PANNON EGYETEM GEORGIKON KAR
NÖVÉNYTERMESZTÉS ÉS KERTÉSZETI TUDOMÁNYOK DOKTORI ISKOLA NÖVÉNYNEMESÍTÉS, GENETIKA ÉS AGRÁRBIOTECHNOLÓGIA ALPROGRAM
ISKOLAVEZETŐ DR. GÁBORJÁNYI RICHÁRD, DSC
ARCHAESOLANUM (SOLANUM, SOLANACEAE) FAJOK KOMPLEX EVOLÚCIÓS FOLYAMATAINAK MOLEKULÁRIS GENETIKAI VIZSGÁLATA
DOKTORI (PHD) ÉRTEKEZÉS TÉZISEI KÉSZÍTETTE POCZAI K. PÉTER OKL.NÖVÉNYORVOS (MSC)
TÉMAVEZETŐ DR. TALLER JÁNOS, PHD
KESZTHELY, MAGYARORSZÁG 2011
TARTALOMJEGYZÉK A KUTATÓMUNKA ELŐZMÉNYEI .................................... 3 CÉLKITŰZÉSEK ............................................................... 5 ANYAG ÉS MÓDSZER ....................................................... 6 3.1. Az előtanulmányok során használt mintavételezés és laboratóriumi módszerek ...................................................... 6 3.1.1. Növényanyag és DNS izolálás .......................... 6 3.1.2. Multi-lókus analízis (RAPD, SCoT, IT) ........... 6 3.1.3. Kloroplasztisz régió elemzés ............................. 7 3.1.4. Mitokondriális régió elmezés ............................ 7 3.1.5. Bináris adatok parszimónia elemzése................ 7 3.2. A szekvencia elemzések során alkalmazott filogenetikai és laboratóriumi eljárások .............................. 8 3.2.1. Taxonómiai mintavételezés ............................... 8 3.2.2. Kloroplasztisz régiók felszaporítása, klónozása és szekvenálása .............................................................. 8 3.2.3. Szekvencia összerendezés és filogenetikai elemzés ..................................................... 9 3.2.4. Molekuláris óra és a divergencia korának becslése ........................................................... 9 3.2.5. Geotérbeli elemzés .......................................... 10 3.2.6. Történeti biogeográfia ..................................... 11 4) ÚJ TUDOMÁNYOS EREDMÉNYEK .................................. 12 5) IRODALOMJEGYZÉK ..................................................... 14 6) PUBLIKÁCIÓS LISTA...................................................... 15 A doktori (PhD) értekezéshez kapcsolódó publikációk ..... 15 A doktori (PhD) értekezéshez nem kapcsolódó publikációk ........................................................................ 16 1) 2) 3)
2
1) A KUTATÓMUNKA ELŐZMÉNYEI Termesztett növényeink vad rokonai által hordozott természetes variabilitás a növénynemesítés számára fontos, eddig kiaknázatlan erőforrásokat rejtenek. Minden termesztett növényünk egyszer „vad” növény volt. A domesztikáció alatti növényi evolúció folyamata nagyobb produktivitáshoz vezetett ugyan, azonban ez a folyamat szűk genetikai alapokra is helyezte termesztett növényeinket. A virágos növények közel 135 millió évvel ezelőtt alakultak ki, míg termesztett növényeink mai formájukban az evolúció szemszögéből nézve csupán egy szempillantás alatt jöttek létre. Napjainkban a mezőgazdasági termelés nagy kihívásoknak néz elébe, hogy a növekvő fogyasztási igényeket kielégítse. Így hatalmas nyomás nehezedik a jelenlegi növénynemesítési programokra, hogy ezt a diverzitást megpróbálják kibővíteni a fajták termelési képességeinek és más tulajdonságainak javítása céljából. Csak egy példát említve: egyes becslések szerint a Föld népességének száma a jelenlegi 6,8 milliárdról várhatóan 9 milliárdra fog növekedni 2030-ra (Brown 1994), azonban az nem valószínű, hogy a mezőgazdaságilag művelhető területek aránya jelentősen megnövekedne. Látható tehát, hogy mezőgazdasági termelésünk