BERBAGAI MIKROORGANISME RIZOSFER PADA TANAMAN PEPAYA (Carica papaya L.) DI PUSAT KAJIAN BUAH-BUAHAN TROPIKA (PKBT) IPB DESA CIOMAS, KECAMATAN PASIRKUDA, KABUPATEN BOGOR, JAWA BARAT
DODY SUSENO SIMATUPANG A 44102008
DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN FAKULTAS PERTANIAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2008
ABSTRAK DODY SUSENO S. Berbagai Mikroorganisme Rizosfer pada Tanaman Pepaya (Carica papaya L.) di Pusat Kajian Buah-buahan Tropika (PKBT) IPB Desa Ciomas, Kecamatan Pasirkuda, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Dibimbing oleh IVONNE OLEY SUMARAUW. Pepaya (Carica papaya L) merupakan tanaman yang sudah lama dikenal di Indonesia. Dalam budidaya tanaman ini dipengaruhi oleh keberadaan mikroorganisme rizosfer seperti bakteri, cendawan, dan protozoa. Populasi mikroorganisme rizosfer biasanya lebih banyak dan beragam dibandingkan pada tanah bukan rizosfer. Mikroorganisme rizosfer dapat mempengaruhi pertumbuhan tanaman, bermanfaat atau menjadi patogen tanaman. Penelitian mengenai keragaman organisme yang ada pada rizosfer perlu dilakukan sebagai sumber informasi awal yang dapat digunakan sebagai acuan dalam pengembangan pengendalian hama terpadu. Pengamatan dilakukan pada lahan pertanaman pepaya sebanyak 3 petak yang masing-masing berukuran 500 m2 dengan varietas IPB 1, IPB 2, dan IPB 6. Tanaman contoh kemudian ditetapkan dengan metode acak diagonal. Tanah dari tanaman contoh diambil dengan mengebor tanah sekitar akar dengan kedalaman 5 sampai 25 cm. Tanah yang telah diambil dimasukan kedalam kantong terpisah dan diuji di laboratorium. Tanah sebanyak 10 g dari masing-masing titik dicampur dan dibuat suspensi yaitu mencampurkannya dengan 90 ml air steril kemudian dikocok selama 15 menit. Suspensi tersebut diambil sebanyak 1 ml kemudian dimasukkan kedalam tabung berisi 9 ml air steril lalu dilakukan pengenceran berseri sampai pengenceran 10-6. Sebanyak 0,1 ml hasil pengenceran masingmasing 10-4, 10-5, dan 10-6 dituangkan kedalam cawan petri yang berisi media Potato Dextrose Agar (PDA) dan Martin Agar (MA) untuk isolasi cendawan. Isolasi bakteri pada media Nutrient Agar (NA), Yeast Dextrose Agar (YDC) dan King’s B. Pengamatan dilakukan setelah masa inkubasi dengan mengamati dan mengidentifikasi koloni cendawan dan bakteri yang muncul. Hasil penelitian menunjukkan ditemukan beberapa mikroorganisme rizosfer yang terdiri dari bakteri dan cendawan. Pada pertanaman pepaya IPB 1 ditemukan 8 koloni bakteri yang terdiri dari Pseudomonas fluorescens, Xanthomonas sp, Erwinia sp., Pantoea sp., Agrobacterium sp., bakteri Grampositif dan 4 isolat cendawan yaitu Aspergillus fumigatus, Aspergillus flavus, Penicillium sp., Trichoderma sp. Pada pertanaman IPB 2 ditemukan 7 koloni bakteri yang terdiri dari Pseudomonas fluorescens, Xanthomonas sp., Erwinia sp., Pantoea sp., bakteri Gram-positif dan 3 isolat cendawan Aspergillus flavus., Aspergillus fumigatus., Aspergillus sp. Pada pertanaman IPB 6 ditemukan 6 koloni bakteri yang terdiri dari Pseudomonas fluorescens, Xanthomonas sp., Erwinia sp., Pantoea sp., Agrobacterium sp., bakteri Gram-positif dan 4 isolat cendawan yaitu Aspergillus fumigatus, Aspergillus sp., Penicillium sp., Trichoderma sp.
BERBAGAI MIKROORGANISME RIZOSFER PADA TANAMAN PEPAYA (Carica papaya L.) DI PUSAT KAJIAN BUAH-BUAHAN TROPIKA (PKBT) IPB DESA CIOMAS, KECAMATAN PASIRKUDA, KABUPATEN BOGOR, JAWA BARAT
Skripsi Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Pertanian pada Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor
DODY SUSENO SIMATUPANG A 44102008
DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN FAKULTAS PERTANIAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2008
Judul Skripsi
: Berbagai Mikroorganisme Rizosfer pada Tanaman Pepaya (Carica papaya L.) di Pusat Kajian Buah-buahan Tropika (PKBT) IPB Desa Ciomas, Kecamatan Pasirkuda, Kabupaten Bogor, Jawa Barat.
Nama
: Dody Suseno Simatupang
NRP
: A 44102008
Disetujui, Dosen Pembimbing
Ir. Ivonne Oley Sumarauw, MSi. NIP. 130533746
Diketahui, Dekan Fakultas Pertanian
Prof.Dr. Ir. Didy Soepandie, M.Agr NIP. 130 422 698
Tanggal lulus :
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Jakarta pada tanggal 12 Juli 1984 sebagai anak kedua dari tiga bersaudara dari pasangan bapak Sorie Mula Simatupang dan ibu Sukarsih Nasution. Tahun 2002, penulis lulus dari Sekolah Menengah Umum PGRI 22 Serpong. Pada tahun yang sama penulis diterima di Institut Pertanian Bogor, Fakultas Pertanian, Departemen Proteksi Tanaman, melalui jalur USMI. Selama kuliah penulis pernah menjadi pengurus Himpunan Mahasiswa Proteksi Tanaman (HIMASITA) periode 2003 sampai 2004, penulis juga pernah menjadi asisten praktikum mata kuliah Proteksi Tanaman periode 2005-2006, 2007-2008 dan Hama Penyakit Benih dan Pascapanen 2007-2008 untuk program Diploma
Bogor, Mei 2008
Dody Suseno S
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT berkat rahmat dan hidayah-Nya penulis dapat menyelesaikan penulisan skripsi yang berjudul “Berbagai Mikroorganisme Rizosfer pada Tanaman Pepaya (Carica papaya L.) di Pusat Kajian Buah-buahan Tropika (PKBT) IPB Desa Ciomas, Kecamatan Pasirkuda, Kabupaten Bogor, Jawa Barat” Penulisan skripsi ini ditujukan sebagai salah satu syarat untuk menyelesaikan tugas akhir di Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Selama penulisan skripsi ini, penulis banyak mendapatkan bantuan. Pada kesempatan ini penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada : 1. Ir. Ivonne Oley Sumarauw, MSi yang telah menjadi pembimbing pembuatan proposal, penelitian, dan penyelesaian skripsi ini. 2. Prof. Dr. Ir Utomo Kartosuwondo MS. selaku pembimbing akademik dan dosen penguji tamu. 3. Pusat Kajian Buah-buahan Tropika (PKBT) IPB yang telah memberi dukungan untuk kelancaran berjalannya penelitian ini. 4. Bapak Baisuni yang telah membantu penulis dalam survei lahan dan metode di lapangan. 5. Bapak Yusuf Irawan yang telah membantu dalam penyediaan alat dan bahan penelitian. 6. Sorie Mula Simatupang dan Sukarsih Nasution selaku orang tua yang telah memberi dukungan, do’a, nasihat, dan membiayai penulis hingga menyelesaikan pendidikan di IPB. 7. Ade’ku Meidy tercinta terima kasih atas kesabaran, cinta, dukungan dan semangat yang diberikan. Semoga Allah SWT, membalas kebaikanmu. 8. Semua pihak yang telah membantu baik moril maupun materil yang tidak dapat disebutkan satu persatu Penulis menyadari bahwa penulisan skripsi ini masih banyak kekurangan, namun penulis berharap semoga skripsi ini bermanfaat bagi kita semua. Amiin.
