PROSIDING SEMINAR NASIONAL BIOLOGI 2016

PROSIDING SEMINAR NASIONAL BIOLOGI 2016 “PERANAN BIOLOGI DALAM PENINGKATAN KONSERVASI KERAGAMAN HAYATI”

DEWAN REDAKSI

Pengarah: Dekan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Hasanuddin

Penanggung jawab: Ketua Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Hasanuddin

Penyunting (Editor): Magdalena Litaay, M.Mar. Sci, Ph. D Dr. Syahribulan, M. Si Dr. Fahruddin, M.Si Drs. Muh. Ruslan Umar, M. Si Nenis Sardiani, S.Si

Litaay, et al. (editor). 2016. Prosiding Seminar Nasional Biologi. Makassar.

i

Seminar Nasional Biologi (28 Maret 2016: Makassar) Prosiding Seminar Nasional Biologi, 6 Juni 2016 Penyunting: Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Hasanuddin, 2016

ISBN: 978-602-72198-3-0

Penyunting: Magdalena Litaay, Syahribulan, Fahruddin, Muh. Ruslan Umar, Nenis Sardiani Desain sampul: Nurfaidah

Penerbit: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Hasanuddin, Makassar

Cetakan Pertama: 2016 @ Hak Cipta dilindungi Undang-undang All rights reserved Dilarang memperbanyak sebagian atau seluruh isi buku ini tanpa ijin tertulis dari penyunting.

ii

KATA PENGANTAR

Puji dan syukur kami panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa, atas rahmat dan perkenan-Nya sehingga buku Prosiding Seminar Nasional Biologi ini dapat terbit. Buku Prosiding ini memuat makalah yang telah dipresentasikan pada Seminar Nasional Biologi 2016 dengan tema “Peranan Biologi dalam Peningkatan Konservasi Keragaman Hayati” yang dilaksanakan pada tanggal 28 Maret 2016 di Universitas Hasanuddin Makassar. Makalah yang dimuat pada prosiding ini telah direview oleh tim pakar sesuai bidang ilmu biologi, biologi terapan dan pendidikan biologi. Ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya kami sampaikan kepada semua pihak baik pelaksana Seminar Nasional Biologi 2016, penyaji makalah, penyunting dan penerbit yang telah berkontribusi pada penyusunan dan penerbitan prosiding ini. Semoga prosiding ini dapat memberikan manfaat bagi pembaca dan dapat dijadikan rujukan untuk kemajuan ilmu di bidang biologi, biologi terapan dan biologi pendidikan.

Makassar, 1 Juni 2016

Penyunting

iii

SAMBUTAN DEKAN FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS HASANUDDIN

Pertama-tama marilah kita panjatkan puji syukur ke hadirat Tuhan Yang Maka Esa yang telah melimpahkan berkat kepada kita sekalian sehingga Seminar Nasional Biologi 2016 telah terselenggara dengan baik dan terpublikasinya makalah hasil seminar tersebut dalam prosiding ini. Selanjutnya perkenankan saya menyampaikan penghargaan dan ucapan terima kasih kepada Pimpinan Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Hasanuddin dan panitia pelaksana Seminar Nasional Biologi 2016 dengan tema: “Peranan Biologi dalam Peningkatan Konservasi Keragaman Hayati”. Seminar Nasional Biologi 2016 telah berkontribusi terhadap pencapaian target Universitas Hasanuddin sebagai PTNBH menuju world class university (WCU). Secara khusus kami sampaikan terima kasih kepada Prof. Valerio Sbordoni (University of Rome Tor Vergata, Italy), Dr. Siti Nuramaliati Prijono (Sekretaris Utama Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia dan Ketua Umum Perhimpunan Biologi Indonesia), serta Kepala Balai Taman Nasional Bantimurung Bulusaraung yang telah berkenan menjadi pembicara kunci pada Seminar Nasional Biologi 2016. Kami berharap tulisan ilmiah dalam prosiding ini dijadikan rujukan untuk pengembangan ilmu bidang biologi dan bidang terkait lainnya. Prosiding ini memaparkan konsep-konsep baru tentang perkembangan ilmu biologi, biologi terapan dan pendidikan biologi. seperti perkembangan ilmu bioteknologi, rekayasa genetika, penetapan pohon filogenik berdasarkan kesamaan sequence DNA pengkode gen 165 RNA yang telah merubah secara nyata posisi filogenetik berdasarkan morfologi semata, terapan biologi di bidang pertanian dan sebagainya. Pada akhirnya, sekali lagi kami ucapkan selamat dan terima kasih kepada semua pihak yang telah berkontribusi pada penerbitan Prosiding Seminar Nasional Biologi 2016. Makassar, 1 Juni 2016 Dekan FMIPA UNHAS

Dr. Eng. Amiruddin S.Si, M.Si.

iv

DAFTAR ISI Halaman depan Prosiding ……………………………………………………….. Kata Pengantar ………………………………………………………………….. Sambutan Dekan ………………………………………………………………… Daftar Isi ………………………………………………………………………… Makalah Pemateri Kunci Siti Nuramaliati Prijono ………………………………………………………… Valerio Sbordoni………………………………………………………………… Dedy Asriadi ……………………………………………………………………..

iii iv v 1 19 20

Makalah Bidang Ilmu: ZOOLOGI Populasi, Pergerakan Harian dan Habitat Kuskus Beruang (Ailurops ursinus) di Hutan Pendidikan UNHAS ……………………………………… Amran Achmad, Putu Oka N, Risma Illa M, dan Asrianny

28

Potensi Pakan dan Preferensi Bersarang Kuskus Beruang (Ailurops ursinus) di Hutan Pendidikan UNHAS ……………………………………………… Amran Achmad, Putu Oka N, Risma Illa M, dan Asrianny

37

Karakterisasi Sarang Orangutan (Pongo pygmaeus morio) pada Beberapa Tipe Hutan di Kalimantan Timur …………………………………………… Teguh Muslim dan Amir Ma’ruf

45

Fragmentasi Habitat Owa Kelawat (Hylobates muelleri) di Kawasan Permukiman Samarinda, Kalimantan Timur ……………………………… Suryanto, Teguh Muslim, Warsidi

53

Keanekaragaman dan Pendugaan Populasi Kelelawar Pemakan Serangga (subordo:microchiroptera) Penghuni Goa Gudawang Bogor Jawa Barat………........................................................................................................ Budiman Heriyanto, Dedy Duryadi S, Yanto Santosa, Ibnu Maryanto

61

Distribution of Rats (Rodentia; Muridae) in Bawakaraeng Mountain, South Sulawesi, Indonesia …………………………………………………………. Muh. Rizaldi Trias Jaya Putra N., Ibnu Maryanto, Bambang Suryobroto

62

Keanekaragaman Herpetofauna di Lahan Reklamasi Tambang Batubara PT. Singlurus Pratama, Kalimantan Timur…………………………………… Teguh Muslim, Ulfah Karmila Sari, Widyawati

