OBSAH. PP Master Mixy PPP Master Mix 12 Plain PP Master Mix 13 Combi PPP Master Mix 14

OBSAH DNA polymerázy pro PCR a pufry . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 Taq DNA polymeráza Taq DNA polymeráza Unis Taq-Purple DNA polymeráza Taq DNA polymeráza 1.1 Combi Taq DNA polymeráza LA DNA Polymerases Mix 10x koncentrovaný PCR Blue Buffer

4 5 6 7 8 9 10

PP Master Mixy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 PPP Master Mix Plain PP Master Mix Combi PPP Master Mix

12 13 14

qPCR Master Mixy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

15

new new new

16 17 18

qPCR 2x Master Mix qPCR 2x Blue Master Mix qPCR 2x SYBR Master Mix

Další enzymy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 RNáza bez DNáz M-MLV reverzní transkriptáza

19 20

Izolace DNA a RNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 DNA Lego kit RNA Blue RT-PCR kit RNA Blue RNA nosičTB

22 23 24 25

DNA markery . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 new new new

DNA marker 200-1500 DNA marker 200-1500 coloured DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) coloured DNA marker 155-970 DNA marker 155-970 coloured

27 27 28 28 29 29

Další materiály pro PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 PCR dNTP mix PCR Et-OH PCR EnhancerTB PCR H2O PCR Ultra H2O PCR olej Micro Check (kalibrační špička)

30 30 31 32 32 33 33

Materiály pro elektroforézu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 PCR agarózaTB PCR ethidium bromidTB PCR vkládací pufrTB PCR vkládací pufr Edge PCR vkládací pufr Red load a Yellow load

35 36 36 36 37

Technické specifikace Technické informace, objednávky a obchodní podmínky

38 40

1

Vážení zákazníci, firma Top-Bio, s.r.o. založena 1. listopadu 1995 se specializuje na výrobu vybraných látek, důležitých pro široké využití molekulárně - genetických metod v řadě oblastí základního i aplikovaného výzkumu a výrobní praxe. Konkrétně se jedná o enzymy a další látky nezbytné pro amplifikaci DNA pomocí tzv. polymerázové řetězové reakce (PCR). Top-Bio, s.r.o. vznikla jako “spin-off” firma Ústavu molekulární genetiky AVČR. V počátečním období byla firma součástí tzv. Inkubátoru Technologického centra AVČR, který byl lokalizován v areálu biologických ústavů AVČR v Praze 4 Krči. V roce 2002 se část firmy přestěhovala do nových prostor ve Vestci u Prahy a rozšířila výrobnu.

Mezi charakteristické rysy firmy patří (firemní desatero): 1. výroba reagens nejvyšší dosažitelné kvality, 2. náročná výstupní kontrola, 3. zajištění optimálních podmínek pro skladování a přepravu výrobků a vyznačení expirační doby u všech výrobků, 4. rychlé a kompetentní vyřizování technických dotazů - v pracovní dny obvykle do 4 hod. po obdržení dotazu, 5. rychlé vyřizování objednávek v celé ČR - v pracovní dny obvykle do 24 hod. po obdržení objednávky, 6. vzhledem ke kvalitě výrobků bezkonkurenční ceny, 7. výrazné slevy při odběrech většího množství výrobků, 8. široké uspokojování požadavků na platby (volba termínu platby), 9. rychlé a vstřícné vyřizování reklamací, 10. důraz na inovace odrážející aktuální vědecké poznatky.

2

DNA polymerázy pro PCR a pufry Taq DNA polymeráza Taq DNA polymeráza Unis Taq-Purple DNA polymeráza Taq DNA polymeráza 1.1 Combi Taq DNA polymeráza LA DNA Polymerases Mix 10x koncentrovaný PCR Blue Buffer PCR je jednou z nejvýznamnějších molekulárně-genetických technik. Tato technika slouží k rychlé produkci velkého počtu kopií fragmentů DNA. Pořadí nukleotidů v DNA fragmentech vytvořených v PCR odpovídá pořadí nukleotidů v templátové DNA (například genomová DNA nebo cDNA). Velikost amplifikovaných úseků je vymezena oligonukleotidovými primery (očka), které nasedají na templátovou DNA. Reakční směs pro PCR obsahuje:

1. 2. 3. 4. 5.

teplotně-rezistentní DNA polymerázu pufr dNTP (stavebni kameny DNA) templátovou DNA dvojici oligonukleotidových primerů

V průběhu PCR dochází k denaturaci templátové DNA, nasednutí primerů a extenzi DNA od primeru ve směru 5´-> 3’. Tyto kroky PCR, které mají odlišná teplotní optima se mnohokrát opakují (obvykle 20 – 40x). Provedení PCR v přístrojích (cyklerech) umožňujících automatické změny teploty zásadním způsobem zjednodušuje proces amplifikace DNA fragmentů. Z hlediska provádění PCR mají rozhodující význam DNA polymerázy, které jsou rezistentní k teplotám, při kterých dochází k denaturaci DNA (94oC). Firma Top-Bio dodává 6 preparátů polymeráz, které mají různou využitelnost (viz. Tabulka). Tyto polymerázy se kombinují s dalšími komponentami PCR reakčních směsí.

Tabulka Využitelnost teplotně rezistentních polymeráz Top-Bio provenience pro různé typy PCR. PCR dlouhých fr.

Přesná PCR na klonace DNA fr.

Hot start PCR

PCR s vysokým výtěžkem DNA fr.

Speciální aplikace

Polymerázy Taq DNA pol. Taq DNA pol. Unis Taq-Purple DNA pol. Taq DNA Pol. 1.1 Combi Taq DNA pol. LA DNA pol. Mix

+ + + + + -

+

+

+ -

+ + -

+ + -

Preparát, který je označen Combi, obsahuje teplotně-sensitivní protilátku specifickou pro DNA polymerázy. Tato protilátka blokuje enzymovou aktivitu, která je následně zrušena v prvním denaturačním kroku PCR. Teplotní citlivost protilátky umožňuje její efektivní využití v tzv. “hot start” PCR, kdy amplifikace DNA fragmentů nastává až po dosažení denaturační teploty. Technické specifikace polymeráz jsou uvedeny v části technické specifikace (str. 38).

DNA polymerázy a pufry

Rutinní diagnost. PCR

3

Taq DNA polymeráza KLÍČOVÉ REAGENS PRO AMPLIFIKACI FRAGMENTŮ DNA V PCR Taq DNA polymeráza je termostabilní enzym izolovaný z Thermus aquaticus. Tento nemodifikovaný enzym replikuje DNA při 74oC a má poloviční účinnost 40 min. při 95oC (Chien, A. et al., J. Bacteriol., 127: 1550-557, 1976; Kaledin A.S. et al., Biokhimiia, 45: 644-651, 1980). Tento enzym katalyzuje polymerizaci nukleotidů na základě templátu a oligonukleotidového očka ve směru 5’->3’ v přítomnosti hořčíku a má rovněž 5’->3’ exonukleázovou aktivitu.

Definice jednotky: jedna jednotka Taq DNA polymerázy je definována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného trichloroctovou kyselinou (TCA za 30 min. při 72oC).

Reakční podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 při 25oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100, 1,5 mM

MgCl2, 200 μM dATP, dCTP, dGTP a [α-32P]dTTP, 50 μg/ml denaturované cDNA, 0,5 μM odpovídajícího primeru a 0,2 - 0,5 U enzymu v objemu 50 μl.

Balení:

Koncentrace: 5 U/μl.

• 1 zkumavka s Taq DNA polymerázou v objemu 20 μl (100 U) nebo 100 μl (500 U), • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakčním pufrem (1,5 ml).

Skladování: při teplotě -20oC společně s 10x konc. reakčním pufrem. Materiál snáší opakované rozmrazování.

Při požadavku na změnu v koncentraci MgCl2 je možno namísto 10x konc. reakčního pufru dodat set obsahující Čistota: preparát je prostý nukleáz. Enzym 1 zkumavku s 10x konc. reakčním pufrem bez MgCl2 (1,5 ml) a migruje při SDS PAGE jako jediný proužek 1 zkumavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml). o molekulové hmotnosti 94 kD.

Skladovací pufr: 20 mM HEPES, pH 7,9, 100 mM KCl, 10x reakční pufr s MgCl2: 100 mM 0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5 mM PMSF, stabilizátor, 50% Tris-HCl, pH 8,8 (při 25oC), 500 mM KCl, glycerol. 1% Triton X-100, 15 mM MgCl2.

Kontrola kvality: při použití doporučeného protokolu pro přípravu vzorků (viz níže) a vhodné kombinace DNA a primerů je výsledkem PCR DNA, která po elektroforetické analýze dává jediný proužek barvitelný ethidium bromidem a má odpovídající velikost. Kontrola kvality zahrnuje atest dokumentující závislost množství výsledného produktu na množství přidané Taq DNA polymerázy. Typický výsledek atestu je uveden na obr. 1.


Doporučený protokol pro přípravu vzorků pro PCR

4

Smíchat: • 41,5 μl PCR H2O • 5 μl 10x koncentrovaného reakčního pufru (dodávaného s enzymem) • 1 μl 10 mM dNTP mix (10 mM dATP, 10 mM dCTP, 10 mM dGTP a 10 mM dTTP) • 0,5 μl 50 μM 5’ primeru • 0,5 μl 50 μM 3’ primeru • 0,5 μl Taq DNA polymerázy (2,5 U) • 1 μl testované DNA Při testování více vzorků DNA je vhodné připravit tzv. Master Mix, ve kterém jsou objemy jednotlivých komponent násobkem počtu vzorků DNA. Master Mix je rozdělen po 49 μl do zkumavek a do každé z nich je přidán 1 μl studované DNA.

Obr. 1. Elektroforetická separace fragmentů DNA generovaných v PCR (Fr.) s použitím různých koncentrací Taq DNA polymerázy. Vzniklá DNA byla analyzována v 1% agarozovém gelu a barvena ethidium bromidem (0,5 μg/ml). PCR byla provedena v objemu 50 μl/zkumavku a obsahovala následující množství Taq DNA polymerázy: 2,5 U (B), 1U (C), 0,5U (D). Poloha fragmentů DNA markeru 155-970 je rovněž uvedena (A). Amplifikovaný materiál: plasmidová DNA (1ng).

950 750 -

- Fr

A

Objednávky:

B

C

D

Kat. číslo

Název

Balení

Cena

T 031

Taq DNA polymeráza

100 U

700,- Kč

T 032

Taq DNA polymeráza

500 U

2.900,- Kč

T 033

Taq DNA polymeráza

5 x 500 U

12.300,- Kč

T 034

Taq DNA polymeráza

10 x 500 U

23.000,- Kč

T 035

10x konc. Taq pufr bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml + 0,5 ml 60,- Kč

Taq DNA polymeráza Unis KLÍČOVÉ REAGENS PRO AMPLIFIKACI ZVÝŠENÉHO MNOŽSTVÍ FRAGMENTŮ DNA V PCR Jedná se o DNA polymerázu izolovanou z Thermus Aquaticus v univerzálním skladovacím pufru.

Definice jednotky: jedna jednotka Taq DNA polymerázy Unis je definována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. při 72oC. Reakční podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 při 25oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100, 1,5 mM


Koncentrace:5 U/μl.

Balení: • 1 zkumavka s Taq DNA polymerázou Unis v objemu 20 μl

(100 U) nebo 100 μl (500 U), • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakčním pufrem (1,5 ml).

Skladování: při teplotě -20oC společně

s 10x konc. reakčním pufrem. Materiál snáší Při požadavku na změnu v koncentraci MgCl2 je možno opakované rozmrazování. namísto 10x konc. reakčního pufru dodat set obsahující Čistota: preparát je prostý nukleáz. Enzym 1 zkumavku s 10x konc. reakčním pufrem bez MgCl2 (1,5 ml) a migruje při SDS PAGE jako jediný proužek 1 zkumavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml). o molekulové hmotnosti 94 kD.

Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25 oC), 10x reakční pufr s MgCl2: 100 mM 100 mM KCl, 0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 500 mM KCl, 0,5% Tween 20, 50% glycerol. 1% Triton X-100, 15 mM MgCl2.

Kontrola kvality: při použití doporučeného protokolu pro přípravu vzorků a vhodné kombinace DNA a primerů je výsledkem PCR DNA fragment, který po elektroforetické separaci a barvení pomocí ethidium bromidu dává proužek odpovídající velikosti. Doporučený protokol: viz. Taq DNA polymeráza (str. 4). Odlišný skladovací pufr umožňuje využít tuto polymerázu v kombinaci s pufry, které se využívají pro speciální aplikace, včetně amplifikace dlouhých fragmentů DNA. Taq DNA polymeráza Unis vykazuje v některých kombinacích primerů a DNA templátů podstatně vyšší účinnost než původní Taq DNA polymeráza. To umožňuje redukovat její množství na polovinu: 1,25 U/50 μl reakční směsi.

Kat. číslo

Název

Balení

Cena

T 036

Taq DNA polymeráza Unis

100 U

700,- Kč

T 037


500 U

3.000,- Kč

T 038


5 x 500 U

12.500,- Kč

T 039


10 x 500 U

23.700,- Kč


Objednávky:

5

Taq-Purple DNA polymeráza DNA POLYMERÁZA Z THERMUS AQUATICUS S PŘÍDAVKEM INERTNÍHO BARVIVA Ve srovnání s běžně používanými polymerázami má Taq-Purple DNA polymeráza několik výhod: • barvivo stabilizuje enzym a prodlužuje jeho životnost, • koncentrace enzymu (1 U/μl) usnadňuje přesnější dávkování enzymu, • barvivo a glycerol zvyšují hustotu PCR reakční směsi, kterou lze přímo nanášet na gel (bez požadavku na přidání vkládacího pufru), • barvivo usnadňuje manipulaci s enzymem a umožňuje vizuání kontrolu jeho promíchání, • barvivo neovlivňuje reakční podmínky PCR (včetně koncentrace Mg2+), • barvivo má vyšší pohyblivost než nukleotidy a tedy neinterferuje s kvantifikací DNA fragmentů.

Definice jednotky: jedna jednotka Taq-Purple DNA polymerázy je definována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. při 72oC.



Balení:


• 1 zkumavka s Taq-Purple DNA polymerázou v objemu 100 μl (100 U) nebo 500 μl (500 U) • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakčním pufrem (1,5 ml).

Skladování: při teplotě -20oC společně

s 10x konc. reakčním pufrem. Materiál snáší Při požadavku na změnu v koncentraci MgCl2 je možno opakované rozmrazování. namísto 10x konc. reakčního pufru dodat set obsahující 1 zku- Čistota: preparát je prostý nukleáz. Enzym mavku s 10x konc. reakčním pufrem bez MgCl 2 (1,5 ml) a migruje při SDS PAGE jako jediný proužek 1 zkumavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml). o molekulové hmotnosti 94 kD.

Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25oC), 100 mM 10x reakční pufr s MgCl2: 100 mM KCl, 0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, 0,5% Tris-HCl, pH 8,8 (při 25oC), 500 mM KCl, Tween 20, inertní barvivo, 50% glycerol. 1% Triton X-100, 15 mM MgCl2.

Kontrola kvality: při použití doporučeného protokolu pro přípravu vzorků a vhodné kombinace DNA a primerů je výsledkem PCR DNA fragment, který po elektroforetické separaci a barvení pomocí ethidium bromidu dává proužek odpovídající velikosti.


Doporučený protokol pro přípravu vzorků pro PCR

6

Smíchat: • 39,5 μl PCR H2O • 5 μl 10x koncentrovaného reakčního pufru (dodávaného s enzymem) • 1 μl 10 mM dNTP mix (10 mM dATP, 10 mM dCTP, 10 mM dGTP a 10 mM dTTP) • 0,5 μl 50 μM 5’ primeru • 0,5 μl 50 μM 3’ primeru • 2,5 μl Taq-Purple DNA polymerázy (2,5 U) • 1 μl testované DNA Při testování více vzorků DNA je vhodné připravit tzv. Master Mix, ve kterém jsou objemy jednotlivých komponent násobkem počtu vzorků DNA. Master Mix je rozdělen po 49 μl do zkumavek a do každé z nich je přidán 1 μl studované DNA.

Objednávky: Kat. číslo

Název

Balení

Cena

T 106

Taq-Purple DNA polymeráza

100 U

700,- Kč

T 107


500 U

3.000,- Kč

T 108


5 x 500 U

12.500,- Kč

Taq DNA polymeráza 1.1 KLÍČOVÉ REAGENS PRO AMPLIFIKACI FRAGMENTŮ DNA V PCR Jedná se o DNA polymerázu izolovanou z Thermus aquaticus o koncentraci 1 U/μl. Snížená koncentrace enzymu usnadňuje přesnější dávkování. Enzym se dodává s 10x koncentrovaným reakčním Blue Bufferem (1,5 ml).

Definice jednotky: jedna jednotka Taq DNA polymerázy 1.1 je definována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. při 72oC.

Reakční podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 při 25 oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100,

1,5 mM MgCl2, 200 μM dATP, dCTP, dGTP a [α-32P]dTTP, 50 μg/ml denaturované cDNA, 0,5 μM odpovídajícího primeru a 0,2 - 0,5 U enzymu v objemu 50 μl.

Balení:


• 1 zkumavka s Taq DNA polymerázou 1.1 v objemu 100 μl (100 U) nebo 500 μl (500 U) • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakčním Blue Bufferem (1,5 ml).

Skladování: při teplotě -20oC společně s 10x konc. reakčním pufrem. Materiál snáší opakované rozmrazování.

Při požadavku na změnu v koncentraci MgCl2 je možno namísto 10x konc. reakčního Blue Buffru dodat set obsa- Čistota: preparát je prostý nukleáz. Enzym mihující 1 zkumavku s 10x konc. reakčním Blue Bufferem bez gruje při SDS PAGE jako jediný proužek o molekuMgCl2 (1,5 ml) a 1 zkumavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml). lové hmotnosti 94 kD.

Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25oC), 100 mM 10x reakční PCR Blue Buffer s MgCl2: KCl, 0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, 0,5% 750 mM Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 200 mM (NH4)2SO4, 0,1% Tween 20, 25 mM MgCl2. Tween 20, 50% glycerol.


Doporučený protokol: odlišný skladovací pufr umožňuje využít tuto polymerázu v kombinaci s pufry, které se využívají pro speciální aplikace, včetně amplifikace dlouhých fragmentů DNA. Taq DNA polymeráza 1.1 vykazuje v některých kombinacích primerů a DNA templátů podstatně vyšší účinnost než původní Taq DNA polymeráza. To umožňuje redukovat její množství na polovinu (1,25 U/50 μl reakční směsi).

Kat. číslo

Název

Balení

Cena

T 111

Taq-Purple DNA polymeráza 1.1

100 U

700,- Kč

T 112


500 U

3.000,- Kč

T 113


5 x 500 U

12.500,- Kč

T 114


10 x 500 U

16.350,- Kč

T 059

10x PCR Blue Buffer bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml + 0,5 ml 60,- Kč


Objednávky:

7

Combi Taq DNA polymeráza TAQ DNA POLYMERÁZA S MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKOU ANTI-TAQ Protilátka blokuje enzymovou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožňuje zahájení polymerázové reakce před vlastní PCR. Při denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Tato tzv. “hot start” PCR je zvláště vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplifikaci nespecifických fragmentů DNA, k nízké amplifikaci DNA fragmentů, popřípadě k tvorbě artefaktů vznikajících amplifikací kombinovaných primerů. Oblast využití Combi Taq DNA polymerázy zahrnuje amplifikace komplexních genomických nebo cDNA templátů, nízkých počtů templátů ve velkém počtu termálních cyklů (>35) anebo použití mnohočetných párů primerů v téže reakční směsi.

Definice jednotky: jedna jednotka Combi Taq DNA polymerázy je definována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. při 72oC. Reakční podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 při 25oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100, 1,5 mM


Balení:

Koncentrace: 1 U/μl • 1 zkumavka s Combi Taq DNA polymerázou v objemu 100 μl Skladování: při teplotě -20oC společně (100 U) nebo 500 μl (500 U), • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakčním pufrem (1,5 ml). s 10x konc. reakčním pufrem. Materiál snáší opakované rozmrazování. Při požadavku na změnu v koncentraci MgCl2 je možno Čistota: preparát je prostý nukleáz. Enzym namísto 10x konc. reakčního pufru dodat set obsahující 1 zku- migruje při SDS PAGE jako jediný proužek o mavku s 10x konc. reakčním pufrem bez MgCl 2 (1,5 ml) a relativní molekulové hmotnosti 94 kD. Protilát1 zkumavku s 25 mM MgCl 2 (0,5 ml). ka v neredukujícím prostředí putuje jako jediný proužek o relativní hmotnosti 155 kDa.

Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25oC),100 mM 10x reakční PCR s MgCl2: 100 mM KCl, 0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, 0,5% Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 500 mM KCl, 1% Triton X-100, 15 mM MgCl2. Tween 20, 50% glycerol.

Kontrola kvality: při použití doporučeného protokolu pro přípravu vzorků a vhodné kombinace DNA a


primerů je výsledkem PCR DNA fragment, který po elektroforetické separaci a barvení pomocí ethidium bromidu dává proužek odpovídající velikosti.

8


Název

Balení

Cena

C 204

Combi Taq DNA polymeráza

100 U

1.000,- Kč

C 205


500 U

4.000,- Kč 16.000,- Kč

C 206


5 x 500 U

T 035

10x konc. Taq pufr bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml + 0,5 ml 60,- Kč

LA DNA Polymerases Mix KLÍČOVÉ REAGENS PRO AMPLIFIKACI DLOUHÝCH FRAGMENTŮ DNA (AŽ 40 KB) Jedná se o unikátní směs DNA polymerázy Unis a další polymerázy s 3’->5’ exonukleázovou aktivitou, která umožňuje provádět amplifikaci genomové DNA až do velikosti 20 kb a plasmidové (fágové) DNA až do velikosti 40 kb - tzv. LA (Long a Accurate) PCR. Mimořádná amplifikační účinnost uvedeného systému jej předurčuje i k běžné PCR, kde jiné systémy selhávají, nebo kde je požadavek na snížený výskyt chyb (pro klonování). Systém lze doporučit i pro RT-PCR.

Definice jednotky: jedna jednotka LA DNA Polymerases Mix je definována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. při 72oC.



Balení:

Koncentrace: 5 U/μl. • 1 zkumavka s LA DNA Polymerases Mix v objemu 20 μl (100 U) nebo 100 μl (500 U), • 1 zkumavka obsahující 1,5 ml 10x koncentrovaného LA PCR Skladování: enzymová směs, pufr a reakčního pufru, DMSO při teplotě -20oC. Materiál snáší opako• 1 zkumavka DMSO, vané rozmrazování. • podrobný návod na provádění LA PCR. Čistota: preparát je prostý RNáz a DNáz. Při požadavku na změnu v koncentraci MgCl2 je možno namísto 10x konc. reakčního LA PCR pufru dodat set obsahující 1 zkumavku s 10x konc. reakčním LA PCR pufrem bez MgCl2 (1,5 ml) a 1 zkumavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml). Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25oC), 100 mM 10x reakční pufr s MgCl2: 500 mM KCl, 0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, 0,5% Tris-HCl, pH 9,3 (25oC), 150 mM (NH4)2SO4, Tween 20, 50% glycerol. 1% Tween 20, 22,5 mM MgCl2.


Kat. číslo

Název

Balení

Cena

L 071

LA DNA Polymerases Mix

100 U

1.000,- Kč

L 072


500 U

3.500,- Kč

L 073


5 x 500 U

15.000,- Kč

L 076

10x konc. LA PCR pufr bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml + 0,5 ml 60,- Kč


Objednávky:

9

10x koncentrovaný PCR Blue Buffer Jedná se o reakční pufr pro PCR, jehož základem je síran amonný, který je v řadě případů výhodnější než dříve používané pufry s KCl. Optimální konečná koncentrace MgCl2 bývá vyšší (obvykle 2,5 mM) než při použití „klasického“ reakčního pufru s KCl, který má optimum obvykle při 1,5 mM MgCl2. Navíc PCR Blue Buffer má širší rozmezí optimálních koncentrací MgCl2.

Složení: PCR Blue Buffer se dodává 10x koncentrovaný: 750 mM Tris-HCl, pH 8,8 (při 25oC), 200 mM (NH4)2SO4, 0,1% Tween 20, 25 mM MgCl2. Balení:

Skladování: při teplotě -20oC. Materiál

• 1 zkumavka 10x koncentrovného PCR Blue Bufferu,

snáší opakované rozmrazování.

10x konc. PCR Blue Buffer se dodává i bez MgCl2 a 25mM MgCl2 je dodáván zvlášť. Tato varianta usnadňuje optimalizaci reakčních podmínek.


PCR Blue Buffer lze použít pro Taq DNA polymerázu, Taq DNA polymerázu Unis, Taq-Purple DNA polymerázu, Taq DNA polymerázu 1.1 i Combi Taq DNA polymerázu.

10


Název

Balení

Cena

T 058 T 059

10x konc. PCR Blue Buffer Complete

1,5 ml

50,- Kč

10x konc. PCR Blue Buffer bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml + 0,5 ml 60,- Kč

PP Master Mixy PPP Master Mix Plain PP Master Mix Combi PPP Master Mix PP Master Mixy představují novou generaci produktů pro přípravu rychlé a spolehlivé PCR. Obsahují všechny komponenty PCR s výjimkou primerů a DNA. Jejich hlavní předností je, že 1) nevyžadují smíchávání malých množství jednotlivých component PCR, 2) obsahují všechny komponenty optimalizované z hlediska vzájemné kompatibility a 3) obsahují aditiva, která zjednodušují skladování, přepravu i účinnost PCR. Všechny tyto parametry zvyšují reproducibilitu výsledků PCR testů. V současné době jsou k dispozici 3 typy PCR “Master Mixů”, které se liší svým složením a využitelností (viz. tabulka).

Tabulka Využitelnost reakčních směsí Top-Bio provenience pro různé typy PCR. Rutinní diagnost. PCR

PCR dlouhých fr.

Přesná PCR Hot start na klonace PCR DNA fr.

PCR s vysokým výtěžkem DNA fr.

Speciální aplikace

PCR reakční směs bez DNA a primerů PP Master Mix Plain PP Master Mix Combi PPP Master Mix

+ +

-

-

+

-

+ -

Preparát, který je označen Combi, obsahuje teplotně-sensitivní protilátku specifickou pro DNA polymerázy. Tato protilátka blokuje enzymovou aktivitu, která je následně zrušena v prvním denaturačním kroku PCR. Teplotní citlivost protilátky umožňuje její efektivní využití v tzv. “hot start” PCR, kdy amplifikace DNA fragmentů nastává až po dosažení denaturační teploty. Technické specifikace jsou uvedeny v části technické specifikace (str. 39).

PP Master Mixy 11

PPP Master Mix TAQ-PURPLE DNA POLYMERÁZA PCR MASTER MIX • Umožňuje po všech stránkách optimalizované a standartní provádění PCR, • umožňuje rychlou přípravu reakční směsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; stačí dodat primery, DNA a doplnit H2O (součástí dodávky), • obsahuje reakční pufr, který zvyšuje účinnost i specificitu PCR a zajišťuje širší rozmezí optimálních koncentrací MgCl2, • obsahuje stabilizátory, které umožňují kratkodobé skladování při 4oC, • obsahuje aditiva, která umožňují přímou elektroforézu amplifikovaného produktu, bez nutnosti přidávat vkládací pufr, • obsahuje barvivo, které usnadňuje manipulaci se vzorky a vizuální kontrolu homogenity; barvivo má vyšší pohyblivost než nukleotidy a tedy neinterferuje s kvantifikovatelností PCR produktů, • vzorky mohou být snadno reamplifikovány (“nested” PCR), protože barvivo nemá vliv na průběh amplifikace, • PPP Master Mix je mimořádně vhodný pro rutinní vyšetřování větších počtů vzorků. K PPP Master Mixu v originální zkumavce (0,5 ml) je možné přidat požadované primery (např. 2 x 40 μl) a PCR H2O (380 μl). Vlastní přípravu PCR lze pak omezit pouze na smíchání částí této reakční směsi (např. 24 μl) s analyzovanou DNA (1 μl).

Složení: PPP Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 μM dATP, 400 μM dCTP, 400 μM dGTP, 400 μM dTTP, 100 U/ml Taq-Purple DNA polymerázy, stabilizátory a aditiva. Součástí dodávky je PCR H2O.

Balení:

Skladování: při teplotě -20oC, krátkodobě při teplotě 4oC.

• 1 zkumavka s 500 μl PPP Master mixu (na 40 reakcí po 25 μl), • 1 zkumavka s 1,5 ml H2O.

Materiál snáší opakované rozmrazování.

Čistota: preparát je prostý nukleáz. Enzym migruje při SDS PAGE jako jediný proužek o molekulové hmotnosti 94 kD.

PP Master Mixy

Kontrola kvality: každá šarže PPP Master mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii v genomové DNA.


Název

Balení

Cena

P 124

PPP Master Mix (1 zk.)

40 reakcí

690,- Kč

P 125


200 reakcí

2.490,- Kč

P 126


1000 reakcí

9.990,- Kč

V případě požadavku na změny v koncentraci Mg2+ lze dodat PPP Master Mix bez MgCl2 a MgCl2 separátně.

12

P 134

PPP Master Mix bez MgCl2+MgCl2 (1 zk.)

40 reakcí

690,- Kč

P 135


200 reakcí

2.490,- Kč

P 136


1000 reakcí

9.990,- Kč

Plain PP Master Mix TAQ DNA POLYMERÁZA PCR MASTER MIX BEZ BARVIVA Plain PP Master Mix je obdobou PPP Master Mixu, ale neobsahuje barvivo. • Umožňuje po všech stránkách optimalizované a standartní provádění PCR, • obsahuje reakční pufr, který zvyšuje účinnost i specificitu PCR a zajišťuje širší rozmezí optimálních koncetrací MgCl2, • umožňuje rychlejší přípravu reakční směsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; stačí dodat primery, DNA a doplnit H2O (součástí dodávky), • obsahuje stabilizátory, které umožňují krátkodobé skladování při 4oC, • obsahuje aditiva, která umožňují přímou elektroforézu amplifikovaného produktu, bez nutnosti přidávat vkládací pufr, • vzorky mohou být snadno reamplifikovány (“nested” PCR), neboť aditiva nemají vliv na průběh amplifikace, • je mimořádně vhodný pro rutinní analýzu produktů PCR reakcí pomocí automatických detektorů (kapilární chromatografie, “real-time” PCR a další). K Plain PP Master Mixu v originální zkumavce (0,5 ml) je možné přidat požadované primery (např. 2 x 40 μl) a PCR H2O (380 μl). Vlastní přípravu PCR lze pak omezit pouze na smíchání části této reakční směsi (např. 24 μl) s analyzovanou DNA (1 μl).

Složení: Plain PP Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 μM dATP, 400 μM dCTP, 400 μM dGTP, 400 μM dTTP, 100 U/ml Taq DNA polymerázy, stabilizátory a aditiva. Balení:

Skladování: při teplotě -20oC, krátkodobě při teplotě 4oC.

• 1 zkumavka s 500 μl Plain PP Master mixu (na 40 reakcí po 25 μl), • 1 zkumavka s 1,5 ml H2O.

Materiál snáší opakované rozmrazování.


Kontrola kvality: každá šarže Plain PP Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii v genomové DNA.

PP Master Mixy

Kat. číslo

Název

Balení

Cena

P 201

Plain PP Master Mix (1 zk.)

40 reakcí

690,- Kč

P 202


200 reakcí

2.490,- Kč

P 203


1000 reakcí

9.990,- Kč

13

Combi PPP Master Mix TAQ-PURPLE DNA POLYMERÁZA PCR MASTER MIX S NOVOU MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKOU ANTI-TAQ • Umožňuje po všech stránkách optimalizované a standartní provádění PCR, • obsahuje reakční pufr, který zvyšuje účinnost i specificitu PCR a zajišťuje širší rozmezí optimálních koncentrací MgCl2, • umožňuje rychlejší přípravu reakční směsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; stačí dodat primery, DNA a doplnit H2O (součástí dodávky), • obsahuje aditiva, která umožňují přímou elektroforézu amplifikovaného produktu, bez nutnosti přidávat vkládací pufr, • obsahuje anti-Taq monoklonální protilátku specifickou pro Taq DNA polymerázu, která umožňuje tzv. “hot start” PCR, • obsahuje barvivo, které usnadňuje manipulaci a vizuální kontrolu homogenity vzorků; při elektroforéze má barvivo vyšší pohyblivost než nukleotidy a tedy neinterferuje s kvantifikovatelností PCR produktů, • vzorky mohou být snadno reamplifikovány (“nested” PCR), neboť aditiva nemají vliv na průběh amplifikace, • má široké využití při amplifikaci komplexních genomických nebo cDNA templátů, nízkých počtů templátů a při použití mnohočetných párů primerů v téže reakční směsi.

PP Master Mixy

Protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožňuje zahájení polymerázové reakce před vlastní PCR. Při denaturaci DNA dochází současně k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity DNA polymerázy. Tato tzv. “hot start” PCR je zvláště vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplifikaci nespecifických fragmentů DNA, k nízké amplifikaci DNA fragmentů, popřípadě k tvorbě artefaktů vznikajících amplifikací kombinovaných primerů. (viz obr. 2).

14

Obr. 2. Vliv monoklonální protilátky anti-Taq na amplifikaci cDNA fragmentů pomocí RT-PCR. Buněčná mRNA byla izolována pomocí + -Taq mAb +Control mAb reagens RNA Blue (Kat. č. R 011) a převedena na cDNA pomocí MMLV 1000- sp frag. reverzní transkriptázy (Kat. č. M 023). Získaná cDNA byla následně 800amplifikována pomocí Combi PPP Master Mixu, obsahující anti-Taq 600500monoklonální protilátku (+α-Taq mAb), nebo kontrolního PPP Master 400300Mixu s kontrolní monoklonální protilátkou (+ control mAb). Testované 200vzorky byly z buněk divokého typu (1,4), heterozygotů (2,5) nebo homozygotů defektních v expresi studované mRNA (3,6). Amplifikované vzorky byly frakcionovány elektroforézou na agarózovém gelu 1 2 3 4 5 6 (Kat. č. P 045) s přídavkem ethidium bromidu (Kat. č. P 046). Pouze vzorky obsahující cílovou mRNA vykazovaly očekávaný DNA fragment. V PCR s anti-Taq protilátkou byl specifický fragment (950 bp) výraznější na úkor fragmentů nespecifických. Ve snaze zachytit co nejširší spektrum DNA fragmentů byl gel přeexponován. Čísla vlevo ukazují pozice velikostních standartů. Získané výsledky ukázaly, že přidání anti-Taq protilátky do PPP Master Mixu zvyšuje amplifikaci specifického fragmentu DNA na úkor nespecifických fragmentů. Složení: Combi PPP Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 μM dATP, 400 μM dCTP, 400 μM dGTP, 400 μM dTTP, 100 U/ml Taq-Purple DNA polymerázy, monoklonální anti-Taq DNA polymeráza (38 nM), stabilizátory a aditiva.

Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší opakované rozmra-

Balení:

• 1 zkumavka s 500 μl Combi PPP Mas- zování. ter mixu (na 40 reakcí po 25 μl), Čistota: preparát je prostý nukleáz. Enzym migruje při SDS PAGE • 1 zkumavka s 1,5 ml H2O. jako jediný proužek o molekulové hmotnosti 94 kD.

