TINJAUAN PUSTAKA Asal-usul Kuda Berdasarkan bukti-bukti fosil yang ada, evolusi dari Equidae dapat dilacak sejak zaman eocene pada 60 juta tahun yang lalu. Kuda modern saat ini berasal dari binatang kecil yang disebut oleh para ilmuwan sebagai Eohippus atau dawn horse. Pada tahun 1867 kerangka lengkap dari fosil Eohippus telah diketemukan dan kerangkanya telah disusun pada tahun 1931 di Big Horn Basin, Wyoming USA oleh palantaelog dari Institut Teknologi California untuk menggambarkan secara akurat bentuk dari dawn horse. Tahapan dari Evolusi kuda adalah (1) Eohippus, berdasarkan karakteristik jari, kuku, mata dan gigi para peneliti menyimpulkan bahwa Eohippus mempunyai habitat alami yang berasal dari hutan hujan tropis. Eohippus mempunyai tinggi 35 cm (25-50 cm) dengan berat 5.5 Kg, mempunyai empat jari kaki dan gigi geraham pendek yang sangat cocok untuk memakan tunas-tunas rumput (browsing), (2) Mesohippus, perkembangannya dimulai pada awal dan pertengahan dari zaman ologocene. Mesohippus mempunyai ukuran yang lebih besar dari Eohippus dengan tinggi 45 cm tetapi bentuk punggung yang hampir sama dengan Eohippus, kaki yang lebih panjang dengan tiga jari, gigi premolar dan incisor yang lebih kuat dan mampu memotong daun-daun yang lebih beragam. Perubahan panjang kaki pada Mesohippus merupakan adaptasi terhadap sistem pertahanan dengan cara pergerakan yang lebih cepat, (3) Miohippus, berkembang pada akhir Oligocene dan awal I, sekitar 15 juta tahun yang lalu. Miohippus mempunyai tinggi sekitar 60 cm dengan bentuk kaki dan gigi yang lebih berkembang dibandingkan dengan Mesohippus. Jumlah jari kakinya tiga dengan jari kaki bagian tengah yang lebih menonjol dan gigi seri yang lebih jelas, (4) Mercyhippus, perkembangannya dimulai pada pertengahan dan akhir Miocene. Mercyhippus mempunyai tinggi lebih dari 90 cm dengan jari tengah kaki yang semakin membesar, sedangkan kedua jari lainnya mengecil dan gigi seri semakin jelas yang menunjukan cocok digunakan untuk merumput. Mercyhippus mempunyai leher panjang yang memungkinkan untuk menggapai makanan dipermukaan juga membantu dalam meningkatkan jarak pandang, (5) Pliohippus, berkembang pada pertengahan periode Pleistocene
sekitar 6 juta tahun yang lalu. Pliohippus merupakan prototype dari Equus dan menggambarkan bentuk dari sebuah kuda modern dan menjadi yang pertama mempunyai persendian tulang yang sangat kuat dengan satu buah kuku. Pliohippus mempunyai tinggi sekitar 1.22 m dengan seluruh gigi yang dipergunakan untuk merumput, dan (6) Equus caballus, berasal dari Pliohippus sekitar 5 juta tahun yang lalu pada jaman es. Caballus berasal dari kata cabaline yang mempunyai arti tentang atau kepunyaan kuda, sedangkan dalam bahasa latin berasal dari kata fons cabalinus yang diangkat dari cerita dongeng Pegasus. Pliohippus juga merupakan salah satu kelompok sub genetik yang mewakili Zebra, Keledai, dan Heminoid (Edward 1994). Sistematika dan Filogeni Kuda Kuda sebagai mamalia merupakan periodactile. Ordo periodaktile diturunkan menjadi subordo hippormorpha dan dimasukan dalam superfamili equioidea dan famili equidae. Famili tersebut lebih dispesifikan lagi menjadi subfamili equinae dan genus equus. Berdasarkan grup genus yang masih ada telah didemontrasikan sebuah pohon filogeni yang dianalisis dari DNA mitokondria. Pohon tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 dibawah ini. Kuda Mt Zebra Grevys Zebra
