ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS

VÍZMIKROBIOLÓGUSOK XI. ORSZÁGOS KONFERENCIÁJA - 2012

ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS – LEHETŐSÉG, VAGY NEHÉZSÉG? MÁRIALIGETI KÁROLY

EÖTVÖS LORÁND TUDOMÁNYEGYETEM, MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK BUDAPEST

1953 JAMES D. WATSON, FRANCIS CRICK: MOLECULAR STRUCTURE OF NUCLEIC ACIDS: A STRUCTURE FOR DEOXYRIBOSE NUCLEIC ACID. NATURE 171, 737-738, 1953. „THIS STRUCTURE HAS NOVEL FEATURES WHICH ARE OF CONSIDERABLE BIOLOGICAL INTEREST.” Oswald T. Avery, Colin M. MacLeod, Maclyn McCarty 1944

Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012

EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM

MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK

1977 F. SANGER, S. NICKLEN, A. R. COULSON: DNA SEQUENCING WITH CHAIN-TERMINATING INHIBITORS. PNAS 74, 5463-5467, 1977. A M MAXAM, W GILBERT: A NEW METHOD FOR SEQUENCING DNA. PNAS 74, 560-564, 1977.




AZ ELSŐ GENERÁCIÓ

1986/87

-

1996/97

APPLIED BIOSYSTEMS / LIFE TECHNOLOGIES

-

PHARMACIA-AMERSHAM /GE HEALTHCARE

LAP/ (384)KAPILLÁRIS GÉLELEKTROFORÉZIS, RADIOAKTÍV/FLUORESZCENS JELÖLÉS 900-1100 OLVASÁSI HOSSZ, 2,88 MBÁZIS/NAP Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



MÓDSZEREK I. MINTAVÉTEL DÚSÍTÁS TÁPTALAJOKON (HÚSKIVONAT-PEPTON TÁPKÖZEG; ENDO-AGAR; EOZIN-METILÉNKÉK TÁPTALAJ; SZITA-FÉLE E-67 TÁPTALAJ; R2A MEDIUM; RAVAN TÁPKÖZEG)

IZOLÁLÁS TISZTA TENYÉSZET TÖRZS Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



MÓDSZEREK II.

MINTA

TELJES DNS

PCR (16S RDNS)

IZOLÁLÁS

KLÓNOZÁS

KLÓNOZÁS ÉS BÁZISSORREND ELEMZÉS

RESTRIKCIÓS EMÉSZTÉS

KLÓNKÖNYVTÁR 16 S RDNS BÁZISSORREND ALAPÚ IDENTIFIKÁCIÓ




MÓDSZEREK III. (WGA/SHOTGUN SEQUENCING, METAGÉN/METAGENOM ELEMZÉS)

GENOMIKA Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



BACTERIA

EREDMÉNYEK I. A TENYÉSZTETT FAJOK SZÁMA AZ EGYES TÖRZSEKBEN (DIVÍZIÓ):

A LEGTÖBB TENYÉSZTETT

10 – 100 FAJ

1 – 10 FAJ

0 FAJ




EREDMÉNYEK II.

PLANKTONIKUS BAKTÉRIUMOK CSAPVÍZBŐL ÉS A DUNA VIZÉBŐL Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



EREDMÉNYEK III. TKE/mL

Minta Megnevezés

Sejtszám/mL

szabványos 22 °C

Szám

oligotróf tápközegen

37 °C

R2A

PYE

M27

RAVAN

Kmegyeri főtelep

2454

207 260

0

0

0,26

0,17

0,46

0,59

Újpalotai gh.

2459

273 123

0

0

1,18

0,80

1,00

1,02

Rákosszentmihályi gh.

2460

181 993

0

0

1,36

0,60

1,12

0,50

Ilonatelepi gh.

2461

251 673

0

0

1,20

0,92

1,16

0,78

Sziget II/13. kút

2462

188 467

0

0

31,25

31,25

0,00

3,00

Sziget II. kgh.

2463

81 177

0

0

33,75

31,25

3,00

14,00

Tahi I/18. kút

2464

7 676

0

0

116,25

47,50

10,00

16,00

Tahi I klórozó injektor

2465

125 837

0

0

95,00

88,75

16,50

116,00

Tahi Y Tótfalui ág

2466

189 989

0

0

32,50

22,50

0,00

2,00

Kisoroszi 1. kút

2469

82 270

0

0

5,00

16,00

0,00

14,00




EREDMÉNYEK III. K

CSAPVÍZ HÁLÓZATI VÉGPONTON

Rákosszentmihályi gépház (2460) baktériumközösségének összetétele három módszer alkalmazásával

Tahi I. klórozó injektorának EVERT KÚTVÍZ(2465) baktériumközösségének összetétele három módszer alkalmazásával 100%

100%

90%

90%

80%

80%

70%

70% 60%

60%

50%

50%

Sphingomonas sp. 40%

40%

30%

30%

20%

20%

10%

Gallionella sp.

