Výrobky Elucigene QST*R Příručka k analytickému softwaru

Výrobky Elucigene® QST*R® Příručka k analytickému softwaru

Výrobce: Gen-Probe Life Sciences Ltd. Oaks Business Park Crewe Road Wythenshawe Manchester M23 9HZ, Velká Británie Prodej, zákaznický servis a technická podpora: T: +49 (0) 6122 7076451 F: +49 (0) 6122 7076155 E: [email protected] E: [email protected]

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 1 z/ze 30

Analýza GeneMapper Úvod Tato část popisuje postupy pro analýzu výsledků vzorků Elucigene QST*R pomocí softwarových aplikací GeneMapper (verze 3.7 a vyšší) společnosti Applied Biosystems a způsob zadávání tabulkových dat do Excelové šablony pro zprávy QST*R.

Postup analýzy Postup analýzy vzorků je shrnut v níže uvedeném vývojovém diagramu:

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 2 z/ze 30

GeneMapper Otevřete programový soubor GeneMapper a proveďte import požadovaných souborů fsa tak, že kliknete na tlačítko Add samples to project (Přidat vzorky do projektu)

.

Pomocí stromu složek v levé části okna přejděte do požadované složky cyklu (Run). Vyberte složku a klikněte na tlačítko add to List >> (Přidat do seznamu). Složka analytického cyklu se nyní objeví v okně samples to add (Přidávané vzorky). Po dvojím kliknutí na ikonu složky analytického cyklu v tomto okně se zobrazí všechny soubory fsa, které se mají importovat (obrázek 1). Poté se vzorky přidají kliknutím na tlačítko Add (Přidat)

.

Obrázek 1: Vzorky připravené k přidání do projektu

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 3 z/ze 30

Import nastavení analýzy QST*R GeneMapper pomocí rozhraní GeneMapper Manager Je nezbytné importovat nastavení QST*R pro software GeneMapper. Tento postup se ovládá prostřednictvím rozhraní GeneMapper Manager. Nastavení pro QST*R GeneMapper jsou k dispozici na internetových stránkách společnosti Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Kliknutím na ikonu

(obrázky 2 a 3) otevřete program GeneMapper Manager.

Obrázek 2: Otevření programu GeneMapper Manager

Obrázek 3: Rozhraní GeneMapper Manager

2. Vyberte záložku Analysis Methods (Metody analýzy) a poté klikněte na tlačítko Import.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 4 z/ze 30

3. Vyhledejte a importujte požadované soubory s nastavením analýzy QST*R: 3130 nebo 3500 (obrázek 4).

Obrázek 4: Import metod analýzy

4. Vyberte odpovídající záložku, zopakujte tento postup a importujte odpovídající soubory pro: •

Table Settings (Nastavení tabulky)

•

Plot Settings (Nastavení grafu)

•

Size Standards (Standardy velikosti)

Poznámka: Záložky Cluster Plot Settings (Nastavení hromadných grafů), Matrices (Matrice), SNP Sets (Sady SNP) a Report Settings (Nastavení zpráv) nevyžadují import souboru.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 5 z/ze 30

Import nastavení panelu QST*R pomocí rozhraní Panel Manager Je nezbytné importovat nastavení panelu QST*R a binární nastavení pro software GeneMapper. Tento postup se ovládá prostřednictvím rozhraní Panel Manager. Nastavení pro panel QST*R GeneMapper a binární nastavení jsou k dispozici na internetových stránkách společnosti Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Kliknutím na ikonu

otevřete rozhraní Panel Manager.

2. V levém navigačním okně klikněte na Panel Manager. Rozhraní Panel Manager se nyní zobrazí zvýrazněné modře. 3. Vyberte File/Import Panels (Soubor/Import panelů). Vyhledejte a importujte soubor panelu GeneMapper anan000 gmbf*.txt (obrázek 5). 4. Soubor panelu se nyní zobrazí v levém navigačním okně. Klikněte na soubor panelu a ověřte, že je modře zvýrazněn. 5. Vyberte File/Import Bin Set (Soubor/Import binární množiny). Vyhledejte a importujte binární soubor GeneMapper anan000 gmbf*.txt (obrázek 6). 6. Klikněte na Apply (Použít) a poté klikněte na OK. Obrázek 5: Import souboru panelu QST*R

