STUDIEGIDS. Bacheloropleiding. jaar 2 en 3. Studiejaar Bijgewerkt op 27 augustus Universiteit Utrecht Departement Biologie

STUDIEGIDS

Bacheloropleiding

BIOLOGIE 49B63

jaar 2 en 3

Studiejaar 2012-2013

Bijgewerkt op 27 augustus 2012

Universiteit Utrecht Departement Biologie Studiepunt Biologie Buys Ballotlaboratorium (kamer 1.24) Princetonplein 5, 3584 CC Utrecht tel. 030-2531858

De UBV geeft een alternatieve studiegids uit. In deze gids geven studenten hun persoonlijke mening over de cursussen van jaar 2 en 3. Het departement Biologie is niet verantwoordelijk voor de inhoud van deze alternatieve gids.

INHOUDSOPGAVE INLEIDING ............................................................................................................. 1 HET STUDIEPUNT BIOLOGIE ..................................................................................... 2 HET ONDERWIJS VAN JAAR 2 EN 3 VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE .................... 3 Onder ‘naslag en regelingen’ . .................................................................................. 3 Het programma van de opleiding ............................................................................... 3 De profileringsruimte .............................................................................................. 4 Minor................................................................................................................. 4 Samenvatting....................................................................................................... 4 Cursussen buiten de opleiding Biologie ....................................................................... 5 Het rooster .......................................................................................................... 5 DE CURSUSSEN VAN NIVEAU 2 ................................................................................. 7 Overzicht van de niveau 2 cursussen in 2012-‘13 ........................................................... 7 Uitsluitingen ........................................................................................................ 8 DE CURSUSSEN VAN NIVEAU 3 ................................................................................. 9 Overzicht van de niveau 3 cursussen in 2012-‘13 ........................................................... 9 Uitsluitingen .......................................................................................................11 TOELATING TOT JAAR 2 EN 3 ...................................................................................12 Verplichte volgorde toelating tot de cursussen ..............................................................12 VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING ............................................................13 Voorlichting ........................................................................................................13 Inschrijving cursussen via OSIRIS-student ...................................................................13 Uitschrijving cursussen via OSIRIS-student..................................................................14 Regels bij de aanmelding en plaatsing ........................................................................14 MASTERPROGRAMMA’S .........................................................................................16 ARBEIDSMARKTORIËNTATIE ...................................................................................17 DE STUDIEPADEN IN DE OPLEIDING BIOLOGIE ...........................................................19 Studiepad Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit....................................................19 Studiepad Gedragsbiologie .....................................................................................21 Studiepad Moleculaire Levenswetenschappen ..............................................................22 Studiepad Educatie, Communicatie en Management (ECM) .............................................23 Periode 1, niveau 2 cursussen ....................................................................................25 De Cel ..............................................................................................................25 Mariene wetenschappen 1 ......................................................................................27 Microbiële interacties ............................................................................................30 Plantenfysiologie..................................................................................................32 Ontwikkelingsbiologie ............................................................................................35 Theoretische ecologie ...........................................................................................37 Periode 2, niveau 2 cursussen ....................................................................................40 Gedragsbiologie ..................................................................................................40 Gentherapie, kanker, aids .......................................................................................43 Metabolisme .......................................................................................................45 Toegepaste biostatistiek .........................................................................................47 Periode 3, niveau 2 cursussen ....................................................................................50 Didactiek ...........................................................................................................50 Evolutie en ecologie (AW).......................................................................................52 Evolutie .............................................................................................................54 Paleoecologie .....................................................................................................57 Toxicologie ........................................................................................................59 Sedimentaire systemen (AW) ..................................................................................61

Periode 4, niveau 2 cursussen ....................................................................................63 De Cel ..............................................................................................................25 Metabolisme .......................................................................................................45 Moleculaire genetica .............................................................................................63 Natuurbehoud, duurzaamheid en plantendiversiteit ........................................................65 Neurobiologie .....................................................................................................68 Wetenschapscommunicatie .....................................................................................70 Alle perioden, cursussen niveau 3 ................................................................................73 Afstudeeropdracht (scriptiecursus) ............................................................................73 Onderzoeksproject (scriptiecursus gecombineerd met onderzoek) ......................................75 Periode 1, niveau 3 cursussen ....................................................................................77 Biodiversiteit en landschap .....................................................................................77 Bio-ethiek ..........................................................................................................80 Endocrinologie ....................................................................................................82 Gedragsecologie..................................................................................................85 Genoombiologie ..................................................................................................87 Landschapsecologie en natuurbeheer (GEO) ...............................................................89 Paleoklimatologie-paleoecologie (AW) .......................................................................91 Periode 2, niveau 3 cursussen ....................................................................................93 Computationele biologie .........................................................................................93 Mariene wetenschappen 2: ‘Oceans of the future’ ..........................................................95 Milieuverandering door de tijd ..................................................................................97 Oriëntatie op de communicatieve en educatieve praktijk (OCEP) ...................................... 100 Tropische ecosystemen en klimaat .......................................................................... 103 Wetenschapper in beleid ...................................................................................... 106 Periode 3, niveau 3 cursussen .................................................................................. 108 Eukaryote microbiologie ....................................................................................... 108 Moleculaire en cellulaire biologie ............................................................................ 110 Ontwikkelingsbiologie en genetica ........................................................................... 112 Oriëntatie op de communicatieve en educatieve praktijk (OCEP) ...................................... 100 Planten, adaptatie en afweer ................................................................................. 114 Wetenschapper in advies ..................................................................................... 117 Paleo-oceanografie (AW) ..................................................................................... 119 Sedimentatie, fauna en klimaat (AW) ....................................................................... 121 Periode 4, niveau 3 cursussen .................................................................................. 123 Aquatische ecologie ............................................................................................ 123 Cognitie en gedrag ............................................................................................. 125 Geschiedenis en wijsbegeerte van de biologie ............................................................ 128 Immunobiologie ................................................................................................. 130 Veldwerk 2 - Pyreneeën (AW) ................................................................................ 132

INLEIDING In het eerste jaar van de bacheloropleiding Biologie heb je met veel deelgebieden van de biologie kennis gemaakt. In jaar 2 en 3 ga je jezelf meer verdiepen in bepaalde specialisaties binnen de biologie. In de eerste cursusperiode van het tweede jaar volg je cursussen op een verdiepend niveau (niveau 2). In periode 2 volg je de voor alle studenten verplichte cursus Toegepaste biostatistiek. Het onderwijs op niveau 2 geeft je de gelegenheid om je te oriënteren op een biologische richting waarin je je daarna kunt specialiseren. Voor het volgen van niveau 3 cursussen kunnen niveau 2 cursussen als ingangseis verplicht worden gesteld. In andere gevallen kan het wenselijk zijn dat je een niveau 2 cursus hebt gevolgd als voorbereiding op een niveau 3 cursus. Om welke cursussen dit gaat, kun je lezen bij de cursusbeschrijvingen in deze gids. De cursusbeschrijvingen in deze gids vind je ook op het web in de universitaire onderwijscatalogus. Deze onderwijscatalogus kun je bereiken via OSIRIS-student als je als student ingescheven bent bij de Universiteit Utrecht of via de openbare versie op https://www.osiris.universiteitutrecht.nl/osistu_ospr/OnderwijsCatalogus.do H

H

H

Behalve een oriënterende functie heeft het niveau 2 onderwijs nog twee andere doelstellingen. Tijdens deze cursussen maak je kennis, meer dan in het eerste jaar, met de onderzoekscyclus. Daarnaast bekwaam je je verder in een aantal (academische) vaardigheden voor het vervolg van je studie en daarna. In de eerste periode van jaar 2 volg je twee niveau 2 cursussen, daarna kies je in de major biologie keuzecursussen op verdiepend (niveau 2) en/of gevorderd niveau (niveau 3). Een deel van jaar 2 en/of jaar 3 mag je besteden aan cursussen bij andere opleidingen. Dit noemen we de profileringsruimte (zie verder bladzijde 3). De bacheloropleiding sluit je af met de afstudeeropdracht. Deze bestaat naar keuze uit de scriptiecursus (7½ stp) of het onderzoeksproject gecombineerd met de scriptiecursus (samen 15 stp). Het onderwijs van niveau 2 en 3 is georganiseerd in ‘studiepaden’. Deze vergemakkelijken het kiezen van een samenhangend pakket van cursussen in een richting van de Biologie. Met het kiezen van een studiepad kun je je goed voorbereiden op een masterprogramma. Je hoeft je echter bij je keuze van de cursussen niet (strikt) te houden aan cursussen van één studiepad. Het departement Biologie garandeert haar studenten na het behalen van het bachelordiploma een plaats in een van haar masterprogramma’s. Hoe de kansen van studenten met een bachelordiploma zijn op de arbeidsmarkt, is nog niet goed bekend.

1

HET STUDIEPUNT BIOLOGIE Het studiepunt Biologie is onderdeel van de afdeling Onderwijs- en studentenzaken van de faculteit Bètawetenschappen. Het studiepunt is het aanspreekpunt voor studenten, docenten en medewerkers over de bacheloropleiding biologie. Studiepunt Biologie Buys Ballotlaboratorium (kamer 1.24) Princetonplein 5, 3584 CC Utrecht mw. S. (Suzanne) Kollar en mw Y. (Yvonne) de Jong tel. 030-253 1858 fax 030-253 6535 e-mail: [email protected] Het studiepunt Biologie is voor studenten van maandag tot en met vrijdag geopend van 10.00-15.30 uur. Ook voor telefonische inlichtingen (030-253 1858) kun je alleen dan terecht. Correspondentie voor de examencommissie biologie kun je eveneens sturen naar het studiepunt Biologie. H

Studieadviseur voor de bacheloropleiding Mw.dr. I. (Isolde) den Tonkelaar, BBL, kamer 1.83 e-mail: [email protected] spreekuren: maandag en donderdag van 11.00-12.00 uur, op afspraak maandag en donderdag van 12.30-13.30 uur, open spreekuur Je maakt je afspraak via het studiepunt (zie hieronder) H

Vertrouwenspersoon en klachtencoördinator mw.dr. S. (Shirrinka) Goubitz, BBL kamer 1.19, tel. 030-253 1858 e-mail: [email protected] H

H

Coördinator/manager bacheloropleiding biologie dr. A.J.M. (Ton) Peeters Kruytgebouw, kamer Z407 e-mail: [email protected] Iedere biologiestudent wordt dringend verzocht om verandering of beëindiging van de studie, langdurige studieonderbreking e.d. aan het studiepunt Biologie door te geven.

2

HET ONDERWIJS VAN JAAR 2 EN 3 VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE De bacheloropleiding biologie heeft een omvang van 180 EC-studiepunten1 en bestaat uit de major biologie en een vrij deel, de profileringsruimte. Het programma van de opleiding en de bijbehorende regelingen staan beschreven in de Onderwijs- en Examenregelingen (OER). De OER wordt elk jaar opnieuw herzien en is te vinden op de website: http://www.uu.nl/studenten/biologie Onder ‘naslag en regelingen’ . FF

H

Het programma van de opleiding De opleiding bestaat uit een major (135 studiepunten, stp) en een profileringsruimte (45 stp) gevuld met cursussen van elk 7½ stp of een veelvoud daarvan op drie niveaus. Die van jaar 1 zijn alle van niveau 1(inleidend), de cursussen van jaar 2 en 3 hebben het label niveau 2 (verdiepend) of niveau 3 (gevorderd). De cursussen die tot de major biologie horen, staan vermeld in de OER. De beschrijving van deze cursussen vind je in deze studiegids en in de onderwijscatalogus op het web. Cursussen, die niet in de OER van Biologie staan en die je volgt bij andere opleidingen, breng je onder in de profileringsruimte van je bachelorprogramma. De major biologie bestaat uit 18 cursussen van 7½ stp. Hiervan zijn er 10 (75 stp) verplicht. Dit zijn: - alle 8 vakken van het eerste jaar (niveau 1), samen 60 stp, - de cursus Toegepaste biostatistiek (niveau 2), 7½ stp, en - de Afstudeeropdracht (niveau 3), 7½ stp. De Afstudeeropdracht kun je volgen als Scriptiecursus (7½ stp) of als het Onderzoeksproject (15 stp, waarvan 7½ stp als Scriptiecursus en 7½ stp, het onderzoeksdeel, als een keuzecursus van de major (zie onder). De overige 8 cursussen (60 stp) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze 8 cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 2 keuzecursussen (15 stp) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 stp) op niveau 3, - voor de overige 2 keuzecursussen (15 stp) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van niveau 2 en 3 cursussen van de major (uit de gids). In totaal moet je in de major dus tenminste 5 niveau 3 cursussen (inclusief de Scriptiecursus). Je kunt in de profileringsruimte (zie onder) ook kiezen uit de lijst van keuzecursussen van de major van biologie.

1

Een EC-studiepunt, afgekort als stp, is 28 uur studie (ECTS is de afkorting van European Credit Transfer System) 3

De profileringsruimte In de bacheloropleiding biologie heb je een profileringsruimte van 45 stp (6 cursussen van 7½ stp). De cursussen in deze ruimte kun je zowel buiten als binnen de bacheloropleiding biologie kiezen. Alle cursussen van de Universiteit Utrecht vind je in de universitaire onderwijscatalogus (via OSIRIS-student of via de openbare versie op https://www.osiris.universiteitutrecht.nl/osistu_ospr/OnderwijsCatalogus.do H

H

H

Tenminste twee cursussen (15 stp) van de profileringruimte moeten bestaan uit cursussen op niveau 2 of 3.

Minor Een minor is een samenhangend pakket cursussen, dat je in je profileringsruimte kunt volgen. Je kunt een minor bij een andere bacheloropleiding volgen. Een steeds groter aantal bacheloropleidingen bieden complete minorprogramma’s aan. Wil je bij een andere opleiding of bij Biologie zelf je minorprogramma samenstellen, dan moet je daarvoor bij de examencommissie van die opleiding toestemming vragen. Die commissie bepaalt dan of je gekozen pakket cursussen voldoet aan de eisen van een minor: voldoende omvang (30 stp), samenhang en niveau (tenminste 7½ stp op niveau 2). Informatie over minorprogramma’s van andere Utrechtse opleidingen kun je vinden via de minorsite: www.uu.nl/NL/onderwijs/hetonderwijsaanbod/minor/Pages/default.aspx H

Samenvatting Major biologie (135 stp): niveau 1: 60 stp in jaar 1 b niveau 2: 22,5 stp c niveau 3: 37,5 stp d niveau 2 e/o 3: 15 stp a

tenminste:

8 cursussen 3 cursussen, waaronder Toegepaste biostatistiek 5 cursussen, waaronder de Scriptiecursus (7½ stp) 2 cursussen

Onderzoeksproject (15 stp): helft valt onder c, andere helft valt onder d

Profileringsruimte (45 stp) niveau 2: 15 stp niv. 1, 2 e/o 3: 30 stp

2 cursussen 4 cursussen

Minor ( is 30 stp van de profileringsruimte) niveau 2: 7,5 stp tenminste 1 cursus op niveau 2 niv. 1, 2 e/o 3: 22,5 stp 3 cursussen Major en profileringsruimte samen: tenminste 45 stp moet zijn op niveau 3.

Vaardigheden

In het eerste studiejaar besteed je veel aandacht aan (academische) vaardigheden die je (later) nodig hebt in het vervolg van je studie en daarna. In jaar 2 en 3 wordt deze vaardighedenlijn voortgezet. Welke vaardigheid(heden) in een cursus speciaal aandacht krijgen, kun je lezen bij de cursusbeschrijvingen in het tweede deel van deze studiegids.

4

Cursussen buiten de opleiding Biologie Als je (in de profileringsruimte) onderwijs bij een andere opleiding aan de Universiteit Utrecht (UU) of daarbuiten volgt, dan kun je in die periode (of timeslot) geen onderwijs van Biologie zelf volgen. In het biologierooster is geen ruimte gereserveerd om daarbuiten onderwijs te volgen. De bachelorcursussen aan de UU zijn alle in dezelfde 4 cursusperioden geroosterd. Bij andere universiteiten gelden andere perioden. Voor het volgen van cursussen buiten de Universiteit Utrecht moet je vóóraf toestemming vragen aan de examencommissie door middel van een e-mail naar [email protected] Cursussen bij buitenlandse universiteiten kun je het beste met behulp van het internet zoeken via: http://www.uu.nl/nl/informatie/studenten/onderwijs/studerenbuitenland/Pages/d efault.aspx In het ERASMUS uitwisselingsprogramma kun je aan veel Europese universiteiten cursussen volgen zonder dat je daarvoor extra collegegeld moet betalen. Ook zijn structurele uitwisselingsprogramma’s opgezet met enkele buitenlandse universiteiten in Japan, Canada, Australië en de VS. Begin tijdig met het plannen van vakken die je buiten de eigen opleiding wilt volgen! Houd er rekening mee, dat: ─ de onderwijsperiodes en inschrijfprocedures bij andere onderwijsinstellingen vaak niet overeenkomen met die van de UU en dat je daardoor studievertraging kunt oplopen, ─ cursussen die je buiten Biologie wilt volgen, in een vrij vroeg stadium al vol kunnen zitten, ─ er ingangseisen kunnen zijn om een cursus te mogen volgen.

Het rooster

Het jaarrooster bestaat uit vier onderwijsperioden van elk 10 weken. In elke periode volg je, om de 60 studiepunten per studiejaar te halen, twee cursussen. Het is niet mogelijk en ook niet toegestaan, om bij Biologie meer dan twee cursussen tegelijk in één periode te volgen. Reden hiervan is dat Biologie 2 timeslotcombinaties voor elke cursus gebruikt en vanwege overlap. Een timeslot bestaat uit een aantal halve dagen van de week waarin de cursus wordt gegeven. Er zijn 4 timeslots: A: op maandagmorgen en woensdagmorgen, B: op dinsdagmorgen en donderdagmiddag, C: op maandag- en dinsdagmiddag en op donderdagochtend, D: op woensdagmiddag en de vrijdagmorgen en middag . De cursussen van Biologie worden, op een paar uitzonderingen na, gegeven in de timeslotcombinaties A+D (maandagmorgen, woensdag en vrijdag) en B+C (maandagmiddag, dinsdag en donderdag). In een onderwijsperiode kun je bij biologie twee cursussen tegelijk volgen, de ene in timeslot A+D, de andere in timeslot B+C. In het studiejaar 2012-’13 beginnen de cursussen op maandag 3 september. De indeling van de onderwijsperioden is als volgt:

5

periode 1:

van maandag 3 september tot en met vrijdag 9 november; op donderdag 3 en vrijdag 4 januari ’13 (aan het eind van de kerstvakantie) zijn de herkansingstoetsen van de cursussen uit periode 1.

periode 2:

van maandag 12 november ’12 tot en met vrijdag 1 februari ‘13, de kerstvakantie is van zaterdag 22 december ’11 tot maandag 7 januari ‘13, op donderdag 18 en vrijdag 19 april ’13 zijn de herkansingstoetsen van de cursussen uit periode 2.

periode 3:

van maandag 4 februari tot en met vrijdag 12 april ’13. van maandag 15 april tot en met vrijdag 19 april geen onderwijs, op donderdag 4 en vrijdag 5 juli zijn herkansingstoetsen van de cursussen uit periode 3.

periode 4:

van maandag 22 april tot en met vrijdag 28 juni ‘13, Op maandag 19 en dinsdag 20 augustus ’13 zijn de herkansingstoetsen van de cursussen van periode 4.

` LET OP 2 : voor als je voor een cursus een onvoldoende eindcijfer haalt: FF

FF

1. Is je eindcijfer voor de cursus lager dan 4.0 (dus 3,9 en lager), dan mag je niet meedoen aan de herkansingstoetsen! 2. Als je na het afleggen van een herkansingstoets nog geen voldoende eindcijfer (5,5 en hoger) voor de cursus hebt gehaald, vervallen alle deelcijfers van de betreffende cursus, ook de eventueel behaalde voldoende deelcijfers. Een verplichte cursus moet je het studiejaar daarop overdoen of, als het een keuzecursus betreft, kun je een andere kiezen. Je kunt je onvoldoende dus niet wegwerken door in het volgende studiejaar alleen deel te nemen aan de herkansingstoets(en). Als je vanwege een aantoonbare overmachtsituatie (bijvoorbeeld je bent/was ziek) niet in staat bent of niet in staat bent geweest tot het afleggen van maximaal één deeltoets per cursus, dan mag je alsnog aan de herkansingstoets deelnemen, mits: 1. je de overmachtsituatie zo snel mogelijk (voor of na) de toets die je hebt gemist, hebt gemeld bij het studiepunt Biologie. Ingeval van ziekte moet je een doktersverklaring inleveren. 2. De herkansingstoets wordt eenmaal gegeven. Mis je deze, om welke reden dan ook, dus ook door overmacht, dan is er niet nog een volgende inhaalmogelijkheid.

2

Deze punten zijn opgenomen in de Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) van de bacheloropleiding Biologie 2012-‘13 (zie website).

6

DE CURSUSSEN VAN NIVEAU 2 De cursussen op niveau 2 (verdiepend) geven je een oriëntatie op en verdieping in deelgebieden van de Biologie. Je doet in deze cursussen onderzoekservaring op, past onderdelen van de empirische cyclus toe en ontwikkel je eenvoudige biologische concepten. Daarbij maak je gebruik van wetenschappelijke literatuur. We verwachten van je dat je leert argumenteren over biologischmaatschappelijke problemen, kritisch leert analyseren en leert reflecteren op je eigen functioneren en studievoortgang. De BLAUW gemarkeerde cursussen in onderstaande overzichten zijn cursussen die voor studenten tot en met cohort 2009-’10 gelden als behorend tot de keuzecursussen van de major Biologie. Voor studenten die met de studie zijn begonnen in het studiejaar 2010-’11 en later zijn het cursussen die ondergebracht worden in de profileringsruimte, niet meer in de major (Zie OER 2011-’12)

Overzicht van de niveau 2 cursussen in 2012-‘13 CURSUSSEN

timeslot

stp

opmerkingen

De Cel (B-B3CEL09)

A+D

7½

Plantenfysiologie (B-B2PLFY09)

A+D

7½

A+D

7½

B+C

7½

B+C

7½

B+C

7½

A+D

7½

volgen in jaar 3

A+D

7½

Verplicht in jaar 2!!

Gedragsbiologie (B-B2GEBI05)

B+C

7½

Metabolisme

B+C

7½

Didactiek (B-B2DIDA09)

A+D

7½

Toxicologie (B-B2TOX05)

A+D

7½

Evolutie (B-B2EVO09)

B+C

7½

Paleoecologie (B-B2PALE09)

B+C

7½

periode 1

Theoretische ecologie (BB2THEC05) Mariene wetenschappen 1 (B-B2MSCI07) Microbiële interacties (B-B2MINT10) Ontwikkelingsbiologie (B-B2OBI07) periode 2 Gentherapie, kanker en aids (B-B2GKA05) Toegepaste biostatistiek (B-B2TBS05)

periode 3

7

profileringscursussen: Evolutie en ecologie (AW) (GEO21215) Sedimentaire systemen (AW) (GEO2-1208)

A

7½

inschrijven en plaatsing via Aardwetenschappen

C

7½

Inschrijven en plaatsing via Aardwetenschappen

De Cel (B-B3CEL09)

A+D

7½

Neurobiologie (B-B2NEUR10)

A+D

7½

B+C

7½

B+C

7½

periode 4

Natuurbehoud, duurzaamheid en plantendiversiteit (B-B2NADU11) Wetenschapscommunicatie (BB2WECO09)

Uitsluitingen Een aantal niveau 2 cursussen hebben veel overlap met ‘oude’ cursussen. Het is daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de ‘oude’ al hebt afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd met de namen van de cursus die ze vervangen. Huidige cursus

Niet toegestaan als je hebt gevolgd:

De Cel

Celbiologie

Microbiologie

Moleculaire microbiologie 1

Mariene wetenschappen 1

Mariene ecologie

Microbiële interacties

Plant-microbe interacties

Neurowetenschappen (BMW)

Neurobiologie (Biol)

Paleoecologie

Paleobiologie van Planten

8

DE CURSUSSEN VAN NIVEAU 3 De niveau 3 cursussen geven je door een breed aanbod van cursussen de mogelijkheid om een verantwoorde keuze te maken voor een masterprogramma. Op niveau 3 werk je vrijwel uitsluitend met primaire literatuur op het vakgebied van een onderzoeksgroep. Je neemt dan in de vorm van kleine projecten actief deel aan het universitaire onderzoek. In de niveau 3 cursussen leer je: ─ Integreren / synthetiseren, dat wil zeggen voorspellen op basis van theorie; zicht krijgen op samenhang tussen bestudeerde vakken en theorieën; theorie toepassen; aanzet tot specialisatie; vaardigheden en kennis toepassen bij een biologische vraagstelling. ─ Wetenschappelijk en conceptueel denken: specifieke methoden en technieken toepassen, een eigen bijdrage leveren aan een onderzoeksvraagstelling, ontwerpen en uitvoeren van experimenten, in samenhang evalueren van wetenschappelijk informatie over hetzelfde onderwerp uit verschillende bronnen en bovendien vanuit verschillende wetenschappelijke theorieën en perspectieven. Voor een aantal niveau 3 cursussen is ‘voorkennis’ nodig. Voor die cursussen worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op in je eerste studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen die bij Biologie cursus(sen) willen volgen) of door het volgen van een of meer niveau 2 cursussen. Bij de cursusbeschrijvingen staat aangegeven wat de ingangseisen zijn.

Overzicht van de niveau 3 cursussen in 2012-‘13 Cursussen

stp

timeslot

opmerkingen

periode 1 Biodiversiteit en landschap (B-B2BILA09)

A t/m D

15

Gedragsecologie (B-B3GECO09)

A+D

7½

Genoombiologie (B-B3GENB09)

A+D

7½

Bio-ethiek (B-B3BETH05)

B+C

7½

Endocrinologie (B-B3ENDO10)

B+C

7½

Afstudeeropdracht (scriptiecursus) (B-B3AFST05) zonder onderzoeksproject Onderzoeksproject(B-B3ONPR09) met afstudeeropdracht (scriptiecursus)

A t/m D

A t/m D

7½

alleen als 120 stp in de major Biologie zijn behaald!!

15


Cursussen voor profileringsruimte : Paleoklimatologie (GEO3-1329)

A

7½


Landschapsecologie en natuurbeheer (GEO3-2140)

D

7½

inschrijven en plaatsing via Geowetenschappen

9

Introduction into Molecular Life Sciences (SK-BIMCLS)

inschrijven en plaatsing via Scheikunde

B+C

7½

De wetenschapper in beleid (B-B3WBEL09)

A+D

7½

Milieuveranderingen door de tijd/ Environmental change (B-B3ENVCH)

A+D

7½

Computationele biologie (B-B3..10)

B+C

7½

Mariene wetenschappen 2 (B-B3MSCI05)

B+C

7½

Oriëntatie op de communicatieve en educatieve praktijk (OCEP), (B-B3OCEP05)

B+C

7½

Tropische ecosystemen en klimaat (B-B3TREK11)

B+C

7½

nieuwe cursus

7½


15


periode 2

Afstudeeropdracht (scriptiecursus) (B-B3AFST05) zonder onderzoeksproject Onderzoeksproject(B-B3ONPR09) met afstudeeropdracht (scriptiecursus)

A t/m D

A t/m D

nieuwe cursus

alleen in jaar 3, max. 20 deelnemers

periode 3 Eukaryote microbiologie (B-B3EUKA09)

A+D

7½

Wetenschapper in advies (B-B3WEAD09)

A+D

7½

A+D

7½

B+C

7½

B+C

7½

B+C

7½

Afstudeeropdracht (scriptiecursus) (B-B3AFST05) zonder onderzoeksproject

A+D of B+C

7½

alleen als 120 stp in de major Biologie zijn behaald.

Onderzoeksproject(B-B3ONPR09) met afstudeeropdracht (scriptiecursus)

A t/m D

15

alleen als 120 stp in de major Biologie zijn behaald.

Paleo-oceanografie (AW) (GEO3-1318)

A

7½


Sedimentatie, fauna en klimaat (AW) (GEO3-1319)

C

7½


Moleculaire en cellulaire biologie (B-B3MCB05) Ontwikkelingsbiologie en genetica (B-B3OBG05) Oriëntatie op de communicatieve en educatieve praktijk (OCEP), (B-B3OCEP05) Planten, adaptatie en afweer (BB3PLAA05)

alleen in jaar 3, max. 20 deelnemers

Cursussen voor profileringsruimte :

10

periode 4 Cognitie en gedrag (B-B3CEG05)

A+D

7½

Geschiedenis en wijsbegeerte van de biologie (B-B3GESB05)

A+D

7½

Immunobiologie (B-B3IMMB09)

A+D

7½

Aquatische ecologie (B-B3AQEC05),

B+C

7½

max. 14 deelnemers

Afstudeeropdracht (scriptiecursus) (B-B3AFST05) zonder onderzoeksproject

A+D of B+C

7½

Alleen als 120 stp in de major Biologie zijn behaald.

Onderzoeksproject(B-B3ONPR09) met afstudeeropdracht (scriptiecursus)

A t/m D

15

Alleen als 120 stp in de major Biologie zijn behaald.

A t/m D

15

Zie toelatingseisen

Gaat mogelijk naar B+C

Cursussen voor profileringsruimte : Veldwerk Pyreneeën (AW)

Uitsluitingen

Een aantal nieuwe niveau 3 cursussen hebben veel overlap met ‘oude’ cursussen. Het is daarom niet toegestaan om de ‘nieuwe’ cursus te volgen als je de ‘oude’ al hebt afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd met de namen van de ‘oude’ cursus die ze vervangen. Nieuwe cursus Endocrinologie Eukaryote microbiologie Genoombiologie Gedragsecologie

Niet toegestaan als je hebt gevolgd: Endocrinologie en metabolisme Moleculaire microbiologie 1 of Microbiologie (beide niveau 2) Chromosoomorganisatie Gedragsecologie (niveau 2)

Wetenschapper in beleid

Planten en klimaatsveranderingen (niveau 2) Milieu, biologie en samenleving

Wetenschapper in advies

De onderzoeker als adviseur

Tropische ecosystemen en klimaat

11

TOELATING TOT JAAR 2 EN 3 Verplichte volgorde toelating tot de cursussen Je kunt na je eerste jaar niet zonder meer beginnen aan de cursussen van jaar 2. Eerst moeten van jaar 1 een aantal cursussen zijn gehaald. In de Onderwijs en Examenregeling (OER) van de bacheloropleiding Biologie (studiejaar 2012-’13), staan die regels beschreven. De OER wordt steeds voor een volgend studiejaar vastgesteld en zo nodig aangepast. Er verschijnt dus elk jaar een nieuwe OER die de vorige vervangt. Je kunt de OER vinden op de website: www.uu.nl/opleiding/studerenopleiding H

H

In het artikel uit de OER dat de toelating tot het onderwijs van niveau 2 en 3 regelt, staat: art. 4.2 – verplichte volgorde major 1. Toegang tot de cursussen van het verdiepende niveau (niveau 2) van de opleiding heeft de student die van het eerste jaar van de opleiding onderdelen met een studielast van tenminste 37,5 studiepunten heeft behaald(tenminste 5 cursussen). 2. Toegang tot de cursussen van het gevorderde niveau (niveau 3) van de opleiding heeft de student die van de keuzeonderdelen van de opleiding op verdiepend niveau (niveau 2) van het 2e jaar onderdelen met een studielast van tenminste 15 studiepunten (twee cursussen) heeft behaald. 3. Toegang tot de afstudeeropdracht (scriptiecursus) heeft de student die tenminste 120 studiepunten van de major van de opleiding heeft afgerond met een voldoende eindcijfer, waarvan het verplichte deel van de major (67,5 studiepunten) geheel moet zijn behaald. Cursussen in de profileringsruimte tellen NIET mee! Je kunt dus pas aan niveau 3 cursussen beginnen als je tenminste twee niveau 2 keuzecursussen hebt gevolgd en gehaald. Je begint daarom in je tweede studiejaar met het volgen van twee niveau 2 cursussen in periode 1. In periode 2 is de cursus Toegepaste biostatistiek voor alle studenten verplicht. Van de niveau 3 cursussen is de Afstudeeropdracht (scriptie) verplicht. Het kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen Met het volgen van de niveau 2 en 3 keuzecursussen bereid je je voor op een masterprogramma of op de arbeidsmarkt. Ideaal zou het zijn als je al vrij vroeg in je studie (aan het einde van het eerste jaar) weet of je en zo ja welk masterprogramma je na de bachelor wilt volgen. Dat vergemakkelijkt het kiezen van cursussen. Weet je aan het einde van het eerste jaar nog niet in welke richting van de biologie je je wilt specialiseren, dan kun je oriënteren door uit een paar studiepaden niveau 2 cursussen te kiezen. In de major Biologie zijn de keuzecursussen ondergebracht in vier studiepaden. Deze studiepaden zijn gemaakt om richting te geven aan je studie en daarbij het kiezen van een samenhangen pakket cursussen te vergemakkelijken en (roostertechnisch) mogelijk te maken. Bij het kiezen van de cursussen in jaar 2 en 3 heb je veel vrijheid. Je kunt je specialiseren door alle cursussen van één studiepad te volgen, maar je kunt ook een combinatie maken van een paar studiepaden. Als je je breed wilt oriënteren, bijvoorbeeld als je later de lerarenopleiding wilt volgen, dan kan het zelfs 6B

12

verstandig zijn om je niet aan een studiepad te houden maar cursussen te kiezen uit het hele aanbod. Wil je een masterprogramma volgen, dan moet je bachelorprogramma daarop aansluiten. Het is echter niet zo dat je alle cursussen van het voorbereidende studiepad gevolgd moet hebben. Je kunt uitgaan van 2 tot 3 cursussen op niveau 3 voor toelating tot de master.

VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING Voorlichting In mei krijgen de eerstejaars studenten algemene studievoorlichting over de studiejaren 2 en 3 van de bacheloropleiding. De precieze data en tijden worden per e-mail bekend gemaakt. Tweede en derdejaars studenten zijn uiteraard ook welkom.

Inschrijving cursussen via OSIRIS-student De inschrijving voor de cursussen vindt plaats via OSIRIS-student . De opgegeven inschrijfperiodes gelden voor alle bacheloropleidingen van de Universiteit Utrecht. Houd er rekening mee dat de cursussen van Biologie al vol zijn bij de eerste inschrijvingsperiode. Dan is er ook GEEN na-inschrijving! Je aanmelden voor een na-inschrijving kun je doen door een e-mail te sturen naar [email protected] Het uitschrijven voor een cursus doe je via OSIRIS-student Semester 1 ─ Periode 1 (start op maandag 3 september 2012) Aanmelden (via OSIRIS-student) van maandag 4 juni tot en met zondag 1 juli 2012. Na-inschrijven (via e-mail naar studiepunt) en uitschrijven (via OSIRISstudent) voor een cursus is mogelijk tot en met dinsdag 21 augustus. ─

Periode 2 (start op maandag 12 november 2012) Aanmelden (via OSIRIS-student) van maandag 3 september tot en met zondag 30 september 2012. Na-inschrijven (via e-mail naar studiepunt) en uitschrijven (via OSIRISstudent) voor een cursus is mogelijk tot en met dinsdag 30 oktober.

