A Drosophila Atg gének vizsgálata: a FIP200/Atg17 szerepe az autofágiában Doktori értekezés
Készítette: Kárpáti Manuéla
Témavezető: Dr. Juhász Gábor, PhD tudományos főmunkatárs ELTE, Anatómiai, Sejt- és Fejlődésbiológiai Tanszék
Biológia Doktori Iskola, Molekuláris Sejt- és Neurobiológia Program Doktori Iskola vezetője: Dr. Erdei Anna Programvezető: Dr. Sass Miklós
Eötvös Loránd Tudományegyetem Természettudományi Kar Biológiai Intézet
Budapest, 2014. 94
Tartalomjegyzék Rövidítések jegyzéke.................................................................................................................. 4 Bevezetés .................................................................................................................................... 8 Az autofágia ............................................................................................................................ 8 Az autofágia típusai funkció alapján................................................................................. 11 Az autofágia molekuláris mechanizmusa ......................................................................... 12 Az izoláló membrán eredete ............................................................................................. 17 Az autofágia szabályozása ................................................................................................ 18 Az autofágia szelektivitása ............................................................................................... 22 Milyen folyamatokban szerepel az autofágia? .................................................................. 24 Az autofág sejthalál........................................................................................................... 25 Módszerek az autofágia vizsgálatára ................................................................................ 29 A FIP200............................................................................................................................... 34 A FIP200 szerepe az autofágiában .................................................................................... 35 A Drosophila melanogaster ................................................................................................. 38 A Drosophila egyedfejlődése ............................................................................................ 38 RNS interferencia a Drosophilában .................................................................................. 41 Az UAS/Gal4 rendszer ..................................................................................................... 45 A FLP/FRT rendszer ......................................................................................................... 48 Célkitűzések ............................................................................................................................. 50 Anyagok és módszerek............................................................................................................. 51 Drosophila törzsek és fenntartásuk ....................................................................................... 51 Éheztetés ............................................................................................................................... 51 Molekuláris klónozás és embrió-injektálás .......................................................................... 51 FIP200 nullmutáns állatok (d130) létrehozása ..................................................................... 53 Fénymikroszkópos vizsgálatok............................................................................................. 54 Paraffinos beágyazás ............................................................................................................ 54 Elektronmikroszkópos vizsgálatok ....................................................................................... 55 Poliklonális ellenanyagok létrehozása .................................................................................. 55 Immuncitokémia ................................................................................................................... 56
2
A sejttenyészetek fenntartása, kezelése ................................................................................ 57 Immunprecipitáció ................................................................................................................ 57 Western blot kísérletek ......................................................................................................... 58 Statisztika, kiértékelés .......................................................................................................... 59 Eredmények .............................................................................................................................. 61 A Drosophila Atg17/FIP200 ................................................................................................. 61 A FIP200 nullmutáns és a FIP200 fehérjét túltermelő állatok, valamint az anti-FIP200 ellenanyag tesztelése............................................................................................................. 62 A FIP200 szükséges az indukált és a bazális autofágiához, és hierarchiában az Atg1 felett (upstream) hat .............................................................................................................. 64 A FIP200 szükséges a fejlődési autofágiához ...................................................................... 71 FIP200 nullmutáns állatok idegsejtjeiben aggregátumok jelennek meg .............................. 74 A FIP200 fehérje kolokalizál egyes Atg fehérjékkel, a p62-vel és a lizoszómák mellett helyezkedik el ....................................................................................................................... 75 A FIP200 túltermeltetése Atg1-függő módon indukál autofágiát ........................................ 80 A Drosophila FIP200 az Atg1-kináz komplex tagja ............................................................ 82 A FIP200 in vivo aktiválja az Atg1 fehérjét ......................................................................... 86 Atg fehérjék expressziója az ecetmuslica fejlődése során .................................................... 91 Az eredmények megvitatása..................................................................................................... 93 Összefoglalás ............................................................................................................................ 99 Summary ................................................................................................................................ 100 Köszönetnyilvánítás ............................................................................................................... 101 Függelék ................................................................................................................................. 102 Az ábrákhoz készült részletes statisztikai adatok ............................................................... 102 Irodalomjegyzék ..................................................................................................................... 105
3
Rövidítések jegyzéke ↑
túltermeltetés
A/M arány
alacsony/magas mobilitású csíkok aránya
act
actin; aktin
AF
autofagoszóma
AGO1/2/3
Argonaute 1/2/3
AL
autolysosome; autolizoszóma
AMP
adenosine monophosphate; adenozin-monofoszfát
AMPK
AMP-activated protein kinase; AMP-aktivált protein kináz
Atg
autophagy-related; autofágiában szereplő gén
ATP
adenosine-5'-triphosphate; adenozin-5'-trifoszfát
Bcl-2
B-cell lymphoma 2; B-sejtes limfóma 2
Bcl-XL
B-cell lymphoma-extra large; B-sejtes limfóma-extra nagy
BH3
Bcl-2 homology domain 3; Bcl-2 homológ domén 3
bp
base pair; bázispár
car
carnation
CG
computed gene; génazonosító szám
CIAP
calf intestinal alkaline phosphatase; borjúbélből származó alkalikus foszfatáz
CMA
chaperone-mediated autophagy; chaperon-mediált autofágia
Cvt
cytoplasm to vacoule targeting; a citoplazmából a vakuólumba szállító útvonal élesztőben
DAPI
4',6-diamidino-2-phenylindole; 4’,6-diamidin-2-fenilindol
DAPK
death-associated protein kinase; sejthalál-asszociált protein kináz
DFCP1
double
FYVE-containing
protein
1;
dupla
tartalmazó fehérje 1 DGRC
Drosophila Genetic Resource Center, Kyoto
DN
dominant negative; domináns negatív
dor
deep orange
dsRNS
double stranded RNA; duplaszálú RNS
ER
endoplasmic reticulum; endoplazmatikus retikulum
FAK
focal adhesion kinase; fokális adhéziós kináz 4
FYVE-domént
FIP200
FAK family kinase-interacting protein of 200 kDa; 200 kDa méretű FAK fehérjecsalád-kölcsönható fehérje
FLP
flippase; flippáz
FRT
flippase recognition target; flippáz által felismert célszekvencia
Gal4
galactose metabolism 4; galaktóz metabolizmusban szereplő fehérje
GC
gastric caeca; vakbelek
GFP
green fluorescent protein; zöld fluoreszcens fehérje
HA
haemagglutinin
HOPS
homotypic fusion and vacuole protein sorting; homotipikus fúzióért és vakuoláris fehérje válogatásért felelős komplex
HORMA-domén
Hop1p, Rev7p és Mad2 fehérjék nevéből képzett doménnév
hs
heat-shock; hősokk
Hsc70
heat
shock
cognate
70
kDa
protein;
70
kDa
méretű
hősokkfehérjével rokon fehérje Hsp70
heat shock protein 70 kDa; 70 kDa méretű hősokkfehérje
IM
isolation membrane; izoláló membrán
IN
input
IP
immunprecipitátum
IR
inverted repeat, fordított ismétlődés
kb
kilobase; kilobázis
kDa
kilodalton
L1, L2, L3
Drosophila lárvaállapotok 1-3
L3W
L3 wandering larvae; L3 állapotú vándorló lárva
Lamp-1/2a
lysosomal associated membrane protein-1/2a; lizoszóma-asszociált membránfehérje 1/2a
LC3
light chain 3; könnyű lánc fehérje 3
LIR
LC3-interacting region; LC3-kölcsönható régió
lt
light
LTR
LysoTracker Red
mCherry
monomeric Cherry; monomer Cherry fluoreszcens fehérje
MCS
multicloning site; multiklónozó hely
MHC II
major histocompatibility complex II; fő hisztokompatibilitási komplex II 5
miRNS
microRNA; mikroRNS
N/A
not applicable; nem alkalmazható
ns
non-significant; nem szignifikáns
OE
overexpression; overexpresszió
PAS
pre-autophagosomal structure, phagophore assembly site; előautofagoszomális struktúra, fagofór összeszerelődési hely
PB1
Phox/Bem1p domain; Phox/Bem1p domén
PBS
phosphate buffered saline; foszfát-pufferelt sóoldat
PCR
polymerase chain reaction; polimeráz láncreakció
PE
phosphatidylethanolamine; foszfatidil-etinolamin
PI3K
phosphatidylinositol 3-kinase; foszfatidil-inozitol 3-kináz
PI3P
phosphatidylinositol 3-phosphate; foszfatidil-inozitol-3-foszfát
piRNS
PIWI-interacting RNA; PIWI doménnel kölcsönható RNS
PKB
protein kinase B; protein kináz B
PTEN
phosphatase and tensin homologue; foszfatáz és tenzin homológ
Pyk2
proline-rich tyrosine kinase 2; prolinban gazdag tirozin kináz 2
Raptor
regulatory-associated protein of TOR ;
TOR
asszociált
szabályozó fehérje RB1
retinoblastome-1; retinoblasztóma 1
RB1CC1
RB1 inducible coiled-coil 1; RB1 indukált coiled-coil motívumot tartalmazó fehérje 1
RICTOR
rapamycin-insensitive
companion
of
TOR;
TOR
fehérje
rapamicinre érzéketlen szabályozója RISC
RNA-induced silencing complex; RNS-indukált géncsendesítő komplex
RNSi
RNS interferencia
rpf
relative to puparium formation; a bebábozódáshoz viszonyítva
siRNS
small interfering RNA; kis interferáló RNS
SN
supernatant, felülúszó
SNARE
SNAP (soluble NSF attachment protein) receptor; SNAP receptor
syx17
syntaxin 17
TOR
target of rapamycin; rapamicin célfehérje
TORC1/2
TOR complex 1/2; TOR komplex 1/2
6
Trail
TNF-related apoptosis-inducing ligand; TNF-függő apoptózist indukáló ligand
TRiP
Transgenic RNAi Project
TSC 1/2
tuberous sclerosis 1/2; szklerózis tuberóza 1/2
UAS
upstream activating sequence; upstream aktiváló szekvencia
UBA
ubiquitin-associated domain; ubikvitin-asszociált domén
ULK 1/2
unc (uncoordinated)-51 like autophagy activating kinase 1; unc-51szerű autofágiát aktiváló kináz
UPS
ubiquitin proteasome system; ubikvitin-proteaszóma rendszer
usnp
ubisnap (SNAP29)
Vamp7
vesicle-associated
membrane
protein
7;
vezikula-asszociált
membránfehérje 7 VDRC
Vienna Drosophila RNAi Center
Vha
vacuolar H+-ATP-ase; vakuoláris H+-ATP-áz
Vps
vacuolar protein sorting; vakuoláris fehérje válogatás
WIPI1-4
WD-repeat
protein
interacting
with
phosphoinosides
foszfoinozidokat kötő, WD-ismétlődést tartalmazó protein 1-4
7
1-4;
Bevezetés Megfelelő működésük megőrzése érdekében az eukarióta sejtek fontos feladata belső egyensúlyuk fenntartása. Ennek egyik legfőbb eszköze a felépítő (anabolikus) és lebontó (katabolikus) folyamatok egyensúlyának beállítása. A sejtek két legfontosabb fehérjebontó útvonala az ubikvitin-proteaszóma rendszer és a lizoszomális rendszer. Az ubikvitinproteaszóma rendszer feladata a lebontásra kijelölt, poliubikvitinált (több egymás után kapcsolódó ubikvitin által alkotott láncot tartalmazó) fehérjék feldarabolása aminosavakra. A lizoszomális rendszer célpontjai azonban általában nem ilyen pontosan meghatározottak. Mind az endoszomális, mind az autofág folyamatok a lizoszóma irányába konvergálnak, így az nemcsak a kívülről érkező bekebelezett anyagokat, hanem saját sejtalkotókat is képes lebontani. Az így kapott alapanyagokból a felépítő folyamatok táplálkozhatnak.
Az autofágia Az 1950-es évek második felében, mikor az elektronmikroszkópos vizsgálatok már kezdtek teret hódítani, a kutatók érdekes dologra lettek figyelmesek. A citoplazmán belül olyan membrán által határolt hólyagocskákat, vezikulumokat láttak, melyek semmilyen addig ismert sejtalkotónak nem feleltek meg: a sejt saját anyagait, sőt sejtszervecskéket is tartalmaztak. Christian de Duve, egy belga kutató (akit ezért és más sejttani-élettani felfedezéseiért 1974-ben orvosi Nobel-díjjal jutalmaztak) azt is leírta, hogy ezek a vezikulák lizoszómával egyesülnek. A folyamatot autofágiának nevezte el, mely görögül szó szerint önevést jelent (De Duve 1967). Maga az autofágia (sejtes önemésztés) minden eukarióta sejtben megfigyelhető folyamat. Fő feladata a sejt saját anyagainak lebontása. A lebontandó sejtalkotók mérete a fehérjéktől egészen a sejtszervecskékig (például mitokondrium) terjedhet. A lebontásból keletkező monomereket, alapanyagokat energia- és tápanyagtermelő folyamatok hasznosítják. Fontos túlélőmechanizmus is, ha a sejt anyag- vagy energiahiányos állapotba kerül, aktiválódik, hogy alapanyagot biztosítson – akár az átmenetileg visszaszorítható folyamatok kárára is. Citoprotektív szerepet is betölt: megakadályozza a toxikus fehérjék felhalmozódását, segíti a vírusok, baktériumok eliminálását; hiánya vagy túlzott aktivitása fontos szerepet játszhat különböző betegségek patomechnizmusában (Levine és Kroemer 2008, Mizushima, Levine és mtsai 2008, Klionsky 2010). 8
Fenotípus alapján az autofágiának három fajtáját különböztetjük meg (Mizushima és Komatsu 2011) (1. ábra). Ezek a lebontandó anyagok méretében, lizoszómába kerülésének módjában és az átrendeződő membránok minőségében különböznek egymástól. A chaperon-mediált autofágia speciális szelektív autofágia, csak fehérjéket képes lebontani. Az ezen az úton lebontódó fehérjék felismerésére egy öt aminosavból álló motívum szolgál. Ez az úgynevezett KFERQ-szerű motívum: egy vagy két pozitív, egy negatív töltésű aminosav és egy vagy két hidrofób aminosav kombinációja alkotja, illetve a pentapeptid elején vagy végén egy glutamin [Q] található. Ezt a motívumot ismeri fel a Hsc70 (heat shock cognate 70 kDa protein), amely egy folyamatosan termelődő citoszolikus dajkafehérje. A lizoszóma membránjában lokalizálódó LAMP-2A (lysosomal associated membrane protein-2) fehérje specifikusan köti a Hsc70 fehérjét. A lebontásra ítélt fehérjéket a Hsc70 cochaperonok segítségével kitekeri és a LAMP-2A fehérjékből álló csatornán keresztül – ahol a lizoszomális Hsc70 segíti őket az átjutásban – végül a lizoszóma belsejébe kerülnek. A fehérjék ezután ebben az erősen savas környezetben lebomlanak (Cuervo 2011, Kaushik és Cuervo 2012). Az autofágia ezen típusa nem jár együtt membránátrendeződéssel.
1. ábra: Az autofágia típusai A három fő típus a mikro-, makro- és chaperon-mediált autofágia, részletes leírásukat lásd a szövegben. (Cheung (Cheung and Ip 2009) ábrája nyomán) 9
A mikroautofágia során a lizoszóma membránjában betűrődés, invagináció keletkezik: ezáltal maga a lizoszóma mintegy bekebelezi a lebontandó sejtalkotókat. Újabban megkülönböztetnek e-mikroautofágiát is, amikor lizoszóma helyett egy késői endoszóma veszi fel ezen az módon (szelektíven vagy tömegesen) a citoplazmás fehérjéket (Kaushik és Cuervo 2012). A
makroautofágia
a
legismertebb
autofágia-típus.
Ekkor
(vitatott
eredetű
membránforrásból) kialakul egy kettős izoláló membrán, vagy más néven fagofór. Ez az izoláló membrán körbeöleli a citoplazma egy részletét, záródásával pedig létrejön a kettős membránnal határolt autofagoszóma (Reggiori és Klionsky 2005). Az autofagoszóma egyesülhet késői endoszómával is, ezt nevezzük amfiszómának. A sejtalkotók mind az autofagoszómában, mind az amfiszómában még jól felismerhetőek, a lebontás még nem kezdődött el. Az utolsó lépésben az autofagoszóma (pontosabban külső membránja) egy lizoszómával fuzionál, ekkor jön létre az autolizoszóma, amely már csak egy egyszeres membránnal határolt sejtalkotó. Az autofagoszóma másik, belső membránja a savas környezetben lebomlik, az általa határolt citoszolikus komponensekkel együtt, ezért az autolizoszómára az erősen elektrodenz beltartalom jellemző (2. ábra). Az autofagoszóma membránját a lumen felé erősen glikozilált Lamp fehérjék védik meg a lebontástól.
2. ábra: Autofagoszómák és autolizoszómák elektronmikroszkópos felvételen Az első képen egy, Vps16a mutáció miatt autofagoszóma-lizoszóma fúzióra képtelen mutáns állatban felhalmozódott autofagoszómák láthatóak. Az autofagoszómák kettős membránja a fixálás és beágyazás során elválik egymástól, így látványos fehér, üres tér veszi körül a belső membránt (zöld nyilakkal jelölve a külső és belső membrán, köztük az üres tér). Az ezen belül található sejtalkotók jól felismerhetőek. A jobb oldali ábra egy kontroll vándorló állat zsírtestéből készült metszet (az egyedfejlődés során az úgynevezett vándorló állapotban hormonális hatásra nagymértékű autofágia indukálódik az állatokban [részletesen lásd a Drosophila melanogasterről szóló fejezetben]). A képen több nagyméretű, erősen elektrodenz (sötét), egy membránnal határolt autolizoszóma látható. (Takáts Szabolcs ábrája) 10
Az autofágia típusai funkció alapján
Az autofágiát nemcsak morfológia, hanem funkció szempontjából is több csoportra oszthatjuk. Attól függően, hogy mikor jelenik meg az autofágia, illetve milyen mértékű lebomlást eredményez, több típust különböztetünk meg. A sejtekben alapszinten mindig működő önemésztést bazális autofágiának nevezzük. Ilyenkor a hibás, elöregedett vagy lebontásra kijelölt sejtalkotók bomlanak le – ez gyakorlatilag minden sejttípusban előfordul, még a neuronokban is. Ilyenkor a sejtekben nem figyelhetünk meg nagy számban autofág struktúrákat és az Atg fehérjék szintje is alacsony. Az autofágia igen hasznos akkor, ha bizonyos életkorban, fejlődési állapotban nagy tömegben kell szöveteket, sejteket lebontania a szervezetnek: ekkor fejlődési autofágiáról beszélhetünk. A szervezetben ilyenkor a bazálishoz képest jóval nagyobb mértékű autofágia indukálódik, az autofág struktúrák mind méretben, mind számban növekszenek. Fejlődési autofágia esetében a folyamat addig tart, míg a sejt citoplazmájának nagy része le nem bomlott (ezt a folyamatot nevezhetjük autofág sejthalálnak is, lásd az erről szóló fejezetet). Ez történik például a teljes átalakulással fejlődő rovarokban (pl. Drosophila), ahol a metamorfózis során a poliploid lárvális szövetek lebomlanak, helyet és alapanyagot adva a kifejlett állatra jellemző diploid sejteknek. (lásd a Drosophila fejlődéséről szóló fejezetet). Emlősökben ilyen úton bomlik le az ujjak közötti úszóhártya vagy a női gonádok kezdeményei hímekben. A harmadik típus a stressz-indukált autofágia, amelyet tápanyag- és/vagy energiahiányos állapot válthat ki. Ilyen állapot a sejtekben előidézhető természetes úton, illetve kísérleti körülmények között is, például éheztetés, hipoxia vagy valamilyen drog hatására. Ilyen szer például a rapamicin, mely a TOR fehérje névadó gátlószere: hatására nagymértékű autofágia indukálódik a sejtekben. Az indukált autofágia átmenetileg nem jár következményekkel, azonban ha a környezetben továbbra is fennáll a kiváltó hatás, akkor előbb-utóbb a létszükségletű sejtalkotók is lebontásra kerülhetnek, és a fokozott önemésztés végül autofág sejthalálhoz vezethet. Ugyanakkor fejlődési autofágia is kiváltható mesterségesen. Például a vedlési hormon (ekdizon) a teljes átalakulással fejlődő rovarokban a fejlődési autofágia természetes kiváltója (lásd A Drosophila fejlődése), de adagolásával a megfelelő életkorú táplálkozó állatokban (amelyekben az autofágiát gátló juvenilis hormon szintje már lecsökkent) indukálhatjuk is a folyamatot (Rusten, Lindmo és mtsai 2004).
11
Az autofágia molekuláris mechanizmusa
Míg a makroautofágia (továbbiakban egyszerűsítésként autofágia) első, főként morfológiai leírásai még az 1950-es évekből származnak, molekuláris mechanizmusát 40 évvel később élesztőben (Saccharomyces cerevisiae) írták le ((Tsukada és Ohsumi 1993); lásd még (Yang és Klionsky 2009, Devenish és Klionsky 2012)). A folyamat konzerváltságát jól mutatja, hogy a megismert Atg (autophagy-related) gének (Klionsky, Cregg és mtsai 2003) és fehérjék homológjai vagy analógjai az összes eukarióta szervezetben megtalálhatóak a gombáktól egészen az emberig (4. ábra). Eddig 37 Atg gént azonosítottak (Lamb, Yoshimori és mtsai 2013), bár az autofágia folyamatában nemcsak Atg fehérjék vesznek részt (Mizushima és Komatsu 2011). Az autofágia mechanizmusát molekuláris szempontból az alábbi hat lépésre oszthatjuk: 1.: iniciáció; 2.: az izoláló membrán/fagofór kialakulása (nukleáció); 3.: az izoláló membrán érése és az autofagoszóma kialakulása; 4.: kapcsolódás és fúzió lizoszómával; 5.: savasodás; 6.: reciklizáció (3. ábra). A hat lépést specifikus fehérjekomplexek „vezénylik”. 1. Iniciáció Az autofágia indukciójáért az Atg1 kináz komplex felelős. Tagjai élesztőben az Atg1, Atg13, Atg17, Atg29 és Atg31; Drosophilában az Atg1, Atg13, Atg101 és a FIP200 (FAK Family Kinase-Interacting Protein Of 200 kDa); emlősökben az ULK1/2 (unc-51 like autophagy activating kinase 1), Atg13, Atg101 és FIP200 fehérjék (Hosokawa, Hara és mtsai 2009, Hosokawa, Sasaki és mtsai 2009, Alers, Loffler és mtsai 2012). Az indukciós komplex fő feladata az információ eljuttatása ahhoz a membránforráshoz, melyből az izoláló membrán kialakulhat. Hatására idegyűlhetnek a fontosabb kulcsmolekulák és megindulhat az autofagoszóma képződése. Az Atg1 kináz komplex a TOR (target of rapamycin) kináz közvetlen, gátló szabályozása alatt áll (Jung, Jun és mtsai 2009). A TOR a sejt legfőbb tápanyag- és energiaszenzora, számos jelátviteli út csomópontjában megtalálható (részletesebben lásd Az autofágia szabályozása című alfejezetet). 2. Nukleáció Az izoláló membrán képződésének elindítása a foszfatidil-inozitol 3-kináz (PI3K) komplex vagy Vps34-komplex fő feladata, amely az ehhez szükséges jellemző foszfolipid jelet alakítja ki a membránban. Tagjai a Vps34, Atg14, Atg6 (emlősökben Beclin-1) és Vps15 fehérjék (Juhasz, Hill és mtsai 2008). A Vps34 (vacuolar sorting protein) egy III-as típusú PI3K (innen ered a komplex neve is), amely a foszfatidil-inozitolt az inozitol hármas 12
pozíciójában foszforilálva foszfatidil-inozitol-3-foszfátot (PI3P) hoz létre. A Vps34 effektora például a PI3P-t kötő Atg18 (emlősben WIPI1-4 [WD-repeat protein interacting with phosphoinosides 1-4]), amelynek
feltehetően kötőpartnere az Atg2 fehérje is.
3. Az izoláló membrán érése és az autofagoszóma kialakulása Az ebben a folyamatban szereplő ubikvitin-szerű konjugációs rendszer a legnépesebb a csoportok közül. Tartalmazza az Atg3, Atg4, Atg5, Atg7, Atg8/LC3, Atg10, Atg12 és az Atg16 fehérjéket. Ezek a fehérjék két kaszkádot alkotnak. A csoport onnan kapta a nevét, hogy mind az Atg8, mind az Atg12 ubikvitin-szerű térszerkezetű fehérje (Nakatogawa, Ichimura és mtsai 2007), a több tag pedig az ubikvitin aktiválásában szerepet játszó E1, E2 és E3 enzim szerepét tölti be. Az ubikvitiniláció folyamatában az E1 enzim az ubikvitin aktiválásért felelős, míg az E2 enzim a már aktivált ubikvitint szállítja az E3 enzimhez. Az E3 enzim feladata, hogy a célfehérje és az aktivált ubikvitin közötti kötést kialakítsa. A folyamatban az Atg12 az Atg5 fehérjére kerül, a köztük lévő kötés kialakításához szükség van az Atg7 fehérjére (E1 – aktiváló enzim), majd az Atg10-re (E2 – konjugáló enzim) (Yorimitsu és Klionsky 2005). Az Atg12-Atg5 konjugátummal az Atg16 oligomert alkot, mely multimerizálódva E3 enzimként (ligáz) működik és megköti az aktivált ubikvitinszerű Atg8-at. Az Atg8 fehérje aktiválásához elsőként a fehérje limitált proteolízisen esik át: az Atg4, mely egy cisztein-proteáz, lehasítja a C-terminális glicin közelében levő aminosavakat, így a konjugációhoz szükséges glicin a felszínre kerül. Továbbá szükség van az Atg7-re és az Atg3-ra, melyek sorrendben E1 és E2 enzim feladatot látnak el. Az aktivált Atg8-at az Atg12-Atg5-Atg16 komplex a C-terminálisán levő aktivált glicinen keresztül foszfatidil-etinolaminra (PE) köti, mintegy a membránhoz horgonyozza – ebben az Atg3 szintén részt vesz. Ezt a bonyolult folyamatot nevezik még az Atg8 lipidálódásának vagy Atg8 I-Atg8 II konverziónak is (Glick, Barth és mtsai 2010). A PEhorgonnyal az Atg8 fehérje a növekvő izoláló membrán mindkét oldalához köt. Később az Atg4 fehérje levágja az autofagoszóma külső oldaláról, a belső membránon levők azonban lebontódnak az autolizoszómában. A rendszer átfogó feladata az izoláló membrán növekedésének
elősegítése
(expanzió)
és
a
lebontandó
anyagok
kiválasztása.
4. Kapcsolódás és fúzió lizoszómával Az autofagoszóma-lizoszóma fúzióban fontos szerepet játszik a HOPS (homotypic fusion and vacuole protein sorting) komplex (Takats, Nagy és mtsai 2013, Takats, Pircs és mtsai 2014). Tagjai muslicában a Vps16a, Vps11, car (carnation)/Vps33a, dor (deep 13
orange)/Vps18, Vps39 és a lt (light)/Vps41. Ez a komplex pányvázó (tethering) funkciót lát el, rögzíti a különböző organellumokat határoló membránfelszíneket egymás közelében (Takats, Pircs és mtsai 2014). Eközben a két „szemközti” membránon levő SNARE fehérjék (Vamp7 a lizoszómán, Syx17 és usnp az autofagoszómán) összekapcsolódva annyira közel húzzák a felszíneket, hogy végül fúzió következik be (Takats, Nagy és mtsai 2013). 5. Savasodás Az autolizoszóma savasodásához nélkülözhetetlenek a Vha fehérjék (vacuolar H+ ATPase), melyek protonpumpaként hidrogénionokat pumpálnak az organellum belsejébe. Ezzel alakítják ki a savas hidrolázok és más emésztőenzimek működéséhez elengedhetetlen alacsony pH-t (Takats, Nagy és mtsai 2013). Az enzimek megkezdik a belső tartalom, köztük az autofagoszóma belső membránjának lebontását. A keletkező monomereket transzporterek juttatják vissza a citoszolba, ahol a felépítő folyamatokban kerülnek újrahasznosításra. 6. Reciklizáció A reciklizációs komplex párhuzamosan működik az eddig tárgyaltakkal. Kulcstagja az Atg9 fehérje, mely az egyetlen transzmembrán Atg fehérje (Yang és Klionsky 2010). Az Atg9 tápanyagdús körülmények között a transz-Golgi hálózatban helyezkedik el, de megfigyelhető késői és reciklizáló endoszómákon is. Autofágia során fő feladata a növekedéshez szükséges lipidforrás biztosítása, a membrántartalom bejuttatása a növekvő fagofórba– akár az autolizoszóma membránjából is, ekkor valóban reciklizációról van szó (Yamamoto, Kakuta és mtsai 2012). Az Atg9 transzportját élesztőben a Vps34 komplex már említett effektorai, a PI3P-kötő Atg2 és Atg18 szabályozzák, amelyek nemcsak egymáshoz, hanem az Atg9-hez is képesek kötni.
14
Élesztő név
Drosophila név
Emlős név
Komplex
Atg1 Atg2
Atg1 Atg2
ULK1/ULK2 Atg2
indukciós PI3P-effektor
Atg3
Atg3
Atg3
Ub-szerű
Atg4
Atg4
Atg4
Ub-szerű
Atg5
Atg5
Atg5
Ub-szerű
Atg6/Vps30
Atg6
Beclin1
PI3K
Atg7
Atg7
Atg7
Ub-szerű
Atg8
Atg8a
LC3
Ub-szerű
Atg9
Atg9
Atg9
reciklizációs
Atg10
Atg10
Atg10
Ub-szerű
Atg12
Atg12
Atg12
Ub-szerű
Atg13
Atg13
Atg13
indukciós
Atg14
Atg14
Atg14/Barkor
PI3K
Atg16
Atg16
Atg16L1
Ub-szerű
Atg17
-
-
indukciós
-
FIP200/Atg17
FIP200/RB1CC1 indukciós
Atg18
Atg18a
WIPI1-4
PI3P-effektor
-
Atg101
Atg101
indukciós
Vps15
Vps15/ird1
p150/Vps15
PI3K
Vps34
Vps34
Vps34
PI3K
p62/Ref(2)P
p62
-
3. ábra: Az autofagoszóma képződésben szerepet játszó legfontosabb fehérjék elnevezése a különböző fajokban, valamint az általuk alkotott komplexek A komplexek működésének részletes leírását lásd a szövegben.
15
4. ábra: Az autofágia molekuláris mechanizmusa, komplexei Drosophilában A komplexek tagjainak részletes leírását és a mechanizmust lásd a szövegben (Nagy Péter ábrája)
16
Az izoláló membrán eredete
Az indukciós komplex pontos, mindenre kiterjedő funkciója még ma sem teljesen tisztázott. Külön érdekes, hogy aktivitásának helyszíne, az izoláló membrán eredete és kialakulása még most, csaknem 50 évvel az autofágia mechanizmusának felfedezése után is kérdéses. Nagymértékű autofág indukciókor a sejtekben hatalmas membránátrendeződések mennek végbe, hogy a kettős membránnal határolt autofagoszómák ki tudjanak alakulni. A membrán forrása a mai napig vitatott és erősen kutatott terület. Egyezményes rövidítés a kialakulás helyére a PAS, mely egyaránt jelent elő-autofagoszomális struktúrát (preautophagosomal structure) és a fagofór összeszerelődésének a helyét (phagophore assembly site). Élesztőben a PAS jól meghatározott struktúra, amely közvetlenül az egyetlen, nagyméretű lizoszómának megfelelő vakuólum mellett jön létre (Suzuki és Ohsumi 2010). Ez logikus lépés, mert így az autofagoszómák a bontás helyszínétől nem messze alakulnak ki, és így nem kell sokat „utazniuk” a lebontandó anyagoknak. Emlősökben és Drosophilában azonban korántsem ilyen egyszerű a helyzet. Sejtjeikben több, kisebb méretű lizoszóma található, amelyek dinamikus rendszert alkotnak, helyük, számuk, méretük folyamatosan változik. Az izoláló membrán eredetének felderítését célzó kutatások bemutatása előtt érdemes számba venni, hogy milyen mobilizálható membránokat találunk egy sejtben. Elérhető membránforrás lehet maga a plazmamembrán, az endoplazmatikus retikulum, a Golgi, a mitokondriumok (és a mitokondrium-asszociált membránok) valamint az endoszómák (5. ábra) (Lamb, Yoshimori és mtsai 2013, Parkhitko, Favorova és mtsai 2013). Bizonyos tenyésztett emlős sejtekben az autofagoszómák létrejöhetnek egy speciális, ER-hez kapcsolódó struktúrában, melyet omegaszómának neveznek (Axe, Walker és mtsai 2008). Az omegaszóma markere a DFCP1 (Double FYVE-containing protein 1) nevű fehérje, mely azonban Drosophila melanogasterben és C. elegansban hiányzik. Ezen kívül nem zárható ki azt a lehetőség sem, hogy az autofág struktúrák membránjai teljesen újonnan, de novo keletkeznek.