63

Keragaman Guild Burung pada Hutan Pegunungan Bawah Taman Nasional Bantimurung Bulusaraung …………………………………………………… Indra A.S.L.P. Putri

73

v

Pengaruh Faktor Lingkungan terhadap Kepadatan Moluska pada Ekosistem Mangrove Alami dan Hasil Rehabilitasi ………………………… Andi Nur Samsi

88

Jenis Ikan Tangkapan Bernilai Ekonomi di Pangandaran ………………… Eddy Soekendarsi

97

Jenis Ikan Tangkapan Bernilai Ekonomi di Danau Matano………………… Eddy Soekendarsi, Armawaty Syam, Ambeng, Zohrah Hasyim

102

Kelimpahan dan Distribusi Spasial Bambu Laut Isis hippuris di Kepulauan Wakatobi ………………………………………………………………………… Dining Aidil Candri, Jamaluddin Jompa, A. Niartiningsih, Chair Rani

106

Kelimpahan dan Distribusi Echinodermata di Padang Lamun Pulau Bone Batang Sulawesi Selatan ……………………………………………………. Dody Priosambodo

107

Makalah Bidang Ilmu: ENTOMOLOGI Komunitas Kupu-Kupu (Lepidoptera : Papilionoidea) di Suaka Margasatwa Angke Jakarta ………………………………………………… Hasni Ruslan dan Dwi Andayaningsih Interaksi Kupu-Kupu (Lepidoptera : Papilionoidea) pada Habitat Terbuka dan Tertutup Hutan Lindung Muara Angke Jakarta……………………… Dwi Andayaningsih dan Hasni Ruslan Keanekaragaman Serangga Lepidoptera dan Parasitoidnya pada Kompleksitas Lanskap Pertanian yang Berbeda ……………………. Evawaty S.Ulina, Damayanti Buchori, Sjafrida Manuwoto, Pudjianto, Akhmad Rizali

119

120

127

Keanekaragaman Kupu-Kupu pada Hutan Kemiri Taman Nasional Bantimurung Bulusaraung …………………………………………………. Indra A.S.L.P. Putri

128

Keragaman Rayap pada Pertanaman Jati (Tectona grandis L.) ………….. Astuti Arif

139

Peranan Vegetasi terhadap Kehadiran Kupu-Kupu Graphium androcles Boisduval (Lepidoptera:Papilionidae) di Kawasan Taman Wisata Alam Nanggala III Kota Palopo ………………………………………………….. Harlina, Adi Basukriadi, Amran Achmad, Djunijanti Peggie

150

Inventarisasi Arthropoda dan Strategi Konservasi Serangga di Lingkungan Kampus ITS Surabaya ……………………………………………………….

vi

159

Nova Maulidina Ashuri, Sherly Eka A, Abdul Azis, M. Mahsun F, Baharuddin S, Asti Riski Febiyani Pengaruh Transformasi Lahan: Implikasi Terhadap Keanekaragaman Semut pada Strata Habitat yang Berbeda …………………………………. Ratna Rubiana, Damayanti Buchori

160

Makro dan Meso Fauna Tanah di Areal Reklamasi Tambang PT Singlurus Pratama, Kalimantan Timur ……………………………………………….. Ishak Yassir, Ike Mediawati, Mukhlisi

168

Hubungan Struktur Lanskap dengan Keanekaragaman dan Karakteristik Serangga Pengunjung Bunga Mentimun ……………………………………. Susilawati, Akhmad Rizali, Damayanti Buchori, Pudjianto

183

Peran Serangga Penyerbuk Pada Pertanaman Mentimun ………………… Phika Ainnadya Hasan, Tri Atmowidi, Sih Kahono

184

Diversitas dan Efektivitas Lebah Penyerbuk pada Tanaman Tomat (Lycopersicon esculente Mill: Solanaceae) …………………………………….. Andi Gita Maulidyah Indraswari S., Tri Atmowidi, Sih Kahono

185

Jenis-jenis Serangga di Nusa Tenggara Timur ………………………………. Ernawati dan Syahribulan

186

Makalah Bidang Ilmu: FISIOLOGI, GENETIKA, FARMASI DAN BIOLOGI TERAPAN Isolasi dan Karakterisasi Fragmen Gen Penyandi Enzim Kitinase dari Tanaman Kakao (Theobroma cacao L.) …………………………………… Muzuni Pemetaan Potensi Plasma Nutfah Kopi Arabika Tipika (Coffea arabica L. var. typica) di Sulawesi Selatan Berbasis Kajian Fenotipik & Analisis DNA Molekuler SSRs ……………………………………………………………… Andi Ilham Latunra Penggunaan Ramuan Daun Cassia alata L. secara Tradisional untuk Mengobati Penyakit Kulit Skabies di Kabupaten Keerom Papua ………… Linus Yhani Chrystomo, Aditya Krishar Karim Potensi dan Pemanfaatan Daun Jilat Yapen (Villebrunea sp.; urticacea) secara Tradisional oleh Masyarakat Kepulauan Yapen dan Uji Aktivitas Sitotoksik ………………………………………………………………………. Tio Lina Simanjuntak, Aditya Krishar Karim, Linus Yhani Chrystomo

187

197

198

205 214

vii

Keragaman Genetik Kayu Kuku (Pericopsis mooniana) di Cagar Alam Lamedai berdasarkan Penanda RAPD ……………………………………… C. Andriyani Prasetyawati Karakteristik Gen Sitokrom C Oksidase Sub Unit I Bufo celebensis Günther (Anura:Bufonidae) ………………………………………………….. Suriana, Nasarudin

223

Pengaruh Tepung Sagu (Metroxylon rumphii) terhadap Histopatologi Lambung Mencit (Mus musculus) ……………………………………………. Andi Asmawati Azis, Andi Munisa, Ratna Mulyana Dewi Andi Mu’nisa, A.

232

Pengaruh Penambahan Bubuk Daun Cengkeh (Syzigium aromaticum) pada Minyak Selayar terhadap Kadar Glukosa dan kolesterol Mencit (Mus musculus) ……………….……………………………………………………… Asmawati, A. Farida, Dahniar, N Amaliah

214

Kandungan Omega-6 pada Ekstrak Biji Mahoni Swietenia mahagoni (L) Jacq. ……………………….…………………………………………………… Hartati, Hartono

248

Potensi Cacing Tanah Lumbricus rubellus dalam Peningkatan Kandungan Omega 3 pada Telur Ayam Ras Petelur Melalui Pemberian Pakan ……… Zohra Hasyim, Eddy Soekandarsi, Ambeng, Marsuki

254

Keragaman genetik ESAT-6 (Early Secreted Antigenic Target-6) Isolat Lokal Mycobacterium tuberculosis Sebagai Kandidat Vaksin Tuberkulosis Rosana Agus

262

Algae Eucheuma cottonii dan Keong Mas Pomacea canaliculata untuk Meningkatkan Kandungan Omega 3 Telur ………………………………… Yunita Fardhani, Eddy Soekandarsi, Zohra Hasyim, Eddyman W. Ferial

