Elucigene® QST*R® producten Leidraad voor de analysesoftware
Vervaardigd door: Gen-Probe Life Sciences Ltd. Oaks Business Park Crewe Road Wythenshawe Manchester M23 9HZ, Verenigd Koninkrijk Verkoop, klantenservice en technische ondersteuning: T: +49 (0) 6122 7076451 F: +49 (0) 6122 7076155 E:
[email protected] E:
[email protected]
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 1 van 31
GeneMapper analyse Inleiding Het volgende gedeelte beschrijft de procedures voor monsteranalyse van Elucigene QST*R resultaten met gebruikmaking van Applied Biosystems GeneMapper softwarepakketten (versie 3.7 of hoger) en het plaatsen van tabelgegevens in het Excel QST*R Report Template (rapportsjabloon).
Analyseproces Het proces voor analyse van monsters is in het onderstaande stroomdiagram samengevat:
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 2 van 31
GeneMapper Open het GeneMapper programmabestand en importeer de vereiste .fsa-bestanden door op de knop ‘add samples to project’ (monsters aan project toevoegen)
te klikken.
Navigeer naar de gewenste run-map met behulp van de mappenboom aan de linkerkant van het venster. Selecteer de map en klik op de knop ‘Add to List >>’ (aan lijst toevoegen). De run-map verschijnt nu in het venster ‘samples to add’ (toe te voegen monsters). Door te dubbelklikken op het run-mappictogram in dit venster wordt elk te importeren .fsa-bestand getoond (afbeelding 1). De monsters worden vervolgens toegevoegd door op de knop ‘Add’ (toevoegen) klikken.
Afbeelding 1: Monsters gereed om aan het project te worden toegevoegd
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 3 van 31
te
QST*R GeneMapper analyse-instellingen importeren in GeneMapper Manager Het is noodzakelijk om de QST*R instellingen voor GeneMapper te importeren. Dit proces wordt geregeld via de ‘GeneMapper Manager’ interface. QST*R GeneMapper instellingen zijn verkrijgbaar op de Gen-Probe website: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Open de GeneMapper Manager door op het pictogram (afbeelding 2 en 3).
te klikken
Afbeelding 2: GeneMapper Manager openen
Afbeelding 3: GeneMapper Manager interface
2. Selecteer het tabblad ‘Analysis Methods’ (analysemethoden) en klik op de knop ‘Import’ (importeren).
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 4 van 31
3. Navigeer naar en importeer het vereiste QST*R Analysis Settings (analyseinstellingen) bestand: 3130 of 3500 (afbeelding 4).
Afbeelding 4: Analysemethoden importeren
4. Herhaal het proces met selectie van het toepasselijke tabblad en importeer het bijbehorende bestand voor: •
Table Settings (tabelinstellingen)
•
Plot Settings (plotinstellingen)
•
Size Standards (omvangstandaarden)
Opmerking: Voor Cluster Plot Settings (clusterplotinstellingen), Matrices, SNP Sets en Report Settings (rapportinstellingen) hoeven geen bestanden te worden geïmporteerd.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 5 van 31
QST*R panelinstellingen importeren in Panel Manager Het is noodzakelijk om de QST*R panel- en bin-instellingen voor GeneMapper te importeren. Dit proces wordt geregeld via de ‘Panel Manager’ interface. QST*R GeneMapper panel- en bin-instellingen zijn verkrijgbaar op de Gen-Probe website: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Open Panel Manager door op het pictogram
te klikken.
2. Klik op ‘Panel Manager’ op het linker navigatievenster. Panel Manager verschijnt nu in blauw gemarkeerd. 3. Selecteer ‘File/Import Panels’ (bestand/panels importeren). Navigeer naar en importeer het GeneMapper panelbestand ‘anan000 gmbf*.txt’ (afbeelding 5). 4. Het panelbestand wordt nu in het linker navigatievenster weergegeven. Klik op het panelbestand, controleer of het blauw gemarkeerd is. 5. Selecteer ‘File/Import Bin Set’ (bestand/bin-set importeren). Navigeer naar en importeer het GeneMapper bin-bestand ‘anan000 gmbf*.txt’ (afbeelding 6). 6. Klik op ‘Apply’ (toepassen) en vervolgens op ‘OK’.
