Laboratoria Stichting PAMM Pathologie en Medische Microbiologie
Na Lunchtijd
Na Lunchtijd
Locatie
• Adherentie gebied van de PAMM voor medische microbiologie 800.000 mensen Zuid-Oost Brabant • Onderzoeken voor 4 ziekenhuizen, verzorgingstehuizen en 400 huisartsen, GGD, verloskundigen • 100.000 real-time PCR testen in 2012
MMC
Medische Microbiologie Bacteriën
Parasieten
Schimmels
Virussen
Antibiogram
Medische Microbiologie
DNA Strand Double Helix DNA Strand
Supercoiled DNA Strand
Chromosome
Medisch Microbiologisch Analist
Moleculaire Biologie • SOA - pakket: • Chlamydia trachomatis • Neisseria gonorrhoeae • Trichomonas vaginalis • Mycoplasma genitalum •Feces – pakket: • Salmonella • Shigella • Yersinia • Campylobacter • Giardia lamblia • Cryptosporidium parvum/hominis • Entamoeba histolytica • Dientamoeba fragilis • STEC
• Norovirus GI / GII • Clostridium difficile (BD MAXTM) •Luchtweg – pakket •Bacterieel • Chlamydophila pneumoniae • Mycoplasma pneumoniae • Legionella pneumophilla • Chlamydophila psittaci •Viraal • Respiratory syncytial virus (RSV) • Rhinovirus • Influenza A / B / H1N1
•Liquor - pakket • Herpes simplex virus 1 / 2 • Varicella zoster virus • Enterovirus • Parechovirus
•Overig • Actinobaculum schaalii • Coxiella burnetii • Chlamydia trachomatis LGV • Streptococcus pneumoniae • Mycobacterium tuberculosis • MTB typering • MTB resistentie • Bordetella pertussis • Bordetella parapertussis • PCP • Dermatophyten • ESBL (extended spectrum ß-lactamases) • Carbapenemases • MRSA • VRE • Hepatitis B (kwantitatief) • Hepatitis C (kwantitatief/genotypering) • CMV (kwantitatief) • EBV (kwantitatief)
Laboratorium automatisering en de implementatie hiervan in de moleculaire diagnostiek; robottisering en middle-ware
1982
Automatisering moleculaire biologie “past” (1993)
Boom extractie
Automatisering moleculaire biologie “past” (1993)
Automatisering ? Detectie van de amplicon m.b.v. E.I.A.
Automatisering moleculaire biologie “past” (1997)
Commerciële testen SOA komen beschikbaar Echter nog vele handmatige pipetteerstappen
Automatisering moleculaire biologie “past” (1997)
En vele administratieve handelingen
Automatisering moleculaire biologie “past” (1997) LIMS • • • • • • • • • • •
Schrijven van de werklijst Voorbehandeling van de materialen Pipetteren van de materialen in de easy-mag Handmatig invoeren van de laboratoriumnummer in de easy-mag Pipetteren van de mastermix Pipetteren van DNA uit de easy-mag Pipetteren van DNA bij mastermix Handmatig invoeren van de laboratoriumnummers in ABI 7500 fast Resultaten noteren op de werklijst Handmatig invoeren van de resultaten in LIMS Handmatig CQ waarden invoeren in excellijst voor Levy Jennings curves
Automatisering moleculaire biologie “past” (2010)
Automatisering moleculaire biologie “past” (2010) • Sexueel Overdraagbare Aandoening • Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae • TOP 1: 17.000 onderzoeken per jaar
• Geen pipetteerhandelingen bij SOA
Automatisering moleculaire biologie “past” (2010)
?
Automatisering moleculaire biologie “past” (2010)
Automatisering moleculaire biologie “past” (2010)
Huidige werkwijze CT/NG/TV
Aanvraag Neg resultaat
Pos resultaat
Automatisering moleculaire biologie “past” (2012) • Verder terugdringen van handmatige pipetteerhandelingenbij met name feces PCR • Installatie pipetteerrobot EVO 150, firma TECAN • Validatie op een 5-tal criteria • 48 van de 50 monsters minimaal 190 ul pipetteren (vettige laag) • nauwkeurigheid/reproduceerbaarheid; 12 dispense stappen 10 ul en gepipetteerde vloeistof wegen • CQ waarde 75 pos en 25 neg monsters vergelijken handmatig / robot • Controle contaminatie 48 pos en 48 neg “schaakbord-model” • Twee weken alle fecesmonsters huidige manier en met EVO 150; 100% correlatie
Automatisering moleculaire biologie “past” (2012)
Opstelling materialen in de EVO150 Patiëntenmateriaal
Easy-mag bootjes Patiëntenmateriaal na ophopingskweek
Opstelling materialen in de EVO150 ABI platen, pcr setup
Mastermix
Geëxtraheerd patiëntenmateriaal (DNA/RNA)
Prolongatie EVO150
Evaluatie EVO150
Huidige werkwijze feces PCR
Aanvraag Neg resultaat
Pos resultaat
Automatisering moleculaire biologie
Automatisering moleculaire biologie
• We think, we’re on the right track!
Track and Trace Materiaal arriveert bij AKL Materiaal arriveert Med. Micro. Materiaal op desbetreffende afd.
Automatisering moleculaire biologie toekomst
• BD-Max, firma Becton-Dickinson – één apparaat waarin extractie, amplificatie en detectie plaatsvindt
• NGS, Next Generation Sequencing – Ziekenhuisuitbraken met resistentie bacteriën – Typeren – Stroomlijnen van alle data en gegevens
Bedankt voor jullie aandacht!
