PP Master Mixy PPP Master Mix 14 Plain PP Master Mix 15 Combi PPP Master Mix 16 new Plain Combi PP Master Mix 17

Obsah DNA polymerázy pro PCR a pufry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 Taq DNA polymeráza Taq DNA polymeráza Unis Taq-Purple DNA polymeráza Taq DNA polymeráza 1.1 Combi Taq DNA polymeráza LA DNA Polymerases Mix 10x koncentrovaný PCR Blue Buffer

6 7 8 9 10 11 12

PP Master Mixy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13

new

PPP Master Mix Plain PP Master Mix Combi PPP Master Mix Plain Combi PP Master Mix

14 15 16 17

qPCR Master Mixy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .18

new new new

qPCR 2x Master Mix qPCR 2x Blue Master Mix qPCR 2x SYBR Master Mix XL-qPCR 2x SYBR Master Mix XL-qPCR 2x SYBR+DMSO Master Mix SYTO-9 qPCR 2x Master Mix

19 20 21 22 23 24

Další enzymy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 RNáza bez DNáz M-MLV reverzní transkriptáza DNáza I, bez RNáz

25 26 27

Izolace DNA a RNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28 DNA Lego kit RNA Blue RT-PCR kit RNA Blue RNA nosi

29 30 31 32

DNA markery . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 DNA marker 200-1500 DNA marker 200-1500 coloured DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) coloured DNA marker 155-970 DNA marker 155-970 coloured

34 34 35 35 36 36

Další materiály pro PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 PCR dNTP mix PCR Et-OH PCR Enhancer PCR H2O PCR Ultra H2O PCR olej Micro Check (kalibraní špika)

37 37 38 39 39 40 40

Materiály pro elektroforézu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 42 43 43 43 44

Obsah

PCR agaróza PCR ethidium bromid PCR vkládací pufr PCR vkládací pufr Edge PCR vkládací pufr Red load a Yellow load

Technické informace. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 Certikace, technické informace, objednávky a obchodní podmínky Ceník Poznámky

45 46 49

3

O rm Spolenost Top-Bio, s.r.o., založena 1. listopadu 1995, se specializuje na výrobu vybraných látek, dležitých pro široké využívání molekulárn - genetických metod v ad oblastí základního i aplikovaného výzkumu a výrobní praxe. Pedevším se jedná o enzymy a další látky nezbytné pro amplikaci DNA pomocí tzv. polymerázové etzové reakce (PCR). Top-Bio, s.r.o. vznikla jako “spin-off” rma Ústavu molekulární genetiky AVR. V poátením období byla rma souástí tzv. inkubátoru Technologického centra AVR, který byl lokalizován v areálu biologických ústav AVR v Praze 4 Kri. V roce 2002 se ást rmy pesthovala do nových prostor ve Vestci u Prahy a rozšíila výrobnu.

Mezi charakteristické rysy rmy patí (remní desatero): 1. výroba reagens nejvyšší dosažitelné kvality, 2. nároná výstupní kontrola, 3. zajištní optimálních podmínek pro skladování a pepravu výrobk a vyznaení expiraní doby u všech výrobk,

O firm

TO

4

É

P B I O s.r.o

.

ZB

VA PO CEL

O

ŽÍ

TO

DODÁVÁME

DO

A PR

R

DO

4. rychlé a kompetentní vyizování technických dotaz - v pracovní dny obvykle do 4 hod. po obdržení dotazu, 5. rychlé vyizování objednávek v celé R - v pracovní dny obvykle do 24 hod. po obdržení objednávky, 6. vzhledem ke kvalit výrobk bezkonkurenní ceny, 7. výrazné slevy pi odbrech vtšího množství výrobk, 8. široké uspokojování požadavk na platby (volba termínu platby), 9. rychlé a vstícné vyizování reklamací, ZDARMA 10. draz na inovace odrážející aktuální vdecké poznatky. P B I O s.r.o

.

DNA polymerázy pro PCR a pufry Taq DNA polymeráza Taq DNA polymeráza Unis Taq-Purple DNA polymeráza Taq DNA polymeráza 1.1 Combi Taq DNA polymeráza LA DNA Polymerases Mix 10x koncentrovaný PCR Blue Buffer PCR je jednou z nejvýznamnjších molekulárn-genetických technik. Tato technika slouží k rychlé produkci velkého potu kopií fragment DNA. Poadí nukleotid v DNA fragmentech vytvoených v PCR odpovídá poadí nukleotid v templátové DNA (napíklad genomová DNA nebo cDNA). Velikost amplikovaných úsek je vymezena oligonukleotidovými primery (oka), které nasedají na templátovou DNA. Reakní sms pro PCR obsahuje:

1. teplotn-rezistentní DNA polymerázu 2. pufr 3. dNTP (stavebni kameny DNA) 4. templátovou DNA 5. dvojici oligonukleotidových primer V prbhu PCR dochází k denaturaci templátové DNA, nasednutí primer a extenzi DNA od primeru ve smru 5´-> 3’. Tyto kroky PCR, které mají odlišná teplotní optima se mnohokrát opakují (obvykle 20 – 40x). Provedení PCR v pístrojích (cyklerech) umožujících automatické zmny teploty zásadním zpsobem zjednodušuje proces amplikace DNA fragment. Z hlediska provádní PCR mají rozhodující význam DNA polymerázy, které jsou rezistentní k teplotám, pi kterých dochází k denaturaci DNA (94oC). Firma Top-Bio dodává 6 preparát polymeráz, které mají rznou využitelnost (viz. Tabulka 1). Tyto polymerázy se kombinují s dalšími komponentami PCR reakních smsí.

Tabulka 1 využitelnost teplotn rezistentních polymeráz Top-Bio provenience pro rzné typy PCR PCR dlouhých fragment

Pesná PCR na klonace DNA fr.

Hot start PCR

PCR s vysokým výtžkem DNA fragment

Speciální aplikace

Polymerázy Taq DNA pol. Taq DNA pol. Unis Taq-Purple DNA pol. Taq DNA Pol. 1.1 Combi Taq DNA pol. LA DNA pol. Mix

+ + + + + -

+

+

+ -

+ + -

+ + -

Tabulka 2 vlastností polymeráz Koncentrace Inertní enzymu (U/ l) barvivo

Velikost ampliko- Použití/poznámka vaných fragment DNA (kbp)

Taq DNA polymeráza

5

-

<2

• standardní enzym pro bžné amplikace

Taq DNA polymeráza Unis

5

-

<2

• enzym pro robustnjší reakce, nutno najít optimální ední enzymu

Taq-Purple DNA polymeráza

1

+

<2

• Taq DNA polymeráza s pídavkem inertního barviva (lze nášet pímo na gel, bez nutnosti pidávat vkládací pufr)

Taq DNA polymeráza 1.1

1

-

<2

• Taq DNA polymeráza edná ve sklad. pufru

Combi Taq DNA polymeráza

1

-

<5

• Taq DNA polymeráza s monoklonární protilátkou anti-Taq • umožuje hot-start PCR

LA DNA polymerases Mix

5

-

< 20/40

• sms Taq DNA polymerázy a polymerázy s 3’>5’ exonukleázovou aktivitou (snížená frekvence chyb) vhodná pro klonování PCR fragment

DNA polymerázy pro PCR a pufry

Rutinní diagnost. PCR

5

Taq DNA polymeráza KLÍOVÉ REAGENS PRO AMPLIFIKACI FRAGMENT DNA V PCR Taq DNA polymeráza je termostabilní enzym izolovaný z Thermus aquaticus. Tento enzym katalyzuje polymerizaci nukleotid na základ templátu a oligonukleotidového oka ve smru 5’->3’ v pítomnosti hoíku a má rovnž 5’->3’ exonukleázovou aktivitu.

Denice jednotky: jedna jednotka Taq DNA polymerázy je definována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného trichloroctovou kyselinou (TCA za 30 min. pi 72 oC). Reakní podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 pi 25oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100, 1,5 mM MgCl2, 200 M dATP, dCTP, dGTP a [D-32P]dTTP, 50 g/ml denaturované cDNA, 0,5 M odpovídajícího primeru a 0,2 - 0,5 U enzymu v objemu 50 Balení:

Koncentrace: 5 U/ l.

• 1 zkumavka s Taq DNA polymerázou v objemu 20 l (100 U) nebo 100 l (500 U), • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakním pufrem (1,5 ml).

Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování.

Pi požadavku na zmnu v koncentraci MgCl2 je možno namísto istota: preparát je prostý nukleáz. Enzym 10x konc. reakního pufru dodat set obsahující migruje pi SDS PAGE jako jediný proužek 1 zkumavku s 10x konc. reakním pufrem bez MgCl2 (1,5 ml) o molekulové hmotnosti 94 kD. a 1 zkumavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml).

Skladovací pufr: 20 mM HEPES, pH 7,9, 100 mM KCl, 0,1 mM 10x reakní pufr s MgCl2: 100 mM Tris-HCl, EDTA, 1 mM DTT, 0,5 mM PMSF, stabilizátor, 50% glycerol. pH 8,8 (pi 25oC), 500 mM KCl, 1% Triton X-100, 15 mM MgCl2. Kontrola kvality: pi použití doporueného protokolu pro pípravu vzork (viz. níže) a vhodné kombinace DNA


a primer je výsledkem PCR DNA, která po elektroforetické analýze dává jediný proužek barvitelný ethidium bromidem a má odpovídající velikost. Kontrola kvality zahrnuje atest dokumentující závislost množství výsledného produktu na množství pidané Taq DNA polymerázy. Typický výsledek atestu je uveden na obr. 1.

6

Doporuený protokol pro pípravu vzork pro PCR Smíchat: • 41,5 l PCR H2O • 5 l 10x koncentrovaného reakního pufru (dodávaného s enzymem) • 1 l 10 mM dNTP mix (10 mM dATP, 10 mM dCTP, 10 mM dGTP a 10 mM dTTP) • 0,5 l 50 M 5’ primeru • 0,5 l 50 M 3’ primeru • 0,5 l Taq DNA polymerázy (2,5 U) • 1 l testované DNA Pi testování více vzork DNA je vhodné pipravit tzv. Master Mix, ve kterém jsou objemy jednotlivých komponent násobkem potu vzork DNA. Master Mix je rozdlen po 49 l do zkumavek a do každé z nich je pidán 1 l studované DNA.

Obr. 1.

Elektroforetická separace fragment DNA generovaných v PCR (Fr.) s použitím rzných koncentrací Taq DNA polymerázy. Vzniklá DNA byla analyzována v 1% agarozovém gelu a barvena ethidium bromidem (0,5 g/ml). PCR byla provedena v objemu 50 l/zkumavku a obsahovala následující množství Taq DNA polymerázy: 2,5 U (B), 1U (C), 0,5U (D). Poloha fragment DNA markeru 155-970 je rovnž uvedena (A). Amplikovaný materiál: plasmidová DNA (1ng).

950 750 -

- Fr

A

Objednávky:

B

C

D

Kat. íslo

Název

Balení

Cena

T 031

Taq DNA polymeráza

100 U

700,- K

T 032

Taq DNA polymeráza

500 U

2.900,- K

T 033

Taq DNA polymeráza

5 x 500 U

12.300,- K

T 034

Taq DNA polymeráza

10 x 500 U

23.000,- K

T 035

10x konc. Taq pufr bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml + 0,5 ml

60,- K

Taq DNA polymeráza Unis KLÍOVÉ REAGENS PRO AMPLIFIKACI ZVÝŠENÉHO MNOŽSTVÍ FRAGMENT DNA V PCR Jedná se o DNA polymerázu izolovanou z Thermus Aquaticus v univerzálním skladovacím pufru.

Denice jednotky: jedna jednotka Taq DNA polymerázy Unis je denována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. pi 72oC. Reakní podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 pi 25oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100, 1,5 mM MgCl2, 200 M dATP, dCTP, dGTP a [D-32P]dTTP, 50 g/ml denaturované cDNA, 0,5 M odpovídajícího primeru a 0,2 - 0,5 U enzymu v objemu 50 l.

Balení:


• 1 zkumavka s Taq DNA polymerázou Unis v objemu 20 l

(100 U) nebo 100 l (500 U), • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakním pufrem (1,5 ml).

Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší

opakované rozmrazování. Pi požadavku na zmnu v koncentraci MgCl2 je možno namísto 10x konc. reakního pufru dodat set obsahující istota: preparát je prostý nukleáz. Enzym 1 zkumavku s 10x konc. reakním pufrem bez MgCl2 (1,5 ml) migruje pi SDS PAGE jako jediný proužek a 1 zkumavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml). o molekulové hmotnosti 94 kD.

Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25 oC), 100 mM 10x reakní pufr s MgCl2: 100 mM Tris-HCl, KCl, 0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, 0,5% Tween pH 8,8 (25oC), 500 mM KCl, 20, 50% glycerol. 1% Triton X-100, 15 mM MgCl2.

Kontrola kvality: pi použití doporueného protokolu pro pípravu vzork a vhodné kombinace DNA a primer je výsledkem PCR DNA fragment, který po elektroforetické separaci a barvení pomocí ethidium bromidu dává proužek odpovídající velikosti.

Doporuený protokol:

Objednávky: Kat. íslo

Název

Balení

Cena

T 036


100 U

700,- K

T 037


500 U

3.000,- K

T 038


5 x 500 U

12.500,- K

T 039


10 x 500 U

23.700,- K


viz. Taq DNA polymeráza. Odlišný skladovací pufr umožuje využít tuto polymerázu v kombinaci s pufry, které se využívají pro speciální aplikace, vetn amplikace dlouhých fragment DNA. Taq DNA polymeráza Unis vykazuje v nkterých kombinacích primer a DNA templát podstatn vyšší úinnost než pvodní Taq DNA polymeráza. To umožuje redukovat její množství na polovinu: 1,25 U/50 l reakní smsi.

