LAPORAN MAGANG
UNIT KERJA LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER BALAI BESAR PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN VEKTOR DAN RESERVOIR PENYAKIT (B2P2VRP)
Disusun Oleh: Zaima Amalia J 410 090 064
PROGRAM STUDI KESEHATAN MASYARAKAT FAKULTAS ILMU KESEHATAN UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SURAKARTA 2013
ii
PERNYATAAN PERSETUJUAN
Laporan magang dengan judul : Laporan Magang Unit Kerja Laboratorium Biologi Molekuler Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP) yang disusun oleh : Nama : Zaima Amalia NIM
: J 410 090 064
telah disetujui dan disahkan serta dipertahankan dalam seminar laporan magang pada Sabtu, 4 Mei 2013, di Program Studi Kesehatan Masyarakat, Fakultas Ilmu Kesehatan, Universitas Muhammadiyah Surakarta.
Surakarta,
Mei 2013
Atas Nama Pembimbing Lapangan
Pembimbing Akademik
Ka. Subbidang Sarana Penelitian dan Pengujian
Tri Puji Kurniawan, SKM, M.Kes
Farida Dwi Handayani, S.Si, M.S
Menyetujui,
Ketua Program Studi Kesehatan Masyarakat
Yuli Kusumawati SKM. M.Kes (Epid)
iii
KATA PENGANTAR
Alhamdulillah, segala puji bagi Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat, hidayah serta inayahnya bagi penulis sehingga dapat menyelesaikan laporan ini. Shalawat serta salam tak lupa penulis haturkan kepada junjungan Nabi besar Muhammad SAW yang dengan perjuangannya dapat mengantarkan menjadi umat pilihan yang terlahir untuk seluruh umat manusia demi menuju ridha-Nya. Laporan magang ini merupakan salah satu kegiatan magang yang telah dilaksanakan di laboratorium Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP). Sebagai salah satu hasil kegiatan, diharapkan laporan ini dapat memberikan manfaat terutama bagi B2P2VRP, Progdi Kesehatan Masyarakat, dan seluruh pembaca yang membutuhkan. Penulis menyadari bahwa keberhasilan dalam penulisan laporan magang dan dalam pelaksanaan magang ini, tidak terlepas oleh bantuan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada: 1. Bapak Arif Widodo, A.Kep, M.Kes, selaku Dekan Fakultas Ilmu Kesehatan 2. Ibu Yuli Kusumawati, Skm. M.Kes, selaku Ketua Program Studi Kesehatan Masyarakat 3. Bapak Drs. Bambang Heriyanto, M.Kes, selaku Kepala Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP) 4. Bapak Drs. Ristiyanto, M.Kes, selaku Kepala Bidang Pelayanan dan Penelitian 5. Ibu Farida Dwi Handayani, S.Si, M.S, selaku Kepala Subbidang Sarana Penelitian dan Pengujian 6. Almarhumah Ibu Dra. Retno Ambar Yuniarti, M.Kes, selaku pembimbing lapangan. Semoga amal ibadah beliau diterima di sisi-Nya. Amiin.. 7. Bapak Tri Puji Kurniawan, SKM selaku pembimbing akademik 8. Mbak Mega, Mbak Arum, Mbak April, dan Mas Tri selaku teknisi Laboratorium Biologi Molekuler 9. Mbak Revi dan Mbak Elly (Bidang Pelayanan Penelitian), Pak Gie (Lab. Lalat dan Lipas), Bu Hetty dan Mbak Ari ( Lab. Pengendalian Hayati), Pak Sarminto dan Mbak Novi (Lab. Insektarium Culicinae dan Anophelinae Bag. Atas), Mbak Evi dan Pak Tri (Lab. Uji Kaji Insektisida), Mas Yuli, Pak Udin, dan Mbak Siska (Lab. Reservoir), Pak Kusno (Lab. Parasitologi), Pak Rendro, iv
Mbak Esti, dan Mas Arief (Lab. Mikrobiologi), Pak Sapta dan Pak Mujiono (Lab. Referensi), Mas Jacky dan Mas Gani (Perpustakaan) dan seluruh staff B2P2VRP 10. Ibu, kakak, dan adik serta keluarga tercinta 11. Teman-teman seperjuangan, peminatan Epidemiologi khususnya, dan progdi Kesehatan Masyarakat umumnya, serta 12. Seluruh pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu persatu yang telah membantu dalam proses pelaksanaan magang sampai terselesaikannya laporan magang ini dengan baik. Semoga segala amalan baik tersebut mendapat imbalan yang setimpal dari Allah SWT. Penulis berharap bahwa laporan magang ini dapat membantu dan bermanfaat bagi mahasiswa serta Progdi Kesehatan Masyarakat FIK UMS, B2P2VRP, dan instansi-instansi terkait lainnya. Akhirnya dengan terselesainya laporan ini, penulis sangat mengharapkan kritik dan saran dari para pembaca untuk penyempurnaan penyusunan laporan ini.
Surakarta, 27 Mei 2013
Penulis
v
DAFTAR ISI
COVER/SAMPUL LUAR ....................................................................................
I
SAMPUL DALAM ...............................................................................................
ii
PERNYATAAN PERSETUJUAN .......................................................................
iii
KATA PENGANTAR ........................................................................................... iv DAFTAR ISI .........................................................................................................
vi
DAFTAR TABEL .................................................................................................
viii
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................
ix
DAFTAR LAMPIRAN .........................................................................................
x
BAB I. PENDAHULUAN ....................................................................................
1
A. Latar Belakang ....................................................................................
1
B. Tujuan ……….....................................................................................
2
C. Manfaat ................................................................................................ 3 BAB II. ANALISIS SITUASI UMUM ................................................................. 5 A. Sejarah B2P2VRP ...............................................................................
5
B. Visi, Misi dan Tupoksi (Tugas Pokok dan Fungsi) ............................. 6 C. Kemitraan ............................................................................................
7
D. Struktur Organisasi .............................................................................. 8 E. Sumber Daya Manusia (SDM) ............................................................ 11 F. Sarana dan Prasarana ........................................................................... 14 BAB III. ANALISIS SITUASI KHUSUS PADA UNIT KERJA LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER .....................................
25
A. Fungsi Laboratorium ………………………………………………...
25
B. Orientasi Laboratorium .......................................................................
25
C. Leptospirosis ..................…………………………………………….
29
BAB IV. IDENTIFIKASI DAN PRIORITAS MASALAH ................................
32
A. Identifikasi Masalah ............................................................................
32
B. Prioritas Masalah ..…………………………………………………... 32 BAB V. HASIL DAN ALTERNATIF PENYELESAIAN MASALAH .............
35
A. Hasil ..………………………………………………………………..
35
B. Alternatif Penyelesaian Masalah …………………………………… 38 BAB VI. KESIMPULAN DAN SARAN .............................................................
vi
40
A. Kesimpulan ………………………………………………………………
40
B. Saran ……………………………………………………………………..
40
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... LAMPIRAN
vii
42
DAFTAR TABEL Tabel 1. Jumlah Pegawai B2P2VRP Menurut Jabatan Tahun 2011 ......................
13
Tabel 2. Penetapan Prioritas Masalah Kesehatan .................................................. 33 Tabel 3. Hasil Pelaksanaan dan Pendokumentasian Proses Praktikum PCR ........ 35
viii
DAFTAR GAMBAR Gambar 1. Pemrakarsa UPBVP (1976) ................................................................. 5 Gambar 2. Bangunan Pertama SPVP (1987) di Salatiga ......................................
6
Gambar 3. Struktur Organisasi B2P2VRP Tahun 2013 .......................................
9
Gambar 4. Grafik Jumlah Pegawai Menurut Status Kepegawaian Tahun 2011 ..
12
Gambar 5. Grafik Presentase Jumlah Pegawai Menurut Jenis Kelamin Tahun 2011 ......................................................................................................
12
Gambar 6. Grafik Presentase Jumlah Pegawai B2P2VRP Menurut Tingkat Pendidikan Tahun 2011 ........................................................................
13
Gambar 7. Grafik Presentase Jumlah Pegawai B2P2VRP Menurut Golongan Tahun 2011 ...........................................................................................
14
Gambar 8. Pengembangbiakan Periplaneta americana dan siklus hidup lalat ....
15
Gambar 9. Pengembangbiakan Rhomanomermis iyengari dan ikan Poecilia reticulata (ikan gupi) ............................................................................
16
Gambar 10. Siklus hidup nyamuk secara umum dan tempat perkembangbiakan larva instar I-III ....................................................................................
16
Gambar 11. Alat untuk tunnel test dan glass cylinder ..........................................
17
Gambar 12. Struktur pinjal jenis Ctenocephalides felis felis dan beberapa preparat/awetan mata, jantung, paru dan plasenta tikus .......................
18
Gambar 13. Teaching microscope dan pedoman deteksi plasmodium .................
19
Gambar 14. Proses isolasi Bacillus thuringiensis dan Sentrifuge .........................
19
Gambar 15. Peralatan di Laboratorium Biologi Molekuler ..................................
20
Gambar 16. Spesimen Insekta dan Spesimen Rodensia ........................................ 21 Gambar 17. Ruang Baca Perpustakaan .................................................................
22
Gambar 18. Diorama Barries Vektor Malaria .......................................................
23
Gambar 19. Proses PCR (Polymerase Chain Reaction) .......................................
26
Gambar 20. Proses ELISA tipe Indirect ELISA ...................................................
