IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-1 PADA KAMBING PERANAKAN ETAWAH DI BPTU KDI-HPT PELAIHARI KALIMANTAN SELATAN
MOHAMAD JAFAR SIDIQ
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi Keragaman Gen Insulin-like Growth Factor-1 pada Kambing Peranakan Etawah di BPTU KDI-HPT Pelaihari Kalimantan Selatan adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Oktober 2014 Mohamad Jafar Sidiq NIM D14100005
ABSTRAK MOHAMAD JAFAR SIDIQ. Identifikasi Keragaman Gen Insulin-like Growth Factor-1 pada Kambing Peranakan Etawah di BPTU KDI-HPT Pelaihari Kalimantan Selatan. Dibimbing oleh RINI HERLINA MULYONO dan JAKARIA. Produksi daging kambing Peranakan Etawah (PE) dapat ditingkatkan melalui peningkatan mutu genetik berdasarkan eksplorasi potensi gen yang diduga berpengaruh pada pertumbuhan. Gen Insulin-like Growth Factor-1 (IGF-1) diduga berpengaruh terhadap sifat pertumbuhan dan produksi susu. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi keragaman gen IGF-1 pada kambing PE di BPTU KDI-HPT Pelaihari Kalimantan Selatan. Polymerase Chain ReactionRestriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) adalah metode yang digunakan untuk mengidentifikasi keragaman genotip. Keragaman gen IGF-1 posisi 5’-flanking region dianalisa pada 115 sampel darah kambing PE. Primer yang dirancang dikhususkan untuk mengamplifikasi sekuen DNA target dengan panjang 249 pb. Enzim restriksi SnaBI yang memotong hasil amplifikasi menghasilkan satu alel B dengan frekuensi 1.00. Hasil penelitian menunjukan bahwa gen IGF-1|SnaBI pada kambing PE bersifat monomorfik. Berdasarkan penelitian terdahulu, alel B terfiksasi pada bobot badan dan ukuran tubuh. Kata kunci: IGF-1, kambing PE, keragaman, PCR-RFLP
ABSTRACT MOHAMAD JAFAR SIDIQ. Identification of Gen Insulin-like Growth Factor-1 Variability at Etawah Grade Goats in BPTU KDI-HPT Pelaihari South Kalimantan. Supervised by RINI HERLINA MULYONO and JAKARIA. Etawah grade goats meat productions can be improved through the efforts of livestock genetic enhancement based on the exploration of potential genes that supposedly strong influence in growth trait. Insulin-like growth factor-1 (IGF-1) gene is known to be associated with the milk production and growth traits. The objective of this research was to identify the polymorphism of IGF-1 gene in Etawah grade goats from BPTU KDI-HPT Pelaihari South Kalimantan. Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCRRFLP) method used to detect the genotype of IGF-1 gene. Polymorphism in 5’flanking region of IGF-1 gene was studied in 115 Etawah grade goats blood samples. A primer designed specifically was used to amplify a fragment DNA of IGF-1 locus along 249 bp. Restriction with SnaBI revealed one allele B was cut at one restriction site in fragment 249 bp. The frequencies for allele B was 1.00, resulting monomorphic allele. Based on Ge et al. (2001) and Siadkowska et al. (2006) researchs, allele B was associated on weight and body size. Key words: Etawah grade goats, IGF-1 gene, PCR-RFLP, polymorphism
IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-1 PADA KAMBING PERANAKAN ETAWAH DI BPTU KDI-HPT PELAIHARI KALIMANTAN SELATAN
MOHAMAD JAFAR SIDIQ
Skripsi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Peternakan pada Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan
DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI PETERNAKAN FAKULTAS PETERNAKAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014
Judul Skripsi : Identifikasi Keragaman Gen Insulin-like Growth Factor-1 pada Kambing Peranakan Etawah di BPTU KDI-HPT Pelaihari Kalimantan Selatan Nama : Mohamad Jafar Sidiq NIM : D14100005
Disetujui oleh
Ir Rini H Mulyono, MSi Pembimbing I
Dr Jakaria, SPt MSi Pembimbing II
Diketahui oleh
Prof Dr Ir Muladno, MSA Ketua Departemen
Tanggal Lulus: (
)
PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala atas segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih pada penelitian yang diselesaikan bulan Maret 2014 ini ialah kambing Peranakan Etawah, dengan judul Identifikasi Keragaman Gen Insulin-like Growth Factor-1 pada Kambing Peranakan Etawah di BPTU KDI-HPT Pelaihari Kalimantan Selatan. Terima kasih penulis ucapkan kepada Ir Rini H Mulyono, MSi dan Dr Jakaria, SPt MSi selaku pembimbing penelitian, M Baihaqi, SPt MSc selaku dosen penguji ujian akhir skripsi, serta Prof Dr Ir Cece Sumantri, MAgrSc yang telah banyak memberi saran. Penghargaan juga penulis sampaikan kepada Eryk Andreas, SPt MSi; Shelvi, SSi; Isyana Khoerunissa, SPt; Ahmad Furqon, SPt; Pandu, SPt; Komang Alit, SPt MSi; Ferdy Saputra, SPt MSi; Annisa Okta, SPt Msi dan Roaslein Putri, SPt dari Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, yang telah membantu selama penelitian berlangsung. Ungkapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada mamah (Sari Sutrisno), bapak (Drs Ragil Sarjoko), kakak (drh Joko Warsito dan Eva Kania Purnasiswi, AmdKeb), adik (Dede Kuncara Yekti), serta seluruh keluarga, atas segala doa dan kasih sayangnya. Terima kasih juga penulis ucapkan kepada sahabat khususnya Ria Putri Rahmadani yang selalu mendampingi dan menyemangati; Angga, Fender dan Novita selaku teman 1 tim penelitian yang selalu bersama; sahabat terbaik dari IPTP 47 Leo, Faisal, Hafiz, Rayis, Nova, Laras, Ica, Anita, Ishfi, Hesti, Mpie, Nidar, Vinny beserta teman-teman D’Protector lainnya; sahabat Fokkus Subang Dede, Bred, Mbot, Ega, Ujang, Arman, Yusup, Radia, Fahmi; juga sahabat D’Ransum atas segala bantuan dan dukungannya. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Oktober 2014 Mohamad Jafar Sidiq
DAFTAR ISI DAFTAR GAMBAR PENDAHULUAN Latar Belakang Tujuan Penelitian Ruang Lingkup Penelitian METODE Waktu dan Tempat Penelitian Materi Prosedur Analisis Data HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi dan Genotyping Gen IGF-1 Frekuensi Alel dan Pendugaan Arah Seleksi Kambing PE Penelitian berdasarkan Asosiasi antara Gen IGF-1 dengan Produksi Susu dan Pertumbuhan pada Penelitian Terdahulu SIMPULAN DAN SARAN DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN RIWAYAT HIDUP
viii 1 1 2 2 2 2 2 3 5 5 5
8 9 9 13 15
DAFTAR GAMBAR 1. Posisi penempelan primer pada sekuen gen IGF-1 5’-flanking region berdasarkan Gen Bank (nomor akses HQ731040.1) 2. Visualisasi hasil amplifikasi gen IGF-1 kambing PE dengan panjang 249 pb pada gel agarose 1.5%. 3. Visualisasi hasil PCR-RFLP gen IGF-1|SnaBI kambing PE pada gel agarose 2% yang bergenotip BB (249 pb). 4. Perbedaan sekuen alel A dan B pada gen IGF-1 sapi FH Poland nomor akses GenBank AF210383 (Siadkowska et al. 2006).
