Elucigene QST*R producten Gebruiksaanwijzing

Elucigene® QSTR® Producten Gebruiksaanwijzing

Elucigene® QST*R® producten Gebruiksaanwijzing Product Elucigene QST*Rplusv2 Elucigene QST*R Elucigene QST*R-XYv2 Elucigene QST*R-13 Elucigene QST*R-18 Elucigene QST*R-21

Grootte 50 tests 50 tests 50 tests 10 tests 10 tests 10 tests

Cataloguscode AN0PLB2 AN003B2 AN0XYB2 AN013BX AN018BX AN021BX

Voor gebruik als in-vitrodiagnosticum

Vervaardigd door: Elucigene Diagnostics Greenheys House Pencroft Way Manchester Science Park Manchester M15 6JJ, Verenigd Koninkrijk Verkoop, klantenservice en technische ondersteuning: T: +44 (0) 161 669 8122 F: +44 (0) 161 669 8129 E: [email protected] E: [email protected]

Elucigene Diagnostics is the trading name of Delta Diagnostics (UK) Limited., a company registered in England and Wales, registration number 8696299.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 1 van 38


Elucigene QST*R De Elucigene QST*R productenreeks zijn op DNA gebaseerde multiplexassays voor snelle prenatale bepaling van de aneuploïdiestatus van de drie meest voorkomende levensvatbare autosomale trisomieën en de geslachtschromosomen X en Y. Elucigene QST*R kits zijn verkrijgbaar in de hieronder genoemde formaten. Nadere informatie over de kits in de QST*R reeks is te vinden op www.elucigene.com/products

Beoogd gebruik QST*Rplusv2 Voor routinematige kwantitatieve in vitro-diagnostiek van de drie meest voorkomende levensvatbare autosomale trisomieën: trisomie 13 (Patau-syndroom), trisomie 18 (Edwards-syndroom) en trisomie 21 (Down-syndroom). De kit bevat eveneens X- en Ychromosoommarkers en de TAF9L-marker voor de bepaling van het geslacht. De door de Elucigene QST*Rplusv2 kit toegepaste methode is QF-PCR (Quantitative FluorescencePolymerase Chain Reaction – kwantitatieve fluorescentie-polymerasekettingreactie). De hulpmiddelen zijn bestemd voor gebruik op DNA dat geëxtraheerd is uit monsters amnionvocht of chorionvilli afgenomen tijdens amniocentese. De beoogde doelpopulatie bestaat uit zwangere vrouwen bij wie uit biochemisch of echografisch diagnostisch onderzoek gebleken is dat ze een ‘hoog risico’ hebben op het dragen van een betreffende foetus of bij wie hun familiegeschiedenis of leeftijd op ‘risico’ hierop duidt. Het hulpmiddel is bestemd voor gebruik in combinatie met andere diagnostische procedures om de aanvankelijke klinische diagnose te ondersteunen of te verwerpen. Het hulpmiddel is uitsluitend bedoeld voor professioneel gebruik in een moleculair of cytogeneticalaboratorium. QST*R Voor routinematige kwantitatieve in vitro-diagnostiek van de drie meest voorkomende levensvatbare autosomale trisomieën: trisomie 13 (Patau-syndroom), trisomie 18 (Edwards-syndroom) en trisomie 21 (Down-syndroom). De door de Elucigene QST*R kit toegepaste methode is QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction – kwantitatieve fluorescentie-polymerasekettingreactie). De hulpmiddelen zijn bestemd voor gebruik op DNA dat geëxtraheerd is uit monsters amnionvocht of chorionvilli afgenomen tijdens amniocentese. De beoogde doelpopulatie bestaat uit zwangere vrouwen bij wie uit biochemisch of echografisch diagnostisch onderzoek gebleken is dat ze een ‘hoog risico’ hebben op het dragen van een betreffende foetus of bij wie hun familiegeschiedenis of leeftijd op ‘risico’ hierop duidt. Het hulpmiddel is bestemd voor gebruik in combinatie met andere diagnostische procedures om de aanvankelijke klinische diagnose te ondersteunen of te verwerpen. Het hulpmiddel is uitsluitend bedoeld voor professioneel gebruik in een moleculair of cytogeneticalaboratorium. QST*R-XYv2 Voor routinematige kwantitatieve in vitro-diagnostiek van de geslachtschromosomenstatus, inclusief de veel voorkomende aneuploïdieën. De door de Elucigene QST*R-XYv2 kit toegepaste methode is QF-PCR (Quantitative FluorescencePolymerase Chain Reaction – kwantitatieve fluorescentie-polymerasekettingreactie). De hulpmiddelen zijn bestemd voor gebruik op DNA dat geëxtraheerd is uit monsters amnionvocht of chorionvilli afgenomen tijdens amniocentese. De beoogde doelpopulatie bestaat uit zwangere vrouwen bij wie uit biochemisch of echografisch diagnostisch onderzoek gebleken is dat ze een ‘hoog risico’ hebben op het dragen van een betreffende foetus of bij wie hun familiegeschiedenis of leeftijd op ‘risico’ hierop duidt. Het hulpmiddel is bestemd voor gebruik in combinatie met andere diagnostische procedures om de aanvankelijke klinische diagnose te ondersteunen of te verwerpen. Het hulpmiddel is uitsluitend bedoeld voor professioneel gebruik in een moleculair of cytogeneticalaboratorium.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 2 van 38


QST*R-13, QST*R-18, QST*R-21 Supplementaire kits met aanvullende autosomale markers, voor gebruik in combinatie met QST*R of QST*Rplusv2, voor routinematige kwantitatieve in vitro-diagnostiek van de drie meest voorkomende levensvatbare autosomale trisomieën: respectievelijk trisomie 13 (Patau-syndroom), trisomie 18 (Edwards-syndroom) en trisomie 21 (Down-syndroom). Deze kits zijn verkrijgbaar voor uitgebreider chromosoomonderzoek waar dat nodig is of voor het bevestigen van positieve resultaten. De door deze kits toegepaste methode is QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction – kwantitatieve fluorescentie-polymerasekettingreactie). De hulpmiddelen zijn bestemd voor gebruik op DNA dat geëxtraheerd is uit monsters amnionvocht of chorionvilli afgenomen tijdens amniocentese. De beoogde doelpopulatie bestaat uit zwangere vrouwen bij wie uit biochemisch of echografisch diagnostisch onderzoek gebleken is dat ze een ‘hoog risico’ hebben op het dragen van een betreffende foetus of bij wie hun familiegeschiedenis of leeftijd op ‘risico’ hierop duidt. Het hulpmiddel is bestemd voor gebruik in combinatie met andere diagnostische procedures om de aanvankelijke klinische diagnose te ondersteunen of te verwerpen. Het hulpmiddel is uitsluitend bedoeld voor professioneel gebruik in een moleculair of cytogeneticalaboratorium.

