Dutch Collaborative Biobank
dr Frans A.L. van der Horst
Diagnostisch Centrum SSDZ
Diagnostisch Centrum SSDZ
Diagnostisch Centrum SSDZ logistiek
1,6 miljoen containers per jaar 5 % bepalingen binnen 1 uur klaar
Diagnostisch Centrum SSDZ Processen 7000 buizen per weekdag 25.000 bepalingen per weekdag
5,4 miljoen bepalingen per jaar Opslag 15.000 buizen – Waste? – Biobanking
?
De Graaf Biobank Anno 2006: exploratie Reinier De Graaf Biobank doel: marktplaats biomedisch onderzoek Beschikbare infrastructuur
EISEN: Conclusie Anno 2006: •D oelmatig Nog een berg werk te verzetten • I ntelligent •G oedkoop
Biobankieren Aanvliegroute: biomedisch onderzoek in gezondheidszorg
= “biobanking” • • •
Multicenter Clinical trials Locaal toegepast wetenschappelijk onderzoek Landelijk epidemiologisch onderzoek
Ofwel: “ Waar zijn die NMD buizen …… …was dat CJC onderzoek nou drie jaar geleden…? …heeft NNN die buizen nou voor zijn D D D onderzoek… ? …..en waar hebben we de """ gegevens opgeslagen…….?”.
Biobankieren Overzicht praktijkproblemen Voorbeelden Inrichten onderzoek
Opzetten werkprocessen&organisatie
Gegevens verzamelen
Koppeling perifere applicaties
Logistiek
Traceerbaarheid materiaal
Opslag
Kosten & Ruimte tekort
Klinisch onderzoek
Invoer patiënt gegevens, visit begeleiden
Wetenschap
Eenduidige taxonomie (naamgeving)
Beheer&borging
SOP’s , Status , Centrale regie
Biobankieren Hoger abstractie niveau Informatie
Items
- Vergaren - Identiteit - Rubriceren First law of Biobanking: - Plaats & Tijd - Combineren Alle Biobanken bestaan uit: Proces ‘You cannot fill a -biobank without a proper infrastructure ’ Items Informatie - Status
Dus
& Infrastructuur Infrastructuur Second law of Biobanking: Vergeet je een poot - Inrichten ‘You cannot retrieve items from a biobank without a proper ontology’ - Organisatie dan gaat je mank - Beheer Ontologie = Benoemen (taxonomie) + Binden (semantiek)
Biobankieren Waarom gaat het niet goet? Oorzaak
Effect
Voorbeeld
Eenmalige activiteit
Gebrek aan expertise Opzetten van werkproces Hoge drempel
Schaalgrootte
Inefficiënt gebruik middelen
Opslag van informatie
Locaal
Inefficiënt gebruik infrastructuur
Dure opslag monsters we maken locale protocollen
interoperatibiliteit
Handmatige processen
we hebben een: Dossier,ZIS, LIS, EPD, RIS, HIS, Excel, dossier, kladje & Etc
Biobankieren Waarom gaat het niet goed? Oorzaak
Effect
Oplossing
Eenmalige activiteit
Gebrek aan expertise Hoge drempel
Gebruik generieke Toolboxes
Schaalgrootte
Inefficiënt gebruik middelen
Consolideer diensten
Locaal
Inefficiënt gebruik infrastructuur
Concentreer opslag
interoperatibiliteit
Handmatige processen
(ICT = “BaaS” = “The Cloud”)
Collaborative Biobanking Object Oriented architecture •Open standaarden •Ontologische Thesauri • Conversietools • Koppelvlakken
Collaborative Biobank Intermezzo: Collaborative Translational Modelling Traditioneel
besluitvorming
Hier word je als gebruiker niet wijzer van
ü
Professionals professionals De BaaS
Ð Modellerings interface Consultant
Modelleren ICT er Ook niet Configureren handig
CTM
visualisering Hier ook niet van
Semantische objectbank
(Biobank) software
UML IDEF0
Object Oriented Architecture Semantic modelling
XML RDF OWL
Collaborative Biobank Intermezzo: Collaborative Translational Modelling Professionals De BaaS besluitvorming
Modellerings interface
CTM
visualisering
Collaborative Modelleren Translational Modelling Configureren
Semantische objectbank
(Biobank) software UML IDEF0
Object Oriented Architecture Semantic modelling
XML RDF OWL
Collaborative Biobank Intermezzo: CTM semantisch model Gebruiker
plaats
Semantisch
model
uit
op op
: scan deze
met
ETC
Dutch Collaborative Biobank Pijlers: • Object Oriented Architecture • Open standaarden • HL-7, XML, etc
• Ontologische thesauri • Snomed, ICS-10, LOINC, etc
Dutch Collaborative Biobank Participanten Dürrer Centrum (www.icin.nl) GenerationR & ERGO BBMRI-nl 5 kennis centra
Da Vinci Europe 3 MKB
Gemeenschappelijk initiatief : Kennis Cluster
Life Science Innovation Platform Flevoland
Dutch Collaborative Biobank Doelgroepen: Alle vormen van Biomedisch onderzoek, zoals: • • • •
Locale niet gesponsorde studies multi-center studies Klinisch-farmaceutische trials Biobankieren
Gebruikmakend van de zelfde modulaire infrastructuur
Dutch Collaborative Biobank Uitgangspunten Functionaliteit: • • • • •
Gemak (ready to use toolboxes, ICT onafhankelijkheid) Totaal pakket (modulaire opzet, proces ondersteuning) Toegankelijkheid (web based proces support) Interoperabiliteit (open standaarden, koppelvlakken, XaaS) Kosten effectief (Communities: XaaS, Schaalgrootte)