Vízi aktinobaktérium

Methylocella palustris

10% 0%

0%

Kklónozás LÓNOZÁS

T-RFLP T-RFLP

Ttenyésztés ENYÉSZTÉS

klónozás KLÓNOZÁS

T-RFLP T-RFLP

KÖZÖSSÉGÖSSZETÉTEL MEGHATÁROZÁSA KLÓNOZÁSSAL, T-RFLP-VEL, TENYÉSZTÉSSEL Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



tenyésztés TENYÉSZTÉS

A MÁSODIK GENERÁCIÓ (ALAPOK: 1985-90, FORGALMAZÁS: 2005-2007)

ROCHE: PIROSZEKVENÁLÁS; (JUNIOR) 35MB/12 ÓRA, HOSSZ: ÁTLAG 400 BÁZIS (99% PONTOSSÁG); 100 000 SHOTGUN Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



ILLUMINA: „SEQUENCING BY SYNTHESIS”; (MISEQ) 120MB-1.5GB/16,5 ÓRA, HOSSZ: ÁTLAG 2*100 BÁZIS; (85% >Q30 PONTOSSÁG) Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



LIFE TECHNOLOGIES: SZEKVENÁLÁS LIGÁLÁSSAL; (SOLID) 100GB/7 NAP, HOSSZ: ÁTLAG 2*50 BÁZIS; (99,9% PONTOSSÁG)




A HARMADIK GENERÁCIÓ (ALAPOK: 1985-, FORGALMAZÁS: 2010-)

LIFE TECHNOLOGIES: „SEQUENCING BY SYNTHESIS+SEMICONDUCTOR”; (ION TORRENT PGM) 10-100MB/27 ÓRA, HOSSZ: ÁTLAG 2*200 BÁZIS (99% PONTOSSÁG) Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



ADATFELDOLGOZÁS I. ELSŐ GENERÁCIÓ NYERS EREDMÉNYEK ELLENŐRZÉSE ILLESZTÉS – ÖSSZERAKÁS ADATBÁZISBAN HOMOLÓGIA KERESÉS („BLASZTOLÁS”), ANNOTÁCIÓ EREDMÉNYEK ÉRTELMEZÉSE: TAXONÓMIA, FILOGENETIKA, GENOMLEÍRÁS…




ADATFELDOLGOZÁS II. ÚJ GENERÁCIÓ METAGENOM CSŐVEZETÉK – PIPELINE - ADATTÖMEG ILLESZTÉS – ÖSSZERAKÁS: GENOM ADATBÁZISOK (~700) - GENOMMÉRET ANNOTÁCIÓ („BLASZTOLÁS”) – GENOM SZINTEN – CLUSTER OF ORTOLOGOUS GENES EREDMÉNYEK ÉRTELMEZÉSE: ÖKOLÓGIA, GENOMLEÍRÁS… ADATBÁZISOK ÉPÍTÉSE (VASON, FELHŐBEN…)




EREDMÉNYEK ‒ GENOMIKA,

METAGENOMIKA, CÉLZOTT METAGENOMIKA

‒ TRANSZKRIPTOMIKA, METATRANSZKRIPTOMIKA ‒ EPIGENOMIKA, METILOMIKA ‒ INTERAKTOMIKA ‒ REZISZTOMIKA, TOXOMIKA ‒ ADAPTÁCIÓS GENOMIKA ‒ KIS RNS VILÁG ‒ SNP, INDEL BIOINFORMATIKA Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



‒ E. COLI O104; H4; STX

‒ VIBRIO CHOLERAE HAITI ‒ STAPHYLOCOCCUS AUREUS MRSA ‒ HPV GENOTIPIZÁLÁS ‒ BACTEROIDES FRAGILIS ENTEROTOXIGÉN (ALPHA-BUG THEORY)




‒ HUMÁN GENOM PROJEKT, 1000 EMBERI GENOM PROJEKT ‒ HUMÁN MIKROBIOM PROJEKT (MÁSODIK EMBERI GENOM PROJEKT) ‒ SZEMÉLYI GENOMIKA, „REAL-TIME” BETEGELLÁTÁS ‒ PUBLIC HEALTH 2.0 ‒ BARCODING THE LIFE

‒ ALTERNATÍV ENERGIAHORDOZÓK

LEHETŐSÉG

-

NEHÉZSÉG

NYITOTT ARHITEKTÚRÁJÚ RENDSZER

BRAVE NEW WORLD Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012



ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS

Recommend Documents