93
LAMPIRAN
94
Lampiran1 Proses pengolahan pada delapan produsen tempe yang diamati. EMP (Bogor)
WJB (Bogor)
MLGS (Malang)
MLGA (Malang)
SDJD (Sidoarjo)
SDJK (Sidoarjo)
HTN (Ambon)
WHR (Ambon)
Kedelai direbus (masak)
Rebus kedelai sampai masak
Kedelai direbus hanya sampai mendidih
Kedelai direbus sampai ½ masak
Kedelai direbus 1 malam
Kedelai direndam air suam-suam kuku (1/2 hari)
Kedelai direndam air panas 1 jam
Kedelai direndam air panas 1 malam
Rendam semalam (sampai asam)
Giling & cuci
Dinginkan & rendam sampai bengkak
Giling & cuci
Giling & cuci
Giling & cuci
Giling & cuci
Giling & cuci
Giling & saring
Rendam 1 malam
Giling
Rendam semalam
Digodok 1 hari
Rendam semalam
Rendam 1 malam
Rebus sampai masak
Cuci sampai hilang asamnya
Rebus sampai air mendidih saja
Rendam semalam
Ganti air, direbus sampai masak
Dinginkan & beri laru
Cuci dan rebus
Rebus sampai masak
Angkat, tiriskan
Tiriskan sampai kering
Tiriskan & beri laru
Ganti air, rebus sampai masak
Dinginkan & beri laru
Simpan semalam di tong
Tiriskan & beri laru
Angkat, tiriskan
Beri laru & tepung beras
Beri laru dan kemas
Cetak di meja, ditindih
Tiris & dinginkan seharian
Gelar di rak, dirindih
Dinginkan, beri bahan tambahan
Bungkus dengan karung plastic baru semalam
Beri laru & tepung beras
Fermentasi 2-3 hari
Fermentasi 2 hari (sampai putih)
Fermentasi 1 malam
Campur dengan laru
Fermentasi 2 Hari
Cuci & tiriskan
Cuci & tiris
Fermentasi 2-3 hari
Cetak di rak & Fermentasi 1 malam
Cetak di rak & Fermentasi 1 malam
Cetak, tindih dan Fermentasi 2 hari
95
Lampiran 2 BARISA type yang ditemukan dalam jumlah yang melimpah pada tempe WJB
EMP
HTN
WHR
MLGA
MLGS
SDJD
SDJK
SIZE
%
SIZE
%
SIZE
%
SIZE
%
SIZE
%
SIZE
%
SIZE
%
SIZE
%
175,29 ± 0,01
1,17
263,28 ± 0,17
5,79
305,64 ± 0,01
1,67
329,22 ± 0,04
17,14
272,56 ± 0,09
6,89
272,64 ± 0,02
1,69
272,66 ± 0,03
1,014
272,67 ± 0,03
3,05
301,10 ± 0,06
2,07
281,34 ± 0,23
10,57
311,42 ± 00
13,06
330,26 ± 0,02
17,83
273,46 ± 0,08
6,59
273,78 ± 0,01
2,28
273,79 ± 0,03
2,39
273,64 ± 0,03
5,97
305,60 ± 0,05
5,38
300,80 ± 0,06
9,091
325,55 ± 0,04
16,21
332,03 ± 0,03
12,64
279,77 ± 00
4,55
279,37 ± 0,04
2,14
280,18 ± 0,05
2,53
280,20 ± 0,05
2,31
311,41 ± 0,06
10,21
375,87 ± 0,14
10,19
326,46 ± 0,04
18,88
333,06 ± 0,03
2,89
306,30 ± 0,02
7,41
280,20 ± 0,04
5,10
306,29 ± 0,03
5,25
