Bijlage 1
Over de Herculesstichting
Overzicht goedgekeurde aanvragen middelzware infrastructuur voor de oproep 2013-2014 • • • •
Associatie KU Leuven Associatie Universiteit & Hogescholen Antwerpen Associatie Universiteit Gent Universitaire Associatie Brussel
Hieronder vindt u de goedgekeurde projecten van de Associatie KU Leuven voor de oproep 2013 - 2014 voor middelzware infrastructuur: AKUL/1303: Alamire Digital Lab
Promotor-woordvoerder: David Burn Wetenschapscommunicatie: Overeenkomstig haar opdracht om het muzikale verleden van de Lage Landen te bestuderen en het onderzoek te coördineren, voert de Alamire Foundation een grootschalig digitalisatieprogramma uit. Dit project beoogt de ontwikkeling van het Alamire Digital Lab (ADL) en de constructie van de Integrated Database for Early Music (IDEM). Het ADL is een hoogtechnologische opstelling, uitgerust met state-of-the-art apparatuur waarmee muziekhandschriften en -drukken volgens de hoogste standaarden en kwaliteitseisen kunnen worden gefotografeerd. De digitale beelden zullen worden geïntegreerd in IDEM en vormen de kern van deze veelzijdige databank die geconcipieerd is als een online, vrij toegankelijk platform voor de preservering, studie en valorisatie van bronnen van muzikaal erfgoed. Dit werkinstrument zal verder worden ontwikkeld vanuit een samenwerkingsproject binnen de KU Leuven van de Onderzoekseenheid Musicologie / Alamire Foundation, ESAT (Departement Elektrotechniek) en LIBIS (Universiteitsbibliotheek). Het zal worden ingezet in het academisch onderzoek, de muziekuitvoering, de educatie en het cultureel erfgoed, zowel op universitair als op Vlaams en internationaal niveau.
AKUL/1305: Clavis clavium: an integrated reference database and collaborative update platform to open up Patristic, Medieval and Byzantine texts
Promotor-woordvoerder: Gert Partoens Wetenschapscommunicatie: De aangevraagde financiering zal worden aangewend ter ontwikkeling van de infrastructuur van de Clavis clavium- database. Deze heeft 3 doelen: (1) de integratie van 17 bestaande gedrukte claves met elk een eigen structuur en eigen kenmerken; (2) het updaten van verscheidene van
Over de Herculesstichting deze claves (Clavis Patrum Latinorum/Graecorum en Bibliotheca Hagiographica Latina/Graeca) via een online update platform; (3) het linken van de informatie geboden door de verschillende claves met andere informatie op het internet. De ontwikkeling van de infrastructuur zal een duur en tijdrovend proces zijn omdat het onvoldoende gestructureerde karakter van de beschikbare data (de gedrukte claves) het omzettingsproces bemoeilijkt en een gedetailleerde data-analyse veronderstelt in functie van een customized database. Het programmeren van de infrastructuur vereist een verregaande samenwerking tussen data-analisten van de KU Leuven en programmeurs van Brepols Publishers. Na de programmering van de infrastructuur van de database en de inherent ermee verbonden data-analyse, zal Brepols Publishers de kosten dragen voor data-input, publicatie (www.brepolis.net) en het verdere onderhoud van de Clavis clavium.
AKUL/1306: An integrated platform to investigate the neural mechanisms underlying adaptive behavior and complex learning
Promotor-woordvoerder: Hans Op de Beeck Wetenschapscommunicatie: De mogelijkheid om te leren en gedrag aan te passen aan de omgeving is cruciaal voor de overleving van elk dier. Mensen en andere zoogdieren vertonen zeer complexe vormen van leren. De hersenen zijn cruciaal voor dit leren. Het is een hele opgave om complex leren te onderzoeken in het laboratorium en nog meer om te achterhalen wat de basis is van dit complex leren in de hersenen. Dit project is aangevraagd door een consortium van wetenschappers uit de psychologie en de biologie die ervaring hebben in de controle en de manipulatie van complex gedrag en leren, en in de meting van parameters van hersenwerking tijdens en na zulk leren. De aangevraagde apparatuur zal hen toelaten om de experimentele controle van complex gedrag en leren nog op te voeren en daarbij deze gedragsmanipulaties te combineren met hersenmetingen op verschillende niveaus, gaande van individuele hersencellen tot grote populaties van zulke cellen.
AKUL/1307: Platform for Integrating Psychological, Pneumological, Genetic, Rehabilitative, Immunological and Neural Aspects of Dyspnea (PIPPGRIN_AD)
Promotor-woordvoerder: Andreas von Leupoldt Wetenschapscommunicatie: Dyspnee is een kernsymptoom van prevalente respiratoire ziekten zoals COPD, maar ook van hartziekten, kanker en van psychiatrische en psychosomatische aandoeningen. Dyspnee veroorzaakt een grote lijdensdruk, ernstige hinder in het dagelijks functioneren en omvangrijke maatschappelijke kosten. Met dit project willen we een team van experten uit verschillende disciplines samenbrengen om een nieuw onderzoeksprogramma over dyspnee op te starten. Dit team zal expertise integreren uit de psychologie, de pneumologie, de revalidatiewetenschappen, de psychiatrie, de genetica en de neurowetenschappen. Door een doorgedreven en geïntegreerde samenwerking willen we dit ingrijpend symptoom beter begrijpen dan via een enkelvoudige specialistische visie mogelijk is. Via een “state-of-the-art” technisch platform willen we onderzoeken hoe dyspnee beïnvloed wordt door psychologische, neurologische, immunologische en genetische factoren en hoe interacties tussen deze factoren een effect hebben op de klinische toestand en evolutie van patiënten met dyspnee. Het doel is om een multiniveau en multidisciplinair model te ontwikkelen om zo bij te dragen tot nieuwe en betere behandelingen.
>
Over de Herculesstichting AKUL/1309: Animal Vision Center
Promotor-woordvoerder: Lieve Moons Wetenschapscommunicatie: Het Animal Vision Center is een platform dat de nieuwste technieken op het vlak van beeldvorming en elektrofysiologie in het oog, en visuele functietesten in proefdieren bij elkaar brengt. Met deze complementaire set van technieken wilt het consortium, gevormd door onderzoekers uit de departementen Biologie, Neurowetenschappen en Cardiovasculaire wetenschappen, het oog- en visueel systeem-onderzoek aan de KU Leuven naar een hoger niveau tillen. Het onderzoek binnen het consortium concentreert zich op oogziekten en hun impact op het visueel systeem. In het Animal Vision Center kan één dier een gestroomlijnde set aan metingen ondergaan om informatie te verwerven over de morfologische intactheid van zijn visueel systeem en de gevolgen op neuronale communicatie en visuele prestaties. Dit leidt tot de meest complete verzameling aan informatie over de impact van een interventie (vb. ziektemodel, genetische of farmacologische manipulatie) op de structuur en functie van het visueel systeem.
AKUL/1310: COPAS BIOSORT flow cytometer and locomotion analysis hardware
Promotor-woordvoerder: Liliane Schoofs Wetenschapscommunicatie: Het gebruik van gepaste modelorganismen staat ons toe om moleculaire processen die ons gedrag regelen binnen een begrijpbaar kader te bestuderen. Onze onderzoeksgroepen bevragen de biochemische basis van onder andere leergedrag en geheugen, veroudering, vetopslag, metabolisme en genetische factoren in levende wezens, gebruik makend van het populaire modelorganisme Caenorhabditis elegans. Transgene wormen kunnen in een periode van enkele weken gemaakt worden, waardoor het onderzoek enorm veel sneller kan verlopen dan voor nagenoeg alle andere modelorganismen. Omdat we onze internationaal sterke positie willen behouden, en om specifiek dat snelheidsvoordeel tenvolle te benutten, is er nood aan een automatisch systeem voor selectie van de interessante transgene dieren (COPAS Biosort) en verdere fenotypische studie (software voor tracking en analyse). Zonder dit platform kan het voordeel van het C. elegansmodel niet tenvolle uitgespeeld worden. Dankzij geautomatiseerd wormsorteren en fenotyperen, kunnen we de fundamenten van verschillende processen - die relevant zijn voor menselijk gedrag en ziekte - beter en sneller begrijpen.