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 6 z/ze 30

Obrázek 6: Import souboru binární množiny QST*R

Úprava souboru Analysis Parameter (Parametr analýzy) Může být nezbytné upravit výchozí nastavení Analysis Ranges (Rozsahy analýzy) v nastavení analýz QST*R tak, aby zahrnovaly podmínky vašeho analytického cyklu. Minimální rozsah analýzy bude záviset na kapiláře a polymeru používaných během shromažďování dat. Chcete-li zobrazit aktuální nastavení analýzy: 1. Otevřete program GeneMapper Manager. 2. Vyberte záložku Analysis Methods (Metody analýzy). Importovaný soubor QST*R bude označen jako QSTR Analysis (Analýza QSTR). 3. Klikněte na QSTR Analysis (Analýza QSTR). Řádek se nyní zvýrazní. 4. Klikněte na tlačítko Open (Otevřít) a vyberte záložku Peak Detector (Detektor píků) (obrázek 7). Při výchozím nastavení začínají rozsahy analýzy hodnotou 2 000 a končí hodnotou 18 000.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 7 z/ze 30

Obrázek 7: Rozsahy analýzy

Postup stanovení správného rozsahu analýzy pro vaši laboratoř: 1. V hlavním okně aplikace GeneMapper dvakrát klikněte na importovanou složku analytického cyklu, aby se zobrazil seznam souborů fsa, které tato složka obsahuje. 2. Vyberte soubor fsa. 3. Kliknutím na záložku Raw data (Nezpracovaná data) se zobrazí elektroforeogram nezpracovaných dat. 4. Použijte jako vodítko první pík standardu velikosti (např. 75bp z GS500LIZ) a vyberte datový bod, který je o cca 100 datových bodů větší (obrázek 8). Takto se určí nejnižší bod analyzovatelného rozsahu. 5. Zajistěte, aby maximální rozsah analýzy zahrnoval největší pík standardu velikosti (např. 500bp z GS500LIZ nebo 600bp z GS600LIZv2). 6. Zadejte nové hodnoty do souboru analýzy QST*R (přístup k souboru je popsán výše).

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 8 z/ze 30

Obrázek 8: Vyhledání minimálního rozsahu pomocí nezpracovaných dat vzorku

Analýza importovaných souborů QST*R 1. V hlavním okně aplikace GeneMapper vyberte QST*R Table Settings (Nastavení tabulky QST*R) (obrázek 9). Obrázek 9: Rozevírací nabídka nastavení tabulky QST*R

2. V hlavním okně aplikace GeneMapper vyberte první buňku pod označením Analysis Method (Metoda analýzy) a z rozevírací nabídky vyberte buď metodu QSTR Analysis 3130 (Analýza QSTR 3130) nebo QSTR Analysis 3500 (Analýza QSTR 3500). Zopakujte postup pro parametr Size Standard (Standard velikosti) – vyberte z rozevírací nabídky QSTRLIZ500 nebo QSTRLIZ600. 3. Pro každý vzorek vyberte panel QSTR_gm* a klikněte na příslušný dílčí panel (obrázek 10). 4. Vyplňte všechny sloupce výběrem nadpisu sloupce a stisknutím kombinace kláves Ctrl-D. 5. Pro spuštění analýzy vzorků klikněte na

AN000GSCS

Rev.10/2013

. Po vyzvání přiřaďte název projektu.

Strana 9 z/ze 30

Obrázek 10: Výběr nastavení panelu QST*R

Kontrola dat QST*R 1. Vyberte vzorek pro analýzu (zvýrazněte řádek vzorku). 2. Klikněte na tlačítko

, aby se zobrazily grafy: Display Plots.

3. Vyberte QST*R Plot settings (Nastavení grafů QST*R) (obrázek 11). Obrázek 11: Rozevírací nabídka nastavení grafů QST*R.