288,01 ± 0,04
1,57
399,42 ± 0,06
6,71
387,38 ± 0,41
7,98
327,97 ± 0,04
9,39
432,88 ± 0,08
10,16
307,29 ± 0,03
1,32
281,52 ± 0,12
5,09
326,70 ± 0,01
3,87
305,66 ± 0,03
2,71
407,14 ± 0,06
1,24
394,19 ± 0,07
1,62
328,98 ± 0,04
2,01
433,87 ± 0,06
9,09
328,27 ± 0,20
8,81
306,18 ± 0,13
6,77
328,28 ± 0,01
6,34
306,34 ± 0,03
5,44
408,10 ± 0,06
4,24
456,29 ± 0,15
9,67
408,14 ± 0,05
7,36
522,56 ± 0,08
1,63
329,38 ± 0,01
1,54
307,25 ± 0,03
1,43
329,30 ± 0,04
2,17
357,31 ± 0,04
2,28
418,31 ± 0,06
3,80
476,45 ± 0,07
5,89
416,30 ± 0,02
5,55
524,58 ± 0,06
3,66
330,42 ± 0,01
1,76
312,70 ± 0,02
4,07
357,30 ± 0,04
1,35
364,80 ± 0,06
3,86
426,58 ± 0,07
6,10
477,51 ± 0,07
8,057
418,64 ± 0,01
1,41
526,61 ± 0,12
7,67
364,52 ± 0,16
8,048
357,20 ± 0,07
3,55
366,72 ± 0,27
6,20
365,92 0,01
1,24
433,80 ± 0,19
1,07
536,79 ± 0,06
4,95
426,65 ± 0,05
7,13
365,72 ± 0,07
1,61
365,53 ± 0,93
1,28
380,61 ± 00
2,88
380,64 ± 0,05
1,73
456,72 ± 0,06
2,12
829,73 ± 0,24
15,66
492,46 ± 0,04
7,56
380,53 ± 00
1,96
376,55 ± 0,04
1,50
382,17 ± 0.05
3,58
382,46 ± 0,16
5,25
490,88 ± 0,02
1,71
387,81 ± 0,15
4,01
380,48 ± 0,21
3,02
383,03 ± 0,1
4,16
387,85 ± 0,01
2,07
495,91 ± 0,01
27,64
418,49 ± 0,05
1,68
404,96 ± 0,02
3,18
387,83 ± 0,03
1,36
398,79 ± 0,00
1,77
497,63 ± 0,01
2,09
423,30 ± 0,05
7,77
406,14 ± 0,06
1,67
418,16 ± 0,08
1,43
405,08 ± 0,02
1,60
514,39 ± 0,13
1,32
437,55 ± 0,03
1,07
410,88 ± 0,10
2,01
423,65 ± 0,07
6,61
423,64 ± 0,08
7,46
526,48 ± 0,06
1,83
456,96 ±0,04
1,90
423,76 ± 0,17
5,94
431,42 ± 0,05
2,77
431,45 ± 0,05
4,87
505,12 ± 0,02
1,36
478,08 ± 0,08
1,87
504,81 ± 0,06
1,30
452,44 ± 0,02
1,85
509,87 ± 0,01
2,44
492,71 ± 0,11
10,97
508,11 ± 0,08
1,25
462,43 ± 0,05
1,45
526,79 ± 0.05
1,57
495,55 ± 0,06
3,11
688,18 ± 0,25
4,962
508,11 ± 0,03
1,02
689,20 ± 0,07
1,66
497,20 ± 00
2,23
689,39 ± 0,13
7,58
571,77 ± 0,04
1,42
508,87 ± 0,08
3,056
702,30 ± 0,13
5,27
577,43 ± 0,05
1,97
509,77 ± 0,12
2,53
689,23 ± 0,19
7,96
577,35 ± 0,15
1,14
702,64 ± 0,11
1,65
689,13 ± 0,12
1,54
703,98 ± 0,22
1,50
753,26 ± 0,13
5,24
96
Lampiran 3 FARISA type yang ditemukan dalam jumlah yang melimpah dan berulang (dishading) pada tempe MLGS-FARISA Rata-Rata Size
MLGA-FARISA
% Area
Rata-Rata Size
SDJD-FARISA
% Area
Rata-Rata Size
SDJK-FARISA
% Area
Rata-Rata Size
WJB-FARISA
% Area
Rata-Rata Size
EMP-FARISA
% Area
Rata-Rata Size