AKUL/1311: 400 MHz liquid-state NMR spectrometer
Promotor-woordvoerder: Koen Binnemans Wetenschapscommunicatie: De gebruiksvriendelijke 400 MHz NMR-spectrometer is een zeer belangrijk werkinstrument voor de onderzoekgroepen die actief zijn op het gebied van organische en anorganische synthese binnen de nieuwe Corelab onderzoeksfaciliteiten op de Arenberg III Campus van de KU Leuven. Meer dan 100 onderzoekers zullen actief gebruik van dit instrument maken. Door een sterke automatisatie en gevoelige elektronica voor dataverzameling zorgt deze NMR-spectrometer voor een hoger doorvoer van stalen. NMR wordt gebruikt voor het bepalen van de structuur van organische moleculen en metaalcomplexen in oplossing. De techniek is ook essentieel voor de identificatie van onbekende verbindingen zoals
>
Over de Herculesstichting nieuw afgezonderde natuurproducten en voor zuiverheidsbepaling van gesynthetiseerde verbindingen. NMR een zeer nuttige technieken voor het opvolgen van het verloop van chemische reacties. De NMRspectrometer wordt naast onderzoek eveneens gebruikt voor het training van de volgende generaties van chemische in gevorderde NMR-technieken.
AKUL/1317 : GAMBAS: Generation And Measurement of Broadband Analog Signals
Promotor-woordvoerder: Patrick Reynaert Wetenschapscommunicatie: De vooruitgang van nanotechnologie heeft ertoe geleid dat geïntegreerde elektronisch schakelingen of ‘chips’ gebruik kunnen maken van zeer hoge frequenties. Dit leidt tot nieuwe toepassingen in het domein van communicatie, beeldvorming en afstandsmetingen waar hoge frequenties en hoge bandbreedtes worden toegepast. Het onderzoek naar het ontwerp van dergelijke schakelingen vereist een validatie wat concreet betekent dat deze schakelingen moeten worden geïmplementeerd en opgemeten in een labo. Bijgevolg is er nood aan een meetinfrastructuur waar zeer breedbandige signalen kunnen worden opgewekt en opgemeten. Dat is de doelstelling van dit GABMAS voorstel. De aangevraagde infrastructuur speelt daarom een belangrijke rol voor de validatie van het onderzoek naar chips voor hoge-snelheid datacommunicatie en nauwkeurige beeldvorming en afstandsmetingen
AKUL/1318: Multi-functional 5G software defined radio testbed
Promotor-woordvoerder: Sofie Pollin Wetenschapscommunicatie: De flexibiliteit en alomtegenwoordigheid van draadloze communicatie heeft een belangrijke rol gespeeld in de snelle groei van slimme telefoons of tablet PCs, en was daardoor een belangrijke drijfveer achter belangrijke technologiedoorbraken in het laatste decennium. Met de trend naar nog kleinere en energie-efficiënte oplossingen, wordt verwacht dat draadloze communicatie een belangrijke rol zal blijven spelen in technologie innovatie. De volgende generatie draadloze communicatie, 5G en het Internet-of-Things, zal bestaan uit radicaal verschillende oplossingen dan we nu gewoon zijn. Om extreem spectraal- en energie efficiëntie oplossingen mogelijk te maken zien we een evolutie naar zeer flexibele communicatieoplossingen die gedistribueerd zijn en samenwerken zodat het systeem op elk moment de beste efficiëntie bereikt. Van grote basisstations zien we bijvoorbeeld een evolutie naar heel veel kleine basisstations, elk met een veel kleinere straling. Dergelijke evoluties zullen innovaties vragen over verschillende aspecten van een draadloos communicatiesysteem heen: antenne, hardware en software. Het voorgestelde multifunctionele 5G testbed zal dit mogelijk maken in Vlaanderen.
AKUL/1319: CombiS(T)EM: Combined SEM-STEM for high-resolution and high-throughput imaging and analysis of advanced materials
Promotor-woordvoerder: Seo Jin Won Wetenschapscommunicatie: Het wordt vaak gezegd, “een beeld spreekt meer dan 1000 woorden”. In materiaal wetenschappen is de mogelijkheid om monsters te “zien” een
>
Over de Herculesstichting revelatie, een ontdekken van nieuwe structuren of fenomenen. Transmissie elektronen microscopie (TEM) – met haar mogelijkheden voor hoge resolutie beelden op nanoschaal, elektronen buiging en chemische analyses – is een van de meeste belangrijke karakteriseringstechnieken geweest in de materiaal wetenschappen. De CombiS(T)EM is de ultieme oplossing voor efficiënte karakterisering op de nanoschaal ten einde een sterke positie te behouden betreffende materiaal synthese, ontwikkeling en verwerkingen om de toekomstige uitdagingen vanuit de industriëlen noden en specificaties te kunnen vervullen. De voorgestelde Combi(S)TEM combineert hoge resolutie, snelle beeldvorming met element analyse. In dit project de voornaamste tekortkoming van TEM – het maken van een geprojecteerde “schaduw” van het voorwerp – wordt hiermee ook omzeild door het gebruik van een bijkomende BSE detector waarmee de TEM de mogelijkheden van een SEM krijgt om oppervlaktes af te beelden.
AKUL/1321: Sensitivity-enhanced multinuclear solid-state nuclear magnetic resonance (NMR) instrument
Promotor-woordvoerder: Johan Martens Wetenschapscommunicatie: Kernspin resonantie spectroscopie (NMR) detecteert de “radio signalen” van atoomkernen in moleculen en materialen in een sterk magneetveld. Toegepast op poreuze materialen gebruikt als chemische katalysatoren geeft deze vorm van spectroscopie gedetailleerde informatie over de structuur van de bestudeerde materialen, evenals over de beweeglijkheid en reacties van moleculen in de poriën. Met dit Hercules project zal KU Leuven een top NMR spectrometer verwerven, waarin een 11.7-T cryogeen-vrije supergeleidende magneet zal worden gekoppeld met een van de meest geavanceerde consoles op dit moment. M.b.v. dit geavanceerde toestel willen de Leuvense onderzoekers een significante verbetering van de NMR gevoeligheid en verkorting van de benodigde meettijd bewerkstelligen. Hiertoe ontwikkelt men nieuwe experimenten die gebruik maken van de kernspin polarisatie die vrijkomt door symmetrie breking, wanneer para-waterstof moleculen een wisselwerking aangaan met de wanden van de poriën in de poreuze materialen.
AKUL/1324 Electron beam lithography system combining nanometer size writing capabilities with high quality imaging/inspection of (written) nanostructures
Promotor-woordvoerder: Victor Moshchalkov Wetenschapscommunicatie: Nanowetenschappen hebben aangetoond onmisbaar te zijn in het beantwoorden van recente technologische uitdagingen en zullen dit, zonder twijfel, ook in de komende jaren zijn. Materialen met nieuwe functionaliteiten worden gecreëerd door het ontwerpen en implementeren van de juiste opsluitingfenomenen voor zowel lading, spin als licht. Hun toepasbaarheid gaat van energie oogsten, de gezondheidszorg en informatie technologie om er enkele te noemen. Aan de KU Leuven onderzoeken verschillende groepen de mogelijke impact en/of toepasbaarheid van het verkleinen van materialen in de nanometerschaal. Om competitief te zijn in deze onderzoeksvelden is het uitermate belangrijk om een nanofabricatie faciliteit te hebben met ongeëvenaarde resolutie. De diversiteit van interessante nanosystemen, gaande van één nanostructuur tot roosters van deze structuren, maakt flexibiliteit een uiterst belangrijke eigenschap. Dit elektronen bundel lithografie systeem combineert nanometer schrijf resolutie met hoge kwaliteit beeldvorming/inspectie. De veelzijdigheid van het toestel laat onderzoekers uit verschillende disciplines toe om
>
Over de Herculesstichting complexe nanostructuren te maken nodig voor hun onderzoek.
