorcollege Schrijfleerlijn (resultaten)

Werkwijze: workshop Tutor: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Bio-informatica theorie + werkcollege: 7 weken 2 uur per week (14 u) Life Science: 7 weken 3 uur per week (21 u) Chemie theorie + werkcollege: 7 weken 3 uur per week (21 u) SLB: lessen + individueel gesprek (9,5 u) Workshops (4 u)

44



Toetsing: Bonustoets (1 uur), Kennistoets 2 uur, Thematoets 2 uur (4 uur)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: 12 lesuren per week 87 lesuren per periode = 65 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 145 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 3 n.v.t.

45



Toetsprogramma OWE 3b: Vergelijkende genoomanalyse: evolutie van virussen (BI3b) Beroepstaak 4: Het uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE Deeltentamen Code: BI3b-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Indicatoren Competentie 1: Verheldering van natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.1.2. Stelt duidelijke en heldere inhoudelijke vragen aan de expert om helderheid over de opdracht te krijgen. 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.5. Verzamelt en beoordeelt informatie op relevantie voor de opdracht. De informatie wordt aangereikt. (er wordt verwezen naar relevante bronnen, er worden suggesties gedaan). 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek. 1.1.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht is uitgevoerd. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.1.1. Verzamelt data aan de hand van zelf uitgevoerde eenvoudige experimenten a.d.h.v. voorschriften. 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast). 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.7. Legt de analysemethode de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies.

Beoordelingscriteria Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordelingscriteria van het onderzoeksverslag.

Waardering / Cesuur Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordeling van het onderzoeksverslag. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

46

Examinatoren 1 examinator voor de beoordeling (Expert).


Code: BI3b-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Open vragen Weging: 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen. Competentie 7: Communiceren, rapporteren en presenteren C1-08. Past correcte (werkwoord)spelling en grammatica toe. C1-09. Geeft het doel aan. C1-10. Tekst sluit aan bij doelgroep. C1-11. Brengt eenvoudige en logische structuur aan. Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijk probleem of vraagstelling. 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast) 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies. 4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.1.2. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden en onderbouwt zijn keuze.


In de thematoets worden de volgende onderdelen getoetst. De student:  kan uitleggen hoe verschillende virussen zijn opgebouwd en hoe hun levenscyclus eruit ziet (o.a. influenza, HIV);  kan aangeven wat de rol is van de eiwitten die gecodeerd worden door het erfelijk materiaal van virussen;  kan aangeven uit welke verschillende structuren en domeinen (functioneel/structureel) een eiwit is opgebouwd;  kan aangeven dat bij eiwitten en nucleïnezuren gesproken kan worden van een primaire, secundaire, tertiaire en soms quaternaire molecuulstructuur, en de betekenis aangeven van deze molecuulstructuren;  kan het concept voor het maken van sequence alignments uitleggen;  kan verschillende methodes toepassen om genoomdata te analyseren (GC%, codon usage, codon bias, genome size);  kent de opbouw van biologische databases en kan annotatie lezen;  begrijpt de output van verschillende analyse tools: o.a. Eiwitanalyse tools, MSA.

47

Toetsmatrijs: Virussen: ~30% Genoomevolutie: ~40% Fylogenie en MSA: ~30% 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. Vakdocent/Expert). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent/Expert).


Code: BI3-K Naam: Kennistoets Chemie en Life Science Vorm: Individueel Schriftelijk

Kennis van Life Science  Evolutietheorie van Darwin  Fylogenie en systematiek  Ontstaan van leven op aarde  Prokaryoten en de oorsprong van metabolische diversiteit  Bio-organische aspecten van mutaties  Genetica van virussen en bacteriën  Transcriptie & translatie

Weging: 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Kennis van de basisprincipes van de Chemie:  Sterke en zwakke zuren en basen, pH, bufferoplossingen  Organische chemie, naamgeving  Functionele groepen: alkenen, alkynen, aromatische verbindingen  Isomerie  Organische reacties: additie, eliminatie, substitutie, omleggingen

Code: BI3b-IPV Naam: IPV Vorm: Individueel

Competentie 9: Samenwerken S1-01. Maakt concrete afspraken. S1-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S1-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S1-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase De student kan:  uitleggen hoe verschillende virussen zijn opgebouwd en hoe hun levenscyclus eruit ziet (o.a. influenza, HIV);  de principes op basis waarvan genen via RNA eiwitten produceren beschrijven;  de betekenis van verscheidenheid in een populatie, onder andere op gen niveau, aangeven, en opvattingen weergeven over het ontstaan daarvan;  allelfrequenties berekenen in een genenpool met behulp van de regel van Hardy-Weinberg;  aangeven dat men met de evolutietheorie tracht het ontstaan van verschillende levensvormen te verklaren en te beschrijven;  aangeven dat ordening mogelijk is op grond van gemeenschappelijke afstamming, in het bijzonder de evolutionaire verwantschap (bouw en samenstelling DNA en chromosomen). De student:  (her)kent de meest gangbare sterke en zwakke zuren en basen en berekent de pH van deze oplossingen;  legt uit hoe bufferoplossingen gemaakt worden en hoe ze werken;  geeft verschillende structuren een naam en andersom;  voorspelt de fysische en chemische eigenschappen van een homologe reeks;  herkent de mogelijke verschillende vormen van isomerie binnen een verbinding en benoemt dit;  tekent de (3D-)structuur van een organische verbinding op papier;  (her)kent de verschillende typen organische reacties; De student:  heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt;  kan de uitwerking van zijn weekopdrachten volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn

48

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. Vakdocent).

60%

Toetsmatrijs K Life Science: 10-20% DNA, RNA, eiwit 15-30% Virussen 15-30% Evolutie 15-30% Immunologie

1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent). De betrokken vakdocenten beoordelen hun eigen gedeelte.

Chemie: Fysische en chemische eigenschappen van ~40% sterke en zwakke zuren en basen ~30% alkanen ~30% alkenen, alkynen en aromatische verbindingen Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag.

40%

Eind cesuur: 60% van de punten komt overeen met een 5,5. Hierbij tellen de punten van de Life Science mee voor 60% en de punten van de chemie voor 40%.




Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

S1-05. Geeft feedback. S1-06. Staat open voor feedback. S1-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. S1-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S1-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Competentie 10: Leiding en of begeleiding geven L1-01. Is bereikbaar/aanspreekbaar als (projectleider)/ coach/voorzitter. L1-02. Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L1-03. Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L1-04. Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L1-05. Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L1-06. Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.1.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.1.3. Maakt verantwoord een studie en beroepskeuze. 12.1.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase alle gevraagde aspecten uitgewerkt;  voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit;  houdt zich aan de afgesproken regels;  stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact;  laat anderen uitpraten;  geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback. Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS).

49



Beoordelingsformulier onderzoeksverslag: Samenvatting + M&M + Resultaten (BI3b-V) Naam: …………………………………….……… Gerelateerd aan competentie/ indicator 1.1.2, 1.1.3, 1.1.5, 1.1.7, 1.1.8, 1.1.9 7:C1-09, 4.1.1., 4.1.3, 4.1.4., 4.1.5, 4.1.6, 4.1.9, 4.1.10 1.1.7, 1.1.8, 4.1.7, 4.1.2

4.1.1., 4.1.3, 4.1.4., 4.1.7, 4.1.10

7: C1-08 7: C1-10, 7: C1-11

Klas: ……………………… Datum: ……………………………


Max aantal punten

Inhoud Samenvatting:  Context/aanleiding + doel.  Methode.  Resultaten en observaties.  Implicatie en applicatie van de resultaten.  Beperkingen van het onderzoek, verder onderzoek.  Lengte (max 300 woorden) Materiaal en methode:  De context van de gebruikte materialen en methoden is duidelijk.  Specifieke en precieze details over materiaal en methode worden gegeven.  Materiaal en methode is volledig.  Correcte bronvermelding volgens APA normen.  Voltooid verleden tijd (het werk is gedaan). Resultaten:  De context van de resultaten en de samenhang tussen de experimenten is duidelijk (aanleiding, doel, waarom).  Beschreven is hoe de resultaten tot stand zijn gekomen (methode).  De beschrijving van de resultaten is helder en bevat een korte conclusie. In de beschrijving wordt verwezen naar de figuren/tabellen. Problemen met resultaten worden genoemd. De resultaten worden vergeleken met de literatuur.  Resultaten zijn overzichtelijk gepresenteerd in figuren/tabellen.  Figuren/tabellen zijn op de juiste manier met onder/bovenschrift weergegeven. Vormgeving / Schrijven  De opbouw is duidelijk en logisch. Het verslag overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig.  Taalgebruik sluit aan bij de doelgroep.  Het verslag is geschreven volgens spelling- en grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekenen dat het verslag niet beoordeeld wordt. Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 8)

Feedback


50

3 5 6 4 2 Knock out 4 4 4 1 1 8 3 10

10 4

3 5 3

80



Titel OWE

Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE-en 8. Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens 9.


10.

Competenties

11.


12.

13.


14.


15.


OWE 4a: Geautomatiseerde identificatie van eiwitten via sequentievergelijking ECU 4a: Automated identification of proteins by sequence comparison BI4a Bio-informatica Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software N.v.t. Werkende applicatie (Ap) Afvinkopdrachten (Af) 7,5 stp 210 SBU In deze cursus worden concepten van Python (OWE 2a, 3a) en databases (OWE 1) toegepast en gecombineerd. Programmeren in Python (1) en Python (2) is gevolgd. Voor deelname aan het deeltentamen kennistoets informatica geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. De student ontwerpt en bouwt software in Python (en BioPython) voor de identificatie van eiwitten via sequentievergelijking. Hij documenteert zijn programmacode, test de functionaliteit van zijn scripts en presenteert het eindproduct aan de opdrachtgever. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp. nr., niveau): - biologische vraagstellingen met behulp van BioPython te verhelderen (C2,I en C12,I); - eenvoudige Python web toepassingen te maken (C2,I en C12,I); - vanuit Python relationele database raadplegen (C2,I); - software engineering concepten toepassen tijdens de software ontwikkeling (C2,I). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens BI4a-Ap Werkende applicatie (Ap) BI4a-Td Technische documentatie (Td) BI4a-K Kennistoets Informatica (K, Ktt en Ket) BI4a-Af Afvinkopdrachten (Af) Weging Eindcijfer: (Ap + Td + 2*K)/4 CompensatieK=Ket, maar als Ktt ≥ 5,5, dan is K = Ket+1 mogelijkheden Ktt = 1 jaar geldig Instap-voorwaarden Afvinkopdrachten moeten afgevinkt zijn met voldaan en tentamen cijfers toetsen/beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn Afvinkopdrachten moeten afgevinkt zijn met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de kennistoets. Frequentie (deel)Periode 4, herkansing periode 4 tentamens Voor het deeltentamen Ktt is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3). Deelname Ktt alleen mogelijk in het eerste jaar van inschrijving. De laatste druk van:  Gaddis, T., Starting out with Python, Addison Wesley.  Kok, E., Handleiding ‘Programmeren met BioPython, HAN. Python (http://www.python.org/) BioPython (http://biopython.org)

51


16.

Overig materiaal

17. 18.


19.

Les- / Contacturen


MySQL (http://www.mysql.com/) Apache HTTP Server(http://httpd.apache.org/) Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Programmeren in Python Informatica Koppeling met databases Web applicaties bouwen met Python Toepassen van BioPython Probleem vertalen naar een ontwerp Software engineering Werkwijze: werkcollege Geprogrammeerde contacttijd: Informatica theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Informatica praktijk: 7 weken 4 uur per week (28 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (28 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Toetsing: Kennistoets (2 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 11 lesuren per week 77 lesuren per periode = 58 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 152 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 4 n.v.t.

52



Toetsprogramma OWE 4a: Geautomatiseerde identificatie van eiwitten via sequentievergelijking (BI4a) BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software OWE Deeltentamen Code: BI4a-Af Naam: Afvinkopdrachten Vorm: Individueel Schriftelijk Praktijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan

Indicatoren



Opdrachten worden uitgevoerd over deze onderwerpen. De student:  is in staat om eenvoudige vormen van HTML toe te passen zoals:  Basis HTML;  Hyperlinks;  Afbeeldingen;  HTML tabellen;  HTML formulieren;  HTML5;  kan een eenvoudige applicatie voor de Apache WebServer schrijven in Python en implementeren;  kan de Bio-informatica specifieke software bibliotheek (BioPython) gebruiken om onder andere:  Biologische bestanden te parsen;  PubMed te raadplegen;  BLAST uit te voeren;  Biologische gegevens te visualiseren. Zie beoordelingsformulier Applicatie.

Ondergrens: Voldaan

Code: BI4a-Ap Naam: Applicatie Vorm: Groep Praktijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Competentie 2: software ontwikkeling 2.1.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.1.2. Ontwerpt een programma (flowchart). 2.1.3. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een flowchart. 2.1.4. Vertaalt eenvoudige algoritmes naar scripts. 2.1.5. Bouwt een prototype op basis van een aangereikt ontwerp. 2.1.6. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten. 2.1.7. Implementeert de software. 2.1.8. Documenteert zorgvuldig de technische resultaten. 2.1.9. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. Competentie 6: systeem beheer 6.1.2. Werkt zich in op nieuwe software of scriptingtaal (mySQL, BioPython).

Waardering / Cesuur Alle afvinkopdrachten moeten met goed gevolgd zijn afgerond voor een voldaan beoordeling.

2 examinatoren voor de beoordeling (Expert / Praktijkdocent).


Groepscijfer. Zie beoordelingsformulier Applicatie. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

53

Examinatoren

2 examinatoren voor de beoordeling (Expert / Praktijkdocent).


Code: BI4a-K

6.1.3. Leest documentatie van software en past het toe bij het uitvoeren van opdrachten. Kennis van informatica. Webtechnologie en databases met Python.

Naam: Kennistoets Chemie en Life Science Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI4a-Td Naam: Technische documentatie Vorm: Groep Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer

Competentie 2: Software ontwikkeling 2.1.8. Documenteert zorgvuldig de technische resultaten. Competentie 3: 3.1.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. 3.1.5. Schrijft technische documentatie. Competentie 7: C1-08 Past correcte (werkwoord)spelling en grammatica toe. C1-09 Geeft het doel aan. C1-10 Tekst sluit aan bij doelgroep (lezers). C1-11 Brengt eenvoudige en logische structuur aan.


De student:  is in staat om eenvoudige vormen van HTML te herkennen aan de hand van voorbeeldcode:  Basis HTML;  Hyperlinks;  Afbeeldingen;  HTML tabellen;  HTML formulieren;  HTML5.  kan de basisopzet van de Apache WebServer analyseren;  kan de generatie van web content vanuit Python analyseren;  begrijpt hoe vanuit Python databases benadert worden;  kent de basis van de Bio-informatica specifieke software bibliotheek (BioPython). Zie beoordelingsformulier Technische documentatie.

Toetsmatrijs: 50% Web applicaties bouwen met Python 50% Toepassen van BioPython

Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

Groepscijfer.


54

1 examinatoren voor de beoordeling (Vakdocent).

Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag. Eind cesuur: score gedeeld door maximale score maal 10. Afgerond op 1 decimaal.

Zie beoordelingsformulier technische documentatie.

Ondergrens: 5,5

2 examinatoren voor constructie en evaluatie.




Beoordelingsformulier Applicatie OWE 4a Naam: …………………………..………………..

Klas: ……………………… Datum: …………………

Gerelateerd aan competentie/ indicator


Max aantal punten

Competentie 2: Software ontwikkeling

Is ontwikkeld voor de doelgroep (biologen).

10

Bevat een goed opgezette database.

10

De applicatie maakt gebruik van efficiënte query’s.

10

Goed gebruik van BioPython.

10

De applicatie kan BLAST uitvoeren vanuit Python.

10

Web-applicatie is dynamisch en reageert op invoer van de gebruiker. De applicatie maakt gebruik van een HTML form.

10

De applicatie bevat voldoende commentaar.

10

De applicatie levert snel overzichtelijk resultaten.

10

Bevat de door biologen gewenste functionaliteit.

10

De applicatie is gebruiksvriendelijk.

10

De applicatie kan vanuit de web-interface de database updaten met BLAST resultaten.

10

(2.1.1-9)

Competentie 6: (6.1.2, 6.1.3)


10

120



55

Aantal punten



Beoordelingsformulier Technische documentatie OWE 4a Naam: …………………………..……………….. Gerelateerd aan competentie/ indicator 3.1.5

3.1.2

2.1.8 2.1.8 2.2.8 2.1.8

7:C1-09 7:C1-08

7:C1-10 7:C1-11

Klas: ……………………… Datum: …………………


Max aantal punten

Inhoud Schrijft technische documentatie:  documentatie is geschikt voor het bevragen van de database en om de opzet van de applicatie te begrijpen (10). Bevat uitgewerkt ontwerp in een ERD voor een relationele-database, dat voldoet aan de ontwerpeisen:  het ontwerp is genormaliseerd en leidt niet tot redundantie van data (10);  het ontwerp is niet onnodig complex (5);  de opzet van het ontwerp is duidelijk beschreven in heldere taal (5).  Bevat een duidelijke beschrijving van de ontwikkelde modules voor programmeurs.  Bevat informatie voor de systeembeheerder welke software vereist is (inclusief versie).  Volledigheid van testscript voor de testers.  Beschrijving van de werking van de applicatie voor biologen. Structuur/ Lay-out / Schrijven Geeft in de inleiding duidelijk het doel van de technische documentatie aan. Het rapport is geschreven volgens spellings- en grammaticaregels in schrijftaal. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. Het technisch document is geschreven voor de doelgroep. Het plan is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig. (5) De documentatie kent een inleiding en bevat gepaste verwijzingen naar gebruikte bronnen volgens APA norm (5).

Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 12)

10

20

15 10 15 20

5 5

10 10

120

Feedback


56

Aantal punten


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. 7.

8.


Ingangseisen m.b.t. (deel)tentamens

9.


10.

Competenties

11.


12.


OWE 4b: Sequentie alignment (BLAST) en functionele eiwit analyse ECU 4b: Sequence alignment (Blast) and functional protein analysis BI4b Bio-informatica Voltijd studenten propedeuse Bio-informatica, niveau 1 BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Onderzoeksplan (Op) Onderzoeksverslag (V) Adviespresentatie (Ap) 7,5 stp 210 SBU Deze onderwijseenheid is het vervolg op de opgedane kennis en (Bio-informatica) toepassingen van de vorige onderwijseenheden m.b.t. databases, moleculaire biologie en sequentie analyse (alignments). OWE 4 is de afsluitende course op niveau 1. Havo profiel Natuur en Techniek, Natuur en Gezondheid , Economie en Maatschappij of Cultuur en Maatschappij (met Wiskunde A, of Wiskunde B, of Natuurkunde). Voor deelname aan het deeltentamen IPV geldt een aanwezigheidsplicht bij de tutoruren. Centraal staat analyseren van biologische data (RNA, DNA of eiwit) met behulp van Blast en het functioneel annoteren ervan m.b.t. Bio-informatica tools. De student leert een onderzoek te plannen en uit te voeren aan de hand van een zelf opgesteld onderzoeksplan. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau): - gericht te zoeken naar literatuur over de biologische achtergrond van de resultaten (C1,I) ; - literatuur bestuderen om de biologische vraagstelling te begrijpen en de resultaten te kunnen toelichten (C1,I); - op grond van een biologische vraagstelling een Bio-informatica-onderzoeksplan op te zetten, gebruik makend van de in dit thema toegepaste Bio-informatica-tools (C1,I); - Biologische data te analyseren met de in dit thema gebruikte Bio-informatica-tools (C4,I); - het onderzoeksplan te presenteren volgens de eisen die aan een professionele presentatie worden gesteld (C7,I en C11,I); - op een constructieve manier met een groep samen te werken aan het groepsproduct (C8,I en C9,I en C10,I); - te reflecteren op de opgedane ervaringen (C12,I). Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren. Deeltentamens BI4b-Op Onderzoeksplan (Op) BI4b-V Onderzoeksverslag (V) BI4b-T Thematoets (T) BI4b-K Kennistoets Chemie en Life Science (K) BI4b-IPV IPV BI4b-HBO HBO-competentiekaart BI4b-St Snuffelstage (St) BI4b-POP POP BI4b-Ad Adviseren (Ad)

57


Weging Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden tentamen Frequentie (deel)tentamens

13.


14. 15.


16.

Overig materiaal

17. 18.



BI4b-Ap Adviespresentatie (Ap) BI4b-FG1 Funct.Gespr.1 (FG1) BI4b-FG2 Funct.Gespr.2 (FG2) BI4b-FG3 Funct.Gespr.3 (FG3) Eindcijfer: (2T + Op + V + 2K)/6 HBO-competentiekaart, workshops, beroepsproducten en IPV moeten afgevinkt zijn met voldaan en cijfers toetsen/beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. Periode 4, herkansing periode 4 Voor deelname aan de workshops SCV en het deeltentamen IPV is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3).

De laatste druk van:  Reece. J.B., C U. Campbell: Biology Dutch Glossary. Amsterdam: Pearson Benelux.  McMurry, J., Castellian, M.E., Fundamentals of General, Organic and Biological Chemistry, New York NY: Pearson Education Ltd.  Pevsner, J., Bioinformatics and Functional Genomics,( 2nd revised ed.). Hoboken (New Jersey): John Wiley and Sons Ltd. Python (http://www.python.org/) BioPython (http://biopython.org) MySQL (http://www.mysql.com/) Apache HTTP Server(http://httpd.apache.org/) Laptop In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Diversiteit in vorm en functie Life Science Ontwikkelingsbiologie Regeling en communicatie



Workshops Schrijfleerlijn

Werkwijze: hoorcollege Homologie Sequentie alignment BLAST Database searches Eiwit analyse tools Werkwijze: hoorcollege Organische chemie Functionele groepen: alkanolen, alkoxyalkanen, thiolen en disulfides, amines, alkanalen, alkanonen, alkaanzuren en derivaten Isomerie Organische reacties: addities, eliminatie, substitutie, omleggingen Werkwijze: hoorcollege Discussie, Plan van aanpak

58


Workshop SCV

19.

Les- / Contacturen


Adviseren

Werkwijze: workshop Tutor: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Bio-informatica theorie + werkcollege: 7 weken 2 uur per week (14 u) Life Sciences theorie + werkcollege: 7 weken 3 uur per week (21 u) Chemie theorie: 7 weken 3 uur per week (21 u) SCV: Adviseren (6 u) SLB: lessen + individueel gesprek (9,5) Workshops (6 u) Toetsing: Toetsing: Bonustoets (1 u), Kennistoets (2 u), Thematoets 2 uur (4 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gemiddeld 14 lesuren per week 99 lesuren per periode = 74 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 136 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 4 n.v.t.

59



Toetsprogramma OWE 4b: Sequentie alignment (BLAST) en functionele eiwit analyse (BI4b) Beroepstaak 4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE Deeltentamen Code: BI4b-Op Naam: Onderzoeksplan Vorm: Groep Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5.5

Indicatoren


Competentie 1: Verheldering van natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.1.2. Stelt duidelijke en heldere inhoudelijke vragen aan de expert om helderheid over de opdracht te krijgen. 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag met bijbehorende hypothese. 1.1.5. Verzamelt en beoordeelt informatie op relevantie voor de opdracht. De informatie wordt aangereikt. (er wordt verwezen naar relevante bronnen, er worden suggesties gedaan). 1.1.6 Schrijft een literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek. 1.1.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. Competentie 7: Communiceren, rapporteren en presenteren C1-08 Past correcte (werkwoord)spelling en grammatica toe. C1-09 Geeft het doel aan. C1-10 tekst sluit aan bij doelgroep (lezers). C1-11 Brengt eenvoudige en logische structuur aan. Competentie 8: Planmatig en projectmatig werken 8.1.1. Plannen: a. maakt een planning voor de uitvoering van de beroepstaak; b. maakt daarbij op de juiste wijze gebruik van aangereikte stappenplannen, voorschriften, richtlijnen (b.v. OPUR); c. maakt keuzen welke activiteiten het belangrijkst zijn en/of het dringendst aangepakt moeten worden (=volgorde van handelingen);

Onderzoeksplan:  doelstelling en eventuele hypothese zijn juist geformuleerd (= m.b.v. onderzoek kan deze geverifieerd worden);  de volgorde van de onderzoekstappen is logisch;  de gedetailleerdheid van de beschrijving van de stappen is gerelateerd aan het niveau van het onderzoek;  gemaakte keuzen worden onderbouwd en beargumenteerd (laat zien dat hij de vakkennis op de juist wijze weet toe te passen);  vorm van het onderzoeksplan voldoet aan de normen die in de beroepspraktijk worden gebruikt (vorm van rapportage is conform de competentie rapporteren en presenteren). Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordelingscriteria van het Onderzoeksplan BI4b.

60

Waardering / Cesuur Zie onderstaand beoordelingsformulier Onderzoeksplan BI4b. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.



Code: BI4b-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1

d. legt activiteiten (acties), de tijd en middelen vast in een werkplan. 8.1.2. Organiseren van de activiteiten: a. organiseert de eigen activiteiten en voert deze volgens planning uit; b. pakt de zaken efficiënt aan; c. schat de nodige uitvoeringstijd voor de taak goed in (d.w.z. in vergelijking met de werkelijke benodigde tijd); d. werkt onder tijdsdruk alle activiteiten tijdig en correct af. 8.1.3. Monitoren en bijsturen: a. controleert de voortgang van het werk, ziet erop toe dat de doelen worden gehaald (zowel in tijd als in kwaliteit); b. stelt de aanpak bij als er sprake is van onvoldoende resultaten of gewijzigde omstandigheden; c. geeft tijdig aan wanneer de aanpak niet gehaald wordt; d. rapporteert over de voortgang van het werk. 8.1.4. Evalueert de werkwijze en/of de gevolgde procedure. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.1.1. Inventariseert aan welke eisen de aan te schaffen c.q. te gebruiken materialen, apparatuur of methoden moet voldoen. 11.1.2. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden en onderbouwt zijn keuze. 11.1.3 Beschrijft zijn keuze in een adviesrapport of licht zijn keuze mondeling toe in een adviesgesprek. Competentie 1: Verheldering van natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.1.2. Stelt duidelijke en heldere inhoudelijke vragen aan de expert om helderheid over de opdracht te krijgen. 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.5. Verzamelt en beoordeelt informatie op relevantie voor de opdracht. De informatie wordt aangereikt. (er wordt verwezen naar relevante bronnen, er worden suggesties gedaan).


Onderzoeksverslag:  vorm van het verslag voldoet aan eisen competentie rapporteren/presenteren;  samenvatting van het onderzoek komt overeen met de tekst van het onderzoeksverslag;  toelichting op de onderzoeksvraagstelling en het doel van het onderzoek is helder;  beschreven onderzoeksmethoden zijn op de juiste manier toegepast (experimentele en bioinformatica-gerelateerde);  presentatie van onderzoeksresultaten (hulpmiddelen zoals tabellen) gerelateerd aan on-

61

Zie onderstaand beoordelingsformulier Onderzoeksverslag BI4b. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.



Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5.5

1.1.6. Schrijft een inleiding n.a.v. literatuuronderzoek. 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek 1.1.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht is uitgevoerd. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen . Competentie 4: Data analyseren 4.1.1. Verzamelt data aan de hand van zelf uitgevoerde eenvoudige experimenten a.d.h.v. voorschriften. 4.1.2. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast). 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.7. Legt de analysemethode. de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies. 4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen. Competentie 7: Communiceren, rapporteren en presenteren C1-08 Past correcte (werkwoord)spelling en grammatica toe. C1-09 Geeft het doel aan. C1-10 Tekst sluit aan bij doelgroep. C1-11 Brengt eenvoudige en logische structuur aan. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden


 

derzoeksmethoden (de belangrijkste resultaten worden genoemd); uit de discussie van de onderzoeksresultaten blijkt een kritische houding; er worden heldere conclusies getrokken. Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordelingscriteria van het Onderzoeksverslag BI4b.

62


Code: BI4b-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5.5

11.1.2. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden en onderbouwt zijn keuze. 11.1.3. Beschrijft zijn keuze in een adviesrapport of licht zijn keuze mondeling toe in een adviesgesprek. Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijk probleem of vraagstelling 1.1.3. Formuleert voor een gegeven eenvoudige natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag. 1.1.7. Beschrijft de opzet voor het uit te voeren onderzoek. 1.1.9. Laat zien dat hij vakkennis op de juiste wijze in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.1.3. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.1.4. Analyseert data aan de hand van aangereikte statistische en bio-informatica methoden. Voert de juiste (statistische) berekeningen uit en interpreteert de resultaten (beschrijvende statistiek; Blast). 4.1.5. Vergelijkt de (statistische/bio-informatica) resultaten met de theorie. 4.1.6. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.1.9. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie en trekt conclusies. 4.1.10. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses vakkennis op de juiste wijze weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.1.2. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden en onderbouwt zijn keuze.


In de thematoets worden de volgende onderdelen getoetst. De student:  begrijpt de biologische achtergrond van de dataset;  begrijpt de verschillende stappen van het onderzoeksplan;  begrijpt het principe van de verschillende BLAST algoritmes en kan deze op de juiste manier toepassen;  begrijpt de verschillende parameters van BLAST en kan deze naar believen aanpassen;  kan BLAST resultaten analyseren;  begrijpt de eigenschappen en toepassingsgebieden van verschillende score matrices (PAM en BLOSUM);  kan op basis van een sequentie alignment de scoretabel maken a.d.h.v. de Needleman en Wunsch dynamic programming methode;  kan het verschil tussen globale en locale alignments uitleggen;  begrijpt het principe van homologie, paralogie en orthologie;  kent de opbouw van biologische databases en kan annotatie lezen;  kan het principe van Gene Ontologie toelichten;  begrijpt de output van verschillende analyse tools: o.a. Eiwit analyse tools, MSA en blast, transmembraan predictie.

63

Toetsmatrijs: ~20% Biologische achtergrond project ~40% BLAST ~25% Sequentie alignment ~15% Annotatie van sequentie data 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (o.a. Vakdocent / Expert). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent / Expert).


Code: BI4-K Naam: Kennistoets Chemie en Life Science Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 2 Beoordeling: Cijfer

Kennis van Life Science  Homeostase  Hormonen en zenuwstelsel  Ontwikkeling van dieren (embryologie en gen expressie)

Kennis van Chemie  Organische chemie  Functionele groepen: alkanolen, alkoxyalkanen, thiolen en disulfides, amines, alkanalen, alkanonen, alkaanzuren en derivaten  Isomerie  Organische reacties: addities, eliminatie, substitutie, omleggingen

Ondergrens: 5,5

Code: BI4b-IPV Naam: IPV Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Competentie 9: Samenwerken S1-01 Maakt concrete afspraken. S1-02 Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S1-03 Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S1-04 Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S1-05 Geeft feedback. S1-06 Staat open voor feedback. S1-07 Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. S1-12 Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S1-13 Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Competentie 10: Leiding en of begeleiding geven L1-01 Is bereikbaar/aanspreekbaar als (projectleider)/coach/voorzitter. L1-02 Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase De student:  heeft kennis van de ontwikkeling en embryologie van dieren en de rol van gen expressie hierin;  kan reproduceren wat homeostase is en kan een voorbeeld van een regelkring benoemen;  heeft kennis van hormonen en hun werking;  kent de opbouw van het zenuwstelsel. De student:  geeft verschillende structuren een naam en andersom;  voorspelt de fysische en chemische eigenschappen van een homologe reeks;  herkent de mogelijke verschillende vormen van isomerie binnen een verbinding en benoemt dit;  tekent de (3D-)structuur van een organische verbinding op papier; (her)kent de verschillende typen organische reacties;  Legt uit wat organische redoxreacties zijn en hoe ze verlopen De student:  heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt;  kan de uitwerking van zijn weekopdrachten volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn alle gevraagde aspecten uitgewerkt;  voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit;  houdt zich aan de afgesproken regels;  stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact;  laat anderen uitpraten;  geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback. Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS).

64

60%

Toetsmatrijs Ket Life Science: 20-40% Diversiteit in vorm en functie 20-40% Ontwikkelingsbiologie 20-40% Regeling en communicatie Chemie: ~20% verbindingen met zuurstof, zwavel en halogenen ~25% amines ~25% aldehydes en ketonen ~30% carbonzuren en derivaten

40%


Cesuur: 60% van de punten komt overeen met een 5,5

Hierbij tellen de punten van de Life Science mee voor 60% en de punten van de chemie voor 40% Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS) en alle beoordelingscriteria moeten voldoende zijn voor een Voldaan.



Code: BI4b-HBO Naam: HBO-Competentiekaart Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan

L1-03 Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L1-04 Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L1-05 Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L1-06 Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.1.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.1.3. Maakt verantwoord een studie en beroepskeuze. 12.1.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig. Competentie 10: Leiden/ begeleiden Vergaderen L1-01 Stelt een agenda op volgens standaard formaat. L1-02 Geeft structuur aan de vergadering. Houdt hoofdlijnen vast. Vat goed samen. L1-03 Stimuleert groepsleden tot deelname. Stimuleert actieve deelname aan inhoudelijke discussie. L1-04 Geeft feedback als daarom gevraagd wordt. L1-05 Verwoordt besluiten in lijst met haalbare actiepunten. L1-06 Zorgt voor actiepuntenlijst. Zorgt voor een lijst met daarop aangegeven wie, wat, waar en wanneer uitvoert. Competentie 7: Rapporteren en presenteren L1-05 Verwoordt besluiten in lijst met haalbare actiepunten. L1-06 Zorgt voor actiepuntenlijst. Zorgt voor een lijst met daarop aangegeven wie, wat, waar en wanneer uitvoert. Competentie 7: Rapporteren en presenteren 7.1.1. Geeft het doel van de presentatie aan. Het doel sluit aan bij de opdracht waarvoor de presentatie wordt uitgevoerd. 7.1.2. Er zit structuur in de presentatie (kop-rompstaart).


Zie onderstaand beoordelingsformulier ‘Agenda / Voorzitter, niveau 1’.  

2 handtekeningen (=voldoende beoordelingen) voor ‘Agenda’ en 2 handtekeningen voor ‘Voorzitter’ op hbocompetentiekaart zijn vereist.

De HBO-competentiekaart moet volledig afgetekend zijn voor een Voldaan.

1 examinator voor de beoordeling (Tutor, SLB, Vakdocent workshops). Elke examinator beoordeeld zijn eigen onderdelen. De coursetrekker voert voldaan in, indien de kaart volledig is ingevuld.

Zie onderstaand beoordelingsformulier ‘Notulen Niveau 1’.  2 handtekeningen (=voldoende beoordelingen) op hbo-competentiekaart zijn vereist.

Zie onderstaand beoordelingsformulier ‘Presentie Niveau 1’.  2 handtekeningen (=voldoende beoordelingen) op hbo-competentiekaart zijn vereist.

65


Code: BI4b-St Naam: Snuffelstage Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan

7.1.3. Presentatie sluit aan bij het doel van de presentatie en het niveau van de doelgroep, zowel betreft taal en terminologie. 7.1.4. Maakt oogcontact met het publiek. 7.1.5. Houding: staat rechtop en laat de handen vrij. 7.1.6. Spreekt afwisselend. 7.1.7. Spreekt duidelijk en verstaanbaar. 7.1.8. Stemvolume is afgestemd op ruimte en publiek. 7.1.9. Maakt afwisselend gebruik van informatiebronnen (b.v. PowerPoint). Competentie 9: Communiceren S1-01 Maakt concrete afspraken. S1-02 Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S1-03a Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S1-04 Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S1-05 Geeft feedback. S1-06 Staat open voor feedback. S1-07 Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S1-12 Staat open voor aansturing van de voorzitter. S1-13 Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Geeft een ander de ruimte. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1.3. Maakt verantwoord een studie en beroepskeuze. 12.1.1. Heeft een goed beeld waartoe de studie opleidt en vormt zich een beeld van het beroepenveld. 12.1.2. Reflecteert op motivatie beroep en opleiding volgens gangbare modellen en op grond daarvan bepaalt hij of hij op de juiste opleiding zit. 12.1.3. Door reflectie op studiehouding/gedrag geeft de student aan of hij de studie vervolgt of niet. 12.1.4. Maakt tijdens de opleiding keuzen in het studieprogramma (stages, uitstroomrichtingen, minors etc.).


 

Deelname aan de snuffelstage. Beschrijven van de ervaringen in een verslag.

66

Het uitvoeren van de snuffelstage en het schrijven van een verslag is nodig voor een voldoende beoordeling.

1 examinator voor de beoordeling (SLB-er).


Ondergrens: Voldaan

Code: BI4b-FG1 BI4b-FG2 BI4b-FG3 Naam: Funct.gespr.1 Funct.gespr.2 Funct.gespr.3

12.1.5. Neemt actief deel aan een oriënterende stage. Bereid zich goed voor. Is ondernemend. Bepaalt op grond van deze ervaring of het beroep bij hem past. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.1.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.1.3. Maakt verantwoord een studie en beroepskeuze. 12.1.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig.


Zie onderstaand beoordelingsformulier Functioneringsgesprekken, niveau 1.


3 functioneringsgesprekken per jaar: (start schooljaar, eind semester 2, eind propedeuse.

Aan alle criteria moet zijn voldaan voor een voldoende beoordeling.

Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.1.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.1.3. Maakt verantwoord een studie en beroepskeuze. 12.1.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig.

Zie onderstaand beoordelingsformulier POP, niveau 1.  1 handtekening (=voldoende beoordeling) op hbo-competentiekaart is vereist.

Zie onderstaand beoordelingsformulier POP, niveau 1.

Competentie 7: Communicatie 7.1.1. Geeft het doel van de presentatie aan. Het

Deelname aan workshop Adviseren is verplicht.

Zie formulier adviespresentatie: ± 30% (14 punten) inhoud (advies en


Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan Code: BI4b-POP Naam: POP Vorm: Individueel Mondeling


Aan alle criteria moet zijn voldaan voor een voldoende beoordeling.

Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan Code: BI4b-Ad

67

1 examinator voor de beoordeling (vakdocent


BI4b-Ap Naam: Ad: Adviseren Ap: Adviseren Presentatie Vorm: Individueel Groep Mondeling Weging: 0 Beoordeling: BI4b-Ad: Voldaan/Niet voldaan BI4b-Ap: Cijfer Ondergrens: BI4b-Ad: Voldaan BI4b-Ap: 5.5

doel sluit aan bij de opdracht waarvoor de presentatie wordt uitgevoerd. 7.1.2. Er zit structuur in de presentatie (kop-rompstaart). 7.1.3. Presentatie sluit aan bij het doel van de presentatie en het niveau van de doelgroep, zowel betreft taal en terminologie. 7.1.4. Maakt oogcontact met het publiek. 7.1.5. Houding: staat rechtop en laat de handen vrij. 7.1.6. Spreekt afwisselend. 7.1.7. Spreekt duidelijk en verstaanbaar. 7.2.3. Stemvolume is afgestemd op ruimte en publiek. 7.2.4. Maakt afwisselend gebruik van informatiebronnen (b.v. PowerPoint). Competentie 9: Samenwerken Maakt concrete afspraken. S1-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S1-03a. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S1-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S1-05. Geeft feedback. S1-06. Staat open voor feedback. S1-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S1-12. Staat open voor aansturing van de voorzitter. S1-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Geeft een ander de ruimte. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.1.1. Inventariseert aan welke eisen de aan te schaffen c.q. te gebruiken materialen, apparatuur of methoden moet voldoen. 11.1.2. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden en onderbouwt zijn keuze. 11.1.3. Beschrijft zijn keuze in een adviesrapport of licht zijn keuze mondeling toe in een adviesgesprek.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets propedeutische fase beoordeling presentatie a.d.h.v. beoordelingsformulier adviespresentatie.

samenwerking), ± 40% (21 punten) presentatie; ± 30% (15 punten) discussie. Cesuur: 27,5 punt benodigd voor een voldoende beoordeling (5.5). Deelname aan alle workshops is noodzakelijk voor voldoende beoordeling deelname.

68

workshop).



Beoordelingsformulier onderzoeksplan BI4b-Op Naam: ………………………….. Gerelateerd aan competentie/ indicator

1.1.2, 1.1.3, 1.1.9 7:C1-09 11.1.2, 11.1.3

1.1.3, 1.1.5, 1.1.6, 1.1.9 11.1.1

1.1.7, 1.1.8., 1.1.9

8.1.1., 8.1.2, 8.1.3, 8.1.4

7: C1-08

7: C1-10, C1-11

Klas: ………………………. Datum: ………………………


Max aantal punten

Inhoud Inleiding: Context/motivatie en achtergrond van het onderzoek. Het onderzoeksdoel is beschreven. De biologische vraagstelling is vertaald naar Bioinformatica onderzoeksvragen. Materiaal en methode: De methodes die toegepast worden om het doel te bereiken en de onderzoeksvragen te beantwoorden zijn beschreven. Er is beargumenteerd waarom is gekozen voor deze methode. Er wordt verwezen naar de gebruikte betrouwbare wetenschappelijke literatuur. Stappenplan: Een flowchart met de experimentele stappen en tussenproducten die leiden tot het eindproduct is overzichtelijk gepresenteerd. De tijdsplanning (tabel) laat overzichtelijk zien hoeveel manuren aan de verschillende experimenten besteed moeten worden, wie verantwoordelijk is voor welke taak én hoelang de experimenten/ het project in totaal duren. Structuur/ Lay-out / Schrijven Het rapport is geschreven volgens spelling- en grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. Het plan is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig.


5 10

10

10

5

15

5

3

2 65

Cijfer (totaal aantal punten / 6,5) Feedback


69

Aantal punten



Beoordelingsformulier onderzoeksverslag BI4b-V Naam: ………………………….. Gerelateerd aan competentie/ indicator

1.1.2, 1.1.3, 1.1.5, 1.1.7, 1.1.8, 1.1.9 7:C1-09, 4.1.1., 4.1.3, 4.1.4., 4.1.5, 4.1.6, 4.1.9, 4.1.10 1.1.2, 1.1.3, 1.1.5, 1.1.6, 1.1.7, 1.1.8, 1.1.9 7:C1-09 1.1.7, 1.1.8, 4.1.7, 4.1.2

4.1.1., 4.1.3, 4.1.4., 4.1.7, 4.1.10

4.1.5, 4.1.6, 4.1.9, 4.1.10 11.1.2, 11.1.3

7: C1-08

Klas: ………………………. Datum: ………………………


Max aantal punten

Inhoud Samenvatting:  Context/aanleiding + doel.  Methode.  Resultaten en observaties.  Implicatie en applicatie van de resultaten.  Beperkingen van het onderzoek, verder onderzoek.  Lengte (max 300 woorden) Inleiding:  aanleiding (motivatie en achtergrond onderzoek)  doel onderzoek  achtergrond informatie  aanpak Materiaal en methode:  De context van de gebruikte materialen en methoden is duidelijk.  Specifieke en precieze details over materiaal en methode worden gegeven.  Materiaal en methode is volledig.  Voltooid verleden tijd (het werk is gedaan). Resultaten:  De context van de resultaten en de samenhang tussen de experimenten is duidelijk (aanleiding, doel, waarom).  Beschreven is hoe de resultaten tot stand zijn gekomen (methode).  De beschrijving van de resultaten is helder en bevat een korte conclusie. In de beschrijving wordt verwezen naar de figuren/tabellen. Problemen met resultaten worden genoemd. De resultaten worden vergeleken met de literatuur.  Resultaten zijn overzichtelijk gepresenteerd in figuren/tabellen.  Figuren/tabellen zijn op de juiste manier met onder/bovenschrift weergegeven. Discussie:  De context is duidelijk en de discussie is een samenhangend geheel.  Discussie over resultaten (overzicht resultaten, samenhang resultaten, vergelijking resultaten met andere resultaten of literatuur, bediscussiëren van het antwoord op de onderzoeksvraag en eventuele hypothese(s)).  Uitspraken over nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van resultaten.  Aanbevelingen voor vervolgexperimenten.

3 5 6 4 2 Knock out 5 4 4 4 1 8 3 10

10 4

2 8

2

Conclusie:  Conclusie met antwoord op de onderzoeksvraag.

1

Bronvermelding:  Correcte literatuur verwijzingen volgens APA normen. In de tekst wordt verwezen naar de bronnen die opgenomen zijn in de literatuurlijst.

1

Vormgeving / Schrijven Taalgebruik sluit aan bij de doelgroep. Het verslag is geschreven volgens spelen grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt.

70

3

3



7: C1-10, 7: C1-11


Het verslag is aan hand van de voorgegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig. Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 9,5)

2 95

Feedback


71



Beoordelingsformulier Adviespresentatie OWE 4BI Naam: ………………………………………..…………….. Gerelateerd aan competenties/ indicatoren 8.1.2 10.1.1, 10.1.2 11.1.3

6.1.3

8.1.3, 8.1.4, 8.1.5

Klas: ……………….

Datum: ……………….


Max. aantal punten

Inhoud  Geeft het doel van het advies aan.  Benoemt helder de vraag van de opdrachtgever met de vereiste criteria.  Bespreekt de beschikbare producten bij drie verschillende bedrijven en de daarbij horende verkoopvoorwaarden (voor zover relevant met betrekking tot de vereiste criteria).  Adviseert op basis hiervan de opdrachtgever met een duidelijk advies.  Bespreekt de samenwerking en taakverdeling in de groep. Presentatie  Er zit structuur in de presentatie (kop-romp-staart).  Maakt overzichtelijke en duidelijke slides of andere visuele producten:  past correcte spelling en grammatica toe;  beschrijft resultaten zodat de toehoorder deze begrijpen kan; gebruikt hiervoor duidelijk gelabelde afbeeldingen en tabellen.  Spreekt duidelijk en verstaanbaar.  Staat rechtop en laat de handen vrij, gebruikt ze of rustig op de rug.  Maakt oogcontact met het publiek.  Maakt op geschikte momenten verbaal contact met het publiek. Discussie  Houdt oogcontact met gesprekspartner.  Laat anderen uitpraten.  Onderbouwt het advies/ eigen mening met duidelijke argumenten.  Weet de opdrachtgever te overtuigen van de kwaliteit en de betrouwbaarheid van het advies.

3 3 5

5 3 3

2 4

2 2 2 2

2 2 5 5 50

Totaal aantal punten Eindbeoordeling (totaal aantal punten / 5) Feedback


72

Aantal punten



Beoordelingsformulier Agenda/Voorzitter Jaar 1 Naam: …………………………………………..……….. Klas: ……………….

Datum: ………………. niet voldaan

Competentie 9.1.1: Stelt een agenda op volgens standaardformat en gebruikt deze om vergadering te leiden: Agenda: Soort vergadering, datum, tijd, plaats, genodigden zijn vermeld.

Structuur van de agenda is helder (opening, notulen, mededeling, inhoudelijke punten, rondvraag, sluiting). Agenda is volgens afspraken op tijd verspreid.

Vergadering: Leidt agendapunten in en werkt de agendapunten gestructureerd af. Bewaakt de tijd.

Geeft structuur aan de vergadering door hoofdlijnen vast te houden. Vat belangrijke punten regelmatig samen.

Zorgt voor heldere informatie door, indien nodig, door te vragen.

Zorgt dat iedereen voldoende aan bod komt.

Vat besluiten samen en benoemt actiepunten voor de notulen.

Eindoordeel (Voor voldaan moeten alle onderdelen voldaan zijn) Feedback

Naam en handtekening tutor

73

voldaan



Beoordelingsformulier Notulen Jaar 1 Naam: ………………………………………..……………..

Klas: ……………….

Competentie 6.1.2. Notuleert vergaderingen zoals beschreven in productcriteria notulen niveau 1: Vermelding: Aanwezigen, datum, plaats, tijd vergadering, voorzitter en notulist. Informatie is gestructureerd per agendapunt uitgewerkt.

Informatie is in heldere taal weergegeven.

Actielijst is toegevoegd.

Notulen zijn volgens afspraken op tijd verspreid.

Eindoordeel (Voor voldaan moeten alle onderdelen voldaan zijn.) Feedback


74

Datum: ……………….

niet voldaan

voldaan



Beoordelingsformulier presentatie jaar 1 Naam: ………………………………………..……………..

Gerelateerd aan comp./ indicatoren

Klas: ……………….

Datum: ……………….


Niet voldaan

Inhoud Geeft het doel van de presentatie aan.* n.v.t.