28
Gambar 21. Foto Hasil PCR Sampel A dan B ......................................................
37
ix
DAFTAR LAMPIRAN Peraturan Menteri Kesehatan no. 1353/MENKES/PER/IX/2005 Laporan Harian Magang Standard Operational Procedure (SOP) Isolasi DNA Standard Operational Procedure (SOP) PCR Foto Kegiatan Sertifikat Magang
x
BAB I PENDAHULUAN
A. Latar Belakang Magang merupakan salah satu upaya pemenuhan tujuan Pendidikan Tinggi sesuai dengan pernyataan European Public Health Assosiation bahwa lulusan Public Health harus mampu berinteraksi dengan politisi dan praktisioner agar mampu berpikir inovatif dalam pemecahan masalah khususnya di bidang kesehatan. Oleh karena itu, magang merupakan salah satu kewajiban mahasiswa yang dicantumkan dalam Satuan Kredit Semester (SKS) dan ditempuh setelah semua teori dipelajari. Magang dilaksanakan dengan menggunakan perhitungan bahwa satu SKS setara dengan 6 jam kegiatan mandiri. Magang mempunyai bobot 2 SKS yang dilaksanakan 28 jam per minggu dan berlangsung selama 4 minggu di lapangan, sedangkan jam magang menyesuaikan dengan tempat magang. Program magang yang dilakukan penulis di Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir (B2P2VRP) Salatiga bertujuan untuk menambah wawasan tentang analisis epidemiologi penyakit (baik menular maupun tidak menular) yang seringkali menjadi masalah kesehatan dan khususnya tentang penyakit yang terkait dengan tular reservoir dan merupakan zoonosis. Leptospirosis merupakan salah satu masalah kesehatan yang terjadi di Indonesia. Sebagai salah satu penyakit tular reservoir, leptospirosis sangat mudah tersebar di Indonesia dengan 42,83% warganya yang berprofesi menjadi petani (Suprapto, 2010) dan penelitian Ir. La Ode Arief M. Rur SC. pada tahun 2005 menunjukkan bahwa hanya 20% petani yang menggunakan alat pelindung diri (APD) secara lengkap ( ___, 2013). Sepanjang tahun 2013, leptopirosis telah menyebabkan satu orang meninggal di Solo pada 11 Maret (Septiyaning, 2013), 30 penderita dan satu diantaranya meninggal di Jogja (Rachman, 2013), 11 penderita dan 2 orang meninggal di Semarang (Laeis,
1
2013), dll. Oleh karena itu, leptospirosis harus dapat dicegah sedini mungkin untuk mewujudkan Indonesia Sehat 2015 yang mandiri dan berkeadilan. Salah satu keahlian yang sedang diunggulkan oleh B2P2VRP ialah leptospirosis, selain javenese encephalitis virus (jev), hantavirus, dan pes. Oleh karena itu, B2P2VRP melakukan upaya pengembangan untuk dapat menjadi rujukan utama dengan peningkatan kualitas berbagai sumber daya. Laboratorium biologi molekuler (biomol) merupakan salah satu wujud pengembangannya. Biologi molekuler sebagai salah satu ilmu yang telah berkembang dengan cepat sejak dikembangkan dari virologi pada tahun 19381970. Dengan adanya lab tersebut, deteksi berbagai bakteri dan virus penyakit dapat dilakukan dengan cepat. Lab ini juga berfungsi sebagai second opinion dari berbagai hasil yang diperoleh dari lab reservoir, mikrobiologi, maupun parasitologi, dengan beberapa teknik biologi molekuler yang dikenal luas, seperti Polimerase Chain Reaction (PCR), elektroforesis, dan kloning ekspresi. Untuk dapat memperkenalkan lebih jauh tentang PCR, maka dilakukanlah pendalaman tentang pelaksanaan proses PCR dan pendokumentasian praktek tersebut agar dapat digunakan sebagai ajang promosi dan publikasi tentang manfaat PCR, laboratorium biologi molekuler, dan B2P2VRP.
B. Tujuan 1. Tujuan Umum Mahasiswa diberikan kemampuan untuk mengaplikasikan berbagai teori melalui kesepadanan pengetahuan yang diperoleh di dalam kelas dengan fenomena atau keadaan yang ada di lokasi magang. 2. Tujuan Khusus a) Memberikan
kesempatan
kepada
mahasiswa
untuk
meningkatkan
kemampuan sebagai praktisi dalam pemecahan masalah kesehatan. b) Memberikan kesempatan kepada mahasiswa untuk menambah pengalaman dan kemampuan manajerial khususnya manajemen kesehatan masyarakat di lokasi magang sesuai minatnya.
2
c) Memberikan
kesempatan
kepada
mahasiswa
untuk
meningkatkan
kemampuan dan wawasan khususnya sebagai seorang praktisi kesehatan masyarakat. d) Meningkatkan kemampuan mahasiswa untuk mengumpulkan data, mengidentifikasi permasalahan, memprioritaskan masalah, menganalisis masalah, dan membuat alternatif penyelesaian masalah kesehatan masyarakat. e) Memberikan masukan yang bermanfaat bagi tempat magang, khususnya yang terkait dengan masalah kesehatan. f) Membina dan memelihara kerjasama antara Program Studi Kesehatan Masyarakat FIK UMS dengan Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP).
C. Manfaat 1. Bagi Mahasiswa a. Mahasiswa dapat melakukan evaluasi diri terhadap pengetahuan dan ketrampilan yang telah dimiliki dibandingkan dengan kebutuhan salah satu lapangan kerja. b. Mahasiswa mendapatkan pengalaman dan ketrampilan sebagai seorang praktisi, khususnya yang terkait dengan berbagai kegiatan di B2P2VRP. c. Memperoleh wawasan tentang ruang lingkup dan kemampuan praktek yang diperlukan oleh sarjana kesehatan masyarakat di B2P2VRP. d. Memperoleh pengetahuan, keterampilan, dan sikap kerja profesional di laboratorium B2P2VRP. 2. Bagi Program Studi Kesehatan Masyarakat a
Meningkatkan kerjasama antara Program Studi Kesehatan Masyarakat FIK UMS dengan lembaga tempat magang.
b
Memperoleh masukan dari tempat magang untuk penyempurnaan pembelajaran agar sesuai dengan kebutuhan di lapangan.
c
Kerjasama untuk mendapatkan dan mengembangkan penemuan baru guna analisis permasalahan yang ada di lapangan atau di tempat kerja.
3
3. Bagi Instansi Tempat Magang a
Terjalinnya kerjasama saling menguntungkan antara instansi tempat magang dengan Program Studi Kesehatan Masyarakat FIK UMS.
b
Memperoleh masukan dari lembaga pendidikan agar terjadi persamaan persepsi antara kesepadanan teori dengan praktek.
c
Instansi dapat menggunakan mahasiswa yang magang untuk membantu menyelesaikan berbagai masalah mulai dari pengumpulan data, penentuan prioritas, analisis, dan pemecahan masalah kesehatan.
4
BAB II ANALISIS SITUASI UMUM
A. Sejarah B2P2VRP Institusi Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP) pada awalnya berdiri sebagai Unit Penelitian Biologi dan Pemberantasan Vektor (UPBPV) di Semarang pada tahun 1976 atas kerjasama WHO dengan Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan. Tujuan pendirian UPBPV untuk memecahkan masalah-masalah dalam pemberantasan penyakit tular vektor (khususnya malaria) terutama untuk menemukan insektisida alternatif akibat timbulnya resistensi terhadap DDT.
Gambar 1. Pemrakarsa UPBVP (1976) Setelah kerja sama tersebut berakhir pada tahun 1984, pada tanggal 7 April 1984 unit penelitian ini dikembangkan menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) Badan Litbang Kesehatan dan berkedudukan di Balai Latihan Kesehatan (BLK) Suwakul, Ungaran, Kab. Semarang, Prov. Jawa Tengah. Tugas dan fungsi yang diemban adalah sebagai pelaksana teknis untuk melaksanakan pengendalian dan pemberantasan penyakit serta melaksanakan pengujian insektisida baru yang akan didaftarkan pada Komisi Pestisida. Dengan adanya peningkatan kegiatan penelitian, pada tahun 1987 diterbitkan SK Menteri Kesehatan No : 556/Menkes/SK/VII/1987 yang meresmikan UPT ini menjadi Stasiun Penelitian Vektor Penyakit (SPVP) dan terletak di kota Salatiga, Jawa Tengah. Tujuan utamanya adalah melakukan studi pengendalian vektor alternatif yang bersifat lokal dan spesifik.
5
Gambar 2. Bangunan Pertama SPVP (1987) di Salatiga Pada tahun 1999, berdasarkan SK Menteri Kesehatan No : 1351/MENKES/SK/XII/1999, SPVP dikembangkan menjadi Balai Penelitian Vektor dan Reservoir Penyakit (BPVRP). Dan seiring dengan perkembangan kemampuan penelitian dan peningkatan sumber daya manusia kemudian, BPVRP dikembangkan menjadi Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP) berdasarkan SK Menteri Kesehatan Tahun 2005 No. 1353/MENKES/PER/IX/2005. Tupoksi institusi ini adalah melaksanakan penelitian pengendalian vektor dan reservoir penyakit.
B. Visi, Misi dan Tupoksi (Tugas Pokok dan Fungsi) Visi : ”Menjadi institusi rujukan pengendalian penyakit bersumber binatang.” Misi : 1.