4. V okně s grafem se zobrazí profil vzorku s přehledem dat (obrázek 12). Aplikace GeneMapper automaticky označí maximálně dva píky pro každý marker. U markeru se třemi alelami se musí třetí neoznačený pík označit manuálně (viz Manuální editování profilů). Poznámka: Rozsahy velikosti alel jednotlivých markerů jsou založeny na dříve pozorovaných datech. Vzácné alely se mohou vyskytovat mimo daný rozsah velikosti markeru a může být nutné příslušným způsobem upravit binární množinu. 5. V okně s grafem doporučujeme aktivovat funkci Single click editing (Editování jediným kliknutím). Chcete-li to udělat, vyberte Alleles/set click editing (Alely/Nastavit editování kliknutím) a zkontrolujte, zda je tato možnost označena.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 10 z/ze 30

Obrázek 12: Okno s grafem vzorku zobrazující označenou křivku dat a související tabulku genotypů.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 11 z/ze 30

Manuální editování profilů VAROVÁNÍ! Aplikace GeneMapper přidělí značení maximálně pro 2 píky u jednoho markeru. Proto může být nutné profily manuálně editovat při přidělování označení třetím píkům (pokud jsou přítomny) nebo odstraňování označení z píků se stutter efektem. Pokud chcete přidat označení píku, klikněte levým tlačítkem myši na neoznačený pík. Budete mít možnost přidat komentář k alele. Klikněte na tlačítko OK. Pík bude nyní označen velikostí podle párů bází a plochy píku. Nově označený pík bude automaticky vložen do tabulky. Pokud chcete odstranit označení píku, klikněte levým tlačítkem myši na označení píku. Budete mít možnost odstranit komentář k alele. Klikněte na tlačítko OK. Označení píku bude nyní odstraněno. Data odstraněného píku budou automaticky z tabulky vypuštěna.

Další informace o hodnocení QST*R vzorků viz dokument Elucigene QST*R: Instructions for Use (Návod k použití) and Guide to Interpretation (Pokyny k interpretaci) jsou dostupné na internetových stránkách společnosti Gen-Probe na níže uvedené adrese. www.gen-probe.com/global/products-services/

Kopírování dat tabulky 1. Zvýrazněte všechny řádky tabulky ve spodní části okna grafu. 2. Okopírujte vybrané řádky stisknutím kombinace kláves Ctrl+C.

Šablona zprávy QST*R Šablony zpráv QST*R lze použít ke zjištění poměru píků specifického markeru. Šablony zpráv pro jednotlivé produkty v řadě QST*R jsou dostupné na internetových stránkách Gen-Probe na adrese: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Otevřete příslušný soubor šablony zprávy. 2. Pokud se na šabloně zprávy zobrazí varování zabezpečení, které upozorňuje, že makra byla zakázána, klikněte na tlačítko Options (možností) (viz obrázek 13). 3. Zobrazí se okno Možnosti zabezpečení (obrázek 14). Vyberte možnost Enable this content (Povolit tento obsah) a klikněte na tlačítko OK.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 12 z/ze 30

Obrázek 13: Varování zabezpečení (Makra zakázána)

Obrázek 14: Okno možností zabezpečení (zde lze povolit makra)

4. Vyberte seznam Import GM a zajistěte, aby byla vybrána buňka A1. 5. Vložte tabulková data okopírovaná z aplikace GeneMapper stisknutím kláves Ctrl+V a ihned klikněte na tlačítko Sort (Třídit) (obrázek 15). Poznámka. Pro třídění MUSÍ být vybrána všechna vložená data, jinak funkce Sort nebude fungovat. 6. Vyberte záložku QSTR-GM (- označuje, která tabulková šablona se momentálně používá). Výsledková zpráva nyní bude obsahovat všechny informace píků a jejich poměry pro vzorek (obrázek 16).