HTN-FARISA
% Area
Rata-Rata Size
WHR-FARISA
% Area
Rata-Rata Size
%Area
277,54 ± 0,00
0,71
277,56 ± 0,05
0,77
277,60 ± 0,06
0,67
277,59 ± 0,05
0,93
277,48 ± 0,01
0,26
277,23 ± 0,01
0,82
152,65 ± 0,08
0,11
274,44 ± 0,06
0,24
278,41 ± 0,04
0,28
278,43 ± 0,05
0,30
278,47 ± 0,01
0,32
278,50 ± 0,05
0,38
278,32 ± 0,06
0,18
278,08 ± 0,05
0,25
156,48 ± 0,12
0,38
275,57 ± 0,07
0,351
279,44 ± 0,04
0,45
279,46 ± 0,00
0,49
279,46 ± 0,01
0,63
279,52 ± 0,04
0,71
279,36 ± 0,06
0,46
279,11 ± 0,00
0,57
276,50 ± 0,06
0,076
276,52 ± 0,01
0,366
280,38 ± 0,00
0,82
280,38 ± 0,00
0,86
280,40 ± 0,04
0,93
280,45 ± 0,01
0,91
280,30 ± 0,00
0,86
280,07 ± 0,06
0,81
277,52 ± 0,06
0,24
277,48 ± 0,06
1,27
283,44 ± 0,00
0,43
283,44 ± 0,01
0,48
283,46 ± 0,02
0,48
283,48 ± 0,01
0,51
283,30 ± 0,00
0,50
283,10 ± 0,07
0,44
278,37 ± 0,00
0,10
278,36 ± 0,01
0,52
285,53 ± 0,05
0,99
285,52 ± 0,03
0,99
285,60 ±0,01
1,36
285,60 ± 0,01
1,28
285,43 ± 0,06
1,90
285,24 ± 0,02
1,10
279,42 ± 0,06
0,23
279,39 ± 0,00
0,91
286,49 ± 0,00
0,79
286,51 0,03
0,78
286,54 ± 0,03
1,17
286,58 ± 0,01
1,10
286,40 ± 0,01
1,85
286,23 ± 0,03
0,85
280,37 ± 0,06
0,31
280,30 ± 0,00
1,29
385,24 ± 0,06
1,10
491,48 ± 0,10
7,71
377,06 ± 0,03
2,62
363,31 ± 0,15
3,17
379,23 ± 0,06
14,54
378,01 ± 0,10
5,75
283,38 ± 0,06
0,12
282,33 ± 0,01
0,57
412,83 ± 0,05
3,91
508,80 ± 0,02
1,23
378,94 ± 0,16
7,00
377,19 ± 0,17
9,45
471,58 ± 0,05
1,23
459,42 ± 0,06
1,16
285,44 ± 0,05
0,35
283,34 ± 0,01
0,68
473,38 ± 0,04
1,44
517,59 ± 0,11
8,24
518,33 ± 0,04
7,51
378,72 ± 0,13
6,77
486,32 ± 0,43
28,76
471,18 ± 0,09
1,17
286,41 ± 0,07
0,30
285,46 ± 0,02
1,75
518,64 ± 0,09
5,86
518,69 ± 0,04
8,85
526,35 ± 0,23
12,33
379,42 ± 0,09
8,72
526,36 ± 0,07
30,99
508,51 ± 0,09
1,68
471,76 ± 0,07
6,40
286,44 ± 0,06
1,49
520,99 ± 0,05
4,74
526,59 ± 0,10
3,99
528,70 ± 0,12
9,86
518,28 ± 0,05
1,79
528,26 ± 0,08
7,13
525,98 ± 0,04
6,41
489,13 ± 0,03
1,89
459,68 ± 0,11
1,81
523,86 ± 0,08
3,79
532,75 ± 0,06
1,05
534,58 ± 0,05
0,47
526,57 ± 0,02
5,08
534,70 ± 0,09
0,99
534,43 ± 0,05
1,07
498,62 ± 0,06
5,64
490,80 ± 0,17
5,36
525,94 ± 0,12
8,02
534,54 ± 0,09
1,99
573,78 ± 0,06
4,32
528,32 ± 0,18
14,42
592,68 ± 0,02
1,19
525,94 ± 0,10
26,95
508,96 ± 0,00
2,45
527,03 ± 0,08
8,84
643,33 ± 0,49
10,57
591,74 ± 0,11
1,63
534,63 ± 0,05
0,59
681,31 ± 0,23
11,44
534,72 ± 0,03
0,254
