Lampiran 1. Lokasi Pengambilan Sampel

Lampiran 1. Lokasi Pengambilan Sampel

94

95

Lampiran 2. Penghitungan Pembuatan Media Bacto Agar 1.5% Untuk membuat bacto agar dengan konsentrasi 1.5%, maka dibutuhkan : 1,5 gram bacto agar 0.1 gram KNO3 100 ml air laut Bacto agar dengan konsentrasi 1.5% digunakan untuk membuat media padat. Karena dengan konsentrasi tersebut, agar dapat memadat dengan baik pada suhu ruang. Namun jika kita ingin membuat media dengan volume 150 ml air laut dengan konsentrasi 1.5%, maka dibutuhkan : 2.25 gram bacto agar 0.15 gram KNO3 150 ml air laut Untuk memebuat bacto agar dengan konsentrasi 0.1%, maka dibutuhkan : 0.1 gram bacto agar 0.1 gram KNO3 100 ml air laut Bacto agar dengan konsentrasi 0.1% digunakan untuk membuat media cair. Karena dengan konsentrasi tersebut, agar tidak dapat memadat walaupun sudah didiamkan pada suhu ruang.

96

Lampiran 3. Proses Pembuatan Media Bacto Agar 1.5%

Bacto agar

KNO3+ air laut

Dipanaskan

Disterilisasi

Dituang ke cawan petri Dibiarkan memadat

Ditimbang

Laminar flow cabinet

Media siap digunakan

97

Lampiran 4. Teknik Pengenceran Disiapkan 6 tabung teaksi berisi 5 ml air laut steril dan 1 tabung reaksi berisi 4.5 ml air laut steril

Sampel sebanyak 1 gram dimasukkan ke tabung yang berisi 4.5 ml air laut divortex

Pindahkan sebanyak 0.1 ml ke tabung selanjutnya yang berisi 5 ml air laut divortex

Pindahkan sebanyak 0.1 ml ke tabung selanjutnya yang berisi 5 ml air laut

Dilakukan seterusnya hingga tabung terakhir

98

Lampiran 5. Proses Isolasi Bakteri

Sampel

Digerus sampai halus

Diencerkan sampai 10 -7

Hasil pengenceran

Tabung 10-7 dan 10-6 disebar ke media

Diinkubasi pada suhu 30°C

menggunakan L-Glass

99

Lampiran 6. Proses Purifikasi Bakteri

Tandai koloni yang akan dipurifikasi

Panaskan jarum ose sampai memijar

Pindahkan tiap koloni ke cawan petri

Cawan petri dilapisi wrap

Diinkubasi pada suhu 30°C

100

Lampiran 7. Proses Pewarnaan Gram

Membuat apusan bakteri

Preparat ditetesi Gentian Violet

Preparat ditetesi Lugol

Preparat ditetesi Air-Fuchsin

Hasil pewarnaan Gram

Diamati menggunakan mikroskop

101

Lampiran 8. Proses Pengujian Aktivitas Agarase secara Kualitatif

Bakteri dikultivasi selama 3x24 jam

Ditetesi pereaksi Lugol Iodin

Diambil sebanyak 2ml

Dituangkan ke cawan petri

Tunggu selama 15 menit

Zona bening diukur dengan jangka sorong

102

Lampiran 9. Proses Pengujian Aktivitas Agarase secara Kuantitatif

Sampel ditambah reagen D

Dipanaskan pada air mendidih

Didinginkan di air mengalir

Ditambah reagen C

Sampel disentrifugasi

Sampel diukur absorbansinya

103

Lampiran 10. Proses Persiapan Bakteri Menggunakan Kultur Cair

Bakteri hasil seleksi

Di-incubator shaker selama 24 jam

Dipindahkan ke media cair

Adanya

endapan

bakteri telah tumbuh

menandakan

104

Lampiran 11. Proses Isolasi DNA Genom Bakteri

Hasil kultur cair

Pindahkan ke eppendorf Sentrifugasi untuk pengambilan pellet DNA

Pelet DNA

Diberi buffer ekstraksi

Diberi RNAse

Vortex sampai pellet larut Diberi Na Asetat

Diamkan 10 menit

Sentrifugasi

Pindahkan

Pelet mengendap

supernatan

ke eppendorf baru Pindahkan

supernatan

ke eppendorf baru

105

Diberi isopropanol

Sentrifugasi

Diberi etanol 70%

Sentrifugasi

Pelet dikeringkan

Diberi TE

Hasil isolasi DNA

106

Lampiran 12. Proses Amplifikasi DNA

Genom hasil isolasi (DNA template)