Quangga Hemione
Keledai
Gambar 1 Pohon kekerabatan Equss (Groves dan Ryder 2000)
4
Berdasarkan Gambar 1 tersebut, diketahui bahwa kuda mempunyai jarak genetik yang cukup dekat dengan zebra, tetapi kuda mempunyai jarak genetik yang jauh dengan keledai Kuda Domestik Hal penting yang menyebabkan dilakukan domestikasi terhadap kuda adalah kecepatan berlari dan kemampuanya menempuh jarak yang jauh. Ketertarikan terhadap kemampuan itu mendorong domestikasi yang bertujuan menghasilkan kendaraan untuk transportasi. Berdasarkan paparan sebelumnya, diketahui bahwa kuda digolongkan Equus caballus. Semua kuda ini mempunyai kariotipe yang sama sehingga persilangan antara kuda tersebut akan menghasilkan keturunan yang fertil. Kondisi yang menyebabkan adanya domestikasi kuda awalnya berasal dari daerah barat, yaitu subspesies Equss ferus ferus dan dari daerah timur yaitu Equss ferus prewalskii (Kuda liar mongol). Alasan-alasan yang menjadikan kuda terdomestikasi, selain alasan kemampuan adalah sistem pencernaannya yang monogastrik sehingga tidak perlu bersaing dengan mamalia domestik lain seperti sapi, domba, dan kambing dalam menyediakan pakan. Kondisi lain yang menyebabkan kuda dipilih untuk didomestikasi adalah tingkah lakunya yang
relatif
mudah
dikendalikan
sehingga
disukai
oleh
manusia
(Groves dan Ryder 2000). Kromosom Kuda Domestik Kromosom disusun oleh kromatin yang berbentuk jaringan benang-benang halus. Kromatin tersebut mengandung DNA. Kromatin tersebut tersusun dari deretan benda kecil yang disebut nukleosom yang dibentuk oleh ikatan DNA dengan histon. Berdasarkan kariotyping terhadap kuda domestik diketahui bahwa kuda domestik mempunyai kariotipe yang dibentuk dari 64 kromosom. Kromosom dalam keadaan haploid terdiri dari 13 metasentrik, 18 akrosentrik kromosom tubuh dan satu kromosom seks. Kariotipe pada kuda sudah dilakukan sejak awal 1900. Hasil yang diperoleh pada saat itu menyatakan bahwa kromosom seks kuda mempunyai tipe XO. Tetapi pada perkembangan selanjutnya diketahui bahwa ternyata kuda seperti mamalia lainya yaitu memiliki tipe XY dan jumlah kromosom diploidnya 64 buah. Pada percobaan kariotipe ternyata Equss caballus mempunyai variasi jumlah kromosom, sehingga akan mempengaruhi pesilangan
5
(Chowdary dan Raudsepp 2000). Sebagai informasi mengenai jumlah kromosom pada berbagai spesies kuda akan disajikan pada Gambar 2. E.f. prezwalskii (66) E.f.ferus (tidak ada informasi) E.f. caballus (64)
E.asinus (62) E.africanus somaliansis (62/63) E.hemionus hemionus (tidak ada)
E q u u s
E.hemionus onager (55/56) E.hemionus kulan (54/55) E.khur (tidak ada informasi) E.kiang (51/55) E.grevyi (46) E.burcheli (44/45) E.zebra (32) E.quangga (tidak ada informasi)
Gambar 2 Jumlah kromosom kuda (Chowdary dan Raudsepp 2000) Kromosom seks X
merupakan salah satu kromosom metasentrik yang
besar, sedangkan kromosom seks Y merupakan kromosom berbentuk akrosentrik yang paling
kecil. Menurut Mitwoch (1997) mengemukakan bahwa kuda
mempunyai bentuk kromosom seks X
dengan sentromer yang metasentrik
sedangkan jika dibandingkan keledai, sentromer keledai lebih submetasentrik. Persilangan keduanya telah menghasilkan mule yang steril. Yang et al (2004) menyatakan bahwa perbedaan jumlah Equus caballus (2n=64) dan Keledai (2n=62)
adalah
kromosomnya
penyebab
hanya
satu.
