BAB 3. RUNUTAN NUKLEOTIDA LENGKAP GENOM MlTOKONDRlA LABI-LABI, DOGANlA SUBPLANA
Pendahuluan I
Runutan nukleotida lengkap genom mitokondria (mtDNA) dari ratusan spesies anggota vertebrata telah dilaporkan. Hampir semua mtDNA vertebrata mempunyai kandungan gen yang sama, yaitu dua gen penyandi RNA ribosom (rRNA), 22 gen penyandi RNA transfer (tRNA), 13 gen penyandi protein dan satu ruas DNA yang tidak menyandikan. Biasanya, ruas DNA yang tidak menyandikan disebut daerah kontrol atau dloop karena di dalamnya terdapat motif DNA yang mengatur replikasi dan transkripsi (Anderson et al. 1981; Avise 1994). Walaupun begitu, dilaporkan adanya perpindahan posisi beberapa gen dalam mtDNA, seperti yang ditemukan pada ayam (Desjardins & Morais 1990), hewan berkantung (Paabo et a/. 1991) dan beberapa spesies reptilia dan amfibia (Macey et al. 1997; Yoneyama 1987; Kumazawa & Nishida 1995; Kumazawa et al. 1998). Avise (1994) menyebutkan bahwa mtDNA terbukti bisa digunakan sebagai penanda genetik yang efektif untuk mempelajari berbagai fenomena populasi sampai ke hubungan filogeni dan sistematika. Hal itu disebabkan oleh ukurannya yang relatif kecil dengan laju mutasi tinggi, kandungan gennya relatif stabil dan diwariskan melalui garis ibu. Sejak ditemukannya PCR (polymerase chain reaction) dan teknik-teknik penentuan runutan nukleotida, penggunaan mtDNA sebagai penanda dalam mempelajari filogeni terus meluas sampai ke tingkat melebihi sekedar hubungan
filogeni itu sendiri. Di lain pihak, pada saat ini banyak dilaporkan adanya permasalahan yang muncul yang diakibatkan oleh perpindahan beberapa gen pada beberapa kelompok taksa (Macey et a/. 1997) dan adanya transposisi mtDNA ke dalam DNA inti (Lopez et a/. 1996; Zhang & Hewitt 1996). Sampai saat ini, runutan nukleotida lengkap mtDNA dari delapan spesies Reptilia telah dilaporkan yang terdiri atas tiga spesies Testudines (Chelonia mydas, chrysemys picta dan Pelomedusa subrufa), tiga spesies skuamata (Dinodon semicarinatus, Eumeces egregius dan Iguana iguana) dan dua spesies krokodilia (Alligator missisippiensis dan Caiman crocodylus). Runutan nukleotida lengkap mtDNA itu dipakai untuk mempelajari pentarikhan divergensi molekular antara krokodilia dan burung (Janke & Arnason 1997), menempatkan kura-kura di antara spesies-spesies arkosauria dan lepidosauria (Zardoya & Meyer 1998; Kumazawa & Nishida 1999) dan mencari hubungan filogeni amniota yang terpercaya (Janke et a/. 2001). Bab ini mendeskripsikan runutan nukleotida lengkap genom mtDNA labi-labi
D. subplana. Penentuan runutan nukleotida lengkap mtDNA ini merupakan langkah awal untuk mempelajari berbagai fenomena populasi, filogeni dan sistematika molekular dari Testudines yang ada di Indonesia.
Hasil
Penentuan Runutan Nukleotida Berulang di Daerah Kontrol mtDNA
Runutan nukleotida lengkap mtDNA D. subplana disusun dari runutan nukleotida beberapa klon yang berasal dari molekul mtDNA yang dibandingkan dengan mtDNA manusia, Xenopus laevis dan Alligator missisippiensis. Hasil perbandingan menunjukkan bahwa empat klon yang berasal dari pemotongan molekul mtDNA dengan Mbol hilang selama proses penyisipan ke plasmid, yaitu 200 bp (posisi 3865 - 4065), 1113 bp (posisi 4065 - 5178), 1070 bp (posisi 6032 -
-
7102) dan 234 bp (posisi 14799 15033) (Gambar 3.1). Runutan nukleotida dari klon-klon yang hilang itu kemudian diperoleh dari molekul mtDNA yang diperbanyak secara in vitro menggunakan PCR. Klon yang menempati posisi 15165 - 16363 (Gambar 3.1) mengandung motif runutan berulang dengan jumlah unit ulangan yang tidak berhasil dirunlrt semuanya. Setelah perbanyakan PCR menggunakan primer 512 dan 489 dicobakan untuk menetapkan jumlah ulangan, ditemukan bahwa perbanyakan itu selalu menghasilkan DNA produk PCR dengan panjang yang beragam (multiple products). Hasil perunutan nukleotida terhadap produk PCR menunjukkan bahwa setiap DNA produk PCR memiliki perbedaan panjang kelipatan 52 bp. Ukuran 52 bp itu merupakan kornbinasi dari dua motif nukleotida berulang yang ada di daerah kontrol (Gambar 3.3 dan 3.7). Selain itu, ukuran produk PCR terbesar yang berha~ menyisip i l ke dalam plasmid memiliki panjang yang berbeda dengan ukuran klon dari molekul mtDNA awal, yaitu sekitar 350 bp. Dengan demikian, untuk menetap-
'kan jumlah ulangan kemudian digunakan referensi ukuran klon yang berasal dari molekul mtDNA awal, seperti yang dilakukan oleh Asakawa et al. (1995).
Besar dan Komposisi Nukleotida mtDNA D. subplana Ukuran panjang mtDNA D. subplana adalah 17289 bp yang setara dengan panjang mtDNA amfibia dan reptilia lainnya, tetapi sedikit lebih panjang dibanding dengan mtDNA ikan, burung dan mamalia. Panjang mtDNA ini mencakup tiga motif DNA berulang di daerah kontrol. Motif DNA berulang pertama berukuran 15 nt (nukleotida), motif kedua berukuran 37 nt dan motif ketiga berupa mikrosatelit mitokondria, yaitu TA dan ATATT (Gambar 3.3). Karakteristik mtDNA D. subplana disajikan dalam Tabel 3.1. Posisi nukleotida awal dalam runutan mengacu pada posisi ujung 5' dari gen tRNA Phe seperti yang dilakukan pada spesies kura-kura lainnya (P. subrufa, Zardoya & Meyer 1998; Chelonia mydas, Kumazawa & Nishida 1999; Chrysemys picta, Mindell et a/. 1999). Komposisi nukleotida utas H (heavy strand) didominasi oleh nukleotida A sebesar 35.3%, kemudian berturut-turut C (26.7%), T (26.0%) dan G (12.0%) (Tabel 3.2). Komposisi nukleotida A dalam mtDNA D. subplana sedikit lebih besar dibanding P. subrufa dan Alligator. Walaupun begitu, mtDNA reptilia, amfibia, sebagian besar mamalia dan burung mempunyai pola komposisi nukleotida yang sama, yaitu A>C>T>G. Organisasi, orientasi dan ukuran setiap gen dari mtDNA labi-labi yang ditemukan dalam penelitian ini sama dengan yang ditemukan pada mtDNA vertebrata (A~dersonet a/. 1981; Macey et a/. 1997), yaitu I 3 gen penyandi
protein, 22 gen penyandi tRNA, dua gen penyandi rRNA (12s dan 16s rRNA) dan satu ruas daerah kontrol.
Gen-gen Penyandi Protein Genom D. subplana 0
Kode genetik dan penggunaan kodon dari gen-gen penyandi protein pada D. subplana tidak bisa dibedakan dengan yang ditemukan pada vertebrata lainnya.
Seperti halnya ciri khas gen-gen penyandi protein dalam genom mtDNA, keragaman terbesar ditemukan pada nukleotida ketiga dari setiap kodon. Nukleotida ketiga A paling sering digunakan oleh setiap kodon dari gen yang disandikan utas H (49.6%) dan nukleotida ketiga G adalah yang paling jarang digunakan (3.5%), sedangkan nukleotida ketiga C dan T berturut-turut digunakan sebesar 30.2% dan 16.7%. Hal yang sebaliknya ditemukan untuk gen ND6 yang disandikan utas L (light strand), yaitu kodon dengan nukleotida ketiga T paling sering digunakan (55.4%), kemudian berturut-turut G (23.2%), A (15.3%) dan C (6.2%). Semua gen penyandi protein menggunakan kodon inisiasi ATG, kecuali gen COI menggunakan GTG seperti yang umum ditemukan pada mtDNA vertebrata, terutama mamalia. Sedangkan kodon stop yang sering digunakan adalah TAA, TAG atau TNN, kgcuali AGA yang hanya digunakan oleh gen ND6. kodon stop TNN digunakan oleh gen-gen yang tumpang tindih dengan gen yang bersebelahan. Dalam mtDNA D. subplana tidak ditemukan adanya insersi satu nukleotida yang mengubah aturan kodon triplet (translational frameshifiing), seperti yang ditemukan dalam gen ND3 dan ND4L pada P. subrufa, Chrysemys picta dan sebagian besar burung (Mindell et a/. 1998).
