STRUČNÝ NÁVOD K POUŽÍVÁNÍ DATABÁZE ( UŽIVATEL – STUDENT )
M. Člupek, V. Borek a P. Matějka
Verze 3 – září 2006
Obsah 1. Úvod.......................................................................................................................2 2. Přihlášení se do systému: .......................................................................................3 3. Úvodní obrazovka..................................................................................................4 4. Práce s vyhledanými záznamy:..............................................................................6 5. Uložení dat z databáze pro lokální použití.............................................................8 6. Ukončení práce s portálem.....................................................................................8 7. Princip funkce a nastavování „agentů“ pro ukládání dat .......................................9 1. Úvod QDIS/R AWM je elektronický databázový systém pro ukládání, evidenci a práci s analytickými daty (Analytical Workflow Manager). Databáze funguje pod běžným operačním systémem (Windows) na podkladě databázového systému ORACLE a umožňuje uživateli vkládat, jak manuálně, tak především automatizovaně naměřená data a později tato data doplňovat o další informace, prohlížet a zpracovávat. Pro procesy zatížené systémem jakosti je systém QDIS/R uzpůsoben pro práci podle standardu 21 CFR 11. Výhodou celého systému je snadná dostupnost uložených dat v databázi z kteréhokoliv nakonfigurovaného počítače přes webové rozhraní. Rozhraní umožňuje pomocí využití webového prohlížeče Internet Explorer a JAVA skriptů zobrazit soubory uložené v databázi i na počítači, na kterém není pro daný typ souborů nainstalována žádná lokální aplikační podpora - uživatelský software (například je možné prohlížet si spektra vložená do databáze z programu OMNIC, aniž bychom měli nainstalovaný OMNIC). Toho je dosaženo tím, že automatizované nahrávání („upload“) do databázového systému QDIS/R AWM umožňuje ukládat kromě originálních dat i během procesu nahrávání zkonvertovaná data do univerzálního spektroskopického formátu JCAMP-DX. Data do databáze je možno nahrávat manuálně z webového rozhraní (jednotlivé soubory), nebo automatizovaně bezprostředně po naměření dat pomocí propracovaného systému flexibilně konfigurovatelných agentů, kdy lze bez zásahu uživatele uložit rozsáhlé sady různých typů analytických dat. Nahraná data je možné po čase v databázi vyhledat, zobrazit, podle přístupových práv případně doplnit o další průvodní informace, či je z této databáze uložit („download“) na libovolný lokální počítač a dále zpracovat v jiném softwaru. Data uložená v jednom elektronickém záznamu mohou být postupně rozšiřována o mnohé další datové údaje nejrůznějšího typu v odlišných souborových formátech (např. protokol o měření – MS Word dokument, bezpečnostní list analyzované látky – PDF dokument a samozřejmě zpracovaná (pozměněná) data – JCAMP-DX), a to až do okamžiku elektronického podpisu celého daného číselně shodně označeného elektronického záznamu („order“). (Systém podporuje více než 150 formátů vstupních dokumentů.) Cílem tohoto návodu je stručně seznámit se základními funkcemi portálu QDIS/R AWM, usnadnit první kroky v pracovním prostředí webové aplikace, poskytnout základní náhled na elektronické databázové managery s agenty pro sběr dat a podnítit tak uživatelský zájem o jejich využití v analytické laboratoři.
2
2. Přihlášení se do systému: Po zadání adresy webového serveru (http://147.33.64.102:8180/rweb), resp. využití položky („Q-DIS login“) v seznamu oblíbených položek internetového prohlížeče Internet Explorer se ve vlastním okně prohlížeče objeví přihlašovací obrazovka s volbou komunikačního jazyka.
Po vyplnění přihlašovacích údajů a výběru odpovídajícího jazyka se přihlásíte stiskem tlačítka „LOGIN“. PŘIHLAŠOVACÍ ÚDAJE – uživatel STUDENT User Id: student Password: student Language: English Pokud bylo vaše přihlášení úspěšné, vstoupili jste nyní na základní obrazovku portálu AWM. Na tuto obrazovku se dostanete zpět z kterékoliv pozice v systému AWM stiskem tlačítka HOME v horní tlačítkové liště této aplikace. (Pozor, během celého používání portálu QDIS/R nelze používat tlačítka „Domů“, „Zpět“ a „Vpřed“ v liště prohlížeče !)
