Přírodovědecká fakulta Univerzita J. E. Purkyně v Ústí nad Labem
Studijní opora pro dvouoborové kombinované bakalářské studium CHEMICKÁ INFORMATIKA
RNDr. Nguyễn Thị Thu Hương, Ph.D. Ústí nad Labem 2013
TEMATICKÉ ZAMĚŘENÍ
Vymezení základních pojmů z oboru informatiky Nástroje k psaní vědeckých pojednání Popis dokumentu Toky informací v odborném a vědeckém prostředí Průvodce informačními zdroji Využití počítačů při vyhledávání informací Chemical Abstracts, SciFinder: Hledání podle subjektu, struktury a reakce NIST WebBook Chemie, PubChem, Organic Syntheses Didaktické chemické programy volně dostupné na webu
LITERATURA: ŠILHÁNEK, J. Chemické informatiky. Praha: VŠCHT, 2002. 355 s. ISBN 80-7080-218-9. [online] Dostupné z http://vydavatelstvi.vscht.cz/knihy/uid_isbn-80-7080-465-3/pagesimg/001.html KLÁN, P., MINDL, J., ŠTĚDRÝ, A., RUBEŠOVÁ, E. Chemická informatika, Úvod do používání internetu. Pardubice: FCHT - Univerzita Pardubice, 1999. 260 s. ISBN 80-86238-01-6. http://www.indiana.edu/~cheminfo http://jindrich.org/cicz/lecnt.html
Informace a Informatika I. Informatika jako vědní disciplina • Informační teorie: •matematická informatika, •kybernetika, •některé partie lingvistiky
• Informační technologie: •výpočetní technika (Computer Science): mj. ukládání a vyhledávání informací (Information Storage and Retrieval) - teorie komunikačních systémů, •spojovací technika - teorie signálů, •reprografické techniky
• Informační funkce a služby: •sociální informatika, •knihovnictví a archivnictví - teorie dokumentace, katalogizace ..
Informace a Informatika II. Některé obecné pojmy a aspekty informatiky Znak: je komunikovatelný hmotný prvek označující jinou skutečnost než sebe samu. Význam znaku je usanční. Nejdůležitější soustavy dohodnutých znaků jsou různé abecedy. Kódy a kódování: Tyto pojmy jsou zpravidla spojovány s přenosem informací. Kódy mohou být chápány jako dohodnuté znaky, do kterých jsou převedeny (zakódovány) znaky určitého záznamu informace, jež jsou vhodnější pro realizaci přenosu. Dokument: záznam informací, vyjadřovaných pomocí přirozeného jazyka, resp. jeho písemnou podobou - texty.
Informace a Informatika II. Některé obecné pojmy a aspekty informatiky Signál: fyzikální projev informace různorodé povahy. Nejjednodušší případ je, kdy určitý signál buď je nebo není. A na této představě je definována základní jednotka informace jako 1 bit (odvozeno od výrazu „binary digit“) nejblíže vyšší jednotkou je 1 byte: 1 byte = 8 bitů Tyto jednotky slouží univerzálně ve všech informatických aplikacích. Osm bitů v byte umožňuje zakódovat celou znakovou řadu abecedy, čísel a dalších znaků. 1 běžná stránka textu představuje acc 1,8 kbyte.
Informace a Informatika II. Některé obecné pojmy a aspekty informatiky Termíny související s tzv. sémantickou hodnotou informace: Redundance: nadbytečnost, slouží jako označení pro nadbytečnou informaci, např. opakovanou informaci, která ovšem může být někdy záměrně používána pro snížení pravděpodobnost vzniku chyb při přenosu. Relevance: relevantní informace je nejčastěji chápána jako označení potenciální užitečnosti dané informace ve vztahu k nějakému dotazu, řešení problému nebo nutnosti rozhodnout. Pertinence: pertinentní informace je taková, která přesně odpovídá určitému záměru nebo dotazu, nebo bezprostředně umožňuje přijmout rozhodnutí.