270

Makalah Bidang Ilmu: KEHUTANAN, BIOTEKNOLOGI DAN LINGKUNGAN Keragaman Permudaan Alam dan Potensi Simpanan Karbon Tegakan Pinus merkusii pada Zona Dataran Tinggi …………………………………… Bina Swasta Sitepu Potensi Ramin (Gonistylus bancanus Kurz) pada Areal Bekas Penebangan Liar di Kalimantan Barat ……………………………………………………… Samuel A. Paembonan, Syamsuddin Millang, Budirman B Efektivitas Sterilisasi dan Perlakuan pada Benih terhadap Perkecambahan Kayu Kuku (Pericopsis mooniana THW) secara in vitro …………………… Nursyamsi

viii

271

281

287 294

Hubungan Bahan Organik Tanah dengan Keanekaragaman Jenis Tumbuhan di Sekitar Areal Tambang Nikel …………………………………. Albert D. Mangopang, Retno Prayudyaningsih Kondisi Beberapa Jenis Mangrove Berdasarkan Kerapatan di Togean Sulawesi Tengah ………………………………................................................... Halidah

303

Perubahan Sifat Biologi Tanah dan Biomas Tanaman Pada Tanah Terintroduksi Bioamelioran …………………………………………………… Burhanuddin Rasyid, Masyhur Syafiuddin, Muh. Ansar

310

Optimasi Penanda Mikrosatelit Eboni Provenans Hutan Pendidikan Universitas Hasanuddin dengan Metode Screening Penanda ……………….. Siti Halimah Larekeng

318

Seleksi Primer Mikrosatelit Berbasis PCR Pada Eboni (Diospyros celebica Bakh.) Provenansi Lasitae ……………………………………………………... Gusmiaty

319

Keberhasilan Kultur Pucuk Murbei (Morus cathayana) Melalui Berbagai Metode Sterilisasi dan Kombinasi ZPT …………………………………….. Gusmiaty, Muhammad Restu, Faidah

320

Dampak Perubahan Iklim terhadap Fenologi Reproduksi Beberapa Spesies Mangga (Mangifera spp.) di Kota Makassar ……………………………… Andi Siady Hamzah, Putu Oka Ngakan, Kaimuddin

332

Pengaruh Air Kelapa (Cocos nucifera L.) terhadap Pertumbuhan Krisan (Chrysanthemum morifolium) secara in vitro …………………………………… Fitri

333

Jenis-Jenis Pohon Penghijauan pada Beberapa Lokasi Jalan di Kota Makassar …………………………………….………………………………… Elis Tambaru, Samuel A. Paembonan, Resti Ura’

340

Analisis Frekuensi Penyebaran Serbuk Sari Pohon Donor Eboni Provenansi Lasitae berdasarkan Marka Mikrosatelit…………………………………… Jihan Nanda, Muhammad Restu, Gusmiaty, Siti Halimah Larekeng

347

Analisis Jarak Penyebaran Serbuk Sari Eboni Provenansi Lasitae berdasarkan Penanda Mikrosatelit …………………………………………… Rilya Bumbuk, Muhammad Restu, Gusmiaty, Siti Halimah Larekeng

358

Analisis Proporsi Penyerbukan Eboni (Diospyros celebica Bakh) di Hutan Pendidikan Universitas Hasanuddin dengan Penanda SSR …………………

ix

369

Andi Hardianti, Muhammad Restu, Gusmiaty, Siti Halimah Larekeng Makalah Bidang Ilmu: PERTANIAN Rekayasa Pemangkasan untuk Pengembangan Teknologi Hijau dalam Budidaya Tanaman Melon ………………………………………………. Mir Alam, Juhriah

381

Kandungan Karoten Jagung Lokal Sulawesi Selatan Untuk Seleksi Jagung Provitamin A ………………………………………………………………. Juhriah, Mir Alam, A. Masniawati

388

Karakter Agronomis dan Hasil Beberapa Genotipe Jagung Hibrida pada Berbagai Tingkat Cekaman Kekeringan ……......................................... Suwardi dan Andi Takdir M

389

Keragaan Hasil dan Toleransi Kekeringan Genotipe Jagung terhadap Ketersediaan Air …………………………………………………………. Suwardi

401

Pengaruh Pupuk Kandang terhadap Pertumbuhan Vegetatif Tanaman Cabai Merah Besar (Capsicum annum L.) yang ditanam pada Tanah Pascatambang Emas Bombana Sulawesi Tenggara ……………………… Sri Ambardini, Irjum Budiatman Jaya

411

Keefektifan Isolat-Isolat Actinomycetes dalam Menghambat Infeksi Fusarium sp. (Soybean Damping Off) secara in vitro…………………………. Ikhwana Aflaha, Baharuddin, M. Danial Rahim

419

Efektifitas Trichoderma sp. terhadap Pertumbuhan Bibit Kakao di Bawah Tegakan Kakao Tua ……………………………………………………….. Marliana S. Palad, Ambo Ala, Nasaruddin

420

Pengaruh Pupuk Organik Cair Mikrobat terhadap Pertumbuhan Vegetatif Tanaman Padi Aromatik Lokal Toraja Utara Sulawesi Selatan ………….. Elis Tambaru, Andi Masniawati, Eva Johannes, Susanti L

421

Pemanfaatan Limbah Jerami sebagai Media Produksi Jamur Merang Volvariella volvacea Singer ……………………………………………………. Slamet Santosa

430

Pengaruh Pupuk Organik Cair Mikrobat pada Pertumbuhan Vegetatif Tanaman Padi Aromatik Lokal Enrekang Sulawesi Selatan ……………… Andi Masniawati, Sri Suhadiyah, Elis Tambaru, Dewi Sulastri A

436

Pengembangan Anggrek Vanda Hibrida (Vanda limbata Blume X Vanda tricolor Lindl. var. suavis) dengan Perlakuan Kolkisin secara In Vitro ……

x

445

Mustika Tuwo dan Ari Indrianto Makalah Bidang Ilmu: MIKROBIOLOGI Eksplorasi Bakteri Patogen Famili Vibrionaceae pada Teripang (Holothuria scabra) dan Lobster (Panulirus homarus) …………………………………… Dien Arista Anggorowati, Hendra Munandar

446

Potensi Bakteri Eksogenous Pendegradasi Polisakarida dari Tambak Pemeliharaan Teripang Pasir (Holothuria Scabra)………………………… Hendra Munandar, Dien Arista Anggorowati

455

Klasifikasi Numerik-Fenetik Bakteri Amilolitik Lokal Penghasil Bioplastik Polihidroksibutirat (PHB) berdasarkan Profil Protein Total Sel ………… Nur Arfa Yanti, Nurhayani H.M., L. Sembiring, S. Margino

464

Viabilitas Rhizopus sp. dan Bakteri Asam Laktat (BAL) Lokal dalam “Ragi Wikau Maombo” ………………………………………………………………. Nurhayani H. Muhiddin, Indrawati

