Onderzoeksprojecten (1-500 van 894)

www.researchportal.be - 5 Jul 2016 01:08:55

Onderzoeksprojecten (1 - 500 van 894) Zoekfilter: Classificaties: Microbiologie, bacteriologie, virologie, mycologie

Impact van nieuwe molecular-virologische technieken zoals celvrije synthese en quantitatieve PCR op het ontrafelen van het vermenigvuldigingsmechanisme van poliovirus Vrije Universiteit Brussel Abstract: Poliovirus is zonder discussie het best bestudeerde virus. Ondanks onnoemelijk vele inspanningen zijn heel wat stappen van de vermenigvuldigingscyclus van het virus nog steeds niet opgehelderd. Nochtans blijft deze studie interessant, niet alleen uit zuiver fundamenteel opzicht, maar ook wegens de mogelijke toepassingen, zoals het vinden van specifieke aangrijpingspunten voor antivirale chemotherapie. Doel van dit project is onze jarenlange ervaring op het vlak van ontmanteling en morfogenese van poliovirus een nieuw elan te geven door innovatieve technieken in te voeren, zoals de celvrije synthese en de quantitatieve PCR techniek. Wij beschikken reeds over een celvrij systeem waarin,na programmatie met viraal RNA, infectieus virus wordt gevormd. Dit systeem wordt nu door ons verder ontwikkeld zodat de morfogenese van poliovirus op een elegante manier kan bestudeerd worden. Anderzijds proberen wij een quantitatieve PCR techniek te ontwikkelen voor de bepaling van virus in monsters van diverse oorsprong (IWT project). Een van de doelstellingen van dit project is een beter inzicht te krijgen in het ontmantelingsmechanisme van poliovirus. Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • BARTHOLOMEUS ROMBAUT • RAPHAEL VRIJSEN

Detection of viral genomic sequences in biological samples of multiple sclerosis patients by a quantitative polymerase chain reaction assay, a longitudinal study Vrije Universiteit Brussel Abstract: zie Engelstalige abstract Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie • Inwendige Geneeskundige Specialiteiten

Onderzoekers: • GUY EBINGER • BARTHOLOMEUS ROMBAUT

Theiler's murine encephalomyelitis virusinfectie als dierenmodel voor de studie van multiple sclerose. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Alhoewel oorzaak en pathogenese van multiple sclerose (MS) nog niet volledig opgehelderd zijn,bestaan er afdoende epidemiologische en immunologische gegevens die aantone dat MS geïnduceerd wordt door een virale infectie die gevolgd wordt door een myeline-gerichte immuunrespons. Muizen geïnfecteerd met sommige stammen van het Theiler's murine encephalomyelitis (TME) virus infectie worden beschouwd als een uitstekend dierenmodel voor de studie van MS. De TME virussen veroorzaken na orale opname een asymptomatische, enterogene infectie in muizen. In uitzonderlijke gevallen of na directe intracereberale inoculatie tast TME virus daarentegen het CZS aan. Op basis van symptomen die ze veroorzaken in het CZS worden TME virussen ingedeeld in 2 groepen : 1) een 1ste groep veroorzaakt een acute, fatale poliomemyelitis. Deze TME virussen vernielen de neuronen zoals bijeen humane poliovirus infectie en worden daardoor de murine poliovirussen genoemd. 2) een 2de groep virussen induceerd na intracerebale inoculatie een bifasisch ziektebeeld. De eerste fase is een acute myelitis met replicatie van het virus in de neuronen. Deze fase begint 3 à 7 dagen na infectie en is slechts uitzonderlijk fataal voor de muis. De 2de fase begint ten vroegste na 3 weken en leidt tot een chronische, inflammatoire infectie met afbraak van van de myeline lagen. De geïnfecteerde muizen vertonen klinische symptomen en histologische afwijkingen vergelijkbaar met wat men bij MS patiënten waarneemt. Een vergelijkende studie van de replicatiecyclussen van beide groepen TME virussen zou kunnen bijdragen tot het ophelderen van factoren verantwoordelijk voor de demyelinatie. In parallel daarmee kan een dergelijke studie ook implicaties hebben voor een poliomyelitis. De vergelijking van de RNA sequenties van beide groepen virussen heeft een aantal verschillen aangetoond. Het is echter niet duidelijk welke impact deze RNA sequenties verschillen hebben op de replicatie van het virus. Dit vormt het eerste luik van het onderzoeksproject. Naast virologische factoren kan de celreceptor waaraan het virus zich bindt een determinerende rol spelen. De identificatie en distributie van de celreceptor(en) vormen het 2de luik van dit project. Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • RAPHAEL VRIJSEN

Intramoleculaire signaaltransmissie: protein engineering aanpak voor de studie van de allosterische regulatie van een familie bacteriele aspartaattranscarbamylasen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het Theiler's murine encephalomyelitis virus is een picornavirus dat de muis als natuurlijke gastheer heeft. Er bestaan twee subtypes van het TMEV die elk een verschillende pathologie induceren inhet centrale zenuwstelsel. Enerzijds heeft men het demyelinierdende subtype dat een persistente infectie van het CZS veroorzaakt en anderzijds heeft men het neurovirulente subtype dat niet persisteert in het CZS. Onze hypothese is dat het vermogen om al dan niet te persisteren in het CZS, aan de basis ligt van het verschillend pathogeen karakter van beide subtypes en dat de demyelinisatie die enkel wordt waargenomen bij de demyeliniserende stammen een gevolg is van de virale persistentie. Hoe de demyeliniserende varianten van het TMEV kunnen persisteren is nog onbekend, maar zowel virale als gastheer factoren dragen hier waarschijnlijk toe bij. Deze studie heeft tot doel inzicht te verwerven in virale en cellulaire factoren die bijdragen tot persistentie door de replicatie va beide relevant kunnen zijn voor andere persistente virussens. Omdat onze onderzoeksgroep uitgebreide ervaring heeft inzake de replicatie van een ander picornavirus, nl. het poliovirus, is de nodige infrastructuur en know-how aanwezig om dit project aan te vatten. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • RAYMOND CUNIN

Prevalentie ven Escherichia coli O157:H7 in slachtdieren in Polen en België en het effect van bewarings- en de contaminatietechnieken over het overleven van de bacteriën in vlees. Vrije Universiteit Brussel

Abstract: Verotoxine-producerende E.coli (VTEC) infecties kunnen verschillende ziekten bij de mens veroorzaken; waterige of bloederige diarree, hemorrhagische colitis, hemolytisch uremisch syndroom (HUS) en thrombotische thrombocytogenische purpura (TTP). Het serotype O157:H7 en zijn onbeweeglijke variant O157:H - zijn het vaakst aangetroffen bij HUS en TTP, de meest ernstige verwikkelingen van VTEC infectie. Het is duidelijk dat deze bacteriën behoren tot de groep van de voedselpathogenen. Het voornaamste reservoir van E.coli O157:H7 blijkt het nu te zijn. in dit project zullen gegevens verzameld worden in twe Europese landen, Polen en België. De prevalentie van E.coli O157:H7 zal bepaald worden in runderen en in kudden. De contaminatie percentage van karkassen gedurende het slachten zal ook bepaald worden. Het bacteriostatische of bactericiede effekt van meerdere behandelingen van rundvlees zal ook bestuurd worden: decontaminatie van de karkassen, afkoeling, invriezen, organische zuren, gewijzigde sfeer verpakking en fermentaite. Het effect van deze bewaringsbehandelingen zullen bestudeerd worden om gegevens te verzamelen over de overleving of de vermindering van het aantal E.coli O157:H7 stammen en vandaar methoden te ontwikkelen om de besmetting van het rundvlees te controleren of beperken. Organisaties: • Pathologische Anatomie

Onderzoekers: • SABINE LAUWERS

Studie van het Post-Polio Syndroom met PCR en celvrij systeem. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het Postpolio syndroom (PPS) vormt een extra zware belasting voor patiënten die reeds eerder in hon leven hard getroffen werden door een paralytische poliomyelitis. Er zijn nu overtuigende bewijzen dat aan de basis van dit syndroom gemoteerd persistent poliovirus zou liggen. De doelstelling van dit project is de verdere karakterisatie van deze mutanten door PCR technologie en het opkweken van deze mutanten - wat tot dusverre onmogelijk was - door gebruik te maken van een celvrij synthese-apparaat, waardoor de moleculair biologische eigenschappen van de mutant virussen kunnen gedefinieerd worden. Dit project is een uitbreiding van een reeds gesteund project door OZR (ID 1 97 3 32 0360) waarin PCR en het celvrij systeem de basistechnologieën vormen. De kans die wij krijgen om PPS te bestuderen met beide technieken die in het labo in routine gebruikt worden, is te mooi om niet te gebruiken. Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie


Detectie van haem ijzer transport protein gen in klinische verocytotoxine-producerende Escherichia Coli isolaten Vrije Universiteit Brussel Abstract: Een nieuwe virulentie factor werd beschreven bij 0157 verocytotoxine-producerende E. coli (VTEC) : een 69-kDa outer membrane protein, ChuA, die het organisme de mogelijkheid geeft om Haem of hemoglobine als ijzerbron te gebruiken. De aan- of afwezigheid van dit gen in niet-0157 isolaten zou een hulp kunnen zijn in het onderscheid tussen pathogene en niet-pathogene niet-0157 VTEC. In dit onderzoek zullen wij dit gen +/300 VTEC isolaten opsporen dmv. een PCR-techniek die we zullen ontwikkelen. Oligonucleotide primers zullen op basis van de gepubliceerde sequentie van chuA geselecteerd worden. Een correlatie zal gelegd worden tussen de aan- of afwezigheid van dit gen en de oorsprong van de isolaten en, voor menselijke isolaten, met de klinische gegevens. De sequentie van het chuA gen van enkele niet-0157 isolaten zal bepaald worden en met de gepubliceerde sequentie in 0157 VTEC vergeleken worden. Organisaties: • Pathologische Anatomie

Onderzoekers: • SABINE LAUWERS

Studie van niet-conventionele genregulatie in het modelsysteem saccharomyces cerevisiae ARG2 en glucose regulatie, ARG11 en TATA-loze transcriptie. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Gist is een ideaal modelsysteem voor de studie van eukaryotische genregulatie en leent zich perfect tot de analyse van de functionele organisatie van twee niet-klassieke promotors, nl. ARG2 en ARG11. Arg2p, N-acetylglutamaat synthase, katalyseert de eerste stap in de arginine biosynthese. gebruik makend van de LacZ reportergen strategie, toonden enzymatische dosages een ingewikkeld patroon van twee antagonistische glucose genregulaties op niveau van ARG2. Gezien zulk een glucose regulatie niet gekend is bij andere aminozuurbiosynthetische enzymen, wensen we met dit project cis- en trans-elementen te identificeren die een rol spelen in deze (nieuwe?) glucose signaal transductieweg. Arg11p codeert voor een mitochondriale carrier dat waarschijnlijk betrokken is in het transport van ornithine vanuit de matrix naar het cytosol. Preliminaire studies omtrent de functionele organisatie van pARG11 wijzen op het bestaan van twee overlappende promotors. Het eerste transcriptiesysteem zou een consensus TATA_box vereisten dat ver opwaarts van het ATG initiatiecodon gelegen is, terwijl het tweede TATA-loze transcriptiesysteem slechts 203 nucleotiden opwaarts van het initiatiecodon vereist. Dit TATA-loze transcriptiesysteem van ARG11 kan worden beschouwd als een modelsysteem voor de studie van alternatieve wegen die de assemblage van het transcriptiesysteem toelagen in afwezigheid van een TATA-box.Dit aspect vormt het tweede grote luik van dit project. Organisaties: • Biologie

Onderzoekers: • MARJOLENE CRABEEL

Kinetiek en simulatie van de bacteriocineproductie van nieuwe bacteriocineproducerende starterculturen voor een gecontroleerd worstfermentatieproces. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het aanwenden van nieuwe, bacteriocineproducerende starter- en/of coculturen biedt een mogelijkheid om gefermenteerde vleeswaren te vrijwaren van de utigroei van een schadelijke bederfflora of van voedselpathogenen. Bacteriocines zijn kleine peptiden die reeds in micromolaire hoeveelheden de groei van sommige nauwvervante microbiële stammen inhiberen, en dus het producerende organisme voorzien van een selectief voordeel t.o.v. zijn natuurlijke competitoren. Sommige melkzuurbacteriën lijken veelbelovend te zijn, daar zij in staat zijn de uitgroei van ongewenste bederforganismen en pathogenen, zoals Staphylococcus aureus en Listeria monocytogenes, te voorkomen door de productie van metabolieten zoals melkzuur en bacxteriocines. Antilisterale bacteriocine-activiteit werd veelvuldig aangetoond, zowel in vitro als in gefermenteerde vleessystemen. Hoewel de resultaten van actieve inhibitie van Listeria uitgroei in veel veelbelovend lijken, was de bacteriocine activiteit minder uitgesproken dan in de

fermentatievloeistof op laboratoriumschaal. Waarschijnlijk is dit te wijten aan een partiële inactivatie door proteasen, een beperkte diffusie in de voedselmatrix en een aspecifieke binding aan ingrediënten zoals vetpartikels. Hierdoor moet de productie aan biobeschikbaar, actief bacteriocine verhoogd worden. Een zorgvuldige selectie van de stammen, aangepast aan de voedingsomgeving en de procescondities zoals temperatuur en pH, is dan ook strikt noodzakelijk. Deze doctoraatsstudie heeft als doelstelling een beter inzicht te verwerven in de in situ productiekinetiek van bacteriocines geproduceerd door melkzuurbacteriën die dienen als starterculturen voor worstfermentatie. Hiertoe zullen in vitro fermantaties uitgevoerd worden om na te gaan wat de invloed is van verschillende physische en chemische factoren die van belang zijn voor het fermentatieproces van droge worst en voor de productie van zowel biomassa als bacteriocine. In een volgende stap zal een vleessimulatiemedium opgesteld worden. Dit medium zal gebruikt worden om een in vitro schatting te maken van de bacteriocineproductiekinetiek die zal plaatsvinden in de vleesomgeving. De verkregen conclusies zullen gevalideerd worden door een reeks in situ fermentaties, gebruikmakend van een modelsysteem in Petriplaten. Uiteindelijk zal er ook een worstfermentatie op pilootschaal uitgevoerd worden, waarbij gebruik zal gemaakt worden van alle kennis die vergaard werd tijdens de onderzoeksperiode. Organisaties: • Industriêle Microbiologie

Onderzoekers: • Luc DE VUYST

Signaaluitwisseling bij bacterie-plant interacties. Universiteit Antwerpen Abstract: Een grote en diverse groep van microörganismen zijn gespecialiseerd in één of andere vorm van interactie met hogere planten. Deze interacties gaan van oppervlakkig tot zeer intiem, van gunstig voor de waardplant tot pathogeen. De problematiek wordt bestudeerd vanuit verschillende invalshoeken: (i) ecologische aspecten , (ii) de analyse van de onderliggende moleculaire mechanismen van herkenning en (iii) de daarop volgende veranderingen in gedrag of/en genexpressie van de partners. Deze onderzoeksgemeenschap is een verderzetting en uitbreiding van de onderzoeksgemeenschap 'Moleculaire Aspecten van Plant-Bacterie Interacties' waarvan prof. Dr; J. Vanderleyden (KUL) de woordvoerder was. Organisaties: • Plantenbiochemie • Plantengroei en -ontwikkeling

Onderzoekers: • Els Prinsen

Moleculaire fysiologie van extremofielen: een onderzoek naar de strategieën voor aanpassing aan hoge en lage temperaturen bij carbamoyltransferasen en carbamoylfosfaat synthetasen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het project bestaat uit een genetische, biochemische en strukturele aanpak van de moleculaire strategieën die aan de basis liggen van de aanpassing van enzymes betrokken in het metabolisme van carbamoylfosfaat aan extremen van temperatuur (beide hoog en laag) en de bescherming van een thermolabiel en potentieel toxisch metabolisch tussenproduct (carbamoylfosfaat) tegen thermische afbraak in extreem-en hyperthermofielen. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • NICOLAS GLANSDORFF • DOMINIQUE MAES • RAYMOND CUNIN

Moleculaire fysiologie van extremofielen: een onderzoek naar de strategieën voor aanpassing aan hoge en lage temperaturen bij carbamoyltransferasen en carbamoylfosfaat synthetasen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het project bestaat uit een genetische, biochemische en strukturele aanpak van de moleculaire strategieën die aan de basis liggen van de aanpassing van enzymes betrokken in het metabolisme van carbamoylfosfaat aan extremen van temperatuur (beide hoog en laag) en de bescherming van een thermolabiel en potentieel toxisch metabolisch tussenproduct (carbamoylfosfaat) tegen thermische afbraak in extreem-en hyperthermofielen. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • NICOLAS GLANSDORFF • DOMINIQUE MAES • RAYMOND CUNIN

Gecontroleerde productie van functionele exopolysachariden door thermofiele melkzuurbacteriën. Vrije Universiteit Brussel Abstract: In de voedingsindustrie zijn talloze productieprocessen en eindproducten afhankelijk van stabiele, complexe interacties tussen verschillende, polymeren, waarbij polysachariden een zeer belangrijke rol spelen. De productie van functionele polysachariden door middel vanb melkzuurbacterieën is veelbelovend; deze belangrijke groep industriële micro-organismen is in staat exopolysachariden te produceren met verschillende karakteristieken en eigenschappen voor toepassing a&ls verdikkingsmiddel of textuurverbeteraar in levensmiddelen, in het bijzonder in gefermenteerde melkdranken. Een diepgaande fundamentele studie van de factoren die de biosynthese van exopolysachariden door thermofiele melkzuurbacteriën ( in het bijzonder Streptococcus thermophilus) beïnvloeden is noodzakelijk om hun productiemechanisme te begrijpen. Terzelfdertijd dient een kwantificatie van de exopolysacharidenproductie centraal te staan. Kennis omtrent de invloed van de fermentatiecondities op de kinetiek van de exopolysacharidenbiosynthese is daarenboven vereist om na te gaan welke factoren de lage opbrengst en onstabilitiet van exopolysachariden te bepalen en hoe hun biosynthese en secretie kan verhoogd worden door een aangepaste procestechnologie. Via "metabolic

engineering" zal getracht worden de metabolische fluxen te optimaliseren en exopolysachariden-overproductie te bewerkstelligen. Tenslotte zal gepoogd worden de primaire structuur en dus de functionele eigenschappen van deze exopolysachariden via process engineering te wijzigen teneinde te komen tot een procestechnologie die toelaat "op maat gesneden" exoploysachariden te produceren (polysacharide engineering). Organisaties: • Industriêle Microbiologie


New insights into the glycosylation of <em>Trichoderma reesei cellulases Hogeschool Gent Abstract: For many years, lower eukaryotes such as yeasts and fungi are being used for the expression of recombinant proteins. They combine the advantages of prokaryotes with those of higher eukaryotes; i.e. the possibilities of co- and posttranslational modifications. Several yeast and fungal strains secrete large amounts of protein and are ideal for the production of industrial enzymes at low cost. Glycoproteins secreted by these organisms carry carbohydrate chains of the high mannose type and are therefore rapidly cleared from the human blood when used in medicine. Typical fungal modifications of the oligosaccharides moreover elicit antigenic reactions leading to the same effect. A profound knowledge of the glycosylation pathway of a particular fungus is a strict requisite before it can be transformed to produce more homogeneous and human type sugars. Also for the production of industrial enzymes in lower eucaryots a correct glycosylation can be an essential element. The sugar structures are very important for a protein: they influence the folding, the function, the specificity and the expression efficiency. Eucaryotic cells normally produce proteins as a mixture of glycoforms. These can exhibit different biological and biochemical characteristics. Moreover, carbohydrates influence antigenecity, solubility and stability of the glycoproteins produced. In order to obtain higher titers in industrial fermentations it can thus be important to retain intact glycosylation. The present study is devoted to the analysis of the glycosylation of enzymes produced by the industrially important, filamentous fungus Trichoderma reesei I (now Hypocrea jecorina). Very diverse results have been published regarding this aspect during the last two decades. The Nand O-glycosylation of Cel7A secreted by several Trichoderma reesei strains (overexpressing as well as wild type), as well as these of of the same enzyme secreted by a selected strain grown in different media, are systematically described. This can contribute to the solution of a series of questions related to specific features of glycosylation found in the fungus. One aspect relates to the origin of each strain, another can be attributed to the proven presence or absence of hydrolytic enzymes in the culture media leading to either partially or totally processed (deglycosylated) proteins. Several of these enzymes are secreted in the culture media and one in particular will be purified and identified.

The main goal of this work is to elucidate and explain the structural differences reported for the glycosylation of cellulases secreted by T. reesei. Chapter one collates the methodology used with a model glycoprotein, cellobiohydrolase I (Cel7A), from T. reesei strain Rut-C30 grown in minimal medium. The chapter focuses on the characterization of the N-glycans and on the repartition of these glycans over the glycosylation sites of Cel7A. This necessitated a multi-disciplinary approach. A novel on-line capillary electrophoresis-mass spectrometric (CE-ESI-MS) method was optimized for the simultaneous analysis of the uncharged and phosphorylated N-glycans of Cel7A. A new two-dimensional technique for studying glycosylation and phosphorylation at the protein level using a combination of gel IEF and MS was also developed. These hyphenated techniques using Cel7A as test material were developed in collaboration with Dr Koen Sandra and were the subject of three papers (Appendices I, II and II). In chapter two, the biochemical factors influencing the glycosylation of T. reesei cellulases are outlined. Due to the heterogeneity of the N- and Oglycosylated carbohydrate structures and variable site occupation, Cel7A is shown to occur as multiple glyco- and fosfoforms. The influence of the growth medium (especially the pH) on the glycosylation profile of Cel7A is shown, thereby explaining some of the seemingly contradictory results found in the literature. The N-glycosylation patterns of Cel7A isolated from different media are compared and post-secretorial changes of the O- and N-glycosylation pattern are demonstrated. The original manuscript describing our results is included (Appendix IV). A systematic analysis on the N-glycosylation of the catalytic domain of Cel7A isolated from several T. reesei strains grown in minimal media is also descibed. Cellulases from T. reesei are typically glycosylated with short N-glycans of the “high-mannose” type (Man5-6GlcNAc2) and transfer of mannophosphodiester groups can occur on both the a13 and the a16 arm. Inefficient glucosidase II trimming is apparent only in strains Rut-C30 and RL-P37 leading to the occurrence of mono-glucosylated structures (GlcMan7-8GlcNAc2). This capping glucose residue hinders the synthesis of a phosphodiester bond, therefore only mono-phosphorylated glycans are observed with these strains. The main N-glycan structures present on Cel7A isolated from different strains can be found in TABLES I and II (in-fold pages at the end of part three). These data have also been published (Appendix V). Chapter three focusses on the glycosylation of Cel7B core protein homologously expressed in T. reesei QM9414. This work results from collaboration with Torny Eriksson and Henrik Stålbrand from Lund University (Sweden) and with Harry Brumer from KTH in Stockholm (Sweden). The observed microheterogeneity of Cel7B core can -as in the case of Cel7A- be explained by repartition of neutral and charged glycan structures over two glycosylation sites. However, partial deamidation and a partially occupied O-glycosylation site explain the further heterogeneity and complexity of the sample. Some extra data were obtained with the “two-dimensional technique” using gel IEF and MS as described in chapter one. Further analysis in collaboration with Bart Samyn and Kjell Sergeant also identified the O-glycosylation sequence. The published manuscript can be found in Appendix VI. The presence of N-deglycosylating activity in the culture medium of T. reesei already evident from chapter two is substantiated in chapter four. The purification and characterization of this activity is described. From partial peptide sequences and the N-terminal sequence obtained in collaboration with Bart Samyn and Isabel Vandenberghe, the complete protein sequence could be deduced in silico from the fungal EST database and a PCR cloning technique was employed to obtain the corresponding gene from T. reesei Rut-C30. The protein was named Endo T in analogy with Endo H, a bacterial endo--N-acetylglucosaminidase from Streptomyces plicatus. Both enzymes belong to glycosyl hydrolase family 18, exhibit the same substrate specificity, have approximately the same molecular weight but show very low amino acid homology. These results are presented in a draft manuscript. The data are also subject of a patent application (Endo-N-acetyl-beta-D-glucosaminidase enzymes of filamentous fungi, 60/626.752). Organisaties: • Departement Toegepaste Ingenieurswetenschappen • Vakgroep Chemie

Onderzoekers: • Ingeborg Stals

Ontwikkeling van diagnostische methoden voor de detectie van bacteriële pathogenen bij atypische community acquired pneumonie (CAP). Universiteit Antwerpen Abstract: Met betrekking tot de etiologische diagnose van atypische CAP : -Ontwikkeling van PCR voor Legionella spp / Bordetella spp -Toepassing en validatie van deze tests op klinische monsters van patiënten met CAP -Ontwikkeling van multiplex PCR voor detectie van atypische verwekkers van CAP ? -(M.pneumoniae, C.pneumoniae, L.spp, B.pertussis, B.parapertussis) -Prevalentie / incidentie van deze atypische pathogenen bij CAP ?

Met betrekking tot de Legionella-epidemie in Kapellen, 1999 : -Validatie van diagnostische testen voor detectie van Legionella in een outbreak-setting -Diagnostische richtlijnen voor de detectie van Legionella Organisaties: • Medische microbiologie • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Margareta Ieven • Herman Goossens • Kristien Dirven

Onderzoek naar de identificatie en rol van rhizobacteriën bij zoute gewassen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: In de interactie tussen bodem en plant spele, de rhizobacteriën een belangrijke rol. Naarmate planten moeten gedijen op marginale bodems, zoals salinische bodems, neemt het belang van de rhizobacteriën toe teneinde een broos mini-ecosysteem te kunnen handhaven. Onderzoek naar de rhizosfeer in salinische milieus vindt zijn directe toepassing in de exploitatie van nieuwe halophiele voedingsgewassen of in de ontwikkeling van halophiele phytoremediërende gawassen zoals Spartina anglica. Het onderzoeksproject richt zich in de eerste plaats naar de rol van de rhizobacteriën mbt de stikstofkringloop binnen het ecosysteem van de rhizosfeer. In de bodemrhizosfeer nemen de Pseudomonads een belangrijke aandeel in. Uitgaande van de aanwezige moleculair gerichte expertise zal de rol van Pseudomonads in het bijzonder binnen dit geheel opgevolgd worden. De rol van de rhizobacteriën in dit ecosysteem moet evenwel getoetst worden binnen de gehele microbiële populatie van de rhizosfeer. Daartoe is men verplicht de screening uit te voeren tot identificatie (BIOLOG) van de rhizobacteriën. De resultaten hiervan zullen bijdragen tot een biodiversiteitsanalyse van de rhizosfeer om aldus het belang va de geselecteerde en beoogde bacteriën in het geheel van de populatie te valoriseren. Parallel met het BIOLOG - identificatie worden groeifysiologische parameters verstrekt. Deze parameters zullen geexploiteerd worden in de screening van de competitie van de geselecteerde microorganismen bij overdracht in cultivatie omstandigheden. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • PIERRE CORNELIS

Functionaliteit van probiotica en prebiotica in de inhibitie van pathogene micro-organismen: moleculaire identificatie en kinetische analyse. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Bacteriocines geproduceerd door melkzuurbacteriën zijn enkel actief tegenover Gram-positieve bacteriën. Enkel wanneer de structuur van het celoppervlak verstoord wordt, worden tevens Gram-negatieve bacteriën gevoelig. Toch produceren talloze Lactobacillus-stammen antimicrobiële, laagmoleculaire, hittestabiele, proteïneachtige verbindingen met een breed inhibitiespectrum, dat zowel Gram-positieve als Gramnegatieve bacteriën omvat. Zo inhiberen talloze, welbekende probiotische stammen, in vitro en/of in vivo, pathogene bacteriën zoals Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, Salmonella typhimurium, Shigella flexneri, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter cloacae, Campylobacter spp. en Helicobacter pylori, en wordt doogaans geen activiteit vastgesteld tegenover de normale darmbacteriën. Tevens is het welbekend dat niet-verteerbare oligosachariden zoals fructo-oligosachariden selectief de groei stimuleren van Bifidobacterium spp., zowel in vitro als in vivo. Daarnaast wordt de groei van (potentieel) pathogene micro-organismen zoals bijvoorbeeld Escherichia coli en Clostridium perfringens onderdrukt door Bifidobacteria. Tijdens in vitro-experimenten werd verder aangetoond dat ook de groei van andere bacteriën zoals Salmonella, Listeria, Campylobacter, Shigella en Vibrio wordt geïnhibeerd. Welke mechanismen daadwerkelijk verantwoordelijk zijn voor het competitief voordeel van Bifidobacterium werd nog niet uitgemaakt. Er dient derhalve nog bevestigd te worden of bacteriocines geproduceerd worden door probiotische melkzuurbacteriën (Lactobacillus spp. en Bifidobacterium spp.) en, indien dat het geval is, of deze verbindingen verantwoordelijk geacht kunnen worden voor de inactivatie van pathogene bacteriën in het gastro-intestinaal systeem, met andere woorden de moleculaire identiteit en het mechanisme van en de verantwoordelijke verbindingen voor de inhibitie van pathogene microorganismen door probiotische Lactobacillus-stammen en Bifidobacteria dienen nog achterhaald te worden. Organisaties: • Industriêle Microbiologie


Epidemiologische typering van enterohemorragische Escherichia coli op basis van de karakterisatie van plasmiden en de studie van bacteriofagen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: De genen die coderen voor de Shiga-like toxins zijn gelegen op getemperde bacteriofagen. We zullen de getemperde bacteriofagen aanwezig in humane en runder enterohemorragische Escherichia coli stammen na inductie zuiveren en karakteriseren. De bacteriofaag-gebieden die de sltII genen flankeren zullen door IPCR geamplifieerd worden en vervolgens zal de nucleotidesequentie van deze flankerende gebieden bepaald worden. Deze sequenties, bekomen voor verschillende bacteriofagen, zullen vergeleken worden met de reeds gekende bacteriofaagsequenties en met elkaar. Deze analyse zal toelaten een mogelijk verband aan te tonen tussen bacteriofagen geïsoleerd uit runderstammen en uit humane stammen. Deze informatie zal in de toekomst mogelijks toelaten de oorsprong van de EHEC stammen geïsoleerd bij de mens te traceren en alzo nieuwe infecties te voorkomen. De rol van getemperde bacteriofagen in de verspreiding van de toxinegenen van een toxine-positieve bacterie naar toxine-negatieve bacteriën zal nagegaan worden. Bacteriofagen kunnen bacteriecellen infecteren en lysogeniseren en also bijdragen tot de snelle verspreiding van de toxinegenen naar de niet-pathogene E. coli stammen. Daarom zal ook van de verschillende geïsoleerde bacteriofagen de host range bepaald worden op welgekende serotypes van E. coli. Organisaties: • Biologie • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • JEAN-PIERRE HERNALSTEENS • HENRI DE GREVE

Moleculaire fysiologie van archaea: het bipolair pyrimidine operon en het leucine/Lrp regulon van Sulfolobus acidocaldarius: mechanismen voor specifieke- en globale genregulatie. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Archaea, prokaryotische microorganismen behorend tot het derde Domain van het leven, bezitten de iegenaardige combinatie van een typisch eukaryotisch transcriptieapparaat dat gecontroleerd wordt door typisch eukaryotisch transcriptieapparaat dat gecontroleerd wordt door typische prokaryotische regulators. Er is nog maar bitter weinig gekend van regulatorische mechanismen bij archaea, en zeker bij thermofiele vertegenwoordigers. Als modelsystemen van transcriptie-regulatie bij archaea stellen wij voor de expressie te bestuderen van het bipolair pyrimidine operon en van het leucine/Lrp regulon bij het extreem thermoacidofiel archaeon Sulfolobus acidocaldarius. Het voorgestlede onderzoek omvat in vivo en in vitro studies van de genuitdrukking, het opsporen en karakteriseren van de regulatorische moleculen, een diepgaande studie van de interactie met de DNA target sites en de structuuranalyse van de regulatorische proteïnen door X-stralen diffractie. Organisaties: • Biologie

Onderzoekers: • DANIEL CHARLIER

Moleculaire fysiologie van archaea : het bipolair pyrimidine operon en het leucine/Lrp regulon van Sulfolobus acidocaldarius als modelsystemen voor de analyse van mechanismen voor specifieke- en globale genregulatie. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Archaea, prokaryotische microorganismen behoren tot het derde Domein van het leven, bezitten de eigenaardige combinatie van een typisch eukaryotisch transcriptieapparaat dat gecontroleerd wordt door typische prokaryotische regulators. Er is nog maar bitter weinig gekend van regularische mechanismen bij archaea, en zeker bij thermofiele vertegenwoordigers. Als modelsysteem van transcriptie-regularisatie bij archaea, stellen wij voor de expressie te bestuderen van bipolair pyrimidine operon en het leucine/Lrp (Leucine responsive Regulatory Protein) regulon bij het extreem thermoacidofiel archaeon Sulfolobus acidocaladarius. Het voorgestelde onderzoek omvat in vivo en in vitro studies van de genuitdrukking, het opsporen en karakteriseren van de regulatorische moleculen, een diepgaande studie van de interactie met de DNA target sites en de structuuranalyse door X-stralen diffractie van de Lrp proteïne. Organisaties: • Biologie • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • DANIEL CHARLIER • DOMINIQUE MAES

Ontwikkeling en evaluatie van nucleïnezuur amplificatie methodes voor de detectie van respiratoire pathogene organismen in community acquired pneumonie. (NAACAP) Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project zal resulteren in een aantal snelle 'real time' multiplex nucleïnezuur amplificatie testen (NZAT) die het gehele spectrum verwekkers van atypische pneumonie beslaan, en in algoritmes voor hun toepassing. Elk van de 4 partners zal in nauwe samenwerking met de anderen een deel van de noodzakelijke testen ontwikkelen. De combinatie hiervan zal resulteren in NASBA (RNA doelwit) en PCR (DNA doelwit) multiplex testen. De deelname van een industriële partner is van cruciaal belang om technische problemen op te lossen. De testen zullen onderling gevalideerd worden door gebruik te maken van proficiency panels. De ontwikkelde testen zullen klinisch gevalideerd worden door ze toe te passen op een significant aantal goed gedocumenteerde respiratoire monsters die door 3 partners verzameld worden. De analyse van de resultaten zal toelaten om algoritmes te ontwikkelen en toe te passen omde etiologische diagnose van CAP te stellen. Het doel van dit project is de ontwikkeling en standaardisatie van moleculaire testen met 'real time' detectie door gebruik te maken van moleculaire beacons voor de etiologische agentia verantwoordelijk voor dit syndroom en de optimalisatie van de diagnostische bruikbaarheid door de individuele testen te combineren in een multiplex vorm doordat de traditionele benadering voor de diagnose van community acquired pneumonie traag, ongevoelig en omslachtig is. De gebundelde krachten van de 4 labo's, met elk zijn eigen ervaring en competentie met betrekking tot de verschillende aspecten van het probleem, staan garant om de gestelde objectieven te verwezenlijken. De implementatie van de ontwikkelde testen moet resulteren in een verbeterde gezondheidszorg door zowel een snellere diagnostiek en een correcte identificatie van een breed spectrum etiologische verwekkers verantwoordelijk voor community acquired pneumonie als een beter afgestemd gebruik van antimicrobiële middelen resulterend in een verminderde antibiotica druk en in een verminderde antibioticum resistentie Organisaties: • Medische microbiologie • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Margareta Ieven • Herman Goossens

Chlamydiascreening in de huisartspraktijk: van een theoretisch model (efficacy) naar de praktijk (effectiveness). Universiteit Antwerpen Abstract: Chlamydia trachomatis is bij ons de meest frequente bacteriële SOA (prevalentie 3-8%); de meeste infecties verlopen asymptomatisch en worden niet gediagnosticeerd. Belangrijke complicaties en sequellen zijn echter PID, tubaire infertiliteit, extra-uteriene zwangerschap en chronische buikpijn. Vooral jonge vrouwen zijn at risk voor het oplopen van de infectie. Door het grote aantal asymptomatische infecties dringt screening zich op. De ontwikkeling en commercialisering van de DNA-amplificatietechnieken, die zeer goede testeigenschappen hebben en non-invasieve staalafname mogelijk maken, opent nieuwe perspectieven voor screening. Screening op Chlamydia heeft een hoge kostprijs en is arbeidsintensief; daarom is selectieve screening, op basis van een risicoprofiel, de meest haalbare strategie. Risicoprofielen zijn traditioneel bepaald bij hoogrisicopopulaties zoals in abortusklinieken, SOA klinieken, of bij bevolkingsgroepen van Afrikaanse afkomst. Deze risicoprofielen zijn niet zonder meer overdraagbaar naar de algemene patiëntenpopulatie in België. Om deze reden is het nodig een specifiek risicoprofiel te bepalen vanuit de huisartspraktijk. Dit project beoogt het ontwikkelen van een model voor selectieve screening op urogenitale Chlamydia bij vrouwen in de huisartspraktijk. Voorts worden de randvoorwaarden onderzocht waaraan moet worden voldaan om deze strategie in de praktijk te brengen. Bijzondere aandacht wordt besteed aan de feasibility en de aanvaardbaarheid van het model voor de betrokken actoren (m.n. huisartsen en patiënten).In een volgende fase wordt het model geimplementeerd en in de praktijk geëvalueerd. Een economische evaluatie van het screeningsmodel in de praktijk wordt vergeleken met de gezondheidswinst van het theoretische model. Organisaties: • Huisartsgeneeskunde • Eerstelijns - en interdisciplinaire zorg Antwerpen (ELIZA)

Onderzoekers: • Dirk Avonts • Veronique Verhoeven

Tuberculosebestrijding in de Vrijstaat, Zuid-Afrika: van infectie tot genezing, met bijzondere aandacht voor de patiëntencarrière, de socio-economische omgeving en het gezondheidssysteem. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit onderzoeksproject streeft inzicht na in de vrij onbekende leefwereld van TB patiënten en in de vele hindernissen die moeten worden overwonnen om deze patiënten te genezen. In de praktijk leiden het beleids- en organisatiekader en de schaarse hulpbronnen er vaak toe, dat het langdurige behandelingsplan t.a.v. TB patiënten maar zeer ten dele kan worden gerealiseerd. De studie wil het ingewikkelde pad analyseren van de tuberculose 'carrière': vanaf de diagnose, over de intensieve en follow-up fases heen, tot de variabele uitkomsten van het behandelingsproces. Coproductie University of the Free State, Bloemfontein; Instituut voor Tropische Geneeskunde, Antwerpen; Universiteit Antwerpen. Organisaties: • Welzijnsplanning • Cultuur en welzijn

Onderzoekers: • Herman Meulemans

LAQUAN: Laat-Kwartaire klimaathistoriek van Antarctische kustmilieus: een multi-proxy benadering Universiteit Gent Abstract: LAQUAN: heeft tot doel een bijdrage te leveren tot de studie van de Laat-Kwartaire klimaatgeschiedenis van contrasterende Antarctische milieus (Alexander Island en de Larsemann Hills), via een onderzoek gebaseerd op een multiproxy, multi-site beandering van sedimenten van kustmeren. Hiertoe worden moleculaire merkers en inferrentiemodellen op basis van microfossielen (oa diatomeeën) en biomolecuelen ontwikkeld. Organisaties: • Vakgroep Biologie

Onderzoekers: • Wim Vyverman

Moleculaire epidemiologie van Bordetella pertussis infectie (kinkhoest) in Vlaanderen en België. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Zoals in andere landen m et een hge vaccinatiedekking ziet men tegenwoordig in Vlaanderen en België een stijging van het aantal gekweekte Bordetell pertussis stammen in het referentielaboratorium van het AZ-VUB is ook fel gestegen. Het is nochtans niet duidelijk of het hier gaat om de verspreiding van één stam of om een polyclonale stijging, die misschien gewoon te wijten is aan verhoogde waakzaamheid bij pediaters. In de studie zullen verschillende typeringstechnieken toegepast worden op meer dan 150 Bordetella pertussis isolaten verzameld vanaf 1988 in het kader van onze referentieactiviteiten alsook op de gebruikte vaccnstammen: 1) Typering van de virulentiefactoren van B. pertussis - het polymorphisme van de genen die voor pertactine coderen zal dmv een PRC protocol bepaald worden. - het polymorphisme van de genen die voor het perussis toxine coderen kan niet dmv deze techniek bepaald worden en zal door DNA sequentieanalyse gebeuren. 2) Bepaling van de algemene verwantschap van de klinische isolaten dmv pulsed field gel electrophoresis 3) Onderzoek van de toepasselijkheid van de infrequentrestriction-site PCR als alternatief voor de PFGE: deze techniek die sneller en veel minder arbeidsintensief zou hetzelfde onderscheidingsvermogen bereiken als deze techniek die sneller en veel minder arbeidsintensief is zou het zelfde onderscheidingsvermogen bereiken als de PFGE. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • BENJAMIN VAN CAMP

Onderzoek naar het mechanisme van virale persistentie van het Theiler's murine encephalomyelitis virus. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het Theiler's murine encephalomyelitis virus (TMEV) is een picornavirus dat de muis als natuurlijke gastheer heeft. Er bestaan twee subtypes van het TMEV die elk een verschillende pathologie induceren in het centrale zenuwstelsel (CZS). Enerzijds heeft men het demyeliniserende subtype dat een persistente infectie van het CZS veroorzaakt en anderzijds heeft men het neurovirulente subtype dat niet persisteert in het CZS. Onze hypothese is dat het vermogen om al dan niet te persisteren in het CZS, aan de basis ligt v.h. verschillend pathogeen karakter van beide subtypes en dat de demyelinisatie die enkel owrdt waargenomen bij de demyeliniserende stammen een gevolg is van de virale persistentie. Hoe de demyeliniserende varianten van het TMEV kunnen persisteren is nog onbekend, maar zowel virale als gastheer factoren dragen hier waarschijnlijk toe bij . Deze studie heeft tot doel inzicht te verwerven in virale en cellulaire factoren die bijdragen tot persistentie door de replicatie van beide subtypes te vergelijken. Een dergelijk inzicht zou niet alleen interessant zijn voor het TMEV, maar zou ook biologisch relevant kunnen zijn voor andere persistente virussen. Omdat onze onderzoeksgroep uitgebreide ervaring heeft inzake de replicatie van een ander picornavirus, nl. het poliovirus, is de nodige infrastructuur en know-how aanwezig om dit project aan te vatten. Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie


Preklinische ontwikkeling van RNA gemodifieerde dendritische celvaccins voor kanker en HIV. Universiteit Antwerpen Abstract: Met het oog op de ontwikkeling van een cellulair kankervaccin, zullen humane dendritische cellen (DCs) afkomstig van gezonde individuen, behandelde kankerpatiënten en HIV-seropositieve patiënten worden gekweekt vanuit perifere bloedmonocyten. Het hoofddoel van dit project bestaat erin om een transfer van gedefineerde tumor- of HIV-antigenen naar DC te bewerkstelligen d.m.v. transfectie met mRNA coderend voor het relevant antigeen via electroporatie. Deze met antigenen opgeladen DC zullen vervolgens gebruikt worden voor de in vitro generatie van antigenspecifieke autologe cytotoxische T-cellen die in staat zijn om autologe tumorcellen of HIV-geïnfecteerde cellen te eradiceren. In een latere fase zal worden overgegaan tot het laden van DC met ongefractioneerd autoloog tumormateriaal (totaal tumor mRNA, apoptotische cellen), wanneer er geen voorkennis is van tumorspecifieke tumorantigenen. Voor deze strategie zal worden gewerkt met tumormateriaal afkomstig van baarmoederhals- en lymfekankerpatiënten. Organisaties: • Hematologie en bloedtransfusie • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Zwi Berneman • Vigor F I Van Tendeloo

Wetenschappelijke evaluatie van de consumptie van antibiotica voor menselijk gebruik (ESAC). Universiteit Antwerpen Abstract: Gedurende 2 jaar zal getracht worden om de registratie van antibiotica in alle Europese landen te harmoniseren. Er zal een data collectie systeem ontwikkeld worden met gestandaardiseerde gegevens betreffende antibioticaverbruik in de verschillende Europese landen, uitgedrukt in volume en kostprijs, afzonderlijk voor de ambulante en de hospitaalsector. Bovendien zal deze databank ook gegevens bevatten ivm determinanten van antibioticagebruik, kwaliteitsindicatoren voor het opzetten van een degelijk antibioticabeleid, strategieën om het antibioticagebruik te beperken en een referentielijst van lopende projecten en gepubliceerde studies op nationaal en internationaal niveau. Zowel wetenschappers als gezondheidsdiensten zullen de databank kunnen raadplegen om verbruiksgegevens te koppelen aan resistentiepatronen en om de resultaten van interventies op het antibiotica gebruik te kunnen evalueren. Organisaties: • Medische microbiologie • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Herman Goossens

Phosphorylering van het microtubule geassocieerd proteïne tau in de ziekte van Creutzfeldt-Jacob. Universiteit Antwerpen Abstract: De ziekte van Creutzfeldt-Jakob (CJD) is een aandoening die behoort tot de prion ziekten. In de pathogenese van deze ziekte bestaan er zekere overeenkomsten met de ziekte van Alzheimer (AD). Gefosforyleerd proteine tau wordt gevonden in het cerebrospinaal vocht van AD en CJD patiënten. Het huidig projekt onderzoekt de fosforylering van tau in vitro en in een diermodel. Organisaties: • Neuropathologie • Translationele Neurowetenschappen (TNW)

Onderzoekers: • Patrick Cras

Ontwikkeling van strategieën voor de controle en preventie van antibioticumresistentie in Europese ziekenhuizen (ARPAC). Universiteit Antwerpen Abstract: Wereldwijd hebben gehospitaliseerde patiënten een verhoogd risico om infecties te krijgen veroorzaakt door antibioticum resistente bacteriën. Deze kunnen leiden tot serieuze klinische complicaties. Het is algemeen aanvaard dat het verschijnen van dit probleem te wijten is aan selectieve druk en een slechte praktijk van infectiecontrole. Over geheel Europa zijn er verschillende controlemaatregelen voorhanden waarmee getracht wordt om dit probleem te voorkomen. In dit project zal er informatie verzameld worden over zulke procedures en finaal zullen er optimale maatregelen voor de vermindering van antibioticumresistentie in hospitalen aanbevolen worden. 1) Er is een tekort aan informatie over de prevalentie van antibioticum resistentie en het gebruik van antibiotica. Methoden voor het verzamelen, het classificeren en de kwaliteitsbepaling van bestaande gegevens in Europa, zullen ontwikkeld en in de praktijk gebracht worden. 2) Het antibioticumbeleid en het infectiecontrole beleid zullen bekritiseerd en gecontroleerd worden voor hun associatie met lage resistentie niveaus in overdraagbare organismen. 3) Snelle identificatie en typering van micro-organismen is essentieel voor het opvolgen van de epidemiologie van antibioticum resistente bacteriële pathogenen op zowel locaal als Europees niveau. Het is ook essentieel om de effectiviteit van het infectiecontrole beleid te bepalen. Gegevens van huidige typeringsstudies zullen verzameld worden en er zal een "gouden standaard" methode voor locale en referentielaboratoria aanbevolen worden. Alle gegevens verzameld in dit project zullen op zodanige wijze gemodelleerd worden dat antibioticumbeleid geassocieerd met lage resistentie niveaus en infectiecontrole beleid geassocieerd met lage niveaus van overdraagbare pathogenen geïdentificeerd kunnen worden. Organisaties: • Medische microbiologie • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Onderzoek naar de etiologie van otosclerose. Identificatie van een verantwoordelijk gen en analyse van de betrokkenheid van het mazelenvirus. Universiteit Antwerpen Abstract: Slechthorendheid is een handicap die de communicatieve vaardigheden van het aangetast individu ernstig beperkt. Slechthorendheid kan onderverdeeld worden in conductief gehoorverlies (veroorzaakt door afwijkingen in de overdracht van geluid in het buiten- of middenoor) en sensorineuraal gehoorverlies (veroorzaakt door defecten in de waarneming van geluid in het binnenoor). Otosclerose is een progressieve slechthorendheid, gekenmerkt door conductief gehoorverlies ten gevolge van een benige fixatie van de stijgbeugel in het ovale venster. Klinische otosclerose die gepaard gaat met slechthorendheid heeft een prevalentie van 0.2-1% bij blanke volwassenen. Hoewel chirurgisch vaak een verbetering van het gehoor kan gerealiseerd worden, geeft otosclerose toch aanleiding tot een aanzienlijke morbiditeit. Bij de etiologie van otosclerose zijn zowel omgevingsfactoren als genen betrokken, maar over beide is nog zeer weinig geweten. Dit gebrek aan kennis vormt momenteel de belangrijkste hinderpaal voor het ontwikkelen van betere therapieën of preventiestrategieën. De algemene doelstelling van dit project is het verwerven van een betere kennis van de etiologie en de genetica van otosclerose. De specifieke doelstellingen zijn het identificeren en karakteriseren van een gen dat betrokken is bij otosclerose, en het onderzoeken van de rol van het mazelenvirus bij otosclerose. Organisaties: • Centrum medische genetica • Menselijke moleculaire genetica

Onderzoekers: • Kris A B Van Den Bogaert • Guido Van Camp

Gentherapie : van gentransfer tot klinische toepassingen. Universiteit Antwerpen Abstract: Gentherapie is een experimentele therapie die binnen afzienbare tijd een belangrijke plaats zal innemen in de moderne geneeskunde. Deze WOG heeft tot doel om Vlaamse en Belgische laboratoria die een bewezen expertise hebben op het gebied van gentransfer en gentherapie, te bundelen in een netwerk om de interactie tussen de onderzoekspartners te verhogen en de complementariteit tussen de partners optimaal te benutten om alzo met de grotere buitenlandse onderzoeksgroepen te kunnen wedijveren op dit competitief gebied. De werkprogramma's zullen zowel fundamentele als toegepaste aspecten van gentherapie behandelen en zullen uiteindelijk bijdragen tot de uitbouw van een gezamenlijk wetenschappelijk gentherapie-forum in Vlaanderen en in België. Organisaties:

• Hematologie en bloedtransfusie • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Zwi Berneman

Gentherapie : van gentransfer tot klinische toepassingen. Universiteit Antwerpen Abstract: Gentherapie is een experimentele therapie die binnen afzienbare tijd een belangrijke plaats zal innemen in de moderne geneeskunde. Deze WOG heeft tot doel om Vlaamse en Belgische laboratoria die een bewezen expertise hebben op het gebied van gentransfer en gentherapie, te bundelen in een netwerk om de interactie tussen de onderzoekspartners te verhogen en de complementariteit tussen de partners optimaal te benutten om alzo met de grotere buitenlandse onderzoeksgroepen te kunnen wedijveren op dit competitief gebied. De werkprogramma's zullen zowel fundamentele als toegepaste aspecten van gentherapie behandelen en zullen uiteindelijk bijdragen tot de uitbouw van een gezamenlijk wetenschappelijk gentherapie-forum in Vlaanderen en in België. Organisaties: • Moleculaire genetica • VIB DMG - Neurodegeneratieve Hersenziekten

Onderzoekers: • Christine Van Broeckhoven

Diagnose en pathogenese van invasieve aspergillose Universiteit Gent Abstract: Er zullen specifieke en gevoelige methoden ontwikkeld worden voor de detectie van filamenten van Aspergillus in biologische monsters van mensen en dieren, met het oog op resp. een snelle diagnose en de studie van de pathogenese van invasieve aspergillose. De Aspergillus filamenten zullen fluorescent gemerkt worden op basis van antigen antilichaamreacties en een specifieke enzymactiviteit (arabinosidase) en gedetecteerd worden mbv een microsoop-imager en vaste fase cytometrie (ChemScan). Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse

Onderzoekers: • Hans Nelis

Bio-katalytische processen op beschadigde beton- en morteloppervlakken - bescherming tegen biodeterioratie Universiteit Gent Abstract: Deel 1 gaat voornamelijk over de curatieve behandeling van beschadigde beton- en morteloppervlakken, met nadruk op bio-katalytische processen. Enerzijds wordt een procedure onderzocht voor het reinigen van betonoppervlakken met levende bacteriënculturen. Anderzijds wordt een biomineralisatieproces ontwikkeld voor herstel en bescherming van beschadigde oppervlakken. In deel 2 wordt gezocht naar nieuwe betonsamenstellingen met een verhoogde resistentie tegen biodeterioratie. Organisaties: • Vakgroep Bouwkundige constructies

Onderzoekers: • Willy Verstraete • Nele De Belie

Bio Utilisation for Taxi Flight Universiteit Gent Abstract: Het project bestaat erin de groei van E. coli ATCC4157 te bestuderen in micro-graviteit. Naast de standaard microbiele analyse die worden uitgevoerd, wordt ook gekeken naar genexpressie door middel van de microarray-technologie. Bio Utilisation for Taxi Flight. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie

Onderzoekers: • Willy Verstraete

Exploitatie van een celvrij systeem voor de studie van de replicatie van picornavirussen en aangrijpingspunten van antivirale geneesmiddelen Vrije Universiteit Brussel Abstract: Een celvrij systeem voor de synthese van picornavirussen (polivirus, rhinovirus, TME virus) is opgebouwd uit een extract van niet geinfecteerde cellen, een energie regerend systeem en een aantal bouwstenen. Het wordt geprogrammeerd met viraal RNA en daar de waardcel RNA's werden vernietigd door een nuclease behandeling, worden enkel virale producten aangemaakt. In een dergelijk systeem kunnen tot 10 tot de 9de poliovirionen per ml worden aangemaakt. Doel van dit project is het gebruik van dit celvrije systeem om de laatste stappen van de replicatiecyclus van poliovirus op te helderen en het systeem ook te gebruiken om de aangrijpingspunten van antivirale stoffen te ontrafelen. Deze studie is eleganter in een celvrij systeem omdat geen cel- en andere membranen moeten doorbrokenworden. In een laatste deelproject wordt het celvrije systeem dat nu wordt gebruikt voor de aanmaak van poliovirus omgebouwd voor de aanmaak van rhinovirus (gewone verkoudheid) en de aanmaak van TMEV (een virus dat een MS-achtige aandoening induceert in de muis. Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • BARTHOLOMEUS ROMBAUT

Ontwikkelen van snelle, niet-invasieve technologieën voor het aantonen van functionaliteit en effectiviteit van pro- en prebiotica bij de mens : biomerker bruikbaar bij gezonde proefpersonen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Functionele levensmiddelen zijn levensmiddelen waarvan op voldoende wijze is aangetoond dat ze op positieve wijze één of meerdere functies van het organisme, in verband met welzijn, gezondheid of vermindering van ziekterisico's, beïnvloeden. Het gebruik van pro- en prebiotica in de humane voeding is een drijvende factor geweest in het ontwikkelen van een groeiende waaier aan functionele levensmiddelen. Het gebruik en de verspreiding van deze levensmiddelen is echter weinig gereglementeerd, ondanks het feit dat een wezenlijke impact op de gezondheid van mens (en dier) wordt beoogd. Naast relatief beperkte inzichten in de microbiële biocomplexiteit van de humane colonflora is het ontbreken van deze voedingsproducten te onderzoeken allicht één van de belangrijkste oorzaken voor het gebrek aan concrete onderzoeksgegevens met deze producten. De motivatie voor het tot stand komen van het huidig project is de noodzaak aan de bevolking de juiste voorlichting te verschaffen omtrent de functionaliteit van dergelijke voeding en de industrie objectieve wetenschappelijke criteria aan te reiken, waaraan nieuwe voedingsformules dienen te beantwoorden. Het beschikbaar maken van goed-gedefinieerde protocollen zal de overheid toelaten een striktere regelgeving op te stellen teneinde de kwaliteit van de te commercialiseren producten te garanderen en te controleren. Een allereerste bekommernis

bij het opstellen van die protocollen is het vinden van geschikte biomerker(s) die het mogelijk maakt specifieke processen van het gastro-intestinaal metabolisme, meer bepaald de bacteriële activiteit van de darmflora, op te volgen. Biomerker is de meting die de verandering aangeeft in een biologisch proces en/of structuur, die resulteert uit de interactie van het biologisch systeem met omgevingsfactoren, de voeding inbegrepen. Vanuit microbieel standpunt zal dit project er toe bijdragen de technieken te verbeteren die het mogelijk maken ook die bacteriën te identificeren, die in relatief klein aantal aanwezig zijn in de massa bacteriën van het colon. Verder zal een beter inzicht verkregen worden in de in situ functionaliteit van de probiotische bacteriën in een complexe biologische matrix : vorming van metabolieten en fysicochemische veranderingen in het milieu. Vanuit gastro-intestinaal standpunt zal het mogelijk zijn elk individu te 'screenen' naar het al of niet gunstige microklimaat in het colon. Deze indicatie geeft mogelijk dezelfde aanduiding voor de algemene gezondheid van het individu als bloeddruk en bloedcholesterol gehalte hebben. De gezamenlijke studie zal de voedingsindustrie een zeer geschikt middel ter hand stellen om én functionaliteit én efficiëntie aan te tonen van de pre- en probiotische voeding in ontwikkeling. Hieruit kan ook naar de consument toe eerlijke voorlichting gegeven worden over deze voedingsproducten. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Gebruik van een celvrij systeem voor de studie van de replicatie van poliovirus en de identificatie van anti(picorna) virale geneesmiddelen Vrije Universiteit Brussel Abstract: Alhoewel virussen, per definitie, obligaat intracellulaire parasieten zijn, kunnen sommige virussen (zoals hier het poliovirus) in een celvrij systeem en onder laboratoriumcondities de novo gesynthetiseerd worden. Het celvrij systeem wordt geprogrammeerd met viraal RNA (in dit geval transcript RNA) en de synthese van nieuwe virionen kan bestudeerd worden. Dit project, dat loop in samenwerking met de onderzoeksgroep van E. Wimmer (SUNY at Stony Brook, N.Y., USA) heeft drie doelen : (1) het opsporen van het encapsidatiesignaal op het virale genoom (2) de studie van de initiatie van de synthese van de negatieve streng van het genoom en (3) het gebruik van het celvrij systeem om het aangrijpingspunt van antivirale producten te bestuderen Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie


Multifunctionele transcriptieregulators van het carbamoylfosfaatsynthetase operon carAB in Escherichia coli : werkwijze en oorsprong. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Dit project beoogt de ontrafeling, tot in de moleculaire details en met een multidisciplinaire aanpak, van het regulatorisch mechanisme dat de expressie van het Escherichia coli carAB operon (carbamoylfosfaat syntase) moduleert. Dit mechanisme is bijzonder complex; het integreert regulatorische signalen afkomstig van niet minder dan drie biosynthesewegen (arginine, pyrimidines en purines) en vereist minimum vijf regulatorische proteïnen, waarvan verscheidene multifunctioneel zijn, en sommige katalytische activiteit (zoals aminopeptidase of UMP-kinase) combineren met een regulatorische functie. Bovendien is carAB transcriptie ook onderworpen aan stringent control (ppGpp). De regulatiemechanismen steunen op proteïne-ligand, proteïne-DNA, en proteïne-proteïne interacties; bovendien speelt de vervormbaarheid van het DNA ook een belangrijke rol. Deze studie moet niet enkel leiden tot een betere kennis van complexe mechanismen van prokaryotische genexpressie, maar zal ook bijdragen tot de analyse van specifieke DNA recombinatiereacties (waarin ArgR en PepA, twee van de bestudeerde multifunctionele proteïne, eveneens betrokken zijn), en van effecten op lange afstand. Bovendien ligt het soort macromoleculaire interacties die we hier bestuderen ook aan de basis van talrijke vitale cellulaire processen. Wij stellen voor dat multifunctionele transcriptieregulators kunnen voortspruiten uit enzymen die een essentiële taak vervulden in de primitieve cel en die in de loop van de evolutie een functie toegevoegd hebben aan hun repertoire. Deze studie kan daarom ook een nieuw licht werpen op het ontstaan en de evolutie van regulatorische mechanismen en netwerken. Organisaties: • Biologie • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Retentie van silicaat langs het Schelde continuüm en de impact op eutrofiëring in de kustzone (SISCO) Universiteit Gent Abstract: Dit project evalueert de rol van het Schelde estuarium als ?sink? voor Si. Processen die onderzocht worden zijn de opname van Si door estuariene diatomeeënbloeien en de remineralisatie van biogeen Si. Het project omvat monitoring van Si en diatomeeën in het Schelde continuüm en experimenten gebaseerd op een cultuurcollectie van estuariene diatomeeën. De resultaten zullen in een ecosysteemmodel geïntegreerd worden. Organisaties: • Vakgroep Biologie


Evaluatie van de bioveiligheid van probiotische melkzuurbacteriën bestemd voor humaan gebruik. (PROSAFE) Universiteit Antwerpen Abstract: Probiotische bacteriën, voornamelijk melkzuurbacteriën (MZB) (bv. lactobacilli, pediococci, enterococci en bifidobacteriën) worden als veilig beschouwd voor humaan gebruik. Toch hebben recente infecties, de verspreiding van antibiotica resistentiegenen en de ontwikkeling van nieuwe en/of gemodificeerde probiotische melkzuurbacteriën tot een zekere ongerustheid geleid op gebied van bioveiligheid. Het doel van dit project is dan ook om de bioveiligheid van deze probiotische MZB na te gaan. Isolaten van gezonde personen en immuungecompromiteerde patiënten, commercieel beschikbare en nieuwe probiotische MZB zullen bestudeerd worden. Na taxonomische identificatie van de probiotische MZB zal hun bioveiligheid worden nagegaan aan de hand van: (i) de detectie van antibiotica resistentie en horizontale transfer van antibiotica resistentiegenen; (ii) de detectie van nieuwe en gekende virulentiefactoren; (iii) evaluatie van immunologische effecten van MZB; (iv) overleving, kolonisatie en genetische stabiliteit van probiotische MZB in de darm. Het project zal leiden tot de ontwikkeling van bioveiligheidscriteria en testen van de bioveiligheid van MZB. De conclusies van het project zullen voorgesteld worden op de slotconferentie.