7

Taq-Purple DNA polymeráza DNA POLYMERÁZA Z THERMUS AQUATICUS S P ÍDAVKEM INERTNÍHO BARVIVA Ve srovnání s bžn používanými polymerázami má Taq-Purple DNA polymeráza nkolik výhod: • barvivo stabilizuje enzym a prodlužuje jeho životnost, • koncentrace enzymu (1 U/ l) usnaduje pesnjší dávkování enzymu, • barvivo a glycerol zvyšují hustotu PCR reakní smsi, kterou lze pímo nanášet na gel (bez požadavku na pidání vkládacího pufru), • barvivo usnaduje manipulaci s enzymem a umožuje vizuální kontrolu jeho promíchání, • barvivo neovlivuje reakní podmínky PCR (vetn koncentrace Mg2+), • barvivo má vyšší pohyblivost než nukleotidy a tedy neinterferuje s kvantikací DNA fragment.

Denice jednotky: jedna jednotka Taq-Purple DNA polymerázy je denována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. pi 72oC. Reakní podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 pi 25oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100, 1,5 mM MgCl2, 200 M dATP, dCTP, dGTP a [D-32P]dTTP, 50 g/ml denaturované cDNA, 0,5 M odpovídajícího primeru a 0,2 - 0,5 U enzymu v objemu 50 l.

Balení:


• 1 zkumavka s Taq-Purple DNA polymerázou v objemu 100 l (100 U) nebo 500 l (500 U) • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakním pufrem (1,5 ml).

Skladování:

pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování.

Pi požadavku na zmnu v koncentraci MgCl2 je možno namísto 10x konc. reakního pufru dodat set obsahující 1 zkumavku istota: preparát je prostý nukleáz. Enzym s 10x konc. reakním pufrem bez MgCl 2 (1,5 ml) a 1 zku- migruje pi SDS PAGE jako jediný proužek mavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml). o molekulové hmotnosti 94 kD.


Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25oC), 100 mM KCl, 10x reakní pufr s MgCl2: 100 mM Tris-HCl,

8

0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, 0,5% Tween pH 8,8 (pi 25oC), 500 mM KCl, 1% Triton 20, inertní barvivo, 50% glycerol. X-100, 15 mM MgCl2.


Doporuený protokol pro pípravu vzork pro PCR Smíchat: • 39,5 l PCR H2O • 5 l 10x koncentrovaného reakního pufru (dodávaného s enzymem) • 1 l 10 mM dNTP mix (10 mM dATP, 10 mM dCTP, 10 mM dGTP a 10 mM dTTP) • 0,5 l 50 M 5’ primeru • 0,5 l 50 M 3’ primeru • 2,5 l Taq-Purple DNA polymerázy (2,5 U) • 1 l testované DNA Pi testování více vzork DNA je vhodné pipravit tzv. Master Mix, ve kterém jsou objemy jednotlivých komponent násobkem potu vzork DNA. Master Mix je rozdlen po 49 l do zkumavek a do každé z nich je pidán 1 l studované DNA.


Název

Balení

Cena

T 106


100 U

700,- K

T 107


500 U

3.000,- K

T 108


5 x 500 U

12.500,- K

Taq DNA polymeráza 1.1 KLÍOVÉ REAGENS PRO AMPLIFIKACI FRAGMENT DNA V PCR Jedná se o DNA polymerázu izolovanou z Thermus aquaticus o koncentraci 1 U/ l. Snížená koncentrace enzymu usnaduje pesnjší dávkování. Enzym se dodává s 10x koncentrovaným reakním Blue Bufferem (1,5 ml).

Denice jednotky: jedna jednotka Taq DNA polymerázy 1.1 je denována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. pi 72oC. Reakní podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 pi 25 oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100, 1,5 mM MgCl2, 200 M dATP, dCTP, dGTP a [D-32P]dTTP, 50 g/ml denaturované cDNA, 0,5 M odpovídajícího primeru a 0,2 - 0,5 U enzymu v objemu 50 l.

Balení:


• 1 zkumavka s Taq DNA polymerázou 1.1 v objemu 100 l (100 U) nebo 500 l (500 U) • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakním Blue Bufferem (1,5 ml).

Skladování:


Pi požadavku na zmnu v koncentraci MgCl2 je možno namísto 10x konc. reakního Blue Bufferu dodat set obsa- istota: preparát je prostý nukleáz. Enzym migruje hující 1 zkumavku s 10x konc. reakním Blue Bufferem bez pi SDS PAGE jako jediný proužek o molekulové MgCl2 (1,5 ml) a 1 zkumavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml). hmotnosti 94 kD.

Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25oC), 100 mM KCl, 10x reakní PCR Blue Buffer s MgCl2: 750 mM

0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, 0,5% Tween Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 200 mM (NH4)2SO4, 0,1% 20, 50% glycerol. Tween 20, 25 mM MgCl2.

Kontrola kvality:

pi použití doporueného protokolu pro pípravu vzork a vhodné kombinace DNA a primer je výsledkem PCR DNA fragment, který po elektroforetické separaci a barvení pomocí ethidium bromidu dává proužek odpovídající velikosti.

se využívají pro speciální aplikace, vetn amplikace dlouhých fragment DNA. Taq DNA polymeráza 1.1 vykazuje v nkterých kombinacích primer a DNA templát podstatn vyšší úinnost než pvodní Taq DNA polymeráza. To umožuje redukovat její množství na polovinu (1,25 U/50 l reakní smsi).


Název

Balení

Cena

T 111

Taq-Purple DNA polymeráza 1.1

100 U

590,- K

T 112


500 U

2.190,- K

T 113


5 x 500 U

8.950,- K

T 114


10 x 500 U

16.350,- K


Doporuený protokol: odlišný skladovací pufr umožuje využít tuto polymerázu v kombinaci s pufry, které

9

Combi Taq DNA polymeráza TAQ DNA POLYMERÁZA S MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKOU ANTI-TAQ Protilátka blokuje enzymovou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožuje zahájení polymerázové reakce ped vlastní PCR. Pi denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Tato tzv. hot start PCR je vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplikaci nespecických fragment DNA, k nízké amplikaci DNA fragment, popípad k tvorb artefakt vznikajících amplikací kombinovaných primer. Oblast využití Combi Taq DNA polymerázy zahrnuje amplikace komplexních genomických nebo cDNA templát, nízkých pot templát ve velkém potu termálních cykl (>35) anebo použití mnohoetných pár primer v téže reakní smsi.

Denice jednotky: jedna jednotka Combi Taq DNA polymerázy je denována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. pi 72oC. Reakní podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 pi 25oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100, 1,5 mM MgCl2, 200 M dATP, dCTP, dGTP a [D-32P]dTTP, 50 g/ml denaturované cDNA, 0,5 M odpovídajícího primeru a 0,2 - 0,5 U enzymu v objemu 50 l.

Balení:

Koncentrace: 1 U/ l • 1 zkumavka s Combi Taq DNA polymerázou v objemu 100 l Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší (100 U) nebo 500 l (500 U), opakované rozmrazování. • 1 zkumavka s 10x koncentrovaným reakním pufrem (1,5 ml). Pi požadavku na zmnu v koncentraci MgCl2 je možno namís- istota: preparát je prostý nukleáz. Enzym to 10x konc. reakního pufru dodat set obsahující 1 zkumavku migruje pi SDS PAGE jako jediný proužek s 10x konc. reakním pufrem bez MgCl2 (1,5 ml) a 1 zkumavku o relativní molekulové hmotnosti 94 kD. Protilátka s 25 mM MgCl2 (0,5 ml). v neredukujícím prostedí putuje jako jediný proužek o relativní hmotnosti 155 kDa.

Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25oC),100 mM KCl, 10x reakní PCR s MgCl2:


100 mM Tris0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, 0,5% Tween 20, HCl, pH 8,8 (25oC), 500 mM KCl, 1% Triton 50% glycerol. X-100, 15 mM MgCl2.

10



Název

Balení

Cena

C 204


100 U

1.000,- K

C 205


500 U

4.000,- K

C 206


5 x 500 U

16.000,- K

LA DNA Polymerases Mix KLÍOVÉ REAGENS PRO AMPLIFIKACI DLOUHÝCH FRAGMENT DNA (AŽ 40 KB) Jedná se o unikátní sms DNA polymerázy Unis a další polymerázy s 3’->5’ exonukleázovou aktivitou, která umožuje provádt amplikaci genomové DNA až do velikosti 20 kb a plasmidové (fágové) DNA až do velikosti 40 kb - tzv. LA (Long and Accurate) PCR. Mimoádná amplikaní úinnost uvedeného systému jej peduruje i k bžné PCR, kde jiné systémy selhávají, nebo kde je požadavek na snížený výskyt chyb (pro klonování). Systém lze doporuit i pro RT-PCR.

Denice jednotky: jedna jednotka LA DNA Polymerases Mix je denována jako množství enzymu, které katalyzuje inkorporaci 10 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 30 min. pi 72oC. Reakní podmínky jsou: 10 mM Tris-HCl (pH 8,8 pi 25oC), 50 mM KCl, 0,1% Triton X-100, 1,5 mM MgCl2, 200 M dATP, dCTP, dGTP a [D-32P]dTTP, 50 g/ml denaturované cDNA, 0,5 M odpovídajícího primeru a 0,2 - 0,5 U enzymu v objemu 50 l.

Balení:

Koncentrace: 5 U/ l. • 1 zkumavka LA DNA Polymerases Mix v objemu 20 l (100 U) nebo 100 l (500 U), • 1 zkumavka obsahující 1,5 ml 10x koncentrovaného LA PCR Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší reakního pufru, opakované rozmrazování. • 1 zkumavka DMSO, • podrobný návod na provádní LA PCR. Pi požadavku na zmnu v koncentraci MgCl2 je možno namísto 10x konc. reakního LA PCR pufru dodat set obsahující 1 zkumavku s 10x konc. reakním LA PCR pufrem bez MgCl2 (1,5 ml) a 1 zkumavku s 25 mM MgCl2 (0,5 ml).

istota: preparát je prostý RNáz a DNáz.

Skladovací pufr: 20 mM Tris-HCl, pH 8,0 (25oC), 100 mM KCl, 10x reakní pufr s MgCl2: 500 mM Tris-HCl,

0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,5% Nonidet P-40, 0,5% Tween 20, pH 9,3 (25oC), 150 mM (NH4)2SO4, 1% Tween 50% glycerol. 20, 22,5 mM MgCl2. je výsledkem PCR DNA fragment, který po elektroforetické separaci a barvení pomocí ethidium bromidu dává proužek odpovídající velikosti.


Název

Balení

Cena

L 071

LA DNA Polymerases Mix

100 U

1.000,- K

L 072


500 U

3.500,- K

L 073


5 x 500 U

15.000,- K

L 076

10x konc. LA PCR pufr bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml + 0,5 ml

60,- K


Kontrola kvality: pi použití doporueného protokolu pro pípravu vzork a vhodné kombinace DNA a primer

11

10x koncentrovaný PCR Blue Buffer Jedná se o reakní pufr pro PCR, jehož základem je síran amonný, který je v ad pípad výhodnjší než díve používané pufry s KCl. Optimální konená koncentrace MgCl2 bývá vyšší (obvykle 2,5 mM) než pi použití „klasického“ reakního pufru s KCl, který má optimum obvykle pi 1,5 mM MgCl2. Navíc PCR Blue Buffer má širší rozmezí optimálních koncentrací MgCl2.

Složení: PCR Blue Buffer se dodává 10x koncentrovaný: 750 mM Tris-HCl, pH 8,8 (pi 25oC), 200 mM (NH4)2SO4, 0,1% Tween 20, 25 mM MgCl2.

Balení:

Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší

• 1 zkumavka 10x koncentrovného PCR Blue Bufferu,

opakované rozmrazování.

10x konc. PCR Blue Buffer se dodává i bez MgCl2 a 25mM MgCl2 je dodáván zvláš . Tato varianta usnaduje optimalizaci reakních podmínek.


PCR Blue Buffer lze použít pro Taq DNA polymerázu, Taq DNA polymerázu Unis, Taq-Purple DNA polymerázu, Taq DNA polymerázu 1.1 i Combi Taq DNA polymerázu.

12


Název

Balení

Cena

T 058

10x konc. PCR Blue Buffer Complete

1,5 ml

50,- K

T 059

10x konc. PCR Blue Buffer bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml + 0,5 ml

60,- K

PP Master Mixy

new

PPP Master Mix Plain PP Master Mix Combi PPP Master Mix Plain Combi PP Master Mix

PP Master Mixy pedstavují novou generaci produkt pro pípravu rychlé a spolehlivé PCR. Obsahují všechny komponenty PCR s výjimkou primer a DNA. Jejich hlavní pedností je: 1) nevyžadují smíchávání malých množství jednotlivých komponent PCR, 2) obsahují všechny komponenty optimalizované z hlediska vzájemné kompatibility, 3) obsahují aditiva, která zjednodušují skladování, pepravu i úinnost PCR. Všechny tyto parametry zvyšují reproducibilitu výsledk PCR test. V souasné dob jsou k dispozici následující typy 2x koncentrovaných PCR Master Mix, které se liší svým složením a využitelností (viz. tabulka 3).

Tabulka 3 využitelnost reakních smsí Top-Bio provenience pro rzné typy PCR Rutinní diagnost. PCR

PCR Pesná PCR Hot start dlouhých na klonace PCR fragment DNA fr.