465

Populasi dan Jenis Bakteri Penambat Nitrogen Simbiotik di Lahan Bekas Tambang Nikel ………………………………………………………………. Ramdana Sari, Retno Prayudyaningsih

475

Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Penghasil Enzim Kitinase dari Limbah Pengolahan Udang …………………………………………………. Lasinrang Aditia, Eka Sukmawaty, Mashuri Masri

484

Uji Kemampuan Tumbuh Isolat Bakteri terhadap berbagai Konsentrasi Merkuri (Hg) …………………………………………………………………. Fahruddin dan Nur Haedar

485

Potensi Mikroba Antagonis Lokal untuk Pengendalian Penyakit Layu Fusarium pada Tanaman Tomat (Lycopersicum esculentum Mill) secara in vitro ...………………………………………………………………………….. Hilda Karim, Symasiah, Nani Kurnia

493

Potensi Trichoderma spp. sebagai Agens Hayati dalam Menghambat Pertumbuhan Cendawan Ganoderma boninense ………………………… Rachmawaty

502

Simbiosis Fungi Mikoriza Arbuskular Glomus pada Beberapa Pohon Hutan Kota Unhas Makassar ………………………………………………………. Resti Ura, Elis Tambaru, Samuel A. Paembonan

510

Isolasi dan Identifikasi Bakteri Methanotrof Indigenous Penghasil Enzim Urease (Agen Pereduksi Emisi Gas metan) di Lahan Sawah …………….

518

xi

Maimuna Nonci, Baharuddin, Burhanuddin Rasyid, Pirman Potensi Stenotrophomonas maltophilia Asal Rhizosfer Tanaman Kentang dalam memproduksi Eksopolisakarida dan Melarutkan Fosfat …………… Mu’minah, Baharuddin, Hazarin Subair, Fahruddin, Mika Nomura

519

Deteksi Resistensi Mycobacterium tuberculosis terhadap Obat Antituberkulosis Isoniazid (INH) pada Berbagai Konsentrasi ……………… Zaraswati Dwyana, Nur Haedar, Endang Sri Wati M

520

Deteksi Resistensi Mycobacterium tuberculosis terhadap Obat Antituberkulosis Rifampicin pada Berbagai Konsentrasi ………………….. Nur Haedar, Zaraswaty Dwyana, Ramdha Mawaddha, Muh. Nasrum Massi

531

Makalah Bidang Ilmu: KEPENDIDIKAN Melawan Lupa: Retensi Pembelajaran Biologi Melalui Penggunaan Media Biocompass …………………............................................................................. Andi Rahmat Saleh

540

Mengintegrasikan Keterampilan Proses Sains ke Dalam Kurikulum Mata Kuliah Biologi Dasar ……………………………………………………….. Faisal Sudrajat

545

Peningkatan Kualitas Pembelajaran Materi Sistem Respirasi Melalui Tim Teaching dan Lesson Study ………………………………………………… Kartini, Nahda, Andi Asmawati Azis

552

Pendekatan Kontekstual dan Pendekatan Konsep dalam Pembelajaran Pencemaran Lingkungan ……………………………………………………. Sitti Saenab, Sri Rahayu Lestari, Yusminah Hala

559

Peningkatan Keterampilan Proses Sains Dasar melalui penerapan Model Pembelajaran Inkuiri Terbimbing (Guided-Inquiry) Siswa Kelas X2 SMA Negeri 2 Sengkang ………………………………………………………….. Muhiddin Palennari, Surya Satar, Sitti Saenab

560

Hubungan Pengetahuan Gizi dengan Pola Makan melalui Penerapan Modul Gizi ……………………………………………………………………. A. Mushawwir Taiyeb, Andi Asmawati A, Lili Handayani

567

Pengembangan Karakter Kepemimpinan dan Tanggung Jawab Siswa SMPN 2 Makassar melalui Kegiatan Organisasi SISPALA ……………… Harnidah

575

Potensi dan Penggunaan Ikan Medaka Lokal sebagai Media Pembelajaran Biologi …………………………………………………………………………

xii

582

Irma Andriani, Magdalena Litaay, Rosana Agus, M. Ruslan Umar, Eddy Soekandarsi, Ambeng, Djamaluddin Jompa, Dwi Kesumasari, Zainal Arifin, Yusuke Takehana, Masato Kinoshita, Koji Inoue Analisis Potensi Pemanfaatan Wilayah Pesisir sebagai Media Alam Kemampuan Asisten Motivasi dan Hasil Belajar Mahasiswa Mata Kuliah Zoologi Invertebrata di Pulau Barranglompo Kota Makassar …………… Ryan Humardani MAKALAH PRESENTASI POSTER Uji Viabilitas dan Vigor Benih Beberapa Varietas Unggul Baru Jagung Selama Penyimpanan ……………………………………………………… Fauziah Koes, Oom Komalasari

583

592

Peranan Anthesis Silking Interval (ASI) dalam Produktivitas Beberapa Genotype Jagung Umur Genjah …………………………………………. Fauziah Koes, Ernawati Djaya

600

Pengaruh Kualitas Benih Jagung pada berbagai Ruang Penyimpanan terhadap Vigor Benih ……………………………………………………. Anna Sulistyaningrum, Oom Komalasari

607

Peningkatan Daya Simpan Jagung Bima 19 URI dengan Kombinasi Jenis Kemasan dan Ruang Penyimpanan ………………………………………… Anna Sulistyaningrum, Ramlah Arief

615

Pengaruh Pupuk Nitrogen terhadap Vigor Benih Jagung (Zea mays L.) … Oom Komalasari, Ramlah Arief

624

Pemanfaatan Pupuk Hayati untuk Meningkatkan Efesiensi Pemupukan pada Tanaman Jagung ……………………………………………………. Fahdiana Tabri, M. Akil

633

Halaman belakang prosiding …………………………………………………

xiii

Prosiding Seminar Nasional Biologi 2016

ISBN 978-602-72198-3-0

Isolasi dan Karakterisasi Fragmen Gen Penyandi Enzim Kitinase dari Tanaman Kakao (Theobroma cacao L.) Muzuni1* Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Haluoleo (University of Halu Oleo), Kampus Bumi Tridharma Anduonohu, Kendari 16232, Indonesia Email: [email protected] 1

