N: Specimen Preparation Kit ART: US: 83315

COBAS® AMPLICOR® Neisseria gonorrhoeae Test

NG IN VITRO DIAGNOSZTIKAI CÉLRA.

Rendelési információ

AMPLICOR® CT/NG Specimen Preparation Kit

CT/NG PREP

100 Tests

P/N: 20759414 122 ART: 07 5941 4 US: 83315

AMPLICOR® CT/NG Amplification Kit

CT/NG AMP

96 Tests

P/N: 20759902 122 ART: 07 5990 2 US: 83319

COBAS® AMPLICOR® Neisseria gonorrhoeae Detection Kit

NG DK

100 Tests

P/N: 20757535 122 ART: 07 5753 5 US: 83278

COBAS® AMPLICOR® Detection Reagents Kit

DK

COBAS® AMPLICOR® Wash Buffer Kit

WB

100 Tests P/N: 20757470 122 ART: 07 5747 0 US: 83276

500 Tests P/N: 20759899 123 ART: 07 5989 9 US: 83314

Az alábbi készlet a AMPLICOR® CT/NG Amplification Kit segítségével amplifikált mintákban Chlamydia trachomatis kimutatására használható. A Chlamydia trachomatis kimutatása egy felhasználási lehetőség. COBAS® AMPLICOR® Chlamydia trachomatis Detection Kit

CT DK

100 Tests P/N: 20757497 122 ART: 07 5749 7 US: 83277

Az alábbi készlet a AMPLICOR® CT/NG Amplification Kit segítségével amplifikált CT/NG belső kontroll kimutatására használható. Chlamydia kultúra transzport tápközegbe levett vizelet vagy tamponos minták vizsgálatakor a belső kontroll kimutatása egy felhasználási lehetőség. A belső kontroll kimutatása kötelező olyan kenetminták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR® STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. IC DK

100 Tests P/N: 20757608 122 ART: 07 5760 8 US: 83281

Az alábbi készlet endocervicalis és urethralis kenetminták levételére és transzportjára használható. AMPLICOR® STD Swab Specimen Collection and Transport Kit

2/2009, Revision 5.0

STD SWAB


50 Tests P/N: 20753920 122 ART: 07 5392 0 US: 83075

1/38

P/N: 04741897 190

COBAS® AMPLICOR® Internal Control Detection Kit

Felhasználás célja A COBAS® AMPLICOR® Neisseria gonorrhoeae (NG) Test egy kvalitatív in vitro vizsgálat a N. gonorrhoeae DNS-ének kimutatására klinikai mintákban COBAS® AMPLICOR® Analizátor segítségével. A vizsgálat a Neisseria gonorrhoeae urogenitális mintákban való kimutatására a polimeráz-láncreakció [Polymerase Chain Reaction (PCR)] nukleinsavamplifikációs technikát és nukleinsav-hibridizációt alkalmazza.

A vizsgálat összegzése és magyarázata A Neisseria gonorrhoeae (gonococcus) a gonorrhea kórokozója. A N. gonorrhoeae citokróm-oxidáz-pozitív, nem mozgó és spórát nem képző Gram-negatív diplococcus1-3. A N. gonorrhoeae közeli rokonságban van a N. meningitidis–szel (meningococcus), amely a bakteriális agyhártyagyulladás egyik kórokozója, és kevésbé szoros rokonságban a N. lactamica-val, amely egy alkalmi humán patogén. A N. gonorrhoeae és a N. meningitidis kizárólag embereket fertőz. Számos további Neisseria faj létezik, amelyek a normál emberi flóra tagjai, egyebek között N. cinerea, N. elongata, N. flavescens, N. mucosa, N. sicca, és N. subflava1,2. A Neisseria gonorrhoeae a harmadik leggyakoribb STD kórokozó világszerte mintegy 62,2 millió bejelentett gonorrhoea esettel4. Férfiakban a betegség rendszerint gennyes váladékozással járó elülső urethritist okoz. Nőkben a betegség leggyakrabban a cervixet érinti, de a hüvely és a méh ugyancsak fertőződhet.2,5 A gonorrhoea valószínű diagnózisa az alábbiakon alapul: Gram-negatív intracelluláris diplococcusok megfigyelése a férfi húgycsőváladékból, illetve a női endocervicalis szekrétumból készült Gram-festett kenetben; N. gonorrhoeae kinövése húgycsőből (férfi) vagy endocervixből szelektív táptalajon, amelyet a típusos telepmorfológia, a pozitív oxidáz aktivitás és a típusos Gram-negatív diplococcus morfológia demonstrálása követ; és/vagy a N. gonorrhoeae nem tenyésztéses laboratóriumi vizsgálatokkal történő kimutatása. A gonorrhoea definitív diagnózisához a következők szükségesek: a Neisseria gonorrhoeae kitenyésztése az expozíció helyéről (48–72 óra szelektív táptalajon), a típusos telepmorfológia, a pozitív oxidázteszt és a típusos Gram-negatív morfológia demonstrálása, valamint a N. gonorrhoeae tenyésztéses izolátumok vizsgálata specifikus azonosítási módszerekkel (savtermelés szénhidrátokból, gyors enzim tesztek, szerológiai vizsgálatok, specifikus nukleinsav-vizsgálatok)1-3,5-7. A tenyésztésre szükség van az antimikrobiális érzékenység meghatározásához.

2/38



Neisseria gonorrhoeae

Az eljárás alapelvei A COBAS® AMPLICOR® NG Test négy fő lépésből épül fel: a minta előkészítése; a target DNS amplifikálása NG-specifikus komplementer biotinilált primerek felhasználásával PCR során8,9; az amplifikált termékek hibridizációja targetspecifikus oligonukleotid próbákhoz és a kötődött amplifikált termékek kolorimetriás kimutatása. Egy PCR-vizsgálat kifejlesztése magában foglalja az amplifikálandó target DNS adott régiójának azonosítását, és két rövid biotinilált oligonukleotid primer szintézisét, amelyek a target szekvenciával szomszédos régiókhoz komplementerek. Ezek a biotinilált primerek kötődnek a komplementer szomszédos régiókhoz, és a DNS-polimeráz 5'-3' irányban a reakcióelegyben nagy mennyiségben jelen lévő dezoxinukleotidtrifoszfátok (dNTP-k) felhasználásával láncot szintetizál, ezáltal egy biotinilált komplementer DNS-szekvenciát hozva létre, amelyet amplikonnak neveznek. Egy, az amplikonra specifikus oligonukleotid próba van egy szilárd hordozóra (mikropartikulumra) kötve, és ehhez történik az amplikon hibridizációja (capture). A vizsgálat kimutatási rendszere egy avidintormaperoxidáz konjugátumot (HRP) alkalmaz, amely a mikropartikulumok felületére hibridizált biotinilált amplikonhoz kötődik. A színképződéshez hidogén-peroxid szubsztrát és tetrametilbenzidin (TMB) kromofór használatos. A COBAS® AMPLICOR® NG Test egy multiplex vizsgálat, amely lehetővé teszi a N. gonorrhoeae target DNS, a C. trachomatis target DNS és a CT/NG belső kontroll DNS párhuzamos amplifikálását. A master mix reagens C. trachomatis-ra, N. gonorrhoeae-re és CT/NG belső kontrollra specifikus biotinilált primer párokat tartalmaz. Az amplifikált C. trachomatis DNS kimutatása egy felhasználói lehetőség. A CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni olyan kenetminták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR® STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. A Chlamydia kultúra transzport tápközegbe levett és transzportált vizelet vagy tamponos minták vizsgálatakor a CT/NG belső kontroll kimutatása egy felhasználási lehetőség. Minta előkészítése

Urogenitális hámsejteket, fehérvérsejteket, valamint a kapcsolódó N. gonorrhoeae sejteket tartalmazó tamponos minták, illetve vizelet üledék kerül levételre. A mintákat a sejtek roncsolásához és a gonococcális DNS felszabadításához detergens oldattal kell kezelni. Majd a minta amplifikálásra való előkészítéséhez egy második detergens oldat hozzáadása szükséges.

PCR-amplifikáció

A targetszekvencia kiválasztása A Neisseria gonorrhoeae szekvencia homológiák alapján tartalmaz egy nagyfokban konzervált DNS szekvenciát (M·Ngo PII), amely úgy tűnik, a kromoszomális DNS-nek a HaeIII restrikciós endonukleáz által történő hasítását gátló citozin-DNS-metiltranszferázt kódolja. Az M·Ngo PII gén szekvencia (mintegy 1044 bázispár) jelen van a N. gonorrhoeae különböző törzseiben, és nem található meg a legtöbb egyéb, non-gonococcális Neisseria fajban10. A COBAS® AMPLICOR® NG Test a N. gonorrhoeae M·Ngo PII génjén lévő mintegy 201 nukleotid hosszú szekvenciának megfelelő SS01 és SS02 biotinilált primereket használja.



3/38

Targetamplifikáció A mintákat amplifikációs csövekben (A-csövekben) lévő amplifikáló elegyhez adják, ahol a PCR-amplifikálás megtörténik. A COBAS® AMPLICOR® Analizátor PCR-készülék felhevíti a reakcióelegyet, hogy denaturálja a kettős-szálú DNS-t, és hozzáférhetővé tegye a specifikus primer szekvenciákat a Neisseria gonorrhoeae M·Ngo PII génen. Az elegy kihűlésével a biotinilált SS01 és SS02 primerek a N. gonorrhoeae DNS komplementer szekvenciáihoz kapcsolódnak. A hőstabil Thermus aquaticus DNS-polimeráz (Taq pol) dezoxinukleozid-trifoszfátok (dNTPs), azaz dezoxiadenozin-, dezoxiguanozin-, dezoxicitidin- és dezoxiuridin(dezoxitimidin helyett) trifoszfátok feleslegének jelenlétében a kapcsolódott primerhez a target templátnak megfelelően egy 201 bázispár hosszú kettős szálú DNS molekulát szintetizál, amelyet AMPLICOR® Analizátor amplikonnak neveznek. A COBAS® automatikusan a folyamatot adott számú cikluson keresztül ismétli, az amplikon DNS-mennyisége ciklusonként megduplázódik. Az AMPLICOR® CT/NG Master Mix ugyancsak tartalmaz egy második biotinilált primer szettet, amely a Neisseria gonorrhoeae kapcsán ismertetettel analóg folyamat során párhuzamosan amplifikálja a mintában lévő Chlamydia trachomatis (CT) target DNS-t és a CT/NG belső kontrollt. Belső kontroll amplifikálása Az enzimreakción alapuló amplifikálási műveletek során, amilyen a PCR is, a klinikai mintákban jelen lehetnek gátlóanyagok, amelyek csökkenthetik a hatékonyságot. A CT/NG belső kontroll lehetővé teszi az olyan feldolgozott minták azonosítását, amelyekben a PCR-amplifikációt esetleg zavaró anyagok vannak jelen. A CT/NG belső kontroll egy nem-fertőző, rekombináns plazmid DNS a C. trachomatis targetszekvenciával identikus régiókhoz kötődő primerrel, az NG és CT targetszekvenciához hasonló hosszúságú és bázisösszetételű random belső szekvenciával, és egy egyedi próbához kötődő régióval, amely különbözik a target amplikontól. Ezeket a jellemzőket azért választották ki, hogy biztosítsák a CT/NG belső kontroll és a CT/NG target DNS ekvivalens amplifikálását. Az AMPLICOR® CT/NG Amplification Kit tartalmazza a CT/NG belső kontroll reagenst, és a reagens a klinikai mintából származó target DNS-sel való egyidejű amplifikálás céljából minden egyes amplifikálási reakcióhoz hozzá van adva. Az opcionális COBAS® AMPLICOR® Internal Control Detection Kit tartalmaz egy belső kontroll specifikus oligonukleotid capture próbát, amely a reakció elegyben a pozitív belső kontroll jelének azonosítására használható. A CT/NG belső kontrollt azon minták azonosítására tervezték, amelyek olyan gátló anyagokat tartalmaznak, amelyek a N. gonorrhoeae target nukleinsav (Poisson-analízissel meghatározott) 20 feletti kópiaszámban való amplifikálását és detektálását zavarnák. A Chlamydia kultúra transzport tápközegbe levett és transzportált vizelet vagy tamponos minták vizsgálatakor a CT/NG belső kontroll kimutatása egy felhasználási lehetőség. A CT/NG belső kontroll kimutatása kötelező olyan kenetminták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR® STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. Szelektív amplifikálás A COBAS® AMPLICOR® NG Test a target DNS szelektív amplifikálását a klinikai mintából az AmpErase® (uracil-N-glikoziláz) enzim és dezoxiuridin-trifoszfát (dUTP) használatával éri el. Az AmpErase enzim felismeri és katalizálja az olyan DNS-szálak megsemmisítését, amelyek dezoxiuridint tartalmaznak11, a dezoxitimidint tartalmazókét viszont nem. 4/38




A dezoxiuridin a természetes DNS-ben nincs jelen, ugyanakkor az amplikonokban mindig megtalálható, miután a master mix reagens a dNTP-ok egyikeként dezoxitimidin-trifoszfát helyett dezoxiuridintrifoszfátot használ; tehát csak az amplikonok tartalmaznak dezoxiuridint. A dezoxiuridinnak köszönhetően a szennyező amplikont az AmpErase enzim még a target DNS amplifikálását megelőzően lebontja. A master mix reagensben lévő AmpErase enzim katalizálja a dezoxiuridint tartalmazó DNS hasítását a dezoxiuridin csoportoknál úgy, hogy a dezoxiribóz lánc felnyílását okozza a C1 helyen. Az első hevítési lépésben a master mix reagens bázikus pH-ján az amplikon DNS-lánc eltörik a dezoxiuridin helyén, tehát a DNS nem lesz amplifikálható. Az AmpErase enzim 55 °C felett, azaz a hevítési lépések során inaktív, azaz nem bontja le a targetamplikont. Az amplifikálást követően a maradék enzim a denaturáló oldat hozzáadásakor denaturálódik, megelőzve ezáltal a targetamplikonok lebontását. A COBAS® AMPLICOR® NG Test alkalmazásakor az AmpErase enzim mérések szerint legalább 103 darab dezoxiuridint tartalmazó amplikont inaktivál egy PCR során. Hibridizáció

A PCR-amplifikálást követően a COBAS® AMPLICOR® Analizátor automatikusan denaturáló oldatot adagol a reakció elegyhez minden egyes A-csőbe, ezáltal az NG-amplikon és a CT/NG belső kontroll amplikon kémiai denaturálást szenved, és egyszálú DNS lesz. A denaturált amplikonok kis részleteit azután a COBAS® AMPLICOR® Analizátor minden egyes A-csőből az egyes kimutatási csészékbe (D-csészékbe) transzferálja. A N. gonorrhoeae (illetve felhasználói lehetőségként belső kontroll) specifikus oligonukleotid próbával fedett mágneses részecskék szuszpenziója a megfelelő D-csövekhez hozzáadásra kerül. A biotinilált NG és CT/NG belső kontroll amplikonok a mágneses részecskékhez kötött targetspecifikus oligonukleotid próbákhoz hibridizálnak. A targetspecifikus próbákhoz való amplikonhibridizáció javítja a vizsgálat teljes specificitását.

