LAMPIRAN
80
Lampiran 1. Tahap Melakukan Desain Primer3 Bakteri B.subtilis
1. Diinput 3 sekuen gen endoglukonase dari bakteri Bacillus subtilis a. Dibuka program NCBI “http://www.ncbi.nlm.nih.gov/”, pada database dipilih “Protein”
b. Diinput sekuen “Endoglucanase (Bacillus subtilis)” pada kolom “search”, lalu klik “search”
81
c. Dipilih 3 strain berbeda pada sekuen bakteri Bacillus subtilis dengan ukuran asam amino yang sama d. Klik sekuen tersebut, lalu pada kolom GenPept dipilih “FASTA (text)”, klik “Apply”
e. Setelah itu, dicopy sekuen tersebut ke dalam aplikasi Notepad, klik “File” lalu klik “Save as”. Beri nama file tersebut, ex: “Endoglucanase_Bacillus subtilis 1”
f. Lakukan hal yang sama pada poin c-e pada 2 sekuen bakteri lainnya.
82
2. Dilakukan alignment pada 3 sekuen endoglukonase menggunakan software BioEdit a. Dipilih 3 susunan basa protein endoglukonase (Bacillus subtilis) dengan strain berbeda. Klik “File”, lalu “Open”. Setelah itu, cara untuk membuka 2 sekuen bakteri lainnya yaitu klik “File” lalu dipilih “Import”. Kemudian klik “Sequence Alignment” pilih “Open”
b. Tampilan 3 sekuen basa protein pada software BioEdit
c. Setelah itu, klik menu “Accessory Aplication”, dipilih “ClustalW Multiple Alignment”, klik “Run ClustalW”, klik “OK”.
83
d. Klik “Alignment” pada menu bar, lalu klik “Create Consensus Sequence” untuk membuat consensus
e. Setelah consensus didapatkan, maka kemudian ubah mode dengan cara pilih “Edit”, lalu isi susunan basa protein yang kosong dengan cara diinput kode basa. f. Kode basa yang diinput, dipilih berdasarkan kesamaan kode basa dari 1 pasangan basa protein. g. Diisi basa protein yang kosong hingga penuh, kemudian simpan ke “Notepad”.
84
h. Klik “Select/Slide” pada kolom “Mode”. Lalu klik basa yang paling pertama. Dipilih “Edit” pada menu bar, lalu klik “Select to End”
i. Dicopy consensus dengan cara klik “Ctrl+A”, paste di Notepad. Save consensus tersebut. Beri nama file tersebut “Consensus” 3. Ditranslate consensus Bakteri Bacillus subtilis a. Dibuka program EBI (Emboss) “www.ebi.ac.uk/Tools/st/” b. Dipilih “Launch Backtranseq”
85
c. Diinput sequence dengan cara pilih “Choose File”, klik data “consensus”, lalu klik “Open” d. Select Parameters dengan cara ubah codon usage dengan parameter “Bacillus subtilis”, klik “Submit”
e. Disave hasil translate ke dalam aplikasi Notepad dan beri nama file tersebut “Translation” 3. Didapatkan Primer yang dibutuhkan dengan membuka program NCBI. a. Dibuka program BLAST “ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/”, pada kolom PCR Templates klik “Choose File’, dipilih data “translation” lalu klik “Open” b. Disetting PCR product size (Min = 900, Max = 1497)
86
c. Diubah Database menjadi “nr” d. Diubah Organism menjadi “bacteria (taxid:2) e. Klik “Get Primers”, software akan membaca primer yang dibutuhkan
f. Setelah itu, muncul beberapa primer yang mungkin dapat digunakan. g. Dilakukan rekap data terlebih dahulu dengan cara dicopy seluruh “Primer Pair” ke dalam Aplikasi Microsoft Words.
4. Primer yang telah direkap lalu dihitung Temperature Melting (Tm). a. Dibuka link http://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp b. Diinput “Primer Pair” ke dalam situs tersebut dengan cara : diinput Forward ke dalam kolom Sequence No. 1 dan diinput Reverse ke dalam kolom Sequence No. 2.
