Jurnal
rssN 1410-33s4
Telah Diakreditasi
Vol. 10 No. 2 Juli - Desember 2007
DAFTAR ISI Tanggap Tanaman PadiCogo terhadap Pengurangan Nitrogen An Organik yang Disubsitusi dengan Tithonia diversifulia. (Bilman W. Simanihur.uk, Kaili, nAi pirAa fiusin aan Auzar
Seleksi Promer RAPD untuk Ketahanan terhadap CMV: Penggunaan Strategi BSA (bulk catur Herison, Eliyantidan Sricl'arsono)........I.....................
segregant analysis. (Rustikawati,
Pengaruh Konsentrasi Kolkhisin dan Lama Perendaman terhaddp Pertumbuhan dan produksi Mentimun. (Diana Sofia, Luthfi AM Siregax dan Joko Handoko Hadi prasetyo)
@ lls
Uji Kesesuaian Lahan pada Dua Zona Agroekologi untuk Usahatani Cabai Merah Keriting. ..............:..................... .......................... lZ0
(Bariot Hafif dan Nila'Wardani)
Resporr Petnekaran Bunga dan Produksi Java Coffee (Coffea arabica L.) terhadap Penambahan Air Selama Priode Kritis Kekeringan di ranah Andisol. (T. Sutikto) ................
l2g
H,ubungan Antara Nilai Tetua" Daya Gabung dan Heterosis Hasil Persilangan Dialel Kedelai (Glycine mm L.) pada Ultisol. (Suprapto dan Narimah Md Kairudin).............. .....
l
Evaluation
q_{
J6
Vtglg Bean Genotypes Possessing Different Seed Coat Characrerisric for
Resistance to Field Weathering. (Marw'anto)
.....................,..............:...
142
Karakterisasi Sifat-sifat Morfologi, Fisiologi dan Biokimia Tanaman Kako (Theobror,, ,oro,, L.) Berproduksi Tinggi. (Muhammad Taufik. Custian. Auzar Syarif, dan Irfan Suliansyah) ......
I
Antagonistik Y.@itqg Penyebab Penyakit l-anas
156
S0
Bakteri terhadap Patogen Phytophthora parsitica var. nicotianae Tanarnan l'embakau (Dyatr
Roiswitawatidan Erny Ishartati)
.........
Respon Be.rbagai.Tipe Eksplan Biji Manggis (Garcinia mangostana L.) pada Beberapa KonsentrasiE enzil Amino Purin (BAP) terhadip Pembentukan dan RegenerasiP'olyembrioninya Pembentukan Umbi Kentang(Solanum tuberosum) pada Beberapa Media Pertumbuhan dan Lama Penyinaran,
SVarnita)
..
Seleksi Primer RAI'}D dan Studi Kekerab atan Cap,sicumsp. Koleksi dari Surlatera Barat. (Jamsari, Darusalanr, R. Svahlena, M., Syaputra, R., Darncttr, dan putri, N.E)
..............
161
ljz
Pengaruh Optimalisasi Bibit dan Input Pupuk Kandang Ayam terhadap Pertumbuhan Vegetatil'
Prediksi Waktu Panen Tanaman Pulai (Atstonia scholaris (L.) R.Br.) dengan Analisis Model
Pertumbuhan. (Edi
Suharto)...................
