DESAIN TEORETIS BERBANTUKAN KOMPUTER MODIFIKASI STRUKTUR COUMESTROL SEBAGAI LIGAN RESEPTOR ESTROGEN ALFA

PLAGIAT MERUPAKAN TINDAKAN TIDAK TERPUJI

DESAIN TEORETIS BERBANTUKAN KOMPUTER MODIFIKASI STRUKTUR COUMESTROL SEBAGAI LIGAN RESEPTOR ESTROGEN ALFA

SKRIPSI Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.) Program Studi Farmasi

Oleh : Gabriela Aveline Delinda Johannes NIM : 128114013

FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS SANATA DHARMA YOGYAKARTA 2016


DESAIN TEORETIS BERBANTUKAN KOMPUTER MODIFIKASI STRUKTUR COUMESTROL SEBAGAI LIGAN RESEPTOR ESTROGEN ALFA

SKRIPSI Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.) Program Studi Farmasi

Oleh : Gabriela Aveline Delinda Johannes NIM : 128114013

FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS SANATA DHARMA YOGYAKARTA 2016

i




HALAMAN PERSEMBAHAN

“Tuhan adalah gembalaku, takkan kekurangan aku” - Mazmur : 23(1) “It is impossible to live without failing at something, unless you live so cautiously that you might as well not lived at all in which case, you fail by default” -J. K. Rowling“Terus ciptakan mimpi setinggi-tingginya yang bermanfaat bagi orang lain, bukan diri sendiri. Terus berdoa, belajar dan berusaha untuk meraihnya” - Mesty Ariotedjo “Follow your dreams and never let anyone fall you in achieving them. Stay curious and stay aspiring” - Jourdan Hussein -

Kupersembahkan skripsi ini buat : Tuhan Yesus Kristus Mama dan Papa Kedua kakakku (Theresa Astrid Oktiarani Johannes dan Alfonsus Delly Johannes) Sahabat-sahabatku Diri saya sendiri Teman-teman seperjuangan dalam penyusunan skripsi Teman-teman seperjalanan kuliah Almamater Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma iv


LEMBAR PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH T]IITUK KEPENTINGAN AKADEMIS Yang bertandatangan di bawah ini, saya mahasiswa Universitas Sanata Dharma

Nama Nomor

Mahasiswa

: Gabriela

:

Aveline Delinda Johannes

:128114013

Demi perkembangan ilmu pengetahuan, saya memberikan kepada Perpustakaan Universitas Sanata Dharma karya ilmiah saya yang berjudul:

DESAIN TEORETIS BERB,A.NTUKAN KOMPUTER MODIFIKASI STRUKTT]R COAMESTROL SEBAGAI LIGAT{ RESEPTOR ESTROGEN ALFA

Beserta perangkat yang diperlukan (bila ada). Dengan demikian saya memberikan kepada Perpustakaan Universitas Sanata Dharma hak untuk menyimpan, mengalihkan, dalam bentuk

media lain, mengelolanya dalam bentuk pengkalan data, mendistribusikan secara terbatas, dan mempublikasikannya di internet atau media lain untuk kepentingan akademis tanpa perlu

meminta

ijin dari

saya ataupun memberi royalti kepada saya selama tetap mencantumkan

rurma saya sebagai penulis.

Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya. Dibuat di Yogyakarta Pada tanggal

: l1 Mei 2016

Yang menyatakan

lIil ,/ a)-hdM 'a \"'a-/' (Gabriela Aveline Dslinda Johannes)


PRAKATA Puji syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa atas penyertaan dan kasih setia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul “Desain Teoretis Berbantukan Komputer Modifikasi Struktur Coumestrol sebagai Ligan Reseptor Estrogen Alfa” sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Farmasi (S.Farm.) Dalam penyusunan skripsi ini penulis mendapat banyak bantuan berupa bimbingan, saran dan dukungan dari berbagai pihak. Untuk itu pada kesempatan ini penulis menyampaikan terimakasih yang sebesar-besarnya kepada: 1. Enade Perdana Istyastono, Ph.D., Apt. selaku dosen pembimbing yang telah memberikan pengarahan, saran dan bimbingan dalam pengerjaan skripsi ini. 2. Jeffry Julianus, M.Si. dan Florentinus Dika Octa Riswanto, M.Sc., selaku dosen penguji yang telah memberikan saran dari ujian proposal sampai penyusunan naskah skripsi ini. 3. Mama, papa dan kedua kakakku yang senantiasa memberikan dukungan dan selalu mendoakan dalam penyusunan skripsi ini. 4. Rina, Indra dan Berto, teman sekelompokku yang selalu berbagi segala informasi dan bantuan selama penyusunan skripsi ini. 5. Feli, Feli, Nana, Karla dan Keket yang senantiasa memberikan bantuan dan bimbingan yang dibutuhkan selama pengerjaan skripsi ini. 6. Mas Ridho yang sudah memberikan bantuan dalam menyiapkan aplikasi yang dibutuhkan selama penyusunan skripsi ini. 7. Zeze yang selalu memberikan semangat dan motivasi dalam pengerjaan skripsi ini. 8. Abal, Keket, Rina, Irest, Resta, Ellay, Edo, Indra dan Mike, teman sepermainan yang selalu memberikan semangat dan mendoakan suksesnya skripsi ini. 9. Geg Tri, Ira, Anti, Desi, Tiara dan Flo teman-teman kost yang selalu vi


memberikan dukungan dalam skripsi ini. 10. Teman-teman Farmasi angkatan 2012, teman seperjuangan yang telah menemani dari awal perkuliahan sampai selesainya skripsi ini. Akhir kata penulis menyadari bahwa penyusunan skripsi ini masih jauh dari sempurna, mengingat penulis memiliki keterbatasan pengetahuan dan pengalaman. Oleh karena itu saran dan kritik yang membangun sangat diharapkan oleh penulis. Semoga karya ini dapat bermanfaat bagi perkembangan dalam penelitian kimia komputasi.