Nástroje k psaní vědeckých pojednání I. Úvod http://web.natur.cuni.cz/analchem/kata/diplomka.pdf
NĚKOLIK DOPORUČENÍ K PSANÍ DIPLOMOVÝCH PRACÍ http://www.typo.cz/informace/download/ucebnice.pdf
Chemistry Fieser, Louis; Fieser, Mary. Style Guide for Chemists; Krieger: Huntington, NY, 1972. Schoenfeld, Robert. The Chemist's English, 3rd ed.; VCH Publishers: Deerfield Beach, FL, 1989. White, Howard J. Reporting Experimental Data: Selected Reprints; ACS: Washington, 1993. The ACS Style Guide: A Manual for Authors and Editors, 2nd ed.; ACS: Washington, 1997.
Nástroje k psaní vědeckých pojednání I. Úvod II. Chemické kreslení a názvoslovné programy Chem&Bio Office od firmy CambridgeSoft ChemDraw od firmy Cambridge ChemDraw ISIS/Draw od firmy MDL ChemSketch od firmy ACDLabs ChemWindow od firmy SoftShell AUTONOM, ACD Name
http://www.acdlabs.com/download/
Kreslení atomů, vazeb a označení H3C
O
O
O
O
+ H3N C* H
H
R
CH3 CH3
+ C* NH3
H
CH3
H
H
R D-aminokyselina
L-aminokyselina
CH3
H
cholesterol
HO
NH2
O
O
6 1N
5
2
4
N7
N
N
N HN
HN
N
8
N 3
N9 H
purin
N purinové báze:
O HO
báze
O H
H
H OH
OH
nukleosid
O
P O
N H
H2N
N
N
N H hypoxanthin
N H
guanin
adenin
O O
P O
O O H
n
báze H
H OH nukleotid (n = 0, 1, 2)
O
OH
O
báze
O H
H
O
OH
OH
P -
O 3´,5´-cyklický nukleotid
Nakreslete strukturní vzorce následujících sloučenin 1) 3-methylbut-1-en 2) 2,3-dibromhexan 3) 2-benzyl-7-fenyl-1-vinylnaftalen 4) 3-fenyl-5-isopropylnon-1-en 5) p-diethylbenzen 6) 3-(but-2-enyl)cyklooktyn 7) 5-(3-methylfenyl)deka-3,6,8-trien-1-yn 8) 2-hydroxypropanová kyselina 9) 1-fenyl-4-tercbutylokt-2-yn 10) 9-benzyl-1,3-divinylantracen 11) o-di(prop-2-enyl)benzen 12) 2-(p-tolyl)cyklohepta-1,3,5-trien 13) 6-(but-2-yl)-3-cyklohexyldec-1-en-4-yn 14) m-ditercbutylbenzen 15) 2-(but-1-enyl)cyklohexa-1,3-dien 16) 1,2-diethynylantracen 17) 3-ethylheptan-3-ol 18) oktanamid 19) benzoylchlorid 20) propananhydrid 21) butanamid 22) propennitril (akrylonitril) 23) ethylacetát 24) butylbenzoát 25) propanoylchlorid 26) laktam kyseliny 5-aminohexanové 27) lakton kyseliny 3-hydroxyheptanové 28) 2-amino-5-(2-chlor-4-hydroxybutyl)-6-methylnonan-1,9-diol
3D kreslení
3D kreslení
Generování stereodeskriptorů, názvů Výpočet sumárních vzorců a molekulových hmotností O
Molecular Formula = C11H14O3S
O S O H3C
CH3 Formula Weight CH2
Composition
= 226.29206 = C(58.38%) H(6.24%) O(21.21%) S(14.17%)
2-methylprop-2-en-1-yl 4-methylbenzenesulfonate
Generujte stereodeskriptory, názvy, sumární vzorce a molekulové hmotnosti následujících sloučenin
Kreslení reakčního schématu
Kresba energetického reakčního diagramu
Kreslení různých orbitalů + H 4
Hybridizace C
C
H C
Vazba H
H H
H
H
H
Prekryv H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
Kreslení aparatur
Jímání plynu nad vodou 0
1 0 2 0 3 0
Jednoduchá destilace
4 0 5 0
Aparatura na titraci
Filtrace za sníženého tlaku
Dokument a jeho popis Popis dokumentu by měl obsahovat následující údaje: • Kdo je autorem (autoři) daného dokumentu, popř. jeho název. • Kde a kdy byl daný dokument zveřejněn (kde je dostupný). • O jaké informace se v daném dokumentu jedná.