526,38 ± 0,11
11,21
528,56 ± 0,04
2,054
682,37 ± 0,20
6,53
682,64 ± 0,18
10,66
573,73 ± 0,05
6,92
685,46 ± 0,26
29,04
593,33 ± 0,06
5,11
528,52 ± 0,17
39,90
534,59 ± 0,02
0,95
685,15 ± 0,13
10,74
684,83 ± 0,17
14,22
713,67 ± 0,06
10,04
713,18 ± 0,22
2,44
685,16 ± 0,13
44,74
532,86 ± 0,13
1,90
542,37 ± 0,18
1,06
693,17 ± 0,08
1,78
737,71 ± 0,13
1,11
534,68 ± 0,06
1,85
593,34 ± 0,05
12,93
564,56 ± 0,12
1,37
614,24 ± 0,05
1,73
586,51 ± 0,10
1,08
693,22 ± 0,04
1,14
603,23 ± 0,13
1,55
97
Lampiran 4. Matriks Sorensen’s Similarity coefficient komunitas OTU BARISA WJB
EMP
HTN
WHR
MLGA
MLGS
SDJD
SDJK
WJB EMP
0,186047
HTN
0,316667 0,192771
WHR
0,483221
0,125 0,271845
MLGA 0,420455 0,244604 0,230769 0,503145 MLGS SDJD SDJK
0,320856 0,333333
0,22695 0,247059 0,406091
0,16185 0,132353 0,141732 0,179487 0,382514 0,412371 0,126437 0,145985
0,125 0,089172 0,282609 0,317949 0,563536
Lampiran 5. Matriks Sorensen’s Similarity coefficient komunitas OTU FARISA MLGS
MLGA
SDJD
SDJK
WJB
EMP
HTN
MLGS MLGA 0,606897 SDJD
0,48996 0,618474
SDJK
0,498141 0,587361 0,614035
WJB
0,276243 0,331492 0,442857
0,3625
EMP
0,5 0,637681 0,570213 0,611765 0,323353
HTN
0,195402 0,195402 0,255639 0,169935 0,307692
WHR
0,225
0,34555 0,397906 0,546667 0,423529 0,585366 0,440678 0,293333
WHR
98
Lampiran 6 Identitas bakteri hasil analisis sequencing dari gen 16S rRNA yang berhasil dikloning ke vektor pGEMT-Easy. Klon 16S EMP 3-3
16S EMP 3-5 16S EMP 3-6 16S EMP 3-7 16S EMP 3-8 16S EMP 3-9
16S EMP 3-10
16S EMP 3-11
16S EMP 3-12 16S EMP 3-16
16S EMP 3-17
16S EMP 3-18 16S EMP 3-21 16S EMP 3-22
16S EMP 3-23
16S EMP 3-26
16S EMP 3-27
16S EMP 3-28 16S EMP 3-29
16S EMP 3-31 16S EMP 3-33
Spesies
% Identity
Spesies
% Identity
Acetobacter cibinongensis (HM218002.1) Azospirilum amazonense (HM485596.1) Azospirilum amazonense (HM485596.1) Azospirilum amazonense (HM485596.1) Lactobacillus mucosae (AB425911.1) Acetobacter indonesiensis (AB052715.1) Acetobacter cibinongensis (HM218002.1) Acetobacter indonesiensis (AB052715.1) Lactobacillus fermentum (AB26052.1) Acetobacter indonesiensis (AB052715.1) Acetobacter cibinongensis (HM218002.1) Lactobacillus fermentum (EF101306.1) Acetobacter orientalis (HM217982.1) Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii (FJ915697.1) Acetobacter indonesiensis (AB052715.1) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (FJ915697.1) Acetobacter indonesiensis (AJ419841.1) Novospingobium sp. (AB377503.1) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (CP002341.1) Lactobacillus mucosae (FR693800.1) Lactobacillus fermentum (EU825658.1)