17
5. ábra: Az izoláló membrán kialakításában szereplő membránforrások Az izoláló membrán eredete még mindig napjaink egyik legnagyobb kérdése. Az ábrán szereplő különböző organellumok szerepet játszhatnak az izoláló membrán és az autofagoszómák kialakításában emlősökben. (MAM: mitokondrium-asszociált membrán, MVT: multivezikuláris test) (Lamb (Lamb, Yoshimori és mtsai 2013) ábrája nyomán)
Az autofágia szabályozása
Az autofágia is, a legtöbb sejttani folyamathoz hasonlóan igen finoman szabályozott. Jelátviteli utak bonyolult kölcsönhatásaiból alakul ki ez a szabályozás, amelyet a továbbiakban nagy vonalakban néhány kiragadott példán keresztül ismertetünk (5. ábra). A fő szabályozó fehérje a már említett TOR kináz (He és Klionsky 2009, Jung, Ro és mtsai 2010, Sridharan, Jain és mtsai 2011, Parkhitko, Favorova és mtsai 2013, Yang, Rudge és mtsai 2013). A TOR egy szerin-treonin kináz és olyan folyamatokra van hatással, mint a sejtnövekedés, sejtosztódás, túlélés, fehérjeszintézis és transzkripció (Yang, Rudge és mtsai 2013). Az energiaszintet, a növekedési hormonokat, az inzulint, a tápanyagellátottságot, az aminosavak mennyiségét és a reaktív oxigéngyökök szintjét érzékelő jelátviteli útvonalak 18
csomópontjában található. A fehérje névadója a rapamicin nevű gombaellenes szer, melyet egy Húsvét-szigeteki baktériumfajban (Streptomyces hygroscopicus) fedeztek fel a 70-es években: a baktérium körül nem szaporodtak a gombák. Ennek molekuláris oka az, hogy a rapamicin a TOR-ra (egyik adaptorfehérjéjén keresztül) gátló hatást fejt ki, így feltartóztatja a sejtciklust a G1 fázisban (Heitman, Movva és mtsai 1991). A TOR fehérje Drosophilában és emlősökben két külön komplexben is részt vesz, ezek a TORC1 (TOR complex 1) és a TORC2 (Korolchuk, Saiki és mtsai 2011). A két komplexet különböző tagok alkotják, sejten belüli lokalizációjuk is eltérő, ezért aktivitásuk és szerepük is más. A különböző funkciók kialakításában fontos szerepet játszik a Raptor és a Rictor nevű fehérje. A Raptor (Regulatory-associated protein of TOR) a TORC1 meghatározó tagja. Ezzel a fehérjével együtt a citoszolban lokalizálódó TORC1 befolyásolni tudja a sejtciklust és a növekedést, tápanyag- és energiaszenzorként működik a sejtben és ez a komplex felelős az autofágia gátlásáért is. A Rictor (Rapamycin-insensitive companion of TOR), mint neve is mutatja, érzéketlen a rapamicinre, ezért ez a drog nem befolyásolja a Rictort tartalmazó TORC2 komplex működését. A TORC2 komplex leginkább a plazmamembrán közelében helyezkedik el és a citoszkeleton szabályozásáért felelős. A továbbiakban csak az autofágia szempontjából lényeges funkciójú TORC1-ről fogunk beszélni. Emlős sejtekben leírták, hogy az autofág indukcióban szerepet játszó ULK1/2 komplex fehérjéi mind éhezéskor, mind normális körülmények között egy egységet alkotnak. Tápanyagdús környezetben azonban a komplex a TORC1-hez köt, így inaktív marad. In vivo kísérletek azt mutatják, hogy a TOR kináz lizoszómák membránjához kötődve helyezkedik el (Korolchuk, Saiki és mtsai 2011), és itt a lizoszóma lumenjében felszabaduló és a transzporterek segítségével kijutó aminosavak mennyiségét érzékeli (Zoncu, Bar-Peled és mtsai 2011). Éhezés hatására azonban csökken a citoszolba jutó aminosavak mennyisége, a TORC1 inaktiválódik és leválik a lizoszómáról (Yu, McPhee és mtsai 2010), elengedi az ULK1 kináz komplexet, így az működőképes lesz (Mizushima 2010). A TORC1 tehát negatívan szabályozza az indukciós komplexet (Juhasz 2012). Az aktív ULK1 kináz Cterminális doménja képes membránokhoz, így az izoláló membrán forrásához kötni és elindítani az autofágiát (Chan, Longatti és mtsai 2009). A másik, szabályozásban kulcsszerepet betöltő fehérje az AMPK (AMP-activated protein kinase) (Yang és Klionsky 2009) (6. ábra). Az AMPK szintén egy szerin-treonin kináz, energiaszenzor funkciót tölt be a sejtekben. Nevét onnan kapta, hogy a sejtekben lévő AMP szintjét érzékeli: működését az AMP és ATP aránya, tehát a sejtben raktározott energia mennyisége határozza meg; míg az AMP az egyik alegységhez kötve serkenti, addig az ATP 19
éppen gátolja a működését, így valósul meg az energiaszenzor funkció. Energiahiány esetében igyekszik a sejt homeosztázisát helyreállítani, ezért különböző lebontó folyamatokat serkent, ezzel egyidőben pedig gátolja az anabolikus folyamatok nagy részét, például a fehérje-, lipidés szénhidrátszintézist. Az AMPK funkciójának megfelelően pozitívan szabályozza az autofágiát, hiszen energiahiányos állapotban ezzel is segít a sejten (Alers, Loffler és mtsai 2012). A pozitív szabályozást több szinten valósítja meg: egyrészt a Raptor fehérje foszforilálásával akadályozza az autofágia fő gátlója, a TORC1 komplex működését (Sridharan, Jain és mtsai 2011). Másrészt közvetlenül aktiválja az Atg1/ULK1 kináz komplexet, hatását az ULK1 direkt foszforilációján keresztül fejti ki (Alers, Loffler és mtsai 2012, Wong, Puente és mtsai 2013). Mint minden jól szabályozott folyamatban, az autofágiában is megfigyelhetünk negatív visszacsatolásokat, melyek kritikus fontossággal bírnak a sejt normális működése szempontjából. A TORC1 komplex teljes gátlásával kezdődő autofág indukció után az idő előrehaladtával a komplex reaktiválódik, mivel a sejtben az autofág lebontás miatt megnő a felhasználható alapanyagok száma, így a TORC1 újra működésbe lép (Yu, McPhee és mtsai 2010). Visszacsatolás az AMPK felé is van: a működő ULK1 kináz képes foszforilálni, ezzel inaktiválni az AMPK-t (Alers, Loffler és mtsai 2012, Wong, Puente és mtsai 2013). Az autofágia ezen két központi szabályozófehérjén kívül is számos kapcsolattal rendelkezik (He és Klionsky 2009, Sridharan, Jain és mtsai 2011). Ennek egyik példája az apoptózist szabályozó jelátviteli utakkal való kölcsönhatás. Az egyik legismertebb „crosstalk” a két folyamat között az antiapoptotikus Bcl-2 és Bcl-XL fehérjék és az Atg6/Beclin-1 kapcsolata. Az Atg6 rendelkezik egy BH3 (Bcl-2 homology 3) régióval, mellyel közvetlenül tud kapcsolódni a Bcl2/Bcl-XL fehérjével (Nikoletopoulou, Markaki és mtsai 2013). A Bcl2 így nemcsak az apoptotikus, hanem az autofág sejthaláltól is képes megvédeni a sejteket (Marquez és Xu 2012) Az autofágia szabályozása emellett kapcsolódik a TGF-β (Transforming growth factor beta), az NF-κB (nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells), a Notch, a Hedhehog és a WNT/β-catenin jelátviteli útvonalakhoz. Szerepet játszanak benne a JNK (Jun N-terminal-kinase), a DAP1 (death-associated protein 1), az S6K (Ribosomal protein S6 kinase), a TSC1/TSC2 (tuberous sclerosis 1/2) fehérjék, valamint különböző kaszpázok és proapoptotikus fehérjék, mint a Bad (Bcl-2-associated death promóter), Bax (Bcl-2-associated X protein), a p53, a CDK1/CDK5 (cyclin dependent kinase 1/5), a parkin, a PERK (PKR-like ER-localized eIF2α kinase), a Keap1 (Kelch-like ECH-associated protein 1), az EIF2a 20
(Eukaryotic translation initiation factor 2A), vagy a FOXO (Forkhead box protein O) fehérjék és a lista szinte napról-napra növekszik... (He és Klionsky 2009, Behrends, Sowa és mtsai 2010, Klionsky 2010, Yang és Klionsky 2010, Chen és Klionsky 2011, Scherz-Shouval és Elazar 2011, Sridharan, Jain és mtsai 2011)
. 6. ábra: Az autofágiát szabályozó két központi kináz, a TOR és az AMPK, illetve azok kapcsolatrendszere A magas AMP szint, a DNS károsodás és a TRAIL (TNF-related apoptosis-inducing ligand) aktiválódása az AMPK aktivitását növelik, ami akadályozza a felépítő és serkenti a lebontó folyamatokat, köztük az autofágiát. Az AMPK-val ellentétes hatású a TOR, mely megfelelő tápanyagdús környezet és normális oxidációs körülmények között a sejt növekedését segíti. Rajta keresztül hatnak a különböző növekedési faktorok is. Az autofág indukciós Atg1/ULK1 kináz komplex, valamint az AMPK és a TOR között foszforilációk teremtik meg a szabályozási kapcsolatot, így szabályozzák egymást. A fennálló kényes egyensúlyt visszacsatolások teszik stabillá. (Alers (Alers, Loffler és mtsai 2012) ábrája nyomán)
21
Az autofágia szelektivitása
Régebben azt gondolták, hogy az autofágia nem szelektív folyamat, az izoláló membrán által körbeölelt citoplazma részlet véletlenszerűen választódik ki, és minden ott lévő sejtalkotó áldozatául esik a lebontásnak. Mára azonban kiderült, hogy az autofág lebontás nagyon is specifikus folyamat (Glick, Barth és mtsai 2010, Reggiori, Komatsu és mtsai 2012, Park és Cuervo 2013). Az autofágia minőségellenőrként működik a sejten belül, ezért indokolt,
hogy
meg
tudja
különböztetni
a
lebontandó,
károsodott
sejtalkotókat,
fehérjeaggregátumokat az „egészséges” citoplazmától. A szelektív autofágia mechanizmusa nem tér el az indukált autofágia addigra már megismert mechanizmusától, csak egyéb adapter fehérjék is szerepelnek benne. A szelektív autofágia igen fontos feladatokat lát el a sejtben. Az UPS rendszerhez hasonlóan, azzal szorosan együttműködve képes a lebontásra jelölt, ubikvitinált fehérjéket felismerni (Kirkin, McEwan és mtsai 2009, McEwan és Dikic 2011, Park és Cuervo 2013, Shaid, Brandts és mtsai 2013). Az egyik folyamat gátlódása esetében a másik igyekszik átvenni annak funkcióját (Low, Varga és mtsai 2013, Park és Cuervo 2013). A szelektív autofágia egyik fontos szereplője a p62 fehérje vagy SQSTM1 (sequestosome 1), illetve muslicában Ref(2)P (refractory to sigma P) - a továbbiakban: p62 (Cuervo 2011, Mizushima és Komatsu 2011, Moscat és Diaz-Meco 2012, Pircs, Nagy és mtsai 2012, Lamb, Yoshimori és mtsai 2013). Ez egy több doménnel rendelkező fehérje, mely többek között tartalmaz egy LIR (LC3-interacting region) motívumot, mellyel az Atg8-hoz tud kötni és Cterminálisán egy ubikvitin-kötő UBA (ubiquitin-associated domain) domént is (Birgisdottir, Lamark és mtsai 2013). UBA doménje segítségével képes a lebontásra ítélt fehérjék ubikvitin jelöléséhez kötődni, majd a felismert szubsztrátot az Atg8-on keresztül a formálódó, még nem záródott autofagoszóma belsejéhez kapcsolni (Kirkin, McEwan és mtsai 2009, Pircs, Nagy és mtsai 2012, Shaid, Brandts és mtsai 2013) (7. ábra). A p62 tartalmaz egy PB1 (Phox/Bem1p) 7. ábra: A p62 szerepe a szelektív autofágiában A p62 olyan multidomén fehérje, mely képes egyszerre a lipidált Atg8-hoz kötni (a képen emlős homológja, az LC3-II látható), valamint felismerni az ubikvitinnel jelölt lebontandó célfehérjéket vagy organellumokat is. (Lamb (Lamb, Yoshimori és mtsai 2013) ábrája nyomán) 22
fehérje-fehérje interakciós domént is, mely egyrészt segíti a hatékony szelektáláshoz szükséges aggregálódásában, másrészt így egyéb PB1 doménnel rendelkező fehérjével képes kapcsolatot kialakítani (Nezis, Simonsen és mtsai 2008). Számos neurodegeneratív betegségben megfigyeltek p62 aggregátumokat a sejtekben (lásd a Betegségek fejezetet). Miután a p62 maga is degradálódik a folyamatban, a p62 és az autofágia szintje fordítottan arányos egymással – azaz, minél több a p62, annál kevésbé zajlik az autofágia. Ezért a p62 fehérje szintje kiválóan alkalmas az autofágia mértékének meghatározására (Pircs, Nagy és mtsai 2012). A p62-n kívül más fehérjék is vannak, melyek degradációra kijelölt elemeket ismernek fel. Közös tulajdonságuk, hogy valamennyien tartalmaznak LIR motívumot (Birgisdottir, Lamark és mtsai 2013) – ezen specifikus adapter fehérjék listája napról napra bővül (Reggiori, Komatsu és mtsai 2012). A szelektív autofágiát rendszerezhetjük azon az alapon is, hogy milyen sejtalkotókat vesz célba. Ha az élesztősejteket olyan környezetben tartják, amikor kénytelenek anaerob helyett aerob módon lélegezni, a bennük lévő mitokondriumok nagymértékben károsodhatnak az oxigéntől (oxidatív stressz) (Suzuki 2013). Ilyenkor egy olyan autofág folyamat indukálódik, melynek célja kifejezetten a károsodott mitokondriumok eltávolítása: ez a mitofágia (Todde, Veenhuis és mtsai 2009).
A pexofágia a peroxiszómák kerülnek szelektíven lebontásra
(Abeliovich és Klionsky 2001, Reggiori és Klionsky 2005) – ezen belül létezik mikro- és makropexofágia is (Reggiori és Klionsky 2002). A xenofágia a bekerülő idegen anyagok (általában vírusok, baktériumok) szelektív lebontását jelenti (részletesebben lásd az Immunitásról szóló fejezetet).
Élesztőkben
megfigyelték
a
PMN
(piecemeal microautophagy of the nucleus) jelenségét is, mely során a sejtmag egy része kerül lebontásra a vakuólumban. A szelektív autofágia utóbbi időben felfedezett többi típusát is általában a bekebelezett 8. ábra: A szelektív autofágiák A speciális, szelektív autofágia típusokat az általuk lebontott sejtalkotóról nevezték el, ilyen például a mitofágia, ami a mitokondriumok nagytömegű, szelektív lebontását jelenti. A kép néhány ilyen típust ábrázol. (Cuervo (Cuervo 2011) ábrája nyomán)
23
anyag (cargo) nevéből képezték. Ezek alapján megkülönböztethető ribofágia, lipofágia, retikulofágia vagy ERfágia, nukleofágia, zimofágia, illetve aggregofágia, amely nevének megfelelően a riboszómák, a lipidcseppek, az endoplazmatikus retikulum, a sejtmag lebontására, a szekréciós granulumok, illetve a fehérjeaggregátumok szelektív lebontását végzi stb. (8. ábra).
Milyen folyamatokban szerepel az autofágia?
Az autofágia minőségellenőr funkciójáról már volt szó. Bár alapvetően citoprotektív szerepet tölt be a sejt életében, a túlzásba vitt önemésztés azonban a sejt halálához is vezethet. Az a megfogalmazás, miszerint az önemésztés kétélű fegyver, így nyer értelmet (Shintani és Klionsky 2004). A folyamat ugyanis nemcsak egészséges, hanem károsodott, tumoros, fertőzött sejtekben is megfigyelhető. Az autofágia számos betegségben játszik szerepet, neurodegenerációval, különböző
daganatos
megbetegedésekkel,
vírusfertőzésekkel,
öröklött
és
szerzett
immunitással illetve az öregedéssel is kapcsolatba hozható (Levine és Kroemer 2008, Rubinsztein, Marino és mtsai 2011). Ezen folyamatokban is kettős szerepet tölthet be, jótékony vagy káros hatása is lehet a sejt, illetve az élőlény életére. A legtöbb Atg gén mutációja vagy mesterséges „kiütése” (transzgénikus knock-out modellállatokban) nagy hatással van a szervezetre, legtöbbször letális. Ezért nagyon fontos, hogy megismerjük az autofágia szabályozását, mechanizmusát, hatásait, hogy a megfelelő terápiás alkalmazással segíthessünk és ne ártsunk. Már most számos olyan gyógyszert ismernek és használnak, melyek hatásukat az autofágia mértékének valamilyen irányú befolyásolásán, vagy a lizoszomális lebontás gátlásán keresztül fejtik ki. Széles körben elterjedt a rapamicinhez hasonlóan autofágiát indukáló szerek használata, ilyenek például a trehalóz, a carbazepin vagy a lítium-karbonát. A lizoszomális lebontás gátlására a klorokvin, a hidroxi-klorokvin és a bafilomicin használatosak. Az utóbbi kivitelével az összes említett gyógyszert már klinikai kísérletekben használják különböző daganatos megbetegedések gyógyítására (Jiang és Mizushima 2014).
24
Az autofág sejthalál Programozott sejthalálnak nevezzük azt a folyamatot, amikor a sejt meghatározott lebontó folyamatokon megy keresztül szabályozott módon, ezáltal anyagai nem szabadulnak ki a szövetközti térbe (vö. nekrózis). A programozott sejthalál típusait igyekeztek morfológiai különbségek alapján csoportokra osztani. Az I-es típusú (klasszikus) programozott sejthalál az melynek
apoptózis, tartozik
a
alaktani
csökkenő
jellegzetességei
sejtméret,
a
közé
kondenzálódó
kromatinállomány, a sejtmag integritásának megszűnése és
a
lebenyek
(„blebek”)
megjelenése
(Loos,
Engelbrecht és mtsai 2013). Az anyagok végső eltüntetéséért a fagociták felelnek, ők kebelezik be a törmeléket. Ilyenkor a kaszpázok is aktiválódnak, 9. ábra: A sejtes önemésztés intenzitása különböző körülmények között
melyek az autofág útvonallal is kapcsolatot tarthatnak (Nikoletopoulou,
Markaki
és
mtsai
2013).
A programozott sejthalál II-es típusa az autofág sejthalál, amely leginkább a megjelenő rengeteg autofág struktúráról ismerhető fel
(ugyanakkor
genetikai módszerrel is szükséges tesztelni – például megvizsgálni, hogy valamelyik Atg gén funkciójának megszüntetése gátolja-e a folyamatot). A sejt anyagait ekkor saját enzimjei bontják le, a fagocitáknak gyakorlatilag már nincsen dolguk. Ez lehet az oka annak, hogy olyan esetekben, amikor nagytömegű anyagok lebontását végzi a szervezet, inkább az autofág sejthalál lép működésbe (Macintosh és Ryan 2013). Ilyen például a rovarok metamorfózisakor a lárvális szövetek, illetve az emlősök egyedfejlődése során a gonádok vagy az ujjak közti úszóhártya lebontása (Baehrecke 2003). A programozott sejthalál két útvonala között azonban molekuláris szinten időnként igen nehéz különbséget tenni. A II-es típusban is megfigyeltek már kaszpázaktivitást, ami egyébként az apoptózis egyik meghatározó jellegzetessége. A két útvonal között számos közös pont van (Beclin1/Atg6, Bcl-2, Bcl-XL, p53) (Chen és Klionsky 2011, Nikoletopoulou, Markaki és mtsai 2013). A hagyományos csoportosítás ellen szól az is, hogy a nagymértékű autofágia nem vezet feltétlenül a sejt halálához. Elképzelhető, hogy inkább arról van szó, hogy a túlzott mértékű lebontás károsíthatja az esszenciális összetevőket is, emiatt indulhatnak be a sejt halálához vezető folyamatok. A „point of no return” angol kifejezés
25
tökéletesen leírja azt a pontot, amikor a sejt már olyan sok összetevőjét veszítette el, hogy abból már nem képes felépülni, így elpusztul (9. ábra) (Loos, Engelbrecht és mtsai 2013).
Az autofágia orvosbiológiai jelentősége A sejtes önemésztés szerepét leírták mind az öröklött, mind a szerzett immunválasz során. Egyik legfontosabb funkciója az, hogy a xenofágia során a sejtbe bekerülő vagy a már belső környezetben levő idegen anyagokat, például vírusokat, baktériumokat körbekeríti és a lizoszómák segítségével lebontja (Kudchodkar és Levine 2009, Jo, Yuk és mtsai 2013). Ezen a folyamaton kívül az autofágia az adaptív immunitás részét képező antigén prezentációban is szerepet játszik (Mizushima, Levine és mtsai 2008). A speciális antigén-prezentációra berendezkedett sejteken MHC II (major histocompatibility complex II) molekula található, mely limitált proteolízissel keletkezett nagyobb méretű, 18-22 aminosav hosszúságú oligopeptideket visz ki a sejtfelszínre. Ezek az aminosavláncok nemcsak endoszómákban, hanem autofagoszómákban és amfiszómákban is keletkezhetnek. Gyulladások során is leírták az autofágia szerepét: a sejt gyulladási citokineket nem konvencionális szekréciós úton, közvetlenül az autofagoszómákból is üríthet a környezetbe. A különböző daganatos megbetegedések az első olyan patológiás elváltozások között voltak, melyeket összefüggésbe hoztak az autofágiával (Mizushima, Levine és mtsai 2008). Ez utólag nem meglepő, ha figyelembe vesszük, hogy az autofág folyamatok szabályozásáért felelős útvonalak nagy része a sejtnövekedését és osztódását irányítja és hogy a sejtciklus különböző lépéseiben működő fehérjéket is szerepet játszanak a folyamatban. Számos közismert onkogén gátolja az önemésztést, például a PI3K, TOR, PKB (protein kináz B), Bcl-2, míg a tumorszuppresszorok köztük a TSC1/2, a PTEN (phosphatase és tensin homolog), p53, DAPK (Death-Associated Protein kinase) inkább serkentik (Lorin, Hamai és mtsai 2013, Macintosh és Ryan 2013). Ebből a felsorolásból úgy tűnhet, hogy az autofágia tumorszuppresszorként funkcionál, amely (legalábbis a daganatos sejt „érdekeinek” szempontjából) ellentmond eredeti funkciójának, a citoprotektív szerepnek. Leginkább azonban a környezet az, ami meghatározza, hogy egy rákos sejt esetében az autofágia hogyan fog működni: megvédi a sejtet, ami terápiás szempontból igen káros lehet vagy segít a tumor elpusztításában. A tapasztalat az, hogy az autofágia terápiás befolyásolása nem mindig vezet egyértelmű eredményre. Az autofágia gátlása segítheti a tumor kialakulásának kezdeti lépéseit: a le nem bontott hibás sejtalkotók (például károsodott mitokondriumok jelenléte)
26
további genomkárosodásokhoz vezethetnek és ez gyorsíthatja a tumor mikroevolúcióját (10. ábra). Másrészt az autofágia megvédheti a sejtet tápanyag- és oxigénhiányos környezetben, mely a tumor növekedésekor főként annak belső sejtjeit érintheti; illetve a kemoterápiás kezelésekkor a roncsolódott sejtalkotók lebontásával megmentheti a rákos sejteket. Így tehát a daganatos sejtekben megváltozott folyamatok, génaktivitások pontos ismerete nélkül nem lehet egyértelműen megmondani, hogy a terápia során az autofágia gátlása vagy aktiválása hozza a várt eredményt. A neurodegeneratív elváltozások képezik a másik csoportot, melyet gyakran összefüggésbe hoznak az autofágia valamilyen zavarával. Ezek közül a legismertebb az Alzheimer-kór, a Parkinson-kór, a Huntington-kór és a prionbetegségek (Cheung és Ip 2009). Közös jellemzőjük, hogy fehérjeaggregátumok jelennek meg az idegszövetben, melyek gátolják a neuronok normális működését, és sokszor a pusztulásukhoz is vezetnek. Az ilyen betegségeket konformációs betegségeknek is nevezik, hiszen az aggregátumok kóros
10. ábra: Az autofágia hatása a ráksejtek kialakulásának egyes lépéseire Az autofágia mint citoprotektív folyamat alapvetően védi a normális sejteket az onkogén aktiváció ellen. Ha pedig öregszenek a sejtek, akkor a megnövekedett önemésztés a sejt normál pusztulásához, szeneszcenciához vezet. Így a zöld betűvel jelölt bazális autofágia csökkenése és a nagyobb mértékű, sejthalálhoz vezető önemésztés gátolja a tumoros sejtek kialakulását. A piros betűvel jelölt autofág folyamatok a tumoros sejtek túléléséhez szükségesek tápanyagvagy oxigénhiány esetében. A rákos sejtek túlélését az is segíti, hogy az autofágiában keletkezett bomlástermékeket újra fel tudják használni aerob glikolízis során. (A rákos sejtek még oxigéndús környezetben is csak ilyen módon állítanak elő energiát cukorból és glutaminból. Ez az út összesen négy ATP molekulát eredményez glükózonként a normális sejtek 36 ATP-jéhez képest. Ezt a pazarló anyagcsere módot nevezzük Warburgeffektusnak.) (Juhász Gábor ábrája) 27
konformációjú fehérjékből alakulnak ki (a legtöbb esetben a normális konformációjú fehérje szükséges vagy legalábbis nem káros a sejtek működése szempontjából). Ezen betegségek egyébként igen heterogén csoportot alkotnak, a megváltozott konformációjú fehérjét, a kialakulás helyét és a tünetegyütteseket tekintve is. A sejt különböző módszerekkel próbálja eltávolítani a rossz konformációjú fehérjéket (például az UPS rendszer, a CMA vagy a mikroautofágia aktiválásával, végső esetben akár citoplazmatikus zárványokat képezve), de a sokszor hatalmas méretű aggregátumokat leginkább makroautofágiával tudja eliminálni. Ezek az aggregátumok szelektív módon jelölődnek ki lebontásra, ezt nevezik aggregofágiának (lásd Az autofágia szelektivitása fejezetet). Előfordul azonban, hogy az aggregátum már túl nagyméretű, ilyenkor az elektronmikroszkópos felvételek tanúsága szerint a felszínén sok izoláló membrán található, melyek valószínűleg megpróbálták körbevenni az aggregátumot (Suzuki, Akioka és mtsai 2013). Az autofágia tehát ezekben a betegségekben tisztán citoprotektív szerepet játszik. Ezzel hozható összefüggésbe az is, hogy egyes Atg gének mutációjának következményeként aggregátumokat figyeltek meg mind Drosophila, mind emlős idegszövetben (Juhasz, Erdi és mtsai 2007, Jiang és Mizushima 2014). Ezek az aggregátumok ubikvitinált fehérjéket tartalmaztak, sőt p62 jelenlétét is ki lehetett mutatni bennük. Ez azt sugallja, hogy autofagoszomális lebontásra kijelölt fehérjékből képződtek, amelyek a degradáció hiánya vagy nem megfelelő működése miatt halmozódtak fel (Komatsu, Waguri és mtsai 2007, Nezis, Simonsen és mtsai 2008). Az öregedés egy minden embert érintő, sokszorosan összetett élettani folyamat, így „kezelése” vagy tüneteinek enyhítése régóta a kutatások célpontjában van. Az önemésztést sejtvédő funkciója miatt hozták összefüggésbe az öregedéssel: az idős kor előrehaladtával ugyanis csökken a sejtben lévő anyagok, sejtalkotók megújulása, ami az autofágia fő feladata (Rubinsztein, Marino és mtsai 2011). Gerincteleneken végzett kísérletek alapján azt gondolják, hogy az autofágia megfelelő szintje késlelteti az öregedés folyamatát (Simonsen, Cumming és mtsai 2008). Alátámasztja ezt a megfigyelést, hogy a kalorikus restrikció – azaz az esszenciális tápanyagok elegendő mennyiségének biztosítása mellett csökkentett mértékű energiabevitel növeli a bazális autofágia, ezáltal a megújulás mértékét is (Yen és Klionsky 2008). Az ember esetében erre a folyamatra nagyon jó példa az Okinawa szigetén élő japánok közössége, akik sok halat és zöldséget tartalmazó „diétájukkal” a legidősebb átlagéletkort tudhatják magukénak. Egereken végzett kísérletek pedig azt mutatták ki, hogy a testmozgás hatására foszforilálódik a Bcl-2 fehérjét, ezáltal felszabadul a gátlás alól a beclin-1 (Atg6) fehérje – így a testedzés is autofágiát indukál. Az eredmények bizonyítására nem 28
foszforilálható Bcl-2 mutáns fehérjét expresszáló egereket hoztak létre és esetükben valóban nagyobb volt az elhízás és a cukorbetegség kockázata. Természetesen ezekben az esetekben nemcsak az autofágia jótékony hatásának köszönhetőek a pozitív eredmények, de az önemésztés fontosságát nem lehet cáfolni. Általánosságban tehát elmondható, hogy egészséges emberek esetében a normális vagy kicsit magas autofágia-szint az ideális.
Módszerek az autofágia vizsgálatára
A bazális autofágia (lásd Az autofágia típusai funkció alapján fejezetet) alapszinten minden eukarióta sejtben megfigyelhető. Ilyenkor a legtöbb átmeneti struktúra (izoláló membrán, autofagoszóma) kis számban van jelen a sejtekben (11. ábra). Az autofágia indukciójakor, például éhezés hatására az összes autofág struktúra száma emelkedik a sejtekben. Ilyenkor az úgynevezett autofág flux – azaz, hogy mennyi autofág útvonalon érkező anyag bomlik le a lizoszómákban – is megnő (Klionsky, Abdalla és mtsai 2012, Takats, Nagy és mtsai 2013). Ez a mérőszám azért fontos, mert miután az autofagoszóma egy átmeneti struktúra, a normál autofág működéssel együtt jár lizoszomális fúziója és lebontása. Ha ez nem történik meg, ugyan rengeteg autofagoszóma mutatható ki a sejtben, de ez nem az autofágia mértékének, hanem ellenkezőleg, a lizoszomális bontás szintjén bekövetkezett zavarának köszönhető. Az autofágia gátlása tehát két igen eltérő eredményre vezethet attól függően, hogy a folyamat melyik lépésébe avatkozunk bele. Ha egy upstream aktiváló gén vagy valamelyik korai Atg fehérje (például az indukciós komplex valamely tagja) működését gátoljuk, illetve ha egy autofágiát gátló fehérjét, például a TOR kinázt aktiváló Rheb-et túltermeltetjük, akkor a folyamat már a legelső lépéseinél elakad. Mind az izoláló membrán, mind pedig az autofagoszómák mennyisége csökkenni fog a sejtekben, sőt a folyamat teljes gátlásakor ezek teljesen el is tűnhetnek. Az autofág flux vizsgálatának akkor lesz igazán jelentősége, ha az autofágia egy későbbi lépésébe avatkozunk bele. Ugyanis ha egy, az autofagoszóma-lizoszóma fúzióhoz szükséges fehérjét (például a HOPS komplex valamely tagját) gátoljuk, akkor az önemésztés kezdeti lépései rendben lezajlanak, azonban az olyan átmeneti struktúrák, mint az autofagoszómák nem tűnnek el a fúzió révén, hanem felhalmozódnak. Ez alapján a lebontás gátlása fokozott autofág aktivitásnak tűnhet, ám a lebomló struktúrák hiánya ezt cáfolja. Ilyenkor a flux, tehát
29
a rendszeren valójában végighaladó anyagok mennyisége csökken és mutatja a folyamatban bekövetkezett zavart. Egy-egy kísérlet megtervezése során tehát első lépésként azt kell tisztázni, hogy milyen lehetséges következményei lehetnek a beavatkozásnak, és azt milyen megközelítéssel legcélszerűbb vizsgálni (Mizushima, Yoshimori és mtsai 2010, Klionsky, Abdalla és mtsai 2012).
11. ábra: Az autofág struktúrák mennyisége és az autofág flux mértéke különböző kezelések hatására (Mizushima (Mizushima, Yoshimori és mtsai 2010) ábrája nyomán) A nyilak az autofág struktúrák számának stagnálását (→), növekedését (↑), illetve csökkenését (↓) jelzik. 30
Az autofág struktúrák és az autofágia mértékének kimutatására számos biokémiai, illetve elektron- és fénymikroszkópos módszer áll rendelkezésünkre. Az alábbiakban a leggyakrabban és/vagy kutatócsoportunk által is használt megközelítéseket foglaljuk össze röviden (12. ábra). Az autofagoszómák és autolizoszómák mennyiségének és morfológiájának vizsgálatára szolgáló klasszikus eszköz a transzmissziós elektronmikroszkópia (Eskelinen, Reggiori és mtsai 2011, Klionsky, Abdalla és mtsai 2012), amely – kontrasztosítás után – láthatóvá teszi a sejt belső struktúráit, membránjait (részletesebben lásd az Anyagok és módszerek fejezet Elektronmikroszkópos beágyazás részét) (12/A ábra). Fénymikroszkópos vizsgálatok során az Atg8/LC3 (Drosophilában Atg8a) az egyik leggyakrabban használt autofagoszóma-marker (12/B ábra) (Klionsky, Abeliovich és mtsai 2008, Mizushima, Yoshimori és mtsai 2010). Ekkor azonban figyelni kell arra, hogy a fehérje az izoláló membránokat is jelöli és az autolizoszómába kerülő belső membránon is megtalálható. Leggyakoribb alkalmazása mesterségesen kifejeztetett GFP-fúziós fehérje formájában történik, fluoreszcens mikroszkópiás vizsgálattal egybekötve. Ilyenkor a sejtben zöld fluoreszcens jelet adnak az autofág struktúrák az autolizoszómák kivételével, mivel a GFP savas környezetben, tehát az autolizoszómák/lizoszómák belsejében inaktiválódik. Ez a fúziós fehérje az autofág flux mértékének követésére is alkalmas, hiszen az inaktiválódott fehérje már nem detektálható. A GFP-Atg8/LC3 fehérjék használata során azonban komoly probléma, hogy túl nagy mennyiségben kifejeztetve hajlamos az aggregációra. Ilyenkor a sejtekben lévő autofagoszómákat nehéz megkülönböztetni a sok esetben lebonthatatlan fúziós fehérje-aggregátumoktól és ez hamis eredményre vezethet (Pircs, Nagy és mtsai 2012). Az Atg8/LC3 vizsgálatának másik gyakori módja az úgynevezett LC3-I-II konverziós esszé (Mizushima, Yoshimori és mtsai 2010, Klionsky, Abdalla és mtsai 2012). Western blotton ugyanis a lipidált Atg8 (emlősökben: LC3-II) mérete elkülönül a lipidálatlan Atg8-tól (LC3-I-től) (12/C ábra). Mivel a lipidált forma a kialakult autofagoszómákon van jelen, nagy mennyisége a sejten belül vagy megnövekedett autofág aktivitásra, vagy a folyamat egy késői lépésének zavarára utal. Előbbi esetben lizoszomális lebontást gátló szer hatására tovább nő az LC3-II szintje, míg az utóbbi esetben már nem változik – tehát ezen módszer segítségével az autofág flux mértéke is kimutatható (turnover esszé) (12/D ábra).
31
12. ábra: Az autofágia kimutatásának módszerei Mizushima (Mizushima, Yoshimori és mtsai 2010) ábrája nyomán) A kísérletek részletes leírását lásd a szövegben.
32
Az autofág aktivitást a szelektív szubsztrátok (lásd Az autofágia szelektivitása című alfejezetet)
mennyiségének
biokémiai,
fluoreszcens,
illetve
elektronmikroszkópos
módszerekkel történő detektálásával is vizsgálhatjuk (12/E ábra) (Klionsky, Abeliovich és mtsai 2008, Mizushima, Yoshimori és mtsai 2010, Pircs, Nagy és mtsai 2012). Ezek a fehérjék szelektíven kötődnek az Atg8/LC3-hoz, ezáltal az autofagoszóma belsejébe is bekerülnek, ahol majd lebomlanak. Lebomlásuk mértéke igen jó markere lehet az autofágia működésének, hiszen felhalmozódásuk általában azt jelzi, hogy nem működik a degradáció, azaz az autofág folyamatok gátoltak. A leggyakrabban vizsgált szelektív szubsztrát fehérje a p62. Ötletes megközelítés az autofág flux vizsgálatára az úgynevezett „tandem” GFP-mRFPLC3 vagy a Drosophila modell esetében alkalmazott GFP-mCherry-Atg8a fúziós fehérje, ahol az Atg8/LC3 egyszerre zöld illetve piros fluoreszcens fehérjével is detektálható (Takats, Nagy és mtsai 2013, Takats, Pircs és mtsai 2014). Ilyenkor a korai autofág struktúrákon és az autofagoszómákon lévő intakt Atg8/LC3 fehérjék a zöld és a piros jel kolokalizációja miatt sárga jelet adnak (12/F ábra). Ezzel szemben az autolizoszómában a savas környezet hatására lebomlik az Atg8/LC3, illetve hamar inaktiválódik a GFP. A piros fluoreszcens fehérjék azonban jobban ellenállnak a savas környezetnek, jelük még sokáig detektálható, így a működő, lebontásra képes autolizoszómák pirosan jelölődnek.
33
A FIP200 Kutatócsoportunkban végzett munkám során a FIP200 Drosophila homológjának (FlyBase ID: CG1347) autofágiában betöltött szerepével foglalkoztam. Kísérleteinkhez támpontot az emlős FIP200-ról összegyűjtött ismereteink nyújtották. A FIP200 (FAK family interacting protein of 200 kDa) vagy más néven RB1CC1 (retinoblastoma 1 inducible coiled-coil 1) egy emlősökben megtalálható 200 kDa-os fehérje (Hara, Takamura és mtsai 2008). Szerteágazó molekuláris kapcsolatokkal rendelkezik, ennek megfelelően sok folyamatban, például a sejtnövekedésben, a sejtosztódásban, a túlélésben és a sejtvándorlásban is leírták szerepét (Gan és Guan 2008). A FIP200 nem megfelelő működése szerepet játszhat az embrionális letalitásban és ismeretes az is, hogy felnőtt állatokban tumorokat okozhat (Melkoumian, Peng és mtsai 2005, Gan, Peng és mtsai 2006, Paun, Cheng és mtsai 2009, Wei, Wei és mtsai 2011). A FIP200 egy 1594 aminosavat tartalmazó, nagyméretű fehérje, számos coiled-coil domén található benne. A sejtben leginkább állvány (scaffold) funkciót tölt be. Legismertebb kölcsönható partnerei a két névadó fehérje, a FAK családba tartozó Pyk2 kináz illetve az RB1 (ma is használatos kétféle elnevezése abból ered, hogy a FIP200-t külön, független kísérletekben azonosították). A Pyk2 (Proline-rich tyrosine kinase 2) a FAK (focal adhesion kinase) fehérjéhez hasonlóan sajátos szerkezetű citoplazmatikus tirozin kináz. A FIP200-Pyk2 kapcsolatot élesztő két-hibrid rendszerben írták le, viszonyuk ma sem teljesen tisztázott (Ueda, Abbi és mtsai 2000). A FIP200-t később magával a FAK kinázzal is kapcsolatba hozták (Abbi, Ueda és mtsai 2002). Az RB1 (retinoblastoma 1) fehérje mutációja számos rákos elváltozás hátterében megtalálható (Ikebuchi, Chano és mtsai 2009). A FIP200-t egy RB1-el kapcsolatos multidrog-rezisztencia teszt során azonosították, melyben kimutatták tumorellenes hatását és az RB1 fehérjével való interakcióját (Chano, Ikegawa és mtsai 2002). A FIP200 sejtnövekedésre gyakorolt hatásának egyik lehetséges célfehérjéje a TSC1-TSC2 komplex: élesztő két-hibrid rendszerben a TSC1 és TSC2 kötőpartnereként jelent meg (Gan, Melkoumian és mtsai 2005). A TSC1 és a TSC2 egyaránt tumorszuppresszor gén, mutációjuk a szklerózis tuberóza (tuberous sclerosis) betegséget okozza, amely – többek között – a szervezet létfontosságú szerveiben jóindulatú daganatok kialakulásával is jár. Hatásukat a TOR fehérjén keresztül fejtik ki, azt gátolva szabályozzák a sejt növekedését, a sejtciklust és az apoptózist is befolyásolják. A vizsgálatok azt mutatják, hogy a FIP200 valamilyen módon gátolja a TSC1-TSC2 komplex működését, de a pontos mechanizmust még nem ismerjük (Gan, Peng és mtsai 2006). 34
A FIP200 a sejtciklusra más módon is hatással van, képes ugyanis blokkolni a G1-S fázis átmenetet célfehérjéin, a G1 fázisban ellentétes szerepet játszó a p53 és a ciklin D1 fehérjéken keresztül. A FIP200 közvetlenül köti a p53-at, ami hozzájárul a p53 foszforilációs szintjének növekedéséhez és ezáltal stabilitásához is, hiszen megvédi az UPS általi lebontástól (Melkoumian, Peng és mtsai 2005). A p53 így képes bejutni a magba, aktiválja a p21 fehérje expresszióját és a megnövekedett mennyiségű p21 megállítja a sejtciklust. Ezzel összhangban a FIP200 a sejtciklus továbbhaladásáért felelős ciklin D1 mennyiségére éppen ellenkezőleg, csökkenti azt. Bár a mechanizmus pontosan még nem tisztázott, de a módosítás poszttranszkripcionális jellegű: a FIP200 hatására a ciklin D1 fehérjék döntő többsége proteaszomálisan lebomlik.