Dokument a jeho popis I. Bibliografický popis dokumentů Autor (autoři) dokumentu: Pro účely identifikace dokumentu vždy přebíráme plná a přesná jména v pořadí: příjmení (velkými písmeny) a jména, která lze zkrátit iniciálami. Mezi příjmením a jménem se píše čárka. Je-li autorů více, může se uvést prvé jméno nebo první dvě či tři jména a další lze vynechat a nahradit zkratkou „et al.“ nebo „aj.“ V případě, že autor daného dokumentu není uveden, užívá se označení „anonym“. V případě autora právnické osoby, instituce nebo firmy, jména autorů jsou sumarizována v autorských rejstřících.
Dokument a jeho popis I. Bibliografický popis dokumentů Název dokumentu: uvádí se ve formě, v jaké je uveden v primárním prameni. Dlouhý název nebo podnázev lze zkrátit, pokud to nepůsobí ztrátu podstatných údajů. Všechny vynechané údaje musí být označeny výpustkou v podobě tří teček „…“. Název knihy nebo patentu se tiskne kurzívou. Název zdroje: u časopisů, sborníků, nebo ročenek se uvádí zkratka názvu (kurzívou), číslo ročníku, rok vydání a stránka. Jednotlivé knihy a podobná díla je nutno označit názvem (kurzívou), místem vydání, rokem vydání a pořadím vydání i nakladatelem.
http://www.library.ubc.ca/scieng/coden.html
Dokument a jeho popis I. Bibliografický popis dokumentů Bibliografický popis elektronických dokumentů (monografie, databáze, počítačové programy, el. seriálové publikace (časopisy) el. nástěnky, diskusní fóra a el. zprávy) musí odrážet jejich identitu, nikoliv papírové náhražky. Kromě autora, názvu, vydání a vydavatele se ještě uvádí: Druh nosiče: uvádí se za názvem v hranatých závorkách; např. [on-line], [DVD], [CD-ROM], [disketa 3,5], [magnetická páska] Dostupnost a přístupnost: u on-line dokumentů musí být uvedena přesná lokace.
http://www1.cuni.cz/~brt/bibref/bibref.html
http://www1.cuni.cz/~brt/bibref/bibref.html Časopisy – seriálové publikace, články JECH, Č. Příprava a stabilita supertěžkých prvků. Chem. Listy, 2000, roč. 94, č. 11, s. 983-989. Journal of Technology Education [on-line]. Blacksburg (Va.): Virginia Institut and State University, 1989- [cit. 1995-03-15]. Půlročník. Dostupné na Internetu:
70/1/jte>. ISSN 1045-1064. Knihy KODÍČEK, M., KARPENKO, V. Biofyzikální chemie. 2. přeprac. rozš. vyd. Praha: Academie, 2000. 337 s. ISBN 80-2000-0791-1. Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology [on-line]. 3rd ed. New York: Wiley, 1984 [cit. 1990-01-03]. Dostupné v DIALOG Information Services, Palo Alto (Calif.). WWW stránka SHEMIRAMI, B. Ready to print organizer [online]. 1997, poslední revize 20.1.1998 [cit. 1999-12-05]. Dostupné z http://www.ilap.com/nsn.