4 6 7 7
PENDAHULUAN Latar Belakang Konsumsi daging penduduk Indonesia mengalami peningkatan dari 2.40 g kapita-1 hari-1 pada tahun 2008 menjadi 3.41 g kapita-1 hari-1 pada tahun 2012, atau mengalami laju peningkatan sebesar 42.08% selama 5 tahun (BPS 2014). Konsumsi daging akan terus meningkat hingga mencapai angka 4 g kapita-1 hari-1 pada tahun 2015. Berdasarkan program swasembada sapi 2014, kemampuan produksi daging sapi di dalam negeri baru mampu memberikan kontribusi sekitar 30% terhadap kebutuhan nasional, sehingga perlu mendatangkan daging dari luar (Permentan 2010). Substitusi daging sapi dari ternak lain untuk memenuhi kebutuhan konsumsi protein hewani nasional sangat dibutuhkan demi tercapainya ketahanan pangan di Indonesia. Kambing Peranakan Etawah (PE) merupakan rumpun kambing lokal Indonesia yang telah dibudidayakan secara turun temurun, sehingga menjadi kekayaan sumber daya genetik ternak lokal Indonesia (Kepmentan 695/kpts/PD.410/2/2013). Populasi ternak kambing di Indonesia meningkat setiap tahunnya. Berdasarkan statistik peternakan tahun 2014, populasi kambing mengalami peningkatan sebesar 30% dalam kurun waktu 5 tahun. Namun, perkembangan produktivitasnya hampir tidak mengalami kemajuan berarti. Terlihat pada ketersediaan daging kambing dan domba di pasar Indonesia yang tergolong sangat rendah yaitu sebesar 7.32% (Ditjennak 2014). Evaluasi mengenai faktor-faktor yang berpengaruh terhadap produktivitas ternak kambing perlu dilakukan. Kambing PE termasuk ternak tipe perah karena produksi susunya yang tinggi melebihi yang dibutuhkan anaknya. Satu ekor kambing PE dapat memproduksi susu 1-3 L hari-1 (Kepmentan 695/kpts/PD.410/2/2013). Balai Pembibitan Ternak Unggul Kambing Domba Itik-Hijauan Pakan Ternak (BPTU KDI-HPT) Pelaihari, Kalimantan Selatan, merupakan salah satu lembaga yang spesifik menangani peningkatan produktivitas kambing. Namun, karena kondisi lingkungan di BPTU KDI-HPT sangat panas dan gersang, sehingga tidak memungkinkan untuk mengembangbiakkan ternak perah. Lembaga tersebut bertujuan untuk mengarahkan kambing PE sebagai ternak penghasil daging karena bobot hidupnya yang cukup tinggi dan toleran terhadap panas. Kambing PE mempunyai bobot hidup antara 40-45 kg (Atabany et al. 2009). Kambing PE diharapkan dapat meningkatkan pasokan daging di masyarakat. Data fenotipik dan genotipik sangat diperlukan untuk mendukung program tersebut. Produktivitas kambing PE sebagai ternak penghasil daging dapat ditingkatkan melalui upaya peningkatan mutu genetik. Salah satu gen yang mengontrol sifat produksi dan pertumbuhan pada ternak adalah gen Insulin-like Growth Factor-1 (IGF-1). Menurut Werner et al. (1994), gen IGF-1 berperan penting dalam pertumbuhan dan perkembangan pada mamalia. Gen IGF-1 juga berperan pada pertumbuhan pasca lahir serta membantu mengatur pertumbuhan tulang dan otot (Sellier 2000). Beberapa peneliti melaporkan terdapat korelasi antara IGF-1 dengan laju pertumbuhan pada sapi Angus (Ge et al. 2001). Siadkowska et al. (2006) juga melaporkan terdapat korelasi antara IGF-1 dengan
2 bobot sapih dan produksi susu pada sapi Frisian-Holstein Polandia. Deng et al. (2010) menghubungkan gen IGF-1 dengan produksi susu dan ukuran tubuh pada kambing perah Cina. Keberagaman pada gen IGF-1 pada populasi kambing PE dapat dijadikan acuan untuk peningkatan frekuensi gen yang dikehendaki melalui seleksi. Identifikasi gen yang berpengaruh terhadap pertumbuhan dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Metode tersebut merupakan metode untuk mendeteksi kejadian mutasi pada situs pemotongan yang khas oleh suatu enzim restriksi (Muladno 2010). Keterbatasan informasi mengenai keragaman gen IGF-1 pada kambing PE menjadi dasar penelitian ini dilakukan. Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman gen Insulin-like Growth Factor-1 (IGF-1) posisi 5’-flanking region pada kambing Peranakan Etawah (PE) di BPTU KDI-HPT Pelaihari Kalimantan Selatan. Ruang Lingkup Penelitian Ruang lingkup penelitian ini yaitu identifikasi keragaman gen Insulin-like Growth Factor-1 (IGF-1) posisi 5’-flanking region pada ternak kambing PE sebanyak 115 ekor menggunakan metode PCR-RFLP dengan enzim restriksi SnaBI.
METODE Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilakukan pada bulan Januari 2014 sampai bulan Maret 2014. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Materi Sampel Sampel darah yang digunakan pada penelitian ini merupakan koleksi darah yang berada di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Sampel darah tersebut berasal dari 115 ekor kambing PE (8 ekor jantan dan 107 ekor betina) yang dipelihara di BPTU KDI-HPT Pelaihari, Kalimantan Selatan.