növeléséhez, de legalább is szinten tartásához, új és értékes tulajdonságokkal rendelkező fajtákra van szükségünk. Ezt legegyszerűbben a rendelkezésre álló, vagy a Solanum fajok esetében, eddig ismeretlen vad fajok (genetikai erőforrások) felkutatásával és felhasználásával érhetjük el. A Solanum genus 1 400 fajával a Solanaceae család legnagyobb csoportja és egyben egyike a virágos növények legnagyobb nemzetségének, így kézenfekvőnek tűnhet e nagymértékű és felderítetlen diverzitás által kínál hasznos tulajdonságok felhasználása. Az efféle diverzitás egy zárvatermő növénycsoport esetében ritkaságnak számít, amely érdekessé teszi a Solanum fajokat mind evolúciós, mind pedig gazdasági szempontból. Számos gazdaságilag fontos növény tartozik a genusba, mint például a tojásgyümölcs, a paradicsom, vagy a jól ismert burgonya, amely a világ harmadik legfontosabb élelmiszernövénye világszerte növekvő produktivitással (www.potato2008.org). Az
3
egzotikus genetikai erőforrások, melyek magukba foglalják a vad fajokat és tájfajtákat, gyakran hordoznak a mezőgazdaság számára hasznos alléleket, gyakran pedig evolúciós történetük az, ami ismeretlen. A vad Solanum fajok esetében régóta ismert az a tény, hogy ellenállóak számos jelentős kórokozóval szemben, ezért ezen vad fajokat széles körben használták olyan tanulmányokban, amelyek rezisztencia gének feltérképezését tűzték ki célul (Vleeshouwers et. al. 2001). Az Archaesolanum subgenusba (kenuguru-almák) tartozó fajok egy eddig ismeretlen eredetű egyedi csoportot képviselnek. Ebbe a subgenusba 8 faj tartozik, melyek csak a csendes-óceáni térségben (Pápua Új-Guinea, Ausztrália, Tasmania, Új-Zéland) honosak. A korlátozott élőhelyen kívül számos egyedi tulajdonsággal rendelkeznek, mint például egy rendkívüli kromoszóma szám (n = x = 23), a genus többi fajától eltérően (n = x = 12). A tudomány számára eddig ismeretlen, hogy hogyan alakult ki ez az egyedi kromoszóma szerkezet, valamint a genetikai kapcsolatok is tisztázatlanok. A filogenetikai viszonyok vizsgálata modern molekuláris módszerekkel mind a mai napig nem történt meg, annak ellenére, hogy számos e témával foglalkozó tanulmány tartalmazta a csoport egy-két faját. Rengeteg tanulmány hangsúlyozta már a csucsor fajok komplexitását, amelyek a poliploidiának, a hibridizációnak és számos más tulajdonságnak köszönhetőek. Ez a komplexitás – amely egyértelműen az említett biológiai folyamatoknak köszönhető – jelentős mértékben befolyásolja a gyakorlati kutatást (pl. növénynemesítési programokat). Így a másik oldalról nézve, rendkívül érdekessé teszi a csoportot a növénytudománnyal foglakozó kutatók számára is. Ez a kis ausztrál növénycsoport alacsony fajszámának köszönhetően ideális az ilyen komplex folyamatok tanulmányozásához. Jelentőségük ellenére, jelenleg egyetlen kutatási programban sem szerepelnek, amelyek a Solanum genus biológiájának és filogenetikájának megismerését tűzték volna ki célul. Vizsgálataim célul tűzték ki, hogy választ adjanak legalább néhány, a csoporttal kapcsolatban felmerült kérdésre molekuláris genetikai technikák alkalmazásának segítségével.
4
2) CÉLKITŰZÉSEK
Kutatómunkám célja az volt, hogy tisztázza a kenguru-almák taxonómiáját, valamint fajkeletkezési folyamatait vizsgálja multilókusz markerek és kloroplasztisz DNS szekvenciák alapján. A munka céljai összefoglalva:
Meghatározni a taxonómiai határokat, illetve alapot nyújtani egy új, rendszertani séma kidolgozásához molekuláris adatok alapján.