Penulis

vii


PERNYATAAN KEASLIAN KARYA

Saya menyatakan dengan sesungguhnya bahwa skripsi yang saya

tulis ini

tidak memuat karya atau bagian katyu orang lain, kecuali yang telah disebutkan dalam kutipan dan daftar pustaka, sebagaimana layaknya karya ilmiah

Apabila di kemudian hari ditemukan indikasi plagiarisme dalam naskah

ini, maka

saya bersedia menangggng segala sanksi sesuai peraturan perundang-

undangan yang berlaku.

Yogyakarta, 8 Aprll 2016 Penulis

Gabriela Aveline Delinda Johannes

v111


DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL....................................................................................... i HALAMAN PERSETUJUAN PEMBIMBING.............................................. ii HALAMAN PENGESAHAN......................................................................... iii HALAMAN PERSEMBAHAN...................................................................... iv LEMBAR PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI........................... v PRAKATA....................................................................................................... vi PERNYATAAN KEASLIAN KARYA............................................................ viii DAFTAR ISI.................................................................................................... ix DAFTAR TABEL............................................................................................ x DAFTAR GAMBAR....................................................................................... xi DAFTAR LAMPIRAN.................................................................................... xiii ABSTRAK....................................................................................................... xiv ABSTRACT..................................................................................................... xv 1. PENDAHULUAN....................................................................................... 1 2. METODE PENELITIAN............................................................................ 4 2.1. Bahan Penelitian................................................................................... 5 2.2. Alat dan Instrumen Penelitian.............................................................. 5 2.3. Prosedur Penelitian............................................................................... 5 2.3.1. Preparasi Desain Senyawa Modifikasi Coumestrol..................... 5 2.3.2. Penambatan Desain Senyawa Modifikasi Coumestrol................ 6 2.3.3. Post Docking Analysis................................................................. 6 2.3.4. Tata Cara Analisis Hasil............................................................... 7 2.3.5. Analisis Diskoneksi dan Penentuan Jalur Sintesis....................... 7 3. HASIL dan PEMBAHASAN....................................................................... 8 KESIMPULAN................................................................................................ 20 DAFTAR PUSTAKA....................................................................................... 22 LAMPIRAN..................................................................................................... 24 BIOGRAFI PENULIS..................................................................................... 34

ix


DAFTAR TABEL Halaman Tabel I.

Data aktivitas bitstring penting senyawa coumestrol.................

3

Tabel II.

PLIF bitstring penting dalam decision tree................................

7

Tabel III.

Nama IUPAC dua puluh dua desain modifikasi struktur coumestrol..................................................................................

Tabel IV.

Hasil penambatan desain senyawa modifikasi struktur coumestrol..................................................................................

Tabel V.

11

Skor

ChemPLP

lima

replikasi

desain

modifikasi

Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V....................

x

13 15


DAFTAR GAMBAR Gambar 1.

Halaman Coumestrol.............................................................................. 2

Gambar 2.

Pose coumestrol dalam kantung ikatan REα........................... 2

Gambar 3.

Hasil

post

docking

analysis

senyawa

coumestrol

menggunakan decision tree..................................................... 3 Gambar 4.

Alur tahapan prosedur............................................................. 8

Gambar 5.

Desain modifikasi kode Coumestrol_A- Coumestrol_L......... 9

Gambar 6.

Desain modifikasi kode Coumestrol_M - Coumestrol_V....... 10

Gambar 7.

Alur decision tree desain modifikasi coumestrol kode Coumestrol_T (warna hijau), Coumestrol_U (warna merah), Coumestrol_V (warna biru)..................................................... 14

Gambar 8.

(A) Pose dari lima replikasi desain modifikasi kode Coumestrol_T, (B) Pose dari desain modifikasi replikasi ke-4 kode Coumestrol_T yang memiliki skor ChemPLP terendah................................................................................... 16

Gambar 9.

(A) Pose dari lima replikasi desain modifikasi kode Coumestrol_U, (B) Pose dari desain modifikasi replikasi ke-1 kode Coumestrol_U yang memiliki skor ChemPLP terendah................................................................................... 16

Gambar 10. (A) Pose dari lima replikasi desain modifikasi kode Coumestrol_V, (B) Pose dari desain modifikasi replikasi ke-5 kode Coumestrol_V yang memiliki skor ChemPLP terendah................................................................................... 17 Gambar 11.

Analisis diskoneksi desain modifikasi kode Coumestrol_T.... 18

Gambar 12. Analisis diskoneksi desain modifikasi kode Coumestrol_U... 18 Gambar 13. Analisis diskoneksi desain modifikasi kode Coumestrol_V.... 18 Gambar 14. Usulan mekanisme reaksi sintesis desain modifikasi Coumestrol_T.......................................................................... 19

xi


Gambar 15. Usulan mekanisme reaksi sintesis desain modifikasi Coumestrol_U......................................................................... 19 Gambar 16. Usulan mekanisme reaksi sintesis desain modifikasi Coumestrol_V......................................................................... 20

xii


DAFTAR LAMPIRAN Lampiran 1.

Halaman Desain modifikasi struktur coumestrol kode T pada BKChem0.13.0.................................................................... 25

Lampiran 2.

Penambahan atom hidrogen pada pH 7.4 dan generate 3D desain modifikasi struktur coumestrol dengan OpenBabel.. 25

Lampiran 3.

Perintah penambatan berupa file shell script dengan nama file comline.sh...................................................................... 26

Lampiran 4.

Membuat folder dengan nama file coum didalam server..... 26

Lampiran 5.

Upload file script dan struktur 3D desain modifikasi kode Coumestrol_T ke server....................................................... 27

Lampiran 6.

Menjalankan perintah penambatan di server........................ 27

Lampiran 7.

Proses penambatan dalam PLANTS1.2............................... 28

Lampiran 8.

Download luaran hasil dari penambatan pada PLANTS1.2 29

Lampiran 9.