Diberi KAPPA2G Fast Ready Mix

Diberi Nuclease Free Water dan

Running dengan alat thermocycler

primer forward dan reverse

107

Lampiran 13. Proses Pembuatan Gel Agarose

Bubuk agarose

Ditimbang

Dilarutkan dalam TBE

Dipanaskan

Dituang ke dalam cetakan gel

Tunggu hingga mengeras

108

Lampiran 14. Proses Elektroforesis

Hasil PCR

DNA Ladder 1kb (marker)

Loading Dye

Dimasukkan ke sumur gel agarose

Setelah dimasukkan ke sumur

Running elektroforesis

Perendaman EtBr

Penyinaran dengan ultraviolet untuk melihat pita DNA

109

Lampiran 15. Pembuatan Kurva Standar Glukosa Disiapkan larutan glukosa dengan konsentrasi 0, 2, 4, 6, 8, 10 mg/100ml. Kemudian masing-masing larutan tersebut diambil dan dipindahkan ke tabung reaksi sebanyak 1 ml. Ditambahkan reagen D ke tiap tabung dan dipanaskan di dalam air mendidih selama 20 menit. Kemudian didinginkan pada air mengalir selama 5 menit. Ditambahkan 1 ml reagen C secara perlahan lalu dikocok sampai tidak terdapat gelembung gas. Larutan dibiarkan selama 10 menit. Disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 6000 rpm. Larutan yang dihasilkan akan pekat sehingga harus diencerkan dengan akuades sebanyak 7 ml agar konsentrasinya dapat terbaca oleh spektrofotometer. Kemudian ditera optical density (OD) masing-masing larutan tersebut pada panjang gelombang 540 nm. Kemudian dibuat kurva standar yang menunjukkan hubungan antara konsentrasi glukosa dan absorbansi (Sumardji dkk 1984). Nilai Absorbansi Glukosa Konsentrasi (mg/100ml) Absorbansi 0 0 2 0,127 4 0,253 6 0,435 8 0,597 10 0,833 Sedangkan hidrolisis gula pereduksi, prosesnya sama dengan pembuatan larutan standar glukosa. Tetapi disini larutan glukosa diganti dengan sampel.

110

Lampiran 16. Penghitungan Larutan Buffer Ekstraksi Isolasi Genom Untuk membuat larutan buffer ekstraksi sebanyak 300 µl, maka larutan yang dibutuhkan adalah : 200 µM Tris HCl pH 8,5 250 µM NaCl 25 µM EDTA 1% SDS Stok yang tersedia konsentrasinya lebih besar daripada yang dibutuhkan, oleh karena itu perlu dilakukan pengenceran untuk memperoleh konsentrasi larutan yang diinginkan. Konsentrasi stok yang tersedia adalah : 1 M Tris HCl pH 8.5 2 M NaCl 0,5 M EDTA 10% SDS Tris HCl

NaCl

V1.M1 = V2.M2

V1.M1 = V2.M2

200.300 = V2.1000

250.300 = V2.2000

60000 = 1000.V2

75000 = 2000.V2

V2 = 60 µl diambil dari stok

V2 = 37,5 µl diambil dari stok

EDTA

SDS

V1.M1 = V2.M2

V1.M1 = V2.M2

25.300 = V2.500

1.300 = V2.10

7500 = 500.V2

300 = 10.V2

V2 = 15 µl diambil dari stok

V2 = 30 µl diambil dari stok

Semua V2 dicampurkan kedalam eppendorf, total dari semua larutan tersebut adalah 142,5 µl. Karena dibutuhkan 300 µl, maka ditambahkan 157,5 µl NFW kedalam ependorf tersebut.

