Tussenrapportage Kernteam Chemistry & Molecular Life Sciences for Human Health (CMLS4HH) 16 juni 2014
Op weg naar een biomedisch UvA/VU departement in O|2
1
Inhoud Executive summary
3
1. Samenstelling en werkwijze kernteam CMLS4HH
6
2. Governance
7 7 8 10 10 10
2.1 Ambitie 2.2 Van virtueel naar “echt” department? 2.3 Interne governance CMLS4HH 2.4 Tijdslijnen 2.5 Conclusies kernteam m.b.t. governance
3. Onderwijs 3.1 Eerste verkenningscommissie onderwijs e 3.1.1. Advies 1 verkenningscommissie onderwijs 3.2 Eerste conclusies kernteam m.b.t. onderwijs
4. Onderzoek 4.1 Research Focus and Participating Groups 4.2 Research themes 4.3 Research infrastructure 4.3.1 Omics technologies 4.3.2 Drug discovery infrastructure 4.3.3 Imaging, microsopy and single-cell technologies 4.3.4 Cell culturing and biological model systems 4.3.5 Systems biology, integrative bioinformatics and synthetic biology 4.3.6 Missing expertises and domain knowledge areas in CMLS4HH
5. Personeel
11 12 12 14 15 16 18 18 18 19 20 21 22 22 22 25
5.1 Conclusie kernteam m.b.t. personeel
6. Huisvesting
25
Bijlagen Bijlage 1: ABSC proposal March 2013 ste Bijlage 2: Advies 1 verkenningscommissie onderwijs ste Bijlage 3: Opdracht 1 verkenningscommissie onderwijs Bijlage 4: Overzicht personeel
2
27 43 48 50
Executive summary Het nieuwe VU/UVA departement CMLS4HH werkt samen met private en maatschappelijke partijen vanuit een fundament van bèta-wetenschappen (biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde) aan nieuwe inzichten en oplossingen voor huidige en toekomstige biomedische en humane ziekte gerelateerde vraagstukken en uitdagingen. Als zodanig wil CMLS4HH agendabepalend zijn in de context van AAA en vandaar uit de bèta gesprekspartner zijn qua onderzoek en onderwijs voor de biomedische Amsterdamse instellingen (e.g. AMOLF, NKI, Sanquin, UMCs, ACTA). Het departement wil een belangrijke Europese centrum zijn voor onderwijs en onderzoek in het (translationeel) biomedische domein en een aantrekkelijke partner zijn voor binnen- en buitenlands talent. Het departement wil zelfstandig kunnen opereren m.b.t. strategisch onderzoeksbeleid en investeringen in personeel en instrumentele infrastructuur. Onderzoek Het nieuwe departement CMLS4HH werkt samen met academische, private en maatschappelijke partijen vanuit een fundament van bèta-wetenschappen (biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde) aan nieuwe inzichten en oplossingen voor huidige en toekomstige biomedische en humane ziekte gerelateerde vraagstukken en uitdagingen. Het brengt excellente groepen uit de verschillende disciplines en universiteiten samen in één gebouw, het nieuwe O|2 gebouw direct naast VUmc en ACTA. Het doel is om een nationaal en internationaal leidend onderzoeksinstituut te worden in moleculaire levenwetenschappen en biomedisch onderzoek. Het samenbrengen van deze groepen zorgt voor de kritische massa, synergie en dynamische structuren die nodig zijn om cutting-edge wetenschap in dit competitieve domein te doen en om de beste onderzoekers -en studenten- aan te trekken. Het nieuwe departement zal zich vanuit eigen kracht richten op sterke samenwerkingsverbanden met de twee UMCs in Amsterdam, VUmc en AMC, en zal verbindingen aangaan met andere stakeholders in de omgeving, zoals AMOLF, CWI, NKI en Sanquin. Ook AAA zuster-departementen, zoals C&MLS4SC, NeuroSciences, Informatics and Physics, zijn min of meer natuurlijke partners voor samenwerking. Deze setting plaatst Amsterdam en het CMLS4HH departement in een sterke positie om succes te hebben in de toenemende competitie tussen leidende (humaan) biomedische en moleculaire levenswetenschappen onderzoekscentra in de wereld. In 2013 zijn er een aantal onderzoeksonderwerpen (FLAGSHIPS) gedefinieerd om focus, kritische massa, interne cohesie en excellentie te bewerkstelligen. Dit is gedaan aan de hand van vragen als: “wat ziin de meest uitdagende gebieden”, “waar kunnen we het verschil maken?” en “welke additionele expertise is daar voor nodig?”. Nieuwe (tenure track) posities zullen moeten worden ingevuld om de geidentificeerde gebieden te versterken, uiteraard met in achtneming van de doelstellingen en ambities op onderwijsgebied. Onderwijs Het departement CMLS4HH heeft de ambitie om, in samenwerking met het departement Neuroscience en externe stakeholders, het onderwijsknooppunt in het 3
biomedisch / moleculaire levenswetenschappen domein in Nederland en een belangrijke Europese spelers te worden. Op basis van een fundament van relevante bèta-wetenschappen (biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde), wordt een breed palet aan opleidingen, met geselecteerde topopleidingen, aangeboden, zodat een diverse populatie getalenteerde studenten uit binnen- en buitenland zullen kiezen voor een wetenschappelijke opleiding op dit gebied in Amsterdam. Het departement is natuurlijke eigenaar 1 van minimaal 6 BSc- en 7 MSc-opleidingen, waarbij verschillende interne (b.v. C&MLS4SS, Natuurkunde, Informatica) en externe stakeholders (b.v. AAA-UMCs) gesprekspartner zijn. Na uitgebreide inventarisatie is het kernteam allereerst van mening dat een belangrijk deel van de onderwijsproblematiek het kernteam overstijgt en in samenspraak met het Team Directeuren Onderwijs (TDO) een nadere aanpak vastgesteld moet worden. Op basis van een advies van de 1e verkenningscommissie onderwijs en overleg met PIs, dringt het kernteam daarnaast aan op snelle duidelijkheid omtrent: • de bekostiging van het onderwijs op VU en UvA, • de locatie van verschillende onderwijselementen in een transitiefase en op lange termijn. Governance Het departement CMLS4HH wil samen met het departement Neuroscience het AAAzwaartepunt Human Health & Molecular Life Sciences van de Amsterdamse bètafaculteiten op de Zuidas nadrukkelijk vorm gaan geven. Om deze ambitie waar te kunnen maken in een sterk interdisciplinair en internationaal competitief veld zijn alle betrokken onderzoekers en het kernteam van mening dat het noodzakelijk is om (binnen facultaire beleidslijnen) een eigen lange termijn visie te verwezenlijken m.b.t. aanstellingen en vernieuwing staf, aanpassing van onderzoeksprogramma’s, en gemeenschappelijke investeringen (b.v. in “core facilities” of nieuwe onderzoekslijnen). Het departement CMLS4HH wil geen verzameling zijn van onderdelen van andere units, maar een eigen governance kunnen voeren, met een directeur, ondersteund door een instituutsmanager en een vast aanspreekpunt bij de faculteiten voor ondersteuning op het gebied van onderwijs, HRM, financiën, PR, etc. Alleen zo kan het departement CMLS4HH uitgroeien tot een nationaal en internationaal topinstituut. De directeur heeft integrale verantwoordelijkheid over personeel en budget en organisatie en rapporteert direct aan FB /decaan. Zo snel mogelijk na inhuizing van alle betrokken groepen in O|2 zou een dergelijke governance structuur geimplementeerd moeten worden. Voor het departement is het verder belangrijk om snel helderheid te krijgen over de financiering van C&ML4HH. De ambitie m.b.t. governance heeft directe betekenis voor de positie van de huidige instituten AIMMS en SILS en de VU afdelingen S&F en MCB. Tot slot, verdient de positie van de biofysica- en bioinformaticagroepen aandacht.
1
betekent dat CMLS4HH hier de leidende partij is.
4
Personeel Uitgaande van een pensioenleeftijd van 67 jaar in 2024 gaan tussen nu en 10 jaar 18 van de 78 medewerkers (23%) met pensioen, waardoor op termijn 14 WPstaffuncties (3 maal UD, 4 maal UHD, 7 maal HGL 2) vacant komen. De meeste functies komen pas over minimaal 5 jaar beschikbaar, terwijl een 2-tal functies momenteel reeds invulling vragen. Een nieuwe invulling van de WP-staffuncties zal het departement CMLS4HH een nieuwe impuls geven. Op de korte termijn is op het S&F-domein na niet veel mogelijk en dat is een zorgelijke constatering, omdat het opstarten van Flagship projecten dus niet significant extra ondersteund kan worden en ook missende expertise niet op korte termijn kan worden verworven. Profileringsen AAA-fonds middelen kunnen hier de komende jaren een uitkomst bieden. Om dit op verantwoorde wijze te kunnen doen zijn wel heldere procedures en goede tijdslijnen vereist. De, op dit moment nog onduidelijke, situatie rond de aangekondigde reorganisatie bij FALW zorgt voor daarnaast ook voor een patstelling rond een nieuwe inhoudelijke invulling van staffuncties. Huisvesting In de periode juli-december 2015 worden alle VU en UvA groepen van het nieuwe departement in een gloednieuwe infrastructuur in O|2, direct naast het VUmc en ACTA, gehuisvest. De nieuwe onderzoek- en onderwijsruimtes zullen de ambities van het departement m.b.t. onderzoek en onderwijs belangrijk versterken. In O|2 wordt volop ingezet op samenwerking in het (humaan) biomedisch moleculaire levenswetenschappen domein door het delen van high-tech infrastructuur in het totale translationele traject van ‘molecuul tot patient’ en het in nabijheid van elkaar huisvesten van gerelateerde groepen van UvA, VU en VUMC. Vanuit het kernteam wordt m.b.t. de huisvesting in O|2 met name aandacht gevraagd voor: • de m2 prijs voor de VU en UvA groepen en de gevolgen voor hun budget • de uitkomsten van het trillingsonderzoek en eventuele ondermaatse klimaatbeheersing • de huisvesting van proefdieren op de Zuidas • het SMART@O|2 concept vereist een excellente IT infrastructuur, die aansluit bij minimaal 3 verschillende bloedgroepen (VUmc, UvA, VU) • investeringen in een O|2 valorisatie (of incubator) lab in relatie tot Mylab@O|2 • Investeringen in microscopie en NMR infrastructuur (en evt. kleinere infrastructuur) i.v.m. verhuizing naar O|2 • Compensatie voor langdurige schade aan onderzoek of apparatuur door verhuizing
2 Hierbij betreft het 2 maal part-time aanstellingen bij SILS en MCB van Westerhoff en 1 maal een part-time aanstelling van Heringa.
5
1. Samenstelling en werkwijze kernteam CMLS4HH Het kernteam Chemistry & Molecular Life Sciences for Human Health (CMLS4HH) is begin 2014 samengesteld en bestaat uit: Dr. Leendert Hamoen Prof. dr. Rob Leurs Prof. dr. Holger Lill Prof. dr. Willem Stiekema Prof. dr. Bas Teusink Prof. dr. Nico Vermeulen
FNWI, Swammerdam Institute for Life Sciences FEW, Scheikunde & Farmaceutische Wetenschappen FALW, afdelingshoofd Moleculaire Celbiologie FNWI, directeur Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS) FALW, Moleculaire Celbiologie FEW, afdelingshoofd Scheikunde & Farmaceutische Wetenschappen en directeur AIMMS
Het kernteam, heeft prof Leurs verzocht om als trekker te functioneren en als opdracht gekregen om een meerjarig (3-10 jaar) strategisch plan op te stellen met de wetenschappelijke accenten waarop wordt ingezet en een vertaling naar een concrete invulling van samenwerking op het gebied van onderzoek en onderwijs 3. Om tot deze tussenrapportage te komen is het kernteam 2-wekelijks (vanaf eind februari 2014) fysiek bij elkaar gekomen op Zuidas of Sciencepark campus en is daarnaast veelvuldig afstemming gezocht via e-mail. Tussendoor zijn PIs op de hoogte gehouden via e-mail en is er op 21 mei een stafbijeenkomst, bezocht door ~ 40 stafleden, geweest om een aantal issues (AAA-fonds, governance, advies 1 e verkenningscommissie onderwijs, research infrastructuur) met elkaar te bespreken. De betrokken PIs hebben al geruime tijd inhoudelijke plannen gemaakt om de wetenschappelijke basis van dit departement te definiëren (zie paragraaf 4). In het AFS voortraject zijn onafhankelijk van elkaar een tweetal initiatieven bij het AFS bouwteam aangemeld om in aanmerking te komen voor stimulering: a) een voorstel om te komen tot de vorming van een specifiek multidisciplinair AFS departement, “Amsterdam Biomedical Science Campus (ABSC)” (maart 2013, bijlage I) en b) een VU-UvA microbiologie cluster (in het kader van “Zandvoort-voorstellen”). Het 1e initiatief werd gedragen door een breed front van SILS, MCB en FEW (S&F, biofysici en bioinformatici) onderzoekers en is de opmaat geweest tot het besluit van het AFS bouwteam (september 2013) om in het domein Human Health en Sustainability twee multidisciplinaire, thematische departementen op unilocatie voor te stellen i.p.v. een mono-disciplinaire indeling met afdelingen Scheikunde en Biologie op een bilocatie. In het najaar van 2013 zijn Teusink, Leurs en Hamoen gevraagd om het ABSC en microbiologie initiatief samen te brengen in een ‘rode life sciences’ departement. Op basis van eerdere discussies zijn groepjes PIs gevraagd om potentiële gezamenlijke onderzoekslijnen (“Flagships”) te beschrijven en op 21 januari zijn deze 5 Flagships uitvoerig met de PIs besproken. Een aantal PIs heeft na deze bijeenkomst aangegeven om verdere inhoudelijke discussies uit te willen stellen om allereerst duidelijkheid te verkrijgen over een aantal belangrijke issues voor een (thematisch) CMLS4HH departement. De huidige tussenrapportage is dan ook primair bedoeld om 3
Opdracht prof. dr. Karen Maex aan kernteams, dd 8 april 2014.
6
deze issues te concretiseren en de ambities van de PIs in de verschillende domeinen te verhelderen.