Overzicht en uitleg Het Down-syndroom, het Edwards-syndroom en het Patau-syndroom zijn de drie meest voorkomende levensvatbare autosomale trisomieën. De incidenties van levende geboorten zijn respectievelijk ongeveer 1:700, 1:3000 en 1:21.700. Het Turner-syndroom bij vrouwen en het Klinefelter-syndroom bij mannen zijn de meest voorkomende geslachtschromosoomaneuploïdieën. De meest voorkomende oorzaak van het Turnersyndroom is monosomie van het X-chromosoom (karyotype 45, X) en van het Klinefeltersyndroom een extra kopie van het X-chromosoom (karyotype 47, XXY). De incidenties van levende geboorten liggen tussen 1:2000 tot 1:5000 vrouwen voor het Turnersyndroom en tussen 1:500 en 1:650 mannen voor het Klinefelter-syndroom. Het risico op het krijgen van een kind met het Down-syndroom neemt aanzienlijk toe met het stijgen van de leeftijd van de moeder, van ongeveer 1:1600 bij een leeftijd tussen 20 en 24 jaar, tot 1:200 op 35-jarige leeftijd en 1:19 bij vrouwen van 45 jaar en ouder. Zwangere vrouwen krijgen in het eerste trimester van de zwangerschap routinematig een test op het Down-syndroom aangeboden. Een standaardtest is de zogeheten ‘OSCARtest’, One Stop Clinical Assessment of Risk (eenstapsbeoordeling van het klinische risico) die tussen 10 en 13,5 weken zwangerschap wordt uitgevoerd. Deze test bestaat uit de combinatie van twee biochemische markers, vrij bèta-hCG (humaan choriongonadotrofine) en PAPP-A (zwangerschapsgeassocieerd plasma-eiwit A), en meting van de nekplooidikte van de foetus (nekplooitranslucentie) (1). Het combineren van de resultaten van deze drie tests levert een cijfer voor het totale risico op. Vrouwen bij wie een verhoogd risico op het krijgen van een kind met het Down-syndroom wordt vastgesteld krijgen vervolgens een amniocentese aangeboden om rechtstreeks onderzoek naar de afwijking te doen. Amniocentese is een invasief onderzoek waarbij een naald op geleide van echografie in de amnionzak rond de foetus wordt ingebracht. Er wordt een klein monster, meestal 10-20 ml, amnionvocht met foetale cellen opgezogen en getest. Het Down-syndroom is in 1866 naar Dr. John Langdon Down genoemd, al is het al eerder beschreven. Dit syndroom wordt veroorzaakt door trisomie van alle of een gedeelte van de chromosomen 21 (2). Mensen met het Down-syndroom hebben naast een wisselende mate van cognitief onvermogen vaak een aantal typerende kenmerken gemeen, waaronder hypotonie (matige spiertonus), een uitstekende tong, amandelvormige ogen als gevolg van een epicanthusplooi, schuin omhoog lopende

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 3 van 38


palpebrale fissuren, een enkelvoudige handlijn en kortere ledematen dan gewoonlijk. Deze mensen lopen eveneens een verhoogd risico op aangeboren hartafwijkingen en het ontstaan van een vorm van de ziekte van Alzheimer op latere leeftijd. Het Edwards-syndroom is voor het eerst in 1960 beschreven door Dr John Edwards. Dit syndroom wordt veroorzaakt door trisomie van alle of een gedeelte van de chromosomen 18. Net als bij het Down-syndroom neemt het risico op het krijgen van een kind met het Edwards-syndroom toe met de leeftijd van de moeder. Typerende klinische kenmerken zijn onder meer een laag geboortegewicht, hartafwijkingen, gastro-intestinale misvorming, urogenitale misvorming, neurologische problemen en craniofaciale afwijkingen. De mediane overlevingsduur is ongeveer 4 dag. Het Patau-syndroom is naar Dr. Klaus Patau genoemd, die de ziekte met het chromosomale verband beschreven heeft. Dit syndroom wordt veroorzaakt door trisomie van alle of een gedeelte van de chromosomen 13. Baby’s met het Patau-syndroom zijn zwaar met meerdere afwijkingen belast. Typerende kenmerken zijn onder meer intrauteriene groeiachterstand, laag geboortegewicht, aangeboren hartafwijkingen, microcefalie, holoprosencefalie met verhemeltespleet en microftalmie, centrale apneu, polydactylie en schommelvoeten. De mediane overlevingsduur is ongeveer 2,5 dag. Het Turner-syndroom bij vrouwen wordt veroorzaakt door monosomie van het Xchromosoom. Bij ongeveer 98% van de Turner-foetussen treedt spontaan een miskraam op. Overlevende kinderen vertonen een aantal typerende kenmerken, waaronder een kort postuur, primaire amenorroe en vliesachtige huidplooien tussen nek en schouders (afkomstig van een cystisch hygroom, een met vocht gevulde zak, in utero). Deze kinderen lijden meestal ook aan een aangeboren hartziekte en kunnen hoefijzernieren hebben. Het Klinefelter-syndroom bij mannen wordt veroorzaakt door de aanwezigheid van een extra kopie van het X-chromosoom. Klinefelter-mannen zijn onvruchtbaar en kunnen een licht cognitief onvermogen hebben. Deze mannen zijn meestal groter dan gemiddeld, kunnen gynaecomastie krijgen die operatief verkleind moet worden en hebben door een verlaagde testosteronspiegel een verhoogd risico op osteoporose. QST*Rplusv2 omvat markers voor alle drie autosomen en zowel X als Y. Deze kit is bestemd voor het detecteren van gehele-chromosoomaneuploïdieën in deze chromosomen, maar detecteert geen evenwichtige structurele rearrangementen en maakt geen onderscheid tussen aneuploïdie veroorzaakt door een non-disjunctie of een onevenwichtig rearrangement.

Principes van de procedure De door de Elucigene QST*R kits toegepaste methode is QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction – kwantitatieve fluorescentiepolymerasekettingreactie) (3-7). Met behulp van PCR-amplificatie richten met fluorescente kleurstof gelabelde primers zich op hoog polymorfe regio’s van DNAsequenties die short tandem repeats (STR’s [korte tandemherhalingen]) genoemd worden en op de chromosomen van interesse gelokaliseerd zijn. Iedere gerichte STRmarker is specifiek voor het chromosoom waarop de STR gelokaliseerd is, zodat het kopiegetal van de STR-marker diagnostisch kan zijn voor het kopiegetal van het chromosoom. Er zijn informatieve STR-markers geselecteerd met een zodanig hoge heterogeniteit dat het kopiegetal gemakkelijk vast te stellen is. Een normaal diploïde monster heeft het normale complement van twee van elk van de somatische chromosomen; daardoor worden twee allelen van een chromosoomspecifieke STR met de QF-PCR-techniek als twee pieken in een ratio van 1:1 vastgesteld. Als een extra STRallel wordt waargenomen als een driepiekspatroon met een ratio van 1:1:1 of een

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 4 van 38


tweepiekspatroon met een ratio van 1:2 of 2:1 dan is dat diagnostisch voor de aanwezigheid van een extra sequentie die op zijn beurt een extra chromosoom kan vertegenwoordigen, zoals bij trisomieën. Geamplificeerde producten van de QF-PCR-techniek worden kwantitatief geanalyseerd op een capillaire elektroforetische Genetic Analyzer om het kopiegetal van de geanalyseerde STR-markers te bepalen.