Bogor, Mei 2008
Dody Suseno S
DAFTAR ISI Halaman DAFTAR TABEL ......................................................................................
vii
DAFTAR GAMBAR ...............................................................................
viii
PENDAHULUAN ....................................................................................
1
Latar Belakang .................................................................................
1
Tujuan ...............................................................................................
1
Manfaat ............................................................................................
2
TINJAUAN PUSTAKA ...........................................................................
3
Karakteristik Tanaman .....................................................................
3
Budidaya Pepaya...............................................................................
3
Manfaat Tanaman Pepaya ................................................. Hama dan Penyakit Tanaman Pepaya ............................... Rizosfer ............................................................................................
4 4 5
BAHAN DAN METODE .... .....................................................................
7
Tempat dan Waktu ...........................................................................
7
Metode .............................................................................................. Pra Pengamatan/ Survei ... ................................................. Penentuan Tanaman Contoh dan Pengambilan Tanah ...... Isolasi Mikroba Tanah ....................................................... Identifikasi .......................................................................................
7 7 7 7 8
Cendawan...........................................................................
8
Bakteri ...............................................................................
8
Uji Gram (KOH 3%) ............................................. Uji Oksidatif/fermentatif........................................ Uji fluorescent........................................................ Uji Levan ............................................................... Uji oksidase ........................................................... Uji pembusukkan pada kentang ............................ Uji arginine dihydrolase ........................................ Pertumbuhan pada media YDC (33 ºC) ................ Pertumbuhan pada media D1M agar...................... Reaksi hipersensitif ...............................................
8 8 9 9 9 9 10 10 10 10
HASIL DAN PEMBAHASAN .................................................................
11
Isolasi Mikroorganisme Rizosfer .....................................................
11
Cendawan ..........................................................................
11
Bakteri ...............................................................................
12
Hasil uji Gram (KOH 3%) .................................... Hasil uji Oksidatif/fermentatif .............................. Hasil uji fluorescent .............................................. Hasil uji Levan ...................................................... Hasil uji oksidase ................................................... Hasil uji pembusukkan pada kentang .................... Hasil uji arginine dihydrolase ............................... Hasil pertumbuhan pada media YDC (33 ºC) ....... Hasil pertumbuhan media D1M agar ..................... Hasil reaksi hipersensitif .......................................
12 12 13 14 14 15 16 17 17 17
Keragaman Mikroorganisme Rizosfer .............................................
18
KESIMPULAN DAN SARAN .................................................................
21
Kesimpulan ......................................................................................
21
Saran .................................................................................................
21
DAFTAR PUSTAKA ...............................................................................
22
LAMPIRAN ..............................................................................................
24
Komposisi bahan untuk isolasi dan identifikasi bakteri ..................
24
Kunci identifikasi (Schaad et al. 2001) ............................................
26
DAFTAR TABEL Halaman 1. Hasil identifikasi cendawan pada rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 .............................................................................................
11
2. Hasil identifikasi bakteri dan cendawan pada eksplorasi rizosfer tanaman IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 ........................................................
19
DAFTAR GAMBAR Halaman 1. Cendawan (a) Trichoderma sp., (b) Aspergillus flavus, (c) Aspergillus fumigatus, (d) Penicilium sp, hasil eksplorasi rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 ) ............................... .......................................
11
2. Mikroskopis Penicilium sp. (a), mikroskopis Aspergillus sp. (b) hasil eksplorasi rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 ........
12
3. Hasil uji uji oksidatif/fermentatif. Bakteri bersifat fermentatif (a), bakteri bersifat oksidatif (b) ...........................
13
4. Reaksi positif (a) dan reaksi negatif (b) uji fluorescent..........................
14
5. Reaksi positif (a) dan reaksi negatif (b) pada uji Levan .........................
14
6. Reaksi positif (a) dan reaksi negatif (b) pada uji oksidase..........................
15
7. Reaksi positif pembusukkan kentang isolat Erwinia sp.(a) dan reaksi negatif (b) hasil eksplorasi rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 ...................................................................................................
16
8. Reaksi positif bakteri uji (b) pada uji arginine dihydrolase dibandingkan kontrol (a) .....................................................................
16
9. Reaksi positif pada media YDC berupa koloni berwarna kuning .......
17
10. Reaksi positif uji hipersensitif pada daun tembakau berupa gejala nekrosis ................................................................................................
18
PENDAHULUAN Latar Belakang Pepaya (Carica papaya L) merupakan tanaman yang sudah lama dikenal di Indonesia. Tanaman ini mudah ditanam dan tidak memerlukan lahan yang luas sehingga memberi peluang untuk dibudidayakan lebih banyak dan intensif. Luas daerah pertanaman pepaya di Indonesia dengan orientasi bisnis mencapai 52.250 ha, yang produksinya 402.346 ton per tahun (Warisno 2003), dengan pusat penanaman diantaranya daerah Jawa Barat, Jawa Timur, DKI Jakarta, Yogyakarta, Lampung Tengah, Sulawesi Selatan, dan Sulawesi Utara (BAPPENAS 2006). Tanaman yang berasal dari Amerika Tengah dan Hindia Barat ini memiliki batang bulat, agak lunak, dengan diameter antara 10 sampai 30 cm. Daunnya berbentuk bintang, menyebar pada bagian ujung batang (BAPPENAS 2006), daging buahnya berwarna kuning sampai jingga. Karakteristik bunga, daun, batang, dan biji berbeda-beda. Hampir semua bagian tanaman pepaya dapat dimanfaatkan baik buah, batang, daun maupun akarnya. Buah pepaya merupakan buah bermutu dan bergizi tinggi, sebagai sumber nutrisi terutama vitamin A dan C. Daunnya berkhasiat sebagai obat dari berbagai penyakit. Akar tanamannya dapat digunakan untuk mengobati cacingan pada anak-anak yaitu dengan cara direbus untuk diminum airnya (Warisno 2003). Dalam
budidayanya
tanaman
ini
dipengaruhi
oleh
keberadaan
mikroorganisme rizosfer seperti bakteri, cendawan, dan protozoa. Menurut Lynch (1990) dan Carlile et al. (2001), populasi mikroorganisme di rizosfer biasanya lebih
banyak
dan
beragam
dibandingkan
pada
tanah
bukan
rizosfer.
Mikroorganisme rizosfer dapat mempengaruhi pertumbuhan tanaman, baik menguntungkan atau menjadi patogen tanaman (Curl & Truelove 1986 dalam Hornbyn 1990).
