DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL ................................................................................................i HALAMAN PENGESAHAN ..................................................................................ii PERNYATAAN KEASLIAN PENULISAN ..........................................................iii PRAKATA ................................................................................................................iv DAFTAR ISI .............................................................................................................vi DAFTAR GAMBAR ................................................................................................viii DAFTAR TABEL ....................................................................................................ix DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................................x INTISARI .................................................................................................................xi ABSTRACT ...............................................................................................................xii BAB I.PENDAHULUAN A. Latar Belakang ...........................................................................................1 B. Perumusan Masalah ...................................................................................3 C. Tujuan Penelitian .......................................................................................3 D. Manfaat ......................................................................................................4 BABII. TINJAUAN PUSTAKA DAN HIPOTESIS A. Tinjauan Pustaka........................................................................................5 1. Sejarah Melon .....................................................................................5 2. Klasifikasi Melon ...............................................................................6 3. Deskripsi Melon .................................................................................7 4. Pemuliaan Tanaman ...........................................................................9 5. Silsilah Awal Perakitan Melon Kultivar Melodi Gama 3 ..................10 6. Analisis Polymerase Chain Reaction - Random Amplified Polymorphic DNA (PCR-RAPD) .......................................................12 7. Gel Elektroforesis ...............................................................................14 8. Hubungan Kekerabatan Fenetik .........................................................16 9. MVSP (Multi Variate Statistical Package) ........................................17 B. Hipotesis ....................................................................................................18 BAB III. METODE PENELITIAN A. Alat ............................................................................................................19 B. Bahan .........................................................................................................19 C. Waktu dan Tempat Penelitian....................................................................20 D. Cara Kerja ..................................................................................................20 1. Penanaman dan Koleksi Sampel Daun .................................................20 2. Ekstraksi DNA ......................................................................................21 3. Uji Kuantitatif DNA Hasil Ekstraksi ....................................................23 4. Uji Kualitatif DNA Hasil ekstraksi .......................................................24 5. Amplifikasi DNA dengan PCR-RAPD.................................................25 6. Analisis Hasil Amplifikasi dengan Elektroforesis ................................26 7. Analisis Data dengan MVSP ................................................................28 BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil Uji Isolasi DNA Secara Kualitatif dan Kuantitatif ........................31 B. Hasil Analisis Molekular Menggunakan Polimerase Chain Reaction....33 C. Hubungan Fenetik Melon Kultivar MG 3 dengan Melon Komersial Lain .................................................................................................................47 BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN A. Kesimpulan..............................................................................................52 B. Saran ........................................................................................................52 DAFTAR PUSTAKA ...............................................................................................53 LAMPIRAN ..............................................................................................................56
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DAFTAR GAMBAR Gambar 1. Peta Pesebaran Cucumis melo L. .............................................................5 Gambar 1. Cucumis melo L. .......................................................................................6 Gambar 2. Bunga betina, jantan, dan sempurna pada tanaman melon .....................8 Gambar 3. Variasi bentuk buah melon .......................................................................9 Gambar 4. Silsilah perakitan melon varietas MG 3 ...................................................11 Gambar 5. Bagan alir proses isolasi DNA menggunakan Phytopure DNA Isolation Kit ............................................................................................................22 Gambar 6. Bagan penggunaan mesin PCR Boeco Thermal German .........................26 Gambar 7. Proses elektroforesis .................................................................................27 Gambar 8. Pembuatan dendogran menggunakan MVSP ...........................................29 Gambar 9. Hasil optimasi konsentrasi DNA template ...............................................34 Gambar 10. Hasil PCR menggunakan primer OPAJ-18 ...........................................36 Gambar 11. Hasil PCR menggunakan primer OPT-20 ..............................................37 Gambar 12. Hasil PCR menggunakan primer OPAX-16...........................................38 Gambar 13. Hasil PCR menggunakan primer BC-551 ..............................................39 Gambar 14. Hasil PCR menggunakan primer OPB-06 ..............................................40 Gambar 15. Hasil PCR menggunakan primer PMAR ...............................................41 Gambar 16. Hasil PCR menggunakan primer BC-388 ..............................................42 Gambar 17. Hasil PCR menggunakan primer OPD-13 .............................................43 Gambar 18. Hasil PCR menggunakan primer OPR-01 ..............................................44 Gambar 19. Hasil PCR menggunakan primer OPA-07 .............................................45 Gambar 20. Hasil konstruksi dendogram kultivar MG 3 dengan tetuanya ................47 Gambar 21. Hasil konstruksi dendogram melon kultivar MG 3 dengan melon komersial lain ........................................................................................49 Gambar 22. Hasil visualisasi genom ..........................................................................56 Gambar 23. Hasil optimasi konsentrasi primer RAPD ..............................................57 Gambar 24. Hasil optimasi suhu annealing primer RAPD ........................................57 Gambar 25. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer OPAJ-18 .........................58 Gambar 26. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer OPT-20 ...........................59 Gambar 27. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer OPAX-16........................60 Gambar 28. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer BC-551 ...........................61 Gambar 29. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer OPB-06 ...........................62 Gambar 30. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer PMAR ............................63 Gambar 31. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer BC-388 ...........................63 Gambar 32. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer OPD-13 ..........................64 Gambar 33. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer OPR-01 ...........................65 Gambar 34. Hasil regresi linier DNA ladder pada primer OPA-07 ..........................66
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DAFTAR TABEL Tabel 1. Primer RAPD ...............................................................................................20 Tabel 2. Komposisi ramuan PCR ...............................................................................25 Tabel 3. Prosedur dan waktu PCR .............................................................................25 Tabel 4. Hasil uji kuantitatif isolasi DNA daun melon ..............................................32 Tabel 5. Hasil optimasi konsentrasi dan suhu annealing primer RAPD....................35 Tabel 6. Rekapitulasi fragmen DNA yang dihasilkan oleh 10 Primer RAPD ...........46 Tabel 7. Ukuran pita DNA primer OPAJ-18 dengan regresi linier............................58 Tabel 8. Ukuran pita DNA primer OPT-20 dengan regresi linier..............................59 Tabel 9. Ukuran pita DNA primer OPAX-16 dengan regresi linier ..........................60 Tabel 10. Ukuran pita DNA primer BC-551 dengan regresi linier ............................61 Tabel 11. Ukuran pita DNA primer OPB-06 dengan regresi linier ...........................62 Tabel 12. Ukuran pita DNA primer PMAR dengan regresi linier .............................63 Tabel 13. Ukuran pita DNA primer BC-388 dengan regresi linier ............................64 Tabel 14. Ukuran pita DNA primer OPD-13 dengan regresi linier ...........................64 Tabel 15. Ukuran pita DNA primer OPR-01 dengan regresi linier ...........................65 Tabel 16. Ukuran pita DNA primer OPA-07 dengan regresi linier ...........................66 Tabel 17. Hasil scoring primer OPAJ-18...................................................................67 Tabel 18. Hasil scoring primer OPT-20 .....................................................................67 Tabel 19. Hasil scoring primer OPAX-16 .................................................................67 Tabel 20. Hasil scoring primer BC-551 .....................................................................68 Tabel 21. Hasil scoring primer OPB-06 ....................................................................68 Tabel 22. Hasil scoring primer PMAR ......................................................................68 Tabel 23. Hasil scoring primer BC-388 .....................................................................69 Tabel 24. Hasil scoring primer OPD-13 ....................................................................69 Tabel 25. Hasil scoring primer OPR-01 ....................................................................70 Tabel 26. Hasil scoring primer OPA-07 ....................................................................70
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DAFTAR LAMPIRAN Lampiran I. Hasil isolasi DNA secara kualitatif .....................................................56 Lampiran II. Elektroforegram optimasi konsentrasi dan suhu annealing primer RAPD .................................................................................................57 Lampiran III. Hasil analisis regresi linier ladder thermo 100 bp dan ukuran pita DNA ...................................................................................................58 Lampiran IV. Hasil scoring pita DNA ......................................................................67
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