Afbeelding 5: QST*R panelbestand importeren
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 6 van 31
Afbeelding 6: QST*R bin-bestand importeren
Het analyseparameterbestand modificeren Het kan nodig zijn de standaard ‘Analysis Ranges’ (analysebereiken) in de QST*R analyse-instellingen te modificeren om rekening te houden met lokale variaties in runcondities. Het minimale analysebereik is afhankelijk van het capillair en de polymeer die tijdens de gegevensverzameling gebruikt worden. De huidige analyse-instellingen bekijken: 1. Open ‘GeneMapper Manager’. 2. Selecteer het tabblad ‘Analysis Methods’ (analysemethoden). Het geïmporteerde QST*R bestand staat vermeld als ‘QSTR Analysis’ (QST*R analyse). 3. Klik op ‘QSTR Analysis’ (QST*R analyse). De rij verschijnt nu gemarkeerd. 4. Klik op de knop ‘Open’ en selecteer het tabblad ‘Peak Detector’ (piekdetector) (afbeelding 7). De analysebereiken staan standaard ingesteld op 2000 (begin) en 18.000 (einde).
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 7 van 31
Afbeelding 7: Analysebereiken
Het correcte analysebereik voor uw laboratorium zoeken: 1. Dubbelklik in het hoofdvenster van GeneMapper op de geïmporteerde run-map om de lijst met .fsa-bestanden te bekijken die de map bevat. 2. Selecteer een .fsa-bestand. 3. Door op het tabblad ‘Raw data’ (ruwe gegevens) te klikken wordt het elektroferogram van de ruwe gegevens getoond. 4. Gebruik de eerste piek van de omvangstandaard (bijv. 75 bp van GS500LIZ) als leidraad en selecteer een gegevenspunt dat ongeveer 100 gegevenspunten groter is (afbeelding 8). Dit bepaalt het laagste punt in het analyseerbare bereik. 5. Zorg ervoor dat het maximale analysebereik de grootste piek van de omvangstandaard (bijv. 500 bp van GS500LIZ of 600 bp van GS600LIZv2) omvat. 6. Voer de nieuwe waarden in het QST*R analysebestand in (open dit zoals hierboven beschreven is).
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 8 van 31
Afbeelding 8: Het minimumbereik zoeken met behulp van ruwe monstergegevens
Geïmporteerde QST*R bestanden analyseren 1. Selecteer in het hoofdvenster van GeneMapper de ‘QST*R Table settings’ (QST*R tabelinstellingen) (afbeelding 9). Afbeelding 9: Het drop-downmenu van QST*R tabelinstellingen
2. Selecteer in het hoofdvenster van GeneMapper de eerste cel onder de ‘Analysis Method’ (analysemethode) en selecteer ‘QSTR Analysis 3130’ (QST*R analyse 3130) of ‘QSTR Analysis 3500’ (QST*R analyse 3500) in het drop-downmenu. Herhaal het proces voor Size Standard (omvangstandaard) en selecteer ‘QSTRLIZ500’ of ‘QSTRLIZ600’ in het drop-downmenu. 3. Selecteer het ‘QSTR_gm*’ panel en klik op het toepasselijke subpanel (afbeelding 10). 4. Vul alle kolommen door de kolomkop te selecteren en de toetsen ‘Ctrl-D’ in te drukken. 5. Klik op om de monsteranalyse te starten. Wijs een projectnaam toe wanneer dat gevraagd wordt.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 9 van 31
Afbeelding 10: De QST*R panelinstellingen selecteren
QST*R gegevens bekijken 1. Selecteer het monster voor analyse (markeer de monsterrij). 2. Klik op
voor ‘Display Plots’ (plots tonen).