I
90
Jurnal Akta Agrosia telah diakreditasi melului Keputusan Direktur Jenderal Pendielikan Tinggi Deporlemen Pendidikun Nasional Republik lndonesia dengun Nomor . 26/DIKTI/Kep/2005
Jurnal Akta Agrosia
ISSN l4r0-3354
Vol. l0 No.2 hlm 108 - I 14 Jul - Des 2007
:
h n
il h I
seleksi Primer RAPD untuk Ketahanan terhadap cMV: Penggunaan Strategi BSA (bulk segtegant analysis)
n t
Selection of RAPD primers
for
CMV resistance gene(s): BSA strategy
i
Rustikawatir), Catur Herisonr), Eliyanti2), dan Sudarsono3)
J
t)Jurusan BDP Faperta (Jnib, Jl, Raya Kandang Limurt Bengkulu 3837i,
)
2)Dept. Agronomi, Fakultas Pertanian, (Jniversitas
i i
3)Departemen
Agronoit
(
:
dan Hortikattura, Faperta IPB, Jl. Meranti, Darmaga, 16680
catur
t )
Jambi'
-heris
on@Y aho o' c om
ABSTRACT resistance RApD primers selection have to be done in order to identi$ RAPD markels]inkage with CMV markers polymorphic with on hot pepper (Capsicum sp). The objective of this research was to identifr RAPD research were CMV resisiance through bulk segregant analysis (BSA) approach. Random primers used in this population mapping The OPMan{ OPH OPR OPE, OPC, oPA, group., tt *.r. 120 primers from six op.ron "y C a susceptible (C1024) x genotype frutescens resistant annuum a'Capstcum was generated from a cross amplified and pooled respectively plants were F2 susceptible g.noiyp.. The DNA of the most r"lirtunt and polymorphism primers showed primers, 25 random of 120 *itf, tG random primers. The result showed that out OPC-4, OPC-s' on resistant versus susceptible pool DNA. They were OPA-7, OPA-13, OPA-15, OPA-20,
if
opc-6, opc-8, opE-l, opE-6;oPE-7,oPE-l2,oPF-14, oPF-6, oPH-3, oPH-s, oPH-10, oPH-12, oPH13, OPH-I8, OPM-7, OPM-I8, and OPM-20 Kelrword: RAPD, CMV BSA, CaPsicum
PENDAHULUAI\
(PCR). Jika genom tanaman dipakai sebagai templat untuk reaksi PCR, maka DNA genom
'Cucumber Mosaic Virus' (CMV) yang sekuennya sama dengan sekuen random diketahui merupakan virus terpenting yang oligonukleotida primer yang orientasinya menyerang tanaman cabai (Duriat, 1996). berlawanan arah(invertedorientation)danyang Alternatifterbaikuntukmengatasikerugianakibat hanya berjarak beberapa rattrs atau ribu pasang serangan CMV adalah dengan kultivar tahan. basa antara satu dengan yang lain akan Ketahanan terhadap CMV pudu tunurnan cabai teramplifikasi. dikendalikanolehgenresesifsederhana,dantidak Berbagai ukuran potonganDNA hasil ada pengaruh tetua betina (Herison et a1.,2004). amplifikasi akan dapat dengan mudah dipisahkan Oleh karena itu metode pemuliaan konvensional berdasarkan ukurannya dengan menggunakan untuk perakitan kultivar tahan CMV memerlukan teknik elektroforesis dan hasilnya dapat dilihat sebagai pita-pita DNA dengan berbagai ukuran yalg waktu lama. Salah satu alternatif teknologi yang (Grifiin and Griffin,1994). MetodeBSApadadasarnyaadalahsuatu mampu mempercepat program pemuliaan tanaman adalah dengan memanfaatkan teknologi strategi untuk mengidentifikasi marka molekuler marka molekuler. Beberapa tahun terakhir, yang terkait dengan karakter tertentu melalui penanda RAPD banyak digunakan sebagai alat pembuatanpoolDNAdariduakelompoktanaman dalam aplikasi genetika. Penanda RAPD yang memiliki tingkat ekspresi karakter yang dihasilkan melalui proses amplifikasi DNA berlawanandaripopulasiyangbersegregasiyang menggunakan teknikpolymerose chain reaction berasal dari satu hibridisasi (Michelmore et al.,
Jut
109
199f). Di dalam satu pool, setiap individu memiliki kesamaan karakter atau gen teftentu
OP M. Masing-masing kelompok terdiri atas20 primer dengan panjang 10 basa.
yang dipelajari, tetapi bervariasi untuk karakter iainnya. Dalam identifikasi marka terkait dengan ketahanan terhadap CMV, pool DNA dibuat dari
Evaluasi Respon Populasi Mapping
ketompok individu tahan CMV dan kelompok
rentan CMV yang diambil dari mapping population generasi F2 dari hibridisasi antara genotipe tahan dan genotipe rentan CMV. Penelitian ini bertuj uan mengidentifi kasi
marka molekuler yang polimorfik untuk ketahanan terhadap CMV pada tanaman cabai' Marka polimorfik tersebut sangat penting dalam pengembangan penanda molekuler sebagai
marker assisted selection (MAS) dal*m pemuliaan cabai tahan terhadap CMV.