Dokument a jeho popis II. Věcný popis dokumentů Abstrakt (anotace): je intelektuálně zpracovaný obsah daného dokumentu do formy stručného výtahu, který by měl co nejvýstižněji popisovat informační obsah celého dokumentu . Pro významové termíny z textu abstraktů se označují jako klíčová slova a jsou sestavovány do rejstříků - KWOC (key Words-Out-of-Contents). Díky obrovské kapacitě pamětí dnešních počítačů spolu s rychlým přístupem k datům lze využit prakticky všech významových termínů dokumentu jako „full text searching“.
Dokument a jeho popis II. Věcný popis dokumentů Mezinárodní desetinné třídění (MDT): M Dewey (1873) 0 Všeobecná díla 1 Filosofie a psychologie 2 Náboženství a teologie 3 Společenské vědy (vědy sociální a právní) 4 (Neobsazená třída) 5 Matematika a vědy přírodní 6 Vědy užité, medicína, technika 7 Umění, sport, hry 8 Literatura, jazykověda a filologie 9 Geografie, dějiny a životopisy
Dokument a jeho popis II. Věcný popis dokumentů Mezinárodní desetinné třídění (MDT): M Dewey (1873) 5 Matematika a vědy přírodní … 53 fyzika 54 chemie, mineralogie 56 Paleontologie 57 Biologie, antropologie ... 6 Vědy užité, medicína, technika … 65 Organizace výroby 66 Chemická technologie 67 Různé průmysly ...
Dokument a jeho popis II. Věcný popis dokumentů Mezinárodní desetinné třídění (MDT): M Dewey (1873) 5
Matematika a vědy přírodní
54
chemie, mineralogie
547
organická chemie
547.5
isocyklické sloučeniny s jedním kruhem
547. 55
benzenové deriváty neobsahující kyslík
547. 551
anilin a jeho deriváty
547. 551.5
deriváty anilinu se substituenty na jádře
547.551.52
anilin-sulfonové kyseliny, kyselina sulfanilová
Blažek, J. Težba a zpracování bitumenu a extra těžké ropy. Chem. Listy, 2007, roč. 101, č. 8, s. 640-648.
KODÍČEK, M., KARPENKO, V. Biofyzikální chemie. Praha: Academie, 2000. 337 s. ISBN 80-2000-0791-1.
Napište bibliografický popis této knihy!
SOBOTKA, J., Zatížení biomasy a půdy některých oblastí Krušných hor některými kontaminami. Diplomová práce. PF UJEP v Ústí nad Labem 2002.
Napište bibliografický popis této diplomové práce!
U1. Napiště citaci nějaké chemické knihy. U2. Vypůjčte si nějakou diplomovou práci. Napište jméno autora, její název a abstrakt. U3. Prohlédněte si článek v nějakém chemickém časopisu. Napište (opište doslova) nějaký příklad bibliografické citace.
Toky informací v odborném a vědeckém prostředí V odborné a vědecké komunikaci jsou informace nejčastěji sdělovány ve formě dokumentů. Dokumenty nejčastěji mají textovou podobu, ale mohou mít podobu grafickou (grafy, fotografie, mikrofotografie, spektra apod.). Nejběžnějším klasifikační hlediskem vědeckých a odborných dokumentů je otázka, zda se jedná o informace sdělované poprvé nebo až zprostředkovaně. Podle toho hovoříme o … primárních dokumentech sekundárních dokumentech terciálních dokumentech.
Toky informací v odborném a vědeckém prostředí I. Typy primárních zdrojů Primární literatura je první místo, kde vědec sdělí v tištěné formě výsledky vědeckého výzkumu: • články ve vědeckých časopisech, • publikované sborníky z konferencí, • technické zprávy, • dizertace nebo diplomové práce • patenty.