2. Governance 2.1 Ambitie In het (humaan) biomedisch en moleculaire levenswetenschappen domein is het onderzoek en onderwijs meer en meer interdisciplinair geworden en worden de grenzen van de wetenschap verlegd door de snelle ontwikkelingen in de biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde. Dit leidt er toe dat de grenzen tussen de mono-disciplines meer en meer vervagen, terwijl voor innovatief en grensverleggend onderzoek in dit domein tegelijkertijd een bepaalde kritische massa van minimaal 15-20 leerstoelgroepen noodzakelijk is om daadwerkelijk impact te kunnen creeren. Het leidt geen twijfel dat het onderhavige domein de komende decennia volop in de belangstelling zal blijven staan (zie b.v. Topsectorenbeleid van de Nederlandse overheid, Horizon 2020 en IMI-JU in Europa). Het is dan ook met dit inzicht dat momenteel op de Zuidas campus een gloednieuwe state-of-the art infrastructuur wordt neergezet om het Beta-medische onderzoek en onderwijs en de samenwerking tussen Beta-onderzoekers en onderzoekers van het AMC/VUmc te faciliteren. Het departement CMLS4HH wil samen met het departement Neuroscience het zwaartepunt Human Health en Moleculaire Levenswetenschappen van de Amsterdamse beta-faculteiten op de Zuidas nadrukkelijk vorm geven. Om deze ambitie waar te kunnen maken in een sterk interdisciplinair en internationaal competitief veld zijn alle betrokken onderzoekers en het kernteam van mening dat het noodzakelijk is om (binnen facultaire beleidslijnen) een eigen lange termijn visie te verwezenlijken m.b.t. aanstellingen en vernieuwing van staf, aanpassing van onderzoeksprogramma’s, en gemeenschappelijke investeringen (b.v. in “core facilities” en in nieuwe onderzoekslijnen). Het departement CMLS4HH wil dus geen verzameling zijn van onderdelen van andere units, maar een sterke eigen governance kunnen voeren en een eigen identiteit creeren. In het oorspronkelijke ABSC voorstel (bijlage I) aan het AFS bouwteam (maart 2013) stond een vergelijkbare ambitie ook al als volgt geformuleerd: “Effective
interdisciplinary collaboration will be one of the key drivers for success in this field of Natural Science for Human Health. It is our firm believe that this can only be achieved if the ABSC effort is supported by a largely independent (financial) governance model. The ABSC research institute has the ambition to have full responsibility with respect to research strategy, external peer review, research budgets and staff appointments. Moreover, preferably all PIs will be located all together at the AFS Zuidas campus” Uit discussies in het kernteam en met de PIs (b.v. op de staf bijeenkomsten op 20-1en 23-5-2014) blijft consequent naar voren komen dat het departement CMLS4HH
7
geen verzameling wil zijn van onderdelen van andere units, maar een sterke zelfstandige governance moet kunnen voeren, met een eigen directeur, ondersteund door een instituutsmanager en een vast aanspreekpunt bij de faculteit voor ondersteuning op het gebied van onderwijs, HRM, financiën, PR, etc. Alleen zo kan het departement CMLS4HH uitgroeien tot een nationaal en internationaal top instituut in dit competitieve domein. Een CMLS4HH directeur zou integrale verantwoordelijkheid over personeel, budget en organisatie moeten krijgen en direct moeten rapporteren aan FB /decaan. De transitiefase na de afzegging van AFS op 20 december 2013, heeft voor onzekerheid en onrust bij de staf gezorgd, maar heeft geenszins de wens verminderd om uiteindelijk te komen tot een sterk CMLS4HH departement. 2.2 Van virtueel naar “echt” departement? Op basis van de eerste informatie over de mogelijke bestuursmodellen 4 voor AAAinitiatieven is een deel van de zorgen bij PIs voor het moment weggenomen. Het kernteam ziet met name het bestuursmodel 3 als passend voor CMLS4HH, maar zou in een transitiefase ook kunnen werken met bestuursmodel 2 (1 directeur met gescheiden verantwoordelijkheden voor 2 aparte organisaties). Deze laatste optie is volgens het kernteam echter geen model voor de lange termijn. Het kernteam volgt de ontwikkelingen m.b.t. de mogelijke bestuursmodellen voor AAA-initiatieven met grote interesse en zou concrete stappen m.b.t. dit dossier zo snel en transparant mogelijk willen communiceren naar de PIs en staf. Indien bij de start gewerkt zou moeten worden met bestuursmodel 2 zouden de betrokken groepen binnen de VU en UvA omgevormd kunnen worden tot 1 organisatorische unit. Het CMLS4HH departement is opgebouwd uit PIs uit 3 verschillende faculteiten (Tabel 1). Binnen FNWI betreft het 4 groepen vanuit SILS, terwijl aan VU zijde dit groepen zijn vanuit de afdelingen Moleculaire Celbiologie (MCB, FALW), Scheikunde & Farmaceutische Wetenschappen (S&F, FEW) en Informatica (FEW), sinds 2010 verenigd in het iOZI AIMMS, en Natuurkunde & Sterrenkunde (FEW). Om met bestuursmodel 2 te kunnen werken zouden met het samengaan van de VU faculteiten FEW en FALW ook de in O|2 gevestigde CMLS4HH groepen samengevoegd kunnen worden tot 1 krachtige organisatorische unit, i.p.v de afdelingen S&F en MCB. Onderzocht zou moeten worden hoe in een dergelijke situatie ook de FNWI-SILS groepen (Gadella, Hamoen, Smilde, Westerhof) aan een bestuursmodel 2 structuur zouden kunnen deelnemen. Kunnen zij b.v. binnen de FNWI structuur een aparte unit vormen, zodat de aanstelling van een gedeelde directeur met de VU groepen mogelijk zou worden of zou dat met slechts 4 groepen een te kleine groep zijn om financieel zelfstandig te kunnen opereren? In een minder vergaande situatie zou intieel een “SILS CMLS4HH groep” binnen SILS georganiseerd kunnen worden als een heldere financiële unit en met één van de hoogleraren als primus inter parus voor nauw contact met de SILS directeur wat betreft de governance, HRM, financiën etc. Deze (of andere) opties dienen verder uitgewerkt te worden op het moment dat er meer duidelijk is over de AAA samenwerkingsmodellen. 4
Ppt slides Karen Maex 14 mei 2014 – overleg met SILS hoogleraren
8
Daarnaast is het voor een goede governance van het CMLS4HH departement van essentieel belang dat de financiële situatie van de verschillende “bloedgroepen” helder (en vergelijkbaar) in beeld wordt gebracht. Hiervoor zullen in de komende maanden expertiese en menskracht beschikbaar gemaakt moeten worden. Uiteraard zal een deel van de financiële problematiek ook afhangen van ontwikkelingen m.b.t. onderwijsvergoedings modellen etc. Een laatste punt van aandacht betreft de positie van de Biofysica groepen (Groot, de Boer, Iannuzzi) en Bio-informatica (Heringa, momenteel ook in AIMMS). Deze groepen zijn vanwege hun inhoudelijke expertise en interesse ook in het O|2 gebouw gepland en waren ook al onderdeel van het oorspronkelijke ABSC voorstel. Op dit moment praten deze groepen mee op PI/staf meetings, etc, maar zijn ze niet officieel vertegenwoordigd in het kernteam. Een vergelijkbare situatie doet zich voor in het C&MLS4SS domein. Voor deze groepen speelt ook mee, dat men in principe ook een disciplinaire verbintenis wil behouden. Voor hen kunnen deelaanstellingen (nul-aanstellingen?) binnen Physics en Informatica worden overwogen, zodat toch een disciplinaire zichtbaarheid gewaarborgd blijft. In Tabel 1 zijn de kerndisciplines en de betreffende groepen die in O|2 gepland zijn weergegeven.
Core Disciplines Biophysics & Biomedical Imaging Drug Discovery & Safety
Biorganic & Synthetic Chemistry (Life Science Chemistry) Biomolecular Analysis Cell Biology
Systems Biology & Bioinformatics
Microbiology
Table 1: Groups in CMLS4HH department Group (PIs) Biophotonics and Medical Imaging (de Boer/Ariese/Witte) Biophotonics and Medical Imaging (Groot) Biophotonics and Medical Imaging (Ianuzzi) Medicinal Chemistry (Leurs/Vischer/De Graaf) Biocomputatational Chemistry for Drug Innovation (De Esch/Wijtmans) Target and Systems Biochemistry (Smit/Siderius) Molecular & Computational Toxicology (Vermeulen/Commandeur/Vos/Geerke) Bio-organic Chemistry (Orru/Ruijter) Biomimetic Synthesis for Molecular Complexity (vacancy Lammertsma/Ehlers/Slootweg) Biomolecular Analysis (Somsen/Kool) Analytics of Biomolecular Interactions (Wuhrer/Lingeman) Molecular Cytology (Gadella/Manders/Goedhart/Hink/Postma) Stem Cell Biology (Van Amerongen) Systems and Synthetic Biology (Westerhoff/Verschure/Barberis) Systems Bioinformatics (Teusink/Bruggeman/Molenaar/Van Spanning) Integrative Bioinformatics (Heringa/Feenstra/Abeln) Systems and Synthetic Biology (Westerhoff/Roling/Boogerd/Lunshof) Biosystems Data Analysis (Smilde/Westerhuis/Hoefsloot) Structural Biology (Lill/Bald/Bollen/de Boer) Bacterial Cell Biology (Hamoen/den Blaauwen) Molecular Microbiology (Bitter/Luirink/Houben/van Ulsen)
9
2.3 Interne governance CMLS4HH “You can be appointed, but you are not a leader until your appointment is ratified in the hearts and minds of those who work with you" - John Adair Aangenomen dat het CMLS4HH departement binnen afzienbare tijd daadwerkelijk een eigen governance kan voeren, zijn ook de eerste gedachten verzameld hoe een sterke interne structuur opgezet kan worden, waarin met respect, vertrouwen en solidariteit als gezamenlijke waarden, PIs en de directeur een gedeelde verantwoordelijkheid willen en kunnen nemen voor het departement. Om een interne governance structuur met draagvlak op te zetten heeft het kernteam gevraagd aan de oorspronkelijke trekkers van het ABSC voorstel, prof. Martine Smit (FEW, S&F), prof. Marloes Groot (FEW, N&S), prof. Dorus Gadella (FNWI, SILS), prof. Age Smilde (FNWI, SILS), prof. Bas Teusink (FEW, MCB), prof. Rob Leurs, aangevuld met Dr. Leendert Hamoen (FNWI, SILS), om een concrete invulling te geven aan een gewenste interne governance structuur. De verwachting is dat een eerste aanzet voor deze interne structuur voor de zomer gereed zal zijn. In deze discussie zal ook aandacht gegeven worden aan de rol en samenstelling van een management-team, het belang van een regelmatig hoogleraar/PI overleg, een stafoverleg en eventueel ook een AiO-postdoc vertegenwoording en overleg met ondersteunend personeel.
2.4 Tijdslijnen Volgens de planning van het VU/UVA huisvestingsteam zullen de verschillende VU en UvA groepen in het najaar van 2015 verhuizen naar de nieuwe infrastructuur O|2. Deze planning betekent dat idealiter begin 2015 een nieuwe governancestructuur gereed moet zijn, zodat al begin 2015 begonnen zou kunnen worden met de personele invulling van de managementposities. Indien extern geworven moet worden is dit zelfs al relatief laat. Gezien de bestuurlijke en organisatorische uitdagingen (b.v. akkoord CvBs en afstemming met medezegenschap m.b.t. AAAsamenwerkingsmodellen, invoering full-cost modellen op de VU), zal het niet realistisch zijn om de gewenste situatie al begin 2015 te realiseren. Echter, na inhuizing van alle groepen in O|2 is het wenselijk om zo snel mogelijk een adequate governance structuur te implementeren.
2.5 Conclusies kernteam m.b.t. governance Op basis van bovenstaande overwegingen komt het kernteam tot de volgende conclusies m.b.t het CMLS4HH departement: •
De PIs hebben een sterke ambitie om tot een eigen onafhankelijke governance structuur te komen en het kernteam steunt de wens om een krachtige organisatie neer te zetten.
10
• •
• • •
Het voorlopige “AAA-bestuursmodel 3” lijkt geschikt om de ambities waar te maken en de verdere ontwikkeling van de AAA-bestuursmodellen dient vanuit de beta-faculteiten alle aandacht en steun te krijgen. Indien bij de start van CMLS4HH gewerkt zou moeten worden met het “AAAbestuursmodel 2” dienen binnen VU en UvA de betrokken groepen al zo veel mogelijk in 1 organisatorische unit geintegreerd te zijn. Hierbij dient ook rekening gehouden te worden hoe gehonoreerde UvA zwaartepunten en/of het iOZI AIMMS aanspraak kunnen blijven maken op de huidige universitaire stimuleringsmiddelen. De tijdslijnen zijn kort (mogelijk te kort) als begin 2015 managementfuncties ingevuld moeten worden. Spoedig inzicht in de financiële situaties van de betrokken groepen, inclusief onderwijsinkomsten (modellen) is belangrijk. De positie van de betrokken Biofysica en Bioinformatica groepen verdient aandacht.
3. Onderwijs “Imagination is more important than knowledge” – Albert Einstein Wetenschappelijk onderwijs en onderzoek zijn in de optiek van het kernteam onlosmakelijk verbonden. Wetenschappelijk onderwijs in de context van toponderzoek moet in de visie van het kernteam het uitgangspunt zijn voor inspirerend beta-onderwijs aan BSc-, MSc- en PhD-studenten. Een nieuwe (humaan) biomedisch en moleculaire levenswetenschappen campus op de Zuidas, waar wetenschappers van VU, UvA en AMC/VUmc samenwerken, zal studenten inspireren om de aangeboden kennis te gebruiken voor de uitdagingen in dit domein. Het departement CMLS4HH heeft de ambitie om in samenwerking met het departement Neuroscience en externe stakeholders het onderwijsknooppunt in het (humaan) biomedisch en moleculaire levenswetenschappen domein in Nederland en een belangrijke Europese speler te worden. Op basis van een fundament van biologie, chemie, farmacochemie, fysica, informatica en wiskunde wordt een breed palet aan opleidingen helder geprofileerd aangeboden, zodat een diverse populatie getalenteerde studenten uit binnen- en buitenland zullen kiezen voor een wetenschappelijke opleiding in Amsterdam. De ambitie is om met name getalenteerde mensen te verleiden tot een studie aan onze instellingen. De student van vandaag is de AiO van morgen en mogelijk een VICI winnaar in 2030. In deze sectie wordt alleen ingezoemd op het BSc- en MSc-onderwijs, omdat daar momenteel de grootste uitdagingen liggen binnen dit domein. Het PhD-onderwijs is tot nu toe niet meegenomen in de analyse, maar ook hier is op termijn meerwaarde te behalen door dit gezamenlijk te organiseren, evt. met externe stakeholders.
11
3.1 Eerste verkenningscommissie onderwijs Op basis van de definitieve opdracht aan de kernteams (dd 8 april) heeft het kernteam CMLS4HH eind april een 1e verkenningscommissie onderwijs ingesteld. Deze commissie bestond uit: • • • •
Prof. Dr. Romano Orru (FEW, S&F) Prof. Dr. Holger Lill (FALW, MCB) Prof. Dr. Stanley Brul (FNWI, SILS) Dr. Hans van der Spek (FNWI, SILS)
De commissie heeft op 16 mei een voorlopig advies besproken met het kernteam en vervolgens op 21 mei met de overgrote meerderheid van de betrokken Pis/staf besproken. Het advies van deze verkenningscommissie en de oorspronkelijke opdracht van het kernteam is toegevoegd als bijlagen II en III. 3.1.1 Advies 1e verkenningscommissie onderwijs Inventarisatie opleidingen Volgens opdracht heeft deze verkenningscommissie de BSc- en MSc-opleidingen , die een relatie hebben met het onderzoek/onderzoekers in het CML4HH departement in kaart gebracht (bijlage II). Volgens deze inventarisatie is de staf van het departement betrokken bij minimaal 11 BSc-opleidingen en 9 MSc-opleidingen. Opgemerkt moet worden dat de BSc Natuurkunde en MSc Physics mogelijk ook nog aan deze lijst zouden kunnen worden toegevoegd, maar dit is buiten het blikveld van de 1e verkenningscommissie is gebleven. Van de 11 genoemde BSc-opleidingen is het CMLS4HH departement volgens de verkenningscommissie “natuurlijke eigenaar” 5 van minimaal 6 BSc-opleidingen, namelijk: • Biomedische Wetenschappen (UvA) • Biomedische Wetenschappen (VU) • Farmaceutische Wetenschappen (VU) • Medische Natuurwetenschappen (VU) • Scheikunde (VU/UvA) • Science, Business & Innovation (VU) Van de 9 benoemde MSc-opleidingen is het departement volgens de verkenningscommissie “natuurlijke eigenaar” 6 van minimaal 7 MSc-opleidingen: • • • • 5, 2
Bioinformatics & Systems Biology (VU/UvA) Biomedical Sciences (VU/UvA) Biomolecular Sciences (VU) Chemistry (VU/UvA)
“natuurlijke eigenaarschap” kan gedeeld zijn met een ander departement
12
• Drug Discovery & Safety (VU) • Medical Natural Sciences (VU) • Science, Business & Innovation (VU) Belangrijke gesprekspartners voor het departement CMLS4HH in het kader van de BSc-opleidingen met “natuurlijk eigenaarschap” zijn: • C&MLS4S i.v.m. BSc’s Scheikunde en BSc’s Biomedische Wetenschappen • Physics & Astronomy i.v.m. BSc’s Medische Natuurwetenschappen en Science, Business & Innovation • AMC, VUmc, NKI, Sanquin i.v.m. de BSc’s Biomedische Wetenschappen Belangrijke gesprekspartners voor het departement CMLS4HH in het kader van de MSc opleidingen met “natuurlijk eigenaarschap” zijn: • C&MLS4S i.v.m. Chemistry, Bioinformatics & Systems Biology, Biomolecular Sciences en Biomedical Sciences • Informatics i.v.m. Bioinformatics & Systems Biology • Physics & Astronomy ivm Medical Natural Sciences & Science, Business & Innovation en evt. Natuurkunde en Physics. Zorgen en kansen Naast een uitvoerige inventarisatie van relevante opleidingen heeft de verkenningscommissie ook een aantal zorgen en kansen benoemd. De volgende zorgen zijn geidentificeerd: • • • • •
Duidelijkheid nodig m.b.t. organisatievorm (“schools” of in departementen?) Verschil in allocatiemodellen VU en UvA Eenduidige administratieve systemen zijn essentieel Voorlichting zou moeten plaats vinden per opleiding Scenario’s m.b.t. infrastructuur zijn noodzakelijk om voorziene groei van studentenaantallen in dit domein op te vangen • Duidelijkheid is nodig m.b.t. lopende onderwijsinitiatieven van VUmc/AMC Men ziet kansen voor o.a: • Een bèta-brede minor Science, Business & Innovation • Een 1-jarige MSc Science, Business & Innovation • Een educatieve minor voor 2e graads lesbevoegdheid voor b.v. Biologie en Scheikunde • Nieuwe opleiding Nanobiologie/technologie op basis van de moleculaire signatuur CMLS4HH • Opzetten van een moleculaire variant (major?) in de Biomedische Wetenschapppen i.v.m. het onderzoeksprofiel van CMLS4HH • De MSc Medical Natural Science kan banden versterken met MCs om een opleiding tot klinisch chemicus/fysicus te verzorgen.