A FIP200 szerepe az autofágiában
A FIP200 autofágiában betöltött funkcióját először 2008-ban írták le, amikor az emlős ULK1/2-kináz komplex tagjaként azonosították: egér őssejtekben mind az ULK1, mind ULK2 fehérjével sikerült immunoprecipitálni (Hara, Takamura és mtsai 2008). Az ULK1 és az ULK2 fehérjék funkciója emlősökben redundáns, mindkettő hasonló funkciót lát el és mindkettő képes az Atg13 és a FIP200 fehérjéket foszforilálni (Mizushima 2010, Alers, Loffler és mtsai 2012, Wong, Puente és mtsai 2013). A FIP200 tehát az autofág folyamat indukciójában szerepel. Az emlős FIP200 lokalizációját vizsgálva azt találták, hogy jól táplált állatokban a FIP200 diffúz, citoplazmatikus jelet ad a sejtekben, míg éheztetés hatására apró pöttyök jelennek meg. Ezek a pöttyök az ULK1 fehérjével teljesen kolokalizálnak, tehát a két fehérje közötti interakció független a tápanyagellátottságtól. További vizsgálatokkal azt is megmutatták, hogy a növekvő izoláló membránon található Atg16L1 fehérjével is szinte teljes a kolokalizáció – ezzel párhuzamosan biokémiai módszerekkel is igazolták az Atg16L1 és a FIP200 kölcsönhatását (Gammoh, Florey és mtsai 2013). A FIP200 hiányában a kutatók azt találták, hogy gátlódott az autofágia és a p62 mennyisége megnőtt – ugyanakkor érdekes módon kis mennyiségű LC3-II fehérjét ki tudtak mutatni ezekben a sejtekben. A FIP200 az ULK1 fehérjéhez annak C-terminálisán kötődik és ugyanezen régió felelős az ULK1 membránkötéséért is (Chan, Longatti és mtsai 2009, Alers, Loffler és mtsai 2012, Wong, Puente és mtsai 2013). Ez alapján gyanítható, hogy a FIP200 nemcsak az ULK1
35
megfelelő kináz funkció kialakításában, hanem a membrán felismerésében is szerepet játszik (Chan, Longatti és mtsai 2009, Mizushima 2010). A különböző indukciós komplex tagok nem teljesen azonosak az eukariótákban. Ahogy erről korábban már volt szó (lásd Az autofágia molekuláris mechanizmusa fejezetben), élesztőben a komplex tagjai: Atg1, Atg13, Atg17, valamint Atg29 és Atg31, míg emlősökben: ULK1/2, Atg13, FIP200 és Atg101 (12. ábra) (Hosokawa, Hara és mtsai 2009). Az Atg1 és az ULK1/2 kinázok egymás evolúciós homológjai, funkciójukat és felépítésüket tekintve is. Sőt, minden vizsgált fajban található egy ilyen, az indukciós komplexben szereplő kináz. Ez igaz az Atg13-ra is (Alers, Loffler és mtsai 2011). Érdekes azonban az Atg17 és a FIP200 viszonya. Közöttük nincsen evolúciós kapcsolat, mindössze funkcionális analógjai egymásnak. Ehhez azonban hasonló szerkezettel kell rendelkezniük, és ez így is van: mindkettőben számos coiled-coil domént található. Mindketten állvány fehérje funkciót látnak el, szükségesek az Atg1/ULK1 kináz működéséhez, foszforilációjához és lokalizációjához (Hara és Mizushima 2009). Atg17 homológ fehérjével az élesztőn kívül még két közeli rokon gombafajban (Kluyveromyces lactis és Eremothecium gossypii) találkozhatunk – ezekben a fajokban azonban a FIP200 homológok hiányoznak. A FIP200-t tartalmazó, de Atg17-et nélkülöző eukariótákból jóval több van, ide tartoznak az emlősök és a Drosophila is. A kölcsönös kizárásosság is arra enged következtetni, hogy a két fehérjének nagyon hasonló szerepe van az autofágiában (Hara, Takamura és mtsai 2008, Chen és Klionsky 2011). Az indukciós komplexek működése is eltérő a különböző vizsgált fajokban. Élesztőben a TOR fehérje foszforilálja az Atg13-t és ekkor nem működik az önemésztés. Csak akkor aktiválódik az autofágia, ha az Atg13 szinte teljes defoszforiláción megy keresztül és kötődik az Atg1 kináz is (Chang és Neufeld 2009). Az Atg1 kináz megfelelő működésének érdekében először autofoszforiláción megy keresztül. Emlősökben a TOR táplálkozó körülmények között az ULK1/2 komplexhez köt és a gátlása többszörös foszforiláción keresztül valósul meg: az ULK1/2-re és az Atg13-ra is gátló hatással van. Az ULK1 fehérje itt is képes autofoszforilációra (Mizushima 2010, Alers, Loffler és mtsai 2012). A Drosophila indukciós komplexben is van az Atg1 fehérjének autofoszforilációja és valószínűleg az Atg13 foszforilációs szintje itt is központi szerepet tölt be a komplex működésének szabályozásában (13. ábra) (Chen és Klionsky 2011, Feng, He és mtsai 2014).
36
13. ábra: Az indukciós komplexek működése a leggyakoribb modellszervezetekben (Chen (Chen and Klionsky 2011) ábrája nyomán) A komplex tagjait és működésük részletes leírását lásd a szövegben.
37
A Drosophila melanogaster Laborunkban modellállatként a Drosophila melanogastert, azaz az ecetmuslicát használjuk. A muslica több mint 100 éve a biológiai kutatások tárgya. Számos előnyös tulajdonsága teszi kiváló modellé: ezek közé tartozik a kis testméret, a rövid életidő, az olcsó fenntartás, a gyors szaporodás, a kevés kromoszóma, a jól felismerhető genetikai markerek és a könnyen megkülönböztethető ivarok. A genetikai interakciók vizsgálatát ugyanakkor nagyban megkönnyíti, hogy az ecetmuslicában az emlősökhöz képest sokkal kevesebb redundáns gén/fehérje található. Teljes genomját az elsők között szekvenálták meg és ma több olyan törzskönyvtár is rendelkezésünkre áll, melyekből különböző mutáns (például deléciós vagy transzpozon-inszerciót hordozó), valamint RNS interferenciás törzseket rendelhetünk. Számos olyan klónozóvektor is elérhető, mely segítségével könnyen készíthető embrióba injektálható és transzgénikus állat létrehozására alkalmas konstrukció (ld. Anyagok és módszerek fejezet). Bárki számára hozzáférhető egy internetes adatbázis is, a FlyBase.org, melyben az összes Drosophila gén és fehérje adatai megtalálhatóak (McQuilton, St Pierre és mtsai 2012, St Pierre, Ponting és mtsai 2014). Az ecetmuslicának három pár autoszomális és egy pár ivari kromoszómája van: a hímek XY, a nőstényeknek XX ivari kromoszómájúak. Azonban – az emlősöktől eltérően – az ivar meghatározása nem az Y kromoszóma jelenlététől, hanem az X kromoszóma mennyiségétől függ: az X0 genotípusú állatok is hímek. Rendelkezésre áll számos úgynevezett balanszer-kromoszóma is, melyek feladata, hogy az egyébként letális mutációkat és deléciókat kiegyensúlyozzák; segítségükkel ezek a genetikai elváltozások nem vesznek el az újabb generációkból, hanem heterozigóta formában fenntarthatóak.
A
balanszereken
ráadásul
legtöbbször
jól
azonosítható
fenotípusú
markergének találhatóak, ami nagyon megkönnyíti az adott keresztezésből származó utódok genotípusának meghatározását. A genetikai jellemzők öröklődésének követését az is könnyíti, hogy a hímivarsejtek képződésekor nem történik rekombináció.
A Drosophila egyedfejlődése
A muslica a teljes átalakulással fejlődő rovarok közé tartozik (14. ábra). Élete első 22 óráját pete formában tölti, majd három, összesen négy napig tartó lárvaállapot (L1, L2 és L3)
38
után bebábozódik. A bábban négy napot tölt az állat, majd a peterakástól számított körülbelül kilencedik napon kikel az imágó. A lárva testét nagyobbrészt poliploid, nagyméretű sejtekből álló lárvális szövet alkotja. A poliploidia endoreplikációval keletkezik, tehát a DNS duplikációját nem követi az utódsejtek szétválása, a leánykromatidák a sorozatos replikációk után is együttmaradnak. A lárvális szöveteken kívül található úgynevezett imágókorongok vagy imaginális diszkuszok tartalmazzák azokat a lárvális sejtekhez képest apró diploid sejteket, amelyekből valamennyi felnőtt szerv létrejön. Ezek a láb-, a szárny-, a gonád-, a szem és csáp- (eye-antenna) diszkuszok, ezen kívül az agyféltekék és a hasdúclánc előfutárai is jelen vannak a lárvában. A lárva „feladata”, hogy a négy nap alatt minél nagyobb mennyiségű raktározott tápanyagot felhalmozzon poliploid sejtjeiben. Így a – például éheztetéssel – indukált autofágia ezekben a sejtekben igen nagymértékű lesz. Megfigyelhető, hogy a diszkuszokban ugyanakkor hosszan tartó éhezés hatására sem indul be az autofágia. Az állat a lehető legtöbb ideig „vigyáz” ezekre a szövetekre, akár a poliploid sejtek élete árán is. Ha ilyen szélsőséges körülmények között hosszú ideig tartjuk az utolsó (L3) stádiumos lárvákat, azok inkább bebábozódnak.
14. ábra: A Drosophila melanogaster életciklusa A teljes átalakulással fejlődő ecetmuslica életének stádiumai az embrionális kortól a kifejlett állatig, fényképekkel illusztrálva. Az ábra felső részén a vedlési hormon (ekdizon) koncentrációjának változása látható az állat élete során. A különböző stádiumok közötti vedlésekkor megnő a hormon koncentrációja, legnagyobb mértékben az utolsó átalakuláskor. (Nagy Péter ábrája)
39
Az utolsó lárvastádium végén indul be az úgynevezett vándorlás (angolul wandering) folyamata (L3W állapot). Ilyenkor az állatok elhagyják a tápanyagban dús, nedves környezetet és száraz, védettebb, szilárd felszínt keresnek. Nyálmirigyükben speciális ragasztóanyagot termelnek, mellyel odaragasztják magukat az aljzathoz és bebábozódnak. A bábállapot alatt az állat nem táplálkozik. Ez idő alatt az állat lárvális szöveteinek lebomlása biztosítja az alapanyagot és energiát a gyors ütemű osztódásba kezdő diploid imaginális sejteknek. Ez a lebomlás az autofágia segítségével megy végbe, és hormonális hatásra indul el még a vándorlás alatt: ez a fejlődési autofágia (Tracy és Baehrecke 2013). A fejlődési autofágiát kiváltó vedlési hormon a 20-hidroxi-ekdizon (egyszerűbben ekdizon), mely a juvenilis hormon alacsony szintje mellett képes elindítani a lárva-báb vedlést (14. ábra). Az ekdizon az IGF/inzulin jelátvitelben szerepet játszó PI(3)K-t gátolja és végeredményben ezzel nagymértékű autofágiát indukál (15. ábra) (Rusten, Lindmo és mtsai 2004, Zhang, Hu és mtsai 2009). Miután mind stressz-indukált, mind fejlődési autofágia könnyen kiváltható lárváiban, a Drosophila különösen alkalmas autofágia-kutatásra (Neufeld és Baehrecke 2008, McPhee és Baehrecke 2009, Zirin és Perrimon 2010).
15. ábra: Az ekdizon molekuláris hatása Az ekdizon szteroid hormon, mely a muslicában elindítjaa fejlődési autofágiát és a vedlést. Hatását az inzulin/IGF jelátvitel I-es típusú PI(3)K (foszfatidil-inozitol-3-foszfát kináz) tagjának gátlásával fejti ki. Ez a növekedést indukáló enzim a TSC1/2 komplex gátlásán keresztül a TOR fehérjén keresztül fehérjét aktiválva akadályozza az autofágiát. Ekdizon általi gátlása tehát autofágiát indukál. (Zhang (Zhang, Hu és mtsai 2009) ábrája nyomán) 40
Vizsgálatainkhoz leggyakrabban a Drosophila zsírtestét használtuk fel. A zsírtest mezodermális eredetű, poliploid sejtekből felépülő szerv, mely több (összesen hat) lebenyből áll és szinte a lárva egész testén végighúzódik. A zsírtest funkciója az emlős máj- és zsírszövetéhez hasonló, fő feladata a felvett tápanyagok raktározása a metamorfózisig. A zsírtest tömege sokszorosára nő a lárva élete során, majd a vándorlás idején megindulnak benne a lebomtó folyamatok, hogy az eddig raktározott anyagokat a diploid sejtek tudják hasznosítani. Autofágiát a vándorlás és metamorfózis idején nemcsak a lárvális zsírtestben, hanem az epidermiszben, a középbélben és a nyálmirigyben is megfigyeltek. A Drosophila szervrendszereiben továbbá különböző humán gének homológjainak funkciója vizsgálható, sőt, számos emberi betegség modellezhető muslicában. Ilyenek például a különböző daganatos megbetegedések, köztük a myc onkogént túltermelő tumorok, a Parkinson- és Huntington-kór, sőt még a cukorbetegség is (Krench és Littleton 2013, Lenz, Karsten és mtsai 2013, Nagy, Varga és mtsai 2013, Park, Ludwig és mtsai 2014).
RNS interferencia a Drosophilában
Az RNS interferencia, röviden RNSi egy evolúciósan konzervált poszttranszkripciós szabályozási folyamat. Fonalférgekben történt felfedezéséért és leírásáért Mello és Fire 2006ban Nobel-díjat is kaptak (Fire, Xu és mtsai 1998). Az RNSi többféle feladatot lát el a sejtben: egyrészt megvédi a sejtet az idegen (például virális) gének, DNS-darabok kifejeződésétől, másrészt a saját mRNS-ek finomszabályozását teszi lehetővé. A folyamat lényege, hogy egy enzim (Dicer) a kettősszálú RNS-darabokat felismeri és kis, 20-25 bázispár hosszúságú darabokra hasítja. A két szálat szétválasztása után az aktív RISC (RNA-Induced Silencing Complex) komplex az egyik darabkát felismerő szekvenciaként használva minden, ehhez a templáthoz hibridizálni képes mRNS-t lebont, vagy az mRNS-t ugyan nem degradálja, de megakadályozza az mRNS átíródását fehérjére (Kutter és Svoboda 2008). Háromféle speciális kisméretű kettős szálú RNS képes kiváltani RNS interferenciát (16. ábra). Az egyik az siRNS (small interfering RNA) a másik a miRNS (microRNA), a harmadik pedig a piRNS (PIWI interacting RNA) (Kutter és Svoboda 2008). Az első kettő eleve duplaszálú RNS-ekből keletkezik a Dicer enzim hasítása után (Ketting, Fischer és mtsai 2001, Sabin, Zheng és mtsai 2013). Az siRNS főleg a külső környezetből származik, legtöbbször a felismert mRNS lebontását váltja ki; a miRNS pedig a saját genom terméke, és inkább a 41
transzláció szabályozását teszi lehetővé. A piRNS-ek a Dicertől függetlenül keletkeznek, eredetileg egyszálú RNS-ből. Ennek a kisRNS fajtának főként a csíravonalban van szerepe: megvédi a genomot a mobilis genetikai elemektől, a transzpozonoktól. Kísérleteink során siRNS-eket használtunk az RNS interferencia kiváltására, ezért a továbbiakban az siRNS-ek hatásmechanizmusát ismertetem részletesen. Az siRNS-t felismerő RNS interferencia elsősorban a különböző vírusfertőzések és mobilis genetikai elemek (transzpozonok) ellen hatásos védekezés (Ding 2010). Egyes RNS-vírusok arra használják fel a sejt transzkripciós rendszerét, hogy a saját génjeikről készítsenek másolatot, és a folyamat során olyan kettősszálú RNS képződik, amely egészséges sejtben nem fordul elő. Ilyenkor a megtermelt virális RNS-eket a sejt felismeri és lebontja. A kívülről érkező, például fertőzésből származó RNS-t exo-siRNS-nek nevezik. Léteznek a belső környezetből származó endo-siRNS-ek, amelyek fordítottan ismétlődő szekvenciákat hordozó, fehérjét nem kódoló DNS-régiók átíródása után keletkeznek. Az átíródás után az eredetileg egyszálú RNS-ek önmagukkal hibridizálva egy RNS-duplexet tudnak létrehozni. Ezeket a duplaszálú RNS-eket ismeri fel (más fehérjék segítségével) a Dicer2 nevű enzim. A Dicerek multidomén ribonukleáz III családba tartozó fehérjék. Ezután a hosszabb RNS-duplexet a Dicer kisebb, 21-23 nukleotid hosszú kettősszálú dsRNS darabokra darabolja – valójában ezek az siRNS. Az siRNS ezek után átadódik az AGO2 (argonaute 2) fehérjének (Kim, Lee és mtsai 2006, Hartig és Forstemann 2011). A kettősszálú siRNS ATP felhasználásával két külön egyszálú RNS darabra bomlik. Általában csak az egyik szál marad meg az RNS interferencia számára, ez a szál kerül be az AGO2 fehérjével együtt a RISC komplexbe (Okamura, Ishizuka és mtsai 2004). A RISC végzi a target mRNS felismerését. Ha a benne levő egyszálú RNS-darabbal teljesen komplementer szakaszt tartalmazó mRNS-t talál, akkor a komplex hozzákapcsolódik, és hasítja a teljes target mRNS-t (Ding 2010). Az siRNS-en alapuló RNS interferencia jelenségét mesterségesen is indukálhatjuk: ha olyan DNS-szekvenciákat tervezünk és juttatunk a sejt genomjába, melyekről átíródva az endo-siRNS-ek mintájára duplaszálú RNS-ek alakulnak ki, tetszés szerinti gén expresszióját lecsökkenthetjük,
„csendesíthetjük”
mRNS-szinten.
Az
siRNS-eknek
teljesen
komplementereknek kell lenniük a target mRNS egy szekvenciájával, ha annak hasítása a cél; így a folyamat igen specifikus, a kísérlet várható végeredménye – a kiválasztott mRNS szintjének nagymértékű csökkenése – is elég jól behatárolt. A mesterségesen létrehozott siRNS interferencia konstrukciókat különböző promóterek szabályozása alá rendelhetjük, így gyakorlatilag szinte bármilyen életkorban és szövetspecifikusan tudunk a Drosophilában géncsendesítést kiváltani. Vannak olyan törzsközpontok, melyekben – könyvtárként – 42
16. ábra: A kisRNS alapú poszttranszkripciós módosítás három fő útvonala Az első oszlopban a miRNS alapú génszabályozás lépései láthatóak. A kiindulás egy miRNS-t kódoló DNS lókusz, melyről speciális szerkezetű hajtű (hairpin) alakzatot is tartalmazó pri-miRNS keletkezik. Módosulás után csak a hajtűt tartalmazó, körülbelül 70 nukleotid méretű pre-miRNS marad meg, mely exportin fehérjék segítségével kijut a sejtmagból és a Dicer1 enzim segítségével kis, 21-23 nukleotid hosszú miRNS-ekre bomlik. A miRNS-ek AGO1 (argonaute 1) fehérjét tartalmazó RISC komplexbe kerülnek, mely a target mRNS-t a miRNS egyik szála segítségével felismeri és kifejeződésének mértékét módosítja. A miRNS útvonal érdekessége, hogy a target mRNS és a szabályozó miRNS szekvencia között nem szükséges teljes komplementáció – ekkor az mRNS nem degradálódik, csak a transzláció gátolt. A második oszlopban az siRNS alapú szabályozás látható. A folyamat vége a target mRNS hasítása. A folyamat részletes leírását lásd a szövegben. A harmadik oszlop a piRNS szabályozást tartalmazza, melyben a PIWI (P-element induced wimpy testis) és az AGO3 fehérjék vesznek részt. Ez az útvonal csak a csíravonalban aktív, feladata, hogy a mobilis genetikai elemek génkárosító hatásait az ősivarsejtekben kivédje. A folyamatokban a részletezetteken kívül számos fehérje játszik szerepet. Ilyen például a Drosha, Pasha (partner of drosha), Loqs-PB (PD isoform of Loquacious), melyek a miRNS alapú, a Loqs-PD (PD isoform of Loquacious), R2D2 (two dsRNA-binding [R2] domains associated with DCR-2 [D2]), melyek az siRNS alapú és a HEN1 (HUA enhancer 1), AUB (aubergine) fehérjék, melyek a piRNS alapú szabályozásban vesznek részt. (Ding SW (Ding 2010) ábrája nyomán)
43
az ecetmuslica majdnem teljes génállománya képviselve van különböző RNS interferenciás konstrukciókat hordozó transzgénikus törzsekben. Ilyen törzsközpont például a VDRC (Vienna Drosophila RNAi Center) Bécsben, a bloomingtoni TRiP (Transgenic RNAi project) és a japán DGRC (Drosophila Genetic Resource Center, Kyoto). Az RNS interferencia könyvtárakat a Drosophila egyik gyakran használt transzpozonja, a P-elem segítségével hozták létre. Ezen mobilis genetikai elemet széles körben alkalmazzák a Drosophila-genetikában: mutánsokat, transzgénikus állatokat hoznak létre a segítségével. A P-elem felépítése lehetővé teszi, hogy egyetlen génje, a transzpozáz enzim kifejeződéséért felelős DNS-szakasz helyére bármilyen más, általunk választott gént ültessünk (17. ábra). A transzpozáz enzim a P-elem mobilitásáért felel, elvesztésével így a módosított P-elem már nem tudja változtatni helyét a genomban, „önállóságát” elveszíti. A könyvtárak létrehozásakor
transzpozáz
enzimet
tartalmazó, de kivágódásra, „ugrálásra” képtelen P-elemmel együtt juttatják be az RNS
interferenciás
konstrukciót
tartalmazó módosított P-elemet, amely alapesetben random módon inszertálódik a genomba. A transzpozázt tartalmazó Pelemet hordozó kromoszómát megfelelő keresztezéssel eltávolítják a genomból,
17. ábra: A P-elem szerkezete A P-elem egy Drosophila-transzpozon. A két végén megtalálható fordított ismérlődésű (inverted repeat; IR) szekvencia között egyetlen transzpozáz enzimet kódoló gén van. Az enzim génjét kivágva és más DNS-darabot a helyére ültetve az IR-ek jelenléte miatt „mozgásképes” P-elembe tud épülni a genomba, és transzpozáz helyett már az idegen DNS-t viszi magával. Mobilizálásához külön, „ugrálásra” képtelen P-elemben transzpozázt kódoló P-elemet kell az embrióba juttatni (együttes injektálással). A transzpozáz-forrást később megfelelő keresztezéssel el lehet távolítani a genomból, tehát a beépült transzgén stabilan egy adott genom.pozícióban maradhat. (ábra internetes forrása: http://www.discoveryandinnovation.com/)
44
így
a
törzs
formájában
fenntartott
transzgénikus muslicában a transzpozon nem tud többé helyet változtatni. Így készültek a bécsi törzskönyvtár GD jelű RNS interferenciás törzsei. A
random
inszerciónak
azonban
megvannak a hátrányai: a beépülés helye az
RNSi-konstrukció
megfelelő
kifejeződését és a környékén található gének működését is befolyásolhatja. A második generációs törzskönyvtárakban (ilyenek a bécsi KK jelű vonalak) már
helyspecifikus rekombináció révén a genom egy meghatározott helyén található, úgynevezett landing-platformokra épülnek be a P-elemek, ami így kiküszöböli a fentebb említett hibákat. Ezekben a könyvtárakban a potenciális, más géneket csendesítő („off-target”) hatásokat is jobban szűrték. Fontos azonban leszögezni, hogy egy gén csendesítése (angolul knock-down; KD) nem egyenlő a génfunkció teljes megszüntetésével, „kiütésével” (knock-out; KO). Az RNS interferencia sohasem 100%-os hatékonyságú folyamat, míg egy nullmutáns allélt homozigóta formában hordozó egyedben semmilyen génterméket nem találunk.
Az UAS/Gal4 rendszer
A génexpresszió mértékének, idejének és helyének megváltoztatása, irányítása mindig is fontos területét képezte a genetikai kutatásoknak. Ezeket a célokat sokáig csak bonyolult eszközökkel lehetett elérni, ma azonban viszonylag egyszerűen megoldható a géntermék mennyiségének idő- és szövetspecifikus módosítása. Az első áttörést a hősokk (hs; heat-shock) promóter széles körben elterjedt alkalmazása jelentette. Ez a promóter olyan hősokkfehérjék (például a Hsp70) szabályozását biztosítja, melyek csak a normálist meghaladó hőmérséklet hatására termelődnek nagy mértékben azért, hogy segítségükkel a sejt meg tudja védeni magát a hő okozta károsodásokkal szemben. Ez a könnyen indukálható promóter nagy előrelépést jelentett, hiszen a kívánt időben lehetett elindítani a hősokk promóter által szabályozott géntermék átíródását. Azonban ilyen körülmények között maguk a hősokkfehérjék is nagy tömegben fejeződnek ki és ez sokszor fals eredményekhez vezetett. Finomabb, szabályozható módszert kerestek tehát a kutatók. Az igazi újdonságot az UAS/Gal4 élesztőből származó szabályozási rendszer jelentette (18. ábra). Az UAS (upstream activating sequence) egy génkifejeződést szabályozó DNSdarab, amihez a Gal4 transzkripciós aktivátor fehérje kötődik (amely nevét a galaktóz metabolizmusban betöltött szerepéről kapta), és indukálja az UAS mögött elhelyezkedő szekvencia által kódolt fehérjék kifejeződését. Ezt a rendszert Brand és Perrimon ültették át Drosophilába 1993-ban, de ma már emlős, sőt növényi modellekben is hasznosítják (Brand és Perrimon 1993). Mivel az UAS szekvencia és a Gal4 fehérje élesztő-specifikus, mesterséges bejuttatásuk ezekbe a magasabb rendű szervezetekbe nem zavar meg semmilyen folyamatot. A rendszer számos előnnyel rendelkezik, olyan széles körben elterjedt és sokrétű a használata,
45
hogy gyakran nevezik a genetikusok „svájci bicskájának” is (Duffy 2002, Bohm, Welch és mtsai 2010, Prussing, Voigt és mtsai 2013). Az UAS/Gal4 rendszer előnye, hogy ha az aktivátor szekvenciát és a Gal4 fehérjét kódoló transzgéneket hordozó állatokat külön törzsekben tartjuk fenn, semmilyen változást nem okozunk az állatok életében, így az extra genomikus régiótól eltekintve vadtípusúnak lehet őket tekinteni. Viszont egyetlen keresztezés után az utódokban megfigyelhetjük az általunk tanulmányozott, UAS-által szabályozott fehérje kifejeződésének hatását. Az eredeti promóter helyett (mely az élesztőben galaktóz hatására aktiválódott) a Gal4-et kódoló DNS-régió elé bármilyen, a modellállatban működő endogén promóter beépíthető. Lehetnek ezek indukálható, szövetspecifikus vagy adott fejlődési szakaszban működő promóterek is. Az így kapott különböző Gal4-es konstrukciókat hordozó állatokat keresztezhetjük
tetszőleges
UAS-szabályozott
DNS-szakaszt
hordozó
partnerrel.
A kombinációk száma rengeteg, a kutatóknak legtöbbször elég csak egyetlen UAS szekvencia mögé klónozni
a vizsgálni
kívánt DNS-szakaszt
és
az elérhető
Gal4-promóter
törzsgyűjteményből válogatva a kívánt fejlődési stádiumban és/vagy szövetben, szervben követhető az irányított expresszió hatása.
18. ábra: Az UAS/Gal4 rendszer működése Az élesztőből származó UAS/Gal4 genetikai szabályozás más fajokban is működik. A Gal4 aktiváló fehérje elé egy endogén promóter kerülhet, mely szabályozza a fehérje kifejeződésének helyét és idejét. A Gal4 célszekvenciája az UAS, melyhez hozzákötődve aktiválja a mögötte levő génszakasz átíródását, amely akár a fehérje túltermeltetését is eredményezheti. Ha viszont az aktiváló szekvencia mögé egy RNS interferenciát kiváltó konstrukciót helyezünk, akkor a célgén csendesítését érhetjük el vele. (Prüßing (Prussing, Voigt és mtsai 2013) ábrája nyomán) 46
Érdemes azt is megjegyezni, hogy az UAS szekvencia mögé nemcsak fehérjéket kódoló géneket klónozhatunk, hanem az előző fejezetben tárgyalt RNS interferencia konstrukciókat is. Így nemcsak egy fehérje lokalizációját vagy expressziójának következményeit vizsgálhatjuk célzottan, hanem akár egy géntermék-szint csökkenésének, azaz a gén csendesítésének hatását is. A rendszer felhasználási körét tovább bővíti, hogy belevihető egy Gal80 nevű fehérjét kódoló gén is. A Gal80 a Gal4 működését, ezáltal az UAS szekvencia mögötti gén kifejeződését gátló szabályozó faktor. Alkalmazása további kombinációs lehetőségeket nyújt a kutatók számára. Drosophila modellben UAS szekvenciával aktiválható géneket létrehozni ma már nagyon egyszerű. Elérhető a pUAST elnevezésű vektorcsalád, melybe könnyedén, egyetlen klónozási lépéssel beilleszthető az UAS mögé a kívánt szekvencia. Ezen vektorok nagy előnye, hogy egyrészt alkalmasak bakteriális klónozásra, másrészt közvetlenül Drosophila embriókba lehet őket injektálni, mert tartalmazzák a genomba épüléshez szükséges P-elem szakaszokat is. Így viszonylag hamar létrehozhatunk különböző transzgénikus vonalakat (a folyamat részletes leírását lásd az Anyagok és módszerek fejezetben). Az UAS/Gal4 rendszer elterjedésével párhuzamosan igény jelentkezett egy olyan másik, független rendszer kidolgozására, melyet ugyanakkor az UAS/Gal4 rendszerrel kombinálva is tudnak használni. Így akár több gén is módosítható egyszerre, ám független körülmények között. Ilyen a 2010-ben közölt Q-rendszer (Potter, Tasic és mtsai 2010) (19. ábra).
19. ábra: A Q-rendszer működése A Q-rendszer eredetileg egy Neurospora fajban műküdő szabályozás, mely független az UAS/Gal4 rendszertől, ezért kombinálható vele. Működésük igen hasonló, a Q-rendszerben az aktiváló fehérje a QF, ennek represszora a QS. A QF fehérje képes felismerni a QUAS szekvenciát és indukálni a mögötte lévő DNS-szakasz átíródását. P1, P2 a QF és QS fehérjék promóterei, X a célgén. (Potter (Potter, Tasic és mtsai 2010) ábrája nyomán) 47
Ez a rendszer a Neurospora gombafajból származik. Működése hasonló az UAS/Gal4-hez: a QF aktiváló fehérje képes a QUAS szekvenciához kötni, és aktiválni a QUAS által szabályozott génszakasz átíródását, a QF-t kódoló gén elé pedig a modell organizmus valamely endogén promóterét lehet ültetni. A kombinációs lehetőségeket QF represszora, a QS fehérje is bővíti. A különböző rendszerek együttes használata nagyban megkönnyítheti az in vivo kutatásokat, hasznukat nem lehet túlértékelni, a lehetőségek tárháza óriási. A FLP/FRT rendszer
A FLP/FRT az élesztő 2µ-os plazmidja által kódolt rekombinációs rendszer, nagyon hasonló az egérmodell genetikai manipulálása során alkalmazott Cre/Lox rendszerhez. Az FLP (flippase) enzim egy helyspecifikus rekombináz, az FRT (flippase recognition target) nevű szekvenciákat ismeri fel a DNS-ben, és ezeket hasítva indukál rekombinációt (Golic és Lindquist 1989, Bohm, Welch és mtsai 2010). Ily módon lehetséges akár mitotikus rekombinációt (ha az FRT-helyek a homológ kromoszómákon vannak), akár adott DNSszakaszok kivágását (ha az FRT-helyek ugyanazon a kromoszómakaron találhatóak) indukálni, és genetikai mozaik állatokat létrehozni. Az FLP enzimet kódoló gént, hasonlóan az eddig ismertetett rendszerekhez, különböző endogén promóterek mögé tehetjük, így időben és térben meghatározhatjuk a működését. Maga az FRT szekvencia kétszer 13 bp fordított ismétlődést (IR) tartalmaz, melyeket 8 bázispárnyi távtartó (spacer) szekvencia köt össze, ezért az FLP enzim specificitása igen nagy. A genotípus leírása során az FRT szekvenciák elterjedt rövidítése >, a továbbiakban én is ezt alkalmazom. Laborunkban a megfelelő genotípusú állatok létrehozásához a fent megismertetett rendszerek kombinációit használjuk. Külön említést érdemel a szomatikus klónok létrehozására alkalmas hs-FLP; Act>CD2>Gal4; UAS-célgén rendszer (Scott, Schuldiner és mtsai
2004).
Az
ezeket
a
transzgénikus
konstrukciókat
hordozó
állatokban
szobahőmérsékleten is létrejönnek (de a hs promóter gyenge aktivitása miatt nem túl nagy számban) olyan sejtek, melyekben kifejeződik az FLP, kivágja az FRT helyek közötti semleges CD2 kazettát. Így a Gal4 génje az állandóan aktív Act (aktin) promóter hatása alá kerül és a termelődő Gal4 kiváltja az UAS szekvencia mögötti konstrukció(k) expresszióját. Miután mindez csak néhány sejtben történik meg, csak ezekben – és osztódásuk után utódaikban, azaz jól körülhatárolható klónokban – figyelhető meg az irányított génkifejeződés hatása (20. ábra). 48
A rendszer legnagyobb előnye, hogy a vizsgált szövetben a klónsejtek mellett közvetlenül találunk nem módosult expressziós aktivitású, kontroll sejteket. Így el lehet kerülni a biológiai kísérletezés egyik legnagyobb kihívását: hogy a kísérlet során a kontroll és a vizsgálandó állatokat a lehető leggondosabban, a legnagyobb genetikai hasonlóság alapján válasszuk ki, majd mindig ugyanolyan körülmények között tartsuk, ugyanolyan fejlődési, tápláltsági állapotban vizsgáljuk, tehát maximálisan összehasonlítható adatokat kapjunk. Az FLP/FRT klonális expressziós rendszert alkalmazva a kontroll és a klónsejtek, az UAS mögötti konstrukció kifejeződésétől eltekintve, mind genotípusukban, mind egyéb körülményeikben megegyeznek. Az ilyen rendszerekben a vizsgálandó gén vagy RNS interferenciát kiváltó konstrukció mellett általában egy, a létrejött klónok detektálását lehetővé tevő riportergént is UAS szabályozása alá helyeznek. Ilyen például az UAS-GFP (green fluorescent protein) transzgén, mely kifejeződésével a mikroszkópos felvételeken zöld szín különbözteti meg az összes klónsejtet a kontroll háttértől (20. ábra).