AKUL/1325: Advanced Ultra-sensiTive MAgneTometry InfrastruCture (AUToMATIC) (application for a SQUID-VSM MPMS3)
Promotor-woordvoerder: Margriet Van Bael Wetenschapscommunicatie: In deze projectaanvraag wensen we een nieuw toestel te kopen dat toelaat om zeer gevoelig en nauwkeurig de magnetisatie te meten van zgn. nanogestructureerde materialen. De magnetisatie is een fundamentele eigenschap die zeer nauw verbonden is met het gedrag en lokalisatie van de elektronen in een materiaal. Simpelweg zou men kunnen stellen dat elk elektron lijkt op een kompasnaaldje en dat de magnetisatie de gemiddelde richting en sterkte de kompasnaalden aangeeft. Onze wetenschappelijke interesse gaat uit naar het gedrag van die magnetisatie wanneer we de afmetingen van het materiaal reduceren naar het nanometergebied, d.w.z. slechts enkele tientallen atomen dik. Naast de fundamenteel wetenschappelijke interesse om te begrijpen hoe de magnetisatie zich gedraagt, is dit ook een gebied dat reeds belangrijke technologische toepassingen geleverd heeft, bv. de dataopslag in een computer. Het voorziene nieuwe toestel (een `SQUID-magnetometer’) heeft een superieure gevoeligheid, meetsnelheid en controle over de temperatuur van het te meten monster. KU Leuven is de enige plaats in Vlaanderen met de expertise en uitrusting voor zulke precieze magnetische metingen.
AKUL/1329 : High field Magnetic Resonance Imaging (MRI) scanner for pre-clinical research
Promotor-woordvoerder: Uwe Himmelreich Wetenschapscommunicatie: In vivo validatie van ziekten en therapieën in diermodellen maakt een essentieel deel uit van het biomedisch onderzoek en de ontwikkeling van nieuwe behandelingen. Niet-invasieve anatomische, functionele en moleculaire informatie draagt bij tot de kennis van de biologische, biofysische en biochemische mechanismen van ziekten aangezien ze vaak voorafgaan aan de symptomen. Kern spin tomografie (KST) is een van de meest gebruikte methoden in preklinische onderzoek en klinische diagnose. De 7 Tesla KST met grote kerndiameter voor preklinisch onderzoek vormt de basis voor een doorgedreven translationeel onderzoek en laat toe om beeldvormingstechnieken te combineren door optische, elektrofysiologische en radionuclide detectoren te incorporeren in het KST systeem. Het systeem zal niet enkel toelaten om grotere dieren te bestuderen maar ook chirurgische specimen met hogere resolutie dan met een klinisch KST systeem, waardoor een link mogelijk wordt tussen klinische diagnostische radiologie en histopathologie. Dit toestel zal toelaten om de bestaande collaboraties tussen onderzoeksgroepen aan de KU Leuven en de UHasselt uit te diepen en de industriële connecties verder uit te bouwen.
AKUL/1337: Modulation and Recording of Circuit Activity using Double Optics (MaRCADO)
Promotor-woordvoerder: Pieter Vanden Berghe Wetenschapscommunicatie: Vele biologische processen worden gereguleerd door centrale en perifere zenuwnetwerken die een verscheidenheid aan prikkels ontvangen en
>
Over de Herculesstichting integreren. Functionele defecten kunnen ontstaan door fouten tijdens de ontwikkeling of door neurodegeneratieve aandoeningen, en kunnen leiden tot diverse symptomen gaande van onverklaarbare pijn tot cognitieve en motorische afwijkingen. De complexe driedimensionele architectuur van zenuwnetwerken vereist gespecialiseerde technieken om ze te doorgronden. Om een duidelijk beeld te krijgen van de connecties tussen individuele neuronen is het essentieel om hun activiteit gelijktijdig te visualiseren. Omdat dit tot nu toe niet mogelijk was, stellen we in dit project een toestel (MaRCADO) voor dat toelaat om, met voldoende resolutie, simultaan en op twee verschillende locaties, zowel individuele cellen optisch te stimuleren als zenuwactiviteit te meten. Dit systeem zal eerst gebruikt worden om de neuronale circuits in darmwand, en in neurodegeneratieve aandoeningen zoals de ziekte van Alzheimer en amyotrofe lateraal sclerose (ALS) te bestuderen, maar ook om te begrijpen hoe reuksignalen worden geïntegreerd in de hersenen
AKUL/1339: A Image Storage Platform for Analysis Management and Mining (ISPAMM).
Promotor-woordvoerder: Wim Annaert Wetenschapscommunicatie: Om te begrijpen hoe normale cellulaire regulatorische mechanismen ontregeld geraken bij ziekte, zoals ondermeer bij neurodegeneratieve aandoeningen, kanker etc, is het van toenemend belang om de diverse bouwstenen (moleculen) van dergelijke mechanismen met grote precisie kwantitatief te lokaliseren en te meten in cellen en organismen. Dit vereist steeds hogere resolutie opnamen in de ruimte en de tijd van levende cellen. Een exponentieel toenemend probleem is dan ook om de gigantische hoeveelheid aan beeldmateriaal ook efficiënt en veilig op te slaan maar ook een systeem te hebben dat toelaat om op eenvoudige wijze data te ordenen en te analyseren. Het inbouwen van een veilig back-up systeem is tevens een antwoord op het vermijden van wetenschappelijke fraude bij publicaties. Dit ISPAMM project zal Vlaamse wetenschappers toelaten om de variëteit aan beelden veilig op te slaan en ze op alle mogelijke tijdstippen te interpreteren en te communiceren met collega-wetenschappers uit verschillende domeinen van de levenswetenschappen.
AKUL/1341: Microfluidics for single-cell omics.
Promotor-woordvoerder: Thierry Voet Wetenschapscommunicatie: Microfluidica voor omics van een individuele cel, The C1 Single-Cell Auto Prep System, BioMark HD System and IFC controllers (Fluidigm) for singlecell analyses. Door recente ontwikkelingen in genoom en transcriptoom amplificaties is het nu mogelijk om het DNA en RNA van een individuele cel te bestuderen door middel van sequensen. Deze single cel analyses laten ons toe de schaal van genomische, epigenomische en transcriptomische diversiteit die optreedt tijdens de ontwikkeling van een organisme, in tijden van gezondheid en ziekte, in kaart te brengen en beter te begrijpen. De C1-microfluidica laat toe om tot 96 individuele cellen te isoleren vanuit een suspensie, en deze vervolgens klaar te stomen voor genoom of transcriptoom sequenering. Deze microfluidica geven het voordeel van automatische cel-isolering en vervolgens nanoliterreacties te gebruiken voor de amplificatie van de nucleïnezuren van meerdere individuele cellen in parallel volgens sterk gestandaardiseerde condities aan sterk verminderde
>
Over de Herculesstichting kostprijs. De C1 gecombineerd met het BIOMARK en IFC systeem laat bovendien hoge doorvoer getargeted analyses toe op genexpressie, miRNAexpressie en laat genotypering van een individuele cel toe door gebruik van nanofluidica, met als voordeel meer en robuuste data aan verlaagde kost.