sterilitas
keturunannya,
Menurut
6
Chowdary
walaupun
dan
perbedaan
Raudsepp
(2000)
mengemukakan bahwa kromosom X merupakan kromosom conserve pada mamalia, terutama jika dibandingkan pada spesies ternak lainnya. Penyebaran Equss caballus Equss caballus menyebar dari Amerika Utara ke arah Asia, Amerika Selatan, Eropa, dan Afrika. Kesuksesan migrasi ini kemungkinan terjadi satu juta tahun lalu pada akhir jaman es, atau kira-kira 9000 SM. Pada saat melelehnya gletser yang menyambungkan Amerika telah menyebabkan hilangnya spesies kuda-kuda di Amerika, sampai kedatangan penjelajah Spanyol pada abad ke-16 yang mendarat di Mexiko sekitar tahun 1519 dengan membawa 16 kuda (Edward 1994). Tetua Kuda Tetua kuda berasal dari tiga tipe primitif kuda yang sampai sekarang salah satunya bertahan. Kuda tersebut adalah (1) Forest Horse, dikenal sebagai Equss caballus silvaticus atau diluvial horse yang kemungkinan dibentuk dari Equss caballus germanicus yang bertahan pada masa setelah jaman es dengan tinggi 1.52 m dengan rambut yang kasar, ekor dan bulu tengkuk yang lebat, serta tapak kaki yang lebar yang cocok untuk daerah rawa. Warna bulu biasanya berwarna merah atau hitam, (2) Przewalskii Asiatic Wild Horse adalah kuda liar yang masih bertahan sampai sekarang dengan nama ilmiah Equss caballus przewalskii przewalskii. Di daerah Mongol dikenal dengan nama Taki dan orang Kirghis menyebutnya Kertag. Kuda ini ditemukan di daerah Asia Tengah oleh peneliti Rusia bernama Mikhalovitch Przewalskii pada tahun 1879. Kuda ini berbeda dengan keturunan kuda domestik disebabkan perbedaan kromosom yaitu 66, sedangkan yang domestik 64. kuda Przewalskii mempunyai tinggi sekitar 1.32 m dengan keempat kaki berwarna hitam serta ekor dan rambut tengkuk berwarna hitam, sedangkan daerah di bawah perut berwarna krem, dan (3) Kuda Tarpan, merupakan kuda liar yang menyebar ke Eropa Timur sampai Ukraina. Kuda tarpan ini mempunyai nama ilmiah Gmelini. Kuda liar tarpan liar terakhir dengan jenis kelamin betina mati di Askanianova (sebelah timur Crimea Ukraina) pada tahun 1880. Kuda tarpan ini mempunyai tinggi 1.32 m (Edward 1994).