Toky informací v odborném a vědeckém prostředí I. Primární zdroje II. Sekundární zdroje Cíl - shrnutí a lepší organizace informací z primární literatury. Časový odstup - několik dnů až několik měsíců. K SEKUNDÁRNÍ LITERATUŘE zařadíme: indexové a abstrahující služby (Chemical Abstracts, Current Contents), báze dat a pod. V závislosti na druhu úsilí vynaloženého na jejich kompilaci, vyžadují sekundární díla rozdílné množství času pro přeskupení nových údajů. Typicky lze najít odkazy na nové údaje po objevení se primární práce: •v indexujících zdrojích: několik dnů až několik týdnů •v abstrahujících zdrojích: dva až devět měsíců, nebo více
Toky informací v odborném a vědeckém prostředí I. Primární zdroje II. Sekundární zdroje III. Terciální zdroje Cíl - zpracovat informace za různým účelem, zpracované informace jsou zpravidla zhuštěné a zpřehledněné. Jsou sem zahrnovány především takové dokumenty, které přinášejí vyhodnocené informace o primárních nebo senkundárních zdrojích: předhledné články (review), příručky, encyklopedie, odborné slovníky, monografie, knihy, učebnice.
Toky informací v odborném a vědeckém prostředí I. Primární zdroje II. Sekundární zdroje III. Terciální zdroje IV. Zdroje přístupné pomocí počítače - databáze •BIBLIOGRAFICKÉ - poskytují bibliografii dokumentů, případně s abstrakty. Bibliografické databáze hlavně dávají odkazy na primární publikace, který teprve obsahují fakta. •NEBIBLIOGRAFICKÉ - číselné, textové, slovníky, databáze adresářů. Nazývají se někdy faktografické nebo zdrojové databáze. Např. CD-ROM verse primárních časopisů nebo WWW verse primárních časopisů. Internet, obzvláště aplikace založené na World-Wide Web, urychlují tvorbu "full-text" databází (tj. obsahujících plný text článků) a smazávají rozdíl mezi abstrahujícími/indexovými databázemi a primárními časopisy.
Science Direct – manuál V databázi jsou zpřístupněny elektronické verze vybraných elektronických časopisů a monografií z nakladatelství Elsevier Science. Oborově jde především o tituly z oblasti medicíny, přírodních věd, výpočetní techniky, ekonomie, psychologie a sociálních věd. Databáze je přístupná přes: http://www.sciencedirect.com/
Základní kroky práce s databázemi: Operace
Anglický termín
Prohlížení obsah polí
BROWSE
Formulace dotazu
SEARCH
Zobrazení nebo uložení výsledků
DISPLAY, SAVE
Zefektivnit listování seznamem je možné prostřednictvím menu, kde můžete zvolit zobrazení dokumentů podle abecedního pořádku, podle oborů nebo podle oblíbenosti.
V seznamu se Vám zobrazí všechny dokumenty – podle ikony klíče (zelený klíč=plné texty, šedivý klíč=pouze abstrakty) poznáte, kam máme přístup.
Ve sloupci Content type se Vám zobrazí, o jaký typ dokumentu se jedná.
Sloupec Articles in press nabízí informace o textech, které jsou právě v tisku (přístup dle licenčních podmínek)
V základním vyhledávání je možné vyhledávat dle slov z názvu, abstraktu, jména autora, názvu časopisu/knihy apod.
Pokročilé vyhledávání Zobrazíte kliknutím na Search.
Zde se nabízí možnost zadávání hledaných výrazů do dvou polí, přičemž jejich typ upřesníte pomocí rozbalovacího menu.
Hledání můžete zúžit na hledání buď jen v časopisech, nebo jen v knihách.
Pokud jste si označili své oblíbené zdroje (ukážeme si později), můžete výběr zúžit na hledání ve Vámi vybraných zdrojích.
Hledání lze zúžit také podle oboru.
Zúžení dle časového rozmezí.