Penelitian dan pengembangan metode pengendalian vektor dan reservoir dan pemanfaatan IPTEK
2.
Mengkoordinasikan sumber daya penelitian secara teratur dan berkesinambungan
3.
Pendampingan pelaksana program dan pemberdayaan masyarakat dalam penggunaan metode pengendalian vektor dan reservoir yang rasional, efektif, efisien, berkesinambungan dan diterima masyarakat
4.
Menciptakan lingkungan kerja yang kondusif bagi peneliti dan pengguna agar dapat berkarya secara profesional
6
Tugas pokok B2P2VRP adalah melaksanakan perencanaan, koordinasi, pelaksanaan,
dan
evaluasi
penelitian
dan
pengembangan
dalam
penanggulangan penyakit tular vektor dan reservoir penyakit baik yang baru muncul maupun yang akan timbul kembali. Adapun fungsi B2P2VRP adalah sebagai berikut : 1. Perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi penelitian vektor dan reservoir penyakit. 2.
Perencanaan, pelaksanaan dan evaluasi pengembangan metoda dan model pengendalian vektor dan reservoir penyakit.
3. Perencanaan, pelaksanaan dan evaluasi pelatihan teknis pengendalian vektor dan reservoir penyakit. 4.
Perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi kajian dan pengembangan teknologi pengendalian vektor dan reservoir penyakit.
5. Perencanaan, pelaksanaan dan evaluasi pelayanan laboratorium entomologi kesehatan rujukan. 6. Perencanaan, pelaksanaan dan evaluasi pelayanan uji efikasi insektisida terhadap vektor penyakit. 7.
Perencanaan, pelaksanaan dan evaluasi pengembangan jejaring kerjasama dan kemitraan di bidang pengendalian vektor dan reservoir penyakit.
8. Perencanaan, pelaksanaan dan evaluasi kajian dan diseminasi informasi hasil-hasil penelitian di bidang pengendalian vektor dan reservoir penyakit. 9.
Pelaksanaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan B2P2VRP.
C. Kemitraan Dalam upaya mengembangkan pengetahuan dan kualitas sumber daya manusia, B2P2VRP memiliki strategi untuk dapat memperluas jaringan yang saling menguntungkan. Kemitraan yang dimiliki oleh institusi ini ialah :
7
1. Nasional a) Menggalang
kemitraan
dengan
pemerintah
daerah
propinsi,
kabupaten/kota b) Pelatihan entomologi dan co-ass entomologi c) Pelatihan parasitologi d) Pelatihan epidemiologi e) Pelatihan GIS f)
Sebagai unit pengujian insektisida baru untuk registrasi (KOMPES)
g) Membentuk jejaring kolaborasi dengan lembaga penelitian swasta, universitas dan LSM h) Menjadi rujukan utama untuk zoonosis, terutama Hantavirus, JEV, dan Leptospirosis 2. Regional Kerjasama dengan lembaga penelitian di kawasan ASEAN, melalui pelatihan dan diseminasi hasil-hasil penelitian 3. Internasional a) Membentuk jejaring kolaborasi dengan WHO (sebagai WHOCollaborating Centre for research and training on vector and biological control) b) Membentuk kolaborasi dengan USAID (United States Agency for International Development) c) Membentuk jejaring kolaborasi dengan NGO dan universitas d) Membentuk jejaring zoonosis center e) Pestiside evaluation
D. Struktur Organisasi Adapun struktur organisasi pada B2P2VRP saat ini, dapat dilihat pada gambar berikut :
8
Subbidang Pelayanan Teknis
Subbidang Sarana Penelitian dan Pengujian Farida Dwi Handayani, S.Si, M.S
Gambar 3. Struktur Organisasi B2P2VRP Tahun 2013 Struktur organisasi tersebut juga diatur dalam Peraturan Menteri Kesehatan Nomor : 1353/MENKES/PER/IX/2005 tentang Susunan dan Tata Organisasi B2P2VRP yang menyebutkan bahwa B2P2VRP terdiri dari : 1. Bagian tata usaha Bagian tata usaha mempunyai tugas melaksanakan urusan tata usaha, kepegawaian, perlengkapan, dan rumah tangga serta mengelola keuangan, sehingga bagian tata usaha memiliki fungsi pelaksana urusan umum dan keuangan. Untuk melaksanakan fungsi tersebut, bagian tata usaha terdiri dari : a. Subbagian umum yang memiliki tugas melakukan urusan tata usaha, kepegawaian, perlengkapan, dan rumah tangga, serta b. Subbagian keuangan yang memiliki tugas melakukan urusan verifikasi, perbendaharaan, serta akuntansi. 2. Bidang program, kerjasama dan jaringan informasi Bidang program, kerjasama dan jaringan informasi memiliki tugas melaksanakan penyusunan perencanaan, koordinasi, pelaksanaan, dan
9
evaluasi program dan anggaran, kerjasama dan kemitraan penelitian dan pengembangan, pengelolaan jaringan informasi ilmiah serta evaluasi dan pelaporan. Untuk melaksanakan tugas tersebut, bagian program, kerjasama dan jaringan informasi menyelenggarakan fungsi : a. Penyusunan rencana program dan anggaran b. Pelaksanaan
kerjasama
dan
kemitraan
penelitian
dan
pengembangan di bidang pengendalian vektor dan reservoir penyakit c. Pengelolaan jaringan informasi ilmiah dan perpustakaan d. Pelaksanaan evaluasi dan pelaporan Oleh karena itu, bagian program, kerjasama dan jaringan informasi terdiri dari : a. Subbidang program dan evaluasi mempunyai tugas menyiapkan bahan penyusunan rencana program dan anggaran, serta evaluasi dan pelaporan b. Subbidang kerjasama dan jaringan informasi mempunyai tugas menyiapkan bahan kerjasama dan kemitraan penelitian dan pengembangan di bidang pengendalian vektor dan reservoir penyakit serta melakukan penyediaan dan diseminasi informasi hasil penelitian, serta pengelolaan jaringan informasi ilmiah dan perpustakaan 3. Bidang pelayanan penelitian Bidang pelayanan penelitian mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana, pelaksanaan dan evaluasi pelayanan penelitian, konsultasi dan pengujian insektisida, pelatihan teknis tenaga penelitian di bidang vektor dan reservoir penyakit. Dalam melaksanakan tugasnya, bidang pelayanan penelitian memiliki fungsi : a. Pengembangan metode aplikasi insektisida dalam pengendalian vektor dan reservoir penyakit
10
b. Pelatihan teknis tenaga pengendalian vektor dan reservoir penyakit c. Pengelolaan sarana penelitian d. Pelayanan konsultasi dan pengujian efikasi insektisida Bidang pelayanan penelitian terdiri dari : a. Subbidang pelayanan teknis yang memiliki tugas menyiapkan bahan pelaksanaan pelayanan teknis di bidang pengendalian vektor dan reservoir penyakit b. Subbidang sarana penelitian dan pengujian yang memiliki tugas melakukan pengelolaan sarana penelitian dan penyiapan bahan pelaksanaan uji efikasi insektisida rumah tangga dan insektisida kebutuhan program 4. Instalasi (laboratorium) Instalasi merupakan fasilitas penunjang penyelenggaran penelitian dan pengembangan di bidang pengendalian vektor dan reservoir penyakit. Instalasi yang ada di B2P2VRP saat ini ialah 9 laboratorium dengan fungsi dan tugas masing-masing. 5. Kelompok jabatan fungsional (peneliti) Kelompok jabatan fungsional mempunyai tugas melaksanakan kegiatan sesuai dengan jabatan fungsional masing-masing berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Kelompok jabatan fungsional di B2P2VRP terdiri dari sejumlah peneliti yang terbagi atas berbagai kelompok jabatan fungsional sesuai dengan keahliannya, yaitu sebagai peneliti muda, madya dan utama.
E. Sumber Daya Manusia Sumberdaya manusia (SDM) merupakan kekuatan yang mendukung B2P2VRP dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsi yang menjadi tanggung jawab institusi. Kondisi SDM pada tahun 2011 sebanyak 112 orang terdiri dari 74 PNS, 15 orang CPNS, dan 23 orang tenaga kontrak.
11
Gambar 4. Grafik Jumlah Pegawai menurut Status Kepegawaian Tahun 2011 Gambaran SDM menurut status kepegawaian seperti tampak pada Gambar 4. Sedangkan gambaran SDM apabila apabila dilihat dari persentase berdasarkan jenis kelamin, pada tahun 2011 terdiri dari 47,2% pria dan 52,8% wanita dapat dilihat pada Gambar 5.