Abstrak Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh fragmen gen penyandi enzim kitinase dari tanaman kakao (Theobroma cacao L.), dan untuk mengetahui karakteristiknya. Fragmen gen penyandi enzim kitinase diamati berdasarkan ada atau tidaknya pita DNA yang teramplifikasi pada proses PCR (Polymerase Chain Reaction). Karakteristik fragmen gen dilakukan dengan analisis blast, analisis exon dan intron, analisis peta restriksi, dan analisis hidrofobisitas. Hasil amplifikasi menunjukkan bahwa fragmen gen penyandi enzim kitinase yang diperoleh berukuran 1004 pb yang terdiri dari 810 pb ekson dan 194 pb intron. Berdasarkan analisis BLASTn menunjukkan bahwa sekuen DNA hasil isolasi memiliki tingkat homologi yang tinggi dengan sekuen DNA enzim kitinase Kelas I Theobroma cacao (U30324) sebesar 99%, demikian pula hasil analisis BLASTp menunjukkan bahwa sekuen asam amino fragmen DNA hasil isolasi mempunyai tingkat homologi yang tinggi dengan urutan asam amino enzim kitinase Kelas I Theobroma cacao (Q41596) sebesar 100%. Berdasarkan analisis restriksi menunjukkan bahwa sekuen fragmen gen penyandi enzim kitinase memiliki 7 situs pemotongan enzim restriksi endonuklease tipe II, yaitu AgeI, AseI, BstBI, BamHI, SspI, BmtI, dan BclI. Berdasarkan analisis hidrofobisitas menunjukkan bahwa fragmen gen penyandi enzim kitinase dominan berada daerah hidrofilik. Kata Kunci: Kakao, gen kitinase, Polymerase Chain Reaction (PCR).

1. PENDAHULUAN Kakao merupakan salah satu komoditas andalan perkebunan yang mempunyai peranan penting dalam perekonomian nasional. Luas areal kakao di Indonesia sekitar 1.000.000 ha yang terdiri dari 89,4 % kakao rakyat, 5,04 % dikelola oleh pemerintah dan 5,52 % swasta. Hampir 50 % kakao dikategorikan tidak produktif lagi, karena adanya serangan hama dan penyakit tanaman yang dapat menurunkan kuantitas dan kualitas produksi serta tanaman kakao sudah berumur tua (7 dan 13). Produktivitas kakao rakyat berkisar antara 57-1300 kg/ha/tahun, masih di bawah rata-rata potensi produktivitas nasional 2000 kg/ha/tahun (5 dan 7). Salah satu penyebabnya adalah adanya serangan penyakit pada tanaman kakao. Penyakit utama pada tanaman kakao disebabkan oleh Phytophthora palmivora dan Oncobasidium theobromae (16). Akibat serangan penyakit tersebut menyebabkan kerugian yang sangat signifikan dikalangan petani di sentra-sentra produksi kakao. Serangan kedua penyakit ini telah memberikan kerugian sekitar 20–50% (4, 12, dan 16). Unit Pelaksana Teknis Dinas Balai Proteksi Tanaman Pertanian (UPTD-BPTP) Puuwatu 2012, melaporkan bahwa perkebunan kakao di Sulawesi Tenggara memiliki masalah mendasar yaitu adanya serangan Phytophthora palmivora dan Oncobasidium theobromae. Phytophthora palmivora

- 187 -


ISBN 978-602-72198-3-0

menyebabkan penyakit busuk buah dan kanker batang, Oncobasidium theobromae menyebabkan penyakit Veskular Sterk Dieback (VSD) (16). Perkembangan penyakit pada suatu tanaman dapat dikendalikan dengan adanya ekspresi sejumlah gen sebagai respon ketahanan (1). Gen yang terekspresi saat adanya serangan patogen diduga sebagai gen pengendali, sehingga cendawan tidak dapat berkembang lebih lanjut dalam sel. Respon ketahanan berhubungan dengan ekspresi gen penyandi enzim hidrolitik seperti kitinase dan β-1,3 glukanase (9). Kitinase dihasilkan beberapa tanaman sebagai bagian dari sistem pertahanan melawan cendawan patogen karena kitinase dapat menghidrolisis komponen dinding sel cendawan patogen (2). Pengendalian terhadap penyakit tersebut pada umumnya sulit dilakukan dan seringkali memberikan hasil yang tidak konsisten. Pengendalian penyakit umumnya dilakukan dengan menggunakan fungisida berbahan aktif tembaga yang dilakukan secara periodik untuk menjamin kepastian hasil. Pengendalian seperti ini membutuhkan biaya yang besar, yaitu sekitar 40% dari total biaya pemeliharaan (14). Adanya efek samping penggunaan fungisida terhadap lingkungan dan kesehatan masyarakat menyebabkan pengendalian kimiawi menjadi tidak efektif dan tidak ekonomis sehingga perlu alternatif pengendalian lain yang dapat mengurangi ketergantungan terhadap fungsida. Pengembangan varietas tahan penyakit sangat penting dilakukan untuk mengurangi penggunaan fungisida. Ketahanan tanaman dapat mengalami perubahan karena adanya perbedaan curah hujan pada suatu daerah. Perubahan tersebut, dapat menyebabkan pergeseran ketahanan tanaman pada suatu daerah sehingga perlu dilakukan pencarian terhadap varietas yang tahan penyakit, yaitu melalui teknik rekayasa genetika dengan mengintroduksi gen ketahanan terhadap penyakit ke dalam tanaman budidaya. Salah satu strategi yang dapat digunakan untuk mengantisipasi serangan penyakit tanaman kakao adalah dengan melakukan isolasi gen yang terlibat dalam sistem pertahanan tanaman dari penyakit yang disebabkan oleh cendawan, kemudian mengkonstruksi tanaman kakao tahan penyakit melalui introduksi gen tersebut ke dalam genom tanaman sehingga tanaman tersebut tahan terhadap serangan cendawan. Salah satu gen yang terlibat dalam sistem pertahanan tanaman dari serangan cendawan adalah gen penyandi enzim kitinase. Gen penyandi enzim kitinase berukuran 1160 pb yang terdiri atas 966 pb ekson dan 194 pb intron, serta menyandi 321 asam amino. Dalam makalah ini akan membahas tentang isolasi fragmen gen penyandi enzim kitinase dari tanaman kakao dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) dan mengkarakterisasi fragmen tersebut dengan analisis blast, analisis exon dan intron, analisis peta restriksi, dan analisis hidrofobisitas. Fragmen ini akan digunakan sebagai acuan dalam isolasi gen penyandi enzim kitinase utuh. 2. METODE PENELITIAN Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Biologi Molekuler FMIPA Universitas Halu Oleo Kendari. Kegiatan penelitian dimulai sejak Mei sampai Sepetember 2015.

