SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER GENISTEIN PADA RESEPTOR ESTROGEN ALFA

PLAGIAT PLAGIATMERUPAKAN MERUPAKANTINDAKAN TINDAKANTIDAK TIDAKTERPUJI TERPUJI

SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER GENISTEIN PADA RESEPTOR ESTROGEN ALFA SKRIPSI Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.) Program Studi Ilmu Farmasi

Oleh: Ricardo Kenny Chandra NIM: 108114186

FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS SANATA DHARMA YOGYAKARTA 2014


Persetujuan Pembimbing

SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER GENISTEIN PADA ESTROGEN RESEPTOR ALFA

Skripsi yang diajukan oleh

:

Ricardo Kenny Chandra

NIM : 108114186

Telah disetujui oleh

Istyastono, Ph.D., Apt

:

tanggal2l Februai2014

Pembimbing Pendamping

Agustina Setiawati, M.Sc., Apt.

tanggal21 Februari2014

ii


Pengesahan Skripsi Berjudul

SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER GENISTEIN PADA RESEPTOR ESTROGEN ALFA

Oleh: Ricardo Kenny Chandra NIM: 108114186 Dipertahankan di Hadapan Panitia Penguji Skripsi Fakultas Farmasi

Universitas Sanata Dharma Pada tanggaL 2A Februari 2014

A

$

Mengetahui, Fakultas Farmasi

Universitas Sanata Dharma

(,-

Ipang Djunarko, M.Sc., Apt. \rrl

Panitia Penguj i Skripsi

1.

Enade Perdana Istyastono, Ph.D., Apt.

2. Agustina Setiawati, M.Sc., Apt. 3. Jeffry Julianus, M.Si. 4. Nunung Yuniarti, M.Si., Ph.D., Apt.

111


Halaman Persembahan

“No one saves us but ourselves. No one can and no one may. We ourselves must walk the path.” - Gautama Buddha.

“It is better to conquer yourself than to win a thousand battles. Then the victory is yours. It cannot be taken from you, not by angels or by demons, heaven or hell.” – Gautama Buddha.

“I think that the power is the principle. The principle of moving forward, as though you have the confidence to move forward, eventually gives you confidence when you look back and see what you've done.” – Robert Downey Jr.

Karya kecilku ini kupersembahkan untuk: Buddha, Dhamma, dan Sangha yang telah mengajarkanku jalan kehidupan Papa dan Mama yang senantiasa memberikanku semangat, kasih sayang, dan dukungan Bapak/Ibu dosen dan staff pengajar Fakultas Farmasi USD Sahabat-sahabatku tersayang Serta

Almamaterku

iv


PERNYATAAN KEASLIAN KARYA

Sl,r,a ,,',",'tratakrn denuan scsr-rnggulrnya bahu,a skripsi yang berjuclLrl "Sinrr-rlasi Pcnanrbatan N,lolel
rrcnlllili ltltrva

atau ttagian kan,a orang lair-i. kccuali vaug telah ciisebutkarr clalan-r

kr-rtipan clan clalirr pirstaka. scbagaintana la1,rkn1,a karya ilmiah.

Apabila tli kcnrLrclian hari clitemr-rkan indikasi plagiarisnre dalanr naskah ini. nraka str-va berscclia rlcnanggung segala sanksi sesuai pcraturan perunclangr-rnclangan yan g bcrlirku.

Yogyakarta, 21 Februari 2014 Penulis

d\

(Ricardo I(enny Chandra)


LEMBAR PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI ILMIAH UNTUK KEPENTINGAN AKADENIIS

Yang bcrtanda tansan cli balr,ah ini. saya nrahasisu,a L-lniversitas Sanala Dhanra: Nanra

: Ricariio Kenn1, Ciranclra

Nomol t\{ahasisrva : I 081 l,+ I 86

ihru perigetahuan, saya mernberikan kepacla Perpustiikaan Unir,.crsitas Sanata Dharma karya ilrriah saya yang berjuclul:"Sinrulasi Penamb:rtan hlolekuler Genistein pada Rcseptor Estrogen Alla" bcsertir

Dcrr-ri pengembangan

cliperlukan (bila acia). Dcngan dernikian sitl'a n-iernberikan kcpacla perpr-rstakaan Unil,ersitas Sanata Dhama hak untuk r-r-rcnyirnpan. rrengalihkan clalanr bentuk meclia lain. rrcngclolanl,a claianr benturk pan-91
pelangkat

1,.ang

di irrternet atau nrcclia tiurpit perlu mcn-tinta t.1in dari sa1,a lrauplur

n-renclistribr"rsikan secara tcrtratas, clan mer-r-ipr-rblikasikarrnl'a

lain untuk kepentingan

akaden-ris

irernberikan rq,alty kepada saya selana tetap mencantumkan nama saya peu iri is.

Demikian pcmyataan ini yang saya buat densan sebcnalnya. Dibuat di Yogyakarta Pada tanggal: 21 Februari 201,1

Yang menyatakan

4(Ri carcl o I(enny Chanc'h'a)

vi

seba-{ai


PRAKATA

Puji syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas rahmat dan karunia-Nya yang diberikan sehingga penyusunan skripsi yang berjudul “SIMULASI

PENAMBATAN

MOLEKULER

GENISTEIN

PADA

RESEPTOR ESTROGEN ALFA” dapat dilaksanakan dengan baik. Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat untuk meraih gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.) di Fakultas Farmasi, Universitas Sanata Dharma, Yogyakarta. Selama proses penelitian dan penyusunan skripsi ini, penulis mendapatkan banyak bantuan dan dukungan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, penulis mengucapkan terima kasih kepada: 1. Ipang Djunarko, M.Sc., Apt., selaku Dekan Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma. 2. C.M. Ratna Rini Nastiti, M.Pharm., Apt., selaku Ketua Program Studi Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma Yogyakarta. 3. Enade Perdana Istyastono, Ph.D., Apt., selaku dosen pembimbing yang telah memberikan bimbingan, masukan serta pengarahan dalam penelitian dan penyusunan skripsi ini. 4. Agustina Setiawati, M.Sc., Apt., selaku dosen pembimbing yang telah memberikan

bimbingan

serta

pengarahan

dalam

penelitian

dan

penyusunan skripsi ini. 5. Jeffry Julianus, M.Si., sebagai dosen penguji yang telah memberikan kritik dan saran yang membangun selama proses pembuatan skripsi.

vii


6. Nunung Yuniarti, M.Si., Ph.D., Apt., sebagai dosen penguji yang telah memberikan kritik dan saran yang membangun selama proses pembuatan skripsi. 7. Muhammad Radifar, S.Farm., yang telah memberikan pengarahan dan bimbingan kepada peneliti selama penyusunan skripsi. 8. Mas Ottok selaku laboran Laboratorium Teknologi Farmasetik Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma yang senantiasa menemani dan memberikan

fasilitas

selama

proses

pelaksanaan

penelitian

di

laboratorium. 9. Papa dan mama tersayang yang telah memberikan dukungan, semangat dan dorongan kepada penulis selama proses penyusunan skripsi. 10. Astuti Malyawati Soesanto dan Chandra Dewa Nata, teman seperjuangan yang telah bersama-sama berjuang untuk menyelesaikan penelitian. 11. Rosiana Cahyono, atas kesabaran, pengertian, doa, dukungan, dan semangat yang selalu diberikan kepada penulis selama proses penelitian dan penyusunan skripsi ini. 12. Sahabatku Hendy, Tora, Suryo, Tian, Christian, Aji, Djanuar, Archie, Hans, Thomas, Angga, Lili dan Reza terima kasih atas kebersamaan serta canda tawa selama pengerjaan skripsi ini 13. Teman-teman FST B 2010 atas kebersamaan, canda tawa, dan pengalaman berharga untuk penulis selama menjalani kuliah di Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma.

viii


14. Semua pihak yang

tidak dapat penulis sebutkan satu per satu yang telah

membantu dalam proses penyusunan skripsi ini.

Akhir kata, penulis menyadari bahwa masih banyak kekurangan dalam penyusunan skripsi

ini

mengingat keterbatasan kemampuan dan pengetahuan

penulis. Oleh karena itu, penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari semua pihak. Semoga skripsi ini dapat memberikan manfaat bagi pembaca.

Penulis

Li

l)

Ricardo Kenny Chandra

1X


DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL............................................................................................................

i

HALAMAN PERSETUJUAN PEMBIMBING..................................................................

ii

HALAMAN PENGESAHAN..............................................................................................

iii

HALAMAN PERSEMBAHAN...........................................................................................

iv

PERNYATAAN KEASLIAN KARYA..............................................................................

v

LEMBAR PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH UNTUK KEPENTINGAN AKADEMIS.............................................................

vi

PRAKATA...........................................................................................................................

vii

DAFTAR ISI........................................................................................................................

x

DAFTAR TABEL................................................................................................................

xiii

DAFTAR GAMBAR...........................................................................................................

xiv

DAFTAR LAMPIRAN.......................................................................................................

xv

DAFTAR SINGKATAN KATA........................................................................................

xvi

INTISARI............................................................................................................................

xvii

ABSTRACT.........................................................................................................................

xviii

BAB I. PENGANTAR.........................................................................................................

1

A. Latar Belakang............................................................................................................

1

1.

Permasalahan.......................................................................................................

2

2.

Keaslian Penelitian..............................................................................................

2

3.

Manfaat Penelitian...............................................................................................

3

B. Tujuan Penelitian........................................................................................................

4

x


1.

Tujuan Umum......................................................................................................

4

2.

Tujuan Khusus.....................................................................................................

4

BAB II. PENELAAHAN PUSTAKA..................................................................................

5

A. Kanker Payudara ........................................................................................................

5

B. Reseptor Estrogen.......................................................................................................

6

C. Genistein.....................................................................................................................

9

D. Penapisan Virtual........................................................................................................

10

E. Interaction Fingerprint………...................................................................................

12

F. PyPLIF…………………………................................................................................

13

G. Landasan Teori……...................................................................................................

14

H. Hipotesis…………………………………………………………………………….

15

BAB III. METODE PENELITIAN......................................................................................

16

A. Jenis dan Rancangan Penelitian...............................................................................

16

B. Variabel Penelitian………………...........................................................................

16

C. Definisi Operasional.................................................................................................

16

D. Bahan dan Alat Penelitian........................................................................................

17

E. Tata Cara Penelitian.................................................................................................

18

F.

1.

Pengunduhan co-crystal REα..............................................................................

18

2.

Pengunduhan struktur genistein...........................................................................

18

3.

Simulasi penambatan...........................................................................................

18

a. Uji efektivitas genistein................................................................................

18

b. Elusidasi pose ikatan…………………………………................................

18

Tata Cara Analisis Hasil...........................................................................................

20

xi


BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN............................................................................

21

A. Uji efektivitas genistein.…..................................................................................

22

B. Elusidasi pose ikatan...........................................................................................

24

BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN..............................................................................

66

A. Kesimpulan...............................................................................................................

66

B. Saran.........................................................................................................................

66

DAFTAR PUSTAKA..........................................................................................................

67

LAMPIRAN.........................................................................................................................

70

BIOGRAFI PENULIS.........................................................................................................

80

xii


DAFTAR TABEL

Tabel I.

Nilai RMSD penambatan kembali OHT Tc-PLIF filter…......... 25

Tabel II.

Nilai RMSD penambatan kembali OHT Tc-PLIF tanpa filtrasi.......................................................................................... 34

Tabel III.

Nilai RMSD penambatan kembali OHT ChemPLP filter…….

Tabel IV.

Nilai RMSD penambatan kembali OHT ChemPLP tanpa

Tabel V.

43

filtrasi……………………………………………………….....

52

Konfigurasi pose representatif dari tiap kelompok……………

62

xiii


DAFTAR GAMBAR

Gambar 1.

Proses perkembangan kanker.....................................................

5

Gambar 2.

Perbandingan struktur 17β-estradiol (A) dengan genistein (B...

9

Gambar 3.

Flowchart pengambilan keputusan penelitian............................

19

Gambar 4.

Histogram sebaran nilai Tc-PLIF genistein...............................

23

Gambar 5.

Histogram sebaran nilai RMSD genistein..................................

61

Gambar 6.

Plot kelompok RMSD genistein................................................

62

Gambar 7.

Visualisasi mode ikatan representatif genistein (B, C, D) dan senyawa standar OHT (A) pada REα.......................................

Gambar 8.

Perbandingan mode ikatan representatif kelompok 1 (ungu) dengan representatif kelompok 2 (hijau)……………………..

Gambar 9.

63

64

Struktur senyawa modifikasi genistein (A), Ruang berikatan untuk senyawa modifikasi genistein (B)………………….....

xiv

65


DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1.

Hasil Analisa Statistik dengan R 3.0.1...................................

Lampiran 2.

Script yang digunakan untuk menambatkan genistein pada REα........................................................................................

Lampiran 3.

77

Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT ChemPLP tanpa filtrasi……………………………………..

Lampiran 9.

76

Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT ChemPLP filter……………………………………………..

Lampiran 8.

75

Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT Tc-PLIF tanpa filtrasi……………………………………….

Lampiran 7.

74

Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT Tc-PLIF filter……………………………………………….

Lampiran 6.

73

Script yang digunakan untuk menambatkan kembali OHT pada REα……………………………………………………

Lampiran 5.

72

Script yang digunakan untuk filtrasi nilai Tc-PLIF filter terbaik……………………………………………………….

Lampiran 4.

71

78

Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD genistein ChemPLP filter…………………………………...

xv

79


DAFTAR SINGKATAN KATA

ABC

ATP-Binding Cassette

AF

Activation Function

AP-1

Transcription Factor Activator Protein-1

ChemPLP

Chemical Piecewise Linear Potential

DBD

DNA Binding Domain

EF

Enrichment Factor

REα

Reseptor Estrogen Alfa

REβ

Reseptor Estrogen Beta

ERE

Estrogen Response Element

IFP

Interaction Fingerprint

LBD

Ligand Binding Domain

PDB

Protein Data Bank

PLANTS

Protein-Ligand Ants System

PVBS

Penapisan Virtual Berbasis Struktur

PyPLIF

Python-Based Protein-Ligand Interaction Fingerprinting

RMSD

Root Mean Square Distance

Tc

Tanimoto Coefficient

Tc-PLIF

Tanimoto Coefficient Protein-Ligand Interaction Fingerprinting

WHO

World Health Organization

xvi


INTISARI Kanker payudara merupakan jenis kanker yang paling sering ditemui di seluruh dunia dan mencakup 16% dari seluruh kejadian kanker pada wanita. Dua dari tiga prevalensi kanker payudara yang terjadi disebabkan adanya over-ekspresi reseptor estrogen alfa (REα). Genistein, salah satu senyawa fito-esterogen diketahui dapat berinteraksi dengan beberapa protein dalam tubuh, salah satunya adalah REα. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan genistein sebagai ligan untuk REα dengan menggunakan perangkat lunak PLANTS1.2 dan Python-based protein-ligand interaction fingerprinting (PyPLIF). Hasil yang didapatkan, divisualisasikan untuk mengetahui bagaimana genistein berinteraksi di dalam kantung ikatan REα menggunakan perangkat lunak PyMOL1.2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa secara statistik protokol yang dikembangkan oleh Radifar et al. (2013) tidak dapat mengenali genistein sebagai ligan REα dan tidak dapat digunakan untuk elusidasi mode ikatan genistein karena tidak mampu mereproduksikan mode ikatan ligan co-crystal yang digunakan. Elusidasi mode ikatan dilakukan dengan menggunakan parameter ChemPLP dan terindentifikasi setidaknya tiga mode ikatan genistein pada REα. Kata kunci: Kanker payudara, genistein, REα, in silico screening, penambatan molekuler, PLANTS1.2, PyPLIF

xvii


ABSTRACT Breast cancer is the most frequent cancer worldwide and cover 16% of total cancer incidence on woman. Two out of three breast cancer prevalence are caused by estrogen receptor alpha (ERα) overexpression. Genistein, one of pyhtoestrogen is known for its ability to interact with some proteins, one of which is ERα. Screening genistein as ligand for ERα was mainly completed using PLANTS1.2 and Python-based protein-ligand interaction fingerprinting (PyPLIF) software. The results were visualized to examine how genistein interact with binding pocket of ERα using PyMOL1.2 software. Statistically, the result shown that the protocol developed by Radifar et al. (2013) could not recognize genistein as ligand for ERα and could not reproduce co-crystal binding mode. Therefore, the protocol could not be used to elucidate genistein binding mode. To elucidate genistein binding mode, ChemPLP parameter was used and at least three genistein binding mode were found. Keywords: Breast cancer, genistein, ERα, in silico screening, molecular docking, PLANTS1.2, PyPLIF

xviii


BAB I PENGANTAR

A. Latar Belakang

Kanker merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh pertumbuhan sel abnormal yang membelah secara terus-menerus (Ramirez, 2007). World Health Organization (WHO) melaporkan bahwa lebih dari 508.000 orang wanita di dunia meninggal akibat kanker payudara pada tahun 2011 serta angka kejadian kanker payudara di sebagian besar negara berkembang mencapai 40 orang penderita untuk tiap 100.000 orang wanita tiap tahunnya (Anonim, 2013). Menurut Herynk, Selever, Thirugnanasampanthan, Cui, dan Fuqua (2009), REα diketahui berperan penting dalam terjadinya kanker payudara, karena dua dari tiga prevalensi kanker payudara disebabkan oleh adanya over-ekspresi REα yang memicu tumbuhnya kanker. Terapi yang banyak digunakan untuk mengobati kanker adalah kemoterapi, namun kemoterapi mempunyai kekurangan berupa efek samping yang dapat menurunkan kualitas hidup seseorang secara signifikan (Hwang, Chang, dan Park, 2013). Oleh karena itu, perlu dikembangkan suatu senyawa alam yang berpotensi dalam menghambat aktivitas REα dan memiliki efek samping yang lebih ringan. Genistein merupakan isoflavon (4’,5,7-trihidroksiisoflavon) yang banyak ditemukan pada daun tanaman subteranian (Trifolium subterraneum L. var. Dwalganup) dan kacang kedelai (Glycine max). Genistein diketahui dapat

1

PLAGIAT PLAGIATMERUPAKAN MERUPAKANTINDAKAN TINDAKANTIDAK TIDAKTERPUJI TERPUJI 2

berinteraksi dengan beberapa target biokimia dalam sel tubuh, yaitu protein tirosin kinase, topoisomerase II, reseptor estrogen, transport ATP-binding cassette (ABC), dan protein-protein lainnya (Polkowski dan Mazurek, 2000). Secara in vitro, genistein telah diketahui aktivitasnya dalam menghambat REα pada sel kanker payudara (Gilani dan Anderson, 2002), namun belum banyak dilakukan penelitian mengenai aktivitas genistein pada REα secara in silico. Uji in silico mengenai aktivitas REα didasarkan pada metode penambatan Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS). Dalam penelitian ini, dilakukan interaction fingerprint (IFP) untuk memilih jenis ikatan antara ligan dan asam amino yang tepat dan dapat digunakan sebagai anchor dalam menentukan ligan yang dapat berikatan dengan molekul target. Pada penelitian ini program IFP yang digunakan adalah PyPLIF yang dikembangkan oleh Radifar, Yuniarti, dan Istyastono pada tahun 2013.

1. Permasalahan 1. Apakah genistein merupakan ligan bagi REα secara in silico menurut protokol penapisan yang dikembangkan oleh Radifar et al. (2013) ? 2. Bagaimanakah pose genistein di dalam kantung ikatan REα? 2. Keaslian Penelitian Sejauh pengetahuan peneliti, penelitian mengenai “Simulasi Penambatan Molekuler Genistein Pada Reseptor Estrogen Alfa” belum pernah dilakukan. Adapun jurnal terkait antara lain “Structure-based design of eugenol analogs as potential estrogen receptor antagonist” oleh Yulia Anita, Muhammad


Radifar, Leonardus BS Kardono, Muhammad Hanafi, Enade P. Istyastono pada tahun 2012 dan “In silico Screening and Binding Mode Analysis of Celecoxib as a Ligand for Estrogen Receptor Alpha” oleh Florentinus Dika Octa Riswanto, Agustina Setiawati, Sri Hartati Yuliani, Enade Perdana Istyastono pada tahun 2013. 3. Manfaat Penelitian a. Manfaat teoretis Hasil penelitian diharapkan memberikan tambahan informasi mengenai ikatan genistein terhadap REα sehingga dapat menjadi acuan dalam pengembangan antagonis REα. b. Manfaat praktis Penelitian ini diharapkan dapat menjadi salah satu pilihan obat untuk mengatasi kanker payudara yang berasal dari bahan alam. c. Manfaat metodologis Diharapkan pada penelitian ini didapatkan pose genistein di dalam kantung ikatan REα.


B. Tujuan Penelitian 1. Tujuan umum Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi senyawa alami yang dapat menjadi ligan bagi REα. 2. Tujuan khusus Tujuan khusus dari penelitian ini antara lain: a. Mengetahui dan menguji apakah protokol penapisan in silico yang dikembangkan oleh Radifar et al. (2013) mampu mengenali genistein sebagai ligan pada REα. b. Mengetahui pada tingkat atomik pose genistein di dalam kantung ikatan REα.


BAB II PENELAAHAN PUSTAKA

A. Kanker Payudara Kanker merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh pertumbuhan sel abnormal yang membelah secara terus-menerus (Ramirez, 2007). Kanker payudara merupakan jenis kanker yang paling umum pada wanita di negara maju dan berkembang. World Health Organization (WHO) melaporkan bahwa lebih dari 508.000 orang wanita di dunia meninggal akibat kanker payudara pada tahun 2011 serta angka kejadian kanker payudara di sebagian besar negara berkembang mencapai 40 orang penderita untuk tiap 100.000 orang wanita per tahunnya (Anonim, 2013).

Gambar 1. Proses perkembangan kanker (diadaptasi dari Ramirez, 2007)

5


Sama seperti kanker pada umumnya, proses pertumbuhan kanker payudara dapat dibagi menjadi tiga tahapan, yaitu inisiasi, promosi, dan progresi (Gambar 1). Tahap inisiasi merupakan tahap mutasi pada satu atau lebih gen pada sel yang berperan penting dalam mengatur proliferasi sel dan bersifat tidak terbalikkan (Ramirez, 2007). Ketika sel telah termutasi oleh agen inisiasi, sel tersebut rentan terhadap agen promosi (tahap promosi). Agen promosi dapat meningkatkan kecepatan proliferasi sel sehingga jumlah sel yang termutasi meningkat dalam jaringan. Tahap progresi merupakan kelanjutan dari promosi, namun pertumbuhan sel kanker tidak lagi bergantung pada paparan agen promosi. Pada tahap tersebut, sel kanker dapat tumbuh secara mandiri dan bersifat invasif melalui metastasis ke seluruh tubuh (Braun dan Anderson, 2007). Umumnya, pada tahap awal terjadinya kanker payudara ditemukan adanya overekspresi REα. REα yang berikatan dengan estrogen menyebabkan adanya stimulasi pembelahan sel dan pertumbuhan tumor (Allred, Brown, dan Medina, 2004). Mekanisme estrogen dalam menstimulasi proliferasi sel kanker payudara dapat disebabkan karena genotoksisitas dari estrogen. Induksi dari gen faktor pemicu pertumbuhan yang berada di stroma dan sel epitel juga dapat menyebabkan proliferasi (Ramirez, 2007).

B. Reseptor Estrogen Aksi estrogen dalam menstimulasi pertumbuhan kanker payudara dimediasi oleh 2 reseptor, yaitu REα dan reseptor estrogen beta (REβ). REα dan REβ merupakan salah satu reseptor inti yang dapat menginduksi faktor


transkripsi. Aktivasi transkripsi oleh REα diperantarai setidaknya dengan 2 activation function (AF) yang berbeda, yaitu: AF-1 pada ujung rantai N dan AF-2 yang terletak pada Ligand Binding Domain (LBD) (Kushner et al., 2000). Aktivitas AF-1 diatur oleh faktor pertumbuhan melalui jalur MAP kinase, sedangkan AF-2 diaktivasi oleh ikatan dengan ligan agonis. DNA Binding Domain (DBD) pada REα berfungsi untuk berikatan dengan Estrogen Response Element (ERE) pada DNA untuk menginduksi terjadinya transkripsi (Hewitt dan Korach, 2002). Mekanisme stimulasi transkripsi oleh REα diawali dengan terjadinya ikatan antara ligan agonis dengan LBD. REα yang telah teraktivasi akan membentuk homodimer dan masuk ke dalam nukleus untuk berikatan dengan ERE dan merekrut co-activator transkripsi (Hewitt dan Korach, 2002). Ikatan antara REα dengan co-activator dipengaruhi oleh jenis ligan (agonis atau antagonis) yang berikatan pada LBD. Ikatan dengan ligan agonis akan mengakibatkan perubahan konformasi pada heliks 12 dan membentuk motif LXXLL (L sebagai Leusin, X sebagai asam amino apapun) atau biasa disebut NR box, yang dapat dikenali oleh co-activator sebagai tempat berikatannya dengan REα. Ikatan dengan ligan antagonis akan mengakibatkan heliks 12 untuk menutup NR box, sehingga co-activator tidak dapat membentuk kompleks dengan REα (Shiau et al., 1998). Setelah dimer REα membentuk kompleks dengan coactivator, kompleks tersebut akan berikatan dengan ERE pada gen target dan menginduksi terjadinya transkripsi (Hewitt dan Korach, 2002).


