SKRINING GEN CASC11 SINGLE NUKLEOTIDE POLYMORPHISM rs9642880 SEBAGAI PREDIKTOR KANKER KANDUNG KEMIH PADA MAHASISWA PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA ANGKATAN 20122014
Laporan Penelitian ini ditulis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar SARJANA KEDOKTERAN
OLEH: HIPNI SOLEHUDIN NIM: 1112103000001
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA 1436 H/2015
KATA PENGANTAR Assalamualaikum wr. wb. Puji syukur peneliti panjatkan kepada Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya sehingga penelitian ini dapat diselesaikan dengan baik. Shalawat serta salam tidak lupa peneliti sampaikan kepada Nabi Muhammad SAW beserta keluarga dan sahabatnya. Alhamdulillah, penelitian ini telah selesai, dan akan sulit terselesaikan jika tanpa bantuan dan bimbingan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, saya mengucapkan banyak terima kasih kepada: 1.
Prof. DR. Arif Sumantri S.K.M.,
M.Kes.
selaku
Dekan
Fakultas
Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. 2.
dr. Achmad Zaki, M.Epd, Sp.OT selaku Kepala Program Studi Pendidikan Dokter FKIK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
3.
Chris Adhiyanto, S.Si, M.Biomed, PhD dan dr. Nouval Shahab, SpU, Ph.D, FICS, FACS selaku dosen pembimbing yang telah membimbing, mengarahkan, dan memberikan motivasi kepada peneliti mulai dari awal hingga akhir penelitian.
4.
dr. Mukhtar Ikhsan, Sp.P(K), MARS dan Nurlaely Mida R., S.Si, M. Biomed, DMS., selaku penguji sidang laporan penelitian ini.
5.
dr. Nouval Shahab, SpU, Ph.D, FICS, FACS dan dr. Flori Ratna Sari, Ph.D. selaku penanggung jawab riset Program Studi Pendidikan Dokter angkatan
2012
yang
telah
memberikan
motivasi
untuk
dapat
menyelesaikan penelitian tepat pada waktunya. 6.
dr.Witri Ardini, M.Gizi, Sp.GK selaku pembibing akademik yang telah sabar menasehati dan memberikan dukungan dalam proses pembelajaran di Program Studi Pendidikan Dokter.
7.
Kedua orang tua tercinta, terhebat, Bapak H. Aan dan Ibu Hj. Onih yang selalu
memberikan
dukungan
kepada
peneliti baik moral maupun
materil. 8.
Kakak kandung saya, H. Herman, Hj. Ifah, dan Hj. Aisyah yang memberikan motivasi, semangat dalam mengikuti proses pembelajaran di v
Program Studi Pendidikan Dokter FKIK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. 9.
Fitri Handayani yang selalu memberikan dukungan, mengingatkan, dan selalu memberikan motivasi terus menerus.
10.
Teman kelompok penelitian saya, Nurul Hasanah, Rizky Ananda, Amatilah Raifah, dan Adamilzary Fikry yang telah berjuang bersama.
11.
Untuk sahabat terbaik, Rizky, Faruq, Fikry, Fitria Anis, Putri Lubis, yang selalu menasehati, mendukung, dan memotivasi peneliti.
12.
Untuk grup bola PSPD 2012, Anak Kost Astya Puri Blok E5 yang selalu membuat saya terus termotivasi dalam proses pemberlajaran Kuliah.
13.
Seluruh mahasiswa PSPD 2012 yang terus semangat bersama dalam menimba ilmu di UIN Syarif Hidayatullah.
14.
Bagian laboratorium Mba Ai, Mba Syur, yang telah membantu berlangsungnya penelitian ini.
15.
Dan semua pihak yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu.
Peneliti
menyadari
bahwa
laporan
penelitian
ini
masih
terdapat
ketidaksempurnaan. Oleh karena itu, peneliti mengharapkan kritik dan saran yang membangun bagi penelitian ini. Semoga penelitian ini dapat bermanfaat bagi masyarakat dan para pembaca. Ciputat, 16 Oktober 2015
Peneliti
vi
ABSTRAK Hipni Solehudin. Program Studi Pendidikan Dokter. Skrining Gen CASC11 Single Nukleotide Polymorphism rs9642880 Sebagai Prediktor Kanker Kandung Kemih pada Mahasiswa Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta Angkatan 2012-2014. SNP (Single Nukleotide Polymorphism) rs9642880 merupakan salah satu prediksi kanker kandung kemih akibat adanya mutasi pada basa nukleotida G (Guanin) menjadi T (Timin). Mutasi tersebut terletak pada kromosom 8q24 yang memiliki kerentanan terhadap kanker kandung kemih. Pada penelitian ini digunakan metode Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping yang merupakan metode yang lebih cepat dan efektif. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui persentase dan frekuensi gen CASC11 SNP rs9642880 sebagai prediktor kanker kandung kemih serta melihat hubungannya dengan jenis kelamin pada mahasiswa PSPD UIN Jakarta angkatan 20122014. Sampel yang digunakan yaitu sampel DNA 102 mahasiswa PSPD UIN Jakarta yang dipilih secara acak. Hasil penelitian menunjukan bahwa terdapat genotip heterozigot & mutan (GT/TT) sebesar 66 orang (64,7%), genotip wild-tyipe (GG) 36 orang (35,3%), dan genotip (GT,TT,GG) tidak berhubungan dengan jenis kelamin pada mahasiswa PSPD UIN Jakarta angkatan 2012-2014. Kata kunci: SNP rs9642880, kanker kandung kemih, metode Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping.