PCR s vysokým výtžkem DNA fragment

Speciální aplikace

PCR reakní sms bez DNA a primer PPP Master Mix PPP M. Mix bez MgCl2 Plain PP Master Mix Combi PPP Master Mix Plain Combi PP M. Mix

+ + + + +

-

-

+ +

-

+ + +

Tabulka 4 vlastností PP Master Mix Koncentrace enzymu (U/ l)

Inertní barvivo

Velikost amplikovaných fragment DNA (kbp)

Použití/poznámka

0,1

+

<2

• umožnuje optimalizované a standardní PCR • obsahuje inertní barvivo (lze nanášet pímo na gel, bez nutnosti pidávat vkládací pufr)

PPP Master Mix bez MgCl2

0,1

+

<2

• MgCl2 se dodává separátn • obsahuje inertní barvivo (lze nanášet pímo na gel, bez nutnosti pidávat vkládací pufr)

Plain PP Master Mix

0,1

-

<2

• neobsahuje barvivo a je vhodný pro analýzu DNA fragment s využitím automatických detektor

Combi PPP Master Mix

0,1

+

<2

• obsahuje monoklonální protilátku anti-Taq s pídavkem inertního barviva (lze nanášet pímo na gel, bez nutnosti pidávat vkládací pufr) • anti-Taq protilátka zajiš uje hot start PCR a odstrauje nežádoucí nespecické amplikace

Plain Combi PP Master Mix

0,1

-

<2

PP Master Mixy

PPP Master Mix

• obsahuje monoklonální protilátku anti-Taq • tím, že neobsahuje barvivo je vhodný pro analýzu DNA fragment s využitím spektrofotometr

13

PPP Master Mix TAQ-PURPLE DNA POLYMERÁZA PCR MASTER MIX • Umožuje po všech stránkách optimalizované a standardní provádní PCR, • umožuje rychlou pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; staí dodat primery, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky), • obsahuje reakní pufr, který zvyšuje úinnost i specicitu PCR a zajiš uje širší rozmezí optimálních koncentrací MgCl2, • obsahuje stabilizátory, které umožují kratkodobé skladování pi 4oC, • obsahuje aditiva, která umožují pímou elektroforézu amplikovaného produktu, bez nutnosti pidávat vkládací pufr, • obsahuje barvivo, které usnaduje manipulaci se vzorky a vizuální kontrolu homogenity; barvivo má vyšší pohyblivost než nukleotidy a tedy neinterferuje s kvantikovatelností PCR produkt, • vzorky mohou být snadno reamplikovány (nested PCR), protože barvivo nemá vliv na prbh amplikace, • PPP Master Mix je mimoádn vhodný pro rutinní vyšetování vtších pot vzork. K PPP Master Mixu v originální zkumavce (0,5 ml) je možné pidat požadované primery (nap. 2 x 40 l) a PCR H2O (380 l). Vlastní pípravu PCR lze pak omezit pouze na smíchání ástí této reakní smsi (nap. 24 l) s analyzovanou DNA (1 l).

Složení: PPP Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, 100 U/ml Taq-Purple DNA polymerázy, stabilizátory a aditiva. Souástí dodávky je PCR H2O.

Balení:

Skladování: pi teplot -20oC, krátkodob (dny) pi teplot 4oC.

• 1 zkumavka 500 l PPP Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l), • 1 zkumavka 1,5 ml H2O.

Materiál snáší opakované rozmrazování.

istota:

preparát je prostý nukleáz. Enzym migruje pi SDS PAGE jako jediný proužek o molekulové hmotnosti 94 kD.

Kontrola kvality: každá šarže PPP Master Mixu je testována na amplikaci genu o jedné kopii v genomové

PP Master Mixy

DNA.

14


Název

Balení

Cena

P 124

PPP Master Mix (1 zk.)

40 reakcí

690,- K

P 125


200 reakcí

2.490,- K

P 126


1000 reakcí

9.990,- K

V pípad požadavku na zmny v koncentraci Mg2+ lze dodat PPP Master Mix bez MgCl2 a MgCl2 separátn. P 134

PPP Master Mix bez MgCl2+MgCl2 (1 zk.)

P 135 P 136

40 reakcí

690,- K


200 reakcí

2.490,- K


1000 reakcí

9.990,- K

Plain PP Master Mix TAQ DNA POLYMERÁZA PCR MASTER MIX BEZ BARVIVA Plain PP Master Mix je obdobou PPP Master Mixu, ale neobsahuje barvivo. • Umožuje po všech stránkách optimalizované a standartní provádní PCR, • obsahuje reakní pufr, který zvyšuje úinnost i specicitu PCR a zajiš uje širší rozmezí optimálních koncetrací MgCl2, • umožuje rychlejší pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; staí dodat primery, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky), • obsahuje stabilizátory, které umožují krátkodobé skladování pi 4oC, • obsahuje aditiva, která umožují pímou elektroforézu amplikovaného produktu, bez nutnosti pidávat vkládací pufr, • vzorky mohou být snadno reamplikovány (nested PCR), nebo aditiva nemají vliv na prbh amplikace, • je mimoádn vhodný pro rutinní analýzu produkt PCR reakcí pomocí automatických detektor (kapilární chromatograe, real-time PCR a další). K Plain PP Master Mixu v originální zkumavce (0,5 ml) je možné pidat požadované primery (nap. 2 x 40 l) a PCR H2O (380 l). Vlastní pípravu PCR lze pak omezit pouze na smíchání ásti této reakní smsi (nap. 24 l) s analyzovanou DNA (1 l).

Složení: Plain PP Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, 100 U/ml Taq DNA polymerázy, stabilizátory a aditiva.

Balení:

Skladování:

• 1 zkumavka s 500 l Plain PP Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l), • 1 zkumavka s 1,5 ml H2O.

pi teplot -20oC, krátkodob (dny) pi teplot 4 C. Materiál snáší opakované rozmrazování. o

istota: preparát je prostý nukleáz. Enzym migruje pi SDS PAGE jako jediný proužek o molekulové hmotnosti 94 kD.

Kontrola kvality: každá šarže Plain PP Master Mixu je testována na amplikaci genu o jedné kopii v genomové DNA.

PP Master Mixy


Název

Balení

Cena

P 201

Plain PP Master Mix (1 zk.)

40 reakcí

690,- K

P 202


200 reakcí

2.490,- K

P 203


1000 reakcí

9.990,- K

15

Combi PPP Master Mix TAQ-PURPLE DNA POLYMERÁZA PCR MASTER MIX S MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKOU ANTI-TAQ • Umožuje po všech stránkách optimalizované a standardní provádní PCR, • obsahuje reakní pufr, který zvyšuje úinnost i specicitu PCR a zajiš uje širší rozmezí optimálních koncentrací MgCl2, • umožuje rychlejší pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; staí dodat primery, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky), • obsahuje aditiva, která umožují pímou elektroforézu amplikovaného produktu, bez nutnosti pidávat vkládací pufr, • obsahuje anti-Taq monoklonální protilátku specickou pro Taq DNA polymerázu, která umožuje tzv. hot start PCR, • obsahuje barvivo, které usnaduje manipulaci a vizuální kontrolu homogenity vzork; pi elektroforéze má barvivo vyšší pohyblivost než nukleotidy a tedy neinterferuje s kvantikovatelností PCR produkt, • vzorky mohou být snadno reamplikovány (nested PCR), nebo aditiva nemají vliv na prbh amplikace, • má široké využití pi amplikaci komplexních genomických nebo cDNA templát, nízkých pot templát a pi použití mnohoetných pár primer v téže reakní smsi. Protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožuje zahájení polymerázové reakce ped vlastní PCR. Pi denaturaci DNA dochází souasn k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity DNA polymerázy. Tato tzv. hot start PCR je zvlášt vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplikaci nespecických fragment DNA, k nízké amplikaci DNA fragment, popípad k tvorb artefakt vznikajících amplikací kombinovaných primer. (viz obr. 2 ).

+ DTaq mAb

+ Control mAb

1000800600500400300200-

Obr. 2. - sp. frag.

1

2

3

4

5

6

Vliv monoklonální protilátky anti-Taq na amplikaci cDNA fragment pomocí RT-PCR. Bunná mRNA byla izolována pomocí reagens RNA Blue a pevedena na cDNA pomocí M-MLV reverzní transkriptázy. Získaná cDNA byla následn amplikována pomocí Combi PPP Master Mixu, obsahující anti-Taq monoklonální protilátku (+ DTaq mAb), nebo kontrolního PPP Master Mixu s kontrolní monoklonální protilátkou (+ Control mAb). Testované vzorky byly z bunk divokého typu (1,4), heterozygot (2,5) nebo homozygot defektních v expresi studované mRNA (3,6). Amplikované vzorky byly frakcionovány elektroforézou na agarózovém gelu s pídavkem ethidium bromidu. Pouze vzorky obsahující cílovou mRNA vykazovaly oekávaný DNA fragment (sp. frag.).

Složení:

Combi PPP Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8 (25oC), 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, 100 U/ml Taq-Purple DNA polymerázy, monoklonální anti-Taq DNA polymeráza (38 nM), stabilizátory a aditiva.

Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování. • 1 zkumavka 500 l Combi PPP Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l), istota: preparát je prostý nukleáz. Enzym migruje pi SDS PAGE jako • 1 zkumavka 1,5 ml H2O. jediný proužek o molekulové hmotnosti 94 kD.

PP Master Mixy

Balení:

16

Kontrola kvality: každá šarže Combi PPP Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii v genomové DNA.


Název

C 208

Combi PPP Master Mix (1 zk.)

Balení

Cena

40 reakcí

790,- K

C 209


200 reakcí

2.990,- K

C 210


1000 reakcí

11.990,- K

Plain Combi PP Master Mix PLAIN COMBI PP MASTER MIX JE NOVOU GENERACÍ P ÍPRAVK PRO PCR Jedná se o sms obsahující PP (Taq DNA Polymeráza PCR) Master Mix a monoklonální protilátku anti-Taq. Plain Combi PP Master Mix je obdobou Combi PPP Master Mixu, ale neobsahuje barvivo. Absence barviva a pítomnost anti-Taq monoklonální protilátky peduruje tento výrobek pro PCR kde je amplikovaná DNA mena pomocí spektrofotometrických metod. Zvlášt vhodná je pro real-time qPCR s DNA barvivy typu SYBR Green a SYTO-9. Tato reakní sms má z hlediska provádní PCR adu výhod: • obsahuje anti-Taq monoklonální protilátku, specickou pro Taq DNA polymerázu, která umožuje tzv. hot start PCR. Protilátka se váže na Taq DNA polymerázu a tím ji inaktivuje. V prvním cyklu denaturace DNA dochází k teplotní inaktivaci protilátky a tím k aktivaci Taq DNA polymerázy. Na rozdíl od jiných metod inaktivace Taq DNA polymerázy, tato protilátka je extremn citlivá k teplotní denaturaci a tedy není nutné prodlužovat denaturaní fázi prvního cyklu PCR, • umožuje po všech stránkách optimalizované a standardní provádní PCR, • obsahuje reakní pufr, který zvyšuje úinnost i specicitu PCR a zajiš uje širší rozmezí optimálních koncentrací MgCl2, • umožuje rychlejší pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování a pipetování dílích komponent; staí dodat primery, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky),

Komponenty balení:

Koncentrace: Plain Combi PP Master Mix se dodává 2x kon-

• 1 zkumavka 0,5 ml Plain Combi PP Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l), • 1 zkumavka 1,5 ml PCR H2O.

centrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8, 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, 100 U/ml Taq DNA polymerázy, monoklonální anti-Taq DNA polymeráza, stabilizátory a aditiva.


Kontrola kvality:

každá šarže Plain Combi PP Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii v genomové DNA a na absenci endonukleázové aktivity [inkubace 1x koncentrovaného Plain Combi PP Master Mixu (25 l) s plasmidem pUC8 (0,5 g), 4 hod. pi 37 oC].

PP Master Mixy


Název

Balení

Cena

C 211


40 reakcí

790,- K

C 212


200 reakcí

2.990,- K

C 213


1000 reakcí

11.990,- K

17

qPCR Master Mixy NOVÁ GENERACE P ÍPRAVK PRO KVANTITATIVNÍ PCR qPCR 2x Master Mix qPCR 2x Blue Master Mix qPCR 2x SYBR Master Mix new XL-qPCR 2x SYBR Master Mix new XL-qPCR 2x SYBR+DMSO Master Mix new SYTO-9 qPCR 2x Master Mix Kvantitativní PCR (qPCR), nazývaná PCR v reálném ase, je v souasnosti nejpoužívanjší metoda pro analýzu genové exprese. qPCR vyžaduje termální cyklery, které jsou vybavené zaízením pro monitorování uorescence v jednotlivých cyklech PCR. Intenzita uorescence koreluje s množstvím DNA fragment produkovaných v prbhu PCR. Výhodou qPCR je: 1) tvorba fragment DNA je monitorována v prbhu PCR a tedy nevyžaduje gelovou analýzu PCR produkt, 2) umožuje kvantikaci tvorby DNA fragment v exponenciální fázi PCR, 3) nevyžaduje manipulaci s PCR produkty a tím snižuje riziko kontaminace. Základem pro provádní qPCR jsou kvalitní reagens. qPCR Master Mixy Top-Bio provenience splují požadavky na reagens, která jsou vhodná pro provádní PCR. Všechny qPCR Master Mixy: • umožují po všech stránkách optimalizované a standardní provádní qPCR, • obsahují reakní pufr s MgCl2 v optimální koncentraci pro vtšinu PCR, • umožují rychlejší pípravu PCR reakních smsí bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; staí dodat primery, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky), • obsahují anitn purikovanou monoklonální protilátku specickou pro Taq DNA polymerázu. Tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožuje zahájení polymerázové reakce ped vlastní PCR. Pi denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Tato tzv. hot start PCR je vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplikaci nespecických fragment DNA, k nízké amplikaci DNA fragment, popípad k tvorb artefakt vznikajících amplikací kombinovaných primer. Protilátka je inaktivována rychle pi prvním cyklu denaturace DNA bhem PCR (~1 min. pi 94oC) a není teba prodlužovat denaturaní krok.