Waarschuwingen en voorzorgsmaatregelen 1. De normale DNA-controle die in de kits is meegeleverd, is onafhankelijk getest en negatief bevonden voor hepatitis B-virus (HBV), hepatitis C-virus (HCV) en humaan immunodeficiëntievirus (HIV) 1 en 2. 2. Ga voorzichtig te werk bij het hanteren van materiaal van menselijke oorsprong. Alle monsters dienen als potentieel infectieus te worden aangemerkt. Er is geen enkele testmethode die 100% garantie biedt dat HBV, HCV, HIV of andere infectieuze stoffen afwezig zijn. 3. Het hanteren, het gebruik, de opslag en de afvoer van monsters en testcomponenten dient overeenkomstig de procedures als gedefinieerd door toepasselijke nationale richtlijnen of voorschriften voor biologisch gevaarlijk afval plaats te vinden. 4. In lijn met de huidige goede laboratoriumpraktijk dienen laboratoria hun eigen interne kwaliteitscontrolemonsters van een bekend type in elke assay te verwerken, zodat de kwaliteit van de procedure beoordeeld kan worden. 5.Als de doos van de kit beschadigd is, kan de inhoud schade hebben opgelopen; gebruik de kit niet en neem contact op met de klantenservice.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 5 van 38


Op documentatie gebruikte symbolen De op alle etiketten en verpakkingen gebruikte symbolen zijn conform de geharmoniseerde norm ISO 15223

Fabrikant

Aantal tests

Zie de gebruiksaanwijzing

X°C Bewaren beneden de getoonde temperatuur

Gebruiken vóór de getoonde datum

Cataloguscode

Partij- of batchnummer

Medisch hulpmiddel voor in-vitrodiagnostiek

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 6 van 38


Geleverde materialen Bewaar alle componenten bij een temperatuur lager dan -20 °C. Elke kit bevat: (TA): 2 x 250 µl (50 tests) of 1 x 100 µl (10 tests) QST*R reactiemengsel, met primers ter amplificatie van een aantal STR- (short tandem repeat) markers. Zie bijlage 2 voor bijzonderheden over de markers per kit. Het QST*R reactiemengsel bevat eveneens DNA-polymerase en desoxynucleotidetrifosfaten in een buffer. Kit

0,2 ml PCR-flacons

Elucigene QST*Rplusv2 Elucigene QST*R Elucigene QST*R-XYv2 Elucigene QST*R-13 Elucigene QST*R-18 Elucigene QST*R-21

Doorzichtig Oranje Roze Groen Paars Geel

Onderdeelnr. component 404454 404442 404457 404445 404448 404451

(DC): 1 x 50 µl flacon DNA-controle, diploïde voor de markers gedetecteerd met Elucigene QST*R: Kit Onderdeelnr. component Elucigene QST*Rplusv2 404485 Elucigene QST*R 404485 Elucigene QST*R-XYv2 404485 Elucigene QST*R-13 404485 Elucigene QST*R-18 404485 Elucigene QST*R-21 404485 50 (10) x 0,2 ml PCR-flacons, met kleurcode als hierboven genoemd.

Preparatie en opslag van de kit Aanbevolen wordt na opening van de kit het reactiemengsel in hoeveelheden van 10 µl te dispenseren in de meegeleverde 0,2 ml PCR-flacons (of gelijkwaardige flacons) en bij -20 °C in te vriezen. Zorg ervoor dat de flaconinhoud grondig ontdooid en gemengd is voordat het reactiemengsel wordt gedispenseerd.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 7 van 38


Benodigde maar niet meegeleverde materialen Algemeen Laboratoriumartikelen – handschoenen, pipettips. Laboratoriumapparatuur – precisiepipetten (2 sets: 1 voor preamplificatie- en 1 voor postamplificatiehantering: bij voorkeur positieve-verplaatsingspipetten), beschermende kleding, vortexmenger, microfuge, centrifuge voor microtiterplaten met 96 wells.

DNA-extractie DNA-preparatie – InstaGene Matrix (Bio-Rad Laboratories, cat. nr. 732-6030), steriel gedeïoniseerd water.

PCR-amplificatie Thermische cycler waarin microtiterplaten met 96 wells of 0,2 ml flacons passen, met een temperatuurnauwkeurigheid van +/- 1 °C tussen 33 °C en 100 °C en een statischetemperatuuruniformiteit van +/- 1 °C.

Capillaire elektroforese Capillaire elektroforese – GeneScan 500 LIZ omvangstandaard (ABI cat. nr. 4322682), GeneScan 600 LIZ (ABI cat. nr. 4366589) of GeneScan 600v2 LIZ (ABI cat. nr. 4408399), DS-33 (kleurstofset G5) matrixstandaard (ABI cat. nr. 4345833), POP-7 Polymer (ABI cat. nr. 4352759), 10 x Genetic Analyzer Buffer (ABI cat. nr. 402824) en Hi-Di formamide (ABI cat. nr. 4311320). Applied Biosystems ABI 3130 en 3500 Genetic Analyzers (met GeneMapper software), 36 cm capillair array (50 cm capillair array voor de 3500 Genetic Analyzer), optische platen met 96 wells, septa voor 96 wells, cassettes voor 96 wells.

Gegevensanalyse Een van de volgende gegevensanalysesoftwarepakketten is vereist: GeneMapper 3.7 (Applied Biosystems Inc.) of hoger, of GeneMarker 1.65 (SoftGenetics LLC) of hoger.

Aanvullende Elucigene QST*R documentatie Deze gebruiksaanwijzing bevat een basaal gedeelte over interpretatie van verkregen resultaten. Een aanvullende Guide to Interpretatation (leidraad voor interpretatie) met voorbeelden en een verklarende woordenlijst, en een Guide to Analysis (leidraad voor analyse) zijn beschikbaar op de Elucigene Diagnostics website: www.elucigene.com/products

Monsterafname en monsteropslag Er dienen chorionvillus- of amnionvochtmonsters te worden gebruikt. Van hulpmiddelen voor monsterafname is een enkele keer gerapporteerd dat ze schadelijk waren voor de integriteit van bepaalde analyten en sommige methodetechnologieën kunnen verstoren. Aanbevolen wordt dat elke gebruiker ervoor zorgt dat het gekozen hulpmiddel volgens de instructies van de fabrikant wordt gebruikt en dat zowel de monsterafnamehulpmiddelen als de DNA-preparatiemethoden compatibel zijn met deze test.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 8 van 38


