mikroba Imam santosa, MT
Penamaan mikroba Penamaan dalam bahasa latin atau dilatinkan, berupa binary nomenclature (dual name). Misal : Escherichia Coli (Escherichia : Genus, Coli : Species) Untuk mikroba hasil mutasi atau isolasi tertentu dinamai dengan menambah kode dibelakangnya. Misal : Escherichia Coli B12
Pembagian organisme selluler grup
Struktur sel
Sifat
keterangan
Eucaryotes
eucaryotic
Multiseluler
Tanaman dan hewan Protist (alga, fungi, protozoa)
uniseluler Eubacteria
procaryotic Kimia sel mirip eucaryotes
Archaebacte procaryotic Kimia sel ria berbeda capsid Virus
Tidak aktif diluar sel inang
Kebanyakan bakteri Methanogen, halophiles Parasit organisme lain
Procaryotes Berukuran 0,5-3μm, bentuknya ada yg coccus (Staphylococci), silinder (E. Coli), atau spiral (Rhodospirillum). Reproduksi tiap beberapa jam. Nutrisinya bervariasi seperti karbohidrat, hidrokarbon, protein dan CO2. Terdiri dari eubacteria dan Archaebacteria.
Eubacteria Dikelompokkan berdasar penetapan gram (Hans Cristian Grams, 1884), caranya : Bakteri di panaskan agar melekat di kaca sampel kemudian diberi cairan kristal violet sehingga berwarna ungu, kemudian ditambahkan iodine yang diikuti etanol. Jika tetap ungu berarti gram positif (contoh : E. Coli), jika tidak berwarna berarti gram negatif (contoh : Baccilus Subtilis). Tapi Mycoplasma yg tidak berdinding sel tidak masuk keduanya.
bakteri
HUBUNGAN ANTAR BAKTERI SECARA ALAMI
Bakteri aneh 1. Actinomycetes : bakteri yang mirip jamur karena memiliki hifa yang panjang dan bercabang. Merupakan sumber antibiotik. Beberapa bisa menghidrolisis pati dan cellulose. Contoh : Thermomospora, Actinomycetes, Streptomyces. 2. Bakteri dengan kemampuan fotosintesis : Cyanobacteria, Anoxygenic photosynthetic bacteria.
2. Archaebacteria Jika diamati dibawah mikroskup archaebacteria mirip dengan eubacteria namun ditingkat molekuker lebih mirip eucaryotes. Perbedaan archaebacteria dengan eubacteria 1. Archaebacteria tidak mempunyai peptidoglikan 2. Sekuen nukleotida dalam RNA ribosom sama dengan eucaryotes 3. Komposisi lipid membran sitoplasma ketiganya berbeda.
Archaebacteria Archaebacteria selalu hidup dalam lingkungan yang ekstrim dan melakukan metabolisme yang tidak biasa. Misal : 1. Methanogens : bakteri penghasil methane 2. Thermoacidophiles : hidup suhu tinggi dan pH rendah 3. Halobacteria hidup dilingkungan garam. Archaebacteria merupakan sumber enzim untuk tujuan khusus.
3. Eucaryotes Fungi (yeast dan jamur), algae, protozoa, sel tanaman dan hewan masuk dalam kelompok ini. Eucaryotes memiliki inti sel dan sejumlah organ seluler dalam sitoplasma.
Fungi Fungi adalah tumbuhan heterothrops (hidup dari sisa2), lebih besar dari sel bakteri, inti sel dan vakuolanya (untuk mengolah makanan, mengatur tekanan osmosa dan menyimpan limbah produk) dapat dilihat dengan mikroskup biasa. Termasuk dalam kelompok ini adalah yeast dan jamur.
Yeast Yeast adalah sel2 kecil tunggal berukuran 510 μm. Bentuknya bulat, silinder atau oval, berbiak dengan cara seksual dengan membelah diri setelah membentuk zygote atau aseksual dengan tunas. Contoh : Saccharomycetes Cerevisieaeyang berguna untuk pembuatan alkohol secara anaerob atau yeast roti secara aerob.
Molds (jamur) Molds adalah fungi berbentuk filamen sepanjang 5-20 μm dengan struktur micelial, tumbuh dipermukaan padat yang basah. Micelium adalah tabung2 dengan banyak cabang yang mengandung cytoplasma yang bergerak dengan banyak inti (nuclei). Benang2 yang panjang dan banyak pada micelium disebut hyphae. Miselium yang cabangnya diudara membentuk spora asexual yang disebut konidia. Spora ini tahan pengeringan, pembekuan, panas dan zat kimia tertentu. Contoh molds adalah aspergillus niger (panghasil asam sitrat) dan Penicillium Chrysogenum (penghasil antibiotik)
Pembagian fungi berdasarkan cara reproduksinya : 1. 2. 3. 4.