Peningkatan jumlah REα pada epitel payudara meningkatkan resiko terkena kanker payudara (Ali dan Coombes, 2000). Dua dari tiga prevalensi kanker payudara disebabkan oleh adanya ekspresi REα yang memicu tumbuhnya tumor (Herynk et al., 2009). Estrogen yang mengikat pada REα mengaktivasi jalur signaling yang mengakibatkan proliferasi seluler dan diferensiasi pada jaringan normal mamalia. Namun demikian, penyimpangan aktivasi REα menyebabkan proliferasi sel yang tidak terkontrol dan menyebabkan terjadinya kanker payudara (Li, Meeran, Patel, Chen, Hardy, dan Tollefsbol, 2013). Di sisi lain, estradiol juga dapat berikatan dengan REβ walaupun dengan afinitas 50% lebih kecil dibandingkan dengan afinitasnya terhadap REα (Omoto, Eguchi, Yamaguchi, dan Hayashi, 2003). Secara in vitro, REβ diketahui memiliki aktivitas dalam menghambat transkripsi yang diinduksi oleh REα pada sel kanker payudara (Hayashi et al., 2003). REβ diketahui mempunyai beberapa varian isoform, dua di antaranya adalah REβ1 dan REβcx/β2 (Omoto et al., 2003). Kedua isoform tersebut, menghambat transkripsi yang diinduksi oleh REα dengan mekanisme yang berbeda, yaitu: REβ1 berkompetisi dengan REα untuk berikatan dengan ERE pada target gen dan dapat membentuk homodimer atau heterodimer dengan REα, sedangkan REβcx menginhibisi ikatan antara REα dengan ERE melalui mekanisme yang belum diketahui (Hayashi et al., 2003). Ikatan antara homodimer REα pada ERE menghasilkan stimulasi transkripsi yang lebih besar dibandingkan ikatan ERE dengan homodimer atau heterodimer REβ1 (Omoto et al., 2003). Penghambatan REβ1 dan REβcx terhadap fungsi proliferasi REα mengakibatkan inhibisi pertumbuhan sel kanker payudara positif REα.


C. Genistein Genistein merupakan isoflavon (4’,5,7-trihidroksiisoflavon) yang banyak ditemukan pada daun tanaman subteranian (Trifolium subterraneum L. var. Dwalganup) dan kacang kedelai (Glycine max) (Mariane, 2011). Kacang kedelai mengandung kurang lebih 0,1% genistin (konjugat glikosidik dari genistein) yang akan dimetabolisme oleh bakteri dan enzim di dalam saluran pencernaan menjadi genistein (Pomfrey, 2005). Genistein memiliki struktur yang mirip dengan 17β-estradiol (varian estrogen endogen yang memiliki afinitas terbesar dengan REα) terutama pada gugus hidroksi yang terletak pada kedua sisinya (Gambar 2). Genistein mempunyai sifat antioksidan dan antikanker dengan mengurangi kadar reactive oxygen species, dan juga menginduksi ekspresi enzim antioksidan seperti superoxide dismutase dan catalase (Park et al., 2010) serta memodulasi gen yang meregulasi siklus sel dan apoptosis (Sarkar dan Li, 2002). Genistein diketahui dapat berinteraksi dengan beberapa target biokimia dalam sel tubuh, yaitu protein tirosin kinase, topoisomerase II, reseptor estrogen, transport ABC, dan proteinprotein lainnya (Polkowski dan Mazurek, 2000).

Gambar 2. Perbandingan struktur 17β-estradiol (A) dengan genistein (B)


Efek protektif terhadap kanker dari senyawa isoflavonoid diperkirakan terjadi melalui beberapa mekanisme, yaitu penghancuran radikal bebas, modifikasi enzim yang dapat mendetoksifikasi karsinogen, dan inhibisi terjadinya induksi transcription factor activator protein-1 (AP-1) oleh tumor (Shih, Pickwell, dan Quattrochi, 2002). Menurut Pomfrey (2005), mekanisme antikarsinogenik genistein yang berhubungan dengan REα antara lain: kompetisi dengan estrogen endogen karena ikatan antara genistein dengan REα menghasilkan aktifitas estrogenik yang lemah (1.000-100.000 kali lebih lemah dari 17β-estradiol), inhibisi fosforilasi protein tirosin kinase dari reseptor, dan mengurangi regulasi ekspresi REα. D. Penapisan Virtual Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS) merupakan analog komputasi dari High Throughput Screening dan mengacu pada evaluasi sifat-sifat senyawa secara in silico seperti aktivitas dari beberapa penyusun molekul yang berbeda (Melagraki dan Afantitis, 2011). Penapisan virtual banyak digunakan sebagai metode untuk penemuan obat baru dengan tujuan utama yaitu mengidentifikasi suatu senyawa kimia baru yang mempunyai probabilitas tinggi untuk berikatan pada protein target dan menghasilkan respon biologis yang diinginkan (Ghosh, Nie, An, dan Huang, 2006). PVBS membutuhkan struktur dari molekul target dan referensi senyawa. Setiap senyawa referensi ditambatkan secara virtual pada molekul target melalui suatu perangkat lunak penambatan yang memodelkan interaksi ligan dengan target secara komputasi untuk mendapatkan sifat fisika kimia yang optimal. Suatu


algoritma matematis yang disebut dengan scoring function kemudian digunakan untuk mengevaluasi kecocokan antara senyawa yang ditambatkan dan molekul target. Scoring function merupakan pendekatan secara matematika yang digunakan untuk memprediksi kekuatan interaksi non-kovalen pada proses penambatan. Tahap selanjutnya adalah menyeleksi dan mengurutkan senyawa berdasarkan binding score dan/atau kriteria lainnya (Cheng, Li, Zhou, Wang, dan Bryant, 2012). ChemPLP merupakan scoring function yang menilai interaksi yang ada berdasarkan gaya tarik-menarik dan tolak-menolak antara protein dan ligan (Korb, Stützle, dan Exner, 2006). Kelemahan dari scoring function konvensional (termasuk ChemPLP) adalah tidak mampu membedakan antara pose yang relevan dengan pose yang tidak relevan, terutama untuk senyawa dengan berat molekul yang kecil seperti fragmen (Marcou dan Rognan, 2006). Validasi internal digunakan untuk memeriksa apakah simulasi penambatan yang digunakan protokol PVBS dapat menghasilkan ulang pose dari ligan cocrystal dengan cara menambatkan kembali ligan pada molekul target berulangulang. Parameter yang digunakan pada validasi internal adalah nilai RMSD (Root Mean Square Distance) antara atom besar dari pose penambatan dan pose struktur kristal. Nilai RMSD yang dianggap acceptable adalah kurang dari 2,0 Å (Marcou dan Rognan, 2006). Validasi retrospektif bertujuan untuk mengetahui apakah protokol PVBS yang digunakan dapat membedakan antara ligan positif dengan decoy. Parameter yang digunakan pada validasi retrospektif adalah Enrichment Factor (EF). Semakin besar nilai EF menunjukkan protokol PVBS yang digunakan semakin baik (Huang, Shoichet, dan Irwin, 2006).


Menurut penelitian yang dilakukan oleh Anita et al. (2012), protokol PVBS yang digunakan dapat menjadi alat yang valid untuk menapiskan ligan aktif pada REα secara virtual dan diketahui bahwa molekul air yang terdapat pada pocket REα (PDB code: 3ERT) mempunyai peran penting dalam meningkatkan kualitas dari protokol PVBS. E. Interaction Fingerprint Aspek utama dari interaction fingerprint (IFP) adalah pemilihan jenis ikatan antara ligan dan asam amino yang tepat dan dapat digunakan sebagai anchor dalam menentukan ligan yang dapat berikatan dengan molekul target. Informasi yang didapat, ditampilkan dalam bentuk data yang dapat dengan mudah dimengerti dan diproses dengan metode komputasi. Kelebihan utama dari metode ini adalah kemampuannya untuk membandingkan data fingerprint dan menghitung kesamaannya (antara senyawa yang diuji dengan senyawa reference) dengan Tanimoto coefficient (Tc) yang dapat memfasilitasi pencarian kesamaan secara cepat. Dalam penapisan virtual, fingerprint dapat digunakan untuk menapiskan database untuk mengidentifikasi senyawa yang cocok dengan sifat dari ligan bioaktif (Bielska, Lucas, Czerwoniec, Kasprzak, Kaminska, dan Bujnicki, 2011). Fingerprint dapat diklasifikasikan sesuai dengan dimensinya, yaitu 1D, 2D, dan 3D. Fingerprint yang paling popular dan efisien adalah fingerprint 2D. Pada fingerprint 2D, dihasilkan data dalam bentuk 2D, yaitu interaksi molekul akan ditampilkan dalam bentuk deretan angka nol dan satu yang menggambarkan


ada atau tidak adanya jenis interaksi tersebut antara ligan dengan molekul target (Bielska et al., 2011). Salah satu kelemahan dari software IFP adalah menggunakan software berbayar atau pustaka berbayar. Oleh karena itu, pada tahun 2013 Radifar et al. mengembangkan suatu perangkat lunak IFP yaitu PyPLIF yang menggunakan OpenBabel (sebuah pustaka open source) untuk menghasilkan perangkat lunak IFP yang tak berbayar (Radifar et al., 2013). F. PyPLIF Python-based

protein-ligand

interaction

fingerprinting

(PyPLIF)

merupakan program/script yang digunakan untuk menganalisa interaksi protein dengan ligan dari hasil penambatan molekuler. Menurut Marcou dan Rognan (2006), interaction fingerprinting merupakan parameter yang lebih baik dibandingkan dengan fungsi scoring berbasis energi dalam menentukan kesuksesan penambatan. Salah satu kelebihan dari PyPLIF adalah program ini berdasar pada Open Babel Library, sebuah pustaka open source yang menyajikan peralatan IFP lengkap dan dapat diakses gratis oleh semua orang (Radifar et al., 2013). PyPLIF dapat menghasilkan IFP dengan mengubah interaksi molekuler dari ligand-protein menjadi bit array berdasarkan pilihan residu dan tipe interaksi. Setiap residu terdapat 7 bits yang menggambarkan 7 tipe interaksi yaitu apolar (van der Waals), aromatic face to face, aromatic edge to face, ikatan hidrogen (protein sebagai pendonor ikatan hidrogen), ikatan hidrogen (protein sebagai penerima ikatan hidrogen), interaksi elektrostatik (protein bermuatan positif),


interaksi elektrostatik (protein bermuatan negatif). Menurut Radifat et al. (2013), dengan melakukan filtrasi pada pose yang berikatan hidrogen dengan Asp351, kualitas protokol penapisan pada reseptor REα dapat ditingkatkan. Bit arrays dari pose penambatan dibandingkan dengan standar dan diperiksa kesamaannya menggunakan Tanimoto coefficient protein-ligand interaction fingerprinting (Tc-PLIF). Nilai Tc-PLIF berkisar antara 0,000 sampai 1,000, dengan nilai 0,000 menandakan bahwa tidak ada kemiripan, dan nilai 1,000 menandakan bahwa IFP pose penambatan antara ligan dengan standar identik. Nilai Tc-PLIF untuk ligan aktif lebih besar sama dengan 0,600 (Marcou dan Rognan, 2006). G. Landasan Teori Kanker payudara merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh pertumbuhan sel abnormal yang membelah secara terus menerus. Umumnya penyebab terjadinya kanker payudara adalah adanya overekspresi REα pada epitel payudara. Salah satu senyawa alam yang telah terbukti baik secara in vitro maupun in vivo dapat bersifat sebagai antikanker yaitu genistein yang termasuk dalam golongan isoflavon. Genistein diketahui dapat berinteraksi dengan beberapa target biokimia dalam sel tubuh, seperti REα. Dengan menggunakan perangkat lunak PyPLIF dan protokol yang telah divalidasi oleh Radifar et al. (2013) dilakukan simulasi penambatan genistein pada REα dan mengidentifikasi pose ikatan antara REα dengan genistein.


H. Hipotesis 1. Genistein merupakan ligan bagi REα secara in silico menurut protokol penapisan yang dikembangkan Radifar et al. (2013). 2. Pose genistein di dalam kantung ikatan REα dapat diidentifikasi.


BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis dan Rancangan Penelitian Penelitian yang berjudul “Simulasi Penambatan Molekuler Genistein pada Reseptor Estrogen Alfa” termasuk penelitian komputasi eksperimental yang terdapat intervensi terhadap variabel yang dilakukan dengan bantuan komputer. B. Variabel Penelitian 1. Variabel Penelitian a. Variabel Utama 1) Variabel bebas

: Protokol penambatan.

2) Variabel tergantung : Nilai Tc-PLIF, ChemPLP dan pose genistein di dalam kantung ikatan REα. b. Variabel Pengacau 1) Variabel pengacau terkendali a) Spesifikasi perangkat keras komputasi dan versi perangkat lunak. 2) Variabel pengacau tak terkendali a)

Sifat algoritma penambatan molekuler yang stokastik. C. Definisi Operasional

1. Protokol penelitian: Algoritma yang digunakan oleh Anita et al. (2012) dan telah direvalidasi oleh Radifar et al. (2013). 2. Pose genistein

: Pose genistein di dalam kantung ikatan REα yang dipilih secara obyektif kuantitatif berdasarkan nilai Tc-PLIF dan/atau ChemPLP. 16


3. Filter

: Penyaringan pose ligan yang mempunyai interaksi hidrogen dengan Asp351. D. Bahan dan Alat Penelitian

1. Bahan yang digunakan dalam penelitian a. Protokol yang telah dikembangkan oleh Anita et al. (2012) dan divalidasi kembali oleh Radifar et al. (2013). b. Struktur co-crystal dari REα (didapatkan dari PDB code: 3ERT) c. Struktur tiga dimensi genistein (didapatkan dari zinc.docking.org, dengan kode: ZINC188253300) d. Docking Software PLANTS 1.2 (Korb et al., 2006) PyPLIF (Radifar et al., 2013) untuk menilai kembali pose penambatan, Open Babel sebagai pustaka fingerprinting open access, PyMOL1.2 (Lill dan Danielson, 2011) untuk menampilkan data, dan R 3.0.1. (R Development Core Team, 2013) untuk analisa statistik. 2. Alat atau Instrumen Penelitian Server Laboratorium Virtual Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma (pharcomp.usd) HP Proliant ML110-67 dengan spesifikasi: CPU intel Xeon® E31220 @3.10 GHz, RAM 8GB, dengan sistem operasi ubuntu 12.04, versi kernel 3.5.0-23-genetic. Visualisasi mode ikatan dilakukan pada komputer dengan spesifikasi: CPU intel i3-2120 @3.30 GHz, RAM 4GB, dengan sistem operasi ubuntu 12.04 versi kernel 3.5.0-23-genetic.


E. Tata Cara Penelitian 1. Pengunduhan co-crystal REα Pengunduhan dilakukan dari website PDB (www.rcsb.org) dengan PDB code: 3ERT. 2. Pengunduhan struktur genistein Struktur genistein diunduh dari ZINC (zinc.docking.org) dengan kode: ZINC188253300 3. Simulasi penambatan a. Uji efektivitas genistein Uji efektivitas genistein dilakukan menggunakan protokol yang dikembangkan oleh Anita et al. (2012) dan validasi kembali oleh Radifar et al. (2013) dengan 1.000 kali pengulangan. Protokol menggunakan PLANTS1.2 sebagai perangkat lunak simulasi penambatan dan PyPLIF sebagai perangkat lunak IFP. Diambil nilai Tc-PLIF terbesar dari tiap penambatan pada pose yang memiliki interaksi hidrogen dengan Asp351. Jika nilai Tc-PLIF terbesar muncul lebih dari satu, maka diambil pose dengan nilai ChemPLP yang lebih baik. Seluruh nilai Tc-PLIF dihitung secara statistik dengan taraf kepercayaan 95% bahwa nilai Tc-PLIF tidak kurang dari 0,600 dengan menggunakan perangkat lunak R 3.0.1. b. Elusidasi pose ikatan Elusidasi pose ikatan genistein dengan REα dilakukan dengan menggunakan protokol yang terpilih pada validasi internal. Validasi internal dilakukan sesuai dengan prosedur pengambilan keputusan


(Gambar 3). Protokol yang terpilih, kemudian digunakan untuk mendapatkan pose dengan nilai ChemPLP terbaik sebagai pembanding untuk menghitung nilai RMSD dari setiap pose genistein dengan REα. Nilai RMSD setiap pose, dikelompokkan dengan menggunakan metode kmeans clustering pada perangkat lunak R 3.0.1. Pose pada nilai RMSD median tiap kelompok dipilih sebagai pose representatif yang akan divisualisasikan dengan perangkat lunak PyMOL1.2 untuk melihat mode ikatan genistein di dalam kantung ikatan REα.

Gambar 3. Flowchart pengambilan keputusan penelitian


F. Tata Cara Analisis Hasil Data Tc-PLIF dianalisis dengan perangkat lunak R 3.0.1 menggunakan uji Shapiro-wilk untuk melihat distribusi data tiap kelompok. Jika didapatkan distribusi data yang tidak normal maka dilanjutkan dengan wilcoxon rank sum test. Apabila didapatkan distribusi data yang normal maka dilakukan uji variansi untuk mengetahui variansi antar kelompok dan dilanjutkan dengan uji T untuk mengetahui signifikansi antara data Tc-PLIF dengan nilai 0,600.


BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Salah satu tujuan pengembangan metode in silico adalah sebagai pendekatan untuk menemukan obat baru, namun untuk melakukan pendekatan secara in silico dibutuhkan protokol yang telah tervalidasi. Dengan tujuan untuk mengelusidasi pose ikatan genistein dengan REα, penelitian ini menggunakan pendekatan kimia medisinal komputasi berupa penapisan virtual dengan protokol penapisan virtual yang dikembangkan oleh Anita et al. (2012) dan divalidasi kembali oleh Radifar et al. (2013). Ligan yang akan ditambatkan pada REα adalah genistein yang merupakan senyawa fitoestrogen yang telah diketahui aktif sebagai antagonis REα secara in vitro maupun in vivo (Gilani dan Anderson, 2002), sehingga penelitian ini juga dapat digunakan sebagai validasi prospektif dari protokol penapisan virtual yang digunakan. Senyawa genistein yang merupakan ligan pada penelitian ini ditambatkan pada REα dengan menggunakan perangkat lunak PLANTS1.2 dengan luaran berupa pose ikatan antara genistein dengan REα dan skor ChemPLP. Hasil penambatan molekul dilakukan identifikasi IFP dengan menggunakan perangkat lunak PyPLIF serta dilakukan filtrasi pada pose ligan yang mempunyai ikatan hidrogen dengan Asp351 (Radifar et al., 2013), sehingga hanya diterima pose yang memiliki ikatan hidrogen dengan Asp351. Selanjutnya dipilih pose dengan nilai Tc-PLIF atau ChemPLP terbaik.

21


A. Uji efektivitas genistein Efektivitas genistein pada REα ditentukan berdasarkan nilai Tc-PLIF yang merupakan kemiripan IFP antara ligan dengan standar. Standar yang digunakan

adalah

4-hidroksitamoksifen

(OHT),

metabolit

aktif

dari

tamoksifen yang memiliki afinitas 100 kali lipat lebih besar dari estradiol untuk berikatan dengan REα (Berry, 2008). Jika genistein mempunyai IFP yang mirip dengan OHT, maka genistein dapat dikatakan sebagai ligan yang aktif pada REα. Nilai Tc-PLIF yang diterima adalah lebih besar atau sama dengan 0,600 dari senyawa standar (Marcou dan Rognan, 2006). Dari hasil penambatan yang dilakukan, didapatkan nilai Tc-PLIF ratarata yang sebesar 0,425±0,112 dan nilai median sebesar 0,458 dengan sebaran nilai ditampilkan dalam bentuk histogram (Gambar 4). Uji Shapiro-wilk menunjukkan bahwa nilai Tc-PLIF yang didapatkan tidak terdistribusi normal dengan variansi yang tidak homogen, sehingga dilakukan uji Wilcoxon untuk mengetahui apakah nilai Tc-PLIF tidak lebih kecil dari 0,600 (Lampiran 1). Secara statistik, dengan taraf kepercayaan 95%, nilai Tc-PLIF genistein lebih kecil dari 0,600, menandakan bahwa genistein tidak aktif pada REα secara in silico. Hasil ini berlawanan dengan hasil uji secara in vitro dan in vivo yang mengatakan bahwa genistein aktif dalam menghambat REα (Gilani dan Anderson, 2002). Oleh karena itu, dapat disimpulkan menurut protokol yang dikembangkan oleh Radifar et al. (2013) genistein bukan merupakan ligan aktif bagi REα.


Gambar 4. Histogram sebaran nilai Tc-PLIF genistein Hal ini dapat disebabkan karena senyawa standar yang digunakan terlalu poten, sehingga senyawa alam seperti genistein, tidak dapat dikenali. Genistein mempunyai afinitas 100 kali lebih lemah dari estradiol untuk berikatan dengan REα (Hopert, Beyer, Frank, Strunck, Wūnsche, dan Vollmer, 1998), sementara OHT memiliki afinitas yang 100 kali lebih besar dari estradiol untuk berikatan dengan REα (Berry, 2008), sehingga genistein membutuhkan konsentrasi setidaknya 10.000 kali lebih besar untuk memberikan efek inhibisi yang sama dengan OHT terhadap REα. Oleh karena itu, perlu dipertimbangkan untuk memilih senyawa standar baru yang memiliki aktivitas dalam menghambat REα namun tidak bersifat terlalu poten, sehingga senyawa alam yang terbukti aktif dapat dikenali oleh protokol.


B. Elusidasi pose ikatan Sebelum senyawa genistein ditambatkan pada REα, dilakukan validasi internal

untuk

mengetahui

apakah

protokol

yang

digunakan

dapat

menghasilkan kembali pose dari ligan co-crystal dengan parameter nilai RMSD antara atom-atom besar pada pose penambatan dan pose struktur crystal. Protokol akan diterima apabila nilai RMSD yang dihasilkan kurang dari 2,0 Å (Anita et al., 2012). Protokol yang dapat menghasilkan kembali pose dari ligan co-crystal (95% dari nilai RMSD yang dihasilkan kurang dari 2,0 Å) akan digunakan untuk elusidasi pose ikatan genistein di dalam kantung ikatan REα. Prosedur validasi internal dilakukan sesuai dengan flowchart prosedur pengambilan keputusan penelitian (Gambar 3). Berdasarkan Tabel I dan II diketahui bahwa protokol dengan parameter Tc-PLIF tidak dapat menghasilkan kembali pose co-crystal, karena nilai RMSD yang lebih kecil dari 2,0 Å tidak mencapai 95%. Dengan menggunakan parameter ChemPLP, 100% nilai RMSD yang dihasilkan lebih kecil dari 2,0 Å untuk ketiga replikasi (Tabel III dan IV). Oleh karena itu, parameter ChemPLP filter digunakan untuk menentukan pose ikatan genistein pada REα.