Kontrola kvality: každá šarže Combi PPP Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii v genomové DNA.


Název

Balení

Cena

C 208

Combi PPP Master Mix (1 zk.)

40 reakcí

790,- Kč

C 209


200 reakcí

2.990,- Kč

C 210


1000 reakcí

11.990,- Kč

qPCR Master Mixy NOVÁ GENERACE PŘÍPRAVKŮ PRO KVANTITATIVNÍ PCR new qPCR 2x Master Mix new qPCR 2x Blue Master Mix new qPCR 2x SYBR Master Mix Kvantitativní PCR (qPCR), nazývaná PCR v reálném čase, je v současnosti nejpoužívanější metoda pro analýzu genové exprese. qPCR vyžaduje termální cyklery, které jsou vybavené zařízením pro monitorování fluorescence v jednotlivých cyklech PCR. Intenzita fluorescence koreluje s množstvím DNA fragmentů produkovaných v průběhu PCR. Výhodou qPCR je, že (1) tvorba fragmentů DNA je monitorována v průběhu PCR a tedy nevyžaduje gelovou analýzu PCR produktů, (2) umožňuje kvantifikaci tvorby DNA fragmentů v exponenciální fázi PCR a (3) nevyžaduje manipulaci s PCR produkty a tím snižuje riziko kontaminace. Základem pro provádění qPCR jsou kvalitní reagens. qPCR Master Mixy Top-Bio provenience splňují požadavky na reagens, která jsou vhodná pro provádění PCR. Všechny qPCR Master mixy: • umožňují po všech stránkách optimalizované a standartní provádění qPCR, • obsahují reakční pufr s MgCl2 v optimální koncentraci pro většinu PCR, • umožňují rychlejší přípravu PCR reakčních směsí bez nutnosti rozmražování jednotlivých komponent; stačí dodat primery, DNA a doplnit H2O (součástí dodávky), • obsahují afinitně purifikovanou monoklonální protilátku specifickou pro Taq DNA polymerázu. Tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožňuje zahájení polymerázové reakce před vlastní PCR. Při denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Tato tzv. „hot start“ PCR je zvláště vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplifikaci nespecifických fragmentů DNA, k nízké amplifikaci DNA fragmentů, popřípadě k tvorbě artefaktů vznikajících amplifikací kombinovaných primerů. Protilátka je inaktivována rychle při prvním cyklu denaturace DNA během PCR (~1 min. při 94oC); není třeba prodlužovat denaturační krok.

Tabulka Využitelnost qPCR Master Mixů Top-Bio provenience pro různé typy PCR. Použití

Hot Start

qPCR 2x Master Mix qPCR 2x Blue Master Mix qPCR 2x SYBR Master Mix

Rutinní amplifikace s využitím fluorescenčních sond Náročnější amplifikace s využitím fluorescenčních sond Amplifikace v přítomnosti SYBR Green

+ + +

Technické specifikace jsou uvedeny v části technické specifikace (str. 38).

qPCR

Doba (min.) 0

Fluorescence

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

55

60

65

5500 5000 4500 4000 3500 3000 2500 2000 1500 1000 500 0 0

2

4

6

70

75

qPCR Master Mixy

PCR reakční směsi

8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40

Číslo cyklu

15

qPCR 2x Master Mix SMĚS OBSAHUJÍCÍ TAQ DNA POLYMERÁZU, PUFR S MgCl2, NUKLEOTIDY, NOVOU MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKOU ANTI-TAQ A NOVÁ ADITIVA • Umožňuje po všech stránkách optimalizované a standartní provádění PCR a „real-time“ PCR, • obsahuje reakční pufr s MgCl2 v optimální koncentraci pro většinu PCR, • umožňuje rychlejší přípravu reakční směsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; stačí dodat primery, sondu, DNA a doplnit H2O (součástí dodávky), • obsahuje afinitně purifikovanou monoklonální protilátku specifickou pro Taq DNA polymerázu, která umožňuje tzv. „hot start“; tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožňuje zahájení PCR. Při denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Protilátka je inaktivována rychle při prvním cyklu denaturace DNA během PCR (~1 min. při 94oC) a není třeba prodlužovat denaturační krok, • má široké využití při amplifikaci komplexních genomických nebo cDNA templátů, nízkých počtů templátů a při použití mnohočetných párů primerů v téže reakční směsi, • je vhodný pro použití v kombinaci se všemi běžnými detekčními sondami typu TaqMan, molecular beacons, FRET.

Složení: qPCR 2x Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 20 mM Tris-HCl, pH 8,8, 100 mM KCl, 0,2% Triton X-100, 3 mM MgCl2, 400 μM dATP, 400 μM dCTP, 400 μM dGTP, 400 μM dTTP, 50 U/ml Taq DNA polymerázy, monoklonální anti-Taq DNA polymeráza (38 nM), stabilizátory a aditiva.

Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší opakované rozmra• 1 zkumavka s qPCR 2x Master Mix zování. (na 40 reakcí po 25 μl) Čistota: preparát je prostý nukleáz. Enzym migruje při SDS PAGE jako • 1 zkumavka s 1,5 ml PCR H20. jediný proužek o molekulové hmotnosti 94 kD. Balení:

Kontrola kvality: každá šarže qPCR 2x Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii

qPCR Master Mixy

v genomové DNA pomocí přístroje pro real-time PCR.

16


Název

Balení

Cena

P 501

qPCR 2x Master Mix

40 reakcí

790,- Kč

P 502

qPCR 2x Master Mix

200 reakcí

2.990,- Kč

P 503

qPCR 2x Master Mix

1000 reakcí

11.990,- Kč

qPCR 2x Blue Master Mix SMĚS OBSAHUJÍCÍ TAQ DNA POLYMERÁZU, BLUE BUFFER S MgCl2, NUKLEOTIDY, NOVOU MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKOU ANTI-TAQ A NOVÁ ADITIVA. • Umožňuje po všech stránkách optimalizované a standardní provádění PCR a „real-time“ PCR, • obsahuje reakční pufr se síranem amonným a s MgCl2 v optimální koncentraci pro většinu PCR, • umožňuje rychlejší přípravu reakční směsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; stačí dodat primery, detekční sondu, studovanou DNA (cDNA) a doplnit H2O (součástí dodávky), • obsahuje afinitně purifikovanou monoklonální protilátku specifickou pro Taq DNA polymerázu. Tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu DNA polymerázy a tím znemožňuje zahájení polymerázové reakce před vlastní PCR. Při denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity DNA polymerázy. Tato tzv. „hot start“ PCR je zvláště vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplifikaci nespecifických fragmentů DNA, k nízké amplifikaci DNA fragmentů, popřípadě k tvorbě artefaktů vznikajících amplifikací kombinovaných primerů. Protilátka je inaktivována rychle při prvním denaturačním cyklu PCR (obvykle 1 min. při 94oC) a není nutné prodlužovat denaturační krok, • má široké využití při amplifikaci komplexních genomických nebo cDNA templátů, nízkých počtů templátů a při použití mnohočetných párů primerů v téže reakční směsi, • je vhodná pro použití všech běžných detekčních sond (TaqMan, molecular beacons, FRET).

Složení: qPCR 2x Blue Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8 (při 25oC), 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 μM dATP, 400 μM dCTP, 400 μM dGTP, 400 μM dTTP, 50 U/ml Taq DNA polymerázy, monoklonální anti-Taq DNA polymeráza (38 nM), stabilizátory a aditiva.

Balení:

Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování.

• 1 zkumavku qPCR 2x Blue Master Mix na 40 reakcí po 25 μl • 1 zkumavku PCR H20 (1,5 ml).


Kontrola kvality: každá šarže qPCR 2x Blue Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii v genomové DNA pomocí přístroje pro real-time PCR.

Doba (min.)

1000

Fluorescence 100

10

1 0

2

4

6

8

10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40

Číslo cyklu


Název

Balení

Cena

P 521

qPCR 2x Blue Master Mix

40 reakcí

790,- Kč

P 522


200 reakcí

2.990,- Kč

P 523


1000 reakcí

11.990,- Kč

qPCR Master Mixy

qPCR

17

qPCR 2x SYBR Master Mix SMĚS OBSAHUJÍCÍ TAQ DNA POLYMERÁZU, PUFR S MgCl2, NUKLEOTIDY, NOVOU MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKOU ANTI-TAQ, SYBR GREEN A NOVÁ ADITIVA. • Umožňuje po všech stránkách optimalizované a standartní provádění „real-time“ qPCR, • obsahuje reakční pufr s MgCl2 v optimální koncentraci pro většinu qPCR, • obsahuje fluorescenční barvivo SYBR Green, interkalující mezi báze DNA v optimální koncentraci bez negativního působení na amplifikaci DNA, • umožňuje rychlejší přípravu reakční směsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; stačí dodat primery, DNA a doplnit H2O (součástí dodávky), • obsahuje afinitně purifikovanou monoklonální protilátku specifickou pro Taq DNA polymerázu, která umožňuje tzv. „hot start“; tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožňuje zahájení PCR. Při denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Protilátka je inaktivována rychle při prvním cyklu denaturace DNA během PCR (~1 min. při 94oC) a není třeba prodlužovat denaturační krok, • má široké využití při amplifikaci komplexních genomických nebo cDNA templátů, nízkých počtů templátů a při použití mnohočetných párů primerů v téže reakční směsi.

Složení: qPCR 2x SYBR Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 20 mM Tris-HCl, pH 8,8, 100 mM KCl, 0,2% Triton X-100, 3 mM MgCl2, 400 μM dATP, 400 μM dCTP, 400 μM dGTP, 400 μM dTTP, 50 U/ml Taq DNA polymerázy, monoklonální anti-Taq DNA polymeráza (38 nM), SYBR Green, stabilizátory a aditiva. Balení:

Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování.

• 1 zkumavka s qPCR 2x SYBR Master Mix (na 40 reakcí po 25 μl) • 1 zkumavka s 1,5 ml PCR H20


Kontrola kvality: každá šarže qPCR 2x SYBR Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii

qPCR Master Mixy

v genomové DNA pomocí přístroje pro real-time PCR.

18


Název

Balení

Cena

P 551

qPCR 2x SYBR Master Mix

40 reakcí

790,- Kč

P 552


200 reakcí

2.990,- Kč

P 553


1000 reakcí

11.990,- Kč

Další enzymy TATO SKUPINA ZAHRNUJE ENZYMY, KTERÉ NACHÁZEJÍ UPLATNĚNÍ PŘI PCR NEBO PŘI PŘÍPRAVĚ DNA RNáza bez DNáz – slouží ke štěpení RNA, bez vlivu na DNA M-MLV reverzní transkriptáza – umožňujě převádět mRNA na cDNA

RNáza bez DNáz Jedná se o RNázu z bovinního pankreatu, která je vhodná pro přípravu plasmidů pomocí DNA Lego kitu.

Definice jednotky: jedna jednotka je definována jako množství enzymu, které hydrolyzuje RNA při rychlostní konstantě 1, 25oC (M. Kunitz, J. Biol. Chem., 164:563, 1946). Balení: 1 zkumavka RNázy bez DNáz, 0,5 ml.

Koncentrace: 10 mg/ml, ~ 900 U/ml. Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování.

Skladovací pufr: 20 mM Tris HCl (pH 7,5), 30 mM Kontrola kvality: za podmínek, kdy enzym NaCl, 50% glycerol.

kompletně degraduje RNA nemá vliv na plasmidovou DNA (elektroforetická intaktnost).

Další enzymy


Název

Balení

Cena

D 106

RNáza bez DNáz (10 mg/ml)

0,5 ml

700,- Kč

19

M-MLV reverzní transkriptáza KLÍČOVÉ REAGENS PRO REVERZNÍ TRANSKRIPCI mRNA NA cDNA Jedná se o rekombinantní reverzní transkriptázu (RT) myšího leukemického viru Moloney. Reverzní transkriptázy jsou enzymy, které mají schopnost syntetizovat DNA na základě templátu RNA a oligonukleotidového očka.

