2014.11.06.
Rendszertan Nevezéktan és taxonómia A kórokozó mikroorganizmusok csoportjai
Domain Ország (kingdom) Törzs (phylum) Osztály (classis) Rend (ordo) Család (familia) Nemzetség (genus) Faj (species)
Fajfogalom
Eukarya Protista Kinetoplastida Haemosporidea Haemosporidia Plasmodiaceae Plasmodium falciparum
Fajba sorolás
• Hagyományos – rokon egyedek csoportja • Az aszexuálisan szaporodó élőlények (így a mikrobák nagy része) esetén a hagyományos fajfogalom helyett a genetikai hasonlóság egy bizonyos szintjeként határozzuk meg a faj fogalmát. • Genomospecies – genetikailag egységes species • Fajkomplex – a hagyományos módszerekkel (biokémiai aktivitás, szerológia) egy fajba sorolt, de genetikailag külön fajba tartozó genom-speciesek összessége (pl. M. tuberculosis complex – M. tuberculosis, M. bovis, M. africanum és M. caprae) • Egyes esetekben genetikailag egy fajba tartozó, de patogenetikailag különböző csoportokat külön fajként, esetleg külön genusként tartunk nyilván (Neisseria meningitidis és N. gonorrhoeae; Escherichia coli és Shigella spp.)
Nevezéktan • Linné • genus név (variáns)
species név
(subspecies név)
Staphylococcus cohnii ssp. cohnii Salmonella enterica ssp. Enterica sv. Typhi
– – – –
– DNS-DNS hibridizáció – Konzervatív gének szekvenciái (rDNS, rpoB)
• Meghatározás – Még mindig főképpen a fenotípus vizsgálata útján – Biokémiai tesztek – Esetleg szerológiai tulajdonságok
• A taxonómiai változásokat az orvosi mikrobiológia lassan követi, sokszor a hagyományos elnevezés és besorolás van elterjedve
Az élőlények rendszere
Escherichia coli
• Faj alatti kategóriák:
• Kritériumok
• Archaea (Crenarchaeot a, Euryarchaeot a, Nanoarchaeot a, Korachaeota)
• Eubacteria
• Eukarya (Protista, Chromista, gombák, növények, állatok)
• Vírusok (DNSRNSvírusok)
– Extremofilek – Metanogéne k
Alfaj Biovariánsok és szerovariánsok Izolátum – egy mintából kitenyésztett (izolált) csoport Törzs, klón – genetikailag rokon izolátumok csoportja
1
2014.11.06.
A baktériumok csoportosítása
Humán patogén eubaktériumok • Gram pozitívok • Proteobacteria – α-proteobacteria (Ehrlichia, Bartonella, Brucella, Rickettsia, Rhizobium) – β-proteobacteria (Neisseria, Burkholderia, Alcaligenes) – γ-proteobacteria (Aeromonas, Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Vibrio) – δ-proteobacteria – ε-proteobacteria (Helicobacter, Campylobacter)
• • • •
Spirochaeták Chlamydiák Bacteroidetes Fusobacteria
Gram pozitív baktériumok • Gram pozitív coccusok – Staphylococcusok – Streptococcusok
• Gram pozitív pálcák – – – – – – – –
Bacillus Listeria Corynebacterium Eubacterium Clostridium Actinomyces Propionibacterium Gardnerella
• Nem taxonómiai alapokon történik • Gram festés (sejtfalszerkezet alapján), ezen belül alak alapján – Gram pozitívok (filogenetikailag rokonok) – Gram negatívok (filogenetikailag igen diverzek) – Sejtfal nélküli baktériumok (Mycoplasmatales; a Gram pozitívok filogenetikai rokonai) – Saválló (sejtfalú) baktériumok (Mycobacteriumok; a Gram pozitívok filogenetikai rokonai) – Nem festhető baktériumok (egyéb) (Rickettsia, Chlamydia, spirochaeták; filogenetikailag diverzek)
• Oxigénigény alapján – – – – –
Obligát aerob Aerotoleráns Fakultatív anaerob Obligát anaerob Mikroaerofil
Gram-szerint nem festhető baktériumok • Saválló baktériumok – Mycobacterium – Nocardia • Sejtfal nélküli baktériumok – Mycoplasma
Gram pozitív coccusok • Staphylococcus – Koaguláz pozitív – S. aureus – Koaguláz negatív – S. epidermidis, S. haemolyticus, S. lugdunensis) • Streptococcus – Streptococcus – S. pyogenes, S. agalactiae, S. pneumoniae, stb. – Enterococcus – E. faecalis, E. faecium, stb. – Peptostreptococcus (obligát anaerob)
2
2014.11.06.