METODE PENELITIAN
mekanis dua kali, yaitu saat fase kotiledon, dan fase daun sejati pertama (Green, 1996). Tetua tahan telah diuj selama musim dan menunjukkan sifat konsisten tahan terhadap
i
2
infeksi CMV (Herison e/ a|,2003). Inokulasi dilakukan dengan cara mengusapkan cairan inokulum pada permukaan daun yang telah ditaburi Carborundum (600 mesh). Muncul tidaknya gejala infeksi CMV pada tanaman yang diinokulasi diamati empat minggu setelah inokulasi. Skoring gejala dilakukan mengikuti
Penyiapan DNA DNA kelompok tanaman F2 yang tahan terhadap CMV (skor 0) dan sangat rentan (skor 5) masing-masing diisolasi mengikuti prosedur dasar yang digunakan oleh Sanghai-Maroof e, al. (1984). DNA masing-masing masing kelompok selanjutnya digabung secara proporsional berdasarkan tingkat konsentrasi untuk membentuk satu pool DNA.
A: populasi C1024, (100% bergejala), D:
Garnbar 1. Penampilan tanaman setelah diinveksi CMV.
B: populasi Cfrutescens, C: populasi Fl populasi F2 (segregasi)
1l
Sebanyak 100 tanaman FZ hasil persilangan C 1024 (tahan) XCfrutescens (rentan) diinfeksi CMV dengan cara inokulasi
Penelitian dilakukan pada bulan Januari
Pemuliaan Tanaman (PSPT) IPB. Identifikasi marka RAPD polimorfik untuk ketahanan terhadap CMV dilakukan dengan mengamplifikasi pool DNA kelompok individu tahan dan pool DNA kelompok individu rentan dengan menggunakan primer acak. Primer acak dalam studi ini berjumlah i20 primer dari 6 kelompok operon, yaitu oP A, oP C, oP E, oP R oP H dan
di y1
Herison (2002). sampai Oktober 2003 di Laboratorium Pusat Studi
\\
1I
p 0 1I l::
A
:,.
d
:,r:
n ':l
a T
r e
Jurnal Akta Agrosia
09
20
ll0
Vol. l0 No.2 hlm 108 - I 14 Jui - Des 2007
Amplifikasi DNA
(kualitatif) dan resesif. Hasil yang
Amplifikasi DNA mengikuti metode William et al. (1990). Reaksi amplifikasi
diperoleh pada beberapa persilangan C qnnuum (Herison, 2002) bahwa ketahanan terhadap CMV dikendalikan oleh gen sederhana (1 -2 gen) dengan aksi gen resesif. Heritabilitas sifat ketahanan
dilakukan menggunak an 25 trtLcampuran larutan yang terdiri atas: 1 x bufer reaksi (50 mM KCl, 1 0 mM Tris-HCl pH 9,0 ; 0,lYo Triton X- I 00), 0,2
sama
menit),45 siklus {denaturasi (94"C,30 detik), oC, 2 menit), e I on gat i o n (7 2 C,3 anne all ing (3 5 " menit)), dan satu siklus stop PCR (72'C,3 menit.). Hasil amplifikasi divisualisasi dengan
terhadap CMV tanaman cabai (C annuum) persilangan antara Perrennial x Yolo Wonder diduga sebesar 0,94 (tinggi) disebabkan karena sifat tersebut dikendalikan oleh gen sederhana (Carunt4 1 997). Pengembangan marker ass isted selction (MAS) dengan pendekatan BSA lebih mudah dan lebih akurat dilakukan terhadap karakter yang dikendalikan oleh simple genic dibandingkan pada karalder polygenic. Visualisasi respon fenotipik terhadap mapping population untuk identifikasi gen
ul rg
elektroforesis
ketahanan terhadap
Th
HASIL DAN PEMBA.HASAN
Iil NS
mM dNTR 2,5 mM MgClZ, 1 unit Taq DNA polimerase (Promega), 50 ng DNA templat dan
rsi
b,:
an ua an ap ISi
an ah
ptr,t random p.i-... PCR dilakukan dengan menggunakan DNA Thermal Cycler PE Gene Amp PCR system 24A0. Program PCR yang digunakan adalah: satu siklus pre PCR (94 "C,2
ge I agaro
s
e.
