VÍZMIKROBIOLÓGUSOK XI. ORSZÁGOS KONFERENCIÁJA - 2012
ÚJ GENERÁCIÓS SZEKVENÁLÁS – LEHETŐSÉG, VAGY NEHÉZSÉG? MÁRIALIGETI KÁROLY
EÖTVÖS LORÁND TUDOMÁNYEGYETEM, MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK BUDAPEST
1953 JAMES D. WATSON, FRANCIS CRICK: MOLECULAR STRUCTURE OF NUCLEIC ACIDS: A STRUCTURE FOR DEOXYRIBOSE NUCLEIC ACID. NATURE 171, 737-738, 1953. „THIS STRUCTURE HAS NOVEL FEATURES WHICH ARE OF CONSIDERABLE BIOLOGICAL INTEREST.” Oswald T. Avery, Colin M. MacLeod, Maclyn McCarty 1944
Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
1977 F. SANGER, S. NICKLEN, A. R. COULSON: DNA SEQUENCING WITH CHAIN-TERMINATING INHIBITORS. PNAS 74, 5463-5467, 1977. A M MAXAM, W GILBERT: A NEW METHOD FOR SEQUENCING DNA. PNAS 74, 560-564, 1977.
Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
AZ ELSŐ GENERÁCIÓ
1986/87
-
1996/97
APPLIED BIOSYSTEMS / LIFE TECHNOLOGIES
-
PHARMACIA-AMERSHAM /GE HEALTHCARE
LAP/ (384)KAPILLÁRIS GÉLELEKTROFORÉZIS, RADIOAKTÍV/FLUORESZCENS JELÖLÉS 900-1100 OLVASÁSI HOSSZ, 2,88 MBÁZIS/NAP Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
MÓDSZEREK I. MINTAVÉTEL DÚSÍTÁS TÁPTALAJOKON (HÚSKIVONAT-PEPTON TÁPKÖZEG; ENDO-AGAR; EOZIN-METILÉNKÉK TÁPTALAJ; SZITA-FÉLE E-67 TÁPTALAJ; R2A MEDIUM; RAVAN TÁPKÖZEG)
IZOLÁLÁS TISZTA TENYÉSZET TÖRZS Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
MÓDSZEREK II.
MINTA
TELJES DNS
PCR (16S RDNS)
IZOLÁLÁS
KLÓNOZÁS
KLÓNOZÁS ÉS BÁZISSORREND ELEMZÉS
RESTRIKCIÓS EMÉSZTÉS
KLÓNKÖNYVTÁR 16 S RDNS BÁZISSORREND ALAPÚ IDENTIFIKÁCIÓ
Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
MÓDSZEREK III. (WGA/SHOTGUN SEQUENCING, METAGÉN/METAGENOM ELEMZÉS)
GENOMIKA Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
BACTERIA
EREDMÉNYEK I. A TENYÉSZTETT FAJOK SZÁMA AZ EGYES TÖRZSEKBEN (DIVÍZIÓ):
A LEGTÖBB TENYÉSZTETT
10 – 100 FAJ
1 – 10 FAJ
0 FAJ
Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
EREDMÉNYEK II.
PLANKTONIKUS BAKTÉRIUMOK CSAPVÍZBŐL ÉS A DUNA VIZÉBŐL Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
EREDMÉNYEK III. TKE/mL
Minta Megnevezés
Sejtszám/mL
szabványos 22 °C
Szám
oligotróf tápközegen
37 °C
R2A
PYE
M27
RAVAN
Kmegyeri főtelep
2454
207 260
0
0
0,26
0,17
0,46
0,59
Újpalotai gh.
2459
273 123
0
0
1,18
0,80
1,00
1,02
Rákosszentmihályi gh.
2460
181 993
0
0
1,36
0,60
1,12
0,50
Ilonatelepi gh.
2461
251 673
0
0
1,20
0,92
1,16
0,78
Sziget II/13. kút
2462
188 467
0
0
31,25
31,25
0,00
3,00
Sziget II. kgh.
2463
81 177
0
0
33,75
31,25
3,00
14,00
Tahi I/18. kút
2464
7 676
0
0
116,25
47,50
10,00
16,00
Tahi I klórozó injektor
2465
125 837
0
0
95,00
88,75
16,50
116,00
Tahi Y Tótfalui ág
2466
189 989
0
0
32,50
22,50
0,00
2,00
Kisoroszi 1. kút
2469
82 270
0
0
5,00
16,00
0,00
14,00
Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
EREDMÉNYEK III. K
CSAPVÍZ HÁLÓZATI VÉGPONTON
Rákosszentmihályi gépház (2460) baktériumközösségének összetétele három módszer alkalmazásával
Tahi I. klórozó injektorának EVERT KÚTVÍZ(2465) baktériumközösségének összetétele három módszer alkalmazásával 100%
100%
90%
90%
80%
80%
70%
70% 60%
60%
50%
50%
Sphingomonas sp. 40%
40%
30%
30%
20%
20%
10%
Gallionella sp.