ABSTRACT Hipni Solehudin. Medical Education Program. Gen CASC11 Screening Single Nukleotide Polymorphism rs9642880 as a Predictor of Bladder Cancer in Student Medical Education Program Syarif Hidayatullah State Islamic University Jakarta Force 2012-2014. SNP (Single Nukleotide Polymorphism) rs9642880 is one predictor of bladder cancer due to mutations in the nucleotide bases G (Guanine) to T (Thymine). The mutation is located on chromosome 8q24 which has a susceptibility to bladder cancer. The method that used in this research was the Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping which is faster and more effective. The aim of this study was to determine the percentage and frequency gene CASC11 SNP rs9642880 as a predictor of bladder cancer and its correlation with the gender of the student UIlN Jakarta force 2012-2014. The samples that used in this study is DNA samples of 102 students of UIN Jakarta force 2012-2014. The results of this study show that there were heterozygous and homozygous mutant genotype (GT/TT) of 66 sampels (64,7%),36 sampels (35,3%) GG genotype, and (TT,GT,GG) genotype is not related to the gender of the student UIN Jakarta Force 2012-2014. Key words: SNP rs9642880, bladder cancer, Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping method.
vii
DAFTAR ISI LEMBAR JUDUL .............................................................................................................. i LEMBAR PERNYATAAN .............................................................................................. ii LEMBAR PERSETUJUAN ............................................................................................ iii LEMBAR PENGESAHAN ............................................................................................. iv KATA PENGANTAR ........................................................................................................v ABSTRAK ....................................................................................................................... vii ABSTRACT ..................................................................................................................... viii DAFTAR ISI..................................................................................................................... ix DAFTAR GAMBAR ....................................................................................................... xii DAFTAR TABEL .......................................................................................................... xiii DAFTAR SINGKATAN ................................................................................................ xiv DAFTAR LAMPIRAN ....................................................................................................xv
BAB I
PENDAHULUAN ..............................................................................................1 1.1 Latar Belakang .............................................................................................1 1.2 Perumusan Masalah .......................................................................................3 1.3 Tujuan Penelitian ...........................................................................................3 1.4 Manfaat Penelitian .........................................................................................3
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA ....................................................................................4 2.1 Landasan Teori ..............................................................................................4 2.1.1 Isolasi Genom DNA ...................................................................................4 2.1.2 PCR (Polymerase Chain Reaction) .......................................................5 2.1.3 Konsep Genotip untuk Sistem LightCycler® 480 .................................7 A. Prinsip Melting Curve Genotyping ..................................................7 B. Prinsip Endpoint Genotyping ...........................................................8 2.1.4 Pengenalan Evolusi, Genetika, dan Kromosom ....................................9 2.1.5 Penyebab Timbulnya Kanker ...................................................................10 2.1.6 Kandung Kemih ..................................................................................11 A. Anatomi dan fisiologi ....................................................................12 B. Kanker kandung kemih (Bladder Cancer) ....................................12 C. Epidemiologi kanker kandung kemih ............................................14 D. Faktor resiko kanker kandung kemih ............................................14 viii
2.2 Kerangka Teori ............................................................................................15 2.3 Kerangka Konsep ........................................................................................16 2.4 Definisi Operasional ....................................................................................16 BAB III METODE PENELITIAN ...............................................................................18 3.1 Desain Penelitian .........................................................................................18 3.2 Waktu dan Tempat Penelitian .....................................................................18 3.3 Populasi dan Sampel ...................................................................................18 3.3.1 Populasi target ....................................................................................18 3.3.2 Populasi terjangkau ............................................................................18 3.3.3 Perkiraan besar sampel .......................................................................18 3.3.4 Kriteria pemilihan sampel ..................................................................18 3.3.5 Teknik pengambilan sampel ...............................................................19 3.4 Prosedur Penelitian ......................................................................................20 3.4.1 Alat dan bahan uji...............................................................................20 3.4.2 Cara kerja ................................................................................................21 A. Pengumpulan data .........................................................................21 B. Desain Probe Taqman® (#435137) ................................................21 C. Isolasi DNA ....................................................................................23 D. Analisis DNA genom dengan elektroforesis ..................................25 E. Deteksi dan skrining rs9642880 (Probe Taqman® #435137) ........26 3.5 Alur Kerja Penelitian ...................................................................................28 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN .......................................................................29 4.1 Hasil.............................................................................................................29 4.1.1 Hasil isolasi DNA genom dari sel darah (whole blood) .....................29 4.1.2 Data Karakteristik Responden ............................................................30 A. Karakteristik Jenis Kelamin Responden .........................................30 B. Karakterisrik Umur responden ......................................................31 4.1.3 Hasil Analisis Endpoint Genotyping rs9642880 .................................31 A. Hasil skrining rs9642880 DNA genom Responden ......................31 B. Hubungan genotip GG, GT, dan TT dengan jenis kelamin ...........32 C. Hasil pengamatan alel T dan G pada seluruh responden ...............33 D. Hubungan alel T dan G dengan jenis kelamin...............................33 4.1.4 Menghitung Frekuensi Gen (Alel) ......................................................34 ix
4.2 Pembahasan .................................................................................................35 4.3 Aspek Keislaman .........................................................................................38 BAB V
SIMPULAN DAN SARAN ............................................................................39 5.1 Simpulan ......................................................................................................39 5.2 Saran ............................................................................................................39
DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................................40 LAMPIRAN......................................................................................................................44
x
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1. Perbandingan proses PCR konvensional dan real time .................................. 7 Gambar 2.2. Melting curve genotyping instrument LightCycler® 480 .............................. 9 Gambar 2.3. Contoh analisis SNP Endpoint genotyping .................................................... 10 Gambar 2.4. Alel dan gen pada kromosom ......................................................................... 11 Gambar 2.5. Saluran kandung kemih .................................................................................. 13 Gambar 2.6. Lapisan kandung kemih ................................................................................. 13 Gambar 4.1. Isolasi genom DNA ........................................................................................ 30 Gambar 4.2. Karakteristik jenis kelamin ............................................................................ 31 Gambar 4.3. Karakteristik umur responden ........................................................................ 32 Gambar 4.4 Hasil skrining rs9642880 DNA genom responden ......................................... 33 Gambar 4.5 Analisis Endpoint Genotyping pada responden .............................................. 38
xi
DAFTAR TABEL
Tabel 4.1. Kategori kemurnian DNA genom ............................................................... 31 Tabel 4.2. Kategori konsentrasi DNA genom .............................................................. 31 Tabel 4.3. Hubungan genotip GG,GT, dan TT dengan jenis kelamin ......................... 33 Tabel 4.4. Hasil perhitungan alel G dan T pada responden ......................................... 34 Tabel 4.5. Hubungan alel G dan T dengan jenis kelamin ............................................ 34
xii
DAFTAR SINGKATAN
CASC11
Cancer Susceptibility Candidate 11
DNA
Deoxyribonucleic Acid
E-Boxes
Enhancer box sequence
HATs
Histone acetyltransferases
NCD
Non Communicable Disease
NTC
Non Template Control
PCR
Polymerase Chain Reaction
qPCR
Quantitative Polymerase Chain Reaction
RAPD
Random Amplified Polymorphic DNA
RFLP
Restriction Fragmen Length Polymorphism
RNA
Ribonucleic Acid
RT-PCR
Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
SNP
Single Nucleotide Polymorphism
UIN
Universitas Islam Negeri
WHO
World Health Organization
xiii
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Surat Tanda Terima Kemite Etik ............................................................. 44 Lampiran 2 Persetujuan responden ............................................................................. 45 Lampiran 3 Alat dan bahan peneltian ......................................................................... 46 Lampiran 4 Hasil isolasi DNA dengan elektroforesis................................................. 48 Lampiran 5 Hasil kemurnian dan konsentrasi DNA sampel ........................................ 49 Lampiran 6 Hasil Analisis Endpoint Genotyping responden ....................................... 52 Lampiran 7 Hasil skrining rs9642880 pada seluruh responden ................................... 53 Lampiran 8 Hasil analisis statistika.............................................................................. 55 Lampiran 9 Riwayat Penulis ........................................................................................ 60
XIV
SKRINING GEN CASC11 SINGLE NUKLEOTIDE POLYMORPHISM rs9642880 SEBAGAI PREDIKTOR KANKER KANDUNG KEMIH PADA MAHASISWA PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA ANGKATAN 20122014
Laporan Penelitian ini ditulis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar SARJANA KEDOKTERAN
OLEH: HIPNI SOLEHUDIN NIM: 1112103000001
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA 1436 H/2015