6.2.3

De gepresenteerde informatie is van voldoende diepgang en in grote lijnen inhoudelijk correct.* Presentatie  De student verschaft een overzichtelijke hand-out van de presentatie.*  Er zit structuur in de presentatie (kop-romp-staart) en de student licht de opbouw van de presentatie aan het begin toe.*  Maakt overzichtelijke en duidelijke slides of andere visuele producten: - past correcte spelling en grammatica toe (meer dan 10 fouten in de gehele presentatie betekenen onvoldoende)*; - beschrijft gegevens zodat de toehoorder deze begrijpen kan; gebruikt hiervoor duidelijk gelabelde afbeeldingen en tabellen  Spreekt duidelijk en verstaanbaar*.  Staat rechtop, laat de handen vrij of gebruikt ze rustig.  Maakt oogcontact met het publiek.

6.2.3,

Discussie  Gaat inhoudelijke interactie met het publiek aan.*

8.1.4

 Laat anderen uitpraten.

8.1.5

 Onderbouwt eigen mening.

Eindbeoordeling (voldaan: alle criteria met * zijn voldaan, en 3 van 5 overige criteria zijn voldaan) Feedback

Naam en handtekening beoordelaar

75

voldaan



Beoordelingsformulier POP Eind Jaar 1 Naam: ………………………………………..……………..

Klas: ……………….

Datum: ………………. niet voldaan

Competentie 11.2.1. Benoemt zijn sterke en zwakke kanten:

De student noemt persoonlijke sterke en zwakke punten.

Competentie 11.1.1./11.2.2.: stelt POP op aan hand van richtlijnen en de persoonlijke sterke en zwakke punten: De student noemt persoonlijke leervragen of doelen.

De student maakt een concreet actieplan (wat, met wie, wanneer, welke activiteiten) om de doelen te bereiken. De student benoemt gewenste resultaten of producten die aantoonbaar zijn. De student benoemt eventuele propedeusevakken die herkanst moeten worden. De student hanteert in zijn/ haar POP correcte spelling en zinsbouw. Het POP is overzichtelijk gestructureerd.

Eindoordeel (voor voldaan moeten alle onderdelen voldaan zijn.) Feedback

Naam en handtekening SLB-er

76

voldaan



Beoordelingsformulier Functioneringsgesprek Jaar 1 Naam: ………………………………………….…………….. Competentie-indicator

Klas: ……………….


8.1.1. Houdt zich aan regels.

De student komt zijn afspraken na, is op tijd en heeft zich voorbereid (o.a. DPF is op orde).

11.1.2. Werkt aan leerdoelen volgens POP en verzamelt competentiebewijzen.

De student kan aantonen dat hij/ zij actief aan de in zijn/haar voornemens/POP beschreven leerdoelen gewerkt heeft.

11.1.3. Kijkt kritisch terug (reflecteert) op eigen handelingen en leerproces; leert van zijn fouten.

De student kijkt kritisch terug naar zijn/haar leerproces, benoemt wat goed is gegaan en wat minder goed, benoemt de oorzaken hiervoor en formuleert hoe hij/ zijn hier in de toekomst mee om wil gaan. De student toont een actieve houding en motivatie. Hij/zij toont doorzettingsvermogen in zijn studie.

11.1.4. Heeft hbo studievaardigheden; motiveert zich zelf, heeft doorzettingsvermogen.


Naam en handtekening SLB-er

77

Datum: ………………. Niet voldaan

Voldaan



Integrale Toets Propedeutische fase Titel integrale toets

Integrale toets propedeuse Bio-informatica

1. 2. 3.

Bio-informatica Propedeuse Bio-informatica, niveau 1 BT1: Opzetten en beheren van een Bio-informatica infrastructuur BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software BT4: Uitvoeren van onderzoek

Opleiding Doelgroep Beroepstaken

4. 5.

(Beroeps)producten Studiepunten en/of samenval met reguliere tentamens

6. 7.

Samenhang met andere integrale toetsen en tentamens Ingangseisen

8.


9.

Competenties

Om Bio-informatica onderzoek uit te voeren is het noodzakelijk om ook een Bio-informatica infrastructuur op te zetten en te beheren en software te ontwerpen en te ontwikkelen. De beroepstaken zijn onlosmakelijk met elkaar verbonden. n.v.t. OWE1a, OWE1b, OWE2a, OWE2b, OWE3a, OWE3b, OWE4a, OWE4b: elk 7,5 stp. Totaal 60 stp De integrale toets van de propedeutische fase toetst of de student niveau 1 heeft behaald. Alle OWE’s uit de propedeuse Bio-informatica zijn voldoende afgerond of er is vrijstelling verleend voor één of meerdere OWE's. De integrale toets bestaat uit een door de examencommissie uit te voeren onderzoek tijdens de propedeuse examenvergadering (juli, augustus en op aanvraag in januari). De examencommissie onderzoekt of alle OWE's van de propedeutische fase (totaal 60 stp) voldoende zijn afgerond of vrijstelling is verleend voor één of meerdere OWE’s. Voor het uitvoeren van de beroepstaken BT1, BT2 en BT3 zijn de volgende competenties ontwikkeld op niveau 1: 1. Vraag verhelderen 2. Ontwikkelen van software 3. Data beheren 4. Analyseren van data 5. Voorspellen en modelleren 6. Eigen systeem beheren 7. Rapporteren en presenteren 8. Planmatig en projectmatig werken 9. Samenwerken in een team 10. Begeleiding en leiding geven 11. Adviseren 12. Sturen professionele ontwikkeling Deze competenties zijn meerdere malen in verschillende combinaties getoetst d.m.v. deeltentamens binnen de verschillende onderwijseenheden. In deel 1B van dit OS staat omschreven welke competenties er worden ontwikkeld bij bovenstaande beroepstaken (Tabel 5:

78


10.


11.

Integrale toetskenmerken en vormen Verplicht en aanbevolen materiaal Onderwijsperiode

12. 13.


Competentiematrix opleiding Bio-informatica). In het toetsprogramma (bijlage bij OWE omschrijvingen in deel 3 van dit OS) staat per deeltentamen omschreven welke competenties er worden getoetst en de beoordelingscriteria die gelden voor deze deeltentamens. n.v.t n.v.t. n.v.t.

79


3.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase

Gegevens onderwijseenheden en integrale toetsen postpropedeutische fase

Conform artikel 6.1 lid 2 van de OER

80



9.

Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens Algemene omschrijving

10.

Competenties

11.


12.


OWE 5a: Programmeren in Java ECU 5a: Java Programming BI5a Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software N.v.t. Afvinkopdrachten (Af) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE is het vervolg op de ontwikkelde competenties en kennis uit OWE1-4. In deze OWE wordt de basis gelegd van het programmeren in Java dat aan de orde komt in OWE 6a, 7a, 8a, 10a en 11. Programmeren in Python op het afsluitende niveau van de propedeuse Bio-informatica. Voor deelname aan de Kennistoets geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. De student analyseert, ontwerpt en bouwt software voor de analyse van biologische gegevens. Hiervoor past hij eenvoudige datastructuren toe. De student documenteert zijn programmacode, test de functionaliteit van zijn scripts en presenteert het eindproduct aan de opdrachtgever Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr, niveau): - Java code te schrijven (C2,II en C12,II); - Software ontwerpen in Java uit te werken (C2,II en C12,II); - Bio-informatica problemen in Java op te lossen(C2,II en C12,II). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren Deeltentamens

Weging Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden tentamen

Frequentie (deel)-tentamens 13.


14.


15. 16.

Overig materiaal

BI5a-T Thematoets Eindopdracht (T) BI5a-K Kennistoets (K) BI5a-Af Afvinkopdrachten (Af) BI5a-Kst Kennistoets statistiek (Kst) Eindcijfer: (T + K + Kstat)/3 Cijfers toetsen en beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. Afvinkopdrachten moeten zijn afgevinkt met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de Thematoets. Periode 1, herkansing periode 2

De laatste druk van:  Bruggen, M. van der, Java I, HAN  Bell, D., Parr, M., Java voor studenten. Amsterdam: Pearson Education.  Samuels, M.L., Witmer, J., Statistics for the Life Sciences, (4th revised edition). New York NY: Pearson Education Ldt. Java (http://www.java.com) NetBeans (http://netbeans.org/) In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media.

81


17. 18.


Zie werkvormen Ondersteunend vak Informatica


Java Object oriëntatie, classes en UML Werkwijze: werkcollege

Ondersteunend vak Statistiek

19.

Les- / Contacturen

Hypothesen opstellen Diverse parametrische toetsen

Werkwijze: werkcollege Informatica theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Statistiek theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Informatica praktijk: 7 weken 4 uur per week (28 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (28 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Toetsing: Thematoets (5 u), Kennistoetsen (2 x 2 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 13 lesuren per week, 91 lesuren per periode = 68 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 142 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 1 n.v.t.

82



Toetsprogramma OWE 5a: Programmeren in Java (BI5a) Beroepstaak 2: Ontwerpen en ontwikkelen van software OWE Deeltentamen Code: BI5a-T Naam: Thematoets (eindopdracht) Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI5a-K Naam: Kennistoets Java Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Indicatoren


Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig Bio-informatica toepassingen. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts 2.2.6. Ontwikkelt objectgeoriënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. 2.2.8. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. 2.2.11. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze.

Zie beoordelingsformulier Thematoets BI5a.

Kennis van Informatica Java basis

De student:  kan de principes van code compilatie in Java herkennen;  herkent Java basis Elementen;  herkent code om Grafische methoden toe te passen;  herkent de verschillende variabelen in Java en kan deze ook toepassen;  kan Java operatoren toepassen./Kan werken met Classes en Objecten in Java;  kan de basis principes van Object Oriëntatie in Java toepassen;  kan in Java Conditionele Controle structuren toepassen en de meest efficiënte structuur benoemen;  kan in Java Conditionele Iteratieve controle structuren toepassen en de meest efficiënte structuur benoemen;  kan object georiënteerde Java code toepassen en analyseren;  is in staat de loop van Java code met

Waardering / Cesuur Zie beoordelingsformulier Thematoets BI5a.

Examinatoren 2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Expert/Praktijkdocent).

55% van de punten is voldoende. 1 examinator voor de beoordeling.

83

Toetsmatrijs: 20% Java basis 60% Analyse Java code 20% Exception handling Aantal behaalde punten delen door de maximale score maal 10. Afgerond op 1 decimaal. 55% van de punten is voldoende.

2 examinatoren Voor constructie en evaluatie. 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent).


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase Exceptions te analyseren;  kan de basis principes van testen en debuggen toepassen.

Code: BI5a-Af Naam: Afvinkopdrachten informatica Vorm: Individueel Praktijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan Code: BI5a-Kst Naam: Kennistoets Statistiek Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1

Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig bio-informatica toepassingen. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.2.6. Ontwikkelt objectgeoriënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. 2.2.8. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. 2.2.11. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze. Kennis van statistiek  Hypothesen opstellen  Diverse parametrische toetsen

Schrijft zelfstandig programma’s in Java met gebruikmaking van de volgende elementen:  Grafische methoden  Variabelen  Operatoren  Methodes  Classes en Objecten  Object Oriëntatie  Conditionele Controle  Iteratieve Control  Classes  Overerving  OO ontwerp  Strings  Exceptions  Bestanden  OO ontwerp  Testen  Debuggen De student:  kan in concrete gevallen nulhypothese en alternatieve hypothese opstellen en bepalen welke toets geschikt is om de nulhypothese te testen;  kan met behulp van Excel: - de power van een toets bepalen; - de volgende toetsen uitvoeren: t-toetsen, ANOVA, F-toets; - op grond van de gevonden p-waarde een juiste conclusie trekken.


84


2 examinatoren voor de beoordeling (Expert/Praktijkdocent).

Het behalen van de afvinkopdrachten en aanwezigheid bij de praktijklessen informatica is een voorwaarde voor deelname aan de Thematoets.

Toetsmatrijs: - In concrete gevallen een nulhypothese en een alternatieve hypothese opstellen en handmatig berekenen van een toetsingsgrootheid: ca. 20%. - Voorwaarden noemen voor het mogen uitvoeren van diverse parametrische toetsen. Bepalen welke parametrische toets geschikt is om de nulhypothese te toetsen: ca. 30%. - Uitvoeren van diverse parametrische toetsen met behulp van de computer: ca. 25%. - Juiste conclusie trekken op grond van een toetsingsgrootheid of op grond van de p-waarde bij een toets: ca. 25%. Aantal behaalde punten delen door de maximale score maal 10, afgerond op 1 decimaal.



Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase 55% van de punten is voldoende.

85



Beoordelingsformulier Thematoets BI5a Naam: …………………………..………………..

Klas: ……………………… Datum: …………………

Competentie 2.2 (1, 2, 4, 5, 6, 7, 8, 11)

Beoordeling door

Onderdeel 1.

Max Score

Juiste opbouw GUI

10

b.

3.

Juiste weergave van gevraagde GUI elementen Exception Handling

20

a.

Afvangen standaard Exceptions

10

b.

Custom Exception Handling

10

Applicatie logica a.

4.

Docent

GUI functionaliteit a.

2.

Student

10

b.

Efficiënte en correcte verwerking van bestand Juiste berekening

c.

Code is generiek geschreven

10

d.

Code voldoet aan de Java conventies

10

10

Documentatie en commentaar a.

Goed gebruik van commentaar inclusief Javadoc documentatie

10

Totaal Het cijfer is het aantal behaalde punten delen door het maximaal aantal te behalen punten maal 10. Feedback

Max: 100



86


Titel OWE


OWE 5b: Proteomics: eiwitstructuren, eiwitfuncties, scheidingstechnieken en data analyse ECU 5b: Proteomics: protein structure, protein function, separation techniques and

data analysis Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. 7.

8.

Studiepunten, studielast Samenhang met andere OWE’en Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens

9.


10.

Competenties

11.


12.

BI5b Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica, niveau 2 BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) Onderzoeksplan (Op) Onderzoeksverslag (V) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE is het vervolg op de ontwikkelde competenties en kennis uit OWE1-4. In het tweede jaar worden in OWE5-7 de ~omics gebieden behandeld. OWE5: proteomics, OWE6: transcriptomics, OWE7: genomics. T.a.v. LS/Chemie: het afsluitende niveau van de propedeuse Bio-informatica. Voor deelname aan het deeltentamen IPV geldt een aanwezigheidsplicht bij de tutoruren. Voor deelname aan het deeltentamen praktijkbeoordeling geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. Centraal staan de structuren en functies van eiwitten. De student analyseert experimentele proteomics data (MS) en classificeert de eiwitten op sequentie-, structuur- en functieniveau. De student voert het onderzoek uit volgens en zelfgeschreven onderzoeksplan en presenteert de onderzoeksresultaten. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr., niveau): - proteïnen met behulp van verschillende methoden en software op sequentieniveau, structuurniveau en functieniveau te classificeren (C4,II); - de experimentele data van een proteomics-onderzoek te “lezen” (C1,II); - de experimentele resultaten van proteomics-onderzoek met behulp van geschikte analyse-software om te zetten in een voorspelling over de functie en interactie van proteïnen (C4,II); - gericht zoeken en bestuderen van literatuur over de biologische achtergrond van de resultaten (C1, II); - een rapport te schrijven waarin op een overzichtelijke manier de uitgewerkte resultaten van de uitgevoerde analyse gepresenteerd zijn (C7,II); - de resultaten van de analyse te presenteren volgens de eisen die aan een professionele presentatie gesteld worden (C7,II); - op een constructieve manier met een groep samen te werken aan het groepsproduct, inclusief het vervullen van de voorzittersrol (C10,II); - te reflecteren op opgedane ervaringen (C12,II). Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren Deeltentamens BI5b-Op Onderzoeksplan (Op) BI5b-V Onderzoeksverslag (V) BI5b-P Praktijkbeoordeling (P) BI5b-T Thematoets (T) BI5b-Af Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) BI5b-K Kennistoets Chemie en Life Science (K)

87




Frequentie (deel)-tentamens

13.


14.

Aanbevolen literatuur Software Overig materiaal Activiteiten Werkvormen

15. 16. 17. 18.

BI5b-IPV IPV Eindcijfer: (2K+ 2T+Op+V)/6 Afvinkopdrachten Bio-informatica moeten zijn afgevinkt met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de thematoets. Cijfers toetsen en beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. Praktijk en IPV moeten afgevinkt zijn met voldaan. Periode 1, herkansing periode 2 Voor deelname aan de workshop SCV en de deeltentamens IPV, P is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3).

Laatste druk van:  Nelson, D.L., & Cox, M.M., Lehninger Principles of Biochemistry, New York NY: W.H. Freeman & Company.  Reece. J.B., C U. Campbell: Biology Dutch Glossary, Amsterdam: Pearson Benelux.  Pevsner, J., Bioinformatics and Functional Genomics,( 2nd revised ed.). Hoboken (New Jersey): John Wiley and Sons Ltd.  Paffen, I., Proteomics  McMurry, J., Castellian, M.E., Fundamentals of General, Organic and Biological Chemistry, New York NY: Pearson Education Ltd. Mascot In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Aminozuren Ondersteunend vak pH & pI Life Science Eiwitscheidingstechnieken Eiwitten en Eiwitstructuren



Werkwijze: hoorcollege Proteomics bio-informatica tools en databases Massa Spectrometrie Signaaltransductie Werkwijze: hoorcollege Aminozuren en eiwitten Koolhydraten Vetten Biochemische energie DNA

Practicum

Werkwijze: hoorcollege Eiwitisolatie uit bacteriecellen Denaturatie en biologische activiteit β-galactosidase

Workshop Schrijfleerlijn

Werkwijze: practicum Inleiding Onderzoeksplan

Workshop SCV

Werkwijze: workshop Conflicthantering

88


19.

Les- / Contacturen


Beoordeling in OWE8 Werkwijze: training Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Tutor: 4 weken 2 uur per week (8 uur) Bio-informatica: 7 weken 3 uur per week (21 u) Life Sciences: 7 weken 2 uur per week (14 u) Chemie theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Praktijk: (13 u) SCV: Conflicthantering (4 u) SLB (3 u) Workshops (4 u) Toetsing (4u): Kennistoets (2 u), Thematoets (2 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gemiddeld 13 lesuren per week 88 lesuren per periode = 66 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 144 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 1 n.v.t.

89



Toetsprogramma OWE 5b: Proteomics: eiwitstructuren, eiwitfuncties, scheidingstechnieken en data analyse (BI5b) Beroepstaak: BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE Deeltentamen Code: BI5b-Op Naam: Onderzoeksplan Vorm: Groep Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Indicatoren Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.2. Vertaalt de wensen naar eisen waaraan de aan te schaffen materialen, apparatuur of methoden moet voldoen. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. Competentie 7: Rapporteren (tekst) C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw. C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus

Beoordelingscriteria Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordelingscriteria van het onderzoeksplan.

Waardering / Cesuur Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordeling van het onderzoeksplan. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

90



Code: BI5b-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Groep Schriftelijk

aan aan de doelgroep (lezers). C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 8: Planmatig en projectmatig werken 8.1.1. Plannen: a. maakt een planning voor de uitvoering van de beroepstaak; b. maakt daarbij op de juiste wijze gebruik van aangereikte stappenplannen, voorschriften, richtlijnen (b.v. OPUR); c. maakt keuzen welke activiteiten het belangrijkst zijn en/of het dringendst aangepakt moeten worden (=volgorde van handelingen); d. legt activiteiten (acties), de tijd en middelen vast in een werkplan. 8.1.2. Organiseren van de activiteiten: a. organiseert de eigen activiteiten en voert deze volgens planning uit; b. pakt de zaken efficiënt aan; c. schat de nodige uitvoeringstijd voor de taak goed in (d.w.z. in vergelijking met de werkelijke benodigde tijd); d. werkt onder tijdsdruk alle activiteiten tijdig en correct af. 8.1.3. Monitoren en bijsturen: a. controleert de voortgang van het werk, ziet erop toe dat de doelen worden gehaald (zowel in tijd als in kwaliteit); b. stelt de aanpak bij als er sprake is van onvoldoende resultaten of gewijzigde omstandigheden; c. geeft tijdig aan wanneer de aanpak niet gehaald wordt; d. rapporteert over de voortgang van het werk. 8.1.4. Evalueert de werkwijze en/of de gevolgde procedure. Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese.


Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordelingscriteria van het onderzoeksverslag.


91



Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5


1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.6. Schrijft een poster/review/literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competenties 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.5 .Legt de analyse methode , de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies.

92


Code: BI5b-P Naam: Praktijk Vorm: Individueel Praktijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 7: Rapporteren (tekst) C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw. C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan aan de doelgroep (lezers). C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.2. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.2. Vertaalt de wensen naar eisen waaraan de aan te schaffen materialen, apparatuur of methoden moet voldoen. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijke probleem of vraagstelling 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt


Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de voor de beoordelingscriteria van de praktijkbeoordeling.

Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de praktijkbeoordeling. Alle beoordelingscriteria moeten voldoende zijn voor een Voldaan.

93

1 examinator voor de beoordeling (Praktijkdocent).


Code: BI5b-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 8: Planmatig en projectmatig werken (methodisch werken) 8.1.1. Plannen. 8.1.2. Organiseren van de activiteiten. Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1.Iinventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek.


De student:  kent de opbouw van biologische databases en kan annotatie lezen m.b.t. domein organisatie, 3D structuur, biologische functie, proteïnefamilies, geconserveerde aminozuren/domeinen;  gebruikt verschillende proteomics tools en analyseert de resultaten ervan;  geeft de definitie van domeinen, proteïne families, motifs en profiles;  legt uit hoe eiwittranslocatie in de cel plaatsvindt (o.a. secretie route)  noemt de kenmerken van transmembraan domeinen;  begrijpt het principe van membraanpredictie tools en kan de resultaten ervan analyseren;  legt uit wat gene ontologie is en wat het principe ervan is;  benoemt de verschillende structuren van een eiwit;  geeft de definitie van een consensus proteoom;  begrijpt het principe van massa spectrometrie (MS);  analyseert en interpreteert proteomics data (m.b.v. Mascot);  kan het principe van signaaltransductie uitleggen;  kan verschillende aspecten van signaaltransductie toelichten en aanwijzen in overzichtfiguren (v.b. KEGG).

94

Toetsmatrijs: Eiwit annotatie: ~30% Massa spectrometrie en data analyse: ~40% Signaal transductie: ~30% 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Vakdocent/Expert). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent/Expert).


Code: BI5b-Af Naam: Afvinkopdrachten Bioinformatica Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Code: BI5b-K Naam: Kennistoets Chemie en Life Science Vorm: Individueel Schriftelijk Weging:

Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek. Kennis van Life Science  Aminozuren  pH & pI  Eiwitscheidingstechnieken  Eiwitten  Eiwitstructuren

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase De student:  kent de opbouw van biologische databases en kan annotatie lezen m.b.t. domein organisatie, 3D structuur, biologische functie, proteïnefamilies, geconserveerde aminozuren/domeinen;  gebruikt verschillende proteomics tools en analyseert de resultaten ervan;  geeft de definitie van domeinen, proteïne families, motifs en profiles;  legt uit hoe eiwittranslocatie in de cel plaatsvindt (o.a. secretie route)  noemt de kenmerken van transmembraan domeinen;  begrijpt het principe van membraanpredictie tools en kan de resultaten ervan analyseren;  legt uit wat gene ontologie is en wat het principe ervan is;  benoemt de verschillende structuren van een eiwit;  geeft de definitie van een consensus proteoom;  begrijpt het principe van massa spectrometrie (MS);  analyseert en interpreteert proteomics data (m.b.v. Mascot);  kan het principe van signaaltransductie uitleggen  kan verschillende aspecten van signaaltransductie toelichten en aanwijzen in overzichtfiguren (v.b. KEGG).

De student:  kent de Aminozuren; structuur formules van aminozuren en verschillende ion vormen;  kent de pK en pI definities en begrijpt de groepsindeling van de aminozuren;  weet wat peptiden en proteïnen zijn en weet wat met primaire, secundaire, tertiaire en quaternaire structuur bedoeld wordt;  weet en begrijpt de relatie tussen eiwit structuur, eiwit eigenschappen en de biologische rol van het eiwit;  weet en begrijpt de rol van ‘multimeriteit’ in

95



Het behalen van de afvinkopdrachten is een voorwaarde voor deelname aan de thematoets van BI5b.

60%

Onderwerpen LS: ~20% Aminozuren ~20% pH, pI ~20% Eiwit scheidingstechnieken ~40% Eiwitten en eiwitstructuren Onderwerpen Chemie: ~30% Carbonzuren en derivaten, ~10% Aminozuren



2

Ondergrens: 5,5

Kennis van de basisprincipes van de Chemie:  heeft inzicht in de eigenschappen van aminozuren;  heeft inzicht in de vorming van en eigenschappen van eiwitten;  heeft inzicht in de vorming van biochemische energie;  heeft inzicht in de eigenschappen van koolhydraten;  heeft inzicht in de eigenschappen van lipiden; heeft inzicht in de eigenschappen van DNA.

Naam: IPV Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

eiwit complexen (bijv. coöperativiteit); weet en begrijpt evenwichtsverdelingen (associatie en dissociatie);  begrijpt wat denaturatie is en wat denaturatie met oplosbaarheid van proteïnen te maken heeft;  begrijpt de volgende technieken die te maken hebben met de zuivering en scheiding van proteïnen: electroforese, SDS-PAGE en verschillende vormen van chromatografie. De student:  beschrijft de eigenschappen van aminozuren in relatie tot de structuur van eiwitten;  legt uit welke factoren de structuur van een eiwit bepalen;  legt uit hoe biochemische energie gevormd wordt;  legt uit welke structuurelementen verantwoordelijk zijn voor bepaalde chemische eigenschappen van koolhydraten;  legt uit welke structuurelementen verantwoordelijk zijn voor bepaalde eigenschappen van lipiden;  legt uit welke structuurelementen verantwoordelijk zijn voor bepaalde eigenschappen van DNA. De student:  heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt;  kan de uitwerking van zijn weekopdrachten volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn alle gevraagde aspecten uitgewerkt;  voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit;  houdt zich aan de afgesproken regels;  de student stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact;  de student laat anderen uitpraten;  de student geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback.

~50% Biomoleculen (eiwitten, koolhydraten, vetten en DNA) ~10% Biochemische energie



Beoordeling: Cijfer

Code: BI5b-IPV


Competentie 9: Samenwerken S2-01 Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len) te benoemen. S2-12. Staat open voor aansturing van

96

De punten van de Life Science tellen mee voor 60% en de punten van de chemie voor 40%

40%

Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief en alle beoordelingscriteria moeten voldoende zijn voor een Voldaan.



projectleider/voorzitter. S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14.Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden). S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 10: Leiding en of begeleiding geven L2-01. Is bereikbaar/ aanspreekbaar als (projectleider)/coach/ voorzitter. L2-02. Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L2-03. Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L2-04. Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L2-05. Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L2-06. Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. L2-07. Stimuleert de projectleden en/of gecoachte zodanig dat de planning wordt gehaald. L2-08. Stimuleert projectleden en/of gecoachte om de gestelde doelen te halen. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.3. Stelt verantwoord een eigen leerroute samen. 2.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS)

97



Beoordelingsformulier onderzoeksplan (BI5b-Op) Naam: ………………………………… Gerelateerd aan competentie/ indicator

1.2.3, 1.2.4, 1.2.9 7:C2-13 11.2.2, 11.2.3

1.2.3, 1.2.4, 1.2.5, 1.2.6, 1.2.9 11.2.1

1.2.7, 1.2.8., 1.2.9 8.1.1., 8.1.2, 8.1.3, 8.1.4

7: C2-12

7: C2-14, C2-15

Klas: ………………………..Datum: ………………………..


Max aantal punten

Inhoud Inleiding: Context/motivatie en achtergrond van het onderzoek. Het onderzoeksdoel is beschreven. De biologische vraagstelling is vertaald naar Bioinformatica onderzoeksvragen Materiaal en methode: De methodes die toegepast worden om het doel te bereiken en de onderzoeksvragen te beantwoorden zijn beschreven. Er is beargumenteerd waarom is gekozen voor deze methode. Er wordt verwezen naar de gebruikte betrouwbare wetenschappelijke literatuur. Stappenplan: Een flowchart met de experimentele stappen en tussenproducten die leiden tot het eindproduct is overzichtelijk gepresenteerd. De tijdsplanning (tabel) laat overzichtelijk zien hoeveel manuren aan de verschillende experimenten besteed moeten worden, wie verantwoordelijk is voor welke taak én hoelang de experimenten/ het project in totaal duren. Structuur/ Lay-out / Schrijven Het rapport is geschreven volgens spelling- en grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. Het plan is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig.


5 10

10

10 5

15

5

3

2 65

Cijfer (totaal aantal punten / 6.5) Feedback


98

Aantal punten



Beoordelingsformulier Onderzoeksverslag (BI5b-V) Naam: ………………………………………… Klas: …………………….. Datum: ……………………………….. Gerelateerd aan competentie/ indicator

1.2.2, 1.2.3, 1.2.4, 1.2.6, 1.2.7, 1.2.8, 1.2.9 11.2.1, 11.2.2 7: C2-13 1.2.5, 1.2.8 4.2.1, 4.2.2, 4.2.8 11.2.3

4.2.2, 4.2.3, 4.2.4, 4.2.5, 4.2.6., 4.2.8

4.2.7, 4.2.8 11.2.4

4.2.7, 4.2.8 11.2.4


Inhoud Samenvatting:  Context/aanleiding + doel.  Methode.  Resultaten en observaties.  Implicatie en applicatie van de resultaten.  Beperkingen van het onderzoek, verder onderzoek  Lengte (max 300 woorden) Inleiding:  Aanleiding (motivatie en achtergrond van het onderzoek)  Doel onderzoek  Achtergrond informatie m.b.t. resultaten en discussie  Aanpak Materiaal en methode:  De context van de gebruikte materialen en methoden is duidelijk.  Specifieke en precieze details over materiaal en methode worden gegeven.  Materiaal en methode is volledig  Voltooid verleden tijd (het werk is gedaan). Resultaten:  De context van de resultaten en de samenhang tussen de experimenten is duidelijk (aanleiding, doel, waarom).  Beschreven is hoe de resultaten tot stand zijn gekomen (methode).  De beschrijving van de resultaten is helder en bevat een korte conclusie. In de beschrijving wordt verwezen naar de figuren/tabellen. Problemen met resultaten worden genoemd. De resultaten worden vergeleken met de literatuur.  Resultaten zijn overzichtelijk gepresenteerd in figuren/tabellen.  Figuren/tabellen zijn op de juiste manier met onder/bovenschrift weergegeven. Discussie:  De context is duidelijk en de discussie is een samenhangend geheel.  Discussie over resultaten (overzicht resultaten, samenhang resultaten, vergelijking resultaten met andere resultaten of literatuur, bediscussiëren van het antwoord op de onderzoeksvraag en eventuele hypothese(s)).  Uitspraken over nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van resultaten.  Aanbevelingen voor vervolgexperimenten. Conclusie:  Conclusie met antwoord op de onderzoeksvraag.

99

Max aantal punten

2 3 4 2 1 Knock out 2 2 7 2

4 4 4 1 8 3 10

10 4

2 8

2 1 1



4.2.7, 4.2.8 11.2.4

7: C2-12

7: C2-14, 7: C2-15


Bronvermelding:  Correcte literatuur verwijzingen volgens APA normen. In de tekst wordt verwezen naar de bronnen die opgenomen zijn in de literatuurlijst. Formaat / Schrijven  Het verslag is geschreven volgens spelen grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekenen dat het rapport niet beoordeeld wordt.  Het verslag is aan hand van de voorgegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig. Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 9.5)

Feedback

Naam en paraaf beoordelaar:

100

3

3 2 95



Beoordelingsformulier Praktijk (BI5b-P) Naam: …………………………………

Klas: ………………………..Datum: ………………………..

Beoordelingscriterium Gerelateerd aan competenties/ indicatoren De student heeft doel en werkwijze genoteerd en kan vragen daarover beantwoorden. (1.2.3, 1.2.9) De student voert binnen een projectgroep het experiment individueel uit volgens instructies. (4.2.3) Kan verantwoorden welke stap van de methode hij/zij uitvoert. (4.2.1, 4.2.8) Noteert wijzigingen van de geplande werkzaamheden. (4.2.6) De student werkt volgens de veiligheids- en milieuregels, en laat werkplekken en gebruikte apparatuur opgeruimd en schoon achter. (8.1.1)

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan

Voldaan

De student codeert en bewaart chemicaliën en monsters op correct wijze en noteert dit in zijn/haar logboek. (8.1.2)

Niet voldaan

Voldaan

De student noteert in zijn logboek de resultaten. (4.2.6)

Niet voldaan

Voldaan

De student maakt in tweetallen projectgroep een meetrapport waaruit blijkt dat het doel van experiment en gebruikte methodes begrepen zijn. (4.2.2, 4.2.8) Presenteert de verkregen resultaten en bediscussieert die. (4.2.7) Eindbeoordeling

Niet voldaan

Voldaan

Niet voldaan

Voldaan

Indien één van bovenstaande criteria niet voldaan

Indien aan alle bovenstaande criteria voldaan

Feedback


101

 


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE’en 8. Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens 9. Algemene omschrijving

10.

Competenties

11.


12.

13.


14. 15.


16.

Overig materiaal

17.

Activiteiten


OWE 6a: Datastructuren en algoritmen in Java ECU 6a: Data Structures and Algorithms in Java BI6a Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica, niveau 2 BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software N.v.t. Afvinkopdrachten Informatica (Af) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE bouwt voort op de kennis en vaardigheden uit OWE 5a en is een voorbereiding op OWE 8a, 10a en 11. Kunnen programmeren op het niveau van Java uit OWE 5a Voor deelname aan de Kennistoets datastructuren en Java geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. De student analyseert, ontwerpt en bouwt software voor de analyse van biologische gegevens. Hiervoor past hij dynamische datastructuren toe. De student documenteert zijn programmacode, test de functionaliteit van zijn scripts en presenteert het eindproduct aan de opdrachtgever. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau): - objectgeoriënteerde ontwerpen (in UML) uit te werken in Java (C2,II); - complexe (biologische) algoritmen uit te werken in Java (C2,II); - complexe datastructuren in Java te implementeren (C2,II); - biologische Application Program Interfaces (API’s) en Software Bibliotheken (Libraries) te gebruiken in eigen software ontwikkeling (C2,II en C6,II). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens BI6a-O Eindopdracht (O) BI6a-K Kennistoets datastructuren en Java (K) BI6a-Af Afvinkopdrachten Informatica (Af) BI6a-Kst Kennistoets Analyse (Kst) Weging Eindcijfer (O + K + Kst) / 3 Compensatie-mogelijkheden Instap-voorwaarden Afvinkopdrachten (Af) informatica moeten afgevinkt zijn tentamen met voldaan voor deelname aan de eindopdracht (O). Cijfers toetsen en beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn Frequentie (deel)-tentamens Periode 2, herkansing periode 3 De laatste druk van:  Bell, D., Parr, M., Java voor studenten. Amsterdam: Pearson Education.  Laan, G., Datastructuren in Java, Den Haag: Sdu Uitgevers.  Samuels, M.L., Witmer, J., Statistics for the Life Sciences. Amsterdam: Pearson Education.  Bruggen, M., van der, Java II, HAN. Java (http://www.java.com) NetBeans (http://netbeans.org/) In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen

102


18.

Werkvormen


Ondersteunend vak Informatica

Object oriëntatie Java Algoritmen Datastructuren Werkwijze: werkcollege Correlaties en regressie Functies Niet-parametrische toetsen


19.

Les- / Contacturen

Werkwijze: hoorcollege Informatica theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Informatica praktijk: 7 weken 4 uur per week (28 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (28 u) Analyse: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Toetsing: Eindopdracht, Kennistoets informatica (2 u), Kennistoets Statistiek (2 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: 13 lesuren/week = 91 lesuren/periode = 68 klokuren/periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 142 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 2 n.v.t.

103



Toetsprogramma OWE 6a: Datastructuren en algoritmen in Java (BI6a) Beroepstaak 2: Ontwerpen en ontwikkelen van software OWE Deeltentamen Code: BI6a-O Naam: Eindopdracht Vorm: Schriftelijk Praktijk Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI6a-K Naam: Kennistoets datastructuren en algoritmen Vorm: Schriftelijk Individueel Open vragen Weging: 1 Beoordeling: Cijfer

Indicatoren Competentie 2: software ontwikkeling 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig bio-informatica toepassingen. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.2.6. Ontwikkelt objectgeoriënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. 2.2.8. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. 2.2.9. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld. 2.2.10. Zet een testplan op. 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. 2.2.12. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze. Competentie 2: Software ontwikkeling met Java Datastructuren:  Arrays  ArrayList  LinkedList  Stack  Queue  Deque  HashMap  SortedMap  Set  Trees  Graphs Algoritmen:  Tijdscomplexiteit (Big-O)  Recursiviteit  Threads

Beoordelingscriteria Zie beoordelingsformulier eindopdracht.

Waardering / Cesuur Zie beoordelingsformulier eindopdracht 55% van de punten is voldoende.

Examinatoren 2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Expert / Vakdocent). 1 examinator voor de beoordeling.

De student:  is in staat van een gegeven algoritme de tijdscomplexiteit (Big-O) te herleiden;  introductie tot Algoritmen;  kan recursief een oplossingsstrategie bedenken en uitwerken voor een iteratief probleem;  kan aangeven wanneer welke datastructuren de meest adequate is;  kent de volgende datastructuren Arrays, ArrayList, LinkedList, Stack, Queue, deque, HashMap, SortedMap, Set, Trees en Graphs;  kan het principe van Interfaces toelichten;  begrijpt de basis van Threads;  herkent JDBC connecties in Java Code.

104

Toetmatrijs: 20% basis algoritmiek 20% Herkennen Big-O 40% toepassen datastructuren 20% algoritmiek kennis Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag. Eind cesuur: score gedeeld door maximale score maal 10. 55% van de punten is voldoende.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Expert / Vakdocent). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent).



 Interfaces Ondergrens: 5,5 Code: BI6a-Af Naam: Afvinkopdrachten Vorm: Praktijk Individueel Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Code: BI6a-Kst Naam: Kennistoets statistiek Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig bio-informatica toepassingen. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.2.6. Ontwikkelt objectgeoriënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. 2.2.8. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. 2.2.9. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld. 2.2.10. Zet een testplan op. 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. 2.2.12. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze. Kennistoets Statistiek Correlatie en enkelvoudige regressie. Niet parametrische toetsen: Sign test, Wilcoxon Signed-rank test, Chi-square test, Wilcoxon-Mann Whitney test. Kunnen werken met tabellen van niet parametrische toetsen.

Opdrachten met als onderwerpen:  Introductie tot Algoritmen en  Big O  Recursie  Datastructuren  Arrays, ArrayList  LinkedList  Stack, Queue en Deque  Bomen  HashMap  Set  Graphs  Interfaces  BioJava, JDBC, Threads  Toepassingen van datastructuren en algoritmen


De student:  weet waarvoor de correlatiecoëfficiënt een maat is;  kan de waarde van de correlatiecoëfficiënt interpreteren;  kan een regressievergelijking opstellen;  doet voorspellingen m.b.v. de regressielijn;  kan computeroutput betreffende correlatie en enkelvoudige regressie interpreteren;  kan werken met tabellen van niet parametrische toetsen;  kan hypothesen opstellen en op grond van een toets een conclusie trekken;  bepaalt in concrete gevallen welke (niet parametrische) toets geschikt is om een hypothese te toetsen en kan deze toets uitvoeren.

Toetsmatrijs: Correlatie en enkelvoudige regressie ca. 40% Hypothesen opstellen en handmatig bepalen van de toetsingsgrootheid bij niet parametrische toetsen ca. 30% Bepalen welke toets geschikt is om een hypothese te toetsen en juiste conclusies trekken op grond van tabellen van niet parametrische toetsen ca. 30%.

105

2 examinatoren voor de beoordeling (Expert/Praktijkdocent).

Het behalen van de afvinkopdrachten en aanwezigheid bij de praktijklessen informatica is een voorwaarde voor deelname aan de eindopdracht.

55% van de punten is voldoende.




Beoordelingsformulier Eindopdracht BI6a Naam: …………………………..………………..

Klas: ……………………… Datum: …………………

Competentie 2.2 (1 t/m 12)

Beoordeling door

Onderdeel

Score

Student

Docent

1. Algemeen a. Code is generiek geschreven (onder andere opdeling in classes en functionaliteit). b. Exception handling: adequaat en volledig.

10 10

2. Verwerking data a. Verwerking van te lezen data: efficiënt lezen en schrijven van databestanden. b. Testplan van data aanwezig en controle is uitgevoerd. 3. Toepassing datastructuur

10 10

a. Gebruik van juiste geneste datastructuur.

10

b. Toepassing van datastructuur is efficiënt en optimaal: juiste Big-O. 4. Algoritme

10

a. Goede analyse van biologisch probleem en juiste vertaling naar programma. b. Opzet en werking van gevraagde algoritme.

10

c. Complexiteit van algoritme.

10

10

5. GUI a. Flexibiliteit gevraagde GUI elementen: GUI is flexibel en reageert op wijzigingen run time. Eindoordeel

10 Max: 100

Feedback:



106



9. 10.

11. 12.

13.

Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens Algemene omschrijving Competenties




OWE 6b: Transcriptomics: data analyse m.b.t. regulatie van metabole routes ECU 6b: Transcriptomics: data analysis related to metabolic pathways BI6b Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica, niveau 2 BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) Onderzoeksverslag (V) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE is het vervolg op de ontwikkelde competenties en kennis uit OWE1-4. In het tweede jaar worden in OWE5-7 de ~omics gebieden behandeld. OWE5: proteomics, OWE6: transcriptomics, OWE7: genomics. T.a.v. LS/Chemie: het afsluitende niveau van de propedeuse Bio-informatica Voor deelname aan het deeltentamen IPV geldt een aanwezigheidsplicht bij de tutoruren. Centraal staan bio-informatica methoden voor het analyseren van transcriptomics data: micro array technologie en RNAseq. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau):  de microarray en RNA seq technologie te begrijpen (C1,II);  de regulatie van genexpressie toe te lichten (C1,II en C4,II);  statistische methoden voor de analyse van transcriptomics gegevens toe te passen (t-test, regressie en correlatie, clustering) (C4,II);  het concept van data mining toe te lichten (C5,I);  op basis van transcriptomics gegevens een biologische vraagstelling te beantwoorden (C1,II en C4,II);  individueel en in groepsverband een onderzoek te plannen, uit te voeren en de resultaten schriftelijk te rapporteren (C7,II en C8,II en C9,II en C10,II);  professioneel te werken en te handelen (C12,III);  te reflecteren op opgedane ervaringen (C12, II). Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, toetsvorm, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren. Deeltentamens BI6b-Af Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) BI6b-V Onderzoeksverslag (V) BI6b-K Kennistoets Life Science (K) BI6b-T Thematoets (T) BI6b-IPV IPV Weging Eindcijfer: (V+ 2K+ 2T)/ 5 Compensatie-mogelijkheden Instap-voorwaarden tentamen IPV moet afgevinkt zijn met voldaan. Afvinkopdrachten Bio-informatica moet afgevinkt zijn met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de thematoets. Cijfers toetsen en beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn Frequentie (deel)-tentamens Periode 2, herkansing periode 3 Voor deelname aan de workshop SCV en het deeltentamen IPV is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3) De laatste druk van:  Nelson, D.L., & Cox, M.M., Lehninger Principles of Biochemistry, (6th Ed.) New York NY: W.H. Freeman & Company.

107


14. 15.

16. 17. 18.

19.


Overig materiaal Activiteiten Werkvormen

Les- / Contacturen


 Paffen, I., Francke, Transcriptomics: data generation and analysis.  Pevsner, J., Bioinformatics and Functional Genomics,( 2nd revised ed.). Hoboken (New Jersey): John Wiley and Sons Ltd. Wetenschappelijke artikel/artikelen gerelateerd aan de gebruikte dataset(s) GEO (gene expression omnibus, www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) Excel Software voor de analyse van transcriptome data bijv. MEV, Genesis of RobiNA In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Enzymen en kinetiek Ondersteunend vak Metabole principes Life Science Specifieke metabole routes


Werkwijze: hoorcollege Micro-array en RNAseq technologie Analyse en interpretatie van transcriptomics gegevens

Workshop SCV

Werkwijze: hoorcollege Coachen

Beoordeling in OWE8 Werkwijze: training Tutor: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Bio-informatica + werkcollege: 7 weken 4 uur per week (28 u) Life Sciences: 7 weken 2 uur per week (14 u) SCV: Coachen (4 u) SLB: (3,5 u) Toetsing: Kennistoets (2 u), Thematoets (2 X 2 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gemiddeld 10 lesuren per week 71 lesuren per periode = 53 klokuren per periode. Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 157 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 2 n.v.t.

108



Toetsprogramma OWE 6b: Transcriptomics: data analyse m.b.t. regulatie van metabole routes (BI6b) Beroepstaak 4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE Deeltentamen Code: BI6b-Af Naam: Afvinkopdrachten Bioinformatica Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Indicatoren


Waardering / Cesuur

Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek.

In de afvinkopdrachten worden de volgende onderdelen getoetst. De student: - begrijpt het principe van Transcriptomics en de bijbehorende methodologie; - is in staat de verschillen tussen tussen microarrays en RNAseq helder te verwoorden; - beargumenteert welk experimenteel design (+ controles/replicates) gebruikt kan worden voor een gegeven onderzoek; - kan ruwe transcriptomics gegevens voorbewerken standaard technieken (pre-processing = background substraction filtering, normalisation, log transformation, scaling); - visualiseert en inspecteert de ruwe en voorbewerkte transcriptomics data (bijv. met MA-plot, volcano-plot, scatterplot); - analyseert de bewerkte transcriptome data met standaard technieken (inferential and exploratory statistics, classificatie); - begrijpt het principe van het testen van de statistische significantie van verschillen in expressie en kan deze bepalen; - begrijpt het principe van afstandsmaten die gebruikt kunnen worden bij het genereren van een afstandsmatrix; - begrijpt het principe van clustering methoden (bijv. hierarchical, K-means) en kan deze toepassen; - begrijpt hoe verschillende typen genassociaties van genproducten met behulp van transcriptome data kunnen worden achterhaald (bv coregulatie of onderdeel uitmaken van een bepaalde biochemische route); - kent een aantal manieren waarop cellulaire processen op genexpressie niveau kunnen worden geregeld.


109

Het behalen van de afvinkopdrachten is een voorwaarde voor deelname aan de thematoets van BI6b.

Examinator 1 examinator voor de beoordeling (Expert).


Code: BI6b-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.6. Schrijft een poster/review/literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competenties 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordelingscriteria van het onderzoeksverslag.


110



Code: BI6b-K Naam: Kennistoets Life Science Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 2

4.2.5. Legt de analyse methode , de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 7: Rapporteren (tekst) C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan de doelgroep aan (lezers) C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.2. Vertaalt de wensen naar eisen waaraan de aan te schaffen materialen, apparatuur of methoden moet voldoen. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek. Kennis van Life Science  Enzymen en kinetiek  Metabole principes  Specifieke metabole routes


Enzymologie De student:  weet en begrijpt de rol van Enzymen;  snapt de essentie van Enzym kinetiek;  weet en begrijpt de 'steady state' en het cruciale verschil met evenwicht. Metabolisme: De student:  weet en begrijpt de biologische thermodynamica, de rol van vrije energie en entropie;

111

Toetsmatrijs: Enzymen en kinetiek: 20-40% Metabole principes: 20-40% Specifieke metabole routes: 20-40%




Code: BI6b-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase  kent de vrije energie dragers van de cel en hoe zij worden 'geladen' (ATP en NAD(P)H en H+ gradient);  kent de typen centrale metabolieten en hun moleculaire karakteristieken (bijv. lipiden, aminozuren, suikers, carboxylaten, nucleotiden);  kent de centrale moleculaire principes van cellulair metabolisme en cellulaire groei (atomaire balans, anabolisme, catabolisme);  kent en snapt een aantal centrale biochemische routes (Glycolyse en Fermentaties; Gluconeogenese, Pentose Phosphate Pathway, Glycogeen synthese en afbraak, Citroenzuur cyclus, De Ademhalingsketen en Oxidatieve Fosforylering). In de thematoets worden de volgende onderdelen getoetst: De student: - begrijpt het principe van Transcriptomics en de bijbehorende methodologie; - is in staat de verschillen tussen microarrays en RNAseq helder te verwoorden; - beargumenteert welk experimenteel design (+ controles/replicates) gebruikt kan worden voor een gegeven onderzoek; - Kan ruwe transcriptomics gegevens voorbewerken standaard technieken (pre-processing = background substraction filtering, normalisation, log transformation, scaling); - visualiseert en inspecteert de ruwe en voorbewerkte transcriptomics data (bijv. met MA-plot, volcano-plot, scatterplot); - analyseert de bewerkte transcriptome data met standaard technieken (inferential and exploratory statistics, classificatie); - begrijpt het principe van het testen van de statistische significantie van verschillen in expressie en kan deze bepalen; - begrijpt het principe van afstandsmaten die gebruikt kunnen worden bij het genereren van een afstandsmatrix; - begrijpt het principe van clustering methoden (bijv. hierarchical, K-means) en kan deze toe-

112

Toetsmatrijs: Transcriptomics methodologie: 30-40% Data voorbewerking: 10-20% Data analyse: 20-30 % Data interpretatie: 20-30% 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Vakdocent/Expert). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent/Expert).