Betrouwbaarheid: • Back up systemen (vriezers, apparatuur, ICT) • Open standaarden (interoperabiliteit)
Veiligheid: • Conform wet en regelgeving (WGBO, WMO, WBP, WZL) • Databeveiliging
Dutch Collaborative Biobank Diensten: De Echte Wereld • Werkproces ondersteuning • Packaging&Logistics • Sample Storage • Freezer Hosting • Marketplace
Lab & kliniek processen Studiepakketjes & logistiek Centrale & decentrale opslag Betere locale ruimtebeslag Zoeken & Aanbieden
De Digitale Wereld • Trial Management • Clinical Management • Sample Management • Research
Studie organisatorisch (CRO) Studie medisch inhoudelijk (trial bureau) Proces ondersteuning + beheer (lab) Research toepassingen
Dutch Collaborative Biobank Clinical Management Module • Study protocols • Visits • Forms • Documents • Monitoring
Study supplies&stockage • Sampling packages
Dutch Collaborative Biobank Clinical Management Module Research Module
Trial Management Module Study design • • • • •
• Study protocols • Datamining • Visits • Research Toolboxes • Forms • Sample Query • Documents • Sample Request • Monitoring
Forms Documents Protocols (visits&sampling) Packaging Logistics
Study Monitoring • Monitoring
Study supplies&stockage • Sampling packages
Sample Management Module Sample Storage • Study protocols • Sample Localprocessing storage capacity • Sample storage (buffer, dynamic) • Documents • Sample logisics Centralized Storage • Monitoring Track&Tracing
(high volume, long term)
Research Lab
Dutch Collaborative Biobank Biobanken
DC B
Humaan Veterinair Forensisch
Parelsnoer Initiatief • •
Nu: 9 UMC – biobanken (per ziektebeeld) Locale biobanken (parels) – Eigen ICT – Eigen infrastructuur
•
Centrale infrastructuur – XML berichten naar centrale research database – Algemeen toegankelijk
•
Single Format – Pseudonimized ( BSN + geboortedatum)
Vergelijking PSI & DCB Parelsnoer
Dutch Collaborative Biobank
Primaire Doelgroep
(UMC) Parels van ziektebeelden
Multi user: Locaal < > multicenter, Parel
Architectuur
9 losse ICT domeinen + PS Centrale infrastructuur (PCI)
Een Centrale architectuur (Integration-aaS = ‘The Cloud’)
Procesondersteuning
Geen onderdeel van PSI
Integraal onderdeel DCB (IaaS)
Samenwerking
Workflow : geen onderdeel van PSI Research : via CI
Workflow: ventures binnen XaaS Research: koppelvlak met PS CI
Kosten
10 losse systemen (9 parels + 1 PCI)
Centraal&Integraal ICT-concept (BaaS)
Identificatie
Single format (pseudonimised)
Keuze: Anoniem < > herleidbaar
Uitbreiding
keuze uit 9 locale systemen
locaal maatsnijden van XaaS
Aansluiting
Locaal : via locaal netwerk PCI : via Surfnet
Locaal : Web based (Biobank-aaS) Centraal : Web based (Biobank-aaS)
Research
PCI + Parels
Web based (Information-aaS)
Vergelijking PSI & DCB PSI en DCB zijn complementair: PSI = gespecialiseerde biobanken DCB = algemene biobanken
• DCB kan de locale infrastructuur leveren voor Parels • DCB kan data leveren aan PSI Centrale infrastructuur: – XML-format – Parelsnoer pseudonimisering – Tiende parel
Dutch Collaborative Biobank Proof of concept Mirror opstelling
Secured Web server Secured Data server
iDQuest protocol system
UMC Utrecht
protocol systemInternet cloud
The Cloud
RdGG
DCB project eigenaar: • Bepaalt vastlegging protocollen • Bepaalt deelname • Bepaalt rechten • Datamanagement Deelnemers locatie: • Bepaalt gebruikers • Opslag
Locale systemen Durrer Center
optie locaal
Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Configuratiescherm inrichten project
Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Configuratiescherm storagetypes
Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Projectoverzicht
Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Individuele takenoverzicht
Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Takenoverzicht per processtap
Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Workflow support
Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Aansluiting rand apparatuur • Disposables • [ Label ] printers • Scanners (handheld, single en multivial scanners) •Laser graveer machine
33
Dutch Collaborative Biobank Meeneemboodschappen ü Infrastructuur biomedisch onderzoek – Niet-gespecialiseerde instellingen (complementair) – Vries capaciteit en beheer – Workflow management • Web based • Open standaarden
– Interoperabiliteit / open standaarden
ü Generiek concept – Veterinair onderzoek – Forensisch onderzoek – Voedingsmiddelen industie
Dutch Collaborative Biobank
Vragen ? kan nu
Interesse DCB? straks
[email protected] www.idquest.nl 35
BaaS DCB
Dutch Collaborative Biobank Functionaliteit Trial Management Clinical Module Sample workflow Storage Research Workflow modelling
(potentiële) Betrokkenen MKB partner MKB partner