- 188 -


ISBN 978-602-72198-3-0

Bahan tanaman yang digunakan adalah daun tanaman kakao (Theobroma cacao L.) yang dibudidayakan di Desa Andomesinggo, Kecamatan Besulutu, Kabupaten Konawe, Provinsi Sulawesi Tenggara. Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi fragmen gen kitinase adalah Chic-F (5’-TAGCCAATTTG GTTGGTGTGG-3’) dan Chic-R (5’-CAATCTCGACTGCTACAACCA-3’). 2.1. METODE PENELITIAN Isolasi DNA Isolasi DNA menggunakan metode CTAB (Cetyl Trimetyl Ammonium Bromide) (15). Sebelum dilakukan isolasi, terlebih dahulu buffer lisis disiapkan sesuai jumlah sampel yang akan digunakan. Sampel terlebih dahulu ditimbang sebanyak 0,1-0,2 gr, lalu digerus dengan bantuan pasir kuarsa. Sampel dimasukkan ke dalam eppendorff 1,5 ml dan ditambahkan 600 μl buffer lisis. Sampel diinkubasi selama 30 menit dengan suhu 65oC dan dibolak-balik setiap 5 menit. Sampel kemudian dimasukkan ke dalam es selama 5menit lalu disentrifugasi pada 10.000 rpm selama 10 menit. Supernatan diambil lalu dimasukkan ke dalam eppendorff baru ukuran1,5 ml dan ditambahkan 1 x volume PCI (Phenol-Chlorofom-Isoamyl Alcohol) yang berfungsi memisahkan kontaminan seperti protein dan senyawa - senyawa organik dengan DNA. Selanjutnya suspensi disentrifugasi pada 10.000 rpm, suhu 4oC selama 10 menit. Supernatan diambil dan dipindahkan dalam eppendorff 1,5 ml lalu ditambahkan dengan 0,1 volume sodium asetat 3 M pH 5,2, selanjutnya ditambahkan 2x volume etanol absolut, diinkubasi selama 2 jam kemudian disentrifugasi kembali selama 20 menit pada10.000 rpm suhu 4oC. Selanjutnya pellet DNA dicuci dengan 0,5 ml ethanol 70%, lalu dikeringkan kemudian dilarutkan dalam 20 μl H2O. Larutan ditambahkan 100 μg/μl RNAse, diinkubasi pada suhu 37oC selama 12 jam, selanjutnya disimpan pada suhu -4oC. Amplifikasi Gen Penyandi Enzim kitinase dengan Primer Spesifik Amplifikasi gen target mengunakan primer spesifik yaitu primer Chic-F dan Chic-R. Reaksi PCR dilakukan sebanyak 30 siklus dengan kondisi sebagai berikut: pre-PCR selama 5 menit pada suhu 94 oC; denaturasi selama 1,5 menit pada suhu 94 oC; annealing selama 1 menit pada suhu 55 oC; extension selama 1,5 menit pada suhu 72 oC dan post-PCR selama 5 menit pada suhu 72 oC. Sekuensing/Pengurutan DNA Pengurutan DNA menggunakan mesin pengurut DNA otomatis (Automated DNA Sequencer ABI Prism 310, Perkin-Elmer). Analisis dilakukan dengan menggunakan 1 sampel dengan kombinasi primer forward dan reverse. Pengurutan dilakukan dengan metode Sanger, menggunakan terminator dye berupa fluorescent dye rhodamin (PRISM reaction dyedoaxy terminator cycle sequencing kit). Analisis BLAST Analisis kesejajaran lokal (local alignment) hasil pengurutan DNA dengan data yang ada di GeneBank dilakukan dengan program BLAST yang disediakan NCBI melalui www.ncbi.nlm.nih.gov/blast.

- 189 -


ISBN 978-602-72198-3-0

Analisis Enzim Restriksi Analisis situs restriksi menggunakan program RestrictionMapper yang terdapat pada BioEdit versi 7.0.9.0. Analisis Hidrofobisitas Analisis hidrofobisitas menggunakan program BioEdit. Langkah awal yang dilakukan adalah menyimpan sekuen asam amino pada notepad, membuka aplikasi BioEdit pilih open lalu pilih sekuen asam amino yang sudah kita simpan dalam bentuk notepad, pilih sequence, protein, kyte & dootittle mean hydrophobicity profile, dan terakhir klik run plot sehingga akan diperoleh profil hidrofobisitasnya. 3. HASIL DAN PEMBAHASAN Gen penyandi enzim kitinase (gen ketahanan) sangat potensial untuk diaplikasikan dalam bidang pertanian (rekayasa genetik) untuk menghasilkan tanaman yang tahan terhadap serangan cendawan. Pada penelitian ini hanya dilakukan tahapan isolasi dan karakterisasi fragmen gen penyandi enzim kitinase dari tanaman kakao. Fragmen gen ini akan digunakan sebagai acuan untuk melakukan isolasi gen penyandi enzim kitinase utuh. Isolasi DNA Tanaman Isolasi DNA dilakukan untuk mendapatkan DNA yang digunakan sebagai cetakan dalam perbanyakan sekuen DNA target. Sekuen DNA target tersebut merupakan kandidat gen kitinase. Proses isolasi dilakukan menjadi beberapa tahap, yaitu: lisis menggunakan detergen kationik, CTAB (Cetyl trimethyl ammonium bromide); ekstraksi DNA menggunakan PCI (Phenol:Cloroform:Isoamy Alcohol); dan pengendapan DNA menggunakan etanol absolut. CTAB merupakan sejenis deterjen yang dapat mendegradasi dinding sel, denaturasi protein, memisahkan karbohidrat, merusak membran sel dan melarutkan DNA. Ekstraksi DNA berfungsi untuk memurnikan DNA dari berbagai pengotor seperti protein, dan senyawa-senyawa organik lain. Phenol merupakan pelarut organik yang dapat mendenaturasi protein. Klorofrom dan isoamil alkohol berfungsi untuk mengekstrak dan mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer ektraksi yang mengkontaminasi larutan DNA (8). Kloroform tidak dapat bercampur dengan air dan kemampuannya untuk mendeproteinisasi berdasarkan kemampuan rantai polipeptida yang terdenaturasi untuk masuk ke dalam fase antara kloroform dan air. Konsentrasi protein yang tinggi pada fase antara tersebut dapat menyebabkan protein mengalami presipitasi. Fungsi lain dari penambahan kloroform adalah untuk menghilangkan kompleks CTAB dan meninggalkan DNA pada fase aquoeus (17). Pengendapan DNA dilakukan dengan sodium asetat dan etanol absolut. Penambahan etanol absolut harus dalam keadaan dingin agar pengendapan DNA maksimum. Penambahan sodium asetat pada tahap ini berfungsi menambah densitas DNA sehingga DNA lebih mudah mengendap. Penghilangan pengotor RNA dilakukan dengan penambahan enzim RNAse sehingga dihasilkan DNA yang terbebas dari RNA dan siap dijadikan sebagai DNA cetakan pada saat PCR. Hasil isolasi DNA ditunjukkan pada Gambar 1.