Kimutatási reakció

A hibridizációt követően a COBAS® AMPLICOR® Analizátor mossa a mágneses részecskéket a D-csészékben, melynek során a nem kötődött anyag eltávozik, ezután avidin-tormaperoxidáz konjugátumot adagol a csövekbe. Az avidin-tormaperoxidáz konjugátum a mágneses részecskékhez kötött targetspecifikus oligonukleotid próbához hibridizált biotinilált amplikonhoz kötődik. A COBAS® AMPLICOR® Analizátor a mágneses részecskék mosása révén eltávolítja a nem kötődött konjugátumot, majd minden egyes D-csészéhez hidrogén-peroxidot és 3,3',5,5'-tetrametil-benzidint (TMB) tartalmazó szubsztrátoldatot ad. Hidrogén-peroxid jelenlétében a kötődött tormaperoxidáz katalizálja a TMB színes komplexszé történő oxidációját, amelynek abszorbanciáját a COBAS® AMPLICOR® Analizátor 660 nm-es hullámhosszon méri.

Reagensek AMPLICOR® CT/NG CT/NG PREP 100 teszt P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 AMPLICOR® CT/NG mintaelőkészítő készlet US: 83315 CT/NG URINE WASH (CT/NG vizelet mosópuffer) trisz-HCl puffer 300 mM NaCl < 0,1% detergens 0,09% nátrium-azid



1 x 50 ml

5/38

CT/NG LYS (CT/NG roncsoló reagens) trisz-HCl puffer < 1% oldószer 0,09% nátrium-azid

1 x 25 ml

CT/NG DIL (CT/NG mintaoldószer) trisz-HCl puffer 6 mM magnézium-klorid < 25% detergens 0,05% nátrium-azid

2 x 50 ml

AMPLICOR® CT/NG CT/NG AMP Amplification Kit AMPLICOR® CT/NG amplifikáló készlet

96 teszt P/N: 20759902 122 ART: 07 5990 2 US: 83319

CT/NG MMX 3 x 1,8 ml (CT/NG master mix) trisz-HCl puffer EDTA 100 mM KCl glicerol < 0,01% AmpliTaq® (Taq DNS polimeráz, mikrobiális) < 0,005% dATP, dCTP és dGTP < 0,016% dUTP < 0,01% AmpErase® (uracil-N-glikoziláz) enzim (mikrobiális) < 0,0004% SS01, SS02, CP24 és CP27 primerek, biotinilált 0,05% nátrium-azid CT/NG IC 3 x 0,1 ml (CT/NG belső kontroll) trisz-HCl puffer < 0,001% nem fertőző rekombináns plazmid (mikrobiális) DNS, amely CT primer kötő szekvenciákat és egy egyedi próbához kötődő régiót tartalmaz. < 0,005% poli rA RNS (szintetikus) EDTA amarántvörös festék 0,05% nátrium-azid NG (+) C 1 x 0,8 ml [N. gonorrhoeae (+) kontroll] trisz-HCl puffer < 0,001% nem fertőző rekombináns plazmid (szintetikus) DNS, amely N. gonorrhoeae szekvenciákat tartalmaz < 0,005% nem specifikus hordozó DNS (emlős) < 0,5% detergens EDTA 0,05% nátrium-azid CT (+) C 1 x 0,8 ml [N. gonorrhoeae (–) kontroll] trisz-HCl puffer < 0,001% nem fertőző rekombináns plazmid (szintetikus) DNS, amely C. trachomatis szekvenciákat tartalmaz < 0,005% nem specifikus hordozó DNS (emlős) < 0,5% detergens EDTA 0,05% nátrium-azid 6/38




COBAS® AMPLICOR® 100 teszt P/N: 20757535 122 NG DK Neisseria gonorrhoeae ART: 07 5753 5 Detection Kit US: 83278 COBAS® AMPLICOR® Neisseria gonorrhoeae kimutatási készlet NG PS1 1 x 100 teszt (NG próba szuszpenzió 1) MES puffer < 0,3% Dynabeads® szuszpenzió (paramágneses részecskék) N. gonorrhoeae specifikus oligonukleotid capture próbával (SS06T5) fedve 0,09% nátrium-azid NG4 (NG próba szuszpenzió 2) nátrium-foszfát puffer 37% nátrium-tiocianát < 0,2% oldószer 37% (w/w) nátrium-tiocianát

+

Xn

1 × 100 teszt

Ártalmas

COBAS® AMPLICOR® Detection Reagents Kit COBAS® AMPLICOR® kimutatási reagensek készlete

DK

100 teszt P/N: 20757470 122

DN4 (denaturáló oldat) 1,6% nátrium-hidroxid EDTA timolkék

+

Xi

ART: 07 5747 0 US: 83276

1 × 100 teszt

1,6% (w/w) nátrium-hidroxid

Irritatív CN4 (avidin-tormaperoxidáz konjugátum) trisz-HCl puffer < 0,001% avidin-tormaperoxidáz konjugátum marha-szérumalbumin (emlős) Emulsit 25 (Dai-ichi Kogyo Seiyaku Co., Ltd.) 0,1% fenol 1% ProClin® 150 konzerváló SB3 (szubsztrát A) citrátoldat 0,01% hidrogén-peroxid 0,1% ProClin® 150 konzerváló



1 × 100 teszt

5 × 75 teszt

7/38

SB (szubsztrát B) 0,1% 3,3',5,5'-tetrametil-benzidin (TMB) 40% dimetil-formamid (DMF) T

5 × 5 ml

40% (w/w) dimetil-formamid (DMF)

Mérgező R: 61-20/21-36 A születendő gyermekre ártalmas lehet. Belélegezve és bőrrel érintkezve ártalmas. Szemizgató hatású. S: 53-45

Kerülni kell az expozíciót – használata előtt szerezze be a külön használati utasítást. Baleset vagy rosszullét esetén azonnal orvoshoz kell fordulni. Ha lehetséges, a címkét meg kell mutatni.

COBAS® AMPLICOR® WB Wash Buffer COBAS® AMPLICOR® mosópuffer WB (10X-mosókoncentrátum) < 2% foszfátpuffer < 9% nátrium-klorid EDTA < 2% detergens 0,5% ProClin® 300 konzerváló

500 teszt P/N: 20759899 123 ART: 07 5989 9 US: 83314

2 × 250 teszt

Figyelmeztetések és óvintézkedések In vitro diagnosztikai célra. Ebben a módszertani kézikönyvben a „kópia” kifejezés a N. gonorrhoeae target nukleinsavjának 1 kópiáját jelenti. Egy (1) kópia ekvivalens a N. gonorrhoeae target nukleinsavjának azzal a legkisebb mennyiségével, amely pozitív PCR-teszteredményt ad. Ez a teszt csak endocervicalis, urethralis és vizeletminták vizsgálatára alkalmas. Ehhez a vizsgálathoz nem szabad torok, végbél vagy egyéb nem javasolt mintát használni. A minták a jelen termékismertetőnek „A minta levétele, transzportja és tárolása” című szakaszában jelzett időpontokig stabilak. Mindazonáltal a mintáknak a levételüket követő legkorábbi feldolgozása hozzájárul a legpontosabb vizsgálati eredmények biztosításához. A tárolási időkkel, valamint a minta szállításával kapcsolatos többszörös változók hatásait nem vizsgálták. Ne pipettázzon szájjal.

8/38




Ne egyen, igyon vagy dohányozzon a laboratórium területén. Viseljen egyszer használatos védőkesztyűt, védőruhát és szemvédőt a minták és a készlet reagensei kezelése közben. A minták és a tesztreagensek kezelését követően gondosan mosson kezet. A reagensflakonokból való anyagkivétel során kerülje el a reagensek mikrobiális szennyezését. Steril, egyszer használatos pipetták és pipettahegyek használata javasolt. Ne öntsön össze különböző tételekből, vagy azonos tételből, de különböző flakonokból származó reagenseket. A fel nem használt reagensek és a hulladék kezelésének összhangban kell lennie a megfelelő országos, szövetségi, állami és helyi szabályozásokkal. Ne használja a készletet a lejárati idő után. Az anyagok biztonsági adatlapjai (MSDS) igény esetén hozzáférhetők a helyi Roche-irodában. A laboratóriumi munkafolyamatnak egyirányú módon kell zajlania, kezdve a preamplifikálási területtől a posztamplifikálási (amplifikálási/kimutatási) területig haladva. A preamplifikálási műveleteket a reagens-előkészítéssel kell kezdeni, és a minta-előkészítéssel folytatni. Valamennyi preamplifikálási művelethez tartozó felszerelést és eszközt jelölni kell, és tilos használni más művelethez vagy más munkaterületre átvinni. Valamennyi munkaterületen kesztyűt kell viselni, és a terület elhagyása előtt le kell venni. A reagenselőkészítéshez használt felszerelést és eszközöket tilos használni mintaelőkészítési műveletekhez, amplifikált DNS vagy más target DNS-forrás pipettázásához vagy feldolgozásához. A posztamplifikálási műveletekhez tartozó felszerelést és eszközöket mindenkor a posztamplifikálási munkaterületen kell tartani. A mintákat fertőzőként kell kezelni a Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories12 és az CLSI Dokumentum M29-A313 előírásoknak megfelelő biztonságos laboratóriumi eljárásokat alkalmazva. Gondosan tisztítson meg, és ioncserélt vagy desztillált vízzel frissen készített 0,5% nátrium-hipoklorit oldattal fertőtlenítsen minden munkaterületet. Megjegyzés

A kereskedelemben kapható háztartási fehérítő rendszerint 5,25%-ban tartalmaz nátrium-hipokloritot. 1:10 arányban hígított háztartási fehérítő megfelel 0,5% nátrium-hipoklorit oldatnak. A COBAS® AMPLICOR® NG Test reagálhat a N. subflava és N. cinerea fajokkal. Ezek az organizmusok a normál torokflóra gyakori alkotói lehetnek. Kerülje el a minta feldolgozó reagensek, amplifikációs reagensek és beteg minták légúti aeroszollal való szennyeződését. A laboratórium által kapott olyan minták, amelyeknél a tampon még mindig az AMPLICOR® STM transzportközegben van, nem fogadhatóak el vizsgálatra. Ezeket a mintákat ki kell dobni, és új mintát kell levenni.

Az AMPLICOR® STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével levett és transzportált minták gátolhatják a PCR-t. Ezen minták vizsgálatakor a CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni. Chlamydia kultúra transzport tápközegben transzportált minták esetén a mintainokuláció szemmel látható bizonyságául a mintavételező tamponokat a transzportcsőben kell hagyni. A COBAS® AMPLICOR® NG Test klinikai 2/2009, Revision 5.0


9/38

értékelését olyan minták használatával végezték, amelyeket Chlamydia kultúra transzport tápközeges (CTM) csőben lévő tamponnal együtt transzportáltak. CTM-tápközegben, mintavételező tampon nélkül transzportált mintákat nem értékeltek, és ezek használata ehhez a vizsgálathoz nem javasolt. Vizeletminták 24 órát meghaladó tárolása szobahőmérsékleten a minta lebomlását eredményezheti. Szobahőmérsékleten 24 óránál hosszabb ideig tárolt vizeletmintákat a vizsgálatra nem szabad használni. A CT/NG URINE WASH, CT/NG LYS, CT/NG DIL, CT/NG MMX, CT/NG IC, NG (+) C, CT (+) C, NG PS1 és IC PS1 nátrium-azidot tartalmaz. A nátrium-azid ólom- és rézcsövekkel erősen robbanékony fém-azidokat képezve reakcióba léphet. Amikor nátrium-azid tartalmú oldatokat önt ki a laboratóriumi mosogatóba, az azidlerakódás megakadályozására nagy mennyiségű vízzel öblítse ki a lefolyót. Viseljen szemvédőt, laboratóriumi védőruhát és egyszer használatos védőkesztyűt a következő anyagok kezelése során: DN4, CN4, SB3, SB és szubsztrát munkareagens (kevert SB3 és SB reagens). Ezen anyagok bőrrel, szemmel és nyálkahártyákkal való érintkezése kerülendő. Ha mégis előfordul érintkezés, azonnal mossa le nagy mennyiségű vízzel. Ellenkező esetben égő érzés előfordulhat. Ezen reagensek kiömlése esetén szárazra törlés előtt vízzel hígítsa. Az SB vagy a szubsztrát munkareagens bőrrel vagy nyálkahártyával való érintkezése kerülendő. Ha előfordul bőrrel való érintkezés, azonnal mossa le nagy mennyiségű vízzel. Az SB és a szubsztrát munkareagens dimetil-formamidot tartalmaz, amelyről ismert, hogy nagy orális adagban mérgező, továbbá a születendő gyermekre nézve ártalmas hatású lehet. A bőrrel való érintkezést, a gőzök belégzését és az anyag lenyelését el kell kerülni. Ha mégis előfordul a bőrrel érintkezés, gondosan mossa le szappanos vízzel, és azonnal forduljon orvoshoz. A minták kiloccsanását és keresztszennyeződését megelőzendő a minta- és a kontroll-előkészítéshez csavarókupakos csöveket kell használni. Ne használjon pattintókupakos csöveket.