3
3. Úvodní obrazovka Úvodní obrazovka portálu AWM je především základním vyhledávacím rozhraním s rozsáhlým počtem různých variant vyhledávání. Skládá se z dále uvedených a podrobněji popsaných částí. a. Horní tlačítková lišta: Kromě již zmíněného tlačítka HOME jsou v této části obrazovky k dispozici i tlačítka HELP a LOGOUT. Tlačítko HELP slouží pro přístup ke kompletní nápovědě celého portálu v anglickém jazyce, tlačítko LOGOUT pak k odhlášení z portálu (ukončení práce). Tlačítko ORDER REQUEST slouží k zadávání požadavků pro obsluhu měřících přístrojů (ve výukové verzi není tato funkce aktivní). Zbývající tlačítko CHANGE PASSWORD nepoužívejte !!! Přes řadu možností nastavení zabezpečení systému, nelze funkci tohoto tlačítka zablokovat. Změnou hesla byste přidělali práci administrátorovi a především svým kolegům byste znemožnili další přihlášení. b. Střední lišta:
Ve střední liště lze provádět plno-textové vyhledávání (Full Text Search) podle zadaného textového řetězce, nebo případně omezit vyhledávání podle specifického času (Time) (například pouze na včera (Yesterday) uložená data) nebo podle požadovaného typu výstupu (Result) (například spektra (spectra)). Při fulltextovém způsobu vyhledávání je třeba použít znak *(hvězdička) před i za vyhledávaným
4
řetězcem (Jedině tímto způsobem řeknete programu, že text může být i uprostřed slova). c. Spodní část obrazovky:
Tato část slouží k zadávání vyhledávání podle řady předdefinovaných parametrů. Hlavním parametrem je laboratoř (Laboratory), které záznam náleží. Dále je pak praktické vyhledávat podle data uložení záznamu do databáze či podle data zaznamenání původních souborů analytických dat (např. spekter) a některých dalších předdefinovaných parametrů (položky General metadata a Method specific metadata). Hodnotu parametru můžete vyplnit ručně (nezapomeňte na hvězdičky u neúplného údaje), případně po stisknutí ikonky „LUPA“ vybrat hodnotu z následně nabídnutého seznamu. Seznam hodnot parametrů můžete obnovit stisknutím tlačítka SEARCH při prázdných specifikačních polích (zobrazena pouze hvězdička), nebo naopak omezit pokud zadáte další parametr po předchozí vybrané specifikaci. Čím více parametrů bude zadáno, tím specifičtější bude vyhledávání, a tím méně záznamů se výsledně zobrazí. Pro názornost si uveďme příklad seznamu hodnot pro parametr Result (typ výsledku). Seznam hodnot parametru „Result“ (typ výsledku):
Možnosti vyhledávání si vyzkoušejte podle níže uvedených úkolů.
5
1) Porovnejte výsledky hledání infračervených spekter (RESULT = IR spectrum) bez dalších parametrů a s omezením pouze na JCAMPový formát (RESULT FORMAT = JCAMP). 2) Proveďte nové hledání, ale omezte výstup pouze na data naměřená v minulém týdnu. 4. Práce s vyhledanými záznamy: Podle volby vyhledávacích parametrů se jim odpovídající data zobrazí v okně výsledků hledání (Search Result) ve formě tabulky (výřez je níže uveden), v níž jsou uvedeny základní popisy nalezených dat.
Pro zobrazení dalších specifických parametrů pro každý elektronický záznam resp. jeho dílčí položku je možno kliknout na ikonku diskety s lupou. Vedle této ikonky je modrá ikonka, která aktivuje vnitřní prohlížeč a zobrazí v novém okně příslušné spektrum. V tomto okně lze využít lupu pro zobrazení detailů spektra a pomocí kurzorového kříže lze odečítat polohy a intenzity maxim pásů. Další funkce vnitřního prohlížeče jsou přístupné pomocí v horní části okna zobrazených tlačítek či pomocí kliknutí pravým tlačítkem myši do okna prohlížeče. Kliknutím na tlačítko OPEN NOTES lze otevřít další okno, ve kterém jsou zobrazeny další průvodní informace – typ spektra, typ spektrometru, rozsah vlnových délek či vlnočtů, rozlišení atd. (Pozn. Vnitřní prohlížeč vyžaduje JAVA podporu a je funkční jen pro vybrané formáty spektrálních dat, např. JCAMP-DX. Pokud se nedaří aktivace vnitřního prohlížeče, systém nabízí volbu pro stažení a uložení dat na lokální počítač a jejich zobrazení pomocí vhodného lokálně instalovaného softwaru.)