Semester 2 ─ Periode 3 (start op maandag 4 februari 2013) Aanmelden (via OSIRIS-student) van maandag 5 november tot en met zondag 2 december 2012. Na-inschrijven (via e-mail naar studiepunt) en uitschrijven (via OSIRISstudent) voor een cursus is mogelijk tot en met dinsdag 22 januari ‘13.

13

─

Periode 4 (start op maandag 22 april 2013) Aanmelden (via OSIRIS-student) van maandag 28 januari tot en met zondag 24 februari 2013. Na-inschrijven (via e-mail naar studiepunt) en uitschrijven (via OSIRISstudent) voor een cursus is mogelijk tot en met dinsdag 9 april ‘13.

De inschrijving/aanmelding voor de cursussen via OSIRIS-student en de plaatsing in de cursus zijn in de tijd gescheiden trajecten. Ongeveer drie weken na de sluitingsdatum (aanmelden is dan niet meer mogelijk) krijg je bericht over de cursussen waarvoor je in de volgende periode bent geplaatst. De cursussen van jaar 2 en 3 hebben een maximumcapaciteit. Voor de niveau 2 cursussen is het maximum aantal deelnemers meestal 60, voor de niveau 3 cursussen is dit 40. Het komt regelmatig voor dat zich voor een cursus meer studenten aanmelden dan er plaatsen zijn. Om te voorkomen dat je bij uitloten geen plaats hebt bij een cursus bij Biologie, haal je van de website van het studiepunt Biologie of bij het studiepunt zelf een tweede en derde keus formulier. De uiterste inleverdatum voor dit formulier is gelijk aan de sluitingsdatum van de inschrijving op OSIRIS-student. Bij de definitieve plaatsing voor de cursussen houden we er rekening mee dat je gedurende een studiejaar zo min mogelijk geplaatst wordt bij een tweede of derde keus cursus, bij voorkeur niet meer dan één keer.

Uitschrijving cursussen via OSIRIS-student Evenals de inschrijving gaat de uitschrijving voor een cursus via OSIRIS-student. De eerste dag van uitschrijving is gelijk aan die van de inschrijving. De laatste dag dat je je kunt uitschrijven voor een cursus is voor: Periode 1: dinsdag 21 augustus 2012 Periode 2: dinsdag 30 oktober 2012 Periode 3: dinsdag 22 januari 2013 Periode 4: dinsdag 9 april 2013.

Regels bij de aanmelding en plaatsing Vrijwel iedere cursus heeft een maximum capaciteit. Bij meer inschrijvingen voor dan plaatsen bij een cursus kunnen niet alle studenten worden geplaatst. Bij de plaatsing, die na de inschrijfperiode gebeurt, wordt gelet of je toegang hebt tot de cursus aan de hand van de ingangseisen. Kunnen daarna nog niet alle inschrijvingen worden geplaatst, dan kan er worden geloot. Mocht je onverhoopt voor een cursus worden uitgeloot of niet geplaatst, dan kun je je het volgende studiejaar opnieuw voor deze cursus inschrijven. Meld dit aan de studentenbalie door bijvoorbeeld een e-mail te sturen. We houden er dan rekening mee bij de plaatsing. ─ De inschrijving voor de cursussen vindt ALLEEN plaats via OSIRIS-student in de genoemde inschrijfperioden. LET HIEROP!! ─ Je tweede (en derde) keuze geef je op met een formulier dat je kunt vinden bij de studentenbalie en op de website. ─ Als je geen tweede (en derde) keuze cursus opgeeft, geef je daarmee aan dat

14

je, ingeval je niet geplaatst wordt bij je eerste keuze cursus, je in de betreffende periode bij Biologie GEEN andere cursus wilt volgen. Het is dus NIET zo, dat als je GEEN tweede/derde keuze hebt opgegeven, dit je plaatsingskans voor je eerstekeuze cursus vergroot. Je mag je per periode voor maximaal 2 cursussen van Biologie inschrijven. Deze moeten in een verschillend timeslot vallen. Meld je je wel voor meer dan 1 cursus per timeslot aan (zo dit mogelijk is), dan word je voor geen van de aangemelde cursussen geplaatst. ─ Als je je in een periode naast 2 cursussen bij Biologie ook inschrijft voor cursussen bij andere opleidingen, dan verklein je je plaatsingskans bij de Biologiecursussen. ─ We proberen zo veel mogelijk te voorkomen dat sommigen heel goed en anderen heel slecht worden bedeeld. Als je in niet bent geplaatst bij je eerste keuze cursus, dan houden we daar bij de volgende plaatsingen rekening mee. We houden als maximum aan dat je niet meer dan één keer per studiejaar bij een tweedekeuze cursus wordt geplaatst. ─ Het is via OSIRIS-student niet mogelijk om je na de sluitingsdatum nog in te schrijven! Dit kan alleen nog op de twee na-inschrijvingsdagen, mits er dan nog plaats is (zie hiervoor de website). ─ Voor sommige cursussen vragen we je om een bevestiging van deelname. Reageer je daar niet op, dan annuleren we je plaatsing. Wil je cursussen bij andere bacheloropleidingen volgen, dan moet je er rekening mee houden dat de plaatsingsprocedures bij die opleidingen anders kan zijn dan die bij Biologie.

15

MASTERPROGRAMMA’S De studiepaden bieden je een goede voorbereiding voor de programma's van de masteropleiding Biological Sciences. Deze programma's vallen (mede) onder de verantwoordelijkheid van het departement Biologie. Hieronder volgt een opgave van de masterprogramma’s van Biological sciences 3 : FF

De opleiding geeft als ‘doorstroomopleiding’ rechtstreeks toegang tot de masteropleiding Biologische Wetenschappen (CROHO 60293). Let op, elk masterprogramma selecteert bij toelating, het is dus niet zeker dat je het programma van je keuze ook kan volgen. De programma’s van de masteropleiding Biologische wetenschappen zijn: ─ Environmental Biology ─ Molecular and Cellular Life Sciences ─ Neuroscience and Cognition ─ Toxicology and Environmental Health De bachelor biologie geeft ook goede toegang tot meer toegepaste bètabrede masters als: -Science Education and Communication -Science and Business Management De volgende research masterprogramma's vallen (deels) onder de verantwoordelijkheid van een andere faculteit, maar sluiten wel (soms met aangepast vakkenpakket) goed aan bij de opleiding: ─ Biomedical Image Sciences ─ Biology of Disease ─ Cancer Genomics and Developmental Biology ─ Drug Innovation ─ Immunity and Infection ─ Epidemiology ─ Regenerative Medicine and Technology ─ History and Philosophy of Science ─ Energy Science (www.energyscience.uu.nl) ─ Earth , Life and Climate Meer informatie over masterprogramma’s kun je vinden op de website:

www.uu.nl/masters

3

Je moet er wel rekening mee houden dat een aantal namen van deze programma’s in de komende tijd nog kan veranderen.

16

FF

ARBEIDSMARKTORIËNTATIE Landelijk Wat?

Beschrijving

Wanneer

Hoe kom je ermee in aanraking?

LOBS masterdag

Markt waarbij (bijna) alle biologie-gerelateerde masters aanwezig zijn

rond begin februari

BCF Career Event Nibi

Carrière-event; zelf aanmelden. Leden van studieverenigingen krijgen korting Nederlands Biologie Instituut, biedt gratis carrièreadvies aan voor haar leden. Biologen worden gestimuleerd lid te worden, speciale aanbieding via UBV. http://www.makeamove.nl/Steden/Utrecht/Carrierewe ek.aspx

mei

wordt reclame gemaakt via studievereniging zelf achteraan, korting via UBV zelf achteraan

november

uitnodiging per students mail, zelf aanmelden.

Gratis beschikbaar voor elke UU-student.

hele jaar beschikbaar hele jaar beschikbaar

folders overal te vinden UU-site

Gratis voor UU-studenten. Link: http://www.uu.nl/NL/Informatie/studenten/ arbeidsmarkt/Loopbaanadvies/Pages/default.aspx Dag waarop bedrijven zich presenteren, carrièremarkt en workshops. Waarbij (bijna) alle UU masters zich presenteren, met voorlichting en extra activiteiten.

hele jaar beschikbaar

UU-site (moeilijk te vinden!)

februari

info via students mail aanmelden via UU-site, overal posters etc.

Nog in de maak; website met overzicht van alle loopbaanoriëntatie binnen Bètafaculteit, met kleurcodes per sector.


Career week + life sciences event


UU-breed Centrum Studiekeuze Studeren in Buitenland informatie Loopbaanbegeleiding Carrièredag UU Masteravond

Via Exchange Office: waar studenten altijd langs mogen. Via UU-site voorlichtingsavonden te vinden.

februari en oktober

Bèta Website ‘Your βetter Future’

wordt nog gemaakt, hopelijk rond februari klaar

Biologie (cursief valt onder tutoraat) Studieadviseur Biologie Studentbestuurslid Biologie

Voor alle vragen, wijst studenten door naar allerlei andere informatiepunten Voor kleine vragen; makkelijk te benaderen. Kan studenten doorverwijzen naar de juiste informatiepunten.

hele jaar beschikbaar hele jaar beschikbaar

Arbeidsmarktoriënterende lezingen

Elke vrijdag gedurende periode 1 zijn er lezingen van oa AiO’s over wat zij doen

BSA informatie

Door de studieadviseur; informatie dat er gewerkt hoort te worden, anders wordt je uitgeschreven Informatie-dag over arbeidskansen algemeen voor biologen, in samenwerking met Nibi. Informatie over de studiepaden en hoe die aansluiten op masters

september t/m november september

Arbeidsmarktoriëntatie Info studiepaden Masterinformatie

Over de masters

mei mei februari

17

mail; spreekuren makkelijk benaderbaar; mail / aanspreken 1e jaars tutoraathandleiding 1e jaars college 1e jaars tutoraathandleiding 1e jaars tutoraathandleiding 1e jaars tutoraathandleiding

Utrechtse Biologen Vereniging (UBV) Kanalen om studenten te bereiken: posters, Facebook, nieuwsbrief, website, verenigingskamer

Studeren in buitenland avond

Waarbij studenten van andere studenten en studieadviseur horen hoe het is, hoe te regelen etc. Veel ruimte voor vragen Avond waarbij studenten over hun masterprogramma en stage komen vertellen Avond waarop bedrijven zich presenteren aan studenten, misschien uitbreiding met informatie over promoveren / academische carrière

oktober

via UBV

februari

via UBV

oktober

april

Lezingen

Kleinschalige avond waarbij het Recruitmentbedrijfje People in Science een workshop aanbiedt Mogelijkheid voor UBV-leden om te laten doen bij People in Science Leerstoelgroepen kunnen stages aanbieden; ook plaats voor studentassistentschappen en banenbank Korte lezingen door mensen die met biologie werken

via UBV en mail naar alle Life Sciences studenten via UBV

Buitenlandse Studiereis Bedrijfsexcursies

Reis met een bezoek aan een buitenlandse Universiteit / instelling Excursies naar bedrijven waar biologen kunnen werken

Bioborrel

Borrel waarbij studenten en medewerkers van het departement met elkaar in contact kunnen komen

Alternatieve studiegids Alternatieve mastergids

Informele studiegids waarin studenten hun mening geven over cursussen Informele studiegids waarin studenten hun mening geven over masterprogramma’s en hun stage uitleggen

Alternatieve masterdag Bijna afgestudeerden dag (BAD) Sollicitatie workshop CV check Stagebank

18

hele jaar beschikbaar hele jaar beschikbaar +/- 1 per maand juli augustus meerdere per jaar eens per maand

via UBV UBV website; nog in de maak via UBV via UBV via UBV

4 per jaar

via UBV en departement Biologie via UBV

eens per jaar

via UBV

DE STUDIEPADEN IN DE OPLEIDING BIOLOGIE De studiepaden zijn afgestemd op de masterprogramma’s van Biologie Je stelt je eigen pakket samen, eventueel in overleg met je tutor en/of studieadviseur. Bij de mastercoördinatoren kun je terecht voor inhoudelijke informatie. Het is niet nodig alle vakken in dit adviespakket te volgen. Afhankelijk van verplichte en sterk geadviseerde cursussen per track en andere cursussen die je binnen dit master programma wilt gaan volgen, pas je je keuzes aan. In alle studiepaden zijn de cursussen Toegepaste biostatistiek (die je volgt in je tweede studiejaar) en de Afstudeeropdracht (scriptiecursus) verplicht. De cursus Toegepaste biostatistiek 1 staat cursief gedrukt in de cursusoverzichten van de studiepaden. De scriptiecursus staat niet in de schema’s omdat je die cursus kunt volgen in periode 2 of periode 4. Je kiest zelf in welke periode je die cursus volgt. Onderscheiden worden de volgende studiepaden: ─ Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit ─ Gedragsbiologie ─ Moleculaire Levenswetenschappen ─ Educatie, Communicatie en Management Hieronder volgt een korte samenvatting van deze studiepaden met de bijbehorende geadviseerde cursussen.

Studiepad Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit Het studiepad Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit richt zich op het bestuderen van biologische processen die ten grondslag liggen aan de manier waarop ecosystemen, populaties, en individuen zich aanpassen aan hun biotische en abiotische leefomgeving, in heden en verleden. Het is een breed vakgebied dat alle organisatieniveaus bestrijkt van molecuul tot ecosysteem. De vakgebieden binnen dit pad proberen onder andere antwoorden te vinden op grote actuele wetenschappelijke en maatschappelijke vragen over de effecten van klimaatverandering op het functioneren van biologische systemen, bijvoorbeeld: ─ hoe verandert het regenwoud? ─ hoe reageren organismen op veranderingen in hun leefmilieu? Naast fundamentele zijn ook duidelijke toepassingen mogelijk (landbouw, natuurbehoud, natuurlijke waterzuivering): ─ wat is de rol van ecosystemen bij het tegengaan van klimaatsverandering? ─ Hoe kunnen landbouwgewassen zich verdedigen tegen pathogenen? In het studiepad zijn 3 (elkaar overlappende) hoofdthema’s te onderscheiden met als vraagstellingen/onderwerpen: 1. Organismaal ─ Hoe reageren individuele organismen op hun omgeving? ─ Begrijpen van de moleculaire en fysiologische regulatie van reacties op abiotische stressfactoren (bv. schaduw). ─ Begrijpen van de permanente wapenwedloop waarin organismen verwikkeld

19

zijn met elkaar. ─ aandacht voor het belang van organismen in biotechnologie voor de productie van voedsel, grondstoffen en medicijnen. 2. Ecologisch ─ Waar komen organismen voor, met hoeveel en wat doen ze? ─ Hoe verloopt de interactie tussen organismen en hun (a)biotische omgeving? ─ Hoe komt biodiversiteit tot stand en wordt het gereguleerd? ─ Is een ecosysteem met meerdere soorten beter bestand tegen verstoringen? ─ Hoe bepalen organismen nutriënten kringlopen in het landschap. 3. Paleoecologisch ─ Wat zijn de effecten van milieuveranderingen op mariene en continentale ecosystemen? ─ Inzicht in de evolutie van planten, dieren en paleoecologisch belangrijke fossielgroepen. ─ Inzicht in de samenstelling van fossiele biota in monsters van continentale en mariene sedimenten (effecten klimaatverandering). ─ Inzicht in fysische, chemische en biologische processen in oceanen en de specifieke ecosystemen van Noordzee en Wadden. De cursussen van het studiepad Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit zijn: Niveau 2 Periode 1: Theoretische ecologie, Microbiële interacties, Mariene wetenschappen I, Plantenfysiologie, Periode 2: Metabolisme, Periode 3: Evolutie, Toxicologie, Palaeoecologie, Periode 4: Biodiversiteit, natuurbescherming en duurzaamheid Niveau 3 Periode 1: Genoombiologie, Biodiversiteit en landschap Periode 2: Milieuveranderingen door de tijd, Mariene wetenschappen II, Computationele biologie, Tropische ecosystemen en klimaat Periode 3: Eukaryote microbiologie, Planten, adaptatie en afweer Periode 4: Aquatische ecologie Het studiepad geeft een goede voorbereiding op het masterprogramma Environmental biology, met daarbinnen specialisatiemogelijkheden als: Plant Biology, Fungal Biology, Ecology and Natural Resource Management en Biomarine Sciences and Palaeoecology. Na afstuderen in een van de masterprogramma’s is er een breed scala aan carrièremogelijkheden bij: ─ universiteiten/onderzoeksinstituten als junior onderzoeker of promovendus (AiO), ─ (biotechnologische) bedrijven zoals Rijk Zwaan, Keygene of bij onderzoeksinstituten als Plant Research International, ─ researchinstellingen (b.v. Deltares, NIOO, NIOZ, TNO), bij ecologische adviesbureaus (b.v. Arcadis, Royal Haskoning), bij natuurbeschermingsorganisaties (WWF, Natuurmonumenten) ─ beleidsorganisaties of de overheid, de internationale olie- en gas exploratie, musea.

20

Studiepad Gedragsbiologie Het studiepad Gedragsbiologie kenmerkt zich door een nadruk op de bestudering en verklaring van gedrag van organismen. Het gedrag van een dier is de wijze waarop het als individu reageert op en interacteert met zijn omgeving. Gedrag is daarmee de uitkomst van alle interne processen (o.a. endocrinologisch, neurobiologisch) in dit dier in samenhang met externe invloeden. Gedragsbiologie (Ethologie) en daarmee ook het studiepad Gedragsbiologie, heeft als focus de studie van gedrag en ook toepassingsaspecten zoals welzijn en conservatie, en heeft raakvlakken met de verschillende biologische integratieniveaus, van molecuul tot populatie. In Gedragsbiologie komen vier aspecten van gedrag naar voren: ─ het mechanisme (stimuli, hersenprocessen,cognitie), ─ ontwikkeling van gedrag en leerprocessen, ─ functie van gedrag, ─ de evolutionaire ontwikkeling van het gedrag. De cursussen van het studiepad Gedragsbiologie zijn: Niveau 2 Periode 2: Gedragsbiologie, Periode 3: Evolutie Periode 4: Neurobiologie Niveau 3 Periode 1: Gedragsecologie, Endocrinologie, Bio-ethiek Periode 4: Cognitie en gedrag. Het studiepad bevat een relatief klein aantal cursussen. Je hebt dus ruim de mogelijkheid om buiten het adviespad cursussen te kiezen. Nog aanvullende cursussen kunnen zijn Aquatische ecologie, Theoretische ecologie en Educatie en Communicatiecursussen Het studiepad Gedragsbiologie bereidt voor op: ─ het masterprogramma Environmental Biology, specialisatieprogramma Behavioural ecology ─ Het masterprogramma Neuroscience and Cognition track Cognitive Neuroscience. Met een diploma van een van deze programma’s kun je op vele gebieden een baan vinden: ─ Onderzoeksbanen op vele gebieden (o.a. ecologie, cognitie, neuroscience, conservatie, welzijn) bij universiteiten en instituten als NIOO, RIVM, ─ Adviesbureaus, ─ Ministerie van EL&I, ─ Noldus, ─ Dierentuinen (onderzoeker, curator, educator), ─ Onderwijs, musea ─ Natuurbeschermingsorganisaties zoals Greenpeace, Stichting AAP, Dierenbescherming, Wakker Dier

21

Studiepad Moleculaire Levenswetenschappen Het studiepad Moleculaire Levenswetenschappen kenmerkt zich door een nadruk op de bestudering van biologische processen op moleculair, cellulair en weefselniveau die ten grondslag liggen aan het functioneren van celbiologische, ontwikkelingsbiologische en organismale fenomenen. Je bestudeert ook hoe complexe biologische systemen zijn geёvolueerd. In het studiepad zijn 4 belangrijke richtingen te onderscheiden: Theoretische biologie en bioinformatica, Ontwikkelingsbiologie, Microbiële ontwikkeling en Moleculaire celbiologie. Richting Theoretische biologie en bioinformatica niveau 2 ─ Theoretische ecologie niveau 3 ─ Computationele biologie Richting Ontwikkelingsbiologie niveau 2 ─ Ontwikkelingsbiologie 1 ─ De Cel niveau 3 ─ Ontwikkelings en genetica ─ Genoombiologie. Richting Microbiële ontwikkeling niveau 2 ─ Microbiële interacties ─ De Cel niveau 3 ─ Eukaryote microbiologie ─ Mol en Cell biologie Richting Moleculaire Celbiologie niveau 2 ─ Scheikunde cursus ─ De Cel niveau 3 ─ Moleculaire en cellulaire biologie Het studiepad bereidt voor op het masterprogramma MCLS (Molecular Cellular Life Sciences http://web.science.uu.nl/biomolecularsciences/ ). Daarnaast is dit studiepad een uitstekende voorbereiding op masterprogramma‟s als Cancer Genomics and Developmental Biology, Drug Innovation, Immunity and Infection en Neuroscience and Cognition. Na afstuderen in een van de masterprogramma‟s zijn er carrièremogelijk-heden: ─ in het onderzoek bij een universiteit of een onderzoeksinstelling in binnen- en buitenland ─ in het bedrijfsleven (DSM, Unilever, Westburg, etc.) in research and developmentafdelingen van biotechnologische of farmaceutische bedrijven.

22

Studiepad Educatie, Communicatie en Management (ECM) Onderzoek van het NIBI laat zien dat ongeveer de helft van de afgestudeerde biologen buiten het (wetenschappelijk) onderzoek terecht komt. Zij werken in beleid, advies, management, educatie en communicatie of in een commerciële functie. De wereld buiten de universiteit is deels een andere dan die daarbinnen. Bedrijven maken producten of verlenen diensten, de overheid maakt beleid, op scholen wordt onderwijs gegeven. In deze organisaties wordt biologische kennis gebruikt, toegepast en bewerkt en soms wordt ook nieuwe kennis ontwikkeld, maar in een andere context dan die van de universiteit. Communiceren en samenwerken met allerlei personen en groepen is daarbij essentieel. In deze andere contexten van onderwijs, beleid en bedrijfsleven, heb je te maken met andere rollen van biologen en met andere perspectieven op natuur, gezondheid en zelfs op wetenschap. In het studiepad ECM kun je cursussen volgen waarin je kunt leren om te gaan met die andere rollen en perspectieven. Elke cursus richt zich op een specifieke context. We veronderstellen dat je weet hoe je in principe biologisch onderzoek moet doen en wat belangrijke biologische kennis is in verschillende disciplines van de biologie. In het studiepad ECM wordt je kijk op de biologie verbreed en verrijkt. Meer informatie vind je op de volgende site onder het kopje ‘Studiepad ECM’:

http://www.fi.uu.nl/fisme/nl/studeren/bachelor.html Cursussen in het studiepad ECM De ECM vakken kunnen ook worden ingezet in de major biologie. Niveau 2 Periode 3: Didactiek Periode 4: Wetenschapscommunicatie Niveau 3 Periode 2 en 3: Oriëntatie op de communicatieve en educatieve praktijk Periode 2: De wetenschapper in beleid Periode 3: De wetenschapper in advies Masters Het studiepad ECM is een goede voorbereiding op een aantal masterprogramma’s aan de Universiteit Utrecht: ─ Science Education and Communication ─ Environmental Biology, met name track Ecology & natural resources management ─ Sustainable Development ─ Science and Business Management, of ─ iedere andere biologische master Maar ook kun je: ─ de eenjarige lerarenopleiding volgen nadat je een (andere) onderzoeks- of beleidsmaster hebt gevolgd en zo je eerstegraads onderwijsbevoegdheid halen,

23

─ een smalle tweedegraads onderwijsbevoegdheid halen via de educatieve minor verzorgd door de faculteit bètawetenschappen (dit is onder te brengen in de profileringsruimte van je bachelorprogramma) Kijk voor mogelijkheden in bachelor- en masteropleiding in Science Education and Communication op: http://www.fi.uu.nl/fisme/nl/studeren/welcome.html Je kunt de ECM vakken natuurlijk ook uit interesse volgen als je niet kiest voor een vervolgopleiding op het gebied van ECM. Communicatie en educatie over wetenschap is van belang in elke vervolgmaster en/of het beroepsveld.

24

Periode 1, cursussen niveau 2

Periode 1, niveau 2 cursussen DE CEL The Cell Coördinator:

dr. J.A. Post, Onderzoeksgroep Biomolecular Imaging H.R. Kruytgebouw kamer W505, tel.: 030-253 3894 e-mail: [email protected] H

Docenten:

dr. J.A. Post, [email protected] dr. A. Thomas, [email protected] dr. F. Cremers, [email protected]

Cursuscode: Studiepunten: Timeslot:

B-B2CEL09 7½ A+D (in periode 1 en in periode 4)

Ingangseisen De cursus Moleculaire biologie op 1 niveau uit de bachelor opleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is. Uitsluiting De theorie in de cursus De Cel is is nagenoeg gelijk met die van de cursus Celbiologie die tot en met het studiejaar 2008-’09 is gegeven. Daarom is het niet toegestaan om beide cursussen te volgen. Het is eveneens niet toegestaan om De Cel te volgen als je de niveau 3 cursus Moleculaire Celbiologie al hebt gevolgd. Studiepad De Cel is een kerncursus in het studiepad Moleculaire levenswetenschappen. Leerdoelen Aan het eind van de cursus kun je: ─ met elk cellulair proces werken op het niveau van het boek The Cell (Alberts). Met deze kennis kan je primaire artikelen lezen. ─ een celbiologisch onderwerp/probleem eigen maken en uitdiepen aan de hand van primaire literatuur. Vaardigheden Aan de ordekomen: ─ lezen en verwerken van primaire literatuur, ─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (minisymposium), ─ rapporteren, ─ houden van een presentatie.

25

Periode 1, cursussen niveau 2 Inhoud In deze cursus krijg je inzicht in het functioneren van de eukaryotische cel op zowel moleculair als celbiologisch niveau. Dit wordt gedaan aan de hand van het boek ‘Molecular Biology of the Cell’ (zie studiemateriaal). Inzicht in de processen die zich afspelen in cellen en tussen cellen spelen zijn van groot belang voor onder andere gezondheid en biotechnologie. In de cursus komen de volgende drie onderdelen aan bod: ─ genregulatie en expressie, ─ signaaltransductie en compartimentalisatie, ─ celskelet, celcyclus en celdood). Elk onderdeel bestaat uit hoorcolleges en werkcolleges en soms een COO en elk blok wordt afgesloten met een deeltoets. Daarnaast werk je gedurende de hele cursus met een groep aan een bepaald celbiologisch probleem/proces. Aan het eind van de cursus organiseer je met je medestudenten een minisymposium waar je een presentatie geeft over je bestudeerde celbiologische probleem/proces. Werkvormen Hoorcolleges, werkcolleges, COO, organiseren minisymposium. Toetsing De eindbeoordeling van de cursus bestaat uit een drietal deeltoetsen en het minisymposium. Elk deel telt voor 25% mee in het eindcijfer. De beoordeling voor het theoretisch deel mag niet lager dan 5.0 zijn en voor het succesvol afronden van het minisymposium is naast een voldoende groepscijfer ook een individuele goede inzet noodzakelijk. Studiemateriaal Het boek: ‘Molecular Biology of the Cell’, 5 Ed., van Alberts et al.

26


MARIENE WETENSCHAPPEN 1 Marine sciences 1 Coördinator:

dr. Appy Sluijs Leerstoelgroep Mariene Palynologie (Geowetenschappen), Gebouw Aardwetenschappen Budapestlaan 4, 3584 CD Utrecht kamer Z312, tel.: 030-253 2638 e-mail: [email protected] secretariaat: [email protected]; tel. 030-253 2629 H

H

Docenten:

H

dr. Henk Brinkhuis, [email protected] dr.ir. Katja Philippart, [email protected] dr. Francesca Sangiorgi, [email protected] dr. Stefan Schouten, [email protected] dr. Appy Sluijs, [email protected] H

H

H

H

H


B-B2MSCI07 7½ B+C

Ingangseisen Jaar 1 van de bacheloropleidingen Biologie of Aardwetenschappen. De cursus bouwt voort op de biologiecursussen Evolutie en biodiversiteit en de cursus Ecologie van jaar 1. Studiepad De cursus is van belang voor studenten die het studiepad Oganismen, ecosystemen en biodiversiteit volgen. Leerdoelen In deze multidisciplinaire cursus leer je verbanden tussen fysische, chemische en biologische processen die mariene ecosystemen in brede zin te bepalen. Na afloop kun/heb je: ─ een basisinzicht in (de evolutie van) en fysische, chemische en biologische processen in de oceanen, en de ecologische gevolgen van antropogene invloeden, ─ kennis van de belangrijkste groepen phyto en zoöplankton, benthos, ─ inzicht in de specifieke Noordzee en Wadden ecosystemen, ─ basaal inzicht in de belangrijkste biogeochemische kringlopen, ─ kennis gemaakt met professioneel marienecologisch veldonderzoek (NIOZ, Texel).

27

Periode 1, cursussen niveau 2 Vaardigheden ─ Selecteren en verwerken eenvoudige media, literatuur en internetbronnen, ─ inzicht in praktijk (op NIOZ, Texel), ─ systematische benadering problemen; kritisch denken, mondelinge rapportage (Engels); wetenschappelijke discussie, ─ professionele posterpresentatie (engels), ─ microscopie, ─ kennis(vorming) complexe mariene (eco)systemen. Inhoud Het hoofdthema in deze bij uitstek multidisciplinaire cursus is een introductie in oceanografie en mariene ecosystemen, en het leren zien van (basale) verbanden tussen fysische, chemische en biologische processen, in het verleden (paleo) en heden, die mariene ecosystemen in brede zin bepalen en of bepaald hebben. Ook besteed je aandacht aan verwachtingen voor de nabije toekomst. In de eerste weken volg je inleidende colleges over het ontstaan van de oceanen en hun evolutie, biochemische kringlopen, (fysisch, chemische) oceanografie, en pelagische en benthische ecosystemen, en later een introductie in paleoceanografie. Practica gaan in op belangrijke groepen fyto-, en zoöplankton (diatomeeën, dinoflagellaten, foraminiferen) en benthische groepen, naast werkcolleges/practica oceanografie, en inleidende colleges en practica organische biogeochemie. De colleges gaan ook in op actuele thema’s zoals opwarming van de Aarde, globale biodiversiteits-veranderingen, effecten van vervuiling, en de typische Wadden- en Noordzee ecosystemen, mede aan de hand van (redelijk eenvoudige) literatuur en discussies, en de dagelijkse ‘news of the day’ discussies. Presentaties voor en door studenten vormen hier een onderdeel van. Een deel van de colleges, en enkele veldpractica volg je op het Koninklijk NIOZ te Texel gegeven (tenminste 2 dagen). Op het NIOZ ervaar je in groepjes het praktijkonderzoek naar een veelvoud van onderwerpen en vraagstellingen uit de professionele micro- en macro mariene biologie/ecologie. Let op: er zal in de vroege ochtend (rond 0700 uur) naar Texel gereisd moeten worden! In de cursus ligt de nadruk op het herkennen van processen, patronen en verbanden (bijvoorbeeld pelagic-benthic coupling) in het mariene domein. Je besteedt aandacht aan actuele vraagstellingen, en hoe onderzoek in de praktijk wordt verricht. In de laatste week maak je een poster en houd je een presentatie (Engels), die deels is voorbereid in de voorafgaande weken, aan de hand van zelfgekozen, of voorgestelde probleemstellingen. Onderwijsvormen Hoorcolleges, practica, veldpractica, discussie, presentatie(s), poster Toetsing De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende hebt behaald voor de onderdelen: 1. ‘presentatie’, 2. ‘poster’ en 3. het afsluitende tentamen over de gehele stof.

28

Periode 1, cursussen niveau 2 Het eindcijfer wordt bepaald in de verhouding 1: 1: 2, (met niet meer dan één maal een 5) en als aan alle practicumverplichtingen is voldaan. De practica worden niet beoordeeld met een cijfer maar actieve deelname aan alle hoorcolleges en practicumonderdelen is verplicht. Opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd! Studiemateriaal ─ Regenkleding, laarzen, etc. voor Texel, ─ De kosten van de reizen naar Texel en terug zijn voor eigen rekening. Het boek: Garrison, T., 2002, Oceanography, an invitation to marine science, 6th Edition, Thomson/Brooks/Cole Press, ISBN 0-534-37557-X, ca. € 70,- (korting mogelijk via UBV), is VERPLICHT!

29


MICROBIËLE INTERACTIES Microbial interactions Coördinator:

dr. P.A.H.M. Bakker (Peter) Onderzoeksgroep Plant-microbe interacties H.R. Kruytgebouw, kamer W307 tel.: 030-253 6861 e-mail: [email protected] H

Docenten :

dr. P.A.H.M. Bakker, [email protected] prof. dr. M.G.A. van der Heijden ([email protected]) dr. M.C. Koster ([email protected]) prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, [email protected] H

H

H

H

H

H


B-B2MINT10 7½ B+C

Ingangseisen De eerstejaars cursussen Plantenbiologie en Evolutie en biodiversiteit. Studiepad De cursus is een goede voorbereiding op andere cursussen waarin microorganismen en afweer een rol spelen. De cursus kan daarom gevolgd worden als onderdeel van verschillende studiepaden, zoals Environmental Biologie (Plantenbiologie), Biomolecular Sciences of Biology and Biocomplexity. Leerdoelen: Tijdens de cursus microbiele interacties kom je zowel theoretisch als praktisch in aanraking met verschillende vormen van interacties tussen micro-organismen en dieren of planten. Hierbij komen pathogenen, symbionten, probiotica en beheersing van pathogenen aan de orde. Na afloop van deze cursus kun je: ─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van dier-microbe en plant-microbe interacties, ─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen dier/plant en micro-organismen, ─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen microorganismen, ─ begrip hebben van het belang van micro-organismen voor het functioneren van dieren/planten, ─ afwijkingen aan planten waarnemen, ─ virulentie factoren van bacteriën bestuderen, ─ een onderzoeksvraag formuleren, wetenschappelijke experimenten bedenken en uitvoeren, ─ een literatuuronderzoek doen, een poster maken, een presentatie maken en geven.