Tabel I. Nilai RMSD penambatan kembali OHT Tc-PLIF filter No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

1

1,392

2

1,098

5,351

1,72

38

1,882

1,205

1,426

75

1,712

1,804

1,198

1,148

5,318

39

1,517

0,715

1,658

76

1,679

1,594

1,654

3

2,006

1,44

1,46

40

1,384

1,849

1,462

77

1,594

1,139

1,807

4

1,396

1,594

1,151

41

1,138

1,908

1,482

78

1,897

0,739

1,532

5

1,913

1,463

1,637

42

1,576

1,438

1,702

79

0,809

1,472

1,374

6

1,013

1,376

1,553

43

1,895

5,362

1,143

80

1,163

1,585

1,805

7

1,696

1,388

1,146

44

1,465

1,616

1,425

81

1,438

1,691

1,695

8

1,896

1,44

5,312

45

1,923

0,791

1,549

82

1,144

0,811

1,143

9

1,808

1,11

1,592

46

1,184

1,679

0,824

83

1,148

1,382

1,141

10

1,829

1,152

1,182

47

1,589

1,159

5,246

84

1,868

1,596

1,436

11

1,145

5,353

5,42

48

1,668

1,448

1,775

85

5,415

1,406

1,768

12

1,178

1,216

5,323

49

1,377

1,42

5,276

86

1,144

1,7

1,131

13

0,772

1,708

1,695

50

5,44

1,455

1,697

87

1,139

0,796

1,147

14

1,216

1,778

1,925

51

1,166

1,667

0,759

88

1,471

1,706

1,798

15

1,143

1,138

5,399

52

1,91

1,139

1,987

89

1,387

1,981

1,143

16

1,434

0,835

1,816

53

2,07

1,326

1,831

90

1,439

5,424

0,928

17

1,677

1,492

1,464

54

1,93

1,137

1,135

91

1,484

1,199

1,476

18

0,69

1,611

1,15

55

1,655

1,939

1,676

92

1,439

1,102

1,39

19

1,139

1,701

1,852

56

1,362

5,433

1,152

93

0,801

1,439

1,163

20

1,715

1,358

1,411

57

1,951

2,065

1,22

94

1,682

1,632

1,546

21

5,386

1,168

1,832

58

1,437

1,154

1,458

95

5,432

1,586

5,417

22

1,353

1,152

1,176

59

1,48

1,432

1,41

96

1,647

0,873

1,846

23

1,436

1,15

1,899

60

1,182

0,775

1,546

97

1,635

1,145

0,789

24

1,423

0,823

1,141

61

1,604

1,746

5,462

98

1,677

1,455

1,159

25

0,541

1,141

1,123

62

1,636

1,384

1,436

99

1,441

1,451

1,641

26

1,499

1,459

1,743

63

1,768

0,772

0,921

100

1,465

1,459

1,441

27

0,797

5,42

1,855

64

1,138

0,779

1,226

101

1,397

1,443

1,431

28

1,447

1,641

1,624

65

1,441

1,151

1,597

102

1,907

1,419

1,079

29

1,636

1,437

1,807

66

1,693

5,48

1,143

103

1,659

0,8

1,666

30

1,142

1,488

1,829

67

5,44

1,132

1,7

104

1,424

1,143

1,161

31

0,739

1,118

1,532

68

1,439

1,174

5,398

105

1,422

1,907

0,799

32

0,783

1,632

1,496

69

1,686

1,141

1,49

106

1,714

1,142

1,606

33

1,618

1,471

1,693

70

0,73

1,195

1,142

107

1,546

1,154

1,786

34

1,644

5,271

1,131

71

0,806

1,426

1,413

108

5,417

0,757

0,874

35

1,435

1,72

1,118

72

1,829

1,15

1,672

109

5,386

5,412

1,732

36

5,289

1,31

1,567

73

1,901

1,832

1,287

110

1,954

0,785

0,782

37

1,672

0,765

1,813

74

1,808

1,86

1,806

111

1,261

1,17

0,794


Tabel I. lanjutan No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

112

1,542

1,675

1,437

150

1,834

1,144

1,609

188

1,469

1,45

1,432

113

0,909

1,453

1,156

151

5,354

1,399

5,349

189

1,656

1,897

1,296

114

1,986

1,232

1,334

152

1,147

1,432

1,213

190

1,596

5,441

0,853

115

1,547

1,899

1,232

153

1,144

1,22

1,438

191

1,437

1,146

1,824

116

1,139

1,767

1,125

154

1,399

1,576

1,428

192

1,818

1,141

1,182

117

1,435

1,624

1,195

155

1,145

1,631

1,814

193

1,159

5,427

1,167

118

1,912

1,94

1,535

156

1,62

1,198

1,585

194

1,432

1,752

1,601

119

1,504

1,14

0,792

157

1,437

1,756

1,435

195

1,463

1,568

0,792

120

1,472

1,805

1,076

158

1,44

1,614

1,481

196

1,865

1,713

5,378

121

1,684

1,398

1,421

159

1,593

1,207

1,649

197

1,149

1,36

1,057

122

1,163

1,137

1,711

160

1,761

1,403

5,413

198

1,527

1,324

1,699

123

1,816

1,566

0,785

161

1,946

1,64

1,85

199

1,139

1,589

0,696

124

1,593

0,82

1,213

162

1,652

1,446

0,769

200

1,907

1,18

1,485

125

5,317

1,874

5,418

163

1,883

1,448

1,139

201

1,08

1,917

1,444

126

1,419

1,493

1,146

164

1,391

1,897

1,974

202

1,544

1,75

2,1

127

5,345

1,821

1,364

165

1,057

1,18

1,142

203

1,133

5,447

1,595

128

1,579

1,441

1,896

166

1,118

0,783

1,344

204

1,666

1,122

1,667

129

1,14

1,511

1,184

167

1,591

0,818

1,605

205

1,144

1,222

1,185

130

1,751

0,811

1,011

168

1,437

1,147

5,326

206

1,625

1,563

5,378

131

1,636

0,841

1,805

169

1,543

1,799

1,149

207

1,442

1,718

0,772

132

1,414

0,59

5,443

170

5,432

0,8

1,456

208

1,775

5,395

1,972

133

1,877

5,421

1,394

171

1,138

1,382

1,297

209

1,342

1,482

1,212

134

1,672

0,794

5,454

172

1,148

1,141

0,873

210

1,213

0,747

1,178

135

1,424

1,407

2,022

173

1,122

1,176

1,19

211

1,477

1,438

1,738

136

1,459

1,467

1,44

174

5,376

5,225

1,715

212

1,929

1,141

1,6

137

1,719

1,47

1,483

175

1,618

1,37

1,442

213

1,191

1,812

1,749

138

5,435

1,667

1,85

176

1,461

1,146

1,144

214

1,439

5,435

1,148

139

5,388

1,469

1,408

177

1,664

1,145

1,866

215

5,422

1,822

1,081

140

1,208

1,699

0,76

178

1,8

2,045

0,838

216

1,134

1,595

1,141

141

1,387

0,723

1,739

179

1,422

1,46

1,167

217

0,801

1,47

1,133

142

1,39

1,885

1,967

180

1,753

0,561

1,151

218

1,794

1,213

1,177

143

1,065

1,16

1,981

181

1,808

1,137

1,631

219

1,368

1,584

1,964

144

1,823

5,407

5,435

182

1,484

1,427

1,436

220

1,8

1,828

1,47

145

5,384

1,174

1,761

183

1,764

1,456

1,14

221

1,46

1,208

1,439

146

1,543

1,506

1,439

184

0,806

1,477

1,641

222

1,455

1,195

1,234

147

1,438

1,182

1,156

185

5,383

1,134

1,049

223

1,884

1,181

1,094

148

1,525

1,589

1,381

186

1,902

1,597

1,391

224

1,485

1,437

1,101

149

1,106

1,902

1,145

187

1,519

1,161

1,155

225

1,145

0,756

1,386



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

226

1,452

1,14

1,407

264

1,132

1,343

1,148

302

1,134

1,469

1,885

227

1,592

1,435

1,807

265

1,673

1,162

1,086

303

5,41

1,14

1,535

228

5,408

1,829

1,802

266

1,427

1,439

1,447

304

1,899

1,467

1,861

229

1,422

1,67

1,439

267

1,233

1,701

1,573

305

1,887

1,792

1,436

230

1,363

1,616

1,438

268

1,147

1,674

1,425

306

1,654

1,462

1,742

231

0,642

1,698

1,47

269

0,747

1,804

5,249

307

1,2

1,432

1,701

232

1,603

5,273

1,479

270

1,679

1,141

1,817

308

1,92

0,835

1,809

233

1,458

1,183

1,81

271

1,166

1,144

1,491

309

1,461

1,562

1,424

234

1,093

1,176

1,69

272

1,683

1,258

1,137

310

1,746

1,65

1,481

235

1,445

1,829

1,708

273

1,384

1,474

1,972

311

1,45

1,14

1,147

236

1,446

1,714

1,67

274

5,449

1,217

1,45

312

1,6

1,429

1,504

237

5,408

1,183

0,81

275

1,408

1,933

0,852

313

1,445

5,447

1,164

238

1,692

1,258

1,132

276

5,416

1,147

1,192

314

1,459

1,145

1,592

239

1,673

1,438

1,588

277

1,679

1,462

0,798

315

1,107

1,677

1,42

240

1,439

1,186

1,296

278

1,139

1,462

1,945

316

1,669

1,482

5,339

241

1,296

1,636

1,803

279

5,341

1,685

1,479

317

0,799

1,815

1,421

242

1,435

1,321

1,429

280

1,485

1,637

1,13

318

1,832

1,428

1,459

243

1,925

1,439

1,595

281

1,141

1,888

1,693

319

1,357

1,144

1,215

244

1,287

1,582

5,356

282

1,385

1,959

1,175

320

0,813

1,725

1,193

245

1,664

1,469

1,426

283

1,821

1,609

1,787

321

1,465

1,44

1,154

246

1,119

1,685

1,63

284

1,711

1,595

1,425

322

1,421

1,481

1,2

247

1,721

1,292

1,696

285

1,68

1,892

1,135

323

1,599

1,6

1,139

248

1,447

5,32

1,776

286

1,144

1,133

1,265

324

5,458

1,276

1,746

249

1,866

1,148

1,446

287

1,925

1,147

1,146

325

1,594

1,489

1,442

250

1,666

1,456

1,55

288

1,236

1,907

5,438

326

1,738

1,121

1,149

251

1,139

1,475

1,803

289

1,155

0,884

1,693

327

1,439

1,65

1,4

252

1,416

5,385

1,42

290

1,142

1,389

1,139

328

1,391

1,142

1,825

253

1,831

1,152

1,479

291

0,795

1,594

1,421

329

1,57

1,334

1,614

254

1,199

1,137

1,441

292

5,419

1,455

5,343

330

1,465

1,815

1,148

255

1,437

1,845

1,513

293

1,181

1,979

0,711

331

2,007

1,451

1,695

256

1,144

1,718

1,312

294

1,815

5,471

1,439

332

1,142

1,758

5,456

257

1,635

1,334

1,168

295

1,071

1,713

1,465

333

1,423

1,045

1,233

258

0,815

1,139

1,419

296

5,422

1,404

1,821

334

1,12

1,591

1,143

259

1,813

1,651

1,612

297

1,078

1,719

5,4

335

5,267

1,522

1,125

260

1,527

0,718

1,14

298

1,7

5,421

1,773

336

2,025

1,807

1,101

261

1,094

1,59

5,432

299

0,803

1,763

1,754

337

5,45

1,148

1,471

262

1,461

1,811

1,481

300

1,454

2,015

1,135

338

1,187

1,161

1,693

263

1,184

1,084

1,589

301

1,814

1,807

1,904

339

1,406

1,119

1,893



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

340

1,685

1,466

0,772

378

1,154

1,914

1,569

416

0,8

1,426

1,183

341

0,813

1,436

0,804

379

1,225

1,424

1,378

417

1,37

1,793

1,93

342

5,445

5,418

1,349

380

5,407

1,78

1,647

418

1,143

0,79

1,828

343

1,668

1,506

5,425

381

1,655

5,415

1,206

419

1,887

1,439

0,983

344

1,807

1,505

1,146

382

1,411

5,429

0,721

420

1,742

5,413

1,24

345

1,533

1,644

1,67

383

1,688

1,447

1,933

421

1,921

1,144

1,454

346

1,557

1,143

1,407

384

1,427

0,74

0,816

422

0,745

1,627

0,843

347

1,808

1,268

1,71

385

1,574

1,811

1,532

423

1,905

2,009

1,893

348

1,924

5,397

1,582

386

1,128

1,081

1,446

424

1,136

1,141

1,701

349

1,686

1,144

1,441

387

1,491

1,438

1,471

425

1,704

5,423

1,007

350

1,455

1,144

1,725

388

1,441

1,764

1,152

426

1,851

1,948

1,809

351

1,13

1,46

1,07

389

1,573

1,101

1,714

427

1,437

1,428

1,342

352

1,885

1,137

1,444

390

1,268

1,461

1,43

428

1,361

1,42

1,082

353

1,722

1,901

1,627

391

1,146

1,168

1,787

429

1,605

1,147

1,687

354

1,643

5,434

1,914

392

1,692

1,143

1,177

430

1,198

1,421

1,652

355

1,156

1,469

1,149

393

1,127

1,181

1,69

431

1,848

1,473

5,355

356

1,465

1,418

0,871

394

1,713

1,203

1,945

432

0,769

5,352

0,992

357

5,459

1,633

0,766

395

1,543

1,139

1,078

433

1,771

1,178

5,441

358

1,835

0,802

1,824

396

1,604

1,689

1,157

434

1,917

1,159

1,675

359

1,247

1,498

1,666

397

1,142

1,681

1,088

435

1,12

5,438

1,19

360

1,145

1,458

1,693

398

1,474

1,147

1,178

436

1,187

1,601

1,659

361

1,12

1,511

1,909

399

1,484

1,96

1,436

437

1,922

0,844

1,477

362

1,144

1,434

1,39

400

1,439

0,875

1,441

438

1,473

1,143

1,438

363

1,455

1,646

1,174

401

1,379

1,925

1,463

439

1,146

1,423

1,649

364

1,248

1,435

1,828

402

1,926

5,445

5,379

440

1,224

1,503

1,554

365

1,773

1,378

1,321

403

1,749

1,141

1,821

441

1,521

1,721

1,94

366

1,281

5,417

1,81

404

1,243

1,225

1,711

442

1,182

1,183

1,6

367

1,169

1,146

1,837

405

1,987

1,8

1,434

443

1,425

1,458

1,85

368

1,415

1,139

1,6

406

1,711

1,145

1,141

444

1,166

1,712

1,143

369

0,83

1,461

1,234

407

1,282

1,503

5,408

445

1,815

0,794

2,019

370

1,694

1,142

1,439

408

1,141

1,695

1,148

446

1,472

1,143

1,174

371

1,934

1,593

1,682

409

1,382

1,432

1,375

447

1,157

5,434

1,142

372

5,412

1,14

1,128

410

1,33

1,236

1,619

448

1,696

1,568

1,979

373

1,139

1,812

1,437

411

1,151

1,772

1,546

449

5,415

1,473

1,224

374

1,769

0,753

1,184

412

1,793

1,52

5,417

450

1,893

1,089

1,143

375

1,159

1,381

1,614

413

1,522

1,258

1,434

451

1,14

1,449

1,697

376

1,69

1,433

1,935

414

1,837

1,596

5,43

452

1,445

1,454

1,214

377

5,482

1,894

1,636

415

1,518

1,244

0,749

453

1,731

1,713

1,068



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

454

1,779

1,745

1,758

492

1,658

1,697

1,689

530

1,54

1,747

1,141

455

1,511

1,147

1,138

493

1,477

1,44

0,977

531

1,875

1,462

1,448

456

1,474

5,408

1,461

494

1,744

1,712

1,811

532

1,574

1,437

5,418

457

1,946

1,326

1,355

495

5,398

1,445

1,59

533

1,146

1,985

1,831

458

1,172

1,455

1,737

496

0,798

1,139

0,788

534

1,538

1,158

1,714

459

5,354

0,802

1,542

497

1,129

1,147

1,142

535

1,443

1,533

1,938

460

1,903

1,931

1,156

498

1,321

1,402

1,413

536

1,138

1,054

1,598

461

1,922

1,592

1,159

499

1,806

5,446

1,706

537

1,741

1,514

1,436

462

1,806

1,62

1,67

500

1,702

1,589

0,907

538

1,694

5,382

1,135

463

1,435

0,769

1,138

501

1,547

1,72

1,594

539

1,694

1,189

1,838

464

1,654

1,154

1,591

502

1,154

1,705

1,416

540

1,686

1,819

1,199

465

1,525

1,507

1,144

503

1,606

1,45

0,753

541

5,411

1,448

1,962

466

1,921

1,42

0,906

504

1,146

1,763

0,874

542

1,124

1,888

1,439

467

1,61

5,233

1,606

505

1,085

1,703

1,104

543

1,618

0,805

1,594

468

1,819

1,44

1,398

506

1,813

1,137

1,723

544

1,15

1,101

1,889

469

1,167

1,165

1,428

507

0,676

1,64

1,681

545

0,791

1,906

1,178

470

5,319

1,439

1,87

508

1,63

1,588