3. Selecteer de ‘QST*R Plot settings’ (QST*R plotinstellingen) (afbeelding 11). Afbeelding 11: QST*R plotinstellingen, drop-downmenu
4. Het plotvenster toont het monsterprofiel met de getabelleerde gegeven (afbeelding 12). Er worden ten hoogste twee pieken per marker automatisch door GeneMapper gelabeld. Als er voor een marker drie allelen aanwezig zijn dan dient de derde ongelabelde piek handmatig te worden gelabeld (zie: Profielen handmatig bewerken). Opmerking: De allelomvangbereiken zijn voor elke marker gebaseerd op eerder waargenomen gegevens. Zeldzame allelen kunnen buiten het omvangbereik van de gegeven marker vallen; het kan nodig zijn de bin-set dienovereenkomstig aan te passen. 5. Aanbevolen wordt ‘Single click editing’ (met één klik bewerken) in het plotvenster te activeren. Selecteer hiervoor ‘Alleles/set click editing’ (allelen/bewerken met een klik instellen) en controleer of deze optie aangevinkt is.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 10 van 31
Afbeelding 12: Monsterplotvenster met gelabelde strenggegevens en bijbehorende genotypetabel
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 11 van 31
Profielen handmatig bewerken WAARSCHUWING! GeneMapper wijst slechts labels toe aan hooguit 2 pieken per marker. Daarom kan handmatig bewerken van profielen nodig zijn, d.w.z. wanneer een label aan een 3e piek (indien aanwezig) moet worden toegewezen of wanneer labels van stotterpieken moeten worden verwijderd. Een pieklabel toevoegen: klik met de linker muisknop op de ongelabelde piek. U krijgt de optie om een allelaantekening toe te voegen. Klik op ‘OK’. De piek wordt nu gelabeld met de omvang in basenparen en het piekgebied. De nieuw gelabelde piek wordt automatisch in de tabel opgenomen. Een pieklabel verwijderen: klik met de linker muisknop op het pieklabel. U krijgt de optie om de allelaantekening te wissen. Klik op ‘OK’. Het pieklabel wordt nu verwijderd. De gewiste piekgegevens worden automatisch uit de tabel verwijderd.
Zie voor nadere informatie over het scoren van QST*R monsters de Elucigene QST*R Instructions for Use (gebruiksaanwijzing) en Guide to Interpretation (leidraad voor interpretatie), beschikbaar op de Gen-Probe website: www.gen-probe.com/global/products-services/
Tabelgegevens kopiëren 1. Markeer alle rijen in de tabel onderin het plotvenster. 2. Kopieer de geselecteerde rijen door de toetsen ‘Ctrl+C’ in te drukken.
QST*R rapportsjabloon QST*R rapportsjablonen kunnen worden gebruikt om de piekratio’s voor een marker te bepalen. Het rapportsjabloon voor elk van de QST*R producten is beschikbaar op de Gen-Probe website: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Open het toepasselijke Report Template (rapportsjabloon) bestand. 2. Als het Report Template (rapportsjabloon) een Security Warning (veiligheidswaarschuwing) toont die aangeeft dat macro’s uitgeschakeld zijn, klik dan op de Options-knop zoals aangegeven is in afbeelding 13. 3. Er verschijnt een venster Security Options (veiligheidsopties) (afbeelding 14). Selecteer de optie ‘Enable this content’ (activeer deze inhoud) en klik op ‘OK’.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 12 van 31
Afbeelding 13: Veiligheidswaarschuwing (uitgeschakelde macro’s)
Afbeelding 14: Het venster met veiligheidsopties (om macro’s te activeren)
4. Selecteer het blad ‘Import GM’ (GM importeren) en selecteer cel A1. 5. Plak de uit GeneMapper gekopieerde tabelgegevens door de toetsen ‘Ctrl+V’ in te drukken en klik meteen op de knop ‘Sort’ (sorteren) (afbeelding 15). Opmerking: Alle geplakte gegevens MOETEN geselecteerd zijn, anders werkt de sorteren-functie niet.
