Pengenalan Marxan Panduan Latihan Hari-1
Matthew Watts, Rebecca Runting, Jutta Beher, Viv Tulloch, Alistair Becker, VirgilioHermoso, Azusa Makino
[email protected]
Pendanaan untuk pengembangan kursus ini diberikan oleh NERP Environmental Decisions Hub, Centre for Biodiversity & Conservation Science, University of Queensland
Daftar Tabel HARI-1 apa yang kita lakukan? software yang digunakan pada pelatihan ini langkah awal KEGIATAN DISAIN PERANCANGAN manusiavs komputer: membandingkan desain anda dengan solusi marxan data yang digunakan pada pelatihan profil studi kasus langkah 1: membuat planning unit membuat file data input langkah 2: membuat file planning unit (pu.dat) langkah 3:membuat file spesies (spec.dat) dan planning unit versus spesies matriks (puvsp.dat) langkah 4: membuat file boundary length (bound.dat) langkah 5: membangun struktur file standar untuk database marxan langkah 6: membuat file parameter input langkah 7: menjalankan marxan pertama kalinya langkah 8: menampilkan output spasial marxan pada quantum gis
2 2 2 3 5 6 7 9 11 12 16 23 30 32 34 37 37
1
Hari 1 Apa yang kita lakukan? Kegiatan di hari pertama pelatihan ini yaitu berupa reserve design exercise yang sederhana untuk mengenal konsep matematis yang digunakan oleh Marxan, kemudian membangun dataset Marxan dari data GIS yang disediakan. Pada hari kedua, kita akan menjalankan dataset Marxan untuk menghasilkan beberapa reserve network configurations, menguji beberapa alternatif parameter input, dan menampilkan reserve network configurations tersebut pada sebuah peta. Pada hari kedua, kita juga akan menggunakan R-Project untuk menjalankan cluster analysis pada reserve network configurations yang telah kita hasilkan untuk mengklasifikasikan ketidaksamaan preserve network configurations itu.
Software yang digunakan pada pelatihan ini Kita akan menggunakan berbagai paket perangkat lunak yang tersedia secara bebas: Quantum GIS, Qmarxan, Zonae Cogito, Marxan, and R-Project. Kita juga menggunakan perangkat lunak komersial Ms. Excel. Sistem beroperasi di Windows 7. Excel Kita akan menggunakan Excel untuk menyelesaikan kegiatan desain cadangan sederhana untuk memperkenalkan anda dengan konsep matematis yang digunakan oleh Marxan. Quantum GIS dan Qmarxan Kita akan menggunakan plugin Qmarxan untuk Quantum GIS, untuk membangun sebuah dataset Marxan dari data GIS yang disediakan. Quantum GIS tersedia dari www.qgis.org dan plugin Qmarxan dapat diinstal melalui Quantum GIS graphical user interface. Petunjuk untuk menginstal plugin Qmarxan termasuk di dalam tulisan ini. Zonae Cogito dan Marxan Kita menggunakan Zonae Cogito graphical user interface untuk menjalankan Marxan, mengedit Marxan parameter, dan menampilkan hasil Marxan pada peta. Zonae Cogito dan Marxan tersedia dengan gratis dari www.uq.edu.au /marxan dan petunjuk tentang cara menginstal Zonae Cogito tersedia dari situs.
2
R-Project Kita menggunakan R-Project untuk melakukan analisis cluster solusi Marxan menggunakan sejumlah paket R-Project. R-Proyek tersedia dari www.r-project.org dan paket-paket R-proyek dapat diinstal melalui R-Proyek graphical user interface. Instruksi untuk menginstal paket yang dibutuhkan termasuk dalam teks. Kata Pengantar Buku The November 2011 hari 1 juga disertakan dengan materi pelajaran. Buku ini menggambarkan langkah-langkah dengan ArcGIS 10 dan Excel dan ditulis oleh Matt Watts, Carissa Klein, Lindsay Kircher, Dan Segan, dan Eddie Game. Kami mendasarkan dokumen kami pada materi asli mereka, kecuali dengan revisi untuk penggunaan Quantum GIS dan Qmarxan di tempat ArcGIS 10 dan Excel. Hanya staf UQ dan mahasiswa yang berwenang untuk menggunakan perangkat lunak ArcGIS di lab UQ karena pembatasan perizinan yang dikenakan oleh vendor perangkat lunak.