Definice jednotky: jedna jednotka M-MLV RT je definována jako množství enzymu, které inkorporuje 1 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 10 min. při 37oC; jako templát je použit poly(A)-oligo (dT)12-18. Skladování: při teplotě -20oC společně s 5x reakčním pu-

Balení:

• 1 zkumavka s M-MLV RT, 2000 U, 200 U/μl, frem a 100 mM DTT. Materiál snáší opakované rozmrazování. • 1 zkumavka 5x koncentrovaného M-MLV reakčního pufru, objem 200 μl, Čistota: preparát je prostý nukleáz a má odpovídající para• 1 zkumavka 100 mM DTT, objem 100 μl. metry z hlediska čistoty a výtěžnosti cDNA produktu.

Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl (pH 7,5), 5x reakční pufr (1. řetězec): 250 mM Tris-HCl 100 mM NaCl, 0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,01% (pH 8,3), 375 mM KCl, 15 mM MgCl2, stabilizátor. Nonidet P-40, 50% (vol/vol) glycerol.

Doporučený protokol pro přípravu cDNA (první řetězec) Smíchat: • 4 μl PCR H20, • 1 μl RNA (1 mg/ml); izolovaná pomocí RNA Blue reagens (Kat. č. R011). Při odchylné koncentraci RNA upravit odpovídajícím způsobem množství vody a RNA tak, aby konečný objem byl 5 μl, • 2 μl 5 x koncentrovaného M-MLV reakčního pufru, • 1 μl 100 mM DTT, • 0,5 μl 10 mM PCR dNTP Mix (každý z nukleotidů v koncentraci 10 mM) (Kat. č. P041), • 0,5 μl Oligo dT12-18 primer, nebo jiný primer (50 μM), • 1 μl (25 U) M-MLV RT (po naředění v 1x M-MLV reakčním pufru). Reakční komponenty promíchat, krátce stočit a reakční směs inkubovat 1 hod. při 37oC.

Finální koncentrace jsou:

Další enzymy

50 mM Tris-HCl (pH 8,3), 75 mM KCl, 3 mM MgCl2, 10 mM DTT, 0,5 mM dGTP, 0,5 mM dATP, 0,5 mM dTTP, 0,5 mM dCTP, 2,5 μM oligo dT12-18 (nebo jiný) primer, 100 μg RNA/ml, 2500 U M-MLV RT/ml.

Objednávky:

20

Kat. číslo

Název

Balení

Cena

M 023

M-MLV reverzní transkriptáza

2 000 U

1.500,- Kč

Izolace DNA a RNA TATO SKUPINA ZAHRNUJE PRODUKTY URČENÉ PRO IZOLACI DNA A RNA: DNA Lego kit - souprava pro izolaci DNA z různých zdrojů RNA Blue RT-PCR kit - umožňuje provedení RT-PCR RNA Blue - reagens pro izolaci RNA z různých zdrojů RNA NosičTB - doplněk vhodný pro izolaci malých množství RNA Stavebnicový charakter a dostupnost individuálních komponent umožňuje maximálně efektivní využití izolačních souprav.

Produkty na izolaci

DNA a RNA

21

DNA Lego kit SOUPRAVA PRO RYCHLOU IZOLACI ČISTÉ DNA Moderní metody izolace DNA využívají poznatku o kapacitě křemičitých mikropartikulí vázat DNA v přítomnosti chaotropních látek (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76: 615-619, 1979). Řada firem připravila v současnosti soupravy pro izolaci DNA, které vycházejí z těchto poznatků. Ve srovnání s klasickými metodami je izolace DNA pomocí komerčních kitů rychlejší (nevyžaduje etanolovou precipitaci), bezpečnější (nevyžaduje fenolovou extrakci) a izolované preparáty DNA jsou podstatně čistější (nekontaminované RNA v sekvenační kvalitě). Masivnímu využívání moderních metod izolace DNA však brání ceny těchto souprav, které při srovnatelném počtu izolací několikanásobně přesahují ceny nákladů na izolaci DNA klasickým způsobem. Komerční soupravy jsou navíc značně specializované a pro různé izolace DNA (plasmidová, genomová DNA z leukocytů krve a jiných buněk, PCR fragmenty, fragmenty DNA po gelové separaci) je nezbytné zakupovat speciální soupravy. DNA Lego kit je stavebnicovou soupravou pro izolace DNA. Tento kit v sobě integruje nejen moderní poznatky o vlastnostech DNA, ale i ekonomicky atraktivní domácí surovinovou základnu. DNA Lego kit umožňuje izolovat DNA kvalitně a rychle, přičemž cena za izolaci je srovnatelná s cenou klasických izolačních postupů. Použití speciálně připravených křemičitých mikropartikulí a podtlakového odsávání umožňuje rychlé zpracování velkého počtu vzorků při minimalizaci nároků na špičky mikropipetátorů a mikrozkumavky. DNA izolovaná pomocí DNA Lego kitu je použitelná pro řadu molekulárně biologických technik, včetně PCR, restrikčního štěpení, sekvenování, mutageneze, transkripce in vitro, transformace, transfekce a další. Komponenty kitu lze využít pro koncentraci DNA a izolaci fragmentů genomové DNA z buněk i neseparované krve.

Definice jednotky: DNA Lego kit umožňuje 250 izolací DNA (např. plasmidů z bakteriálních kultur o objemu 1,5 ml).

Komponenty kitu:

Skladování:

22

DNA a RNA

Produkty na izolaci

• křemičité mikropartikule (DNA bind, 25 ml), při pokojové teplotě • DNA vazebný pufr (150 ml), • promývací pufr (500 ml), • centrifugační minikolonky/nástavce (25/250 ks), • podrobný návod na izolaci plasmidové DNA z bakterií, fragmentů genomové DNA z malých množství buněk a neseparované krve a DNA fragmentů z komplexních reakčních směsí a gelů. Návod zahrnuje i podrobné informace o přípravě roztoků a jejich skladování.


Název

Balení

Cena

D 100

DNA Lego kit, 250 izolací

1 kit

2.950,- Kč

D 102

DNA bind

25 ml

980,- Kč

D 103

DNA vazebný pufr

150 ml

850,- Kč

D 104

Promývací pufr

500 ml

550,- Kč

D 105

Minikolonky / nástavce

25/250 ks

750,- Kč

RNA Blue RT-PCR kit SOUPRAVA PRO RYCHLOU ANALÝZU PŘÍTOMNOSTI SPECIFICKÉ RNA Analýza exprese genů na úrovni RNA má velký význam v obecně biologicky orientovaném základním i aplikovaném výzkumu, zvláště lékařském a farmaceutickém. Určování přítomnosti RNA některých diferenciálně exprimovaných genů a patogenů má vysokou vypovídací hodnotu diagnostickou. V současné době jsou časově náročné tradiční metody identifikace přítomnosti studované mRNA nahrazovány metodou RT-PCR, která spočívá v reverzní transkripci RNA na cDNA, amplifikaci cDNA fragmentu v PCR a detekci amplifikovaného fragmentu. Výhody této metody spočívají v rychlosti, snadnosti provedení a nezávislosti na použití radioaktivních látek. RNA Blue RTPCR kit obsahuje všechny klíčové komponenty pro izolaci RNA, přípravu cDNA a její amplifikaci v PCR. Souprava nalezne uplatnění i při přípravě cDNA fragmentů vhodných pro klonování v expresních vektorech a následnou produkci rekombinantních proteinů. Součástí soupravy je podrobný pracovní protokol, který popisuje jednotlivé kroky RT-PCR od přípravy RNA z buněk až po elektroforetickou charakterizaci PCR produktů. RNA Blue RT-PCR kit umožňuje stanovit přítomnost studované RNA v buňkách v průběhu méně než 8 hod.

Výhody RNA Blue RT-PCR kitu 1. Souprava obsahuje všechny rozhodující komponenty (s výjimkou primerů a RNA) pro úspěšné provedení RT-PCR. Souprava obsahuje komponenty nejvyšší dosažitelné kvality, které byly extenzivně testovány na vzájemnou kompatibilitu, vysokou performanci a optimální průběh reverzní transkripce i PCR.

2.

Souprava obsahuje podrobný návod na provedení RT-PCR, včetně popisu 90-ti min. izolace nedegradované RNA, reverzní transkripce a následné PCR. Reverzní transkripci a PCR lze provést v jediné zkumavce.

3.

Využitelnost soupravy je zvýšena možnostmi získat jednotlivé komponenty soupravy samostatně.

Skladování: • RNA Blue reagens při teplotě 4oC, • PCR H2O při pokojové teplotě, • M-MLV reverzní transkriptáza, PCR dNTP mix a Taq DNA polymeráza a pufry při teplotě -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování.

Kontrola kvality: při použití doporučeného protokolu, komponent RNA Blue RT-PCR kitu a vhodné kombinace RNA a primerů je výsledkem RT-PCR produkt, který po elektroforetické separaci a barvení ethidium bromidem má odpovídající velikost.

DNA a RNA

• RNA Blue, 100 ml, • PCR H20, 15 ml, • M-MLV reverzní transkriptáza, 2 000 U, 200 U/μl, 5x koncentrovaný M-MLV reakční pufr, 200 μl, 100 mM DTT, 100μl, • PCR dNTP Mix (dATP, dGTP, dCTP a dTTP), 10 mM roztok každého z nukleotidů, 100 μl, • Taq DNA polymeráza, 500 U, 5U/μl; 10x koncentrovaný pufr pro PCR, • podrobný návod na izolaci RNA a provedení RT-PCR.

Produkty na izolaci

Komponenty kitu:

Objednávky Kat. číslo

Název

Balení

Cena

R 001

RNA Blue RT-PCR kit

1 kit

6.900,- Kč

23

RNA Blue UNIKÁTNÍ REAGENS PRO RYCHLOU IZOLACI NEDEGRADOVANÉ A ČISTÉ RNA RNA Blue je reagens progresivní metody izolace RNA. Základy metody byly popsány v práci Chomczynski, P. a Sacchi, N. Anal. Biochem., 162: 156-159, 1987. Buňky jsou lyzovány nebo homogenizovány v RNA Blue při zachování integrity RNA, DNA i proteinů. Přidání chloroformu a následná krátká centrifugace vedou k separaci vzorku do tří fází: 1. vodní fáze, obsahující RNA, 2. interfáze, obsahující DNA a 3. organické modře zabarvené fáze, obsahující proteiny. RNA je izolována z vodní fáze precipitací isopropylalkoholem. RNA Blue reagens je možné použít na současnou izolaci RNA, DNA a proteinů ze vzorků různého původu, včetně člověka, zvířat, rostlin, kvasinek, bakterií a virů. Jeden ml RNA Blue umožňuje izolovat RNA, DNA a proteiny z 50 - 100 mg tkáně, 5 x 106 buněk nebo z misky (10 cm2) s kulturou adherentních buněk. RNA izolovaná pomocí reagens RNA Blue je čistá (A260/280 = 1,65-1,8) a v nedegradované formě (RNA o velikosti 0,1 - 15 kb).

Výhody použití reagens RNA Blue: 1. Jedná se o reagens, které umožňuje spolehlivou a velmi rychlou (90 min.) izolaci nedegradované a čisté RNA z velkého počtu vzorků.

24

RNA Blue reagens je stabilní po dobu více než jednoho roku. RNA izolovaná pomocí RNA Blue je v nedegradované formě a v kvalitě vhodné pro: • RT-PCR • konstrukci cDNA knihoven • Northern bloty • izolaci mRNA • in vitro translace • RNase protekční testy.

4.

RNA Blue umožňuje izolovat RNA z nejrůznějších typů buněk, včetně buněk a tkání člověka, adherentních a neadherentních buněk kultivovaných in vitro, rostlinných buněk, bakterií a kvasinek.

5.

RNA Blue umožňuje izolovat z jednoho vzorku současně RNA, DNA i protein.