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 13 z/ze 30

Obrázek 15: Příklad importované tabulky GeneMapper pro QST*Rplusv2

Obrázek 16: Příklad zprávy QST*Rplusv2

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 14 z/ze 30

Hodnocení zprávy 1. Trisomie je zjištěna podle následujících faktorů: a) Dva píky rozdílné výšky, kdy jeden pík představuje dvě alely, které jsou oběma rodičům společné. V tomto případě bude poměr mezi těmito dvěma píky klasifikován jako 2:1 nebo 1:2. Tedy A1/A2 podá výsledek v oblasti 1,8 až 2,4, když pík kratší alely má větší plochu než pík delší alely, nebo když A1/A2 podá výsledek v oblasti 0,45 až 0,65, kde pík kratší alely má menší plochu než pík delší alely. V obou případech se ve sloupci Warning (Varování) objeví Ratio (Poměr). b) Jsou přítomny tři píky podobné výšky. Poměr píků bude klasifikován jako 1:1:1 a jejich hodnoty budou spadat do normálního rozsahu 0,8 až 1,4 (pro alely separované více než 24 bp je přijatelný poměr alel až 1,5). V tomto případě se ve sloupci Warning (Varování) objeví 3 Alleles (3 alely). 2. K určení výsledku jako abnormálního (např. na přítomnost trisomie) se požadují alespoň dva informativní markery konzistentní s genotypem o třech alelách, a všechny ostatní markery musí být neinformativní. Nedoporučuje se interpretovat výsledek jako abnormální pouze na základě informací jednoho markeru. 3. K určení výsledku jako normálního se požadují alespoň dva informativní markery konzistentní s genotypem o dvou alelách, a všechny ostatní markery musí být neinformativní. Normální výsledek oznamuje normální komplement dvou pro testované chromozomy. 4. Poměry ploch píků, které spadají mezi normální a abnormální rozsah se klasifikují jako nerozhodné. Nerozhodné výsledky lze objasnit s použitím souprav pro jednotlivé chromozomy. 5. Pokud nebudou pro marker k dispozici žádná data o píku, ve sloupci varování se zobrazí Absent (Chybí). Toto varování bude pravidelně vydáváno za nepřítomnosti markerů chromozomu Y.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 15 z/ze 30

Analýza GeneMarker Úvod V následující části jsou popsány postupy analýzy vzorku z výsledků aplikace Elucigene QST*R za použití softwarových aplikací GeneMarker (verze 1.65 a vyšší) společnosti SoftGenetics. Použité ilustrace pocházejí z verze 1.85 softwaru GeneMarker.

Postup analýzy Postup analýzy vzorků je shrnut v níže uvedeném vývojovém diagramu:

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 16 z/ze 30

Přidání souborů vzorků do aplikace GeneMarker Otevřete programový soubor GeneMarker a po výzvě vyberte Open Data (Otevřít data). Objeví se okno Open Data Files (Otevřít datové soubory). Klepněte na tlačítko Add (Přidat). Objeví se dialogové okno Open (Otevřít). Vyhledejte složku, která obsahuje soubory s nezpracovanými daty: • •

Všechny soubory lze vybrat pomocí kláves CTRL+A, nebo použijte klávesy CTRL a/nebo SHIFT pro výběr jednotlivých vzorků. Klikněte na tlačítko Open (Otevřít) v dialogovém okně Open.

Vybrané soubory se zobrazí v poli Data File List (Seznam datových souborů) (obrázek 1). Obrázek 1: Vzorky přidané do seznamu Data File (Datový soubor).

Kliknutím na tlačítko OK v okně Open Data Files (Otevřít datové soubory) se vzorky načtou do aplikace GeneMarker. Poté software automaticky otevře okno Raw Data Analysis (Analýza nezpracovaných dat) (obrázek 2).

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 17 z/ze 30

Obrázek 2: Okno Raw Data Analysis (Analýza nezpracovaných dat)

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 18 z/ze 30

Import nastavení panelu QST*R GeneMarker Je nezbytné importovat nastavení panelu QST*R pro software GeneMarker. Tento postup se ovládá prostřednictvím rozhraní Panel Editor. Nastavení pro panel QST*R GeneMarker jsou k dispozici na internetových stránkách společnosti Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services •

Otevřete Panel Editor z rozevírací nabídky Tools (Nástroje).

Obrázek 3: Výběr rozhraní Panel Editor

•

Vyberte Import Panels (Importovat panely) z rozevírací nabídky File (soubor).

Obrázek 4: Import panelů

•

Vyhledejte a importujte panel, např. anan0pl_gupf***.xml

Poznámka: * označuje trojmístné číslo verze (např. anan0pl_gupf002.xml) •

Podle potřeby postup opakujte pro další relevantní soubory panelů.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 19 z/ze 30

Zpracování dat Po načtení do aplikace GeneMarker jsou soubory s nezpracovanými daty připraveny ke zpracování. Krok zpracování zahrnuje aplikaci standardu velikosti, filtrování šumových píků a podle potřeby porovnání s panelem známých alel. Aplikace GeneMarker kombinuje všechny tyto kroky v jednom jednoduchém nástroji zvaném Run Wizard (Průvodce analytickým cyklem) (obrázek 5). Pro přístup do aplikace Run Wizard (Průvodce analytickým cyklem) jednoduše klikněte na ikonu Run Project (Spustit projekt) v hlavním panelu nástrojů.