Organisaties: • Medische microbiologie • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Onderzoek naar anti-oxidatieve en antivirale natuurproducten uit medicinale planten voor de ontwikkeling van een complementaire therapeutische strategie tegen HSV- en HIV-infecties. Universiteit Antwerpen Abstract: In het onderzoek zullen antivirale en anti-oxidatieve verbindingen geïsoleerd worden uit medicinale planten voor de ontwikkeling van een complementaire therapeutische strategie tegen HSV- en HIV-infecties. Organisaties: • Farmacognosie en fytochemie • Farmacognosie, Functionele voeding en Farmaceutische Analyse (NatuRA)

Onderzoekers: • Arnold Vlietinck • Paul F R C M Cos

Opwekken van cellulaire immuniteit tegen de regulatorische genproducten Tat en Rev als strategie voor eradicatie van HIV. Universiteit Antwerpen Abstract: Bij HIV-seropositieve personen zonder ziekteprogressie is er een sterke HIV-specifieke CD4+ en CD8+ T-celimmuniteit. Anderzijds worden bij personen met een progressief ziekteverloop ook HIV-specifieke CD8+ cytotoxische T-lymfocyten (CTL) aangetoond, maar deze cellen blijken functioneel deficiënt. Dit suggereert dat het kwalitatief verbeteren en versterken van T celresponsen gericht tegen HIV het ziekteverloop gunstig zou kunnen beïnvloeden. De huidige schema's van `highly active anti-retroviral therapy' (HAART) onderdrukken virale replicatie, maar er is geen volledige viruseradicatie. Bovendien vermindert HAART de anti-HIV CTL respons en ziet men geen complete reconstitutie van HIV-specifieke CD4+ T-helpercellen. Het opwekken van een sterke cellulaire immuunrespons gericht tegen de regulatorische HIV virus eiwitten Tat en Rev zou van bijzonder belang kunnen zijn voor de viruseliminatie. Het hoofddoel van dit project is dan ook de ex vivo sensitisatie van T cellen van HAART patiënten via het opladen van autologe monocyt-afgeleide dendritische cellen (Mo-DC) met het mRNA coderend voor de regulatorische Tat en Rev eiwitten alleen of in combinatie met het structurele Gag eiwit. Hierbij zijn we niet alleen geïnteresseerd in de inductie van CD8+ HIV-specifieke CTL, maar ook in de specifieke conditionering van DCs voor de activatie van CD4+ T helpercellen die de anti-HIV CTL respons in de hand kunnen werken of versterken. Ruime ervaring werd reeds opgedaan met het in vitro kweken van dendritische cellen, alsook met de electroporatie transfectietechniek die gebruikt zal worden voor het opladen van de bekomen dendritische cellen met HIV-1 mRNA. In dit project willen we dan ook aantonen dat het opwekken en/of versterken van een cellulaire immuunrespons tegen de vroeg tot expressie komende HIV eiwitten Tat en Rev een sleutelrol speelt in de ontwikkeling van een HIV immunotherapie. Organisaties: • Hematologie en bloedtransfusie • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Robert Colebunders • Zwi Berneman • Vigor F I Van Tendeloo

Regulatie van bacteriële auxine biosynthese. Universiteit Antwerpen Abstract: Auxinen, en meer specifiek indool-3-azijnzuur, worden aangemaakt in planten, schimmels en bacteria. Enkel voor planten is de fysiologische rol en de signaaltransductiecascade intens bestudeerd. De regulatie van de auxinebiosynthese is echter weinig begrepen. Het voorgestelde project beoogt de regulatie van IAA-biosynthese in Azospirillum brasilense te ontrafelen. Hiertoe worden experimenten op 3 niveaus uitgvoerd: (1) regulatie van ipdC genexpressie, (2) biochemische studie van het gezuiverde IPyA-decarboxylase en (3) kwantitatieve analyse van IAA metabolieten en mRNA's, overeenkomend het het IPyA-decarboxylase en regulatoreiwitten betrokken bij de ipdC expressie,onder strikt gecontrolleerde omgevingsomstandigheden. Organisaties: • Plantenbiochemie • Plantengroei en -ontwikkeling


Resistentie en gebruik van antibiotica in het Middellandse-Zeegebied (ARMed). Universiteit Antwerpen Abstract: Gedurende 48 maanden zullen resistentie gegevens verzameld worden in de landen van het Middellandse- Zeegebied. De resultaten zullen onderworpen worden aan een programma voor kwaliteitscontrole. Epidiomiologische factoren die een invloed uitoefenen op de ontwikkeling van resistentie zullen in de studie betrokken worden. Gebruikscijfers van antibiotica zullen verzameld worden volgens de methode die ook in het Europese ESAC project gehanteerd wordt en het beleid in verband met infectiecontrole zal bestudeerd worden zoals in het HARMONY project wat de koppeling van de ARMed database met bestaande Europese databases zal vergemakkelijken. Organisaties: • Medische microbiologie • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Ontwikkeling van een droge poederaerosol als alternatief voor spray-vaccinatie in de pluimvee-sector Universiteit Gent Abstract: Een droge poederaerosol, aangewend voor vaccinatie van pluimvee ten opzichte van virale luchtweg-aandoeningen (NCD- of IB-virus), wordt geproduceerd via micronisatie (jet-molen, kogelmolen, sproeidrogen) van een gelyofiliseerde cake tot partikels van respireerbare grootte. Toevoegen van hulpstoffen moet toelaten de infectiviteit van het vaccin-virus te waarborgen na micronisatie. Toevoegen van een drager (lactose) kan de vloei-eigenschappen en het aerosolisatie-gedrag van het poeder in een luchtstroom optimaliseren. Organisaties: • Vakgroep Geneesmiddelenleer

Onderzoekers:

• Chris Vervaet • Kristien Van Reeth

Ontwikkeling van Fourier-Transform (FT) Micro-Raman Spectroscopische methoden voor de karakterisering en identificatie van micro-organismen Universiteit Gent Abstract: Micro-Raman Spectroscopische analysemethoden worden ontwikkeld en geoptimaliseerd om micro-organismen op een snelle en eenduidige manier te onderzoeken. Het onderzoek spitst zich toe op de moleculaire samenstelling van bacterien en fungi, waarbij het doel is om een snelle identificatiemethode te bekomen. Daarnaast wordt er aandacht besteed aan specifieke processen, zoals de vorming van afscheidingsproducten bij bacterien en de sporevorming van fungi. Organisaties: • Vakgroep Analytische chemie

Onderzoekers: • Luc Moens • Peter Vandenabeele

Transcriptieregulatie bij Archaea : Lrp-actige transcriptieregulatoren bij het hyperthermo-acidofiele crenarchaeon Sulfolobus solfataricus P2. Vrije Universiteit Brussel Abstract: De voorgestelde studie beoogt de ontrafeling van moleculaire mechanismen die aan de basis liggen van genregulatie bij Archaea, een nog bijzonder schaars gedocumenteerd proces. Transcriptie-initiatie bij Archaea is fundamenteel verschillend van het bacterieel proces, en is eigenlijk een sterk vereenvoudigde versie van het eukaryotische RNA PolII afhankelijk proces van mRNA synthese. De potentiële transcriptieregulators die men kan herkennen in archaeale genoomsequenties zijn echter haast uitsluitend van het bacterieel type. Het is dus zeer de vraag hoe deze regulatorische moleculen interageren met het transcriptieapparaat en de activiteit ervan moduleren in functie van wisselende omgevingsfactoren en cellulaire behoeften. Wij zullen in dit project tot in de moleculaire details trachten te ontrafelen hoe twee regulatorische proteïnen, Ss-Lrp en Ss-LrpB, van het hyperthermoacidofiel crenarchaeon Sulfolobus solfataricus P2 hun werking uitoefenen. Daarom zal een gedetailleerde in vitro studie van de binding van deze regulators met het controlegebied van hun eigen gen uitgevoerd worden (autoregulatie) en zullen andere potentiële targets op het genoom opgespoord worden door een combinatie van in silico screening en experimentele analyse van beloftevolle potentiële targets. Op die manier krijgen we een overzicht van de genen die onder controle staan van deze regulators en daarmee ook een idee van hun fysiologische rol. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Nieuwe strategieën in de strijd tegen bacteriële biofilms. Universiteit Antwerpen Abstract: Het onderzoek handelt over biofilmen, populaties bacteriën ingebed in een organische polymere matrix, vastgehecht op een bepaald oppervlak. Door deze matrix zijn de bacteriën moeilijk te verwijderen van de geïnfecteerde oppervlakken (bv. catheters, nierdialyseapparatuur, brandwonden, tanden). Bovendien zijn ze heel resistent zowel tegen het afweersysteem van de gastheer als tegen antibiotica en antiseptica. Dit doctoraatsonderzoek wordt uitgevoerd met het oog op het vinden van strategieën die biofilmen enerzijds kunnen voorkomen en anderzijds reeds gevormde biofilmen kunnen verwijderen. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Dirk Vanden Berghe • Kim Toté

Invloed van fagen op de microbiële ecologie van het gastro-intestinaal systeem Universiteit Gent Abstract: Onderzoek naar het effect op het intestinaal microbieel ecosysteem van een behandeling met bacteriofagen tegen een bacteriële infectie (Enterobacter aerogenes). Dit gebeurt met behulp van de Simulator van het Humaan gastro-Intestinaal Microbieel Ecosysteem (SHIME) via DGGEanalyse van 16S rDNA van de gemeenschap. De dynamiek van faagreplicatie en lyse van de bacertiële gastheer wordt opgevolgd doorheen de SHIME via flowcytometrie. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Optimalisatie van Raman spectroscopie voor de analyse van fungi Universiteit Gent Abstract: Raman spectroscopie is een moleculair spectroscopische analysemethode die ingezet wordt voor de analyse van fungi. Tijdens dit project wordt gefocust op de analayse van de sporen en de analyse van de moleculaire samenstelling van exudaten van bepaalde zwammen, zoals de Lactarius soorten. Tijdens een tweede fase worden sporen van schimmels geanalyseerd, om zo een snelle en betrouwbare identificatiemethode te bekomen. Organisaties: • Vakgroep Analytische chemie

Onderzoekers: • Luc Moens • Peter Vandenabeele • Annemieke Verbeken

Ontwikkeling van nieuw type mondhygiëne product gebaseerd op 1) antibiofilm eigenschappen van bepaalde plantenextracten en/of 2) de promotie van probiotische mondbacteriën Universiteit Gent Abstract: In dit deelproject wordt enkel punt 1 van de titel uitgewerkt. Hierbij wordt gezocht naar een plantenextract dat het exogeen microbieel glycosyltransferase (GTF), dat verantwoordelijk is voor de opbouw van glucanen in tandplak, remt. Om het effect van plantenextracten op de remming van de biofilmvorming door S. mutans op hydroxyapatiet te bestuderen wordt gebruik gemaakt van een Modified Robbins Device en een methode voor de kwantificatie van biomassa gesteund op fluorescente merking met SYTO 9. De remming van de dextraanvorming door de

plantenextracten is gecorreleerd met GTF inhibitie. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse


Management van virale ziektes in de garanalenkweek in Vietnam Universiteit Gent Abstract: Het voorkomen van virale ziekten in garnaalkwerkerijen in Vietnam zal bestudeerd worden. Een WSSV blootstellingstest zal ontwikkeld worden om het effect van nutraceuticals, immunompodulators en diverse management technieken op de vatbaarheid van garnalen voor WSSV na te gaan. Organisaties: • Vakgroep Dierlijke productie

Onderzoekers: • Patrick Sorgeloos • Hans Nauwynck

Ontwikkeling van detectiemethoden voor pathogene E. coli niet-O157 in voedingsmiddelen: een eerste stap in preventie Universiteit Gent Abstract: Ontwikkeling van verrijkings- en selectieve agar media voor de isolatie van VTEC zoals O26, O103, O111 en O145 uit monsters afkomstig van rundveebedrijven en voedingsmiddelen. Tevens wordt de immunoblot- en hybridisatietechniek uitgetest voor de snelle detectie van deze pathogenen. De efficiëntie van ontwikkelde methoden zal bestudeerd worden aan de hand van een validatiestudie. Organisaties: • Vakgroep Veterinaire volksgezondheid en voedselveiligheid

Onderzoekers: • Lieven De Zutter

Bacteriële fytohormoonsynthese en stikstoffixatie : De sleutel voor overleving bij nodulerende Psychotria ? Universiteit Antwerpen Abstract: Bacteriële bladnodulatie is een voorbeeld van uitzonderlijke samenwerking tussen bacteriën en hogere planten waarbij beide partners zeer strikt samenleven. De aanwezigheid van de endosymbiont is absoluut noodzakelijk voor het overleven van de gastheer. Stikstoffixatie en bacteriële productie van plantengroeiregulatoren zijn mogelijke factoren betrokken in deze symbiose. Door bacteriële genen die coderen voor stikstoffixatie en/of hormoonsynthese op te sporen, willen wij dit onderzoek een genetische basis geven om de omvang en aard van de interacties tussen deze twee organismen te evalueren. Organisaties: • Plantengroei en -ontwikkeling


Studie van interacties tussen virale en interferon-geïnduceerde eiwitten door functionele proteoomanalyse. Universiteit Antwerpen Abstract: In deze studie wensen we het moleculaire mechanisme van interferon antivirale activiteit tegen verschillende virussen, in kaart te brengen door toepassing van twee complementaire benaderingen. Enerzijds zal dit gebeuren door een systematisch gebruik van twee-hybriede technieken waarbij op analytische wijze associatie tussen gekende interferon-geinduceerde eiwitten met virale eiwitten wordt nagegaan. Anderzijds zullen interferon-geïnduceerde of virale eiwitten voorzien worden van een `tag' zodat co-immunoprecipitatie van de eiwitmengsels met anti-tag antilichamen, gevolgd door één- of tweedimensionale scheiding en identificatie van de associërende eiwitten door massaspectrometrie, mogelijk wordt. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)

Onderzoekers: • Xaveer Van Ostade

BCCM/LMBP Plasmideverzameling Universiteit Gent Abstract: BCCM/LMBP staat voornamelijk in voor de lange-termijn-bewaring van authentieke, moleculair-biologisch gekarakteriseerde (datasheet, circulaire map, nucleotide sequentie) plasmiden. De functionele en structurele gegevens worden ingevoerd in een gestandaardiseerde databank met zoekmogelijkheden naar vectoren met specifieke eigenschappen. Via de BCCM-actie kan de collectie haar patrimonium toegankelijk maken voor de (inter)nationale academische en industriële, wetenschappelijke gemeenschap en haar know-how valoriseren d.m.v. een wetenschappelijke dienstverlening aan derden. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Rudi Beyaert

Optimalisering van het Pichia pastoris expressiesysteem voor de productie van gehumaniseerde therapeutische glycoproteïnen Universiteit Gent Abstract: De doelstelling van dit project is drievoudig: (1) we willen een verzameling P. pastoris stammen creëren die van elk eiwit slechts één gedefinieerde glycovorm aanmaken. (2) we willen de secretiecapaciteit van deze stammen opdrijven zodat ook "moeilijke secreteerbare" eiwitten in aanvaardbare niveaus worden aangemaakt. (3) we willen de invloed van N-glycanen op de biologische eigenschappen van glycoproteïnen (in vitro en in vivo) nagaan. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Roland Contreras

Geïntegreerd en interdisciplinair onderzoek naar objectieve evaluatiemethoden voor het meten van maturiteit, hygiënisatie en kwaliteit van compost

Universiteit Gent Abstract: Het doel van dit onderzoek is het ontwikkelen van evaluatiemethoden voor kompostkwaliteit: (i) bepalen van maturiteit bij voorkeur via meting van zuurstofconsumptie en microbiële diversiteit. (ii) bepalen van hygienisatie via opvolging van zowel plant-, dier- als menspathogene organismen. (iii) bepalen van milieuveiligheid via bepaling van fytotoxiteit en schadelijke componenten. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Ontwikkeling van een droge poederaerosol als alternatief voor sprayvaccinatie in de pluimvee-sector Universiteit Gent Abstract: Een droge poederaerosol, aangewend voor vaccinatie van pluimvee ten opzichte van virale luchtweg-aandoeningen (NCD- of IB-virus), wordt geproduceerd via micronisatie (jet-molen, kogelmolen, sproeidrogen) van een gelyofiliseerde cake tot partikels van respireerbare grootte. Toevoegen van hulpstoffen moet toelaten de infectiviteit van het vaccin-virus te waarborgen na micronisatie. Toevoegen van een drager (lactose) kan de vloei-eigenschappen en het aerosolisatie-gedrag van het poeder in een luchtstroom optimaliseren. Organisaties: • Vakgroep Geneesmiddelenleer

Onderzoekers: • Chris Vervaet

Systematiek en fylogenie van het genus Lactarius (Russulales, Fungi) Universiteit Gent Abstract: Lactarius is een kosmopolietisch, ectomycorrhizaveromend genus met naar schatting minstens 600 soorten (nu ongeveer 400 gekend). Deze studie wil een 5-tal belangrijke vragen omtrent de fylogenie, de evolutie en de biodiversiteit van het genus onderzoeken. Via morfologische en moleculaire gegevens en gecombineerde analyses worden deze vragen aangepakt. Organisaties: • Vakgroep Biologie

Onderzoekers: • Annemieke Verbeken

Basale en gereguleerde transcriptie-initiatie by hyperthermofiele Archaea : fysiologie en moleculair mechanisme van Lrpachtige transcriptieregulators en van pyrimidine-specifieke regulatie by Sulfolobus. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Archaea zijn echte prokaryoten, maar verschillen toch zodanig sterk van de Bacteria, dat zij een apart domein van het leven vormen. De informatieverwerkende machineries (replicatie, transcriptie, translatie) van de archaea zijn zelf nauwer verwant met de eukaryotische dan met bacteriële homologen. Wat transcriptie betreft vertonen de archaea een intrigerende mozaïek-structuur. Het basaal transcriptieapparaat is duidelijk van het eukaryotische type, aar de meeste potentiële transcriptieregulators die in silico kunnen opgespoord worden in genoomsequenties zijn van het bacteriële type, met een helix-turn-helix DNA-bindend motief. De analyse van archaeale transcriptieregulatie staat nog in de kinderschoenen. Toch is hat van fundamenteel belang om op moleculair vlak de wisselwerkingen tussen deze componenten van heterologe samenstelling te ontrafelen om de fysiologie en de evolutie van de archaea beter te begrijpen. In dit project bestuderen wij drie potentiële transcriptieregulators van de hyperthermoacidofiele crenarchaeota Sulfolobus solfataricus en S. Acidocaldarius ie behoren tot de familie van de Lrp-achtigen (Leucine responsive Regulatory Protein). Daarnaast bestuderen we eveneens de pyrimidine-specifieke regulatie van het pyrimidine gencluster. We spitsen ons toe op de onrafeling van het werkingsmechanisme en de fysiologie van deze systemen. Organisaties: • Biologie • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Ontwikkeling en evaluatie van geattenueerde vaccins op basis van fimbriële adhesinen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Probleemstelling en doelstelling. Vasthechting van een bacterie aan receptoren op de mucosa van de gastheer is de eerste stap van een bacteriële infectie. Daar deze vasthechting vaak gebeurt via fimbriële adhesinen, is het opwekken van antilichamen tegen deze adhesinen ter hoogte van de mucosa potentieel een interessante strategie om bacteriële infecties te voorkomen. Het adhesine bestaat bij de onderzochte fimbriae uit twee domeinen, een lectinedomein dat de receptor herkent en een pilinedomein, dat zorgt voor vasthechting op de basisstructuur van de pilus. Het doel van dit project is de ontwikkeling van recombinante vaccins gebaseerd op het lectinedomein van fimbriële adhesinen. Twee adhesinen werden uitgekozen als model, namelijk het FimH adhesine van type 1 fimbriae en het F17G adhesine van F17 fimbriae. Type 1 pili komen voor bij vele Enterobacteriaceae en worden beschouwd als een belangrijke virulentiefactor van uropathogene Escherichia coli (UPEC). De UPEC zijn de belangrijkste oorzaak van infecties aan de urinewegen bij de mens. Aanhechting van de kiemen aan het oppervlak van epitheelcellen van de blaas gebeurt via het FimH adhesine, op de top van bacteriële type 1 pili. F17 fimbriae komen voor bij bepaalde enterotoxigene E. coli (ETEC) van runderen en laten deze toe te binden aan het intestinaal epitheel. Methodiek. Er zal gebruik gemaakt worden van geattenueerde Salmonella stammen die in levende vorm toegediend worden. De lectinedomeinen van de adhesinen zullen op het oppervlak van de Salmonella vaccinstammen uitgedrukt worden als fusieproteïnen met een E. coli autotransportereiwit. Van de F17G zullen twee varianten, een met interne zwavelbrug (F17a-G) en een zonder zwavelbrug in het lectinedomein (F17b-G) onderzocht worden. Om te controleren of de adhesinen op het oppervlak van de bacteriecellen uitgedrukt zijn, zal gebruik gemaakt worden van (i) agglutinatietesten, (ii) herkenning door specifieke antilichamen in immunofluorescentie experimenten, (iii) enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) van hele cellen en (iv) degradatie door extern toegediende proteasen, gevolgd door sodiumdodecylsulfaat-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) en Western blot. Als de lectinedomeinen op het oppervlak uitgedrukt worden, zal overgegaan worden naar vaccinatie-experimenten waarbij het immuunantwoord op deze lectinedomeinen zal nagegaan worden. Verschillende vaccinatiestrategieën zullen uitgetest en vergeleken worden. In eerste instantie zullen als proefdieren BALB/c muizen gebruikt worden die oraal en nasaal geïmmuniseerd worden met (i) levende en (ii) afgedode Salmonella vaccinstammen die het lectinedomein van de adhesinen uitdrukken op het oppervlak. Er zal tevens geïmmuniseerd worden door injectie van (iii) gezuiverde totale fimbriae en (iv) gezuiverde lectinedomeinen om na te gaan of het gebruik van een carrierbacterie de verwachte voordelen biedt. Telkens zal, op verschillende tijdstippen na immunisatie, met behulp van ELISA de titer aan IgAs en IgGs tegen het lectinedomein van de adhesinen in serum en in speeksel nagegaan worden. Verder zal gecontroleerd worden of de antilichamen de binding van bacteriën kunnen inhiberen. Dit is mogelijk door inhibitie van agglutinatie te bepalen aan de hand gist- (voor type 1 fimbriae) en erythrocytsystemen (voor F17

fimbriae). Voor F17-fimbriae zal tevens een in vitro systeem gebruikt worden om de binding van de bacteriën aan intestinale villi, in aan- en afwezigheid van antilichamen na te gaan. Indien inhibitie van binding slaagt, kan onderzocht worden of gevaccineerde muizen na challenging resistent blijken te zijn. Hiervoor zal voor F17 het Duchet-Suchaux neonatal ETEC challenge model en het intranasaal ETEC model gebruikt worden. Voor UPEC zal het experimenteel muismodel voor bacteriële cystitis gebruikt worden. Verder kan, als de muisexperimenten positief zijn, overgegaan worden op proeven met andere dieren. Samenwerkingen. VUB onderzoeksgroep Ultrastructuur (expressie en zuivering lectinedomeinen) VUB onderzoeksgroep Cellulaire en Moleculaire Immunologie (vaccinatie-experimenten) Organisaties: • Biologie

Onderzoekers: • JEAN-PIERRE HERNALSTEENS • Nani VAN GERVEN

Wetenschappelijke evaluatie van de consumptie van antibiotica voor menselijk gebruik (ESAC2). Universiteit Antwerpen Abstract: Er zal getracht worden om de registratie van antibiotica in alle Europese landen te harmoniseren. Er zal een data collectie systeem ontwikkeld worden met gestandaardiseerde gegevens betreffende antibioticaverbruik in de verschillende Europese landen, uitgedrukt in volume en kostprijs, afzonderlijk voor de ambulante en de hospitaalsector. Bovendien zal deze databank ook gegevens bevatten ivm determinanten van antibioticagebruik, kwaliteitsindicatoren voor het opzetten van een degelijk antibioticabeleid, strategieën om het antibioticagebruik te beperken en een referentielijst van lopende projecten en gepubliceerde studies op nationaal en internationaal niveau. Zowel wetenschappers als gezondheidsdiensten zullen de databank kunnen raadplegen om verbruiksgegevens te koppelen aan resistentiepatronen en om de resultaten van interventies op het antibiotica gebruik te kunnen evalueren. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Toegepaste proteomics op industriële en potentiëel industriële fermentaties. Universiteit Antwerpen Abstract: Door gebruik te maken van een proteeomtechnische benadering wordt getracht een metabool profiel van een fermentatie op te stellen. Hierbij wordt Candida bombicola als model gebruikt voor de fermentatie van recycleerbare oliën en de productie van sophorolipiden. Door de cultuurparameters te optimaliseren wordt de lipide productie met het fenotype geliëerd met als doel een stam te selecteren die voor industriële fermentatie gebruikt kan worden. Organisaties: • Plantengroei en -ontwikkeling

Onderzoekers: • Henri Van Onckelen

Analyse van eiwit interacties met Promyelocytic Leukemia Nuclear Bodies (PML-NBs) bij virusinfectie. Universiteit Antwerpen Abstract: Promyelocytic Leukemia Nuclear Bodies zijn multi-eiwitcomplexen die gelocaliseerd zijn in de kern en een rol spelen in verschillende cellulaire processen waaronder celcyclus regulatie, transcriptie en apoptose. Er is een sterk vermoeden dat PML-NB eiwitten betrokken zijn in antivirale resistentie, oa. omdat virale infectie resulteert in herlokalisatie van PML-NB eiwitten. In deze studie wensen we de eiwit dynamiek te bestuderen binnen de PML-NBs door de eiwitcompositie te bepalen in niet-geïnfecteerde cellen, en deze te vergelijken met PML-NBs uit HIV-1 en VSV-geïnfecteerde cellen. Eiwit-eiwit interacties zullen bepaald worden door affiniteitszuivering van het PML-NB complex, scheiding van de verschillende componenten door 1D- of 2D-gelelectroforese en identificatie van differentiële banden/spots door massaspectrometrie. Binaire eiwiteiwit interacties kunnen geconfirmeerd en verder onderzocht worden met de `yeast-two-hybrid' techniek. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)

Onderzoekers: • Xaveer Van Ostade • Tineke Willemoens

Onderzoek naar de gevolgen van het Sigmaplan, baggeractiviteiten en havenuitbreiding in de Zeeschelde op het milieu ? besteknr. 16E/01/37 ? perceel 4: studie naar het fytoplankton Universiteit Gent Abstract: Dit project omvat een monitoring van het fytoplankton, microfytobenthos en opgelost organisch materiaal (DOC) in de stroomopwaartse zone van het Schelde estuarium. De monitoring van fytoplankton gebeurt aan de hand van HPLC en microscopische analyses. Microfytobenthos wordt geanalyseerd aan de hand van HPLC of fluorometrische chlorofylmetingen. DOC wordt bepaald aan de hand van HTCO (TOC-5000). Organisaties: • Vakgroep Biologie


Functionele biopeptiden in de biggenvoeding Universiteit Gent Abstract: Een concept wordt ontwikkeld waarbij in situ d.i. in het spijsverteringskanaal (SVK) van biggen, functionele biopeptiden worden aangemaakt uit allerlei voedereiwitten, door dier-eigen proteasen, doch vooral door gerichte toepassing van exogene proteasen, met speciale aandacht voor hun potentiële immuno-modulerende en antibacteriële activiteit met inbegrip van hun repercussies op de gezondheid en de uiteindelijke prestaties van gepeende biggen. Organisaties: • Vakgroep Dierlijke productie

Onderzoekers: • Stefaan De Smet

Geattenueerd vaccin voor de bescherming van pluimvee tegen aviaire pathogene Escherichia coli en Salmonella enterica. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het doel van dit project was carrier vaccinstammen te produceren die gelijktijdig pluimvee kunnen beschermen tegen aviaire pathogene Escherichia coli en Salmonella enterica. Voor dit doel werden geattenueerde aroA and guaB mutanten geproduceerd en getest, die virulentiegenen uitdrukken onder de controle van in vivo induceerbare promotors. Organisaties: • Genetische Virologie • Biologie • Toegepaste Biologische Wetenschappen • Embryologie en Menselijke Genetica

Onderzoekers: • JEAN-PIERRE HERNALSTEENS • IRIS ADRIAENS • Connie ADRIAENSEN • NELE BUYS • HENRI DE GREVE

Genotypering van Mycobacterium ulcerans, M. marinum, M. fortuitum, M. chelonae, M. abscessus en aanverwante species. Universiteit Antwerpen Abstract: M. ulcerans veroorzaakt Buruli Ulcer, een ernstige, necrotiserende aandoening aan huid en onderliggend weefsel die voorkomt in tropische landen, voornamelijk in West- en Centraal Afrika. Nauw verwant met M. ulcerans is M. marinum. M. marinum is een water gerelateerde mycobacterie die bij vissen leidt tot vermagering en futloosheid eindigend met de dood. M. fortuitum, M. chelonae en M. abscessus veroorzaken gelijkaardige ulceraties bij vissen en abcessen bij mensen. Een infectie bij mensen van M. fortuitum, M. chelonae of M. abscessus komt vooral na injecties of vaccinaties met niet-steriele stoffen voor, en leidt zelden tot de dood, maar kan ernstige complicaties met zich meebrengen. Er zijn identificatiemethodes voor handen voor de 5 species, maar subtypering op subspecies of genotype niveau is niet beschikbaar. Genotypering is belangrijk voor de identificatie van eventueel virulente en niet-virulente stammen en kan leiden tot de exacte herkenning van het reservoir en het infectiemechanisme. Typeren op subspecies niveau kan noodzakelijk zijn om een ideale antibioticatherapie te bepalen. Om mycobacteriën te kunnen isoleren uit water willen we een snelle filtermethode ontwikkelen die de sterk verdunde concentratie aan mycobacteriën kan concentreren in een werkbaar volume. Hiervoor zal er getest worden met verschillende filtersystemen en elutiemedia die bovendien selectief werken op mycobacteria. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Luc Kestens • Pieter Stragier

Macro- en microstudie van het reservoir van Mycobacterium ulcerans in Buruli ulcus (BU) endemische gebieden in Benin en de Democratische Republiek Congo (DRC). Universiteit Antwerpen Abstract: In samenwerking met Beninese (PNLUB, LRM, UAC) en Congolese partners (PNLUB, UNIKIN, INRB, IPN, IME-ziekenhuis) zal een omgevingsstudie van BU verricht worden in endemische gebieden in Benin en DRC. Een betere kennis van het reservoir van M. ulcerans en de bepaling van omgevingsrisicofactoren zullen een enorme bijdrage leveren in de strijd tegen deze ziekte en het mogelijk maken om aangepaste, goedkope preventiemiddelen te ontwikkelen. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Luc Kestens • Patrick Suykerbuyk

Preklinische ontwikkeling van RNA gemodifieerde dendritische celvaccins voor kanker en HIV. Universiteit Antwerpen Abstract: Met het oog op de ontwikkeling van een cellulair kankervaccin, zullen humane dendritische cellen (DCs) afkomstig van gezonde individuen, behandelde kankerpatiënten en HIV-seropositieve patiënten worden gekweekt vanuit perifere bloedmonocyten. Het hoofddoel van dit project bestaat erin om een transfer van gedefineerde tumor- of HIV-antigenen naar DC te bewerkstelligen d.m.v. transfectie met mRNA coderend voor het relevant antigeen via electroporatie. Deze met antigenen opgeladen DC zullen vervolgens gebruikt worden voor de in vitro generatie van antigenspecifieke autologe cytotoxische T-cellen die in staat zijn om autologe tumorcellen of HIV-geïnfecteerde cellen te eradiceren. In een latere fase zal worden overgegaan tot het laden van DC met ongefractioneerd autoloog tumormateriaal (totaal tumor mRNA, apoptotische cellen), wanneer er geen voorkennis is van tumorspecifieke tumorantigenen. Voor deze strategie zal worden gewerkt met tumormateriaal afkomstig van baarmoederhals- en lymfekankerpatiënten. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Zwi Berneman • Vigor F I Van Tendeloo

De rol van knaagdieren in de epidemiologie van mycobacteriële ziekten in Afrika. Universiteit Antwerpen Abstract: Mycobacteriën kunnen allerlei ziekten veroorzaken, o.a. lepra, tuberculose en Buruli ulcer. Vanwege het stijgend aantal HIV-positieve patiënten, voornamelijk in de ontwikkelingslanden, is de controle van dergelijke mycobacteriële ziekten heel belangrijk. Knaagdieren kunnen een reservoir zijn voor mycobacteriën en daardoor een bron van infectie voor mens en vee. Het is echter nog niet duidelijk wat de verspreiding is van mycobacteriële infecties bij knaagdieren en wat hun rol is bij de overdracht van de infectie naar mensen. Een beter inzicht in de rol van knaagdieren zal belangrijke informatie opleveren voor het begrijpen van de epidemiologie van mycobacteriële aandoeningen in dichtbevolkte gebieden, onder omstandigheden met een relatief laag niveau van openbare hygiëne, zoals rond zich snel uitbreidende Afrikaanse steden. In dit onderzoek zal getracht worden om de mycobacteriële flora van knaagdieren in en rond een Afrikaanse stad te inventariseren. De bekomen stammen zullen worden vergeleken met behulp van moleculaire technieken met de mycobacteriën die in de humane populatie, en bij vee, worden aangetroffen. Eerdere studies richtten zich enkel of op mensen, of op dieren, en onderzoek naar natuurlijke reservoirsoorten is zo goed als onbestaande. De veterinaire component wordt ingesloten enerzijds omwille van het economisch belang van de veestapel zelf, maar vooral omwille van het feit dat vee een algemene infectiebron is voor zoönotische tuberculose bij de mens. Het uiteindelijke objectief is om door een beter begrip van de ecologie van deze infecties tot een betere beheersing van de ziekte met meer efficiënte controlestrategieën te komen.

Organisaties: • Evolutionaire ecologie (EVECO)

Onderzoekers: • Herwig Leirs • Lies Durnez

Ontwikkeling van een universeel influenza B vaccin op basis van chimere NB en BM2 eiwitten Universiteit Gent Abstract: Influenza B is veroorzaakt griep bij de mens en heeft een uiterst variabel antigenisch karakter. De bedoeling van dit project is om een vaccin te ontwikkelen dat beschermt tegen meerdere influenza B stammen. De ectodomeinen van de virale BM2 en NB eiwitten zullen hiervoor immunogeen gemaakt worden zodanig dat ze immunoprotectief zijn tegen influenza B. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Xavier Saelens • Claude Libert

Geneesmiddelen onderzoeksplatform voor tropische parasitaire ziekten binnen een publieke-private partner alliantie. Universiteit Antwerpen Abstract: De Universiteit Antwerpen (UA), het Instituut voor Tropische Geneeskunde Antwerpen (ITMA) en een farmaceutische industrie partner Tibotec hebben tot een samenwerking besloten voor het identificeren van nieuwe `lead' verbindingen tegen tropische en verwaarloosde ziekten, zoals malaria, leishmaniasis, slaapziekte en Chagas ziekte. Hierbij zal een in vitro test batterij voor middelgrote doorvoer worden op punt gesteld vanuit de gezamelijke technische know-how en die aan de huidige screeningsnoden van WHO-TDR tegemoet komt. Teststoffen (chemische en natuurlijke) zullen verkregen worden vanuit de bestaande netwerken waarbij tevens een aangepaste logistiek zal worden geimplementeerd. Een secundair objectief is de evaluatie van 'geneesmiddel ontwikkelbaarheid' door een vroege farmacologische en pre-klinische profilering van geselecteerde `hits'. Het project beperkt zich specifiek tot deze tropische ziekten die binnen de prioriteit van WHO-TDR liggen en levert realistische mogelijkheden om nieuwe 'drug leads' te identificeren. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Louis Maes • Paul F R C M Cos

Valorisatie-acties in het kader van het LAQUAN project (Laat-Kwartaire klimaathistoriek van Antarctische kustmilieus: een multi-proxy benadering) Universiteit Gent Abstract: LAQUAN heeft tot doel een bijdrage te leveren tot de studie van de Laat-Kwartaire klimaatgeschiedenis van Antarctische ijsvrije oases, gebaseerd op een multi-proxy, multi-site onderzoek van sedimenten in kustmeren. Hiertoe werden moleculaire merkers en biomoleculen getest en inferrentiemodellen op basis van diatomeeën ontwikkeld. Met dit valorisatieproject zullen de bekomen resultaten worden gepubliceerd en openbaar gemaakt op workshops, congressen en symposia. Organisaties: • Vakgroep Biologie


Study of the mechanisms underlying the immune modulating effects of alcohol within the gastrointestinal tract : involvement of a bidirectional interaction of mast cells and (afferent) neural pathways. Universiteit Antwerpen Abstract: Study of the mechanisms underlying the immune modulating effects of alcohol within the gastrointestinal tract : involvement of a bidirectional interaction of mast cells and (afferent) neural pathways. Organisaties: • Laboratorium voor celbiologie en histologie

Onderzoekers: • Jean-Pierre Timmermans

Ondersteuning instandhouding wetenschappelijke apparatuur. Universiteit Antwerpen Abstract: Ondersteuning instandhouding wetenschappelijke apparatuur. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)


Analyse van het moleculaire mechanisme en de in vivo rol van defensines door middel van proteoomanalyse. Universiteit Antwerpen Abstract: Analyse van het moleculaire mechanisme en de in vivo rol van defensines door middel van proteoomanalyse. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)


Studie van oppervlakte-gemodificeerde en bioactieve polymeermaterialen en hun interactie met micro-organismen. Universiteit Antwerpen Abstract: Het objectief is de preventie van biofilmvorming aan het oppervlak van polymeren via een gecombineerde aanpak van oppervlakmodificatie en incorporatie van antimicrobiele stoffen. Siliconen en poly(siloxaan-urethanen) werden a's model polymeren geselecteerd omwille van hun medisch belang (materiaal van o.a. urinaire katheters en tracheo-oesofageale spraakprothesen) en de voorafgaande ervaring van partners 1 en 2 met deze polymeren. A's modelorganisme zal Candida albicans gebruikt worden, dat verantwoordelijk is voor de deterioratie van siliconen spraakprothesen en dat reeds jaren in het laboratorium van een partner bestudeerd wordt (Bauters et al., 1999, 2002a-c, 2003)

Organisaties: • Massaspectrometrie (Mitac 5)

Onderzoekers: • Luc Van Vaeck

Aërobe afvalwaterbehandeling: de invloed van protozoa op de performatie Universiteit Gent Abstract: In een eerste fase zal de invloed van een protozoabehandeling op de hergroei van de vlok en het herstel van de functionaliteit na een toxiciteitspuls in een actief slib reactor nagegaan worden. In een tweede fase zal de reductie van de slibproductie door protozoabehandeling onderzocht worden. In een derde fase zal de selectieve begrazing in kaart gebracht worden door DGGE. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Modulatie van het darm-geassocieerd immuunsysteem door gerichte activatie van dendritische cellen via orale toediening Universiteit Gent Abstract: Inflammatoire aandoeningen ter hoogte van dikke en dunne darm zijn een zeer belangrijke oorzaak van ziekte bij mens en dier. In dit onderzoeksproject worden toedieningswijzen en toedieningswegen geanalyseerd om de darmbarrière te passeren en zo de dendritische cellen thv het darm-geassocieerd lymfoïd weefsel te bereiken voor doelgerichte activatie en modulatie van het immuunantwoord in dunne en dikke darm bij mens, varken en muis. Toedieningswijzen zijn 1) recombinante fusieproteïnen van een lectine, een fimbriële subeenheid en een cytokine of chemokine en 2) recombinante Lactococcus lactis die invasine (of een lectine), een fimbriële subeenheid en een cytokine of chemokine tot expressie brengen. Het fusieproteïne zal in een geschikt microparticulair systeem thv de enterocten worden gebracht. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Eric Cox

SB Lieven Wittebolle - Tweeledige diversiteitsstudie van stressresistentie in ammonium- en nitrietoxiderende consortia Universiteit Gent Abstract: Nitrificatie is een sleutelproces in de waterzuivering, gezien het disfunctioneren ervan ernstige ecologische risico?s en gezondheidsproblemen kan veroorzaken. Evenwel is tot op heden het onderzoek naar nitrificerende micro-organismen hoofdzakelijk toegespitst geweest op hun ecologie als dusdanig. Dit onderzoek benadert de nitrificatie met een proces georiënteerde ecologische studie, hetgeen van functioneel groter belang is voor de beheerders van waterzuiveringsinstallaties. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Onderzoek naar microbiciden in een modelsysteem van dendritische cellen en T cellen, met speciale aandacht voor synergistische combinaties en het vermijden van resistentie-ontwikkeling. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit doctoraatsproject kadert in het Europese EMPRO project, dat nieuwe kandidaat-microbiciden (preventieve anti-HIV middelen) wil ontwikkelen. Binnen EMPRO worden nieuwe producten ontworpen, die op verschillende fasen van de viruscyclus inwerken voorafgaande aan integratie. Deze moeten dan in een aantal in vitro en in vivo modellen met elkaar vergeleken worden, om ten slotte een klein aantal ook in fase 1 trial te brengen. Onze taak in het project is producten te testen voor hun activiteit en toxiciteit in een model systeem, dat de belangrijkste doelwitcellen, betrokken bij heteroseksuele transmissie nabootst. Het gaat dan om dendritische cellen en autologe CD4 T cellen. We hebben al een aantal actieve en weinig toxische producten van verschillende klassen geïdentificeerd. Een potentieel probleem van de bewust bedoelde laagdrempeligheid van microbiciden is het risico op transmissie van resistente virussen. Het is immers waarschijnlijk dat deze producten zullen gebruikt worden door HIV-geïnfecteerde vrouwen, die zich van hun serostatus niet bewust zijn. Herhaaldelijk gebruik van microbiciden zou tot resistente virussen kunnen leiden en secundair tot transmissie van deze resistente virussen Een eerste specifiek objectief voor het huidige doctoraatsproject is te onderzoeken welke producten uit verschillende klassen synergistische activiteit (zonder toegenomen toxiciteit) vertonen in ons modelsysteem. Een tweede objectief is producten te vergelijken voor het gemak waarmee ze in ons modelsysteem HIV resistentie kunnen induceren. Dit kan ook helpen om tussen producten met gelijkaardige hoge activiteit en lage toxiciteit diegenen te selecteren waartegen het minst gemakkelijk resistentie kan uitgelokt worden. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Guido Vanham • Katty Terrazas Aranda

Rol van cytokinen in de pathogenese van aviaire influenzavirussen bij pluimvee en bij de mens Universiteit Gent Abstract: Met dit onderzoek willen we nagaan of een overproductie van bepaalde proinflammatoire cytokinen verantwoordelijk is voor de uitzonderlijke virulentie van zogenaamde hoog pathogene aviaire influenza virussen voor pluimvee en zoogdieren. Bij kippen en varkens zullen we experimentele infecties uitvoeren met hoog en laag pathogene vogel influenzavirussen, en we zullen de graad en localisatie van de virusvermeerdering en het cytokineprofiel vergelijken. Organisaties: • Vakgroep Geologie en bodemkunde

Onderzoekers: • Kristien Van Reeth

Arabinoxylaan oligosacchariden met invloed op de menselijke darm Universiteit Gent Abstract: Niet-gesubstitueerde xylo-oligosacchariden vertonen een prebiotisch effect in de menselijke darm. Arabinoxylaan oligosacchariden (AXOS) uit de hemicelluloses van planten hebben dezelfde xylose hoofdketen, maar zijn gesubstitueerd met arabinose zijketens. In dit project wordt onderzocht of AXOS met verschillende polymerisatie- en substitutiegraad een effect hebben op de menselijke darmmicrobiota en of ze

kunnen gebruikt worden als een nieuw prebioticum. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Metabolic engineering and dynamic modelling of E. coli for the production of chemicals from renewable resources (MEMORE). Vrije Universiteit Brussel Abstract: Dit project beoogt de ontwikkeling van methodologiën, moleculaire werktuigen en know-how in metabolische engineering van Escherichia coli, als een modelorganisme. Genetische modificaties die de metabolische flux moeten heroriënteren naar een bepaald product, om de overproductie ervan te promoten, worden aangebracht op basis van doordachte en uitgewerkte voorspellingen gebaseerd op de kennis van de biochemie en de enzymologie van het centraal metabolisme. Deze voorspellingen worden uiteindelijk experimenteel getoetst. Als proof of principle wordt deze strategie uitgewerkt voor de overproductie van succinaat. Wiskundige modellen van het metabolisch netwerk en de regulaties ervan worden gebruikt om de gepaste genetische targets te identificeren voor een rationele verbetering van de productie, dit moet het proces aanzienlijk versnellen. Dit multidisciplinair project wordt uitgevoerd door een consortium van vier laboratoria met zeer diverse experimentele en theoretische expertise en know-how. Samen moet dit leiden tot de ontwikkeling van steady state en dynamische metabolische modellering van het centraal metabolisme. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • DANIEL CHARLIER • RAYMOND CUNIN

De rol van cytokinine-producerende micro-organismen op groei en resistentie van planten voor stress veroorzaakt door droogte en zware metalen. Universiteit Antwerpen Abstract: Microorganismen in de rhizosfeer produceren fytohormonen. Planten staan zelf in voor hun eigen hormoonbalans maar fytohormonen, worden ook door de plant opgenomen uit de rhizosfeer. In dit onderzoeksproject analyseren wij een Bacillus subtilis stam die grote hoeveelheden cytokininen produceert. Deze bacterie bevordert de groei en ontwikkeling van de plant en verhoogt de resistentie tegen droogte, zware metalen en infecties. Organisaties: • Plantengroei en -ontwikkeling

Onderzoekers: • Els Prinsen • Tatyana Arkhipova

Controle en preventie van opkommende en toekomostige pathogenen cellulair en moleculair niveau door de voedselketen Universiteit Gent Abstract: De belangrijkste deliverables: Nieuwe benadering om de aanwezigheid van pathogenen in te schatten Nieuwe methodes om de levensvatbaarheid en de virulentie van pathogenen te controleren Nieuwe methodes voor de beschrijving van gastheer-pathogeen interactie gebaseerd op celmodellen Nieuwe verwerkingstechnologieën om pathogenen te elimineren Nieuwe probiotische en projectieve culturen om pathogenen te elimineren Vermijden van biofilmvorming door hygiënische design Strategieën en acties voor het verspreiden van deliverables voor het KMOs Nieuwe wiskundige modellen die voedsel beschreven op de moment van consumptie Nieuwe rendabele beheerssystemen Betere informatie over voedselveiligheid geven aan alle bewaarders in voedselketen. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit

Onderzoekers: • Frank Devlieghere

Geavanceerde biotechnologische technieken in het biomedisch laboratorium Hogeschool Gent Abstract: Uit het werkveld selecteerden wij twee deelprojecten waarin geavanceerde biotechnologische technieken een centrale rol spelen.In een eerste deelproject zullen wij meewerken aan de identificatie van sleutelgenen betrokken bij de normale en de verstoorde T-cel ontwikkeling (AIDS). Voor de muis werd reeds aangetoond dat de Rho-familie GTPasen een belangrijke rol spelen in dit proces. We zullen daarom de expressie en functie van deze eiwitten in ontwikkelende humane T-cellen onderzoeken door ze tot overexpressie te brengen of ze daarentegen uit te schakelen. Hierbij wordt gebruik gemaakt van retrovirale gentransfer, RNAi technologie en DNA-sequentiebepaling.In een tweede deelproject zullen wij gebruik maken van de HPLC-scheidingsmethode om de concentratie van levetiracetam, een nieuw anti-epilepticum, te bepalen in bloed van patiënten. De evaluatie van het verband tussen de plasma-concentraties en het biologisch effect kan de behandeling van de individuele patiënt verbeteren.Deze projecten zullen een grondige actualisering van het curriculum opleveren. De resultaten zullen verwerkt worden in publicaties en een toepassing vinden in de behandeling van auto-immuunziekten en epilepsie. Via workshops, studiedagen en een voortgezette opleiding worden de verworven technische vaardigheden overgedragen aan studenen en belangstellenden van het werkveld. Organisaties: • Departement Gezondheidszorg Vesalius • Vakgroep Biomedische - en exacte wetenschappen

Onderzoekers: • Filip Dumont • Stefan Vermeulen • Els Van Mechelen

Analyse van Promyelocytic Leukemia Nuclear Bodies (PML-NBs) gedurende virus infectie: toepassing van de TAP methode en nagaan van een nieuwe strategie voor detectie van eiwit-eiwit interacties. Universiteit Antwerpen Abstract: Promyelocytic Nuclear Bodies (PML-NBs) zijn nucleaire multieiwitcomplexen welk een voorname rol spelen in de cellulaire antivirale afweer. In dit project wensen we de dynamiek van PML-NBs te onderzoeken gedurende virus infectie, uitgaande van de interferon-geïnduceerde PML-NB eiwitten PML, PA28 en ISG20. Daarvoor zal de 'Tandem Affinity Purification' (TAP) methode worden toegepast en zal een nieuwe strategie, gebaseerd op intracellulaire modificatie van partnereiwitten, worden uitgetest. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)


Host genetic, immune and viral factors in transmission and diseases expression of Human T-Lymphotronic Virus type 1 (HTLV-1) in Peru. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project heeft twee even belangrijke objectieven: (1) De pathogenese van klinische complicaties van infectie met het Humaan T Lymfotroop Virus type 1 in Peru onderzoeken; (2) De academische capaciteit van het Instituut voor Tropische Geneeskunde Alexander von Humboldt in Lima te versterken. De kracht van de onderzoeksaspect steunt op twee elementen (a) De beschikbaarheid van een grote patiëntencohorte, die zowel asymptoimatische HTLV-1 geïnfecteerden als patiënten met inflammatoire, neoplastische als infectieuze complicaties bevat. (b) De geïntegreerde multidisciplinaire approach voor klinische, virologische, immunologische en genetische studies. Ditt research project moet een hefboomwerking uitoefenen op de diagnostische en klinische capaciteiten van ITMAvH en verscheidene jonge Peruviaanse laboranten, clinici, PhD studenten en één postdoc zullen getraind worden met de bedoeling om een "intermediaire academische staff" te vormen, die in staat moet zijn om basis en klinische research projecten over endemische infectieziekten te concipiëren en uit te voeren. Basiskennis over HTLV-1, maar ook praktische richtlijnen, die uit dit project voortkomen, zullen gecommuniceerd worden naar de artsen en de gezondheidsautoriteiten. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Guido Vanham

Drug targeting van Leishmania parasieten met behulp van colloïdale dragers. Universiteit Antwerpen Abstract: Het doel van het onderzoek is de ontwikkeling en optimalisatie van colloïdale dragers (liposomen en nanopartikels) die via endocytosis in de gastheercel van de parasiet worden opgenomen en het geneesmiddel (een krachtig, breed-spectrum saponine) vrijgeven. De invloed van de technologische parameters van de bereidingsprocedure op de fysicochemische eigenschappen en de endocytosis van de dragers zal onderzocht worden. Het therapeutisch effect zal in vitro en in vivo bestudeerd worden. Organisaties: • Laboratorium voor Farmaceutische Technologie en Biofarmacie

Onderzoekers: • Annick Ludwig

Macro- en microstudie van het reservoir van Mycobacterium ulcerans in Buruli ulcus (BU) endemische gebieden in Benin en de Democratische Republiek Congo (DRC). Universiteit Antwerpen Abstract: In samenwerking met Beninese (PNLUB, LRM, UAC) en Congolese partners (PNLUB, UNIKIN, INRB, IPN, lME-ziekenhuis) zal een omgevingsstudie van BU verricht worden in endemische gebieden in Benin en DRC. Een betere kennis van het reservoir van M. ulcerans en de bepaling van omgevingsrisicofactoren zullen een enorme bijdrage leveren in de strijd tegen deze ziekte en het mogelijk maken om aangepaste, goedkope preventiemiddelen te ontwikkelen. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Luc Kestens • Patrick Suykerbuyk

De rol van knaagdieren en insectivoren in de epidemiologie van mycobacteriële infecties in Afrika. Universiteit Antwerpen Abstract: Om de rol van knaagdieren en insectivoren bij de epidemiologie van mycobacteriële infecties in Afrika te bepalen, wordt een groot aantal kleine zoogdieren gevangen op plaatsen in Tanzania waar mycobacteriële infecties werden waargenomen bij mens en vee. Verschillende organen worden getest dmv cultuurmethoden, PCR en zuurvaste kleuring. De geïsoleerde mycobacteriën worden vergeleken met voorheen geïsoleerde mycobacteriën bij mens en vee. Organisaties: • Evolutionaire ecologie (EVECO)

Onderzoekers: • Herwig Leirs • Lies Durnez

Analyse van de samenstelling van TRIM19 nucleaire- en TRIM5 cytoplasmatische-lichaampjes gedurende virusinfectie. Universiteit Antwerpen Abstract: Het is de bedoeling van dit project om de samenstelling en dynamiek van TRIM5- en 19 lichaampjes te bestuderen gedurende virusinfectie en dit door middel van de Tandem Affinity Purification (TAP) methodologie. Tevens wensen we na te gaan in hoeverre modificaties op eiwitniveau van TRIM5- en TRIM19 zijn opgetreden bij ESN individuen. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)

Onderzoekers: • Xaveer Van Ostade • Kim Mous

Moleculaire mechanismen van bacteriële biocide-resistentie Universiteit Gent Abstract: Het doel van dit onderzoek is de moleculaire mechanismen van biocide-tolerantie en -resistentie bij diverse bacteriën na te gaan. Als modelsystemen opteren we voor Pseudomonas aeruginosa, Burkholderia cepacia complex organismen, Escherichia coli, Staphylococcus sp. En Enterococcus sp. De biociden die onderzocht zullen worden zijn die veelgebruikte produkten waarvoor er aanwijzingen zijn dat verhoogde tolerantie zich reeds ontwikkeld heeft. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse

Onderzoekers: • Hans Nelis • Tom Coenye

Inhibitie door plantenextracten van quorum sensing in biofilm-vormende bacteriën Universiteit Gent Abstract: In dit project zullen reportersystemen (genetische constructen) ontwikkeld worden voor het aantonen van quorum sensing (QS) in biofilm vormende bacteriën zoals Staphylococcus aureus, S. epidermidis, Streptococcus mutans, Pseudomonas aeruginosa en Brukholderia cepacia. Plantenextracten zullen getest worden op hun vermogen om QS en biofilm vorming te remmen. Inhibitie van QS kan een nieuwe strategie betekenen voor de behandeling van persistente infecties door de genomede bacteriën. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse


Werkingsmiddelen FWO-aspirant Siegfried Vlaeminck Universiteit Gent Abstract: De samenwerking tussen aërobe en anaërobe bacteriën in het OLAND-proces wordt bestudeerd. OLAND staat voor oxygen-limited autotrophic nitrification/denitrification. Dit proces verwijdert hoge concentraties ammonium uit afvalwater. Het onderzoeksproject zal focussen op het onderzoeken van de toepasbaarheid van nieuwe reactorypes, bijvoorbeeld met periodieke beluchting. Ook zal er fundamenteel werk verricht worden naar het metabolisme en de fysiologie van de anaërobe ammoniumoxiderende bacteriën. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Biotransformatie van oraal opgenomen voedings- en milieucontaminanten door intestinale micro-organismen en interactieprocessen in de interface tussen het darmlumen en menselijk colonepitheel Universiteit Gent Abstract: Intestinale micro-organismen spelen een fundementele rol in de algemene gezondheidstoestand van de mens. In dit onderzoek zal worden nagegaan in welke mate intestinale bacteriën in staat zijn voedings- en milieucontaminanten om te zetten. Incubatieproeven met intestinale bacteriën zullen worden uitgevoerd in combinatie met bioassays en cellijnen om de activiteit, respectievelijk interactie van microbiële metabolieten met het colonepitheel na te gaan. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Onderzoek naar het verband tussen sfingolipiden, specifieke signaleringswegen en niet-coderende DNA-regio's in processen die leiden tot celdood, celgroei en stressresistentie in gist. KU Leuven Abstract: Het hoofddoel van het voorgestelde IOF mandaat is het ontrafelen van derol van (i) sfingolipiden en (ii) een DNA regio die gepostuleerd werd niet te coderen voor ORFs (open reading frames), in processen die leiden tot celdood, celgroei en stress-resistentie in gist. Deze informatie kandan immers gebruikt worden voor valorisatie in de domeinen van (i) controle van schimmelinfecties bij mens en dier, en (ii) controle van ziekten die gekarakteriseerd zijn door een verhoogde apoptose (zoals neurodegeneratieve ziekten) of door afwezigheid van apoptose (zoals in kanker). Hiertoe werd een samenwerking opgestart tussen CMPG-PFI (Prof. Cammue, promotor) en LFB (Prof. Winderickx, copromotor) met als doel het onderzoekop CMPG-PFI, gericht op de betrokkenheid van sfingolipiden bij celdood in gist, en het onderzoek op LFB, gericht op stressresistentie, nutirëntsignalering en groeicontrole in gist, samen te voegen. Het geplande onderzoek voor dit IOF mandaat zal zich toespitsen op (i) de identificat Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Joris Winderickx • Bruno Cammue • Karin Thevissen

Ontwikkeling van krachtige selectieve antivirale geneesmiddelen tegen het hepatitis C virus. KU Leuven Abstract: Hepatitis C is een chronische infectie die geleidelijk aan kan leiden tot aftakeling van de leverfunctie of zelfs leverkanker. Momenteel kan infectie met het hepatitis C virus (HCV) enkel worden behandeld met de combinatie (gepegyleerd) interferon en ribavirine. Deze behandeling werkt echter niet bij alle patiënten en vertoont talrijke, ernstige nevenwerkingen. Er is dus dringend nood aan de ontwikkeling van krachtige en selectieve antivirale geneesmiddelen. Recent werden in onze onderzoeksgroep verschillende nieuwe moleculen geïdentificeerd met sterke antivirale activiteit tegen HCV. Na ontdekking van deze en andere nieuwe lead moleculen,wordt, in nauwe samenwerking met de betrokken medicinale scheikundige, een structuur-activiteits-relatie opgesteld met als doel nieuwe en nog veel krachtiger analogen te kunnen ontwikkelen. Vervolgens wordt het exacte werkingsmechanisme van deze producten ontrafeld en eventueel de weerkzaamheid in proefdiermodellen bestudeerd alvorens verdere ontwikke Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Pieter Leyssen • Johan Neyts

Karakterisatie van schimmelspecies en mycotoxines die silovoeder contamineren in België. Universiteit Antwerpen Abstract: Geconserveerde ruwvoeders nemen een belangrijk deel in van het rantsoen bij herkauwers. In België vormen geconserveerde ruwvoeders niet alleen de basis voor de wintervoeding maar zijn ze ook significant aanwezig als bijvoedering tijdens het weideseizoen. Diverse ruwvoeders worden geconserveerd o.a. kuilmaIs, gemalen vochtig maIsgraan met een varierende hoeveelheid spil (CCM), gras, bietenpulp, e.a. Gezien het grote aantal van ingekuilde ruwvoeders in het rantsoen speelt de kwaliteit van bet kuilvoeder een belangrijke rol bij de groei, ontwikkeling en productieniveau van de dieren. Contaminatie van kuilvoeders met schimmels on mycotoxinen worden vaak vastgesteld en aangeduid als oorzaak van ziekten en zelfs van sterfte. Tot op heden zijn relatief weinig gegevens beschikbaar die een grondige analyse van de risico's bij schimmel contaminatie toelaten temeer dat de meeste symptomen i.v.m. dergelijke contaminaties aspecifiek zijn (verminderde vruchtbaarheid, daling van de productie, verminderde immuniteit, ca.). Het is m.a.w. vrij moeilijk een verband te leggen tussen een verminderde kwaliteit van het kuilvoeder en de waargenomen symptomon gezien deze ook andeeo oorzaken kunnen hebben. De aanwezigheid van beschimmelde kuildelen betekent niet altijd dat er mycotoxinen worden goproduceerd maar er is duidelijk een verhoogde kans.