6.

RNA Blue doplňuje sortiment výrobků Top-Bio, které jsou určeny pro RT-PCR; tyto výrobky jsou extenzivně testovány na vzájemnou kompatibilitu.

7.

Součástí dodávky RNA Blue je podrobný protokol přípravy RNA, DNA a proteinů.

Balení: lahvičky obsahující 25, 50 nebo 100 ml RNA Blue.

Skladování: při teplotě 4oC.

Kontrola kvality: při použití doporučeného protokolu je izolovaná RNA nedegradovaná, jak je dokume-

DNA a RNA

Produkty na izolaci

2. 3.

továno po elektroforetické separaci RNA ve formaldehydovém gelu a barvením ethidium bromidem.


Název

Balení

Cena

R 011

RNA Blue

25 ml

1.800,- Kč

R 012

RNA Blue

50 ml

2.800,- Kč

R 013

RNA Blue

100 ml

4.500,- Kč

RNA nosičTB PRO PRECIPITACE MALÝCH MNOŽSTVÍ RNA Izolace RNA z velmi malých počtů buněk nebo precipitace malých množství RNA vyžaduje použití nosičových substancí. V současné době se nejčastěji používá bakteriální nebo kvasinková tRNA. Tyto RNA však bývají relativně nákladné a mohou způsobovat nežádoucí reakce při použití v RT-PCR. RNA nosičTB je syntetický nosič na bázi homopolymeru RNA v pufru zajišťujícím jeho stabilitu a kompatibilitu s technikami RT-PCR. Je dodáván jako koncentrovaný roztok 10 mg/ml, který se přímo přidává k suspenzi buněk nebo k roztoku ředěné RNA; obvykle 10-30 μg RNA nosičeTB/vzorek.

Kontrola kvality: každá šarže RNA nosičeTB je testována na Skladování: při teplotě -20oC. Materiál použití v RT-PCR.

snáší opakované rozmrazování.

Produkty na izolaci

DNA a RNA

Objednávky: Kat. číslo R 057

Název TB

RNA nosič , 10 mg/ml

Balení

Cena

100 μl

350 Kč

25

DNA markery TATO SKUPINA ZAHRNUJE TŘI TYPY DNA MARKERŮ URČENÝCH PRO STANOVENÍ PŘIBLIŽNÉ VELIKOSTI FRAGMENTŮ DNA, GENEROVANÝCH V PCR: DNA marker 200-1500 new DNA marker 200-1500 coloured new DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) new DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) coloured DNA marker 155-970 DNA marker 155-970 coloured

DNA markery

Odhad velikostí DNA fragmentů generovaných v PCR (PCR fragmentů) je obvykle založen na srovnání těchto fragmentů s fragmenty DNA o známé velikosti (DNA markerů). Velikost PCR fragmentů je obvykle v rozmezí 2001500 párů bazí. Tuto oblast pokrývají fragmenty DNA, které jsou součástí DNA markerů.

26

DNA marker 200-1500 Balení:

Koncentrace: 1 μg DNA/10 μl pufru (10 mM • 1 zkumavka, obsahující 25 μg restrikčních fragmentů Tris-HCl, 25 mM EDTA, aditiva). ve 250 μl pufru. Jedno balení umožní přípravu 25 Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší (po 10 μl) nebo 50 (po 5 μl) stanovení. opakované rozmrazování. Kontrola kvality: přítomnost odpovídajících fragmentů je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu v přítomnosti ethidium bromidu (1 μg/ml). Při vizualizaci fragmentů v UV světle je patrno 9 fragmentů DNA (200, 300, 400, 500, 600, 800, 1000, 1200, 1500 pb). Fragment o velikosti 500 pb je ve dvojnásobném množství (viz obr. 3).

Doporučený protokol pro určování velikosti PCR produktů (1 μg DNA/marker) Do 0,5 ml zkumavky vpravit: • 10 μl DNA markeru, • 3 μl PCR vkládací pufr (Kat. č. P 048). Promíchat špičkou a nanášet do jamek v gelu PCR agarózy (Kat. č. P 045). Do vedlejších jamek nanášet vzorky připravené smícháním: • 10 μl produktu PCR, • 3 μl PCR vkládací pufru.

Obr. 3 Elektroforetická separace DNA markeru 200-1500. 10 μl DNA markeru bylo smícháno s 3 μl PCR vkládacího pufru. Fragmenty byly separovány v 1,5% agarózovém gelu, který obsahoval ethidium bromid (1μg/ml) a 1x TBE pufr. Čísla vyjadřují počty párů bazí v odpovídajících DNA fragmentech.

- 1500 - 1200 - 1000 - 800 - 600 - 500 - 400 - 300 - 200

DNA marker 200-1500 coloured Obsahuje DNA marker 200-1500, fragmenty jsou v roztoku, který obsahuje barviva a hustotní aditiva a mohou být přímo nanášeny do agarózového gelu.

Balení:

Kontrola kvality: přítomnost odpovídajících fragmentů je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu v přítomnosti ethidium bromidu (1 μg/ml). Při vizualizaci fragmentů v UV světle je patrno 9 fragmentů DNA (200, 300, 400, 500, 600, 800, 1000, 1200, 1500 pb). Fragment o velikosti 500 pb je ve dvojnásobném množství (viz obr. 3).

Doporučený protokol pro určování velikosti PCR produktů (0,83 μg DNA/marker) 10 μl DNA markeru 200-1500 col. se nanáší přímo do jamek v gelu připraveném z 1,2% PCR agarózy (Kat. č. P 045) Do vedlejších jamek nanášet vzorky připravené smícháním: • 10 μl produktu PCR, • 3 μl PCR vkládací pufru.


Název

Balení

Cena

D 110

DNA marker 200-1500

25 μg/250 μl

1.390,- Kč

D 111

DNA marker 200-1500

5 x 25 μg/250 μl

4.990,- Kč

D 122

DNA marker 200-1500

20 x 25 μg/250 μl

15.990,- Kč

C 150

DNA marker 200-1500 col.

25 μg/300 μl

1.390,- Kč

C 151


5 x 25 μg/300 μl

4.990,- Kč

C 152


20 x 25 μg/300 μl

15.990,- Kč

DNA markery

Koncentrace: 0,83 μg DNA/10 μl pufru (10 mM • 1 zkumavka, obsahující 25 μg restrikčních fragmentů ve Tris-HCl, 25 mM EDTA, aditiva). 300 μl pufru. Jedno balení umožní přípravu 30 (po 10 μl) Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší nebo 60 (po 5 μl) stanovení. opakované rozmrazování.

27

DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) Balení:

Koncentrace: 2 μg DNA/10 μl pufru (10 mM • 1 zkumavka obsahující ~50 μg restrikčních fragmentů Tris-HCl, 25 mM EDTA, aditiva). ve 250 μl pufru. Jedno balení umožní přípravu 25 (po Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší 10 μl) nebo 50 (po 5 μl) stanovení. opakované rozmrazování. Kontrola kvality: přítomnost odpovídajících fragmentů je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu v přítomnosti ethidium bromidu (1 μg/ml). Při vizualizaci fragmentů v UV světle je patrno 16 fragmentů DNA (200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 800, 900, 1000, 1200, 1500 pb). Fragment o velikosti 500 pb je ve dvojnásobném množství (viz obr. 4).

Doporučený protokol pro určování velikosti PCR produktů (~2 μg DNA/marker): Do 0,5 ml zkumavky vpravit: •10 μl DNA markeru 200-1500+ • 3 μl PCR vkládací pufr (Kat. č. P066). Promíchat špičkou a nanášet do jamek v gelu připraveném z 1,2% PCR agarózy (Kat. č. P 045). Do vedlejších jamek nanášet vzorky připravené smícháním: • 10 μl produktu PCR, • 3 μl PCR vkládací pufru.

650 550 -

Obr. 4 Elektroforetická separace DNA markeru 200-1500+. 10 μl DNA markeru bylo smícháno s 3 μl PCR vkládacího pufru. Fragmenty byly separovány v 1,2% agarózovém gelu, který obsahoval ethidium bromid (1 μg/ml) a 1 x TBE pufr. Čísla vyjadřují počty párů bazí v odpovídajících DNA fragmentech.

450 -

-

1500 1200 1000 900 800 700 600 500

- 400 350 - 300 250 - 200

DNA marker 200-1500+ coloured (200-700 po 50 pb) Obsahuje DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb), fragmenty jsou v roztoku, který obsahuje barviva a hustotní aditiva a mohou být přímo nanášeny do agarózového gelu.

DNA markery

Balení:

28

Koncentrace: 1,7 μg DNA/10 μl pufru (10 mM •1 zkumavka obsahující ~50 μg restrikčních fragmentů ve Tris-HCl, 25 mM EDTA, aditiva). 300 μl pufru. Jedno balení umožní přípravu 30 (po 10 Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší μl) nebo 60 (po 5 μl) stanovení. opakované rozmrazování. Kontrola kvality: přítomnost odpovídajících fragmentů je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu v přítomnosti ethidium bromidu (1 μg/ml). Při vizualizaci fragmentů v UV světle je patrno 16 fragmentů DNA (200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 800, 900, 1000, 1200, 1500 pb). Fragment o velikosti 500 pb je ve dvojnásobném množství (viz obr. 4).

Doporučený protokol pro určování velikosti PCR produktů (~1,7 μg DNA/marker): 10 μl DNA markeru 200-1500+ col. se nanáší přímo do jamek v gelu připraveném z 1,2% PCR agarózy (Kat. č. P 045) Do vedlejších jamek nanášet vzorky připravené smícháním: • 10 μl produktu PCR, • 3 μl PCR vkládací pufru.


Název

Balení

Cena

D 110

DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb)

25 μg/250 μl

1.590,- Kč

D 111

DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb)

5 x 25 μg/250 μl

5.990,- Kč

D 122

DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb)

20 x 25 μg/250 μl

19.990,- Kč

C 130

DNA marker 200-1500+ col. (200-700 po 50 pb)

25 μg/300 μl

1.590,- Kč

C 131


5 x 25 μg/300 μl

5.990,- Kč

C 132


20 x 25 μg/300 μl

19.990,- Kč

DNA marker 155-970 Balení:

Koncentrace: 1 μg DNA/5 μl pufru (5 mM Tris-HCl, • 1 zkumavka, obsahující 50 μg restrikčních 5 mM MgCl2, 0,5 mM dithiothreitol, 50 mM NaCl a 50 mM fragmentů ve 250 μl pufru. Jedno balení umožní EDTA). 60 analýz (0,8 μg DNA/marker). Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování. Kontrola kvality: přítomnost odpovídajících fragmentů je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu. Pouze fragmenty uvedené v obr. 5 jsou pozorovány. Poměr A260/A280 je v rozmezí 1,8 - 2,0. Doporučený protokol pro určování velikosti PCR produktů: Do 0,5 ml zkumavky vpravit: • 4 μl DNA markeru 155-970 • 6 μl PCR H20 (Kat. č. P042), • 2 μl PCR vkládací pufr (Kat. č. P 048). Promíchat špičkou a nanášet do jamek v gelu připraveném z 1,2% PCR agarózy (Kat. č. P045). Do vedlejších jamek nanášet vzorky připravené smícháním : • 10 μl produktu PCR, • 2 μl PCR vkládací pufru. - 970 Provést elektroforézu a odhadnout velikost PCR produktu na základě srovnání jeho pohyblivosti s DNA markerem. - 750 - 595 - 544 - 447

Obr. 5 Velikosti fragmentů DNA markeru 155-970. 4 μl DNA markeru byly smíchány s 6 μl PCR H20 a 2 μl PCR vkládacího pufru. Fragmenty byly separovány v 1,2% agarózovém gelu, který obsahoval ethidium bromid (1 μg/ml) a 1x TBE. Čísla vyjadřují počty párů bazí v odpovídajících DNA fragmentech.