Analisis hasil penambatan dengan aplikasi statistik R........ 29

Lampiran 10.

Visualisasi desain modifikasi kode Coumestrol_T dengan PyMOL1.7.2.1..................................................................... 30

Lampiran 10.1.

Membuka file Data_R.csv untuk melihat ikatan dengan bitstring penting serta memilih satu replikasi dengan skor ChemPLP terendah.................................. 30

Lampiran 10.2.

Input ligan.................................................................... 30

Lampiran 10.3.

Input struktur 3D Reseptor Estrogen Alfa................... 31

Lampiran 10.4.

Input Protein Binding Site........................................... 32

Lampiran 10.5.

Seleksi pemilihan residu asam amino yang berikatan dengan desain modifikasi kode Coumestrol_T........... 33

xiii


ABSTRAK Kanker payudara adalah kanker yang terjadi akibat pertumbuhan sel yang tidak terkendali pada payudara dan salah satunya disebabkan oleh ekspresi yang berlebihan dari reseptor estrogen alfa (REα). Berdasarkan penelitian Felicia (2015) secara in silico menggunakan protokol penambatan Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS) yang telah divalidasi oleh Setiawati, Riswanto, Yuliani dan Istyastono (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis oleh Istyastono (2015) senyawa coumestrol bukanlah ligan aktif pada REα. Pada penelitian ini dilakukan desain teoretis berbantukan komputer yang bertujuan untuk mendapatkan desain modifikasi struktur coumestrol sebagai ligan aktif pada REα berdasarkan protokol penambatan PVBS yang telah divalidasi oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis oleh Istyastono (2015) serta mengetahui jalur sintesis dari desain modifikasi struktur coumestrol. Dari hasil penelitian yang dilakukan diketahui terdapat tiga desain modifikasi struktur coumestrol yang merupakan ligan aktif terhadap REα yaitu desain modifikasi kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V dan kemudian dilanjutkan dengan analisis diskoneksi, berdasarkan hasil analisis diskoneksi desain modifikasi kode Coumestrol_T dan Coumestrol_U dapat dilanjutkan dengan usulan mekanisme sintesis yaitu dengan menggunakan reaksi substitusi nukleofilik aromatis, sedangkan Coumestrol_V dilanjutkan dengan usulan mekanisme sintesis dengan menggunakan reaksi esterifikasi. Kata kunci: Coumestrol, kanker payudara, PVBS, reseptor estrogen alfa, desain modifikasi struktur coumestrol

xiv


ABSTRACT Breast cancer is a cancer caused by uncontrolled cell growth at breast tissue, one of which is caused by overexpression of estrogen receptor alpha (ERα). Based on in silico research by Felicia (2015), coumestrol was tested using structure based virtual screening (SBVS) method by Setiawati, Riswanto, Yuliani and Istyastono (2014) and continued with post docking analysis by Istyastono (2015) shown that coumestrol was not an active ligand on ERα. In this study, theoretical computer-aided design was conducted to obtain the design of structural modification of coumestrol as active ligand on ERα based on SBVS method by Setiawati et al (2014) and continued with post docking analysis by Istyastono (2015) and know the synthesis of design structural modification of coumestrol. From the research acknowledge that there are three designs of structural modification of coumestrol which were active ligands on ERα. They were Coumestrol_T, Coumestrol_U and Coumestrol_V. They were subsequently followed by disconnection analysis, based on the disconnection analysis Coumestrol_T and Coumestrol U proceeded with the proposed mechanism of synthesis by using an aromatic nucleophilic substitution reaction, while Coumestrol_V proceeded with the proposed mechanism of synthesis by using esterification reaction. Keywords: Coumestrol, breast cancer, SBVS, estrogen receptor alpha, design of structural modification of coumestrol

xv


1. Pendahuluan Kanker adalah pertumbuhan dari sel abnormal yang disebabkan oleh adanya

perubahan

pada

ekspresi

gen

yang

menyebabkan

adanya

ketidakseimbangan dari proliferasi sel dan sel yang mati yang dapat menginvasi jaringan dan metastasis ke jaringan atau organ lain (Ruddon, 2007). Kanker payudara adalah tumor ganas yang berada pada payudara yang tumbuh dan menyerang organ dan jaringan lainnya (American Cancer Society, 2014). Berdasarkan data World Health Organization (WHO) pada tahun 2012, kanker merupakan penyebab 8,2 juta kematian pada masyarakat di seluruh dunia dan kanker payudara berada di urutan keempat penyebab kematian pada masyarakat di seluruh dunia dengan 521.000 kematian. Menurut data WHO pada tahun 2014, kanker payudara adalah salah satu penyebab kematian pada wanita di Indonesia sebesar 21,4 % dengan jumlah kasus sebesar 48.998 kasus. Salah satu obat yang sering diberikan kepada penderita kanker payudara adalah tamoxifen. Tamoxifen adalah salah satu modulator reseptor estrogen yang selektif dan merupakan obat yang pertama kali dikomersialkan sebagai obat anti estrogen. Namun penggunaan dari tamoxifen dapat menimbulkan beberapa efek samping seperti pendarahan pada vagina, pembekuan darah, stroke dan pengapuran tulang (Angelopoulos, Barbounis, Livadas, Kaltsas dan Tolis, 2004). Oleh karena efek samping tersebut, maka diperlukan penemuan senyawa lain yang memiliki efek samping yang lebih kecil dibandingkan tamoxifen seperti fitoestrogen (This, A De la Rochefordiere, Clough, Fourquet dan Magdelenat, 2001). Fitoestrogen adalah senyawa dari tanaman yang memiliki aktivitas biologis seperti estrogen. Berdasarkan penelitian This et al. (2001), penggunaan fitoestrogen mampu mencegah terjadinya efek samping pengapuran tulang dan pembekuan darah pada pasien penderita kanker payudara. Salah satu contoh fitoestrogen adalah coumestrol (Gambar 1).