Tárolási és kezelési követelmények A reagenseket tilos lefagyasztani. A CT/NG LYS 2–25 °C-on tárolandó. A CT/NG URINE WASH és CT/NG DIL 2–8 °C-on tárolandó. Ha tárolás közben bármelyik reagensben csapadék képződik, használat előtt melegítse szobahőmérsékletre és erőteljesen keverje fel. Ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. A CT/NG MMX és CT/NG IC 2–8 °C-on tárolandók. Ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. A master mix munkareagenst CT/NG IC reagenst adva a CT/NG MMX reagenshez) 2–8 °C-on kell tárolni, és 4 hétig stabil. Az NG (+) C és CT (+) C 2–8 °C-on tárolandók. Ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. Az NG PS1 és NG4 2–8 °C-on tárolandók. Ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. Az NG PS1 és NG4 összekeverése után 10/38




a munkareagens 30 napig stabil 2–8 °C-on. Ezt a munkareagenst legfeljebb 6 gépi cikluson keresztül lehet használni (12 óra ciklusonként), és a gépi ciklusok között 2–8 °C-on kell tárolni. A DN4 2–25 °C-on tárolandó. A DN4 a jelölt lejárati dátumig stabil. Felbontást követően a DN4 2–8 °C-on 30 napig vagy a lejárati dátumig stabil, amelyik előbb következik. A DN4-et legfeljebb 6 gépi cikluson keresztül lehet használni (12 óra ciklusonként), és a gépi ciklusok között 2–8 °C-on kell tárolni. A CN4 2–8 °C-on tárolandó. A CN4 a jelölt lejárati dátumig stabil. Felbontást követően a CN4 reagens 2–8 °C-on 30 napig vagy a lejárati dátumig stabil, amelyik előbb következik. A CN4-et legfeljebb 6 gépi cikluson keresztül lehet használni (12 óra ciklusonként), és a gépi ciklusok között 2–8 °C-on kell tárolni. Az SB3 és SB 2–8 °C-on tárolandók. Felbontatlanul ezek a reagensek a jelölt lejárati dátumig stabilak. A szubsztrát munkareagenst minden nap el kell készíteni az SB3 és az SB összekeverésével. A szubsztrát munkareagens a COBAS® AMPLICOR® készülékben 16 óráig stabil. Az SB3-t, SB-t vagy a szubsztrát munkareagenst ne tegye ki fémeknek, oxidáló anyagoknak vagy direkt fénynek. A WB 2–30 °C-on tárolandó. A WB a jelölt lejárati dátumig stabil. A WB oldatot vizsgálja meg, és szükség esetén a csapadék visszaoldására melegítse 30–37 °C-ra. A WB desztillált vagy ioncserélt vízzel való 1:10 hígításával készített mosó munkapuffert (1X) 2–25 °C-on, a COBAS® AMPLICOR® mosópuffertartályában kell tárolni, és az elkészítéstől számított 2 hétig stabil. A részben felhasznált kimutatási reagensek 2–8 °C-on tárolandók két gépi ciklus között. Ellenőrizze a felbontott reagensek, illetve a munkareagens lejárati idejét a COBAS® AMPLICOR® készülékbe betöltés előtt.

A készlet tartalma AMPLICOR® CT/NG CT/NG PREP Specimen Preparation Kit AMPLICOR® CT/NG mintaelőkészítő készlet

P/N: 20759414 122 ART: 07 5941 4 US: 83315

CT/NG URINE WASH (CT/NG vizelet mosópuffer) CT/NG LYS (CT/NG roncsoló reagens) CT/NG DIL (CT/NG mintaoldószer) AMPLICOR® CT/NG CT/NG AMP Amplification Kit AMPLICOR® CT/NG amplifikáló készlet

P/N: 20759902 122 ART: 07 5990 2 US: 83319

CT/NG MMX (CT/NG master mix) CT/NG IC (CT/NG belső kontroll) NG (+) C [N. gonorrhoeae (+) kontroll] CT (+) C [C. trachomatis (+) kontroll] 2/2009, Revision 5.0


11/38

COBAS® AMPLICOR® NG DK Neisseria gonorrhoeae Detection Kit COBAS® AMPLICOR® Neisseria gonorrhoeae kimutatási készlet

P/N: 20757535 122 ART: 07 5753 5 US: 83278

NG PS1 (NG próba szuszpenzió 1) NG4 (NG próba szuszpenzió 2) COBAS® AMPLICOR® Detection Reagents Kit COBAS® AMPLICOR® kimutatási reagensek készlete

DK

P/N: 20757470 122 ART: 07 5747 0 US: 83276

DN4 (denaturáló oldat) CN4 (avidin-tormaperoxidáz konjugátum) SB3 (szubsztrát A) SB (szubsztrát B) COBAS® AMPLICOR® WB Wash Buffer COBAS® AMPLICOR® mosópuffer WB (10X-mosókoncentrátum)

P/N: 20759899 123 ART: 07 5989 9 US: 83314

Szükséges, de nem biztosított anyagok A minta levétele –

Endocervicalis és urethralis mintavételező tamponok: Csak dakron, műselyem vagy kalcium-alginát végű, műanyag- vagy alumíniumtól eltérő fém pálcás mintavételező tampont használjon.

–

Csak 2SP vagy SPG Culture Transport Media, Bartels® ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.), M4® MicroTest Culture Transport System vagy M4RT® MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.) használható

–

Polipropilén, tartósítószermentes vizeletgyűjtő tartályok

–

M4RT MicroTest Culture Transport System Female (x100) (Remel, Inc.)

–

M4RT MicroTest Culture Transport System Male (x100) (Remel, Inc.)

Preamplifikálás – Reagens-előkészítő terület

12/38

–

COBAS® AMPLICOR® A-gyűrű 12 A-csövekkel ellátva

–

COBAS® AMPLICOR® A-gyűrűtartó

–

Eppendorf Multipette® pipetta 1,25 ml Combitip® tartóval (steril, egyenként csomagolt)

–

Pipettahegyek (100 μl)* aeroszolbarrierrel vagy pozitív kiszorításos hegyek

–

Egyszer használatos kesztyűk, púdermentes




Preamplifikálás – Minta- és kontroll-előkészítő terület – – – – –

2,0 ml polipropilén csavarókupakos csövek, steril, nem szilikonozott, kúpos (Sarstedt 72.693.005, vagy ekvivalens)** Csőállvány (Sarstedt 93.1428 vagy ekvivalens) Steril transzfer pipetták, skálázott Pipettahegyek (50 μl, 100 μl, 200 μl, 250 μl, 500 μl és 1000 μl)* aeroszolbarrierrel vagy pozitív kiszorításos hegyek Mikrocentrifuga (max. RCF 16 000 × g, min. RCF 12 500 × g); Eppendorf 5415C, HERMLE Z230M, vagy ekvivalens

–

Kiterjesztett aeroszolbarrierrel ellátott hegyek (Matrix 7055 vagy ekvivalens) 2SP vagy SPG Culture Transport Media, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.) tápközegekben, M4 MicroTest Culture Transport System vagy M4RT MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.) rendszerekben transzportált mintákhoz

– –

37 °C ± 2 °C fűtőblokk Vortex keverő

– –

Szűrőpapír Egyszer használatos kesztyűk, púdermentes

Posztamplifikálás – Amplifikálási/Kimutatási terület – –

– – – – – – –


COBAS® AMPLICOR® Analizátor és nyomtató

Felhasználói kézikönyv a COBAS® AMPLICOR® készülékhez • Opcionális: AMPLILINK szoftver • Opcionális: AMPLILINK szoftver adatállomás, nyomtatóval • Opcionális: AMPLILINK szoftver 2.4-es verziójú sorozat Felhasználói kézikönyve COBAS® AMPLICOR® készülék használatához (az AMPLILINK szoftver v2.41-es verziójához) vagy AMPLILINK szoftver 3.2-es verziójú sorozat Alkalmazási kézikönyve COBAS® AmpliPrep készülék, COBAS® TaqMan® készülék, COBAS® TaqMan® 48 készülék és COBAS® AMPLICOR® készülék használatához (az AMPLILINK szoftver v3.2-es sorozatához) COBAS® AMPLICOR® Neisseria gonorrhoeae Test Módszertani kézikönyv D-csésze állványok Desztillált vagy ioncserélt víz 5 ml szerológiai pipetták Mérőhenger (minimum 1liter) Vortex keverő Egyszer használatos kesztyűk, púdermentes

*

Pipetták pontossága a névleges térfogat 3%-án belül legyen. Aeroszolbarrieres vagy pozitív kiszorításos pipettahegyeket kell használni ott, ahol alapvető megelőzni a minta és az amplikon keresztszennyeződését.

**

A minták és kontrollok kiloccsanását és keresztszennyeződését megelőzendő a minta és a kontroll előkészítéshez csavarókupakos csöveket kell használni. Ne használjon pattintókupakos csöveket.


13/38

A minta levétele, transzportja és tárolása Megjegyzés

Valamennyi mintát fertőzések átvitelére alkalmasként kell kezelni. Kizárólag az alábbi minták elfogadhatóak: 1. Vizeletminták (férfi és női), tartósítószer nélküli tiszta polipropilén tartályokban transzportálva. Tartósítószert tartalmazó tartályokba gyűjtött vizeletmintákat ne használjon. 2. Endocervicalis és urethralis tamponos minták, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR® STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. A CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni olyan tamponos minták vizsgálata esetén, amelyek transzportja AMPLICOR® STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. 3. Endocervicalis és urethralis tamponos minták levétele és transzportja az alábbi tápközegekben történjen: •

2SP vagy SPG Culture Transport Media, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest Culture Transport System vagy M4RT MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.).

A tápközeg tételeknek minden laboratóriumban való használatra kvalifikáltaknak kell lenniük (a részleteket illetően lásd: „Minőségellenőrzés”). A megbízható vizsgálati eredmények érdekében kövesse az alábbi utasításokat a megfelelő mintavételezésre vonatkozóan. Ehhez a vizsgálathoz nem szabad torok, végbél vagy egyéb nem javasolt mintát használni. A laboratóriumi vizsgálatra kerülő minták jó minőségének biztosítása érdekében, a vizelet és az urogenitális kenetmintákat a lehető legrövidebb időn belül a laboratóriumba kell transzportálni. Nem szabad a mintákat ellenőrzött hőmérsékleti körülmények biztosítása nélkül transzportálni. A minta levétele

Vizeletminták

Megjegyzés

A betegnek nem szabad a mintavételezést megelőző 2 órában vizelnie. 1. Gyűjtsön 10–50 ml elsősugár vizeletet (a vizeletáram első részét) egy tiszta, tartósítószert nem tartalmazó polipropilén tartályba. 2. Zárja le a tartályt, és lássa el megfelelő címkézéssel. A minta a vizsgálati helyre szobahőmérsékleten (18–30 °C) transzportálható. Tamponos minták AMPLICOR® Specimen Transport Medium (STM) tápközegbe levéve 1. A készletben lévő nagy tamponok egyikével távolítsa el a nyákot az exocervixből. 2. Helyezze a másik nagy tampont az endocervicalis csatornába addig, amíg a tampon csúcsa már nem látható. 3. Forgassa meg 3–5 másodpercig, majd húzza ki ügyelve arra, hogy ne érjen a hüvely felületéhez.

14/38




4. Helyezze a tampont az AMPLICOR® STM csőbe, erőteljesen kavarja fel a folyadékot a tamponnal 15 másodpercig. Megjegyzés

Ha a tampont 15 másodpercnél tovább hagyja érintkezésben az STM tápközeggel, az a PCR gátlását eredményezheti. 5. A tampont a cső falához nyomva préselje ki a folyadékot a tamponból. A mintában lévő felesleges nyákot ekkor a tamponon való összegyűjtéssel el kell távolítani. A tampont a cső falához nyomva préselje ki a maradék folyadékot a nyákból. Vegye ki a tampont a rajta összegyűjtött nyákfelesleggel együtt, és dobja ki. Tegye a csőre a kupakot. 6. Zárja le a tartályt, és lássa el megfelelő címkézéssel. Kövesse a laboratóriumi transzport eljárást. A laboratóriumba történő transzportig tárolja a mintákat szobahőmérsékleten. Tamponos minták kultúra transzport tápközegbe (CTM) levéve 1. Az endocervicalis és férfi urethralis tamponos minták levétele és transzportja a következő tápközegek 1–3 ml-ébe is történhet: 2SP vagy SPG Culture Transport Media, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest Culture Transport System vagy M4RT MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.). Alkalmazzon ajánlott módszereket a tamponos minták nyeréséhez a cervicalis nyák eltávolítását követően15. 2. Csak dakron, műselyem vagy kalcium-alginát végű, műanyag- vagy alumíniumtól eltérő fém pálcás mintavételező tampont használjon. Ne használjon fa- vagy alumínium pálcás mintavételező tampont. 3. Hagyja a tamponokat a kultúra transzport tápközegben. Zárja le a tartályt, és lássa el megfelelő címkézéssel. Kövesse a laboratóriumi mintavételezési és transzport eljárást. Ha a tamponos minták transzportja a laboratóriumba a levételtől számítva több, mint egy óráig késik, akkor a mintákat tegye hűtőszekrénybe.