87
c. Klik “Calculate”
88
d. Hasil Primer setelah di calculate menunjukkan bahwa pada Forward (Sec. Str. : None, Primer Dimer : No) dan Reverse (Sec. Str. : None, Primer Dimer : No), artinya primer ini dapat digunakan untuk pengaplikasian PCR
89
Lampiran 2. Tahap Melakukan Desain Primer Degenerate Bakteri B.thuringiensis
1. Diinput 3 sekuen gen endoglukonase dari bakteri Bacillus thuringiensis a. Dibuka link “http://www.ncbi.nlm.nih.gov/”, pada database dipilih “Protein”
b. Diinput sekuen “Endoglucanase (Bacillus thuringiensis)” pada kolom “search”, lalu klik “search”.
c. Dipilih 3 strain berbeda pada sekuen bakteri Bacillus thuringiensis dengan ukuran asam amino yang sama. d. Klik sekuen tersebut, lalu pada kolom GenPept dipilih “FASTA (text)”, klik “Apply”
90
e. Setelah itu, copy sekuen tersebut ke dalam aplikasi Notepad, klik “File” lalu klik “Save as”. Beri nama file tersebut, ex: “Endoglucanase_Bacillus thuringiensis 1”
f. Dilakukan hal yang sama pada poin c-e pada 2 sekuen bakteri lainnya.
91
2. Dilakukan alignment pada 3 sekuen endoglukonase menggunakan software ClustalX a. Dibuka program ClustalX, klik “File” lalu dipilih “Load Sequence”
b. Dipilih 3 sekuen bakteri yang telah diinput lalu pilih “Open” c. Dipilih “Alignment” lalu dipilih “Do Complete Alignment” Daerah Conserved :
92
d. Save hasil alignment sequence pada dengan cara dipilih ‘File” lalu pilih “Save Sequence as”. e. Save dalam 3 format diantaranya “CLUSTAL”, “FASTA”, dan “NEXUS”. Lalu klik ‘Ok”.
f. Setelah itu, dilakukan desain primer degenerate pada program CODEHOP “http://blocks.fhcrc.org/blocks/process_blocks.html”. g. Dipilih “Choose File”, “Open Sequence FASTA”, lalu dipilih “Submit”.
93
h. Setelah itu, dipilih “Primers” dan klik “CODEHOP”
i. Diganti codon usage tabel menjadi “Bacillus thuringiensis” lalu dipilih “Look for primers”
94
j. Dipilih “Block” yang paling atas untuk mendapatkan primer forward dan dipilih “Complement of Block” yang paling bawah untuk mendapatkan primer reverse.
95
k. Dilakukan rekap data dari primer yang telah didapatkan. Kode Forward
AA Penempelan IGLASFSNSSFAA
Reverse
WWKPIPDDKKTQ
Sequen Primer 5'GAATTGGATTAGCATCTTTTTCTAATTCTwsnttygcngc3' 5'-TGAGTTTTCTTATCATCTGGAACTggyttccacca-3'
Lokasi Block x24798xblA
Tm 60.8
Complement of Block x24798xblH
61.9
l. Dibuka hasil multiple alignment format “NEXUS”, dicari daerah penempelan primer untuk forward dan reverse lalu ditandai. Hasil Multiple Sequence Alignment (MSA) Menggunakan Clustal X (tampilan didalam format.NXS) :
96
m. Setelah itu, dibuka program “GENEIOUS” untuk melihat ilustrasi penempelan primer. n. Dibuat file baru pada folder “local” dengan cara klik kanan pada forlder tersebut lalu dipilih “New Folder”.
o. Diberi nama file tersebut dengan format “Endoglukonase (Bacillus thuringiensis)” p. Diinput “translation” dengan cara dipilih “File”, “Import”, “From File”. Dipilih “translation” lalu dipilih “Import”.
97
q. Setelah itu, diinput primer dengan cara dipilih “Sequence”, “New Sequence”, “Copy Forward” (Type : primer) lalu klik “Ok”. r. Dibuka program BioEdit untuk reverse complement (menyamakan arah baca dengan sekuen forward). s. Klik “File” lalu “Open”, dipilih sekuen “reverse primer” lalu klik “Open”.
t. Dipilih “Sequence pada menu bar lalu dipilih “Nucleid Acid”. Setelah itu, dipilih “Reverse Complement”.