Gengen Penyandi tRNA mtDNA D. subplana Gen-gen penyandi tRNA mtDNA D. subplana ditemukan sebanyak 22 jenis Pada umumnya, posisi gen tRNA menyebar di antara berbagai gen penyandi protein maupun penyandi rRNA, kecuali di antara kelompok gen-gen ATPase 8 ATPase 6 - COlll, ND4L - ND4, dan ND5 - ND6. Posisi gen tRNA yang menyebar itu bisa dianggap sebagai sinyal pengenalan dalam memproses RNA mitokondria (Ojala et a/. 1981). Selain itu, beberapa gen penyandi tRNA ditemukan berkelompok, yaitu Ile - Gin - Met, Trp - Ala - Asn - Cys - Tyr dan His - Ser(AGY) - Leu(CUN), seperti yang ditemukan pada genom mtDNA yang khas vertebrata. Ukuran gen-gen penyandi tRNA berkisar antara 62 dan 76 bp. Semua gen penyandi tRNA dapat dilipat membentuk struktur sekunder berbentuk daun semanggi (Gambar 3.4). Struktur sekunder yang agak menyimpang ditemukan pada tRNA Ser(AGY). Gen ini memiliki struktur tanpa lengan DHU (dihidrouridina) (Gambar 3.4). Runutan nukleotida paling stabil ditemukan pada bagian lengan antikodon dan batang pembawa asam amino. Di bagian lengan pembawa asam amino sampai ke gelung DHU dari tRNA Leu(UUR) ditemukan adanya motif ribosomal RNA transcription termination seperti pada genom mtDNA yang khas vertebrata, sedangkan dalam genom mtDNA avertebrata motif tersebut ditemukan berada pada posisi yang sangat beragam (Valverde et a/. 1994). Ruas DNA yang tidak menyandikan antara tRNA Asn dan tRNA Cys pada
D. subplana mungkin bisa berfungsi sebagai titik asal replikasi utas L (ORL). Motif ORL ini secara konsisten selalu ditemukan dalam genom mtDNA mamalia (Anderson et al. 1981) dan beberapa reptilia (Macey et a/. 1997; Kumazawa et a/. 1998; Kumazawa & Nishida 1999; Mindell et a/. 1999) tetapi tidak ditemukan dalam genom P. subrufa (Zardoya & Meyer 1998), ayam (Desjardins & Morais 1990) dan
bagian 5' daerah kontrol merupakan pembatas struktur fungsional dari proses replikasi yang menyebabkan munculnya displacement loop, TAS (terminationassociated sequence) dan runutan kaya C. Motif ketiga merupakan mikrosatelit mitokondria yang konsisten ditemukan pada semua genom mtDNA anggota Testudines (Caretta caretta, Laurent et al. 1995; P. subrufa, Zardoya & Meyer 1998; C. mydas, Kumazawa & Nishida 1999; C. picta, Mindell et al. 1999). Pada lokasi yang berbeda, daerah kaya AT juga ditemukan pada sebagian besar genom mtDNA Arthropoda (Boore 1999). Jika ketiga runutan nukleotida berulang dibuang maka akan diperoleh panjang daerah kontrol setara dengan yang ada pada vertebrata umumnya, yaitu sekitar 1000 bp (Anderson et al. 1981). Motif runutan nukleotida berulang dalam jumlah banyak tanpa jeda sepertinya tidak sejalan dengan sifat ekonomis sebagaimana menjadi ciri genom mtDNA (Moritz et a1.1987). Selain itu, dalam perjalanan evolusi biasanya akan terjadi seleksi ke jumlah ulangan yang lebih sedikit (Lopez eta/. 1996). Selain ketiga motif DNA berulang, dalam daerah kontrol mtDNA D. subplana ditemukan tiga motif CSB (conserved sequence block). Runutan nukleotida dan lokasi ketiga CSB tersebut mempunyai kesamaan yang tinggi dengan yang ada pada mtDNA yang khas vertebrata, yang kemudian membentuk domain tengah yang stabil (the middle conserved domain). Domain ini diduga terlibat dalam membentuk struktur tersier (Boore 1999) yang berperan dalam mengontrol replikasi utas H (Anderson et al. 1981; Moritz et al. 1987).
Analisis Filogeni
Runutan nukleotida lengkap mtDNA Dogania dan 18 spesies vertebrata lainnya (Lampiran 5) digunakan untuk mempelajari hubungan filogeni anggota amniota. Data runutan nukleotida dibagi menjadi tiga himpunan, yaitu pertama gen-gen penyandi protein kecuali ND3 dan ND4L karena adanya translational frameshifting dan ND6 karena disandikan oleh utas L, kedua semua gen penyandi tRNA dan ketiga dua gen penyandi rRNA. Perbandingan situs-situs nukleotida semua gen penyandi protein menghasilkan 10344 situs, 477 situs di antaranya dikesampingkan karena ada senjang. Analisis filogeni dilakukan terhadap 6578 situs dari nukleotida pertama dan kedua dari setiap kodon triplet. Dari jumlah itu, sebanyak 3612 situs dikategorikan sebagai beragam dan sisanya (2966 situs) sebagai situs yang seragam untuk semua spesies yang dianalisis. Dari situs yang beragam ditemukan sebanyak 2787 situs bersifat parsimoni, yaitu satu karakter yang berbeda dalam satu situs diwakili oleh minimal dua spesies. Perbedaan runutan nukleotida antar spesies yang dibandingkan berkisar antara 6% dan 30%, dan rata-rata rasio transisi terhadap transversi sebesar 0.9. Translasi ke asam amino menghasilkan 3285 situs, yang mana 2142 situs dikategorikan sebagai beragam dan 1656 situs bersifat parsimoni. Perbedaan asam amino tersebut berkisar antara 8% dan 44%. Semua gen tRNA digabung, tetapi bagian gelung DHU, TyC (thyminepseudouridine-cytosine) dan variable loops (Gambar 3.4) dibuang. Analisis perbandingan nukleotida menghasilkan 1162 situs, yang dikategorikan sebagai situs beragam sebanyak 864 situs dan yang dikategorikan bersifat parsimoni sebanyak 665 situs. Perbedaan runutan nukleotida berkisar antara 7% dan 38%, dan rata-rata rasio transisi terhadap transversi adalah 2.4.
Perbandingan runutan nukleotida gen 12Sr RNA dan 16SrRNA menghasilkan 2887 situs yang kemudian 937 situs di antaranya dikesampingkan karena gap. Sebanyak 1252 situs diantaranya beragam dan 1000 situs bersifat parsimoni. Perbedaan runutan nukleotida berkisar antara 8% dan 35%, dan rata-rata rasio transisi terhadap tranversi adalah 1.O. Analisis maksimum parsimoni menggunakan kombinasi ketiga himpunan data menghasilkan pohon filogeni tunggal (Gambar 3.7 kiri) dengan indeks konsistensi untuk karakter parsimoni sebesar 0.43. Topologi pohon filogeni tersebut sama dengan yang diperoleh menggunakan metode NJ kecuali posisi ayam dan burung falkon saling terbalik (Gambar 3.7 kanan). Pohon filogeni MP menunjukkan bahwa testudines berada dalam satu cabang bersama-sama dengan anggota diapsida, walaupun tidak didukung nilai bootstrap yang tinggi (40%). Pengelompokan testudines dengan burung dalam satu klad ditunjukkan oleh pohon filogeni NJ (Gambar 3.7 kanan). Hubungan filogeni yang berbeda diperoleh jika menggunakan data asam amino hasil translasi gen penyandi protein (Gambar 3.8). Meskipun begitu, ada kecenderungan testudines lebih dekat ke arkosauria dibanding ke lepidosauria sebagaimana yang ditunjukkan oleh Janke & Arnason (1997), Kumazawa & Nishida (1999) dan Zardoya & Meyer (1998) menggunakan data runutan nukleotida lengkap mtDNA.
I
Pembahasan Organisasi genom, kandungan gen, komposisi nukleotida, penggunaan
kodon dan lokasi ORL menunjukkan bahwa mtDNA D. subplana dapat mewakili genom mtDNA yang khas vertebrata (Anderson et a/. 1981; Macey et al. 1997). Walaupun begitu, organisasi mtDNA yang sedikit berbeda dilaporkan terjadi pada berbagai spesies vertebrata (Desjardins & Morais 1990; Paabo et a/. 1991; Macey et a/. 1997; Yoneyama 1987; Kumazawa & Nishida 1995; Kumazawa et al. 1998). Sedangkan pada tingkatan taksa yang jauh berbeda, misalnya Cephalochordata, Molluscs, Brachiopoda dan Arthropoda, transposisi gen dan penggunaan kodon
ditemukan sangat berbeda (Boore 1999). Hal ini menunjukkan bahwa laju evolusi organisasi mtDNA vertebrata jauh lebih rendah dibanding dengan laju evolusi runutan nukleotidanya. Motif runutan nukleotida ORL serta lokasinya ternyata tidak konsisten ditemukan dalam mtDNA testudines, anggota reptilia lainnya dan beberapa spesies burung. Hal yang sebaliknya adalah beberapa motif CSB secara konsisten ditemukan dalam daerah kontrol mtDNA vertebrata. Selain motif CSB, dalam daerah kontrol bisa ditemukan motif TAS, the middle conserved domain, dan ORH (origin replication of H strand). Dengan begitu, pendapat bahwa replikasi mtDNA vertebrata dilakukan dengan cara yang sangat stabil (Ojala et a/.1981; Moritz et al. 1987; Yoneyama 1987; Boore 1999) masih bisa dipertahankan. Keberadaan motif-motif tersebut dalam daerah kontrol diperlukan untuk membentuk struktur tersier yang fungsional (Boore 1999). Daerah kontrol mtDNA vertebrata bisa dibagi menjadi tiga domain, yaitu dua domain perifer yang sangat beragam dan domain tengah yang sangat stabil. Keragaman yang tinggi dari domain perifer ditunjukkan oleh mtDNA D. subplana
dengan motif DNA berulang secara tandem yang sangat besar di bagian 5' dan mikrosatelit mitokondria TA dan ATATT di bagian 3'. Hal yang menarik adalah domain tengah dan mikrosatelit mitokondria ditemukan sangat stabil antar spesies testudines (pembahasan lebih lanjut dalam Bab 5). Mikrosatelit mitokondria di bagian 3' hanya ditemukan pada anggota testudines (Zardoya & Meyer 1998; Mindell et al. 1999; Laurent et al. 1995, Kumazawa & Nishida 1999) tetapi tidak ada pada anggota reptilia lainnya. Hal ini menunjukkan bahwa evolusi daerah kontrol mtDNA bagi testudines masih relatif baru. Zardoya & Meyer (1998) menyarankan untuk memanfaatkan karakter mikrosatelit mitokondria sebagai penanda genetik yang handal. Runutan lengkap nukleotida genom mtDNA mungkin bisa digunakan untuk memperkirakan waktu pemisahan beberapa spesies testudines menjadi lebih tepat. Berdasarkan catatan fosil, pemisahan beberapa spesies testudines terjadi lebih dari 100 juta tahun yang lalu. Sedangkan pemisahan anapsida dan diapsida diperkirakan terjadi lebih dari 200 juta tahun yang lalu. Laurin & Reizs (1995) memperkirakan bahwa morfologi yang ekstrim dari kura-kura dibandingkan dengan anggota amniota lainnya paling tidak terjadi sekitar 300 juta tahun yang lalu. Berdasarkan catatan fosil, pemisahan kelompok-kelompok utama amniota terjadi sekitar 250 juta tahun yang lalu. Pada tingkat runutan nukleotida, Zardoya & Meyer (1996) memperlihatkan bahwa divergensi mtDNA mencapai titik yang jenuh (plateu) pada taksa-taksa yang mempunyai waktu pemisahan di atas 200 juta tahun. Sebelum umur itu, antara pertambahan waktu dan divergensi mtDNA masih menunjukkan hubungan yang linear. Hal ini terlihat dari hasil analisis filogeni amniota yang melibatkan hubungan anapsida dan diapsida ternyata tidak didukung oleh nilai bootstrap yang tinggi
(Gambar 3.7 dan 3.8). Selain itu, penggunaan data asam amino malah cenderung memasukkan mamalia ke dalam cabang diapsida (Gambar 3.8). Meskipun begitu, hasil penelitian ini mendukung posisi kura-kura sebagai lebih dekat dengan arkosauria dibanding dengan lepidosauria. Ketersediaan runutan nukleotida lengkap mtDNA dari D. subplana sangat berguna untuk mempelajari lebih lanjut berbagai fenomena populasi dan hubungan filogeni anggota testudines, salah satunya seperti dapat dilihat dalam Bab 4 dan 5. Hasil penelitian ini memberi peluang yang besar untuk memanfaatkan runutan nukleotida dari berbagai bagian mtDNA sebagai penanda genetik walaupun beberapa laporan menyebutkan adanya masalah-masalah teknis yang mungkin muncul (Macey et a/. 1997; Lopez et al. 1996, Zhang & Hewitt 1996, Cao et a/. 2000).