AKUL/1342: Automated platform for high-throughput microbiome analysis
Promotor-woordvoerder: Jeroen Raes Wetenschapscommunicatie: Darmmicrobioomanalyse biedt enorme mogelijkheden inzake diagnose, ziektepreventie, patiënten stratificatie en – behandeling. Heel wat basisonderzoek dient echter nog verricht te worden! Dit onderzoek vereist schaalvergroting en stroomlijning van microbiota-analyse in zowel zieke als gezonde mensen. Het startmateriaal voor darmecosysteemanalyse is meestal een bevroren stoelgangstaal. Het verwerken hiervan is helaas niet eenvoudig en zeer arbeidsintensief. Automatisering van de opeenvolgende processtappen (versnijden bevroren feces, DNA-extractie, kwaliteitscontrole, opzetten DNA-bibliotheek en sequentiebepaling) is dan ook dringend en noodzakelijk. AutoMAP is een uniek platform dat deze behoeft vervult en de volledig geautomatiseerde verwerking van bevroren stoelgangstaal tot metagenoom toelaat. AutoMAP tilt microbioomonderzoek naar een hoger niveau. Het speelt in op de behoefte naar onderzoek naar schaalvergroting, naar onderzoek naar verschillende applicatiedoelgroepen, naar reactiesnelheid in een competitief onderzoeksveld en naar het ontwikkelen van longitudinale onderzoekslijnen . Het platform zal een enorme boost geven aan microbioomonderzoek en de vertaling ervan naar de medische sector.
AKUL/1343: High-end, modular EEG equipment for Brain Computer Interfacing (Flanders BCI Lab)
Promotor-woordvoerder: Marc Van Hulle Wetenschapscommunicatie: Elektro-encefalografie (EEG) is de hoeksteen van de niet-invasieve Brein Computer Interfaces (BCI’s) waarmee subjecten hun omgeving kunnen controleren zonder dat ze hiervoor spraak of een andere motorische activiteit nodig hebben. Na de initiële successen dienen zich 3 uitdagende topics aan voor de toekomst. De hybride BCI’s waarvan het doel is tot een snellere en meer robuuste communicatie te komen, door sensors en paradigma’s te combineren (bv. eye trackers). De affectieve BCI’s waarmee subjecten in staat gaan zijn om direct via emoties te communiceren. De cognitieve (of natuurlijke) BCI’s die relateren aan de cognitieve vaardigheden van het subject, zoals selectieve aandacht en geheugen. Om Vlaamse onderzoekers in staat te stellen aan deze evolutie te participeren zijn niet alleen high-resolution EEG apparaten nodig, maar ook apparaten die synchroon kunnen werken om alzo collaboratieve acties tussen subjecten te bestuderen (sociale vaardigheden). Het geviseerde high-resolution EEG apparaat is zeer modulair: bijgevolg kan het consortium ook bediend worden met verschillende medium-resolution EEG apparaten, die tevens synchroon kunnen werken voor collaboratieve experimenten.
>
Over de Herculesstichting AKUL/1345: High Precision Small Animal Radiotherapy Platform
Promotor-woordvoerder: Dirk De Ruysscher Wetenschapscommunicatie: Tijdens de afgelopen decennia heeft er een ongelofelijke evolutie plaatsgevonden in de radiotherapie: de bestralingsbundels kunnen nu zodanig afgestemd worden - zowel in de ruimte als in de tijd - dat enkel de tumor bestraald wordt terwijl de gezonde weefsels maximaal gespaard blijven. Bij het radiotherapeutisch onderzoek op kleine proefdieren maakt men daarentegen nog steeds gebruik van verouderde proefopstellingen, waarbij de dosis noch de volumes die in de kliniek gehanteerd worden, kunnen toegepast worden. De preklinisch waarde van deze proeven kan aldus in vraag gesteld worden. De doelstelling van de huidige applicatie bestaat erin een high-tech bestralingsplatform voor kleine proefdieren, representatief voor de klinische praktijk, te implementeren in het radiotherapeutisch preklinisch onderzoek om aldus de translationele waarde ervan tot een hoger niveau te tillen. Bovendien laat dit platform ook toe om op uiterst gerichte wijze ablatieve bestralingsdosissen toe te dienen op sub-millimetrische doelwitten in het lichaam. Dergelijk bestralingsplatform kent dus zeer zeker veel bredere toepassingsmogelijkheden dan puur radiotherapeutisch-oncologisch onderzoek.
AKUL/1347: NanoCT and BioreactorCT for a better understanding of the dynamics of 3D tissue formation in regenerative medicine: from clustered cells towards organized multi-tissue system and whole organs
Promotor-woordvoerder: Frank Luyten Wetenschapscommunicatie: Omdat cell clusters, weefsels en organen 3D structuren zijn met een complexe ruimtelijke heterogeniteit, bieden traditionele 2D visualisatietechnieken onvoldoende oplossing om de dynamiek van weefselremodellering tijdens ontwikkeling, pathologie, regeneratie en herstel te onderzoeken. Om meer ruimtelijke en tijdsafhankelijke informatie te genereren, gaat het consortium zowel een nanofocus computer tomografie (NanoCT) toestel aankopen als een op maat gemaakt microCT toestel dat wordt gebouwd rond een perfusie bioreactor (BioreactorCT). Ten eerste streven wij ernaar om contrastverbeterde nanoCT verder te ontwikkelen, optimaliseren en valideren als virtuele histologische evaluatie tool voor multi-weefsel systemen en voor cel tracking. Hierdoor waarderen wij nanoCT op van een puur morfologische beeldvormingstechniek tot een functionele kwantitatieve 3D multi-weefsel meettechniek. Ten tweede willen wij de BioreactorCT optimaliseren en valideren om, gecombineerd met contrastvloeistoffen en/of cel labels, bioreactor-gedreven 3D weefselvorming en/of in vitro gedrag van georganiseerde cel clusters dynamisch te visualiseren. Dit laat toe om ex vivo informatie te linken met in vitro gedrag.
>
Over de Herculesstichting Hieronder vindt u de goedgekeurde projecten van de Associatie Universiteit & Hogescholen Antwerpen voor de oproep 2013 - 2014 voor middelzware infrastructuur:
AUHA/13001: 3D Dynamical Morphology by Biplane high speed Xray-videography
Promotor-woordvoerder: Peter Aerts Wetenschapscommunicatie: Beweging is een sleutelkenmerk voor dieren. Daarom heeft de morfologie van het musculoskeletale systeem ook een dynamische dimensie: de configuratie van het musculoskeletale apparaat en de vorm en structuur van zijn componenten verandert over de tijd. Bewegingen van interne structuren kunnen enkel worden geregistreerd met Xstralen-(hoge snelheid) video-opnames. Biplanaire Xstraal-videografie aan hoge snelheid en resolutie (full HD) laten accurate 3D-tracking van (been)markers toe. Wanneer dit wordt gekoppeld aan geëigende morfologische technieken (CTscaning, laser-oppervlakte scanning), biedt biplanaire Xstraal videografie nieuwe mogelijkheden voor gedetailleerde analyse van `bewegende morfologie’. `Mapping’ van de posities van (been)markers van gedigitaliseerde anatomische structuren op de 3D-tijdsprofielen van deze markers zoals ze uit de biplane Xstraal opnames worden verkregen (zogenaamde XROMM: `Xray reconstructed moving morphology’) laat niet alleen de gedetailleerde analyse van musculoskeletale beweging toe, maar biedt dit ook verder mogelijkheden voor geavanceerde biomechanische modellering (mechanica van stijve lichamen, eindige elementen modellering, etc.).
AUHA/13003: High-Frequency Ultrasound Imaging System Vevo 2100
Promotor-woordvoerder: Guido De Meyer Wetenschapscommunicatie: Hoge-frequentie ultrasound beeldvorming leidt tot een significante verbetering van de kwaliteit en de snelheid waarmee in proefdiermodellen informatie kan bekomen worden omtrent ziektebeelden die voorkomen bij de mens. Omdat deze technologie niet-invasief is, kan eenzelfde groep proefdieren opgevolgd worden in de tijd. Hierdoor vermindert het aantal benodigde proefdieren substantieel, terwijl de nauwkeurigheid van de bekomen data toeneemt. De beschikbaarheid van deze hoge resolutie technologie in het proefdieronderzoek impliceert dat muis en rat modellen van hart-, vaat- en nierziekte kunnen worden onderzocht met dezelfde techniek als bij de mens. Dit kan hoogstwaarschijnlijk leiden tot nieuwe inzichten in de pathofysiologie, genetica en behandelingen voor hart-, vaat- en nierziekten bij de mens.