Gambar 5. Grafik Persentase Jumlah Pegawai Menurut Jenis Kelamin Tahun 2011 Gambaran SDM menurut tingkat pendidikan dapatdilihat pada Gambar 6. Dari gambar tersebut, dapat dilihat bahwa persentase yang paling besar adalah pendidikan ndidikan S1 dan D3 masing-masing masing masing sebanyak 20 orang (22.5%), selanjutnya adalah pegawai dengan pendidikan S2 dan SLTA masing-masing masing sebanyak 17 orang (19%), berpendidikan SLTP sebanyak 9 orang (10%), berpendidikan SD sebanyak 5 orang (6%) dan S3 sebanyak 1 orang (1%). Secara lebih jelas dapat dilihat pada Gambar 6 berikut :
12
Gambar 6. Grafik Persentase Pegawai B2P2VRP Menurut Tingkat Pendidikan Tahun 2011 Pegawai B2P2VRP dikelompokkan dalam tiga jabatan, yaitu struktural, fungsional dan fungsional umum/staff. Pada kelompok jabatan struktural dari 10 orang yang menduduki jabatan struktural, 8 diantaranya merangkap dalam jabatan fungsional sebagai peneliti. Kelompok jabatan fungsional peneliti terdiri dari empat tingkatan, yaitu peneliti utama, peneliti peneliti madya, peneliti muda dan peneliti pertama. Sedangkan kelompok jabatan fungsional teknisi litkayasa terdiri dari dua tingkatan, yaitu teknisi litkayasa penyelia dan teknisi litkayasa pelaksana lanjutan. Pegawai pada kelompok fungsional umum/staff memiliki memilik proporsi yang terbesar. Untuk lebih jelas dapat dilihat pada Tabel 1. Tabel 1. Jumlah Pegawai B2P2VRP Menurut Jabatan Tahun 2012 No
Jabatan
Jumlah
%
Keterangan
1
Eselon II
1 orang
1.12
-
2
Eselon III
3 orang
3.87
-
3
Eselon IV
6 orang
6.74
-
4
Peneliti Utama
3 orang
3.37
-
5
Peneliti Madya
4 orang*
0.00
*1 orang merangkap struktural
6
Peneliti Muda
3 orang*
1.12
*2 orang merangkap struktural
7
Peneliti Pertama
9 orang*
7.87
*2 orang merangkap struktural
8
Litkayasa Penyelia
2 orang
2.25
-
13
9
Litkayasa
Pelaksana 9 orang
10.11
-
Lanjutan 10
Fungsional
57 orang
64.04
89 orang
100.00
Semua PNS
Umum/Staff Jumlah
Pada tahun 2011 pegawai B2P2VRP memperoleh 15 orang pegawai baru dengan status CPNS dan 2 orang pindahan. Namun demikian pada tahun 2011 ada pegawai yang pensiun sebanyak 2 orang, sehingga secara total mengalami peningkatan dari 74 orang pada tahun 2010 menjadi 89 orang pada tahun 2011. Pegawai B2P2VRP menurut golongan terdiri dari golongan I sampai golongan IV. Pegawai dengan golongan golongan III merupakan kelompok yang paling tinggi dengan pegawai sebanyak 40 orang (45%), sedangkan kelompok pegawai dengan jumlah yang paling kecil adalah golongan IV dengan jumlah sebanyak 9 orang (10%). Secara lebih jelas dapat dilihat pada Gambar 7 sebagai berikut : Gol I
Gol IV
Gol II Gol III
Gambar 7. Grafik Persentase Pegawai B2P2VRP menurut enurut Golongan Tahun 2011
F. Sarana dan Prasarana Kinerja B2P2VRP dapat tercapai dengan baik apabila didukungan sarana dan prasarana yang memadai, serta kemampuan SDM yang dimilikinya. Oleh karena itu pada tahun 2011 sarana dan prasarana masih perlu peningkatan baik untuk memenuhi kuantitas maupun kualitasnya. Sarana dan prasarana meliputi laboratorium beserta peralatan labotarorium yang mendukungnya, serta ser sarana lainnya. 14
1. Laboratorium a) Lalat dan Lipas Tugas utama laboratorium ini adalah melakukan pemeliharaan dan kolonisasi lalat serta lipas, yang digunakan untuk berbagai penelitian dan evaluasi efektivitas insektisida baik untuk penelitian maupun pelatihan. Koloni lalat yang dikembangbiakkan ialah lalat rumah (Musca domestica), sedangkan dari koloni lipas terdapat spesies Blatella germanica, Periplaneta americana, Supella longipalpa, dan Neostylopyga rhombifolia.
Gambar 8. Pengembangbiakan Periplaneta Americana dan siklus hidup lalat Dikelola oleh 1 orang teknisi dan menempati luas ruangan 16 m2 dan dilengkapi sarana utama. b) Pengendalian Hayati Dikembangkan sejak tahun 1985 dengan tujuan menemukan dan mengembangkan agen/jasad pengendali vektor secara hayati. Tahun 2013, laboratorium ini tergolong biosafety level 2 yang mempunyai kemampuan: (a) Pengembangbiakan nematoda Rhomanomermis iyengari (b) Pengembangbiakan ikan Poecilia reticulata (c) Pengembangbiakan Mesocyclops aspericornis (d) Pengembangbiakan Toxorhynchites splendens
15
Gambar 9. Pengembangbiakan Rhomanomermis iyengari dan ikan Poecilia reticulata (ikan gupi) Dikelola oleh 2 orang teknisi dan menempati luas ruangan 24 m2 dan dilengkapi sarana utama. c) Anophelinae dan Culicinae Tugas utama laboratorium ini adalah melakukan pemeliharaan dan kolonisasi nyamuk Anopheles dan Culex, yang digunakan untuk berbagai penelitian dan evaluasi efektivitas insektisida baik untuk penelitian maupun pelatihan. Koloni nyamuk yang dikembangkan ialah nyamuk Anopheles (Anopheles maculatus, Anopheles Aconitus, Anopheles sinensis), Culex (Culex quinquefasciatus) serta Aedes (Aedes aegypti).
Gambar 10. Siklus hidup nyamuk secara umum dan tempat perkembangbiakan larva instar I-III
16
Dikelola oleh 2 orang teknisi dan menempati gedung tersendiri yang dilengkapi dengan beberapa ruangan utama. d) Uji Kaji Insektisida Dikembangkan sejak tahun 2003 dengan tujuan menguji efektivitas insektisida yang digunakan oleh program maupun insektisida rumah tangga sebelum digunakan/dipasarkan. Tahun 2013, laboratorium ini mempunyai kemampuan : (a) Pengujian efikasi insektisida yang digunakan program untuk pengendalian vektor untuk (b) Pengujian insektisida rumah tangga (obat nyamuk bakar, oil liquid, repellent, mats, liquid vaporide, dan aerosol) (c) Uji susceptibility, penentuan serangga resisten terhadap insektisida
Gambar 11. Alat untuk tunnel test dan glass cylinder Dikelola oleh 2 orang teknisi dan menempati gedung tersendiri dengan 3 ruang utama dan 1 ruang staff. Beberapa peralatan yang ada di lab tersebut ialah glass chamber, glass cylinder, peet grady chamber, susceptibility test kit, dan bioassay test kit. e) Reservoir Dikembangkan sejak tahun 1990 dengan tujuan mengidentifikasi bioekologi reservoir untuk menemukan metode-metode pengendalian reservoir dan penyakitnya. Tahun 2013, laboratorium ini mempunyai kemampuan : (a) Deskripsi bio-ekologi reservoir.
17
(b) Uji toksisitas pada rodensia. (c) Pembuatan preparat rodensia, ektoparasit dan endoparasit. (d) Mempunyai kemampuan pemeriksaan hispatologi (tikus). (e) Penentuan status vektor pada pinjal, mite, lice, dan tungau.
Gambar 12. Struktur pinjal jenis Ctenocephalides felis felis dan beberapa preparat/awetan mata, jantung paru dan plasenta tikus Dikelola oleh 3 orang teknisi dan menempati salah satu ruangan di laboratorium terpadu. Beberapa peralatan yang ada ialah microscop disecting, microscop compound, timbangan digital, dan freezer. f) Parasitologi Dikembangkan sejak tahun 1987 dengan tujuan untuk pemeriksaan dan pembuatan preparat apus malaria dan filaria. Tahun 2013, laboratorium ini mempunyai kemampuan : (a) Pembuatan spesimen Plasmodium dan microfilaria (b) Pemeriksaan jenis Plasmodium malaria
18
Gambar 13. Teaching microscope dan pedoman deteksi Plasmodium Dikelola oleh 1 orang teknisi (SMA). Laboratorium Parasitologi menempati salah satu ruangan di laboratorium terpadu. g) Mikrobiologi Dikembangkan
sejak
tahun
1988
dengan
tujuan
mendukung
pengendalian vektor dan mengembangkan, menganalisis lethal dosis serta materi uji hayati. Tahun 2013, laboratorium ini termasuk biosafety level 2, mempunyai kemampuan : (a) Melakukan isolasi dan mengembangkan bakteri jenis Bacillus thuringiensis H-14 galur lokal, dan mengaplikasikannya di lapangan sebagai pengendali hayati vektor penyakit, (b) Melakukan analisis lethal dosis/kosentrasi dari materi uji pengendali vektor (c) Uji hayati pathogen terhadap jentik nyamuk
Gambar 14. Proses isolasi Bacillus thuringiensis dan Sentrifuge
19
Dikelola oleh 3 orang teknisi. Laboratorium Mikrobiologi menempati salah satu ruangan di laboratorium terpadu dan dilengkapi sarana utama, seperti shaker, autoclave, microscop compound, refrigerator, mikropipet, dan inkubator. h) Biologi Molekuler Dikembangkan sejak tahun 2005 sebagai laboratorium biomol dan imunologi dengan tujuan menentukan serangga vektor/inkriminasi vektor, resistensi vektor terhadap insektisida dan identifikasi pakan darah vektor penyakit. Tahun 2010, laboratorium ini tergolong biosafety level 2 dengan keahlian menentukan status vektor secara ELISA, menguji resistensi vektor terhadap insektisida secara biokimia, dan mengidentifikasi pakan darah. Dipindahkan di gedung baru pada tahun 2011, laboratorium ini menjadi laboratorium biologi molekuler yang memiliki kekhususan dan sering digunakan untuk mengetes bakteri dan virus pada DNA maupun RNA dengan metode PCR, ELISA, dan kultur sel serta jaringan.