13
• De MSc Biomolecular Sciences kan mogelijk uitgebreid worden met UvA groepen in CMLS4HH 3.2 Eerste conclusies kernteam m.b.t. onderwijs Het advies van de 1e verkenningscommissie wordt breed gedragen door zowel de CMLS4HH PIs als het kernteam. Het nieuwe departement CMLS4HH is in de ogen van het kernteam en de staf een belangrijke thuisbasis voor het beta-biomedisch onderwijs binnen de drie faculteiten. De staf van het CMLS4HH departement is ook betrokken bij een aantal andere opleidingen, zoals b.v. de meer mono-disciplinaire Scheikunde, Natuurkunde en Biologie BSc’s en MSc’s en het Amsterdam University College (AUC). Om de ambities van het CMLS4HH departement in het onderwijs te verwezenlijken zijn qua profilering en locatie een aantal aanpassingen nodig in het huidige VU en UvA palet aan opleidingen. Om deze discussies succesvol te starten zijn nieuwe bestuurlijke kaders gewenst, die alle betrokkenen voldoende vertrouwen en richting geven om soms moeilijke discussies constructief te kunnen voeren. Op basis van het advies van de 1e verkenningscommissie en de discussie met de PIs en staf van het departement concludeert het kernteam m.b.t. het onderwijs: •
•
•
Onderwijs in het beta-biomedisch domein is een kritisch, maar complex dossier, waarbij belangen van verschillende groepen binnen de VU en UvA beta-faculteiten zorgvuldig gewogen moeten worden, maar waar snel duidelijkheid moet komen op in ieder geval een 2-tal belangrijke dossiers: Bekostiging o Stafleden moeten de verzekering krijgen dat de inkomsten van het onderwijs niet te sterk gaan schommelen in toekomstige scenario’s. o Voor alle gezamenlijke opleidingen zijn meerjarige afspraken nodig m.b.t. inzet staf en financiering (b.v. zoals bij Bsc Scheikunde). o Afspraken dienen uniform te zijn, dwz geen verschillen in financiering van UvA docent (of VU docent) op Zuidas of SPA. Locatie o Kernteamleden, verkenningscommissie en PIs zijn allen van mening dat de Zuidas campus de logische thuisbasis zou zijn voor het VU en UvA biomedische onderwijscluster (nader te bepalen op welke termijn), zoals eerder besloten was in het kader van de AFS plannen. Momenteel dient over dit punt opnieuw duidelijkheid gegeven te worden. Ook dient in dit verband aangehaakt te worden bij de visie van AMC/VUmc en zullen te grote opleidingen vermeden moeten worden. o Relevante MSc-opleidingen zouden sterk verbonden moeten worden aan Zuidas en/of SPA onderzoekers en relevante BSc-opleidingen zouden in principe gezamenlijk gegeven moeten worden met docenten van beide locaties. Een duidelijke en logische thuisbasis is daarbij van belang. Oftewel biomedisch onderwijs bij de biomedische
14
en Neurobiologie onderzoekers en b.v. chemie, natuurkunde en biologie onderwijs bij Sustainability en Fundamentals onderzoekers. •
Voor een aantal opleidingen geldt dat andere interne en externe partijen ook mede-eigenaar van de opleiding zijn en betrokken moeten worden in toekomstige ontwikkelingen. Het kernteam is van mening dat deze problematiek niet door het kernteam kan worden opgelost, maar dat hier overkoepelende overlegstructuren nodig zijn. Het kernteam wil graag deze problematiek in detail bespreken met het Team Directeuren Onderwijs.
•
In de discussies met PIs/staf blijkt dat de SILS onderzoekers, die i.v.m. het onderzoek richting Zuidas willen verhuizen, zeer ongerust zijn over hun toekomstige rol in het huidige UvA onderwijs. Men is van mening dat met name de UvA BSc Biomedische Wetenschappen mee zou moeten verhuizen, zodat men zichtbaar blijft voor de eigen studenten en men niet te veel hoeft te pendelen tussen Zuidas en SPA. Het specifieke probleem in dit domein moet op korte termijn aangepakt, zodat iedereen vanuit heldere kaders kan werken aan de inhoudelijke profilering van de toekomstige opleiding biomedische wetenschappen. Waarschijnlijk zal dit leiden tot één variant met een meer moleculaire benadering en één variant met een meer alfa/gamma inkleuring. In beide varianten zouden docenten van beide campussen onderwijs kunnen geven samen met de VUmc en AMC docenten. Tegelijkertijd zou onderzocht moeten worden of nieuwe onderwijsinitiatieven kunnen worden opgezet op SPA in de context van Sustainability, zodat zorgen omtrent onderwijsinkomsten op SPA ook geadresseerd kunnen worden.
4. Onderzoek Zoals hiervoor reeds aangegeven is de inhoudelijke wens van VU en UvA PIs om gezamenlijk op te trekken leidend geweest bij de clustering in CMLS4HH en CMLS4SS departementen. Veel van de inhoudelijke discussies hebben eind 2012 en begin 2013 al plaats gevonden en zijn o.a. samengevat in de ABSC notitie (bijlage I). Eind 2013/begin 2014 heeft verder inhoudelijk overleg plaatsgevonden om de oorspronkelijke ABSC plannen en microbiologie plannen samen te nemen.
15
De afgelopen periode was de voortgang m.b.t. de CMLS4HH onderzoeksagenda minder snel, omdat discussies over huisvesting, governance etc., de boventoon hebben gevoerd. Niettemin stond in de oorspronkelijke ABSC notitie al een duidelijke researchfocus, die herhaaldelijk is bevestigd in discussies met PIs in het najaar van 2013 en de eerste maanden van 2014. Afgelopen periode is op basis van discussies over ‘Flagship’ projecten (zie onder) ook inventarisatie gemaakt van aanwezige/ontbrekende expertise/technolgie. In onderstaande paragrafen wordt summier ingegaan op de gedefinieerde researchfocus en inventarisaties 7. 4.1 Research Focus and Participating Groups The CMLS4HH department brings together the VUA and UVA molecular life science groups engaged in fundamental and applied human health related topics with the aim to create one of the leading molecular life science/biomedical research centres in Europe. The department will be housed in the new O|2 building. Consolidation of the research groups involved provides the critical mass, synergy, and dynamic structure to perform cutting edge research, to attract the best scientist in the field, and to deliver world-class higher education. The new department will be closely aligned with the VUmc and AMC and reach out to other important stakeholders in the Amsterdam area (e.g. AMOLF, CWI, Dutch Cancer Institute, Sanquin). This setting puts Amsterdam in an excellent position to be successful in the increasing competition between leading molecular life science/biomedical research centres in the world. The challenges for the molecular life science/biomedical sciences are formidable, and collaboration, multidisciplinarity and accessibility to state-of-the-art enabling technologies are key. A major scientific challenge in the Life Sciences is the understanding, manipulation and visualisation of (the molecular mechanisms of) cellular (dys)function. What drives a protein to (mal)function, how can protein function be manipulated with chemical (drugs) or optogenetic tools, what is the impact on the signal transduction network and cell fate, and how does this lead to health or disease? How is genetic variability leading to increased/decreased susceptibility for diseases and drug effects? The CMLS4HH department combines the excellence of VU and UvA in Biology, Chemistry, Pharmacochemistry, Informatics and Physics to study the complex and future biomedical and molecular life science questions. Within the department, we combine knowledge-driven and data-driven molecular life/biomedical sciences. We have the tools and strategies to manipulate molecules and cells in precise ways and to subsequently measure the responses at the molecular, cellular and organism level. Additionally, we have screening facilities to identify new players and interactions. Through bioinformatics and systems biology, we can subsequently identify the structure and control logic of the underlying biological networks, in space and time. Together with our medical partners, we will be in a unique situation to translate the acquired fundamental knowledge into new diagnostic and therapeutic solutions, i.e. to create the added values over the complete translational 7
Deel van deze teksten zijn deels afkomstig uit documenten voor PIs en daarom in het Engels.
16
chain from molecule to patient. As indicated in Table 1 (page 9) the different research groups are organized into 7 disciplines: Biophysics & Biomedical imaging, Drug Discovery & Safety, Bioorganic & Synthetic Chemistry, Biomolecular Analysis, Cell Biology, Systems Biology & Bioinformatics and Microbiology. Table 2 lists the expertises and technologies of these core disciplines.
Core Disciplines Biophysics & Biomedical Imaging
Drug Discovery & Safety
Biorganic & Synthetic Chemistry
Biomolecular Analysis
Cell Biology
Systems Biology & Bioinformatics
Microbiology
Table 2: Disciplines and their expertises Condensed Remit Development and application of in-vivo and ex-vivo tools for research and clinical diagnosis based on optical coherence tomography, optomechanics, (label-free) non-linear microscopy, raman microscopy, fluorescence microscopy, all time scale vis and midIR pump-probe spectroscopy. Synthesis of novel bioactive chemical compounds; development of selective chemical labelling approaches for molecular diagnosis; computational simulations and analysis of ligand-protein interactions, computer-aided drug design, virtual screening, chemogenomics; molecular ADME profiling, adverse drug reactions (ADRs), and pharmacogenomics important for personalized medicine and safety. Development of new synthetic schemes to effectively prepare focused libraries of biologically active scaffolds; development and design of new generation of chemical tools for a variety of biological processes. Use of novel mass spectrometric (MS)-based tools to study (targeted) proteomics, glycomics and metabolomics; development of novel array systems to study molecular interactions; perform integrated affinity/bioactivity analysis; analysis of biopharmaceuticals Development and application of novel single-cell imaging methods including super-resolution and functional imaging microscopy; development of methods to visualize and to quantify signalling dynamics and (cytoskeletal) subcellular structure dynamics; generation of new synthetic approaches to alter biological networks; 3D cell culturing. Development of spatial and temporal network modelling approaches including mechanistic and coarse-grained models; development of cell-fate models; develop dynamic models of metabolic, signalling, gene-expression pathways and their integration; development of multivariate data analysis tools and integrative bioinformatics methods to provide context and interpretation of omics and genomics data. Use of genetic, biochemical and bacterial cell biology approaches to study the workings of commensal and pathogenic bacteria, and the host-pathogen relationship; development of novel microscopic imaging methods for single cell analyses, and novel assays to discover the new generation of antimicrobials.
17
4.2 Research themes In CMLS4HH our aim is to measure, understand and manipulate the function of biomolecules involved in important cellular processes, including their dynamic interactions in biochemical networks and whole tissues; how they respond to and integrate environmental chemical and mechanical signals, including drug molecules; and how they self-organize into functional cellular machineries that ultimately enable signalling, cellular proliferation, -metabolism, and -migration. The department will focus its efforts on 2 fundamental core topics: i) Biomolecular Machines and ii) Cellular Decision Making. These core topics will be addressed by combining core life sciences disciplines in Biophysics, Drug Discovery & Chemical Biology, Biomolecular Analysis, Cell Biology & Biochemistry, Microbiology, Systems Biology and Bioinformatics. To provide the CMLS4HH department with a solid joint scientific basis, the core research topics will be directly linked to a set of exemplary cross-disciplinary research projects (or Flagships) whereby groups from different disciplines will work together on a number of important molecular life sciences/biomedical topics. The translational research will be done in close collaboration with our translational partners at the VUmc, AMC, Sanquin and NKI. In earlier discussions we have identified five of those: 1) Molecular mechanisms of cellular reprogramming, 2) Personalized medicine, 3) Molecular diagnostics, 4) Regenerative medicine and 5) Novel Antimicrobials. Currently, on-going discussions will further materialise these research lines into a selected number of integrated and concrete projects/flagships. Such projects/flagships will identify current and future technological needs and expertise, drive excellence in research and education, improve coherence in the department, strengthen the research profile, and will attract excellent MSc and PhD students. Funding of these activities may come from the department’s internal resources or from AAA-funds, but should mainly be found in joint large EU or national programs. 4.3 Research infrastructure Key to excellent science is access to excellent research infrastructure. In the Life Sciences, advanced technologies are generally unaffordable for single research groups. Moreover, these technologies are often applicable in multiple core disciplines and the expertise to use them is becoming more and more specialized. This calls for a new way to organise access to research infrastructure, e.g. in the form of service, support and training centers. A preliminary summary of the needs identified for a successful CMLS4HH department is listed below. 4.3.1 Omics technologies Modern molecular life/biomedical sciencesis unthinkable without good omics technology infrastructure, which includes data handling and analysis. A strong beta-cluster in this domain needs good access to these technologies. The current status is depicted in Table 3.
18
Table 3: Omics technologies in C&MLS-HH and VU/UvA Technology Present at Present Accessibility status CMLS4HH VU/UvA Genomics, No Breit Accessible via service and (VUmc/AMC) collaboration Proteomics Wuhrer/Somsen De Koster, Accessible via Neuroscience collaboration. VU, VUmcPhosphoproteomics identified as missing CCA Metabolomics Wuhrer/Somsen Not at VUmc, Not fully operative yet. AMC? Identified as missing technology Bioinformatics Heringa Breit, NCA Accessible via (VUmc/AMC) collaboration. Service via Breit Biostatistics Smilde De Gunst Accessible via collaboration (VUmc/AMC) E-infrastructure Breit, Unclear fragmented, (storage, interComputer identified as missing. No operability) Sciences (not for LS perse)
Conclusions omics technologies: Amsterdam has excellent groups for most omics technologies, but activities are scattered and its accessibility is not always optimal for CMLS4HH groups and for UvA/VU at large. This is also the case for data storage and interoperability. A special effort is required to improve accessibility. Metabolomics and proteomics technologies are underrepresented in CMLS4HH, although analytical expertise is in principle available in-house. Proteomics is strong at other department at the Zuidas campus. In view of strong expertise in the analysis of metabolomics data within C&MLS-HH (Smilde, Teusink, Westerhoff) proper access to metabolomic analytical support seems missing at this stage. Metabolomics is increasingly important for personalized efficacy, safety and metabolism-in-disease, and provides new opportunities for collaboration with VUmc and AMC. A Data Science Research Center unit for Life Sciences will be essential to cope with the omics technology data. 4.3.2 Drug discovery infrastructure The design, discovery and synthesis of molecules to interfere with biological processes and pathogens is a key asset of the department. The use of these molecules as potential drugs has clear links to (personalized) medicine. Moreover, the ability to interfere/perturb biological systems has both great value for basic, translational medicines research and valorisation. The current status is depicted in Table 4. Table 4: Drug discovery and safety technologies in C&MLS-HH Technology Present at CMLS4HH Present at Accessibility VU/UvA status Bio-organic & Orru/Leurs/de Esch/ No Accessible via Medicinal chemistry successor Lamertsma collaboration
19
Luirink, Bitter, Smit, Leurs
VUmc/AMC?
Specific model systems
AIMMS CB platform, Leurs/Smit/de Esch
No
Virtual screening and protein modeling Metabolite production & profiling Structural biology (X-ray/NMR)
De Esch/de Graaf Vermeulen/Geerke Vermeulen/Commandeur Somsen/Kool No
No
In vitro safety & efficacy screening (e.g. zebra fish, engineered cells, tumor cells);
Bitter/Luirink/Vermeulen/ Leurs/Smit
VUmc/AMC
Accessible via service and collaboration Accessible via collaboration Assessible via collaboration Identified as missing technology Accessible via collaboration
Target discovery screens Chemical library screens
No No
Conclusions drug discovery technologies: CMLS4HH groups are strong in designing and synthesizing molecules and subsequent characterisation/testing/screening for activities on drug targets and enzymes, including virtual in silico screening and protein-ligand modelling and characterisation of their metabolic fate. AIMMS has started with the setup of a chemical biology platform to support screening of chemical libraries and this should be developed further, as it also offers huge opportunities for both internal, but also external collaborations. What is missing is a strong link to structural biology (NMR/X-ray). What is also underrepresented in the C&MLS-HH department is the presence of model organisms / cell line screens for target discovery and personalized efficacy/safety. 4.3.3 Imaging, microscopy and single-cell technologies Single-cell technologies have revolutionized microbiology and cell biology, and stateof-the-art facilities are indispensable for excellence in the Life Sciences. Monitoring the cellular response to perturbations in space and time is key to biological understanding. The current status is depicted in Table 5. Table 5: Imaging, microscopy and single-cell technologies in C&MLS-HH Technology Present C&MLS-HH Present VU/UvA Accessibility status Advanced Gadella, Groot Peterman, Verhage Core facility microscopy (VUmc/AMC) 3D- functional Groot unknown Identified as imaging missing technology Optogenetics, Gadella Mansvelder, Kennis Accessible via fluorescent sensors Pennartz, Wadman collaboration (Medical) imaging De Boer, Groot (VUmc/AMC) Accessible via collaboration Intravital De Boer, Groot Mansvelder Accessible via microscopy (VUmc/AMC) collaboration? PET imaging Windhorst Key infrastructure Accessible via 20
Flow cytometry and sorting (FACS) Microfluidics, cleanroom Electrophysiological techniques Electron microscopy Atomic Force Microscopy
VUmc Schmidt VUmc, AMC Peterman
Rudimentory, only cytometry Ianuzzi De Boer (MCB) No
Mansvelder, Pennartz, Wadman VU/VUmc
Ianuzzi
Wuite
collaboration Accessible via collaboration Identified as missing technology Accessible via collaboration Core facility Accessible via collaboration
Conclusions single-cell technologies: C&MLS-HH groups are very strong in imaging and microscopy, and this is a major asset and would provide strong links to the VUmc Imaging Center, that will also arise at the Zuidas campus. What is currently missing is FACS (especially the sorting part). However, the department of Mol Cell Biol of the VUmc, with excellent FACS facilities, will be housed in the C&MLS-HH building, which will enable easy access to this technology. A second imaging technique that needs to be further developped, but is in principle within reach with the expertise of Groot and de Boer, is intravital fluorescence microscopy (study e.g. signalling events in living animal). Key infrastructure of the future is microfluidics and microfabrications (lab on a chip, imaging devices), for cell biology, microbiology, but also advanced analytics. This is an area in which we need to invest. 4.3.4 Cell culturing and biological model systems The department has a number of biological models and cell culturing technologies, which are the basis for the experimental techniques. Table 6: Cell culturing and biological model systems Technology Present C&MLS-HH Present VU/UvA Accessibility status 3D-cell culturing Van Amerongen Verhage (?) Mammalian (stem) Van Amerongen, Budovskaya, NCA Accessible via cell culturing Smit, Westerhoff (VUmc, AMC) collaboration Controlled Westerhoff, Hellingwerf, Brul Accessible via microbial Teusink collaboration cultivation NCA, VUmc, AMC Accessible via Multicellular Bitter (zebra fish) collaboration model organisms Van Amerongen (mouse) Parasites (T. Westerhoff VUmc/AMC? Accessible via brucei) collaboration (Heterologous) Luirink, Hamoen, Dept. Neuroscience Accessible via protein expression Vos, Siderius (VUmc/AMC) collaboration production
Conclusions Cell culturing and biological model systems: many model systems exist, but the number of groups within the department that actively works with mammalian model systems is relatively small (see also below).