- 190 -


ISBN 978-602-72198-3-0

DNA Genom

Gambar 1. Hasil elektroforesis isolasi DNA genom kakao

DNA hasil isolasi memiliki kuantitas dan kualitas yang cukup tinggi, yaitu masing masing 1390 μg/ml dan 1,829 (data tidak ditunjukkan). Kualitas DNA yang baik apabila nilai rasio A260/A280 sekitar 1,8 - 2,0. Kuantitas dan kualitas DNA genom sangat berpengaruh terhadap keberhasilan proses PCR. Kemurnian DNA yang rendah, misalnya karena adanya kontaminan berupa protein dan senyawa organik lainnya, dapat menghambat penempelan primer pada DNA (10 dan 18). Demikian juga kuantitas DNA cetakan yang terlalu tinggi atau terlalu rendah dalam reaksi PCR dapat mempengaruhi hasil amplifikasi. DNA cetakan yang digunakan sebaiknya berkisar antara 105–106 molekul (19). Amplifikasi Fragmen Gen Penyandi Enzim Kitinase dengan PCR PCR merupakan suatau metode enzimatik untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen DNA tertentu. Proses yang terjadi dalam mesin PCR meliputi tiga tahap utama yaitu denaturasi (pemisahan untai ganda DNA), annealing (penempelan primer), dan ekstensi (pemanjangan primer). Proses yang dimulai dari denaturasi hingga ekstensi disebut sebagai satu siklus PCR. Setiap proses PCR dapat dilakukan sebanyak 25-45 siklus (6). DNA hasil isolasi digunakan sebagai cetakan untuk mengamplifikasi sekuen DNA target dalam PCR. Amplifikasi fragmen gen penyandi enzim kitinase menggunakan primer Chic-F dan Chic-R. Hasil elektroforesis produk PCR menggunakan gel agarosa 1% menunjukkan pita berukuran sekitar 1000 pb (Gambar 2). 1

3000 pb

2

2500 2000 pb pb 1500 pb 1000 pb 750 pb 500 pb 250 pb

Gambar 2. Hasil elektroforesis produk PCR. Keterangan : Sumur 1 = 1 kb ladder, Sumur 2 = DNA hasil PCR.

- 191 -


ISBN 978-602-72198-3-0

Gambar 2 di atas memperlihatkan bahwa primer Chic-F dan Chic-R dapat mengamplifikasi fragmen DNA. Fragmen ini diduga sebagai fragmen gen penyandi enzim kitinase tanaman kakao. Analisis Sekuen Gen Penyandi Enzim Kitinase Fragmen hasil PCR selanjutnya diurutkan nukleotidanya dan dianalisis. Hasil pengurutan DNA (Sequencing) menunjukkan bahwa fragmen hasil isolasi berukuran 1004 pb (Gambar 3). Analisis BLAST dilakukan dengan 2 cara, yaitu analisis yang berdasarkan sekuen DNA (BLASTn) dan analisis yang berdasarkan urutan protein (BLASTp). Untuk memastikan identitas sekuen DNA yang diperoleh, dilakukan analisis BLASTn. Hasil analisis penjajaran ditampilkan pada Gambar 4. Berdasarkan hasil analisis BLASTn menunjukkan bahwa sekuen DNA dari hasil isolasi dari tanaman kakao memiliki tingkat homologi tinggi dengan sekuen DNA enzim kitinase tanaman Theobroma cacao yang ada di GeneBank dengan kesamaan (identities) mencapai 99 %. Berdasarkan analisis BLASTp (data tidak ditampilkan) menunjukkan kesamaan (identities) 100 % dengan sekuen asam amino enzim kitinase Theobroma cacao. Semakin tinggi nilai identities semakin menunjukkan kemiripan dengan sekuen acuan pada GeneBank (11). Posisi ekson dan intron dapat ditentukan dengan menggunakan program BioEdit. Hal ini dilakukan dengan menyejajaran sekuen gen penyandi enzim kitinase dari tanaman kakao hasil isolasi dengan sekuen gen penyandi enzim kitinase pembanding yang tidak mengandung intron (complate CDS) dari GeneBank. Hasil penyejajaran menunjukkan bahwa sekuen gen penyandi enzim kitinase hasil isolasi terdiri atas 810 nukleotida ekson dan 194 nukleotida intron (Gambar 3). 1 61 121 181 241 301 361 421 481 541 601 661 721 781 841 901 961

TAGCCAATTTGGTTGGTGTGGCAACACTGATGACTACTGCAAAAAGGAAAATGGTTGCCA GAGTCAGTGCAGCGGAAGCGGAGGTGATACTGGTGGACTTGATAGTCTGATAACAAGAGA AAGGTTTGATCAGATGCTTTTGCATAGAAATGATGGTGGTTGTCCTGCTCGTGGCTTCTA TACCTATGATGCTTTCATAGCTGCTGCGAAGTCTTTCCCTGCCTTCGCTACAACCGGTGA TGATGCCACTCGCAAGAGGGAAGTTGCTGCTTTCTTGGCCCAAACTTCTCACGAAACTAC TGGTtagtccacttcgaaagttaatcacaaagttcaccatgttttgaacatgacttcatc gttttgagaattaatttgatgatgccgtaggtGGAGCAGGATGGGCTGCACCCGATGGTC CATATACGTGGGGATACTGCTACAATAGGGAATTAAACCCCGCTGATTACTGCCAGTGGG ATCCAAACTACCCTTGCGCTCCTGGTAAGCAATATTTTGGCCGGGGTCCAATGCAACTTA CTTGGtaagcctttcaccgtttgctaatttcttttcttgaaatgtattttatggtaaggc aaaattgttttgttgacatgggaataatcacttaacttttgatatatcaggAACTACAAC TATGGGCAGTGTGGAAGAGCCATTGGGGTGGACCTATTAAACAACCCAGACCTGCTAGCA ACTGATCCTACAATTTCTTTCAAGTCAGCGTTCTGGTTCTGGATGACTCCACAATCACCA AAGCCTTCTTGCCACGATGTGATCATTGGGGCGTGGTCACCCTCCGGTAGCGACCAGGCG GCAGGCCGGGTTCCAGGGTTTGGTTTGATCACAAATATTATCAATGGCGGCCTTGAATGT GGTCAAGGTTGGAATGCAAAGGTAGAGGACCGCATTGGGTTCTATAAGAGGTATTGTGAC ACACTTGGAGTTGGCTATGGTAACAATCTCGACTGCTACAACCA

60 120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1004

Gambar 3. Ekson (huruf kapital tebal) dan intron (huruf kecil berlatar) sekuen fragmen gen penyandi enzim kitinase hasil isolasi yang berukuran 1004 pb.