Tabulka 5 využitelnost qPCR Master Mix Top-Bio provenience pro rzné typy PCR Produkt

qPCR Master Mixy

qPCR 2x Master Mix

18

qPCR 2x Blue Master Mix qPCR 2x SYBR Master Mix XL-qPCR 2x SYBR Master Mix XL-qPCR 2x SYBR + DMSO M. Mix SYTO-9 qPCR 2x Master Mix

Použití pro sekven. specické sondy

+ + -

Použití s DNA barvivy

Hot start PCR

Amplikace DNA fragm. až 1 kb

+ (vlastní)

+

-

+ (vlastní)

+

-

+

+

-

+

+

+

+

+

+

+

+

+

qPCR 2x Master Mix OBSAHUJE TAQ DNA POLYMERÁZU, PUFR S MgCl2, NUKLEOTIDY, MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKU ANTI-TAQ A NOVÁ ADITIVA • Umožuje po všech stránkách optimalizované a standardní provádní PCR a real-time qPCR, • obsahuje reakní pufr s MgCl2 v optimální koncentraci pro vtšinu PCR, • umožuje rychlejší pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; staí dodat primery, sondu, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky), • obsahuje anitn purikovanou monoklonální protilátku specickou pro Taq DNA polymerázu, která umožuje tzv. hot start PCR. Tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožuje zahájení PCR. Pi denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Protilátka je inaktivována rychle pi prvním cyklu denaturace DNA bhem PCR (~1 min. pi 94oC) a není teba prodlužovat denaturaní krok, • má široké využití pi amplikaci komplexních genomických nebo cDNA templát, nízkých pot templát a pi použití mnohoetných pár primer v téže reakní smsi, • je vhodný pro použití v kombinaci se všemi bžnými detekními sondami typu TaqMan, molecular beacons, FRET.

Složení: qPCR 2x Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 20 mM Tris-HCl, pH 8,8, 100 mM KCl, 0,2% Triton X-100, 3 mM MgCl2, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, 50 U/ml Taq DNA polymerázy, monoklonální anti-Taq DNA polymeráza (38 nM), stabilizátory a aditiva. Balení:


• 1 zkumavka qPCR 2x Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l) • 1 zkumavka 1,5 ml PCR H20.

Kontrola kvality:

každá šarže qPCR 2x Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii v genomové DNA pomocí pístroje pro real-time qPCR.

Doba (min.)

qPCR 0

Fluorescence

5

10

15

20

25

30

35

40

45

50

55

60

65

70

75

0

2

4

6

8

10

qPCR Master Mixy

5500 5000 4500 4000 3500 3000 2500 2000 1500 1000 500 0 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40

íslo cyklu


Název

Balení

Cena

P 501

qPCR 2x Master Mix

40 reakcí

790,- K

P 502

qPCR 2x Master Mix

200 reakcí

2.990,- K

P 503

qPCR 2x Master Mix

1000 reakcí

11.990,- K

19

qPCR 2x Blue Master Mix OBSAHUJE TAQ DNA POLYMERÁZU, BLUE BUFFER S MgCl2, NUKLEOTIDY, MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKU ANTI-TAQ A NOVÁ ADITIVA • Umožuje po všech stránkách optimalizované a standardní provádní PCR a real-time qPCR, • obsahuje reakní pufr se síranem amonným a s MgCl2 v optimální koncentraci pro vtšinu PCR, • umožuje rychlejší pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; staí dodat primery, detekní sondu, studovanou DNA (cDNA) a doplnit H2O (souástí dodávky), • obsahuje anitn purikovanou monoklonální protilátku specickou pro Taq DNA polymerázu. Tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu DNA polymerázy a tím znemožuje zahájení polymerázové reakce ped vlastní PCR. Pi denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity DNA polymerázy. Tato tzv. hot start PCR je zvlášt vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplikaci nespecických fragment DNA, k nízké amplikaci DNA fragment, popípad k tvorb artefakt vznikajících amplikací kombinovaných primer. Protilátka je inaktivována rychle pi prvním denaturaním cyklu PCR (~ 1 min. pi 94oC) a není nutné prodlužovat denaturaní krok, • má široké využití pi amplikaci komplexních genomických nebo cDNA templát, nízkých pot templát a pi použití mnohoetných pár primer v téže reakní smsi, • je vhodná pro použití všech bžných detekních sond (TaqMan, molecular beacons, FRET).

Složení: qPCR 2x Blue Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 150 mM Tris-HCl, pH 8,8 (pi 25oC), 40 mM (NH4)2SO4, 0,02% Tween 20, 5 mM MgCl2, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, 50 U/ml Taq DNA polymerázy, monoklonální anti-Taq DNA polymeráza (38 nM), stabilizátory a aditiva.

Balení:


• 1 zkumavka qPCR 2x Blue Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l) • 1 zkumavka PCR H20 (1,5 ml).

Kontrola kvality: každá šarže qPCR 2x Blue Master Mixu je testována na amplikaci genu o jedné kopii v genomové DNA pomocí pístroje pro realtime qPCR.

qPCR

Doba (min.)

1000

Fluorescence

qPCR Master Mixy

100

20

10

1 0

2

4

6

8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40

íslo cyklu


Název

Balení

Cena

P 521

qPCR 2x Blue Master Mix

40 reakcí

790,- K

P 522


200 reakcí

2.990,- K

P 523


1000 reakcí

11.990,- K

qPCR 2x SYBR Master Mix OBSAHUJE TAQ DNA POLYMERÁZU, PUFR S MgCl2, NUKLEOTIDY, MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKU ANTI-TAQ, SYBR GREEN A NOVÁ ADITIVA • Umožuje po všech stránkách optimalizované a standardní provádní real-time qPCR, • obsahuje reakní pufr s MgCl2 v optimální koncentraci pro vtšinu qPCR, • obsahuje uorescenní barvivo SYBR Green, interkalující mezi báze DNA v optimální koncentraci bez negativního psobení na amplikaci DNA, • umožuje rychlejší pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; staí dodat primery, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky), • obsahuje anitn purikovanou monoklonální protilátku specickou pro Taq DNA polymerázu, která umožuje tzv. hot start PCR. Tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožuje zahájení PCR. Pi denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Protilátka je inaktivována rychle pi prvním cyklu denaturace DNA bhem PCR (~1 min. pi 94oC) a není teba prodlužovat denaturaní krok, • má široké využití pi amplikaci komplexních genomických nebo cDNA templát, nízkých pot templát a pi použití mnohoetných pár primer v téže reakní smsi.

Složení: qPCR 2x SYBR Master Mix se dodává 2x koncentrovaný: 20 mM Tris-HCl, pH 8,8, 100 mM KCl, 0,2% Triton X-100, 3 mM MgCl2, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, 50 U/ml Taq DNA polymerázy, monoklonální anti-Taq DNA polymeráza (38 nM), SYBR Green, stabilizátory a aditiva. Balení:


• 1 zkumavka qPCR 2x SYBR Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l) • 1 zkumavka 1,5 ml PCR H20

Kontrola kvality: každá šarže qPCR 2x SYBR Master Mixu je testována na amplikaci genu o jedné kopii v genomové DNA pomocí pístroje pro real-time qPCR.

qPCR Master Mixy


Název

Balení

Cena

P 551

qPCR 2x SYBR Master Mix

40 reakcí

790,- K

P 552


200 reakcí

2.990,- K

P 553


1000 reakcí

11.990,- K

21

XL-qPCR 2x SYBR Master Mix OBSAHUJE TAQ DNA POLYMERÁZU, NOVÝ XL PUFR, NUKLEOTIDY, MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKU ANTI-TAQ, SYBR GREEN I, STABILIZÁTORY A NOVÁ ADITIVA • Obsahuje nový XL reakní pufr, který je vhodný pro tém všechny qPCR metody, s vysokou mírou tolerance rzných nárok na koncentraci Mg2+ a který odstrauje inhibiní efekt SYBR Green I na amplikaci delších DNA fragment (až 1 kb); není nutné mít jiné primery než na bžnou PCR s následnou gelovou elektroforézou, • umožuje po všech stránkách optimalizované a standardní provádní real-time qPCR, • obsahuje uorescenní barvivo SYBR Green I, interkalující mezi báze DNA v optimální koncentraci bez negativního psobení na amplikaci DNA, • umožuje rychlejší pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; staí dodat primery, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky), • obsahuje anitn purikovanou monoklonální protilátku specickou pro Taq DNA polymerázu, která umožuje tzv. hot start PCR. Tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožuje zahájení polymerázové reakce ped vlastní PCR. Pi denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Protilátka je inaktivována rychle pi prvním cyklu denaturace DNA bhem PCR (~1 min. pi 94oC). Pro aktivaci Taq DNA polymerázy není teba prodlužovat denaturaní krok, • tato tzv. hot start PCR je zvlášt vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplikaci nespecických fragment DNA, k nízké amplikaci DNA fragment, popípad k tvorb artefakt vznikajících amplikací kombinovaných primer, • má široké využití pi amplikaci komplexních genomických nebo cDNA templát, nízkých pot templát a pi použití mnohoetných pár primer v téže reakní smsi.

Komponenty balení:

Složení: dodává se 2x koncentrovaný. Obsahuje nový XL reakní

• 1 zkumavka XL-qPCR 2x SYBR Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l), • 1 zkumavka 1,5 ml PCR H2O.

pufr s 4 mM MgSO4, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, Taq DNA polymerázu (50 U/ml), monoklonální protilátku anti-Taq, SYBR Green I, stabilizátory a aditiva.

Skladování:

pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované

rozmrazování.

Kontrola kvality: každá šarže XL-qPCR 2x SYBR Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné

qPCR Master Mixy

kopii v genomové DNA pomocí real-time qPCR a ovována gelovou elektroforézou. Vypotená úinnost z edící ady 82 ng - 3 ng genomové DNA/reakci je > 80%.

22

Obr.3 Amplikace genomové DNA s použitím XL-qPCR 2x SYBR Master Mixu. (A) Myší genomová DNA byla edna trojkovou adou a DNA fragment (864 bp) byl amplikován pomocí odpovídajících oligonukleotidových primer a XL-qPCR 2x SYBR Master Mixu. Ct hodnoty byly získány z amplikaních kivek a vynášeny proti vypotenému potu kopií (logQ). Hodnota regresního koecientu (R) a úinnosti (E) je rovnž uvedena. (B) Po 40 cyklech PCR amplikace byly vzorky frakcionovány elektroforézou v agarózovém gelu a barveny ethidium bromidem. Jednotlivé vzorky odpovídají následujícím množstvím genomové DNA/zkumavku: 1 = 0.3 ng/ l, 2 = 0.9 ng/ l, 3 = 2.7 ng/ l a 4 = 8.1 ng/ l. Šipka oznauje pozici amplikovaného fragmentu DNA (864 bp).


Název

Balení

Cena

P 554

XL-qPCR 2x SYBR Master Mix

40 reakcí

790,- K

P 555


200 reakcí

2.990,- K

P 556


1000 reakcí

11.990,- K

XL-qPCR 2x SYBR+DMSO Master Mix OBSAHUJE TAQ DNA POLYMERÁZU, NOVÝ XL PUFR, NUKLEOTIDY, MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKU ANTI-TAQ, SYBR GREEN I, DMSO, STABILIZÁTORY A NOVÁ ADITIVA • Obsahuje nový XL reakní pufr, který je vhodný pro tém všechny qPCR metody, s vysokou mírou tolerance rzných nárok na koncentraci Mg2+ a který odstrauje inhibiní efekt SYBR Green I na amplikaci delších DNA fragment (až 1 kb); není nutné mít jiné primery než na bžnou PCR s následnou gelovou elektroforézou, • obsahuje rovnž DMSO v koncentraci, která v mnoha pípadech zvyšuje úinnost PCR, • umožuje po všech stránkách optimalizované a standardní provádní real-time qPCR, • obsahuje uorescenní barvivo SYBR Green I, interkalující mezi báze DNA v optimální koncentraci bez negativního psobení na amplikaci DNA, • umožuje rychlejší pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování jednotlivých komponent; staí dodat primery, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky), • obsahuje anitn purikovanou monoklonální protilátku specickou pro Taq DNA polymerázu, která umožuje tzv. hot start PCR. Tato protilátka blokuje enzymatickou aktivitu Taq DNA polymerázy a tím znemožuje zahájení polymerázové reakce ped vlastní PCR. Pi denaturaci DNA v prvním cyklu PCR dochází k irreverzibilní teplotní inaktivaci protilátky a tím k odblokování enzymatické aktivity Taq DNA polymerázy. Protilátka je inaktivována rychle pi prvním cyklu denaturace DNA bhem PCR (~1 min. pi 94oC). Pro aktivaci Taq DNA polymerázy není teba prodlužovat denaturaní krok, • tato tzv. hot start PCR je zvlášt vhodná všude tam, kde dochází k nežádoucí amplikaci nespecických fragment DNA, k nízké amplikaci DNA fragment, popípad k tvorb artefakt vznikajících amplikací kombinovaných primer, • má široké využití pi amplikaci komplexních genomických nebo cDNA templát, nízkých pot templát a pi použití mnohoetných pár primer v téže reakní smsi.

Komponenty balení:

Složení: dodává se 2x koncentrovaný. Obsahuje nový XL reakní

• 1 zkumavka XL-qPCR 2x SYBR+DMSO Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l), • 1 zkumavka 1,5 ml PCR H2O.

pufr s 4 mM MgSO4, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, Taq DNA polymerázu (50 U/ml), monoklonální protilátku anti-Taq, SYBR Green I, DMSO, stabilizátory a aditiva.

Skladování:


rozmrazování.