21
4.3.5 Systems biology, integrative bioinformatics and synthetic biology Mechanistic modeling approaches, or bottom-up systems biology, is well represented in the CMLS4HH department. The current status is depicted in Table 7. Table 7: Systems Biology and Integrative Bioinformatics technologies in C&MLS-HH Technology Present C&MLS-HH Present VU/UvA Accessibility status Mechanistic Teusink, Smilde, Kaandorp, Hulshof Accessible via models, Westerhoff, collaboration dynamics Bruggeman Integrative Heringa, Smilde VUmc/AMC Accessible via bioinformatics collaboration Multi-scale, No VUmc/AMC? CWI has some pharmacokinetic expertise models De Esch, Leurs, Computer Accessible via Multi-scale & Geerke, Heringa Sciences collaboration parallel computing Synthetic biology Westerhoff, Hamoen, Hellingwerf Accessible via Lill, Vermeulen, Luirink collaboration
Conclusions systems and synthetic biology and integrative bioinformatics: well represented technologies that will be a distinctive asset to the department. One major issue is the knowledge gap with medical sciences. User-friendly tools and training are important issues for accessibility, and could be combined with a data expertise center. 4.3.6 Missing expertises and domain knowledge areas in C&MLS-HH Apart from technologies also a number of domain knowledge areas have been identified that are currently missing in the C&MLS-HH department. Some of these expertises can be accessed via collaborations, e.g. with VUmc and AMC partners. Within the area of antimicrobials and microbiology, the human microbiome and cell biology of viruses are missing within the department, but this expertise is present at AMC, VUmc and ACTA. In the area of cell biology and cell signalling, expertise in an important class of receptors, the receptor tyrosine kinases, is also not present. In general, it appears that the C&MLS-HH department is strong in technology but perhaps relatively underrepresented in groups with fundamental biological questions, and the corresponding experimental model systems, to build strong collaborative research themes. This is most strongly felt in the human cell biology and stem cell biology domain, but also in the field of antimicrobials good model systems for efficacy screens are relatively scarce, with zebrafish (Bitter) as notable exception. 5. Personeel In bijlage IV (pag. 50) staat de personeelsopbouw (vaste formatie) van het departement CMLS4HH vanuit de FALW en FEW afdelingen MCB en S&F en het FNWI 22
instituut SILS. Formatie van Biofysica en Bioinformatica is nog niet verwerkt in deze tabel. Deze formatie is vergelijkbaar met de formatie, zoals deze eind 2013 door het toenmalige AFS bouwteam was vastgesteld. In het kernteam is kort overleg geweest of deze koers verlaten zou moeten worden. Zo is er gesproken over de groep Lammertsma i.v.m. de Sustainability interesse van UDs Slootweg en Ehlers en (delen) van de groepen Brul en Breit i.v.m. de aansluiting van hun werk bij CMLS4HH. Om verschillende redenen is het niet mogelijk gebleken om deze eerder vastgestelde formatie open te breken. Uitgaande van een pensioenleeftijd van 67 jaar in 2024 gaan tussen nu en 10 jaar 18 van de 78 medewerkers (23%) met pensioen. Dit betreft 1 “docent-WP”, 1 Onderwijscoordinator, 2 Onderwijs & Onderzoek medewerkers en 14 WPstaffuncties (3 maal UD, 4 maal UHD, 7 maal HGL 8). De meeste functies komen pas over 5 jaar beschikbaar, terwijl een 2-tal andere functies momenteel reeds invulling vragen. De nieuwe invulling van de WP-staffuncties is strategisch van grote waarde om Flagship projecten met nieuwe, bij voorkeur missende expertiese, te versterken. Een concreet voorstel voor invulling van de verschillende posities is op dit moment a.g.v. een aantal redenen nog ongewis (zie ook onder). Daarnaast zijn de gesprekken met PIs/staf de afgelopen periode (te) weinig over inhoudelijke samenwerkingen gegaan, omdat de discussie voor een belangrijk deel werd/wordt bepaald door de toekomst van de VU-UvA samenwerking in het algemeen en de CMLS4HH positie in het bijzonder. Een duidelijk draagvlak voor voorstellen voor mogelijk invulling van vacante staffuncties is dan ook nog niet gezocht. Als per WP staffunctie wordt ingezoemd ontstaat het volgende beeld. Binnen de afdeling MCB (FALW) komen de meeste staffuncties vacant: •
• •
Moleculaire Cel Fysiologie - UHD dr. Krab (2015), - Prof. dr. Westerhoff (2018), - UD Dr. Boogerd (2018) - UD Dr. Lunshof (2019) Stuctuurbiologie - UHD Dr. De Boer (2019) - Prof. dr. Lill (2021) Systeembioinformatica - UD Dr. Van Spanning (2021) - Prof. dr. Heringa (2022)
Gezien de huidige discussies omtrent de financiële situatie en mogelijke reorgansatie is op dit moment geen uitspraak te doen omtrent de toekomstige invulling van posities.
8 Hierbij betreft het 2 maal part-time aanstellingen bij SILS en MCB van Westerhoff en 1 maal een part-time aanstelling van Heringa.
23
Bij de afdeling S&F (FEW) komen in deze periode de volgende staffuncties vacant: •
Organische- & Bio-organische chemie - prof dr. Lammertsma (2014)
•
Moleculaire Toxicologie - Prof. dr. Vermeulen (2015) - UHD Dr. Commandeur (2022)
•
Biomoleculaire Analyse & Spectroscopie - UHD Dr. Lingeman (2019)
M.b.t. de invulling van de positie Lammertsma heeft de afdeling S&F en het FB FEW i.v.m. de SNS-Sectorplannen (2010-11) en een herprofilering van de afdeling S&F in 2011-12 besloten dat deze leerstoel zich na emeritaat gaat richten op het rode life sciences/synthesis in life science chemistry domein. Op dit moment wordt gezocht naar een geschikte kandidaat voor deze positie. Voor de overige staf bij deze leerstoel (Slootweg, Ehlers en analist De Jong) is interesse bij het CMLS4SS departement en momenteel wordt door Leurs en Reek onderzocht of bij HIMS vacante posities ontstaan om deze formatie op termijn bij CMLS4SS onder te brengen. Op 16 juni is vanuit HIMS een eerste voorstel gekomen. Dit voorstel zal op korte termijn worden besproken en op haalbaarheid getoetst moeten worden. M.b.t. de invulling van de positie Vermeulen is momenteel binnen de afdeling S&F een eerste gedachtenvorming omtrent invulling gestart. Bij de herprofilering van S&F is ingezet op ‘Molecular ADME-Safety’. Met deze invulling, ingekaderd in Drug Discovery & Safety, is aansluiting bij de gedefinieerde flagship projecten te realiseren (b.v. Personalised medicine & safety en Molecular diagnostics). Op termijn is in dit verband ook nog een UHD positie in te vullen met een tenure track kandidaat, die voor een verdere profilering van deze leerstoel zou kunnen zorgen. De invulling van de UHD positie Lingeman op termijn (2019) zal in overleg met de leerstoelhouder Wuhrer moeten plaatsvinden om te zien hoe met een nieuwe tenure track kandidaat het onderzoek in de Analytics of biomolecular interactions verder vorm gegeven kan worden. Aangezien deze leerstoel zich bevindt in een spectrum van activiteiten binnen het VU-UvA analytische chemie initiatief CASA, maar ook binnen de VU-VUmc samenwerking (Wuhrer is deeltijd hoogleraar in de afdeling MCB & Immunologie van het VUmc) is in dit verband een verdere analyse van ontbrekende expertise binnen (of in de directe omgeving) van CMLS4HH noodzakelijk. Bij het instituut SILS komen de komende periode de volgende functies vacant: • •
Synthetic Systems Biology and Nuclear Organization - Prof. dr. Westerhoff (2018) Biosystems Data Analysis 24
-
Prof. dr. Smilde (2022)
De invulling van de part-time positie Westerhoff zal mede afhangen van de situatie rond de leerstoel binnen de FALW afdeling MCB. Op dit moment is het daarom nog te vroeg om met concrete plannen voor de invulling van deze leerstoel te komen. De invulling van de leerstoel Smilde is nog relatief ver weg en omdat de invulling van deze leerstoel mogelijk ook af zal hangen van de ontwikkeling van de situatie rond de leerstoel Westerhoff is ook hier een pas op de plaats op dit moment verstandig. 5.1 Conclusie kernteam m.b.t. personeel Op de middenlange termijn komen een aantal staffuncties vrij waarmee het departement CMLS4HH een nieuwe impuls kan krijgen. Op de korte termijn (0-4 jaar) is, op het S&F-domein na niet veel mogelijk en dat is een zorgelijke constatering, omdat daarmee het opstarten van Flagship projecten niet significant extra ondersteund kan worden en ook missende expertise niet op korte termijn kan worden aangevuld. Profilerings- en AAA-fonds middelen kunnen hier hopelijk een uitkomst bieden. Om dit op verantwoorde wijze te kunnen doen zijn wel heldere procedures en goede tijdslijnen vereist. De, op dit moment nog onduidelijke, situatie rond de aangekondigde reorganisatie bij FALW zorgt voor een verdere patstelling voor de ontwikkeling van inhoudelijke invulling van staffuncties. 6. Huisvesting Tussen medio en eind 2015 wordt het O|2 gebouw op de Zuidas campus in gebruik genomen. In dit gebouw wordt het biomedisch/molecular life sciences onderzoek van VU en UvA en het pre-klinische onderzoek van VUmc gehuisvest. In die periode worden alle VU en UvA groepen van het nieuwe departement (zie tabel 1, pag 9) in deze gloednieuwe infrastructuur gehuisvest. De nieuwe onderzoek- en onderwijsruimtes zullen de ambities van het departement m.b.t. onderzoek en onderwijs versterken. In het O|2 gebouw worden de beta-onderzoekers samengebracht met relevante groepen vanuit het VUmc (en mogelijk ook AMC) en wordt momenteel reeds gesproken over gezamenlijke infrastructuur etc. In september gaan CMLS4HH PIs en staf en VUmc PIs gezamenlijk spreken over de wederzijdse onderzoeksinteresse en mogelijke raakvlakken. De inpassing in O|2 voor de LCAM-FNWI microscopie unit en de biofysische VU groepen is onder voorbehoud van de uitkomsten van (begin juni) uitgevoerd trillingsonderzoek. Daarnaast is voor diverse groepen klimaatbeheersing i.v.m. verschillende zeer temperatuurgevoelige apparatuur nog steeds een belangrijk aandachtspunt. M.b.t. het onderwijs zal met de uitbreiding van de practicum onderwijsruimten in O|2 en het nieuwe gebouw NU.VU (eind 2017), de onderwijspool sterk vergroot zijn en passend zijn voor de in de koers Huisvesting AFS opgenomen parameters m.b.t. het onderwijs, zoals beschreven in Tussenstand Bacheloropleidingen AFS september 2013.
25
Op 16 mei heeft het kernteam overleg gevoerd met het huisvestingsteam van het bèta-cluster (vice-decaan FEW/FALW prof. H. Irth, drs. K. De Boer en drs. M. Lursen (afwezig)) over de globale huisvestingsplannen en de huisvesting van het CMLS4HH in het bijzonder. Uit de presentatie werd duidelijk dat de verhuisbewegingen in het beta-cluster allen met elkaar samenhangen, dat de relocatie van VU en UvA groepen naar O|2 een van de eerste verhuisbewegingen zal zijn en dat elke vertraging van relocatie van VU en UvA groepen naar O|2 gevolgen heeft voor de totale bètaclustering. Vanuit het kernteam wordt m.b.t. de huisvesting nadrukkelijk aandacht gevraagd voor: • m2 prijs voor de VU en UvA groepen en de gevolgen voor hun budget. De situatie zoals geschetst voor ACTA 9 noopt tot helderheid omtrent de kosten voor de VU en UvA onderzoekers. • Uitkomsten van het trillingsonderzoek en voor adequate klimaatbeheersing. Beide infrastructurele randvoorwaarden zijn van groot belang voor de huisvesting van een belangrijk deel van de high-tech infrastructuur (microscopie, laseropstellingen, MS-apparatuur, ITC/SPR opstellingen). • Huisvesting van proefdieren op de Zuidas, waarbij met name de huidige verschillen in bekostiging van de proefdierfaciliteiten aandacht vraagt. • Het SMART@O|O concept vereist een excellente IT infrastructuur, die aansluit bij minimaal 3 verschillende bloedgroepen (UvA, VU, VUmc). Complexe IT projecten zijn in algemene zin een groot risico. • Investeringen in een O|2 valorisatie (of incubator) lab in relatie tot Mylab@O|2. Samenwerking met private partijen is van groot belang in dit onderzoeksdomein en de voorziene beschikbaarheid van “incubatorfaciliteiten in O|2” is dan ook een belangrijke faciliteit. • Compensatie voor langdurige schade aan onderzoeksprojecten (vertraging AIO projecten) of apparatuur door verhuizing. • Oplossing voor problemen m.b.t. infrastructuur t.g.v. de verhuizing van VU en UvA groepen. Binnenkort zal het kernteam PIs vragen om een volledige analyse te maken van eventuele issues m.b.t. gedeelde infrastructuur op SPA/Zuidas, die straks niet meer beschikbaar is i.v.m. de verhuizing. Op dit moment zijn in ieder geval issues gesignaleerd met de microscopie en NMR. - Bij het vertrek van LCAM-FNWI moet de toegankelijkheid tot microscopie infrastructuur gewaarborgd blijven voor SPA onderzoekers. Momenteel wordt door prof. dr. Dorus Gadella en prof. dr. Bas Teusink, in samenspraak met Drs. Kirstin de Boer en Drs. Maaike Lursen een analyse gemaakt van de beschikbare apparatuur aan VU en UvA zijde en het huidige gebruik. Een recente SILS analyse van de behoefte van de groepen op SPA wordt mede gebruikt als input voor deze inventarisatie. - I.v.m. de verhuizing van de chemie groepen naar O|2 en de noodzakelijke plaatsing van NMR en MS systemen in een bepaald gedeelte van het gebouw moet 1 van de prima functionerende NMR systemen vervangen worden. 9
Overleg CMLS4HH kernteam en prof. Dr. Feilzer, 28 mei 2014
26
Bijlage I: ABSC proposal March 2013
Amsterdam BioMedical Science Campus10
9
Working title. Since the name of the proposed institute is key for internal and external visibility, this working title should be reconsiderd in view of the total organization of the AFS and the biomedical landscape in Amsterdam. Other names that were e.g. highly ranked were:
Natural Sciences for Human Health (name in AFS proposition) Molecular Human Life Science Institute BioScience Campus Amsterdam BioMedical Science Campus Amsterdam
27
1. Background and Scope Healthy ageing is one of the key challenges for the coming years and has been identified as one of the major themes of e.g. the new EU research policy (Horizon 2020). Our ageing population will be increasingly faced with age-related diseases, such as Alzheimer, cancer, diabetes, CNS disorders and infectious diseases. Consequently, there is an urgent need to come up with new preventive, diagnostic and therapeutic approaches. Many of the disorders, identified as the challenges of the future, find their origin in malfunctioning molecular mechanisms at the cellular level. The omics revolution starting in the year 2000 with the completion of the human genome project triggered considerable excitement in the life sciences: it was generally believed that this wealth of new information would solve major health related questions. Indeed, recent breakthroughs have identified many key molecules that play essential roles in cells, however, to date, still surprisingly little is known about the actual dynamic processes that underpin the intricate details of protein and cellular (dys)function. Life Science researchers now start to realise that "just" large omics data sets will lead to the identification of new players or new interactions, but will not lead to clear drug targets for treatment or new superior diagnostic and visualisation approaches of cell and tissue dysfunction. This requires much deeper understanding on how the spatiotemporal interplay of the molecular components in the living cell affect cell fate and function, and such understanding critically depends on targeted hypothesis-driven research, on new multiscale modelling tools and on techniques to visualise and/or modulate molecular processes in cells, tissues, animals and patients. It is exactly here where we position an ambitious AFS initiative that is timely, highly appropriate and scientifically challenging. We propose to launch the Amsterdam BioMedical Science Campus (ABSC), which capitalizes on several international leading research efforts within the Amsterdam Faculty of Sciences (AFS) and on their connections to the broader biomedical community in (at least) the Amsterdam area. In this ABSC institute important research questions in the domain of Life Science & Health will be tackled jointly by frontrunners in the fields of completely novel advanced in situ microscopy, genetically encoded fluorescence biosensors, optogenetic and biophotonic techniques, medicinal chemistry (both synthetic and computational) and chemical biological approaches to manipulate, control and visualise the activity of key signalling proteins in cells and tissues with unprecedented spatiotemporal resolution. To that we add one of the strongest concentrations of expertise in Europe in quantitative multiscale predictive modelling & synthetic systems biology and a unique combination of bioanalytical expertises that we harbour within AFS. While keeping the comprehensiveness and power of functional genomics and genetics, our combined next generation life science approach allows an unprecedented virtuosic multiscale perturbation in cellular networking machinery providing the much-needed molecular input-output relationships underlying cellular decision-making. Moreover, within ABSC we have the ultimate aim and opportunity to translate the generated fundamental knowledge and tools towards new diagnostic and therapeutic solutions for the health problems of today and the future with two medical schools nearby. Given the current insights in the complexity of biology, the challenge is formidable, but the ABSC institute will combine the excellence of AFS in Chemistry, Physics and Biology of Life Science processes to overcome these hurdles. This highly ambitious multidisciplinary research approach will make us a strong partner for collaboration with the near-by (bio)medical experts in the area of oncology, metabolic diseases, inflammation and neurological disorders and infectious diseases.