Kesimpulan
Ukuran mtDNA D. subplana adalah 17289 bp. Organisasi genom, kandungan gen, kornposisi basa, penggunaan kodon, lokasi ORL dan beberapa karakter daerah kontrol rntDNA 0.subplana dapat mewakili mtDNA yang khas vertebrata. Adanya ruas DNA berulang secara tandem tanpa jeda di bagian 5' daerah kontrol mtDNA D. subplana adalah unik, sedangkan rnikrosatelit mtDNA di bagian 3' daerah kontrol mtDNA merupakan ciri khas anggota testudines. Gen-gen penyandi protein, tRNA dan rRNA, dan daerah kontrol genom rntDNA D. subplana secara kesatuan rnaupun terpisah dapat dijadikan penada molekular untuk mempelajari ,keragaman DNA intraspesies dan antarspesies.
Tabel 3.1. Karakteristik mtDNA labi-labi, D. subplana - -
Gen
.
Posisi dan Ukuran Kodon** dari ke* ukuran lnisiasi Stop
tRNA Phe 12Sr RNA tRNA Val 1GSrRNA tRNA Leu(UUR) NDI tRNA Ile tRNA Gln tRNA Met ND2 tRNA Trp tRNA Ala tRNA Asn tRNA Cys tRNA Tyr COI tRNA Ser(UCN) tRNA Asp COll tRNA Lys ATPase8 ATPase6 COlll tRNA Gly ND3 tRNA Arg ND4L ND4 tRNA His tRNA Ser(AGY) tRNA Leu (CUN) ND5 ND6 tRNA Glu tRNA Thr tRNA Pro Dloop
Spasi ujung 5'
ATG
ATG
Tag CAACCAAAC A ***
15470 17289
GTG
TAA
ATG
TAA
ATG ATG ATG
TAA Taa Tac
ATG
Tgg
ATG ATG
Tgg Tgt
ATG ATG
TAA AGA
ATG
TAA
A TAACA C A
T
CCA TC CAA
1820
* L = disandikan utas L ** Nukleotida dengan huruf kecil menunjukkan kodon stop yang tidak komplit *** ORL = origin replication of L strand (lihat Gambar 3.5)
Tabel 3.2. Komposisi nukleotida mtDNA 0.subplana (Oh)
A
C
T
G
AT
Seluruh mtDNA
35.33
26.75
25.97
11.95
61.30
12s rRNA
37.82
23.83
21.97
16.37
59.79
16s rRNA
39.85
22.53
21.60
16.01
61.45
tRNA (utas H)
35.66
22.36
26.28
15.70
61.94
tRNA (utas L)
27.78
34.59
23.84
13.80
51.62
Daerah kontrol - dloop
30.70
25.55
33.18
10.57
63.88
nukleotida pertama
34.79
24.80
23.75
16.67
58.54
nukleotida kedua
20.39
28.60
39.54
11.47
59.93
nukleotida ketiga
49.56
30.24
16.70
3.51
66.25
nukleotida pertama
11.86
4.52
41.81
41.81
53.67
nukleotida kedua
12.43
12.99
49.72
24.86
62.15
nukleotida ketiga
15.25
6.21
55.37
23.16
70.62
GenIKarakter
Penyandi protein - utas H
Penyandi protein - utas L
Tabel 3.3. Jumlah penggunaan kodon (huruf cetak tegak) dan nilai indeks penggunaan kodon (huruf cetak miring) dalam mtDNA 0.subplana. lndeks penggunaan kodon adalah perbandingan jumlah kodon yang digunakan terhadap rata-rata jumlah kodon sinonimnya. Nama asam amino menggunakan singnkatan tiga huruf Phe TTT 71 0.73 TTC 123 1.27
Leu TTA 155 1.75
Ser TCT 23 0.56 TCC 44 1.07 TCA 123 3.00 TCG 4 0.10
TTG 19 0.21 Leu CTT 51 0.58 CTC 39 0.44 CTA 247 2.79 CTG 21 0.24
Pro CCT 23 0.50 CCC 38 0.83 CCA 115 2.51 CCG 7 0.15
lle
I
ATT ATC
132 0.95 145 1.05
Met ATA 206 1.75 ATG 29 0.25 Val GTT 34 0.97 GTC 29 0.83 GTA 72 2.06 GTG 5 0.14
Thr
ACT 58 0.64 ACC 124 1.36 ACA 177 1.94 ACG 6 0.07
Ala GCT GCC GCA GCG
39 87 78 3
0.75 1.68 1.51 0.06
Tyr
TAT TAC
53 0.95 58 1.05
Cys TGT TGC
9 0.67 18 1.33
TAA TAG His CAT CAC
7 2 33 56
2.80 0.80 0.74 1.26
86 1.76 12 0.24
Gln CAA CAG Asn AAT AAC
89 9 39 95
1.82 0.18 0.58 1.42
Trp TGA TGG Arg CGT CGC CGA CGG Ser AGT AGC
18 0.44 32 0.78
Lys AAA AAG
1.97 0.03
Asp GAT GAC
77 1 17 35
Glu GAA GAG
75 1.85 6 0.15
AGA AGG Gly GGT GGC GGG GGA
1 0 32 50 31 71
*
0.65 1.35
6 0.40 12 0 8 0 41 2.73
I 0.07
0.40 0.00 0.70 1.09 0.67 1.54
Dogania subplana mtDNA 17289 bp
Gambar 3.1. Situs pemotongan Mbol (angka cetak biasa) dan posisi penempelan primer (angka cetak tebal) dalam mtDNA 0.subplana. Primer yang menempel di utas H dituliskan di luar lingkaran, sedangkan yang menempel di utas L dituliskan di dalam lingkaran.
Phe
12SrRNA
\
\
Dogania subplana mtDNA
17289 bp
ND2
Gambar 3.2. Peta genetik mtDNA 0.subplana. Gen-gen yang disandikan utas H dituliskan di luar lingkaran, sedangkan yang disandikan oleh utas L dituliskan di dalam lingkaran.
I--tRNA
Phe--------------------------------------
I--12S
rRNA------------------
GTTATTGTAGTTTACACWGCATGGCACTGAAAATGCCAAGACGTACTCATTATCCCTCACGATTTGGTCCTTCTTTGTTAC
100
.................................................................................................... TTTTTACTAAACCTACACATGTAAGTATCAGCAAGCCAGTGAAATGCCCTAAAAGTCACATCAGACAAAAGGAGCTGGTATCAGGCACGCCACAGCAGCC 200
.................................................................................................... TTAAAACGGACCTGAGGTGCGCACACACCGCCCGTCACCCCCATCAACTTTCTGTTCACCCCACAAATCAGATGGGGTGTCGT 1 0 0 0
Gambar 3.3. Runutan lengkap nukleotida dan karakteristik mtDNA 0.subplana. Nukleotida gen-gen MNA dantRNA diberi tanda garis di atasnya. Setiap kodon gen-gen penyandi protein ditranslasikan ke asam aminonya yang ditempatkan di bagian bawah dari setiap nukleotida pertama. Beberapa karakter daerah kontrol diberi tanda * atau di atasnya. Runutan nukleotida lengkap ini telah disimpan di GenBank database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenBank)dengan No. Acc. 366350.
- - - - - - - - - - - - - - - - - -I
I--tRNA Val-----------------------------------------------------
A A C A A G G T A A G T G T A C C G G A A G G T G C A C T T G G A C T A C C G G T T A 1100
-----I I--16S rRNA----------------------------------------------------------------------------------TTTTGAGCAAAACTCTCAGCTCAACCAACCAGTATCAACCCAACAAACTAAATATTCCACACAAACTAAACTAAAACATTCTAACCATAATCCAAGTATA 1200
.................................................................................................... G
T
A
C
C
T
C
T
T
G
C
A
T
C
A
T
G
A
T
T
T
A
G
C
C
A
G
A
A
T
A
A
T
A
C
C
T
C 1400
.................................................................................................... C G C T A G C T T A A A T C A G A A C A G A T A A A C T A C T G A T T A T T C C A 1900
.................................................................................................... C A G G A G C G T A A A C A A G A A A G A T T A A A A T C T G T A A A A G G C G T A T 2000
.................................................................................................... TAGGGGTGATGCCTGCCCAGTGACACTGTTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCCTTTAAATAGGGACCAGTATGA 2100
.................................................................................................... AAGGCTAAACGAGGCCCTATCTGTCTCTTACAGATAATCAGTGAAATTGATCTTCTCGTGCAARAGCGAGAATATAAATATAAGACGAGAAGACCCTGTG2200
Gambar 3.3. Lanjutan.