A filogenetikai kapcsolatok elemzése az Archaesolanum subgenusban a kenguru-almák rokonsági körének felderítése érdekében.
Feltételezett hibridizációs mintázatok felderítése a Solanum laciniatum, S. vescum, S. multivenosum és S. aviculare között.
Megbecsülni a csoport recens molekuláris óra segítségével.
Körvonalazni Ausztráliában.
a
csoport
5
közös ősének
biogeográfiai
korát
történetét
3) ANYAG ÉS MÓDSZER 3.1.
Az előtanulmányok során használt mintavételezés és laboratóriumi módszerek
3.1.1. Növényanyag és DNS izolálás Az előtanulmányok során használt taxonómiai mintavételezés hét, az Archaesolanum subgenusba tartozó fajt foglalt magába, valamint két akszessziót tartalmazott a S. aviculare, S. laciniatum és S. simile fajok esetében, egyet a S. linearifolium, S. capsiciforme, S. symonii és S. vescum esetében. A vizsgálatok további hét, más Solanum kládot reprezentáló külcsoportbeli fajt tartalmaztak, valamint egy, a Solanum genuson kívüli taxont (Capsicum annuum L.) is. A munkát igazoló herbáriumi példányok a Pannon Egyetem, Növénytudományi és Biotechnológia Tanszék Herbáriumában (Keszthely) míg a duplikátumok a Finn Természettudományi Múzeumban kerültek elhelyezésre. A genomi DNS extrakciót 50 mg friss fiatal levélből végeztük Walbot és Warren (1988) módosított módszere alapján. 3.1.2. Multi-lókus analízis (RAPD, SCoT, IT) Az RAPD analízis során 20 primer párt használtunk. Minden reakció megismételtünk, hogy az amplifikációk megbízhatóságát igazoljuk. A primereket random párosítottuk, elkerülve a palindrómiát és komplementaritás a primerek között. A további vizsgálatokhoz tizenkét start kódon alapú (SCoT) primert használtunk, melyet egy optimalizációs szűrés után válogattunk ki 25 primer közül. További huszonkilenc intron targeting (IT) primert terveztünk GénBanki szekvenciák szűrése után, melyek funkcionális géneket is kifejeződő szekvenciaelemeket (EST) céloztak. Teszt amplifikációk után mind a huszonkilenc primert alkalmaztuk az RAPD és SCoT analízis során használt mintákon.
6
3.1.3. Kloroplasztisz régió elemzés Kloroplasztisz vizsgálatok során a trnS és trnG gének közötti elválasztó szakaszt és a ribulóz-1,5-biszfoszfát-karboxiláz-oxigenáz (rbcL) enzimet kódoló gént felszaporítottuk. A trnS-trnG amplifikációs termékeit a HinfI, DdeI, MboI, MspI, RsaI, TaqαI és AluI restrikciós endonukleáz enzimekkel emésztettük. Az rbcL1rbcL2 régiót szintén ezen enzimekkel emésztettük, azzal a különbséggel, hogy a TaqαI és AluI enzimek helyett a HhaI-t alkalmaztuk. 3.1.4. Mitokondriális régió elmezés Ezen vizsgálatok során nyolc univerzális primert használtunk, hogy az előkíséreltekben használt minták között mitokondriális hosszpolimorfizmust detektáljunk. 3.1.5. Bináris adatok parszimónia elemzése A multi-lókusz vizsgálatok során gyűjtött RAPD és SCoT adatokat egy mátrixban egyesítettük az intron targeting (IT) adatokkal; míg a cpDNS restrikciós adatokat a mitokondriális hosszpolimorfizmus eredményeivel egyesítettük. A két adatsort (kloroplasztisz-mitokondriális és multi-lókusz sejtmagi) külön és együtt is elemeztük maximum parszimónia módszerrel valamint, fenetikus szomszéd-összevonó (Neighbor-Joining) megközelítésben is.
7
3.2.