3 Ekstraksi DNA Bahan-bahan yang digunakan untuk ekstraksi DNA darah terdiri atas EtOH absolute 70%, destilation water (DW), EDTA, NaCl 0.2%, 1 x STE (Sodium trisEDTA), SDS (Sodium dodecyl sulphat) 10%, Proteinase-K 5 mg mL-1, phenol, CIAA (chloroform isoamil alkohol), NaCl 5 M, dan TE (tris elution) 80%. Alatalat yang akan digunakan untuk ekstraksi DNA adalah tabung 1.5 mL, satu set pipetor beserta tip, vortex, sentrifuge, tilter, freezer dan inkubator. Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) Bahan-bahan yang digunakan untuk PCR-RFLP adalah sampel DNA, destilation water (DW), buffer, MgCl2, pasangan primer forward dan reverse, enzim Taq polymerase, dNTPs, dan enzim restriksi SnaBI (TAC|GTA). Alat-alat yang akan digunakan pada proses PCR-RFLP adalah mesin PCR thermocycler, vortex, micro sentrifuge, tabung PCR, satu set micropippet beserta tip, refrigerator, dan inkubator. Primer yang digunakan pada penelitian ini dikutip dari Ge et al. (2001), yaitu forward: 5’-ATTACAAAGCTGCCTGCCCC-3’ dan reverse: 5’-ACCTTACCCGTATGAAAGGAATATACGT-3’. Elektroforesis Bahan-bahan yang digunakan untuk membuat gel elektroforesis terdiri atas serbuk agarose, larutan 0.5 x TBE (Tris-Borat EDTA) dan EtBr (Etidium Bromide). Bahan yang digunakan untuk elektroforesis produk PCR adalah produk PCR, loading dye dan marker 100 bp. Alat-alat yang akan digunakan adalah satu set tray pencetak gel, timbangan digital, pipetor, tip, breaker glass, microwave, stirrer, power supply 100 volt dan UV transilluminator. Prosedur Ekstraksi DNA Metode ekstraksi DNA yang digunakan yaitu metode menurut Sambrook et al. (1989). Pertama-tama, sampel darah diambil sebanyak 200 µL dan ditambahkan dengan 1 000 µL DW, kemudian dipusingkan pada kecepatan 8 000 rpm selama 5 menit sampai terbentuk endapan. Endapan kemudian ditambahkan dengan 1 x STE sebanyak 350 µL, 10% SDS sebanyak 40 µL dan enzim proteinase K 5 mg mL-1 sebanyak 10 µL. Sampel diinkubasi dan digoyang secara perlahan pada suhu 55 oC selama 2 jam. Larutan phenol ditambahkan ke sampel yang telah diinkubasi sebanyak 400 µL, CIAA sebanyak 400 µL dan NaCl 5 M sebanyak 40 µL, kemudian digoyangkan perlahan selama 1 jam pada suhu ruang. Selanjutnya, sampel dipusingkan pada kecepatan 12 000 rpm selama 5 menit. Cairan bening pada lapisan paling atas diambil sebanyak 400 µL dan dipindahkan ke tabung baru kemudian ditambahkan EtOH absolute (70%) sebanyak 800 µL dan NaCl 5 M sebanyak 40 µL, lalu dibekukan selama 12 jam dalam frezeer (overnight). Sampel dipusingkan pada kecepatan 12 000 rpm selama 5 menit sampai terbentuk endapan putih. Endapan ditiriskan dan ditambah dengan 100 µL TE 80%.
4 Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) Tahapan amplifikasi DNA (PCR) yaitu DNA hasil ekstraksi diambil sebanyak 1 µL dan dimasukkan ke dalam tabung 0.2 mL, kemudian ditambahkan larutan premix dengan volume 14 µL. Premix dibuat dengan campuran 0.2 µL primer, 0.3 µL dNTPs, 1.2 µL MgCl2, 1.5 µL buffer, 0.05 µL enzim Taq polymerase dan 10.55 µL DW. Campuran sampel DNA dan premix tersebut diinkubasi dengan menggunakan mesin PCR thermocycler. Proses amplifikasi DNA terdiri atas 35 siklus. Tahap awal yaitu predenaturasi 95 oC selama 5 menit yang kemudian diikuti dengan siklus PCR yaitu denaturasi 95 oC selama 10 detik, penempelan (annealing) 58 oC selama 20 detik dan ekstensi (elongasi) DNA pada suhu 72 oC selama 30 detik. Tahapan akhir adalah pemanjangan primer (post-elongasi) pada suhu 72 oC selama 5 menit. Hasil amplifikasi DNA divisualisasikan dengan elektroforesis. Pita-pita DNA yang muncul dibandingkan dengan marker untuk mengetahui panjang pita. Teknik PCR yang digunakan yaitu Primer Introduced Restriction Analysis (PIRA). Teknik PCR-PIRA digunakan untuk mendeteksi mutasi dengan mengintroduksikan situs restriksi artifisial menggunakan primer yang dimodifikasi. Posisi penempelan primer dan titik potong/PIRA disajikan pada Gambar 1. 1381 1431 1481 1531 1581 1631
atgagacagt caggttctag ggtcatccca ttaaaatcat taaattttgt aatattcctt
gtcctgaggg gaaatgagat gcgccgtctt agagtatgct cttggctctg tcatacgggt
Primer forward Primer reverse Titik potong/PIRA
gagccaatta cattcccctc ccagtctagt tgagatgtct gaatataaaa aaggtgtatt
caaagctgcc acttggcaac ttaccccagt ttttttcatt ttgctcaccc agcagatgtg
tgcccctttc caggacgagg cgtttgaggg tcttgttttt atcctccacg tgtgtcttca
5’-attacaaagctgcctgcccc-3’ 5’-accttacccgtatgaaaggaatatacgt-3’ 5’-tac|gta-3’
Gambar 1 Posisi penempelan primer dan titik potong/PIRA pada sekuen gen IGF-1 5’-flanking region berdasarkan Gen Bank (nomor akses HQ731040.1) Genotyping (RFLP) dilakukan dengan cara menambah 5 µL amplikon (produk PCR) dengan 1 µL DW, 0.7 µL buffer tango dan 0.3 µL enzim restriksi SnaBI (TAC|GTA), kemudian diinkubasi pada suhu 37 oC selama 16 jam. Hasil pemotongan DNA divisualisasikan dengan elektroforesis. Pita-pita DNA yang muncul merupakan situs pemotongan dari enzim dan akan dibandingkan dengan marker untuk mengetahui panjang pita. Jumlah setiap pita DNA dari sampel dibandingkan untuk menentukan genotip individu. Elektroforesis Elektroforesis menggunakan gel dengan konsentrasi agarose yang berbeda pada masing-masing prosedur. Produk ekstraksi dielektroforesis menggunakan agarose gel 1% yang dibuat dari 0.2 g serbuk agarose, 20 mL 0.5 x TBE, dan 1.8 µL EtBr. Produk PCR dielektroforesis menggunakan agarose gel 1.5% yang