1,587

546

1,469

1,712

1,421

471

5,407

1,301

1,134

509

1,203

1,614

1,127

547

1,445

1,685

1,798

472

1,453

1,394

1,131

510

1,809

1,462

1,7

548

1,265

1,377

1,138

473

1,18

1,447

1,815

511

1,079

1,438

1,139

549

1,506

1,181

1,424

474

1,566

1,043

1,806

512

1,471

5,407

0,806

550

1,594

1,541

1,172

475

5,448

1,808

0,747

513

1,806

1,807

1,427

551

1,473

5,354

0,778

476

1,819

1,135

1,591

514

1,225

1,122

1,436

552

1,781

1,608

5,402

477

1,451

0,803

1,806

515

1,433

1,857

1,712

553

1,594

1,71

5,423

478

1,735

1,575

1,144

516

1,436

1,109

1,771

554

1,139

1,827

1,455

479

1,719

1,942

1,154

517

1,694

1,341

1,439

555

1,416

1,148

1,177

480

1,132

1,42

1,139

518

1,799

1,438

1,664

556

1,93

1,838

0,909

481

1,047

1,952

2,048

519

1,147

1,869

1,441

557

1,132

1,703

1,923

482

1,447

1,479

1,446

520

1,425

1,711

1,666

558

5,454

1,135

1,438

483

1,437

1,951

0,786

521

1,581

1,834

1,552

559

1,597

1,83

1,439

484

1,898

1,419

5,347

522

1,519

1,663

5,336

560

2,047

5,458

5,461

485

1,704

1,875

1,59

523

1,452

1,138

1,526

561

1,654

1,769

1,093

486

1,126

1,133

1,49

524

0,789

1,525

1,068

562

1,539

0,795

5,376

487

1,145

1,139

1,145

525

1,481

1,91

1,141

563

5,458

1,44

1,451

488

2,049

1,176

1,167

526

5,38

0,746

1,908

564

1,134

1,133

1,644

489

1,91

1,705

1,152

527

1,496

1,439

1,595

565

1,267

1,145

1,661

490

0,772

1,738

1,472

528

1,901

1,138

1,565

566

1,822

1,446

1,385

491

1,567

1,081

1,976

529

1,845

1,217

1,457

567

1,391

5,333

1,811



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

568

1,723

1,555

1,661

606

1,313

1,854

1,187

644

1,12

1,477

1,87

569

1,521

1,191

1,184

607

1,206

1,605

1,125

645

1,445

1,695

1,656

570

1,658

1,881

1,441

608

1,584

1,303

1,563

646

1,551

1,835

1,144

571

1,433

0,748

1,45

609

1,514

1,861

1,817

647

5,285

0,74

1,475

572

1,453

1,144

1,141

610

1,595

1,139

5,412

648

1,946

1,7

1,212

573

1,418

1,499

0,936

611

1,643

1,139

1,439

649

1,438

1,137

1,416

574

1,509

1,558

1,901

612

1,14

1,611

1,422

650

1,076

1,415

1,418

575

1,134

1,93

1,434

613

1,692

1,696

1,425

651

5,384

1,607

1,15

576

1,15

0,755

1,176

614

5,411

1,437

1,143

652

1,806

1,438

1,147

577

1,684

1,151

1,812

615

1,441

1,241

1,809

653

1,577

5,431

1,419

578

0,964

1,804

1,44

616

5,417

0,789

1,843

654

1,612

1,419

1,44

579

1,173

1,17

5,438

617

5,429

1,485

1,148

655

1,304

1,125

1,607

580

1,841

1,141

1,156

618

1,456

1,962

1,393

656

1,678

1,162

1,583

581

1,958

1,177

2,15

619

1,666

1,412

1,299

657

1,708

1,432

1,148

582

1,642

1,595

1,648

620

1,504

0,823

1,673

658

1,192

1,682

1,169

583

1,959

1,789

1,515

621

1,509

1,561

1,173

659

1,92

0,662

1,357

584

1,17

1,431

1,171

622

0,796

2,086

1,692

660

1,432

1,154

1,691

585

1,448

1,561

1,157

623

1,441

0,76

1,825

661

1,279

1,158

1,812

586

1,458

1,139

1,961

624

1,439

0,747

1,512

662

1,639

1,419

1,433

587

5,45

1,145

1,172

625

1,716

1,933

1,144

663

1,154

1,422

1,48

588

1,521

1,506

1,204

626

1,855

1,134

1,905

664

1,463

0,786

1,113

589

1,49

1,181

1,197

627

1,14

1,887

1,173

665

1,702

1,602

1,952

590

1,217

1,199

1,018

628

1,25

1,439

0,769

666

1,593

1,894

1,439

591

1,833

0,72

1,66

629

1,64

5,303

1,822

667

5,199

5,398

1,449

592

1,178

1,136

1,189

630

1,668

1,592

1,42

668

1,631

1,456

0,826

593

1,81

1,726

1,423

631

1,811

1,246

1,147

669

1,247

0,885

1,339

594

1,162

1,4

1,43

632

5,349

1,135

1,138

670

1,485

1,61

2,148

595

0,842

1,676

1,457

633

1,732

5,409

5,428

671

5,282

0,812

1,171

596

1,151

1,439

1,413

634

1,471

1,493

0,774

672

1,729

1,623

1,18

597

5,384

5,445

1,474

635

1,155

1,807

1,443

673

0,802

1,441

1,137

598

1,461

1,34

1,695

636

1,917

1,525

1,815

674

1,588

1,962

1,45

599

1,482

1,773

1,671

637

0,772

1,092

1,418

675

5,445

1,59

1,22

600

1,837

1,141

1,566

638

5,423

1,918

1,331

676

1,47

5,439

1,458

601

1,835

1,395

1,902

639

1,159

1,595

1,596

677

1,528

1,421

1,776

602

1,435

1,731

1,422

640

5,416

1,838

1,663

678

1,713

1,437

1,647

603

1,184

1,183

1,146

641

1,484

1,721

1,183

679

0,736

5,421

1,062

604

1,597

1,925

1,125

642

1,366

1,287

0,911

680

1,477

1,765

1,173

605

1,369

1,686

1,308

643

1,142

1,942

5,438

681

1,466

1,434

1,835



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

682

1,423

1,458

1,597

720

0,797

1,191

1,16

758

1,394

0,819

1,435

683

1,242

1,926

1,913

721

5,422

1,792

1,912

759

1,727

1,648

1,81

684

1,594

1,871

1,208

722

1,762

1,415

1,515

760

0,817

1,137

1,125

685

1,133

1,347

1,139

723

1,438

1,594

1,146

761

5,414

5,348

1,436

686

1,129

1,459

1,12

724

1,475

1,424

1,923

762

1,225

1,453

1,754

687

1,714

5,431

1,173

725

1,229

1,139

1,45

763

1,658

1,824

1,678

688

1,679

1,445

1,628

726

1,645

1,799

1,438

764

0,706

1,458

1,149

689

1,432

1,797

1,786

727

1,582

0,764

1,337

765

1,508

1,406

1,826

690

1,545

0,982

1,141

728

1,395

1,348

1,157

766

1,538

1,593

1,844

691

1,681

1,074

1,162

729

1,595

1,608

1,146

767

1,145

1,643

1,152

692

1,176

1,141

1,192

730

1,598

1,354

1,807

768

1,643

0,771

1,69

693

1,169

1,513

1,138

731

1,772

1,547

1,93

769

1,44

5,332

1,633

694

5,306

1,608

1,845

732

5,392

1,644

1,175

770

1,212

1,762

1,825

695

1,697

1,46

1,54

733

1,502

0,771

1,688

771

1,647

1,771

1,187

696

5,445

1,423

1,12

734

1,699

1,145

1,435

772

1,956

1,809

1,424

697

1,293

1,943

1,162

735

1,41

1,903

1,155

773

1,206

5,418

1,66

698

1,95

1,356

5,458

736

1,608

0,875

1,39

774

1,904

1,823

5,468

699

1,525

1,75

1,812

737

1,396

1,436

1,169

775

1,33

1,143

1,691

700

1,86

1,491

1,146

738

1,834

1,708

1,14

776

1,152

1,594

1,15

701

1,439

1,471

1,839

739

1,228

1,563

1,863

777

1,144

0,755

1,127

702

1,262

1,578

1,572

740

1,182

1,179

1,151

778

1,917

1,548

1,649

703

1,208

0,709

1,197

741

0,848

1,14

1,608

779

1,911

5,419

1,153

704

1,153

1,689

1,89

742

1,438

1,879

1,824

780

1,456

1,503

1,65

705

5,343

1,605

1,137

743

0,976

1,374

1,167

781

1,115

1,63

1,509

706

1,461

1,677

1,56

744

1,162

1,47

1,903

782

1,144

1,22

1,907

707

1,779

5,439

2,048

745

1,14

1,69

1,438

783

1,796

5,323

1,187

708

1,838

1,606

1,489

746

1,33

1,219

1,262

784

1,148

1,209

1,144

709

1,429

1,341

2,008

747

1,086

1,433

1,493

785

1,991

1,59

1,873

710

1,826

0,789

1,592

748

1,149

1,752

1,136

786

1,424

1,804

1,684

711

1,807

1,14

5,416

749

1,46

5,439

1,12

787

1,806

1,194

1,181

712

1,306

5,386

1,128

750

5,316

1,142

1,58

788

5,45

1,157

0,779

713

1,426

1,805

1,143

751

1,305

1,807

1,662

789

1,628

1,576

1,322

714

1,992

1,435

1,209

752

1,814

1,793

1,14

790

1,945

1,264

1,611

715

1,791

1,715

1,151

753

1,439

1,718

1,71

791

1,422

1,218

1,471

716

1,795

1,808

1,141

754

1,576

1,105

5,376

792

1,614

1,139

1,158

717

1,894

5,393

1,709

755

1,176

1,167

1,709

793

1,619

1,592

1,149

718

1,729

1,911

1,82

756

1,166

1,889

1,977

794

1,147

1,119

0,74

719

1,151

0,768

1,481

757

5,429

1,926

1,743

795

1,145

1,44

1,62



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

796

5,436

1,825

1,699

834

1,15

1,228

1,795

872

1,109

1,605

0,804

797

1,815

1,899

1,648

835

1,584

1,142

1,438

873

1,135

1,151

1,439

798

1,163

1,538

1,181

836

0,822

1,523

1,139

874

1,824

1,526

0,837

799

1,6

1,204

1,838

837

1,423

5,247

1,14

875

1,419

1,186

5,431

800

1,891

1,815

1,464

838

5,437

1,705

1,596

876

1,449

1,318

1,648

801

1,726

0,76

1,696

839

5,406

1,428

1,432

877

1,144

1,202

1,713

802

1,416

0,613

1,467

840

1,53

1,138

5,347

878

1,599

1,605

1,138

803

1,183

1,694

1,478

841

1,156

1,065

1,878

879

1,279

1,599

1,984

804

1,175

1,145

1,143

842

1,812

1,146

1,456

880

1,456

5,217

1,456

805

0,863

0,766

5,348

843

1,21

1,137

1,144

881

1,881

1,723

1,705

806

1,889

1,532

1,703

844

1,488

1,394

1,646

882

1,513

1,455

1,908

807

1,132

1,144

1,897

845

1,824

5,438

1,155

883

0,715

1,556

1,161

808

1,639

1,606

1,174

846

1,809

5,398

1,438

884

1,433

1,533

1,453

809

5,237

1,454

1,136

847

1,986

5,327

1,438

885

5,264

1,46

1,19

810

0,797

1,823

1,141

848

0,793

1,446

1,193

886

1,445

1,814

1,173

811

1,93

1,821

1,4

849

1,895

2,03

1,612

887

1,53

1,134

1,073

812

1,584

1,141

1,466

850

5,426

1,687

1,802

888

1,609

5,439

1,509

813

1,451

1,435

1,139

851

1,137

1,887

1,497

889

1,143

1,713

1,07

814

1,635

1,439

1,601

852

1,937

1,125

1,908

890

0,795

1,104

1,674

815

1,437

5,27

1,899

853

1,483

1,181

1,186

891

1,939

5,428

1,72

816

1,685

1,084

1,417

854

0,806

1,436

1,537

892

1,668

1,681

0,732

817

1,591

1,436

1,639

855

1,732

0,869

1,903

893

0,75

1,667

1,671

818

0,875

1,7

1,163

856

5,412

1,864

1,139

894

1,549

1,598

1,139

819

1,369

1,169

1,721

857

1,491

1,918

1,145

895

1,438

1,71

1,783

820

1,852

1,181

1,695

858

1,673

1,432

1,909

896

1,14

1,424

1,536

821

1,692

1,418

1,144

859

1,375

1,916

1,887

897

1,994

1,381

1,918

822

1,168

1,15

1,409

860

1,14

0,903

5,252

898

1,538

1,678

1,113

823

5,41

1,429

1,687

861

1,829

1,461

1,508

899

0,799

1,819

1,814

824

1,457

1,473

1,101

862

1,634

1,265

1,463

900

1,439

1,434

1,733

825

1,847

1,415

1,146

863

5,3

1,897

1,139

901

1,6

1,439

1,885

826

1,143

1,113

1,178

864

0,768

0,913

1,378

902

1,851

1,704

1,446

827

2,001

1,926

1,474

865

1,898

5,416

1,655

903

1,458

1,482

1,459

828

1,128

1,143

5,455

866

5,406

1,164

1,257

904

1,11

1,591

1,695

829

1,127

1,806

1,555

867

0,788

1,181

1,976

905

1,28

1,786

1,538

830

1,158

1,707

1,368

868

1,681

1,131

1,902

906

1,124

1,451

5,42

831

1,907

1,453

1,144

869

1,503

1,794

1,143

907

1,811

5,417

1,936

832

1,314

1,868

1,142

870

1,454

1,592

5,295

908

1,407

1,453

1,68

833

1,239

1,438

1,439

871

1,44

1,437

1,139

909

1,556

1,4

1,163



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

910

1,922

1,374

1,784

943

1,496

1,145

1,689

976

1,162

1,345

1,873

911

1,663

1,796

1,148

944

1,915

1,163

1,137

977

1,695

5,396

5,421

912

1,146

5,439

1,139

945

1,814

1,676

1,442

978

1,148

5,278

1,141

913

1,095

1,465

1,63

946

1,157

1,547

1,81

979

1,429

1,36

1,824

914

1,822

1,456

1,594

947

1,136

1,175

1,239

980

1,379

1,396

1,74

915

1,903

1,185

1,055

948

1,56

1,452

1,637

981

1,812

1,908

1,849

916

2,012

1,78

1,138

949

1,952

5,42

1,419

982

1,696

1,805

1,702

917

1,826

0,703

1,817

950

1,208

1,69

1,897

983

1,815

1,438

1,235

918

1,778

1,279

1,813

951

1,147

1,683

1,686

984

1,423

1,895

1,445

919

5,256

1,136

1,652

952

1,613

5,43

1,818

985

2,015

1,665

1,432

920

1,448

0,816

1,922

953

1,592

1,186

1,605

986

5,421

1,438

1,542

921

1,646

1,805

1,873

954

1,465

1,431

1,438

987

1,463

1,141

5,427

922

1,471

1,957

1,113

955

1,483

1,949

1,614

988

1,739

1,72

1,194

923

1,145

1,633

1,163

956

0,848

1,439

1,807

989

1,198

1,141

1,542

924

1,214

0,81

1,182

957

1,513

1,191

0,842

990

1,778

1,593

1,434

925

2,05

1,13

1,095

958

1,564

1,592

5,465

991

1,295

1,069

1,135

926

1,696

1,238

0,797

959

5,311

1,169

1,714

992

1,625

1,819

1,442

927

1,629

1,157

1,103

960

1,606

1,907

1,66

993

1,556

1,803

1,524

928

5,363

1,41

1,771

961

1,69

1,144

1,809

994

1,165

1,158

1,902

929

1,341

1,786

1,146

962

1,882

5,427

1,195

995

1,142

1,615

1,822

930

1,169

1,143

1,053

963

1,896

1,546

1,701

996

0,763

1,439

1,139

931

1,195

1,142

1,37

964

1,083

1,438

1,529

997

1,141

5,426

1,58

932

1,902

1,908

1,442

965

1,781

0,728

5,389

998

1,61

1,449

1,088

933

1,71

5,471

1,584

966

1,235

1,182

1,182

999

1,145

1,472

1,456

934

1,443

1,51

1,431

967

1,298

5,446

1,145

1000

1,439

1,728

1,467

935

5,382

1,485

1,471

968

1,141

1,147

1,44

% RMSD ≤ 2,0 Å

936

1,57

1,188

1,391

969

1,137

1,453

1,592

90,8% 91,5%

937

1,812

1,763

1,562

970

1,93

1,142

5,402

938

1,516

0,968

1,188

971

1,907

1,393

1,693

939

1,485

1,218

1,139

972

1,266

1,559

1,44

940

5,37

1,449

1,135

973

1,553

1,14

1,84

941

1,242

1,871

5,392

974

1,218

1,755

1,768

942

1,141

1,542

1,591

975

1,152

1,189

1,372

93%


Tabel II. Nilai RMSD penambatan kembali OHT Tc-PLIF tanpa filtrasi No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