Langkah awal Login to the computer v Login ke komputer menggunakan nama pengguna dan password Anda UQ. v Jika Anda tidak memiliki username dan password UQ, Anda akan diberikan dengan akun pengunjung. Anda harus menandatangani formulir aplikasi akun pengunjung dan mendaftarkan akun ini sebelum log in Memuat materi pelajaran Di sini, kita akan menyalin materi pelajaran dari network drive ke komputer lab kita sehingga kita dapat menggunakan bahan-bahan untuk menyelesaikan latihan dan kegiatan. Menggunakan Windows explorer, hubungkan ke network drive sehingga Anda dapat menyalin materi pelajaran di sini untuk folder di komputer Anda. - Pada Windows explorer, klik kanan mouse pada "Computer" dan klik "Map Network Drive ", - Atur "Folder" menjadi \\10.23.160.137\Marxan, - Pilih " Connect using different credentials ". Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
3
- Sekarang klik tombol "Finish", - Pada form yang muncul, klik " Use another account ", - Masukkan username "\marxan", - Biarkan password kosong. Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
Klik "OK" untuk menghubungkan ke network drive. - Browse ke network drive yang baru saja Anda terhubung, - Klik kanan pada folder MarxanIntroCourse yang dikompresi
4
-Klik "Extract All...", - Ekstrak folder ke "C:\". Anda sekarang akan memiliki sebuah folder di komputer Anda bernama "C:\MarxanIntroCourse" yang berisi materi pelajaran. Catatan: Kami merujuk ke folder "C:\MarxanIntroCourse" dalam dokumen ini. Jika Anda menginstal di tempat lain, mengganti nama folder yang telah digunakan di tempat "C: \ MarxanIntroCourse" di mana "C: \ MarxanIntroCourse" dirujuk dalam dokumen ini. Catatan: Ada banyak cara untuk membuat dan melihat Marxan dan file C-Plan. Untuk tercapainya tujuan kelas ini, kami menyajikan hanya satu metode menggunakan Quantum GIS dan Qmarxan. Panduan ini dimaksudkan untuk digunakan dalam kursus pengenalan Marxan dan bukan sebagai dokumen yang berdiri sendiri. Selain itu, panduan ini hanya mencakup beberapa fungsi dasar Marxan. Metode tambahan yang diuraikan di manual Marxan (http://www.uq.edu.au/marxan).
Kegiatan Disain Perancangan Dalam kegiatan ini, Anda akan merancang reserve network (dengan tangan) yang mencapai target konservasi Anda dengan biaya yang efektif. Berikut merupakan data teoritis, terdiri dari 100 unit perencanaan persegi 100 hektar masing-masing, dengan 3 spesies didistribusikan di seluruh unit perencanaan (lihat Gambar 2). Tujuan dari kegiatan ini adalah untuk memperkenalkan Anda ke konsep matematis yang digunakan Marxan untuk memilih unit perencanaan ke dalam sebuah konfigurasi reserve network. Tujuan Anda adalah untuk mewakili 20% dari luas total habitat spesies 1, 2, dan 3 saja di wilayah studi (lihat Tabel 1) setidaknya biaya (lihat spreadsheet dan Gambar 1 dan 2). Species total area target area 1 1337 267.4 2 1256 251.2 3 1215 243 Tabel 1. Spesies nomor, daerah yang diduduki, dan area target v Arahkan ke folder "C:\MarxanIntroCourse\Reserve_design_exercise" dan buka file excel berjudul exercise_spreadsheet_ver2.xls Spreadsheet ini memiliki informasi setiap unit perencanaan (100 unit perencanaan, masing-masing dengan baris terpisah dan sebuah Planning Unit Identification Number- PUID). Informasi ini mencakup biaya unit perencanaan dan berapa banyak dari masing-masing tiga spesies yang terkandung dalam unit perencanaan. Anda dapat memilih unit perencanaan dengan mengubah nilai dalam field " SELECTED" ke 1. Untuk melihat informasi tentang biaya dari setiap unit perencanaan, dan habitat yang ditempati oleh masing-masing spesies di setiap unit perencanaan, lihat Gambar 1 dan 2 (halaman berikutnya). 5
Bila Anda memilih unit perencanaan, ringkasan informasi diperbarui memberikan umpan balik pada pilihan. SUM COST (biaya reserve system dipilih, dan jumlah yang dibutuhkan untuk memenuhi target reserve system (TARGET GAP) diperbarui: SUM COST TARGET GAP
0 761.6
Anda juga dapat melacak target spesies individu seperti Anda mengubah unit perencanaan yang dipilih: spname total target amount held target gap target met 1 1337 267.4 0 267.4 NO 2 1256 251.2 0 251.2 NO 3 1215 243 0 243 NO v Gunakan spreadsheet untuk menemukan reserve system yang memenuhi semua target konservasi Anda dengan biaya yang efektif (dan mengelompok). Bila Anda telah menemukan sebuah sistem cadangan yang baik, tulis nilai dari "biaya sum" di papan tulis.