5 dibuat dari 0.3 g serbuk agarose, 20 mL 0.5 x TBE, dan 1.8 µL EtBr. Produk RFLP dielektroforesis menggunakan agarose gel 2% yang dibuat dari 0.4 g serbuk agarose, 20 mL 0.5 x TBE, dan 1.8 µL EtBr. Gel dicetak pada tray pencetak lalu ditunggu hingga mengeras. Sampel sebanyak 5 µL dilarutkan dalam loading dye 1 µL dan dimasukan ke dalam sumur tray. Elektroforesis dilakukan selama 35-45 menit pada tegangan konstan 100 V atau sampai pewarna bromtimol blue mencapai bagian bawah gel. Pita-pita akan tampak dengan bantuan sinar ultra violet pada UV transilluminator. Analisis Data Analisis data menggunakan perhitungan frekuensi genotipe dan frekuensi alel. Frekuensi genotipe (xii) dapat diketahui dengan perbandingan jumlah genotipe tertentu pada setiap sampel (Nei dan Kumar 2000) dengan rumus sebagai berikut: xii = Keterangan:
nii N
xii = frekuensi genotipe ke-ii nii = jumlah individu bergenotipe ii N = jumlah individu sampel
Frekuensi alel (xi) adalah rasio relatif suatu alel terhadap keseluruhan alel pada suatu lokus dalam populasi, dengan rumus sebagai berikut: xi = Keterangan:
xi nii nij N
2nii + nij 2N
= frekuensi alel ke-i = jumlah individu bergenotipe ii = jumlah individu bergenotipe ij = jumlah individu sampel
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi dan Genotyping Gen IGF-1 Penelitian ini menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk mengamplifikasi segmen DNA. Primer yang digunakan disusun berdasarkan literatur Ge et al. (2001) untuk mengamplifikasi gen IGF-1 posisi 5’flanking region pada sapi Angus, Sidakowska et al. (2006) pada sapi FriesianHolstein Polandia, dan Deng et al. (2010) pada kambing perah China. Primer yang digunakan dapat berkomplemen pada masing-masing ternak yang digunakan, karena terdapat kesamaan sekuen di posisi 5’-flanking region gen IGF-1 antara ketiga bangsa ternak tersebut. Pada penelitian ini, persentase keberhasilan amplifikasi gen IGF-1 posisi 5’flanking region pada 115 kambing PE adalah 100%. Menurut Muladno (2010) proses amplifikasi di dalam mesin thermocycler sesuai dengan siklus PCR dimulai dengan denaturasi DNA untuk memisahkan rantai DNA menjadi rantai tunggal, penempelan primer pada cetakan DNA yang telah terpisah (annealing), yang
6 diakhiri dengan sintesis molekul DNA yang disebut ekstensi. Dijelaskan bahwa siklus PCR berlangsung sebanyak 30-35 kali. Sulandari dan Zein (2003) menyatakan bahwa tahapan pre-denaturasi sebelum siklus dilalui untuk memastikan bahwa semua DNA target benar-benar terdenaturasi, sedangkan tahapan post-ekstensi setelah siklus dilalui untuk memastikan bahwa semua hasil PCR berbentuk untai ganda. Pada penelitian ini siklus PCR dilakukan sebanyak 35 kali. Penelitian ini menggunakan suhu pre-denaturasi 95 oC selama 5 menit kemudian dilanjutkan tahapan denaturasi pada suhu 95 oC selama 10 detik. Sulandari dan Zein (2003) menyatakan bahwa suhu umum untuk denaturasi DNA berkisar 94-95 oC selama 30 detik sesuai dengan banyaknya nukleotida G dan C. Semakin banyak nukleotida G dan C pada DNA target maka suhunya semakin tinggi. Proses denaturasi pada penelitian ini lebih cepat dibandingkan dengan Sulandari dan Zein (2003). Proses selanjutnya pada penelitian ini yaitu annealing pada suhu 58 oC selama 20 detik. Suhu annealing yang digunakan pada penelitian ini berbeda dengan yang digunakan oleh Ge et al. (2001) yaitu pada 60.3 oC selama 40 detik. Proses ekstensi atau pemanjangan untai DNA setelah penempelan primer pada penelitian ini terjadi pada suhu 72 oC selama 30 detik. Menurut Sulandari dan Zein (2003), proses ekstensi terjadi karena enzim DNA polimerase membentuk untaian DNA yang berkomplemen dengan kecepatan penyusunan nukleotida sebanyak 35-100 nukleotida per detik. Proses ekstensi pada penelitian ini menghasilkan 235 fragmen DNA karena melalui 35 siklus. Proses terakhir yaitu post-ekstensi dilalui pada suhu 72 oC selama 5 menit. Gen IGF-1 pada kambing PE berhasil diamplifikasi dengan panjang produk PCR 249 pb, berdasarkan sekuen gen IGF-1 capra (Gen Bank nomor akses HQ731040.1) yang hanya ditunjukkan dengan 1 pita hasil amplifikasi sepanjang 249 pb. Hasil amplifikasi gen IGF-I yang diperoleh divisualisasikan pada gel agarose 1.5% seperti yang disajikan pada Gambar 2. Hasil pita amplifikasi pada penelitian ini diperlihatkan diantara 200-300 pb.
M: marker (100 pb), 1-14: sampel DNA kambing PE.
Gambar 2 Visualisasi hasil amplifikasi gen IGF-1 kambing PE dengan panjang 249 pb pada gel agarose 1.5%. Pendeteksian keragaman (genotyping) gen IGF-1 5’-flanking region pada penelitian ini menggunakan metode Restriction Fragment Length Polymorphism
7 (RFLP). Teknik ini diketahui sebagai metode yang paling mudah, murah, dan akurat dalam mendeteksi mutasi subtitusi pada beberapa populasi ternak (Sumantri et al. 2007). Enzim restriksi yang digunakan yaitu SnaBI (TAC|GTA). Hasil genotyping pada penelitian ini ditemukan 1 fragmen DNA dalam bentuk pita dengan panjang 249 pb pada semua sampel DNA individu. Hal tersebut terjadi karena enzim restriksi SnaBI tidak mengenali situs potong pada amplikon. Hasil genotyping divisualisasikan pada gel agarose 2% yang disajikan pada Gambar 3.