Code: BI6b-IPV Naam: IPV Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek. Competentie 9: Samenwerken S2-01 Maakt concrete afspraken. S2-02 Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03 Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05 Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08 Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09 Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10 Weet van de andere teamleden hun rol(len) te benoemen. S2-12 Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S2-13 Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14 Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15 Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16 Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden) S2-17 Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18 toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 10: Leiding en of begeleiding geven L2-01 Is bereikbaar/aanspreekbaar als (projectleider)/coach/voorzitter. L2-02 Hanteert procedures om de voortgang van

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase passen; begrijpt hoe verschillende typen genassociaties van gen-producten met behulp van transcriptome data kunnen worden achterhaald (bv coregulatie of onderdeel uitmaken van een bepaalde biochemische route); - kent een aantal manieren waarop cellulaire processen op genexpressie niveau kunnen worden geregeld. De student: - heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt; - kan de uitwerking van zijn weekopdrachten volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn alle gevraagde aspecten uitgewerkt; - voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit; - houdt zich aan de afgesproken regels; - stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact; - laat anderen uitpraten; - geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback. -

Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS).

113

Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief en alle beoordelingscriteria moeten voldoende zijn voor een Voldaan.




de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L2-03 Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L2-04 Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L2-05 Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L2-06 Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. L2-07 Stimuleert de projectleden en/of gecoachte zodanig dat de planning wordt gehaald. L2-08 Stimuleert projectleden en/of gecoachte om de gestelde doelen te halen Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang 12.3. Stelt verantwoord een eigen leerroute samen. 12.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig.

114



Beoordelingsformulier Onderzoeksverslag (BI6b-V) Naam: ………………………………………… Klas: …………………….. Datum: ……………………………….. Gerelateerd aan competentie/ indicator

1.2.2, 1.2.3, 1.2.4, 1.2.6, 1.2.7, 1.2.8, 1.2.9 11.2.1, 11.2.2 7: C2-13 1.2.5, 1.2.8 4.2.1, 4.2.2, 4.2.8 11.2.3

4.2.2, 4.2.3, 4.2.4, 4.2.5, 4.2.6., 4.2.8


Inhoud Samenvatting:  Context/aanleiding + doel.  Methode.  Resultaten en observaties.  Implicatie en applicatie van de resultaten.  Beperkingen van het onderzoek, verder onderzoek Lengte (max 300 woorden) Inleiding:  Aanleiding (motivatie en achtergrond van het onderzoek)  Doel onderzoek  Achtergrond informatie m.b.t. resultaten en discussie  Aanpak Materiaal en methode:  De context van de gebruikte materialen en methoden is duidelijk.  Specifieke en precieze details over materiaal en methode worden gegeven.  Materiaal en methode is volledig  Voltooid verleden tijd (het werk is gedaan). Resultaten:  De context van de resultaten en de samenhang tussen de experimenten is duidelijk (aanleiding, doel, waarom).  Beschreven is hoe de resultaten tot stand zijn gekomen (methode).  De beschrijving van de resultaten is helder en bevat een korte conclusie. In de beschrijving wordt verwezen naar de figuren/tabellen. Problemen met resultaten worden genoemd. De resultaten worden vergeleken met de literatuur.  Resultaten zijn overzichtelijk gepresenteerd in figuren/tabellen.  Figuren/tabellen zijn op de juiste manier met onder/bovenschrift weergegeven.

115

Max aantal punten

2 3 4 2 1 Knock out 2 2 7 2 4 4 4 1 8 3 10

10 4



4.2.7, 4.2.8 11.2.4


Discussie:  De context is duidelijk en de discussie is een samenhangend geheel.  Discussie over resultaten (overzicht resultaten, samenhang resultaten, vergelijking resultaten met andere resultaten of literatuur, bediscussiëren van het antwoord op de onderzoeksvraag en eventuele hypothese(s)).  Uitspraken over nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van resultaten.  Aanbevelingen voor vervolgexperimenten. Conclusie:  Conclusie met antwoord op de onderzoeksvraag.

7: C2-12

7: C2-14, 7: C2-15

Bronvermelding:  Correcte literatuur verwijzingen volgens APA normen. In de tekst wordt verwezen naar de bronnen die opgenomen zijn in de literatuurlijst. Vormgeving / Schrijven Taalgebruik sluit aan bij de doelgroep. Het verslag is geschreven volgens spelen grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. Het verslag is aan hand van de voorgegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig. Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 9,5)

Feedback


116

2 8

2 1

1

3

3 2 95


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ Beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. 7.

Studiepunten, Studielast Samenhang met andere OWE-en

8.


9.


10.

Competenties

11.


12.

13.

15.

Verplichte literatuur Aanbevolen literatuur Software

16.

Overig

14.


OWE7a: Analyse en ontwerptechnieken ECU 7a: Analysis and design techniques BI7a Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica, niveau 2 BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software N.v.t. Analyse en Ontwerp (A&O) Werkende en gedocumenteerde programmatuur (W) Afvinkopdrachten Informatica (Af) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE is het vervolg op de ontwikkelde competenties en kennis uit OWE1-4. Het verdiept de inzichten in programmeren en bouwt voort op de kennis van het programmeren. Om deel te kunnen nemen aan deze OWE is programmeervaardigheid een vereiste. Informatica: kunnen programmeren in Python op het afsluitende niveau van de propedeuse Bio-informatica. Voor deelname aan deeltentamen thematoets informatica geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. Centraal staat de analyse en ontwerp van software. Analyse van te bouwen programma’s worden gemaakt. Ook komen diverse ontwerptechnieken voor software aan bod. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr., niveau):  een biologisch probleem te vertalen naar een softwareontwerp (C1,II en C2,II);  een softwareontwerp in UML op te zetten (C2,II). Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren Deeltentamens BI7a-AO Analyse en Ontwerp (AO) BI7a-T Thematoets (T) BI7a-W Werkende en gedocumenteerde programmatuur (W) BI7a-Af Afvinkopdrachten Informatica (Af) Weging (AO + W + T)/3 Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden Cijfers toetsen en beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. De tentamen afvinkopdrachten moeten afgevinkt en voldaan zijn als voorwaarde voor deelname aan de thematoets. Frequentie (deel)Periode 3, herkansing periode 4 tentamens De laatste druk van:  Warmer, J., Praktisch UML, Pearson Education Python (http://www.python.org/) Oracle datamodeler (http://www.oracle.com) MySQL Workbench (http://www.mysql.com/) Argo UML (http://argouml.tigris.org/) In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te

117


17. 18.

19.

materiaal Activiteiten Werkvormen

Les- / Contacturen


ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Analyse en ontwerp (UML) Informatica Objectgeoriënteerd ontwerp Software engineering Version control systems Werkwijze: hoorcollege Geprogrammeerde contacttijd: Informatica theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Informatica praktijk: 7 weken 4 uur per week (28 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (28 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Toetsing: Thematoets informatica (3 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 11 lesuren per week , 77 lesuren per periode = 58 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 152 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 3 n.v.t.

118



Toetsprogramma OWE 7a: Analyse en ontwerptechnieken (BI7a) Beroepstaak 2: Ontwerpen en ontwikkelen van software OWE Deeltentamen Code: BI7a-AO Naam: Analyse en ontwerp Vorm: Schriftelijk Groep Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI7a-T Naam: Thematoets analyse en ontwerp Vorm: Individueel Schriftelijk

Indicatoren Competentie 2: Software ontwikkelen 2.2.3. Ontwerpt een programma in UML. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.10. Zet een testplan op. 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. Competentie 3: Data beheren 3.2.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. Competentie 7: Rapporteren (tekst) C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw. C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan aan de doelgroep (lezers). C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 2: Software ontwikkelen 2.2.3. Ontwerpt een programma in UML. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.10. Zet een testplan op. 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. Competentie 3: Data beheren 3.2.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen.

Beoordelingscriteria Zie beoordelingsformulieren Analyse & Ontwerp.

Waardering / Cesuur Zie beoordelingsformulieren Analyse & Ontwerp.

Examinatoren 1 examinator voor de beoordeling (Expert/Praktijkdocent).

Cijfer voor Analyse en Ontwerp is het gemiddelde van het cijfer voor Analyse en het cijfer voor Ontwerp 55% van de punten is voldoende.

Een gegeven biologische casus kan worden geanalyseerd en op basis van de benoemde gegevens kan een ERD worden ontworpen dat genormaliseerd is tot in de derde normaal vorm. Het ERD kan zowel een conceptueel- als technisch ERD betreffen. Voor de biologische gegeven wordt een applicatie ontworpen in UML. Hiervoor kan een ontwerp worden gemaakt in UML Cases en UML Class Diagrams.


119

Toetsmatrijs: 50% Ontwerpen van een genormaliseerd ERD 50% Ontwerpen van een UML diagram volgens de standaard


2 examinatoren voor constructie en evaluatie. 1 examinator voor de beoordeling (Expert/Praktijkdocent).


Code: BI7a-W Naam: Werkende programmatuur Vorm: Groep praktijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI7a-Af Naam: Afvinkopdrachten Vorm: Individueel Praktijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan


Competentie 2: Software ontwikkelen 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig bio-informatica toepassingen. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.2.6. Ontwikkelt objectgeoriënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. 2.2.12. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze.

Zie beoordelingsformulier Werkende programmatuur.

Competentie 2: Software ontwikkelen 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig bio-informatica toepassingen. 2.2.3. Ontwerpt een programma in UML. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.2.6. Ontwikkelt object-georiënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. 2.2.8. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. 2.2.9. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld. 2.2.10. Zet een testplan op. 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. 2.2.12. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze.

De student:  is in staat basale vragen over UML en ObjectOriëntatie te beantwoorden;  kan een casus uitwerken in een Use Case diagram;  kan een ERD ontwerpen om biologische gegevens op te slaan waarbij het ERD genormaliseerd is tot in de derde normaalvorm;  kan de principes van Object-Oriëntatie toepassen op software ontwikkeling;  kan een eenvoudig Class Diagram ontwerpen en implementeren;  kan een complexer Class Diagram ontwerpen en implementeren;  kan Class Diagrams implementeren en begrijpt de principes van Design Patterns.

Zie beoordelingsformulier Werkende programmatuur.



120

Alle afvinkopdrachten moeten met goed gevolgd zijn afgerond voor een voldaan beoordeling. Het behalen van de afvinkopdrachten en aanwezigheid bij de praktijklessen informatica is een voorwaarde voor deelname aan de thematoets.

1 examinator voor de beoordeling (Expert/Praktijkdocent).



Cijfer voor Analyse en Ontwerp is het gemiddelde van het cijfer voor Analyse en het cijfer voor Ontwerp.

Beoordelingsformulier Analyse OWE 7a Naam: …………………………………….. Klas: …………………………. Gerelateerd aan competentie/ indicator

Competentie 2.2: software ontwikkeling (2, 3, 4, 10, 11)

Competentie 3: (3.2.2)

7:C2-13

7:C2-12

7:C2-14

7:C2-15


Datum: ……………….. Max aantal punten

Inhoudelijk Geschreven voor programmeur en gebruiker (bioloog/bio-informaticus/biochemicus/moleculair bioloog). Heldere vertaling van probleem.

10

10

Duidelijke beschrijving van functionele en nietfunctionele eisen.

20

Goede uitwerking user cases.

20

Goede uitwerking use case diagram.

20

Heldere beschrijving van de architectuur.

20

Structuur/ Lay-out / Schrijven Geeft in de inleiding duidelijk het doel van de analyse aan.

5

De analyse is geschreven volgens spelen grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. De analyse is geschreven voor de doelgroep.

De analyse is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig. (5) De documentatie kent een inleiding en bevat verwijzingen naar gebruikte bronnen (5).


5

10

10

130



121

Aantal punten



Beoordelingsformulier Ontwerp OWE 7a Naam: ………………………………………… Klas: ……………………………… Gerelateerd aan competentie/ indicator Competentie 2.2: software ontwikkeling (2, 3, 4, 10, 11)

Competentie 3: (3.2.2)

7:C2-13 7:C2-12

7:C2-14 7:C2-15


Datum: …………………………. Max aantal punten

Inhoudelijk Geschreven voor programmeur en gebruiker (bioloog/bio-informaticus/biochemicus/moleculair bioloog)

10

Systeem architectuur, voldoende detaillering (versienummers et cetera)

20

Duidelijke beschrijving software architectuur met schematisering  UML class diagram (10)  Scherm voorbeelden (10) Technische gegevens structuur  Genormaliseerd conceptueel ERD (10)  Technische of implementatie ERD (10)  Alles in de derde normaalvorm (10)

20

Ontwikkelaar kan op basis van ontwerp structuur van applicatie begrijpen en hoeft weinig aanvullende vragen te stellen om de applicatie uit te werken.

20

Beschreven wordt hoe het product technisch kan worden gerealiseerd en beheerd.

10

Structuur/ Lay-out / Schrijven Geeft in de inleiding duidelijk het doel van het ontwerp en project aan. Het ontwerp is geschreven volgens spellings- en grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. Het ontwerp is geschreven voor de doelgroep. Het ontwerp is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig (5). De documentatie kent een inleiding en bevat in de tekst juiste verwijzingen naar gebruikte bronnen volgens APA norm (5).

Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 14)

30

5 5

10 10

140

Feedback

Naam en Paraaf beoordelaar

122

Aantal punten



Beoordelingsformulier Applicatie OWE 7a Naam: ………………………………………… Klas: ……………………………… Gerelateerd aan competentie/ indicator Competentie 2.2: software ontwikkeling



De applicatie maakt gebruik van efficiënte queries, de queries worden dynamisch opgebouwd.

10

De applicatie is opgebouwd uit gestructureerde code, opzet met waarde retournerende functies (5). Functies zijn kort en duidelijk (5). Imports en declaraties bovenaan (5). Een centrale main functie (5). Generiek: Er wordt niet of nauwelijks gebruik gemaakt van harde coderingen.

20

De code kent een gemodulariseerde opbouw, er is niet gebruik gemaakt van één lang bestand maar van meerdere samenwerkende bestanden. De applicatie bevat voldoende commentaar (5) en in de header is aangegeven wie de programmeurs zijn, datum creatie, functionaliteit en known bugs (5). Bevat een adequate exception handling.

10

(1, 2, 5, 6, 7, 12)


10

10

10 70



123

Aantal punten




9.


10.

Competenties

11.


12.


OWE7b: Genomics: annoteren van genomisch DNA ECU 7b: Genomics: genomic DNA annotation BI7b Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica , niveau 2 BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Onderzoeksverslag (V) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE is het vervolg op de ontwikkelde competenties en kennis uit OWE1-4. In het tweede jaar worden in OWE5-7 de ~omics gebieden behandeld. OWE5: proteomics, OWE6: transcriptomics, OWE7: genomics. T.a.v. LS/Chemie: het afsluitende niveau van de propedeuse Bio-informatica. Voor deelname aan het deeltentamen IPV geldt een aanwezigheidsplicht bij de tutoruren. Voor deelname aan het deeltentamen praktijkbeoordeling geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. Centraal staat het ontrafelen van genen in genomisch DNA. De student leert verschillende annotatiemethoden om genen en andere features in genomisch DNA te detecteren. In overleg met een externe opdrachtgever (HAN Biocentre) ontwerpt hij zijn onderzoeksstrategie. Vervolgens selecteert hij bio-informatica hulpmiddelen voor het annotatieproces. Hij voert het onderzoek volgens planning uit en presenteert het eindproduct zowel mondeling als schriftelijk aan de opdrachtgever. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr., niveau): - next-generation sequencing data te analyseren (C4, II); - methoden van het annotatieproces te selecteren en toe te passen (C4,II); - in genomisch DNA genen en repeats te identificeren (C4,II); - geannoteerde sequenties te visualiseren (C2,II en C6,II); - individueel en in groepsverband een onderzoek te plannen, uit te voeren en de resultaten schriftelijk te rapporteren (C7,II en C,II C11,II en C10,II); - gericht naar literatuur over de werking van de gebruikte methodes te zoeken en deze te bestuderen (C1, II); - projectmatig te werken (C8,II); - te reflecteren op opgedane ervaringen (C12, II). Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren. Deeltentamens BI7b-V Onderzoeksverslag (V) BI7b-T Thematoets (T) BI7b-K Kennistoets Life science (K) BI7b-IPV IPV BI7b-St Stagevoorbereiding/solliciteren (St) Weging (V + 2T + 2K)/5 Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden IPV, Workshop SCV moeten afgevinkt zijn met voldaan en tentamen cijfers toetsen en beroepsproducten (V, K, T) moeten ≥ 5.5 zijn. Frequentie (deel)Periode 3, herkansing periode 4

124



tentamens 13.


14.


15.

16. 17. 18.


Laatste druk van:  Nelson, D.L., & Cox, M.M., Lehninger Principles of Biochemistry, New York NY: W.H. Freeman & Company.  McMurry, J., Castellian, M.E. Fundamentals of General, Organic and Biological Chemistry, New York NY: Pearson Education Ltd.  Warmer, J., Kleppe, A. Praktisch UML, New York NY: Pearson Education Ldt.  Samuels, M.L., Witmer, J. Statistics for the Life Sciences, New York NY: Pearson Education Ldt.  Pevsner, J., Bioinformatics and Functional Genomics, Hoboken (New Jersey): John Wiley and Sons Ltd.  Brown, T.A., Brown, T., Genomes. New York, NY: Garland Science. Python (http://www.python.org/) Bowtie2 (http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml) Samtools (http://samtools.sourceforge.net/) Artemis (http://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/) In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Analyse van DNA- en eiwitsequenties Bio-informatica Gen identificatie en annotatie BLAST Next generation sequencing

Ondersteunend vak Life Science

19.

Les- / Contacturen

Voor de workshop stage/soll (St) en het deeltentamens IPV is er maar één kans per studiejaar(OER art. 7.3).

Werkwijze: hoorcollege Principes van comparative genomics Genoom architectuur Domein organisatie Microbiologie

Workshops SCV

Werkwijze: hoorcollege Stagevoorbereiding / Solliciteren

Workshops SCV

Werkwijze: training Interviewen

Beoordeling in OWE8 Werkcollege Bio-informatica

Werkwijze: training Read mapping Score matrices

Werkwijze: training Life Science: 7 weken 2 uur per week (14 u) Bio-informatica: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Tutor: 7 weken 2 uur per week (14 u) Werkcollege: 3 weken 2 uur (6 u) SCV: interviewen (2 u) SCV: stagevoorbereiding/solliciteren (4 u)

125



SLB (4 u) Toetsing: Kennistoets Life Science (2 u), Thematoets (3 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gemiddeld 9,3 lesuren per week, 65 lesuren per periode = 48,8 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 161,2 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 3 n.v.t.

126



Toetsprogramma OWE 7b: Genomics: annoteren van genomisch DNA (BI7b) Beroepstaak 4: Het uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE Deeltentamen Code: BI7b-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Groep Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Indicatoren

Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.6. Schrijft een poster/review/literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competenties 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica


Waardering / Cesuur

Zie onderstaand beoordelingsformulier voor het onderzoeksverslag BI7b.

Zie het beoordelingsformulier voor het onderzoeksverslag BI7b.

Onderzoeksverslag in de vorm van een application note.

Cesuur: 55% van de punten komen overeen met een 5,5.

127

Examinatoren



Code: BI7b-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk

methoden analyses uit op biologische data. 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.5. Legt de analyse methode , de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 7: Rapporteren tekst C2-12. Hanteert correcte spelling en zinsbouw. C2-13. Geeft het doel aan. C2-14. Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan aan de doelgroep (lezers). C2-15. Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.2. Vertaalt de wensen naar eisen waaraan de aan te schaffen materialen, apparatuur of methoden moet voldoen. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek. Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competenties 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data.


De student:  licht de stappen van een genoomproject toe;  licht het principe van de sequencing methoden Sanger en NGS toe;  berekent op basis van een multiple sequence alignment een score matrix (substitution score matrix en PSSM);  begrijpt de voor- en nadelen van de verschillende genpredictie methoden (ORF,

128

Toetsmatrijs: Genome sequencing: ~40% Annotation: ~40% Score matrices: ~20% 55% juist beantwoord komt overeen met een 5,5.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie. 1 examinator voor de beoordeling (Expert).


Open vragen Weging: 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI7b-K Naam: Kennistoets Life science Vorm: Individueel Schriftelijk Open vragen Weging: 2 Beoordeling: cijfer Ondergrens: 5,5

4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. 4.2.4.Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek. Organisatie van DNA en RNA DNA modificatie PCR en primer ontwerp


    

statistische methoden, homologiegebaseerde); maakt een uitspraak over de kwaliteit van een aangereikte annotatie pipeline en verbetert deze. Licht de gemaakte keuzes toe; licht toe hoe DNA sequenties geannoteerde worden en welke methoden en tools hiervoor gebruikt worden en waarom; licht de opbouw van genen uit prokaryoten en eukaryoten toe; licht toe hoe HMM worden toegepast om genen te voorspellen; licht toe hoe repeats geannoteerd worden.

De student:  kent de organisatie structuur van het DNA in prokaryote en eukaryote cellen. (circulair vs. lineair, enkel vs. meervoudig, haploid vs polyploid);  kent de natuurlijk optredende veranderingen in de organisatie van het DNA en kan deze veranderingen identificeren (CNVs, SNPs, InDels, Rearrangements, gene transfer);  kent de rol, verschijningsvorm en samenhangende moleculaire processen voor;  DNA en RNA structurele elementen (bijv., genen, regulatoire elementen, repetitieve elementen, centromeren, intronen, exonen, CpG islands);  DNA modificaties (bijv., mutatie, recombinatie, duplicatie en epigenetische verandering);  DNA-geassocieerde eiwitten (bijv: transcriptie factoren, enhancers, histonen);  begrijpt en kent de stappen die horen bij het experimentele proces van genetische modificatie middels plasmide vectoren;  kent de eigenschappen van plasmides;  kent het principe van verschillende modificatie

129

Organisatie van DNA en RNA ~40% DNA modificatie ~30% PCR en primer ontwerp ~30% 55% juist beantwoord komt overeen met een 5,5.



Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase enzymen en weet hoe deze worden toegepast; begrijpt het principe achter transformatie en selectie;  kent en begrijpt de verschillende vormen van PCR die worden toegepast in de moderne Moleculaire Biologie (t.b.v. Kloneren en Sequencen);  kan PCR primers ontwerpen om een fragment in frame in een plasmide te kloneren;  kan werken met een primer ontwerp programma en weet welke parameters van belang zijn voor een goed ontwerp. De student:  heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt;  kan de uitwerking van zijn weekopdrachten volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn alle gevraagde aspecten uitgewerkt;  voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit;  houdt zich aan de afgesproken regels;  stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact;  laat anderen uitpraten;  geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback. 

Code: BI7b-IPV Naam: IPV Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Competentie 9: Samenwerken S2-01. Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len) te benoemen. S2-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14. toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden). S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 10: Leiding en of begeleiding geven


130




Code: BI7b-St Naam: Stagevoorbereiding/solliciteren Vorm: Individueel Schriftelijk Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan

L2-01. Is bereikbaar/aanspreekbaar als (projectleider)/coach/voorzitter. L2-02. Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L2-03. Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L2-04. Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L2-05. Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L2-06. Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstellen van de langer termijnplanning. L2-07. Stimuleert de projectleden en/of gecoachte zodanig dat de planning wordt gehaald. L2-08. Stimuleert projectleden en/of gecoachte om de gestelde doelen te halen Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.2.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.2.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.2.3. Stelt verantwoord een eigen leerroute samen. 12.2.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig. Competentie 9: Samenwerken / communicatie S2-01. Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len) te benoemen.


Deelname aan workshop stagevoorbereiding/solliciteren wordt afgetekend.

131

Deelname aan de workshop is verplicht voor het voldoende afvinken van de workshop.

1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent workshop).


Ondergrens: Voldaan


S2-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14. Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden) S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.3. Stelt verantwoord een eigen leerroute samen. 12.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig.

132



Beoordelingsformulier Onderzoeksverslag BI7b - Application Note Naam: …………………………………………………………….. Gerelateerd aan competentie/ indicator

1.2.2, 1.2.3, 1.2.4, 1.2.6, 1.2.7, 1.2.8, 1.2.9 1.2.5, 1.2.8 4.2.1, 4.2.2, 4.2.8 11.2.3

4.2.2, 4.2.3, 4.2.4, 4.2.5, 4.2.6., 4.2.8

4.2.7, 4.2.8 11.2.4

4.2.7, 4.2.8 1.2.4 4.2.7, 4.2.8 11.2.4

7: C2-12 7: C2-14, 7: C2-15

Klas: ………………… Datum: …………………………..


Inhoud Lengte van Application Note: max 2 pagina’s Aanvullende resultaten, figuren en methoden in Supplement Samenvatting: Lengte (max 100 woorden) Inleiding:  Aanleiding (motivatie en achtergrond van het onderzoek)  Doel onderzoek Materiaal en methode (in Supplement):  De context van de gebruikte materialen en methoden is duidelijk.  Specifieke en precieze details over materiaal en methode worden gegeven.  Materiaal en methode is volledig  Voltooid verleden tijd (het werk is gedaan). Resultaten:  overzichtelijk gepresenteerd in figuren/tabellen  figuren/tabellen zijn op de juiste manier met onder/bovenschrift weergegeven  per resultaat/onderzoekstap: doel, wat gedaan, beschrijving resultaten, korte conclusie Discussie:  De context is duidelijk en de discussie is een samenhangend geheel.  Discussie over resultaten (overzicht resultaten, samenhang resultaten, vergelijking resultaten met andere resultaten of literatuur, bediscussiëren van het antwoord op de onderzoeksvraag en eventuele hypothese(s))  Uitspraken over nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van resultaten.  Aanbevelingen voor vervolgexperimenten. Conclusie:  Conclusie met antwoord op de onderzoeksvraag. Bronvermelding:  Correcte literatuur verwijzingen volgens APA normen. In de tekst wordt verwezen naar de bronnen die opgenomen zijn in de literatuurlijst. Formaat / Schrijven  Het verslag is geschreven volgens spelen grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekenen dat het rapport niet beoordeeld wordt.  Het verslag is aan hand van de voorgegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig. Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 6)

Feedback


133

Max aantal punten Knock out Knock out

2 2 4 4 4 1 4 2 8

2 5 2 1 1 3 6

4

3 2 60



Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE-en 8. Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens 9. Algemene omschrijving

10.

Competenties

11.


12.

Tentaminering


OWE 8a: Webtechnologie en textmining ECU 8a: Webtechnologie and Textmining BI8a Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica, niveau 2 BT3: Integreren en visualiseren van biologische gegevens N.v.t. Plan van aanpak (PvA) Analyse en Ontwerp (AO) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE bouwt voort op de kennis en vaardigheden uit OWE 7a en is een voorbereiding op OWE 10a en 11. Kunnen programmeren op het niveau van Java uit OWE 6a. Voor deelname aan deeltentamen kennistoets informatica geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. Textmining technieken worden toegepast om nieuwe, biologisch significante verbanden in wetenschappelijke publicaties te vinden. Hiervoor verzamelt de student gegevens uit verschillende bronnen (Medline, UniProt) en past vervolgens textminingtechnieken toe om in de bronnen relaties te vinden die op biologische verbanden duiden. De student ontwerpt en bouwt een textminingapplicatie die de bronnen naar verbanden doorzoekt en de resultaten in de vorm van een netwerk in een webbrowser visualiseert. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau): - met component-based development en multi-layer architectuur te werken (C2,II); - een bio-informatica probleem te vertalen naar een ontwerp (C2,II); - een softwareontwikkelingmethode (Prototyping, RAD) toe te passen (C2,II); - gegevens met behulp van XML te importeren/exporteren (C3,II); - een eenvoudige architectuur in Python of Java te implementeren (C2,II); - zijn ontwerpkeuze toe te lichten (Code review, documentatie, presentatie) (C2,II en C7,II); - gericht zoeken naar en bestuderen van literatuur over methodes van textmining (C1, II); - een ontwerp in UML op te zetten (C2,II); - projectmatig te werken (C8,II en C9,II en C10,II); - grafen visualiseren (C6,II); - een eenvoudige web applicatie te bouwen (C2,II); - een eenvoudige HTML-pagina op te zetten (C6,II). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren.

Deeltentamens

BI8a-PvA Plan van aanpak (PvA) BI8a-AO Analyse en Ontwerp (AO) BI8a-Web Web applicatie (Web) BI8a-Kinf Kennistoets Informatica (Kinf) BI8b-IPV IPV Eindcijfer: (AO+Web+Kinf) / 3 Plan van aanpak en IPV moeten afgevinkt zijn met voldaan en cijfers toetsen en beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. Periode 4, herkansing periode 4 Voor het deeltentamen IPV is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3).


134


13.


14.


15.

16. 17. 18.

19.


Les- / Contacturen


De laatste druk van:  Bell, D., Parr, M., Java voor studenten. Amsterdam: Pearson Education.  Bruggen, M., van der, Text mining en webtechnologie, HAN Java (http://www.java.com) NetBeans (http://netbeans.org/) Apache HTTP Server(http://httpd.apache.org/) Apache TomCat (http://tomcat.apache.org/) In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak HTML / XML Informatica Webtechnologie JEE Text mining Werkwijze: hoorcollege Tutor (14 u) Informatica theorie: 7 weken 2 uur per week (14 u) Informatica praktijk: 7 weken 4 uur per week (28 u) Werkuren onder begeleiding van student-assistent (28 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Toetsing: Kennistoets informatica (2 u)

20. 21.



135



Toetsprogramma OWE 8a: Webtechnologie en textmining (BI8a) Beroepstaak 3: Integreren en visualiseren van biologische gegevens OWE Deeltentamen Code: BI8a-PvA Naam: Plan van Aanpak Vorm: Groep Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Indicatoren Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.2 Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.3. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.4. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.5. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. 1.2.6. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/ opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.2. Vertaalt de wensen naar eisen waaraan de aan te schaffen materialen, apparatuur of methoden moet voldoen.

Beoordelingscriteria Plan van aanpak: voldoet aan de eisen genoemd in ‘projectmanagement’ van R. Grit.

Waardering / Cesuur Zie beoordelingsformulier Plan van Aanpak. 55% van de punten is voldaan.

Zie beoordelingsformulier Plan van Aanpak.

136




11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. Competentie 7: Rapporteren (tekst) C2-12. Hanteert correcte spelling en zinsbouw. C2-13. Geeft het doel aan. C2-14. Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan de doelgroep (lezers) aan. C2-15. Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 8: Planmatig en projectmatig werken 8.1.1. Plannen: a. maakt een planning voor de uitvoering van de beroepstaak; b. maakt daarbij op de juiste wijze gebruik van aangereikte stappenplannen, voorschriften, richtlijnen (b.v. OPUR); c. maakt keuzen welke activiteiten het belangrijkst zijn en/of het dringendst aangepakt moeten worden (=volgorde van handelingen); d. legt activiteiten (acties), de tijd en middelen vast in een werkplan. 8.1.2. Organiseren van de activiteiten: a. organiseert de eigen activiteiten en voert deze volgens planning uit; b. pakt de zaken efficiënt aan; c. schat de nodige uitvoeringstijd voor de taak goed in (d.w.z. in vergelijking met de werkelijke benodigde tijd); d. werkt onder tijdsdruk alle activiteiten tijdig en correct af. 8.1.3. Monitoren en bijsturen: a. controleert de voortgang van het werk, ziet erop toe dat de doelen worden gehaald (zowel in tijd als in kwaliteit); b. stelt de aanpak bij als er sprake is van onvoldoende resultaten of gewijzigde omstandigheden; c. geeft tijdig aan wanneer de aanpak niet gehaald wordt; d. rapporteert over de voortgang van het werk. 8.1.4 Evalueert de werkwijze en/of de gevolgde

137



procedure. Code: BI8a-AO Naam: Analyse en ontwerp Vorm: Schriftelijk Groep Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI8a-Web Naam: Web Applicatie Vorm: Groep Praktijk Weging: 1

Competentie 2: Software ontwikkelen 2.2.3. Ontwerpt een programma in UML. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.10. Zet een testplan op. 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. Competentie 3: Data beheren 3.2.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationele-database, dat voldoet aan de ontwerpeisen. Competentie 7: Communicatie C2-12. Hanteert correcte spelling en zinsbouw. C2-13. Geeft het doel aan. C2-14. Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan de doelgroep (lezers) aan. C2-15. Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 2: Software ontwikkelen 2.2.3. Ontwerpt een programma in UML. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.10. Zet een testplan op. 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. Competentie 3: Data beheren 3.2.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationele-database, dat voldoet aan de ontwerpeisen.

Zie beoordelingsformulieren Analyse & Ontwerp.

Competentie 2: Software ontwikkelen Webtechnologie, Java Het semantisch web en Text Mining

De student:  kent de principes van Webtechnologie;  kan de functie van de HTTP Server benoemen en begrijpt de protocollen als GET en POST;  kan de software architectuur van clientserver en web applicaties analyseren en

Zie beoordelingsformulieren Analyse & Ontwerp.


Cijfer voor Analyse en Ontwerp is het gemiddelde van het cijfer voor Analyse en het cijfer voor Ontwerp 55% van de punten is voldoende (5.5).

Zie beoordelingsformulier Web Applicatie.

Zie beoordelingsformulier Web Applicatie.


55% van de punten is voldoende (5.5).

Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI8a-Kinf Naam: Kennistoets Webtechnologie en Text Mining

138

Toetsmatrijs: ~33% Webtechnologie ~33% Text Mining ~33% XML ~33% Security Cesuur 55% correcte antwoorden =



Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI8a-IPV Naam: IPV Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Competentie 9: Samenwerken S2-01. Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09 Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len) te benoemen. S2-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14. Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden).

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase opzetten;  kan de Java Enterprise Edition architectuur;  kan de basisprincipes van Servlets en JSP’s toelichten en analyseren;  kan de basisprincipes van Text Mining toelichten en aangegeven wat de voor- en nadelen zijn;  kan de opzet van XML toelichten en toepassen;  kent de basis principes van het semantisch web.  kan de basisprincipes van security toelichten

voldoende.

De student:  heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt;  kan de uitwerking van zijn weekopdrachten volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn alle gevraagde aspecten uitgewerkt;  voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit;  houdt zich aan de afgesproken regels;  stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact;  laat anderen uitpraten;  geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback.

Alle beoordelingscriteria moeten voldoende zijn voor een Voldaan.


139




S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 10: Leiding en of begeleiding geven L2-01. Is bereikbaar/aanspreekbaar als (projectleider)/coach/voorzitter. L2-02. Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L2-03. Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L2-04. Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L2-05. Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L2-06. Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. L2-07. Stimuleert de projectleden en/of gecoachte zodanig dat de planning wordt gehaald. L2-08. Stimuleert projectleden en/of gecoachte om de gestelde doelen te halen. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.3. Stelt verantwoord een eigen leerroute samen. 12.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig.

140



Beoordelingsformulier Plan van Aanpak OWE 8a Naam: ………………………………………….. Gerelateerd aan competentie/ indicator

1.2.3, 1.2.4, 1.2.9 7:C2-13 11.2.2, 11.2.3

1.2.3, 1.2.4, 1.2.5, 1.2.6, 1.2.9 11.2.1

1.2.7, 1.2.8., 1.2.9 8.1.1., 8.1.2, 8.1.3, 8.1.4

7: C2-12

7: C2-14, C2-15

Klas: …………………………


Datum: ……………………. Max aantal punten

Inhoud Inleiding: Context/motivatie en achtergrond van het onderzoek. Het onderzoeksdoel is beschreven. De biologische vraagstelling is vertaald naar bioinformatica onderzoeksvragen. Materiaal en methode: De methodes die toegepast worden om het doel te bereiken en de onderzoeksvragen te beantwoorden zijn beschreven. Er is beargumenteerd waarom is gekozen voor deze methode. Er wordt verwezen naar de gebruikte betrouwbare wetenschappelijke literatuur. Stappenplan: Een flowchart met de experimentele stappen en tussenproducten die leiden tot het eindproduct is overzichtelijk gepresenteerd. De tijdsplanning (tabel) laat overzichtelijk zien hoeveel manuren aan de verschillende experimenten besteed moeten worden, wie verantwoordelijk is voor welke taak én hoelang de experimenten/ het project in totaal duren. Structuur/ Lay-out / Schrijven Het rapport is geschreven volgens spelen grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. Het plan is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig.

Totaal aantal punten Cijfer (totaal aantal punten / 6,5) Voldoende indien er cijfer 5.5 of hoger is. Feedback

5 10

10

10

5

15

5

3

2

65


141

Aantal punten



Beoordelingsformulier Analyse OWE 8a Naam: …………………………………………..

Klas: …………………………

Competenties


2.2:3,4,10,11; 3:2.2

Inhoudelijk Geschreven voor programmeur en gebruiker (bioloog/bio-informaticus/biochemicus/moleculair bioloog). Heldere vertaling van probleem.

7:C2-13 7:C2-12

7:C2-14 7:C2-15

Datum: ……………………. Max aantal punten 10

10

Duidelijke beschrijving van functionele en nietfunctionele eisen. Goede uitwerking user cases.

20

Goede uitwerking use case diagram.

20

Heldere beschrijving van de architectuur.

20

Structuur/ Lay-out / Schrijven Geeft in de inleiding duidelijk het doel van de analyse aan. De analyse is geschreven volgens spellings- en grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. De analyse is geschreven voor de doelgroep. De analyse is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig (5). De documentatie kent een inleiding en bevat verwijzingen naar gebruikte bronnen (5).


20

5 5

10 10

130

Cijfer (totaal aantal punten / 13) Cijfer voor Analyse en Ontwerp is het gemiddelde van beide cijfers. Feedback


142

Aantal punten



Beoordelingsformulier Ontwerp OWE 8a Naam: …………………………………………..

Klas: …………………………

Competenties


2.2:3,4,10,11; 3:2.2

Inhoudelijk Geschreven voor programmeur en gebruiker (bioloog/bio-informaticus/biochemicus/moleculair bioloog). Systeem architectuur, voldoende detaillering (versienummers et cetera).

Max aantal punten

Duidelijke beschrijving software architectuur met schematisering  UML class diagram (10)  Schermvoorbeelden (10) Technische gegevens structuur  Genormaliseerd conceptueel ERD (10)  Technische of implementatie ERD (10)  Alles in de derde normaalvorm (10) Ontwikkelaar kan op basis van ontwerp structuur van applicatie begrijpen en hoeft weinig aanvullende vragen te stellen om de applicatie uit te werken. Beschreven wordt hoe het product technisch kan worden gerealiseerd en beheerd.

7:C2-13

7:C2-12

7:C2-14

7:C2-15

Datum: …………………….

Structuur/ Lay-out / Schrijven Geeft in de inleiding duidelijk het doel van het ontwerp en project aan. Het ontwerp is geschreven volgens spellings- en grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekent dat het rapport niet beoordeeld wordt. Het ontwerp is geschreven voor de doelgroep.

Het ontwerp is aan hand van de aangegeven punten overzichtelijk gestructureerd. Paginanummers zijn aanwezig (5). De documentatie kent een inleiding en bevat in de tekst juiste verwijzingen naar gebruikte bronnen volgens APA norm (5).


10

20

20

30

20

10

5

5

10

10

140

Cijfer (totaal aantal punten / 14) Cijfer voor Analyse en Ontwerp is het gemiddelde van beide cijfers. Feedback


143

Aantal punten



Beoordelingsformulier Web Applicatie OWE 8a Naam: ………………………………………….. Gerelateerd aan competentie/ indicator

Klas: …………………………


Datum: ……………………. Max aantal punten

2.2:3,4,10,11; 3:2.2 Is ontwikkeld voor de doelgroep (bioloog/bioinformaticus/biochemicus/moleculair bioloog). Bevat een goed opgezette database.

10

De applicatie maakt gebruik van efficiënte query’s.

20

De applicatie is opgebouwd uit gestructureerde code.

20

De code kent een gemodulariseerde opbouw.

20

De applicatie bevat voldoende commentaar.

10


10


20


10


20

140



144

Aantal punten


Titel OWE


OWE 8b: Moleculaire fylogenie: evolutie, multiple sequence alignment m.b.t. signaaltransductie ECU 8b: Molecular Phylogenetics: evolution, multiple sequence alignment related

to signal transduction Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE’en 8. Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens 9. Algemene omschrijving 10.

Competenties

11.


12.

BI8b Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica niveau 2 Bt 4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) Onderzoeksverslag (V) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE is het vervolg op de ontwikkelde competenties en kennis uit OWE1-4 waarbij sterk de nadruk ligt op OWE3. T.a.v. Bio/Chemie: het afsluitende niveau van de propedeuse Bio-informatica. Voor deelname aan het deeltentamen IPV geldt een aanwezigheidsplicht bij de tutoruren. Centraal staan bio-informatica methoden voor fylogenetisch onderzoek om de moleculaire fylogenie van een signaaltransductie eiwit te onderzoeken. De student werkt individueel en presenteert zijn resultaten in een onderzoeksverslag. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau): - de methoden en concepten van fylogenie toe te passen (C1,II en C4,II); - te reflecteren op de opgedane ervaringen (C12,II); - zelfstandig een onderzoeksverslag te schrijven waarin op een overzichtelijke manier - de uitgewerkte resultaten van de uitgevoerde analyse gepresenteerd zijn (C7,II); - projectmatig te werken (C8,II en C9,II). Zie toetsprogramma voor kenmerken deeltentamens, beoordelingscriteria, competenties en indicatoren Deeltentamens BI8b-V Onderzoeksverslag (V) BI8b-Af Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) BI8b-K Kennistoets Life Science (K) BI8b-T Thematoets (T) BI8b-HBO HBO-competentiekaart BI8b-Coh Coaching (Coh) BI8b-Cop Coaching opdracht (Cop) BI8b-Adv Adviseren (Adv) BI8b-it Interviewtechnieken (it) BI8b-Iv Interview verslag (lv) BI8b-Ch Conflicthantering (Ch) BI8b-FG1 Funct.gespr.1 (FG1) BI8b-FG2 Funct.gespr.2 (FG2) Weging Eindcijfer: (T+ K+V)/3 Compensatie-mogelijkheden Instap-voorwaarden Afvinkopdrachten Bio-informatica moeten zijn afgevinkt tentamen met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de thematoets. Cijfers toetsen en beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. Workshops, beroepsproducten en HBO-competentiekaart moeten afgevinkt zijn met voldaan. Frequentie (deel)-tentamens Periode 4, herkansing periode 4

145



Voor deelname aan de workshops is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3). 13.


14.


15. 16. 17. 18.


Laatste druk van:  Nelson, D.L., & Cox, M.M.,. Lehninger Principles of Biochemistry, New York NY: W.H. Freeman & Company.  Reece. J.B., Campbell Biology, New York, NY: Pearson Education.  Pevsner, J., Bioinformatics and Functional Genomics,( 2nd revised ed.). Hoboken (New Jersey): John Wiley and Sons Ltd.  Brown, T.A., Brown, T., Genomes, New York, NY: Garland Science. Alignment tools (http://www.ebi.ac.uk/) Fylogenie software In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Opbouw en eigenschappen celmembraan Life Science Eiwitmetabolisme Elektrochemische potentiaal Kanalen en pompen Signaaltransductie Werkwijze: hoorcollege BLAST/Psi-BLAST Multiple sequence alignment Fylogenetisch onderzoek


19.

20. 21.

Les- / Contacturen


Workshops Schrijfleerlijn

Werkwijze: hoorcollege Poster

Workshop Ethiek

Werkwijze: workshop Ethiek in de bio-informatica

Werkwijze: workshop Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Bio-informatica + werkcollege: 7 weken 3 uur per week (21 u) Life Sciences: 7 weken 2 uur per week (14 u) Ethiek (4 u) SLB: (1,5 u) Workshops (4 u) Toetsing: Kennistoets 2 uur, Thematoets 2 uur (4 uur) Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 7,4 lesuren per week 52 lesuren per periode = 39 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 161 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 4 n.v.t.

146



Toetsprogramma OWE 8b: Moleculaire fylogenie: evolutie, multiple sequence alignment m.b.t. signaaltransductie (BI8b) Beroepstaak 4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE Deeltentamen Code: BI8b-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Indicatoren Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.6. Schrijft een poster/review/literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competenties 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert

Beoordelingscriteria Onderzoeksverslag in de vorm van een poster. Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordelingscriteria van het onderzoeksverslag.

Waardering / Cesuur Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de beoordeling van het onderzoeksverslag. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

147



Code: BI8b-Af Naam: Afvinkopdrachten Bioinformatica

de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.5. Legt de analyse methode , de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 7: Rapporteren (tekst) C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw. C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan de doelgroep (lezers) aan. C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.2. Vertaalt de wensen naar eisen waaraan de aan te schaffen materialen, apparatuur of methoden moet voldoen. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek. Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ont-


In de afvinkopdrachten worden de volgende onderdelen getoetst:  uitvoeren en analyseren van een multiple sequence alignment op basis van bekende sequentie eigenschappen;  vergelijken van verschillende multiple

148

Alle afvinkopdrachten moeten met goed gevolgd zijn afgerond voor een voldaan beoordeling. Het behalen van de afvinkopdrachten is een voorwaarde voor deelname aan de



Vorm: Individueel Praktijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Code: BI8b-K Naam: Kennistoets Life Science Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1

werp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek. Kennis Life Science  Opbouw en eigenschappen celmembraan  Functies van proteïnen in membranen  Eiwitmetabolisme  Electrochemische potentiaal, kanalen en pompen  Signaaltransductie


      

   

sequence alignment tools/algoritmes; maken van een fylogenetische boom op basis van een multiple sequence alignment; bepalen van genetische afstanden tussen sequenties; moleculaire evolutie visualiseren a.d.h.v. een distance matrix en bekende divergence tijdstippen; het begrip moleculaire klok uitleggen; het analyseren van de moleculaire evolutie van een sequentie; het bepalen van genetische afstanden tussen sequenties; het uitleggen van het verschil tussen een rooted en een unrooted tree en aangeven wanneer welke methode toegepast moet worden; een bootstrap analyse toepassen en interpreteren; een root toewijzen aan een fylogenetische boom; het verschil uitleggen tussen de verschillende methodes om een fylogenetische boom te genereren; aangeven wanneer welke methode om een fylogenetische boom te genereren toegepast kan worden.

De student: - begrijpt en kent de opbouw en de structuur van membranen; - kent de functies van membraan proteïne; o.a. transportfunctie; “pumps”, “channels” en “carriers”; - Gated ion-channels en de actiepotentiaal in neuronen; snapt hoe dit werkt; - Neuronen, synapsen, neurotransmitters en signalering: Snapt en kent de relatie tussen deze begrippen;

Beoordeling:

149

thematoets van BI8b.

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Vakdocent / Expert).

Toetsmatrijs: ~20% Celmembraan ~50% Kanalen en pompen ~30% Signaal transductie

1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent).



Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI8b-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek.

In de thematoets worden de volgende onderdelen getoetst:  uitvoeren en analyseren van een multiple sequence alignment op basis van bekende sequentie eigenschappen;  vergelijken van verschillende multiple sequence alignment tools/algoritmes;  maken van een fylogenetische boom op basis van een multiple sequence alignment;  genetische afstanden tussen sequenties kunnen bepalen;  moleculaire evolutie kunnen visualiseren a.d.h.v. een distance matrix en bekende divergence tijdstippen;  het begrip moleculaire klok kunnen uitleggen;  het kunnen analyseren van de moleculaire evolutie van een sequentie;  genetische afstanden tussen sequenties kunnen bepalen;  moleculaire evolutie kunnen visualiseren a.d.h.v. een distance matrix en bekende divergence tijdstippen;  het verschil kunnen uitleggen tussen een rooted en een unrooted tree en aan kunnen geven wanneer welke methode toegepast moet worden;  een bootstrap analyse toe kunnen passen en kunnen interpreteren;  een root kunnen toewijzen aan een fylogenetische boom;  het verschil kunnen uitleggen tussen de verschillende methodes om een fylogenetische boom te genereren;  aan kunnen geven wanneer welke methode om een fylogenetische boom te genereren toegepast kan worden.