A szekvencia elemzések során alkalmazott filogenetikai és laboratóriumi eljárások
3.2.1. Taxonómiai mintavételezés A szekvencia alapú elemzések során egy, az előtanulmányokban használt mintáktól eltérő taxonómiai mintasort használtunk. A külcsoportbeli terminálisokat több, a Solanum genusba tartozó fajjal kibővítettük. A belcsoportbeli terminálisok mintasorát további kenguru-alma herbáriumi példányokkal bővítettük. Összesen három akszessziót használtunk a S. aviculare, S. laciniatum, S. linearifolium, S. simile, S. symonii és S. vescum esetében, valamint kettőt a S. capsiciforme esetében. Csak egy mintát használtunk a rendkívül ritka S. multivenosum esetében, ahol csak néhány herbáriumi példány ismert. További más Solanum subgenusokba tartozó külcsoportbeli tagokat is bevontunk a vizsgálatokba. A molekuláris óra kalibrációjához egy távolabbi külcsoportbeli taxont (Ipomoea purpurea) is adtunk a vizsgálatokhoz, így reprezentálva a Solanaceae és Convolvulaceae családok szétválását. 3.2.2. Kloroplasztisz régiók felszaporítása, klónozása és szekvenálása Univerzális primerek segítségével a teljes trnT-trnF kloroplasztisz régiót felszaporítottuk három átfedő fragmentumban, melyek a következők voltak: a trnTUGU-5’trnLUAA elválasztó régió; az 5’trnLUAA-3’trnLUAA intron és végül a 3’trnLUAA-trnFGAA elválasztó régió. Az agaróz gélből kivágott fragmenteket vagy direkt PCR termékeket JM107 kompetens Escherichia coli törzsekbe klónoztuk. A kívánt inszertet hordozó klónokból plazmidot tisztítottunk, majd ezeket mind két irányban szekvenáltuk.
8
3.2.3. Szekvencia összerendezés és filogenetikai elemzés A szekvenciák összerendezését a BIOEDIT programba épített ClustalW algoritmussal végeztük a megadott alapbeállítások mellett. A filogenetikai elemzést maximum parszimónia megközelítésben a Nona és Winclada programok segítségével végeztük el. Mivel a többszörös minták az egyes fajokon belül nem mutattak eltérést, ezért csak egy mintát hagytunk az elemzésben, amely így 31 terminálist tartalmazott. Négy különböző elemzési eljárást alkalmaztunk különböző beállításokkal. 3.2.4. Molekuláris óra és a divergencia korának becslése A megfelelő nukleotid szubsztitúciós modell kiválasztásához a jModelTest-et használtuk, hogy Bayes-féle információs kritérium (BIC) alapján kiszámítsa az egyes nukleotidok közötti változások valószínűségét a filogenetikai fák mentén. Vizsgálatainkhoz a GTR+Γ (General Time Reversible + Gamma) volt a legmegfelelőbb statisztikai modell. A fa topológiáját, valamint az egyes nóduszok korát és szubsztitúciós rátáját ezzel párhuzamosan Bayes-alapú Markov chain Monte Carlo (MCMC) szimulációkkal is megbecsültük a BEAST v. 1.5.2. program segítségével. Az elemzés során a BEAST programba épített, nem-korreláló lognormális eloszlású (UCLD) relaxált órát alkalmaztunk, amely lehetővé tette, hogy a fa egyes ágai független óra rátával rendelkezzenek, figyelmen kívül hagyva a szubsztitúciós ráta és fa közötti korrelációt. A millió évenkénti (MY) szubsztitúció átlagát 0.0007 értékben rögzítettük, korábbi a cpDNS kódoló és nem kódoló régióit érintő becslések alapján (Palmer 1991; Schnabel and Wendell 1998). Csoportonként konstans speciációt feltételezve a Yule-féle speciációs folyamatot alkalmaztuk a fa priori információjaként, melyet faj-szintű filogenetikai elemzésekhez javasolnak (Drummond et al. 2006). Az operátorokat automatikusan kalibráltuk és a kezdő fát random módon választottuk ki. Az óra kalibrációs pontjának megválasztásához fosszilis adatok szolgáltak, hogy az eltéréseket csökkentsük, illetve