20. ábra: A hs-FLP; Act>CD2>Gal4; UAS-célgén rendszer működése Ez a rendszer szomatikus klónok létrehozására alkalmas. A hősokk promóter véletlenszerű aktiválódása után egy aktivációs kaszkád indul be, mely végül a transzgén vagy RNS interferencia konstrukciót kifejező és egyben zölden fluoreszkáló klónsejteket hoz létre. A kontroll sejtek közvetlenül a zöld színű klónsejtek mellett helyezkednek el. 49
Célkitűzések
1. FIP200 nullmutáns állatok és FIP200 ellenanyag létrehozása 2. A FIP200 fehérje szükséges-e az indukált és a fejlődési autofágiához? A FIP200 géntermék hiánya miatt kialakult fenotípus vizsgálata
3. A FIP200-túltermelés hatásának vizsgálata 4. A FIP200 fehérje sejten belüli elhelyezkedésének és autofág markerekkel való kolokalizációjának vizsgálata
5. Annak eldöntése, hogy tagja-e a FIP200 fehérje az Atg1 indukciós komplexnek Drosophilában is
6. Az indukciós komplex tagjai közötti hierarchikus és kapcsolati rendszer felderítése
50
Anyagok és módszerek Drosophila törzsek és fenntartásuk Az ecetmuslicákat egy élesztőt, agart és kukoricalisztet tartalmazó táptalajon tartjuk 25°C fokon, 60%-os páratartalom mellett vattadugóval lezárt üvegcsövekben. Mind a sötét, mind pedig a világos periódus 12-12 órásra van beállítva. A táptalaj elkészítése a következőképpen zajlik: 12 g agarport feloldunk, majd felforralunk 1l csapvízben. Ehhez 24 g glükózt, 7,2 g szacharózt, 64 g kukoricalisztet és 0,54 g CaCl2-t adunk és felfőzzük. Az elegyet kézmelegre hűtjük, majd 10ml Nipagint és 1,7ml fenil-fenolt adunk hozzá, hogy megakadályozzuk a baktériumok elszaporodását. Ezután a kész tápot üvegcsövekbe öntjük. A csövekben 30-40 állatot tudunk fenntartani 2-3 hétig szobahőmérsékleten. Hosszabb távon 18°C-on tároljuk az állatokat. A dolgozatban 21. ábrán felsorolt törzseket használtuk fel:
Éheztetés Az ecetmuslicákat (ahol nincsen egyéb megjegyzés) aminosav-éheztetésnek vetettük alá: 20%-os szacharóz oldatban 3 órát éheztek az állatok. A kísérletekhez jól táplált 72-96 órás L3 stádiumú lárvákat használtunk fel. Azokat az állatokat, amikben hősokk (hs) promóter van 1 órán keresztül hősokkoltuk 37°C-os vízfürdőben. Ezután 2-3 órát pihentettük az állatokat (recovery), az éheztetést csak ez után kezdtük el.
Molekuláris klónozás és embrió-injektálás A FIP200-GFP fúziós fehérje létrehozásához első lépésben meggyőződtünk róla, hogy a CG1347 jelű génről csak egy transzkriptum és egy fehérje képződik. Ezután a FIP200 cDNSét (LD09358 jelű EST, Drosophila Genomics Resource Center) PCR reakcióval amplifikáltuk. A reakcióhoz olyan primereket használtunk fel, melyek 5’ végén Xba1 hasítóhely helyezkedett el, ez később a vektorba való inszertáláshoz szükséges. A 4,5 kb
51
Törzsnév w-, kontroll FIP200↑ FIP200-/FIP200-GFP QUAS-FIP200-GFP FIP200 RNSi Atg8 RNSi Atg12 RNSi
Df mCherry-Atg1 Atg1↑ Lamp1 Atg13-/mCherry-Atg8a myc-Atg1 Atg13-FLAG FLAG-TOR p62-GFP TSC1+2↑ Atg7-/Atg8a-/Atg1 RNSi Venus-Atg1
HA-Atg101
Genotípus/Azonosító w[1118] CG1347 EY03045 FIP200[d130] UAS-FIP200-GFP QUAS-FIP200-GFP KK104864 KK109654 JF02704 FRT 82B Ubi-GFP UAS-GFP cgGal4 ET49-QF QUAS-GFP Df(3R)BSC464 r4-mCherry-Atg1 UAS-Atg1[6B] UAS-Lamp1-GFP hs-FLP Atg13[d81] r4-mCherry-Atg8a UAS-myc-Atg1 UAS-Atg13-FLAG UAS-FLAG-TOR UAS-p62-GFP r4-Gal4 UAS-TSC1 UAS-TSC2 Atg7[d14] Atg7[d77] Atg8a[d4] KG07993 UAS-Venus-Atg1 hs-FLP; UAS-DICER2, Act>CD2>Gal4, UAS-GFPnls UAS-HA-Atg101
Eredet/Referencia TRiP TRiP
VDRC VDRC TRiP TRiP TRiP TRiP TRiP TRiP TRiP TRiP
Tom Neufeld Tom Neufeld Tom Neufeld Tom Neufeld Tom Neufeld Tom Neufeld Tom Neufeld Tom Neufeld Tom Neufeld Tom Neufeld DGRC DGRC DGRC Toshifumi Tomoda
21. ábra: A dolgozatban felhasznált Drosophila törzsek jegyzéke VDRC- Vienna Drosophila RNAi Center; TRiP – Transgenic RNAi Project, Bloomington; DGRC – Drosophila Genetic Resource Center, Kyoto A harmadik oszlopban szereplő Eredet megjelölésénél két kutató Tom Neufeld (Scott, Juhasz és mtsai 2007) és Toshifumi Tomoda (Toda, Mochizuki és mtsai 2008) bocsátotta rendelkezésünkre a törzseket. A laborunk által készített vonalakhoz nem tartozik eredetmegjelölés. 52
hosszú PCR terméket ezután Xba1 enzimmel emésztettük. Ezzel párhuzamosan a pUAST vektort is Xba1-el emésztettük, majd az önzáródást megakadályozó CIAP (Calf intestinal alkaline phosphatase) kezelésnek vetettük alá. A körülbelül 10 kb méretű pUAST vektor alkalmas molekuláris klónozásra, sőt a benne található P-elem szekvenciák segítségével közvetlenül Drosophila embriókba injektálható és képes a genomba inszertálódni. A vektor ezen kívül az MCS (multicloning site) helyétől, ahová az amplifikált cDNS be fog kerülni, downstream már tartalmaz egy GFP szekvenciát is, amely (ügyelve erre a primerek tervezésekor) azonos leolvasási keretben van a FIP200 cDNS-el, így együtt fejeződnek ki és hoznak létre ezáltal fúziós fehérjét. A vektor ezután ligáltuk a pUAST vektorba, majd DH5α E. coli telepekbe transzformáltuk. Az ampicilinnel szelektált telepekből ezután plazmidot izoláltunk a Fermentas GeneJET Plasmid Miniprep kit segítségével. A fragment orientációjának ellenőrzéséhez további restrikciós endonukleázokat (EcoRI, XbaI, XhoI) és PCR reakciókat használtunk. A mintákból egyet kiválasztottunk, melyet a Bestgene Inc. (Kalifornia, USA) Drosophila embriókba injektált.
FIP200 nullmutáns állatok (d130) létrehozása A nullmutáns állatokat egy, a gén első intronjába inszertálódott P-elem (EY03045) (TRiP törzskönyvtár) eltávolítása, „kiugratása” során hoztuk létre (23/A ábra). A P-elem mesterséges (transzpozáz-forrás genomba vitelével történő) mobilizálásakor bizonyos eséllyel pontatlan kivágódás is bekövetkezhet. Ekkor a transzpozáz nemcsak magát az inszerciós transzpozont, hanem a muslica genomjának egy részét is eltávolítja. A P-elem kivágódását a markerként hordozott, piros szemszínt okozó white+ gén elvesztése, így fehér szemszín jelzi a felnőtt állatokban. A nullmutáns állatokat célzó keresztezéseket témavezetőmmel, Dr. Juhász Gáborral együtt végeztük. Ha a muslica genomjában deléciós esemény is bekövetkezik, az a genomikus régióra tervezett primerekkel végrehajtott PCR-rel kimutatható. A PCR reakcióra több primer párt is terveztünk, a 23/B ábrán látható eredményt a következő pár adta: Forward primer: Primer Xe 7-2; szekvenciája: AGAGCGTGGAAGGCGAGGAA Reverz primer: Primer P3-1; szekvenciája: CCGCATCAAAACCAACAACCA A PCR reakciót Phusion Hot Start II enzimmel (F-549S/L Thermo Scientific) végeztük. A reakció során először egy 30 ms hosszú 98°C-os hősokkot alkalmaztunk az enzim leírásának megfelelően. A következő 22 ciklusban két lépcsős protokollt alkalmaztunk, 98°C-os 10 ms
53
hosszú denaturáló és 72°C-os 4,5 min hosszú kombinált anelláló és lánchosszabítási szakasz következett. A PCR reakció termékének szekvenálását a BIOMI Kft., Szeged végezte.
Fénymikroszkópos vizsgálatok A fénymikroszkópos kísérletekhez 72-96 órás jól táplált, illetve éheztetett állatokat, valamint a fejlődési autofágia vizsgálatához 108-116 órás vándorló állatokat használtunk fel. A boncolást 0,01M PBS-ben (Phosphate buffered saline), sztereomikroszkóp alatt végeztük. A szöveteket szükség szerint 25 ρmol/ml LysoTracker Red (LTR) oldattal, illetve 0,2 μg/ml DAPI oldattal (4',6-diamidino-2-phenylindole; sejtmagfesték) festettük. A preparátumokat PBS-es mosást követően 50%-os glicerin-PBS oldattal fedtük le. A vizsgálatokat Apotome2 grid konfokális egységgel felszerelt Zeiss Axioimager M2 mikroszkóp Plan-NeoFluar 40x 0.75 NA objektív, Axiocam Mrm kamera és Axiovision szoftver MinMax automatikus kép beállítás mellett végeztük. A fényképek 40x objektívvel készültek. A képek szerkesztése a továbbiakban Adobe Photoshop programmal történt. A lárvális és báb középbélről készült fényképek ugyanezzel a mikroszkóppal készültek, 20x objektívval, átvilágítás mellett. A középbeleket PBS-es boncolás után PBS-glicerinben lefedtük és megvizsgáltuk.
Paraffinos beágyazás A lárvális szövetek lebomlásának vizsgálatához fehér előbábokat (white prepupa, 0 óra rpf [relative to puparium formation]) és 24 órával idősebb (24 óra rpf) bábokat használtunk fel. A gyűjtött bábokat fixálás előtt tűvel felszúrtuk, hogy a fixáló átjusson báb kutikuláján. Speciális bábfixáló oldatot használtunk, mely 80% etanolt, 4% formaldehidet, 5% ecetsavat és 1% glutáraldehidet tartalmazott (Berry és Baehrecke 2007). Fixálás után a bábok caudalis végét eltávolítottuk, hogy a festékek teljesen átmoshassák a szövetet. A víztelenítést felszálló alkoholsorral végeztük, mely 100%-s etanollal fejeződött be. A következő lépésben az oldatot alkohol és xylol 1:1 arányú keverékére cseréltük. Ezután a bábokat egy éjszakán át 42°C-os inkubátorban kevertettük xylol és paraplaszt 1:1 arányú elegyében, majd a mintákat 56°C-os termosztátban tiszta paraplasztba helyeztük át. A paraplasztot a nap folyamán még egyszer lecseréltük. Másnap a termosztátból kivéve jeges fürdőben lehűtöttük a mintákat és 54
mikrotómmal 7μm vastagságú metszeteket készítettünk belőlük. Deparaffinálás után (xylol – abszolút etanol – 70% etanol – desztillált víz sorrendben) a mintákat Ehrlich-féle hematoxilinnal és 0,5%-os eozin oldattal festettük. Az eozin után a metszeteket alkohollal, majd xylollal öblítettük és kanadabalzsammal fedtük le. A minták vizsgálata AxioCam ICc1 kamerával felszerelt Zeiss Axio Imager Z1 mikroszkóppal történt.
Elektronmikroszkópos vizsgálatok A megfelelő korú lárva- illetve bábállapotú állatokat legyűjtöttük, a boncolást követően a szöveteket formaldehid-glutáraldehid keverékében fixáltuk. A fehérjék jobb láthatóságának érdekében blokk-kontrasztosítást végeztünk 0,5% ozmium-tetroxid és 2% uranil-acetát oldatokkal. Ennek a technikának az előnye, hogy a nehézfémionok a fehérjékhez kötve redukálódnak és az elektronmikroszkópban jobban láthatóvá válnak. Ezt követően alkoholos dehidrálás (felszálló etanolsor) után araldittal (Durcupan ACM) itattuk át a mintákat. Intermedierként propilén-oxidot használtunk, melyben az araldit az alkoholnál könnyebben oldódik. Az átitatás araldit és propilén-oxid 3:1, 1:1 és 1:3 arányú keverékével történt, melyet rendre egy óráig, egy éjszakán át és ismételten egy óráig hagytunk rajta. A folyamatot tiszta araldittal fejeztük be és a mintákat formába öntöttük. Ezután 37°C-os termosztátban egy éjszakát, majd 60°C-on két napig pihentettük a mintákat. Megszilárdulás után kifaragtuk, majd 70nm-es metszeteket készítettünk belőlük. A metszeteket JEOL JEM-1011 típusú transzmissziós elektronmikroszkóppal vizsgáltuk.
Poliklonális ellenanyagok létrehozása A teljes hosszúságú Atg8a fehérje és a FIP200 1-420 aminosavak közti részének kódoló szekvenciáját PCR reakcióval amplifikáltuk, NdeI-XhoI enzimekkel emésztettük, majd pEV vektorokba (melyekért köszönettel tartozunk Peter Rapalinak) klónoztuk. A teljes hosszúságú Atg1 és a TOR fehérje 2345-2470 aminosavakig terjedő részletét szintén PCR-rel amplifikáltuk,
majd
tompa
végükkel
XmnI-EcoRV
emésztett
pENTR1A
(Invitrogen,11813011) vektorba klónoztuk, majd pDEST17(Invitrogen, 11803012) vektorba rekombináltuk. Az Atg13 entry klónt (melyet ezúton is köszönünk Tom Neufeldnek) szintén pDEST17-be rekombináltuk. Ezután az összes, N-terminálisan His-tagelt fehérjét E. coli Rosetta vonalakban expresszáltattuk, majd Ni-NTA agaróz gyöngyöket (Qiagen/Biomarker, 55
30210) használva tisztítottuk. A rekombináns fehérjékkel ezután patkányokat immunizáltunk, követve a Freud adjuvánsok standard protokollját (Sigma, F5881 és F5506). A rekombináns Atg8a fehérjével ezen kívül nyulakat is immunizáltunk (Immunogenes). Létrehozott ellenanyagok: patkány anti-Atg8a, patkány anti-FIP200, patkány anti-Atg1 (1:5000), patkány anti-Atg13 (1:5000), patkány anti-TOR
Immuncitokémia A kísérletekhez L3 stádiumú lárvákat használtunk fel, melyeket 3,7% paraformaldehidPBS oldatban kifordítottunk és 4°C-on egy éjszakán át fixáltuk. Másnap reggel a fixálóoldatot eltávolítottuk, a lárvákat PBS-ben kétszer átöblítettük, majd két órán át tiszta, nagy térfogatú PBS-ben mostuk. Ezután 15 percig PBTX-DOC oldatban (PBS 0,1%, Triton X-100, 0,05% nátrium-dezoxikolát) permeabilizáltuk a szöveteket, majd 3 órán át 3% kecskeszérumot tartalmazó PTBX-DOC oldatban fixáltuk. Az elsődleges ellenanyagot a megfelelő hígításban 1%-os keszkeszérumot tartalmazó PBTX-DOC oldatban vittük fel és 4°C-on egy éjszakán át billegtettük. Az ellenanyagot másnap reggel háromszor nagy feleslegű PBTX-DOC oldatban lemostuk. A másodlagos ellenanyagot (mely a fluoreszcens jelmolekulát is tartalmazza) szintén 1%-os keszkeszérumot tartalmazó PBTX-DOC oldatban vittük fel, majd szobahőmérsékleten sötétben (hogy megakadályozzuk a fluoreszcens molekulák lebomlását) 4 órán át billegtettük. A másodlagos ellenanyagot PBTX-DOC, majd PBS oldattal többször mostuk. A lárvákat ezek után a fénymikroszkópos preparátumoknak megfelelően felboncoltuk és DAPI sejtmagfestékkel jelöltük. Felhasznált ellenanyagok és hígításaik: Elsődleges ellenanyagok: csirke anti-GFP (1:1500, Invitrogen), nyúl anti-p62 (1:2000; (Pircs, Nagy és mtsai 2012)), , nyúl anti-Cathepsin-L (1:100), nyúl anti-Atg5 (1:100, Sigma, A0856) Leírt új ellenanyagok: patkány anti-Atg8a (1:300), patkány anti-FIP200 (1:100) Másodlagos ellenanyagok: Alexa 488 anti-csirke, Alexa 488 anti-nyúl, Alexa 546 anti-nyúl, Alexa 568 anti-patkány, Alexa 568 anti-egér, Alexa 647 anti-nyúl (mindegyik 1:1500 hígításban, az Invitrogen kínálatából A11039, A11034, A11035, A11077, A1104, A21245 sorszámmal)
56
A sejttenyészetek fenntartása, kezelése Laborunkban Drosophila hemocita sejttenyészetet tartunk fenn, jelük: D.Mel-2, mely egy szérumfüggetlen S2 sejtvonalat takar. A sejteket Express Five Serum-Free médiumban tartjuk fenn penicillin (Invitrogen, 10486025) és sztreptomicin (Invitrogen, 15140122) jelenlétében. A sejteket a kísérletekhez UAS-konstrukciókkal és metallotionein-Gal4 plazmiddal transzfektáltuk TransIT-2020 reagenst használva (Mirus/BioTec, MIR5405). A cég leírásának megfelelően a transzfektálást után 48 órával a Gal4 fehérjét CuSO4 oldattal indukáltuk: 1mM rézszulfát hozzáadása után overnight inkubáltuk a sejteket. A következő DNS-konstruktokat használtuk fel a kísérleteinkhez: pUAS-FIP200-GFP, pUASmyc-Atg1 (melyet az Atg1 entry klón pTMW [DGRC 1107] vektorba való rekombinációjával hoztunk létre), pUAS-Atg13-FLAG (melyet az Atg13 entry klón pTWF [DGRC 1116] vektorba való rekombinációjával hoztunk létre), pUAS-FLAG-TOR, pUASmyc-Atg1[KD] (melyet Tom Neufeld készített és jutatott el hozzánk), pUAS-Atg101-FLAG (melyet mi hoztunk létre úgy, hogy az Atg101 kódoló régióját amplifikáltuk, majd tompavégét beklónoztuk a pENTR1A vektorba, melyet XmnI-EcoRV enzimekkel korábban emésztettünk. Ezután a konstrukciót pTWF vektorba rekombináltuk). Az Atg101 fehérje kódoló régióját GFP-re cseréltük a pUAS-3xHA-Atg101 vektorban és PCR-amplifikált Atg13 és Atg1 szakaszokat klónoztunk ebben a HA (haemagglutinin) -GFP-t tartalmazó vektorba. A klónozáshoz NotI és Acc65I enzimeket használtunk. Az aktív TOR-fragment az 1333-2470 aminosavakat tartalmazza (Jung, Jun és mtsai 2009). Ezeket a pUAS-FLAG-TOR vektorból amplifikáltuk és XbaI enzim segítségével pUAST vektorba ligáltuk. A Gateway vektorok és EST szekvenciákat a Drosophila Genomics Resource Center (DGRC) biztosította.
Immunprecipitáció A Drosophila lárvákat a megfelelő előkészítés után (hősokk, éheztetés) lemostuk, majd 1 ml lízis pufferben (tartalma: 2µl 0,5M EDTA [etiléndiaminotetraacetic acid], 50µl 1M pH=7,5 Tris-HCl, 30µl 5M NaCl, 5µl Triton-X és desztillált víz, valamint proteáz és foszfatáz gátló [Sigma P8340 és Roche 04906845001]) homogenizáltuk. A homogenizátumot ezek után jégen vagy 4°C-on tartottuk a kísérlet közben. Az elegyet centrifugáltuk 10 percig 10000 g sebességgel, majd a középfrakcióból kivettünk 50µl input (IN) mintát. A maradékot hozzáadtuk a gyöngyhöz. 57
A D. Mel-2 sejteket is a fentebb leírtaknak megfelelően indukáltuk, majd sejtkaparóval felszedtük. 3 percig 4°C-on 1000g mellett kiülepítettük a sejteket és háromszor PBS pufferben átmostuk. A mosások után 1 ml lízis pufferben homogenizáltuk a sejteket és a lárvákhoz hasonlóan lecentrifugáltuk a törmeléket, elraktuk az IN kontrollt, a középfrakciót pedig a gyöngyre mértük. A precipitáláshoz használt gyöngyökből egy kísérlethez 30 µl-t használtunk fel. Ezeket háromszor lízis pufferben átmostuk. Ezután kerültek rá a lárva- illetve sejthomogenizátumok, melyekkel két órát forgattuk a gyöngyöt 4°C-on. Az idő leteltével 8000 g, 30 ms alatt centrifugáltuk a gyöngyöt és a felülúszóból 50µl-t eltettünk kontroll mintaként (SN, supernatáns). A többi felülúszót eldobtuk, a gyöngyöt pedig háromszor átmostuk a pufferben. A végén a kezdeti 30 µl-es térfogatot visszakaptuk, majd ehhez és az eltett kontroll mintákhoz 1 adag 2xLaemmli oldatot (Sigma S3401) adunk és a Western blotnál olvasható mintaelőkészítést alkalmazzuk. Felhasznált gyöngyök: anti-HA (Sigma A2095), anti-FLAG (Sigma A2220)
Western blot kísérletek A kísérlet első lépéseként fehérjemintát készítettünk teljes lárvákból, sejtekből illetve kiboncolt zsírtestekből. A zsírtesteket 25 darab lárvából boncoltuk ki foszfatáz és proteáz gátlót tartalmazó PBS-ben (Roche 04906845001, Sigma P8340), majd 50 µl inhibitoros PBS oldatban gyűjtöttük össze, majd ehhez szintén 50 µl 2xLaemmli oldatot adtunk (Sigma S3401). A sejteket, illetve a teljes lárvák tömegét megmértük és 1 mg-hoz sejtek esetében 10 µl, muslica esetében 20µl PBS:Laemmli 1:1 arányú keverékét adtuk. Ezután 100°C-os vízfürdőben forraltuk a mintákat öt percig, majd homogenizáltuk őket. Újra öt perc forralás következett, majd 13000g-n centrifugáltuk a mintákat és a középfrakciót begyűjtöttük. A mintákat felhasználásig -20°C-on tároltuk. A foszfatáz kezelésnek alávetett zsírtest mintákat proteáz inhibitoros CIAP pufferben (calf intestinal alkaline phosphatase; Promega) boncoltuk fel, majd inhibitort és 2% Triton-X-t tartalmazó CIAP pufferben gyűjtöttük össze. A mintát ezután homogenizáltuk, majd 5 µl CIAP enzimet adtunk hozzá és 37°C-on fél órát inkubáltuk. Ezután a fentebb leírt módon Laemmli oldat segítségével készítettük el a fehérjemintákat. A Western blot kísérlet első lépéseként poli-akrilamid gelet öntöttünk, a kimutatandó fehérje méretének megfelelő százalékban. Ezekre egyenlő mennyiségű mintákat vittünk fel és 58
megfuttattuk (használt futtató puffer: 0,025 M Trizma base, 0,2 M Glycine, 0,05% SDS [sodium dodecyl sulfate] és desztillált víz keveréke). A gélről Immobilon-P PVDF membránra (Millipore) transzferáltuk a fehérjéket (transzfer puffer: 0,025 M Trizma base, 0,2 M Glycine, 10% metanol). A membránokat kazein blokkoló pufferben blokkoltuk 4 oC-on egy éjszakán keresztül (blokkoló oldat: 0,5% casein (Sigma) feloldva 0,1 M Trizma base-ben, majd a pH-t 7,5-re állítottuk HCl-el). A blokkolás után a membránt 3x10 percig TBST pufferben (0,025 M Trizma base pH 7,5-re állítva HCl-el, 0,9% NaCl, 0,1% Tween 20) mostuk. Ezután felvittük az elsődleges ellenanyagot tartalmazó kazein blokkoló:TBST 1:1 arányú keverékét, majd egy órán át szobahőmérsékleten billegtettük. Az elsődleges ellenanyagot szintén 3x10 percig mostuk le TBST-ben. A másodlagos ellenanyag (mely minden esetben AP (alkalikus foszfatáz) konjugált ellenanyag volt) is hasonlóképpen 1 órán át, szobahőmérsékleten kazein:TBST 1:1 arányú keverékében volt a membránon, majd ismét 3x10 perc TBST mosás következett. Utolsó lépésben előhívtuk a membránt AP pufferben (100 mM Trizma base, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0,05% Tween 20, pH 9,5-re állítva HClel) hígított (1:50) NBT-BCIP-vel [nitro blue tetrazolium chloride; 5-Bromo-4-chloro-3indolyl phosphate] (törzsoldat: Sigma, 72091)). A Western blottos kísérletek mindegyikét többször is megismételtük független biológiai mintákon, a dolgozatban látható képek reprezentatív felvételek. Felhasznált ellenanyagok: Elsődleges ellenanyagok: patkány anti-GFP (1:5000), egér anti-FLAG (1:2000; Sigma, F1804), egér anti-myc (1:5000; Sigma, M4439), nyúl anti-HA (1:2000; Sigma, H6908), nyúl anti-p62 (1:5000), egér anti-Tubulin (1:1000; DSHB AA4.3), nyúl anti-Atg8a (1:5000) Leírt új ellenanyagok: patkány anti-FIP200 (1:5000), patkány anti-Atg1 (1:5000), patkány anti-Atg13 (1:5000), patkány anti-TOR (1:5000) Másodlagos ellenanyagok: mindegyik AP-konjugált, hígításuk 1:5000; kecske antiegér, anti-nyúl (Millipore/Biocenter, AP124A és AP132A), nyúl anti-patkány (Sigma, A6066)
Statisztika, kiértékelés A fénymikroszkópos képek esetében a különböző genotípusú állatokról készített felvételekből random választottunk. Ezután vagy 300 x 300 pixel méretű területeket hasonlítottunk össze, vagy pedig klonális analízis esetén egy GFP-pozitív (vagy negatív) 59
klónsejtet és a mellette levő kontroll sejtet analizáltuk. A képeket ImageJ (National Institutes of Health) program segítségével értékeltük. A megfelelő küszöbérték beállítása után megszámoltuk a területenkénti vagy sejtenkénti pöttyszámot, illetve pöttyméretet. Az adatokat PASW Statistics 18 (korábban SPSS Statistics) programmal dolgoztuk fel, mellyel az egyes minták esetében a normalitást és a szignifikancia p értékét számoltuk ki. Az egyes összehasonlításokban a normál eloszlású adatokhoz kétfarkú páros Student-féle t-tesztet használtuk, illetve, az olyan adatoknál, ahol egyik vagy mindkét mintasor nem-normál eloszlást
mutatott,
ott Mann-Whitney–féle
u-tesztet használtunk a kiértékeléshez.
Statisztikailag a p<0,05 értéket tekintettük szignifikánsnak. Az oszlopdiagrammokon az átlagot és a standard errort ábrázoltuk. A Függelékben megtalálhatóak az egyes ábrák genotípusai,
a
kontroll
sejtekre
vonatkoztatott
normalizált
értékek,
a
szórás,
a
szignifikanciaszint (p), a normalitás, az ezekből következően alkalmazott tesztek és a mintaszám. A táblázatban a nem szignifikáns értékek sötétszürkével, míg a 0,05>p>0,01 közé eső p-értékek világosszürke háttérrel vannak kiemelve. A Western-blottokat ImageJ program segítségével értékeltük ki. Az Atg13 A/M arányt (alacsony/magas mobilitású csíkok aránya) úgy számoltuk ki, hogy ez egyes mintákból a „Rectangular Selection Tool” eszközzel egyforma méretű, 5 pixel széles részeket jelöltünk ki, majd a program ezekből plotokat készített a „Plot Lanes” segítségével. A „Straight Line” eszközzel meghúztuk az egyes csúcsok alját, melyek a mintához tartoztak és mindig magasabban helyezkedtek el, mint a környező zajszint és a „Wand Tool” segítségével meghatároztuk az egyes csúcsok alatti terület. Ezután az alacsonyabb mobilitású csúcsok alatti területet viszonyítottuk a magasabbakéhoz.
60
Eredmények
A Drosophila Atg17/FIP200 A Drosophila CG1347 azonosítójú fehérjéje az emlős FIP200 ortológja: ha összehasonlítjuk a szekvenciájukat, szerkezetüket, a doménjeiket, akkor nagyfokú egyezést kapunk (22. ábra). A működés szempontjából fontos C- és N-terminális domének több mint 48%-ban megegyeznek (Kim, Park és mtsai 2013). Mindkét fehérje tartalmaz egy középső, hosszú coiled-coil régiót is. A FlyBase adatbázisban a CG1347 azonosító mellett szerepelnek az Atg17 és a FIP200 elnevezések is. Hivatalos, tehát első helyen álló elnevezése a génnek az Atg17, mely Bánréti és munkatársai cikkéből származik, habár a cikkben maguk a szerzők is leírják, hogy a Drosophila CG1347 az emlős RB1CC1/FIP200-zal ortológiát mutat, míg az élesztő Atg17-tel csak funkciójában egyezik meg, tehát csak analógja (Banreti, Lukacsovich és mtsai 2012). A dolgozat további részében emiatt a Drosophila CG1347 fehérjére nem az első, hivatalos elnevezést, hanem inkább a logikusabb FIP200 nevet használom.
22. ábra: A Drosophila és a humán FIP200 fehérjék doménjeinek összehasonlítása NTD: N-terminális domén; CTD: C-terminális domén; CC: coiled-coil domén (Kim (Kim, Park és mtsai 2013) ábrája)
61
A FIP200 nullmutáns és a FIP200 fehérjét túltermelő állatok, valamint az antiFIP200 ellenanyag tesztelése Kísérleteink első lépéseként elkészítettük az Anyagok és módszerek fejezetben leírtak szerint a szükséges törzseket és ellenanyagokat (23. ábra). A nullmutáns állatokat az EY03045 jelű P-elem eltávolítása során hoztuk létre (23/A ábra). Az egyik muslica vonalban random módon történt imprecíz kivágódás eredményezte a d130 jelű deléciót hordozó törzset. A PCR alapján látszik, hogy a d130 jelű deléció több mint 8000 bp hosszú régiót ölel fel (23/B ábra). A deléciós allél szekvenálása után kiderült, hogy ez a deléció gyakorlatilag a FIP200 egész kódoló részét törli, míg a környező gének (Xe7, Rab23) teljes egészében, épségben megmaradtak. A homozigóta mutánsok életképességét megvizsgálva úgynevezett farát adult letalitást tapasztaltunk, tehát az állatok bebábozódnak, eljutnak az átalakulás egészen késői szakaszáig, de a bábból kikelni már nem képesek (23/C ábra) – hasonlóan a már korábban leírt Atg1 és Atg13 nullmutáns fenotípushoz (Scott, Juhasz és mtsai 2007, Chang és Neufeld 2009). Hemizigóta állatokat is létrehoztunk úgy, hogy a d130 deléciót tartalmazó mutánsokat egy nagyobb genomi régiót lefedő (Df(3R)BSC464 jelű) deléciót tartalmazó állatokkal kereszteztük. Az eredmény itt is hasonló volt, tehát a létrehozott mutánsok fenotípusa valóban a FIP200 deléciója miatt alakult ki. Ezért a d130 deléciót homozigóta formában hordozó állatok jelölése az egyszerűség kedvéért a továbbiakban FIP200-/-. Létrehoztunk egy UAS-FIP200-GFP fúziós transzgént hordozó törzset is. A törzs tagjaiban az UAS-Gal4 rendszernek köszönhetően a FIP200-GFP rekombináns fehérje az általunk választott promóterek irányításával fejeztethető ki. Ha FIP200-/- állatokban (alacsony szinten, a hs promóter irányítása alatt) termeltetjük ezt a fehérjét, akkor az állatok fele képes kikelni a bábjából, tehát részlegesen menekíthető vele a mutáns fenotípus. Ezzel bizonyítottuk, hogy a farát adult letalitás valóban a FIP200 fehérje elvesztésének köszönhető, és egyúttal azt is, hogy a FIP200-GFP fúziós fehérjénk működőképes, funkciója képes helyettesíteni a vadtípusú fehérjét. Az általunk létrehozott poliklonális anti-FIP200 ellenanyaggal (lásd Anyagok és módszerek) kimutattuk, hogy a FIP200-/- mutáns állatokban nincs jelen a FIP200 fehérje (23/D ábra). Ezzel szemben a FIP200-GFP-t kifejező transzgénikus állatokban az endogén vadtípusú, körülbelül 170 kDa molekulatömegű fehérje mellett a transzgén által kódolt nagyobb, GFP-fúziós változat is látható.