30

Periode 1, cursussen niveau 2 Vaardigheden Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, chemisch rekenen, uitvoeren van de onderzoekscyclus, systematische benadering van problemen, kritisch denken, creatief en probleemoplossend denken en werken, omgaan met complexe systemen, plannen, mondelinge rapportage, wetenschappelijke discussie. Inhoudsbeschrijving Micro-organismen veroorzaken niet alleen ziekten maar zijn ook onmisbaar zijn voor het normaal functioneren van dieren en planten. Afhankelijk van de aard van het micro-organisme kunnen neutrale, positieve en negatieve interacties tussen micro-organismen en dieren/planten plaatsvinden. In deze cursus komen mechanismen van interacties aan de orde waarbij duidelijk wordt hoe complex de biotische omgeving van een dier/plant is. De interacties worden tijdens de cursus van beschrijvend tot op het moleculaire niveau behandeld. Vragen die aan de orde komen zijn: Welke signalen zijn betrokken bij communicatie tussen dieren/planten en micro-organismen? Wat is het voordeel van de interactie voor de micro-organismen? Heeft het dier/de plant een voor- of nadeel van de interactie? Hoe kunnen interacties door de mens worden benut? In vier modules, waarin colleges en practica/werkcolleges op elkaar zijn afgestemd, komen de volgende thema’s aan de orde: - Plant pathogene en symbiotische interacties - Antagonisten en onderdrukking van plantenziekten - Mens/dier pathogene en symbiotische interacties - Beheersing van pathogenen In de eerste module leer je nauwkeurig waarnemen en zal met behulp van handboeken en internet informatie worden verzameld die mondeling wordt gepresenteerd. In de tweede module wordt de experimentele cyclus doorlopen, vervolgens wordt een verslag geschreven waarin een drietal aparte experimenten worden geïntegreerd. In de derde module worden virulentie factoren van bacteriën bestudeerd en in een plenaire discussie besproken. De vierde module, waarin met name literatuur wordt verzameld en gelezen, wordt afgesloten met een posterpresentatie. De laatste anderhalve week van de cursus schrijf je in groepen van 10 een essay over een specifiek onderwerp binnen het veld van de microbiële interacties. Onderwijsvormen De cursus omvat hoorcolleges, werkcolleges, en practica. Er wordt gepresenteerd in de vorm van een mondelinge presentatie, een verslag, een plenaire discussie, een poster en een essay. Toetsing Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht. Voor het eindcijfer telt het gemiddelde van de drie deeltoetsen voor 65% mee en de beoordeling voor de practica voor 35%. Beide cijfers moeten voldoende zijn. Studiemateriaal Labjas, practicumhandleiding en labjournaal

31


PLANTENFYSIOLOGIE Plant Physiology Coördinator:

dr. M.C.G. Proveniers (Marcel) Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O403 tel.: 030-253 3172 e-mail: [email protected]

Docenten :

dr. M.C.G. Proveniers, [email protected] Gastdocenten, nog niet bekend


B-B2PLFY09 7½ A+D

Ingangseisen De eerstejaars cursus Plantenbiologie. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Organismen, ecosystemen en biodiversiteit. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursus Planten, adaptatie en afweer. Leerdoelen: De doelstelling van de cursus is de student inzicht te geven in de fysiologische processen die zich afspelen in hogere planten. Hierbij wordt de plant vooral als geheel bekeken en wordt de interactie van de plant met zijn omgeving verder uitgediept. Na afloop van deze cursus: ─ heb je inzicht verworven in het moleculair functioneren van een plant op het niveau van cel, weefsel, en volledige plant ─ kun je de mechanismen beschrijven waarover hogere planten beschikken om op diverse omgevingsfactoren te reageren, ─ kun je plantreacties vertalen naar moleculaire mechanismen die aan de basis liggen van deze reacties, ─ kun je beschrijven hoe een plant zich aan kan passen aan verschillende types van stress in zijn leefmilieu, ─ kun je onderzoeksgericht denken om mogelijke plantreacties te evalueren en te kunnen sturen, ─ heb je inzicht verkregen in verschillende maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals de moderne landbouw, de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biofuels) en de effecten van klimaatverandering op plantengroei en -ontwikkeling.

32

Periode 1, cursussen niveau 2 Vaardigheden Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, systematische benadering van problemen, kritisch denken, mondelinge rapportage, wetenschappelijke discussie. Je oefent ook je presentatietechniek en door middel van peer-review een oordeel te vellen over het werk van anderen. Inhoud Het centrale thema in de cursus plantenfysiologie is het functioneren van de plant in zijn omgeving. Planten zijn, in tegenstelling tot dieren, niet mobiel en ze moeten hun groei en ontwikkeling daarom continu afstemmen op veranderingen in hun leefomgeving. Dit kunnen acute veranderingen zijn, zoals de de plotselinge aanwezigheid van (a)biotische stressoren, maar ook graduele, seizoensgebonden veranderingen, zoals de verandering van daglengte en omgevingstemperatuur gedurende de loop van het seizoen. In de cursus wordt zowel stilgestaan bij de basale processen die voor groei en ontwikkeling van de plant nodig zijn, alsmede bij de verschillende mechanismen waarover hogere planten beschikken om op de diverse omgevingsfactoren te reageren. Ook zal worden ingegaan op hoe verschillende omgevingssignalen en plant-eigen signalen geïntegreerd worden om ontwikkelingsprocessen te “finetunen”. Hierbij komen alle aspecten van de moderne plantenfysiologie aan de orde: ─ transport van water, ionen en suikers, ─ metabolisme (fotosynthese, respiratie, assimilatie), ─ groei en ontwikkeling (patroonvorming, meristemen, organogenese), ─ regulatie van bloei (integratie van daglengte, omgevingstemperatuur en ontwikkelingsafhankelijke signalen), ─ de rol van hormonen (auxine, gibberelline, cytokinine, ethyleen, abscisinezuur en brassinosteroiden) als signaalmoleculen tijdens de ontwikkeling, hun werkingsmechanisme en onderlinge interacties, ─ de rol van licht tijdens verschillende stadia van de ontwikkeling (fotomorfogenese; rood, verrrood en blauw licht responsen), ─ stressfysiologie; adaptatie aan biotische en, met name, abiotische stress (droogte, hitte, zout, koude, anaerobie). Alle processen worden behandeld op diverse niveaus: de hele plant, de cel en op moleculair niveau (genen, eiwitten etc.). Hiernaast beoogt de cursus aan de hand van de besproken stof inzicht te geven in maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals gewasontwikkeling in de moderne landbouw (domesticatie/veredeling, biotechnologie), de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biofuels) en de gevolgen van klimaatverandering voor planten als energieleverancier voor bijna alle ecosystemen op aarde. Onderwijsvormen Naast hoorcolleges, zijn werkcolleges, het schrijven en reviewen van een “position paper”, presentatie van een primair onderzoeksartikel en zelfstudie de onderwijsvormen in deze cursus.

33

Periode 1, cursussen niveau 2 Toetsing Voor het eindcijfer telt de eindtoets voor 60 % mee, de beoordeling voor het essay + review voor 30% en de poster voor 10%. Alle cijfers moeten voldoende zijn. Studiemateriaal Boek Plant Physiology (5e editie, Sinauer) van Taiz & Zeiger Tijdens de cursus op te zoeken en aan te reiken literatuur.

34


ONTWIKKELINGSBIOLOGIE Developmental biology Coördinator:

dr. W.J.A.G. Dictus Biomedische Wetenschappen Hijmans van den Berghgebouw, HB4.04b, tel.: 088-7559961 e-mail: [email protected]

Docenten:

dr. W.J.A.G. Dictus prof. dr. S.J.L. van den Heuvel, [email protected] dr. A.A.M.Thomas, [email protected] H


H

B-B2OBI07 7½ B+C

Ingangseisen Het blok sluit aan op eerdere onderdelen van het eerste jaar Biologie (Moleculaire biologie, Biologie van Dieren en Biodiversiteit) c.q. het 1e jaar Biomedische Wetenschappen (Cellen en Organisme) en het tweede jaar Biomedische Wetenschappen (Biomembranen/Signaaltransductie). Daarbij zijn aan de orde geweest: transcriptie, translatie, interacties tussen cellen, signaaltransductie, celcyclus, embryogenese, bouwplan. Bij het uitvoeren van experimenten wordt voortgebouwd op de theoretische en praktische ervaring van de cursussen “Biologie van Dieren” (Biologie) of “Weefsels” (Biomedische wetenschappen)”. Bij niet voldoen aan de ingangseisen kan door de blokcoördinator extra stof worden opgegeven, die voorafgaand aan het blok bestudeerd dient te worden. Studieadviespad Het blok is voorbereidend voor het studieadviespad Moleculaire levenswetenschappen. Leerdoelen Na afloop van de cursus kun/heb je: ─ inzicht in de embryonale ontwikkeling van de gangbare modelsystemen in de ontwikkelingsbiologie (muis, zebravis, Xenopus, Drosophila en C. elegans), ─ inzicht in de wijze waarop de moleculair genetische informatie, die in het DNA is opgeslagen, wordt gedecodeerd en vertaald in de contouren van het bouwplan van een embryo, de bevruchting van eicellen, de rol van asymmetrische delingen van embryo’s, de differentiatie van weefsels, de vorming van organen en de uitgroei van het embryo tot een volwassen individu, en de relatie tussen ontwikkelingsbiologie en evolutie, ─ verklaren hoe verstoringen in de bovengenoemde processen kunnen leiden tot ziekten met een ontregeling van celgroei of celdifferentiatie en tot erfelijk bepaalde ontwikkelingsstoornissen, ─ 3-4 recente artikelen op een van de gebieden van de ontwikkelingsbiologie helder samen te vatten in de vorm van een essay en via peer-review een essay van anderen te voorzien van feedback. 35


Vaardigheden Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur, lezen wetenschappelijk artikel, hanteren biologische variabiliteit, omgaan met complexe systemen, wetenschappelijke discussie, beargumenteren standpunten, schriftelijke rapportage in het Nederlands of Engels, microscoopgebruik, dissectievaardigheden, ethisch bewustzijn, kritisch denken, peer-review en samenwerken. Inhoudsbeschrijving en onderwijsvormen Tijdens de cursus worden aan de hand van een aantal veelgebruikte modelsystemen, zowel van vertebraten, invertebraten als planten, de volgende aspecten behandeld: klievingen, gastrulatie, neurulatie, organogenese, het ontstaan van de lichaamsassen, positionele informatie, Hox-genen, mesodermvorming, celdifferentiatie, celmigratie, recombinant/knock out/transgene dieren, de moleculair-genetische regulatie van gecoördineerde ontwikkeling. Naast de normale ontwikkeling besteed je tijdens de cursus aandacht aan stoornissen die bij de ontwikkeling kunnen optreden. In een 6-tal practica bekijk je levende embryo’s van kippen en zebravissen en preparaten van embryo’s van de kip en de hamster. Het ontstaan van het embryonale kraakbeenskelet van de kip maak je zichtbaar in een zelf uit te voeren kleuringsprocedure. Naast hoorcolleges en practica volg je werkcolleges, nabesprekingen van hoorcolleges en practica, computerpractica en gestructureerde zelfstudie. Daarbij word je ondersteund door een BlackBoard site waar handouts van de colleges (in kleur), zelftesten, roosterwijzigingen, uitslagen, een oefententamen en allerlei andere informatie te vinden is. Er wordt vanuit gegaan dat je regelmatig de BlackBoard site raadpleegt. In samenwerking met de bibliotheekmedewerkers krijg je instructie in het zoeken van gegevens in wetenschappelijke databestanden. Hieraan gekoppeld schrijf je in een groepje van 4-5 studenten een literatuuropdracht over een onderwerp dat gebaseerd is op een van de 24 onderwerpen uit de ‘Milestones in Developmental Biology’ (publicatie Nature, juli 2004). Deze onderwerpen gaan over een van de volgende terreinen: ontwikkeling van het zenuwstelsel, kiemcellen en geslachtsdeterminatie, regeneratie, groei en veroudering, evolutie en ontwikkeling. Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt voor 80% bepaald door een drietal toetsen. De zwaarte van deze toetsen is gelijk. De literatuuropdracht telt voor 20% mee. Deelname aan toetsen, voorcolleges van practica, practica, computerpractica, werkcolleges, als mede aan het eerste hoorcollege is verplicht, ook voor recidivisten. De hoorcolleges zijn niet verplicht maar wel zéér aan te raden. Individuele toetsen kunnen niet worden herkanst, tenzij in geval van overmacht. Studiemateriaal ─ Het boek ‘Principles of Development’ van Wolpert & Tickle (4e druk), ─ Snijset, labjas, kleurpotloden, gum.

36


THEORETISCHE ECOLOGIE Theoretical Ecology Coördinator:

prof.dr. Rob J. de Boer Onderzoeksgroep Theoretische Biologie H.R. Kruytgebouw kamer Z502, tel.: 030-2537560 e-mail: [email protected] H

Docenten:

H

dr. F. Schieving, [email protected] prof.dr. R.J. de Boer, [email protected] H

H


H

B-B2THEC05 7½ A+D

Ingangseisen Systeembiologie (jaar 1) en Ecologie (jaar 1) Studiepad Deze cursus behoort tot de studiepaden Organismen, ecosystemen en biodiversiteit Leerdoelen In deze cursus leer je: ─ ecologische processen beschrijven en begrijpen met behulp van wiskundige modellen, ─ wiskundige modellen lezen, begrijpen (kunnen toelichten) en bekritiseren, ─ klassieke modellen uit de theoretische ecologie begrijpen en herkennen, ─ nieuwe wiskundige modellen opstellen voor ecologische vraagstukken, ─ wiskundige modellen analyseren in termen van de biologische betekenis, ─ theoretische resultaten vertalen naar een biologische interpretatie, ─ wiskundige modellen op een computer analyseren en simuleren, ─ toepassen van eenvoudige algebra om evenwichten en isoclines uit te rekenen, ─ toepassen van begrippen als stabiliteit, periodiek gedrag, attractor, hysterese, complex systemen, ─ een mondelinge presentatie maken en presenteren, ─ schriftelijk rapporteren, ─ speltheorie kennen en begrijpen. Vaardigheden Bibliotheekgebruik, lezen en analyseren van een wetenschappelijk artikel, beroepsspecifieke tools, computer als leeromgeving, programmeren, uitvoeren van de onderzoekscyclus, omgaan met complexe systemen, mondelinge rapportage (Engels), schriftelijke rapportage (Engels).

37

Periode 1, cursussen niveau 2 Inhoud Theoretisch onderzoek speelt een belangrijke rol in de ecologie. De cursus behandelt een groot aantal eenvoudige en een aantal gecompliceerde modellen om te laten zien hoe men met een dergelijke formele behandeling ecologische processen kan beschrijven en leren begrijpen. Studenten worden vertrouwd gemaakt met het opstellen en analyseren van wiskundige modellen. Theoretische ecologische modellen zouden na deze cursus niet langer als ‘black box’ beschouwd mogen worden. Resultaten van modellen, en hun eventuele ecologische consequenties, moeten kritisch gewogen worden aan de hand van de inhoud, de complexiteit, de realiteit, en het formalisme van het model. In het onderdeel ‘modellering van populatiedynamica’ worden bekende modellen uit de theoretische ecologie opnieuw afgeleid. Door modellen zelf af te leiden uit eenvoudige biologische aannames leert de student dergelijke modellen kritisch te beschouwen en doet de student ervaring op met het zelf ontwikkelen van wiskundige modellen. De klassieke modellen voor de groei van populaties, roofdier-prooisystemen, concurrentie, en metapopulaties komen allen aan de orde. De student leert de resultaten verkregen met dergelijke modellen vertalen naar een biologische interpretatie (totaal 4 weken). In het onderdeel "speltheorie en ecologie" zullen een aantal klassieke modellen uit de speltheorie worden afgeleid. Door deze modellen te vergelijken met een aantal concrete optimalisatie modellen, bespreken we hoe speltheorie inzicht geeft in de strategien waarmee organismen interacteren met hun omgeving. We gebruiken modellen uit het "populatiedynamica onderdeel" om inzicht te krijgen in de verspreiding van strategien in populaties. Door de modellen samen met de docent zelf af te leiden, leer je een kritisch inzicht te ontwikkelen in hoe de biologische resultaten van modellen samenhangen met hun wiskundige structuur (totaal 3 weken). De grote opdracht bestaat uit een onderzoekscyclus die doorlopen wordt aan de hand van een wetenschappelijke publicatie. In kleine groepen verdiepen de studenten de resultaten van dit gepubliceerde model, of stellen zij een nieuw model op. Dit wordt afgesloten met een degelijk schriftelijk verslag en korte mondelinge presentatie (totaal 3 weken). Werkvormen Nieuwe stof wordt gegeven in hoorcolleges, in werkcolleges en computerpractica wordt de stof van het hoorcollege geoefend. daarnaast wordt tijd gereserveerd voor zelfstudie. In week 8-10 wordt zo zelfstandig mogelijk aan een groot project gewerkt. Toetsing Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde over de drie onderdelen. Voor de practica zelf krijg je geen cijfer, de deelname aan de practica is niet verplicht. In de praktijk blijken de practica essentieel voor een voldoende begrip van de stof.

38

Periode 1, cursussen niveau 2 Studiemateriaal - Het e-boek “Modeling Population Dynamics” van Rob de Boer wordt bij aanvang van de cursus verstrekt (tegen een kostprijs van ongeveer € 10) en is ook verkrijgbaar via “http://theory.bio.uu.nl/rdb/books”. - De reader “Speltheorie en ecologie door Feike Schieving wordt in week 5 verstrekt. - De computerprogamma's GRIND en Berkeley Madonna staan geïnstalleerd in de computerleerzalen. GRIND is ook vrij beschikbaar via http://theory.bio.uu.nl/rdb/grind H

H

Informatie Tijdens de cursus krijg je actuele informatie via WebCT en/of

http://theory.bio.uu.nl/rdb/te H

39


Periode 2, niveau 2 cursussen GEDRAGSBIOLOGIE Behaviour Biology Coördinatoren:

dr. M.J. Duchateau (Marie José) Onderzoeksgroep Gedragsbiologie Kruytgebouw, kamer O 210 tel.: 030-2535435 e-mail: [email protected]

Docenten:

prof. dr. J.J. Bolhuis, [email protected] mw.dr. M.J.H.M. Duchateau, [email protected] mw.dr. E.H.M.Sterck, [email protected] dr. J. de Vries, [email protected] dr. M.A. Zandbergen, [email protected] Gastdocenten

Cursuscode:

B-B2GEBI05

Studiepunten: Timeslot: Capaciteit:

7½ B+C max. 60

Ingangseisen De cursus is een vervolg op de onderdelen Gedragsbiologie en Gedragsecologie uit de niveau 1 cursussen Biologie van Dieren en Evolutiebiologie. De cursus kan gezien worden als een voorbereiding van de niveau 3 cursus Cognitie en Gedrag en de meer functionele en evolutionaire benadering van gedrag van de niveau 3 cursus Gedragsecologie. Studiepad De cursus is maakt deel uit van het studiepad Gedragsbiologie. Zij bereidt mede voor op de Master Neuroscience and Cognition en het specialisatieprogramma Behavioural Ecology binnen de master Environmental Biology. Leerdoelen Na afloop van deze cursus kun je: ─ de neurobioologische principes van stimulus perceptie, structuren voor de zintuiglijke verwerking en resulterend motorisch gedrag beschrijven, ─ aangeven wat motivatie is en welke modellen motivatie beschrijven en welke factoren bij motivatie een rol spelen, ─ verschillende motivatiesystemen en hun interacties beschrijven, ─ aangeven hoe emoties en beloningssystemen aan elkaar gerelateerd zijn aangeven welke biologische ritmes er zijn, hoe ze ontstaan en werken en wat hun invloed is op gedrag, ─ aan de hand van auditieve perceptie bij de uil, cognitieve verwerking van leren bij de honingbij en motorische output van zang van vogels de neurale mechanismen van gedrag beschrijven,

40

Periode 2, cursussen niveau 2 ─ aangeven wat nature/nurture controverse inhoudt, aangeven wat imprinting is, de ontwikkeling van gedrag aan de hand van vogelzang beschrijven, de rol van hormonen en de ontwikkeling van de hersenen in de ontwikkeling van gedrag aangeven, ─ de verschillende soorten van leren beschrijven en de rol van het werkgeheugen en referentiegeheugen in het leerproces aangeven, ─ een beschrijving geven van de verschillende cognitieve vaardigheden van dieren zoals ruimtelijke representaties, representaties van aantallen, inzicht, gereedschapsgebruik, sociale representaties waaronder theory of mind, social learning en taal, ─ aangeven wat communicatie is, verschillende vormen van communicatiesignalen en eigenschappen ervan beschrijven, de oorsprong van signalen uitleggen, ─ aangeven wat seksuele selectie is en de verschillende effecten van seksuele selectie beschrijven, ─ de evolutie van gedrag uitleggen aan de hand van 'strong inference', fylogenie en coëvolutie, ─ de factoren aangeven die een rol spelen in het ontstaan van sociale groepen, de verschillende vormen van samenwerking beschrijven, de mogelijke consequenties van groepsleven beschrijven, ─ uitleggen wat dierenwelzijn is, kennis van diergedrag bij de groei en het hanteren van dieren in gevangenschap toepassen, ─ diergedrag in de conservatiebiologie toepassen, ─ toepassen van verklaringen voor diergedrag en de evolutie van gedrag op het gedrag van mensen, Vaardigheden ─ Mondelinge en schriftelijke rapportage in het Nederlands, ─ Het schrijven van een onderzoeksvoorstel aan de hand van een opgegeven onderwerp. Dit presenteren en verdedigen. ─ Toepassen van kennis, ─ Bibliotheekgebruik, ─ Creativiteit en problemen oplossen, ─ Beargumenteren van standpunten. Inhoud Gedragsbiologie is de wetenschappelijke bestudering van het gedrag van dieren. Ruim veertig jaar geleden heeft de Nederlandse etholoog Niko Tinbergen de vier grote vragen in de gedragsbiologie gepostuleerd: evolutie, functie, ontwikkeling en causatie. De eerste twee vragen kan men omschrijven als vragen naar het waarom van gedrag. Hieronder valt onder andere het deelgebied van de gedragsecologie. De laatste twee vragen betreffen het hoe van gedrag, de mechanismen die aan het gedrag ten grondslag liggen. Gedragsbiologie is de moderne versie van wat we vroeger ethologie noemden. Het is echter veel breder dan de traditionele ethologie en omvat ook disciplines als cognitieve ethologie, neurobiologie van gedrag, en de meer toegepaste disciplines als zoo conservatie biologie en dierenwelzijn. Dit zijn disciplines die in de dagen van Lorenz en Tinbergen, de grondleggers van de ethologie, nog niet bestonden. In de cursus Gedragsbiologie komen alle vier vragen van Tinbergen aan bod. Door middel van hoorcolleges en werkcolleges krijg je een gedetailleerd beeld

41

Periode 2, cursussen niveau 2 van de moderne gedragswetenschap. Hierbij gebruiken we het boek ‘The Behavior of Animals’. Behalve het belang van de vier vragen voor onderzoek naar gedrag bespreken we ook de noodzaak waarom je deze vragen moet onderscheiden. Hierbij komt de (on-)mogelijkheid van integratie van causatie en functie aan bod. Werkvormen Je krijgt in het theoretische eerste deel van de cursus colleges, werkopdrachten en –colleges, computerpractica, en zelfstudie. De stof wordt middels 2 deeltentamens getentamineerd. In het 2e deel van de cursus schrijf je in een groepje medestudenten een onderzoeksvoorstel aan de hand van een opgegeven onderwerp over één van de thema's uit het boek. Het voorstel verdedig je met een korte presentatie voor de groep. Daarbij moet je opmerkingen verdedigen van andere studenten uit de cursus die je voorstel hebben gelezen en van kritische vragen en opmerkingen hebben voorzien. Toetsing Het eindcijfer van de cursus is samengesteld uit: ─ de schriftelijke toets (2/3 van het eindcijfer, als elk deeltentamen minstens 5.0 is en beide deelcijfers gemiddeld minstens 5.5 is), ─ de opdracht 'Onderzoeksvoorstel' (1/3 van het eindcijfer) De beoordeling van het ‘Onderzoeksvoorstel’ bestaat uit het zelf geschreven voorstel en de presentatie (3/4) en uit de review en interview van een ander onderzoeksvoorstel en je werkhouding (1/4). Je krijgt pas een eindcijfer als zowel de theoretische toets als de opdracht voldoende zijn afgerond. Studiemateriaal Boek: ‘The Behavior of Animals: Mechanisms, Function, and Evolution’. Blackwell Publishing, Oxford, 2005 (Eds. Johan J. Bolhuis & Luc-Alain Giraldeau) ISBN 0-631-23125-0

42


GENTHERAPIE, KANKER, AIDS Gene therapy, cancer, AIDS Coördinator:

dr. A.A.M. Thomas Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O506 tel.: 030-2533971 e-mail: [email protected] H

Docent:

dr. A.A.M. Thomas


B-B2GKA05 7½ A+D

H

Ingangseisen Noodzakelijke voorafgaande cursussen bevatten kennis van replicatie, transcriptie, translatie, basale kennis over het ontstaan van kanker, (zoals te vinden in Campbell and Reece, 9e druk, hoofdstukken 15- 21), kennis van celbiologie, (hoofdstukken 7, 8, 11, en 12), basale kennis van immunologie, zoals ter sprake komt in huidige Biologie-cursussen jaar 1 (hoofdstuk 43), basale kennis van virusreplicatie, zoals in hoofdstuk 19, kennis van veel gebruikte technieken in de moleculaire biologie zoals beschreven in hoofdstuk 20, kennis van dierlijke weefsels, vormen en functies, zoals in hoofdstuk 40. Studiepad De cursus past in de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen (vanaf 2009), Biomoleculaire wetenschappen, Dierwetenschappen, Ontwikkelingsbiologie en genetica, en Toxicologie. Je kunt de cursus ook volgen vanuit een bredere interesse. Leerdoelen: Na de cursus kun je: ─ uitleggen welke vormen van genetische therapie bestaan, hoe ze werken, en bij welke aandoeningen dit theoretisch of praktisch haalbaar zou kunnen zijn, ─ ben je op de hoogte van de ethische aspecten rondom genetische therapieën, ─ uitleggen welke cellulaire processen belangrijk zijn bij het ontstaan van een tumor en bij uitzaaiingen, en hoe en welke therapieën deze processen beïnvloeden, ─ uitleggen wat de normale afweerreactie is tegen een infectie, en wat de reactie is bij een HIV infectie, ─ uitleggen wat het effect is van bestaande en te ontwikkelen medicijnen tegen HIV en AIDS, ─ uitleggen hoe het immuunsysteem reageert op een vaccin, een tumor, of een virusinfectie, ─ uitleggen waarom er virale variatie is en hoe de variatie invloed heeft op medicijnen en vaccins, ─ relevante gegevens verzamelen via internet en wetenschappelijke tijdschriften,

43

Periode 2, cursussen niveau 2 ─ een essay maken over een medicijn. De cursus is op gevorderd niveau qua moleculaire en celbiologische aspecten, en verdiepend wat betreft immunologische aspecten. Vaardigheden Selecteren en verwerken literatuur, omgaan met complexe systemen, wetenschappelijke discussie, schriftelijke rapportage in het Nederlands, ethisch bewustzijn wat betreft gentherapie, gebruik van medicijnen en vaccins. Inhoudsbeschrijving De cursus geeft je inzicht in humane cellulaire processen met een geïntegreerde benadering vanuit de moleculaire biologie, biochemie, en celbiologie. Die kennis gebruik je in een aantal toepassingsgerichte biotechnologische problemen zoals gentherapie, RNA interferentie, en gencorrectie, en bij het begrijpen van tumorontwikkeling, metastasering, en het ontstaan van AIDS. De cursus zal de volgende thema’s behandelen: gentherapie, anti-sense therapie, RNA-interferentie, DNA-repair als genetische therapie, ontstaan van tumoren, oncogenen, tumorsuppressors, apoptose, telomeren, receptoren en liganden, monoklonale antilichamen, antikanker medicijnen, vaccins tegen kanker, virussen als vaccins, adhesiemoleculen, integrine’s, metastasering, angiogenese. Bij het HIV-AIDS deel: Koch’s postulaten, moleculaire biologie van HIV, interactie van HIV met immuunsysteem, belangrijke cellen van het immuunsysteem, immuundominantie, eigenschappen van virale polymerase, ontstaan van virale varianten, mechanisme van HIV medicijnen, virusreceptoren, resistentie, HIVvaccins, ethiek rondom gebruik medicijnen en ontwikkeling van vaccins. Werkvormen en bijbehorende inhoud De cursus is theoretisch. Werkvormen zijn hoorcolleges, zelfstudie, en het schrijven van een essay. Toetsing Aanwezigheid bij het eerste college is verplicht. De cursus is voldoende afgerond als de twee toetscijfers (elk 40%) en de beoordeling van het ingeleverde essay (20%) resulteren in een voldoende. Studiemateriaal ─ cursushandleiding met hand-outs ─ kopieën van de benodigde artikelen, te verkrijgen via internet of bibliotheek

44


METABOLISME Metabolism Coördinator:

mw.dr. H. Schlüpmann Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer O405, tel.: 030-2533289 e-mail: [email protected] H

H

Docenten:

dr. F. Cremers, [email protected] dr. H. Schlüpmann, [email protected]


B-B2META09 7½ B+C (in periode 2 en in periode 4)

Ingangseisen De cursus Moleculaire biologie op niveau 1 uit de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is. Studiepad De cursus ‘Metabolisme’ maakt deel uit van de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit. Leerdoelen De cursus heeft als doel om het effect van metabolisme op fysiologie te illustreren met betrekking op metabolische ziekten. Deze cursus leert je de beginselen van de biochemie waaronder: ─ de thermodynamica van enzymatische reacties, enzym kinetica en regulatie, ─ de meest belangrijke metabolisme cascades die betrekking hebben op het vergaren van energie en primaire stoffen, hoe ze met elkaar in verbinding staan en in welke cel compartimenten ze plaats vinden. De metabolismeconcepten worden geoefend met behulp van computerpractica en met behulp van oefeningen uit het tekstboek. Tijdens een practicum in het laboratorium worden de basisprincipes van enzymthermodynamica en -kinetica behandeld. Vaardigheden ─ Bepalen van kinetische parameters van enzymatische reacties in de praktijk, ─ onderzoek van primaire en secondaire literatuur, ─ presenteren van kennis die gerelateerd is aan de integratie van metabolisme en fysiologie. Inhoud Metabolism underlies every living organism and defines the organisms’ ecological niche. Metabolism occurs at differing scales. At a larger scale, metabolism affects the composition of gases in the atmosphere with oxygen resulting from photo and redox-syntheses that occurred in ancient bacteria. At a cellular scale metabolism provides the energy and building blocks required for cellular growth and differentiation of cells to form functional organs. Metabolism determines also the physiological integration of organs. 45

Periode 2, cursussen niveau 2 Understanding metabolism requires knowledge of biochemistry. Current research in metabolism goes beyond the chemical characterization of all metabolites, detection of their content in cellular compartments and of their flux through interwoven pathways. The challenge today is to reconstruct metabolite interactions with proteins, their distribution over pathways and cellular compartments in computed models that allow predicting organ growth and development. In comparison to the ambitions of modern research in metabolism, the topics studied during the course are very humble and include: ─ an introduction into thermodynamics, enzyme kinetics and regulation, ─ carbon and energy metabolism across sub-cellular compartments, ─ energy storage and its metabolic regulation, ─ the classes of primary compounds amino acids, nucleotides and lipids and their metabolic interconnections, ─ essential metabolites from outside: vitamins, ─ metabolic diseases that uncover physiological connections beyond cellular metabolism. The course will lay foundations for Niveau 3 courses in cell biology and physiology. Werkvormen Hoor- en werkcollege, zelfstudie, practicum en computerpracticum met report, presenteren van metabolische ziektes. Toetsing Toets 1 Toets 2 Report Practicum en Computerpracticum Presentatie Metabolische Ziekte

30% 40% 20% 10%

Studiemateriaal ─ verplicht: het boek ‘Biochemisry’, 6th edition, J.M. Berg, J.L. Tymoczko en L. Stryer, 2007 ─ aanbevolen: ‘Student Companion to accompagny Biochemistry Sixth Edition’, Gumport, Deis, Counts Gerber en Koeppe II; ISBN 0-7167-7067-9

46


TOEGEPASTE BIOSTATISTIEK Applied Biostatistics Coördinator:

Mw. R.K Stellato MSc UMC Utrecht, Julius Biostatistics Stratenum kamer 7.125, tel.: 088-755 0794 e-mail: [email protected] H

Docenten:

Mw. R.K. Stellato (Rebecca), [email protected] dr. P. Westers (Paul), [email protected] drs. W.M. van der Wal (Willem), [email protected] H

H

Cursuscode:

B-B2TBS05


7½ A+D verplichte cursus major Biologie

Studiepad Het vak is van belang voor alle biologiestudenten, omdat er een basis wordt gelegd voor inzicht in de onderzoekscyclus binnen biologisch onderzoek, de plaats van methodologie en statistiek hierin, een verantwoorde methodologische opzet van experimenten en de analyse en interpretatie van gegevens die verzameld zijn in het onderzoek. Hiermee is dit vak voor een ieder die zich binnen de wetenschap wil ontwikkeling van belang. Leerdoelen Na afloop van deze cursus kun je: ─ basisconcepten (bv. populatie vs. steekproef, componenten van variatie, inferentie) uit het onderzoek beschrijven, ─ de gevolgen van keuzes in studieopzet (bv. studie design, gepaard of ongepaard, keuze meetniveau) op de resultaten en conclusies uiteenzetten, ─ de optimale beschrijvende methode(n) (bijv grafische weergave, weergave mbv kengetallen) kiezen en toepassen, ─ in relatie tot de vraagstelling, opzet en waargenomen data, een optimale keuze maken uit de beschikbare statistische methoden en deze toepassen, ─ uitvoer van statistisch programmatuur lezen en interpreteren, ─ aan de hand van de resultaten van statistische analyses, een antwoord op de onderzoeksvraag formuleren, ─ de resultaten van de statistische analyse, de verantwoording van de gemaakte keuzes, en de conclusie mbt de vraagstelling vastleggen in een wetenschappelijk verslag,gepubliceerd onderzoek kritisch beoordelen.