1

1,01

1,378

1,631

39

1,517

0,715

1,658

77

1,274

1,139

1,624

2

1,098

1,148

5,318

40

1,779

1,277

0,972

78

1,897

1,668

1,532

3

2,006

1,322

1,46

41

1,305

1,908

1,482

79

2,074

1,879

1,315

4

1,139

1,855

1,151

42

1,542

0,97

1,636

80

1,714

1,278

1,882

5

1,876

1,463

1,784

43

1,895

1,299

1,143

81

1,894

1,691

1,695

6

1,541

1,862

1,725

44

2,006

1,504

1,425

82

1,144

1,257

1,143

7

1,696

1,158

1,146

45

1,923

0,791

1,757

83

1,421

5,241

1,141

8

1,839

1,44

1,918

46

1,935

1,679

0,824

84

1,868

1,831

2,16

9

1,686

0,911

2,034

47

1,517

1,721

1,263

85

1,893

1,409

1,768

10

2,041

1,569

1,182

48

2,046

1,656

1,407

86

1,709

1,7

1,351

11

1,598

1,655

5,42

49

1,377

1,501

5,276

87

1,923

0,796

1,859

12

1,755

1,216

1,666

50

1,882

1,455

1,697

88

0,745

1,706

1,753

13

1,865

1,405

1,695

51

1,827

2,052

0,759

89

1,387

1,849

1,143

14

0,946

2

1,501

52

1,91

1,139

1,483

90

1,712

5,424

0,928

15

1,642

1,872

1,951

53

2,039

1,326

1,157

91

2,053

1,654

1,476

16

1,434

0,835

1,814

54

1,93

1,137

1,651

92

1,566

1,543

1,674

17

1,654

1,492

1,463

55

1,655

1,939

1,511

93

0,801

1,699

1,38

18

0,69

1,527

1,15

56

1,595

1,865

1,152

94

1,898

1,632

2,06

19

1,625

1,661

1,84

57

1,373

1,575

1,668

95

5,432

1,586

0,741

20

1,285

1,866

1,146

58

1,437

1,154

1,458

96

2,057

1,317

1,846

21

1,565

1,661

1,832

59

2,039

1,432

1,41

97

1,635

1,127

1,824

22

1,87

1,625

1,176

60

1,426

1,359

5,301

98

1,859

1,455

1,159

23

1,87

1,459

1,899

61

1,544

1,683

1,725

99

1,441

1,451

2,041

24

1,423

1,523

1,141

62

1,912

5,481

1,415

100

1,888

1,127

1,441

25

1,023

1,289

1,123

63

1,768

0,772

1,777

101

1,397

2,051

1,304

26

1,499

1,236

2,049

64

1,138

0,779

1,969

102

1,907

1,616

0,531

27

1,376

5,42

1,855

65

1,09

1,151

1,288

103

1,908

1,723

1,666

28

1,447

1,147

2,015

66

1,693

1,492

1,472

104

1,424

1,351

1,862

29

1,636

1,954

1,807

67

2,067

1,206

1,674

105

1,082

1,907

0,799

30

1,659

1,404

1,9

68

1,843

1,174

1,464

106

1,856

1,142

1,894

31

1,598

1,664

1,676

69

1,686

1,292

1,34

107

2,005

1,792

1,786

32

0,783

1,985

1,496

70

1,194

1,877

1,142

108

2,036

0,757

0,874

33

1,618

1,471

1,903

71

1,394

1,481

1,413

109

1,879

5,412

1,732

34

1,991

1,594

1,131

72

1,883

1,15

1,672

110

1,307

1,705

1,026

35

1,435

1,72

1,118

73

1,901

1,616

1,127

111

1,261

1,17

1,413

36

5,289

2,067

1,283

74

2,066

1,876

1,845

112

1,542

0,99

1,032

37

1,791

0,765

1,367

75

1,712

2,063

1,525

113

2,061

1,453

1,156

38

1,882

1,205

1,705

76

1,679

1,792

2,055

114

1,592

1,232

1,584


Tabel II. lanjutan No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

115

1,865

1,899

1,504

153

1,144

1,659

1,296

191

1,964

0,834

2,104

116

1,202

2,088

1,062

154

1,399

1,576

1,877

192

1,755

0,671

1,182

117

1,406

1,624

1,657

155

1,145

1,631

1,86

193

1,159

1,824

1,167

118

1,912

1,213

1,535

156

1,62

2,033

1,712

194

1,867

1,752

1,119

119

1,504

1,634

0,792

157

1,856

1,756

1,913

195

1,463

1,867

1,135

120

1,659

1,593

1,847

158

1,44

1,565

1,946

196

1,865

2,011

1,807

121

1,919

1,818

1,421

159

1,129

1,207

1,649

197

1,149

1,878

1,057

122

1,163

1,869

1,711

160

1,588

1,544

5,413

198

1,791

1,892

1,766

123

1,818

1,566

1,25

161

1,946

1,857

1,673

199

1,139

1,871

0,696

124

1,233

0,82

1,213

162

1,875

1,446

0,769

200

1,907

1,18

1,031

125

1,665

1,874

1,684

163

0,764

1,448

1,269

201

1,562

1,917

1,444

126

1,419

1,493

1,803

164

1,391

1,366

1,53

202

1,544

1,706

1,943

127

1,621

1,88

1,364

165

1,057

1,138

1,657

203

2,082

1,587

1,125

128

1,647

1,441

1,896

166

1,547

1,701

0,823

204

1,666

1,437

1,849

129

1,064

0,967

5,462

167

1,114

1,152

1,766

205

1,161

1,715

1,544

130

1,376

2,036

1,011

168

1,851

1,147

5,326

206

1,625

1,905

1,982

131

1,636

1,654

1,805

169

1,543

1,799

1,149

207

2,021

1,755

0,772

132

1,662

0,59

5,443

170

1,137

1,822

1,675

208

1,492

1,837

1,673

133

1,916

1,792

1,582

171

1,138

2,081

1,063

209

1,666

1,482

1,212

134

1,672

0,794

1,477

172

1,148

1,639

1,848

210

1,213

1,534

1,129

135

1,844

1,407

2,022

173

1,805

1,176

1,633

211

5,446

1,458

1,738

136

1,459

2,001

1,812

174

1,937

2,027

1,946

212

1,929

1,141

1,871

137

1,857

1,47

1,483

175

1,455

1,34

1,442

213

1,829

1,886

0,769

138

0,776

1,756

1,429

176

1,46

1,687

1,158

214

1,215

5,435

1,668

139

5,388

1,469

1,682

177

2,086

1,145

1,866

215

5,422

1,765

1,081

140

1,208

1,699

0,76

178

1,8

1,579

1,32

216

1,372

1,988

1,619

141

1,387

1,651

1,739

179

1,88

1,542

1,784

217

0,801

1,47

1,133

142

2,059

1,885

1,833

180

1,133

1,49

1,151

218

1,794

1,392

1,177

143

1,846

1,16

1,981

181

1,613

1,855

0,855

219

1,368

2,096

1,964

144

1,827

1,552

1,835

182

1,484

1,499

1,056

220

1,8

1,828

1,47

145

5,384

1,875

1,761

183

1,764

1,456

1,14

221

1,46

1,644

1,605

146

1,543

1,506

1,439

184

2,132

1,477

1,791

222

1,455

1,824

1,57

147

1,929

1,812

2,106

185

5,383

1,642

1,366

223

1,508

1,255

1,289

148

1,525

1,589

1,83

186

1,902

1,268

1,226

224

1,413

1,837

1,619

149

1,767

1,902

1,828

187

1,377

1,87

1,483

225

1,424

0,756

1,227

150

1,874

1,878

1,643

188

1,237

2,047

1,14

226

1,857

1,276

1,407

151

5,354

1,399

1,524

189

1,834

1,897

1,838

227

1,921

1,435

1,589

152

1,147

1,841

1,841

190

1,651

2,027

0,853

228

1,613

1,606

1,802



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

229

1,422

1,67

1,439

267

1,233

1,701

1,83

305

1,887

1,792

1,436

230

1,363

0,973

1,888

268

1,147

1,789

1,819

306

5,399

1,66

1,742

231

0,642

1,698

1,47

269

1,805

1,623

1,557

307

1,2

1,887

1,701

232

1,603

1,856

1,479

270

1,714

1,141

1,905

308

1,92

0,835

1,663

233

1,458

1,845

2,047

271

1,747

1,144

1,6

309

1,862

1,888

1,077

234

1,093

1,684

1,69

272

1,596

1,258

1,193

310

1,24

1,65

1,481

235

1,445

1,628

1,337

273

1,384

1,474

1,972

311

1,45

1,392

1,147

236

1,509

1,725

1,809

274

1,854

2,037

0,93

312

1,31

1,785

1,504

237

1,193

1,283

0,81

275

1,408

1,933

1,911

313

1,445

5,447

1,218

238

1,692

2,049

1,647

276

0,965

1,147

1,192

314

1,693

0,769

1,826

239

1,673

1,536

1,218

277

1,679

1,462

1,12

315

1,968

1,677

1,42

240

1,529

1,186

1,762

278

1,737

1,462

1,945

316

1,06

0,943

1,531

241

1,296

1,636

1,8

279

1,657

1,685

1,479

317

0,799

1,683

1,841

242

1,995

2,068

1,429

280

2,019

1,637

1,495

318

1,891

1,899

1,459

243

1,444

1,882

1,136

281

1,14

1,637

1,693

319

1,492

1,144

2,04

244

1,287

1,426

5,356

282

2,01

1,959

1,13

320

1,155

1,556

1,691

245

1,664

1,32

1,793

283

1,279

1,609

1,551

321

0,937

1,603

1,76

246

1,119

1,685

1,63

284

1,648

1,218

1,576

322

1,421

1,834

1,859

247

1,721

1,292

1,696

285

1,68

1,892

1,135

323

1,796

1,322

1,139

248

1,447

5,32

1,868

286

1,144

1,133

1,751

324

5,458

1,608

1,746

249

1,546

1,502

1,446

287

1,925

1,147

1,146

325

1,546

1,489

1,442

250

1,666

1,456

1,55

288

1,648

1,711

1,639

326

1,853

1,121

1,149

251

1,885

1,11

1,592

289

1,155

1,672

1,693

327

1,874

2,008

2,062

252

1,416

1,623

1,42

290

1,142

1,389

1,487

328

1,391

1,877

1,239

253

5,413

5,302

1,479

291

1,246

1,292

1,421

329

1,131

1,44

1,654

254

0,891

1,366

1,815

292

1,557

1,455

5,343

330

1,465

1,708

1,148

255

1,276

1,877

1,508

293

1,181

1,481

1,774

331

1,853

1,451

1,695

256

1,144

1,672

0,973

294

1,731

1,86

2,022

332

1,142

1,62

5,456

257

1,635

1,761

1,779

295

1,071

1,713

0,603

333

0,984

1,045

1,233

258

1,907

1,139

1,671

296

1,919

1,818

1,821

334

1,646

1,175

1,867

259

1,581

1,82

1,832

297

1,078

1,719

1,865

335

1,868

1,522

1,125

260

1,527

0,718

0,855

298

1,583

5,421

0,617

336

1,89

5,427

1,95

261

2,019

1,423

5,432

299

0,803

1,763

1,612

337

2,107

1,148

1,833

262

1,334

2,084

1,481

300

1,454

1,551

1,656

338

1,982

1,922

1,676

263

2,023

1,849

1,437

301

1,724

1,877

1,904

339

1,406

1,656

1,893

264

1,132

1,343

2,082

302

0,743

1,827

1,885

340

1,685

1,466

1,362

265

1,844

1,162

1,441

303

2,018

1,14

1,696

341

2

2,038

1,892

266

1,427

1,439

1,842

304

1,899

0,874

1,377

342

1,956

1,784

1,666



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

343

1,848

1,814

2,038

381

1,655

5,415

1,206

419

1,887

1,346

1,694

344

1,53

1,651

1,146

382

1,411

1,657

0,721

420

1,742

1,889

1,24

345

1,997

1,644

1,856

383

1,688

1,845

1,861

421

1,889

1,395

1,245

346

1,557

1,145

1,407

384

1,679

0,74

0,816

422

1,457

1,976

1,927

347

1,882

1,172

1,663

385

2,075

1,245

1,532

423

1,905

2,009

1,91

348

1,924

1,813

1,884

386

1,451

2,108

1,382

424

1,136

1,141

1,665

349

1,686

1,752

1,441

387

1,491

1,88

1,471

425

1,545

5,423

1,394

350

1,455

1,144

1,725

388

1,862

1,764

1,152

426

1,836

1,478

1,006

351

1,646

1,46

1,07

389

1,607

1,452

1,714

427

2,002

1,428

1,941

352

1,846

1,137

1,444

390

1,323

1,461

1,345

428

1,361

1,546

1,082

353

1,662

1,901

1,867

391

1,146

1,168

1,612

429

1,983

1,147

1,687

354

2,046

1,852

1,676

392

1,692

1,143

1,704

430

1,198

1,686

1,652

355

1,682

1,672

1,149

393

1,127

1,181

1,69

431

1,848

1,473

5,355

356

1,465

1,418

1,173

394

1,244

1,571

1,945

432

0,769

1,851

0,849

357

1,867

1,633

1,68

395

1,647

2,107

1,055

433

1,917

1,178

5,441

358

1,029

1,873

1,486

396

1,541

1,127

1,415

434

1,877

1,159

1,493

359

1,247

1,829

1,666

397

1,643

1,696

1,249

435

1,833

5,438

1,276

360

2,053

1,458

1,693

398

1,428

1,176

1,664

436

1,187

1,909

1,513

361

1,12

1,427

1,318

399

1,453

1,646

1,436

437

1,232

1,799

1,477

362

1,144

1,434

1,39

400

1,873

1,422

1,589

438

1,473

1,143

1,438

363

1,845

1,854

1,174

401

1,805

1,925

1,315

439

1,853

1,423

1,6

364

1,003

1,435

1,828

402

1,926

5,445

5,379

440

1,45

1,88

1,991

365

1,231

1,822

1,321

403

1,749

1,778

1,859

441

1,632

1,721

1,94

366

1,412

1,837

1,636

404

1,666

1,489

0,881

442

1,182

1,447

1,911

367

1,169

1,878

1,795

405

1,987

1,8

1,434

443

1,872

1,458

1,362

368

2,055

1,126

1,307

406

1,711

1,145

1,197

444

1,463

1,662

1,998

369

1,677

2,041

1,711

407

1,844

1,503

5,408

445

2,033

1,118

1,268

370

1,694

1,142

1,439

408

1,141

1,14

1,148

446

1,472

1,143

1,505

371

1,831

1,121

1,152

409

1,867

1,432

1,581

447

1,157

1,875

1,142

372

1,722

2,008

1,128

410

1,679

1,798

1,501

448

1,939

1,568

1,289

373

1,139

0,979

1,813

411

1,151

1,758

1,256

449

2,015

1,916

2,055

374

1,769

1,351

1,184

412

0,849

1,852

1,612

450

2,046

1,089

1,143

375

1,159

1,804

1,145

413

1,861

2,012

1,434

451

1,14

1,449

1,697

376

1,69

1,428

1,837

414

1,361

1,529

1,323

452

1,445

1,454

1,452

377

5,428

1,894

1,583

415

1,653

1,849

0,749

453

1,731

1,713

1,068

378

1,154

2,021

1,849

416

1,117

1,405

1,183

454

2,136

2,029

1,866

379

1,225

1,424

1,955

417

1,6

1,613

1,93

455

1,511

1,904

1,658

380

1,842

2,039

1,647

418

1,905

0,79

1,553

456

1,299

1,697

2,033



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

457

1,685

1,699

1,355

495

2,032

1,445

1,903

533

1,146

1,89

1,792

458

1,172

1,836

1,737

496

0,798

1,873

1,969

534

1,538

1,158

1,714

459

5,354

1,378

1,445

497

1,654

1,147

1,142

535

1,472

1,533

1,601

460

0,917

1,931

1,156

498

1,737

5,377

1,896

536

1,138

1,054

1,926

461

1,922

1,592

1,644

499

1,848

1,304

1,634

537

1,741

1,318

1,932

462

1,461

1,539

1,875

500

1,543

1,459

1,68

538

1,758

2,066

1,872

463

1,435

0,769

1,138

501

1,135

1,72

1,528

539

1,59

1,189

1,663

464

1,278

1,154

1,545

502

5,342

5,432

2,027

540

1,686

1,531

1,199

465

1,424

1,507

1,653

503

2,025

1,591

1,748

541

1,712

2,031

1,962

466

1,841

1,25

0,906

504

1,638

1,763

0,874

542

1,791

1,46

1,647

467

1,407

5,233

1,388

505

2,001

1,703

1,508

543

1,903

1,231

1,272

468

1,794

1,77

1,398

506

1,667

1,137

1,723

544

1,15

1,101

1,889

469

1,167

1,86

1,428

507

0,884

1,64

1,681

545

0,791

1,906

1,929

470

1,832

1,546

1,75

508

0,933

1,5

1,647

546

0,884

1,657

1,831

471

1,458

1,652

1,544

509

2,018

1,258

1,218

547

1,655

1,685

2,133

472

1,831

1,343

1,131

510

1,809

1,822

1,7

548

1,844

1,138

2,032

473

2,062

1,447

1,417

511

1,079

1,201

1,139

549

1,397

1,482

1,301

474

1,566

1,043

2,035

512

1,471

1,699

1,873

550

1,664

1,621

1,172

475

5,448

1,913

1,304

513

1,561

1,413

1,684

551

1,675

2,022

1,494

476

1,532

1,18

2,034

514

1,225

1,122

1,436

552

1,781

1,79

1,594

477

1,873

0,803

1,921

515

1,433

1,843

0,868

553

1,235

2,033

1,926

478

1,618

1,575

1,144

516

2,057

1,109

1,599

554

0,932

1,515

1,759

479

1,719

1,942

1,131

517

1,694

1,871

1,439

555

1,524

1,968

1,568

480

0,669

1,42

1,139

518

1,565

2,083

1,361

556

1,93

1,838

1,431

481

1,047

1,41

2,048

519

1,147

1,869

1,441

557

1,717

1,703

0,95

482

1,447

1,479

1,289

520

1,425

1,711

2,055

558

5,454

1,852

0,884

483

1,437

1,246

1,55

521

1,266

1,259

1,99

559

1,84

2,044

1,439

484

1,413

1,419

1,443

522

1,519

1,653

1,822

560

2,047

0,82

5,461

485

1,106

1,612

1,973

523

1,633

1,851

1,414

561

1,617

1,831

1,197

486

1,126

1,673

1,841

524

0,789

1,746

1,068

562

1,711

0,795

1,32

487

1,145

1,139

1,859

525

1,481

2,195

1,506

563

1,501

1,268

1,345

488

1,289

1,176

1,712

526

1,93

0,746

1,908

564

1,134

1,294

1,132

489

1,91

0,932

1,362

527

1,496

1,182

1,595

565

1,267

1,145

1,661

490

0,772

2,068

1,443

528

1,901

1,138

5,278

566

1,855

1,728

1,095

491

1,567

1,081

1,976

529

1,845

1,796

1,457

567

2,062

1,301

1,809

492

1,658

1,697

1,689

530

1,957

1,796

1,348

568

1,931

1,994

1,545

493

1,545

1,842

0,697

531

1,875

1,057

1,615

569

0,632

1,191

1,184

494

2,036

1,712

1,294

532

1,805

1,437

5,418

570

0,737

1,66

0,733



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

571

1,669

0,748

1,45

609

1,521

1,648

1,833

647

5,484

1,645

1,475

572

1,453

1,144

1,141

610

1,988

1,345

1,688

648

1,946

1,746

1,908

573

1,858

1,499

1,711

611

1,643

1,139

1,585

649

1,862

1,739

1,49

574

0,946

1,953

1,412

612

1,14

1,611

1,422

650

1,577

1,863

1,371

575

1,134

1,443

1,848

613

1,692

1,643

1,133

651

1,646

1,607

1,15

576

1,732

1,816

1,694

614

1,218

2,018

2,032

652

1,863

1,861

1,467

577

2,057

1,151

1,875

615

1,886

1,284

1,809

653

1,124

1,12

1,128

578

1,754

2,054

1,44

616

5,417

1,237

1,837

654

1,612

1,419

1,44

579

1,208

1,17

1,594

617

5,429

1,485

0,651

655

1,402

1,125

1,324

580

2,062

1,597

1,485

618

1,456

1,859

1,315

656

1,878

1,834

1,497

581

1,958

1,177

1,647

619

1,878

5,466

1,299

657

1,49

1,541

1,894

582

1,99

1,635

1,648

620

1,504

1,694

1,673

658

1,264

1,701

1,169

583

1,384

1,789

1,613

621

1,509

1,989

1,715

659

1,873

2,034

0,959

584

1,648

1,431

1,171

622

1,135

1,869

1,539

660

1,432

1,299

1,868

585

1,833

1,894

0,731

623

1,441

0,76

1,871

661

1,576

1,158

1,614

586

1,458

1,139

1,961

624

1,439

1,92

1,182

662

1,24

2,062

1,433

587

2,056

1,145

1,172

625

1,716

1,72

1,144

663

1,907

1,838

1,639

588

1,367

1,506

1,875

626

1,457

1,134

1,905

664

1,271

1,681

1,113

589

1,96

1,181

1,807

627

1,14

1,804

1,173

665

1,702

0,828

1,883

590

1,453

1,671

1,018

628

1,577

1,913

2,042

666

1,328

1,754

1,657

591

1,241

1,255

1,846

629

1,64

5,303

1,293

667

1,563

1,834

1,313

592

1,178

1,461

1,189

630

1,876

1,592

1,515

668

1,631

1,694

2,058

593

2,056

1,726

1,305

631

1,811

2,077

1,147

669

1,715

2,019

1,249

594

1,162

1,4

1,43

632

1,562

1,348

1,52

670

1,867

2,019

1,624

595

1,186

1,392

1,457

633

0,684

1,817

1,325

671

5,282

1,809

1,015

596

1,151

1,674

1,413

634

1,651

1,053

1,354

672

1,729

1,136

0,688

597

5,384

2,112

1,851

635

1,155

1,568

1,087

673

1,187

0,661

1,137

598

1,461

1,172

1,695

636

1,917

1,675

2,017

674

1,44

1,904

1,45

599

1,482

1,773

1,671

637

1,874

1,092

1,871

675

2,04

1,477

1,22

600

1,837

1,861

1,832

638

2,037

1,177

2,064

676

1,231

1,522

5,343

601

1,867

1,47

5,337

639

1,159

2,009

1,082

677

1,798

1,866

1,776

602

1,894

1,894

1,104

640

5,416

1,378

2,032

678

1,599

1,313

1,647

603

1,184

1,183

1,146

641

0,883

1,721

1,88

679

1,422

5,421

0,899

604

1,985

1,925

1,331

642

1,366

1,581

0,911

680

2,056

2,057

1,173

605

2,014

1,686

2,024

643

1,142

1,623

1,571

681

1,487

1,828

1,707

606

2,065

1,548

1,913

644

1,957

1,442

1,833

682

1,142

1,458

0,656

607

1,206

1,881

1,294

645

1,719

1,695

1,625

683

1,242

1,467

1,913

608

1,902

1,906

1,563

646

1,22

1,834

1,417

684

1,502

1,871

1,208



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

685

1,133

1,754

1,534

723

1,438

1,623

1,146

761

5,414

5,348

1,572

686

2,091

1,907

1,344

724

2,068

1,665

1,923

762

1,225

1,453

1,859

687

1,714

1,901

1,173

725

2,072

1,139

1,686

763

1,658

1,266

1,891

688

1,363

2,058

1,628

726

1,327

1,799

1,325

764

1,111

1,458

1,149

689

1,863

1,264

1,93

727

1,862

0,764

1,391

765

1,508

1,406

1,735

690

2,116

0,982

1,85

728

1,395

1,916

1,876

766

1,538

1,981

1,844

691

1,852

1,074

1,891

729

1,948

1,061

1,146

767

1,145

1,643

1,152

692

1,176

1,863

1,451

730

1,539

1,671

1,74

768

0,796

1,317

1,69

693

1,169

1,513

1,498

731

1,685

1,547

1,182

769

1,374

2,049

1,877

694

1,595

1,094

1,712

732

1,634

1,789

1,175

770

1,212

1,762

1,418

695

1,939

1,46

1,679

733

2,045

0,771

1,688

771

1,533

1,771

1,883

696

1,852

2,006

1,722

734

1,699

2,043

1,435

772

1,415

1,78

1,69

697

2,039

1,943

1,162

735

1,649

1,903

1,274

773

1,621

1,404

2,033

698

1,861

1,356

1,605

736

1,608

1,203

1,39

774

1,194

1,736

1,255

699

1,927

1,981

1,321

737

1,396

1,612

1,22

775

1,33

1,688

1,691

700

1,86

1,491

2,072

738

1,834

1,708

1,14

776

1,152

1,603

1,302

701

1,135

1,471

1,839

739

1,671

1,681

1,549

777

1,708

2,06

1,127

702

1,614

0,807

1,572

740

1,182

1,615

1,804

778

1,917

1,548

1,649

703

1,735

1,868

1,669

741

1,357

1,14

1,608

779

1,911

5,419

1,335

704

1,153

1,676

1,89

742

1,894

1,879

1,873

780

1,456

1,422

1,65

705

1,892

2,049

1,137

743

2,096

1,374

1,167

781

1,115

1,63

1,509

706

1,461

1,677

1,651

744

1,162

1,47

2,018

782

1,144

1,911

1,907

707

1,703

1,239

1,301

745

1,14

1,69

1,293

783

1,97

5,354

1,54

708

1,409

1,862

1,489

746

1,875

1,219

1,262

784

1,869

1,85

1,144

709

1,429

1,854

2,008

747

1,086

0,969

1,586

785

1,525

1,606

1,873

710

1,656

1,781

1,049

748

1,149

1,752

1,256

786

1,667

1,563

1,684

711

1,835

1,656

5,416

749

1,192

2,085

1,203

787

1,195

1,69

1,108

712

1,306

5,386

2,028

750

1,363

1,879

1,662

788

5,45

1,081

1,906

713

1,426

1,841

1,143

751

1,579

1,807

1,662

789

1,862

1,576

1,322

714

1,992

1,435

1,283

752

1,458

1,832

1,14

790

1,652

1,845

1,596

715

1,925

1,198

1,651

753

1,711

1,571

1,71

791

1,318

1,218

1,833

716

1,144

2,115

1,594

754

1,652

1,743

1,821

792

1,481

1,139

1,158

717

5,446

2,095

1,709

755

1,176

1,167

1,537

793

1,619

1,765

1,149

718

1,729

1,911

0,964

756

1,033

0,62

1,307

794

1,194

1,665

0,74

719

1,892

0,768

1,481

757

5,429

1,194

1,743

795

1,449

1,39

1,877

720

1,862

1,191

1,362

758

1,791

1,216

1,426

796

5,436

1,699

1,699

721

1,63

1,792

1,481

759

1,727

2,027

1,568

797

1,741

1,899

1,623

722

1,288

1,192

1,773

760

1,2

2,01

1,54

798

1,797

1,538

1,181



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

799

1,939

1,895

1,863

837

1,791

1,857

1,14

875

1,687

1,572

5,431

800

1,891

1,823

1,393

838

1,853

1,705

1,861

876

1,449

1,433

2,047

801

1,837

0,76

1,091

839

1,513

1,428

1,174

877

1,144

1,202

1,713

802

1,605

1,547

1,341

840

1,54

1,138

1,841

878

2,068

2,041

1,521

803

1,183

1,694

1,478

841

1,156

1,065

1,878

879

1,441

1,906

1,342

804

2,037

1,825

5,36

842

1,765

1,516

1,244

880

1,456

5,217

1,725

805

1,535

0,766

5,348

843

1,21

1,307

1,521

881

1,881

1,723

1,237

806

1,889

1,913

1,703

844

1,73

1,457

1,646

882

1,339

1,767

1,908

807

1,47

1,827

1,897

845

1,745

5,438

1,155

883

2,017

1,556

1,161

808

1,171

1,66

1,857

846

1,657

1,69

1,438

884

1,583

1,533

1,68

809

5,237

1,463

1,136

847

1,986

1,821

1,438

885

5,264

1,306

1,395

810

0,797

1,262

1,141

848

0,793

1,446

1,193

886

1,445

1,556

1,173

811

1,646

1,582

1,803

849

1,895

1,144

1,611

887

1,53

1,134

1,073

812

2,041

1,141

1,466

850

2,073

1,687

1,659

888

5,342

1,467

1,509

813

1,669

1,435

1,139

851

1,686

1,887

1,497

889

1,143

1,713

1,078

814

1,635

1,32

1,437

852

1,282

1,125

1,908

890

0,795

1,847

1,303

815

0,987

5,27

1,899

853

1,483

1,424

1,441

891

1,585

5,428

1,72

816

2,032

1,893

1,867

854

0,806

1,283

1,537

892

1,668

1,857

1,247

817

2,004

1,436

1,124

855

2,035

1,857

1,605

893

0,75

1,667

1,671

818

1,44

1,533

1,163

856

5,412

1,864

1,139

894

1,549

1,874

1,204

819

1,369

1,169

1,817

857

0,725

1,799

1,145

895

1,438

1,344

1,783

820

0,933

1,181

1,695

858

1,673

1,836

1,909

896

0,739

1,843

1,343

821

1,692

1,537

1,781

859

1,906

1,916

1,946

897

1,994

1,381

1,918

822

1,774

1,15

1,409

860

1,909

1,651

1,679

898

1,938

1,678

1,113

823

2,036

0,935

1,687

861

1,652

1,656

1,508

899

1,877

1,615

1,507

824

1,824

1,438

1,522

862

5,448

1,265

1,463

900

1,808

1,434

1,733

825

1,847

1,415

1,146

863

5,3

1,34

1,381

901

1,576

1,964

1,885

826

1,143

1,113

1,178

864

1,415

0,913

1,333

902

1,851

1,867

1,446

827

1,26

1,926

1,878

865

1,898

5,416

2,074

903

2,042

1,512

1,871

828

1,128

1,143

1,73

866

5,406

1,164

1,294

904

2,054

1,283

1,503

829

2,01

1,985

1,131

867

1,969

1,181

1,976

905

1,83

1,157

1,991

830

1,891

1,231

1,368

868

1,108

1,131

1,591

906

1,884

1,451

1,871

831

1,793

1,453

1,965

869

1,881

2,068

1,143

907

1,597

2,07

1,936

832

1,632

1,868

1,842

870

1,454

1,462

5,295

908

1,48

1,574

1,68

833

1,239

1,438

1,594

871

1,952

1,437

1,139

909

1,556

1,4

1,445

834

1,268

1,228

5,323

872

2,036

1,441

1,385

910

1,922

1,374

2,057

835

1,154

1,645

1,202

873

1,704

1,44

1,439

911

1,085

5,444

1,622

836

0,822

1,523

1,139

874

1,867

1,687

2,052

912

1,871

5,439

1,139



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

913

1,095

1,813

1,624

945

2,061

2,04

1,881

977

1,695

5,396

5,421

914

1,542

1,456

1,594

946

1,254

1,547

1,869

978

1,148

1,464

1,853

915

0,747

1,594

1,671

947

1,136

1,175

1,327

979

2,115

1,834

1,555

916

0,796

1,78

1,249

948

1,56

1,452

1,637

980

1,665

1,863

1,74

917

1,644

1,667

1,453

949

1,952

1,71

1,419

981

2,027

1,26

1,016

918

1,778

1,279

1,813

950

2,034

1,69

1,897

982

1,664

2,084

1,665

919

5,256

0,895

1,627

951

1,328

1,665

1,649

983

1,815

1,438

0,678

920

1,895

1,838

1,845

952

1,385

1,829

1,625

984

1,897

1,895

1,445

921

1,887

1,221

1,601

953

1,873

1,186

1,187

985

1,058

1,75

1,772

922

1,892

1,132

1,688

954

1,465

1,431

5,254

986

1,815

1,275

1,542

923

1,145

1,633

1,163

955

1,483

1,949

2,083

987

1,463

1,141

1,884

924

1,75

1,36

1,182

956

2,043

1,398

1,646

988

1,318

1,69

0,721

925

2,05

1,13

1,353

957

1,495

1,636

1,139

989

1,198

1,141

1,518

926

1,55

1,377

1,951

958

2,088

5,398

1,894

990

1,338

1,881

1,714

927

1,629

1,157

1,103

959

5,311

1,169

1,492

991

1,745

1,069

1,135

928

1,89

1,682

0,967

960

1,569

1,907

1,66

992

1,415

1,919

1,442

929

1,341

1,561

1,146

961

2,065

1,057

1,63

993

1,556

1,803

1,891

930

1,169

1,133

1,834

962

1,348

5,427

1,195

994

1,165

1,906

1,902

931

1,664

1,142

1,705

963

1,896

1,546

1,701

995

1,209

1,728

1,19

932

1,624

1,655

1,442

964

1,083

1,805

1,903

996

1,695

0,956

1,909

933

2,054

1,382

1,235

965

1,46

1,759

1,584

997

1,651

5,426

1,874

934

1,742

1,861

1,431

966

1,863

1,182

1,332

998

1,938

1,832

1,823

935

1,814

1,485

1,471

967

1,298

1,526

1,145

999

1,606

1,886

1,991

936

1,57

1,724

1,459

968

0,713

1,477

1,649

1000

1,629

1,485

1,467

937

1,921

1,288

5,302

969

1,137

2,078

1,863

938

1,803

1,711

1,853

970

1,476

0,812

5,402

939

1,485

2,004

1,139

971

1,615

1,713

1,615

940

5,37

1,137

1,135

972

1,791

1,177

1,885

941

1,242

1,871

5,392

973

1,553

1,455

5,289

942

1,626

1,542

1,574

974

1,208

1,755

2,067

943

2,017

1,657

1,782

975

1,668

2,068

0,694

944

1,275

1,163

1,137

976

1,162

1,878

1,873

% RMSD ≤ 2,0 Å 88,1% 89,8% 92,4%


Tabel III. Nilai RMSD penambatan kembali OHT ChemPLP filter No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