Organisaties: • Systemisch Fysiologisch en Ecotoxicologisch Onderzoek (SPHERE)

Onderzoekers: • Ronny Blust

Microbiële aspecten van pasteurisatie van levensmiddelen door middel van hoge-druk koolstofdioxide. Universiteit Gent Abstract: In dit project wordt onderzoek verricht naar (1) de hoge-druk CO2 (HPCD)-gevoeligheid van een reeks levensmiddelenrelevante microorganismen, (2) de mogelijke resistentie-ontwikkeling van micro-organismen tegen HPCD-behandelingen, (3) de interactie van het levensmiddel op HPCD-afdodingsefficiëntie, (4) de afdoding van micro-organismen en houdbaarheid in een aantal HPCD-behandelde levensmiddelen, (5) het exacte inactivatiemechanisme, en (6) het opstellen en modelleren van inactivatiekinetieken. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit


Genomica en proteomica van ASpergillus fumigatus Universiteit Gent Abstract: Het doel van dit onderzoek is het ontwikkelen van een subcollectie isolaten het opbouwen van een databank. Daarnaast willen we ondubbelzinnige genotypering kunnen uitvoeren van alle isolaten. Hiervoor zal een MLST methode ontwikkeld worden en gevalideerd worden. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse


Toepassingsmogelijkheden van de DGGE techniek met het oog op een efficiënte monitoring van de bacteriële houdbaarheid en veiligheid van levensmiddelen Hogeschool Gent Abstract: Abstract nog niet beschikbaar Organisaties: • Departement Biowetenschappen en Landschapsarchitectuur • Vakgroep Plantaardige Productie • Vakgroep Levensmiddelenwetenschappen en Technologie

Onderzoekers: • Kathy Messens • Kris Audenaert • Tony Ruyssen

Dubbel blind placebo gecontroleerde randomisatiestudie naar het effect van pre-emptieve aciclovir therapie in het voorkomen van lage luchtweginfectie met Herpes simplex virus bij patiënten op intensieve zorgen. Universiteit Antwerpen Abstract: Objectieven van de studie: -Het effect van pre-emptieve aciclovir therapie is het voorkomen van HSV infecties van de LLW te beoordelen aan de hand van dubbel blind, placebo gecontroleerde randomisatiestudie bij patiënten op INZO met HSV reactivatie in de bovenste luchtwegen; om zo eventuele verschillen in outcome tussen beide groepen aan te tonen. -Verdere gegevens omtrent de incidentie van HSV in de luchtwegen te verzamelen. -Verdere risicofactoren voor HSV reactivatie in de lucntwegen te identificeren. -Na te gaan of herpesvirussen, geïsoleerd uit de keel en uit de lagere luchtwegen, genomisch identisch of verschillend zijn bij éénzelfde patiënt en/of tussen verschillende patiënten. -Door middel van moleculaire technieken de gevoeligheid van de PCR ten opzichte van de conventionele viruskweek te evalueren en door het gebruik van kwantitatieve PCR technieken na te gaan of er een verband bestaat tussen de virale lading en de ziekte-progressie en/of outcome. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Philippe Jorens • Margareta Ieven • Herman Goossens

Analyse van Promyelocytic Leukemia Nuclear Bodies (PML-NBs) gedurende virusinfectie: toepassing TAP methode en nagaan van een nieuwe strategie voor detectie van eiwit-eiwit interacties. Universiteit Antwerpen Abstract: Het is de bedoeling van dit project de samenstelling en dynamiek van Promyelocytic Leukemia protein-Nuclear Bodies (PML-NBs) te bestuderen gedurende VSV of HIV virusinfectie en dit dmv de Tandem Affinity Purification (TAP) methodologie. Daarenboven wensen we zelf een techniek voor de identificatie van partnereiwitten te ontwikkelen welke een aantal nadelen van de huidige technologieën omzeilt en die tevens toegepast kan worden op de PML-NBs. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)

Onderzoekers: • Xaveer Van Ostade • Ellen Van Damme

Onderzoek naar de bijdrage van Protozoa in de transmissie van Campylobacteraceae in pluimvee Universiteit Gent Abstract: In recent onderzoek werd de mogelijkheid tot overleving, vermenigvuldigen en genuitwisseling van voedselpathogenen in Protozoa gerapporteerd. Momenteel zijn over de transmissie van Protozoa en de aanwezigheid van geinternaliseerde Campylobacteraceae en (pluim)veebedrijven geen gegevens beschikbaar. Doelstelling van het project is het verwerven van wetenschappelijke kennis over de rol van Protozoa als vector, reservoir en evolutionaire kribbe voor Campylobacteraceae op pluimveebedrijven. Organisaties: • Vakgroep Veterinaire volksgezondheid en voedselveiligheid

Onderzoekers: • Koen Sabbe • Kurt Houf

Biobeschikbaarheid van fyto-oestrogenen uit soja en hop Universiteit Gent Abstract: Soja-isoflavonen en hop-prenylflavonoïden zijn fyto-oestrogenen en kunnen daarom een rol spelen in de preventie of behandeling van hormoonafhankelijke aandoeningen. Na consumptie worden deze componenten ofwel onmiddellijk opgenomen in de bloedbaan ofwel eerst gemetaboliseerd door de colon microbiota. De opname, het metabolisme en de distributie in borstweefsel van deze fyto-oestrogenen en hun metabolieten zullen in vivo bestudeerd worden. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie

Onderzoekers: • Denis De Keukeleire • Willy Verstraete

Versterking van de instututionele capaciteiten van het netwerk ?Collections Coordonnées Marocaines de Microorganismes? (CCMM)door valorisatie van micro-organismen met biotechnologisch potentieel. Universiteit Gent Abstract: Doel is om de bestaande collectie van bacteriële stammen te versterken door identificatie van de stammen te verbeteren met genotypische methoden en om de collectie te verrijken met nieuwe isolaten genomen uit rhizosfeer van planten, veevoer, zuivelproducten en woestijnzand. Ook de nieuwe isolaten worden geïdentificeerd. Er is ook opleiding van Marokkaanse wetenschappers voorzien in moleculair onderzoek en bioinformatica. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Anne Willems

Biobeschikbaarheid van fyto-oestrogeen uit soja en hop Universiteit Gent Abstract: Soja-isoflavonen en hop-prenylflavonoïden zijn fyto-oestrogenen en kunnen daarom een rol spelen in de preventie of behandeling van hormoonafhankelijke aandoeningen. Na consumptie worden deze componenten ofwel onmiddellijk opgenomen in de bloedbaan ofwel eerst gemetaboliseerd door de colon microbiota. De opname, het metabolisme en de distributie in borstweefsel van deze fyto-oestrogenen en hun metabolieten zullen in vivo bestudeerd worden. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie

Onderzoekers: • Denis De Keukeleire • Willy Verstraete

Onderzoek naar de rol van Protozoa in de transmissie van thermofiele Campylobacter species in pluimvee Universiteit Gent Abstract: In recent onderzoek werd de mogelijkheid tot overleving, vermenigvuldigen en genuitwisseling van voedselpathogenen in Protozoa gerapporteerd. Momenteel zijn over de transmissie van Protozoa en de aanwezigheid van geinternaliseerde Campylobacter in (pluim)veebedrijven geen gegevens beschikbaar. Doelstelling van het project is het verwerven van wetenschappelijk kennis over de rol van Protozoa als vector, reservoir en "evolutionaire kribbe" voor Campylobacter op pluimveebedrijven. Organisaties: • Vakgroep Biologie • Vakgroep Veterinaire volksgezondheid en voedselveiligheid

Onderzoekers: • Koen Sabbe • Kurt Houf

SB Ellen Van Belle - Ontwikkeling van een M-cel gemedieerde immunisatiemethode met behulp van een genetisch gewijzigde Lactococcus lactis Universiteit Gent Abstract: Het doel van dit project is het ontwikkelen van een methode om een efficiënte mucosale en systemische immuunrespons te induceren. Hiervoor zullen Lactococcus lactis bacteriën die het gewenste antigen tot expressie brengen, gericht worden naar de M-cellen in de darm. Met dit project hopen we een nieuwe strategie voor mucosale vaccinatie te ontwikkelen, om zowel nieuwe mucosale vaccins te kunnen ontwikkelen alsook alternatieven aan te bieden voor de bestaande parenterale vaccins. Organisaties: • Vakgroep Pathologische anatomie

Onderzoekers: • Claude Cuvelier

Systematiek en fylogenie van Lactarius subgenus Plinthogali Universiteit Gent Abstract: Binnen het geslacht van de Melkzwammen vormt Lactarius subgenus Plinthogali (Russulales, Basidiomycota) een duidelijk afgebakende groep ectomycorrhizavormende macrofungi met een subkosmopolitische distributie. Via de combinatie van DNA-onderzoek (ITS, LSU, RPB, GPD) en morfologische analyse wordt onderzocht hoe deze ectomycorrhizavormers zijn geëvolueerd en gediversifieerd, welke de primitieve en de afgeleide kenmerken zijn, waar het ontstaansgebied is en welke gastheeromschakelingen hebben plaatsgevonden. Organisaties: • Vakgroep Biologie


Opbouw van basisinzicht in okara, een co-product van de sojamelkproductie Universiteit Gent Abstract: In dit project wordt beoogd functionele componenten uit okara, een coproduct van de sojamelkproductie, te isoleren en de functionaliteit ervan te verhogen. De bioactiviteit van zowel de dieetvezel/oligosaccharide fractie als de proteïnehydrolysaten/peptide fractie zal onderzocht

worden. Met betrekking tot de dieetvezelfractie zal voorname aandacht uitgaan naar prebiotische effecten die zullen worden onderzocht in vitro simulatoren van het menselijke spijsverteringskanaal. Organisaties: • Vakgroep Toegepaste ecologie en milieubiologie


Basale en gereguleerde transcriptie-initiatie bij hyperthermofiele archaea: fysiologie en moleculair mechanisme van Lrpachtige transcriptieregulators en van pyrimidine-specifieke regulatie bij Sulfolobus. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Archaea zijn echte prokaryoten, maar verschillen toch zodanig sterk van de Bacteria, dat zij een apart domein van het leven vormen. De informatieverwerkende machineries (replicatie, transcriptie, translatie) van de archaea zijn zelf nauwer verwant met de eukaryotische dan met bacteriële homologen. Wat transcriptie betreft vertonen de archaea een intrigerende mozaïek-structuur. Het basaal transcriptieapparaat is duidelijk van het eukaryotische type, aar de meeste potentiële transcriptieregulators die in silico kunnen opgespoord worden in genoomsequenties zijn van het bacteriële type, met een helix-turn-helix DNA-bindend motief. De analyse van archaeale transcriptieregulatie staat nog in de kinderschoenen. Toch is hat van fundamenteel belang om op moleculair vlak de wisselwerkingen tussen deze componenten van heterologe samenstelling te ontrafelen om de fysiologie en de evolutie van de archaea beter te begrijpen. In dit project bestuderen wij drie potentiële transcriptieregulators van de hyperthermoacidofiele crenarchaeota Sulfolobus solfataricus en S. Acidocaldarius ie behoren tot de familie van de Lrp-achtigen (Leucine responsive Regulatory Protein). Daarnaast bestuderen we eveneens de pyrimidine-specifieke regulatie van het pyrimidine gencluster. We spitsen ons toe op de onrafeling van het werkingsmechanisme en de fysiologie van deze systemen. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Wisselwerkingen tussen RNA-polymerase moleculen, regulatorische processen en DNA-topologie bij het tandem paar van promotors van het carbamoylfosfaatsynthetase operon carAB van Escherichia coli. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het E. coli carAB operon dat codeert voor carbamoylfosfaatsynthase wordt afgeschreven vanaf twee promoters in tandem. De proximiteit van de twee promoters en het feit dat een elongerende polymerase de topologie van het DNA tijdelijk wijzigt laten veronderstellen dat initiatie aan carP1 en P2 geen onafhankelijke processen zijn. Topologische koppeling werd reeds vroeger aangetoond in E. coli. Momenteel is echter niet geweten in welke mate de car promoters mekaar beïnvloeden (hinderen/stimuleren). Bovendien lijkt P1 een stringent promoter te zijn. Stringent promoters worden meetal gestimuleerd door negatieve supercoiling. Om de werking van de twee promoters en hun wisselwerkingen beter te begrijpen zal een systematische analyse ondernomen worden van de P1 en P2 activiteiten in vivo en in vitro. Daarbij zullen verschillende constructen gebruikt worden met één enkele of de twee promoters, alsook varianten met een verschillende afstand tussen de promoters. In vitro transcriptie (single en multiple round) zullen uitgevoerd worden met lineaire en supercoiled templates, en in verschillende condities, met en zonder toevoeging van regulatorische proteïnen en effectoren. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Genetica als hulpmiddel in de strijd tegen antibiotica resistentie bij lage luchtweg infecties in Europa. (GRACE) Universiteit Antwerpen Abstract: GRACE is een Expertisenetwerk dat zich op het complexe en controversiële gebied van community-verworven lage luchtweg infecties (LLWI) toelegt, één van de hoofdoorzaken voor een bezoek aan de huisarts. Het overmatig gebruik van antibiotica voor de behandeling van deze LLWIs kost veel aan de gemeenschap niet enkel wegens het antibiotica gebruik maar ook omwille van de dramatische stijging aan antibiotica resistentie. De algemene doelstelling van GRACE is antimicrobiële resistentie te bestrijden door het integreren van expertise centra en het exploiteren van genomica in het onderzoek van community-verworven LWI. Microbiële en menselijke genomica zullen geïntegreerd worden met gezondheidswetenschappelijk onderzoek bestaande uit klinische waarnemings en interventiestudies, gezondheidseconomisch onderzoek en opleiding en voorlichting om beleid aangaande de behandeling van deze infecties te veranderen. GRACE is uitzonderlijk aangezien het onderzoekers van basislaboratoriumwetenschappen, klinische geneeskunde, en gezondheidseconomie samenbrengt. In het gezamenlijk uitgevoerde onderzoeksprogramma, zullen 17 academische groepen, die wijd over 9 lidstaten van de EU en 5 Kleine/middelgrote ondernemingen worden uitgespreid deelnemen. GRACE zal professioneel onderwijs, met inbegrip van web-based onderwijs en praktische cursussen, via twee belangrijke Europese wetenschappelijke organisaties (de Europese Organisatie voor Klinische Microbiologie en Infectieziekten en de Europese Respiratoire Organisatie) organiseren om de expertise van het project te verspreiden. Een hoog niveau van coördinatie zal door een professioneel IT-ondersteund en strenge beheersstructuur worden verkregen, om een optimale synergie van de componenten van GRACE te bereiken. Wij pogen om een genomisch laboratoriumnetwerk in 8 Europese landen en een netwerk van huisartsen in 11 Europese landen te ontwikkelen tijdens de eerste 18 maanden van het project, en dan op de infrastructuur voort te bouwen om het gezamenlijk uitgevoerde onderzoeksprogramma tot stand te brengen. Het consortium zal een virtueel "Europees Onderzoekscentrum LLWI" worden, met potentieel om een forum te worden dat onderzoek en goede praktijk op het gebied van community-verworven LLWI promoot. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Samuel Coenen • Herman Goossens

Ontwikkeling en validatie van een microtitreerplaat model voor de evaluatie van biociden tegen Staphylococcus aureus biofilms. Universiteit Antwerpen Abstract: Biofilms worden gedefinieerd als een gestructureerde populatie bacteriën, ingebed in een zelfgeproduceerde polymere matrix en vastgehecht aan een inert of levend oppervlak. Omdat biofilms een zeer hoge resistentie bezitten tegen biociden wordt een methode voor de detectie van Staphylococcus aureus biofilms ontwikkeld. Daarnaast worden verschillende bestaande en nieuwe biociden getest op hun capaciteit om biofilmgroei te inhiberen of bestaande biofilms te doden. Organisaties: • Farmacognosie, Functionele voeding en Farmaceutische Analyse (NatuRA) • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers:

• Paul F R C M Cos

Proteoomonderzoek naar de biosynthese van oppervlakte actieve stoffen in gist. Universiteit Antwerpen Abstract: Door gebruik te maken van een proteeomtechnische benadering wordt getracht een metabool profiel van een fermentatie op te stellen. Hierbij wordt Candida bombicola als model gebruikt voor de fermentatie van recycleerbare oliën en de productie van sophorolipiden. Door de cultuurparameters te optimaliseren wordt de lipide productie met het fenotype geliëerd met als doel een stam te selecteren die voor industriële fermentatie gebruikt kan worden. Organisaties: • Plantengroei en -ontwikkeling • Biomolecular & Analytical Mass Spectrometry (BAMS)

Onderzoekers: • Erwin J M Witters

Diagnose van bijenziekten Universiteit Gent Abstract: Dienstverlening voor externe instituten inzake de identificatie van bijenpathogen en paraziekten in een L2 ingeperkte omgeving op het labo voor zoöfysiologie, UGent. Diagnose van bijenziekten. Organisaties: • Vakgroep Informatietechnologie

Onderzoekers: • Dirk de Graaf • Franciscus Jacobs

De ontwikkeling en verspreiding van een Europees onderwijspakket en website over antibiotica en hygiëne voor leerlingen van de lagere en de middelbare school. (E-BUG PACK) Universiteit Antwerpen Abstract: E-bug is een Europees, door DG SANCO gefinancierd onderwijspakket over antibiotica en hygiëne voor leerlingen van de lagere en de middelbare school. Dit pakket zal de gunstige werking van antibiotica benadrukken, maar eveneens het belang van het voorzichtig gebruik en hoe onoordeelkundig gebruik kan leiden tot verhoogde resistentie. Hand-en luchtweghygiëne, alsook verspreiding van infecties zullen behandeld worden, inclusief het aanleren van hoe de handen het meest effectief te wassen. Aangezien het internet een krachtig onderwijsmedium is geworden, zal dit pakket vergezeld worden door een website met complementaire spelletjes en interactieve quizzen. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


In vivo evaluatie van een sojadrank gesupplementeerd met bifidobacterium animalis BB12 met betrekking tot probiotische effecten Universiteit Gent Abstract: Een sojadrank gesupplementeerd met Bifidobacterium animalis Bb12 aan een concentratie van 7 log KVE/ml wordt toegediend als probioticum in een studie met 15 gezonde vrijwilligers. Na een controleperiode van 2 weken zonder productinname volgen 3 weken warbij dagelijks 100 ml van de sojadrank wordt ingenomen. Vervolgens volgt een controleperiode van 2 weken zonder productinname. Evaluatie van de probiotische effecten zal gebeuren via microbiële analyse van wekelijkse fecale stalen. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Identificatie en beheersing van schimmelontwikkeling in geconserveerde ruwvoeders Hogeschool Gent Abstract: Het project focust rond de problematiek van schimmelontwikkeling in geconserveerde ruwvoeders waarmee de landbouwers dagelijks geconfronteerd worden. De meeste van de micro-organismen zijn te bedwingen door het gebruik van een goede inkuiltechniek met een lage pH als gevolg. Er bestaan echter schimmels die groeien bij een lage pH en een lage zuurstofconcentratie. Het is voornamelijk deze groep van schimmels die problemen veroorzaakt. Kwalitatief slecht kuilvoer leidt bij de dieren tot een mindere groei, storingen in de ontwikkeling en een lager productieniveau. Gezien het grote belang van ingekuilde ruwvoeders in het rantsoen heeft een slechte kwaliteit van kuilvoeder dan ook een sterk negatieve invloed op de bedrijfsresultaten van vee- en varkensbedrijven. Een aantal schimmels zoals Penicillium, Aspergillus, Monascus, Byssochlamys,... kunnen bovendien mycotoxines produceren. Deze zijn niet alleen schadelijk voor dieren, maar kunnen via dierlijke producten ook in de voedselketen van de mens terechtkomen. Bij schimmelontwikkeling in een kuil staat de landbouwer voor praktische vragen: zijn de voorkomende schimmels toxisch? Hoe kunnen ze voorkomen worden? Om hierop naar de praktijk toe een antwoord te kunnen formuleren, beoogt het project volgende doelstellingen te realiseren: 1. vastleggen van de biologische en metabolische diversiteit van schimmels voorkomend in kuilvoeders + bijdragen tot correcte identificatie, want belangrijk met het oog op mycotoxines 2. omschrijven van beïnvloedende factoren op schimmelontwikkeling 3. ontwikkelen van een beheersstrategie op basis van kennis van de beïnvloedende factoren en toevoeging van kuiladditieven (chemisch of biologisch) Organisaties: • Departement Biowetenschappen en Landschapsarchitectuur • Departement Technologie • Vakgroep Levensmiddelen- en Agrotechnologie • Vakgroep Plantaardige Productie • Vakgroep Chemie

Onderzoekers: • Joos Latré • Geert Haesaert • Ann Messens • Eva Wambacq

Probabilistisch algoritme voor motief detectie in sets van orthologe sequenties

KU Leuven Abstract: Regulatie van gen-expressie is een belangrijk mechanisme voor organismen om te leven en te groeien in hun natuurlijke habitat of om zich aan tepassen aan nieuwe omgevingen. Regulatie bij initiatie van transcriptie is hierin een belangrijk aspect dat onder meer de binding van een transcriptie factor (TF) op bepaalde locaties met soortgelijke nucleotide sequentie (aangeduid als 'verrijkt' of 'oververtegenwoordigd' motief) in nietcoderend DNA omvat. Die motieven zijn kort en willekeurig verdeeld in mogelijks lange promotor regionen. Computationale algoritmes, zoals onzeeerder ontwikkelde MotifSampler, zijn in deze context onontbeerlijk om motieven te identificeren op een tijds- en kostenbesparende manier. Next-Generation Sequencing genereert dagelijks nieuwe sets van sequenties afkomstig van meer dan 260000 genomen en hoge-doorvoer experimenten produceren grote hoeveelheden regulatorische gegevens (inclusief epigenetischeinformatie). We hebben in dit doctoraat optimizaties doorgevoerd di Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Kathleen Marchal • Marleen Claeys

Studie van intrinsieke, cellulaire anti-HIV factoren bij seronegatieve, frequent geëxposeerde individuen (ESNs). Universiteit Antwerpen Abstract: In dit project wensen we na te gaan welke mechanismen aan de grondslag liggen van in vivo HIV-resistentie, zoals deze voorkomt bij Exposed SeroNegatives (ESNs). Daarom zal het CD4+ T-cel proteoom van ESN individuen en controles vergeleken worden dmv. differentiële proteoomanalyse, met het oog op detectie van nieuwe HIV resistentieproteïnen. Tevens zullen de expressieniveau's van gekende HIV-resistentie eiwitten bij ESNs geanalyseerd worden dmv. Western blot analyse. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)


Studie van HIV resistentie in de vrouwelijke genitale tractus dmv. proteoomanalyse. Universiteit Antwerpen Abstract: In dit project wensen we de mechanismen te bestuderen welke aan de grondslag liggen van in vivo HIV-resistentie zoals deze voorkomt bij Exposed SeroNegatives (ESNs). Vaginale lavages van ESNs zullen door differentiële proteoomanalyse onderzocht worden op antimicrobiële peptiden, of combinaties hiervan, die efficiënt zijn in het in vivo bestrijden van HIV infectie in de vagina. Tevens verschaft dit werk ons een map van de verschillende eiwitten en peptiden die aanwezig zijn in de vagina, waardoor de basis gelegd wordt voor onderzoek naar cervicovaginale biomerkers welke corresponderen met aandoeningen van de vrouwelijke genitale tractus. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)

Onderzoekers: • Xaveer Van Ostade • Geert Zegels

Studie van de intestinale mucosale response en oxidatieve stress op het verloop van Giardia duodenalis infecties in proefdiermodellen. Universiteit Antwerpen Abstract: Het nieuw onderzoeksinitiatief bestudeert de micro-aerofiele intestinale protozoa Giardia intestinalis. Dit organisme heeft anti-oxidatieve verdedigingsmechanismen ontwikkeld om de aanwezige O2-spanning in weefsels en organen te weerstaan, o.a. via oxidatie van cellulaire thiols, superoxide dismutase en mogelijks nog andere mechanismen. Het belang van deze mechanismen wordt ondermeer geillustreerd door het feit dat de huidige geneesmiddelen (nitro-verbindingen) door selectieve verhoging van oxidative stress hun werking hebben. Het onderzoekplan omvat volgende stappen: 1. ontwikkelen/optimalisatie van een in vitro kweekmethode voor trophozoiten. 2. vastleggen van in vitro proefomstandigheden voor inductie van cysten 3. op punt stellen van een geschikt diermodel op laboratorium knaagdieren 4. evaluatie van oxidatieve stress op overleving in vitro en in vivo door in situ kwantificering van oxidatieve/antioxidatieve en inflammatoire processen 5. onderzoek naar nieuwe actieve molecules in de in vitro en in vivo testmodellen. 6. evaluatie van bestaande disinfectantia voor de inactivering van cysten in drinkwater 7. interactie van de parasiet op intestinaal weefsel (pathologie, inflammatie, e.a..) Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Dirk Adriaensen • Louis Maes • Paul F R C M Cos • Ely Bénéré

Grondige studie van de rol van matrix metalloproteinase 8 (MMP-8) en andere MMPen in endotoxemie en immuniteit Universiteit Gent Abstract: Endotoxemie ligt aan de basis van septische shock, nog steeds goed voor honderdduizenden doden per jaar wereldwijd. Er is dringend nood aan betere therapeutica die sepsis bij patienten kunnen genezen. Wij richten ons op de rol van een familie van proteasen, de matrix matalloproteinasen (MMPen), meer bepaald o pMMP8, in endotoxemie en sepsis. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Claude Libert

Moleculaire interacties van het influenza A virus virus RNA polymerase complex met de gastheercel Universiteit Gent Abstract: Specifieke interactiepartners van het influenza A virus RNA polymerase complex zullen worden gezocht. Dit zal gebeuren door gebruik te maken van recombinante influenza A virussen waarbij de subeenheden van het RNA polymerase complex voorzien zijn van een eptioopvlas. Coimmunoprecipitatie en eiwitidentificatie zal gebruikt worden om gastheerfactoren te identificeren die interageren met het replicatie complex van influenza A.

Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Xavier Saelens • Rudi Beyaert

Detectie en identificatie van ongewone menspathogene fungi Universiteit Gent Abstract: De volgende moleculaire benaderingen zullen gebruikt worden voor de studie van specifieke aspecten van medisch belangrijke fungi: vaste fase cytometrie (VFC) voor de identificatie van fungi in lucht - VFC gekoppeld aan FISH voor de detectie en identificatie van menspathogene fungi in water en - sequentie-gebaseerde typeringstechnieken voor de studie van de moleculaire diversiteit van medisch-belangrijke fungi Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse

Onderzoekers: • Tom Coenye

MSCNET : Myeloma stem cell network a translational programme identifying and targeting the early myeloma cell hierarchy. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Dit project, gefinancierd door de EU, richt zich op de identificatie van de MM kanker stamcel, de gevoelighied voor behandelingen met als einddoel de ontwikkeling van nieuwe therapieën. De VUB partner is leider van Workpackage 8. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • Karin VANDERKERKEN

Ontwikkelen van een snelle kwantificeringsmethode voor schadelijke sporenvormers in melk. Hogeschool Gent Abstract: Melk en afgeleide zuivelproducten vormen een basiselement in de dagelijkse voeding van de mens. In België wordt jaarlijks gemiddeld 2,9 miljard liter rauwe melk opgehaald en verwerkt. De kwaliteit en de veiligheid van de melk is dan ook essentieel. Bacteriën aanwezig in de rauwe melk worden afgedood door een hitteproces, namelijk pasteurisatie (16 s bij 72-80°C), sterilisatie (15 min bij 120°C) of Ultra High Temperature (UHT) behandeling (2 à 4 s bij 145°C). Sommige bacteriën (behorend tot de genera Clostridium en Bacillus s.l.) kunnen echter pasteurisatie overleven als hitteresistente sporen; enkelen kunnen zelfs een UHT-behandeling overleven. Na de hittebehandeling kunnen deze sporen ontkiemen tot vegetatieve cellen en de veiligheid en de kwaliteit van de melk negatief beïnvloeden. De schadelijke effecten van de sporenvormers situeren zich op 3 vlakken: i/ bedreiging van de volksgezondheid door de productie van toxines, ii/ melkbederf door productie van extracellulaire enzymes en iii/ verstoring van verdere verwerkingsprocessen. In Vlaanderen wordt de kwaliteit van de rauwe melk onder andere geanalyseerd via het kiemgetal, dit wil zeggen, het aantal bacteriële cellen per ml, maar ondanks de nadelen die men in de zuivelindustrie ondervindt wordt het sporengetal niet bepaald. In Zweden is er wel een norm opgelegd voor de sporenvormende pathogeen Bacillus cereus, namelijk minder dan 10000 kolonievormende eenheden per ml gepasteuriseerde melk op de dag voor de houdbaarheidsdatum. Concreet betekent dit dat er op de verpakkingsdag van de gepasteuriseerde melk niet meer dan 10 sporen per 100 ml mogen teruggevonden worden. De controletests hiervoor vereisen echter een incubatieperiode van 6 dagen. Ook in Nederland wordt de melk wel geanalyseerd op de aanwezigheid van boterzuurbacteriën maar dergelijke tests nemen 4 dagen in beslag. Een snelle detectie- en kwantificeringsmethode die de aanwezigheid van problematische hitteresistente sporenvormende bacteriën snel en eenduidig kan aantonen zal niet alleen een enorme tijd- en geldwinst betekenen voor de industrie, maar kan ook op gebied van volksgezondheid een belangrijke rol spelen in het voorkomen van voedselvergiftigingen. Organisaties: • Departement Toegepaste Ingenieurswetenschappen • Vakgroep Chemie

Onderzoekers: • An Coorevits • Anita Van Landschoot

Antarctische microbiële biodiversiteit: het belang van geografische en ecologische factoren Universiteit Gent Abstract: AMBIO zal de microbiële diversiteit, samenstelling en taxonomische turnover bestuderen in permanente of tijdelijke aquatische habitats in Antarctica en het relatieve belang nagaan van ecologische versus historische factoren voor de geografische verspreiding van taxa en gemeenschappen. We zullen moleculaire technieken combineren met cultuur-gebaseerd onderzoek van een aantal belangrijke taxonomische groepen, zoals Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Chlorophyta en Bacillariophyta. Organisaties: • Vakgroep Biologie


A phase I/II study of therapeutic vaccination with autologous dendritic cells of HIV infected individuals under stable HAART. Universiteit Antwerpen Abstract: Het primair objectief van deze klinische fase I/II pilootstudie is om de veiligheid en toxiciteit na te gaan van subcutane en intradermale (sc/id) toediening van autologe dendritische cellen (DC). Deze DC werden geëlektroporeerd met boodschapper RNA coderend voor Tat, Rev, Nef en Gag en zullen worden toegediend bij HIV-1 geïnfecteerde patiënten onder stabiele highly active antiretroviral therapy (HAART). Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


De relatie tussen darmen gewrichtslijden in spondylarthropathie: cellulaire en moleculaire mechanismen en implicaties voor therapie Universiteit Gent Abstract: Het project beoogt de realtie tussen darmen gewrichtslijden in spondylarthroapthie na te gaan door enerzijds de rol van de interactie tussen eneteropathogenen en de gastheer in deze aandoening te onderzoeken, en anderzijds de rol van NKT cellen in de inductie van chronische inflammatie te bestuderen. Tenslotte zal het impact van de bindweefselcel op de inductie en het herstel van weefselschade nagegaan worden.

Organisaties: • Vakgroep Inwendige ziekten

Onderzoekers: • Herman Mielants • August Verbruggen • Dirk Elewaut

De relatie tussen darmen gewrichtslijden in spondylarthropathie: cellulaire en moleculaire mechanismen en implicaties voor therapie Universiteit Gent Abstract: Het project beoogt de relatie tussen darmen gewrichtslijden in spondylarthropathie na te gaan door enerzijds de rol van de interactie tussen enteropathogenen en de gastheer in deze aandoening te onderzoeken, en anderzijds de rol van NKT cellen in de inductie van chronische inflammatie te bestuderen. Tenslotte zal het impact van de bindweefselcel op de inductie en eht herstel van weefselschade nagegaan worden. Organisaties: • Vakgroep Inwendige ziekten

Onderzoekers: • August Verbruggen

De relatie tussen darmen gewrichtslijden in spondylarthropathie: cellulaire en moleculaire mechanismen en implicaties voor therapie Universiteit Gent Abstract: Het project beoogt de relatie tussen darmen gewrichtslijden in spondylarthroapthie na te gaan door enerzijds de rol van de interactie tussen eneteropathogenen en de gastheer in deze aandoening te onderzoeken, en anderzijds de rol van NKT cellen in de inductie van chronische inflammatie te bestuderen. Tenslotte zal het impact van de bindweefselcel op de inductie en het herstel van weefselschade nagegaan worden. Organisaties: • Vakgroep Inwendige ziekten

Onderzoekers: • Martine De Vos

Het Fempro-project: formulatie, toediengingsvorm en evaluatie van de efficiëntie van vaginale probiotica Universiteit Gent Abstract: Het ontwikkelen, evalueren van de veiligheid, aanvaardbaarheid en effectiviteit van een nieuwe vaginale toedieningsvorm, met name snel desintegrerende zetmeel partikels (pellets) geladen met geselecteerde probiotische Lactobacillus stammen, met als doel de vaginale (lactobacillidominante) microflora te herstellen en te behouden. De toepassingsmodaliteiten van dit onderzoek omvatten de preventie en/of behandeling van: verstoorde vaginale microflora/bacteriële vaginose - opstijgende genitale infectie in zwangere en niet-zwangere vrouwen - SOA Organisaties: • Vakgroep Geneesmiddelenleer

Onderzoekers: • Mario Vaneechoutte

Het Fempro-project: formulatie, toedieningsvorm en evaluatie van de efficiëntie van vaginale probiotica Universiteit Gent Abstract: Het ontwikkelen, evalueren van de veiligheid, aanvaardbaarheid en effectiviteit van een nieuwe vaginale toedieningsvorm, met name snel desintegrerende zetmeel partikels (pellets) geladen met geselecteerde probiotische Lactobacillus stammen, met als doel de vaginale (lactobacillidominante) microflora te herstellen en te behouden. De toepassingsmodaliteiten van dit onderzoek omvatten de preventie en/of behandeling van: verstoorde vaginale microflora/bacteriële vaginose - optijgende genitale infectie in zwanger en niet-zwangere vrouwen - SOA Organisaties: • Vakgroep Geneesmiddelenleer

Onderzoekers: • Jean Remon • Mario Vaneechoutte

Ontwikkeling van een DNA vaccin gebaseerd op het influenza A virus nucleoproteïne en het M2 eiwit Universiteit Gent Abstract: Het project beoogt de constructie en validering van een DNA vaccin waarbij een fusie tussen het ectodomein van het influenza A M2-eiwit en het nucleoproteïne tot expressie wordt gebracht door een constitutieve dierlijke promotor. De beschermende werking als profylactisch vaccin tegen influenza A infectie zal in het muismodel worden onderzocht. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Xavier Saelens • Nico Callewaert

Inhibitie van biofilm vorming op staal Universiteit Gent Abstract: Het doel van deze studie is om te bepalen welke materialen die gebruikt worden voor de productie van mariene viskooien resistent zijn tegen microbiële biofilmvorming. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse


Onderaannemingsovereenkomst voor het FND project nr. 06011: Oprichting van een consortium voor de ontwikkeling van nieuwe fyto-oestrogeen extracten Universiteit Gent Abstract: Doelstelling van dit project is het samenbrengen van onderzoeksgroepen en bedrijven met complementaire expertise op het gebied van het screenen naar nieuwe substraten die fyto-oestrogenen bevatten en het ontwikkelen van nieuwe extracten. Organisaties:

• Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Introductie van de chemische analyse in de microbiologie om interacties van poliovirus op het molecular niveau op te helderen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Door gebruik te maken van een celvrij systeem en capillaire electroforese zullen onopgeloste vraagstukken in verband met de structuur en de replicatie van het poliovirus, zoals de functie van sommige virale proteïnen, het mechanisme van de initiatie van proteïnen- en RNA synthese en de verschillende stappen in de morfogenese bestudeerd worden. Het moet toelaten om (i) subvirale partikels te detecteren die ontstaan tijdens de replicatiecyclus van poliovirus (morfogenese), (ii) interacties te bestuderen tussen het viraal genoom en subvirale partikels, die leiden tot het ontstaan van nieuwe virionen, (iii) interacties te onderzoeken tussen het viraal RNA en cellulaire proteïnen, (iv) interacties tussen virale en cellulaire proteïnen te beschouwen, (v) interacties tussen viraal RNA en virale proteïnen te volgen, waarbij telkens de stoichiometrie en affiniteit kan bepaald worden, en (vi) om nieuwe targets voor potentieel antivirale drugs te identificeren. Organisaties: • Analytische Scheikunde en Farmaceutische Technologie • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • BARTHOLOMEUS ROMBAUT • Yvan VANDER HEYDEN

Alternatieve replicasystemen voor picomaviridae: verdere ontwikkeling en exploitatie. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Vijftien jaar geleden werd voor het eerst een celvrij replicatiesysteem voor de "de novo" synthese van poliovirus ontwikkeld. Alhoewel dit in principe een "contradictio in terminis" is; virussen zijn immers obligaat intracellulaire parasieten, heeft dit systeem sinds zijn ontwikkeling reeds belangrijke bijdragen kunnen leveren in het onderzoek van poliovirus. Dit celvrije systeem kan geprogrammeerd worden met viraal RNA (zelfs in vitro aangemaakt) en na incubatie kan de vorming van infectieuze deeltjes worden aangetoond. In dit celvrij systeem is er rechtstreeks toegang tot de zogenaamde "replicatiemechanismen". Men hoeft geen rekening te houden met het passeren van celwand, de invloed van grote membraanstructuren, enz. Het celvrije systeem werd een belangrijk hulpmiddel in het oplossen van een aantal tot nu toe onopgeloste vraagstukken in verband met de structuur en de replicatie van picornavirussen. Tevens werd en wordt dit celvrij systeem aangewend om de aangrijpingspunten van een aantal antivirale middelen op een elegante manier te bepalen. Doel van dit onderzoeksproject is het celvrije systeem verder uit te bouwen : (1) diverse replicatiestappen van het poliovirus verder te ontrafelen; (2) de aangrijpingspunten van antivirale middelen (ter beschikking) op te sporen en te exploiteren. Tevens wensen we het celvrije systeem om te bouwen zodat ook andere picornavirussen kunnen bestudeerd worden. Bijzondere aandacht genieten : (3) de rhinovirussen (veroorzaken gewone verkoudheden) en (4) het TMEV virus, als muizenmodel voor Multiple Sclerosis (nieuwe topic in onze onderzoeksgroep). Dit onderzoek gebeurt in samenwerking met de onderzoeksgroep van E. Wimmer (SUNY at Stony Brook, NY, USA), die het systeem origineel ontwikkelde. Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie


Regulatie en functie van genen betrokken bij de virulentie van uropathogene Escherichia. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Uropathogene Escherichia coli (UPEC) vormen een subgroep van pathogene E. coli, die bij de mens urineweginfecties ('urinary tract infections' of UTI's) kunnen veroorzaken. Deze UPEC-infecties kunnen leiden tot cystitis (infectie van de blaas) en pyelonephritis (infectie van de nieren). De infecties treffen vooral vrouwen en zijn een probleem van groot medisch en economisch belang. Een aantal virulentiefactoren die bijdragen tot de pathogeniciteit van UPEC zijn reeds gekarakteriseerd (o.a. adhesiefactoren en toxines). De informatie over de betrokken virulentiefactoren en hun regulatie is echter verre van volledig. Het doel van dit project is een bijdrage te leveren tot de kennis van de regulatie en functie van de virulentiemechanismen van UPEC, waardoor verbeterde preventie- of behandelingswijzen van UTI's zouden kunnen ontwikkeld worden. Twee complementaire strategieën zullen hierbij toegepast worden. - Op basis van de gekende genoomsequenties van UPEC stammen zullen potentiële virulentiegenen geselecteerd worden. Na constructie van niet polaire deletiemutanten (via homologe recombinatie) zal de rol van deze genen door een reeks in vitro (o.a. agglutinatie testen, biofilmvorming, invasie en overleving in blaasepitheelcellen) en in vivo (muismodel) testen onderzocht worden. - Vermits er nog een groot aantal genen zijn waaraan geen functie kan worden toegekend, zullen door transposonmutagenese nieuwe bij de pathogeniciteit van UPEC betrokken genen geïdentificeerd worden. Dit zal gebeuren door het aanleggen van een bibliotheek van mutanten waarin een gen coderend voor een geëxporteerd eiwit werd uitgeschakeld door transposons die alkalisch fosfatase of ?-lactamase genfusies vormen. De bekomen mutanten zullen vervolgens in vitro en eventueel in vivo getest worden om hun mogelijke rol in het ziekteproces te achterhalen. Aan de hand van genfusies met een 'green fluorescent protein' reportergen zal de regulatie van de geïdentificeerde genen onderzocht worden. Organisaties: • Biologie • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • JEAN-PIERRE HERNALSTEENS • Veerle DEROUS

Beheer van antimicrobiële resistentie in het ziekenhuis en de verspreiding in de gemeenschap. (MOSAR) Universiteit Antwerpen Abstract: MOSAR is een vijf jaar durend (2007-2012), geïntegreerd Europees project dat deel uitmaakt van het Zesde Kaderprogramma. Tijdens dit project wordt vooral aandacht besteed aan de voornaamste multiresistente pathogenen voorkomend in Europese ziekenhuizen. De voornaamste doelstellingen van dit project is kennis te vergaren betreffende de transmissie van multiresistente bacteriën en strategiën te ontwikkelen om het ontstaan en de verspreiding van deze multiresistente pathogenen tegen te gaan. Om deze doelstellingen te verwezenlijken werden klinische studies gepland in diverse risicovolle ziekenhuis settings (intensieve zorgen, operatiekwartieren en rehabilitatie centra) in meer dan 30 ziekenhuizen/rehabilitatie centra in minstens 15 Europese lidstaten en Israël. Tijdens deze klinische studies zal de impact van snelle detectie van methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), vancomycin-resistant enterococci (VRE) en Enterobacteriaceae producing extended spectrum beta-lactamases (ESBL) onderzocht worden als strategie om antibiotica-resistantie in te dijken.

Aan de Universiteit van Antwerpen (UA) zullen commercieel beschikbare chromogene media en moleculaire methoden voor de detectie van MRSA, VRE en ESBLs uitvoerig gevalideerd worden, waarna de meest geschikte methoden geïmplementeerd zullen worden tijdens drie klinische studies uitgevoerd binnen MOSAR. Daarnaast zullen nieuwe, innovatieve moleculaire methoden ontwikkeld en gevalideerd worden in samenwerking met enkele kleine en middelgrote ondernemingen. Deze methoden zullen, na preklinische optimalisatie en validatie, gevalideerd worden in een klinische omgeving. Stammen ontvangen van de geïnculdeerde ziekenhuizen zullen gecollecteerd worden aan de UA en van deze stammen zal een databank gecreëerd worden. Alle deze stammen zullen gekarakteriseerd worden in samenwerking met de MOSAR partners en de epidemiciteit van MRSA en VRE zal bepaald worden. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Validatie van methodes voor het opsporen van nieuw opduikende ziekteverwekkende Escherichia coli - STECTRACK Universiteit Gent Abstract: Shigatoxine producerende E. coli (STEC) kunnen ernstige infecties veroorzaken. Een nieuwe detectiemethode voor serotypes O26, O103, O111, O145 en O157 (zowel sorbitol positieve als negatieve stammen) wordt verder geoptimaliseerd (multiplex PCR, IMS). De geoptimaliseerde methode zal gevalideerd worden dmv ringtesten om ze later toe te passen in STEC controle en preventie. Organisaties: • Vakgroep Veterinaire volksgezondheid en voedselveiligheid


Ontwikkeling van een nieuwe generatie acnemiddelen door innovatieve screening van plantenextracten en toepassing van micropartikeltechnologie Universiteit Gent Abstract: - Studie van de inhibitie door natuurlijke extracten van de vorming van biofilm door P. acnes - Opheldering van de actieve component van deze plantenextracten door het evalueren van de werkzaamheid (cfr hierboven) van gefractioneerde plantenextracten en hun zuivere actieve componenten. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse


Pathogenic Escherichia coli Network Universiteit Gent Abstract: Het netwerk brengt wetenschappers van EU en niet-EU landen samen te brengen, waarbij tijdens diverse meetings over diverse aspecten omtrent pathogene E. coli tijdens de productie van levensmiddelen wordt gediscussieerd. Deze activiteiten moet de samenwerking bij het onderzoek van deze pathogenen op internationaal niveau stimuleren. De conclusies van de meetings worden gebruikt bij het opstellen van technische rapporten, welk ter beschikking zullen worden gesteld aan alle partijen betrokken bij de productie van levensmiddelen. Organisaties: • Vakgroep Veterinaire volksgezondheid en voedselveiligheid


Mosquito vectors of disease: spatial biodiversity, drivers of change, and risk (MODIRISK). Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds ITG. UA levert aan ITG de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Marc Coosemans • Veerle Versteirt

Gedragsverandering van zorgverleners en publiek naar een meer voorzichtig gebruik van anti-microbiële agentia (CHAMP). Universiteit Antwerpen Abstract: Het doel van CHAMP (Changing behaviour of Health care professionals And the general public towards a More Prudent use of antimicrobial agents) is het doelmatig gebruik van antibiotica te bevorderen door efficiënte hulpmiddelen te ontwikkelen om gedrag van professionelen in de gezondheidszorg, patiënten in de eerste lijn en het algemene publiek in verband met het voorschrift en gebruik van antibiotica te veranderen. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Prefermentatie van sojakiemen door het equol-producerend microbieel consortium EPC4 Universiteit Gent Abstract: Optimalisatie van de parameters voor de in vitro fermentatie van daidzine in equol in een aangereikt extract van sojakiemen met behulp van een microbieel consortium, gekarakteriseerd als EPC4. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Development and enhancement of laboratory networks for avian influenza (FLU-LAB-NET)

Universiteit Gent Abstract: De recente H5N1 uitbraak heeft aangetoond dat er nood is aan goed uitgevoerde aviaire influenza diagnose en surveillance. FLU-LABNET wil informatie over influenza uitwisselen om aldus de harmonisatie en ontwikkeling van laboratoriumtechnieken te versterken, onderzoeksactiviteiten op elkaar af te stemmen en kennis te delen. Snel reageren en uitwisselen van data tijdens lokale en internationale uitbraken vormen een belangrijke speerpunt in het project. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


Wetenschappelijke evaluatie van de consumptie van antibiotica voor menselijk gebruik. (ESAC2-vervolg) Universiteit Antwerpen Abstract: Er zal getracht worden om de registratie van antibiotica in alle Europese landen te harmoniseren. Er zal een data collectie systeem ontwikkeld worden met gestandaardiseerde gegevens betreffende antibioticaverbruik in de verschillende Europese landen, uitgedrukt in volume en kostprijs, afzonderlijk voor de ambulante en de hospitaalsector. Bovendien zal deze databank ook gegevens bevatten ivm determinanten van antibioticagebruik, kwaliteitsindicatoren voor het opzetten van een degelijk antibioticabeleid, strategieën om het antibioticagebruik te beperken en een referentielijst van lopende projecten en gepubliceerde studies op nationaal en internationaal niveau. Zowel wetenschappers als gezondheidsdiensten zullen de databank kunnen raadplegen om verbruiksgegevens te koppelen aan resistentiepatronen en om de resultaten van interventies op het antibiotica gebruik te kunnen evalueren. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Nieuwe strategieën voor de behandeling van HCV infecties KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Johan Neyts • Jan Paeshuyse • Susan Obeid

Oxidatieve stress en ontsteking: centrale rol in cardiovasculaire aandoeningen en infectieziekten. Universiteit Antwerpen Abstract: Oxidatieve stress wordt beschouwd als belangrijke factor bij inflammatie maar het is moeilijk om vrije radicalen zoals reactieve zuurstofmetabolieten (ROS) en stikstofoxide (NO¿) rechtstreeks te kwantificeren. De specifieke objectieven in dit project omvatten: 1/ validatie voor in vitro kwantificering van ROS en NO¿ met 'electron paramagnetic resonance (EPR)'; 2/ met moderne microscopische technieken vast te stellen welke celtypen verantwoordelijk zijn voor hun vorming en 3/ met deze innoverende technologie hun bijdrage te onderzoeken bij inflammatoire processen en macrofaagfunctie, met bijzondere focus of atherosclerose, endotheeldysfunctie en intracellulaire infecties. Organisaties: • Translationeel pathofysiologisch onderzoek (TPR)

Onderzoekers: • Dirk Adriaensen • Louis Maes • Christiaan Vrints • Hidde Bult

Stabiliteit van geselecteerde probiotica in de maag en dunned arm en hun evaluatie in de TWINSHIME setup Universiteit Gent Abstract: In dit experiment werd de overleving van geselecteerde probiotica in specifieke matrices geëvalueerd in een in vitro setup. Tevens werd de stabiliteit en efficiëntie van de probiotica in het maag-darm stelsel getest in een lange termijn proef met behulp van de TWINSHIME setup. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Wetenschappelijke evaluatie van de consumptie van antibiotica voor menselijk gebruik (ESAC-3). Universiteit Antwerpen Abstract: Het doel van het ESAC (European Surveillance of Antimicrobial Consumption) project is het collecteren van antibioticaconsumptiegegevens en dit afzonderlijk in de ambulante praktijk en de ziekenhuissector. Er nemen 34 landen deel aan het project, waarvan alle 27 EU lidstaten, 3 EEA/EFTA landen en 3 kandidaatlanden (Kroatië, Macedonië en Turkije). Daarnaast zal het project tevens antibioticaconsumptiegegevens verzamelen afkomstig van specifieke verbruikersgroepen in die landen waar dit type data beschikbaar zijn. Hiertoe zijn er 4 subprojecten die focussen op de ambulante praktijk, ziekenhuizen, rusthuizen en socio-economische determinanten. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


IOFm/07/005 Christ Frauke. KU Leuven Abstract: Ontwikkeling van nieuwe anti-HIV geneesmiddelen gericht tegen cofactoren, inzonder LEDGF/p75. Organisaties: • Moleculaire Virologie en Gentherapie

Onderzoekers: • Zeger Debyser • Frauke Christ

Antibiotica resistentie- en tolerantie-mechanismen en eventuele fitheidkosten in streptokokken die luchweginfecties verwekken. Universiteit Antwerpen Abstract: Het doel van dit onderzoeksproject is 1. Onderzoek naar baseline resistentie en verandering veroorzaakt door amoxicilline versus placebo therapie aan de hand van het model van de oropharyngeale steptokokken bij patiënten met CA(community-acquired) LLWI en onderzoek naar de mechanismen van fenotypische tolerantie. 2. Onderzoek naat telithromycine resistentiemechanismen in SPY 3. Bepalen van de fitheid kost en opsporen van eventuele compenserende mutaties in macrolide/telithromycine-resistente SPY en amoxicilline-resistente SPN. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Herman Goossens • Surbhi Malhotra

Emissie, vorming en verspreiding van ultrafijne deeltjes. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds VITO. UA levert aan VITO de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract. Organisaties: • Milieu Ecologie en Microbiologie (ENdEMIC) • Duurzame energie en luchtzuivering: DUeL

Onderzoekers: • Karl C M Vrancken • Irina Nikolova

Studie van de intestinale mucosale respons en oxidatieve stress op het verloop van Giardia duodenalis infecties. Universiteit Antwerpen Abstract: Het project beoogt fundamenteel onderzoek op Giardia met betrekking tot: 1/ de mucosale interacties tussen parasiet en gastheer aan de hand van in vitro en in vivo modellen en 2/ de intestinale pathogenetische factoren (virulentie, inflammatie, motiliteit, e.a. ) die het klinische verloop van de infectie beïnvloeden. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Louis Maes • Ely Bénéré

Analyse en inductie van T cel gemedieerde protectieve immuniteit bij HIV patiënten onder antivirale therapie. Universiteit Antwerpen Abstract: Het voorgestelde doctoraatsproject kadert in het onderzoek van de eenheid Virologie rond de ontwikkeling van immunotherapie met dendritische cellen bij HIV geïnfecteerde personen onder hoog actieve anti-retrovirale therapie (HAART). De doelstellingen zijn de volgende: 1) Definiëren van de correlaten van protectieve T cel immuniteit bij "secundaire controllers", patiënten die HIV blijvend onderdrukken na het stoppen van HAART. 2) In vitro inductie van protectieve responsen op basis van co-cultuur van T cellen en dendritische cellen (DC), getransfecteerd met m-RNA van autoloog HIV. 3) In vivo evaluatie van de veiligheid en immunogeniciteit van DC in een SIV-makakenmodel en in een fase 1 studie bij HIV patiënten onder HAART. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Guido Vanham • Philippe Selhorst

Auxine biosynthese en stikstoffixatie in plant-geassocieerde Burkholderia. Universiteit Antwerpen Abstract: Met dit project willen we nagaan of er een verband bestaat tussen de aanwezigheid van twee eigenschappen die vaak een belangrijke rol spelen in andere bekende plant-bacterie interacties, nl. N2 fixatie en IAA productie, en de soort interacties die de betreffende Burkholderia kunnen aangaan met hogere planten. In dit project zullen we voornamelijk de nadruk leggen op plantgeassocieerde Burkholderia. Organisaties: • Plantengroei en -ontwikkeling

Onderzoekers: • Els Prinsen • Daan Van Elst

Studie van de synthese en van de functie van mycobacterieel ManLAM in interactie met fagocyten Universiteit Gent Abstract: We hebben een M. bovis BCG transposon insertie bibliotheek gegenereerd. Enerzijds zal het celwand glycoprofiel van de BCG mutanten gekarakteriseerd worden. Daarnaast zal de rol van ManLAM in het bepalen van de immuunrespons na Mycobacterium infectie van de gastheer worden gekarakteriseerd. Het ultieme doel is de verworven kennis te gebruiken voor de ontwikkeling van nieuwe drugs en/of een verbeterd tuberculosis vaccine. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Nico Callewaert