Kontrola kvality: každá šarže XL-qPCR 2x SYBR+DMSO Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii v genomové DNA pomocí real-time qPCR a ovována gelovou elektroforézou. Vypotená úinnost z edící ady 82 ng - 3 ng genomové DNA/reakci je > 80%.

qPCR Master Mixy


Název

Balení

Cena

P 557

XL-qPCR 2x SYBR+DMSO Master Mix

40 reakcí

790,- K

P 558


200 reakcí

2.990,- K

P 559


1000 reakcí

11.990,- K

23

SYTO-9 qPCR 2x Master Mix OBSAHUJE TAQ DNA POLYMERÁZU, NOVÝ REAKNÍ PUFR, NUKLEOTIDY, MONOKLONÁLNÍ PROTILÁTKU ANTI-TAQ, NOVÁ ADITIVA A FLUORESCENNÍ BARVIVO SYTO-9 • Obsahuje uorescenní barvivo 3. generace SYTO-9, interkalující mezi báze DNA bez negativních vliv na PCR amplikaci. Toto barvivo je mimoádn vhodné pro HRM (high-resolution melting) analýzu DNA amplikon. • umožuje rychlejší pípravu reakní smsi bez nutnosti rozmrazování a pipetování jednotlivých komponent; staí dodat primery, DNA a doplnit H2O (souástí dodávky), • umožuje optimalizované a standardní provádní real-time qPCR a následnou HRM analýzu, • má široké využití pi amplikaci komplexních genomických nebo cDNA templát, nízkých pot templát a pi použití mnohoetných pár primer v téže reakní smsi, • obsahuje nový reakní pufr Top-Bio provenience, který je vhodný pro tém všechny qPCR metody s vysokou mírou tolerance rzných nárok na koncentraci Mg2+ a umožuje i amplikaci delších DNA fragment (až 1 kb). Není nutné mít jiné primery než na bžnou PCR, • obsahuje monoklonální protilátku, specickou pro Taq DNA polymerázu, která umožuje tzv. hot-start PCR. Protilátka se váže na Taq DNA polymerázu a tím ji inaktivuje. Protilátka je rychle inaktivována pi prvním cyklu denaturace DNA bhem PCR (~1 min. pi 94oC) a tím dochází k aktivaci Taq DNA polymerázy. Pro aktivaci Taq DNA polymerázy není teba prodlužovat denaturaní krok, • pro detekci SYTO-9 lze použít stejnou sadu optických ltr jako pro detekci SYBR Green I.

Komponenty balení:

Složení: SYTO-9 PCR 2x Master Mix obsahuje reakní pufr

• 1 zkumavka SYTO-9 qPCR 2x Master Mixu (na 40 reakcí po 25 l), • 1 zkumavka 1,5 ml PCR H2O.

s 20 mM (NH4)2SO4, 2,5 mM MgCl2, 400 M dATP, 400 M dCTP, 400 M dGTP, 400 M dTTP, Taq DNA polymerázu (50 U/ml), monoklonální protilátku anti-Taq, DNA barvivo SYTO-9, stabilizátory a aditiva.

Skladování:


rozmrazování.

Kontrola kvality:

qPCR Master Mixy

každá šarže SYTO-9 PCR 2x Master Mixu je testována na amplifikaci genu o jedné kopii v genomové DNA pomocí real-time qPCR a ovována gelovou elektroforézou. Vypotená úinnost z edící ady 82 ng - 3 ng genomové DNA/reakci je > 80%.

24


Název

Balení

Cena

P 591

SYTO-9 qPCR 2x Master Mix

40 reakcí

790,- K

P 592


200 reakcí

2.990,- K

P 593


1000 reakcí

11.990,- K

Další enzymy TATO SKUPINA ZAHRNUJE DALŠÍ ENZYMY, KTERÉ NACHÁZEJÍ UPLATN NÍ P I PCR NEBO P I P ÍPRAV DNA RNáza bez DNáz M-MLV reverzní transkriptáza DNáza I, bez RNáz

RNáza bez DNáz SLOUŽÍ KE ŠT PENÍ RNA BEZ VLIVU NA DNA Jedná se o RNázu z bovinního pankreatu, která je vhodná pro pípravu plasmid pomocí DNA Lego kitu.

Denice jednotky: jedna jednotka je denována jako množství enzymu, které hydrolyzuje RNA pi rychlostní konstant 1, 25oC (M. Kunitz, J. Biol. Chem., 164:563, 1946).

Koncentrace: 10 mg/ml, ~ 900 U/ml. Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování.

Skladovací pufr:

20 mM Tris HCl (pH 7,5), 30 mM

NaCl, 50% glycerol.

Kontrola kvality: za podmínek, kdy enzym kompletn degraduje RNA, nemá vliv na plasmidovou DNA (elektroforetická intaktnost).

Další enzymy

Balení: • 1 zkumavka RNázy bez DNáz, 0,5 ml.


Název

Balení

Cena

D 106

RNáza bez DNáz (10 mg/ml)

0,5 ml

700,- K

25

M-MLV reverzní transkriptáza KLÍOVÉ REAGENS PRO REVERZNÍ TRANSKRIPCI mRNA NA cDNA Jedná se o rekombinantní reverzní transkriptázu (RT) myšího leukemického viru Moloney. Reverzní transkriptázy jsou enzymy, které mají schopnost syntetizovat DNA na základ templátu RNA a oligonukleotidového oka.

Denice jednotky: jedna jednotka M-MLV RT je denována jako množství enzymu, které inkorporuje 1 nmol dTTP do materiálu precipitovatelného TCA za 10 min. pi 37oC. Jako templát je použit poly(A)-oligo (dT)12-18. Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování. • 1 zkumavka M-MLV RT, 2000 U, 200 U/ l, • 1 zkumavka 5x koncentrovaného M-MLV reakního pufru, objem 200 l, istota: preparát je prostý nukleáz a má odpovídající para• 1 zkumavka 100 mM DTT, objem 100 l. metry z hlediska istoty a výtžnosti cDNA produktu. Balení:

Skladovací pufr:

20 mM Tris-HCl (pH 7,5), 5x reakní pufr (první etzec): 250 mM Tris-HCl (pH 100 mM NaCl, 0,1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,01% 8,3), 375 mM KCl, 15 mM MgCl 2, stabilizátor. Nonidet P-40, 50% (vol/vol) glycerol.

Doporuený protokol pro pípravu cDNA (první etzec) Smíchat: • 4 l PCR H20, • 1 l RNA (1 mg/ml) izolovaná pomocí RNA Blue reagens. Pi odchylné koncentraci RNA upravit odpovídajícím zpsobem množství vody a RNA tak, aby konený objem byl 5 l, • 2 l 5x koncentrovaného M-MLV reakního pufru, • 1 l 100 mM DTT, • 0,5 l 10 mM PCR dNTP Mix (každý z nukleotid v koncentraci 10 mM), • 0,5 l oligo dT12-18 primer, nebo jiný primer (50 M), • 1 l (25 U) M-MLV RT (po naední v 1x M-MLV reakním pufru). Reakní komponenty promíchat, krátce stoit a reakní sms inkubovat 1 hod. pi 37oC.

Finální koncentrace jsou:

Další enzymy

50 mM Tris-HCl (pH 8,3), 75 mM KCl, 3 mM, MgCl2, 10 mM DTT, 0,5 mM dGTP, 0,5 mM, dATP, 0,5 mM dTTP, 0,5 mM dCTP, 2,5 M, oligo dT12-18 (nebo jiný) primer, 100 g, RNA/ml, 2500 U M-MLV RT/ml.

Objednávky:

26

Kat. íslo

Název

M 023

M-MLV reverzní transkriptáza

Balení

Cena

2.000 U

1.500,- K

DNáza I, bez RNáz JEDNÁ SE O DNÁZY Z BOVINNÍHO PANKREATU ada metod molekulární biologie vyžaduje štpení DNA pomocí deoxyribonukleázy I (DNáza I). Tento enzym štpí jednovláknové a dvouvláknové etzce DNA za vzniku mono- a oligonukleotid. DNáza I v pítomnosti Mg2+ hydrolyzuje každý z etzc dvouvláknové DNA nezávisle a náhodn. Jako píklad použití lze uvést odstranní stopových množství DNA z preparát RNA (procedury RT-PCR a tzv. Differential Display Library), DNázový “foot printing”, mapování oblastí citlivých k DNáze, konstrukce plasmid, radioaktivní znaení pomocí nick translace. Bžn dodávané komerní preparáty DNázy, asto i ty u kterých je vyznaeno, že neobsahují RNázovou aktivitu, jsou pro tyto experimenty nepoužitelné, nebo stopová množství RNázy se negativn projeví pi jejich aplikaci. Preparát DNáza I, bez RNáz byl pipraven z bovinního pankreatu tak, že neobsahuje ani stopová množství RNázy a lze jej bezprostedn využít pro molekulárn-biologické techniky.

Denice jednotky: jedna jednotka je denována jako množství enzymu, které kompletn degraduje 1 g DNA za 10 min. pi 37oC ve 20 l reakního pufru o složení: 20 mM Tris-HCl (pH 7,6), 20 mM NaCl, 12 mM MgCl2 a 4 mM CaCl2.

Balení:

Koncentrace: 10 000 U/ml

• 1 zkumavka DNázy I, bez RNáz, 5 000 U, 0,5 ml • 1 zkumavka 5x koncentrovaného reakního pufru, 1 ml.


Skladovací pufr: 10 mM Tris-HCl (pH 5x reakní pufr: 100 mM Tris-HCl (pH 7,6 pi 20oC), 100 mM NaCl, 7,6 pi 20oC), 10 mM NaCl, 6 mM MgCl2, 60 mM MgCl 2, 20 mM CaCl 2. 2 mM CaCl2, 50% (vol/vol) glycerol.

Kontrola kvality: za podmínek kdy Dnáza I kompletn degraduje DNA nemá tento enzym efekt na prbh RT-PCR a na elektroforetickou intaktnost RNA.

Další enzymy


Název

D 061

DNáza I, bez RNáz

Balení

Cena

5 000 U

1.600,- K

27

Izolace DNA a RNA TATO SKUPINA ZAHRNUJE PRODUKTY URENÉ PRO IZOLACI DNA A RNA DNA Lego kit - souprava pro izolaci DNA z rzných zdroj RNA Blue RT-PCR kit - umožuje provedení RT-PCR RNA Blue - reagens pro izolaci RNA z rzných zdroj RNA Nosi - doplnk vhodný pro izolaci malých množství RNA

Izolace DNA a RNA

Stavebnicový charakter a dostupnost individuálních komponent umožuje maximáln efektivní využití izolaních souprav.

28

DNA Lego kit SOUPRAVA PRO RYCHLOU IZOLACI ISTÉ DNA Moderní metody izolace DNA využívají poznatku o kapacit kemiitých mikropartikulí vázat DNA v pítomnosti chaotropních látek (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76: 615-619, 1979). ada rem pipravila v souasnosti soupravy pro izolaci DNA, které vycházejí z tchto poznatk. Ve srovnání s klasickými metodami je izolace DNA pomocí komerních kit rychlejší (nevyžaduje etanolovou precipitaci), bezpenjší (nevyžaduje fenolovou extrakci) a izolované preparáty DNA jsou podstatn istjší (nekontaminované RNA v sekvenaní kvalit). Masivnímu využívání moderních metod izolace DNA však brání ceny tchto souprav, které pi srovnatelném potu izolací nkolikanásobn pesahují ceny náklad na izolaci DNA klasickým zpsobem. Komerní soupravy jsou navíc znan specializované a pro rzné izolace DNA (plasmidová, genomová DNA z leukocyt krve a jiných bunk, PCR fragmenty, fragmenty DNA po gelové separaci) je nezbytné zakupovat speciální soupravy. DNA Lego kit je stavebnicovou soupravou pro izolace DNA. Tento kit v sob integruje nejen moderní poznatky o vlastnostech DNA, ale i ekonomicky atraktivní domácí surovinovou základnu. DNA Lego kit umožuje izolovat DNA kvalitn a rychle, piemž cena za izolaci je srovnatelná s cenou klasických izolaních postup. Použití speciáln pipravených kemiitých mikropartikulí a podtlakového odsávání umožuje rychlé zpracování velkého potu vzork pi minimalizaci nárok na špiky mikropipetátor a mikrozkumavky. DNA izolovaná pomocí DNA Lego kitu je použitelná pro adu molekulárn biologických technik, vetn PCR, restrikního štpení, sekvenování, mutageneze, transkripce in vitro, transformace, transfekce a další. Komponenty kitu lze využít pro koncentraci DNA a izolaci fragment genomové DNA z bunk i neseparované krve.

Denice jednotky: DNA Lego kit umožuje 250 izolací DNA (nap. plasmid z bakteriálních kultur o objemu 1,5 ml).

Komponenty kitu: • • • • •

Skladování:

kemiité mikropartikule (DNA bind, 25 ml), pi pokojové teplot DNA vazebný pufr (150 ml), promývací pufr (500 ml), centrifuganí minikolonky/nástavce (25/250 ks), podrobný návod na izolaci plasmidové DNA z bakterií, fragment genomové DNA z malých množství bunk a neseparované krve a DNA fragment z komplexních reakních smsí a gel. Návod zahrnuje i podrobné informace o píprav roztok a jejich skladování.

Kat. íslo

Název

Balení

Cena

D 100

DNA Lego kit, 250 izolací

1 kit

2.950,- K

D 102

DNA bind

25 ml

980,- K

D 103

DNA vazebný pufr

150 ml

850,- K

D 104

Promývací pufr

500 ml

550,- K

D 105

Minikolonky / nástavce

25/250 ks

750,- K

Izolace DNA a RNA

Objednávky:

29

RNA Blue RT-PCR kit SOUPRAVA PRO RYCHLOU ANALÝZU P ÍTOMNOSTI SPECIFICKÉ RNA Analýza exprese gen na úrovni RNA má velký význam v obecn biologicky orientovaném základním i aplikovaném výzkumu, zvlášt lékaském a farmaceutickém. Urování pítomnosti RNA nkterých diferenciáln exprimovaných gen a patogen má vysokou vypovídací hodnotu diagnostickou. V souasné dob jsou asov nároné tradiní metody identikace pítomnosti studované mRNA nahrazovány metodou RT-PCR, která spoívá v reverzní transkripci RNA na cDNA, amplikaci cDNA fragmentu v PCR a detekci amplikovaného fragmentu. Výhody této metody spoívají v rychlosti, snadnosti provedení a nezávislosti na použití radioaktivních látek. RNA Blue RT-PCR kit obsahuje všechny klíové komponenty pro izolaci RNA, pípravu cDNA a její amplikaci v PCR. Souprava nalezne uplatnní i pi píprav cDNA fragment vhodných pro klonování v expresních vektorech a následnou produkci rekombinantních protein. Souástí soupravy je podrobný pracovní protokol, který popisuje jednotlivé kroky RT-PCR od pípravy RNA z bunk až po elektroforetickou charakterizaci PCR produkt. RNA Blue RT-PCR kit umožuje stanovit pítomnost studované RNA v bukách v prbhu mén než 8 hod.