111

Lampiran 17. Proses Analisis Secara Bioinformatika Menggunakan BioEdit Buka program BioEdit > File > open > hasil sekuensing F.ab > OK

File > import > sequence alignment files > hasil sekuensing R.ab > OK

Blok hasil sekuensing R > sequence > nucleid acid > reverse complement

112

Hasil sekuensing F dan R diblok > sequence > pairwise alignment > align two sequence (allow end to slide)

113

Hasil sekuensing F dan R diblok > alignment > create konsensus sequence

114

Huruf awal pada hasil konsensus di blok > edit > select to end > copy paste-kan ke notepad. Hasil tersebut merupakan data awal yang akan digunakan untuk analisis selanjutnya

115

Lampiran 18. Proses Analisis Secara Bioinformatika Menggunakan BLAST Buka http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi > klik nucleotide blast

Paste-kan konsensus ke kotak putih > ubah database menjadi 16S rRNA > BLAST

116

Lampiran 19. Proses Analisis Secara Bioinformatika Menggunakan MEGA5.2 Program ini merupakan cara untuk melihat kekerabatan mikroorganisme. Hasil BLAST akan menyajikan daftar mikroorganisme yang dianggap memiliki kesamaan nukleotida isolat paling mirip dengan data yang ada di Genbank. Mikroorganisme yang max identitiy dan query coverage-nya tinggi, urutan nukleotidanya dikumpulkan didalam satu .text yang diunduh dalam format fasta. Setelah dikumpulkan, .text tersebut dibuka didalam program BioEdit untuk dipotong panjang nukleotidanya sehingga memiliki panjang yang sama persis dengan konsensus isolat. Setelah diedit, .text tersebut disimpan dalam format fasta. Baru data tersebut bisa diolah menggunakan program MEGA5.2. Langkahlangkahnya adalah sebagai berikut : Buka program MEGA5.2

Models > find best DNA/protein models

117

Phylogeny > construct maximum likelihood tree

Metode yang digunakan adalah bootstrap 1000 kali dan TN93+G yang merupakan model Tamura Nei dengan tambahan Gamma.

118

Lampiran 20. Komposisi Bacto Agar

Inorganics (%) Calcium

0.179

Chloride

0.021

Cobalt

<0.001

Copper

<0.001

Iron

0.002

Lead

<0.001

Magnesium

0.068

Manganese

<0.001

Nitrate

<0.005

Phosphate

<0.005

Potassium

0.121

Sodium

0.837

Sulfate

1.778

Sulfur

0.841

Tin

<0.001

Zinc <0.001 Sumber : http://vgdusa.com/bacto_agar.htm

119

Lampiran 21. Koloni Bakteri Murni

Pink1

Pink2

Gracilaria1.1

Gracilaria2.1

Gracilaria2.2

Sargassum1.1

120

Sargassum1.3

Sargassum2.7

121

Lampiran 22. Hasil Pewarnaan Gram

Pink1

Pink2

Gracilaria1.1

122

Gracilaria2.1

Gracilaria2.2

Sargassum1.1

123

Sargassum1.3

Sargassum2.7

124

Lampiran 23. Zona Bening Hasil Uji Aktivitas Kualitatif

Pink1 sebelum dan setelah ditetesi pereaksi Lugol Iodin

Pink2 sebelum dan setelah ditetesi pereaksi Lugol Iodin

Gracilaria1.1 sebelum dan setelah ditetesi pereaksi Lugol Iodin

125

Gracilaria2.1 sebelum dan setelah ditetesi pereaksi Lugol Iodin

Gracilaria2.2 sebelum dan setelah ditetesi pereaksi Lugol Iodin

Sargassum1.1 sebelum dan setelah ditetesi pereaksi Lugol Iodin

126

Sargassum1.3 sebelum dan setelah ditetesi pereaksi Lugol Iodin

Sargassum2.7 sebelum dan setelah ditetesi pereaksi Lugol Iodin

127

Lampiran 24. Hasil Perhitungan Uji Aktivitas Kualitatif Diameter Zona Bening (mm) No Sampel Rata1 2 3 4 Rata 1 Pink1 34,68 31,32 32,59 33,68 33,07 2 Pink2 28,09 32,22 28,57 31,02 29,98 3 Gracilaria1.1 39,88 37,68 39,35 37,13 38,51 4 Gracilaria2.1 38,32 39,68 38,23 40,02 39,06 5 Gracilaria2.2 38,62 35,00 37,78 35,19 36,65 6 Sargassum1.1 21,87 18,02 17,95 19,83 19,42 7 Sargassum1.3 0,00 8 Sargassum2.7 39,78 39,54 43,00 34,7 39,26