6. Selecteer het tabblad ‘QSTR-GM’ (- geeft aan welke spreadsheet momenteel in gebruik is). Het resultatenrapport bevat nu alle piekinformatie en piekratio’s voor uw monster (afbeelding 16).
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 13 van 31
Afbeelding 15: Voorbeeld van geïmporteerde GeneMapper tabel voor QST*Rplusv2
Afbeelding 16: Voorbeeld van een QST*Rplusv2 rapport
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 14 van 31
Het rapport scoren 1. Trisomie wordt bepaald door: a) Twee pieken van ongelijke hoogte doordat één van de pieken twee allelen weergeeft die bij beide ouders voorkomen. In dit geval wordt de ratio van de twee pieken geclassificeerd als 2:1 of 1:2. A1/A2 geeft een resultaat tussen 1,8 en 2,4 wanneer de piek die het korte allel weergeeft groter in omvang is dan de piek die het lange allel weergeeft; A1/A2 geeft een resultaat tussen 0,45 en 0,65 wanneer de piek die het korte allel weergeeft kleiner in omvang is dan de piek die het lange allel weergeeft. In beide gevallen verschijnt ‘Ratio’ in de kolom ‘Warning’ (waarschuwing). b) Er zijn drie pieken van vergelijkbare hoogte aanwezig. De ratio van de pieken wordt als 1:1:1 geclassificeerd en hun waarden vallen binnen het normale bereik van 0,8 – 1,4 (al is een allelratio tot 1,5 acceptabel voor allelen die met meer dan 24 bp gescheiden zijn). In dit geval verschijnt ‘3 Alleles’ (3 allelen) in de kolom ‘Warning’ (waarschuwing). 2. Om een resultaat als abnormaal te interpreteren (d.w.z. er is sprake van trisomie) moeten ten minste twee informatieve markers consistent zijn met een drieallelengenotype en kunnen alle andere markers niet-informatief zijn. Afgeraden wordt om op basis van de informatie van slechts één marker een resultaat als abnormaal te interpreteren. 3. Om een resultaat als normaal te interpreteren moeten ten minste twee informatieve markers consistent zijn met een twee-allelengenotype en kunnen alle andere markers niet-informatief zijn. Een normaal resultaat duidt erop dat twee van de geteste chromosomen het normale complement hebben. 4. Piekgebiedratio’s die tussen het normale en het abnormale bereik vallen, worden als onduidelijk geclassificeerd. Onduidelijke resultaten kunnen worden opgehelderd door enkelvoudige-chromosoomkits te gebruiken. 5. Als er geen piekgegevens voor een marker zijn dan wordt ‘Absent’ (afwezig) in de waarschuwingskolom weergegeven. Deze waarschuwing wordt routinematig gezien bij afwezigheid van Y-chromosoommarkers.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 15 van 31
GeneMarker analyse Inleiding Het volgende gedeelte beschrijft de procedures voor monsteranalyse van Elucigene QST*R resultaten met behulp van SoftGenetics GeneMarker softwarepakketten (versie 1.65 en hoger). De in dit gedeelte gebruikte afbeeldingen zijn afkomstig uit versie 1.85 van de GeneMarker software.
Analyseproces Het proces voor analyse van monsters is in het onderstaande stroomdiagram samengevat:
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 16 van 31
Monsterbestanden toevoegen aan GeneMarker Open GeneMarker en selecteer ‘Open Data’ (gegevens openen) wanneer dat gevraagd wordt. Het venster Open Data Files (gegevensbestanden openen) verschijnt. Klik op de knop ‘Add’ (toevoegen). Het dialoogvenster Open (openen) verschijnt. Navigeer naar de map met bestanden met ruwe gegevens. • •
Selecteer alle bestanden met CTRL+A of selecteer individuele monsters met CTRL en/of SHIFT. Klik op ‘Open’ (openen) in het dialoogvenster.