Manusia vs Komputer: Membandingkan desain Anda dengan solusi Marxan Kita akan membandingkan seberapa baik solusi yang kita hasilkan dibandingkan dengan solusi yang dihasilkan Marxan
6
Data yang digunakan pada pelatihan 1. Planning Unit ID and its cost: PUID_COST
Gambar 1: pengidentifikasi Planning unit dan cost
7
2. Area yang digunakan oleh masing-masing spesies di setiap persegi: SPEC1_SPEC2_SPEC3
Gambar 2: Distribusi spesies 1, 2 dan 3
8
Kasus Profil Studi Studi kasus wilayah: Tasmania, Australia (terestrial) Tujuan: daerah Identifycost-effective untuk akuisisi yang melindungi sebagian dari setiap fitur keanekaragaman hayati. Alat pendukung keputusan: Marxan, Zonae Cogito, Map Window GIS, Quantum GIS, Qmarxan. Referensi utama: Proyek ini adalah versi mini (kurang data, wilayah studi yang lebih kecil, dll) dari proyek prioritas spasial yang lebih besar dilakukan di bawah kontrak untuk Departemen Lingkungan dan Sumber Daya Air Australia. Laporan akhir proyek ini terletak di folder program untuk memberikan penjelasan yang lebih lengkap dari proyek, data, dan pendekatan: Klein, C, J. Carwardine, K. Wilson, M. Watts, H. Possingham. 2007. Spatial Prioritization Approaches for the Conservation of Biodiversity in Australia: Considering Conservation Costs, Ecological & Evolutionary Processes, and LargeIntact Areas. Report to the Department of Environment and Water Resources. Manual ini menggambarkan bagaimana membangun dataset Marxan dengan Quantum GIS (QGIS) 1.8.0 Lisboa (QGIS) dan Qmarxan 0.98.2 QGIS plug in. Silakan membuka Marxan Manual dan Marxan Good Practice Handbook seperti yang diperlukan untuk informasi teknis Marxan, berada di dalam folder "C:\MarxanIntroCourse\manual". Hari 2 menggambarkan bagaimana melakukan analisis dan menginterpretasikan hasil dengan Marxan, Zonae Cogito, dan Map Window GIS. Quantum GIS QGIS adalah Source Geographic Information System (GIS) di bawah lisensi GNU General Public License. Software ini adalah sebuah proyek resmi Open Source Geospatial Foundation (OSGeo). Software ini berjalan pada Linux, Unix, Mac OSX, Windows dan Android dan mendukung berbagai vektor, raster, dan format database dan fungsi. http://www.qgis.org/ Qmarxan Qmarxan adalah satu set perangkat lunak offree untuk penciptaan file input Marxan dalam QGIS. Ditulis oleh Sistem Informasi Apropos. http://aproposinfosystems.com/products/qmarxan/ Deretan perangkat lunak ini memungkinkan Anda untuk membangun dan menjalankan dataset Marxan pada platform komputasi pilihan Anda (Windows, Mac
9
OSX, atau Linux). Di sini kita menggambarkan penggunaan perangkat lunak pada Windows dengan studi kasus. v Arahkan ke "C:\MarxanIntroCourse" dan double klik pada MarxanIntroCourse.qgs untuk meluncurkan proyek QGIS. v Jelajahi setiap lapisan data sehingga Anda memiliki pemahaman yang lebih baik tentang jenis informasi yang Anda akan dikerjakan dalam kursus ini. Aktifkan Qmarxan plug-in v Dalam QGIS, klik menu "Plugins". Jika Anda dapat melihat "Qmarxan" item, maka Anda tidak perlu mengambil tindakan apapun karena plug-in sudah terpasang. Jika tidak ada item "Qmarxan", Anda akan perlu menginstalnya sebelum Anda dapat melanjutkan. v Untuk menginstal Qmarxan, klik menu "Plugins", dan klik "Fetch Python Plugins ...". v Pada formulir yang menampilkan, klik tab "Repositories". Jika Anda tidak dapat melihat repositori "http://pyqgis.org/repo/contributed", maka Anda akan perlu untuk menambahkannya. Dalam hal ini, formulir Anda akan terlihat seperti ini:
v Untuk menambah repositori, klik "Add ..." tombol. Pada formulir yang menampilkan, mengatur parameter berikut: v Atur "Name" menjadi "QGIS Kontribusi", v Atur "URL" menjadi "http://pyqgis.org/repo/contributed". Formulir Anda akan terlihat seperti ini:
10
v Klik "OK", kemudian klik tab "Plugins". Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
v Jika Qmarxan tidak terinstal, pilih dalam daftar dan klik "Install / upgrade Plugin". Qmarxan sekarang akan diinstal dan siap untuk digunakan. Lapisan data: tas: wilayah studi Tasmania reserve: IUCN cadangan di Tasmania cost: data biaya: Unimproved land value layer untuk mewakili biaya akuisisi pada resolusi wilayah pemerintah daerah bird1: data distribusi untuk jenis burung tunggal. nvis: pilihan kelompok vegetasi yang luas dari Sistem Informasi Vegetasi Nasional Australia
11
Langkah 1: Membuat Unit Perencanaan Di sini kita menggunakan Quantum GIS dan Qmarxan untuk menciptakan satu set unit perencanaan heksagonal atau persegi yang mencakup wilayah studi Tasmania. Unit Perencanaan mengacu pada grid atau ukuran sel yang akan Anda analisis. Misalnya, unit perencanaan 5 x 5 km kuadrat mungkin cocok untuk skala pengelolaan lingkungan darat atau pantai, sedangkan sel yang lebih besar mungkin lebih tepat untuk analisis laut terbuka. Perencanaan unit dapat bujur sangkar atau poligon. Dari unit-unit perencanaan, kita kemudian akan menggunakan GIS untuk menghitung area di dalam setiap unit perencanaan yang dicakup oleh masingmasing spesies / vegetasi distribusi, dan menggunakan jumlah tersebut untuk menjalankan analisis Marxan kita. Di sini kita membuat unit perencanaan untuk dataset Tasmania dengan 5 x 5 km sel (5000 x 5000 m). Perhatikan bahwa data GIS untuk Tasmania adalah dalam satuan utama meter. Kami menunjukkan bagaimana untuk membuat Planning Unit menggunakan ekstensi gratis QGIS, disebut Qmarxan.