Vízi aktinobaktérium
Methylocella palustris
10% 0%
0%
Kklónozás LÓNOZÁS
T-RFLP T-RFLP
Ttenyésztés ENYÉSZTÉS
klónozás KLÓNOZÁS
T-RFLP T-RFLP
KÖZÖSSÉGÖSSZETÉTEL MEGHATÁROZÁSA KLÓNOZÁSSAL, T-RFLP-VEL, TENYÉSZTÉSSEL Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
tenyésztés TENYÉSZTÉS
A MÁSODIK GENERÁCIÓ (ALAPOK: 1985-90, FORGALMAZÁS: 2005-2007)
ROCHE: PIROSZEKVENÁLÁS; (JUNIOR) 35MB/12 ÓRA, HOSSZ: ÁTLAG 400 BÁZIS (99% PONTOSSÁG); 100 000 SHOTGUN Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
ILLUMINA: „SEQUENCING BY SYNTHESIS”; (MISEQ) 120MB-1.5GB/16,5 ÓRA, HOSSZ: ÁTLAG 2*100 BÁZIS; (85% >Q30 PONTOSSÁG) Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
LIFE TECHNOLOGIES: SZEKVENÁLÁS LIGÁLÁSSAL; (SOLID) 100GB/7 NAP, HOSSZ: ÁTLAG 2*50 BÁZIS; (99,9% PONTOSSÁG)
Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
A HARMADIK GENERÁCIÓ (ALAPOK: 1985-, FORGALMAZÁS: 2010-)
LIFE TECHNOLOGIES: „SEQUENCING BY SYNTHESIS+SEMICONDUCTOR”; (ION TORRENT PGM) 10-100MB/27 ÓRA, HOSSZ: ÁTLAG 2*200 BÁZIS (99% PONTOSSÁG) Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
ADATFELDOLGOZÁS I. ELSŐ GENERÁCIÓ NYERS EREDMÉNYEK ELLENŐRZÉSE ILLESZTÉS – ÖSSZERAKÁS ADATBÁZISBAN HOMOLÓGIA KERESÉS („BLASZTOLÁS”), ANNOTÁCIÓ EREDMÉNYEK ÉRTELMEZÉSE: TAXONÓMIA, FILOGENETIKA, GENOMLEÍRÁS…
Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
ADATFELDOLGOZÁS II. ÚJ GENERÁCIÓ METAGENOM CSŐVEZETÉK – PIPELINE - ADATTÖMEG ILLESZTÉS – ÖSSZERAKÁS: GENOM ADATBÁZISOK (~700) - GENOMMÉRET ANNOTÁCIÓ („BLASZTOLÁS”) – GENOM SZINTEN – CLUSTER OF ORTOLOGOUS GENES EREDMÉNYEK ÉRTELMEZÉSE: ÖKOLÓGIA, GENOMLEÍRÁS… ADATBÁZISOK ÉPÍTÉSE (VASON, FELHŐBEN…)
Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
EREDMÉNYEK ‒ GENOMIKA,
METAGENOMIKA, CÉLZOTT METAGENOMIKA
‒ TRANSZKRIPTOMIKA, METATRANSZKRIPTOMIKA ‒ EPIGENOMIKA, METILOMIKA ‒ INTERAKTOMIKA ‒ REZISZTOMIKA, TOXOMIKA ‒ ADAPTÁCIÓS GENOMIKA ‒ KIS RNS VILÁG ‒ SNP, INDEL BIOINFORMATIKA Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
‒ E. COLI O104; H4; STX
‒ VIBRIO CHOLERAE HAITI ‒ STAPHYLOCOCCUS AUREUS MRSA ‒ HPV GENOTIPIZÁLÁS ‒ BACTEROIDES FRAGILIS ENTEROTOXIGÉN (ALPHA-BUG THEORY)
Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK
‒ HUMÁN GENOM PROJEKT, 1000 EMBERI GENOM PROJEKT ‒ HUMÁN MIKROBIOM PROJEKT (MÁSODIK EMBERI GENOM PROJEKT) ‒ SZEMÉLYI GENOMIKA, „REAL-TIME” BETEGELLÁTÁS ‒ PUBLIC HEALTH 2.0 ‒ BARCODING THE LIFE
‒ ALTERNATÍV ENERGIAHORDOZÓK
LEHETŐSÉG
-
NEHÉZSÉG
NYITOTT ARHITEKTÚRÁJÚ RENDSZER
BRAVE NEW WORLD Márialigeti Károly – Vízmikrobiológusok XI. Országos Konferenciája – Budapest – 2012
EÖTVÖS LÓRÁND TUDOMÁNYEGYETEM
MIKROBIOLÓGIAI TANSZÉK