Moleculaire diagnostiek intestinale parasieten

Moleculaire diagnostiek intestinale parasieten

Rondzendingen SKML-parasitologie - 4x per jaar rondzending t.b.v. detectie darm en bloedparasieten - 2 feces- en 2 bloedmonsters (gefixeerd materiaal)

Theo Schuurs, moleculair bioloog

- 92 participerende laboratoria (2011)

Lid namens WMDI / NVMM

> 79 beide panels > 9 alleen bloed- , 4 alleen feces-panel

Izore, Centrum Infectieziekten Friesland, Leeuwarden

- materiaal niet geschikt voor moleculaire diagnostiek (Mdx) - 2011-2012: pilotfase fecesmonsters (E en F) voor Mdx

Stichting Kwaliteitsbewaking Medische Laboratoriumdiagnostiek


Sectie Parasitologie


Aanbieders kwaliteitsrondzendingen (tot voor kort)

2013.1: Introductie fecespanel geschikt voor Mdx Doel: testen kwaliteit moleculaire diagnostiek darmparasieten

parasieten p

gefixeerd g

- UK NEQAS

ja

ja

- QCMD

nee

-

- Instand

nee

-

- SKML-para

ja

ja

Voorwaarden: - pathogeen in feces > geen gevriesdroogd materiaal > geen DNA > niet gefixeerd - kwalitatief hoogwaardig: reproduceerbaar, homogene en stabiele feces-monsters - uitdagende loads - resultaten deelnemers koppelen aan gebruikte methoden





Polymerase Chain Reaction (PCR)

PCR





A

PCR

A

B

Ct=28

B

Ct=31.3

Lage Ct = veel target aanwezig = “hoge load” Stichting Kwaliteitsbewaking Medische Laboratoriumdiagnostiek




Hoge Ct = weinig target aanwezig = “lage load”

Kwaliteitscontrole: Documentatie Workflow monsters moleculair panel (SKML-parasitologie)

Routine monster afkomstig ref. lab (t=-18 tot -9d)

Vervaardigen rondzending (t=-9d)

Rondzending feces PCR SKML 3e en 4e rondzending 2012 Nummer Materiaal Hoeveelheid Aangeleverd door Klinische gegevens Datum bereiding Vries dooi cyclus Verzonden naar ref. lab PIN Datum 1e bevinding Uitslag Microscopie Uitslag PCR CT-waarde

Rondsturen panel (t=0)

Uitgevoerd door: Datum 5-plo Uitslag 5-plo

Uitslag PCR

HZH/Erasmus

FMB-24 feces PBS Haarlem

16-7-2012 Nee 17-7-2012

26-7-2012 Nee 31-7-2012

24-10-2012

24-10-2012 24-10-2012

24-10-2012

10-7-2012 GL 19,1

CR CR onb

CR 31,7 HZH/EMC

EH EH onb HZH/EMC

HZH/EMC

27,6 27,7 27,9 27,4 28,2

33,6 34,0 34,5 34,1 34,6

34,6 34,0 35,6 34,4 34,1

36,7 37,3 37,3 36,9 36,4

27,8 0,30

34,2 0,40

34,5 0,64

36,9 0,39

CR 31,8 2,4 34,2 28,5

CR 28,6 5,01 34,5 20,2

EH 33,2 3,07 37,0 28,4

GL 24,9 2,48 27,8 21,1

Geschikt voor rondzending Opmerking Nummer rondzending Datum rondzending Casus Verdiepingsvragen Aantal deelnemers Aantal inzendingen op target % Aantal correct % CT-waarde gem SD. CT-waarde max. CT-waarde min. Stichting Kwaliteitsbewaking Medische Laboratoriumdiagnostiek

FMB-23 feces PBS

Izore

GL

Uitslag ref. lab Gem. SD. CT-waarde max. CT-waarde min.

Test 5-plo (t=-2d)

FMB-20 feces PBS

Izore

HZH/EMC 25-jul

Gem. SD.