47

Periode 2, cursussen niveau 2 Vaardigheden Statistisch analyseren en kritisch interpreteren van eenvoudig biologisch cijfermateriaal, zowel met de hand als met behulp van het statistisch computerprogramma SPSS. Het schrijftelijk vastleggen van statistische resultaten in een wetenschappelijk verslag. Inhoud In de onderzoekscyclus nemen de opzet van een experiment en het uitwerken van de onderzoeksgegevens een belangrijke plaats in. Welke rol speelt de statistiek hierin? Met behulp van statistische methoden kunnen de verkregen gegevens overzichtelijk gemaakt worden (beschrijvende statistiek). Met statistisch toetsen en schatten kunnen conclusies getrokken worden over het veel grotere geheel (de populatie), waaruit de waarnemingen (de steekproef) afkomstig zijn (verklarende statistiek). Voor het toetsen en schatten is enige kennis van de belangrijkste kansverdelingen noodzakelijk. Beschrijvende statistiek: ─ Populatie, steekproef, aselecte trekkingen, de aard van de te meten grootheid, meetmethoden, meetvariatie en meetfout, frequentietabellen, grafieken, karakteristieke getallen, correlatiecoëfficiënt en regressiecoëfficiënten. Kansverdelingen ─ Kansverdeling van het gemiddelde van een aselecte steekproef, bijzondere kansverdelingen zoals de binomiale, de Poisson en de normale verdeling. Verklarende statistiek: ─ Algemene toetsings- en schattingstheorie, toetsen voor 1,2 en meer dan 2 steekproeven voor continue data (t-toetsen, F-toets, ANOVA), voor nietnormaal verdeelde data (toetsen van Wilcoxon, Mann-Whitney, KruskalWallis) en voor dichotome data (tekentoets, chi-kwadraattoets), aanpassingstoetsen, schattingen van parameters en betrouwbaarheidsintervallen, toetsen voor correlatie- en regressiecoëfficiënten. Verder bestudeer je aan de hand van kleine casestudies de relatie tussen de opzet van een proef en de analyse van de gegevens en op de bepaling van de groepsgrootte voor experimenten. Onderwijsvormen Na een korte uitleg en samenvatting van de theorie in een hoorcollege ga je in werkcolleges en computerpractica de theorie uitwerken. Een goede voorbereiding (thuis) van theorie en opgaven is belangrijk. In groepjes van 3 analyseer je een databestand. Hierover schrijf je een verslag in de vorm van een wetenschappelijk artikel. Gastdocenten bespreken in een hoorcollege de toepassing van biostatistiek in hun onderzoek. Toetsing Deze bestaat uit een tussentoets met meerkeuzevragen en een eindtoets met ‘open’ vragen. De tussen- en eindtoets mag je met ‘open boek’ beantwoorden. Voor het eindcijfer telt de tussentoets voor 30%, de eindtoets voor 50% en het verslag voor 20% mee.

48

Periode 2, cursussen niveau 2 Studiemateriaal ─ The Analysis of Biological Data – MC Whitlock and D Schluter, 2009, ─ collegeaantekeningen en werkboek Toegepaste Biostatistiek 1 – Julius Biostatistics, ─ (grafische) rekenmachine.

49


Periode 3, niveau 2 cursussen DIDACTIEK Didactics Coördinator

mw.dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine) Didactiek van de Biologie Freudenthal Institute for Science and Mathematics Education (FIsme) Buysballot Laboratorium, Princetonplein 5, Kamer 362 tel. 030 – 253 2213 (secr. 253 1179) e-mail: [email protected], website FIsme: http://www.fisme.uu.nl

Docent:

mw.dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine)


B-B2DIDA09 7½ A+D

Studiepad De cursus Didactiek valt binnen het studiepad Educatie, communicatie en management. De cursus is daarnaast voor een ieder aan te raden die kritisch wil leren kijken naar en nadenken over het (eigen) leerproces en biologieonderwijs. De cursus is in het bachelorprogramma voorbereidend voor Oriëntatie op de Communicatieve en Educatieve Praktijk (OCEP) alsook op de Educatieve minor (smalle tweedegraad bevoegdheid). Daarnaast is het een goede voorbereiding op de master Science Education and Communication. Leerdoelen De overkoepelende doelen van de cursus zijn: ─ het verwerven van een vakdidactisch begrippenapparaat voor het beschrijven, ontwikkelen, analyseren en beoordelen van biologieonderwijs, ─ bevorderen van een actieve studiehouding waarin kritische reflectie en verantwoordelijkheid voor het eigen leerproces centraal staan. Hiertoe moet je onder meer: ─ je bewust zijn van eigen opvattingen over leren en onderwijzen, deze kunnen relateren aan pedagogische en leertheoretische principes uit de literatuur, ─ het model van didactische analyse kunnen beschrijven en toepassen in het beoordelen van biologieonderwijs, ─ inzicht hebben in de maatschappelijke krachten die de inhoud en vorm van het biologieonderwijs mede bepalen. Inhoud Deze cursus is een inleiding in de didactiek, waarin leren en onderwijzen van de biologie centraal staat. Je maakt kennis met leertheorieën, verkent verschillende leerstijlen en denkt na over de aard van je vak. Wat houdt het ‘vak biologie’ precies in, wat onderscheidt biologie van de andere natuurwetenschappen,wat zijn moeilijke thema’s in de biologie en hoe kun je het onderwijsleerproces het beste vormgeven? Kortom, de relaties tussen het vak, de lerende en

50

Periode 3, cursussen niveau 2 maatschappij worden verkend en consequenties voor de inrichting van (biologie)onderwijs besproken. Deze cursus richt zich niet primair op het zelf leren lesgeven. Daarvoor zijn de meer op vaardigheden en onderwijspraktijk gerichte cursussen OCEP en de Educatieve minor (niveau 3). De cursus Didactiek heeft meer het karakter van een theoretische inleiding en praktijkoriëntatie. Wel ontwerp je in een groepsopdracht zelf een les of educatieve bijeenkomst. Waar wetenschapscommunicatie zich richt op informeel leren in buitenschoolse contexten, richt didactiek zich vooral op formeel leren in schoolse contexten. De hoofdthema’s die in de cursus aan ─ Kennismaking en oriëntatie ─ Wat is leren? ─ Wat is het vak? biologie ─ Waarom is dit vak belangrijk? ─ Hoe ontwikkel je vakonderwijs? ─ Vakdidactisch onderzoek

bod komen zijn: Hoe, wat, waarom? Leren en leertheorieën Aard en ontwikkeling van het (school)vak Onderwijsvisies Modellen–(leer)doelen–werkvormen – toetsing

Methoden en praktijkvoorbeelden

Onderwijsvormen Per week zijn er twee dagdelen aan contacttijd, de overige tijd (1½ dag) is voor zelfstudie waaronder het werken aan opdrachten en het bestuderen van literatuur. De tijdsinvestering voor deze cursus is 20 uur per week De contacttijd wordt vormgegeven als interactieve colleges. Daarmee wordt bedoeld dat plenaire, individuele en groepsactiviteiten elkaar afwisselen. Beoordeling In week 10 vindt een schriftelijke toets (tentamen) over de gehele stof plaats. Daarnaast wordt in een groepsopdracht een les ontworpen voor een specifieke doelgroep. Het ontwerp zelf (educatief materiaal) en de verantwoording van het ontwerp worden in een verslag aangeleverd en het ontwerp wordt voor de medestudenten gepresenteerd. Gedurende de contacturen wordt een actieve houding van de student verwacht. Zo worden (groeps)opdrachten uitgevoerd, presentaties verzorgd en peerfeedback gegeven. Actieve deelname is voorwaarde om toegelaten te kunnen worden tot het tentamen. Beoordeeld worden dus: ─ Schriftelijke toets (individueel) ─ Ontwerpopdracht (groep): verslag en presentatie Benodigdheden ─ Syllabus waarin een algemene inleiding, rooster, toetsing, literatuur en opdrachten. ─ WebCT. ─ Tijdens de cursus worden aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal uitgedeeld of via WebCT beschikbaar gesteld. ─ Je moet kunnen beschikken over een editie van Campbell ‘Biology’.

51


EVOLUTIE EN ECOLOGIE (AW) (Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen) Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11 Coördinator:

dr. W. Wessels Aardwetenschappengebouw kamer W.314, tel.: 030-253 5176 e-mail : [email protected]

Docenten:

dr. W. Wessels, [email protected] prof.dr. J.W.F. Reumer, [email protected]


GEO2-1215 7½ A

Ingangseisen Het behalen van de tussentoets van de cursus is verplicht als je de niveau-3 cursus Veldwerk 2-Pyreneeën (periode 4) wilt volgen. Zie daar voor meer informatie. Cursusaanmelding bij Aardwetenschappen via OSIRIS-student. Studiepad De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven van de bacheloropleiding Aardwetenschappen, Faculteit Geowetenschappen. Leerdoelen Inzicht te verkrijgen in het gebruik van invertebraten en vertebraten voor de reconstructie van de geologische tijd en de ontwikkelingsgeschiedenis van het leven. Inhoud De cursus bestaat uit twee gerelateerde delen en is gericht op het reconstrueren van fossiele milieus, zowel marien als continentaal, door de geologische tijd. Enerzijds maak je daarbij gebruik van fossielen van belangrijke groepen mariene invertebraten, anderzijds van de functionele morfologie van gebitten van (land)zoogdieren. Daarbij maak je gebruik van disciplines als paleoecologie, paleozoölogie en statistiek. Je verwerft hiermee basiskennis over de relatie tussen (paleo)ecologie en evolutie op grote ruimtelijke- en tijdschalen. Aan de hand van de ontwikkeling van mariene invertebraten gaan we in op de globale toename van diversiteit gedurende het Phanerozoïcum. Je krijgt inzicht in factoren die daarbij een rol spelen, zoals extincties en radiaties, alsmede klimaat en paleogeografie. Met Miocene zoogdierassociaties bestudeer je clado- en anagenese en migraties in relatie tot veranderingen in lokale communiteiten op langere tijdschalen. Werkvormen Hoorcollege en practicum

52

Periode 3, cursussen niveau 2 Toetsing De beoordeling van de cursus is een tentamen dat voor 100% het eindcijfer pepaalt. Studiemateriaal ─ Bron voor zelfstudie: Benton & Harper (2009) Introduction to paleobiology and the fossil record. Wiley-Blackwell 592 pp. Loupe 10X

53


EVOLUTIE Evolution Coördinator:

dr. Roy Erkens Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit H.R. Kruytgebouw kamer N305, tel.: 030-253 6845 e-mail: [email protected]

Docenten:

dr. R.H.J, Erkens, [email protected] Gastsprekers (n.n.b.)


B-B2EVO09 7½ B+C

Ingangseisen De niveau 1 cursussen Biodiversiteit en Evolutiebiologie Studiepad De cursus Evolutiebiologie maakt deel uit van de studiepaden Gedragsbiologie, Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit. De cursus bereidt voor op alle biologische masterprogramma’s. Leerdoelen Tijdens de cursus verwerf je op een verdiepend niveau inzicht in de belangrijkste algemene patronen en processen van evolutie. Ook verdiep je je kennis over biodiversiteit op fylum niveau door voor 15 fyla materiaal te verzamelen en hun kenmerken te bestuderen. Verder leer je evolutionaire kennis concreet toe te passen door het schrijven van een voorstel tot bescherming van een soort. Tot slot kun je het synthetische karakter van de evolutiebiologie (d.w.z. het aandragen van een 'unifying' concept voor de hele biologie en het absorberen van kennis uit alle richtingen van de biologie) uitleggen en illustreren met voorbeelden. Vaardigheden Je oefent met het zelfstandig verwerken van een grote hoeveelheid studiestof. In het kader van de opdrachten oefen je met het vertalen van wetenschappelijke kennis naar een toegepaste setting. Je oefent ook je presentatietechniek en door middel van peer-asessment een oordeel te vellen over het werk van cursusgenoten. Als laatste train je vaardigheden die je nodig hebt voor het verzamelen, herkennen en benoemen van een deel van de fyla van het leven. Inhoud Evolutie is het meest belangrijke principe binnen de biologie. Het is de enige biologisch-wetenschappelijke theorie die alle fenomenen van het leven verenigt, van het niveau (macro)molecuul tot ecosysteem. Sinds de moderne synthese (het combineren van Darwin’s inzichten met de moderne genetica) begin vorige eeuw heeft evolutionair onderzoek een grote vlucht genomen. De daarop volgende ontwikkelingen - ontstaan van de moleculaire biologie, het toenemen van computerrekenkracht en het ontwikkelen van fylogenetische reconstructie

54

Periode 3, cursussen niveau 2 methoden - hebben gezorgd voor een enorme toename in ons begrip van de processen en patronen van evolutie. Vandaag de dag focust evolutionair onderzoek niet alleen op typisch evolutiebiologische vragen, zoals de regulatie van genetische diversiteit, het ontstaan van complexe systemen als cellen en hersenen, en het ontstaan van biodiversiteit. Ook onderzoekers op het gebied van de moleculaire, genomische, cellulaire en ontwikkelingsbiologie onderschrijven dat het raamwerk, de principes en de analysemethoden van de evolutionaire biologie van belang zijn voor hun werkgebieden. Deze cursus legt de nadruk op de algemene principes van evolutie, de hypothesen over de oorzaken van evolutionaire veranderingen (die relevant zijn voor de meeste organismen) en de grote patronen die zichtbaar zijn in de geschiedenis van de aarde. De cursus is uitstekend geschikt voor het opdoen van evolutionaire basis kennis, ongeacht het werkveld waar de bioloog in terecht komt (binnen de biologie of daarbuiten). Deze cursus gaat verder waar de cursus Evolutiebiologie en Biodiversiteit op niveau 1 stopt. Het eerste deel van de cursus behandelt macro-evolutionaire onderwerpen. Eerst wordt ingegaan op de Tree of Life en de methoden die ten grondslag liggen aan de reconstructie hiervan. Vervolgens wordt gekeken naar het ontstaan van biodiversiteit en de patronen die in deze diversiteit zichtbaar zijn. Een fundamentele eenheid binnen de biologie is de soort en daarom wordt ook aandacht besteed aan theorieën omtrent soorten en soortvorming. Als afsluiting van het thema macro-evolutie wordt o.a. gekeken naar de geschiedenis van de aarde, trends in het fossiele archief en snelheden van evolutie. Het tweede deel van de cursus focust op het thema micro-evolutie. Allereerst wordt gekeken naar de thema’s variatie en random veranderingen in populaties (genetic drift). Daarna wordt het onderwerp natuurlijke selectie bestudeerd. De evolutie van genen, genomen en ontwikkelingsprocessen komt hierbij ook aan bod. Tot slot worden de onderwerpen co-evolutie, de evolutie van fenotypes en de evolutie van life-histories besproken. De kern van de evolutionaire biologie is het beschrijven en analyseren van de geschiedenis van evolutie, en de analyse van de daaraan ten grondslag liggende oorzaken en mechanismen. De reikwijdte van de evolutionaire biologie is veel groter dan ieder ander biologisch veld, omdat alle organismen en hun kenmerken het product zijn van een evolutionaire geschiedenis van verandering. Het is daarom onmogelijk om in een algemene cursus evolutiebiologie als deze de evolutionaire geschiedenis van afzonderlijke groepen te behandelen. Om toch een indruk te krijgen van de diversiteit van het leven wordt aan een grote opdracht gewerkt, de Fyla Expositie, waarin studenten zelf een aantal door hun gekozen groepen gaan verzamelen en bestuderen. Omdat evolutionaire kennis ook steeds meer doordringt in het dagelijkse leven van de geneeskunde (bv. ontstaan van antibiotica resistentie, begrijpen van verouderingsprocessen) tot klimaatverandering (bv. wat is de impact van verandering in vergelijking met het verleden) - is het ook belangrijk om evolutionaire kennis concreet te kunnen toepassen. Aan de hand van een aantal opdrachten – over bedreigde soorten – zal worden geoefend met het toepassen van evolutionaire kennis in een concrete casus. Wat zijn argumenten om een bepaalde soort te beschermen en wat is er op tegen. Hierbij moeten studenten uiteindelijk zelf beslissen welke 10 van de 30 voorgedragen soorten in aanmerking komen voor bescherming.

55


Werkvormen De studiestof wordt behandeld aan de hand van het boek “Evolution” (Futuyma) en je zult een aanzienlijk deel van deze stof zelfstandig verwerken. Om je te helpen met het verwerken van de leerstof zijn een aantal (responsie)colleges ingebouwd, waarin je met je medestudenten en de docent systematisch de stof behandelt. Daarnaast wordt in groepen van twee gewerkt aan drie kleine en een grote (afsluitende) opdracht. Tot slot wordt één van de kleine opdrachten individueel gepresenteerd. Toetsing Er zullen 5 onderdelen worden beoordeeld met een cijfer: ─ individueel tentamen (50% van het eindcijfer). Voor dit tentamen moet hoger dan een 5,5 worden gehaald, ─ groepsbeoordeling van de opdracht Fyla Expositie (20% van het eindcijfer, ─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1 (10% van het eindcijfer), ─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 2 (10% van het eindcijfer), ─ individuele presentatie van opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1 of 2 (10% van het eindcijfer). Studiemateriaal ─ Handleiding blok Evolutiebiologie 2010,

─ boek Evolution (2e editie, Sinauer) van Futuyma, ─ tijdens de cursus op te zoeken literatuur.

56


PALEOECOLOGIE Palaeo-ecology Coördinator:

mw.dr. F. Wagner, Onderzoeksgroep Paleoecologie, Gebouw Aardwetenschappen, kamer W324 tel.: 030- 253 2636

Docenten:


B-B2PALE09 7½ A+D

Plaats in het curriculum De cursus bouwt voort op de cursussen plantenbiologie, biodiversiteit, evolutiebiologie, systeem aarde en vegetatiegeografie. Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten die het adviespad Organismen, ecosystemen en biodiversiteit volgen. Inhoud Deze cursus behandelt de ecologie en evolutie van het leven vanuit een palaeobiologisch perspectief. Waar hebben die grote organismen groepen hun oorsprong? Centraal staat de evolutionaire geschiedenis en palaeo-ecologie van de primaire producenten, landplanten zoals deze over de afgelopen 500 miljoen jaar in het geologisch archief gedocumenteerd is. Welke adaptieve stappen moeten planten en dieren maken om het land te kunnen veroveren en welke strategieën ontwikkelen ze om de hedendaagse soortenrijkdom te behalen? Met voorbelden van de meest belangrijke planten families uit verschillende geologische tijdsperken word vervolgens de intrede van zaad- en bloemenplanten behandeld. Tevens word inzicht gegeven in factoren die daarbij een rol spelen, zoals extincties en radiaties, evenals klimaat veranderingen, palaeogeografie en co-evolutie met dieren. De toepasbaarheid van ‘Ancient DNA’ studies wordt behandeld. Tijdens practica in de botanische tuinen worden de morfologie en ecologie van nog levende verwante planten soorten en uitzonderlijke voorbeelden van zogenoemde “levende fossielen” ter discussie gesteld. Daarnaast is er specifieke aandacht voor het reconstrueren van milieu en klimaatsveranderingen met behulp van pollen en sporen. Tevens zijn er 2 dagexcursies naar (1) stortplaats van een koolmijn in Limburg (Carboon plantenfossielen) en (2) veenafzettingen (Mariapeel) geplant. Leerdoelen In deze cursus bestudeer je het fossielen archief om inzicht in de evolutionair geschiedenis van organismen, met accent op het plantenrijk, te krijgen. Het doel is om basiskennis te verwerven over de morfologische diversiteit en soortenrijkdom in het geologisch verleden. Na afloop kan je / heb je:

57

Periode 3, cursussen niveau 2 ─ de morfologische kenmerken van macros- en microscopische planten fossielen determineren, in de taxonomische hoofdgroepen indelen en waar mogelijk aan moderne plantenfamilies relateren, ─ inzicht over de fysiologische aanpassingen die planten in de loop van evolutie ontwikkelen om het land succesvol te veroveren, ─ vegetatie reconstructie met behulp van pollen analyse uitvoeren, ─ aan de hand van een vegetatiereconstructie het palaeomilieu / - klimaat herleiden, ─ de fysische en chemische processen rangschikken welke de vorming van fossiel planten assemblages beïnvloeden en de consequenties voor het reconstrueren van de vegetatie en klimaat, ─ inzicht over de invloed van vegetatie op de mondiale koolstof kringloop gedurende de opkomst van landplanten en het ontstaan van de eerste bossen, ─ uitleggen onder welke milieu en geologische factoren de productie en accumulatie van organisch materiaal tot vorming van olie- en gasreservoirs / bronnen leidt, ─ basisbegrippen van relevante aspecten uit de sedimentologie, stratigrafie en algemene geologie hanteren. Vaardigheden Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden: ─ observeren, tekenen en beschrijven van plantenfossielen, relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften, selecteren en verwerken van literatuur, ─ uitvoeren van de onderzoekscyclus, ─ mondeling en schriftelijke rapporteren in het Nederlands, een presentatie maken, deze geven en die van medestudenten beoordelen ─ microscoperen, Onderwijsvormen Dit zijn (hoor)colleges, werkcolleges, practica, excursies, COO, en zelfstudie. Tijdens de practica en werkcolleges werk je met 3-5 medestudenten (afhankelijk van de totaal hoeveelheid deelnemers) samen aan opdrachten, die je schriftelijk uitwerkt. De werkcollegeopdrachten lever je in. WebCT-Vista Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via WebCT-Vista. Hier vind je collegehandouts, werkcollege- en practica opdrachten, roosters, interessante links. Toetsing Het cijfer van het blok wordt bepaald door het verslag (20%), de presentatie (20%) en het afsluitend tentamen (60%). De practica worden niet beoordeeld middels een cijfer maar het inleveren van en samenvatting, actieve deelname en aan alle practicumonderdelen is verplicht. Studiemateriaal ─ ‘The evolution of plants’ van Willis & McElwain; Oxford University press, 2002, ISBN 0198500653, ─ wit tekenpapier, een potlood, een gum en een puntenslijper.

58


TOXICOLOGIE Toxicology Coördinator:

dr. Joop Hermens Onderzoeksgroep Biologische Toxicologie, IRAS Nieuw Gildestein, Yalelaan 2, kamer 0.29 tel.: 030-253 5337 / 030-253 9494 e-mail: [email protected]

Docenten (IRAS):

dr. Bas Blaauboer dr. Joop Hermens prof.dr. Martin van den Berg mw.dr. Majorie van Duursen dr. Raymond Pieters prof.dr. Willem Seinen dr. Remco Westering dr.ir. Chiel Jonker

Gastdocenten:

dr. Jan Meulenbelt, UMCU mw.dr. ir. Josje Arts, TNO Voeding mw.dr. Petra Peeters, UMCU H


B-B2TOX05 7½ B+C of in A+D

Cursus wordt waarschijnlijk een niveau 3 cursus. Ingangseisen Biologische kennis van dierkunde en moleculaire (cel)biologie op niveau 1 en basiskennis van de organische chemie. Studiepad Deze cursus is een keuzecursus van het studiepad Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en Biodiversiteit en daarnaast als basiscursus een belangrijk onderdeel van de voorbereiding op het masterprogramma Toxicology and environmental health. Leerdoelen Na afloop van deze cursus kan en/of beheers je: ─ de basisprincipes van de toxicologie en de mechanismen van werking van de belangrijkste groepen toxische stoffen, ─ modelmatig denken over kinetiek en dynamiek van toxische stoffen en ken je de mogelijkheden van de voor dit doel specifiek beschikbare software, ─ gezondheidsrisico’s en de factoren die een rol spelen bij gezondheidsrisico’s evalueren, ─ de begrippen gevaar (hazard), blootstelling (exposure) en risico (risk) die de basis vormen van het ‘risk assessment paradigma’, in toxicologische vraagstukken toepassen, ─ het belang inzien van de toxicologie als vakgebied in een maatschappelijke context van risicoschattingen voor mens en milieu. 59

Periode 3, cursussen niveau 2 Tevens krijg je inzicht in de aspecten van de (gezondheids)risicoanalyse. Vaardigheden ─ chemisch en fysisch rekenen, ─ systematische benadering van problemen, ─ kritisch denken, ─ ethisch bewustzijn Inhoud De cursus Toxicologie laat je kennismaken met de fundamentele basisaspecten van de toxicologie en enkele basisprincipes van de milieuepidemiologie. Het programma is opgebouwd van molecuul naar cel, orgaan, organisme tot het niveau van populatie en ecosysteem. Vanwege het brede, multidisciplinaire karakter van de cursus krijg je de inhoud aangeboden door een groot aantal docenten. Je maakt kennis met: ─ basisbegrippen zoals blootstelling, dosis, blootstellingeffect en dosiseffect relaties, biotransformatie, kinetiek, ─ eigenschappen en problemen van enige specifieke groepen van toxische stoffen (bijvoorbeeld bestrijdingsmiddelen, natuurlijke toxinen, PCB’s en dioxines), ─ toxicologische en milieuepidemiologische problemen/ probleemstellingen (bijvoorbeeld chronische toxiciteit, extrapolatie van proefdier naar mens), mogelijke effecten van (mengsels van) stoffen in het milieu en de relatie tussen milieu en gezondheid, ─ methoden van toxicologisch en milieuepidemiologisch onderzoek, ─ maatschappelijke en ethische aspecten (proefdiergebruik, experimentele expositie studies bij mensen, risicoschatting, beleid), ─ specifieke thema’s (bijvoorbeeld allergie, ‘endocrine disruptors’ en humane reproductie en risico op kanker), aangedragen en geïllustreerd vanuit de verschillende disciplines. Onderwijsvormen Je krijgt colleges, werkcolleges en COO (week 1 t/m 6). In de weken 7-10 werk je in groepjes van 2 aan door docenten begeleide opdrachten (casestudy). Voor deze opdracht verzamel je literatuur, waarover je een verslag schrijft. Je rond de casestudy af met het geven van een presentatie. WebCT-Vista Afhankelijk van mogelijkheden en toegankelijkheid krijg je studiemateriaal aangeboden via de IRAS website of via WebCT-Vista. Toetsing De toetsing bestaat uit een schriftelijke toets en de beoordeling van de casestudy. De cijfers die je voor deze onderdelen haalt, moeten voldoende zijn. Het eindcijfer is het gemiddelde van het cijfer voor de toets (70%) en het verslag met de presentatie over casestudy (30%). Studiemateriaal Boek: Casarett and Doull’s Essentials of Toxicology, C.D. Klaassen, J.B. Watkins III, McGraw-Hill, New York, (Paperback, 512pp, ISBN 0071389148, richtprijs € 60.00).

60


SEDIMENTAIRE SYSTEMEN (AW) Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11 (Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen) Coördinator:

dr. F.J. Hilgen Aardwetenschappengebouw kamer N.314, tel.: 030- 253 5173 e-mail : [email protected]

Docenten:

dr. F.J. Hilgen, dr. J.T. Eggenhuisen K.M. Cohen


GEO2-1208 7½ C

Ingangseisen Cursusaanmelding bij Aardwetenschappen via OSIRIS-student. Studiepad De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven van de bacheloropleiding Aardwetenschappen, Faculteit Geowetenschappen. Het behalen van de tussentoets van de cursus is verplicht als je de cursus Veldwerk 2-Pyreneeën (periode 4) wilt volgen. Dit is een aanbevolen cursus voor de niveau 3 cursussen Paleoklimatologie en Paleoecologie en Sedimentatie, fauna en klimaat. Leerdoelen Kennis van de opbouw van sedimentaire bekkens (klastika en carbonaten) en de eerste orde controle van plaattektoniek en klimaat op sedimentatie. Aankweken van prominent theoretisch besef van de waarde van (bio) stratigrafie en geologische tijdschalen om gesteenten te ordenen en te kunnen correleren en dateren. De cursus levert vooral theoretische basiskennis voor veldwerk inclusief voorbeelden van sedimentaire sequenties en facies. Inhoud Tijdens de cursus krijg je colleges en practica over de volgende onderwerpen: - plaattektonische en klimatologische setting van sedimentaire bekkens, - daterings en correlatie methoden in sedimentaire gesteentes, - geïntegreerde tijdschalen en astro-chronologie, - cycli (bekkenbodem), - sedimentaire en biologische kenmerken van continentale, kust, shelf en diepzee afzettingsmilieus toegespitst op de Veldwerk 2 cursus, - grootschalige invullingpatronen en effect van tektoniek, - sequentie stratigrafie (bekkenrand); Het effect van zeespiegel veranderingen op de stapeling en preservatie van sedimentaire afzettingen (siliciclastica en carbonaten).

61

Periode 3, cursussen niveau 2 Werkvormen De cursus is opgebouwd rond 2 x 2 hoorcolleges en een practicum middag per week voor de volle duur van de cursus. Tijdens de practica breng je de theorie die tijdens de hoorcolleges aan de orde is gekomen in de praktijk door middel van oefeningen in de computer- en practicumzaal. De cursus heeft 6 verplichte practicamiddagen en een verplichte excursiedag. De precieze data hoor je aan het begin van de cursus. Toetsing Het eindcijfer is samengesteld uit: ─ tentamen (60%) (2 delen), ─ practica (2 onderdelen) (40%). Postma deel 2/3 en Hilgen deel 1/3. Dit geldt voor tentamen als voor (comp).practicum. Studiemateriaal “Sedimentology and stratigraphy”, Gary Nichols (1999). Blackwell science ISBN: 0-632-03578-1 Nota Bene Meer gedetailleerde informatie betreffende werkvorm, toets en literatuur is te vinden in de studiewijzer (vanaf twee weken voor aanvang bij het facultair verkooppunt). Let op Deze cursus is verplicht als je de cursus Veldwerk 2-Pyreneën in periode 4 wilt volgen!! Zie daar voor meer informatie.

62


Periode 4, niveau 2 cursussen MOLECULAIRE GENETICA Molecular genetics Coördinator:

dr. Renze Heidstra Onderzoeksgroep Moleculaire Genetica H.R. Kruytgebouw, kamer N404, tel.: 030-2533436 e-mail: [email protected]

Docenten:

dr. Viola Willemsen, [email protected] dr. Renze Heidstra, [email protected]

Cursuscode: Studiepunten: Timeslot: Capaciteit:

B-B2MOLG05 7½ B+C max. 60

Niet zeker (juni 2012) of deze cursus in 2012-’13 nog wordt gegeven. Ingangseisen Basiskennis Moleculaire biologie uit of vergelijkbaar met jaar 1 van de opleiding Biologie. Studiepad Moleculaire genetica is een kerncursus in het studiepad Moleculaire levenswetenschappen. Leerdoelen Aan het einde van de cursus kun je: – moleculair genetische kennis toepassen, – moderne moleculair genetische vaardigheden en technieken toepassen, moleculair biologische problemen oplossen, – de systematische benadering van problemen en vraagstellingen begrijpen en toepassen, – complexe biologische systemen onderkennen en hanteren, – moleculair genetische data integreren met het doel om in begrijpelijke taal over een bepaald onderwerp een verslag te schrijven, – met bovenstaande kennis primaire artikelen lezen. Vaardigheden – een onderzoekscyclus zelfstandig opzetten en uitvoeren, – kritisch denken en standpunten beargumenteren in een wetenschappelijke discussie over een vraagstelling, de aanpak en de daaruit voortvloeiende resultaten, – browsers en databases gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over literatuur, genen en genomen.

63

Periode 4, cursussen niveau 2 Inhoud De cursus bestaat uit een theoretisch en een praktisch gedeelte. In het theoretisch deel gaan we vanuit het basisniveau van het eerste jaar verder in op de opbouw en regulatie van het genoom, recombinant DNA technieken, genetische analyse, DNA sequentieanalyse, etc. Daarnaast komen onderwerpen uit de actualiteit aan de orde. Een deel van de cursustijd besteed je aan praktisch onderzoek in de vorm van experimenten die worden uitgevoerd in groepjes van twee studenten. Iedere week volg je op maandag een college dat de basis vormt voor de verdere week. Op de andere dagen werk je aan opdrachten. De docenten zijn dan beschikbaar voor overleg en vragen. Op een aantal vrijdagen werk je aan computeropdrachten die gericht zijn om te leren werken met DNA informatie. De eerste weken van de cursus hebben als thema: DNA als basis van de moleculaire biologie. Om een goede basis te leggen beginnen we met het onder de knie krijgen van een aantal begrippen en basistechnieken uit de moleculaire biologie. We behandelen DNA opbouw en replicatie, bespreken de recombinant DNA technologieën zoals DNA/RNA isolatie, digestie, gelelektroforese, PCR, kloneren, transformeren, etc. Deze basis komt goed van pas verder in de cursus. Het tweede deel van de cursus is de moleculaire genetica voor gevorderden, en is gericht op het verhogen van het niveau van begrip van de moleculaire genetica. Het leren van de experimentele aanpak en de technieken die worden gebruikt om processen in levende cellen op moleculair genetisch niveau te bestuderen. We behandelen transpositie, DNA insertie en overdracht, DNA mutatie en herstel, recombinatie en mapping, DNA sequencing, genomics en bioinformatica, en tot slot complexe genetica effecten op overerving van eigenschappen. In dit blok werk je gedurende 5 weken aan experimenten om met geavanceerde moleculaire technieken onderzoeksvragen te kunnen beantwoorden. Zo gaan we mutageniseren, mutaties opsporen en de verantwoordelijke genen identificeren, kloneren en sequencen. De behandelde theorie komt terug in de practica. Werkvormen Hoorcollege, (computer)opdrachten, practicum, zelfstudie, verslag schrijven, presentatie. Veel van de benodigde informatie tijdens de cursus krijg je via WebCT-Vista. Toetsing Actieve deelname aan de collegeserie is aanbevolen, deelname aan het practicum is verplicht. Het eindcijfer is het gemiddelde van – een schriftelijk tentamen, 60% en – de practicumbeoordeling, 40% (labjournaal en verslag). Voor beide onderdelen moet je een voldoende halen. Studiemateriaal Boek (aanbevolen, niet verplicht): Principles of Genetics (5th edition), International student version, van Snustad and Simmons. ISBN: 978-0-47039842-5.

64


NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN PLANTENDIVERSITEIT Nature conservation, sustainability and plant diversity Coördinator

drs. Vijko Lukkien Onderwijsinstituut Biologie Kamer Z403 KRUYT gebouw Tel 030 2537436 e-mail : [email protected]

Docenten:

dr. Niels Anten, prof. dr. René Boot, dr. Roy Erkens, drs. Eric Gouda, dr. Monique Grooten, drs. Vijko Lukkien, drs. Hans Persoon, dr. Hans ter Steege en dr. Pita Verweij


B-B2NADU11 7½ B+C

Studiepad : Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit Leerdoelen ─ Kennis over en inzicht in plantendiversiteit, ─ leren van en vertrouwd raken met technieken (determinaties en genetische analyses) om soorten op een juiste naam te brengen. ─ kennis over de verschillende wetenschappelijke benaderingswijzen en modellen van natuurbehoud om het verlies van soorten en natuurlijke systemen te kwantificeren en maatregelen te formuleren om dit tegen te gaan, ─ inzicht in de aard en de gevolgen van processen als habitatverlies, overexploitatie, fragmentatie, klimaatverandering, beïnvloeding van zoetwatersystemen en introductie van exotische soorten in gebieden waar deze niet van nature thuishoren, ─ deze begrippen in verband brengen met toegepaste natuurbeschermingsmaatregelen op lokaal, nationaal en internationaal niveau, ─ inzicht in de relaties die bestaan tussen het behoud van soorten en het behoud van ecosystemen en op welke wijze deze bijdragen aan een duurzaam gebruik van natuurlijke hulpbronnen en een min of meer stabiel klimaat. Vaardigheden ─ Beschrijven, onderbrengen in rekenmodellen en in kaart brengen van plantendiversiteit, bijvoorbeeld met behulp van remote sensing technieken, ─ kenmerkpatronen van plantensoorten beschrijven, interpreteren en in verband brengen met taxonomische (families en genera) en functionele (coevolutionaire) relaties, ecologische aanpassingen (in hoofdonderdeel 1), ─ herbariumgebruik.