150

Toetsmatrijs: Evolutie theorie ~10% Populaties en soortvorming ~25% Fylogenie en fylogenetisch onderzoek ~65%

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Vakdocent/Expert). 1 examinator voor de beoordeling (Expert).


Code: BI8b-HBO Naam: HBO-competentiekaart Vorm: Individueel Schriftelijk Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Competentie 7: Rapporteren en presenteren Presentatie 7.2.1. Geeft het doel van de presentatie aan. Het doel sluit aan bij de opdracht waarvoor de presentatie wordt uitgevoerd. 7.2.2. Er zit structuur in de presentatie (kop-rompstaart). 7.2.3. Presentatie sluit aan bij het doel van de presentatie en het niveau van de doelgroep, zowel betreft taal en terminologie. 7.2.4. Maakt contact met het publiek (oogcontract/verbaal/non-verbaal). 7.2.5. Houding: staat rechtop en laat de handen vrij. 7.2.6. Spreekt afwisselend. 7.2.7. Spreekt duidelijk en verstaanbaar. 7.2.8. Stemvolume is afgestemd op ruimte en publiek. 7.2.9. Maakt afwisselend gebruik van informatiebronnen. 7.2.10. Gaat vakinhoudelijke discussie aan met het publiek. 7.2.11. Controleert of de essentie van de boodschap bij de doelgroep overkomt. (gesprek) C2-07. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-08. Geeft non-verbaal blijk van luisteren. C2-09. Laat de ander voldoende uitpraten. C2-10. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-11. Vat correct en regelmatig samen. Competentie 7: Rapporteren en presenteren Presentatie (Presentatie) 7.2.1. Geeft het doel van de presentatie aan. Het doel sluit aan bij de opdracht waarvoor de presentatie wordt uitgevoerd. 7.2.2. Er zit structuur in de presentatie (kop-rompstaart). 7.2.3. Presentatie sluit aan bij het doel van de presentatie en het niveau van de doelgroep, zowel betreft taal en terminologie. 7.2.4. Maakt contact met het publiek (oogcontract/verbaal/non-verbaal). 7.2.5. Houding: staat rechtop en laat de handen

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase Zie onderstaand beoordelingsformulier ‘Notulen Niveau 2’.  2 handtekeningen (=voldoende beoordelingen) op hbo-competentiekaart zijn vereist.

De HBO-competentiekaart moet volledig afgetekend zijn voor een Voldaan.

1 examinator voor de beoordeling (Tutor, SLB, Vakdocent workshops). Elke examinator beoordeeld zijn eigen onderdelen. De coursetrekker voert voldaan in, indien de kaart volledig is ingevuld.

Zie onderstaand beoordelingsformulier ‘Presenteren Niveau 2’  2 handtekeningen (=voldoende beoordelingen) op hbo-competentiekaart zijn vereist.

151



vrij. 7.2.6. Spreekt afwisselend. 7.2.7. Spreekt duidelijk en verstaanbaar. 7.2.8. Stemvolume is afgestemd op ruimte en publiek. 7.2.9. Maakt afwisselend gebruik van informatiebronnen. 7.2.10 .Gaat vakinhoudelijke discussie aan met het publiek. 7.2.11. Controleert of de essentie van de boodschap bij de doelgroep overkomt. (gesprek) C2-07. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-08. Geeft non-verbaal blijk van luisteren. C2-09. Laat de ander voldoende uitpraten. C2-10. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-11. Vat correct en regelmatig samen. Competentie 9: Samenwerken / communicatie S2-01. Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len) te benoemen. S2-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14. Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen.

152


Code: BI8b-it BI8b-Iv Naam: it: Interviewtechnieken Iv: Interview verslag Vorm: Individueel Schriftelijk Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens:

S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden). S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 10: Leiden/ begeleiden Vergaderen L2-01. Is bereikbaar/aanspreekbaar als (projectleider)/coach/voorzitter. L2-02. Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L2-03. Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L2-04. Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L2-05. Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L2-06. Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. L2-07. Stimuleert de projectleden en/of gecoachte zodanig dat de planning wordt gehaald. L2-08. Stimuleert projectleden en/of gecoachte om de gestelde doelen te halen. Competentie 9: Samenwerken / communicatie S2-01. Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len) te benoemen. S2-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter.


Zie onderstaand beoordelingsformulier ‘leiding geven aan OGO/PO-groep, niveau 2’ 1 handtekening (=voldoende beoordelingen) op hbo-competentiekaart is vereist.

Deelname aan de workshop interviewtechnieken is verplicht. Zie onderstaand beoordelingsformulier interviewverslag.

153

Interview wordt afgetekend met voldaan indien is deelgenomen aan de workshop. Interviewverslag wordt afgetekend met voldaan indien 55% van de punten zijn behaald.

1 examinator voor de beoordeling (SLB-er/ Vakdocent workshops).


Voldaan

Code: BI8b-Ch Naam: Conflicthantering Vorm: Individueel Schriftelijk Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14. Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden). S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 9: Samenwerken / communicatie S2-01. Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len) te benoemen. S2-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14. Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden). S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren.


Deelname workshop conflicthantering is verplicht.

154


1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent workshops).


Code: BI8b-Co BI8b-Cop Naam: Coaching Coaching opdracht Vorm: Individueel Schriftelijk Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan Code: BI8b-FG1 BI8b-FG2 Naam: Funct.gespr.1 Funct.gespr.2 Vorm: Individueel Schriftelijk Mondeling


Competentie 10: Leiden/ begeleiden Coaching L2-01. Is bereikbaar/aanspreekbaar als (projectleider)/coach/voorzitter. L2-02. Hanteert procedures om de voortgang van de eigen taken/verantwoordelijkheden te bewaken en te volgen. L2-03. Hanteert procedures om de voortgang van gedelegeerde taken te bewaken. L2-04. Zorgt voor een goede en evenredige verdeling van taken onder projectleden. L2-05. Onderneemt actie bij disfunctioneren van een gecoachte of van projectleden. L2-06. Ziet toe op de planning van deeltaken. Zorgt voor het zo nodig bijstelling van de langer termijnplanning. L2-07. Stimuleert de projectleden en/of gecoachte zodanig dat de planning wordt gehaald. L2-08. Stimuleert projectleden en/of gecoachte om de gestelde doelen te halen.

Deelname workshop coaching is verplicht.

Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.3. Stelt verantwoord een eigen leerroute samen. 12.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig.


Toepassen coaching wordt beoordeeld met behulp van:  Beoordelingsformulier ‘coaching, in te vullen door gecoachte student’, OF  Beoordelingsformulier ‘coaching, af te tekenen door SLB-er’.

Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

155


1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent workshop/SLB-er ).

Alle criteria van het beoordelingsformulier coaching moeten minimaal beoordeeld zijn met een voldoende voor een voldoende beoordeling van de coaching opdracht.

Aan alle criteria moet zijn voldaan voor een voldoende.




Beoordelingsformulier Agenda/Voorzitter Jaar 2 Naam: ………………………………………………..…………..

Klas: ……………….Datum: ………………. niet voldaan

9.2.1. Stelt een agenda op volgens standaardformaat en gebruikt deze om vergadering zelfstandig te leiden: Agenda: Soort vergadering, datum, tijd, plaats, genodigden zijn vermeld.

De agenda is volgens afspraken op tijd verspreid.

De agenda omvat de gewenste bespreekpunten en is overzichtelijk.

Voorzitterschap: De student leidt de agenda in en bewaakt de agenda.

De student geeft structuur aan de vergadering door hoofdlijnen vast te houden. De student vat belangrijke punten regelmatig samen.

Zorgt dat iedereen voldoende aan bod komt en laat deelnemers standpunten inbrengen. De student stimuleert dat iedereen naar elkaars standpunten luistert. Zorgt dat er besluiten worden genomen en afspraken genotuleerd worden. Eindoordeel (Voor voldaan moeten alle onderdelen voldaan zijn.) Feedback


156

voldaan



Beoordelingsformulier Notulen Jaar 2 Naam: …………………………………………….……..…..

Klas: ……………….

Competentie 6.2.2. Notuleert vergaderingen zoals beschreven in productcriteria notulen niveau 2: Vermelding: Aanwezigen, datum, plaats, tijd vergadering, voorzitter en notulist. Informatie is gestructureerd per agendapunt uitgewerkt.

Iemand die niet bij de vergadering is geweest moet de kern er uit op kunnen maken. Informatie is in heldere taal weergegeven.

Actielijst is toegevoegd.

Notulen zijn volgens afspraken op tijd verspreid.

Eindoordeel (Voor voldaan moeten alle onderdelen voldaan zijn.) Feedback


157

niet voldaan

Datum: ………………. voldaan



Beoordelingsformulier presentatie jaar 2 Naam: …………………………………………….……..….. Gerelateerd aan comp. indicatoren

Klas: ……………….


Niet voldaan

Inhoud: Criteria voor onderzoekspresentatie n.v.t.

De student geeft het doel van de presentatie aan. De gepresenteerde informatie is van voldoende diepgang en inhoudelijk correct. Presentatie:  Er zit structuur in de presentatie (kop-romp-staart) en de student licht de opbouw van de presentatie aan het begin toe.  De student maakt overzichtelijke, leesbare en duidelijke slides en past correcte spelling en grammatica toe.

6.2.3

 Spreekt duidelijk en verstaanbaar en gebruikt passende wetenschappelijke terminologie.  Staat rechtop, gebruikt ondersteunende gebaren, mimiek en intonatie.  Maakt oogcontact met het publiek.  Inhoud van de slides en verbale informatie passen bij elkaar.

6.2.3, 8.1.4, 8.2.5

Datum: ……………….

Discussie:  Gaat vaak inhoudelijke discussie aan met het publiek.  Laat anderen uitpraten en sluit aan bij gesprekspartner.

Eindbeoordeling Alle criteria zijn voldaan Feedback

Naam en handtekening beoordelaar

158

voldaan



Beoordelingsformulier Functioneringsgesprek Jaar 2 Naam: ………………………………………………………….. Competentie-indicator

Klas: ……………….


8.1.1. Houdt zich aan regels. 8.2.1. Maakt concrete afspraken en houdt zich aan hieraan.

De student maakt zelfstandig afspraken, komt deze na en heeft zich voorbereid.

11.1.2. Werkt aan leerdoelen volgens POP en verzamelt competentiebewijzen.

De student kan aantonen dat hij/ zij actief aan de in zijn/haar POP beschreven leerdoelen gewerkt heeft.

5.2.3.Beheert en archiveert gegevens in labjournaal en i.v.t. andere manieren zodat anderen deze kunnen begrijpen. 11.1.3. Kijkt kritisch terug (reflecteert) op eigen handelingen en leerproces; leert van zijn fouten.

In het portfolio zijn de documenten overzichtelijk gearchiveerd en duidelijk gekoppeld aan de competenties die ermee bewezen worden. De student kijkt methodisch kritisch terug naar zijn/haar leerproces, benoemt wat goed is gegaan en wat minder goed, benoemt de oorzaken hiervoor, koppelt dit aan zijn/haar eigen handelen en formuleert hoe hij/ zijn hier in de toekomst mee om wil gaan. Hij/zij reflecteert zowel op studiehouding als op beroepscompetenties. De student toont een actieve houding en motivatie. Hij/zij toont doorzettingsvermogen in zijn studie en kan zich daarbij aanpassen aan verschillende omstandigheden. Hij/zij handelt integer.

11.2.5. Toont hbo-werkhouding: handelt integer, past zich snel aan, toont doorzettingsvermogen en is gemotiveerd.

Eindoordeel (voor voldaan moeten alle onderdelen voldaan zijn) Feedback:

Naam en handtekening SLB-er:

159

Datum: ……………. Niet voldaan

Voldaan



Beoordelingsformulier POP voor stage / einde jaar 2 Naam: ………………………………………………………..…..

Klas: ………………. niet voldaan

11.2.1. Benoemt zijn sterke en zwakke kanten: De student beschrijft zijn persoonlijke sterke en zwakke punten.

11.2.2. Stelt op basis van sterktezwakte analyse POP op: De student noemt persoonlijke leervragen of doelen gebaseerd op de sterkte-zwakteanalyse. De student maakt een concreet actieplan (wat, met wie, wanneer, welke activiteiten) om de doelen te bereiken. De student benoemt gewenste resultaten of producten die aantoonbaar zijn. Het tijdspad is reëel.

De student hanteert in zijn/ haar POP correcte spelling en zinsbouw. Het POP is overzichtelijk gestructureerd.


Naam en handtekening (conceptversie) of stagedocent (definitieve versie)

160

Datum: ………………. voldaan



Beoordelingsformulier coaching In te vullen door SLB-er Naam coach: …………………………….……………. Klas: ………………….. Goed Beschrijving van activiteiten en daarbij horende verantwoording besteedde uren. Student heeft minimaal 10 uur aan coaching besteed.

N.v.t.

Ingevulde evaluatieformulier(en) zijn aanwezig.

N.v.t.

Het coachingsverslag ziet er verzorgd uit. Student heeft naar aanleiding van het evaluatieformulier gereflecteerd op: ‘De coach bereidde de bijeenkomst(en) goed voor.’ En geeft hierbij een voorbeeld. Student heeft naar aanleiding van het evaluatieformulier gereflecteerd op: ‘De coach was goed in staat om zijn manier van begeleiden aan te passen aan mijn niveau.’ En geeft hierbij een voorbeeld. Student heeft naar aanleiding van het evaluatieformulier gereflecteerd op: ‘De coach was goed in staat mij te motiveren.’ En geeft hierbij een voorbeeld. Student heeft naar aanleiding van het evaluatieformulier gereflecteerd op: ‘De coach luisterde goed naar mij.’ En geeft hierbij een voorbeeld. Student heeft naar aanleiding van het evaluatieformulier gereflecteerd op: ‘De coach stelde vragen aan mij.’ En geeft hierbij een voorbeeld. Student heeft naar aanleiding van het evaluatieformulier gereflecteerd op: ‘De coach liet mij uitpraten.’ En geeft hierbij een voorbeeld. Student heeft twee tips en twee tops geformuleerd naar aanleiding van het coachingstraject. Eindoordeel Feedback

Naam en paraaf SLB-er

161

Datum: ………………… Voldoende

Onvoldoende



Beoordelingsformulier coaching, niveau 2 (in te vullen door gecoachte). Naam : …………………………….…………….

Klas: ………………….. Goed

Datum: …………………

Voldoende

De coach bereidde de bijeenkomsten goed voor.

De coach was goed in staat om zijn manier van begeleiden aan te passen aan jouw niveau.

De coach gaf constructieve feedback.

De coach was goed in staat om mij te motiveren.

De coach daagde mij uit om te leren van mijn fouten.

Met de coach kon ik goede afspraken maken.

Eindoordeel Feedback


162

Onvoldoende.



Beoordelingsformulier Onderzoeksverslag (poster) BI8b-V Naam: …………………………………………… Klas: ………………… Gerelateerd aan competentie/ indicator

Datum: ………………………………


Max aantal punten

Inhoud (max 70 pt) Inleiding:  aanleiding  doel onderzoek

10

1.2.1-9

Methode:  Korte samenvatting van de methode  Workflow schema

15

4.2.2-8

Resultaten:  Figuur en/of tabel van de belangrijkste resultaten  Korte samenvatting van de belangrijkste resultaten

25

Conclusie

15

Referenties

5

Opmaak (max 30 punten) 7.2.C-12-15 11.2.1-4

De opbouw van de poster is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen. Richtlijnen:  goede pakkende titel en poster leesbaar op 2m afstand

5

 duidelijke structuur, geen zoekplaatje!

5

 niet te veel tekst maar voldoende voor een duidelijk verhaal  voldoende informatieve figuren  rapport bevat een literatuurlijst; in de tekst wordt verwezen naar bronnen in literatuurlijst  hanteert correcte spelling, grammatica, zinsbouw en wetenschappelijke stijl

5


5 5 5

100



163



Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. 7.

8.




OWE9: Stage Bio-informatica ECU 9: Internship Bio-informatics BI9 Bio-informatica Voltijd studenten Hoofdfase Bio-informatica Bt4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Stage POP Onderzoeksverslag en aanvullende beroepsproducten Reflectieverslag 30 stp 840 SBU De stage sluit aan op de gevolgde OWE’en van de major uit het tweede studiejaar. Tijdens de stage worden de ontwikkelde competenties individueel geoefend en getoetst. Indien een researchminor (RM15 of RM30) voorafgaand aan de stage heeft plaatsgevonden geldt als instapeis dat het onderzoeksverslag en literatuurverslag van RM30 of het onderzoeksverslag van RM15 is ingeleverd bij de begeleider op de werkplek. Propedeuse is behaald De student heeft minimaal 45 stp. behaald in het tweede studiejaar van de Bio-informatica. Indien student niet voldoet aan instapvoorwaarden kan hij een verzoek om toch aan stage deel te nemen neerleggen bij de examencommissie.

9.


10.

Competenties

11.


Indien voldaan is aan de ingangseisen, mag de stage pas worden gestart na officiële goedkeuring van de opdracht. Studenten kunnen stage lopen bij een bedrijf/organisatie naar keuze. De plaats waar stage wordt gelopen, is een andere plaats dan waar de afstudeeropdracht wordt vervuld. Competentie Niveau Verplicht - Vraagverheldering (C1) II Ja - Ontwikkelen software (C2) II Ja - Databeheer (C3) II - Data analyse (C4) II Ja - Modelleren (C5) I - Eigen systeem beheren (C6) II - Rapporteren (C7) II Ja - Planmatig werken (C8) II Ja - Samenwerken (C9) II Ja - Professionele ontwikkeling (C12) III Ja Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren.

12.

Tentaminering

Deeltentamens

Weging Compensatie-mogelijkheden Instap-voorwaarden tentamen

164

BI9-PB Portfolio assessment (PB) BI9-V Verslag (V) BI9-P Praktische werkzaamheden (P) (1 x cijfer portfolioassessment + 2 x cijfer werkzaamheden + 1 x cijfer verslag) / 4 Alle deeltentamens moeten voldoende zijn (≥5.5)



Frequentie (deel)-tentamens

13.


14.


15. 16. 17. 18.

19. 20. 21.

Les- / Contacturen Onderwijsperiode Maximum aantal deelnemers

2 kansen per jaar. Wordt het hele jaar aangeboden. Inleveren verslag en portfolio uiterlijk 2 weken na de laatste stagedag. Indien te laat ingeleverd volgt een 0 voor de eerste kans. In overleg met de stagedocent wordt een nieuwe deadline vastgelegd. Herkansing maximaal 2 maanden na afloop van de stage.  Stagevoorbereidingsgids (Scholar)  Stagegids (Scholar)  Alle boeken die in jaar 1 en 2 zijn gebruikt. Boeken en handleidingen uit de propedeuse en hoofdfase. In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen De slb-er begeleidt de student bij het vinden van een stageplaats die past bij het persoonlijk ontwikkelingsplan van de student. De student is zelf verantwoordelijk voor het vinden van een stageplek (solliciteren naar een stageplek). Tijdens de stageperiode wordt een intervisiebijeenkomst georganiseerd waaraan actieve deelname verplicht is. Er zijn geen lesuren ingepland, de begeleidende docent heeft 10 klokuren voor begeleiding. Afhankelijk van de programmering in de hoofdfase. n.v.t.

165



Toetsprogramma OWE 9: stage bio-informatica (BI9) Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE 1 Deeltentamen Code: BI9-PB Naam: Portfolio assessment Vorm: Schriftelijk Mondeling Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer

Competenties met indicatoren


Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.2.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.2.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.2.3. Stelt verantwoord een eigen leerroute samen. 12.2.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig. C7.3. C3-10: past vorm van de tekst en de woordkeuze aan de doelgroep aan C7.3. C3-11 hanteert correcte grammatica, stijl, spelling (geen taal – en spelfouten) C7.3. C3-15 brengt heldere structuur aan in complexere teksten. de opbouw van de tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen.

Zie beoordelingsformulier “Portfolio”.

Competentie 1: Verhelderen van een natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren.

Zie beoordelingsformulier “Werkzaamheden Stage Bio-informatica”.

Waardering / Cesuur Zie beoordelingsformulier “Portfolio”.

Examinatoren 1 examinator voor de beoordeling (Stagedocent).

Alle onderdelen van het portfolio moeten aanwezig zijn in het portfolio en de eindbeoordeling van het portfolio moet voldoende zijn (≥ 5.5). Het portfolio staat inclusief onderzoeksverslag op het digitale portfolio (DPF).

Ondergrens: 5,5 Code: BI9-P Naam: Praktische werkzaamheden Vorm: Praktijk Weging: 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Zie beoordelingsformulier “Werkzaamheden Bio-informatica” 55 punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

166

1 examinator voor de beoordeling (Stagedocent).



1.2.6. Schrijft een poster/review/literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig bio-informatica toepassingen. 2.2.3. Ontwerpt een programma in UML. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.2.6. Ontwikkelt objectgeoriënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. 2.2.8. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. 2.2.9. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld. 2.2.10. Zet een testplan op. 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. 2.2.12. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze. Competentie 3: Data Beheren 3.2.1. Verzamelt gegevens uit diverse databronnen (het lab, databases van derden,) of gebruikt gegevens geproduceerd door geautomatiseerde laboratorium apparatuur. 3.2.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. 3.2.3. Implementeert het ontwerp. 3.2.4. Manipuleert middels SQL gegevens in een relationele database. 3.2.5. Schrijft technische documentatie.

167



3.2.6. Schrijft queries die data uit databases met biologische data halen. 3.2.7. Voert een eenvoudige informatieanalyse uit en weet dit te vertalen naar een databaseontwerp. 3.2.8. Voegt geautomatiseerd grote hoeveelheden gegevens toe aan de database middels scripting. 3.2.9. Koppelt diverse databronnen of importeert gegevens uit andere databronnen. 3.2.10. Visualiseert gegevens uit database middels scripting en gespecialiseerde programma’s. Competentie 4: Data Analyse 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.5. Legt de analyse methode , de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 5: Modelleren 5.2.1. Bestudeert zorgvuldig het (biologisch) proces en geeft op basis hiervan een gesimplificeerde beschrijving. 5.2.2. Leest aangereikte databronnen en gebruikt statistische methoden om een complex biologisch procesgedrag te verklaren na analyse en interpretatie. 5.2.3. Valideert het test model (vergelijking modelresultaten met theoretische/referentiewaarden).

168



5.2.4. Indien nodig wordt het model aangepast of uitgebreid. 5.2.5. Past vakkennis op de juiste wijze toe. Competentie 6: Eigen Systeem beheren 6.2.2. Werkt zich in op nieuwe software of scriptingtaal (Perl, glimmer). 6.2.3. Leest documentatie van software en past het toe bij het uitvoeren van opdrachten. 6.2.4. Scripts voor het automatiseren van handelingen schrijven en uitvoeren. Competentie 7: Communicatie (gesprek) C2-07. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-08. Geeft non-verbaal blijk van luisteren. C2-09. Laat de ander voldoende uitpraten. C2-10. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-11. Vat correct en regelmatig samen. Competentie 8: Planmatig/projectmatig werken 8.2.1. Levert een bijdrage aan het tot stand komen van het gemeenschappelijke projectdoel of een eigen projectdoel. 8.2.2. Neemt actief deel aan het (project) overleg. 8.2.3. Houdt rekening met belangen, werkwijzen en resultaten van collega’s. 8.2.4. Levert een persoonlijke bijdrage aan het project door volgens vooraf vastgestelde planning en activiteiten te werken. Competentie 9: Samenwerken S2-01. Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len)

169


Code: BI9-V Naam: Stageverslag Vorm: Schriftelijk individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

te benoemen. S2-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14. Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden). S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 1: Verhelderen van een natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.9. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld. Competentie 4: Data Analyse


Zie beoordelingsformulier “Stageverslag biologie en medisch laboratoriumonderzoek, chemie en bioinformatica”

Zie beoordelingsformulier “Stageverslag chemie, biologie en bio-informatica”. 55 punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

170

1 examinator voor de beoordeling (Stagedocent).



4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.5. Legt de analyse methode, de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 5: Modelleren 5.2.1. Bestudeert zorgvuldig het (biologisch) proces en geeft op basis hiervan een gesimplificeerde beschrijving. 5.2.2. Leest aangereikte databronnen en gebruikt statistische methoden om een complex biologisch procesgedrag te verklaren na analyse en interpretatie. 5.2.5. Past vakkennis op de juiste wijze toe. Competentie 7: Communicatie (tekst) C3-11: Hanteert correcte grammatica, stijl, spelling (geen taal- en spelfouten) Geeft doel aan. C3-10 past vorm van de tekst en de woordkeus aan de doelgroep aan (lezers). C3-15 Brengt heldere structuur aan in complexere teksten. De opbouw van de tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokke-

171



nen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek.

172



Beoordelingslijst werkzaamheden stage Bio-Informatica Naam student: ………………………………………. Klas: …………..

Stageplaats:………………………………………………………………………………………………………………………………

Aantal punten student: …………punten

Cijfer student: ………… (aantal punten/12.5) maximaal aantal punten = 125

Opmerking m.b.t. het invullen van onderstaande puntentabel: Voor ieder trefwoord kunnen punten vergeven worden. Onder de indicatoren is de range van het aantal mogelijk te vergeven punten aangegeven. Hierdoor wordt een weging aan de verschillende indicatoren gerealiseerd. Als alle criteria net voldoende worden beoordeeld komt de student op 55 punten; als alle activiteiten net bovengemiddeld beoordeeld worden op 75 en als alle activiteiten excellent (maximaal aantal punten) beoordeeld worden op 125 punten. onvoldoende

Dit criteria geldt als Knock out en moet als voldoende beoordeeld worden voordat de puntenlijst ingevuld kan worden.

Professionele ontwikkeling: Werkhouding

Competentie Trefwoord

(BT4)Onderzoek Uitvoeren (20 pnt)

- Toont professionele werkhouding: past zich snel aan, handelt integer; toont doorzettingsvermogen en is een gemotiveerde medewerker.

Onvoldoende

Vraagverheldering (C1, niveau 2) Punten

voldoende

bovengemiddeld

0………1……………………2………………………...3…………………………….4…………………………………5 -

Rapporteren en presenteren (C7, niveau 2) Punten

excellent … en raadpleegt uit eigen beweging begeleiders/ collega’s/ literatuur.

- verdiept zich in het onderzoek. Bestudeert literatuur op aanwijzingen van de begeleider.

Analyseren data (C4, niveau 2) Punten

voldoende

komt met voorstellen voor de aanpak van het onderzoek

… komt met juiste voorstellen voor de aanpak van het onderzoek

0…….…1……………..…..2………………..………...3………………………….4……………………....……………5 presenteert volgens de normen van presentatietechnieken zijn onderzoeksresultaten (werkbespreking)

… en kan vragen beantwoorden.

.. presenteert en discussieert op een heldere en overtuigende wijze

0………2……………4………..…..6……….7……….……..….…8……………..…………9………………..………10

173

Aantal gegeven punten


(BT2)Ontwikkelen (software) (40 pnt)

Ontwikkelen van Software (C2, niveau 2)

Punten: Modelleren (C5, niveau 2) Punten:

Modelleren (C5, niveau 2)

Punten:

(BT3)Gegevens presenteren (40 pnt)

Data analyse (C4, niveau 2)

Punten:

Data Analyse (C4, niveau 2)

Punten:


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase - Schrijft scripts voor de verheldering van een biologische vraagstelling

- ontwikkelt werkende software

… en de software is generiek en inzetbaar voor het beoogde doel

… en is in staat om zich nieuwe technieken, methodes of programmeertalen eigen te maken

- documenteert software

0…………2……….…4………....6…..…..….8…………9…………...10……….…….11…………..…12………......……13……..…..….14…................15 - modelleert software voorafgaande aan de ontwikkeling

… is in staat om de gebruikte infrastructuur zelfstandig te doorgronden

… en is in staat om met vakgenoten deze modellering te bespreken

0………2……………4……..…..…..6………………..…….7…………..….…8……………………9………………10 - Is in staat om bestaande algoritmes en modules toe te passen

- kan kleine aanpassingen maken aan bestaande algoritmes en modules

- Maakt gebruik van adequate datastructuren

- ontwikkelt onder begeleiding (eenvoudige) algoritmes

… ontwikkelt zelfstandig (eenvoudige) algoritmes en past de juiste datastructuren toe

0………3……………6……9………10……………11………………12………………13………………14…………15 - voert op de juiste wijze volgens … en is staat om nieuwe vragen te de geschikte methoden de formuleren op basis van de analyse van resultaten uit (onder geanalyseerde data begeleiding)

… en doet dit zelfstandig

0………2……………4………..…..6……………………..…….7…………..….…8………..…………9……………10 - doet uitspraak over de bruikbaarheid van de behaalde resultaten op basis van nauwkeurigheid en betrouwbaarheid

… en geeft suggesties voor vervolg onderzoek


0………2……………4………..…..6……………………..…….7…………..….…8………..…………9……………10 - leidt uit de verkregen resultaten conclusies af m.b.t. de onderzoeksvraag (onder begeleiding). - voert op de juiste wijze foutendiscussie uit

174

… en legt verbanden met andere deelexperimenten en literatuurwaarden - maakt voorstellen voor vervolgexperimenten

…en doet dit zelfstandig


Punten: Rapporteren en presenteren (C7, niveau 2) Punten:

planmatig projectmatig werken (10 pnt)

(BT1) (5 pnt)

Data beheren (C3, niveau 2)

0………2……………4………..…..6………………………..…….7….……..….…8………..…………9……………10 presenteert volgens de normen van presentatietechnieken zijn onderzoeksresultaten (werkbespreking)

…. en kan vragen beantwoorden.

.. presenteert en discussieert op een heldere en overtuigende wijze

0………2…………………4…………6….………………7…………………8……………………9……………………10 - beheert eigen data

… en documenteert het onderzoek in een “labjournaal”

… en derden hiervan gebruik kunnen maken

Eigen systeem beheren (C6, niveau 2)

- beheert eigen werkplek

Punten:

0……………………1…………………………2…………………3……………………………4…………………………5

Plannen (C8, niveau 2)

- plant en organiseert zijn werkzaamheden dagelijks onder begeleiding

Punten:


Punten:

Samenwerken (C9, niveau 2)

samenwerken (10 pnt)


Punten:


… doet dit zelfstandig en schat uitvoeringstijd goed in

0…………………1…………………………2………………..…………………3………………………………………4 - voert werkzaamheden volgens planning uit (ook onder tijdsdruk), - ziet erop toe dat doelen worden gehaald; stuurt zijn werkzaamheden bij op aanwijzingen van begeleider

…- stuurt zelfstandig zijn werkzaamheden bij indien nodig

… en stelt prioriteiten

0………1……………3…………………4……………………………………….5………………………………………6 - kan samenwerken in een team: houdt zich aan de gemaakte afspraken; herkent de eigen rol en die van anderen in het team en gaat hier adequaat mee om

- kan goed samenwerken in een team: … en stemt de eigen werkzaamheden af op die van anderen

… en heeft een duidelijke inbreng in het team

0………1……………………3……………..…………………5…………………….5…………………………………6 - communiceert (volgens de basisregels van communicatie) met collega's, begeleiders (kan luisteren, neemt initiatief voor gesprek, staat open voor feedback, probeert conflicten op te lossen) 175

… en doet dit open en helder


Punten:


0……………1……………..…2…………..…3……………………..….……………………….………………..……..4

Aantal punten totaal Aanvullend commentaar

Naam en paraaf stagebegeleider:

Cijfer werkzaamheden wordt bepaald door de HAN-docent. Cijfer

Opmerkingen

176



Beoordelingslijst stageverslag Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek, Chemie en Bio-informatica Naam student: ……………………………………… Stageplaats:

Student nr: ………………………………………

Klas: …………

……………………………………………………………………………………………………………………………………………………

LET ER VOORAFGAAND AAN HET INVULLEN VAN DIT FORMULIER OP, DAT DE SCHUIFBALK MET HET AANTAL TOE TE KENNEN PUNTEN IN LETTERTYPE VERDENA, GROOTTE 8, VET, WEERGEGEVEN IS. Het vak excellent is bij veel competenties open gelaten, echter er kunnen wel punten worden gegeven. Indien u een student beoordeeld met excellent moet er één of meerdere voorbeelden worden gegeven waaruit blijkt dat de student excellent is. Competentie Trefwoord

Onvoldoende

Vormgeving (15 pnt)

vormgeving

Punten

Taalgebruik

samenvatting (7 pnt)

Punten

voldoende Rapport voldoet aan vormgevingseisen genoemd in Exact Communiceren (van der Laan)

excellent

Het lay-out van het rapport is zeer overzichtelijke en zorgt voor een professionele uitstraling.

0….................………1………….….…2……………………………..3………………………4……………………………...……..5 Taalgebruik: a. Correct taalgebruik (=geen taal/spelfouten).

- Taalgebruik: a. Correct taalgebruik. b. Eenduidig taalgebruik c. Taalgebruik sluit aan bij doelgroep (lezers)

…en is ondersteunend voor een helder en samenhangend verhaal.

0……………………..……5………………….6………….………………7………….…………8…………..……………..…….….10 De samenvatting beschrijft doel, methode en eindresultaten van het onderzoek in maximaal ½ A4 zodanig dat het als een zelfstandig geheel gelezen kan worden.

samenvatting

Punten:

bovengemiddeld

0……………………..…..…………..…3…….…..……………….…..…………...5...………….…..…..………..................7

177


Inleiding (10 pnt)


Inleiding

Punten:

Materialen en methoden

middenstuk(29 pnt)

Punten:

resultaten

Punten:

-De onderzoeksvraag is in een theoretisch kader geplaatst. De samenhang met de methoden, materialen en resultaten komt niet duidelijk naar voren..

… Onderzoeksvraag wordt ingeleid d.m.v. literatuur waardoor de keuze voor materialen/methoden en de resultaten duidelijk zijn te begrijpen.

0………….….2…………….….……………5………….……..….…7………..…8………………..……..…9……..………10 - Beschrijft de specifiek gebruikte methode/materialen.

Beschrijft materialen en methoden zodanig dat de experimenten door anderen herhaald kunnen worden.

0………..…….…………………………….7…………….…...…………………………….10………………….…………15

Er is een logische volgorde van de datapresentatie met verbindende tekst

Er is een logische volgorde van de datapresentatie met verbindende tekst die de lezer handvatten aanreikt om de data zo goed mogelijk te begrijpen.

0………..………..……4…………….......6……..…………….………..……..….8.…………………………....…………10

Rapport bevat leesbare figuren die compleet zijn en helder te begrijpen zijn.

Punten:

afsluiting (25 pnt)


discussie

0……..…1…………….………..….…...2……..…………………………………….…...3…………….…......……………4

- Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie: is de onderzoeksvraag te beantwoorden met behulp van de verzamelde data

178

Voert een zinvolle discussie: geeft een heldere verklaring waarom de hypothese wel of niet gesteund kan worden met behulp van de verzamelde data. Brengt de resultaten in verband met de literatuur.

Voert een zinvolle discussie: geeft een heldere verklaring waarom de hypothese wel of niet gesteund kan worden met behulp van de verzamelde data. Uit de discussie blijkt een correcte toepassing van de theoretische inzichten. Vergelijkt de


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase onderzoeksresultaten met andere analyses, referentiewaarden of theoretische waarden uit de literatuur.

Punten:

0………..…1……………4……………………5………….…...…………….………6…………………………….…………8 Er worden duidelijke en volledig doordachte aanbevelingen voor vervolgexperimenten en onderzoek beschreven.

Er worden aanbevelingen voor vervolgexperimenten en onderzoek beschreven.

Punten:

0………..…1……………………….……..…2………….…...…………………..…3…………………………………………4 De discussie bevat volledige en correcte uitspraken over nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van alle resultaten

De discussie bevat uitspraken over nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van de resultaten

Punten:

0………..…1……………………….……..…2………….…...…………………..…3…………………………………………4

- In de conclusie wordt een antwoord gegeven op de onderzoeksvraag.

conclusie

Gehantee rde bronnen (4 pnt)

Punten:

literatuur

Punten:

0……….……………2………..…..….5……………….....6……..……….………...7..……..………………....……………9 Rapport bevat literatuurlijst. In de tekst wordt verwezen naar bronnen die opgenomen zijn in de literatuurlijst. 0…………………..…1…………………………………..…2….…………………..…3…………………………………………4

179

Mate waarin student zelfstandig aan onderzoeksverslag heeft gewerkt (10 pnt)



Veel begeleiding nodig

Punten:

Op kritieke momenten begeleiding nodig.

Voornamelijk zelfstandig aan onderzoeksverslag gewerkt

0…………….….2…………….………..5…………………..…………..……..7………………….…..………….………10

Aantal punten totaal

Cijfer student (aantal punten / 10)

Aanvullend commentaar

Naam en handtekening stagedocent Datum

180



BEOORDELINGSFORMULIER STAGE

Hogeschool van Arnhem en Nijmegen Instituut Applied Sciences Student:

Stagedocent:

Studentnummer: Course 9 (stage)

Beroepstaak:

Stagebedrijf:

Portfolio:

…………

Werkzaamheden:

…………

Verslag:

…………

Eindcijfer:

…………

(1 x cijfer portfolioassessment + 2 x cijfer werkzaamheden + 1 x cijfer verslag) / 4

Naam en handtekening stagedocent

Datum

………………………………………………….

…………………….

181



Beoordelingsformulier portfolio & assessment Naam: Datum: Deel 1: Checklist portfolio Om in aanmerking te komen voor het assessment dienen alle onderstaande documenten aanwezig te zijn in het portfolio. Onderdeel portfolio Definitieve POP Notulen van stagebezoek(en) van de stagedocent Beoordelingsformulier werkzaamheden, tussentijds ingevuld door bedrijfsbegeleider Zelf geformuleerde tips en tops n.a.v. tussentijdse evaluatiegesprekken met bedrijfsbegeleider Beoordelingsformulier werkzaamheden, ingevuld door bedrijfsbegeleider Reflectieverslag Onderzoeksverslag

Aanwezig

Alle onderdelen aanwezig:

Deel 2: Assessment portfolio Comp.

Beoordelingscri terium

Onvoldoende

6.3.1

Het portfolio is toegankelijk.

11.3.2

Het reflectieverslag bevat een duidelijke terugblik op eigen handelen en ontwikkeling in relatie tot het POP.

De structuur en inhoudsopgave ontbreken, het is bijzonder lastig documenten te vinden. -0Het verslag bevat een onvolledige terugblik en vooruitblik waarin niet alle onderdelen van het POP aan bod komen. -0-

1.3.4 1.3.5 2.3.1 2.3.3

De student kan de gebruikte technieken theoretisch toelichten.

1.3.5 2.3.1

De student kan vragen naar aanleiding van het stageverslag beantwoorden.

De student heeft regelmatig moeite met het uitleggen van de achtergrond van een techniek. -0De student beantwoordt regelmatig vragen over eigen experimenten en resultaten niet correct.

Voldoende Portfolio Het is soms lastig documenten te vinden en de structuur ontbreekt hier en daar. -3Het verslag bevat een terugblik en vooruitblik van de belangrijkste onderdelen uit het POP.

-12Assessment De student kan elke stap uit de gebruikte technieken uitleggen en verantwoorden. -12De student weet het antwoord op vragen over zijn eigen experimenten en resultaten.

182

Goed

Uitmuntend

Alle documenten zijn vindbaar en het is gestructureerd.

Alle documenten zijn vindbaar en het is bijzonder netjes en gestructureerd.

-4-5Het verslag bevat Het verslag bevat een een volledige en buitengewoon kritische terugblik nauwkeurige en en vooruitblik in kritische terugblik en relatie tot het POP. vooruitblik met daarin een duidelijke koppeling naar het POP. -16-20De student kan de De student heeft gebruikte correcte ideeën over technieken in een het verbeteren van overkoepelend de gebruikte theoretisch kader technieken voor plaatsen. vervolgonderzoek. -16-20De student weet De student weet het het antwoord op antwoord op vragen vragen over over een onderwerpen die overkoepelend thema zijdelings met het of onderzoek. zijn onderzoek te maken hebben.

Aantal punten


1.3.4 3.1.4 3.3.4 3.2.4 3.3.5 2.3.4

8.1.3 8.1.4 8.2.4 8.3.2 8.3.3 8.1.6

De student kan reflecteren op de inhoud van het onderzoek. Het onderzoek was van voldoende hoog niveau doordat het inhoudelijk complex was, of doordat de experimentele handelingen complex waren. De student communiceert op een heldere en prettige manier.


-0-

-12-

-16-

-20-

De student heeft moeite met het bedenken van alternatieve opties. -0De inhoud van het onderzoek was eenvoudig en de experimenten zijn lineair (achtereenvolgens) uitgevoerd. -0-

De student bedenkt alternatieve experimenten. -6De inhoud van het onderzoek was eenvoudig maar er werden meerdere tegelijkertijd uitgevoerd.

De student bedenkt een alternatieve onderzoekslijn. -8De inhoud van het onderzoek was redelijk complex en er werden meerdere tegelijkertijd uitgevoerd. -16-

De student bedenkt een alternatieve onderzoeksvraag en onderzoekslijn. -10De inhoud van het onderzoek was zeer complex en er werden meerdere tegelijkertijd uitgevoerd.

De student heeft vaak moeite met het helder formuleren en structuren van zijn antwoorden.

De student formuleert antwoorden op een begrijpelijke manier en beantwoord over het algemeen de vraag van de assessor. -3-

De student sluit in zijn antwoorden goed aan op de vragen van de assessor.

De student sluit in zijn antwoorden zo goed aan op de vragen van de assessor dat er een dialoog ontstaat.

-4-

-5Totaal aantal punten:

-0-

-12-

Eindcijfer Portfolio & Assessment (Totaal aantal punten / 10): Eventuele opmerkingen:

Naam en paraaf assessor:

183

-20-



Beoordelingsformulier POP voor stage Naam: ……………………………….

Studentnummer: ……………………..

Klas: ………………………………….

Datum: ……………….…………………… niet voldaan

12.3.1. Benoemt zijn sterke en zwakke kanten: De student beschrijft zijn persoonlijke sterke en zwakke punten.

12.3.2. Stelt op basis van sterktezwakte analyse POP op: De student noemt persoonlijke leervragen of doelen gebaseerd op de sterkte-zwakteanalyse. De student maakt een concreet actieplan (wat, met wie, wanneer, welke activiteiten) om de doelen te bereiken. De student benoemt gewenste resultaten of producten die aantoonbaar zijn. Het tijdspad is reëel.

De student hanteert in zijn/ haar POP correcte spelling en zinsbouw. Het POP is overzichtelijk gestructureerd.


Naam en handtekening (conceptversie) of stagedocent (definitieve versie)

184

voldaan



Beoordelingsformulier Reflectieverslag stage Bio-informatica Naam: ……………..……………………………………………….

Studentnummer: ……………………………..

Klas: ………………………………….…….……………………….. Datum: …………………………………………….. REFLECTIEVERSLAG

ONVOLDOENDE INHOUD

12.3.4. werkt aan leerdoelen volgens POP en verzameld competentiebewijzen

12.3.5. kijkt kritisch terug (reflecteert) op eigen handelingen en leerproces; leert van zijn fouten; staat open voor leermomenten

De student beschrijft de handelingen die bijgedragen hebben aan het realiseren van de POP (in de ik-vorm). Waar van toepassing, wordt naar bewijsdocumenten van de resultaten hiervan verwezen. De student kijkt kritisch terug naar zijn/haar leerproces, benoemt wat goed is gegaan en wat minder goed, benoemt de oorzaken hiervoor, koppelt dit aan zijn/haar eigen handelen. De student geeft aan wat hij/zij geleerd heeft (in de ik-vorm) en benoemd daarbij concrete resultaten en/of producten.

De student geeft aan of en hoe hij/zij de taken anders had kunnen aanpakken (alternatieven). Er worden nieuwe leerdoelen genoemd. VORM 7.3.C3-11,10,15.

Er is een heldere stijl van formulering. Het verslag ziet er verzorgd uit.

Eindoordeel (voldoende indien alle onderdelen voldoende zijn) Feedback


185

VOLDOENDE


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE-en 8.

9.



OWE 10a: Data Mining en grid computing ECU 10a: Data Mining and Grid Computing BI10a Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica, niveau 3 BT3: Integreren en visualiseren van biologische gegevens N.v.t. Werkende applicatie Grid technologie (Ap) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE is het vervolg op de ontwikkelde competities en kennis uit het tweede studiejaar. De onderwerpen Grid Computing/Parallel Computing en data mining staan in deze OWE centraal. Kunnen programmeren in Python en Java en deelgenomen aan Kstat uit OWE 7a.

10.

Competenties

11.


De student leert data mining technieken op biologische vraagstellingen toe te passen. Hij onderzoekt hoe biologische gegevens met behulp van data mining methoden geanalyseerd worden. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau): - data mining technieken op een biologische vraagstelling (herkennen van signaalpeptiden) toe te passen (C1,II en C2,II en C4,II); - statistische en niet-statistische methoden voor de evaluatie van data mining resultaten toe te passen (C2,II en C4,II); - biologische verbanden in data mining resultaten te vinden en te interpreteren (C4,II en C5,II); - bio-informatica data integratie problemen te verbeteren (C11,II); - bio-informatica problemen met behulp van Grid Computing/ Parallel Computing op te lossen (C1,II en C2,II en C6,II); - in groepsverband een data mining project te plannen, uit te voeren en de resultaten schriftelijk te rapporteren (C7,II en C8,II); - professioneel te werken en te handelen (C12,III). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren.

12.

Tentaminering

Deeltentamens



Verplichte

BI10a-Kdata BI10a-Ap

Kennistoets Data mining (Kdata) Werkende applicatie Grid technologie (Ap) BI10a-Af Afvinkopdracht Data Mining (Af) Eindcijfer (Kdata+ Ap)/2 Afvinkopdracht data mining moeten afgevinkt zijn met voldaan voor deelname aan de kennistoets Data mining Kdata Cijfers Kdata en Ap moeten ≥ 5.5 zijn Periode 3, herkansing periode 4

Laatste druk van:

186


literatuur

14. 15.

16. 17. 18.




 Witten, I.H. , Frank, E. Data mining, (3th revised ed.) Oxford: Elsevier Science Technology (Morgan Kaufmann).  Bruggen, M., van der, Data Grid, HAN  Course-materiaal (online.han.nl) Weka (http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/) Python (http://www.python.org/) Java (http://www.java.com) NetBeans (http://netbeans.org/) Condor Grid (http://research.cs.wisc.edu/condor/) CUDA (http://developer.nvidia.com/) In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Data integratie Informatica Grid computing ‘GPGPU’

Ondersteunend vak Data Mining

19.

Les- / Contacturen

Werkwijze: werkcollege Data mining en classificatie Beslissingsbomen Evaluatietechnieken Werken met Weka

Werkwijze: werkcollege Informatica praktijk: 7 weken 4 uur per week (28 u) Datamining: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Tutor: 7 weken 2 uur per week (14u) Toetsing: Kennistoets Datamining (2 u)

20. 21.



187



Toetsprogramma OWE 10a: Data Mining en grid computing (BI10a) Beroepstaak 3: Integreren en visualiseren van biologische gegevens OWE Deeltentamen Code: BI10a-Kdata Naam: Kennistoets Data Mining

Indicatoren Kennis van Data Mining:  Overzicht data mining methoden  Beslissingsbomen  Evaluatietechnieken

Vorm: Individueel Schriftelijk Open vragen Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI10a-Ap Naam: Werkende applicatie Grid technologie Vorm: Groep Praktijk Weging: 1

Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.12. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze. 2.2.13. Ontwerpt gedistribueerde systemen en integreert bestaande systemen. 2.2.14. Bouwt workflows in gedistribueerde systemen om biologische vraagstelling te verhelderen. 2.3.15. Maakt zich zelfstandig nieuwe programmeertalen eigen.

Beoordelingscriteria De student:  past de data mining method ‘beslissingsbomen’ op de juiste manier op een biologische vraagstelling toe;  evalueert de resultaten uit de data mining methode ‘beslissingsbomen’;  maakt op basis van de resultaten een uitspraak over de kwaliteit van de toegepaste methode en adviseert over de verbetering van de methode;  maakt een uitspraak over de kwaliteit van de input data en kent het verschil tussen nominale en numerieke waarden;  licht de methode cross-validatie toe;  licht de volgende methoden toe: decision trees, classification rules, association rules, instance-based representation;  berekent de information gain van een beslissingsboom;  licht het verschil tussen training set en test set toe. Zie onderstaande beoordelingsformulier Grid Applicatie BI10a.  Is ontwikkeld voor de doelgroep (biologen).  Applicatie is goed gedocumenteerd.  Lost een biologisch probleem adequaat op.  Maakt efficiënt gebruik van Grid computing.  Maakt efficiënt gebruik van GPGPU.  Programma is gecodeerd in CUDA.  CUDA maakt efficiënt gebruik van parallel programming.  CUDA bevat complexe instructies.


188

Waardering / Cesuur

Examinatoren

Toetsmatrijs: ~60% Beslissingsbomen ~15% Data mining methoden ~25% Evaluatie technieken



Zie onderstaande beoordelingsformulier Grid Applicatie BI10a. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.



Code: BI10a-Af Naam: Afvinkopdracht Bioinformatica Vorm: Groep Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Competenties 1: vraag verheldering 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competenties 4: data analyseren 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.8. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase  

Resultaten uit het project bevatten de juiste informatie. Methodes / tools zijn op de juiste wijze toegepast.

Zie onderstaand beoordelingsformulier Afvinkopdrachten Bio-informatica BI10a.

189

Beoordeeld wordt het eindproduct van het projectwerk. Voldaan als resultaten en methodes/toetsen voldoende zijn.




Beoordelingsformulier Applicatie BI10a Naam: ………………………………………………… Gerelateerd aan competentie/ indicator Competentie 2.2: Software ontwikkeling (12, 13, 14, 15)

Klas: ………………..



Geeft antwoord op een relevante biologische vraagstelling Applicatie is goed gedocumenteerd.

10

Bevat efficiënte uitwerking van een algoritme in Java

20

Maakt efficiënt gebruik van de aansturing van het Grid middels een configuratie bestand met complexe instructies Geeft antwoord op een relevante biologische vraagstelling CUDA code is goed gedocumenteerd

20

Programma is gecodeerd in CUDA en bevat pointers en arrays. CUDA maakt efficiënt gebruik van parallel programming.

20

CUDA bevat complexe instructies die optimaal gebruik maken van de GPU.

20


10

10 10

20

140

Cijfer (totaal aantal punten / 14) Bij 55% van de punten een voldoende. Feedback


190

Aantal punten



Beoordelingsformulier Afvinkopdracht Bio-informatica BI10a Naam: …………………………………….

Klas: …………………….. Datum: …………….

Gerelateerd aan competentie/ indicator 1.2.9, 4.2.8


4.2.2, 4.2.3.

Methodes / tools zijn op de juiste wijze toegepast.

10

30

4.2.8, 4.2.9

Vragen zijn correct beantwoordt.

20

60

Antwoorden en resultaten bevatten de juiste informatie.

Max aantal punten per taak 20

Taak 1

Taak 2

Taak 3

Max aantal punten

60

Totaal aantal punten Voldaan als het totaal aantal punten >= 83 is.

150

Feedback


191



Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE’s 8.

9.


10.

Competenties

11.


12.

13.



OWE 10b: Eiwitten: carcinogenese en eiwitstructuren ECU 10b: Proteins: carcinogenesis and protein structures BI10b Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica, niveau 3 BT4: Het uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek. N.v.t. Presentatie (P) 7,5 stp 210 SBU Deze OWE is het vervolg op de ontwikkelde competities en kennis uit het tweede studiejaar. De onderwerpen carcinogenese en eiwitstructuren staan in deze OWE centraal. OWE’s uit het tweede jaar van de Bio-informatica gevolgd hebben.

In het kader van carcinogenese bestudeert de student de structuur en functie van eiwitten betrokken bij het ontstaan van kanker. De student raadpleegt recente wetenschappelijke artikelen en voert in silico analyses uit. Hij verwerkt zijn resultaten in een presentatie. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau): - de structuurkenmerken van aminozuren en eiwitten te noemen (C1,II en C4,II); - de principes van eiwitvouwing toe te lichten (C1,II en C4,II); - moleculaire principes te herkennen in de pathogenese van kanker (C1,II en C4,II); - voor een onderwerp relevante literatuur te selecteren en in een presentatie samen te vatten (C7, II); - uit wetenschappelijke artikelen relevante informatie te selecteren en te interpreteren (C1, II); - te reflecteren op de opgedane ervaringen (C12, III). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens BI10b-P Presentatie (P) BI10b-Kls Kennistoets Life Science (K) BI10b-Kbi Kennistoets Bio-informatica (Kbi) BI10b-Af Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) Weging Eindcijfer (P+Kls+Kbi)/3 Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) moeten afgevinkt tentamen zijn met voldaan voor deelname aan de kennistoets Bioinformatica Cijfers toetsen (Kls, Kbi) en beroepsproduct (P) moeten ≥ 5.5 zijn Frequentie (deel)Periode 3, herkansing periode 4 tentamens De laatste druk van:  Nelson, D.L., & Cox, M.M., Lehninger Principles of Biochemistry, (6th Ed.) New York NY: W.H. Freeman & Company.  Branden , C.I., Tooze, J., Introduction to Protein Structure, Oxford: Taylor & Francis Inc.

192


14. 15. 16. 17. 18.



 Pevsner, J., Bioinformatics and Functional Genomics,( 2nd revised ed.). Hoboken (New Jersey): John Wiley and Sons Ltd.  Recente wetenschappelijke artikelen  Coursemateriaal (online.han.nl) Yasara viewer; online databases en tools In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Eiwitstructuren Bio-informatica Transcriptiefactoren Werkwijze: hoorcollege Signaaltransductie Biologische basis van carcinogenese


Werkwijze: hoorcollege Presentatie voorbereiden

Ondersteunend vak Workshops schrijfleerlijn 19.

20. 21.

Les- / Contacturen


Werkwijze: workshop Life Science: 7 weken 3 uur per week (21 u) Bio-informatica: 7 weken 2 uur per week (14 u) Workshops Presentatie voorbereiden: 4u (4u) Toetsing: Kennistoets Life Science (2 u), Kennistoets Bio-informatica (2 u) Geprogrammeerde contacttijd: Gem. 5,6 lesuren per week, 39 lesuren per periode = 29 klokuren per periode Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 181 klokuren Totaal: 210 klokuren Periode 3 n.v.t.

193



Toetsprogramma OWE 10b: Eiwitten: carcinogenese en eiwitstructuren (BI10b) Beroepstaak 4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE Deeltentamen Code: BI10b-P Naam: Presentatie (P) Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Indicatoren


Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.6. Schrijft een poster/review/ literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competenties 4: Data analyseren 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.5. Legt de analyse methode, de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies.

De student:  introduceert het onderwerp en beschrijft het overkoepelende doel;  zoekt, selecteert en verwerkt informatie uit relevante bronnen voor natuurwetenschappelijk onderzoek;  heeft voor het onderwerp relevante achtergrondinformatie geïdentificeerd en verwerkt. Resultaten:  overzichtelijk gepresenteerd in figuren/tabellen;  figuren/tabellen zijn op de juiste manier met onder/bovenschrift weergegeven.  per resultaat/onderzoekstap: doel, wat gedaan, beschrijving resultaten, korte conclusie. Discussie:  doel onderzoek;  belangrijkste resultaten;  discussie over resultaten;  conclusie. Formaat / Schrijven:  het verslag is geschreven volgens spelling- en grammaticaregels. Meer dan 5 fouten per pagina betekenen dat het rapport niet beoordeeld wordt;  het verslag is aan hand van de voorgegeven punten overzichtelijk gestructureerd;  paginanummers zijn aanwezig. Zie onderstaand beoordelingsformulier Presentatie BI10b.

194

Waardering / Cesuur Zie onderstaand beoordelingsformulier Presentatie BI10b. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.




4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 7: Rapporteren (Presentatie) 7.2.1. Geeft het doel van de presentatie aan. Het doel sluit aan bij de opdracht waarvoor de presentatie wordt uitgevoerd. 7.2.2. Er zit structuur in de presentatie (kop-rompstaart). 7.2.3.Presentatie sluit aan bij het doel van de presentatie en het niveau van de doelgroep, zowel betreft taal en terminologie. 7.2.4. Maakt contact met het publiek (oogcontract/verbaal/non-verbaal). 7.2.5. Houding: staat rechtop en laat de handen vrij. 7.2.6. Spreekt afwisselend. 7.2.7. Spreekt duidelijk en verstaanbaar. 7.2.8. Stemvolume is afgestemd op ruimte en publiek. 7.2.9. Maakt afwisselend gebruik van informatiebronnen. 7.2.10. Gaat vakinhoudelijke discussie aan met het publiek. 7.2.11. Controleert of de essentie van de boodschap bij de doelgroep overkomt.

Code: BI10b-Kls Naam: Kennistoets Life Science Vorm: Individueel Schriftelijk Open vragen

(gesprek) C2-07 Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-08 Geeft non-verbaal blijk van luisteren. C2-09 Laat de ander voldoende uitpraten. C2-10 Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-11 Vat correct en regelmatig samen. Kennis van Carcinogenese.

Licht aan de hand van biologische voorbeelden en natuurwetenschappelijke artikelen de volgende onderdelen op een verdiepen niveau toe:  Carcinogenese  Signaal transductie  Ionkanalen en pompen  Celcyclus  Apoptose  Replicatieve potentiaal

Weging: 1

195

Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag. Eind cesuur: score gedeeld door maximale score maal 10. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.




Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI10b-Kbi Naam: Kennistoets Bio-informatica

Kennis van Eiwitstructuren:  overzicht over de belangrijkste structuurkenmerken van eiwitstructuren;  verdiepende inzicht in de principen van vouwing en functie van eiwit aan de hand van een aantal voorbeelden.

Vorm: Individueel Schriftelijk Open vragen Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI10b-Af Naam: Afvinkopdrachten Bioinformatica Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens:

Competenties 1: Vraag verheldering 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competenties 4: Data analyseren 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies.

De student heeft:  kennis van de fysieke en chemische eigenschappen van aminozuren en kan deze toelichten;  kennis van de configuratie en conformatie van aminozuren;  kennis van de Ramachandran plot;  kennis en inzicht in de vouwing van eiwitten;  kennis en inzicht in de stabiliteit van eiwitstructuren;  kennis en inzicht in de classificatie van eiwitstructuren;  kennis en inzicht in de opbouw en functie van alfa/beta (TIM) barrels, globin, RBP, en coiledcoil structuren;  kennis van de structuur van DNA;  kennis en inzicht in de (niet) sequencespecifieke binding van eiwit aan DNA;  kennis van motifs en structuren: helix-turn-helix motif, recognition helix, zinc-finger, dimerization region, linker region, zinc cluster, homodimer/heterodimer.  Antwoorden en resultaten bevatten de juiste informatie.  Methodes / tools zijn op de juiste wijze toegepast.  Vragen zijn correct beantwoord. Zie onderstaand beoordelingsformulier Afvinkopdracht Bio-informatica BI10b.

196

Toetsmatrix: 20% Eiwitstructuren 25% Structuur analyse 15% Eiwit vouwing en stabiliteit 10% Transcriptie factoren


Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag. Eind cesuur: score gedeeld door maximale score maal 10. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5.

Zie onderstaand beoordelingsformulier Afvinkopdrachten. Het beoordelingsformulier Afvinkopdrachten Bio-informatica BI10b moet voor een Voldaan volledig zijn afgetekend (Voldaan als het totaal aantal punten >= 83 is). Is voorwaarde voor deelname aan de kennistoets Bio-informatica.



Voldaan


4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen.

197



Beoordelingsformulier Afvinkopdracht Bio-informatica BI10b Naam: …………………………………….

Klas: …………………….. Datum: …………….

Gerelateerd aan competentie/ indicator 1.2.9, 4.2.8


4.2.3., 4.2.4

Methodes / tools zijn op de juiste wijze toegepast.

10

30

4.2.6, 4.2.7

Vragen zijn correct beantwoordt.

20

60

Antwoorden en resultaten bevatten de juiste informatie.

Max aantal punten per taak 20

Taak 1

Taak 2

Taak 3

Max aantal punten

60

Totaal aantal punten Voldaan als het totaal aantal punten >= 83 is.

150

Feedback


198




Beoordelingsformulier Presentatie BI10b Naam: …………………………………………… Klas: ………………… Gerelateerd aan competentie/ indicator

Datum: ………………………………


Max aantal punten


10

1.2.1-9


15

4.2.2-8


25

Conclusie

15

Referenties

5

Opmaak (max 30 punten) 7.2.1-7.2.11 11.2.1-4

De opbouw van de presentatie is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen. Richtlijnen:  goede pakkende titel

5


5

 niet te veel tekst maar voldoende voor een duidelijk verhaal  voldoende informatieve figuren  bevat een literatuurlijst; in de tekst wordt verwezen naar bronnen in literatuurlijst  hanteert correcte spelling, grammatica, zinsbouw en wetenschappelijke stijl

5


5 5 5

100



199



Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. 7. 8.

9.

Studiepunten, studielast Samenhang met andere OWE-en Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens Algemene omschrijving

10.

Competenties

11.


12.


OWE 11: RNA-seq, biostatistiek, webservices en workflows ECU 11: RNA-seq, biostatistics, webservices and workflows BI11 Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica, niveau 3 BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Poster (V) Applicatie Webservices (Ap) Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) 15 stp 420 SBU Deze OWE is het vervolg op de ontwikkelde competities en kennis uit het tweede en derde studiejaar. OWE’s uit het tweede jaar van de Bio-informatica gevolgd hebben. Voor deelname aan deeltentamen Praktijkbeoordeling geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. Werktitel: Onderzoeksproject. De student voert een onderzoeksproject uit. De onderzoeksvraagstelling is afkomstig van een externe opdrachtgever (CMBI, Nijmegen). De student werkt zich in op de onderzoeksvraagstelling, ontwerpt een onderzoeksstrategie en voert het onderzoek uit. Aan het eind van het project verwerkt hij de resultaten in een onderzoeksverslag en brengt advies uit over een vervolgonderzoek. Na afloop van dit thema ben je in staat om (comp.nr.,niveau):  op grond van een biologische vraagstelling een Bio-informatica-onderzoeksplan op te zetten (C1,III);  zich een nieuwe programmeertaal eigen maken en voor het eigen onderzoek toe te passen (C2, II);  voor de vraagstelling relevante literatuur te selecteren en te bestuderen en daarmee de biologische vraagstelling te begrijpen (C1, III);  de meest gangbare experimentele technieken te noemen en toe te lichten (C1, III);  statistische methoden op biologische vraagstelling toepassen (C4,III en C5,II);  biologische gegevens te selecteren en in een statistisch model verwerken (C5,II);  een onderzoeksverslag te schrijven waarin de uitgewerkte resultaten van de uitgevoerde analyse gepresenteerd zijn (C7,III);  te reflecteren op de opgedane ervaringen (C12,III). Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens BI11-Ap Applicatie Webservices (Ap) BI11-V Poster (V) BI11-P Praktijkbeoordeling (P) BI11-Kls Kennistoets Life Science (Kls) BI11-Kst Kennistoets Statistiek (Kst) BI11-T Thematoets (T) BI11-Af Afvinkopdrachten Bio-informatica (Af) Weging (Kls+Kst+T+V+ Ap)/5 Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden Praktijkbeoordeling (P) moet afgevinkt zijn met voldaan en tentamen cijfers. Toetsen en beroepsproducten (Ap, V, Kls, Kst, T)

200





14.


15.

16. 17. 18.


moeten ≥ 5.5 zijn. Afvinkopdrachten (Af) Bio-informatica moeten afgevinkt zijn met voldaan als voorwaarde voor deelname aan de thematoets (T). Periode 4, herkansing periode 4 Voor deelname aan het deeltentamen P is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3)

Laatste druk van:  Samuels, M.L., Witmer, J., Statistics for the Life Sciences, (4th revised edition). New York NY: Pearson Education Ldt.  Course-handleiding (online.han.nl)  Nelson, D.L., & Cox, M.M., Lehninger Principles of Biochemistry, (6th Ed.) New York NY: W.H. Freeman & Company.  Bruggen, M., van der, Data Grid, HAN  Witten, I.H. , Frank, E. Data mining, (3th revised ed.) Oxford: Elsevier Science Technology (Morgan Kaufmann).  Pevsner, J., Bioinformatics and Functional Genomics,( 2nd revised ed.). Hoboken (New Jersey): John Wiley and Sons Ltd. Weka (http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/) Python (http://www.python.org/) Taverna (http://www.taverna.org.uk/) Galaxy (https://wiki.galaxyproject.org/) In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Ondersteunend vak Data integratie Informatica Webservices Workflows XML Service Oriented Architecture




Ondersteunend vak Practicum

Werkwijze: werkcollege Analyse van experimentele data: RNA seq Programmeren in R Werkwijze: werkcollege Overzicht experimentele onderzoeksmethoden Blotting (2D)-SDS-PAGE ELISA Eiwitten Werkwijze: hoorcollege Experimental Design Keuzeschema statistische toetsen Vector & matrix (basis) Lineaire regressie (meerdimensionaal) Werkwijze: werkcollege Site directed mutagenese Biologische activiteit β-galactosidase

201



Ondersteunend vak Workshop Schrijfleerlijn 19.

Les- / Contacturen

Werkwijze: praktijkonderwijs Poster

Werkwijze: workshop Life Science: 7 weken 3 uur per week (21 u) Statistiek: 7 weken 2 uur per week (14 u) Bio-informatica: 7 weken 2 uur per week (14 u) Informatica praktijk: 7 weken 3 uur per week (21 u) Tutor: 7 weken 2 uur per week (14 u) Expert: 7 weken 1 uur per week (7 u) Praktijk: (16 u) Workshop Poster (4u) Toetsing: Kennistoets Statistiek (2 u), Kennistoets Life Science (2 u), Thematoets (3 u)

20. 21.


Geprogrammeerde contacttijd: Gemiddeld 15.8 lesuren per week, 111 lesuren per periode = 83 klokuren Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: 337 klokuren Totaal: 420 klokuren Periode 4 n.v.t.

202



Toetsprogramma OWE 11: RNA-seq, biostatistiek, webservices en workflows (BI11) Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek OWE Deeltentamen Code: BI11-Ap Naam: Applicatie Webservices Vorm: Schriftelijk Groep Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI11-V Naam: Poster Vorm: Schriftelijk Individueel Weging:

Indicatoren


Competentie 2: Ontwikkelen software 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig Bio-informatica toepassingen. 2.2.3. Ontwerpt een programma in UML. 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.2.6. Ontwikkelt objectgeoriënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. 2.2.8. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. Competentie 5: Modelleren 5.2.1. Bestudeert zorgvuldig het (biologisch) proces en geeft op basis hiervan een gesimplificeerde beschrijving. 5.2.2. Leest aangereikte databronnen en gebruikt statistische methoden om een complex biologisch procesgedrag te verklaren na analyse en interpretatie. 5.2.3. Valideert het test model (vergelijking modelresultaten met theoretische/referentiewaarden) indien nodig wordt het model aangepast of uitgebreid. 5.2.5. Past vakkennis op de juiste wijze toe. Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan.

Is ontwikkeld voor de doelgroep (bioloog/bioinformaticus/biochemicus/moleculair bioloog). Flow is overzichtelijk en bestaat uit verschillende services. Flow is volledige zelfbouw en er is niet of nauwelijks gebruik gemaakt van voorbeelden Flow maakt gebruik van verschillende complexe webservices. Rapport bevat relevante biologische informatie (zie opdracht). Flow levert nieuwe biologische informatie. De applicatie levert snel overzichtelijk resultaten. Bevat de door biologen gewenste functionaliteit. De applicatie is gebruiksvriendelijk.

Waardering / Cesuur Zie onderstaand beoordelingsformulier applicatie BI11.


Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5. 5,5 is voldoende.

Zie onderstaand beoordelingsformulier applicatie BI11.

De poster bevat de volgende onderdelen: Inleiding:  aanleiding  doel onderzoek Methode:  korte samenvatting van de methode  workflow schema Resultaten:  figuur en/of tabel van de belangrijkste resultaten  korte samenvatting van de belangrijkste

203

Zie onderstaand beoordelingsformulier voor het poster BI11. Cesuur: 55% van de punten komt overeen met een 5,5. 5.5 is voldoende.




1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.6. Schrijft een poster/review/literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competenties 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.5. Legt de analyse methode , de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudigweg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 7: Rapporteren Tekst C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw. C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase resultaten Conclusie Referenties De opbouw van de poster is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen. Richtlijnen:  goede pakkende titel en poster leesbaar op 2m afstand;  duidelijke structuur, geen zoekplaatje!  niet te veel tekst maar voldoende voor een duidelijk verhaal;  voldoende informatieve figuren;  rapport bevat een literatuurlijst; in de tekst wordt verwezen naar bronnen in literatuurlijst;  hanteert correcte spelling, grammatica, zinsbouw en wetenschappelijke stijl. Zie onderstaand beoordelingsformulier voor het poster BI11.

204


Code: BI11-P Naam: Praktijkbeoordeling Vorm: Schriftelijk Praktijk Groep Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens: Voldaan

aan aan de doelgroep (lezers). C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 11: Adviseren over aanschaf en gebruik van software architectuur & onderzoeksmethoden 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.2. Vertaalt de wensen naar eisen waaraan de aan te schaffen materialen, apparatuur of methoden moet voldoen. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek. Competentie 1: Verheldering van een natuurwetenschappelijke probleem of vraagstelling 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 8: planmatig en projectmatig werken (methodisch werken)


De student:  heeft doel en werkwijze genoteerd en kan vragen daarover beantwoorden;  voert binnen een projectgroep het experiment individueel uit volgens instructies;  kan verantwoorden welke stap van de methode hij/zij uitvoert;  noteert wijzigingen van de geplande werkzaamheden;  werkt volgens de veiligheids- en milieuregels, en laat werkplekken en gebruikte apparatuur opgeruimd en schoon achter;  codeert en bewaart chemicaliën en monsters op correct wijze en noteert dit in zijn/haar labjournaal;  noteert in zijn labjournaal de resultaten ;  maakt met zijn projectgroep een gezamenlijk verslag waaruit blijkt dat het doel van experiment en gebruikte methodes begrepen zijn;  presenteert de verkregen resultaten en bediscussieert die. Zie onderstaand beoordelingsformulier voor de praktijkbeoordeling BI11.

205

Beoordeeld worden de werkzaamheden tijdens de praktijk en de verslaglegging hiervan. Voldaan als alle criteria als Voldaan afgetekend zijn.



Code: BI11-Kls

8.1.1. Plannen. 8.1.2. Organiseren van de activiteiten. Kennis van experimentele onderzoeksmethoden.

Naam: Kennistoets Life science Vorm: Individueel Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI11-Kst Naam: Kennistoets statistiek

Kennis van Statistiek Vectoren Matrixrekening Meervoudige correlatie en regressie. Uitbreiding en herhaling toetsen Keuzeschema statistische toetsen

Vorm: Individueel Schriftelijk


De student:  kan een overzicht geven over DNA technieken, RNA technieken en Eiwit technieken;  kan de volgende methoden toelichten: Southern blotting, Western blotting, Immuunprecipitaties, (real-time) RT-PCR en RNAi;  heeft kennis van het maken van cDNA, Inserties en deleties en knock-out Mouse;  kent Expression vectoren;  heeft een overzicht over DNA technieken, RNA technieken en Eiwit technieken;  kan toelichten Localisatie studies;  kan de volgende technieken toelichten: Antilichamen en ELISA.

Cesuur per toetsvraag: maximaal aantal punten per toetsvraag volgt uit som van de punten voor de criteria van de toetsvraag. Eind cesuur: score gedeeld door maximale score maal 10.

De student:  kan matrices met elkaar vermenigvuldigen en de inverse van een matrix bepalen;  kan correlatiecoëfficiënten interpreteren;  kan voorspellingen doen m.b.v. regressie;  kan in concrete gevallen bepalen welke statistische techniek geschikt is om een vraag te beantwoorden en deze techniek dan ook correct uitvoeren.


De student:  licht de principes van de verschillende Nextgeneration sequencing technologieën (Roche/454, Illumina/Solexa, Life/SOLiD 3) toe;  noemt de voor- en nadelen van de verschillende Next-generation sequencing technologieën;  kiest aan de hand van een casus een geschikt


2 examinatoren voor de constructie en evaluatie (Vakdocent). 1 examinator voor de beoordeling (Vakdocent).




Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5 Code: BI11-T Naam: Thematoets Vorm: Individueel

Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen.

206

Cesuur: 55% van de punten komt



Schriftelijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Code: BI11-Af Naam: Afvinkopdrachten Bioinformatica Vorm: Schriftelijk Groep Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan

Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek. Competentie 1: Vraag verheldering 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 4: Data analyseren 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica


    

  

NGS platform, licht de keuze toe en beschrijft de benodigde (experimentele) stappen (van reads tot volledige sequentie); berekent het resultaat van een alignment van korte reads; maakt een inschatting van de kwaliteit van reads; licht de verschillende toepassingsgebieden van RNA-seq toe; licht de theorie van lineaire modellen toe; licht toe hoe de resultaten uit lineaire modellen geëvalueerd worden.

overeen met een 5,5.

Antwoorden en resultaten bevatten de juiste informatie. Methodes / tools zijn op de juiste wijze toegepast. Vragen zijn correct beantwoord.

Beoordeeld wordt de groepspresentatie en het beantwoorden van vragen door de tutor/expert (tijdens een tutor of expert uur). Voldaan als ≥ 55% voldoende wordt beoordeeld.  Antwoorden en resultaten bevatten de juiste informatie. (20%)  Methodes / tools zijn op de juiste wijze toegepast. (40%) Vragen zijn correct beantwoord.(20%) Afvinkopdrachten moet zijn beoordeeld met voldaan voor deelname aan de thematoets.

207

1 examinator voor de beoordeling (Tutor / Expert).


Ondergrens: Voldaan


methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 11: Adviseren 11.2.1. Inventariseert de wensen van de betrokkenen/opdrachtgever en voelt aan wat de betrokkene/opdrachtgever belangrijk vindt. 11.2.3. Kiest materiaal, apparatuur en/of methoden nadat meerdere alternatieven zijn geselecteerd en gewogen en onderbouwt zijn keuze. 11.2.4. Brengt een concreet advies uit in de vorm van een rapport of in een adviesgesprek.

208



Beoordelingsformulier Applicatie Workflow BI11 Naam: …………………………………………………….. Klas: …………………….. Datum: ……………………. Gerelateerd aan competentie/ indicator


Max aantal punten

2.2:1-8 5.2:1-5 Is ontwikkeld voor de doelgroep (bioloog/bioinformaticus/biochemicus/moleculair bioloog). Flow is overzichtelijk en bestaat uit verschillende services. Flow is volledige zelfbouw en er is niet of nauwelijks gebruik gemaakt van voorbeelden. Flow maakt gebruik van verschillende complexe webservices. Rapport bevat relevante biologische informatie (zie opdracht). Flow levert nieuwe biologische informatie.

10


10


20


10


20 20 20 20 10

140

Cijfer (totaal aantal punten / 14) Bij 55% van de punten een voldoende . Feedback


209

Aantal punten



Beoordelingsformulier Poster BI11 Naam: …………………………………………… Klas: ………………… Gerelateerd aan competentie/ indicator

Datum: ………………………………


Max aantal punten


10

1.2.1-9


15

4.2.2-8


25

Conclusie

15

Referenties

5

Opmaak (max 30 punten) 7.2.C-12-15 11.2.1-4

De opbouw van de poster is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen. Richtlijnen:  goede pakkende titel en poster leesbaar op 2m afstand

5


5

 niet te veel tekst maar voldoende voor een duidelijk verhaal  voldoende informatieve figuren  rapport bevat een literatuurlijst; in de tekst wordt verwezen naar bronnen in literatuurlijst  hanteert correcte spelling, grammatica, zinsbouw en wetenschappelijke stijl

5


5 5 5

100



210




Beoordelingsformulier Praktijk BI11 Naam: …………………………………………… Klas: …………………………..

Datum: …………………….

Beoordeeld worden de werkzaamheden van de student tijdens de praktijkuren en de verslaglegging. Beoordelingscriterium Gerelateerd aan competenties/ indicatoren 1.2.3, 1.2.9 De student heeft doel en werkwijze genoteerd en kan vragen daarover beantwoorden 4.2.3 4.2.1, 4.2.8 4.2.6

De student voert binnen een projectgroep het experiment individueel uit volgens instructies Kan verantwoorden welke stap van de methode hij/zij uitvoert. Noteert wijzigingen van de geplande werkzaamheden.

8.1.1

De student werkt volgens de veiligheids- en milieuregels, en laat werkplekken en gebruikte apparatuur opgeruimd en schoon achter.

8.1.2

De student codeert en bewaart chemicaliën en monsters op correct wijze en noteert dit in zijn/haar labjournaal. De student noteert in zijn labjournaal de resultaten.

4.2.6 4.2.2, 4.2.8

De student maakt met zijn projectgroep een gezamenlijk verslag waaruit blijkt dat het doel van experiment en gebruikte methodes begrepen zijn Presenteert de verkregen resultaten en bediscussieert die.

4.2.7 Eindbeoordeling Voldaan indien aan alle criteria voldaan. Feedback


211

Niet Voldaan

Voldaan   


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten

6. 7.

8.



OWE12: Afstudeeropdracht Bio-informatica ECU 12: Graduation project Bio-Informatics BI12 Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica, niveau 3 BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Afstudeer-POP Plan van Aanpak Onderzoeksverslag en aanvullende beroepsproducten Reflectieverslag Eindpresentatie 30 stp 840 SBU De afstudeeropdracht sluit aan op de gevolgde OWE’s van de major. Tijdens de afstudeeropdracht worden de ontwikkelde competenties individueel geoefend en getoetst.  Propedeuse is behaald.  60 stp uit het majorprogramma van het tweede studiejaar is behaald.  Twee onderdelen (bewijsmateriaal) van de toetsing van het derde studiejaar mogen onvoldoende zijn.  De integrale toets hoofdfase dient behaald te zijn.  Onderzoeksverslag stage (BI9) is ingeleverd bij de begeleider op de werkplek. Portfolio (muv onderzoeksverslag) is voldoende afgerond. Indien een researchminor (RM15 of RM30) voorafgaand aan het afstudeerproject heeft plaatsgevonden geldt als instapeis dat het onderzoeksverslag en literatuurverslag van RM30 of het onderzoeksverslag van RM15 is ingeleverd bij de begeleider op de werkplek. Indien voldaan is aan de ingangseisen, mag de stage pas worden gestart na officiële goedkeuring van de opdracht. De afstudeercoördinator beoordeelt of de afstudeeropdracht voldoet aan de eisen die de opleiding stelt en verleent goedkeuring.

9. 10.

Algemene omschrijving Competenties

Het portfolio en het verslag zijn voorwaardelijk: pas bij voldoende beoordeling kan de student deelnemen aan de afstudeerzitting (eindpresentatie/verdediging). Studenten kunnen stage lopen bij een bedrijf/organisatie naar keuze. Competentie  Vraagverheldering (C1)  Ontwikkelen software (C2)  Databeheer (C3)  Data analyse (C4)  Modelleren (C5)  (Eigen) systeem beheren  Rapporteren (C7)  Planmatig werken (C8)  Samenwerken (C9)  Begeleiden/leiden (C10)  Adviseren (C11)

212

Niveau III III III III III III III III III III III

Verplicht Ja Ja Nee Ja Nee Nee Ja Ja Ja Nee Nee


12.

13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21.


Verplichte literatuur Aanbevolen literatuur Software Overig materiaal Activiteiten Werkvormen Les- / Contacturen Onderwijsperiode Maximum aantal deelnemers


 Professionele ontwikkeling (C12) III Ja Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens BI12-P Praktische werkzaamheden (P) BI12-V Afstudeerverslag (V) BI12-Pr Mondelinge presentatie en verdediging (Pr) BI12-PB Portfolio (PB) Weging (P+V+Pr)/3. Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden Het portfolio is met een voldaan afgevinkt en de tentamen deeltentamens moeten ≥ 5,5. Frequentie (deel)2 kansen per jaar. Wordt het hele jaar aangeboden. tentamens Inleveren verslag en portfolio uiterlijk 2 weken na de laatste dag van het afstudeerproject. Voor deadlines inleveren verslagen m.b.t. afstudeerzittingen zie jaarrooster Applied Sciences. Indien te laat ingeleverd volgt een 0 voor kans 1. In overleg met de begeleidende docent wordt een nieuwe deadline vastgelegd. Herkansing maximaal 2 maanden na afloop van het afstudeerproject.  Afstudeergids (Scholar)  Alle boeken die in de opleiding zijn gebruikt Boeken en handleidingen uit de propedeuse en hoofdfase. In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Er zijn geen schoolactiviteiten gepland tijdens de afstudeeropdracht. Er zijn geen lesuren ingepland, de begeleidende docent (tevens 1e examinator) heeft 15 klokuren voor begeleiding. De 2e examinator heeft 4 klokuren voor het assessment. Afhankelijk van de programmering in de hoofdfase n.v.t. -

213



Toetsprogramma OWE 12: Afstudeeropdracht bio-informatica (BI12) BT4: Uitvoeren van onderzoek in de bio-informatica OWE 1 Deeltentamen Code: BI12-PB Naam: Portfolio assessment Vorm: Schriftelijk Mondeling Individueel Weging: 0


Naam: Praktische werkzaamheden Vorm: Praktijk Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Waardering / Cesuur

POP, goedgekeurd door Slb-er (zie beoordelingsformulier “POP-afstuderen”). Definitieve POP, goedgekeurd door afstudeerbegeleider (zie Beoordelingsformulier “Reflectieverslag”). Sollicitatiebrief (goedgekeurd door Slb-er). Formulier goedkeuring afstudeeropdracht. Plan van aanpak (zie beoordelingsformulier “Plan van aanpak”). Verslag bezoek afstudeerbegeleider (goedgekeurd door begeleider). Verslag tussentijdse beoordelingsgesprek. Bedrijfsbevestiging over minstens 90 werkdagen.

Alle onderdelen van het portfolio moeten aanwezig zijn in het portfolio en de eindbeoordeling van het portfolio moet voldaan zijn.

Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.3.1 Geeft zelfstandig zijn eigen competentieontwikkeling vorm. (bevordert zijn eigen deskundigheid) 12.3.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.3.3. Neemt verantwoordelijk voor zijn eigen loopbaan. 12.3.4. Functioneert zelfstandig als professional. 12.3.5. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig.



Competentie 1: Verhelderen van een natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.3.1. Voert een gesprek met zijn (afstudeer) begeleider om helderheid te krijgen over zijn onderzoeksopdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de begeleider/opdrachtgever en stelt de juiste vragen om de inzicht te krijgen in de essentie van het onderzoek. 1.3.2. Formuleert voor een gegeven complexe natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag met bijbehorende hypothese 1.3.3. Selecteert (benoemt de key-elementen uit een wetenschappelijk artikel die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig wetenschappelijke informatie (literatuur) op relevantie en betrouwbaarheid. 1.3.4. Stelt alternatieven op m.b.t. onderzoeksmethoden die in aanmerking komen om het onderzoek uit te voeren, weegt deze af en maakt de juiste keuze en onderbouwt deze keuze met argumenten.

Zie beoordelingsformulier “Werkzaamheden Afstuderen Bio-informatica”.

Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens Voldaan Code: BI12-P


      

1 examinator voor de beoordeling.

Het portfolio staat inclusief onderzoeksverslag op het digitale portfolio (DPF).

Zie beoordelingsformulier “Werkzaamheden Afstuderen Bioinformatica”. 55% van de punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

214

Examinator

2 examinatoren voor de beoordeling.



1.3.5. Schat in of de opdracht uitgevoerd kan worden met de hem ter beschikking staande technieken. 1.3.6. Schrijft een poster/review/literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.3.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. De strategie voor het onderzoek wordt met argumenten onderbouwd. 1.3.8. Rapporteert aan de opdrachtgever en bediscussieert zijn onderzoeksplan met de opdrachtgever. 1.3.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 2: Software ontwikkeling 2.3.1. Schrijft en ontwerpt zelfstandig bioinformatica toepassingen. 2.3.2. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.3.3. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.3.4. Ontwikkelt object-georiënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. 2.3.5. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. 2.3.6. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. 2.3.7. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld. 2.3.8. Zet een testplan op. 2.3.9. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomsten. 2.3.10. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze. Competentie 3 Data Beheren 3.3.1. Verzamelt zelfstandig gegevens uit diverse databronnen (het lab, databases van derden), of gebruikt gegevens geproduceerd door geautomatiseerde laboratorium apparatuur. 3.3.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen.

215



3.3.3. Implementeert het ontwerp. 3.3.4. Manipuleert middels SQL gegevens in een relationele database. 3.3.5. Schrijft technische documentatie. 3.3.6. Schrijft queries die data uit databases met biologische data halen. 3.3.7. Voert een eenvoudige informatieanalyse uit en weet dit te vertalen naar een databaseontwerp. 3.3.8. Voegt geautomatiseerd grote hoeveelheden gegevens toe aan de database middels scripting. 3.3.9. Koppelt diverse databronnen of importeert gegevens uit andere databronnen. 3.3.10. Visualiseert gegevens uit database middels scripting en gespecialiseerde programma’s. 3.3.11. Ontsluit gedistribueerde en/of XML gebaseerde databronnen. Competentie 4: Data Analyse 4.3.1. Selecteert voor de analyse geschikte (bioinformatica) methoden, kan keuze toelichten en maakt erbij gebruik van wetenschappelijke bronnen. 4.3.2. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data (Toetsende statistiek (clustering, datamining). 4.3.3. Neemt tijdens de analyse beslissingen en stelt zo nodig de analyse bij door alternatieve methoden te selecteren. 4.3.4. Vergelijkt eigen resultaten met theorie. 4.3.5. Geeft op basis van verkregen resultaten een antwoord op de vraagstelling. 4.3.6. Documenteert eigen onderzoek in de vorm van een wetenschappelijk artikel en/of een onderzoeksverslag. 4.3.7. Protocolleert nauwkeurig eigen onderzoek. 4.3.8. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.3.9. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 5: Modelleren 5.3.1. Bestudeert zorgvuldig het (biologisch) proces of systeem en geeft op basis hiervan een abstracte (gesimplificeerde) beschrijving van het proces / systeem. 5.3.2. Selecteert voor het modelleren betrouwbare

216



(data)bronnen en relevante (statistische) methoden, licht zijn keuze toe na analyse, interpretatie. Maakt daarbij gebruik van wetenschappelijke bronnen. 5.3.3. Valideert het test model (vergelijking modelresultaten met theoretische/referentiewaarden). 5.3.4. Neemt tijdens het modelleren beslissingen en stelt zo nodig het model bij door alternatieve methoden of aanvullende data te selecteren. 5.3.5. Past in alle fasen van het onderzoek op de juiste wijze vakkennis toe. Competentie 6: Eigen Systeem beheren 6.2.2. Werkt zich in op nieuwe software of scriptingtaal (Perl, glimmer). 6.2.3. Leest documentatie van software en past het toe bij het uitvoeren van opdrachten. 6.2.4. Scripts voor het automatiseren van handelingen schrijven en uitvoeren. Competentie 7: Communicatie (gesprek) C3-06. Zorgt voor een logische opbouw. C3-07. Is to-the-point. Hij houdt het doel van het gesprek voortdurend in het oog. C3-08. Stelt regelmatig zelf vragen. C3-09. Toetst of de boodschap is overgekomen bij de gesprekspartner. Competentie 8: Planmatig/projectmatig werken (projectmatig werken) 8.3.1. Levert een bijdrage aan het tot stand komen van een projectplan. 8.3.2. Neemt actief deel aan het (projectteam) overleg. 8.3.3. Houdt rekening met belangen, werkwijzen en resultaten van collega’s. 8.3.4. Levert een persoonlijke bijdrage aan het project door volgens vooraf vastgestelde planning en activiteiten te werken. 8.3.5. Levert een actieve bijdrage aan het opstellen van een plan van aanpak. Competentie 9: Samenwerken Functioneren in een groep S3-01. Maakt concrete afspraken. S3-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S3-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken

217



werkuren. S3-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S3-05. Geeft feedback. S3-06. Staat open voor feedback. S3-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S3-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S3-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S3-10. Herkent eigen rol en inbreng in de groep en weet welke andere rollen er in het team zijn. Weet van de andere teamleden hun rol(len) te benoemen. S3-12. Staat open voor aansturing van de (project)leider. S3-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. Geeft een ander de ruimte. S3-14. Toont initiatief. Doet voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S3-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S3-16. Weet goed met conflicten om te gaan. S3-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S3-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. S3-23. Stimuleert groepsgenoten. S3-24. Doet een beroep op de kwaliteiten van teamleden. Competentie 11: Adviseren 11.3.1. Luistert naar de wensen van de klant en inventariseert zijn wensen m.b.t. aanschaf van materialen, apparatuur en/of methoden. 11.3.2. Vertaalt deze wensen naar technische aspecten. Geeft aan waaraan materialen, apparatuur of methoden moeten voldoen. 11.3.4. Brengt concreet een advies uit in de vorm van een rapport of een advies. Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling

218


Code: BI12-V Naam: Afstudeerverslag Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

12.3.1. Geeft zelfstandig zijn eigen competentieontwikkeling vorm (bevordert zijn eigen deskundigheid). 12.3.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.3.3. Neemt verantwoordelijk voor zijn eigen loopbaan. 12.3.4. Functioneert zelfstandig als professional. 12.3.5. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig. Competentie 1: Verhelderen van een wetenschappelijke vraagstelling 1.3.3. Formuleert voor een gegeven complexe natuurwetenschappelijke vraagstelling een onderzoekbare vraag met bijbehorende hypothese. 1.3.7. Schrijft een poster/review/literatuurverslag n.a.v. literatuuronderzoek. 1.3.9. Rapporteert aan de opdrachtgever en bediscussieert zijn onderzoeksplan met de opdrachtgever. Competentie 2: Software ontwikkeling 2.3.2. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.3.7. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld. Competentie 3: Data analyseren 4.3.1. Geeft op basis van verkregen resultaten een antwoord op de vraagstelling. 4.3.2. Documenteert eigen onderzoek in de vorm van een wetenschappelijk artikel en/of een onderzoeksverslag. Competentie 7: Rapporteren en presenteren C3-11. Hanteert correcte grammatica, stijl, spelling (geen taal- en spelfouten). Geeft doel aan. C3-10. Past vorm van de tekst en de woordkeus aan de doelgroep aan (lezers). C3-15. Brengt heldere structuur aan in complexere teksten. De opbouw van de tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen. C3. Hanteert schrijftaal i.p.v. spreektaal. Competentie 11: Adviseren 11.3.1. Luistert naar de wensen van de klant en inventariseert zijn wensen m.b.t. aanschaf van


Zie beoordelingsformulier “Afstudeerverslag Biologie & Medisch Laboratoriumonderzoek, Chemie en Bio-informatica”.

Zie beoordelingsformulier “Afstudeerverslag Biologie & Medisch Laboratoriumonderzoek, Chemie en Bioinformatica”. 55% van de punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

219



Code: BI12-Pr Naam: Mondelinge presentatie en verdediging Vorm: Mondeling Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

materialen, apparatuur en/of methoden. 11.3.2. Vertaalt deze wensen naar technische aspecten. Geeft aan waaraan materialen, apparatuur of methoden moeten voldoen. 11.3.4. Brengt concreet een advies uit in de vorm van een rapport of een advies. Competentie 7: Rapporteren en presenteren 7.3.1. Geeft het doel van de presentatie aan. Het doel sluit aan bij de opdracht waarvoor de presentatie wordt uitgevoerd. 7.3.2. Er zit structuur in de presentatie (kop-rompstaart). 7.3.3. Presentatie sluit aan bij het doel van de presentatie en het niveau van de doelgroep, zowel betreft taal en terminologie. 7.3.4. Maakt contact met het publiek (oogcontract/verbaal/non-verbaal). 7.3.5. Houding: staat rechtop en laat de handen vrij. 7.3.6. Spreekt afwisselend. 7.3.7. Spreekt duidelijk en verstaanbaar. 7.3.8. Stemvolume is afgestemd op ruimte en publiek. 7.3.9. Maakt afwisselend gebruik van informatiebronnen. 7.3.10. Gaat vakinhoudelijke discussie aan met het publiek. 7.3.11. Controleert of de essentie van de boodschap bij de doelgroep overkomt. Competentie 1: Verhelderen van een wetenschappelijke vraagstelling 1.3.2. Formuleert op basis van gegeven onderzoeksvraag zelfstandig deelvragen met bijbehorende hypotheses. 1.3.4. Stelt het onderzoeksplan bij op basis van resultaten. 1.3.5. Legt verbanden van eigen onderzoek met overkoepelend project. Competentie 4: Data analyseren 4.3.1. Selecteert voor de analyse geschikte (bioinformatica) methoden, kan keuze toelichten en maakt erbij gebruik van wetenschappelijke bronnen. 4.3.2. Voert m.b.v. statistische en bio-informatica methoden analyses uit op biologische data (Toet-


Zie “Voorlopig beoordelingsformulier Afstudeerpresentatie en verdediging”.

Zie “Voorlopig beoordelingsformulier Afstudeerpresentatie en verdediging”. 55% van de punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

220




sende statistiek (clustering, datamining). 4.3.3. Neemt tijdens de analyse beslissingen en stelt zo nodig de analyse bij door alternatieve methoden te selecteren. 4.3.4. Vergelijkt eigen resultaten met theorie. 4.3.5. Geeft op basis van verkregen resultaten een antwoord op de vraagstelling. 4.3.6. Documenteert eigen onderzoek in de vorm van een wetenschappelijk artikel en/of een onderzoeksverslag. 4.3.7. Protocolleert nauwkeurig eigen onderzoek. 4.3.8. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.3.9. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 9: Samenwerken S3-06. Staat open voor feedback. S3-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S3-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen.

221



Beoordelingslijst werkzaamheden afstuderen Bio-informatica Naam: ………………………………..…………………..

Student nummer: ………………………………

Afstudeeropdracht: ………………………………………

voor afstuderen

Niet aangetoond

Vraagverheldering

Software ontwikkelen / Modelleren

1

Neemt initiatieven om helderheid te krijgen over zijn onderzoeksopdracht. Raadpleegt begeleiders/ collega’s/ literatuurbronnen. Stelt de juiste vragen . Werkt zich (snel) in het onderzoeksonderwerp in aan de hand van het bestuderen van vakliteratuur. Werkt zich (snel) in in de te gebruiken BImethoden/tools De strategie met de bij behorende stappen van het onderzoek worden in een plan van aanpak/onderzoeksplan beschreven (=voor het eigen onderzoek)

Ontwerpt software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijzen.

De strategie met de bijbehorende stappen van het eigen onderzoek worden in een plan van aanpak beschreven en de relatie met het projectonderzoek wordt duidelijk aangegeven (heeft helikopterview). Is in staat om nieuwe methoden/tools te ontwerpen en hier een (juiste) onderzoeksvraag voor te formuleren

Zelfstandig1

Veel begeleiding

0

0

5

0

0

5

0

0

5

0

0

5

0

0

0

0

10 10

Ontwerpt software op basis van softwarespecificaties en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze.

Zelfstandigheid wordt gedefinieerd als: de student kan de wekelijkse taken die tijdens de wekelijkse werkbesprekingen worden afgesproken zelfstandig uitvoeren.

222

Zeer goed

Bovengemiddeld niveau

voldoende

Minimum niveau

onvoldoende

Competenties

goed

Per regel dient het juiste aantal punten omcirkeld te worden. Indien afgeweken wordt van de aangegeven punten dient dit duidelijk aangegeven te worden. Meer punten toekennen dan het maximum is niet mogelijk.

5

10


Schrijft zelfstandig Bio-informatica software/tools zodanig dat de geteste software de verwachte uitkomsten oplevert.

Data-analyse

Data-analyse / Adviseren

Rapporteren en presenteren

Doet een uitspraak over de nauwkeurigheid en de betrouwbaarheid van de data: maakt daarbij op aanwijzingen van de begeleider gebruik van statistiek om de betrouwbaarheid te beoordelen. Stelt op aanwijzingen van de begeleider zo nodig de analyse bij door de eigen methode te verbeteren of door alternatieve methoden te selecteren Voert met behulp van bio-informatica methoden/tools analyses uit op biologische data Trekt conclusies en voert aan de hand van gevonden resultaten een zinvolle (=beargumenteerde/onderbouwde) discussie en legt dit vast in het onderzoeksverslag.