Run Wizard (Průvodce analytickým cyklem) - vytvoření šablony cyklu Před prvním použitím tohoto softwaru k analýze dat QST*R je nezbytné vytvořit šablonu analytického cyklu. Šablonu vytvoříte v průvodci analytickým cyklem. Pro přístup do aplikace Run Wizard (Průvodce analytickým cyklem) jednoduše klikněte na ikonu Run Project (Spustit projekt) v hlavním panelu nástrojů. •

Přiřaďte Template Name (název šablony), např. QSTR

•

Vyberte Panel, Size Standard (Standard velikosti), Standard Colour (Barvu standardu) a Analysis Type (Typ analýzy), viz obrázek 5 níže

•

Klikněte na Save (Uložit) a uložte šablonu pro budoucí analýzy

•

Pro pokračování klikněte na tlačítko Next (Další)

Obrázek 5: Run Wizard (Průvodce analytickým cyklem) – okno Template Selection (Výběr šablony)

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 20 z/ze 30

Run Wizard (Průvodce analytickým cyklem) – Data Process (Zpracování dat) Okno Data Process (Zpracování dat) průvodce Run Wizard umožňuje uživateli vybrat parametry filtrování píků. V okně Data Process (Zpracování dat) vyberte příslušné nastavení analýzy, viz ilustrace níže. Pro pokračování klikněte na tlačítko Next (Další). Poznámka: Nastavení rozsahu analýzy v rámci křivky analýzy nezpracovaných dat se bude lišit v závislosti na polymeru použitém při sběru dat. Operátor musí zvolit počáteční hodnotu datového bodu, která zahrnuje pík standardu velikosti 75 bp. Obrázek 6: Run Wizard (Průvodce analytickým cyklem) – okno Data Process (Zpracování dat)

Poznámka: Pro data 3500 zvyšte parametr Minimum Intensity (Min. intenzita) na 150.

Run Wizard (Průvodce analytickým cyklem) – Additional settings (Další nastavení) Při provádění analýzy QST*R není třeba žádné další nastavení. Pro pokračování klikněte na tlačítko OK.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 21 z/ze 30

Obrázek 7: Run Wizard (Průvodce analytickým cyklem) – Additional settings (Další nastavení)

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 22 z/ze 30

Okno pro zpracování dat Po kliknutí na tlačítko OK v okně Additional Settings průvodce Run Wizard se zobrazí okno pro zpracování dat (obrázek 8). Nezpracovaná data se zpracují a roztřídí podle velikosti, poté se použijí parametry filtrování a data se porovnají s vybraným panelem QST*R. Po dokončení analýzy klikněte na tlačítko OK v okně pro zpracování dat. Obrázek 8: Okno pro zpracování dat

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 23 z/ze 30

Hlavní okno analýzy Hlavní okno analýzy (obrázek 9) aplikace GeneMarker je uspořádáno pro snadné použití. Toto uspořádání obsahuje následující: •

Seznam souborů vzorků je zobrazen na levé straně okna.

•

Obraz syntetického gelu je zobrazen v horní části okna.

•

Pod obrazem gelu se nacházejí datové elektroforeogramy.

•

Na pravé straně okna je zobrazena tabulka zpráva.

V tomto okně je důležité zkontrolovat, zda se správně vyvolaly všechny odpovídající píky v každém profilu. Dvakrát klikněte postupně na každý vzorek ve stromu souborů vzorku v levé části obrazovky. Klikněte pravým tlačítkem myši na každý sporný pík a vyberte některou z možností dialogového okna (např. upravit nebo odstranit alelu či potvrdit nebo nepotvrdit pík jako přiměřený). Vyberte rozevírací nabídku Applications (Aplikace) v horní části hlavního okna analýzy. Vyberte Trisomy Analysis (Analýza trisomie). Otevře se okno Trisomy Analysis Settings (Nastavení analýzy trisomie) (obrázek 10).

Obrázek 9: Hlavní okno analýzy

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 24 z/ze 30

Obrázek 10: Okno pro nastavení analýzy trisomie

Poznámka: Pro data 3 500 zvyšte parametr Minimum Intensity (Min. intenzita) na 150.

