Inteelt en genetische diversiteit van de Cavalier King Charles Spaniel op basis van afstammingsgegevens 28/02/2012 dr. Steven Janssens, lic. Katrien Wijnrocx en prof. Nadine Buys Livestock Genetics, KULeuven
Data Een pedigreebestand van 19 330 records werd bekomen binnen het project “Cavaliers for Life” (04 febr. 2012). Deze data hebben betrekking op Belgische en Nederlandse honden. Het bestand omvat gehercodeerde nummers voor dier, vader en moeder, code voor geslacht en geboortedatum. Voor 2587 records is de geboortedatum niet gekend. Er zijn 9450 reuen (49%) en 9880 teven (51%) aanwezig in de data. Twee subsets van dieren werden aangemaakt als volgt: ‐ ‐
Dieren geboren na 2005 (2006‐2012). Deze subset weerspiegelt de recente populatie van dieren en bestaat uit 6345 individuen. Een set met dieren geboren sinds 2001. Deze wordt beschouwd als de referentiepopulatie. Dit bestand omvat 12 464 records. Als hieraan de gekende voorouders worden toegevoegd bekomt men een bestand van 15260 dieren.
De evolutie van het aantal registraties wordt in onderstaande figuur getoond. Deze aantallen geven het aantal dieren dat momenteel geregistreerd is in de computerdatabank. Vanaf 1996 zijn er ongeveer 1100 dieren per jaar opgenomen.
1
Entries in CKCS-database dd. 20120227 with nonmissing birthdate FREQUENCY 1600 1500 1400 1300 1200 1100 1000 900 800 700 600 500 400 300 200 100 0 1 9 7 6
1 9 7 7
1 9 7 8
1 9 7 9
1 9 8 0
1 9 8 1
1 9 8 2
1 9 8 3
1 9 8 4
1 9 8 5
1 9 8 6
1 9 8 7
1 9 8 8
1 9 8 9
1 9 9 0
1 9 9 1
1 9 9 2
1 9 9 3
1 9 9 4
1 9 9 5
1 9 9 6
1 9 9 7
1 9 9 8
1 9 9 9
2 0 0 0
2 0 0 1
2 0 0 2
2 0 0 3
2 0 0 4
2 0 0 5
2 0 0 6
2 0 0 7
2 0 0 8
2 0 0 9
2 0 1 0
2 0 1 1
byear MIDPOINT 1
SEX
2
Figuur 1: Het aantal dieren in de databank (04 februari 2012)
In onderstaande tabel en in de figuren wordt de verdeling gegeven van het aantal nakomelingen per reu en per teef. 50% van alle reuen en teven komen maar 3 tot 4 keer voor als ouderdier in de dataset maar er zijn belangrijke variaties. Sommige reuen en teven werden frequent ingezet als fokdier (met een maximum van 227 nakomelingen in de databank voor dezelfde reu en 43 nakomelingen voor dezelfde teef). Tabel 1: Het voorkomen als vader of als moeder bij de CKCS en de schatting van de effectieve populatiegrootte Ne (bron project Cavaliers for Life, 2011)
Dataset Volledig bestand reu teef Laatste 5 jaar reu teef
2
Aantal
1433 3323 413 1071
Het voorkomen als ouderdier Gemiddeld Mediaan Maximum Variantie 13.48 5.82 15.40 5.93
3 4
227 43
624.1 32.1
7 5
178 25
494.76 18.66
Ne 77 98
Occurences as a sire - complete dataset Aantal vaders 1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100
0 0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
200
Nakomelingen/vader
Figuur 2: Het voorkomen als vader in de volledige dataset (04 februari 2012)
3
Occurences as a dam - complete dataset Aantal moeders 1200
1100
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100
0 0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
Nakomelingen/moeder
Figuur 3: Het voorkomen als moeder in de volledige dataset (04 februari 2012)
De inteeltgraad en de genetische diversiteit werd berekend voor de dieren geboren vanaf 2001 tot en met 2010. Voor deze groep van dieren werd de volledigheid van de afstamming bepaald. Het aantal volledig gekende generaties (CGE) stijgt van 2,5 (2001) tot bijna 5 (2010 en 2011). Voor dieren geboren in 2010 zijn er gemiddeld ongeveer 140 voorouders gekend .
Tabel 2: Complete generatieequivalenten (CGE) en inteelt bij de Cavalier King Charles Spaniel (bron project Cavaliers for Life, 2011)
Ras
CKCS
4
CGE
4,5
N totaal
N ingeteeld
15260 3500 (* gemiddelde inteeltcoëfficient van de ingeteelde dieren)
Gemiddelde Inteelt Coëfficiënt* 2.8%
Het aantal stichter dieren is ongeveer 1240 en het aantal effectieve stichterdieren wordt geschat op 418 wat behoorlijk hoog is. Deze aantallen geven aan dat er niet zo veel genetische concentratie heeft plaatsgevonden. Ook de maximale bijdrage van 1 stichter is met 1.6‐1.7% zeer laag te noemen. Deze resultaten corresponderen met de vrij gunstig effectieve populatiegrootte (berekend uit de variantie van de familiegrootte) van 77 tot 98. Tabel 3: Genetische diversiteit bij de Cavalier King Charles Spaniel (bron project Cavaliers for Life, 2011)
Ras Aantal stichters
CKCS Teef Reu
Aantal effectieve stichters
Aantal stichters dat 50% genetische diversiteit verklaart
Hoogste aandeel van 1 stichter in de genetische diversiteit
1235 418 85 1242 419 89 * effectieve populatie grootte werd berekend uit de variantie van familiegrootte voor dieren geboren 2005‐2011
1.7% 1.6%
Het is mogelijk dat de genetische diversiteit overschat wordt door de manier waarop de database is opgebouwd. Pedigree’s werden ingebracht vertrekkend van de actieve dieren waardoor waarschijnlijk niet alle genetische verwantschappen tussen voorouderdieren aanwezig zijn in de databank.
Conclusies De genetische diversiteit van de Cavalier King Charles Spaniel wordt geschat op 77 tot 98 wanneer we kijken naar de variantie in familiegrootte. Andere parameters zoals het aantal effectieve stichters en de genetische concentratie lijken dit te bevestigen. Naast de grootte van de genetische diversiteit van het ras is het voorkomen van één of meerdere genetische aandoeningen bepalend voor de keuze van de fokkerijstrategie. Vanuit wetenschappelijk oogpunt is de beste oplossing het gebruik van fokwaardeschattingen in combinatie met inteelt beperking (“Optimal genetic contributions”).
5