62
23. ábra: FIP200 nullmutáns és FIP200-at túltermelő vonalak, valamint az anti-FIP200 ellenanyag létrehozása A: A FIP200-t kódoló gén első intronjában található EY03045 jelű P-elemet felhasználva egy deléciós mutáns állatot hoztunk létre. A d130jelű deléció csaknem a gén teljes kódoló részét eltávolította. (A képen az ORF-ek fekete sávval, az UTR régiók fehérrel, az intronok pedig egyenes vonallal jelölve.) B: A PCR reakció primereit úgy terveztük, hogy a FIP200 lókuszt határolják. A FIP200-/- mutánsokban egy 8196 bázispárral kisebb fragment keletkezett, mint a vadtípusú kontroll állatokban (a pontos méretet szekvenálás segítségével tudtuk meg). C: A homozigóta FIP200-/- állatok farát adult letálisak, azaz az állatok teljesen kialakulnak, de nem képesek kibújni a bábból. A FIP200-/- mutánsokat egy nagyobb, a FIP200 lókuszt lefedő deléciót tartalmazó partnerrel keresztezve, a hemizigóta utódokban (FIP200-/Df) a vizsgált 292 állatból háromnak sikerült kikelnie, ami nem szignifikáns (ns) különbség a nullmutáns fenotípussal összevetve. Ezzel szemben az UAS-FIP200-GFP-t nullmutáns háttéren alacsony szinten expresszáló állatok több mint fele kikelt, azaz a transzgén menekítette a mutáns fenotípust. D: Az anti-FIP200 ellenanyag tesztelése: a mutáns állatokban nem mutatható ki FIP200 fehérje, a GFP fúziós FIP200-t is expresszáló törzsben viszont mind a fúziós, mind a vadtípusú fehérje megtalálható. A FIP200-/- állatokban – más Atg fehérjék hiányának hatásához hasonlóan – felhalmozódik a speciális autofág szubsztrát p62 fehérje. A tubulin a western blottok mennyiségi kontrolljaként szerepel az ábrán. A grafikonon a szórás van feltüntetve. **: p<0,01, ns: nem szignifikáns 63
A FIP200 szükséges az indukált és a bazális autofágiához, és hierarchiában az Atg1 felett (upstream) hat A LysoTracker Red (LTR) általánosan használt fluoreszcens festék, mely a zsírtestben a savas, tehát a működő autolizoszómákat jelöli. A 24/A ábrán egy kontroll lárvából készült felvétel látható. Éheztetés hatására számos LTR-pozitív struktúra jelent meg a sejtekben (24/A, C ábra). Ezzel szemben a FIP200 nullmutáns állat zsírtestéről készült felvételen nem látható egyetlen piros granulum sem (24/B, C ábra). Tehát ezen eredmény alapján a FIP200 hiánya megakadályozta az éheztetés hatására bekövetkező autofágia indukcióját. A következő vizsgálatokhoz klonális FIP200 RNS interferenciát indukáltunk, valamint mutáns sejtklónokat hoztunk létre az FLP/FRT genetikai rendszer segítségével (24/D, F ábra) (Takats, Pircs és mtsai 2014). Sem a GFP-pozitív RNS-i csendesített, sem a GFP-negatív nullmutáns sejtekben nem látható LTR-jelölés, tehát nincsenek működő autolizoszómák (24/D-G ábra). A klónokat körbevevő kontroll szövetben ugyanakkor megfigyelhetjük az éheztetés hatására kialakult nagymértékű autofág választ. Az éheztetés hatására indukálódott autofágia során az autolizoszómák mellett megjelenő autofagoszómák jelölésére is alkalmas riporter az mCherry-Atg8a fúziós fehérje, mely mindkét struktúrát jelöli. Az Atg8a specifikusan köt az autofagoszómákhoz, az mCherry fluoreszcenciája pedig az autolizoszómákban is megmarad (25. ábra) (Chang és Neufeld 2009, Takats, Nagy és mtsai 2013). A kontroll állatokban tápanyaghiány esetén felszaporodnak a pirossal jelölődő Atg8a-pozitív struktúrák, míg a FIP200 nullmutáns állatokból ezek hiányoznak (25/A-C ábra). Az autofagoszómák és az autolizoszómák megkülönböztetésére alkalmas az mCherry-GFP-Atg8a fúziós fehérje, mely az autofág flux vizsgálatára használható. A FIP200-/- mutáns állatokban azonban semmilyen autofág struktúra nem figyelhető meg (25/D-F ábra). Ezzel szemben, ha Syx17 vagy a HOPS komplex tagjainak (car, dor, Vps16a) mutációját, géncsendesítését vizsgáljuk, akkor számos sárga, tehát mCherry és GFP-pozitív struktúrát találunk a sejtekben. A kettős jelölés azt jelenti, hogy lebontás nincs a sejtekben, az autofagoszómák szaporodtak fel. Ezeknek a vizsgálatoknak a kivitelezésében én is részt vettem, de a Syx17, HOPS komplex és az autofagoszómalizoszóma fúzió kapcsolatáról részletesen Takáts Szabolcs kollégám ír a doktori disszertációjában. Megfigyeléseink alátámasztása érdekében poliklonális Atg8a ellenanyagot is készítettünk. Az ellenanyaggal immunfestéseket végeztünk különböző RNS interferenciás konstrukciókat klonálisan kifejező állatok zsírtestén vizsgáltuk (az adott gén csendesítése a GFP-t kifejező 64
24. ábra: A FIP200 mutáció hatása a működő autolizoszómák megjelenésére A, B: Kontroll állatokban éheztetéssel indukáltunk autofágiát, a sejtekben LTR-pozitív granulumok jelentek meg. Ugyanakkor FIP200-/- állatokban nincsen LTR festődés. C: Statisztikai adatok az A és B panelhez, a kontroll és mutáns állatokban megfigyelhető LTRpozitív granulumok számának összehasonlítása egy egységnyi területre vonatkoztatva. D: Klonális expresszió esetében vadtípusú kontroll sejtekben erőteljes LTR jelölődést látunk, míg a GFP-pozitív FIP200 nullmutáns sejtekben nincsen autofágia. F: Indukált mitotikus rekombináció hatására nullmutáns klónsejtek (sötét) keletkeztek. Ez esetben a GFP-pozitív kontroll sejtekben a LTR jelölődés alapján aktiválódott az autofágia. A GFP-t nem expresszáló nullmutáns sejtekben azonban semmilyen LTR jelet nem tapasztaltunk. E, G: Statisztika a D és F panelekhez. A LTR-pozitív struktúrák számát itt egy-egy sejtre átlágolva adtuk meg. A skála az A panelen 20 µm, mely az ábra összes mikroszkópos képére vonatkozik. A fehér négyzettel jelölt képeken jobb oldalt a négyzet területe látható kinagyítva. A grafikonokon a szórás van feltüntetve. **: p<0,01
65
25. ábra: A FIP200 fehérje hiányának hatása az autofágiára A, B: Az Atg8a (Drosophila Atg8) a leggyakoribb autofág marker, mCherry-Atg8a fúziós változata mind az autofagoszómákat, mind az autolizoszómákat jelöli. A kontroll lárvákban éheztetéses indukció hatására megjelentek a pirossal jelölt autofág struktúrák (A), míg a FIP200-/- állatokból ezek teljes mértékben hiányoznak. C: Statisztikai adatok az A, B panelekhez. D: Statisztika az E-F felvételekhez. E, F: Az mCherry-GFP-Atg8a riporter az autofág flux vizsgálatára is alkalmas. FIP200 mutáns állatokban azonban mind a kontroll mintákban pirosan jelölődő autolizoszómák, mind pedig a piros-zöld kettős jelölődést mutató (sárga) autofagoszómák hiányoznak. A skála az A panelen 20 µm, mely az ábra összes mikroszkópos képére vonatkozik. A fehér négyzettel jelölt képeken jobb oldalt a négyzet területe látható kinagyítva. A grafikonokon a szórás van feltüntetve. **: p<0,01
66
klónsejtekben következett be) (26. ábra). Az ellenanyag hatékonyságát bizonyítja, hogy a klonálisan Atg8a-csendesített állatokban a klónsejtek nem mutattak jelölődést, a környező kontroll szövetben viszont felszaporodtak az indukció hatására az autofagoszómák (26/A, D ábra). Atg8a-pozitív jelölődés akkor sem detektálható, ha a folyamatot egy másik, a hierarchiában az Atg8a felett lévő (upstream) autofágia-gén hiányával, például Atg12 RNS interferencia segítségével blokkoljuk (26/B, D ábra). Ugyanez következett be a FIP200 gén csendesítésének hatására: a zöld klónsejtekben nem alakulnak ki autofág struktúrák (26/C, D ábra).
26. ábra: Immunfestés anti-Atg8a ellenanyaggal A: Az általunk készített poliklonális Atg8a ellenanyag nem köt semmilyen struktúrához az Atg8a RNS interferenciás sejtekben, a környező kontroll sejtekben azonban számos apró autofagoszómát jelöl. B: Akkor sem mutatható ki Atg8a-pozitív struktúra a zölddel jelölődő klónsejtekben, ha az autofágiát klonálisan Atg12 RNS interferencia kiváltásával blokkoljuk. C: A fentiekkel megegyező fenotípust mutat a FIP200 csendesítése is. D: A panelen az A-C felvételek statisztikai adati láthatóak. A skála az A panelen 20 µm, mely az ábra összes mikroszkópos képére vonatkozik. A fehér négyzettel jelölt képeken jobb oldalt a négyzet területe látható kinagyítva. A grafikonokon a szórás van feltüntetve. **: p<0,01
67
Elektronmikroszkópos felvételeinket megvizsgálva azt tapasztaltuk, hogy az éheztetett FIP200-/- mutáns állatokban semmilyen autofág struktúra nem jelent meg (27/B, C ábra). Ezzel szemben a kontroll állatokban számos autofago- és autolizoszómát láthatunk (27/A, C ábra), ezek a felvételek tehát alátámasztják a fluoreszcens mikroszkópiával kapott eredményeinket.
27. ábra: A FIP200 mutáció hatását bemutató elektronmikroszkópos felvételek A, B: Éheztetés hatására a kontroll sejtekben számos autofagoszóma (1-4) és autolizoszóma (AL) jelenik meg. Ezzel szemben a FIP200 nullmutáns lárvák zsírtestjében ultrastrukturálisan sem figyelhetünk meg semmilyen autofág struktúrát. C: A panelen a kontroll (A) és nullmutáns (B) képek autofagoszómáinak (AF) és autolizoszómáinak (AL) teljes citoplazmára vonatkoztatott területének százaléka látható. A skála az A panelen 1 µm, ez az ábra összes mikroszkópos képére vonatkozik. A grafikonokon a szórás van feltüntetve. **: p<0,01
A bazális autofágia alacsony szinten minden sejtben működik, hiányában pedig felszaporodik a lebontandó citoplazma-tartalom. Ennek vizsgálatára használható az egyik specifikus autofág szubsztrát fehérje a p62 (28. ábra) (Itakura és Mizushima 2011, Pircs, Nagy és mtsai 2012, Takats, Nagy és mtsai 2013). A p62 szintje megnő a FIP200 RNS interferenciával csendesített és a FIP200-/- mutáns klónsejtekben (28/A, B, D, E ábra) és a p62 felhalmozódását western blotton is igazoltuk (23/D ábra). Élesztőben és emlősökben elvégzett kísérletek arra utalnak, hogy az indukciós komplexen belül nem a névadó Atg1/ULK1 kináz a genetikai hierarchia legfelső tagja, hanem az Atg17,
68
illetve a vele analóg működésű FIP200/RB1CC1 (Suzuki, Kubota és mtsai 2007, Itakura és Mizushima 2010). Drosophilában is meg akartuk vizsgálni a FIP200 pozícióját a komplex működésében, ezért mCherry-Atg1 fúziós fehérjét készítettünk. Az mCherry-Atg1-pozitív apró struktúrák indukció hatására felszaporodtak a kontroll szövetben, ezzel szemben a FIP200-csendesített zöld klónsejtekben nem találunk ilyen jelölődést (28/C, F ábra). Tehát a FIP200 jelenléte Drosophilában is szükséges az éheztetés-indukálta Atg1-pozitív struktúrák kialakításához.
28. ábra: Az autofág szubsztrát p62 mennyisége megnő FIP200 hiányában A, B: A specifikus autofág szubsztrát p62 fehérje FIP200 hiányában felszaporodik a sejtekben. A p62- és az Atg8a-pozitív struktúrák jelenléte fordított arányban áll egymással: ha működik a lebontás, akkor kevés p62 halmozódik fel és sok Atg8a-pozitív autofág struktúra van (lásd a statisztikai adatokat bemutató D és E ábrát). C: FIP200 hiányában nem alakulnak ki az apró, mCherry-Atg1-pozitív pöttyök, melyek a legkorábbi autofág struktúrákat jelölik (statisztika: F). A skála az A panelen 20 µm, mely az ábra összes mikroszkópos képére vonatkozik. A fehér négyzettel jelölt képeken jobb oldalt a négyzet területe látható kinagyítva. A grafikonokon a szórás van feltüntetve. **: p<0,01, *: p<0,05
69
Laborunk és más kutatócsoportok is kimutatták, hogy az Atg1 túltermelésének hatására nemcsak erősen indukálódik az autofágia, hanem a sejtek – a TOR fehérjére kifejtett gátló hatás miatt – kis méretűek is lesznek (Lee, Kim és mtsai 2007, Scott, Juhasz és mtsai 2007, Itakura és Mizushima 2010). Ezért episztázis analízist végeztünk: megvizsgáltuk, hogy a FIP200-/- sejtekre milyen hatással van az Atg1 túltermelése (29. ábra). Azt találtuk, hogy az Atg1 fehérje túltermelése képes volt a FIP200 hiányából adódó autofágia-gátló hatást felülírni, Atg8a- és LTR-pozitív autofág struktúrák jelentek meg a zöld klónsejtekben, sőt, ezek a sejtek igen kisméretűek voltak (29/A-C ábra). Az eredményből azt a következtetést vontuk le, hogy az Atg1 a hierarchiában a FIP200 alatt ható (downstream) géntermék.
29. ábra: Episztázis-analízis az Atg1- és a FIP200 fehérjék viszonyának felderítésére A: Atg1 túltermeltetés hatására FIP200-/- állatokban is beindul az autofágia, számos Atg8apozitív struktúra látható a zölddel jelölt, a kontrolloknál sokkal kisebb méretű klónsejtben. (A panel első részén lévő skála 20 µm, a következő képen a sejtmagokat láthatóvá tévő csatornája látható ugyanekkora méretben. Az utolsó képen a fehér keretben látható rész van kinagyítva, csak az anti-Atg8a jelöléssel, a skála szintén 20 µm-nek felel meg.) B: LTR festéssel hasonló látható, a zöld túltermelő sejtekben megindult az autofágia. Az apró klónsejteken az is megfigyelhető, hogy a túlzott Atg1 expresszió a blebek létrejöttét is kiváltotta. C: Statisztikai értékek az A panelen látható felvételekhez, melyeken az Atg8a struktúrák sejtterületre vonatkoztatott (normalizált) száma, illetve a kontroll és klónsejtek mérete van feltüntetve. A skála az A panelen 20 µm, mely az ábra A, B mikroszkópos képére vonatkozik. A fehér négyzettel jelölt képen jobb oldalt a négyzet területe látható kinagyítva. A grafikonokon a szórás van feltüntetve. **: p<0,01
70
A FIP200 szükséges a fejlődési autofágiához A teljes átalakulással fejlődő rovarokban, köztük az ecetmuslicában is fejlődési autofágia figyelhető meg a harmadik lárvastádium végén. A vadtípusú állatokban ilyenkor nagyobb méretű autofág struktúrák keletkeznek nagy számban (30/A, C ábra). Ezzel szemben a FIP200 fehérje hiányában nem láthatunk LTR-festődést az állatok zsírtestjeiben (30/B, C ábra). Ugyanez a jelenség tapasztalható, ha klonálisan expresszáltatjuk az mCherry-Atg8a riportert: a kontroll sejtekben látunk autofágiára utaló jelet, míg a zölddel jelölődő, FIP200-csendesített sejtekből ez teljes mértékben hiányzik (30/D, E ábra).
30. ábra: Fejlődési autofágia L3 stádiumú vándorló Drosophila lárvák zsírtestjében Vándorló állatokban a klasszikus autofágia kimutatási módszerekkel – LTR festés (A,B), illetve mCherry-Atg8a jelölés (D) – nem láthatunk autofág struktúrákat sem a FIP200 nullmutáns sejtekben (A, B), sem pedig a FIP200-géncsendesített klónokban (D). A C, E paneleken az A-B, valamint a D panelek grafikonjai láthatóak. A skála az A panelen 20 µm, mely az ábra összes mikroszkópos képére vonatkozik. A grafikonokon a szórás van feltüntetve. **: p<0,01
71
A metamorfózis során az autofágiára a nagymértékű szövetlebontás miatt lehet szükség. Az autofágia hozzájárul Drosophilában a nyálmirigy és a középbél regressziójához is (31. ábra) (Baehrecke 2003, Rusten, Lindmo és mtsai 2004, Denton, Shravage és mtsai 2009). A bebábozódás kezdetekor (jelölése 0 h rpf, azaz ez a nulla órás időpont; rpf: relative to puparation formation) a vadtípusú és a FIP200-/- mutáns állatokból készült paraffinos metszeteken is megfigyelhetőek a hematoxilin-eozinnal lilára festődő páros nyálmirigyek (31/A, B ábra). Egy nappal később (24 h rpf) a vadtípusú állatokban ez a szövet már teljesen lebomlott (31/C ábra). Ezzel szemben az ilyen korú mutáns állatokban számos erősen színeződő struktúra figyelhető meg, melyek a nyálmirigyek maradékai (31/D ábra). Hasonló a helyzet a középbél lebomlása esetében is (31/E-H ábra). A 0 h rpf-s állatokban – mind a mutánsokban, mind a vadtípusban – jól megfigyelhető a hosszú középbéli szakasz a gyomor (proventriculus) és a Malpighi-edények kilépési helye között (31/E, F ábra). Huszonnégy órával később vadtípusú állatokban a vakbélágak, a gastric caeca visszatűrődik, maga a középbél pedig összezsugorodik (31/G ábra). A FIP200 nullmutáns állatokban is történik méretcsökkenés, de a visszafejlődés jóval kisebb mértékű, a középbél is nagyobb, valamint megmaradó vakbél is látható a felvételeken (31/H ábra).
72
31. ábra: A metamorfózis során autofágiával lebomló szövetek fennmaradnak a FIP200-/- állatokban Az átalakulás során 24 óra elteltével mind a nyálmirigyek (A-D), mind pedig a középbél (FH) lebomlik a vadtípusú állatokban. Ezzel szemben a FIP200-/- bábokban ez a lebontás csökkent mértékű, a kontrollal egyidős állatokban megfigyelhetőek a különböző szervek maradványai. (rpf=relativ to puparation formation; NyM= nyálmirigy,sárga nyílhegy: szétesett, de felismerhető nyálmirigy-darabok a mutáns állatokban, P=proventriculus (gyomor), GC= gastric caeca (vakbél), KB=középbél, *= a Malpighi-edények kilépési helye) A skála az A panelen 60 µm, mely az ábra A-D mikroszkópos képeire, az E panel skálája 160 µm, mely az E-H felvételekre vonatkozik. 73
FIP200 nullmutáns állatok idegsejtjeiben aggregátumok jelennek meg Az eddig leírt Atg mutánsok idegszövetében mind emlősökben, mind ecetmuslicában neurodegenerációra utaló jeleket és fehérjeaggregátumokat fedeztek fel (Juhasz, Erdi és mtsai 2007). Ezen kutatások alapján megvizsgáltuk a FIP200 nullmutáns állatok idegsejtjeit is. Mivel a mutánsok nem érik el a felnőttkort, így a farát adult állatokat kiszedtük a bábból és belőlük készítettünk elektronmikroszkópos metszeteket. Az ultrastrukturális felvételeken az látszik, hogy az idegsejtekben membránnal nem határolt aggregátumok, úgynevezett inclusion body-k jelentek meg (32. ábra).
32. ábra: FIP200 mutáns állatok idegsejtjeiben aggregátumok halmozódnak fel FIP200 hiányában az állatok idegsejtjeiben számos, membránnal nem határolt aggregátum található. Kontroll állatokban nem láthatunk ilyet. A skála a panelen 1 µm. A=axon, N=sejtmag, *=aggregátum
74
A FIP200 fehérje kolokalizál egyes Atg fehérjékkel, a p62-vel és a lizoszómák mellett helyezkedik el A következőkben megvizsgáltuk, hogy a FIP200 fehérje lokalizációját. Az alkalmazott riporterek autofág struktúrákhoz viszonyított előfordulási helyét a 34/K ábra táblázata, a kolokalizációk részletes elemzését a 34/A-J ábra tartalmazza. Első lépésként az Atg8a fehérjét vizsgáltuk meg. Az endogén Atg8a fehérje a PAS-tól egészen
az
autofagoszómáig
megtalálható
(34/K
ábra).
FIP200
fehérjével
való
kolokalizációját vizsgálva azt tapasztaltuk, hogy elhelyezkedésük 52%-ban megegyezett, tehát a két fehérje nagy mértékben kolokalizál egymással éheztetéssel indukált autofágia során (33/A, 34/A ábra). A következő lépésben az Atg5 fehérjét vizsgáltuk (33/B, C ábra). Ez a fehérje ismert PASmarker (34/K ábra) (Juhasz, Hill és mtsai 2008, Chen és Klionsky 2011). Miután ez egy átmeneti struktúra, kimutatásukhoz egy „trükköt” kellett alkalmaznunk: megállítottuk az autofágia folyamatát egy közbülső lépésnél, így a korai autofág struktúrák felhalmozódtak (Suzuki, Kubota és mtsai 2007, Itakura és Mizushima 2010). Ez a blokk legkönnyebben Atg7-/- vagy Atg8a-/- mutáns állatokban érhető el, hiszen Atg7 vagy Atg8a hiányában nem tudnak kialakulni már az autofagoszómák sem. Az Atg5 és FIP200 fehérje egymáshoz viszonyított helyzetét ezért Atg8a-/- mutáns állatokban vizsgáltuk (33/B, C ábra). Jól táplált állatokban semmilyen detektálható lokalizációt nem tapasztaltunk egyik fehérjénél sem (33/B ábra). Éheztetéses autofág indukció után azonban pöttyszerű mintázatot mutatott mindkét endogén fehérje és ezen jelölődött struktúrák 81%-ban átfedtek egymással (33/B, 34/B ábra). FIP200-GFP fúziós fehérjét expresszálva a GFP-pozitív zöld struktúrák 89%-ban megegyeztek a piros jelöléssel detektálható endogén p62 fehérje helyével (33/D, 34/C ábra). Az endogén FIP200 fehérje p62-höz viszonyított lokalizációjának megállapításához háttérként ismét blokkolt autofágiára volt szükség, mert vadtípusú állatokban nem kaptunk pöttyszerű mintázatot. Az endogén FIP200 és p62 fehérje kolokalizációja az Atg7-/- háttéren igen magas, 93%-os volt, pozíciójuk tehát nagyrészt egybeesett (33/E, 34/D ábra). A kontroll kísérletben FIP200-/- mutáns állataink zsírtestjét festettük meg FIP200 ellenanyaggal (33/F ábra). Ebben az esetben nem tapasztaltunk citoplazmatikus FIP200 jelölődést. Ugyanakkor a sejtmagban az előző kísérletekhez hasonlóan (33/B ábra) ekkor is festődést figyeltünk meg, tehát ez egy aspecifikus festődés jelnek számít. Az eddigi kísérleteinkhez hasonlóan pedig a FIP200-/állatokban felhalmozódik az endogén p62 szintje, ami ezeken a felvételeken is jól megfigyelhető (33/F ábra). FIP200-/- mutáns állatokban is expresszáltattuk a FIP200-GFP fúziós fehérjét (33/G ábra). 75
33. ábra:A FIP200 fehérje kolokalizál az Atg8a, Atg5, p62 fehérjékkel és a lizoszómák közelében helyezkedik el A: FIP200-GFP fúziós fehérje kolokalizál az Atg8a-val zsírtestsejtekben. B, C: Blokkolt autofágia esetében az Atg5 és a FIP200 fehérjék kolokalizálnak éheztetett állatokban, míg jól tápláltakban egyikük sem ad detektálható citoplazmás jelölődést. D: A FIP200 p62-pozitív aggregátumokhoz lokalizál zsírtestben. E: Az endogén FIP200 kolokalizál az endogén p62 fehérjével Atg7-/- mutáns sejtekben. F: FIP200 mutáns sejtekben nincsen FIP200 ellenanyaggal jelölhető citoplazmás struktúra, ellenben a máshol is (B panel) tapasztalt aspecifikus - magi jelölődés itt is látható. G: FIP200 mutáns sejtek fenotípusát menekíti a FIP200-GFP fehérje expressziója. A FIP200-pozitív granulumok a LTR által jelölt lizoszómák köré csoportosulnak. H: mCherry-Atg8a riporter alkalmazásával is azt tapasztaltuk, hogy a FIP200 által jelölt struktúrák a nagyobb autolizoszómák körül helyezkednek el. I: Az indukciós komplex másik tagja, az Atg1 fehérje is a lizoszómák köré csoportosul. (folytatás a következő oldalon) 76
(33. ábra képalaírásának folytatása) J, K: A FIP200 fehérje a lizoszomális cathepsin-L fehérje által jelölt lizoszómák mellett helyezkedik el mind a zsírtestben, mind a vakbélben. L: A p62, mint specifikus autofág szubsztrát is a lizoszómák körül lokalizálódik. ZsT: zsírtest, GC: gastric ceaca (vakbél) A skála az A panelen 20 µm, mely az ábra A, B, E, F, H-L mikroszkópos képeire, a C panel skálája a C,D,G felvételekre vonatkozik. A képek jobb oldalán a fehér négyzettel körbekerített területek láthatóak kinagyítva, a színes képen a piros és zöld csatorna egyszerre, míg alatta a piros, majd a zöld csatorna fekete-fehér képe látható. LTR festékkel festve az éheztetett állatok zsírtestjét, azt tapasztaltuk, hogy a fúziós fehérje visszaállította a normális vad fenotípust ezekben a sejtekben: éhezés hatására nagyméretű, piros granulumok jelentek meg, melyek működő autolizoszómáknak felelnek meg. Tehát a FIP200-GFP fúziós fehérje nemcsak a mutáns állatok letalitását menekíti (lásd 23/C ábra), hanem a normális autofág választ is helyreállítja a sejtekben, tehát valóban egy jól működő menekítő konstrukcióról van szó. A mikroszkópos felvételek elkészítésekor azonban érdekes jelenségre lettünk figyelmesek: a FIP200-GFP zöld pöttyök mindig a nagyobb, piros, LTR-pozitív struktúrák körül helyezkedtek el. Az ábrákon jól látható, hogy a zöld granulumok körbeveszik a nagyobb, LTR-jelölt lizoszómát (33/G, 34/E ábra). A pontok intenzitásának csúcsa sosem esik egybe, tehát nem kolokalizálnak (34/E ábra). Megvizsgáltuk a jelenséget mCherry-Atg8a riporterrel is, hiszen az endogén Atg8a fehérjével ellentétben az mCherry-Atg8a riporter az autolizoszómákat is jelöli, mivel az mCherry azután is fluoreszcens marad, hogy az Atg8a fehérjék lebomlottak az autolizoszóma belsejében (33/H ábra). Itt is hasonló eredményre jutottunk, a nagyobb méretű autolizoszómák köré csoportosultak a FIP200-GFP-pozitív pöttyszerű struktúrák (33/H, 34/F ábra). Az indukciós komplex másik tagját, az Atg1 fehérjét is megvizsgáltuk ebből a szempontból. A Venus riporterrel jelölt, ezért zöld színű Atg1-pozitív struktúrák szintén a nagyméretű autolizoszómák körül helyezkedtek el (33/I, 34/G ábra). A cathepsin-L (ecetmuslicában cisztein-proteináz 1 néven is ismert) a lizoszómák belsejében található, hidroláz funkciót ellátó lizoszomális fehérje (34/K ábra). Az endogén FIP200 és cathepsin-L fehérjéket egyszerre jelölve az előzőekhez hasonlóan azt láttuk, hogy a FIP200 a lizoszómákhoz igen közel helyezkedik el, ám tényleges egybeesést, kolokalizációt sem a zsírtestsejtekben, sem pedig a vakbél sejtjeiben sem találtunk (33/J, K, 34/H, I ábra). A p62, mint specifikus autofág szubsztrát is szintén nagy gyakorisággal a LTR-pozitív auto lizoszómák mellett mutatható ki (33/L, 34/J ábra). 77
34. ábra: A kolokalizációk részletes vizsgálata, a 33. ábra képeinek elemzése A-J: Az előző ábra riportereinek részletesebb vizsgálatakor megmértük a riporterek által kibocsátott intenzitását és a legfényesebb pontok közötti távolságokat átlagoltuk. Az ábrán egy-egy reprezentatív struktúrát kinagyítottunk és az azon levő granulumok intenzitását grafikonon mutatjuk be. Látható, hogy a kolokalizáló fehérjék távolsága 0,1 µm alatt van. A csak egymás közelében levő jelek távolsága viszont ennél jóval nagyobb. K: Az alkalmazott riporterek és endogén fehérjék előfordulása a különböző autofág struktúrákban (PASpreautofagoszomális struktúra, AF-autofagoszóma, LIZ-lizoszóma) (A kolokalizációs mérések és a grafikonok Nagy Péter munkái) A skálák az egyes paneleken 1 µm hosszúak. A fehér nyilak az intenzitásmérés vonalát mutatják.
78
A TOR fehérjéről is leírták már emlősökben, hogy a lizoszóma membránja mellett helyezkedik el, éheztetés hatására pedig eltávolodik onnan. A p62 és a TORC1 kapcsolata is ismert (Moscat és Diaz-Meco 2012), ezért ezen fehérjék kolokalizációját is megvizsgáltuk (35/A, B ábra). A lizoszómákat ezekben a kísérletekben a lizoszomális Lamp1 fehérje jelölte. Jól táplált állatokban gyakran mindhárom fehérje kolokalizál, tehát a TOR fehérje valóban a lizoszómákhoz kötötten helyezkedik el és kapcsolatban van a p62-vel is (35/A ábra). Éheztetés hatására azonban a TOR-nak megfelelő jel diszpergálódik, eltűnik a lizoszómák mellől, a p62 viszont ottmarad, és továbbra is a Lamp1 közelében lokalizálódik (35/B ábra).
35. ábra: A preautofagoszomális struktúrák a lizoszómák mellett helyezkedhetnek el A, B: A TORC1 komplex a lizoszóma-marker Lamp1 fehérjével és a p62-vel kolokalizál táplálkozó állatok zsírtestjeiben. Ezzel szemben éheztetés hatására a TOR eltűnik, csak a p62 marad a lizoszómák mellett. C, D: Vadtípusú állatokban éheztetés hatására számos autofagoszóma (1-10) és autolizoszóma (AL) alakul ki. Az autolizoszómák mellett felfedezhetőek riboszómákat nem tartalmazó, nyíllal jelölt citoplazmarészletek. Ezek mellett a kinagyított képen a jobb felső sarokban apró vezikulákat láthatunk. A skála az A panelen 60 µm, mely az ábra A-B mikroszkópos képeire vonatkozik, a C és D panelek skálái 300 nm hosszúak, az D panel kinagyított részében található pedig 100 nm. Az A és B képek jobb oldalán a fehér négyzettel határolt terület kinagyított képei láthatóak.
79
Ultrastrukturálisan is megvizsgáltuk az autolizoszómák környékét Drosophilában (35/C, D ábra). Az autolizoszómáktól nem messze riboszóma-mentes területeket láttunk, hasonlóan az élesztőben leírtakhoz (Kirisako, Baba és mtsai 1999). Ezek mellett pedig igen apró, 40-60 nm nagyságú vezikulákat figyelhetünk meg. Ezek az adatok egybevágnak azzal az élesztőben tapasztalt jelenséggel, hogy az izoláló membrán a citoplazmában egy organellumoktól és riboszómáktól mentes területen alakul ki. Az apró vezikulák mérete pedig megfelel azoknak az elképzeléseknek, amelyek az izoláló membrán növekedéséhez szükséges membránt szállító vagy éppen reciklizáló Atg9-tartalmú vezikulákkal kapcsolatban alakultak ki (Yamamoto, Kakuta és mtsai 2012, Stanley, Ragusa és mtsai 2014). Ezek az eredmények felvetik annak lehetőségét, hogy az elektronmikroszkópos képeinken a PAS-t látjuk.
A FIP200 túltermeltetése Atg1-függő módon indukál autofágiát Az eddigiekben bemutattam, hogy a FIP200-GFP fehérje alacsony mértékű expressziója menekítette a FIP200-/- állatokat (23/C, 33/G ábra): nemcsak a farát adult letalitást állította helyre, hanem az autofágia megfelelő működését is. A mutáns állatokban felhalmozódott p62 mennyisége is csökkent a menekítés hatására, sőt ha erősebb, konstitutív promótert alkalmazásával a FIP200-at jelentősen túltermeltetjük, a p62 mennyisége szinte nullára csökkenthető (23/D ábra). Ez azt sugallja, hogy a FIP200 funkciója nemcsak szükséges az autofágiához, de túltermelése indukálni is képes azt. Megvizsgáltuk tehát a FIP200 fehérje túltermeltetésének hatását mozaikos állatokban (36/A, B, J, K ábra). Ennek hatására a jól táplált állatok zsírtestének FIP200-at túltermelő klónsejtjeiben megjelentek az autofágiát jelző, mCherry-Atg8a-pozitív pöttyök (36/A, J ábra). Az eredmény ugyanez lett, ha mCherry-Atg1 riportert használtunk, a FIP200 túltermelése tehát már a legkorábbi lépésektől kezdve beindította táplálkozó állatokban is az autofágiát (36/B, K ábra). Szerettük volna letesztelni az általunk készített FIP200-GFP fúziós fehérje hatását is (36/C-I, L, M ábra). Hősokk promóterrel kifejeztetve a konstrukciót az állatokban autofágia indukálódik, melyet jól mutat a LTR-festődés mintázata is (36/D, L ábra). Ez az indukció azonban megszűnik, ha Atg1[DN] mutánssal együtt expresszáltatjuk a FIP200 fehérjét (36/E, L ábra). Az Atg1[DN] az Atg1 gén olyan domináns negatív mutációja, amely által kódolt fehérje kináz funkcióját tekintve inaktív. Eredményünkből tehát az következik, hogy a FIP200 által indukált autofágiához szükséges a működő Atg1 is.
80
36. ábra: A FIP200 túltermeltetésének hatása az ecetmuslica zsírtestében A: A FIP200 klonális túltermelésekor a táplálkozó állatok zölden jelölődő klónsejtjeiben is megjelentek Atg8a-pozitív struktúrák. A környező kontroll sejtekben csak néhány, a bazális autofág aktivitásnak köszönhető granulumot láthatunk (statisztika: J). B: A mozaikos állatokban az mCherry-Atg1 riporter is felhalmozódik a FIP200-t túltermelő klónsejtekben (statisztika: K). C-E: FIP200-GFP túltermelő állatokban is megjelennek a LTR-pozitív granulomok (D). A csak GFP-t expresszáló állatokban nem látunk ilyen felhalmozódást (C). Ha a túltermeltetést működésképtelen Atg1[DN] jelenlétében végezzük, az autofágia nem aktiválódik (E) (C-E panelek statisztikája: L). F-I: Endogén Atg8a-festett, jól táplált kontroll állatokban csak bazális autofágiát látunk (F). FIP200 túltermeltetésekor az Atg8a-pozitív struktúrák, tehát az önemésztés szintje is nő (G, H). Az Atg1[DN] expressziója (I) - a GFP túltermeltetésével (H) szemben - ekkor is megakadályozza az Atg8-mintázat megjelenését, vagyis az önemésztés beindulását (F-I panelek statisztikája: M). A skála az A panelen 20 µm, mely az ábra összes mikroszkópos képére vonatkozik. Jobb oldalon fekete-fehérben a piros csatorna képe látható kiemelve a dupla képeken. Amelyeken fehér négyzet is szerepel, a négyzetben szereplő terület van kinagyítva. A grafikonokon a szórás van feltüntetve. **: p<0,01 81
Egy kontroll kísérletben megvizsgáltuk, hogy magának a GFP fehérjének van-e autofág indukciós hatása. Eredményeink alapján a GFP önmagában nem szól bele a sejt önemésztő folyamataiba, a kapott fenotípusok tehát valóban a FIP200-nak köszönhetőek (36/C, L ábra). A mozaikos kísérletek mellett teljes zsírtesten is végeztünk hasonló vizsgálatokat, ám itt az autofágia markere az ellenanyaggal kimutatott endogén Atg8a fehérje volt (36/F-I, M ábra). Táplálkozó állatok zsírtestében csak néhány Atg8a-pozitív granulumot látunk, mely a bazális autofágiának köszönhető (36/F, M ábra). A FIP200-GFP túltermeltetésének hatására ezek száma drasztikusan megnő (36/G, H, M ábra). Atg1[DN] háttéren az Atg8a jelölődés, tehát az autofágia szintje is lecsökken (36/I, M ábra).
A Drosophila FIP200 az Atg1-kináz komplex tagja Az
ecetmuslica
indukciós
komplexének
részletesebb
megismerése
érdekében
koimmunoprecipitációs kísérleteket végeztünk Drosophila sejttenyészeteken. Első lépésben immunogén címkével (taggel) ellátott Atg13 és Atg101 fehérjék, illetve a FIP200-GFP fúziós fehérje kötését vizsgáltuk meg (37/A ábra). Az immunprecipitáció eredményét bemutató Western blotton látható, hogy mind az Atg13, mind az Atg101 fehérje kötötte a FIP200-t. A kontrollként felvitt FLAG-GFP fehérje semmilyen kötődést nem mutatott. Az Atg1-FIP200 kölcsönhatás tanulmányozásához myc taggel ellátott vadtípusú, működő, valamint a már fentebb ismertetett Atg1[DN] mutáns fehérjét használtuk fel (37/B ábra). Mind az Atg1, mind pedig az Atg1[DN] fehérje kötötte a FIP200-t, bár az előbbi csak igen kis mértékben mutatható ki. Ennek oka az lehet, hogy a működő Atg1 fehérje túltermeltetése csökkenti a transzláció általános szintjét, köztük saját expresszióját is. Ez valószínűleg a TOR fehérjére gyakorolt a hatásának köszönhető (Jung, Seo és mtsai 2011). Megfigyelhető az is, hogy a működő Atg1 fehérje esetében a FIP200-GFP mobilitása csökkent, valószínűleg az Atg1 foszforilációs hatása miatt. Ez egybevág azokkal az emlősökön végzett vizsgálatok eredményeivel, melyek szerint az ULK1/2 foszforilálja az emlős FIP200-t az Atg13 fehérje közreműködésével (Jung, Jun és mtsai 2009). A taggel ellátott fehérjékkel végzett koimmunoprecipitációs vizsgálatokat Drosophila lárvákból készült mintán is elvégeztük, az eredmények megegyeztek a sejttenyészeten kapottakkal (40/A ábra).