6
Dále si všimněte, že obě zobrazené řádky v výše uvedeném přehledu výsledků vyhledávání mají shodné číslo v položce „Order No“. Obě tedy náleží jednomu elektronickému záznamu. Ikonka otevřeného CD boxu v levém sloupci tabulky přepne zobrazení pouze do daného elektronického záznamu . V jednom záznamu může být pohromadě několik dokumentů, například původní spektrum, komentář ve formě textového dokumentu, dokumentu ve formátu MS Word, identifikační list dané látky a další užitečné přílohy (obrázky, strukturní vzorce atd.). Příklad elektronického záznamu ukazuje následující obrázek. Souhrnné informace o daném elektronickém záznamu („Order Overview“) lze zobrazit kliknutím na tlačítko REPORT. Stisknutím tlačítka AUDIT TRAIL lze zobrazit historii změn daného elektronického záznamu či všech nedávných změn v dané laboratoři.
Kliknutím na ikonku diskety se otevře okno s dalšími informacemi o daném elektronickém záznamu („Order Entry Details“). Tlačítkem BACK se vrátit k přehledu o daném elektronickém záznamu („Order Overview“).
7
Dokud není záznam elektronicky podepsán (kolonka „Signed by“), je možné podle nastavení práv uživatele do něho doplňovat informace pomocí tlačítka UPLOAD (student není oprávněn změnit data). V případě, že je elektronický záznam již kompletní, je možno tento elektronicky podepsat a zapečetit (použije se tlačítko SIGN) (uživatel student nemá oprávnění elektronického podpisu). V podepsaném záznamu již nelze provádět žádné změny. 5. Uložení dat z databáze pro lokální použití Kromě prohlížení dat je možné tato stáhnout z databáze na lokální počítač a zpracovat v jiném programu (např. OMNIC, OPUS, Inspector). Stažení souboru se provádí tlačítkem „Download“. Po stisknutí tohoto tlačítka se zahájí stahování všech dat vybraných zaškrtnutím ve sloupci „Select“. Stahování souborů je možné směrovat přes toto standardní rozhranní
do interaktivně volitelných adresářů, nebo případně do původních adresářů přes tlačítko „Download To Original Location“. 6. Ukončení práce s portálem Pro ukončení práce s portálem vždy používejte tlačítko LOGOUT v horní tlačítkové liště. 8
7. Princip funkce a nastavování „agentů“ pro ukládání dat Důležitou součástí systému Q-DIS/R jsou AGENTS instalovaní na počítačích, které slouží ke sběru dat z jednotlivých měřicích přístrojů. Konfigurace těchto „agentů“ není uživateli „student“ dovolena, takže může být prakticky demonstrována vyučujícím laboratorní práce. Pro základní představu jsou níže uvedeny základní kroky nutné pro konfiguraci „agentů“. Prvním krokem je zadání uživatelského jména a hesla.
Poté se zobrazí přehled „agentů“ dostupných pro danou IP adresu počítače.
V nabídce „Setup“ je pak třeba vybrat položku „Instrument administration“, kterou se otevře okno se všemi dostupnými „agenty“.
9
Po výběru jednotlivého „agenta“ ze seznamu lze pro něj editovat seznam IP adres pomocí tlačítek v oblasti okna nadepsané „Available on“. Pro vlastní nastavení „agenta“ je třeba detailně projít celou řadu položek ve dvou dalších oknech: „Interface Configuration“ a „Interface Setup“.
10
Precizní nastavení všech parametrů je velmi pracné a není předmětem tohoto návodu. Zvolené nastavení je pak třeba důkladně otestovat v testovacím režimu, kdy „agent“ provádí všechny operace kromě definitivního uložení dat do databáze. Ze zaznamenávaného výpisu o činnosti „agenta“ a soupisu chyb je třeba krok za krokem odladit konfiguraci „agenta“. Poté lze teprve potvrdit („approve“) celé nastavení a vrátit se do okna „Instrument agents“, kde se spustí činnost agenta pomocí zelené šipky. Kliknutím na ikonu monitoru lze pak průběžně on-line sledovat činnost agenta včetně kontrolních či chybových hlášení. Pozastavení činnosti agenta je možné pomocí červeného křížku. Vhodné je následně zkontrolovat data uložená v databázi a případně se vrátit zpět ke konfiguraci (modifikaci) agenta.
11