A minta transzportja

Vizeletminták 1. A vizeletminták a vizsgálati helyre 18–30 °C-on transzportálhatók. Szobahőmérsékleten a minták 24 óra hosszat stabilak. A mintavételtől számított 24 órán belül fel nem dolgozott mintákat 2–8 °C-on kell tárolni, és a mintavételtől számított 7 napon belül fel kell dolgozni. A mintavételtől számított 7 napon belül fel nem dolgozott vizeletmintákat -20 °C-on vagy az alatti hőmérsékleten lehet tárolni, és a mintavétel időpontjától számított 30 napon belül fel kell dolgozni. 2. Eltérő helyszínen lévő vizsgálati centrumokba szállítandó vizeletmintákat olyan éjszakai kézbesítéssel kell megoldani, ahol garantált a 24 órán belüli megérkezés; a szállítás szobahőmérsékleten (18–30 °C) történhet. Ha a vizeletmintákat szobahőmérsékleten szállítják, akkor a szállítást megelőzően azokat 2–8 °C-on kell tárolni annak biztosítására, hogy a szobahőmérsékleten való tárolás ne haladja meg a 24 órát. A minták szállítása meg kell feleljen a kóroki ágensek transzportjára vonatkozó valamennyi helyi, állami és országos szabályozásnak14. Tamponos minták AMPLICOR® Specimen Transport Medium (STM) tápközegbe levéve 1. A minta a vizsgálati helyre szobahőmérsékleten transzportálandó. A tamponos minták 18–25 °C-on 10 napig stabilak. A vizsgálati helyre történő megérkezéskor a tamponos mintákat szobahőmérsékleten kell tárolni, és a levételtől számított 10 napon belül fel kell dolgozni.



15/38

2. Eltérő helyszínen lévő vizsgálati centrumokba szállítandó kenetmintákat a szállítás időpontjáig szobahőmérsékleten kell tárolni. 18–25 °C között szállítandóak, és meg kell érkezniük a vizsgálat helyszínére úgy, hogy a levételtől számított 10 napon belül feldolgozhatóak legyenek. A minták szállítása meg kell feleljen a kóroki ágensek transzportjára vonatkozó valamennyi helyi, állami és országos szabályozásnak14. Tamponos minták kultúra transzport tápközegbe (CTM) levéve 1. Ha a tamponos minták transzportja a laboratóriumba a levételtől számítva több, mint egy óráig késik, akkor a mintákat tegye hűtőszekrénybe. Eltérő helyszínen lévő vizsgálati centrumokba szállítandó tamponos mintákat a levételt követően a lehető legkorábban el kell szállítani a chlamydia tenyészetminták transzportjára vonatkozó laboratóriumi eljárásoknak megfelelően. 2. Azokat a tamponos mintákat, amelyeket megérkezésükkor a vizsgáló laboratórium nem tesztel azonnal, 2–8 °C-on tárolni szükséges, és 7 napon belül fel kell dolgozni. A mintavételtől számított 7 napon belül fel nem dolgozott tamponos mintákat -20 °C-on vagy az alatti hőmérsékleten kell tárolni, és a mintavétel időpontjától számított 30 napon belül fel kell dolgozni. A mintá tárolása Megjegyzés

A minták rutinszerű lefagyasztása vagy hosszú távú tárolása befolyásolhatja a vizsgálat eredményességét. Vizeletminták 1. A mintavételtől számított 24 órán belül fel nem dolgozott mintákat 2–8 °C-on kell tárolni, és a mintavételtől számított 7 napon belül fel kell dolgozni. A mintavételtől számított 7 napon belül fel nem dolgozott minták -20 °C vagy az alatti hőmérsékleten legfeljebb 30 napig tárolhatók. Tamponos minták AMPLICOR® Specimen Transport Medium (STM) tápközegbe levéve 1. A tamponos minták legfeljebb 10 napig stabilak szobahőmérsékleten. A kenetminták szobahőmérsékleten tárolandók, és a levételtől számított 10 napon belül fel kell azokat dolgozni. 2. A tamponos mintákat a szállítás időpontjáig szobahőmérsékleten kell tárolni. Szobahőmérsékleten szállítandóak, és meg kell érkezniük a vizsgálat helyszínére úgy, hogy a levételtől számított 10 napon belül feldolgozhatóak legyenek. Tamponos minták kultúra transzport tápközegbe (CTM) levéve 1. Azokat a tamponos mintákat, amelyeket megérkezésükkor a vizsgáló laboratórium nem tesztel azonnal, 2–8 °C-on tárolni szükséges, és 7 napon belül fel kell dolgozni. A mintavételtől számított 7 napon belül fel nem dolgozott tamponos mintákat -20 °C-on vagy az alatti hőmérsékleten kell tárolni, és a mintavételtől számított 30 napon belül fel kell dolgozni.

16/38




Használati utasítás Megjegyzés

A részletes üzemeltetési utasításokért, az eredmények kinyomtatásáért és a jelzők, megjegyzések és hibaüzenetek értelmezéséért forduljon a következő kézikönyvekhez: (1) a COBAS®AMPLICOR® készülék Felhasználói kézikönyve és (2) az AMPLILINK szoftver v2.41 használata esetén az AMPLILINK szoftver 2.4-es verziójú sorozat Felhasználói kézikönyve a COBAS® AMPLICOR® készülékkel való használatra vagy az AMPLILINK szoftver v3.2-es sorozatának használata esetén az AMPLILINK szoftver 3.2-es verziójú sorozat Alkalmazási kézikönyve a COBAS® AmpliPrep készülékkel, COBAS® TaqMan® készülékkel, a COBAS® TaqMan® 48 készülékkel és a COBAS® AMPLICOR® készülékkel való együttes használatra.

Megjegyzés

Felhasználás előtt valamennyi reagensnek szobahőmérsékletűnek kell lennie. Használjon aeroszolbarrieres pipettákat vagy pozitív kiszorításos hegyeket, ahol indokolt. A szelektív amplifikálás érdekében rendkívüli gondossággal járjon el.

Megjegyzés

Felhasználás előtt a vizelet és tamponos mintáknak szobahőmérsékletűeknek kell lenniük. Használjon aeroszolbarrieres pipettákat vagy pozitív kiszorításos hegyeket, ahol indokolt. A szelektív amplifikálás érdekében rendkívüli gondossággal járjon el.

Megjegyzés

Ha a feldolgozott mintákat a master mix munkaoldathoz való hozzáadásuk előtt egy éjszakán át 2–8 °C hőmérsékleten tárolja, akkor a PCR gátlása csökkenthető21.

Megjegyzés

A minták kiloccsanását és keresztszennyeződését megelőzendő a minta- és a kontroll-előkészítéshez csavarókupakos csöveket kell használni. Ne használjon pattintókupakos csöveket.

Futtatási mennyiség

Valamennyi készlet elegendő reagenst tartalmaz nyolc darab 12 mintás futtatáshoz, amelyek kivitelezhetőek külön-külön vagy párhuzamosan. Valamennyi futtatásnak legalább egy COBAS® AMPLICOR® N. gonorrhoeae (+) kontrollt és egy COBAS® AMPLICOR® C. trachomatis (+) kontrollt kell tartalmaznia (ld. „Minőség-ellenőrzés”).

Megjegyzés

A CT (+) kontroll a COBAS® AMPLICOR® NG Test NG (–) kontrolljaként szolgál. A minta-előkészítő reagensek 100 tesztre elegendő csomagolásban vannak. Az NG (+) kontroll és a CT (+) kontroll külön üvegekben vannak, amelyek 8 szett feldolgozott kontroll elkészítéséhez elegendő anyagot tartalmaznak. A CT/NG master mix és a CT/NG belső kontroll három üvegben vannak, amelyek a mintákat és kontrollokat is beleértve legfeljebb 32 vizsgálat futtatásához elegendő anyagot tartalmaznak. A reagensek leghatékonyabb felhasználása céljából a mintákat és a kontrollokat 12 többszörösének megfelelő tételekben kell feldolgozni.

Munkafolyamat


A COBAS® AMPLICOR® NG Test egy vagy két nap alatt végezhető el. Ha a vizsgálatot egyetlen munkanap alatt kell elvégezni, kövesse sorban az utasításokat a Reagens előkészítése, Minta előkészítése, Kontroll előkészítése, Amplifikálás, valamint Kimutatás lépéseknek megfelelően.


17/38

A vizsgálat 2 nap alatt végezhető el, ha az 1. nap a Minta előkészítését végzi, majd a 2. nap folytatja a Reagens előkészítése, Kontroll előkészítése, Amplifikálás, valamint a Kimutatás lépésekkel, vagy az 1. nap a Reagens előkészítését, a Minta előkészítését és a Kontroll előkészítését végzi el, valamint hozzáadja az előkészített mintákat és kontrollokat a master mixhez, majd a 2. nap folytatja az Amplifikálás és Kimutatás lépésekkel. Reagens előkészítése

Munkaterület: Preamplifikálás – Reagens-előkészítő terület 1. Határozza meg a beteg minta- és a kontrollvizsgálatokhoz szükséges A-gyűrűk számát. Helyezze az A-gyűrű(ke)t az A-gyűrűtartóba.

Megjegyzés

A CT/NG belső kontrollt akkor is hozzá kell adni a master mixhez, ha a CT/NG belső kontroll kimutatása nem is lesz elvégezve. 2. Készítse el a master mix munkareagenst 100 μl CT/NG IC, egy ampulla CT/NG MMX reagenshez való hozzáadásával. A master mix térfogatát nem szükséges megmérnie. Mérjen 100 μl CT/NG IC oldatot egy teljes üveg CT/NG MMX reagenshez. Csavarja rá a kupakot, majd a cső 10–15-szöri fordítgatásával keverje jól össze az oldatokat. A master mix munkareagenst ne vortexelje. A CT/NG IC rózsaszín színe alkalmas, hogy meggyőződjön arról, hogy a CT/NG IC oldatot a CT/NG MMX reagenshez adta. A maradék CT/NG IC oldatot dobja ki. A cső 10–15-szöri fordítgatásával keverje jól össze az oldatokat. A master mix munkareagens 2–8 °C-on tárolandó, és az elkészítést követő 4 héten belül fel kell használni. 3. Mérjen valamennyi A-csőbe 50 μl master mix munkareagenst ismétlő pipettával vagy aeroszolbarrierrel vagy pozitív kiszorításos heggyel ellátott pipettával. Ezután ne zárja le az A-csöve(ke)t. 4. Helyezze a master mix munkareagenst tartalmazó A-gyűrű(ke)t egy újrazárható műanyag tasakba, és gondosan zárja le a műanyag tasakot. Az A-gyűrű(ke)t vigye át a Preamplifikálás – Minta-előkészítő területre. A minta és kontroll előkészítése befejezéséig tárolja a master mix reagenst tartalmazó A-gyűrű(ke)t 2–8 °C-on a Preamplifikálás – Minta-előkészítő területen. A master mix munkareagens az A-csövekben lezárt műanyag tasakban 2–8 °C-on 48 óra hosszat stabil.

Minta előkészítése

Munkaterület: Preamplifikálás – Minta-előkészítő terület Vizeletminták 1. Minden egyes mintához címkézzen fel egy-egy 2,0 ml-es csavarókupakos csövet. Ne használjon pattintókupakos csöveket. 2. Mérjen 500 μl CT/NG URINE WASH puffert minden egyes megcímkézett csőbe. 3. Vortexelje a vizeletet alaposan (3–10 másodpercig). Fagyasztott minták használatakor vortexelés előtt olvassza fel a mintákat szobahőmérsékleten (2 ml-nél nagyobb térfogatokat egy éjszakán át olvadni kell hagyni 2–8°C-on); folytassa a feldolgozást akkor is, ha esetleg csapadékos a minta. Óvatosan távolítsa el a vizeletmintatartályok kupakjait. Ügyeljen a kesztyűknek a kupakokban levő vizelettel való szennyezésének elkerülésére. Ha mégis előfordulna szennyeződés, akkor a következő mintára való továbblépés előtt cserélje le a kesztyűket egy tiszta párra.

