PŘÍKLADY POUŽITÍ ORDINAČNÍCH METOD
1
PŘÍKLAD NA ROZKLAD VARIANCE SPOLEČENSTVA MĚKKÝŠŮ NA PRAMENIŠTÍCH
druhové složení slatiništní vegetace
druhové složení společenstev měkkýšů
Otázka: Je druhové složení společenstev měkkýšů na slatiništích ovlivněno více druhovým složením vegetace, nebo stanovištními podmínkami?
pH Ca cond Mg Na …
měřené proměnné prostředí (ve vodě)
Horsák M. & Hájek M. (2003)
2
PŘÍKLAD NA ROZKLAD VARIANCE SPOLEČENSTVA MĚKKÝŠŮ NA PRAMENIŠTÍCH o druhové složení měkkýšů (Hellingerova transformace) -> RDA o druhové složení vegetace –> DCA (krátký gradient) -> PCA o postupný výběr proměnných (RDA) na měkkýších • mezi PCA osami reprezentujícími vegetaci • mezi proměnnými prostředí reprezentujícími stanovištní podmínky
o výsledek • z vegetačních dat nejlépe vysvětlí měkkýše první dvě osy PCA • z proměnných prostředí je nejlepší obsah vápníku a konduktivita slatiništní vody
o rozklad variance mezi vegetaci a proměnné prostředí o test marginálních a parciálních frakcí vysvětlené variability 3
PŘÍKLAD NA ROZKLAD VARIANCE SPOLEČENSTVA MĚKKÝŠŮ NA PRAMENIŠTÍCH
vegetace [PC1 + PC2]
6% p < 0.01
proměnné prostředí [Ca + conduct]
20%
2% p = 0.072
[d] = 72%
4
ROZKLAD VARIANCE MEZI PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ A PROMĚNNÉ POPISUJÍCÍ PROSTOROVÉ VZTAHY
5
ROZKLAD VARIANCE MEZI PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ A PROMĚNNÉ POPISUJÍCÍ PROSTOROVÉ VZTAHY
spatial variables (e.g. dbMEM)
6
DBMEM DISTANCE-BASED MORAN’S EIGENVECTOR MAPS (DŘÍVE PCNM - PRINCIPAL COORDINATES OF NEIGHBOUR MATRICES)
7
ROZKLAD VARIANCE MEZI PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ A PROMĚNNÉ POPISUJÍCÍ PROSTOROVÉ VZTAHY
spatial variables (e.g. dbMEM)
8
ROZKLAD VARIANCE MEZI PROMĚNNÉ PROSTŘEDÍ A PROMĚNNÉ POPISUJÍCÍ PROSTOROVÉ VZTAHY
spatial variables (e.g. dbMEM)
9
TŘI ALTERNATIVNÍ PŘÍSTUPY K PŘÍMÉ ORDINAČNÍ ANALÝZE (a) Klasický přístup: RDA zachovává euklidovské distance, CCA chi-kvadrát distance
(b) Transformace dat (tb-RDA): používá distance vzniklé transformací dat (např. Hellingerova distance)
(c) Přes matici nepodobností (db-RDA): zachovává distance použité ve vstupní distanční matici
Legendre & Legendre (2012) podle Legendre & Gallagher (2001)
10
ROZKLAD VARIANCE, DBRDA
Rádková et al. (2014) Freshwater Biology
11
ROZKLAD VARIANCE, DBRDA
Rádková et al. (2014) Freshwater Biology
12
ORDINAČNÍ DIAGRAMY KONVENCE • body
o zobrazení druhů • šipky (lineární metody) • body, centroidy (unimodální metody)
o zobrazení ordinačních os • vodorovná bývá osa vyššího řádu (např. první) • orientace os je arbitrární
o zobrazení proměnných prostředí • šipky (kvantitativní proměnné) • centroidy (kategoriální proměnné)
o typ ordinačního diagramu:
Lepš & Šmilauer (2003) Multivariate analysis of ...
o zobrazení vzorků
• scatterplot - 1 typ dat (vzorky nebo druhy) • biplot - 2 typy dat (např. vzorky a druhy) • triplot - 3 typy dat (např. vzorky, druhy a proměnné prostředí) 13
ORDINAČNÍ DIAGRAMY lineární metoda
přímá ordinace
Lepš & Šmilauer (2003) Multivariate analysis of ...
nepřímá ordinace
unimodální metoda
14
HISTORICKÉ ORDINAČNÍ DIAGRAMY BRAY & CURTIS 1957 - NEPŘÍMÁ GRADIENTOVÁ ANALÝZA
Bray & Curtis (1957): An ordination of the upland forest communities of Southern Wisconsin. Ecological Monographs 27: 326-349
15
MODERNÍ ANALOGIE (DCA V KNIHOVNĚ VEGAN)
16
PCA – PŘÍKLAD TRENDY V NÁZVECH ČLÁNKŮ V EKOLOGICKÝCH ČASOPISECH
Nobis & Wohlgemuth (2004) Oikos
17
Nobis & Wohlgemuth (2004) Oikos
18
DCA – PŘÍKLAD FLORISTICKÁ DATA Z NP PODYJÍ
skóre pro jednotlivé kvadráty z 1. a 2. osy DCA (na základě jejich floristického složení) byly promítnuty do síťové mapy Chytrý et al. (1999) Preslia
19
NMDS PŘÍKLAD VLIV SUCHA NA SLOŽENÍ SPOLEČENSTEV V EXPERIMENTÁLNÍ STUDII
Chase (2007) PNAS
20
NMDS PŘÍKLAD ZMĚNY V DRUHOVÉM SLOŽENÍ KORÁLOVÝCH ÚTESŮ ZASAŽENÝCH DISTURBANCÍ EL NINO
Anderson et al. (2011) Ecology Letters 21
CCA – PŘÍKLAD STANOVENÍ EKOLOGICKÉHO OPTIMA JEDNOTLIVÝCH DRUHŮ MĚKKÝŠŮ PODÉL EKOLOGICKÝCH GRADIENTŮ
Horsák et al. (2007) Acta Oecologica
22