7
Kuda Arab dan Thoroughbred Kuda Arab dikenal sebagai fountainhead (sumber) semua breed kuda di dunia disebabkan kemurnian potensial genetiknya untuk dikembangkan. Kuda ini mempunyai karakter yang kuat dan memainkan peran yang penting dalam up grading. Kuda Arab telah memberikan kontribusi yang besar dalam pembentukan kuda Thoroughbred. Walaupun Thoroughbred memiliki tubuh yang lebih besar serta lebih cepat dalam berlari, tetapi dari segi stamina, kesehatan, intelegensia dan keindahan kuda Arab masih lebih baik (Edward 1994). Kuda Arab merupakan kuda yang tidak mempunyai asal sejarah yang jelas. Kuda tersebut merupakan kuda pengembara dari padang pasir arab yang telah berkembang menjadi kuda yang mempunyai bentuk indah, stamina dan kemampuan yang terlihat dari konformasinya. Kuda Arab menjadi standar kuda ringan seperti breed kuda Thoroughbred (Bowling dan Ruvinsky 2000). Penyebaran kuda Arab di mulai abad ke-7 diwilayah Arabia, kemudian pada abad ke-18 sampai 19 berkembang ke Eropa dan menyebar sampai UK, Rusia, Skandinavia dan US. Menurut Edward (1994) mengemukakan bahwa
karakteristik Kuda Arab adalah
mempunyai bulu tengkuk dan ekor terlihat bagus dan lembut, bentuk kepala indah dan mata terlihat bersinar atau berkilauan, bentuk kepala lonjong dengan moncong yang kecil dan lubang hidung lebar, kaki bagian depan panjang, tubuh ramping, bersih, kuat serta mempunyai perototan yang baik, badan yang kompak serta punggung pendek, ramping dan cekung, mempunyai ekor yang tidak tertarik ketika bergerak, karena bentuknya melengkung, kaki bagian belakang mempunyai konformasi yang lemah dan telah dihilangkan melalui breeding satu tahun yang lalu, tinggi badan 1.5 m, kuda Arab mempunyai 17 tulang rusuk, 5 lumbar vertebra dan 16 tulang ekor, sedangkan kuda lainnya mempunyai formasi 18 rusuk, 6 lumbar vertebra, 18 tulang ekor. Kuda Thoroughbred menurut Edward (1994) berkembang pada abad ke-17 dan 18 di Inggris untuk kepuasan para bangsawan dan raja untuk pacuan kuda. Kata Thoroughbred muncul pada tahun 1821 dan dicatat dalam general stud book vol II yang berisi catatan silsilah tentang Thoroughbred Inggris dan Irlandia. Sekitar 200 tahun yang lalu industri pacuan kuda Thoroughbred berkembang diseluruh dunia dan breed ini muncul sebagai satu-satunya yang paling besar
8
mempengaruhi populasi kuda di dunia. Peningkatan ukuran, pergerakan dan konformasi dari Thoroughbred sama baiknya dengan kecepatan, keberanian dan stamina. Hal tersebut disebabkan potensinya yang dihasilkan dari keseragaman genetik yang dicapai oleh proses pemulian yang selektif. Thoroughbred adalah kuda yang sangat baik dalam melompat, balapan, dressage, tetapi sebagian besar kuda ini telah digunakan untuk diseleksi sebagai breed khusus untuk kecepatan berlari. Asal Kuda Thoroughbred adalah kuda yang digunakan sejak 1700an yang berasal dari kuda jantan impor dari daerah timur (Arab, Turki) dengan kuda
betina
Inggris
yang
menghasilkan
keturunan
untuk
balapan
(Bowling dan Ruvinsky 2000). Ciri-ciri kuda Thoroughbred menurut Edward (1994) mempunyai tinggi badan 1.57 m, bentuk kepala serta rahang yang bagus, perpaduan antara kepala dan leher terlihat bagus dan simetris dengan pundaknya, mempunyai proporsi badan yang panjang, kaki belakang yang panjang dan anggun dengan persendian yang baik sehingga memberikan daya dorong yang maksimum, bagian kaki depan bagus dengan bentuk panjang, berotot dan besar, serta persendian rata, ukuran tulang di bawah lutut berukuran di bawah 20 cm, mempunyai bahu panjang dan membentuk slope yang tidak terlalu menonjol, sehingga menghasilkan langkah yang panjang dan rendah. Kuda di Indonesia Menurut Edward (1994) mengemukakan bahwa kuda lokal Indonesia tersebar di beberapa daerah. kuda lokal yang ada di Indonesia disajikan pada Tabel 1.
