Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s

Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s.

FONS 2012 * Humánní genom

´

Nové technologie

přelomové období ´ principy technologií ´ klinická použitelnost ´


´

chips (arrays)

´

sekvenační technologie


´

Důležitost genetických informací ↑

´

Ekonomicky zajímavé «

«

i další obory

« «

nový sazebník ↓ sdílené výkony automatizace


´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´ ´

PŘÍMÁ SEKVENACE DNA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU PŘÍMÁ SEKVENACE DNA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU IZOLACE A BANKING LIDSKÝCH NUKLEOVÝCH KYSELIN (DNA, RNA) Z VELKÉHO MNOŽSTVÍ PRIMÁRNÍHO VZORKU S VYSOKÝM VÝTĚŽKEM IN SILICO ANALÝZA DOSUD NEPOPSANÝCH VARIANT GENOMOVÉ DNA NEBO CDNA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU IN SILICO ANALÝZA DOSUD NEPOPSANÝCH VARIANT GENOMOVÉ DNA NEBO CDNA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU ANALÝZA VARIANT LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU NA BIOČIPU ANALÝZA VARIANT LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU NA BIOČIPU IZOLACE NUKLEOVÝCH KYSELIN (DNA, RNA) Z MALÉHO MNOŽSTVÍ PRIMÁRNÍHO VZORKU A OMEZENÝM VÝTĚŽKEM FRAGMENTAČNÍ ANALÝZA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU FRAGMENTAČNÍ ANALÝZA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU ANALÝZA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU METODOU MLPA ANALÝZA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU METODOU MLPA ANALÝZA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU METODOU KVANTITATIVNÍ PCR V REÁLNÉM ČASE (QR-PCR) ANALÝZA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU METODOU KVANTITATIVNÍ PCR V REÁLNÉM ČASE (QR-PCR) SCREENING MUTACÍ JEDNOHO AMPLIKONU DNA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU SCREENING MUTACÍ JEDNOHO AMPLIKONU DNA LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU CÍLENÉ STANOVENÍ PRIVÁTNÍ MUTACE LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU CÍLENÉ STANOVENÍ PRIVÁTNÍ MUTACE LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU STANOVENÍ ZNÁMÉ GENOVÉ VARIANTY LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU STANOVENÍ ZNÁMÉ GENOVÉ VARIANTY LIDSKÉHO SOMATICKÉHO GENOMU IZOLACE NUKLEOVÝCH KYSELIN (DNA, RNA) PRO VYŠETŘENÍ EXTRAHUMÁNNÍHO GENOMU ANALÝZA EXTRAHUMÁNNÍHO GENOMU METODOU KVANTITATIVNÍ PCR V REÁLNÉM ČASE (QR-PCR) MOLEKULÁRNĚ-GENETICKÁ TYPIZACE JEDNOHO HLA GENU (LOKUSU) NA ÚROVNI NÍZKÉHO ROZLIŠENÍ MOLEKULÁRNĚ-GENETICKÁ TYPIZACE JEDNOHO HLA GENU (LOKUSU) NA ÚROVNI VYSOKÉHO ROZLIŠENÍ STANOVENÍ ZNÁMÉ GENOVÉ VARIANTY LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU S NÍZKOU A STŘEDNÍ PENETRANCÍ S PRIMÁRNĚ INTRAGENERAČNÍ RELEVANCÍ ANALÝZA LIDSKÉHO GERMINÁLNÍHO GENOMU TECHNOLOGIÍ SEKVENACE NOVÉ GENERACE (NGS)


´

matrice ZNÁMÝCH sekvencí


´

cytogenetický celogenomový screening

´

genotypování

´

exprese









´

zjištění přesné, kompletní sekvence


´

1 mutace 1 gen ↓

´

více mutací 1 gen ↓

´

více změn více genů ↓

´

všechny geny (exom) ↓

´

genom

informac e

klinická použitelnost


´

dideoxy- (Sanger)


26. 6. 2000


´

příprava knihovny

´

pomnožení (PCR) v malém reaktoru

´

detekce signálu z více molekul







´

detekce signálu z 1 molekuly


´

Helicos BioSciences


´

Pacific BioSciences


´

IBM DNA Transistor


´

cena / informace

´

exom

x

genom

´

Craig Venter

´

70 mil. $

James Watson

2 mil. $ ´ 2007, 454 ´

´

2009

22.900 $ CoFactor Genomics

´

2010

5000 $

´

2012

1000 $


Problémy technologické « přesnost « homogenita

čtení « homopolymery…

→ verifikace (doplnění) - Sanger





´

Data « je

jich moc « polymorfismy / mutace – klinický dopad? « databáze, modelování… « týmová práce na 1 vzorku


´

překvapivé výsledky ´

´

dopad na chápání genetiky

každý jedinec – přenašeč mutací →


James Watson Usher syndrome homozygot - mutace USH1B


´

brca 1, 2

´

mutace – 84% riziko do 70 let

´

mutace – 75% riziko do 70 let

´

Ca ovaria 63% pro brca1 Ca ovaria 27% pro brca2

´

Ca ovaria 39% pro brca1 Ca ovaria 11% pro brca2

´

´


´

´

´ ´

´

´

General population, the likelihood of having any BRCA mutation is as follows: General population (excluding Ashkenazim): about 1 in 400 (~0.25%). Women with breast cancer (any age): 1 in 50 (2%). Women with breast cancer (younger than 40 years): 1 in 10 (10%). [Men with breast cancer (any age): 1 in 20 (5%). Women with ovarian cancer (any age): 1 in 8 to 1 in 10 (10%– 15%).

´

´

´ ´

´ ´

Ashkenazi Jewish population, the likelihood of having any BRCA mutation is as follows: General Ashkenazi Jewish population: 1 in 40 (2.5%). Women with breast cancer (any age): 1 in 10 (10%). Women with breast cancer (younger than 40 years): 1 in 3 (30%–35%). Men with breast cancer (any age): 1 in 5 (19%). Women with ovarian cancer or primary peritoneal cancer (all ages): 1 in 3 (36%–41%).


obrovský rozvoj technologií ´ nelze posoudit, která bude „ta pravá“ ´ nutnost s nimi počítat už nyní ´

´

nevíme, co si počít s daty


Ondřej Scheinost Nemocnice České Budějovice, a.s

Recommend Documents