rti
an
or ur et ag
ta rsi
Evaluasi Respon Populasi Mapping Pengamatan terhadap gejala pada daun mudaF2 populasi mapping menunjukkan bahwa dari 100 tanaman yang diamati diperoleh 5 tanaman tidak bergejala dan 95 bergejala. Berdasarkan data tersebut terlihat bahwa populasi mapping yang dikembangkan dari persilangan tetua tahan (C. annuum) dengan rentan (C. frutescens) mengikuti segregasi gen sederhana
CMV menunjukkan
bahwa
pola respon populasi Fl adalah seragam dan bersegregasi pada F2 (Gambar 2). Berdasarkan kuantifikasi gej ala dengan skoring pad a mapp ing population yang dikembangkan, di antaru 95 individu yang bergejala, terdapat 12 tanaman yang memiliki skor 5 (rentan). Dengan demikian maka populasi yang dikembangkan merupakan populasi yang sangat baik untuk studi identifikasi marka terkait ketahanan terhadap CMV melalui strategi BSA. Pada populasi tersebut dapat dibuat pool
DNA dari 5 individu tahan dan pool DNA dari 12 individu rentan.
TFffiI Gambar 2. PoolDNA genotipe tahan (1 dan 3) dan poolDNA rentan (2 dan 4) pada konsentrasi 25 ng ml.-r
Iur Rustikawati, Catur Herisofu Eliyanti, dan Sudarsono: Seleksi primer
Tabel
l.
No I 2 3 4 J 6 7 8 I 10 11 t2 13 l4 lJ l6 t7 t8 l9 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 3J 36 3t 38 39 40 41 42 43 44 45 4 4] 43 49 J0 Jl
RAPD
T
,
lll La
Hasil analisis PCR dengan primer acak pada pool DNA tahaq dan pool DNA rentan PRIMER
(oPERoI'r) OPA-I 0PA-2 0PA-3 0PA-4 OPA-J
0PA-6 0PA-7 0PA-8 0PA-9 oPA-10 0PA-11 0PA-12 oPA-13
oPA-14 OPA-IJ oPA-16 0PA-17 oPA-18 OPA-19
0PA-?0 0PC-1
0PC-2 0PC-3 0PC-4 OPC-J
0PC-6 0PC-7 0PC-8 0PC-9 oPC-10
oPC-ll 0PC-12 0PC-13 OPC-14 OPC-1J
0PC-16 0PC-17 OPC-18 OPC-19
0PC-20 0PE-1 0PE-2 0PE-3
0PE-4 OPE-J
0PE-6 OFE-?
0PE-8
0PE-9
0PE-l0 oPE-l1
ftrmleh Pita Urutan Easa
CACGCCCTTC TGCCGAGCTG AGTCAGCCAC AATCGGGCTG AGGGCTCTGG GGTCCCTGAC GAAACGGGTG GTGACGTAGG GGGTAACGCC GTGATCGCAG CAATCGCCGT TCGGCGATAG CAGCAGCCAC TCTGTGCTGG TTCCGAACCC AGCCAGCGAA GACCGCTTGT AGOTGACCGT CAAACGTCGG GTTGCGATCC TTCGAGCCAG GTGAGGCGTC GGGGGTCTTT CCGCATCTAC GATGACCGCC GAACGGACTC GTCCCGACGA TGGACCGGTG CTCACCGTCC TGTCTGGGTG AAAGCTGCGG TGTCATCCCC AAGCCTCGTC TGCGTGCTTG GACGGATCAG CACACTCCAG TTCCCCCCAO TGAGTGGGTG GTTGCCAGCC ACTTCGCCAC CCCAAGGTCC GGTGCSGGAA
PoolDNA
PoolDNA
2
2
2
2
0
0
0
0
n
0
0
0
Keterangan
Monomorfik Mouomorfik Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada arnplifikasi Tidak ada amplifikasi Polimsrfik tahan
).
I
I
3
2
2
I
J
0
3
0
3
2
0
0
0
Polimorfik tahan Tidak ada amplifikasi
I
I
Polimorfiktahan
0
0
0
0
Tidak ada amplifikasi Tidak ada attrplifikasi
0
2
Polimorfik rentan
n U
0
7
0
0
0
0
0
0
0
2
0
3
2
Polimorfik rentan Monomotfik Politnorfik rentan Polimorfik rqntan Polimorfik renttn
0
Tidak ada amplifikasi Polimorfik tahm Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Polimorfik t*tan Polimorfik tahan Polimorfik tahen Tidak ada amplifikasi Polimorfik tahan Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi
I
I
Monomorfik
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifiktsi Tidak ada amplifikasi Tidak a& amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi
I
0
Polimorfiktahan
0
0
CCASATGCAC
I
I
Tidak ada amplifikasi Manornorfik
GTGACATGCC TCAGGGAGGT AAGACCCCTC ASATGCAOCC TCACCACGGT CTTCACCCOA CACCAGGTGA GAGTCTCAGG
0
I
Pslimorfik rentan
0
0
Tidak ada amplifikasi
I
0
Polimorfiktahan
7
1
Polimorfik tahan
2
J
Polimodik rentan
1
2
0
0
Monomorfik Tidak ada amplifikasi
0
I
Folimorfik rentan
2
I
0
0
I
0
0
0
0
0
0
.it
n x.j:
!:i ::i
i;
:i :,, 1i-:
j: ,l;.