Metabolisch potentieel van humaan intestinale microbiota t.a.v. oraal opgenomen arseen en consequenties voor de microbe-gastheer interactie

Universiteit Gent Abstract: Dit onderzoek zal leiden tot een meer complete risico-evaluatie bij orale blootstelling van arseen. Een nieuwe in vitro module met de cocultuur van micro-organismen en Caco-2 cellen zal unieke en nieuwe informatie opleveren mbt As speciatie wijzigingen. Het ophelderen van het mechanisme achter microbieel As metabolisme in de spijsvertering kan leiden tot strategieën die de risico?s van orale As-blootstelling beperken. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie

Onderzoekers: • Nico Boon

Diversiteit en evolutie van bacteriële symbionten in de Siphonocladales (Chlorophyta) en hun effecten op groei en morfogenese van de gastheer Universiteit Gent Abstract: Dit project heeft tot doel om de bacteriële diversiteit van de epi- en endofytische microflora van Siphonocladales te karakteriseren, inzicht te verwerven in de gastheerspecificiteit van de zeewiergeassocieerde bacteriën en te onderzoeken of deze bacteriën strikt obligaat, dan wel facultatief geassocieerd zijn met de algen, co-evolutionaire processen tussen de bacteriële symbionten en de gastheren te bestuderen en effecten van bacteriële symbionten op de groei en morfogenese van de siphonocladale gastheren te onderzoeken. Organisaties: • Vakgroep Biologie

Onderzoekers: • Olivier De Clerck

Invloed van prebiotica op pre-emptieve kolonisatie en resulterende bescherming tegen bacteriële infecties van de darm in een geoptimaliseerd in vitro model Universiteit Gent Abstract: Voordat intestinale pathogenen infecties kunnen veroorzaken, moeten ze eerst aan de mucuslaag hechten en deze doordringen om zo het epithelium te koloniseren. Een weinig bestudeerd effect van prebiotica is hun potentieel om de aanhechting van pathogenen te verminderen. Voor dit onderzoek zullen een aantal in vitro methoden ontwikkeld worden zoals de uitbreiding van de SHIME met een module die de darmwand nabootst. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Bioveilig cholera toxine als afleveringsysteem voor CTL peptide epitopen Universiteit Gent Abstract: Het doel van dit project is om chimere recombinante eiwitten bestaande uit een Chlorea toxine-CTL epitoop te produceren en karakteriseren. De mogelijkheid om door immunisatie met dergelijke eiwitten CTL-epitoop een epitoop-specifiek en effectief cellulair immuunantwoord op te wekken, zal worden nagegaan. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Rudi Beyaert

In situ conditioning van baggerspecie en minerale slibs Universiteit Gent Abstract: Bagger- en ruimmateriaal bevat vaak een behoorlijke hoeveelheid organisch materiaal, dat bij anaerobe omstandigheden (als gevolg van compacte opslag) door natuurlijke microbiologische activiteit omgezet wordt in biogas. Gasproductie in opgeslagen sediment is nefast voor snelheid van consolidatie, finale steekvastheid en stabiliteit, en broeikasgasemissie. In het project wordt gezocht naar technieken om 1) gasophoping te voorkomen en 2) versnelde consolidatie te bewerkstelligen. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


De bijdrage van ectomycorrhiza fungi aan de Fe-nutritie van gastheerplanten Universiteit Hasselt Abstract: Het voorliggende contract betreft een FWO-aspirantschap van Jan Wevers onder promotorschap van prof. dr. J. Colpaert voor de periode van 01.10.2007 tot 30.09.2009. Het doctoraatsproject wil de functionele diversiteit bij ECM fungi in kaart brengen voor wat betreft Fe-opname en transfer naar de gastheerplant, de grove den. Tegelijk bepalen we de invloed van toxische Zn concentraties op de Fe-nutritie van de gemycorrhizeerde gastheer. Enerzijds wordt een veldstudie geprogrammeerd waarbij Fe- en Zn-opname en fractionering in dennen wordt bestudeerd in goed gekarakteriseerde proefpercelen langs een Zn-gradiënt in Noord-Limburg. Anderzijds worden labo experimenten omgezet om de Fe- en Zn-fluxen in gemycorrhizeerde planten te karakteriseren. In een laatste fase zal onderzocht worden welke mechanismen verantwoordelijk zijn voor de opname van Fe in geselecteerde ECM fungi. Organisaties: • Milieubiologie • Centrum voor Milieukunde

Onderzoekers: • Jan COLPAERT

Inventarisatie en evaluatie van de impact op het milieu van het Antarctica onderzoeksstation "Princess Elisabeth" Universiteit Gent Abstract: Het doel van ANTAR-IMPACT is bij te dragen tot de evaluatie van de impact van de bouw en de werking van het Belgische onderzoeksstation "Princess Elisabeth" (Oost-Antarctica) op het milieu, door concreet de referentiegegevens te leveren mbt de bestaande (microbiële) biologische diversiteit voorafgaand aan de bouw van het onderzoeksstation. De resultaten zullen overgemaakt worden aan het "Comittee for Environmental Protection". Organisaties: • Vakgroep Biologie

Onderzoekers:

• Wim Vyverman • Anne Willems

Meting van de HBsAg-specifieke cellulaire T-cel en B-celimmuniteit op lange termijn bij volwassenen, na vaccinatie tegen hepatitis B. Universiteit Antwerpen Abstract: Hepatitis B is een infectieziekte die wereldwijd voorkomt en die een substantiële morbiditeit en mortaliteit veroorzaakt. Recent onderzoek schat dat wereldwijd 1/3 van de mensen ooit zijn blootgesteld aan het hepatitis B virus (HBV), dat er 367 miljoen dragers zijn van HBV en dat hepatitis B elk jaar 600.000 overlijdens veroorzaakt. Nochtans kan hepatitis B door vaccinatie worden voorkomen. De Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) roept dan ook sinds 1997 op om hepatitis B vaccinatie overal op te nemen in de basisvaccinatieprogramma's. Op basis van de beschikbare gegevens over het voortbestaan van vaccin-geïnduceerde antistoffen en over de onderliggende cellulaire immuniteit opgewekt door vaccinatie, en op basis van de afwezigheid van rapporten van klinische hepatitis B gevallen bij gevaccineerden, kwam een groep experten in 2000 tot de consensus dat herhalingsvaccinaties tegen hepatitis B niet noodzakelijk zijn. Zij gaan ervan uit, tot bewijs van het tegendeel, dat de vaccins levenslange bescherming bieden, op voorwaarde dat een adequaat immuunantwoord na volledige vaccinatie werd aangetoond bij een gezonde persoon. Toch is de exacte duur van bescherming na vaccinatie niet gekend, ondanks het feit dat hepatitis B vaccins al meer dan 20 jaar beschikbaar zijn. Gezien de universele vaccinatie tegen hepatitis B momenteel in 168 landen wordt uitgevoerd (voornamelijk bij pasgeborenen en zuigelingen), is kennis over de duur van bescherming op dit ogenblik erg belangrijk. Dit onderzoeksproject wil bijdragen tot deze kennis, door de hoeveelheid anti-HBs antistoffen te bepalen bij gevaccineerde volwassenen, minstens 5 jaar na de laatste dosis hepatitis B vaccin, aan de hand van een tijdsreeks (tot 15 jaar) van bloedstalen van volwassenen die volledig gevaccineerd zijn tegen hepatitis B. Daarnaast willen we in dit project bij deze gevaccineerde volwassenen ook (1) het hepatitis B specifieke immuungeheugen bepalen, zowel op het niveau van anti-HBs producerende B-lymfocyten als op het niveau van hepatitis B specifieke T-helper type 1 en type 2 geheugen T-lymfocyten en (2) de seroconversie voor anti-HBc en HBsAg bepalen tijdens de follow-up periode. Aan de hand van deze gegevens zullen we nagaan welke variabelen de HBsAg-specifieke cellulaire immuniteit kunnen verklaren, en de correlatie tussen humorale en cellulaire immuniteit bestuderen. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Koen Van Herck

Het beleid van lage luchtweginfecties in de huisartsenpraktijk optimaliseren op basis van etiologisch, diagnostisch, prognostisch en interventie-onderzoek. Universiteit Antwerpen Abstract: Algemene doelstelling: Met een Vlaams huisartsennetwerk deelnemen aan GRACE. Specifieke doelstellingen: 1. Bepalen van het aandeel bacteriële LLWI. 2. Beschrijven van de belangrijkste bacteriële verwekkers en nagaan in welke mate ze resistent zijn tegen eerstelijnsantibiotica. 3. Nagaan of de CRB-65 beslisregel toelaat het risico op complicaties in te schatten bij patiënten met LLWI. 4. Beschrijven en vergelijken van aanwezige richtlijnen over LLWI. 5. Het ontwikkelen van een evidentiepakket voor een doelgerichter antibioticabeleid bij LLWI in de eerste lijn en nagaan of de implementatie van dit model effectief is. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Samuel Coenen • Herman Goossens • Paul Van Royen

Mechanismen van protectieve immuniteit bij HIV-1 geïnfecteerde personen na een periode van antiretrovirale therapie. Universiteit Antwerpen Abstract: Basishypothese: Bij "secundaire controllers" hebben HAART en het imuunsysteen samen virale mutaties in Gag, Pol en/of Env geïnduceerd, die een sterk verminderde virale fitness en immuun protectie tot gevolg hebben. Sommige mutaties hebben namelijk specifieke neo-epitopen gegenereerd, die kruis-reagerende en polyfunctionele T cel responsen tegen Gag-Pol hebben geïnduceerd en/of breed-kruis-neutraliserende antistoffen tegen Env. Deze immuunresponsen en de geassocieerde normalisatie van pathologische immuunactivatie en -dysfunctie zijn bruikbare correlaten van protectie. De neo-epitopen zijn ook goede kandidaten voor immunotherapie. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Bewijs voor een Nieuwe Efflux Pomp die Telithromycine-Resistentie in Macrolide-Resistente Streptococcus pyogenes medieert. Universiteit Antwerpen Abstract: Telithromycine (Tel) is een nieuw macrolide dat ontwikkeld werd om macrolide-resistente pathogenen te bestrijden. Tel resistentie (Tel-R) is echter verschenen in enkele S. pyogenes die het erm(B) methylase bevatten. We hebben Tel efflux, gemedieerd door een reserpine-gevoelige pomp, aangetoond bij S. pyogenes met hoog niveau Tel-R die ook erm(B) bevatten. Gen-expressie studies zullen de bijdrage van deze efflux pomp tot Tel-R vaststellen. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Surbhi Malhotra

Studie naar de chemische en microbiologishce factoren die de corrosie van ballasttanks aan boord van koopvaardijschepen induceren. Universiteit Antwerpen Abstract: Corrosie in ballast tanks is een zeer specifieke materie, die door verschillende factoren beïnvloed wordt. Dit resulteert in meerdere corrosievormen, die elk hun eigen invloeden hebben. Het project is ingedeeld in 3 werkpakketten. De bedoeling van het eerste pakket is het formuleren van een protocol van inspectie, het opstellen van

een dataformulier en het maken van een doe-het-zelf kit voor staalname. In een 2e fase zullen stalen aan boord worden genomen. Chemische parameters en microbiologische consortia zullen worden geïdentificeerd. Het derde pakket zal door middel van multivariate statistiek een hypothese formuleren ivm de oorzaken van corrosie. Organisaties: • Milieu Ecologie en Microbiologie (ENdEMIC) • Duurzame energie en luchtzuivering: DUeL

Onderzoekers: • Geert Potters • Silvia Lenaerts • Raf Dewil

Beschermende gastro-intestinale effecten van melkvetglobulemembraan (MVGM)-glycoproteïnen. Universiteit Antwerpen Abstract: De doelstelling van dit project is het bekomen van een reeks goed gekarakteriseerde fracties, aangerijkt met MVGM-glycoproteïnen, die potentieel kunnen gebruikt worden tegen H. pylori omwille van hun anti-adhesie en/of antimicrobiële effecten. Hierbij aansluitend zullen deze fracties eveneens gekarakteriseerd worden met betrekking tot hun resistentie tegen gastro-intestinale vertering en, in het geval van een lage verteerbaarheid, met betrekking tot mogelijke effecten op de samenstelling en bioactiviteit van de microbiota in de dikke darm. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)


Analyse van Promyelocytic Leukemia Nuclear Bodies (PML-NBs) gedurende virusinfectie: toepassing TAP methode en nagaan van een nieuwe strategie voor detectie van eiwit-eiwit interacties. Universiteit Antwerpen Abstract: Het is de bedoeling van dit project de samenstelling en dynamiek van Promyelocytic Leukemia protein-Nuclear Bodies (PML-NBs) te bestuderen gedurende VSV of HIV virusinfectie en dit dmv de Tandem Affinity Purification (TAP) methodologie. Daarenboven wensen we zelf een techniek voor de identificatie van partnereiwitten te ontwikkelen welke een aantal nadelen van de huidige technologieën omzeilt en die tevens toegepast kan worden op de PML-NBs. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)

Onderzoekers: • Xaveer Van Ostade • Ellen Van Damme

Geïntegreerd onderzoek naar vaccins en infectieziekten. Universiteit Antwerpen Abstract: De behandeling en preventie van bacteriële en virale infecties is de focus van het Methusalem-project VAXINFECTIO. Hierbij komen antibioticaresistentie, anti-tumor afweerreacties bij witte bloedcellen, de evaluatie van vaccinaties en de socio-economische aspecten van antibioticagebruik aan bod. Het Vaccin- en Infectieziekten Instituut (Vaxinfectio) van de Universiteit Antwerpen - bestaande uit het Laboratorium voor Medische Microbiologie (LMM), het Laboratorium voor Experimentele Hematologie (LEH) en het Centrum voor de Evaluatie van Vaccinaties (CEV) - werkt hierbij nauw samen met het Centrum voor Statistiek van de Universiteit Hasselt. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Pierre Van Damme • Zwi Berneman • Herman Goossens

Diversiteit, antimicrobiële gevoeligheid en virulentiemechanismen van Helicobacter suis, een pathogeen agens bij varkens met zoönotisch belang Universiteit Gent Abstract: Helicobacter suis is de meest frequent voorkomende gastrale non-Helicobacter pylori Helicobacter bij mensen met maagklachten. De kiem wordt ook geassocieerd met maagzweren en gastritis bij varkens maar de precieze rol van H. suis bij deze maagproblemen van varkens is niet duidelijk. De genomische diversiteit, de antimicrobiële gevoeligheid en de virulentiemechanismen van H. suis zullen worden bestudeerd. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Richard Ducatelle • Freddy Haesebrouck

Vaginale microflora en bacteriële vaginose in relatie tot vroegtijdige geboorte Universiteit Gent Abstract: De studie heeft als doel om de rol van de vaginale microflora in verloskundige en gynaecologische infectieziekten te onderzoeken en om bij te dragen tot de vermindering van de incidentie van infectie-gemedieerde vroeggeboorte. Meer specifiek worden microbiële verstoringen van de vaginale econiche ontrafeld en de pathogene rol van bepaalde bacteriesoorten in vroeggeboorte bepaald. Organisaties: • Vakgroep Klinische biologie, microbiologie en immunologie

Onderzoekers: • Geert Claeys • Mario Vaneechoutte • Marleen Temmerman

Cementgebonden materialen met zeflhelende werking door middel van bacteriën, polymeren of puzzolanen Universiteit Gent Abstract: Doelstelling van het project is om zelfheling van scheuren in betonconstructies te bekomen door gebruik van calcium carbonaat precipiterende micro-organismen, door introductie van polymeren of harsen, of door activering van de puzzolane reactie bij hoog volume vliegas beton.

Organisaties: • Vakgroep Bouwkundige constructies

Onderzoekers: • Patric Jacobs • Willy Verstraete • Joris Degrieck • Nele De Belie

Introductie van analytische scheidingstechnieken in de virologie om interacties op moleculair vlak bij picornaviridae op te helderen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Door gebruik te maken van het celvrij systeem voor de aanmaak van virusmateriaal en initieel CE als scheidingstechniek, willen wij onopgeloste vraagstukken in verband met de structuur en de replicatie van picornavirussen, zoals de functie van sommige virale proteïnen, het mechanisme van de initiatie van proteïnen- en RNA synthese en de verschillende stappen in de morfogenese bestuderen. Het moet ons eveneens in staat stellen om - naast de onderwerpen die hoger werden aangehaald - (i) subvirale partikels te detecteren die ontstaan tijdens de replicatiecyclus van picornavirussen (morfogenese), (ii) interacties te bestuderen tussen het viraal genoom en subvirale partikels, die leiden tot het ontstaan van nieuwe virionen, (iii) interacties te onderzoeken tussen het viraal RNA en cellulaire proteïnen, (iv) interacties tussen virale en cellulaire proteïnen te beschouwen, (v) interacties tussen viraal RNA en virale proteïnen te volgen, waarbij telkens de stoichiometrie en affiniteit kan bepaald worden, en (vi) bijgevolg aangrijpingspunten te vinden voor potentiële antivirale geneesmiddelen. Zoals reeds aangehaald kunnen de virale componenten slechts gedetecteerd worden nadat zij fluorescent gelabeld zijn, ofwel door een derivatisatie-reactie met een fluorofoor ofwel door intercalatie met een fluorofoor. Een probleem kan zich stellen wanneer men in een complex mengsel van proteïnen in het celextract de de novo gesynthetiseerde virale moleculen moet detecteren omdat de reactie niet specifiek is. In het verleden werden er radioactieve precursoren toegevoegd waarbij vervolgens op een relatief eenvoudige manier de geïncorporeerde radioactiviteit kon gemeten worden die slechts aanwezig was in de novo gesynthetiseerde virale moleculen. Om het gebruik van radioactiviteit af te bouwen en omdat het praktisch moeilijk of niet haalbaar is om de radioactiviteit van monsters te meten bij CE, willen we graag het gebruik van niet-natuurlijke aminozuren introduceren in de moleculaire virologie. Tot nu toe waren onderzoekers beperkt tot het gebruik van de 20 natuurlijk voorkomende aminozuren (al of niet radioactief gemerkt). Maar vorderingen in de chemische biologie bieden ons nu de toegang tot een breder arsenaal van aminozuren die chemisch gewijzigd werden. Afhankelijk van de chemische modificatie kunnen deze aminozuren bij verschillende toepassingen gebruikt worden. Zij kunnen ingezet worden bij de detectie van virale proteïnen, ofwel omdat zij reeds verbeterde fluorescerende eigenschappen bezitten, zoals het 5-hydroxy-L-tryptofaan [15], ofwel omdat zij nieuwe reactieve groepen, zoals alkynen, bezitten die het mogelijk maken om proteïnen selectief fluorescent te labelen. Een andere mogelijkheid bestaat erin om fotoactiveerbare crosslinkers bij leucine en methionine [16] te introduceren om proteïne-proteïne interacties beter te bestuderen. Het interessante aan deze niet-natuurlijke aminozuren is dat wanneer zij geïncorpeerd worden, het proteïne zijn activiteit en functionaliteit behoudt. Zowel bij gebruik van fluorescentielabelling, derivatisatie als bij de introductie van niet-natuurlijke aminozuren moeten de analytische CE bepalingen geoptimaliseerd worden. Dat geldt evenzeer voor de voorwaarden waaronder de (derivatisatie) reacties uitgevoerd worden. Dergelijke optimalisaties zullen binnen dit project eveneens beschouwd worden. We denken hierbij aan een aanpak gebaseerd op het gebruik van experimentele designs. Organisaties: • Analytische Scheikunde en Farmaceutische Technologie • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie


Wisselwerkingen tussen RNA-polymerase moleculen, regulatorische processen en DNA-topologie bij het tandem paar van promotors van het Carbamoylfosfaatsynthese operon carAB van Escherichia coli. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het E. coli carAB operon dat codeert voor carbamoylfosfaatsynthase wordt afgeschreven vanaf twee promoters in tandem. De proximiteit van de twee promoters en het feit dat een elongerende polymerase de topologie van het DNA tijdelijk wijzigt laten veronderstellen dat initiatie aan carP1 en P2 geen onafhankelijke processen zijn. Topologische koppeling werd reeds vroeger aangetoond in E. coli. Momenteel is echter niet geweten in welke mate de car promoters mekaar beïnvloeden (hinderen/stimuleren). Bovendien lijkt P1 een stringent promoter te zijn. Stringent promoters worden meetal gestimuleerd door negatieve supercoiling. Om de werking van de twee promoters en hun wisselwerkingen beter te begrijpen zal een systematische analyse ondernomen worden van de P1 en P2 activiteiten in vivo en in vitro. Daarbij zullen verschillende constructen gebruikt worden met één enkele of de twee promoters, alsook varianten met een verschillende afstand tussen de promoters. In vitro transcriptie (single en multiple round) zullen uitgevoerd worden met lineaire en supercoiled templates, en in verschillende condities, met en zonder toevoeging van regulatorische proteïnen en effectoren. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Bepaling van de genoomsequentie van de azijnzuurbacterie Acetobacter pasteurianus 368B afkomstig van het cacaoboonfermentatieproces. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Artisanaal gefermenteerde levensmiddelen kennen de laatste jaren een verhoogde interesse, zowel vanuit het kamp van de consument als vanuit de wetenschap. Deze interesse houdt verband met de grote verscheidenheid aan smaak en aroma, textuur en verlengde houdbaarheid van dergelijke levensmiddelen. Deze eigenschappen zijn vooral toe te schrijven aan de aanwezigheid van melkzuurbacteriën (MZB) en azijnzuurbacteriën (AZB). Recent onderzoek naar de biodiversiteit van het cacaoboonfermentatieproces toont aan dat slechts enkele species in belangrijke mate een bijdrage leveren aan de fermentatie, waaronder de MZB Lactobacillus plantarum en Lactobacillus fermentum en de AZB Acetobacter pasteurianus. Dit project heeft tot doel om de eerste genoomsequentie van het genus Acetobacter te bapelen, meer bepaald van A. pasteurianus 386B, een eigen, natuurlijk isolaat afkomstig van een spontaan cacaoboonfermentatieproces in Ghana. Hiertoe zal gebruik gemaakt worden van een combinatie van een innovatieve sequentiemethode ontwikkeld door 454 Life Sciences en de klassieke Sanger-sequentiemethode. De genoomsequentie biedt een unieke opportuniteit om het genetisch potentieel te ontrafelen en zo een beter beeld te krijgen van de functionaliteit en competitiviteit van A. pasteurianus in complexe ecosystemen. Op basis van de genoomsequentie zal een AZB-microrooster ontwikkeld worden, wat een uniek en waardevol onderzoeksinstrument zal zijn om de genexpressie te bestuderen in complexe AZB-ecosystemen. Hierdoor zullen we een beter beeld krijgen van de biodiversiteit, het metabolisme en de ecologie van AZB in artisanaal gefermenteerde levensmiddelen, de productie van fijnchemicaliën en voedselbederf. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • STEFAN WECKX

Fysiologie en regulatie van de lysine/arginine biosynthese bij het hyperthermoacidofiel crenarchaeon Sulfolobus solfataricus. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Lysine wordt op twee manieren gesynthetiseerd: (i) via de diaminopimelaat pathway die gebruikt wordt door de meeste bacteriën en planten, (ii) via de alpha-aminoadipaat weg (AAA) die voorkomt bij schimmels en gisten. Bij de thermofiele bacterie Thermus thermophilus werd een variante van de AAA pathway ontdekt waarbij de omzetting van AAA tot lysine totaal verschillend is maar gelijkaardig verloopt aan de omzetting van glurtamaat tot ornithine in de arginine biosynthese. Een gelijkaardige pathway zou op basis van in silico studies ook kunnen voorkomen in de hyperthermoacidofiele crenarchaeoot Sulfolobus solfataricus, waar deze enzymen een dubbele rol zouden kunnen uitoefenen in de biosynthese van arginine en van lysine, dit in tegenstelling tot Themus, waar de beide patways naast mekaar bestaan. Om uit te maken hoe de biosynthese van deze aminozuren verloopt in S. solfataricus zullen knock-out mutanten van S. solfataricus gebouwd worden, genen zullen geamplificeerd worden, tot overexpressie gebracht in E. coli en de gezuiverde recombinante eiwitten gekarakteriseerd. Verder zal de LysM-afhankelijke genexpressie verder bestudeerd worden. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Microbiële elektrolyseur. Universiteit Antwerpen Abstract: Microbiële elektrolyseur. Organisaties: • Departement Biologie - overige • Duurzame energie en luchtzuivering: DUeL

Onderzoekers: • Ludo Diels • Deepak Pant

Een geïntegreerd platform dat theranostische toepassingen mogelijk maakt in de eerstelijn gezondheiszorg. (TheraEdge) Universiteit Antwerpen Abstract: TheraEDGE (Een geïntegreerd platform dat theranostische toepassingen op het punt van primaire zorg mogelijk maakt) is een geïntegreerd project dat gedurende vier jaar ondersteund wordt door de Europese Commissie als deel van FP7, ICT- Informatie en Communicatie Technologieën, Objectief ICT-2007.5.1 (Persoonlijke Gezondheidssystemen voor Monitoring en Point-of-Care Diagnostiek). Dit project heeft als doel, organismen die aan de basis liggen van CA-LLWI (Community acquired lagere luchtweginfecties) snel te detecteren en resistentieprofielen tegen antibiotica die vaak gebruikt worden voor de behandeling van CA-LLWI te identificeren. Een diagnostisch systeem, dat gebaseerd is op single molecule detectie, zal ontwikkeld worden voor de snelle diagnose en behandeling van LLWI op het punt van primaire zorg. Het Laboratorium voor Medische Microbiologie (UA) leidt twee werkpakketten in TheraEDGE, Klinische definitie/validatie en Bioassay ontwikkeling. Bij de Klinische definitie/validatie zal het TheraEDGE toestel gevalideerd worden door de analytische specificiteit, sensitiviteit en reproduceerbaarheid ervan te beoordelen en zijn prestaties op klinische specimens te testen in vergelijking met de beste conventionele methoden die beschikbaar zijn. In het kader van de Bioassay ontwikkeling zal een selectie gemaakt worden van de meest relevante etiologische agentia van CA-LLWI en geassocieerde antibioticaresistenties. Daarnaast zullen probes ontwikkeld worden tegen verscheidene targets voor de specifieke detectie van pathogenen die CALLWI veroorzaken en tenslotte zullen deze probes gevalideerd worden voor het lab-on-a-chip concept. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Preventie van de overdracht van EHEC uit het reservoir van runderen van het vleestype naar de mens Universiteit Gent Abstract: Studie naar het voorkomen van EHEC op vleesveebedrijven met behulp van bacteriologische en serologische analysetechnieken. Analyse van risicofactoren die mogelijks het voorkomen op bedrijven beïnvloeden. Vervolgens zal een longitudinale onderzoek uitgevoerd worden op een beperkt aantal bedrijven. Daartoe zullen dieren vanaf de geboorte tot het slachten opgevolgd worden. Kwantitatieve technieken zullen gebruikt worden om supershedders op te sporen. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


Preventie van de overdracht van EHEC uit het reservoir van runderen van het vleestype naar de mens Universiteit Gent Abstract: Studie naar het voorkomen van EHEC op vleesveebedrijven met behulp van bacteriologische en serologische analysetechnieken. Analyse van risicofactoren die mogelijks het voorkomen op bedrijven beïnvloeden. Vervolgens zal een longitudinale onderzoek uitgevoerd worden op een beperkt aantal bedrijven. Daartoe zullen dieren vanaf de geboorte tot het slachten opgevolgd worden. Kwantitatieve technieken zullen gebruikt worden om supershedders op te sporen. Organisaties: • Vakgroep Veterinaire volksgezondheid en voedselveiligheid


Determining the efficacy of TH-302 for treating multiple myeloma employing the 5T33MM mice model. Vrije Universiteit Brussel Abstract: CONFIDENTIAL Organisaties: • Immunologie en Microbiologie


Identificatie van het immuunmechanisme en toepassing van een universeel influenza vaccin Universiteit Gent Abstract: Aan de hand van in vitro en in vivo studies zal het immuunmechanisme dat nodig en voldoende is voor de bescherming door een universeel influenza vaccin, worden geïdentificeerd. Daarnaast zal het vaccin verder klinisch worden ontwikkeld in samenwerking met een farmaceutisch bedrijf dat actief is op de vaccinmarkt. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Xavier Saelens

Een sterk geïntegreerde optische sensor voor point of care identificatie van bacteriën die sepsis veroorzaken en bepaling van het antibiotica resistentieprofiel. (InTopSens) Universiteit Antwerpen Abstract: InTopSens heeft tot doel de ontwikkeling van snelle fotonische ongelabelde biosensoren met detectielimieten onder 1 pg/mm2. Door de integratie van verschillende biosensoren op een ongelabelde biochip wordt de identificatie van bacteriën die sepsis veroorzaken mogelijk gemaakt alsook de determinering van hun antibioticumresistentieprofiel. Sepsis wordt gekenmerkt door meervoudig orgaanfalen resulterend in de dood. Binnen de Europese Unie wordt geschat dat sepsis € 7,6 miljard aan gezondheidszorg kost en per jaar 146 000 levens eist. De voornaamste remedie tegen sepsis bestaat uit een snelle diagnose gevolgd door een geschikte antibioticumbehandeling. De momenteel beschikbare 'snelle' detectiemethoden zijn gebaseerd op laboratoriumtesten en hebben een duurtijd tot 12 uur. Bijgevolg wordt merendeels een empirische antibioticumbehandeling gestart alvorens de testresultaten te kennen. Dit ongerichte en heel vaak ongeschikte antibioticumgebruik heeft geleid tot meervoudige antibioticumresistentie bij bacteriën met inbegrip van de sepsis veroorzakende bacteriën. De ontwikkeling van het InTopSens toestel tot een modulaire test voor sepsis wordt voorgesteld voor de detectie van sepsis veroorzakende pathogenen en de profilering van hun antibioticumresistentie. De test wordt uitgevoerd naast het bed van de patiënt in de intensieve zorgen eenheid van het ziekenhuis. Uitgaande van een druppel bloed (~ 5 ml) aangebracht op de chip wordt binnen 5-10 minuten de aanwezigheid van bacteriën en de identificatie tot op species/genus niveau bereikt. Het antibioticumresistentieprofiel van de bacteriële pathogenen zal beschikbaar zijn binnen 30 minuten. Ongeveer 120 datapunten zijn nodig om dit profiel te identificeren zodat dankzij de grote integratiemogelijkheden op een 1 mm2 chip tot 250 datapunten kunnen worden geïntegreerd. Het finale prototype zal zowel preklinisch als klinisch gevalideerd worden om het potentieel na te gaan van deze sepsistest in het voorkomen/verminderen van ongepast antibioticumgebruik bij sepsispatiënten. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


De rol van het hantavirus NSs-eiwit in de interactie met het aangeborenimmuunsysteem bij HFRS-patiënten.nbsp; KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Marc Van Ranst • Piet Maes

De biologische controle van de orale biofilms met Bdellovibrio bacteriovorus. KU Leuven Abstract: Het sleutelprobleem in de behandeling van orale infecties, net zoals voor andere medische infectieziekten en voor industriële toepassingen (drinkwater zuivering, afvalwaterverwerking, oliewinning, papierproductie, koelwater van kernreactoren, scheepvaart, medische implantaten) is de vorming en het effectief verwijderen van biofilms. De weerstand van bacteriën aan antimicrobiële producten in een biofilm is 1000 tot 1500 maal groter dan onder een planktonische vorm(14). Daarnaast vormt het opduiken van antibiotica-resistentie in het veld van de infectieziekten een bijkomend probleem(10,11). Er is daarom nood aan alternatieve therapieën.Gezien al deze problemen is er recent een vernieuwde interesse gekomen inhet gebruik van biologische agentia voor biofilm controle. Een groep van organismen die over bovengenoemd potentieel tegen biofilms bezit, zijnbacteriën van het genus Bdellovibrio and like organisms (BALOs). BALOs zijn obligatoire bacteriële parasieten die zich enkelkunnen vermenigv Organisaties: • Parodontologie

Onderzoekers: • Marc Quirynen • Wim Teughels

Studie van intrinsieke, cellulaire anti-HIV factoren bij seronegatieve, frequent geëxposeerde individuen (ESNs). Universiteit Antwerpen Abstract: In dit project wensen we na te gaan welke mechanismen aan de grondslag liggen van in vivo HIV-resistentie, zoals deze voorkomt bij Exposed SeroNegatives (ESNs). Daarom zal het CD4+ T-cel proteoom van ESN individuen en controles vergeleken worden dmv. differentiële proteoomanalyse, met het oog op detectie van nieuwe HIV resistentieproteïnen. Tevens zullen de expressieniveau's van gekende HIV-resistentie eiwitten bij ESNs geanalyseerd worden dmv. Western blot analyse. Organisaties: • Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES)


PHARMINE : Pharmacy education in Europe Vrije Universiteit Brussel Abstract: Geen NL abstract Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie

Onderzoekers:

• BARTHOLOMEUS ROMBAUT

Confocale microscoop. KU Leuven Abstract: De confocale microscoop zal gebruikt worden voor de localizatie van specifieke proteïnes in levende cellen door gebruik te maken van GFP en andere fluorescerende tags. De bestemming van proteïnes in de cel na toevoegen van specifieke stimuli zal ook gevolgd worden met dezelfe tags. Een confocale microscoop biedt een belangrijk voordeel voor deze studies in vergelijking met conventionele fluorescentiemicroscopie omwille van de veel grotere resolutie in de drie dimensies. Het meeste werk zal uitgevoerd worden met gisten plantencellen. De confocale microscoop zal gebruikt worden door verschillende onderzoeksgroepen op de Arenberg campus en in het departement biologie. Organisaties: • Afd. Molec. Microbiol. & Biotechnologie

Onderzoekers: • Freddy Delvaux • Patrick Van Dijck • Johan Thevelein

Nieuwe enterovirus remmers; virale en cellulaire doeleiwitten KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Groep Biomedische Wetenschappen

Onderzoekers: • Johan Neyts

Naar profylactische bestrijding van F18+ E. coli infecties bij het varken door middel van receptor-gebaseerde inhibitoren Universiteit Gent Abstract: De Belgische varkenshouderij heeft te kampen met sterke economische verliezen ten gevolge van F18+ E. coli infecties die speendiarree en/of slingerziekte veroorzaken bij jonge pasgespeende biggen. Dit project heeft als einddoel een profylactische behandeling te ontwikkelen ter bescherming tegen deze F18+ E. coli infecties, gebaseerd op de identificatie van de receptor op de darmepitheel waaraan F18+ E. coli bindt. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


Epigenetic regulation and multiple myeloma : identification of potential targets. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multiple myeloma (MM) is an incurable plasma cell malignancy hallmarked by the accumulation of monoclonal plasma cells in the bone marrow (BM). MM accounts for 2% of all malignancies and is the second most commonly diagnosed hematological malignancy. In the BM, the normal cells and components provide signals to the MM cancer cells to survive, grow and escape drug-induced cell death. Although new drugs targeting these signals have demonstrated a significant improvement in the overall survival, patients inevitably relapse and develop refractory, nonresponsive disease. As such, people nowadays agree that the cancer cells should be targeted from different angles at the same time and different drug combinations are now in trial which target both the MM cell itself and the surrounding BM cells and components. Increasing evidence demonstrates that epigenetic changes play a major role in the pathogenesis of MM. Epigenetic changes regulated gene transcription and little mistakes in these changes can have a larger impact and lead to the development of cancer. Two of the most well known changes are (i) DNA methylation of cytosine bases within a CpG dinucleotide and (ii) post-translational (non)histone changes (e.g. acetylation, methylation, phosphorylation,...). In cancer and MM, mistakes in these epigenetic changes have been documented. Although these epigenetic changes are inheritable, they are reversible and represent interesting targets for therapy. Agents targeting these epigenetic changes have proven to possess potent anti-myeloma activity. However, it is unclear how the agents precisely work and affect the gene expression of the MM cancer cells in situ where the cells are protected by the BM microenvironment. This will be investigated in the present study. In parallel, we will investigate whether combining agents that target these two different epigenetic changes has increased therapeutic potential. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie


Bacteriële virulentie als nieuw doelwit voor protease remmers. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project stelt als doel meer inzicht te verwerven in de rol en toepasbaarheid van protease (DPP4) inhibitoren bij bacteriële infecties. De proof-of-concept wordt uitgewerkt aan de hand van Porphyromonas gingivalis modellen, waarbij volgende specifieke objectieven en werkpakketten worden vooropgesteld: 1. Ontwikkeling van in vitro en in vivo virulentiemodellen voor P. gingivalis. 2. Evaluatie van enzym remmers met gezuiverd recombinant P. gingivalis DPP4. 3. Evaluatie van DPP/protease remmers in bacteriële in vitro en in vivo modellen. 4. SAR en optimalisatie van de gevonden "lead compounds". 5. Biochemische karakterisatie van "lead compound" - doelwit enzym interacties. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Louis Maes • Pieter Paula Frans Van Der Veken • Anne-Marie Lambeir • Koen Augustyns • Paul F R C M Cos

Onderzoek naar Antibiotica Resistentie Mechanismen die een Ketoliden en Fluoroquinolonen resistentie van hoog niveau mediëren in Streptococcus pyogenes. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk OnderzoekVlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Het ontwikkelen en evalueren van in vitro HIV-1 mutanten met als doel de immunogeniciteit van het evelop eiwit te verhogen. Universiteit Antwerpen Abstract: Met als doel een immunogener Env te onwikkelen, wordt in dit project getracht CD4-independente virussen te genereren en resistentie te induceren tegen verschillenden entry/fusieinhibitoren. De hypothese is dat we het virus op deze manier dwingen zich meer "open" te stellen, waardoor er een betere blootstelling zal zijn van geconserveerde epitopen binnen Env, hetgeen de inductie van breed neutraliserende antilichamen zou vergemakkelijken. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Guido Vanham • Katrijn Grupping

Zoektocht naar correlaten van protectie bij secundaire controllers en het optimaliseren van mRNA "delivery" methoden voor HIV immunotherapie. Universiteit Antwerpen Abstract: Zoektocht naar correlaten van protectie bij secundaire controllers en het optimaliseren van mRNA "delivery" methoden voor HIV immunotherapie. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Guido Vanham • Winni De Haes

Zoönotische Yersinia enterocolitica bij het varken: prevalentie, epidemiologie en risicofactoren voor infectie op bedrijfsniveau Universiteit Gent Abstract: In een eerste fase wordt de prevalentie van pathogene Y. enterocolitica bij slachtvarkens onderzocht. Tevens zullen de bekomen isolaten genetisch vergeleken worden met humane isolaten. Vervolgens zal de geschiktheid van serologisch onderzoek als alternatieve methode voor het opsporen van een infectie op dier/lotniveau onderzocht worden en risicofactoren voor infectie opgespoord worden. Tenslotte zal aandacht besteed worden aan het voorkomen en de verspreiding van genotypes op bedrijven. Organisaties: • Vakgroep Veterinaire volksgezondheid en voedselveiligheid


Top-down controles in benthische mariene voedselwebben: effecten van bacterivoren en hun predatoren op bacteriële gemeenschappen, en implicaties voor ecosysteemfuncties Universiteit Gent Abstract: Dit project onderzoekt het belang van (a) predatorische en (b) horizontale (competitie, facilitie, ?) interacties bij het structuren van meiobenthische gemeenschappen. Het project bekijkt hoe meiofauna de structuur en activiteit van bacteriegemeenschappen beïnvloedt, en op die manier ecosysteemfuncties zoals decompositie van organisch materiaal en nutriënrecyclage medieert. De focus ligt op top-down effecten en trofische cascades van predatoren over bacterivoren tot bacteriën. Organisaties: • Vakgroep Biologie

Onderzoekers: • Tom Moens

Bestrijding van Campylobacter jejuni kolonizatie en uitscheiding bij vleeskippen door middel van organische zuren en antibacteriële componenten geproduceerd door melkzuurbacteriën. Universiteit Gent Abstract: Met Campylobacter jejuni besmet pluimveevlees is de belangrijkste bron van campylobacteriose bij de mens. Tijdens dit project zal getracht worden de kolonizatiegraad en uitscheiding bij pluimvee tijdens de primaire productie te reduceren door in te grijpen op het kolonizatiemechanisme van de kiem via organische zuren en antibacteriële componenten geproduceerd door melkzuurbacteriën. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Frank Pasmans

Autoclaaf: noodzakelijke basisuitrusting voor onderzoek naar pathogeen-gastheer interacties bij veterinair en zoönotisch belangrijke bacteriën en fungi Universiteit Gent Abstract: Het onderzoek aan de vakgroep pathologie-bacteriologie-pluimveeziekten, faculteit diergeneeskunde, betreft voornamelijk de studie van pathogeen-gastheer interacties bij veterinair en zoönotisch belangrijke bacteriën en fungi. Voor het uitvoeren van dit onderzoek is deze autoclaaf onontbeerlijk. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Richard Ducatelle • Freddy Haesebrouck

Interacties tussen herpesvirussen en cellulaire signalisatiewegen, en de consequenties hiervan voor immuno easie en viraal spreiden

Universiteit Gent Abstract: Virussen zijn obligaat intracellulaire pathogenen. Om te kunnen vermeerderen in cellen, om te kunnen spreiden naar andere gastheercellen en om uitschakeling door het immuunsysteem uit te stellen of te omzeilen hebben virussen diverse, grotendeels ongekende interacties ontwikkeld met de cellulaire signalisatiewegen. Doel van dit project is om meer inzicht te verkrijgen in deze interacties voor herpesvirussen. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie

Onderzoekers: • Herman Favoreel

Penetratie van antimicrobiele produkten in biofilms en het gebruik van quorum sensing inhibitoren als nieuwe anti-biofilm strategie Universiteit Gent Abstract: In dit project zullen drie zaken onderzocht worden. In eerste instantie zal de diffusiecapaciteit van antimicrobiele produkten in biofilms bepaald worden. Daarnaast zullen we nieuwe inhibitoren van het QS systeem ontwikkelen en toepassen op biofilms. Tenslotte wensen we nieuwe dragers voor antilmicrobiele produkten te ontwikkelen zodat de afgifte in biofilms verbeterd kan worden. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse


Biotechnological Production Platform for new Tailor-made Glycolipid Biosurfactants Universiteit Gent Abstract: Het project beoogt de biotechnologische productie van new-to-nature en tailor-made glycolipide biosurfactantia. Het project wil tegen de achtergrond van een groeiende ecologische bewustwording het aanbod van interessante biologische surfactantia verbreden, verder modificeren en aanpassen aan de noden van de markt zodanig dat het toepassingsdomein van deze interessante moleculen verder uitgebreid kan worden. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie

Onderzoekers: • Wim Soetaert • Bart Devreese • Yves Van de Peer

Identificatie van het immunologisch werkingsmechanisme van het influenza matrixewit-2-ectodomein vaccin. Universiteit Gent Abstract: Bescherming tegen influenza A virus infectie door vaccinatie met M2e-fusie constructen is afhankelijk van M2e-specifieke antilichamen. In dit project willen we de rol van Fc Receptoren, anti-M2e IgG isotypes, macrofagen en NK cellen onderzoeken. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie


Van risicobeoordeling tot risicomanagement in het kader van microbiologische voedeselveiligheid: Listeria monocytogenes en Campylobacter Universiteit Gent Abstract: Het projectvoorstel richt zich op het volgende 1. Wat zijn geschikte methoden om variabiliteit en onzekerheid te beoordelen en 2. Hoe moet/kan de sensitiviteitsanalyse in de risicobeoordeling worden uitgevoerd; 3. De voorgestelde aanpak illustreren met twee case studies: L. monocytogenes (nabesmetting in productieproces met mogelijke groei bij koeling) en Campylobacter sp (zoônotische pathogeen met enkel mogelijkheid tot overleving en geen groei). 4. Hoe kan deze opgebouwde kennis nuttig zijn om informatietransfer tussen risicobeoordeling en risicomanagement te bewerkstelligen Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit

Onderzoekers: • Mieke Uyttendaele • Frank Devlieghere

IGF-1 in tumor progressie van multipel myeloom: effecten op celcyclus en UPR respons. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multipel myeloom (MM) is nog steeds een ongeneeslijke plasmacel kanker, gekenmerkt door de expansie van de kwaadaardige cellen in het beenmerg (BM) [1]. De MM cel ontwikkelt ofwel uit een B cel die somatische mutaties heeft ondergaan, een plasmablast of plasmacel (PC). Normale PC zijn gearresteerd in de G1 fase van de celcyclus en worden strikt gecontroleerd door apoptose. In MM zijn deze controles verloren gegaan waardoor de cellen het fenotype van "actieve" of delende PCs krijgen [2, 3]. MM cellen verblijven in het BM waar zij interageren met de stromale componenten via adhesie moleculen en cytokines om noodzakelijke groei en overlevingssignalen te ontvangen. IGF-1 is in recente jaren beschreven als één van de belangrijkste groeifactoren, die niet alleen proliferatie en overleving van de MM cellen induceert maar ook bijdraagt tot de veranderingen in de BM micro-omgeving [4-8]. MM cellen veranderen namelijk deze micro-omgeving in hun voordeel door de extracellulaire matrix af te breken, en angiogenese en osteolyse te induceren. Deze bevindingen tonen het belang aan van de micro-omgeving in MM tumor ontwikkeling. Aangezien MM nog steeds fataal is, is het noodzakelijk nieuwe therapeutische doelen te vinden om de ziekte de baas te blijven. In dit project gebruiken we de 5TMM modellen. Deze modellen zijn oorspronkelijk ontwikkeld door J. Radl [9]. Myeloom ontstaat spontaan in C57BL/KaLwRij muizen, ouder dan 2 jaar, met een incidentie van 0.5%. Dit myelomateus BM kon dan intraveneus getransplanteerd worden in jonge syngene naieve muizen en zo werden er verscheidene in vivo modellen gecreëerd, elk met hun eigen karakteristieken [10]. De 5TMM modellen hebben veel kenmerken gelijkaardig met de humane ziekte. Het 5T2MM model is een traag groeiend model en 5T2MM muizen ontwikkelen ook osteolytische botziekte. Het 5T33MM model ontwikkelt sneller en zonder lytische lesies. Van dit model is er een klonaal identieke, stroma independente in vitro variant gecreëerd, de 5T33MMvt lijn [10, 11]. Gezien we in ons labo reeds vastgesteld hebben dat IGF-1 een multifunctionele rol speelt (migratie, survival, angiogenese,...) willen wij in een eerste luik de effecten van IGF-1 nagaan op de celcyclus. De celcyclus is namelijk ontregeld in MM cellen, waardoor de cellen blijven delen. Het preciese mechanisme is echter onduidelijk. De celcyclus is voornamelijk geregeld ter hoogte van de progressie van G1 naar S via de cyclinedependente kinasen (Cdks), in samenwerking met de regulerende subeenheden, de cyclines. Cdk4 en Cdk6, elk in combinatie met één van de drie D cyclines (D1, D2 en D3) zorgen ervoor, door fosforylatie van specifieke serine residues op Rb (pS-Rb), dat de cellen (opnieuw) de celcyclus ingaan en doorlopen tot halfweg G1. Na het controlepunt halfweg G1, zijn cycline D-Cdk4/6 en cycline E-Cdk2 noodzakelijk om de cel in de S fase te brengen door threonine fosforylatie van Rb (pST-Rb). Dit leidt tot het vrijkomen van de E2F transcriptie factor, onontbeerlijk voor toegang tot de S fase. De functies van de Cdks worden negatief beïnvloed door

de Cdk inhibitoren (CKIs), die bestaan uit een familie INK4 (p16INK4a, p15INK4b, p18INK4c en p19INK4d) en een familie Cip/Kip proteinen (p21Cip1, p27Kip1 en p57Kip2) [12]. We onderzoeken momenteel de mechanismen verantwoordelijk voor de celcyclus ontregeling in de 5TMM modellen. In deze modellen hebben we reeds ontdekt dat, net als in humane MM cellen, het de co-activatie van Cdk4-cyclin D2 is die voornamelijk de celcyclus stimuleert [13]. Nu willen we nagaan hoe IGF-1 de werking van de celcyclus beinvloedt; namelijk of IGF-1 nieuwe proteïnen aanschakelt of dat het de activatie van de reeds active proteïnen versterkt. We zullen op Western Blot de expressie bekijken van cyclin D1, D2, D3, Cdk 4, 6 en pRb. We zullen ook de mogelijke suppressie van de celcyclus inhibitoren nagaan zoals p27, p18. In een tweede deel willen we onderzoeken of contact met BM stromale cellen, die een beschermend effect op MM cellen hebben, dezelfde effecten induceren. Deze studies zullen de effecten van IGF-1 als proliferatiefactor verder elucideren. In een tweede luik willen we de effecten van IGF-1 op de "unfolded protein response" bestuderen. Myeloma PC secreteren namelijk een grote hoeveelheid monoclonaal proteïne. Deze immunoglobulines worden gevouwen tot hun tertiaire structuren in het endoplasmatisch reticulum (ER) [14]. Daar behoudt de unfolded protein response of "UPR" het evenwicht tussen het ritme van proteïne aanmaak en "protein folding". Wanneer het ER een stress signaal krijgt, zal activatie van de UPR leiden tot een verhoogde proteïne folding, een verhoogde afvoer van misfolded proteïnen en een overlevingssignaal. Als de UPR echter het evenwicht niet kan herstellen, dan ontstaat er een accumulatie van misfolded proteïnen, wat uiteindelijk zal leiden tot een apoptose signaal. Het mechanisme van deze UPR (zie figuur 1) begint bij de dissociatie van het ER proteïne BiP van ATF-6, IRE-1 en PERK, wat leidt tot de activatie van deze laatste. ATF6 regelt de expressie van de genen betrokken bij de UPR zoals BIP en XBP1. IRE-1 activeert dan XBP1 door cleavage van het XBP1 mRNA tot XBP1s. XBP1 zorgt voor een positieve feedback signaal en translatie van pro-survival genen. Het is ook aangetoond als cruciaal bij PC ontwikkeling [15]. PERK zal eIF2a fosforyleren waardoor het inactief wordt, resulterend in een halt in proteïne synthese. Wanneer de cel zich niet kan herstellen zullen PERK en ATF6 CHOP induceren, wat leidt tot de inductie van pro-apoptotische genen en celcyclus arrest. Het is beschreven dat deze celcyclus arrest ontstaat doordat translatie van cyclin D1 mRNA geblokkeerd wordt. IRE1 zal ook JNK activeren en tenslotte wordt de intrinsieke apoptose weg (caspase 3 en 9) geactiveerd [16-18]. Figuur 1: De activatie van de UPR door ER stress Het is niet duidelijk of de UPR, die zowel pro als antiapoptotisch werkt, ook een rol speelt bij drug resistentie en of groeifactoren deze weg beinvloeden. Wij zullen in dit project nagaan of in de eerste plaats een UPR signaal constitutief aanwezig is in 5T33MM cellen en of dit signaal verschilt tussen de stroma dependente 5T33MMvv cellen en de stroma independente 5T33MM vitro cellen. Het is namelijk beschreven dat de ATF6/ XBP1 weg continu actief is bij Ig-producerende PCs [19]. Hiervoor zullen we de expressie van deze proteïnen betrokken bij de UPR meten via Western Blots. We gaan kijken of XBP1s proteïne uitgedrukt wordt en of ATF6 translocatie ondergaat van het cytoplasma naar de nucleus door cellysaten te scheiden in een nucleaire en cytoplasmatische fractie. We zullen vervolgens nagaan hoe IGF-1 als survivalfactor dit proces beïnvloedt, of de pro-survival weg aangeschakeld wordt. Daarnaast willen we nagaan of de IGF-1R inhibitor picropodophyllin of "PPP" dan eerder de pro-apoptotische signalen versterkt. Hierbij gaan we kijken naar het effect van IGF-1/PPP op de splicing van XBP1 mRNA naar XBP1s, de translocatie van ATF6 en de expressie van het proapoptotische CHOP. Als positieve controle gebruiken we thapsigarin of tunicamycin die gekende ER stress inducers zijn. Daarnaast gaan we ook kijken of de intrinsieke/extrinsieke apoptose weg geactiveerd wordt via caspase 3, 8 en 9 metingen, dit zowel via FACS analyse als Western Blot. Preliminaire onderzoeken hebben reeds aangetoond dat JNK constitutief geactiveerd is in 5T33MMvv cellen. Dit onderzoek zou meer inzicht moeten geven in de mechanismen van drug resistentie, de rol van IGF-1 in MM en mogelijks nieuw therapeutische doelwitten identificeren. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • Eline MENU • Karin VANDERKERKEN

Bepaling van de genoomsequentie van de azijnzuurbacterie Acetobacter pasteurianus 386B als basis voor het ontrafelen van de functionele rol van azijnzuurbacteriën tijdens het cacaoboonfermentatieproces Vrije Universiteit Brussel Abstract: Dit project heeft tot doel om één van de eerste genoomsequenties te bepalen binnen het genus Acetobacter, meer bepaald van A. pasteurianus 386B, een eigen natuurlijk isolaat afkomstig van een spontaan cacaoboonhoopfermentatieproces in Ghana. Hierbij zal een combinatie van twee sequentiemethoden toegepast worden: een innovatieve methode ontwikkeld door 454 Life Sciences/Roche (Margulies et al., 2005; http://www.454.com), die gebaseerd is op pyrosequenering, en de klassieke Sanger-sequentiemethode. De uiteindelijke doelstelling is immers de functionaliteit van AZB in complexe ecosystemen te ontrafelen door middel van genoomanalyse en microroosters te ontwikkelen als hulpmiddel om de genexpressie te bestuderen. De genoomsequentie vormt de basis voor annotatie door middel van een vergelijking ten opzichte van publiek beschikbare data en door toepassing van predictiealgoritmen. Op deze manier zal het genetisch potentieel van de bacterie nagegaan worden, wat belangrijk is bij eventuele toepassing in industriële processen. Met deze informatie zal het metabolisme in kaart gebracht worden en kunnen specifieke pathways aangetoond worden, bijvoorbeeld welke mechanismen aan de basis liggen van de competitiviteit van A. pasteurianus in het spontane cacaoboonfermentatieproces. Voorts kan op basis hiervan het gebruik van substraten voorspeld worden, alsook de mogelijkheid om negatieve eigenschappen te vertonen, zoals antibioticumresistentie en de aanmaak van virulentiefactoren. De eiwitproducerende genen zullen de basis vormen voor de in-silico ontwikkeling van oligonucleotiden, die na een grondige validatie gebruikt kunnen worden om het eerste AZBmicrorooster te maken, dat zal gebruikt worden om de genexpressie van AZB in complexe ecosystemen te bestuderen. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • STEFAN WECKX • Luc DE VUYST

Rol van microbiële biodiversiteit in de aromatische kwaliteit van artisanale gefermenteerde levensmiddelen Vrije Universiteit Brussel Abstract: 1. Inleiding Fermentatie van levensmiddelen is gebaseerd op de inwerking van nuttige micro-organismen (bacteriën, gisten en/of schimmels) op rauwe grondstoffen afkomstig van landbouw en veeteelt, zoals melk, vlees, vis, granen, groenten en fruit, waarbij de productie van microbiële metabolieten zorgt voor gewijzigde producteigenschappen met betrekking tot textuur, aroma en smaak en een verbeterde houdbaarheid en veiligheid van het geproduceerde voedsel (bvb. Wood, 1997; Leroy & De Vuyst, 2004; Leroy et al., 2006). Dergelijke levensmiddelen zoals kaas, yoghurt, gefermenteerde worst en vis, zuurdesembroden, gefermenteerde groenten en fruit en alcoholische dranken worden van oudsher door de mens geconsumeerd, oorspronkelijk voornamelijk omwille van hun opmerkelijke stabiliteit bij omgevingstemperatuur. Hoewel levensmiddelenfermentatie in bepaalde regio's nog steeds een primaire rol speelt als preservatietechniek, is deze technologische functie in de Westerse wereld (waar gebruik van koeltechniek en voedseladditieven de standaard is) obsoleet geworden. Niettemin genieten gefermenteerde producten nog steeds een opvallende populariteit en nemen ze vaak een vooraanstaande plaats in het gastronomisch landschap in omwille van hun unieke smaak- en textuureigenschappen. Zij vormen bovendien almaar meer het onderwerp van bescherming op regionaal, nationaal en Europees niveau (zie bvb. de Food Quality Certification, sinds 1992 een officiële erkenning van de Europese Commissie; http://ec.europa.eu/agriculture/foodqual/ quali1_nl.htm). Het wekt daarom geen verwondering dat in binnen- en buitenland bijzonder veel interesse gaat naar streekproducten, die het resultaat zijn van artisanale bereidingen (zie bvb. voor België, de Academie voor Streekgebonden Gastronomie [http://www.asg.be]; voor Frankrijk, Le Guide du terroir, [http://www.leguideduterroir.com/]). 2. Probleemstelling Hedendaagse commerciële starterculturen die gebruikt worden voor industriële productie van gefermenteerde levensmiddelen en dranken zijn armer aan biosynthetisch potentieel in vergelijking met de "wilde" microorganismen die overheersen in spontane, ambachtelijke fermentaties (Leroy & De Vuyst, 2004), wat leidt tot de idee dat onze voeding smaak verliest, minder divers wordt en dus verschraalt. De consument grijpt daarom graag naar levensmiddelen die gekoppeld worden aan streekspecialiteiten en oorsprongsbenamingen (het juridische concept 'Appellation d'Origine Contrôlée' is vooral gekend

voor wijn, maar is hier lang niet toe beperkt), waarin ze vertrouwde smaken lijken te vinden. Producenten en kleinhandelaars spelen hier op in door dergelijke elementen, al dan niet terecht, in hun marketingstrategie op te nemen. Centraal staat het concept "artisanaal" dat wordt gekwantificeerd door accurate bepaling van de vorming en stabiliteit (onder invloed van omgevingsfactoren) van de betrokken laagmoleculaire microbiële metabolieten (afkomstig van het energiemetabolisme, het anabolisme en interconversiereacties). De link tussen deze artisanale kwaliteit en de oorspronkelijke microbiota is niet altijd even duidelijk. Deze informatie is evenwel noodzakelijk voor de ontwikkeling van interessante commerciële starterculturen. 3. Doelstelling Onderhavig project zal zich inlaten met het onderzoek naar de relatie tussen de microbiële diversiteit van gefermenteerde levensmiddelen van het artisanale type en de aanwezigheid van bacteriële aromacomponenten die bijdragen tot de eindkwaliteit. Dit impliceert twee benaderingen: (1) staalname van artisanale producten en analyse van de microbiële diversiteit van het gefermenteerde product in functie van de tijd, wat dan gelinkt kan worden aan de organoleptische en sensorische kwalitatieve eigenschappen van het eindproduct, en (2) het uitvoeren van in vitro laboratoriumfermentatie-experimenten ter bepaling van de kinetiek van aromaproducten. Dergelijke informatie is essentieel, indien microbiële culturen dienen samengesteld te worden die aan de verwachtingen (lees: natuurlijk, gezond en veilig voedsel) van de "moderne", veeleisende consument kunnen voldoen. De microbiële diversiteit van gefermenteerde levensmiddelen en dranken op basis van rauwe grondstoffen afkomstig van landbouw en veeteelt omvat zowel bacteriën, gisten als schimmels. Gezien de ervaring van de onderzoeksgroep zal voornamelijk aandacht worden besteed aan met melkzuurbacteriën, azijnzuurbacteriën en staphylococcen geproduceerde fermentatieproducten, doch waar nodig zal de nodige aandacht besteed worden aan gisten en schimmels. De onderzoeksgroep heeft, naast eigen veldexperimenten, contacten met verscheidene onderzoeksgroepen doorheen Europa (Italië, Roemenië, Griekenland, Ghana, Ivoorkust, Ecuador, ...) die in staat zijn plaatselijke artsinaal gefermenteerde levensmiddelen te bemonsteren in samenwerkingsverband. Afhankelijk van de beschikbaarheid van stalen zal voornamelijk worden ingegaan op levensmiddelen die behoren tot de volgende categorieën: zuivelproducten, gefermenteerde vleeswaren, zuurdesems, cacao en chocolade en gefermenteerde groenten. Op elk van deze producten heeft de onderzoeksgroep momenteel projecten lopen. Het onderzoek zal staalnamen (veldexperimenten in binnen- en buitenland), innovatieve microbiële identificaties (cultuurafhankelijk en cultuuronafhankelijk), geavanceerde metabolietbepalingen (chromatografie en massaspectrometrie), genexpressiestudies (o.a. real-time PCR en microroosteranalyse) en statistische analysen (o.a. PCA) omvatten. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • Luc DE VUYST • FREDERIC LEROY