Výhody RNA Blue RT-PCR kitu 1. Souprava obsahuje všechny rozhodující komponenty (s výjimkou primer a RNA) pro úspšné provedení RT-PCR. Souprava obsahuje komponenty nejvyšší dosažitelné kvality, které byly extenzivn testovány na vzájemnou kompatibilitu, vysokou performanci a optimální prbh reverzní transkripce i PCR.

2. Souprava obsahuje podrobný návod na provedení RT-PCR, vetn popisu 90-ti min. izolace nedegradované RNA, reverzní transkripce a následné PCR. Reverzní transkripci a PCR lze provést v jediné zkumavce.

3. Využitelnost soupravy je zvýšena možnostmi získat jednotlivé komponenty soupravy samostatn.

Izolace DNA a RNA

Komponenty kitu: • RNA Blue, 100 ml, • PCR H20, 15 ml, • M-MLV reverzní transkriptáza, 2 000 U, 200 U/ l, 5x koncentrovaný M-MLV reakní pufr, 200 l, 100 mM DTT, 100 l, • PCR dNTP Mix (dATP, dGTP, dCTP a dTTP), 10 mM roztok každého z nukleotid, 100 l, • Taq DNA polymeráza, 500 U, 5U/ l; 10x koncentrovaný pufr pro PCR, • podrobný návod na izolaci RNA a provedení RT-PCR.

Skladování: • RNA Blue reagens pi teplot 4oC, • PCR H2O pi pokojové teplot, • M-MLV reverzní transkriptáza, PCR dNTP mix a Taq DNA polymeráza a pufry pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování.

Kontrola kvality: pi použití doporueného protokolu, komponent RNA Blue RT-PCR kitu a vhodné kombinace RNA a primer je výsledkem RT-PCR produkt, který po elektroforetické separaci a barvení ethidium bromidem má odpovídající velikost.

Objednávky:

30

Kat. íslo

Název

R 001

RNA Blue RT-PCR kit

Balení

Cena

1 kit

6.900,- K

RNA Blue UNIKÁTNÍ REAGENS PRO RYCHLOU IZOLACI NEDEGRADOVANÉ A ISTÉ RNA RNA Blue je reagens progresivní metody izolace RNA. Základy metody byly popsány v práci Chomczynski, P. a Sacchi, N. Anal. Biochem., 162: 156-159, 1987. Buky jsou lyzovány nebo homogenizovány v RNA Blue pi zachování integrity RNA, DNA i protein. Pidání chloroformu a následná krátká centrifugace vedou k separaci vzorku do tí fází: 1. vodní fáze, obsahující RNA, 2. interfáze, obsahující DNA a 3. organické mode zabarvené fáze, obsahující proteiny. RNA je izolována z vodní fáze precipitací isopropylalkoholem. RNA Blue reagens je možné použít na souasnou izolaci RNA, DNA a protein ze vzork rzného pvodu, vetn lovka, zvíat, rostlin, kvasinek, bakterií a vir. Jeden ml RNA Blue umožuje izolovat RNA, DNA a proteiny z 50 - 100 mg tkán, 5 x 106 bunk nebo z misky (10 cm2) s kulturou adherentních bunk. RNA izolovaná pomocí reagens RNA Blue je istá (A260/280 = 1,65-1,8) a v nedegradované form (RNA o velikosti 0,1 - 15 kb).

Výhody použití reagens RNA Blue: 1. Jedná se o reagens, které umožuje spolehlivou a velmi rychlou (90 min.) izolaci nedegradované a isté RNA z velkého potu vzork.

2. RNA Blue reagens je stabilní po dobu více než jednoho roku. 3. RNA izolovaná pomocí RNA Blue je v nedegradované form a v kvalit vhodné pro: • RT-PCR • konstrukci cDNA knihoven • Northern bloty • izolaci mRNA • in vitro translace • RNase protekní testy.

4. RNA Blue umožuje izolovat RNA z nejrznjších typ bunk, vetn bunk a tkání lovka, adherentních a neadherentních bunk kultivovaných in vitro, rostlinných bunk, bakterií a kvasinek.

5. RNA Blue umožuje izolovat z jednoho vzorku souasn RNA, DNA i protein.

6. RNA Blue dopluje sortiment výrobk Top-Bio, které jsou ureny pro RT-PCR. Tyto výrobky jsou extenzivn testovány na vzájemnou kompatibilitu.

7. Souástí dodávky RNA Blue je podrobný protokol pípravy RNA, DNA a protein.

Skladování: pi teplot 4oC.

• lahviky obsahující 25, 50 nebo 100 ml RNA Blue.

Kontrola kvality: pi použití doporueného protokolu je izolovaná RNA nedegradovaná, jak je dokumetováno po elektroforetické separaci RNA ve formaldehydovém gelu a barvením ethidium bromidem.


Název

Balení

Cena

R 011

RNA Blue

25 ml

1.800,- K

R 012

RNA Blue

50 ml

2.800,- K

R 013

RNA Blue

100 ml

4.500,- K

Izolace DNA a RNA

Balení:

31

RNA nosi PRO PRECIPITACE MALÝCH MNOŽSTVÍ RNA Izolace RNA z velmi malých pot bunk nebo precipitace malých množství RNA vyžaduje použití nosiových substancí. V souasné dob se nejastji používá bakteriální nebo kvasinková tRNA. Tyto RNA však bývají relativn nákladné a mohou zpsobovat nežádoucí reakce pi použití v RT-PCR. RNA nosi je syntetický nosi na bázi homopolymeru RNA v pufru zajiš ujícím jeho stabilitu a kompatibilitu s technikami RT-PCR. Je dodáván jako koncentrovaný roztok 10 mg/ml, který se pímo pidává k suspenzi bunk nebo k roztoku edné RNA; obvykle 10-30 g RNA nosie/vzorek.

Balení:

Skladování:

• jedna zkumavka obsahující 100 l RNA nosie


Izolace DNA a RNA

Kontrola kvality: každá šarže RNA nosie je testována na použití v RT-PCR.

Objednávky:

32

Kat. íslo

Název

Balení

Cena

R 057

RNA nosi, 10 mg/ml

100 l

350 K

DNA markery TATO SKUPINA ZAHRNUJE RZNÉ TYPY DNA MARKER URENÝCH PRO STANOVENÍ P IBLIŽNÉ VELIKOSTI FRAGMENT DNA DNA marker 200-1500 DNA marker 200-1500 coloured DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) coloured DNA marker 155-970 DNA marker 155-970 coloured Odhad velikostí DNA fragment generovaných v PCR (PCR fragment) je obvykle založen na srovnání pohyblivosti tchto fragment s fragmenty DNA o známé velikosti (DNA marker). Velikost PCR fragment je obvykle v rozmezí 200-1500 pár bazí. Tuto oblast pokrývají fragmenty DNA, které jsou souástí DNA marker.

DNA markery 33

DNA marker 200-1500 Balení:

Koncentrace: 1 g DNA/10 l pufru (10 mM Tris• 1 zkumavka obsahující 25 g restrikních fragment HCl, 25 mM EDTA, aditiva). ve 250 l pufru. Jedno balení umožní pípravu 25 Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opa(po 10 l) nebo 50 (po 5 l) stanovení. kované rozmrazování. Kontrola kvality:

pítomnost odpovídajících fragment je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu v pítomnosti ethidium bromidu (1 g/ml). Pi vizualizaci fragment v UV svtle je patrno 9 fragment DNA (200, 300, 400, 500, 600, 800, 1000, 1200, 1500 pb). Fragment o velikosti 500 pb je ve dvojnásobném množství (viz obr. 4).

Doporuený protokol pro urování velikosti PCR produkt (1 g DNA/marker) Do 0,5 ml zkumavky vpravit: • 10 l DNA markeru, • 3 l PCR vkládací pufr. Promíchat špikou a nanášet do jamek v gelu PCR agarózy. Do vedlejších jamek nanášet vzorky pipravené smícháním: • 10 l produktu PCR, • 3 l PCR vkládací pufru.

- 1500 - 1200 - 1000 - 800 - 600

Obr. 4 Elektroforetická separace

DNA markeru 200-1500. 10 l DNA markeru bylo smícháno s 3 l PCR vkládacího pufru. Fragmenty byly separovány v 1,5% agarózovém gelu, který obsahoval ethidium bromid (1 g/ml) a 1x TBE pufr. ísla vyjadují poty pár bazí v odpovídajících DNA fragmentech.

- 500 - 400 - 300 - 200

DNA marker 200-1500 coloured DNA fragmenty jsou v roztoku, který obsahuje barviva a hustotní aditiva a mohou být pímo nanášeny do agarózového gelu.

Balení:

Koncentrace: 0,83 g DNA/10 l pufru (10 mM • 1 zkumavka obsahující 25 g restrikních fragment ve Tris-HCl, 25 mM EDTA, aditiva). 300 l pufru. Jedno balení umožní pípravu 30 (po 10 Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opa l) nebo 60 (po 5 l) stanovení. kované rozmrazování. Kontrola kvality:

pítomnost odpovídajících fragment je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu v pítomnosti ethidium bromidu (1 g/ml). Pi vizualizaci fragment v UV svtle je patrno 9 fragment DNA (200, 300, 400, 500, 600, 800, 1000, 1200, 1500 pb). Fragment o velikosti 500 pb je ve dvojnásobném množství (viz obr. 4).

DNA markery

Doporuený protokol pro urování velikosti PCR produkt (0,83 g DNA/marker)

34

10 l DNA markeru 200-1500 col. se nanáší pímo do jamek v gelu pipraveném z 1,2% PCR agarózy Do vedlejších jamek nanášet vzorky pipravené smícháním: • 10 l produktu PCR, • 3 l PCR vkládací pufru.


Název

Balení

Cena

D 110 D 111

DNA marker 200-1500

25 g/250 l

1.390,- K

DNA marker 200-1500

5 x 25 g/250 l

4.990,- K

C 150

DNA marker 200-1500 col.

25 g/300 l

1.390,- K

C 151


5 x 25 g/300 l

4.990,- K

DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb) Balení:

Koncentrace: 2 g DNA/10 l pufru (10 mM Tris• 1 zkumavka obsahující 50 g restrikních fragment HCl, 25 mM EDTA, aditiva). ve 250 l pufru. Jedno balení umožní pípravu 25 Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opa(po 10 l) nebo 50 (po 5 l) stanovení. kované rozmrazování. Kontrola kvality:

pítomnost odpovídajících fragment je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu v pítomnosti ethidium bromidu (1 g/ml). Pi vizualizaci fragment v UV svtle je patrno 16 fragment DNA (200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 800, 900, 1000, 1200, 1500 pb). Fragment o velikosti 500 pb je ve dvojnásobném množství (viz obr. 5).

Doporuený protokol pro urování velikosti PCR produkt (~2 g DNA/marker): Do 0,5 ml zkumavky vpravit: •10 l DNA markeru 200-1500+, • 3 l PCR vkládací pufr. Promíchat špikou a nanášet do jamek v gelu pipraveném z 1,2% PCR agarózy. Do vedlejších jamek nanášet vzorky pipravené smícháním: • 10 l produktu PCR, • 3 l PCR vkládací pufru.

- 1500 - 1200 - 1000 - 900 - 800 - 700 - 600 - 500

650 550 450 -

- 400

Obr. 5 Elektroforetická separace DNA markeru 200-1500+. 10 l DNA markeru

350 -

bylo smícháno s 3 l PCR vkládacího pufru. Fragmenty byly separovány v 1,2% agarózovém gelu, který obsahoval ethidium bromid (1 g/ml) a 1 x TBE pufr. ísla vyjadují poty pár bazí v odpovídajících DNA fragmentech.

250 -

- 300 - 200

DNA marker 200-1500+ coloured (200-700 po 50 pb) DNA fragmenty jsou v roztoku, který obsahuje barviva a hustotní aditiva a mohou být pímo nanášeny do agarózového gelu.

Balení:

Koncentrace: 1,7 g DNA/10 l pufru (10 mM Tris• 1 zkumavka obsahující 50 g restrikních fragment HCl, 25 mM EDTA, aditiva). ve 300 l pufru. Jedno balení umožní pípravu 30 Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opa(po 10 l) nebo 60 (po 5 l) stanovení. kované rozmrazování. Kontrola kvality: pítomnost odpovídajících fragment je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu v pítomnosti ethidium bromidu (1 g/ml). Pi vizualizaci fragment v UV svtle je patrno 16 fragment DNA (200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 800, 900, 1000, 1200, 1500 pb). Fragment o velikosti 500 pb je ve dvojnásobném množství (viz obr. 5).

10 l DNA markeru 200-1500+ col. se nanáší pímo do jamek v gelu pipraveném z 1,2% PCR agarózy Do vedlejších jamek nanášet vzorky pipravené smícháním: • 10 l produktu PCR, • 3 l PCR vkládací pufru.


