1
Inleiding
De laatste jaren is er een groeiende belangstelling voor evidence-based medicine; niet alleen in de medische professie, maar ook bij de paramedici en verpleegkundigen (evidencebased practice, evidence-based nursing). Wat is evidence-based medicine? Een veelgebruikte definitie is: het gewetensvol, expliciet en oordeelkundig gebruik van het huidige, beste bewijsmateriaal om beslissingen te nemen voor individuele patiënten. De methode kent vijf stappen: 1 Formuleren van een beantwoordbare vraag. 2 Literatuur zoeken om deze vraag te beantwoorden. 3 Kritisch beoordelen van de gevonden literatuur. 4 Beslissen op grond van de literatuur. 5 Regelmatig evalueren van de voorgaande vier stappen. In dit boek wordt aandacht besteed aan de eerste twee stappen. Voor de overige stappen kunt u leerboeken over evidence-based medicine raadplegen, zoals Inleiding in evidence-based medicine van Offringa, Assendelft en Scholten. Het wetenschappelijk onderbouwen van beslissingen wordt steeds belangrijker. Bij het zoeken naar het beste wetenschappelijke bewijs uit de literatuur, dient men snel de weg te kunnen vinden in de groeiende stroom aan medische informatie. Een veelgebruikte bron hiervoor is PubMed. Deze database omvat de database medline, de grootste en meest gebruikte biomedische database. In dit boek worden methoden aangereikt om zoekvragen te formuleren en om doelmatige en doeltreffende zoekacties uit te kunnen voeren in PubMed.
12
Praktische handleiding PubMed
1.1
medline
medline (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) is het grootste biomedische databestand ter wereld. Het bevat bibliografische referenties van tijdschriftartikelen uit meer dan 5500 biomedische tijdschriften wereldwijd. Het bestand telt ruim achttien miljoen records en bestrijkt de periode 1946 tot heden. medline richt zich op de biomedische wetenschappen en vakgebieden in de gezondheidszorg – zoals geneeskunde, verpleegkunde – en verwante vakgebieden – zoals diëtetiek, tandheelkunde en diergeneeskunde. Mensen die werkzaam zijn in de gezondheidszorg, zoals huisartsen, medisch specialisten, onderzoekers, jeugdgezondheidswerkers en studenten van een hbo-V-opleiding, kunnen er relevante artikelen vinden. De meeste referenties komen uit Engelstalige bronnen en zijn voorzien van samenvattingen (abstracts). medline wordt vanaf 1996 door de National Library of Medicine (nlm) in de Verenigde Staten op internet ter beschikking gesteld via het programma PubMed. Dit programma is ontwikkeld door het National Center for Biotechnology Information (ncbi) en is onderdeel van haar retrieval-systeem, Entrez. 1.2
PubMed
Verschillende aanbieders (bijvoorbeeld ovid) bieden toegang tot medline. Hiervoor moet meestal worden betaald. PubMed daarentegen biedt gratis toegang tot medline. PubMed en medline vallen niet helemaal samen; hoewel het grootste deel van de referenties in PubMed medline-referenties zijn, is PubMed op bepaalde punten een aanvulling op medline. Uniek in PubMed zijn bijvoorbeeld de in process citations en de supplied by publisher-records (zie ook hierna). wat kan pubmed bieden? PubMed geeft vrije (= gratis) toegang tot medline via het internetadres: www.pubmed.gov.
x
1
Inleiding
13
x
x
x
x
x
x x
x
x
Er worden bijna dagelijks (van dinsdag tot en met zaterdag) nieuwe referenties aan PubMed toegevoegd. PubMed is daardoor up-to-date. PubMed geeft links naar de volledige tekst (full text) van artikelen op websites van meewerkende uitgevers. PubMed geeft links naar databestanden op het gebied van moleculaire biologie, die onderhouden worden door het National Center for Biotechnology Information (ncbi) van de National Library of Medicine (nlm). PubMed geeft toegang tot een selectie van aanvullende tijdschriften op het gebied van life sciences die niet in medline voorkomen. PubMed levert referenties die nog voorzien moeten worden van trefwoorden (MeSH-termen) door de indexeerders van de nlm. Ook andere waardevolle indexeringstypen moeten nog worden toegevoegd, zoals publicatietypen en leeftijdsgroepen. Deze records zijn de allernieuwste referenties. Zij hebben tijdelijk de toevoeging [PubMed – in process] en zijn alleen vindbaar in PubMed door de basis-indexeringstypen zoals auteur, titel en samenvatting. Zodra de referenties volledig geïndexeerd zijn, verandert de toevoeging in de notatie [PubMed – indexed for medline]. Er verschijnen wekelijks nieuwe in process records. PubMed zijn ook referenties te zien die rechtstreeks elektroIn nisch door een uitgever van een tijdschrift worden toegevoegd. Deze referenties hebben de toevoeging [PubMed – as supplied by publisher]. De meeste hiervan zijn in process citations (zie hiervoor). De uitgever kan ook achteraf oude referenties invoeren. Deze krijgen dan ook de toevoeging [PubMed - as supplied by publisher]. PubMed geeft de mogelijkheid om gegevens van tijdschrifttitels op te zoeken via de Journals Database. Bovendien werkt PubMed prettig omdat het zoeken snel gaat en omdat PubMed up-to-date is.