65

Periode 4, cursussen niveau 2 Inhoud Tijdens deze cursus zal aan de hand van vooral voorbeelden uit het plantenrijk het begrip biodiversiteit en de achteruitgang van soorten in relatie tot menselijke activiteiten nader worden toegelicht en vervolgens in verband worden gebracht met kennisterreinen die over natuurbehoud en duurzaamheid gaan. De cursus is samengesteld uit 4 hoofdonderdelen: 1. Je maakt kennis met (co-)evolutionaire relaties binnen het plantenrijk, de variatie binnen en tussen belangrijke plantenfamilies, hun verspreiding op aarde, ecologische/ economische betekenis en bedreigingen. 2. Samen met verschillende docenten werk je de relatie uit tussen biodiversiteit met a) onderwerpen als het in kaart brengen (kwantitatief en kwalitatief) van plantendiversiteit en de genetische onderbouwing daarvan een belangrijke rol spelen en met b) de grote maatschappelijke thema’s zoals natuurbehoud en duurzaamheid (inclusief de relatie met klimaat) 3. De “Grote Opdrachten” waaraan tijdens de gehele cursus door groepjes studenten (onder leiding van een “e-mail coach”) wordt gewerkt. Deze opdrachten hebben vooral als doel je aan de hand van een concrete (liefst actuele) vraagstelling de onderwerpen natuurbehoud, duurzaamheid en plantendiversiteit op een geïntegreerde wijze te leren benaderen en uit te werken in een presentatie. De opstellers (docenten) presenteren de opdrachten al op de eerste dag van de cursus waarna de gevormde groepjes solliciteren naar een opdracht door het schrijven van een motivatiestuk. Op grond hiervan krijgt een groepje de gewenste opdracht al of niet toebedeeld. Aan het einde van de cursus presenteren de groepjes hun opdracht tijdens een minisymposium. Daarbij zijn dan ook alle docenten van de cursus en vertegenwoordigers van verschillende onderzoeks- en werkterreinen binnen en buiten de universiteit aanwezig. 4. De “Werkgeversdag”.Op deze dag geven vertegenwoordigers van onderzoeksgroepen van de universiteit en van organisaties buiten de universiteit (ngo’s) je een overzicht van hun wetenschappelijke en maatschappelijke werkterreinen binnen de thema’s natuurbehoud, duurzaamheid en plantendiversiteit Onderwijsvormen Deze cursus wordt gegeven in de vorm van colleges, practica en workshops. Daarnaast worden opdrachten in de Botanische Tuinen en in het veld uitgevoerd. Tijdens de gehele cursus wordt in de zelfstudietijd in kleinere groepen gewerkt aan de eindopdracht. Beoordeling ─ In de laatste week van de cursus vindt een schriftelijke toets over de gehele stof plaats. Deze toets draagt voor 50 % bij aan de eindbeoordeling. ─ Het schriftelijke verslag van de “Grote Opdracht” telt voor 20 % mee. ─ De mondelinge presentatie van de “Grote Opdracht”, in de vorm van een powerpoint presentatie tijdens het minisymposium, inclusief de bijdrage in de discussies, telt eveneens voor 20 % mee. ─ De actieve aanwezigheid tijdens de cursus en het voldoende maken van deelopdrachten tijdens de practica en workshops draagt nog eens voor 10 % bij aan het eindcijfer voor de cursus.

66

Periode 4, cursussen niveau 2 Benodigdheden ─ Campbell Biology (Pearson, editie 9), hoofdstuk 56, Conservation Biology and Global Change is inleiding op de cursus (zelf vooraf bestuderen). ─ De Heukels’ Flora van Nederland, 23ste druk, door R. van der Meijden, Wolters Noordhoff, ─ Geadviseerd het boek: Plants, Diversity and Evolution van Martin J. Ingrouille and Bill Eddie (ISBN-13 978-0-521-79433-6, Cambridge University Press). ─ Loep en prepareerset, ─ De syllabus van de cursus, ─ Tijdens de cursus krijg je aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal uitgedeeld of via Blackboard.

67


NEUROBIOLOGIE Neuroscience Coördinator:

prof.dr. C.C. Hoogenraad Afdeling Celbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer N501 tel. 2534585 e-mail: [email protected]

Docenten:

prof.dr. Casper Hoogenraad, [email protected] dr. Corette J. Wierenga, [email protected] dr. Lukas Kapitein, [email protected] dr. Esther De Graaff, [email protected] dr. Maartje Veeneman, [email protected]


B-B2NEUR10 7½ A+D

Ingangseisen Basiskennis Neurobiologie uit of vergelijkbaar met jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie. Studiepad Deze cursus vormt een onderdeel van de studiepaden Moleculaire Levenswetenschappen en van Gedragsbiologie. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursus ‘Moleculaire en cellulaire biologie’ en ‘Cognitie en gedrag’. Alleen of samen met de vervolgcursus is de cursus een goede basis voor de masterprogramma’s ‘Molecular and Cellular Life Sciences’ en ‘Environmental Biology’, de track Behavioural ecology en van het masterprogramma en van ‘Neuroscience and Cognition’. Vanwege grote overlap met de BMW-cursus Neurowetenschappen is het niet toegestaan om beide cursussen te volgen. Leerdoelen De cursus geeft je: ─ een overzicht van wat neurobiologie inhoudt, ─ een idee van de functionele structuur van het dierlijke en menselijke brein, ─ inzicht in de manier waarop informatie in het menselijke en dierlijke brein opgeslagen en verwerkt wordt, ─ een idee van wat er fout gaat in bepaalde hersenziektes, ─ een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige neurobiologische onderzoek. Vaardigheden ─ selecteren en verwerken van literatuur, ─ essay schrijven, ─ doorgronden van complexe systemen, ─ systematische benadering problemen.

68

Periode 4, cursussen niveau 2 Inhoud De hersenen van hogere vertebraten zijn de meest complexe systemen die we kennen, en de pogingen om die te begrijpen worden wel gezien als de grootste uitdaging van de moderne wetenschap. Deze cursus heeft als doel je een basiskennis bij te brengen van de moderne neurowetenschappen in al zijn facetten. Deze basiskennis is onontbeerlijk voor fundamenteel onderzoek aan het brein, het bestuderen van gedrag van mensen en dieren en voor onderzoek naar ziektes van het zenuwstelsel. Tijdens de cursus gaan we in op de functionele en neuro-anatomische aspecten van de hersenen en de neurofysiologische basis van perceptie, cognitie en motorische sturing. We besteden aandacht aan algemene neurobiologische principes die zowel bij de mens als bij (andere) dieren terug zijn te vinden, maar gaan ook in op specifieke eigenschappen (en soms ziektes) van het menselijk brein. Veel van de structuren en processen zoals ionkanalen, actiepotentialen, neurotransmitters, synapsen, etc., komen in het gehele dierenrijk voor. Ze vormen de bouwstenen voor de veel complexere processen zoals cognitie en bewustzijn in hogere vertebraten. Aan de hand van het boek 'Neuroscience' van Purves (5de editie) bestuderen we de volgende hoofdthema's: ─ basale fysiologie van elektrische signalen in neuronen, ─ communicatie tussen neuronen, ─ leren en geheugen, ─ ontwikkeling van het zenuwstelsel, ─ perceptuele systemen: zien, horen, ruiken, ─ motorsystemen: motor cortex, basale ganglia, cerebellum, ─ hogere cognitieve functies: taal, slaap, emoties, sexuele verschillen. Werkvormen Een groot deel van de stof van de cursus zal worden gepresenteerd in de vorm van hoorcolleges en zelfstudieopdrachten. Daarnaast is er een computerpracticum over elektrische signalen in zenuwcellen. De studenten schrijven in groepjes van 5 (met begeleider) een essay (~3 pagina’s) over een zelf te kiezen neurobiologisch onderwerp. Dit essay wordt eerst beoordeeld door medestudenten van andere groepen (peer review) en daarna door de begeleider van elk groepje. week 4/5: inventariseren van het onderwerp, week 7/8: essay schrijven, week 9: peer review, week 10: verbeteren van het essay en eindbeoordeling begeleider. Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit de deelcijfers die je krijgt voor: ─ deeltentamen 1: 50%, ─ deeltentamen 2: 40%, ─ essay: 10%, Voor elk van de deeltentamens moet mininaal een 5,0 worden gehaald. Studiemateriaal Purves D., et al.: Neuroscience, 5th edition, Sinnauer Associates Inc, 2011

69


WETENSCHAPSCOMMUNICATIE Science Communication Coördinator/docent:

prof.dr. A.J. Waarlo (Arend Jan) Freudenthal Instituut voor Didactiek van Wiskunde en Natuurwetenschappen (FIsme), Buys Ballot Laboratorium, Princetonplein 5, kamer 379, tel. 030 – 2535445 e-mail [email protected] website: www.fisme.uu.nl


B-B2WECO09 7½ B+C

Ingangseis Specifieke voorkennis is niet vereist. Studiepad Iedere bioloog communiceert in en over zijn werk. Deze cursus past daarom in alle studiepaden, maar maakt specifiek onderdeel uit van het studieadviespad Educatie, Communicatie en Management. De cursus bereidt voor op de masteropleiding Science Education and Communication. Leerdoelen ─ Overeenkomsten en verschillen tussen alledaagse en professionele communicatie kunnen noemen, ─ De rol van wetenschapscommunicatie in de kennis- en risicosamenleving kunnen duiden, ─ Verschillende vormen van interne en externe wetenschapscommunicatie kunnen onderscheiden, ─ Aan de hand van ontwerp-, leer-, gedrags- en communicatiemodellen communicatieve activiteiten en producten kunnen beschrijven, analyseren, beoordelen en ontwerpen, ─ Een recensie van een populair-wetenschappelijk boek op het terrein van life sciences kritisch kunnen beoordelen, ─ Een gemotiveerde keuze kunnen maken voor de inrichting van de verdere (studie)loopbaan. Vaardigheden ─ Kritisch kunnen reflecteren op de interactie tussen wetenschap en maatschappij, ─ Jezelf als aspirant-bioloog kunnen positioneren in een normatief krachtenveld, ─ Kunnen luisteren en vragen kunnen stellen, ─ Kunnen samenwerken in groepjes aan een ontwerpopdracht , ─ Feedback kunnen geven en ontvangen, ─ Een recensie kunnen schrijven van een populair-wetenschappelijk boek op het terrein van life sciences,

70

Periode 4, cursussen niveau 2 Inhoud In deze cursus gaat het om het Waarom?, Wat? en Hoe? van wetenschapscommunicatie. We leven in een wetenschappelijk-technologische samenleving. De samenleving verwetenschappelijkt en nieuwe technologie biedt niet alleen voordelen, maar kan ook risico’s met zich meebrengen. Er wordt dan ook wel gesproken over de kennis- en risicoamenleving. Omgekeerd heeft de samenleving ook invloed op de ontwikkeling van wetenschap en technologie. Niet alles wat kan, wordt door iedereen wenselijk gevonden. Er vinden voortdurend maatschappelijke debatten of dialogen plaats over nieuwe ontwikkelingen, waarin de levenswetenschappen een prominente plaats innemen en waarbij de (nieuwe / sociale) media een belangrijke rol spelen. Wetenschapscommunicatie is dus niet alleen een interne zaak, dus beperkt tot wetenschappelijk publiceren en congresseren. In toenemende mate wordt van wetenschappers verwacht dat ze kunnen participeren in het maatschappelijk debat, op een aansprekende wijze kunnen uitleggen waar ze mee bezig zijn en kunnen luisteren naar en ingaan op vragen en zorgen vanuit de samenleving. Voorbeelden van debatthema’s zijn de maakbare mens, het klimaat, duurzame ontwikkeling, genetisch testen, de Mexicaanse griep, wildbeheer in de Oostvaardersplassen en de verdieping van de Westerschelde. In de debatten gaat het niet alleen om complexe en (on)zekere biologische kennis, maar ook om waarden en normen die in het geding zijn en om publieke beelden van wetenschap en wetenschappers. Om recht te doen aan de dialoog dient bovendien de burger zich gehoord en gezien te weten. Met andere woorden, effectief communiceren is geen sinecure. Er zijn meer motieven voor externe wetenschapscommunicatie. Veel mensen zijn gefascineerd door nieuwe ontwikkelingen in wetenschap en technologie en stillen hun kennishonger door het lezen van populair-wetenschappelijke tijdschriften en boeken, het kijken naar tv-documentaires of het bezoeken van wetenschapsmusea of science centres. Daarnaast schrijven biologen adviesrapporten en beleidsnota’s voor specifieke doelgroepen en met specifieke functies. In de cursus maak je kennis met de vele verschijningsvormen van wetenschapscommunicatie en ontwikkel je via het aanreiken van theoretische kaders gaandeweg een taal om communicatieproducten en –activiteiten te beschrijven, analyseren en beoordelen. Al doende leer je wat er komt kijken voor het planmatig ontwerpen van communicatieprocessen voor verschillende doelgroepen en met verschillende doelstellingen. In het algemeen richt communicatie zich op individuele en collectieve leer- en veranderingsprocessen. Er wordt in de cursus geput uit verschillende disciplines, zoals science & technology studies, leerpsychologie, sociale psychologie, communicatiewetenschappen en vakdidactiek, en last but not least uit voorbeelden van ‘good practices’. De cursus is inleidend en oriënterend en richt zich niet primair op training van communicatievaardigheden; daarvoor bieden andere cursussen uit het ECM-studiepad meer gelegenheid. Twee belangrijke opdrachten in de cursus zijn het schrijven van een recensie van een populairwetenschappelijk boek (individueel) en het ontwerpen van een communicatieproduct of –activiteit rond synthetische biologie (in een groepje). Kortom, de cursus Wetenschapscommunicatie verbreedt je kijk op de biologie en haar rol in de samenleving (‘maatschappijleer van de biologie’). Daardoor, en doordat je telkens uitgedaagd wordt bergumenteerd positie te kiezen in waardegeladen contexten, draagt ze bij aan je academische vorming. Daarnaast is de cursus bedoeld als beroepsoriëntatie, waarbij nader ingegaan wordt op gezondheidsvoorlichting en natuur- en milieu-educatie. Waar didactiek zich richt

71

Periode 4, cursussen niveau 2 op formeel leren in schoolse contexten, richt wetenschapscommunicatie zich vooral op informeel leren in buitenschoolse contexten. Onderwijsvormen De contacttijd (dinsdag- en donderdagochtenden) wordt vormgegeven als interactieve colleges. Daarmee wordt bedoeld dat plenaire, individuele en groepsactiviteiten elkaar afwisselen. Er wordt een actieve houding van de student verwacht, omdat we met en van elkaar leren. De activiteiten zijn erop gericht om relevante voorkennis te activeren en de te bestuderen theorie toegankelijk te maken en toe te passen. De overige tijd (1½ dag) is voor zelfstudie, d.w.z. het bestuderen van de literatuur en het uitvoeren van opdrachten, waaronder het (her)schrijven van een recensie over een populairwetenschappelijk waarbij je elkaar feedback geeft. Daarnaast werk je in een groepje aan een ontwerpopdracht rond synthetische biologie. Als voorbereiding op het tentamen is er een responsiecollege, waarin van tevoren per mail ingediende vragen over de bestudeerde theorie zullen worden behandeld. Toetsing In week 10 is er een schriftelijk tentamen over de gehele stof. Daarnaast worden de ingeleverde boekrecensie (individueel) en de ontwerpopdracht (groepje) beoordeeld. Studiemateriaal Frank Miedema (2010) Wetenschap 3.0. Van academisch naar postacademisch onderzoek. Amsterdam University Press. isbn 978 90 8964 230 1 De verplichte literatuur omvat daarnaast een reader met artikelen en opdrachten. De reader is op de eerste cursusdag beschikbaar (prijs wordt nader vastgesteld).

72


Alle perioden, cursussen niveau 3 AFSTUDEEROPDRACHT (Scriptiecursus) Bachelor thesis Coördinator:

dr. A.J.M. Peeters Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten H.R. Kruytgebouw kamer Z309 e-mail: [email protected] H

Docenten:

mw.drs. A.I. Draghici, [email protected] mw. H.A. de Graaf, [email protected] H

H


B-B3AFST05 7½ Let op: De scriptiecursus wordt gegeven in alle 4 perioden, naar keuze van de student in timeslot A+D of B+C. Deze keuze maak je bekend op het tweedekeuzeformulier. Je hebt dan de mogelijkheid om in het andere timeslot nog een cursus te volgen.

Ingangseisen Derdejaars cursus. Als ingangseis geldt dat je tenminste 120 studiepunten van de major van de opleiding Biologie hebt behaald en waarvan het verplichte deel (alle cursussen van jaar 1 en de cursus Toegepaste biostatistiek) geheel met voldoendes moet zijn afgerond. Cursussen die je hebt gehaald in de profileringsruimte (dit kan ook een minor zijn) tellen hierbij niet mee!! Studiepad Deze cursus (of het onderzoeksproject) is verplicht bij elk studiepad. Zij vormt het sluitstuk van je bacheloropleiding. Leerdoelen In deze cursus laat je zien dat je het volgende kan: ─ effectief en efficiënt de juiste literatuur opsporen en de juiste literatuur selecteren, ─ goed structureren van je literatuuronderzoek (wat wil ik weten, waarom wil ik dat weten, hoe kom ik dat te weten?), ─ een goede probleemstelling formuleren (verankerd, relevant, precies, functioneel en consistent), ─ een wetenschappelijk artikel juist beoordelen (kritisch lezen), ─ een overzichtelijk schrijfplan opstellen, ─ een kritische beschouwing op de wetenschappelijk literatuur geven, ─ nieuwe kennis en concepten synthetiseren uit de bestaande kennis, ─ een goede mondelinge samenvatting van het literatuuronderzoek geven.

73

Periode 1, cursussen niveau 3 Vaardigheden De afstudeeropdracht is een ‘proeve van bekwaamheid’ om je bachelordiploma te mogen ontvangen. In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde: ─ digitaal opsporen en archiveren van literatuur, ─ selecteren en verwerken van literatuur (waaronder op een juiste manier literatuurverwijzingen weergeven) ─ uitvoeren van een (literatuur)onderzoekscyclus, ─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken ─ wetenschappelijk schrijven (efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst schrijven). Inhoud Tijdens de scriptiecursus diep je een specifiek onderwerp uit de biologie uit. Hiervoor zoek je uit alle beschikbare literatuur relevante informatie die je op de juiste manier verwerkt tot een scriptie. Het eindresultaat hiervan, de scriptie, is niet alleen een beschrijvende samenvatting van de beschikbare feiten en ideeën, maar bevat ook een eigen kritische beschouwing van de literatuur. Het verder ontwikkelen van je academische vaardigheden zoals literatuuronderzoek, wetenschappelijk schrijven en presenteren, staat hierbij centraal. Het eindproduct van de cursus bestaat uit een leesbare scriptie van ongeveer 20 – 25 pagina’s. Werkvormen Werkcollege(s) (gegeven door de docenten) waarin je uitleg krijgt over en je oefent in de verschillende (academische) vaardigheden van het wetenschappelijke schrijven. Dit doe je groepsgewijs. Daarnaast krijg je een persoonlijk inhoudelijke begeleider (een docent van een onderzoeksgroep binnen het departement Biologie). Toetsing Het eindcijfer voor de scriptiecursus is gebaseerd op vier deelcijfers, te weten: a) de structuur/vorm van de scriptie, b) de inhoud van de scriptie, c) het proces/de werkhouding. Het berekening van het eindcijfer voor de cursus is: (a+b)/2 : c = 8 : 2 Voor alle onderdelen moet een je een voldoende (5,5) halen om de cursus met een voldoende te kunnen afsluiten. Studiemateriaal Boekje geschreven door Warna Oosterbaan “Een leesbare scriptie”, uitgegeven door Prometheus /NRC Handelsblad, 6e herziene druk, 2007

74


ONDERZOEKSPROJECT (scriptiecursus gecombineerd met onderzoek) Research project Coördinator:

dr. A.J.M. Peeters Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten H.R. Kruytgebouw kamer Z309 e-mail: [email protected] H

Docenten:

mw. drs. A.I. Draghici, [email protected] mw. H.A. de Graaf MSc, [email protected] H

H


B-B3ONPR09 15 ECTS (scriptiedeel 7½ + onderzoeksdeel 7½) A+B+C+D

Ingangseisen Als ingangseis geldt dat tenminste 120 studiepunten van de major biologie zijn gehaald en waarvan het verplichte deel (alle cursussen van jaar 1 en de cursus Toegepaste biostatistiek) geheel en met voldoendes moet zijn afgerond. Studiepunten die je in de profileringsruimte hebt gehaald, tellen niet mee. Na aanmelding en plaatsing voor het Onderzoeksproject krijg je verdere instructie over het het maken van afspraken hierover bij de onderzoeksgroep waar je je project gaat doen. Studiepad Dit onderzoeksproject wordt gedaan in combinatie met de afstudeerscriptie (Scriptiecursus) en past in elk studiepad. Het vormt net als de afstudeerscriptie het sluitstuk van je bacheloropleiding. Leerdoelen Scriptiedeel: Dit gedeelte van de cursus is de scriptiecursus zoals je kunt lezen bij Afstudeeropdracht (scriptiecursus). Onderzoeksdeel: Je krijgt inzicht hoe wetenschappelijk onderzoek verloopt en hoe een onderzoeksgroep functioneert door deel te nemen aan onder andere de werkbesprekingen van de groep. Je presenteert je onderzoek binnen de onderzoeksgroep. Vaardigheden In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde: ─ (digitaal) opsporen en archiveren van literatuur; selecteren en verwerken van literatuur, waaronder op een juiste manier literatuurverwijzingen weergeven, ─ wetenschappelijk schrijven: efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst schrijven in het Nederlands óf in het Engels, ─ uitvoeren van een onderzoekscyclus,

75

Periode 1, cursussen niveau 3 ─ aangezien je zelf op zoek moet gaan naar een onderzoeksproject leer je zelfstandig en actief plannen, handelen en contacten onderhouden. ─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken met verslaglegging in een labjournaal, ─ en goede mondelinge samenvatting van het onderzoek geven (eventueel in het Engels) Inhoud In het scriptiedeel van het onderzoeksproject diep je een specifiek onderwerp uit de biologie uit. Hiervoor zoek je uit alle beschikbare literatuur relevante informatie, die je op de juiste manier verwerkt tot een scriptie en die ook bijdraagt aan het opstellen van een onderzoeksplan. Het eindresultaat van de scriptie is niet alleen een beschrijvende samenvatting van de beschikbare feiten en ideeën, maar bevat ook een eigen kritische beschouwing van de literatuur. Het eindproduct bestaat uit een scriptie van ongeveer 20 – 25 pagina’s in het Nederlands. In overleg met je begeleider kunnen je eigen onderzoeksresultaten ook opgenomen worden in je scriptie. Naast de literatuurstudie participeer je, onder begeleiding van een onderzoeker, in lopend onderzoek. Je verzamelt zelf data of verwerkt al aanwezige data aan de hand van een vraagstelling. In het onderzoeksdeel van de cursus voer je bij een onderzoeksgroep een onderzoekcyclus uit aan de hand van je in de scriptie uitgewerkte vraagstelling en opgestelde hypothese. Werkvormen Werkcollege(s) (gegeven door de docenten) waarin je uitleg krijgt over en je oefent in de verschillende (academische) vaardigheden van het wetenschappelijke schrijven. Dit doe je groepsgewijs en samen met de studenten die alleen de scriptiecursus volgen. Daarnaast heb je voor je onderzoek een persoonlijk inhoudelijke begeleider (een onderzoeker, promovendus of post-doc van een onderzoeksgroep binnen een instelling). Toetsing Het scriptiedeel van de cursus wordt beoordeeld zoals is aangegeven bij de Scriptiecursus en bestaat uit: a) de structuur/vorm van de scriptie, b) de inhoud van de scriptie, c) het proces/de werkhouding. Het berekening van het eindcijfer voor de cursus is: (a+b)/2 : c = 8 : 2

Voor al deze onderdelen moet je een voldoende halen om het scriptiedeel van decursus met een voldoende te kunnen afsluiten. Het onderzoeksdeel van de cursus sluit je af met een presentatie over je onderzoek voor de onderzoeksgroep. Je krjgt hiervoor naast je (actieve) werkhoudig en zelfstandigheid bij het uitvoeren van je onderzoek een beoordeling. Beide deelcijfers moeten voldoende zijn en worden volgens de verhouding 1:1 gemiddeld tot het eindcijfer voor de cursus.

Studiemateriaal Boekje geschreven door Warna Oosterbaan “Een leesbare scriptie” (Prometheus/ NRC Handelsblad), 7e herziene druk, 2008 (ISBN-13: 9789044610475) 76


Periode 1, niveau 3 cursussen BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP Biodiversity and the landscape Coördinator:

dr. H. ter Steege NCB-Naturalis e-mail: [email protected]/[email protected]

Docenten:

drs. J.G.M. Persoon, [email protected] dr. M.B. Soons, [email protected] dr. H. ter Steege, [email protected] H


B-B3BILA10 15 A+B+C+D

Ingangseisen De cursus bouwt voort op de cursussen Biodiversiteit, Plantenecologie en Evolutiebiologie van jaar 1 en de cursus Natuurbehoud, Duurzaamheid en Plantendiversiteit van jaar 2. Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten in het studiepad ‘Organismen, ecosystemen en biodiversiteit’ en ‘Educatie, communicatie en management’. Leerdoelen De cursus is erop gericht om de plantendiversiteit in het landschap te verklaren en patronen daarin te herkennen. Na de cursus kan je: ─ de belangrijkste processen die biodiversiteit genereren en in stand houden beschrijven, ─ de standplaats van plantensoorten in het landschap verklaren (of nader onderzoeken) aan de hand van deze processen, ─ bodemvorming, geologie en geologische ondergrond van de Wadden) in grote lijnen beschrijven, ─ Nederlandse planten determineren, ─ 15 belangrijke Nederlandse plantenfamilies als familie herkennen, ─ de belangrijkste soorten uit de hoofdecosystemen van Terschelling herkennen, ─ veldwaarnemingen omzetten in een onderzoeksvraag en werkbare hypotheses, ─ in groepsvorm een onderzoeksplan (inclusief veldwerk)maken en uitvoeren, ─ een onderzoekvoorstel presenteren en verdedigen, ─ data verwerken en analyseren met R, ─ een wetenschappelijk verslag schrijven, ─ een wetenschappelijke presentatie maken en presenteren, ─ relevante gegevens verzamelen via internet en bibliotheek. Vaardigheden Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur; uitvoeren onderzoekscyclus inclusief schriftelijke en mondelinge rapportage; systematische 77

Periode 1, cursussen niveau 3 benadering problemen; kritisch waarnemen & denken, creativiteit en probleemoplossend vermogen, hanteren biologische variabiliteit, planten determineren, met grote datasets werken, werken met R, samenwerken, overleg, omgaan met kritiek/feedback; basiskennis Nederlandse Flora. Inhoud Het hoofdthema in deze multidisciplinaire cursus is het leren zien van verbanden tussen vegetatie, diversiteit, ondergrond, geomorfologie en geologische processen, en het herkennen van patronen die zijn ontstaan als gevolg van de wisselwerking van biotische en abiotische processen. In de eerste week worden inleidende colleges gegeven over biodiversiteit in temporele en spatiële zin, de ecologie van duinen en kwelders, bodemkunde en het ontstaan van de waddeneilanden. Daarna volgen ca. twee weken intensief veldwerk op Terschelling. Tijdens drie inleidende excursies komt de wisselwerking tussen flora, bodem, (micro)klimaat en geologische processen aan bod die uiteindelijk de vegetatie en het landschap bepalen. De nadruk ligt daarbij op het herkennen van processen, patronen en verbanden. Na de excursie vindt op het eiland een plantentoets plaats, waarin planten en families moeten worden herkend en planten gedetermineerd. Men doet vervolgens in groepen ecologisch veldonderzoek naar de relatie tussen plantengroei en abiotiek (4 dagen). In de vierde week kijken we wat de exacte mechanismen zijn die diversiteit genereren en reguleren. We hebben het dan over evolutionaire processen, ijstijden, refugia, gradienten in diversiteit en hun oorzaken, neutrale modellen, frequentie-afhankelijke mortaliteit, dynamische evenwichten, dispersie, game theorie en vele andere zaken. We verwachten dat je door middel van deze week een degelijke kijk krijgt op het begrip Biodiversiteit en welke factoren en processen belangrijk zijn. De eerste vijf weken worden afgesloten met een tentamen. In de tweede vijf weken van de cursus besteden we twee weken aan het leren werken met R, een programmeer taal waarmee steeds meer door onderzoekers wordt gewerkt om data te verwerken en analyseren. Week 6 wordt besteed aan een algemene inleiding in R. Week 7 gaat dieper in op multivariate analyse van vegetatie data.Week 8 wordt gebruikt om met je nieuwe vaardigheden, je eigen data en die van groepen uit voorgaande jaren een goede analyse te maken van je veldonderzoek, en daar een 'wetenschappelijke publicatie' over te schrijven. In week 9 schrijf je dit verslag, levert het in en bereidt een wetenschappelijke presentatie voor. Deze wordt in de laatste week op een eindsymposium gepresenteerd. Hierna zijn er een paar dagen om je 'publicatie' te verbeteren n.a.v. alle feedback. Inhoud en bijbehorende werkvormen Week 1: Ontstaan en sedimentologie van het Waddengebied, bodem, vegetatie en ecologie van duinen en kwelders, plantenfamilies (hoorcolleges, determineerparctica, zelfstudie) Week 2: Diversiteit en landschap Terschelling, onderzoeksplan opstellen, determineren planten (groepsexcursies, groepsopdracht, determineer toets) Week 3: Veldwerk duinen en kwelder (veldwerk in groepen van5 personen, groepsverslag maken) Week 4: Colleges biodiversiteit, werken aan groepsverslag, presentatie Week 5: Zelfstudie, tentamen Week 6: Introductie in R Week 7: Vegetatie analyses in R

78

Periode 1, cursussen niveau 3 Week 8: Data analyses Week 9: Publicatie schrijven/presentatie voorbereiden Week 10: Eindsymposium onderzoekTerschelling, verslag verbeteren. Toetsing De cursus is voldoende afgerond indien een voldoende is behaald voor de plantendetermineeratietoets op Terschelling, de publicatie, de presentatie, en het tentamen, en indien aan alle practicumverplichtingen is voldaan. Het cijfer van het blok wordt bepaald door de plantendetermineertoets (15%), publicatie (25%), presentatie (20%) en het tentamen (40%). De practica worden niet beoordeeld middels een cijfer maar actieve deelname aan alle practicumonderdelen is verplicht. Studiemateriaal ─ R. v.d. Meijden (2005). Heukels' Flora van Nederland, 23ste druk. (c. €45 via UBV) ─ K.J. Gaston & J.I. Spicer (2005). Biodiversity: An introduction. (c. €33 via UBV) ─ Loupe, prepareernaalden, tekenpapier, aantekenboek(je) en evt. een schep of troffel. ─ Regenkleding, stevig schoeisel en kampeeruitrusting. ─ Je moet zelf in de kosten van levensonderhoud voorzien. ─ De kosten van de reis naar Harlingen en terug zijn voor eigen rekening. ─ De kosten voor deelname aan de cursus bedragen €25. Dit is een bijdrage aan de boottocht en de camping op Terschelling en dient op de eerste cursusdag te worden voldaan. Op Terschelling heb je nodig: ─ notitieboekje en zacht potlood ─ loep, Flora, de cursushandleiding ─ OV-jaarkaart ─ laarzen of ander waterdicht schoeisel, paraplu en regenkleding ─ Gidsje “Mondeling en schriftelijk rapporteren tijdens de studie Biologie” ─ Kampeerspullen (hierover kunnen onderling afspraken gemaakt worden) Logistieke zaken Terschelling De studenten kamperen op Camping Terpstra, Oosterburen 81, 8891 GB Midsland, tel. 0562-449091. Hier kan gedurende de tweede week s’avonds vanaf 19.30 uur gebruik gemaakt worden van de kantine, waar genoeg ruimte is om te zitten en te werken. Op de camping zijn geen wasmachines, wel is er een stomerij in Midsland tel. 0562-448093. Fietsen worden gehuurd bij aankomst op het eiland bij de Fa. Tijs Knop, Torenstraat 10-12, West-Terschelling. De staf verblijft in Goede Haven, Heereweg 13, Midsland Noord. Winkels zijn open van 08.00 uur tot 18.00 uur.