Tujuan Penelitian bertujuan untuk mengetahui keragaman mikroorganisme (cendawan dan bakteri) rizosfer pada tanaman pepaya (Carica papaya L.).
2 Manfaat Penelitian ini memberikan informasi mengenai jenis mikroorganisme rizosfer tanaman pepaya (Carica papaya L.) yang selanjutnya dapat digunakan sebagai sumber acuan program pengendalian organisme pengganggu tanaman (OPT) secara terpadu.
3
TINJAUAN PUSTAKA
Karakteristik Tanaman
Pepaya merupakan tanaman anggota famili Caricaceae. Tinggi tanaman pepaya antara 2 sampai 10 m, berbatang bulat, agak lunak, berongga dengan diameter antara 10 sampai 30 cm. Daun berbentuk bintang, menyebar dan berdesakan pada bagian ujung batang (BAPPENAS 2006). Di Indonesia terdapat banyak jenis pepaya, baik yang berdaging buah kuning maupun jingga dengan karakteristik bunga, daun, batang, dan biji yang berbeda-beda. Bunga sempurna muncul setelah bunga keempat yaitu ketika tanaman berumur tiga bulan. Budidaya Pepaya
Tanaman pepaya tumbuh subur pada daerah yang memilki curah hujan 1000 hingga 2000 mm/tahun. Suhu udara optimum 22 oC sampai 26 oC dengan kelembaban udara 40%. Tanah yang subur dan banyak mengandung humus baik untuk pertumbuhan tanaman pepaya, selain itu tanah juga harus banyak menahan air dan gembur. Derajat keasaman tanah (pH) antara 6 sampai 7 (Warisno 2003). Di Indonesia tanaman pepaya dapat tumbuh di daerah dataran rendah sampai pegunungan yang memiliki ketinggian 1000 m di atas permukaan laut. Luas daerah pertanaman pepaya dengan orientasi bisnis mencapai 52.250 ha, dengan produksi 402.346 ton per tahun. Buah pepaya belum merupakan komoditi ekspor yang dapat diandalkan karena masih terbatas untuk mencapai kebutuhan dalam negeri (Warisno 2003). Penanaman dilakukan dengan cara menyemai biji di polibag kemudian ditanam di kebun atau biji ditanam langsung pada lubang tanam. Lubang tanam dibuat berukuran 60 cm x 60 cm x 40 cm, kemudian diisi pupuk kandang sebanyak 20 kg/lubang. Jarak tanam dibuat 3 m x 3 m atau 13,5 m x 2 m. Setiap lubang ditanam 3 hingga 5 biji. Setelah tumbuh, bibit yang tidak terpilih dibuang sehingga satu lubang hanya diisi satu bibit yang tumbuh kekar, sehat, dan berbunga sempurna (BAPPENAS 2006).
4 Pemeliharaan tanaman meliputi pemupukan, pengairan dan penyiangan. Pupuk buatan yang diberikan berupa NPK dengan dosis 25 sampai 200 g per tanaman, tergantung umurnya.
Pengairan dilakukan
sekurang-kurangnya 1
minggu sekali bila musim kemarau. Pemeliharaan selanjutnya yaitu penyiangan yang meliputi pembersihan gulma atau alang-alang dengan menggunakan cangkul. Tanaman pepaya dapat dipanen setelah berumur 9 sampai 12 bulan. Buah pepaya dipanen pada stadium mendekati matang pohon, yakni setelah buah menunjukkan garis-garis menguning. Panen dilakukan setiap 10 hari sekali. Manfaat Tanaman Pepaya Hampir semua bagian tanaman pepaya dapat dimanfaatkan, mulai dari buah, daun, biji, getah, batang, dan akar. Buah pepaya merupakan buah bermutu dan bergizi tinggi. Pepaya yang masih muda dimanfaatkan untuk dibuat sayur, sedangkan buah yang sudah matang disajikan sebagai buah meja. Selain itu buah pepaya sebagai sumber nutrisi terutama vitamin A dan C serta dapat dijadikan bahan baku pembuatan saus tomat yakni untuk penambah cita rasa, warna dan kadar vitamin. Daun tanaman pepaya berkhasiat sebagai obat malaria, kejang perut, sakit panas,
dan dapat menyembuhkan penyakit beri-beri. Menurut
penelitian, biji pepaya dapat menghasilkan minyak yang mengandung 71,60% asam oleat, 15,13% asam palmat 7,68% asam linoleat, 3,60% asam stearat, dan asam-asam lemak lain dalam jumlah relatif sedikit. Getah pepaya yang banyak mengandung papain dapat digunakan untuk berbagai keperluan, antara lain: penjernihan bir, pengempuk daging, bahan baku industri penyamak kulit, serta digunakan dalam industri farmasi dan kosmetik (kecantikan). Papain merupakan enzim proteolitik yaitu enzim yang dapat mengurai dan memecah protein. Akar tanaman ini dapat digunakan untuk mengobati cacingan pada anak-anak yaitu dengan cara direbus untuk diminum airnya (Warisno 2003). Hama dan Penyakit Tanaman Pepaya Hama yang menjadi masalah pada pertanaman pepaya adalah jenis serangga seperti kutu daun spesies Myzus persicae Sulz, Aphis gossypii Glov , lalat buah Bactrocera dorsalis Hend, kepik Nezara viridula L., Thrips tabaci
5 Lind., dan tungau yang menjadi hama pada pertanaman ini. Jenis tungau yang sering menyerang tanaman pepaya sebagian besar merupakan tungau dari famili Tetranychidae. Penyakit yang sering menyerang tanaman pepaya antara lain: hawar daun bakteri yang disebabkan oleh Erwinia papayae (Rant), virus bercak cincin pepaya, virus mosaik pepaya, busuk akar yang disebabkan oleh Pythium sp. dan penyakit antraknosa yang disebabkan oleh Colletotrichum gloeosporioides (Sriyanti 2004).
Rizosfer Rizosfer merupakan bagian tanah yang berada di sekitar perakaran tanaman dan berperan sebagai pertahanan luar bagi tanaman terhadap serangan patogen akar. Konsep rizosfer pertama kali dikemukakan oleh Hiltner (1904) dalam Lynch (1990). Populasi mikroorganisme di rizosfer biasanya lebih banyak dan beragam dibandingkan pada tanah bukan rizosfer (Lynch 1990; Carlile et al. 2001). Menurut Foster (1985), Curl & True love (1986) dalam Hornby (1990), beberapa mikroorganisme rizosfer berperan penting dalam siklus hara dan proses pembentukan
tanah,
pertumbuhan
tanaman,
mempengaruhi
aktivitas
mikroorganisme serta sebagai pengendali hayati terhadap patogen akar. Menurut Jeger (2001), kehadiran sejumlah populasi organisme baik yang bersifat antagonis, patogen, maupun saprofit dapat menambah keragaman spesies di dalam komunitas alami tanaman. Berdasarkan bibliografinya, rizosfer dicirikan dengan aktivitas biologinya yang paling tinggi pada tanah (Patkowska 2002). Lingkungan rizosfer total ditentukan oleh interaksi dari tanah, tanaman, dan organisme yang berasosiasi dengan akar (Lynch 1990). Hubungan antara organisme dan akar dapat menguntungkan, merusak, atau netral tetapi seiring pengaruhya tergantung pada kondisi tanah. Secara alami tanah memiliki potensi mikroorganisme yang mampu menekan perkembangan patogen dalam tanah. Sebagian besar mikroorganisme antagonis tersebut hidup sebagai saprofit. Kemampuan organisme dalam beradaptasi terhadap berbagai keadaan lingkungan merupakan potensi besar untuk digunakan sebagai agen pengendali hayati (Baker & Cook 1974).