Membuat Input Data File Langkah 1a: Menciptakan Planning Unit Di sini kita menggunakan Qmarxan untuk membuat file bentuk dengan poligon atau segi enam yang mencakup seluruh wilayah penelitian Tasmania. Dalam QGIS, klik menu "Plugins", pilih "Qmarxan", kemudian klik " Create Planning Grid". Pada formulir yang ditmpilkan, atur parameter berikut: - Pilih " Planning Grid Extent" menjadi "tas", kemudian klik " Update extents from layer". - Pilih segi enam atau persegi sesuai yang Anda inginkan, - Jika Anda menggunakan segi enam, pilih " Side Length" menjadi 4000, dan jika Anda menggunakan persegi atur menjadi 5000. Anda dapat menggunakan panjang yang lebih besar sisi untuk memiliki unit perencanaan yang lebih sedikit, dan panjang sisi yang lebih kecil untuk memiliki unit perencanaan yang lebih, - Gunakan tombol "Browse" untuk memilih "Output shapefile", dan menyebutnya "pulayer". Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
12
Sekarang klik "OK" untuk menghasilkan unit perencanaan. Ketika selesai dibuat, klik "Close". Catatan: Kami menyediakan dua metode untuk mengekstraksi unit perencanaan hanya untuk Tasmania. Salah satu metode yang diuraikan dalam Langkah 1b dan 1c. Metode lain yang diuraikan dalam Langkah 1d. Metode ini saling melengkapi dan itu akan berguna bagi Anda untuk mencoba kedua metode keluar dan melihat mana yang terbaik akan sesuai dengan aplikasi Marxan Anda. Langkah 1b: Pilih planning units intersecting wilayah studi Anda, Tasmania Di sini kita menggunakan Quantum GIS untuk memilih subset dari poligon yang kita buat pada langkah 1a yang seluruhnya atau sebagian yang terkandung dalam wilayah studi ktai, Tasmania. Dalam menu "Vector", pilih "Spatial Query", kemudian klik " Spatial Query". Jika Anda tidak dapat melihat item "Spatial Query", Anda perlu beralih pada "Spatial Query Plugin". Anda menemukan ini dengan mengklik "Plugins" menu, kemudian
13
klik "Manage Plugins ...". Pada formulir yang menampilkan, atur parameter berikut: - Atur Select source features from" ke "pulayer", - Atur "Where the feature" ke "Intersects", - Atur "Reference features of" ke "tas". Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
Klik "Apply" kemudian klik "Close". Langkah 1c: Menyimpan planning unit ke suatu file Di sini kita menggunakan Quantum GIS untuk menyimpan poligon yang dipilih ke file bentuk baru. Hal ini menghasilkan layer planning unit yang hanya berisi poligon yang terkandung seluruhnya atau sebagian di wilayah penelitian kita di Tasmania. Dalam "Layer" menu, klik "Save Selection as Vector file ...". Pada formulir yang menampilkan, gunakan tombol "Browse" untuk mengatur "Save as" seperti berikut:
14
Klik pilihan "Add saved file to map", kemudian klik "OK". Langkah 1d: Memilih planning unit yang ber-intersect dengan wilayah pengamatan, Tasmania Di sini kita menggunakan Quantum GIS untuk memotong heksagon atau poligon persegi kita buat pada langkah 1a dengan wilayah studi kita, Tasmania, dan membuat poligon berpotongan dengan layer planning unit baru, yang hanya berisi poligon yang bersinggungan dengan wilayah studi kita. Dalam menu "Vector", pilih "Geoprocessing tools" kemudian klik "Intersect" Pada formulir yang ditampilkan, atur parameter berikut: - Set "Input vector layer" ke "pulayer", - Set "Intersect layer" untuk "tas", - Gunakan tombol "Browse" untuk memilih "Output shapefile". Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
15
Sekarang klik "OK". Ketika selesai, klik "Ya" pada jendela pop-up untuk menambahkan lapisan baru untuk peta Anda. Kemudian klik "Close".
Langkah 2: Membuat file planning unit (pu.dat) Di sini kita menggunakan Quantum GIS dan Qmarxan untuk membuat file planning unit Marxan yang memberitahu kita berapa banyak planning unit cost, dan jika planning unit sudah disediakan atau tersedia untuk dipertimbangkan sebagai cadangan. Perencanaan File Unit berisi unit perencanaan id, biaya, dan status (ketersediaan untuk dipertimbangkan sebagai cadangan). Sebuah fragmen dari file planning unit diilustrasikan di bawah ini.