1

1,812

1,601

1,813

39

1,817

1,806

1,428

77

1,594

0,976

1,807

2

1,589

1,83

1,833

40

1,619

0,712

1,828

78

1,607

1,809

1,601

3

1,594

1,589

1,592

41

1,591

1,605

1,603

79

1,806

1,802

1,825

4

1,818

1,594

1,83

42

1,608

1,81

1,806

80

1,817

1,811

1,595

5

1,808

1,812

1,606

43

1,595

1,594

1,592

81

1,808

1,808

1,593

6

1,57

1,597

1,6

44

1,813

1,166

1,807

82

1,818

1,837

1,597

7

1,831

1,617

1,832

45

1,596

1,806

1,817

83

1,619

1,814

1,813

8

1,591

1,428

1,602

46

1,809

1,807

1,804

84

1,594

1,596

1,806

9

1,808

1,144

1,591

47

1,589

1,591

1,811

85

1,814

1,805

1,596

10

1,807

1,805

1,114

48

1,811

1,596

1,82

86

1,608

1,823

1,595

11

1,145

1,805

1,801

49

1,586

1,114

1,803

87

1,596

1,115

1,594

12

1,804

1,609

1,597

50

1,421

1,592

1,827

88

1,142

1,826

1,587

13

1,59

1,589

1,807

51

1,598

1,806

1,807

89

1,802

1,614

1,596

14

1,571

1,809

1,602

52

1,591

1,81

1,595

90

1,616

1,607

1,601

15

1,812

1,811

1,81

53

1,589

1,822

1,831

91

1,59

1,833

1,809

16

1,825

1,612

1,816

54

1,59

1,606

1,593

92

1,824

1,594

1,426

17

1,153

1,611

1,809

55

1,592

1,61

1,814

93

1,817

1,835

1,593

18

1,588

1,432

1,591

56

1,825

1,624

1,812

94

1,831

1,593

1,809

19

1,599

1,6

1,597

57

1,592

1,82

1,592

95

1,819

1,596

1,803

20

1,841

1,595

1,812

58

1,826

1,154

1,606

96

1,116

1,597

1,807

21

1,105

1,422

1,806

59

1,809

1,832

1,804

97

1,824

1,664

1,118

22

1,81

1,804

1,803

60

1,592

1,814

1,598

98

1,831

1,591

1,593

23

1,436

1,587

1,588

61

1,604

1,815

1,807

99

1,827

1,811

1,808

24

1,592

1,596

1,596

62

1,591

1,596

1,818

100

1,81

1,119

1,597

25

1,808

1,805

1,805

63

1,809

1,805

1,813

101

1,593

1,804

1,606

26

1,81

1,816

1,613

64

1,34

1,812

1,604

102

1,598

1,419

1,6

27

1,59

1,82

1,803

65

1,447

1,61

1,597

103

1,812

1,811

0,715

28

1,136

1,816

1,624

66

1,807

1,816

1,592

104

1,602

1,606

1,601

29

1,632

1,437

1,598

67

1,812

1,833

1,592

105

1,599

1,593

1,595

30

1,113

1,123

1,829

68

1,592

1,806

1,613

106

1,594

1,425

1,59

31

1,119

1,82

1,84

69

1,802

1,812

1,593

107

1,597

1,831

1,812

32

1,602

1,805

1,815

70

1,823

1,577

1,104

108

1,597

1,595

1,808

33

1,813

1,593

1,604

71

1,82

1,598

1,814

109

1,604

1,822

1,597

34

1,832

1,812

1,589

72

1,829

1,813

1,81

110

1,591

1,824

1,819

35

1,63

1,828

1,594

73

1,593

1,832

1,806

111

1,821

1,602

1,591

36

1,592

1,611

1,138

74

1,808

1,117

1,806

112

1,595

1,822

1,809

37

1,631

1,615

1,813

75

1,808

1,804

1,627

113

1,822

1,601

1,827

38

1,593

1,591

1,426

76

1,816

1,594

1,808

114

1,609

1,593

1,819


Tabel III. lanjutan No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

115

1,6

1,6

1,808

153

1,806

1,83

1,809

191

1,439

1,594

1,824

116

1,593

1,821

1,61

154

1,341

1,591

1,834

192

1,818

1,053

1,594

117

1,593

1,595

1,817

155

1,625

1,59

1,814

193

1,6

1,835

1,595

118

1,593

1,594

1,809

156

1,832

1,123

1,624

194

1,115

1,841

1,812

119

1,592

1,14

1,433

157

1,586

1,819

1,595

195

1,824

1,599

1,659

120

1,815

1,805

1,601

158

1,808

1,614

1,813

196

1,615

1,808

1,824

121

1,812

1,816

1,594

159

1,593

1,592

1,326

197

1,433

1,594

1,815

122

1,595

1,604

1,821

160

1,81

1,813

1,595

198

1,115

1,815

1,82

123

1,816

1,422

1,608

161

1,611

1,611

1,806

199

1,815

1,589

1,595

124

1,593

1,819

1,593

162

1,604

1,832

1,337

200

1,591

1,18

1,109

125

1,828

1,821

1,606

163

1,588

1,821

1,59

201

1,809

1,591

1,599

126

1,809

1,812

1,592

164

1,807

1,593

1,597

202

1,821

1,822

1,59

127

1,603

1,592

1,809

165

1,422

1,807

1,608

203

1,665

1,821

1,595

128

1,597

1,597

1,59

166

1,606

1,825

1,807

204

1,823

1,59

1,597

129

1,14

1,811

1,614

167

1,591

1,589

1,615

205

1,594

1,825

1,807

130

1,814

1,827

1,816

168

1,807

1,401

1,609

206

1,138

1,6

1,825

131

1,621

1,812

1,6

169

1,592

1,592

1,596

207

1,807

1,806

1,59

132

1,829

1,812

1,826

170

1,607

1,115

1,81

208

1,606

1,809

1,595

133

1,596

1,809

1,43

171

1,608

1,809

1,804

209

1,825

1,595

1,805

134

1,807

1,812

1,593

172

1,826

1,585

1,134

210

1,607

1,835

1,143

135

1,823

1,826

1,59

173

1,617

1,808

1,604

211

1,827

1,815

1,824

136

1,816

1,807

1,461

174

1,812

1,597

1,592

212

1,606

1,595

1,828

137

1,593

1,593

1,821

175

0,729

1,803

1,59

213

1,62

1,812

1,624

138

1,596

1,829

1,592

176

1,147

1,588

1,593

214

1,625

1,83

1,6

139

1,807

1,593

1,844

177

1,599

1,81

1,604

215

1,588

1,822

1,608

140

1,818

1,589

1,805

178

1,813

1,597

1,817

216

1,134

1,595

1,812

141

1,608

1,805

1,592

179

1,838

1,124

1,598

217

1,6

1,843

1,607

142

1,82

1,589

1,809

180

1,6

1,812

1,591

218

1,82

1,594

1,59

143

1,595

1,828

1,62

181

1,808

1,804

1,151

219

1,598

1,827

1,822

144

1,823

1,825

1,594

182

1,59

1,803

1,607

220

1,816

1,603

1,578

145

1,595

1,803

1,808

183

1,602

1,805

1,817

221

1,808

1,426

1,812

146

1,591

1,613

1,609

184

1,813

1,596

1,591

222

1,813

1,628

1,589

147

1,594

1,592

1,813

185

1,626

1,593

1,603

223

1,598

1,351

1,594

148

1,805

1,588

1,613

186

1,589

1,597

1,81

224

1,138

1,116

1,589

149

1,601

1,592

1,599

187

1,589

1,808

0,99

225

1,597

1,6

1,823

150

1,433

1,597

1,609

188

1,823

1,136

1,575

226

1,815

1,111

1,596

151

1,589

1,81

1,593

189

1,809

1,807

1,834

227

1,592

1,129

1,81

152

1,598

1,821

1,594

190

1,596

1,617

1,299

228

1,83

1,829

1,815



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

229

1,589

1,809

1,807

267

1,427

1,811

1,603

305

1,825

1,808

1,822

230

1,816

1,835

1,409

268

1,809

1,622

1,597

306

1,594

1,594

1,818

231

1,603

1,603

1,889

269

1,823

1,804

1,828

307

1,817

1,423

1,807

232

1,141

1,627

1,811

270

1,817

1,141

1,591

308

1,593

1,14

1,814

233

1,604

1,8

1,81

271

1,817

1,593

1,43

309

1,114

1,591

1,345

234

1,815

1,595

1,836

272

1,811

1,628

1,137

310

1,609

1,592

1,605

235

1,619

1,273

1,802

273

1,801

1,151

1,591

311

1,615

1,815

1,817

236

1,817

1,83

1,428

274

1,592

1,826

1,667

312

1,597

1,618

1,594

237

1,59

1,818

1,806

275

1,805

1,629

1,594

313

1,141

1,59

1,812

238

1,816

1,809

1,595

276

1,604

1,592

1,833

314

1,606

1,811

1,592

239

1,826

0,719

1,588

277

1,804

1,113

1,597

315

1,807

1,809

1,593

240

1,822

1,595

1,424

278

1,816

1,613

1,598

316

1,812

1,819

1,596

241

1,595

1,606

1,803

279

1,14

1,813

1,809

317

1,589

0,723

1,81

242

1,807

1,83

1,806

280

1,807

1,816

1,822

318

1,82

1,613

1,812

243

1,591

0,741

0,804

281

1,594

1,124

1,819

319

1,592

1,592

1,591

244

1,833

1,592

1,127

282

1,121

1,595

1,82

320

0,813

1,816

1,817

245

1,807

1,829

1,821

283

1,821

1,823

1,808

321

1,807

1,817

1,43

246

1,596

1,614

1,594

284

1,809

1,588

1,816

322

1,821

1,146

1,588

247

1,819

1,821

1,816

285

1,402

1,809

1,593

323

1,599

1,821

1,827

248

1,592

1,826

1,823

286

1,812

1,475

1,603

324

1,6

1,82

1,593

249

1,818

1,604

1,808

287

1,596

1,116

1,82

325

1,594

1,816

1,815

250

1,814

1,816

1,811

288

1,813

1,809

1,606

326

1,805

1,428

1,831

251

1,805

1,811

1,803

289

1,832

1,107

1,111

327

1,598

1,596

1,813

252

1,81

1,814

1,42

290

1,811

1,813

1,594

328

1,809

1,59

1,825

253

1,831

1,589

1,146

291

1,139

1,594

1,817

329

1,6

1,82

1,614

254

1,626

1,143

1,813

292

1,616

1,596

1,61

330

1,593

1,815

1,409

255

1,592

1,812

1,598

293

1,618

1,599

1,111

331

1,591

1,809

1,471

256

1,596

1,807

1,824

294

1,815

1,594

1,596

332

1,599

1,421

1,818

257

1,594

1,828

1,403

295

1,829

1,837

1,138

333

1,591

1,442

1,42

258

1,598

1,609

1,594

296

1,803

1,815

1,814

334

1,809

1,599

1,587

259

1,813

1,804

1,591

297

1,596

1,807

1,592

335

1,592

1,832

1,605

260

1,819

1,607

1,593

298

1,821

1,594

1,605

336

1,589

1,807

1,806

261

1,807

1,59

1,603

299

1,818

1,818

1,605

337

1,81

1,83

1,606

262

1,821

1,811

1,596

300

1,826

1,59

1,84

338

1,591

1,59

1,611

263

1,589

1,597

1,589

301

1,814

1,807

1,6

339

1,822

1,807

1,594

264

1,593

1,823

1,81

302

1,805

1,59

1,617

340

1,356

1,815

1,601

265

1,592

1,594

1,602

303

1,807

1,594

1,15

341

1,6

1,804

1,827

266

1,817

1,435

1,82

304

1,596

1,592

1,599

342

1,824

1,612

1,805



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

343

1,808

1,59

1,821

381

1,437

1,591

1,604

419

1,802

0,741

1,614

344

1,807

1,809

1,81

382

1,59

1,813

1,819

420

1,589

1,822

1,14

345

1,347

1,599

1,815

383

1,829

1,841

1,595

421

1,588

1,596

1,59

346

1,616

1,808

1,613

384

1,812

1,118

1,829

422

1,6

1,627

1,617

347

1,808

1,438

1,807

385

1,618

1,811

1,591

423

1,593

1,593

1,601

348

1,601

1,595

1,592

386

1,598

1,809

1,827

424

1,811

1,817

1,117

349

1,804

1,826

1,805

387

1,815

1,806

1,816

425

1,812

1,827

1,139

350

1,127

1,827

1,835

388

1,819

1,808

1,589

426

1,597

1,337

1,809

351

1,142

1,811

1,594

389

1,607

1,595

1,807

427

1,595

1,119

1,594

352

1,828

1,117

1,805

390

1,804

1,154

1,614

428

1,804

1,808

1,592

353

1,8

1,402

1,627

391

1,801

1,813

1,808

429

1,605

1,595

1,806

354

1,806

1,602

1,113

392

1,825

1,593

1,591

430

1,816

1,81

1,339

355

1,819

1,148

1,597

393

1,598

1,82

1,813

431

1,613

1,592

1,595

356

1,611

1,82

1,591

394

1,432

1,614

1,605

432

1,589

1,809

1,597

357

1,602

1,603

1,842

395

1,819

1,607

1,806

433

1,141

1,596

1,595

358

1,59

1,43

1,424

396

1,604

1,808

1,834

434

1,806

1,594

1,81

359

1,595

1,624

1,59

397

1,807

1,807

1,81

435

1,594

1,804

1,825

360

1,592

1,829

1,813

398

1,832

1,147

1,149

436

1,592

1,601

1,813

361

1,605

1,142

1,591

399

1,816

1,617

1,592

437

1,594

1,821

1,839

362

1,812

1,142

1,835

400

1,439

1,137

0,719

438

1,605

1,809

1,812

363

1,593

1,803

1,595

401

1,615

1,597

1,598

439

1,594

1,59

1,823

364

1,612

1,823

1,812

402

1,595

1,812

1,81

440

1,806

1,824

1,619

365

1,815

1,814

1,819

403

1,81

1,141

1,821

441

1,807

1,806

1,594

366

1,812

1,805

1,81

404

1,834

1,82

1,105

442

1,599

1,408

1,612

367

1,617

1,593

1,837

405

1,591

1,804

1,835

443

1,806

1,597

1,803

368

1,812

1,139

1,6

406

1,797

1,612

1,803

444

1,821

1,823

1,597

369

1,803

1,85

1,567

407

1,813

1,594

1,813

445

1,808

1,41

1,604

370

1,423

1,624

1,6

408

1,428

1,589

1,45

446

1,811

1,589

1,824

371

1,81

1,595

1,815

409

1,808

1,62

1,812

447

0,724

1,597

1,599

372

1,828

1,59

1,815

410

1,809

1,591

1,619

448

1,593

1,84

1,606

373

1,805

1,812

1,81

411

1,828

1,594

1,808

449

1,804

1,591

1,827

374

1,592

1,819

1,808

412

1,592

1,594

1,814

450

1,597

1,598

1,816

375

1,804

1,8

1,614

413

1,593

1,611

1,838

451

1,591

1,824

1,829

376

1,608

1,433

1,6

414

1,837

1,596

1,817

452

1,601

1,81

1,819

377

1,835

1,826

1,599

415

1,811

1,6

1,593

453

1,812

1,811

1,594

378

1,813

1,822

1,807

416

1,603

1,8

1,802

454

1,812

1,589

1,593

379

1,702

1,811

1,593

417

1,413

1,61

1,601

455

1,808

1,816

1,809

380

1,596

1,111

1,816

418

1,605

1,601

1,823

456

1,807

1,816

1,818



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

457

1,594

1,814

1,806

495

1,817

1,138

1,59

533

1,81

1,596

1,831

458

1,602

1,809

1,587

496

1,59

1,811

1,109

534

1,591

1,811

1,113

459

1,592

1,813

1,62

497

1,593

1,147

1,615

535

1,831

1,597

1,804

460

1,591

1,6

1,591

498

1,807

1,811

1,809

536

1,591

1,82

1,827

461

1,6

1,11

1,39

499

1,806

1,606

1,808

537

1,826

1,599

1,594

462

1,806

1,117

1,822

500

1,81

1,81

1,593

538

1,433

1,808

1,591

463

1,817

1,587

1,138

501

1,144

1,807

1,594

539

1,825

1,599

1,616

464

1,597

1,835

1,591

502

1,814

1,823

1,813

540

1,593

1,803

1,819

465

1,142

1,606

1,605

503

1,606

1,597

1,429

541

1,825

1,831

1,6

466

1,593

1,42

1,817

504

1,603

1,596

1,629

542

1,82

1,612

1,811

467

1,814

1,826

1,606

505

1,598

1,819

1,615

543

1,618

1,105

1,594

468

1,819

1,117

1,823

506

1,813

1,816

1,819

544

1,81

1,598

1,594

469

1,808

1,822

1,803

507

1,589

1,594

1,812

545

1,592

1,606

1,817

470

1,598

1,819

1,571

508

0,735

1,588

1,587

546

1,817

1,806

1,809

471

1,803

1,814

1,403

509

1,812

1,614

1,624

547

1,801

1,822

1,806

472

1,615

1,818

1,826

510

1,594

1,811

1,591

548

1,419

1,808

1,831

473

1,589

1,805

1,815

511

1,607

1,824

1,593

549

1,594

1,819

1,807

474

1,606

1,815

1,428

512

1,607

1,816

1,817

550

1,594

1,818

1,142

475

1,135

1,808

1,406

513

1,806

1,807

1,427

551

1,811

1,806

1,804

476

1,589

1,837

1,594

514

1,8

1,596

0,749

552

1,821

1,608

1,806

477

1,604

1,136

1,806

515

1,822

1,594

1,804

553

1,594

1,806

1,824

478

1,814

1,82

1,803

516

1,595

1,599

1,808

554

1,81

1,827

1,808

479

1,808

1,611

1,804

517

1,592

1,811

1,812

555

1,59

1,111

1,422

480

1,611

1,816

1,804

518

1,821

1,802

1,812

556

1,616

1,817

1,807

481

1,821

1,597

1,593

519

1,825

1,808

1,805

557

1,808

1,612

1,592

482

1,584

1,588

1,333

520

0,708

1,824

1,828

558

1,805

1,81

1,598

483

0,735

1,608

1,825

521

1,581

1,834

1,837

559

1,597

1,83

1,112

484

1,592

1,808

1,811

522

1,807

1,591

1,834

560

1,606

1,595

1,592

485

1,821

1,816

1,59

523

1,135

1,124

1,816

561

1,813

1,809

1,822

486

1,805

1,817

1,596

524

1,802

1,67

1,582

562

1,589

1,588

1,108

487

1,829

1,604

1,591

525

1,801

1,588

1,835

563

1,826

1,588

1,812

488

1,596

1,83

1,279

526

1,614

1,591

1,594

564

1,589

1,597

1,597

489

1,606

0,711

1,812

527

1,601

1,404

1,808

565

1,612

1,606

1,809

490

1,804

1,826

1,827

528

1,613

1,138

1,594

566

1,822

1,826

1,829

491

1,814

1,6

1,601

529

1,805

1,807

1,807

567

1,815

1,818

1,119

492

1,599

1,81

1,604

530

1,139

1,815

1,595

568

1,815

1,596

1,81

493

1,593

1,621

1,594

531

1,59

0,756

1,843

569

1,598

1,807

1,833

494

1,805

1,813

1,811

532

1,6

1,832

1,817

570

1,817

1,588

1,814



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

571

1,595

1,835

1,188

609

1,63

1,598

1,817

647

1,592

1,395

1,475

572

1,804

1,807

1,117

610

1,595

1,125

1,828

648

0,723

1,824

1,601

573

1,934

1,806

1,815

611

1,603

1,108

1,819

649

1,589

1,597

1,806

574

1,841

1,591

1,595

612

1,813

1,812

1,591

650

1,615

0,712

1,817

575

1,135

1,627

1,804

613

1,81

1,826

1,807

651

1,596

1,603

1,817

576

1,825

1,592

1,811

614

1,815

1,592

1,809

652

1,59

1,801

1,111

577

1,805

1,596

1,812

615

1,809

1,113

1,59

653

1,598

1,805

1,821

578

1,813

1,804

1,805

616

1,807

1,607

1,62

654

1,818

1,806

1,595

579

1,597

1,608

1,805

617

1,534

1,813

1,593

655

1,667

1,826

1,607

580

1,422

1,611

1,142

618

1,613

1,598

1,804

656

1,607

1,593

1,614

581

1,812

1,82

1,608

619

1,593

1,594

1,834

657

1,593

1,592

1,597

582

1,625

1,595

1,811

620

1,596

1,814

1,823

658

0,726

1,828

1,825

583

1,593

1,821

1,11

621

1,6

1,81

1,819

659

1,627

1,594

1,814

584

1,594

1,805

1,591

622

1,83

1,806

1,807

660

1,593

1,808

1,821

585

1,616

1,594

1,427

623

1,814

1,823

1,825

661

1,592

1,113

1,812

586

1,818

1,83

1,605

624

1,83

1,822

1,802

662

1,82

1,59

1,404

587

1,805

1,81

1,595

625

1,812

1,59

1,144

663

1,816

1,592

1,822

588

1,597

1,614

1,579

626

1,591

1,812

1,606

664

1,442

1,608

1,588

589

1,588

1,597

1,593

627

1,593

1,61

1,805

665

1,828

1,608

1,426

590

1,825

1,593

1,828

628

1,806

1,616

1,6

666

1,593

1,59

1,81

591

1,833

1,811

1,592

629

1,812

1,144

1,82

667

1,817

1,822

1,596

592

1,814

1,831

1,599

630

1,821

1,584

1,821

668

1,827

1,809

1,592

593

1,81

1,819

1,606

631

1,613

1,805

1,599

669

1,833

1,818

1,812

594

1,142

1,816

1,595

632

1,586

1,135

1,815

670

1,596

1,805

1,825

595

1,592

1,59

1,807

633

1,808

1,807

1,838

671

1,598

1,599

1,594

596

1,592

1,809

1,44

634

1,816

1,589

1,824

672

1,816

1,581

1,418

597

1,817

1,815

1,157

635

1,815

1,807

1,592

673

1,148

1,822

1,803

598

1,819

1,82

1,816

636

1,423

1,811

1,815

674

1,588

1,61

1,819

599

1,61

1,808

1,593

637

1,809

1,59

1,592

675

1,141

1,59

1,574

600

1,822

1,56

1,601

638

1,618

1,584

1,806

676

1,851

1,821

1,141

601

1,83

1,589

1,422

639

1,589

1,595

1,596

677

1,811

1,609

1,815

602

1,594

1,594

1,602

640

1,6

1,404

1,806

678

1,816

1,81

1,629

603

1,82

1,805

1,604

641

1,153

0,721

1,812

679

1,664

1,803

1,6

604

1,597

1,591

1,807

642

1,817

1,806

1,59

680

1,816

1,602

1,421

605

1,832

1,613

1,819

643

1,602

1,704

1,627

681

1,587

1,591

1,835

606

1,601

1,422

1,814

644

1,161

1,829

1,605

682

1,599

1,141

1,597

607

1,428

1,605

1,803

645

1,598

1,836

1,815

683

1,825

1,593

1,594

608

1,593

1,599

1,594

646

1,614

1,835

1,625

684

1,594

1,624

1,82



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

685

1,592

1,808

1,437

723

1,825

1,594

1,817

761

1,594

1,811

1,589

686

1,815

1,596

1,813

724

1,82

1,831

1,603

762

1,804

1,591

1,812

687

1,829

1,592

1,818

725

1,805

1,829

1,821

763

1,593

1,824

1,591

688

1,611

1,658

1,61

726

1,6

1,831

1,614

764

1,59

1,617

1,116

689

1,596

1,824

1,826

727

1,605

1,831

1,818

765

1,605

1,82

1,826

690

1,602

1,603

1,599

728

1,808

1,826

1,814

766

1,594

1,593

1,809

691

1,135

1,594

1,598

729

1,125

1,813

1,83

767

1,613

1,803

1,832

692

1,835

1,816

1,432

730

1,598

1,808

1,807

768

1,592

1,8

1,822

693

1,808

1,812

1,828

731

1,815

1,817

1,604

769

1,825

1,12

1,819

694

1,816

1,608

0,719

732

1,811

1,807

0,715

770

1,598

1,422

1,825

695

1,829

1,601

1,598

733

1,817

1,608

1,807

771

1,811

1,805

1,827

696

1,612

1,815

1,816

734

1,806

1,805

1,809

772

1,596

1,809

1,424

697

1,112

1,592

1,428

735

1,366

1,591

1,155

773

0,787

1,608

1,619

698

1,589

1,807

1,822

736

1,802

1,594

1,826

774

0,749

1,823

1,61

699

1,109

1,601

1,812

737

1,819

1,806

1,59

775

1,81

1,597

1,806

700

1,823

1,605

1,834

738

1,597

1,828

1,826

776

1,424

1,594

1,611

701

1,831

1,596

1,815

739

1,113

1,83

1,811

777

1,113

1,807

1,82

702

1,823

1,607

1,614

740

1,805

0,723

1,835

778

1,436

1,611

1,828

703

1,432

1,599

1,621

741

1,137

1,59

1,818

779

1,615

1,819

1,593

704

1,589

1,802

1,823

742

1,596

1,131

1,824

780

1,807

1,596

1,82

705

1,804

1,605

1,831

743

1,605

1,831

1,607

781

1,61

1,826

1,589

706

1,609

1,829

1,596

744

1,608

1,593

1,594

782

1,119

1,806

1,593

707

1,407

1,595

1,115

745

1,591

1,594

1,816

783

1,117

1,808

1,595

708

1,428

1,822

1,594

746

1,812

1,592

1,596

784

1,6

1,813

1,813

709

1,815

1,819

1,609

747

1,592

1,822

1,816

785

1,595

1,59

1,806

710

1,601

1,435

1,592

748

1,81

1,592

1,136

786

1,833

1,804

1,817

711

1,807

1,591

1,615

749

1,81

1,598

1,605

787

1,806

0,728

1,134

712

1,828

1,817

1,614

750

1,805

1,812

1,357

788

1,603

1,423

1,111

713

1,818

1,807

1,815

751

1,832

1,15

1,834

789

1,628

1,828

1,826

714

1,601

1,813

1,818

752

1,814

1,593

1,14

790

1,61

1,812

1,805

715

1,826

1,592

1,833

753

1,596

1,811

1,808

791

1,846

1,818

1,607

716

1,811

1,808

1,809

754

1,804

1,598

1,821

792

1,614

1,598

1,806

717

1,823

1,832

1,14

755

1,82

1,835

1,819

793

1,807

1,592

1,433

718

1,804

1,599

1,82

756

0,717

1,589

1,807

794

1,817

1,111

1,805

719

1,814

1,593

1,595

757

1,142

1,593

1,801

795

1,469

0,725

1,577

720

1,83

1,426

1,809

758

1,81

1,805

1,812

796

1,588

1,81

1,823

721

1,808

1,596

1,593

759

1,615

1,814

1,81

797

1,815

1,596

1,595

722

1,81

1,815

1,806

760

1,824

1,169

1,594

798

1,349

1,806

1,83



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

799

1,6

1,831

1,591

837

1,587

1,805

1,6

875

1,812

1,816

1,598

800

1,104

1,815

1,596

838

1,815

1,594

1,596

876

1,814

1,597

1,591

801

1,595

1,817

1,592

839

1,355

1,625

1,807

877

1,589

1,316

1,82

802

1,593

1,805

1,813

840

1,819

1,592

1,613

878

1,599

1,605

1,599

803

1,405

1,817

1,815

841

1,423

1,622

1,591

879

1,12

1,599

1,604

804

1,815

1,613

1,43

842

1,812

1,824

1,836

880

1,817

1,594

1,824

805

1,589

1,823

1,809

843

1,609

1,593

1,817

881

1,612

1,822

1,431

806

1,595

1,597

1,591

844

1,588

1,823

1,593

882

1,631

1,804

1,596

807

1,807

1,823

1,587

845

1,824

1,591

1,822

883

1,587

1,82

1,818

808

1,811

1,606

1,145

846

1,812

1,839

1,568

884

1,147

1,591

1,61

809

1,824

1,593

1,593

847

1,598

1,81

1,808

885

1,604

1,596

1,598

810

1,822

1,823

1,834

848

1,805

1,804

1,825

886

1,619

1,814

1,601

811

1,81

1,814

1,328

849

1,592

1,617

1,121

887

1,591

1,813

1,827

812

1,594

1,805

1,823

850

1,815

1,811

1,424

888

1,609

1,59

1,593

813

1,136

1,601

1,592

851

1,115

1,805

1,624

889

1,59

1,806

1,6

814

1,806

1,803

1,807

852

1,811

1,805

1,595

890

1,799

1,609

1,806

815

1,586

1,6

1,607

853

1,596

1,586

1,594

891

1,592

1,595

1,804

816

1,806

1,594

1,816

854

1,112

1,821

1,14

892

1,807

1,814

1,807

817

1,591

1,135

1,821

855

1,805

1,43

1,614

893

1,807

1,592

1,808

818

1,151

1,811

1,829

856

1,599

1,594

1,814

894

1,409

1,598

1,808

819

1,81

1,592

1,815

857

1,805

1,617

1,822

895

1,827

1,817

1,602

820

1,623

1,81

1,81

858

1,813

1,601

1,591

896

1,808

1,123

1,603

821

1,136

1,592

1,835

859

1,135

1,598

1,606

897

1,603

1,594

1,594

822

1,805

1,825

1,617

860

1,809

1,857

1,144

898

1,818

1,823

1,596

823

1,818

1,807

1,095

861

1,829

1,623

1,838

899

1,657

1,436

1,814

824

1,593

1,593

1,804

862

1,602

1,597

1,806

900

1,594

1,597

1,808

825

1,837

1,6

1,349

863

1,592

1,591

1,596

901

1,6

1,6

1,421

826

1,592

1,594

1,593

864

1,596

1,149

1,831

902

1,816

1,593

1,821

827

1,598

1,592

1,591

865

1,592

1,596

1,613

903

1,817

1,604

1,596

828

1,59

1,826

1,828

866

1,593

0,725

1,813

904

1,825

1,591

1,61

829

1,6

1,806

0,754

867

1,592

1,822

1,628

905

1,586

1,612

1,595

830

1,829

1,808

1,594

868

1,802

1,6

1,822

906

1,602

1,596

1,401

831

1,597

1,139

1,109

869

1,594

1,82

1,802

907

1,811

1,83

1,607

832

1,824

1,6

1,589

870

1,592

1,592

1,846

908

1,593

1,818

1,803

833

1,594

1,818

1,829

871

1,824

1,595

1,596

909

1,817

1,806

1,608

834

1,587

1,181

1,598

872

1,626

1,595

1,808

910

1,619

1,61

1,808

835

1,584

1,588

1,607

873

1,596

1,435

1,815

911

1,594

1,82

1,611

836

1,806

1,145

1,611

874

1,824

1,812

1,805

912

1,607

1,826

1,82



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

913

0,719

1,83

1,104

945

1,814

1,807

1,598

977

1,6

1,599

1,829

914

1,822

1,841

1,812

946

1,598

1,832

1,81

978

1,599

1,598

1,592

915

1,589

1,606

1,835

947

1,595

1,14

1,809

979

1,816

1,828

1,824

916

1,602

0,713

1,6

948

1,562

1,118

1,596

980

1,152

1,836

1,815

917

1,419

1,807

1,817

949

1,596

1,822

1,601

981

1,813

1,804

1,618

918

1,142

1,6

1,813

950

1,809

1,824

1,594

982

1,587

1,805

1,594

919

1,825

1,818

1,588

951

1,599

1,59

1,598

983

1,595

1,613

1,612

920

1,425

1,81

1,603

952

1,138

1,594

1,818

984

1,116

1,603

1,617

921

1,59

1,805

1,822

953

1,592

1,598

1,804

985

1,609

1,612

1,432

922

1,59

1,606

1,602

954

1,604

1,81

1,594

986

1,831

1,823

1,616

923

1,812

1,816

1,425

955

1,81

1,6

1,599

987

1,598

1,607

1,805

924

1,601

1,81

1,592

956

1,811

1,611

1,803

988

1,807

1,808

1,598

925

1,593

1,815

1,807

957

1,816

0,72

1,591

989

0,77

1,618

1,808

926

1,594

1,592

1,144

958

1,626

1,577

1,605

990

1,601

1,593

1,673

927

1,803

1,815

1,594

959

1,588

1,601

1,823

991

1,816

1,625

1,812

928

1,811

1,821

1,607

960

1,606

1,138

1,66

992

1,625

1,559

1,811

929

1,827

1,419

1,659

961

1,592

1,818

1,426

993

1,811

1,599

1,589

930

1,595

1,591

1,806

962

1,595

1,592

1,811

994

1,839

1,808

1,595

931

1,614

1,82

1,121

963

1,596

1,813

1,836

995

1,81

1,615

1,822

932

1,592

1,592

1,81

964

1,662

1,583

1,59

996

1,807

1,434

1,619

933

1,817

1,594

1,813

965

1,834

1,617

1,835

997

1,809

1,811

1,58

934

0,712

1,918

1,807

966

1,594

1,436

1,805

998

1,626

1,596

1,821

935

1,594

1,602

1,816

967

1,114

1,824

1,594

999

1,811

1,595

1,59

936

1,809

1,427

1,813

968

1,591

1,82

1,592

1000

1,614

1,603

1,822

937

1,812

1,151

1,604

969

1,602

1,813

1,592

% RMSD ≤ 2

938

1,603

1,421

1,435

970

1,605

1,142

1,592

100%

939

1,838

1,218

1,816

971

1,627

1,604

1,817

940

1,805

1,802

1,811

972

1,803

1,594

1,154

941

1,596

1,595

1,597

973

1,592

1,81

1,815

942

1,825

1,805

1,591

974

1,592

1,83

1,81

943

1,814

1,805

1,811

975

1,592

1,811

1,615

944

1,536

1,59

1,815

976

1,588

1,806

1,597

100%

100%


Tabel IV. Nilai RMSD penambatan kembali OHT ChemPLP tanpa filtrasi No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

1

1,812

1,601

1,813

39

1,817

1,806

1,428

77

1,594

0,976

1,807

2

1,589

1,83

1,833

40

1,619

0,712

1,828

78

1,607

1,809

1,601

3

1,594

1,889

1,592

41

1,591

1,605

1,603

79

1,806

1,802

1,825

4

1,818

1,594

1,83

42

1,841

1,81

1,806

80

1,817

1,811

1,595

5

1,808

1,812

1,606

43

1,595

1,594

1,592

81

1,808

1,808

1,593

6

1,57

1,597

1,6

44

1,813

1,166

1,807

82

1,818

1,837

1,597

7

1,831

1,617

1,832

45

1,596

1,806

1,817

83

1,619

1,814

1,813

8

1,591

1,428

1,602

46

1,809

1,807

1,804

84

1,594

1,596

1,806

9

1,808

1,144

1,662

47

1,589

1,591

1,811

85

1,814

1,805

1,596

10

1,807

1,235

1,114

48

1,811

1,596

1,82

86

1,608

1,823

1,595

11

1,145

1,805

1,801

49

1,586

1,114

1,803

87

1,596

1,115

1,594

12

1,804

1,609

1,597

50

1,421

1,592

1,827

88

1,142

1,826

1,587

13

1,59

1,589

1,807

51

1,598

1,806

1,807

89

1,802

1,614

1,596

14

1,571

1,809

1,602

52

1,591

1,421

1,595

90

1,616

1,607

1,601

15

1,812

1,811

1,81

53

1,589

1,822

1,831

91

1,59

1,833

1,809

16

1,825

1,612

1,816

54

1,59

1,606

1,593

92

1,824

1,594

1,426

17

1,153

1,611

1,809

55

1,592

1,61

1,814

93

1,817

1,835

1,593

18

1,588

1,432

1,591

56

1,825

1,624

1,812

94

1,831

1,593

1,809

19

1,599

1,6

1,597

57

1,592

1,82

1,592

95

1,819

1,596

1,803

20

1,841

1,595

1,812

58

1,826

1,154

1,606

96

1,116

1,597

1,807

21

1,105

1,422

1,806

59

1,809

1,832

1,804

97

1,824

1,664

1,118

22

1,81

1,804

1,803

60

1,592

1,814

1,598

98

1,831

1,591

1,593

23

1,436

1,587

1,588

61

1,604

1,815

1,807

99

1,827

1,811

1,808

24

1,615

1,596

1,596

62

1,591

1,596

1,818

100

1,81

1,119

1,597

25

1,808

1,805

1,805

63

1,809

1,805

1,813

101

1,593

1,804

1,606

26

1,81

1,816

1,613

64

1,34

1,812

1,604

102

1,598

1,419

1,6

27

1,59

1,82

1,803

65

1,447

1,61

1,597

103

1,812

1,811

0,715

28

1,136

1,816

1,624

66

1,807

1,816

1,592

104

1,602

1,606

1,601

29

1,632

1,437

1,598

67

1,812

1,833

1,592

105

1,599

1,593

1,595

30

1,113

1,123

1,829

68

1,592

1,806

1,613

106

1,594

1,425

1,59

31

1,119

1,82

1,84

69

1,802

1,812

1,593

107

1,597

1,831

1,812

32

1,602

1,805

1,815

70

1,823

1,577

1,104

108

1,597

1,595

1,808

33

1,813

1,593

1,604

71

1,82

1,598

1,814

109

1,604

1,822

1,597

34

1,832

1,812

1,589

72

1,829

1,813

1,81

110

1,591

1,233

1,819

35

1,63

1,828

1,594

73

1,593

1,832

1,806

111

1,821

1,602

1,591

36

1,592

1,611

1,138

74

1,808

1,117

1,806

112

1,595

1,822

1,809

37

1,631

1,615

1,813

75

1,808

1,804

1,627

113

1,822

1,601

1,827

38

1,593

1,591

1,426

76

1,816

1,594

1,808

114

1,609

1,593

1,819


Tabel IV. lanjutan No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

115

1,6

1,6

1,808

153

1,806

1,83

1,809

191

1,439

1,594

1,824

116

1,593

1,821

1,61

154

1,341

1,591

1,834

192

1,818

1,053

1,594

117

1,593

1,595

1,817

155

1,625

1,59

1,814

193

1,6

1,835

1,595

118

1,593

1,594

1,809

156

1,832

1,191

1,624

194

1,115

1,841

1,812

119

1,592

1,14

1,433

157

1,673

1,819

1,595

195

1,824

1,599

1,659

120

1,815

1,805

1,601

158

1,808

1,614

1,813

196

1,615

1,808

1,824

121

1,812

1,816

1,594

159

1,593

1,592

1,326

197

1,433

1,594

1,815

122

1,595

1,604

1,821

160

1,81

1,813

1,595

198

1,115

1,815

1,82

123

1,816

1,422

1,608

161

1,611

1,618

1,806

199

1,815

1,589

1,595

124

1,593

1,819

1,593

162

1,604

1,773

1,337

200

1,591

1,18

1,109

125

1,828

1,821

1,606

163

1,588

1,821

1,59

201

1,809

1,591

1,599

126

1,809

1,812

1,592

164

1,807

1,593

1,597

202

1,821

1,822

1,59

127

1,603

1,592

1,809

165

1,422

1,807

1,608

203

1,665

1,821

1,595

128

1,597

1,597

1,59

166

1,606

1,825

1,807

204

1,823

1,59

1,597

129

1,14

1,811

1,614

167

1,591

1,589

1,615

205

1,594

1,825

1,807

130

1,814

1,827

1,816

168

1,807

1,401

1,609

206

1,138

1,733

1,825

131

1,621

1,812

1,6

169

1,592

1,592

1,596

207

1,807

1,806

1,59

132

1,829

1,812

1,826

170

1,607

1,115

1,81

208

1,606

1,809

1,595

133

1,596

1,809

1,43

171

1,608

1,809

1,804

209

1,825

1,595

1,805

134

1,807

1,812

1,593

172

1,826

1,585

1,134

210

1,607

1,835

1,143

135

1,823

1,826

1,59

173

1,617

1,808

1,604

211

1,827

1,815

1,824

136

1,816

1,807

1,461

174

1,812

1,597

1,592

212

1,606

1,595

1,828

137

1,593

1,593

1,821

175

0,729

1,803

1,59

213

1,62

1,812

1,624

138

1,596

1,829

1,568

176

1,147

1,588

1,593

214

1,625

1,83

1,6

139

1,807

1,593

1,844

177

1,599

1,81

1,604

215

1,588

1,822

1,608

140

1,818

1,589

1,805

178

1,813

1,597

1,817

216

1,134

1,595

1,812

141

1,608

1,805

1,592

179

1,838

1,124

1,598

217

1,6

1,843

1,607

142

1,82

1,589

1,809

180

1,6

1,812

1,591

218

1,82

1,594

1,59

143

1,595

1,828

1,62

181

1,808

1,804

1,151

219

1,598

1,827

1,822

144

1,823

1,825

1,594

182

1,59

1,803

1,607

220

1,816

1,603

1,578

145

1,595

1,803

1,808

183

1,602

1,805

1,817

221

1,808

1,426

1,812

146

1,591

1,613

1,609

184

1,813

1,596

1,591

222

1,813

1,628

1,589

147

1,594

1,592

1,813

185

1,626

1,593

1,603

223

1,598

1,351

1,594

148

1,805

1,588

1,613

186

1,589

1,597

1,81

224

1,138

1,116

1,589

149

1,601

1,592

1,599

187

1,589

1,808

0,99

225

1,597

1,6

1,823

150

1,433

1,597

1,609

188

1,823

1,136

1,402

226

1,815

1,111

1,596

151

1,589

1,81

1,593

189

1,809

1,807

1,834

227

1,592

1,129

1,81

152

1,598

1,821

1,594

190

1,596

1,617

1,299

228

1,83

1,829

1,815



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

229

1,589

1,809

1,807

267

1,427

1,811

1,603

305

1,825

1,808

1,822

230

1,816

1,835

1,409

268

1,809

1,622

1,597

306

1,594

1,594

1,818

231

1,603

1,603

1,718

269

1,823

1,804

1,828

307

1,817

1,423

1,807

232

1,141

1,627

1,811

270

1,817

1,141

1,591

308

1,593

1,14

1,703

233

1,604

1,8

1,81

271

1,817

1,593

1,43

309

1,114

1,591

1,345

234

1,815

1,595

1,836

272

1,811

1,628

1,137

310

1,609

1,592

1,605

235

1,619

1,273

1,802

273

1,801

1,151

1,591

311

1,615

1,815

1,817

236

1,817

1,83

1,428

274

1,592

1,826

1,667

312

1,597

1,618

1,594

237

1,59

1,818

1,806

275

1,805

1,629

1,594

313

1,141

1,59

1,812

238

1,816

1,809

1,595

276

1,604

1,592

1,833

314

1,606

1,811

1,592

239

1,826

0,719

1,588

277

1,804

1,113

1,597

315

1,807

1,809

1,593

240

1,822

1,595

1,424

278

1,816

1,613

1,598

316

1,812

1,819

1,596

241

1,595

1,606

1,803

279

1,14

1,813

1,809

317

1,589

0,723

1,81

242

1,807

1,83

1,806

280

1,807

1,816

1,822

318

1,82

1,613

1,812

243

1,591

0,741

0,804

281

1,594

1,124

1,819

319

1,592

1,592

1,591

244

1,833

1,592

1,127

282

1,121

1,595

1,82

320

0,813

1,816

1,817

245

1,807

1,829

1,821

283

1,821

1,823

1,808

321

1,807

1,817

1,43

246

1,596

1,614

1,594

284

1,809

1,588

1,816

322

1,821

1,146

1,588

247

1,819

1,821

1,816

285

1,402

1,809

1,593

323

1,599

1,821

1,827

248

1,592

1,826

1,823

286

1,812

1,475

1,603

324

1,6

1,82

1,593

249

1,818

1,604

1,808

287

1,596

1,116

1,82

325

1,594

1,816

1,815

250

1,814

1,816

1,811

288

1,813

1,809

1,606

326

1,805

1,428

1,831

251

1,805

1,811

1,803

289

1,832

1,107

1,111

327

1,598

1,596

1,813

252

1,81

1,814

1,42

290

1,811

1,813

1,594

328

1,809

1,59

1,825

253

1,831

1,589

1,146

291

1,139

1,594

1,817

329

1,6

1,82

1,614

254

1,626

1,143

1,813

292

1,616

1,596

1,61

330

1,593

1,815

1,409

255

1,592

1,812

1,598

293

1,618

1,599

1,111

331

1,591

1,809

1,471

256

1,596

1,807

1,824

294

1,815

1,594

1,596

332

1,599

1,421

1,818

257

1,594

1,828

1,403

295

1,829

1,837

1,138

333

1,591

1,442

1,42

258

1,598

1,609

1,594

296

1,803

1,815

1,814

334

1,809

1,599

1,587

259

1,813

1,804

1,591

297

1,596

1,807

1,592

335

1,592

1,832

1,605

260

1,819

1,607

1,593

298

1,821

1,594

1,605

336

1,589

1,807

1,806

261

1,807

1,59

1,603

299

1,818

1,818

1,605

337

1,81

1,83

1,606

262

1,821

1,811

1,596

300

1,826

1,59

1,84

338

1,591

1,59

1,611

263

1,589

1,597

1,589

301

1,814

1,807

1,6

339

1,822

1,807

1,594

264

1,593

1,823

1,81

302

1,805

1,59

1,617

340

1,356

1,815

1,601

265

1,592

1,594

1,602

303

1,807

1,594

1,15

341

1,6

1,804

1,827

266

1,817

1,435

1,82

304

1,596

1,592

1,599

342

1,824

1,612

1,805



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

343

1,808

1,59

1,821

381

1,437

1,591

1,604

419

1,802

0,741

1,614

344

1,807

1,809

1,81

382

1,59

1,813

1,819

420

1,589

1,822

1,14

345

1,347

1,599

1,815

383

1,829

1,841

1,595

421

1,588

1,596

1,59

346

1,616

1,808

1,613

384

1,812

1,118

1,829

422

1,6

1,627

1,617

347

1,808

1,438

1,807

385

1,618

1,811

1,591

423

1,593

1,593

1,601

348

1,601

1,595

1,592

386

1,598

1,809

1,827

424

1,811

1,817

1,117

349

1,804

1,826

1,805

387

1,815

1,806

1,816

425

1,812

1,827

1,139

350

1,127

1,827

1,835

388

1,819

1,808

1,589

426

1,597

1,337

1,809

351

1,142

1,811

1,594

389

1,607

1,595

1,807

427

1,595

1,119

1,594

352

1,828

1,117

1,805

390

1,804

1,154

1,614

428

1,804

1,808

1,592

353

1,8

1,402

1,627

391

1,801

1,813

1,808

429

1,605

1,595

1,806

354

1,806

1,602

1,113

392

1,825

1,593

1,591

430

1,816

1,81

1,339

355

1,819

1,148

1,597

393

1,598

1,82

1,813

431

1,613

1,592

1,595

356

1,611

1,82

1,591

394

1,432

1,614

1,605

432

1,589

1,809

1,597

357

1,602

1,603

1,842

395

1,819

1,607

1,806

433

1,141

1,596

1,595

358

1,59

1,43

1,424

396

1,604

1,808

1,834

434

1,806

1,594

1,81

359

1,595

1,624

1,59

397

1,807

1,807

1,168

435

1,594

1,804

1,825

360

1,592

1,829

1,813

398

1,832

1,147

1,149

436

1,592

1,601

1,813

361

1,605

1,142

1,591

399

1,816

1,617

1,592

437

1,594

1,821

1,839

362

1,812

1,142

1,835

400

1,439

1,137

0,719

438

1,605

1,809

1,812

363

1,593

2,016

1,595

401

1,615

1,597

1,598

439

1,594

1,59

1,823

364

1,612

1,823

1,437

402

1,595

1,812

1,81

440

1,806

1,824

1,619

365

1,815

1,814

1,819

403

1,81

1,141

1,821

441

1,807

1,806

1,594

366

1,812

1,805

1,81

404

1,834

1,82

1,998

442

1,599

1,408

1,612

367

1,617

1,593

1,837

405

1,591

1,804

1,835

443

1,806

1,597

1,803

368

1,812

2,064

1,6

406

1,797

1,612

1,803

444

1,821

1,823

1,597

369

1,803

1,85

1,567

407

1,813

1,594

1,813

445

1,808

1,41

1,604

370

1,423

1,624

1,6

408

1,428

1,589

1,45

446

1,811

1,589

1,824

371

1,81

1,595

1,815

409

1,808

1,62

1,812

447

0,724

1,597

1,599

372

1,828

1,59

1,815

410

1,809

1,591

1,619

448

1,593

1,84

1,606

373

1,805

1,812

1,81

411

1,828

1,594

1,808

449

1,804

1,591

1,827

374

1,592

1,819

1,808

412

1,592

1,594

1,814

450

1,597

1,598

1,816

375

1,804

1,8

1,614

413

1,593

1,611

1,838

451

1,591

1,824

1,829

376

1,608

1,433

1,6

414

1,837

1,596

1,817

452

1,601

1,81

1,819

377

1,835

1,826

1,599

415

1,811

1,6

1,593

453

1,812

1,811

1,594

378

1,813

1,822

1,807

416

1,603

1,8

1,802

454

1,812

1,589

1,593

379

1,702

1,811

1,593

417

1,413

1,61

1,601

455

1,808

1,816

1,809

380

1,596

1,111

1,816

418

1,605

1,601

1,823

456

1,807

1,816

1,818



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

457

1,594

1,814

1,806

495

1,817

1,138

1,59

533

1,81

1,596

1,831

458

1,602

1,809

1,587

496

1,59

1,811

1,109

534

1,591

1,811

1,113

459

1,592

1,813

1,62

497

1,593

1,147

1,615

535

1,831

1,597

1,804

460

1,591

1,6

1,591

498

1,807

1,811

1,809

536

1,591

1,82

1,827

461

1,6

1,11

1,39

499

1,806

1,606

1,808

537

1,826

1,599

1,594

462

1,806

1,641

1,822

500

1,81

1,81

1,593

538

1,433

1,808

1,591

463

1,817

1,587

1,138

501

1,144

1,807

1,594

539

1,825

1,599

1,616

464

1,597

1,835

1,591

502

1,814

1,823

1,813

540

1,593

1,803

1,819

465

1,142

1,606

1,605

503

1,606

1,597

1,429

541

1,825

1,831

1,6

466

1,593

1,42

1,817

504

1,603

0,948

1,629

542

1,82

1,612

1,811

467

1,814

1,826

1,606

505

1,598

1,819

1,615

543

1,618

1,105

1,594

468

1,819

1,117

1,823

506

1,813

1,816

1,819

544

1,81

1,598

1,594

469

1,808

1,822

1,803

507

1,589

1,594

1,812

545

1,592

1,606

1,817

470

1,598

1,819

1,571

508

0,735

1,588

1,587

546

1,817

1,806

1,809

471

1,803

1,814

1,403

509

1,812

1,614

1,624

547

1,801

1,822

1,806

472

1,615

1,818

1,826

510

1,594

1,811

1,591

548

1,419

1,808

1,831

473

1,589

1,805

1,815

511

1,607

1,824

1,593

549

1,594

1,819

1,807

474

1,606

1,815

1,428

512

1,607

1,816

1,817

550

1,594

1,818

1,142

475

1,135

1,808

1,406

513

1,806

1,807

1,427

551

1,811

1,806

1,804

476

1,589

1,837

1,594

514

1,8

1,596

0,749

552

1,821

1,608

1,806

477

1,604

1,136

1,806

515

1,822

1,594

1,804

553

1,594

1,806

1,824

478

1,814

1,82

1,803

516

1,595

1,599

1,808

554

1,81

1,827

1,808

479

1,516

1,611

1,804

517

1,592

1,811

1,812

555

1,59

1,111

1,422

480

1,611

1,816

1,804

518

1,821

1,802

1,812

556

1,616

1,817

1,807

481

1,821

1,597

1,593

519

1,825

1,808

1,805

557

1,808

1,612

1,592

482

0,906

1,588

1,333

520

0,708

1,824

1,828

558

1,805

1,81

1,598

483

0,735

1,608

1,825

521

1,581

1,834

1,837

559

1,597

1,83

1,112

484

1,592

1,808

1,811

522

1,807

1,591

1,834

560

1,606

1,595

1,592

485

1,821

1,816

1,59

523

1,135

1,124

1,816

561

1,813

1,809

1,822

486

1,805

1,817

1,596

524

1,802

1,717

1,582

562

1,589

1,588

1,108

487

1,829

1,604

1,591

525

1,801

1,588

1,835

563

1,826

1,588

1,812

488

1,596

1,83

1,279

526

1,614

1,591

1,594

564

1,589

1,597

1,597

489

1,606

0,711

1,812

527

1,601

1,404

1,808

565

1,612

1,606

1,809

490

1,804

1,826

1,827

528

1,613

1,138

1,594

566

1,822

1,826

1,829

491

1,814

1,6

1,601

529

1,805

1,807

1,807

567

1,815

1,865

1,119

492

1,324

1,81

1,604

530

1,139

1,815

1,595

568

1,815

1,596

1,81

493

1,593

1,621

1,594

531

1,59

0,756

1,843

569

1,598

1,807

1,833

494

1,805

1,813

1,811

532

1,6

1,832

1,817

570

1,817

1,588

1,814



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

571

1,595

1,835

1,188

609

1,63

1,598

1,817

647

1,724

1,395

1,475

572

1,804

1,807

1,117

610

1,595

1,125

1,828

648

0,723

1,824

1,601

573

1,934

1,806

1,815

611

1,603

1,108

1,819

649

1,589

1,597

1,806

574

1,841

1,591

1,595

612

1,813

1,812

1,591

650

1,615

0,712

1,817

575

1,135

1,627

1,804

613

1,81

1,826

1,807

651

1,596

1,603

1,817

576

1,825

1,592

1,811

614

1,815

1,592

1,809

652

1,59

1,801

1,111

577

1,805

1,596

1,812

615

1,809

1,113

1,59

653

1,598

1,805

1,821

578

1,813

1,804

1,805

616

1,807

1,607

1,62

654

1,818

1,806

1,595

579

1,597

1,608

1,805

617

1,534

1,813

1,593

655

1,667

1,826

1,607

580

1,422

1,872

1,142

618

1,613

1,598

1,804

656

1,607

1,593

1,614

581

1,812

1,82

1,608

619

1,593

1,594

1,834

657

1,593

1,592

1,597

582

1,625

1,595

1,811

620

1,596

1,814

1,823

658

0,726

1,828

1,825

583

1,593

1,821

1,11

621

1,6

1,81

1,819

659

1,627

1,594

1,814

584

1,594

1,805

1,591

622

1,83

1,806

1,807

660

1,593

1,808

1,821

585

1,616

1,594

1,427

623

1,814

1,823

1,825

661

1,592

1,113

1,812

586

1,818

1,83

1,605

624

1,83

1,822

1,802

662

1,82

1,59

1,404

587

1,805

1,81

1,595

625

1,812

1,59

1,144

663

1,816

1,592

1,822

588

1,597

1,614

1,579

626

1,591

1,812

1,606

664

1,442

1,608

1,588

589

1,588

1,597

1,593

627

1,593

1,61

1,805

665

1,828

1,608

1,426

590

1,825

1,593

1,828

628

1,806

1,616

1,6

666

1,593

1,59

1,81

591

1,833

1,811

1,592

629

1,812

1,144

1,82

667

1,817

1,822

1,596

592

1,814

1,831

1,599

630

1,821

1,584

1,821

668

1,827

1,809

1,592

593

1,81

1,819

1,606

631

1,613

1,805

1,599

669

1,833

1,818

1,812

594

1,142

1,816

1,595

632

1,586

1,135

1,815

670

1,596

1,805

1,825

595

1,592

1,59

1,807

633

1,808

1,807

1,838

671

1,598

1,599

1,594

596

1,592

1,809

1,44

634

1,816

1,589

1,824

672

1,816

1,581

1,418

597

1,817

1,815

1,157

635

1,815

1,807

1,592

673

1,148

1,822

1,803

598

1,819

1,82

1,816

636

1,423

1,811

1,815

674

1,588

1,61

1,819

599

1,61

1,808

1,593

637

1,809

1,59

1,592

675

1,141

1,59

1,574

600

1,822

1,56

1,601

638

1,618

1,584

1,806

676

1,851

1,821

1,141

601

1,83

1,589

1,422

639

1,589

1,595

1,596

677

1,811

1,609

1,815

602

1,594

1,594

1,602

640

1,6

1,404

1,806

678

1,816

1,81

1,629

603

1,82

1,805

1,604

641

1,153

0,721

1,812

679

1,664

1,803

1,6

604

1,597

1,591

1,807

642

1,817

1,806

1,59

680

1,816

1,602

1,421

605

1,832

1,613

1,819

643

1,602

1,704

1,627

681

1,587

1,591

1,835

606

1,601

1,422

1,814

644

1,161

1,829

1,605

682

1,599

1,141

1,597

607

1,428

1,605

1,803

645

1,598

1,836

1,815

683

1,825

1,593

1,594

608

1,593

1,599

1,594

646

1,614

1,835

1,625

684

1,594

1,624

1,82



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

685

1,592

1,808

1,437

723

1,825

1,594

1,817

761

1,594

1,811

1,589

686

1,815

1,596

1,813

724

1,82

1,831

1,603

762

1,804

1,591

1,812

687

1,829

1,592

1,818

725

1,805

1,829

1,821

763

1,593

1,824

1,591

688

1,611

1,658

1,61

726

1,6

1,831

1,614

764

1,59

1,617

1,116

689

1,596

1,824

1,826

727

1,605

1,831

1,818

765

1,605

1,82

1,826

690

1,602

1,603

1,599

728

1,808

1,826

1,814

766

1,594

1,593

1,809

691

1,135

1,594

1,598

729

1,125

1,813

1,83

767

1,613

1,803

1,832

692

1,835

1,816

1,432

730

1,598

1,808

1,807

768

1,592

1,8

1,822

693

1,808

1,812

1,828

731

1,815

1,817

1,604

769

1,825

1,12

1,819

694

1,816

1,608

0,719

732

1,811

1,807

0,715

770

1,598

1,422

1,825

695

1,829

1,601

1,598

733

1,817

1,608

1,807

771

1,811

1,805

1,827

696

1,612

1,815

1,816

734

1,806

1,805

1,809

772

1,596

1,809

1,424

697

1,112

1,592

1,428

735

1,366

1,591

1,155

773

0,787

1,608

1,619

698

1,589

1,807

1,822

736

1,802

1,594

1,826

774

0,749

1,823

1,61

699

1,109

1,601

1,812

737

1,819

1,806

1,59

775

1,81

1,597

1,806

700

1,823

1,605

1,834

738

1,597

1,828

1,826

776

1,424

1,594

1,611

701

1,831

1,596

1,815

739

1,481

1,83

1,811

777

1,113

1,807

1,82

702

1,823

1,607

1,614

740

1,805

0,723

1,835

778

1,436

1,942

1,828

703

1,432

1,599

1,621

741

1,137

1,59

1,818

779

1,615

1,819

1,593

704

1,589

1,802

1,823

742

1,596

1,131

1,824

780

1,807

1,596

1,82

705

1,804

1,605

1,831

743

1,605

1,831

1,607

781

1,61

1,826

1,589

706

1,609

1,829

1,596

744

1,608

1,593

1,594

782

1,119

1,806

1,593

707

1,407

1,595

1,115

745

1,591

1,594

1,816

783

1,117

1,808

1,595

708

1,428

1,822

1,594

746

1,812

1,592

1,596

784

1,6

1,813

1,813

709

1,815

1,819

1,609

747

1,592

1,822

1,816

785

1,595

1,59

1,806

710

1,601

1,435

1,592

748

1,81

1,592

1,136

786

1,833

1,804

1,817

711

1,807

1,591

1,615

749

1,81

1,598

1,605

787

1,806

0,728

1,134

712

1,828

1,817

1,614

750

1,805

1,812

1,357

788

1,603

1,423

1,111

713

1,818

1,807

1,815

751

1,832

1,15

1,834

789

1,628

1,828

1,826

714

1,601

1,813

1,818

752

1,814

1,593

1,14

790

1,61

1,812

1,805

715

1,826

1,592

1,833

753

1,596

1,811

1,808

791

1,846

1,818

1,607

716

1,811

1,808

1,809

754

1,804

1,598

1,821

792

1,614

1,598

1,806

717

1,823

1,832

1,14

755

1,82

1,835

1,819

793

1,807

1,592

1,433

718

1,804

1,599

1,82

756

0,717

1,589

1,807

794

1,817

1,111

1,805

719

1,814

1,593

1,595

757

1,142

1,593

1,801

795

1,707

0,725

1,577

720

1,83

1,426

1,809

758

1,81

1,805

1,812

796

1,588

1,81

1,823

721

1,808

1,596

1,593

759

1,615

1,814

1,81

797

1,815

1,596

1,595

722

1,81

1,815

1,806

760

1,824

1,169

1,594

798

1,349

1,806

1,83



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

799

1,6

1,831

1,591

837

1,587

1,805

1,6

875

1,812

1,816

1,598

800

1,104

1,815

1,596

838

1,815

1,594

1,596

876

1,814

1,597

1,591

801

1,595

1,817

1,592

839

1,355

1,625

1,807

877

1,589

1,316

1,82

802

1,593

1,805

1,813

840

1,819

1,592

1,613

878

1,599

1,605

1,599

803

1,405

1,817

1,815

841

1,423

1,622

1,591

879

1,12

1,599

1,604

804

1,815

1,613

1,43

842

1,812

1,824

1,836

880

1,817

1,594

1,824

805

1,589

1,823

1,809

843

1,609

1,593

1,817

881

1,612

1,822

1,431

806

1,595

1,597

1,591

844

1,588

1,823

1,593

882

1,631

1,804

1,596

807

1,807

1,823

1,587

845

1,824

1,591

1,822

883

1,587

1,82

1,818

808

1,811

1,606

1,145

846

1,812

1,839

1,568

884

1,147

1,591

1,61

809

1,824

1,593

1,593

847

1,598

1,81

1,808

885

1,604

1,596

1,598

810

1,822

1,823

1,834

848

1,805

1,804

1,825

886

1,619

1,814

1,601

811

1,81

1,814

1,328

849

1,592

1,617

1,121

887

1,591

1,813

1,827

812

1,594

1,805

1,823

850

1,815

1,811

1,424

888

1,609

1,59

1,593

813

1,136

1,601

1,592

851

1,115

1,805

1,624

889

1,59

1,806

1,6

814

1,806

1,803

1,807

852

1,903

1,805

1,595

890

1,799

1,609

1,806

815

1,586

1,6

1,607

853

1,596

1,586

1,594

891

1,592

1,595

1,804

816

1,806

1,9

1,816

854

1,112

1,821

1,14

892

1,807

1,814

1,807

817

1,591

1,613

1,821

855

1,805

1,43

1,614

893

1,807

1,592

1,808

818

1,151

1,811

1,599

856

1,599

1,594

1,814

894

1,409

1,598

1,808

819

1,81

1,592

1,815

857

1,805

1,617

1,822

895

1,827

1,817

1,602

820

1,623

1,81

1,81

858

1,813

1,601

1,591

896

1,808

1,123

1,603

821

1,136

1,592

1,835

859

1,135

1,598

1,606

897

1,603

1,594

1,594

822

1,805

1,825

1,617

860

1,809

1,857

1,144

898

1,818

1,823

1,596

823

1,818

1,807

1,095

861

1,829

1,623

1,838

899

1,657

1,436

1,814

824

1,593

1,593

1,804

862

1,602

1,597

1,806

900

1,594

1,597

1,808

825

1,837

1,6

1,349

863

1,592

1,591

1,596

901

1,6

1,6

1,421

826

1,592

1,594

1,593

864

1,596

1,149

1,831

902

1,816

1,593

1,821

827

1,598

1,592

1,591

865

1,592

1,596

1,613

903

1,817

1,604

1,596

828

1,59

1,826

1,828

866

1,593

0,725

1,813

904

1,825

1,591

1,61

829

1,6

1,806

1,147

867

1,592

1,822

1,628

905

1,586

1,612

1,595

830

1,829

1,808

1,594

868

1,802

1,6

1,822

906

1,602

1,596

1,401

831

1,597

1,139

1,109

869

1,594

1,82

1,802

907

1,811

1,83

1,607

832

1,824

1,6

1,589

870

1,592

1,592

1,846

908

1,593

1,818

1,803

833

1,594

1,818

1,829

871

1,824

1,595

1,596

909

1,817

1,806

1,608

834

1,457

1,181

1,598

872

1,626

1,595

1,808

910

1,619

1,61

1,808

835

1,584

1,588

1,607

873

1,596

1,435

1,815

911

1,594

1,82

1,611

836

1,806

1,145

1,611

874

1,824

1,812

1,805

912

1,607

1,826

1,82



Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

No

Rep1

Rep2

Rep3

913

0,719

1,83

1,104

951

1,599

1,59

1,598

989

0,77

1,49

1,808

914

1,822

1,841

1,812

952

1,138

1,594

1,818

990

1,601

1,593

1,673

915

1,589

1,606

1,835

953

1,592

1,598

1,804

991

1,816

1,625

1,812

916

1,602

0,713

1,6

954

1,604

1,81

1,594

992

1,625

1,559

1,811

917

1,419

1,807

1,817

955

1,81

1,6

1,599

993

1,811

1,599

1,589

918

2,067

1,6

1,813

956

1,811

1,611

1,803

994

1,839

1,808

1,595

919

1,825

1,818

1,588

957

1,812

0,72

1,591

995

1,81

1,615

1,822

920

1,711

1,81

1,603

958

1,626

1,577

1,605

996

1,807

1,434

1,619

921

1,59

1,805

1,822

959

1,588

1,601

1,823

997

1,809

1,811

1,58

922

1,59

1,606

1,602

960

1,606

1,138

1,66

998

1,626

1,596

1,821

923

1,812

1,816

1,425

961

1,592

1,818

1,426

999

1,811

1,595

1,59

924

1,601

1,81

1,592

962

1,595

1,592

1,811

1000

1,614

1,603

1,822

925

1,593

1,815

1,807

963

1,596

1,813

1,836

% RMSD ≤ 2

926

1,594

1,592

1,144

964

1,662

1,583

1,59

100%

927

1,803

1,815

1,594

965

1,834

1,617

1,835

928

1,811

1,821

1,607

966

1,594

1,436

1,805

929

1,827

1,888

1,659

967

1,114

1,824

1,594

930

1,595

1,591

1,806

968

1,591

1,82

1,592

931

1,614

1,82

1,121

969

1,602

1,813

1,592

932

1,592

1,592

1,81

970

1,605

1,142

1,592

933

1,817

1,594

1,813

971

1,627

1,604

1,817

934

0,712

1,918

1,807

972

1,803

1,594

1,154

935

1,594

1,602

1,816

973

1,592

1,81

1,815

936

1,809

1,427

1,813

974

1,592

1,83

1,81

937

1,812

1,151

1,604

975

1,592

1,811

1,615

938

1,603

1,421

1,435

976

1,588

1,806

1,597

939

1,838

1,218

1,816

977

1,6

1,896

1,829

940

1,805

1,802

1,811

978

1,599

1,598

1,592

941

1,596

1,595

1,597

979

1,816

1,828

1,824

942

1,825

1,805

1,591

980

1,152

1,836

1,815

943

1,814

1,805

1,811

981

1,813

1,804

1,618

944

1,536

1,59

1,815

982

1,587

1,805

1,594

945

1,814

1,807

1,598

983

1,595

1,613

1,612

946

1,598

1,832

1,81

984

1,116

1,603

1,617

947

1,595

1,14

1,809

985

1,609

1,612

1,432

948

1,562

1,118

1,596

986

1,831

1,823

1,616

949

1,596

1,822

1,601

987

1,598

1,607

1,805

950

1,809

1,824

1,594

988

1,807

1,808

1,598

100%

100%


Hasil penambatan genistein pada REα difiltrasi sehingga hanya diterima pose yang berikatan hidrogen dengan Asp351. Dipilih pose dengan nilai ChemPLP terbaik sebagai pembanding untuk menghitung nilai RMSD dari setiap pose genistein dengan REα. Sebaran nilai RMSD antara pose pembanding dengan pose genistein lainnya ditampilkan dalam bentuk histogram (Gambar 5).

Gambar 5. Histogram sebaran nilai RMSD genistein Sebaran nilai RMSD dikelompokkan dalam plot dengan metode kmeans clustering untuk memprediksi jumlah mode ikatan yang dapat terbentuk antara genistein dengan REα (Gambar 6). Histogram dan plot kelompok mengindikasikan adanya tiga mode ikatan genistein di dalam


Gambar 6. Plot kelompok RMSD genistein kantung ikatan REα. Masing-masing dari ketiga kelompok mode ikatan, dipilih satu pose pada median sebagai pose representatif (Tabel V) untuk divisualisasikan dengan PyMOL1.2 (Gambar 7). Tabel V. Konfigurasi pose representatif dari tiap kelompok Kelompok

Pose Representatif

ChemPLP

RMSD*

1

Rep3 dock_765 conf_34

-67,6236

8,982

2


-70,5513

1,088

3


-65,3021

6,956

*Nilai RMSD dibandingkan dengan pose ChemPLP terbaik


Gambar 7. Visualisasi mode ikatan representatif genistein (B, C, D) dan senyawa standar OHT (A) pada REα. Atom-atom karbon ditampilkan dalam warna biru muda, merah muda, ungu, hijau, dan jingga untuk REα, OHT, representatif kelompok 1, 2, dan 3 secara berturut-turut. Atom-atom oksigen, nitrogen, dan hidrogen polar ditampilkan dengan warna merah, biru, dan putih secara berturut-turut. Ikatan hidrogen ditampilkan dengan garis-garis hitam.

Pada Gambar 7, ditemukan 3 pose ikatan genistein yang berbeda, dengan pose representatif kelompok 1 (7B) sebagai pose yang paling mendekati pose senyawa standar OHT (7A). Ketiga pose yang teridentifikasi memiliki ikatan hidrogen dengan residu Asp351, namun tidak memiliki ikatan dengan molekul air seperti pada pose 7A. Pada pose 7B, ikatan hidrogen dengan Asp351 terjadi pada gugus hidroksi pada posisi 4’ dan tidak terdapat ikatan dengan Thr347, sedangkan pose senyawa standar memiliki ikatan hidrogen dengan Thr347.


Pose representatif kelompok 2 dan 3 (7C dan 7D) tidak berada dalam satu bidang dengan pose 7A dan 7B, melainkan bergerak menjauhi molekul air (Gambar 8), sehingga pada pose 7C dan 7D tidak terdapat ikatan dengan molekul air. Pada pose 7C, ikatan hidrogen dengan Asp351 terjadi pada gugus hidroksi pada posisi 4’ dan terdapat ikatan hidrogen dengan residu Glu380, namun tidak terdapat ikatan dengan Thr347, sedangkan pada pose 7D, ikatan hidrogen dengan Asp351 terjadi pada gugus hidroksi pada posisi 7 dan terdapat ikatan hidrogen antara Thr347 dengan gugus hidroksi pada posisi 5.

Gambar 8. Perbandingan mode ikatan representatif kelompok 1 (ungu) dengan representatif kelompok 2 (hijau).


Berdasarkan Gambar 7B, genistein dapat dikembangkan lebih lanjut dengan mengganti gugus hidroksi pada posisi 5 dengan gugus asam karboksilat (COOH). Dengan adanya gugus asam karboksilat pada posisi 5, senyawa modifikasi dapat berinteraksi dengan residu Arg394, Glu353, dan molekul air pada kantung ikatan REα sehingga akan meningkatkan afinitas senyawa modifikasi terhadap REα (Gambar 9).

(A)

(B) Gambar 9. Struktur senyawa modifikasi genistein (A), Ruang berikatan untuk senyawa modifikasi genistein (B)


BAB V KESIMPULAN DAN SARAN A. Kesimpulan 1. Menurut Protokol penapisan in silico yang dikembangkan oleh Radifar et al. (2013) genistein bukan merupakan ligan aktif bagi REα 2. Metode penambatan ulang tervalidasi untuk menambatkan ligan co-crystal dapat mengenali setidaknya 3 pose genistein dalam berikatan dengan REα.

B. Saran Protokol yang dikembangkan oleh Radifar et al. (2013) memiliki ruang untuk pengembangan sehingga dapat mengenali senyawa-senyawa alam yang terbukti aktif pada REα dan perlu dilakukan simulasi penambatan senyawa modifikasi genistein terhadap REα.

66


DAFTAR PUSTAKA

Ali, S., Coombes, R. C., 2000, Estrogen Receptor Alpha in Human Breast Cancer: Occurrence and Significance, Journal of Mammary Gland Biology and Neoplasia, pp. 1. Allred, D.C., Brown, P., Medina, D., 2004, The Origins of Estrogen Receptor Alpha-Positive and Estrogen Receptor Alpha-Negative Human Breast Cancer, Breast Cancer Research, pp. 240. Anita, Y., Radifar, M., Kardono, L.B.S., Hanafi, M., Istyastono, E.P., 2012, Structure-based Design of Eugenol Analogs as Potential Estrogen Receptor Antagonist, Bioinformation, pp. 903. Anonim, 2013, Breast Cancer : Prevention and Control, http://www.who.int/cancer/detection/breastcancer/en/index1.html. diakses pada tanggal 8 januari 2014. Berry, N. B., 2008, Regulation of Estrogen Receptor-Alpha Ubiquitination and Proteasome-mediated Receptor Degradation, Dissertation, 4, Indiana University, India. Bielska, E., Lucas, X., Czerwoniec, A., Kasprzak, J.M., Kaminska, K.H., Bujnicki, J.M., 2011, Virtual Screening Strategies in Drug DesignMethods and Applications, Journal of Biotechnology, Computational Biology and Bionanotechnology, pp. 252. Braun, C. A., Anderson, C. M., 2007, Pathophysiology: functional alterations in human health, Lippincott Williams & Wilkins, USA, pp. 156, 157. Cheng, T., Li, Q., Zhou, Z., Wang, Y., Bryant, S.H., 2012, Structure-Based Virtual Screening for Drug Discovery: a Problem-Centric Review, American Association of Pharmaceutical Scientist Journal, pp. 134. Ghosh, S., Nie, A., An, J., Huang, Z., 2006, Structure-based Virtual Screening of Chemical Libraries for Drug Discovery, Current Opinion in Chemical Biology, pp. 194. Gilani, G.S., Anderson, J.J.B., 2002, Phytoestrogens and Health, AOCS Press, USA, pp. 470, 474. Hayashi, S-I., Eguchi, H., Tanimoto, K., Yoshida, T., Omoto, Y., Inoue, A., Yosida, N., Yamaguchi, Y., 2003, The Expression and Function of Estrogen Receptor α and β in Human Breast Cancer and Its Clinical Application, Endocrine-Related Cancer, pp. 193, 195.

67


Herynk, M.H., Selever, J., Thirugnanasampanthan, J., Cui, Y., Fuqua, S.A.W., 2009, Hormone Action and Clinical Significance of the Estrogen Receptor Alpha, Springer, pp. 1. Hewitt, S.C., Korach, K.S., 2002, Estrogen Receptor: Structure, Mechanisms and Function, Kluwer Academic Publishers, pp. 193, 194. Hopert, A.C., Beyer, A., Frank, K., Strunck, E., Wūnsche, W., Vollmer, G., 1998, Characterization of Estrogenicity of Phytoestrogen in an Endometrialderived Experimental Model, Environmental Health Perspectives, pp. 582-583. Huang, N., Shoichet, B.K., Irwin, J.J., 2006, Benchmarking Sets for Molecular Docking, Jounal Medicine Chemistry, pp. 1-3. Hwang, S. Y., Chang, S. J., Park, B. W., 2013, Does Chemotherapy Really Affect the Quality of Life of Women with Breast Cancer?, Journal of Breast Cancer, pp. 2. Korb, O., Stützle, T., Exner, T.E., 2006, PLANTS: Application of Ant Colony Optimization to Structure-Based Drug Design, Springer, pp. 4,6. Kushner, P.J., Agard, D.A., Greene, G.L., Scanlan, T.S., Shiau, A.K., Uht, R.M., Webb, P., 2000, Estrogen Receptor Pathways to AP-1, Elsevier, pp. 311, 312. Li, Y., Meeran, S.M., Patel, S.N., Chen, H., Hardy, T.M., Tollefsbol, T.O., 2013, Epigenetic Reactivation of Estrogen Receptor-α (ERα) by Genistein Enhances Hormonal Therapy Sensitivity in ERα-Negative Breast Cancer, Biomed Central Ltd, pp. 1. Lill, M.A. dan Danielson, M.L., 2011, Computer-aided drug design platform using PyMOL, J. Comput. Aided Mol. Des., 25, 13-9. Marcou, G., Rognan, D., 2006, Optimizing Fragment and Scaffold Docking by Use of Molecular Interaction Fingerprints, Journal Chemistry, pp. 195. Mariane, L., 2011, Soy Isoflavones as Bioactive Ingredients of Functional Foods, Soybean and Health, pp. 329. Melagraki, G., Afantitis, A., 2011, Ligand and Structure Based Virtual Screening Strategies for Hit-Finding and Optimization of Hepatitis C Virus (HCV) Inhibitors, Current Medical Chemistry, pp. 2612. Omoto, Y., Eguchi, H., Yamaguchi-Yamamoto, Y., Hayashi, S-I., 2003, Estrogen Receptor (ER) β1 and ERβcx/β2 Inhibit ERα Function Differently in Breast Cancer Cell Line MCF7, Nature Publishing Group, pp. 5011, 5012. Park, C.E., Yun, H., Lee, E.B., Min, B.I., Bae, H., Choe, W., Kang, I., Kim, S.S., Ha, J., 2010, The Antioxidant Effects of Genistein are Associated with


AMP-Activated Protein Kinase Activation and PTEN Induction in Prostate Cancer Cells, Journal of Medicinal Food, pp. 815-820. Polkowski, K., Mazurek, A.P., 2000, Biological Properties of Genistein: A Review of In Vitro and In Vivo Data, Acta Poloniae Pharmaceutica, pp. 136. Pomfrey, V.J., 2005, Genistein:A Multimechanistic Anti-Cancer Agent from Soya, Journal Chemistry, pp. 4-23. R Development Core Team, 2013, R:A Language and Environment for Statistical Computing, R foundation for Statistical Computing, Vienna. Radifar, M., Yuniarti, N., Istyastono, E.P., 2013, PyPLIF:Python-based ProteinLigand Interaction Fingerprinting, Bioinformation, pp. 325-327. Ramirez, M.C., 2007, Regulation of Estrogen Receptor α Expression in Breast Cancer Cells by Sulforaphane, Dissertation, 4-8. Sarkar, F.H., Li, Y., 2002, Mechanism of Cancer Chemoprevention by Soy Isoflavone Genistein, Cancer and Metasis Reviews, pp. 265-280. Shiau, A.K., Barstad, D., Loria, P.M., Cheng, L., Kushner, P.J., Agard, D.A., Greene, G.L., 1998, The Structural Basis of Estrogen Receptor/Coactivator Recognition and the Antagonism of This Interaction by Tamoxifen, Cell Press, pp. 927, 928. Shih, H., Pickwell, G.V., Quattrochi, L.C., 2002, Differential Effects of Flavonoid Compounds on Tumor Promoter-Induced Activation of the Human CYP1A2 Enhancers, Archive of Biochemistry and Biophysics, pp. 287294. Yang, T. L., Wu, T. C., Huang, C. C., Huang, P. H., Chung, C. M., Lin, S. J., Chen, J. W., Chan W. L., Chiang, C. C., Leu, H.B., 2013, Association of Tamoxifen Use and Reduced Cardiovascular Events Among Asian Females With Breast Cancer, Japanese Circulation Society, pp. 1.


LAMPIRAN

70


Lampiran 1. Hasil Analisa Statistik dengan R 3.0.1 > mean (filter$score) [1] 0.4255475

> sd (filter$score) [1] 0.1129547

> median (filter$score) [1] 0.458

> shapiro.test(filter$score) Shapiro-Wilk normality test data: filter$score W = 0.7826, p-value < 2.2e-16

> var.test(filter$score,std) F test to compare two variances data: filter$score and std F = Inf, num df = 2768, denom df = 2768, p-value < 2.2e-16 alternative hypothesis: true ratio of variances is not equal to 1

> wilcox.test(filter$score, 0.6, var.equal=F, alternative="less") Wilcoxon rank sum test with continuity correction data: filter$score and 0.6 W = 0, p-value = 0.04027 alternative hypothesis: true location shift is less than 0


Lampiran 2. Script yang digunakan untuk menambatkan genistein pada REα #!/bin/sh alias plants='/home/enade/program/PLANTS/PLANTS1.2' alias pyplif='/home/enade/.pyplif/pyplif.py' mkdir -p Docking/ERa-genistein cd Docking/ for i in $(seq 1 3); do mkdir ERa-genistein/replication_$i cd ERa-genistein/replication_$i for j in $(seq 1 1000); do mkdir dock_$j cd dock_$j/ cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/plants/plants.config . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/plants/protein.mol2 . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/plants/genistein.mol2 . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/plants/water.mol2 . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/pyplif/config.txt . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/pyplif/OHT.mol2 . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/pyplif/ER_site.mol2 . plants --mode screen plants.config pyplif rm plants.config protein.mol2 genistein.mol2 water.mol2 config.txt ER_site.mol2 OHT.mol2 grep results pyplif.csv > nohead.csv awk '{if(substr($4.103.1)=="1") {print $1.$2.$3} else {print "N/A"}}' nohead.csv > filter_asp.csv echo dock_$j >> ../docklist.txt cd ../ done cd ../../ done


Lampiran 3. Script yang digunakan untuk filtrasi nilai Tc-PLIF filter terbaik #!/bin/bash cd Docking/ for i in {1..3}; do cd ERa-genistein/replication_$i/ for j in {1..1000}; do sort -n -k3rn -k2n dock_$j/filter_asp.csv | head -n1 >> filter_tc.csv done cd ../../ done


Lampiran 4. Script yang digunakan untuk menambatkan kembali OHT pada REα #!/bin/sh alias plants='/home/enade/program/PLANTS/PLANTS1.2' alias pyplif='/home/enade/.pyplif/pyplif.py' mkdir -p Docking/ERa-OHT cd Docking/ for i in $(seq 1 3); do mkdir ERa-OHT/replication_$i cd ERa-OHT/replication_$i for j in $(seq 1 1000); do mkdir dock_$j cd dock_$j/ cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/plants/plants.config2 . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/plants/protein.mol2 . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/plants/water.mol2 . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/pyplif/config.txt . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/pyplif/OHT.mol2 . cp /home/kenny/Skripsi/Fileconfig/pyplif/ER_site.mol2 . plants --mode screen plants.config2 pyplif rm plants.config2 protein.mol2 water.mol2 config.txt ER_site.mol2 OHT.mol2 grep results pyplif.csv > nohead.csv awk '{if(substr($4.103.1)=="1") {print $1.$2.$3} else {print "N/A"}}' nohead.csv > filter_asp.csv echo dock_$j >> ../docklist.txt cd ../ done cd ../../ done


Lampiran 5. Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT TcPLIF filter #!/bin/sh for i in $(seq 1 3); do mkdir -p Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cp ../../../../rmsd.OHT/rmsd.pml . cp ../../../../rmsd.OHT/ref.pdb . for j in $(seq 1 1000); do cp ../../../ERaOHT/replication_$i/dock_$j/nohead.csv . awk '{if (substr($4.103.1)==1) print $0}' nohead.csv | awk '{print $1"."$2"."$3}' | sort -t. -k3rn -k2n | head -n1 > filter_tc.csv awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb filtered.tcplif.pdb"}' filter_tc.csv > temp.sh sed "s/dock/..\/..\/..\/ERaOHT\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh ./convert.sh rm temp* filter_tc.csv convert.sh mv filtered.tcplif.pdb filter_tcplif_$j.pdb cp filter_tcplif_$j.pdb ligand.pdb pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.filter_tc.csv rm tmp ligand.pdb done rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done


Lampiran 6. Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT TcPLIF tanpa filtrasi #!/bin/sh for i do cd cp

in $(seq 1 3); mkdir -p Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i ../../../../rmsd.OHT/rmsd.pml . cp ../../../../rmsd.OHT/ref.pdb . for j in $(seq 1 1000); do cp ../../../ERaOHT/replication_$i/dock_$j/nohead.csv . awk '{print $1"."$2"."$3}' nohead.csv | sort -t. -k3rn -k2n | head -n1 > nonfilter_tc.csv awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb selected.tcplif.pdb"}' nonfilter_tc.csv > temp.sh sed "s/dock/..\/..\/..\/ERaOHT\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh ./convert.sh rm temp* nohead.csv nonfilter_tc.csv convert.sh mv selected.tcplif.pdb nonfilter_tcplif_$j.pdb cp nonfilter_tcplif_$j.pdb ligand.pdb pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.nonfilter_tc.csv rm tmp ligand.pdb done rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done


Lampiran 7. Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT ChemPLP filter #!/bin/sh for i in $(seq 1 3); do mkdir -p Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cp rmsd.OHT/rmsd.pml Docking/ERaOHT/analisis_hasil/replication_$i cp rmsd.OHT/ref.pdb Docking/ERaOHT/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i for j in $(seq 1 1000); do cp ../../../ERaOHT/replication_$i/dock_$j/nohead.csv . awk '{if (substr($4.103.1)==1) print $0}' nohead.csv | awk '{print $1"."$2"."$3}' | sort -t. -k2n -k3rn | head -n1 > filter_chemplp.csv awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb filtered.chemplp-pyplif.pdb"}' filter_chemplp.csv > temp.sh sed "s/dock/..\/..\/..\/ERaOHT\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh ./convert.sh rm temp* filter_chemplp.csv convert.sh mv filtered.chemplp-pyplif.pdb filter_chemplp_$j.pdb cp filter_chemplp_$j.pdb ligand.pdb pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.filter_chemplp.csv rm tmp ligand.pdb done rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done


Lampiran 8. Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD OHT ChemPLP tanpa filtrasi #!/bin/sh for i in $(seq 1 3); do mkdir -p Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-OHT/analisis_hasil/replication_$i cp ../../../../rmsd.OHT/rmsd.pml . cp ../../../../rmsd.OHT/ref.pdb . for j in $(seq 1 1000); do cp ../../../ERaOHT/replication_$i/dock_$j/nohead.csv . awk '{print $1"."$2"."$3}' nohead.csv | sort -t. -k2n -k3rn | head -n1 > nonfilter_chemplp.csv awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb selected.chemplp-pyplif.pdb"}' nonfilter_chemplp.csv > temp.sh sed "s/dock/..\/..\/..\/ERaOHT\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh ./convert.sh rm temp* nohead.csv nonfilter_chemplp.csv convert.sh mv selected.chemplp-pyplif.pdb nonfilter_chemplp_$j.pdb cp nonfilter_chemplp_$j.pdb ligand.pdb pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.nonfilter_chemplp.csv rm tmp ligand.pdb done rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done


Lampiran 9. Script yang digunakan untuk menghitung nilai RMSD genistein ChemPLP filter #!/bin/sh for i in $(seq 1 3); do mkdir -p Docking/ERagenistein/analisis_hasil/replication_$i cp rmsd.genistein/rmsd.pml Docking/ERagenistein/analisis_hasil/replication_$i cp rmsd.genistein/ref.pdb Docking/ERagenistein/analisis_hasil/replication_$i cd Docking/ERa-genistein/analisis_hasil/replication_$i for j in $(seq 1 1000); do cp ../../../ERagenistein/replication_$i/dock_$j/nohead.csv . awk '{if (substr($4.103.1)==1) print $0}' nohead.csv | awk '{print $1"."$2"."$3}' | sort -t. -k2n -k3rn | head -n1 > filter_chemplp.csv awk -F. '{print "babel -d -imol2 dock"$1" -opdb filtered.chemplp-pyplif.pdb"}' filter_chemplp.csv > temp.sh sed "s/dock/..\/..\/..\/ERagenistein\/replication_$i\/dock_$j\//g" temp.sh > convert.sh chmod u+x convert.sh ./convert.sh rm temp* filter_chemplp.csv convert.sh mv filtered.chemplp-pyplif.pdb filter_chemplp_$j.pdb cp filter_chemplp_$j.pdb ligand.pdb pymol -c rmsd.pml | grep "Executive" | awk '{print $4}' > tmp echo "$j `cat tmp`" >> rmsd.filter_chemplp.csv rm tmp ligand.pdb done rm rmsd.pml ref.pdb cd ../../../../ done


BIOGRAFI PENULIS Penulis skripsi dengan judul “Simulasi Penambatan Molekuler Genistein pada Reseptor Estrogen Alfa” memiliki nama lengkap Ricardo Kenny Chandra. Penulis lahir di Lampung pada tanggal 4 Desember 1992 dari pasangan Gunawan dan Julina sebagai anak pertama dari tiga bersaudara. Pendidikan formal yang ditempuh penulis dimulai dari TK Fransiskus Xaverius Tanjung Karang Lampung (19961998), SD Fransiskus Xaverius Teluk Betung, Lampung (1998-2004), SMP Mutiara Bangsa, Tangerang (2004-2007), dan melanjutkan pendidikan menengah atas di SMA Mutiara Bangsa (2007-2010). Pada tahun 2010 penulis melanjutkan pendidikan ke jenjang Perguruan Tinggi di Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma Yogyakarta. Penulis pernah menjadi anggota divisi pendamping kelompok Tiga Hari Temu Akrab Farmasi (2011), koordinator divisi pendamping kelompok Tiga Hari Temu Akrab Farmasi (2012), pengurus Komunitas Mahasiswa Buddhis dan Kong Hu Chu koordinator divisi sosial periode 2012-2013. Penulis juga berperan aktif menjadi asisten praktikum Kimia Analisis (2012), dan Analisis Farmasi (2013).

SIMULASI PENAMBATAN MOLEKULER GENISTEIN PADA RESEPTOR ESTROGEN ALFA

Recommend Documents