6 Mikroorganisme yang hidup pada daerah rizosfer biasanya digunakan sebagai agen pengendalian hayati. Keberadaan mikroorganisme antagonis pada daerah rizosfer dapat menghambat persebaran dan infeksi akar oleh patogen, keadaan ini disebut hambatan alamiah mikroba Mikroba antagonis sangat potensial dikembangkan sebagai agen pengendalian hayati. Selain sebagai agen antagonis, mikroorganisme tanah juga dapat mempengaruhi pertumbuhan tanaman dengan memproduksi senyawa-senyawa stimulat pertumbuhan seperti auksin dan fitohormon (Waksman 1952).
7
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilaksanakan di pertanaman pepaya Pusat Kajian Buah-buahan Tropika (PKBT) IPB di desa Ciomas, Kelurahan Pasirkuda, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Penelitian dilanjutkan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanain Bogor, dari Juli 2007 sampai Desember 2007. Metode Pra pengamatan/ survei Sebelum pengamatan terlebih dahulu dilakukan survei pada lahan yang akan digunakan. Kegiatan survei bertujuan untuk mengetahui kondisi lahan, kondisi tanaman pepaya yang akan diamati, dan untuk memudahkan dalam menentukan tanaman contoh yang akan dijadikan sampel.
Penentuan tanaman contoh dan pengambilan tanah Lahan yang digunakan sebanyak 3 petak yang masing-masing berukuran 500 m2 dan ditanami pepaya varietas IPB 1, IPB 2, dan IPB 6. Tanaman contoh kemudian ditetapkan dengan metode acak diagonal. Tanah dari tanaman contoh diambil dengan mengebor tanah sekitar akar dengan kedalaman 5 sampai 25 cm. Tanah dari masing-masing titik tersebut dimasukan ke dalam plastik terpisah dan diuji di laboratorium.
Isolasi mikroba tanah Tanah yang telah diambil dari 5 titik contoh selanjutnya diisolasi dengan metode pengenceran berseri. Tanah sebanyak 10 g dari masing-masing titik dicampur dan dibuat suspensi yaitu mencampurkannya dengan 90 ml air steril kemudian dikocok selama 15 menit. Suspensi tersebut diambil sebanyak 1 ml kemudian dimasukkan ke dalam tabung berisi 9 ml air steril dan dibuat pengenceran berseri sampai pengenceran 10-6.
8 Isolasi cendawan dilakukan secara tidak langsung dengan metode pengenceran kemudian penggoresan pada media, dan secara langsung dengan meletakan tanah langsung pada permukaan media. Media yang digunakan adalah Potato Dextrose Agar (PDA) dan Martin Agar (MA). Isolasi bakteri dilakukan dengan metode penggoresan pada beberapa media yaitu Nutrient Agar (NA), Kings' B, Yeast Dextrose Agar (YDC),
Identifikasi A. Cendawan Cendawan yang diperoleh dari hasil isolasi dibuat preparat slide kemudian diidentifikasi dibawah mikroskop compound. Identifikasi dilakukan berdasarkan kunci identifikasi yang dikemukakan oleh Watanabe T (1993) dan Domsch KH et al. (1993). B. Bakteri Identifikasi bakteri berdasarkan kunci identifikasi yang dikemukakan Schaad NW et al. (2001) (lampiran 1) dan Brown JF et al (1980). Beberapa uji yang dilakukan untuk mengetahui genus maupun spesies bakteri hasil isolasi rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6, sebagai berikut: 1. Uji Gram (KOH 3%) Uji ini dilakukan dengan mencampurkan satu loop suspensi bakteri uji pada preparat yang telah ditetesi
KOH 3%, kemudian diamati
terbentuk tidaknya lendir. Apabila terbentuk lendir saat lup ditarik ke atas maka dikelompokan sebagai Gram-negatif dan apabila tidak terbentuk lendir maka bakteri Gram- positif. 2.
Uji oksidatif/fermentatif Uji oksidatif/fermentatif dilakukan dengan menumbuhkan bakteri uji pada media oksidatif/fermentatif dengan pH 7.1 dalam tabung reaksi. Bakteri uji diinokulasikan dengan cara menusukkannya sedalam 0.5 cm, kemudian ditutup dengan vaselin steril pada salah satu tabung. Pada pengujian ini digunakan kontrol berupa media uji tanpa bakteri. Pada pengujian ini digunakan kontrol berupa media uji tanpa bakteri. Bakteri bersifat oksidatif apabila terjadi perubahan warna menjadi
9 kuning pada media uji tanpa vaselin, tetapi tidak mengalami perubahan warna pada media yang diberi vaselin. Bakteri bersifat fermentatif apabila mengalami perubahan warna menjadi kuning, baik pada media bervaselin maupun tidak bervaselin. 3. Uji fluorescent Uji
ini
dilakukan
untuk
membedakan
kelompok
bakteri
Pseudomonas sp. dengan kelompok bakteri lainnya, yaitu dengan menggoreskan bakteri uji pada media King's B. Reaksi positif berupa kelompok bakteri Pseudomonas sp. ditunjukkan oleh warna kuning-hijau kebiruan pada koloni bakteri apabila diamati di bawah sinar ultraviolet setelah 48 jam inkubasi. 4. Uji Levan Pengujian dilakukan dengan menggoreskan bakteri uji pada media NA yang ditambahkan dengan 5% (b/v) sukrosa. Reaksi positif ditunjukkan dengan terbentuknya koloni berwarna putih, cembung, dan berlendir setelah diinokulasi selama 3 hari. 5. Uji oksidase Pengujian ini dilakukan dengan menggoreskan koloni bakteri berumur 24 jam pada kertas saring steril yang telah ditetesi dengan media berupa 1% larutan tetramethylparaphenylenediamine dihydrochloride. Reaksi positif ditunjukkan dengan adanya perubahan warna bakteri pada kertas saring yang menjadi warna ungu gelap setelah 10 hingga 15 detik. 6.