Leidt uit de verkregen resultaten conclusies af en interpreteert deze in het licht van de onderzoeksvraagstelling

Rapporteert over zijn onderzoek in de vorm van een onderzoeksverslag volgens internationaal geldende criteria (zie ook de criteria voor het verslag) Houdt over zijn onderzoek een (tussentijdse) presentatie voor collega onderzoekers op de afdeling.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase Ontwerpt en schrijft zelfstandig Bio-informatica software/tools zodanig dat de geteste software de verwachte uitkomsten oplevert. Daarbij is het ontwerp en de software zorgvuldig gedocumenteerd en zit de software logisch en overzichtelijk in elkaar. Heeft zich zelfstandig nieuwe methode of programmeertaal eigen gemaakt.

Doet een uitspraak over de nauwkeurigheid en de betrouwbaarheid van de data: maakt daarbij op eigen initiatief gebruikt van statistiek om de betrouwbaarheid van data te beoordelen. Stelt op eigen initiatief de analyse bij door de eigen methode te verbeteren of door alternatieve methoden te selecteren

Voert zelfstandig met behulp van bio-informatica methoden/tools analyses uit op biologische data Trekt conclusies en voert aan de hand van gevonden resultaten een zinvolle discussie met het onderzoeksteam tijdens een werkbespreking(en). Legt de resultaten vast in een onderzoeksverslag. Levert een zinvolle discussie over het eigen onderzoek ook een zinvolle bedrage aan de discussie over onderzoek waar andere collega´s aan werken Leidt uit de verkregen resultaten conclusies af en interpreteert deze in het licht van de onderzoeksvraagstelling en in het licht van het onderzoek (helicopterview). Leidt uit de verkregen resultaten conclusies af, interpreteert deze in het licht van de experimenten en projectvraag en vergelijkt deze met andere analyses, referentiewaarden of theoretische waarden uit de literatuur.

Houdt over zijn onderzoek een (tussentijdse) presentatie voor collega onderzoekers op de afdeling, waarbij de presentatie een duidelijke structuur heeft, boeiend is om naar te luisteren en waarbij de onderzoeksresultaten overtuigend worden

223

0

0

5

10

0

0

0

0

5

10

0

0

5

10

0

0

5

10

0

0

5

10

0

0

0

0

0

0

0

0

5

0

0

5

10

15

5

10

15

10


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase gepresenteerd. De rapportage en presentatie van het onderzoek is rijp voor publicaties in (internationale) vakbladen en/of symposia

Planmatig en projectmatig werken

0

0

0

0

5

Kan samenwerken in een team. Is een teamplayer

0

0

5

Toont een professionele werkhouding: past zich snel aan; handelt integer, efficiënt en doelmatig en motiveert zichzelf om aan de slag te gaan

0

0

5

0

0

Werkt systematisch, plant het werk en bewaakt de voortgang.

Samenwerken in een team

Sturen professionele ontwikkeling

Pakt de werkzaamheden efficiënt aan. Geeft prioriteiten aan in het werk en werkt onder tijdsdruk alle activiteiten tijdig en correct af.

Toont een nieuwsgierige, natuurwetenschappelijke houding. Toont dit door o.a. op eigen initiatief vakliteratuur bij te houden en zich op de hoogte te stellen van ontwikkelingen in het vakgebied (actief informatie verzamelen) Heeft een reflecterende houding. Staat open voor leermomenten die zich in het werk voordoen. Ziet in gemaakte fouten aangrijpingspunten voor het leren. Maakt daarbij gebruik van feedback van collega’s en werkbegeleider en staat daarbij open voor discussies met collega’s en werkbegeleider(s).

0

0

Eindoordeel Max aantal punten = 220 Feedback

Naam en paraaf begeleider


Cijfer

Datum

NB. Het eindcijfer van de werkzaamheden wordt vastgesteld tijdens de afstudeerzitting.

224

Indicatie eindcijfer bepaling. < 110 punten = < 5,5 110 – 135 punten = 5,5 – 6,5 140 – 165 punten = 6,5 – 7,5 170 – 195 punten = 7,5 – 9 > 195 punten = 9 - 10

15

10

10

15



Beoordelingscriteria voor het onderzoeksverslag Chemie, Biologie en Medisch laboratorium onderzoek (B&M) en Bio-informatica Naam: ………………………………..…………………..

Student nummer: ………………………………

Afstudeeropdracht: ………………………………………

Vormgeving en taalgebruik

Vormgeving

De indeling, samenvatting, figuren en tabellen en literatuurlijst zijn vormgegeven volgens de richtlijnen in de afstudeergids.

Competentie indicator

Taalgebruik

Onvoldoende = niet aangetoond

Minimum - voldoende niveau voor afstuderen

Het voorgaande plus: het taalgebruik is correct, eenduidig en sluit aan bij de doelgroep (lezers).

Er zijn nauwelijks taal/spelfouten.

6.3.1

KO

Ruim voldoende bovengemiddeld niveau

6-7

Excellent

Aantal punten

Het voorgaande plus: het verslag is in andere taal zijnde niet de moedertaal geschreven op een correcte manier.

8-9

10

Voldoende bovengemiddeld niveau

Excellent

Inhoud Competentie indicator

Samenvatting


Minimum - voldoende niveau voor afstuderen De samenvatting bevat de volgende onderdelen: context – doel – aanpak – resultaten – conclusie.

3.3.3 KO

4-5

Het voorgaande plus: De samenvatting kan als een zelfstandig geheel gelezen worden. 6-7

225

Aantal punten


Inleiding

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens onderwijseenheden en integrale toets post-propedeutische fase De onderzoeksvraag is in een theoretisch kader geplaatst. De samenhang met de aanpak en hypothese komt niet duidelijk naar voren.

1.2.1 1.3.1 1.3.2 1.3.5 KO

Materialen en Methoden

Beschrijft de gebruikte methode/materialen zodanig dat de experimenten door een ander herhaald kunnen worden.

2.3.1 2.3.3 5.3.2 KO

6.3.1

Resultaten

8 - 10

KO

Het voorgaande plus: de inleiding blinkt uit in helderheid en structuur.

11 - 13

14 - 15

Het voorgaande plus: beschrijft de gebruikte methode/materialen zodanig dat alleen onderscheidende en essentiële informatie is gegeven.

7-9

10 - 12

Er is een logische volgorde van de datapresentatie met verbindende tekst. In de tekst wordt eenduidig naar de figuren verwezen. Figuren en tabellen zijn vrijwel altijd compleet.

Het voorgaande plus: alle relevante resultaten om de onderzoeksvragen te beantwoorden zijn in de tekst beschreven. Bijschriften bij figuren en tabellen zijn helder.

Het voorgaande plus: de tekst is een goed lopend verhaal. De figuren en tabellen zijn zelfverklarend.

5

6-7

8

De resultaten worden op de juiste wijze geïnterpreteerd.

3.3.1

De onderzoeksvraag en hypothese worden ingeleid. De inleiding geeft voldoende voorkennis om de resultaten naderhand te begrijpen.

Het voorgaande plus: de beschrijving is volledig en correct.

Het voorgaande plus: de beschrijving geeft blijk van inzicht in het resultaat.

KO

7-8

9 - 10

11 - 12


Minimum - voldoende niveau voor afstuderen

Ruim voldoende bovengemiddeld niveau

Excellent

226

Aantal punten



3.3.2 3.1.4 3.2.4

KO

Discussie 3.3.4

KO

De nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van de gebruikte methode en de resultaten worden bediscussieerd. Problemen in de uitvoering van de experimenten worden bediscussieerd en passende verbetervoorstellen worden gemaakt.

3-4

5-6

Voert aan de hand van de gevonden resultaten een discussie: is de onderzoeksvraag te beantwoorden met behulp van de verzamelde data? Brengt de resultaten in verband met de literatuur.

Voert een zinvolle discussie: geeft een heldere verklaring waarom de onderzoeksvraag wel of niet kan worden beantwoord met behulp van de verzamelde data. Brengt de resultaten in verband met de literatuur.

Al het voorgaande en plaatst de resultaten in de bredere context van het onderzoek. De discussie is een goed lopend verhaal.

6-7

8-9

10

Maakt voorstellen voor vervolgonderzoek anders dan herhaling van eigen experimenten.

3.3.5

KO

Conclusie

De nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van de gebruikte methode en de resultaten worden benoemd. Problemen in de uitvoering van de experimenten worden benoemd en verbetervoorstellen worden gemaakt.

2

3

Er wordt een antwoord gegeven op de onderzoeksvraag.

3.3.2 3.3.3 KO

Er worden concrete en bij de onderzoeksvraag aansluitende aanbevelingen voor vervolgonderzoek beschreven.

4

Er wordt een antwoord gegeven op de onderzoeksvraag op basis van de argumenten beschreven in de discussie. 5-6

227

Er worden aanbevelingen voor vervolg onderzoek beschreven buiten de kaders van het eigen onderzoek en dit is onderbouwd met de literatuur. 4


Literatuur


Er worden literatuurbronnen gebruikt. Dit is een mix van internetbronnen, boeken en wetenschappelijke artikelen.

1.2.1

KO

3

Gebruikt hoofdzakelijk wetenschappelijke artikelen.

4

Alle theorie en beweringen worden ondersteund door literatuurbronnen. Gebruikt hoofdzakelijk wetenschappelijke artikelen. 5

Aantal punten taalgebruik + inhoud

Mate waarin student zelfstandig aan het onderzoeksverslag heeft gewerkt

11.3.2 11.3.3


-5

Op kritieke momenten begeleiding nodig. Voornamelijk zelfstandig aan onderzoeksverslag gewerkt 0


Eindoordeel

(totaal aantal punten / 10) Voor een voldoende moeten álle criteria met minstens voldoende beoordeeld worden.

Opmerkingen / feedback

Datum Naam en handtekening docent

228

Heeft zelfstandig aan het verslag gewerkt +5



Beoordelingsformulier Plan van aanpak/onderzoeksplan afstuderen Bioinformatica Naam student: ………………………….………

Studentnummer: ………..

Klas: ………………………………………..

Datum: …………….……..….

Competentie-indicatoren


Onvoldoende

1.3.1.

Geeft een inleiding in het onderwerp op basis van actuele wetenschappelijke literatuur.

1.3.2.

Doelstelling en hypothese zijn juist geformuleerd (= m.b.v. onderzoek kan deze geverifieerd worden).

1.3.3.

De volgorde van de onderzoeksstappen is logisch en de gedetailleerdheid van de beschrijving van de stappen is gerelateerd aan het niveau van het onderzoek. Gemaakte keuzen worden onderbouwd en beargumenteerd (laat zien dat hij de vakkennis op de juist wijze kan toepassen).

2.3.1.

7.3.1.

Stappen worden in de tijd geplaatst.

6.3.1.

 hanteert correcte spelling, grammatica, zinsbouw en wetenschappelijke stijl;  brengt helder en logische structuur aan in complexere teksten. Er is sprake van samenhang tussen tekstonderdelen;  opbouw van tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen;

 rapport omvat een literatuurlijst. In de tekst wordt verwezen naar bronnen in literatuurlijst. Eindbeoordeling (voldoende indien alle criteria voldoende zijn).

Opmerkingen

Naam en handtekening afstudeerdocent

229

Voldoende



Beoordelingsformulier POP afstuderen Bio-informatica Naam:

………………

Studentnummer:

………………

Klas:

……………….

Datum:

……………….


niet voldaan

12.3.1. Benoemt zijn sterke en zwakke kanten: De student benoemt zijn persoonlijke sterke en zwakke punten en de mogelijke consequenties hiervan tijdens het afstuderen. 12.3.2. Stelt op basis van sterktezwakte analyse zelfstandig POP op: De student baseert persoonlijke leervragen of doelen op de sterkte- en zwakteanalyse om negatieve consequenties zo veel mogelijk te voorkomen. Hierbij komen zowel werkhouding als beroepscompetenties aan bod. De student maakt een concreet en realistisch actieplan (wat, met wie, wanneer, welke activiteiten) om de doelen te bereiken. De student benoemt gewenste resultaten of producten die aantoonbaar zijn. Het tijdspad is reëel. De student hanteert in zijn/ haar POP correcte spelling en zinsbouw. Het POP is overzichtelijk gestructureerd. Eindoordeel (voor voldaan moeten alle onderdelen voldaan zijn.) Feedback


230

voldaan



Beoordelingsformulier Reflectieverslag afstuderen Bio-informatica Naam: ……………..………

Studentnummer: …………………

REFLECTIEVERSLAG

ONVOLDOENDE INHOUD

12.3.4

12.3.5

De student beschrijft de handelingen die bijgedragen hebben aan het realiseren van de POP (in de ik-vorm). Waar van toepassing, wordt naar bewijsdocumenten van de resultaten hiervan verwezen. De student kijkt kritisch terug naar zijn/haar leerproces, benoemt wat goed is gegaan en wat minder goed, benoemt de oorzaken hiervoor, koppelt dit aan zijn/haar eigen handelen. De student geeft aan wat hij/zij geleerd heeft (in de ik-vorm) en benoemd daarbij concrete resultaten en/of producten. De student geeft aan of en hoe hij/zij de taken anders had kunnen aanpakken (alternatieven). Er worden nieuwe leerdoelen genoemd. VORM

7,3, C3-11, 10, 15

Datum: ………………


Eindoordeel (voldoende indien alle onderdelen voldoende zijn). Feedback


231

VOLDOENDE



Beoordelingsformulier portfolio afstuderen Student:………………………..

Afstudeerbegeleider:……………………

Opleiding:………………………..

Datum:………………………….

Afstudeerbedrijf:……………………….. Afstudeeropdracht:……………………… ====================================================================== Verplichte onderdelen Definitieve POP goedgekeurd door Afstudeerbegeleider:

ja / nee

Reflectieverslag

ja / nee

Sollicitatiebrief goedgekeurd (SLB-er):

ja / nee

Formulier goedkeuring afstudeeropdracht aanwezig:

ja / nee

Plan van aanpak goedgekeurd:

ja / nee

Verslag bezoek afstudeerbegeleider:

ja / nee

Verslag tussentijds beoordelingsgesprek:

ja / nee

====================================================================== Beoordeling portfolio Vorm: toegankelijkheid (inhoudsopgave, volgorde, vindbaarheid onderdelen etc.) Beoordeling: ……………………………………………………………………………………….. Inhoud: aantal beoordeelde producten en variatie in producten in relatie tot POP. Beoordeling:………………………………………………………………………………………… Kwaliteit: producten zijn authentiek (afkomstig van student) en voorzien van een adequaat reflectieverslag Beoordeling:………………………………………………………………………………………… Eindreflectie: terugblik op het afstuderen in relatie tot POP (= procesverslag) Beoordeling:………………………………………………………………………………………….

Eindbeoordeling Portfolio: voldaan / niet voldaan

232



Procesverbaal afstudeeropdracht Naam student: ………………………………………….

Student nr: ……………………………………..

Klas: …………………………………………………………

Datum: ……………………………………………

Titel afstudeeropdracht: ………………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………………………………………………….…… ………………………………………………………………………………………………………………………………………. Assessoren

1. 2.

Gecommitteerde Werkbegeleider

Beoordeling 1. Portfolio

Voldaan/ Niet Voldaan

2. Werkzaamheden

…… (cijfer invullen)

3. Onderzoeksverslag


4. Verdediging


Eindcijfer = (2+3+4)/3 = ………. en portfolio voldaan.

Handtekening assessor (voorzitter): (voor akkoord)

………………………………………………………..

Handtekening assessor: (voor akkoord)

………………………………………………………..

Handtekening gecommitteerde: (voor gezien)

………………………………………………………..

Handtekening bedrijfsbegeleider: (voor gezien)

………………………………………………………..

N.B. Het eindcijfer dient afgerond te worden naar het dichtstbijzijnde gehele getal.

233



Integrale Toets hoofdfase Bio-informatica Titel integrale toets

Integrale toets hoofdfase Bio-informatica

1. 2. 3.

Bio-informatica Voltijd studenten Hoofdfase Bio-informatica, niveau 2 BT1: Opzetten en beheren van een Bio-informatica infrastructuur BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software BT3: Integreren en visualiseren van biologische gegevens BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek


4. 5.


6. 7.


8.


9.

Competenties

Om Bio-informatica onderzoek uit te voeren is het noodzakelijk om ook een Bio-informatica infrastructuur op te zetten en te beheren en software te ontwerpen en te ontwikkelen. Het integreren en visualiseren van de biologische gegevens is ook regelmatig onderdeel van het Bio-informatica onderzoek. Alle beroepstaken (BT1-BT4) zijn dus onlosmakelijk met elkaar verbonden. Zie BI9 Samenval met BI9 (30 stp).

De integrale toets van de hoofdfase toetst of de student niveau 2 heeft bereikt. De OWE'en 5 t/m 8 van de opleiding zijn gevolgd en voor minimaal 45 studiepunten voldoende afgerond. De stage sluit aan op de gevolgde OWE’en van de major uit het tweede studiejaar. Tijdens de stage worden de ontwikkelde competenties individueel geoefend en getoetst. Voor het uitvoeren van de beroepstaken BT1, BT2, BT3 en BT4 zijn de volgende competenties minimaal ontwikkeld op niveau 2: 1. Vraag verhelderen 2. Ontwikkelen van software 3. Data beheren 4. Analyseren van data 5. Voorspellen en modelleren 6. Eigen systeem beheren 7. Rapporteren en presenteren 8. Planmatig en projectmatig werken 9. Samenwerken in een team 10. Begeleiding en leiding geven 11. Adviseren 12. Sturen professionele ontwikkeling In de stage worden niet alle indicatoren integraal getoetst op niveau 2. Deze indicatoren zijn al wel meerdere malen in verschillende combinaties integraal getoetst d.m.v. deeltentamens tijdens OWE 5 t/m 8

234


10.


11.

Integrale toetskenmerken en vormen Verplicht en aanbevolen materiaal Onderwijsperiode

12. 13.


In deel 1B van dit OS staat omschreven welke competenties er worden ontwikkeld bij bovenstaande beroepstaken (Tabel 5: Competentiematrix opleiding Bio-informatica). In het toetsprogramma van BI9 (bijlage bij OWE omschrijvingen in deel 3 van dit OS) staat per deeltentamen omschreven welke competenties er worden getoetst en de beoordelingscriteria die gelden voor deze deeltentamens. Zie toetsprogramma BI9 Zie OWE omschrijving BI9 Afhankelijk van de programmering in de hoofdfase

235



Integrale Toets afstudeerfase Bio-informatica Titel integrale toets

Integrale toets afstudeerfase Bio-informatica

1. 2. 3.

Bio-informatica Afstudeerfase Bio-informatica, niveau 3 BT1: Opzetten en beheren van een Bio-informatica infrastructuur BT2: Ontwerpen en ontwikkelen van software BT3: Integreren en visualiseren van biologische gegevens BT4: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek


4. 5.


6. 7.


8.


9.

Competenties

10.


Om Bio-informatica onderzoek uit te voeren is het noodzakelijk om ook een Bio-informatica infrastructuur op te zetten en te beheren en software te ontwerpen en te ontwikkelen. Het integreren en visualiseren van de biologische gegevens is ook regelmatig onderdeel van het Bio-informatica onderzoek. Alle beroepstaken (BT1-BT4) zijn dus onlosmakelijk met elkaar verbonden. Zie OWE (BI12) Aan de integrale toets zijn geen studiepunten of reguliere tentamens gekoppeld. De examencommissie stelt tijdens een examenvergadering vast of de student niveau 3 heeft behaald waarna het toekennen van de graad Bachelor of Applied Science volgt. De integrale toets van de afstudeerfase toetst of de student niveau 3 heeft behaald. De propedeuse is behaald. De integrale toets hoofdfase is voldoende afgerond. 180 studiepunten van de postpropedeutische fase zijn behaald. Het behalen van niveau 3 wordt gebaseerd op de onderwijseenheid OWE12 (BI12, 30 stp). Het afstudeerproject levert in feite het bewijs op waarmee de student aantoont dat hij startbekwaam is. Voor het uitvoeren van de beroepstaken BT1, BT2, BT3 en BT4 zijn de volgende competenties ontwikkeld op niveau 3: 1. Vraag verhelderen 2. Ontwikkelen van software 3. Data beheren 4. Analyseren van data 5. Voorspellen en modelleren 6. Eigen systeem beheren 7. Rapporteren en presenteren 8. Planmatig en projectmatig werken 9. Samenwerken in een team 10. Begeleiding en leiding geven 11. Adviseren 12. Sturen professionele ontwikkeling In het toetsprogramma van BI12 (bijlage bij OWE omschrijvingen in deel 3 van dit OS) staat per deeltentamen omschreven welke competenties er worden getoetst en de

236


11. 12. 13.

Integrale toetskenmerken en -vormen Verplicht en aanbevolen materiaal Onderwijsperiode


beoordelingscriteria die gelden voor deze deeltentamens. Zie toetsprogramma BI12. Zie OWE omschrijving BI12. Afhankelijk van de programmering in de hoofdfase.

237


4.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens

Verkorte programma’s

Conform artikel 7.9 lid 5 van de OER Niet van toepassing

238

Opleidingstatuut Instituut Applied Sciences Deel 3 2015-2016 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden

5.

Gegevens HAN-gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden

Opsomming van de HAN-gecertificeerde minoren die de opleiding verzorgt. Conform artikel 3.4 lid 8 van de OER a) Minor Discovery, analysis & production of biomolecules: ASC-M-PB (30 studiepunten) b) Minor Molecular Plant Biology: ASC-M-Pl (30 studiepunten) c) Minor Palet aan natuurwetenschappelijk onderzoek (ASC-M-P) (30 studiepunten). a. Researchminor BMCBI-R15 (15 studiepunten) b. Researchminor BMCBI-R30 (30 studiepunten) d) Minor Nanotechnologie: ASC-M-NT (30 studiepunten)

239


Titel OWE

Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules

Code 1. Opleiding 2. Doelgroep

ASC-M-PB Biologie en Medisch laboratorium onderzoek Voltijd en deeltijd studenten hoofdfase Biologie en Medisch laboratorium onderzoek studierichting Biologie Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek

3. 4. 5.

6. 7.

8.

9.

Beroepstaak/ beroepstaken Centrale beroepstaak (Beroeps) Producten Studiepunten, studielast Samenhang met andere OWE’en Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens Algemene omschrijving

10.

Competenties

11.

Beoordelingscrit eria Tentaminering

12.

N.v.t. Presentation 1 (P1) Presentation 2 (P2) Report (R) 30 stp 840 SBU Deze minor bouwt voort op kennis en vaardigheden in de biologie, biochemie en microbiologie die zijn opgedaan in het tweede jaar van de differentiatie Biologie van de opleiding Biologie en Medisch laboratorium onderzoek/ Life Sciences. Minimaal 45 stp in het 2e studiejaar behaald en de praktijkbeoordelingen in 2e studiejaar zijn met een voldoende beoordeeld. De minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules wordt gegeven door het HAN BioCentre. Het HAN BioCentre is een contract research organisatie/lectoraat Industriële Microbiologie waar projecten uitgevoerd worden voor bedrijven die actief zijn in de rode en witte biotechnologie. Daarnaast zijn er eigen onderzoeksonderwerpen op het gebied van antimicrobiële stoffen, biobrandstoffen, en eiwitproductie.. De studenten zullen diverse (bio)chemische technieken gebruiken en zich vele aspecten eigen maken van de fermentatie technologie. Mensen met ervaring in fermentatie technologie zijn zeer gewild op de arbeidsmarkt, omdat weinig laboratorium opleidingen deze technologie in hun curriculum aanbieden. Tijdens de minor zullen studenten een substantiële bijdrage leveren aan het onderzoek door het lezen van relevante literatuur, discussies met experts, het uitvoeren en analyseren van de eigen experimenten. Bij de start van de minor zullen diverse theorie lessen gegeven worden om de student op een voldoende kennis bij te brengen op het gebied van fermentatie technologie, downstream processing en enzym kinetiek. Deze minor wordt aangeboden in de Engelse taal. -Ontwerpen van experimentele opzet -Experimenteren -Resultaten analyseren -Kwaliteitsbeheer -Beheer en administratie -Rapporteren en presenteren -Planmatig en projectmatig werken -Samenwerken in team -Sturen professionele ontwikkeling Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren Deeltentamens ASC-M-PB-T Theoretical test (T) ASC-M-PB-P1 Presentation 1 (P1) ASC-M-PB-P2 Presentation 2 (P2) ASC-M-PB-R Report (R)

240


13.


14.

17.

Aanbevolen literatuur Software Overig materiaal Activiteiten

18.

Werkvormen

19.

Les- / Contacturen

15. 16.

ASC-M-PB-Pr Practical (Pr) Weging Eindcijfer = (2xT + P1 + 1.5xP2 + 2.5xR + 3xPr)/10 Compensatiegeen mogelijkheden Instapvoorwaarden Alle cijfer minstens 5.5 tentamen Voor het deeltentamen P is er maar één kans per studiejaar Frequentie (deel)(OER art. 7.3) tentamens (Delen van) de volgende boeken worden aangereikt:  Doran, P.M. Bioprocess Engineering Principles. Londen: SPCK Publishers.  Mc Neil, B. HArvey, L.M. Practical Fermentation Technology. Hoboken (New Jersey): John Wiley and Sons Ltd.  Actuele wetenschappelijke literatuur afhankelijk van stand van het onderzoeksproject waarin de student participeert. Deze wordt deels aangereikt, en deels door studenten zelf opgezocht. Actuele wetenschappelijke literatuur afhankelijk van stand van het onderzoeksproject waarin de student participeert In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals Powerpoints Zie werkvormen Ondersteunend vak Fermentation Technology Enzyme kinetics Downstream Processing Separation and analysis Biobased economy Project work Geprogrammeerde contacttijd: 43 lesuren / week = 32 uur / week 770 lesuren /periode = 580 uur / blok Geprogrammeerde tijd voor zelfstudie: Zelfstudie: 260 uur

20. 21.

Onderwijsperiode Aantal deelnemers

Totaal: 840 uur Periode 1 en 2 Maximum aantal deelnemers: 16 Minimum aantal deelnemers: 8

241

Werkwijze: hoorcollege hoorcollege hoorcollege hoorcollege hoorcollege praktijk


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden

Toetsprogramma ASC-M-PB: Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Executing life-scientific research ECU 1 Part exam

Competences and indicators

Assessment criteria

Code: ASC-M-PB-T

Competence 1: Designing 1.3.1. Independently searches for, selects and integrates information from relevant scientific sources Competence 2: Experimenting 2.3.1. Is able to explain the theory behind all steps of the experiments. 2.1.2. Performs calculations prior to beginning lab work. Competence 3: Ana lysing Results 3.3.1. Independently carries out results analysis according to the appropriate methods; uses statistics (if applicable). 3.1.4. Discusses the execution of the experiment and results.

The student:  makes bioreactor characteristics calculations;  calculates the purification efficiency of a DSP process of a biomolecule;  calculates the C/N ratio of an organism based on the molecular formula and the subsequent desired medium composition;  calculates the medium composition based on desired process conditions and explains effects on the micro-organism;  calculates enzyme kinetic parameters;  selects analytical processes and detection techniques dependent on the research question;  calculates the separation characteristics of an analytical separation;  calculates the growth rate and subsequent impact on various process conditions;  understands and explains an experimental procedure based on a Materials and Methods section of a scientific article;  knows the definition and general principles behind a biobased economy;  knows 4 classes of biomolecules and several biomasses, and their characteristics.

Similar distribution of the different aspects;

Consult the evaluation form below: “Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Minor Presentations”.

Consult the evaluation form below: “Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Minor Presentations”.

Name: Theoretical test Form: Written Individual Weighing: 2 Assessment: Mark Bottom level: 5.5

Code: ASC-M-PB-P1 Name: Presentation 1 Form: Oral Individual

In the context of:  C/N calculation  Medium and process optimalisation  Oxygen transfer  Enzyme kinetics  Enzyme purification  Growth rate determination  (Fed)-batch fermentation  Analytical separation techniques like TLC, GC and HPLC  Biobased economy Competence 6: Reporting and Presenting 6.3.2. Presents research to a target audience with similar knowledge background in a clear and persuasive manner; applies general presentation techniques and answers questions:  there is an introduction-body-conclusion structure to the presentation;  speaks clearly and coherently;  has upright posture and hands are freely used;  makes eye contact with the audience;

Weighting Cut off value

Mark = number of points / total number of points * 10.

2 examiners for the construction and evaluation of the test. 1 examiner for assessment (Project leader).

5.5 points is sufficient.

55% of the maximum amount of points is sufficient.

242

Examiners

2 examiners for assessment (Project leader/ practical supervisor).


Weighing: 1 Assessment: Mark Bottom level: 5.5

Code: ASC-M-PB-P2 Name: Presentation 2 Form: Oral Individual Weighing:

 makes organised and clear slides or other visual products;  verbal and visual messages complement each other;  uses visual aids in PowerPoint to support;  holds an on-topic discussion with the audience. Competence 1: Designing 1.2.3. Forms intermediate research questions and related a hypothesis based on the given research question 1.3.4. Adjusts the research plan accordingly based on acquired results. 1.3.5. Makes connections between experiments and the broader research context Competence 2: Experimenting 2.3.1. Is able to explain the theory behind all steps of the experiments. Competence 3: Analysing Results 3.2.1. Carries out results analysis using appropriate methods; uses statistics (if applicable). 3.3.3. Independently makes conclusions relating to the initial research question (if possible) and the broader research context. 3.1.4. Discusses the execution of the experiment and results. Competence 8: Team work 8.1.3. Maintains eye contact with conversation partner. 8.1.4. Gives others opportunity to speak. 8.2.4. Verbally expresses their opinion/message clearly. 8.3.2. Interacts with conversation partner/ensures the message is understood. 8.3.3. Keeps conversation on topic. Competence 6: Reporting and Presenting 6.3.2. Presents research to a target audience with similar knowledge background in a clear and persuasive manner; applies general presentation techniques and answers questions.  there is an introduction-body-conclusion structure to the presentation;  speaks clearly and coherently;  has upright posture and hands are freely used;  makes eye contact with the audience;  makes organised and clear slides or other visual


See Presentation Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Evaluation form below.

Consult the evaluation form below: “Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Minor Presentations”. 55% of the maximum amount of points is sufficient.

243



1.5 Assessment: Mark Bottom level: 5.5


products;  verbal and visual messages complement each other;  uses visual aids in PowerPoint to support;  holds an on-topic discussion with the audience. Competence 1: Designing 1.3.2. Independently forms intermediate research questions and related hypothesis based on the given research question. 1.3.4. Adjusts the research plan accordingly based on acquired results. 1.3.5. Makes connections between experiments and the broader research context Competence 2: Experimenting 2.3.1. Is able to explain the theory behind all steps of the experiments. Competence 3: Analysing Results 3.3.1. Independently carries out results analysis according to the appropriate methods; uses statistics (if applicable). Validation 3.3.2. Independently evaluates the obtained results based on their accuracy and reliability. Conclusion and discussion 3.3.3. Independently makes conclusions relating to the initial research question (if possible) and the broader research context. 3.1.4. Discusses the execution of the experiment and results. 3.3.4. Independently discusses results in relation to their other experiments and compares these to published literature. 3.2.4. Suggests improvements to improve the execution of the research. 3.3.4. Suggests follow-up experiments. Competence 4: Quality control 4.1.3. Uses controls, and uses these to assess the reliability of the results Competence 8: Team work 8.1.3. Maintains eye contact with conversation partner. 8.1.4. Gives others opportunity to speak. 8.2.4. Verbally expresses their opinion/message clearly. 8.3.2. Interacts with conversation partner/ensures

244



the message is understood. 8.3.3. Keeps conversation on topic. Code: ASC-M-PB-R Name: Report Form: Report Individual Weighing: 2.5 Assessment: Mark Bottom level: 5.5

Competence 1: Designing 1.3.1. Independently searches for, selects and integrates information from relevant scientific sources 1.3.5. Makes connections between experiments and the broader research context Competence 2: Experimenting 2.3.1. Is able to explain the theory behind all steps of the experiments. Competence 3: Analysing Results 3.2.1 (3.3.1.) (Independently) carries out results analysis according to the appropriate methods; uses statistics (if applicable). Validation 3.1.2 (3.3.2.) (Independently) evaluates the obtained results based on their accuracy and reliability. Conclusion and discussion 3.3.3. Independently makes conclusions relating to the initial research question (if possible) and the broader research context. 3.1.4. Discusses the execution of the experiment and results. 3.3.4. Independently discusses results in relation to their other experiments and compares these to published literature. 3.2.4. Suggests improvements to improve the execution of the research. 3.3.4. Suggests follow-up experiments. Competence 4: Quality Control 4.1.3. Uses controls, and uses these to assess the reliability of the results Competence 5: Management and administration 5.3.2. Manages and archives data in lab journal (aim, experiment description, alterations, results, conclusion) and if relevant, other ways of storing data so that others can use it. Competence 6: Reporting and Presenting 6.3.1. Reports their research in the form of a research report/lab journal/poster according to international guidelines (product criteria for lab journal and research report; level 2).  uses correct spelling, grammar, sentence struc-

Consult the evaluation form below: “Production of Biomolecules Minor Report”.

Consult the evaluation form below: “Production of Biomolecules Minor Report”. 55% of the maximum amount of points is sufficient.

245

1 examiner for assessment (Project leader, in case of doubt: 2nd project leader / lecturer).


Code: ASC-M-PB-Pr Name: Practical Form: Practical Individual Weighing: 3 Assessment: Mark Bottom level: 5.5

ture and scientific style.  uses a clear and logical structure in complex passages of text. There is cohesions between the different sections of text.  the document structure conforms to guidelines used in professional practise.  the report contains a reference list. The text references to the literature in this list.  describes results so the reader can understand, uses clearly labelled figures and tables.  all relevant data is described in a summary that is independent to the report. Competence 1: Designing 1.2.1. Independently identifies relevant background information required to answer the research question. 1.2.2. (1.3.1.) (Independently) searches for, selects and integrates information from relevant scientific sources Competence 2: Experimenting Preparation 2.3.1. Is able to explain the theory behind all steps of the experiments. 2.1.2. Performs calculations prior to beginning lab work. 2.3.3. Independently ensures that all requirements are present before beginning the experiment, makes solutions. 2.2.3. Carries out experiments according to the protocol in order to obtain reliable, reproducible data; is aware of what he/she is doing at all times. 2.1.5. Carries out the experiment within the given time. 2.2.4. Attempts to work on multiple experiments at the same time (multitasking). 2.2.5. Attempts to trouble shoot experiments when problems are encountered./ 2.3.6. Trouble shoots if problems are encountered in the experiments. Competence 3: Analysing Results 3.3.1. Independently carries out results analysis according to the appropriate methods; uses statistics (if applicable). Validation 3.3.2. Independently evaluates the obtained re-


Consult the evaluation form below: “Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Minor Practical performance”.

Consult the evaluation form below: “Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Minor Practical performance”. 55% of the maximum amount of points is sufficient.

246




sults based on their accuracy and reliability. 3.2.2 Independently makes conclusions relating to the initial research question (if possible). 3.1.4. Discusses the execution of the experiment and results. 3.2.3. Relates results with results from their other experiments and also to data in published literature. 3.2.4. Suggests improvements to improve the execution of the research. Competence 4: Quality Control 4.1.1. Is aware of the health and safety rules and works according to these rules. 4.2.1. Calibrates advanced equipment before beginning experiments. 4.1.3. Uses controls, and uses these to assess the reliability of the results Competence 5: Management and administration 5.2.1. Encodes chemicals and samples; stores these in the correct manner. 5.2.2. Contributes to an efficiently functioning lab (tidies up, reports when reagents are nearly finished, performs minor maintenance of equipment). 5.3.2. Manages and archives data in lab journal (aim, experiment description, alterations, results, conclusion) and if relevant, other ways of storing data so that others can use it. Competence 7: Working in a planned and projectbased manner 7.2.1. Plans and organises activities in a work plan that covers a duration of at least 4 practical lessons. / 7.3.1. Plans and organises activities in a work plan covering a duration of at least 4 weeks. 7.2.2. Works according to plan, also under time constraints. 7.2.3. Ensures that goals are reached and if necessary, makes adjustments to activities. 7.3.2. Is flexible in changing circumstances; determines priorities in the work. Competence 8: Team work Functioning in a group 8.1.1. Adheres to rules. 8.2.1. Makes clear agreements with others and keeps to these.

247



8.2.2. Recognises their own role in a group and is aware of other roles in the group. Works harmoniously with others Communication Is able to communicate about their assignment with peers and lecturers applying basic rules of communication: 8.2.3. Takes initiative in the conversation. 8.1.3. Maintains eye contact with conversation partner. 8.1.4. Gives others opportunity to speak. 8.2.4. Verbally expresses their opinion/message clearly. Interacts with conversation partner. 8.1.6. Accepts and gives feedback. 8.2.6. Is active in conflict resolution.

248



Evaluation form: “Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Practical performance” Student name: ……………………........................................................…………………

Student nr: ………………………………………

Class: …...........………..

Comments regarding the completion of the points below: For each key word, points can be given for each indicator, is the range of the number of points to be given The different weighting of each indicator is compensated by this The box for Excellent is left open with many competences though points can be given If you evaluate a student with Excellent you need to indicate one or more examples illustrating the level Excellent

These are Knock Out criteria and must be evaluated Sufficient before other points of this last can be completed.

Number of days worked > 90

Professional development Work attitude Quality control Safety Management and administration Lab journal (adm) Rules

 Shows professional work attitude; acts reliably, adjusts quickly, shows perseverance and is a motivated employee.

 Works safely according to current Works Safety- environmental and quality guidelines.  Processes information in a lab journal in accordance to current criteria in the department. The level of reporting in the lab journal is such that colleagues can take up the research once the placement is over.  Sticks to the rules in the lab regarding maintenance, cleaning work place, ordering materials, switching off equipment, etc.

249

Insufficient

Sufficient


Designin g (3 pts)

Competence Keyword

Insufficient

starting up points

preparing

Experimenting (45 pts)


points

work tempo

points

management techniques

points

Sufficient

Above average

excellent

- focuses on the research … and independently Studies literature as consults indicated by the supervisors/colleagues/literat supervisor. ure 0………………………………….1…………………………………………….2,5………………………………………...……….………..3 - makes suggestions for checks - calculates - makes solutions, ensures everything is ready - understands what she/he … and does this needs to do independently - discusses daily the preparations with the supervisor - makes few mistakes in the preparation phase which increases the speed of work 0…….…2………4…….6…….8….……9………….10…………..11……..………12…………...…13……..….....14….............15 - works on 1 experiment at … and can easily switch a the time. Conducts the - works on more than one between experiments experiment within the experiments whilst keeping the time set. Knows to fill in simultaneously overview waiting time with useful activities. 0…….…2………4…….6…….8….……9………….10…………..11……..………12…………...…13……..….....14….............15 - has acquired necessary management techniques … and if necessary can and can apply these … and has quickly acquired diverge from the protocol - works accurately techniques and applies to obtain reliable results - always knows during and these (evident in the and can theoretically after the execution of the reproducibility of data) account for his actions experiment precisely what he is doing 0……....3…………..6…….….9………...…….10…………….....11…………..…12…….....……..13……..……...14…............15

250

Number of points given


Analysing Results (15 pts)

data processing

points Validation points

conclusion

management and administration (5 pts)

points

Management

Working in a planned and project-based manner (10 pts)

points planning points

executing

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden - correctly executes suitable methods analyses on the results and (under supervision)

… does this independently

0………………1………..……..2………………….………………….3……………………………………3,5………..……………………4 - issues statements on the reliability of the results acquired based on accuracy and reliability

… does this independently

0………………1………..……..2………………….………………….3……………………………………3,5………..……………………4 - derives conclusions from the results obtained regarding their research question (under supervision). - adequately carries out the error discussion

… does this independently and makes suggestions for future experiments

… and draws links with results from other experiments and literature.

0………1……………2………..3…………………3,5.…………….4……………….…5…………….…6………..……………..………7 - Codes samples/dilutions/chemica ls carefully and in a correct manner. … and contributes to an contributes to the running of efficiently functioning lab an efficient lab (cleans, (gives suggestions for signals if reagents are improvement) almost run out, small maintenance to the equipment 0…………………1……………..2……………………………….…..3….……..………………….………4…………………………..…..5 - Plans and organises activities which results in a work plan under supervision

… does this independently accurately estimates the time needed to execute work

0………………1………..……..2………………….………………….3……………………………………3,5………..……………………4 - conducts work according to a time plan, also under time pressure - sees to it that goals are met and adjust work if necessary if instructed by

251

…- independently adjusts his activities if needed

… and sets priorities


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden supervisors

Points

0…………..1………..…………2………..………...3……..…….…3,5……………..4……....……….5…………………….……………6 - can co-operate in a team: sticks to agreements; recognises his own role and that of others in the team and deals with this adequately

Team work (10 pts)

functioning in a group

Points

… and has a clear input in the group

0…………..1………..…………2………..………...3……..…….…3,5……………..4……....……….5…………………….……………6 - communicates according to the basic rules of communication with colleagues, supervisors (can listen, takes initiatives for meetings, is open to feedback, tries to resolve conflicts)

Communicating

points

- can co-operate well in a team: … and adjusts own work to that of the others

… and does this open and clearly

0………………1………..……..2………………….………………….3……………………………………3,5………..……………………4

Total number of points Student grade Student grade Number of points / 8.8 Additional comments

Name and signature evaluator

252



Assessment Presentation 1: Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Student name: ……………………........................................................…………………

Related to comp./ indicators

Student nr: ………………………………………

Assessment criteria

Class: …...........………..

Not present

Sufficient

Good

Complete Very good

0

6

8

10

0

6

8

10

0

6

8

10

0

6

8

10

0

3

4

5

0

6

8

10

0

3

4

5

Contents (max 40 points) 1.3.5. 1.2.3

Puts the research question in the framework of the overall project / overall science question and indicates the aim of this study.

1.2.3, 2.3.1.

Explains the strategy to reach the aim and describes for each of the experimental steps presented the main aspects of the experimental execution Describes the results obtained. Makes a selection of representative results and lists other results.

3.2.1.

3.3.3., 3.1.4.,1.3.4.

6.3.2

Concludes on the basis of results of part experiments on the part question (if possible). Discusses the execution of the experiments and the results, and the consequences for follow-up experiments Points (/max 40) Presentation (20 points) Shows structure in his presentation (intro-body-close) Uses clear and structures slides or other visual products: - uses correct spelling, grammar, syntax; - describes results so that the reader understands these; uses for this clearly labelled illustrations and tables; - uses the visual properties of PowerPoint if useful for communicating the message animations). Speaks audibly and clearly; Stands upright and moves hands loosely, uses them (at ease) or on his back; Makes eye and verbal contact with the public and checks if the message is understood. Points (/max 20)

253


8.1.3, 8.1.4, .


Discussion (max 20) Maintains eye contact with the conversation partner. Allows others to finish and interacts with the conversation partner.

8.3.3., 8.2.4, 8.3.2

0

3

4

5

Answers questions correctly.

0

3

4

5

Supports own opinion clearly with clear arguments and checks if the message came across.

0

6

8

10

Points (/max 20) Total number of points Final grade (total number of points / 8) Feedback


Date:

254



Assessment Presentation 2: Minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Student name: ……………………........................................................…………………

Related to comp./ indicators

Student nr: ………………………………………

Assessment criteria

Class: …...........………..

Not present

Sufficient

Good

Complete Very good

0

6

8

10

0

3

4

5

0

3

4

5

0

3

4

5

0

6

8

10

0

3

4

5

0

3

4

5

Contents (40 points) 1.3.5., 1.3.2 1.3.2, 2.3.1. 4.1.3, 3.3.1., 1.3.2,

3.3.2., 3.1.4.,

3.3.3., 3.3.4, 1.3.5.

1.3.4., 3.2.4., 3.3.4

Puts the research question in the framework of the overall project / overall science question and clearly indicates the aim of this study. Explains the strategy to reach the aim and describes for each of the experimental steps presented the main aspects of the experimental execution (including checks). Describes the results obtained. Makes a selection of representative results and lists other results. Places these results for each part experiment in the context of the research just completed. Concludes on the basis of required results of experiments on the intermediate question (if possible) and discusses the execution of the experiments and the results. Concludes on the basis of results and conclusions of part experiments on the central research question; Compares and discusses these results to expected values and literature values and places these in the overall context. Makes suggestions for experiments to improve the execution of the experiments/ research and to follow up the research. Points (/max 40) Presentation (20 points)

6.3.2,

Shows structure in his presentation (intro-body-close)

255



Uses clear and structures slides or other visual products:  uses correct spelling, grammar, syntax;  describes results so that the reader understands these; uses for this clearly labelled illustrations and tables;  uses the visual properties of PowerPoint if useful for communicating the message animations). Speaks audibly and clearly; Stands upright and moves hands loosely, uses them (at ease) or on his back; Makes eye and verbal contact with the public and checks if the message is understood. Points (/max 20) 8.1.3, 8.1.4, . 8.3.3., 8.2.4, 8.3.2

0

6

8

10

0

3

4

5

Discussion Maintains eye contact with the conversation partner. Allows others to finish and interacts with the conversation partner.

0

3

4

5

Answers questions correctly.

0

3

4

5.

Supports own opinion clearly with clear arguments and checks if the message came across.

0

6

8

10

Points (/max 20) Total number of points

Final grade (total number of points / 8) Feedback


date:

256



Evaluation list report: minor Discovery, Analysis & Production of Biomolecules Student name: ……………………........................................................………………… Competence Keyword

Insufficient

Student nr: ………………………………………

Sufficient

Class: …...........………..

Above average

Report meets the lay out requirements stated in Communication for Lab Engineers)

Lay out (15 pts)

Lay out points Language usage

Summary (7 pts.)

points

Introduction (10 pts.)

Introduction

points

Body (29 pts.)

0………………1…………………………………….….…2……………………………………..3………………………………………...……….………..5 Language usage a. Correct language usage (=no language/spelling errors).

Report written in a language other than the mother tongue. The report is wellreadable, but contains language mistakes.

Materials and Method points

Report written correctly in a language other than the mother tongue

0………………………………..……5…………………….6……………………………………7……………..…….……………………..………….….10 The summary describes aim, method and final results in maximally ½ A4 in such a manner it can be read independently

Summary

points

excellent

0……………………..…..……….…………………..…3…….…………………..…………...5...……………………….…..…..………..................7 The research question is formulated in a theoretical framework. The relation between methods, materials and results is not clear.

… The research question is introduced via a literature review that makes the choice in methods and materials evident

0…………….….2…………….………..……………5……………..….…….……..….…7………..…………………..….…………..………..………10 - Describes the methods/materials used specifically.

Describes materials and methods in such a way that others can replicate these

0………..…….……………………………………….7…………….…...…..………………10…………………….………………………….…………15

257

Number of points given


Results

points


There is a logical order in the presentation of the data with linking text

There is a logical order in the presentation of the data with linking text which gives the reader sufficient holds to be able to grasp the data well.

0………..……………………………4……………........6……..…………….………..……….8……………..…………………………....…………10 Report contains legible illustrations which are complete and easy to understand

points

Discussion

- Uses the data found to discuss this: can the research question be answered with the data collected

Uses a useful discussion: gives a clear account why the hypothesis is/is not supported with the data found. Connects results to the literature

Uses a useful discussion: gives a clear account why the hypothesis is/is not supported with the data found. The discussion illustrates correct application of the theoretical insights. Compares research findings to other analyses, reference values or theoretical values in the literature.

0……….………..…1……………4……………………5………….…...…………….………6……………………….……………………….…………8

close (25 pts.)

Points

0………………1…………….………..….…………...2……..………………….…………...3………………………..…….…………....……………4

Clear recommendations for follow-up experiments and research are given. Points

0……………..…..…1……………………….……..…2………….…...…………………..…3……………………………………………….…………4 The discussion contains statements on accuracy and reliability of the results

Points

0……………..…..…1……………………….……..…2………….…...…………………..…3……………………………………………….…………4 - In de conclusie wordt een antwoord gegeven op de onderzoeksvraag.

conclusie

258


Referen ces used) 4 pts.’

points:


0……….………………………………2………..…..….5……………….....6……..…………………….……..…...7..……..……………..……………9 Report contains a literature list. The text contains references to resources in the literature list

literature

Degree of independence in which the student worked on the report (10 pts.)

points

0………..…1……………………….……………………2………….…...………………………3……………………………………………….…………4

Needed much supervision

points

Needed supervision at critical moments

Worked on the report mainly independently

0…………….….2…………….………..……………………5……………..….…….……..….…7………..…………….…………..………..………10

Total number of points Grade Number of points / 10 Feedback


259


Titel OWE Code 1. Opleiding 2. Doelgroep

3. 4. 5.