-

305 239 194 155

DNA marker 155-970 coloured Obsahuje DNA marker 155-970. Tento marker navíc obsahuje tři barevné značky a je dodáván v pufru o zvýšené hustotě. Marker lze nanášet přímo na gel (bez nutnosti smíchání s vkládacím pufrem). Tento marker je zvlášť vhodný pro rychlou analýzu PCR, využívající Taq-Purple DNA polymerázu.

Koncentrace: 1 μg DNA/12 μl pufru (5 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2, • 1 zkumavka, obsahující 25 μg 0,5 mM dithiothreitol, 50 mM NaCl a 50 mM EDTA). restrikčních fragmentů ve 300 μl puo fru. Jedno balení umožní 30 analýz. Skladování: při teplotě -20 C. Materiál snáší opakované rozmrazování. Kontrola kvality: přítomnost odpovídajících fragmentů je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu. Pouze fragmenty uvedené v obr. 5 jsou pozorovány. Poměr A260/A280 je v rozmezí 1,8 - 2,0.

Doporučený protokol pro určování velikosti PCR produktů: 10 μl DNA markeru 155-970 col. se nanáší přímo do jamek v gelu připraveném z 1,2% PCR agarózy (Kat. č. P 045) Do vedlejších jamek nanášet vzorky připravené smícháním : • 10 μl produktu PCR, • 2 μl PCR vkládací pufru. Provést elektroforézu a odhadnout velikost PCR produktu na základě srovnání jeho pohyblivosti s DNA markerem.

DNA markery

Balení:


Název

Balení

Cena

D 060

DNA marker 155-970

50 μg/250 μl

800,- Kč

D 062

DNA marker 155-970

5 x 50 μg/250 μl

2.800,- Kč

C 109


25 μg/300 μl

800,- Kč

C 111


5 x 25 μg/300 μl

2.800,- Kč

29

Další materiály pro PCR PCR dNTP mix - v kvalitě optimalizované pro provádění PCR PCR Et-OH - bez DNáz PCR enhancerTB pro zvýšení specificity a účinnosti PCR PCR H2O - bez DNáz PCR Ultra H2O - bez DNáz a RNáz PCR olej - bez DNáz Micro check (kalibrační špička) Jedná se o skupinu produktů, které jsou nezbytné pro provádění PCR, nebo zásadním způsobem usnadňují přípravu PCR reakčních směsí. Přípravě těchto produktů byla věnována maximální pozornost s ohledem na jejich využití pro PCR.

PCR dNTP mix SMĚS STAVEBNÍCH KAMENŮ DNA V KVALITĚ PRO MAXIMÁLNÍ VÝTĚŽNOST PCR Jedná se o vodný roztok obsahující ultračistou směs každého ze čtyř dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP), pH 7,5.

Koncentrace: 10 mM dATP, 10 mM dCTP, 10 mM dGTP a 10 mM dTTP. Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování. Kontrola kvality: každá šarže směsi nukleotidů je testována na použití v PCR a RT-PCR.

Další materiály pro PCR


Název

Balení

Cena

P 041

PCR dNTP mix, ultračistá směs nukleotidů

100 μl

720,- Kč

P 141


5 x 100 μl

3.000,- Kč

P 142


10 x 100 μl

4.990,- Kč

PCR Et-OH 75% ETYLALKOHOL V PCR H20 Jedná se o 75 % etylalkohol v ultračisté vodě (18 Mohm.cm, ultrafiltrovaná), ze které byly odstraněny RNázy působením diethylpyrokarbonátu a autoklávováním.

Balení: 100 ml ve skleněné láhvi se šroubovacím Skladování: při teplotě 4oC. uzávěrem.

Kontrola kvality: každá šarže PCR Et-OH je testována v RT-PCR testu.

Objednávky:

30

Kat. číslo

Název

Balení

Cena

P 044

PCR Et-OH

100 ml

350 Kč

PCR EnhancerTB PŘÍPRAVEK PRO ZVYŠOVÁNÍ ÚČINNOSTI A SPECIFICITY PCR Amplifikace DNA fragmentů pomocí PCR často vyžaduje optimalizaci reakčních podmínek, které vedou k odstranění nežádoucích nespecificit a ke zvýšení množství PCR produktu. Optimalizace zahrnuje koncentraci Mg2+, koncentraci polymerázy, teplotu nasedání oligonukleotidových primerů a další. V některých případech může být optimalizace dosažena rychle přidáním aditiv (např. DMSO, formamid). Zajímavé efekty poskytuje nedávno popsaný enhancer tetramethyl ammonium (TMA) oxalát (Kovářová a Dráber, Nucleic Acid Res., 28: e70, 2000), který je dodáván pod obchodním, označení PCR EnhancerTB. Tento enhancer je ve kvalitě vhodné pro přímé přidání do reakční směsi pro PCR.

Komponenty balení: 1 ml vodného roztoku PCR enhanceruTB ve šroubovacích umělohmotných lahvičkách.

Koncentrace: 0,1 M TMA oxalát v PCR H20. Skladování: při teplotě -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování.

Jednotky: jedno balení je dostačující pro 1 000 reakcí o objemu 50 μl.

Doporučený protokol pro použití PCR enhanceruTB: • PCR EnhancerTB se přidává v ředění 1:50 do PCR reakčního roztoku, • při konečném objemu reakčního roztoku 50 μl se přidá 1 μl PCR EnhanceruTB a o 1 μl méně PCR H2O.


Objednávky: Kat. číslo E 101 E 101

Název TB

PCR Enhancer

TB

PCR Enhancer

spolu s 1000 U polymerázy

Balení

Cena

1 ml

600 Kč

1 ml

0 Kč

31

PCR H2O SPECIÁLNĚ UPRAVENÁ VODA PROSTÁ RNÁZ A DNÁZ Jedná se o ultračistou vodu (18 Mohm.cm, ultrafiltrovaná), ze které byly odstraněny RNázy působením diethylpyrokarbonátu a autoklávováním.

Skladování: pokojová teplota. Kontrola kvality: každá šarže PCR H2O je testována v RT-PCR testu. Objednávky: Kat. číslo

Název

Balení

Cena

P 042

PCR H2O

15 ml

200 Kč

PCR Ultra H2O SPECIÁLNĚ UPRAVENÁ VODA PROSTÁ RNÁZ A DNÁZ (BEZ POUŽITÍ DIETHYLPYROKARBONÁTU) Jedná se o speciálně upravenou ultračistou vodu prostou DNáz a RNáz. Běžně se RNázy z H20 odstraňují působením diethylpyrokarbonátu (DEPC), který se poté rozloží autoklávováním. Rozkladové produkty DEPC však mohou negativně působit na průběh RT-PCR a PCR. V přípravku PCR Ultra H2O byly RNázy odstraněny dvojí afinitní chromatografií na speciálním nosiči. Z tohoto důvodu neobsahuje PCR Ultra H2O žádné rozkladové produkty DEPC a je univerzálně použitelná pro veškeré práce s RNA a pro RT-PCR a PCR.

Skladování: pokojová teplota. Kontrola kvality: každá šarže PCR Ultra H2O je testována v RT-PCR testu.


Objednávky:

32

Kat. číslo

Název

Balení

Cena

P 040

PCR Ultra H2O

15 ml

380 Kč

PCR olej LEHKÝ MINERÁLNÍ OLEJ V KVALITĚ VHODNÉ PRO PCR DNázy a RNázy nedetegovatelné.

Skladování: pokojová teplota. Kontrola kvality: každá šarže PCR oleje je testována v PCR.


Název

Balení

Cena

P 043

PCR olej

15 ml

400 Kč

Micro Check (kalibrační špička) SPECIÁLNÍ ŠPIČKY PRO RYCHLOU KALIBRACI PŘESNOSTI PIPETOVACÍCH ZAŘÍZENÍ Špičky Micro Check představují nový způsob rychlé kalibrace pipetovacích zařízení. U těchto špiček jsou objemy vyznačeny ryskou přímo na špičce a kalibrace pipetátoru spočívá v porovnání pozice hladiny kalibrovací tekutiny (vody) s ryskou, která odpovídá danému objemu.

Výhody použití špiček Micro Check 1. Při použití špiček Micro Check odpadají problémy s navažováním malých objemů vody. 2. Kalibrace špičkou Micro Check je velmi jednoduchá a lze ji provádět kdykoliv v průběhu experimentu. 3. Špičky jsou dodávány v ochranném pouzdře, umístěném na magnetické podložce. To umožňuje jejich uchycení na všech kovových plochách laboratoře (lednice, inkubátory, plechové části laboratorních stolů a pod.) - kalibrovací špička je vždy po ruce. Špičky lze objednat rovněž samostatně.

4.

Obr. 6


Název

Balení

Cena

M 049

Micro Check špička s magnet. držákem

1 ks

100,- Kč

M 050

Micro Check špička

5 ks

100,- Kč


Na podložce jsou vyznačeny objemy v mikrolitrech pro jednotlivé rysky na špičce; to usnadňuje určení objemu tekutiny ve špičce (viz. obr. 6).

33

Materiály pro elektroforézu ELEKTROFORÉZA DNA FRAGMENTŮ A RNA VYŽADUJE REAGENS VYSOKÉ KVALITY U KTERÝCH NEJSOU ANI STOPOVÁ MNOŽSTVÍ DNÁZ A RNÁZ. TATO SKUPINA ZAHRNUJE: PCR agarózuTB - v současné době nejvhodnější agaróza pro běžnou elektro

forézu DNA a RNA fragmentů PCR ethidium bromidTB - ekonomické barvivo pro vizualizaci DNA fargmentů v gelech PCR VKLÁDACÍ PUFRY, KTERÉ SE LIŠÍ TYPEM BARVIČEK: PCR vkládací pufrTB - barvivo bromofenolová modř a xylen cyanol PCR vkládací pufr Edge - barvivo bromofenolová modř PCR vkládací pufr Red load - červené barvivo PCR vkládací pufr Yellow load - žluté barvivo PCR vkládací pufry jsou roztoky o vysoké hustotě, které usnadňují vkládání vzorků DNA do jamek elektroforetického gelu. Snadnou manipulaci se vzorky umožňují barviva, která mají pohyblivost při elektroforéze srovnatelnou s pohyblivostí DNA. V současné době se používá především pufr, který obsahuje bromofenolovou modř a xylen cyanol. Bromofenolová modř migruje v agarózovém gelu s 0,5 x TBE pufrem přibližně stejně rychle jako lineární dvouřetězcová DNA o velikosti 300 párů bazí, zatímco xylen cyanol migruje přibližně jako DNA o velikosti 4000 párů bazí. Tato relativní pohyblivost není ovlivněna koncentrací agarózy v rozmezí 0,5 – 1,4%.

Materiály pro elektroforézu

Přítomnost barviva však může ovlivnit „svítivost“ DNA při barvení gelu pomocí ethidium bromidu popřípadě jinými barvivy a tím znemožňovat kvantifikaci DNA, popřípadě detekci DNA o nízké koncentrací. Z tohoto důvodu je dodáván vkládací pufr, který obsahuje pouze bromofenolovou modř (vkládací pufr Edge). Protože však PCR produkty jsou často o velikosti kolem 300 párů bází, byly zavedeny nové vkládací pufry, které obsahují barviva putující v agarózovém gelu rychleji než běžně analyzované fragmenty DNA. Yellow load vkládací pufr obsahuje žluté barvivo, orange G, které migruje v oblasti jednotlivých nukleotidů. Ještě rychleji migruje barvivo obsažené v Red load. Vkladací pufr Red load obsahuje stejné barvivo, jako je obsažené v PP master mixech nebo v Taq Purple DNA polymeráze a je tedy zvláště vhodné pro vkládání velikostních značek typu DNA marker.

34

PCR agarózaTB KLÍČOVÉ REAGENS PRO ELEKTROFORETICKOU SEPARACI FRAGMENTŮ DNA Důležitou součástí PCR technik je elektroforetická separace DNA fragmentů v agarózovém gelu. Ne každá agaróza je pro přípravu gelů a elektroforetickou separaci vhodná. PCR agarózaTB představuje agarózu s optimálními vlastnostmi pro separaci DNA a RNA. Tato agaróza nevykazuje žádnou RNázovou nebo DNázovou aktivitu a je vhodná pro elektroforetickou separaci a přenos (blotování) DNA a RNA. Nízká hodnota elektroendoosmózy (EEO) přispívá ke zvýšené elektroforetické pohyblivosti RNA a DNA v gelu.