Uji pembusukkan pada kentang Uji ini dilakukan dengan menggoreskan koloni bakteri yang berumur 24 sampai 48 jam pada irisan kentang (ketebalan 7 hingga 8 mm) yang telah disterilisasi permukaannya dengan natrium hipoklorit (NaOCl) 1% selama 1 menit kemudian dibilas dengan aquades steril. Selanjutnya irisan kentang tersebut diinkubasi dalam cawan petri pada kondisi lembab. Reaksi positif ditunjukkan dengan terjadinya pembusukkan setelah penggoresan inokulum bakteri pada irisan kentang. Permukaan kentang yang di inokulasi menjadi berlendir dan terdapat lubang kecil setelah 24 jam perlakuan. Uji pembusukkan kentang dilakukan untuk mengetahui
10 apakah kelompok bakteri yang diuji bersifat patogen atau bukan patogen khususnya kelompok Pseudomonas sp. Pada bakteri Pseudomonas sp. yang bukan patogen lubang yang terbentuk lebih dangkal dan tidak terdapat lendir pada kentang yang diinokulasi (Lelliot et al. 1966 dalam Schaad et al. 2001). 7. Uji arginine dihydrolase Pengujian ini dilakukan dengan memasukkan inokulum bakteri pada tabung reaksi yang telah berisi media arginine dengan cara menusukkannya dengan kedalaman 0,5 cm, kemudian ditutup dengan menggunakan vaselin steril. Reaksi positif ditunjukkan dengan adanya perubahan warna media dari orange menjadi merah muda. 8. Pertumbuhan pada media YDC (33 ºC) Yeast Dextrose Carbonat (YDC) merupakan media semi selektif untuk pertumbuhan bakteri Xanthomonas sp. dan menjadi uji untuk membedakan antara bakteri Xanthomonas sp. dengan
Xylophilus sp.
Bakteri uji digoreskan pada media YDC yang kemudian diinkubasi selama 48 jam pada suhu 33 ºC. Reaksi positif ditunjukkan dengan munculnya koloni bakteri berwarna kuning pada media. 9. Pertumbuhan pada media D1M agar D1M merupakan media semiselektif untuk pertumbuhan bakteri Agrobacterium sp. Uji ini dilakukan dengan menumbuhkan bakteri uji pada media D1M agar. 10. Reaksi hipersensitif Reaksi hipersensitif merupakan uji yang dilakukan untuk mengetahui sifat patogenik bakteri uji. Reaksi ini dilakukan dengan mencampurkan 1 hingga 2 loop koloni bakteri, lalu dikocok selama 24 jam dengan kecepatan 100 rpm. Selanjutnya suspensi tersebut di inokulasi pada daun tembakau dengan menyuntikkannya pada lamina daun. Reaksi hipersensitif positif ditunjukkan dengan terbentuknya gejala nekrosis pada bagian daun yang diinokulasi setelah 24 sampai 48 jam.
11
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi Mikroorganisme Rizosfer A. Cendawan Hasil identifikasi isolasi cendawan dari lahan pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 pada preparat slide mikroorganisme diperoleh 5 isolat cendawan yaitu Aspergillus fumigatus, Aspergillus flavus, Penicillium sp., Trichoderma sp., dan Aspergillus sp. (Tabel 1). Tabel 1 Hasil identifikasi cendawan pada rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 Pepaya IPB 1
Pepaya IPB 2
Pepaya IPB 6
(a)
Warna miselium Hijau tua Hijau muda Hijau abu-abu Hijau gelap Hijau tua Putih Hijau muda Hijau tua Putih Hijau abu-abu Hijau gelap
(b)
Nama cendawan A. fumigatus A. flavus Penicillium sp. Trichoderma sp. A. fumigatus Aspergillus sp. A. flavus A. fumigatus Aspergillus sp. Penicillium sp. Trichoderma sp.
(c)
(e) (d) Gambar 1 Cendawan (a) Trichoderma sp., (b) A. flavus, (c) A. fumigatus, (d) Penicillium sp, dan (e) Aspergillus sp. hasil eksplorasi rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6.
12
(a) (b) Gambar 2 Mikroskopis Penicillium sp. (a), mikroskopis Aspergillus sp. (b) hasil eksplorasi rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6. B. Bakteri Berdasarkan hasil isolasi mikroorganisme pada rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 diperoleh 21 koloni bakteri yang dindentifikasi sebagai P. fluorescens, Xanthomonas sp., Erwinia sp., Pantoea sp., Agrobacterium sp., dan 5 koloni bakteri Gram-positif. Untuk mengetahui genus maupun spesies bakteri hasil isolasi tersebut dilakukan beberapa uji sebagai berikut: 1. Hasil uji Gram (KOH 3%) Hasil isolasi bakteri pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2 dan IPB 6 diperoleh 21 isolat uji. Hasil pengujian Gram dengan KOH 3% diperoleh 16 isolat Gram-negatif dan 5 isolat Gram-positif yang didasarkan pada terbentuk tidaknya lendir. Menurut Stainer et al. (1984), bakteri akan selalu menjaga osmolaritasnya jauh melebihi medium. Apabila tekanan osmotik internal sel turun sampai di bawah tekanan osmotik eksternal, maka air akan keluar dari sel, menyebabkan volume sitoplasma berkurang dan terjadi kerusakan pada membran. Penambahan KOH 3% yang memiliki viskositas lebih tinggi dibandingkan sel bakteri akan menyebabkan cairan sel keluar dan terjadi osmosis. Hal ini yang terjadi pada bakteri Gram-negatif.
2. Hasil uji oksidatif/fermentatif Pada pertanaman pepaya IPB 1 yang terdiri dari 8 isolat, 6 isolat menunjukkan perubahan warna menjadi kuning pada media yang tidak diberi vaselin (kondisi aerob), dan 2 isolat lainnya menunjukkan perubahan warna pada media yang diberi vaselin (kondisi anaerob), sedangkan pertanaman pepaya IPB 2 yang terdiri dari 7 isolat, 5 isolat menujukkan perubahan warna
13 menjadi kuning pada media yang tidak diberi vaselin (kondisi aerob), dan 2 isolat menunjukkan perubahan warna pada media yang diberi vaselin (kondisi anaerob) . Pada pertanaman pepaya IPB 6 yang terdiri dari 6 isolat, 4 isolat menunjukkan perubahan warna menjadi kuning pada media yang tidak diberi vaselin (kondisi aerob) dan 2 isolat lainnya tidak menunjukkan perubahan warna pada media diberi vaselin (anaerob).
a
a b
b
Gambar 3 Hasil uji uji oksidatif/fermentatif. Bakteri bersifat fermentatif (a), bakteri bersifat oksidatif (b). 3. Hasil uji fluorescent Uji fluorescent adalah uji yang dilakukan pada media King’s B. Dari 21 isolat yang di uji hanya 3 isolat yang mengeluarkan pigmen fluorescent di bawah sinar ultraviolet (Gambar 5). Berdasarkan uji ini diketahui bahwa isolat tersebut adalah bakteri Pseudomonas sp. Selanjutnya untuk
mengetahui
apakah bakteri bersifat patogen atau bukan patogen maka diperlukan uji lanjutan yaitu uji Levan, uji oksidase, uji pembusukkan kentang, arginine dihydrolase dan uji hipersensitif pada tembakau (LOPAT) (Brown JF et al . 1980). Uji fluorescent merupakan salah satu uji yang memberikan kemudahan untuk dapat membedakan bakteri Pseudomonas sp. kelompok fluorescent dengan kelompok bakteri lainnya. Ciri khas P. fluorescens adalah berpendar di bawah sinar ultraviolet. Fluoresensi ini dihasilkan oleh pigmen fluorescent berupa senyawa fluoresein atau pioverdin yang akan terbentuk apabila bakteri tumbuh pada media yang kurang unsur besi seperti media King’s B.