79


BIO-ETHIEK Bio-ethics Coördinator:

dr. F. Stafleu Ethiek Instituut, W.C. van Unnikgebouw, Heidelberglaan 8 kamer 239, tel.: 030-253 9416 E-mail: [email protected] H

Docenten:

dr. F. Stafleu


B-B3BETH05 7½ B+C

Ingangseis Je hebt tenminste twee cursussen op niveau 2 afgerond van de major Biologie. Specifieke voorkennis van de ethiek is niet vereist. Studiepad Deze cursus past binnen alle studiepaden van Biologie. Leerdoelen ─ Je kunt aan de biologie gerelateerde ethische vraagstukken, dilemma’s en argumenten herkennen, benoemen en analyseren, ─ de belangrijkste ethische benaderingen (de consequentialistische, deontologische, deugdethische en zorgethische theorieën) benoemen en hanteren, ─ biologische en ethische concepten verbinden met actuele debatten en deze integreren in een weloverwogen beargumenteerd standpunt. Ten aanzien van maatschappelijke context kun je: ─ ethische discussies in maatschappelijk en wetenschappelijk perspectief plaatsen en het belang ervan onderkennen voor je toekomstig werkveld, ─ kritisch reflecteren over je rol als professional en je professionele verantwoordelijkheid in een maatschappelijke context Vaardigheden ─ Kritisch reflecteren: argumentatiestructuren maken en herkennen in teksten en betogen, alsmede drogredenen herkennen en benoemen, je eigen rol als bioloog evalueren en kritisch beschouwen, ─ deel kunnen nemen aan ethische beraadslaging en debat, ─ zelfstandig, in groepen, een project uitvoeren, verwerken tot een product (artikel, boekje, audiovisueel product) en dit mondeling presenteren aan je medestudenten. Inhoud Ethiek kun je omschrijven als morele besliskunde; in de ethiek wordt vaak een afweging gemaakt tussen verschillende handelingsmogelijkheden op basis van morele argumenten. Ethische reflectie is vooral gericht op het gestructureerd nadenken over de beslissingen die we nemen, en de handelingen die daaruit voortvloeien. Om het simpel te zeggen: ethische reflectie vraagt ons om uit te

80

Periode 1, cursussen niveau 3 leggen waarom we dingen doen zoals we ze doen, en ons te verantwoorden tegenover elkaar. Dit is niet een simpelweg uitleg geven van de redenen die mensen hebben om iets te vinden (‘dat vind ik nu eenmaal zo’), maar daagt ons uit om de achterliggende waarden (waarom vind je dat belangrijk) te benoemen en met elkaar tot een idee van wat goed is om te doen te komen. In de praktijk zijn mensen het er niet altijd over eens wat goed is om te doen: dit meningsverschil is soms te verklaren doordat mensen andere waarden belangrijk vinden, soms ook kan door discussie en reflectie meer begrip voor elkaars standpunt worden gevonden, soms ook wordt duidelijk dat er wel degelijk gemeenschappelijke standpunten in te nemen zijn. Het gestructureerd nadenken over problemen van ethische aard helpt ons om meer helderheid te krijgen over de aard van onze meningsverschillen, zodat we deze soms kunnen aanpassen, aanscherpen of beter kunnen formuleren. In deze cursus bieden we je niet alleen een breed palet aan thema’s die in de biologische praktijk actueel zijn, maar bieden we je ook verschillende invalshoeken en instrumenten om op gestructureerde wijze te leren reflecteren. De cursus heet “bio-ethiek voor Biologen”, omdat de thema’s die besproken worden, gekozen zijn met het oog op de biologische beroepsuitoefening. De toegepaste ethiek maakt echter gebruik van theoretische concepten die vooral in de fundamentele ethiek worden doordacht. Daar komen dan ook de instrumenten vandaan die je helpen om gestructureerd na te denken over de actuele thema’s in de biologie. Opbouw van de cursus De cursus duurt 10 weken en is onderverdeeld in twee blokken. In het eerste blok (week 1-5) gaan we in op relevante ethische theorieën en concepten en hun toepassing. In week 6 volgt dan een toets. Het tweede blok (7-9) spits zich verder toe op praktische onderwerpen en vaardigheden en wordt in week 10 afgesloten met een toets. Een belangrijk onderdeel van de cursus is het maken van een paper. In week 6 zal er uitgebreid aandacht worden besteed aan dit onderwerp. Werkvormen De cursus bestaat uit hoorcolleges en werkcolleges. In de werkcolleges werk je opdrachten uit. Dit gebeurt via verschillende werkvormen zoals het voorbereiden en geven van presentaties, discussies, het geven van een les etc. Een belangrijk onderdeel van de cursus is het maken van een paper. Toetsing ─ Schriftelijke toets over eerste blok in week 6 en laatste blok in week 10, ─ presentaties en geven les in werkgroep verband (week 2, 3, 9), ─ paper ter afsluiting van de cursus. De verschillende cijfers worden gewogen in een verhouding van gemiddelde toetsen : presentaties : paper = 2 : 1 : 2. Studiemateriaal: – L.L.Bolt, M.F. Verwey en J.J.M. van Delden, ‘Ethiek in Praktijk’. Koninklijke van Gorcum, 5e druk 2005 (verplicht!) – reader

81


ENDOCRINOLOGIE Endocrinology Coördinator:

dr. Rüdiger W. Schulz Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie/Voortplantingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer W606 tel.: 030-253 3064 e-mail: [email protected] H H

Docenten:

dr. Jan Bogerd, [email protected] dr. Rüdiger W. Schulz, [email protected] prof. Melly Oitzl, [email protected] prof. Ton Groothuis, [email protected] H

H

H

Gastdocenten:


B-B3ENDO10 7½ B+C

Ingangseisen De cursus sluit aan op onderdelen uit de eerstejaarscursussen Moleculaire Biologie en Biologie van dieren (onderdeel orgaansystemen). Verder is voorkennis van belang op het gebied van de moleculaire biologie (transcriptie, translatie, structuur en functie van DNA, RNA, eiwitten) en de celbiologie (cel-cel interaktie, celcyclus, signaaltransductie, receptortypen). Het wordt daarom aanbevolen de niveau 2 cursussen Ontwikkelingsbiologie en De Cel te volgen. Bovendien wordt de niveau 2 cursus Metabolisme aanbevolen. De daarin behandelde biochemie van de stofwisseling sluit aan op de in de cursus Endocrinologie cursus behandelde de endocriene regulatie van de stofwisseling. Studiepad De cursus is onderdeel van de studiepaden moleculaire levenswetenschappen en (ondersteunend) gedragsbiologie. De cursus is een goede voorbereiding op de Masters Molecular and Cellular Life Sciences en Cancer Genomics and Developmental Biology. Leerdoelen In deze cursus leer je de principes kennen van de integratieve regulatie van levensprocessen door hormonen bij mens/gewervelde dieren. Aan het einde van de cursus ben je in staat om: ─ De belangrijkste, endocriene systemen in vertebraten te benoemen en de hoofdfuncties van de betrokken hormonen te beschrijven ─ het concept van hormonale regulatie van levensprocessen op het niveau van het organisme uit te leggen ─ het ontstaan van een aantal endocriene organen (b.v. voorplantingsorganen, hypofyse, pancreas,) tijdens de embryonale fase uit te leggen en de daarbij werkende moleculaire mechanismen te begrijpen ─ de organen betrokken bij hormoonproductie anatomisch en histologisch te herkennen en te beschrijven ─ verbanden te leggen tussen de microscopische structuur en fysiologische functie van endocriene organen/cellen, en uit de analyse van experimentele

82

Periode 1, cursussen niveau 3 monsters af te leiden hoe feedback systemen werken ─ de endocriene regulatie van fysiologische processen van het organisme te beschrijven en op conceptueel niveau de werkingsmechanismen van hormonen op cellulair en moleculair niveau uit te leggen ─ de wijze waarop energie homeostase, bijnierfunctie, groei, voortplanting, stress en gedrag integratief gereguleerd worden conceptueel te begrijpen en te beschrijven, ─ af te leiden hoe geselecteerde ziektebeelden en/of “loss-of-function” mutaties samenhangen met stoornissen in de ontwikkeling en endocriene regulatie van levensprocessen. Vaardigheden Lezen en kritisch verwerken van wetenschappelijke literatuur door een samenhangend concept van het onderwerp te ontwikkelen en mondeling te presenteren en schriftelijk samen te vatten; omgaan met complexe regelsystemen, wetenschappelijke discussie (incl. het formuleren van vragen), gebruik lichtmicroscoop Inhoud In deze cursus staat de integratieve regulatie van levensprocessen door hormonen centraal. Aandacht wordt besteed aan de regulatie van de voortplanting, bijnier, energie homeostase en spijsvertering, schildklier en groei; ook het aspect van hormonen en gedrag komt aan bod (gastdocent). Inleidend worden de voor de endocrinologie belangrijkste concepten behandeld (zoals homeostase, hormoonassen, feedback mechanismen, relatie tussen de biochemische opbouw van hormonen en structuur en functie van hun receptoren). Tevens leren we kennen de functionele anatomie en de histologie van de endocriene organen (3 microscoop practica). In detail wordt ingegaan op de ontogenetische ontwikkeling en het functioneren van het voortplantingssysteem, via literatuur onderwerpen ook op de ontwikkeling van hypofyse en alvleesklier. Vervolgens wordt aandacht geschonken aan de hormonen die een rol spelen bij de stressreactie en in het metabolisme, groei, en differentiatie (b.v. insuline, groei- en schildklierhormonen). Tijdens de cursus wordt ook aandacht besteed aan academische vaardigheden (zie boven). Ter ondersteuning van de zelfstudie dient het boek “Human Physiology” (5e druk) van Silverthorn (Pearson International Edition). Voor de onderwerpen van de gastsprekers (prof. Melly Oitzl “Stress, emotion and cognition” en prof. Ton Groothuis “Social regulation of testosteron production”) dienen ter voorbereidende zelfstudie voorafgaand aan hun colleges enkele artikelen gelezen te worden. Ter afsluiting van de cursus stelt de werkgroep Voortplantingsbiologie binnen de leerstoel Ontwikkelingsbiologie haar onderzoeksprogramma voor. Werkvormen Collegecyclus, microscoop practica, literatuuropdracht (verdieping van geselecteerde aspecten van de collegestof door schriftelijke samenvatting, mondelinge presentatie, bedenken van goed/fout vragen; de opdracht voer je uit in groepjes van 4-5 studenten).

83

Periode 1, cursussen niveau 3 Toetsing Je neemt aan alle onderdelen van de cursus deel. Voor alle practica en de twee gastcolleges geldt aanwezigheidsplicht die gecontroleerd wordt. Tijdens de cursus worden twee deeltentamens ingeroosterd (telkens 2 uren met meestal gesloten vragen; ─ PC toets m.b.v. TestVision software; gezamelijke weegfactor 85%). ─ De mondelinge en schriftelijke presentatie van de literatuur opdracht wordt op twee manieren beoordeeld: a) de docent geeft een cijfer voor de presentatie (weegfactor 7,5%); b) de groepsleden verdelen onderling 40 (bij een groep van 4 studenten) of 50 (bij een groep van 5 studenten) punten (peer-review, weegfactor 7,5%). De deeltoetsen en de literatuuropdracht moeten beide voldoende zijn (minimaal 5,5) voor de berekening van het eindcijfer. Studiemateriaal ─ Syllabus (koop je aan het begin van de cursus) ─ AANBEVOLEN MAAR NIET VERPLICHT OM AAN TE SCHAFFEN: Human Physiology - An integrated approach van D.U. Silverthorn (Pearson 5th International edition, 2010). Voor de literatuuropdrachten krijg je de literatuur elektronisch of op schrift uitgereikt.

84


GEDRAGSECOLOGIE Behavioural ecology Coördinator:

mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José) Onderzoeksgroep Gedragsbiologie Kruytgebouw, kamer O 210 tel.: 030-2535435 e-mail: [email protected] H

Docenten:

H

mw.dr. M.J.H.M. Duchateau dr. G.Driessen (Gerard),e-mail: [email protected] H


H

B-B3GECO09 7½ A+D

Ingangseisen De cursussen Biologie van dieren en Evolutiebiologie van jaar 1. De cursus is een verdere functionele en evolutionaire verdieping van het onderdeel Gedragsbiologie/Gedragsecologie in de 1e jaars cursussen Biologie van dieren en Evolutiebiologie. De cursus kan gezien worden als complementair aan de meer causale benadering van gedrag van de niveau 2 cursus Gedragsbiologie en de 3e jaars niveau 3 cursus Cognitie en gedrag. Studiepad De cursus maakt deel uit van de studiepad Gedragsbiologie. De cursus dient als voorbereiding op het specialisatieprogramma Behavioural Ecology binnen het masterprogramma Environmental Biology Leerdoelen Na afloop van deze cursus kan de student verklaren waarom bepaalde individuele gedragingen geëvolueerd zijn, hoe de keuzes die individuen maken samenhangen met de diverse kenmerken van het milieu waarin zij zich bevinden en wat deze keuzes betekenen voor hun fitness. In het bijzonder kan de student: ─ de samenhang tussen genen en gedrag aangeven en de relatie ervan met natuurlijke selectie, ─ beschrijven hoe hypothesen in de gedragsecologie getest kunnen worden, ─ aangeven hoe kosten en baten van met name fourageergedrag via optimaliteitsmodellen van invloed zijn op het uiteindelijke gedrag van dieren, ─ de evolutionaire wapenwedloop predator-prooi aan de hand van verschillende voorbeelden kunnen uitleggen, ─ de verschillende vormen van concurrentie benoemen en uitleggen, ─ (speltheoretische) modellen voor competitie uitleggen in relatie tot ESS en de factoren die van invloed zijn op competitie aangeven, ─ uitleggen waardoor er een seksueel conflict is, wat seksuele selectie is en wat sex ratio inhoudt en aangeven welke factoren van invloed zijn op de sex ratio, ─ aangeven welke paringsystemen er zijn, welke ecologische factoren en beperkingen daarbij betrokken zijn en ook aangeven welke alternatieve strategieën er zijn en waarom, ─ de 4 hypothesen voor samenwerking beschrijven, en aangeven welke factoren

85

Periode 1, cursussen niveau 3 een rol spelen bij samenwerking en helpen, ─ de evolutie van sociale insecten uitleggen en aangeven waarom steriele werksters bestaan, ─ de empirische cyclus uitvoeren aan de hand van gedragsecologische vraagstellingen met als proefdieren Drosophila of Nasonia, ─ wetenschappelijk verslag schrijven, poster maken en presenteren. Vaardigheden Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken van primaire literatuur, toepassen kennis, uitvoeren empirische cyclus, kennis en toepassen van excel, toepassen statistiek, hanteren biologische variabiliteit, schriftelijke rapportage Nederlands, poster maken en presenteren, samenwerken, feedback verwerken. Inhoud Het thema van de cursus is de samenhang tussen diergedrag, ecologie en evolutie en betreft de functionele en evolutionaire benadering van gedrag. Het theoretische deel van de cursus zal in hoor- en werkcolleges behandeld worden aan de hand van het boek An Introduction to Behavioural Ecology, 3e editie, J.R. Krebs & N.B. Davies en verdiepende primaire literatuur. De cursus start met de relatie genen en gedrag, natuurlijke selectie en hoe hypotheses in de gedragsecologie getoetst kunnen worden. De cursus gaat verder met de onderwerpen economische analyse van kosten en baten van gedrag en optimalisatie, concurrentie tussen soorten en binnen de soort, predator-prooi interacties, paringssystemen en seksuele selectie, samenwerking, zelfzuchtigheid en altruïsme. Het praktische deel van de cursus omvat een volledige onderzoekscyclus met experimenten rond thema’s van gedragsecologie, waarbij de fruitvlieg Drosophila en de sluipwesp Nasonia gebruikt worden. De cyclus omvat het bedenken van een hypothese, het opzetten en uitvoeren van experiment met zelf verzamelde proefdieren, het verzamelen van gegevens, uitwerken van de data met behulp van spreadsheats, schrijven van verslag waarbij gebruik wordt gemaakt van wetenschappelijke literatuur en het maken en presenteren van een poster. Toetsing De onderwerpen van de hoor- en werkcolleges worden in twee schriftelijke, theoretische deeltentamens getoetst. Het gemiddelde van de twee deeltentamens vormen het cijfer van de theoretische toets. Om te middelen moet elk deeltentamencijfer minstens 5.0 zijn. Actieve deelname aan practica en posterpresentaties is verplicht. Het practicum wordt beoordeeld aan de hand van het verslag en werkhouding. Het eindcijfer van de cursus wordt pas vastgesteld nadat zowel de theoretische toets (2/3) als ook practicum (1/3), voldoende zijn. Studiemateriaal An Introduction to Behavioural Ecology, 3editie, J.R. Krebs and N.B. Davies; ISBN 0-632-03546

86


GENOOMBIOLOGIE Genome biology Coördinator:

dr. Guido van den Ackerveken Onderzoeksgroep Plant-Microbe Interacties H.R. Kruytgebouw, kamer W304, tel. 030-2533013 e-mail: [email protected] H

Docenten:

dr. Berend Snel, [email protected] dr. Guido van den Ackerveken, [email protected] H


B-B3GENB09 7½ A+D

Ingangseis Basiskennis Moleculaire Biologie (jaar 1 van de opleiding Biologie of vergelijkbaar) aangevuld met kennis van hoofdstukken 4 t/m 7 van Molecular Biology of the Cell (Alberts et al., 5th edition) zoals die in de cursus “De Cel” worden behandeld. Studiepad De cursus wordt aanbevolen in het studiepad Moleculaire levenswetenschappen. Leerdoelen ─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen van aanvullende gegevens uit ander informatiebronnen, ─ het kunnen samenvatten en beschrijven van complexe beschrijvingen van genetische systemen en hun werking en regulatie, ─ het belang van genoomprojecten te verwoorden, en de benaderingen en werkwijzen om genomen in kaart te brengen te beschrijven, ─ de organisatie van genomen van hogere eukaryoten samen te vatten ─ het gebruik van comparative genomics en samenhangende evolutionaire werkingsmechanismen samen te vatten, ─ het doel van functional genomics en de werkwijze om functies in kaart te brengen samen te vatten, ─ de mechanismen die het genoom veranderen te verwoorden, ─ de modificaties in chromatine te begrijpen en toe te passen om hun invloed op de expressie van genen te beredeneren, ─ browsers en databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over genen en genomen, ─ het integreren van genomics en genetische data met het doel om in begrijpelijke taal over een bepaald onderwerp een essay te schrijven en te verdedigen. ─ Het voorbereiden van een pleidooi en het verdedigen van standpunten in een debat.

87

Periode 1, cursussen niveau 3 Inhoud en werkvormen In deze theoretische cursus gaan we dieper in op de structuur en opbouw van eukaryote genomen en de mechanismen die de organisatie, regulatie en evolutie van het genoom beïnvloeden. Tijdens de cursus behandelen we ook actuele onderwerpen als kloneren, RNA interferentie, epigenetica, personal genome en houden we twee debatten. Iedere week volg je op maandag een college dat de basis vormt voor de verdere week. Op de andere dagen werk je aan opdrachten. De docenten zijn dan beschikbaar voor overleg en vragen. Op een aantal vrijdagen werk je aan computeropdrachten die gericht zijn om te leren werken met DNA informatie. De eerste 4 weken van de cursus hebben als thema Genoomopbouw en – regulatie. In dit eerste blok zullen ook twee debatten (in de vorm van een rechtszaak) georganiseerd worden over onderwerpen gerelateerd aan dit thema. Het eerste blok zal worden afgesloten met een tentamen. Het tweede blok van 6 weken staat in het teken van analyse, evolutie en functie van genomen. Hier worden de methoden van genoom-sequencing besproken en is er veel aandacht voor comparative genomics en genoomevolutie. De beschikbaarheid van genoom-sequenties maakt het mogelijk om alle genen in organismen te bestuderen. We behandelen expressie van het genoom, interactienetwerken en functional genomics, wat erop gericht is om de biologische functie van genen in het genoom te bepalen. In een gastcollege zal het Personal genome of $1000 genome worden besproken en is er een discussie over dit onderwerp. Een belangrijke onderdeel van dit blok is het schrijven van een werkstuk over nieuwe inzichten in genoomevolutie die zijn verkregen door het beschikbaar komen van nieuwe genoomsequenties. Hierbij komen alle tot dusverre behandelde aspecten van de cursus terug. Naast het schrijven van het werkstuk beoordeel je samen met je groep (van 4 studenten) het werkstuk van een andere groep en stel je kritische vragen tijdens de verdediging van het werkstuk. In de laatste week van de cursus is er tijd voor zelfstudie en is er een afsluitend tentamen. Blackboard Blackboard is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus nodige informatie. Toetsing Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. De maandagcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke toetsen (60%, het gemiddelde moet voldoende zijn om de cursus te halen en boven de 4 om de cursus te mogen herkansen), het voeren van het debat (10%), en het werkstuk met de bijbehorende peer-review en verdediging (30%). Studiemateriaal ─ Een reader met primaire literatuur in de vorm van artikelen en review verhalen ─ Toegang tot het internet

88


LANDSCHAPSECOLOGIE EN NATUURBEHEER Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11 Coördinator:

dr. A. Barendregt tel: 030-253 1887 e-mail: [email protected] H

H

Docenten:

dr. A. Barendregt, [email protected] en anderen


GEO3-2140 7½ D (A+D)

Capaciteit:

max. 20 biologiestudenten

H

Ingangseisen Elementaire kennis van systeemecologie en ecologische theorieën, bijv. uit cursus Introductie Ecologie of Inleiding Milieuwetenschappen (GEO1-2101); neem bij twijfel contact op met de docent. Studiepad De studiepaden Environmental Biology (Ecologie en Biogeologie). Inhoud Landschap Ecologie is een relatief jonge wetenschap die de geografie en de biologie verbindt en die de relaties onderzoekt in patron en process op een landschapschaal, en hun gevolgen voor ecosystemen. Ruimtelijke variatie in landschappen op verschillende schaalniveaus wordt beïnvloed door natuurlijke processen en menselijke verstoring. Hierdoor behandelt het onderzoek in de landschappen de aspecten van abiotiek, biotiek en cultuur. Transport via het water, lucht and vaste stof naast verspreiding van dieren en planten het landschap en hoe de mens in deze processen ingrijpt, zijn alle onderwerp van studie in de landschapsecologie. Ecohydrologie is een landschapecologische specialisatie die zich richt op de invloed van hydrologische processen op ecosystemen. Natuurbescherming heeft zich geleidelijk de laatste decennia ontwikkeld van een beschermingsuitgangspunt naar een aanpak waarin restauratie en ontwikkeling van nieuwe natuurgebieden een belangrijke rol spelen. In deze benadering is het belangrijk te analyseren wat de essentiële landschapsecologische sturende krachten zijn. In deze cursus zal geleerd worden hoe het landschap bestudeerd moet worden, hoe functionele processen in het landschap en in ecosystemen verbonden zijn en beschermd kunnen worden en hoe verstoorde systemen hersteld kunnen worden. Voorbeelden uit Nederland en uit het buitenland worden gebruikt om de theorie en de praktijk in landschapsecologie en hydro-ecologie verder te illustreren. In de eerste helft van de cursus zullen we de vroegere en huidige ontwikkelingen in landschapsecologie onderzoeken. Vervolgens wordt er verder ingegaan op de

89

Periode 1, cursussen niveau 3 ruimtelijke ecohydrologische relaties in het landschap en tevens hoe processen op landschapschaal het functioneren van ecosystemen beïnvloeden (water en nutriënten kringloop, bodem chemie die de beschikbaarheid van nutriënten beïnvloedt, competitie en successie in ecosystemen, biodiversiteit van ecosystemen). Het derde deel van de cursus zal zich concentreren op de natuurbescherming. De effectiviteit van intern en extern beheer voor bescherming en restauratie zal betoond worden gedurende veldbezoeken. Tenslotte zullen de problemen en mogelijkheden in (internationale) natuurbescherming gegeven worden in de context van duurzame ontwikkeling. Verschillende gastsprekers zullen een gastcollege verzorgen. Leerdoelen ─ Verdere ontwikkeling van en toepassing van de kennis over de relatie tussen biologie, (eco)hydrologie en bodem wetenschappen binnen landschapsecologie. ─ Het begrijpen van de ruimtelijke verbindingen en functies in het landschap van de stroming van water en de verspreiding. ─ Inzicht verkrijgen in de implementatie van kennis in bescherming en restauratie projecten en beleid voor landgebruik planning; en het leren de effectiviteit van restauratiemaatregelen in te schatten. ─ Ingevoerd worden in het internationale debat over natuurbescherming in relatie tot toekomstige ontwikkelingen en duurzame ontwikkeling. Onderwijsvormen De cursus wordt vanaf September 2008 in het Nederlands gegeven en bestaat uit colleges, computerpractica, excursies, verslag schrijven, mondelinge presentaties en zelfstudie Toetsing Twee examens (55%), individueel geschreven paper (30%), mondelinge presentatie en medewerking verlenen aan de werkgroepen en excursies (15%). Studiemateriaal Reader, wetenschappelijke artikelen, handouts

90


PALEOKLIMATOLOGIE-PALEOECOLOGIE (AW) Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11 Coördinator:

dr. L.J. Lourens Gebouw Aardwetenschappen, Budapestlaan 4 kamer N.314, tel.: 030-253 5173 e-mail: [email protected] H

Docenten:

H

dr. L.J. Lourens dr. W.M. Kürschner, [email protected] H


H

GEO3-1329 7½ A

Ingangseisen Geen Aanmelding bij Aardwetenschappen via OSIRIS-student. Studiepad De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven van de Bacheloropleiding Aardwetenschappen, Faculteit Geowetenschappen. De opgedane kennis van de niveau-2 cursussen Sedimentaire Systemen (GEO21208, periode 3) wordt als bekend verondersteld. De cursus wordt aanbevolen voor de niveau-3 cursus Paleoceanografie (GEO3-1318), het programma Earth, Life and Climate van de Masteropleiding Earth Sciences en de Masteropleiding Environmental Biology. Leerdoelen Kennis en inzicht verschaffen van de principes welke van belang zijn voor het beschrijven en reconstrueren van klimaat- en milieuveranderingen in het verleden. Inhoud In de cursus wordt ingegaan op trends, cyclische en abrupte veranderingen in het klimaat van de afgelopen 65 miljoen jaar en hun oorzaken. De volgende onderwerpen komen aan de orde: klimaatarchieven, data, modellen, geologische tijd, astronomische cycli (ijstijden en de moesson), relatie tussen (plaat)tektoniek en klimaatveranderingen, invloed van klimaatveranderingen op het functioneren van ecosystemen. Er zal in het bijzonder worden ingegaan op de vraag hoe we met behulp van micro- en macrofossielen uit zowel mariene als terrestrische milieus klimaatsveranderingen kunnen reconstrueren. Werkvormen Colleges, computerpractica, presentaties en samenvatting. Tijdens de computer practica zullen de studenten in kleine groepjes van 2 a 3 personen met een aantal statistische programma’s gaan werken, die veelvuldig worden toegepast binnen disciplines zoals de paleoecologie, (paleo)zoologie, (paleo)botanie,

91

Periode 1, cursussen niveau 3 palynologie, (micro)paleontologie, biogeochemie (inclusief stabiele isotopen), stratigrafie, astronomie, en meteorologie. Met behulp van multivariate statistische methodes leren studenten kwantitatieve fauna en flora datasets te interpreteren. Daarnaast wordt er ruime aandacht besteed aan spectraalanalyse methodes om cyclische veranderingen in het klimaat te kunnen ontdekken. Speciale aandacht gaat uit naar de ontwikkeling van ijstijden over de laatste 3 miljoen jaar en de vorming van sapropelen in de Middellandse Zee. Tevens zal er tijdens een aantal computer practica gebruik gemaakt worden van bladrand gegevens om temperatuurveranderingen over miljoenen jaren in het verleden te kunnen reconstrueren. Tot slot zal er ook met een eenvoudig energie balans model worden gewerkt. Aan het einde van de cursus zullen de studenten in kleine groepjes een powerpoint presentatie van ongeveer 10-20 minuten geven, die door de zijn/haar medestudenten zal worden beoordeeld. De keuze van het onderwerp is vrij, maar moet gerelateerd zijn aan de inhoud van de cursus en gebaseerd zijn op 2 tot 5 wetenschappelijke artikelen. Daarnaast maakt iedere student ook een samenvatting van de practica en twee wetenschappelijke artikelen. Toetsing Het eindresultaat is gebaseerd op het gemiddelde van de tussentoets (30%), eindtoets (40%), samenvatting (10%) en presentatie (20%). Geslaagd indien resultaat >5.5. Bij een 4 of 5 volgt een reparatieopdracht. Indien voldoende wordt de cursus alsnog met een 6 afgesloten. Studiemateriaal Het Engelstalige tekstboek: "Earth’s climate: Past and Future" van W.F.Ruddiman (ISBN 0716737418).

92


Periode 2, niveau 3 cursussen COMPUTATIONELE BIOLOGIE Computational biology Coördinator/docent:

mw.prof.dr. P. Hogeweg Onderzoeksgroep Theoretische Biologie H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer Z503, tel.: 030-253 3692 e-mail: [email protected] H


H

B-B3COMB10 7½ B+C

Deze cursus wordt gegeven in het Engels. Ingangseisen Verplichte voorkennis is de eerstejaars cursus Systeembiologie. Sterk aanbevolen wordt om voorafgaande de cursus de niveau 2 cursus theoretische ecologie te volgen. Studiepad De cursus Computationele biologie bied je een sterke theoretische ondersteuning in de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit. Leerdoelen Computational Biology uses computer modeling to investigate biological problems. The course teaches a variety of modeling techniques and techniques to analyse the model behaviour. Moreover biological theory obtained by computational modeling is examined. Inhoud During the course, the emphasis will be on composing exact models, based on specific hypotheses. The models are analyzed, the results yielding insights in the original biological system. The models that are studied address fundamental questions from a variety of biological fields, among which: – Evolutionary dynamics ─ eco-evolutionary dynamics and spatial pattern formation, ─ host-pathogen co-evolution, ─ genome evolution, e.g. interaction between gene regulation and evolution, ─ evolution of complexity, robustness and evolvability. – Developmental dynamics (from genes to organisms) (plant and animal models will be used)

93

Periode 3, cursussen niveau 3 ─ ─ ─ ─

pattern formation, cell differentiation, morphogenesis and mechanical interactions between cells, EVO-DEVO (evolution of development).

– Network dynamics) ─ gene regulation and metabolic networks, ─ RNA interference. – Behaviour ─ behavioral self-structuring through local interactions, ─ interface between learning and evolution. (Spatial) pattern formation and emergent properties are common themes emphasised in all these areas and the related general theory is introduced as a separate module. A number of different model formalisms are used, namely: – non-linear differential/difference equations (ODE and MAPs), – reaction Diffusion Systems (PDE), – Cellular automata machines, – event based models, – individually oriented models, – evolutionary computation, – hybrid models using several combinatiions of the above formalisms. Analysis tools include bifurcation analysis, sensitivity analysis, and various pattern analysis techniques. Werkvormen A typical day starts with lectures, followed by computational modeling excercises. Literature will be handed out related to the computer excercises , and at the end of the course, literature seminars are given by the students. Toetsing The student's final mark is based on the exam and the litterature seminar. Studiemateriaal ─ Practicum handleidingen, sheets en literatuur, ─ Op de computers maak je gebruik van LINUX.

94


MARIENE WETENSCHAPPEN 2:

‘Oceans of the Future’

Marine sciences 2: ‘Oceans of the Future’ Coördinator:

dr. Francesca Sangiorgi Mariene Palynologie LPP; Gebouw ‘Aardwetenschappen’ Budapestlaan 4, 3584 CD Utrecht Kamer Z310, tel.: 030-253 2419 e-mail: [email protected] secretariaat: [email protected]; tel. 030-253 2629 H

Docenten:

dr. Corina Brussaard ([email protected]) dr. Katja Philippart ([email protected]) dr. Lennard de Nooijer ([email protected]) dr. Gert-Jan Reichart ([email protected]) dr. Appy Sluijs ([email protected])


B-B3MSCI05 7½ B+C

Ingangseis Het volledig gevolgd hebben van de cursus Mariene wetenschappen 1 is als ingangseis verplicht. Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten die het studiepad Organismen, ecosystemen en biodiversiteit volgen en vooral hierin de track Environmental Biology - Biomarine Sciences. Ook voor studenten die het studiepad Educatie, communicatie en beleid volgen, kan dit een waardevolle cursus zijn. Leerdoelen Toenemende CO2 concentraties en klimaatverandering resulteren in oceanen in verzuring, opwarming en zuurstofgebrek. In deze niveau 300 cursus vergaart de student inzicht in de processen die deze veranderingen teweeg brengen. Verder maakt de student kennis met belangrijke groepen mariene organismen en de manier waarop hun voorkomen en hun fysiologie verandert als gevolg van de fysisch-chemische veranderingen; in het heden en verleden via de studie van de “fossil record”. Hierbij vergaar je: ─ een inzicht in de fysische en chemische processen die op dit moment aan verandering onderhevig zijn in de oceanen en die opwarming, oceaanverzuring en anoxia (zuurstofloosheid) tot gevolg hebben, ─ inzicht in de fysiologie van organismen in zeewater, ─ fysiologische kennis van de belangrijkste groepen virussen, macrobenthos, koralen, pro- en eukaryotisch fyto- en zooplankton, en hun rol in mariene ecosystemen, ─ inzicht in de manier waarop veranderende fysisch-chemische omstandigheden in de oceaan de fysiologie van de belangrijkste groepen/soorten beïnvloedt, ─ overzicht van de complexiteit in de respons van ecosystemen op verzuring, opwarming en anoxia,

95

Periode 3, cursussen niveau 3 ─ kennis en actuele vragen rond soorten ecosysteemrespons tijdens perioden van oceaanverzuring en anoxia in het geologisch verleden. Vaardigheden ─ selecteren, analyseren en verwerken van complexe literatuur, ─ uitvoeren korte onderzoekscyclus in groepsvorm, inclusief literatuur en presentatie, ─ systematische benadering problemen; kritisch denken, ─ mondelinge & schriftelijke rapportage (Engels), ─ wetenschappelijke discussie in groepsniveau en op een minicongres, ─ omgaan met complexe mariene ecosystemen, ─ denken op biologische en geologische tijdschalen. Inhoud Voortbouwend op de introductie cursus Marine Sciences (I) zijn de hoofdthema’s in deze cursus Future Oceans: 1. Verzuring, anoxia (zuurstofloosheid) en opwarming van de oceanen en randzeeën, 2. de belangrijkste groepen organismen in de oceaan, 3. De fysiologische en ecologische respons van deze groepen op de veranderingen in de oceaan, 4. Biotische respons ten tijde van analoge veranderingen in het geologisch verleden Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken): (1) veld werk/excursie, (2) niet-calcificerende organismen 2.1 dinoflagellaten en diatomeeën 2.2 bacteriën 2.3 virussen 2.4 archaea (3) calcificerende organismen 3.1 coccolithoforen 3.2 foraminiferen 3.3 koralen 3.4 macrobenthos (4) paleo-oceaanverzuring en -anoxia (5) studenten doen in groepjes literatuuronderzoek naar van tevoren gedefinieerde onderwerpen, onder begeleiding van een docent. Tijdens een congres worden de resultaten gepresenteerd. Werkvormen (Werk)colleges, practica, discussie, presentaties, essays (Engels) Toetsing De cursus is voldoende afgerond indien een voldoende is behaald voor (1) ‘presentatie’ tijdens het congres en (2) het tentamen over de gehele stof. Het eindcijfer wordt bepaald in de verhouding 1:3, met maximaal één maal een 5. Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd. Studiemateriaal: Literatuur wordt tijdens de cursus aangeboden, o.a. via webCT.