2. Participating groups In the last months several AFS groups have been consulted and three group meetings have been organized (January 15, January 17 and February 14, 2013) with various AFS groups and representatives of medical stakeholders AMC, VUmc, NKI and Sanquin. At present 21 excellent PIs and their research groups within AFS (227 fte’s WP/OBP) have the ambition to join forces as founding
28
members of the ABSC institute (see Table 1). All PIs share the excitement of becoming one of the most important Life Science hubs in Europe and share the strong believe that (only) together we can make a difference in this competitive, but very rewarding field.
Kick-off meeting ABSC PIs on February 14, 2013. From left to right: prof. dr. Hans Westerhof, dr. John Kennis., prof. dr. Erwin Peterman, Prof. dr. Nico Vermeulen, Dr. Iwan de Esch, dr. Anton Feenstra (replacing prof. dr. Jaap Heringa, prof.dr. Davide Lannuzzi, prof. dr. Johannes de Boer, dr. Eelco Ruiter (replacing prof. Romano Orru),prof. dr. Martine Smit, Prof. dr. Dorus Gadella,Prof. dr. Govert Somsen,, prof. dr. Bas Teusink, prof. dr. Chris de Koster, prof. dr. Age Smilde, prof. dr. Rob Leurs, prof. dr. Frank Bruggeman. Not present at the meeting due to other obligations were Prof. Marloes Groot, Dr. Manfred Wuhrer, prof. Gijs Wuite and dr. Timo Breit.. Consultation of some medical stakeholders (Christine Dijkstra (VUmc), Connie Jimenez (VUmc), Bert Windhorst (VUmc), Ron van Noorden (AMC), Eric Reits (AMC), Kees Jalink (NKI) and Peter Hordijk (Sanquin) was also very fruitful. All indicated that the ABSC initiative was to be applauded and would certainly have impact on their own scientific work. Collaboration on selected topics would certainly be very fruitful and a keen interest in collaboration is foreseen. VUmc and AMC scientists Dijkstra and van Noorden also indicated that their current discussions on research integration of the Medical Centers would certainly be influenced by the current AFS ideas of clustering of Human Life Science activities at the Zuidas campus. Moreover, collaborations with PIs from CWI, AMOLF and ACMM will provide this consortium with additional access to state-of-the-art computational and biophysical approaches that will deepen our understanding of the complexity of living systems.
Table 1 AFS groups participating in the ABSC AFS Research Institute & potential partners. Only PIs or excellent tenure track staff is indicated.
29
Core disciplines Biophysics
Drug Discovery & Chemical Biology
Biomolecular Analysis
Cell Biology & Biochemistry
Systems Biology
AFS group (PIs) Biophotonics and Medical Imaging (de Boer / Groot / Ianuzzi ) Biophysics (Kennis) Physics of Living Systems (Peterman, Wuite) Medicinal Chemistry (Leurs/De Esch) Biocomputatational Chemistry & Drug Innovation (vacancy) Molecular Toxicology (Vermeulen) Synthetic & Bio-organic Chemistry (Orru, vacancy) Biomolecular Analysis (Somsen/Wuhrer) Mass Spectrometry of Biomacromolecules (De Koster) MicroArray Department and the Integrative Bioinformatics Unit (MAD-IBU) (Breit) Molecular Cytology (Gadella) Target and Systems Biochemistry (Smit M) Systems and Synthetic Biology (Westerhoff) Systems Bioinformatics (Teusink) Molecular Cell Physiology & Integrative Bioinformatics (Bruggeman) Integrative Bioinformatics (Heringa) Systems and Synthetic Biology (Westerhoff) Biosystems Data Analysis (Smilde) Translational partners:
Imaging
Cell Biology, Immunology & Functional Genomics
Van Leeuwenhoek Centre for Advanced Microscopy (Gadella (AFS), v Noorden (AMC), Jalink (NKI)) VUmc Imaging Center (van Dongen, VUmc)* Radiopharmaceutical Chemistry (Windhorst, VUmc) Molecular Cell Biology and Immunology VUmc (Dijkstra et al) Cell Biology and Histology AMC (van Noorden/Reits) Molecular Cell Biology Sanquin (Hordijk) Oncoproteomics VUMC (Jimenez) Immunology NKI (J. Borst)* Immunopathology Sanquin (M. van Ham)* External partners:
CWI
Life Sciences - Algorithmic computational biology (Klau)* Biomodeling and Biosystems Analysis (Merks)*
AMOLF
Bio-assembly & -organization (Dogterom)* Biochemical Networks (ten Wolde)* Biological Soft Matter (Koenderink)*
* potential partners based on current collaborations, to be contacted.
3. Governance In the AFS proposition (December 21, 2012) to the boards of VU and UvA, the field of Natural Science for Human Health, defined as being at the crossroads of the natural sciences and the biomedical field, has been selected as one of the key research areas of AFS. This research area fits well with the Human Health & Life Science (VU) and Systems Biology (UvA) focus areas of both universities and brings together excellence in Biology, Chemistry, Computational Sciences and Physics. ABSC aims to be the key player in this field of Natural Science for Human Health. ABSC will be formed by 21 excellent PIs and their groups from a variety of AFS departments (Table 1).
30
Effective interdisciplinary collaboration will be one of the key drivers for success in this field of Natural Science for Human Health. It is our firm believe that this can only be achieved if the ABSC effort is supported by a largely independent (financial) governance model. ABSC research institute has the ambition to have full responsibility with respect to research strategy, external peer review, research budgets and staff appointments. Moreover, preferably all PIs will be located all together at the AFS Zuidas campus, although for some of the PIs a Science Park location is most likely inevitable in view of infrastructural demands. 4. Research objectives ABSC
A major scientific challenge in the Life Sciences is the understanding, manipulation and visualisation of (the molecular mechanisms of) cellular (dys)function. What drives a protein to (mal)function, how can protein function be manipulated with chemical (drugs) or optogenetic tools, what is the impact on the signal transduction network and cell fate, and how does this lead to health or disease? How is genetic variability leading to increased/decreased susceptibility for diseases and drug effects? In the ABSC institute our aim is to measure, understand and manipulate the function of biomolecules involved in important cellular processes, including their dynamic interactions in networks and tissue; how they respond to and integrate environmental chemical and mechanical signals, including drug molecules; and how they self-organize into functional cellular machineries that ultimately enable signalling, cellular proliferation, -metabolism, and -migration. In conjunction with partners at the VUMC, AMC, NKI and Sanquin, but also through collaboration with CWI, ACMM and AMOLF, our ambition is to translate this knowledge, methodology and techniques to (pre)clinical research, resulting in opportunities for innovative diagnostics and therapies. Core topics The ABSC institute will focus their efforts on 2 fundamental core topics: i) Biomolecular Machines and ii) Cellular Decision Making. These core topics will be addressed by combining core life sciences disciplines in Biophysics, Drug Discovery & Chemical Biology, Biomolecular Analysis, Cell Biology & Biochemistry, Systems Biology and Bioinformatics. The core research topics are directly linked to a number of translational research questions addressing molecular mechanisms of disease, regenerative medicine and personalized medicine. The translational research will be done in close collaboration with our translational partners at the VUMC, AMC, Sanquin and NKI (see figure 1).
31
Figure 1 ABSC AFS Research Institute: from fundamental to translational research. Appendix 3 shows all the bilateral contacts with biomedical partners that already exist. Key questions in Core topics: Biomolecular Machines: How do they form, self-assemble and how can one modulate their activity? How do ligand and protein interact and direct signaling? How are signals integrated and computed in signalosomes? How are transcription initiation complexes organized and related to epigenetics/chromatin structure? What is the role of metabolic enzymes in these complexes? Cellular decisions: How do cells ‘decide’ to differentiate, proliferate, undergo apoptosis or migrate? How do cellular networks dictate cell fates? How do cells switch between cellular states? How stable is a cellular state? What are the key molecular switches? How can one effectively redirect cell fate? How is cellular polarity achieved and maintained? What drives and directs cell migration? What is the role of the cytoskeleton? Which forces are required? What (modulation of) cell adhesion is required for directed cell migration? How is metabolism connected in these decision networks to generate the required energy and biosynthetic precursors? The different research groups, through ongoing fundamental research programs, will generate tools, including molecules and optical sensors and develop biophysical, chemical biological, analytical and systems biology methodologies to address these fundamental topics (see Expertise and input). Key questions in Translational topics: Insight into the abovementioned core topics are relevant for the translational topics. Various human diseases are the result of altered and/or malfunctioning molecular cellular mechanisms. Disease models addressed include infection, inflammation, storage diseases, CNS disorders, cancer (uncontrolled proliferation, metastasis, angiogenesis) and metabolic diseases. We want to understand the cellular wiring of the diseased state and develop (therapeutic) approaches to reprogram and revert cells to a normal healthy state or to trigger apoptosis. We aim to expand and employ a number of common immune-, cancer-, stem- and endothelial cell/tissue and in vivo models that will be addressed by the diverse core disciplines. In collaboration with clinical research performed by our medical partners we aim to use primary cell cultures from patients to develop personalized medicine approaches related to the disease model systems under study. This requires the full integration of core disciplines including drug discovery and chemical biology, core research topics in understanding of cellular networks and fate decisions towards understanding key molecular switches for modulating and reversing diseased state. Finally, translational research will include regenerative medicine approaches in which we aim to reprogram (stem) cells to develop into a functional multicellular tissue (in a matrix). Chemical as well as physical cues, including 3 dimensional crafts and (artificial) extracellular matrices, cell-cell contacts & biomechanics will be addressed.
Expertises and input Strong and outstanding Core Life Science Disciplines & advanced technologies form the backbone of ABSC and are instrumental to address the scientific topics of ABSC. Within the Biophysics core discipline we will develop and design optomechanical and optogenic and fluorescent sensors using advanced spectroscopic methods; analyse biophysics of DNA & DNA-binding proteins using advanced fluorescence microscopy/optical tweezers; apply single-molecule biophysics in vitro and in vivo; implement new optomechanical approaches for regenerative medicine and invivo diagnostics; study proteins via full time scale mid-infrared and visible spectroscopy, develop biophysical tools for imaging of live-cell processes in cells, tissue and organs; apply optical coherence tomography technology, miniature endoscopy and catheter development. Just as fluorescence labeling has revolutionized cell biology by enabling the visualization of molecular processes inside the
32
cell, the next step will be the visualization of these processes in living tissue and organs. To this aim, we will develop the imaging technologies of the future, combined with targeted fluorescence for in vivo imaging in model systems and humans. Such technology have the potential to revolutionize translational research, as it will allow to extend the cellular approach, i.e. applying specific perturbation – monitoring response – understanding the control logic, to in-vivo systems. Within the Drug Discovery & Chemical Biology core discipline we will synthesize novel bioactive chemical compounds; develop new cellular chemical perturbation approaches and molecular biosensors; develop selective chemical labeling approaches for molecular diagnosis; perform computational analysis of ligand-protein interactions, computer-aided drug design, virtual screening, chemogenomics; analyse biotransformation, metabolite production and perform biomolecular simulations; focus on adverse drug reactions (ADRs), pharmacogenomics important for personalized medicine. The Biomolecular Analysis core discipline will develop mass spectrometric (MS)-based tools and apply MS analysis of proteins and their complexes to study biomolecular structures and interactions; develop and apply sensitive tools for (targeted) proteomics, glycomics and metabolomics; use glycan and protein arrays to study molecular interactions; perform integrated affinity/bioactivity analysis (high resolution screening), also comprising cellular assays and optical biosensing; support genomics, transcriptomics analysis and applied bioinformatics. The Cell Biology/Biochemistry core discipline will develop and apply novel single living cell imaging methods; super-resolution and functional imaging microscopy; measure protein-ligand interactions and modulate activity in molecular networks; develop approaches to visualize and to quantify signaling dynamics and (cytoskeletal) subcellular structure dynamics; develop functional signaling and phenotypic assays, generate new synthetic approaches to alter biological networks; develop novel assays to monitor enzymatic activities and metabolic dynamics at single-cell level. Within the Synthetic Systems Biology/Bioinformatics core discipline we will develop spatial and temporal network modeling approaches including mechanistic and coarse-grained models; develop cell-fate models; develop dynamic models of metabolic, signaling, gene-expression pathways and their integration; apply fundamental principles of biological/biochemical networking and of thermodynamics and kinetics; address multiscale analysis; work on noise propagation/bistability to generate predictive quantitative cell models; develop multivariate data analysis tools and integrative bioinformatics methods to provide context and interpretation of omics and genomics data. Altogether, we will take a multiscale approach (in silico and experimentally) to study biomolecular function at the molecular scale and at the cellular/network level. Through collaborations with our Medical Centers, these studies of protein function and cellular networks can be extended to living tissue and organisms, as a translational effort.
FLAGSHIP projects We will define a number of FLAGSHIP projects that will link topics as depicted in Figure 1 from left to right: from fundamental to translational research, addressed by research groups from different disciplines. These Flagship projects will drive excellence in research and education. The FLAGSHIP projects will improve the coherence in the institute, strengthen our research profile and attract MSc and PhD students to join ABSC. Initial support will come from the individual groups and will be strengthened via the MSc-PhD program and appointment of new tenure track candidates (see Funding ABSC). Considering the current expertise within the consortium and the earlier work in the context of the Zwaartekracht proposal, we propose one FLAGSHIP project on G protein-coupled receptor proteins (GPCRs) as important inputs/switches determining cell fate in the above mentioned cell and tissue
33
models (example FLAGSHIP project: Chemical and optogenetic control of chemokine receptors (GPCRs) in cell migration of immune and cancer cells). GPCRs are crucial determinants in cellular
communication and its malfunction promotes diseases, including Parkinson's, Alzheimer's, cancer, autoimmune diseases or metabolic syndrome. In the mean time 4 different project groups have been formed and they are working on different FLAGSHIP projects from core disciplines towards Personalized Medicine, Molecular Diagnostics, Regenerative Medicine and Molecular Mechanism of Disease. Initial results were already presented at the ABSC kick-off meeting on February 14. After the start of ABSC, a workshop will be organized with all PIs and new tenure track fte’s (see below) to define and refine more FLAGSHIP projects with translational power. We will approach international opinion leader scientists to scrutinize these projects for scientific excellence.
5. Requested ASF Funding In order to successfully address the challenges set for ABSC, we request funding for: 1) Tenure track positions to strengthen the research profile 2) Investments in selected Technology Platforms to stimulate intra- and inter-institute interactions 3) An educational Excellence program to strengthen the educational profile 1- Excellence in Research – new tenure track positions To strengthen the research profile within ABSC we envision the recruitment of young ambitious scientists to initiate and lead an innovative research group bridging fundamental to translational research. Tenure track (TT) positions will be assigned to topics on major developments expected during the coming decades on topics addressed within ABSC (e.g. organ-on-a chip, stem cell biology). The TT candidate should have an outstanding record of research accomplishments within one or more disciplines of ABSC at the interface of fundamental and translational research. Moreover the TT should have proven ability to raise external funds and will significantly contribute to the teaching program in AFS curricula. Up to 7 TT positions will be available, each with funding for a period of 5 years (1.0 M €/TT encompassing salary, PhD student and/or (tech) support) (7.0 M €).