---------------- I I - - ~ R N A Leu (uu~)---------------------------------------------------------I ND1 C C C A A A A C A C A G G G C T G A T T G G G G T G G C A G A G C C A G G T ~ T A C A T G T T2800 T F
M A
T
M
L
A
C
L
T
S
A
N
C
L
T
A
T
L
S
P
C
T
L
A
M
A
C
Y
M
C
T
I
P
A
T
I
T
L
A
I
T
A
C
A
C
V
A
F
C
T
F
C
T
T
A
L
I
A
T
E
R
G
T
K
A
V
T
A
L
~ 2900 A
T
G
Y
M
T A C A A C T A C G A A A A G G C C C C A A C A T C A T C G G A C C A T A T G G A C G C G T T A C G C C T T T T A T C C C A C 3000
Q
L
R
K
G
P
N
I
I
G
P
Y
G
L
L
Q
P
V
A
D
G
M
K
L
F
T
K
E
P
I
Y
P
T
AAACTCATCCCAAACACTATTTATACTGGCACCAACCCTTGCCTTATTACTCGCCTTATCAATCTGATTACCACTGCCAATACCATTTCCCCTTGCCAAT 3100
N
S
S
Q
T
L
F
M
L
A
P
T
L
A
L
L
L
A
L
S
I
W
L
P
L
P
M
P
F
P
L
A
N
CTTAACCTAGGATTCCTTTTCCTAATTGCCATCTCAAGTTTTATAGTATACTCTTATATGATCAGGCTGAGCCTCCTCTACGCCCTAATGG 3200 L N L G F L F L I A I S S F M V Y S I M W S G W A S N S K Y A L M G GAGCCCTACGAGCAGTCGCACAAACCATTTCCTATGAAGTCCCCGGCTTATCCTTCTCTAGTCCTATTCTCAGGTGACTTCAACATACC 3300
A
L
R
A
V
A
Q
T
I
S
Y
E
V
T
L
G
I
I
L
I
S
M
V
L
F
S
G
D
F
N
M
Q
T
TTTTATAACAACACAAGAACCAATATTCCTAATTTTCTCATCATGACCTCTAATAATAATATGATACATCTCCACCCTAGCAGCCCGATCACCA 3400 F M T T Q d P M F L I F S S W P L M M M W Y I S T L A E T N R S ~
Gambar 3.3. Lanjutan.
TTTGACCTAACAGAAGGTGAATCCGAACTTGTT_TCAGGCTTCAACGTAGAGTATGCTGCTGGCCCATTCGCATTACTATTCCTAGCAGTATACC 3 5 0 0 F
D
L
T
E
G
E
S
E
L
V
S
G
F
N
V
E
Y
A
A
G
P
F
A
L
L
F
L
A
E
Y
T
N
I
3600
TCCTAATAATAAACATAATCACCACCATCATATTCATTATTCATCTACACCAATACACACCAGCTACTTACCATACTACTTCATCCATACT
L
M
M
N
M
I
T
T
I
M
F
I
I
H
L
H
Q
Y
T
P
E
L
L
T
M
L
L
I
M
K
T
M
L 3700
ACTATCAGCAAGTTTCCTATGAGTACGAGCCTCTTACCCACGATTCCGATATGACCCTTATCCTATATGTTTCTACCTTAATTA
L
S
A
S
F
L
W
V
R
A
S
Y
P
R
F
R
Y
D
Q
L
M
F
L
L
I--tRNA
W
K
N
F
L
P
I
T
L
Ile--------------------------3800
GCACTATGCCTATGAAACACTTCAATAATCACCACTTTAGCTGGACTACCACCCATGCTTTGGACGTTGTGGATTACCTTGATGGGT
A
L
C
L
W
N
T
S
M
I
T
T
L
A
G
L
P
P
M
L
*
-----__---____-___----------.---I-----------------------------------------------------------
tRNA G l n AAAACATAGAGGTTTACACCCTCTCGTCTCCTTAGWTAGGATTTGAACCTACACCTAAGAGATCAAAACTCTTCATACTTCCACTATACTACATTC 3 9 0 0
-I--~RNA
I
Met---------------------------------------------------------
ND2 4000
T A G T A A A G T C A G C T A A C T A A G C T T T T G G G C C C A T A C C C C A T T T A T A T T
M
N
P
H
A
N
M
I
Y
I
TCTAGTTTAATCCTAGGGACCCTAATTACAATCACAAGCAATCATTGAATCCTAGCATGAATTGGATCAGAAATCAACATACTAGCAATCATTCCACTAA 4 1 0 0 S
S
L
I
L
G
T
L
I
T
I
T
S
N
H
W
I
L
A
W
I
G
S
E
I
N
M
L
A
I
I
P
L
I
TTGCCAAACAACACCATCCACGGGCAATCGAAGCCTCCATCCCCCTGCCGCCTCATCATTACTCCTATTTGCCATCATCAAC 4200
A
K
Q
H
H
P
R
A
I
E
A
S
I
K
Y
F
L
T
Q
A
A
A
S
S
L
L
L
F
A
I
I
N
N
C A C T T G A A A C T C C G G A C A A T T C A A C A T C A C A C A A T T ~ C T A G G A C T G G C C C C 4G3 0 0
T
W
T
N
T
F
C
H
S
C
Y
G
A
W
Q
T
L
F
T
P
N
I
A
C
T
E
T
L
T
Q
G
A
Q
L
C
G
T
T
T
N
T
T
C
T
T
T
S
S
C
A
G
A
M
M
T
L
T
M
A
A
I
V
C
L
T
C
T
T
C
T
A
T
L
A
W
Q
A
M
K
C
A
A
G
K
L
A
P
L G
G
A
L
L
A
A
A
C
L
P
T
C 4 ~4 0 0
A
L
V
M
TAATCAATCAATCCTTAAGCACACCGCTATTAATAGGCCTCCTATCTACTAGTGGGAGGATGGGGAGGACTCCCCCTTACG
I
N
Q
S
L
S
T
P
L
L
M
G
L
S
L
L
S
M
L
V
G
G
W
G
G
L
N
Q
T
Q
L
R
4500
K
A A T C A T A G C A T T C T C C T C A A T T G C C C A T G T A G G T T G ~ T T T A C A C G T A C A T T A T 4C6 0 0
I
M
A
F
S
S
I
Gambar 3.3. Lanjutan.
A
H
V
G
W
M
I
M
I
L
T
M
S
T
K
L
T
L
L
T
F
Y
T
Y
I
I
A
T
A
A
M
T
A
T
C
C
M
G
L
C
L
A
M
A
I
C
A
K
L
A
L
T
E
A
C
T
N
~
K
C
C
T
A
A
M
S
T
T
M
T
A
T
A
S
T
W
C
T
A
K
A
L
A
P
T
I
T
L
A
T
N
V
T
A 4700 G ~
M
M
TAATACTCAACTTAATATCACTAGCAGGCCTTCCCCCACTAACCGGATTTATACCAAAATTACTAATTCTACAAG-WCTACWCCACATATAATCAC 4800
M
L
N
L
M
S
L
A
G
L
P
P
L
T
G
F
M
P
K
L
L
I
L
Q
E
L
Q
K
P
H
M
I
T
CGCAACCATAGCAGCCATCCTCTCACTACTAAGTCTATTCTTCTACCTTCGAATTGCATACTACTCAACCATCACATTACCACCAAGCACAACCAATTAC 4900 A T M A A I L S L L S L F F Y L R I A Y Y S T I T L P P S T T N Y CACCAACAATGACGACATAAAATCAACCWCCTTACCTACCTTTTTTATCCTCCTCCTTACTACCCTTTACCTACACTTATT H
Q
Q
W
R
H
K
I
N
Q
K
P
Y
L
P
L
M
I
M
T
S
S
L
L
T
P
I
M
P
T
L
M
M
5000
T
I--tRNA Trp--------------------------------------------------------------I I----_--_CTATATAGAAACTTAGGATAATGTTTTCAAACCAGGGGCCTTCAACCCCCCAAATAAGAGCCAAACAACTCTTAGTTTCTGCAACCAAACTAAAACTTAC 5100 M * ----__-__-__--_____----------------------------tQJ'A Ala--l I- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
5200
AAGACTTTATCTTGTATCTTCCAAATGCAACTCAGACGCTTTTTGCTGCCTTACTAGACTGGGCCTCGATCCCATTTTTAGTT
------_-__--_-____----tRNA A S ~ - 1
I---_----------_--_-----------------5300
CAGCTAAACACCCAATCCAGCGGGCTTTTGCCTAAAAGTTTCCCGCTATAAAAATAAGCGGGAAAACCAGGACACCAATTAAAAGTGTATTTGCAGATTT
------------------- ~QJ'Acys--l I------------------------------------------------------tRNA Tyr-- l C 0 1 GCAATCTGATGTGAACTTCACTACAAGGTTTGATAAGAAGGGGATTTAACCCCTATWGGTTTACAGCCTAACACTTAACTCAGCCATCTTACCAGT M 5400 GATTTTAACCCGTTGATTATTCTCCACTAATCACAAAGACATTGGTACCCTTTATTTAATTTTCGGTGCCTGAGCAGGCATAGTCGGCACAGCCTTAAGT 5500
I
L
T
R
W
L
F
S
T
N
H
K
D
I
G
T
L
Y
L
I
F
G
A
W
A
G
M
V
G
T
A
L
S
CTTTTAATCCGAGCAGAACTAAGTCAGCCCGGGACTCTATTAGGAGATGACCAAATTTATAATGTAATTGTTACAGCACATGCTTTCGTTATAATCTTCT5600 L
L
I
R
A
E
L
S
Q
P
G
T
L
L
G
D
D
Q
I
Y
N
V
I
V
T
A
H
A
F
V
M
I
F
F
TTATAGTCATACCTGTAATAATCGGAGGTTTCGGCAACTGACTAGTACCATTAATAATTGGAGCCCCTGATATAGCATTCCCTCGAATAAATAACATAAG 5700 M V M P V M I G G F G N W L V P L M I G A P D M A F P R M N N M S T T T C T G A C T A C T A C C C C C C T C T T T A T T A T T A C T T C T ~ C C G C C A C T A G C T A G 5800 C
F
W
L
L
P
P
S
Gambar 3.3. Lanjutan.