De geselecteerde bestanden verschijnen in het veld Data File List (lijst gegevensbestanden) (afbeelding 1).
Afbeelding 1: Monsters die aan de lijst gegevensbestanden zijn toegevoegd
Klik op ‘OK’ in het venster Open Data Files (gegevensbestanden openen), waarna de monsters geüpload worden naar GeneMarker. Vervolgens opent de software automatisch het venster Raw Data Analysis (analyse ruwe gegevens) (afbeelding 2).
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 17 van 31
Afbeelding 2: Het venster Raw Data Analysis (analyse ruwe gegevens)
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 18 van 31
QST*R GeneMarker panelinstellingen importeren Het is noodzakelijk om de QST*R panelinstellingen voor GeneMarker te importeren. Dit proces wordt geregeld via de ‘Panel Editor’ interface. QST*R GeneMarker panelinstellingen zijn verkrijgbaar op de Gen-Probe website: www.gen-probe.com/global/products-services •
Open ‘Panel Editor’ in het drop-downmenu ‘Tools’ (gereedschappen).
Afbeelding 3: Panel Editor selecteren
•
Selecteer ‘Import Panels’ (panels importeren) in het drop-downmenu ‘File’ (bestand).
Afbeelding 4: Panels importeren
•
Navigeer naar en importeer het panel, bijv. anan0pl_gupf***.xml
Opmerking: * staat voor een getal met drie cijfers (bijv. anan0pl_gupf002.xml) •
Herhaal het proces waar nodig voor andere relevante panelbestanden.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 19 van 31
Gegevens verwerken Nadat de bestanden met ruwe gegevens naar GeneMarker geüpload zijn, zijn ze klaar om te worden verwerkt. De verwerkingsstap omvat toepassing van een standaard voor omvang, filteren van pieken met ruis en desgewenst vergelijking met een bekend allelenpanel. GeneMarker combineert al deze stappen in één eenvoudig gereedschap met de naam ‘Run Wizard’ (afbeelding 5). Open de Run Wizard door simpelweg op het pictogram ‘Run Project’ in de hoofdwerkbalk te klikken.
Run Wizard – een Run Template (runsjabloon) aanmaken De eerste keer dat deze software gebruikt wordt voor het analyseren van QST*R gegevens moet er een runsjabloon worden aangemaakt. Dit gebeurt met behulp van de Run Wizard. Open de Run Wizard door simpelweg op het pictogram ‘Run Project’ in de hoofdwerkbalk te klikken. •
Wijs een Template Name (sjabloonnaam) toe, bijv. QSTR.
•
Selecteer het Panel, de Size Standard (omvangstandaard), Standard Colour (standaardkleur) en Analysis Type (type analyse) als weergegeven in afbeelding 5 hieronder.
•
Klik op ‘Save’ (opslaan) om de sjabloon op te slaan voor toekomstige analyses.
•
Klik op ‘Next’ (volgende) om door te gaan.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 20 van 31
Afbeelding 5: Run Wizard – het venster Template Selection (sjabloonselectie)
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 21 van 31
Run Wizard – Data Process (gegevensproces) In het venster Data Process (gegevensproces) van de Run Wizard kan de gebruiker de piekfilterparameters selecteren. Selecteer de toepasselijke analyse-instellingen in het venster Data Process (gegevensproces) als weergegeven in de afbeelding hieronder. Klik op ‘Next’ (volgende) om door te gaan. Opmerking: De analysebereikinstellingen binnen het venster analyse van ruwe gegevens varieert afhankelijk van de polymeer die tijdens het verzamelen van gegevens gebruikt is. De operator dient een startgegevenspuntwaarde te selecteren waar de 75 bp piek van de omvangstandaard binnen valt.