Gram pozitív pálcák • • • • • • • • • •
Aerob/fakultatív anaerob: Bacillus – B. anthracis, B. cereus, B. subtilis Listeria – L. monocytogenes Corynebacterium – C. diphtheriae, C. jeikeium, stb. Obligát anaerob: Eubacterium – E. lentum Clostridium – C. tetani, C. botulinum, C. perfringens, stb. Actinomyces – A. israeli, A. naeslundii, stb. Propionibacterium – P. acnes Gardnerella – G. vaginalis
Bacillus anthracis
Clostridium tetani
Corynebacterium diphtheriae
Actinomyces israelii
Saválló és sejtfal nélküli baktériumok
• • • • • • • •
Savállók (az Actinomycetes genetikai rokonai) Mycobacterium – M. tuberculosis (complex), M. leprae, stb. Gyengén savállók (az Actinomycetes genetikai rokonai) Nocardia – N. farcinica, stb. (aktuálisan változó taxonómia) (ritka humán patogének – Rhodococcus) Sejtfal nélküli baktériumok Mycoplasma – M. hominis, M. pneumoniae, stb. Ureaplasma – U. urealyticum
Gram negatív baktériumok • Gram negatív coccusok és coccobacillusok – – – – – – – – –
Neisseria Haemophilus Moraxella Acinetobacter Pasteurella Bordetella Francisella Brucella Veilonella
• Gram negatív pálcák – Enterobacteriaceae – Pseudomonadok – Aeromonas – Gram negatív anaerob pálcák – Streptobacillus • Gram negatív hajlított pálcák – Vibrio – Helicobacter – Campylobacter • Intracelluláris Gram negatív baktériumok • Spirillum • Spirochaeta
Saválló festés (Ziehl-Neelsen)
M. tuberculosis (LJ medium)
Gram negatív coccusok és coccobacillusok • Neisseria – N. gonorrhoeae, N. meningitidis (genetikailag egyetlen faj) • Haemophilus – H. influenzae, H. ducreyi, stb. • Moraxella – M. lacunata, M. (Branhamella) catarrhalis • Acinetobacter – A. baummannii (complex), A. lwoffii, stb. • Pasteurella – P. multocida, stb. • Bordetella – B. pertussis, stb. • Francisella – F. tularensis • Brucella – B. melitensis, B. abortus, B. canis, B. suis • Veillonella – V. parvula (obligát anaerob)
3
2014.11.06.
Gram negatív pálcák
Neisseria gonorrhoeae
Francisella tularensis
• Enterobacteriaceae • Escherichia – E. coli • Shigella (az E. coli-val egy genom-species) – S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii, S. sonnei • Salmonella – S. enterica, S. bongori (bonyolult nevezéktan szerológiai sajátságok alapján) • Klebsiella – K. pneumoniae, K. oxytoca • Enterobacter – E. aerogenes, E. cloacae, stb. • Citrobacter – C. freundii (complex), C. koseri, stb. • Proteus – P. mirabilis, P. morganii, P. vulgaris • Serratia – S. marcenscens, stb. • további számos genus, sok közöttük lehet opportunista patogén
Acinetobacter sp.
Gram negatív pálcák
Gram negatív hajlított pálcák
Pseudomonadok (a taxonómia sokat változott, még mindig kérdéses) Pseudomonas – P. aeruginosa, stb. Stenotrophomonas – S. maltophilia Burkholderia – B. cepacia (complex), B. mallei, B. pseudomallei, stb. további számos genus, sok közöttük lehet opportunista patogén Aeromonadok (a taxonómia sokat változott, még mindig kérdéses) Aeromonas – taxonómiailag bizonytalan fajok, A. sobria, stb. Plesiomonas – P. shigelloides Obligát anaerobok (filogenetikailag két független nagy csoport) Bacteroides – B. fragilis, stb. Prevotella – P. melaninogenica, stb. Porphyromonas – P. gingivalis, stb. Fusobacterium – F. nucleatum, F. necrophorum, stb. (filogenetikailag az előző három rokon csoporttól különbözik) • Streptobacillus – S. moniliformis (patkányharapási láz)
• Vibrio – V. cholerae, V. vulnificus, V. parahaemolyticus, stb. • Helicobacter – H. pylori • Campylobacter – C. fetus, C. jejuni, C. coli, stb. • Arcobacter – A. butzleri, stb.
Intracelluláris Gram negatív baktériumok
Spirillumok és spirochaeták
• • • • • • • • • • • • •
• • • • • • • • • • • • • •
Chlamydia (ATP parazita) Chlamydia – C. trachomatis Chlamydophila – (régebben Chlamydia) C. psittaci, C. pneumoniae további számos genus, közülük többről felmerült patogén szerep Rickettsia (NAD parazita) Rickettsia – R. prowazeckii, R. slovaca, stb. Orientia – (régebben Rickettsia) O. tsutsugamushi Coxiella – C. burnettii Ehrlichia Ehrlichia – E. chafeensis, E. sennetsu, E. ewingi Anaplasma – A. phagocytophylum Bartonella (táptalajon tenyészthető) Bartonella – B. quintana, B. bacilliformis, B. henselae, stb. Legionella (táptalajon tenyészthető) – L. pneumophila, L. micdadei, stb.
• Spirillum – S. minor • Spirochaeták • Treponema – T. pallidum ssp. pallidum, T. pertenue, T. vincenti stb. • Borrelia – B. recurrentis, B. burgdorferi, stb. • Leptospira – L. icterohaemorrhagiae (a taxonómia bonyolult)
4
2014.11.06.
Borrelia hermsii - Giemsa
Treponema pallidum – dark-field
Leptospira sp. – silver imp.
5