Test ref. labs (t=-2d)

FMB-17 feces PBS 1:3

Overige bevindingen, al dan niet in combinatie

ja

ja

ja

ja

2012-3F

2012-3E

2012.4.E 13-11-2012 2012.4 2012.4

2012.4.F 13-11-2012 2012.4 2012.4

89 34 38% 30 88,2% 27,7 3,2 37 21

89 33 37% 29 87,9% 32,3 2,8 40 27

88 32 36% 32 100% 29,3 2,9 38 25

88 34 39% 33 97,1% 34,5 2,9 41 31

CR

GL

neg


Kwaliteitscontrole: Documentatie

Overzicht 2012 (pilot jaar)

Rondzending feces PCR SKML 3e en 4e rondzending 2012 Nummer Materiaal Hoeveelheid Aangeleverd door Klinische gegevens Datum bereiding Vries dooi cyclus Verzonden naar ref. lab PIN Datum 1e bevinding Uitslag Microscopie Uitslag PCR CT-waarde Uitgevoerd door: Datum 5-plo Uitslag 5-plo

Gem. SD. Uitslag PCR Uitslag ref. lab Gem. SD. CT-waarde max. CT-waarde min. Stichting Kwaliteitsbewaking Medische Laboratoriumdiagnostiek


Geschikt voor rondzending Opmerking Nummer rondzending

FMB-17 feces PBS 1:3

FMB-20 feces PBS

FMB-23 feces PBS

FMBfeces P

Izore

Izore

HZH/Erasmus

Haarle

16-7-2012 Nee 17-7-2012

26-7-2012 Nee 31-7-2012

24-10-2012

24-10-2

24-10-2012

24-10-2

parasiet

n (correct)

n (totaal)

Ct/Cp

opmerkingen

2012.1E 2012.1F

G. lamblia E. histolytica G. lamblia

26 13 8

-

26 37 38

2012.2E 2012.2F

negatief D. fragilis

22 24

-

32

B.hominis (n=9) B.hominis (n=9) S. stercoralis (n=1)

2012.3E 2012.3F

Crypto. spp. G. lamblia

29 31

33 34

32 28

neg (n=1); Giardia (n=3) Crypto. spp. (n=3)

2012.4E 2012.4F

Crypto. spp. E. histolytica

34 33

35 34

29 35

neg (n=1) neg (n=1)

10-7-2012 GL 19,1

CR CR onb

CR 31,7 HZH/EMC 25-jul

EH EH onb HZH/EMC

HZH/EMC

HZH/E

27,6 27,7 27,9 27,4 28,2

33,6 34,0 34,5 34,1 34,6

34,6 34,0 35,6 34,4 34,1

36,7 37,3 37,3 36,9 36,4

27,8 0,30

34,2 0,40

34,5 0,64

36,9 0,39

CR 31,8 2,4 34,2 28,5

CR 28,6 5,01 34,5 20,2

EH 33,2 3,07 37,0 28,4

GL GL 24,9 2,48 27,8 21,1 ja 2012-3F

ja 2012-3E

ja 2012.4.E

ja 2012.



8

Ct/Cp-waarden deelnemers

6 5 4 3 2

6 5

3 2 1

0

0 28

29

30

31

32

33

34

35

36

37

38

39

e negatief

4

1 27

2012-3E Cryptosporidium spp.

7

aantal laboratoria

aantal laboratoria

8



7

40

d c 27

28

29

30

31

Ct/Cp-waarden




8

6 5

e negatief

4 3

d

1

c

0 27

28

29

30

31

32

33

34

35

36

a

b 37

38

39

40

36

37

38

6 5

e negatief

4 3 2

d

1

a

b

c

0 39

40

27

28

29

30

31

32

33

34

35

36

a

b 37

38

39

40

Ct/Cp-waarden

7


2012-4F Entamoeba histolytica

6

aantal laboratoria

5

aantal laboratoria

35


Ct/Cp-waarden

6

34

7

aantal laboratoria

aantal laboratoria

8



7

2

33

Ct/Cp-waarden



32

4 3

c negatief

2 1

e

d

b

32

33

5 4

2 1

a

0

cc negatief

3

e

d

a

b

0 25

26

27

28

29

30

31

34

35

36

37

38

31

Ct/Cp-waarde

32

33

34

35

36

37

Ct/Cp-waarden





38

39

40

41

Verdiepingsvragen: Gebruikte apparatuur/methoden

Wat betreft de targets:

Gebruikte apparatuur: 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9.