L
L
L
L
L
T
S
S
G
V
E
T
G
A
G
T
G
W
T
V
Y
P
P
L
A
S
5900
AATCTAGCTCATGCTGGCGCATCAGTAGACTTAACTATTTTCTCCTTACATTTAGCTGGGGTATCTTCTTCTAGGGGCTATCAACTTTATCACTACAG
N
L
A
H
A
G
A
S
V
D
L
T
I
F
S
L
H
L
A
G
V
S
S
I
L
G
A
I
N
F
I
T
T
-
A
CAATTAACATAAAACCCCCAACAATGTCACAATACCRAACCCCTATTCGTTTGATCAGTAGTTATTACAGCCGTACTACTTCTACTATCATTACCCGT I N M K P P T M S Q Y Q T P L F V W S V V I T A V L L L L S L P V
6000
A C T A G C C G C A G G C A T C A C A A T A T T A C T T A C C G A T C G ~ C A C T T 6100 A
L
A
A
G
I
T
M
L
L
T
D
R
N
L
N
T
T
F
F
D
P
S
G
G
G
D
P
V
L
Y
Q
H
L
TTTTGATTTTTCGGCCATCCAGAAGTCTACATTCTCATTCTCCCTGGGTTTGGAATAATCTCCCACGTAGTGACATATTACGCCAAT~GAA~~~T 6200
F
W
F
F
G
H
P
E
V
Y
I
L
I
L
P
G
F
G
M
I
S
H
V
V
T
Y
Y
A
N
K
K
E
P
F
TCGGCTATATGGGCATAGTATGAGCAATAATATCAATTGGCTTCTTAGGCTTCATTGTATGAGCCCATCATATGTTTACTGTAGGAATAGACGTTGATAC 6300
G
Y
M
G
M
V
W
A
M
M
S
I
G
F
L
G
F
I
V
W
A
H
H
M
F
T
V
G
M
D
V
D
T
A C G A G C C T A T T T T A C A T C T G C C A C A A T A A T C A T C G C T A T C C C C A G G A G T T C C A G G A T T A G C A A C A C T G C A C G G A G K C T T A T T T G A 6400 R A Y F T S A T M I I A - I P T G V K V F S W L A T L H G G L I K W GACGCTCCACTATTATGAGCCCTGGGTTTCATCTTCCTATTCACAATTGGAGGTTTAACGGGCATCATTCTAGCCAACTCATCATTAGATATTGTACTGC 6500
D
A
P
L
L
W
A
L
G
F
I
F
L
F
T
I
G
G
L
T
G
I
I
L
A
N
S
S
L
D
I
V
L
H
ACGACACATACTATGTCGTAGCCCACTTCCACTATGTGTTATCAGAGCTTTCGCTATTAGCAGGCTTACCCACTGATTCCCACTTTTCTC 6600
D
T
Y
Y
V
V
A
H
F
H
Y
V
L
S
M
G
A
V
F
A
I
M
A
G
F
T
H
W
F
P
L
F
S
C G G T T A T T C A T T A C A C C A A A C C T G A A C T A A A G T A C A T T T C G G A G T T A T T T G ~ A G G ~ G T ~ A T ~ ~ T T ~ T T ~ ~ ~ G ~ ~ A ~ T T ~6700 TTAGGTTTAG~~
G
Y
S
L
H
Q
T
W
T
K
V
H
F
G
V
M
F
A
G
V
N
M
T
F
F
P
Q
H
F
L
G
L
A
G G C A T A C C A C G A C G T T A T T C T G A C T A C C C A G A C G C C T A C A T C T A T A C A T T C A T C T T G C T C T C T T C T C A T T T G C A G T A A T A T G A 6800
G
M
P
R
R
Y
S
D
Y
P
D
A
Y
T
L
W
N
T
I
S
S
I
G
S
L
I
S
L
I
A
V
I
M
M
TAATATTTATCATCTGAGAGGCATTTTCATCAAAACG~TTACAATAATTG~CTTACAACCACCAACGTAGAATGCTACGGCGTCCCCCCCC 6900
M
F
I
I
W
E
I T M I E L T T T N V E W L H G C P P P l_________--_______---------_-----------_-----_---tRNA SerUCN ATACCATACCTACGAAGAACCCATCTATATGTAATAACACAAGAAAGGAAGGATTCGG9ACCCCCTTAAATTAGTTTCAAGCCAACCACATAACCTTTATG 7000 Y H T Y E E P I Y M *
Gambar 3.3. Lanjutan.
A
F
S
S
K
R
K
---------I I - - t m A Asp------------------------------=-------------------------I c02 T T T C T T T C T Z A A G A C G T T A G T A T A C A C A T T A C A T A A C C T T G T C A A G G T T A A A T C A T A G G T T T A A A C C C T T T A C G A C T T A A T G 7100 M A H P A Q L GGATCTCAAGACGCAATATCACCTATTATAGAAGAACTCCTACACTTTCACGATCATACTTTAATAATTGTATTCTTAATCAGCACAATAGTACTTTACA 7200 G S Q D A M S P I M E E L L H F H D H T L M I V F L I S T M V L Y I TTATCACATCAATAATAACAACAAAATTAACACACACCAATACTATAAATGCCCAAGAAGTAGMTCATCTGAACTATCCTGCCAGCCATCGTCCTAAT 7300 I T S M M T T K L T H T N T M N A Q E V E I I W T I L P A I V L I 7400
TACCATTGCACTACCTTCACTGCGTGTCCTATACCTAATAGACGTCTGACCCATATTCTATCGCATAGGCCACCTGATACTGAACC
T
I
A
L
P
S
L
R
V
L
Y
L
M
D
E
I
N
D
P
Y
L
T
I
K
A
M
G
H
Q
W
Y
W
T
T A T G A A T A C A C C G A C T A C G A A A A C C T A G A A T T T G A C T C G T A ~ A T T ~ ~ ~ ~ A T ~ ~ ~ T T A ~ ~ G G G T A ~ T T ~ ~ G A T T7 A50 TT oAGGTTGA~~A~~'
Y
E
Y
T
D
Y
E
N
L
E
F
D
S
Y
M
I
P
T
S
N
L
P
K
G
Y
F
R
L
L
E
V
D
H
R
G C A T A G T A G T C C C A A T A G A A T C T C C A A T C C G A A T A T T ~ A G A C G 7600 C
M
V
V
P
M
E
S
P
I
R
M
L
I
S
A
E
D
V
L
H
S
W
A
M
P
T
L
G
V
K
T
D
A
CATCCCAGGACGATTAAACCAAACAACCTTTACCATTACACGCCCAGGCACCTTTTATACAATGCTCTGTCTGCGGTGCAAACCACAGCTTTTA 7700 I P G R L N -O T T F T I T R P G T F Y G Q C S E I C G A N H S F M -
-
C C A A T C G T A G C A G A A T C A A T C C C P I V A E S I P L K H F E K W S S L M ---__-______-______-----------------I ATPase8 T T A A G T T A G A G A A G A G A A A C A C C C M P Q L N P T
T
M
A
I
T
Y
A
Q
A
P
T
K
T
I
T
T
S
A
T
C
A
A
L
L
Q
T
N
C
N
C
I
~
I
T
Y
I--t-A Lys---------------------A T T A A A A C A C T T C G ~ C C T 7800 T L S *
G C C T C T C C T T A G T G ~ T T A C 7900 A V P W L S I L L I T W L T Y I AT P a s e 6 C A C A T C A C T T T T A C 8000 ~ C
N
H
K
C
L
N
T
N
S
W
N
W
P
W T M N
C T A A C A C T C T T C G A C C A A T T C T T A A G C C C A C A A A T A C T A G G A ~ T ~ T ~ A ~ T T ~ A ~ T A G ~ ~ A ~ ~ A ~ ~ A T A 8100 ~~TT~T~ATGA~~TA~
*
L
T
L
F
D
Q
F
Gambar 3.3. Lanjutan.
L
S
P
Q
M
L
G
L
S
L
M
T
L
A
T
T
M
P
S
M
T
W
P
T
Q
N
N
A T C G A T G A C T T A A C A A C C G C C T T T C A A C C C T A C A A T C A T G ~ A A ~ ~ ~ A T A T A A T T A ~ ~ ~ T T A ~ T A ~ ~ T ~8200 A~~~TGGA~ATTG
R
W
L
N
N
R
L
S
T
L
Q
S
W
T
T
H
M
I
T
K
Q
L
M
L
P
I
S
K
P
G
H
K
W
ATCTGTTATACTAGTATCATTAATGATTTTCCTACTAACTATTAATCTATTAGGCCTACTACCATATACATTCACACCAACTACACAACTATCAATAAAT 8300
S
V
M
L
V
S
L
M
I
F
L
L
T
I
N
L
L
G
L
L
P
Y
T
F
T
P
T
T
Q
L
S
M
N
ATAGCATTAGCTGTACCCCTATGACTAAGCACCGTACTTACAGGATTACGCTCAACCAACTCACTAGGACATCTACTACCAGGGCACCCA 8400 M
A
L
A
V
P
L
W
L
S
T
V
L
T
G
L
R
N
Q
P
T
K
S
L
G
H
L
L
P
E
G
T
P
T
8500
CCCTTCTCATTCCAACCTTAATTATCATTGAAACTATTAGCCTTTTCCGACTGCCAGGCGTACGCCTCGCCCCTCAGCTGGACA
L
L
I
P
T
L
I
I
I
E
T
I
S
L
L
I
R
P
L
A
L
G
V
R
L
T
A
N
L
T
A
G
H
TCTATTAATCCAATTAGTATCCACCACCACTATC~PCCCTAATATTTACATCACC~CACTATCCATATTAACCTCAATCACACTTCTACTGTTAACACTA 8600 L L I Q L V S T T T I T L M F T S P T L S M L T S I T L L L L T L COIII T T A G A A T T A G C T G T T G C A C T A A T C C A A G C A T A T G T A T T C G C A C C T G C C T C G C G T C T A A T G G C C C A C C C A C A C G C C T A 8700
L
E
L
A
V
A
L
I
Q
A
Y
V
F
A
L
L
L
S
L
Y
L
Q
E
N
V
*
M
A
H
Q
T
H
A
Y
C C A C A T A G T A G A T C C A A G C C C G T G A C C C C T G A C C G G A G C A C A 8800 H M V D P S P W P L T G A T A A L L L T S G L A M W F H Y N S M T TTAATAACCTTAGGTTTATTAACTACACTCCTTACAATAGTACAGTGATGACGAGATATTGTACGAGAAAGCACATTTCAAGGACACCATACTACACCAG 8900 L M T L G L L T T L L T M V Q W W R D I V R E S T F Q G H H T T P V
9000
TACAAAAAGGCCTACGATATGGAATAATCCTATTCATTACATCGTTTTCTCCATTGGCTTCTTTTGAGCCTTCTACCACTCCAGTCTCGCCCC
Q
K
G
L
R
Y
G
M
I
L
F
I
T
S
E
I
F
F
F
I
G
F
F
W
A
F
Y
H
S
S
L
A
P 9100
A A C C C C A G A A C T A G G A G G A A T C T G A C C A C C A A C A G G C C A G T A C T C T A G C C T C A G G G
T
P
E
L
G
G
I
W
P
P
T
G
I
C
P
L
N
P
F
E
V
P
L
L
N
T
A
V
L
L
A
S
G
G T A A C T A T C A C C T G A G C T C A C C A T A G C C T A A T A A C A G C C A 9200 V
T
I
T
W
A
H
H
S
L
M
T
A
N
R
N
Q
S
I
Q
A
L
T
I
T
A
M
L
G
L
Y
F
T
T C C T A C A A G C C A T A G A A T A C T A C G A A G C A C C A T T C A C C T G T
L
Q
A
M
E
Y
Gambar 3.3. Lanjutan.