1


Gambar 1. Coumestrol Coumestrol (7,12-dihidroksicoumestan) adalah coumestan estrogenik yang ditemukan di alfalfa (Medicago sativa) dan semanggi putih (Trifolium repens L.). Posisi coumestrol di dalam kantung ikatan REα secara in silico sudah pernah diteliti sebelumnya oleh Felicia (2015) menggunakan protokol PVBS oleh Setiawati et al. (2014). Dalam penelitian tersebut didapatkan skor ChemPLP terendah pada pose ke-159 dari 1000 replikasi, yaitu sebesar -83,1487. Gambar 2 adalah gambar pose penambatan coumestrol ke dalam kantung ikatan REα.

Gambar 2. Pose coumestrol dalam kantung ikatan REα (Felicia, 2015) Berdasarkan protokol penambatan PVBS oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis berdasarkan penelitian Istyastono (2015), hasil dari penelitian Felicia (2015) didapatkan coumestrol adalah ligan inaktif. Hasil post docking analysis senyawa coumestrol menggunakan decision tree pada penelitian Felicia (2015) ditunjukkan pada Gambar 3.

2


Berikut adalah hasil post docking analysis senyawa coumestrol menggunakan decision tree :

Gambar 3. Hasil post docking analysis senyawa coumestrol menggunakan decision tree (Felicia, 2015) Tabel I. Data aktivitas bitstring penting senyawa coumestrol (Felicia, 2015) No. bitstring 320 242 117 411 473 105 201 470 170 171 323

Residu GLY420 ARG394 GLU353 GLY521 CYS530 ASP351 LEU387 CYS530 TRP383 TRP383 MET421

3

Aktivitas Aktif Aktif Aktif Tidak aktif Tidak aktif Tidak aktif Tidak aktif Tidak aktif Tidak aktif Tidak aktif Tidak aktif


Berdasarkan penelitian Felicia (2015), peneliti mendesain secara teoretis senyawa modifikasi dari struktur coumestrol berbantukan komputer untuk mendapatkan desain modifikasi struktur coumestrol sebagai ligan aktif terhadap REα berdasarkan protokol penambatan PVBS oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis oleh Istyastono (2015). Berdasarkan penelitian Felicia (2015), coumestrol berikatan dengan bitstring 320 yaitu GLY420, tetapi memiliki skor ChemPLP yang lebih besar daripada -84,82, sehingga mendapatkan hasil coumestrol adalah ligan inaktif. Oleh karena itu, desain modifikasi struktur coumestrol ini akan menambahkan gugus fungsi yang dapat berikatan dengan asam amino sehingga mampu meningkatkan interaksinya di dalam kantung ikatan REα dan menjadi desain modifikasi struktur coumestrol yang merupakan ligan aktif pada kantung ikatan REα. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan desain modifikasi struktur coumestrol yang aktif sebagai ligan terhadap REα berdasarkan protokol penambatan PVBS yang telah divalidasi oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis oleh Istyastono (2015) serta mengetahui jalur sintesis dari desain modifikasi struktur coumestrol. Dalam penelitian ini, pose senyawa modifikasi coumestrol dalam kantung ikatan REα diseleksi menggunakan protokol penambatan PVBS yang telah divalidasi oleh Setiawati et al. (2014), menggunakan perangkat lunak PLANTS1.2 untuk melakukan simulasi penambatan virtual molekuler yang dilanjutkan dengan uji statistik menggunakan perangkat lunak statistik komputasional R versi 3.2.1.

2. Metode Penelitian Penelitian ini termasuk jenis penelitian observasional berbantukan komputer untuk mendesain modifikasi struktur coumestrol yang mampu menjadi ligan aktif pada REα.

4


2.1. Bahan Penelitian Protokol yang telah dikembangkan oleh Anita et al. (2012) dan divalidasi oleh Setiawati et al. (2014), dan protokol post docking analysis oleh Istyastono (2015). Desain struktur tiga dimensi senyawa modifikasi struktur coumestrol yang didapat dari luaran Open Babel. BKChem0.13.0 (Istyastono, Anita, dan Sundowo, 2012) untuk membuat desain modifikasi struktur coumestrol, Open Babel (Anita et al., 2012) untuk menambahkan atom hidrogen dan membuat menjadi struktur 3D, SPORES (Brink dan Exner, 2009) untuk menyiapkan senyawa yang akan ditambatkan ke PLANTS1.2 (Korb, Stutzle, dan Exner, 2009), PLANTS1.2 (Korb et al., 2009) untuk mensimulasikan penambatan molekuler sehingga didapatkan skor ChemPLP, PyPLIF (Radifar et al., 2013) untuk mengidentifikasi protein-ligan interaction fingerprint, PyMOL1.7.2.1 (Lill dan Danielson, 2011) untuk menghasilkan gambar molekuler, dan R 3.2.1 (R Foundation, 2015) untuk analisis statistik. 2.2. Alat atau Instrumen Penelitian Server Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma dengan nomor alamat IP 103.247.10.66 (pharcomp.web.id), laptop ACER Aspire V5-122 dengan spesifikasi: prosesor AMD quad core A6-1450 (1.0 GHz), RAM 6 GB, 32-bit Operating System, Linux Ubuntu 15.10. 2.3. Prosedur Penelitian 2.3.1. Preparasi desain modifikasi struktur coumestrol Berdasarkan inspeksi visual pada superposisi senyawa coumestrol hasil penelitian Felicia (2015) pada kantung ikatan REα dengan menggunakan PyMOL1.7.2.1, dibuat desain modifikasi dari senyawa coumestrol dengan menggunakan BKChem0.13.0. dan didapatkan file dalam bentuk .mol. Struktur .mol ditambahkan atom hidrogen pada pH 7,4