9
pontosabb korbecslést kapjunk (Crepet et al. 2004). A koronacsoportot a recens közös ős (MRCA) módszere alapján határoztuk meg, így az változatos taxonómiai kompozícióval rendelkezhetett a posteriori térben. A nóduszoknál, mint kalibrációs pontoknál normál eloszlású proirokat alkalmaztunk: a Solanum és Physalis recens ősének korát 10 (MY) millió évben (4MY SD); az Ipomoea purpurea nódusz esetében a Solanaceae és Convolvulaceae családok szétválásának esetében 52 (MY) millió évben (5.2 MY SD) határoztuk meg. Két különálló futtatást végeztünk 10 millió generáción át, mintázva minden 1000.-ik fát 1 millió generációs burn-in periódussal. A két külön futtatás eredményeinek konvergenciáját a Tracer v. 1.5 programmal elemeztük, majd egy konszenzus log fájlban egyesítettük a LogCombiner v. 1.5.2 programmal. 3.2.5. Geotérbeli elemzés Az elterjedési adatok és a parszimónia elemezés adatainak egyesítéséhez a GenGIS v. 1.08 programot használtuk. Ennek célja az volt, hogy végigkövessük és rekonstruáljuk azokat a folyamatokat, amelyek szerepet játszhattak a csoport jelenlegi elterjedésében. Első lépésként digitális térkép adatokat szerkesztettünk a GenGIS MapMaker programjával a Natural Earth (http://www.naturalearthdata.com/) térképeit használva. A kengurualma adatsorral kapcsolatos georeferencia specifikus térképet a világtérképen körülhatároltuk és szerkesztettük. A koordinátákat, a faj- és helyneveket tartalmazó terület fájlt csak vesszővel elválasztott formátumban manuálisan készítettük. A végső parszimónia alapú konszenzus fát használtuk input filogenetikai fának. A fa ideális térbeosztásának meghatározásához a GenGIS elágaztatás és korlátozás (branch-and-bound) algoritmusát használtuk, amellyel meghatároztuk a levelek és az internódiumok optimális helyzetét, mely minimalizálta a keletkező kereszteződések
10
számát. A kladogramok 2D transzformációjához a hosszanti geográfiai tengelyeket tetszőlegesen helyeztük el. A terminálisok és a hosszúsági/szélességi fokok közötti lehetséges kapcsolatok felderítésére lineáris regresszió analízist végeztünk minden transzformáció esetében. Ezt a GenGIS programba ágyazott permutációs tesztel végeztük 1000 iterrációban a fa nóduszainak randomizációjával, hogy megállapítsuk a fa leveleinek térbeli elhelyezkedését, valamint azt, hogy mindezt a véletlen események milyen mértékben befolyásolják. 3.2.6. Történeti biogeográfia Vizsgáltuk továbbá a kenguru-almák mai elterjedési areáját feltehetően kialakító tényezőit oly módon, hogy esemény alapú diszperzió-vikariancia elemzés (DIVA; Ronquist 1997) és őssúlyozott terület analízis (WAAA, Hausdorf 1998) segítségével rekonstruáltuk a csoport legvalószínűbb ősi területét. Az elemzés során a következő területegységeket alakítottuk ki: Dél- és Délnyugat-Ausztrália partvidéke (A), Dél- és Délnyugat-Ausztrália belső területei (B), Dél-New South Wales (C), Kelet-New South Wales (D), Kelet-Victoria (E), Tasmania (F), Dél-Victoria (G), Queensland (H), Új-Zéland (I), és Pápua Új-Guinea (J). A WAAA elemzéshez a BEAST és parszimónia elemzés kladogramjait használtuk (mindkettő egyező topológiát mutatott). A taxon-area kladogramokat úgy állítottuk elő, hogy a terminálisok neveit lecseréltük azon régiók neveire, amelyben előfordulnak. A területeket egyszeres transzformációs sorozatként kezeltük. A területelemzés mellett a csoportra ható egyes klimatikus tényezők hatását is vizsgáltuk a SEEVA v.0.33 program segítségével.