No 1 2 3 4 5 6 7 8

Diameter Zona Bening (mm) Rata1 2 3 4 Rata Pink1 43,07 45,57 40,48 34,11 40,8075 Pink2 31,96 29,97 31,93 30,13 30,9975 Gracilaria1.1 35,02 34,31 35,53 34,1 34,74 Gracilaria2.1 40,59 29,56 34,09 35,04 34,82 Gracilaria2.2 40,27 29,59 29,55 34,75 33,54 Sargassum1.1 14,81 19,13 14,96 15,88 16,195 Sargassum1.3 40,22 35,07 40,16 34,17 37,405 Sargassum2.7 42,67 34,37 42,96 34,63 38,6575 Sampel

Diameter Koloni Bakteri (mm) Rata1 2 3 4 Rata 10,75 8,55 10,03 7,76 9,273 7,19 11,54 7,36 9,95 9,010 13,66 13,14 17,38 14,81 14,748 10,46 13,92 13,93 12,34 12,663 11,68 10,86 13,15 11,96 11,913 10,53 9,17 8,01 13,16 10,218 0,000 14,84 16,12 18,63 13,89 15,870 Diameter Koloni Bakteri (mm) Rata1 2 3 4 Rata 14,25 10,95 11,45 11,87 12,13 4,45 6,28 4,52 6,00 5,3125 10,08 8,36 8,3 8,21 8,7375 15,08 18,21 15,15 18,69 16,7825 18,6 18,17 15,08 18,04 17,4725 8,23 9,16 8,03 8,52 8,485 15,47 14,84 14,18 14,77 14,815 15,05 18,17 14,14 18,76 16,53

Indeks Agarolitik 3,566 3,327 2,611 3,085 3,076 1,900 0,000 2,474

Indeks Agarolitik 3,364 5,835 3,976 2,075 1,920 1,909 2,525 2,339

128

No 1 2 3 4 5 6 7 8

Diameter Zona Bening (mm) Rata1 2 3 4 Rata Pink1 34,73 38,14 29,56 29,44 32,968 Pink2 42,91 38,07 34,53 40,37 38,970 Gracilaria1.1 34,86 34,52 34,45 35,54 34,843 Gracilaria2.1 43,04 40,56 42,9 34,97 40,368 Gracilaria2.2 34,78 34,33 34,36 29,11 33,145 Sargassum1.1 21,07 10,88 14,14 15,04 15,283 Sargassum1.3 35,07 29,9 28,59 29,16 30,680 Sargassum2.7 34,13 28,25 38,12 34,36 33,715 Sampel

No

Sampel

1 2 3 4 5 6 7 8

Pink I Pink II Gracilaria 1.1 Gracilaria 2.1 Gracilaria 2.2 Sargassum 1.1 Sargassum 1.3 Sargassum 2.7

Keterangan :

Rata-Rata Diameter Zona Bening 35,614 33,314 36,031 38,083 34,444 16,965 22,695 25,971 nilai tertinggi ke 1 dan ke 2 nilai tertinggi ke 3 dan ke 4

Diameter Koloni Bakteri (mm) Rata1 2 3 4 Rata 15,4 11,55 10,56 11,9 12,353 10,46 10,12 10,86 10,34 10,445 11,19 11,96 10,92 8,38 10,613 18,79 15,44 18,13 14,46 16,705 15,59 19,06 18,08 19,08 17,953 9,49 6,01 8,86 7,41 7,9425 14,3 11,97 14,83 11,56 13,165 18,7 15,81 15,43 15,51 16,363

Rata-Rata Diameter Koloni Bakteri 11,252 8,256 11,366 15,383 15,779 8,882 9,327 16,254