14
(a)
(b)
Gambar 4 Reaksi positif (a) dan reaksi negatif (b) uji fluorescent 4. Hasil uji Levan Dari 21 isolat yang diuji pada media Levan, 8 isolat menunjukkan reaksi positif yang ditunjukkan dengan tumbuhnya isolat bakteri yang cembung dan berlendir pada media Levan serta 13 isolat menunjukkan reaksi negatif yaitu tumbuhnya isolat bakteri tidak melebar dan berlendir. Pada 3 isolat bakteri Pseudomonas sp. yang diuji menunjukkan hasil negatif pada media levan. Uji Levan merupakan uji karakterisasi sifat bakteri kelompok Pseudomonas sp., untuk membuktikan apakah bakteri termasuk kelompok patogen atau bukan patogen terhadap tanaman. Berdasarkan uji ini diketahui bahwa Pseudomonas sp. yang ditemukan tidak bersifat patogen bagi tanaman.
(a) (b) Gambar 5 Reaksi positif (a) dan reaksi negatif (b) pada uji levan 5. Hasil uji oksidase Reaksi positif pada hasil uji oksidase ditunjukkan dengan adanya perubahan warna pada kertas saring menjadi warna ungu gelap setelah 10 sampai 15 detik. Dari 21 isolat bakteri yang diuji, 18 isolat menunjukkan reaksi positif termasuk bakteri Pseudomonas sp. termasuk 3 isolat lainnya menunjukkan reaksi negatif.
15
(a)
(b) Gambar 6 Reaksi positif (a) dan reaksi negatif (b) isolat bakteri pada uji oksidase. 6. Hasil uji pembusukkan pada kentang Hasil uji pembusukkan pada kentang menunjukkan dari 21 isolat, 18 isolat termasuk 3 isolat Pseudomonas sp. masing-masing dari pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 menunjukkan reaksi negatif yaitu tidak terjadi pembusukkan, tidak berlendir dan tidak terdapat lubang pada irisan kentang. Hal ini menunjukkan bahwa semua isolat tersebut termasuk bakteri Pseudomonas sp yang diuji merupakan bakteri bukan patogen dan 4 isolat lainnya menunjukkan reaksi positif. Tiga isolat bakteri masing-masing dari lahan pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2, IPB 6 yang menunjukkan reaksi positif yaitu terdapat lubang pada irisan kentang kemudian diindentifikasi dengan uji lanjutan seperti uji oksidatif /fermentatif, uji pertumbuhan pada media YDC yang diinkubasi pada suhu 33 0C. Dari hasil uji maka diduga bakteri tersebut adalah Erwinia sp (lampiran 1). Terjadinya pembusukkan pada kentang merupakan akibat dari adanya aktivitas pektat pada 24 jam perlakuan, sehingga terbentuk lubang-lubang kecil yang cukup dalam pada permukaan yang diinokulasikan serta menyebabkan kentang menjadi berlendir.
16
(a) (b) Gambar 7 Reaksi positif pembusukkan kentang isolat Erwinia sp.(a) dan reaksi negatif (b) hasil eksplorasi rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6. 7. Hasil uji arginine dihydrolase Hasil uji arginine dihydrolase menunjukkan adanya reaksi positif pada semua isolat yang di uji yakni terjadi perubahan warna media dari orange menjadi merah muda, termasuk bakteri Pseudomonas sp.. Perubahan warna media terjadi akibat adanya aktivitas dua enzim yang dihasilkan bakteri yaitu enzim desmidase yang berperan mendegradasi arginine menjadi citrulline dan NH3 serta enzim citrulline ureidase yang dapat mengubah citrulline menjadi ornithine, CO2 dan NH3. Reaksi yang terjadi adalah reaksi alkalin dari produksi NH3 yang terlihat melalui uji ini (Thornley 1960).
a
b
Gambar 8 Reaksi positif bakteri uji (b) pada uji arginine dihydrolase dibandingkan kontrol (a). Berdasarkan uji LOPAT yang dilakukan pada bakteri Pseudomonas sp. maka dapat diketahui bahwa spesies bakteri rizosfer pada tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 tersebut adalah P. fluorescens bukan patogen (Brown JF et al 1980).
17 8. Hasil uji pertumbuhan pada media YDC (330C) Hasil isolasi pada 21 isolat bakteri, 5 isolat yang masing-masing menunjukkan koloni berwarna kuning pada media NA. Dari 5 isolat tersebut hanya 3 isolat yang dapat tumbuh pada media YDC yang diinkubasi pada suhu 33 0C. Media YDC merupakan media semiselektif untuk pertumbuhan bakteri Xanthomonas sp. Dari pengujian ini dapat disimpulkan bahwa ketiga bakteri yang di uji adalah Xanthomonas sp (lampiran 1). Berdasarkan pengujian ini 3 isolat bakteri masing-masing dari pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2 dan IPB 6 yang bersifat fermentatif dengan koloni warna kuning tumbuh pada media YDC diidentifikasi sebagai bakteri Pantoea sp (lampiran 1).
Gambar 9 Reaksi positif pada media YDC berupa koloni berwarna kuning 9. Hasil uji pertumbuhan pada media D1M agar Berdasarkan hasil pengujian pada semua isolat bakteri, 2 isolat bakteri masing-masing dari pertanaman IPB 1 dan IPB 6 dapat tumbuh pada media D1M agar. Reaksi positif yaitu tumbuhnya bakteri pada media ini menunjukkan bahwa bakteri tersebut adalalah Agrobacterium sp. Media D1M ialah media semiselektif bagi bakteri tersebut (lampiran 1).
10. Hasil uji reaksi hipersensitif Berdasarkan hasil pengamatan dan pengujian 21 isolat bakteri, 3 isolat masing-masing dari pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 menujukkan reaksi positif yaitu munculnya gejala nekrosis. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri tersebut bersifat patogen. Salah satu reaksi tanaman terhadap serangan patogen adalah berupa
18 reaksi kematian yang cepat pada jaringan yang diserang. Reaksi ini dapat dilihat dari gejala berupa nekrosis pada jaringan tanaman yang diserang, dalam hal ini daun tembakau yang diinokulasikan. Gejala muncul pada 24 sampai 48 jam setelah inokulasi.
Gambar 10 Reaksi positif uji hipersensitif pada daun tembakau berupa gejala nekrosis. Keragaman Mikroorganisme Rizosfer Berdasarkan hasil identifikasi pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 diperoleh mikroorganisme rizosfer berupa bakteri dan cendawan. Bakteri yang berhasil diidentifikasi yaitu P. fluorescens, Xanthomonas sp, Erwinia sp, Pantoea sp. Agrobacterium sp dan lima isolat bakteri Gram-positif. P. fluorescens. berbentuk batang lurus atau lengkung, selnya berukuran 0.5-0.1 1µm x 1.5-4.0 µm, tidak membentuk spora dan bereaksi negatif terhadap pewarnaan Gram. Bakteri ini ada yang dapat dimanfaatkan sebagai agen pengendali hayati karena mempunyai sifat antagonisme terhadap patogen tular tanah. Xanthomonas sp. merupakan bakteri berbentuk batang, pendek, berukuran 1-2 x 0.3-0,5 µm, tidak membentuk rantai, tidak berspora, dan tidak berkapsul. Bakteri ini dapat bergerak menggunakan flagellumnya yang tunggal dan polar. Pada media NA koloni bakteri ini bundar, cembung, halus mengkilat dan berwarna kuning, bersifat aerobik, Gram-negatif, dan dapat mengoksidasi glukosa sehingga pada media Levan koloninya berlendir. Selain itu Xanthomonas sp. hasil isolasi pada pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 tidak bersifat patogen. Hal ini diketahui dari reaksi negatif pada daun tembakau yang diinokulasi tidak menunjukkan gejala nekrosis saat uji hipersensitif.