Název

Balení

Cena

D 120 D 121

DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb)

25 g/250 l

1.590,- K

DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50 pb)

5 x 25 g/250 l

5.990,- K

C 130

DNA marker 200-1500+ col. (200-700 po 50 pb)

25 g/300 l

1.590,- K

C 131

DNA marker 200-1500+ col. (200-700 po 50 pb)

5 x 25 g/300 l

5.990,- K

DNA markery

Doporuený protokol pro urování velikosti PCR produkt (~1,7 g DNA/marker):

35

DNA marker 155-970 Balení:

Koncentrace: 1 g DNA/5 l pufru (5 mM Tris-HCl, 5 mM • 1 zkumavka, obsahující 50 g restrikních fragment MgCl2, 0,5 mM dithiothreitol, 50 mM NaCl a 50 mM EDTA). ve 250 l pufru. Jedno balení umožní 60 analýz Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované (0,8 g DNA/marker). rozmrazování. Kontrola kvality:

pítomnost odpovídajících fragment je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu. Pouze fragmenty uvedené v obr. 6 jsou pozorovány. Pomr A260/A280 je v rozmezí 1,8 - 2,0.

Doporuený protokol pro urování velikosti PCR produkt: Do 0,5 ml zkumavky vpravit: • 4 l DNA markeru 155-970, • 6 l PCR H20, • 2 l PCR vkládací pufr. Promíchat špikou a nanášet do jamek v gelu pipraveném z 1,2% PCR agarózy. Do vedlejších jamek nanášet vzorky pipravené smícháním : • 10 l produktu PCR, • 2 l PCR vkládací pufru. Provést elektroforézu a odhadnout velikost PCR produktu na základ srovnání jeho pohyblivosti s DNA markerem.

Obr. 6 Velikosti fragment DNA markeru 155-970. 4 l DNA markeru byly smíchány s 6 l PCR H20 a 2 l PCR vkládacího pufru. Fragmenty byly separovány v 1,2% agarózovém gelu, který obsahoval ethidium bromid (1 g/ml) a 1x TBE. ísla vyjadují poty pár bazí v odpovídajících DNA fragmentech.

- 970 - 750 - 595 - 544 - 447 - 305 - 239 - 194 - 155

DNA marker 155-970 coloured Tento marker obsahuje ti barevné znaky a je dodáván v pufru o zvýšené hustot. Marker lze nanášet pímo na gel (bez nutnosti smíchání s vkládacím pufrem). Tento marker je zvláš vhodný pro rychlou analýzu PCR, využívající Taq-Purple DNA polymerázu.

Balení:

Koncentrace: 1 g DNA/12 l pufru (5 mM Tris-HCl, 5 mM • 1 zkumavka, obsahující 25 g restrikních fragment MgCl2, 0,5 mM dithiothreitol, 50 mM NaCl a 50 mM EDTA). ve 300 l pufru. Jedno balení umožní 30 analýz. Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování. Kontrola kvality:

DNA markery

pítomnost odpovídajících fragment je kontrolována elektroforézou v agarózovém gelu. Pouze fragmenty uvedené v obr. 6 jsou pozorovány. Pomr A260/A280 je v rozmezí 1,8 - 2,0.

36

Doporuený protokol pro urování velikosti PCR produkt: 10 l DNA markeru 155-970 coloured se nanáší pímo do jamek v gelu pipraveném z 1,2% PCR agarózy. Do vedlejších jamek nanášet vzorky pipravené smícháním: • 10 l produktu PCR, • 2 l PCR vkládací pufru. Provést elektroforézu a odhadnout velikost PCR produktu na základ srovnání jeho pohyblivosti s DNA markerem.


Název

Balení

Cena

D 060

DNA marker 155-970

50 g/250 l

800,- K

D 062

DNA marker 155-970

5 x 50 g/250 l

2.800,- K

C 109


25 g/300 l

800,- K

C 111


5 x 25 g/300 l

2.800,- K

Další materiály pro PCR PCR dNTP mix - v kvalit vhodné pro provádní PCR PCR Et-OH - bez DNáz PCR enhancer - pro zvýšení specicity a úinnosti PCR PCR H2O - bez DNáz PCR Ultra H2O - bez DNáz a RNáz PCR olej - bez DNáz Micro check (kalibraní špika) Jedná se o skupinu produkt, které jsou nezbytné pro provádní PCR, nebo zásadním zpsobem usnadují pípravu PCR reakních smsí. Píprav tchto produkt byla vnována maximální pozornost s ohledem na jejich využití pro PCR.

PCR dNTP mix SM S STAVEBNÍCH KAMEN DNA V KVALIT PRO MAXIMÁLNÍ VÝT ŽNOST PCR Jedná se o vodný roztok obsahující ultraistou sms každého ze ty dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP), pH 7,5.

Koncentrace: 10 mM dATP, 10 mM dCTP, 10 mM dGTP a 10 mM dTTP. Skladování: pi teplot -20oC. Materiál snáší opakované rozmrazování. Kontrola kvality: každá šarže smsi nukleotid je testována na použití v PCR a RT-PCR.

Objednávky: Název

Balení

Cena

P 041

PCR dNTP mix, ultraistá sms nukleotid

100 l

720,- K

P 141


5 x 100 l

3.000,- K

P 142


10 x 100 l

4.990,- K

PCR Et-OH 75% ETYLALKOHOL V PCR H20 Jedná se o 75 % etylalkohol v ultraisté vod (18 Mohm.cm, ultraltrovaná), ze které byly odstranny RNázy psobením diethylpyrokarbonátu a autoklávováním.

Balení:

100 ml ve sklenné lahvi se šroubovacím uzávrem.


Kontrola kvality: každá šarže PCR Et-OH je testována v RT-PCR testu.

Další materiály pro PCR

Kat. íslo


Název

P 044

PCR Et-OH

Balení

Cena

100 ml

350 K

37

PCR Enhancer P ÍPRAVEK PRO ZVYŠOVÁNÍ ÚINNOSTI A SPECIFICITY PCR Amplikace DNA fragment pomocí PCR asto vyžaduje optimalizaci reakních podmínek, které vedou k odstranní nežádoucích nespecicit a ke zvýšení množství PCR produktu. Optimalizace zahrnuje koncentraci Mg2+, koncentraci polymerázy, teplotu nasedání oligonukleotidových primer a další. V nkterých pípadech mže být optimalizace dosažena rychle pidáním aditiv (nap. DMSO, formamid). Zajímavé efekty poskytuje nedávno popsaný enhancer tetramethyl ammonium (TMA) oxalát (Kováová a Dráber, Nucleic Acid Res., 28: e70, 2000), který je dodáván pod obchodním, oznaení PCR Enhancer. Tento enhancer je ve kvalit vhodné pro pímé pidání do reakní smsi pro PCR.

Balení:

Koncentrace: 0,1 M TMA oxalát v PCR H20.

• 1 zkumavka, obsahující 1 ml PCR Enhanceru.


Jednotky: jedno balení je dostaující pro 1 000 reakcí o objemu 50 l.

Doporuený protokol pro použití PCR Enhanceru:


• PCR Enhancer se pidává v ední 1:50 do PCR reakního roztoku, • pi koneném objemu reakního roztoku 50 l se pidá 1 l PCR Enhanceru a o 1 l mén PCR H2O.

38


Název

Balení

Cena

E 101

PCR Enhancer

1 ml

600 K

E 101

PCR Enhancer spolu s 1000 U polymerázy

1 ml

0 K

PCR H2O SPECIÁLN UPRAVENÁ VODA PROSTÁ RNÁZ A DNÁZ Jedná se o ultraistou vodu (18 Mohm.cm, ultraltrovaná), ze které byly odstranny RNázy psobením diethylpyrokarbonátu a autoklávováním.

Skladování: pokojová teplota. Kontrola kvality: každá šarže PCR H2O je testována v RT-PCR testu. Objednávky: Kat. íslo

Název

Balení

Cena

P 042

PCR H2O

15 ml

200 K

PCR Ultra H2O SPECIÁLN UPRAVENÁ VODA PROSTÁ RNÁZ A DNÁZ (BEZ POUŽITÍ DIETHYLPYROKARBONÁTU) Jedná se o speciáln upravenou ultraistou vodu prostou DNáz a RNáz. Bžn se RNázy z H20 odstraují psobením diethylpyrokarbonátu (DEPC), který se poté rozloží autoklávováním. Rozkladové produkty DEPC však mohou negativn psobit na prbh RT-PCR a PCR. V pípravku PCR Ultra H2O byly RNázy odstranny dvojí anitní chromatograí na speciálním nosii. Z tohoto dvodu neobsahuje PCR Ultra H2O žádné rozkladové produkty DEPC a je univerzáln použitelná pro veškeré práce s RNA a pro RT-PCR a PCR.

Skladování: pokojová teplota. Kontrola kvality: každá šarže PCR Ultra H2O je testována v RT-PCR testu.



Název

Balení

Cena

P 040

PCR Ultra H2O

15 ml

380 K

39

PCR olej LEHKÝ MINERÁLNÍ OLEJ V KVALIT VHODNÉ PRO PCR DNázy a RNázy nedetegovatelné.

Skladování: pokojová teplota. Kontrola kvality: každá šarže PCR oleje je testována v PCR.


Název

Balení

Cena

P 043

PCR olej

15 ml

400 K

Micro Check (kalibraní špika) SPECIÁLNÍ ŠPIKY PRO RYCHLOU KALIBRACI P ESNOSTI PIPETOVACÍCH ZA ÍZENÍ Špiky Micro Check pedstavují nový zpsob rychlé kalibrace pipetovacích zaízení. U tchto špiek jsou objemy vyznaeny ryskou pímo na špice a kalibrace pipetátoru spoívá v porovnání pozice hladiny kalibrovací tekutiny (vody) s ryskou, která odpovídá danému objemu.


Výhody použití špiek Micro Check

40

1. Pi použití špiek Micro Check odpadají problémy s navažováním malých objem vody. 2. Kalibrace špikou Micro Check je velmi jednoduchá a lze ji provádt kdykoliv v prbhu experimentu. 3. Špiky jsou dodávány v ochranném pouzde, umístném na magnetické podložce. To umožuje jejich uchycení na všech kovových plochách laboratoe (lednice, inkubátory, plechové ásti laboratorních stol a pod.) - kalibrovací špika je vždy po ruce. Špiky lze objednat rovnž samostatn.

4. Na podložce jsou vyznaeny objemy v mikrolitrech pro jednotlivé rysky na špice. To usnaduje urení objemu tekutiny ve špice (viz. obr. ).


Název

Balení

Cena

M 049

Micro Check špika s magnet. držákem

1 ks

100,- K

M 050

Micro Check špika

5 ks

100,- K

Materiály pro elektroforézu ELEKTROFORÉZA DNA FRAGMENT A RNA VYŽADUJE REAGENS VYSOKÉ KVALITY U KTERÝCH NEJSOU ANI STOPOVÁ MNOŽSTVÍ DNÁZ A RNÁZ PCR agaróza - jedná se o nejvhodnjší agarózu pro bžnou elektroforézu DNA a RNA fragment

PCR ethidium bromid - ekonomické barvivo pro vizualizaci DNA fargment v gelech PCR vkládací pufr - barvivo bromofenolová mod a xylen cyanol PCR vkládací pufr Edge - barvivo bromofenolová mod PCR vkládací pufr Red load - ervené barvivo PCR vkládací pufr Yellow load - žluté barvivo PCR vkládací pufry jsou roztoky o vysoké hustot, které usnadují vkládání vzork DNA do jamek elektroforetického gelu. Snadnou manipulaci se vzorky umožují barviva, která mají pohyblivost pi elektroforéze srovnatelnou s pohyblivostí DNA. V souasné dob se používá pedevším pufr, který obsahuje bromofenolovou mod a xylen cyanol. Bromofenolová mod migruje v agarózovém gelu s 0,5 x TBE pufrem pibližn stejn rychle jako lineární dvouetzcová DNA o velikosti 300 pár bází, zatímco xylen cyanol migruje pibližn jako DNA o velikosti 4000 pár bazí. Tato relativní pohyblivost není ovlivnna koncentrací agarózy v rozmezí 0,5 – 1,4%. Pítomnost barviva však mže ovlivnit „svítivost“ DNA pi barvení gelu pomocí ethidium bromidu popípad jinými barvivy a tím znemožovat kvantifikaci DNA, popípad detekci DNA o nízké koncentrací. Z tohoto dvodu je dodáván vkládací pufr Edge, který obsahuje pouze bromofenolovou mod. Protože však PCR produkty jsou asto o velikosti kolem 300 pár bází, byly zavedeny nové vkládací pufry, které obsahují barviva putující v agarózovém gelu rychleji než bžn analyzované fragmenty DNA. Yellow load vkládací pufr obsahuje žluté barvivo, které migruje v oblasti jednotlivých nukleotid. Ješt rychleji migruje barvivo obsažené ve vkládacím pufru Red load. Stejné barvivo je obsažené v PP Master Mixech nebo v Taq-Purple DNA polymeráze a je tedy zvlášt vhodné pro vkládání velikostních znaek typu DNA marker.

Materiály pro elektroforézu 41

PCR agaróza KLÍOVÉ REAGENS PRO ELEKTROFORETICKOU SEPARACI FRAGMENT DNA Dležitou souástí PCR technik je elektroforetická separace DNA fragment v agarózovém gelu. Ne každá agaróza je pro pípravu gel a elektroforetickou separaci vhodná. PCR agaróza pedstavuje agarózu s optimálními vlastnostmi pro separaci DNA a RNA. Tato agaróza nevykazuje žádnou RNázovou nebo DNázovou aktivitu a je vhodná pro elektroforetickou separaci a penos (blotování) DNA a RNA. Nízká hodnota elektroendoosmózy (EEO) pispívá ke zvýšené elektroforetické pohyblivosti RNA a DNA v gelu.