Identificatie en karakterisatie van de kankerstamcel in multipel myeloom. Vrije Universiteit Brussel Abstract: De hypothese van het kankerstamcelmodel is dat niet alle tumorcellen, maar enkel een kleine subpopulatie van de tumorcellen, de kankerstamcel, in staat is om nieuwe tumoren te vormen. Alternatieve termen voor de kankerstamcel is de tumor-initiërende of tumorigene cel. Belangrijke eigenschappen van de kankerstamcel is dat deze zich kan vernieuwen en alle heterogene celtypes van de tumor kan vormen. Het kankerstamcelmodel heeft grote implicaties voor therapie. Er wordt gesuggereerd dat de conventionele therapieën de grote massa van de tumor elimineren, maar niet de kankerstamcel en dit zal dan uiteindelijk leiden tot het terug uitgroeien van de tumor en herval van de patiënt (1). Het eerste bewijs van kankerstamcellen werd aangetoond in de hematologische kanker acute myeloïde leukemie. Er werd aangetoond dat enkel de subpopulatie die de oppervlaktemerker CD34 uitdrukken, maar niet CD38 in staat is om in NOD/SCID muizen tumor te initiëren (2). Ook in solide tumoren, zoals kanker van borst en hersenen, werden kankerstamcellen geïdentificeerd (3, 4). Multipel myeloom (MM) is een hematologische kanker gekarakteriseerd door de accumulatie van kwaadaardige plasmacellen in het beenmerg, die monoklonale antilichamen produceren. De interactie van de beenmerg micro-omgeving met de tumorcellen stimuleert de productie van groeifactoren, angiogene en osteoclast-activerende factoren, resulterend in tumorgroei, angiogenese of de aanmaak van nieuwe bloedvaten en osteolyse leidend tot botziekte (5). De massa van de tumor in het beenmerg bestaat uit gedifferentieerde plasmacellen met als oppervlaktemerker CD138. Er zijn suggesties dat er een B-celpopulatie aanwezig is in het beenmerg en bloed van MM patiënten met dezelfde immuunglobuline gensequentie als de MM plasmacel (6, 7, 8). De rol van deze B-cellen in de pathogenese van MM is onduidelijk, maar recent werd aangetoond dat er een CD138 negatieve subpopulatie aanwezig is in het beenmerg die, in tegenstelling tot de CD138+ tumorcellen, clonogeen en tumorigeen is, in vitro in de clonogene assay en in vivo in NOD/SCID muizen. Deze CD138- cellen drukken de oppervlaktemerkers CD19 en CD20 uit, opnieuw suggererend dat de MM stamcel (MMSC) een B-cel is (9). Het doel van het huidige project is de identificatie en karakterisatie van de MMSC in 5TMM modellen. Deze modellen zijn origineel ontstaan door de spontane ontwikkeling van MM in oude C57BL/KaLwRij muizen met een incidentie van 0.5% (10). MM werd verdergezet door intraveneuze injectie van de beenmergcellen van de zieke muizen in jonge, immuuncompetente en syngene muizen. Op deze wijze ontstonden er verschillende modellen die verscheidene varianten van de ziekte vertegenwoordigen. In ons labo zijn er 2 5TMM modellen aanwezig: het 5T2MM en 5T33MM model. Het 5T2MM model wordt gekarakteriseerd door een langzame groei van de tumor in het beenmerg en de botten vertonen kenmerken van MM botziekte (osteolytische lesies, verminderd trabeculair volume, verhoogde aanwezigheid van osteoclasten). Het 5T33MM model wordt gekarakteriseerd door een snelle groei van de tumor in het beenmerg, maar de muizen vertonen geen MM botziekte (11). In beide modellen werd angiogenese aangetoond in het beenmerg (12). Er werden monoclonale antilichamen gegenereerd die het specifiek idiotype van de 5T2MM en 5T33MM cellen herkennen (13). Het eerste deel van het project bestaat uit de identificatie van de MMSC in de 5TMM modellen waarbij 2 strategieën zullen worden gevolgd. Enerzijds zal de CD138- populatie worden onderzocht volgens de data van Matsui et al. (9) met als meerwaarde het 5TMM model dat syngeen en immuuncompetent is ten opzichte van NOD/SCID muizen. In het 5T2MM model werd reeds beschreven dat er een CD138- populatie aanwezig is en uit preliminaire experimenten blijkt dat ook in het 5T33MM model CD138- tumorcellen aanwezig zijn (14). Een 2de strategie die zal worden gevolgd is in samenwerking met de internationale partners van het MSCNET project (zie "Situering onderzoek"). Verschillende groepen trachten simultaan de MMSC populatie te identificeren en isoleren vertrekkende van humane stalen op basis van oppervlaktemerkers (multiparametrische flow cytometrie) en met moleculaire technieken. Vervolgens zal op basis van deze resultaten worden onderzocht of er een gelijkaardige MMSC aanwezig is in de 5TMM modellen die kan worden gesorteerd gebruik makend van MACS (magnetic activated cell sorting) en/of FACS (fluorescent activated cell sorting). Voor de celpopulaties verkregen met beide strategieën zal de clonogene capaciteit (in vitro clonogene assay) van de geïsoleerde MMSC worden nagegaan en vervolgens zal de populatie worden ingespoten in jonge syngene muizen om de tumorigene capaciteit te onderzoeken. De ontwikkeling en karakteristieken van MM ziekte zal worden geanalyseerd door het bepalen van de plasmocytose in het beenmerg (cytospins gekleurd met May-Grünwald-Giemsa), de aanwezigheid van paraproteïne in het serum (electroforese), angiogenese (CD31 immunokleuring op beenmergcoupes, in samenwerking met Dr. De Raeve, Pathologie, UZ Brussel) en botziekte (osteolytische lesies, botdensiteit, trabeculair volume en aantal TRAP positieve osteoclasten, in samenwerking met Dr. Croucher, University Sheffield, UK). Een belangrijk kenmerk van de kankerstamcel is dat deze populatie in staat is om alle heterogene celtypes van de tumor te vormen. Het fenotype van de tumorcellen in het beenmerg van muizen ingespoten met de MMSC zal worden nagegaan met flow cytometrie en vergeleken met tumorcellen van muizen ingespoten met de totale, niet gesorteerde populatie. Er is nog niet veel geweten over de MMSC, dus een betere karakterisatie is nodig om de kennis van de pathofysiologie van MM uit te breiden en om nieuwe therapeutische doelwitten te kunnen identificeren. Een uitgebreide karakterisatie zal worden gedaan door het genexpressieprofiel van de MMSC te bepalen en vergelijken met de nietMMSC (Affymetrix, genoom overspannende mouse gene1.0 array, in samenwerking met Prof. Schuit, KUL). Niet enkel de genetische karakterisatie is belangrijk, maar ook de proteïnen die betrokken zijn in signaalwegen voor de proliferatie en overleving van MM cellen, kunnen veel informatie geven. Er bestaat een array die de fosforylatie van een groot aantal verschillende kinase substraten kan detecteren (PepChips). Het kinoom van de MMSC zal worden vergeleken met de niet-MMSC. Dit is een onderdeel van het MSCNET programma en deze experimenten zullen in samenwerking worden uitgevoerd met Dr. Bos (University Medical Center, Groningen, Nederland). In MM zijn de tumorcellen gelokaliseerd in het beenmerg is en dat is deels te wijten aan een specifieke homing van de tumorcellen naar het beenmerg waar ze dan de juiste niche vinden om te groeien. De homingscapaciteiten van de MMSC naar het beenmerg en de lokalisatie van deze cellen in het beenmerg zullen worden geanalyseerd.

De homing wordt gekwantificeerd door radioactief gemerkte MM cellen in te spuiten en na 18 uur de recovery in het beenmerg te meten (15). Voor de lokalisatie van de stamcel tov. de verschillende celtypes in de beenmerg micro-omgeving zijn er verschillende opties om de tumorcellen te detecteren. Er kan worden gebruik gemaakt van de anti-idiotype antilichamen (op voorwaarde dat het idiotype wordt uitgedrukt door de MMSC), de tumorcellen kunnen worden gemerkt met een fluorescente probe vooraleer in te spuiten of de cellen kunnen worden getransduceerd met een lentivirale vector die green fluorescent protein (GFP) bevat (gevolgd door detectie met ofwel fluorescentie of confocale microscopie ofwel immunokleuring tegen GFP en evaluatie met lichtmicroscopie). Een belangrijk kenmerk van de kankerstamcel is resistentie tegen de gebruikte geneesmiddelen dat te wijten zou kunnen zijn aan de expressie van ABC transporters en het "quiescent" zijn van de stamcel (16). Ook in MM werd aangetoond dat de CD138- MMSC populatie resistent is tegen klinisch actieve stoffen (17). De proliferatie en celcylcus eigenschappen en de expressie van ABC transporters van de MMSC zullen worden nagegaan en vergeleken met de niet-stamcel populatie. Met 3H-thymidine incorporatie assays zal worden nagegaan wat het effect is van de klinisch meest relevante drugs (melphalan, dexamethasone, thalidomide, bortezomib) op de DNA synthese van de MMSC en de niet-MMSC. Vorig onderzoek in ons labo toonde aan dat de behandeling van 5TMM zieke muizen met de IGF-1receptor inhibitor, picropodophyllin (PPP) resulteerde in een drastische vermindering van tumorload, angiogenese en botlesies en een verlenging van overleving (18, 19). Bovendien zijn er ook ongepubliceerde data van onze groep die aantonen dat de bulk van 5TMM cellen gevoelig zijn aan methylatie (5'aza-2'-deoxycytidine) en HDAC (LBH589) inhibitoren. De effecten van deze producten op de MMSC zullen worden nagegaan. In MM werd aangetoond dat de beenmerg micro-omgeving zowel adhesiemoleculen uitdrukt als humorale factoren secreteert welke de overleving en groei van MM cellen bevordert. Een aantal groeifactoren werden beschreven met als belangrijkste interleukine-6 (IL-6) en insulin-like growth factor-1 (IGF-1). De MM cellen drukken receptoren uit voor deze groeifactoren (20, 21). We willen nagaan of de beenmerg stromale cellen enerzijds en deze groeifactoren (IL-6 en IGF-1) anderzijds ook belangrijk zijn voor de MMSC. Hiervoor gaan we de expressie van deze receptoren meten met flow cytometrie op de MMSC en niet-MMSC en het effect van de stromale cellen en van IL-6 en IGF-1 op de proliferatie van de 2 celpopulaties bepalen. Signaaltransductiewegen zoals Notch en hedgehog reguleren zelfvernieuwing en zouden belangrijk zijn in normale stamcellen en kankerstamcellen (1). Peacock et al. (22) heeft beschreven dat de hedgehog pathway betrokken is in het onderhouden van de CD138- MMSC populatie. We zullen deze bevindingen trachten te bevestigen in ons systeem. Er is niets geweten over de Notch pathway. In ons labo is er al enige expertise in de Notch pathway en met real-time PCR zal de expressie van Notchreceptoren (Notch1, 2, 3, 4), liganden (dll1, 3, 4, jagged-1, -2) en doelwitgenen (Hes1, 5, HeyL, Hey1, 2) worden bepaald in de MMSC en niet-MMSC. Afhankelijk van de resultaten zullen we op eiwitniveau bevestigen door western blotting. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • Karin VANDERKERKEN • ELS VAN VALCKENBORGH

The clinical significance of circulating endothelial cells in multiple myeloma and their role as surrogate marker for determining the effect of anti-angiogenic agents. Vrije Universiteit Brussel Abstract: De klinische betekenis van circulerende endothelial cellen in multiple myeloma en hun rol als surrogaat merker voor de bepaling van het effect van anti-angiogenic agenten Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • Ivan VAN RIET • Isabelle VANDE BROEK

Introductie van analytische scheidingstechnieken in de virologie om interacties op moleculair vlak bij picornaviridae op te helderen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Toen de onderzoeksgroep van Dieter Blaas (Wenen, Oostenrijk) in 1999 voor het eerst capillaire electroforesee (CE) gebruikte om viral interacties aan te tonen op moleculair vlak (in zijn geval, rhinovirus), was het op dat ogenblik nagenoeg vijftig jaar geleden dat nieuwe analytische scheidingstechnieken werden geintroduceerd in de virologie. Ook de onderzoeksgroep (MICH) voelde op dat ogenblik de noodzaak aan om nieuwe scheidingstechnieken in te voeren in hun lab, om hun doelstellingen te kunnen bereiken. Teneinde dit probleem op te lossen werd een samenwerking opgezet met de onderzoeksgroep van Prof. Y. Vanderheyden (FABI). Met als uitgangspunt de CE methode van de groep Blaas, worden nu een scheidingsprotocol voor poliovirus en zijn subvirale partikels opgesteld. Een eerste protocol is nu klaar (Oita et al., submitted for publication). Deze scheidingsmethode zal door MICH gebruikt worden om de morfogenese van poliovirus te bestuderen, de interacties van poliovirale partikels en waardcelproteïnen na te gaan. Om beide eerste doel-stellingen tot een goed einde te brengen zal gebruik gemaakt worden van een celvrij RNA translatie/replicatie systeem (kortweg celvrij systeem) voor het poliovirus. Het systeem bestaat uit een niet-geïnfecteerd celextract, aangevuld met zouten, een energie regeererend systeem, aminozuren en nucleotiden, dat geprogrammeerd wordt met poliovirusRNA waarna een volledige replicatiecyclus van poliovirus wordt waargenomen. Dit zal in de onderzoeksgroep MICH gebeuren. Ondertussen zal binnen de onderzoeksgroep FABI enerzijds de gevoeligheid van de CE worden opgedreven door de viruspartikels ofwel extern (na translatie) ofwel intern (tijdens translatie) fluorescent te merken en zal anderzijds gezocht worden naar andere alternatieve scheidingstechnieken die op virussen kunnen toegepast worden. Deze zijn eerder gericht op miniaturisatie (microfluidic chips) en anderzijds op preparatieve methodes (chromatografie). Tenslotte is ook het derde aspect van de onderzoeksdoelstellingen van MICH nu bijzonder actueel geworden. Dit betreft zoals hoger gesteld, de interactie van poliovirus met liganden. Enerzijds werd een project gestart met de onderzoeksgroep van Prof. J. Neyts op het Rega Instituut (KULeuven) waarbij gezocht wordt naar nieuwe antivirale middelen tegen poliovirus. Recentelijk (zie onze publicatielijst) werd nl. vastgesteld dat wanneer men poliomyelitis en het agens poliovirus wil eradiceren, men in de eindfase van deze eradicatie antivirale middelen zal nodig hebben (zie WHO en CD8 rapport). De interactie van deze antivirale middelen met het virus zal met CE onderzocht worden. Anderzijds werd een nieuw project opgestart met Prof. S. Muyldermans (onderzoeksgroep DBIT, VUB) om nanobodies te maken tegen het poliovirus. Deze zullen in de volgende weken ter beschikking komen. CE zal ook in dit onderzoek gebruikt worden om de binding van nanobodies met het virus na te gaan (ratio virus/nanobodies bepalen voor neutralisatie, enz. ). Organisaties: • Analytische Scheikunde en Farmaceutische Technologie

Onderzoekers: • Yvan VANDER HEYDEN

Ontwikkeling van serologische test voor het bepalen van Ureaplasma antillichamen en zijn nut in het selecteren van een groep zwangere vrouwen met verhoogd risico op prematuriteit. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Het doel van dit project is het ontwikkelen van een biologische merker die toelaat om zwangere vrouwen te detecteren met een verhoogde kans op vroeggeboorte. We richten ons op een belangrijke oorzaak van vroeggeboorte: de opstijgende infectie vanuit de lagere genitale tractus. Het onderzoek richt zich naar het micro-organisme dat het vaakst gecorreleerd is met vroeggeboorte: Ureaplasma spp. Gezien een opstijgende infectie met Ureaplasma voor het ogenblik niet kan worden voorspeld en daardoor niet tijdig kan worden behandeld,

bestaat de noodzaak om een niet-invasieve merker te ontwikkelen voor deze infectie. In dit project zullen we een serologische test ontwikkelen voor de opsporing van Ureaplasma spp. antilichamen. Deze test zal toegepast worden op serumstalen die momenteel gecollecteerd worden bij niet geselecteerde zwangere vrouwen waarvan de zwangerschapsuitkomst bekend is. indien de aanwezigheid van Ureaplasma antistoffen in hetbegin van de zwangerschap predictief is voor vroeggeboorte, zal de mogelijkheid van een therapeutische interventie worden uitgetest. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • ANNE NAESSENS

Incidentie, infectiebronnen en preventie van enterohemorhagische Escherchia Coli in het Brussels Gewest. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Infectie met enterohemorrhagische Escherichia coli (EHEC) is een belangrijke oorzaak van bloederige diarree en het hemolytisch uremisch syndroom (HUS). Om de reële incidentie van infecties met deze voedselpathogeen in het Brussels Gewest te onderzoeken zullen faecesstalen in Brusselse ziekenhuizen worden verzameld en gescreend voor EHEC. Tevens zullen gevallen van HUS in samenwerking met centra voor kinderdialyse worden geregistreerd en onderzocht voor EHEC met zeer gevoelige technieken. Alle patiënten met een positieve kweek zullen worden opgenomen in een case-control studie. Hiermee zal de invloed van voedingsgewoonten op het voorkomen van EHEC en HUS worden onderzocht en besmettingsbronnen en transmissiewegen zullen worden geïdentificeerd. Bovendien zal getracht worden om stalen van potentiële besmettingsbronnen (voedsel, omgeving, humane contacten) te verzamelen voor analyse. In dit project zullen nieuwe diagnotische methoden (PCR-RFLP, PHIA en real-time PCR) worden geëvalueerd en geoptimaliseerd. Om de verspreiding van EHEC stammen in de maatschappij te monitoren zullen nieuwe techieken voor subtypering (sequentieanalyse, multiplex PCR en MLVA) worden onderzocht en ontwikkeld. Tenslotte zullen aan de hand van de verzamelde informatie in de case-control studie preventieve maatregelen worden voorgesteld, onder andere door het opstellen van een brochure die de bevolking moet sensibiliseren voor het gevaar van infectie met EHEC. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • DENIS PIERARD • Glenn BUVENS

Introductie van analytische scheidingstechnieken in de virologie om interacties op moleculair vlak bij picornaviridae op te helderen. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Toen de onderzoeksgroep van Dieter Blaas (Wenen, Oostenrijk) in 1999 voor het eerst capillaire electroforesee (CE) gebruikte om viral interacties aan te tonen op moleculair vlak (in zijn geval, rhinovirus), was het op dat ogenblik nagenoeg vijftig jaar geleden dat nieuwe analytische scheidingstechnieken werden ge^¨introduceerd in de virologie. Ook onze onderzoeksgroep (MICH) voelde op dat ogenblik de noodzaak aan om nieuwe scheidingstechnieken in te voeren in ons lab, om onze doelstellingen te kunnen bereiken. Teneinde dit probleem op te lossen werd een samenwerking opgezet met de onderzoeksgroep van Prof. Y. Vanderheyden (FZBI). Met als uitgangspunt de CE methode van de groep Blaas, worden nu een scheidingsprotocol voor poliovirus en zijn subvirale partikels opgesteld. Een eerste protocol is nu klaar (Oita et al., submitted for publication). deze scheidingsmethode zal door MICH gebruikt worden om de morfogenese van poliovirus te bestuderen, de interacties van poliovirale partikels en waardcelproteïnen na te gaan. Om beide eerste doel-stellingen tot een goed einde te brengen zal gebruik gemaakt worden van een celvrij RNA translatie/replicatie systeem (kortweg celvrij systeem) voor het poliovirus. Het systeem bestaat uit een niet-geïnfecteerd celextract, aangevuld met zouten, een energie regeererend systeem, aminozuren en nucleotiden, dat geprogrammeerd wordt met poliovirusRNA waarna een volledige replicatiecyclus van poliovirus wordt waargenomen. Dit zal in de onderzoeksgroep MICH gebeuren. Ondertussen zal binnen de onderzoeksgroep FABI enerzijds de gevoeligheid van de CE worden opgedreven door de viruspartikels ofwel extern (na translatie) ofwel intern (tijdens translatie) fluarescent te merken en zal anderzijds gezocht worden naar andere alternatieve scheidingstechnieken die op virussen kunnen toegepast worden. Deze zijn eerder gericht op miniaturisatie (microfluidic chips) en anderzijds op preparatieve methodes (chromatografie). Tenslotte is ook het derde aspect van de onderzoeksdoelstellingen van MICH nu bijzonder actueel geworden. Dit betreft zoals hoger gesteld, de interactie van poliovirus met liganden. Enerzijds werd een project gestart met de onderzoeksgroep van Prof. J. Neyts op het Rega Instituut (KULeuven) waarbij gezocht wordt naar nieuwe antivirale middelen tegen poliovirus. Recentelijk (zie onze publicatielijst) werd nl. vastgesteld dat wanneer men poliomyelitis en het agens poliovirus wil eradiceren, men in de eindfase van deze eradicatie antivirale middelen zal nodig hebben (zie WHO en CD8 rapport). De interactie van deze antivirale middelen met het virus zal met CE onderzocht worden. Anderzijds werd een nieuw project opgestart met Prof. S. Muyldermans (onderzoeksgroep DBIT, VUB) om nanobodies te maken tegen het poliovirus. Deze zullen in de volgende weken ter beschikking komen. CE zal ook in dit onderzoek gebruikt worden om de binding van nanobodies met het virus na te gaan (ratio virus/nanobodies bepalen voor neutralisatie, enz. ). Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie


European Consortium of Microbial Resources Centres - EMbaRC Universiteit Gent Abstract: EMbaRC beoogt - via netwerking, training en onderzoek - de verbetering, coördinatie en validatie van de werledwijde verdeling van goed gedocumenteeerde, authentieke micro-organismen door 'Microbial Resource Centres' (MRCs) aan onderzoekers uit academische en industriële kringen. EMbaRC beoogt eveneens de ontwikkeling van 'business' modellen om de zelf-duurzaamheid van MRCs te verhogen. Het wordt het Europese knooppunt van het OESO-initiatief 'Global Biological Resource Centre Network' (GBRCN) Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Paul De Vos • Rudi Beyaert

Restauratie en bescherming van kalksteen d.m.v. microbiologisch geproduceerd calciumcarbonaat Universiteit Gent Abstract: Het uiteindelijke doel van het onderzoeksconsortium is een kant-en-klaar product en methode op de markt te brengen voor de restauratie van kalksteen gebaseerd op de microbiële productie van calciumcarbonaat. Dit project beoogt de vertaling van gunstige resultaten uit laboexperimenten naar praktijktoepassingen. Na afloop van dit project dient de in situ efficiëntie aangetoond zijn alsook het optreden van mogelijke schadeprocessen. Organisaties: • Vakgroep Bouwkundige constructies

Onderzoekers: • Willy Verstraete • Nele De Belie

Giften als voorzitter Vertrouwencentrum Brussel Vrije Universiteit Brussel Abstract: Giften als voorzitter Vertrouwencentrum Brussel Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • BENJAMIN VAN CAMP

Hotspot ecosystem research and man's impact on european seas Universiteit Gent Abstract: Aan de hand van een multidisciplinaire en geintegreerde aanpak wordt inzicht verworven in de verspreiding, diversiteit, ecosysteem processen en connectie van diepzee-ecosystemen aanwezig langs de Europese randen zoals hellingen, canyons, zeebergen, koudwaterkoralen en chemosynthetische ecosystemen. Ook de impact van menselijk activiteiten op de diepzee-ecosystemen van de continentale randen wordt bestudeerd. Organisaties: • Vakgroep Biologie

Onderzoekers: • Jean Henriet • Ann Vanreusel

Karakterisatie van nieuwe biomerkers voor het bepalen van de veiligheid van microbiciden Universiteit Gent Abstract: Vaginale microbiciden worden ontwikkeld ter preventie van HIV. Tot voor kort maakten studies die de veiligheid van microbiciden nagaan gebruik van colposcopie om de mate van epitheliale disruptie in de genitale tractus na te gaan en van vaginale uitstrijkjes om de vaginale microbiota te karakteriseren. Recente studie suggereren dat deze methoden onvoldoende zijn om schade vast te stellen. Deze studie heeft tot doel nieuwe biomerkers te bepalen welke toelaten de veiligheid van vaginale microbiciden vast te stellen. Organisaties: • Vakgroep Uro-gynaecologie

Onderzoekers: • Marleen Temmerman

Organisatie van een evenement Vrije Universiteit Brussel Abstract: Pijnstilling is het domein waar we de langste ervaring mee hebben. Mundipharma heeft verschillende producten op de markt gebracht die veranderingen hebben gebracht in de manier waarop pijn behandeld wordt, door verschillende mogelijkheden aan te bieden om aan de nood van de patiënten te beantwoorden. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie


Onderzoek naar bacteriële virulentie inhibitoren met predictieve in vitro en in vivo modellen. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project stelt als doel meer inzicht te verwerven in de rol en toepasbaarheid van virulentie inhibitoren bij bacteriële infecties. De volgende objectieven worden vooropgesteld: 1. Ontwikkeling van een in vitro multi-species biofilmmodel (tandplak) met P.gingivalis. 2. Ontwikkeling van in vitro virulentiemodel voor P.gingivalis-gemedieerde collageenafbraak. 3. Ontwikkeling van P.gingivalis proefdiermodel. 4. Evaluatie van virulentie inhibitoren in bacteriële in vitro en in vivo modellen. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Paul F R C M Cos

Study of microbiological applications for real-time PCR Hogeschool Gent Abstract: De laatste jaren doen moleculair biologische technieken en real-time PCR in het bijzonder, hun intrede in het onderzoek naar de diagnostiek van pathogene micro-organismen. In het Laboratorium voor Bacteriologie Research (LBR) van de Vakgroep Klinische Microbiologie, Immunologie en Microbiologie (Faculteit Geneeskunde, UGent) werden voor onderzoeksdoeleinden unieke protocollen op punt gesteld met real-time PCR voor de identificatie van verschillende bacteriële soorten. Toestellen die hiervoor gebruikt werden zijn de LightCycler (Roche) en de ABI7000 (Applied Biosystems). Dit onderzoeksproject beoogt een vergelijkende studie van de verschillende real-time PCR-toestellen en detectietechnologieën die in medische laboratoria gebruikt worden zodat de effectieve implementatie van de hierboven vermelde ontwikkelde protocollen in routine laboratoria mogelijk wordt (deelproject 1). Daarnaast zal de real-time PCR-technologie voor enkele klinisch relevante kiemen, waarvoor tot op heden nog geen real-time PCR-protocol ontwikkeld werd, op punt gesteld worden (deelproject 2). Implementatie in de routine bacteriologie van die formats, waarvoor we kunnen aantonen dat ze een verbetering van de huidige diagnostiek met zich meebrengen, is de uiteindelijke doelstelling van deze samenwerking. Dit onderzoeksproject biedt een antwoord op een actuele vraag van een uitgebreid werkveld en laat toe dat studenten van de opleiding Biomedische Laboratoriumtechnologie via practica en scripties participeren aan technologisch onderzoek dat representatief is voor hun toekomstig werkterrein. Het biedt docenten van deze opleiding de mogelijkheid tot professionaliseren en tot actualiseren van verschillende opleidingsonderdelen. De expertise die opgebouwd wordt door het opdoen van directe praktische ervaring met verschillende aspecten van deze toegepaste biomedische hedendaagse technologie kan het departement en de Hogeschool Gent ten goede kan komen via dienstverlening.

Organisaties: • Departement Gezondheidszorg Vesalius • Vakgroep Biomedische - en exacte wetenschappen

Onderzoekers: • Ellen Decat • Stefan Vermeulen • Els Van Mechelen

Lessen uit plant-bacterie interacties: inzichten in regeneratie recalcitrantie en toepassing van bacteriële morfogenen bij in vitro propagatie van recalcitrante planten Hogeschool Gent Abstract: Abstract nog niet beschikbaar Organisaties: • Departement Biowetenschappen en Landschapsarchitectuur • Vakgroep Plantaardige Productie

Onderzoekers: • Stefaan Werbrouck • Danny Vereecke

HIV genoom diversiteit, interactie en co-evolutie KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Anne-Mieke Vandamme • Arnout Voet • Guangdi Li

Productie en kwaliteitsbeheersing van natrium gereduceerde kaas Hogeschool Gent Abstract: Consumptiedata geven aan dat de natriuminname van heel wat consumenten hoger blijkt te liggen dan de nutritionele aanbevelingen. Een te hoge natriuminname wordt in verband gebracht met een aantal gezondheidsrisico’s zoals hypertensie en hart- en vaatziekten. Een verlaagde natriuminname kan bekomen worden door consumptie van levensmiddelen met een verlaagd zoutgehalte en bijgevolg verlaagd natriumgehalte. Dit stelt de productontwikkelaars in de levensmiddelenindustrie voor een grote uitdaging: zout vervult immers uiteenlopende functies in levensmiddelen gaande van smaakbevordering over het bekomen van een microbiologisch stabiel product tot de technologische functionaliteiten van zout. Dit project concentreert zich op natriumreductie in de matrix kaas. Zoutverlaging in kaas is niet alleen een kwestie van de hoeveelheid zout te reduceren. Het vraagt eerst en vooral een aanpassing van het productieproces maar heeft daarnaast ook belangrijke consequenties op de organoleptische eigenschappen van de kaas, met name op het smaak- en het aromaprofiel alsook op de textuur van de kaas. Gezien de rol van zout in de conservering van kaas is er bijkomend ook een mogelijk effect van natriumreductie op de houdbaarheid van kaas. Dit project wil een bijdrage leveren aan het tekort aan wetenschappelijke en technologische informatie omtrent natriumreductie in kaas. Hierbij ligt de nadruk op de mogelijkheid om met behulp van specifiek geselecteerde melkzuurbacteriën tegemoet te komen aan de smaakdefecten en de eventuele microbiologische instabiliteit van natrium gereduceerde kazen. Het onderzoek richt zich in eerste instantie op harde kazen: een Gouda type kaas wordt als modelkaas in de experimenten gebruikt. Met behulp van de resultaten bekomen op harde kaas, kan in de laatste fase van het project in individuele case-studies onderzocht worden of de resultaten overdraagbaar zijn naar andere kaastypes (half-harde kazen, rauwmelkse kazen,…). Organisaties: • Departement Biowetenschappen en Landschapsarchitectuur • Vakgroep Levensmiddelen- en Agrotechnologie • Vakgroep Levensmiddelenwetenschappen en Technologie

Onderzoekers: • Lieve Vermeiren • Tony Ruyssen • Marianne De Meerleer • Delina Van Laere

Onderzoeksgroep Alliantie VUB-UGent: Centrum voor bacteriële en mycotische infectieziekten met zoönotisch of veterinair belang (BAMY) Vrije Universiteit Brussel Abstract: De bedoeling van deze alliantieonderzoeksgroep is het uitvoeren van diepgaand onderzoek omtrent kiemgastheer interacties voor zoönotisch en veterinair belangrijke bacteriën en fungi. In dit verband kan de jarenlange ervaring van de VUB partner op moleculair vlak (zowel op DNA- als op eiwitniveau) gecombineerd worden met de ruime ervaring van de UGent partner op het vlak van interacties van pathogenen met hun gastheer. Hierbij beschikt de UGent partner over zowel in vitro als in vivo modellen. Hoewel beide onderzoeksgroepen op sommige vlakken al duidelijk een goede samenwerking kennen, is het de bedoeling deze samenwerking de komende jaren verder uit te diepen. Diepgravend fundamenteel onderzoek naar het belang en de werking van bacteriële of mycotische virulentiefactoren enerzijds, het ontrafelen van de pathogeengastheer interacties anderzijds en validatie van deze resultaten aan de hand van relevante in vivo modellen zullen de belangrijkste peilers vormen van de alliantieonderzoeksgroep. Daarnaast zullen mogelijke toepassingen van de moleculaire biologie voor de bestrijding van dierziekten, zoals het inzetten van bacteriofagen of faagendolysines als alternatieven voor antibiotica niet uit het oog worden verloren Organisaties: • Biologie

Onderzoekers: • JEAN-PIERRE HERNALSTEENS

Het auxine indool-3-azijnzuur als signaalmolecule in bacteriën. KU Leuven Abstract: De synthese van het plantenhormoon indool-3-azijnzuur (IAA) is niet beperkt tot planten. Voor diverse species van bacteriën is de synthese van auxinen, reeds lang gekend. Tot voor kort werd bacteriëel IAA uitsluitend gezien als een effectormolecule, hetzij in relatie tot virulentie (fytopathogenen), hetzij in relatie tot stimulatie van wortelontwikkeling (plantengroeibevordering). Meer recent is de bevinding dat IAA ook een signaalmolecule is in bacteriën en lagere eukaryoten. Voor de plantengroeibevorderende rhizobacterie Azospirillum brasilense werd reeds aangetoond dat de expressie van een sleutelgen in de biosynthese van IAA gereguleerd wordt door het eindproduct IAA. In dit project willen we de

signaalfunctie van IAA op moleculair niveau ontrafelen op basis van een transcriptoomanalyse van IAA-geïnduceerde A. brasilense cellen. In een tweede deel zal getracht worden om bacteriële auxinereceptoren en -transcriptiefactoren, die tussenkomen in auxinesignalisatie, te identificeren en Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Stijn Spaepen

Aminozuursignalering via de Gap1 transceptor in de gist Saccharomyces cerevisiae. KU Leuven Abstract: Recent werd aangetoond dat de gist Gap1 aminozuurtransporter ook een functie uitoefent als receptor voor aminozuurgeïnduceerde activatie van deprotein kinase A signaalweg. Deze signaalweg controleert vele eigenschappen die geconnecteerd zijn met fermentatieve groei en met stationaire fase. De signaleringsfunctie van de Gap1 transceptor is reeds goed gekarakteriseerd, maar specieke domeinen betrokken bij deze signalering alsookde stroomafwaarts gelegen signaalweg zijn nog grotendeels ongekend. In dit project zullen we gebruik maken van de recente vooruitgang in identificatie van Gap1-interagerende proteïnen om enerzijds domeinen betrokkenbij signalering te identificeren. Anderzijds zullen we zo een beter inzicht proberen te verwerven in de stroomafwaarts gelegen signaalweg. Hiervoor zullen we Gap1 transceptoren trachten te identificeren die verantwoordelijk zijn voor de Gap1-onafhankelijke signalering, alsook zullen we de identificatie bevestigen van door Gap1 getransporteerde aminozure Organisaties: • Afd. Molec. Microbiol. & Biotechnologie

Onderzoekers: • Johan Thevelein • Griet Van Zeebroeck

Diversiteit van wortel nodule bacteriën geïsoleerd uit de boon (Phaseolus vulgaris L.) in Cuba: effect van RhizobiumPGPR inoculatie enIAA synthese op de ontwikkeling van boon genotypes KU Leuven Abstract: De boon (Phaseolus vulgaris L.) zijn het belangrijkste vlinderbloemige gewas voor menselijke voeding op wereldschaal en in het bijzonder in vele delen van Latijns Amerika en Afrika. Symbiotische stokstoffixatie (SSF) door de associatie van rhizobia met wortel nodulen draagt bij tot een verbeterde gewasproductie en is een goedkope en ecologische strategie omde opbrengst van boon cultivatie te verhogen. De hoeveelheid stikstoffixatie door de gewone bonenplant is echter zeer laag in vergelijking met de SFF onder optimale condities en vergeleken met andere peulvruchten. Het succes van SSF in de cultivatie van bonen wordt eveneens zeer sterk beïnvloed door omgevingscondities. Verder onderzoek naar manieren om de efficiëntie en de stabiliteit van SSF te verhogen is echter nog steeds noodzakelijk. Rhizobia treffen tijdens hun interactie met planten verschillende componenten aan, waaronder fytohormonen zoals auxinen , giberelinen en cytokininen. Verschillende stappen, waaronder de vorming van Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Ariany Colas Sanchez

Adaptatie van enterobacteriën aan groei bij lage pH: mechanismen en relevantie voor voedselveiligheid. KU Leuven Abstract: De laatste jaren laten epidemiologische gegevens een opvallende toenamezien van voedselgebonden Salmonella en E. coli infecties die zijn veroorzaakt door zure producten van plantaardige oorsprong zoals vers fruit, fruitsappen, tomaten en salsa's. Onderzoek naar mogelijke redenen heeft aangetoond dat deze enteropathogenen gespecialiseerde mechanismen hebbenontwikkeld om blootstelling aan een zuurshock, zoals bij passage door de maag, beter te kunnen overleven. De mogelijke adaptaties van deze bacteriën om beter te kunnen groeien bij suboptimale pH hebben daarentegen veel minder aandacht gekregen, hoewel die vanzelfsprekend ook van groot potentieel belang zijn voor de voedselveiligheid. Tegen deze achtergrond is de algemene doelstelling van dit onderzoeksproject na te gaan in welke mate adaptatie aan groei bij lage pH mogelijk is en tegelijk inzicht te verwerven in de cellulaire mechanismen van dergelijke adaptatie in E. coli als modelorganisme. Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Christiaan Michiels • Abram Aertsen • Bram Vivijs

Ontrafeling van de biosynthese van een polyketide-antibioticum uit Serratia plymuthica stam RVH1. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Afdeling Gentechnologie

Onderzoekers: • Christiaan Michiels • Rob Lavigne • Abram Aertsen • Joleen Masschelein

Regulatie van Salmonella biofilmvorming: De rol van kleine RNA's KU Leuven Abstract: De Salmonella enterica enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) bacterie is een belangrijke voedselpathogeen die acute gaststroenteritis veroorzaakt in mensen. Infectie door S. Typhimurium kan fataal zijn voor kinderen, personen met een verzwakt immuunsysteem, of mensen in ontwikkelingslanden. Buiten de gastheer wordt verondersteld dat de meeste bacteriën, zoals Salmonella, voornamelijk voorkomen in biofilmen. Dit zijn gestructureerde, drie-dimensionele gemeenschappen van bacteriën ingekapseld in een zelfgeproduceerde matrix. In zon biofilm zijn bacteriën beter beschermd tegen verschillende soorten omgevings-stress, die zowel van chemische als fysische aard kan zijn. Bovendien houdt dit in dat verwijdering en desinfectie van pathogenenmoeilijker verloopt wanneer deze beschermd zijn in een biofilm. Daarom is het biofilmfenotype een belangrijk onderwerp vanuit het standpunt vanvolksgezondheid.De regulatie van het biofilmfenotype is complex, met vele betrokken spelers. Als respons Organisaties:

• Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Sandra Van Puyvelde

Evolutionaire dynamica van resistentie-ontwikkeling tegen een biofilm inhibitor in Salmonella Typhimurium KU Leuven Abstract: Salmonella is één van de meest belangrijke pathogenen van mens en dier.Jaarlijks zijn er miljoenen gevallen van salmonellose die hospitalisatie vereisen. Het algemeen voorkomende serotoype van Salmonella, S. Typhimurium genoemd, veroorzaakt gastro-intestinale infecties die, indien ze niet tijdig en adequaat behandeld worden, kunnen leiden tot de dood. Daarnaast is Salmonella ook gekend als veroorzaker van typhoïde infecties by muis en mens, en asymptomatische kolonisatie bij kippen. Jammer genoeg is het aantal gerapporteerde gevallen van voedselgerelateerde infecties nog steeds hoog. Omwille van het gezondheidsbedreigende effect vanSalmonella infecties, is salmonellose gerangschikt binnen de top vijf van voedselgerelateerde pathogenen. Een groot probleem bij het bestrijdenvan Salmonella infecties is gerelateerd aan het feit dat Salmonella biofilmen kan vormen zowel op biotische als abiotische oppervlakken. Biofilmen zijn aggregaten van bacteriën ingebed in een zelf-geproduceerde matrix Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Kathleen Marchal • Akanksha Dubey

Moleculaire studie van mannose-bindende lectine(s) van lactobacilli en hun mogelijke HIV neutraliserende capaciteit KU Leuven Abstract: Wij hebben allemaal miljoenen micro-organismen op ons lichaam, die collectief de microbiota worden genoemd. Ze komen voor op de huid, in de mond, neus en keelholte, het maagdarmkanaal en het urogenitaal kanaal. De afgelopen decennia kregen vooral de darmmicrobiota het meeste aandacht. Maar ook de andere microbiota zijn belangrijk voor onze gezondheid. Zo spelen Lactobacillus bacteriën in de vagina een cruciale rol in de gezondheid van vrouwen door infecties te voorkomen, wat bijvoorbeeld zeer belangrijk is bij zwangerschap. Hoe deze Lactobacillus bacteriën juist bijdragen tot deze gunstige effecten, via welke moleculen en eigenschappen, isechter nog onvoldoende gekend. In dit doctoraatsonderzoek zochten we naar nieuwe moleculen van Lactobacillus die HIV infecties kunnen inhiberen. We zochten hierbij naar mannose binding lectins die kunnen binden op het mannose-rijke oppervlak van het HIV gp120 glycoproteïne, en op die manier hun binnendringen in gastheercellen kunnen voorkomen. Na het Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jan Balzarini • Jozef Vanderleyden • Sarah Lebeer • Shweta Malik

Impact en dynamica van het Mrr Type IV restrictie endonuclease in Escherichia coli KU Leuven Abstract: Koude pasturisatie door middel van hoge hydrostatische druk (HD) technologie is in staat vegetatieve micro-organismen af te doden zonder veel afbraak te doen aan de sensorische eigenschappen van het voedsel. Hoewel de microbiële perceptie van HD stress en het overeenkomstige inactivatiemechanisme nauwelijks gekend zijn, heeft onze groep eerder aangetoond dat het endogene Mrr restrictie endonuclease van Escherichia coli K12 een centrale rol speelt in de HD fysiologie van deze bacterie. Vorigestudies hebben immers aangetoond dat milde HD stress (i.e. 15 min op 100 MPa bij 20°C) Mrr aanzet tot het genereren van dubbelstreng DNA breuken in het chromosoom van E. coli, terwijl Mrr restrictie activiteittot dan toe enkel kon worden geïnduceerd door het methylatiepatroon vanbepaalde methyltransferases (MTases; zoals HhaII). Om een beter inzichtte krijgen in de cellulaire impact van HD stress op E. coli, werder in deze dissertatie dieper ingegaan op de activiteit en regulatie van dit aparte Mrr Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Abram Aertsen • Anirban Ghosh

Inhibitoren van y-herpesvirus replicatie en hun werkingsmechanisme KU Leuven Abstract: Het Epstein-Barr virus (EBV) en het Kaposis sarcoma-geassocieerd herpesvirus (KSHV) behoren tot de gammasubfamilie van herpesvirussen. Een infectie met één van deze virussen verloopt meestal asymptomatisch, maar een primaire EBV-infectie kan mononucleosis infectiosia of klierkoorts veroorzaken. Kenmerkend is hun latente aanwezigheid in de gastheer die gepaard kan gaan met het ontwikkelen van verschillende kankers en lymphoproliferatieve ziekten. Van de mensen die een virus-gerelateerde ziekte ontwikkelen heeft het merendeel een verminderde immuniteit door een infectiemet het humaan immunodeficiëntie virus, transplantatie, ouderdom of andere factoren. De huidige behandelingen voor EBV- en KSHV-geassocieerde ziekten zijn niet effectief genoeg en therapieën tegen deze virussen zijnbeperkt. Vermits er ook nog steeds geen antiviraal middel goedgekeurd is voor de behandeling van EBV- en KSHV- infecties zijn nieuwe onderzoeken naar geneesmiddelen tegen gammaherpesvirussen nodig. In dit proef Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Graciela Andrei • Robert Snoeck • Sophie Duraffour • Natacha Coen

Fylodynamica van rotavirusepidemiologie en effecten van vaccinintroductie op de rotaviruspopulatie in België KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers:

• Marc Van Ranst • Mark Zeller

De rol van hemostase in de pathogenese van staphylococcus aureus infectieuze endocarditis. KU Leuven Abstract: Bacteriële infecties zijn al sinds mensenheugenis de belangrijkste oorzaak van ziekte en sterfte, tot betere hygiëne en de ontwikkeling van antibiotica in het midden van vorige eeuw hier verandering in brachten. Ondanks deze enorme vooruitgangen in de gezondheidszorg blijven bacteriële infecties ook tot op de dag van vandaag een ernstig probleem. De toenamevan infecties met ziekenhuisbacteriën en de zorgwekkende verspreiding van bacteriën die ongevoelig geworden zijn aan antibiotica vormen belangrijke uitdagingen voor de medische zorg. Een beter inzicht in de mechanismen die bacteriën gebruiken om ziekte te verwekken zijn dan ook cruciaalom nieuwe, gerichte therapieën te kunnen ontwikkelen. Staphylococcus aureus (S. aureus) is een van de frequentste ziektekiemen betrokken bij ernstige infecties. Het is de voornaamste oorzaak van ziekenhuisinfecties en huid- en wondinfecties. De eigenschap van S. aureus om door te dringen in de bloedbaan, en zich zo door het gehele lichaam te kunnen ver Organisaties: • Cardiologie

Onderzoekers: • Peter Verhamme • Marc Hoylaerts • Willy Peetermans • Thomas Vanassche

Studie van de intestinale mucosale response en oxidatieve stress op het verloop van Giardia duodenalis infecties. Universiteit Antwerpen Abstract: Het project beoogt fundamenteel onderzoek op Giardia met betrekking tot: 1/ de mucosale interacties tussen parasiet en gastheer aan de hand van in vitro en in vivo modellen en 2/ de intestinale pathogenetische factoren (virulentie, inflammatie, motiliteit, e.a. ) die het klinische verloop van de infectie beïnvloeden. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Louis Maes • Paul F R C M Cos • Ely Bénéré

Preventie van HIV transmissie door interferentie met HIV entry, reverse transcriptie en integratie in het kader van de ontwikkeling van nieuwe kandidaat microbiciden. Universiteit Antwerpen Abstract: Omdat het aantal HIV infecties wereldwijd blijft stijgen, is er dringend nood aan vaginale microbiciden die heteroseksuele HIV transmissie kunnen voorkomen. Dit project onderzoekt in vitro of inhibitoren van HIV-1 reverse transcriptie, integratie en entry bruikbaar zijn als potentieel microbicide. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Guido Vanham • Philippe Selhorst

De 'dood van de ezel' herbekeken. Consumptieverlangens en tweedehandsmarkten in Brugge, ca. 1752-ca. 1914. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project onderzoekt het verbruik van tweedehands, 'oude' producten en antiek bij de toplaag van Brugge in de 'lange' 19de eeuw. Door een structurele en actor-gestuurde analyse te confronteren, wordt het mogelijk om consumptiegedragingen te plaatsen tegen bredere maatschappelijke veranderingen. Op die manier wordt een beter inzicht bekomen in de wijze waarop consumptieverlangens economisch én cultureel zijn geconstrueerd en ingebed. Organisaties: • Centrum voor stadsgeschiedenis

Onderzoekers: • Bruno Blondé • Ilja Van Damme

De geschiktheid van het voorschrijven van antibiotica in de eerstelijns gezondheidszorg in Europa met betrekking tot resistentie tegen antibiotica (APRES). Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds EU. UA levert aan EU de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Onderzoek naar toxineproductie door Bacillus cereus, karakterisatie en detectie van de stammen verantwoordelijk voor voedselveiligheid Universiteit Gent Abstract: Bacillus cereus is een problematische voedselpathogeen die na opname door de mens hevig braken kan veroorzaken door emetische toxisnes, of hevige buikloop door enterotoxines. Het gedrag van deze voedselpathogeen in de darm is niet goed bestudeerd. Meer kennis kan leiden tot preventieve maatregelen of betere adviezen om de bevolking effectiever te kunnen beschermen. In dit project wordt in het bijzonder aandacht besteed aan de competitie van Bacillus cereus met andere darmflora, het potentieel om zich aan de darmwand vast te hechten en de omstandigheden waarbij deze bacterie enterotoxines aanmaakt. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie

Onderzoekers:

• Tom Van de Wiele

Het SH membraaneiwit van het Respiratoir Syncytieel Virus: een mogelijk protonkanaal en doelwit voor vaccinatie Universiteit Gent Abstract: Het Respiratoir Syncytieel Virus (RSV) is een belangrijk pathogeen van de mens. Er slechts 1 prophylactische therapie en er is nog geen vaccin tegen dit virus. In dit project willen we de functie van het SH eiwit van RSV bestuderen. Daarnaast willen we nagaan of het RSV-SH eiwit een kandidaat antigen is voor vaccinontwikkeling. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie


Identificatie van virulentiegenen van Batrachochytrium dendrobatidis die betrokken zijn bij invasie in kerationcyten van amfibieën Universiteit Gent Abstract: De pathogenese van chytridiomycose, veroorzaakt door de schimmel Batrachochytrium dendrobatidis, is niet goed gekend. Het doel van dit project is de mechanismen te ontrafelen waardoor de schimmel huidveranderingen bij amfibieën kan veroorzaken. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten


Transcriptoomanalyse van persister cellen in Burkholderia cepacia complex biofilms Universiteit Gent Abstract: Dit project heeft als doel een beter inzicht te krijgen in de moleculaire mechanismen die verantwoordelijk zijn voor de antimicrobiële resistentie in Burkholderia cepacia complex isolaten in sessiele (biofilm-geassocieerde) en planktonische (vrijlevende) vorm. Om dit doel te bereiken zal gebruikgemaakt worden van transcriptoom analyse, de studie van genexpressie d.m.v. microarray en qPCR analyses Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse


Onderzoek naar de rol van het type III secretiesysteem in de immuunrespons bij Chlamydophila psittaci infecties Universiteit Gent Abstract: Het is de bedoeling inzicht te verwerven in de fundamentele moleculaire mechanismen die aan de basis liggen van de virulentieverschillen tussen Chlamydophila psittaci stammen, en dit bij zowel mens als dier. De onderzoeksresultaten kunnen bijdragen tot de ontwikkeling van nieuwe diagnostica voor de tracering van virulente stammen en tot de ontwikkeling van innovatieve profylactica. Organisaties: • Vakgroep Moleculaire biotechnologie

Onderzoekers: • Daisy Vanrompay

Onderzoek naar toxineproductie door Bacillus cereus, karakterisatie en detectie van de stammen verantwoordelijk voor voedselveiligheid Universiteit Gent Abstract: Een LC-MS methode zal ontwikkeld worden voor CytK en Nhe om het gedrag van B. cereus te bestuderen in een simulatiemodel van het humaan gastro-intestinaal stelsel samen met de groeikinetiek en enterotoxineproductie van psychrotolerante en mesofiele B. cereus stammen in vegetatieve en in sporevorm. De genetische en genomische diversiteit van diarreeveroorzakende B. cereus zal ook onderzocht worden. De gevaarlijke contaminatieniveaus en voedingsmiddelen zullen geïdentificeerd worden. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit

Onderzoekers: • Mieke Uyttendaele

Thermofiele consortia voor stikstofverwijdering: transpositie van natuurlijke rijkdom naar biotechnologie Universiteit Gent Abstract: Dit onderzoek focust op de verwijdering van schadelijk ammonium uit afvalwater door conversie tot schadeloos stikstofgas, dat in de atmosfeer vrijkomt. Ten opzicht van de gevestigde mesofiele temperatuurscondities, wordt biotechnologie op thermofiele temperatuur verondersteld verschillende voordelen te hebben: hogere stabiliteit, snellere reacties, lagere slibproductie en betere hygiënisatie. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Ontginnen van microbiologische profielen: clusteranalyse voorbij Universiteit Gent Abstract: Ontwikkeling van een nieuwe gegevenstype binnen het BioNumericsplatform voor de statistische analyse van massaspectra. Organisaties: • Vakgroep Toegepaste wiskunde en informatica

Onderzoekers: • Peter Dawyndt

Bacteriële veilighied van sla in primaire productie en sla-versnijderij Universiteit Gent Abstract: De microbiologische contaminatie van sla in België gerelateerd met verschillende risicofactoren zowel op niveau van de primaire productie als op niveau van sla-versnijderij wordt bestudeerd. Dit door zowel monstername en analyse van sla, water, contactoppervlakken en analyse voor indicatorbacteriën en pathogenen als door het verzamelen van implementatie van goede werkpraktijken (GAP, GMP). Dit met het oog op kennisverbreding en formuleren van aanbevelingen.

Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit


Nanobodies of VHHs als therapeutisch geneesmiddel in de eindstrijd tegen poliomyelitis. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Sinds mensenheugenis wordt de mensheid reeds getroffen door poliomyelitis, een ziekte veroorzaakt door het poliovirus. Tijdens de laatste twintig jaar heeft het Global Polio Eradiction Initiative (GPEI) veel succes gekend, resulterend in een substantiële vermindering van het aantal gevallen van poliomyelitis en dit dankzij het gebruik van het Oraal Poliovaccin tijdens intensieve vaccinatie-campagnes. Op zijn weg is het GPEI echter onvermijdbare obstakels tegengekomen die het onmogelijk maken om de transmissie van wild poliovirus een halt toe te ropen en om van deze wereld een poliovrije wereld te maken en deze ook te behouden in de toekomst. Nieuwe strategieën en wapens moeten ontwikkeld worden om deze doelstelling te behalen waarbij in eerste instantie aan nieuwe efficiënte antivirale geneesmiddelen tegen polio wordt gedacht. In dit project zal de bruikbaarheid en toepassing van een nieuwe generatie van recombinante antilichaam fragmenten, nl. Nanobodies of VHHs, als een nieuwe klasse van antivirale moleculen tegen poliovirus worden onderzocht. Uit een pool van geïsoleerde VHHs met bindingscapaciteit voor het poliovirus zullen de meest potente en toepasbare VHHs geselecteerd en geoptimaliseerd worden. De bekomen VHH(s) kunnen dan als model dienen voor de strijd tegen andere belangrijke humane picornavirussen zoals het hapatitis A virus (geelzucht) of rhinovirussen (verkoudheden). Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie


Identificatie en karakterisatie van tumor-initiërende cel in multipel myeloom. Vrije Universiteit Brussel Abstract: De hypothese van het kankerstamcel model is dat een kleine subpopulatie van de tumorcellen, de kankerstamcel, in staat is om nieuwe tumoren te vormen. Belangrijke eigenschappen van deze tumor-initiërende cel is dat deze zich kan vernieuwen en alle heterogene celtypes van de tumor kan vormen. Deze populatie zou resident zijn tegen huidige therapiën resulterend in herval van de patiënt. Verscheidene onderzoeker hebben de kankerstamcel hypothese onderzocht in de hematologische kanker, multipel myeloom (MM). deze kanker, gekarakteriseerd door groei van kwaadaardige cellen in het beenmerg, is opgebouwd uit een mix van minder gedifferentieerde B-cellen (CD138neg) tot plasmablast/plasmacellen (CD138pos). Het project bestaat uit de identificatie en karakterisatie van de MM stamcel in het syngeen en immuuncompetent 5TMM muismodel. Voor de identificatie van de tumorigene cel zal de clonogene en tumor-initiërende capaciteit van verschillende MM fracties worden onderzocht, maar zal er ook worden gekeken naar de overblijvende tumorcelpopulatie na behandeling van zieke muizen met chemotherapie. Vervolgens zullen de karakteristieken van de MM stamcel worden geanalyseerd gaande van homing capaciteiten, lokalisatie in het beenmerg, profileratie, celcyclus, zelfvernieuwing en resistentie tot een meer uitgebreid onderzoek van genexpressie met microarrays en kinoom analyse met pepchips met als doel een gerichte therapie te ontwikkelen tegen deze kankerstamcel. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • ELS VAN VALCKENBORGH

Rotavirussen - Genetische diversiteit in ontwikkelingslanden, interspecies transmissies en de karakterisatie van ongewone rotavirusstammen KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Marc Van Ranst • Jelle Matthijnssens • Elisabeth Heylen

Multidisciplinair onderzoek van vaccinatie en infectieziekten. Universiteit Antwerpen Abstract: Geïntegreerd vaccin en microbiologisch onderzoek met focus op een verbeterde kennis van de immuunrespons bij profylactische en therapeutische vaccins (inclusief tumorvaccins) en het beperken van antibioticaresistentie. Verschillende innovatieve onderzoekstopics zijn lopende of zitten in de pipeline: potentiële ontwikkeling van theranostische toestellen (e.g. snelle Point of Care diagnostica, optische biosensoren, lab-onchip, microarrays) voor detectie van pathogenen and geassocieerde resistentie en dit in samenwerking met verschillende Europese onderzoekspartners; potentiële ontwikkeling van snelle diagnostische tests en injectiesystemen; potentiële ontwikkeling van patiënt specifieke cellulaire vaccins voor gerichte antivirale en antikanker therapie. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Pierre Van Damme • Zwi Berneman • Herman Goossens • Vanessa Vankerckhoven • Anke Janssens • Hilde Revets

Ontwikkeling van een fermentatieproces voor een product Universiteit Gent Abstract: In dit onderzoek wordt de ontwikkeling beoogd van een proces voor de productie van een product. De te ontwikkelen technologie is gebaseerd op metabolic engineering van Escherichia coli. Nadat een geschikte productiestam geconstrueerd is, dient een fermentatieproces te worden ontwikkeld en geoptimaliseerd, evenals een geschikt downstream processing route om het product in zuivere vorm uit de fermentatievloeistof te winnen. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie

Onderzoekers: • Wim Soetaert

Fund Catharina Weekers - Epigenetic regulation in multiple myeloma: identification of potential targets. Vrije Universiteit Brussel Abstract: De instelling 'VUB' en het ' KONING BOUDEWIJNSTICHTING' hebben voor het project ' Fund Catharina Weekers - Epigenetic regulation in multiple myeloma: identification of potential targets.' een overeenkomst afgesloten die kadert in de dienstverleningsopdracht van de instelling. Hierbij kunnen de onderzoeksresultaten worden overgedragen aan het bedrijf, kan een billijke vergoeding worden afgesproken mbt de valorisatie van het onderzoek of kunnen andere afspraken gemaakt worden aangaande intellectuele eigendom, zoals bepaald in de afgesloten overeenkomst. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • Karin VANDERKERKEN • Elke DE BRUYNE

Faag-gecodeerde endolysines als nieuw bestrijdingsmiddel tegen methicilline resistente Staphylococcus aureus bij varkens. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Methicilline resistente Staphylococcus aureus (MRSA) zijn multiresistente kiemen die in de humane geneeskunde heel wat problemen veroorzaken. Onlangs werd een nieuw reservoir van MRSA gevonden, namelijk bij dieren. Dit reservoir werd eerst bij varkens ontdekt, maar uit verschillende binnen- en buitenlandse studies blijkt dat ook andere species gekoloniseerd zijn. Infecties met MRSA waren zelden beschreven bij andere diersoorten dan paarden. Bij runderen werd dit type recent aangetroffen bij enkele gevallen van klinische en subklinische mastitis (P. Butaye, ongepubliceerde data). Dit dierreservoir bestaat uit één specifiek type, het "diergerelateerde type", dat kan onderverdeeld worden in enkele verwante subtypes. Dit diergerelateerde type wordt ook bij landbouwers aangetroffen (Anoniem, 2007). Ook bij honden werden MRSA infecties waargenomen; deze MRSA infecties waren voornamelijk van humane oorsprong. Bij de mens zijn twee types beschreven, namelijk de hospitaal verbonden HA-MRSA en de MRSA geassocieerd met de gemeenschap (CA-MRSA). De kiemen veroorzaken ernstige infecties met niet zelden een fatale afloop. Zelden werden infecties door HA-MRSA bij paarden en honden beschreven, doch deze waren veroorzaakt door humane contaminatie tijdens chirurgie. Diergeassocieerde MRSA vormen een potentieel gevaar voor zowel de diergezondheid als voor de volksgezondheid. Deze diergeassocieerde MRSA compliceren in de eerste plaats de diagnostiek doordat ze moeilijk kunnen onderscheiden worden van de gevaarlijker humane HA-MRSA (MRSA isolatie en karakterisatie) en ten tweede doordat de virulentie van een kiem kan variëren. Verder kan deze diergeassocieerde MRSA kiem, die zich in verschillende ecosystemen kan handhaven, namelijk virulentiekenmerken verwerven,die gelegen zijn op mobiele genetische elementen, en aldus een hoogpathogene stam worden. Daarom dient deze problematiek proactief aangepakt te worden. Antibioticum therapie om dieren vrij te maken van deze kiem is moeilijk, gezien de brede resistentie, en lijkt daarenboven niet aangewezen wegens de kans dat de kiemen verder multiresistent worden. Andere maatregelen, zoals hygiëne maatregelen werken niet direct in op dieren, en hebben mogelijks slechts een partieel effect. Er zijn verder weinig alternatieven gekend om deze kiem te elimineren. Aangezien de MRSA die bij dieren gevonden wordt zeer klonaal zijn en aangezien fagen meestal een zeer strikte gastheerspecificiteit vertonen, zijn faag-gecodeerde endolysines een zeer geschikt middel om specifiek MRSA in het dierreservoir te bestrijden. Vermits S. aureus en aldus ook MRSA epitheliale weefsels zoals huid en neus koloniseren kunnen deze faagenzymen aangebracht worden op de huid of in de neus. Het doel van dit project is om varkens vrij te maken van MRSA, of minstens een substantiële reductie van de kolonisatie te bekomen, en zo de kans op infectie van de mens te verlagen of te voorkomen. Om dit te bereiken zullen faagendolysines overgeproduceerd in E. coli of Pichia pastoris. Ze zullen daarna opgezuiverd worden om te gebruiken bij de in vivo behandeling van experimenteel geïnfecteerde dieren. Het te ontwikkelen bestrijdingsmiddel is dus gebaseerd op enzymen geproduceerd door bacteriofagen en zal gebruikt worden om dieren vrij te maken van MRSA, dan wel een substantiële reductie te bekomen. De specifieke doelstellingen van dit project zullen zijn: * Isoleren en overproduceren van een representatieve verzameling van faag-gecodeerde lysines met activiteit tegen de specifieke MRSA klonen die voorkomen bij dieren, meer bepaald varkens * Karakteriseren van de gastheerspecificiteit van deze enzymen * Studie van de efficiëntie, in vitro en in diermodellen, van de bactericide activiteit van deze faagenzymen * Het uittesten van methoden voor het toedienen van het faagenzympreparaat in de neus en op de huid bij varkens * Het uittesten van de efficiëntie van de faagenzymbehandeling in het elimineren van MRSA kolonisatie bij varkens Organisaties: • Biologie • Toegepaste Biologische Wetenschappen


INNOCEREAL: Innoverende fermentatiestrategieën van granen met het oog op nieuwe productieprocessen en producten. Vrije Universiteit Brussel Abstract: De toepassing van al dan niet gecontroleerde graanfermentatie kent een belangrijke opmars, niet alleen omwille van het gezonde imago van gefermenteerde graanproducten maar tevens voor de bijdrage in de nutritionele, organoleptische (textuur, aroma en smaak) en andere functionele eigenschappen van de eindproducten. Dit biedt een toegevoegde waarde voor de producent en consument via verbeterde producteigenschappen, verhoogde natuurlijke waarde door E-nummervrij te werken, verhoogde artisanaliteit, enz . Hoewel de microbiële ecologie van zuurdesemecosystemen in het algemeen reeds beschreven werd in de literatuur, is weinig of niets gekend omtrent de impact van minder gangbare processtappen en grondstoffen. De meeste informatie is immers afkomstig van fermentaties van rogge- en tarwebloem bij standaardfermentatiecondities. Bovendien zijn de meeste studies eerder kwalitatief van aard en ontbreken de nodige kwantitatieve gegevens betreffende microbiële groei en metabolietproductie, nochtans een vereiste voor processturing. Het project is gericht op de toepassing van andere grondstoffen (dan tarwe, rogge en spelt) en gewijzigde procesparameters tijdens spontane graanfermentaties, op het begrijpen van de invloed van deze grondstoffen en procesmodificaties op de zich ontwikkelende microbiota en tot expressie gebrachte functionele eigenschappen (met betrekking tot o.a. aroma, smaak en textuur). De opgedanke kennis wordt gebruikt om te komen tot nieuwe processen, ingrediënten en/of eindproducten. De doelgroep van dit project omvat bloemmolens, zuurdesemproducenten, biscuiteries en ontbijtgraanproducenten, toeleveranciers van ingrediënten en (industriële) bakkerijbedrijven en andere bedrijven die gefermenteerde graanproducten in hun gamma (kunnen) opnemen (bijvoorbeeld veevoederproducenten). Het onderzoek situeert zich rond volgende "werkpakketten:? Spontane zuurdesemfermentatie ? Effect van grondstoffen ? Effect van procesparameters Functionele melkzuurbacteriestarterculturen Nieuwe producten en processen Organisaties:

• Industriêle Microbiologie


Efficaciteit van florfenicol injectie voor de behandeling en controle van Mycoplasma hyopneumoniae infecties bij varkens Universiteit Gent Abstract: De studie onderzocht de efficaciteit van een eenmalige intramusculaire injectie met florfenicol aan biggen voor de behandeling van klinische ademhalingsproblemen als gevolg van experimentele infectie met Mycoplasma hyopneumoniae. De studie toonde aan dat deze behandeling een significante verbetering van de klinische symptomen teweegbracht, en een numerieke verbetering van longletsels en groei in vergelijking met een niet-behandelde controlegroep. Organisaties: • Vakgroep Verloskunde, voortplanting en bedrijfsdiergeneeskunde

Onderzoekers: • Dominiek Maes

Mechanistische studie van virus entry en replicatie. Een fundamentele benadering voor de ontwikkeling van nieuwe en specifieke antivirale chemotherapeutica. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Graciela Andrei • Sandra Liekens • Jan Balzarini • Dominique Schols • Robert Snoeck • Lieve Naesens • Johan Neyts • Christophe Pannecouque

CHAARM KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Moleculaire Virologie en Gentherapie

Onderzoekers: • Zeger Debyser

Identificatie van nieuwe aan het celoppervlak uitgedrukte factoren betrokken bij virulentie en biofilmvervorming van methicilline-resistente Staphylococcus aureus. Universiteit Antwerpen Abstract: Een eerst doelstelling van het project is de identificatie van genen die coderen voor nieuwe virulentiefactoren die worden uitgedrukt op het bacteriële oppervlak van MRSA. Een tweede doelstelling is het verschil tussen het vermogen van HA-MRSA en CA-MRSA om biofilms te vormen te onderzoeken in aanwezigheid en afwezigheid van antibioticumselectie. Een derde objectief van het project is te verklaren waarom bepaalde MRSA klonen zeer epidemisch zijn. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Maternele immuniteit in het puerperium Universiteit Antwerpen Abstract: Er is een significante stijging van IgG bij vrouwen na een bevalling, zonder blootstelling aan antigen. Bloedvolume veranderingen in het puerperium kunnen een verklaring zijn, alsook verhoogde B cel activiteit ( long lived memory B cellen) om het verlies aan antistoffen te compenseren na de bevalling. Stalen van vrouwen op 3 tijdstippen zullen getest worden op urinezuur (concentratie) en op cytokines als surrogaat voor Th2 activatie. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Katherine Loens

Impact van specifieke antibiotische therapie op de prevalentie van resistente bacteriën van een menselijke gastheer (SATURN). Universiteit Antwerpen Abstract: SATURN (Impact of Specific Antibiotic Therapies on the prevalence of hUman host ResistaNt bacteria; 2010-2014) is een collaboratief onderzoeksproject dat gefinancierd wordt door de EU en kadert binnen het Zevende Kaderprogramma. SATURN streeft naar een verbetering van methodologische standaarden en naar onderzoek dat meer duidelijkheid moet brengen omtrent de impact van antibioticagebruik op het verwerven, de selectie en de transmissie van antimicrobiële resistentie (AMR) in verschillende omgevingen, m.b.v. zowel ecologische data, alsook analyses op moleculair en individueel patiëntenniveau. A.h.v. de beoogde resultaten worden mogelijks klinische en beleidsmatige beslissingen genomen die uiteindelijk zullen leiden tot een vermindering van AMR in Europa. Verschillende klinische studies, uitgevoerd door zowel ziekenhuizen als lokale artsen, zullen fungeren als een platform voor microbiologisch en farmacologisch onderzoek, dat verricht zal worden door meerdere academische instellingen binnen Europa. De Universiteit Antwerpen coördineert hierbij het werkpakket (WP) 'bacteriële genetica en functionele studies'. De hoofddoelstelling van dit WP bestaat erin de mogelijkheid te onderzoeken van verscheidene antibiotica om te selecteren voor resistentie in de respiratoire en intestinale flora van patiënten en hun contactpersonen of in onbehandelde controles en hierbij de persistentie van de geselecteerde resistente bacteriën periodisch te vergelijken na toediening van antibiotica. De geplande functionele en genetische studies zullen gebruik maken van zowel in vitro als in vivo modellen om het humaan microbioom te ontleden. Verdere studies omtrent populatiebiologie, klonale fitness en virulentie van antibiotica-resistente en antibiotica-

sensitieve bactieriën zullen meer inzicht creëren in de onderliggende mechanismen van de succesvolle verspreiding van belangrijke AMR klonen in Europa. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Systemische mycosen: innovatieve laboratorium modellen voor fundamenteel, toegepast en epidemiologisch onderzoek. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds IWT. UA levert aan IWT de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Louis Maes • Caroline Paulussen

Verzamelen van nationale gegevens over het resistentieprofiel van Streptococcus pyogenes. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project kadert in een dienstverleningsopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds BAPCOC. UA levert aan BAPCOC de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Tolerantie en persistentie in microbiële biofilms: een geïntegreerde benadering Universiteit Gent Abstract: Dit project heeft als doel een beter inzicht te krijgen in de moleculaire mechanismen die verantwoordelijk zijn voor persistentie en tolerantie in Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans en Burkholderia cenocepacia biofilms. Door gebruik te maken van mutantenbanken, transcriptoomanalyse m.b.v. microarrays en qPCR, en de gerichte constructie van mutanten zullen we infomatie verkrijgen over de genen die betrokken zijn bij het persistentiefenomeen in fungi en bacteriën. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse


De vissige melkzwammen (Lactifluus volemus sens lato), cryptische soroten met een lang en wereldwijd verleden Universiteit Gent Abstract: Lactifluus volemus is een traditionele morfologische soort, gemakkelijk herkenbaar door verscheidene unieke macro- en micromorfologische kenmerken. Toch werd een uitzonderlijk grote genetische divergentie waargenomen. We hebben hier duidelijk te maken met een complex van verschillende cryptische soorten. Een morfologische en moleculaire studie zal het fylogeografisch verleden van deze groep en het aantal taxa met hun morfologische en geografische grenzen trachten op te helderen. Organisaties: • Vakgroep Biologie


De studie van de directe cel-naar-cel transmissie van het hepatitis C virus en evaluatie van nieuwe antivirale strategieën Universiteit Gent Abstract: Eindstadium leverziekte veroorzaakt door chronische hepatitis C virus (HCV) is de belangrijkste indicatie voor levertransplantatie in de westerse wereld. Helaas, bijna onmiddellijk na de transplantatie de circulerende virussen infecteren de donor lever leidt tot vernietiging van de geënte orgaan binnen 5 jaar. In dit project onderzoeken we nieuwe strateies om de overdracht van dit virus te voorkomen. Organisaties: • Vakgroep Klinische biologie, microbiologie en immunologie

Onderzoekers: • Geert Leroux-Roels • Philip Meuleman

De uitbouw van de publieke cultuurverzamelingen van diatomeeën, polaire cyanobacteriën en mycobacteriën en hun verdere integratie in het BCCM consortium Universiteit Gent Abstract: De Belgische gecoordineerde verzamelingen van micro-organismen (BCCM) bevat publiek beschikbare verzamelingen van verschillende groepen micro-organismen. Recent werden verzamelingen van diatomeeën (UGent), polaire cyanobacteriën en mycobacteriën toegevoegd. In het huidige project worden deze collecties verder uitgebouwd als publieke dienstverlenende Biological Resource Centers, wordt hun integratie in het BCCM consortium vervolledigd, en wordt nieuw biologisch materiaal aan de collecties toegevoegd. Organisaties: • Vakgroep Biologie


De rol van Nanos- en Pumilio-familieleden in tumorprogressie Universiteit Gent Abstract: Nanos eiwitten zijn RNA-bindende eiwitten, waarvan het zinkvingerdomein geconserveerd is tot in Drosophila, en die moleculaire complexen vormen met translatie-regulerende Pumilio-eiwitten. Onze projectdoelstellingen zijn meervoudig maar telkens gerelateerd aan een mogelijk belangrijke rol van Nanos en Pumilio eiwitten in tumorale kwaadaardigheid. Specifieke muistumormodellen worden hiervoor ontwikkeld. De bruikbaarheid als doelwit voor moleculaire therapie van humane kanker wordt onderzocht.

Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Frans Van Roy • Pieter De Bleser

Metaproteoom analyse van de distale darmmicrobiotica van mucoviscidosepatiënten Universiteit Gent Abstract: De darmmicrobiota speelt een belangrijke rol in gezondheid en ziekte van mensen. Mucoviscidosepatiënten lijden aan longinfecties die een vrij groot aantal antibioticumbehandelingen vereisen. Ook hun darmfysiologie en voedselvertering zijn zeer sterk verstoord. Dit project stelt zich tot doel om via metaproteoomonderzoek de samenstelling, dynamiek en andere eigenschappen van de distale darmmicrobiota van een groep van mucoviscidosepatiënten met die van gezonde siblings te vergelijken. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Peter Vandamme • Bart Devreese • Peter Dawyndt

Identificatie en karakterisering van Virale en Gastheerfactoren betrokken bij de pathogeniciteit van Influenza A Virus Universiteit Gent Abstract: De pathogenese van influenza A virussen wordt bepaald door de genetische constellatie vna het virus en de gastheer maar is nog grotendeels ongekend. Door een vergelijkende genetische en proteoomanalyse van het infectieproces van een laag- en een hoog-pathogeen influenza A virus zal getracht worden om nieuwe pathogenesedeterminanten te identificeren. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie


Biological Resource Centre (BRC) Universiteit Gent Abstract: De Belgische Gecoördineerde Verzamelingen van Micro-organismen (BCCM) zijn een consortium van gedecentraliseerde collecties van biologische hulpbronnen (?Biological Resource Centres, BRCs?), welke momenteel belangrijke verzamelingen bevatten van bacteriën (BCCM/LMG), agro-industriële schimmels en gisten (BCCM/MUCL), bio-medische schimmels en gisten (BCCM/IHEM), plasmiden en DNA bibliotheken (BCCM/LMBP). Deze collecties biologisch materiaal, gerelateerde informatie en wetenschappelijke ?know how? staan publiek beschikbaar voor de wetenschappelijke gemeenschap. Met het onderhavige project beogen de projectpartners het patrimonium en het domein van de BCCM te vergroten door het aanhechten van bijkomende verzamelingen interessante organismen welke aanwezig zijn in Belgische Onderzoeksinstellingen. Van de vele onderzoekscollecties, werden drie collecties geselecteerd op basis van de grootte van hun verzameling, hun uniekheid, en het niveau van de hiermee gepaard gaande wetenschappelijke expertise: de Diatomeeën collectie van de Universiteit Gent, de collectie van Polaire Cyanobacteriën van de Universiteit Luik, en de collectie van Mycobacteriën van het Instituut voor Tropische Geneeskunde in Antwerpen. Deze drie collecties bestaan uit biologische bronnen die momenteel erg ondervertegenwoordigd zijn in cultuur collecties wereldwijd, ondanks hun interesse voor wetenschappelijke, industriële en milieu en medische R&D toepassingen. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Paul De Vos

IGF-1 in tumor progressie van multipel myeloom: effecten op celcyclus en UPR respons. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multipel myeloom (MM) is een ongeneeslijke plasmacel kanker, waarbij de normale cyclus controles verloren zijn gegaan waardoor de cellen het fenotype van "actieve" of delende PC's krijgen. MM cellen verblijven in het beenmerg (BM) waar zij interageren met de stromale componenten via adhesie moleculen en cytokines (IL-6 en IGF-1) om noodzakelijke groei en overlevingssignalen te ontvangen. In recente jaren is het duidelijk geworden dat vooral IGF-1 een multifunctionele rol in MM ontwikkeling speelt. In dit project gaan we in een eerste luik na welke effecten IGF-1 op de celcyclus heeft. We zullen onderzoeken of IGF-1 nieuwe protëïnen aanschakelt of dat het de activatie van de reeds actieve proteïnen verandert. Verder zullen we nagaan of contact met BM stromale cellen, die een beschermend effect op MM cellen hebben, dezelfde effecten induceren. In een tweede luik willen we de effecten van IGF-1 op de "unfolded protein response" bestuderen. Deze "UPR" behoudt het evenwicht tussen het ritme van proteïne aanmaken krijgt het ER een stress signaal dat leidt tot activatie van de UPR. Deze kan ofwel het evenwicht terug herstellen en een overlevingssignaal sturen ofwel faalt dit wat dan uiteindelijk leidt tot een apoptose signaal. Aangezien de UPR zowel pro als anti-apoptotisch wegen heeft, is het niet duidelijk of het ook een rol speelt bij drug resistentie en/of groeistimulatie. In dit project zullen we nagaan op de UPR constitutief aanwezig is in MM cellen en welk invloed IGF-1 hierop heeft, meer bepaald op depor-survival weg van de UPR. Organisaties: • Hematologie

Onderzoekers: • Eline MENU

Bepalen van biologische merkers voor het selecteren van vrouwen met verhoogd risico op prematuriteit te wijten aan Ureaplasma infectie. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Prematuriteit is de belangrijkste oorzaak van neonatale morbiditeit en mortaliteit. Meestal is de reden van prematuriteit niet gekend, en de huidige therapie is nog steeds gebaseerd op de reductie van fysische activiteit en het gebruik van weeënremmende middelen. Geen enkele behandeling ter preventie van vroeggeboorte is tot op heden efficiënt gebleken. Het percentage vroeggeboortes in de Westerse wereld is de voorbije 20 jaar niet afgenomen. Een betere kennis van de etiologie van prematuriteit kan leiden tot betere therapeutische schema's ter preventie van deze aandoening. Infecties uitgaande van de endogene flora van de vrouw kunnen aan de basis liggen van preterme arbeid. Ureaplasma spp. is het micro-organisme dat het frequenst voorkomt ter hoogte van de vruchtvliezenin geval van vroeggeboorte < 32 weken. Echter meer dan 40% van de zwangeren zijn gekoloniseerd t.h.v. de lagere genitale tractus. Preventieve strategieën die enkel gebaseerd zijn op een cervix kweek voor Ureaplasma zijn dus niet aangewezen. Een betere test voor predictie van prematuriteit te wijten aan infectie met dit micro-organisme zou moeten worden ontwikkeld. De bedoeling van dit project is dan ook het ontwikkelen van een serologische test voor U. spp. antilichamen en het gebruik van deze test bij zwangere vrouwen om zijn nut als een laboratorium marker voor prematuriteit te evalueren. Naast deze serologische test zal een

qPCR ontwikkeld worden voor detectie en differentiatie van Ureaplasma species in de lagere genitale tractus. In een klinische evaluatie zullen we nagaan of er een correlatie is tussen het resultaat van de serologie, kweek, qPCR en zwangerschapsuitkomst. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • ANNE NAESSENS

Incidentie, infectiebronnen en preventie van enerohemorrhagisceh Escherichia Coli in het Brussels Gewest. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Infectie met enterohemorrhagische Escherichia coli (EHEC) is eenbelangrijke oorzaak van bloederige diarree en het hemolytisch uremisch syndroom (HUS). Om de reële incidentie van infecties met deze voedselpathogeen inhet Brussels Gewest te onderzoeken zijn we vanaf januari 2008 begonnen met de verzameling en screening van feacesstalen in Brusselse ziekenhuizen. tevens worden gevallen van HUS in samenwerking met centra voor kinderdialyse en het WIV vanaf 2009 geregistreerd en onderzocht voor EHEC met zeer gevoelige technieken. Alle patiënten met een positieve kweek worden opgenomen in een case-control studie. Hiermee worden de invloed van voedingsgewoonten op het voorkomen van EHEC en HUS onderzocht en besmettingsbronnen en transmissiewegen geïdentificeerd. Bovendien zal getracht worden om stalen van potentiële besmettingsbronnen (voedsel, omgeving, humane contacten) te verzamelen voor analyse. In dit project zullen nieuwe technieken voor subtypering (sequentieanalyse, multiplex PCR en MALDI-TOF massaspectrometrie worden onderzocht en ontwikkeld. Tenslotte zullen aan de hand van de verzamelde informatie in de case-control studie preventie maatregelen worden voorgesteld, onder andere door het opstellen van een brochure die de bevolking moet sensibiliseren voor het gevaar van infectie met EHEC. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • DENIS PIERARD

Identificatie en karakterisatie van de kankerstamcel in multipel myeloom. Vrije Universiteit Brussel Abstract: De hypothese van het kankerstamcel model is dat enkel enen kleine subpopulatie van de tumorcellen, de kankerstamcel, in staat is om nieuwe tumoren te vormen. Belangrijke eigenschappen van deze tumor-initiërende cel is dat deze zich kan vernieuwen en alle heterogene celtypes van de tumor kan vormen. Er wordt zelfs gesuggereerd dat deze populatie resistent is tegen huidige therapieën resulterent in herval van de patiënt. Verscheidene onderzoekers hebben de kankerstamcel hypothese onderzocht in de hematologische kanker, multipel myeloom. Deze kanker, gekarakteriseerd door groei van kwaadaardige cellen in het beenmerg, is opgebouwd uit een mix van cellen gaande van B-cellen (CD138neg) tot plasmablast/plasmacellen (CD138pos). Het project bestaat uit de identificatie en karakterisatie van de MM stamcel in het syngeen en immuuncompetent 5TMM muismodel. Voor de identificatie van de tumorigene cel zal de clonogene en tumor-initiërende capaciteit van CD138neg en CD138pos populaties worden onderzocht, maar zal er ook worden gekeken naar de overblijvende tumorcelpopulatie na behandeling van zieke muizen. Vervolgens zullen de karakteristieken van de MM stamcel worden geanalyseerd gaande van homing capaciteiten, lokalisatie in het beenmerg, proliferatie, celcyclus, zelfvernieuwing en resitentie tot meer uitgebreid onderzoek van genexpressie met micro-arrays en kinoom analyse. Organisaties: • Hematologie

Onderzoekers: • ELS VAN VALCKENBORGH

Tumor-micromilieu interacties als therapeutisch doelwit in multiple myeloma. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multipel myeloma (MM) is een B cel maligniteit welke de tweede meest voorkomende hematologische kanker vertegenwoordigt. Ondanks recente therapeutische ontwikkelingen blijft MM een ongeneeslijke ziekte en dit vooral door chemotherapeutische resistentie. Het doel van de huidige studie is de identificatie van sleutelmoleculen in de beenmerg micro-omgeving die de myeloma ziekte ondersteunen en zo ook het identificeren van potentiële therapeutische targets. Organisaties: • Hematologie


Epigenetische regulatie en multipel myeloma: identificatie van potentiële targets. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multipel Myeloma (MM) is een B cel maligniteit welke de tweede meest voorkomende hematologische kanker vertegenwoordigt. Ondanks recente therapeutische intwikkelingen blijft MM een ongeneeslijke ziekte en dit vooral door chemotherapeutische resistentie. Hetd oel van de huidige situatie is de indentificatie van epigenetische regulatie (acetylatie of methylatie) van sleutelmoleculen in MM cellen en na te gaan of het targeten van deze epigenetische regulatie met ofwel HDAC inhibitoren en/ofwel methylatie inhibitoren leidt tot nieuwe therapeutische strategieën. Deze studie zal zowel in vitro als in vivo uitgevoerd worden (in een muizenmodel voor MM), waarna de resultaten zullen bevestigd worden met humane MM cellen. Bovendien zullen we tracten de drugresistentie te verminderen door agentia te combineren die verschillende pathways gebruiken die betrokken zijn in MM progressie. Organisaties: • Hematologie


Food fermentation processes: (meta)genomics and microarray analysis Vrije Universiteit Brussel Abstract: Artisanaal gefermenteerde levensmiddelen kennen de laatste jaren een verhoogde interesse, zowel vanuit het kamp van de consument als vanuit de wetenschap. Deze interesse is een gevolg van de grote verscheidenheid aan smaak en aroma, toe te schrijven aan het microbiële suiker- en aminozuurkatabolisme, aan de textuur, beïnvloed door proteolyse en de productie van exopolysachariden (EPS), en aan de verlengde houdbaarheid, door de productie van organische zuren zoals melkzuur en azijnzuur en van bacteriocines. Deze eigenschappen zijn vooral toe te schrijven aan de aanwezigheid van melkzuurbacteriën (MZB), azijnzuurbacteriën (AZB) en gisten. Vanuit wetenschappelijke hoek wordt door middel van biodiversiteitsstudies gezocht naar isolaten die geassocieerd kunnen worden met bepaalde van deze interessante karakteristieken. De technologische evolutie die de moleculaire biologie de laatste twee decennia gekend heeft, resulteert in de beschikbaarheid van kostefficiënte methoden om DNA te sequeneren, wat genoomsequenering bij bacteriën bijzonder interessant maakt. Op basis van de genoomsequentie kan immers nagegaan worden hoe het metabolisme van een bacterie aangepast werd om te overleven in bepaalde niche-omstandigheden. Deze

aanpak is vooral interessant wanneer nieuwe, innovatieve stammen, afgezonderd uit artisanaal gefermenteerde levensmiddelen, ingeschakeld zouden worden in de productie van levensmiddelen op industriële schaal. De bacteriën kunnen immers naast genen geassocieerd met positieve eigenschappen, zoals smaak- en aromavorming, EPS- en bacteriocineproductie, ook genen bevatten die als negatief beschouwd worden, zoals antibioticumresistentiegenen, virulentiegenen en genen die coderen voor de productie van biogene amines. Naast het ophelderen van het genetisch potentieel, kan door middel van microroosteranalyse nagegaan worden welke genen op een bepaald moment en onder bepaalde omstandigheden tot expressie komen. Hiervoor is echter voldoende sequentieinformatie nodig, minimaal alle DNA-sequenties van eiwitcoderende genen. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • STEFAN WECKX

Onderzoeksbeurs voor wetenschappelijk onderzoek aan Tomas Bos. (Stichting Emmanuel Van der Schueren) Vrije Universiteit Brussel Abstract: De Vlaamse Liga tegen Kanker heeft gelden beschikbaar voor de financiering van wetenschappelijk onderzoek dat bijdraagt tot de verbetering van de overlevingskansen en de levenskwaliteit van kankerpatiënten. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • Karin VANDERKERKEN • Tomas BOS

In vivo studie van transcriptieregulatie in hyperthermoacidofiele archaea behorende tot het genus Sulfolobus. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Ss-LrpB van Sulfolobus solfataricus is een ideel modelsysteem voor de studie van transcriptieregulatie bij hyperthermoacidofiele archaea van het genus Sulfolobus. De succesvolle aanmaak van een gendisruptiemutant betekende een doorbraak in die analyse. Het was tevens de allereerste gendisruptiemutant van een transcriptieregulator bij S. solfataricus. Op basis van dit succes willen we de fysiologische rol van van SsLrpB verder analyseren door het maken van gendisruptiemutanten van de doelwitgenen, het maken van reportergenfusies en het maken van een Ss-LrpB overexpressiestam. Bovendien zal de implementatie van deze genetische technieken nieuwe perspectieven openen voor de studie andere archaeale transcriptieregulators in ons laboratorium. Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen

Onderzoekers: • Eveline PEETERS • DANIEL CHARLIER

Tumor-microomgeving interacties in multiple myeloom: regulatie door epigenetische veranderingen en hypoxie. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multipel myeloom (MM) is een B cel maligniteit die voornamelijk voorkomt in het beenmerg (BM). Binnen deze BM microomgeving is de tumor sterk afhankelijk van wederzijdse interacties met de BM stromale cellen. Dit resulteert enerzijds in de overleving en groei van de MM cellen en anderzijds in veranderingen binnen de BM microomgeving leidend tot angiogenese en inductie van botziekte. Binnen dit project wensen we de regulatie van deze interacties verder te bestuderen en meer speci=iek op de rol van epigenetische modificaties (met nadruk op ethylatie, acetylatie en miRNA) in MM cellen en mesenchymale stamcellen en het effect van het hypoxisch BM op UPR en Notch signaling. Organisaties: • Hematologie

Onderzoekers: • Eline MENU • Ivan VAN RIET • Karin VANDERKERKEN

De rol van VHHs of Nanobodies tijdens de eindstrijd van poliovirus eradicatie. Vrije Universiteit Brussel Abstract: In dit project zal de bruikbaarheid en toepassing van een nieuwe generatie van recombinante antilichaam fragmenten, nl Nanobodies of VHHs, als een nieuwe klasse van antivirale moleculen tegen het poliovirus worden onderzocht. Uit een pool van geïsoleerde VHHs met bindingscapaciteit voor het poliovirus zullen de meest potente en toepasbare VHHs geselecteerd en geoptimaliseerd worden. De bekomen VHH(s) kunnen dan ook als model dienen voor de strijd tegen andere belangrijke humane picornavirussen zoals het hepatitis A virus (geelzucht) of rhinovirussen (verkoudheden). Organisaties: • Analytische Scheikunde en Farmaceutische Technologie • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie


Identificatie van nieuwe aan het celoppervlak uitgedrukte factoren betrokken bij virulentie en biofilmvorming van methicilline-resistente Staphylococcus aureus. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Methicilline-resistente S. aureus (MRSA) werden recent één van de belangrijkste oorzaken van zowel ziekenhuis-verworven infecties (HA) als infecties die verworven worden in de gemeenschap (CA). HA-MRSA en CA-MRSA vertonen grote verschillen in de verdeling van toxine- en antibiotica resistentiegenen. De succesvolle wereldwijde verspreiding van enkele HA-MRSA klonen is mogelijk geassocieerd met een hogere expressie van virulentiegenen in deze stammen. Naast een meer agressieve virulentie, wordt bovendien een andere overlevingsstrategie gebruikt door deze bacteriën, door in vivo biofilms te vormen, die een langdurige persistentie van infecties bevorderen. Deel uitmaken van een biofilm zorgt niet alleen voor meer resistentie tegen de weinige antibiotica die nog actief zijn tegen MRSA in planktonische vorm, maar ook voor een veranderde groei, metabolische activiteit en genexpressie in vergelijking met hun planktonische tegenhangers. De nieuwste moleculaire technieken en diermodellen van infectie zullen aangewend worden om verschillen in de vorming van biofilms tussen HAen CA-MRSA te bestuderen, op basis van inhoud en expressie van virulentiegenen. Daarnaast beogen we de (virulentie) mechanismen, die aan de basis liggen van het succes van overheersende HA-MRSA klonen, op te helderen. De aanwezigheid van nieuwe virulentiefactoren die tot expressie worden gebracht aan het oppervlak van MRSA en betrokken zouden kunnen zijn in biofilmvorming en in gastheerherkenning zullen ook nagegaan

worden. Deze studies zullen bijdragen tot een beter inzicht in de pathogene mechanismen die gebruikt worden door MRSA bij het veroorzaken van recalcitrante infecties en in de ontwikkeling van meer gerichte therapieën voor MRSA infecties. Organisaties: • Biologie • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Maternal Antibodies against Mumps in a Cohort of children up to the age of 1 year. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project onderzoekt de hoeveelheid en duur van aanwezigheid van maternele antistoffen tegen bof bij zuigelingen. De titer antistffen in vrouwen in de vruchtbare leeftijd is afhankelijk van hun vaccinatie toestand, het verdwijnen van de antistoffen over de tijd en het al dan niet bloot staan aan boosters met het wilde type virus. De titer maternele antisotffen bij de kinderen wordt vermoedelijk beinvloed door de titer bij de moeders. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Pierre Van Damme • Elke Leuridan

Rol en positie van de verzekeringsarts in Europa en de bijbehorende opleiding. Een systematisch vergelijkend onderzoek KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Omgeving en Gezondheid

Onderzoekers: • Karel Hoppenbrouwers • Annette Elisabeth de Wind

Beschermende gastro-intestinale effecten van melkvetglobulemembraan (MVGM)-glycoproteïnen Universiteit Gent Abstract: Melkvetglobulemembraan(MVGM)-glycoproteïnen zijn gekend om hun beschermende effecten tegen de binding van ziekteverwekkende bacteriën aan de mucosa van het maag-darm kanaal. In deze studie werden fracties van MVGM-glycoproteïnen geïsoleerd en deze werden getest op hun capaciteit om adhesie van bacteriën aan een mucuslaag te voorkomen. Daarnaast werden de effecten van de fracties op de microbiële gemeenschap in het colon getest. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit

Onderzoekers: • John Van Camp

FOODRESIST: Risico van inductie en overdracht van antibioticumresistentie tijdens de voedselproductie- en bewaring Universiteit Gent Abstract: In dit project zal de invloed van voedselproductie en -bewaring op inductie en overdracht van antibioticumresistentie nagegaan worden. In een eerste fase zullen detectieprocedures geoptimaliseerd worden. Verder zal de invloed van biofilms op resistentieontwikkeling nagegaan worden. Vervolgens zal de invloed van levensmiddelgerelateerde stressfactoren op inductie en overdracht van antibioticumresistentie worden bestudeerd. Tenslotte zal een vergelijkende risicobeoordeling worden uitgewerkt. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Bescherming van vleeskuikens tegen een breed spectrum van Salmonella serotypes door toepassing van kolonisatieinhibitie met gedefinieerde levend verzwakte stammen. Universiteit Gent Abstract: Het doel van het project is om levende verzwakte Salmonella stammen aan te maken, die na orale toediening vleeskippen beschermen tegen kolonisatie met Salmonella. De aanmaak van deze kolonisatie-inhibitie (CI) stammen gebeurt door mutaties in het genoom te introduceren waardoor deze stammen niet langer kunnen persisteren in de vleeskippen, terwijl bescherming tegen kolonisatie behouden blijft. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Filip Van Immerseel

Clostridium perfringens project Universiteit Gent Abstract: In deze studie werd nagegaan of product ?564? een alternatief voor antibiotica kan zijn om necrotische enteritis in vleeskippen te voorkomen of te behandelen. De minimale inhibitorische concentratie, de minimale bactericidale concentratie, de kinetiek van afdoding en de frequentie van resistentie bij Clostridium perfringens van het product ?564? werd bepaald. Het spectrum ten opzichte van de darmflora werd ook onderzocht. Ten slotte werd de activiteit in vivo bestudeerd in een sub-klinisch necrotisch enteritis model in vleeskippen. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Richard Ducatelle

Combinatie van bacteriofagen en disinfectantia als alternatieve bestrijdings- en preventiemiddelen voor Escherichia coli infecties bij kippen: werkzaamheid, veiligheid en stabiliteit. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Dit project beoogt de preventie en bestrijding van de infectie van kippen door aviaire pathogene Escherichia coli (APEC) stammen. Voor dit doel zullen bacteriofagen samen met desinfectantia worden ingezet. Er zal gebruik gemaakt worden van APEC-specifieke bacteriofagen die reeds door het CODA (copromotor 4) werden geïsoleerd of in de literatuur beschreven zijn. Daarnaast zullen nieuwe fagen geïsoleerd worden met

een activiteit tegen de in België geïsoleerde APEC stammen. De efficiëntie waarmee de fagen APEC doden en de stabiliteit van de fagen zullen in vitro onderzocht worden. De genomen van de fagen, die op deze basis geselecteerd worden, zullen volledig gesequeneerd worden en aan een grondige bio-informatische analyse onderworpen, om aan te tonen dat deze fagen strikt lytisch zijn en geen ongewenste genen bezitten. Fagen die gunstige eigenschappen vertonen zullen gecombineerd worden in een enkel preparaat, om resistentievorming te voorkomen. Na controle van de toxiciteit zal dit preparaat getest worden in een in vivo infectiemodel in kippen, waarbij de fagen zullen oraal en door verstuiving toegediend worden. Om desinfectantia rationeel te kunnen gebruiken zal de gevoeligheid van een representatieve reeks APEC stammen voor de toegelaten en commercieel beschikbare desinfectantia worden onderzocht. Verder zal getest worden of de verneveling van H202, een niet toxisch desinfectans dat kan toegepast worden in aanwezigheid van levende dieren, toelaat de overdracht van APEC tussen kippen te beperken. Er zal ook worden nagegaan of de combinatie van desinfectantia en fagen voor de controle van APEC synergie vertoont. Organisaties: • Biologie • Toegepaste Biologische Wetenschappen


Onwtikkeling van industrieel toepasbare chromatografische technieken voor opzuivering van de glycoproteinefractie in plasma te voorkomen van E. coli diarree bij jonge dieren Universiteit Gent Abstract: Hedentendaagse wordt varkensbloedplasma gebruikt in biggenvoeder ter voorkoming van E. coli diarree. In dit project wordt nagegaan of glycoproteïnes, geïsoleerd uit varkensbloedplasma, een ihiberend effect hebben op F4+E. coli en F18+ E. Coli adhesie in vitro en in vivo. Voor de vitro analyses zal een nieuwe test ontwikkeld worden ter implementatie in het labo van VEOS nv. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


Mechanismen van kruisbescherming tegenover het H3N2 influenzavirus bij het varken en de mens (FLUCROSS) Universiteit Gent Abstract: In FLUCROSS wordt onderzocht in welke mate infectie- of vaccinatie-immuniteit tegenover varkens- en humane influenzavirussen kunnen beschermen tegenover infectie met een al dan niet antigenisch sterk verschillend varkensinfluenzavirus. Onze aandacht gaat uit naar H3N2 varkensinfluenzavirus dat een potentiële kandidaat is voor een volgende pandemie. Daarnaast wordt onderzocht hoe de interpretatie van serologische resultaten tegenover varkensinfluenzavirussen bij de mens kan verbeteren. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie

Onderzoekers: • Eric Cox • Kristien Van Reeth

Biodepositie en biologische kalkmortels voor de (restauratie-) bouwpraktijk: proof of principle en opschaling (type 3) Universiteit Gent Abstract: De eerste onderzoekslijn van dit project heeft betrekking tot de bescherming van kalksteen met behulp van een microbiologisch geproduceerde calciumcarbonaatlaag. Dit project beoogt de ontwikkeling van een kant-en-klaar product en methode. De tweede onderzoekslijn heeft betrekking tot de versnelde verharding van kalkmortels m.b.v. microbiologisch geproduceerd CO2, nl. een verdere onderbouwing van het proof-of-concept evenals de ontwikkeling van een demonstratieproduct. Organisaties: • Vakgroep Bouwkundige constructies

Onderzoekers: • Nele De Belie

Strategische onderzoeksactiviteiten ten voordele van een nieuw vaccin tegen menselijk Respiratoir Syncytieel Virus Universiteit Gent Abstract: Aantonen van bescherming tegen RSV B met een vaccin gebaseerd op het ectodomein van het Small Hydrophobic eiwit (SHe). Productie en immunogeniciteit van een alternatieve pentamere drager voor SHe. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Xavier Saelens • Bert Schepens

Efficaciteit van chloortetracycline als behandeling van een klinische uitbraak van ademhalingsproblemen bij vleesvarkens Universiteit Gent Abstract: De efficaciteit van chloortetracycline voedermedicatie ter behandeling van klinische ademhalingsproblemen bij vleesvarkens werd onderzocht in een varkensbedrijf dat geïnfecteerd was met Mycoplasma hyopneumoniae. Chloortetracycline werd toegediend bij aanvang van de klinische problemen en was in staat om de pneumonie letsels te verminderen en de klinische symptomen en groeivertraging van de dieren te verbeteren. Organisaties: • Vakgroep Verloskunde, voortplanting en bedrijfsdiergeneeskunde

Onderzoekers: • Dominiek Maes

Idnetificatie en karakterisering van virale en gastheerfactoren betrokken bij de pathogeniciteit van influenza A virus. Universiteit Gent Abstract: De pathogene van influenza A virussen wordt bepaald door de genetische constellatie van het virus en de gastheer maar is nog grotendeels ongekend. Door een vergelijkende genetische en proteoomanalyse van het infectieproces van een laag- en een hoog-pathogeen influenza A virus zal getracht worden om nieuwe pathogenesedeterminaten te identificeren. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers:

• Xavier Saelens

Onderzoek naar de beschermende immunologische respons tegen Helicobacter suis infecties bij het varken (type 3) Universiteit Gent Abstract: H. suis is een Gram-negatieve bacterie die geassocieerd wordt met maagpathologieën bij het varken en de mens. In dit onderzoek wordt het effect van intranasale vaccinatie met H. suis eiwitten tegen een daaropvolgende H. suis infectie nagegaan. Hierbij worden experimentele infecties uitgevoerd bij zowel muizen als varkens. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Freddy Haesebrouck

Impact of climate change and globalisation on safety of fresh produce - governing a supply chain of uncompromised food sovereignty Universiteit Gent Abstract: Veg-i-Trade doet onderzoek naar uitdagingen en problemen m.b.t. voedselveiligheid in de globale keten van verse groenten en fruit. Binnen Veg-i-Trade (multidisciplinair project, 23 partners waarbij UGent coördinator) worden de risico?s, risicofactoren en de impact van beheersmaatregelen ingeschat m.b.t. zowel chemische als microbiële voedselveiligheidsgevaren. Hiervoor wordt een hele breed gamma aan tools toegepast waaronder risicobeoordelingsmodellen, staalname en analyseplannen, veldstudies (voor- en naoogst), diagnostische instrumenten en risico-communicatie. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit


Diversiteit en nutritionele modulatie van intestinale microbiota bij jachtluipaarden in gevangenschap Universiteit Gent Abstract: De intestinale microbiota van jachtluipaarden in gevangenschap zal worden gekarakteriseerd, waarbij de invloed van wijzigingen in het strikt carnivore dieet op de fecale microbiota betrokken bij de vertering wordt onderzocht. Aan de hand van moleculaire technieken (PCR-DGGE, real-time PCR) en gerichte in-vitro en in-vivo studies zullen indicatororganismen met gunstige fermentatieprofielen worden geïdentificeerd, en zullen meer inzichten worden bekomen in hun rol bij het behoud van een normale intestinale gezondheidsstatus. Organisaties: • Vakgroep Voeding, Genetica en Ethologie

Onderzoekers: • Geert Janssens

Interactie van alfaherpesvirussen met natural killer (NK) cellen Universiteit Gent Abstract: NK cellen zijn cruciaal in de immuunrespons tegenover alfaherpesvirussen. Er zal onderzocht worden of de virale glycoproteïnen gB, gC en gD de activiteit van NK cellen beïnvloeden door interactie met inhiberende/activerende receptoren en of het virale US3 proteïne kinase NKgemedieerde cellyse verstoort. Dit zal nieuwe inzichten verschaffen in de immuunrespons tegenover alfaherpesvirussen, wat kan leiden tot nieuwe antivirale strategieën. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


Onderzoek naar de moleculaire pathogenese van Chlamydophila psittaci Universiteit Gent Abstract: Het project wil meer inzicht verwerven in de bacteriële gastheercel interactie, met bijzondere aandacht voor de moleculaire pathogenese en herprogrammatie van de cel door de obligat intracellulaire bacterie. Hiervoor beschikken we over gekarakteriseerde stammen met gekende virulentieverschillen in vitro en in vivo. Organisaties: • Vakgroep Moleculaire biotechnologie


Onderzoeksbeurs zeldzame tumoren: Identificatie van heterogeniteit in drugsgevoeligheid bij (sub)populaties met multiple myeloom. (Stichting Emmanuel Van Der Schueren) Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multiple myeloma (MM) is een plasmacel kanker geassocieerd met een opeenstapeling van tumorcellen in het beenmerg. Ondanks verbeteringen in de behandeling, is MM nog steeds een ongeneeslijke maligniteit waar de meeste van de patiënten zal thervallen en sterven van therapie-ongevoelige ziekte. Bij MM zijn verschillende subpopulaties (B-cellen, plasmablasten, plasma cellen) beschreven, die klonaal verwant zijn aan de tumor. De herval van de patiënten kan verklaard worden door de huidige behandeling, die niet in staat is om alle tumor populaties uit te roeien als gevolg van differentiële gevoeligheid aan de geneesmiddelen en bovendien worden tumorcellen resistent tijdens de behandeling. Onderzoeken naar de gevoeligheid tov de geneesmiddelen en de weerstand van de verschillende (sub) populaties zou leiden tot een betere ontwikkeling van de behandeling van MM patiënten. In dit project, zal drugs respons op conventionele en nieuwe anti-tumor geneesmiddelen van verschillende MM (sub) populaties, met inbegrip van CD138negative (B cellen) en CD138positive (plasmacellen) MM cellen en MM cellen na behandeling (recidief), worden gemeten. De rol van cIAP2 in drugs gevoeligheid en resistentie zal onderzocht worden door overexpressie of silencing in de humane MM cellen. Bovendien zal het analyseren van de genexpressie in MM cellen bij diagnose en na een herval ons inzicht geven in het mechanisme van herval en resistentie, wat resulteert in de identificatie van interssante doelen voor een behandeling. Organisaties: • Hematologie

Onderzoekers: • Karin VANDERKERKEN • ELS VAN VALCKENBORGH • Isabelle VANDE BROEK

Herstelling van de flow-cytometer aan het Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne.

Universiteit Antwerpen Abstract: Herstelling van de flow-cytometer aan het Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Louis Maes

Ondersteuning van de puntprevalentiestudie van gezondheidszorg-geassocieerde infecties en antimicrobieel gebruik in Europese ziekenhuizen. Universiteit Antwerpen Abstract: Het project omvat een pilootstudie waarbij de EU HAI-AB survey, ontwikkeld door ECDC, zal worden getest. Dit zal resulteren in een volwaardige survey in 2011 in Europa. De pilootstudie zal worden uitgevoerd in een groot aantal Europese landen. Het project heeft tot doel de haalbaarheid van een dergelijke survey na te gaan, met inbegrip van het identificeren van de grote methodologische problemen en valkuilen en het testen van instrumenten voor datainvoer. Bovendien zal de pilootstudie de landen de kans geven om verschillende configuraties te testen op vlak van deelnemende ziekenhuizen, keuze van instrumenten en protocol versie voor de aanvang van de volwaardige survey. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Pathogenese en transmissie van influenza bij varkens (FLUPIG) Universiteit Gent Abstract: Pandemisch influenzavirus vindt zijn oorsprong bij wilde vogels, maar moet zich aanpassen om efficiënt te kunnen vermeerderen en verspreiden bij mensen vooraleer een pandemie ontstaat. Varkens worden aanzien als belangrijke tussengastheer waarin adaptatie kan gebeuren. FLUPIG onderzoekt genetische, gastheer- en omgevingsfactoren nodig voor adaptatie. Daarenboven wordt de rol van kruisbeschermende immuniteit onderzocht op het ontstaan en verloop van een pandemie. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


Naar profylactische bestrijding van F4+E. coli en F18+E. coli infecties bij jonge biggen door middel van receptorgebaseerde anti-adhesieve moleculen Universiteit Gent Abstract: Dit project heeft als eerste doel de ontwikkeling van een screeningssysteem voor inhibitoren van de adhesie van F4+en F18+ E. coli aan hun receptor. Ten tweede wordt getracht een profylactische behandeling te ontwikkelen die biggen kan beschermen tegen F4+ en F18+ E. coli infecties. We bouwen hierbij verder op inzichten over de receptor van F4+ en F18+ E. coli. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


Intra-species inhibitie: een nieuwe bron van anti-microbiële metabolieten Universiteit Gent Abstract: In dit project wordt onderzocht in hoeverre bacteriocines geproduceerd door een niet virulente Clostridium perfringens stam, kunnen geïdentificeerd en opgezuiverd worden als een alternatief voor antibiotica om necrotische enteritis te behandelen. Het finale doel is een voorstel van een nieuw bestrijdingsproduct dat in de praktijk kan gebruikt worden in een antibioticum vrije bestrijding van C. perfringens infecties bij vleeskippen. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten


Een 'fingerprinting and kinetics' strategie voor de vergelijking van de vluchtige componenten van hogedrukhogetemperatuur en thermisch gesterilizeerde groentepurees KU Leuven Abstract: Sinds 2000 werd het gebruik van hoge druk hoge temperatuur (HDHT) procesvoering gerapporteerd als een interessante alternatieve procestechnologie voor sterilisatie van zwak-zure levensmiddelen (echter zonder industriële implementatie tot nog toe). Kennis omtrent het effect van HDHT op kwaliteitsgerelateerde chemische reacties is echter verre van volledig. Er is dus nood aan studies omtrent de impact van HDHT op chemische reacties in diverse levensmiddelen tijdens procesvoering en daaropvolgende bewaring.Voorliggend doctoraatsonderzoek beoogde het vergelijken van deimpact van thermische en HDHT procesvoering op chemische reacties zoweltijdens processing als tijdens bewaring. Aangezien bewaarstudies bij kamertemperatuur zeer tijds- en arbeidsintensief zijn, werd in voorliggenddoctoraatsonderzoek tevens het potentieel van versnelde houdbaarheidstesten bestudeerd. Vermits vluchtige componenten veelal betrokken zijn bijproces geïnduceerde reacties (bvb. Maillard reactie) wordt verwacht datv Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Ann Van Loey • Biniam Tamiru Kebede

Cryo-scanning electronenmicroscoop (Cryo-SEM) Universiteit Gent Abstract: Materialen kunnen niet gevisualiseerd worden via SEM zonder verwijdering van het aanwezige water. Cryo-SEM daarentegen kan gebruikt worden om de microstructuur van gehydrateerde stalen te onderzoeken. Met deze techniek wordt de vloeibare fase geïmmobiliseerd met al haar componenten, en wordt de natuurlijke microstructuur in hoge mate behouden. Op deze manier biedt cryo-SEM een duidelijke toegevoegde waarde voor visualisatie van zowel levensmiddelen als andere biologische materialen. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit

Onderzoekers: • Koen Dewettinck

Socio- evolutionaire theorie voor microorganismen. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Tom Wenseleers • Luc De Meester • Jan Michiels • Kevin Verstrepen

Gezondheidseffecten van nanopartikels gebruikt in verven en coatings KU Leuven Abstract: Calibri;mso-ansi-language:NL-BE;mso-fareast-language:NL-BE">InleidingDe afgelopen jaren is de verf en coating industrie op zoek naar een nieuwe generatie van verven. Het gebruik van nanopartikels heeft geleid tot de ontwikkeling van verven met verbeterde antimicrobiële, brandwerende en zelfreinigende eigenschappen. Dankzij deze gunstige effecten is de verf en coating industrie één van de grootste afnemers van nanopartikels en verwacht wordt dat het gebruik ervannog verder zal toenemen in de nabije toekomst. Bij het aanbrengen en slijtage van een coating kan blootstelling aan nanopartikels niet worden uitgesloten en moeten we aandacht besteden aan de mogelijke negatieve gezondheidseffecten. Omdat nanopartikels nieuwe eigenschappen en een ongewone bioactiviteit bezitten, kunnen hun biologische effecten verschillen ten opzichte van grotere (niet-nano) partikels.DoelstellingenCalibri;mso-ansi-language:NL-BE;mso-fareast-language:NL-BE">De doelstellingen van dit onderzoeksproject waren om:ms Organisaties: • Arb_verzek_g

Onderzoekers: • Peter Hoet • Stijn Smulders

Resistentie tegen antibiotica en het voorschrijven bij Europese kinderen (ARPEC). Universiteit Antwerpen Abstract: De algemene doelstelling van het project is het verbeteren van de kwaliteit bij het voorschrijven van antibiotica voor kinderen in Europa en het reduceren van de prevalentie van antimicrobiële resistentie van bacteriële infecties bij kinderen. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Pathogenese en bestrijding van enterotoxemie bij kalveren Universiteit Gent Abstract: De vleeskalversector kampt met economische verliezen door sterfte veroorzaakt door enterotoxemie of necrohemorrhagische enteritis. Clostridium perfringens wordt gezien als ziekteveroorzaker. In dit project wensen we de rol van C. perfringens te bevestigen en worden er mogelijke causale toxines onderzocht met het oog op het ontwikkelen van een vaccin op basis van niet-toxische mutanten van deze betrokken toxines. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Piet Deprez • Filip Van Immerseel

Ontwikkeling van krachtige en breed-spectrum remmers van rhinovirussen voor de behandeling/prophylaxis van rhinovirus infecties bij patiënten met asthma en COPD. KU Leuven Abstract: Reeds in de jaren vijftig werden rhinovirussen erkent als één van de infectieuze oorzaken van verkoudheden. Daarenboven zijn ze tevens betrokken in de etiologie van virus-geïnduceerde exacerbaties van astma en chronisch obstructief longziekte (COPD, chronic obstructive pulmonary disease). Momenteel zijn er meer dan 150 rhinovirus stammen gekend. Gezien dit nog steeds groeiend aantal, blijkt de ontwikkeling van een rhinovirus vaccin quasi onmogelijk. Reeds sinds de jaren 80 wordt er onderzoek uitgevoerd naar antivirale geneesmiddelen voor de behandeling van rhinovirus infecties. Ondanks de enorme maatschappelijke en klinische impact van deze virussen, is er nog steeds geen antivirale therapie beschikbaar. In het verleden werden deze inhibitoren ontwikkeld voor de behandeling van milde bovenste luchtweg infecties in gezonde mensen, waardoor weinig neveneffecten getolereerd werden. De rol van rhinovirussen in de ernstigere lage luchtweginfecties in astma en COPD patienten hernieuwde de i Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Johan Neyts • Céline Lacroix

Onderzoek van de socio - demografische factoren geassocieerd met het succes van antiretrovirale behandeling van HIV patiënten in Tanzania KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Groep Biomedische Wetenschappen

Onderzoekers: • Anne-Mieke Vandamme • N. N.

DE DYNAMIEK VAN LOKALE HIV-1 EPIDEMIEËN: De Colombiaanse en Belgische Cohorten KU Leuven

Abstract: DE DYNAMIEK VAN LOKALE HIV-1 EPIDEMIEËN: De Colombiaanse en Belgische CohortenIn 2012 waren er wereldwijd ongeveer 35 miljoenmensen met een HIV besmetting en liepen er 2 miljoen mensen die besmetting op. Preventieve maatregelen en een groter bereik van antiretroviralebehandeling (ART) resulteerde tussen 2001 en 2012 in een daling van de HIV incidentie met meer dan50% in 26 landen. Het geobserveerde effect van ART op de incidentie van HIV in de bevolking zorgde voor een bijsturing van klinische richtlijnen in de richting van vroegtijdige behandeling en het opzetten van een test-en-behandel strategie of behandelenals preventie (treatment as prevention, (TasP)) in sommige landen. Het is echter nog niet duidelijk of deze aanpak in verschillende omstandigheden kosteneffectief zal zijn. Daarom moeten lokale overheden beter geinformeerd worden met actuele gegevens over de kernmerken van de lokale HIV epidemies, omdat zij de ontwikkeling van doeltreffende preventieve maatregelen kunnen beïnv Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Anne-Mieke Vandamme • Kristel Van Laethem • Andrea Pineda Pena

Understanding the factors involved in the origin and epidemic emergenceof the HIV strains KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Anne-Mieke Vandamme • Philippe Lemey • Joao Sousa

Increasing HIV-1 drug resistance knowledge: genotype-treatment, genotype-phenotype and genotype-clinical outcome correlations KU Leuven Abstract: HIV-1 drug resistance data are critical for antiretroviral drug design,the management of HIV-1 infected patients and estimating transmitted HIV-1 drug resistance. Three types of correlations are the basis of HIV-1 drug resistance knowledge: (i) Correlations between HIV-1 genotype at treatment failure and the respective antiviral treatment of patients; (ii)Correlations between HIV-1 genotype and phenotype (in vitro drug susceptibility); (iii) Correlations between HIV-1 genotype at baseline and thesubsequent biological and immunological outcomes to a new therapy. I plan to compile and synthesize the findings from the each of the three correlation studies on HIV drug resistance I have previously published. In addition, I will conduct a longitudinal study of HIV drug resistance to identify the mutations associated with new drugs. Most known correlations between HIV-1 genotypes and antiviral drugs are based on cross-sectional studies. New antiviral drugs are frequently used as a salvage the Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Anne-Mieke Vandamme • N. N.