11
4) ÚJ TUDOMÁNYOS EREDMÉNYEK 1)
A Solanum laciniatum eredetével kapcsolatban két hipotézist fogalmaztunk meg. A hibrid speciáció feltehetően két módon történhetett: lehetséges, hogy a S. laciniatum, a S. aviculare és S. vescum hibridje, melynek teljes genomja egy autopoliploidizációs esemény során megduplázódott. Ez az alternatív hipotézis csak akkor lehetséges, ha a S. laciniatum egy ősi hibrid. A másik feltevés szerint a S. laciniatum autopoliploidia útján jött létre, oly módon, hogy a S. aviculare teljes genomja megduplázódott posztzigótikus izolációt hozva létre.
2)
Az Archaesolanum klád monofiletikus eredete alapján, javaslom a csoport subgenus szinten való megtartását mindaddig, amíg a csoport tágabb rokonsági viszonyai teljesen nem válnak ismerté.
3)
A divergencia korának becslése során megállapítottam, hogy a kenguru-almák recens közös őse a késő Miocén (~ 9 millió év) korból való, így egy olyan flóraelemet képvisel, amely a kontinens izolációja után érkezett és terjed el. A kenguru-almák feltehetőleg nem vikariancia útján kerültek a csendes-óceáni térségbe, amely megelőzte volna Gondwana felbomlását valamint Dél-Amerika és Ausztrália szétválását.
4)
A Csendes-óceán délnyugati térségében a kenguru-almák feltehetően egy nagytávolságú elterjedési esemény és az azt követő fajképződési folyamatok következtében jöttek létre. Ez egy óceánokon átívelő elterjedési esemény következménye.
5)
A csoporton belül két jól támogatott szubkládot azonosítottam: az egyiket, amely a S. capsiciforme + S. symonii + S. simile fajokból áll, Similia kládnak neveztem el. A másik kládot AviculariaLaciniata kládnak neveztem el, ezt további két szubkládra bontottam, amelyet a S. vescum + S. linearifolium és S. laciniatum + S. aviculare + S. multivenosum formálta csoportok alkotnak.
12
6) Az Archaesolanum subgenus két szubkládja feltehetően a korai Pliocén korban alakult ki az ausztrál kontinens belső területeinek aridifikációja során és a késő Pliocén korban (kb. 3 millió éve) további diverzifikáción ment keresztül az esőerdők rövid felvirágzásának köszönhetően. A korábbi kiszáradási fázis indította el a Similia és az Avicularia-Laciniata kládok kb. 6.5 millió évvel ezelőtti szétválását, míg a későbbi rövid esőerdő felvirágzási periódus fajképződéshez vezetett a két csoporton belül. 7) A Solanum multivenosum feltehetően vikariancia útján jött létre, Pápua Új-Guinea magas hegygerincének folyamatos felemelkedése közben, így a többi fajtól izolálódott és a helyi klimatikus tényezőkhöz adaptálódott.
13
5) IRODALOMJEGYZÉK Brown LR (1994) State of the World, Norton, New York Drummond AJ, Ho SYW, Phillips MJ, Rambaut A (2006) Relaxed phylogenetics and dating with confidence. PLoS Biology 4:e88 Crepet WL, Nixon KC, Gandolfo MA (2004) Fossil evidence and phylogeny: the age of major angiosperm clades based on mesofossil and macrofossil evidence from cretaceous deposits. Am J Bot 91:1666-1682 Hausdorf B (1998) Weighted ancestral area analysis and a solution of the redundant distribution problem. Syst Biol 47:445-456 Palmer JD (1991) Plastid chromosome: structure and evolution. In: Bogorad L, Vasil IK, (Eds) The molecular biology of plastids. San Diego, USA, Academic Press pp. 5–53 Ronquist F (1997) Dispersal-vicariance analysis: a new approach to the quantification of historical biogeography. Syst Biol 46:195-203 Schnabel A, Wendell JF (1998) Cladistic biogeography of Gleditsia (Leguminosae) based on ndhF and rpl16 chloroplast gene sequences. Am J Bot 85:1753-1765 Vleeshouwers VGAA, Martens A, Dooijeweert WV, Colon LT, Govers F, Kamoun S (2001) Ancient diversification of the Pto kinase family preceded speciation in Solanum. MPMI 14:996-1005 Weese TL, Bohs L (2010) Eggplant origins: out of Africa, into the Orient. Taxon 59:49-56 Walbot V, Warren C (1988) Regulation of Mu element copy number in maize lines with an active or inactive Mutator transposable element system. Mol Gen Genet 211:27-34