M: marker (100 pb), A: amplikon, 1-13: sampel DNA kambing PE
Gambar 3 Visualisasi hasil genotyping gen IGF-1|SnaBI kambing PE pada gel agarose 2% dengan genotip BB (249 pb). Pita dengan panjang 249 pb berdasarkan Siadkowska et al. (2006) menunjukkan alel B karena tidak terjadi pemotongan oleh enzim restriksi. Siadkowska et al. (2006) menjelaskan apabila terjadi mutasi karena enzim SnaBI mengenali daerah situs potong maka alel yang muncul adalah alel A dengan panjang 223 pb. Siadkowska et al. (2006) menggunakan primer yang sama dengan yang digunakan pada penelitian ini, sehingga penentuan jenis alel berdasarkan peneliti-peneliti tersebut. Pada penelitian ini pita dengan panjang 249 pb pada semua sampel DNA individu kambing PE menunjukkan alel yang seragam yaitu alel B (Gambar 3). Gen IGF-1 kambing memiliki 6 784 pasangan basa. Gambar 4 menyajikan perbedaan sekuen alel A dan alel B pada gen IGF-1 menurut Siadkowska et al. (2006). Pada alel A, mutasi transisi antar basa pirimidin TC terjadi pada basa ke-1 627 atau pada basa ke-221 amplikon (produk PCR) karena titik potong enzim SnaBI (TAC|GTA); sedangkan pada Alel B tidak terjadi mutasi, seperti yang ditemukan pada penelitian ini. Alel A: 5’-----cccatcctcTAC|GAAtattcctt-----3’ Alel B: 5’-----cccatcctcCAC|GAAtattcctt-----3’ Gambar 4 Perbedaan sekuen alel A dan B pada gen IGF-1 sapi FH Poland nomor akses GenBank AF210383 (Siadkowska et al. 2006) Berdasarkan penelitian Siadkowska et al. (2006), sapi yang bergenotip AA ditunjukkan dengan 1 fragmen DNA (pita) panjang 223 pb. Genotip BB
8 ditunjukkan dengan 1 pita dengan panjang 249 pb, sedangkan genotip AB ditunjukkan dengan 2 pita dengan panjang 223 dan 249 pb. Penelitian ini memperoleh 1 pita dengan panjang 249 pb, sehingga semua individu kambing PE Pelaihari bergenotip BB. Frekuensi Alel dan Pendugaan Arah Seleksi Kambing PE Penelitian berdasarkan Asosiasi antara Gen IGF-1 dengan Produksi Susu dan Pertumbuhan pada Penelitian Terdahulu Alel yang ditemukan pada penelitian ini hanya 1 jenis yaitu alel B (100%). Menurut Allendorf dan Luikart (2006), suatu alel dinyatakan polimorfik jika memiliki frekuensi alel sama dengan atau kurang dari 0.99 (99%). Nilai tersebut menunjukkan bahwa tidak terdapat mutasi pada basa target. Asosiasi antara jenis alel pada gen IGF-1 terhadap produksi susu dan pertumbuhan berdasarkan penelitian Ge et al. (2001), Siadkowska et al. (2006), dan Anggraeni et al. (2012), digunakan untuk menduga arah seleksi kambing PE penelitian. Frekuensi alel sapi Angus, sapi FH Polandia, sapi FH Ciawi, dan kambing PE penelitian ini serta pendugaan asosiasi antara gen IGF-1 dengan produksi susu dan pertumbuhan berdasarkan penelitian terdahulu, disajikan pada Tabel 1. Tabel 1 Frekuensi alel gen IGF-1 kambing PE penelitian dan beberapa jenis sapi penelitian terdahulu serta asosiasinya berdasarkan asosiasi penelitian terdahulu No.
Jenis Ternak
Alel A B
Frek. 0.639 0.361
Asosiasi Pertumbuhan lambat Pertumbuhan cepat
1.
Sapi Angus
2.
Sapi FH Polandia
A B
0.520 0.480
Produksi susu tinggi Bobot hidup tinggi
3.
Sapi FH Ciawi-Indonesia
A B
0.000 1.000
-
4.
Kambing PE BPTU KDI-HPT
A B
0.000 1.000
-
Sumber: 1. Ge et al. (2001), 2. Siadkowska et al. (2006), 3. Anggraeni et al. (2012), 4. Hasil penelitian
Ge et al. (2001) melaporkan pada sapi Angus memiliki 2 alel (A dan B) dan menghasilkan 3 genotip, yaitu genotip AA (226 pb), genotip AB (226 dan 249 pb), dan genotip BB (249 pb). Genotip BB memiliki bobot hidup yang paling tinggi. Siadkowska et al. (2006) melaporkan pada sapi FH Polandia memiliki 2 alel (A dan B) dan menghasilkan 3 genotip, yaitu genotip AA (223 dan 26 pb), genotip AB (249, 223, dan 26 pb), dan genotip BB (249 pb). Genotip AB memiliki produksi susu dan kualitas karkas paling baik, sedangkan genotip BB memiliki sifat pertumbuhan yang paling baik. Penelitian Anggraeni et al. (2012) untuk penentuan alel pada gen IGF-I sapi FH Ciawi-Indonesia diperoleh hasil monomorfik. Hasil monomorfik genotyping gen IGF-1 kambing PE penelitian terfiksasi pada alel B kemungkinan menunjukkan bahwa populasi kambing PE BPTU KDI-
9 HPT Pelaihari merupakan hasil seleksi ke arah pedaging. Hal itu terjadi karena populasi yang digunakan merupakan hasil seleksi bakalan sesuai dengan SNI berdasarkan ukuran tubuh dan bobot badan dari populasi kambing PE yang didatangkan dari Kaligesing Jawa Tengah.
SIMPULAN DAN SARAN Simpulan Identifikasi keragaman gen IGF-1 posisi 5’-flanking region pada populasi kambing PE di BPTU KDI-HPT Pelaihari Kalimantan Selatan diperoleh genotip BB dan alel B (100%). Hal tersebut menunjukan bahwa populasi kambing PE di BPTU KDI-HPT terjadi keseragaman (monomorfik) pada gen IGF-1 posisi 5’flanking region. Saran Identifikasi keragaman pada populasi kambing PE di BPTU KDI-HPT Pelaihari Kalimantan Selatan yang lebih besar, dan populasi kambing PE dengan letak geografis dan keadaan lingkungan yang berbeda dari populasi yang digunakan pada penelitian, perlu dilakukan. Identifikasi keragaman gen IGF-1 pada fragmen yang berbeda diperlukan untuk menemukan keragaman yang lebih tinggi. Metode identifikasi keragaman selain PCR-RFLP, misalnya dengan metode Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism (PCR-SSCP), juga perlu dilakukan.