Y
E
A
P
F
T
I
P
D
G
V
Y
G
S
T
F
F
V
A
T
G
F
H
G
L
H
V
I
9300
AATTATTGGCTCAACATTCCTAATAGTGTGCCTATTACGACTGATCAAATTCCACTTCACCACCTCCCACCACTTCGGTTTCGAAGCTGCCGCCTGATAT 9400 l I G S T F L M V C L L R L I K F H F T T S H H F G F E A A A W Y I--tRNA G~y-____----_-------__--___--_ TGACACTTCGTAGATGTTGTATGATTGTTCCTATATATCTCTATCTACTGATGAGGCTCATACTTTTCTATAACTAGTATTGACTTCCAATCAT 9500
W
H
F
V
D
V
V
W
T
C
A
L
F
L
Y
I
S
I
_-_________-___-----_---__-I ND3
T
C
A
G
T
T
A
T
T
A
M
A
N
C
C
T
Y
C
T
T
W
T
G
S
L
W
G
A
A
T
S
G
T
*
A
A
M
A
A
L
A
G
T
I
I
S
A
A
T
T
G
T
A
L
A
I
L
T
A
L
N
C
C 9600 A
~
G
Q
ACTAGCAATAATAAAACTAAATACCGAAAAATTATCCCCATACGTGCGGATTTGACCCATTAAAGACCGACGCTACCATTTTCTCCGTTCTTCCTA
L
A
M
M
K
L
N
T
E
K
L
S
P
Y
E
C
G
F
D
P
L
K
T
D
A
T
I
F
N
P
F
F
9700
L
GTAGCAATCCTATTCCTATTATTCGACCTAGAAATCGCACTCCTACTACCCCTCCCATGAGCCACCCAACTCACTACACCCACCCGCACCCTTACATGAA 9800 V A I L F L L F D L E I A L L L P L P W A T Q L T T P T R T L T W T
I--tRNA Arg_---_--------CCACTATTATCTTGCTCCTCCTAACATTCGGCTTTGTCTACGAATGAATTCAAGGAGGATTAGAATGAGCAGAATGGGTAACTAATTTAAACCAAAATAG 9 900 T I I L L L L T F G F V Y E W I Q G G L E W A E * ________-___________---__----_---_--_----__I ND4L CTAATTTCGACTTAGCCAACCATGAGTGACAAACATGGTTACCCCTATGACACCACTACATTTCAGTTACTTTATCACATTTACCATTAGCATAACAGGT10000 M T P L H F S Y F I T F T I S M T G
TTTATACTCCACCGAACTTCCCTAATCTCAACCCTACTATGccTGGAAAcTATAATATTATcAcTGTTcATTGccATATcAcTATATccATTcAcTc 10100 F
M
L
H
R
T
S
L
I
S
T
L
L
C
L
E
T
M
M
L
S
L
F
I
A
M
S
L
Y
P
F
T
Q
T
CTACATCATTTATATTAGGCCCCAATACTAATTTATCATTcTcTGcATGcGAAGccAGccTGGGTTTATccTTATTAGTAGcATcATcAcGAAcAcAc10200 T S F M L G P N T N L S F S A C E A S L G L S L L V A S S R T H N ND4 CCCAAACAACCTACAAAACCTTAACCTCCTACAATGCTGGGAATTATTATTCCAACAATCATACTAATTCCTACCGCCACAATATCCAAACCAACACACA 10300 P N N L Q N L N L L Q C * M L G I I I P T I M L I P T A T M S K P T H M TAT GATA CTCCA CATTAATCCATACGATGCTTATTTCACTATTGCTTACAACTACTCAATCCCTCATTACAACCCTATCTTCTCGTCAT 10400
W
Y
S
T
L
I
H
T
M
L
I
S
L
L
S
L
Q
L
L
N
P
S
L
Q
P
T
M
N
F
S
S
H
N
CCTAGCAACAGACCAAATATCAACACCACTAATTATTCTATCATGCTGACTTACTCCACTAATAATCCTAGCTAGCCAAAACCATATATCAATAGAACCC
L
A
T
D
Q
M
S
Gambar 3.3. Lanjutan.
T
P
L
I
I
L
S
C
W
L
T
P
L
M
I
L
A
S
Q
N
H
M
S
M
E
10500
P (D
TTACCACGAAAACGAACCTTCATTATTACCATAGTCATTCTTCAAACACACTTCACCATTCTCAACCACAGACCTTTATTTTTTATTTTTT 10600 L P R K R T F I I T M V I L Q T L L I T T F S T T D L M M F F I F F
TCGAAGCCACACTTATCCCAACACTAATAATAATCACACGCTGAGGAAACCAAATAGAACGCCTAAATGCTGGAACCTATTTCCTATTTTATACACTTAT 10700 E A T L I P T L M M I T R W G N Q M E R L N A G T Y F L F Y T L M ATGATCACTACCCCTACTAATTGCTTTACTATCACTACATTATAACATCTCACTATTCATCCCCACAATACCTCCCCCAACAATAACC W S L P L L I A L L S L H Y N M N S L F I P T M Q L K P P T M T N
10800
A C A T G A A C C A A C T C A A T A T G A T T A C T A G C C G T A C T A A C T G C C C T C T C T C C G C A C A T G T C G 10900
T
W
T
N
S
M
W
L
L
A
V
L
T
A
F
T
Q
S
M
P
L
Y
G
L
H
L
W
L
P
K
A
H
V
E
TCATCCGTAAGCCACATAGGCCTAGTAACCGCCGCAACATTAACACCAGTGAGCTTACACCGGAGCTATCACCCTTATTCGCCCACGGTTTAA 11200
S C
S A
S
V
S
H
T
C
A
S
M
L
M T
G
C
F
C
C
L A
L
V T
A
T
A
A
T
N
M
A T
T
A
N
L
T
Y
T
E
T C
R
Q
T
E
T
G
T
I
H
S
W
T
A
T
R
A
T
Y G
L
T C
L
G
A
I
C
A
A
L
T
Q
T
C
L
A
N
M
T
M
A
Q
I A
L
A A
L
H
G
L
C
T
A
L
P
L
T
C
G 11300 ~
M
A G G C A C A T G A T G A C T A C T A G C C A G C C T A A C C A A C A T A G C T C T A C C A C C C C A T T T C T C A T G G G T T C C A T T A T C A C C T C A T T T T C T G A 11400
G
T
W
W
L
L
A
S
L
T
N
M
A
L
P
P
T
I
N
L
M
G
E
L
T
I
I
T
S
L
I
N
W
TCGAACACCACAATTATTATCACTGGGTTAGGAACCCTAATTACCGCCATTTACACCCTGCACATATTTTCCTCAACCCAATGAGGAGAACTACCACAAC 11500 S N T T I I I T G L G T L I T A I Y T L H M F S S T Q W G E L P Q H ACATCAAAACAACCGCACCATCACACACACGCGAACACCTTACTATAACTCTACATACACTACCAATAATACTCCTAATAATAAAACCAGAGTTGATCTG11600 I K T T A P S H T R E H L T M T L H T L P M M L L M M K P E L I W I--~-RNA ~i~----------------------------------------------------------I I--tRNA Ser AGY AGGCCCATTATACTGTTCATATAGTTTAAAGTCAACAAATTAGACTGTGGCTCTWTAGAGGTTTAAACCCCCTTATAAACCGAGAAAGTAACAATA 11700
G
P
L
Y
.
Gambar 3.3. Lanjutan.
........................................