14
6) PUBLIKÁCIÓS LISTA A doktori (PhD) értekezéshez kapcsolódó publikációk 1. Lektorált nemzetközi folyóiratok POCZAI P, TALLER J, SZABÓ I (2008) Analysis of phylogenetic relationships in the genus Solanum (Solanaceae) as revealed by RAPD markers. Plant Systematics and Evolution 275:59-67. IF:1.492 POCZAI P, HYVÖNEN J (2010) Nuclear ribosomal spacer regions in plant phylogenetics: problems and prospects. Molecular Biology Reports 37:1897-1912. IF:2.038. POCZAI P, CERNAK I, GORJI AM, NAGY S, TALLER J, POLGAR Z (2010) Development of intron targeting (IT) markers for potato and cross-species amplification in Solanum nigrum (Solanaceae). American Journal of Botany 97: e142-e145. IF:2.684 POCZAI P, CSEH A, TALLER J, SYMON DE. (2011) Genetic diversity and relationships in Solanum Subg. Archaesolanum (Solanaceae) based on RAPD and chloroplast PCR-RFLP analyses. 291:35-47. Plant Systematics and Evolution IF: 1.410. POCZAI P, HYVÖNEN J, SYMON DE (2011) Phylogeny of kangaroo apples (Solanum Subg. Archaesolanum) Molecular Biology Reports doi:10.1007/s11033-011-0675-8. IF: 2.038.
15
2. Lektorált hazai folyóiratok (Magyar nyelven) POCZAI P (2011) A fekete csucsorfélék (Solanum L. sectio Solanum) biológiája, taxonómiája és felhasználásának lehetőségei. Botanikai Közlemények, megjelenés alatt.
3. Konferenciák, előadások Nemzetközi konferenciák POCZAI P, TALLER J, HYVÖNEN J (2010) Genetic diversity of black nightshades (Solanum sect. Solanum) In: Green Plant Breeding Technologies Vienna, Austria Febr. 2-5. 2010, Abstract book pp. 80. Hazai konferenciák (Magyar nyelven) POCZAI P (2008) Tévedés vagy történelem- Kitaibel Pál herbáriumának molekuláris genetikai vizsgálata. Pro Scientia Aranyérmesek IX. Konferenciája, Kaposvár, pp. 79-83.
A doktori (PhD) értekezéshez nem kapcsolódó publikációk 1. Lektorált nemzetközi folyóiratok POCZAI P, MÁTYÁS K., TALLER J, SZABÓ I (2010) Study of the origin of the rarely cultivated edible Solanum species: morphological and molecular data. Biologia Plantarum 54(3):543546. IF:1.656 POCZAI P, HYVÖNEN J. (2011) On the origin of Solanum nigrum: can networks help? Molecular Biology Reports 38:11711185. IF:2.038
16
GORJI AM, POCZAI P, POLGAR Z, TALLER J (2011) Efficiency of arbitrarily amplified dominant markers (SCOT, ISSR and RAPD) for diagnostic fingerprinting in tetraploid potato. American Journal of Potato Research doi:10.1007/s12230-011-9187-2 IF:0.667 POCZAI P, MÁTYÁS KK, SZABÓ I, VARGA I, HYVÖNEN J, CERNÁK I, GORJI AM, DECSI K, TALLER J (2011) Genetic variability of thermal Nymphaea (Nymphaeaceae) populations based on ISSR markers: implications on relationships, hybridization and conservation. Plant Molecular Biology Reporter doi:10.1007/s11105-011-0302-9. IF:0.711 2. Könyv fejezetek POCZAI P (2010) Nuclear ribosomal spacer regions. In: ELDEFRAWY MM, SALEH FM, POCZAI P, YOUSSEF M, HASSAN MI (Eds) A Practical Course in Principles of Molecular Biology, Assiut, Egypt pp. 17-19. POCZAI P (2010) Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). In: EL-DEFRAWY MM, SALEH FM, POCZAI P, YOUSSEF M, HASSAN MI (Eds) A Practical Course in Principles of Molecular Biology, Assiut, Egypt pp. 82-88. 3. Lektorált hazai folyóiratokban (Angol nyelven) POCZAI P, TALLER J, SZABÓ I (2009) Molecular genetic study on a historical Solanum (Solanaceae) herbarium specimen collected by Paulus Kitaibel in the 18th century. Acta Botanica Hungarica 51(3-4):337-346.