6. 7. 8.

9.

Beroepstaak/ beroepstaken Centrale beroepstaak (Beroeps) Producten Studiepunten, studielast Samenhang met andere OWE’en Ingangseisen m.b.t. (deel)tentamen s Algemene omschrijving

Minor Molecular Plant Biology ASC-M-PL Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek Voltijd studenten hoofdfase Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek, studierichting biologie, afstudeerrichting Moleculaire Plantenbiologie. Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica. Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek N.v.t. Onderzoeksverslag Carotenoïden of bio-informatica opdracht (Vct) Onderzoeksverslag Groei en Ontwikkeling (Vgo) Poster (Po) 30 stp 840 SBU Verdieping en uitbreiding van onderwerpen uit het 2e jaar, met name uit OWE5, OWE6, maar ook uit OWE7, OWE8 nu toegespitst op planten. De betreffende competenties zijn op niveau 2 geoefend en B5 en B6 of BI5 en BI7 zijn met redelijk succes gevolgd. Voor deelname aan deeltentamen IPV geldt een aanwezigheidsplicht bij de tutoruren. Voor deelname aan deeltentamen Praktijk geldt een aanwezigheidsplicht bij de praktijklessen. Gewassen voor de Toekomst Planten zijn van onschatbare waarde; ze geven ons voedsel, zuurstof, bouwmaterialen, kleding en brandstof. Zonder planten zou ons leven onmogelijk zijn. Sinds het begin van de landbouw, zo’n 6000 jaar geleden, hebben we door middel van Domesticatie, planten veranderd en aangepast voor onze voedselvoorziening. Plantenveredeling, het maken van kruisingen gevolgd door selectie, wordt nu zo’n 100 jaar uitgevoerd en heeft ervoor gezorgd dat er nu planten zijn die makkelijker te telen zijn en hogere opbrengsten geven . Met de komst van de Moleculaire Biologie en Genomics is het de laatste 10 jaar mogelijk om belangrijke processen in de planten te bestuderen en om de gewassen nog verder te verbeteren, zodat er voedsel voor iedereen is in de toekomst. Deze nieuwe gewassen zijn hard nodig omdat onze voedselproductie bedreigd wordt door een vermindering van het landbouwareaal, klimaatverandering en plantenziekten die de oogst vernietigen, terwijl de menselijke populatie blijft groeien. Om onze voedselproductie te waarborgen in de toekomst moeten er planten ontwikkeld worden die nog efficiënter kunnen groeien, een hogere voedingswaarde hebben en die resistent zijn tegen een groot aantal plantenziekten en beter om kunnen gaan met abiotische stress. Om deze uitdaging aan te gaan, gaan we de voedingswaarde van verschillende gewassen onderzoeken door de aanwezigheid van speciale secondaire metabolieten te bepalen. We richten op ons op de groep van carotenoïden die een belangrijke werking hebben als anti-oxidant en pro-vitamine A. Daarnaast gaan we de groei en ontwikkeling van planten onder verschillende stress situaties bestuderen in een eigen experiment. Dit doen we door de expressie van verschillende stress gerelateerde genen in Arabidopsis te bestuderen. Als laatste zullen de studenten een Poster maken waarin beschreven wordt hoe een gewas met de huidige moleculaire technieken verbeterd kan worden zodat deze voor de toekomst geschikt gemaakt kan worden. Bio-informatica studenten die deze course als minor volgen moeten ipv het onderzoeksverslag Carotenoïden in Planten (Vct) een Bio-informatica opdracht (Vct)

260


maken. De praktijkbeoordeling van deze minorstudenten is op niveau 2.

10.

Competenties

11.


12.

De OWE wordt in de Engelse taal gegeven.  Vraagverheldering  Experimenteren  Onderzoeksresultaten analyseren  Kwaliteitsbeheer  Beheer en administratie  Rapporteren en presenteren  Planmatig en projectmatig werken  Samenwerken  Begeleiden/leiding geven  Sturen professionele ontwikkeling Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren Deeltentamens ASC-M-PL-Vct Onderzoeksverslag Carotenoïden / Research report Carotenoids (Vct) ASC-M-PL-Vgo Onderzoeksverslag Groei en Ontwikkeling/Research report Growth and development (Vgo) ASC-M-PL-Po Poster (Po) ASC-M-PL-P Praktijkbeoordeling/Practical (P) ASC-M-PL-K Kennistoets/Knowledge test (K) ASC-M-PL-T Thematoets/Themetest (T) ASC-M-PL-IPS IPV/IPS Weging (Vct +Vgo + Po + P + 2*T + K)/7 Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden IPV en labjournaal moeten voldaan zijn en alle toetsen en tentamen beroepsproducten moeten ≥ 5.5 zijn. Frequentie (deel)K: periode 1, herkansing periode 2 tentamens T: periode 2, herkansing periode 3 Po : periode 2, herkansing in overleg Vct: periode 1, herkansing in overleg Vgo: periode 2, herkansing in overleg P: periode 2 IPV: periode 2 Voor het deeltentamen P en IPV is er maar één kans per studiejaar (OER art. 7.3)

13.


14.

Aanbevolen literatuur Software Overig materiaal Activiteiten

15. 16. 17.

De laatste druk van:  Smith, A.M., Sablowski, R. Plant Biology, Oxford: Taylor & Francis Inc.  Kreike, N., Honing, H. van der, en Wilms, F. Themahandleiding OWE MPB  Russell, P.J., iGenetics, a molecular approach, (3th revised edition) New York NY: Pearson Education Ldt.  Laan, A., van der, Kooij, R., van der. Exact Communiceren, Utrecht: Syntax Media. In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen

261


18.

Werkvormen

Ondersteunend vak Moleculaire Planten Biologie

Ondersteunende theoretische workshops

Ondersteunende workshops Technieken

Ondersteunende Praktijk

Workshop SCV

19.

Les- / Contacturen

Evolutie van planten Groei en ontwikkeling Plant Biochemie Plant-Pathogeen interactie Plant-Milieu interactie Plantfysiologie Domesticatie Klassieke en moleculaire veredeling Moleculaire markers en MAS Plant transformatie en GMOs Gene knockouts Transposons Future Plant Breeding Evolutie van het genoom Werkvorm: hoorcollege Plant identificatie Genetics Gastcolleges over nieuwe ontwikkelingen in het wetenschappelijke planten onderzoek en moleculaire plantenveredeling Werkvorm: hoorcollege qPCR HPLC Bio-informatica en fylogenie Gene mapping Werkwijze: hoorcollege Onderzoek naar Carotenoiden in verschillende gewassen Onderzoek naar genexpressie gedurende groei en ontwikkeling tijdens stress Eigen weefselkweek onderzoek Transformatie tomaat en tabak Microsporencultuur tomaat en tabak Fylogenie Solanaceae Werkwijze: praktijk Stagevoorbereiding/solliciteren

Werkwijze: training Geprogrammeerde contacttijd: 19,7 lesuren per week, 137 lesuren per periode 1 = 102,75 klokuren 19,9 lesuren per week, 139 uren per periode 2 = 104,25 klokuren Geprogrammeerde onderwijstijd voor zelfwerkzaamheid: Periode 1 = 317,25 klokuren Periode 2 = 315,75 klokuren

20. 21.

Onderwijsperiode Maximum

Totaal 840 klokuren Periode 1 en 2 n.v.t.

262


aantal deelnemers

263



Toetsprogramma Minor Molecular Plant Biology (ASC-M-PL) Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek Deeltentamen Code: ASC-M-PL-T Naam: ASC-M-PL-T: Theme test Vorm: Schriftelijk Open vragen Individueel Weging: 2 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5



Waardering / Cesuur

Competentie 1: Ontwerpen (Niveau II) 1.2.1. Identificeert zelfstandig welke achtergrondinformatie benodigd is om de onderzoeksvraag te beantwoorden. 1.2.2. Zoekt, selecteert en verwerkt informatie uit relevante bronnen voor natuurwetenschappelijk onderzoek. Competentie 2: Experimenteren (niveau III) 2.3.1. Kan alle stappen van de experimenten theoretisch verantwoorden. 2.3.2. Zorgt er zelfstandig voor dat alle benodigdheden klaar staan voordat met het experiment begonnen wordt; maakt oplossingen. 2.1.2. Maakt voorberekeningen. Competentie 3: Resultaten analyseren (niveau II) Data processing 3.2.1. Voert op de juiste wijze volgens de geschikte methoden de analyse van de resultaten uit; i.v.t. maakt hiervoor gebruik van statistiek. Validatie 3.1.2. Doet uitspraak over de bruikbaarheid van de behaalde resultaten op basis van nauwkeurigheid en betrouwbaarheid. Conclusie en discussie 3.2.2. Trekt zelfstandig conclusie m.b.t. de onderzoeksvraagstelling (als mogelijk). 3.1.4. Bediscussieert de uitvoering en de resultaten van het experiment. 3.2.3. Bediscussieert resultaten in relatie met andere deelexperimenten en vergelijkt met literatuurwaarden. 3.2.4. Maakt verbetervoorstellen voor de uitvoering van het onderzoek.

Toepassen van kennis en vaardigheden van de volgende onderwerpen: Evolutie van planten De student:  kan de evolutie van planten beschrijven en de belangrijkste stappen hiervan verklaren;  kan de overgang van planten van water naar land bediscussiëren;  kan de overgang van kleine planten naar bomen beschrijven bediscussiëren;  kan het ontstaan van zaadplanten en hun unieke structuren verklaren;  kan de levenscyclus van de verschillende plantgroepen verklaren aan de hand van hun evolutie;  kan het verschil aangeven tussen bedektzadigen en de andere plantgroepen;  kan vorm van planten en de functie van de verschillende organen aan de hand van hun evolutieproces verklaren;  kan de evolutionaire verwantschappen tussen de verschillende groepen planten beschrijven.

Thematoets: De volgende onderdelen in de context Moleculaire Plantenveredeling worden evenredig gerepresenteerd in de toets:

In the context of:  Evolutie van planten  Groei en ontwikkeling  Plant Biochemie  Plant-Pathogeen interactie  Plant-Milieu interactie

Groei en ontwikkeling De student:  kan de gemeenschappelijke ontwikkeling van hogere planten beschrijven;  kan de apicaal-basaal en radiale ontwikkeling van het embryo uitleggen;  kan de verschillen en overeenkomsten tussen de ontwikkeling, organisatie en activiteit van het scheut- en wortel meristeem uitleggen en verklaren;  kan beschrijven hoe interne signalen de celgroei coördineren gedurende de ontwikkeling van de plant;  kan beschrijven hoe de ontwikkeling van organen gereguleerd wordt en door welke genen dat gebeurt;

264

Moleculaire Plantenbiologie (zie onderdelen kennistoets) Genetica en Gene mapping Klassieke en moleculaire veredeling Molecular markers en MAS Plant transformatie and GMOs Gene knockouts Transposons Genoom evolutie qPCR en HPLC Sequencing technieken Future Plant Breeding Gastcolleges 55% van de punten benodigd voor een voldoende (5.5).

Examinator 2 examinatoren voor constructie en evaluatie. 1 examinator voor beoordeling (Expert/Theoriedocent).


                   

Code: ASC-M-PL-Vct ASC-M-PL-Vgo Naam: ASC-M-PL-Vct: Research report Carotenoids ASC-M-PL-Vct: Research report Growth and development Vorm: Schriftelijk

Plantfysiologie Domesticatie Klassieke en moleculaire veredeling Molecular markers en MAS Plant transformatie and GMOs Gene knockouts Transposons Future Plant Breeding Evolutie van het genoom Plant Identification Genetics qPCR HPLC Bio-informatica en fylogenie Gene mapping Planten cel en weefselkweek Secondaire metabolieten Sequencing technologie Moleculaire evolutie Gastcolleges

Competentie 1: Ontwerpen 1.2.1. Identificeert zelfstandig welke achtergrondinformatie benodigd is om de onderzoeksvraag te beantwoorden. 1.2.2. (1.3.1.) Zoekt, selecteert en verwerkt (zelfstandig) informatie uit relevante bronnen voor natuurwetenschappelijk onderzoek. 1.2.3. Formuleert op basis van gegeven onderzoeksvraag deelvragen met bijbehorende hypotheses.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden  kan ontwikkeling van het bloem meristeem en de bloem organen beschrijven a.d.h.v. de genen die hierbij betrokken zijn;  kan de ontwikkeling van de mannelijke en vrouwelijke gametofyt van een bedektzadige beschrijven;  kan de bestuiving en fertilisatie van verschillende bloemen beschrijven en verklaren.  Plant Biochemie  Plant-Pathogeen interactie  Plant-Milieu interactie  Plantfysiologie  Domesticatie  Klassieke en moleculaire veredeling  Molecular markers en MAS  Plant transformatie and GMOs  Gene knockouts  Transposons  Future Plant Breeding  Evolutie van het genoom  Plant Identification  Genetics  qPCR  HPLC  Bio-informatica en fylogenie  Gene mapping  Planten cel en weefselkweek  Secondaire metabolieten  Sequencing technologie  Moleculaire evolutie  Gastcolleges Zie evaluatieformulier “Research report Course 9”.

Zie evaluatieformulier “Research report Course 9”. 55% van de punten benodigd voor een voldoende (5.5).

1.3.5. Legt verbanden van eigen onderzoek met

265



Groep Weging: Vct: 1 Vgo: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5


overkoepelend project. Competentie 2: Experimenteren 2.3.1. Kan alle stappen van de experimenten theoretisch verantwoorden. 2.2.2. (2.3.2.) Zorgt er (zelfstandig) voor dat alle benodigdheden klaar staan voordat met het experiment begonnen wordt; maakt oplossingen. Competentie 3: Resultaten analyse 3.2.1. (3.3.1.) Voert (zelfstandig) op de juiste wijze volgens de geschikte methoden de analyse van de resultaten uit; i.v.t. maakt hiervoor gebruik van statistiek. 3.2.2. Trekt zelfstandig conclusie m.b.t. de onderzoeksvraagstelling (als mogelijk). 3.3.3. Trekt zelfstandig conclusie m.b.t. de onderzoeksvraagstelling (als mogelijk) en overkoepelend project. 3.1.4. Bediscussieert de uitvoering en de resultaten van het experiment. 3.2.3. Bediscussieert resultaten in relatie met andere deelexperimenten en vergelijkt met literatuurwaarden. 3.2.4. Maakt verbetervoorstellen voor de uitvoering van het onderzoek. 3.3.5. Maakt voorstellen voor vervolgexperimenten. Competentie 4: Kwaliteitsbeheer 4.1.3. Gebruikt controles, waarvan het resultaat een uitspraak doet over de betrouwbaarheid van de resultaten Competentie 5: Beheer en Administratie 5.3.2. Beheert en archiveert gegevens in labjournaal (doel, experimentenbeschrijving, resultaten, conclusie) en i.v.t. op andere manieren zodat anderen deze kunnen begrijpen Competentie 6: Rapporteren en presenteren 6.2.1. Rapporteert (over zijn onderzoek) in vorm van een verslag/labjournaal/ poster volgens in opleiding geldende regels (productcriteria labjournaal en verslag niveau 2):  hanteert correcte spelling, grammatica, zinsbouw en wetenschappelijke stijl;  brengt helder en logische structuur aan in complexere teksten;  is zich bewust van samenhang tussen tekston-

266



derdelen;  opbouw van tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen;  rapport omvat een literatuurlijst. In de tekst wordt verwezen naar bronnen in literatuurlijst;  beschrijft resultaten zodat de lezer deze begrijpen kan; gebruikt hiervoor duidelijk gelabelde afbeeldingen en tabellen;  beschrijft alle relevante gegevens in een samenvatting. 6.3.1. Rapporteert over zijn onderzoek in vorm van een verslag/labjournaal volgens internationaal geldende regels (productcriteria labjournaal en verslag niveau 3):  hanteert correcte spelling, grammatica, zinsbouw en wetenschappelijke stijl;  brengt helder en logische structuur aan in complexere teksten. Er is sprake van samenhang tussen tekstonderdelen;  opbouw van tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen;  rapport omvat een literatuurlijst. In de tekst wordt verwezen naar bronnen in literatuurlijst;  beschrijft resultaten zodat de lezer deze begrijpen kan; gebruikt hiervoor duidelijk gelabelde afbeeldingen en tabellen;  beschrijft alle relevante gegevens van een onderzoek in een samenvatting die als zelfstandig geheel gelezen kan worden.

Code: ASC-M-PL-Po Naam: Poster Vorm: Schriftelijk Mondeling Individueel Weging:

In the context of: Vct: Verslag Carotenoids Vgo: Groei en Ontwikkeling Competentie 1: Ontwerpen 1.2.1. Identificeert zelfstandig welke achtergrondinformatie benodigd is om de onderzoeksvraag te beantwoorden. 1.2.5. Kent overkoepelende context van eigen onderzoek. 1.3.1. Zoekt, selecteert en verwerkt zelfstandig informatie uit relevante bronnen voor natuurwetenschappelijk onderzoek. 1.3.2. Formuleert op basis van gegeven onderzoeksvraag zelfstandig deelvragen met bijbehorende hypotheses.

Zie evaluatieformulier “Poster Course 9: A new crop”.

Zie evaluatieformulier “Poster Course 9: A new crop”. 55% van de punten benodigd voor een voldoende (5.5).

267

2 examinatoren voor de beoordeling (Expert/Docent/Tutor).




1.3.3. Integreert informatie zelfstandig om tot een beargumenteerd (b.v. geschiktheid methode en beschikbaarheid apparatuur) onderzoeksplan te komen. Competentie 2: Experimenteren 2.3.1. Kan alle stappen van de experimenten theoretisch verantwoorden. Competentie 3: Resultaten analyse 3.3.4. Bediscussieert zelfstandig resultaten in relatie met andere deelexperimenten en legt verbanden met literatuurwaarden. Competentie 6: Rapporteren en presenteren 6.2.1. Rapporteert (over zijn onderzoek) in vorm van een verslag/labjournaal/ poster volgens in opleiding geldende regels (productcriteria labjournaal en verslag niveau 2):  hanteert correcte spelling, grammatica, zinsbouw en wetenschappelijke stijl;  brengt helder en logische structuur aan in complexere teksten;  is zich bewust van samenhang tussen tekstonderdelen;  opbouw van tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen;  rapport omvat een literatuurlijst. In de tekst wordt verwezen naar bronnen in literatuurlijst;  beschrijft resultaten zodat de lezer deze begrijpen kan; gebruikt hiervoor duidelijk gelabelde afbeeldingen en tabellen;  beschrijft alle relevante gegevens in een samenvatting. 6.3.1. Rapporteert over zijn onderzoek in vorm van een verslag/labjournaal volgens internationaal geldende regels (productcriteria labjournaal en verslag niveau 3):  hanteert correcte spelling, grammatica, zinsbouw en wetenschappelijke stijl;  brengt helder en logische structuur aan in complexere teksten. Er is sprake van samenhang tussen tekstonderdelen;  opbouw van tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen;  rapport omvat een literatuurlijst. In de tekst wordt verwezen naar bronnen in literatuurlijst;  beschrijft resultaten zodat de lezer deze begrij-

268


Code: ASC-M-PL-P Naam: ASC-M-PL-P: Practical Vorm: Praktijk Groep Labjournaal: Schriftelijk

pen kan; gebruikt hiervoor duidelijk gelabelde afbeeldingen en tabellen;  beschrijft alle relevante gegevens van een onderzoek in een samenvatting die als zelfstandig geheel gelezen kan worden. 6.3.2. Presenteert onderzoek aan diverse groep toehoorders op heldere en overtuigende wijze volgens de normen van presentatietechnieken en beantwoord vragen:  er zit structuur in de presentatie (kop-rompstaart);  spreekt duidelijk en verstaanbaar;  staat rechtop en laat de handen vrij;  maakt oogcontact met het publiek en controleert of essentie van boodschap bij doelgroep overkomt;  maakt overzichtelijke en duidelijke slides of andere visuele producten;  verbale en visuele boodschap vormen een geheel;  gebruikt mogelijkheden van PowerPoint als visuele ondersteuning voor het overbrengen van de boodschap;  gaat inhoudelijke discussie met publiek aan. Competentie 8: Samenwerken in team 8.1.3. houdt oogcontact met gesprekspartner; 8.2.3. neemt initiatief voor gesprek; 8.2.4. brengt zijn haar mening/boodschap helder onder woorden; 8.2.5. sluit aan bij gesprekspartner; 8.3.3. houdt gespreksdoel in het oog In the context of: Toepassen van de kennis van moleculaire veredeling voor de verbetering van een gewas. Competenties worden beoordeeld op niveau 2 (minimum) en niveau III Competentie 2: Experimenteren 2.2.1. Kan de basisstappen van de experimenten theoretisch verantwoorden. 2.3.1. Kan alle stappen van de experimenten theoretisch verantwoorden. 2.2.2. Zorgt ervoor dat alle benodigdheden klaar staan voordat met het experiment begonnen wordt; maakt oplossingen. 2.3.2. Zorgt er zelfstandig voor dat alle benodigd-


Zie evaluatieformulier “Practical work Course 9”.

Zie evaluatieformulier “Practical work Course 9”. 60% praktijk 40% lab journaal Cesuur: 55% van het maximum aantal te behalen punten is voldoende (5.5).

269



Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5


heden klaar staan voordat met het experiment begonnen wordt; maakt oplossingen. 2.1.3. Controleert of alle benodigdheden klaar staan voordat met het experiment begonnen wordt. 2.2.3. Voert experimenten volgens protocol uit zodat betrouwbare reproduceerbare data wordt verkregen; weet te allen tijde exact wat hij/zij doet. 2.3.3. Voert experimenten zelfstandig volgens protocol uit zodat betrouwbare reproduceerbare data wordt verkregen, maar kan hiervan afwijken indien nodig; weet te allen tijde exact wat hij/zij doet. 2.1.5 Voert de experimenten binnen de gestelde tijd uit 2.2.4. maakt een begin met het tegelijkertijd uitvoeren van meerdere experimenten (multitasking). 2.3.4. Werkt aan meerdere experimenten tegelijkertijd en kan deze uitvoeren binnen de gestelde tijd, kan makkelijk switchen en behoudt overzicht. 2.2.5. Doet een poging om problemen op te lossen als het experiment niet loopt zoals was voorzien (trouble shooting). 2.3.5. Lost praktische problemen op als het experiment niet loopt zoals was voorzien (trouble shooting). 2.3.6. Maakt zich technieken snel eigen. Competentie 3: Analyseren resultaten 3.3.1. Voert zelfstandig op de juiste wijze volgens de geschikte methoden de analyse van de resultaten uit; i.v.t. maakt hiervoor gebruik van statistiek. 3.3.2. Doet zelfstandig uitspraak over de bruikbaarheid van de behaalde resultaten op basis van nauwkeurigheid en betrouwbaarheid. 3.1.4. Bediscussieert de uitvoering en de resultaten van het experiment. 3.2.4. Maakt verbetervoorstellen voor de uitvoering van het onderzoek. 3.3. 5. Maakt voorstellen voor vervolgexperimenten. Competentie 4: Kwaliteitscontrole 4.1.1. Stelt zich op de hoogte van de veiligheids (arbo)- en milieuregels en werkt volgens deze

270



regels. 4.2.1. IJkt bij de aanvang van experimenten geavanceerde apparatuur. 4.1.3. Gebruikt controles, waarvan het resultaat een uitspraak doet over de betrouwbaarheid van de resultaten. Competentie 5: Beheer en Administratie 5.2.1. Codeert chemicaliën en monsters en bewaart deze op correcte wijze. 5.3.1. Draagt actief bij aan een efficiënt functionerend lab (ruimt op, signaleert als reagentia bijna op zijn, pleegt klein onderhoud aan de apparatuur en lost kleine storingen op). 5.3.2. Beheert en archiveert gegevens in labjournaal (doel, experimentenbeschrijving, wijzigingen, resultaten, conclusie, voorgesteld vervolg) en i.v.t. op andere manieren zodat anderen deze kunnen gebruiken. Competentie 7: Planmatig en projectmatig werken 7.2.2. Voert werkzaamheden volgens planning uit; ook onder tijdsdruk. 7.2.3. Ziet erop toe dat doelen worden behaald en stuurt werkzaamheden eventueel bij. 7.2.4. Speelt in op wijzigende omstandigheden. 7.3.2. Speelt in op wijzigende omstandigheden; bepaalt prioriteiten in werkzaamheden

Code: ASC-M-PL-K Naam: ASC-M-PL-K: Knowledge test Vorm: Schriftelijk

In the context of: - Groei en ontwikkeling - Biochemie - Plant fysiologie - Plant abiotic stress - Plant cel- en weefselkweek - Moleculaire evolutie - HPLC: Carotenoiden - qPCR: Gen expressie Kennis van de Moleculaire Plantenbiologie

Heeft kennis van de volgende onderwerpen: Plant Identificatie De student:  kan de verschillende plantorganen beschrijven;  kan de uiterlijke kenmerken van verschillende planten families beschrijven;  kan voorbeelden van planten en gewassen

271

Kennistoets: De volgende onderdelen in de context Moleculaire Plantenbiologie worden evenredig gerepresenteerd in de toets: Plant Identificatie Evolutie van planten Groei en ontwikkeling Plant Biochemie

2 examinatoren voor constructie en evaluatie (Expert/Docent). 1 examinator voor de beoordeling (Expert/Docent).


Individueel Open vragen Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden geven uit de verschillende plantenfamilies. Evolutie van planten De student:  kan de evolutie van planten van alg tot angiosperm beschrijven. Groei en ontwikkeling De student:  kan de ontwikkeling van de plant van embryo tot plant beschrijven en de genen die hierbij betrokken zijn benoemen evenals hun functie;  kan de bestuiving en bevruchting beschrijven;  kan de ontwikkeling van de bloem beschrijven en de genen die hierbij betrokken zijn benoemen evenals hun functie;  kan de overeenkomsten en verschillen tussen scheut- en wortel meristeem beschrijven. Plant Biochemie De student:  kent belangrijke metabole routes en waar deze in de cel plaatsvinden;  kent fotosynthese, fotorespiratie en krebscyclus. Secondaire metabolieten De student:  kent verschillende secundaire metabolieten en hun functie. Plant-Pathogeen interactie De student:  kan de levenscyclus van de verschillende pathogenen groepen beschrijven en voorbeelden van organismen noemen;  kan de verschillende manieren van de verdediging van de plant benoemen;  kan het zig-zag model beschrijven Plant-Milieu interactie (stress) De student:  kan de verschillende vormen van abiotische stress benoemen en het effect op de plant en de reactie van de plant beschrijven. Plantfysiologie Domesticatie en Ontstaan van de landbouw De student:  kan het proces van domesticatie beschrijven;  kan de verschillenden domesticatie eigenschappen van de plant benoemen en voor-

272

Secondaire metabolieten Plant-Pathogeen interactie Plant-Milieu interactie Plantfysiologie Domesticatie Plant cel en weefselkweek Plant transformatie Rhziobium 55% van de punten benodigd voor een voldoende (5.5).


Code: ASC-M-PL-IPS Naam: IPS Vorm: Individueel Mondeling Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/Niet voldaan Ondergrens: Voldaan

Competentie 8: Samenwerken Functioneren in een groep 8.1.1. Houdt zich aan regels. 8.2.1. Maakt concrete afspraken en houdt zich hieraan. 8.3.1. Herkent eigen rol en inbreng in de groep en weet welke andere rollen er in het team zijn; gaat hiermee adequaat om; stemt werkzaamheden met anderen af. 8.1.2. Heeft een duidelijk inbreng in de groep. Communicatie Communiceert open en helder met collega’s en begeleiders volgens basisregel voor communicatie. 8.2.3. Neemt initiatief voor gesprek. 8.1.3. Houdt oogcontact met gesprekspartner. 8.1.4.Laat anderen uitpraten. 8.2.4. Brengt zijn haar mening/boodschap helder onder woorden. 8.3.2. Sluit aan bij gesprekspartner/toetst of boodschap is overgekomen. 8.3.3. Houdt gespreksdoel in het oog. 8.1.6. Staat open voor en geeft feedback. 8.2.6. Probeert conflicten actief op te lossen / 8.3.4. Weet goed met conflicten om te gaan.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden beelden hiervan geven. Plant cel- en weefselkweek De student:  heeft kennis van de hormonen en groeibevorderende stoffen die gebruikt worden bij cel en weefselkweek van planten. Plant transformatie De student:  kan de DNA overdracht van Agrobacterium naar de plant beschrijven;  heeft kennis van verschillende transformatie technieken voor genetische modificatie van planten. Rhizobium De student:  kan de interactie tussen een plant en Rhizobium en de stikstoffixatie door Rhizobium beschrijven. De student:  heeft zich voorbereid op de vergadering door het uitwerken van de weekopdracht die nabesproken wordt en het doorlezen van de weekopdracht die voorgesproken wordt (k.o.);  kan de uitwerking van zijn weekopdrachten volgens afspraak aan de tutor laten zien (in schrift of presentatie); in alle opdrachten zijn alle gevraagde aspecten uitgewerkt (k.o.);  voert zijn rollen (voorzitter, notulist, etc.) uit (k.o.);  herkent eigen rol en inbreng in de groep en weet welke andere rollen er in het team zijn; gaat hiermee adequaat om; stemt werkzaamheden met anderen af;  houdt zich aan de afgesproken regels (k.o.);  stelt vragen en deelt kennis met betrekking tot de opdracht tijdens tutorvergaderingen; verwoordt deze helder en verstaanbaar, houdt oogcontact;  houdt het gespreksdoel in het oog;  laat anderen uitpraten, sluit aan bij de gesprekspartner en toetst of de boodschap is overgekomen;  geeft groeps- en klasgenoten feedback en staat open voor feedback;  levert een positieve bijdrage aan het

273

Alle k.o. criteria en 70% van de overige criteria zijn nodig voor een “voldaan”.



Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden groepsproces door initiatief te nemen en eventuele conflicten actief op te lossen. Groepsleden beoordelen de inzet en betrokkenheid van de student als positief (SAS)

274



Evaluation form Practical work minor ASC-M-PL Name: ……………………………………………..

Class: …………………………………………………..

Competence/indicator Insufficient 2.2.1., 2.3.1., 4.1.3

0-5 points 2.1.2., 2.2.2., 2.1.3., 2.3.2

0-2 points 2.2.3., 2.3.3., 2.2.6

0-2 points 2.2.5., 2.3.5.

0-5 points 4.1.1.

Date: …………………………………………………

Evaluation criteria Good

Sufficient Is able to explain the basic steps of the experiments; Selects, with guidance, necessary experimental controls. 6 points

Is able to explain more than the basic, but not all steps of the experiments; Independently selects standard experimental controls 8 points

Ensures that all requirements are present before beginning the experiment and that calculations have been made, makes solutions. 3 points The experimental results are reproducible when different experiments are carried out more than one time 3 points Attempts to trouble shoot experiments when problems are encountered.

… and independently makes solutions.

5 points The experimental results meet the theoretical expectations / literature values

Is able to explain the all of the experiments; Independently selects advanced experimental controls

10 points

… and the student is able to deviate from/adjust the protocol where needed to obtain reproducible results that match with theoretical expectations 5 points Attempts to trouble shoot experiments when problems are encountered and solves the problems independently.

4 points Attempts to trouble shoot experiments when problems are encountered and solves the problems. 6 points 8 points R/S rules are present in plan of approach and laboratory notebook, and act upon. Calibrates pipettes and balances.

4.2.1.

Points Excellent

0-4 points

5 points

275

10 points Knockout


5.3.1.

0-5 points 2.1.5., 2.2.4., 2.3.4., 7.2.2. 0-5 points 7.2.3., 7.2.4., 7.3.2.

0-2 points 5.2.1.

5.3.2., 3.3.1., 3.3.2., 3.1.4., 3.2.4. 0-5 points 5.3.2., 2.3.1

0-5 points 5.3.2., 3.3.1., 3.3.2., 3.1.4., 3.2.4. 0-5 points 5.3.2., 3.3.1., 3.3.2., 3.1.4., 3.2.4., 3.3.5

0-5 points

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden Leaves all work places organized and tidy and reports when reagents are (almost) finished. 6 points

and: works at an always organized work place,

Works on one experiment at the same time and finishes this within the planned time; also under time constraints. 6 points If needed (changing circumstances: makes adjustments to project plan to reach the project goal. 3 points Encodes samples properly on tubes and in laboratory notebook. Laboratory notebook is fully up to scratch at the end of the week. 6 points Each laboratory session contains aim, M&M, any deviations from those, used apparatus and manufacturers of used kits 6 points Each laboratory session contains results, processing of data and interpretations/discussion 6 points conclusions and suggestions for follow-up research) at the end of the week.

Works on multiple experiments at the same time

6 points

8 points

8 points

4 points

and: solves problems at machines

10 points Works on multiple experiments at the same time and finishes them without organisational problems. 10 points and: sets priorities in working activities

5 points Knockout

8 points

10 points

8 points

10 points

8 points and: the conclusions with respect to the reliability and accuracy of the results and interpretion of the results with respect to the research question are scientifically correct. 8 points

276

10 points and: the error discussion and suggested follow-up experiments are meaningful.

10 points


Overall assessment Feedback


All criteria need to be sufficient; number of points divided by 10

Name and signature assessor

277


Evaluation form Poster ASC-M-PL: A New Crop for the Future Name student: ………………………………. Related to competency/ indicator

Insufficient

Sufficient

Good

Excellent

Content (max 48pts) Crop information

1

3

4

5

1.3.2

Justification of suggested improvement

1

3

4

5

1.3.3

Description of Technology

1

3

4

6

2.3.1

2 2

6 6

7 7

8 8

1.3.3, 2.3.1

Gene construct: Size, Genes and their Origin Promotors and Selection markers (give Gene bank accession numbers) Transformation

2

6

7

8

1.3.3, 2.3.1

Regeneration and Tissue culture

2

6

7

8

1

2

3

3

1 1

2 2

3 3

3 3

1

2

3

3

1

2

3

3

1

2

3

3

In suff Knockout 2

Sufficient

Good

Excellent

6

7

9

1.2.1, 1.3.1

6.2.1.

Evaluation criteria

Crop: ………………………………………………….

Layout (max 18 pts) The structure of the poster is according to guidelines used in the workfield Guidelines: No too much text. Just enough for a clear story Catchy title Clear overall structure and Readable at 2m distance Understandable text and logical tables and figures Report contains list of references that are noted in the text Correct spelling and grammar. Text in a scientific manner. Discussion (max 34)

6.3.1, 6.3.2 3.3.4

PPTs tutor assignment

8.2.3 8.1.3 8.2.4 8.2.5 8.3.3

Clear explanation of the content of the poster.

1

3

4

6

Student gives accurate answers to the questions. The student keeps eye contact during the discussion Originality and Complexity of the Idea

2

6

7

8

1

2

3

3

-

-

4

8

Discussion of Improvement/Technology

Final mark (score / 10) Feedback


278

Points


Evaluation form Research report Minor ASC-M-PL Name: ……………………………………………………………….. Report title: …………………………………….. Competence /indicator

Evaluation criteria

Insufficient

Sufficient

Good

Describes in 150-250 words what the purpose, approach, findings and originality of the research is Introduction

0-2

6

10

Finds, selects and describes individually which information from relevant scientific literature is required to answer the research questions. Describes theoretical background and motivation for research. Independently describes the goals of the different research projects. Independently explains the strategy to achieve the research goals Material and methods

0-1

2

3

0-6

7

11

0-1

2

3

0-1

2

3

Describes performed experiments in such a way that someone else could repeat the experiment Describes experimental controls Results

0-5

6

9

0-2

3

5

Independently describes the results and refers to figures and tables and explains what is visible in figures and tables Starts each results section with short description of goal/reason for the experiment Ends each results section with short interpretation or conclusion of results Uses appropriate methods, and, if applicable, statistics, to analyze results Adds appropriate title, axis titles, legend and figure legend to each figure and table. Figures and tables should be understood without carefully reading the results sections. Discussion

0-5

6

9

0-2

3

5

0-1

2

3

0-1

2

3

0-1

3

5

Repeats research goals and performed experiments to achieve this. Independently interprets the relevance of each of the results based on reliability and accuracy. Compares results and discusses results by comparing with expectations and literature. Conclusion and perspectives

0-2

3

6

3

6

10

Summarizes end conclusions of research. Describes based on own results and conclusions which experiments could be

0-2 0-2

3 3

5 5

Contents Summary/Abstract

1.3.1

1.2.2; 1.2.1 1.2.3 1.2.3, 2.3.1

2.3.1, 5.3.2

4.1.3

3.3.1, 5.3.2

1.2.3, 2.3.1, 6.3.1

3.2.2 3.2.1, 3.3.1 3.3.1

3.3.2

3.2.3

3.3.3 3.2.4, 3.3.5

279

Points

Opleidingstatuut Instituut Applied Sciences Deel 3 2015-2016 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden done in the future. Style 6.3.1

6.3.1

1.2.2, 6.2.1

Report is written in scientific style, according to spelling and grammar rules. More than 8 mistakes per page: report won’t be evaluated. Order of sections is according to international rules: Title, authors, abstract./summary, introduction, material and methods, results, conclusion and discussion, prospects, references Report contains a list of references and refers to references in text.

Total number of points: 100

Mark (number of points/10) Feedback


280

Ok / k.o

Ok / k.o.

0-2

3

5


Titel OWE

Minor Palet aan natuurwetenschappelijk onderzoek


ASC-M-P Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek, Chemie, Bio-informatica Hoofdfase voltijd en deeltijdstudenten Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek, Chemie, Bio-informatica Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek

3. 4. 5. 6. 7. 8.

9.

Beroepstaak/ beroepstaken Centrale beroepstaak (Beroeps) Producten Studiepunten, studielast Samenhang met andere OWE’en Ingangseisen m.b.t. (deel) tentamens Algemene omschrijving

N.v.t. Afhankelijk van gekozen OWE’en 30 stp 420 SBU De minor bestaat uit keuze OWE’en die verdiepend of verbredend zijn ten opzichte van de gekozen major Propedeutische fase afgerond Nadere ingangseisen afhankelijk van de ingangseisen van de gekozen OWE’en Keuzemogelijkheden: Alle studenten kunnen kiezen uit  de researchminor – BMCBi-R30  de mini researchminor – BMCBi-R15 in combinatie met een keuze uit onderstaande OWE’en Studenten uit de medische studierichting kunnen kiezen uit:  de opleiding chemie: C7, C8, C5, C6  de biologische richting/Life Sciences: B/LS5, B/LS6, B/LS7 (HB/LS8b is alleen mogelijk in combinatie met B/LS6B)  de afstudeerrichting medische microbiologie: M9 en M10  de afstudeerrichting cytohistopathologie: M11 en M12 Studenten uit de biologische studierichting kunnen kiezen uit:  de opleiding chemie: C7, C8, C5, C6  de medische studierichting: M5M, M6, M7, M8  de afstudeerrichting moleculaire plantenbiologie: B9  de afstudeerrichting biochemie: B10 Studenten van de opleiding Bio-informatica kunnen kiezen uit:  de biologische richting/Life Science: B/LS5, B/LS6, B/LS7 (B/LS8b is alleen mogelijk in combinatie met B/LS6B)  de variant voor Bio-informatica studenten van B9 = minor Molecular Plant Biology ASC-M-Pl  de medische richting: M5, M6, M7, M8

10. 11.

Competenties Beoordelingscriteria

Studenten van de opleiding Chemie kunnen kiezen uit:  de biologische studierichting/Life Sciences: B/LS5, B/LS6, B/LS7 (HB/LS8b is alleen mogelijk in combinatie met B/LS6B)  de medische studierichting: M5M, M6, M7, M8  de afstudeerrichting organische chemie: C9, C10  de afstudeerrichting analytische chemie: C11, C12 Afhankelijk van gekozen OWE’en Afhankelijk van gekozen OWE’en

281


12.

Tentaminering

13.

Verplichte literatuur Aanbevolen literatuur Software Overig materiaal Activiteiten Werkvormen Les- / Contacturen Onderwijsperiode Maximum aantal deelnemers

14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21.

Deeltentamens Afhankelijk van gekozen OWE’en Weging Afhankelijk van gekozen OWE’en CompensatieAfhankelijk van gekozen OWE’en mogelijkheden Instapvoorwaarden Afhankelijk van gekozen OWE’en tentamen Frequentie (deel)Afhankelijk van gekozen OWE’en tentamens Afhankelijk van gekozen OWE’en Afhankelijk van gekozen OWE’en Afhankelijk van gekozen OWE’en Afhankelijk van gekozen OWE’en Afhankelijk van gekozen OWE’en Afhankelijk van gekozen OWE’en Afhankelijk van gekozen OWE’en Afhankelijk van gekozen OWE’en N.v.t.

282


Titel OWE

OWE RM15: Mini researchminor

Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten 6. Studiepunten, studielast 7. Samenhang met andere OWE-en

BMCBi-RM15 Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek

8.

9.



Nvt Onderzoeksverslag (V) Reflectieverslag (Rv) 15 stp 420 SBU Keuze onderdeel minor Palet aan natuurwetenschappelijk onderzoek. Tijdens de mini researchminor wordt in de praktijk toegepast wat is geleerd tijdens de voorafgaande keuze OWE uit het Palet aan natuurwetenschappelijk onderzoek van de opleiding Chemie of Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek. Propedeuse moet zijn behaald. Nadere ingangseisen afhankelijk van de ingangseisen van de gekozen OWE’en. De student heeft minimaal 45 stp behaald in het tweede studiejaar van de Bioinformatica. Indien de researchminor volgt op de stage (BI9) of het afstudeerproject (BI12) geldt als instapeis dat het onderzoeksverslag ingeleverd is bij de begeleider op de werkplek en het portfolio voldoende is afgerond. Indien student niet voldoet aan instapvoorwaarden kan hij een verzoek om toch aan stage deel te nemen neerleggen bij de examencommissie. Een minor moet verdiepend of verbredend zijn en mag geen grote overlap hebben met de major. Een researchminor is dus geen stage, want de stage is een onderdeel van de major. Doel van de researchminor is dus om iets nieuws te leren wat nog niet (voldoende) aan bod is geweest tijdens de major. De combinatie keuze OWE en mini researchminor bestaat daarom uit een theoretische component (een keuze onderwijseenheid van de opleiding Chemie of Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek) en een praktische component waar het geleerde in de keuze OWE wordt toegepast met een totale duur van 10 weken (15 studiepunten).

10.

Competenties

11.


12.

Het is mogelijk om de researchminor uit te voeren op hetzelfde laboratorium als waar de stage/afstudeerstage plaatsvindt. Maar de minor blijft een op zichzelf staand geheel. Het moet aan de hier genoemde eisen voldoen en wordt apart van de stage beoordeeld. Competentie Niveau Verplicht -Vraagverheldering (C1) II Ja -Ontwikkelen software (C2) II Ja -Databeheer (C3) II -Data analyse (C4) II Ja -Modelleren (C5) I -Eigen systeem beheren (C6) II -Rapporteren (C7) II Ja -Planmatig werken (C8) II Ja -Samenwerken (C9) II Ja -Professionele ontwikkeling (C12) III Ja Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens BMCBi-RM15-V Onderzoeksverslag (V)

283



13. 14. 15. 16. 17. 18.

19. 20. 21.

Verplichte literatuur Aanbevolen literatuur Software Overig materiaal Activiteiten Werkvormen


BMCBi-RM15-Rv BMCBi-RM15-P (V+P)/2 -

Reflectieverslag (Rv) Praktische werkzaamheden (P)

Reflectieverslag moet voldaan zijn 2 kansen per jaar. Wordt het hele jaar aangeboden. Inleveren verslag uiterlijk 2 weken na de laatste dag van de researchminor. Indien te laat ingeleverd volgt een 0 voor de eerste kans. In overleg met de begeleidende docent wordt een nieuwe deadline vastgelegd. Herkansing maximaal 2 maanden na afloop van de researchminor.

De laatste druk van:  Laan, A., van der, Kooij, R., van der. Exact Communiceren. Utrecht: Syntax Media.  Boeken en handleidingen uit de propedeuse en hoofdfase. In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen. De Slb-er begeleidt de student bij het vinden van een researchminor plaats die past bij het persoonlijk ontwikkelingsplan van de student. De student is zelf verantwoordelijk voor het vinden van een research minor plek (solliciteren). Tijdens de researchminor wordt de student begeleid door een begeleider op de research minor plek en een docent vanuit school. Er zijn geen lesuren ingepland, de begeleidende docent heeft 5 klokuren voor begeleiding. Afhankelijk van de programmering in de hoofdfase -

284



Toetsprogramma OWE RM15: Mini researchminor (BMCBi-RM15) Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek Deeltentamen

Code: BMCBi-RM15-Rv Naam: Reflectieverslag Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens Voldaan Code: BMCBi-RM15-P Naam: Praktische werkzaamheden Vorm: Praktijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Competenties met indicatoren Voor Bio-informatica


Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.2.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.2.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.2.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig. C7.3. C3-10: past vorm van de tekst en de woordkeuze aan de doelgroep aan C7.3. C3-11 hanteert correcte grammatica, stijl, spelling (geen taal – en spelfouten) C7.3. C3-15 brengt heldere structuur aan in complexere teksten. de opbouw van de tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen.

Zie beoordelingsformulier Reflectieverslag.

Competentie 1: Verhelderen van een natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de

Zie beoordelingsformulier “Werkzaamheden Researchminor Bio-informatica".

Waardering / Cesuur Zie beoordelingsformulier Reflectieverslag.

Examinatoren


Deze moet gemiddeld voldoende zijn voor een beoordeling voldaan.

Zie beoordelingsformulier “Werkzaamheden Researchminor Bioinformatica". 55 punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

285




opdracht uit te voeren. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. (optioneel) 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig Bio-informatica toepassingen. 2.2.3. Ontwerpt een programma in UML. (optioneel) 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.2.6. Ontwikkelt objectgeoriënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. (optioneel) 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. (optioneel) 2.2.8. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. 2.2.9. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld. 2.2.10. Zet een testplan op. (optioneel) 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. 2.2.12. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze. Competentie 3: Data Beheren (optioneel) 3.2.1. Verzamelt gegevens uit diverse databronnen (het lab, databases van derden) of gebruikt gegevens geproduceerd door geautomatiseerde laboratorium apparatuur. 3.2.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. 3.2.3. Implementeert het ontwerp. 3.2.4. Manipuleert middels SQL gegevens in een relationele database.

286



3.2.5. Schrijft technische documentatie. 3.2.6. Schrijft query’s die data uit databases met biologische data halen. 3.2.7. Voert een eenvoudige informatieanalyse uit en weet dit te vertalen naar een databaseontwerp. 3.2.8. Voegt geautomatiseerd grote hoeveelheden gegevens toe aan de database middels scripting. 3.2.9. Koppelt diverse databronnen of importeert gegevens uit andere databronnen. 3.2.10. Visualiseert gegevens uit database middels scripting en gespecialiseerde programma’s. Competentie 4: Data Analyse 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke Bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken Bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en Bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. (optioneel) 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 5: Modelleren (optioneel) 5.2.1. Bestudeert zorgvuldig het (biologisch) proces en geeft op basis hiervan een gesimplificeerde beschrijving. 5.2.2. Leest aangereikte databronnen en gebruikt statistische methoden om een complex biologisch procesgedrag te verklaren na analyse en interpretatie. 5.2.3. Valideert het test model (vergelijking modelresultaten met theoretische/referentiewaarden). 5.2.4. Indien nodig wordt het model aangepast of

287



uitgebreid. 5.2.5. Past vakkennis op de juiste wijze toe. Competentie 6: Eigen Systeem beheren (optioneel) 6.2.2. Werkt zich in op nieuwe software of scriptingtaal (Perl, glimmer). 6.2.3. Leest documentatie van software en past het toe bij het uitvoeren van opdrachten. 6.2.4. Scripts voor het automatiseren van handelingen schrijven en uitvoeren. Competentie 7: Communicatie Gesprek C2-07. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-08. Geeft non-verbaal blijk van luisteren. C2-09. Laat de ander voldoende uitpraten. C2-10. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-11. Vat correct en regelmatig samen. Competentie 8: Planmatig/projectmatig werken 8.2.1. Levert een bijdrage aan het tot stand komen van het gemeenschappelijke projectdoel of een eigen projectdoel. 8.2.3. Houdt rekening met belangen, werkwijzen en resultaten van collega’s. 8.2.4. Levert een persoonlijke bijdrage aan het project door volgens vooraf vastgestelde planning en activiteiten te werken. Competentie 9: Samenwerken S2-01. Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len)

288


Code: BMCBi-RM15-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

te benoemen. S2-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14. Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden). S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 1: Verhelderen van een natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.9. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld.