Biomerieux (easyMag) Biomerieux (easyMag) Biomerieux (easyMag) Biomerieux (easyMag) Qiagen (QIA symphony) Qiagen (man. Stool kit) Roche (Magnapure) Roche (Magnapure) Roche (Magnapure)

Verdiepingsvragen: Gebruikte apparatuur/methoden

+ Applied Biosystem (ABI 7500) + Roche (Lightcycler) + Stratagene (MX3000) + Biorad (CFX) + RoterGene + Cepheid (Smartcycler) + Roche (Lightcycler) + Applied Biosystem (ABI7500) + Qiagen (Rotorgene)

(3x)

(2x) (3x) (6x) (2x)

Giardia lamblia - Small SubUnit ribosomaal RNA gen (volgens Verweij et al 2004 J. Clin.Microbiol 42, 1220-1223) - Small SubUnit ribosomaal RNA gen (in house test) - 18S ribosomaal RNA gen (in house test) - Light Mix Kit Parasital Gastroenteritis, (TIB MOLBIOL) Cryptosporidium spp. - Small SubUnit ribosomaal RNA gen (volgens Fontaine & Guillot. 2002 FEMS Microbiol. Lett. 214:13-17). - Small SubUnit ribosomaal RNA gen (in house test) - Cryptosporidium -specifiek fragment van 18s RNA gen (volgens Verweij et al 2004 J. Clin.Microbiol 42, 1220-1223) - DNAJ-like eiwit (volgens Bruijnesteijn et al. Clin Microbiol Infect 2009:15:869) - Cryptosporidium oocyst wall gen (COWP) volgens Guy et al. 2003 Appl Env Microbiol 69:5178-85 - Light Mix Kit Parasital Gastroenteritis, (TIB MOLBIOL)





Qbase: Invoer uitslagen

Verdiepingsvragen (2012-4): Gebruikte apparatuur/methoden Wat betreft de targets: Dientamoeba fragilis - internal transcribed spacer van 5,8S ribosomaal RNA gen (volgens Verweij et al. Mol Cell Probes 2007:21:400) - Light Mix Kit Parasital Gastroenteritis, TIB, MOLBIOL - Small SubUnit ribosomaal RNA gen (in house test) Entamoeba histolytica - Small SubUnit ribosomaal RNA gen (volgens Verweij, JJ et al 2004 J. Clin.Microbiol 42, 1220-1223) - Small SubUnit ribosomaal RNA gen (volgens Verweij, et al 2004, J. Clin.Microbiol 42, 1220-1223, aangepast door Bergmans) - Small SubUnit ribosomaal RNA gen (volgens Verweij, et al. 2003, Tropical Medicine and International Health 8:1153-1156) - 18S rRNA gen (in house test) - Small SubUnit ribosomaal RNA gen (in house test) - Light Mix Kit Parasital Gastroenteritis, (TIB MOLBIOL) - Galactose specific adhesin gen (in house test) Stichting Kwaliteitsbewaking Medische Laboratoriumdiagnostiek




Qbase: Invoer uitslagen

Samenvattend moleculaire rondzendingen SKML-parasitologie

Vanaf 2013.1 officieel gestart met moleculaire rondzending - 2 klinische fecesmonsters, als aparte rondzending (4x/jaar) - geïnvesteerd in monitoring/borging kwaliteit rondzending - Q-base geoptimaliseerd (invoer alswel rapportage: MUSE)





Rapportage MUSE

Samenvattend moleculaire rondzendingen SKML-parasitologie

Vanaf 2013.1 officieel gestart met moleculaire rondzending - 2 klinische fecesmonsters, als aparte rondzending (4x/jaar) - geïnvesteerd in monitoring/borging kwaliteit rondzending - Q-base geoptimaliseerd (invoer alswel rapportage: MUSE) Nabije toekomst: - koppelen resultaten aan methoden (rapportage) - verdere optimalisatie stabiliteit fecesmonsters (studie)





Moleculaire diagnostiek intestinale parasieten

Recommend Documents