DNA-extractie Elucigene QST*R kits zijn gevalideerd met de InstaGene matrixmethode van DNAextractie; dit kan in één buis worden uitgevoerd, waardoor overbrengen van buis naar buis niet nodig is. Van andere extractiemethoden, bijv. de Qiagen QIAamp kits, is gebleken dat deze even betrouwbare resultaten opleveren. De InstaGene methode van DNA-extractie wordt hieronder beschreven. InstaGene extractiemethode Amnionvocht (AV) Er dient ongeveer 1-2 ml amnionvocht te worden gebruikt. Chorionvillus (CV) CV-monsters dienen zorgvuldig te worden schoongemaakt om aanhangende maternale decidua te verwijderen. Het is belangrijk dat cellen van meer dan één regio van het monster worden getest en dat cellen uit de kern van het mesenchym aanwezig zijn. Voor QST*R analyse wordt een kleine aliquot van de celsuspensie, geprepareerd als voor een conventionele celkweek, aanbevolen. Dit zorgt ervoor dat het QST*R resultaat afkomstig is uit dezelfde populatie cellen als voor de analyse van het karyotype gebruikt is. 1. Resuspendeer de InstaGene matrix op de magneetmenger en stel deze minimaal 5 minuten in op een medium snelheid. 2. Centrifugeer het monster gedurende 1 minuut (AV of CV) bij 12.000 g om de cellen te pelleteren. 3. Neem de monsters uit de centrifuge en controleer het pellet visueel op bloedkleuring. Maak een notitie over het percentage bloedkleuring, als daar sprake van is. 4. Verwijder het supernatant zorgvuldig van het pellet en voer het supernatant af; zorg ervoor dat het pellet niet verstoord wordt. Laat ongeveer 10-20 µl supernatant achter om het pellet te resuspenderen. 5. Meng het monster grondig door het te vortexen. 6. Als er meer dan 50% bloedkleuring wordt waargenomen, ga dan verder met stap 7. Als er minder dan 50% bloedkleuring wordt waargenomen, ga dan verder met stap 8. 7. Voeg 200 µl steriel gedeïoniseerd water toe aan het celpellet. Grondig mengen door te vortexen. Gedurende 1 minuut bij 12.000 g centrifugeren, verwijder het supernatant maar laat 10-20 µl supernatant achter om het pellet te resuspenderen. Opmerking: Deze aanvullende wasstap helpt bij het lyseren van de rode bloedcellen en bij het verwijderen van haem dat de PCR kan remmen. 8. Voeg met behulp van een pipettip met grote boring, zoals 1000 µl, 200 µl InstaGene matrix uit stap 1 toe aan de monsters. Opmerking: Ter optimalisering van het extractieprotocol kan het toegevoegde volume InstaGene matrix (Chelex-100 hars) gevarieerd worden, van 100 µl InstaGene matrix voor kleine AV-celpellets (nauwelijks zichtbaar) tot 300 µl voor grote pellets (die de bodem van de buis bedekken), CV- en weefselmonsters. Noteer de hoeveelheid InstaGene matrix die aan elk monster is toegevoegd.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 9 van 38


9. Meng de monsters grondig door ze te vortexen en incubeer ze gedurende 8 minuten bij 100 °C in een hitteblok of waterbad. 10. Meng ze nogmaals door ze bij hoge snelheid gedurende 10 seconden te vortexen. 11. Centrifugeer de monsters gedurende 3 minuten bij 12.000 g. Het supernatant bevat het geëxtraheerde DNA. 12. Ga verder met de PCR of bewaar het geëxtraheerde DNA bij -20 °C tot het nodig is.

DNA-concentratie Aanbevolen wordt andere DNA-extractiemethoden en monstertypen grondig met de Elucigene QST*R test te evalueren voordat de resultaten voor diagnostiek worden gebruikt. Onder optimale PCR-condities en met gebruik van de aanbevolen monsterinjectieinstellingen* als genoemd in de runmodule voor capillaire kolommen (pag. 13) worden acceptabele resultaten consistent verkregen met invoer van DNA-hoeveelheden van 1,25 ng tot 10 ng. *Opmerking: Monsterinjectie-instellingen kunnen worden gemodificeerd om tegemoet te komen aan de hoeveelheid amplicon dat tijdens de PCR geproduceerd wordt en dat kan variëren afhankelijk van de hoeveelheid ingevoerd genomisch DNA dat toegevoegd wordt. Er kan minder amplicon op de kolom voor analyse worden toegepast door de injectietijd te verkorten. Andersom kan er kan meer amplicon op de kolom voor analyse worden toegepast door de injectietijd of de injectiespanning te vergroten. Eerder geamplificeerde monsters kunnen meerdere keren voor heranalyse worden geherinjecteerd.

Testprotocol Amplificatieprocedure Wanneer monsters met de InstaGene methode geëxtraheerd zijn, wordt aanbevolen onverdund supernatant direct in de PCR te gebruiken. Opmerking: Om het risico op contaminatie te minimaliseren, moeten de stappen 3 – 5 in een DNA-vrije ruimte worden uitgevoerd. Ook dienen stappen te worden ondernomen om contaminatie met PCR-product te voorkomen. 1. Programmeer de thermische cycler op een eenstapscyclus ter activering van het DNApolymerase bij 95 °C gedurende 15 minuten, gekoppeld aan een amplificatiecyclusprogramma van 30 seconden bij 95 °C (denaturatie), 1 minuut en 30 seconden bij 59 °C (uitgloeien) en 1 minuut en 30 seconden bij 72 °C (extensie) gedurende 26 cycli. Dit dient te worden gekoppeld aan een tijdvertraging van 30 minuten bij 72 °C (extensie) in de laatste cyclus.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 10 van 38


Enzymactivering

Cyclering

95 °C

95 °C

15 min

30 s

Laatste extensie

72 °C 1 min 30 s

72 °C 30 min

59 °C Omgevings-temperatuur

1 min 30 s 26 cycli

2. In elke PCR-run moet een negatieve (water-) controle opgenomen zijn. Het kan eveneens toepasselijk worden geacht om andere controles op te nemen, bijv. positief normaal (DNA-controle meegeleverd) en positieve-trisomiecontrole (DNA niet meegeleverd). 3. Ontdooi voldoende flacons geprealiquoteerd QST*R reactiemengsel voor het aantal monsters en controles die gerund moeten worden (zie de opmerking onder Geleverde materialen) en centrifugeer de flacons gedurende 10 seconden bij 12.000 g. 4. Gebruik afzonderlijke pipettippen en voeg 2,5 µl test-DNA toe aan een flacon met 10 µl QST*R reactiemengsel, en mix dit door het op en neer te pipetteren. Doe dit met alle te testen monsters. Voeg geen DNA toe aan de PCR-flacon voor de negatieve controle; voeg daar 2,5 µl steriel gedestilleerd water aan toe. Opmerking: Zorg ervoor dat de PCR niet met InstaGene hars wordt gecontamineerd. 5. Centrifugeer de flacons kort tot alle vloeistof zich op de bodem van de flacon bevindt. 6. Plaats alle flacons stevig in het blok van de thermische cycler. Start het 95 °C activatieprogramma gevolgd door het amplificatieprogramma (zie stap 1). 7. Na afloop van het amplificatieprogramma kunnen de monsters overnacht worden bewaard bij kamertemperatuur of maximaal 7 dagen bij 2-8 °C voordat ze met capillaire elektroforese geanalyseerd worden.