9
Tabel 1 Jenis dan karaktek kuda Indonesia Jenis kuda Kuda Sumba
Tinggi (m) 1.27
-
Kuda Sandelwood
1.35
-
Kuda Batak
1.32
-
-
Kuda Jawa
1.27
-
Karakteristik Ukuran kepala lebih besar dibandingkan ukuran badannya Konformasi badannya kurang sempurna, tetapi bagian punggungnya kuat bentuk kepala kecil dan bagus, mata yang besar dan bulu yang lembut dan berkilauan kecepatan dan sangat aktif. Ciri khas dari kuda ini adalah mempunyai kuku kaki yang keras dan kuat. Ekor dan tengkuk mempunyai rambut yang bagus dengan posisi ekor cukup tinggi sehingga baik dalam pergerakan Kaki belakang ramping Mempunyai rump yang tinggi serta memiliki punggung yang panjang dan sempit Kepalanya bagus dengan muka yang lurus Memiliki leher yang lemah dan pendek serta kurang berkembang Jinak dan tidak kenal lelah kaki dan persendiannya tidak berkembang dengan baik sehingga mempengaruhi kekuatannya, walaupun kuda Jawa adalah tipe pekerja keras
Sumber : Edward 1994
Berdasarkan Tabel 1 dapat diketahui bahwa kuda Sandelwood merupakan kuda yang paling tinggi sehingga karena alasan itupun kuda pacu di Indonesia banyak dipengaruhi oleh kuda tersebut. Kuda Pacu Indonesia Definisi dari Kuda Pacu Indonesia adalah kuda Indonesia hasil persilangan kuda betina Indonesia dengan pejantan Thoroughbred sampai generasi ke3 (G3) dan generasi ke4 (G4) dan atau hasil perkawinan diantaranya (inter-semating) yang memiliki sertifikat Kuda Pacu Indonesia dan terdaftar pada Biro Registrasi Kuda yang ditetapkan pemerintah. Persyaratan kualitatif KPI adalah (a) berasal dari persilangan antara kuda betina lokal Indonesia dengan pejantan bangsa Thoroughbred sampai generasi ke 3 atau generasi ke 4 dan atau hasil perkawinan diantaranya (inter-semating), (b) warnanya tidak dipersyaratkan warna spesifik, (c) bentuk luar/ eksterior memiliki kriteria bentuk badan langsing, kakinya kuat dan ringan bentuk mengarah kuda Thoroughbred, (d) temperamennya aktif. Sedangkan persyaratan kuantitatif KPI adalah (a) tinggi gumba pada umur 6 tahun
10
minimal 150 cm dan maksimal 170 cm, (b) berat badan pada umur 6 tahun minimal 350 kg, (c) umurnya tidak dipersyaratkan umur tertentu (DSN 1996). Kuda Modern Kuda modern ini terdiri dari 3 jenis. Jenis dari kuda tersebut adalah (1) heavy Horse dengan Bentuk tubuhnya besar dengan struktur yang tebal dan sangat jelas berbeda dengan kuda Thoroughbred. Kuda ini mempunyai kekuatan yang besar, tetapi mempunyai kecepatan yang lambat, (2) Light Horse dengan karakteristik dari kuda ini adalah perototan yang panjang dan proporsional. Bentuk tubuhnya sempit dan mempunyai bahu yang berbentuk slope. Kuda ini biasannya diidentikkan dengan Thoroughbred, dan (3) Poni dengan proporsi yang unik. Panjang badannya melebihi tingginya dan kedalamannya sama dengan panjang kakinya. Panjang kepalanya sama dengan bahu (Edward 1994). Konformasi Tubuh Pada industri balapan kuda Thoroughbred, biasanya kuda mulai dilombakan pada umur 2 tahun. Sebuah analisa hubungan antara konformasi dan karakteristik kecepatan lari pada anak kuda umur 6-8 bulan menyatakan bahwa peningkatan kecepatan yang dihasilkan anak kuda disebabkan panjang langkah. Pada anak kuda yang berlarinya cepat diketahui kuda tersebut memiliki kaki lebih berat dan frekuensi langkah yang lebih tinggi dan hal tersebut terjadi pada kuda yang relatif tinggi. Pada Kuda Througbred yang lebih tua kecepatan maksimum juga dapat dijelaskan dengan panjang langkahnya. Selain