82
37. ábra: A FIP200, Atg1 és Atg13 fehérjék közötti kapcsolatok vizsgálata Drosophila sejttenyészeteken A: A FIP200 fehérje koimmunprecipitálódik mind az Atg101, mind az Atg13 fehérjével. Az IgH és IgL feliratok az immunprecipitációhoz szükséges ellenanyagok nehéz illetve könnyű láncait jelölik. B: A FIP200 az myc-Atg1-t is köti, ám a foszforilálásra képtelen mycAtg1[DN] fehérjét erősebben. C: A FIP200-zal történt immunprecipitációhoz használt Atg13 fehérjedarabok helyzete a teljes fehérjén belül; a számok a számok az aminosavakra vonatkoznak. Mellette az látható (+ és – szimbólumokkal), hogy melyik régióhoz kötöttek az Atg1/FIP200 fehérjék, illetve mely helyeken történik foszforiláció. A darabok közül csak az Atg13 (231-523) immunprecipitálta a FIP200-t. D: Az Atg1 kötéséhez az Atg13 fragmentek közül a 393-523 aminosavak közötti régió is elég. E: Az Atg13 fehérje normális foszforiláltsági szintje kontroll állatokban alacsony, ugyanakkor hiperfoszforilálódik Atg1 túltermeltetés hatására és lecsökken aktív TOR túltermeltetés esetén. F: Az Atg13 fragmentek közül az Atg1 túltermelés hatására az Atg13(393-523) és Atg13(231-523) darabok mobilitása lecsökkent (fehér nyílhegyekkel jelölve). 83
Emlősökben az Atg13 fehérje mind a FIP200, mind az ULK1/2 fehérjékhez köt (Hosokawa, Hara és mtsai 2009, Jung, Jun és mtsai 2009, Mizushima 2010). Ez adta nekünk az ötletet, hogy ezeket a kölcsönhatásokat megvizsgáljuk Drosophilában is és feltérképezzük az Atg13 fehérje ezen interakcióhoz szükséges régióit. Első lépésben összehasonlítottuk a különböző fajokban megtalálható Atg13 fehérjéket, hogy eldönthessük, milyen darabokra, doménekre érdemes a Drosophila Atg13-at a térképezés során bontani. Mind az élesztőben, mind a C. elegansban, mind a muslicában, mind pedig az emberekben található Atg13 fehérje tartalmaz egy HORMA-domént az Nterminális részén (38. ábra) (Mizushima 2010). Ez a domén nevét a Hop1p, Rev7p és MAD2 fehérjékről kapta (Jao, Ragusa és mtsai 2013). A négy fajból származó Atg13-t összehasonlítva az igen konzervált HORMA domén után egy kevéssé konzervált régió következik, majd az N-terminális rész felé az Atg1/Atg17, illetve az ULK1/FIP200 kötő régiók helyezkednek el (38. ábra). A muslica Atg13 fehérjéjét ezek alapján három részre daraboltuk, illetve létrehoztunk két körülbelül kétharmadnyi hosszúságú darabot fehérje a N-terminális, illetve C-terminális részéből (37/C ábra). A darabokat a határoló aminosavak sorszáma alapján neveztük el. Mind az öt Atg13 darabbal végeztünk koimmunprecipitációs kísérletet, hogy megvizsgáljuk, melyik darab köti a FIP200 fehérjét (37/C ábra). Eredményül azt kaptuk, hogy a teljes hosszúságú Atg13 mellett csak az Atg13(231-523) jelű konstrukció kötötte a FIP200-t. Tehát maga a HORMA domén a várakozásoknak megfelelően nem szükséges a FIP200 kötéséhez, a fehérje többi része viszont igen. Utána az Atg1-Atg13 kölcsönhatást vizsgáltuk (37/D ábra). Koimmunprecipitációkor az Atg13 C-terminális része, az Atg13(393-523) jelű konstrukció volt szükséges az Atg1 fehérje kötéséhez. Minden olyan Atg13 fehérjefragment, mely tartalmazza ezt a régiót, képes kötni az Atg1 fehérjét, mely foszforilálja is (37/C, F ábra). Az általunk leírt kísérleti eredmények egybecsengenek azokkal az emlősökben kapott adatokkal, melyek szerint az Atg13 fehérje C-terminális része felelős emlősökben mind az ULK1/2, mind pedig a FIP200 kötéséért.
84
38. ábra: Az Atg13 fehérje különböző fajokban
85
A FIP200 in vivo aktiválja az Atg1 fehérjét Az indukciós komplex működésének további vizsgálatához létrehoztunk egy poliklonális anti-Atg13 ellenanyagot (39/A ábra). Az ellenanyag tesztelésekor Western blotton a kontroll állatokból származó mintákban több csík látható 48-58 kDa között. Az Atg13 mutáns állatok mintáiban azonban nem találtunk jelölődést. Az ellenanyag egyetlen aspecifikus csíkot ad 90 kDa felett, mely azonban nem zavarja a Western blottok értékelését, hiszen az Atg13 molekulatömege nem éri el a 60 kDa-t sem. Poliklonális anti-Atg1 ellenanyagot is készítettünk (40/B ábra). A teszteken jól látható, hogy az ellenanyag remekül jelöli a 100 kDa-os Atg1 fehérjét, illetve az mCherry-Atg1 fúziós változatot is. A további kísérletekben azonban az endogén fehérje kimutatásával gondjaink akadtak a kontroll, táplálkozó állatok mintáiban (40/C, E-G, I ábra). Ilyenkor az anti-Atg1 ellenanyag is több csíkot adott (40/E ábra). Az irodalmi adatok alapján azt gyanítottuk, hogy a fehérje foszforilált formáit mutattuk ki, ezért foszfatáz-kezelésnek vetettük alá az állatokat (40/E ábra). Az ezután készült blotton jól látható, hogy a korábban elmosódott, dupla Atg1 csíkokból egy egységes, jól látható jel lett. Ezek után azonosítottuk a fehérje azon szakaszát, melyet az ellenanyagunk felismer (40/D ábra). Az Atg1-nek – hasonlóan az Atg13-hoz – három különböző darabját HA-taggel láttuk el. Az anti-HA ellenanyaggal kezelt blotton mindhárom darab megfigyelhető, míg az antiAtg1 ellenanyaggal előhívott blotton gyakorlatilag csak a középső (a 291-616 aminosavak által határolt) Atg1 rész jelölődik. Ez a középső rész egy prolinban és szerinben gazdag szakasz. Irodalmi adatok azt sugallják, hogy ez az a terület, ahol a TOR fehérje szabályozza az Atg1 kináz komplexet, tehát ezt a részt foszforilálja (Dorsey, Rose és mtsai 2009). Sajnos emiatt az általunk készített ellenanyag bizonyos foszforilált formák kimutatására valószínűleg nem ideális, így az Atg1 blottokat egy külön ábrán mutatjuk be (40. ábra). Az indukciós komplex működésének felderítéséhez „éheztetési sort” készítettünk a lárvák zsírtestének felhasználásával (39/B, 40/C ábra). Különböző hosszúságú és minőségű éheztetések hatásait vizsgáltuk, kontrollként a jól táplált állatokat használtuk fel. A FIP200 fehérje mennyisége az öt különböző állapotban azonos, a fehérje expresszióját nem befolyásolja az autofágia szintje (39/B ábra). Az Atg1 a korábban leírtakhoz hasonlóan viselkedik: táplálkozó állatokban egy elkenődött foltot láthatunk a blottokon, mely éheztetés hatására egyetlen egységes csíkká olvad össze (40/C ábra).
86
39. ábra: A FIP200 in vivo szabályozza az Atg13 foszforilációját A: Az általunk készített poliklonális Atg13 ellenanyag tesztelése. A mutáns állatokból hiányzik, a kontrollban azonban több csíkban is figyelhetünk meg jelölődést. B: Az éheztetési sorban a FIP200 mennyisége nem változik, az Atg13 lassabb mobilitású formájának mennyisége azonban az autofágia mértékével arányosan nő. C: Foszfatáz-kezelés hatására megszűnik az alacsony mobilitású csíkok jelenléte, tehát ezek hiperfoszforilált formák. D: Autofágia indukciójakor, tehát Atg1 vagy TSC1/2 túltermeltetésekor nő a hiperfoszforilált Atg13 mennyisége. E: Foszforilációra képtelen Atg1 túltermelésekor mind táplálkozó, mind éheztetett állatokban lecsökken az alacsony mobilitású Atg13 forma mennyisége. F: FIP200 hiányában nem jelennek meg az Atg13 lassabb formái sem táplálkozó, sem éheztetett állatokban. A kis (FIP200↑) illetve a nagy mennyiségű (FIP200↑↑↑) FIP200 túltermelés hatására azonban a hiperfoszforilált forma mennyisége a túltermeléssel arányosan nő. G: A FIP200 és az Atg1[DN] együttes túltermelésekor eltűnik a lassabb, hiperfoszforilált Atg13. A-F: A legalul látható tubulint jelölő csíkok a felette látható blottokra felvitt fehérjék mennyiségét mutatják „loading control”-ként. *: az Atg13 ellenanyag aspecifikus jelölése; Atg13 A/M arány: az Atg13 fehérje alacsony és magas mobilitású (lassabb/gyorsabb) formájának aránya, minden blot alatt az aktuális kép arányai láthatóak. 87
Az Atg13 fehérje mennyisége nem változott, viszont meglepő felfedezést tettünk (39/B ábra). A fehérje több helyen is jelet adott a blotton, a felső csíkok, tehát a kisebb mobilitású formák mennyisége ugrásszerűen megnőtt éheztetés hatására. Mennyiségük később csökkent az éhezéssel töltött idő előrehaladtával, de még így is sokszorosa a kontroll állatokéhoz képest. A pontos adatok érdekében denzitometriával értékeltük a különböző formák intenzitását, majd a lassú/gyors forma arányát kiszámoltuk. Ez az ábrákon A/M arányként szerepel, mely az alacsony és magas mobilitás arányát jelenti (39/B ábra). Éheztetett és táplálkozó állatokból készült mintákat is foszfatáz-kezelésnek vetettük alá, hogy megbizonyosodjunk a különböző Atg13 formák eredetéről (39/C, 40/E ábra). Az éheztetett kontroll mintán láthatjuk a feldúsult alacsony mobilitású formát, ami foszfatáz hatására szinte teljesen eltűnt. Az A/M arány 2,6-ről 0,1-re esett vissza (39/C ábra). Ugyanezt láthattuk a táplálkozó állatokból származó mintákon is, bár itt nem ennyire látványos a különbség: a kontroll állatokban 0,2-ről 0,0-ra esett vissza a különböző formák aránya (40/E ábra). A lassú, vagyis a hiperfoszforilált Atg13 formát valamilyen kináz hozza létre. Első feltételezésünk természetesen az Atg1 volt, így táplálkozó állatokban túltermeltettük a myc-Atg1 fehérjét (37/E, 39/D, 40/F ábra). Sejttenyészeteken és in vivo, egész állatokban is megvizsgáltuk az Atg1 túltermeltetés hatását. In vitro a HA-taggel ellátott Atg13 mobilitása csökkent (37/E ábra). Élő állatban a túltermeltetés hatására a kontroll állatokhoz képest több mint hatszorosára nőtt az alacsony mobilitású Atg13-jel. Ismeretes, hogy mind a TOR, mind pedig az Atg1 hatással van az Atg13 foszforilációjára élesztőben, Drosophilában és emlősökben is (Mizushima 2010). A TOR hatását először tenyésztett rovarsejteken vizsgáltuk meg (37/E ábra). Az aktív TOR túltermeltetésének hatására az Atg1 fehérje, így az Atg13 foszforilációja is gátlódott. A TOR gátlásáért felelős, így az autofágiát aktiváló TSC1/2 overexpresszió hatását is megvizsgáltuk (39/D, 40/F ábra). Hatása az előzőekhez képest ellentétes volt, megnövelte a hiperfoszforilált Atg13 mennyiségét és az Atg1 fehérjének megfelelő jelet is – az előbb ismertetettekkel megegyezően – egy egységes csíkká változtatta. Az Atg1 fehérje hatását másik megközelítésből is megvizsgáltuk: a már korábban leírt domináns negatív Atg1 fehérjét használtuk. Ekkor mind táplálkozó, mind pedig éheztetett állatokból készült mintákból eltűnt a hiperfoszforilált Atg13 forma (39/E, 40/G ábra). Az Atg1-Atg13 interakciót a foszforiláció ismeretében tovább tudtuk vizsgálni. Sejttenyészeteken a már említett HA-tag-es Atg13 darabokat túltermeltetett myc-Atg1 fehérje hiányában és jelenlétében vizsgáltuk. A 37/F ábrán látható, hogy azok az Atg13 fragmentek, 88
melyek tartalmazzák az Atg1 interakcióért felelős C-terminális régiót, kölcsönhatásba léptek és így foszforilálódtak a myc-Atg1 fehérje jelenlétében. A következőkben a FIP200 hatását jártuk körbe. FIP200-/- mutáns állatokban az Atg13 hiperfoszforilációja megszűnt, nem jött létre az autofágiához szükséges foszforiláció (39/F, 40/H ábra). A fehérje hiányának hatása hasonló volt a fénymikroszkópos vizsgálatokhoz: ekkor nem indukálódott autofágia. A hatás itt is drasztikusabb volt, ha nem táplálkozó, hanem éheztetett állatokat vizsgáltunk. A fehérje túltermelésékor viszont pontosan az ellenkező hatást értük el. Az UAS-Gal4 rendszernek köszönhetően különböző mértékben tudtuk túltermeltetni a fehérjét. Ha erőteljes konstitutív FIP200 túltermeltetést alkalmaztunk (FIP200↑↑↑) (40/H ábra), akkor az alacsony mobilitású Atg13 forma mennyisége nagyon nagy mértékben nőtt még táplálkozó állatokban is. Ha indukálható promótert használtunk, tehát a FIP200 túltermelése nem volt ennyire drasztikus (FIP200↑) (40/G ábra), akkor is nőtt az alacsonyabb mobilitású Atg13 mennyisége, csak kisebb mértékben. Az indukciós komplex tagjai közötti kapcsolatok végső felderítéséhez megvizsgáltuk a FIP200 túltermeltetésének és az Atg1 domináns negatív formájának együttes hatását is (39/G, 40/I ábra). Kontroll állatokban többségben van az Atg13 hipofoszforilált formája, melynek egy része a FIP200 gyenge túltermelésének hatására hiperfoszforilálódik. Ha nemcsak a FIP200-t termeltetjük túl, hanem az Atg1[DN] formáját is, akkor a hiperfoszforiláció mértéke csökken. Tehát a FIP200 hatása az Atg13 hiperfoszforilációjára és így az autofágiára feltehetően az Atg1-n, annak aktiválásán keresztül történik.
89
40. ábra: Az Atg1 fehérjék mennyisége a 39. ábrához A: Az indukciós komplex tagjai (Atg1, Atg13, Atg101) in vivo is immunprecipitálódnak a FIP200 fehérjével. B: Az Atg1 ellenanyag tesztelése. Az Atg1[KG] egy hipomorf Atg1 mutáns. FA: farát adult állatokból készült minta C: Az Atg1 fehérje mennyisége nem változik az éheztetések során, viszont a táplálkozó állatokban nehéz kimutatni. D: Epitóp térképezés. A HA-taggel jelölt Atg1 darabok közül az anti-Atg1 ellenanyag a középső darabot ismeri fel, ami táplálkozó állatokban foszforilált formában található. E: Foszfatáz kezelés hatására az anti-Atg1 ellenanyag képes kimutatni az Atg1 fehérjét, valamint az Atg13 hiperfoszforilációjának a mennyisége is csökken táplálkozó állatokban. F: A myc-Atg1 fehérje túltermelése. Az autofágiát indukáló TSC1/2 fehérjék hatására defoszforilálódik az Atg1. G: A foszforilációra képtelen Atg1[DN] formák túltermelésének mértéke. H: A FIP200 túltermelés mértéke a különböző konstrukciókban, illetve a mutánsokból hiányzó FIP200 jel. A FIP200 túltermelésének hatására aktiválódó autofágia az Atg1 foszforilációjára is hatással van. I: Az Atg1 fehérje mennyisége a különböző esetekben. A-F: A legalul látható tubulinnak megfelelő csíkok a felette látható blottokra felvitt fehérjék mennyiségét mutatják „loading control”-ként; Atg13 A/M arány: az Atg13 fehérje alacsony és magas mobilitású (lassabb/gyorsabb) formájának aránya, minden blot alatt az aktuális kép arányai láthatóak. 90
Atg fehérjék expressziója az ecetmuslica fejlődése során A Flybase adatbázisban megtalálható a Drosophila génekről keletkező mRNS-ek mennyisége. Ezek az adatok nagyrészt minden fejlődési állapotra elérhetőek embrionális kortól egészen a kifejlett nőstényekig/hímekig (41. ábra). Az adatbázis nem tartalmazza azonban az expressziós változásokat éheztetés során. Ezeket az információkat a korábban laborunkban végrehajtott microchip-alapú kísérlettel nyertük ki (Erdi, Nagy és mtsai 2012). Négy Atg gén, az Atg1, az Atg8a I-II, az Atg13 és a FIP200 expresszióját vizsgáltuk részletesebben. Az mRNS-ek mennyiségét a 41. ábra grafikonjai tartalmazzák. Megnéztük a keletkezett fehérjék mennyiségét is Western blot analízissel. A két eredmény remekül megfeleltethető egymásnak, a grafikonokon szereplő mRNS arányok a kimutatott fehérjék mennyiségéhez hasonlóak. A fejlődési sorban az autofágia szintje az éheztetett, a vándorló és az előbáb állapotokban a legmagasabb. A FIP200 fehérje szintje mindhárom állapotban egyformán magas volt. Az Atg1 fehérje szintje az éheztetett és előbáb állapotokban magas volt, míg – a grafikontól eltérő módon – a vándorlás során csökkenni látszott a mennyisége. Az Atg8a fehérje szintjének elemzésekor az Atg8a I-II konverziót érdemes figyelembe vennünk. Az Atg8a-II mennyisége ugyanis autofágia során megemelkedik, mert ekkor a lipidált formára van szüksége a sejteknek. Az Atg8a-I expressziójának szintje szintén megnő, de az autofágia szintjével az Atg8a-II mennyisége korrelál. Az Atg13 fehérje szintjének vizsgálatakor is hasonlóan érdemes eljárnunk. A fehérje mennyiségének elemzése nem nyújt számottevő információt az autofág folyamatokról, ellenben az előzőekben ismertetett Atg13 foszforilációs állapotok összehasonlítása valószínűleg igen. Látható, hogy az önemésztés beindulásakor megnövekszik a lassú mobilitású forma mennyisége. Ezek aránya a gyorsabb, vagyis kevéssé foszforilált formákhoz képest itt is utal az autofágia működésére.
91
41. ábra: Atg fehérjék expressziója a Drosophila fejlődése során Az ábrán levő grafikonokon a FlyBase adatbázisból származó mRNS-mennyiségek láthatóak az állat különböző fejlődési stádiumaiban. A felette levő blottok laborunkban készültek, a különböző Atg fehérjék mennyiségét mutatják ugyanazon fejlődési stádiumokban. Az autofágia a zöld kerettel körbevett stádiumokban indukálódik. A FIP200 mennyisége változatlan ez idő alatt, az Atg1 fehérjéé vándorló állatokban kevesebb. Atg13 fehérje esetében ezekben a stádiumokban megnőtt az autofágiát jelző hiperfoszforilált formák mennyisége. Atg8a fehérje esetében pedig a lipidált Atg8a-II forma utal a sejtes önemésztés beindulására, a konvertált Atg8a fehérje mennyisége megnő ezekben az állapotokban. A legalul látható tubulinnak megfelelő csíkok a felette látható blottokra felvitt fehérjék mennyiségét mutatja „loading control”-ként.
92
Az eredmények megvitatása Az autofágia elsődleges funkciója a sejtek makromolekuláinak, organellumainak turnovere, alkotóinak megújítása. Bazális szinten minden eukarióta minden sejtjében működik. Éheztetés során azonban indukálódik, hogy a nagymértékű lebontással a sejt túlélését biztosítsa. Ezzel ellentétesen azonban leírták szerepét a sejthalálban is, mely funkció szintén konzervált az élesztőtől egészen az emberekig. Ez a jelenség magasabb rendűekben főleg nagymértékű szövetátrendezések, hisztolízis során figyelhető meg. A dolgozat és az ebből készült publikáció célja, hogy a Drosophila CG1347 jelű fehérje autofágiában betöltött szerepét leírja és karakterizálja. Első lépésként a fehérje szükségességét vizsgáltuk az indukált és fejlődési autofág folyamatok során. Megmutattuk, hogy FIP200 hiányában az autofág folyamatok gátoltak, már a legelső lépésektől kezdve. A túltermelés hatásait
is
megvizsgáltuk,
a
FIP200
overexpressziója
önemésztést
indukál
a
táplálékellátottságtól függetlenül. Eredményeink azt mutatták, hogy hasonlóan a feltételezett emlős homológ FIP200, illetve funkcionális analóg élesztő Atg17 fehérjéhez, a Drosophila FIP200 központi szerepet tölt be az autofágiában. Kéziratunk közlési előkészületei közben megjelent egy Egyesült Államok-beli kutatócsoport munkája, akik szintén a Drosophila FIP200 (CG1347) génnel foglalkoztak. Eredményeinket, miszerint a Drosophila FIP200 elengedhetetlen a muslica sejtek önemésztésének működésében, ők is alátámasztották (Kim, Park és mtsai 2013). Számos irodalmi adat támasztja alá, hogy az emlős FIP200 az ULK1/2-kináz komplex tagja (Hara, Takamura és mtsai 2008, Hara és Mizushima 2009, Hosokawa, Hara és mtsai 2009, Jung, Jun és mtsai 2009). A komplex összetételéről és működéséről is számos adat elérhető. A FIP200 a mai tudásunk szerint közvetlenül köti az emlős Atg13 fehérje C-terminális régióját. Ez a kötés könnyíti meg az Atg13-ULK1/2 kapcsolat létrejöttét és adja meg a lehetőségét annak, hogy az ULK1/2 kinázok az Atg13 C-terminálisát foszforilálják (Jung, Jun és mtsai 2009). Az ULK1/2 fehérjék szintén ehhez a C-terminális régióhoz kötnek, az itt található számos szerin- és treonin aminosavat foszforilálják az autofágia indukciója során (Chen és Klionsky 2011). Ezekről a foszforilációs helyekről azonban pontosabb információ egyelőre nem áll rendelkezésünkre. Az Atg13 fehérje azonban egy másik kinázzal, a TOR fehérjével is kapcsolatot tart (Chang és Neufeld 2009). A TOR és az Atg13 kapcsolatát in vitro kináz esszékben írták le (Jung, Jun és mtsai 2009). Ezen adatok alapján született egy 93
modell, mely szerint a TOR közvetlenül gátolja foszforiláción keresztül az Atg13 fehérje működését jól táplált körülmények között, amikor maga a TOR fehérje is aktív. Az éheztetés aktiválja az ULK1/2 fehérjéket, amik ezután szintén foszforiláció útján aktiválják az Atg13 fehérjét, mely nagyon fontos lépés az autofágia indukciójához (Chan, Longatti és mtsai 2009). Az emlős Atg1 homológ ULK1/2 fehérjék is részben a TOR szabályozása alatt állnak, mely kapcsolat szintén foszforilációra épül. A TOR képes gátolni ezzel az ULK1/2 működését, így az autofágiát is. Az önemésztés indukciójakor azonban az ULK1/2 autofoszforilálódik, ezzel aktiválja magát (Mizushima 2010). Érdekes módon a komplex szabályozása teljesen különbözik élesztőben. Az Atg13 fehérje jól táplált sejtekben nyolc különböző, leírt helyen foszforilálódik. Ezeket a foszfátcsoportokat az élesztő TOR helyezi a fehérjére. Autofágia indukciójakor az Atg13 szinte teljes defoszforiláción megy keresztül. Erre bizonyíték például, hogy egy foszforilációra képtelen Atg13 mutáns fehérje autofágiát indukál az élesztősejtekben, teljesen függetlenül a tápanyagellátottságtól és a TOR-tól (Kamada, Yoshino és mtsai 2010).
Egy nemrég
megjelent tanulmány szerint az élesztő Atg1 komplex összeszerelődött formában is jelen van táplálkozó körülmények között is a sejtekben (Kraft, Kijanska és mtsai 2012). Ez a kis mennyiségű működő komplex valószínűleg egy másik vezikuláris folyamathoz szükséges. Ez a Cvt (cytoplasm to vacoule targeting) útvonal, mely csak élesztősejtekben figyelhető meg (Huang és Klionsky 2002, Yang és Klionsky 2009). A Cvt egy Atg fehérje függő transzport útvonal, mely főként lizoszomális hidrolázokat szállít az élesztő vakuólumába jól táplált körülmények között (Scott, Nice és mtsai 2000). A Cvt útvonal és a makroautofágia között számos hasonlóság figyelhető meg, köztük a speciális cargo fehérjék és ezek specifikus felismerése (Noda, Ohsumi és mtsai 2010). Ezenfelül egy Cvt vezikula nagyon hasonlít egy kis méretű autofagoszómára, hiszen kettős membránnal határolt, bár benne citoszol részletek nem, csak a szelektíven felvett cargo fehérjék figyelhetőek meg (Abeliovich és Klionsky 2001, Suzuki 2013). Az élesztőben, az emlősökkel ellentétben, az Atg13 középső régióját írták le, mint az Atg1 és Atg17 kötéséért felelős részt (Jao, Ragusa és mtsai 2013). Ezek a különbségek azonban a szekvenciális felépítésből is adódhatnak. A három fehérje összehasonlításakor azt láthatjuk, hogy az N-terminális domén a konzervált régió. Az élesztőkben megjelenő többszörös arginin-motívumot egy foszforilációs szenzorként írják le, azonban ez a régió a magasabb rendű eukariótákból hiányzik. A Drosophila Atg1 és Atg13 kötését is leírták, azonban a kapcsolatért felelős régiót még nem karakterizálták (Chang és Neufeld 2009). Jelen dolgozatban bemutattuk, hogy 94
eredményeink alapján az ecetmuslicában az Atg13 fehérje C-terminális régiója felelős az Atg1 kötéséért, hasonlóan az emlősökhöz. A FIP200-Atg13 kötés is konzervált, kialakulásához szintén szükséges a C-terminális régió, azonban még nem elég. Csak olyan Atg13 fragment volt képes kapcsolatot kialakítani a FIP200 fehérjével, amely mind a középső, mind a C-terminális régiót tartalmazta. Azonban azt, hogy ez a kötés indirekt vagy direkt kölcsönhatást takar, jelen dolgozatban nem vizsgáltuk, ennek leírása még várat magára. A három, biológiai kísérletezésre igen gyakran használt rendszerben meglepő különbségek vannak az Atg1 kináz komplex működésében, illetve a tagjai közti kapcsolatban, foszforilációs szintjükben. Ha az Atg13 fehérjét nézzük, akkor azt látjuk, hogy élesztőben éhezés hatására erősen defoszforilálódik, emlős sejtekben nem annyira változik az összfoszforiláció szintje, Drosophila zsírtestsejtekben viszont erősen hiperfoszforilálódik. Az Atg13 hiperfoszforilációját megerősíti egy nemrégiben leközölt értekezés is, melyben túltermeltetett fehérjéket vizsgáltak és hasonló eredményre jutottak (Chang és Neufeld 2009). Bár nem zárható ki a lehetősége annak, hogy más kinázok is szerepet játszanak az Atg13 foszforilációjában, az eredményeink erőteljesen azt sugallják, hogy a kináz, mely ezt a feladatot ellátja, az Atg1. Először is, az Atg1 fehérje túltermeltetése erősen megnövelte az alacsony mobilitású, hiperfoszforilált Atg13 forma jelenlétét, mind táplálkozó, mind éheztetett körülmények között Drosophila sejtekben és lárvákban egyaránt. Másodszor pedig a foszforilációra képtelen, domináns negatív Atg1 fehérje túltermeltetése lecsökkentette a lassabb Atg13 forma szintjét szinte a nullára, tehát gyakorlatilag megakadályozta az Atg13 foszforilálódását in vivo. A FIP200 fehérje szerepe hasonló az emlős homológjához, nélküle nem tud autofágia kialakulni, az Atg13 hiperfoszforilációja nem megy végbe (Hosokawa, Hara és mtsai 2009). Végül, de nem utolsósorban a FIP200 túltermeltetése az Atg13 alacsonyabb mobilitású formájának felszaporodásához vezet, mind tranziens, mind konstitutív túltermeltetés esetén. A FIP200 tehát serkenti az autofágia indukcióját, köztük első lépésként az Atg13 hiperfoszforilációját. A FIP200 egyik legfontosabb tulajdonsága, hogy hiányában az Atg1 fehérje képtelen kináz-feladatát ellátni, viszont a FIP200 által indukált Atg13 hiperfoszforiláció Atg1-függő módon zajlik. A két fehérjének tehát kölcsönösen szüksége van egymásra az autofágia indukciójához, egyik hiányában sem megy végbe a folyamat. Laborunk nem olyan régen közölte le azon eredményeit, melyben leírják, hogy különböző Atg-fehérjék nélkül nem működik a bazális autofágia a Drosophila sejtjeiben (Pircs, Nagy és mtsai 2012). Ilyen esszenciális fehérjék az Atg1 és az Atg13 is. Az Atg1 fehérje egy részének tehát táplálkozó körülmények között is aktívan kell működnie, hogy a bazális önemésztést fenntartsa. Jól táplált állatokban is kimutatható az aktív, hiperfoszforilált Atg13 fehérje 95
alacsony szinten, mely feltehetően a táplálkozó körülmények között alacsony aktivitású Atg1 hatására hiperfoszforilálódik, tehát működik és részt vesz az alapszintű autofágia indukciójában. Ezzel egybecseng azon eredményünk, hogy a domináns negatív Atg1 túltermelése az Atg13 foszforilációs szintjét táplálkozó körülmények között is csökkenti, tehát így gátolja a bazális autofágiát is. Az Atg13 szintjének változásai alapján felállítottunk egy modellt (42. ábra), ami az eddigiek alapján az Atg13 foszforilációs mintázatának változásait hivatott megjeleníteni. A modell nem az egyes fehérjék jelenléte illetve hiánya alapján írja le az autofágiát a Drosophila sejtekben, hanem a működő és nem működő fehérjék aránya alapján. Sajnos ma még nem áll rendelkezésünkre pontos információ az Atg13 foszforilációs helyek számáról és pontos elhelyezkedéséről, ezért az ábrán is hipotetikusan, kérdőjellel jelöljük ezeket. A jövőben a modell helyességét tesztelhetjük majd, a foszforilációs helyek számának és elhelyezkedésének leírásával. Valamint további kísérletek végezhetőek az Atg13 foszforilált/nem-foszforilált formák arányának megállapítására, és állandóan hiperfoszforilált (phosphomimetic) vagy éppen hogy nem foszforilálható, mutáns Atg13 transzgének létrehozására és tesztelésére. Korábbi közleményekben leírták, hogy az emlős és az élesztő FIP200/Atg17 fehérjék az indukciós komplex legelső lépéseként lépnek működésbe, tehát a genetikai hierarchiában legfelül helyezkednek el (Suzuki, Kubota és mtsai 2007, Itakura és Mizushima 2010, Stanley, Ragusa és mtsai 2014). Az általunk végzett genetikai analízisek is teljes mértékben alátámasztják ezt az eredményt Drosophilában. Ezzel szemben azonban nemrégen megjelent egy publikáció, mely szerint a Drosophila FIP200 fehérje downstream helyezkedik el az Atg1-től (Kim, Park és mtsai 2013). Ezt az állítást több saját megfigyelésre alapozták. Egyrészt a túltermelt FIP200 fehérje nem hatott a túltermelt Atg1 fehérje mobilitására sejtlizátumokban. Másrészt az Atg1 fehérje foszforilációjának szintje érzékeny maradt a sejt energia- és tápanyagellátottságára FIP200 RNS interferencia mellett is. Harmadrészt pedig, hogy Atg1 túltermelő állatok imágókorongjában a FIP200 RNS interferencia képes volt a LTR jelet csökkenteni. Fontos azonban megjegyezni, hogy ezek az eredmények hipomorf mutánsokra vagy RNS interferencia konstrukciókra alapozva születtek, tehát a csoport egyszer sem vizsgálta meg a FIP200 teljes elvesztésének hatásait, és így az eredményeket nehéz értelmezni. Az ellentmondó eredmények másik magyarázata lehet, hogy mivel a FIP200 és az Atg1 egyazon komplex két tagja, működésre csak együtt képesek és emiatt hierarchikus viszonyt nem is igen lehet felállítani közöttük.
96
42. ábra: Hipotetikus modell az Atg13 fehérje viselkedésére bazális és indukált autofágia során Az Atg13 foszforilációs szintje összefüggést mutat a sejtes önemésztés mértékével. Ha az autofágia alacsony szinten működik (tehát ha táplálékban gazdag környezet veszi körbe az állatot; ha aktív a TOR jelátvitel, mely az autofágiát gátolja és a sejtnövekedést serkenti; vagy ha az indukciós komplex egyik vagy másik tagját elveszítjük a rendszerből), akkor a sejtekben a hipofoszforilált, inaktív Atg13 forma van többségben. Ilyenkor az önemésztés csak bazális szinten (vagy extrém esetben egyáltalán nem) működik. Fordított helyzetben (tehát éhezéskor; TOR jelátvitel csökkenésekor; vagy az indukciós komplex másik két tagjának túltermeltetésekor) indukálódik az autofágia. Ekkor a hiperfoszforilált Atg13 forma kerül túlsúlyba. Eddigi eredményeink alapján mindkét esetben van egy olyan Atg13 frakció, mely aktív, hiperfoszforilált és a két állapot közötti különbséget főként a hipo- és hiperfoszforilált Atg13 mennyiségének aránya adja. Mivel pontosan még nem ismerjük az Atg13 foszforilációs helyeit, kérdőjellel jelenítettük meg a foszforcsoportokat. (Nagy Péter ábrája)
A FIP200 sejten belüli lokalizációját is megvizsgáltuk kísérleteink során. A fehérje kolokalizált a korai autofágiát jelző markerekkel, mind kontroll, mind pedig Atg7-/- és Atg8a-/- mutáns állatokban, melyekben az autofagoszómák kialakulása sérült, így felhalmozódnak a PAS struktúrák. A p62 az autofágia egy speciális, szelektív cargo fehérjéje. Sejttenyészeteken végzett kísérletekben már leírták, hogy lokalizációja szintén a PAS-hoz köthető (Itakura és Mizushima 2011, Moscat és Diaz-Meco 2012). Az emlős p62 kölcsönhat a 97
TOR komplexszel, mely jól táplált körülmények között a lizoszómákon helyezkedik el. Ez a lokalizáció a RRAG (Ras-related GTP binding) fehérjéknek és a Ragulator komplexnek köszönhető. Ez utóbbi komplex a lizoszomális protonpumpa v-ATPáz komplex fehérjéihez van kötve, emiatt lokalizálódik a lizoszómára (Zoncu, Bar-Peled és mtsai 2011). Drosophilában a p62 szintén kolokalizál a TOR fehérjével, az éhezés indukálta autofágia megindulása pedig a TOR diszperzióját váltja ki. A p62 granulumok viszont a helyükön maradnak és kolokalizálnak az éhezés kezdete után a FIP200 fehérjével. Tudomásunk szerint ezt a típusú lokalizációt még nem írták le állati sejtekben, ezért érdekes lesz megvizsgálni, hogy más metazoa fajokban is megfigyelhető-e a mechanizmus.
98
Összefoglalás Az autofágia, magyarul sejtes önemésztés egy minden eukarióta sejtben megfigyelhető, önmegújító folyamat. Fő feladata a károsodott, elöregedett sejtalkotók lizoszomális úton történő lebontása, hogy az így keletkezett alapanyagokat, makromolekulákat a felépítő folyamatok újra felhasználhassák. Alapszintű működése állandóan jelen van a sejtekben, nagymértékben a sejtet érő tápanyag- vagy energiahiányos állapotokban (például éhezéskor), illetve az egyedfejlődés bizonyos lépéseikor aktiválódik. A folyamat igen konzervált, a benne szereplő Atg géneket illetve homológjaikat az emlősökben és az ecetmuslicában is megtalálhatjuk. Kutatásaink kezdeti lépéseként azonosítottuk a Drosophila CG1347 jelű gént, mint az emlős FIP200 homológját. Létrehoztunk muslicában egy FIP200 nullmutáns állatot, melyet több autofág markerrel, fény- és elektronmikroszkópos módon is megvizsgáltunk. A mutáns állatokban semmilyen, még a legkorábbi autofág struktúrák sem találhatóak meg. Ugyanerre az eredményre vezetett a fejlődési autofágia vizsgálata is. A fehérje túltermeltetésekor jól táplált állatokban is sikerült aktiválnunk az önemésztést, amely Atg1-függő módon zajlik. A FIP200 lokalizációjának vizsgálatakor láthattuk, hogy a fehérje kolokalizál a legkorábbi autofág struktúrák markereivel. Emellett érdekes módon a lizoszómák körül, apró citoplazmás struktúrák formájában helyezkedett el. Megfigyeltük, hogy a FIP200 kolokalizál a p62 fehérjével autofág indukciókor és ekkor – az egyébként táplálkozó körülmények között szintén a lizoszóma membránja mellett elhelyezkedő – TOR komplex disszociál. Megvizsgáltuk
a
Drosophila
autofág
indukciós
komplexének
működését
is.