Indeks Agarolitik 2,669 3,731 3,283 2,416 1,846 1,924 2,330 2,061

Rata-Rata Indeks Agarolitik 3,200 4,298 3,290 2,525 2,281 1,911 1,618 2,291

Keterangan tabel : (atas – bawah) Ulangan Ke-1, Ulangan Ke-2, Ulangan Ke-3

129

Lampiran 25. Perhitungan Konsentrasi Gula Pereduksi Pada Isolat Pink1

Pink2

Y = 0,082x – 0,037

Y = 0,082x – 0,037

0,375 = 0,082x – 0,037

0,32 = 0,082x – 0,037

0,375 + 0,037 = 0,082x

0,32 + 0,037 = 0,082x

X = 5,024 mg/ml

X = 4,354 mg/ml

Gracilaria1.1

Gracilaria2.1

Y = 0,082x – 0,037

Y = 0,082x – 0,037

0,117 = 0,082x – 0,037

1,389 = 0,082x – 0,037

0,117 + 0,037 = 0,082x

1,389 + 0,037 = 0,082x

X = 1,878 mg/ml

X = 17,390 mg/ml

Gracilaria2.2

Sargassum2.7

Y = 0,082x – 0,037

Y = 0,082x – 0,037

1,072 = 0,082x – 0,037

0,048 = 0,082x – 0,037

1,072 + 0,037 = 0,082x

0,048 + 0,037 = 0,082x

X = 13,524 mg/ml

X = 1,037 mg/ml

130

Lampiran 26. Hasil Perhitungan Uji Aktivitas Kuantitatif Nilai absorbansi sampel setelah diinkubasi selama 15 hari Sampel Kontrol Pink1 Pink2 Gracilaria1.1 Gracilaria2.1 Gracilaria2.2 Sargasum2.7

Nilai Absorbansi Ulangan 1 Ulangan 2 Rata-Rata 0,077 0,101 0,089 0,224 0,198 0,211 0,177 0,203 0,19 0,015 0,013 0,014 0,97 0,888 0,929 0,702 0,759 0,7305 0,012 0,011 0,0115

Nilai absorbansi sampel setelah dikurangi blanko (media POR cair) Sampel Pink1 Pink2 Gracilaria1.1 Gracilaria2.1 Gracilaria2.2 Sargasum2.7

Nilai Absorbansi (Y) dengan Inkubasi 5 Hari 0,375 0,32 0,117 1,389 1,072 0,048

Nilai Absorbansi (Y) dengan Inkubasi 15 Hari 0,122 0,101 -0,075 0,84 0,6415 -0,0775

Inkubasi 5 Hari Sampel Pink1 Pink2 Gracilaria1.1 Gracilaria2.1 Gracilaria2.2 Sargassum2.7

Nilai Absorbansi (Y) 0,375 0,32 0,117 1,389 1,072 0,048

Konsentrasi Gula Pereduksi (X) 5,024 4,354 1,878 17,390 13,524 1,037

Inkubasi 15 Hari Sampel Pink1 Pink2 Gracilaria1.1 Gracilaria2.1 Gracilaria2.2 Sargassum2.7