Capillaire elektroforese Aanbevolen wordt dat elke gebruiker ervoor zorgt dat de gekozen apparatuur volgens de instructies van de fabrikant wordt gebruikt en compatibel is met deze test. In deze context zijn de polymeer en de capillaire array de sleutelparameters. Optimale resultaten kunnen worden verkregen door de volgende capillaire-elektroforese-condities te gebruiken op een ABI3130 of een ABI3500 Genetic Analyzer.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 11 van 38


1. Combineer 6,85 µl omvangstandaard met 250 µl Hi-Di Formamide en meng dit grondig (voldoende mengsel voor 16 wells). Dispenseer 15 µl mengsel in het vereiste aantal wells van een optische plaat met 96 wells. 2. Voeg 3 µl testmonster PCR-product toe aan het omvangstandaardmengsel (uit stap 1) dat al op de plaat gedispenseerd is, en meng dit met behulp van de pipet. Sluit de plaat af. 3. Denatureer het op de optische plaat gedispenseerde PCR-product op een thermische cycler met de volgende parameters: 94 °C gedurende 3 minuten gekoppeld aan 4 °C gedurende 30 seconden. 4. Centrifugeer de plaat gedurende 10 seconden bij 1000 g om eventuele bellen in de wells te verwijderen en laad de plaat in de Genetic Analyzer.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 12 van 38


ABI3130 GENETIC ANALYZER Maak een monsterblad aan met de 3130-gegevensverzamelingsoftware met de volgende instellingen: • Sample Name (monsternaam): dit moet hetzelfde monsterspecifieke naam of -nummer zijn. • Run Owner (run-eigenaar): selecteer de standaardeigenaar voor het lab. • Runprotocol: QSTR (bevat de QST*R 3130 runmodule – zie hieronder).* *Opmerking: Het is noodzakelijk om een runmodule aan te maken met gedetailleerde instrumentinstellingen en deze vervolgens toe te wijzen aan een Runprotocol waarin Dye Set (kleurstofset) G5 geselecteerd is. Raadpleeg voor nadere informatie over het aanmaken van runmodules de gebruikershandleiding bij uw instrument.

3130 RUNMODULE VOOR POP7-POLYMEER 36 cm capillaire module: QSTR #

Parameter Name

Value

Range

1

Oven Temperature

60

int 18…65 Deg.C

2

Poly_fill_Vol.

6500

6500…38000 steps

3

Current Stability

5.0

int 0…2000 uAmps

4

PreRun_Voltage

15.0

0…15 kvolts

5

Pre_Run_Time

180

1…1000 sec.

6

Injection_Voltage

3.0

1…15 kvolts

7

Injection_Time

15

1…600 sec.

8

Voltage_Number_of_Steps

20

1…100 nk

9

Voltage_Step_Interval

15

1…60 sec.

10

Data_Delay_Time

60

1…3600 sec.

11

Run_Voltage

15.0

0…15 kvolts

12

Run_Time

1200

300…14000 sec.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 13 van 38


ABI3500 GENETIC ANALYZER Er dient een QSTR instrumentprotocol te worden aangemaakt dat vervolgens voor elke QSTR run kan worden gebruikt. Maak het QSTR instrumentprotocol aan via de 3500 Instrument Protocols library (instrumentprotocolbibliotheek). Selecteer het volgende: • Run Module (runmodule): FragmentAnalysis50_POP7 • Voer de in onderstaande afbeelding genoemde instellingen in:

Maak voor het runnen van de monsters een monsterplaat aan door in het ‘Dashboard’ op ‘Create Plate from Template’ (plaat aanmaken m.b.v. sjabloon) te klikken; controleer of het juiste instrumentprotocol voor QSTR is toegewezen (zie hierboven).

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 14 van 38


Analyse en interpretatie van resultaten Aanbevolen wordt dat elk laboratorium eigen interpretatie- en rapportageprocedures en -criteria ontwikkelt. Richtlijnen voor de beste praktijk voor QF-PCR zijn vastgelegd door de Association for Clinical Genetic Science, en zijn ter raadpleging beschikbaar op: www.acgs.uk.com PCR-producten worden waargenomen als een met 5 kleurstoffen gelabeld systeem dat filterset G5 gebruikt. Filterset G5 detecteert met 6-FAM (blauw), VIC (groen), NED (geel) en PET (rood) gelabelde fragmenten plus de omvangstandaardmarker die met LIZ (oranje) gelabeld is op een elektroforetogram en in het GeneMapper of het GeneMarker programma. Leidraden voor GeneMarker en GeneMapper softwareanalyse zijn verkrijgbaar op de Elucigene Diagnostics website: www.elucigene.com/products De leidraad voor GeneMapper analyse verschaft bijzonderheden over softwareinstellingen en instructies over het importeren van geanalyseerde gegevenssets in een Excel rapportsjabloon. GeneMarker bevat een trisomieanalysetoepassing die compatibel is met Elucigene QST*R. Belangrijke opmerking: Verschillende combinaties van instrument, polymeer en omvangstandaard kunnen maken dat de benoeming van de omvang licht kan variëren. Tijdens validatie van de kit dient de gebruiker te controleren of de standaard bininstellingen resulteren in nauwkeurige pieklabeling en de instellingen zo nodig aan te passen. Neem bij problemen voor advies contact op met de afdeling Technical Support. Algemene analyserichtlijnen voor alle QST*R kits 1. De negatieve controle mag binnen het afleesbereik van 100 tot 510 bp geen scherpe pieken vertonen. 2. De positieve controle moet de verwachte resultaten tonen en alle pieken moeten aan onderstaande criteria voldoen. 3. Voor analyse van DNA-monsters moet minimaal 1 piek per geteste marker worden waargenomen. Het acceptabele bereik voor markerpieken geanalyseerd op de 3130 Genetic Analyzer ligt tussen 50 en 6000 relatieve fluorescentie-eenheden (rfu) en voor de 3500 Genetic Analyzers tussen 175 en 32.000 rfu’s. Piekhoogten die buiten dit bereik vallen, mogen niet worden geanalyseerd. 4. Elektroforetogrammen van slechte kwaliteit als gevolg van overmatig door elkaar heen lopen van kleurstofkleuren (ook bekend als ‘optrekken’) of ‘elektroforetische spikes’ (scherpe pieken in meer dan één kleurstof) mogen niet worden geïnterpreteerd. De PCRproducten dienen opnieuw te worden geïnjecteerd en geanalyseerd. 5. Analyse wordt uitgevoerd door beoordeling van piekratio’s (A1/A2), waarbij A1 het piekgebied van het kortste fragment en A2 dat van het langste fragment is. De resulterende ratio is diagnostisch voor het locuskopiegetal. Bij disome chromosomen dienen heterozygote markers twee pieken van gelijke hoogte te tonen. Een volledige analyse van de status van het chromosoomkopiegetal wordt uitgevoerd door vergelijking van de piekgebiedratio’s.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 15 van 38


6. Heterozygote di-allelische (d.w.z. twee allelen) markers dienen binnen een ratiovenster van 0,8 tot 1,4 te vallen. Voor twee allelen die met meer dan 24 bp in omvang gescheiden zijn, is een ratio tot 1,5 echter acceptabel. Aan waarden die binnen dit gebied vallen, wordt gerefereerd als hebbende een ratio van 1:1. Als de ratiobalans buiten dit venster valt, kan dat veroorzaakt worden door een aantal factoren, zoals:        

Trisomie van het gehele chromosoom Trisomie van een gedeelte van het chromosoom (met inbegrip van submicroscopische duplicaties) Mozaïcisme Een contaminerend tweede genotype (bijv. maternaal, tweeling, extern) Stotter die scheefte veroorzaakt Preferentiële amplificatie van één allel die scheefte veroorzaakt Polymorfismen op de primerplaats Somatische microsatellietmutaties