DAFTAR PUSTAKA [BPS]. Badan Pusat Statistik. 2014. Populasi Ternak Menurut Provinsi dan Jenis Ternak 2000-2012. Jakarta (ID): Badan Pusat Statistik. [Ditjennak]. Direktorat Jenderal Peternakan. 2014. Statistik Peternakan 2012. Jakarta (ID): Departemen Pertanian. [Kepmentan]. Keputusan Menteri Pertanian. 2013. Penetapan Rumpun Kambing Peranakan Etawah. Keputusan Menteri Pertanian No 695/kpts/PD.410/2/2013. Jakarta (ID): Departemen Pertanian. [Permentan]. Peraturan Menteri Pertanian. 2010. Pedoman Umum Program Swasembada Daging Sapi 2014. Peraturan Menteri Pertanian No 19/Permentan/OT.140/2/2010. Jakarta (ID): Departemen Pertanian. Allendorf FW, Luikart G. 2006. Conservation and The Genetics of Populations. Oxford (UK): Blackwell Pub. Anggraeni A, Hasinah H, Arta SA, Tiesnamurti B, Misrianti R, Andreas E. 2012. Genetic Variation of the IGF1 and OPN Genes in Holstein-Friesian Dairy Cattle of Historical and Non-Historical Twins. Proceeding of the 2nd International Seminar on Animal Industry. Bogor (ID): IPB.
10 Atabany A. 2013. Beternak Kambing Peranakan Etawah. Bogor (ID): IPB Pr. Deng C, Ma R, Yue X, Lan X, Chen H, Lei C. 2010. Association of IGF-1 gene polymorphisms with milk yield and body size in Chinese dairy goats. Genetics molecular biol. 33(2): 266-270. Ge W, Davis ME, Hines HC, Irvin KM, Simmen RC. 2001. Association of a genetic marker with blood serum Insulin-like Growth Factor-1 concentration and growth traits in Angus cattle. J. Anim. Sci. 79:1757-1762. Muladno. 2010. Teknologi Rekayasa Genetika. Ed ke-2. Bogor (ID): IPB Pr. Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution dan Phylogenetics. New York (US): Oxford University Pr. Noor RR. 2010. Genetika Ternak. Ed ke-6. Jakarta (ID): Penebar Swadaya. Sambrook J, Fritsch EF, Medrano JF. 1989. Molecular Cloning: a Laboratory Manual. Ed ke-2. New York (US): Cold Spring Harbor Laboratory Pr. Siadkowska E, Zwierzchowski L, Oprzadek J, Strzalkowska N, Bagnieka E, Krzyzewski J. 2006. Effect of polymorphism in IGF-1 gene on production traits in Polish Holstein-Friesian cattle. Anim. Sci. Pap. Rep. 24(3): 225-237. Sellier P. 2000. Genetically caused retarded growth in animals. Domest Anim. Endocrinol. 19:105-119. Sulandari S, Zein MSA. 2003. Panduan Praktis Laboratorium DNA. Cibinong (ID): Bidang Zoologi, Pusat Penelitian Biologi-LIPI Pr. Sumantri C, Anggraeni A, Farajallah A, Perwitasari D. 2007. Keragaman mikrosatelit DNA sapi perah FH di Balai Pembibitan Ternak Unggul Baturraden. JITV. 12: 124-133. Werner H, M Adamo, CT Roberts Jr, D LeRoith. 1994. Molecular and cellular aspects of insulin-like growth factor action. Vitam. Horm. 48:1–58.
LAMPIRAN Lampiran 1 Sekuen lengkap gen IGF-1 kambing (GenBank: HQ731040.1) LOCUS DEFINITION
HQ731040 6784 bp DNA linear MAM 19-JUN-2013 Capra hircus Insulin-like Growth Factor-1 (IGF1) gene, complete cds. ACCESSION HQ731040 VERSION HQ731040.1 GI:317016682 SOURCE Capra hircus (goat) ORGANISM Capra hircus Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Caprinae; Capra. REFERENCE 1 (bases 1 to 6784) AUTHORS Sharma,A., Dutt,G., Jayakumar,S., Saroha,V., Verma,N.K. and Dixit,S.P. TITLE Genetic structuring of nine Indian domestic goat breeds based on SNPs identified in IGF-1 gene JOURNAL Anim. Biotechnol. 24 (2), 148-157 (2013) PUBMED 23534960 REFERENCE 2 (bases 1 to 6784)
11 AUTHORS TITLE JOURNAL
Sharma,A., Vyas,M.K., Dutt,G. and Dixit,S.P. Direct Submission Submitted (20-DEC-2010) DNA Fingerprinting Unit, National Bureau of Animal Genetic Resources, GT Road By Pass, Post Box-129, Karnal, Haryana 132001, India FEATURES Location/Qualifiers source 1..6784 /organism="Capra hircus" /mol_type="genomic DNA" /db_xref="taxon:9925" /tissue_type="blood" gene 1939..6309 /gene="IGF1" mRNA join(1939..2200,4765..4924,5539..5720,6089..6309) /gene="IGF1" /product="Insulin-like Growth Factor-1" exon 1939..2200 /gene="IGF1" /number=1 5'UTR 1939..2137 /gene="IGF1" CDS join(2138..2200,4765..4924,5539..5720,6089..6148) /gene="IGF1" /codon_start=1 /product="Insulin-like Growth Factor-1" /protein_id="ADU85918.1" /db_xref="GI:317016683" /translation="MGKISSLPTQLFKCCFCDFLKQVKMPVTSSSHLFYLALCLLA FTSSATAGPETLCGAELVDALQFVCGDRGFYFNKPTGYGSSSRRAPQTGIV DECCFRSCDLRRLEMYCAPLKPTKSARSVRAQRHTDMPKAQKEVHLKNT SRGSAGNKNYRM" exon 4765..4924 /gene="IGF1" /number=2 exon 5539..5720 /gene="IGF1" /number=3 exon 6089..6309 /gene="IGF1" /number=4 3'UTR 6149..6309 /gene="IGF1" ORIGIN 1 gatctttcaa cccatgagac aatctgtatc ttcaaagtcc atgagaggag gctgggcttt 61 tttcacaaaa ggtgtgatgc gctgaagctg aaggaaattt taaaaaataa ataaacccaa 121 accccagatt tttagtgaac aattcctaag gttaaatgca tgaagtgggg ctcattaaag 181 gaggtcttgg attcttctca aagtacagga cttgccccca cacctgaaga tgccccccca 241 ccccgcctac ctcttgatga tgtgtatctc ttcaggtcaa aacacatccc ctgaaacttc