2- Excellence in Research - Technology platforms To optimally integrate research, different biology-driven technology platforms, including a Chemical Biology, Systems Biology, Genomics, transcriptomics & bioinformatics, Imaging and Bioanalysis Platform (e.g. phopshoproteomics) are required to support the multidisciplinary research within the ABSC consortium. Equipment and technical support is requested to establish such integrated high-end platform, to make them available within AFS, and (in some instances) to transfer expertise to AFS scientists to run advanced experiments independently. These funds are also foreseen to enable the recruitment of leading TT faculty. Substantial funding should be provided (0.8 M € Euros per year for a period of 5 years, total 4.0 M €). Please note that such a consortium, with the proper platforms in place, can play a leading role in current national and international initiatives, such as IMI, DISC/DTL, NL-BioImaging AM, ISBE and ITFoM. It can and should also serve other domains of the Life Sciences, such as microbiology and biotechnology. 3-Excellence in Education – new educational programs AFS aims for excellence in education and with a large cohort of students in Life science oriented educational programs, ABSC will take up the challenge to stimulate excellence in education. ABSC has the ambition to play a key role in the training of the next generation of Human Life Science scientists in fundamental and translational research. This generation of interdisciplinary scientists should get acquainted with research methodologies and approaches; Biophysics, Drug Discovery & Chemical Biology, Biomolecular Analysis, Cell Biology & Biochemistry, Systems biology & Bioinformatics, all essential to perform cutting edge fundamental Life Science research with translational dimensions in the key health area’s of oncology, neuroscience, infectious and metabolic diseases.
34
To attract and train the next generation of young interdisciplinary scientists we envision a strong role of ABSC in AFS BSc honours programs in the area of Human Life Sciences and we want to introduce 2 new educational programs: (i) TOP MSc program on Translational Molecular Medicine (name to be decided) and (ii) a related TOP MSc-PhD talent program. These educational ambitions will on one hand strengthen the visibility of ABSC and at the same time facilitate the coherence within the institute and also aim to stimulate participation of its medical stakeholders (e.g. VUmc, AMC, Sanquin, NKI). Ad (i): up to max 30 students (min 20) per year will be admitted to this TOP Master. The selection will be based on academic achievements in the BSc studies in the Life Sciences and motivation. Moreover, after successful completion of the first phase (excellence in courses and one internship) these students may qualify also for the MSc-PhD program (see ii). Ad (ii) MSc-PhD talent program: We want to develop a MSc-PhD program in which we will couple MSc talent to a new 3 year PhD program. MSc research projects (first phase) can,, if successful,, be linked to a PhD program (second phase). We propose this 3 year PhD program as a pilot in order to align ourselves with the EU practice of only funding PhD positions of 3 year. We also realize that the Dutch tradition of a 4 year PhD program gives the Netherlands a high scientific standard worldwide. We will therefore demand that Msc TOPtalent can start with their PhD program successfully in the last year of their master. Such a pilot should allow us to decide if the 3 year EU programs can be implemented within AFS without having to compromise on scientific output. Enrolment of talented students will be based on their achievements (e.g. completion BSc honours program, enrolment into the TOP Master or proven excellence in other Life Science MSc programs within AFS). During the course of their Master studies the ABSC-TOP students apply for PhD projects within one of the Flagship projects of ABSC. The ABSC-TOP students will have to actively participate in the writing of the research proposal. Mentors will be available to guide students in this process. Up to 5 PhD positions will be available per year (1.0 M €/yr) for a period of 4 years (4.0 M €), supporting four institute-wide FLAGSHIPS projects. Advantages/objectives • The TOP Master program and MSc-PhD program build up on and extend the excellent BSc programs within AFS Life Sciences. • Students are trained in scientific areas, which are highly interdisciplinary and interfacial, covering chemistry, biology, biophysics and biomedical sciences. • Students are integrated at an early stage into research groups and plan their career in a more focused manner to become independent researchers.
Investment ABSC AFS Research Institute
1- Excellence in Research – 7 tenure track positions 2- Excellence in Research – support technology platforms 3- Excellence in Education – Top Master* and MSc-PhD Talent program (4 years) Total
7.0 M € 4.0 M € 4.0 M € 15.0 M €
* additional support will be requested from the AFS educational budget.
6. Excellence in Valorisation The consortium explicitly expresses its ambition with respect to valorisation potential, since this is (i) seen as an important way to connect the ambition of ABSC to societal needs and (ii) is an important asset for future funding options for our research portfolio. The critical mass in the proposed institute will make us an interesting partner for various stakeholders. More importantly, with extensive networks with private partners our research programmes will be very well placed to the upcoming
35
opportunities with the EU Horizon 2020 program and the Dutch Topsectoren Life Science and Health, Chemistry and High Tech. To optimize the valorisation of ABSC, we will seek active collaboration with the AFS Science, Business and Innovation department and especially the relevant TTO officers in order to come to an active and effective valorisation strategy. A number of spin-offs companies have already successfully been established by some of the PIs (eg. IOTA Pharmaceuticals, Griffin Discoveries, Chromogenics, Optics11 B.V). Moreover, multiple other tokens of valorisation have shown to be effective, e.g. patents, publicprivate partnerships (TI-Pharma, IMI-JU) and bi-lateral collaborations with industry (see Appendix 2).
Appendix 1: Short description of the PIs of the participating groups Prof. Johannes F. de Boer (AFS) Key achievement: Development of Polarization and Spectral Domain Optical Coherence Tomography technology. The 100-1000 fold increase in sensitivity of Spectral Domain technology has led to a paradigm shift in the OCT field, allowing rapid 2D and 3D imaging of tissue volumes. 3 key papers: Opt Lett. (2004), Nature Medicine (2006), Optics Express (2012). >100 publications on OCT, polarization sensitive OCT, Doppler OCT, Ophthalmology, Pulmonology, fluorescence and 3D phase microscopy. Funding: NIH, NWO (ZonMW, FOM), STW. Dr. Timo Breit (AFS) Key achievement: setting up and employing microarray technology, nextgeneration sequencing, and applied bioinformatics. 3 key papers: Gen Biol (2011), Nat Cell Biol (2009), Mol Cell Biol (2008). > 100 publications on many domains in life sciences research, bioinformatics, and e-science. Funding: Bsik, FES, EET, IOP, STW, EU, NGI-NBIC, NWO-PAD/middelgroot/mozaiek, BigGrid, TTI-GG, NLeSC, S&S income. Prof. Frank Bruggeman (AFS) Key achievement: development of several theoretical, computational, and mathematical approaches to signalling, metabolic, and gene regulatory network to characterize the emergent, functional properties of molecular networks inside living cells. 3 key papers: PNAS (2009), Mol Syst Biol (Nature series) (2010), Scientific Reports (Nature series) (2012). >30 publications on several domains in cell biology, computational, and systems biology. Funding: EU RTN, NWO (VIDIALW, CLS), FOM. Dr. Iwan de Esch (AFS) Key achievement: establishing one of the first academic fragment-based drug discovery platforms. 3 key papers: Nature Rev. Drug Rev Drug Discov (2005), J. Am. Chem. Soc. (2011), Drug Discovery Today (2013) >100 publications on biocomputational chemistry and synthesis of bioactive molecules. Co-founder of three university spin-out companies. Funding: TI Pharma, EU (3 x KP7 + IMI), Eureka’s Eurostars, NGI, FES, STW. Prof. Dorus Gadella (AFS) Key achievement: introduction of FRET-FLIM technology for studying protein-protein interactions in single living cells. 3 key papers: Nature Biotechnol. (2007), Nature Methods (2010), Nature Comm. (2012). ~100 publications on fluorescence spectroscopy and microscopy on monitoring in situ activity of biomolecules. Funding: KNAW-fellow, NWO (ALW,CW, Middelgroot, Groot), STW, NanoNext, EU(TMR, RTN, IP). Prof. Marloes Groot (AFS) Key achievement: Resolving the coupling of conformational dynamics and function in proteins through advanced spectroscopic methods; Studying life-cell dynamic processes with label-free deep-tissue imaging techniques at sub-cellular resolution. 3 key papers: Nature (2008), PNAS (2011), PCCP (2012), ~60 papers; Funding: NWO (Vidi, ALW, CW, Middelgroot, Groot, STW). Prof. Jaap Heringa (AFS) Key achievement: developing and applying coarse-grained tools for multicellular network-based modelling. 3 key papers: Nucl. Acids Res. (2010), PNAS (2012), Bioinformatics (2013). >120 publ. on integrative bioinformatics and tools development. Funding: NWO-OC, NWO-Veni, CTMM/TraIT, NGI, EU.
36
Prof. Davide Iannuzzi (AFS) Key achievement: pioneering fiber-top technology for cell biology studies and tissue classification. 3 key papers: Phys. Rev. Lett. (2010), Appl. Phys. Lett. (2006), PNAS (2004). >70 publications on a wide variety of topics, mostly focused on microtechnology. Funding: ERC (StG and PoC), NWO (VIDI+FOM), STW, ESA. Co-founder of Optics11 B.V. Dr. John Kennis (AFS) Key achievement: unravelling light-driven signaling mechanisms through advanced spectroscopic methods. 3 key papers: PNAS (2006) PNAS (2010), JACS (2011), J Biol Chem (2012), ~75 papers on photoactivation mechanisms of biological and biomimetic systems; Funding: VIDI, VICI, NWO (ALW Molecule to Cell, Open Competition, CW Middelgroot, Echo), HFSP, DFG.
Prof. Chris de Koster (AFS) Key achievement: mass spectrometry for studying protein-protein interactions, quantification of de-novo protein synthesis and quantification of proteins in cross-linked biomatrices. Current interest: sporulation of endospore formers, host-pathogen interaction, mapping of protein-protein interactions and multi-level control of gene expression regulation. Three key papers: Mol. Cell Proteomics. (2009), Mol. Cell Proteomics (2010), J Proteome Res. 2009. ~130 publications on mass spectrometry, many of which on microbial proteomics; Funding: NWO (CW), IOP, FES (NanoNext), EU(KP6, KP7), TA Coast/ACTS. Prof. Rob Leurs (AFS) Key achievement: developing new chemical tools targeting e.g. GPCRs, resulting among others to 2 tools reaching clinical stage of development by associate private partners and 2 spin-off companies. 3 key papers: Nature Chemical Biology (2005), Nature Neurosci (2010), J. Am. Chem. Soc. (2011), >250 publications on GPCR biology & medicinal chemistry. Funding: KNAW-fellow, NWO Pionieer, NWO-CW, STW, NGI, TI Pharma, EU (KP7 + IMI). Prof. Romano Orru (AFS) Key achievement: Diversity and biology oriented synthetic method development and applications in early drug discovery. 3 key papers: Angew Chem (2011), Chem. Rev (2011), Chem Soc Rev (2012) >70 publications on Synthetic methodology, multicomponent chemistry and molecular diversity & complexity generation. Funding NWO (VICI, TOP etc), ZONMW, FES, EU (2 big IMI-JU, CERC3). Prof. Erwin Peterman (AFS) Key achievement: development of advanced single-molecule tools (fluorescence & tweezers based) and applications thereof in studies of DNA, DNA-protein interactions and motor proteins in vitro and recently also in vivo. 3 key papers: Nature (2009), Nature Physics (2011), PNAS (2009). >50 publications on single-molecule biophysics, DNA, DNA-protein interactions, kinesin motor proteins and photosynthesis. Funding NWO (Puls, VIDI, VICI, ALW open competition, NWO Groot), FOM (projectruimte, program (member & program leader)) STW, Nanonext.NL. Prof. Age K. Smilde (AFS) Key achievement: developing methods for data fusion and deriving network properties from dynamic functional genomics data. 3 key papers: PNAS (2011), Molecular and Cellular Proteomics (2012), Briefings in Bioinformatics (2012). ~200 publications on data analysis and modeling. Funding: NMC, NBIC, TIFN, Unilever, GSK, EU (FP7). Prof. Martine J. Smit (AFS) Key achievement: targeting and unravelling GPCR-induced (oncogenic) signalling networks. 3 key papers: Science Signaling (2010), PNAS (2010), J Clin Invest (2010). ~110 publications on (viral) GPCRs and (oncogenic) signalling. Funding: KNAW-fellow, NWO (Talent, Vidi, CW, ECho), STW, TI Pharma, EU (IMI-JU). Prof. Govert Somsen (AFS) Key achievement: developing new analytical tools combining capillary electrophoresis and mass spectrometry for characterization of bio(macro)molecules. 3 key papers: J. Proteome Res. (2009), Mass Spectrom. Rev. (2011), Anal. Chem (2013), >100 publications on novel and improved analytical techniques for drug profiling, protein pharmaceuticals, and metabolomics. Funding: NWO (Vidi + CW), STW, IWT. Prof. Bas Teusink (AFS) Key achievement: developing systems biology tools and methods and applying them to solve real biological questions. 3 key papers: Nat. Biotechnol (2000), Nature Rev Microbiol
37
(2006), Mol. Syst. Biol (2009). ~70 publications on integrative bioinformatics, genome-scale metabolic models and kinetic models of signal- and metabolic networks. Funding NGI, NWO, STW, EU (ITN). Prof. Nico P.E. Vermeulen (AFS): Key achievement: elucidation of molecular mechanisms and novel concepts involved in drug metabolism & drug safety, with emphasis on active metabolites and interindividual differences. > 350 publications on drug metabolism & safety. 3 key papers: Nature Rev Drug Disc (2011), Chem Res Tox (2008), J Med Chem (2005). Funding: NWO (2 ACTS-IBOS, 3 ZonMWHorizon, 2 Veni) TI-Pharma, IMI-JU (3x), EU. Prof. Hans V. Westerhoff (AFS): Key achievement: discovery and proofs of principles of control, regulation and non-equilibrium thermodynamics through integration of theory, modelling and experimentation, and bottom-up systems biology. 3 key papers: e.g. Mol Sys Biol (2013, 2010), Nature Biotechnol (2013). Funding: NWO-Pionier, C&C Huygens Fellow, NIH-visiting fellow, AstraZeneca Chair, BBSRC, EPSRC, NGI, Ecogenomics, FEBS, NWO, STW, EU FP5-7 (NoE, IP, CSA). Dr. Manfred Wuhrer (AFS) Key achievement: developing of high-throughput glycomics tools and their use for clinical biomarker discovery. 3 key papers: Mol Cell Proteomics (2011, 2012, 2013), ~100 publications on glycomics technology development and application. Funding: EU (KP7), NWO/NGI (Horizon Breakthrough, Zenith). Prof. Gijs Wuite (AFS) Key achievement: developing tool and methods to to bring physics into biology to in order to quantitatively describe diverse biological phenomena. 3 key papers: Nature (2006), Nature (2009), Nature Physics (2011). ~70 publications on single molecule biophysics as well as physical virology. Funding: VICI, ERC, NWO (CW, FOM, ALW), FES, EU (KP7, Marie Curie), HFSP, EMBO, EPSRC.