18/38




4. Mérjen minden egyes jól megkevert betegvizeletből 500 μl-t a megfelelően címkézett CT/NG URINE WASH puffert tartalmazó csőbe. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes mintához. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. 5. Inkubálja a csöveket 15 percig 37 °C-on. 6. Centrifugázza ≥ 12 500 × g-n 5 percig. 7. Öntse le a felülúszót, és itassa ki az egyes csöveket egy-egy szűrőpapírlapra. 8. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes minta esetén, és mérjen minden egyes csőbe 250 μl CT/NG LYS reagenst. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. 9. Inkubálja a csöveket 15 percig szobahőmérsékleten. 10. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes minta esetén, és mérjen minden egyes csőbe 250 μl CT/NG DIL reagenst. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. 11. Centrifugázza a csöveket ≥ 12 500 × g-n 10 percig. 12. A feldolgozott mintákat legfeljebb 2 óra hosszat lehet szobahőmérsékleten tartani azt megelőzően, hogy kis részletüket master mix munkareagenst tartalmazó A-csövekbe transzferálná. Ha a részletek A-csövekbe való bemérése nem történik meg 2 órán belül, a feldolgozott mintákat tárolja 2–8 °C-on. A 2–8 °C-on tárolt feldolgozott mintákat 7 napon belül tesztelni kell. 13. Az amplifikálást megelőzően a 2–8 °C-on tárolt feldolgozott mintákat hagyja felmelegedni szobahőmérsékletre, és keverje jól össze vortexszel. Vortexelés után centrifugázza a feldolgozott mintákat ≥ 12 500 × g-n 10 percig. 14. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 50 μl felülúszót a megfelelő A-csőbe. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes mintához. Ügyeljen rá, hogy ne zavarja fel az üledéket (amely esetleg nem is látható tisztán). Rögzítse a betegminták helyzetét az A-gyűrű térképen. Csavarja az A-csövekre a kupakokat. 15. A feldolgozott minták maradékát 2–8 °C-on tárolja arra az esetre, ha a vizsgálatot meg kellene ismételni. Bármilyen ismételt vizsgálatot a minta feldolgozástól számított 7 napon belül el kell végezni. Tamponos minták

Tamponos minták AMPLICOR® Specimen Transport Medium (STM) tápközegben transzportálva Megjegyzés

Ezen minták vizsgálatakor CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni. 1. Ellenőrizze az AMPLICOR® STM mintatranszport csövet. Ha egy mintát olyan csőben transzportáltak, amelyikben benne van a mintavételező tampon, akkor azt a mintát ki kell dobni, és egy új mintát kell levenni.



19/38

2. Pipettázzon 1 ml CT/NG DIL oldatot minden egyes transzportcsőbe minden esetben külön steril pipettát használva 3. Csavarja vissza a csőre a kupakot. Vortexelje 5–10 másodpercig. 4. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. 5. A feldolgozott mintákat legfeljebb 2 óra hosszat lehet szobahőmérsékleten tartani azt megelőzően, hogy kis részletüket master mix munkareagenst tartalmazó A-csövekbe transzferálná. Ha a részletek A-csövekbe való bemérése nem történik meg 2 órán belül, a feldolgozott mintákat tárolja 2–8 °C-on. A 2–8 °C-on tárolt feldolgozott mintákat 4 napon belül tesztelni kell. 6. Az amplifikálást megelőzően a 2–8 °C-on tárolt feldolgozott mintákat hagyja felmelegedni szobahőmérsékletre, és keverje jól össze vortexszel. 7. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen minden egyes feldolgozott mintából 50 μl-t a megfelelő A-csőbe. Rögzítse a betegminták helyzetét az A-gyűrű térképen. Csavarja a csövekre a kupakokat. 8. A feldolgozott minták maradékát 2–8 °C-on tárolja arra az esetre, ha a vizsgálatot meg kellene ismételni. Bármilyen ismételt vizsgálatot a minta feldolgozástól számított 4 napon belül el kell végezni.

Tamponos minták kultúra transzport tápközegben transzportálva Megjegyzés

A COBAS® AMPLICOR® NG Test értékelését az alábbi tápközegekkel való használatra végezték: 2SP vagy SPG Culture Transport Media, Bartels ChlamTrans Chlamydial Transport Medium (Trinity Biotech Plc.), M4 MicroTest Culture Transport System vagy M4RT MicroTest Culture Transport System (Remel, Inc.) Más transzportközeg használatát a laboratóriumnak kell kiértékelni. 1. Ellenőrizze, hogy a kultúra transzport tápközeg cső tartalmazza-e a mintavételező tampont. A vizsgálat teljesítményjellemzőinek értékelését olyan mintákra nem végezték el, amelyek nem tartalmaznak mintavételező tampont. 2. Minden egyes mintához címkézzen fel egy-egy 2,0 ml-es csavarókupakos csövet. Ne használjon pattintókupakos csöveket. 3. Mérjen 100 μl CT/NG LYS reagenst a megfelelően megcímkézett 2,0 ml-es polipropilén csövekbe. 4. Keverje össze a mintákat vortexszel. Fagyasztva tárolt minták esetén vortexelés előtt olvassza fel a mintákat szobahőmérsékleten. Óvatosan távolítsa el a mintacsövek kupakjait. Ügyeljen a kesztyűk szennyeződésének elkerülésére. Ha mégis előfordulna szennyeződés, akkor a következő mintára való továbblépés előtt cserélje le a kesztyűket egy tiszta párra. 5. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 100 μl jól összekevert mintát a megfelelő CT/NG LYS reagenst tartalmazó csőhöz. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes mintához. Csavarja vissza a csőre a kupakot, és vortex segítségével keverje meg alaposan.

20/38




6. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. 7. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes minta esetén, és mérjen minden egyes csőbe 200 μl CT/NG DIL oldószert. Csavarja vissza a csőre a kupakot, és vortex segítségével keverje meg alaposan. 8. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. 9. A feldolgozott mintákat legfeljebb 2 óra hosszat lehet szobahőmérsékleten tartani azt megelőzően, hogy kis részletüket master mix munkareagenst tartalmazó A-csövekbe transzferálná. Ha a részletek A-csövekbe való bemérése nem történik meg 2 órán belül, a feldolgozott mintákat tárolja 2–8 °C-on. A 2–8 °C-on tárolt feldolgozott mintákat 7 napon belül tesztelni kell. 10. Az amplifikálást megelőzően a 2–8 °C-on tárolt feldolgozott mintákat hagyja felmelegedni szobahőmérsékletre, és keverje jól össze vortexszel. 11. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen minden egyes feldolgozott mintából 50 μl-t a megfelelő A-csőbe. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet minden egyes mintához. Rögzítse a betegminták helyzetét az A-gyűrű térképen. Csavarja az A-csövekre a kupakokat. 12. A feldolgozott minták maradékát 2–8 °C-on tárolja arra az esetre, ha a vizsgálatot meg kellene ismételni. Bármilyen ismételt vizsgálatot a minta feldolgozástól számított 7 napon belül el kell végezni. Kontroll előkészítése

Munkaterület: Preamplifikálás – Minta- és kontrollterület

Megjegyzés

A kontroll munkaoldatokat frissen kell elkészíteni minden nap, mikor mintavizsgálat történik. A kontroll munkaoldatok a nap során többször felhasználhatók feldolgozott kontroll oldatok készítésére, de a nap végén ki kell őket dobni.

Megjegyzés

Az NG (+) kontroll az NG vizsgálat pozitív kontrolljaként szolgál. A CT (+) kontroll az NG vizsgálat negatív kontrolljaként szolgál.

Megjegyzés

Ha tamponos és vizeletmintákat is vizsgál, akkor mindkét mintatípus számára szükséges egy-egy kontrollszett elkészítése.

A. Kontroll munkaoldatok:

Készítse el a következő NG (+) és NG (–) kontroll munkaoldatokat. A1. Steril pipettahegy segítségével mérjen 1 ml CT/NG DIL oldószert két darab 2,0 ml-es csavarókupakos polipropilén cső mindegyikébe. Címkézze fel a csöveket a következőképpen: „NG (+) kontroll munkaoldat”, illetve „NG (–) kontroll munkaoldat”. A2. Vortexelje az NG (+) C és CT (+) C csöveket maximum sebességen 5 másodpercig. Óvatosan távolítsa el a csövek kupakjait. Ügyeljen a kesztyűk szennyeződésének elkerülésére. Ha mégis előfordulna szennyeződés, akkor a továbblépés előtt cserélje le a kesztyűket egy tiszta párra. A3. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 100 μl NG (+) C kontrollt az „NG (+) kontroll munkaoldat” címkéjű csőbe.



21/38

A4. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 100 μl CT (+) C kontrollt az „NG (–) kontroll munkaoldat” címkéjű csőbe. A5. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. Tárolja szobahőmérsékleten, és dobja ki őket a munkanap végén. B. Vizeletminták és AMPLICOR® STM tamponos minták:

Készítse el a következő NG (+) és NG (–) feldolgozott kontroll oldatokat.

B1. Steril pipettahegy segítségével mérjen 250 μl CT/NG LYS reagenst két darab 2,0 ml-es csavarókupakos polipropilén cső mindegyikébe. Címkézze fel a csöveket a következőképpen: “NG (+) feldolgozott kontroll oldat”, illetve “NG (–) feldolgozott kontroll oldat”. B2. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 250 μl NG (+) kontroll munkaoldatot az “NG (+) feldolgozott kontroll oldat” címkéjű csőbe. B3. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 250 μl NG (–) kontroll munkaoldatot az “NG (–) feldolgozott kontroll oldat” címkéjű csőbe. B4. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. Tárolja szobahőmérsékleten, és dobja ki őket a munkanap végén. B5. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen minden egyes feldolgozott kontrollból 50 μl-t a megfelelő A-csőbe. Csavarja az A-csövekre a kupakokat, és rögzítse a feldolgozott minták és kontrollok helyzetét az A-gyűrű térképen. B6. Vigye át az A-gyűrűkben lévő előkészített beteg mintákat és kontrollokat a posztamplifikálási területre. Ezek a PCR-kész minták 2–8 °C-on 16 óra hosszat tárolhatóak. C. CTM tamponos minták:

Készítse el a következő NG (+) és NG (–) feldolgozott kontroll oldatokat. C1. Steril pipettahegy segítségével mérjen 100 μl CT/NG LYS reagenst 2 darab 2,0 ml-es csavarókupakos polipropilén cső mindegyikébe. Címkézze fel a csöveket a következőképpen: “NG (+) feldolgozott kontroll oldat”, illetve “NG (–) feldolgozott kontroll oldat”. C2. Steril pipettahegy segítségével mérjen 100 μl kultúra transzport tápközeget mindegyik CT/NG LYS reagenst tartalmazó csőhöz. C3. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. C4. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 200 μl NG (+) kontroll munkaoldatot az “NG (+) feldolgozott kontroll oldat” címkéjű csőbe. C5. Használjon új aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen 200 μl NG (–) kontroll munkaoldatot az “NG (–) feldolgozott kontroll oldat” címkéjű csőbe.

22/38




C6. Csavarja vissza a csövekre a kupakokat, és vortex segítségével keverje meg őket alaposan. Inkubálja a csöveket 10 percig szobahőmérsékleten. Tárolja szobahőmérsékleten, és dobja ki őket a munkanap végén. C7. Használjon aeroszolbarrieres hegyet, és mérjen minden egyes feldolgozott kontrollból 50 μl-t a megfelelő A-csőbe. Csavarja az A-csövekre a kupakokat, és rögzítse a feldolgozott minták és kontrollok helyzetét az A-gyűrű térképen. C8. Vigye át az A-gyűrűkben lévő feldolgozott beteg mintákat és kontrollokat a posztamplifikálási területre. Ezek a PCR-kész minták 2–8 °C-on 16 óra hosszat tárolhatóak. Amplifikálás és Kimutatás

Munkaterület: Posztamplifikálás – Amplifikálási/Kimutatási terület Végezze el a készülék napi karbantartását, beleértve: –

Törölje le az indítóhelyet szálmentes nedves ruhával, és szárítsa meg.

–

Törölje le a D-csésze tartó hegyet szálmentes nedves ruhával, és szárítsa meg. Ellenőrizze a mosópuffertartályt, és ha szükséges, töltse fel. Készítse el a mosó munkapuffert (1X) a következők szerint: A WB oldatot vizsgálja meg, és szükség esetén a csapadék visszaoldására melegítse 30–37°C-ra. Adjon 1 térfogatrész WB oldatot 9 térfogatrész ioncserélt vagy desztillált vízhez. Keverje jól össze. Mindig tartson legalább 3–4 liter mosó munkapuffert (1X) a készülék mosópuffertartályában.

– –

– – –

Ürítse ki a hulladéktárolót. Indítsa be a készüléket. A beindítás során ellenőrizze a fecskendőket és a csövezést.

–

A beindítás során ellenőrizze a transzferhegyet.

Minden egyes futtatás előtt: – – – –

Ellenőrizze a hulladéktárolót, és ürítse ki, ha szükséges. Ellenőrizze a mosópuffertartályt, és ha szükséges, töltsön hozzá puffert. Cserélje ki a használt D-csésze állványokat. Indítsa be a készüléket.

A COBAS® AMPLICOR működtetése

Analizátor

betöltése

és

a

rendszer

1. Vizsgálja meg az asztali reagensek mennyiségeit a COBAS® AMPLICOR® készüléken. Készítsen elegendő reagenskazettát a műveletekhez való feltöltéshez. 2. Vortexelje jól össze az NG PS1 szuszpenziót. Mérjen 2,5 ml NG PS1 szuszpenziót az NG4 kazettába. Helyezze a kazettát a tesztspecifikus reagensállványra. Dobja ki a használt NG PS1 ampullát. Jegyezze fel a reagens készítési dátumát az NG4 kazettára. Megjegyzés

Ha a belső kontroll kimutatása nem lesz elvégezve, akkor menjen a 4. lépéshez, egyébként folytassa a 3. lépéssel.

Megjegyzés

A CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni olyan kenetminták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR® STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt.