5


menggunakan Open Babel, kemudian dilakukan generate 3D dengan menggunakan Open Babel yang akan mendapatkan file berupa .mol2. Struktur .mol2 disiapkan untuk ditambatkan pada perangkat lunak PLANTS1.2 (Korb et al., 2009) menggunakan aplikasi SPORES (Brink dan Exner, 2009). 2.3.2. Penambatan desain modifikasi struktur coumestrol Luaran

dari

SPORES

ditambatkan

dengan

menggunakan

PLANTS1.2 dengan konfigurasi mengacu pada protokol PVBS Setiawati et al. (2014). Iterasi penambatan molekuler dilakukan tiga kali. Luaran berupa 3 x 50 pose berupa skor ChemPLP dipilih satu dengan skor ChemPLP terbaik (terendah). Prosedur penambatan desain modifikasi struktur coumestrol direplikasi lima kali, sehingga diperoleh lima pose terbaik dari modifikasi desain struktur coumestrol pada REα. 2.3.3. Post docking analysis Hasil penambatan berupa skor ChemPLP dan PLIF bitstring yang dimasukan pada decision tree (Gambar 3) melalui metode RPART dengan aplikasi statistik R versi 3.2.1 (R Foundation, 2015). Data hasil analisis dari decision tree akan memperlihatkan desain modifikasi struktur coumestrol aktif sebagai ligan atau tidak aktif. Jika hasil analisis desain modifikasi struktur coumestrol adalah ligan aktif maka akan dilanjutkan dengan analisis diskoneksi. Tetapi jika ligan inaktif, maka prosedur diulang dari preparasi desain modifikasi struktur coumestrol hingga didapatkan ligan aktif dari desain modifikasi struktur coumestrol. Pose dari desain modifikasi struktur coumestrol di visualisasi secara virtual menggunakan PyMOL1.7.2.1 (Lill dan Danielson, 2011).

6


2.3.4. Tata Cara Analisis Hasil Analisis hasil dilakukan dengan menguji lima pose hasil penambatan menggunakan aplikasi statistik R versi 3.2.1 (R Foundation, 2015) dengan protokol post docking analysis oleh Istyastono (2015). Luaran yang diperoleh berupa bitstring yang akan menunjukkan aktif tidaknya suatu pose. Dengan taraf kepercayaan 95%, data bitstring diolah untuk menentukan apakah senyawa uji aktif sebagai ligan pada REα. Visualisasi pose dengan PyMOL1.7.2.1. (Lill dan Danielson, 2011) dilakukan dengan memilih pose dengan kriteria: 1. Pose dengan bitstring 320 aktif dan skor ChemPLP terendah 2. Pose dengan skor ChemPLP terendah 3. Tidak ada pose yang aktif pada bitstring 320, sehingga dipilih pose dengan ChemPLP terendah saja. Tabel II. PLIF bitstring penting dalam decision tree (Istyastono, 2015) No. bitstring Residu Tipe Interaksi 320 GLY420 Ikatan hidrogen (protein sebagai akseptor) 242 ARG394 Ikatan hidrogen (protein sebagai donor) 117 GLU353 Ikatan hidrogen (protein sebagai akseptor) 411 GLY521 Ikatan hidrogen (protein sebagai akseptor) 473 CYS530 Ikatan hidrogen (protein sebagai donor) 105 ASP351 Ikatan elektrostatik (protein sebagai anion) 201 LEU387 Ikatan hidrogen (protein sebagai akseptor) 470 CYS530 Interaksi nonpolar 170 TRP383 Aromatik muka-muka (face to face) 171 TRP383 Aromatik sisi-muka (edge to face) 323 MET421 Interaksi nonpolar

2.3.5. Analisis diskoneksi dan penentuan jalur sintesis Analisis diskoneksi dilakukan terhadap desain modifikasi struktur coumestrol yang telah terbukti sebagai ligan aktif pada REα sampai didapatkan senyawa sederhana (starting material) yang tersedia dalam

7


database Sigma Aldrich kemudian disusun rute sintesisnya berdasarkan starting material yang tersedia tersebut.

Inspeksi Visual

Desain senyawa modifikasi coumestrol

Penambatan senyawa modifikasi coumestrol

Post docking analysis menggunakan decision tree

Aktif

Inaktif

Analisis diskoneksi

Gambar 4. Alur tahapan prosedur

3. Hasil dan Pembahasan Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan desain modifikasi struktur coumestrol yang aktif sebagai ligan pada REα berdasarkan protokol penambatan PVBS yang telah divalidasi oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis berdasarkan penelitian Istyastono (2015) serta mengetahui jalur sintesis dari desain modifikasi struktur coumestrol. Berdasarkan hasil inspeksi visual dari senyawa coumestrol hasil penelitian Felicia (2015), peneliti mendapatkan 22 desain modifikasi struktur coumestrol pada Gambar 5 dan Gambar 6.

8


Gambar 5. Desain modifikasi kode Coumestrol_A - Coumestrol_L

9


Gambar 6. Desain modifikasi kode Coumestrol_M - Coumestrol_V

10


Tabel III. Nama IUPAC dua puluh dua desain modifikasi struktur coumestrol Kode Coumestrol_A Coumestrol_B Coumestrol_C

Coumestrol_D

Coumestrol_E Coumestrol_F Coumestrol_G Coumestrol_H Coumestrol_I Coumestrol_J Coumestrol_K Coumestrol_L Coumestrol_M Coumestrol_N Coumestrol_O Coumestrol_P

Nama IUPAC 6-hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-1-benzofuran-3-carboxylic acid 6-hydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-1-benzofuran-3-carboxamide 5-(4-hydroxybenzoyloxy)-9-oxo-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl 4-hydroxybenzoate 14-(4-aminobenzoyloxy)-9-oxo-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-5-yl 4-aminobenzoate 5-[(methylcarbamoyl)oxy]-9-oxo-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl N-methylcarbamate 14-[(2-hydroxyacetyl)oxy]-9-oxo-8,17-dioxatetracycloheptade ca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-5-yl 2-hydroxyacetate 5,14-bis(3-hydroxy-4-methoxyphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5,14-bis(4-hydroxyphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5,14-bis({[1,1'-biphenyl]-5-loxy})-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5,14-bis(4-aminophenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5,14-bis(4-amino-3-methoxyphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5,14-bis(3-hydroxy-2-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 9-oxo-5-(2,3,4-trihydroxybenzoyloxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl 2,3,4-trihydroxybenzoate 5,14-bis(3,4-diaminophenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5,14-bis(3,4-diamino-2-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5,14-bis(3,4-diamino-5-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one