AUHA/13005: Partial replacement of the NMR infrastructure for the structural elucidation of synthetic and natural substances
Promotor-woordvoerder: Bert Maes Wetenschapscommunicatie: Een consortium bestaande uit onderzoeksgroepen van de Universiteit Antwerpen (virtueel interfacultair platform opgericht in 2008) vernieuwt met dit project een deel van hun NMR infrastructuur. De afdeling Organische Synthese (ORSY), het Laboratorium voor Medicinale Chemie (UAMC) en het
>
Over de Herculesstichting Laboratorium voor Farmacognosie en Farmaceutische Analyse (LPPA) zijn de hoofdgebruikers van de momenteel aanwezige NMR spectrometers op de Universiteit Antwerpen. Voor de onderzoeksgroepen Cryospectroscopie (CRYO) en Groene Eco-efficiënte Hernieuwbare Materialen (GERM) zal de state-of-the-art NMR infrastructuur het opstarten van nieuwe en de versterking van lopende onderzoekslijnen mogelijk maken. Gezien het belang van NMR als analytische karakteriseringstechniek voor laboratoria die met organische moleculen te maken hebben, bekomen via organische synthese, de isolatie van natuurproducten, of via externe partners/klanten is het vervangen van de bestaande apparatuur essentieel voor het toekomstige onderzoek van de aanvragers van dit project
AUHA/13006: Equipment for high-speed, refrigerated, preparative ultracentrifugation, automated gradient formation and fraction collection and analysis Promotor-woordvoerder: Louis Maes Wetenschapscommunicatie: Preparatieve ultracentrifugatie is een wijd verspreide en essentiële techniek in verschillende wetenschappelijke domeinen, zoals microbiologie, virologie, celbiologie, moleculaire biologie, nanomaterialen en polymeer wetenschappen. Met dit project hebben de aanvragers een multidisciplinair team gevormd aan de AUHA om toegang te krijgen tot een ‘state of the art’ ultracentrifuge. Dit toestel, zal gecombineerd worden met een uitrusting om het maken van gradiënten te automatiseren en om deze gradiënten na centrifugatie te fractioneren en te analyseren. Dit zal ons toelaten om een gedetailleerde karakterisatie te doen van de grootte, vorm en interactie van (macro-)moleculen en supramoleculaire structuren in oplossing. Daarenboven laat deze techniek toe om deze (macro-)moleculen en structuren op te zuiveren en te scheiden, wat zo verdere analyse en bewerken toelaat. Het beschikbaar zijn van deze tools en de vorming van een multidisciplinair consortium, zal niet alleen een hefboom zijn voor het huidige onderzoek, maar zal ook bevorderend werken voor toekomstige onderzoeksaanvragen en samenwerkingen.
AUHA/13008: Stepped Care Translational Research Platform for Treatment-Resistant Depression
Promotor-woordvoerder: Bernard Sabbe Wetenschapscommunicatie: Dit project omvat de oprichting van een geïntegreerd translationeel onderzoeksplatform voor psychiatrie, met een specifieke focus op therapieresistente depressie (TRD). Depressie is een van de belangrijkste psychiatrische stoornissen en is geassocieerd met aanzienlijke uitgaven in de gezondheidszorg in Vlaanderen. Een substantieel deel van de patiënten met een zware depressie reageren niet op de huidige behandelingen en zijn therapieresistent. Het platform zal hoogwaardige heterogene gegevens verzamelen van zowel routine outcome metingen als van beschikbare klinische gegevens van alle patiënten in de psychiatrie afdelingen van de deelnemende instellingen, waardoor een betere stratificatie van TRD patiënten mogelijk wordt. Het onderzoeksplatform omvat volgende elementen: a) een data platform voor het opslaan en delen van onderzoeksgegevens; b) data-analyse modules, c) een module voor rekrutering van patiënten voor klinische studies; en d) de uitbouw van een TRD-Research Unit.
>
Over de Herculesstichting AUHA/13009: TopSPIN for TEM nanostatistics
Promotor-woordvoerder: Dominique Schryvers Wetenschapscommunicatie: In dit project wordt een uitbreiding aan een transmissie elektronenmicroscoop (TEM) toegevoegd waarmee, op een snelle en automatische manier, kwantitatieve informatie over grote nano-gestructureerde gebieden kan verzameld worden. Hiermee vullen we een leemte op die momenteel nog bestaat tussen klassieke TEM en hoge resolutie opnamen waarmee enkel of overzichts- of lokale informatie wordt verkregen. Met het nieuwe toestel verkrijgen we nano-statistische kristallografische data over de structuur en oriëntatie van een gebied met micron afmetingen van nanokristallijn materiaal, en dit met een resolutie die kan gaan tot onder de nanometer, veel lager dan de huidige gelijkaardige technieken in raster elektronenmicroscopie. Belangrijke toepassingen zijn te vinden in het structureel onderzoek naar mechanische eigenschappen van dunne metallische films, de verdeling van de kristaldefecten (grenzen, tweelingen, dislocaties, …) in deze films, effecten van extreme vervormingen op bulkmaterialen die leiden tot lokale nanostructuren, ontstaan van corrosie en lokale barsten aan een oppervlak, oriëntatie van nano-precipitaten en hun effecten op faze-transformaties van de matrix, etc.
AUHA/13010: Improving Care And Research Electronic Data Trust Antwerp (iCAREDATA
Promotor-woordvoerder: Paul Van Royen Wetenschapscommunicatie: Gezondheidszorg gebeurt vaak buiten de kantooruren. Hierover gegevens verzamelen voor onderzoek verloopt nu moeizaam wegens een gebrek aan systematische en kwaliteitsvolle registratie van klinische data voor andere doeleinden dan patiëntenzorg, de diversiteit van de gebruikte software en de variabele kwaliteit van de registratie. Het hoofddoel van de gevraagde infrastructuur is het opzetten van een centrale onderzoeksdatabank (iCAREDATA) om de eerstelijns en interdisciplinaire zorg te verbeteren in Antwerpen. We doen beroep op onze expertise in (inter)nationaal onderzoek over zorg buiten de kantooruren (www.euroohnet.eu) en datakoppeling (www. tranformproject.eu) om gepseudonimiseerde data van huisartsenwachtposten te bewaren en te koppelen aan gegevens van spoedgevallendiensten van ziekenhuizen en apothekers in Antwerpen, en volgen strikt de huidige ethische en privacy vereisten. De beoogde databank biedt unieke onderzoeksmogelijkheden, een state-of-the-art voorbeeld voor de bewaring en koppeling van klinische data en zal weerklank vinden in het Europese project TRANSFoRm.
AUHA/13012: Pamstation 12
Promotor-woordvoerder: Wim Vanden Berghe Wetenschapscommunicatie: Een groot deel van de inspanningen in kankeronderzoek wereldwijd zijn gericht op de ontwikkeling en validatie van diagnostische biomerkers, die kunnen worden gebruikt voor verschillende doeleinden. Zo kunnen tumorbiomerkers helpen om behandelingen of combinatietherapieën patiëntspecifiek te optimaliseren. Gevalideerde biomerkers kunnen ook de selectie van patiënten voor toekomstige klinische proeven vergemakkelijken, waardoor de blootstelling van patiënten aan destructieve behandelingen beperkt wordt tot degenen die hier het meest baat bij hebben. Tumor
>
Over de Herculesstichting biomerkers kunnen ook bij routinecontroles ingezet worden om vroegtijdige diagnose te verzekeren. Om nieuwe prognostische of chemotherapiespecifieke biomerkers te identificeren in therapiesensitieve of -resistente kankerstalen (biopsies) zal gebruik gemaakt worden van een superieur 3-dimensionaal doorstroom microarray Pamgene platform dat toelaat om zowel tyrosine en serine j threonine kinase-activiteit als binding van nucleaire hormoonreceptoren te bepalen via een multiplexmethode op de peptide microarrays in verschillende klinische stalen.