Nilai Absorbansi (Y) 0,122 0,101 -0,075 0,84 0,6415 -0,0775

Konsentrasi Gula Pereduksi (X) 1,939 1,683 -0,463 10,695 8,274 -0,494

131

Lampiran 27. Hasil Sekuensing Isolat Gracilaria2.1 Hasil sekuensing 16S rRNA Forward AAAAGGGGTGGGGGCTACCATGCAGTCGAGCGCGAACGGTCCTTCGGG ACTTATTAGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCATAGGAATCTGCCCAG TAGTGGGGGATAGCCCGGGGAAACCCGGATTAATACCGCATACGTCCT ACGGGAGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTATTGGATGAGCCT ATGTCGGATTAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCAACGAT CCGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACG GCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGG GAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTT GTAAAGCACTTTCAGTAGGGAGGAAGGCCCTAAAGTTAATACCTTTGG GGATTGACGTTACCTACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCA GCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGT AAAGCGCGCGTAGGCGGTTAGTTAAGCTGGATGTGAAAGCCCCGGGCT CAACCTGGGAACTGCATTCAGAACTGGCTGGCTAGAGTACGAGAGAGG GTAGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGA ACATCAGTGGCGAAGGCGACTGCCTGGCTCGATACTGACGCTGAGGTG CGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCC GTAAACGATGTCTACTAGTCGTAGGGTTCCTTGAGGACTTTGTGACGCA GCTAACGCAATAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAA ACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTT TAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCAGAGA ACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGTGACAGGGGGC TGCATGGGTTGTCGTCAGCTCCGGGTCGGGAGAATGTGGGGTTAAGTC CCGGAACCAAGGCCAACCCCTTGTCCTTTGGTTGCCAGCGGATTAATGT CCGGGAACTCAAAAGGAAAATTGCCGGGGGAACAAACCCGGAAGGAA GGGTGGGGGACCAACTTCTAAGTTATTATTGGGCCCTTTACCAACTTTG GGCTAACCACCTTGGTTCAAAATTGGGAAGGTAAAAAAAGGGTTGGGG AAT Hasil sekuensing 16S rRNA Reverse NAAAAACCCCTAACTCGGGGTGACCGTCCCCCGAAGGTTAGACTAGCC ACTTCTGGAGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAG GCCCGGGAACGTATTCACCGTGACATTCTGATTCACGATTACTAGCGAT TCCGACTTCACGGAGTCGAGTTGCAGACTCCGATCCGGACTACGACAG GTTTTCTCGGATTAGCTCCACCTCGCGGATTCGCAACCGTCTGTACCTG CCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCGTAAGGGCCATGATGACTTG ACGTCGTCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTTGAGTT CCCGACATTACTCGCTGGCAACAAAGGACAAGGGTTGCGCTCGTTACG GGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGC ACCTGTCACAGAGTTCCCGAAGGCACCAATCCATCTCTGGAAAGTTCTC TGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCA CATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCATTTGAGTTTTAAC CTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGTCTACTTATTGCGTTAGCTGCGTCA

132

CAAAGTCCTCAAGGAACCCTACGACTAGTAGACATCGTTTACGGCGTG GACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCA GCGTCAGTATCGAGCCAGGCAGTCGCCTTCGCCACTGATGTTCCTTCCT ATATCTACGCATTTCACCGCTACACAGGAAATTCCACTACCCTCTCTCG TACTCTAGCCAGCCAGTTCTGAATGCAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGC TTTCACATCCAGCTTAACTAACCGCCTACGCGCGCTTTACGCCCAGTAA TTCCGATTAACGCTCGCACCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGA GTTAGCCGGTGCTTCTTCTGTAGGTAACGTCAATCCCCAAAGGTATTAA CTTTAAGGGCCTTCCTCCCTACTGGAAAGGGCTTTACAACCCCGAAGGC CTTCTTCACACCACGCGGCATGGGCTGCATCAGGGGTTTCCCCCATTGG GGAAATATTCCCCACTGGTTGCCTCCCGGAAGGAATCTGGGGCCGGTG TCTCAGTCCCCAGGTGGGGCTTGATCATCCCTTCCAAACCAACCTACCG GATCCGTTGGCTTTGTGGGGGCCGTTACCCCCCCCAACAAGGTTAATCC CGAATTAGGGTCTATCCAATAAGGCGAAGGTCCGAAAGATCCCCCTGC TTTTCTCCCCGGAAAGGACATAGGCGGGATTAAATCCCGGGGTTTCCCC CGGGGTATCCCCCCCAAAAATGGGGGGAAAATTCCCTTTGGTAATTTTC AACCCCGCTCCCGGCGCCCTATAAAAATACCCCCAAGAAGACCCCTTT CCCGGGCCCTAACTTTTGAGGGGTGTAATNCCCGCCGCCCCACGGTTTA ATCTTTNNAGGTCGGGCGGAGGAACAAACATAAAAA Hasil konsensus isolat Gracilaria2.1 GAAGGTTAGACTAGCCACTTCTGGAGCAACCCACTCCCATGGTGTGAC GGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGTGACATTCTGAT TCACGATTACTAGCGATTCCGACTTCACGGAGTCGAGTTGCAGACTCCG ATCCGGACTACGACAGGTTTTCTCGGATTAGCTCCACCTCGCGGATTCG CAACCGTCTGTACCTGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCGTAAG GGCCATGATGACTTGACGTCGTCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGG CAGTCTCCTTTGAGTTCCCGACATTACTCGCTGGCAACAAAGGACAAG GGTTGCGCTCGTTACGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTG ACGACAGCCATGCAGCACCTGTCACAGAGTTCCCGAAGGCACCAATCC ATCTCTGGAAAGTTCTCTGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGT TGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAA TTCATTTGAGTTTTAACCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGTCTACTTAT TGCGTTAGCTGCGTCACAAAGTCCTCAAGGAACCCTACGACTAGTAGA CATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCC ACGCTTTCGCACCTCAGCGTCAGTATCGAGCCAGGCAGTCGCCTTCGCC ACTGATGTTCCTTCCTATATCTACGCATTTCACCGCTACACAGGAAATT CCACTACCCTCTCTCGTACTCTAGCCAGCCAGTTCTGAATGCAGTTCCC AGGTTGAGCCCGGGGCTTTCACATCCAGCTTAACTAACCGCCTACGCGC GCTTTACGCCCAGTAATTCCGATTAACGCTCGCACCCTCCGTATTACCG CGGCTGCTGGCACGGAGTTAGCCGGTGCTTCTTCTGTAGGTAACGTCAA TCCCCAAAGGTATTAACTTTAAGGGCCTTCCTCCCTACTGGAAAGGGCT TTACAACCCCGAAGGCCTTCTTCACACACGCGGCATGGCTGCATCAGG GTTTCCCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCT GGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTA

133

CGGATCGTTGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCGAC ATAGGCTCATCCAATAGCGCAAGGTCCGAAGATCCCCTGCTTTCTCCCG TAGGACGTATGCGGTATTAATCCGGGTTTCCCCGGGCTATCCCCCACTA CTGGGCAGATTCCTATGCATTACTCACCCGTCCGCCGCTCTAATAAGTC CCGAAGGACCGTTCGCGCTCGA

134

Lampiran 28. Hasil Sekuensing Isolat Gracilaria2.2 Hasil sekuensing 16S rRNA Forward NAAGGGTTGGGGGGCTACCATGCAAGTCGAGCGCGAACGGTCCTTCGG GACTTATTAGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCATAGGAATCTGCCCA GTAGTGGGGGATAGCCCGGGGAAACCCGGATTAATACCGCATACGTCC TACGGGAGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTATTGGATGAGCC TATGTCGGATTAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCAACGA TCCGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACAC GGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG GGAAACCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGT TGTAAAGCACTTTCAGTAGGGAGGAAGGCCCTAAAGTTAATACCTTTG GGGATTGACGTTACCTACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGC AGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCG TAAAGCGCGCGTAGGCGGTTAGTTAAGCTGGATGTGAAAGCCCCGGGC TCAACCTGGGAACTGCATTCAGAACTGGCTGGCTAGAGTACGAGAGAG GGTAGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGG AACATCAGTGGCGAAGGCGACTGCCTGGCTCGATACTGACGCTGAGGT GCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGC CGTAAACGATGTCTACTAGTCGTAGGGTTCCTTGAGGACTTTGTGACGC AGCTAACGCAATAAGTAGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAA AACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGT TTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCAGAG AACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGTGACAGGTGCT GCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGGGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTA ACGAGCGCAACCCTTGTCCTTTGTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTC AAAGGAAATTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGACAACTTCA AGTCATCATGGCCCTTACGACCTGGGCTACACACGGGCTACAATGGCA GGGACAGACGGTTGCGAATCCCCGAGGTGGAGCTAATCCGAGAAAACC TGGCGGTATTCCGGATCGGAAGTCGGAACTCTACTTCTGGGAGGCCGG AATCCCTGAGAAACTGGAATCCAAAGTGGCCGGGGAAAAACTTCCCCG GGCCTTGGCAAACCCGCCCGTCACACCTGGGGAGAGGGTTGTCCCCAA AGGTGTGATTACATCCCTCGGGGGGACGGTCCCCCAGGAGATATCTCG ACGGGGGTGAANCCTTCCAAAAGGTCACAAAAAA Hasil sekuensing 16S rRNA Reverse NAACCCATCAACTCCGGGGTGACCGTCCCCCGAAGGTTAGACTAGCCA CTTCTGGAGCAACCCACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGG CCCGGGAACGTATTCACCGTGACATTCTGATTCACGATTACTAGCGATT CCGACTTCACGGAGTCGAGTTGCAGACTCCGATCCGGACTACGACAGG TTTTCTCGGATTAGCTCCACCTCGCGGATTCGCAACCGTCTGTACCTGC CATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCGTAAGGGCCATGATGACTTGA CGTCGTCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTTGAGTTC CCGACATTACTCGCTGGCAACAAAGGACAAGGGTTGCGCTCGTTACGG GACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCA CCTGTCACAGAGTTCCCGAAGGCACCAATCCATCTCTGGAAAGTTCTCT