Gambar 15. Peralatan di Laboratorium Biologi Molekuler Dikelola oleh 4 orang teknisi dan menempati gedung tersendiri dengan 5 ruang laboratorium, 2 tempat penyimpanan bahan-bahan, 2 ruang ganti, dan 1 ruang staff. Beberapa peralatan yang ada ialah elisa reader, elisa washer, deepfreezer, electrophoresis, vortex mixer, thermo cycler, dan biosafety cabinet.
20
i) Referensi Dikembangkan sejak tahun 2002 dengan tujuan sebagai pusat database vektor dan reservoir penyakit yang ada di Indonesia. Tahun 2013, laboratorium ini mempunyai kemampuan : (a) Pembuatan spesimen serangga vektor (pra dewasa dan dewasa) dan reservoir. (b) Identifikasi serangga vektor dan reservoir. Penyediaan dan pemeliharaan bahan koleksi & referensi untuk pelatihan dan Duver (Dunia Vektor dan Reservoir).
Gambar 16. Spesimen Insekta dan Rodensia Dikelola oleh 1 orang S3 (taksonomi dan entomologi), 1 orang S2 (Biologi Molekuler), 1 orang D3 (AKL) dan 1 orang teknisi (SMA). Laboratorium Koleksi referensi vektor dan reservoir menempati luas ruangan 50 m2 dan dilengkapi sarana utama. Peralatan : microscop disecting, microscop compound, refraktometer, salinometer, punch point, sling phsycrometer, insect box, aspirator 2. Perpustakaan Perpustakaan B2P2VRP terus dikembangkan secara berkesinambungan baik sarana maupun prasarananya. Perpustakaan dimanfaatkan oleh kalangan sendiri, mahasiswa dan instansi lain, serta peminat pengendalian vektor dan reservoir penyakit. Perpustakaan dikelola oleh 1 orang S1 (sarjana perpustakaan) dan 1 orang D3 (IT). Jenis pelayanan yang disediakan oleh perpustakaan adalah : layanan sirkulasi, referensi,
21
penelusuran informasi, baca dan layanan khusus bagi siswa dan mahasiswa yang magang, praktek kerja lapangan maupun kunjungan.
Gambar 17. Ruang Baca Perpustakaan Sarana utama pada perpustakaan berupa : ruang baca, layanan foto copy, printing dan scanner, internet (free hotspot), PC komputer untuk pelayanan dan pengunjung, laptop, detector barcode dan almari penyimpanan tas pengunjung. 3. Duver (Dunia Vektor dan Reservoir) Duver merupakan pusat dokumentasi, informasi, spesimen, serta display/peragaan ekobionomi pengendalian vektor dan reservoir di Indonesia. Sedangkan tujuan didirikannya Duver adalah: 1.
Menjadi pusat informasi, dokumentasi, dan peragaan ekobionomi tentang pengendalian vektor dan reservoir penyakit.
2.
Menjadi
wahana
wisata ilmiah
guna memasyarakatkan
cara
pencegahan penyakit bersumber vektor dan reservoir penyakit. 3.
Memacu kreativitas kalangan peneliti dan masyarakat untuk menciptakan dan mengembangkan metode inovatif pengendalian vektor dan reservoir penyakit.
22
Gambar 18. Diorama Barrier Vektor Malaria Menu utama yang disajikan dalam Duver adalah : a.
Penayangan film profil kegiatan B2P2VRP
b.
Display peta resistensi vektor terhadap insektisida
c.
Display penyebaran vektor di Indonesia
d.
Koleksi vektor dan reservoir penyakit
e.
Visualisasi alat dan bahan penelitian
f.
Pengendalian vektor dan reservoir penyakit
g.
Diorama survei entomologi dan reservoir
h.
Taman pengendalian hayati
i.
Gerai Duver
4. Fasilitas gedung B2P2VRP memiliki beberapa gedung yang mendukung fungsinya sebagai institusi penelitian, pengujian dan pelatihan, yaitu : a.
Gedung pelatihan Gedung pelatihan dengan kapasitas 50 orang. Fasilitas yang tersedia meliputi full AC, sound system, laptop, LCD, ruang administrasi dan komputer.
b. Asrama Asrama merupakan fasilitas penginapan dengan kapasitas 16 kamar, ruang makan dan ruang diskusi.
23
c. Gedung administrasi Gedung administrasi merupakan tempat pengelolaan administrasi kerumahtanggaan B2P2VRP yang terdiri atas ruang kepegawaian, keuangan dan pengadaan barang. d. Gedung kantor/peneliti Gedung peneliti mempunyai luas 150 m2, terdiri atas ruang-ruang peneliti dan aula. 5. Alat Transportasi Unit pelaksana teknis B2P2VRP mempunyai 9 unit kendaraan roda 4 dan 9 roda dua. Kendaraan digunakan untuk melayani kegiatan administratif maupun teknis, termasuk kegiatan penelitian yang dapat dijangkau dengan kendaraan roda 4.
24
BAB III ANALISIS SITUASI KHUSUS PADA UNIT KERJA LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER
A. Fungsi Laboratorium Laboratorium biologi molekuler B2P2VRP tergolong biosafety level 2, yang berfungsi sebagai : 1. Pusat pemeriksaan bakteri dan virus secara molekuler bagi para peneliti 2. Rujukan penelitian leptospirosis, javanese encephalitis virus (jev), hantavirus, dan pes dengan adanya gen bank 3. Tempat pemeriksaan sampel yang diduga positif leptospirosis, jev, hantavirus, dan pes bagi institusi pemerintah dan lainnya 4. Penentuan status vektor secara PCR, ELISA, mauoun percobaan kultur
B. Orientasi Laboratorium 1. Polymerase Chain Reaction (PCR) PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai pembatas daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan DNA templatnya. Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif. Teknik ini banyak digunakan karena cukup spesifik, sensitif, efisien, dan memiliki derajat keberhasilan yang tinggi. PCR dapat digunakan untuk menganalisis penyakit hemophilia, mendeteksi limfoma sel T pada manusia, HIV, hepatitis B, dll. PCR menggunakan molekul-molekul yang sama dengan yang digunakan pada replikasi DNA secara alamiah, yaitu dua primer (awal dan akhir dari potongan DNA yang akan digandakan), enzim polymerase (biasanya menggunakan Taq polymerase), dan potongan DNA yang
25
akan digandakan (deoksiribonukleotida trifosfat). Faktor lain yang penting dalam PCR ialah buffer dan ion Mg2+. Komponen-komponen dari reaksi PCR tadi diinkubasi dalam suatu mesin yang dapat mengatur perubahan suhu secara tepat (thermal cycler). Tahap pertama ialah denaturasi (pemisahan) untai DNA, yaitu dengan cara memanaskan sampel pada suhu 90-95oC selama 1 menit sehingga terjadi pemisahan dari kedua untai DNA dupleks. Tahap selanjutnya
ialah
annealing/hibridisasi
pemula
(penempelan
oligonukleotida primer) dengan mendinginkan suhu reaksi menjadi 50-62oC selama 1 menit secara tiba-tiba sehingga oligonukleotida dapat menempel (hibridisasi) pada pita DNA. Tahap ketiga ialah pemanjangan rantai/pembentukan DNA baru (extention). Pada tahap ini, komponen reaksi dipanaskan kembali pada suhu 72oC (suhu optimum Taq polymerase) sehingga setiap DNA akan membentuk dua untai anak DNA dan seluruhnya menjadi empat DNA. Ketiga tahap tadi diulang 30-40 kali agar didapatkan jumlah untai DNA yang cukup untuk menghasilkan reaksi yang optimal. Untuk dapat memperjelas tahap-tahap pelaksanaan PCR, dapat dilihat pada gambar berikut.
Gambar 19. Proses PCR (Polymerase Chain Reaction)
26
2. Enzyme-Linked Immunesorbent Assay (ELISA) ELISA (Enzyme-Linked Immunesorbent Assay) atau yang sering sebut uji kekebalan enzimatis. ELISA relatif murah dan lebih aman dibanding RIA (Radioimmunoassay) untuk pengujian semua antigen, hapten atau antibody. ELISA paling banyak dipakai di laboratorium klinis, misalnya uji immunoglobulin G dan E, hormone seperti insulin, esterogen dan gonadotrofin. Terdapat 2 teknik metode ELISA, yaitu teknik kualitatif dan kuantitatif. Teknik kualitatif didasarkan pada tiap antibodi yang berikatan pada antigen secara spesifik, sedangkan teknik kuantitatif berdasarkan jumlah ikatan antigen-antibodi yang ditentukan dengan nilai absorbansi. Teknik ini menggabungkan spesifitas antibodi dengan kepekaan uji enzimatis dengan spektrofotometer biasa atau antigen dilekatkan pada enzim yang mudah ditera. Sedangkan beberapa tipe ELISA yang ada ialah sebagai berikut : a) Direct ELISA, biasanya digunakan dengan kompetisi dan inhibisi ELISA untuk deteksi antigen. b) Indirect ELISA, antigen terikat pada plate digunakan untuk deteksi antibodi. c) Sandwich ELISA, antibodi terikat pada plate digunakan untuk deteksi antigen. d) Capture ELISA, antihuman antibodi terikat pada plate digunakan untuk deteksi antibodi. Beberapa bahan yang digunakan dalam teknik ELISA, yaitu : a) Bahan padat yang dipakai dalam ELISA termasuk selulosa, dextran
berangkai
silang,
poliacrilamide,
polistiren
dan
polipropilen. Bentuknya dapat berupa butiran, lempeng atau tabung. b) Antigen dapat dilekatkan secara adsorpsi pasif atau diikat secara kovalen dengan sianoben-bromida.