Zie beoordelingsformulier “Onderzoeksverslag biologie en medisch laboratoriumonderzoek, chemie en Bio-informatica”.

Zie beoordelingsformulier “Onderzoeksverslag biologie en medisch laboratoriumonderzoek, chemie en Bioinformatica”. 55 punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

289



Code: BMCBi-RM15-L Naam: Literatuurverslag Vorm: Schriftelijk Individueel

Competentie 4: Data Analyse 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken Bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en Bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.5. Legt de analyse methode, de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 5: Modelleren (optioneel) 5.2.1. Bestudeert zorgvuldig het (biologisch) proces en geeft op basis hiervan een gesimplificeerde beschrijving. 5.2.2. Leest aangereikte databronnen en gebruikt statistische methoden om een complex biologisch procesgedrag te verklaren na analyse en interpretatie. 5.2.5. Past vakkennis op de juiste wijze toe. Competentie 7: Communicatie (tekst) C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan aan de doelgroep (lezers). C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 1: Verhelderen van een natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af


Zie beoordelingsformulier “Literatuurverslag biologie en medisch laboratoriumonderzoek, chemie en Bio-informatica”.

Zie beoordelingsformulier “Literatuurverslag biologie en medisch laboratoriumonderzoek, chemie en Bioinformatica”. 55 punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

290





met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. Competentie 4: Data Analyse 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. Competentie 7: Communicatie (tekst) C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan aan de doelgroep (lezers). C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten.

291


BEOORDELINGSFORMULIER Researchminor 15 stp

Hogeschool van Arnhem en Nijmegen Hogere Laboratoriumopleidingen Student:

Research minor docent:

Studentnummer: Research minor 15 stp

Beroepstaak: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek

Research minor locatie:

Reflectieverslag:

…………

Literatuurverslag:

…………

Werkzaamheden:

…………

Onderzoeksverslag:

…………

Eindcijfer:

…………

(1 x cijfer literatuurverslag + 1 x cijfer werkzaamheden + 1 x cijfer onderzoeksverslag) / 3 Het reflectieverslag moet met voldaan zijn beoordeeld

Naam en handtekening researchminordocent

Datum

………………………………………………….

…………………….

…….

292


Beoordelingsformulier Reflectieverslag Minor Bio-informatica Naam: …………………………....………………

Studentnummer:

Klas: ………………………………………………..

Datum: ……………………………………..…………...

REFLECTIEVERSLAG

ONVOLDOENDE INHOUD

12.2.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm 12.2.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig 12.2.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm 12.2.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang

De student beschrijft de handelingen die bijgedragen hebben aan het realiseren van de POP (in de ik-vorm). Waar van toepassing, wordt naar bewijsdocumenten van de resultaten hiervan verwezen.

De student kijkt kritisch terug naar zijn/haar leerproces, benoemt wat goed is gegaan en wat minder goed, benoemt de oorzaken hiervoor, koppelt dit aan zijn/haar eigen handelen.

De student geeft aan wat hij/zij geleerd heeft (in de ik-vorm) en benoemd daarbij concrete resultaten en/of producten.

De student geeft aan of en hoe hij/zij de taken anders had kunnen aanpakken (alternatieven). Er worden nieuwe leerdoelen genoemd. VORM 7.3.C3-11,C3-10,C3-15.

……………………………..


Eindoordeel (voldoende indien alle onderdelen voldoende zijn) Opmerkingen


293

VOLDOENDE



Beoordelingsformulier Werkzaamheden Research Minor Bio-informatica Naam student: ………………………………………. Klas: …………..

Stageplaats:………………………………………………………………………………………………………………………………


Cijfer student: ………… (aantal punten/12.5)

Opmerking m.b.t. het invullen van onderstaande puntentabel: Voor ieder trefwoord kunnen punten vergeven worden. Onder de indicatoren is de range van het aantal mogelijk te vergeven punten aangegeven. Hierdoor wordt een weging aan de verschillende indicatoren gerealiseerd. Als alle criteria net voldoende worden beoordeeld komt de student op 55 punten; als alle activiteiten net bovengemiddeld beoordeeld worden op 75 en als alle activiteiten excellent (maximaal aantal punten) beoordeeld worden op 100 punten.

onvoldoende

Dit criteria geldt als Knock-out en moet als voldoende beoordeeld worden voordat de puntenlijst ingevuld kan worden.


Vraagverheldering (10 pnt)



Onvoldoende


voldoende

bovengemiddeld



0………1…………………………………………2……………………………...3……………………………………….4……………………………………………5 - komt met voorstellen voor de aanpak van het onderzoek


voldoende


0………1……………………..…..2……..…………………………...3……………………………………….4……………………....……………5

294



(BT2) Ontwikkelen (software) (40 pnt)


- Schrijft scripts voor de verheldering van een biologische vraagstelling


… en de software is generiek en inzetbaar voor het beoogde doel - documenteert software

Punten:

Modelleren (C5, niveau 2) Punten: Ontwikkelen van Software (C2, niveau 2)

Punten:


Punten:

Data analyseren (40 pnt)



Punten:



0……2………4………..6…..…….8….……9………….10……….…….11…………..…12………......……13……..…..….14…................15 - modelleert software voorafgaande aan de ontwikkeling



0………2……………4………..…..6………………6,5……………..…….7……….……..….…8……………..…………9………………..………10 - Is in staat om bestaande algoritmes en modules toe te passen





0………………3…………………6…………9………………10……………………11………………12……………………13………………14………………15 - voert op de juiste wijze volgens de geschikte methoden de analyse van resultaten uit (onder begeleiding)

… en is staat om nieuwe vragen te formuleren op basis van de geanalyseerde data


0………2……………4………..…..6………………6,5……………..…….7……….……..….…8……………..…………9………………..………10 - doet uitspraak over de bruikbaarheid van de behaalde resultaten op basis van nauwkeurigheid en betrouwbaarheid



0………2……………4………..…..6………………6,5……………..…….7……….……..….…8……………..…………9………………..………10 - leidt uit de verkregen resultaten conclusies af m.b.t. de onderzoeksvraag (onder begeleiding). - voert op de juiste wijze foutendiscussie uit

295

… en legt verbanden met andere deelexperimenten en literatuurwaarden - maakt voorstellen voor vervolgexperimenten

…en doet dit zelfstandig.


Punten: Rapporteren en presenteren (C7, niveau 2)

samenwerken (5 pnt)


Beheren (5 pnt)

Punten: Data beheren (C3, niveau 2) Eigen systeem beheren (C6, niveau 2)

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden 0………2……………4………..…..6………………6,5……………..…….7……….……..….…8……………..…………9………………..………10 presenteert volgens de normen van presentatietechnieken zijn onderzoeksresultaten (werkbespreking)


.. presenteert en discussieert op een heldere en overtuigende wijze.

0………2……………4………………6………………6,5………………7…………………8……………………9……………………………………10 - beheert eigen data




Punten:

0…………………1……………2…………………………………………3…………………………4…………………………………………5



Punten:

0………………….……1…………………………………………………………………..………………………..………………………2


- voert werkzaamheden volgens planning uit (ook onder tijdsdruk), - ziet erop toe dat doelen worden gehaald; stuurt zijn werkzaamheden bij op aanwijzingen van begeleider

Punten:




0…………………1…………………………………………………2……………………………..………………………………………3


- kan samenwerken in een team: houdt zich aan de gemaakte afspraken; herkent de eigen rol en die van anderen in het team en gaat hier adequaat mee om

Punten:

0…………………1…………….…………………………………………2………………………….…………………………………………3

296





Punten:

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden - communiceert (volgens de basisregels van communicatie) met collega's, begeleiders (kan luisteren, neemt initiatief voor gesprek, staat open voor feedback, probeert conflicten op te lossen)

0………………….……………1………………………………………….………………………2

Total aantal punten:


Aantal punten student:


.....…… punten

Cijfer student: ………… (aantal punten/10) Naam en handtekening stagebegeleider:

Naam en handtekening stagedocent:

297



BEOORDELINGSFORMULIER VERSLAG RESEARCHMINOR Naam student: ……………………………………………………………

Student nr: ………………………………

Klas: …………

Stageplaats: …………………………………………………………………………………………………………………………………………………… LET VOORAFGAAND AAN HET INVULLEN VAN DIT FORMULIER EROP DAT DE SCHUIFBALK MET HET AANTAL TOE TE KENNEN PUNTEN IN LETTERTYPE VERDENA, GROOTTE 8 WEERGEGEVEN IS. Het vak excellent is bij veel competenties open gelaten, echter er kunnen wel punten worden gegeven. Indien u een student beoordeeld met excellent moet er één of meerdere voorbeelden worden gegeven waaruit blijkt dat de student excellent is. Competentie Trefwoord

Onvoldoende

voldoende

bovengemiddeld

Rapport voldoet aan vormgevingseisen genoemd in Exact Communiceren (van der Laan)

Vormgeving (15 pnt)

Vormgeving Punten

Taalgebruik


Punten

Inleiding (10 pnt)

0…….1…………………………………….….…2………………………..3………………………………………...……..5 Taalgebruik: a. Correct taalgebruik (=geen taal/spelfouten).


Inleiding

Verslag is in andere taal zijnde niet de moedertaal geschreven op een correcte manier.

0……………………..……5……………..…….6…………………………7……………..…….…………..………….….10 De samenvatting beschrijft doel, methode en eindresultaten van het onderzoek in maximaal ½ A4 zodanig dat het als een zelfstandig geheel gelezen kan worden.

samenvatting

Punten:

excellent

0………………………….…………………..…3…….…………………..5...……………………….…..…..….............7 De onderzoeksvraag is in een theoretisch kader geplaatst. De samenhang met de methoden, materialen en resultaten komt niet duidelijk naar voren.

298




Punten: Materialen en methoden

middenstuk(29 pnt)

Punten:

Resultaten

Punten:


0………….2……………...……………5…………….…….……..….…7……….…..….…………..………..………10 - Beschrijft de specifiek gebruikte methode/materialen.


0……….….………………………….7……….…...…..………………10………………………………….…………15



0………..………..……4……………......6……..…………….………..……….8…………………..…....…………10 Rapport bevat leesbare figuren die compleet zijn en helder te begrijpen zijn.

Punten:

afsluiting (25 pnt)

Discussie

Punten:

0……..…1…………….………..….…...2……..………………….……...3……………………………....……………4



Voert een zinvolle discussie: geeft een heldere verklaring waarom de hypothese wel of niet gesteund kan worden met behulp van de verzamelde data. Uit de discussie blijkt een correcte toepassing van de theoretische inzichten. Vergelijkt de onderzoeksresultaten met andere analyses, referentiewaarden of theoretische waarden uit de literatuur.

0………..…1……………4……………………5………….…...…………….…6……………………….………….…………8 Er worden duidelijke aanbevelingen voor vervolgexperimenten en onderzoek beschreven.

299


Punten:


0………..…1……………………….……..…2………….…...……………..…………..…3…………………….….…………4 De discussie bevat uitspraken over nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van de resultaten

Punten:

0………..…1……………………….……..…2………….…...……………..…………..…3…………………….….…………4 - In de conclusie wordt een antwoord gegeven op de onderzoeksvraag.

conclusie


Punten:

0……….……………2………..…..….5……………….....6……..……….………...7..……..………………....……………9 Rapport bevat literatuurlijst. In de tekst wordt verwezen naar bronnen die opgenomen zijn in de literatuurlijst ,

Literatuur


Punten:

0………..…1……………………….……..…2………….…...……………..…………..…3…………………….….…………4


Punten:



0………….2……………...……………5…………….…….……..….…7……….…..….…………..………..………10

Aantal punten totaal

300





.....…… punten

Cijfer student:

………… (aantal punten/10)

Naam en handtekening stagebegeleider:


301


Titel OWE

OWE RM30: Researchminor

Code 1. Opleiding 2. Doelgroep 3. Beroepstaak/ beroepstaken 4. Centrale beroepstaak 5. (Beroeps) Producten

BMCBi-RM30 Bio-informatica Voltijd studenten hoofdfase Bio-informatica Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek

6. 7. 8.

9.



N.v.t. Literatuurverslag (L) Onderzoeksverslag (V) Reflectieverslag (Rv) 30 stp 840 SBU Keuze onderdeel voor de minor Palet aan natuurwetenschappelijk onderzoek. Propedeuse moet zijn behaald. De student heeft minimaal 45 stp behaald in het tweede studiejaar van de Bioinformatica. Indien de researchminor volgt op de stage (BI9) of het afstudeerproject (BI12) geldt als instapeis dat het onderzoeksverslag ingeleverd is bij de begeleider op de werkplek en het portfolio (m.u.v. het onderzoeksverslag) voldoende is afgerond. Indien student niet voldoet aan instapvoorwaarden kan hij een verzoek om toch aan stage deel te nemen neerleggen bij de examencommissie. Een minor moet verdiepend of verbredend zijn en mag geen grote overlap hebben met de major. Een researchminor is dus geen stage, want de stage is een onderdeel van de major. Doel van de researchminor is dus om iets nieuws te leren wat nog niet (voldoende) aan bod is geweest tijdens de major. De researchminor bestaat daarom uit een theoretische component (min. 4 studiepunten = 4x28 SBU) in de vorm van een literatuuronderzoek en een praktische component waar je het geleerde toepast met een totale duur van 20 weken (30 studiepunten).

10.

Competenties

11.


Het is mogelijk om de researchminor uit te voeren op hetzelfde laboratorium als waar de stage/afstudeerstage plaatsvindt. Maar de minor blijft een op zichzelf staand geheel. Het moet aan de hier genoemde eisen voldoen en wordt apart van de stage beoordeeld. Competentie Niveau Verplicht -Vraagverheldering (C1) II Ja -Ontwikkelen software (C2) II Ja -Databeheer (C3) II -Data analyse (C4) II Ja -Modelleren (C5) I -Eigen systeem beheren (C6) II -Rapporteren (C7) II Ja -Planmatig werken (C8) II Ja -Samenwerken (C9) II Ja -Professionele ontwikkeling (C12) III Ja Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren.

12.

Tentaminering

Deeltentamens

BMCBi-RM30-L BMCBi-RM30-V BMCBi-RM30-Rv

302

Literatuurverslag (L) Onderzoeksverslag (V) Reflectieverslag (Rv)



13. 14. 15. 16. 17. 18.

19. 20. 21.

Verplichte literatuur Aanbevolen literatuur Software Overig materiaal Activiteiten Werkvormen


BMCBi-RM30-P (L+V+P)/3 -

Praktische werkzaamheden (P)

Reflectieverslag moet voldaan zijn 2 kansen per jaar. Wordt het hele jaar aangeboden. Inleveren verslag en literatuurverslag uiterlijk 2 weken na de laatste dag van de researchminor. Indien te laat ingeleverd volgt een 0 voor de eerste kans. In overleg met de begeleidende docent wordt een nieuwe deadline vastgelegd. Herkansing maximaal 2 maanden na afloop van de researchminor.

De laatste druk van:  Laan, A., van der, Kooij, R., van der. Exact Communiceren. Utrecht: Syntax Media.  Boeken en handleidingen uit de propedeuse en hoofdfase. In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen. De Slb-er begeleidt de student bij het vinden van een researchminor plaats die past bij het persoonlijk ontwikkelingsplan van de student. De student is zelf verantwoordelijk voor het vinden van een research minor plek (solliciteren). Tijdens de researchminor wordt de student begeleid door een begeleider op de research minor plek en een docent vanuit school. Er zijn geen lesuren ingepland, de begeleidende docent heeft 10 klokuren voor begeleiding. Afhankelijk van de programmering in de hoofdfase -

303



Toetsprogramma OWE RM30: Researchminor (BMCBi-RM30) Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek Deeltentamen

Code: BMCBi-RM30-Rv Naam: Reflectieverslag Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 0 Beoordeling: Voldaan/niet voldaan Ondergrens Voldaan Code: BMCBi-RM30-P Naam: Praktische werkzaamheden Vorm: Praktijk Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

Competenties met indicatoren Voor Bio-informatica


Competentie 12: Sturen professionele ontwikkeling 12.2.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm. 12.2.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang. 12.2.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig. C7.3. C3-10: past vorm van de tekst en de woordkeuze aan de doelgroep aan C7.3. C3-11 hanteert correcte grammatica, stijl, spelling (geen taal – en spelfouten) C7.3. C3-15 brengt heldere structuur aan in complexere teksten. de opbouw van de tekst is conform in het werkveld gebruikte richtlijnen.

Zie beoordelingsformulier Reflectieverslag.

Competentie 1: Verhelderen van een natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de

Zie beoordelingsformulier “Werkzaamheden Researchminor Bio-informatica".

Waardering / Cesuur Zie beoordelingsformulier Reflectieverslag.

Examinatoren


Deze moet gemiddeld voldoende zijn voor een beoordeling voldaan.

Zie beoordelingsformulier “Werkzaamheden Researchminor Bioinformatica". 55 punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

304




opdracht uit te voeren. 1.2.7. Maakt een onderzoeksplan met bijbehorende tijdsplanning waarbij de volgorde van de werkzaamheden (werkplanning en tijdspad) realistisch is. (optioneel) 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.1. Schrijft zelfstandig scripts. 2.2.2. Schrijft zelfstandig Bio-informatica toepassingen. 2.2.3. Ontwerpt een programma in UML. (optioneel) 2.2.4. Analyseert de biologische vraagstelling en weet dit te vertalen naar een software ontwerp. 2.2.5. Vertaalt algoritmes naar scripts. 2.2.6. Ontwikkelt objectgeoriënteerde programma’s aan de hand van een aangereikt ontwerp. (optioneel) 2.2.7. Maakt gebruik van bestaande softwaremodules en componenten en weet deze ook zelf te vinden en doorgronden. (optioneel) 2.2.8. Implementeert de software en weet problemen zelfstandig op te lossen. 2.2.9. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld. 2.2.10. Zet een testplan op. (optioneel) 2.2.11. Test ontwikkelde scripts op verwachte uitkomst. 2.2.12. Ontwerpt op basis van softwarespecificaties software en gebruikt datastructuren en algoritmes op de juiste wijze. Competentie 3: Data Beheren (optioneel) 3.2.1. Verzamelt gegevens uit diverse databronnen (het lab, databases van derden) of gebruikt gegevens geproduceerd door geautomatiseerde laboratorium apparatuur. 3.2.2. Werkt een ontwerp uit voor een relationeledatabase, dat voldoet aan de ontwerpeisen. 3.2.3. Implementeert het ontwerp. 3.2.4. Manipuleert middels SQL gegevens in een relationele database.

305



3.2.5. Schrijft technische documentatie. 3.2.6. Schrijft query’s die data uit databases met biologische data halen. 3.2.7. Voert een eenvoudige informatieanalyse uit en weet dit te vertalen naar een databaseontwerp. 3.2.8. Voegt geautomatiseerd grote hoeveelheden gegevens toe aan de database middels scripting. 3.2.9. Koppelt diverse databronnen of importeert gegevens uit andere databronnen. 3.2.10. Visualiseert gegevens uit database middels scripting en gespecialiseerde programma’s. Competentie 4: Data Analyse 4.2.1. Bepaalt aan de hand van het onderzoeksplan welke Bio-informatica en statistische methoden gebruikt dienen te worden bij de analyses van de data. 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken Bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en Bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.6. Noteert tijdens de analyses uitkomsten en berekeningen in een logboek zodat resultaten eenvoudig weg terug te vinden zijn. (optioneel) 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 5: Modelleren (optioneel) 5.2.1. Bestudeert zorgvuldig het (biologisch) proces en geeft op basis hiervan een gesimplificeerde beschrijving. 5.2.2. Leest aangereikte databronnen en gebruikt statistische methoden om een complex biologisch procesgedrag te verklaren na analyse en interpretatie. 5.2.3. Valideert het test model (vergelijking modelresultaten met theoretische/referentiewaarden). 5.2.4. Indien nodig wordt het model aangepast of

306



uitgebreid. 5.2.5. Past vakkennis op de juiste wijze toe. Competentie 6: Eigen Systeem beheren (optioneel) 6.2.2. Werkt zich in op nieuwe software of scriptingtaal (Perl, glimmer). 6.2.3. Leest documentatie van software en past het toe bij het uitvoeren van opdrachten. 6.2.4. Scripts voor het automatiseren van handelingen schrijven en uitvoeren. Competentie 7: Communicatie Gesprek C2-07. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-08. Geeft non-verbaal blijk van luisteren. C2-09. Laat de ander voldoende uitpraten. C2-10. Verwoordt helder en kernachtig een mening. C2-11. Vat correct en regelmatig samen. Competentie 8: Planmatig/projectmatig werken 8.2.1. Levert een bijdrage aan het tot stand komen van het gemeenschappelijke projectdoel of een eigen projectdoel. 8.2.3. Houdt rekening met belangen, werkwijzen en resultaten van collega’s. 8.2.4. Levert een persoonlijke bijdrage aan het project door volgens vooraf vastgestelde planning en activiteiten te werken. Competentie 9: Samenwerken S2-01. Maakt concrete afspraken. S2-02. Houdt zich aan de regels en gemaakte afspraken. S2-03. Is aanwezig gedurende de afgesproken werkuren. S2-04. Besteedt aanwezige uren daadwerkelijk aan opdracht. S2-05. Geeft feedback. S2-06. Staat open voor feedback. S2-07. Neemt adequaat deel aan vergaderingen. Is actief bij de vergadering betrokken. Draagt merkbaar bij aan de vergadering. S2-08. Voert eigen rollen in het team adequaat uit. S2-09. Legt verantwoording af over het eigen handelen. S2-10. Weet van de andere teamleden hun rol(len)

307


Code: BMCBi-RM30-V Naam: Onderzoeksverslag Vorm: Schriftelijk Individueel Weging: 1 Beoordeling: Cijfer Ondergrens: 5,5

te benoemen. S2-12. Staat open voor aansturing van projectleider/voorzitter. S2-13. Toont respect voor de ander. Heeft aandacht voor de ander. Neemt de ander serieus. S2-14. Toont initiatief, komt met voorstellen. Komt met suggesties zowel procesmatig als inhoudelijk. S2-15. Onderhandelt goed. Toont aan dat hij rekening houdt met het belang van de ander, zonder zijn eigen belang te verliezen. S2-16. Weet goed met conflicten om te gaan (en kan zijn aanpak verantwoorden). S2-17. Is voldoende assertief. Komt op voor eigen ideeën en meningen. S2-18. Toont verantwoordelijkheid voor het groepsgebeuren. Competentie 1: Verhelderen van een natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. 1.2.5. Na verheldering van de onderzoeksopdracht worden basismethoden geselecteerd en gemotiveerd die in aanmerking komen om de opdracht uit te voeren. 1.2.8. Rapporteert aan de opdrachtgever hoe de opdracht zal worden uitgevoerd. 1.2.9. Laat zien dat hij in alle fasen van het ontwerp van het onderzoek vakkennis op de juiste wijze kan toepassen. Competentie 2: Software ontwikkeling 2.2.9. Documenteert de technische resultaten volgens standaarden in het werkveld.


Zie beoordelingsformulier “Onderzoeksverslag biologie en medisch laboratoriumonderzoek, chemie en Bio-informatica”.

Zie beoordelingsformulier “Onderzoeksverslag biologie en medisch laboratoriumonderzoek, chemie en Bioinformatica”. 55 punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

308



Code: BMCBi-RM30-L Naam: Literatuurverslag Vorm: Schriftelijk Individueel

Competentie 4: Data Analyse 4.2.2. Begrijpt de te gebruiken Bio-informatica en statistische methoden. 4.2.3. Voert m.b.v. statistische en Bio-informatica methoden analyses uit op biologische data. Voert de juiste berekeningen uit, begrijpt de resultaten en interpreteert de data op de juiste wijze (T-toets, clusteren, correlaties, sequence alignment, normalisatie). 4.2.4. Geeft een antwoord op de vraagstelling op grond van verkregen resultaten. 4.2.5. Legt de analyse methode, de resultaten en de interpretaties overzichtelijk vast in een onderzoeksverslag. 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. 4.2.8. Laat zien dat hij in alle fasen van de analyses op de juiste wijze vakkennis weet toe te passen. Competentie 5: Modelleren (optioneel) 5.2.1. Bestudeert zorgvuldig het (biologisch) proces en geeft op basis hiervan een gesimplificeerde beschrijving. 5.2.2. Leest aangereikte databronnen en gebruikt statistische methoden om een complex biologisch procesgedrag te verklaren na analyse en interpretatie. 5.2.5. Past vakkennis op de juiste wijze toe. Competentie 7: Communicatie (tekst) C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan aan de doelgroep (lezers). C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten. Competentie 1: Verhelderen van een natuurwetenschappelijke vraagstelling 1.2.2. Voert een gesprek met de expert om helderheid te krijgen over de opdracht. Hierbij communiceert hij open en helder met de expert (opdrachtgever) en stelt de juiste vragen om de opdracht duidelijk te krijgen. 1.2.3. Leidt uit een opdrachtbeschrijving de juiste natuurwetenschappelijke onderzoeksvragen af


Zie beoordelingsformulier “Literatuurverslag biologie en medisch laboratoriumonderzoek, chemie en Bio-informatica”.

Zie beoordelingsformulier “Literatuurverslag biologie en medisch laboratoriumonderzoek, chemie en Bioinformatica”. 55 punten moeten behaald zijn voor een voldoende (5.5).

309





met bijbehorende hypothese. 1.2.4. Zoekt, selecteert (benoemt de keyelementen uit de bronnen, die voor de opdracht in aanmerking komen) en beoordeelt zelfstandig informatie op relevantie en betrouwbaarheid. Het betreft bronnen die relevant zijn voor het natuurwetenschappelijke onderzoek. En gebruikt deze informatie in het onderzoeksplan. Competentie 4: Data Analyse 4.2.7. Voert aan de hand van de gevonden resultaten een zinvolle discussie en trekt gefundeerde conclusies. Competentie 7: Communicatie (tekst) C2-12 Hanteert correcte spelling en zinsbouw C2-13 Geeft het doel aan. C2-14 Past de vorm van de tekst en de woordkeus aan aan de doelgroep (lezers). C2-15 Brengt helder structuur aan in complexere teksten.

310


BEOORDELINGSFORMULIER Researchminor 30 stp

Hogeschool van Arnhem en Nijmegen Hogere Laboratoriumopleidingen Student:

Research minor docent:

Studentnummer: Research minor 30 stp

Beroepstaak: Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek

Research minor locatie:

Reflectieverslag:

…………

Literatuurverslag:

…………

Werkzaamheden:

…………

Onderzoeksverslag:

…………

Eindcijfer:

…………

(1 x cijfer literatuurverslag + 1 x cijfer werkzaamheden + 1 x cijfer onderzoeksverslag) / 3 Het reflectieverslag moet met voldaan zijn beoordeeld

Naam en handtekening researchminordocent

Datum

………………………………………………….

…………………….

…….

311


Beoordelingsformulier Reflectieverslag Minor Bio-informatica Naam: …………………………....………………

Studentnummer:

Klas: ………………………………………………..

Datum: ……………………………………..…………...

REFLECTIEVERSLAG

ONVOLDOENDE INHOUD

12.2.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm 12.2.4. Zet een ondersteunend sociaal netwerk in waar nodig 12.2.1. Geeft begeleid zijn eigen competentieontwikkeling vorm 12.2.2. Neemt verantwoordelijkheid voor zijn eigen studievoortgang

De student beschrijft de handelingen die bijgedragen hebben aan het realiseren van de POP (in de ik-vorm). Waar van toepassing, wordt naar bewijsdocumenten van de resultaten hiervan verwezen.

De student kijkt kritisch terug naar zijn/haar leerproces, benoemt wat goed is gegaan en wat minder goed, benoemt de oorzaken hiervoor, koppelt dit aan zijn/haar eigen handelen.

De student geeft aan wat hij/zij geleerd heeft (in de ik-vorm) en benoemd daarbij concrete resultaten en/of producten.

De student geeft aan of en hoe hij/zij de taken anders had kunnen aanpakken (alternatieven). Er worden nieuwe leerdoelen genoemd. VORM 7.3.C3-11,C3-10,C3-15.

……………………………..


Eindoordeel (voldoende indien alle onderdelen voldoende zijn) Opmerkingen


312

VOLDOENDE



Beoordelingsformulier Werkzaamheden Research Minor Bio-informatica Naam student: ………………………………………. Klas: …………..

Stageplaats:………………………………………………………………………………………………………………………………


Cijfer student: ………… (aantal punten/12.5)

Opmerking m.b.t. het invullen van onderstaande puntentabel: Voor ieder trefwoord kunnen punten vergeven worden. Onder de indicatoren is de range van het aantal mogelijk te vergeven punten aangegeven. Hierdoor wordt een weging aan de verschillende indicatoren gerealiseerd. Als alle criteria net voldoende worden beoordeeld komt de student op 55 punten; als alle activiteiten net bovengemiddeld beoordeeld worden op 75 en als alle activiteiten excellent (maximaal aantal punten) beoordeeld worden op 100 punten.

onvoldoende

Dit criteria geldt als Knock-out en moet als voldoende beoordeeld worden voordat de puntenlijst ingevuld kan worden.


Vraagverheldering (10 pnt)



Onvoldoende


voldoende

bovengemiddeld



0………1…………………………………………2……………………………...3……………………………………….4……………………………………………5 - komt met voorstellen voor de aanpak van het onderzoek


voldoende


0………1……………………..…..2……..…………………………...3……………………………………….4……………………....……………5

313



(BT2) Ontwikkelen (software) (40 pnt)


- Schrijft scripts voor de verheldering van een biologische vraagstelling


… en de software is generiek en inzetbaar voor het beoogde doel - documenteert software

Punten:

Modelleren (C5, niveau 2) Punten: Ontwikkelen van Software (C2, niveau 2)

Punten:


Punten:

Data analyseren (40 pnt)



Punten:



0……2………4………..6…..…….8….……9………….10……….…….11…………..…12………......……13……..…..….14…................15 - modelleert software voorafgaande aan de ontwikkeling



0………2……………4………..…..6………………6,5……………..…….7……….……..….…8……………..…………9………………..………10 - Is in staat om bestaande algoritmes en modules toe te passen





0………………3…………………6…………9………………10……………………11………………12……………………13………………14………………15 - voert op de juiste wijze volgens de geschikte methoden de analyse van resultaten uit (onder begeleiding)

… en is staat om nieuwe vragen te formuleren op basis van de geanalyseerde data


0………2……………4………..…..6………………6,5……………..…….7……….……..….…8……………..…………9………………..………10 - doet uitspraak over de bruikbaarheid van de behaalde resultaten op basis van nauwkeurigheid en betrouwbaarheid



0………2……………4………..…..6………………6,5……………..…….7……….……..….…8……………..…………9………………..………10 - leidt uit de verkregen resultaten conclusies af m.b.t. de onderzoeksvraag (onder begeleiding). - voert op de juiste wijze

314

… en legt verbanden met andere deelexperimenten en literatuurwaarden - maakt voorstellen voor

…en doet dit zelfstandig.


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden foutendiscussie uit

Punten: Rapporteren en presenteren (C7, niveau 2)

samenwerken (5 pnt)


Beheren (5 pnt)

Punten: Data beheren (C3, niveau 2)

vervolgexperimenten

0………2……………4………..…..6………………6,5……………..…….7……….……..….…8……………..…………9………………..………10 presenteert volgens de normen van presentatietechnieken zijn onderzoeksresultaten (werkbespreking)


.. presenteert en discussieert op een heldere en overtuigende wijze.

0………2……………4………………6………………6,5………………7…………………8……………………9……………………………………10 - beheert eigen data



Eigen systeem beheren (C6, niveau 2)


Punten:

0…………………1……………2…………………………………………3…………………………4…………………………………………5




Punten:

0………………….……1…………………………………………………………………..………………………..………………………2


- voert werkzaamheden volgens planning uit (ook onder tijdsdruk), - ziet erop toe dat doelen worden gehaald; stuurt zijn werkzaamheden bij op aanwijzingen van begeleider

Punten:



0…………………1…………………………………………………2……………………………..………………………………………3


- kan samenwerken in een team: houdt zich aan de gemaakte afspraken; herkent de eigen rol en die van anderen in het team en gaat hier adequaat mee om

Punten:

0…………………1…………….…………………………………………2………………………….…………………………………………3

315





Punten:

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden - communiceert (volgens de basisregels van communicatie) met collega's, begeleiders (kan luisteren, neemt initiatief voor gesprek, staat open voor feedback, probeert conflicten op te lossen)

0………………….……………1………………………………………….………………………2





.....…… punten

Cijfer student: ………… (aantal punten/10) Naam en handtekening stagebegeleider:


316



BEOORDELINGSFORMULIER VERSLAG RESEARCHMINOR Naam student: ……………………………………………………………

Student nr: ………………………………

Klas: …………

Stageplaats: …………………………………………………………………………………………………………………………………………………… LET VOORAFGAAND AAN HET INVULLEN VAN DIT FORMULIER EROP DAT DE SCHUIFBALK MET HET AANTAL TOE TE KENNEN PUNTEN IN LETTERTYPE VERDENA, GROOTTE 8 WEERGEGEVEN IS. Het vak excellent is bij veel competenties open gelaten, echter er kunnen wel punten worden gegeven. Indien u een student beoordeeld met excellent moet er één of meerdere voorbeelden worden gegeven waaruit blijkt dat de student excellent is. Competentie Trefwoord

Onvoldoende

voldoende

bovengemiddeld

Rapport voldoet aan vormgevingseisen genoemd in Exact Communiceren (van der Laan)

Vormgeving (15 pnt)

Vormgeving Punten

Taalgebruik


Punten

0…….1…………………………………….….…2………………………..3………………………………………...……..5 Taalgebruik: a. Correct taalgebruik (=geen taal/spelfouten).


Verslag is in andere taal zijnde niet de moedertaal geschreven op een correcte manier.

0……………………..……5……………..…….6…………………………7……………..…….…………..………….….10 De samenvatting beschrijft doel, methode en eindresultaten van het onderzoek in maximaal ½ A4 zodanig dat het als een zelfstandig geheel gelezen kan worden.

samenvatting

Punten:

excellent

0………………………….…………………..…3…….…………………..5...……………………….…..…..….............7

317


Inleiding (10 pnt)


Inleiding

Punten: Materialen en methoden

middenstuk(29 pnt)

Punten:

Resultaten

Punten:

De onderzoeksvraag is in een theoretisch kader geplaatst. De samenhang met de methoden, materialen en resultaten komt niet duidelijk naar voren.


0………….2……………...……………5…………….…….……..….…7……….…..….…………..………..………10 - Beschrijft de specifiek gebruikte methode/materialen.


0……….….………………………….7……….…...…..………………10………………………………….…………15



0………..………..……4……………......6……..…………….………..……….8…………………..…....…………10 Rapport bevat leesbare figuren die compleet zijn en helder te begrijpen zijn.

Punten:

afsluiting (25 pnt)


Discussie

0……..…1…………….………..….…...2……..………………….……...3……………………………....……………4


318


Voert een zinvolle discussie: geeft een heldere verklaring waarom de hypothese wel of niet gesteund kan worden met behulp van de verzamelde data. Uit de discussie blijkt een correcte toepassing van de theoretische inzichten. Vergelijkt de onderzoeksresultaten met andere analyses, referentiewaarden of theoretische waarden uit de


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden literatuur.

Punten:

0………..…1……………4……………………5………….…...…………….…6……………………….………….…………8 Er worden duidelijke aanbevelingen voor vervolgexperimenten en onderzoek beschreven.

Punten:

0………..…1……………………….……..…2………….…...……………..…………..…3…………………….….…………4 De discussie bevat uitspraken over nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van de resultaten

Punten:

0………..…1……………………….……..…2………….…...……………..…………..…3…………………….….…………4 - In de conclusie wordt een antwoord gegeven op de onderzoeksvraag.

conclusie


Punten:

0……….……………2………..…..….5……………….....6……..……….………...7..……..………………....……………9 Rapport bevat literatuurlijst. In de tekst wordt verwezen naar bronnen die opgenomen zijn in de literatuurlijst ,

Literatuur

Punten:

0………..…1……………………….……..…2………….…...……………..…………..…3…………………….….…………4

319





Punten:



0………….2……………...……………5…………….…….……..….…7……….…..….…………..………..………10

Aantal punten totaal Aanvullend commentaar


.....…… punten

Cijfer student:

………… (aantal punten/10)



320



Beoordelingslijst Literatuurverslag Researchminor Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek, Chemie en Bioinformatica Naam student: ……………………………………………………………

Student nr: ………………………………

Klas: …………

Minorplaats: ………………………………………………………………………………………………………………………………………………… Deze criteria gelden als knock-out en moeten als voldoende beoordeeld worden voordat de puntenlijst ingevuld kan worden.

onvoldoende

voldoende

Letter type, grootte, uitlijning en regelafstand zijn consistent toegepast, paginanummers zijn aanwezig en de structuur is duidelijk herkenbaar.

Het rapport bevat een bronnenlijst. In de tekst wordt naar deze bronnen verwezen.

LET VOORAFGAAND AAN HET INVULLEN VAN DIT FORMULIER EROP DAT DE SCHUIFBALK MET HET AANTAL TOE TE KENNEN PUNTEN IN LETTERTYPE VERDENA, GROOTTE 8 WEERGEGEVEN IS. Het vak excellent is bij veel competenties open gelaten, echter kunnen er wel punten gegeven worden. Indien u een student beoordeelt met excellent moeten er één of meerdere voorbeelden worden gegevens waaruit blijkt dat de student excellent is.

Literatuur onderzoek(35 punten)


onvoldoende

Definiëren van achtergrondinformatie en aanvullende vragen (1.2.2., 1.2.3.) Punten:

Punten:

De student identificeert de relevante aspecten van het onderwerp dat in het review besproken wordt.

bovengemiddeld

excellent

De selectie van onderwerpen/aspecten die besproken worden is zeer relevant

0…………2……….….…4………..….….6….……………….…7…….………………….…..…8………......……..……..9…..…………………................10

Selecteren van literatuur (1.2.4)

voldoende

De student selecteert natuurwetenschappelijk literatuur de relevant is voor het onderwerp.

De student verzamelt een brede selectie aan relevante literatuur en kan deze in het verslag correct integreren.

0……….…3……….….…6………..….….9….……………….…10…….…………….…..…12………......……..…..13…..…………………...............15

321



Samenhang (1.2.6.)

Analyse resultaten(25 punten)

Punten:

De onderwerpen die in het review De manier waarop de review besproken worden plaatst de verwijst naar de groter context is student in een grotere context zeer logisch en bondig. m.b.t onderzoek en maatschappelijke betekenis. 0…………2……….….…4………..….….6….……………….…7…….………………….…..…8………......……..……..9…..……………..……..............10

Wetenschappelijke discussie (4.2.7., 4.2.8, 4.2.4) Punten:

De discussie van de literatuur is wetenschappelijk correct.

… en de informatie uit verschillende bronnen is logisch gecombineerd

0…………3……….….…6………..….….9….……………….…10…….……………….…..…12………......……..…..13…..………………...............15

… en de conclusie is logisch gebaseerd op de algemene Conclusies introductie van het onderwerp en (4.2.8., 4.2.7, C2-14, C2-15) op verschillende specifieke aspecten die in het verslag aan de orde gekomen zijn Punten: 0…………2……….….…4………..….….6….……………….…7…….………………….…..…8………......……..……..9…..…………………................10 De student concludeert over de stand van de kennis in het onderzoeksveld, mogelijke toekomstige vragen en geeft advies (indien van toepassing)

Schrijven (C2-12, C2-14, C215): spelling, zinsbouw en wetenschappelijke stijl:

Rapporteren (30 punten)


Punten:

Het rapport bevat zeer weinig fouten m.b.t. spelling, zinsbouw en/of schrijfstijl.

0…………2……….….…4………..….….6….……………….…7…….………………….…..…8………......……..……..9…..…………………................10

Schrijven (C2-13, C2-15): Structuur

Punten:

Het rapport bevat weinig maar structurele fouten m.b.t. spelling, zinsbouw en/of schrijfstijl.

Het review begint met een algemene inleiding op het thema en de onderwerpen die besproken worden, gevolgd door een gestructureerde discussie van de specifieke onderwerpen. Het rapport eindigt met een algemene conclusie gebaseerd op de specifieke onderwerpen

Er is een goed samenhangende en logische overgang tussen de verschillende delen van het rapport.

0…………2……….….…4………..….….6….……………….…7…….………………….…..…8………......……..……..9…..…………………................10

Schrijven (C2-14, C2-15): Afbeeldingen en tabellen

Afbeeldingen en/of tabellen worden Tekst en afbeeldingen dragen gebruikt om de boodschap te optimaal bij aan het vertellen van visualiseren en te ondersteunen. Ze één verhaal. bevatten beschrijvingen die duidelijk zijn zonder de tekst te

322


Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens Gegevens HAN gecertificeerde minoren en daartoe behorende onderwijseenheden moeten lezen.

Punten:

0…………1………….…2…………………..3….……..……………………………………………….……4………………………………………..…………...………..5

Schrijven (C2-14, C2-15): Samenvatting Punten:

De samenvatting is een afspiegeling De samenvatting geeft bondig de van de inhoud van het rapport. inhoud van het rapport weer.

…. en wekt het interesse van de lezer om het hele rapport te lezen

0…………………2…………………..3….……..………………………………….……4……………………...………..5

Verantwoording eigen werk

Punten:

De student werd structureel geholpen bij het schrijven van het rapport

De student heeft de meeste literatuur zelfstandig geselecteerd en heeft alleen algemene feedback ontvangen.

De student heeft literatuur geselecteerd en heeft het rapport zelfstandig geschreven

0…….………2…………..4.…..…………......…6…..……..……………....8…………………................10




.....…… punten

Cijfer student: (aantal punten/10)

…………

323





324


Titel OWE

Minor Nanotechnologie


ASC-M-NT Chemie, Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek, Bio-informatica 3-jaars voltijds HBO studenten in technische richting met (bio)chemische, medische of natuurkundige vooropleiding of beroepservaring. Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek.

3. 4. 5. 6. 7.

Beroepstaak/ beroepstaken Centrale beroepstaak (Beroeps) Producten Studiepunten, studielast Samenhang met andere OWE’en

8.


9.


10.

Competenties

11.


12.

Tentaminering

13.

Verplichte literatuur Aanbevolen literatuur Software

14. 15.

n.v.t. n.v.t. 30 stp 840 SBU In de minor wordt bestudeerd hoe nanomaterialen en -structuren (< 500 nm) zichtbaar gemaakt, gemeten, geanalyseerd en gericht gemanipuleerd of gesynthetiseerd kunnen worden. Er wordt een basis gelegd om de fysische en chemische achtergrond van de verschijnselen die op nanoschaal plaatsvinden te kunnen verklaren en te voorspellen. Daarnaast wordt ingegaan of allerlei microscopische technieken waarmee de nanowereld zichtbaar kan worden gemaakt. Minimaal 2 jaar HBO grotendeels afgerond in technische richting, (bijbehorende studiepunten behaald) met aantoonbare affiniteit met (bio)chemische, medische of natuurkundige invalshoek. Om een cijfer te verkrijgen voor de praktijk dient men bij alle praktijksessies aanwezig te zijn geweest. De centrale opdracht is, te onderzoeken op welke wijze materialen en structuren met afmetingen kleiner dan 500 nanometer in detail zichtbaar gemaakt, gemeten, en gericht gemanipuleerd of gesynthetiseerd kunnen worden. Aan de hand van theorie, workshops, (week) opdrachten en practica en eventueel een specialisatie-onderwerp naar keuze wordt aan deze centrale opdracht gewerkt. Hierbij worden technieken uit de Nanotechnologie in een volgorde behandeld die zoveel mogelijk aansluit bij (de ontwikkeling van) het kennisniveau na de eerste twee jaren Hbo-opleiding. - Ontwerpen - Experimenteren - Resultaten analyseren - Kwaliteitsbeheer - Beheer en administratie - Rapporteren en Presenteren - Planmatig en projectmatig werken Zie toetsprogramma voor omschrijving toets, toetsvorm, beoordelingscriteria en indicatoren. Deeltentamens Weging Compensatiemogelijkheden Instapvoorwaarden tentamen Frequentie (deel)-tentamens  Informatie volgt 

Informatie volgt Informatie volgt Informatie volgt Informatie volgt Informatie volgt

Informatie volgt

ChemSketch, JMol, YASARA

verdere informatie volgt

325


16. 17. 18. 19.


In deze OWE worden multimediale middelen gebruikt om het onderwijs te ondersteunen, zoals PowerPoint, video en sociale media. Zie werkvormen Informatie volgt

Les- / Contacturen

Geprogrammeerde onderwijstijd:

Informatie volgt 20. 21.

Onderwijsperiode Aantal deelnemers

Periode 3 en 4 Minimum aantal deelnemers 10 Maximum aantal deelnemers 15

326



Toetsprogramma Minor Nanotechnologie (ASC-M-NT) Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek op het gebied van de nanotechnologie.

Informatie volgt

327



Beoordelingsformulieren INFORMATIE VOLGT

328


6.

Deel 3 Regelingen betreffende het onderwijs en de tentamens

Opsomming onderwijseenheden van AD-graad naar Bachelorgraad

Conform artikel 3.2 lid 8 van de OER Niet van toepassing

7.

Eindkwalificaties HBO-bachelorgraad

Conform artikel 1.3 van de OER Beschrijving van de eindkwalificaties die de student dient te verwerven om het HBO-bachelorgraad te behalen. De beroepstaken van de opleiding Bio-informatica zijn: Beroepstaak 1 (BI-BT1): Opzetten en beheren van een Bio-informatica infrastructuur. Beroepstaak 2 (BI-BT2): Ontwerpen en ontwikkelen van software. Beroepstaak 3 (BI-BT3): Integreren en visualiseren van biologische gegevens. Beroepstaak 4 (BI-BT4): Uitvoeren van natuurwetenschappelijk onderzoek De opleidingscompetenties van de opleiding Bio-informatica zijn: 1. Vraag verhelderen 2. Ontwikkelen van software 3. Data beheren 4. Analyseren van data 5. Voorspellen en modelleren 6. Eigen systeem beheren 7. Rapporteren en presenteren 8. Planmatig en projectmatig werken 9. Samenwerken in een team 10. Begeleiding en leiding geven 11. Adviseren 12. Sturen professionele ontwikkeling Eindkwalificaties van de opleiding:

Deze competenties zijn verder uitgewerkt in handelingsindicatoren op 3 niveaus (propedeuse, hoofdfase en afstudeerfase). Studenten werken in de propedeuse op niveau 1 aan deze competenties en eindigen bij het afstuderen op niveau 3. Voor verdere informatie over de competenties en handelingsindicatoren van de opleiding zie het opleidingscompetentieprofiel van de opleiding Bio-informatica. Deze zijn te vinden op de digitale werkomgeving van de opleidingscommissie. In deel 1B van het opleidingsstatuut is te zien hoe de opleidingscompetenties en de opleidingsspecifieke niveaus precies samenhangen met de landelijke competenties en landelijke niveaus. Eindkwalificaties van de opleiding: Deze competenties zijn verder uitgewerkt in handelingsindicatoren op 3 niveaus (propedeuse, hoofdfase en afstudeerfase). Studenten werken in de propedeuse op niveau 1 aan deze competenties en eindigen bij het afstuderen op niveau 3. Voor verdere informatie over de competenties en handelingsindicatoren van de opleiding zie het opleidingscompetentieprofiel van de opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek. Deze zijn te vinden op de digitale werkomgeving van de opleidingscommissie. In deel 1B van het opleidingsstatuut is te zien hoe de opleidingscompetenties en de opleiding specifieke niveaus precies samenhangen met de landelijke competenties en landelijke niveaus. 329

Opleidingsstatuut Bacheloropleiding Bio-informatica Studiejaar

Recommend Documents