11


Kode

Nama IUPAC

Coumestrol_Q

5,14-bis(4-amino-3-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo ]he ptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one

Coumestrol_S Coumestrol_T Coumestrol_U Coumestrol_V

5,14-bis(4-hydroxy-3-methoxyphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5,14-bis(3,4-dihydroxyphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5,14-bis(4-hydroxy-2-methylphenoxy)-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9-one 5-(4-amino-3-hydroxybenzoyloxy)-9-oxo-8,17-dioxatetracyclo heptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl 4-amino-3-hydroxybenzoate

Dua puluh dua desain modifikasi struktur coumestrol tersebut ditambatkan berdasarkan protokol PVBS yang telah divalidasi oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis berdasarkan penelitian Istyastono (2015) dan didapatkan skor ChemPLP serta informasi mengenai bitstring yang aktif seperti pada Tabel IV. Berdasarkan hasil dari post docking analysis dengan taraf kepercayaan 95% maka diperoleh tiga desain modifikasi struktur coumestrol yang merupakan ligan aktif terhadap REα yaitu desain modifikasi dengan kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V. Desain

modifikasi

Coumestrol_V

dengan

memiliki

skor

kode

Coumestrol_T,

ChemPLP

terendah

berturut-turut yaitu -108,653; -115,007 dan -85, 6117.

Coumestrol_U dari

lima

dan

replikasi

Selanjutnya dapat dilihat

alur decision tree dari ketiga desain modifikasi struktur tersebut seperti pada Gambar 7, ketiga desain modifikasi tersebut memiliki alur decision tree yang sama.

12


Tabel IV. Hasil penambatan desain modifikasi struktur coumestrol

Coumestrol_A

3 2 0 0

2 4 2 1

1 1 7 0

4 1 1 0

Bitstring 4 1 2 7 0 0 3 5 1 0 0 1

Coumestrol_B

0

1

0

0

0

0

1

0

0

0

0

Inaktif

Coumestrol_C

0

0

0

0

0

0

0

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_D

0

0

0

0

0

0

0

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_E

0

0

0

0

0

0

0

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_F

0

0

0

0

0

0

0

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_G

0

0

0

0

0

0

1

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_H

0

1

1

0

0

0

0

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_I

0

0

1

0

0

0

0

1

0

1

1

Inaktif

Coumestrol_J

0

0

0

0

0

0

1

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_K

0

0

0

0

0

0

1

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_L

0

0

1

0

0

0

0

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_M

0

0

0

0

0

0

0

1

0

0

0

Inaktif

Coumestrol_N

0

0

1

0

0

0

1

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_O

0

0

1

0

0

0

1

1

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_P

0

0

1

0

0

0

0

1

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_Q

0

0

0

0

0

0

1

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_R

0

0

1

0

0

0

1

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_S

0

0

1

0

0

0

1

0

0

1

0

Inaktif

Coumestrol_T

0

1

1

0

0

0

1

0

0

1

0

Aktif

Coumestrol_U

0

1

0

0

0

0

1

0

0

1

0

Aktif

Coumestrol_V

0

1

0

0

0

0

1

0

0

1

0

Aktif

Kode

*Ket: 1 = Aktif, 0 = Tidak aktif

13

4 7 0 0

1 7 0 0

1 7 1 0

3 2 3 0

Inaktif

Ket.


Berikut adalah gambar alur decision tree dari desain modifikasi kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V.

Gambar 7. Alur decision tree desain modifikasi coumestrol kode Coumestrol_T (warna hijau), Coumestrol_U (warna merah), Coumestrol_V (warna biru) Hasil dari penambatan tiga desain modifikasi struktur coumestrol yang aktif dilanjutkan dengan melihat visualisasi pose lima replikasi desain modifikasi struktur coumestrol dalam kantung ikatan REα dengan menggunakan PyMOL 1.7.2.1. Lima replikasi desain modifikasi kode Coumestrol_T pada Gambar 8A berikatan dengan asam amino ARG394, GLU353, TRP383 dan LEU387. Interaksi yang terjadi berupa ikatan hidrogen dengan ARG394 dimana protein bertindak sebagai donor atom hidrogen, ikatan hidrogen dengan LEU387 dan GLU353 dimana protein bertindak sebagai akseptor atom hidrogen dan ikatan aromatis edge to face pada TRP383 serta berikatan secara non polar dengan LEU387. Lima replikasi desain modifikasi kode Coumestrol_U pada Gambar 9A

14


berikatan dengan asam amino ARG394, TRP383, LEU387 dan LEU536. Interaksi yang terjadi berupa ikatan hidrogen dengan ARG394 dimana protein bertindak sebagai donor atom hidrogen, dan ikatan hidrogen dengan LEU387 dan LEU536 dimana protein bertindak sebagai akseptor atom hidrogen dan ikatan aromatis edge to face pada TRP383 serta ikatan non polar dengan LEU387, LEU536 dan TRP383. Lima replikasi desain modifikasi kode Coumestrol_V pada Gambar 10A berikatan dengan asam amino ARG394, TRP383, PHE404, LEU387 dan LEU525. Interaksi yang terjadi berupa ikatan hidrogen dengan ARG394 dimana protein bertindak sebagai donor atom hidrogen, dan ikatan hidrogen dengan PHE404, LEU387 dan LEU525 dimana protein bertindak sebagai akseptor atom hidrogen dan ikatan aromatis edge to face pada TRP383 dan PHE404, serta berikatan secara non polar dengan LEU387, LEU525, PHE404.