Langkah 2a: Menciptakan Lapangan Biaya Di sini kita menciptakan field cost yang akan digunakan dalam file planning unit Marxan, kita melakukan ini dengan memotong layer planning unit dengan layer cost, dan menghitung rata-rata dari semua nilai biaya yang bersinggungan dengan setiap planning unit. 16
Dalam menu "Plugins", pilih "Qmarxan", kemudian klik "Hitung Nilai Konservasi". Pada formulir yang tampil, atur parameter berikut: - Atur " Select Planning Grid " menjadi "pulayer_tas", - Atur " Select input layer type " menjadi "area", - Atur " Select layer to measure " menjadi "cost", - Atur " On multiple intersections use " menjadi "mean", - Atur " Enter New Measure Field Name " menjadi "cost", Formulir Anda akan terlihat seperti ini:
Sekarang klik "OK" untuk menghitung perencanaan biaya satuan. Ketika selesai dibuat, klik "Close". Perencanaan cost unit telah disimpan dengan perencanaan satuan tabel atribut sebagai field yang disebut "cost".
17
Langkah 2b: Mengidentifikasi bidang saat ini dilindungi Di sini kita menggunakan Quantum GIS untuk menghitung berapa banyak setiap unit perencanaan yang telah dicadangkan. Kita melakukan ini sehingga kita akan tahu berapa banyak planning unit yang sudah disediakan dan kita bisa mengelompokkan planning unit sebagaimana telah disediakan atau tersedia untuk dipertimbangkan sebagai cadangan. Dalam "Plugins" menu, pilih "Qmarxan", kemudian klik " Calculate Conservation Values ". Pada formulir yang ditampilkan, atur parameter berikut: - Atur "Select Planning Grid" menjadi "pulayer_tas", - Atur "Select input layer type" menjadi "area", - Atur "Select layer to measure" menjadi "reserve", - Atur "Enter New Measure Field Name" menjadi "reserve", Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
18
Sekarang klik "OK" untuk menghitung besarnya cadangan di setiap unit perencanaan. Kemudian, klik "Close". Langkah 2c: Buat Status Lapangan Di sini kita menggunakan Quantum GIS untuk menciptakan status lapangan pada file planning unit Marxan. Field status memberitahu Marxan unit perencanaan yang sudah dicadangkan, dan unit perencanaan yang tersedia untuk dipertimbangkan sebagai cadangan. Kita mengatakan unit perencanaan dicadangkan jika mengandung lebih dari dua puluh juta meter persegi cadangan. Dalam "Layers" daftar di sebelah kiri, klik-kanan "pulayer_tas" kemudian klik "Open Atribut Table". - Pada formulir yang menampilkan, klik "Toggle editing mode" tombol: 19
- Sekarang klik tombol "New Kolom": - Pada formulir yang ditampilkan, atur "Name" ke "status", kemudian klik "OK", - Sekarang klik tombol "Open field calculator": - Pilih "Update existing field", atur ke "status", - Klik "Expression", ketik "0" ("0" berarti unit perencanaan tersedia untuk dipertimbangkan sebagai cadangan). Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
Sekarang klik "OK" untuk mengatur status "0" untuk semua unit perencanaan. Sekarang klik tombol "Advanced search". Pada formulir yang menampilkan, atur parameter berikut: - Double klik field "reserve”, - Klik ">" (lebih dari),
20
- Klik di jendela "SQL where clause", - Masukkan "20000000" (dua puluh juta). Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
Klik "OK" untuk memilih planning units yang memiliki sekitar 50% atau lebih dari daerah mereka yang ditempati oleh cadangan. - Sekarang klik tombol "Open field calculator", - Pilih "Update existing field", atur ke "status", - Klik "Expression", ketik "2" ("2" berarti bahwa unit perencanaan sudah disediakan). Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
21
Klik "OK" untuk mengatur status unit yang memiliki sekitar 50% atau lebih dari daerah mereka ditempati oleh cadangan untuk "2" perencanaan. - Sekarang klik tombol "Toggle editing mode" untuk menonaktifkan mode edit, - Klik "Save" ketika diminta untuk menyimpan perubahan ke perencanaan satuan atribut tabel, - Klik tombol "Unselect all" planning unit yang statusnya baru saja Anda diatur ke "2", - Klik "Close" untuk menutup jendela tabel atribut. Langkah 2d: Ekspor data untuk membuat file planning unit Di sini kita menggunakan Qmarxan untuk mengekspor informasi biaya dan status yang telah kita buat dalam langkah-langkah sebelum file planning unit Marxan. Dalam menu "Plugins", pilih "Qmarxan", kemudian klik "Eksport to Marxan". Pada formulir yang menampilkan, atur parameter berikut:
22
- Atur "Select Planning Grid" ke "pulayer_tas", - Klik tombol "Browse" untuk mengatur direktori keluaran, - Klik "pu.dat" untuk memilih perencanaan satuan file output, - Klik "Buat Perencanaan Unit Berkas (pu.dat)" untuk beralih pada, - Atur " Create Planning Units File" ke "cost", - Atur "Planning Unit Initial Status Field" ke "status", Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
Klik "OK" untuk membuat perencanaan satuan file "pu.dat" di folder output "C:\MarxanIntroCourse". Sekarang klik "Close" untuk kembali ke QGIS.