Nastavení analýzy trisomie V okně pro nastavení analýzy trisomie jsou dvě záložky: •

Záložka Analysis (Analýza)

•

Záložka Statistics Plot (Statistický graf)

Záložka Analysis (Analýza) Záložka Analysis umožňuje nastavit prahové hodnoty pro analýzy trisomie. Zajistěte, aby v okně analýzy bylo vybráno BPG a byla zobrazena následující nastavení. •

Peak Height (Výška píku) 50: Minimální výška píku pro identifikaci je 50. (150, pokud se používají data 3 500.)

•

Height Ratio (Poměr výšky) 30%: Maximální percentuální podíl výšky hlavního píku, který musí druhý pík dosáhnout, aby mohly být identifikovány obě alely.

•

Quantification by Peak Area (Kvantifikace podle plochy píku).

•

Vybrány položky Shorter Length/Longer Length (Kratší délka/Delší délka).

•

Prahy Trisomy Ratio (Poměr trisomie) jsou 0,80 až 1,40.

•

Výběr Apply Linear Correction (Aplikovat lineární korekci) je zrušen.

Klikněte na tlačítko OK.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 25 z/ze 30

Okno Trisomy Analysis (Analýza trisomie) Okno Trisomy Analysis (Analýza trisomie) (obrázek 11) umožňuje operátorovi zkontrolovat data QST*R vzorku a zobrazit poměr píků pro každý marker, a také získat přístup ke zprávě GeneMarker. Operátorovi při analýze dat pomáhají následující typy zobrazení: •

Seznam vzorků

•

Elektroforeogram

•

Graf poměrů

•

Tabulka zpráva

Obrázek 11: Okno Trisomy Analysis (Analýza trisomie)

Podrobnější informace o funkcích analýzy trisomie a jejich použití najdete v návodu k použití softwaru GeneMarker.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 26 z/ze 30

Zpráva GeneMarker Software GeneMarker poskytuje šablonu zprávy, která je kompatibilní se soupravami Elucigene QST*R. Přístup ke zprávě získáte kliknutím na ikonu Print (Tisk) na liště nástrojů v horním levém rohu okna analýzy trisomie.

Otevře se okno Trisomy Print Settings (Nastavení tisku trisomie) (obrázek 12).

Okno Trisomy Print Settings (Nastavení tisku trisomie) Nastavení tisku trisomie poskytuje možnosti pro zahrnutí a zobrazení dat vzorku ve zprávě GeneMarker. Vyberte možnosti podle ilustrace na obrázku 12. Zajistěte, aby nastavení Custom Size Range (Upravený rozsah velikosti) bylo pro 98 bp pro Start (Počátek) a 510 bp pro End (Konec).

Obrázek 12: Okno Trisomy Print Settings (Nastavení tisku trisomie)

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 27 z/ze 30

Zobrazení zprávy GeneMarker Pro zobrazení zprávy GeneMarker klikněte na Preview (Náhled) (obrázek 13). V tomto okně může operátor prohlížet a tisknout data píků každého vzorku zahrnující všechny markery, v přehledné jednostránkové až dvoustránkové zprávě o vzorku.

Obrázek 13: Zpráva GeneMarker

Zpráva GeneMarker obsahuje následující položky: •

Záhlaví zprávy: Obsahuje informace o analýze, projektu, vzorku a parametrech.

•

Pole pro podpis: Prostor pro uvedení data a iniciál osob, které zprávu zkontrolovaly.

•

Elektroforeogram: Podobně jako v okně analýzy trisomie zobrazuje křivky dat vzorku všech barviv.

•

Tabulka zpráva: Zobrazuje vybrané hodnoty píků a markerů pro současný vzorek. Identifikace trisomie je zvýrazněna v šedé barvě. K dispozici je další kontrolní sloupec pro iniciály osoby, která zprávy kontrolovala.

•

Graf poměrů s korekcí: Obsahuje body grafu celé množiny dat pro všechny markery v rámci jednoho barviva. Tvary symbolů reprezentují různé markery a lze je identifikovat podle řádku symbolů v tabulce zprávy. Symboly ve žluté barvě představují datové body současného vzorku. Červeně orámované symboly reprezentují identifikaci trisomie.

