Výzkumné centrum genomiky a proteomiky Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i.
Systém pro sekvenování
Systém pro proteinovou analýzu
Systém pro čipovou analýzu
Automatický sběrač buněk
Systém pro sekvenování a čipovou analýzu
MiSeq
Zařízení pro sekvenování nové generace umožňující velkokapacitní sekvenování nukleových kyselin (DNA, RNA včetně miRNA)
iScan
Přístroj pro čipovou analýzu exprese RNA a methylace DNA na celogenomové úrovni
Cena systému: 10 889 997,- Kč
MiSeq – základní charakteristika Hlavní aplikace: sekvenování/resekvenování malých genomů, amplikonů, vybraných genů, transkriptomu, malých RNA Princip sekvenování: tvorba klastrů amplifikací sekvenovaných fragmentů následováno vlastním sekvenováním na principu syntézy (SBS) Kontrola sekvenační reakce: pomocí aplikace BaseSpace, která umožňuje okamžité nahrávání dat, jejich sdílení a kontrolu systému přes internet Možnosti MiSeq: - kapacita: 0,3 – 15 Gb - čas sekvenování: 5 – 65 hodin - max. délka čtení: 2 x 300 bp - max. čtení na „flow cellu“: 25 milionů
MiSeq – princip sekvenování
Příprava knihovny a tvorba klastrů amplifikací sekvenovaných fragmentů Sekvenováním na principu syntézy (SBS) Mardis, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., 2008, 9:387–402
iScan – základní charakteristika Hlavní aplikace: analýza genové exprese, genotypování, stanovení metylace DNA, cytogenomika Princip: hybridizace fluorescenčně značeného vzorku se sondami vázanými na čipech a následná detekce s využitím laserového paprsku Možnosti a specifikace iScan: - analýza genové exprese: až 48 804 sond/čip - genotypování: více než 4.3 mil. markerů/čip - metylace DNA: více než 485 000 metylovaných míst/čip - rychlost scanování vzorku: v závislosti na čipu 20 sekund – 26 minut - rozlišení pixelů: 0.53 μm - použité lasery: 532 a 658 nm - obrazový výstup: TIFF, nebo JPG
iScan – princip analýzy genové exprese
1.
Izolace RNA
2.
In Vitro Transkripce (RNA → přepis do cDNA, syntéza 2.vlákna cDNA)
3.
Vlákno cDNA → přepis do cRNA + zabudování NTP značených biotinem
4.
Navázání streptavidinu-Cy3 a hybridizace značené cRNA se sondami na čipu
5.
Scanner detekuje signál odpovídající jednotlivým genům míra intenzity signálu = množství dané mRNA
Vliv znečištěného ovzduší na genovou expresi a metylaci DNA
Systém pro proteinovou analýzu
Bio-Plex 200
- Systém pro měření koncentrací proteinů a nukleových kyselin využívající technologie xMAP
Cena systému: 2 400 000,- Kč
Bio-Plex 200 – základní charakteristika Hlavní aplikace: současná analýza až 100 biomolekul (proteinů, nukleových kyselin) v jednom vzorku s využitím 96-jamkových mikrotitračních destiček Princip metody: využívá technologii xMAP – mikroskopické kuličky barevně označené dvěma fluorofory, které umožní identifikaci až 100 různých barevných odstínů. Kuličky jsou pokryty protilátkami proti analyzovaným antigenům, fluorescenční detekce pomocí protilátek konjugovaných s biotinem Výhody: - vysoká citlivost - současné měření mnoha antigenů - minimalizace objemu reagencií - rychlost - náhrada metod ELISA a Western blotting
Automatický sběrač buněk
Harvester96
- Zařízení pro sběr buněk kultivovaných v 96-jamkových mikrotitračních destičkách
Cena systému: 725 111,- Kč
Harvester96 – základní charakteristika Hlavní aplikace: umožňuje sběr vzorků – buněk z 96-jamkových mikrotitračních destiček určených pro provádění funkčních analýz Aplikace zahrnují: - stanovení proliferace buněk - měření cytotoxicity - analýzy vazby receptorů - sběr buněk pro další analýzy - promývání kultur adherentních buněk Výhody: - možnost „high-throuput“ analýz v 96-jamkovém formátu - odběry vzorku zabraňující kontaminaci pracovních ploch - snadná omyvatelnost, čištění ultrazvukem - spolehlivost
Příklad spolupráce v rámci Centra Studium mechanismů reparace poškozené DNA Sekvenování a čipová analýza: Identifikace změn v DNA a stanovení exprese mRNA
Proteinová analýza: Identifikace reparačních proteinů
Analýza funkčních vlastností buněk: Namnožení buněk a provedení funkční reparační analýzy