De Guide to Interpretation (leidraad voor interpretatie) geeft voor vele hiervan voorbeelden van kenmerkende profielen. Homozygote markers zijn niet-informatief omdat er geen ratio kan worden bepaald. 7. Om een resultaat als abnormaal te interpreteren (d.w.z. er is sprake van trisomie) moeten ten minste twee informatieve markers consistent zijn met een drieallelengenotype en kunnen alle andere markers niet-informatief zijn. Afgeraden wordt om op basis van de informatie van slechts één marker een resultaat als abnormaal te interpreteren. Zo nodig kunnen vervolgtests met de enkelvoudige-chromosoomkits (d.w.z. Elucigene QST*R-13, Elucigene QST*R-18, Elucigene QST*R-21) voldoende informatie voor interpretatie opleveren. Trisomie wordt bepaald door: 7.1. Twee pieken van ongelijke hoogte doordat één van de pieken twee allelen weergeeft die bij één of beide ouders voorkomen. In dit geval wordt de ratio tussen de twee pieken zodanig als 2:1 of 1:2 geclassificeerd dat A1/A2 een resultaat tussen 1,8 en 2,4 geeft wanneer de piek die het korte allel weergeeft groter in omvang is dan de piek die het lange allel weergeeft; A1/A2 geeft een resultaat tussen 0,45 en 0,65 wanneer de piek die het korte allel weergeeft kleiner in omvang is dan de piek die het lange allel weergeeft. 7.2. Er zijn drie pieken van vergelijkbare hoogte aanwezig. De ratio van de pieken wordt als 1:1:1 geclassificeerd en hun waarden vallen binnen het normale bereik van 0,8 – 1,4 (al is een allelratio tot 1,5 acceptabel voor allelen die met meer dan 24 bp gescheiden zijn). Als dit niet gebeurt, kan dat het gevolg zijn van een van de factoren die onder stap 6 genoemd staan. 8. Om een resultaat als normaal te interpreteren moeten ten minste twee informatieve markers consistent zijn met een twee-allelengenotype en kunnen alle andere markers niet-informatief zijn. Een normaal resultaat duidt erop dat twee van de geteste chromosomen het normale complement hebben. 9. Piekgebiedratio’s die tussen het normale en het abnormale bereik vallen, worden als onduidelijk geclassificeerd. Onduidelijke resultaten kunnen worden opgehelderd door enkelvoudige-chromosoomkits te gebruiken. 10. Als zowel normale als abnormale allelpatronen voor een enkelvoudig chromosoom worden verkregen dan wordt aanbevolen om vervolgonderzoek uit te voeren om de oorzaak van de discrepante resultaten vast te stellen voordat conclusies worden getrokken.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 16 van 38


11. In zeldzame gevallen kunnen allelomvangbereiken voor markers elkaar overlappen. Als dit vermoed wordt, kan analyse met de enkelvoudige-chromosoomkits dit probleem oplossen.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 17 van 38


Specifiek voor QST*R-XYv2 en de geslachtschromosoommarkers in QST*Rplusv2 1. De AMEL-marker amplificeert niet-polymorfe sequenties op het X- (104 bp) en het Y(110 bp) chromosoom; deze marker kan worden gebruikt voor het bepalen van aan- of afwezigheid van een Y-chromosoom en geeft de relatieve hoeveelheid van de X- t.o.v. de Y-sequentie weer. Let op: in zeldzame gevallen is mislukken van de amplificatie als gevolg van mutatie van de AMEL-Y-sequentie gerapporteerd. 2. TAF9L is een onveranderlijke paraloge marker met sequenties op chromosoom 3 en X. De chromosoom-3-specifieke piek (116 bp, vertegenwoordigt 2 kopieën van chromosoom 3) kan derhalve als referentiepiek worden gebruikt als hulp bij de bepaling van het aantal aanwezige X-chromosomen (121 bp-piek). Bij analyse in combinatie met amelogenine en de andere geslachtschromosomenmarkers is TAF9L in het bijzonder nuttig bij de diagnostiek van aneuploïdie van geslachtschromosomen. Bij een normale vrouw dienen de markers binnen een ratiovenster van 0,8 tot 1,4 te vallen. Bij een normale man of monosomie X leveren de markers een ratio ≥1,8 op. Nadere bijzonderheden over de interpretatie van de TAF9L-marker zijn te vinden in de Guide to Interpretation (leidraad voor interpretatie). 3. De polymorfe STR-markers DXYS267 en DXYS218 zijn aanwezig in zowel de X- als de Y-chromosomen en vertegenwoordigen het totale aantal geslachtschromosomen. Voor informatieve resultaten bij mannen is het niet mogelijk te bepalen welk allel het X- of het Y-chromosoom vertegenwoordigt. 4. De informatieve X-specifieke markers DXS981, DXS1187, XHPRT, DXS6807, DXS7423, DXS6803 en DXS6809 geven het aantal X-chromosomen weer. 5. De Y-specifieke marker, SRY, geeft één piek bij normale mannen en laat zich bij normale vrouwen niet amplificeren. 6. De Y-specifieke marker, DYS448, geeft in de meeste gevallen één piek bij normale mannen en laat zich bij normale vrouwen niet amplificeren. Opgemerkt is dat deze marker in zeldzame gevallen een erfelijk di-allelisch patroon kan laten zien (submicroscopische duplicatie gevolgd door replicatie-slippage) of geen replicatie vertoont (nul-allel). 7. Een resultaat dat geen amplificatie voor Y-specifieke markers laat zien en homozygoot is voor alle andere markers is niet noodzakelijkerwijs diagnostisch voor het Turnersyndroom. Op basis van gepubliceerde gegevens is ongeveer 1 op de 170.000 vrouwen homozygoot voor alle 7 X-specifieke polymorfe markers. Dit levert een Bayesiaanse waarschijnlijkheid van ongeveer 1 per 1400 op dat een profiel dat homozygoot voor alle X-specifieke markers is een waar monosoom X-genotype vertegenwoordigt in plaats van een normale homozygote vrouw.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 18 van 38


Prestatiekenmerken INTERNE VALIDATIE QST*Rplusv2 Er zijn 98 monsters blind getest met Elucigene QST*Rplusv2. Hiervan waren er 22 normaal/XY, 17 normaal/XX, 12 trisomie 21/XY, 7 trisomie 21/XX, 9 trisomie 18/XY, 8 trisomie 18/XX, 2 trisomie 13/XY, 4 trisomie 13/XX, 8 normaal/X0, 1 normaal/XYY en 1 triploïde voor alle geteste chromosomen. Eén monster gaf een niet-informatief resultaat. Zes monsters leverden vanwege slechte monsterkwaliteit geen analyseerbare resultaten op. Alle analyseerbare resultaten toonden 100% specificiteit en gevoeligheid vergeleken met resultaten die eerder verkregen waren met een andere gevestigde methode. QST*R Er zijn 312 monsters blind getest met Elucigene QST*R. Hiervan waren er 286 normaal, toonden 2 trisomie 13, toonden 7 trisomie 18, toonden 13 trisomie 21 en waren 2 triploïde voor alle 3 geteste chromosomen. Eén monster vertoonde maternale-celcontaminatie en kon niet worden geanalyseerd, één monster leverde ondanks herhaalde amplificatie geen interpreteerbaar resultaat op. In totaal gaven 310 monsters analyseerbare resultaten. Alle analyseerbare monsters toonden 100% specificiteit en gevoeligheid vergeleken met resultaten die eerder verkregen waren met karyotypering. QST*R-XYv2 Er zijn 321 monsters blind getest met Elucigene QST*R-XYv2. Hiervan waren er 160 normaal mannelijk en 147 normaal vrouwelijk, 3 toonden monosomie X, 2 toonden XXY, 2 toonden XYY en 1 toonde XXX. Zes monsters leverden ondanks herhaalde amplificatie geen interpreteerbare resultaten op. In totaal gaven 315 monsters analyseerbare resultaten. Alle analyseerbare monsters toonden 100% specificiteit en gevoeligheid vergeleken met resultaten die eerder verkregen waren met karyotypering. QST*R-13 Er zijn 152 monsters blind getest met Elucigene QST*R-13. Hiervan waren er 144 normaal en toonden 2 trisomie 13. Zes monsters leverden ondanks herhaalde amplificatie geen interpreteerbare resultaten op. Alle analyseerbare monsters toonden 100% specificiteit en gevoeligheid vergeleken met resultaten die eerder verkregen waren met karyotypering. QST*R-18 Er zijn 152 monsters blind getest met Elucigene QST*R-18. Hiervan waren er 143 normaal en toonden 4 trisomie 18. Vijf monsters leverden ondanks herhaalde amplificatie geen interpreteerbare resultaten op. Alle analyseerbare monsters toonden 100% specificiteit en gevoeligheid vergeleken met resultaten die eerder verkregen waren met karyotypering.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 19 van 38