98
u. Klik 1 basa paling awal, dipilih “Edit” lalu dipilih “Select to End”.
v. Dicopy sekuen reverse tersebut ke dalam “Notepad”. Diberi nama dengan format “Reverse Primer Complement”
w. Dilakukan hal yang sama pada poin q tetapi dilakukan untuk sekuen reverse. x. Setelah itu, klik “ctrl” pada “translation”, “forward, “reverse” lalu klik “Alignment”, ‘Ok” y. Dibuka “Alignment View” dan ‘Text View” untuk melihat penempelan primer degenerate.
99
Visualisasi Penempelan Primer pada “Alignment View” Menggunakan Program Geneious :
Berdasarkan analisis geneious, maka estimasi produk PCR yang akan didapatkan sebesar ±1250 bp Penempelan Primer pada “View Text” Menggunakan Program Geneious :
EMBOSS_001 Forward Reverse
1 10 20 30 40 50 60 | | | | | | | ATGAATGGCAAAAGAAAAATTTTTACATGCATTTCAATTGTTGGCATTGGCCTGGCATCA -------------------------------------------GAATTGGATTAGCATCT ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
TTTTCAAATTCATCATTTGCAGCATCAGTTACAGATAATTCAATTCAAAATTCAATTCCG TTTTCTAATTCTWSNTTYGCNGC------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
ATTGTTAATCAACAAGTTGCAGCAGCAAAAGAAATGAAACCGTTTCCGCAACAAGTTAAT -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
TATGCAGGCGTTATTAAACCGAATCATGTTACACAAGAATCACTGAATGCATCAGTTAGA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
TCATATTATGATAATTGGAAAAAAAAATATCTGAAAAATGATCTGTCATCACTGCCGGGC -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
GGCTATTATGTTAAAGGCGAAATTACAGGCGATGCAGATGGCTTTAAACCGCTGGGCACA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001
TCAGAAGGCCAAGGCTATGGCATGATTATTACAGTTCTGATGGCAGGCTATGATTCAAAT
100
Forward Reverse
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
GCACAAAAAATTTATGATGGCCTGTTTAAAACAGCAAGAACATTTAAATCATCACAAAAT -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
CCGAATCTGATGGGCTGGGTTGTTGCAGATTCAAAAAAAGCACAAGGCCATTTTGATTCA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
GCAACAGATGGCGATCTGGATATTGCATATTCACTGCTGCTGGCACATAAACAATGGGGC -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
TCAAATGGCACAGTTAATTATCTGAAAGAAGCACAAGATATGATTACAAAAGGCATTAAA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
GCATCAAATGTTACAAATAATAATAGACTGAATCTGGGCGATTGGGATTCAAAATCATCA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
CTGGATACAAGACCGTCAGATTGGATGATGTCACATCTGAGAGCATTTTATGAATTTACA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
GGCGATAAAACATGGCTGACAGTTATTAATAATCTGTATGATGTTTATACACAATTTTCA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
AATAAATATTCACCGAATACAGGCCTGATTTCAGATTTTGTTGTTAAAAATCCGCCGCAA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
CCGGCACCGAAAGATTTTCTGGATGAATCAGAATATACAAATGCATATTATTATAATGCA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
TCAAGAGTTCCGCTGAGAATTGTTATGGATTATGCAATGTATGGCGAAAAAAGATCAAAA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
GTTATTTCAGATAAAGTTTCATCATGGATTCAAAATAAAACAAATGGCAATCCGTCAAAA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
ATTGTTGATGGCTATCAACTGAATGGCTCAAATATTGGCTCATATCCGACAGCAGTTTTT -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