23/38

3. Vortexelje jól össze az IC PS1 szuszpenziót. Mérjen 2,5 ml IC PS1 szuszpenziót az IC4 belső kontrollt tartalmazó kazettába. Helyezze a kazettát a tesztspecifikus reagensállványra. Dobja ki a használt IC PS1 ampullát. Jegyezze fel a reagens készítési dátumát az IC4 kazettára. 4. Készítsen 5 ml SB egy SB3 kazettába való pipettázásával szubsztrát munkareagenst. Fel-le pipettázással keverje össze. Dobja ki az üres SB ampullát. Jegyezze fel a reagens készítési dátumát az SB3 kazettára. 5. Helyezze a szubsztrát munkareagenst a generikus reagensállványba. 6. Helyezze a DN4 és CN4 kazettákat a generikus reagensállványba. Jegyezze fel a felnyitás dátumát mindegyik kazettára. 7. A billentyűzet, a vonalkód-leolvasó vagy az AMPLILINK szoftver segítségével azonosítsa a reagensállványokat generikusként vagy vizsgálatspecifikusként. 8. Végezze el a reagensállványok konfigurálását úgy, hogy a billentyűzet, a vonalkód-leolvasó vagy az AMPLILINK szoftver segítségével beolvassa a reagenspozíciókat és tételeket a COBAS® AMPLICOR® Analizátorba. 9. A billentyűzet, a vonalkód-leolvasó vagy az AMPLILINK szoftver segítségével töltse be a reagensállványokat a COBAS® AMPLICOR® Analizátorba. Győződjön meg arról, hogy minden egyes reagenskazetta a jelölt pozíciójában van, és szorosan illeszkedik az állványba. 10. Helyezze a D-csésze állványt a D-csésze platformra. Egy D-csésze szükséges minden egyes minta vagy kontroll kimutatáshoz, és kettő D-csésze szükséges minden egyes szubsztrát munkaoldat kazettához, tekintettel a COBAS® AMPLICOR® készülék általi kiürítésre. 11. Helyezze az A-gyűrű(ke)t a COBAS® AMPLICOR® készülék PCRkészülékszegmense(i)be. 12. A billentyűzet, a vonalkód-leolvasó vagy az AMPLILINK szoftver segítségével töltse be az A-gyűrűket a COBAS® AMPLICOR® Analizátorba. 13. Hozzon létre A-gyűrű munkalistát. 14. Szorosan zárja le a PCR-készülékszegmens(ek) tetejét. 15. Indítsa el a COBAS® AMPLICOR® Analizátort. 16. Várja meg, míg a COBAS® AMPLICOR® Analizátor kijelzi, hogy a töltés ellenőrzése megtörtént Megjegyzés

24/38

A COBAS® AMPLICOR® készülék minden egyes A-cső tartalmának 6 önálló detektálását teszi lehetővé. A kimutatási reagens szükséges mennyiségét minden esetben a COBAS® AMPLICOR® készülék kiszámolja, és minden egyes futtatás kezdetén egy töltésellenőrzés határozza meg, hogy az adott teszthez elegendő reagens áll-e rendelkezésre.




17. A COBAS® AMPLICOR® Analizátor az amplifikálást és kimutatást automatikusan elvégzi. Az eredmények 660 nm-en mért abszorbancia értékben, valamint pozitív, illetve negatív megjelöléssel vannak megadva az abszorbancia értéknek egy előre meghatározott vizsgálatspecifikus abszorbancia cut-off értékkel való öszehasonlítása alapján.

Minőség-ellenőrzés Valamennyi futtatásnak legalább egy NG (+) feldolgozott kontrollt és egy NG (–) feldolgozott kontrollt kell tartalmaznia. Mint minden új laboratóriumi eljárás esetében a vizsgálatot végző használjon további kontrollokat minden alkalommal, amíg az eljárás kivitelezését nagyfokú megbízhatósággal nem képes elvégezni. Nincsenek ajánlások a kontrolloknak az A-gyűrű(k)ben való elhelyezését illetően. Negatív kontroll

Az NG (–) kontroll abszorbanciája kisebb kell legyen, mint 0,2 660 nm-en. Ha az NG (–) kontroll abszorbanciája nagyobb vagy egyenlő, mint 0,2, a teljes futtatás érvénytelen. A teljes vizsgálati eljárást (minta és kontroll előkészítése, amplifikálás és kimutatás) meg kell ismételni. Ha az NG (–) kontroll abszorbanciája rendszeresen nagyobb, mint 0,2, kérjen technikai segítséget a helyi Roche-irodától. Az NG (–) kontroll nem homológ DNS-t (C. trachomatis szekvenciákat) tartalmaz, és az a feladata, hogy a reagensek és a berendezés target DNSsel történő szennyeződését monitorozza.

Pozitív kontroll

Az NG (+) kontroll abszorbanciája nagyobb vagy egyenlő kell legyen, mint 2,0 660 nm-en. Ha az NG (+) kontroll abszorbanciája kisebb, mint 2,0, a teljes futtatás érvénytelen. A teljes vizsgálati eljárást (minta és kontroll előkészítése, amplifikálás és kimutatás) meg kell ismételni. Ha az NG (+) kontroll abszorbanciája rendszeresen kisebb, mint 2,0, kérjen technikai segítséget a helyi Roche-irodától. Az NG (+) kontroll megközelítően 20 kópia/teszt N. gonorrhoeae plazmid DNS-szekvenciát tartalmaz. Ez körülbelül a vizsgálat Poisson-analízissel meghatározott alsó kimutatási szintjének a négyszerese. Az NG (+) kontroll amplifikálása és kimutatása mutatja, hogy az amplifikálás megtörtént. Az NG (+) kontroll ugyanakkor nem mutatja az amplifikálás hatékonyságát vagy a vizsgálat kimutatási szintjét.

Mintavételező tamponok Tamponos mintáknak laboratóriumba történő transzportálásához és kultúra transzport használatos mintavételező tamponok és kultúra transzport tápközegek tápközegek validálása (CTM) új tételeit a COBAS® AMPLICOR® NG Test vizsgálathoz minősíteni kell, annak biztosítására, hogy a tamponok és a tápközegek nem tartalmaznak PCR-t zavaró anyagokat. A Mintavételező tampon és transzport tápközeg validálási eljárás egy példányát kérje a helyi Roche-irodától. Mintafeldolgozás ellenőrzése


A mintafeldolgozás hatékonyságának vizsgálatához 104 N. gonorrhoeae-t (beszerezhető az American Type Culture Collectionből) kell adni egy validált kultúra transzport tápközeges csőhöz vagy egy AMPLICOR® STM csőhöz, és szobahőmérsékleten inkubálni 1 óra hosszat. A beoltott mintát fel kell dolgozni és vizsgálni a megfelelő típusú tamponos mintára vonatkozó eljárásnak megfelelően, ahogy azt a jelen Módszertani kézikönyv leírja. A helyes módon feldolgozott mintáknak pozitív COBAS® AMPLICOR® NG Test eredményt kell adniuk úgy, hogy az abszorbancia nagyobb vagy egyenlő kell legyen, mint 0,2 660 nm-en.


25/38

Eredmények Az eredmények értékelése

Belső kontroll kimutatása nélkül 1. Ellenőrizze a kinyomtatott eredménylapon a jelzőket és megjegyzéseket, hogy meggyőződjön arról, hogy a futtatás érvényes. Ha a futtatás érvénytelen (invalid), ismételje meg a teljes futtatást (minta- és kontroll-előkészítés, amplifikálás és kimutatás). 2. Ha a futtatás érvényes, a minta eredmények az alábbiak szerint értékelendők: A660

Jelző

Eredmény

Értékelés

< 0,2

—

NEGATIVE

N. gonorrhoeae DNS nem kimutatható. A minta feltételezhetően negatív N. gonorrhoeae-re. A negatív eredmény nem zárja ki a N. gonorrhoeae-fertőzés jelenlétét, mivel az eredmény a megfelelő mintavételen, a gátlóanyagok hiányán és az elegendő mennyiségű kimutatható DNS jelenlétén is múlik.

≥ 0,2

—

POSITIVE

N. gonorrhoeae DNS kimutatható. A minta feltételezhetően pozitív N. gonorrhoeae-re. Az ilyen eredményt ismételt vizsgálattal meg kell erősíteni.

3. A feltételezhetően N. gonorrhoeae-pozitív minták eredményét ismételt vizsgálattal meg kell erősíteni. Vizelet és CTM tamponos minták esetén az eredeti minta egy másik részletét vagy egy új mintát dolgozzon fel, és végezzen egy egyszeri vizsgálatot. AMPLICOR® Specimen Transport Media segítségével transzportált minták esetén az eredteti feldolgozott minta egy másik részletével végezze el az egyszeri vizsgálatot. A vizsgálat végső értékelését az ismételt vizsgálat eredménye határozza meg. Az A660 ≥ 0,2 eredményű ismételt minták pozitívak N. gonorrhoeae-re. Az A660 < 0,2 eredményű feltételezhetően negatívak N. gonorrhoeae-re. Megjegyzés

A keresztreagáló nem patogén Neisseria fajokat tartalmazó urogenitális minták pozitív eredményt adhatnak az első és az ismételt teszt során egyaránt.20 Emiatt egyes pozitívként értékelt minták esetleg nem tartalmaznak N. gonorrhoeae-t. Az ilyen álpozitív minták hatása a vizsgálat hatékonyságára a gonococcus-fertőzöttség lakossági prevalenciájának függvénye (lásd: Eljárással kapcsolatos korlátozások).

Az eredmények értékelése

Belső kontroll kimutatással 1. Ellenőrizze a kinyomtatott eredménylapon a jelzőket és megjegyzéseket, hogy meggyőződjön arról, hogy a futtatás érvényes. Ha a futtatás érvénytelen (invalid), ismételje meg a teljes eljárást (minta-előkészítés, amplifikálás és kimutatás). 2. Ha a futtatás érvényes, az A660 < 0,2 eredményű minták az alábbiak szerint értékelendők:

26/38




NG-minta eredménye A660

IC-minta eredménye

Jelző Eredmény

A660

Jelző

Eredmény

Értékelés

< 0,2

—

NEGATIVE

≥ 0,20

—

POSITIVE

N. gonorrhoeae DNS nem kimutatható. A minta feltételezhetően negatív N. gonorrhoeaere. A negatív eredmény nem zárja ki a N. gonorrhoeaefertőzés jelenlétét, mivel az eredmény a megfelelő mintavételen, a gátlóanyagok hiányán és az elegendő mennyiségű kimutatható DNS jelenlétén is múlik.

< 0,2

—

NEGATIVE

< 0,20

—

NEGATIVE

Gátlóanyagot tartalmazó minták. N. gonorrhoeae DNS, ha jelen is van, nem kimutatható. Az eredeti minta egy másik részletével ismételje meg a vizsgálatot. A gátlóanyagok gyakran labilisak, és az eredetileg ilyen tartalmú minták az ismétléskor már nem mutatnak gátlást. Ha az eredeti minta nem elérhető, új mintát kell venni.

3. Ha a futtatás érvényes, az A660 ≥ 0,2 eredményű minták a belső kontroll eredményétől függetlenül feltételezhetően pozitívként értékelendők N. gonorrhoeae-re. Az ilyen minták eredményét ismételt vizsgálattal meg kell erősíteni. Vizelet és CTM tamponos minták esetén az eredeti minta egy másik részletét dolgozza fel, és végezzen egy egyszeri vizsgálatot. AMPLICOR® Specimen Transport Tubes segítségével transzportált minták esetén az eredteti feldolgozott minta egy másik részletével végezze el az egyszeri vizsgálatot. Ezen minták vizsgálatának végső értékelését az ismételt vizsgálat eredménye határozza meg: NG-minta eredménye

IC-minta eredménye

≥ 0,2

Bármilyen érték

A minta pozitív N. gonorrhoeae-re.

< 0,2

≥ 0,20

A minta feltételezhetően negatív N. gonorrhoeae-re.

< 0,2

< 0,20

Érvénytelen negatív eredmény. A minta bizonytalan N. gonorrhoeae-re. Az eredeti minta egy másik részletével ismételje meg a vizsgálatot.


Értékelés


27/38

Megjegyzés

A keresztreagáló nem patogén Neisseria fajokat tartalmazó urogenitális minták pozitív eredményt adhatnak az első és az ismételt teszt során egyaránt.20 Emiatt egyes pozitívként értékelt minták esetleg nem tartalmaznak N. gonorrhoeae-t. Az ilyen álpozitív minták hatása a vizsgálat hatékonyságára a gonococcus fertőzöttség lakossági prevalenciájának függvénye (lásd: Eljárással kapcsolatos korlátozások).

Eljárással kapcsolatos óvintézkedések A laboratóriumi munkafolyamatnak egyirányú módon kell zajlania, kezdve a preamplifikálási területtől a posztamplifikálási (amplifikálási/kimutatási) területig haladva. A preamplifikálási műveleteket a reagens-előkészítéssel kell kezdeni, és a minta-előkészítéssel folytatni. Valamennyi preamplifikálási művelethez tartozó felszerelést és eszközt jelölni kell, és tilos használni más művelethez vagy más munkaterületre átvinni. Valamennyi munkaterületen kesztyűt kell viselni, és a terület elhagyása előtt le kell venni. A reagens-előkészítéshez használt felszerelést és eszközöket tilos használni minta-előkészítési műveletekhez, amplifikált DNS vagy más target DNS-forrás pipettázásához vagy feldolgozásához. A posztamplifikálási műveletekhez tartozó felszerelést és eszközöket mindenkor a posztamplifikálási munkaterületen kell tartani. Mint minden vizsgálati eljárásnál, a helyes laboratóriumi technika alapvető a vizsgálat megfelelő kivitelezéséhez. A vizsgálat magas érzékenysége miatt rendkívüli gondossággal kell ügyelni a reagensek, illetve az amplifikálási elegyek tisztaságának megőrzésére. Minden reagens tisztaságát szorosan figyelemmel kell kísérni. Dobjon ki bármilyen gyanús reagenst.