Immunprecipitációs kísérletekkel megmutattuk, hogy a FIP200 valóban az Atg1-kináz komplex tagja. Az Atg13 fehérje több foszfoformát is mutatott a blottokon. Megmutattuk, hogy ezt a foszforilációt az Atg1 kináz végzi FIP200 függő módon, valamint, hogy az Atg1Atg13 kötés és foszforiláció a fehérje C-terminális régiójában történik. A FIP200-Atg13 kötés kialakulásához azonban a C-terminális mellett az Atg13 középső régiójára is szükség volt. Az Atg13 fehérje foszforilációs szintje az autofágia mértékével arányos, így végül felállítottunk egy hipotetikus modellt, mely szerint az autofág aktivitás részben az Atg13 fehérje foszforilációs szintjével függ össze. Összefoglalásként tehát elmondhatjuk, hogy a Drosophila FIP200 szükséges az autofágiához, sejten belüli lokalizációja a lizoszómák körüli p62 aggregátumokkal egyezik meg, valamint, hogy képes az autofágiát aktiválni az Atg1 fehérjén keresztül. 99
Summary Autophagy is an important self-degradation mechanism in eukaryotic cells. Its main function is to degrade and recycle old or dispensable cell components through lysosomes, this way providing substrates to anabolic processes. Low-level basal autophagy is enhanced by nutrient or energy deprivation (for example during starvation), and autophagy is highly induced in certain developmental settings as well. The process is highly conserved, and most Atg gene homologs exist in all eukaryotes including Drosophila and mammals. First we identified Drosophila CG1347 as a homolog of mammalian FIP200. We generated a FIP200 null mutant animal and tested the autophagic phenotypes with light, fluorescent and electron microscopy using many autophagic markers. In the mutants, we saw no sign of autophagy, even the earliest structures were missing. We also tested developmental autophagy with the same results. The overexpression of FIP200 induced autophagy even without starvation in an Atg1-dependent manner. Testing the localization of the protein, we found that FIP200 colocalizes with PAS markers. Interestingly the protein localized in citoplasmic dots near or around the lysosomes. FIP200 also colocalizes with p62 aggregates during autophagy induction when the TOR complex dissociates from the lysosomal membrane. We further investigated the Atg1 kinase complex. We used immunoprecipitations to show that FIP200 is subunit of the induction complex. On western blots, we found multiple Atg13 bands with different mobility. The decrease in Atg13 protein mobility was due to phosphorylation by the kinase Atg1 in the C-terminal region, in a FIP200 dependent manner. The Atg13-FIP200 binding also requires the middle of Atg13. Based on correlation of overall Atg13 phosphorylation level with autophagic status, we proposed a hypothetical model, according to which the phosphorylation status of Atg13 contributes to setting autophagic activity. Overall, we conclude that FIP200 is necessary for autophagy, colocalizes with p62 aggregates near lysosomes and activates autophagy through Atg1.
100
Köszönetnyilvánítás Szeretnék köszönetet mondani elsőként témavezetőmnek, Dr. Juhász Gábornak a doktori munkám során nyújtott támogatásáért, szakmai és anyagi segítségéért, valamint, hogy lehetővé tette, hogy a Juhasz Lab csapatában dolgozhassak. Őszinte hálával tartozom laborunk nagy „öregjeinek”, Dr. Pircs Karolinának, Dr. Nagy Péternek és Dr. Varga Ágnesnek a többéves együttműködésükért, szakmai, erkölcsi, laboron kívüli és belüli támogatásukért, a megteremtett közösségért és jó hangulatért. Köszönöm szerző-, munka- és szobatársamnak, Takáts Szabolcsnak a sokéves közös munkát, a rengeteg segítséget és támogatást, az elméleti kérdéseimre adott mindig precíz válaszokat és a szobában uralkodó kreatív hangulatot. Hálával tartozom Dr. Lippai Mónikának a már sokadik kész anyag átolvasásért, precizitásáért, soha nem múló lelkesedéért és munkám során nyújtott minden támogatásáért. Köszönök mindent laborunk asszintensének, Pálfia Saroltának a rengeteg technikai segítségéért, hasznos tanácsaiért és a labormunka fenntartásáért. Szeretnék
köszönetet mondani
laborunk
minden
volt
és
jelenlegi
dolgozójának,
szerzőtársaimnak, különösen Dr. Hegedűs Krisztának a sejtes munkában nyújtott átfogó és rendkívül precíz segítségéért, valamint Varga Katának és Tóth Lillának. Köszönöm a ELTE Anatómiai, Sejt- és Fejlődésbiológiai Tanszék összes munkatársának. Köszönettel tartozom a rendelkezésünkre bocsátott törzsekért és ellenanyagokért Tom Neufeld és Toshifumi Tomoda kutatóknak, valamint a VDRC, TRiP és DGRC törzsközpontok munkatársainak. Végül, de nem utolsósorban őszinte hálával tartozom családomnak, barátaimnak és Csapó Attilának minden egyébért, legfőképp türelmükért.
101
Függelék Az ábrákhoz készült részletes statisztikai adatok Genotípus 24. FIP200[d130]/ A-B FIP200[d130]
normalizált LTR szám érték B/A szórás 0 0 normalizált LTR szám 24. érték szórás FIP200 D [104864KK] 0 0 normalizált LTR szám 24. érték szórás FIP200[d130]/ F FIP200[d130] 0 0 normalizált mCherry-Atg8a szám 25. érték B/A szórás FIP200[d130]/ A-B FIP200[d130] 0 0 normalizált mCherry szám érték F/E szórás 0 0 25. FIP200 E-F [104864KK] normalizált GFP szám érték F/E szórás 0 0 normalizált anti-Atg8a szám 26. érték szórás Atg8a[109654KK] 0,03406 0,03079 A Atg12[JF02704] 0,09414 0,09052 B FIP200[104864KK] 0,09960 0,12978 C citoplazma autofagoszóma %-a 27. érték szórás kontroll 0,51800 0,42766 A FIP200 [d130]/d130] 0,00000 0,00000 B
p 0,00002 0,00001 0,00001
normalitás kontroll mutáns igen nem normalitás kontroll RNSi igen nem normalitás kontroll mutáns igen nem normalitás kontroll mutáns igen nem normalitás kontroll RNSi igen nem normalitás kontroll RNSi nem nem normalitás kontroll RNSi igen igen igen igen igen nem
p N/A 0,00001
normalitás igen nem
p 0,00559 p 0,00001 p 0,00058 p 0,00025 p 0,00001 p 0,00000
94
u-teszt
u-teszt
u-teszt
u-teszt
u-teszt
u-teszt
u-teszt u-teszt
u-teszt
normalizált LTR méret érték B/A szórás p N/A N/A N/A normalizált LTR méret érték szórás p N/A N/A N/A normalizált LTR méret érték szórás p N/A N/A N/A normalizált mCherry-Atg8a méret érték B/A szórás p N/A N/A N/A normalizált mCherry méret érték F/E szórás p N/A N/A N/A normalizált GFP méret érték F/E szórás p N/A N/A N/A normalizált anti-Atg8a méret érték szórás p 0,26113 0,28439 0,00001 0,53903 0,61864 0,00389 1,13244 1,22688 0,43587 citoplazma autolizoszóma %-a érték szórás p 2,00008 1,39837 N/A 0,00000 0,00000 0,00000
normalitás kontroll mutáns n nem N/A 18 normalitás kontroll RNSi n nem N/A 20 normalitás kontroll mutáns nem N/A normalitás kontroll mutáns n nem N/A 12 normalitás kontroll RNSi n igen N/A 20 normalitás kontroll RNSi n nem N/A 20 normalitás kontroll RNSi n nem nem u-teszt 20 igen nem u-teszt 20 nem igen u-teszt 20 normalitás igen nem
n 14 u-teszt 16
28. A
28. B 28. C 29. A
FIP200[d130]/ FIP200[d130]
FIP200 [104864KK] FIP200 [104864KK] FIP200[d130]/ UAS-Atg1
30. FIP200[d130]/ A-B FIP200[d130] 30. D
FIP200 [104864KK]
33. A
kontroll
D
kontroll
E
Atg7[d77]/ Atg7[d14]
35. A
kontroll
B
kontroll
36. A
UAS-FIP200 [EY03045]
normalizált anti-Atg8a szám érték szórás 0,07449 0,05728 normalizált anti-p62 szám érték szórás 3,75000 2,00857 normalizált anti-p62 szám érték szórás 9,28125 3,38598 normalizált mCherry-Atg1 szám érték szórás 0 0 normalizált anti-Atg8a szám érték szórás 82,50346 36,14519 normalizált LTR szám érték B/A szórás 0,00000 0,00000 normalizált mCherry-Atg8a szám érték szórás 0,00000 0,00000 jelölés kolokalizáció % FIP200-GFP 51,72 anti-Atg8a FIP200-GFP 88,93 anti-p62 anti-FIP200 92,55 anti-p62 jelölés kolokalizáció % anti-FLAG-TOR 94,81 anti-p62 anti-FLAG-TOR 0 anti-p62 normalizált mCherry-Atg8a szám érték szórás 14,22222 4,67882
p 0,00000 p 0,01012 p 0,00003 p 0,00007 p 0,00001 p 0,00001 p 0,00000 n
normalitás kontroll mutáns igen igen normalitás kontroll mutáns igen igen normalitás kontroll RNSi igen igen normalitás kontroll RNSi igen nem normalitás kontroll mutáns nem igen normalitás kontroll mutáns igen nem normalitás kontroll RNSi igen nem
t-teszt
t-teszt
t-teszt
u-teszt
u-teszt
u-teszt
u-teszt
normalizált anti-Atg8a méret érték szórás p 0,33139 0,23800 0,00005 normalizált anti-Atg8a méret érték szórás p 3,20680 0,82280 0,00025 normalizált anti-p62 méret érték szórás p 1,64516 0,54192 0,00566 normalizált mCherry-Atg1 méret érték szórás p N/A N/A N/A normalizált anti-Atg8a méret érték szórás p 0,21447 0,34779 0,00001 normalizált LTR méret érték B/A szórás p N/A N/A N/A normalizált mCherry-Atg8a méret érték szórás p N/A N/A N/A
normalitás kontroll mutáns igen igen normalitás kontroll mutáns igen igen normalitás kontroll RNSi igen igen normalitás kontroll RNSi nem N/A normalitás kontroll mutáns igen igen normalitás kontroll mutáns igen N/A normalitás kontroll RNSi igen N/A
n t-teszt 18 n t-teszt 18 n t-teszt 20 n 20 n t-teszt 10 n 20 n 20
611 391 148 n 77 0 p 0,00000
normalitás kontroll OE nem igen
103
normalizált mCherry-Atg8a méret normalitás érték szórás p kontroll OE u-teszt 12,93657 4,16751 0,00000 nem nem
n u-teszt 22
36. B
UAS-FIP200 [EY03045]
36. C-D UAS-FIP200-GFP 36. UAS-FIP200-GFP/ D-E Atg1[DN] 36. F-G UAS-FIP200-GFP 36. GH
UAS-FIP200-GFP/ UAS-GFP
36. UAS-FIP200-GFP/ G-I Atg1[DN]
normalizált mCherry-Atg1 szám érték szórás 12,69697 4,97701 normalizált LTR szám érték D/C szórás 191,00000 27,91746 normalizált LTR szám érték E/D szórás 0,11518 0,89940 normalizált anti-Atg8a szám érték G/F szórás 6,50725 3,38112 normalizált anti-Atg8a szám érték H/G szórás 0,88928 0,93225 normalizált anti-Atg8a szám érték I/G szórás 0,37194 0,34881
p 0,00008 p 0,00058 p 0,00058 p 0,00014 p 0,54218 p 0,00136
normalitás kontroll OE nem igen normalitás kontroll OE (D) nem igen normalitás OE (D) OE (E) igen nem normalitás OE (F) OE (G) igen igen normalitás OE (G) OE (H) igen igen normalitás OE (G) OE (I) igen igen
104
u-teszt
u-teszt
u-teszt
t-teszt
t-teszt
t-teszt
normalizált mCherry-Atg1 méret érték szórás p 7,54996 3,52300 0,00029 normalizált LTR méret érték D/C szórás p 10,07767 2,44882 0,00117 normalizált LTR méret érték E/D szórás p 0,32281 0,59618 0,01748 normalizált anti-Atg8a méret érték G/F szórás p 3,00635 1,76956 0,00080 normalizált anti-Atg8a méret érték H/G szórás p 0,75963 0,42350 0,12598 normalizált anti-Atg8a méret érték I/G szórás p 0,73891 0,91931 0,17771
normalitás kontroll OE nem igen normalitás kontroll OE (D) nem nem normalitás OE (D) OE (E) nem igen normalitás OE (F) OE (G) igen igen normalitás OE (G) OE (H) igen igen normalitás OE (G) OE (I) igen igen
n u-teszt 18 n u-teszt 14 n u-teszt 14 n t-teszt 20 n t-teszt 20 n t-teszt 20
Irodalomjegyzék Abbi, S., H. Ueda, C. Zheng, L. A. Cooper, J. Zhao, R. Christopher and J. L. Guan (2002). "Regulation of focal adhesion kinase by a novel protein inhibitor FIP200." Mol Biol Cell 13(9): 3178-3191. Abeliovich, H. and D. J. Klionsky (2001). "Autophagy in yeast: mechanistic insights and physiological function." Microbiol Mol Biol Rev 65(3): 463-479, table of contents. Alers, S., A. S. Loffler, F. Paasch, A. M. Dieterle, H. Keppeler, K. Lauber, D. G. Campbell, B. Fehrenbacher, M. Schaller, S. Wesselborg and B. Stork (2011). "Atg13 and FIP200 act independently of Ulk1 and Ulk2 in autophagy induction." Autophagy 7(12): 1423-1433. Alers, S., A. S. Loffler, S. Wesselborg and B. Stork (2012). "The incredible ULKs." Cell Commun Signal 10(1): 7. Alers, S., A. S. Loffler, S. Wesselborg and B. Stork (2012). "Role of AMPK-mTOR-Ulk1/2 in the regulation of autophagy: cross talk, shortcuts, and feedbacks." Mol Cell Biol 32(1): 211. Axe, E. L., S. A. Walker, M. Manifava, P. Chandra, H. L. Roderick, A. Habermann, G. Griffiths and N. T. Ktistakis (2008). "Autophagosome formation from membrane compartments enriched in phosphatidylinositol 3-phosphate and dynamically connected to the endoplasmic reticulum." J Cell Biol 182(4): 685-701. Baehrecke, E. H. (2003). "Autophagic programmed cell death in Drosophila." Cell Death Differ 10(9): 940-945. Banreti, A., T. Lukacsovich, G. Csikos, M. Erdelyi and M. Sass (2012). "PP2A regulates autophagy in two alternative ways in Drosophila." Autophagy 8(4): 623-636. Behrends, C., M. E. Sowa, S. P. Gygi and J. W. Harper (2010). "Network organization of the human autophagy system." Nature 466(7302): 68-76. Berry, D. L. and E. H. Baehrecke (2007). "Growth arrest and autophagy are required for salivary gland cell degradation in Drosophila." Cell 131(6): 1137-1148. Birgisdottir, A. B., T. Lamark and T. Johansen (2013). "The LIR motif - crucial for selective autophagy." J Cell Sci 126(Pt 15): 3237-3247. Bohm, R. A., W. P. Welch, L. K. Goodnight, L. W. Cox, L. G. Henry, T. C. Gunter, H. Bao and B. Zhang (2010). "A genetic mosaic approach for neural circuit mapping in Drosophila." Proc Natl Acad Sci U S A 107(37): 16378-16383. 105
Brand, A. H. and N. Perrimon (1993). "Targeted gene expression as a means of altering cell fates and generating dominant phenotypes." Development 118(2): 401-415. Chan, E. Y., A. Longatti, N. C. McKnight and S. A. Tooze (2009). "Kinase-inactivated ULK proteins inhibit autophagy via their conserved C-terminal domains using an Atg13independent mechanism." Mol Cell Biol 29(1): 157-171. Chang, Y. Y. and T. P. Neufeld (2009). "An Atg1/Atg13 complex with multiple roles in TOR-mediated autophagy regulation." Mol Biol Cell 20(7): 2004-2014. Chano, T., S. Ikegawa, K. Kontani, H. Okabe, N. Baldini and Y. Saeki (2002). "Identification of RB1CC1, a novel human gene that can induce RB1 in various human cells." Oncogene 21(8): 1295-1298. Chen, Y. and D. J. Klionsky (2011). "The regulation of autophagy - unanswered questions." J Cell Sci 124(Pt 2): 161-170. Cheung, Z. H. and N. Y. Ip (2009). "The emerging role of autophagy in Parkinson's disease." Mol Brain 2: 29. Cuervo, A. M. (2011). "Chaperone-mediated autophagy: Dice's 'wild' idea about lysosomal selectivity." Nat Rev Mol Cell Biol 12(8): 535-541. De Duve, C. (1967). "Lysosomes and phagosomes. The vacuolar apparatus." Protoplasma 63(1): 95-98. Denton, D., B. Shravage, R. Simin, K. Mills, D. L. Berry, E. H. Baehrecke and S. Kumar (2009). "Autophagy, not apoptosis, is essential for midgut cell death in Drosophila." Curr Biol 19(20): 1741-1746. Devenish, R. J. and D. J. Klionsky (2012). "Autophagy: mechanism and physiological relevance 'brewed' from yeast studies." Front Biosci (Schol Ed) 4: 1354-1363. Ding, S. W. (2010). "RNA-based antiviral immunity." Nat Rev Immunol 10(9): 632-644. Dorsey, F. C., K. L. Rose, S. Coenen, S. M. Prater, V. Cavett, J. L. Cleveland and J. Caldwell-Busby (2009). "Mapping the phosphorylation sites of Ulk1." J Proteome Res 8(11): 5253-5263. Duffy, J. B. (2002). "GAL4 system in Drosophila: a fly geneticist's Swiss army knife." Genesis 34(1-2): 1-15.
106
Erdi, B., P. Nagy, A. Zvara, A. Varga, K. Pircs, D. Menesi, L. G. Puskas and G. Juhasz (2012). "Loss of the starvation-induced gene Rack1 leads to glycogen deficiency and impaired autophagic responses in Drosophila." Autophagy 8(7): 1124-1135. Eskelinen, E. L., F. Reggiori, M. Baba, A. L. Kovacs and P. O. Seglen (2011). "Seeing is believing: the impact of electron microscopy on autophagy research." Autophagy 7(9): 935956. Feng, Y., D. He, Z. Yao and D. J. Klionsky (2014). "The machinery of macroautophagy." Cell Res 24(1): 24-41. Fire, A., S. Xu, M. K. Montgomery, S. A. Kostas, S. E. Driver and C. C. Mello (1998). "Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans." Nature 391(6669): 806-811. Gammoh, N., O. Florey, M. Overholtzer and X. Jiang (2013). "Interaction between FIP200 and ATG16L1 distinguishes ULK1 complex-dependent and -independent autophagy." Nat Struct Mol Biol 20(2): 144-149. Gan, B. and J. L. Guan (2008). "FIP200, a key signaling node to coordinately regulate various cellular processes." Cell Signal 20(5): 787-794. Gan, B., Z. K. Melkoumian, X. Wu, K. L. Guan and J. L. Guan (2005). "Identification of FIP200 interaction with the TSC1-TSC2 complex and its role in regulation of cell size control." J Cell Biol 170(3): 379-389. Gan, B., X. Peng, T. Nagy, A. Alcaraz, H. Gu and J. L. Guan (2006). "Role of FIP200 in cardiac and liver development and its regulation of TNFalpha and TSC-mTOR signaling pathways." J Cell Biol 175(1): 121-133. Glick, D., S. Barth and K. F. Macleod (2010). "Autophagy: cellular and molecular mechanisms." J Pathol 221(1): 3-12. Golic, K. G. and S. Lindquist (1989). "The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the Drosophila genome." Cell 59(3): 499-509. Hara, T. and N. Mizushima (2009). "Role of ULK-FIP200 complex in mammalian autophagy: FIP200, a counterpart of yeast Atg17?" Autophagy 5(1): 85-87. Hara, T., A. Takamura, C. Kishi, S. Iemura, T. Natsume, J. L. Guan and N. Mizushima (2008). "FIP200, a ULK-interacting protein, is required for autophagosome formation in mammalian cells." J Cell Biol 181(3): 497-510.
107
Hartig, J. V. and K. Forstemann (2011). "Loqs-PD and R2D2 define independent pathways for RISC generation in Drosophila." Nucleic Acids Res 39(9): 3836-3851. He, C. and D. J. Klionsky (2009). "Regulation mechanisms and signaling pathways of autophagy." Annu Rev Genet 43: 67-93. Heitman, J., N. R. Movva and M. N. Hall (1991). "Targets for cell cycle arrest by the immunosuppressant rapamycin in yeast." Science 253(5022): 905-909. Hosokawa, N., T. Hara, T. Kaizuka, C. Kishi, A. Takamura, Y. Miura, S. Iemura, T. Natsume, K. Takehana, N. Yamada, J. L. Guan, N. Oshiro and N. Mizushima (2009). "Nutrientdependent mTORC1 association with the ULK1-Atg13-FIP200 complex required for autophagy." Mol Biol Cell 20(7): 1981-1991. Hosokawa, N., T. Sasaki, S. Iemura, T. Natsume, T. Hara and N. Mizushima (2009). "Atg101, a novel mammalian autophagy protein interacting with Atg13." Autophagy 5(7): 973-979. Huang, W. P. and D. J. Klionsky (2002). "Autophagy in yeast: a review of the molecular machinery." Cell Struct Funct 27(6): 409-420. Ikebuchi, K., T. Chano, Y. Ochi, H. Tameno, T. Shimada, Y. Hisa and H. Okabe (2009). "RB1CC1 activates the promoter and expression of RB1 in human cancer." Int J Cancer 125(4): 861-867. Itakura, E. and N. Mizushima (2010). "Characterization of autophagosome formation site by a hierarchical analysis of mammalian Atg proteins." Autophagy 6(6): 764-776. Itakura, E. and N. Mizushima (2011). "p62 Targeting to the autophagosome formation site requires self-oligomerization but not LC3 binding." J Cell Biol 192(1): 17-27. Jao, C. C., M. J. Ragusa, R. E. Stanley and J. H. Hurley (2013). "A HORMA domain in Atg13 mediates PI 3-kinase recruitment in autophagy." Proc Natl Acad Sci U S A 110(14): 5486-5491. Jiang, P. and N. Mizushima (2014). "Autophagy and human diseases." Cell Res 24(1): 69-79. Jo, E. K., J. M. Yuk, D. M. Shin and C. Sasakawa (2013). "Roles of autophagy in elimination of intracellular bacterial pathogens." Front Immunol 4: 97. Juhasz, G. (2012). "Interpretation of bafilomycin, pH neutralizing or protease inhibitor treatments in autophagic flux experiments: novel considerations." Autophagy 8(12): 18751876.
108
Juhasz, G., B. Erdi, M. Sass and T. P. Neufeld (2007). "Atg7-dependent autophagy promotes neuronal health, stress tolerance, and longevity but is dispensable for metamorphosis in Drosophila." Genes Dev 21(23): 3061-3066. Juhasz, G., J. H. Hill, Y. Yan, M. Sass, E. H. Baehrecke, J. M. Backer and T. P. Neufeld (2008). "The class III PI(3)K Vps34 promotes autophagy and endocytosis but not TOR signaling in Drosophila." J Cell Biol 181(4): 655-666. Jung, C. H., C. B. Jun, S. H. Ro, Y. M. Kim, N. M. Otto, J. Cao, M. Kundu and D. H. Kim (2009). "ULK-Atg13-FIP200 complexes mediate mTOR signaling to the autophagy machinery." Mol Biol Cell 20(7): 1992-2003. Jung, C. H., S. H. Ro, J. Cao, N. M. Otto and D. H. Kim (2010). "mTOR regulation of autophagy." FEBS Lett 584(7): 1287-1295. Jung, C. H., M. Seo, N. M. Otto and D. H. Kim (2011). "ULK1 inhibits the kinase activity of mTORC1 and cell proliferation." Autophagy 7(10): 1212-1221. Kamada, Y., K. Yoshino, C. Kondo, T. Kawamata, N. Oshiro, K. Yonezawa and Y. Ohsumi (2010). "Tor directly controls the Atg1 kinase complex to regulate autophagy." Mol Cell Biol 30(4): 1049-1058. Kaushik, S. and A. M. Cuervo (2012). "Chaperone-mediated autophagy: a unique way to enter the lysosome world." Trends Cell Biol 22(8): 407-417. Ketting, R. F., S. E. Fischer, E. Bernstein, T. Sijen, G. J. Hannon and R. H. Plasterk (2001). "Dicer functions in RNA interference and in synthesis of small RNA involved in developmental timing in C. elegans." Genes Dev 15(20): 2654-2659. Kim, K., Y. S. Lee, D. Harris, K. Nakahara and R. W. Carthew (2006). "The RNAi pathway initiated by Dicer-2 in Drosophila." Cold Spring Harb Symp Quant Biol 71: 39-44. Kim, M., H. L. Park, H. W. Park, S. H. Ro, S. G. Nam, J. M. Reed, J. L. Guan and J. H. Lee (2013). "Drosophila Fip200 is an essential regulator of autophagy that attenuates both growth and aging." Autophagy 9(8): 1201-1213. Kirisako, T., M. Baba, N. Ishihara, K. Miyazawa, M. Ohsumi, T. Yoshimori, T. Noda and Y. Ohsumi (1999). "Formation process of autophagosome is traced with Apg8/Aut7p in yeast." J Cell Biol 147(2): 435-446. Kirkin, V., D. G. McEwan, I. Novak and I. Dikic (2009). "A role for ubiquitin in selective autophagy." Mol Cell 34(3): 259-269. Klionsky, D. J. (2010). "The autophagy connection." Dev Cell 19(1): 11-12. 109
Klionsky, D. J., F. C. Abdalla, H. Abeliovich, R. T. Abraham, A. Acevedo-Arozena, K. Adeli, L. Agholme, M. Agnello, P. Agostinis, J. A. Aguirre-Ghiso, H. J. Ahn, O. Ait-Mohamed, S. Ait-Si-Ali, T. Akematsu, S. Akira, H. M. Al-Younes, M. A. Al-Zeer, M. L. Albert, R. L. Albin, J. Alegre-Abarrategui, M. F. Aleo, M. Alirezaei, A. Almasan, M. Almonte-Becerril, A. Amano, R. Amaravadi, S. Amarnath, A. O. Amer, N. Andrieu-Abadie, V. Anantharam, D. K. Ann, S. Anoopkumar-Dukie, H. Aoki, N. Apostolova, G. Arancia, J. P. Aris, K. Asanuma, N. Y. Asare, H. Ashida, V. Askanas, D. S. Askew, P. Auberger, M. Baba, S. K. Backues, E. H. Baehrecke, B. A. Bahr, X. Y. Bai, Y. Bailly, R. Baiocchi, G. Baldini, W. Balduini, A. Ballabio, B. A. Bamber, E. T. Bampton, G. Banhegyi, C. R. Bartholomew, D. C. Bassham, R. C. Bast, Jr., H. Batoko, B. H. Bay, I. Beau, D. M. Bechet, T. J. Begley, C. Behl, C. Behrends, S. Bekri, B. Bellaire, L. J. Bendall, L. Benetti, L. Berliocchi, H. Bernardi, F. Bernassola, S. Besteiro, I. Bhatia-Kissova, X. Bi, M. Biard-Piechaczyk, J. S. Blum, L. H. Boise, P. Bonaldo, D. L. Boone, B. C. Bornhauser, K. R. Bortoluci, I. Bossis, F. Bost, J. P. Bourquin, P. Boya, M. Boyer-Guittaut, P. V. Bozhkov, N. R. Brady, C. Brancolini, A. Brech, J. E. Brenman, A. Brennand, E. H. Bresnick, P. Brest, D. Bridges, M. L. Bristol, P. S. Brookes, E. J. Brown, J. H. Brumell, N. Brunetti-Pierri, U. T. Brunk, D. E. Bulman, S. J. Bultman, G. Bultynck, L. F. Burbulla, W. Bursch, J. P. Butchar, W. Buzgariu, S. P. Bydlowski, K. Cadwell, M. Cahova, D. Cai, J. Cai, Q. Cai, B. Calabretta, J. Calvo-Garrido, N. Camougrand, M. Campanella, J. Campos-Salinas, E. Candi, L. Cao, A. B. Caplan, S. R. Carding, S. M. Cardoso, J. S. Carew, C. R. Carlin, V. Carmignac, L. A. Carneiro, S. Carra, R. A. Caruso, G. Casari, C. Casas, R. Castino, E. Cebollero, F. Cecconi, J. Celli, H. Chaachouay, H. J. Chae, C. Y. Chai, D. C. Chan, E. Y. Chan, R. C. Chang, C. M. Che, C. C. Chen, G. C. Chen, G. Q. Chen, M. Chen, Q. Chen, S. S. Chen, W. Chen, X. Chen, X. Chen, X. Chen, Y. G. Chen, Y. Chen, Y. Chen, Y. J. Chen, Z. Chen, A. Cheng, C. H. Cheng, Y. Cheng, H. Cheong, J. H. Cheong, S. Cherry, R. Chess-Williams, Z. H. Cheung, E. Chevet, H. L. Chiang, R. Chiarelli, T. Chiba, L. S. Chin, S. H. Chiou, F. V. Chisari, C. H. Cho, D. H. Cho, A. M. Choi, D. Choi, K. S. Choi, M. E. Choi, S. Chouaib, D. Choubey, V. Choubey, C. T. Chu, T. H. Chuang, S. H. Chueh, T. Chun, Y. J. Chwae, M. L. Chye, R. Ciarcia, M. R. Ciriolo, M. J. Clague, R. S. Clark, P. G. Clarke, R. Clarke, P. Codogno, H. A. Coller, M. I. Colombo, S. Comincini, M. Condello, F. Condorelli, M. R. Cookson, G. H. Coombs, I. Coppens, R. Corbalan, P. Cossart, P. Costelli, S. Costes, A. Coto-Montes, E. Couve, F. P. Coxon, J. M. Cregg, J. L. Crespo, M. J. Cronje, A. M. Cuervo, J. J. Cullen, M. J. Czaja, M. D'Amelio, A. Darfeuille-Michaud, L. M. Davids, F. E. Davies, M. De Felici, J. F. de Groot, C. A. de Haan, L. De Martino, A. De Milito, V. De Tata, J. Debnath, A. Degterev, B. Dehay, L. M. Delbridge, F. Demarchi, Y. Z. Deng, J. Dengjel, P. Dent, D. Denton, V. Deretic, S. D. Desai, R. J. Devenish, M. Di Gioacchino, G. Di Paolo, C. Di Pietro, G. Diaz-Araya, I. Diaz-Laviada, M. T. Diaz-Meco, J. Diaz-Nido, I. Dikic, S. P. Dinesh-Kumar, W. X. Ding, C. W. Distelhorst, A. Diwan, M. Djavaheri-Mergny, S. Dokudovskaya, Z. Dong, F. C. Dorsey, V. Dosenko, J. J. Dowling, S. Doxsey, M. Dreux, M. E. Drew, Q. Duan, M. A. Duchosal, K. Duff, I. Dugail, M. Durbeej, M. Duszenko, C. L. Edelstein, A. L. Edinger, G. Egea, L. Eichinger, N. T. Eissa, S. Ekmekcioglu, W. S. El-Deiry, 110
Z. Elazar, M. Elgendy, L. M. Ellerby, K. E. Eng, A. M. Engelbrecht, S. Engelender, J. Erenpreisa, R. Escalante, A. Esclatine, E. L. Eskelinen, L. Espert, V. Espina, H. Fan, J. Fan, Q. W. Fan, Z. Fan, S. Fang, Y. Fang, M. Fanto, A. Fanzani, T. Farkas, J. C. Farre, M. Faure, M. Fechheimer, C. G. Feng, J. Feng, Q. Feng, Y. Feng, L. Fesus, R. Feuer, M. E. FigueiredoPereira, G. M. Fimia, D. C. Fingar, S. Finkbeiner, T. Finkel, K. D. Finley, F. Fiorito, E. A. Fisher, P. B. Fisher, M. Flajolet, M. L. Florez-McClure, S. Florio, E. A. Fon, F. Fornai, F. Fortunato, R. Fotedar, D. H. Fowler, H. S. Fox, R. Franco, L. B. Frankel, M. Fransen, J. M. Fuentes, J. Fueyo, J. Fujii, K. Fujisaki, E. Fujita, M. Fukuda, R. H. Furukawa, M. Gaestel, P. Gailly, M. Gajewska, B. Galliot, V. Galy, S. Ganesh, B. Ganetzky, I. G. Ganley, F. B. Gao, G. F. Gao, J. Gao, L. Garcia, G. Garcia-Manero, M. Garcia-Marcos, M. Garmyn, A. L. Gartel, E. Gatti, M. Gautel, T. R. Gawriluk, M. E. Gegg, J. Geng, M. Germain, J. E. Gestwicki, D. A. Gewirtz, S. Ghavami, P. Ghosh, A. M. Giammarioli, A. N. Giatromanolaki, S. B. Gibson, R. W. Gilkerson, M. L. Ginger, H. N. Ginsberg, J. Golab, M. S. Goligorsky, P. Golstein, C. Gomez-Manzano, E. Goncu, C. Gongora, C. D. Gonzalez, R. Gonzalez, C. Gonzalez-Estevez, R. A. Gonzalez-Polo, E. Gonzalez-Rey, N. V. Gorbunov, S. Gorski, S. Goruppi, R. A. Gottlieb, D. Gozuacik, G. E. Granato, G. D. Grant, K. N. Green, A. Gregorc, F. Gros, C. Grose, T. W. Grunt, P. Gual, J. L. Guan, K. L. Guan, S. M. Guichard, A. S. Gukovskaya, I. Gukovsky, J. Gunst, A. B. Gustafsson, A. J. Halayko, A. N. Hale, S. K. Halonen, M. Hamasaki, F. Han, T. Han, M. K. Hancock, M. Hansen, H. Harada, M. Harada, S. E. Hardt, J. W. Harper, A. L. Harris, J. Harris, S. D. Harris, M. Hashimoto, J. A. Haspel, S. Hayashi, L. A. Hazelhurst, C. He, Y. W. He, M. J. Hebert, K. A. Heidenreich, M. H. Helfrich, G. V. Helgason, E. P. Henske, B. Herman, P. K. Herman, C. Hetz, S. Hilfiker, J. A. Hill, L. J. Hocking, P. Hofman, T. G. Hofmann, J. Hohfeld, T. L. Holyoake, M. H. Hong, D. A. Hood, G. S. Hotamisligil, E. J. Houwerzijl, M. Hoyer-Hansen, B. Hu, C. A. Hu, H. M. Hu, Y. Hua, C. Huang, J. Huang, S. Huang, W. P. Huang, T. B. Huber, W. K. Huh, T. H. Hung, T. R. Hupp, G. M. Hur, J. B. Hurley, S. N. Hussain, P. J. Hussey, J. J. Hwang, S. Hwang, A. Ichihara, S. Ilkhanizadeh, K. Inoki, T. Into, V. Iovane, J. L. Iovanna, N. Y. Ip, Y. Isaka, H. Ishida, C. Isidoro, K. Isobe, A. Iwasaki, M. Izquierdo, Y. Izumi, P. M. Jaakkola, M. Jaattela, G. R. Jackson, W. T. Jackson, B. Janji, M. Jendrach, J. H. Jeon, E. B. Jeung, H. Jiang, H. Jiang, J. X. Jiang, M. Jiang, Q. Jiang, X. Jiang, X. Jiang, A. Jimenez, M. Jin, S. Jin, C. O. Joe, T. Johansen, D. E. Johnson, G. V. Johnson, N. L. Jones, B. Joseph, S. K. Joseph, A. M. Joubert, G. Juhasz, L. Juillerat-Jeanneret, C. H. Jung, Y. K. Jung, K. Kaarniranta, A. Kaasik, T. Kabuta, M. Kadowaki, K. Kagedal, Y. Kamada, V. O. Kaminskyy, H. H. Kampinga, H. Kanamori, C. Kang, K. B. Kang, K. I. Kang, R. Kang, Y. A. Kang, T. Kanki, T. D. Kanneganti, H. Kanno, A. G. Kanthasamy, A. Kanthasamy, V. Karantza, G. P. Kaushal, S. Kaushik, Y. Kawazoe, P. Y. Ke, J. H. Kehrl, A. Kelekar, C. Kerkhoff, D. H. Kessel, H. Khalil, J. A. Kiel, A. A. Kiger, A. Kihara, D. R. Kim, D. H. Kim, D. H. Kim, E. K. Kim, H. R. Kim, J. S. Kim, J. H. Kim, J. C. Kim, J. K. Kim, P. K. Kim, S. W. Kim, Y. S. Kim, Y. Kim, A. Kimchi, A. C. Kimmelman, J. S. King, T. J. Kinsella, V. Kirkin, L. A. Kirshenbaum, K. Kitamoto, K. Kitazato, L. Klein, W. T. Klimecki, J. Klucken, E. Knecht, B. C. Ko, J. C. 111