rtl
t a i.:
Jurnal AktaAgrosia
Vol. l0 No'2 hlm 108 -
n2
ll4 Jul 'Des 2007
Lianiutan
JumlahPita No
PRIMER (oPERO!,1)
ra }A
oPE-12
J3
oPE-l3 oPE-I4 oPE-l5
54 J5
Unrian Easa
PoolDNA
PoolDNA
TTATCGCCCC CCCGATTCGG TOCGGCTGAG
Polimorfiktahan
0 0
2 0 2
I
Tidak ada amplifikasi Pslimorfik tahan
ACSCACAACC
I
I
Monomorfik
0 0
0 0
0 0
0 0
Tidak Tidak Tidak Tidak
I
I
Monomorfik
CI
0
Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi
60
oPE-19 oPE-20
GGTGACTGTG CTACTGCCGT GGACTGCAGA ACGGCGTATG AACGGTGACC
6l
OPF-1
AC6GATCCTG
OPF-2 OPF-3
GAGGATCCCT CCTGATCACC GGTGATCAGG CCGAATTCCC GGGAATTCGG CCGATATCCC GGGATATCGG CCAAGCTTCC GGAAGCTTGG TTGGTACCCC
0 0 0
0
0
2 0
56
oPE-16
57
oPE-l7 oPE-l8
58 59
62 63
64 6J
OPF.4
69
OPF-J OPF-6 OPF-7 OPF-8 OPF-9
70
oPF-10
71
oPF-tl
72
80
oPF-12 oPF-13 oPF-14 oPF-15 oPF-16 oPF-17 oPF-18 oPF-19 oPF-20
8l
OPH.l
a1
90
OPH-2 OPH.3 OPH-4 OPH-J OPH-6 OPH.7 OPH-8 OPH-9 oPH-ICI
91
oFH-ll
66 67 68
73
74 7J
/b 77 78 79
83
84 85
86
8t 88 8S
9l
96
oPH-12 oPH-13 oPH-14 oPH-15 oPH-16
9?
oPH-t7
98
oPH-18
99
oPlI-19
100
OPH-?O
101
OPM-1 OPM-2
93
94 95
t02
Ketetangan
Tahan
rda arnplifikasi rda antplifikasi
Polimndtk rentan Polimorfik tentan Polimsrfik renttn
I I
I
ada amplifikasi ada amplifikasi
Polimorfik talean
Polimurfik renttn Polimorfik tentan
0 0
I
0
0
0 0
0
ACGSTACCAG
0
0
GGCTGCAGAA TGCTGCAGGT CCAGTACTCC GSAGTACTGG AACCCGGGAA TTCCCGGGTT CCTCTAGACC GGTCTAGAGG GGTCGGAGAA TCGGACGTGA AGACGTCCAC GGAAGTCGCC AGTCGTCCCC ACGCATCGCA CTGCATCGTG GAAACACCCC TGTAGCTGGG CCTACGTCAC CTTCCGCAGT ACGCGCATGT GACGCCACAC ACCAGGTTGG
0 u
0 0
t)
0
0 0 0
0 0
0
0
0
0
0
0
0
0
I
2
I
Tidak ada amplifikasi Tid* ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada atnplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada mnplifikasi Tidak adt amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Tidak ada amplifikasi Polimorfik tahan
2
2
Monomorfik
3
2
0
0
Polimorfik tahan Tidak ada amplifikasi
I
I
Monomorfik
0
0
0
Tidak ada amplifikasi Monomorfik Polimorfik tahan Monomorfik Polimorfik tahan Polimurfik tshafl Tidak ada amplifikasi Monomorfik Polimorfik tahan Polimorfik tahan Polimorfik tahan
0
0
I 0
I 2
1
I
0
0
0
AATGGCGCAS
I
I
TCTCAGCTGG CACTCTCCTC GAATCGGCCA CTGACCAGCC GGGAGACATC GTTSGTGGCT ACAACGCCTC
2
I 0
I
Manomsrfik
0
0
Tidak ada amplifikasi
I
I
MononLorfik
0
0
Tidak ada amplifikasi
Rustikawati, Catur Herison; Eliyanti, dan Sudarsono: Seleksi primer RApD
113
Lanjutan
$ro
PRIMER (0PER0I.D
103
OPM-3
104
OPM-4
l0J
OPM-5 OPM-6
106 107 108 109
110
ll
I
OPI,T.7
OPM.8 OPM.9
oPM-10 oPM- I
r
112
oPM-12
113
QPlrfl-13
lt5 n6 lt7
oPM-15 oPM-16 oPM-17 oPM-18 oPM-19 oPM-20
ll4
118
ll9 120
oFM-r4
JumlahPita UrutanBasa
PoolDNA
Tahan