Eljárással kapcsolatos korlátozások A gonococcus-fertőzés előfordulási gyakorisága egy populációban hatással lehet a vizsgálat eredményességére. A pozitív prediktív értékek csökkennek, amikor alacsony előfordulási gyakoriságú populációkat vagy fertőzési kockázattal nem rendelkező egyéneket vizsgálnak. Mivel a N. gonorrhoeae előfordulása egyes populációkban, illetve betegcsoportokban alacsony lehet, a 4–5%-os álpozitivitási arány meghaladhatja a valódi pozitivitás arányát, és így egy pozitív teszt prediktív értéke nagyon alacsony. Miután egyes valóban fertőzött betegek nem lesznek azonosítva egyetlen minta tenyésztéses vizsgálatával, az álpozitívok tényleges arányát nem lehet meghatározni vagy megjósolni a klinikai adatokból. Az álpozitív vizsgálati eredmények aránya függhet a képzettségtől, vizsgálói készségtől, reagenstől vagy mintakezeléstől, illetve az egyes laboratóriumok egyéb ilyen tényezőitől. Amennyiben a N. gonorrhoeae álpozitív diagnózisnak súlyos következményei lennének, úgy egy másik nukleinsav-amplifikációs vizsgálat, vagy inkább tenyésztés alkalmazását kell megfontolni.4 A tenyésztésre szükség van az antimikrobiális érzékenység meghatározásához, valamint igazságügyi orvostani célokra is. Lásd Teljesítményjellemzők, Prediktív értékek. A COBAS® AMPLICOR® NG Test nem javasolt nemi erőszak vagy egyéb igazságügyi orvostani javallatok értékelésére. További vizsgálatok javasoltak bármely olyan esetben, amikor az álpozitív vagy álnegatív eredményeknek káros orvosi, társadalmi vagy pszichológiai következményei lehetnek.

28/38




Oropharyngeális aeroszolok vagy más oropharyngeális szennyező források nagy valószínűséggel okoznak álpozitív N. gonorrhoeae eredményeket. A COBAS® AMPLICOR® NG Test kimutathat nem patogén N. subflava és N. cinerea izolátumokat. Ezek az organizmusok a normál torokflóra alkotói lehetnek. Kerülje el a mintafeldolgozó reagensek, amplifikációs reagensek és betegminták légúti aeroszollal való szennyeződését. A N. gonorrhoeae kimutatása a mintában jelen lévő organizmusok jelenlététől függ, ezért befolyásolhatják a mintalevételi módszerek, betegfaktorok (azaz kor, STD az anamnézisben, tünetek megléte), a fertőzés stádiuma és/vagy a fertőző N. gonorrhoeae törzs. Álnegatív eredmények előfordulhatnak polimerázgátlás miatt. Az COBAS® AMPLICOR® NG Test-hez CT/NG belső kontroll lett hozzáadva, hogy lehetővé váljon az olyan feldolgozott minták azonosítása, amelyekben a 20 kópia/tesztnél nagyobb PCR-amplifikációt esetleg zavaró anyagok vannak jelen.

A CT/NG belső kontroll kimutatását el kell végezni olyan kenetminták vizsgálata esetén, amelyek levétele és transzportja AMPLICOR® STD Swab Specimen Collection and Transport Kit segítségével történt. Azoknak a laboratóriumoknak, amelyek most vezetik be a COBAS® AMPLICOR® NG Test vizsgálatot, vagy új felhasználókat alkalmaznak, vagy megváltoztatják a vizsgálati vagy mintavételezési eljárást szükségük lehet a CT/NG belső kontroll használatára annak meghatározásához, hogy a Chlamydia kultúra transzport tápközegben transzportált vizelet vagy tamponos minták vizsgálata során a saját vizsgálati anyagukban mekkora a gátlási arány. Ezen kezdeti felmérések eredményeitől függően a laboratórium véleményt alkothat a CT/NG belső kontroll használatának folytatásáról az adott mintatípusokhoz. A megbízható eredmény a megfelelő mintalevételen, valamint a helyes transzporteljárásokon. A minta megfelelő mivolta csak a mintákban lévő hengerhámsejtek mikroszkópos megtekintésével értékelhető. Csak a jelzett mintatípusokat vizsgálja. A COBAS® AMPLICOR® Neisseria gonorrhoeae Test validálása női endocervicalis tamponos minták, férfi urethralis tamponos minták, valamint női és férfi vizeletminták vizsgálatával történt. Más típusú minták vizsgálata álnegatív vagy álpozitív eredménnyel járhat. Torokból vett tamponos minták nagy valószínűséggel adnak álpozitív eredményeket. AmpErase enzim hozzáadása a master mixhez lehetővé teszi a target DNS szelektív amplifikálását; ugyanakkor a reagensek szennyeződésének elkerüléséhez helyes laboratóriumi gyakorlat és ezen Módszertani kézikönyvben meghatározott eljárások gondos betartása szükséges. A vizsgálat segítségével terápiás siker vagy kudarc nem határozható meg. Mint minden vizsgálat esetén, a COBAS® AMPLICOR® NG Test eredményeinek értékelését a klinikai és laboratóriumi leletekkel együtt kell megtenni. A terméket a PCR-technikák terén képzett személy használhatja. A COBAS® AMPLICOR® NG Test minőségi eredményeket szolgáltat. Semmilyen korreláció nem állítható fel egy pozitív COBAS® AMPLICOR® NG Test abszorbancia jele és egy fertőzött mintában lévő N. gonorrhoeae sejtek száma között. 2/2009, Revision 5.0


29/38

Vizelet vizsgálata esetén a COBAS® AMPLICOR® NG Test elvégzése elsősugár random vizeletmintákon (definíció szerint a vizeletsugár első 10–50 ml-én) javasolt. Egyéb mintavételi lehetőségek, mint például elsősugár vs. középsugár mintavétel hatását nem vizsgálták. A tamponos minták laboratóriumba történő transzportjához használt kultúra transzport tápközeg típusa és térfogata különböző hatásokat gyakorolhat a COBAS® AMPLICOR® NG Test vizsgálat teljesítményére. Ritkán bár, de előfordulhat, hogy a COBAS® AMPLICOR® Neisseria gonorrhoeae Test primerei és/vagy próbája által lefedett bakteriális genom nagyfokban konzervált régiójában bekövetkezett mutációk következtében a baktérium kimutatása sikertelen lesz. A technológiák különbözősége miatt javasolt, hogy az egyik technológiáról a másikra való áttéréskor a felhasználók végezzenek korrelációs laboratóriumi vizsgálatokat, hogy a technológiák közötti különbség minősíthető legyen.

Zavarást okozó anyagok PCR-inhibitorok jelenléte álnegatív eredményeket okozhat. Zavaró anyagok egyebek között, de nem kizárólag az alábbiak: •

A Replens® síkosítóról kimutatták, hogy gátolja a PCR-t, és álnegatív eredményeket okozhat ebben a vizsgálatban.

•

Nyák jelenléte a cervicalis mintákban gátolhatja a PCR-t, és álnegatív eredményeket okozhat. A vizsgálat optimális kivitelezéséhez nyákmentes minták javasoltak. Mintavétel előtt távolítsa el a cervicalis váladékot és folyást szivacs vagy egy nagy törlő segítségével19.

•

Az 5%-nál (v/v) több vért tartalmazó minták álpozitív eredményt adhatnak. Klinikai vizsgálatokban 2265 női tamponos mintából 681 esetben jegyezték fel, hogy véres. Az álpozitivitás aránya nem volt magasabb ezekben a mintákban.

Teljesítményjellemzők Analitikai specificitás: A COBAS® AMPLICOR® NG Test specificitását a sejt- és víruskultúráknak Sejt- és víruskultúrák CTM tápközeghez és normál emberi vizelethez való hozzáadásával vizsgálták. A CTM tápközeget és a vizeletet feldolgozták és COBAS® AMPLICOR® NG Test segí ségével vizsgálták. A vizsgált organizmusok között sok olyan van, amely az urogenitális traktusból izolálható. Az alább felsorolt organizmusok vagy vírusok között egy sem mutatott reaktivitást a COBAS® AMPLICOR® NG Test vizsgálatban.

Achromobacter xerosis Acinetobacter calcoaceticus Acinetobacter lwoffi Acinetobacter subsp. genospecies 3 Actinomyces israelii Aerococcus viridans Aeromonas hydrophila Agrobacterium radiobacter Alcaligenes faecalis

30/38

Lactobacillus parabuchnerri Lactobacillus vaginalis Lactococcus lactis subsp. cremoris Legionella bozemanii Legionella pneumophila Leuconostoc paramesenteroides Micrococcus luteus Mobiluncus curtsil subsp. curtsii Mobiluncus curtsil subsp. holmesii




Bacillus subtilis Bacillus thuringiensis Bacteriodes fragilis Bacteroides caccae Bacteroides gracilis Bifidobacillus longum Bifidobacterium adolescentis Branhamella catarrhalis Brevibacterium linens Candida albicans Candida glabrata Candida guilliermondi Candida krusei Candida parapsilosis Candida tropicalis Chlamydia pneumoniae Chlamydia psittaci Chlamydia trachomatis Chromobacter violaceum Chryseobacterium meningosepticum Citrobacter freundii Clostridium innocuum Clostridium perfringens Corynebacterium genitalium Corynebacterium xerosis Cryptococcus neoformans Cytomegalovírus Deinococcus radiopugnans Derxia gummosa Escherichia coli Edwardsiella tarda Eikenella corrodens Enterobacter cloacae Enterococcus avium Enterococcus faecalis Enterococcus faecium Epstein Barr vírus Erysipelothrix rhusiopathiae Ewingella americana Gardnerella vaginalis Gemella haemolysans Gemella morbillorum Haemophilus ducreyi Haemophilus influenzae Herpes simplex vírus 1 Herpes simplex vírus 2 Human papilloma vírus 16-os típus Human papilloma vírus 18-as típus Kingella kingae

Moraxella osloensis Morganella morganii Mycobacterium smegmatis Mycoplasma genitalium Mycoplasma hominis Mycoplasma pneumoniae Neisseria elongata Neisseria flavescens Neisseria kochi Neisseria lactamica Neisseria meningitidis W135 Neisseria mucosa Neisseria perflava Neisseria polysaccharea Neisseria sicca Paracoccus denitrificans Pasteurella maltocida Pediococcus acidilactica Peptostreptococcus anaerobius Peptostreptococcus magnus Peptostreptococcus productus Prevotella bivia Prevotella corporis Prevotella intermedia Propionibacterium acnes Proteus mirabilis Providencia stuartii Pseudomonas putida Pseudomonas aeruginosa Rahnella aquatilis Rhodospirillum rubrum Salmonella minnesota Salmonella typhimurium Serratia marcescens Staphylococcus aureus Staphylococcus epidermidis Streptococcus agalactiae Streptococcus anginosus Streptococcus bovis Streptococcus dysgalatia Streptococcus equinis Streptococcus mitis Streptococcus mutans Streptococcus pneumoniae Streptococcus pyogenes Streptococcus salivarius Streptococcus sanguis Streptomyces griseinus Treponema pallidum* Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae Trichomonas vaginalis Lactobacillus acidophillus Ureaplasma urealyticum Lactobacillus brevis Vibrio parahaemolyticus Lactobacillus crisptus Yersinia enterocolitica Lactobacillus jensenii Lactobacillus lactis subsp. lactis Lactobacillus oris * Tisztított DNS-t adtak a feldolgozott CTM tápközeghez és vizelethez. 2/2009, Revision 5.0


31/38

Az American Type Culture Collectionből beszerzett N. subflava és N. cinerea törzsek ugyancsak nem mutattak reaktivitást a COBAS® AMPLICOR® NG Test vizsgálatban. Ugyanakkor két N. subflava izolátum és egy N. cinerea izolátum keresztreaktivitást mutatott a COBAS® AMPLICOR® Test vizsgálatban. Ezeket a keresztreagáló izolátumokat egészséges emberek torok tamponos mintáiból nyerték. Analitikai érzékenység: Tisztított DNS

Tisztított DNS-re vizsgált analitikai érzékenység meghatározása során a COBAS® AMPLICOR® NG Test reprodukálhatóan képes volt kimutatni 5 vagy több kópia tisztított N. gonorrhoeae DNS-t PCR reakciónként. Az ebben a kísérletben használt N. gonorrhoeae DNS kópiaszámát Poisson-analízissel határozták meg.

Pontosság

A COBAS® AMPLICOR® NG Test egy adott futtatáson belüli, futtatások közötti, napok közötti és teljes pontosságát NG (+) kontroll segítségével határozták meg. Az NG (+) kontrollt feldolgozták, és mintafeldolgozó pufferekkel 0, 5, 10 és 20 DNS-kópia/amplifikálási reakció koncentrációknak megfelelően tovább hígították. Nyolc napon keresztül három vizsgáló valamennyi DNS-koncentráció öt ismétlését tesztelte naponta egyszer. Tehát minden egyes DNS-koncentráció 15 ismétlése lett naponta vizsgálva, vagyis összesen 120 vizsgálat történt. Lásd 1. táblázat

1. táblázat A COBAS® AMPLICOR® NG Test pontossága* NG target Kópiaszám/PCR

0 Kópia/PCR

5 Kópia/PCR

10 Kópia/PCR

20 Kópia/PCR

240

240

240

240

Átlagos abszorbancia Minimumérték Maximumérték

0,052 0,003 1,397

3,668 0,010 4,000

3,944 0,286 4,000

3,982 3,389 4,000

Napok közötti Szórás Variációs koefficiens

0,0129 24,6%

0** 0**

0** 0**

0** 0**

Futtatások közötti Szórás Variációs koefficiens

0,06210 118,4%

0,32115 8,8%

0,13892 3,5%

0,01919 0,5%

Egy futtatáson belüli Szórás Variációs koefficiens

0,16961 323,6%

0,61534 16,8%

0,31968 8,1%

0,06687 1,7%

Teljes Szórás Variációs koefficiens

0,18108 345,5%

0,69410 18,9%

0,34856 8,8%

0,06957 1,7%

Vizsgált ismétlések teljes száma

* Az egy adott futtatáson belüli és a teljes pontossággal kapcsolatos számítások az CLSI (EP5A)18 irányelven alapulnak. ** A variancia összetevő becslése negatív volt, ezért zérusnak tekintették.