27
c) Enzim dipilih yang aktivitasnya tinggi misalnya fosfatse alkalis dan peroksidase. Bahan pengabung yang sering dipakai adalah glutaraldehide. d) Substrat paling baik jika stabil, aman dan murah. Substrat tidak berwarna yang menjadi berwarna karena perubahan oleh enzim. Misalnya
:
p-nitrofenilfosfat
berubah
menjadi
p-nitrofenol
berwarna kuning oleh enzim fosfatase alkalis. Substrat lain, misalnya diamino benzidine, 5-aminosalisilat, O-fenilen-diamin dipakai untuk enzim peroksidase.
Gambar 20. Proses ELISA tipe Indirect ELISA 3. Kultur Jaringan Kultur Jaringan merupakan metode untuk mempelajari perubahan fungsi sel/jaringan tanpa pengaruh sistemik. Terdapat bermacammacam kultur jaringan, yaitu : a) Eksplan, yaitu suatu irisan jaringan yang sukar untuk dievaluasi, sel bertumpuk, tidak homogen, tidak dapat dihitung untuk analisisnya. Dalam ekspan, yang dievaluasi adalah sel-sel yang tumbuh diluar irisan jaringan, yaitu dengan mengukur lebar pertumbuhan yang ditanam dalam cawan khusus dan ditutup dengan tape agar CO2 tidak keluar 28
b) Kultur sel ialah sel yang terpisah-pisah, sel mudah dihitung, sel dapat hidup satu lapis (monolayer) dan mudah dihitung baik sebelum dikultur maupun setelah dikultur (pada penyelesaian penelitiannya). Dalam pemakaiannya, harus digunakan incubator CO2 untuk campuran udara, digunakan untuk hidup. Kultur sel terbagi dalam kultur primer dan kultur sekunder. Kultur primer setelah mendapat sel yang sudah terpisah-pisah langsung ditanam di dalam cawan kultur, sedangkan kultur sekunder atau subkultur setelah kultur primer konfluen dilepas dari cawan dan ditanam kembali dilain cawan kultur. Kultur primer maupun kultur sekunder dapat dipelihara sampai berhari-hari, contoh : fibroblas menghasilkan kolagen, otot skelet berkontraksi, sel saraf membuat sinaps. c) Dispers sel, dapat digunakan untuk menghitung atau mengukur konsentrasi substansia yang ada di dalam tabung yang dihasilkan oleh sel dan tidak dapat dievaluasi secara imunositokimia.
C. Leptospirosis Leptospirosis merupakan salah satu keahlian yang diunggulkan oleh B2P2VRP selain jev, hantavirus, dan pes. Sebagai salah satu penyakit tular reservoir yang menjadi masalah kesehatan di Indonesia,berbagai penelitian tentang leptospirosis dilakukan oleh peneliti di Indonesia. Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi bakteri leptospira sp., berbentuk spiral, dan biasanya menyerang hewan maupun manusia. Bakteri ini tahan hidup di air tawar selama lebih kurang satu bulan. Bakteri ini ditemukan dalam air seni dan sel-sel hewan yang terinfeksi. Hewan pembawa bakteri leptospira sp. antara lain tikus, babi, sapi, kambing, domba, kuda, anjing, kucing, dengan reservoir utamanya adalah tikus. Bakteri tersebut sering ditemukan dalam urin tikus walaupun binatang yang mengidap leptosprosis mungkin sama sekali tidak memiliki
29
gejala, sehingga leptospirosis juga sering disebut sebagai penyakit karena kencing tikus. Leptospirosis
ditularkan
melalui
bersinggungan
dengan
air,
tanah/lumpur, tanaman yang tercemar air seni reservoir leptospirosis, masuk ke dalam tubuh manusia melalui selaput lender/mukosa (mata, hidung, atau kulit yang lecet/luka), dan melalui saluran pencernaan, makanan yang terkontaminasi oleh air seni hewan penderita leptospirosis. Proses tersebut memerlukan waktu (masa inkubasi) selama 4–19 hari dengan rata-rata 10 hari. Gejala dini leptospirosis umumnya adalah demam, sakit kepala, nyeri otot, gerah, muntah dan mata merah. Leptospirosis ringan paling banyak ditemukan di masyarakat, bahkan hampir 90% dari seluruh kasus leptospirosis merupakan leptospirosis ringan. Akan tetapi penegakan diagnosis tidak dapat segera ditegakkan karena banyaknya penyakit dengan gejala yang sama kecuali dengan ditemukannya bakteri leptospira sp. dalam urin penderita. Sedangkan gejala leptospirosis berat ialah adanya beberapa gejala diatas disertai dengan gagal ginjal, berubahnya warna pada bola mata menjadi kekuningan dan bahkan pada penderita yang parah dapat mengakibatkan kematian. Untuk mendiagnosa leptospirosis, maka hal yang perlu diperhatikan adalah riwayat penyakit, gejala klinis dan diagnosa penunjang. Sebagai diagnosa penunjang, antara lain dapat dilakukan pemeriksaan urin dan darah.
Pemeriksaan
urin
sangat
bermanfaat
untuk
mendiagnosa
Leptospirosis karena bakteri leptospira terdapat dalam urin sejak awal penyakit dan akan menetap hingga minggu ketiga. Cairan tubuh lainnya yang mengandung leptospira adalah darah, serebrospinal tetapi rentang peluang untuk isolasi bakteri sangat pendek. Selain itu dapat dilakukan isolasi bakteri leptospira dari jaringan lunak atau cairan tubuh penderita, misalnya jaringan hati, otot, kulit dan mata. Namun, isolasi leptospira termasuk sulit dan membutuhkan waktu beberapa bulan.
30
Untuk mengukuhkan diagnosa leptospirosis biasanya dilakukan pemeriksaan serologis. Antibodi dapat ditemukan di dalam darah pada hari ke-5 hingga ke-7 sesudah adanya gejala klinis. Kultur atau pengamatan bakteri leptospira di bawah mikroskop berlatar gelap umumnya tidak sensitif. Tes serologis untuk mengkonfirmasi infeksi leptospirosis yaitu Polimerase Chain Reaction (PCR). Tes ini digunakan untuk mengukur keberadaan bakteri leptospira yang hidup dalam serum darah pasien melalui DNA. Proses PCR di B2P2VRP dilakukan di laboratorium biologi molekuler. Di laboratorium tersebut, PCR tidak hanya untuk mendeteksi leptosprosis, tetapi juga pes. PCR digunakan karena hasilnya yang sensitif, efisien dan memiliki derajat keberhasilan yang tinggi walaupun cukup spesifik. Hal ini menjadi salah satu pertimbangan dalam melakukan penelitian, karena saat ini leptospirosis telah diketahui memiliki lebih dari 200 serovar yang berbeda primernya setiap serovarnya. Walaupun begitu, PCR tetap menjadi pilihan bagi para peneliti dalam penelitiannya.
31
BAB IV IDENTIFIKASI DAN PRIORITAS MASALAH
A. Identifikasi Masalah Setelah magang selama 1 bulan, didapatkan bahwa terdapat beberapa masalah, yaitu : 1. Adanya jentik nyamuk pada mangkuk air yang ada pada kaki meja sebagai penangkal semut di laboratorium lalat dan lipas dan laboratorium pengendalian hayati 2. Minimnya regenerasi tenaga profesional secara berkualitas, baik peneliti maupun non-peneliti 3. Minimnya kesadaran penggunaan alat pelindung diri (APD) pada beberapa teknisi di laboratorium 4. Minimnya publikasi tentang berbagai kegiatan yang dilakukan di laboratorium B2P2VRP, termasuk laboratorium biologi molekuler sebagai salah satu tempat pelaksana penelitian B. Prioritas Masalah Metode Hanlon yang dikembangkan dengan menggunakan metode pembobotan digunakan sebagai metode analisis data. Metode Hanlon lebih tepat digunakan untuk menentukan prioritas masalah kesehatan dengan memperhatikan teknik responsif dimana tujuan yang dicapai dari program jelas yang dituangkan dalam kriteria dan faktor-faktor lain yang memungkinkan. Tabel 2 menunjukkan tentang pembobotan masalah yang diperoleh ketika magang sesuai dengan kriteria yang telah ditetapkan oleh Hanlon. Kriteria tersebut ialah besaran masalah yang menunjukkan prosentase masalah tersebut dalam mempengaruhi kemajuan instansi, keseriusan masalah yang menunjukkan tingkat keseriusan masalah, dan efektivitas masalah yang menunjukkan prosentase keefektivan penanganan masalah yang dapat dilakukan.