langkah kategori performa untuk Thoroughbred dapat juga diketahui dari rataan denyut nadinya setelah latihan terhadap kemampuan balapnya (r =-0.56) (Bowling dan Ruvinsky 2000). Komponen genetik dari performa pacu/balapan mungkin sangat kompleks dan melibatkan banyak fungsi dalam dari anatomi, fisiologi, neurologi dan endokriniologi. Kemampuan genetik dalam kecepatan berlari tidak diragukan lagi merupakan faktor penting dalam menentukan pemenang dan yang kalah, sehingga seleksi pemenang dalam pacuan merupakan cara yang efisien dalam mencari kuda yang mempunyai kecepatan tinggi. Kemenangan pada kuda sangat dipengaruhi mental dan fisik kuda dalam bereaksi terhadap lingkungan, seperti kompetitor, signal dari joki dan variasi kecepatan pada phase yang berbeda dalam sebuah
11
pacuan. Kemampuan memobilisasi metabolisme anaerob perototan serta fighting spirits akan menjadi penentu kemenangan (Arnason dan Van Vleck 2000). Sistem saraf akan bertanggung jawab dalam mengontrol dan meregulasi sistem lain. Kardiovaskular dan sistem respirasi menyediakan nutrisi dan oksigen untuk otot yang akan diubah dari energi biokimiawi menjadi energi mekanik selama
otot
nerosensor
bekerja. membuat
Aparatus mungkin
lokomotor
yang
mengkoordinasi
ada
dibawah
semuanya
kontrol
dengan
baik
(Saatamomen dan Barrey 2000). Variasi Warna Hitam, bay, chestnut dan abu-abu merupakan dasar warna yang paling mendekati dari semua breed saat ini. Untuk menghitung warna dilusi, putih dan pola putih telah diusulkan bahwa ada kurang lebih sembilan gen yang mempengaruhinya. Tidak ada warna yang membatasi satu breed. Diantara breed yang ditemukan mempunyai warna dasar adalah Thoroughbred, Lippizaner dan kuda Arab (Bowling dan Ruvinsky 2000). Teknologi DNA Gen adalah sekumpulan basa nukleotida yang dapat menyandi pembentukan asam amino. Sekumpulan basa nukleotida yang terdiri dari empat nukleotida yang mengandung basa adenin (a), citosin (c), guanin (g), dan timin (t). Basa-basa tersebut diikat dalam sebuah ikatan fosfodiester dan basanya berpasangan antara adenin dengan timin dan guanin dengan sitosin (Goodenough 1988). Kelebihan test DNA menurut Bowling (2001) adalah (1) setiap laboratoium harus memproduksi sendiri baterai dari bahan reagent untuk penggolongan antisera darah, (2) dapat menggunakan dari bagian material dari ternak yang mati, (3) pengangkutan dan teknis pengolahan yang cukup sulit untuk perjalanan internasional, (4) test lebih efektif, karena bisa menjawab beberapa masalah dari test darah yang rutin. Penggunaan test tetua dengan menggunakan penanda darah (blood marker) merupakan test yang aman dan mudah. Test yang biasa digunakan di laboratorium adalah menggunakan 15 penanda dengan tingkat akurasi 95-97 % tergantung breed dan komposisi pengujian. Pada beberapa laboratorium telah mulai digunakan test dengan menggunakan DNA mikrosatelit yang lebih mudah,
12
terutama disebabkan kelemahan test darah yang membutuhkan sampel darah dan rancangan bahan pereaksi khusus yang biasanya memerlukan waktu yang lama (Bowling dan Ruvinsky 2000). Kuda diduga mempunyai 3 000 mb dari DNA dan sekitar 50 000 sampai 70 000 mempunyai urutan berulang. Ulangan ini dapat menjadi studi untuk mengetahui identifikasi individu, analisa tetua, pemetaan gen dan studi tentang evolusi dari bangsa kuda (Bowling dan Ruvinsky 2000). Teknik PCR (polimerase chain reaction) berdasarkan metode mikrosatelit lebih menggunakan sedikit