Appendix 2: Valorisation activities ABSC PIs Projects 2007 – 2012 with industrial involvement PI
Research topic
Funding source
Company involved
de Boer
SD-OCT technology
Nidek, Inc
Nidek, Inc
de Boer
Ocular tissue characteristics
STW, Heidelberg
Heidelberg Engineering
de Boer
Esophagus OCT
ZonMW, Ninepoint
Ninepoint Medical
Breit
e-science
Bsik-II
IBM and others
Breit
Aging
IOP
Organon and Eli Lilly and
Breit
Toxicogenomics
STW
Organon, GSK, NOTOX,
Company Biodetection Systems. Breit
MRSA
EU
Novolytics
Breit
Plant breeding
TTI-GG
RijkZwaan & 4 other plantbreeding companies
Breit
Plant Breeding
NLeSC
RijkZwaan & 7 other plant-
Breit
Next Generation Sequencing
NWO-middelgroot
RijkZwaan & 3 other plant-
De Esch
Influenza drug discovery
EU FP7
Vironova, Pike
De Esch
Serotonin receptor ligands
EU FP7
Beactica
De Esch
Novel neuropharmaceutical drugs
FES
Synaptologics, Noldus
De Esch
Kinase inhibitors
EU Eurostars
Saromics, Iota, Kinasedetect
Gadella
Nikon Centre of Excellence for super-
Nikon Europe BV
Nikon Europe BV
Gadella
Novel genetic encoded fluorophores
STW
Nikon Europe BV, Lambert
breeding companies breeding companies
resolution development Instruments
38
Gadella
FLIM screening
STW
Lambert Instruments
Groot Heringa
Minimal invasive diagnostic tools
STW
Philips
Data integration for translational medicine
CTMM/TraIT
Genalice
Iannuzzi
Fiber-top technology
ERC/STW/NWO/FOM
Optics11 and partners
De Koster
Miniaturizing Mass Spectrometry
TA Coast/ACTS
DSM, Da Vinci Europe Group,
De Koster
Microbial Food Quality and Safety
FES Nanonext
LioniX
Leurs
Histamine H4 ligands
Boehringer Ingelheim
Boehringer Ingelheim
Leurs
Computation & drug design
Boehringer Ingelheim
Boehringer Ingelheim
Leurs
Kinase inhibitor
STW
Zoobio, Pamgene
Leurs
Histamine H1-H4 ligands
NGI
Griffin Discoveries
Leurs
African Sleeping Sickness
TI Pharma
Takeda, IOTA, Mercachem
Leurs
Ligand-gated ion channels
TI Pharma
MSD, Abbott
Leurs
Kinetics for Drug Discovery
IMI-JU
AstraZeneca, Bayer, GSK,
Pepscape BV
Heptares, Merck, Roche, Sanofi-Aventis, Sierra, Heptares, Niessen/Irth
Metabolic stability assessment as new tool
TI-Pharma
MSD, Xendo Laboratories
TI-Pharma
MSD, PepScan, Abbott,
in the Hit-to-Lead selection process and the generation of new lead compound libraries Niessen/Irth
Towards novel translational safety biomarkers for adverse drug toxicity
PamGene, BDS, Galapagos, NOTOX
Niessen/Irth
Innovative Analytical Methodologies for
STW
Biopharmaceuticals
Spark Holland, Tosoh Biosciences, PRA International, MSD, Beckman Coulter
Niessen/Irth
Enhanced bioresolution and miniaturization
TA-Coast
Heineken Supply Chain,
of Surface Plasmon Resonance optical
RIKILT, Technex, Synthon,
sensing
EuroProxima, Stichting Waterproef
Niessen/Irth
High-Throughput Effect-Directed Analysis: a novel platform for rapid and sensitive identification of toxic
STW
Het Waterlaboratorium, Stichting Waternet, Vitens, STOWA, Omegam Laboratory,
compounds in the aquatic environment
Tijkswaterstaat, Grontmij Nederland, KWR, Spark Holland, RIWA Maas
Orru Orru
Hepatitis C Green Pharmacy
NWO
CHEMO-group, Chemessentia
EU IMI-JU (CHEM21)
GSK, J&J, Orion, Bayer, Sanofi, Evolva, Pfizer
Orru
Early drug discovery platform
EU IMI-JU (Lead
Syncom, Mercachem, Edelris,
Factory)
Sygnature, Taros, Astra, Lundbeck, UCB, Bayer, J&J, Merck, Sanofi
Peterman
DynaSTORM: : a new microscopy tool to
STW
Nikon Europe BV
NanoNextNL (FES)
Nikon Europe BV
visualize intracellular dynamics with high spatial and temporal resolution Nanomolecular machines in cellular forcetransduction
39
Smilde
Nutrikinetics of genistein
NMC
DSM, Unilever
Smilde
Weight loss management, nutrikinetics,
NMC
DSM, Unilever
functional food Smilde
Functional genomics of vaccins
GSK
GSK
Smilde
Modeling downstream metabolism of LA
NMC, TIFN, Unilever
Unilever
and AA Smit
Nanobodies targeting viral GPCRs
STW
Ablynx NV
Smit
GPCRs
TI Pharma
MSD, Abbott
Smit
Chemokine receptors
TI Pharma
MSD, Danone
Smit
Residence time chemokine receptors
TI Pharma
Vertex Pharmaceuticals
Smit
Innovative analytical methodologies for
STW
MSD, BeckmanCoulter, Spark,
Somsen
biopharmaceuticals Electrokinetic separation techniques
STW
AstraZeneca, Janssen, MSD,
Tosoh, PRA, Bionavis,
for pharmaceutical profiling
Abbott, Astellas, SanofiAventis
Somsen
New ionization techniques for biomedical
Somsen
Integrated analysis of protein
AstraZeneca
AstraZeneca
STW
DSM Biologics, Sanquin, MSD,
analysis pharmaceuticals
Octoplus, RIVM
Somsen
Metabolic profiling and biomarker discovery
Avans
Avans
Somsen
New MS interfacing techniques
BeckmanCoulter
BeckmanCoulter
Somsen
Innovative analytical methodologies for
STW
MSD, BeckmanCoulter, Spark,
Somsen
Improved analysis of therapeutic peptides
IWT
Janssen
GSK Vaccins
GSK Vaccins
STW
DSM, Purac, CSK, Friesland-
biopharmaceuticals
Tosoh, PRA, Bionavis,
and proteins Teusink
Model-based optimisation of vaccin production
Teusink
Heterogeneity in populations of bacteria
Campina Teusink
Selection of high-performance strains
NGI
CSK
Vermeulen
P450 BM3 for large scale metabolite
Vertex
Vertex Pharmaceuticals
production
Pharmaceuticals
Vermeulen
Ligand-protein binding affinities of crop
BASF & Abbott
BASF & Abbott
IMI-JU
12 EFPIA partners + SME’s
protection Vermeulen
MIP-DILI: prediction drug-induced liver injury
Vermeulen
eTOX: In silico prediction of drug safety
IMI-JU
14 EFPIA + SME’s
Vermeulen
SafeSciMET: modular education & training
IMI-JU
14 EFPIA partners
NWO/ACTS-IBOS (2
MSD, Syncom, DSM,
programme for medicines safety sciences Vermeulen
Cytochrome P450 BM3 mutants as novel biocatalysts
projects)
Isobionics
Vermeulen
Metabolic stability/Lead finding and
TI-Pharma
MSD, Xendo
TI-Pharma
MSD, Abott, Galapagos,
optimization Vermeulen
Translational safety biomarkers for adverse drug reaction
Notox, Pepscan, Pamgene, Biodetection Systems,
40
Westerhoff
Integrative Systems Biology
AstraZeneca
Westerhoff
Systems Biology
Pfizer
Pfizer
Westerhoff
Protein production
BRIC/BBSRC
Fujifilm
Westerhoff
Synthetic Polymer production
FP7
Various biotech
Westerhoff
PCR
STW
MRC-Holland
Westerhoff
Systems Biology
Unilever
Unilever
Wuhrer
Development of glycomics technology
Ludger Ltd.
Ludger Ltd.
Wuhrer
Protein glycosylation analysis
Hoffmann La Roche
Hoffmann La Roche
Wuhrer
Glycosylation analysis of biologicals
Synthon b.v.
Synthon b.v.
Wuhrer
High-throughput methods for protein
EU FP7; HighGlycan
Ludger, Ltd., Genos Ltd.,
glycosylation analysis
project
Glyxera GmbH, BIASep
Bio-nanosensing
FES (NanoNext)
Philips, NT-MDT
Wuite
AstraZeneca
Appendix 3: Collaboration Medical Centers Collaborators medical stake holders De Boer
Breit
De Esch Gadella
Groot
•
Ton Sutedja, Hans Daniels (Lung department, VUmc)
•
Guus van Dongen (VUmc)
•
Hans Lemij, Tom Missotten, Jan van Meurs, Mirjam van Velthoven (Rotterdam Eye Hospital)
•
Frederik Barkhof (Radiology, VUmc)
•
Chris Polman (Neurologie, VUmc)
•
Paul van Zuijlen (Department of Dermatology, VUmc)
•
Prof. Rogier Versteeg (Neuroblastoma), Prof. Sjoer Repping (IVF)
•
On MRSA, we are rounding up an EU project (UMCU)
•
Prof. Kluytmans (VUMC)
•
Prof. J. Middeldorp (VUmc)
•
Prof. Titia Sixma (NKI)
•
Prof dr. Ron van Noorden, dr. Ron Hoebe and dr. Eric Reits (AMC) (Functional Imaging, LCAM)
•
Dr. Kees Jalink (NKI) (Biosensor development & functional imaging, LCAM)
•
Prof dr. Peter Hordijk and dr. Jaap van Buul (Sanquin) (Signalling in cell migration)
•
Ronald Verwer (NIN, AMC)
•
Rob Veerhuis (depts ClinicalChemistry/Psychiatry, VUmc)
•
Annemieke Rozemuller (Neuropathology, VUmc)
•
Anne-Marie van Dam (Anatomy and Neuroscienes)
•
dr Hans Baayen (neurosurgeon)
•
Huib Mansvelder (NCA, VU).
Heringa
•
Prof.dr. Gerrit Meijer (VUMC, Dir. CTMM/TraIT)
Ianuzzi
•
Prof. T. Smit and Dr. M. Helder (Department of Orthopedics, VUmc)
•
Prof. S. Gibbs (Department of Dermatology, VUmc; Department of Oral Biology, ACTA)
•
Prof. P. van Zuijlen (Department of Dermatology, VUmc; Red Cross Hospital, Beverwijk)
•
Prof. E. Hol (NIN and UvA)
•
Prof. C. de Zeeuwe (NIN and Department of Neuroscience, Erasmus University Rotterdam) (just
•
Dr. H. Daniels (Department of Pneumology, VUmc)
•
Dr. M. Helmes (Department of Physiology, VUmc; CTO of IonOptix)
•
Prof.dr. A. Verhoeven, insulin signaling, Medical Biochemistry (AMC)
started)
De Koster Leurs
•
Prof. dr. J. Aarts, clinical protein mass spectrometry, Medical Biochemistry (AMC)
•
Prof. Bert Windhorst (VUmc)
•
Prof. H. Verheul (VUmc)
•
Dr. Ype Elgersma (EUR)
•
Prof. A.B. Smit (NCA, AFS)
•
Dr. Cees Tensen (LUMC)
41
Orru
Peterman
Smilde
•
Dr. Henk Schallig (KIT)
•
Dr. Van Wamel (antibiotics/resistance- Erasmus Medical Center)
•
Prof. Brakenhoff (cancer/anti-tumor- VUmc)
•
Dr. Ovaa, (compound screening, NKI)
•
Dr. Windhorst/Dr. Vugts (fundamental radiochemistry, RNC-VUmc)
•
Prof v. Soolingen (tuberculose reference lab, RIVM)
•
Prof.dr. Adriaan Houtsmuller (Pathology, Erasmus MC)
•
Prof.dr. Claire Wyman (Radiation Oncology, Erasmus MC)
•
Prof.dr. Ger Stienen & Coen Ottenheijm (Physiology, VUmc)
•
Within AMC collaboration with Ronald Wanders, Arthur Verhoeven, Hans Aerts, Mireille Serlie, Peter Sterk, Antoine van Kampen and Koos Zwinderman.
Smit
Somsen/
•
Prof. Guus van Dongen (VUmc)
•
Dr. Connie Jimenez (VUmc)
•
Prof. Dijkstra et al (potential collaborators: de Vries, Mebius) (VUmc)
•
Prof. P. Hordijk (Sanquin)
•
Dr. Cees Tensen (LUMC)
•
Dr. J van de Born (UMCG)
•
Dr. Gestur Vidarsson, Prof. Ellen van der Schoot (Sanquin): characterization of alloantibody
Wuhrer
glycosylation as potential pathology factor in alloimmune diseases •
Dr. Huib Ovaa (NKI)
•
Perez (Anesthesiology), Polman (Neurology), Kraal (Molecular Cell Biology and Immunology)(VUmc)
Potential collaborators: •
VUMC: Cell Biology and Immunology (Dijkstra), Anesthesiology (Perez), Neurology (Polman),
•
Sanquin (Gestur Vidarsson, Ellen van der Schoot)
•
AMC, Moleculaire and Translationele Allergologie (Ronald van Ree)
•
prof. G. Peters, dr. N. Franke/J.Cloos (VUmc, allen CCA/V-ICI)
•
dr. S. Heukelom (VUmc, Radiotherapie)
•
dr. F. van Leeuwen; dr. M. Motazacker (AMC, Vascular Medicine)
•
dr. D. Touw (Haga Ziekenhuizen, Den Haag)
Molecular Cell Biology and Immunology (Kraal)
Vermeulen
•
dr. J. Bogers (GGZ, Haagstreek)
•
Netherlands Pharmacovigilance Center (Lareb, Den Bosch).
Westerhoff
•
EUR: Hans van Leeuwen
•
VUMC: Smit
Wuite
•
T. Smit (Department of Orthopedics, VUmc)
•
van Dongen (VUmc)
•
Kooyk (Molecular Cell Biology and Immunology)
•
Sodeik (Hannover Med Center)
•
Wyman & Kanaar (Erasmus MC)
•
R.M. Schiffelers (UMC Utrecht)
42
Bijlage II: Advies 1e verkenningscommissie Onderwijs ADVIES 1e Verkenningscommissie Onderwijs Chemistry & Molecular Life Science for Human Health Holger Lill, Stanley Brul, Hans van der Spek, Romano Orru Datum: 1 Mei 2014 Onderwijs in het chemische en biomedisch domein is een belangrijk en complex dossier, waarbij belangen van verschillende groepen (binnen en buiten de VU/UvA βfaculteiten) zorgvuldig gewogen moeten worden. Voor een aantal opleidingen, zeker in de bachelor fase, geldt dat verschillende externe partijen mede-eigenaar van de opleiding zijn en betrokken zullen moeten worden in toekomstige ontwikkelingen. Daarnaast zijn zowel op UvA als VU onderwijs- en opleidingsdirecteuren, in samenspraak met examencommissies en opleidingscommissies verantwoordelijk voor het onderwijs. Niettemin is er vanuit de onderzoekers die actief zijn in Chemistry & Molecular Life Science for Human Health ook een visie op het onderwijs, die in samenspraak met deze stakeholders verder uitgewerkt moet worden. 1. De Opleidingen De opleidingen (Bachelor en Master) die samenhangen met het virtuele departement Chemistry & Molecular Life Science for Human Health (CMLS-HH) zijn hieronder in tabel 1 en 2 opgesomd. Hierin is aangegeven van welke opleidingen CMLS-HH de natuurlijke eigenaar is en van welke zij mede-eigenaar is, ook is de huidige eigenaar (op afdelings- of instituutsniveau) aangegeven. Daarbij is duidelijk dat voor een aantal opleidingen gesprekspartners in andere domeinen (andere faculteiten, (virtuele) departementen en/of externe partijen) een rol spelen. Deze zijn zoveel mogelijk in kaart gebracht. Tabel 1. BSc-opleidingen in Chemistry & Molecular Life Science for Human Health BSc opleiding Biologie
Huidige Natuurlijke eigenaar eigenaar AEW + MCB + SILS + IBED
43
Medeeigenaar +
Gespreks partner Earth & Ecology, Chemistry & Molecular Life Science
Biomedische Wetenschappen (UvA) Biomedische Wetenschappen (VU) Farmaceutische Wetenschappen (VU) Medische Natuurwetenschappen Gezondheidsweten schappen
SILS
+
MCB + ANW + + AGW + Athena + IVM S&F + N&S + S&F
Scheikunde
AGW + Athena + MCB SILS AGW + Athena + MCB S&F/HIMS
β−γ
IIS
Science Business & innovation
S&F + N&S
Psychobiologie Gezondheid & Leven
+
+
+
+
Physics & Astronomy; VUmc
+
VUmc
+ +
FMG (UvA) Interdisciplin ary Units/ VUmc
+
Chemistry & Molecular Life Science for Sustainability Interdisciplinar y Units Physics & Astronomy + faculteiten: FEWEB + FSW (beide VU)
+ +
for Sustainability AMC /NKI/Sanquin VUmc/NKI/ Sanquin
+
Tabel 2. MSc-opleidingen in Chemistry & Molecular Life Science for Human Health MSc opleiding
Huidige eigenaar S&F + HIMS
Natuurlijke eigenaar +
Medeeigenaar +
Science Business & Innovation (track)
S&F + N&S
+
+
Bioinformatics & Systems Biology Biomedical Sciences (excl neurotracks)(VU + UvA)
SILS + MCB + + CS MCB + ANW + + GZW + Athena + IVM
+
Informatics
+
AMC/VUmc + NKI/Sanquin
Chemistry
Gespreks partner Chemistry & Molecular Life Science for Sustainability Physics & Astronomy + faculteiten: FEWEB + FSW (beide VU)
Chemistry &
44
Molecular Life Science for Sustainability
+ SILS Neurowetenschappen ANW + VUmc tracks + cluster neurobiology SILS + AMC
+
AMC/VUmc/FMG Chemistry & Molecular Life Science for Human Health
Drug Discovery & Safety Medical Natural Sciences
S&F
+
S&F + N&S
+
Biomolecular Sciences Biological Sciences
MCB + S&F
+
+
Physics & Astronomy + VUmc
AEW + MCB + + Earth & Ecology SILS + IBED VU: S&F=Scheikunde & Farmaceutische Wetenschappen; N&S=Natuur- en Sterrekunde; CS=Computer Science; MCB= Moleculaire Cel Biologie; ANW=Afdeling Neurowetenschappen; AEW=Afdeling Ecologische Wetenschappen; AGW=Afdeling Gezondheidswetenschappen; IVM=Instituut voor Milieuvraagstukken; FEWEB=Faculteit der economische wetenschappen en bedrijfskunde; FSW=Faculteit Sociale Wetenschappen UvA: IBED=Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics; HIMS=Hofmann Institute for Molecular Sciences; SILS=Swammerdam Institute for Life Sciences; IIS= Instituut voor Interdisciplinaire Samenwerking; FMG=Faculteit der Maatschappij- en Gedragswetenschappen Huidige eigenaar: Afdeling of Instituut waar betreffende opleiding nu in de praktijk is ondergebracht. Bij VU is dat doorgaans de aangegeven afdeling, bij UvA ligt eigenaarschap formeel bij het College of Science Natuurlijke eigenaar: “+” betekent dat CMLS-HH hier de leidende partij is. Mede-eigenaar: “+” betekent dat CMLS-HH weliswaar de leidende partij kan of wil zijn, maar dat andere partijen een rol hebben. 2. Inventarisatie van zorgen, knelpunten, kansen zorg-/knelpunten De belangrijkste knelpunten/zorgen zijn als volgt samen te vatten: 1. Organisatievorm: geïntegreerd in virtuele departementen of “los” in schools/colleges. Hier dient op korte termijn een helder besluit door de FB’s genomen te worden. Dat zal verdere samenwerking op alle punten versoepelen. Leidend zal wat ons betreft hierin moeten zijn dat er, voor welke organisatievorm er ook wordt gekozen, er een sterke en directe koppeling tussen onderzoek en onderwijs blijft bestaan.