32
Tabel 2. Penetapan Prioritas Masalah Kesehatan Kriteria No
1
Masalah
Jentik nyamuk pada mangkuk penangkal semut di kaki meja
Rangking
Besaran
Keseriusan
Efektivitas
Masalah
Masalah
Masalah
10-20%
Relatif serius
80%
2
Masalah
2
Regenerasi teknisi dan peneliti
>25%
Sangat serius
5-20%
4
3
APD pada teknisi
10%
Serius
40-60%
23
10%
Serius
60-80%
1
4
Publikasi penggunaan lab biomol sebagai tempat penelitian
PCR diketahui berfungsi secara efektif, efisien, selektif, dan memiliki tingkat keberhasilan yang tinggi menjadi alasan utama direkomendasikannya sebagai salah satu metode deteksi leptospirosis. Penerapan PCR sebagai salah satu metode untuk mendeteksi penyakit leptospirosis menjadi prioritas karena leptospirosis sedang menjadi trend penyakit saat ini. Hal ini didukung dengan data banyaknya penderita leptospira yang ditemukan sepanjang tahun 2013, satu orang meninggal di Solo pada 11 Maret (Septiyaning, 2013), 30 penderita dan satu diantaranya meninggal di Jogja (Rachman, 2013), 11 penderita dan 2 orang meninggal di Semarang (Laeis, 2013), dll. Selain itu, proses deteksi leptospira dengan PCR juga perlu didokumentasikan agar PCR dapat diketahui oleh banyak pihak terkait. Adanya jentik nyamuk pada mangkuk air yang ada pada kaki meja sebagai penangkal semut di laboratorium lalat dan lipas dan laboratorium pengendalian hayati tidak menjadi prioritas karena proses penyelesaian masalahnya dapat dilaksanakan dengan cepat, mudah, dan murah. Penerapan ini dapat dikerjakan oleh pihak instansi secara mandiri dengan berkaca pada laboratorium lainnya yang memberikan oli, atau minyak pada air tersebut sehingga nyamuk tidak tertarik untuk bertelur dan proses perkembangbiakan secara liar dapat berkurang. Dengan begitu, resiko para pekerja untuk dapat tertular penyakit yang dibawa nyamuk pun semakin kecil sehingga daya kinerja juga dapat berfungsi optimal.
33
Regenerasi tenaga profesional secara berkualitas, baik peneliti maupun non-peneliti, sangat diperlukan bagi instansi ini. Sebagai salah satu perpanjangan tangan
dari Balitbangkes (Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan)
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia, maka B2P2VRP merupakan salah satu ujung tombak pengembangan kualitas bangsa Indonesia, khususnya dalam bidang vektor dan reservoir. Proses regenerasi ini harus dimasukkan dalam sebuah sistem yang jelas arah gerakannya dan bersifat absolut. Prosesnya pun harus berjalan sistematis (diwajibkan bagi setiap peneliti maupun non-peneliti untuk bertanggungjawab menyiapkan penerusnya yang berkompeten), dan dinamis (proses
pematangan
kompetensi
pengganti
dapat
bervariasi,
tergantung
kemampuan calon penerus, tingkat kesulitan bidang yang digeluti, dan waktu yang dimiliki oleh peneliti maupun non-peneliti yang hampir paripurna untuk menggembleng penerusnya). Diperlukannya pembentukan sistem ini, juga membutuhkan asas dasar hukum yang kuat. Maka, proses ini merupakan salah satu masukan bagi instansi dan belum menjadi program penyelesaian masalah untuk laporan magang karena prosesnya yang membutuhkan waktu lebih lama dan intensitas lebih tinggi. Kesadaran penggunaan alat pelindung diri (APD) pada beberapa teknisi di laboratorium perlu dibangun agar keberadaan APD yang sudah ada bagi setiap orangnya dapat berfungsi dengan baik. Kesadaran tersebut dapat tertanam jika sering didengar oleh para karyawan, baik ikut disisipkan dalam mandat ketika apel pagi maupun sore, sering diadakan inspeksi untuk menilai pekerjaan, atau mengajak serta laboratorium sosial untuk ikut mendengungkan pentingnya APD. APD pernah diangkat menjadi laporan magang 2x pada tahun 2009 dan 2010. Oleh karena itu, diharapkan pengoptimalan fungsi APD dapat diwujudkan di kemudian hari.
34
BAB V HASIL DAN ALTERNATIF PENYELESAIAN MASALAH
A. Hasil Pelaksanaan dan pendokumentasian proses praktikum PCR dilakukan selama 2 hari dengan rincian sebagai berikut : Tabel 3. Pelaksanaan dan Pendokumentasian Proses Praktikum PCR Hari, Kegiatan Proses Keterangan Tanggal
Pendokumentasian
Senin,
Isolasi DNA
9 April
Leptospirosis
Saat pertengahan 95%
proses, handycam
(2 sampel)
mengalami lowbatt
Selasa,
PCR pada DNA yang
Akhir proses (ketika
10 April
telah diisolasi
pengambilan hasil 90%
PCR) tidak terdokumentasikan secara sempurna
Pelaksanaan PCR telah sering dilakukan sejak laboratorium biologi molekuler (biomol) berdiri pada Januari 2011. Dalam pelaksanaannya, seringkali permintaan pemeriksaan PCR merupakan sebuah proyek penelitian (riset project) yang datang dari pihak dalam maupun pihak luar. Instruksi kerja isolasi DNA Whole Blood dengan DNA Wizard Promega ialah sebagai berikut : 1. Masukkan cell lysis solution 900 µl ke dalam micro sentrifuge tube 1,5 ml, tambahkan 300 µl sampel whole blood. Vortex hingga homogen. 2. Inkubasi 10 menit pada temperatur ruang, invert 2-3 kali selama inkubasi. 3. Sentrifuge dengan kecepatan 16000G selama 10 menit.
35
4. Pipet dan buang supernatan, sisakan pelet dan cairan residu 10-20 µl. Ulangi tahap ini 1-4 kali jika sampel darah membeku hingga pelet berwarna putih. Vortex 10-15 detik. 5. Tambahkan nuclelysis solution 200 µl pipetting selama 5-6 kali. Vortex hingga homogen. Inkubasi 37oC selama 1 jam sampai gularan larut. 6. Tambahkan 1,5 µl RNAse solution, campur sampel dengan inverting selama 3-5 kali. Inkubasi selama 15 menit pada suhu 37oC. 7. Tambahkan protein presipitation 100 µl, vortex selama 10-20 detik. 8. Sentrifuge dengan kecepatan 16000G selama 5 menit. 9. Ambil supernatan, pindahkan ke microsentrifuge tube 1,5 µl yang baru. Tambahkan isopropanol absolute 300 µl. Invert sampai terbentuk benang-benang DNA. Sentrifuge dengan kecepatan 16000G selama 5 menit. 10. Buang supernatan, dan tambahkan 50 µl ethanol 70% dingin untuk mencuci DNA, kemudian sentrifuge lagi dengan 16000G selama 5 menit (pencucian dilakukan maksimal 3x). Buang ethanol dengan menjaga agar pelet tidak ikut terbang. 11. Keringkan pelet DNA. 12. Tambahkan DNA rehydration solution 100 µl. 13. Simpan DNA pada suhu 2-8oC. Kemudian, pelaksanaan PCR dilaksanakan pada hari selanjutnya dengan tahap-tahap seperti yang telah disampaikan sebelumnya, yaitu : 1. Denaturasi
(pemisahan)
untai
DNA,
yaitu
dengan
cara
memanaskan sampel pada suhu 90-95oC selama 1 menit sehingga terjadi pemisahan dari kedua untai DNA dupleks. 2. Annealing/hibridisasi pemula (penempelan oligonukleotida primer) dengan mendinginkan suhu reaksi menjadi 50-62oC selama 1 menit
36
secara
tiba-tiba
sehingga
oligonukleotida
dapat
menempel
(hibridisasi) pada pita DNA. 3. Pemanjangan rantai/pembentukan DNA baru (extention). Pada tahap ini, komponen reaksi dipanaskan kembali pada suhu 72oC (suhu optimum Taq polymerase) sehingga setiap DNA akan membentuk dua untai anak DNA dan seluruhnya menjadi empat DNA. 4. Ketiga tahap tadi diulang 30-40 kali agar didapatkan jumlah untai DNA yang cukup untuk menghasilkan reaksi yang optimal. Proses PCR tadi dilakukan dalam sebuah mesin (Bio-Rad Thermal Cycler) yang telah diatur sesuai dengan kebutuhan. Dalam praktek ini, cycle yang digunakan ialah 95oC (1 menit)-55oC (1 menit)-72oC (2 menit) dengan 35 kali ulangan. Setelah proses PCR selesai, pelet DNA diambil lagi dan dipindahkan dalam media agar yang dialiri listrik untuk melihat kestabilan bakteri selama 2 jam. Kemudian, agar dimasukkan dalam mesin pemindai untuk mengetahui keberadaan bakterinya menggunakan ultraviolet dan didapatkan hasil sebagai berikut :
Gambar 21. Foto hasil PCR sampel A dan B (keduanya negatif) Dari hasil PCR tersebut, didapatkan bahwa 2 sampel darah manusia tadi dinyatakan negatif dari bakteri leptospira sp. Sampel tersebut dapat dikatakan negatif karena bakteri tidak terdeteksi dalam perlakuan dan dikatakan positif
37
jika ditemukan bakteri pada 50%+1 dari jumlah perlakuan yang ada (hasil merata pada setiap perlakuan). Batang paling kiri menunjukkan DNA pembanding yang positif mengandung bakteri leptospira sp. Sedangkan batang-batang selanjutnya merupakan perlakuan dari kedua primer yang diulang sebanyak 3 kali setiap primernya sehingga dalam praktek ini, terdapat 6 kali perlakuan. Dalam proses pelaksanaan dan pendokumentasian PCR pada dua sampel terhadap bakteri leptospira sp, didapatkan bahwa terdapat beberapa kemungkinan yang dapat menjadikan hal tersebut sebagai masalah, yaitu : 1. Waktu pengambilan sampel kurang tepat (setelah gejala sakit berkurang atau telah sembuh). 2. Adanya kontaminasi suhu maupun dalam perlakuan oleh manusia. 3. Human error. 4. Bakteri terlalu sedikit sehingga tidak dapat terdeteksi. 5. Penggunaan primer yang kurang tepat jika ternyata bakteri yang ada merupakan serovar yang berbeda. Selain itu, dengan adanya magang di laboratorium biologi molekuler ini didapatkan pula hasil bahwa: 1. Mahasiswa mengetahui tugas dan fungsi dari laboratorium biologi molekuler B2P2VRP 2. Mahasiswa mengetahui proses pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR) 3. Pelaksanaan PCR pada bakteri leptospira sp. dilakukan karena seringnya diteliti sehingga sampel didapatkan dengan mudah
B. Alternatif Penyelesaian Masalah Beberapa alternatif penyelesaian masalah yang dapat diterapkan pada hal ini ialah sebagai berikut : 1. Mengulang tes sehingga hasil yang didapatkan tanpa perbedaan untuk dapat meyakinkan hasilnya.