>
Over de Herculesstichting Hieronder vindt u de goedgekeurde projecten van de Associatie Universiteit Gent voor de oproep 2013 - 2014 voor middelzware infrastructuur:
AUGE/1301: 60 GHz arbitrary waveform generator and oscilloscope
Promotor-woordvoerder: Peter Bienstman Wetenschapscommunicatie: In dit project vragen we een hogesnelheid, state-of-the-art elektronisch meetplatform aan dat snelheden kan bereiken tot 60 GHz. Het platform bestaat uit een hogesnelheid real-time oscilloscoop en een arbitraire golfvormgenerator. Het platform is heel generiek en kan gebruikt worden in een brede waaier van toepassingen, zoals geïllustreerd door het grote aantal partners in het consortium, die werken op onderwerpen zoals fotonische informatieverwerking, hogesnelheid fotonische schakelaars, zendontvangers voor de volgende generaties van optische netwerken, antenneontwerp, ultrawideband communicatie zoals gebruikt in het ‘internet-of-things’ en voor binnenhuislocalisatie, studie van blootstelling aan straling, nieuwe modulatietechnieken voor digitale communicatie, ...
AUGE/1302: A Parsed Corpus of Historical Low German
Promotor-woordvoerder: Liliane Haegeman Wetenschapscommunicatie: Zoals reeds door Peters (1973: 1 05) opgemerkt, is de syntaxis van het Middelnederduits (Mnd) nog nauwelijks onderzocht en vormt dus een groot onderzoeksdesideraat. Het geplande corpus is het eerste van deze aard voor het Mnd. Door een hele taalperiode inclusief de geografische variatie daarbinnen af te dekken zal het complementair zijn aan het referentiecorpus Vroegnieuwhoogduits dat tegenwoordig in Duitsland ontwikkeld wordt. Het corpus zal onderzoek naar de diachrone syntaxis zowel voor het Mnd zelf als ook in vergelijking met andere (West-)Germaanse variëteiten enorm vergemakkelijken, waarvoor dit soort corpora al gedeeltelijk bestaan. Het zal bovendien historisch taalkundig onderzoek reproduceerbaar maken en zo de kwaliteit van het onderzoek verhogen. De taalperiode en het taalgebied van het Mnd zullen zo goed mogelijk afgedekt worden door vooral teksten te gebruiken die duidelijk gedateerd en gelokaliseerd zijn. Uit elk schrijfdialect worden teksten van drie teksttypes, afkomstig uit de meest belangrijke schrijfcentra van dit dialect, gekozen, om de maximale chronologische, geografische en stilistische afdekking van het geschreven Mnd (1300-1600) te verzekeren.
AUGE/1305: X-ray diffraction equipment
Promotor-woordvoerder: Johan De Grave Wetenschapscommunicatie: X-stralen diffractie (XRD) analyse is een onmisbare techniek voor mineralogisch onderzoek. Het is een van de fundamentele technieken in de geowetenschappen om materialen te karakteriseren. Die karakterisatie omvat onder andere de identificatie van kristallijne componenten, kwantitatieve analyse van mengsels, bepalen van kristalstructuren, meten van de kristalliniteit en de studie van fysische en chemische eigenschappen van individuele minerale componenten en hun gedrag onder specifieke atmosferische condities. Dit wordt eveneens gereflecteerd in de wijde waaier
>
Over de Herculesstichting aan disciplines in het consortium achter deze aanvraag, waaronder materiaal karakterisatie, ingenieurswetenschappen, bodemkunde, petrologie, mineralogie en sedimentologie. De gevraagde infrastructuur zal de leden van het consortium toelaten om hun innovatieve onderzoeksprojecten verder te zetten en verder uit bouwen.
AUGE/1312: SoLid
Promotor-woordvoerder: Dirk Ryckbosch Wetenschapscommunicatie: Enkele van de meest frappante vragen in de elementaire deeltjes fysica zijn gerelateerd aan het gedrag en het karakter van neutrino’s. Deze deeltjes hebben de merkwaardige eigenschap dat ze nauwelijks interageren met materie, hun massa ontzettend klein is (miljoenen keren kleiner dan de massa van het elektron) en dat ze oscilleren van de ene soort naar de andere. Neutrino’s worden veelvuldig in de natuur geproduceerd, onder andere in de kernfusieprocessen van sterren, bij supernova explosies en bij het botsen van kosmische straling met de bovenste lagen van onze atmosfeer. Ze kunnen ook in het laboratorium worden gemaakt met behulp van krachtige deeltjesversnellers of met kernreactoren. De SoLid detector is een positie- en energiegevoelige neutrino spectrometer gebouwd door de universiteiten van Gent en Antwerpen en geïnstalleerd bij de BR2 onderzoeksreactor van het SCK in Mol. Hij zal gebruikt worden om nauwkeurig de flux van elektron anti-neutrino’s te meten op korte afstanden van de kern van de reactor. De resultaten zullen worden geïnterpreteerd in het kader van de reactor neutrino anomalie en het mogelijke bestaan van zware, supplementaire steriele neutrino’s.
AUGE/1313: High Resolution Mass Spectrometer (HRMS) for Untargeted- and Metabolomics-based Mycotoxin Research
Promotor-woordvoerder: Sarah De Saeger Wetenschapscommunicatie: Mycotoxines zijn secundaire metabolieten geproduceerd door schimmels in voeding, diervoeder en gebouwen. Onder de contaminanten worden mycotoxines beschouwd als de belangrijkste bedreiging voor de gezondheid inzake chronische toxiciteit. Ze veroorzaken economische verliezen door hun negatieve effecten op landbouwhuisdieren en door de verminderde opbrengst van gewassen en opgeslagen landbouwproducten. Hoge resolutie massaspectrometrie is een unieke tool in het biomedisch onderzoek voor de analyse van mycotoxines, en om hun impact op de gezondheid van mens en dier te bestuderen. De voornaamste troeven van dit toestel zijn de ondubbelzinnige identificatie en structuuropheldering van deze kleine moleculen en hun metabolieten in complexe biologische matrices. Dit wordt bekomen door de analyse in `drie dimensies’, waarbij het onderscheid tussen de toxines gebeurt op basis van massa, lading, grootte en afmetingen. Het gevraagde toestel biedt ook een accurate kwantificatie van deze contaminanten. Het toestel zal een bijdrage leveren tot de beschikbaarheid van zuivere standaarden die noodzakelijk zijn voor het mycotoxine onderzoek, en tot een geschikte Europese en wereldwijde wetgeving.
>
Over de Herculesstichting AUGE/1315: “FLAMINCO”: Co-extrusion and lamination equipment for integration of functional components in advanced multilayer materials
Promotor-woordvoerder: Joris Degrieck Wetenschapscommunicatie: Hogeschool Gent KASK & Conservatorium wil in samenwerking met de vakgroep Architectuur & Stedenbouw van de Universiteit Gent een Experimental FormLab inrichten op de Bijlokecampus. In het lab komen state-of-the-art 3D-scan-en-printinfrastructuur en een vacuümvormmachine gewijd aan onderzoek in de autonome en toegepaste kunsten en in de architectuur. Met dit lab willen beide instellingen interdisciplinaire samenwerking stimuleren. De onderzoekers zullen de infrastructuur aanwenden voor experimenten met materialen, software en hardware die moeten resulteren in waardevolle valoriseerbare bijdragen in hun verschillende disciplines. Nu reeds gepland onderzoek zal onder meer gericht zijn op vormenstudie in beeldhouwkunst, schoenontwerp, muziekinstrumentenbouw en meubelontwerp; nieuwe materialen en hun mogelijke toepassingen in schoenontwerp en beeldhouwkunst; experimenten inzake de relatie tussen het virtuele en het tastbare in verscheidene mediakunst- en architectuurprojecten; en constructie en toepassing van schaalmodellen in de autonome kunsten, architectuur en architecturaal ontwerp.