DNA. Mikrosatelit merupakan ulangan urutan basa yang berkisar antara 2-3 bp. Biasanya dikelaskan ke dalam mikrosatelit jika ada sekitar 100 000 cetakan dari CA/GT. Mikrosatelit mempunyai ulangan nukleotida yang sederhana dan merupakan DNA yang tidak mengkodekan (Bowling 2001). Mikrosatelit biasanya mempunyai polimorpisme yang tinggi dan mudah di PCR sehingga banyak diadopsi sebagai pananda genetik (marker). Penelitian Bowling et al. (1997) terhadap uji tetua kuda menunjukan bahwa efektivitas penanda darah adalah 97.3% dan 98.2% untuk penanda menggunakan DNA mikrosatelit. Berdasarkan pengujian tersebut lima keturunan menunjukan ketidakcocokan dengan tetuanya hanya pada penggunaan sistem mikrosatelit tunggal. Menurut Bowling dan Ruvinsky (2000) peluang kepercayaan menggunakan mikrosatelit sebagai test tetua sebesar 96-99%. Marker yang digunakan untuk mengukur ukuran alel dengan akurat adalah VHL20, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, AHT4, AHT5, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7 dan ASB2 yang telah dikombinasikan salah satunya untuk Thoroughbred (Bowling dan Ruvinsky 2000). Sedangkan ISAG (Internasional Society of Animal Genetic) pada tahun 1998 menganjurkan untuk menggunakan AHT4, ASB2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG10 dan VHL 20. Frekuensi alel dari kuda Througbreed dengan mikrosatelit HTG10 yang tertinggi terdapat pada alel I sebesar 0.31 dari 11 alel yang terdeteksi (Bowling 2001). Homologi Gen Dalam setiap ternak memiliki perbedaan komposisi gen. Perbedaan gen tersebut mengambarkan perbedaan sifat pada masing-masing ternak dengan kecendrungan adanya kemiripan sifat yang menandakan adanya kekerabatan yang
13
dekat. Analisis homologi dapat dilakukan untuk meninjau persamaan susunan basa nukleotida (Arifin 2004). Analisis homologi dilakukan dengan cara mensejajarkan satu per satu basa nukleotida. Pensejajaran ini dapat digunakan untuk mempelajari susunan basa nukleotida, mutasi gen dengan membandingkan ternak normal dengan ternak yang abnormal, identifikasi gen dan pembentukan pohon kekerabatan yang didasari adaanya perbedaan jarak genetik akibat dari perbedaan urutan basa nukleotida. Perbedaan susunan basa yang semakin besar akan menghasilkan jarak genetik yang jauh dengan kekerabatan yang jauh pula (Rashidi dan Bucher 2000). Menurut Mendez et al. (2004) Hubungan genetik antara populasi dapat dilakukan dengan bantuan data yang berasal dari DNA inti sel seperti mikrosatelit dan DNA dari mitokondria seperti sitokrom b yang dilakukannya pada populasi keledai Spanyol (Equus asinus). Amplifikasi dari sekuen sitokrom b pada keledai tersebut adalah 313 bp. Menurut Ishada (1996) berdasarkan penelitiannya gen mitokondria sitokrom b pada kuda Thoroughbred dapat dianalisis menggunakan PCR-rectriction fragment length polymorphysme (RFLP) dengan bantuan enzim restriksi AciI, BamHI, dan RsaI dan terbentuk empat tipe. Mitokondria DNA Genom mitokondria berbentuk sirkular dan berdasarkan jenis gennya dibagi menjadi dua yaitu daerah penyandi dan daerah bukan penyandi atau disebut daerah kontrol karena berperan dalam proses trankripsi dan replikasi genom mitokondria (Anderson et al. 1981). DNA mitokondria hewan berukuran kecil + 16 000 pb, tidak bersifat mendel dan diturunkan lewat jalur maternal (Kirby 1990) dan genom mitokondria mempunyai laju evolusi yang lebih tinggi dibandingkan DNA inti (Kocher et al. 1989).
14