Skor ChemPLP lima replikasi desain modifikasi Coumestrol_T,

Coumestrol_U dan Coumestrol_V terdapat pada tabel V, kemudian dipilih satu pose yang memiliki skor ChemPLP terendah dari lima replikasi tersebut. Tabel V. Skor ChemPLP lima replikasi desain modifikasi Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V Replikasi 1 2 3 4 5

Coumestrol_T

Skor ChemPLP Coumestrol_U

Coumestrol_V

-108,442 -108,595 -108,619 -108,653 -108,563

-115,007 -114,961 -114,731 -114,799 -114,866

-85,5538 -85,569 -85,3879 -85,5768 -85,6117

15


ARG394 LEU387 GLU353 ARG394

LEU387

GLU353

TRP383

TRP383

(A) (B) Gambar 8. (A) Pose dari lima replikasi desain modifikasi kode Coumestrol_T (B) Pose dari desain modifikasi replikasi ke-4 kode Coumestrol_T yang memiliki skor ChemPLP terendah LEU387 ARG394 LEU387 ARG394

TRP383 TRP383

LEU536 LEU536

(A) (B) Gambar 9. (A) Pose dari lima replikasi desain modifikasi kode Coumestrol_U (B) Pose dari desain modifikasi replikasi ke-1 kode Coumestrol_U yang memiliki skor ChemPLP terendah

16


ARG394 LEU387

ARG394 PHE404

LEU387 PHE404

TRP383 TRP383

LEU525

LEU525

(A) (B) Gambar 10. (A) Pose dari lima replikasi desain modifikasi kode Coumestrol_V (B) Pose dari desain modifikasi replikasi ke-5 kode Coumestrol_V yang memiliki skor ChemPLP terendah Desain modifikasi dengan kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V tersebut dilanjutkan dengan melakukan analisis diskoneksi. Dari hasil analisis diskoneksi desain modifikasi Coumestrol_T didapatkan starting material berupa senyawa coumestrol dan 4-chlorocatechol seperti pada Gambar 11. Hasil analisis diskoneksi desain modifikasi Coumestrol_U didapatkan starting material berupa senyawa coumestrol dan 4-chloro-3-methylphenol yang ditunjukkan pada Gambar 12. Hasil analisis diskoneksi desain modifikasi Coumestrol_V didapatkan starting material berupa senyawa coumestrol dan 4-amino-3-hydroxybenzoic acid yang ditunjukkan pada Gambar 13.

17


Coumestrol_T

Coumestrol

4-chlorocatechol

Gambar 11. Analisis diskoneksi desain modifikasi kode Coumestrol_T

Coumestrol_U Coumestrol

4-chloro3-methylphenol

Gambar 12. Analisis diskoneksi desain modifikasi kode Coumestrol_U

Coumestrol_V Coumestrol

4-amino-3hydroxybenzoic acid

Gambar 13. Analisis diskoneksi desain modifikasi kode Coumestrol_V Selanjutnya dilakukan pembuatan usulan sintesis pembentukan desain modifikasi kode Coumestrol_T, Coumestrol_U dan Coumestrol_V. Usulan sintesis

desain

modifikasi

struktur

Coumestrol_T

dan

Coumestrol_U

menggunakan katalis NaOH dengan reaksi substitusi nukleofilik aromatis, sedangkan desain modifikasi struktur Coumestrol_V menggunakan mekanisme

18


reaksi esterifikasi. Berikut adalah usulan mekanisme reaksi dari desain modifikasi kode Coumestrol_T (Gambar 14), Coumestrol_U (Gambar 15) dan Coumestrol_V (Gambar 16).

Coumestrol

4-chlorocatechol

Coumestrol_T

Coumestrol_T Gambar 14. Usulan mekanisme reaksi sintesis desain modifikasi Coumestrol_T

Coumestrol

4-chloro-3-methylphenol

Coumestrol_U

Coumestrol_U Gambar 15. Usulan mekanisme reaksi sintesis desain modifikasi Coumestrol_U

19


Coumestrol

4-amino-3hydroxybenzoic acid

Coumestrol_V

Coumestrol_V Gambar 16. Usulan mekanisme reaksi sintesis desain modifikasi Coumestrol_V

Kesimpulan Berdasarkan protokol penambatan PVBS yang telah divalidasi oleh Setiawati et al. (2014) dan dilanjutkan dengan post docking analysis oleh Istyastono (2015), diperoleh tiga desain modifikasi struktur coumestrol yang aktif sebagai ligan pada REα, yaitu desain modifikasi dengan kode Coumestrol_T (5,14-bis(3,4-dihydroxyphenoxy)- 8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,

20


11(16),12,14-heptaen-9-one),

Coumestrol_U

(5,14-bis(4-hydroxy-2-methyl

phenoxy)-8,17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-9one)

dan

Coumestrol_V

(5-(4-amino-3-hydroxybenzoyloxy)-9-oxo-8,

17-dioxatetracycloheptadeca-1(10),2(7),3,5,11(16),12,14-heptaen-14-yl-4-amino -3-hydroxybenzoate).

Berdasarkan

analisis diskoneksi

Coumestrol_T dan

Coumestrol_U dapat diusulkan jalur sintesisnya dengan mekanisme reaksi substitusi nukleofilik aromatis sedangkan Coumestrol_V dapat diusulkan jalur sintesisnya dengan mekanisme reaksi esterifikasi.