GGGGGATGAG GGCGGTTGTC GOGAACGTGT CTGGGCAACT CCGTGACTCA TCTGTTCCCC GTCTTGCGGA TCTGGCGCAC GTCCACTGTG SGGACGTTGG GGTGGTCAAG AGGGTCGTTC GACCTACCAC GTAACCAGCC TCAGTCCGGG CACCATCCGT CCTTCAGGCA AGGTCTTGGG
00 0u 00 ll 20 00 00 l1 00 00 00 00 01 1l 00 l0 0l 20
Seleksi Primer RAPD Masing-masing tanaman tahan dan rentan diisolasi DNA. Pada kedua kelompok tersebut dilakukanp ooling DN Aberdasarkan konsentrasi
DNA secara proporsional. Visualisasi kualitas pool DNA pada konsentrasi 25 ng L-r (Gambar 2). Kedua pool DNA tersebut selanjutnya digunakan sebagai template dalam seleksi primer RAPD untuk ketahanan terhadap CMV. Berdasarkan hasil amplifikasi terhadap pool DNA tahan dan pool DNA rentan menggunakan 120 primer acak diperoleh bahwa terdapat 59 primer yang dapat mengamplifikasi DNA pool tahan maupun rentan (Tabel l). pada
teknik RAPD, berhasil tidaknya primer
mengamplifikasi suatu genom sangat ditentukan oleh sekuen basa yang dimiliki oleh primer tersebut yang menentukan primer bindiig pada genom (Michelmore et al.,l99l).
Di
antara 59 primer yang mampu mengamplifikasi DNA, 25 primer menghasilkan pita polimorfik pada pool DNA tahan, i5 primer polimorfisme pada pool rentan, dan lg primer monomorfik. Primer yang menghasilkan polimorfisme pada pool tahan tersebut merupakan kandidat primer yang menghasilkan pita terkait
PoolDHA Rentm
Keterangan
Tidak ada amplifikasi Tidak ada arnplifikasi Tidak ada amplifikasi
Monomorfik Polirnorfik tahm Tidak ada amplifikasi Tid* ada amplifikasi
Monomorfik Tidak Tidak Tidak Tidak
ada ada ada ada
amplifikasi arnplifikasi amplifikasi amplifikasi
Puliftorfik rentarr Monomorfik Tidak ada arnplifikasi Polimorfik tahan Politnorfik ren[sfl Polimorfik iehan
untuk ketahanan terhadap ketahanan terhadap
CMV karena ada peluang yang sangat besar bahwa mark
ay
angdihasilkan terpaut dengan gen
pengendali karakter tersebut. Marker yang polimorfik antara dua pool DNA yang dikonstruksi dari satu hibridisasi secara genetik akan terpaut dengan lokus yang digunakan untuk
menentukan konstruksi pool DNA (Michelmore et al., 1991). Peneliti lain juga menggunakan dasar polimorfism pada pool DNA dalam eksplorasi penanda molekuler. Lefebwe et al. (1995) menggunakan marker molekuler RAPD dan RFLP untuk menguji keterpautan intraspesifik pada cabai dan tomat. Dari 6d random primer yang diuji terdapat 24 primer yang terj adi amplifi kas i. Dibandingkan de n gan RFLP, RAPD 1,5 kali lebih banyak polimorfisme. Namun demikian penelitian dan analisis lebih lanjut masih perlu dilakukan untuk menghasilkan genetic linkage map untuk ketahanan terhadap CMV sehingga dapat ditentukan secara lebih akurat marka molekuler penanda ketahanan terhadap CMV. Hasil penelitian ini merupakan sebagian kecil hasilawal yang akan digunakan dalam pembuatan genetic linkage map tersebut.