Doporučené koncentrace PCR agarózyTB pro separaci fragmentů různých velikostí: Velikost fragmentů (párů bazí) 1 000 - 23 000 800 - 10 000 400 - 8 000 300 - 7 000 200 - 4 000 100 - 3 000

Specifikace:

Koncentrace (%, w/vol) PCR agarózyTB v gelu 1 x TBE pufr 1 x TAE pufr 0,60 0,80 1,00 1,20 1,50 2,00

0,50 0,70 0,85 1,00 1,25 1,75

Skladování: při pokojové teplotě. 36oC 0,09-0,13 > 1 200 nedetekovatelná < 0,15%

Teplota tuhnutí: EEO (-mr): Gelová síla (1% g/cm): Aktivita DNáz a RNáz: Sulfát:

Objednávky: Kat. číslo P 045

Název TB

PCR agaróza

Balení

Cena

100 g

3.200,- Kč

Materiály pro elektroforézu 35

PCR ethidium bromidTB V KVALITĚ VHODNÉ PRO ANALÝZU PCR PRODUKTŮ Jedná se o roztok ethidium bromidu (10 mg/ml) v PCR H2O.

Balení: 1 ml ve šroubovacích umělohmotných zkumavkách.

Skladování: při teplotě 4oC.

Kontrola kvality: každá šarže PCR ethidium bromidu je testována na použití pro vizualizaci DNA fragmentů při gelové elektroforéze v PCR agaróze. Konečné ředění v gelu bývá 0,5 μg/ml.


Název

Balení

Cena

P 046

PCR ethidium bromidTB

1 ml

200,- Kč

P 047

PCR ethidium bromidTB

5 x 1 ml

600,- Kč

PCR vkládací pufrTB V KVALITĚ VHODNÉ PRO ANALÝZU PCR PRODUKTŮ Vkládací „loading“ pufry jsou roztoky o vysoké hustotě, které usnadňují vkládaní vzorků do jamek v gelu. PCR vkládací pufrTB obsahuje barvivo, bromofenolovou modř a xylen cyanol, které usnadňují monitorování průběhu elektroforézy DNA fragmentů. Na 10 μl PCR produktu se přidávají 2-3 μl vkládacího pufru.

Balení: 1,5 ml ve šroubovacích umělohmotných

Skladování: při pokojové teplotě.

lahvičkách.

Kontrola kvality: každá šarže PCR vkládacího pufru je testována na separaci DNA fragmentů při elektroforéze v PCR agarózeTB. Objednávky:


Kat. číslo P 048 P 049

Název

Balení

Cena

TB

1,5 ml

200,- Kč

TB

5 x 1,5 ml

600,- Kč

PCR vkládací pufr

PCR vkládací pufr

PCR vkládací pufr Edge Tento pufr je podobný PCR vkládacímu pufruTB, ale obsahuje pouze bromofenolovou modř. Umožňuje snadnou detekci a densitometrickou kvantifikaci DNA fragmentů v oblasti kolem 5 kb.

Balení: 1,5 ml ve šroubovacích umělohmotných lahvičkách.


Kontrola kvality: každá šarže PCR vkládacího pufru je testována na separaci DNA fragmentů při elektroforéze v PCR agarózeTB. Objednávky:

36

Kat. číslo

Název

Balení

Cena

P 062

PCR vkládací pufr Edge

1,5 ml

200,- Kč

P 063

PCR vkládací pufr Edge

5 x 1,5 ml

600,- Kč

PCR vkládací pufr Red load a Yellow load Jedná se o vkládací pufry s barvivy, které putují při elektroforéze před DNA.

Balení: 1,5 ml ve šroubovacích umělohmotných


lahvičkách.

Kontrola kvality: každá šarže PCR vkládacího pufru je testována na separaci DNA fragmentů při elektroforéze v PCR agarózeTB.

A

B UV světlo

1

2

3

4

5

viditelné světlo

6

1

2

3

4

5

6


Obr. 7. Barevné vkládací pufry. DNA marker 155-970 (Kat. č. D 060) byl smíchán s PCR vkládacím pufrem (1, 6), vkládacím pufrem bez barvené značky (2), Yellow load (3), Red load (4), a vkládacím pufrem Edge (5). DNA fragmety byly separovány v 1% agarózovém gelu v 0,5% TBE pufru. (A) Gel byl „obarven” ethidium bromidem (0,1 μg/ml) a fotografován v UV světle. (B) Gel byl fotografován ve viditelném světle. Z obrázku je patrné, že přes odlišnou pohyblivost v agarózovém gelu barviva neovlivňují pohyblivost DNA fragmentů.


Název

Balení

Cena

P 066

PCR vkládací pufr Red load

1,5 ml

200,- Kč

P 067

PCR vkládací pufr Red load

5 x 1,5 ml

600,- Kč

P 064

PCR vkládací pufr Yellow load

1,5 ml

200,- Kč

P 065

PCR vkládací pufr Yellow load

5 x 1,5 ml

600,- Kč

37

Technické specifikace Tabulka vlastností polymeráz*

Technické specifikace

Koncentrace enzymu (U/μl)

Inertní barvivo

Velikost am- Použití/poznámka plifikovaných fragmentů DNA (kbp)

Taq DNA polymeráza

5

-

<2

• standartní enzym pro běžné amplifikace • skladovací pufr s 20 mM HEPES, pH 7,9 • 10x reakční pufr pufr s 100 mM Tris-HCl, pH 8,8 a 500 mM KCl


5

-

<2

• enzym pro robustnější reakce, nutno najít optimální ředění enzymu • skladovací pufr s 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 • 10x reakční pufr pufr s 100 mM Tris-HCl, pH 8,8 a 500 mM KCl


1

+

Taq DNA polymeráza 1.1

1

-

<2

• Taq DNA polymeráza ředěná ve sklad. pufru • skladovací pufr s 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 • 10x Reakční pufr s 750 mM Tris-HCl, pH 8,8 a 200 mM (NH4)2SO4


1

-

<5

• směs Taq DNA polymerázy a anti-Taq monoklonální protilátky • skladovací pufr s 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 • 10 x reakční pufr pufr s 100 mM Tris-HCl, pH 8,8 a 500 mM KCl

LA DNA polymerases Mix

5

-

< 20/40

• směs Taq DNA polymerázy a polymerázy s 3’->5’ exonukleázovou aktivitou (snížená frekvence chyb) vhodná pro klonování PCR fragmentů • skladovací pufr s 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 • 10 x Reakční pufr s 500 mM Tris-HCl, pH 9,3 a 150 mM (NH4)2SO4

<2

• Taq DNA polymeráza ředěná ve skladovacím pufru, s přídavkem inertního barviva (lze nášet přímo na gel, bez nutnosti přidávat nanášecí pufr) • skladovací pufr s 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 • 10x reakční pufr pufr s 100 mM Tris-HCl, pH 8,8 a 500 mM KCl

*Využitelnost teplotně rezistentních polymeráz je uvedena na str. 3

Tabulka vlastností qPCR Master Mixů* Koncentrace enzymu (U/μl)

Hot Start

SYBR

Použití/poznámka

qPCR 2x Master Mix

0,05

+

-

vyžaduje fluorescenční sondu


0,05

+

-

vyžaduje fluorescenční sondu


0,05

+

+

nevyžaduje fluorescenční sondu

*Využitelnost qPCR Master Mixů pro různé typy PCR je uvedena na str. 15

38

Tabulka vlastností PCR reakčních směsí (PP Master mixů)* Koncentrace enzymu (U/μl) PPP Master Mix

0,1

Inertní barvivo

+

Velikost amplifikovaných fragmentů DNA (kbp)

Použití/poznámka

• 2x koncentrovaná reakční směs pro PCR obsahující reakční pufr, nukleotidy, enzym a 5 mM MgCl2. Stačí přidat templátovou DNA, primery a H2O • obsahuje inertní barvivo (lze nanášet přímo na gel, bezmixů)* nutnosti přidávat vkládací pufr) (PPP master

<2

Tabulka Vlastnosti PCR reakčních směsí 0,1

+

<2

• 2x koncentrovaná reakční směs pro PCR obsahující reakční pufr, nukleotidy a enzym. MgCl2 se dodává separátně. Stačí přidat MgCl2, templátovou DNA, primery a H2O • obsahuje inertní barvivo (lze nanášet přímo na gel, bez nutnosti přidávat pufr)

Plain PP Master Mix

0,1

-

<2

• 2x koncentrovaná reakční směs pro PCR obsahující reakční pufr, nukleotidy, enzym a 5 mM MgCl2. Stačí přidat templátovou DNA, primery a H2O • tím, že neobsahuje barvivo je vhodný pro analýzu DNA fragmentů s využitím automatických detektorů

Combi PPP Master Mix

0,1

+

<2

• 2x koncentrovaná reakční směs pro PCR obsahující reakční pufr, nukleotidy a enzym, 5 mM MgCl2 a monoklonální protilátku antiTaq. Stačí přidat templátovou DNA, primery a H2O • s přídavkem inertního barviva (lze nanášet přímo na gel, bez nutnosti přidávat vkládací pufr) • anti-Taq protilátka inaktivuje Taq DNA polymerázu a tím znemožňuje zahájení PCR. Při denaturaci DNA v prvním cyklu PCR (94oC, 2-4 min.) dochází k inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymové aktivity Taq DNA polymerázy. Tato tzv. „hot start“ PCR odstraňuje nežádoucí nespecifické amplifikace

*Využitelnost PCR reakčních směsí je uvedena na str. 11

Skladovací podmínky Produkty uváděné v tomto katalogu mají různé optimální podmínky pro skladování: • skladování při -20oC znamená, že teplota by se měla pohybovat mezi -15oC až -25oC, • skladování při 4oC znamená, že teplota by se měla pohybovat mezi 0oC až 6oC, • skladování při pokojové teplotě znamená, že teplota by se měla pohybovat mezi 10oC až 30oC.

Technické specifikace

PPP Master Mix bez MgCl2

39

Technické informace, objednávky a obchodní podmínky: Top-Bio, s.r.o.

Jordana Jovkova 3262 143 00 Praha 4 Fax: 241 77 00 91 Tel: 603/476 934 E-mail: [email protected] www.top-bio.cz Objednávky lze uskutečnit telefonicky, faxem, e-mailem nebo prostřednictvím internetového obchodu. Objednávky jsou vyřizovány v pracovní dny obvykle do 24 hod.

Při realizaci objednávek předpokládáme, že uživatelé zboží jsou kvalifikovaní pracovníci způsobilí pracovat s objednanými výrobky. V případě nejasností ohledně užití zboží a bezpečnosti práce s tímto zbožím se obraťte na výše uvedenou adresu. Nejrychleji jsou vyřizovány technické dotazy doručené formou e-mailu.

Případné reklamace je nutno uplatnit do 8 týdnů po přejímce zboží. Pro účely reklamace musí být nespotřebovaná část vzorku a podrobný laboratorní protokol o použití vzorku a jeho skladování dodány laboratoři firmy Top-Bio s.r.o. podle dohodnutého harmonogramu. Nárok na reklamaci bude potvrzen do 14 dnů po přejímce reklamovaného zboží.

Ceny uváděné v tomto katalogu jsou bez DPH a zahrnují dopravu po celé České republice.

Nabízíme Vám návštěvu našich web stránek, kde naleznete nejen katalog, ceník a internetový obchod, ale také podrobné návody k použití našich výrobků, aktualizace a internetový obchod.

http://www.top-bio.cz

40

OBSAH. PP Master Mixy PPP Master Mix 12 Plain PP Master Mix 13 Combi PPP Master Mix 14

Recommend Documents