12 301 ccaactttgc atttcaaagc tcctcatgac acacccctcc tcctccatcc tggattctca 361 gtagtttcac ttccctgact ttccagagaa agtgtgcact tttcatattt ttaaaagcgc 421 atcccaccac gtgacagtgc tgttttcctc tctgcctctg ccacttagtt gaaaggccct 481 gtggtgtgtg taactgagca cacagtagga gcgcactcac tgaatgcgca atatagtgca 541 ctgttggaat ggcatcactc ctcgtgtcta acttgtcttt cttaaaggta aacactgccc 601 caagtttaat cacagagaag gcttgagcga actcaacccc ctttcaaaac caatcaggtt 661 ttcctttaag ggcacccacc tctgcaacag cttcctggcc atggccataa agacctagac 721 aagagtttca agcaaacctt tgtttatagt cgaagcatca ggatcactgt gtcccctgag 781 aatcaagagg gagaaataca aggtccaggc tactcccacc attccagaaa accatgcccc 841 aatagacccc agggaaagtg ggatgtctaa gctgggcttt tgcaatctta tttcataatc 901 cactttctta tcgcctcctt cacaaaactg atgagaaatt ggtacaaact ctatcgacaa 961 aagatcacaa cttgatcctc aatggcaaag gcaagtatac attataaata gcaaaacagc 1021 tggcttggac catgttgctg gccactcatc ctgctgagag atttgaatga catcataacc 1081 cttgagaggg tattgctagc cagctggtgt tatttagaat acacaaaaag gggggaaaga 1141 aaatgcactc acgtgcacac acacacaaat acacacacac acacacaggt tcaagttatg 1201 cagaaaaata tgaacagtgg gaaaatcatt tgcccctcag atgcccttcc cctggtgtgg 1261 ggtgggggtc ggggtggggg ccaagcagca gagtagagga aggaagaaag agattcgatt 1321 ttattttttc agttggcttt acagctcagc aaaatctttg ccctgtcgtg ggcaaaaagc 1381 atgagacagt gtcctgaggg gagccaatta caaagctgcc tgcccctttc caggttctag 1441 gaaatgagat cattcccctc acttggcaac caggacgagg ggtcatccca gcgccgtctt 1501 ccagtctagt ttaccccagt cgtttgaggg ttaaaatcat agagtatgct tgagatgtct 1561 ttttttcatt tcttgttttt taaattttgt cttggctctg gaatataaaa ttgctcaccc 1621 atcctccacg aatattcctt tcatacgggt aaggtgtatt agcagatgtg tgtgtcttca 1681 tgcccggtag aaagttaatc agaggacagc atcaggattt taatgtctgc tcctcttgtc 1741 actaacacac attcttttaa gggaaaaaaa tgcttctgtg ctctagtttt aaaatgcaaa 1801 ggtatgatgt tatttgtcac catgcccaaa aaagtcctta ctcgataact ttgccagaag 1861 agggagagag agagaaggca agcgttcccc cagctgtttc ctgtctacag tgtctgtgtt 1921 ttgtagataa atgtgaggat gtgctcgaaa tccctcttct gtttgctaaa tctcacagtc 1981 acagctaaat tcagagcaga tagagcctgc gcaatggaat aaagtcctca aaattgaaat 2041 gtgacattgc tctcaacatc tcccatctcc ctggatttct ttttgcctca ttattcctgc 2101 taaccaattc atttccagac tttgcacttc aaaagcaatg ggaaaaatca gcagtcttcc 2161 aacccaatta tttaagtgct gcttttgtga tttcttgaag gtaaatattt cttactcttt 2221 gaagtcattg gggaattttc tttaaattgt gtactgcttg cttctgctta gaaatgttct 2281 tcactttaga attttcattg tttcggcact gggagttatt tataaattgc tgaatatgca 2341 attctgtggg atctgaaaaa atagctccgg gagataaatg cctttgcaca gatatctgta 2401 tgagtaaaaa ctattgcaag gtacttatgc taaatcctcc acttccttca gagcttgagt 2461 ggtgtcatta tagaagattc ctttaaatcc tgtctatggt taagggctat agggcatgga 2521 tatgaacttt tggatttttt ttgcaggtgc agatgtttta tttttaagac catgttcatg 2581 tgtatgtagg actgtgtggt gtgtgtgtgt gcgtgtgtgt aactggccag gacttttgat 2641 tacaaggcat gccacatacg aagagttaca ttttaaatga tattaaagct tttaaatatg 2701 atctttggag ctaaggtccc ggaactctct gcacttatgc ccagagagtc aaagttagag 2761 tgaagtttcg tttgctcttc tgaaaaagaa ctccttaaga actcctgctg accctgcata 2821 ttcggataaa tttaaacaaa tgcacactgt atatgggaag cggcaacttt ctagcaactg 2881 ctatttccaa gttttttctt tttgaagagg actctcaggg gcgaagtttg gacttggggt 2941 tttgtgttgt aaaacacgga ttttgtattt gggattgtaa agtctcttta ggtaaatttg 3001 gctagtgttg tcaatgcact gacttcggcc tttccaataa ctgggcccta ggttcaaagt 3061 ttcccattct cagcaaaaat tatatctttc aagacttgta atttttccca atttgcaagc 3121 atttttaagc tgctgtaact ggccccccga tgcaaattgc ctgtgggctc aattcatgat
13 3181 ccgtccctac cgcttagtcc aacactcatt tgccgctttc aagcactcca ccactaggac 3241 gttccttagt caagtcagtg gcttagggag ttaagaatac atcccttgtc gggcacctga 3301 ccctgccacc cttgagaagc caagatgcac actcccaacc ttgcttttaa aagaaatgaa 3361 gccagtatac acatatgcta tgtggtctga cagctgggga ttttgtctcc ctacttagag 3421 gatcctaaaa ggggctgtgt agtgttatct ctgcattaat tacaagtttg gaaaactcca 3481 aatgaacttt ccatgctgtg tatgctgaac ttttcagaag tagagctagc tagccataag 3541 ttgttgcttt ttcctgtact tgaagcagga agtggtttca gggagctacg tggttctttc 3601 aaatgtaaat caatgagtaa aggtgtctgc caggcagagc tcacaagctg attgtactgt 3661 gagtctcaag atatttccaa gtgtttgagt cagagggaag agggcacagg ggaggactgg 3721 agcttcggtc cttgtccagg acggctataa taggcacacg