Afbeelding 6: Run Wizard – het venster Data Process (gegevensproces)
Opmerking: Verhoog voor 3500-gegevens de Minimum Intensity (minimumintensiteit) tot 150.
Run Wizard – Additional Settings (aanvullende instellingen) Bij het uitvoeren van QST*R analyses zijn geen aanvullende instellingen nodig. Klik op ‘OK’ om door te gaan.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 22 van 31
Afbeelding 7: Run Wizard – Additional Settings (aanvullende instellingen)
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 23 van 31
Het venster Data Processing (gegevensverwerking) Nadat in het venster Additional Settings (aanvullende instellingen) van de Run Wizard op ‘OK’ is geklikt, verschijnt het venster Data Processing (gegevensverwerking) (afbeelding 8). De ruwe gegevens worden verwerkt en opgemeten, waarna de filterparameters en het geselecteerde QST*R panel worden toegepast. Klik op ‘OK’ in het venster Data Processing (gegevensverwerking) wanneer de analyse voltooid is. Afbeelding 8: Het venster Data Processing (gegevensverwerking)
Het venster Main Analysis (hoofdanalyse) Het venster Main Analysis (hoofdanalyse) (afbeelding 9) van GeneMarker is gebruiksvriendelijk opgezet. Het venster bevat: •
De lijst met monsterbestanden – weergegeven aan de linkerkant van het venster.
•
De afbeelding synthetische gel – weergegeven aan de bovenkant van het venster.
•
Elektroferogrammengegevens – onder de gel-afbeelding.
•
Een rapportentabel – weergegeven aan de rechterkant van het venster.
In dit venster is het belangrijk te controleren of alle toepasselijke pieken in elk profiel correct benoemd zijn. Dubbelklik om de beurt op elk monster in de monsterbestandsboom aan de linkerkant van het scherm. Klik met de rechter muisknop op elke piek in kwestie en kies de gewenste optie in het dialoogvenster, bijv. allel bewerken of wissen, bevestigen of nietbevestigen.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 24 van 31
Selecteer in het venster Main Analysis (hoofdanalyse) het drop-downmenu ‘Applications’ (toepassingen) bovenin het scherm. Selecteer ‘Trisomy Analysis’ (trisomieanalyse). Het venster Trisomy Analysis Settings (trisomieanalyse-instellingen) wordt dan geopend (afbeelding 10).
Afbeelding 9: Het venster Main Analysis (hoofdanalyse)
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 25 van 31
Afbeelding 10: Het venster Trisomy Analysis Settings (trisomieanalyse-instellingen)
Opmerking: Verhoog voor 3500-gegevens de Minimum Intensity (minimumintensiteit) tot 150.
Trisomy Analysis Settings (trisomieanalyse-instellingen) Binnen het venster Trisomy Analysis Settings (trisomieanalyse-instellingen) zijn twee tabbladen beschikbaar: •
Het tabblad Analysis (analyse)
•
Het tabblad Statistics Plot (statistiekenplot)
Het tabblad Analysis (analyse) Dit tabblad biedt drempelinstellingsopties voor trisomieanalyse. Controleer of ‘BPG’ in het analysevenster geselecteerd is en de volgende instellingen weergegeven worden: •
Peak Height (piekhoogte) 50: minimumhoogte van 50 voor te benoemen pieken (150 bij gebruik van 3500-gegevens).
•
Height Ratio (hoogteratio) 30%: maximumpercentage van de hoofdpiek dat de tweede piek bereiken moet om twee allelen te kunnen identificeren.
•
Quantification by Peak Area (kwantificering op basis van piekgebied).
•
Shorter Length/Longer Length (kortste lengte/langste lengte) geselecteerd.
•
Trisomy Ratio (trisomieratio) drempels zijn 0,80 – 1,40.
•
Apply Linear Correction (lineaire correctie toepassen) gedeselecteerd.