23
Langkah 3: Membuat file spesies (spec.dat) dan planning unit versus spesies matriks (puvsp.dat) Di sini kita menggunakan Qmarxan untuk membuat file spesies dan unit perencanaan terhadap matriks spesies. Berkas spesies mencantumkan fitur konservasi / spesies dan jumlah target (dalam hal ini sebagai proporsi dari total dalam wilayah) untuk dimasukkan dalam sistem cadangan. Sebuah fragmen dari file spesies diilustrasikan di bawah ini.
Untuk dataset Tasmania kita akan menghitung total wilayah yang dicakup oleh masing-masing kelas vegetasi termasuk menggunakan lapisan NVIS, dan distribusi spesies satu burung menggunakan layer bird1. Kemudian kita akan menetapkan target yang diinginkan perlindungan 30% dari setiap spesies jangkauan / vegetasi kelas menggunakan field prop di spec.dat file 0,3 = 30% dari total area dihitung untuk fitur konservasi. Unit perencanaan terhadap fike spesies memberitahu kita berapa banyak masingmasing jenis vegetasi dan distribusi burung yang terkandung dalam setiap unit perencanaan. Sebuah fragmen unit perencanaan terhadap matriks spesies digambarkan di bawah ini.
** Kami menyediakan Anda dengan 1) serangkaian layer yang detail luasnya dari pilihan jenis vegetasi di Australia (NVIS) Setiap jenis vegetasi akan menjadi fitur konservasi.
24
2) lapisan yang merincikan distribusi satu jenis burung (bird_raster).
v Buka layer dan tabel untuk membiasakan diri dengan data. Langkah 3a: Hitung daerah di setiap unit perencanaan untuk jenis burung Di sini kita menggunakan Qmarxan untuk menghitung berapa banyak spesies burung yang terkandung dalam setiap unit perencanaan. Dalam menu "Plugins", pilih "Qmarxan", kemudian klik " Calculate Conservation Values ". Pada formulir yang ditampilkan, atur parameter berikut: - Atur "Select Planning Grid" ke "pulayer_tas", - Atur "Select input layer type" ke "area", - Atur "Select layer to measure" ke "bird1", - Atur "Enter New Measure Field Name" ke "bird1", Formulir Anda akan terlihat seperti ini:
25
Sekarang klik "OK" untuk menghitung jumlah bird1 untuk setiap unit perencanaan. Ketika selesai dibuat, klik "Close". Perencanaan Unit atribut tabel sekarang berisi jumlah bird1 untuk setiap unit perencanaan dalam bidang "bird1". Langkah 3b: Hitung daerah di setiap unit perencanaan yang ditutupi oleh setiap jenis vegetasi Di sini kita menggunakan Qmarxan untuk menghitung berapa banyak masing-masing jenis vegetasi yang terkandung dalam setiap unit perencanaan. Dalam menu "Plugins", pilih "Qmarxan", kemudian klik " Calculate Conservation Values ". Pada formulir yang ditampilkan, atur parameter berikut:
26
- Atur "Select Planning Grid" ke "pulayer_tas", - Atur "Select input layer type" menjadi "area", - Atur "Select layer to measure" ke "nvis2", - Atur "Enter New Measure Field Name Field" ke "nvis2", Formulir Anda akan terlihat seperti ini:
Sekarang klik "OK" untuk menghitung jumlah nvis2 di setiap unit perencanaan. Atribut table planning unit sekarang berisi jumlah nvis2 untuk setiap unit perencanaan dalam bidang "nvis2". Ulangi Langkah 3b 15 kali, sekali masing-masing untuk NVIS vegetasi jenis 8, 9, 14, 20, 21, 28, 29, 31, 35, 41, 43, 44, 49, 51, dan 58. Setiap kali Anda mengulangi langkah, mengganti nama layer dan nama field "nvis2" dengan nama layer yang sedang Anda olahan. Perencanaan Unit tabel atribut sekarang berisi field untuk masing-masing jenis 27
vegetasi. Field untuk setiap jenis vegetasi mengandung jumlah jenis vegetasi di setiap unit perencanaan. Jika Anda sudah selesai, klik "Close" untuk kembali ke QGIS. Langkah 3c: Ekspor data untuk menciptakan unit perencanaan terhadap matriks spesies, dan file spesies Di sini kita menggunakan Qmarxan untuk mengekspor burung dan informasi jenis vegetasi yang dibuat sebelum planning unit Marxan dibandingkan matriks spesies, dan file spesies Marxan. Dalam menu "Plugins", pilih "Qmarxan", kemudian klik "Eksport to Marxan". Pada formulir yang menampilkan, atur parameter berikut: - Atur "Select Planning Grid" ke "pulayer_tas", - Klik tombol "Browse" untuk mengatur direktori keluaran, - Klik "spec.dat" untuk memilih perencanaan satuan file output, - Klik " Create Species File (spec.dat)" - Dalam "field_no" lapangan, klik kotak centang untuk mengaktifkan baris dengan nama "bird1", - Dalam "field_no" lapangan, klik kotak centang untuk mengaktifkan masing-masing dari 16 jenis vegetasi dengan nama "nvis2" melalui "nvis58", - Edit field "prop" untuk bird1 dan masing-masing jenis vegetasi, mengubahnya ke "0.3". Ini menetapkan target untuk setiap spesies kita sampai 30% dari total area untuk spesies.