38
2. Mengulang tes sampai beberapa kali dengan berbagai metode lainnya untuk menguji kevalidannya. 3. Mengulang tes dengan berbagai keragaman primer yang berbeda untuk membuktikan adanya kemungkinan bakteri leptospira sp. yang lain. 4. Selalu memperhatikan dan melaksanakan setiap instruksi/protokol penelitian yang digunakan dengan teliti dan benar. 5. Meminimalisir adanya kontaminasi dari unsur luar dengan memakai APD dan memanfaatkan biosafety cabinet dalam pelaksanaan proses PCR, ELISA, dll. 6. Menganalisis ketepatan waktu pengambilan sampel.
39
BAB VI KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan Dari hasil pelaksanaan magang di Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP) dapat disimpulkan sebagai berikut : 1. Mahasiswa dapat mengaplikasikan teori yang didapatkan ketika kuliah, diantaranya dengan melakukan isolasi
bakteri Bacillus
thuringiensis H-14, mengidentifikasi jenis pinjal, tikus, dan nyamuk, serta mendeteksi plasmodium dan microfilaria dalam sediaan darah 2. Mahasiswa dapat meningkatkan pengetahuan dalam deteksi leptospirosis dengan PCR, maupun dengan test pack yang lebih sederhana 3. Mahasiswa
dapat
mengumpulkan
meningkatkan
data,
pengetahuan
mengidentifikasi
dalam
permasalahan,
memprioritaskan masalah, menganalisis masalah, dan membuat alternatif penyelesaian masalah kesehatan di B2P2VRP 4. Mahasiswa mengikuti banyak kegiatan di laboratorium sehingga menjadi lebih berpengalaman dan mengetahui keterampilan yang dibutuhkan di B2P2VRP
B. Saran 1. Bagi Mahasiswa Mahasiswa dapat mempersiapkan wawasan dan ilmu pengetahuan dengan lebih banyak membaca sebelum memasuki tempat magang dan memperdalamnya ketika bertemu dengan orang-orang yang lebih ahli dan berpengalaman.
40
2. Bagi Program Studi Kesehatan Masyarakat Progdi Kesehatan Masyarakat FIK UMS dapat memperluas jaringan kerjasama agar dapat meningkatkan kualitas output mahasiswa. 3. Bagi Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP) a) Perlu penanaman kesadaran untuk selalu menggunakan APD ketika
pekerjaannya
dapat
menimbulkan
resiko
yang
membahayakan diri sendiri maupun orang lain. b) Memberikan kesempatan kepada setiap karyawan untuk ikut merasakan pekerjaan lainnya dalam periode tertentu. c) Menyiapkan pengganti untuk petugas-petugas yang akan pensiun atau cuti sedini mungkin.
41
DAFTAR PUSTAKA
____. 2011. Profil B2P2VRP. B2P2VRP Salatiga. ____. 2013. Pestisida. http://id.wikipedia.org/wiki/Pestisida. Diakses pada tanggal 12 April 2013. Bintang, Maria. 2010. Biokimia Teknik Penelitian. Jakarta : Erlangga. Burgess, Graham W. 1995. Teknologi ELISA dalam Diagnosis dan Penelitian. UGM Yogyakarta. Hadi, Nur. 2011. Hubungan Antara Penggunaan APD (Alat Pelindung Diri) dengan Kadar Kolinesterase pada Petani di Dusun Kenteng Desa Sumowono Kecamatan Sumowono Kabupaten Semarang. Skripsi. Stikes Ngudi Waluyo Semarang. Laeis, Zuhdiar. 2013. Awas Tikus, Dua Penderita Leptospirosis Meninggal. http://www.antarajateng.com/detail/index.php?id=74622#.UWTrYshKb6. Diakses pada 10 April 2013. Rachman,
Taufik.
2013.
Leptospirosis
di
DIY
Didominasi
Petani.
http://www.republika.co.id/berita/nasional/daerah/13/03/19/mjw0mnleptospirosis-di-diy-didominasi-petani. Diakses pada 10 April 2013. Septiyaning, Indah. 2013. Kasus Leptospirosis Solo : Awas! 1 orang meninggal, Leptospirosis
Intai
Terminal
Tirtonardi.
http://www.solopos.com/
2013/03/18/kasus-leptospirosis-solo-awas-1-meninggal-leptospirosis-intaiterminal-tirtonadi-388969. Diakses pada 10 April 2013. Soewoto, Hafiz, dkk. 2001. Biokimia Ekperimen Laboratorium. Jakarta : Widya Medika. Suprapto, Hadi, 2010. 40 Persen Penduduk Indonesia Masih Petani. http://bisnis.news.viva.co.id/news/read/173123-40--penduduk-indonesiapetani. Diakses pada tanggal 12 April 2013. Yuwono, Triwibowo. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Yogyakarta : Andi.
42
Pembuatan Isolasi DNA
Praktek PCR (Polymerase Chain Reaction)
Alat PCR-Thermal Cycler
Primer (Cairan yang digunakan sebagai penguji/pendeteksi) Leptospira Sp
Standard Operational Procedure (SOP) Isolasi DNA
Instruksi kerja isolasi DNA Whole Blood dengan DNA Wizard Promega : 1.
Masukkan cell lysis solution 900 µl ke dalam micro sentrifuge tube 1,5 ml, tambahkan 300 µl sampel whole blood. Vortex hingga homogen.
2.
Inkubasi 10 menit pada temperature ruang, invert 2-3 kali selama inkubasi
3.
Sentrifuge dengan kecepatan 16000G selama 10 menit
4.
Pipet dan buang supernatan, sisakan pelet dan cairan residu 10-20 µl. Ulangi tahap ini 1-4 kali jika sampel darah membeku hingga pelet berwarna putih. Vortex 10-15 detik
5.
Tambahkan nuclelysis solution 200 µl pipetting selama 5-6 kali. Vortex hingga homogen. Inkubasi 37oC selama 1 jam sampai gularan larut
6.
Tambahkan 1,5 µl RNAse solution, campur sampel dengan inverting selama 3-5 kali. Inkubasi selama 15 menit pada suhu 37oC
7.
Tambahkan protein presipitation 100 µl, vortex selama 10-20 detik
8.
Sentrifuge dengan kecepatan 16000G selama 5 menit
9.
Ambil supernatan, pindahkan ke microsentrifuge tube 1,5 µl yang baru. Tambahkan isopropanol absolute 300 µl. Invert sampai terbentuk benangbenang DNA. Sentrifuge dengan kecepatan 16000G selama 5 menit
10. Buang supernatan, dan tambahkan 50 µl ethanol 70% dingin untuk mencuci DNA, kemudian sentrifuge lagi dengan 16000G selama 5 menit (pencucian dilakukan maksimal 3x). buang ethanol dengan menjaga agar pelet tidak ikut terbang 11. Keringkan pelet DNA 12. Tambahkan DNA rehydration solution 100 µl 13. Simpan DNA pada suhu 2-8oC
Standard Operational Procedure (SOP) PCR
Pelaksanaan PCR dilaksanakan pada hari selanjutnya dengan tahap-tahap sebagai berikut : 1.
denaturasi (pemisahan) untai DNA, yaitu dengan cara memanaskan sampel pada suhu 90-95oC selama 1 menit sehingga terjadi pemisahan dari kedua untai DNA dupleks.
2.
annealing/hibridisasi pemula (penempelan oligonukleotida primer) dengan mendinginkan suhu reaksi menjadi 50-62oC selama 1 menit secara tiba-tiba sehingga oligonukleotida dapat menempel (hibridisasi) pada pita DNA.
3.
pemanjangan rantai/pembentukan DNA baru (extention). Pada tahap ini, komponen reaksi dipanaskan kembali pada suhu 72oC (suhu optimum Taq polymerase) sehingga setiap DNA akan membentuk dua untai anak DNA dan seluruhnya menjadi empat DNA.
4.
Ketiga tahap tadi diulang 30-40 kali agar didapatkan jumlah untai DNA yang cukup untuk menghasilkan reaksi yang optimal.
Gerbang Pintu Masuk B2P2VRP
Prasasti Peresmian Gedung Laboratorium Biologi Molekuler oleh Ka. Litbangkes