Klik op ‘OK’.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 26 van 31
Het venster Trisomy Analysis (trisomieanalyse) In het venster Trisomy Analysis (trisomieanalyse) (afbeelding 11) kan de operator QST*R monstergegevens bekijken, de piekratio per marker weergeven en het GeneMarker rapport openen.
Er zijn een aantal weergaven die de operator bij de gegevensanalyse helpen: Dit zijn: •
Monsterlijst
•
Elektroferogram
•
Ratioplot
•
Rapportentabel
Afbeelding 11: Het venster Trisomy Analysis (trisomieanalyse)
Raadpleeg voor gedetailleerder informatie over trisomieanalysefuncties en het gebruik van die functies de GeneMarker handleiding.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 27 van 31
GeneMarker rapport GeneMarker bevat een rapportsjabloon dat compatibel is met Elucigene QST*R kits. Het rapport wordt geopend door op het pictogram ‘Print’ (afdrukken) op de werkbalk links bovenin het venster Trisomy Analysis (trisomieanalyse) te klikken.
Hiermee wordt het venster Trisomy Print Settings (trisomieafdrukinstellingen) geopend (afbeelding 12).
Het venster Trisomy Print Settings (trisomieafdrukinstellingen) Het venster Trisomy Print Settings (trisomieafdrukinstellingen) bevat de opties voor het opnemen en visualiseren van monstergegevens in het GeneMarker rapport. Selecteer de opties als weergegeven in afbeelding 12. Controleer of ‘Custom Size Range’ (omvangbereik aanpassen) ingesteld is op 98 bp (Start) en 510 bp (End) (einde).
Afbeelding 12: Het venster Trisomy Print Settings (trisomieafdrukinstellingen)
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 28 van 31
Het GeneMarker rapport bekijken Klik op ‘Preview’ (voorbeeld) om het GeneMarker rapport te bekijken (afbeelding 13). Vanuit dit venster kan de operator de piekgegevens van alle monsters uit alle markers bekijken en afdrukken, waarbij een overzichtelijk monsterrapport van een of twee pagina’s wordt aangemaakt.
Afbeelding 13: GeneMarker rapport
Het GeneMarker rapport bestaat uit: •
De kop van het rapport: bevat informatie over de analyse, het project, het monster en de parameters.
•
Het ondertekeningsvak: ruimte voor datum en initialen van rapportbeoordelaars.
•
Elektroferogram: toont net als het trisomieanalysevenster alle kleurstofkleuren van de monsterstreng.
•
Rapportentabel: toont geselecteerde piek- en markerwaarden van het actuele monster. Trisomiebenoemingen zijn grijs gemarkeerd. Er is een extra afvinkkolom voor de initialen van de beoordelaar.
•
Gecorrigeerde ratioplot: bevat de plotpunten van de gehele gegevensset voor alle markers in de kleurstofkleur. Symboolvormen representeren de verschillende markers die aan de hand van de rij ‘Symbol’ (symbool) in de ‘Report Table’ (rapportentabel) ontcijferd kunnen worden. Met geel gevulde symbolen representeren de gegevenspunten van het actuele monster. Roodomrande symbolen representeren trisomiebenoemingen.
Opmerking: De Corrected Ratio Plot (gecorrigeerde ratioplot) verschijnt voor elk monster alleen op een tweede pagina wanneer Ratio Plot (ratioplot) in het venster Trisomy Print Report Settings (instellingen trisomieafdrukrapport) geselecteerd is.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 29 van 31
Peak Labels (pieklabels) Pieklabels zijn voorzien van een kleurcode volgens de kwaliteit van de match tussen de gedetecteerde piek en waargenomen panel-bins. In het elektroferogram zijn de markers horizontale grijze balken en is het midden van de pieken gemarkeerd met een verticale grijze balk. Pieken die buiten de markers of bins van het panel vallen, zijn rood gemarkeerd als ‘OL’ (off-ladder [naast de ladder]). Opmerking: Variaties in machinepolymeertype en omvangstandaard kunnen optimalisatie van marker-bins nodig maken om de software af te stemmen op de runcondities die gebruikt worden. Nadere informatie over het modificeren van panel-bins is te vinden in de GeneMarker handleiding bij de software.