19 Bakteri Erwinia sp. berbentuk batang, mempunyai bulu cambuk, tidak membentuk spora dan kapsul, Gram-negatif, serta bersifat fermentatif. Erwinia sp. dapat tumbuh pada kisaran suhu yang luas yaitu antara 22 0C dan 370C. Bakteri tersebut menghasilkan enzim pektinase yang dapat menguraikan pektin (fungsi pektin adalah untuk merekatkan dinding sel tumbuhan), dengan terurainya pektin sel akan terlepas satu sama lain (Agrios 1988). Pantoea sp termasuk bakteri Gram-negatif, bersifat fermentatif dengan koloni warna kuning tumbuh pada media YDC. Agrobacterium sp. merupakan bakteri Gram-negatif, bakteri ini bersifat bukan patogen yang terlihat dari reaksi negatif pada uji hipersensitif. Berdasarkan uji dalam penelitian ini diketahui bahwa keberadaan bakteri Agrobacterium sp. tidak memberikan dampak negatif pada pertanaman pepaya. Tabel 2 Hasil identifikasi bakteri dan cendawan pada eksplorasi rizosfer tanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6. Jenis Mikroorganisme Bakteri
Cendawan
Tanah Pepaya IPB 1 P. fluorescens. Xanthomonas sp. Erwinia sp. Pantoea sp. Agrobacterium sp Bakteri Gram-positif A. fumigatus A. flavus Penicillium sp. Trichoderma sp.
Tanah pepaya IPB 2 P. fluorescens Xanthomonas sp. Erwinia sp. Pantoea sp. Bakteri Gram-positif A. fumigatus A. flavus Aspergillus sp.
Tanah pepaya IPB 6 P. fluorescens. Xanthomonas sp. Erwinia sp. Pantoea sp. Agrobacterium sp. Bakteri Gram-positif A. fumigatus Aspergillus sp. Penicillium sp. Trichoderma sp.
Cendawan yang berhasil diindentifikasi dari pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 adalah Aspergillus sp, A. fumigatus, A. flavus, Penicillium sp., dan Trichoderma sp. Aspergillus sp. merupakan cendawan yang termasuk dalam kelas Deuteromycetes. Cendawan tersebut memiliki hifa septat (bersekat) dengan konidium berbentuk bulat, dan memiliki sel kaki (sel hifa bercabang) yang menyangga sel konidiofornya. Penicillium sp. merupakan cendawan yang termasuk dalam kelas
20 Deuteromycetes, memiliki konidium bulat dan konidiofor bertangkai tunggal yang berakhir pada rangkaian fialid yang membentuk struktur seperti sikat atau sapu lidi. Cendawan Trichoderma sp. memiliki hifa septat, dengan ciri khas fialid yang bercabang tiga, ujung fialidnya menghasilkan konidium bergerombol dan termasuk dalam kelas Deuteromycetes. Berdasarkan hasil penelitian ini cendawan dan bakteri yang ditemukan dari masing-masing lahan pertanaman pepaya hampir sama. Hal ini disebabkan pertanaman pepaya ditanam dengan jarak berdekatan yaitu pada satu lokasi perkebunan dengan perlakuan yang diberikan petani sama misalnya aplikasi pupuk dan pestisida.
21
KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Pada lahan pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 terdapat keragaman mikroorganisme bakteri dan cendawan. Bakteri yang berhasil diidentifikasi adalah P. fluorescens, Xanthomonas sp., Erwinia sp., Pantoea sp., Agrobacterium sp. dan lima isolat bakteri Gram-positif. Cendawan yang berhasil diindentifikasi dari pertanaman pepaya IPB 1, IPB 2, dan IPB 6 adalah Aspergillus fumigatus, Aspergillus flavus, Penicillium sp., Trichoderma sp., dan Aspergillus sp.
Saran Perlu dilakukan penelitian lanjutan untuk mengetahui peranan masingmasing mikroorganisme rizosfer yang diperoleh. Informasi ini penting untuk mengetahui mikroorganisme yang dapat bersifat antagonis, pemacu pertumbuhan, maupun sifat lainnya yang akan membantu dalam pengendalian penyakit.
22
DAFTAR PUSTAKA Agrios GN. 2005. Plant Pathology. 5th ed. Academic Press Inc. San Diego. 803p. BAPPENAS. 2006. Budidaya Pertanian. http://warintek.bantul.go.id/web.php?mod=basisdata&kat=1&sub=2&file= 171. [5 Maret 2007]. Baker SK. Cook JR. 1974. Biological Control of Plant Pathogens. San Fransisco: WH Freeman and Company. Brown JF, Kerr A , Morgan FD, Parbey IH. 1980. Plant Protection. Australia: Australian Vice-Chancelors Committee. Carlile MJ, Watkinson SC, Goodday GW. 2001. The Fungi. 2nd. NewYork, London: Academic Press. Domsch KH, Gams W, Anderson TH. 1993. Compendium of Soil Fungi. Vol I. IHW-Velag. Evayani L. 1990. Siklus hidup tungau Tetranychus cinnabarinus (boisd.) (Acarina: Tetranychidae) pada daun muda dan daun tua tanaman pepaya [skripsi]. Bogor: Institut Pertanian Bogor, Fakultas Pertanian . Foster RC. 1985. The Biology of the rhizosphere. In: Parker CA, Rovira AD, More KJ, Wong PTW, Kollmorgen JF, editors. Ecology And Management of Soilborne Plant Pathogens, Prosiding 1st and 5st International Congress of Plant Pathology, Australia, 10-11 and 17-24 August 1983.Minnesota (USA): The American Phytopathologycal Society. Gunawan AW, Dharmaputra OS, Rahayu G. 2004. Cendawan Dalam Praktik Laboratorium. Bogor: IPB Press. Hornbyn D. 1990. Root diseases. In Lynch JM, editor. The Rhizosphere. New York: John Willey & Sons. Jeger MJ. 2001. Biotic interaction and plant-pathogen association. In: Jeger MJ, Spence NJ. Biotic Interaction in Plant. Pathogen Association. New York (USA): CABL publishing. Lynch JM. 1990. Introduction: Some consequences of microbial rhizosphere competence for plant and soil. In : Lynch JM, editors. The Rhizosphere New York: John Willey & Sons. P 1-10. Ou SH. 1972. Rice Diseases. Commonwealth Mycologycal Institute. Kew Surrey, England. p. 84-91.