Jurnal AktaAgrosia Vol.
il3
l0 No.2 hlm
108
'
KESIMPI'LAN
'
Dari 120 primer yang diuji diperoleh 25 primer acak yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi keterkaitan marka DNA dengan ketahananterhadap CMV. Ke-25 primer tersebut adalah OPA-7, OPA-13, OPA-15, OPA-20, OPC4, OPC-s, OPC-6, OPC-8, OPE-I, OPE.6, OPE.
7, OPE-12, OPE-14, OPF-6, OPH-3, OPH-s, oPH-10, OPH-12, OPH-13, OPH-I8, OPM-7,
SANWACANA Penelitian ini merupakan bagian dari R{JT yang dibiayai oleh Kementrian Riset dan
kepada AVRDC yang telah berkontribusi bahan dasar asesi cabai merah sehingga dapat diseleksi
sar Ien
ng ng
/ /
dan dihasilkan genotipe cabai tahan terhadap CMV, kepada Balai Penelitian Sayuran (Balitsa) /Lembang atas kontribusi inokulum virus CMV 02 untuk agen penguji, serta kepada PSPT-IPB dan PAU-IPB atas ijin penggunaan laboratoriurn selama penelitian ini berlangsung.
DAFTAR PUSTAKA
tik uk )re
an IM
tl. )D
A. Palloix and V. Lefebvre. 1997. ' QTLs for a component of partial resistance to cucumber mosaic virus in pepper : restriction ofvirus installation in
Caranta, C.,
host-cells. Theor Appl Genet 94: 431-438 Duriat, A.S. 1996. Management ofpepperviruses
ln
in Indonesia: problem and progress.
t6
J. tS(3):4s-50 Green, S.K. 1996. Viruses of pepper other than leafcurl virus. Protocol of creeningVirus Resistance on Pepper. AVRDC.
1g
R ls rk
k rt
ir iI rl
c
CA80867 dan C1043
x CA80867.
Prosiding Simposium Perhimpunan IImu Pemuliaan Indonesia Bogor 5 - 7 Agustus 2004
Herison, C. 2002. Pola Pewarisan Karakter Ketahanan dan Toleransi terhadap Cucumber Mosaic Virus'(CMV) pada Cabai Merah. Disertasi. Program Pascasarjana Unpad.
Virus by mechanical inoculation.
Teknologi RI. Terima kasih juga disampaikan
lup
pada cabai merah persilangan C1037 x
Herisol, C., Rustikawati, dan Sudarsono. 2003. Screening of 69 hot pepper lines for. resistance against Cucumber Mosaic
OPM-I8, dan OPM-20.
IX
ll4
114 Jul - Des 2007
IARD
Griffin, H., and A. Griffin. 1994.
PCR
Technology, current innovations. CRC ress. London Herison, C, Rustikawati dan Sudarsono. 2004. Kajian genetik ketahanan terhadap MV
Capsicum and Eggplant Newsletter
22:lll-114. Lefebvre, V., A Palloix, C. Caranta and E. Pochard. 1995. Construction of an , intraspesifik integrated linkage map of pepper using molecular markers and doubled-haploid progenies. Genome 38:
n2-121. Michelmore, R.W., I. Paran and R.V. Kesseli. 199 I . Identification of markers linked to disease-resistance genes by bulk segregant analysis: A rapid method to detect markers in specifik genomic regions by using segreganting populations. Proc. Natl. Acad. Sci. 88:9828-9832.
Sanghai-Maroof, M.A., K.M, Soliman, R.A. Jorgensen, and R.W. Allard. 1984. Ribosomal DNA spacer-length ' polymorphisms in barley: mendelian inheritance, chromosomal location, and population dynamic. Proc. Natl. Acad. Sci. 36:186-192. Williams, J.G.K., A.R. Kubelik, K.J. Livak, J.A. Rivalski and S.V. Tingey.l990. NA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acid Res. l8:6531-6535.
