IDENTIFIKASI MIKROBA Evi Umayah Ulfa
Metode Identifikasi Mikroba Fenotip – Identifikasi/ karakterisasi mikroba berdasarkan informasi hasil ekspresi gen (morfologi,pewarnaan,biokimia)
Genotip – Identifikasi/karakterisasi mikroba berdasarkan informasi materi genetik (16 sRNA)
Morfologi 1. 2. 3. 4. 5.
Bentuk, Rangkaian Pewarnaan gram Flagela, kapsul Bentuk koloni Motilitas
Morfologi Bakteri (Bentuk dan rangkaian) Bentuk • Bulat/oval • Batang • Spiral • Spirosetes Rangkaian • Diplokokus • Sarkina • streptokokkus
Morfologi bakteri (Pewarnaan Mikroba) Pewarnaan sederhana – Pewarnaan positif – Pewarnaan negatif
Pewarnaan Differensial – Pewarnaan Gram – Pewarnaan Ziehl Neelsen
Pewarnaan Khusus – Pewarnaan kapsul – Pewarnaan Flagela – Pewarnaan spora
Pewarnaan positif • Pewarnaan dengan menggunakan satu zat warna yang diwarnai sel bakteri – metilen blue – gentian violet, – Safranin – hijau malakhit, – karbol fuchsin
• Zat warna basa berinteraksi dengan muatan negatif dari dinding sel bakteri • Melihat bentuk dan rangkaian
Pewarnaan negatif • Pewarnaan dengan satu zat warna yang diwarnai bukan sel bakteri tetapi latar belakannya • Bakteri nampak putih • Untuk bakteri yang susah diwarnai • Zat warna negrosin (asam) • Melihat bentuk dan rangkaian
Pewarnaan Gram
B. anthracis Gram stain showing spores
Pewarnaan Ziehl Neelsen • Pewarnaan tahan asam • Untuk membedakan bakteri yang tahan asam dan tidak • Bakteri tahan asam (mengandung lipid >>>) Tahan asam
Tidak tahan asam
Karbol Fuchsin
merah
Merah
Larutan pemucat
merah
Tidak berwarna
Biru metilen
Merah
Biru
Pewarnaan Kapsul • Pewarnan negatif • Bakteri diwarnai basa • Kapsul tidak menyerap warna lapisan terang tembus dengan latar belakang yang berwarna • Ex formol gentian violet raebinger
Pewarnaan Flagela • Ditambahkan larutan mordan untuk membengkakan flagela sehingga sel-sel mikroba semakin terwarnai • Mordan : asam tanin ( mordan asam bereaksi dengan zat warna basa)
Pewarnaan Spora • Endospora dan Eksospora • Struktur bakteri tahan panas dan bahan kimia • Dipanaskan zat warna bisa masuk karena lap spora mengembang • Pewarna : hijau malakhit, safranin
Motility
Other Bacillus species are motile.
B. anthracis is non-motile.
Karakteristik Fisiologi dan Biokimia 1. 2. 3. 4.
Aerob/anaerob Fotosintesis Pertumbuhan dalam media tertentu Uji Biokimia
Fisiologi (Aerob, Anaerob) Depending on the species, bacteria can be aerobic which means they require oxygen to live or anaerobic which means oxygen is deadly to them.
• Bacteria can be autotrophs or hetertrophs.
Those that are classified as autotrophs are either photosynthetic, obtaining energy from sunlight or chemosynthetic, breaking down inorganic substances for energy .
Pertumbuhan pada media tertentu • • • • • • • • •
Bile Esculin Agar CAMPY-BAP Chocolate Agar Eosin Methylene Blue (EMB) Agar Hektoen Enteric (HE) Agar MacConkey Agar Mannitol Salts Agar Chopped Meat Glucose Medium Triple Sugar-Iron Agar
S.aureus Vs P. mirabilis
Enterobacter aerogenes vs Salmonella arizonae
Uji Biokimia • • • • • • • • • •
Uji Hidrolisis Karbohidrat Uji Hidrolisis lemak Uji Proteolisis Uji Indol Uji Deamidase Asam Amino Uji Pembentukan H2S Uji Katalase Uji Sitrat Uji Koagulase Uji Oksidase
Hidrolisis Karbohidrat • Melihat kemampuan mikroba untuk memfermentasi karbohidrat (dekstrosa, laktosa, sukrosa, hidrolisis pati) • Produk fermentasi : – Asam media MERAH KUNING (adanya fenol red, metil red) – Gas MUNCUL DI TABUNG – 2,4 butanadiol (Uji Vogeus proskeur)
Hidrolisa Lemak • Kemampuan bakteri menghidrolisa lemak menjadi gliserol dan asam–asam lemak • Uji positif : Adanya bercak-bercak kuning disekeliling koloni • Uji negatif ditandai oleh bercak-bercak yang tetap berwarna merah
Proteolisis • Melihat kemampuan mikroba mnghasilkan enzim protease hidrolisis kasein • Uji positif : terbentuknya zona bening disekitar daerah pertumbuhan bakteri, yang menunjukkan protein telah terhidrolisis
Pembentukan Indol • Melihat mikroba yang menghasilkan enzim triftopanase • Triptofan Indol • Reagen kovaks dalam media : cincin merah
Uji deaminase asam amino • Deaminasi adalah proses mengkatalisasi pemindahan gugus amino (NH2) dari asam amino dan molekul lainnya yang mengandung –NH ditambahkan. Hilangnya asam amino dapat dilakukan pemeriksaan pH • Reagen Nessler (brx dengan NH4 menghasilkan warna kuning), untuk identifikasi amonia
Pembentukan H2S • Melihat kemampuan mikroorganisme mengubah asam amino sistein mjd alanin dan H2S • Pengujian ini menggunakan medium TSIA (Triple Sugar Iron Agar) • H2S diproduksi oleh beberapa jenis mikroorganisme melalui pemecahan asam amino yang mengandung unsur belerang (S) seperti lisin dan metionin
Uji katalase • Identifikasi bakteri yang mampu menguraikan hydrogen peroksida (H2O2) menjadi air dan O2 • Media NA (Pepton, Ekstrat meat, Agar ) • Uji positif : terbentuknya gelembung oksigen di sekitar koloni bakteri, yang menunjukkan bakteri mampu menghasilkan enzim katalase yang dapat mengkatalisis reaksi penguraian : 2H2O2 2H2O + O2
Uji Sitrat • Tujuan: melihat kemampuan mikroorganisme menggunakan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi
