Praktische handleiding
PubMed
Praktische handleiding
PubMed Hét boek om snel en doeltreffend te zoeken in PubMed
Faridi van Etten – Jamaludin Rikie Deurenberg
Derde druk
Bohn Stafleu van Loghum Houten 2010
© 2010 Bohn Stafleu van Loghum, onderdeel van Springer Uitgeverij Alle rechten voorbehouden. Niets uit deze uitgave mag worden verveelvoudigd, opgeslagen in een geautomatiseerd gegevensbestand, of openbaar gemaakt, in enige vorm of op enige wijze, hetzij elektronisch, mechanisch, door fotokopieën, opnamen, of enig andere manier, zonder voorafgaande schriftelijke toestemming van de uitgever. Voor zover het maken van kopieën uit deze uitgave is toegestaan op grond van artikel 16b Auteurswet j˚ het Besluit van 20 juni 1974, Stb. 351, zoals gewijzigd bij Besluit van 23 augustus 1985, Stb. 471 en artikel 17 Auteurswet, dient men de daarvoor wettelijk verschuldigde vergoedingen te voldoen aan de Stichting Reprorecht (Postbus 3051, 2130 KB Hoofddorp). Voor het overnemen van (een) gedeelte(n) uit deze uitgave in bloemlezingen, readers en andere compilatiewerken (artikel 16 Auteurswet) dient men zich tot de uitgever te wenden. Samensteller(s) en uitgever zijn zich volledig bewust van hun taak een zo betrouwbaar mogelijke uitgave te verzorgen. Niettemin kunnen zij geen aansprakelijkheid aanvaarden voor onjuistheden die eventueel in deze uitgave voorkomen. ISBN 978 90 313 8313 9 NUR 870/890 Eerste druk 2004 Eerste druk, tweede oplage 2006 Eerste druk, derde oplage 2006 Tweede druk 2008 Tweede druk, tweede licht gewijzigde oplage, 2008 Derde druk 2010 Ontwerp omslag en lay-out: Henri van Santen, Studio Imago, Amersfoort
Bohn Stafleu van Loghum Het Spoor 2 Postbus 246 3990 GA Houten www.bsl.nl
Inhoud Voorwoord Ten geleide
8 11
1
Inleiding 1.1 medline 1.2 PubMed 1.3 Inhoud van dit boek
13 14 14 16
2
Openingspagina van PubMed en uitleg over de knoppen en opties 2.1 Knoppen en opties bij de zoekbalk 2.2 Using PubMed 2.3 PubMed Tools 2.4 More Resources
18 19 23 25 27
Hoe zoekt PubMed? 3.1 De Booleaanse operatoren and, or en not en de History 3.2 Automatische omzetting van ingetypte termen naar trefwoorden 3.3 Zoeken via de MeSH-Database
29 29
4
Hoe zoekt PubMed? (vervolg) 4.1 Zoeken via de zoekbalk 4.2 Specifiek zoeken met veldnamen 4.3 Zoeken via Related Articles 4.4 Zoeken met behulp van de Clinical Queries 4.5 Zoeken met behulp van de Topic-Specific Queries 4.6 Zoeken met behulp van MeSH-termen: de Medical Subject Headings
50 50 51 53 55 60 62
5
Hoe worden de resultaten weergegeven? 5.1 Verschillende formats 5.2 Het weergeven van het aantal referenties op één scherm 5.3 Het sorteren van referenties, alfabetisch op auteur, tijdschrijft of publicatiedatum
66 66 71
3
INHOUD
35 41
72 5
6
7
Hoe kan ik zoekresultaten of zoekacties bewaren? 6.1 Clipboard 6.2 My ncbi 6.3 RSS feed, opslaan, e-mailen, exporteren
73 73 75 81
Hoe zoek ik snel naar informatie met behulp van concrete, al bekende gegevens? 7.1 Hoe zoek ik naar auteurs? 7.2 Hoe zoek ik naar tijdschriften? 7.3 Hoe kan er met weinig gegevens een bepaalde referentie gevonden worden? Het gebruik van de Single Citation Matcher
8
Online opsporen van full text-bronnen 8.1 Bookshelf (boekenaanbod van de nlm) 8.2 LinkOut 8.3 Links naar uitgeverijen, tijdschriften en bibliotheken
9
Voorbereiding op de zoekactie: formuleren en uitwerken van de zoekvraag 9.1 Stapsgewijze voorbereiding op de zoekactie 9.2 Het formuleren van een goede zoekvraag: de pico-methode 9.3 Domeinen en de pico-vraagstelling 9.4 Geschikte studietypen per domein
10 De zoekactie in PubMed: zoeken voor algemene vragen 10.1 Verzamelen van goede zoektermen 10.2 Het combineren van termen en het inperken van het resultaat
84 84 86 90
92 92 93 93
96 97 101 102 107 109 109 116
11 Zoeken voor specifieke, klinische vragen 117 11.1 De voorbereiding en het bepalen van de 118 belangrijkste pico-componenten van de vraag 6
PRAKTISCHE
HANDLEIDING
PUBMED
11.2 Het invullen van pico-componenten voor een specifieke zoekactie 11.3 Het invullen van pico-componenten voor een sensitieve zoekactie 11.4 Combinatievolgorde van de onderdelen van de pico vraag 11.5 Samenwerking clinicus en clinical librarian/informatiespecialist
119 121 123 125
12 Het gebruik van de Index via de Search Builder 127 12.1 Aantal treffers 127 12.2 Booleaanse operatoren bij het zoeken van meerdere termen via de index 129 12.3 Index raadplegen voor woordvarianten 130 13 Tips om het zoekplan bij te sturen op basis van het resultaat en het gebruik van de Limits 13.1 Algemene analyse 13.2 Verbeteren van de onderdelen: het verbeteren van het onderdeel dat te weinig of helemaal niet aan bod komt. Ruimer zoeken 13.3 Verbeteren van de onderdelen: zorgen voor een kleiner resultaat dat beter past bij de vraag. Het verbeteren van deprecisie, specifieker zoeken 13.4 Het combineren van onderdelen 13.5 Het gebruik van de Limits 14 Voorbeelden van zoekacties
132 132 134 135
136 136 142
15 Verantwoording van de zoekactie, het weergeven van de opbouw van de zoekvraag 146 Bijlage Register
INHOUD
149 157
7
Voorwoord
Op 26 juni 1997 kondigde de Amerikaanse vice-president Al Gore aan dat alle Amerikaanse ingezetenen kosteloos toegang kregen tot medline, ’s werelds grootste database van medische wetenschappelijke publicaties. Voor die tijd kon medline alleen tegen betaling geraadpleegd worden. Tevens werd een nieuwe, gratis zoekmachine gepresenteerd: PubMed. Vanaf dat moment werd het leven anders. ‘From a computer in the comfort of their own home or from one in their neighbourhood library, Americans will be able to access timely and accurate medical information’, aldus Al Gore. Een voor ons prettig neveneffect was, dat ook niet-Amerikanen konden meeprofiteren van dit genereuze gebaar van de regering-Clinton. PubMed werd het toverwoord wanneer het ging om ‘zoeken naar artikelen’ en er zijn niet veel mensen die weten dat niet PubMed de database is, maar medline. Dankzij de slimme en met je meedenkende zoekmachine PubMed is iedereen in staat medisch-wetenschappelijke artikelen op te sporen en vrijwel iedere medische professional is dan ook aan de slag gegaan met PubMed. PubMed is een uitkomst voor personen die de ‘evidence-based medicine’-werkwijze aanhangen, zoals ik. Evidence-based medicine (ebm) is een samensmelting van de beschikbare bewijslast van zo hoog mogelijk gehalte (best evidence) verkregen uit wetenschappelijk onderzoek met klinische kennis en vaardigheden van de (para)medicus, en voorkeuren, ongerustheid en verwachtingen van de patiënt. Dat is een hele mond vol, maar het komt erop neer dat de ebm-er duidelijk maakt hoe gezocht is naar wetenschappelijk bewijs en op welke bewijs hij of zij een beslissing baseert.
8
PRAKTISCHE
HANDLEIDING
PUBMED
Het begrip ebm is pas in de jaren negentig geïntroduceerd, maar in de periode 1972-1980 ben ook ik in de geest van ebm opgeleid als arts. Wij leerden dat je je beslissingen mede moest baseren op resultaten uit wetenschappelijk onderzoek, al noemden we dat toen geen ‘evidence’. Het grote verschil tussen toen en nu is dat wij veel explicieter zijn in hoe wij aan onze evidence gekomen zijn, en dat er nu veel meer evidence beschikbaar is. En daar beginnen dan ook de problemen: er is gewoon te veel evidence en menigeen legt het hoofd moedeloos in de schoot na een PubMed-zoekactie. Er is dus een slimme manier nodig om je weg te vinden in de brij aan informatie. Marjan Loep werkte destijds voor het Dutch Cochrane Centre in Amsterdam en zij maakte deel uit van het netwerk van informatiespecialisten van de internationale Cochrane Collaboration. Marjan en haar collega’s liepen al snel voor de troepen uit en zij was de eerste informatiespecialist in Nederland die werkers in de gezondheidszorg op efficiënte wijze kon leiden door het woud van medische informatie op het internet. De zoekmachine PubMed speelde daarin een grote rol en Marjan en haar collega Faridi van Etten hadden al snel een praktische handleiding voor PubMed gemaakt. Deze handleiding werd zo goed ontvangen dat omzetting naar een handzaam boekje een logische vervolgstap was. Nadat Marjan enkele weken tevoren nog voor 72 (para)medici het computerpracticum ‘Zoeken’ verzorgd had in onze driedaagse cursus ebm in de klinische praktijk, overleed zij geheel onverwacht in februari 2005. Faridi kreeg de moeilijke opdracht de fakkel van Marjan over te nemen en gelukkig wordt zij daarin nu bijgestaan door Rikie Deurenberg, informatiespecialist van het Kwaliteitsinstituut voor de Gezondheidszorg cbo. Faridi en Rikie hebben in mijn ogen perfect werk afgeleverd. Dit boek helpt mij op optimale wijze gebruik te maken van de zoekmachine PubMed. Ik verbaas mij elke keer weer over de mogelijkheden van PubMed. Deze handleiding wijst mij daarop en bespaart mij veel tijd. Het helpt mij in ieder geval om mijn weg te vinden in de enorme doolhof van medische informatie.
VOORWOORD
9
Ik wens de gebruiker net zoveel profijt van dit boek als ik ervan heb. Dr. R.J.P.M. Scholten Directeur Dutch Cochrane Centre, Amsterdam
10
PRAKTISCHE
HANDLEIDING
PUBMED
Ten geleide
PubMed is inmiddels alom bekend bij medici, paramedici en bibliothecarissen die op zoek zijn naar medische of biomedische informatie. PubMed wordt gezien als een onmisbare informatiebron die een schat aan informatie bevat. Men weet inmiddels dat ‘even kijken’ in PubMed niet zo simpel is als ‘googelen op internet’, zeker niet als gevraagd wordt om een verantwoording van de gekozen zoekmethode. Een goed gebruik van PubMed vraagt om een gedegen kennis van de interface en om een goed opgebouwde zoekstrategie. De auteurs van dit boek denken deze twee ingrediënten te kunnen leveren. Faridi van Etten is clinical librarian in de Medische Bibliotheek van het Academisch Medisch Centrum (amc). Zij heeft in haar functie te maken met het ondersteunen van medici, verpleegkundigen en studenten bij het gebruik van PubMed en andere elektronische literatuurdatabases. Zij verzorgt veel cursussen op het gebied van zoeken in online literatuurdatabases, waaronder PubMed. In haar dagelijkse werk biedt zij ook hulp bij het zoeken naar literatuur voor systematische reviews, richtlijnen en protocollen. De Medische Bibliotheek van het amc is een koploper ten aanzien van evidence-based zoeken. Rikie Deurenberg is als informatiespecialist werkzaam bij het Kwaliteitsinstituut voor de Gezondheidszorg cbo. Haar dagelijks werk bestaat uit het opsporen van studies waarvan de resultaten een evidence-based antwoord geven op uitgangsvragen die in multidisciplinaire richtlijnen worden gesteld. Zo houdt zij zich bezig met het formuleren van de specifieke pico-vragen per uitTEN
GELEIDE
11
gangsvraag en met het vertalen van zoekvragen naar zoekstrategie. De onderwerpen waar richtlijnen voor ontwikkeld worden, wisselen sterk. Naast onderwerpen als longcarcinoom, reumatoïde artritis of copd worden onder andere ook richtlijnen ontwikkeld over verslaafde gedetineerden, alcoholmisbruik en obesitas. Het cbo heeft inmiddels de wetenschappelijke verenigingen begeleid bij de richtlijnontwikkeling voor de meeste frequent voorkomende ziektebeelden als ook bij vele herzieningen. PubMed is een database die snelle ontwikkelingen doormaakt; na drie jaar werd het tijd voor een herziene druk (2e druk) van het boek. De hoofdstukken die gaan over de mogelijkheden die PubMed biedt zijn alle geactualiseerd. Een belangrijke wijziging ten opzichte van de eerste uitgave is de toevoeging van enkele hoofdstukken die dieper ingaan op het zoeken. Het formuleren van zoekvragen en het zoeken voor algemene en specifieke zoekvragen komen uitgebreid aan bod. Hiermee wordt voldaan aan de wens van velen naar aanleiding van de eerste uitgave. Voor u ligt de derde druk van de Praktische handleiding PubMed. Deze geheel geactualiseerde uitgave is gebaseerd op de PubMed-versie van februari 2010. Onze dank gaat uit naar Lieuwe Kool, hoofd van de Medische Bibliotheek amc, voor zijn hulp bij de totstandkoming van het boek en ook naar Kitty Rosenbrand en Jannes van Everdingen van het cbo voor hun stimulerende reacties. Tevens willen wij Dieuwke Brand-de Heer en Fenna Dunning bedanken voor het kritisch doornemen van het manuscript en de geboden ondersteuning. Faridi van Etten-Jamaludin Rikie Deurenberg
12
PRAKTISCHE
HANDLEIDING
PUBMED