Leu CUN--------------------------------------11800
GAAACTGCTAATTCCTATTTCCTGAGATTGATTTCACAGCTTTCCGCTTCGGATAGTAGTAATCCTGGTTTTAGGCCACCCTCTCGGTG
----------------- I ND5 CAACTCCAAGTGAAAGTAATGACAACAATTTTTAACTCAACATTTCTACTAGGAC'i'CACAATTCTCACATTCCCACTTATTAGCCCACCTTTAAATATAA 11900 M T T I F N S T F L L G L T I L T F P L I S P P L N M K
GAGTTCACCCAATGATACATAACCTCAGACCCTTGTATCACTTCTTCAAATATCTATTGACCTTCCTAATTGCTATAATCACTAGTCACCGCCA
E
F
T
Q
W
Y
M
T
S
D
P
C
I
T
K
F
F
K
Y
L
L
T
F
L
I
A
M
M
T
L
V
T
A
ACAACATATTCCAATTCTTCATTGGATGAGAAGGGGTTGGTCCCCTATCGGCGCCTTAGCCTGCTCATCAGC
N
M
F
Q
F
F
I
G
W
E
G
V
G
I
M
S
F
M
L
I
G
W
W
H
S
R
L
E
A
C
S
12200
N
S
12300
A
C C T G C A A G C C A T C A T C T A C A A C C G C A C A G G C G A T A T C G G A C G A A G C G C T C C T C T C A T G A G A A C T A C A A C A A A T C 12400
L
Q
A
I
I
Y
N
R
T
G
D
I
G
L
I
L
S
M
A
W
M
S
M
N
L
N
S
W
E
L
Q
Q
I
TTCTCCTACACCAACCCAACCCCACTATTACCCCTATTGAGCCTCATCCTTGCAGCAACTGGGAAATCAGCCCTTTGGGCTCCACCCACGACTACCAG 12500 F S Y T N P T P L L P L L S L I L A A T G K S A Q F G L H P R L P A
CAGCAATAGAAGGCCCCACTCCGGTCTCAGCCTTACTTCACTCCAGCACAATAGTTGTAGCAGGAATTTTCCTACTCATCCGCCCACCCTACTTTC 12600 A M E G P T P V S A L L H S S T M V V A G I F L L I R T H P M L S C A C A A A T A A C A C A G C C C T C T C A G T A T G C C T A T G C A T A G G G T T C A T T A A C C A C A T A T T C A C A G C T A C G T G C G C C A T C A C T C T G A C A T C T C 12700
T
N
N
T
A
L
S
V
C
L
C
M
G
F
I
N
H
M
F
T
A
T
C
A
I
T
Q
N
D
I
K
K
I
ATTGCCTTCTCCACATCCAGCCAGCTAGGCCTAATAATAGTAGCTGGCTCCCCCCTCGCCTTCCTCCATCTCCATACACGCCTTCT 12800 I
A
F
S
T
S
S
Q
L
G
L
M
M
V
A
I
G
L
N
Q
P
Q
L
A
F
L
H
I
S
M
H
A
F
F
T C A A A G C A A T A T T A T T C T T A T G C G C A G G A T C A A T C A T C C A T C T C G T A G G G G A C T G C A T A A A C C C C T A C C T 12900
K
A
M
L
F
L
Gambar 3.3. Lanjutan.
C
A
G
S
I
I
H
N
L
N
N
E
Q
D
I
R
K
M
G
G
L
H
K
P
L
P
I
CACCTCCTCATGCCTTACAATTGGTACCCTAGCTTTATCAGGCATACCATTCCTAACAGGATTCTACTCGACATCATCATTGCATGCACA 13000 T S S C L T I G T L A L S G M P F L T G F Y S K D I I I E T M N T
TCCTATATAAACGCCTGAGCCCTGCTCCTAACATTAACTGCAACCTCCTTAACCGCAGCCTATAGCCTACGAATAACAATTTTAGTTCAAATAGGGCC9AC 13100 S Y M N A W A L L L T L T A T S L T A A Y S L R M T I L V Q M G Q P CACGATTCCAACCAATACCCAC~TCAACGAAAATCACCCTACAACAATTAACCCAATTACCCGTTTAGCAATAGGAAGCATCATTGCAGGACTACTAAT 13200 R F Q P M P T I N E N H P T T I N P I T R L A M G S I I A G L L I CTCATTAAATACAGCCCCAATWCACCACAAATAACCATACCAAACCACATAACATCAGCATTAACCATAACAATTCTAGGGTTAATCCTAGCT S L N T A P M K T P Q M T M P N H M K T S A L T M T I L G L I L A
13300
ATAGAACTTATCACAATAACAAAC~CTACAAAACCATCAAAACCCCACACCTTCTCAAACCTACTAATATACTTTAACATCCTAATCCACCGCATAT
M
E
L
I
T
M
T
N
K
T
T
K
P
S
K
P
H
T
F
S
N
L
L
M
Y
F
N
I
L
I
H
R
M
13400
S
C A A C A C T A C T A A A C C T A A A A T T T A G C C A A A A T A C T G C A A C T C C 13500
T
Q I A A C A A A C C T T A T T A C A A C A A C A T C A A C A C A G A A A G G G C T A A G T N L I T T T S T Q K G L I K F Y F T S F L L S I T M L L T I * S
L
R
L
I
N
A
L
G
K
C
F
V
S
L
Q
G
N
R
T
V
A
L
T
D
H
L
L
V
T
V
E
F
L
L
I
T
W
L
Y
L
G
L
N
G
M
W
G
G
P
V
K
V
W
F
L
F
T
M
K
V
*
S
C
G
13600
Y
AACGAATCGCCCCACAAACTAAACCTCGAACTAAATCTAAAACAACAAACAACGTCAACAACAAACCCCAACCAACAAC~CATTACACCCC 13700
Y
Y
F
W
S
V
G
V
Y
D
V
R
V
S
F
L
G
D
A
D
V
V
V
D
G
Y
G
E
L
S
W
V
S
ATAATAAAACCATGATACCCC~ATAATCAACACGTACACTCCCATGCATCCACCACAACATCCCCATACCCCTCTAAACCCACACACTA13800
F C F M A A G I V L L V Y G V M C F L D G Y S R W A S P Y P D G T A A A C A A A A C A T A G C C G C A C C A A T A A C C A A C A A A A C A T A G C C C T A T A C T T C C C C A T A A C T T C G C C G C T G G G A T A G G G A T C T C C G T C A 13900
L
A
V
S
Y
A
F
V
V
L
M
G
G
L
Y
I
L
F
L
V
L
S
I
F
S
G
G
L
G
V
L
M
L
S
AAGCTACAGAATAAGCWCCACTAACATACCCCCCAAATAAATTAAAAACAACACTAAAGAAATAAACGACCCACCCAATCCAACCAACATTAAACT
G
F
V
A
G
F
V
L
G
V
V
G
Y
Y
P
S
P
G
S
A
V
G
V
V
W
F
I
F
C
V
E
F
14000
L
T C C A A A T A C C G C C C C A A A C A C C A A A C C A A C A A C C C C G T A A 14100
Gambar 3.3. Lanjutan.
F
M
F
F
ND6 V
M
CytB 14200
AATATAAAAIlACACCATTTCCGCTCGGACTCTAACCAAGACCAATGATTTGWCCACCGTTGTATTCAACTACAAAAACCCAATGGCCACCAACCTA I---______-____-__------_-----_----_--------------------tRNA Glu--1 M A T N L
G C A C C T G C C T A G C C C T A C A A A T C A T C A C A G G G T T A T T C C T A G C T C T C T C C A C T C C A A C A C C C A C A T T A C C C G 14400
T
C
L
A
L
Q
I
I
T
G
L
F
L
A
M
H
Y
S
P
N
I
S
T
A
F
S
S
I
T
H
I
T
R
A G A C G T A C A A T A C G G C T G A C T A A T C C G C A A C A T A C A T G C C ~ ~ G G A G ~ ~ T ~ T A T T ~ T T A T ~ A T A T T A ~ A T G G A ~ G A G G14500 ~ATATA~TA~
D
V
G
G
G
S
Q C
Y T
Y
G
C
L
W
A
Y
T
K
L A
Q
I C
T
R
N
C
T
W
N
M T
H T
T
A
A
G
N
T
V
A
I
G
A
A
L
S
M
F
A
C
A
A
L
L
L
T
F A
M
M C
A
C
C
I
T
T
G
A
Y A
F
L A
M
H
I
G
R
A
C
A
C
G
Y
V
L
G C
M
G
P
Y
G
W
Y
T
G
G
Q
T 14600 ~
M
TAACGCCACCTTAACACGATTCTTCACCCTACACTTTTTACTCCCATTTATAATCCTAGGCCTCACCATTCCACCTTTTTCTTACACGAAACAGGA 14800 N A T L T R F F T L H F L L P F M I L G L T M I H L I F L H E T G T
S
C
N
A
N
A
A
P
T
M
A
G
A
T
I
N
C
S
C
A
N
A
T
T
D
A
G
G
K
I
P
A
F
A
H
T
C
P
A
Y
A
C
T
F
S
Y
C
A
K
A
D
A
L
C
L
A
C
C
G
F
T
G
A
M
T
M
~
L
T
T 14900 A ~ ~
T
L
TCCTCCTATTAATCACCATATTTTACCCAAACCTACTGGGAGACCCAGACTTTCACACCAGCCAACCCACTATCCACCCCACCACATATTCCAGA15000 L L L I T M F Y P N L L G D P D N F T P A N P L S T P P H I K P E
C C C T T A C T A C A C A C C T C A A A A C A A C G A A C A C T A A C A T T C C G C A C A C T A C T C A T A C G C T C C T A T A C T A C T A A C A T G A A 15200 P
L
L
H
T
S
K
Gambar 3.3. Lanjutan.
Q
R
T
L
T
F
R
P
I
T
Q
T
L
F
W
S
F
T
A
N
L
M
L
L
T
W
I
~
TCGGAGGACAACCCGTAGAAAATCCATTCATCCACATTGGT~~AG~~T~~ATT~T~~A~TT~A~TTTTA~TTGTA~TT 15300 A~~GATAT~~AT
G
G
Q
P
V
E
N
P
F
I
H
I
G
Q
T
A
S
I
L
H
F
T
I
L
L
V
L
M
P
M
S
N
M
I--tmA Thr----------------------------------------------------------1 AATCGAAAACAAAACTACCAACTAATCACTCAAGTAGCTTAAACAGCAAGCATTGGTCTTGTAAACCAAAGATTGAGGTCACTAACCCTCCTGGAGTACA 15400 I
E
N
K
T
T
N
*
I----_--__-----__----------------------------------------
Repeat 1 ***************A""
tRNA Pro--1
A T C A A A A A A A A G G A T T C A A A C C T T C T C C C C C G A T A C C C A A G 15500
repeat 2
repeat 1
repeat 2
repeat 1
A A A A A A A A A A A A A A A A A A h . A A A A A A A A A A A A A A A * * * * * * * * * * * * * ~ * A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A
**************
GATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTTCTCTCCCGCACCCGGGATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTTCTCTCCCGCACCCA
repeat 2
repeat 1
repeat 2
15600
repeat1
A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ * ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~
AAGGGATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTTCTCTCCCGCACCCAAAGGGATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTTCTCTCCCGCA
repeat 2
repeat 1
15700
repeat1
repeat 2
* * * * * A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ ~ ~ ~ ~ ~
CCCAAAGGGATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTCCTCTCCCGCACCCAAAGGGATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTTCTCTCC
repeat 2
repeat 1
15800
repeat 2
* * * * * * * * * A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ ~
CGCACCCAAAGGGATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTTCTCTCCCGCACCCGGGATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTTCT
repeat 1
repeat 2
repeat 1
15900
repeat 2
* * * * * * * * * ~ * * * A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A
CTCCCGCACCCAAAGGGATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTTCTCTCCCGCACCCGGGATAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTT
repeat 1
repeat 2
repeat 1
16000
repeat 2
A A A * * * * * * * * * * * * * ~ * A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A
repeat 1
repeat 2
repeat 1
repeat 2
A A A A A A A * * * * * * * * * * * * * * * A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ A A A A A A A A A A A ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A
TTTTTTTCTCTCCCGCACCCAAAGGGATAGCTACCCCTCTATAGATA~TATATTTTTTT~T~T~~~G~A~~~~GGGATAG~TA~~~~T~TATAGATA~ 16200
cn
Gambar 3.3. Lanjutan.