- 192 -


ISBN 978-602-72198-3-0

Gambar 4. Hasil Analisis BLASTn

Penentuan peta situs pemotongan enzim restriksi sekuen gen penyandi enzim kitinase bertujuan untuk mengetahui enzim restriksi yang dapat memotong gen penyandi enzim kitinase tanaman kakao dan dapat dimanfaatkan pada pengklonan gen. Peta restriksi dapat juga digunakan dalam analisis filogenetik antar spesies (3). Hasil analisis menunjukkan bahwa enzim-enzim tersebut tergolong dalam enzim restriksi endonuklease tipe II antara lain, yaitu: AgeI, AseI, BamHI, BclI, BmtI, BssSI, BstBI, NheI, dan SspI. Enzim restriksi memotong DNA utas ganda dengan memutus ikatan kovalen diantara fosfat dari suatu deoksiribonukleotida dengan gula dari deoksiribonukleotida yang berbatasan dengannya secara internal (endonuklease) atau mendegradasi polinukleotida DNA satu persatu dari ujung molekul DNA (eksonuklease) (20). Analisis hidrofobisitas dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui apakah enzim kitinase secara umum bersifat hidrofilik atau hidrofobik. Analisis ini dilakukan berdasarkan urutan asam amino (269 asam amino) yang dideduksi dari sekuen nukleotida gen hasil isolasi (Gambar 5). 1 61 121 181 241

60 SQFGWCGNTDDYCKKENGCQSQCSGSGGDTGGLDSLITRERFDQMLLHRNDGGCPARGFY 120 TYDAFIAAAKSFPAFATTGDDATRKREVAAFLAQTSHETTGGAGWAAPDGPYTWGYCYNR ELNPADYCQWDPNYPCAPGKQYFGRGPMQLTWNYNYGQCGRAIGVDLLNNPDLLATDPTI 180 240 SFKSAFWFWMTPQSPKPSCHDVIIGAWSPSGSDQAAGRVPGFGLITNIINGGLECGQGWN AKVEDRIGFYKRYCDTLGVGYGNNLDCYN 269 Gambar 5. Deduksi asam amino gen penyandi enzim kitinase tanaman kakao

Gambar 6. Profil hidrofobisitas fragmen gen penyandi enzim kitinase hasil isolasi

- 193 -


ISBN 978-602-72198-3-0

Analisis hidrofobisitas pada penelitian ini menggunakan program BioEdit Kyte and Doolittle. Secara umum profil hidrofobisitas Kyte and Doolittle dibagi menjadi 2, yaitu hidrofilik apabila kurva berada pada skala negative (di bawah 0) dan hidrofobik apabila kurva berada pada skala positif (di atas 0). Berdasarkan hasil analisis hidrofobisitas, urutan asam amino enzim kitinase sebagian besar berada pada daerah hidrofilik (Gambar 6). Hal ini menunjukkan bahwa enzim kitinase merupakan enzim yang aktif pada daerah yang mengandung air. Tipe enzim ini adalah enzim hidrolase karena aktivitasnya dalam menghidrolisis kitin harus membutuhkan air. 4. KESIMPULAN Fragmen DNA dari tanaman kakao telah berhasil diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan primer Chic-F dan Chic-R berukuran 1004 pb yang terdiri atas 810 pb ekson dan 194 pb intron, serta menyandi 269 asam amino. Fragmen DNA dan deduksi asam aminonya mempunyai kemiripan berturut-turut 99% dan 100% dengan gen kitinase tanaman kakao. Fragmen DNA mengandung enzim restriksi endonuklease tipe II antara lain, yaitu: AgeI, AseI, BstBI, BamHI, SspI, BmtI, dan BclI. Urutan asam amino enzim kitinase sebagian besar berada pada daerah hidrofilik.

5. DAFTAR PUSTAKA [1] Agrios GN (1996) Ilmu Penyakit Tumbuhan. Gadjah Mada University Press.Yogyakarta. [2] Budiani A, Susanti I, Mawardi S, Santoso AD, Siswanto (2004) Ekspresi β1,3 Glukanase dan Kitinase pada Tanaman Kopi Arabika (Coffea arabica L.) Tahan dan Rentan Karat Daun. Menara Perkebunan 72(2): 57-71. [3] Campbell NA, Reece JB, and Mitchell LG (2004) Biologi Edisi ke-5 Jilid, 3. Erlangga. Indonesia. [4] Darmono TW (1994) Kemampuan Beberapa Isolate Trichoderma spp. dalam Menekan Inokulum Phytopthora sp. di dalam Jaringan Buah Kakao. Jurnal Menara Perkebunan. 25-30. [5] Dirjen Bina Produksi Perkebunan. 2004. Kebijakan Pola Pengembangan Kakao Indonesia.Mewujudkan Agribisnis Kakao Berwawasan Lingkungan dan Meningkatkan Industri Hilir.Simposium Kakao Jogjakarta 4-5 Okt 2004 9p. [6] Fairbanks DJ and Andersen WR (1999) Genetics: the continuity of life. Brooks/Cole Pub. pp. 322-326.

- 194 -


ISBN 978-602-72198-3-0

[7] KKI (2006) Direktori dan Revitalisasi Agribisnis Kakao Indonesia dalam Menghadapi Era Globalisasi. Komisi Kakao Indonesia. Departemen Pertanian. 97. [8] Ningrum EP (2008) Keragaman Gejala dan Penyebab Penyakit Keriting Kuning Cabai. Skripsi. Fakultas Pertanian. Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta. [9] Nurhaemi (2006) Ekspresi Gen-Gen Responsif Terhadap corynespora cassiicola pada Tanaman Karet (Hevea brasiliensis Muell.Arg.). Disertasi. Institut Pertanian Bogor. Bogor. [10] Padmalatha K and Prasad MNV (2006) Optimization of DNA isolation and PCR protocol for RAPD analysis of selected medicinal and aromatic plants of conservation concern from Peninsular India. African journal of Biotechnology, 5 (3):230-234. [11] Prayuni K (2008) Isolasi dan Pengklonan Promoter Gen lea3 yang Terinduksi Kekeringan dari Tanaman Padi (Oryza sativa L.) Lokal Indonesia Kultivar Rojolele dan Batutegi. Skripsi. FMIPA. UI. Depok. [12] Purwantara A (1994) Infection, Sporulation and Survival of Phytopthora palmivora on Cocoa and Control of Pod Rot. Makalah. Puslit Biotek Perkebunan. Asosiasi Penelitian dan Pengembangan Perkebunan Indonesia. 1-10. [13] Puslitkoka (2006) Waralaba Benih Kopi dan Kakao. Rapat Koordinasi Persiapan Pelaksanaan Kegiatan 2006 dan Rencana Kegiatan 2007 dalam Rangka Peningkatan Kapabilitas BPTP. Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia, Bogor. [14] Rubiyo (20090 Kajian Genetika Ketahanan Tanaman Kakao (Theobromae cacao L.) Terhadap Penyakit Busuk Buah (Phytophthora palmivora Butl) Di Indonesia.[Disertasi]. Institut Pertanian Bogor. Bogor. [15] Sambrook J, Fritsch EF, Maniati T (1989) Molecular Cloning A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Lab Press, USA. [16] Semangun H (2000) Penyakit-Penyakit Tanaman Perkebunan di Indonesia. Fakultas Pertanian Universitas Gajah Mada. Gajah Mada University Press. 375-429. [17] Surzycki S (2000) Basic Techniques in Molecular Biology. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg, New York.

- 195 -


ISBN 978-602-72198-3-0

[18] Weeden NF, Timmerman GM, Hemmat M, Kneen BE, and Lodhi MA (1992) Inheritance and reliability of RAPD markers. Applications of RAPD technology to plant breeding, 12-17. [19] Yuwono T (2006a) Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Penerbit Andi. Yogyakarta. [20] Yuwono T (2006b) Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.

- 196 -

PROSIDING SEMINAR NASIONAL BIOLOGI 2016

Recommend Documents