1.3
Inhoud van dit boek
De opbouw van dit boek is als volgt. Hoofdstuk 2 behandelt de openingspagina van PubMed en geeft uitleg over de verschillende knoppen en opties om de zoekbalk te gebruiken.
14
Praktische handleiding PubMed
Hoofdstuk 3 beschrijft hoe basiszoekfuncties in PubMed gebruikt kunnen worden. Uitgelegd wordt hoe bijvoorbeeld automatic mapping werkt, waarbij de termen die u hebt ingetypt in de zoekregel, vertaald worden in trefwoorden en andere zoektermen. Ook de combinatiemogelijkheden met behulp van de booleaanse operatoren worden geïllustreerd. Er wordt uitgelegd hoe via de History opgeslagen sets op allerlei manieren gecombineerd kunnen worden met behulp van de booleaanse operatoren. Tevens wordt een korte introductie gegeven van de structuur van het intelligente trefwoordensysteem (MeSH) van medline. Het gaat hierbij om het vinden van de juiste trefwoorden en hoe de zoektermen in te perken of te verruimen. Hoofdstuk 4 bespreekt verder hoe de basiszoekfuncties gebruikt kunnen worden om snel wat in PubMed op te zoeken. Eventuele nadelen van deze snelle opzoekfuncties worden hier opgesomd en er worden suggesties gegeven voor alternatieve, uitgebreidere zoekmogelijkheden. Ook wordt naar andere hoofdstukken in dit boek verwezen. Het vijfde hoofdstuk beschrijft hoe de zoekresultaten worden weergegeven. PubMed biedt verschillende formats om de gevonden artikelen te bekijken, bijvoorbeeld al dan niet met de trefwoorden of abstracts erbij. Ook doorlinkmogelijkheden naar het full text-artikel komen aan bod en het instellen van de sorteervolgorde, bijvoorbeeld op auteursnamen. Hoofdstuk 6 gaat in op het bewaren van zoekresultaten of zoekacties. Naast het Clipboard, dat handig is om referenties tijdelijk te bewaren, worden ook de functies van My ncbi uitgelegd. Hier kunt u onder een persoonlijke inlogcode uw zoekstrategieen en ook uw zoekresultaten bewaren. My ncbi kan ook gebruikt worden als persoonlijke literatuurattendering. Verder worden in dit hoofdstuk het mailen van gegevens en het exporteren van referenties naar persoonlijke databases als Reference Manager alsook het printen en het digitaal bewaren van gegevens behandeld. In de hoofdstukken 7 en 8 komen enkele specialistischere zoekmogelijkheden van PubMed aan de orde, zoals het zoeken naar auteurs en tijdschriften, en het zoeken met incomplete gegevens. In hoofdstuk 9 wordt uitgelegd hoe u een (systematische) zoekactie het beste kunt voorbereiden. Hierbij wordt aandacht be-
1
Inleiding
15
steed aan de pico-methode en aan de verschillende domeinen die bij de voorbereiding van de zoekvraag van belang zijn. Als de zoekvraag niet goed gesteld wordt, vindt men geen relevante antwoorden of juist veel te veel. De pico-methode biedt de mogelijkheid om de zoekvraag zo te formuleren dat alle elementen van een zoekvraag in PubMed kunnen worden opgezocht en gecombineerd. Het hoofdstuk eindigt met een overzichtstabel van geschikte studietypen per domein. In tabel 9.1, aan het einde van dit hoofdstuk, zijn de geschikte studietypen per domein schematisch weergegeven. Hoofdstuk 10 werkt de aanpak uit van algemene vragen en geeft enkele voorbeelden. Hoofdstuk 11 gaat in op het zoeken naar specifieke klinische vragen, waarbij u tips krijgt aangereikt om dit soort zoekacties specifieker of sensitiever aan te pakken. Zo kunt u een werkwijze kiezen die past bij het resultaat dat u voor ogen staat (een vrij beperkt of juist een uitgebreid en zo volledig mogelijk resultaat). Hoofdstuk 12 laat zien dat de Index-optie mogelijkheden biedt voor bijvoorbeeld het vooraf zien van het aantal treffers, het zoeken met behulp van veldnamen en het raadplegen van de vele indexen van PubMed. Hoofdstuk 13 behandelt het probleem van te veel of te weinig zoekresultaten. Het aantal treffers kan tegenvallen of juist zo groot zijn dat men door de bomen het bos niet meer ziet. Dit hoofdstuk geeft tips om het gevonden aantal treffers op een verantwoorde manier te vergroten of te verkleinen. Ook het limiteren van de resultaten wordt behandeld in dit hoofdstuk. Hoofdstuk 14 bevat enkele voorbeelden van zoekacties en hoofdstuk 15 gaat in op de verslaglegging over de manier van zoeken. Ten slotte volgen nog een verklarende woordenlijst met specifieke PubMed-termen en een register. In dit boek zullen de woorden en knoppen van PubMed die op uw scherm staan, cursief worden weergegeven.