28
Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
- Sekarang klik "puvspr.dat" untuk memilih file output planning unit, - Klik "Create Planning Units vs Species File (puvspr.dat dan puvspr_sporder.dat)" - Atur "Scale species data from 0 to 1" ke "mentah". Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
29
Sekarang klik "OK" untuk membuat planning unit versus matriks spesies, dan untuk membuat file spesies. Klik "Close" untuk kembali ke QGIS. Langkah 4: Membuat file boundary length (bound.dat) File boundary length mencatat hubungan spasial antara pasangan planning unit yang berdekatan dan digunakan untuk fungsi kekompakan spasial dalam Marxan. Untuk setiap pasangan planning unit yang berdekatan, sebuah entri di file boundary length dibuat yang mencatat boundary length antara sepasang planning unit yang berdekatan. Batas boundary length digunakan oleh Marxan untuk memberikan tingkat kekompakan spasial reserve network configurations yang kita butuhkan.
30
Langkah 4: Buat file panjang batas Di sini kita menggunakan Qmarxan untuk menghitung boundary length antara setiap pasangan unit perencanaan yang berdekatan, dan membuat semua boundary length ke file boundary length Marxan. Dalam menu "Plugins", pilih "Qmarxan", kemudian klik "Eksport to Marxan". Pada formulir yang ditampilkan, atur parameter berikut: - Atur "Select Planning Grid " to "pulayer_tas", - Klik tombol "Browse" untuk mengatur direktori keluaran, - Klik "bound.dat" untuk memilih jangka file output batas, - Klik "Boundary File (bound.dat)" untuk menyalakannya. Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
31
Sekarang klik "OK" untuk membuat planning unit versus matriks spesies, dan untuk membuat file spesies. Klik "Close" untuk kembali ke QGIS. Langkah 5: Menetapkan struktur file standar untuk database Marxan Di sini kita membuat folder baru dan mengatur ulang file input Marxan, parameter file masukan, dan perencanaan satuan lapisan untuk menyesuaikan diri dengan struktur database file standar Marxan. Kita melakukan ini sehingga Marxan akan dapat menafsirkan masalah perencanaan dan menghasilkan reserve network configurations untuk kita, dan agar setiap database Marxan yang kita buat akan memiliki struktur file standar untuk meminimalkan kebingungan kita ketika melihat file. Jika kita tidak sesuai dengan struktur file standar, maka kita mungkin akan bingung dan membuat kesalahan ketika mencoba untuk memahami informasi yang terkandung dalam database Marxan, dan Marxan mungkin tidak dapat menjalankan atau output. Menggunakan Windows explorer: - Browse ke folder "C:\MarxanIntroCourse", - Membuat sub-folder di sini disebut "Marxan_Database", - Browse ke folder yang baru Anda buat "C:\MarxanIntroCourse\Marxan_Database", - Membuat serangkaian sub-folder di sini disebut "input", "output", dan "pulayer". - Browse ke folder "C:\MarxanIntroCourse", - Salin file "Marxan.exe" ke folder "C:\MarxanIntroCourse\Marxan_Database". Folder Marxan_Database Anda akan terlihat seperti ini:
- Browse ke folder "C: \ MarxanIntroCourse", - Salin file "pu.dat", "spec.dat", "puvspr.dat", "puvspr_sporder.dat", dan "bound.dat"
32
ke folder "C:\MarxanIntroCourse\Marxan_Database\input", Folder masukan Anda akan terlihat seperti ini:
- Browse ke folder "C:\MarxanIntroCourse", - Salin file "pulayer_tas.dbf", "pulayer_tas.shp", dan "pulayer_tas.shx" ke folder "C:\MarxanIntroCourse\Marxan_Database\pulayer", Folder pulayer Anda akan terlihat seperti ini:
33
Langkah 6: Membuat file parameter masukan Di sini kita menggunakan Qmarxan untuk membuat file parameter input Marxan. File parameter input memberitahu Marxan mana file input, dan parameter yang digunakan dengan Marxan saat memproses file-file masukan. Dalam menu "Plugins", pilih "Qmarxan", kemudian klik "Configure Scenario". Pada formulir yang ditampilkan, gunakan tombol "Browse" untuk mengatur " Select scenario directory (di mana input.dat sedang atau perlu dibuat) ke" C:/MarxanIntroCourse / Marxan_Database " Sekarang klik pada " Files and Costs ", dan gunakan tombol "Browse" tombol pada tab tersebut untuk mengatur parameter untuk terlihat seperti ini:
Sekarang klik "OK" untuk membuat file parameter input. Klik "Close" untuk kembali ke QGIS. 34
Beberapa parameter yang ditentukan dalam file ini harus diatur oleh Anda. Parameter ini ditunjukkan dengan warna kuning pada contoh input.dat bawah.