32/38




Prediktív értékek

A gonococcus-infekció előfordulási gyakorisága egy populációban hatással lehet a vizsgálat eredményességére. A pozitív prediktív értékek csökkennek, amikor alacsony előfordulási gyakoriságú populációkat vagy fertőzési kockázattal nem rendelkező egyéneket vizsgálnak. Mivel a N. gonorrhoeae előfordulása egyes populációkban, illetve betegcsoportokban alacsony lehet, a 4–5%-os álpozitivitási arány meghaladhatja a valódi pozitivitás arányát, és így egy pozitív teszt prediktív értéke nagyon alacsony. Miután egyes valóban fertőzött betegek nem lesznek azonosítva egyetlen minta tenyésztéses vizsgálatával, az álpozitívok tényleges arányát nem lehet meghatározni vagy megjósolni a klinikai adatokból. Az álpozitív vizsgálati eredmények aránya függhet a képzettségtől, vizsgálói készségtől, reagenstől vagy mintakezeléstől, illetve az egyes laboratóriumok egyéb ilyen tényezőitől. Amennyiben a N. gonorrhoeae álpozitív diagnózisnak súlyos következményei lennének, úgy egy másik nukleinsav-amplifikációs vizsgálat, vagy inkább tenyésztés alkalmazását kell megfontolni.4 A tenyésztésre szükség van az antimikrobiális érzékenység meghatározásához, valamint igazságügyi orvostani célokra is. Az elméleti pozitív és negatív prediktív értékeket különböző prevalencia arányok esetén 97,1% érzékenység és 98,1% specificitás mellett a 2. táblázat mutatja.

2. táblázat COBAS® AMPLICOR® NG Test Elméleti prediktív értékek különböző prevalenciaarányok esetén Prevalencia (%)

Érzékenység (%)

Specificitás (%)

Pozitív Prediktív Érték (%)

Negatív Prediktív Érték (%)

1

97,1

98,1

34,5

99,9

5

97,1

98,1

73,3

99,8

10

97,1

98,1

85,3

99,7

20

97,1

98,1

92,9

99,3

Klinikai értékelés

A COBAS® AMPLICOR® NG Test értékelését egyetlen helyszínen lefolytatott klinikai vizsgálatban végezték. Összesen 135 női endocervicalis tamponos, 134 női vizelet, 48 férfi urethralis tamponos és 48 férfi vizelet mintát értékeltek. Az egy adott betegtől származó tamponos és vizeletmintákat COBAS® AMPLICOR® NG Test segítségével vizsgálták (egy nőbeteg esetén nem volt vizelet). Adott helyeken a tenyésztés szolgált referenciavizsgálatként. Az eltérő eredményeket adó mintákat ismételten megvizsgálták a COBAS® AMPLICOR® NG Test és egy alternatív N. gonorrhoeae-specifikus target DNS-szekvenciát (a 16S rRNS gén egy szakaszát) alkalmazó PCRvizsgálat segítségével. Az eredmények igazolását két módon végezték. Az első módszer szerint (mintaanalízis) a referenciatesztre negatív fertőzések PCR-eredmények felhasználásával történő azonosítását csak egyik mintatípusra (tamponos vagy vizelet) végezték. A betegek fertőzöttnek lettek minősítve, ha a referenciateszt pozitív volt, vagy ha az értékelt mintatípus PCR-pozitív volt az elsődleges és az alternatív targettel egyaránt. A második módszer szerint (beteganalízis) a referenciatesztre



33/38

negatív fertőzések PCR-eredmények felhasználásával történő azonosítását egy adott beteg esetében mind a tamponos, mind a vizeletmintára elvégezték. A betegek fertőzöttnek lettek minősítve, ha a referenciateszt pozitív volt, vagy ha bármelyik mintatípus PCR-pozitív volt az elsődleges és az alternatív targettel egyaránt. A vizsgálat teljesítmény-jellemzőit külön-külön mindegyik mintatípusra kiszámították. Az érzékenységet és a specificitást a referencia teszt eredményekkel, a mintánként igazolt eredményekkel és a betegenként igazolt eredményekkel összevetve egyaránt kiszámították. A COBAS® AMPLICOR® NG Test klinikai érzékenységének és specificitásának valós mértékét a betegenként igazolt eredményekkel való összehasonlítás alapján kell megadni.

NG belső kontroll használata nélküli teljesítményjellemzői a tenyésztéssel összehasonlítva Hely

Mintakategória

N

Prevalencia

Tenyésztéssel szemben

Igazolt eredménnyel szemben Mintánként Betegenként

Érzékenység Specificitás Érzékenység Specificitás Érzékenység Specificitás

1

Férfi vizelet

48

52,1%

Férfi kenet

48

52,1%

Női vizelet

134

20,8%

Női kenet

135

20,7%

100,0% (25/25) 100,0% (25/25) 63,6% (14/22) 86,4% (19/22)

100,0% (23/23) 91,3% (21/23) 94,6% (106/112) 92,9% (105/113)

100,0% (25/25) 100,0% (25/25) 70,4% (19/27) 88,5% (23/26)

100,0% (23/23) 91,3% (21/23) 99,1% (106/107) 96,3% (105/109)

100,0% (25/25) 100,0% (25/25) 67,9% (19/28) 82,1% (23/28)

100,0% (23/23) 91,3% (21/23) 99,1% (105/106) 96,3% (103/107)

NG belső kontroll használata melletti teljesítményjellemzői a tenyésztéssel összehasonlítva Hely

Mintakategória

N

PreGát- Tenyésztéssel szemben valencia lás

Igazolt eredménnyel szemben Mintánként Betegenként

Érzékenység Specificitás Érzékenység Specificitás Érzékenység Specificitás

1

Férfi vizelet Férfi kenet Női vizelet Női kenet

34/38

48

52,1% 0,0% (0/48) 48 52,1% 2,1% (1/48) 134 20,8% 9,7% (13/134) 135 20,7% 0,7% (1/135)

100,0% (25/25) 100,0% (25/25) 70,0% (14/20) 86,4% (19/22)

100,0% (23/23) 91,3% (21/23) 94,4% (101/107) 92,9% (105/113)

100,0% (25/25) 100,0% (25/25) 76,0% (19/25) 88,3% (23/26)

100,0% (23/23) 91,3% (21/23) 99,0% (101/102) 96,3% (105/109)


100,0% (25/25) 100,0% (25/25) 76,0% (19/25) 82,1% (23/28)

100,0% (23/23) 91,3% (21/23) 99,0% (109/102) 96,3% (103/107)



Hivatkozások 1. Sparling, P.F. 1990. Biology of Neisseria gonorrhoeae, in Sexually Transmitted Diseases (Holmes, K.K., Mardh, P-A, Sparling, P.F. and Wiesner, P.J., ed.) Second Edition, McGraw-Hill, New York, 131-147. 2. Knapp, J.S. and Koumans, E. H. 1999. Neisseria and Branhamelia, in Manual of Clinical Microbiology (P.R. Murray, ed.) 7th Edition, ASM Press, Washington, D.C., 586-603. 3. Mardh, P-A and Danielson, D. 1990. Neisseria gonorrhoeae, in Sexually Transmitted Diseases (Holmes, K.K., Mardh, P-A, Sparling, P.F., and Wiesner, P.J., ed.) Second Edition, McGraw-Hill, New York, 131-147. 4. Gerbase, A., Rowley J.T., and Mertens, T.E. 1998. Global epidemiology of sexually transmitted diseases. Lancet 351:(S3) 2-4. 5. Hook III, E.W. and Handsfield, H.H. 1990. Gonococcal infections in the adult, in Sexually Transmitted Diseases. (Holmes, K.K., Mardh, PA, Sparling, P.F., and Wiesner, P.J., ed.) Second Edition, McGraw-Hill, New York, 131-147. 6. Guide for the Diagnosis of Gonorrhea Using Culture and Gram Stained Smear. 1991. US Department of Health and Human Services, Public Health Service, Atlanta, GA 30333. 7. Laboratory Methods for the Diagnosis of Sexually Transmitted Diseases. 1991. American Public Health Association. 8. Saiki, R.K., Scharf, S., Faloona, F. et al. 1985. Enzymatic amplification of ß-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science 230: 1350-1354. 9. Mullis, K.B. and Faloona, F.A. 1987. Specific synthesis of DNA in-vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction. Methods in Enzymology 155: 335-350. 10. Miyada, C.G. and Born, T.L. 1991. A DNA sequence for the discrimination of Neisseria gonorrhoeae from other Neisseria species. Molecular and Cellular Probes 5: 327-335. 11. Longo, M.C., Berninger, M.S. and Hartley, J.L. 1990. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions. Gene 93: 125-128. 12. Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. 1999. Richmond, J.Y. and McKinney, R.W. eds. 4th Edition. HHS Publication Number (CDC) 93-8395.



35/38

13. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of Laboratory Workers from Occupationally Acquired Infections; Approved Guideline – Third Edition. CLSI Document M29-A3 Wayne, PA:CLSI, 2005. 14. International Air Transport Association. Regulations, 41st Edition. 2000. 704 pp.

Dangerous

Goods

15. Evangelista, A.T. and Bilstein, H.R. 1993. Cumitech 4A: Laboratory Diagnosis of Gonorrhea. (C. Abramson, ed.) ASM Press, Washington, D.C. 16. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Statistical Quality Control for Quantitative Measurement Procedures: Principles and Definitions; Approved Guideline-Third Edition. CLSI document C24-A3 (ISBN 1-56238-613-1). Clinical and Laboratory Standards Institute, 940 West Valley Road, Suite 1400, Wayne, Pennsylvania 19087-1898 USA, 2006. 17. Hook, E.W. and Zenilman, J.M. 1998. Gonorrhea, in Infectious Diseases , (Gorbach, S.L., Bartlett, J.G., and Blacklow, N.R., ed.) Second Edition, W.B. Saunders, Philadelphia PA, 969-974). 18. Clinical and Laboratory Standards Institute. Evaluation of Precision Performance of Clinical Chemistry Devices-Second Edition; Approved Guideline. CLSI Document EP5-A Villanova, PA: CLSI, 1999. 19. Guidelines for Treatment of Sexually Transmitted Diseases. Morbidity and Mortality Weekly Reports 1998 (No. RR-1): 1-118. 20. Van Der Pol, B., Martin, D.H., Schacter, J., Quinn, T.C., Gaydos, C.A., Jones, R.B., Crotchfelt, K., Moncada, J., Jungkind, D., Turner, B., Peyton, C., Kelly, J.F., Weiss, J.B. and Rosenstraus, M. Enhancing the specificity of the COBAS AMPLICOR CT/NG Test for Neisseria gonorrhoeae by Retesting Specimens with Equivocal Results. Journal of Clinical Microbiology 2001 39: 3092-3098. 21. Toye, B., Woods, W., Bobrowska, M., and Ramotar K. 1998. Inhibition of PCR in genital and urine specimens submitted for Chlamydia trachomatis testing. Journal of Clinical Microbiology 36:2356-2358.

36/38






37/38

" Distributed by

Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ 08876 USA A Roche csoport tagja Roche Diagnostics Indianapolis, IN 46256 USA (For Technical Assistance call the Roche Response Center® toll-free: 1-800 526 1247)

Roche Diagnostics H7V 4A2 Laval, Quebec (For Technical Assistance call: Pour toute assistance technique, appeler le: 1-877-273-3433)

Roche Diagnostics (Schweiz) AG CH-6343 Rotkreuz

Roche Diagnostics F-38240 Meylan

Roche Diagnostics GmbH D-68298 Mannheim, Germany

Distributore in Italia: Roche Diagnostics SpA Piazza Durante 11 I-20131 Milano

Roche Diagnostics S.L. E-08006 Barcelona

Distribuidor em Portugal: Roche Farmacêutica Química, Lda P-2700 Amadora

A ROCHE, az AMPLICOR, az AMPLILINK, az AMPLIPREP, az AMPLITAQ, a TAQMAN, az AMPERASE és a COBAS a Roche védjegye. A ROCHE RESPONSE CENTER a Roche szolgáltatási védjegye. A Bartels® bejegyzett védjegy a Trinity Biotech Plc. csoport egy tagjának tulajdona, vagy számára licencelve van. A Dynabeads® paramágneses részecskék szabadalmai a Dynal Biotech ASA, Oslo, Norway birtokában vagy általa licencelve vannak. A Dynabeads® a Dynal Biotech ASA, Oslo, Norway bejegyzett védjegye, engedélyezve a Roche Corporation, Indianapolis, Indiana számára. Az Eppendorf Multipette® és Eppendorf Combitip® az Eppendorf-Netheler-Hinz GmbH, Hamburg, Németország, bejegyzett védjegye. Az M4® és az M4RT® a Remel, Inc. bejegyzett védjegye. A ProClin® a Rohm and Haas Company bejegyzett védjegye. A Replens® a Columbia Laboratories Inc. bejegyzett védjegye. Copyright 2009, Roche Molecular Systems, Inc. Minden jog fenntartva.

2/2009

(00058003563-04ENGL) 04741919001-03

38/38



N: Specimen Preparation Kit ART: US: 83315

Recommend Documents