99%
16S SDJD 1-1
Klebsiella pneumonia subsp. Pneumonia (CP000647.1) Uncultured Klebsiella sp. (GQ416564.1) Uncultured Klebsiella sp. (GQ416300.1) Uncultured Klebsiella sp. (GQ416025.1) Uncultured Klebsiella sp. (GQ416564.1) Klebsiella pneumonia subsp. Pneumonia (AP006725.1) Enterobacter sp. (EF419181.1)
99%
91%
16S SDJD 1-2
95%
16S SDJD 1-3
92%
16S SDJD 1-4
98%
16S SDJD 1-5
98%
16S SDJD 1-6
99%
16S SDJD 1-7
98%
16S SDJD 1-8
Uncultured Klebsiella sp.(GQ418077.1)
96%
99%
16S SDJD 1-9
99%
98%
16S SDJD 1-10
Klebsiella sp (GU374010.1) Uncultured Klebsiella sp. (GQ416561.1)
99%
16S SDJD 1-11
Klebsiella pneumonia (HQ907956.1)
97%
95%
16S SDJD 1-12
96%
96%
16S SDJD 1-13
96%
16S SDJD 1-14
Enterobacter sp. (HQ413276.1) Klebsiella sp. (HM352371.1) Serratia sp. (JF513189.1)
97%
16S SDJD 1-15
Uncultured Klebsiella sp. (GQ416029)
96%
98%
16S SDJD 1-16
Klebsiella pneumonia (JN545035.1)
95%
96%
16S SDJD 1-17
Serratia sp. (JF513189.1)
95%
90%
16S SDJD 1-19
97%
98%
16S SDJD 1-20
Klebsiella sp. (HM352315.1) Uncultured Klebsiella sp. (GQ416025.1)
98%
16S SDJD 1-21
98%
97%
16S SDJD 1-22
Uncultured Klebsiella sp. (GQ416553.1) Acinetobacter baumanii (JN668097.1)
Klon
96% 99% 97% 98% 99%
98%
99%
97% 95%
97%
97%
99
16S EMP 3-34 16S EMP 3-41
16S EMP 3-42 16S EMP 3-43 16S EMP 3-44 16S EMP 3-45
16S EMP 3-46
16S EMP 3-47
Acetobacter pasterianus (BAC601000075.1) Acetobacter indonesiensis (AB052715.1) Sphingomonas (HM536969.1) Acetobacter sp. (FN397903.1) Acetobacter sp. (FN397903.1) Acetobacter cibinongensis (HM218002.1) Acetobacter indonesiensis (AB052715.1) Acetobacter cibinongensis (HM218002.1)
94%
16S SDJD 1-25
98%
16S SDJD 1-26
97%
16S SDJD 1-28
93%
16S SDJD 1-29
91%
16S SDJD 1-30
96%
16S SDJD 1-31
99%
93%
Acinetobacter baumanii. (JQ839145.1) Cronobacter sakazaki (GU122210.1)
99%
Klebsiella pneumonia (GQ259887.2) Klebsiella sp. (GQ415998.1) Uncultured Klebsiella sp.(GQ415922.1) Klebsiella pneumonia (AB680063.1)
96%
16S SDJD 1-32
Cronobacter sakazaki (GU227685.1)
95%
16S SDJD 1-33
Cronobacter sakazaki (FJ906925.1)
94%
95%
98% 96% 97%