AUGE/1316: Wide-range multi-purpose Fourier-Transform Infrared spectrometer for Materials, Archaeological and GEological Research (FT-IMAGER) Promotor-woordvoerder: Henk Vrielinck Wetenschapscommunicatie: De gevraagde infrastructuur is een gecombineerde Fourier-Transform InfraRood spectrometer-microscoop, werkzaam in een spectraal gebied dat zich uitstrekt van het nabije tot het verre infrarood. Dit unieke, veelzijdige instrument zal antwoord geven op een brede waaier aan onderzoeksvragen in materiaalfysica en -chemie, archeologie en geologie.
AUGE/1319: Electron Beam Lithography System
Promotor-woordvoerder: Dries Van Thourhout Wetenschapscommunicatie: Micro- en nanotechnologie worden almaar belangrijker bij toponderzoek, en zowel in domeinen als de fundamentele fysica, nanofotonica, nanoelektronica, micro- en nanomechanica als in de bio- en medische wetenschappen en bij geavanceerde beeldvorming. Elektronenbundellithografie, waarbij een gefocusseerde bundel van elektronen met nanometerresolutie schrijft in een fotogevoelige laag, is de meest courant gebruikte technologie voor de initiële definitie van deze patronen. Daarna kunnen andere technieken zoals metaaldepositie of plasma-etsen gebruikt worden om deze patronen duurzaam in het finale substraat over te brengen. Waar deze extra technieken gemakkelijk toegankelijk zijn voor Vlaamse onderzoekers, bv. in de UGent Clean Room, is er op dit moment geen vlotte toegang tot een hoogwaardig elektronbundellithografie systeem in Vlaanderen, wat de voortgang van het onderzoek in een brede waaier van domeinen alsmaar meer belemmert. Daarom beogen we het verwerven van zo’n elektronbundellithografie systeem en de integratie ervan met de bestaande complementaire micro- en nanotechnologie infrastructuur in de UGent Clean Room en zo een Vlaams excellentiecentrum verder uit te bouwen.
>
Over de Herculesstichting AUGE/1321: Functional Near Infrared Spectroscopy (fNIRS)
Promotor-woordvoerder: Marcel Brass Wetenschapscommunicatie: Het meten van hersenactiviteit met neurobeeldvormingsmethoden heeft ertoe geleid dat we beter begrijpen hoe perceptie, actie en cognitie geïmplementeerd worden in het menselijke brein. Hoewel we de laatste twee decennia een snelle ontwikkeling hebben gekend van nieuwe beeldvormingstechnieken van de hersenen, is geen enkele methode geschikt voor alle onderzoeksvragen. Functional near-infraread spectoscopry (fNIRS) meet veranderingen in het niveau van zuurstofverzadiging van het bloed met bijna-infrarood licht. Vergeleken met andere methoden die hersenactiviteit afleiden op basis van de zuurstofverzadiging van het bloed, zoals functional magnetic resonance imaging (fMRI), is fNIRS relatief kostenefficiënt. Bovendien is de methode minder gevoelig voor hoofdbewegingen en dienen deelnemers niet te liggen in een nauwe cilinder. Deze eigenschappen van fNIRS maken dat het perfect geschikt is om onderzoeksvragen te bestuderen met betrekking tot motorische controle, sociale interacties, en taalproductie en om hersenactiviteit van kinderen te meten.
AUGE/1323: HiSeq 2500: high-throughput next-generation sequencer for ultrafast and cheap decoding of whole exomes, genomes, transcriptomes, epigenomes and viromes
Promotor-woordvoerder: Elfride De Baere Wetenschapscommunicatie: Dit Hercules project zal expert UGent/AUGent teams toegang geven tot NGS apparatuur met hoge doorvoer zodat (epi)genoom, transcriptoom en viroom data snel kunnen worden bekomen. Het team zal de technologie uittesten tot op zijn limiet, namelijk tot op het niveau van één cel of tot minieme hoeveelheden materiaal. Het unieke, multidisciplinaire consortium heeft een complementaire expertise in technische knowhow, bio-informatica, en in verschillende aspecten van ziekte en gezondheid. Vanuit het IOF BIOMARKED valorisatieconsortium zal een breed toegankelijk, innovatief biomerker platform voor gepersonaliseerde geneeskunde uitgebouwd worden. Nieuwe inzichten in complexe biologische systemen en de mogelijkheden om nieuwe bevindingen te bevestigen in grote validatie studies zal leiden tot gepersonaliseerde -omics profilering en ontwikkeling van nieuwe methoden/tests voor de diagnose, risico stratificatie, ziekte monitoring en voorspelling van therapie respons. De gevraagde apparatuur vult de bestaande infrastructuur voor kleine proof-of-concept studies perfect aan en biedt de mogelijkheid de huidige genetische onderzoeksmethoden naar een hoger niveau te tillen.
AUGE/1324: Biological Safety Level-3 facility for in vitro research with human respiratory pathogens.
Promotor-woordvoerder: Peter Vandamme Wetenschapscommunicatie: Afhankelijk van hun infectiviteit, pathogeniciteit en de beschikbaarheid van preventieve maatregelen en effectieve behandelingen tegen de ziektes die ze veroorzaken, worden micro-organismen gerangschikt in de bioveiligheidscategorieën BSL-1 (biological safety level) tot BSL-4. BSL-3 is vereist voor laboratoria waar met biologische agentia gewerkt wordt die ernstige of potentieel dodelijke ziektes veroorzaken na inademing van de
>
Over de Herculesstichting kiemen. BSL-3 laboratoria hebben specifieke ontwerp- en engineeringsvereisten, en een uitgebreide set van veiligheids- en werkingsprocedures om onderzoekers en de omgeving te beschermen. Verschillende UGent en VUB onderzoeksgroepen bestuderen ziektes veroorzaakt door de risicogroep 3 organismen Mycobacterium tuberculosis, Bacillus anthracis en influenza, maar moeten hun activiteiten beperken tot modelorganismen met een geringere pathogeniciteit waarmee in BSL-2 omstandigheden kan gewerkt worden, of moeten sleutelexperimenten elders laten uitvoeren. De gevraagde financiering is bedoeld om basis- en specifieke uitrusting aan te kopen om een BSL-3 faciliteit operationeel te maken en is van cruciaal belang om bestaand en toekomstig onderzoek te versterken.
AUGE/1325: Experimental FormLab
Promotor-woordvoerder: Hans Op de Beeck Wetenschapscommunicatie: Hogeschool Gent KASK & Conservatorium wil in samenwerking met de vakgroep Architectuur & Stedenbouw van de Universiteit Gent een Experimental FormLab inrichten op de Bijlokecampus. In het lab komen state-of-the-art 3D-scan-en-printinfrastructuur en een vacuümvormmachine gewijd aan onderzoek in de autonome en toegepaste kunsten en in de architectuur. Met dit lab willen beide instellingen interdisciplinaire samenwerking stimuleren. De onderzoekers zullen de infrastructuur aanwenden voor experimenten met materialen, software en hardware die moeten resulteren in waardevolle valoriseerbare bijdragen in hun verschillende disciplines. Nu reeds gepland onderzoek zal onder meer gericht zijn op vormenstudie in beeldhouwkunst, schoenontwerp, muziekinstrumentenbouw en meubelontwerp; nieuwe materialen en hun mogelijke toepassingen in schoenontwerp en beeldhouwkunst; experimenten inzake de relatie tussen het virtuele en het tastbare in verscheidene mediakunst- en architectuurprojecten; en constructie en toepassing van schaalmodellen in de autonome kunsten, architectuur en architecturaal ontwerp.