45
2. Financiele kaders/allocatiemodellen “matchen” nog niet. Dat is een serieus zorgpunt, de systemen zijn dusdanig verschillend dat momenteel niet goed overzien kan worden wat de gevolgen voor betrokken staf en studenten is. 3. Administratieve systemen: inschrijvingen bij opleidingen, vakken, tentamens; cijferregistratie systemen; diploma’s; examenreglementen; toelatingsbeleid etc etc Ervaring met samenvoegen vd kleinere BSc opleidingen (o.a. Scheikunde) leert dat dit goed geregeld moet zijn voordat aan joint programma’s/joint degree’s wordt gewerkt. Voor elke opleiding een centraal “loket” met een eenduidig administratief systeem is een must. 4. Marketing, voorlichting, matching en werving. Goede afspraken zijn noodzakelijk, bij gezamenlijke opleidingen als “opleiding” opereren en niet als “college” cq “school” is cruciaal. 5. Faciliteiten, ruimte, gebouwen. Goede toekomstgerichte scenario’s noodzakelijk om voorziene groei van studentenaantallen op te kunnen vangen en bestaande capaciteitsproblemen (collegezalen en practicumruimte) op te lossen. 6. Duidelijkheid is nodig over recent lopende initiatieven (H2LS bij VU-VUmc; initiatieven bij UvA-AMC, zoals de dubbele bachelor Geneeskunde-BMW) en hoe deze initiatieven in het virtuele C&MLS-HH departement ingrijpen. Kansen De samenwerking in CMLS-HH biedt uitstekende randvoorwaarden om topwetenschappers en docenten van beide campussen in de bovengenoemde opleidingen in te zetten. Daarmee kan de kwaliteit van het gehele onderwijspalet nog verder versterkt worden en kan dit cluster aan opleidingen een heel sterke (zo niet de sterkste) nationale en internationale speler worden met grote aantrekkingskracht. De samenwerking in CMLS-HH en de inbedding in het cluster van β-onderzoek en onderwijs Amsterdam biedt een uitgelezen kans om de bovengenoemde knelpunten effectief aan te pakken. Als we in Amsterdam daarin slagen liggen de “kansen” voor het grijpen. Meer specifieke, op opleidingsniveau gesignaleerde mogelijkheden: 1. Een minor Science Business & Innovation (30 EC) voor alle BSc-opleidingen in het 5e semester. Deze zou door de huidige sectie SBI (evt in samenwerking met Athena, TESLA) ontwikkeld kunnen worden. 2. Een educatieve minor afgestemd op bestaande middelbare schoolvakken (i.c. Biologie en Scheikunde) binnen het CMLS-HH cluster voor 2e graads lesbevoegdheid.
46
3. Randvoorwaarden voor een nieuw op te zetten BSc opleiding Nanobiologie/technologie zijn met het totstand komen van CMLS-HH geschapen. 4. De moleculaire signatuur van het CMLS-HH departement is evident en een moleculaire afstudeervariant (major) in de BSc opleidingen Biomedische Wetenschappen sluit daar bij aan. Het CMLS-HH departement biedt mogelijkheden om deze major in nauwe samenwerking met andere “chemische en moleculaire levenswetenschappen” BSc-opleidingen in dit domein (zoals bijv Farmaceutische Wetenschappen en Scheikunde) op te zetten. Afstemming op facultair en afdelingsniveau met plannen van het virtuele departement Chemistry & Molecular Life Science for Sustainability voor het opzetten van een nieuwe BSc-opleiding “Molecular Life Science & Sustainability” is noodzakelijk. 5. Een 1-jarige MSc-variant Science Business & Innovation als bijvoorbeeld voorbereiding op een MBA-opleiding. 6. Goede mogelijkheden voor de MSc Medical Natural Sciences om de banden met “fysica” & “chemie” uit te bouwen, ook richting de medische centra. Opleiding tot “klinisch chemicus” en “klinisch fysicus”. 7. MSc Biomolecular Sciences kan de banden met de “moleculaire” varianten in MSc Biomedical Sciences aanhalen. Integratie van UvA onderzoeksgroepen in CMLS-HH biedt mogelijkheden om het programma van de MSc Biomolecular Sciences uit te breiden. Op langere termijn valt te denken aan een “harde” Biochemie en/of Microbiologie track/opleiding. Eventuele overlap met reeds bestaande tracks/opleidingen moet daarbij goed in kaart gebracht worden. 8. De bundeling van krachtige onderzoeksgroepen in CMLS-HH met een duidelijk onderzoeksprofiel geeft goede mogelijkheden om geavanceerde TOP-Summercourses en –schools aan te bieden. Daaruitvoortvloeiend kan ook gedacht worden aan het opzetten van KNAW-research master’s en NWOgraduate school programma’s zoals het vorig jaar gestarte STAR programma op het gebied van “antimicrobials”
47
Bijlage III: opdracht 1e verkenningscommissie Onderwijs Opdracht 1e verkenningscommissie Onderwijs Na de instelling van kernteams voor een 8-tal “virtuele” departments door decaan FNWI, FEW en FALW is het kernteam Chemistry & Molecular Life Science for Human Health begin 2014 begonnen om met elkaar te komen tot een gemeenschappelijke visie op governance, inhoudelijke context en onderwijs in het domein. In navolging van de definitieve opdracht aan de kernteams van Karen Maex van 8 april (zie appendix) is een 1e verkenningscommissie Onderwijs (Orru, Lill, Brul, van der Spek) samengesteld. Op basis van de definitieve opdracht aan de kernteams en de visie van het kernteam Chemistry & Molecular Life Science for Human Health op het onderwijs (zie pag. 2) wordt gevraagd om het kernteam voor 15 mei te adviseren over: •
de opleidingen (Bachelor en Master), die samenhangen met het virtuele department Chemistry & Molecular Life Science for Human Health. o Van welke opleidingen is het domein de “natuurlijke eigenaar”? o Van welke opleidingen is het domein “mede-eigenaar” en welke andere domeinen zijn daar gesprekspartner (incl. andere faculteiten en externe partners)? o Aan welke (onderdelen van) opleidingen kan het virtuele departement een bijdrage leveren (incl. minoren en majoren, denk ook aan opleidingen buiten FNWI, FEW of FALW)?
•
een eerste inventaris op te stellen van vragen, zorgen, knelpunten en kansen.
Voor de inventarisatie van de opleidingen kan o.a. teruggegrepen worden op de tabellen, zoals die eerder in het kader van de AFS discussies zijn opgesteld (bijgevoegd in dit document). In eerste visie van het kernteam op onderwijs (maart 2014) zijn door het kernteam een aantal issues (niet alomvattend!!) in het onderwijsdomein benoemd, die ter overweging meegenomen kunnen worden. (zie onder)
Visie kernteam Onderwijs HH domein (04032014) Onderwijs in het beta- biomedisch domein is een belangrijk en complex dossier, waarbij belangen van verschillende groepen (binnen en buiten de VU/UvA betafaculteiten) zorgvuldig gewogen moeten worden. Voor een aantal opleidingen geldt dat verschillende externe partijen mede-eigenaar van de opleiding zijn en betrokken zullen moeten worden in toekomstige ontwikkelingen. Daarnaast zijn zowel op UvA als VU onderwijs- en opleidingsdirecteuren, in samenspraak met examencommissie verantwoordelijk voor het onderwijs. Niettemin is er vanuit de Rode Life Sciences onderzoekers ook een visie op het onderwijs, die in samenspraak met deze stakeholders verder uitgewerkt moet worden.
48
•
Gewenste eindsituatie o Relevante Msc opleidingen sterk verbinden aan de O|O en/of SPA onderzoekers en Bsc opleidingen gezamenlijk geven, maar een thuisbasis geven qua kleuring oftewel biomedisch onderwijs bij de biomedische O|O en Neurobiologie onderzoekers en chemie en biologie onderwijs bij Sustainability en Fundamenta onderzoekers op SPA. o Onderwijs is een gezamenlijke activiteit van betrokken Zuidas en SPA docenten, in goed overleg met andere stakeholders (waar relevant, bv. AMC, VUmc, UvA-FMG, VU-FSW). Docenten vanuit de verschillende stakeholders zullen nodig blijven om het onderwijs te verzorgen. Dit geldt zowel voor opleidingen op SPA (chemie, biologie) als op Zuidas (b.v. biomedisch/neuro). Opleidingsdirecteuren rekruteren de meest geschikte docenten voor ieder vak binnen de kaders van heldere afspraken. Bij FNWI is er momenteel b.v. sprake van “gedwongen” winkelnering, tenzij docenten aantoonbaar niet voldoen. o Heldere meerjarige (5 jaars?) financiele afspraken over onderwijsinkomsten voor zowel Zuidas als SPA docenten, zoals ook overeen gekomen voor chemie en fysica onderwijs. Afspraken zijn uniform: geen verschillen in financiering UvA docent (of VU docent) op Zuidas of SPA.
•
Timelines? o Voor Msc onderwijs betekent dit dat relevante opleidingen direct mee zouden kunnen verhuizen met onderzoekers naar O|O Zuidas (zie tabel X…. nader in te vullen) Onderzocht moet worden in hoeverre UvA onderzoekers in O|O kunnen bijdragen aan bestaande Msc programma’s op Zuidas. o Verandering van thuisbasis van Bsc opleidingen zal pas echt geeffectueerd kunnen worden nadat op de Zuidas additionele capaciteit beschikbaar komt (5 -10 jaar tijdslijn?; te checken met team rond Zuidasontwikkeling) en na goede afspraken met andere stakeholders (AMC, UvA-FMG, FSW, Fysica).
49
Bijlage IV: Overzicht personeel In onderstaande tabel staat de personeelsopbouw (vaste formatie) van het departement CMLS4HH vanuit de FEW afdelingen MCB en S&F en het FNWI instituut SILS. Formatie van Biofysica en Bioinformatica is nog niet verwerkt. Groen of oranje gearceerde regels geven aan dat betreffende medewerker binnen 0-5 jaar of 5-10 jaar met pensioen gaat (uitgaande van een pensioenleeftijd van 67 jaar in 2024). Opgemerkt moet worden dat in deze tabel geen medewerkers zijn meegenomen, die centraal in de betreffende afdelingen/instituten zijn aangesteld. MCB- FALW Moleculaire Microbiologie (MCB, FALW) Dr. S. Luirink 20/06/60 Prof. dr. W. Bitter 10/08/65 Dr. J.P. van Ulsen 24/10/66 Dr. M.P. Bergman 05/06/68 Dr. E.N.G. Houben 17/10/74 Ing. C.M. ten Hagen-Jongman 28/02/66 Ing. G.M. Koningstein 15/12/59
UHD Hoogleraar UD Docent UD O&O medewerker O&O medewerker
Systeem- & Synthetische biologie (MCB, FALW)
Prof. dr. H.V. Westerhoff
14/01/53
Hoogleraar
Prof. dr. J.L. Snoep
26/03/65
Hoogleraar
Dr. K. Krab
09/02/50
UHD
Dr. B.M. Bakker Dr. W.F.M. Roling
08/07/70 09/12/66
UHD UHD
Dr. F.C. Boogerd Dr. J.E. Lunshof Ing. M. Braster
28/02/53 28/08/54 24/09/55
UD UD
Drs. C.J.J. Stoof J.E. Wijker
08/03/59 16/08/59
O&O medewerker Consultant Secretaris
Prof. H. Lill Dr. ir. A.H. de Boer Dr. H.S. van Walraven
04/10/56 03/06/54 12/11/56
Hoogleraar UHD Docent
Dr. D. Bald Dr. ir. Y.J.M. Bollen
01/05/66 14/12/74
UD UD
M.J.C. Scholts
28/03/52
Onderwijscoördinator
Ing. H.W.J. Hakvoort D. Da Costa Pereira
01/03/58 31/01/81
O&O medewerker O&O medewerker
Structuurbiologie (MCB, FALW)
Systeembioinformatica (MCB, FALW) Prof. dr. B. Teusink 07/05/70
Hoogleraar
Prof. dr. J. Heringa
Hoogleraar
25/12/57 50
Prof. dr. F.J. Bruggeman Dr. D. Molenaar
26/11/73 27/10/62
UHD Onderzoeker
Dr. R.J.M. van Spanning Ing. M.J. Wagner
30/04/56 01/03/55
UD O&O medewerker
Biomoleculaire Analyse & Spectroscopie (S&F, FEW) Ing. B. Bruyneel 10/09/1969 Dr. J. Kool 08/03/1975 Prof. Dr. G. W. Somsen 01/08/1963
O&O medewerker UD Hoogleraar
Dr. H. Lingeman
09/06/1954
UHD
Prof. Dr. M. Wuhrer
28/03/1971
Hoogleraar
Medicinal Chemistry (S&F, FEW) Ing. A.C. Stolpe Dr. M.H Siderius Ing. J.P.M. Bebelman Dr. J.E. Koezen Dr. H.F. Vischer Dr. M. Wijtmans Dr. C. De Graaf Prof. Dr. M. J. Smit Prof. Dr I.J.P. De Esch Prof. Dr. R. Leurs
19/04/1970 26/03/1965 01/07/1959 21/03/1970 20/01/1973 02/11/1974 12/11/1978 23/11/1967 26/05/1970 13/06/1964
O&O medewerker UD O&O medewerker Docent 2 UD UD UD Hoogleraar Hoogleraar Hoogleraar
Organische en Bio-organische Chemie (S&F, FEW)
Prof. K. Lammertsma
29/08/1949
Hoogleraar
Dr. A. W. Ehlers Ing. G. B. De Jong Dr. J.C. Slootweg Prof. Dr. R.V.A. Orru Dr. A. C. Janssen Ing. E. Ruijter
30/03/1964 22/06/1980 07/03/1978 06/02/1965 27/05/1978 15/09/1977
UD O&O medewerker UD Hoogleraar O&O medewerker UD
Dr. J.N.M. Commandeur Prof. Dr. N.P.E. Vermeulen
27/10/1957 22/02/1950
UHD Hoogleraar
Drs. J. Reinen Dr. D.P. Geerke Dr. J.C. Vos
08/06/1980 02/07/1978 06/07/1962
Onderzoeker 4 (obp+ positie) UD UD
Moleculaire Toxicologie (S&F, FEW)
SILS- FNWI Biosystems Data Analysis (SILS, FNWI)
Prof. Dr. A. Smilde
14/02/57
hoogleraar
Dr. H. Hoefsloot Dr. J. Westerhuis Dr. G. Zwanenburg
19/03/62 01/06/66 29/12/58
UHD UD UD
51
Bacteriele Celbiologie (SILS, FNWI) Dr. L. Hamoen Dr. T. Den Blaauwen Ing. J. Verheul Ing. T. Siersma
26/07/66 08/06/60 25/09/64 03/04/72
UHD UHD O&O medewerker O&O medewerker
Moleculaire Cytologie (SILS, FNWI) Prof. Dr. D. Gadella Dr. E. Manders Dr. J. Goedhart Dr. M. Hink Dr. M. Postma Dr. R. Van Amerongen Ing. R. Breedijk Ing. Laura van Weeren (Van) Ing. Linda Joosen
04/09/64 09/05/60 15/06/73 15/01/73 25/04/70 23/08/76 12/04/72 05/02/80 10/02/84
hoogleraar UHD UD UD Onderzoeker UD/ MacGillavry fellow ontwikkelaar ICT O&O medewerker O&O medewerker
Synthetic Systems Biology and Nuclear Organization (SILS, FNWI)
Prof. Dr. H. Westerhoff
14/01/53
hoogleraar
Dr. P. Verschure Dr. M. Barberis Ing. J. Kieviet
21/08/65 04/03/76 04/12/85
UHD UD O&O medewerker
52