GTTTCACCGTTTATTGCAGCATCAATTACATCATCAAATAATCAAAAATGGGTTAATTCA -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001
GGCTGGGATTGGATGAAAAATAAAAGAGAATCATATTTTTCAGATTCATATAATCTGCTG
101
Forward Reverse
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 Forward Reverse
ACAATGCTGTTTATTACAGGCAATTGGTGGAAACCGGCACCGGATGATAAAAAAACACAA -----------------------------------------------------------------------------------TGGTGGAARCCAGTTCCAGATGATAAGAAAACTCA-
EMBOSS_001 Forward Reverse
AATCAAATTAATGATGCAATTTATGAAGGCTATGATAAT -----------------------------------------------------------------------------
102
Lampiran 3. Datasheet Oligonukleotida Primer Gen Endoglukanase Bakteri B.subtilis dan B.thuringiensis SynthID
Oligo Name
1303796 F_BS
1303797 R_BS
1303798 F_BT
1303799 R_BT
Sequence
5’-TCA GCA GCA GGC ACA AAA AC-3’ 5’-TTC GGT TCT GTG CCC CAA AT-3’ 5'-GAA TTG GAT TAG CAT CTT TTT CTA ATT CTW SNT TYG CNG C-3' 5'-TGA GTT TTC TTA TCA TCT GGA ACT GGY TTC CAC CA-3'
Len
Scale
Tm (0C)
GC (%)
µg
pmol
20
50 nmole
65.2
50.0
169. 5
27720
20
50 nmole
66.2
50.0
199. 8
32981
40
50 nmole
65.5
36.3
343. 7
28080
35
50 nmole
67.6
41.4
323. 4
30282
To make 100 µM
add 277 µl of dH2O add 330 µl of dH2O add 281 µl of dH2O
add 303 µl of dH2O
103
Lampiran 4. Alat-alat Peremajaan Biakan dan Kultur Padat
Jarum Ose
Analytical Balance
Autoclave
Bunsen
Inkubator
Cawan Petri
Hot Plate
Spatula
Labu Erlenmeyer 250 mL
Magnetic Stirrer
Rak Tabung Reaksi
Gelas Ukur 25 mL
Tabung Reaksi
Corong
104
Lampiran 5. Alat-alat Uji Aktivitas Selulolitik
Autoclave
Analytical Balance
Jarum Ose
Bunsen
Inkubator
Cawan Petri
Hot Plate
Spatula
Labu Erlenmeyer 250 mL
Magnetic Stirrer
Jangka Sorong
Gelas Ukur 25 mL
105
Lampiran 6. Alat-alat Kultur Cair dan Isolasi DNA Genom
Rak Microtube
Microtube Eppendorf 1,5 mL
Sentrifuge
Deep Freezer
Waterbath
Vortex
Mikropipet
Mikrotips
Timer
Tabung Reaksi
Incubator Shaker
Rak Tabung Reaksi
Bunsen
Jarum Ose
Beaker Glass 250 mL
106
Lampiran 7. Alat-alat Amplifikasi
Rak Microtube
Microsentrifuge
Deep Freezer
Microtube PCR
Mikropipet
Mikrotips Putih
Thermal Cycler
107
Lampiran 8. Alat-alat Elektroforesis
Bejana Elektroforesis yang dilengkapi dengan power supply dan tangki penutup
Analytical balance
Ultraviolet Transilluminator
Hot Plate dan Magnetic Stirrer
Waterpass
Rak Microtube
Mikrotipst Putih
Mikropipet
Gelas Ukur 100 mL
Sendok Pipih
Botol schott 100 mL
Digital Camera
108
Lampiran 9. Bahan-bahan Peremajaan Biakan dan Kultur Padat
Nutrient Agar
Air Laut Steril
Isolat Bakteri Bacillus subtilis
Parafilm
Alkohol 70%
Isolat Bakteri Bacillus thuringiensis
Kain Kasa
Plastik
Alumunium Foil
Kapas
Kertas Label
109
Lampiran 10. Bahan-bahan Uji Aktivitas Selulolitik
Nutrient Agar
CMC (Carboxy Methyl Celullose)
Deionized water
NaCl 1M
Kain Kasa
Plastik
Alumunium Foil
Red congo 0,1%
Kertas Label
Kapas
110
Lampiran 11. Bahan-bahan Isolasi DNA Genom dan Kultur Cair
Nuclei Lysis Solution
0,5M EDTA pH 8,0
Isopropanol
Ethanol 70%
RNase Solution
Nutrient Broth
Protein Precipitation Solution
DNA Rehydration Solution
Air Laut Steril
111