96


MILIEUVERANDERING DOOR DE TIJD Environmental Change: past, present and future Coördinator:

mw.dr. F. Wagner, Onderzoeksgroep Paleoecologie, Gebouw Aardwetenschappen, kamer W324 tel.: 030- 253 2636 H

Docenten:

dr. O. Heiri, [email protected] prof. dr. A.F. Lotter, [email protected] mw.dr. F. Wagner, [email protected] H

H

H

H


B-B3ENVCH 7½ B+C

Deze cursus wordt in het Engels gegeven. Ingangseisen De cursus Inleiding in de paleoecologie of Paleobiologie van planten wordt sterk aanbevolen. Deze cursus kun je NIET volgen als je de cursus Continentale en atmosferische systemen (COATSYS) hebt gevolgd. Studiepad Deze cursus is onderdeel van het studiepad Organismen, ecosystemen en biodiversiteit en voor studenten met belangstelling voor biogeologie een kerncursus. Leerdoelen Aan het einde van de cursus kun je: milieuomstandigheden (klimaat, CO2, nutrienten, menselijke invloed) in het heden begrijpen en in het verleden reconstrueren morfologische kenmerken van palaeoecologisch belangrijke fossielgroepen (pollen, sporen, macroscopische plantenfossielen, diatomeeën, chironomiden, coleoptera) herkennen, met palaeoecologische methodieken kenmerken van sedimentaire archieven bepalen en interpreteren, kwantitatieve palaeoecologische analyses (als pollen influx, stomata dichtheid analyses, ordinatie) en milieureconstructies uitvoeren Vaardigheden ─ Data genereren en verwerken, gegevens op grafische wijze presenteren, ─ mondelinge en schriftelijk presenteren/rapporteren (in het Engels), ─ statistische bewerkingen van gegevens uitvoeren (ordinatie, classificatie, regressie), ─ beeldanalyse

97

Periode 3, cursussen niveau 3 Inhoud In deze cursus leer je hoe continentale (aquatische en terrestrische) ecosystemen functioneren en hoe en waarom ze in het verleden verandert zijn. In deze cursus bestudeer je onderwerpen op het gebied van de palaeoecologie (palynologie, paleobotanie en paleolimnologie). Centraal staat de wisselwerking tussen de biosfeer – geosfeer/hydrosfeer – atmosfeer in samenhang met milieuen klimaatsveranderingen in het verleden, heden en de toekomst. Je leert op verschillende tijdelijke en ruimtelijke schalen te werken. Uitgaande van moderne processen gaan we verder in de tijd terug om de relatie tussen milieu en ecosystemen te bestuderen. De cursus bestaat uit 3 onderdelen, elk met een ander aspecten van het palaeoecologisch onderzoek: Deel 1: Zoetwater, klimaat en mens (limnologie, paleo-limnologie) De studie van de ontwikkeling van aquatische ecosystemen op schaalverdelingen van jaren tot millennia leren ons de basis vast te stellen die nodig zijn om de definitieve condities van waterkwaliteit en natuurbehoud te definiëren. De cursus zal zich concentreren op de studie van dans-muggen (chironomiden) en kiezelwieren (diatomeeën) als uitstekende indicatoren van milieuveranderingen in aquatische ecosystemen. Practicum: Kwalitatieve en kwantitatieve reconstructie van milieuomstandigheden (klimaat, nutriënten) d.m.v. analyses van meerafzettingen. Deel 2: Planten, CO2 en klimaat (fysiologie, paleofysiologie) De functionele anatomie van vegetatieve organen stelt ons in staat om de verleden atmosferische milieucondities te onderzoeken. Fossiele bladeren worden gebruikt als bio-indicatoren om CO2 concentratie en neerslag patronen in het verleden te onderzoeken. Stabiele isotopenanalyse (C) wordt besproken als een additionele informatiebron voor de historische groeicondities. Practicum: reconstructie van het atmosferisch CO2 gehalte in het verleden d.m.v. stomata en epidermale cellenanalyse aan (sub)fossiele bladeren. Deel 3: Vegetatie, klimaat en mens (paleoecologie) In dit gedeelte worden de principes van pollenanalyse (palynologie) geïntroduceerd met als basis morfologie en productie- en verspreidingsmechanismen van pollen en sporen. De nadruk ligt op de kwantitatieve pollenanalyse als een instrument voor de reconstructie van de locale en regionale vegetatiegeschiedenis en als basis voor de interpretatie van milieuveranderingen in het verleden. Practicum: Reconstructie van vegetatieontwikkeling en milieuveranderingen sinds het einde van de laatste ijstijd met gebruik van sedimenten. Werkvormen Naast meer individueel onderwijs in de vorm van colleges, werkcolleges, microscopische practica, computerpractica, werk je in groepen van 2-15 studenten aan opdrachten. De opdrachten resulteren in mondelinge presentaties en schriftelijke verslagen (in het Engels).

98

Periode 3, cursussen niveau 3 Toetsing Het eindcijfer wordt samengesteld uit de onderdelen: ─ twee schriftelijk verslagen (ieder 1/10) over de practicaprojecten, ─ een posterpresentatie en abstract (1/10), ─ een mondelinge presentatie over een Global Change onderwerp (15-20 minuten) (1/10), ─ een mondelinge presentatie (5-10 minuten) over een opdracht (voorwaarde voor de toelating tot het eindtentamen), Voor alle onderdelen is meer dan een 4 nodig om te worden toegelaten tot het eindtentamen, het eindtentamen (6/10). Studiemateriaal ─ WebCT waarop de PowerPoint presentaties van de colleges, literatuur,opdrachten, rooster, computerpractica etc. als pdf’s verkrijgbaar zijn.

99


ORIËNTATIE OP DE COMMUNICATIEVE EN EDUCATIEVE PRAKTIJK (OCEP) Orientation on Communication and Education Coördinator:

drs. A.H. Mooldijk Buys Ballotlaboratorium, Princetonplein 5, Kamer 052A, tel.: 030-253 1181/1179 e-mail: [email protected] H

Docenten:

H

mw.drs. E.P.H.M. de Bakker, dr.ir. A. Alblas,

drs. J.J.S. Broertjes

contactpersoon: voor periode 2: drs. A.H. Mooldijk; voor periode 3: mw.drs. E.P.H.M. de Bakker [email protected] H

H

Cursuscode:

B-B3OCEP05

Studiepunten:

7½

Timeslot:

B+C (in periode 2 en in periode 3)

Capaciteit:

max. 20 studenten per cursus

Ingangseis Je hebt de eerste- en tweedejaars cursussen van de major Biologie afgerond. Deze cursus is niet toegankelijk voor studenten van andere opleidingen. (Voor de overige bètaopleidingen wordt een identieke cursus aangeboden met cursuscode NS-390BP) Aanmelden De cursus wordt tweemaal gegeven: eenmaal in periode 2 en eenmaal in periode 3. LET op: Bij de aanmelding voor deze cursus moet je aangeven welke stage je wilt volgen: C-stage (communicatie) of E-stage (educatie, op school). Dit kun je NIET doen via OSIRIS-student (is technisch niet mogelijk). Geef je voorkeur aan op het tweedekeuze formulier dat je kunt krijgen bij de studentenbalie of halen van de website http://www.uu.nl/opleiding/studerenopleiding/. H

H

Studiepad De cursus past binnen alle studiepaden van Biologie, is voorbereidend op het masterprogramma SEC, is verplicht voor de lerarenopleiding (Science Teacher Education binnen het masterprogramma SEC) en is onderdeel van de educatieve minor. Meer info op: http://www.cdbeta.uu.nl/studeren/bachelor. H

H

100

Periode 3, cursussen niveau 3 Leerdoelen Na afloop van deze cursus heb je: kennis gemaakt met elementaire aspecten van communiceren, ─ geleerd hoe je planmatig een les of communicatieactiviteiten kunt voorbereiden, uitvoeren en evalueren, ─ kennis verworven over het omgaan met specifieke doelgroepen, het inspelen op voorkennis en motivatie van deze doelgroepen en het toepassen van geschikte werkvormen, ─ je georiënteerd op je eigen en andermans opvattingen over leren en onderwijzen, Met deze kennis en vaardigheden heb je: ─ een ruimer overzicht verkregen van de diverse CE-werkvelden (Educatie, E: leraar, Communicatie, C: museummedewerker, medewerker veldstudiecentrum, medewerker wetenschapscommunicatie), ─ inzicht verkregen in je eigen functioneren in een CE-werkveld: 'Kan en wil ik dat? Hoe is het om voor de klas te staan of in een communicatief beroep werkzaam te zijn?' Vaardigheden Je hebt in de cursus geleerd ─ hoe je je kunt voorbereiden op een stage in zo’n werkveld, ─ hoe je elkaar feedback kunt geven op de uitgevoerde werkzaamheden, en ─ hoe je samen met andere studenten kunt reflecteren op je stage-ervaringen. Inhoud In deze cursus maak je een perspectiefwisseling mee: van deelnemer aan naar ontwerper van onderwijs en communicatieve activiteiten. In deze cursus kom je als student dus in een andere rol: degene die in samenwerking met anderen communicatie en/of onderwijs inhoud en vorm geeft. In deze cursus evalueer je of het beroep van leraar, medewerker communicatie, voorlichter, wetenschapsjournalist, etc. een gewenste keuze is. De cursus gaat in op vragen: 'Hoe voelt het om voor de klas te staan, hoe is het om bij een science museum te werken, producten voor Natuur- en Milieu educatie te maken, of Gezondheidsvoorlichting te geven? Kan ik dat? Wil ik dat? Wat kan ik al, en wat moet ik nog leren?' In deze cursus worden instituutsbijeenkomsten afgewisseld met stageactiviteiten in een CE-werkveld (Educatie, E: school, of Communicatie, C: science museum, NME centra, etc). Je bent tijdens de cursus slechts op één stageadres werkzaam, maar door de uitgebreide aandacht voor elkaar tijdens de voorbereiding en de reflectie op stage-ervaringen wordt je perspectief op het CEwerkveld verbreed. Tijdens de instituutsbijeenkomsten plan je je stagewerkzaamheden zodat je planmatig een les of een andere communicatieactiviteit kunt voorbereiden, uitvoeren en evalueren. Daarbij leer je elkaar feedback te geven, zodat je elkaar kunt ondersteunen bij het functioneren op de stageplek. Tijdens de werkcolleges is er ruim de mogelijkheid om te oefenen met behulp van simulaties. Het is belangrijk daarbij rekening te houden met de doelgroep: voor wie is het onderwijs, wie zijn de bezoekers van het science museum, of voor wie wordt het NME-lespakket gemaakt? Het onderwijs, de communicatie moet aansluiten bij wat de doelgroep al weet of herkent, en wat de doelgroep aanspreekt. Op deze manier komen vakdidactische theorieën over leer- en communicatieprocessen, leerlingen/lekendenkbeelden en activerende werkvormen aan de orde.

101

Periode 3, cursussen niveau 3 Aan het eind van de cursus vindt een uitgebreide uitwisseling van stageervaringen plaats door over je werk te presenteren, elkaar vragen te stellen en lkaar feedback te geven. Werkvormen Werkcolleges, stage en stageopdracht Toetsing Aanwezigheid en groepsinzet zijn voorwaardelijk voor toetsing; De stageopdracht (per groep) moet voldoende zijn afgerond. De beoordeling vindt plaats op grond van een schriftelijk persoonlijk leerverslag en de beoordeling van de begeleiders van de stage-instelling. Deze beoordeling wordt in een eindgesprek besproken. Studiemateriaal: Reader: deze wordt aan het begin van de cursus tegen kostprijs verstrekt.

102


TROPISCHE ECOSYSTEMEN EN KLIMAAT Tropical ecosystems and climate Coördinator:

dr. Marijke van Kuijk Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit H.R. Kruytgebouw, kamer N304, tel.: 030–253 6846 e-mail: [email protected]

Docenten:

dr. Marijke van Kuijk (Prins Bernhard Leerstoel, Ecologie en Biodiversiteit) dr. Björn Robroek (Ecologie en Biodiversiteit) dr. Mariet Hefting (Ecologie en Biodiversiteit) prof. dr. William F. Laurance (Prins Bernhard Leerstoel) Gastdocenten

Ingangseisen De cursus bouwt voort op de kennis van de niveau 1 cursussen Plantenbiologie en Ecologie en (vanaf studiejaar 2012-’13) de nieuwe niveau 2 cursus Natuurbeheer, Duurzaamheid en Plantendiversiteit. Uitsluiting Vanwege overlap hebben studenten die de cursus Planten en Klimaatsveranderingen hebben gevolgd, GEEN toegang tot deze cursus. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit. De cursus sluit aan bij de niveau 3 cursus Biodiversiteit en Landschap. Doel Het doel van de cursus is je te laten zien dat een goede ecologische kennis en onderzoeksvaardigheid bijdraagt aan het analyseren en oplossen van belangrijke wereldproblemen, met als voorbeeld klimaatverandering. Inhoud Een van de grote problemen waar de mensheid voor staat is klimaatverandering (het oplopen van de temperatuur en de verandering van regenvalpatronen). Vooral door het verbranden van fossiele brandstoffen, het omhakken en verbranden van tropische bossen, en het verstoren van wetlands, komt er steeds meer CO2 in de atmosfeer wat leidt tot opwarming. Het is onze overtuiging dat goed onderlegde ecologen een belangrijke bijdrage kunnen en zullen gaan leveren aan het in kaart brengen van dit probleem en het oplossen ervan. We richten ons in deze cursus vooral op tropische bossen omdat deze het meest divers zijn maar ook het meest bedreigd worden, o.a. door grootschalige landgebruikverandering, en omdat tropisch bos een grote rol speelt in mitigatie van de effecten van klimaatverandering. Wij behandelen in deze context drie onderwerpen.

103

Periode 3, cursussen niveau 3 1. De reactie van planten op klimaatverandering

Voor planten zijn daarbij vooral van belang de toename van de CO2 concentratie, de stijging van de temperatuur en verschuivingen in de neerslag. We laten zien hoe een goede ecofysiologische kennis je in staat stelt dit thema te onderzoeken. 2. De rol van vegetatie in de regulatie van het klimaat Door CO2 opname kunnen planten de opwarming van het klimaat afremmen. Maar hoe veel CO2 nemen verschillende vegetatie types op en hoe zal dit in de toekomst veranderen? We laten jullie zien hoe je hier schattingen van kunt maken. We zullen ook ingaan op andere CO2 gerelateerde aspecten zoals biofuels en REDD+. Tevens komen hier zgn tipping points aan bod; veel ecosystemen hebben nu een belangrijke klimaatregulerende functie maar klimaatverandering kan dit plotseling om laten slaan. 3. De invloed van klimaatveranderingen op soorten diversiteit en functioneren van het ecosysteem Klimaatveranderingen zullen grote gevolgen hebben voor de verspreiding van soorten. Sommige studies voorspellen dat klimaatverandering zal leiden tot het uitsterven van 30-40% op aarde. Hoe komt men aan een dergelijke voorspelling en wat is de wetenschap erachter? We zullen stapsgewijs door vragen 1 – 3 heen gaan, waarbij ook een stuk klimatologie aan bod komt. Tevens zal de bekende Amerikaanse ecoloog William Laurance een uiteenzetting geven van de problematiek, opgehangen aan tropische bossen. In de eerste zes weken zal het grootste deel van de theorie worden behandeld; dit wordt afgesloten met een deeltentamen. Tijdens de cursus zul je zelf een computermodel gaan maken dat de koolstofdynamiek van een opgroeiend tropisch regenwoud kan berekenen. Eerst bouw je het model op van bladfotosynthese, via de groei en respiratie van de bomen tot aan de opbouw en afbraak van organische stof in de bodem, om zo tot de koolstofbalans van het hele bos te komen. Vervolgens ga je zelf met het model een eigen thema dieper onderzoeken. Denk hierbij aan onderwerpen als de invloed van houtkap, periodieke landbouw, biofuels of de soortensamenstelling van het bos op de koolstofbalans. Hier schrijf je een essay over. De cursus bevat ook een aantal colleges van gastdocenten over verschillende relevante onderwerpen uit de praktijk. Aan het einde van de cursus volgt een onderdeel waarin (gedeeltes van) de stof van de gastcolleges uitgebreider wordt behandeld. Werkvormen De theorie wordt behandeld in de vorm van hoorcolleges, werkcolleges en computerpractica en behelst vooral de eerste 6 weken van de cursus. Dit wordt afgerond met een theorietoets. In volgende 2 weken van de cursus maak je onder begeleiding een computermodel; je voert simulaties uit aan de hand van zelf te kiezen scenario en schrijf je daarover een essay. Je schrijft ook een zgn. ‘counterexpertise’ op basis van het model van een ander; in het echt gebeurt dit bij het adviseren van overheidsinstanties ook. Het laatste deel van de cursus bestaat uit een serie gastcolleges waarvan we bepaalde onderwerpen uitgebreider zullen behandelen. Op welke manier we dat gaan doen wordt tijdens de cursus bekend gemaakt.

104

Periode 3, cursussen niveau 3 Toetsing De toetsing vindt plaats op basis van het tentamen (2/3 theorietoets en essay) en de uitwerking van de gastcolleges (1/3). Alle onderdelen, inclusief je inzet bij werkcollege en modelwerk, moeten echter wel voldoende zijn. Studiemateriaal Reader voor de bestudering van de theorie met o.a. hoofdstukken uit Plant Physiological Ecology van Lambers et al. (1998) en Plant Ecology van Schulze et al (2006) en een aantal primaire artikelen.

105


WETENSCHAPPER IN BELEID Scientist in policy Coördinator:

dr. J.N.M. Dekker (Jos) sectie Natuurwetenschap en Samenleving (NW&S) Wiskundegebouw, kamer 308, tel.: 030-253 9153 e-mail: [email protected] j

Docenten:

dr. J.N.M. Dekker mw.dr. P.A. (Pita) Verweij (NW&S), [email protected]

Cursuscode: B-B3WBEL09 Studiepunten: 7½ Timeslot: A+D Ingangseisen Voor de cursus gelden geen specifieke ingangseisen. Je zult veel baat hebben van cursussen in de studiepaden ‘Organismen, ecosystemen en biodiversiteit’ en ‘Educatie, communicatie en management’. Studiepad „Wetenschapper in Beleid‟ is onderdeel van het studiepad ‘Educatie, communicatie en management’ (ECM). De cursus kan ook van belang zijn voor studenten met interesse in het adviespad ‘Organismen, ecosystemen en biodiversiteit’ omdat de cursus een goede voorbereiding is op het masterprogramma Environmental Biology, specialisatie Ecology and Natural Resource Management. Leerdoelen In de cursus staat de rol van wetenschapper in beleid centraal. Het gaat daarbij niet alleen om inzicht in de mogelijke rollen van wetenschappers, maar ook om de context van het beleid zelf. In deze cursus is dat beleid het (inter)nationale natuurbeleid. Je bepaalt en verheldert daarbij je eigen positie in het spanningsveld tussen wetenschap en beleid. De vaardigheden die je hierbij ontwikkelt, liggen vooral op het terrein van kennismanagement, methodologie, communicatie (schriftelijk en mondeling), metacognitieve vaardigheden (zoals zelfreflectie en kritiek) en management. Dit betekent dat je aan het eind van de cursus: ─ inzicht hebt in verschillende posities en rollen die wetenschappers kunnen spelen in het beleid en de kansen, risico’s en verantwoordelijkheden daarvan, ─ kunt uitleggen wat de hoofdpunten zijn van het natuurbeleid in Nederland, in de EU en mondiaal, ─ enkele methoden kunt beschrijven en illustreren om natuurbeheer in te passen in een beleidsmatige context, een project kunt uitvoeren (managen, presenteren en toelichten) over een voor biologen relevant beleidsprobleem dat voldoet aan gestelde criteria. Vaardigheden In de cursus komen de volgende kernvaardigheden aan bod:

106

Periode 3, cursussen niveau 3 ─ kennismanagement: gebruik van primaire en secundaire literatuur in een project, ─ enkele sociaal wetenschappelijke onderzoeksmethoden, ─ het DPSIR model, ─ de beleidscyclus en managementfuncties, ─ relevantie van indicatoren voor beleidsontwikkeling en –evaluatie, ─ projectevaluatie. Inhoud In de cursus Wetenschapper in Beleid worden de relaties tussen natuur, natuuronderzoek, natuurbeheer, beleid en maatschappelijke context behandeld. De maatschappelijke context is niet alleen een omgeving voor onderzoek, beheer, beleid e.d., hij geeft ook vorm aan natuur, door gebruik en andere impacts, hij beïnvloedt wat we natuur noemen en hoe we deze waarderen, welke prioriteiten we stellen in onderzoek en beleid, welke strategieën van natuurbeheer we kiezen e.d. In het geheel van het beheer van natuurlijke hulpbronnen kan de wetenschapper mede een beslissende rol spelen. Aan de orde komen de natuur in Nederland, Europa en mondiaal, natuurvisies, natuurbeleid in Nederland, EU en mondiaal, principes van natural resource management, maatschappelijke waardering van ecologische functies, mogelijke posities en rollen van wetenschappers in beleid (pure wetenschapper, adviseur, advocaat, makelaar van opties), de verantwoordelijkheden van de wetenschapper in beleid, en methodologische aspecten van management en beleid. Daarnaast krijgen academische vaardigheden en academische vorming aandacht. Werkvormen In de cursus krijg je te maken met een gevarieerd aanbod van werkvormen: ─ een serie colleges en werkcolleges, ─ in enkele werkcolleges zullen gemotiveerde studenten een belangrijke rol spelen, ─ zelfstudie, ─ trainingen in vaardigheden: projectmanagement leidend tot een projectplan, schriftelijke rapportage leidend tot een schrijfplan en een projectverslag (rapport/artikel), ─ een project in een groep over een zelfgekozen probleem binnen de thematiek en randvoorwaarden van de cursus (ca 30 dagdelen). Toetsing De serie colleges, werkcolleges en zelfstudie sluit je af met een schriftelijke toets. Het project wordt beoordeeld op het projectplan, het rapport en de presentatie. Deze vier toetsonderdelen bepalen als volgt het eindcijfer: ─ toets: 40%, ─ project: 60% (waarvan het projectplan 20%, het projectverslag 60% en de presentatie 20%). Een cijfer lager dan 4 voor de toets of het project kan niet worden gecompenseerd met andere deelcijfers. Studiemateriaal Cursusmap en WebCT met hand-outs van colleges en teksten/artikelen voor zelfstudie.

107


Periode 3, niveau 3 cursussen EUKARYOTE MICROBIOLOGIE Eukaryotic microbiology Coördinator:

dr. L.G. Lugones Leerstoelgroep Microbiologie H.R. Kruytgebouw Kamer W402, tel.: 030-2533016 e-mail: [email protected]

Docenten:

dr. L.G. Lugones ([email protected]) prof.dr. H.A.B. Wösten ([email protected])


B-B3EUKA09 7½ A+D

Ingangseisen/uitsluitingen Je kunt vanwege overlap deze cursus niet volgen als je de cursus Moleculaire microbiologie 1 (niveau 2) of 2 hebt gevolgd. Studiepad De cursus is onderdeel van de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit. De cursus is een voorbereiding op de masterprogramma’s Biomolecular sciences, Environmental biology en Infection and immunity. Leerdoelen In deze cursus wordt het belang van eukaryote micro-organismen in de natuur en voor de mens behandeld. Centraal staan de moleculaire mechanismen die deze micro-organismen gebruiken om te functioneren. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden met betrekking tot het uitvoeren van biologisch onderzoek en het presenteren van resultaten van je zelf of van anderen. Aan het einde van de cursus kun je: ─ de rol van eukaryote micro-organismen in de natuur, wetenschap en industrie aangeven en uitleggen hoe wetenschappelijk onderzoek bijdraagt tot het begrip en uitbouwen van deze rol, ─ de moleculaire en cellulaire opbouw en mechanismen van eukaryote microorganismen met elkaar vergelijken, ─ moleculaire technieken die gebruikt worden in het onderzoek naar microorganismen op schrift en in de praktijk toepassen, ─ primaire literatuur over eukaryote micro-organismen analyseren en presenteren, ─ een onderzoekscyclus verrichten, ─ je eigen onderzoek of dat van anderen mondeling presenteren en schriftelijk samenvatten

108

Periode 3, cursussen niveau 3 Vaardigheden ─ Chemisch rekenen, ─ uitvoeren onderzoekscylus, ─ mondelinge rapportage in het Nederlands, ─ het presenteren van eigen onderzoeksresultaten aan de hand van een poster, ─ lezen wetenschappelijk artikel, verwerken literatuur. Inhoud Eukaryote micro-organismen zijn enorm divers. Zij behoren tot verschillende rijken binnen het domein van de eukaryoten en zijn talrijk qua aantal soorten en individuen. Eukaryote micro-organismen vervullen een dominante rol in de natuur. Zo zijn zij primaire producenten, opruimers van organisch en anorganisch materiaal, symbionten of ziekteverwekkers. Daarnaast bieden eukaryote micro-organismen of hun componenten ons ongekende mogelijkheden tot het gebruik in industriële processen, in de geneeskunde en bij het verbeteren van het milieu. Kortom, bewust of onbewust voeren we dagelijks strijd met deze micro-organismen of maken juist van hen gebruik. Middels fundamenteel onderzoek zijn talrijke moleculaire mechanismen opgehelderd die verklaren hoe een eukaryote micro-organisme functioneert. Het is gebleken dat veel van deze mechanismen ook voorkomen in complexere systemen zoals planten, dieren en de mens, waardoor eukaryote microorganismen belangrijke modelsystemen zijn geworden voor onderzoek naar het functioneren van de levende cel. De cursus begint met een introductie van de eukaryote microorganismen aan de hand van de “tree of life”. Het belang van deze organismen in de natuur en de mens wordt behandeld. Moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan het functioneren van eukaryote micro-organismen zullen worden behandeld aan de hand van een aantal modelorganismen die behoren tot verschillende rijken. Hoe moleculair onderzoek wordt verricht aan eukaryote micro-organismen zal worden uitgelegd aan de hand van methoden die worden toegepast in het schimmelonderzoek. Werkvormen Hoor en werkcolleges, COO, zelfstudie, literatuuropdracht, ministage, prakticum, posterpresentatie Toetsing De cursus is voldoende afgerond als een voldoende is behaald voor zowel het tentamen, het practicum en de literatuuropdracht. Het eindcijfer wordt bepaald door het tentamen (70%) en de beoordeling van het practicum/ministage (30%). Bij het tentamen kan een bonus van een half punt worden verdiend door de COO voldoende te maken. De student krijgt een extra opdracht indien de literatuuropdracht niet voldoende is bevonden. Studiemateriaal ─ Het collegedictaat Eukaryote Microbiologie, ─ een labjas en een labjournaal

109


MOLECULAIRE EN CELLULAIRE BIOLOGIE Molecular cellbiology Coördinator/:

dr. A.F.M. Cremers Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie H.R. Kruytgebouw kamer N503, tel.: 030-253 3002 e-mail: [email protected]

Docenten:

dr. dr. dr. dr.


B-B3MCB05 7½ A+D

Capaciteit:

max. 40 studenten

P. van Bergen en Henegouwen, [email protected] A.F.M.Cremers, [email protected] J.A. Post, [email protected] R.C.Roovers, [email protected]

Ingangseisen De cursus Moleculaire biologie (niveau 1) of een daarmee vergelijkbare cursus en de cursus Signaaltransductie of Celbiologie (niveau 2). Vanwege het experimentele karakter kun je de cursus Moleculaire celbiologie alleen volgen in het derde jaar van je opleiding. Studiepad Moleculaire celbiologie wordt sterk aanbevolen voor het studiepad Moleculaire levenswetenschappen en is essentieel voor studenten die de master Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) willen volgen. Leerdoelen De doelstelling van deze cursus is het leren van onderzoek doen in de Moleculaire Celbiologie. In deze cursus zullen de onderzoeksthema's cellulair transport, celcyclus en aging aan de orde komen. Verschillende aspecten die met dit onderzoek te maken hebben, passeren hierbij de revue. Op het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig een moleculair celbiologisch onderzoek te starten. In het bijzonder kun je dan: ─ een onderzoeksproject opstellen en uitvoeren, ─ zelfstandig een protocol opstellen voor een experiment, ─ gegevens uit een experiment analyseren, ─ een recent artikel analyseren en presenteren aan medestudenten, ─ een onderzoeksproject opstellen en uitvoeren, ─ de resultaten van het onderzoeksproject beschrijven in een wetenschappelijk artikel, ─ de resultaten van het onderzoeksproject presenteren.

110

Periode 3, cursussen niveau 3 Vaardigheden ─ Zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek “The Cell” van Alberts, ─ analyseren primaire literatuur, ─ uitvoeren onderzoekscyclus, ─ planning, ─ kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ schriftelijk rapportage van onderzoeksproject in de vorm van een wetenschappelijk artikel. Inhoud In de eerste weken analyseer je in groepjes van 4 studenten een recent primair artikel waarover je een presentatie houdt. Verder stel je een protocol op over een fictief experiment. Dat bespreek je met de cursuscoördinator. Daarna stel je een schriftelijk onderzoeksproject op, dat je na goedkeuring door je begeleider uitvoert. Je verwerkt de resultaten van je onderzoeksproject in een zelf geschreven wetenschappelijk artikel en je geeft een presentatie over je eigen onderzoek. Werkvormen (Werk)college: op het college bediscussieer je met de docent en je medestudenten vragen over bestudeerde hoofdstukken uit “The Cell”. In groepjes van elk 4 studenten werk je aan een onderzoeksproject. Toetsing Bij de beoordeling van de cursus worden aan de hand van criteria en aantal aspecten integraal meegewogen. Deze zijn: ─ meedoen aan de discussie bij de colleges, ─ literatuur opdracht, ─ presentatie literatuur opdracht, ─ maken protocol, ─ opstellen van het onderzoeksplan, ─ uitvoeren van het onderzoeksplan, ─ uitwerken van de onderzoeksresultaten, ─ verslaggeving in de vorm van artikel, ─ presentatie onderzoeksproject. De cursus wordt niet afgesloten met een tentamen. Studiemateriaal Het boek “The Cell” van Alberts Laboratoriumjas

111


ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA Developmental Biology and Genetics Coördinator:

mw.dr. Inge The, [email protected] H.R. Kruytgebouw

Docenten:

prof.dr. Sander van den Heuvel, [email protected] mw.dr. Inge The, [email protected] e.a.


B-B3OBG05 7½ B+C

Ingangseisen Ingangseis is de cursus Moleculaire Biologie van jaar 1 of een daarmee vergelijkbare cursus(sen). De cursus is geschikt voor degene die niveau 2 cursussen Ontwikkelingsbiologie en genetica 1 en Moleculaire genetica gevolgd hebben. Studiepad Deze cursus is een kerncursus van het studiepad Ontwikkelingsbiologie en genetica en past goed binnen de studiepaden Biomoleculaire wetenschappen, Dierwetenschappen en Plantenbiologie Leerdoelen Tijdens het volgen van de cursus krijg je: ─ weet van de levenscyclus en de specifieke onderzoeksvoordelen van modelorganismen voor de ontwikkelingsgenetica, ─ begrip van de principes voor de regulatie van celdeling en differentiatie tijdens de ontwikkeling en kun je dit begrip toepassen bij de beoordeling van nieuwe gegevens. Je leert: ─ genen opsporen en analyseren die betrokken zijn bij ontwikkelingsprocessen, ─ bio-informatische databases op het internet gebruiken, ─ een biologisch probleem analyseren op verschillende organisatieniveaus (moleculair, cellulair en organismaal), ─ complexe wetenschappelijke vraagstellingen formuleren en deze vertalen naar experimenten, ─ primaire literatuur verwerken in het vakgebied van de ontwikkelingsbiologie. Vaardigheden ─ Genetische, moleculair biologische en microscopische technieken, ─ uitvoeren van de onderzoekscyclus, ─ analyse van complexe systemen, ─ mondelinge en schriftelijke rapportage in het Engels, het gebruik van databestanden, samenwerking en feedback geven/verwerken. Inhoud De rol van stamcellen in celdeling en celdifferentiatie is een zeer in de

112

Periode 3, cursussen niveau 3 belangstelling staande fundamentele vraagstelling, zowel in de ontwikkelingsbiologie als in de geneeskunde. In deze cursus diep je met moleculair-genetisch onderzoek de onderlinge relaties tussen deze processen uit. Je gebruikt daarvoor modelorganismen. Bij uitstek lenen zich hiervoor de rondworm C(aenorhabditis) elegans, de fruitvlieg Drosophila melanogaster en de plant Arabidopsis thaliana. Werkvormen Hoorcolleges ter ondersteuning van zelfstudie. De zelfstudie bestaat uit het bestuderen van primaire literatuur, individueel en per groep. Practica illustreren hoe ontwikkelingsbiologisch onderzoek in zijn werk gaat. Met web-interface sessies oefen je omgaan met biologische databases. Je geeft presentaties ter oefening, verwerking en beoordeling van de geleerde stof. Toetsing De beoordeling van de cursus bestaat uit drie delen die samen het eindcijfer bepalen: ─ het theoretische deel, twee tentamens in de vorm van een ‘open-boek tentamen’. Hierbij staan vragen over een recent artikel centraal, ─ het verplichte praktische deel, afgesloten met een mini-verslag, ─ de literatuurstudie met presentaties. Studiemateriaal De volgende twee boeken zijn allebei nodig: ─ “Mechanisms in plant development”, Ottoline Leyser and Stephen Day; Blackwell Publishing, ISBN 0-86542-742-9 ─ “Principles of Development”, L. Wolpert, Oxford University Press, ISBN 0-1987921-3

113


PLANTEN, ADAPTATIE EN AFWEER Plants, adaptation and defense Coördinatoren:

dr. R. Pierik (Ronald) Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten H.R. Kruytgebouw, kamer Z305, tel.: 030-253 6838 e-mail: [email protected] prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse (Corné) Onderzoeksgroep Plant microbe Interactions H.R. Kruytgebouw kamer W306, tel.: 030-253 6887 e-mail: [email protected]

Docenten:

dr. R. Pierik, [email protected] dr. P.A.H.M. Bakker, [email protected] prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, [email protected]


B-B3PLAA05 7½ B+C

Ingangseisen De cursus kun je in het tweede en derde studiejaar. Zij sluit goed aan op de niveau 2 cursussen Plant-microbe interacties en Planten en klimaatveranderingen. Studiepad Deze cursus is een kerncursus van het studiepad Environmental Biology en geeft een goede voorbereiding voor het masterprogramma Environmental Biology, met als mogelijke specialisatie Plant Biology. Leerdoelen Doel van deze cursus is te begrijpen hoe planten functioneren in, en zich aanpassen aan, de voortdurend veranderende en vaak levensbedreigende omgeving. In de cursus leer je op verschillende integratieniveaus de relatie tussen signaalmoleculen, genen, en adaptieve/defensieve reacties van planten te beredeneren en te verklaren. Tijdens de cursus bereid je je theoretisch en praktisch voor op het opzetten en uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek in de Plantenbiologie. Daarbij doorloop je een volledige experimentele cyclus. Na afloop van de cursus kun je: ─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van abiotische stress, ─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van aanpassing aan abiotische stress, ─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van biotische stress, ─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van afweer tegen biotische stress, ─ verklaren hoe mechanismen van adaptatie en afweer zich gedurende de