Preview stručná charakteristika článku (abstrakt, obsah, obrázky, tabulky apod.) Plný text zobrazíte kliknutím na ikonu PDF. Pomocí odkazu Related articles se Vám vygeneruje seznam citací textů, které jsou tematicky příbuzné.
Označené citace je pak možné poslat na zadaný email nebo exportovat do referenčního manažera.
Průvodci chemickými informačními zdroji a databázemi Úvod Pojednání, která vám pomáhají rozhodnout, jakou sekundární nebo primární literaturu použít, nebo jak tuto literaturu používat se nazývají Průvodci (Guides). Průvodci jsou dostupné ve formě • knih, • adresářů databází, • adresářů zdrojů na Internetu, • "how-to" manuálů, • v jiných formátech, např. online nápovědné soubory.
Průvodci chemickými informačními zdroji a databázemi I. DATABASE SUMMARY SHEETS: II. PRŮVODCI DATABÁZEMI a ONLINE NÁSTROJE pro výběr databáze.
http://www.ujep.cz/ujep/vnitrninove/informatika/obsah.htm
STRATEGIE VYHLEDÁVÁNÍ 1. identifikace hlavního cíle a ostatních parametrů pro vyhledávání (časové období, typy dokumentů, jež mají být vyhledány, příp. jiné faktory, jako jak rychle je třeba najít odpověď), 2. napsání seznamu termínů a jiných vyhledávacích klíčů, které se použijí (např. chemické struktury, jména autorů, jména sloučenin atd.), 3. rozhodnutí, které zdroje by pravděpodně obsahovaly odpovědi 4. prohledávání tištěných prací nebo databází, dokud nenajdete odpověd nebo dokud nezjistíte, že žádnou odpověď nelze v dostupných zdrojích nalézt.
Vyhledávání informace v databázi Jedná se o zadání dotazu zda určitý prvek, heslo, znak číslo apod. v dané databázi existuje nebo nikoliv. Dotaz je porovnáván s rejstříky, a odpověď je číslo udávající počet relevantních odpovědí na náš dotaz. Při formulaci dotazu a jeho ladění jsou používány logické operátory, proximitní operátory, a rozšiřování termínů (angl. „truncation“).
ISI WEB OF SCIENCE Obsahuje především bibliografické údaje a abstrakty článků cca 8 000 vědeckých a odborných časopisů z oblasti přírodních a společenských věd od roku 1945 do současnosti. U některých článků je možnost zobrazení jejich plných textů.
Search – základní vyhledávání Cited Reference Search – nabízí možnost vyhledávat články, které byly citovány. Vedle základního vyhledávání můžete samozřejmě použít i Advanced Search, tj. pokročilé vyhledávání. (vyhledávání v Cited Reference Search a Advanced Search se řídí stejnými principy, jako základní vyhledávání) Odkaz Search History umožňuje zobrazení historie vašeho vyhledávání. Marked List nabízí seznam bibliografických citací článků, které jste si během vyhledávání označili.
Při formulaci dotazu a jeho ladění můžete používat logické operátory U každého pole je rozbalovací menu, v němž upřesníte typ dotazu. V případě potřeby můžete přidat další vyhledávací pole.
nastavení hledání podle datace, či typu databáze.
Správný výraz (tak jak je uveden v databázi) můžeme vyhledat pomocí rejstříku.
Zadáte jméno, např. Boublik a kliknete na Move To.
Kliknutím na ikonku Add zkopírujeme jméno do pole, do nějž můžeme přidat další autory nebo naše listování ukončit.
Všimněte si, že se Vám do pole pro přenos zkopírovalo Vámi vybrané jméno. Nyní klikněte na OK.
Jméno se Vám zkopírovalo do příslušného pole. Pokud zadáte volitelné limity, můžete kliknout na tlačítko SEARCH.
V databázi byly vyhledány citace článků podle námi zvolených parametrů u nichž nalezneme základní informace – název článku, údaje o autorech, údaje o periodiku, údaje o počtu citací (tj. kolikrát byl daný článek citován jinými autory) Články můžeme zařadit podle datace, citovanosti apod.