P
repeat 1
repeat 2
repeat 1
A A A A A A A A A A A * * * * * * ~ * * * * * * * * A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A A ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~
TATATTTTTTCCTCTCCCGCACCCAAAGGGTAGCTACCCCTCTATAGATACTATATTTTTTCCTCTCCCGCACCCAAGAGACACTTGTCCCTTTAATATA
16300
TTGATCTTATAACCAGACATCATTTGCTTACAGGCATATAGTAGCTCTTTTTTTCTTTATTCTCCCATGTGATATCTGCAACTCAATG
16800
CSBl
ACTACAAACCATACCATAAAATTTTAAGCTAAACCCCCCTACCCCCCATTAAACTAGCACTACTCCGCGCAGCATACATTGTCGTCAAACCCCAAAATCC
17000
microsatellite (TA)n GAGACTGACTACACTGATATAACACTAGCATTTTATAAGTCTAAATTAAATCTTTATATATAAACAATATATATATATATATATATTATATATA17100
**** ****
......................
TATATTATAACACATTTTTACCATATAGTACAGCACTCCAAACAAACATAACCACCACACAACACAGCACACACCGTAATATATATTATATTATATTAT 17200 microsatellite (ATATT)n
..............................................................................
ATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTCATCATCCmC
Gambar 3.3. Lanjutan.
17289
Phe
Val
A G-C T-A T-A A-T T-A T-A G C
-
T A C~ TTTG I1+1 AAGC
C
A C
A
T C
A
-
T A T- A C-G
-
-
T
T
GTCC + I I I AAGG
TATG + I I+
A~ A
.T A-T G-C A-T G-C
A~
T -A T A A T C -0 C G
-
-
T A
T
A
A TAGO 1+1 I AACC
A
A
A~ A-T A-T A -- - TG-C A+ C
C
C
T
T-A
1 1 1 1 1
T
AAGAG TA C
A G - C A~ G-C 0-C
1 1 1 1
C
AGCT
T
T
A
T-A T-A G-C G-C G C C
1 1 1 1
A T -A C G T +G G+T A-T
-
A~
C
G T- A A- T G-C G+ T C G A- T A-T
-
T
TTCG
A
AAGC A
C TCGA
Asn
TGTTC I I I I I ACAAG
A
C T
A
A
C CTCCC 1++1 I GTTGG A T
-
A A- T A- T G+ T G+ T C-G T-A T-A
--A TTCTC
A
T
=a
A
T
A~
T
G A- T G-C A-T A- T A-T C-G G
G
T
c
A- T G-C T-A A-T A+C A-T G-C TATCC + I. I. I. I. GTAGG
A
A
AGGGG
Met
A T-A A- T G-C A- T A- T T+ T G+T
C TCTCC I I I I I AGAGG
G
A
~
C
Gln
-
C
A
A
-
T
A
T G- C G C A-T C+ C A- T C G G-C
A
T
G-C
-
A
A~
A- T
C
1 1 1 1 1
G GACG +I I I ATGC
A A
T-A G-C G C C G A- T
A
TGGGA I I I I + ACCCA
TTCG I I I I AAGC
A
c
C C G
T A
A
Ile
A A-T T- A T- A G-C G-C G-C G-C T TCCCC
-
CCTAT 1+1 I I GAATA
A
A C-G A-T A-T A-T A T T-A A-T
A~
G
A T
A A A
T
C
A A CCCG II I+ GGGT
G G
A T
T
G A TACCC I I I I I ATGGG
- T
G
~
T
G C
A
T
T -AT'A T-A T-A A-T G-C
Gambar 3.4 . Runutan nukleotida dan struktur sekunder gen-gen tRNA mtDNA 0. subplana. Pasangan basa baku (G-C dan A-T) ditandai dengan "-", sedangkan pasangan basa yang tidak baku ditandai dengan "+".
T A-T A- T C G C G T+ T T+C G- C
--
T
A-T G- C A- T
T T
TGTGG I I I I +
A
A
A
GTCG + I I + AAGT
T
A
.
T+T T + T A-T G-C G C
-
C
A
G-C A+A C G G-C T-A T
C
A
T A
A
TTTCC I + ! I I ATAGG
TATG + I I I TTAC A
A
A TACA
1 1 1 1
G
T
A A
A
T
A
T A
A~
C
C-G T-A A-T A-T C-G
~
A
A
C C
A A
G
C G-C G-C G-C T-A A- T A- T C-G T
AAT G A-
TCA T
-A -C
A
C
A
A
A
C
-
G C C-G T-A A-T A T
A G
G
T
C~
-
T
C
T
A T
C
G
Gambar 3.4. Lanjutan
T -A T -A C +A A-T T -A A-T T
A TTTG 1+1+ ACAA
G T
C
A
Ser-AGY
G-c
His
GTACA I I I I + CATGA
A TTTA I I I I AAAT
C
T
A
T A A
T
C
C AAGTC I I I I + TTCAA
TATA + I I I GTAT
A~
C
A
T
T
A
.I! T
A
A
G
T-A T-A T-A C-G
C
TCTCC 1 II++ AGAAA G
A
A
T
A
G
A A TCCCC 11+1 I AGAGG A
A
T- A T -A A- T G- C A- T
G A G A A A G
A~
A
A
-
T
C T T
T
A A
T
A - T A - T
C
C
G C T C T T T C
T G A C A C I 1 1 + 1 C T G A G
A
C
T-A T -A
ATCG + I I1 CAGC
T
A ~ A A-T A-T C-G C-G
Arg
A
T~
A+ C G-C
T-
T
A
T CTTCC 1++1 I GGGGG
G A-T C-G
-
A
A A
A T
-
A
A
L ~ s
C
A
-
T
A
A
ATGT
T
A- T G-C A- T
T TCCCC I I I I I AGGGG
G
AcACT
AGTG I I I I TCAC
G G+T A-T G-C A- T A- T A- T G C
Ser-UCN
,+A,
Leu-CUN
-
C-G T-A T-A T-A C-G A-T
TAGG
I I I I
A
T
c
A
GAACC I I + I I CTCGG
A
T
A
T G
T
A C-G A-T A-T A T A-T
-
T T
A
TTCCT +1+1+ GAAGG
A TTTG + I I + GAAT
T
A~
A
G T T
T
OG C-G C G G-C G+ T T-A
-
T
T
Gambar 3.4. Lanjutan
T
C G T~
-
G
GAGCC + ( + I + TTGGT
A GTTG I I I I CAAC G+ T T-A G-C G+T T-A
A
Pro
A
A
T-A G-C G-C T-A T
T
C 'C
ATCC
A A-T C-G T -A C-G A+G A T G C
Thr
A G+T T-A T A T-A T+G T+G G-C
G1u
A
A
I I I I +
A
A C
GAGGT TTA
A
--
T A T A G-C G-C T A
-
A
A CTCCC
TTCG I I I I AAGC
G T
T
A~
C
AAAGT
5235
-A A C C A G G A 5272
Gambar 3.5. Struktur batang dan gelung dari ORL ( titik asal replikasi utas L) mtDNA D. subplana. Nukleotida yang tumpang tindih dengan tRNA Cys dicetak tebal. Nomor nukleotida merujuk pada Gambar 3.3.
A C G C G----C G--- C CGCACCCAAA -- TCTATAGATACTATATTTTT
15541
15586
Gambar 3.6. Struktur batang dan gelung dari dua motif runutan DNA berulang di bagian ujung 5' daerah kontrol mtDNA D. subplana. Bagian gelung terdiri atas motif pertama (dicetak tebal) dan ujung 3' motif kedua, sedangkan bagian batang terdiri atas ujung 5' dari dua unit motif kedua. Nomor nukleotida merujuk pada Gambar 3.3
L-
86
Caiman
1 1
I
loo loo 88
99 88
100
100
68
loo 95 100 -
I
Snake Skink Iguana Chelonia Chrysemys Dogania Pelomedusa Falcon Chicken Kiwi Ostrich Whale Human Platypus Dogfish Xenopus
74
loo loo
100 -
>100
100 -
58 100 -
100 -
3 loo
3 3loo 100
-
Gambar 3.7. Hubungan filogeni antar anggota amniota berdasarkan kombinasi runutan nukleotida dari gen-gen penyandi protein (kecuali gen-gen ND3, ND4L dan ND6), penyandi tRNA (kecuali gelung DHU dan TYC). Pohon filogeni sebelah kiri diperoleh menggunakan metode maksimum parsimoni, sedangkan pohon sebelah kanan menggunakan metode neighborjoining.
fl
Alligator Caiman Snake Whale Platypus
56
Chrysemys Dogania Pelomedusa
loo
I
Kiwi Ostrich Skink Iguana Dogfish Xenopus
Alligator Caiman Snake
Human Chelonia Chrysemys Dogania Pelomedusa
loo 99
99
100
-
100
Ostrich Falcon Skink Iguana Dogfish xenopus
Gambar 3.8. Hubungan filogeni antar anggota amniota berdasarkan runutan asam amino yang ditranslasikan dari gen-gen penyandi protein (kecuali gen-gen ND3, ND4L dan ND6). Pohon filogeni sebelah kiri diperoleh menggunakan metode maksimum parsimoni, sedangkan pohon sebelah kanan menggunakan metode neighborjoining.