Doporuené koncentrace PCR agarózy pro separaci fragment rzných velikostí: Velikost fragment (pár bází) 1 000 - 23 000 800 - 10 000 400 - 8 000 300 - 7 000 200 - 4 000 100 - 3 000

Specikace:

Koncentrace (%, w/vol) PCR agarózy v gelu 1 x TBE pufr 1 x TAE pufr 0,60 0,80 1,00 1,20 1,50 2,00

0,50 0,70 0,85 1,00 1,25 1,75

Skladování: pi pokojové teplot. 36oC 0,09-0,13 > 1 200 nedetekovatelná < 0,15%

Materiály pro elektroforézu

Teplota tuhnutí: EEO (-mr): Gelová síla (1% g/cm): Aktivita DNáz a RNáz: Sulfát:

Objednávky:

42

Kat. íslo

Název

Balení

Cena

P 045

PCR agaróza

100 g

3.200,- K

PCR ethidium bromid V KVALIT VHODNÉ PRO ANALÝZU PCR PRODUKT Jedná se o roztok ethidium bromidu (10 mg/ml) v PCR H2O.

Balení: 1 ml ve šroubovacích umlohmotných zkumavkách.


Kontrola kvality: každá šarže PCR ethidium bromidu je testována na použití pro vizualizaci DNA fragment pi gelové elektroforéze v PCR agaróze. Konené ední v gelu bývá 0,5 g/ml.


Název

Balení

Cena

P 046 P 047

PCR ethidium bromid

1 ml

200,- K

PCR ethidium bromid

5 x 1 ml

600,- K

PCR vkládací pufr V KVALIT VHODNÉ PRO ANALÝZU PCR PRODUKT Vkládací „loading“ pufry jsou roztoky o vysoké hustot, které usnadují vkládaní vzork do jamek v gelu. PCR vkládací pufr obsahuje barvivo bromofenolovou mod a xylen cyanol, které usnadují monitorování prbhu elektroforézy DNA fragment. Na 10 l PCR produktu se pidávají 2-3 l vkládacího pufru.

Balení: 1,5 ml ve šroubovacích umlohmotných zkumavkách. Skladování: pi teplot 4oC. Kontrola kvality: každá šarže PCR vkládacího pufru je testována na separaci DNA fragment pi elektroforéze v PCR agaróze.

Kat. íslo

Název

Balení

Cena

P 048

PCR vkládací pufr

1,5 ml

200,- K

P 049

PCR vkládací pufr

5 x 1,5 ml

600,- K

PCR vkládací pufr Edge Tento pufr je podobný PCR vkládacímu pufru, ale obsahuje pouze bromofenolovou mod. Umožuje snadnou detekci a densitometrickou kvantikaci DNA fragment v oblasti kolem 5 kb.

Balení: 1,5 ml ve šroubovacích umlohmotných zkumavkách.


Kontrola kvality: každá šarže PCR vkládacího pufru je testována na separaci DNA fragment pi elektroforéze v PCR agaróze.


Název

Balení

Cena

P 062

PCR vkládací pufr Edge

1,5 ml

200,- K

P 063


5 x 1,5 ml

600,- K


Objednávky:

43

PCR vkládací pufr Red load a Yellow load Jedná se o vkládací pufry s barvivy, které putují pi elektroforéze ped DNA.

Balení: 1,5 ml ve šroubovacích umlohmotných zkumavkách. Skladování: pi teplot 4oC. Kontrola kvality: každá šarže PCR vkládacího pufru je testována na separaci DNA fragment pi elektroforéze v PCR agaróze.

A

B UV svtlo


1

44

2

3

4

viditelné svtlo

5

6

1

2

3

4

5

6

Obr. 7. Barevné vkládací pufry. DNA marker 155-970 byl smíchán s PCR vkládacím pufrem (1, 6), vkládacím pufrem bez barvené znaky (2), Yellow load (3), Red load (4) a vkládacím pufrem Edge (5). DNA fragmety byly separovány v 1% agarózovém gelu v 0,5% TBE pufru. (A) Gel byl „obarven” ethidium bromidem (0,1 g/ml) a fotografován v UV svtle. (B) Gel byl fotografován ve viditelném svtle. Z obrázku je patrné, že pes odlišnou pohyblivost v agarózovém gelu barviva neovlivují pohyblivost DNA fragment.


Název

Balení

Cena

P 066

PCR vkládací pufr Red load

1,5 ml

200,- K

P 067


5 x 1,5 ml

600,- K

P 064

PCR vkládací pufr Yellow load

1,5 ml

200,- K

P 065


5 x 1,5 ml

600,- K

Certikace Spolenost Top-Bio, s.r.o. je držitelem certikátu kvality ISO 9001:2008

Znaení zkumavek: Název produktu Koncentrace Objem Datum expirace ve form MM/YYYY Tento údaj spolen s katalogovým íslem udává také íslo šarže, pod kterým lze zajistit jeho dohledatelnost. ísla šarží jsou uvedena rovnž na dodacích listech a fakturách.

Skladovací podmínky Produkty uvádné v tomto katalogu mají rzné optimální podmínky pro skladování: • skladování pi -20oC znamená, že teplota by se mla pohybovat mezi -15oC až -25oC, • skladování pi 4oC znamená, že teplota by se mla pohybovat mezi 0oC až 6oC, • skladování pi pokojové teplot znamená, že teplota by se mla pohybovat mezi 10oC až 30oC.

Technické informace, objednávky a obchodní podmínky:

É

ZB

VA PO CEL

O

ŽÍ

DODÁVÁME

DO

A PR

R

ZDARMA TO

P B I O s.r.o

.

TO

P B I O s.r.o

.

Objednávky lze uskutenit prostednictvím internetového obchodu, e-mailem, faxem nebo telefonicky. Objednávky, které obržíme v dopoledních hodinách (krom pátku) dodáváme v rámci eské republiky následující den, jinak do 48 hodin. Spolen s objednaným zbožím obdržíte také fakturu, dodací list, produktový list a pípadn i bezpenostní list. Pi realizaci objednávek pedpokládáme, že uživatelé produkt spolenosti Top-Bio jsou kvalikovaní pracovníci zpsobilí pracovat s objednanými výrobky. V pípad nejasností ohledn užití zboží a bezpenosti práce s tímto zbožím se obra te na výše uvedené kontakty. Nejrychleji jsou vyizovány dotazy doruené formou e-mailu. Reklamaci lze uplatnit do doby expirace, která je uvedena na štítku. Pro úely reklamace musí být nespotebovaná ást vzorku a pípadný laboratorní protokol o použití produktu a jeho skladování dodány zpt na adresu rmy Top-Bio, s.r.o. dle dohodnutého harmonogramu. Nárok na reklamaci bude potvrzen do týdne po pejímce reklamovaného zboží. Ceny uvádné v tomto katalogu jsou konené bez DPH a zahrnují dopravu po celé eské republice.

Technické informace

Fax: 241 770 091 Tel: 603 476 934 E-mail: [email protected] www.top-bio.cz

DO

Top-Bio, s.r.o. Jordana Jovkova 3262 143 00 Praha 4

Nabízíme Vám návštvu našich internetových stránek, kde naleznete nejen aktuální katalog, ceník a internetový obchod, ale také podrobné návody k použití našich výrobk.

www.top-bio.cz 45

Ceník



46

Kat. íslo

Název

Balení

Cena

T 031

Taq DNA polymeráza

100 U

700 K

T 032

Taq DNA polymeráza

500 U

2.900 K

T 033

Taq DNA polymeráza

5 x 500 U

12.300 K

T 034

Taq DNA polymeráza

T 035

10 x konc. Taq pufr bez MgCl2+MgCl2

10 x 500 U

23.000 K

1,5 ml + 0,5 ml

60 K

T 036


100 U

700 K

T 037


500 U

3.000 K

T 038


5 x 500 U

12.500 K

T 039


10 x 500 U

23.700 K

T 106


100 U

700 K

T 107


500 U

3.000 K

T 108


5 x 500 U

12.500 K

T 111


100 U

590 K

T 112


500 U

2.190 K

T 113


5 x 500 U

8.950 K

T 114


10 x 500 U

16.350 K

C 204


100 U

1.000 K

C 205


500 U

4.000 K

C 206


5 x 500 U

16.000 K

L 071


100 U

1.000 K

L 072


500 U

3.500 K

L 073


5 x 500 U

15.000 K

L 076

10 x konc. LA PCR pufr bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml + 0,5 ml

60 K

T 058

10 x PCR Blue Buffer complete

T 059

10 x PCR Blue Buffer bez MgCl2+MgCl2

1,5 ml

50 K

1,5 ml + 0,5 ml

60 K

Balení

Cena

PP Master Mixy Kat. íslo

Název

P 124

PPP Master Mix

40 reakcí

690 K

P 125

PPP Master Mix

200 reakcí

2.490 K

P 126

PPP Master Mix

1.000 reakcí

9.990 K

P 134

PPP Master Mix bez MgCl2+MgCl2

40 reakcí

690 K

P 135


200 reakcí

2.490 K

P 136


1.000 reakcí

9.990 K

P 201

Plain PP Master Mix

40 reakcí

690 K

P 202

Plain PP Master Mix

200 reakcí

2.490 K

P 203

Plain PP Master Mix

1.000 reakcí

9.990 K

C 208


40 reakcí

790 K

C 209


200 reakcí

2.990 K

C 210


1.000 reakcí

11.990 K

C 211


40 reakcí

790 K

C 212


200 reakcí

2.990 K

C 213


1.000 reakcí

11.990 K

qPCR Master Mixy Kat. íslo

Název

Balení

Cena

P 501

qPCR 2x Master Mix

40 reakcí

790 K

P 502

qPCR 2x Master Mix

200 reakcí

2.990 K

P 503

qPCR 2x Master Mix

1.000 reakcí

11.990 K

P 521


40 reakcí

790 K

P 522


200 reakcí

2.990 K

P 523


1.000 reakcí

11.990 K

P 551


40 reakcí

790 K

P 552


200 reakcí

2.990 K

P 553


1.000 reakcí

11.990 K

P 554


40 reakcí

790 K

P 555


200 reakcí

2.990 K

P 556


1.000 reakcí

11.990 K

P 557


40 reakcí

790 K

P 558


200 reakcí

2.990 K

P 559


1.000 reakcí

11.990 K

P 591


40 reakcí

790 K

P 592


200 reakcí

2.990 K

P 593


1.000 reakcí

11.990 K

Balení

Cena

Další enzymy Název

D 106

RNáza bez DNáz (10 mg/ml)

0,5 ml

700 K

M 023

M-MLV reverzní transkriptáza

2.000 U

1.500 K

D 061

DNáza I, bez RNáz

5.000 U

1.600 K

Balení

Cena

Izolace DNA a RNA Kat. íslo

Název

R 001

RNA Blue RT PCR kit

1 kit

6.900 K

R 011

RNA Blue

25 ml

1.800 K

R 012

RNA Blue

50 ml

2.800 K

R 013

RNA Blue

100 ml

4.500 K

D 100

DNA Lego kit, 250 izolací

1 kit

2.950 K

D 102

DNA bind

25 ml

980 K

D 103

DNA vazebný pufr

150 ml

850 K

D 104

Promývací pufr

500 ml

550 K

D 105

Minikolonky / nástavce

25/250 ks

750 K

R 057

RNA nosi, 10 mg/ml

100 l

350 K


Kat. íslo

47

DNA Markery Kat. íslo

Název

Balení

Cena

D 110

DNA marker 200-1500

25 g/250 l

1.390 K

D 111

DNA marker 200-1500

5 x 25 g/250 l

4.990 K

C 150

DNA marker 200-1500 coloured

25 g/300 l

1.390 K

C 151

DNA marker 200-1500 coloured

5 x 25 g/300 l

4.990 K

D 120

DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50pb)

50 g/250 l

1.590 K

D 121

DNA marker 200-1500+ (200-700 po 50pb)

5 x 50 g/250 l

5.990 K

C 130

DNA marker 200-1500+ coloured (200-700 po 50pb)

50 g/300 l

1.590 K

C 131

DNA marker 200-1500+ coloured (200-700 po 50pb)

5 x 50 g/300 l

5.990 K

D 060

DNA marker 155-970

50 g/250 l

800 K

D 062

DNA marker 155-970

5x 50 g/250 l

2.800 K

C 109

Coloured DNA marker 155-970

25 g/300 l

800 K

C 111

Coloured DNA marker 155-970

5 x 25 g/300 l

2.800 K



48

Kat. íslo

Název

Balení

Cena

P 041


100 l

720 K

P 141


5 x 100 l

3.000 K

P 142


10 x 100 l

4.990 K

P 044

PCR Et-OH

100 ml

350 K

E 101

PCR Enhancer

1 ml

600 K

E 101

PCR Enhancer spolu s 1000U polymerázy

1 ml

0 K

P 042

PCR H2O

15 ml

200 K

P 040

PCR Ultra H2O

15 ml

380 K

P 043

PCR olej

15 ml

400 K

M 049

Micro Check špika s magnet. držákem

1 ks

100 K

M 050

Micro Check špika

5 ks

100 K

Materiály pro elektroforézu Kat. íslo

Název

Balení

Cena

P 045

PCR agaróza

100 g

3.200 K

P 046

PCR ethidium bromid

1 ml

200 K

P 047

PCR ethidium bromid

5 x 1 ml

600 K

P 048

PCR vkládací pufr

1,5 ml

200 K

P 049

PCR vkládací pufr

5 x 1,5 ml

600 K

P 062


1,5 ml

200 K

P 063


5 x 1,5 ml

600 K

P 066


1,5 ml

200 K

P 067


5 x 1,5 ml

600 K

P 064


1,5 ml

200 K

P 065


5 x 1,5 ml

600 K

Poznámky:


49

Technické informace Poznámky:

50

PP Master Mixy PPP Master Mix 14 Plain PP Master Mix 15 Combi PPP Master Mix 16 new Plain Combi PP Master Mix 17

Recommend Documents