Koch, H. Koga, J. Y. Koh, Y. H. Koh, M. Koike, M. Komatsu, E. Kominami, H. J. Kong, W. J. Kong, V. I. Korolchuk, Y. Kotake, M. I. Koukourakis, J. B. Kouri Flores, A. L. Kovacs, C. Kraft, D. Krainc, H. Kramer, C. Kretz-Remy, A. M. Krichevsky, G. Kroemer, R. Kruger, O. Krut, N. T. Ktistakis, C. Y. Kuan, R. Kucharczyk, A. Kumar, R. Kumar, S. Kumar, M. Kundu, H. J. Kung, T. Kurz, H. J. Kwon, A. R. La Spada, F. Lafont, T. Lamark, J. Landry, J. D. Lane, P. Lapaquette, J. F. Laporte, L. Laszlo, S. Lavandero, J. N. Lavoie, R. Layfield, P. A. Lazo, W. Le, L. Le Cam, D. J. Ledbetter, A. J. Lee, B. W. Lee, G. M. Lee, J. Lee, J. H. Lee, M. Lee, M. S. Lee, S. H. Lee, C. Leeuwenburgh, P. Legembre, R. Legouis, M. Lehmann, H. Y. Lei, Q. Y. Lei, D. A. Leib, J. Leiro, J. J. Lemasters, A. Lemoine, M. S. Lesniak, D. Lev, V. V. Levenson, B. Levine, E. Levy, F. Li, J. L. Li, L. Li, S. Li, W. Li, X. J. Li, Y. B. Li, Y. P. Li, C. Liang, Q. Liang, Y. F. Liao, P. P. Liberski, A. Lieberman, H. J. Lim, K. L. Lim, K. Lim, C. F. Lin, F. C. Lin, J. Lin, J. D. Lin, K. Lin, W. W. Lin, W. C. Lin, Y. L. Lin, R. Linden, P. Lingor, J. Lippincott-Schwartz, M. P. Lisanti, P. B. Liton, B. Liu, C. F. Liu, K. Liu, L. Liu, Q. A. Liu, W. Liu, Y. C. Liu, Y. Liu, R. A. Lockshin, C. N. Lok, S. Lonial, B. Loos, G. Lopez-Berestein, C. Lopez-Otin, L. Lossi, M. T. Lotze, P. Low, B. Lu, B. Lu, B. Lu, Z. Lu, F. Luciano, N. W. Lukacs, A. H. Lund, M. A. Lynch-Day, Y. Ma, F. Macian, J. P. MacKeigan, K. F. Macleod, F. Madeo, L. Maiuri, M. C. Maiuri, D. Malagoli, M. C. Malicdan, W. Malorni, N. Man, E. M. Mandelkow, S. Manon, I. Manov, K. Mao, X. Mao, Z. Mao, P. Marambaud, D. Marazziti, Y. L. Marcel, K. Marchbank, P. Marchetti, S. J. Marciniak, M. Marcondes, M. Mardi, G. Marfe, G. Marino, M. Markaki, M. R. Marten, S. J. Martin, C. Martinand-Mari, W. Martinet, M. Martinez-Vicente, M. Masini, P. Matarrese, S. Matsuo, R. Matteoni, A. Mayer, N. M. Mazure, D. J. McConkey, M. J. McConnell, C. McDermott, C. McDonald, G. M. McInerney, S. L. McKenna, B. McLaughlin, P. J. McLean, C. R. McMaster, G. A. McQuibban, A. J. Meijer, M. H. Meisler, A. Melendez, T. J. Melia, G. Melino, M. A. Mena, J. A. Menendez, R. F. Menna-Barreto, M. B. Menon, F. M. Menzies, C. A. Mercer, A. Merighi, D. E. Merry, S. Meschini, C. G. Meyer, T. F. Meyer, C. Y. Miao, J. Y. Miao, P. A. Michels, C. Michiels, D. Mijaljica, A. Milojkovic, S. Minucci, C. Miracco, C. K. Miranti, I. Mitroulis, K. Miyazawa, N. Mizushima, B. Mograbi, S. Mohseni, X. Molero, B. Mollereau, F. Mollinedo, T. Momoi, I. Monastyrska, M. M. Monick, M. J. Monteiro, M. N. Moore, R. Mora, K. Moreau, P. I. Moreira, Y. Moriyasu, J. Moscat, S. Mostowy, J. C. Mottram, T. Motyl, C. E. Moussa, S. Muller, S. Muller, K. Munger, C. Munz, L. O. Murphy, M. E. Murphy, A. Musaro, I. Mysorekar, E. Nagata, K. Nagata, A. Nahimana, U. Nair, T. Nakagawa, K. Nakahira, H. Nakano, H. Nakatogawa, M. Nanjundan, N. I. Naqvi, D. P. Narendra, M. Narita, M. Navarro, S. T. Nawrocki, T. Y. Nazarko, A. Nemchenko, M. G. Netea, T. P. Neufeld, P. A. Ney, I. P. Nezis, H. P. Nguyen, D. Nie, I. Nishino, C. Nislow, R. A. Nixon, T. Noda, A. A. Noegel, A. Nogalska, S. Noguchi, L. Notterpek, I. Novak, T. Nozaki, N. Nukina, T. Nurnberger, B. Nyfeler, K. Obara, T. D. Oberley, S. Oddo, M. Ogawa, T. Ohashi, K. Okamoto, N. L. Oleinick, F. J. Oliver, L. J. Olsen, S. Olsson, O. Opota, T. F. Osborne, G. K. Ostrander, K. Otsu, J. H. Ou, M. Ouimet, M. Overholtzer, B. Ozpolat, P. Paganetti, U. Pagnini, N. Pallet, G. E. Palmer, C. Palumbo, T. Pan, T. Panaretakis, U. B. 112
Pandey, Z. Papackova, I. Papassideri, I. Paris, J. Park, O. K. Park, J. B. Parys, K. R. Parzych, S. Patschan, C. Patterson, S. Pattingre, J. M. Pawelek, J. Peng, D. H. Perlmutter, I. Perrotta, G. Perry, S. Pervaiz, M. Peter, G. J. Peters, M. Petersen, G. Petrovski, J. M. Phang, M. Piacentini, P. Pierre, V. Pierrefite-Carle, G. Pierron, R. Pinkas-Kramarski, A. Piras, N. Piri, L. C. Platanias, S. Poggeler, M. Poirot, A. Poletti, C. Pous, M. Pozuelo-Rubio, M. PraetoriusIbba, A. Prasad, M. Prescott, M. Priault, N. Produit-Zengaffinen, A. Progulske-Fox, T. Proikas-Cezanne, S. Przedborski, K. Przyklenk, R. Puertollano, J. Puyal, S. B. Qian, L. Qin, Z. H. Qin, S. E. Quaggin, N. Raben, H. Rabinowich, S. W. Rabkin, I. Rahman, A. Rami, G. Ramm, G. Randall, F. Randow, V. A. Rao, J. C. Rathmell, B. Ravikumar, S. K. Ray, B. H. Reed, J. C. Reed, F. Reggiori, A. Regnier-Vigouroux, A. S. Reichert, J. J. Reiners, Jr., R. J. Reiter, J. Ren, J. L. Revuelta, C. J. Rhodes, K. Ritis, E. Rizzo, J. Robbins, M. Roberge, H. Roca, M. C. Roccheri, S. Rocchi, H. P. Rodemann, S. Rodriguez de Cordoba, B. Rohrer, I. B. Roninson, K. Rosen, M. M. Rost-Roszkowska, M. Rouis, K. M. Rouschop, F. Rovetta, B. P. Rubin, D. C. Rubinsztein, K. Ruckdeschel, E. B. Rucker, 3rd, A. Rudich, E. Rudolf, N. RuizOpazo, R. Russo, T. E. Rusten, K. M. Ryan, S. W. Ryter, D. M. Sabatini, J. Sadoshima, T. Saha, T. Saitoh, H. Sakagami, Y. Sakai, G. H. Salekdeh, P. Salomoni, P. M. Salvaterra, G. Salvesen, R. Salvioli, A. M. Sanchez, J. A. Sanchez-Alcazar, R. Sanchez-Prieto, M. Sandri, U. Sankar, P. Sansanwal, L. Santambrogio, S. Saran, S. Sarkar, M. Sarwal, C. Sasakawa, A. Sasnauskiene, M. Sass, K. Sato, M. Sato, A. H. Schapira, M. Scharl, H. M. Schatzl, W. Scheper, S. Schiaffino, C. Schneider, M. E. Schneider, R. Schneider-Stock, P. V. Schoenlein, D. F. Schorderet, C. Schuller, G. K. Schwartz, L. Scorrano, L. Sealy, P. O. Seglen, J. SeguraAguilar, I. Seiliez, O. Seleverstov, C. Sell, J. B. Seo, D. Separovic, V. Setaluri, T. Setoguchi, C. Settembre, J. J. Shacka, M. Shanmugam, I. M. Shapiro, E. Shaulian, R. J. Shaw, J. H. Shelhamer, H. M. Shen, W. C. Shen, Z. H. Sheng, Y. Shi, K. Shibuya, Y. Shidoji, J. J. Shieh, C. M. Shih, Y. Shimada, S. Shimizu, T. Shintani, O. S. Shirihai, G. C. Shore, A. A. Sibirny, S. B. Sidhu, B. Sikorska, E. C. Silva-Zacarin, A. Simmons, A. K. Simon, H. U. Simon, C. Simone, A. Simonsen, D. A. Sinclair, R. Singh, D. Sinha, F. A. Sinicrope, A. Sirko, P. M. Siu, E. Sivridis, V. Skop, V. P. Skulachev, R. S. Slack, S. S. Smaili, D. R. Smith, M. S. Soengas, T. Soldati, X. Song, A. K. Sood, T. W. Soong, F. Sotgia, S. A. Spector, C. D. Spies, W. Springer, S. M. Srinivasula, L. Stefanis, J. S. Steffan, R. Stendel, H. Stenmark, A. Stephanou, S. T. Stern, C. Sternberg, B. Stork, P. Stralfors, C. S. Subauste, X. Sui, D. Sulzer, J. Sun, S. Y. Sun, Z. J. Sun, J. J. Sung, K. Suzuki, T. Suzuki, M. S. Swanson, C. Swanton, S. T. Sweeney, L. K. Sy, G. Szabadkai, I. Tabas, H. Taegtmeyer, M. Tafani, K. Takacs-Vellai, Y. Takano, K. Takegawa, G. Takemura, F. Takeshita, N. J. Talbot, K. S. Tan, K. Tanaka, K. Tanaka, D. Tang, D. Tang, I. Tanida, B. A. Tannous, N. Tavernarakis, G. S. Taylor, G. A. Taylor, J. P. Taylor, L. S. Terada, A. Terman, G. Tettamanti, K. Thevissen, C. B. Thompson, A. Thorburn, M. Thumm, F. Tian, Y. Tian, G. Tocchini-Valentini, A. M. Tolkovsky, Y. Tomino, L. Tonges, S. A. Tooze, C. Tournier, J. Tower, R. Towns, V. Trajkovic, L. H. Travassos, T. F. Tsai, M. P. Tschan, T. Tsubata, A. Tsung, B. Turk, L. S. Turner, S. C. Tyagi, Y. Uchiyama, T. Ueno, M. Umekawa, R. Umemiya-Shirafuji, V. K. Unni, M. I. Vaccaro, E. 113
M. Valente, G. Van den Berghe, I. J. van der Klei, W. van Doorn, L. F. van Dyk, M. van Egmond, L. A. van Grunsven, P. Vandenabeele, W. P. Vandenberghe, I. Vanhorebeek, E. C. Vaquero, G. Velasco, T. Vellai, J. M. Vicencio, R. D. Vierstra, M. Vila, C. Vindis, G. Viola, M. T. Viscomi, O. V. Voitsekhovskaja, C. von Haefen, M. Votruba, K. Wada, R. WadeMartins, C. L. Walker, C. M. Walsh, J. Walter, X. B. Wan, A. Wang, C. Wang, D. Wang, F. Wang, F. Wang, G. Wang, H. Wang, H. G. Wang, H. D. Wang, J. Wang, K. Wang, M. Wang, R. C. Wang, X. Wang, X. Wang, Y. J. Wang, Y. Wang, Z. Wang, Z. C. Wang, Z. Wang, D. G. Wansink, D. M. Ward, H. Watada, S. L. Waters, P. Webster, L. Wei, C. C. Weihl, W. A. Weiss, S. M. Welford, L. P. Wen, C. A. Whitehouse, J. L. Whitton, A. J. Whitworth, T. Wileman, J. W. Wiley, S. Wilkinson, D. Willbold, R. L. Williams, P. R. Williamson, B. G. Wouters, C. Wu, D. C. Wu, W. K. Wu, A. Wyttenbach, R. J. Xavier, Z. Xi, P. Xia, G. Xiao, Z. Xie, Z. Xie, D. Z. Xu, J. Xu, L. Xu, X. Xu, A. Yamamoto, A. Yamamoto, S. Yamashina, M. Yamashita, X. Yan, M. Yanagida, D. S. Yang, E. Yang, J. M. Yang, S. Y. Yang, W. Yang, W. Y. Yang, Z. Yang, M. C. Yao, T. P. Yao, B. Yeganeh, W. L. Yen, J. J. Yin, X. M. Yin, O. J. Yoo, G. Yoon, S. Y. Yoon, T. Yorimitsu, Y. Yoshikawa, T. Yoshimori, K. Yoshimoto, H. J. You, R. J. Youle, A. Younes, L. Yu, L. Yu, S. W. Yu, W. H. Yu, Z. M. Yuan, Z. Yue, C. H. Yun, M. Yuzaki, O. Zabirnyk, E. Silva-Zacarin, D. Zacks, E. Zacksenhaus, N. Zaffaroni, Z. Zakeri, H. J. Zeh, 3rd, S. O. Zeitlin, H. Zhang, H. L. Zhang, J. Zhang, J. P. Zhang, L. Zhang, L. Zhang, M. Y. Zhang, X. D. Zhang, M. Zhao, Y. F. Zhao, Y. Zhao, Z. J. Zhao, X. Zheng, B. Zhivotovsky, Q. Zhong, C. Z. Zhou, C. Zhu, W. G. Zhu, X. F. Zhu, X. Zhu, Y. Zhu, T. Zoladek, W. X. Zong, A. Zorzano, J. Zschocke and B. Zuckerbraun (2012). "Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy." Autophagy 8(4): 445-544. Klionsky, D. J., H. Abeliovich, P. Agostinis, D. K. Agrawal, G. Aliev, D. S. Askew, M. Baba, E. H. Baehrecke, B. A. Bahr, A. Ballabio, B. A. Bamber, D. C. Bassham, E. Bergamini, X. Bi, M. Biard-Piechaczyk, J. S. Blum, D. E. Bredesen, J. L. Brodsky, J. H. Brumell, U. T. Brunk, W. Bursch, N. Camougrand, E. Cebollero, F. Cecconi, Y. Chen, L. S. Chin, A. Choi, C. T. Chu, J. Chung, P. G. Clarke, R. S. Clark, S. G. Clarke, C. Clave, J. L. Cleveland, P. Codogno, M. I. Colombo, A. Coto-Montes, J. M. Cregg, A. M. Cuervo, J. Debnath, F. Demarchi, P. B. Dennis, P. A. Dennis, V. Deretic, R. J. Devenish, F. Di Sano, J. F. Dice, M. Difiglia, S. Dinesh-Kumar, C. W. Distelhorst, M. Djavaheri-Mergny, F. C. Dorsey, W. Droge, M. Dron, W. A. Dunn, Jr., M. Duszenko, N. T. Eissa, Z. Elazar, A. Esclatine, E. L. Eskelinen, L. Fesus, K. D. Finley, J. M. Fuentes, J. Fueyo, K. Fujisaki, B. Galliot, F. B. Gao, D. A. Gewirtz, S. B. Gibson, A. Gohla, A. L. Goldberg, R. Gonzalez, C. Gonzalez-Estevez, S. Gorski, R. A. Gottlieb, D. Haussinger, Y. W. He, K. Heidenreich, J. A. Hill, M. HoyerHansen, X. Hu, W. P. Huang, A. Iwasaki, M. Jaattela, W. T. Jackson, X. Jiang, S. Jin, T. Johansen, J. U. Jung, M. Kadowaki, C. Kang, A. Kelekar, D. H. Kessel, J. A. Kiel, H. P. Kim, A. Kimchi, T. J. Kinsella, K. Kiselyov, K. Kitamoto, E. Knecht, M. Komatsu, E. Kominami, S. Kondo, A. L. Kovacs, G. Kroemer, C. Y. Kuan, R. Kumar, M. Kundu, J. Landry, M. Laporte, W. Le, H. Y. Lei, M. J. Lenardo, B. Levine, A. Lieberman, K. L. Lim, F. C. Lin, W. Liou, L. F. Liu, G. Lopez-Berestein, C. Lopez-Otin, B. Lu, K. F. Macleod, W. Malorni, W. 114
Martinet, K. Matsuoka, J. Mautner, A. J. Meijer, A. Melendez, P. Michels, G. Miotto, W. P. Mistiaen, N. Mizushima, B. Mograbi, I. Monastyrska, M. N. Moore, P. I. Moreira, Y. Moriyasu, T. Motyl, C. Munz, L. O. Murphy, N. I. Naqvi, T. P. Neufeld, I. Nishino, R. A. Nixon, T. Noda, B. Nurnberg, M. Ogawa, N. L. Oleinick, L. J. Olsen, B. Ozpolat, S. Paglin, G. E. Palmer, I. Papassideri, M. Parkes, D. H. Perlmutter, G. Perry, M. Piacentini, R. PinkasKramarski, M. Prescott, T. Proikas-Cezanne, N. Raben, A. Rami, F. Reggiori, B. Rohrer, D. C. Rubinsztein, K. M. Ryan, J. Sadoshima, H. Sakagami, Y. Sakai, M. Sandri, C. Sasakawa, M. Sass, C. Schneider, P. O. Seglen, O. Seleverstov, J. Settleman, J. J. Shacka, I. M. Shapiro, A. Sibirny, E. C. Silva-Zacarin, H. U. Simon, C. Simone, A. Simonsen, M. A. Smith, K. Spanel-Borowski, V. Srinivas, M. Steeves, H. Stenmark, P. E. Stromhaug, C. S. Subauste, S. Sugimoto, D. Sulzer, T. Suzuki, M. S. Swanson, I. Tabas, F. Takeshita, N. J. Talbot, Z. Talloczy, K. Tanaka, K. Tanaka, I. Tanida, G. S. Taylor, J. P. Taylor, A. Terman, G. Tettamanti, C. B. Thompson, M. Thumm, A. M. Tolkovsky, S. A. Tooze, R. Truant, L. V. Tumanovska, Y. Uchiyama, T. Ueno, N. L. Uzcategui, I. van der Klei, E. C. Vaquero, T. Vellai, M. W. Vogel, H. G. Wang, P. Webster, J. W. Wiley, Z. Xi, G. Xiao, J. Yahalom, J. M. Yang, G. Yap, X. M. Yin, T. Yoshimori, L. Yu, Z. Yue, M. Yuzaki, O. Zabirnyk, X. Zheng, X. Zhu and R. L. Deter (2008). "Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy in higher eukaryotes." Autophagy 4(2): 151-175. Klionsky, D. J., J. M. Cregg, W. A. Dunn, Jr., S. D. Emr, Y. Sakai, I. V. Sandoval, A. Sibirny, S. Subramani, M. Thumm, M. Veenhuis and Y. Ohsumi (2003). "A unified nomenclature for yeast autophagy-related genes." Dev Cell 5(4): 539-545. Komatsu, M., S. Waguri, M. Koike, Y. S. Sou, T. Ueno, T. Hara, N. Mizushima, J. Iwata, J. Ezaki, S. Murata, J. Hamazaki, Y. Nishito, S. Iemura, T. Natsume, T. Yanagawa, J. Uwayama, E. Warabi, H. Yoshida, T. Ishii, A. Kobayashi, M. Yamamoto, Z. Yue, Y. Uchiyama, E. Kominami and K. Tanaka (2007). "Homeostatic levels of p62 control cytoplasmic inclusion body formation in autophagy-deficient mice." Cell 131(6): 1149-1163. Korolchuk, V. I., S. Saiki, M. Lichtenberg, F. H. Siddiqi, E. A. Roberts, S. Imarisio, L. Jahreiss, S. Sarkar, M. Futter, F. M. Menzies, C. J. O'Kane, V. Deretic and D. C. Rubinsztein (2011). "Lysosomal positioning coordinates cellular nutrient responses." Nat Cell Biol 13(4): 453-460. Kraft, C., M. Kijanska, E. Kalie, E. Siergiejuk, S. S. Lee, G. Semplicio, I. Stoffel, A. Brezovich, M. Verma, I. Hansmann, G. Ammerer, K. Hofmann, S. Tooze and M. Peter (2012). "Binding of the Atg1/ULK1 kinase to the ubiquitin-like protein Atg8 regulates autophagy." EMBO J 31(18): 3691-3703. Krench, M. and J. T. Littleton (2013). "Modeling Huntington disease in Drosophila: Insights into axonal transport defects and modifiers of toxicity." Fly (Austin) 7(4).
115
Kudchodkar, S. B. and B. Levine (2009). "Viruses and autophagy." Rev Med Virol 19(6): 359-378. Kutter, C. and P. Svoboda (2008). "miRNA, siRNA, piRNA: Knowns of the unknown." RNA Biol 5(4): 181-188. Lamb, C. A., T. Yoshimori and S. A. Tooze (2013). "The autophagosome: origins unknown, biogenesis complex." Nat Rev Mol Cell Biol 14(12): 759-774. Lee, S. B., S. Kim, J. Lee, J. Park, G. Lee, Y. Kim, J. M. Kim and J. Chung (2007). "ATG1, an autophagy regulator, inhibits cell growth by negatively regulating S6 kinase." EMBO Rep 8(4): 360-365. Lenz, S., P. Karsten, J. B. Schulz and A. Voigt (2013). "Drosophila as a screening tool to study human neurodegenerative diseases." J Neurochem 127(4): 453-460. Levine, B. and G. Kroemer (2008). "Autophagy in the pathogenesis of disease." Cell 132(1): 27-42. Loos, B., A. M. Engelbrecht, R. A. Lockshin, D. J. Klionsky and Z. Zakeri (2013). "The variability of autophagy and cell death susceptibility: Unanswered questions." Autophagy 9(9): 1270-1285. Lorin, S., A. Hamai, M. Mehrpour and P. Codogno (2013). "Autophagy regulation and its role in cancer." Semin Cancer Biol 23(5): 361-379. Low, P., A. Varga, K. Pircs, P. Nagy, Z. Szatmari, M. Sass and G. Juhasz (2013). "Impaired proteasomal degradation enhances autophagy via hypoxia signaling in Drosophila." BMC Cell Biol 14: 29. Macintosh, R. L. and K. M. Ryan (2013). "Autophagy in tumour cell death." Semin Cancer Biol 23(5): 344-351. Marquez, R. T. and L. Xu (2012). "Bcl-2:Beclin 1 complex: multiple, mechanisms regulating autophagy/apoptosis toggle switch." Am J Cancer Res 2(2): 214-221. McEwan, D. G. and I. Dikic (2011). "The Three Musketeers of Autophagy: phosphorylation, ubiquitylation and acetylation." Trends Cell Biol 21(4): 195-201. McPhee, C. K. and E. H. Baehrecke (2009). "Autophagy in Drosophila melanogaster." Biochim Biophys Acta 1793(9): 1452-1460. McQuilton, P., S. E. St Pierre, J. Thurmond and C. FlyBase (2012). "FlyBase 101--the basics of navigating FlyBase." Nucleic Acids Res 40(Database issue): D706-714. 116
Melkoumian, Z. K., X. Peng, B. Gan, X. Wu and J. L. Guan (2005). "Mechanism of cell cycle regulation by FIP200 in human breast cancer cells." Cancer Res 65(15): 6676-6684. Mizushima, N. (2010). "The role of the Atg1/ULK1 complex in autophagy regulation." Curr Opin Cell Biol 22(2): 132-139. Mizushima, N. and M. Komatsu (2011). "Autophagy: renovation of cells and tissues." Cell 147(4): 728-741. Mizushima, N., B. Levine, A. M. Cuervo and D. J. Klionsky (2008). "Autophagy fights disease through cellular self-digestion." Nature 451(7182): 1069-1075. Mizushima, N., T. Yoshimori and B. Levine (2010). "Methods in mammalian autophagy research." Cell 140(3): 313-326. Moscat, J. and M. T. Diaz-Meco (2012). "p62: a versatile multitasker takes on cancer." Trends Biochem Sci 37(6): 230-236. Nagy, P., A. Varga, K. Pircs, K. Hegedus and G. Juhasz (2013). "Myc-driven overgrowth requires unfolded protein response-mediated induction of autophagy and antioxidant responses in Drosophila melanogaster." PLoS Genet 9(8): e1003664. Nakatogawa, H., Y. Ichimura and Y. Ohsumi (2007). "Atg8, a ubiquitin-like protein required for autophagosome formation, mediates membrane tethering and hemifusion." Cell 130(1): 165-178. Neufeld, T. P. and E. H. Baehrecke (2008). "Eating on the fly: function and regulation of autophagy during cell growth, survival and death in Drosophila." Autophagy 4(5): 557-562. Nezis, I. P., A. Simonsen, A. P. Sagona, K. Finley, S. Gaumer, D. Contamine, T. E. Rusten, H. Stenmark and A. Brech (2008). "Ref(2)P, the Drosophila melanogaster homologue of mammalian p62, is required for the formation of protein aggregates in adult brain." J Cell Biol 180(6): 1065-1071. Nikoletopoulou, V., M. Markaki, K. Palikaras and N. Tavernarakis (2013). "Crosstalk between apoptosis, necrosis and autophagy." Biochim Biophys Acta 1833(12): 3448-3459. Noda, N. N., Y. Ohsumi and F. Inagaki (2010). "Atg8-family interacting motif crucial for selective autophagy." FEBS Lett 584(7): 1379-1385. Okamura, K., A. Ishizuka, H. Siomi and M. C. Siomi (2004). "Distinct roles for Argonaute proteins in small RNA-directed RNA cleavage pathways." Genes Dev 18(14): 1655-1666.
117
Park, C. and A. M. Cuervo (2013). "Selective autophagy: talking with the UPS." Cell Biochem Biophys 67(1): 3-13. Park, S. Y., M. Z. Ludwig, N. A. Tamarina, B. Z. He, S. H. Carl, D. A. Dickerson, L. Barse, B. Arun, C. L. Williams, C. M. Miles, L. H. Philipson, D. F. Steiner, G. I. Bell and M. Kreitman (2014). "Genetic complexity in a Drosophila model of diabetes-associated misfolded human proinsulin." Genetics 196(2): 539-555. Parkhitko, A. A., O. O. Favorova and E. P. Henske (2013). "Autophagy: mechanisms, regulation, and its role in tumorigenesis." Biochemistry (Mosc) 78(4): 355-367. Paun, B. C., Y. Cheng, B. A. Leggett, J. Young, S. J. Meltzer and Y. Mori (2009). "Screening for microsatellite instability identifies frequent 3'-untranslated region mutation of the RB1inducible coiled-coil 1 gene in colon tumors." PLoS One 4(11): e7715. Pircs, K., P. Nagy, A. Varga, Z. Venkei, B. Erdi, K. Hegedus and G. Juhasz (2012). "Advantages and limitations of different p62-based assays for estimating autophagic activity in Drosophila." PLoS One 7(8): e44214. Potter, C. J., B. Tasic, E. V. Russler, L. Liang and L. Luo (2010). "The Q system: a repressible binary system for transgene expression, lineage tracing, and mosaic analysis." Cell 141(3): 536-548. Prussing, K., A. Voigt and J. B. Schulz (2013). "Drosophila melanogaster as a model organism for Alzheimer's disease." Mol Neurodegener 8: 35. Reggiori, F. and D. J. Klionsky (2002). "Autophagy in the eukaryotic cell." Eukaryot Cell 1(1): 11-21. Reggiori, F. and D. J. Klionsky (2005). "Autophagosomes: biogenesis from scratch?" Curr Opin Cell Biol 17(4): 415-422. Reggiori, F., M. Komatsu, K. Finley and A. Simonsen (2012). "Autophagy: more than a nonselective pathway." Int J Cell Biol 2012: 219625. Rubinsztein, D. C., G. Marino and G. Kroemer (2011). "Autophagy and aging." Cell 146(5): 682-695. Rusten, T. E., K. Lindmo, G. Juhasz, M. Sass, P. O. Seglen, A. Brech and H. Stenmark (2004). "Programmed autophagy in the Drosophila fat body is induced by ecdysone through regulation of the PI3K pathway." Dev Cell 7(2): 179-192. Sabin, L. R., Q. Zheng, P. Thekkat, J. Yang, G. J. Hannon, B. D. Gregory, M. Tudor and S. Cherry (2013). "Dicer-2 processes diverse viral RNA species." PLoS One 8(2): e55458. 118
Scherz-Shouval, R. and Z. Elazar (2011). "Regulation of autophagy by ROS: physiology and pathology." Trends Biochem Sci 36(1): 30-38. Scott, R. C., G. Juhasz and T. P. Neufeld (2007). "Direct induction of autophagy by Atg1 inhibits cell growth and induces apoptotic cell death." Curr Biol 17(1): 1-11. Scott, R. C., O. Schuldiner and T. P. Neufeld (2004). "Role and regulation of starvationinduced autophagy in the Drosophila fat body." Dev Cell 7(2): 167-178. Scott, S. V., D. C. Nice, 3rd, J. J. Nau, L. S. Weisman, Y. Kamada, I. Keizer-Gunnink, T. Funakoshi, M. Veenhuis, Y. Ohsumi and D. J. Klionsky (2000). "Apg13p and Vac8p are part of a complex of phosphoproteins that are required for cytoplasm to vacuole targeting." J Biol Chem 275(33): 25840-25849. Shaid, S., C. H. Brandts, H. Serve and I. Dikic (2013). "Ubiquitination and selective autophagy." Cell Death Differ 20(1): 21-30. Shintani, T. and D. J. Klionsky (2004). "Autophagy in health and disease: a double-edged sword." Science 306(5698): 990-995. Simonsen, A., R. C. Cumming, A. Brech, P. Isakson, D. R. Schubert and K. D. Finley (2008). "Promoting basal levels of autophagy in the nervous system enhances longevity and oxidant resistance in adult Drosophila." Autophagy 4(2): 176-184. Sridharan, S., K. Jain and A. Basu (2011). "Regulation of autophagy by kinases." Cancers (Basel) 3(2): 2630-2654. St Pierre, S. E., L. Ponting, R. Stefancsik, P. McQuilton and C. FlyBase (2014). "FlyBase 102--advanced approaches to interrogating FlyBase." Nucleic Acids Res 42(Database issue): D780-788. Stanley, R. E., M. J. Ragusa and J. H. Hurley (2014). "The beginning of the end: how scaffolds nucleate autophagosome biogenesis." Trends Cell Biol 24(1): 73-81. Suzuki, K. (2013). "Selective autophagy in budding yeast." Cell Death Differ 20(1): 43-48. Suzuki, K., M. Akioka, C. Kondo-Kakuta, H. Yamamoto and Y. Ohsumi (2013). "Fine mapping of autophagy-related proteins during autophagosome formation in Saccharomyces cerevisiae." J Cell Sci 126(Pt 11): 2534-2544. Suzuki, K., Y. Kubota, T. Sekito and Y. Ohsumi (2007). "Hierarchy of Atg proteins in preautophagosomal structure organization." Genes Cells 12(2): 209-218.
119
Suzuki, K. and Y. Ohsumi (2010). "Current knowledge of the pre-autophagosomal structure (PAS)." FEBS Lett 584(7): 1280-1286. Takats, S., P. Nagy, A. Varga, K. Pircs, M. Karpati, K. Varga, A. L. Kovacs, K. Hegedus and G. Juhasz (2013). "Autophagosomal Syntaxin17-dependent lysosomal degradation maintains neuronal function in Drosophila." J Cell Biol 201(4): 531-539. Takats, S., K. Pircs, P. Nagy, A. Varga, M. Karpati, K. Hegedus, H. Kramer, A. L. Kovacs, M. Sass and G. Juhasz (2014). "Interaction of the HOPS complex with Syntaxin 17 mediates autophagosome clearance in Drosophila." Mol Biol Cell 25(8): 1338-1354. Toda, H., H. Mochizuki, R. Flores, 3rd, R. Josowitz, T. B. Krasieva, V. J. Lamorte, E. Suzuki, J. G. Gindhart, K. Furukubo-Tokunaga and T. Tomoda (2008). "UNC-51/ATG1 kinase regulates axonal transport by mediating motor-cargo assembly." Genes Dev 22(23): 32923307. Todde, V., M. Veenhuis and I. J. van der Klei (2009). "Autophagy: principles and significance in health and disease." Biochim Biophys Acta 1792(1): 3-13. Tracy, K. and E. H. Baehrecke (2013). "The role of autophagy in Drosophila metamorphosis." Curr Top Dev Biol 103: 101-125. Tsukada, M. and Y. Ohsumi (1993). "Isolation and characterization of autophagy-defective mutants of Saccharomyces cerevisiae." FEBS Lett 333(1-2): 169-174. Ueda, H., S. Abbi, C. Zheng and J. L. Guan (2000). "Suppression of Pyk2 kinase and cellular activities by FIP200." J Cell Biol 149(2): 423-430. Wei, H., S. Wei, B. Gan, X. Peng, W. Zou and J. L. Guan (2011). "Suppression of autophagy by FIP200 deletion inhibits mammary tumorigenesis." Genes Dev 25(14): 1510-1527. Wong, P. M., C. Puente, I. G. Ganley and X. Jiang (2013). "The ULK1 complex: sensing nutrient signals for autophagy activation." Autophagy 9(2): 124-137. Yamamoto, H., S. Kakuta, T. M. Watanabe, A. Kitamura, T. Sekito, C. Kondo-Kakuta, R. Ichikawa, M. Kinjo and Y. Ohsumi (2012). "Atg9 vesicles are an important membrane source during early steps of autophagosome formation." J Cell Biol 198(2): 219-233. Yang, H., D. G. Rudge, J. D. Koos, B. Vaidialingam, H. J. Yang and N. P. Pavletich (2013). "mTOR kinase structure, mechanism and regulation." Nature 497(7448): 217-223. Yang, Z. and D. J. Klionsky (2009). "An overview of the molecular mechanism of autophagy." Curr Top Microbiol Immunol 335: 1-32.
120
Yang, Z. and D. J. Klionsky (2010). "Mammalian autophagy: core molecular machinery and signaling regulation." Curr Opin Cell Biol 22(2): 124-131. Yen, W. L. and D. J. Klionsky (2008). "How to live long and prosper: autophagy, mitochondria, and aging." Physiology (Bethesda) 23: 248-262. Yorimitsu, T. and D. J. Klionsky (2005). "Autophagy: molecular machinery for self-eating." Cell Death Differ 12 Suppl 2: 1542-1552. Yu, L., C. K. McPhee, L. Zheng, G. A. Mardones, Y. Rong, J. Peng, N. Mi, Y. Zhao, Z. Liu, F. Wan, D. W. Hailey, V. Oorschot, J. Klumperman, E. H. Baehrecke and M. J. Lenardo (2010). "Termination of autophagy and reformation of lysosomes regulated by mTOR." Nature 465(7300): 942-946. Zhang, X., Z. Y. Hu, W. F. Li, Q. R. Li, X. J. Deng, W. Y. Yang, Y. Cao and C. Z. Zhou (2009). "Systematic cloning and analysis of autophagy-related genes from the silkworm Bombyx mori." BMC Mol Biol 10: 50. Zirin, J. and N. Perrimon (2010). "Drosophila as a model system to study autophagy." Semin Immunopathol 32(4): 363-372. Zoncu, R., L. Bar-Peled, A. Efeyan, S. Wang, Y. Sancak and D. M. Sabatini (2011). "mTORC1 senses lysosomal amino acids through an inside-out mechanism that requires the vacuolar H(+)-ATPase." Science 334(6056): 678-683.
121