atggaaatca gtggcttgat 3781 tgggaggaaa agattgactc agatcccagc cgtgcaattt gtttgttgtc tgaatggaca 3841 aaaggcagtt tacccaggct cgtagcatac ctgcctgggt gtccaaatgt aactagatgc 3901 tttcacaaac cccacccaca aagcagcaca tgtttttaag tcctcagttt tctattcaca 3961 tcagtctcat aatacccacc ctgacctgct gtaaaagatc tggaacaaac aaaaatggtt 4021 acacctacag tgagtatttt cttatgactg ttgccctcaa attttgctgg gcatttttat 4081 tataacccag acatctggaa ccaattgata ttccatttat ttaagataaa aagaaaggtt 4141 tttaaaattt tggatttgtg aatgattttt gagaaagagt gctctggaat tttttttttg 4201 ctcgtctctt tctagttctt ctttcatttc tttctttcaa atctctcctt tctctctctt 4261 catttcgtgt ttagaaaaat aaaaggccaa ggaaatgatg aacatatggg gccactcatt 4321 tcaaactttt taattcctaa gcaaccaatt tgagagaatt taaattaata aaacatatct 4381 ggtcccaagt ctggactgag cacaaattaa cctttgatga ttccaaaggt ttaccaggac 4441 ctctgagtgg tgtgcaataa gagcatcttt caccttcgca cattaaatgt ttcaggacat 4501 ttatctcatt gaattgtaat aggaacccat aaagaaaggg ttcaagaagg acttccccaa 4561 ggtttcacag tagcaagagg attaaagtca gatagcatga tgccaagacc tgctcagagg 4621 tcactcacac accttgttgc actcctgagg ggatagtttt gattaataac aggaatgcag 4681 agctgggcta aaggcacccc tgccttgctc ccgctcccct ggcaaggacc caggaggaag 4741 atgaccctcc ttctgctctt tcagcaggtg aagatgccag tcacatcctc gtcgcatctc 4801 ttctatctgg ccctgtgctt gctcgccttc accagctctg ccacggcggg acccgagacc 4861 ctctgcgggg ctgagttggt ggatgctctc cagttcgtgt gtggagacag gggcttttat 4921 ttcagtaagt agcctccctc tcgctgctct gtggatttac aactgcgggg agtgtgtgaa 4981 gaactgaatg actgcctgtg gctggcagcc atcctcagcc tccgagattc ctcaccttaa 5041 tgcgagccta gtgtttccag cggtttgcaa atagaggacg cttttcatct tcaactgttt 5101 cacaagcatt aactaaatat ttacattgtg ttaacgagaa tcaggggttt aggtttttcc 5161 ccattaagga catggaaaac atgctctttt aattaatttt cctagcagtc tctcaattaa 5221 gccaatatat aaggagcggt gaggattggc catagacaag atcctcgact acaggtggct 5281 aagaatttga ggacaattaa tacaaatgaa tgatgaatga gctattgcca gtgagagtag 5341 cactgactgc tggagatata ctggaatctg gaaaaatctg ggagggtcaa gagttgttgg 5401 aggagcttca aaagaagact aacttatgaa ggtgtgggtt gacatggtat ggggagagga 5461 gttttcaggg gctgtttgta gcagtgaaca cagcgtatta tcccactcta aaactaggcc 5521 tctttctgat ttgaacagac aagcccacgg ggtacggctc gagcagtcgg agagcgcccc 5581 agacaggaat cgtggatgag tgctgcttcc ggagctgtga tctgaggagg ctggagatgt 5641 actgtgcgcc tctcaagccc accaagtcag cccgctcagt ccgtgcccag cgccacaccg 5701 acatgcccaa ggctcagaag gtaagcccac caggggcggc ggtgagggtc ggccatcttc 5761 gcgagatctg agttatgcgg ctgaagcaac ttagtagcag cagcatccga atagtaatta 5821 ataccctcat agacttctgg ctcatagtgt caaaagagct ctgttcctgg tttttaactt 5881 ttacttgtag ttgttaactg ctgatgttct tcaggtaaga aatctctcag tctctctttc 5941 tctccctctg attctgtctc tcccaagttg tctattaaac tgactggtga gacataaggt 6001 atgaaggttg agatccagtg ttagaaatag ataggttgga tacataaaca ttcatcaaat
14 6061 taatgtcatt tttctccctt atttttagga agtacatttg aagaacacaa gtagagggag 6121 tgcaggaaac aagaactaca gaatgtagga agaccttcct aaagagtgaa gaatgacatg 6181 ccaccggcag gatccttcgc tctgcacgag ttacctgttc aacaccagaa gacctaccaa 6241 aaataagttt gataacattt caaaagatgg gcatttcccc caatgaaata agtaaacatt 6301 ccaacatggt ctttaggagt gattgttcaa agctttgcac cttgcaaaaa tgaccctgga 6361 gttggtagat tgctgttgat cctttatcaa taatgttcta tagagaaaat atatatatag 6421 atcttagtcc ctgcctctca aggagccaca aatgcatggg tgttgtatag atccagttgc 6481 actaaattta tctctgaatc ttggctgcta gtgacattca ttcagcaggc ttgtctaagt 6541 ggtttataaa tttttttatt tgcacttctt tctacgcaac acaggctatt tggtttacag 6601 tgtctgataa tcttgttcct ctatcccact cccttctcca tcacctttat atttgctgaa 6661 tttggcctcc taaacagcag caggcaagca gttaagtagc acaccagttt ttaacccaca 6721 agattccatc tgtggcatgt gtaccaaata taagttggat gcatttattt tagacacaaa 6781 gctt //
15
RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Subang pada tanggal 20 Juli 1992, putra ketiga dari pasangan Drs. Ragil Sarjoko dan Sari Sutrisno. Penulis menamatkan pendidikan di SMA Negeri 1 Jalancagak, Subang pada tahun 2010 dan diterima menjadi mahasiswa Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI). Semasa kuliah, penulis aktif menjadi pengurus Himpunan Mahasiswa Produksi Ternak (HIMAPROTER) periode 2012-2013 dan Forum Komunikasi Kulawarga Subang (FOKKUS) periode 2010-2012, serta mengikuti klub perkusi Fapet IPB yaitu D’Ransum. Penulis juga diberi kepercayaan sebagai asisten praktikum mata kuliah Penerapan Komputer pada tahun 2013 dan mata kuliah Genetika Ternak pada tahun 2014. Selain itu, penulis juga diberikan amanah sebagai ketua pelaksana acara Festival Ayam Pelung Nasional pada tahun 2013.