23 Patkowska E. 2002. The Role of Rhizosphere Antagonistic Microorganism in Limiting the Infection of Underground Part of Spring Wheat. http:// www. ejpau. media. Pl /series/ volume/ 5/ issue 2/ horticultura/ art-04. html.[16 Februari 2008]. Schaad NW, Jones JB, Chun W. 2001. Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria. 3nd. Minnesota: APS Press. Semangun H. 1991. Penyakit-penyakit Tanaman Hortikultura di Indonesia. Gadjah Mada. Univ. Press. Yogyakarta. 85 hal. Stainer RY, Adelberg EA, Ingraham J. 1984. Dunia Mikroba 2. Jakarta: Bharata Karya Aksara. Senior. 2006. Getah Pepaya Atasi Kanker. http://portal.cbn.net.id/cbprtl/cybermed/detail.aspx?x=Natural+Healing&y =cybermed%7C1%7C0%7C3%7C96. [09 November 2006]. Sriyanti W. 2004. Pengamatan Hama dan Penyakit Pepaya (Carica papaya L.) di Kebun Pusat Kajian Buah-Buahan Tropika (PKBT) IPB, Bogor [skripsi]. Bogor: Institut Pertanian Bogor, Fakultas Pertanian. Thornley MJ. 1960. The differentiation of Pseudomonas from other Gramnegative bacteria on the basis arginine metabolism. Journal Appl. Bacteriology 1: 37-52. Waksman SA. 1952. Soil Microbiology. New York : John Willey & Sons. 237p. Warisno. 2003. Budidaya Pepaya. Yogyakarta: Kanisius. Watanabe T. 1993. Pictorial Atlas of Soil and Seed Fungi Morphological of Cultured Fungi and Key to Species. Lewis Publisher Domsch KH et al. (1993).
24 Lampiran 1 Komposisi bahan untuk isolasi dan identifikasi bakteri.
Tabel 1 Komposisi bahan media NA (Nutrient Agar) No.
Bahan
Jumlah
1.
Beef ekstact
3.0 g
2.
Pepton
5.0 g
3.
Glukosa
2.5 g
4.
Agar
15 g
5.
Aquades
1.0 liter
Tabel 2 Komposisi bahan media Potato Dextrose Agar (PDA) No.
Bahan
Jumlah
1.
Kentang
200 g
2.
Dextrose
20 g
3.
Agar
15 g
4.
Aquades
1.0 liter
Tabel 3 Komposisi bahan media Martin Agar (MA) No.
Bahan
Jumlah
1.
Pepton
20.0 g
2.
Dextrose
10.0 g
3.
KH2 PO4.7H2O
1.0 g
4.
MgSO4.7H2O
0.5 g
5.
Rose bengal 1%
3,3 ml
6.
Agar
20.0 g
7.
Aquades
8.
Streptomycin
1.0 liter 50 mg/liter
Tabel 4 Komposisi bahan media Oksidase No. 1.
Bahan Tetramethylparaphenylenediamine dihydrochloride
Jumlah 1%
25 Tabel 5 Komposisi bahan media Uji Gram No.
Bahan
Jumlah
1.
KOH
3%
Tabel 6 Komposisi bahan media King’s B No.
Bahan
Jumlah
1.
Protease pepton no.3
20.0 g
2.
Glycerol
10.0 ml
3.
K2HPO4
1.5 g
4.
MgSO4.7H2O
1.5 g
5.
Agar
15.0 g
6.
Aquades
1.0 liter
Tabel 7 Komposisi bahan media Yeast Dextrose Agar (Lelliot & Stead 1978) No.
Bahan
Jumlah
1.
Yeast Extract
10.0 g
2.
D-glucose
20.0 g
3.
CaCO3
20.0 g
4.
Aquades
1.0 liter
Tabel 8 Komposisi bahan media Oksidatif/fermentatif No.
Bahan
Jumlah
1.
Pepton
1.0 g
2.
NH4H2PO4
1.0 g
3.
KCl
0.2 g
4.
MgSO4.7H2O
0.2 g
5.
Bromtimol biru
40.0 g
6.
Agar
1.5 g
7.
Aquades
1.0 liter
26 Tabel 9 Komposisi bahan media Levan No.
Bahan
Jumlah
1.
Nutrient Broth
8.0 g
2.
Sucrose
50 g
3.
Agar
20 g
4.
Aquades
1 liter
Tabel 10 Komposisi bahan media Arginine Dihydrolase (Lelliot & Stead 1978) No.
Bahan
Jumlah
1.
Pepton
1.0 g
2.
NaCl
5.0 g
3.
K2HPO4
0.3 g
4.
L (+) arginin HCl
10.0 g
5.
Phenol red
0.01 g
6.
Agar
3.0 g
7.
Aquades
1.0 g
Tabel 11 Komposisi bahan media D1M Agar No.
Bahan
Jumlah
1.
Cellobiose
5.0 g
2.
NH4Cl
1.0 g
3.
NH4H2PO4
1.0 g
4.
K2HPO4
1.0 g
5.
MgSO4.7H2O
3.0 g
6.
Malachite green
7.
Agar
8.
Aquades
10.0 mg 15.0 g 1.0 liter
Lampiran 2 Kunci identifikasi bakteri (Schaad et al. 2001) Gram Reaction
+
Erwinia, Pantoea, Xylophilus, Acidovorax, Burkholderia, Ralstonia, Pseudomonas, Xanthomonas, Agrobacterium.
Corynebacterium, Bacillus, Clostridium Endospored Formed
Anaerobic Growth
+
-
Erwinia Pantoea
Xylophilus, Acidovorax, Burkholderia, Ralstonia, Pseudomonas, Xanthomonas, ,Agrobacterium.
Colonies Yellow + on YDC -
Fluorescent Pigment on KB
Erwinia
Pseudomonas
Anaerobic Growth
-
Clostridium
Xylophilus, Acidovorax, Burkholderia, Ralstonia, Pseudomonas, Xanthomonas, Agrobacterium.
Aerial Mycellium
-
+
-
Bacillus Streptomyces Corynebacterium
Colonies Yellow on YDC/NA
+
Coryneform, Streptomyces
Bacillus, Clostridium
+ +
Pantoea
-
+
-
27
Kunci Identifikasi bakteri (lanjutan) Collonies Yellow on YDC/NA
Agrobacterium, Acidovorax, Burkholderia, Ralstonia
Xanthomonas, Xylophilus Urease
+ Xylophilus
Growth at 33 ºC on YDC
Xanthomonas
+ Xanthomonas
Xylophilus
Growth on D1M Agar
+
-
Agrobacterium
Acidovorax, Burkholderia,Ralstonia Utilizes Arginine and Betaine
+ Burkholderia
Ralstonia, Acidovorax Growth at 40 ºC
-
+ Acidovorax
Ralstonia
28
Gram Reaction
-
Gram Reaction
-
+
+ Anaerobic Growth
Anaerobic Growth
-
Flourescent Pigment on KB Flourescent Pigment on KB
-
+ +
Pseudomonas Levan Oksidase (+) (-)
Potat o (-)
Pseudomonas flourescens
Arginine (+)
Colonies Yellow on YDC/NA
Growth at 33 ºC on YDC
+ Xantomonas sp.
29
-
Gram Reaction
Gram Reaction
+
-
+
Anaerobic Growth
Corynebacterium, Bacillus, Clostridium
-
+
Endospored Formed Flourescent Pigment on KB
+
+
-
-
Anaerobic Growth
Collonies Yellow on YDC/NA
Growth on D1M Agar
+
Bacillus sp.
+ Agrobacterium
30