QST*R-21 Er zijn 152 monsters blind getest met Elucigene QST*R-21. Hiervan waren er 148 normaal en toonden 2 trisomie 21. Twee monsters leverden ondanks herhaalde amplificatie geen interpreteerbare resultaten op. Alle analyseerbare monsters toonden 100% specificiteit en gevoeligheid vergeleken met resultaten die eerder verkregen waren met karyotypering.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 20 van 38


BIJLAGE 1: VOORBEELDEN Elucigene QST*Rplusv2 De markers zijn als volgt gelabeld:

6-FAM

VIC

NED

PET

DXS6803

DXS1187

AMEL

D21S1409

D21S1435

D21S1446

TAF9L

D13S252

D21S11

XHPRT

D18S978

D21S1442

D21S1437

D18S386

SRY

D18S819

D13S634

D13S305

D13S800

D18S535

D18S390 D13S628

Zie Bijlage 2 voor nadere bijzonderheden over de STR-markers, inclusief omvangbereiken.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 21 van 38


Elucigene QST*Rplusv2 – GENEMAPPER Een voorbeeld van een normaal mannelijk QST*Rplusv2 profiel dat de relatieve positie van de gedetecteerde markers laat zien.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 22 van 38


Elucigene QST*R De markers zijn als volgt gelabeld:

6-FAM

VIC

NED

PET

D21S1435

D18S391

D18S978

D21S1409

D21S11

D18S325

D21S1411

D13S252

D21S1437

D18S386

D18S390

D18S819

D13S634

D13S305

D13S628

D18S535 Zie Bijlage 2 voor nadere bijzonderheden over de STR-markers, inclusief omvangbereiken.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 23 van 38


Elucigene QST*R – GENEMAPPER Een voorbeeld van een normaal QST*R profiel dat de relatieve positie van de gedetecteerde markers laat zien.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 24 van 38


Elucigene QST*R-XYv2 De markers zijn als volgt gelabeld:

6-FAM

VIC

NED

PET

DXS6803

DXS1187

AMEL

DXYS267

DXS981

XHPRT

SRY

DYS448

DXS6807

DXS7423

DXS6809

DXYS218 Zie Bijlage 2 voor nadere bijzonderheden over de STR-markers, inclusief omvangbereiken.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 25 van 38


Elucigene QST*R-XYv2 – GENEMAPPER Een voorbeeld van een normaal mannelijk QST*R-XYv2 profiel dat de relatieve positie van de gedetecteerde markers laat zien.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 26 van 38


Elucigene QST*R-21 De markers zijn als volgt gelabeld:

6-FAM

VIC

NED

PET

D21S1435

D21S1446

D21S1411

D21S1409

D21S11

D21S1442


AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 27 van 38


Elucigene QST*R-21 – GENEMAPPER Een voorbeeld van een normaal QST*R-21 profiel dat de relatieve positie van de gedetecteerde markers laat zien.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 28 van 38



6-FAM

VIC

NED

PET

D18S847

D18S391

D18S978

D18S977

D18S1002

D18S386

D18S390

D18S819


AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 29 van 38



AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 30 van 38



6-FAM

VIC

NED

PET

D13S797

D13S325

D13S800

D13S252

D13S762

D13S305

D13S628


AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 31 van 38



AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 32 van 38


BIJLAGE 2: TABELLEN MET GEBRUIKTE MARKERS Opmerking: De NED-kleurstof in de kits wordt spectraal als gele kleurstof geïdentificeerd. Voor de duidelijkheid wordt dit in het algemeen in zwarte tekens weergegeven. Waargenomen heterozygositeiten zijn gebaseerd op het aantal met het Elucigene Diagnostics validatiepanel waargenomen allelen. Deze getallen kunnen derhalve verschillen van gepubliceerde gegevens en kunnen eveneens variëren, afhankelijk van de populatie die getest wordt.

Tabel 1. Markers in Elucigene QST*Rplusv2

Marker D13S252

Locatie

Waargenomen heterozygositeit*

13q12.2

0,74

Allelomvang Bereik (bp) 274-311

Kleur markerkleurstof rood

D13S305

13q13.3

0,79

424-466

groen

D13S634

13q21.33

0,84

380-428

blauw

D13S800

13q22.1

0,72

284-320

geel

D13S628

13q31.1

0,75

426-465

geel

D18S819

18q11.2

0,73

400-425

rood

D18S535

18q12.3

0,77

466-498

blauw

D18S978

18q12.3

0,71

207-223

geel

D18S386

18q22.1

0,92

332-405

groen

D18S390

18q22.3

0,69

356-394

geel

D21S11

21q21.1

0,82

228-279

blauw

D21S1437

21q21.1

0,76

307-347

blauw

D21S1409

21q21.2

0,74

191-239

rood

D21S1442

21q21.3

0,85

332-389

rood

D21S1435

21q21.3

0,74

167-204

blauw

D21S1446

21q22.3

0,76

205-235

groen

AMEL

Xp22.22/Yp11.2

n.v.t.

104/110

geel

TAF9L

3p24.2/Xq21.1

n.v.t.

116/121

geel

DXS6803 XHPRT DXS1187 SRY

Xq21.31

0,86

131-153

blauw

Xq26.2

0,72

266-298

groen

0,73

123-165

groen

n.v.t.

248

geel

Xq26.2 Yp11.31

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 33 van 38


Tabel 2. Markers in Elucigene QST*R

Marker

Locatie


Allelomvang Bereik (bp)

Kleur markerkleurstof

D13S252

13q12.2

0,74

274-311

rood

D13S305

13q13.3

0,79

424-466

groen

D13S325

13q14.11

0,80

272-309

groen

D13S634

13q21.33

0,84

380-428

blauw

D13S628

13q31.1

0,75

426-465

geel

D18S391

18p11.31

0,70

205-225

groen

D18S819

18q11.2

0,73

400-425

rood

D18S535

18q12.3

0,77

466-498

blauw

D18S978

18q12.3

0,71

207-223

geel

D18S386

18q22.1

0,92

332-405

groen

D18S390

18q22.3

0,69

356-394

geel

D21S11

21q21.1

0,82

228-279

blauw

D21S1437

21q21.1

0,76

307-347

blauw

D21S1409

21q21.2

0,74

191-239

rood

D21S1435

21q21.3

0,74

167-204

blauw

D21S1411

21q22.3

0,83

283-344

geel

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 34 van 38


Tabel 3. Markers in Elucigene QST*R-XYv2




Xp22.32/Yp11.3

0,74

376-392

blauw

Xp22.22/Yp11.2

n.v.t.