Lampiran 12. Bahan-bahan Amplifikasi PCR Bakteri Bacillus subtilis
a
b
c
Ket : (a) 2x KAPA2G Fast Ready Mix
(b) Nuclease Free Water (NFW) (c) Primer F_BS dan Primer R_BS
PCR Bakteri Bacillus thuringiensis
a Ket : (a) 2x KAPA2G Fast Ready Mix
(b) Nuclease Free Water (NFW) (c) Primer F_BT dan Primer R_BT
b
c
112
Lampiran 13. Bahan-bahan Elektroforesis
Bubuk Agarose
TBE Buffer 10X
NFW
Ethidium Bromide
Loading Dye
DNA Ladder 1 kb
113
Lampiran 14. Proses Peremajaan Biakan dan Kultur Padat
Penimbangan NA Pada Analytical Balance
Kultur Padat Disimpan Pada Inkubator
Pencampuran NA Pada Erlenmeyer yang Berisi Air Laut Steril
Proses Streak Isolat Bakteri Pada Cawan Petri
Medium NA + Air Laut Steril Dididihkan Pada Hot Plate
Proses Penuangan Medium NA + Air Laut Steril Pada Cawan Petri
114
Lampiran 15. Hasil Peremajaan Biakan dan Kultur Padat a. Agar Miring
Isolat Bakteri Bacillus subtillis
Isolat Bakteri Bacillus thuringiensis
b. Agar Cawan
Hasil Streak I Bacillus subtillis
Hasil Streak I Bacillus thuringiensis
Hasil Streak II Bacillus subtillis
Hasil Streak III Bacillus subtillis
Hasil Streak II Bacillus thuringiensis
Hasil Streak III Bacillus thuringiensis
115
Lampiran 16. Hasil Pewarnaan Gram Bakteri
a. Bakteri B.subtilis
b. Bakteri B.thuringiensis
116
Lampiran 17. Proses Uji Aktivitas Selulolitik
Penimbangan NA dan CMC Pada Analytical Balance
Pencampuran NA dan CMC Pada Erlenmeyer yang telah terisi Air Laut Steril
Proses Pendidihan Media NA + CMC + Air Laut Steril
Congo Red Dimasukkan Ke Dalam Gelas Ukur
Proses Inkubasi Media NA + CMC + Air Laut Steril
Proses Streak Isolat Bakteri Pada Media NA + CMC + Air Laut Steril
Pencampuran Congo Red dan Aquades
Congo Red + Aquades Pada Dimasukkan Ke Dalam Botol Film
Congo Red + Aquades Direndam Pada Medium CMC
Pengukuran Indeks Selulolitik
NaCl Hasil Perendaman dibuang
NaCl 1 M Dimasukkan Ke Dalam Medium CMC
117
Lampiran 18. Bagan Alir Kultur Cair dan Isolasi DNA Genom a. Kultur Cair
Proses Pendidihan Media NB + Air Laut Steril
Penimbangan NB Pada Analytical Balance
Pencampuran NB dan Air Laut Steril
Pengambilan Koloni Tunggal Isolat Bakteri
Penuangan Medium NB + Air Laut Steril Pada Tabung Reaksi
Sterilisasi Medium NB + Air Laut Steril Balance
Isolat Bakteri Dihomogenkan Pada Medium NB + Air Laut Steril
Sentrifugasi
Inkubasi Pada Incubator Shaker
118
b. Isolasi DNA Genom Hasil kultur cair disentrifugasi pada 13.000 rpm selama 2 menit, buang supernatan
Tambahkan Lysozyme 60µl dan lakukan pipet mix
Tambah 100µl Protein Precipitation Solution, vortex 20 detik. Inkubasi on ice selama 5 menit Sentrifugasi 13.000 rpm selama 3 menit
Inkubasi sampel pada suhu 37OC selama 45 menit
Transfer supernatan ke tube baru Tambah 300µl Isopropanol, sentrifugasi 13.000 rpm selama 2 menit
Sentrifugasi selama 2 menit pada 13.000 rpm
Buang supernatan, tambahkan 300 µl Ethanol 70%, bolak-balik tube
Sentrifugasi 13.000 rpm selama 2 menit
Tambah 300µl Nuclei Lysis Solution hingga tersuspensi lalu vortex
Buang supernatan dengan hati-hati, keringkan diatas tissue selama 15 menit Tambah 50µl DNA Rehydration Solution untuk mencuci pellet