Het rapport scoren General Analysis Guidelines (algemene analyserichtlijnen) staan in het gedeelte ‘Analysis and Interpretation of Results’ (analyse en interpretatie van resultaten) in de Instructions for Use (gebruiksaanwijzing) die verkrijgbaar is op de Gen-Probe website: www.gen-probe.com/global/products-services
1. Trisomie wordt bepaald door: a) Twee pieken van ongelijke hoogte doordat één van de pieken twee allelen weergeeft die bij één of beide ouders voorkomen. In dit geval wordt de ratio van de twee pieken geclassificeerd als 2:1 of 1:2. A1/A2 geeft een resultaat tussen 1,8 en 2,4 wanneer de piek die het korte allel weergeeft groter in omvang is dan de piek die het lange allel weergeeft; A1/A2 geeft een resultaat tussen 0,45 en 0,65 wanneer de piek die het korte allel weergeeft kleiner in omvang is dan de piek die het lange allel weergeeft. b) Er zijn drie pieken van vergelijkbare hoogte aanwezig. De ratio van de pieken wordt als 1:1:1 geclassificeerd en hun waarden vallen binnen het normale bereik van 0,8 – 1,4 (al is een allelratio tot 1,5 acceptabel voor allelen die met meer dan 24 bp gescheiden zijn). Opmerking: Markers worden op de rapporttabel grijs gearceerd als: • •
De piekratio voor een marker buiten de vooraf gedefinieerde limieten (0,8 en 1,4) valt. Er drie allelen gedetecteerd worden.
2. Om een resultaat als abnormaal te interpreteren (d.w.z. er is sprake van trisomie) moeten ten minste twee informatieve markers consistent zijn met een drieallelengenotype en kunnen alle andere markers niet-informatief zijn. Afgeraden wordt om op basis van de informatie van slechts één marker een resultaat als abnormaal te interpreteren. 3. Om een resultaat als normaal te interpreteren moeten ten minste twee informatieve markers consistent zijn met een twee-allelengenotype en kunnen alle andere markers niet-informatief zijn. Een normaal resultaat duidt erop dat twee van de geteste chromosomen het normale complement hebben. 4. Piekgebiedratio’s die tussen het normale en het abnormale bereik vallen, worden als onduidelijk geclassificeerd. Onduidelijke resultaten kunnen worden opgehelderd door enkelvoudige-chromosoomkits te gebruiken.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 30 van 31
ELUCIGENE en QST*R zijn handelsmerken van Gen-Probe Life Sciences Ltd. GENEMAPPER is een handelsmerk van Life Technologies Corporation. GENEMARKER is een handelsmerk van SoftGenetics Corporation. Opmerking voor de koper: beperkte licentie Polynucleotiden gelabeld met VIC, NED en PET kleurstoffen en/of het gebruik daarvan kunnen onder een of meer octrooien van Applied Biosystems, LLC vallen. De aankoopprijs van dit product omvat beperkte, niet-overdraagbare rechten onder bepaalde claims van bepaalde octrooien in eigendom van Applied Biosystems, LLC dat alleen deze hoeveelheid van het product uitsluitend voor werkzaamheden van de koper mag worden gebruikt bij detectie van doel(en) binnen het veld van diagnostiek bij mensen. Er worden geen andere rechten overgedragen. Nadere informatie over aankooplicenties betreffende bovengenoemde kleurstoffen is verkrijgbaar door contact op te nemen met de Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California 94404, VS. Auteursrecht 2013 Gen-Probe Life Sciences Ltd.
AN000GSNL
Rev.10/2013
Pagina 31 van 31
