1 Rintisan pendiriannya dilakukan oleh Tim, dengan tokoh utama H.S.A. Bashori (Ketua DPRD II Kabupaten Brebes dan Ketua NU Cabang Brebes) dan Drs. H. Moh. Amir Thoha (almarhum), yang kemudian menjadi dekan pertama, 1969 s.d 1977. 2 Dinegrikan berdasarkan SK. Menteri Agama RI No. 30 tahun 1970, tanggal 1 April 1970. Pada waktu itu Fakultas Syari`ah di Bumiayu menempati gedung SMA Bustanul Ulum (SMA-NU) dan perkuliahannya dilakukan pada waktu sore hari sampai malam. 3 Kebijaksanaan rasionalisasi dilakukan pada masa Menteri Agama H.A.Mukti Ali berdasarkan SK Rektor IAIN Walisongo No. 11 Tahun 1972, tanggal 31 Desember 1972 yang kemudian dikukuhkan dengan SK Menteri Agama No. 37 Tahun 1973, tanggal 22 Maret 1973.
01
4 Sebagian mahasiswa tingkat III telah ada yang menyelesaikan Sarjana Muda di Bumiayu dan selebihnya diselesaikan di Pekalongan. 5 Selama periode ini Fakultas berturut-turut dipimpin oleh: Drs. H. Amir Thoha (1969-1976 dan 1979-1983), Drs. Masykuri (1976-1978 dan 1983-1988), dan Drs. H. Dadang Sudarna (1988-1994).
02
6 Perubahan Fakultas Muda (cabang) menjadi Fakultas Madya berdasarkan pada kebijakan Menteri Agama H. Alamsyah Ratu Prawiranegara yang tidak menginginkan aset milik umat Islam ini mati. Oleh karena itu, mulai dipikirkan pembangunan kampusnya. Atas kebijakan ini, Fakultas Syari'ah Pekalongan mendapat anggaran pembangunan 1982/1983, tetapi pembangunan baru bisa dilaksanakan pada tahun anggaran 1983/1984. Sebab, pada tahun 1983 baru bisa dilakukaan pembebasan tanah, sedangkan tanah di Slamaran Krapyak yang disediakan sejak awal oleh Pemerintah Daerah Kodya Pekalongan pada waktu itu belum siap untuk dibangun. 7 Berdasarkan SK. Menteri Agama No. 170 tahun 1972 Fakultas Syari'ah IAIN di Pekalongan direlokasi dan menjadi Fakultas Syari'ah IAIN Walisongo di Surakarta. Kepindahan ini dipandang janggal karena di Surakarta belum memiliki kelengkapan sarana dan prasarana, termasuk tenaga pengelolanya. Sehingga dua Fakultas di Surakarta ini ternyata tidak berdiri sendiri, akan tetapi masih merupakan bagian / Fakultas di lingkungaan IAIN Walisongo bukan IAIN tersendiri.
03
8
Tugas di Surakarta dilakukan sampai dengan awal 1995 saat di Surakarta telah diangkat pimpinan fakultas
sendiri. 9
Dalam prakteknya hanya diizinkan menerima 1 (satu) kelas antara 50-75 mahasiswa baru tiap tahun s.d tahun 1996/1997. 10 Mahasiswa yang masih ada pada saat relokasi mencapai 757 orang dengan 19 orang Dosen dan 11 karyawan. Sementara itu ada sebagian Dosen dan karyawan yang pindah ke Surakarta maupun ke IAIN Walisongo Semarang. 11 Penggalangan ini menghasilkan dukungan masyarakat Pekalongan berupa pernyataan bersama organisasi masyarakat Islam lembaga-lembaga Pendidikan Islam dan usulan dari Pemerintah Daerah Kodya Pekalongan dan Rektor IAIN Walisongo agar sebagai penggantinya di Pekalongan didirikan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (surat Walikota Pekalongan kepada Menteri Agama yang diperkuat olah Rektor IAIN, No. 420/2409/1995, tanggal 15 September 1995). Disamping itu juga mengirimkan delegasi mahasiswa (senat mahasiswa) dan unsur pengelola Fakultas (Drs. Rozikin Daman dan Drs. Iskandar Qomad) untuk datang ke Departemen Agama di Jakarta. 12 Dengan meninggalnya Drs. H. Dadang Sudarna (Dekan) tidak lagi diangkat Dekan di Fakultas Syari'ah Pekalongan dalam struktur organisasinya, karena telah dialihkan ke Surakarta.
04
13 Pada tahun 1992, jumlah mahasiswa mencapai 757 orang, dan pada tahun 1996/1997, tinggal 350 orang, karena pada periode-periode tersebu, mereka ada yang lulus. Sementara anggaran yang diterima oleh Fakultas di daerah hanya 70% dari uang SPP.
05
14 Tidak kurang lima kali pertemuan secara nasional di Jakarta yang di hadiri oleh fakultas daerah bersama rektor–rektor IAIN seluruh Indonesia dan pihak–pihak terkait dalam rangka mempersiapkan berdirinya STAIN. 15 Khusus untuk STAIN Pekalongan memerlukan usaha yang berat dan ketat, sebab semula dianggap sudah tidak ada lagi. Untuk ini dari Departemen Agama menunjuk tim untuk melakukan kajian dan peninjauan khusus ke Pekalongan. STAIN Pekalongan termasuk urutan ke–23 dalam lampiran keputusan presiden No.11 tahun 1997. 16 Pengangkatan pejabat sementara Ketua dengan penunjukan karena belum didasarkan pada Keputusan Senat.Tugas pokok dari pejabat sementara adalah melakukan segala sesuatu yang berkaitan dengan peralihan status dari fakultas daerah yang berada di lingkungan IAIN menjadi STAIN yang berdiri sendiri, dan dalam batas waktu selama 6 bulan, amanat tersebut harus dapat diselesaikan. 17 Pertemuan antar STAIN yang berasal dari lingkungan IAIN Walisongo dalam rangka alih status telah di lakukan di Purwokerto (dua kali), di Pekalongan (sekali), di Surakarta (sekali), di Salatiga (sekali) dan terakhir di IAIN Walisongo Semarang. Pertemuan diadakan dengan IAIN Walisongo mulai tanggal 7 Juli 1997 sampai 3 September 1997. Penandatanganan persetujuan bersama antara IAIN Walisongo dengan lima STAIN di Jawa Tengah dilakukan pada 8 Oktober 1997 di Semarang, dan khusus antara IAIN Walisongo dengan STAIN Pekalongan pada tanggal 28 Oktober 1997.
06
07
08
09
10
11
12
13