135

GGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCAC ATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCATTTGAGTTTTAACC TTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGTCTACTTATTGCGTTAGCTGCGTCAC AAAGTCCTCAAGGAACCCTACGACTAGTAGACATCGTTTACGGCGTGG ACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAG CGTCAGTATCGAGCCAGGCAGTCGCCTTCGCCACTGATGTTCCTTCCTA TATCTACGCATTTCACCGCTACACAGGAAATTCCACTACCCTCTCTCGT ACTCTAGCCAGCCAGTTCTGAATGCAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGCT TTCACATCCAGCTTAACTAACCGCCTACGCGCGCTTTACGCCCAGTAAT TCCGATTAACGCTCGCACCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGAG TTAGCCGGTGCTTCTTCTGTAGGTAACGTCAATCCCCAAAGGTATTAAC TTTAGGGCCTTCCTCCCTACTGAAAGTGCTTTACAACCCGAAGGGCTTC TTCACACACGCGGGATGGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTGGGCAATAT TCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGT GGGGCTGAACATCCTCTCAAACCAGCTACGGATCGTTGCCTTGGTGGG CCGTTACCCACCAACAAGTTATCCGAAATAGGGTCTTCCAAAAGGGAA GGGCCAGAAATCCCCGGTTTTCTCCCGAAGAAATATGGGGTTAAAACC GGGTTTCCCCGGGGTTACCCACAATCGGGGGAAATTCTTATGTATACTC ACCCGCCCCCCGCTCTAAAAATCCCAAGAGGCTTTTCCCCCTCCACTTT GGTGTGTGAGGCTCGCCCCGGTTTTTATTTGGGGCACGTGAACCATCCA AAAA Hasil consensus isolat Gracilaria2.2 GAAGGTTAGACTAGCCACTTCTGGAGCAACCCACTCCCATGGTGTGAC GGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGTGACATTCTGAT TCACGATTACTAGCGATTCCGACTTCACGGAGTCGAGTTGCAGACTCCG ATCCGGACTACGACAGGTTTTCTCGGATTAGCTCCACCTCGCGGATTCG CAACCGTCTGTACCTGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCGTAAG GGCCATGATGACTTGACGTCGTCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGG CAATCTCCTTTGAGTTCCCGACATTACTCGCTGGCAACAAAGGACAAG GGTTGCGCTCGTTACGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTG ACGACAGCCATGCAGCACCTGTCACAGAGTTCCCGAAGGCACCAATCC ATCTCTGGAAAGTTCTCTGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGT TGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAA TTCATTTGAGTTTTAACCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGTCTACTTAT TGCGTTAGCTGCGTCACAAAGTCCTCAAGGAACCCTACGACTAGTAGA CATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCC ACGCTTTCGCACCTCAGCGTCAGTATCGAGCCAGGCAGTCGCCTTCGCC ACTGATGTTCCTTCCTATATCTACGCATTTCACCGCTACACAGGAAATT CCACTACCCTCTCTCGTACTCTAGCCAGCCAGTTCTGAATGCAGTTCCC AGGTTGAGCCCGGGGCTTTCACATCCAGCTTAACTAACCGCCTACGCGC GCTTTACGCCCAGTAATTCCGATTAACGCTCGCACCCTCCGTATTACCG CGGCTGCTGGCACGGAGTTAGCCGGTGCTTCTTCTGTAGGTAACGTCAA TCCCCAAAGGTATTAACTTTAGGGCCTTCCTCCCTACTGAAAGTGCTTT ACAACCCGAAGGCCTTCTTCACACACGCGGCATGGCTGCATCAGGGTT TCCCCCATTGGGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGG

136

CCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTACGG ATCGTTGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCGACATA GGCTCATCCAATAGCGCAAGGTCCGAAGATCCCCTGCTTTCTCCCGTAG GACGTATGCGGTATTAATCCGGGTTTCCCCGGGCTATCCCCCACTACTG GGCAGATTCCTATGCATTACTCACCCGTCCGCCGCTCTAATAAGTCCCG AAGGACCGTTCGCGCTCGAC