21


Daftar Pustaka American Cancer Society, 2014, Breast Cancer, American Cancer Society, USA. Angelopoulos, N., Barbounis, V., Livadas, S., Kaltsas, D., dan Tolis, G., 2004, Effect of Estrogen Deprivation due to Breast Cancer Treatment, Endocrine-Related Cancer, 11 : 523-535. Anita, Y., Radifar, M., Kardono, L. B. S., Hanafi, M., and Istyastono, E. P., 2012, Structured-Based Design of Eugenol Analogs as Potential Estrogen Receptor Antagonists, Bioinformation, 8 (19), 901 – 906. Brink, T. T., dan Exner, T. E., 2009, Influence of Protonation, Tautomeric, and Stereoisomeric States on Protein-ligand Docking Result, Journal of Chemical Information and Modeling, 55 (9), 1962 – 1972. Felicia, 2015, Uji In Silico Senyawa Coumestrol sebagai Ligan Reseptor Estrogen Alfa, Skripsi, hal 13 – 15. Istyastono, E. P., 2015, Employing Recursive Partition and Regression Tree Method to Increase The Quality of Structure-based Virtual Screening in The Estrogen Receptor Alpha Ligands Identification, Asian Journal of Pharmaceutical and Clinical Research, 8 (6), 207 – 210. Istyastono, E. P., Anita, Y., and Sundowo, A., 2015, Computer-aided Structure-based Design of 3,3’-Diallyl-[1,1’-biphenyl]-4,4’ diol Analogs of Eugenol as Potential Ligands for Estrogen Receptor Alpha, 3rd International Conference on Computation for Science and Technology, pp. 1 – 3. Korb, O., Stutzle, T., dan Exner, T.E., 2009, Empirical Scoring Function for Advanced Protein-ligand Docking with PLANTS, Journal of Chemical Information and Modeling, 49 (1), 84-98. Lill, M. A., dan Danielson, M. L., 2011, Computer-aided Drug Design Platform Using PyMOL, Journal of Computer-Aided Molecuular Design, 25 (1), 13 – 19. R Foundation, 2015, R 3.2.1 is released, http://www.r-statistics.com/ diakses tanggal 15 Januari 2016. Radifar, M., Yuniarti, N., dan Istyastono, E. P., 2013, PyPLIF : Phyton-based Protein Ligand Interaction Fingerprinting, Bioinformation, 9 (6), 325-328. Ruddon, R. W., 2007, Cancer Biology, 4th Edition, Oxford University Press, New York, p. 4. Setiawati, A., Riswanto, F. D. O., Yuliani, S. H., dan Istyastono, E. P., 2014, Retrospective Validation of A Structure-based Virtual Screening Protocol to Identify Ligands for Estrogen Receptor Alpha and Its Application to Identify the Alpha-mangostin Binding Pose, Indonesian Journal of Chemistry, 14 (2), 103 – 108.

22


This, P., A De la Rochefordiere, Clough, K., Fourquet, A., Magdelenat, H., 2001, Phytoestrogen After Breast Cancer, Endocrine-Related Cancer, 8:129-134. World Health Organization, 2015, World Health Organization, http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs297/en/, diakses pada tanggal 11 Januari 2015. World Health Organization, 2014, World Health Organization, http://www.who.int/nmh/countries/idn_en.pdf, diakses pada tanggal 11 Januari 2015.

23


LAMPIRAN

24


Lampiran 1. Desain modifikasi struktur coumestrol kode T pada BKChem0.13.0

Lampiran 2. Penambahan atom hidrogen pada pH 7.4 dan generate 3D desain modifikasi struktur coumestrol dengan Open Babel

25


Lampiran 3. Perintah penambatan berupa file shell script dengan nama file comline.sh

Lampiran 4. Membuat folder dengan nama file coum didalam server

26


Lampiran 5. Upload file script dan struktur 3D modifikasi struktur kode Coumestrol_T ke server

Lampiran 6. Menjalankan perintah penambatan di server

27


Lampiran 7. Proses penambatan dalam PLANTS1.2

28


Lampiran 8. Download luaran hasil dari penambatan pada PLANTS1.2

Lampiran 9. Analisis hasil penambatan dengan aplikasi statistik R

29


Lampiran 10. Visualisasi desain modifikasi kode Coumestrol_T dengan PyMOL1.7.2.1 10.1. Membuka file Data_R.csv untuk melihat ikatan dengan bitstring penting serta memilih satu replikasi dengan skor ChemPLP terendah

10.2. Input ligan

30


10.3. Input struktur 3D Reseptor Estrogen Alfa

31


10.4. Input Protein Binding Site

32


10.5. Seleksi pemilihan residu asam amino yang berikatan dengan desain modifikasi kode Coumestrol_T

33


BIOGRAFI PENULIS Penulis skripsi berjudul “Desain Teoretis Berbantukan Komputer Modifikasi Struktur Coumestrol sebagai Ligan Reseptor Estrogen Alfa” bernama Gabriela Aveline Delinda Johannes. Lahir di Bandung pada tanggal 23 April 1994 dari pasangan William Frietz Jorenzo Johannes dan Bernadetha Usdikawati sebagai anak ketiga dari tiga bersaudara. Penulis menempuh pendidikan formal yang dimulai dari TK Dwisakti (1998-2000), SD Maria Bintang Laut (2000-2002), SDK Santo Yoseph 2 (2002-2006), SMPN 7 Denpasar (2006-2009), SMAN 3 Denpasar (2009-2012). Penulis melanjutkan pendidikan strata satu di Fakultas Farmasi Universitas Sanata Dharma Yogyakarta. Dalam masa kuliah penulis aktif dalam kegiatan Herbal Garden Team (2012-2013), Komunitas Paingan (2012-2013), Desa Mitra IV (2012), Photostory (2012), Panitia Paskah Universitas Sanata Dharma Kampus 3 (2013-2014), Asisten Dosen dalam Praktikum Farmasi Fisika (2015). Penulis juga mengikuti kegiatan Latihan Kepemimpinan (2012) dan menjadi anggota dalam PKM-M “Kereta Pengingat Anak Pendekar YKAKJ” yang didanai oleh DIKTI (2015).

34

DESAIN TEORETIS BERBANTUKAN KOMPUTER MODIFIKASI STRUKTUR COUMESTROL SEBAGAI LIGAN RESEPTOR ESTROGEN ALFA

Recommend Documents