Poznámka: Graf poměrů s korekcí je pro každý vzorek uveden na druhé straně, avšak pouze v případě, že v okně pro nastavení tisku zprávy je vybrána položka Graf poměrů.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 28 z/ze 30

Značení píků Značení píků je barevně rozlišeno podle kvality shody mezi detekovaným píkem a sledovanými binárními soubory panelu. Na elektroforeogramu jsou markery vodorovné šedé pruhy a střed píků je označen vertikálním šedým pruhem. Píky, které spadají mimo panel markerů a binárních souborů, jsou označeny červeně jako Off Ladder (Mimo rozsah) (OL). Poznámka: Odlišné typy polymeru přístroje a odlišné standardy velikosti mohou vyžadovat optimalizaci binárních souborů markerů tak, aby se software přizpůsobil podmínkám analytického cyklu, pro který se používá. Podrobnější informace o úpravě binárních souborů panelu naleznete v příručce k aplikaci GeneMarker dodané se softwarem.

Hodnocení zprávy Obecné pokyny pro analýzu jsou obsaženy v části Analysis and Interpretation of Results (Analýza a interpretace výsledků) v dokumentu Instructions for Use (Návod k použití) dostupném na internetových stránkách Gen-Probe na adrese: www.gen-probe.com/global/products-services 1. Trisomie je zjištěna podle následujících faktorů: a) Dva píky rozdílné výšky, kdy jeden pík představuje dvě alely, které jsou společné s jedním nebo oběma rodiči. V tomto případě bude poměr mezi těmito dvěma píky klasifikován jako 2:1 nebo 1:2. Tedy A1/A2 podá výsledek v oblasti 1,8 až 2,4, když pík kratší alely má větší plochu než pík delší alely, nebo když A1/A2 podá výsledek v oblasti 0,45 až 0,65, kde pík kratší alely má menší plochu než pík delší alely. b) Jsou přítomny tři píky podobné výšky. Poměr píků bude klasifikován jako 1:1:1 a jejich hodnoty budou spadat do normálního rozsahu 0,8 až 1,4 (pro alely separované více než 24 bp je přijatelný poměr alel až 1,5). Poznámka: Markery budou v tabulce odstíněny šedou barvou, pokud: • •

Poměr píků markeru spadá mimo předem definované limity (0,8 až 1,4). Jsou detekovány tři alely.

2. K určení výsledku jako abnormálního (např. na přítomnost trisomie) se požadují alespoň dva informativní markery konzistentní s genotypem o třech alelách, a všechny ostatní markery musí být neinformativní. Nedoporučuje se interpretovat výsledek jako abnormální pouze na základě informací jednoho markeru. 3. K určení výsledku jako normálního se požadují alespoň dva informativní markery konzistentní s genotypem o dvou alelách, a všechny ostatní markery musí být neinformativní. Normální výsledek oznamuje normální komplement dvou pro testované chromozomy. 4. Poměry ploch píků, které spadají mezi normální a abnormální rozsah se klasifikují jako nerozhodné. Nerozhodné výsledky lze objasnit s použitím souprav pro jednotlivé chromozomy.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 29 z/ze 30

ELUCIGENE a QST*R jsou ochranné známky společnosti Gen-Probe Life Sciences Ltd. GENEMAPPER je ochranná známka společnosti Life Technologies Corporation.GENEMARKER je ochranná známka společnosti SoftGenetics Corporation. Upozornění pro kupující: Limitovaná licence Polynukleotidy značené barvivy VIC, NED a PET (a jejich použití) mohou být chráněny jedním nebo několika patenty ve vlastnictví společnosti Applied Biosystems, LLC. Kupní cena tohoto výrobku zahrnuje omezená nepřenosná práva, vlastněná společností Applied Biosystems, LLC a poskytnutá na využití některých patentů, a to pouze v tomto rozsahu výrobku a výhradně pro aktivity kupujícího při detekci cíle v oboru diagnostiky v humánní medicíně. Žádná jiná práva se neposkytují. Potřebujete-li další informace o možnostech zakoupení licencí týkajících se výše uvedených barviv, kontaktujte vedoucího pracovníka oddělení licencí: Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California, 94404, USA. Copyright  2013 Gen-Probe Life Sciences Ltd.

AN000GSCS

Rev.10/2013

Strana 30 z/ze 30