Op weg naar snelheid in het lab, door herinrichting, high throughput, biobanking en tracing. Neurogenetics Unit, UMCUtrecht. P

Op weg naar snelheid in het lab, door herinrichting, high throughput, biobanking en tracing. Neurogenetics Unit, UMCUtrecht. P.Sodaar

Problemen: Eigen laden onderzoekers Losse excel bestanden . Codering samples Mutaties samples doorvoeren University Medical Center Utrecht

Vragen: Wat moet bewaard blijven? Wie heeft de samples gebruikt, hoe vaak is het ontdooid en wat is het rest volume? Is er een goede anonieme codering en blind voor onderzoeker? . Welk cohort is gebruikt? Waar blijven de meetgegevens na vertrek van de onderzoekers?

Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken. Neurogenetics Unit, UMCUtrecht. P.Sodaar

De Ambitie:

. .

University Medical Center Utrecht


. .



De Ambitie:

. .



De Ambitie de krachten bundelen van UMC speerpunten ALS en SCZ:

37700

Genetisch onderzoek bij patiënten en controles ALS : 14500 patiënten en controles SCZ : 37700 patiënten en controles Stroke: 5800 patiënten en controles

Totale workload 58000 DNA samples . .



Overzicht houden is een noodzaak:

Al verzamelde samples en oude benamingen geen barcodering Nieuwe samples afname registratie aanpassen Opslagsystemen vriezers en koelkasten, wat komt erin en wat gaat eruit Over meerdere locaties verdeeld: diverse labs en biobank Dbases en losse excel sheets gebruikers

. .



Overzicht en methodieken:

LIMS alle klinische en lab data in 1 systeem ivm cohort selectie Track and trace barcodering van afname tot assay resultaten Alles heeft een unieke patiëntcode gekregen en een studienummer De samples en de opbergsystemen zijn inclusief indeling in het LIMS te vinden Werklijsten zijn alleen uit LIMS te creëren Koppeling gebruiker met samples en geproduceerde data.

. .



. .


Op weg naar snelheid en baanbrekend beter maken. Neurogenetics Unit, UMCUtrecht.

De uitdagingen: Simple en complexe genetica (NGS etc.) Grote aantallen goed gekarakteriseerde populatie verzamelen. Biobanking track en trace. LIMS systeem NGS, qPCR, Bioinformatica

. .



De workflow benodigdheden: LIMS software Barcodereaders Barcodeprinters 96 well format opslagsysteem Robot voor: - Reformating van buizen naar platen - Plate 96 well fragment analyzer - Normalisatie DNA conc 96 well plate - Distributie naar 96 of 384 well assay - NGS platform (illumina) Meetinstrumenten . University Medical Center Utrecht

.


De workflow benodigdheden: LIMS software Barcodereaders en Barcodeprinters Vriezers en koelkasten 96 well format opslagsysteem Robot voor: - Reformating van buizen naar platen - Plate voor 96 well fragment analyzer - Normalisatie DNA conc 96 well plate - Distributie naar 96 of 384 well assay Meetinstrumenten .


- EUROMOTOR http://www.euromotorproject.eu/ - Het vastleggen van pedigrees, klinische vragenlijsten, MRI en klinische data - LIMS systeem voor projecten, samples posities en assay platen - Gebruiker registratie . - JCI accreditatie


De workflow benodigdheden: LIMS software Barcodereaders en Barcodeprinters Vriezers en koelkasten 96 well format opslagsysteem Opslag: - Inpassen in bestaande indeling vriezer - Indeling basis voor alle assay ’s - Communicatie met LIMS - Labelsysteem van samples ilabel vial printer, Brady labelprinter, Honeywell 1900 en Dolphin 6100 scanners . .



De workflow benodigdheden: LIMS software Barcodereaders en Barcodeprinters Vriezers en koelkasten 96 well format opslagsysteem, 50% meer ruimte 6 platen ipv 4 dozen. Opslag: - Inpassen in bestaande indeling vriezer - Indeling basis voor alle assay’s - Communicatie met LIMS - Labelsysteem van samples Panasonic vriezer met indeling, . FLUIDX 96 well racks extern schroefdraad Labinco LD76 rotary mixer University Medical Center Utrecht

.


De workflow benodigdheden: LIMS software Barcodereaders en Barcodeprinters Vriezers en koelkasten 96 well format opslagsysteem Robot Hardware: - Decapper - 1D en 2D barcodereader - Pipetteer station Hamilton Starlet robot met gecombineerde 2D reader (de-)capper . .



De workflow benodigdheden: Robot Hardware bepalen: - Gripper of iswap - Autoload of niet - Fluid level detect geleiding of druk - Liquid classes (viscous , alcohol etc.) - Kruiscontaminatie -

Meedenken met lab en protocollen Servicecontracten Samenwerking met illumina Erg veel randapparaten en ervaring met andere toepassingen. . .



. .



. .


Op weg naar snelheid in het lab, door herinrichting, high throughput, biobanking en tracing. Neurogenetics Unit, UMCUtrecht. P

Recommend Documents