AUGE/1326: STREAM. A Spatiotemporal Research Infrastructure for Early Modern Flanders and Brabant
Promotor-woordvoerder: Isabelle Devos Wetenschapscommunicatie: Het doel van STREAM is om een onderzoeksinfrastructuur voor het vroegmoderne Vlaanderen en Brabant (c.1550-1800) te ontwikkelen. STREAM wordt ontworpen om het rijke historische bronnenmateriaal te beschermen en gemakkelijker toegankelijk te maken voor het wetenschappelijk onderzoek. Vroegmoderne historici hebben tot dusver nauwelijks gebruik kunnen maken van de recente ICT-ontwikkelingen omdat de meeste bronnen voor deze gebieden alleen op papier beschikbaar zijn. Daarenboven steunt het vroegmoderne onderzoek grotendeels op microstudies waarvan de representativiteit onzeker is, en op ‘nationale’ ramingen die regionale verschillen negeren. STREAM remedieert deze beperkingen door een brede waaier van lokale en regionale gegevens samen te brengen en door nieuwe onderzoeksinstrumenten te ontwikkelen. Eenmaal operationeel zal de infrastructuur een geografisch-overkoepelende en lange-termijn beschrijving van de vroegmoderne samenleving in Vlaanderen en Brabant aanbieden. Het zal kerngegevens bevatten met betrekking tot het grondgebied, demografie, landbouw, industrie, handel, arbeid enz. STREAM zal hiermee een stevige empirische grondslag leveren voor het toekomstig onderzoek naar de vroegmoderne samenleving.
>
Over de Herculesstichting AUGE/1330: Photoactivation of caged compounds and live cell confocal calcium imaging at the subcellular level
Promotor-woordvoerder: Luc Leybaert Wetenschapscommunicatie: Ca2+ is een belangrijke secundaire boodschapper aanwezig in alle celtypes. Wij hebben een uitgebreide expertise opgebouwd wat betreft intraen intercellulaire Ca2+ signalisatie in verschillende pathofysiologische processen waaronder fertilisatie en (bystander) celdood. Fotoactivatie van caged IP3 is een welbekende techniek om intra- en intercellulaire cytoplasmatische Ca2+ stijgingen te veroorzaken. Het houdt de klieving in van intracellulair caged IP3 door de blootstelling aan korte flashes van UV licht wat resulteert in de vrijstelling van de actieve IP3 molecule. Dit is een efficiënte manier om temporeel en spatiaal de cytoplasmatische vrijstelling van IP3 te controleren en de daaropvolgende Ca2+ stijging. Nieuwe onderzoeksprojecten zijn gebaseerd op caged IP3 fotoactivatie in een gedefinieerde subcellulaire regio gecombineerd met het in beeld brengen van vlugge subcellulaire Ca2+ signalen in levende cellen. De Leica SP8X confocale laser scanning microscoop uitgerust met wit licht laser technologie, een 355 nm UV laser, een acousto-optical tunable filter en beam splitter, een tandem scanner en Hybrid fotodector is van essentieel belang bij de realisatie van deze doeleinden.
>
Over de Herculesstichting Hieronder vindt u de goedgekeurde projecten van de Universitaire Associatie Brussel voor de oproep 2013 - 2014 voor middelzware infrastructuur:
UAB/1302: Mass spectrometry platform for the mapping and quantification of volatile low-molecular-mass microbial metabolites during food fermentation processes
Promotor-woordvoerder: Luc De Vuyst Wetenschapscommunicatie: Het huidige project draagt bij tot de verdere ontwikkeling van een competentie-verhogend, grensverleggend, continu uitbreidend fermentatieanalyseplatform in de Onderzoeksgroep Industriële Microbiologie en Voedingsbiotechnologie van de Vrije Universiteit Brussel (IMDOVUB) door de verwerving van twee massaspectrometers. Deze massaspectrometers zullen bijdragen tot de meta-metabolomica-analysen van complexe levensmiddelenfermentatieprocessen. Dergelijke processen worden heden ten dage bestudeerd niet alleen door een aanpak met klassieke microbiologische en doelgerichte metabolietanalysen maar ook door gebruik te maken van uitgebreide omica-analysen, inclusief metametabolomica, in het bijzonder met betrekking tot stamafhankelijke competitiviteit en aromageneratie. Deze fundamentele inzichten zijn noodzakelijk om een beter begrip te hebben van de impact van starterculturen op complexe levensmiddelenfermentatieprocessen, om deze processen optimaal te controleren en om een succesvolle ontwikkeling en toepassing mogelijk te maken van functionele starterculturen voor deze fermentatieprocessen, in het bijzonder met betrekking tot de kwaliteitsverbetering van gefermenteerde levensmiddelen.
UAB/1305: Affymetrix microarray genomics-transcriptomics platform
Promotor-woordvoerder: Vera Rogiers Wetenschapscommunicatie: DNA microarray technologie heeft het biomedisch onderzoekslandschap getransformeerd van lage-throughput en één-gen-per-keer studies naar grootschalig onderzoek van de transcriptionele respons van cellen. Extra toepassingen van deze technologie zijn nu beschikbaar, waaronder microRNA expressie profilering, epigenetische modificatie analyse, kopij nummer variatie analyse, single nucleotide polymorfisme en genotypering analyse. De meeste onderzoeksgroepen van het UMC Brussel rekenen op DNA microarray technologie voor het uitvoeren van hun projecten. De beschikbaarheid van een Affymetrix platform dat de recent opgerichte genomics kernfaciliteit complementeert, zal hen in staat stellen om hun onderzoek voort te zetten op een snelle en kosteffectieve manier. Dit platform zal zeer waardevol zijn om het onderzoek van de verschillende groepen, die actief zijn in de biomedische sector aan de universiteit en het academisch ziekenhuis, te ondersteunen, en om samenwerking te bevorderen. Het zal ook bijdragen tot de ontwikkeling van interne kennis en het versnellen van de overgang van fundamenteel onderzoek naar (klinische) toepassingen.
>
UAB/1309: X-ray analytical instrumentation: From the Field to the micro-scale
Promotor-woordvoerder: Karin Nys Wetenschapscommunicatie: De technologische ontwikkelingen in Röntgenstraling analyses van de voorbije 10 jaar hebben ook een belangrijke impact op cultureel erfgoed studies, aangezien nu onmiddellijk in situ en op een niet-destructieve, (semi)-kwantitatieve wijze de chemische compositie van materialen kan worden bepaald. De aangevraagde Röntgenstraling infrastructuur bestaat uit drie complementaire, volledig compatibele instrumenten voor de meting van de chemische samenstelling van diverse materialen, die data op kwalitatief, semi-kwantitatief en kwantitatief niveau oplevert. Met de hand XRF bepaalt men in situ op een snelle, niet-destructieve en semi-kwantitatieve wijze de elementen hoger dan Mg aanwezig in grote aantallen specimen; op macro-schaal bepaalt de μ-XRF nietdestructief en met hoge resolutie (25 μm) elementaire concentraties in objecten. Zo’n instrument is nog nergens aanwezig in België. Op micro-schaal levert de WDX gecombineerd met een FE-SEM zeer precieze en zeer gelokaliseerde elementaire analyses. Naast het uitgesproken nut voor cultureel erfgoed onderzoek, bevordert de aangevraagde Röntgenstraling infrastructuur ook in hoge mate de specifieke studiedomeinen van de onderzoeksgroepen AMGC en SURF.
UAB/1310: Multispectral microscope for imaging ultraviolet, visible and infrared light propagation in photonic chips
Promotor-woordvoerder: Nathalie Vermeulen Wetenschapscommunicatie: De apparatuur aangevraagd in dit Herculesproject is een microscoopsysteem met een hoge gevoeligheid in het UV/zichtbare, nabije-infrarode en middeninfrarode spectrale domein. Deze microscoop zal gebruikt worden om strooilicht in fotonische chips over een breed golflengtedomein te detecteren.