Články, které Vás nějakým způsobem zaujaly a chcete si je uložit, poslat na email vytisknout apod., je nutno ručně označit.
Zobrazení konkrétního výsledku: Seznam autorů, pokud jich je více, zobrazí se první tři jména. Počet textů, které text citovaly. Počet referencí udává počet článků, které byly v našem textu citovány. Abstrakt
Chemical Abstracts I. Úvod, historie a Chemical Abstrcts Service
Pod pojmem Chemical Abstracts je v chemii všeobecně chápán nejdůležitější a nejpopulárnější referátový časopis s tímto názvem. Zpracovatel a vydavatel – Americká chemická společnost zahájila jeho vydávání v r. 1907. Zpracovatelská instituce Chemical Abstracts Service (CAS) má více než 1200 zaměstnanců a pracuje s ročním rozpočtem kolem 40 miliónů dolarů.
CAS se snaží zásadně zachytit a zpracovat veškeré relevantní informace z celého světa a to vyčerpávajícím, nikoliv výběrovým způsobem. Princip: individuální, „ruční“, intelektuální zpracování Sekundární informace sestávající z následujících částí: Bibliografická citace: jména autorů, název zdroje, zkratka časopisu nebo číslo patentu, ročník, rok vydání, jazyk originálu… Text abstraktu: převzat s případnou úpravou původní, jsou označena klíčová slova. Soubor rejstříkových hesel: vytvořen jak ze slov v názvu a abstraktu, tak i pomocí souboru dohodnutých termínů. Soubor všech chemických sloučenin: sumární vzorce, strukturní vzorce, synonyma, registrační číslo (nalezené nebo nově přidělené).
Tyto informace jsou dostupné jak formou tištěných zpráv, tak i formou elektronickou, zpřístupňovanou jednak v sítích a jednak na vysokokapacitních paměťových mediích.
Nejpřesnější identifikací každé sloučeniny je její prostorový model, a lze vyjádřit každou molekulu strukturním vzorcem. Strukturní vzorce ale vůbec nejsou použitelné k vytváření rejstříků. Proto byl vytvořen tzv. registrační systém. Každá nová sloučenina, se kterou se referátový systém CA setkává poprvé, dostává přiděleno tzv. „Registry Number“, což je v podstatě pořadové číslo doplněné číslem kontrolním, které naprosto jednoznačně identifikuje každou chemickou sloučeninu a není v žádném vztahu ke skutečné struktuře dané sloučeniny. Jakákoliv sebemenší změna ve struktuře dané sloučeniny např. krystalová modifikace, počet molekul rozpouštědla v krystalu, stereochemická konfigurace, resp. nejistota v konfiguraci… , dostává svoje nové registrační číslo, které není v žádné souvislosti s číslem nemodifikované sloučeniny.
SciFinder
Registrace
Username: musí obsahovat 5-15 znaků písma, číslice nebo speciální znaky jako - _ . @ Password: musí obsahovat 7-15 znaků a musí mít nejméně tři z následujících: • Písmena • Velká i malá písmena • Číslice • Nealfanumerické znaky @ # % *
Hledání podle subjektu
Hledání podle struktury
Hledání podle reakcí
http://webbook.nist.gov/chemistry/
PubChem http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
To Browse or Download PubChem BioAssay ResultsThe PubChem BioAssay result browser allows you to examine descriptions of each assay's parameters and readouts. You may use it to select those parameters and readouts most relevant to the biological activity of interest. An example on how to work with assay data is below. Example: 1. From the Entrez search page Search bar a. Select PubChem BioAssay from the "Search" drop-down box. b. Type "NCI AIDS Antiviral Assay" in the textbox. You will see a description of the "NCI AIDS Antiviral Assay" within Entrez. 2. Click the hypertext link for "AID: 179" You will be brought to the "BioAssay Summary" page. A listing of the conditions, descriptions, links, browse buttons, and action buttons will be displayed. 3. Click the Select button You will be brought to the "Select BioAssay Results" page. You can see that there are a total of 44,150 result values at the "Activity Outcome" drop-down box. 4. Choose Active from the drop-down box and click the Show button. You will be brought to the "Selected BioAssay Results" page. You can see that there are 1812 results with the "Active" search pattern for this assay. 5. Click the "Download" browse button, you can see the download section at the bottom of the page. You choose to download the BioAssay's result dataset or hit list by select your choice from two given drop-down boxes.
