ISOLASI DAN KARAKTERISASI cDNA HORMON PERTUMBUHAN IKAN KERAPU BEBEK (Cromileptes altivelis)
MOCHAMAD SYAlFUDlN
SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2006
ABSTRAK MOCHAMAD SYAIFUDIN. Isolasi- dan Karakterisasi cDNA Hormon Pertumbuhan Ikan Kerapu Bebek (Cromileptes altivelis). Dibimbing oleh KOMAR SUMANTADINATA, AGUS OMAN SUDRAJAT dan UTUT WIDYASTUTI. Hormon pertumbuhan (GH) merupakan protein 22 kDa dari pituitari yang terkonse~asi akibat evolusi vertebrata. Hormon pertumbuhan ikan berperan dalam pertumbuhan, adaptasi air laut, reproduksi dan fungsi imun. Kerapu bebek (C. altivelis) adalah salah satu ikan air laut yang mempunyai nilai ekonomis penting. Pertumbuhan ikan ini tergolong lambat, sehingga perlu diketahui mekanisme kontrol dari ekspresi GH. Salah satu tahap awal yaitu dengan mengisolasi dan mengkarakterisasi cDNA GH. cDNA diisolasi dari kelenjar pituitari menggllnakan rnetode RT PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain reaction). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa fragmen cDNA GH kerapu bebek mempunyai 618 bp yang mengkodekan 205 asam amino. Komposisi asam amino terbesar yang menyusun GH kerapu bebek adalah Leusina (14.63%), sedangkan komposisi terkecil adalah triptophan (0.49%). Fragmen cDNA GH kerapu bebek ini mengandung domain protein yang terkonse~atif yaitu : Somatotropin-1, Somatotropin-2, Kasein kinase 11, Protein kinase C, Nmiristoilasi dan N-glikosilasi. Homologi protein deduksi cDNA GH kerapu bebek dengan kelompok ikan grouper yaitu 0.882 - 0.895, sedangkan dengan kelompok ikaii-ikan lainnya adalah 0.660 - 0.895. Kesamaan paling dekat protein deduksi cDNA GH kerapu bebek adalah dengan Epinephelus coioides (nomor akses pada Genbank : Q90VV6) Kala kunci : isolasi, karakrerisasi, cDNA GH, kerapu bebek (Cromileptes ultivelis).
I. PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang
Teknologi rekombinan DNA mulai dikembangkan dalam bidang buddidaya perairan, khususnya program pembenihan guna meningkatkan kualitas dan kuantitas strain ikan. Salah satu penelitian DNA rekombinan yang potensial untuk dikembangkan adalah penggunaan hormon pertumbuhan (Growth HormonelGH). Hormon pertumbuhan adalah polipeptida esensial yang disekresikan oleh somatotroph kelenjar piiuitari. f:ormon
ini berperan dalam pengaturan
pertumbuhan somatik dan pemeliharaan metabolisme protein, lemak, karbohidrat maupun mineral. GH mempakan protein pituitari dengan berat molekul 22 kDa dan konsewatif akibat evolusi vertebrata (Calduch-giner et al. 2000). Sekresi hormon ini diatur oleh GHRH (Growth Hormone Releasing Hormone) dari hipothalamus dan oleh somatostatin (hormon penghambat) (Price & Wilson 1995). Isolasi dan karakterisasi cDNA (complementary deoxyribonucleic acid) GH sangat berguna dalam bidang perikanan, temtama dalam program pembenihan dan penyusunan formulasi pakan. Penelitian tentang cDNA yang menyandi hormon ini telah banyak dilakukan seperti pada beberapa mamalia dan piscine (Lemaire et al. 1994, Ayson et al. 2000). Analisis DNA rekombinan dari GHs (KiHs) menunjukkan bahwa GH mampu meningkatkan pertumbuhan ikan (Tsai et al. 1994), memacu selera makan, dan efisiensi pakan (Donaldson 1986). Ban (2002) menambahkan bahwa kombinasi GH dan kortisol mempunyai peranan penting dalam meningkatkan toleransi terhadap air laut dari salmon dengan menstimulasi aktivitas ~ a ' ,K+-~Tpase pada insang. Isolasi cDNA GH dan karakterisasinya m e ~ p a k a nlangkah awal pada proses transfer gen guna mendapatkan spesies ikan yang mempunyai karakter pertumbuhan cepat. Isolasi cDNA GH pada ikan telah di lakukan di Eropa, seperti rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) (Yao et al. 1991), red sea bream, ikan salmon (Voigt & Botta 1990), Icialurus punctatus (Tang ei al. 1993), Pangasionodon gigas (Lemaire et al. 1994) dan Pangasiuspangasius (Lemaire & Panyim 1993).