17
4. Konferenciák, poszterek Poszterek MÁTYÁS K, POCZAI P, CERNÁK I, SZABÓ I, TALLER J (2009) Genetic diversity in thermal Nymphaea (Nymphaeaceae) populations based on ISSR markers: implications on phylogeny, hybridization and conservation. IAVS European Vegetation Survey 18th Workshop Rome, Italy. SZABÓ I, KERCSMÁR V, POCZAI P, TALLER J (2010) Morphological and molecular genetic traits of the Hungarian Bear’s Ear (Primula hungarica Borbás 1895 s. ampl.) 19th International Workshop of European Vegetation Survey. 27 Apr- 02 May, 2010. University of Pécs, Hungary. Hazai konferenciák POCZAI P, SZABÓ I, TALLER J (2005) Különböző Solanum vonalak molekuláris genetikai vizsgálata. XI. Ifjúsági Tudományos Fórum, Keszthely, CD kiadvány. POCZAI P, SZABÓ I, TALLER J (2006) A Solanum melanocerasum All. és alakkörének jellemzése molekuláris genetikai módszerekkel. XII. Ifjúsági Tudományos Fórum, Keszthely, CD kiadvány. POCZAI P (2007) A Solanum genus taxonómiai változásai napjainkban – irodalmi feldolgozás. XIII. Ifjúsági Tudományos Fórum, Keszthely, CD kiadvány. MÁTYÁS K, POCZAI P, CERNÁK I, SZABÓ I, TALLER J (2009) A hévízi tündérrózsa fajok monitorozása és populációgenetikai vizsgálata. XV. Ifjúsági Tudományos Fórum, Keszthely, CD kiadvány.
18
SZÜCS R, NÉMETH SZ, BUDAHÁZI A, POCZAI P, ZIJIE L., ORBAN L (2009) Két sziklahal faj (Scorpaena porcus és S. scrofa) elkülönítése molekuláris genetikai módszerekkel. XV. Ifjúsági Tudományos Fórum, Keszthely, CD kiadvány. SZÜCS R, NÉMETH SZ, BUDAHÁZI A, POCZAI P, ZIJIE L, ORBÁN L (2009), A ponty pikkelymintázat öröklődése, és az abból következő néhány gyakorlati következmény újragondolása. XXXIII. Halászati Tudományos Tanácskozás, Szarvas, Abstract book. POCZAI P (2010) Egy ígéretes új módszer, a filogenetikai hálózatok alkalmazásának lejtőségei a komplex evolúciós események rekonstrukciójában. In: MTA Veszprémi Területi Bizottsága Tudományos Előadások 2010, VSP Nyomda, Pétfürdő, pp. 39-46. TALLER J, CERNÁK I, MÁTYÁS KK, POCZAI P, CSEH A (2010) Az ürömlevelű parlagfű (Ambrosia artemisiidolia L.) atrazin és ALS-gátló hatóanyagú herbicidekkel szembeni rezisztenciájának molekuláris genetikai vizsgálata. XX. Keszthelyi Növényvédelmi Fórum, 2010. jan. 27-29, Keszthely, pp. 151. SZÜCS R, NÉMETH SZ, ZIJIE L, POCZAI P, ORBÁN L, BERCSÉNYI M (2010), Sziklahal fajok (Scorpaenidae, Teleostei) elkülönítése két molekuláris genetikai módszerrel. XXXIV. Halászati Tudományos Tanácskozás, Szarvas, Abstract book 5. Program, szoftver NAGY S, CERNÁK I, POCZAI P, TALLER J (2008) PICcalc: An on-line polymorphic information content calculator. http://www.georgikon.hu/pic/english/default.aspx
19