Analyse van microbiologische en farmacologische parameters voor de implementatie van bacteriofaagtherapie tegen Pseudomonas aeruginosa infecties. KU Leuven Abstract: Pseudomonas aeruginosa is een humaan pathogeen dat levensbedreigende infecties veroorzaakt bij onder andere immunodeficiënte personen en patiënten met brandwonden of mucoviscidose. De toenemende antibioticumresistente vormen van deze ziekenhuisbacterie maken de bestrijding van deze infecties steeds moeilijker. Bacteriële virussen, (bacterio)fagen hebben door miljoenen jaren van co-evolutie echter mechanismen ontwikkeld die het gastheermetabolisme heroriënteren naar een efficiënte faagproductie. In dit proces spelen interacties tussen gastheer- en bacteriofaageiwitten een cruciale rol, waarbij sommige interacties in staat zijn essentiële processen van de bacterie te inhiberen. Het onderzoek van fagen en hun eiwitten kreeg hierdoor een hernieuwde interesse in de zoektocht naar nieuwe middelen om antibioticumresistente bacteriën te bestrijden.In dit project zal specifiek op zoek gegaan worden naar kleine faagpeptiden dietot nu toe niet-identificeerbaar waren omwille van de internationale Organisaties: • Afdeling Gentechnologie

Onderzoekers: • Rob Lavigne • An Van den Bossche

Molecular mechanisms underlying Drosophila melanogaster-mediated transport of the brewer's yeast Saccharomyces cerevisiae KU Leuven Abstract: Gistcellen zoals Saccharomyces cerevisae zijn vrijlevende, eencellige micro-organismen die ongeveer 5 µm groot zijn. Net zoals vele andere micro-organismen zijn gisten niet in staat tot actief transport. Passieve verplaatsing over een kleine afstand is mogelijk door vlokvorming of hyfenvorming. Echter, om nieuwe niches te koloniseren moeten micro-organismen zich ook over grotere afstanden kunnen verplaatsen. Voor deze grote verplaatsingen is transport via insecten en andere dierlijke vectoren het belangrijkste mechanisme. Deze verplaatsing is essentieel voor allerlei industriële processen die afhankelijk zijn van spontane fermentaties, bijvoorbeeld de productie van lambiekbieren in de Zennevallei. Bij dergelijke processen wordt er namelijk geen gist toegevoegd door de mens en zijn het de van nature aanwezige gisten die voor de fermentatie zorgen. Verspreiding van micro-organismen kan echter ook belangrijke negatieve gevolgen hebben. Bacteriën, gisten en schimmels kunnen namelijk ziekte Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Kevin Verstrepen • Joaquin Christiaens

Identificatie en analyse van het werkingsmechanisme van nieuwe antibiofilmcomponenten tegen de schimmelpathogeen Candida albicans KU Leuven Abstract: Het aantal humane bloedbaaninfecties veroorzaakt door opportunistische schimmelpathogenen is significant gestegen het laatste decennium. Eén van de belangrijkste oorzaken hiervan is het toenemende aantal patiënten met een verzwakt immuunsysteem veroorzaakt door

HIV-infectie of chemotherapie. Deze schimmelinfecties zijn geassocieerd met hoge sterftecijfers (20-90%). Candida albicans is de voornaamste humane schimmelpathogeen gevolgd door Aspergillus en Cryptococcus spp. Eén van de belangrijkste virulentiekenmerken van deze pathogenen is hun mogelijkheid om biofilmen te vormen. Biofilmen zijn zeer gestructureerde multicellulaire gemeenschappen van cellen die omgeven zijn door een zelfaangemaakte beschermende film van polysacchariden en zich vasthechten aan biotische en abiotische oppervlakken. Deze biofilmen vertonen in vergelijking met planktonische (vrijlevende) cellen een verhoogde tolerantietegen de huidige antifungale geneesmiddelen en het menselijk immuunsysteem. Verder wordt biofi Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Bruno Cammue • Karin Thevissen • Nicolas Delattin

Synthetische biologie: ontwerpen en koppeling van een sensor en een gate module KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Inge Thijs • Seppe Dierckx

Study of the effect of secondary yeast metabolites on dough and bread KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Christophe Courtin • Kevin Verstrepen • Mohammad Naser Rezaei

Moleculaire analyse van de interactie tussen het probioticum Lactobacillus rhamnosus GG en intestinale epitheelcellen KU Leuven Abstract: Probiotica worden gedefinieerd als levende micro-organismen die, indien toegediend in voldoende hoeveelheden, een positief gezondheidseffect kunnen hebben op de gastheer. Er zijn steeds meer klinische en experimentele studies die tonen dat bepaalde bacteriële stammen of combinaties van stammen, vaak lactobacillen en bifidobacteriën, positieve effecten kunnen hebben op de gezondheid. De interacties tussen probiotische bacteriën en de gastheer worden voornamelijk uitgevoerd door specifieke moleculaire structuren, microbe-geassocieerde moleculaire patronen (MAMPs), die herkend kunnen worden door patroonherkenningsreceptoren (PRRs) van de gastheer, zoals Toll-like receptoren (TLRs). Jammer genoeg wordt in klinische studies te weinig aandacht besteed aan de werkingsmechanismen. Nochtans geloven wij dat voor een optimale toediening van probiotica, het noodzakelijk is om de mechanismen van de interactie met de gastheer in detail te begrijpen. In dit werk gebruiken we het modelprobioticum La Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Marijke Segers

Interactie van hydrofobines van klasse II met hydrofobe interfaces als basis voor een oplossing bij primaire gushing in de brouwerijindustrie KU Leuven Abstract: Hydrofobines zijn kleine oppervlakteactieve eiwitten die worden geproduceerd door draadvormige (filamenteuze) schimmels. Deze eiwitten kunnen gushing (hevig overschuimen) induceren. Gushing is een fenomeen met mogelijk rampzalige economische gevolgen, dat wordt veroorzaakt door de gelijktijdige aanwezigheid van hydrofobines en gasvormige CO2-moleculen in koolzuurhoudende dranken. Hoewel hydrofobines problemen veroorzaken in de drankenindustrie, hebben ze ook nuttige toepassingen in vele technologische domeinen bv. als oppervlaktechemische stof, emulgator, fixeermiddel van eiwitten en enzymes op vastestofoppervlakken, oppervlaktecoating van biomaterialen en modificator van elektroden. Doel van dit werk was zowel de positieve als en negatieve eigenschappen van hydrofobines te analyseren. Het eerste deel van deze thesis was de karakterisering van twee hydrofobines van klasse II: het eerste is een nieuw en werd tot heden toe niet bestudeerd, het andere werd reeds in grote mate bestudeerd e Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Guy Derdelinckx • Zahra Shokribousjein

Identificatie en karakterisatie van nieuwe componenten die mitochondriale dysfunctie kunnen tegengaan met gist als model KU Leuven Abstract: Mitochondriën zorgen voor de energieproductie binnenin de cel, en afwijkingen in hun functie (mitochondrial dysfunctie) is geassocieerd met verschillende humane aandoeningen waaronder aangeboren defecten van het mitochondriale metabolisme zoals de ziekte van Leber, leeftijdsgerelateerdeneurodegeneratieve aandoeningen zoals de ziekte van Alzheimer en Parkinson, maar ook zeldzame aandoeningen zoals de ziekte van Wilson en Niemann Pick type C1. Daarnaast is mitochondriale dysfunctie niet enkel gerelateerd met aangeboren of verworven mutaties, maar kan het ook veroorzaaktworden door bijvoorbeeld medicatie zoals het chemotherapeuticum cisplatine (Cp) of een overmaat koper (Cu) wat het geval is voor de ziekte van Wilson. De ziekte van Wilson wordt gekarakteriseerd door Cu-opstapeling in de lever, wat leidt tot acuut leverfalen of cirrose, maar ook tot neurodegeneratie. Naast Cu-geïnduceerde mitochondriale dysfunctie, induceert een overmaat Cu ook de productie van schadelijke zuurstof molecul Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Bruno Cammue • Pieter Spincemaille

Glycoproteins in probiotic bacteria: exploring the glycosylation potential of Lactobacillus rhamnosus GG (LGG) by genomics and glycoproteomics. KU Leuven Abstract: De grote diversiteit aan glycoconjugaten op de celwand van prokaryoten zijn van groot belang bij het mediëren van stamspecifieke interacties envormen een unieke barcode. De meeste studies van de glycobiologie van prokaryoten focussen op pathogenen. In dit project wordt het belang van glycosylatie bij het modelprobioticum Lactobacillus rhamnosus GG (LGG) onderzocht. Een systematische aanpak via genoom-, structuur- en glycoproteoomanalyses van de glycoproteïnen van LGG tracht duidelijkheid te brengen rond glycosylatieprocessen van proteïnen in probiotica. Enkele interessante glycosyltransferases zullen geselecteerd worden en hiervan zullen knock-out mutanten worden gemaakt. Deze mutanten zullen breed gekarakteriseerd worden, met een speciale focus op een doorgedreven glycoproteoomanalyse om de substraten van de glycosyltransferases te ontdekken. Door het effect van de mutanten te vergelijken met wild type LGG kan de rol van de bijhorende glycoproteïnen in de gunstige interactinbsp;es van Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Joris Winderickx • Hanne Tytgat

Small non-coding RNAs (sRNAs) as regulators of the multicellular behaviour of Salmonella Typhimurium KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Hans Steenackers • Elke Van Assche

Structurele karakterisering en kwantificatie van fructanen in de tarwekorrel en de impact van procesvoering op fructanen in tarwegebaseerde producten KU Leuven Abstract: Fructanen zijn fructose gebaseerde koolhydraten die de voorbije twee decennia intensief werden bestudeerd omwille van de gezondheidsbevorderende eigenschappen die aan hen toegeschreven worden. In het bijzonder inuline-type fructanen, fructanen met een specifieke lineaire structuur, werden reeds grondig onderzocht. Inuline-type fructanen zijn immers dieetvezels ofwel voedingscomponenten die niet in de maag en de dunne darm worden afgebroken en geabsorbeerd. Bovendien behoren inuline-type fructanen tot de prebiotica. Dit impliceert dat hun consumptie selectief de groei en/of de activiteit van gezondheidsbevorderende darmbacteriën stimuleert en dit zou op zijn beurt een positief gezondheidseffect induceren. Ondanks deze positieve effecten induceert de consumptie van inuline-type fructanen bij bepaalde personen ook gastro-intestinale neveneffecten. Deze negatieve effecten treden echter op bij slechts een klein deel van de bevolking en de meeste gezonde individuen hebben geen problemen met Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Christophe Courtin • Joran Verspreet

Combinaties van verschillende types zetmeel als basis voor nieuwe zetmeelfunctionaliteiten KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Jan Delcour • Sara Gomand • Jasmien Waterschoot

Effect van hitte en hoge druk op Bacillus cereus sporen: stamvariatie, kinetica en combinatie met de antimicrobiële component carvacrol KU Leuven Abstract: Bacillus cereus is een belangrijke pathogene voedselbacterie. Zij veroorzaakt voornamelijk problemen in mild behandelde voedingsmiddelen met lange houdbaarheid omdat ze sporen vormt die pasteurisatie kunnen overleven en vervolgens kiemen en zich vermenigvuldigen bij lage temperatuur tot zelfs 4°C. B. cereus veroorzaakt twee verschillende ziektebeelden: het emetisch en het diarreesyndroom. De taxonomie van deze bacteriën is complex en is sterk geëvolueerd tijdens het laatste decennium. B.cereus sensu stricto is genetisch nauw verwant met zes andere Bacillus species, waarmee het de zogenaamde B. cereus sensu lato groep vormt. Op basis van moleculairgenetische criteria wordt B. cereus sensu latoingedeeld in zeven fylogenetische groepen, maar deze vallen niet samen met de oorspronkelijke afbakening van species, en voedselgerelateerde B.cereus sensu stricto komen voor in tenminste vier fylogenetische groepen. Deze gewijzigde taxonomische inzichten, samen met de trendnaar mildere processin Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Christiaan Michiels • Thi Hue Luu

Salmonella Typhimurium in multispecies biofilmen: identificatie en validatie van doelwitten van biofilminhibitoren via een mechanistische benadering. KU Leuven

Abstract: Een belangrijk probleem in het terugdringen van Salmonella infecties ishet voorkomen van Salmonella bevattende biofilmen op oppervlakken in devoedselverwerkende industrie. Biofilmen blijken heel moeilijk te verwijderen met courant gebruikte antimicrobiële middelen en desinfectantia. Preventie is bijgevolg een meer aangewezen strategie. Het onderzoeksproject beoogt doelwitten in S. Typhimurium te identificeren die specifiek tot expressie komen bij multispecies biofilmvorming en "lead" moleculen die specifiek tegen deze doelwitten gericht zijn, te definiëren. Hiervoor wordt de genexpressie bestudeerd van een model multispecies biofilm die S. Typhimurium en E.coli bevat door gebruik te maken van de Differentiële Fluorescentie Inductie (DFI) techniek waarbij genexpressieprofielen opgesteld worden voor gfp promotorfusies die het ganse S. Typhimurium genoom vertegenwoordigen. Vervolgens wordt een geselecteerde lijst van inhibitoren getest op hun werking tegen de belangrijkste met DFI geïdent Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Stefanie Roberfroid

Invloed van faag-gastheer interacties op het gedrag van Salmonella Typhimurium KU Leuven Abstract: De meestal voedsel- of water gerelateerde infecties met de verschillende Salmonella enterica stammen dragen significant bij tot de totale impact van infectieuze ziekten in zowel de ontwikkelde- als de ontwikkelingslanden. Gezien de evolutie en fysiologie van deze belangrijke pathogeen voor een groot deel wordt beïnvloed door roofzuchtige, parasitaire en symbiotische interacties met bacteriële virussen (i.e. bacteriofagen of fagen) die hen vaak infecteren, focust deze verhandeling op de dissectie van de impact van faag P22 infectie op het gedrag van S. Typhimurium. Terwijl experimentele benaderingen op populatie niveau traditioneel faaggastheer interacties van getemperde fagen zoals P22 onderverdelen in ofwel lytisch ofwel lysogeen, werd beslotenom de P22S. Typhimurium infectiedynamica van dichterbij te bestuderen op het niveau van de individuele cel. Daarvoor werd gebruik gemaakt van een fluorescent labeling systeem dat toeliet om specifiek de locatie van het P22 chromosoom te bepa Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Abram Aertsen • William Cenens

Network-based intergration strategy to leverage dedicated analysis withpublic knowledge KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Kathleen Marchal • Dries De Maeyer

De combinantie van hoge hydrostatische druk (HHD) en natuurlijke antimicrobiële componenten KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Christiaan Michiels • Julie Feyaerts

De rol van tarwe (Triticum aestivum L.) endogene lipiden in de broodbereiding en -bewaring KU Leuven Abstract: De vier essentiële ingrediënten in de broodbereiding zijn tarwebloem, water, gist en zout. Tarwebloem vertegenwoordigt meer dan de helft van dereceptuur en dus zijn de kwaliteit en functionaliteit ervan bepalend voor de uiteindelijke broodkwaliteit. De belangrijkste componenten van tarwebloem zijn zetmeel, water en proteïnen. Daarnaast zijn ook lage gehaltes niet-zetmeel polysachariden en lipiden aanwezig. Tarwebloemlipiden vormen een complexe groep van componenten met een variërende polariteit. Ze komen voor als zetmeelgranule-interne lipiden en niet-zetmeel lipiden,die verder onderverdeeld worden in vrije en gebonden lipiden op basis van hun extraheerbaarheid in solventen met een tegengestelde polariteit. Ondanks hun laag gehalte in tarwebloem, hebben endogene tarwebloemlipiden een belangrijke rol tijdens de broodbereiding en beïnvloeden ze de broodkwaliteit. Hierover werden reeds verschillende hypothesen voorgesteld,die stellen dat lipiden (i) gascellen indirect kunnen stabiliseren Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Jan Delcour • Lien Gerits

Symbiotic and pathogenic interactions. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jan Michiels • Kristine Stepanyan

Studie van de rol van fimbriae in probiotische effecten van Lactobacillus rhamnosus GG KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers:

• Jozef Vanderleyden • Cynthia Vargas Garcia

Exploratie van de natuurlijke en artificiële diversiteit van Saccharomyces cerevisiae voor industriële fermentatieprocessen KU Leuven Abstract: Gisten zijn de drijvende kracht achter vele fermentatieprocessen, zoalsde fermentatie van bier, wijn, sake en brood. Deze fermentaties werden oorspronkelijk uitgevoerd op een ongecontroleerde (spontane) manier, en steunden volledig op de complexe mengeling van microorganismen aanwezigin de directe omgeving van de fermentatie. Aangezien inconsistentie en inefficiëntie inherent zijn aan deze spontane processen en ongewenste micro-organismen vaak zorgen voor de productie van negatieve smaken en aromas, wordt het overgrote merendeel van de hedendaagse fermentatieprocessen geïnitieerd met een gestandaardiseerde microbiële startercultuur. Deze startercultuur bestaat typisch uit één giststam, vaak een stam behorende tot de species Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces bayanus of Saccharomyces pastorianus. Hoewel deze methodiek de consistentie, efficiëntie en kwaliteit van het fermentatieproces significant heeft verbeterd, is de keuze voor een bepaalde stam vaak historisch gebaseerd, eerde Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Kevin Verstrepen • Jan Steensels

Control mechanisms of bacterial survival under stress conditions KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jan Michiels • Maarten Fauvart • Shanjun Gao

Beheersing van de productie van vrije en gebonden aldehyden in de ketenvan gerst tot bier KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Jan Delcour • Guido Aerts • Jeroen Baert

Prospectie van de microbiële gemeenschap bruikbaar voor de thermofiele fermentatie van celluloserijke afvalstoffen KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Christiaan Michiels • Sam Crauwels

Microbiële biotechnologie onder hoge hydrostatische druk KU Leuven Abstract: Het gebruik van hoge hydrostatische druk (HHD) behandeling als nieuwe milde bewaartechniek in de voedingsindustrie kent de laatste jaren een sterke opmars door zijn afdodend en remmend effect op micro-organismen maar tegelijkertijd mild effect op de sensorische en nutritionele eigenschappen van voedingsmiddelen.Ondanks dit alles staat HHD-behandeling ineen vroeg stadium van ontwikkeling en zijn er nog een groot aantal onopgeloste vragen in verband met het eigenlijke afdodingsmechanisme dat optreedt in micro-organismen. Hierdoor staat er een rem (i) op een meer gerichte synergetische combinatie van HHD en andere stress-factoren (cfr. Horden-technologie) en (ii) op de ontwikkeling van betrouwbare predictieve modellen.Dit onderzoeksproject heeft dan ook als doel om de mechanismen onderliggend aan (i) de uitgesproken variatie binnen een species met betrekking tot HHD-gevoeligheid, (ii) HHD- veroorzaakte subletale beschadiging en (iii) HHD-gemedieerde variatie binnen een populatie beter in Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Abram Aertsen • Nele Rutten

Bioethanol Production from Lignocellulosic Biomass KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Kevin Verstrepen • Kristiaan Willems • Vaskar Mukherjee

Evolutionaire reconstructie van virale verspreiding in tijd en ruimte. KU Leuven Abstract: Vele virale infecties vormen een belangrijke bedreiging voor de gezondheid van de mens en kunnen zich in onze mobiele wereld zeer snel verspreiden, getuige hiervan de H1N1 influenza A uitbraak. Voor het achterhalen van de mechanismen die aan de basis liggen van ziekteuitbraken, de plaatsgebonden instandhouding van ziektes en hun epidemische uitbreiding, ishet noodzakelijk om de verspreiding van de

ziekteverwekker in tijd en ruimte in kaart te brengen. In dit project willen we verschillende statistische modellen ontwikkelen om de geografische verspreiding van virussenop basis van hun genetische data te reconstrueren en hypothesis hieromtrent te testen. Spatiotemporele voorspellingen vanuit deze modellen kunnen bijdragen tot de ontwikkeling van effectieve interventie- en preventiestrategieën. Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Philippe Lemey

The use of insect cells to identify potent and selective inhibitors of denv replication KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Johan Neyts • Nidya Segura Guerrero

Evolutionary reconstruction of viral spread in time and space KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Philippe Lemey • Filip Bielejec

Crimean Congo Hemorrhagic Fever. Modern approaches to diagnostics, epidemiology, prevention, therapy and preparedness. KU Leuven Abstract: NEG - Health.2010.2.3.2. Potentially new and re-emerging epidemics. Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Pieter Leyssen

SILVER KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie


In vitro en in vivo studie van mono- en polymicrobiële biofilms als belangrijke oorzaak van therapeutisch falen in intensieve zorgeenheden. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk OnderzoekVlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Louis Maes • Herman Goossens • Paul F R C M Cos • Surbhi Malhotra • Monique Kerstens

Aanwezigheid van antibiotica-resistente pathogene bacteriën in de omgeving en de humane comensale flora: is er een verband met ziekte? Universiteit Antwerpen Abstract: Het hoofddoel van deze studie is een beschrijving te geven van antibiotica-resistente klinisch relevante bacteriën (ARB) in de omgeving en de humane commensale flora in Gauteng/Zuid-Afrika. Bovendien zal de genetische verwantschap van deze ARB worden bestudeerd om de mechanismen van verspreiding van ARB in de bevolking te begrijpen. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Robert Colebunders • Herman Goossens • Surbhi Malhotra • Fabienne Paasch

Het Humaan Immunodeficientie Virus (HIV) gebruikt het gastheer cytoskelet gedurende infectie Universiteit Gent Abstract: Het Humaan Immunodeficientie Virus (HIV) gebruikt het gastheer cytoskelet gedurende infectie. De identificatie van deze cellulaire eiwitten die interageren met HIV gedurende de virale levenscyclus is belangrijk om nieuwe therapeutische targets te ontdekken. Om dit te bereiken zullen we door RNA interferentie (geselecteerde en genoom-wijde shRNA screening) dit bepalen in perifeer bloed CD4+ lymfocyten en monocyten. Organisaties: • Vakgroep Klinische biologie, microbiologie en immunologie

Onderzoekers:

• Bruno Verhasselt

Metabolic engineering voor de ontwikkeling van een platform-organisme met een verhoogde nucleotidesuiker pool Universiteit Gent Abstract: In dit onderzoek wordt de ontwikkeling beoogd van een platformorganisme met een verhoogde intracellulaire pool aan UDP-suikers. De technologie die ontwikkeld wordt is gebaseerd op metabolic engineering van het modelorganisme Escherichia coli. De gecreëerde mutanten kunnen dienen als glycosylatieplatformen voor de productie van diverse zeldzame oligosachariden en glycoconjugaten. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Onderzoek naar de aangeboren immuunrespons tegenover een genitale Chlamydia trachomatis infectie of immunisatie Universiteit Gent Abstract: Het project wil meer inzicht verwerven in de bacterie-gastheercel interactie, met bijzondere aandacht voor de aangeboren immuunrespons tegenover de obligaat intracellulaire bacterie Chlamydia trachomatis. Organisaties: • Vakgroep Moleculaire biotechnologie


Enterohemorrhagische Escherichia coli (EHEC) is een humane darmpathogeen verantwoordelijk voor diarree, hemorrhagische colitis en het hemolytisch uremisch syndroom Universiteit Gent Abstract: Enterohemorrhagische Escherichia coli (EHEC) is een humane darmpathogeen verantwoordelijk voor diarree, hemorrhagische colitis en het hemolytisch uremisch syndroom. Lactococcus lactis, een niet-koloniserende, niet-pathogene bacterie werd reeds gebruikt voor de orale aflevering van antigenen ter hoogte van de mucosa. In dit project zullen recombinante L. lactis stammen onderzocht worden op hun efficiëntie om EHEC antigenen af te leveren ter hoogte van het darmgeassocieerd immuunsysteem in proefdiermodellen voor EHEC infectie. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


Efficaciteit en verklaring werkingsmechanisme van bescherming tegen necrotische enteritis bekomen door vaccinatie met supernatans van Clostridium perfringens stam 23. Universiteit Gent Abstract: De incidentie van necrotische enteritis bij vleeskippen, veroorzaakt door C. perfringens, is sinds het verbod op gebruik van antibiotica als groeipromotor erg toegenomen. In dit project wordt vaccinatie met supernatans van C. perfringens stam 23 als alternatieve aanpak onderzocht. Aan de hand van in vivo en in vitro werk zal de efficaciteit van vaccins op basis van actief en geïnactiveerd supernatans worden nagegaan. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Richard Ducatelle • Filip Van Immerseel

Quorum quenching as a novel tool to fight bacterial infections in aquaculture Universiteit Gent Abstract: In many bacteria, the production of virulence factors is controlled by quorum sensing (QS) and interfering with QS has been proposed as a new strategy to fight infections in aquaculture. Increasing attention is being paid to quorum quenching (QQ), the degradation of QS molecules by bacterial enzymes. The goal of the project is to isolate QS degrading organisms, construct mutants with high QQ activity, and evaluate the effect of QS degrading strains. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse

Onderzoekers: • Peter Bossier • Tom Coenye

Entry van feliene coronavirussen in hun primaire doelwitcellen Universiteit Gent Abstract: In dit onderzoeksproject zullen de doelwitcellen van de feliene coronavirussen ter hoogte van de intestinale mucose gekarakteriseerd worden en zal de replicatie in deze cellen bestudeerd worden. Dit zal gebeuren aan de hand van een intestinaal mucosa explantmodel. Vervolgens zal de entry van deze virussen geanalyseerd worden en zal een verklaring gezocht worden voor de verschillen tussen FIPV en FECV. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie

Onderzoekers: • Hans Nauwynck • Hannah Dewerchin • Evelien Van Hamme

De rol van Nef geïnduceerde genen in HIV in infectiviteit Universiteit Gent Abstract: Het HIV Nef eiwit speelt een essentiële rol in de progressie naar immuundeficiëntie (AIDS). Analyse van expressieprofielen geïnduceerd door verschillende Nef allelen in cellijnen toont een invloed van Nef op genexpressie aan. In dit project zal de relevantie van verandering in genexpressie onderzocht worden met als doelstelling het ontrafelen van mechanismen waarmee Nef virale infectie en pathogenese bevordert. Organisaties: • Vakgroep Klinische biologie, microbiologie en immunologie

Onderzoekers: • Bruno Verhasselt

COMBINED EXPOSURE TO (SUB)CLINICAL CONCENTRATIONS OF FOODBORNE BACTERIAL TOXINS Universiteit Gent Abstract: Cereulide, beauvericine and enniatines zijn geselecteerd op de basis van hun opkomende karakter, volksgezondheid relevantie, extreme stabiliteit, alomtegenwoordigheid van respectieve micro-organismen, mogelijke accumulatie in het lichaam en gelijkenis in de chemische structuur (cyclodepsipetides). Kwantificering en karakterisering van toxische effecten zal informatie verstrekken die noodzakelijk is voor een goede preventie en interventie in de bescherming van de volksgezondheid. Daarvoor zullen de nieuwe biosensoren gebruikt worden die gebaseerd zijn op de verschillende celculturen. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit


Onderzoeksbeurs voor wetenschappelijk onderzoek aan Song Xu (Stichting Emmanuel Van der Schueren). Biologische kenmerken en therapeutisch gebruik van mesenchymale stamcellen in Multiple Myeloma. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multiple Myeloma (MM) is een zeldzame B cel tumor gekenmerkt door een monoclonale expantie van plasma cellen in het beenmerg (BM). Kenmerkend voor deze ziekte is de complexe interactie tussen de tumor cellen en het omringende beenmergstroma wat resulteert in stimulatie van tumorgroei, nieuwe bloedvatvorming (angiogenese) en de vorming van botletsels (osteolyse). Ondanks de ontwikkeling van nieuwe therapeutische mogelijkheden, blijft de ziekte nog steeds ongeneesbaar. Mesenchymale stamcellen (MSCs) zijn multipotente beenmerg stamcellen die ondermeer aan de basis liggen van het beenmerg micromilieu en ook de voorlopers van botvormende cellen (osteoblasten) zijn. Momenteel worden deze stamcellen gebruikt in diverse pre-klinische en klinische studies voor weefselregeneratie, alsook voor gentherapie, stimulatie van bloedcelvorming en onderdrukking van graft-versus host ziekte na hematopoietische stamceltransplantatie bij kankerpatienten. In dit project wensen wij te onderzoeken welke invloed MSCs hebben op tumorgroei en botziekte in MM. Er zal nagegaan worden in hoeverre BM-MSCs in MM afwijkingen vertonen in vergelijking met normale MSCs en deze afwijkingen door de MM cellen geïnduceerd worden. Er zal ook na gegaan worden of nieuwe moleculen die thans worden gebruikt voor de behandeling van MM patiënten (proteasoom- en HDAC inhibitoren) eventueel ook de afwijkingen in MM-BM MSCs beïnvloeden. Tenslotte zullen we in een in vivo MM muis model ook nagaan of normale, in vitro gekweekte BM MSCs kunnen gebruikt worden als efficiente en veilige transportcellen voor anti-MM gerichte gentherapie. Organisaties: • Hematologie

Onderzoekers: • Ivan VAN RIET

Epigenetische regulatie in multipel myeloom: identificatie van nieuwe doelwitten. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multiple myeloma (MM) is een ongeneeslijke plasmacel maligniteit gekenmerkt door de accumulatie van monoklonale plasmacellen in het beenmerg (BM). MM is goed voor 2% van alle maligniteiten en is de tweede meest gediagnosticeerde hematologische maligniteit. De beenmerg micro-omgeving gaat de MM cellen steunen om te overleven, te groeien en aan een drug-geïnduceerde celdood te ontsnappen. Hoewel nieuwe medicijnen die op deze interacties inwerken, een aanzienlijke verbetering van de algehele overleving hebben aangetoond, zien we bij patiënten een onvermijdelijke herval en de ontwikkeling van een refractaire ziekte. De strijd tegen de kankercellen moet worden gevoerd tegelijkertijd vanuit verschillende invalshoeken. Met verschillende combinaties van geneesmiddelen worden studies uitgevoerd waarin zowel de MM cel zelf als de omliggende BM cellen en componenten geviseerd worden. Meer en meer bewijs toont aan dat epigenetische veranderingen en belangrijke rol spelen in the pathogenese van MM. Epigenetische veranderingen staan in voor de regulatie van de gentranscriptie en kleine fouten ter hoogte van deze veranderingen kunnen zeer zware gevolgen hebben en leiden tot de ontwikkeling van kanker. De 2 best gekende veranderingen zijn: (i) DNA methylatie van cytosine basen in CpG dinucleotiden and (ii) post-translational (niet)histon veranderingen (zoals acetylatie, methylatie, phosphorylatie,...). Ondanks het feit dat deze veranderingen overerfbaar zijn ze wel reversibel en vormen ze dus interessante doelwitten. Er werd reeds aangetoond dat geneesmiddelen die deze veranderingen bestrijden in MM een sterke antitumor werking hebben. Op dit moment is het echter nog niet geweten wat het werkingsmechanisme is van deze geneesmiddelen en hoe deze de genexpressie van de MM cellen in situ, waar de MM cellen beschermd worden door het BM micromilieu, beïnvloeden. Dit zal nagegaan worden in deze studie. Bovendien zal ook nagegaan worden of de combinatie van geneesmiddelen die tegelijkertijd deze 2 verschillende epigenetische veranderingen bestrijden een verhoogde therapeutisch effect hebben. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie


Evaluatie van de preproteïne-translocatiemotor SecA1 van Staphylococcusareus als doelwit voor de ontwikkeling van nieuwe antibiotic. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Moleculaire Bacteriologie

Onderzoekers: • Johan Neyts • Evelien De Waelheyns • Anastassios Economou

Viral infections: molecular insights, targets for intervention and drugment KU Leuven Abstract: Pathogen (including viral) infections are responsible for a high incif morbidity, mortality and economic losses. Antiviral chemotherapeutics her not available, or have often a limited use due to long-term side effd/or eventual drug resistance development.Within the current thic targets virus entry and transmission are still under-represented. Thenbsp;efforts (including ours) have for a long time been focused on otherle targets such as virus-encoded reverse transcriptase/DNA polymerases anbsp;protease, and related issues on drug resistance development. A limiunt of efforts were devoted to (co)receptors of HIV. This research will put in a broader context of virus entry. A better understanding of the cprocessof virus entry and transmission will allow a more rational develof antiviral drugs. In this proposal we will inve the interaction of novel drug leads against virus entry and transm(i.e. human immunodeficiency virus (HIV), Dengue virus (DENV)) thereby f on both partnersof the interacti Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Graciela Andrei • Jozef Vanderleyden • Dominique Schols • Kristel Van Laethem

Role of the mycobacterial cell wall lipids, myocolic acids, in the control of ontracellular replication of mycobacterium tuberculasis bacilli Universiteit Gent Abstract: In dit project wordt nagegaan hoe mycobacteriële mycolzuren de gastheer celfunctie verstoren en hierdoor de intracellulaire vermenigvuldiging van mycolzuren tiberculosis bacillen promoot. Uitgaande van proefdieremodellen zal het oorzakelijk verband tussen M. tuberculosis vermenigvuldiging, versoorde macrofaag cholesterol metabole reactiewegen en de cholesterolaard van mycolzuren. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Johan Grooten

European Suveillance Network for Influenza in Pigs 3 (ESNIP3) Universiteit Gent Abstract: ESNIP3, een voortzetting van de eerder EC-gefinancierde projecten ESNIP1 en 2, heeft tot doelstelling om meer inzicht te verkrijgen in de epidemiologie van varkensinfluenza in Europa. Daarvoor bestudeert ESNIP3 de antigene en genetische evolutie van varkensinfluenzavirussen in Europa, ontwikkelt en onderhoudt het een Europese varkensinfluenza databank en interageert het met andere influenza netwerken evenals met de internationale gemeenschap. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


BCCM ERP/LIMS project: enterprise resource planning / laboratory information management system Universiteit Gent Abstract: Implementatie van een Laboratory Information Management System (LIMS) ten behoeve van de Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms (BELSPO/BCCM). Organisaties: • Vakgroep Toegepaste wiskunde en informatica

Onderzoekers: • Peter Dawyndt

TRAVIFOOD: Onderzoek naar virussen NoV, HAV en HEV die overdraagbaar zijn via bepaalde voedingsmiddelen en bijdrage aan de risicobeoordeling Universiteit Gent Abstract: Travifood beoogt de ontwikkeling van een detectiemethodiek voor NoV, HAV en HEV in levensmiddelen. Bovendien worden modellen ontwikkeld die de blootstelling van consumenten aan deze virussen zullen simuleren tijdens bereiding van broodjes en bij productie en consumptie van groenten en fruit. Tot slot zal de effectiviteit van handontsmettingsproducten en oppervlakke desinfectantia geëvalueerd worden als aanvulling bij de blootstellingsmodellen. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit


De variabiliteit in Campylobacter contaminatieniveaus op pluimveekarkassen: identificeren van risicofactoren en kwantitatieve monitoring van Campylobacter spp. in pluimveeslachthuizen in België (CAMPYVAR) Universiteit Gent Abstract: Dit project heeft tot doel om (i) Campylobacter contaminatie van braadkipkarkassen doorheen het slachtproces kwantitatief te monitoren; (ii) kwalitatieve gegevens te verzamelen over slachtpraktijken en ? apparatuur in verscheidene slachthuizen; (iii) risicofactoren te identificeren mbt hoog besmette braadkipkarkassen op het einde van het slachtproces;(iv)interventiemaatregelen voor te stellen om het risico op Campylobacter infecties bij mens na consumptie van braadkipvlees te verminderen. Organisaties: • Vakgroep Veterinaire volksgezondheid en voedselveiligheid


De variabiliteit in Campylobacter contaminatieniveaus op pluimveekarkassen: identificeren van risicofactoren en kwantitatieve monitoring van Campylobacter spp. in pluimveeslachthuizen in België (CAMPYVAR) Universiteit Gent Abstract: Dit project heeft tot doel om (i) Campylobacter contaminatie van braadkipkarkassen doorheen het slachtproces kwantitatief te monitoren; (ii) kwalitatieve gegevens te verzamelen over slachtpraktijken en ? apparatuur in verscheidene slachthuizen; (iii) risicofactoren te identificeren mbt hoog besmette braadkipkarkassen op het einde van het slachtproces;(iv)interventiemaatregelen voor te stellen om het risico op Campylobacter infecties bij mens na consumptie van braadkipvlees te verminderen. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit

Onderzoekers: • Lieven De Zutter • Mieke Uyttendaele

Biomerkers en nieuwe therapeutische doelwitten in HTLV-1 infectie KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Anne-Mieke Vandamme • Johan Van Weyenbergh • Soraya Maria Menezes

Het microbiologisch spectrum van invasieve bacteriële infecties bij volwassenen in Cambodia, en de implicaties voor behandelingsrichtlijnen. KU Leuven Abstract: Invasieve bacteriële infecties, zoals infecties waarbijbacteriën in de bloedbaan komen (bloedbaaninfecties), veroorzaken wereldwijd veel ziekteleed en sterfte. Achtergrondkennis over de meest voorkomende bacteriën die deze invasieve infecties veroorzaken, is voor artsen essentieel om het meest geschikte antibioticum voor hun patient te kunnen selecteren. Bacteriële infecties zijn immers veel moeilijker behandelbaar geworden door de wereldwijde opmars van antibioticaresistentie. Daarom is het ook belangrijk om de aanwezigheid van antibioticaresistentie te meten in bacteriën die invasieve ziekte veroorzaken. Daarbij is hetook nuttig de (erfelijke) mechanismen die bacteriën resistent maken en hun onderlinge verhoudingen te bestuderen. Bacteriële kweek van het bloed van erg zieke patiënten (bloedkweken) kan heel wat interessante informatie over ziekteverwekkers en hun resistentiepatronen aanleveren. In rijke landen met voldoende microbiologische laboratoria van goede kwaliteit, zoals i Organisaties: • Lab_Klin_Infectieuze Inflammatoire Aand_

Onderzoekers: • Erika Vlieghe • Willy Peetermans

Additional serological and virological research on epidemiology of PCV2 in farms with or without PCVD, before and after vaccination with circovac Universiteit Gent Abstract: Het doel van deze studie was om in eerste instantie de PVC2 virus infectiedruk in de mest en het AS profiel bij varkens van aangetaste en niet aangetast bedrijven te bepalen. Vervolgens wordt het effect van vaccinatie van de zeugen (Circovac) op de virusuitscheiding en het antistoffenprofiel bepaald. Tot op heden duidden de eerst resultaten op hoger uitscheidingniveaus in aangetaste bedrijven. De effecten van vaccinatie worden nog onderzocht. Organisaties: • Vakgroep Verloskunde, voortplanting en bedrijfsdiergeneeskunde

Onderzoekers: • Jeroen Dewulf

Biologie en ecologie van bacteriële en fungale biofilmen bij de mens. KU Leuven Abstract: De algemene doelstelling van deze onderzoeksgemeenschap is om het ontstaan en de structuur van bacteriële en fungale biofilmen bij de mens beter te begrijpen zodat er op termijn doeltreffende kan tegen opgetreden worden. De vorming van een biofilm gebeurt in verschillende stappen waarbij eerst cellen zich vasthechten op een substraat. Naast adhesie aan het substraat zijn ook cel-cel interacties (in het geval van polymicrobiële biofilmen is dit tussen cellen van verschillende microbiële species) belangrijk voor de ontwikkeling, structuur en de activiteit van een biofilm. Naast celwand gerelateerde componenten is microbiële communicatie (quorum sensing) hierbij essentieel. Een belangrijk onderzoekstopic zal dan ook het bestuderen van cel-cel interacties in biofilmen zijn. Een ander belangrijk onderzoekstopic in het netwerk behandelt de vraag naar de onderliggende mechanismen van de sterk verhoogde resistentie van cellen aanwezig in een biofilm tegenover antimicrobiële producten. De vraag Organisaties: • Afd. Molec. Microbiol. & Biotechnologie

Onderzoekers: • Patrick Van Dijck

Ontwikkeling van het CellPhInDER platform en zijn toepassing in de fysiologische dissectie van proteïne aggregatie in bacteriën. KU Leuven Abstract: In dit project streven we naar de ontwikkeling van een nieuwe tool om microbiële fysiologie in kaart te brengen op populatie-, cellulair en subcellulair niveau, en die gebaseerd is op de combinatie van hoge-doorvoertime-lapse fluorescentiemicroscopie met performante beeldanalyse.Deze tool zal vervolgens aangewend worden om nieuwe inzichten te verwervenin (i) de moleculaire verwerking en (ii) de fysiologische impact van natuurlijke en stress-geïnduceerde proteïne aggregatie in bacteriën. Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Philip Dutré • Abram Aertsen

Peptidoomanalyse van prokaryoten en hun viruses: invloed van peptides op het metabolisme van bacteriën. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Afdeling Gentechnologie

Onderzoekers: • Rob Lavigne • Abram Aertsen • Bart Landuyt

Gebruik van een subcutaan in vivo Candida albicans biofilm model systeem voor de identificatie van genen die specifiek van belangrijk voor biofilmvorming onder in vivo condities. KU Leuven Abstract: Biofilmen vormen momenteel een zeer groot probleem in ziekenhuizen, vooral in patiënten met een verzwakt immuunsysteem. De cellen binnen een biofilm zijn ook meer resistent tegen de meest gebruikt antischimmelproducten. Tot nu toe hebben de meeste onderzoekers biofilmvorming in vivo te volgen. Hiervoor maken we gebruik van een rat subcutaan biofilm modelsysteem. In dit project willen we genen identificeren die specifiek belangrijk zijn voor biofilmvorming onder in vivo condities. Hiertoe zullen we genome-wide expressie analyses uitvoeren en zullen we in vitro en in vivo biofilmcellen vergelijken. We zullen ook een methode ontwikkelen om invivo biofilmvorming en regressie te volgen via bioluminiscentie.

Organisaties: • Afd. Molec. Microbiol. & Biotechnologie

Onderzoekers: • Patrick Van Dijck • Uwe Himmelreich

Systeem- en synthetische biologie: synthetische cellulaire systemen. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Kathleen Marchal

Het Rev-afhankelijke nucleocytoplasmatisch mRNA-transport als nieuw doelwit voor anti-HIV therapie KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Dirk Daelemans • Eline Boons

Onderzoek naar de virale evolutie van HCV in functie van ziekteprogressie en antivirale therapierespons. KU Leuven Abstract: HCV gerelateerde chronische hepatitis is een belangrijke doodsoorzaak wereldwijd. Meer dan 170 miljoen mensen zijn geïnfecteerd met dit virus. HCV infectie wordt gekarakteriseerd door een complex samenspel tussen virus en gastheer. De genetica van het virus alsook van de patiënt bepalenreeds van in het begin de ziekteprogressie, gaande van spontane clearance van het virus tot chronische infectie die uiteindelijk tot leverkanker kan leiden. Er zijn weinig therapeutische opties beschikbaar, maar toch kan het virus met succes bestreden worden in een groot deel patiënten,alweer afhankelijk van zowel de virale als de gastheer genetica. Daartegenover staat dat virale resistentie een grote struikelblok is voor therapeutisch succes in de rest van de patiënten. De nauw verwante virussen in de totale viruspopulatie in de patiënt, quasispecies genaamd, evolueren onder de constante druk van het immuunsysteem en de therapie. In dit project willen we de nodige in vitro en in silico technieken ontwik Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Anne-Mieke Vandamme • Frederik Nevens • Philippe Lemey • Joke Snoeck

Naar een beter begrip van de relatie tussen luchtverontreiniging en gezondheid dankzij het onderzoeken van personen die gedurende meerdere dagen blootgesteld zijn aan sterk uiteenlopende concentraties van fijn stof. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Arb_verzek_g

Onderzoekers: • Benoit Nemery de Bellevaux • Tim Nawrot • Hans Scheers

Karakterisatie van het naso-oro-pharyngeale microbioom en resistoom in de Europese populatie. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk OnderzoekVlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Rol van bacteriële biofilms als belangrijke oorzaak van therapeutisch falen in intensieve zorgeenheden: een in vitro en in vivo studie van 'biofilm' virulentie factoren. Universiteit Antwerpen Abstract: Isolaten van bacteriën zullen verzameld worden op de intensieve zorgafdeling bij patiënten met urinaire en intravasculaire catheters en endotracheale tubes voor onderzoek naar hun biofilm-vormende eigenschappen in relatie met therapiefalen. Hiervoor zal gebruik worden gemaakt van moleculair-biologische en beeldvormings technieken en in vitro en in vivo biofilm modellen. Bijzondere aandacht zal besteed worden aan Escherichia coli verantwoordelijk voor urineweginfecties, Pseudomonas aeruginosa als oorzaak van ventilatie-geassocieerde pneumonie en Staphylococcus aureus voor systemische infecties door veneuze catheters. De verkregen bank van volledig getypeerde stammen zal een diepgaande studie toelaten over mogelijke virulentie factoren die aan de basis liggen van biofilm vorming en therapiefalen. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Louis Maes • Sylvia Dewilde • Herman Goossens • Paul F R C M Cos • Surbhi Malhotra

Biologie en ecologie van bacteriële en fungale biofilmen bij de mens. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk OnderzoekVlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Paul F R C M Cos

Invloed van milieufactoren op spectrale bladkarakteristieken. Universiteit Antwerpen Abstract: De doelstelling van dit onderzoek is nagaan hoe externe stressfactoren de spectrale eigenschappen van bladeren beïnvloeden teneinde spectrale signalen correct te kunnen interpreteren. Hiervoor worden in labo-omstandigheden de bodemgerelateerde stressfactoren, droogte, nutriëntenstatus & zware metalen, alsook de invloed van afzonderlijk atmosferische polluenten (O3, NO2, SO2, NH3 en fijn stof) onderzocht. Tenslotte wordt de invloed van deze atmosferische polluenten in veldomstandigheden nagegaan. Organisaties: • Milieu Ecologie en Microbiologie (ENdEMIC)

Onderzoekers: • Roeland Samson • Lies Snauwaert

Zoektocht naar nano- en micropartikels voor het optimaliseren van mRNA "delivery" methoden voor HIV immunotherapie. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds IWT. UA levert aan IWT de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)

Onderzoekers: • Guido Vanham • Winni De Haes

In vitro karakterisatie van nieuwe ant-inflammatoire stammen voor het compenseren van de dysbiosis bij inflammatoire darmziekten. Universiteit Gent Abstract: Tijdens het eerste deel van het project wordt de overleving en de matabolische activiteit van enkele boterzuur producerende isolaten geëvalueerd onder gastro-intestinale omstandigheden. Vervolgens wordt hun efficiënt om hun lumen en de mucuslaag van het colon te koloniseren geëvalueerd. Tenslotte worden enkele strategieën ontwikkeld on de boterzuurproductie van de endogene microbiota en toegediende boterzuur producerende bacteriën te stimuleren. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Diversiteit en fylogenie van Lacfarius subgenus Russularia in Zuid-ost Azië Universiteit Gent Abstract: Lacterius is een van de grootste genera onder de macrofungi. Subgenus Russylaria komt veelvoudig voor in Zuid-Oost Azië maar veel soorten zij enkel van de typelocaliteit gekend, de regio is ondergeëxplodeerd. Wij combineren mofrologie met een moleculaire aanpak om soortsafbakening, genefiche en morfologische diversiteit en intercontinentale conspecificiteti te onderzoeken in dit subgenus in Zuid-Oost Azië en Europa. Organisaties: • Vakgroep Biologie


Karakterisatie van de effecten van het US3 eiwit van alfaherpesvirussen op het cytoskelet en viraal spreiden met het oog op de ontwikkeling van nieuwe antivirale strategieën Universiteit Gent Abstract: Het US3 kinase van alfaherpesvirussen veroorzaakt veranderingen in het actine cytoskelet die viraal spreiden bevorderen. Doel van het project is om cellulaire ewitten te identificeren die cruciaal zijn voor het initiëren en uitvoeren van de US3-geïnduceerde actine veranderingen en die op die manier nieuwe doelwitten kunnen vormen voor de ontwikkeling van antivirale strategieën. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


BELDIVA/BELISA 2e fase: Belgisch Onderzoek naar de microbiële diversiteit in de regio van het Princess Elisabeth Station, Antarctica Universiteit Gent Abstract: Doel van dit project is verdere gegevensverzameling en staalname in representatieve habitats die (mogelijk) microörganismen bevatten in een gebied van 50 km rond het Belgische Princess Elisabeth Station (PES), Oost-Antarctica. Onbekende microorganismen die reeds eerder werden geïsoleerd uit stalen genomen tijdens fase 1, worden onderzocht met moleculaire technieken om hun identificatie te vervolledigen en ze als nieuwe soorten te beschrijven. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Wim Vyverman • Anne Willems

Detectiemethoden voor voedselgebonden virussen en virale indicatoren ter onderbouwing en verificatie van kwaliteitszorgsystemen in de groenten- en fruitverwerkende sector Universiteit Gent Abstract: Het doel is detectiemethoden te ontwikkelen voor virussen (NoV, HAV, RV) in water, op contactoppervlakken en groenten en fruit (G&F). Vervolgens zullen de ontwikkelde methoden toegepast worden op bedrijfsniveau aan de hand van de uitvoering van een Horticultural Assessment Scheme (HAS). Tenslotte zullen de verzamelde gegevens bijdragen tot het aanleggen van een basislijn en tot een betere onderbouwing van het kwaliteitszorgsysteem (KZS). Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit


Identificatie van bacteriocines met antibacteriële activiteit tegen Clostridium difficile Universiteit Gent Abstract: Clostridium difficile is een anaerobe, sporevormende, facultatief pathogene bacterie voor zowel mens als dier. De huidige antibioticumtherapiën blijken steeds minder efficiënt te zijn. Daarom is het van groot belang onderzoek te doen naar mogelijke alternatieve behandelingsmethoden. In dit project wordt gezocht naar eiwitten (bacteriocines) die actief zijn tegen Clostridium difficile en de rest van de darmflora zo weinig mogelijk verstoren. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten


Adaptatie aan droogte- en saliniteitsstress in Antarctische filamenteuse cyanobacteriën Universiteit Gent Abstract: Vooral in Antarctica heeft ?global change? potentieel verstrekkende gevolgen voor de biodiversiteit. Filamenteuse cyanobacteriën vormen hier de hoeksteentaxa. Er is echter nog maar weinig gekend over de genetische basis die hun adaptatie en overleving op Antarctica mogelijk maakt. Dit projectvoorstel heeft als doel een beter inzicht te verwerven in de genetische adaptaties aan saliniteit- en droogtestress van Antarctische filamenteuse cyanobacteriën. Organisaties: • Vakgroep Biologie


Identificatie van voedingselementen die de proliferatie stimuleren van boterzuurproducerende Clostridia cluster IV en XIVa stammen Universiteit Gent Abstract: De interactie tussen nutriënten, darmmicrobiota en gastheerrespons speelt een belangrijke rol in de ontwikkeling en behoud van de maagdarm gezondheid in dieren. Door het toevoegen/verwijderen van bepaalde voedingsstoffen wordt er gezocht naar een veranderde darmmicrobiota voornamelijk een verhoogde aanwezigheid van boterzuurproducerende stammen. Daarnaast wordt er ook gekeken naar de veranderingen in het darm-epitheel en gezocht naar een goede darmgezondheid bij kippen. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Richard Ducatelle • Filip Van Immerseel

De relatie tussen microbiële diversiteit en eigenheid van Vlaamse Oud Bruin bieren Universiteit Gent Abstract: De microbiotia in oud bruin fermentaties is grotendeels onbekend. Hierdoor is hun beschrijving en bescherming onmogelijk. Met dit onderzoek willen we de microbiota en de productkarakteristieken van deze bieren karakteriseren via nieuwe high-throughput benaderingen. Op basis van deze data zullen we generische en specifieke criteria van oud bruin bieren kunnen opstellen en tevens een tool voor kwaliteitsbeoordeling aanreiken. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Peter Vandamme

BELDIVA/BELISA 2e fase: Belgisch Onderzoek naar de microbiële diversiteit in de regio van het Princess Elisabeth Station, Antarctica Universiteit Gent Abstract: BELDIVA heeft tot doel (i) de biodiversiteit nabij het Belgische Princess Elisabeth onderzoeksstation in Antarctica te bestuderen, (ii) ecosystemen in open-top-chambers te monitoren om het effect van toekomstige klimaatopwarming experimenteel na te gaan, (iii) het belang van exotische propagules op de diversiteit te bestuderen, en (iv) adaptaties en genen gerelateerd aan stress in deze extreme habitats te onderzoeken. Organisaties: • Vakgroep Biologie

Onderzoekers: • Wim Vyverman • Anne Willems

Interactie van alfaherpesvirus glycoproteïnen met natural killer cellen en dendritische cellen Universiteit Gent Abstract: Natural killer (NK) en dendritische cellen (DC) zijn cruciaal in de antivirale immuunrespons tegenover alfaherpesvirussen. Doel van het onderzoek is om te identificeren welke virale glycoproteïnen herkend worden door NK en/of DC, wat het effect is van deze herkenning op de activiteit van de NK of DC en welke receptoren van de NK en DC verantwoordelijk zijn voor deze herkenning.

Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie

Onderzoekers: • Jozef Vercruysse • Herman Favoreel

Zoektocht naar nieuwe denitrificatiegenen in Gram-postieve bacteriën door volledige genoomsequenering Universiteit Gent Abstract: Denitrificatie is een redundant enzymatisch proces. Onderzoek toonde aan dat in het merendeel van Gram-positieve denitrificeerders de aanwezigheid van gekende denitrificatiegenen niet kon worden aangetoond. Dit project volgt de hypothese van nieuwe, ongekende genen betrokken bij de omzetting van gefixeerde stikstof naar stikstofgas en zal hiernaar op zoek gaan door genomen van verschillende denitrificerende bacilli te sequeneren en analyseren. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Paul De Vos • Kim Heylen

Eco-evolutionaire impact van endosymbionten op het dispersiegedrag van hun gastheer Universiteit Gent Abstract: Bacteriële endosymbionten manipuleren de verbreiding van hun gastheer via zowel proximatie als evolutionaire mechanismen. Door experimenten in artificiële metapopulaties met spintmijten te koppelen aan de ontwikkeling van individu gebaseerde modellen zullen inzichten verworven worden van het belang van eco-evolutionaire terugkoppelingsmechanismen voor het voortbestaan van herbivoor-parasiet populaties. Organisaties: • Vakgroep Biologie

Onderzoekers: • Dries Bonte

Chlamydia psittaci DNA vaccination and alternatives Universiteit Gent Abstract: DNA vaccinatie voor Chlamydia psittaci zal vergeleken worden met andere alternatieve vaccinatiemethoden. Hierbij zullen we gebruik maken van experimenteel geïnfecteerde SPF kalkoenen Organisaties: • Vakgroep Moleculaire biotechnologie

Onderzoekers: • Daisy Vanrompay • Niek Sanders

Kweek-afhankelijke en -onafhankelijke analyse van de bio-film-geassocieerde microflora op endotracheale tubes en hun rol in ventilator-geassocieerde pneumonie Universiteit Gent Abstract: Het doel van dit project is het verkrijgen van beter inzicht in de microbiële diversiteit van ET door gebruik te maken van een kweekafhankelijke en twee kweek-onafhankelijke methoden. Ook de resistentie tegen antibiotica van de isolaten afkomstig uit de ET biofilms zal onderzocht worden. Organisaties: • Vakgroep Geneesmiddelenleer • Vakgroep Farmaceutische analyse • Vakgroep Inwendige ziekten

Onderzoekers: • Johan Decruyenaere • Dieter Deforce • Tom Coenye • Filip Van Nieuwerburgh • Ilse Vandecandelaere

CHLAMYSUIS Universiteit Gent Abstract: Het project heeft tot doel om de bacterie gastheercel interactie van Chlamydia suis te bestuderen Organisaties: • Vakgroep Moleculaire biotechnologie


Statistische Methodes voor een Verbeterde Base-definitie en Integratie van Massaal Parallel Sequentioneringsdata Universiteit Gent Abstract: In virologie kan massaal parallel sequentionering (MPS) technology gebruikt worden voor de studie van quasispecies in HIV-1 en HCV geinfecteerde patienten, wat belangrijk is voor het begrijpen van de mechanismes voor resistentie en voor het verbeteren van de behandeling. In dit project worden statistische methoden ontwikkeld voor de identificatie en kwantificatie van virale varianten, gebruikt makend van de Illumina MPS technologie. Organisaties: • Vakgroep Toegepaste Wiskunde, Biometrie en Procesregeling

Onderzoekers: • Olivier Thas

De effecten van biodiversiteit op de werking van mariene bodemecosystemen Universiteit Gent Abstract: We zullen onderzoeken hoe ruimtelijke heterogeniteit op kleine schaal en horizontale en verticale, multilevel interacties de relatie tussen biodiversiteit en ecosysteem functie (primaire en secondaire productie, EPS secretie, OM minteralisatie en denitrificatie door prokaryoten) beïnvloeden in intergetijden-, ondiepe subtidale en diepzee sedimenten. Hiertoe zullen we veldstudies en experimenten met goed gekarakteriseerde organismen gebruiken.