Bandingkan input.dat Anda yang satu ini. Apakah parameternya sama? v Cari di sorotan parameter pertama, BLM. Atur ke 0 untuk database Marxan dasar yang Anda ciptakan. BLM singkatan Boundary Length Modifier, dan 35
v
v v v
v
semakin tinggi BLM, solusi Anda akan semakin "mengelompok" bersamasama. Atur NUMREPS ke 100. Ketika melakukan langkah-langkah kalibrasi pada hari 2 Anda mungkin ingin mengurangi ini ke 10 untuk mengurangi waktu yang dibutuhkan untuk langkah-langkah kalibrasi. Ini adalah jumlah solusi Marxan akan menemukan setiap kali Anda menjalankannya. NUMREPS singkatan jumlah pengulangan. Pastikan bahwa input file dan nama folder sesuai dengan nama file Anda. Perubahan MISSLEVEL ke 1 SCENNAME Anda akan mengubah ini untuk membantu mengidentifikasi skenario hasilnya dari mana. Untuk saat ini, hanya meninggalkan sebagai "output" seperti yang kita belum menyiapkan skenario. Pastikan OUTPUTDIR (output direktori nama folder) sesuai dengan nama folder output.
Sebagaimana ditunjukkan di atas, Anda dapat mengubah banyak parameter lain menggunakan file input.dat. Untuk mengetahui lebih lanjut, lihat panduan manual Marxan Anda. v Simpan perubahan input.dat Anda dalam folder Marxan_database. Langkah 7: Menjalankan Marxan untuk pertama kalinya Anda sekarang siap untuk menjalankan Marxan. Kita menjalankan Marxan untuk memeriksa bahwa database kita adalah dalam format yang ia mengerti. Jika Marxan tidak akan berjalan, mungkin itu berarti ada kesalahan dengan satu atau lebih file-file kita atau dengan struktur file kita. Masalah perlu dilakukan jika Marxan tidak akan berjalan. Browse ke folder Marxan_database, dan klik dua kali pada Marxan.exe untuk mulai menjalankan Marxan. Jika Anda telah membuat semua file masukan benar, Marxan akan menghasilkan solusi dan Anda akan melihat sesuatu yang mirip dengan screen shot di bawah ini.
36
Langkah 8: Menampilkan Marxan keluaran spasial di Quantum GIS Langkah-langkah ini menunjukkan kepada Anda bagaimana untuk mengimpor hasil dari Marxan dan menampilkannya dalam bentuk peta di Quantum GIS: Impor Best Solution atau Summed Solution File best solution memberitahu kita yang unit perencanaan berada di reserve network configurations yang memiliki skor terendah fungsi tujuan dari semua reserve network configurations dihasilkan dengan menjalankan Marxan. File summed solution memberitahu kita berapa kali setiap unit perencanaan terpilih di semua konfigurasi jaringan cadangan dihasilkan dengan menjalankan Marxan. Di sini kita menggunakan Qmarxan untuk mengimpor informasi dari file best solution dan summed solutiondan menyimpannya dalam file planning unit. - Dalam menu "Plugins", pilih "Qmarxan", kemudian klik " Import Marxan Results ", - Pilih planning unit file di kontrol "Planning Grid", - Pilih "pu_id" pada kontrol "Planning Unit Id Field", - Browse "output_best" dari folder output Marxan Anda jika Anda ingin mengimpor best solution, ataun - Browse "output_ssoln" jika Anda ingin mengimpor hasil summed solution, - Pilih "Create New" pada "Select Results Field Name" kontrol untuk menambah hasil Marxan ke beberapa field planning unit anda, - Ketik "BEST" atau "SSOLN" pada kontrol "Enter New Results Field Name" untuk memberikan field Anda nama baru.
37
Formulir Anda akan terlihat seperti ini:
Sekarang klik "OK" untuk menulis hasil berkas Marxan untuk perencanaan satuan tabel DBF. Tampilan Best Solution atau Summed Solution Di sini kita menggunakan Quantum GIS untuk menampilkan peta yang menunjukkan kita planning unit yang dipilih dalam reserve network configurations untuk "Best Solution" yang dihasilkan oleh Marxan, dan menampilkan sebuah peta yang menunjukkan berapa kali setiap unit perencanaan terpilih di semua reserve network configurations yang dihasilkan oleh Marxan. - Double klik pada layer planning unit dalam daftar pada panel sebelah kiri Quantum GIS, - Pilih "Categorized" jika Anda ingin menampilkan best solution atau "Graduated" jika Anda ingin menampilkan summed solution, - Pilih Kolom yang tepat, "BEST" atau "SSOLN". Formulir Anda maka akan terlihat seperti ini:
38
Sekarang klik "OK" untuk menampilkan hasil Marxan di Quantum GIS. Ini merupakan latihan dan kegiatan untuk hari 1 pengenalan program Marxan.
39