Chemical Property Range Searches The Limits tab provides a convenient way to search by chemical properties. Here are few examples: Which compounds' molecular weights are between 100 and 200 ? 1. In the Chemical Property Search section: For the Molecular Weight (MW) range, type 100 and 200 in the from and to text boxes, respectively 2. Push the Go button in the top Search bar Which compounds do not violate the "Lipinski Rule of 5"? 1. In the Chemical Property Search section: a. For the Molecular Weight (MW) range, type 0 and 500 in the from and to text boxes, respectively b. For the Hydrogen Bond Donor Count (HBD) range, type 0 and 5 in the from and to text boxes, respectively c. For the Hydrogen Bond Acceptor Count (HBA) range, type 0 and 10 in the from and to text boxes, respectively d. For the XLogP range, type -5 and 5 in the from and to text boxes, respectively 2. Push the Go button in the top Search bar Note that compound properties may also be searched directly. e.g. to search compounds with molecular weight between 100 and 200: Enter "100:200[mw]" in the Search textbox and press the Go button, you will get the same result. Simple Elemental Searches The Limits tab also provides a way to search by chemical elements. e.g. Which compounds contain Gallium? 1. In the Specify Required Elements section, select the checkbox to the left of the Ga atomic symbol 2. Push the Go button in the top Search bar Which compounds contain Carbon, Nitrogen, Oxygen, and Fluorine? 1. In the Specify Required Elements section select the checkboxes to the left of the C, N, O, and F atomic symbols 2. Push the Go button in the top Search bar
http://www.orgsyn.org
http://www.orgsyn.org/
http://www.orgsyn.org/
http://www.orgsyn.org/
Internet Public Library http://www.ipl.org Home > Resources by Subject > Science & Technology > Chemical Sciences (Chemistry)
Prohlédněte si stránky www.colby.edu/chemistry/OChem/DEMOS/EAS.html a spustěte animaci SN1 vs. SN2 Electrophilic Aromatic Substitution
Prohlédněte si stránky http://www.chem.iastate.edu/group/Greenbowe/sections/projectfolder /animationsindex.htm V části ELECTROCHEMISTRY vyberte electrolysis10.html 1. Záložkami „Metals“ vyberte elektrody a zvolte její hmotnost 2. Záložkou „Solutions“ vyberte roztok 3. Klikněte na tlačítko ON, začne se odpočítávat 5 min doba elektrolýzy (po 10 s) a po uplynutí doby je možné zjistit přírůstek a úbytek na obou elektrodách. Časový interval můžete opět posuvníkem prodloužit. V případě zobrazení je nutné přidat Volty posuvníkem!!! (popř. i Ampéry).
Prohlédněte si stránky http://www.chem.iastate.edu/group/Greenbowe/sections/projectfolder /animationsindex.htm V části REDOX Titration vyberte redox.html Práce se simulací Redoxní titrace: 1. Vyberete si nejprve odměrný roztok KMnO4 (manganometrie) k určení Fe2+ iontů K2CrO7 (dichromatometrie) k určení Sn2+ iontů I2 (jodometrie) k určení S2O32– iontů 2. Můžete začít titrovat. 3. Po ukončení titrace spočítáme molární koncentraci titrované látky a dosadíme do editačního pole 3.