Inkubasi sampel pada suhu 80OC selama 5 menit, tabung dibolak-balik 2-5 kali, lalu dinginkan pada suhu ruang Tambah 1,5µl RNase Solution, tabung dibolak-balik hingga tercampur. Inkubasi sampel pada suhu 37OC selama 30 menit, dinginkan pada suhu ruang
Inkubasi pada suhu 65OC selama 60 menit
Simpan pellet pada suhu 4oC selama satu malam, kemudian DNA hasil isolasi siap digunakan untuk tahap berikutnya
119
Lampiran 19. Penapisan Gen Endoglukanase
Persiapan PCR dan PCR Master Mix
Penapisan Gen Endoglukanase
Memasukan Template DNA
Pembuatan Mix PCR
Distribusi Mix PCR
120
Lampiran 20. Bagan Alir Elektroforesis a. Pembuatan Gel Agarose
Penimbangan 0,4 gr agarose
Pemasukan agarose ke dalam botol schott
Pendinginan agar sampai hangat pada suhu ruang
Pemanasan agar hingga larut dengan Hot Plate
Penuangan agar ke dalam cetakan yang telah dipasangi sisir
Agar dibiarkan hingga mengeras
Pengukuran 50 mL TBE 50X
Pencampuran 50 mL TBE 50X dan agarose didalam botol schott
Setelah gel mengeras, sisir dicabut dari gel, dan meletakkan gel sesuai dengan prosedur penggunaan bak elektroforesis
Perendaman gel dengan TBE 50X
121
b. Loading Hasil Amplifikasi Penempatan dan pengurutan hasil amplifikasi pada cooler block dimulai dari marker dan sampel
Pengambilan dan pemasukkan 4 µl dari masing-masing tube produk hasil PCR ke dalam setiap sumur
Penutupan tangki dan kabel dihubungkan pada power supply
Pengambilan dan pemasukkan 2 µl marker ke dalam sumur yang lainnya
Pengaturan tegangan listrik antara 75 volt
Elektroforesis dijalankan sekitar 60 menit sampai migrasi DNA mencapai 3 /4 bagian sel
c. Dokumentasi Gel dengan UV trans-illuminator Setelah proses running selesai, power supply dimatikan dan dicabut kabelnya
Tutup tangki dibuka, dan pengangkatan cetakan gel
Pemasukkan gel kedalam UV trans-illuminator
Pendokumentasian gel
Pengamatan gel diatas UV transilluminator
122
Lampiran 21. Analisis Hasil Sekuensing Gen Endoglukanase 1. Buka program BioEdit, kemudian buka file/ data yang akan diolah menggunakan perangkat BioEdit
2. Sorot (reverse) dilanjutkan dengan klik sekuen → Nucleic acid → Reverse complement
123
3. Sorot (forward dan reverse) → Sequence → Pairwise Alignment → Align two sequence (allow end to slide)
4. Tampilan setelah dilakukan Pairwise Alignment
124
5. Sorot (forward dan reverse) → Alignment → Create concensus Sequence
6. Tampilan setelah dilakukan consensus
125
7. Klik basa pertama pada concensus → Edit → Select to end
8. Tampilan setelah consensus dilakukan select to end
126
9. Consensus di copy ke dalam notepad
10. Buka website http//ncbi.nlm.nih.gov → pilih BLAST → Nucleotide blast → blastx → Masukan urutan sekuen → Pada database pilih non-redundant protein sequences (nr) → Klik BLAST
127
Lampiran 22. Hasil Sekuensing Sampel B.1.2 Kromatogram Gen Endoglukanase Forward
Kromatogram Gen Endoglukanase Reverse
128
Lampiran 23. Hasil BLAST Sampel B.1.2
129
Lampiran 24. Hasil Sekuensing Sampel C2 Kromatogram Gen Endoglukanase Forward
Kromatogram Gen Endoglukanase Reverse
130
Lampiran 25. Hasil BLAST Sampel C2