Phycomycetes, alga yang seperti fungi karena tidak punya klhoropil. Termasuk dalam kelompok ini jamur2 di air dan darat Ascomycetes mmbentuk spora seksual yang disebut ascospores dalam suatu kapsul. Masuk dalam kelopok ini genera Neurospora, Aspergillus dan Yeast. Basidiomycetes berkembang dengan basidiospores, yang berkembang di batang sel khusus yang dinamakan basidia. Jamur (mushroom) termasuk dalam basidiomycetes. Deuteromycetes (fungi yang tak sempurna) tidak punya perangkat seksual. Beberapa fungi patogen, seperti tricophyton di kaki masuk kelompok ini.
Algae Biasanya berupa organisme unicelluler dengan ukuran 10-30 μm dan memiliki klhoroplast. Klhoroplast adalah tempat pigmen2 klorophil yang bertanggung jawab terhadap fotosintesa. Contoh : Diatomae yang mengandung silika, digunakan sebagai perangkat filter industri Chlorella, Scenedesmus, Spirullina, Dunaliella digunakan pada pengolahan limbah yang simultan dengan produksi protein sel tunggal Agar dan asam alginat dari rumput laut dan alga laut
Protozoa Organisme unicelluler, uninucleate, motile (bergerak), relatif besar (1-50 μm), sel2 eukariotik tanpa dinding sel. Makanannya berupa bakteri atau partikel lain. Dikelompokkan berdasar alat geraknya : 1. Amoebae, bergerak secara ameboid menggunakan cytoplasmanya seperti kaki palsu (pseudopodium). 2. Flagellates, bergerak dengan benang panjang. 3. Cilliates, bergerak dengan cillia 4. Sporozoans, nonmotile, parasit hewan/man. Umumnya penyebab penyakit seperti malaria dan desentri
Konstruksi sel Sel hidup terdiri dari polimer dengan berat molekul tinggi (seperti : protein2, asam nukleat, polisakarida, lipids), garam2 anorganik (K+, Ca++, Na+, SO4=,NH4+, PO43-), metabolit intermediate (pyruvate, acetat) dan Vitamin. Sebuah sel hidup seperti suatu reaktor kompleks dengan lebih dari 2000 reaksi.
Virus Virus adalah obligat parasit organisme lain seperti bakteri, yeast, sel tanaman atau hewan yang berukuran sangat kecil (30-200 nm). Virus tidak menyimpan energi bebas dan tidak aktif kecuali ketika berada di dalam tubuh mahluk lain (inang). Virus memiliki DNA dan RNA dalam capsid yangkadang terbungkus lipoprotein. Reproduksi virus melalui siklus lytic. Virus dapat dimanfaatkan untuk pembuatan Vaksin, vektor genetik untuk menghasilkan protein dengan teknologi rekombinan DNA untuk bakteri maupun hewan. Tapi secara umum berbahaya bagi semua organisme.
HUBUNGAN ANTAR BAKTERI SECARA ALAMI
Sumber kultur mikroorganisme Isolasi mikroba dari : tanah, air, sayuran (segar, terfermentasi, busuk), hewan, limbah, kotoran. Dari lembaga pengumpul kultur : • The American Type Culture Collection, USA : Mycoplasmatoles (kering beku dan Pembekuan), Alga dan Protozoa (Nitrogen cair) • Fermentation Research Institute, Japan : Bakteri (agar lunak) • NRRL, USA : Umum (Liofilisasi)
Informasi yang disertakan bersama kultur pada lembaga paten
• • • • • • •
Sumber biologi Medium biologi Media pertumbuhan berikutnya Waktu dan suhu inkubasi Alasan dan pertimbangan penyimpanan kultur. kandungan bahan tak lazim rujukan, dan lain-lain.
Ciri-ciri strain mikroorganisme yang unggul 1. Strain sel tersebut harus merupakan kultur yang murni, bebas dari mikroorganisme lain dan faga 2. Secara genetik harus stabil 3. Sel harus dapat memproduksi unit reproduktif, seperti sel vegetatif, spora atau lainnya. Kelas Basidio karena menghasilkan miselium, jarang digunakan dalam industri lainnya. 4. Sel harus tumbuh dengan cepat dan kuat setelah diinokulasikan dalam tangki dan cepat menghasilkan produk spesifik yang diinginkan serta tidak menghasilkan produk lain yang beracun. 5. Produk harus mudah dipisahkan dari senyawa lain. 6. Strain harus mampu melindungi dirinya dari kontaminasi, dgn lingkungan tumbuh yg spesifik. 7. Strain harus mampu disimpan dalam waktu yang sangat lama. 8. Strain hendaklah mudah menerima perubahan oleh bahan mutagenik tertentu untuk meningkatkan produksinya.