114

Periode 3, cursussen niveau 3 evolutie hebben ontwikkeld, ─ verklaren hoe externe stress-stimuli op cellulair niveau worden omgezet in specifieke mechanismen van adaptatie of afweer, ─ de belangrijkste functies beschrijven van plantenhormonen in stress signaaltransductie, ─ wetenschappelijke experimenten bedenken, plannen, en uitvoeren, Vaardigheden ─ Het analyseren van wetenschappelijke publicaties, ─ aan de hand van wetenschappelijke literatuur een complex biologisch probleem systematisch analyseren, ─ plannen en timemanagement, ─ het uitvoeren van de onderzoekscyclus, ─ resultaten interpreteren en kritisch bediscussiëren, ─ het formuleren van een onderzoeksvraag, ─ het mondeling en schriftelijk rapporteren van resultaten. Inhoud Planten staan onder voortdurende bedreiging van veel abiotische en biotische stressfactoren als droogte, overstroming, beschaduwing door buurplanten, pathogenen, herbivore insecten etc. Om te overleven hebben planten gedurende de evolutie zeer effectieve mechanismen voor adaptatie en afweer ontwikkeld. In de cursus stellen en behandelen we hierover de volgende vragen: Abiotische stress ─ Hoe passen planten zich aan aan overstroming? ─ Hoe reageren planten op beschaduwing door buurplanten? ─ Hoe communiceren planten met elkaar? Biotische stress ─ Waarom zijn sommige micro-organismen schadelijke ziekteverwekkers en zijn andere voordelig voor een plant? ─ Hoe verdedigen planten zich tegen ziekteverwekkers? ─ Wat heeft de immuunresponse van planten gemeen met dat van mens en dier? Tijdens de cursus staat de individuele plant centraal, maar worden processen die betrokken zijn bij afweer en adaptatie geanalyseerd tot op het cellulaire en moleculaire niveau. We gaan in gaan op de volgende vragen: ─ Hoe herkent een plant een bepaalde vorm van stress en hoe wordt deze herkenning op cellulair niveau vertaald in de juiste adaptieve of defensieve respons? ─ Wat is de rol van plantenhormonen in deze processen? ─ De cursus bestrijkt een multidisciplinair vakgebied, waarbinnen je ecologie, plantenfysiologie, fytopathologie, microbiologie, (bio)chemie en moleculaire genetica geïntegreerd bestudeerd. De samenhang tussen de verschillende integratieniveaus (molecuul, gen, cel, plant) in relatie tot het functioneren in, en aanpassen aan, de voortdurend veranderende en vaak levensbedreigende omgeving van planten is een belangrijk aspect van de cursus. Werkvormen Je krijgt hoorcolleges, werkcolleges, practica (eerste helft van de cursus) en een eigen onderzoeksproject (tweede helft van de cursus). Je werkt tijdens de practica en het onderzoeksproject in groepen van twee. De resultaten van de

115

Periode 3, cursussen niveau 3 practica en die van het eigen onderzoeksproject (minisymposium) presenteer je aan je collega-studenten. Toetsing Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht. Het eindcijfer bestaat uit een gewogen gemiddelde van tussentoets, eind-tentamen, practica en eigen onderzoek en wordt als volgt berekend: Tentamen (25%), Tussentoets (25%), practica (20%) en eigen onderzoek (30%). Voor elk van de onderdelen moet je minimaal een 5,5 halen. Studiemateriaal ─ Labjas ─ Practicumhandleiding ─ labjournaal

116


WETENSCHAPPER IN ADVIES The scientist as advisor Coördinator:

dr. Victor Winter Wentgebouw, kamer W140C, tel. 030 253 6985 email: [email protected]


B-B3WEAD09 7½ A+D

Ingangseisen De cursus staat behalve voor studenten biologie ook open voor studenten van de andere bèta-bacheloropleidingen. Studiepad Wetenschapper in advies is een cursus die het Kennispunt Bètawetenschappen verzorgt op verzoek van het departement Biologie. De cursus sluit vooral aan bij het studiepad Communicatie, management en beleid. Leerdoelen ─ Verwerven van inzicht in de interactie tussen wetenschap en samenleving, zoals die plaats vindt naar aanleiding van vragen van externe opdrachtgevers, ─ verwerven van inzicht in theorieën en vaardigheden/technieken die belangrijk zijn bij het doen van onderzoek voor opdrachtgevers (maatschappelijke organisaties in het bijzonder), ─ ervaring opdoen met het uitvoeren van onderzoek voor opdrachtgevers (maatschappelijke organisaties in het bijzonder) en met bijbehorende kennisoverdracht, ─ ervaring opdoen met projectmatig werken in een interdisciplinair onderzoeksteam, ─ kennis opdoen binnen het eigen vakgebied. Inhoud Onze (kennis)maatschappij heeft op allerlei terreinen steeds meer behoefte aan mensen die een goed wetenschappelijk onderbouwd advies kunnen geven. In de cursus ´De onderzoeker als adviseur´ maak je kennis met deze adviespraktijk. Je leert hoe de vraag van een opdrachtgever wordt vertaald naar onderzoek en hoe dat onderzoek uitmondt in een wetenschappelijk onderbouwd advies. De vragen die externe organisaties en bedrijven aan wetenschappers voorleggen zijn vaak breed. Ze beslaan doorgaans meer dan één discipline of specialisme, waardoor een interdisciplinaire en projectmatige aanpak noodzakelijk is. Een dergelijke aanpak kenmerkt deze cursus. In deze cursus werk je in een zoveel mogelijk interdisciplinair team – idealiter met studenten van andere bètabacheloropleidingen (hoewel dit niet altijd lukt)– aan een onderzoeksvraag. Het gaat dus om een actuele en reële opdracht. Het resultaat is een adviesrapport. Je analyseert samen met andere studenten het probleem of de vraag die de opdrachtgever heeft voorgelegd en vertaalt het naar een probleemstelling. Je

117

Periode 3, cursussen niveau 3 ontwikkelt samen met je groepsgenoten een projectplan en kiest onderzoeksmethoden. Na het onderzoek (vaak literatuuronderzoek in combinatie met interviews van betrokkenen) presenteer je het eindresultaat aan de opdrachtgever. Het gaat om een integraal adviesrapport met aanbevelingen. De cursus is gericht op leren door ervaren. Naast het groepswerk zijn er (werk)colleges, gericht op het ontwikkelen van vaardigheden die je nodig hebt voor het doen van adviesgericht onderzoek. Tijdens het groepswerk word je begeleid door een projectbegeleider. Je onderhoudt contact met je opdrachtgever en consulteert inhoudelijke experts binnen en/of buiten de universiteit. Opbouw De cursus wordt gekenmerkt door een diversiteit aan werkvormen waarbij theorie en praktijk zoveel mogelijk worden afgewisseld. Er zijn hoorcolleges, maar ook werkcolleges in de vorm van trainingen, waarbij middels opdrachten, discussies en debatten de theorie in praktijk wordt gebracht. We leggen daarbij zoveel mogelijk de relatie met de projectopdracht waaraan tijdens de cursus gewerkt wordt. Andersom wordt bij het uitwerken van de projectopdracht niet alleen praktisch gewerkt, maar ook teruggekeken naar de theorie. Er is tevens een debatmiddag gepland waarin onder andere de onafhankelijkheid van wetenschappers onderwerp van discussie is. Tijdens de cursus komen de volgende thema´s en vaardigheden aan de orde (afhankelijk van de projectopdracht): ─ opdrachtonderzoek en kennissamenleving, ─ wetenschappelijke advisering in een maatschappelijke context, ─ projectmatig werken in teams (interdisciplinair denken en samenwerken, indelen in fasen, taakverdeling, plannen, management), ─ probleemanalyse: vertalen van het maatschappelijk probleem naar wetenschappelijke probleemstellingen, ─ onderzoekscyclus, ─ projectplan maken, onderzoeksmethodologie, bronnenonderzoek (omgaan met verschillende bronnen, literatuurbeoordeling), ─ communicatieve vaardigheden (vergaderen, onderhandelen, argumenteren, interviewen, enquêteren), ─ wetenschappelijke resultaten vertalen naar maatschappelijke context, ─ rapporteren, doelgroepsgericht schrijven, presenteren (zowel mondeling als schriftelijk). Beoordeling Naast een groepscijfer (75%) krijg je een cijfer voor een persoonlijke eindopdracht (25%). Benodigdheden Onder voorbehoud het boek ‘Competent adviseren’ door Roel Grit en Marco Gerritsma, Uitgever: Noordhoff, ISBN 13: 9789001380045, verkrijgbaar bij Selexyz ~20 euro. Reader wordt uitgedeeld op de eerste dag van de cursus.

Meer informatie Neem contact op met de cursuscoordinator, meer informatie over het Kennispunt Bètawetenschappen op: www.science.uu.nl/kennispunt

118


PALEO-OCEANOGRAFIE (AW) Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11 (Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen) Coördinator:

dr. G.J. Reichart Aardwetenschappengebouw kamer W.216, tel.: 2535041 e-mail: [email protected]

Docenten:

prof.dr. G.J. de Lange, [email protected] dr. G.J. Reichart, [email protected]


GEO3-1318 7½ A

Ingangseisen De plaatsing wordt gedaan door Aardwetenschappen, niet door Biologie. Studiepad De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven van de bacheloropleiding Aardwetenschappen, faculteit Geowetenschappen. Aanbevolen zijn de niveau-2 cursussen Sedimentaire systemen (GEO2-1208, periode 3) en Mariene wetenschappen 1 (B-B2MSCI07, periode 1) en de niveau-3 cursussen Paleoklimatologie en Paleoecologie (GEO3-1329) en Mariene wetenschappen 2 (B-B3MSCI05). Leerdoelen Het doel van de cursus is om inzichten te verschaffen in grootschalige circulatie en chemie van de oceaan en van de verspreiding en diagenese van geochemische tracers. Deze inzichten zijn nodig om de klimatologische informatie die opgeslagen is in mariene sedimenten te kunnen lezen en te interpreteren. Inhoud Tijdens hoorcolleges komen de volgende onderwerpen aan de orde: oceaan circulatie, upwelling, verspreiding van geochemische tracers, diagenese en toepasbaarheid van tracers in het paleoceanografisch onderzoek (18 uur). In de laatste 6 uur gaan we in op het verband tussen koolstof cyclus, oceaan circulatie, en het klimaat over de laatste 70 miljoen jaar. Tijdens de practica werk je een 5tal probleemstellingen uit: ─ het verband tussen pCO2, oceaan temperatuur, en diepte van de CCD tijdens het Krijt, ─ reconstructie van de meridionale temperatuur gradiënt tijdens het Eoceen: de paradox van de warme polen en koele tropen, ─ effecten van sill-geometrie op residence time, zoutgehalte, en 18O van Middellandse Zee tijdens het laat Mioceen en het globale klimaat, ─ reconstructie van de glaciale thermohaline circulatie op basis van 18O metingen aan biogeen carbonaat in Florida Straat, ─ periodieke zuurstofloosheid in de diepe Middellandse Zee: ventilatie, productie of toch methaan?

119

Periode 3, cursussen niveau 3 Werkvormen (Werk)college en (computer)practicum Toetsing Eindresultaat: ─ alle wc-opgaven moeten afgetekend zijn. ─ 1 tussentoets die telt voor 20%. ─ de per computerpracticum uitgewerkte opdracht wordt beoordeeld; totaal 5 beoordelingen vormt 30%, ─ eindtoets: alle behandelde stof in practicum, wc en hc en ook de stof aangeboden via WebCT en readers. Het tentamen telt voor 50%. Elk der onderdelen > 5. Het toetsresultaat van practica blijft max. 6 mnd geldig. Studiemateriaal ─ "Earth's climate" van W.F.Ruddiman (ISBN 0716737418), 75 euro ─ practicumoefeningenboek, opdrachtenbundel ─ reader (2 stuks) ─ rekenmachine Nota Bene Meer gedetailleerde informatie betreffende werkvorm, toets en literatuur is te vinden in de studiewijzer (vanaf twee weken voor aanvang bij het facultair verkooppunt). Voor actuele roosters zie website studiepunt. http://www.geo.uu.nl/~onderw/roosters2008/geo3-1318 (is nog rooster van vorig jaar)

120


SEDIMENTATIE, FAUNA EN KLIMAAT (AW) Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11 (Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen) Coördinator/docent:

prof.dr. P.L. de Boer Aardwetenschappengebouw kamer N.304, tel.nr. 2535190 e-mail : [email protected]


GEO3-1319 7½ C

Aanmelding en plaatsing Via OSIRIS-student: op 29 oktober’09 nog niet bekend, waarschijnlijk vanaf 2 november ‘09 De plaatsing wordt gedaan door Aardwetenschappen, niet door Biologie. Studiepad De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven van de bacheloropleiding Aardwetenschappen, faculteit Geowetenschappen. Aanbevolen is de niveau-2 cursus Sedimentaire Systemen (GEO2-1208, periode 3) waarvan de opgedane kennis als bekent wordt verondersteld. Inhoud De cursus behandelt de genese van sediment en de wijze waarop op geologische tijdschalen sedimentaire bekkens worden gevuld. Hierbij krijgt de architectuur van de sedimentaire facies binnen dergelijke bekkens aandacht. Het scala van factoren dat hierbij een rol speelt wordt behandeld. Dat betreft onder meer biologische controle bij de productie van sediment zoals carbonaat, en ook de rol van biologische en andere factoren bij het genereren van sediment tijdens verwering. Transport en depositie van sediment komen aan de orde in de context van de opvulling van (ook door tektoniek veranderende) sedimentaire bekkens. Hierbij besteden we aandacht aan de rol van biota bij de depositie en stabilisatie van sediment, omgekeerd aan de rol die sedimentatie speelt bij het beïnvloeden van (mariene) ecosystemen en biodiversiteit. De externe factoren tektoniek, zeespiegel en klimaat komen prominent aan de orde. Korte inhoud: ─ sedimentproductie door verwering en biologische activiteit, ─ transport en opslag van sediment en de 3 D faciesverdeling in sedimentaire bekkens in de context van tektoniek, zeespiegel, klimaat en autocyclische factoren, ─ de impact van klastische sedimentatie op mariene ecosystemen, ─ Mariene sedimentatie onder verschillende klimaatcondities: impact van runoff en oceanografie, ─ reconstructie van de sedimentaire geschiedenis van het Noordzeebekken (practicum). Werkvormen Hoorcollege, werkcollege en en practicum

121

Periode 3, cursussen niveau 3 Toetsing Tentamen (50%), essay (25%), practicum (25%). Studiemateriaal ─ reader met case studies en opgaven, ─ by G. Nichols; Sedimentology and Stratigraphy, 2nd edition, 2009 (WileyBlackwell; ISBN 978-1-4051-3592-4) Nota Bene Meer gedetailleerde informatie betreffende werkvorm, toets en literatuur is te vinden in de studiewijzer (vanaf twee weken voor aanvang bij het facultair verkooppunt).

122

niveau 3 cursussen, periode 4

Periode 4, niveau 3 cursussen AQUATISCHE ECOLOGIE Aquatic Ecology Coördinator:

prof.dr. E. van Donk (Ellen) Palaeoecology (UU)/Landschapsecologie (UU)/Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW) Droevendaalsesteeg 10 6708 PB Wageningen e-mail: [email protected]

Docenten:

dr. E. Bakker (Liesbeth) dr. B. Ibelings (Bas) dr. W.M. Mooij (Wolf) dr. B.A. Nolet (Bart) Prof.dr. A. Lotter (Andy) dr. M. Dorenbosch (Martijn)

Cursuscode:

B-B3AQEC05


7½ B+C max. 14

Let op: De cursus wordt gegeven op Nederlands instituut voor Ecologie (NIOOKNAW) te Wageningen. Ingangseisen Alleen toegankelijk voor Biologiestudenten aan het eind van studiejaar 3. Studiepad De cursus is voor studenten met een experimenteel wetenschappelijke interesse en past binnen de studiepaden Dierwetenschappen, Plantenbiologie en Biogeologie. Leerdoelen ─ Kennis, inzicht, het kunnen opzetten en uitvoeren van een aquatisch ecologisch onderzoek. Vaardigheden ─ Je oefent in het opzetten, uitvoeren en afronden van een ecologisch onderzoek in al zijn facetten. ─ mondelinge presentaties (vóór en na het onderzoek), schrijven van een verslag in artikelvorm, ─ statistische verwerking van de onderzoeksresultaten. Inhoud In deze cursus krijg je een kijkje in de keuken van (aquatisch) onderzoek en de mogelijkheid om zelf een onderzoek in de vorm van een ministage op te zetten.

123

niveau 3 cursussen, periode 4 Voorts krijg je tijdens de cursus een introductie in de aquatisch-ecologische onderzoeken zoals deze op het Centrum voor Limnologie van het Nederlands Instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW) en op de Afdeling Palaeoecology (UU) worden uitgevoerd. Tijdens de cursus geven de onderzoekers van het Centrum regelmatig presentaties over hun eigen onderzoek. Je eigen onderzoek zal je (in groepjes van 2) veelal deels in het veld en deels in het laboratorium uitvoeren. Gedurende de eerste week van de cursus maak je kennis met het Centrum en de verschillende methoden en technieken die je bij het onderzoek ter beschikking staan. Dan kies je ook je onderzoeksopdracht. De tweede week gebruik je voor het schrijven van het onderzoeksplan en de presentatie en discussie hiervan. Daarna werk je aan je onderzoek en de verslaglegging. De afronding van je onderzoek vindt plaats in de laatste week van de cursus. Werkvormen Hoorcolleges, werkcolleges, zelfstudie, presentaties, onderzoeksproject. Toetsing Het eindcijfer bestaat uit: introductie en eindpresentatie (30%), wijze van uitvoering van en mate van inbreng in onderzoek (30%), eindverslag (40%). Voor elk van de onderdelen moet je minimaal een 5,5 halen. Studiemateriaal Geen studiemateriaal vooraf aan te schaffen

124


COGNITIE EN GEDRAG Cognition and behaviour Coördinator:

mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José) Onderzoeksgroep Gedragsbiologie Kruytgebouw, kamer O 210 tel.: 030-253 5435 e-mail: [email protected]

Docenten:

prof.dr. J.J. Bolhuis, [email protected] mw.dr. M.J.H.M. Duchateau dr. S.M. Reader, [email protected] mw.dr. E.H.M.Sterck, [email protected] dr. J. de Vries, [email protected]


B-B3CEG05 7½ A+D

Ingangseisen Inleiding in de Gedragsbiologie, cursus Toegepaste biostatistiek (1) of cursus van gelijkwaardig niveau. Studiepad De cursus is een kerncursus in het studiepad Gedragsbiologie, die aansluit bij de track Behavioural Neuroscience in de master Neuroscience & Cognition en bij het specialisatieprogramma in de master Environmental Biologie. Deze cursus is verplicht voor studenten die het specialisatieprogramma Behavioural Ecology in de master Environmental Biology willen gaan volgen. Leerdoelen Na afloop van deze cursus kun je: ─ de evolutie van socialiteit beschrijven en beredeneren, ─ de verschillende sociale strategieën beschrijven en de evolutionaire theorieën ervan verklaren, ─ de sociale mechanismen uitleggen, ─ de verschillende cognitieve capaciteiten van organismen uitleggen en ook de relatie leggen met het sociaal functioneren van organismen, ─ de evolutie van de hersenen en 'mind' uitleggen, ─ het verschil uitleggen tussen causale en functionele benadering, en tussen adaptieve specialisatie (modulariteit) en 'general process view'. Vaardigheden ─ Analyseren van primaire literatuur, ─ bedenken/synthese van wetenschappelijke methode voor een experiment op basis van literatuur, ─ empirische cyclus uitvoeren vanaf verzamelen van observationele data tot statistische toetsing, ─ schriftelijke rapportage (Nederlands en Engels): wetenschappelijk verslag, essay (in het Engels) met behulp van wetenschappelijk literatuur,

125

niveau 3 cursussen, periode 4 ─ inhoudelijke discussie voeren, ─ ethisch bewustzijn. Inhoud De cursus is een verdere verdieping van het gedeelte gedragsbiologie in de niveau 1 cursus Biologie van dieren en van niveau 2 cursus Gedragsbiologie. Het hoofdthema van de cursus is cognitieve mechanismen van sociaal gedrag. Organismen kunnen leven in eenvoudige, anonieme groepen tot complexe geïndividualiseerde gemeenschappen, met daaraan gerelateerd verschillende sociale strategieën. Het functioneren binnen sociale groepen vereist bepaalde cognitieve vaardigheden zoals eenvoudige herkenning tot 'theory of mind'. De verschillende cognitieve mechanismen die gerelateerd zijn aan groepsleven worden in de cursus behandeld. Als hoofdthema van het theoretische deel van de cursus komen de sociale cognitieve vaardigheden aan bod. Geheugenfuncties en hun neurale mechanismen zullen aan de hand van taal en vogelzang behandeld worden. Verder wordt ook sociaal leren (imitatie, emulatie; innovatie; culturele transmissie) behandeld. Er zal ingegaan worden op de verschillende sociale strategieën en de evolutionaire theorieën erover (game theoretische modellen, marketmodellen, optimalisatiemodellen; image scoring). Aanbod zullen komen de sociale mechanismen zoals zelforganisatie, en conflict en conflicthantering (dominantie; verzoening) en worden persoonlijkheden behandeld. Vervolgens zal cognitieve ethologie (intentie, deceptie, theory of mind, episodisch geheugen) behandeld worden en de evolutie van de 'mind', communicatie en taal. Het theoretische deel eindigt met een discussie naar aanleiding van een populair wetenschappelijk boek over cognitie bij dieren. De theorie wordt vervolgens getoetst middels een schriftelijk tentamen. Tijdens het praktische deel van de cursus doe je observationeel onderzoek aan Java-apen waarvan de observaties plaats vinden bij BPRC te Rijswijk (reiskosten zijn voor eigen rekening). Je doorloopt de onderzoekscyclus met vraagstelling, verzameling van observationele data en statistische toetsing, schriftelijke verslaglegging en presentatie. Verder zul je tijdens het praktische deel aan de hand een onderwerp met behulp van literatuur en eigen creatief denken een methode bedenken om een cognitieve capaciteit van een diersoort te onderzoeken. Hierover wordt een essay geschreven en een presentatie gegeven. Door de presentaties van je medestudenten maak je kennis met de verschillende onderzoeksmethoden voor het aantonen van cognitieve vaardigheden bij dieren. Werkvormen Colleges, werkcolleges en practica, verslag en essay. Toetsing Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht, ─ Het verslag van het practicum, de essay en de presentaties worden afzonderlijk beoordeeld, ─ De onderwerpen van de colleges en werkcolleges worden in een theoretische schriftelijke eindtoets getoetst.

126

niveau 3 cursussen, periode 4 Het eindcijfer van de cursus is het gemiddelde van de theoretische toets (50%), het practicum (20%), het essay (20%) en de presentaties (10%). Je krijgt alleen een eindcijfer als alle deelcijfers voldoende zijn. Studiemateriaal ─ De reader Cognitie en Gedrag die je aan het begin van de cursus kunt kopen. ─ Primaire literatuur Een populair-wetenschappelijke boek over hoe dieren denken (titel van boek momenteel nog onbekend)

127


GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE History and philosophy of biology Coördinator:

prof.dr. L.T.G. Theunissen Instituut voor Geschiedenis en Grondslagen der Natuurwetenschappen Wiskundegebouw, Budapestlaan 4 Kamer 316, tel.: 030-253 7218 e-mail: [email protected]

Docenten:

drs. L.C. Palm, [email protected] prof.dr. L.T.G. (Bert) Theunissen, [email protected]


B-B3GESB05 7½ A+D

Ingangseisen De leerstof, behandeld in de eerstejaarscursus ‘Evolutietheorie’ en haar historische en wetenschapsfilosofische achtergronden wordt bekend verondersteld. De cursus is alleen toegankelijk voor studenten in het derde studiejaar. Studiepad Deze cursus is van belang voor biologiestudenten met historische en wijsgerige belangstelling en voor alle studenten die overwegen een master te doen in History and Philosophy of Science, Historical and Comparative Studies of the Sciences and Humanties en Science Education and Communication, De cursus maakt onderdeel uit van de minor Geschiedenis en Filosofie van de Natuurwetenschappen. Leerdoelen In deze cursus leer je een kritisch beeld te vormen van de geschiedenis van de biologie en deze in een wetenschapsfilosofisch perspectief te plaatsen. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden in het uitvoeren van praktisch onderzoek en literatuurstudie en het presenteren van de resultaten in de vorm van een wetenschappelijk verslag. Aan het einde van de cursus kun je: ─ de belangrijkste historische ontwikkelingen in de negentiende en twintigste eeuw beschrijven die hebben geleid tot de moderne biologie, ─ enkele wetenschapsfilosofische achtergronden van biologische theorieën beschrijven en analyseren. Vaardigheden ─ Lezen en begrijpen wetenschapshistorische teksten en wetenschapsfilosofische teksten, ─ systematische benadering van problemen, ─ kritisch denken, wetenschappelijke discussie, reflexie, ─ mondelinge rapportage. Inhoud De cursus begint met de historische colleges. Deze vormen een zelfstandig

128

niveau 3 cursussen, periode 4 onderdeel en leveren tegelijkertijd het basismateriaal voor het filosofische deel. We behandelen de periode ca. 1800 - ca 2000 en concentreren ons op de ontwikkeling van de biologie tot een aparte natuurwetenschappelijke discipline. Centraal in dit proces staat de wisselwerking van twee onderzoekprogramma’s, respectievelijk gekenmerkt door een beschrijvende en een experimentele (causaal-analytische) aanpak. Onderwerpen die aan de orde komen zijn onder andere: ─ de rol van Kants Kritik der Urteilskraft bij het ontstaan van de teleomechanische onderzoeksrichting, ─ Cuvier en de formulering van het morfologische programma, ─ Darwins evolutietheorie als een eerste poging om de functionele en de morfologische invalshoek te verenigen, ─ de tegenstelling tussen ‘experimentalists’ en ‘naturalists’ rond 1900, ─ de opkomst van de synthetische evolutietheorie en het aandeel daarin van de verschillende biologische disciplines, en ─ de theoretische en methodologische grondslagen van de moleculaire biologie. Het wijsgerige deel van de cursus begint met een korte inleiding in de algemene wetenschapsfilosofie, toegelicht aan de hand van voorbeelden uit de geschiedenis van de biologie. Centraal staat de vraag naar de legitimiteit van de status die natuurwetenschap in onze maatschappij heeft: is het terecht dat we zoveel waarde hechten aan wat 'de wetenschap' beweert? Waarom wel/niet? Daarna gaan we in op de vraag naar het eigen karakter van de biologie. De manieren van theorievorming en de verklaringsprincipes in de biologie verschillen op het eerste gezicht nogal van die in de natuur- en scheikunde. Is dit een zwakte en zou biologie er naar moeten streven een ‘echte harde wetenschap’ te worden? Of heeft het te maken met het eigen karakter van het onderwerp van studie? Bijvoorbeeld met het specifieke karakter van het evolutieproces? Of met de complexiteit en organisatiegraad van het leven? Zowel in de historische als in de wijsgerige colleges confronteren we je met verschillende visies op diverse onderwerpen. Hiermee verwerf je inzicht in en oordeelsvermogen over de werkwijze van de wetenschapshistoricus en –filosoof.. Werkvormen Hoor- en werkcolleges Toetsing Tentamen historisch deel, 50%, tentamen wijsgerig deel, 50% Studiemateriaal ─ B. Theunissen/R.P.W. Visser, De wetten van het leven. Historische grondslagen van de biologie 1750-1950, ─ reader Filosofie van de biologie, ─ Ed Koster (red.) Wat is wetenschap? Een filosofische inleiding voor levenswetenschappers en medici.

129


IMMUNOBIOLOGIE Immunobiology Coördinator:

mw.dr. Can Kesmir, Onderzoeksgroep Theoretische Biologie en Bioinformatica Kruytgebouw, kamer Z527, tel: 253 4212, Email: [email protected]

Docenten:

prof. Ronald Bontrop (Biomedical Primate Research Center, Rijswijk en Theoretische Biologie UU), [email protected] prof. Hans de Haard (arGEN-X BV & Molecular Cell Biology UU), [email protected] prof. R.J. de Boer (Theoretische Biologie en Bioinformatica UU), [email protected]


B-B3IMMB09 7½ A+D

Ingangseisen Basiskennis Moleculaire biologie (jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie of vergelijkbaar) aangevuld met één van de niveau 2 cursussen Ontwikkelingsbiologie of Moleculaire genetica (of een vergelijkbare cursus). Studiepad De cursus past uitstekend in de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit. Leerdoelen De cursus heeft twee hoofddoelen: ─ inzicht te verschaffen in de functie van het immuunsysteem, ─ kennismaken met het gebruik van wiskundige modellen en bioinformatica in immunologisch onderzoek. Daarnaast: ─ het verkrijgen van kennis en inzicht in het immuunsystem van verschillende dieren, Vaardigheden ─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen van gerelateerde informatie uit ander informatiebronnen, ─ het kunnen samenvatten en presenteren van complexe beschrijvingen van immune systemen en hun werking en regulatie, ─ het gebruik van basis bioinformatica en wiskundige modellen, ─ databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over genen en genomen voor immunologisch onderzoek. Inhoud Het immuunsysteem omvat aangeboren en verworven defensiemechanismen tegen (pathogene) micro-organismen. Het eerste deel van de cursus brengt je begrip van het immuunsystem op een

130

niveau 3 cursussen, periode 4 basisniveau. In de vorm van hoorcolleges krijg je stapsgewijs inzicht in de opbouw en de wijze van functioneren van het menselijk afweersysteem. Het immunesysteem kenmerkt zich door zijn grote diversiteit. Dit aspect vormt het centrale thema in de cursus. De immunologische processen en mechanismen die leiden tot een adequate afweer tegen bacterien en virussen krijgen de meeste aandacht. Je leert bijvoorbeeld de structuur van antistoffen kennen en de basis van antistof-variabiliteit, effector-functies van antistoffen, functies van lymfocyten, antigeen-presenterende cellen en de functie van eiwitten van het major histocompatibiliteits complex, en immunologische tolerantie. Tijdens cursus is er ook een practicum. Uit faag display bibliotheken van antistoffragmenten worden doorgaans verschillende collecties fragmenten geselecteerd tegen verschillende target antigenen. In het practicum zullen de antistof genen worden bekeken die na een enkele selectieronde op een antigeen verkregen worden. Je kijkt daarbij naar de diversiteit en het gebruik van verschillende kiemlijnsegmenten. Gedurende de cursus leer je hoe je wiskundige modellen en bioinformatica kunt gebruiken in immunologisch onderzoek. Je leert wiskundige modellen begrijpen en analyseren en je leert om met basis bioinformaticamethoden te voorspelen welke stukken van een virus of bacterie het meest immunogeen zijn. Werkvormen Hoor- en werkcollege (pen en paper of computer), practicum. WebCT-Vista is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus nodige informatie, en de opdrachten. Toetsing Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. De hoorcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door een schriftelijke toets (60%), en twee schriftelijke rapporten over practicum en werkcolleges (40%). Studiemateriaal ─ Boek: The immune system, by Peter Parham, third edition, 2009, Garland Science, (het boek is verplicht bij de cursus), ─ Dictaat voor het theoretische deel, ─ Artikelen van primaire literatuur (te downloaden van cursus webpagina: theory.bio.uu.nl/immbio).

131


VELDWERK 2 - PYRENEEËN (AW) Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11 (Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen 2008-09) Coördinator/docent:

dr. G.J. Reichart Aardwetenschappengebouw kamer W.216, tel. 253 5041 e-mail : [email protected]


GEO3-1213 en GEO3-1216 7,5 of 15 (naar keuze) geen, heel periode 4

Cursus GEO3-1213 is het veldwerk voor de richting Biogeologie, omvang is 7,5 ects. Daarnaast is er nog een mogelijkheid om het veldwerk uit te breiden met een project omvang 7,5 stp (ects). De code voor dat project is GEO3-1216. In totaal ontstaat er op die wijze een veldwerk + plus project, samen 15 stp. Ingangseisen - Behalen van de tussentoetsen van de niveau-2 cursussen Evolutie en Ecologie (GEO2-1215) én Sedimentaire Systemen (GEO2-1208), - tenminste 75 majorgebonden studiepunten hebben behaald, waaronder Toegepaste Biostatistiek 1 (opleiding Biologie) hebben behaald. Aanmelding Bij Aardwetenschappen via OSIRIS-student. Studiepad De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven van de Bacheloropleiding Aardwetenschappen, Faculteit Geowetenschappen. Leerdoelen en vaardigheden Het "hands-on" aanleren van inzicht in een grootschalige orogeen systeem en het daarmee samenhangende voorlandbekken, en van de wijze waarop zo'n inzicht met doelgerichte observaties wordt onderbouwd. Het gericht bijbrengen van vaardigheden in zelfstandige aardwetenschappelijke data acquisitie, met in deze veldcursus nadruk op het verzamelen van adequate gegevens, het uitwerken van die gegevens, en het rapporteren hierover. Inhoud Het aanleren van inzicht in een grootschalige orogeen systeem en het daarmee samenhangende foreland bekken, en de wijze waarop inzicht in een dergelijk systeem met doelgerichte observaties wordt onderbouwd. Daarnaast inzicht in de biogeologische aspecten van een dergelijk groot sedimentair systeem, inclusief de relatie tussen de ondergrond en moderne landschappen en biota. Het gericht bijbrengen van vaardigheden in zelfstandige aardwetenschappelijke data acquisitie, het uitwerken van die gegevens, en het rapporteren hierover. Voorbereiding veldwerk (1 week): In een blokcursus van een week komen een aantal aspecten aan de orde van belang voor het algemeen begrip van de

132

niveau 3 cursussen, periode 4 geologie van de Pyreneeën zowel als voor het succesvol verrichten van verschillende veldoefeningen. Het blok begint met een inleidend college over de structuur van de Pyreneeën, gevolgd een aantal praktische oefeningen in sedimentaire faciesanalyse. Veldwerk (3 weken): Een 2-tal maximaal begeleide veldoefeningen van ieder een week zijn gericht op het aanleren van faciesanalyse, paleoecologie en interpretatie van fossiele gemeenschappen, in samenhang met een driedimensioneel inzicht in bekkenopvullingen. Iedere oefening wordt afgesloten met een rapportage, die in het veld wordt nagekeken, beoordeeld en met feedback wordt teruggegeven. Het veldproject wordt besloten met een semionafhankelijke karteeroefening van 1 week waarin zoveel mogelijk van al het aangeleerde zelfstandig moet worden toegepast. Hierover moet later uitgebreid worden gerapporteerd. Verslag over dit veldwerk dient ingeleverd te zijn voor 1 september van het betrokken jaar. Werkvormen Voorbereiding veldwerk, veldwerk, rapportage veldwerk. Toetsing Schriftelijke rapportage, in het veld geschiedt toetsing door middel van een productrapportage over elk van de vier veldoefeningen die in het veld wordt nagekeken, besproken en beoordeeld. Het gemiddelde van de vier beoordelingen leidt tot een veldcijfer. Het eindcijfer voor het veldwerk wordt bepaald aan de hand van dit gemiddelde veldcijfer en het cijfer voor het thuis vervaardigde veldverslag, waarbij het veldcijfer voor 75% en het verslag voor 25% aan het eindcijfer bijdraagt. Studiemateriaal Dictaat: Veldgids voor Pyreneeën veldwerk. Deelnemers krijgen tijdig uitvoerige informatie over noodzakelijke dan wel nuttige velduitrusting. Nota Bene Meer gedetailleerde informatie betreffende werkvorm, toets en literatuur is te vinden in de studiewijzer (vanaf twee weken voor aanvang bij het facultair verkooppunt).

133

STUDIEGIDS. Bacheloropleiding. jaar 2 en 3. Studiejaar Bijgewerkt op 27 augustus Universiteit Utrecht Departement Biologie

Recommend Documents