104-110

geel

DXYS267

Xq21.31/Yp11.31

0,75

240-280

rood

DXS6807

Xp22.3

0,66

326-351

blauw

DXS981

Xq13.1

0,73

226-260

blauw

DXS6803

Xq21.31

0,86

131-153

blauw

DXS6809

Xq21.33

0,78

392-436

geel

DXS1187

Xq26.2

0,73

123-165

groen

XHPRT

Xq26.2

0,72

266-298

groen

Marker

Locatie

DXYS218 AMEL

DXS7423

Xq28

0,67

360-388

groen

SRY

Yp11.31

n.v.t.

248

geel

DYS448

Yq11.223

n.v.t.

349-372

rood

Tabel 4. Markers in Elucigene QST*R-21

Marker

D21S11 D21S1437 D21S1409 D21S1442 D21S1435 D21S1411 D21S1446

Locatie




21q21.1 21q21.1 21q21.2 21q21.3 21q21.3 21q22.3 21q22.3

0,82 0,76 0,74 0,85 0,74 0,83 0,76

228-279 307-347 191-239 290-349 167-204 283-344 205-235

blauw blauw rood groen blauw geel groen

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 35 van 38



Locatie




D18S391

18p11.31

0,70

205-225

groen

D18S1002

18q11.2

0,76

337-365

blauw

D18S819

18q11.2

0,73

400-425

rood

D18S847

18q12.1

0,71

204-232

blauw

D18S535

18q12.3

0,77

466-498

blauw

D18S978

18q12.3

0,71

207-223

geel

D18S977

18q21.31

0,70

248-285

rood

D18S386

18q22.1

0,92

332-405

groen

D18S390

18q22.3

0,69

356-394

geel

Marker


Marker

Locatie




D13S252

13q12.2

0,74

274-311

rood

D13S305

13q13.3

0,79

424-466

groen

D13S325

13q14.11

0,80

272-309

groen

D13S634

13q21.33

0,84

380-428

blauw

D13S800

13q22.1

0,72

284-320

geel

D13S628

13q31.1

0,75

426-465

geel

D13S762

13q31.3

0,75

302-331

blauw

D13S797

13q33.2

0,77

178-250

blauw

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 36 van 38


Beperkingen van de procedure Deze test is ontworpen voor het detecteren van specifieke chromosomale trichosomieën en aneuploïdieën van geslachtschromosomen, zoals uiteengezet is in de Instructions for Use (gebruiksaanwijzing). Deze test detecteert mogelijk geen structurele rearrangementen waarbij de geteste chromosomen betrokken zijn, en detecteert geen afwijkingen in andere chromosomen. Mozaïcisme van de geteste chromosomen wordt mogelijk niet gedetecteerd. Een QST*R resultaat kan uitsluitend rechtstreeks op het geteste weefsel worden toegepast en is mogelijk geen weergave van het foetale karyotype. Maternale-celcontaminatie en begrensd placentaal mozaïcisme kan resulteren in discrepanties tussen de QST*R resultaten en de karyotyperesultaten. Opmerking: Heterozygositeiten van de gebruikte markers zijn afgeleid van een willekeurige set monsters ingediend voor routinematige analyse en afkomstig van een hoofdzakelijk Noord-Europese blanke bevolking. Berekeningen waarbij deze heterozygositeiten worden gebruikt, zijn strikt genomen alleen van toepassing op de bevolking waaruit de monsters zijn genomen. Er kan een kleine studie met lokaal afgeleide monsters worden uitgevoerd als onderdeel van een validatiestudie ter vaststelling van heterozygositeiten in de te onderzoeken bevolking. Er wordt niet verwacht dat populatievariatie de algemene informativiteit van de assay aanzienlijk zal veranderen.

Afwijzing van garantie Resultaten van deze en andere diagnostische assays dienen te worden geïnterpreteerd in samenhang met andere laboratorium- en klinische gegevens waarover de clinicus beschikt. Deze Elucigene reagentia worden geleverd voor diagnostisch in-vitro-onderzoek. Nadere bijzonderheden over Elucigene QST*R producten zijn beschikbaar op: www.elucigene.com/products

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 37 van 38


Referenties 1. CG Antenatal Care: full guidelines (Corrected June 2008) UK National Institute for Health and Clinical Excellence 2. O’Connor, C. (2008) Trisomy 21 Causes Down syndrome. Nature Education 1(1). 3. Mansfield E S. Diagnosis of Down syndrome and other aneuploidies using quantitative polymerase chain reaction and small tandem repeat polymorphisms. Human Molecular Genetics 1993 2(1): 43-50 4. Mann K, Fox SP, Abbs SJ, Yau SC, Scriven PN, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Development and implementation of a new rapid aneuploidy diagnostic service within the UK National Health Service and implications for the future of prenatal diagnosis. The Lancet 2001 358 (9287): 1057-1061 5. Mann K, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Strategies for the rapid prenatal diagnosis of chromosome aneuploidy. European Journal of Human Genetics 2004 12: 907-915 6. Mackie Ogilvie C, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mann K. Rapid prenatal diagnosis of an aneuploidy using Quantitative Fluorescence-PCR (QF-PCR). Journal of Histochemistry and Cytochemistry 2005 53(3): 285-288 7. Deutsch S, Choudhury U, Merla G, Howald C, Sylvan A, Antonarakis SE. Detection of aneuploidies by paralogous sequence quantification. Journal of Medical Genetics 2004 41: 908-915

ELUCIGENE en QST*R zijn handelsmerken van Delta Diagnostics (UK) Ltd. GENEMAPPER, GENESCAN, VIC, PET, NED, LIZ, POP-7 en HI-DI zijn handelsmerken van Life Technologies Corporation. QIAAMP is een handelsmerk van Qiagen Gmbh. GENEMARKER is een handelsmerk van SoftGenetics Corporation. INSTAGENE is een handelsmerk van Bio-Rad Laboratories Inc. Opmerking voor de koper: beperkte licentie Polynucleotiden gelabeld met VIC, NED en PET kleurstoffen en/of het gebruik daarvan kunnen onder een of meer octrooien van Applied Biosystems, LLC vallen. De aankoopprijs van dit product omvat beperkte, niet-overdraagbare rechten onder bepaalde claims van bepaalde octrooien in eigendom van Applied Biosystems, LLC dat alleen deze hoeveelheid van het product uitsluitend voor werkzaamheden van de koper mag worden gebruikt bij detectie van doel(en) binnen het veld van diagnostiek bij mensen. Er worden geen andere rechten overgedragen. Nadere informatie over aankooplicenties betreffende bovengenoemde kleurstoffen is verkrijgbaar door contact op te nemen met [email protected] Auteursrecht  2014 Delta Diagnostics (UK) Ltd.

AN000BYNL 001

Sep-2014

Pagina 38 van 38

Elucigene QST*R producten Gebruiksaanwijzing

Recommend Documents