Organisaties: • Vakgroep Biologie

Onderzoekers: • Koen Sabbe

Manipulaties vanm ucosale antigeen-presenterende cellen door virussen voor het vergemakkelijken van hun spreiding en ontwrichting van de immuunrespons Universiteit Gent Abstract: In het projectvoorstel zal nagegaan worden hoe virussen mucosale antigeen-presenterende cellen (m-APC), met speciale aandacht voor dendritische cellen, kunnen manipuleren om zo het spreiden van het virus te bevorderen en/of de antivirale immuunrespons te verstoren. Ontrafelen van de onderliggende mechanismen zal toelaten om nieuwe en meer gerichte antivirale strategieën te ontwikkelen. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie

Onderzoekers: • Hans Nauwynck

Manipulaties van mucosale antigeen-presenterende cellen door virussen voor het vergemakkelijken van hun spreiding en ontwrichting van de immuunrespons Universiteit Gent Abstract: In het projectvoorstel zal nagegaan worden hoe virussen mucosale antigeen-presenterende cellen (m-APC), met speciale aandacht voor dendritische cellen, kunnen manipuleren om zo het spreiden van het virus te bevorderen en/of de antivirale immuunrespons te verstoren. Ontrafelen van de onderliggende mechanismen zal toelaten om nieuwe en meer gerichte antivirale strategieën te ontwikkelen. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie


Manipulaties van mucosale antigeen-presenterende cellen door virussen voor het vergemakkelijken van hun spreiding en ontwrichting van de immuunrespons Universiteit Gent Abstract: In het projectvoorstel zal nagegaan worden hoe virussen mucosale antigeen-presenterende cellen (m-APC), met speciale aandacht voor dendritische cellen, kunnen manipuleren om zo het spreiden van het virus te bevorderen en/of de antivirale immuunrespons te verstoren. Ontrafelen van de onderliggende mechanismen zal toelaten om nieuwe en meer gerichte antivirale strategieën te ontwikkelen. Organisaties: • Vakgroep Klinische biologie, microbiologie en immunologie


De uitbouw van de publieke cultuurverzamelingen van diatomeeën, polaire cyanobacteriën en mycobacteriën en hun verdere integratie in het BCCM consortium - 2de fase Universiteit Gent Abstract: In België opereren complementaire, onderzoeks-ondersteunde publieke dienstverlenende collecties, ingebed in de universiteiten of wetenschappelijke instituten waarin ze hun oorsprong kenden, als een Nationaal Netwerk van BRCs, gecoördineerd door het Federaal Wetenschapsbeleid. De 'Belgian Coordinated Collections of Microorganisms (BCCM)' omvatten momenteel: BCCM/LMG bacteriën (Universiteit Gent), BCCM/MUCL agro-industriële schimmels en gisten (Université Catholique de Louvain-la-Neuve), BCCM/IHEM biomedische schimmels en gisten (wetenschappelijk instituut volksgezondheid brussel), en BCCM/LMBP plasmiden en DNA bibliotheken (Universiteit Gent). In een vorig project werden hieraan 3 geassocieerde collecties toegevoegd, de DIATOMEEËN collectie van polaire cyanobacteriën van de Universiteit Luik, en de collectie van mycobacteriën van het Instituut voor Tropische Geneeskunde Antwerpen. Deze geassocieerde verzamelingen werden geselecteerd op basis van de grootte van hun verzameling, hun iniekheid, en het niveau van de hiermee gepaard gaande wetenschappelijke expertise. Gedurende het huidige project streven de partners ernaar deze collecties nog te professionaliseren en verder in te sluiten in het BCCM consortium Organisaties: • Vakgroep Biologie


De rol van VHHs of Nanobodies tijdens de eindstrijd van poliovirus eradicatie. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Sinds mensenheugenis wordt de mensheid reeds getroffen door poliomyelitis, een ziekte veroorzaakt door het poliovirus. Tijdens de laatste twintig jaren heeft het Global Polio Eradication Initiative (OPEI) veel succes gekend, resulterend in een substantiele vermindering van het aantal gevallen van poliomyelitis en dit door het gebruik van het Oraal Poliovaccin tijdens intensieve vaccinatie-campagnes. Op zijn weg is het OPEI echter onvermijdbare obstakels tegengekomen die het onmogelijk maken om de transmissie van wild poliovirus een halt toe te roepen en om van deze wereld een poliovrije wereld te maken en deze ook te behouden in de toekomst. Nieuwe strategieen en wapens moeten er ontwikkeld worden om de doelstelling te behalen waarbij in eerste instantie aan nieuwe efficiente antivirale geneesmiddelen tegen polio wordt gedacht. In dit project zal de bruikbaarheid en toepassing van een nieuwe generatie van recombinante antilichaam fragmenten, nl. Nanobodiesf of VHHs, als een nieuwe klasse van antivirale moleculen tegen poliovirus worden onderzocht. Uit een pool van geisoleerde VHHs met bindingscapaciteit voor het poliovirus zullen de meest potente en toepasbare VHHs geselecteerd en geoptimaliseerd worden. De bekomen VHH(s) kunnen dan ook als model dienen voor de strijd tegen andere belangrijke humane picomavirussen zoals het hepatitis A virus(geelzucht) of rhinovirus sen (verkoudheden). Organisaties: • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie


Tumor-microomgeving interacties in multipel myeloom: regulatie door epigenetische veranderingen en hypoxie. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multipel myeloom (MM) is een B cel maligniteit die voornamelijk voorkomt in het beenmerg (BM). Binnen deze BM microomgeving is de tumor sterk afhankelijk van wederzijdse interacties met de BM stromale cellen. Dit resulteert enerzijds in de overleving en groei van de MM cellen en anderzijds in veranderingen binnen de BM microomgeving leidend tot angiogenese en inductie van botziekte. Binnen dit project wensen we de regulatie van deze interacties verder te bestuderen en meer specifiek op de rol van epigenetische modificaties (met nadruk op methylatie, acetylatie

en miRNA) in MM cellen en mesenchyma Ie stamcellen en het effect van het hypoxisch BM op UPR en Notch signaling. Organisaties: • Hematologie


Biomarker based anti-EGFR/HER2neu treatment of lung cancer and overcoming resistance to anti-EGFR therapies. Vrije Universiteit Brussel Abstract: In subgroepen van longkanker worden nu genomische biomerkers ontdekt die toelaten om de efficientie van specifieke antikanker behandelingen te voorspellen. In dit project worden de Human Epidermal Growth factor (HER) familie genen onderzocht in tumormateriaal en indien een activerende mutatie wordt gevonden worden de patienten behandeld met specifieke tyrosinekinase inhibitoren in het kader van prospectieve klinische studies met EGFR en HER2-neu inhibitoren. Wanneer resistentie optreedt worden nieuwe biopten genomen om onderzoek te verrichten naar de mechanismen van resistentie. Door de beperktheid van klinische biopten is het vandaag niet mogelijk om die cruciale merker te bepalen in 25% van de patienten wat hen een belangrijke behandelingsmogelijkheid ontzegt. Daarom wordt in dit project onderzocht of circulerend DNA (met mutatiespecifieke opsporingsmethoden) en circulerende tumorcellen (met generische opsporingsmethode) kunnen gebruikt worden om te streven naar een mutatiebepaling in 100% van de patienten. Aan deze studie werken 17 klinische centra mee. Het translationele werk wordt verricht in het Laboratorium moleculaire oncologie (Oncologisch Centrum) en voor de circulerende tumorcellen is er samenwerking met prof Isabelle Vande Broek, MD, PhD, hematologie. Door analyse van andere kankergenen kan dit project ook leiden tot identificatie van bijkomende mogelijke therapeutische doelwitten (wat in het eerst deel van het project al gebeurde door het ontdekken van mutaties in HER3 (voorheen onbekend). Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • JACQUES DE GREVE

Het belang van aldehyde dehydrogenase-positieve cellen in multiple myeloom ontwikkeling. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multipel myeloom (MM) is gekarakteriseerd door een opeenstapeling van kwaadaardige plasmacellen in het beenmerg (BM). De behandeling van MM berust meestal op chemotherapie en stamceltransplantatie. Ondanks recente vooruitgang in de behandeling, blijft MM een ongeneeslijke ziekte waarbij de meeste patiënten zullen hervallen en sterven aan een refractaire ziekte ongevoelig voor de therapie. Een hypothese stelt dat de tumor bestaat uit een mix van tumorcel populaties met verschillende gevoeligheden voor drugs en waarvan de resistente tumorcel populatie in staat is om opnieuw de ziekte te initiëren. Deze hypothese is onderdeel van het kankerstamcel model dat het bestaan van een kleine populatie van kanker cellen die de vorming en de groei van tumoren stimuleert, het wordt de kankerstamcel of tumorinitiërende-cel. Op basis van de aldehyde dehydrogenase (ALDH) activiteit kunnen normale en kanker stamcellen en progenitorcellen geïdentificeerd en geïsoleerd worden. Het doel van dit project is om een ALDH + populatie van tumorcellen te onderscheiden in het 5T33MM muismodel en de humane MM cellijnen en de rol van deze ALDH + populatie in MM te onderzoeken met de nadruk op clonogenicity, tumorgeniciteit, drug gevoeligheid, beenmerg interacties, migratie en invasie en stamcel eigenschappen. Deze onderzoeken zouden moeten leiden tot een beter begrip van de pathogenese en de behandeling van MM. Organisaties: • Hematologie

Onderzoekers: • Karin VANDERKERKEN • ELS VAN VALCKENBORGH

Preklinische evaluatie van NKT cellen in multipel myeloom. Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multiple myeloma is still considered as the second most prevalent haematological malignancy and despite recent progresses in treatment options, MM still remains fatal for most patients. One of the new emerging strategies to target MM is using a patient's immune system to target the tumor. However, cancer cells can evade the immune system and tumor surveillance is often impaired. Therefore new drugs are being studied which can activate the immune system directly, thus overcoming this impairment. The immune system can be divided in 2 groups, the innate system containing macrophages and NK cells and the adaptive system containing B and T cells. Within the T cells a relatively new member has been identified, the NKT cell which shows characteristics of both NK cells and T cells. Furthermore, NKT cells are CD1d restricted. A couple of studies on NKT cells in MM have been performed, showing that CD1d becomes downregulated in late stages of the disease and that NKT functionality has been impaired. However no preclinical data on activating these cells in MM is available yet. In this project we will use the syngeneic immune competent 5T33MM mouse model to test a new activator of NKT cells preclinically. We will first characterize the NKT population in these mice and test their functionality against 5T33MMvv cells and a CD1d transduced 5T33MMvt cell line. We will then compare the efficiency of a new 6'-derivatised alpha-galactosylceramide analogue to regular alpha-GalCer in its capacity to activate NKT cells and reduce tumor burden both in vitro and in vivo. This study will provide new insights in the relatively young field of immunotherapy in MM. If proven useful, the ability to activate this mediator of immune surveillance could lead to new therapeutical targets. Organisaties: • Hematologie

Onderzoekers: • Eline MENU • Karin VANDERKERKEN

Epigenetische regulatie en multiple myeloom: identificatie van potentiële doelwitten Vrije Universiteit Brussel Abstract: Multiple myeloma (MM) is een ongeneeslijke plasmacel maligniteit gekenmerkt door de accumulatie van monoklonale plasmacellen in het beenmerg (BM). MM is goed voor 2% van alle maligniteiten en is de tweede meest gediagnosticeerde hematologische maligniteit. De beenmerg micro-omgeving gaat de MM cellen steunen om te overleven, te groeien en aan een drug-geïnduceerde celdood te ontsnappen. Hoewel nieuwe medicijnen die op deze interacties inwerken, een aanzienlijke verbetering van de algehele overleving hebben aangetoond, zien we bij patiënten een onvermijdelijke herval en de ontwikkeling van een refractaire ziekte. De strijd tegen de kankercellen moet worden gevoerd tegelijkertijd vanuit verschillende invalshoeken. Met verschillende combinaties van geneesmiddelen worden studies uitgevoerd waarin zowel de MM cel zelf als de omliggende BM cellen en componenten geviseerd worden. Meer en meer bewijs toont aan dat epigenetische veranderingen en belangrijke rol spelen in the pathogenese van MM. Epigenetische veranderingen staan in voor de regulatie van de gentranscriptie en kleine fouten ter hoogte van deze veranderingen kunnen zeer zware gevolgen hebben en leiden tot de ontwikkeling van kanker. De 2 best gekende veranderingen zijn: (i) DNA methylatie van cytosine basen in CpG dinucleotiden and (ii) post-translational (niet)histon veranderingen (zoals acetylatie, methylatie, phosphorylatie,...). Ondanks het feit dat deze

veranderingen overerfbaar zijn ze wel reversibel en vormen ze dus interessante doelwitten. Er werd reeds aangetoond dat geneesmiddelen die deze veranderingen bestrijden in MM een sterke antitumor werking hebben. Op dit moment is het echter nog niet geweten wat het werkingsmechanisme is van deze geneesmiddelen en hoe deze de genexpressie van de MM cellen in situ, waar de MM cellen beschermd worden door het BM micromilieu, beïnvloeden. Dit zal nagegaan worden in deze studie. Bovendien zal ook nagegaan worden of de combinatie van geneesmiddelen die tegelijkertijd deze 2 verschillende epigenetische veranderingen bestrijden een verhoogde therapeutisch effect hebben. Organisaties: • Hematologie • Immunologie en Microbiologie


A randomized phase II clinical trial on the therapeutic vaccination of melanoma patients with autologous TriMix dendritic cells sequentially combined with antigen non-specific immunomodulatory therapy (interferon-alfa2b or ipilimumab). Vrije Universiteit Brussel Abstract: Geen NL abstract Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • Bart NEYNS

Rol van immunomodulaire drugs om de effectiviteit te verhogen van een anti-myeloma vaccinatie strategie Vrije Universiteit Brussel Abstract: Progressie in de behandeling van myeloma opent een venster naar een anti-myeloma vaccinatie strategie ondersteund door een behandeling met immunomodulaire medicijnen (Imid's) zoals lenalidomide. Het effect van Imid's op de immuunsysteem van de myeloompatiënt zijn nog vrij onbekend. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • HENRI SCHOTS

Kinderen en jongeren met een chronische aandoening op school: van diagnose naar onderwijsleerenparticipatiebehoeften KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Jeugdgezondh

Onderzoekers: • Karel Hoppenbrouwers • Katja Petry • Ingeborg Van Trimpont

Bilaterale samenwerking in het kader van gezamenlijke doctoraatsprojecten_Bench fee i.h.k. van Joint PhD VUB- Aarhus University - Denmark, Liesbeth Bieghs Vrije Universiteit Brussel Abstract: Joint PhD overeenkomst voor Liesbeth Bieghs Organisaties: • Immunologie en Microbiologie


Het gastro-intestinale gedrag van fytosterolen en de enzymatische modificatie daarvan Universiteit Gent Abstract: Fytosterolen staan bekend om hun cholesterol verlagende werking. Dit effect wordt veroorzaakt doordat fytosterolen de opname van cholesterol verhinderen zonder zelf opgenomen te worden. Ze blijven in de darm aanwezig en komen uiteindelijk in het colon terecht. Dit onderzoek bestudeert het gedrag van fytosterolen in het colon. Daarnaast worden de fytosterolen enzymatisch gemodificeerd zodat ze nieuwe fysischchemische eigenschappen krijgen. Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit

Onderzoekers: • John Van Camp

Bepaling en exploitatie van de microbiële diversiteit en ecologie in de Middellandse Zee voor de remediatie van polluenten Universiteit Gent Abstract: Het doel van ULIXES is om de microbiële diversiteit in de Middellandse Zee te ontrafelen, catalogeren, exploiteren en managen om remediatie van gecontamineerde mariene sites te bekomen. In dit project wil men komen tot een verzameling van pure of gemengde microbiële culturen, enzymen, biosurfactantia en andere microbiële producten die kunnen gebruikt worden voor intense bioremediatie. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


HELIZOON: Helicobacter suis infectie: een opkomende zoönose gekenmerkt door maagproblemen Universiteit Gent Abstract: Helicobacter suis komt frequent voor in de maag van varkens. Het is de bedoeling van dit project om na te gaan wat het zoönotisch belang is van deze bacterie. Bovendien zal een specifieke serologische test op punt gesteld worden om infectie met deze kiem bij mensen aan te tonen.

Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten

Onderzoekers: • Richard Ducatelle • Freddy Haesebrouck • Kurt Houf • Frank Pasmans

European Training Network on (+)RNA virus replication and antiviral drug development. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie


Nieuwe massaspectrometrische benaderingen tot een hoge-doorvoer analyse van voedselveilige micro-organismen Universiteit Gent Abstract: Traditionele gefermenteerde levensmiddelen worden door de consument geapprecieerd omwille van hun organoleptische en gezondheidsbevorderende eigenschappen. In deze producten is het dikwijls onduidelijk welke micro-organismen verantwoordelijk zijn voor de kenmerkende eigenschappen. Onderhavig project beoogt de ontwikkelingen en validatie van een nieuwe MALDI-TOF massapectrometrie gesteunde strategie om dit microbiologisch potentieel sneller en efficiënter te analyseren, met het oog op de ontwikkeling van functionele starterculturen met toepassingsmogelijkheden in de voedingsindustrie. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Peter Vandamme

Virulentiefactoren van Helicobacter suis geassocieerd met cytoxiciteit, inhibitie van T-cel proliferatie en maagpathologie Universiteit Gent Abstract: De rol van het gamma-glutamyl transpeptidase van H. suis bij de inductie van celdood, het inhiberen van T-cel proliferatie en de inductie van maagpathologie zal nagegaan worden. Andere virulentiemechanismen die eveneens betrokken zijn bij gastheerceldood zullen eveneens onderzocht worden. Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten


Onderzoek naar de ontwikkeling van een PET fles met biologisch actieve barrière voor O2 en CO2 en aangepaste productiemethode hiervoor. Universiteit Gent Abstract: Het project heeft tot doel een multilayer PET fles te creëren via de innovatieve methode van koude vloeibare injectie en die gebruik maakt van actief metaboliserende sporen om een barrière te creëren die gedurende 9 maand een maximale toename van 1 ppm zuurstof (O2) en een maximaal verlies van 15% CO2 toelaat. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit

Onderzoekers: • Frank Devlieghere • Marjan De Mey

Interne overdracht voor Dhr. Song Xu en Kim De Veirman. Vrije Universiteit Brussel Abstract: De verschillende fondsen kennen gelden toe op basis van een project dat door de onderzoeker wordt ingediend en dat meestal wordt beoordeeld met behulp van externe reviewers. Dat zijn specialisten in het vakgebied van het project en zij worden door het desbetreffende onderzoeksfonds aangeduid. Omdat elk onderzoeksfonds zijn eigen klemtonen en objectieven heeft, dient een project bovendien strategisch opgesteld te worden zodat het hierin past. Dit vergt een zekere ervaring bij de onderzoekers. Gelet op deze struikelblokken en de slaagkans die bij de meeste fondsen niet zeer hoog ligt omwille van het beperkt aantal mogelijkheden tot fondsenwerving en de competitie met andere diensten en instellingen, is het niet altijd gemakkelijk voor de artsen en wetenschappers om naast hun dagelijkse taken in het ziekenhuis nog de tijd en motivatie te vinden om projecten op te stellen. Om deze inspanningen zoveel mogelijk te ondersteunen en het voeren van meer onderzoek te stimuleren heeft het UZ Brussel in de voorbije jaren een aantal initiatieven genomen. Zo werd reeds in 1999 een intern onderzoeksfonds, het Wetenschappelijk Fonds Willy Gepts (WFWG), opgericht dat aan iedereen de kans biedt om een studie op te starten, inclusief jonge onderzoekers met een beperkte ervaring in het schrijven van projecten alsook mensen die in een vakgebied werken waarvoor fondsenwerving moeilijk is. De beoordeling van deze projecten gebeurt via externe reviewers. Organisaties: • Immunologie en Microbiologie

Onderzoekers: • Ivan VAN RIET

Study on the mechanisms of association between Pseudomonas stutzeri A15and rice roots KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Thi Khanh Van Pham

Ontwikkeling van een 'Rapid Point-of-Care testplatform' voor infectieziekten (RAPP-ID). Universiteit Antwerpen Abstract: RAPP-ID is een 5 jaar durend Europees project met 10 academische en 9 industriële partners (4 KMO's en 5 grote farmaceutische ondernemingen) dat ondersteund wordt door de Europese Commissie via IMI-JU financiering. Dit project heeft als doel een testplatform te ontwikkelen dat een snelle diagnose van de aanwezigheid en de oorzaak van een bacteriële, virale of fungale infectie kan bewerkstelligen. Bovendien zal bijkomende informatie worden bekomen over de resistentie tegen antibiotica in geval van een bacteriële infectie. In tegenstelling tot de huidige diagnostische testen, die enkele dagen kunnen duren, zal een snelle diagnostische test (in de ziekenhuissetting binnen de 2 uur en bij de huisarts binnen een half uur) leiden tot een gerichte behandeling en correcter gebruik van antibiotica. Hiertoe worden binnen RAPP-ID de modernste biotechnologische en biochemische technieken gecombineerd met ultragevoelige detectie-technologieën. RAPP-ID focust op bloedstroominfecties, lage luchtweginfecties en tuberculose. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Development of a generic platform for the production of speciality carbohydrates (Type 3) Universiteit Gent Abstract: Het doel van dit project is het verzamelen van information om een recent ingediende patent aanvraag te ondersteunen en recent behaalde wetenschappelijke resultaten te valorizeren. Dit patent ebschermt een technologie dat in vivo accumulatie van geactiveerde suikers toelaat. Deze geactiveerde suikers vormen precursoren van een brede range van economisch interessante speciale suikers. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


BRIO: Banking Rhizosphere Micro-Organisms, European-Russion initiative to set up a network of rhizophere microbiological resource centres Universiteit Gent Abstract: De doelstellingen van dit project zijn het organiseren van samenwerking tussen gespecializeerde collecties van micro-organismen uit de rhizosfeer afkomstig en het samenstellen van een pool van micro-organismen, exploiteerbaar voor onderzoek en industrie: Pan-European Rhizosphere resources network (PERN). Deze samenwerking tussen collecties met materiaal uit West-Europese en Oost-Europese ecosystemen zal leiden tot een gecoördineerd netwerk van menselijke expertise en microbiële culturen. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Anne Willems

Translationaal onderzoek van anti-bacteriologische weerstand en in de omgeving opgelopen infecties in Europa (TRACE). Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds ESF. UA levert aan ESF de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Een beter begrip van de immuun-afweermechanismen van Mycobacterium bovis Bacille Calmette Guerin (M. bovis BCG) om een echt beschermend tuberculose (TB)-vaccin te genereren. Universiteit Gent Abstract: We bestuderen het immunomodulatorische werkingsmechanisme van een fosfatase gesecreteerd door pathogene Mycobacteria, en de geattenueerde vaccin-stam M. bovis BCG. Uitschakeling ervan in BCG leidt tot een vaccin dat in proefdieren aanleiding geeft tot verlengde protectie tegen lethale TB infectie. Deze mutatie zal ook gecombineerd worden met verdere BCG-verbeterende manipulaties om synergisme na te gaan naar een sterk verbeterd TB vaccin. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Nico Callewaert

De associatie van de voedselpathogeen Campylobacter jejuni met vrijlevende protozoa: het ontrafelen van celbiologische en moleculaire mechanismen betrokken bij hun interactie. Universiteit Gent Abstract: Campylaobacter jejuni associeert met vrijlevende protozoa, waardoor overleving onder ongunstige condities, verspreiding in de omgeving en introductie in nieuwe leefmilieus vergemakkelijkt wordt. In dit project worden celbiologische en moleculair-genomische technieken gebruikt om interactiemechanismen tussen C. jejuni en de modelprotozoa Acanthamoeba te ontrafelen. De invloed van de passage door protozoa op het genetische profiel en de virulentie van Campylobacter worden onderzocht. Organisaties: • Vakgroep Veterinaire volksgezondheid en voedselveiligheid

Onderzoekers: • Kurt Houf

Het effect van omgevingsstress op lineage sorting en de populatie genetische structuur van sleuteltaxa in fytoplanktongemeenschappen Universiteit Gent Abstract: Dit project beoogt een bijdrage te leveren tot een beter begrip van het belang van de populatiegenetische diversiteit en ecofysiologische differentiatie tussen en binnen soorten voor het voorspellen van (i) de resistentie van fytoplanktonpopulaties voor veranderingen in het milieu en (ii) potentiële veranderingen in de gemeenschapsstructuur van aquatische ecosystemen ten gevolge van klimaatveranderingen en eutrofiëring.

Organisaties: • Vakgroep Biologie


Role of superantigens in fungal airway disease Universiteit Gent Abstract: Fungal airway diseases are chronic eosinophilic mucosal inflammatory disorders driven by hypersensitivity responses to extramucosal fungi extracts1. Staphylococcus aureus, a prodigious superantigen producer, is commonly cultured from fungal sinus surgeries1,2. Although the role of superantigens in chronic rhinosinusitis has recently been recognized3,4, similar immunological mechanisms in fungal airway disease need to be explored1,5-7. Superantigens as a cofactor in fungal disease immunopathogenesis will open new horizons in treatment. References: 1.Schubert MS.A superantigen hypothesis for the pathogenesis of chronic hypertrophic rhinosinusitis, allergic fungal sinusitis, and related disorders. Ann Allergy Asthma Immunol. 2001 Sep;87(3):181-8. 2.Bachert C, Gevaert P, van Cauwenberge P.Staphylococcus aureus superantigens and airway disease. Curr Allergy Asthma Rep. 2002 May;2(3):252-8. 3.Zhang N, G Holtappels, P Gevaert, J Patou, Dhaliwal B, Gould H, C Bachert. Mucosal tissue polyclonal IgE is functional in response to allergen and SEB. Allergy 2010;66:141-8 4.Bachert C, Nan Zhang, Gabriele Holtappels, Lizzi De Lobel, Kristel van Steen. Differentiation of upper airway inflammation based on T effector cell subtypes and impact of Staphylococcus aureus enterotoxins on asthma co-morbidity. JACI 2010;126:962-8 5.Douglas R, Bruhn M, Tan LW, Ooi E, Psaltis A, Wormald PJ.Response of peripheral blood lymphocytes to fungal extracts and staphylococcal superantigen B in chronic rhinosinusitis. Laryngoscope. 2007 Mar;117(3):411-4. 6.Corriveau MN, Zhang N, Holtappels G, Van Roy N, Bachert C. Detection of Staphylococcus aureus in Nasal Tissue with Peptide Nucleic Acid ? Fluorescence In Situ Hybridization. Am J Rhinol Allergy 2009;23:461-465 7.Foreman A, G Holtappels, AJ Psaltis, J Jervis-Bardy, J Field, PJ Wormald, C Bachert. Adaptive immune responses in Staphylococcus aureus biofilm associated chronic rhinosinusitis. Allergy 2011 Organisaties: • Vakgroep Neus-, Keel-, Oorheelkunde en Logopedische-audiologische Wetenschappen

Onderzoekers: • Claus Bachert

onderbreking van transmissie van poliovirus in het eindstadium van poliovirus uitroeiing en erna, gebruik makend van recombinante antibody-derived proteins als antivirale geneesmiddelen Vrije Universiteit Brussel Abstract: onderbreking van transmissie van poliovirus in het eindstadium van poliovirus uitroeiing en erna, gebruik makend van recombinante antibody-derived proteins als antivirale geneesmiddelen Organisaties: • Toegepaste Biologische Wetenschappen • Farmaceutische Biotechnologie en Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • SERGE MUYLDERMANS • BARTHOLOMEUS ROMBAUT

Gecontroleerde gistfermentaties voor productie van gefermenteerde dranken Hogeschool Gent Abstract: Innovaties in de fermentatie-industrie kunnen dienen om kosten, tijd en energie te besparen. Afhankelijk van het doel betekent dit streven naar beperken van de fermentatie en korter en/of geconcentreerder fermenteren (high gravity brewing). Dit heeft een sterke weerslag op de industriële entgist. De gist die voor de klassieke fermentaties gebruikt wordt, is niet vanzelfsprekend geschikt voor de nieuwe fermentaties. Beperkte tekortkomingen van de gist door ouderdom en onvoldoende hoge viabiliteit en vitaliteit kunnen al noodlottig zijn voor het verloop van de nieuwe fermentatie en de kwaliteit van het eindproduct. Voor sommige industrieën zoals de brouwerijen is een andere gist gebruiken voor de nieuwe fermentaties geen optie omdat dit een onvoorspelbaar effect zal hebben op de organoleptische eigenschappen van het latere bier. Het enige bruikbare alternatief is dan de gist optimaal voorbereiden en/of oogsten. In de literatuur is gefragmenteerde informatie terug te vinden over hoe dit kan gebeuren. Een algemeen bruikbare strategie voor gist voor nieuwe industriële fermentaties is niet voor handen. Door casestudies uit te voeren met best practice brouwerijen zal vastgelegd worden: hoe gist voor beperkte nagisting best gepropageerd of geoogst wordt, hoe gist moet gepropageerd worden voor korte en high gravity brewing fermentatie, hoe geoogste en/of bewaarde gist nog bruikbaar is voor korte fermentatie en high gravity brewing fermentatie, wat de mogelijkheden zijn van commerciële gedroogde gist voor nieuwe fermentaties. De resultaten zullen gevaloriseerd worden voor brouwerijen en verwante fermentatie-industrieën zoals gistproducenten, graanalcohol- en bioalcoholstokerijen. Organisaties: • Departement Toegepaste Ingenieurswetenschappen • Departement Technologie • Vakgroep Chemie • Vakgroep Chemie

Onderzoekers: • Dana Vanderputten • Anita Van Landschoot

Impact van de genoomvariaties, de epidemiologie en de immunologie van het Puumalavirus op het ziektebeeld van hantavirussen KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Marc Van Ranst • Piet Maes • Valentijn Vergote

Een drug discovery met specifieke focus op tropische protozoa (leishmaniasis, malaria, slaapziekte en ziekte van Chagas) en mycotische infecties (gisten, dermatofyten en schimmels). Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project kadert in een onderzoeksopdracht tussen enerzijds UA en anderzijds DNDI. UA levert aan DNDI de onderzoeksresultaten genoemd in de titel van het project onder de voorwaarden zoals vastgelegd in voorliggend contract. Organisaties: • Laboratorium voor Microbiologie, Parasitologie en Hygiëne (LMPH)


Kinetische beschrijving van de vorming van procesgeïnduceerde contaminanten in plantgebaseerde levensmiddelen. KU Leuven Abstract: Door langzaam verschuivende consumentenverwachtingen en nieuwe technologische ontwikkelingen zijn de levensmiddelenindustrie en onderzoekers steeds op zoek naar nieuwe mogelijke manieren voor de behandeling van levensmiddelen. Deze innovatieve behandelingstechnieken kunnen echter geen echte alternatieven betekenen zolang hun effecten op zowel de veiligheid als de kwaliteit van levensmiddelen voldoende zijn aangetoond.Het doel van dit project is om op een kwantitatieve manier de vorming van procesgeïnduceerde contaminanten te beschrijven in plantgebaseerde levensmiddelen. Afhankelijk van het type en de intensiteit van de toegepaste behandelingstechniek kan de vorming van bepaalde componenten immers leiden tot serieuze gezondheidsrisico's en aanzienlijke kwaliteitsverliezen. Eenmathematisch model dat de vorming van zulke componenten beschrijft in functie van de procesparameters kan een hulpmiddel zijn voor de levensmiddelenindustrie bij problemen van procesontwerp en -optimalisatie. Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Ann Van Loey • Tara Grauwet • Stijn Palmers

Selectie van een optimale microbiële startercultuur voor cacaofermentaties KU Leuven Abstract: Dit doctoraatsproject heeft als doel het isoleren, selecteren en op natuurlijke wijze verbeteren van zowel Saccharomyces als nietSaccharomyces giststammen, met als doel een optimale microbiële startercultuur voor de productie van chocolade te ontwikkelen. De nadruk van het project ligt specifiek op een startercultuur die zorgt voor een efficiënte fermentatie waarbij tevens specifieke aromastoffen geproduceerd worden. Deze laten toe om speciale, hoogstaande chocolade te produceren. Daarom zal de fermentatie-efficiëntie en de aromaproductie van honderden verschillende gisten bepaald worden. Om deze karakteristieken verder te optimaliseren, worden de beste natuurlijke gisten verder geoptimaliseerd door kruising en evolutionaire engineering. In een derde fase worden gecontroleerde fermentaties op semi-industriële schaal uitgevoerd, waarna ookchocolade gemaakt wordt om het effect van de starterculturen te bepalen. Dit onderzoek vormt de basis voor nieuwe ontwikkelingen in de chocolade-indu Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Kevin Verstrepen • Esther Meersman

Validatie van nieuwe cellulaire cofactoren voor retrovirale, nucleaire import en integratie KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Moleculaire Virologie en Gentherapie

Onderzoekers: • Zeger Debyser • Jan De Rijck • Caroline Weydert

Interactomics analysis of the replication of Flaviviridae: in search ofnovel drugable targets KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Johan Neyts • Jan Paeshuyse • Mareike Grabner

Onderzoek naar de rol van de HIV enveloppe glycanen in de virale infectie en de antivrale activiteit van suiker-bindende moleculen. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Jan Balzarini • Dominique Schols • Leen Mathys

Getting more out wheat: revisiting wheat fractionation processes KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract

Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Jan Delcour • Niels De Brier

Studie naar de specifieke rol van eiwit- en eigeelproteïnen in de cakebereiding KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Jan Delcour • Kristof Brijs • Lomme Deleu

Ontwikkeling en implementatie van digitale microfluïdica voor de gedetailleerde hoge-doorvoer analyse van gestresseerde bacteriële populaties KU Leuven Abstract: De fysiologie van micro-organismen wordt steeds meer op het niveau van de individuele cel (i.e. single-cell) bestudeerd. Om deze resolutie te kunnen bereiken, wordt vaak gebruik gemaakt van fluorescente merkers die op een uiterst gevoelige, selectieve en niet-invasieve manier de detectie van specifieke intracellulaire structuren en processen mogelijk maken. Wanneer deze merkers nu gecombineerd worden met de opkomende technologie van time-lapse fluorescentiemicroscopie (TLFM), dan wordt informatie verkregen over zowel (i) de lokalisatie (spatiale resolutie) van het fluorescentiesignaal in de cel als (ii) de verdere evolutie (zowel wat betreft intensiteit als lokalisatie) ervan in de tijd (temporele resolutie) en dit op single-cell niveau. Een belangrijk obstakel bij het uitbuiten van deze nieuwe experimentele en analytische mogelijkheden, wordt gevormd door het gebrek aan technologie waarmee grote aantallen van cellen onder de microscoop geïncubeerd en gemanipuleerd kunnen worden.De doe Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Abram Aertsen • Ioannis Passaris

Een nieuwe aanpak om genetische mechanismen te identificeren die aan debasis liggen van het complexe multidrug toleerante fenotype en onderzoek naar de evolutie van dit fenotype. KU Leuven Abstract: Persistors zijn uitzonderlijke cellen in een bacteriële populatie en maken slechts een fractie uit van de totale cultuur. Ze groeien niet maar zijn ook niet dood. Deze zombietoestand zorgt ervoor dat ze antibioticumbehandeling kunnen overleven en terug een populatie kunnen opbouwen na de behandeling die dezelfde fractie persistors herbergt. Deze cellen zijnde oorzaak van het hervallen van chronische ziekten zoals tuberculose en blaasontstekingen. In staat om rampen te overleven, kunnen deze cellenbeschouwd worden als een vorm van levensverzekering voor de populatie. Ondanks dat persistentie reeds lange tijd gekend is, zijn de onderliggende mechanismen voor de vorming van een dergelijke subpopulatie slecht gekend. In dit project zal getracht worden om deze mechanismen en de hierin betrokken belangrijke genen te identificeren en de evolutie door selectie te bestuderen. Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jan Michiels • Bram Van den Bergh

Studie van het antifungaal werkingsmechanisme van het plantdefensine RsAFP2 uit radijs en ontwikkeling van een RsAFP2-gebaseerde sensor voor schimmel- en gistdetectie. KU Leuven Abstract: Schimmelpathogenen, zoals Aspergillus fumigatus, Candida albicans en C. glabrata, kunnen invasieve infecties veroorzaken bij de mens. Deze infecties komen vooral voor bij gehospitaliseerde patiënten die kampen met hematologische maligniteiten (33%),orgaantransplantaties (22,9%), AIDS (acquired immunodeficiency syndrome, 19,7%), kanker (4,8%) en andere ziektebeelden (3,5%). De hoge mortaliteitsgraad geassocieerd met aspergillose en candidose (30-40%) is het resultaat van verschillende factoren, waaronder de aard van de onderliggende ziekte, het infecterend micro-organisme en de tijd en keuze van antifungale behandeling, die specifiek gericht moet zijn tegen de pathogeen. Zo worden vooral fluconazole en voriconazole frequent gebruikt als therapie bij infecties veroorzaakt door Candida spp. en Aspergillus spp., respectievelijk. Tot op heden wordt gebruik gemaakt van traditionele schimmel- en gistculturen voor de diagnose van fungale infecties. Groei van deze pathogenen kan worden gedetect Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Bruno Cammue • Kim Vriens

De interactie tussen gist en brooddeeg KU Leuven Abstract: Fermentatie en het maken van brood zijn processen zo oud als de beschaving. Al ver voordat we enige kennis omtrent het bestaan van micro-organismen hadden, werden gist en biotechnologie onderdeel van het menselijk bestaan. Vandaag de dag is fermentatie nog steeds een belangrijk onderdeel van ons leven, echter we hebben inmiddels een groot inzicht in dit proces verworven en we leren nog steeds veel bij over hoe het te controleren en aan te passen aan onze behoeften en smaak.Het gedrag van gistcellen tijdens industriële processen zoals de productie van bier, wijn en bio-ethanol is reeds intensief bestudeerd. Echter, onze kennis van de gistfysiologie tijdens solid state processen, zoals de fermentatie van brooddeeg, kaas of cacao, is beperkt. In deze studie hebben wij veranderingen in het transcriptoom van drie genetisch verschillende Saccharomyces cerevisiae stammen tijdens de fermentatie van brooddeeg onderzocht. Onze resultaten tonen aan dat, ongeacht de genetische achtergrond, alle dr Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers:

• Kevin Verstrepen • Elham Aslankoohi

In search for new effective anti-Salmonella treatments using a systems biology approach KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Microbiële en Plantengenetica

Onderzoekers: • Jozef Vanderleyden • Hans Steenackers • Anna Elizabeth Johanna Yssel

Process structure function relations of pectin in plant based food systems KU Leuven Abstract: Samenvatting onderzoek Recente studies tonen aan dat de biotoegankelijkheid van bepaalde nutriënten, en in het bijzonder van lipofiele micronutriënten, in levensmiddelen sterk beïnvloed worden door de microstructuur van het levensmiddelen die op zijn beurt sterk beïnvloed wordt door procesvoering (Parada & Aguilera, 2007). In fruit- en groentegebaseerde levensmiddelen zijn wijzigen in de microstructuur dikwijls gerelateerd aan wijzigingen in de structuur van pectine, een belangrijk polymeer aanwezig in de plantencelwand. Chemische en/of enzymatische wijzigingen in de pectinestructuur, die resulteren in wijzigingen van de structuur/textuurkwaliteit van fruit- en groentegebaseerde matrices, kunnen optreden tijdens procesvoering. Vermits lipofiele micronutriënten gelokaliseerd zijn binnenin de plantencel (en celorganellen), kunnen dergelijke wijzigen de biotoegankelijkheid van micronutriënten gunstig beïnvloeden (Parada & Aguilera, 2007). Om hoogkwalitatieve, verwerkte producten t Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Marc Hendrickx • Zahra Jamsazzadeh Kermani

Opschaling van de hoogwaardige opzuivering van hydrofobine HFBII van Trichoderma reesei voor gebruik in koolzuurhoudende dranken: Gedrag van de hydrofobe patch KU Leuven Abstract: Hydrofobines zijn een familie van eiwitten met een laag moleculair gewicht die vier intra-moleculaire disulfide bruggen bevatten en voorzien zijn van een buitengewone hydrofobe patch. Onder typische omstandigheden kan deze patch interageren met gasvormig CO2 en in gecarbonateerde dranken zoals bier een sleutelrol in de vorming van stabiele CO2 nanobellen spelen; deze zijn dan omgeven door een elastisch membraan. Deze nanobellen liggen aan de basis van het fenomeen van primaire gushing in zulke dranken. Hydrofobines vertonen sterke oppervlakte-actieve eigenschappen en vinden mogelijke toepassingen in tal van wetenschappelijke en technologische domeinen. Zo kunnen ze gebruikt worden als biosurfactant en als stabilisator voor specifieke verbindingen zoals geur- en smaakstoffen in de aroma- en drankenindustrie en voor medicinale verbindingen in de farmaceutische industrie. De toepassing van deze eiwitten vereist echter hun grootschalige productie en zuivering. Afhankelijk van de aard v Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Guy Derdelinckx • Mohammadreza Khalesi

Mechanisme en gevolg van stress-geïnduceerde proteïneaggregatie in een prokaryoot modelsysteem. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Abram Aertsen • Sander Govers

Quality Evolution during Ambient Storage of Heat Treated Orange / MangoJuice KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Ann Van Loey • Wibowo Scheling

Processing, food (micro)structure and physical functionality of mango-based juices KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Centr. Levensmidd.- & Microb. Technol.

Onderzoekers: • Ann Van Loey • N. N.

LEDGF/p75 als nieuw doelwit voor de behandeling van acute leukemie. KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Moleculaire Virologie en Gentherapie

Onderzoekers: • Zeger Debyser • Jan De Rijck

• Katerina Cermakova

Identificatie van de eigenschappen en moleculaire mechanismen van de antivirale activiteit van nieuwe poliovirus replicatie remmers KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Johan Neyts • Aloys Tijsma

Karakterisering van het primase DnaG van Staphylococcus aureus, een potentieel doelwit voor nieuwe antibiotica. KU Leuven Abstract: De toenemende resistentie van bacteriën voor antibiotica is een grote uitdaging voor de gezondheidszorg. Infecties veroorzaakt door (multi)resistente pathogenen veroorzaken nog steeds ernstig ziekteleed en sterfte. Een groot deel van deze bacteriële infecties wordt veroorzaakt door methicilline-resistente vormen van Staphylococcus aureus (S. aureus) (MRSA). Ondanks de grote impact op de volksgezondheid zijn er de laatste jaren weinig nieuwe antibiotica op de markt gekomen. In ditproject zullen we daarom het primase DnaG van S. aureus beschouwenals een mogelijk doelwit waartegen nieuwe antibiotica kunnen worden ontwikkeld. Omdat de zoektocht naar het moleculair doelwit bij de whole-cell screening-methode in het antibiotica-onderzoek erg moeilijk is, en omdat langs de andere kant veel hits die via de high-throughput screeningmethode (HTS) worden gevonden geen antibacteriële activiteit hebben, zullen we in het eerste deel van dit project een DnaG-knockdownstam aanmaken waarbij genomisch Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Johan Van Lint • Kenneth Segers • Mathias Cobbaut

Ontwikkeling van antivirale strategieën tegen het hepatitis E virus. KU Leuven Abstract: Acute virale hepatitis is een ontsteking van de lever die veroorzaakt wordt door een infectie met een virus. Zo'n infectie veroorzaakt een typische geelzucht en verder ook vermoeidheid, misselijkheid,... Hepatitis Avirus en hepatitis E virus zijn de voornaamste oorzaken van een dergelijke virale hepatitis.Hoewel er een vaccin beschikbaar is tegen hepatitis A, komen er nog regelmatig uitbraken voor en bij bepaalde personen kan dit tot ernstige ziekte leiden. Momenteel zijn er echter geen geneesmiddelen beschikbaar voor de behandeling van hepatitis A. Dergelijke geneesmiddelen zouden erg nuttig zijn om uitbraken in te perken en om ernstig zieke patiënten te behandelen. Om de ontwikkeling van nieuwe geneesmiddelen mogelijk te maken, heb ik enkele methoden ontwikkeld waarmeede antivirale activiteit van chemische moleculen getest kan worden in het labo. Hiermee kunnen grote bibliotheken van molecules getest worden om zo tot een kandidaat-geneesmiddel te komen.Hepatitis E virus veroorzaakt v Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Johan Neyts • Yannick Debing

Towards potent inhibitors of protease of varius RNA viruses KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Virologie en Chemotherapie

Onderzoekers: • Johan Neyts • Joanna Zmurko

Donorleeftijd en versnelde veroudering van transplantnieren KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Laboratorium Nefrologie

Onderzoekers: • Evelyne Lerut • Dirk Kuypers • Maarten Naesens • Katrien De Vusser

Understanding the pathogenesis and clinical presentation of human T-lymphotropic virus 1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis in Peru using data mining techniques KU Leuven Abstract: Geen Nederlandstalig Abstract Organisaties: • Klinische & Epidemiologische Virologie

Onderzoekers: • Anne-Mieke Vandamme • Carolina Alvarez Mejia

Een kwantitatieve analyse van varicella-zoster virus infectie: van immunologie tot epidemiologie. Universiteit Antwerpen Abstract: Dit project betreft fundamenteel kennisgrensverleggend onderzoek gefinancierd door het Fonds voor Wetenschappelijk OnderzoekVlaanderen. Het project werd betoelaagd na selectie door het bevoegde FWO-expertpanel.

Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)

Onderzoekers: • Pierre Van Damme • Philippe Beutels • Vigor F I Van Tendeloo • Benson Ogunjimi

Onderzoek in het domein van de medische microbiologie. Universiteit Antwerpen Abstract: Het onderzoek van Surbhi Malhotra heeft zich gericht op de moleculaire epidemiologie en de genetica van resistentie tegen antibiotica in orale streptokokken. Door toepassing van moleculair biologische technieken op de orofaryngeale streptokokken flora in gezonde individuen als model, heeft ze aangetoond dat antibioticagebruik de belangrijkste aandrijver is van antibioticaresistentie in vivo, dat antibiotica die tot dezelfde klasse behoren sterk kunnen verschillen met betrekking tot de selectie van resistentiegenen, en dat het verschil in dominantie van bepaalde resistentiegenen in geografisch verscheiden gebieden mogelijk gekoppeld kan worden aan het preferentiële gebruik van specifieke antibiotica subklassen. Haar huidige onderzoeksinteresse omvat het bestuderen van de impact van antibioticagebruik op de naso-orofaryngeale en intestinale microflora, mechanismen van biofilmvorming, bacteriële pathogenetische mechanismen, en het ontwikkelen van snelle diagnostische testen voor de verwekkers van gemeenschaps- of hospitaal-verworven infecties. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Resistentie in gram-negatieve organismen: studie van interventie strategieën (R-GNOSIS). Universiteit Antwerpen Abstract: R-GNOSIS (2011-2015) combineert vijf internationale klinische interventiestudies, allen ondersteund door zeer innovatieve microbiologie en wiskundige modellering, dit om - in de meest relevante patiëntenpopulaties - de werkzaamheid en effect van eindpunt interventies vast te stellen om bloodstelling, dragerschap, besmetting en verspreiding van multiresistente Gram-negatieve bacteriën (MDR-GNB) te reduceren. Alle klinische werkpakketten (WP), zullen de wetenschap voorbij the state-of –the –art brengen in het genereren van nieuwe en translationeel klinisch relevante kennis, via hypothese-gedreven onderzoek met een focus op de patiënt gerichte resultaten die belangrijk zijn voor de mensen in Europa en daarbuiten. De studies en analyses voorgesteld in R-GNOSIS zullen een stap voorwaarts zijn in het identificeren van evidence-based preventieve maatregelen en klinische richtlijnen voor de eerste lijn en artsen gekoppeld aan een ziekenhuis alsook voor gezondheidszorg autoriteiten, om de verspreiding en impact van de strijd ongekende stijging van infecties veroorzaakt door de MDR-GNB in Europa. De Universiteit Antwerpen (UA) leidt het werkpakket betreffende ;'Functionele microbiologie en binnen-gastheer transmissie dynamiek van genen, plasmiden en klonen van MDR-GNB;. Hier passen we een bedside-to-bench;translationele benadering toe om de impact van antibiotica en darmen dekolonisatie bij MDR-GNB pathogenen en commensalen in de gemeenschap of het ziekenhuis door gebruik te maken van state-of-the-art microbiologische toepassingen. Onze geavanceerde in-vitro-analyses om resistentiegenoverdracht, de ecologie en evolutie van resistentie te onderzoeken zal ook baanbrekend modelstudies ondersteunen. De resultaten van de geplande diagnostische interventies zullen een revolutie veroorzaken binnen de huidige screeningpraktijken voor MDR-GNBs in ziekenhuizen en de invoering van het gebruik van point-of-care testen (POCTs) in de eerste lijn. Organisaties: • Instituut voor Vaccin-en Infectieziekten (VAXINFECTIO)


Opsporen van influenza A virus quasi-species evolutie in de immune gastheer met behulp van kwantitatieve geavanceerde sequentie-analyse Universiteit Gent Abstract: De quasi-species evolutie van influenza A virussen in naïeve en immune gastheren zal vergeleken worden door gebruik te maken van kwantitatieve geavanceerde sequentie-analyse. De bekomen ontsnappingsmutaties zullen hierbij gekarakteriseerd worden in termen van fitheid, competitief voordeel en stabiliteit. Dit zal een gedetailleerd inzicht bieden in de complexe dynamische natuur van de influenza A virus quasi-species diversiteit onder verschillende immune selectiedrukken. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie


Een fosfo-proteoom analyse van de gastheer-Respiratoir syncitieel virus interactie Universiteit Gent Abstract: Respiratoir syncitieel virus (RSV) is de belangrijkste oorzaak van ernstige respiratoire ziekte in jonge kinderen. Er is geen vaccin beschikbaar en het enige therapeutische geneesmiddel is een gehumaniseerd monoclonaal antilichaam. Het doel is het karakteriseren van gastcel kinase-afhankelijke signalisatie cascades die geactiveerd en gebruikt worden door RSV, die interessant kunnen zijn voor de ontwikkeling van nieuwe geneesmiddelen. Organisaties: • Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie

Onderzoekers: • Xavier Saelens • Bert Schepens

De rol van Nef in HIV-1 transmissie tussen dendritische cellen en T cellen Universiteit Gent Abstract: De rol van Nef in de transmissie van HIV van dendritische cellen naar T cellen zal onderzocht worden met cel- en weefselkweek (vaginaal weefsel explanten). Hierbij zal de vorming van virale synapsen en de dynamiek van het cytoskelet bestudeerd worden in infectie met wildtype en nef-gemuteerde HIV reportervirussen. Organisaties: • Vakgroep Klinische biologie, microbiologie en immunologie


Optimalisatie van bestrijding van infecties met intestinale brachyspiren bij varkens Universiteit Gent Abstract: Brachyspira infecties worden in toenemende mate geassocieerd met darmaandoeningen bij varkens. Bestrijding van deze infecties is problematisch. In dit project zullen duurzame bestrijdingsmaatregelen ontwikkeld worden die moeten leiden tot een significante reductie van de hoeveelheden gebruikte antimicrobiële middelen Organisaties: • Vakgroep Pathologie, bacteriologie en pluimveeziekten


Biosurfing: New-to-nature biosurfactants door metabolic engineering: productie en toepassing Universiteit Gent Abstract: Het project beoogt de biotechnologische productie van new-to-nature en tailor-made glycolipide biosurfactantia. Het project wil tegen de achtergrond van een groeiende ecologische bewustwording het aanbod van interessante biologische surfactantia verbreden, verder modificeren en aanpassen aan de noden van de markt zodanig dat het toepassingsdomein van deze interessante moleculen verder uitgebreid kan worden. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie

Onderzoekers: • Wim Soetaert • Bart Devreese

Humane en zonoötische infecties van worminfecties in Zuidelijk India Universiteit Gent Abstract: Worminfecties zijn de meest voorkomende aandoeningen in de tropen. De impact can deze infecties is vooral uitgesproken bij kinderen waar ze een groeien leerachterstand veroorzaken. Hoewel dieren een mogelijke bron zijn voor humane infecties in dit onvoldoende bestudeerd. In dit onderzoeksproject wordt onderzocht in welke mate dieren belangrijk zijn in de transmissie van worminfecties bij schoolkinderen in India. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie

Onderzoekers: • Jozef Vercruysse

Ontwikkeling van innovatieve strategieën gebaseerd op quorum sensing inhibitie voor de behandeling en preventie van infecties gerelateerd aan medische materialen Universiteit Gent Abstract: Microorganismen in biofilms zijn resistenter tegen antibiotica. Dit bemoeilijkt behandeling van biofilm-gerelateerde infecties. Bacteriële celcommunicatie (quorum sensing, QS) kan een rol spelen in resistentie. Het doel is het ontwikkelen van biomaterialen beladen met QS inhibitoren en evalueren van hun effect op microbiële adhesie en antibiotica-gevoeligheid. Deze therapie zal ook geëvalueerd worden voor de behandeling van chronische wond en respiratoire infecties. Organisaties: • Vakgroep Farmaceutische analyse


Transitiemanagement van bacteriële en archaeale nitrificatie Universiteit Gent Abstract: Recent werd ontdekt dat naast ammonium-oxiderende bacteriën (AOB), ook ammonium-oxiderende archaea (AOA) een rol spelen in nitrificatie. Hoewel AOA eigenschappen bezitten waardoor ze beter geschikt zouden zijn voor bepaalde toepassingen dan de AOB, zijn deze nog niet onderzocht. In dit project zullen grenswaarden van de fysico-chemische AOA-promotoren/AOB-onderdrukkers worden geïndentificeerd om de transitie van bacteriële naar archaeale nitrificatie te verwezenlijken in een zandfilter. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Denitrificatie in Firmicutes als model voor het 'ecologische coherentie' principe in bodemfunctionering Universiteit Gent Abstract: Het recent voorgestelde ?ecologische coherentie principe? stelt dat bacteriën in verschillende hogere taxa specifieke ecologische eigenschappen delen, en dus verschillend kunnen beinvloed worden door varierende omgevingscondities. Gram-positieve denitrificerende bacteriën zullen in dit project gebruikt worden om dit principe af te toetsen. Indien correct, dan zal deze differentiële respons van denitrificerende bacteriën van verschillende phyla op landbouwmanagement een grote impact hebben op toekomstige N2O emissiemodellen en reductieprotocols. Organisaties: • Vakgroep Biochemie en Microbiologie

Onderzoekers: • Paul De Vos

Microbial Resource Management: voorspelling van de ecosysteem-functionaliteit van microbiele diversiteit analyse Universiteit Gent Abstract: Via een modelsysteem van de menselijke darm zullen we onderzoeken hoe microbiële gemeenschappen - gekenmerkt door verschillende structuren en functies - reageren onder veranderende omgevingsfactoren en biologische invasie. Uit deze informatie zullen we voorspellende ecologische modellen ontwikkelen. Verder zullen de verkregen resultaten gevalideerd worden door het werken met menselijke microbiotageassocieerde muismodellen die aan relevante fysiologische stressoren worden onderworpen. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Gericht wijzigen van mucosale darmbacteriën: een nieuw doel voor verbeterde ontwikkeling van functionele voeding

Universiteit Gent Abstract: Gedurende de evolutie kwam een fascinerende interactie tot stand tussen de mens en zijn darmbacteriën. Recente ecologische wijzigingen veranderden deze microbiële gemeenschap drastisch, wat in verband wordt gebracht met zwaarlijvigheid, ontstekingsziekten en allergieën. Om dergelijke ziekten te bestrijden, kan men functionele voeding consumeren. Dit onderzoeksproject zal ophelderen welke bacteriën door dergelijke voeding gewijzigd moeten worden ter hoogte van de darmwand. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie

Onderzoekers: • Tom Van de Wiele

Evolutie van microbiële gemeenschappen en functionele dynamica in anaerobe bioreactors voor de duurzame productie van groene energie Universiteit Gent Abstract: Dit project zal onderzoek verrichten naar de microbiële biodiversiteit in anaerobe vergisters en bioelektrische systemen, bioreactors die tot op heden vaak als een black box behandeld werden. Nieuwe ecologische principes, moleculaire technieken, mathematische ondersteuning en statistische verwerking zullen in dit project gecombineerd worden tot een krachtig tool om het verband tussen species diversiteit en functionele stabiliteit te achterhalen. Organisaties: • Vakgroep Biochemische en microbiele technologie


Identificatie van genen betrokken bij adhesie van Helicobacter heilmannii aan het maagslijmvlies Universiteit Gent Abstract: Helicobacter heilmannii koloniseert de maag van honden en katten die een bron van infectie kunnen zijn voor de mens. Het is nog niet geweten hoe deze bacterie de maag koloniseert en hoe het ziekte veroorzaakt. In dit project zullen H. heilmannii genen die betrokken zijn bij adhesie aan het maagslijmvlies geïdentificeerd worden en hun rol in pathogenese zal bepaald worden. Organisaties: • Vakgroep Geneesmiddelenleer


Ontwikkeling van een natuurlijk anti-microbieel systeem voor de voedingsindustrie Universiteit Gent Abstract: Met dit project beoogt Bienca de basiskennis en de toepassingskennis van zijn product SEA-i verder uit te bouwen zodat de markt voor dit product een beel breder deel van de voedingsindustrie kan beslaan. Het optimaliseren en verbreden van de antimicrobiële activiteit van dit lactoperoxidasesysteem (tegen bacteriën, gisten, schimmels) in functie van de voedingstoepassing en de gebruikte technologische processen moeten Bienca daartoe leiden Organisaties: • Vakgroep Voedselveiligheid en Voedselkwaliteit


Karakteristieke glycosylatiepatronen op het oppervlak van het porcien reproductief en respiratoir syndroom virus (PRRSV) en PRRSV-geïnfecteerde cellen en hun betrokkenheid in interacties met siaalzuurbindende lectines van het immuunsysteem Universiteit Gent Abstract: Het porcien reproductief en respiratoir syndroom virus (PRRSV) is een belangrijke pathogeen bij varkens. Het doel van dit onderzoeksproject is zowel de virus-gelinkte glycanen als de invloed van PRRSV infectie op cellulaire glycosylatie te onderzoeken. Verder zal ook de interactie van deze glycanen met siaalzuurbindende immuunsysteem lectines worden bekeken, aangezien deze vaak cruciaal zijn in regulatie van immuunresponsen. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie

Onderzoekers: • Hans Nauwynck

Mechanistische aspecten van poly-beta-hydroxybutyraat interferentie in gastheer-microbe interacties tijdens de larvale ontwikkeling van aquacultuurdieren Universiteit Gent Abstract: De bacteriële reservestof poly-beta-hydroxybutyraat (PHB) heeft een positief effect op de overleving, groei en bescherming van aquacultuur dieren. Er is nog niet geweten wat het mechanisme hierbij is. Het doel van dit onderzoek is het ophelderen van de precieze werking van PHB en de interactie ervan met de intestinale microbiota om het gebruik van PHB in de praktijk te kunnen optimaliseren. Organisaties: • Vakgroep Dierlijke productie

Onderzoekers: • Patrick Sorgeloos • Peter Bossier

Studie van de dynamiek en voorspellingswaarde van inflammatoire bloedmerkers in een acute Actinobacillus pleuropneumoniae longinfectie bij varkens. Universiteit Gent Abstract: Dit doctoraatsonderzoek kadert in een SBO project: "Early warning monitoring system for Prediction of disease Outcome and for design life Saving therapy in sepsis and inflammation" (EPOS) en omvat de realisatie van een infectiemodel in het varken met als doel de identificatie en kwantificatie van (anti) inflammatoire merkers in het serum die (de uitkomst van) infectie kunnen voorspellen. Organisaties: • Vakgroep Virologie, parasitologie en immunologie

Onderzoekers:

• Bruno Goddeeris • Koen Chiers

Onderzoeksprojecten (1-500 van 894)

Recommend Documents